Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/actino

Actinoplanes sp. SE50/110

ase opérons

• Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [3]
• Lien tableur: ase opérons
• Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Micromonosporales; Micromonosporaceae;Actinoplanes; unclassified Actinoplanes.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ac1. Actinoplanes sp. SE50/110

71.15%GC	13.8.19 Paris	98	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
	12658..13392	CDS		78	78			245
	13471..13547	atc	@1	242		242
	13790..13862	gca		202	202
comp	14065..14607	CDS						181
	153733..155094	CDS		556	556			454
	155651..157174	16s		308				1524
	157483..160591	23s		99				3109
	160691..160807	5s		134	134			117
comp	160942..161988	CDS						349
comp	45153..45968	CDS		276	276			272
comp	46245..46330	ctg		257	257
	46588..47385	CDS						266
	568633..569007	CDS		492	492			125
	569500..571022	16s		308				1523
	571331..574439	23s		108				3109
	574548..574664	5s		245	245			117
	574910..576340	CDS						477
comp	66324..66533	CDS		177	177			70
comp	66711..66784	ggg		151	151
comp	66936..67442	CDS						169
comp	145264..145572	CDS		595	595			103
comp	146168..146244	ttc		12		12
comp	146257..146333	gac		62		62
comp	146396..146468	gaa		338	338
comp	146807..148066	CDS						420
	164168..164716	CDS		92	92			183
	164809..164883	aaa		250	250
	165134..166444	CDS						437
comp	457033..458760	CDS		116	116			576
	458877..458950	acg		74	74
comp	459025..460758	CDS						578
	627485..628396	CDS		42	42			304
	628439..628515	gac		5	5
comp	628521..629174	CDS						218
	645098..645421	CDS		355	355			108
	645777..645849	agg		459	459
comp	646309..648462	CDS						718
	747312..748337	CDS		430	430			342
comp	748768..748851	tac		148	148
	749000..749491	CDS						164
	752175..754703	CDS		94	94			843
	754798..754873	acc		44		44
	754918..754990	atgj		138	138
	755129..755296	CDS						56
	755829..756224	CDS		79	79			132
	756304..756376	tgg		103	103
	756480..756857	CDS						126
	940643..942004	CDS		55	55			454
	942060..942142	tta		221	221
	942364..943218	CDS						285
comp	1155560..1155901	CDS		200	200			114
comp	1156102..1156177	gcc		89	89
comp	1156267..1156824	CDS						186
	1222705..1223634	CDS		259	259			310
comp	1223894..1223980	cta		244	244
comp	1224225..1224701	CDS						159
	1237525..1238115	CDS		91	91			197
	1238207..1238282	cac		54	54
comp	1238337..1238684	CDS						116
comp	1248040..1249266	CDS		132	132			409
	1249399..1249474	aag	+	118		118
	1249593..1249668	aag	2 aag	-15	-15
comp	1249654..1249878	CDS	@2					75
	1335812..1336096	CDS		296	296			95
comp	1336393..1336465	aga		13	13
comp	1336479..1337558	CDS						360
comp	1399552..1400070	CDS		376	376			173
comp	1400447..1400520	gga		130		130
	1400651..1400724	cca		38	38
	1400763..1402112	CDS						450
comp	1406634..1406849	CDS		586	586			72
	1407436..1408958	16s		307				1523
	1409266..1412374	23s		99				3109
	1412474..1412590	5s		122	122			117
comp	1412713..1413510	CDS						266
comp	1519931..1520254	CDS		217	217			108
	1520472..1520544	aac		315	315
	1520860..1522122	CDS		236	236			421
	1522359..1522432	atgi		1097	1097
< comp	1523530..1523919	CDS						130
	1604562..1605026	CDS		38	38			155
	1605065..1605139	gta		357	357
<>	1605497..1605583	CDS						29
comp	1935668..1936510	CDS		317	317			281
comp	1936828..1936904	ttg		131	131
	1937036..1937656	CDS						207
	2434408..2435559	CDS		19	19			384
comp	2435579..2435661	ctc		151	151
	2435813..2438881	CDS						1023
comp	2570204..2570824	CDS		794	794			207
	2571619..2573141	16s		315				1523
	2573457..2576562	23s		98				3106
	2576661..2576777	5s		247	247			117
comp	2577025..2577462	CDS						146
comp	4900233..4901780	CDS		19	19			516
comp	4901800..4901878	tgc		29		29
comp	4901908..4901981	gcg		19	19
comp	4902001..4902321	CDS		23	23			107
comp	4902345..4902417	gac		31	31
comp	4902449..4903369	CDS						307
	5443888..5444526	CDS		409	409			213
	5444936..5445012	ctc		17		17
	5445030..5445114	tac		29	29
comp	5445144..5446565	CDS						474
	6208479..6209489	CDS		101	101			337
comp	6209591..6209666	cgg		9		9
comp	6209676..6209749	cca		17		17
comp	6209767..6209859	agc		5		5
comp	6209865..6209939	ctg		4		4
comp	6209944..6210015	cag		8		8
comp	6210024..6210100	ggc		4		4
comp	6210105..6210177	cgt		3		3
comp	6210181..6210254	gcc		43		43
comp	6210298..6210369	tgg		562	562
comp	6210932..6212365	CDS						478
	6397923..6398423	CDS		699	699			167
	6399123..6399196	tgg		199		199
	6399396..6399468	ggg		157		157
	6399626..6399701	gcc		61		61
	6399763..6399837	gag		78		78
	6399916..6399992	gga		359		359
	6400352..6400426	ttg		1		1
	6400428..6400500	acc		5		5
	6400506..6400577	ggc		25	25
	6400603..6401055	CDS		35	35			151
	6401091..6401163	cag		110		110
	6401274..6401350	ctc		1		1
	6401352..6401427	acg		1		1
	6401429..6401503	ctg		5		5
	6401509..6401584	gcg		30		30
	6401615..6401686	gac		5		5
	6401692..6401779	agc		1		1
	6401781..6401854	atc		6	6
	6401861..6402227	ncRNA	@3	7	7
	6402235..6402309	cgt		10		10
	6402320..6402395	other	@4	11		11
	6402407..6402477	aag		14		14
	6402492..6402565	aga		11		11
	6402577..6402650	aaa		1		1
	6402652..6402727	atgf		1		1
	6402729..6402804	gtc		1		1
	6402806..6402879	gaa		5		5
	6402885..6402958	aac		44		44
	6403003..6403088	tcc		1		1
	6403090..6403163	gtg		2		2
	6403166..6403239	cac		93		93
	6403333..6403405	other		411	411
comp	6403817..6404185	CDS						123
	6543230..6543619	CDS		412	412			130
	6544032..6544106	ctg		152		152
	6544259..6544331	gca		410	410
	6544742..6545917	CDS						392
	6934653..6935819	CDS		69	69			389
comp	6935889..6935962	ccc		51	51
comp	6936014..6937450	CDS						479
comp	6991952..6992437	CDS		174	174			162
comp	6992612..6992728	5s		170				117
comp	6992899..6996006	23s		307				3108
comp	6996314..6997836	16s		531	531			1523
comp	6998368..6999624	CDS						419
	7455514..7456608	CDS		167	167			365
comp	7456776..7456847	gtg		55	55
comp	7456903..7457310	CDS						136
	7481671..7483989	CDS		83	83			773
comp	7484073..7484189	5s		169				117
comp	7484359..7487466	23s		315				3108
comp	7487782..7489304	16s		800	800			1523
comp	7490105..7490731	CDS						209
	7670534..7671652	CDS		136	136			373
comp	7671789..7671863	gtc		18		18
comp	7671882..7671952	tgc		38		38
comp	7671991..7672063	ggc		116	116
comp	7672180..7674045	CDS						622
	7710075..7711193	CDS		136	136			373
comp	7711330..7711404	gtc		28		28
comp	7711433..7711503	tgc		38		38
comp	7711542..7711614	ggc		112	112
	7711727..7712905	CDS						393
	8111157..8111843	CDS		546	546			229
comp	8112390..8112465	gag	+	532		532
comp	8112998..8113070	gag	2 gag	57		57
comp	8113128..8113199	cag		451	451
comp	8113651..8114457	CDS						269
	8275151..8275810	CDS		65	65			220
	8275876..8275950	cgg		416	416
comp	8276367..8276921	CDS						185
comp	8391343..8392530	CDS		255	255			396
comp	8392786..8392862	atgf		296	296
comp	8393159..8394607	CDS						483
comp	8397029..8399113	CDS		596	596			695
comp	8399710..8399786	atgf		71	71
comp	8399858..8402857	CDS						1000
comp	8601686..8603128	CDS		81	81			481
comp	8603210..8603280	caa		37	37
comp	8603318..8604199	CDS						294
	8623005..8623730	CDS		64	64			242
comp	8623795..8623871	gcg		171	171
comp	8624043..8624792	CDS						250
comp	8821061..8822146	CDS		136	136			362
	8822283..8822356	aca		175	175
comp	8822532..8824421	CDS						630
	8945870..8946763	CDS		190	190			298
	8946954..8947030	ccg		204	204
comp	8947235..8947531	CDS						99
comp	8963177..8966704	CDS		104	104			1176
comp	8966809..8966904	ncRNA		83	83	83
	8966988..8967075	tcc		270	270
comp	8967346..8967687	CDS						114
	8968639..8969070	CDS		521	521			144
comp	8969592..8969681	tcg		116	116
	8969798..8970505	CDS						236
	9077764..9078855	CDS		326	326			364
comp	9079182..9079256	cgt		370	370
comp	9079627..9082830	CDS						1068
comp	9084051..9086675	CDS		560	560			875
comp	9087236..9087311	cgt		40		40
comp	9087352..9087442	agc		399	399
	9087842..9089017	CDS						392
comp	9100587..9101549	CDS		77	77			321
	9101627..9101714	tca		144	144
comp	9101859..9102145	CDS						96

ase cumuls

• Lien tableur: ase cumuls
• Légende
• Notes:

cumuls. ase.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	6	1	8	-	1	1	1		100	8	30	1
	16 23 5s 0	6	20	19		50	16	20		200	29	60	1
	16 atc gca	0	40	6		100	19	40		300	19	90	3
	16 23 5s a	0	60	4		150	17	60		400	19	120	10
	max a	0	80	3		200	9	80		500	14	150	9
	a doubles	0	100	2		250	9	100		600	3	180	8
	autres	0	120	2		300	7	120		700	3	210	8
	total aas	0	140	1		350	4	140		800	2	240	5
sans	opérons	45	160	2		400	5	160		900	2	270	6
	1 aa	31	180	0		450	6	180		1000	1	300	5
	max a	29	200	1		500	3	200		1100	2	330	4
	a doubles	2		3			13				1		43
	total aas	98		40	0		86		0		89		60
total aas		98
remarques		4
avec jaune			moyenne	58			229				328
			variance	98			206				173
sans jaune			moyenne	19			147				254		179
			variance	21			104				111		62

ase blocs

• Lien tableur: ase blocs
• Légende:

Ac1. Actinoplanes sp. SE50/110

CDS	556	454	492	125	586	72
16s	308	1524	308	1523	307	1523
23s	99	3109	108	3109	99	3109
5s	134	117	245	117	122	117
CDS		349		477		266
CDS	794	207	531	419	800	209
16s	315	1523	307	1523	315	1523
23s	98	3106	170	3108	169	3108
5s	247	117	174	117	83	117
CDS		146		162		773

ase distribution

• Lien tableur: ase distribution

Ac1 ase, Actinoplanes sp. SE50/110. actinomycete.

Ac11 ase. La distribution des tRNAs solitaires. g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 1 tac 1 tgc f atc j acc aac 1 agc g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc n gcc 1 gac 2 ggc i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca caa 1 cga l gta 1 o gca gaa gga m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj l acg 1 aag agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag ggg 1 actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total ase 32 32

Ac12 ase. La distribution des tRNAs multiples. g1    t1          a atgi a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 3 f atc 2 j acc 2 aac 1 agc 3 g ctc 2 f ccc cac 1 cgt 3 h gtc 3 n gcc 2 gac 2 ggc 4 i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 1 aga 1 k cta g cca 2 caa cga l gta o gca 2 gaa 2 gga 2 m ttg 1 d tcg tag tgg 2 n atgj 1 l acg 1 aag 3 agg o ctg 3 h ccg cag 3 cgg 1 p gtg 1 p gcg 2 gag 3 ggg 1 actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total ase 64 64

ase. Intergen51

Intergen51. ase. Le génome

• ase Le prélèvement: Apmq
• Le nom et le lien NCBI: ase, Actinoplanes sp. SE50/110, NCBI [4], date 17.12.20.
• ase La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
ase	1,100,127	9,239,851	11.9	

ase données intercalaires

• Lien tableur: ase données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Apmq

ase données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

ase autres intercalaires aas

• Lien tableur: ase autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Apmq

Intergen51. ase. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. ase les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 ase les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 3,841 1,300 13 5,154 1.7 61 6 67 x 2,669 352 22 3,043 1 6 7 t 6,510 1,652 35 8,197 62 12 74 % 79.4 20.2 0.4

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 56 0 0 56 1.2 tRNA-CDS 101 55 x 44 1 0 45 RNA-RNA 62 34 t 100 1 0 101 CDS-rRNA 12 7 % 99.0 1.0 0.0 non RNA 8 4 - total 183 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 7.6 17.9 2.2 24.4 8.9 81 0.3 0.0 x 9.7 20.0 15.1 12.1 4.4 31 0.7 0.0

Intergen51. ase. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: ase données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées ase fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. ase fx1

  - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. ase fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	ase
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.870	1.75E-06	-1.01E-03	3.94E-02	40.70	fx1	abscisse	-54.4	333.3
0.911	-3.97E-06	3.28E-03	-9.17E-01	96.4	fc1	ordonnée	69.4	5.6
								
0.947	3.49E-07	5.70E-05	-2.09E-01	57.90	fx41			
0.972	-1.60E-06	1.60E-03	-5.69E-01	76.7	fc41			

• Le rfin après 400 est de 292 sur un total de 3854 . Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 1030 , reste 39 . L'indice i.rfin1 = 253/630=0,402.
• Le reste après 1030 est de 39 sur un total de 3854 . Jusqu'à 2‰ les freq10 sont en continu jusqu'à 1540 , reste 10 . L'indice i.rf2 = 29/510=0,057.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	ase		calculs			poly3	ase
effect	3854		R2.21	870		abscis	200
xm	25		pte	18,71		flexa	93
ym	19		cste	5,40		flexo	3,64
x1m	235		r400l	165		xm	25
y1m	1		restp	178,00		sup4	81,9
rfin	75,77		%sd	10,96		sup4t	328,2
bornf	95		lond	210		%	24,9
supd	66,3		%sf	13,85		long	68
supdt	604,6		lonf	70		R2	697
xmp	217,44		sf/lf	0,66			
r400	102,23		sr/lr	0,14			
supf	46,4		sd/ld	0,32			
supft	335,2		i.r400	0,62									

Intergen51. ase. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	ase			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	168		4	4140
 - 2		18	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		90	886		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		244	245		1642	8424
total		352	1300		2,456	23,544
reste		53	28		264	420
s6		39	3		361	41
s7		49	70		321	1438
s8		103	144		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		5.0	5.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		16.0	1.2		22.0	0.5
s7/sp6		20.1	28.6		19.5	17.1
s8/sp6		42.2	58.8		42.4	77.5
reste/sp6	21.7	11.4		16.1	5.0
						
total s1-5	108	1055		814	15120
% / total						
%s1-5		30.7	81.2		33.1	64.2
%sp6		69.3	18.8		66.9	35.8

Intergen51. ase. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		6			CDS 16s		4	2
16s 23s		6			5s CDS		2	4
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	49	1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		61	1		total		6	6

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. ase. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. ase. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 ase. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	hors1			hors2			hors3			hors4
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
245	atc		9	cgg		110	cag		152	ctg
**	gca		17	cca		4	ctc		**	gca
15	ttc		5	agc		1	acg		18	gtc
62	gac		4	ctg		5	ctg		38	tgc
**	gaa		11	cag		30	gcg		**	ggc
47	acc		4	ggc		5	gac		28	gtc
**	atgj		3	cgt		1	agc		38	tgc
118	aag		43	gcc		**	atc		**	ggc
**	aag		**	tgg		97	cgt		532	gag
29	tgc		199	tgg		14	aag		57	gag
**	gcg		157	ggg		11	aga		**	cag
20	ctc		64	gcc		1	aaa		40	cgt
**	tac		81	gag		1	atgf		**	agc
29	tgc		141	gga		1	gtc
**	gcg		144	caa		5	gaa
20	ctc		1	ttg		44	aac
**	tac		5	acc		1	tcc
			**	ggc		2	gtg
						96	cac
						**	other
-

ase intercalaires entre cds

• Lien NCBI [5]
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

ase intercalaires positifs S+

• Lien tableur: ase intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  ase pmg,   diagramme 1-40: c+ ase   c+ pmg   x+ ase   x+ pmg   total,   texte: pmg.
• Légende du tableau diagrammes 400: voir la légende de cvi.

ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

ase	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	19	-108	35	46	872	189	max70	-43	352	-987	104	910	273	min50
31 à 400	22	-129	74	44	881	195	2 parties	-18	182	-637	85	976	337	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	125	51	-	847	dte	25	tf	184	63	-	694	poly	216	SF
31 à 400	129	52	-	849	dte	32	tf	141	51	-	827	poly	149	SF

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles:

ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
ade	min50	1229	2242	3471	867	624	758	134	879	897	903
ase	min40	2398	3558	5956	959	922	940	18	646	725	814
cvi	min30	1008	2320	3328	931	858	891	33	434	549	696
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
221	335	0.66	1412	3052	8	6	72	234	304	876	459
135	264	0.51	3031	5166	7	3	116	252	389	1165	346
112	301	0.37	1171	3111	4	3	59	221	130	815	582

• Diagrammes 400:  ase pmg,   diagramme 1-40: c+ ase   c+ pmg   x+ ase   x+ pmg   total,   texte: pmg.
• Résumé: ase est le génome dont la corrélation 41-250 est la plus élevée, 0.940. Elle se maintient à 41-200, comme pub, mais contrairement à pmg et ade où elle chute fortement. Par contre elle chute fortement dans les plages 1-n contrairement à pub qui se maintient et à pmg et ade qui s’améliorent nettement pour atteindre 0.900. Les courbes 400 ressemblent à celles de pmg avec une légère modification. Ce sont les fréquences faibles x+ qui agissent sur les corrélations et les courbes x+ n-400 de ase.

  - La courbe x+ 1-400

  • Le génome ase se distingue par un faux départ à la fréquence 10 comme maximum. Son taux 1-30 est de 135 ‰ or les vrais départ à 10 ont un taux supérieur à 169 (rru), ade ant mja pmg pub rru. Son vrai maximum est à 70 au-delà de 30 comme les 15 génomes restant.
  • La forme de la courbe est un tilde faible, tf, due notamment au renflement au niveau du maximum 70 contrairement aux formes S des 6 vrais départs en 10 listés auparavant, ade Sf39, ant SF71, mja SF78, pmg SF179, pub SF249, rru Sf20.

  - Comparaison pmg ase: ils se ressemblent par leurs courbes plus qu’entre ase/ade.

  • ils ont tous les 2 un minimum à 40 mais ase possède un renflement important avec un maximum à 700.
  • ase a des effectifs 4 fois plus élevés que pmg avec un total de 5956 contre 1454.
  • Les courbes c+ n-400 sont les 4 de forme SF.
  • Les courbes x+ n-400 : seule pmg x+ 1-400 est SF, les 3 autres sont des tildes plutôt faibles.

  - Les corrélations: comme indiqué dans l’introduction, ase se démarque de pub pmg et ade par le comportement de ses corrélations à cause de ses faibles fréquences. Le génome cvi, avec un taux peu élevé des fréquences faibles, a le même comportement. On verra que les 14 autres génomes au taux peu élevé des fréquences faibles ont des corrélations peu élevées dans les plages 1-n.

  - Les faibles fréquences: Le rapport des faibles fréquences x+/c+ de 0.51 est le même que celui de pub. Au contraire de pub et pmg il agit peu sur les taux des zéros, qui sont inférieurs à 1%. Par contre les x- sont aussi élevés que ceux de pmg.

  - Les courbes 1-40

  • c+ est très proche du modèle des c+ comme celui de ade et mieux que celui de pmg.
  • Avec une corrélation x+/c+ de 0.346, la courbe x+1-40 ressemble à celle de pmg et ade avec une bosse à la fréquence 6 et un creux à 11, bien qu’il apparaît une bosse à la fréquence 9 comme sur le modèle des c+.

ase autres intercalaires

• Lien tableur: ase autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	nc-tRNA	
66	46	1	63	1		3	2	1	183

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Bifidobacterium longum NCC2705

blo opérons

• Liens: gtRNAdb [6], NCBI [7], génome [8]
• Lien tableur: blo opérons
• Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium.

Ac2. Bifidobacterium longum NCC2705

60%GC	30.6.19 Paris	57	doubles	intercal
	115187..115260	gta
	159243..160772	16s	@1	430
	161203..164268	23s		168
	164437..164556	5s
comp	207382..207457	tgg
comp	382849..382924	aac	+	43
comp	382968..383040	aac	2 aac
comp	440078..440150	aac
	503549..503624	ggc	+	24
	503649..503719	tgc	2 ggc	41
	503761..503835	gtc		45
	503881..503953	gtg		31
	503985..504060	ggc
	521008..521084	ccc
	648764..648851	ctc
comp	747296..747369	cgt	+	29
comp	747399..747472	cgt	2 cgt
	775646..775716	caa
	778709..778784	gcc	+	86
	778871..778946	gcc	2 gcc
	793729..793805	cca
comp	804390..804463	ttg
comp	841055..841136	tta
	937056..937131	cac
comp	981177..981253	aga
	1202433..1202505	acg		87
	1202593..1202676	cta
	1208139..1208211	acg
comp	1264390..1264465	gtg		48
comp	1264514..1264585	gtc		46
comp	1264632..1264704	ggc
comp	1280591..1280666	cgg
	1295466..1295542	atgf
comp	1350001..1350074	aag
comp	1388875..1388950	aaa
	1410594..1410681	tcc
comp	1424793..1424867	cag		36
comp	1424904..1424979	gag
comp	1524142..1524215	ggg
	1534802..1534887	ctg
	1606163..1606236	atc		42
	1606279..1606351	gca
comp	1646835..1646911	aca
	1705902..1707431	16s		429
	1707861..1710926	23s		168
	1711095..1711215	5s
	1712083..1713614	16s		422
	1714037..1717102	23s		168
	1717271..1717390	5s
	1769952..1770027	gcg
	1905665..1905740	tgg
	1908902..1910431	16s		428
	1910860..1913926	23s		168
	1914095..1914214	5s
	1936132..1936205	gga
	1971396..1971477	tac		1
	1971479..1971550	acc		4
	1971555..1971631	atgj
	1979312..1979401	agc
	2016025..2016112	tcg
	2047072..2047159	tca
comp	2068637..2068713	ccg
comp	2085402..2085473	gaa
	2087969..2088042	gac		47
	2088090..2088165	ttc
	2110850..2110926	gac
	2130626..2130699	atgi
	2171440..2171512	agg

blo cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.blo. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

blo cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		4
		16 23 5s 0	4
		16 atc gca	0
		16 23 5s a	0
		max a		0
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	0
sans 		opérons		41
		1 aa		31
		max a		5
		a doubles	4
		total aas	55
total aas			55
remarques			1

blo blocs

• Lien tableur: blo blocs

Ac2. Bifidobacterium longum, blocs rRNA.

16s	430	1530	422	1532
23s	168	3066	168	3066
5s		120		120
16s	429	1530	428	1530
23s	168	3066	168	3067
5s		121		120

blo remarques

• Remarques : 4 blocs 16-23-5s sans aas, en tout, et très peu de doubles. Très simple.
  1. @ 4 blocs 16-23-5s sans aas .

     - Leurs intercalaires sont identiques, 428 168.

• Séquences des doubles : Très peu de doubles, 4 opérons à 2aas et plus sur 10 ont des doubles.

  - 4 doublets au total: 2aac 2cgt 2gcc et (3aas + 2ggc).

• Notes :

blo distribution

• Lien tableur: blo distribution
• Notes:

  - cgt2 aac2 gcc2

  - Les soulignés ont 1 seul tRNA solitaire

Ac2 blo. La distribution. Actinoplanes sp. SE50/110. actinomycete.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	3	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	2
h gtc	2	n gcc	2	gac	2	ggc	3
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	1	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj	1	l acg	2	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	2	p gcg	1	gag	1	ggg	1
actino	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
blo	25	31					56

blo. Intergen51

Intergen51. blo. Le génome

• blo Le prélèvement: Artb
• Le nom et le lien NCBI: blo, Bifidobacterium longum NCC2705, NCBI [9], date 25.10.20.
• blo La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
blo	267,098		2,256,640	11.8	

blo données intercalaires

• Lien tableur: blo données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Artb
• Attention les données intercalaires ont changées pour blo aux freq10 50 150 240 250, de 40 30 17 12 en 39 29 18 13. Vérifier dans les totaux des actino. J'ai mis à jour les courbes en freq10 de blo.

blo données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

blo autres intercalaires aas

• Lien tableur: blo autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

Intergen51. blo. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. blo les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 blo les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,044 210 1 1,255 2.4 23 4 27 x 497 18 2 517 0 3 3 t 1,541 228 3 1,772 23 7 30 % 87.0 12.9 0.2

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 55 1 0 56 2.2 tRNA-CDS 82 64 x 24 2 0 26 RNA-RNA 23 18 t 79 3 0 82 CDS-rRNA 7 5 % 96.3 3.7 0.0 non RNA 16 13 - total 128 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 4.9 8.9 1.0 19.8 0.0 77 0.1 0.0 x 9.8 15.4 11.1 8.0 0.0 17 0.4 0.0

Intergen51. blo. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: blo données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées blo fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. blo fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	blo
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.728	3.00E-06	-2.09E-03	3.25E-01	21.40	fx1	abscisse	230.9	191.0
0.865	-5.93E-07	6.78E-04	-3.39E-01	65.7	fc1	ordonnée	21.4	23.7
								
0.753	2.96E-06	-2.05E-03	3.10E-01	22.70	fx41			
0.903	1.92E-06	-1.10E-03	3.11E-02	44.5	fc41			

• Le rfin après 400 est de 51 sur un total de 1045 . Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 660 , reste 10 . L'indice i.rfin1 = 41/260=0,158.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	blo		calculs			poly3	blo
effect	1045		R2.21	611		abscis	400
xm	35		pte	9,64		flexa	201
ym	3		cste	3,21		flexo	2,17
x1m	229		r400l	171		xm	35
y1m	1		restp	174,16		sup4	256,9
rfin	48,80		%sd	45,71		sup4t	575,1
bornf	184		lond	194		%	44,7
supd	279,9		%sf	46,24		long	166
supdt	612,4		lonf	149		R2	471
xmp	213,40		sf/lf	1,68			
r400	125,36		sr/lr	0,65			
supf	250,9		sd/ld	1,44			
supft	542,6		i.r400	0,73							

Intergen51. blo. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	blo			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	52		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		2	109		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		15	49		1642	8424
total		18	210		2,456	23,544
reste		2	2		264	420
s6		1	1		361	41
s7		4	10		321	1438
s8		8	36		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		2.0	2.1		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		6.7	2.0		22.0	0.5
s7/sp6		26.7	20.4		19.5	17.1
s8/sp6		53.3	73.5		42.4	77.5
reste/sp6	13.3	4.1		16.1	5.0
						
total s1-5	3	161		814	15120
% / total						
%s1-5		16.7	76.7		33.1	64.2
%sp6		83.3	23.3		66.9	35.8

Intergen51. blo. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		4			CDS 16s		2	1
16s 23s		4			5s CDS		1	2
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s		1	
tRNA hors	15			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		23	0		total		4	3

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. blo. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. blo. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 blo sma ksk. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

blo	hors		sma	hors		ksk	hors1		ksk	hors2
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
43	aac		37	other		35	other		129	aag
**	aac		37	other		**	other		**	aag
27	ggc		34	other		209	gtg		42	atgj
41	tgc		**	tct		**	gtg		**	acc
48	gtc		20	gag		79	ggc		35	cgt
31	gtg		21	cag		36	tgc		240	cgt
**	ggc		62	gag		34	gtc		**	agc
29	cgt		42	gag		37	gtc		51	ggc
**	cgt		**	cag		**	gtc		**	ggc
89	gcc		47	gaa		5	aac		34	ttc
**	gcc		24	gac		**	aac		42	gac
87	acg		**	ttc		269	gcc		**	gaa
**	cta		79	gga		38	gcc		21	cag
48	gtg		**	ggc		**	gcc		38	gag
46	gtc		205	cgt		x151	cca		13	gag
**	ggc		**	agc		**	gga		4	gag
39	cag		46	acc		18	cga		**	gag
**	gag		**	atgj		18	cga		22	tgc
42	atc		x153	gga		18	other		**	ggc
**	gca		**	cca		18	cga
1	tac		5	aac		**	other
4	acc		166	aac
**	atgj		**	atgi
47	gac		40	gtc
**	ttc		19	gtc
			1	gtc
			38	tgc
			**	ggc
-

blo intercalaires entre cds

• Lien NCBI [10]
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

blo intercalaires positifs S+

• Lien tableur: blo intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  blo abra,   diagramme 1-40: c+ blo   c+ abra   total,   texte: abra.
• Légende: voir la légende de cvi.

blo. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

blo	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	33	-233	362	24	728	235	min20	-5.7	69	-354	69	868	404	min40
31 à 400							2 parties	28	-174	163	38	897	207	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	93	44	-	590	poly	138	tF	159	58		827	dte	41	Sf
31 à 400								136	51	-	861	dte	36	tf

• Légende du tableau des corrélations et des fréquences faibles

blo. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
ant	min40	601	1616	2217	730	271	538	267	892	886	876
blo	min20	448	993	1441	820	406	537	131	38	255	669
scc	min10	416	961	1377	748	440	530	90	-88	49	367
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
281	485	0.58	714	2381	13	24	116	285	186	836	575
89	208	0.43	517	1255	4	1	35	167	54	241	-109
118	353	0.33	485	1320	4	5	58	242	60	389	-177

• Diagrammes 400:  blo abra,   diagramme 1-40: c+ blo   c+ abra   total,   texte: abra.
• Résumé: Le génome blo se détache des 20 autres génomes par une courbe de forme S très faible avec un R2’ de seulement 41 suivi de rtb avec 82. En plus les x+ 1-400 ont peu de fréquences faibles et il est comparable par ses effectifs à abra, 1441 contre 1190. Son minimum x+ est à la fréquence 20, min20 ce qui donne un diagramme 1-400 en tilde fort, tF.

  - Les courbes des diagrammes 400

  • Je n’ai pas représenté le diagramme x+ 31-400, les fréquences faibles ayant très peu d’effectifs pour modifier notablement la courbe de x+ 1-400. Cela sera le cas des 13 génomes sans fréquences faibles.
  • La courbe x+ 1-400 est un tilde fort, tF, avec un R2’ de 138 contre 96 pour la courbe de abra.
  • La courbe c+ 1-400 est l’exception parmi les 21 génomes avec une forme S très faible, Sf, avec un R2’ de 41 suivi par 82 de rtb. Les 19 autres génomes ont un R2’ entre 139 et 368.Cette faiblesse de S est due à la faiblesse des fréquences faibles 1-30. Le taux de blo est le plus bas parmi les génomes étudiés, 208‰ suivi par ase 264 et rru 270.
  • La conséquence de ce Sf est un tilde faible, tf, de la courbe c+ 31-400 avec un R2’ de 36. Cependant la 1ère partie de la courbe est bien proéminante, différente de la 2ème partie.

  - Les corrélations

  • La corrélation x+/c+ sur la plage 41-250 est moyenne, 537, comme ant avec 538, mais beaucoup plus faible que celle de abra avec 797 qui a les mêmes effectifs. Elle chute fortement par rapport à la plage 41-200, avec une différence de 131 (diff) moindre que celle de ant, 267, mais plus forte que celle de abra, 81.
  • A cause des fréquences faibles des x+ les corrélations 1-200 et 1-250 sont très faibles par rapport aux corrélations 41-n comme abra mais contrairement à ant où ces corrélations augmentent.
  • La particularité du taux le plus bas des fréquences faibles parmi les 21 génomes, la corrélation sur 1-400 est très forte par rapport à 1-200 et 1-250 et légèrement plus faible que celle de 41-400.

  - Les courbes des diagrammes 1-40

  • Avec un effectif réduit de 54 pour le total des fréquences x+ 1-40, le diagramme et la corrélation c+/x+ sont peu significatifs. Et abra a un effectif encore plus faible de 41 seulement.
  • Avec un effectif de 241 du au taux faible des fréquences 1-30, le diagramme c+ 1-40 est éloigné du modèle alors que abra, avec un effectif de 420, ressemble beaucoup au modèle avec néanmoins une bosse à la fréquence 11 amoindrie. Le génome blo a les 2 caractéristiques principales du modèle, le creux en 7 et un maximum en 10 mais les effectifs en 5 et 6 sont très élevés alors qu’ils devraient être au même niveau que celui de 7. Ensuite il présente un creux très profond en 14 et un maximum en 15. Même en enlevant le creux du 14 le diagramme de blo reste plus éloigné que celui de pmg qui se rapproche du modèle en enlevant le 6.

blo autres intercalaires

• Lien tableur: blo autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux: 5 regulatory 3 ncRNA 1 tmRNA

tRNA-cds 		tRNA-tRNA		autres-cds		total	
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
59	26	2	24			10	5	1	127	1 cds c- 

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Streptomyces avermitilis MA-4680

sma opérons

• Liens: gtRNAdb [11], NCBI [12], génome []
• Lien tableur: sma opérons
• Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces.

Ac3. Streptomyces avermitilis MA-4680

70%GC	30.6.19 Paris	74	doubles	intercal
	357776..357847	gtg
comp	1219274..1219346	gga
comp	1225751..1225823	gga
	1675869..1675942	atgf
comp	1965347..1965423	ccc
comp	1992012..1992088	ccc
comp	2222599..2222686	ctc
comp	3072632..3072707	acc
comp	3073568..3073684	5s	@1	84
comp	3073769..3076918	23s		288
comp	3077207..3078737	16s
comp	3295252..3295324	gag	+	20
comp	3295345..3295416	cag	3 gag	21
comp	3295438..3295510	gag	2 cag	62
comp	3295573..3295645	gag		42
comp	3295688..3295759	cag
	3655871..3655942	cgg
comp	3813093..3813166	atgf
comp	3815457..3815530	atgf
comp	4362610..4362695	tta
	4410534..4410608	caa
comp	4542466..4542542	gcg
	4589760..4589835	agg
comp	4886830..4886906	aca
comp	5024109..5024225	5s		84
comp	5024310..5027458	23s		288
comp	5027747..5029277	16s
comp	5051970..5052043	atgf
comp	5055486..5055561	aaa
	5063087..5063159	gaa		47
	5063207..5063281	gac		24
	5063306..5063382	ttc
	5068123..5068197	gac
	5081640..5081711	gga		79
	5081791..5081866	ggc
	5085779..5085854	ggc
	5095224..5095311	tcc
	5129698..5129782	tcg
comp	5154937..5155009	cgt		205
comp	5155215..5155305	agc
comp	5177691..5177777	tca
comp	5206939..5207028	agc
comp	5299302..5299378	atc
	5304905..5304977	gca
	5322106..5322192	ctg
comp	5452769..5452842	ggg
comp	5594481..5594554	ccg
	5650316..5650389	acg
	5759342..5760872	16s		288
	5761161..5764309	23s		84
	5764394..5764510	5s
	5950170..5950251	tac
	5956602..5956674	acc		46
	5956721..5956793	atgj
	5964532..5964607	tgg
	6124386..6125916	16s		288
	6126205..6129353	23s		84
	6129438..6129554	5s
comp	6242261..6242335	tgc
comp	6279029..6279112	cta
comp	6329202..6329278	aag
comp	6335068..6335141	aag
comp	6349312..6349385	aag
comp	6372705..6372777	cac
comp	6501509..6501584	aga
comp	6604435..6604508	gga		153
comp	6604662..6604738	cca
	6653846..6653918	gcc
	6658303..6658375	gcc
	6875603..6875675	aac	+	5
	6875681..6875753	aac	2 aac	166
	6875920..6875996	atgi
	7021984..7022058	gta
	7025336..7025415	gtg
comp	7471270..7471342	ttg
	7765513..7767043	16s		284
	7767328..7770477	23s		133
	7770611..7770727	5s
comp	7937463..7937550	ctc
comp	8122352..8122426	gtc	+	40
comp	8122467..8122538	gtc	3 gtc	19
comp	8122558..8122629	gtc		1
comp	8122631..8122704	tgc		38
comp	8122743..8122815	ggc
	8129564..8129635	gtg
	8139938..8140012	gtg
	8328596..8330126	16s		288
	8330415..8333563	23s		84
	8333648..8333764	5s
	8576989..8577062	ccc

sma cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.sma. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

sma cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		6
		16 23 5s 0	6
		16 atc gca	0
		16 23 5s a	0
		max a		0
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	0
sans 		opérons		56
		1 aa		48
		max a		5
		a doubles	3
		total aas	72
total aas			72
remarques			1

sma blocs

• Lien tableur: sma blocs

Ac3. Streptomyces avermitilis MA-4680, blocs rRNAs

5s	84	117	84	117	288	1531
23s	288	3150	288	3149	84	3149
16s		1531		1531		117
16s	288	1531	284	1531	288	1531
23s	84	3149	133	3150	84	3149
5s		117		117		117

sma remarques

• Remarques : 6 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires.
  1. @ 6 blocs 16-23-5s sans aas.

     - 5 opérons ont les mêmes intercalaires, 288 84

     - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 58% plus élevée, 49/84. L'autre est commune aux 6 opérons, 284.

• Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.

  - Il n'y a que 3 opérons contenant des doubles:

  - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2

  - (ggc tgc 3gtc), répétition triple

  - (atgi 2aac) avec 1 doublet

  - Au total 2 doublets et 2 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 72. C’est donc que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 6 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.

sma distribution

• Lien tableur: sma distribution
• Notes:

  - gag2 gtc3 gag2

  - gga a 2 tRNAs solitaires et 2 multiples (>1aa) les autres soulignes ont 1 seul solitaire.

Ac3 sma. La distribution. Streptomyces avermitilis MA-4680. actinomycete.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	4
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	1	j acc	2	aac	2	agc	2
g ctc	2	f ccc	3	cac	1	cgt	1
h gtc	3	n gcc	2	gac	2	ggc	3
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	1	gaa	1	gga	4
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	3	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	2	cgg	1
p gtg	4	p gcg	1	gag	3	ggg	1
actino	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
sma	24	48					72

sma. Intergen51

Intergen51. sma. Le génome

• sma Le prélèvement: Aactino
• Le nom et le lien NCBI: sma, Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893, NCBI [13], date 20.4.21.
• sma a un chromosome linéaire
• sma La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
sma	1,241,224	9,025,608	13.8	

sma données intercalaires

• Lien tableur: sma données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aactino

sma données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

sma autres intercalaires aas

• Lien tableur: sma autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aactino

Intergen51. sma. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. sma les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 sma les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 3,883 1,077 11 4,971 1.8 30 9 39 x 2,572 135 9 2,716 1 3 4 t 6,455 1,212 20 7,687 31 12 43 % 84.0 15.8 0.3

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 55 1 0 56 0.9 tRNA-CDS 115 70 x 58 1 0 59 RNA-RNA 31 19 t 113 2 0 115 CDS-rRNA 12 7 % 98.3 1.7 0.0 non RNA 6 4 - total 164 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 8.4 21.4 2.2 17.8 1.8 82 0.2 0.0 x 11.6 11.9 17.0 8.8 0.0 14 0.3 0.0

Intergen51. sma. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: sma données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées sma fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. sma fx1

  - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. sma fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	sma
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.940	2.19E-06	-1.50E-03	2.06E-01	25.90	fx1	abscisse	224.1	198.2
0.913	-1.26E-06	1.12E-03	-3.94E-01	62.7	fc1	ordonnée	21.1	21.6
								
0.913	1.80E-06	-1.21E-03	1.40E-01	30.20	fx41			
0.952	1.90E-06	-1.13E-03	8.58E-02	34.2	fc41			

• Le rfin après 400 est de 329 sur un total de 3894 . Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 930 , reste 39 . L'indice i.rfin1 = 290/530=0,547.
• Le reste après 930 est de 39 sur un total de 3894 . Jusqu'à 2‰ les freq10 sont en continu jusqu'à 1420 , reste 9 . L'indice i.rf2 = 30/490=0,0612.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	sma		calculs			poly3	sma		données	sma		calculs			poly3	sma
effect	3894		R2.21	820		abscis	400		effect	3894		R2.21	820		abscis	400
xm	25		pte	11,00		xm	25		xm	49		pte	8,61		xm	49
ym	14		cste	3,87		flexa	184		ym	11		cste	3,25		flexa	201
x1m	261		r400l	139		flexo	3,50		x1m	261		r400l	139		flexo	2,06
y1m	1		restpf	380,59		sup4	46,4		y1m	1		restpf	380,59		sup4	150,5
rfin	84,49		%sd	20,66		sup4t	514,1		rfin	84,49		%sd	28,42		sup4t	451,7
bornf	159		lond	236		%	9,0		bornf	159		lond	212		%	33,3
supd	131,7		%sf	20,65		long	159		supd	154,2		%sf	30,10		long	152
supdt	637,4		lonf	134		R2	708		supdt	542,6		lonf	110		R2	701
xmp	159,7		sf/lonf	0,71					xmp	254,49		sf/lonf	1,00			
r400	118,39		sr/lonr	0,36					r400	118,39		sr/lonr	0,44			
supf	94,9		sd/lond	0,56					supf	109,8		sd/lond	0,73			
supft	459,7		i.r400	0,85					supft	364,9		i.r400	0,85			

Intergen51. sma. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	sma			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	126		4	4140
 - 2		4	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		15	752		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		116	199		1642	8424
total		135	1077		2,456	23,544
reste		23	24		264	420
s6		17	1		361	41
s7		24	52		321	1438
s8		52	122		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		3.8	6.0		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		14.7	0.5		22.0	0.5
s7/sp6		20.7	26.1		19.5	17.1
s8/sp6		44.8	61.3		42.4	77.5
reste/sp6	19.8	12.1		16.1	5.0
						
total s1-5	19	878		814	15120
% / total						
%s1-5		14.1	81.5		33.1	64.2
%sp6		85.9	18.5		66.9	35.8

Intergen51. sma. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		6			CDS 16s		4	2
16s 23s		6			5s CDS		5	1
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	18	1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		30	1		total		9	3

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. sma. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. sma. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• Voir blo

Kitasatospora setae KM-6054

ksk opérons

• Liens: gtRNAdb [14], NCBI [15], génome []
• Lien tableur: ksk opérons
• Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Kitasatospora.

Ac4. Kitasatospora setae KM-6054

72%GC	30.6.19 Paris	74	doubles	intercal
comp	631024..631098	act
	976172..976245	tgc
comp	1615691..1615765	gtg	+	206
comp	1615972..1616046	gtg	2 gtg
	1621501..1621576	ggc		76
	1621653..1621726	tgc		36
	1621763..1621834	gtc	+	34
	1621869..1621940	gtc	3 gtc	37
	1621978..1622052	gtc
comp	1707344..1707460	5s	@1	73
comp	1707534..1710667	23s		267
comp	1710935..1712463	16s
comp	1888620..1888736	5s		73
comp	1888810..1891942	23s		267
comp	1892210..1893738	16s
	1970574..1970661	ctc
	2264495..2264580	ttg
comp	2741186..2741257	gta
comp	2788071..2788147	atgi
comp	2790422..2790494	aac	+	5
comp	2790500..2790572	aac	2 aac
comp	2887231..2887303	gcc	+	269
comp	2887573..2887645	gcc	3 gcc	38
comp	2887684..2887756	gcc	@2
comp	2932411..2932487	cca		151
direct	2932639..2932712	gga
comp	2982955..2983071	5s		73
comp	2983145..2986276	23s		266
comp	2986543..2988071	16s
	3018063..3018138	cac
	3036654..3036730	aag
	3044201..3044277	aag
	3111827..3111900	aag		129
	3112030..3112103	aag
	3157748..3157834	cta
	3210241..3210315	tgc
comp	3289891..3290007	5s		73
comp	3290081..3293213	23s		267
comp	3293481..3295009	16s
comp	3608705..3608777	tgg
comp	3616894..3616969	atgj		42
comp	3617012..3617084	acc
comp	3618677..3618757	tac
comp	3851412..3851488	aca
comp	3987214..3987290	acg
	4071208..4071281	ccg
	4095099..4095186	tcc
	4142544..4142633	tcg
comp	4160864..4160939	cgt	+	35
comp	4160975..4161050	cgt	2 cgt	240
comp	4161291..4161381	agc
comp	4177523..4177608	tca
comp	4240397..4240470	ggg
	4285828..4285900	ggc	+	51
	4285952..4286027	ggc	2 ggc
	4383368..4383444	atc
	4385556..4385631	gca
	4401492..4401575	ctg
comp	4622975..4623048	gac
comp	4640883..4640959	ttc		34
comp	4640994..4641067	gac		42
comp	4641110..4641182	gaa
	4651832..4651904	aaa
comp	4773547..4773620	atgf
comp	4774128..4774201	atgf
	4796510..4798038	16s		267
	4798306..4801439	23s		71
	4801511..4801627	5s
	5027433..5027508	agg
	5076388..5076464	gcg
	5123784..5123856	acc
	5132819..5132892	caa
comp	5216466..5216550	tta
	5430075..5430148	atgf
comp	5530949..5531020	cgg
	5714968..5715039	cag		21
	5715061..5715133	gag	+	38
	5715172..5715244	gag	3 gag	13
	5715258..5715330	gag	2 cag	4
	5715335..5715409	cag
	5853168..5854696	16s		256
	5854953..5858085	23s		73
	5858159..5858275	5s
	5932168..5933696	16s		256
	5933953..5937085	23s		71
	5937157..5937273	5s
	6074082..6075610	16s		264
	6075875..6079006	23s		73
	6079080..6079196	5s
comp	6104344..6104419	aga
	6400221..6401749	16s		267
	6402017..6405146	23s		106
	6405253..6405369	5s
	6485836..6485909	ccc
	7355279..7355354	tgc		19
	7355374..7355449	ggc
comp	7461078..7461165	ctc

ksk cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.ksk. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

ksk cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		9
		16 23 5s 0	9
		16 atc gca	0
		16 23 5s a	0
		max a		0
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	0
sans 		opérons		49
		1 aa		37
		max a		5
		a doubles	7
		total aas	70
total aas			70
remarques			2

ksk blocs

• Lien tableur: ksk blocs

Ac4. Kitasatospora setae KM-6054, blocs rRNA.

5s	73	117	73	117	73	117
23s	267	3134	267	3133	266	3132
16s		1529		1529		1529
16s	73	117	267	1529	256	1529
23s	267	3133	71	3134	73	3133
5s		1529		117		117
16s	256	1529	264	1529	267	1529
23s	71	3133	73	3132	106	3130
5s		117		117		117

ksk remarques

• Remarques : 9 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires. Analogue à sma.
  1. @ 9 blocs 16-23-5s sans aas.

     - 8 opérons ont des intercalaires identiques, 267 73.

     - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 45% plus élevée, 33/73. L'autre est commune aux 9 opérons, 267.

  2. @ Les intercalaires élevés ne touchent que 2 opérons sans rRNAs et sont à la limite de la règle de 210 bases, et sont équivalents à l’intercalaire 16s-23s, 269 et 240.
• Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.

  - Il n'y a que 7 opérons contenant des doubles:

  - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2 , comme sma.

  - (ggc tgc 3gtc), répétition triple comme sma, plus (3gcc).

  - (atgi 2aac) est remplacé par 4 doublets, 2gtg 2aac 2ggc et (agc 2cgt).

  - Au total 5 doublets et 3 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 70. C’est donc que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 9 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.

ksk distribution

• Lien tableur: ksk distribution
• Notes:

  - Les doubles et les triples, gtg2 gcc3 ggc2 gtc3 aag2 gag3 aac2 cgt2, font 19 tRNas sur les 33 multiples, soit 58%. Ne sont pas accompagnés de solitaires.

  - Tableau Ac42, ggc a 1 double et 2 non doubles appartenant à 2 blocs multiples.

  - 3 tRNAs ont 1 solitaire et 1 multiple, acc cca gac. Le tRNA tgc a 2 multiples non doubles et 2 solitaires.

Ac4 ksk, Kitasatospora setae KM-6054. actinomycete.

Ac41 ase. La distribution des tRNAs solitaires. g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 3 b att i act 1 aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 1 tac 1 tgc 2 f atc 1 j acc 1 aac agc g ctc 2 f ccc 1 cac 1 cgt h gtc n gcc gac 1 ggc i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa cga l gta 1 o gca 1 gaa gga m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj l acg 1 aag 2 agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag cgg 1 p gtg p gcg 1 gag ggg 1 actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total ksk 37 37

Ac42 ksk. La distribution des tRNAs multiples. g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc tac tgc 2 f atc j acc 1 aac 2 agc 1 g ctc f ccc cac cgt 2 h gtc 3 n gcc 3 gac 1 ggc 4 i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca 1 caa cga l gta o gca gaa 1 gga 1 m ttg d tcg tag tgg n atgj 1 l acg aag 2 agg o ctg h ccg cag 2 cgg p gtg 2 p gcg gag 3 ggg actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total ksk 33 33

ksk. Intergen51

Intergen51. ksk. Le génome

• ksk Le prélèvement: Aactino
• Le nom et le lien NCBI: ksk, Kitasatospora setae KM-6054, NCBI [16], date 15.12.21.
• ksk a un chromosome linéaire
• ksk La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
ksk	1,255,749	8,783,278	14.3	

ksk données intercalaires

• Lien tableur: ksk données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aactino

ksk données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

ksk autres intercalaires aas

• Lien tableur: ksk autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aactino

Intergen51. ksk. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. ksk les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 ksk les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 3,991 959 4 4,954 1.9 43 15 58 x 2,557 93 7 2,657 1 3 4 t 6,548 1,052 11 7,611 44 18 62 % 86.0 13.8 0.1

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 51 1 0 52 1.0 tRNA-CDS 103 60 x 50 1 0 51 RNA-RNA 44 26 t 101 2 0 103 CDS-rRNA 18 11 % 98.1 1.9 0.0 non RNA 6 4 - total 171 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 7.9 7.7 2.2 12.9 3.8 80 0.1 0.0 x 11.6 15.7 15.1 11.3 2.0 14 0.3 0.0

Intergen51. ksk. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: ksk données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées ksk fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. ksk fx1

  - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. ksk fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	ksk
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.922	9.67E-07	-5.61E-04	1.25E-02	39.40	fx1	abscisse	-126.8	193.3
0.913	1.87E-06	-1.07E-03	3.01E-02	44.4	fc1	ordonnée	67.1	24.2
								
0.913	1.32E-07	5.02E-05	-1.47E-01	47.90	fx41			
0.955	2.19E-06	-1.27E-03	6.55E-02	43.2	fc41			

• Le rfin après 400 est de 316 sur un total de 3995. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 1060, reste 40. L'indice i.rfin1 = 276/660=0,418.
• Le reste après 1060 est de 40 sur un total de 3995 . Jusqu'à 2‰ les freq10 sont en continu jusqu'à 1920 , reste 9 . L'indice i.rf2 = 31/860=0,036.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	ksk		calculs			poly3	ksk
effect	3995		R2.21	764		abscis	400
xm	20		pte	7,34		flexa	197
ym	11		cste	2,90		flexo	2,29
x1m	259		r400l	141		xm	25
y1m	1		restp	176,47		sup4	232,1
rfin	79,10		%sd	40,09		sup4t	616,8
bornf	137		lond	239		%	37,6
supd	292,0		%sf	42,13		long	172
supdt	728,4		lonf	117		R2	742
xmp	95,12		sf/lf	1,68			
r400	97,37		sr/lr	0,78			
supf	197,1		sd/ld	1,22			
supft	467,8		i.r400	0,69									

Intergen51. ksk. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	ksk			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	107		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	1		3	12
 - 4		12	663		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		80	188		1642	8424
total		93	959		2,456	23,544
reste		14	21		264	420
s6		10	2		361	41
s7		29	48		321	1438
s8		27	117		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		12.0	6.2		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		12.5	1.1		22.0	0.5
s7/sp6		36.3	25.5		19.5	17.1
s8/sp6		33.8	62.2		42.4	77.5
reste/sp6	17.5	11.2		16.1	5.0
						
total s1-5	13	771		814	15120
% / total						
%s1-5		14.0	80.4		33.1	64.2
%sp6		86.0	19.6		66.9	35.8

Intergen51. ksk. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		9			CDS 16s		7	2
16s 23s		9			5s CDS		8	1
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	25	1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		43	1		total		15	3

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. ksk. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. ksk. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• Voir blo

actino synthèse

• Liens aux indices des clades: alpha bacilli   gamma actino clostridia bacteroide   cyano tener spiro   beta epsilon delta   bactéries
• Liens aux fiches:   spiro    tener    gama    alpha    beta    delta    epsilon    bacilli    clostridia    autres firmicutes    actino    bactero    cyano    archeo

actino distribution par génome

• Lien tableur: actino distribution par génome

Actino distribution par génome

actino	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
ase	58	32				0	6		96
blo	19	31				0	6		56
sma	17	48				0	7		72
ksk	14	37				0	19		70
total	108	148	0	0	0	0	38	0	294

actino distribution du total

• Lien tableur: actino distribution du total

  - Couleurs du tableau: voir bacilli

  - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

actino. Distribution et indices

actino. Distribution du total: >1aa 1aa duplicata. g1    t1          a atgi 4 a tct tat atgf 11 b att i act 1 aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 5 b tcc 5 tac 5 tgc 10 f atc 5 j acc 7 aac 9 agc 7 g ctc 8 f ccc 6 cac 5 cgc 9 h gtc 11 n gcc 10 gac 10 ggc 14 i tta 4 c tca 4 taa tga j ata k aca 4 aaa 5 aga 5 k cta 4 g cca 6 caa 3 cga l gta 4 o gca 5 gaa 5 gga 7 m ttg 5 d tcg 4 tag tgg 7 n atgj 4 l acg 6 aag 11 agg 4 o ctg 7 h ccg 4 cag 8 cgg 5 p gtg 10 p gcg 6 gag 10 ggg 5 actino4 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 146 148 0 294

actino. indices du 26.5.20 434 génomes g1 t1 618 21937 0,5  0,2 a atgi 104 a tct 0,2 tat atgf 135 b att i act 0,7 aat agt 0,2 c ctt 0,9 e cct 0,5 cat 0,9 cgc 1,4 d gtt 0,2 m gct 0,2 gat 0,9 ggt 0,2 e ttc 106 b tcc 100 tac 104 tgc 118 f atc 104 j acc 111 aac 126 agc 104 g ctc 113 f ccc 106 cac 100 cgt 131 h gtc 145 n gcc 129 gac 138 ggc 184 i tta 100 c tca 100 taa tga 19 j ata 1,2 k aca 100 aaa 104 aga 103 k cta 100 g cca 100 caa 99 cga 1,4 l gta 98 o gca 119 gaa 101 gga 108 m ttg 105 d tcg 125 tag 0,9 tgg 109 n atgj 102 l acg 104 aag 126 agg 104 o ctg 100 h ccg 99 cag 110 cgg 105 p gtg 114 p gcg 86 gag 143 ggg 104 inter max min total

actino distribution par type

• Lien tableur: actino distribution par type
• Légende: voir bacilli

Actino. Distribution par type.

actino. distribution des solitaires g1    t1           a atgi 3 a tct tat atgf 10 b att i act 1 aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 4 tac 3 tgc 3 f atc 2 j acc 2 aac 2 agc 2 g ctc 6 f ccc 6 cac 4 cgt 1 h gtc n gcc 3 gac 5 ggc 1 i tta 4 c tca 4 taa tga j ata k aca 4 aaa 4 aga 4 k cta 3 g cca 2 caa 3 cga l gta 4 o gca 2 gaa 1 gga 2 m ttg 4 d tcg 4 tag tgg 5 n atgj l acg 4 aag 6 agg 4 o ctg 4 h ccg 4 cag cgg 4 p gtg 5 p gcg 4 gag ggg 4 actino4 1aa 148

actino. distribution du type >1aa sans duplicata. g1    t1           a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 4 b tcc 1 tac 2 tgc 7 f atc 3 j acc 5 aac 1 agc 5 g ctc 2 f ccc cac 1 cgt 4 h gtc 5 n gcc 2 gac 5 ggc 11 i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 4 caa cga l gta o gca 3 gaa 4 gga 5 m ttg 1 d tcg tag tgg 2 n atgj 4 l acg 2 aag agg o ctg 3 h ccg cag 8 cgg 1 p gtg 3 p gcg 2 gag 2 ggg 1 actino >1aa 108

actino. distribution des duplicata g1    t1           a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc j acc aac 6 agc g ctc f ccc cac cgt 4 h gtc 6 n gcc 5 gac ggc 2 i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag 5 agg o ctg h ccg cag cgg p gtg 2 p gcg gag 8 ggg actino dupli 38

actino par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: actino par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	actino4	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	55	28	26				109
16	moyen	50	38					88
14	fort	43	42	12				97
		148	108	38				294
10	g+cga	31	18	15				64
2	agg+cgg	8	1					9
4	carre ccc	15	9	11				35
5	autres	1						1
		55	28	26				109
		total tRNAs ‰
	actino4	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	actino ‰	ref.‰
21	faible	187	95	88				371	26
16	moyen	170	129					299	324
14	fort	146	143	41				330	650
		503	367	129				294	729
10	g+cga	105	61	51				218	10
2	agg+cgg	27	3					31
4	carre ccc	51	31	37				119	16
5	autres	3						3
		187	95	88				371
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	actino4	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	187	95	88	371	26	37	26	68
16	moyen	170	129		299	324	34	35
14	fort	146	143	41	330	650	29	39	32
		503	367	129	294	729	148	108	38
10	g+cga	105	61	51	218	10	56	64	58
2	agg+cgg	27	3		31		15	4
4	carre ccc	51	31	37	119	16	27	32	42
5	autres	3			3		2
		187	95	88	371		55	28	26

actinobacteria, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: actinobacteria, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   typage
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 22.1.21

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

actinobacteria, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: actinobacteria, calcul des -rRNAs

act actinobacteria 63 génomes

act1 cumul des +rRNAs de la fiche actinobacteria pour 99 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 2 tac tgc f atc j acc aac agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg acti99 inter max min total 2 0 0 2	act2 indices du clade actinobacteria du 26.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes g1    t1      618 0.5  0.2 a atgi 104 a tct 0.2 tat atgf 135 b att i act 0.7 aat agt 0.2 c ctt 0.9 e cct 0.5 cat 0.9 cgc 1.4 d gtt 0.2 m gct 0.2 gat 0.9 ggt 0.2 e ttc 106 b tcc 100 tac 104 tgc 118 f atc 104 j acc 111 aac 126 agc 104 g ctc 113 f ccc 106 cac 100 cgt 131 h gtc 145 n gcc 129 gac 138 ggc 184 i tta 100 c tca 100 taa tga 19 j ata 1.2 k aca 100 aaa 104 aga 103 k cta 100 g cca 100 caa 99 cga 1.4 l gta 98 o gca 119 gaa 101 gga 108 m ttg 105 d tcg 125 tag tgg 109 n atgj 102 l acg 104 aag 126 agg 104 o ctg 100 h ccg 99 cag 110 cgg 105 p gtg 114 p gcg 86 gag 143 ggg 104 gtRNA inter max min total 1679 1634 1736 5049	act3 cumul des -rRNAs de l'annexe archeo 4 génomes g1    t1          a atgi 4 a tct tat atgf 11 b att i act 1.0 aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 5 b tcc 5 tac 5 tgc 10 f atc 5 j acc 7 aac 9 agc 7 g ctc 8 f ccc 6 cac 5 cgt 9 h gtc 11 n gcc 10 gac 10 ggc 14 i tta 4 c tca 4 taa tga j ata k aca 4 aaa 5 aga 5 k cta 4 g cca 6 caa 3 cga l gta 4 o gca 5 gaa 5 gga 7 m ttg 5 d tcg 4 tag tgg 7 n atgj 4 l acg 6 aag 11 agg 4 o ctg 7 h ccg 4 cag 8 cgg 5 p gtg 10 p gcg 6 gag 10 ggg 5 acti4 inter max min total 88 97 109 294
act4 indices des +rRNAs de la fiche actinobacteria pour 100 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 2 tac tgc f atc j acc aac agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg acti99 inter max min total 2 0 0 2	act5 estimation des -rRNA du clade actinobacteria pour 100 génomes g1    t1          a atgi 104 a tct 0.2 tat atgf 135 b att i act 0.7 aat agt 0.2 c ctt 0.9 e cct 0.5 cat 0.9 cgc 1.4 d gtt 0.2 m gct 0.2 gat 0.9 ggt 0.2 e ttc 106 b tcc 98 tac 104 tgc 118 f atc 104 j acc 111 aac 126 agc 104 g ctc 113 f ccc 106 cac 100 cgt 131 h gtc 145 n gcc 129 gac 138 ggc 184 i tta 100 c tca 100 taa tga 19 j ata 1.2 k aca 100 aaa 104 aga 103 k cta 100 g cca 100 caa 99 cga 1.4 l gta 98 o gca 119 gaa 101 gga 108 m ttg 105 d tcg 125 tag tgg 109 n atgj 102 l acg 104 aag 126 agg 104 o ctg 100 h ccg 99 cag 110 cgg 105 p gtg 114 p gcg 86 gag 143 ggg 104 -rRNA inter max min total 1677 1634 1736 5047	act6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes g1    t1          a atgi 100 a tct tat atgf 275 b att i act 25 aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 125 b tcc 125 tac 125 tgc 250 f atc 125 j acc 175 aac 225 agc 175 g ctc 200 f ccc 150 cac 125 cgt 225 h gtc 275 n gcc 250 gac 250 ggc 350 i tta 100 c tca 100 taa tga j ata k aca 100 aaa 125 aga 125 k cta 100 g cca 150 caa 75 cga l gta 100 o gca 125 gaa 125 gga 175 m ttg 125 d tcg 100 tag tgg 175 n atgj 100 l acg 150 aag 275 agg 100 o ctg 175 h ccg 100 cag 200 cgg 125 p gtg 250 p gcg 150 gag 250 ggg 125 acti4 inter max min total 2200 2425 2725 7350

actinobacteria, comparaison clade-annexe des -rRNAs

• Lien tableur: actinobacteria, comparaison clade-annexe des -rRNAs
• Légende

  - act7. diff, somme des couleurs de act7. La différence entre tRNAs est faite entre act5 et act6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

  - act8. rap, rapport des sommes couleurs act5/act2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de act5 sur celui de act2.

• Fréquences des différences en % du tableau act7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	10	12	2	5	12	4	0	0	0	3	0	48
tot ≤ 50						41							

• Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 36% au dessus de celle de la fiche des actinobacteria.

tRNAs		fiche		annexe
sans		5354		294
avec		2		0
genomes		99		4
indice %	54		75

act actinobacteria 99 génomes

act7 actinobacteria, différence clade-annexe des -rRNAs g1    t1          a atgi 4 a tct 100 tat atgf 51 b att i act 97 aat agt 100 c ctt 100 e cct 100 cat 100 cgc 100 d gtt 100 m gct 100 gat 100 ggt 100 e ttc 15 b tcc 22 tac 17 tgc 53 f atc 17 j acc 37 aac 44 agc 41 g ctc 44 f ccc 29 cac 20 cgt 42 h gtc 47 n gcc 48 gac 45 ggc 47 i tta 0 c tca 0 taa tga 100 j ata 100 k aca 0 aaa 17 aga 18 k cta 0 g cca 33 caa 24 cga 100 l gta 2 o gca 5 gaa 19 gga 38 m ttg 16 d tcg 20 tag tgg 38 n atgj 2 l acg 31 aag 54 agg 4 o ctg 43 h ccg 1 cag 45 cgg 16 p gtg 54 p gcg 43 gag 43 ggg 17 diff inter max min total 313 395 593 1301

act8 actinobacteria, rapports -rRNA/total g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 98 tac tgc f atc j acc aac agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg rap inter max min total 100 100 100 100

Actino. Intergen51

Intergen51. Actino. Introduction

Intergen51. Actino. Formatage des résultats pour 51 génomes

• Lien au tableur:

actino données intercalaires

• Lien tableur: actino données intercalaires
• L'étendue des fc+

	total	max1	reste	max2	un
ase	3854	1320	19	3290	3760
blo	1045	765	5	982	1039
sma	3894	1160	19	2317	2597
ksk	3995	1403	20	3533	3930

actino données intercalaires 200

• Lien tableur: actino données intercalaires 200

Intergen51. Actino. Vue de l'ensemble

Intergen51. Actino. La longueur totale des intercalaires d'un génome

• Note: Les 4 génomes ont des taux moyens comme pour la totalité des 51 génomes étudiés avec une moyenne de 12,6%. Voir la totale.

Nom	intercalaires		génome		taux en %
actino				
ase	1,100,127		9,239,851	11.9
blo	267,098			2,256,640	11.8
ksk	1,255,749		8,783,278	14.3
sma	1,241,224		9,025,608	13.8

Intergen51. Actino. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. Actino. Les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

• Note: taux élevé des R-, 2% du total des R.

Int51.2 Actino les différents types d'intercalaires entre gènes de 4 génomes

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 12 759 3 546 29 16 334 1,8 157 34 191 x 8 295 598 40 8 933 0 15 15 t 21 054 4 144 69 25 267 157 49 206 % 83,3 16,4 0,3

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 217 3 0 220 1,2 tRNA-CDS 401 62 x 181 5 0 186 RNA-RNA 157 24 t 398 8 0 406 CDS-rRNA 49 8 % 98,0 2,0 0,0 non RNA 36 6

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - c 7,7 14,1 2,1 18,4 3,6 81 0,2 0,0 x 10,9 15,5 15,4 10,6 1,7 24 0,4 0,0

Intergen51. Actino. Détail des intercalaires RNA-RNA et CDS-rRNA

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s5s		25			CDS 16s		17	7
16s23s		25			5s CDS		16	8
16stRNA					16 CDS			
tRNA23s					CDS 5s			
5stRNA					23s CDS			
tRNAin					CDS 23s			
tRNAcontig				5s 16s		1	
tRNAhors	107			16s16s			
tRNA16s								
23stRNA								
tRNA5s								
16s5s								
5s23s								
5s5s								
total		157	0		total		34	15

Intergen51. Actino. Les intercalaires rares

• Note:

tRNA-CDS		
gen	x-	c-
ase	-12	
blo	-8,-39	-17
sma	-3	-10
ksk	-3	-13
total	5	3
tRNA hors		
gen	x+	
ase	130	
sma	153	
ksk	151	
5s16s		c+
blo		866

Intergen51. Actino. Les diagrammes de la totale

Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS

Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs

• Lien aux données intercalaires.
• Diagrammes des actino:  tac présente 4 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx% fc%, CDS-CDS discontinu continu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

  - ftc, tRNA-CDS continu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées

  - ftx, tRNA-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000				Calculs des f.41 et autres R2 des f.1		
R2	x3		x2		x		c		diag	Inflexion poly3	x	c
0,945	1,72E-06	-1,09E-03	9,20E-02	3,46E-01	fx1	abscisse	173,6	123,9
0,910	-1,04E-06	1,05E-03	-4,15E-01	6,74E+01	fc1	ordonnée	26,0	31,9
										poly3/droite	26,3	31,2
0,968	8,87E-07	-4,62E-04	-5,09E-02	4,41E+01	fx41				
0,982	9,36E-07	-3,48E-04	-1,23E-01	5,07E+01	fc41	R2 f.1	x	c
										Poly 3	945	910
0,950					-0,107		44,9		fx41	Poly 6	960	968
0,932					-0,119		45,9		fc41	Poly 9	981	989
0,912					-0,096		41,8		fx1				
0,830					-0,140		51,8		fc1				

Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-CDS négatifs

Intergen51. Actino. comparaison avec la totale

• Lien aux données intercalaires.

Sous-totaux	actino			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
-1		0	453		4	4 140
-2		24	0		85	11
-3		0	1		3	12
-4		119	2 410		717	10 938
-5		0	1		5	19
sp6		455	681		1642	8 424
total		598	3 546		2 456	23 544
reste		92	75		264	420
s6		67	7		361	41
s7		106	180		321	1 438
s8		190	419		696	6 525
rappot s1-5						
4/2/1		5,0	5,3		8,4	2,6
% / sp6						
s6/sp6		14,7	1,0		22,0	0,5
s7/sp6		23,3	26,4		19,5	17,1
s8/sp6		41,8	61,5		42,4	77,5
reste/sp6	20,2	11,0		16,1	5,0
						
total s1-5	143	2 865		814	15 120
% / total						
%s1-5		23,9	80,8		33,1	64,2
%sp6		76,1	19,2		66,9	35,8

Intergen51. Actino. Homogénéité des génomes

• Lien aux données intercalaires des génomes
• Homogénéité des génomes: En continu et en discontinu ase ksk sma sont homogènes avec des effectifs élevés pour les 2 types et des rapports 4/2/1 autour de 5.0. Cependant ase se distingue par ses effectifs les plus élevés des 51 génomes étudiés, 352 en x et 1300 en c. Par contre blo a un effectif faible et les 2 rapports 4/2/1 aux alentours de 2.0. Comparé à ksk j'ai respectivement 18 210 pour les totaux x et c contre 93 953.

négatifs x	ase	blo	ksk	sma	total
total		352	18	93	135	598
s1-5		108	3	13	19	143
sp6		244	15	80	116	455
rapport s1-5						
4/2		5.0	2.0	12.0	3.8	5.0
% / sp6						
s6		16	7	13	15	15
s7		20	27	36	21	23
s8		42	53	34	45	42
reste		22	13	18	20	20
% / total						
s1-5		31	17	14	14	24
sp6		69	83	86	86	76
						
						
négatifs c	ase	blo	ksk	sma	total
total		1300	210	959	1077	3546
s1-5		1055	161	771	878	2865
sp6		245	49	188	199	681
rapport s1-5						
4/1		5.3	2.1	6.2	6.0	5.3
% / sp6						
s6		1	2	1	1	1
s7		29	20	26	26	26
s8		59	73	62	61	62
reste		11	4	11	12	11
% / total						
s1-5		81	77	80	82	81
sp6		19	23	20	18	19

Intergen51. Actino. Les grands négatifs inférieurs à -120

• Voir intergen51

Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-rRNA

Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-16s

• Lien au tableur: Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-16s.
• Les diagrammes

actino		CDS16sc		CDS16sx		5sCDSc		5sCDSx
R2		-		-		-		-
xs		579,2		689,9		191,4		155,3
plage		450-660		510-870		60-390		60-270
total-p		15		7		13		7
%		88		100		81		88
queue		1		0		3		1
%		6		0		19		12
tête		1		0		0		0
%		6		0		0		0
max		630;5		690;2		150;3		90;2
total8		17		7		16		8
freq		30		30		30		30

• Les moyennes par génome

Intergen51.actino. Moyennes CDS-16s

CDS16sx. discontinu CDS16sx moyenne écart m/e intercalaires haut bas ase 689,0 147,1 4,7 585 793 69,8 68,1 blo 518 518 240,8 -102,9 ksk 703,0 43,8 16,0 672 734 55,8 82,1 sma 763,5 125,2 6,1 675 852 -4,7 142,6 total 689,9 115,4 6,0 758,8 620,9

CDS16sc. continu CDS16sc moyenne écart m/e intercalaires haut bas ase 593,8 139,3 4,3 3x491-555 799 46,3 70,1 blo 595,5 31,8 18,7 573 618 44,6 71,8 ksk 544,3 89,9 6,1 405 3x452-553 3x611-645 95,8 20,6 sma 629,0 21,6 29,1 4x607-653 11,1 105,3 total 581,9 89,8 6,5 640,1 523,7

Intergen51. Actino. Les diagrammes 5s-CDS

• Lien au tableur:

actino		5sCDSc		5sCDSx		ftx		ftc
R2		-		-		0,288		0,547
xs		191,4		155,3		128,2		111,1
plage		60-390		60-270		50-220		40-200
total-p		13		7		99		129
%		81		88		55		59
queue		3		1		71		80
%		19		12		39		36
tête		0		0		6		8
%		0		0		3		4
max		150;3		90;2		140;11		120;16
total8		16		8		181		220
freq		30		30		10		10

Intergen51.actino. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

• Lien tableur: Intergen51.actino. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.
• Légende: Voir bacilli.
• Note: Sommes des différences ft*-f*, positives et négatives, dans les tableaux correspondants

ftx-fx	92,7	ftc-fc	127,4
ftx-fx	-1,7	ftc-fc	-19,6

Intergen51.Actino Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

ftx. tRNA-CDS discontinu ftx moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas ase 215,8 132,0 1,6 3 3 21,9 21,4 blo 263,7 147,3 1,8 0 0 -26,0 69,2 ksk 203,5 124,2 1,6 1 4 34,2 9,0 sma 205,8 145,2 1,4 2 1 31,9 11,3 total 216,1 137,1 1,6 ++ 237,7 194,5	5sCDSx. 5s-CDS discontinu 5sCDSx moyenne écart m/e intercalaires  - ase 207,3 133,0 1,6 83:122 247:377 blo 219,5 44,5 4,9 188 251 ksk 82 82 sma 114 114 total 183,0 103,6 1,8 ++ 201,3 164,7 -
ftc. tRNA-CDS continu ftc moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas ase 237,3 174,3 1,4 11 2 -12,7 53,5 blo 202,2 115,4 1,8 1 1 22,4 18,4 ksk 156,6 84,5 1,9 3 3 67,9 -27,1 sma 220,6 147,9 1,5 3 2 4,0 36,8 total 204,2 136,1 1,5 ++ 224,6 183,7	5sCDSc. 5s-CDS continu 5sCDSc moyenne écart m/e intercalaires  - ase 614,0 521,8 1,2 245 983 blo 375 375 ksk 257,4 141,9 1,8 101 5x182-271 553:*3080 sma 123,8 29,5 4,2 77:114 134:144 150 total 268,3 231,8 1,2 ++ 295,1 241,4 -
fx. CDS-CDS discontinu fx moyenne écart m/e ftx-fx Sup 700 haut bas ase 188,9 135,0 1,4 27,0 57 30,0 9,8 blo 201,0 136,0 1,5 62,6 8 17,9 21,9 ksk 200,4 136,9 1,5 3,1 87 18,5 21,3 sma 207,5 138,1 1,5 -1,7 81 11,4 28,4 total 199,0 136,8 1,45 17,1 ++ 218,9 179,1	fc. CDS-CDS continu fc moyenne écart m/e ftc-fc Sup 700 haut bas ase 171,8 132,0 1,3 65,5 101 25,7 10,2 blo 167,7 114,9 1,5 34,5 8 29,8 6,1 ksk 176,2 123,5 1,4 -19,6 104 21,2 14,7 sma 193,1 130,8 1,5 27,4 72 4,4 31,6 total 179,5 127,8 1,41 24,6 ++ 197,5 161,6

Intergen51. Actino. Les CDS-rRNA rares

• Note: un seul dans le génome blo, 5s16s avec un intercalaire de 866

Intergen51. Actino. Les diagrammes RNA-RNA

Intergen51. Actino. Les diagrammes rRNA-rRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Actino. Les diagrammes rRNA-rRNA.

actino		16s23s	16stRNA	tRNA23s	23s5s
R2		-			-
xs		330,7			110,6
plage		260-440			60-180
total-p		25			25
%		100			100
queue		0			0
%		0			0
tête		0			0
%		0			0
max		300;7			80;8
total8		25	0	0	25
freq		20	20	20	20

Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-rRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-rRNA.
• Note: Il n'y a pas de tRNA-rRNA, ni 5stRNA 16stRNA tRNA23s, puisqu'il n'y a pas de tRNA dans les blocs rRNA. C'est une spécifité des actino.

Intergen51.actino. Moyennes rRNA-RNA

16s23s. 16s23s moyenne écart m/e intercalaires haut bas ase 347,0 3,9 89,0 2x344 2x345 2x352 16,8 49,4 blo 431,3 0,5 862,5 3x431 432 -67,5 133,6 ksk 288,1 4,7 61,3 2x280 7x288-291 75,7 -9,5 sma 311,3 1,6 190,7 308 5x312 52,5 13,7 total 330,7 50,4 6,6 363,8 297,6

23s5s. 23s5s moyenne écart m/e intercalaires haut bas ase 129,2 36,2 3,6 4x100-114 175:176 -7,5 29,6 blo 170 4x 170 -48,3 70,4 ksk 80,9 10,2 7,9 2x 76 6x 78 108 40,8 -18,7 sma 97,2 20,0 4,9 5x 89 138 24,5 -2,4 total 110,6 38,0 2,9 121,7 99,6

Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-tRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-tRNA.
• Note: Le S50 est à 75% et le diagramme se divise en 3 parties, de 1-5 avec 23 intercalaires, de 11-50 avec 57 et le reste de 51-fin avec 27.

Les diagrammes des tRNA-tRNA

type c		S40	%	R2	diag	total	reste	x+	restes	hors
hors		65	61	0,541	220	107	4	-	240	269
									245	532

Les pourcentages des tRNA-tRNA hors blocs

tRNA h 		ase	blo	sma	ksk	total	%	- ase	-ase %	ase %
20		25	2	4	7	38	35.5	13	22.4	51.0
40		6	4	7	10	27	25.2	21	36.2	12.2
60		4	7	3	3	17	15.9	13	22.4	8.2
80		2	0	2	1	5	4.7	3	5.2	4.1
100		3	2			5	4.7	2	3.4	6.1
120		2				2	1.9	0	0	4.1
140					1	1	0.9	1	1.7	0
160		4				4	3.7	0	0	8.2
180				1		1	0.9	1	1.7	0
200		1				1	0.9	0	0	2.0
220				1	1	2	1.9	2	3.4	0
240					1	1	0.9	1	1.7	0
260		1			1	2	1.9	1	1.7	2.0
restes		1				1	0.9	0	0	2.0
total		49	15	18	25	107	100	58	100	100
										
repete		2	3	3	8	16	35	14	45	13.3
séquence	0		1	1	2	4	2	6	0
sans		13	7	4	4	28	61	15	48	86.7
clusters	15	10	8	13	46	100	31	100	100
										
5		17	2	2	2	23	21	6	10.3	34.7
10		1	0	0	0	1	1	0	0	2.0
15		4	0	0	1	5	5	1	1.7	8.2
20		3	0	2	4	9	8	6	10.3	6.1

Les moyennes des tRNA-tRNA par génome

Intergen51.actino. Moyennes tRNA-tRNA

tRNA hors	moyenne	écart	m/e	total	S60%	sup120	haut	bas
ase	28,2	32,7	0,9	49	71	7	6,8	-0,5
blo	41,5	23,9	1,7	15	87	0	-6,4	12,8
ksk	30,4	16,9	1,8	25	80	4	4,7	1,7
sma	34,5	19,8	1,7	18	78	2	0,6	5,8
total	31,9	26,6	1,2	107	77	13	35,1	28,7

Intergen51. Actino. Les RNA-RNA rares

• Néant