Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/actino

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actino
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Annexe 5
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/actino
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Actinoplanes sp. SE50/110[modifier | modifier le wikicode]

ase opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [3]
  • Lien tableur: ase opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Micromonosporales; Micromonosporaceae;Actinoplanes; unclassified Actinoplanes.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Ac1. Actinoplanes sp. SE50/110
71.15%GC 13.8.19 Paris  98   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
12658..13392 CDS 78 78 245
13471..13547 atc @1 242 242
13790..13862 gca 202 202
comp 14065..14607 CDS 181
153733..155094 CDS 556 556 454
155651..157174 16s 308 1524
157483..160591 23s 99 3109
160691..160807 5s 134 134 117
comp 160942..161988 CDS 349
comp 45153..45968 CDS 276 276 272
comp 46245..46330 ctg 257 257
46588..47385 CDS 266
568633..569007 CDS 492 492 125
569500..571022 16s 308 1523
571331..574439 23s 108 3109
574548..574664 5s 245 245 117
574910..576340 CDS 477
comp 66324..66533 CDS 177 177 70
comp 66711..66784 ggg 151 151
comp 66936..67442 CDS 169
comp 145264..145572 CDS 595 595 103
comp 146168..146244 ttc 12 12
comp 146257..146333 gac 62 62
comp 146396..146468 gaa 338 338
comp 146807..148066 CDS 420
164168..164716 CDS 92 92 183
164809..164883 aaa 250 250
165134..166444 CDS 437
comp 457033..458760 CDS 116 116 576
458877..458950 acg 74 74
comp 459025..460758 CDS 578
627485..628396 CDS 42 42 304
628439..628515 gac 5 5
comp 628521..629174 CDS 218
645098..645421 CDS 355 355 108
645777..645849 agg 459 459
comp 646309..648462 CDS 718
747312..748337 CDS 430 430 342
comp 748768..748851 tac 148 148
749000..749491 CDS 164
752175..754703 CDS 94 94 843
754798..754873 acc 44 44
754918..754990 atgj 138 138
755129..755296 CDS 56
755829..756224 CDS 79 79 132
756304..756376 tgg 103 103
756480..756857 CDS 126
940643..942004 CDS 55 55 454
942060..942142 tta 221 221
942364..943218 CDS 285
comp 1155560..1155901 CDS 200 200 114
comp 1156102..1156177 gcc 89 89
comp 1156267..1156824 CDS 186
1222705..1223634 CDS 259 259 310
comp 1223894..1223980 cta 244 244
comp 1224225..1224701 CDS 159
1237525..1238115 CDS 91 91 197
1238207..1238282 cac 54 54
comp 1238337..1238684 CDS 116
comp 1248040..1249266 CDS 132 132 409
1249399..1249474 aag + 118 118
1249593..1249668 aag 2 aag -15 -15
comp 1249654..1249878 CDS @2 75
1335812..1336096 CDS 296 296 95
comp 1336393..1336465 aga 13 13
comp 1336479..1337558 CDS 360
comp 1399552..1400070 CDS 376 376 173
comp 1400447..1400520 gga 130 130
1400651..1400724 cca 38 38
1400763..1402112 CDS 450
comp 1406634..1406849 CDS 586 586 72
1407436..1408958 16s 307 1523
1409266..1412374 23s 99 3109
1412474..1412590 5s 122 122 117
comp 1412713..1413510 CDS 266
comp 1519931..1520254 CDS 217 217 108
1520472..1520544 aac 315 315
1520860..1522122 CDS 236 236 421
1522359..1522432 atgi 1097 1097
< comp 1523530..1523919 CDS 130
1604562..1605026 CDS 38 38 155
1605065..1605139 gta 357 357
<> 1605497..1605583 CDS 29
comp 1935668..1936510 CDS 317 317 281
comp 1936828..1936904 ttg 131 131
1937036..1937656 CDS 207
2434408..2435559 CDS 19 19 384
comp 2435579..2435661 ctc 151 151
2435813..2438881 CDS 1023
comp 2570204..2570824 CDS 794 794 207
2571619..2573141 16s 315 1523
2573457..2576562 23s 98 3106
2576661..2576777 5s 247 247 117
comp 2577025..2577462 CDS 146
comp 4900233..4901780 CDS 19 19 516
comp 4901800..4901878 tgc 29 29
comp 4901908..4901981 gcg 19 19
comp 4902001..4902321 CDS 23 23 107
comp 4902345..4902417 gac 31 31
comp 4902449..4903369 CDS 307
5443888..5444526 CDS 409 409 213
5444936..5445012 ctc 17 17
5445030..5445114 tac 29 29
comp 5445144..5446565 CDS 474
6208479..6209489 CDS 101 101 337
comp 6209591..6209666 cgg 9 9
comp 6209676..6209749 cca 17 17
comp 6209767..6209859 agc 5 5
comp 6209865..6209939 ctg 4 4
comp 6209944..6210015 cag 8 8
comp 6210024..6210100 ggc 4 4
comp 6210105..6210177 cgt 3 3
comp 6210181..6210254 gcc 43 43
comp 6210298..6210369 tgg 562 562
comp 6210932..6212365 CDS 478
6397923..6398423 CDS 699 699 167
6399123..6399196 tgg 199 199
6399396..6399468 ggg 157 157
6399626..6399701 gcc 61 61
6399763..6399837 gag 78 78
6399916..6399992 gga 359 359
6400352..6400426 ttg 1 1
6400428..6400500 acc 5 5
6400506..6400577 ggc 25 25
6400603..6401055 CDS 35 35 151
6401091..6401163 cag 110 110
6401274..6401350 ctc 1 1
6401352..6401427 acg 1 1
6401429..6401503 ctg 5 5
6401509..6401584 gcg 30 30
6401615..6401686 gac 5 5
6401692..6401779 agc 1 1
6401781..6401854 atc 6 6
6401861..6402227 ncRNA @3 7 7
6402235..6402309 cgt 10 10
6402320..6402395 other @4 11 11
6402407..6402477 aag 14 14
6402492..6402565 aga 11 11
6402577..6402650 aaa 1 1
6402652..6402727 atgf 1 1
6402729..6402804 gtc 1 1
6402806..6402879 gaa 5 5
6402885..6402958 aac 44 44
6403003..6403088 tcc 1 1
6403090..6403163 gtg 2 2
6403166..6403239 cac 93 93
6403333..6403405 other 411 411
comp 6403817..6404185 CDS 123
6543230..6543619 CDS 412 412 130
6544032..6544106 ctg 152 152
6544259..6544331 gca 410 410
6544742..6545917 CDS 392
6934653..6935819 CDS 69 69 389
comp 6935889..6935962 ccc 51 51
comp 6936014..6937450 CDS 479
comp 6991952..6992437 CDS 174 174 162
comp 6992612..6992728 5s 170 117
comp 6992899..6996006 23s 307 3108
comp 6996314..6997836 16s 531 531 1523
comp 6998368..6999624 CDS 419
7455514..7456608 CDS 167 167 365
comp 7456776..7456847 gtg 55 55
comp 7456903..7457310 CDS 136
7481671..7483989 CDS 83 83 773
comp 7484073..7484189 5s 169 117
comp 7484359..7487466 23s 315 3108
comp 7487782..7489304 16s 800 800 1523
comp 7490105..7490731 CDS 209
7670534..7671652 CDS 136 136 373
comp 7671789..7671863 gtc 18 18
comp 7671882..7671952 tgc 38 38
comp 7671991..7672063 ggc 116 116
comp 7672180..7674045 CDS 622
7710075..7711193 CDS 136 136 373
comp 7711330..7711404 gtc 28 28
comp 7711433..7711503 tgc 38 38
comp 7711542..7711614 ggc 112 112
7711727..7712905 CDS 393
8111157..8111843 CDS 546 546 229
comp 8112390..8112465 gag + 532 532
comp 8112998..8113070 gag 2 gag 57 57
comp 8113128..8113199 cag 451 451
comp 8113651..8114457 CDS 269
8275151..8275810 CDS 65 65 220
8275876..8275950 cgg 416 416
comp 8276367..8276921 CDS 185
comp 8391343..8392530 CDS 255 255 396
comp 8392786..8392862 atgf 296 296
comp 8393159..8394607 CDS 483
comp 8397029..8399113 CDS 596 596 695
comp 8399710..8399786 atgf 71 71
comp 8399858..8402857 CDS 1000
comp 8601686..8603128 CDS 81 81 481
comp 8603210..8603280 caa 37 37
comp 8603318..8604199 CDS 294
8623005..8623730 CDS 64 64 242
comp 8623795..8623871 gcg 171 171
comp 8624043..8624792 CDS 250
comp 8821061..8822146 CDS 136 136 362
8822283..8822356 aca 175 175
comp 8822532..8824421 CDS 630
8945870..8946763 CDS 190 190 298
8946954..8947030 ccg 204 204
comp 8947235..8947531 CDS 99
comp 8963177..8966704 CDS 104 104 1176
comp 8966809..8966904 ncRNA 83 83 83
8966988..8967075 tcc 270 270
comp 8967346..8967687 CDS 114
8968639..8969070 CDS 521 521 144
comp 8969592..8969681 tcg 116 116
8969798..8970505 CDS 236
9077764..9078855 CDS 326 326 364
comp 9079182..9079256 cgt 370 370
comp 9079627..9082830 CDS 1068
comp 9084051..9086675 CDS 560 560 875
comp 9087236..9087311 cgt 40 40
comp 9087352..9087442 agc 399 399
9087842..9089017 CDS 392
comp 9100587..9101549 CDS 77 77 321
9101627..9101714 tca 144 144
comp 9101859..9102145 CDS 96

ase cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. ase.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 6 1 8 - 1 1 1 100 8 30 1
16 23 5s 0 6 20 19 50 16 20 200 29 60 1
16 atc gca 0 40 6 100 19 40 300 19 90 3
16 23 5s a 0 60 4 150 17 60 400 19 120 10
max a 0 80 3 200 9 80 500 14 150 9
a doubles 0 100 2 250 9 100 600 3 180 8
autres 0 120 2 300 7 120 700 3 210 8
total aas 0 140 1 350 4 140 800 2 240 5
sans opérons 45 160 2 400 5 160 900 2 270 6
1 aa 31 180 0 450 6 180 1000 1 300 5
max a 29 200 1 500 3 200 1100 2 330 4
a doubles 2 3 13 1 43
total aas 98 40 0 86 0 89 60
total aas 98
remarques 4
avec jaune moyenne 58 229 328
variance 98 206 173
sans jaune moyenne 19 147 254 179
variance 21 104 111 62

ase blocs[modifier | modifier le wikicode]

Ac1. Actinoplanes sp. SE50/110
CDS 556 454 492 125 586 72
16s 308 1524 308 1523 307 1523
23s 99 3109 108 3109 99 3109
5s 134 117 245 117 122 117
CDS 349 477 266
CDS 794 207 531 419 800 209
16s 315 1523 307 1523 315 1523
23s 98 3106 170 3108 169 3108
5s 247 117 174 117 83 117
CDS 146 162 773

ase remarques[modifier | modifier le wikicode]

Bifidobacterium longum NCC2705[modifier | modifier le wikicode]

blo opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Liens: gtRNAdb [4], NCBI [5], génome [6]
  • Lien tableur: blo opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium.
Ac2. Bifidobacterium longum NCC2705
60%GC 30.6.19 Paris  57  doubles intercal
115187..115260 gta
159243..160772 16s @1 430
161203..164268 23s 168
164437..164556 5s
comp 207382..207457 tgg
comp 382849..382924 aac + 43
comp 382968..383040 aac 2 aac
comp 440078..440150 aac
503549..503624 ggc + 24
503649..503719 tgc 2 ggc 41
503761..503835 gtc 45
503881..503953 gtg 31
503985..504060 ggc
521008..521084 ccc
648764..648851 ctc
comp 747296..747369 cgt + 29
comp 747399..747472 cgt 2 cgt
775646..775716 caa
778709..778784 gcc + 86
778871..778946 gcc 2 gcc
793729..793805 cca
comp 804390..804463 ttg
comp 841055..841136 tta
937056..937131 cac
comp 981177..981253 aga
1202433..1202505 acg 87
1202593..1202676 cta
1208139..1208211 acg
comp 1264390..1264465 gtg 48
comp 1264514..1264585 gtc 46
comp 1264632..1264704 ggc
comp 1280591..1280666 cgg
1295466..1295542 atgf
comp 1350001..1350074 aag
comp 1388875..1388950 aaa
1410594..1410681 tcc
comp 1424793..1424867 cag 36
comp 1424904..1424979 gag
comp 1524142..1524215 ggg
1534802..1534887 ctg
1606163..1606236 atc 42
1606279..1606351 gca
comp 1646835..1646911 aca
1705902..1707431 16s 429
1707861..1710926 23s 168
1711095..1711215 5s
1712083..1713614 16s 422
1714037..1717102 23s 168
1717271..1717390 5s
1769952..1770027 gcg
1905665..1905740 tgg
1908902..1910431 16s 428
1910860..1913926 23s 168
1914095..1914214 5s
1936132..1936205 gga
1971396..1971477 tac 1
1971479..1971550 acc 4
1971555..1971631 atgj
1979312..1979401 agc
2016025..2016112 tcg
2047072..2047159 tca
comp 2068637..2068713 ccg
comp 2085402..2085473 gaa
2087969..2088042 gac 47
2088090..2088165 ttc
2110850..2110926 gac
2130626..2130699 atgi
2171440..2171512 agg

blo cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. blo.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs
avec rRNA opérons 4 1 1 -
16 23 5s 0 4 20 1
16 atc gca 0 40 4
16 23 5s a 0 60 7
max a 0 80 0
a doubles 0 100 2
spéciaux 0 120 0
total aas 0 140 0
sans opérons 41 160 0
1 aa 31 180 0
max a 5 200 0
a doubles 4 0
total aas 55 15 0
total aas 55
remarques 1
avec jaune moyenne 41
variance 24
sans jaune moyenne 34
variance 16

blo blocs[modifier | modifier le wikicode]

Ac2. Bifidobacterium longum, blocs rRNA.
16s 430 1530 422 1532
23s 168 3066 168 3066
5s 120 120
16s 429 1530 428 1530
23s 168 3066 168 3067
5s 121 120

blo remarques[modifier | modifier le wikicode]

  • Remarques : 4 blocs 16-23-5s sans aas, en tout, et très peu de doubles. Très simple.
    1. @ 4 blocs 16-23-5s sans aas .
      - Leurs intercalaires sont identiques, 428 168.
  • Séquences des doubles : Très peu de doubles, 4 opérons à 2aas et plus sur 10 ont des doubles.
    - 4 doublets au total: 2aac 2cgt 2gcc et (3aas + 2ggc).
  • Notes :

Streptomyces avermitilis MA-4680[modifier | modifier le wikicode]

sma opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Liens: gtRNAdb [7], NCBI [8], génome []
  • Lien tableur: sma opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces.
Ac3. Streptomyces avermitilis MA-4680
70%GC 30.6.19 Paris  74  doubles intercal
357776..357847 gtg
comp 1219274..1219346 gga
comp 1225751..1225823 gga
1675869..1675942 atgf
comp 1965347..1965423 ccc
comp 1992012..1992088 ccc
comp 2222599..2222686 ctc
comp 3072632..3072707 acc
comp 3073568..3073684 5s @1 84
comp 3073769..3076918 23s 288
comp 3077207..3078737 16s
comp 3295252..3295324 gag + 20
comp 3295345..3295416 cag 3 gag 21
comp 3295438..3295510 gag 2 cag 62
comp 3295573..3295645 gag 42
comp 3295688..3295759 cag
3655871..3655942 cgg
comp 3813093..3813166 atgf
comp 3815457..3815530 atgf
comp 4362610..4362695 tta
4410534..4410608 caa
comp 4542466..4542542 gcg
4589760..4589835 agg
comp 4886830..4886906 aca
comp 5024109..5024225 5s 84
comp 5024310..5027458 23s 288
comp 5027747..5029277 16s
comp 5051970..5052043 atgf
comp 5055486..5055561 aaa
5063087..5063159 gaa 47
5063207..5063281 gac 24
5063306..5063382 ttc
5068123..5068197 gac
5081640..5081711 gga 79
5081791..5081866 ggc
5085779..5085854 ggc
5095224..5095311 tcc
5129698..5129782 tcg
comp 5154937..5155009 cgt 205
comp 5155215..5155305 agc
comp 5177691..5177777 tca
comp 5206939..5207028 agc
comp 5299302..5299378 atc
5304905..5304977 gca
5322106..5322192 ctg
comp 5452769..5452842 ggg
comp 5594481..5594554 ccg
5650316..5650389 acg
5759342..5760872 16s 288
5761161..5764309 23s 84
5764394..5764510 5s
5950170..5950251 tac
5956602..5956674 acc 46
5956721..5956793 atgj
5964532..5964607 tgg
6124386..6125916 16s 288
6126205..6129353 23s 84
6129438..6129554 5s
comp 6242261..6242335 tgc
comp 6279029..6279112 cta
comp 6329202..6329278 aag
comp 6335068..6335141 aag
comp 6349312..6349385 aag
comp 6372705..6372777 cac
comp 6501509..6501584 aga
comp 6604435..6604508 gga 153
comp 6604662..6604738 cca
6653846..6653918 gcc
6658303..6658375 gcc
6875603..6875675 aac + 5
6875681..6875753 aac 2 aac 166
6875920..6875996 atgi
7021984..7022058 gta
7025336..7025415 gtg
comp 7471270..7471342 ttg
7765513..7767043 16s 284
7767328..7770477 23s 133
7770611..7770727 5s
comp 7937463..7937550 ctc
comp 8122352..8122426 gtc + 40
comp 8122467..8122538 gtc 3 gtc 19
comp 8122558..8122629 gtc 1
comp 8122631..8122704 tgc 38
comp 8122743..8122815 ggc
8129564..8129635 gtg
8139938..8140012 gtg
8328596..8330126 16s 288
8330415..8333563 23s 84
8333648..8333764 5s
8576989..8577062 ccc

sma cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. sam.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs
avec rRNA opérons 6 1 1 -
16 23 5s 0 6 20 3
16 atc gca 0 40 4
16 23 5s a 0 60 3
max a 0 80 2
a doubles 0 100 0
spéciaux 0 120 0
total aas 0 140 0
sans opérons 56 160 1
1 aa 48 180 1
max a 5 200 0
a doubles 3 1
total aas 72 16 0
total aas 72
remarques 1
avec jaune moyenne 61
variance 61
sans jaune moyenne 34
variance 22

sma blocs[modifier | modifier le wikicode]

Ac3. Streptomyces avermitilis MA-4680, blocs rRNAs
5s 84 117 84 117 288 1531
23s 288 3150 288 3149 84 3149
16s 1531 1531 117
16s 288 1531 284 1531 288 1531
23s 84 3149 133 3150 84 3149
5s 117 117 117

sma remarques[modifier | modifier le wikicode]

  • Remarques : 6 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires.
    1. @ 6 blocs 16-23-5s sans aas.
      - 5 opérons ont les mêmes intercalaires, 288 84
      - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 58% plus élevée, 49/84. L'autre est commune aux 6 opérons, 284.
  • Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
    - Il n'y a que 3 opérons contenant des doubles:
    - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2
    - (ggc tgc 3gtc), répétition triple
    - (atgi 2aac) avec 1 doublet
    - Au total 2 doublets et 2 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 72. C’est donc que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 6 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.

Kitasatospora setae KM-6054[modifier | modifier le wikicode]

ksk opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Liens: gtRNAdb [9], NCBI [10], génome []
  • Lien tableur: ksk opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Kitasatospora.
Ac4. Kitasatospora setae KM-6054
72%GC 30.6.19 Paris  74  doubles intercal
comp 631024..631098 act
976172..976245 tgc
comp 1615691..1615765 gtg + 206
comp 1615972..1616046 gtg 2 gtg
1621501..1621576 ggc 76
1621653..1621726 tgc 36
1621763..1621834 gtc + 34
1621869..1621940 gtc 3 gtc 37
1621978..1622052 gtc
comp 1707344..1707460 5s @1 73
comp 1707534..1710667 23s 267
comp 1710935..1712463 16s
comp 1888620..1888736 5s 73
comp 1888810..1891942 23s 267
comp 1892210..1893738 16s
1970574..1970661 ctc
2264495..2264580 ttg
comp 2741186..2741257 gta
comp 2788071..2788147 atgi
comp 2790422..2790494 aac + 5
comp 2790500..2790572 aac 2 aac
comp 2887231..2887303 gcc + 269
comp 2887573..2887645 gcc 3 gcc 38
comp 2887684..2887756 gcc @2
comp 2932411..2932487 cca 151
direct 2932639..2932712 gga
comp 2982955..2983071 5s 73
comp 2983145..2986276 23s 266
comp 2986543..2988071 16s
3018063..3018138 cac
3036654..3036730 aag
3044201..3044277 aag
3111827..3111900 aag 129
3112030..3112103 aag
3157748..3157834 cta
3210241..3210315 tgc
comp 3289891..3290007 5s 73
comp 3290081..3293213 23s 267
comp 3293481..3295009 16s
comp 3608705..3608777 tgg
comp 3616894..3616969 atgj 42
comp 3617012..3617084 acc
comp 3618677..3618757 tac
comp 3851412..3851488 aca
comp 3987214..3987290 acg
4071208..4071281 ccg
4095099..4095186 tcc
4142544..4142633 tcg
comp 4160864..4160939 cgt + 35
comp 4160975..4161050 cgt 2 cgt 240
comp 4161291..4161381 agc
comp 4177523..4177608 tca
comp 4240397..4240470 ggg
4285828..4285900 ggc + 51
4285952..4286027 ggc 2 ggc
4383368..4383444 atc
4385556..4385631 gca
4401492..4401575 ctg
comp 4622975..4623048 gac
comp 4640883..4640959 ttc 34
comp 4640994..4641067 gac 42
comp 4641110..4641182 gaa
4651832..4651904 aaa
comp 4773547..4773620 atgf
comp 4774128..4774201 atgf
4796510..4798038 16s 267
4798306..4801439 23s 71
4801511..4801627 5s
5027433..5027508 agg
5076388..5076464 gcg
5123784..5123856 acc
5132819..5132892 caa
comp 5216466..5216550 tta
5430075..5430148 atgf
comp 5530949..5531020 cgg
5714968..5715039 cag 21
5715061..5715133 gag + 38
5715172..5715244 gag 3 gag 13
5715258..5715330 gag 2 cag 4
5715335..5715409 cag
5853168..5854696 16s 256
5854953..5858085 23s 73
5858159..5858275 5s
5932168..5933696 16s 256
5933953..5937085 23s 71
5937157..5937273 5s
6074082..6075610 16s 264
6075875..6079006 23s 73
6079080..6079196 5s
comp 6104344..6104419 aga
6400221..6401749 16s 267
6402017..6405146 23s 106
6405253..6405369 5s
6485836..6485909 ccc
7355279..7355354 tgc 19
7355374..7355449 ggc
comp 7461078..7461165 ctc

ksk cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. ksk.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs
avec rRNA opérons 9 1 0 -
16 23 5s 0 9 20 4
16 atc gca 0 40 8
16 23 5s a 0 60 3
max a 0 80 1
a doubles 0 100 0
spéciaux 0 120 0
total aas 0 140 1
sans opérons 49 160 1
1 aa 37 180 0
max a 5 200 0
a doubles 7 3
total aas 70 21 0
total aas 70
remarques 2
avec jaune moyenne 72
variance 79
sans jaune moyenne 33
variance 18

ksk blocs[modifier | modifier le wikicode]

Ac4. Kitasatospora setae KM-6054, blocs rRNA.
5s 73 117 73 117 73 117
23s 267 3134 267 3133 266 3132
16s 1529 1529 1529
16s 73 117 267 1529 256 1529
23s 267 3133 71 3134 73 3133
5s 1529 117 117
16s 256 1529 264 1529 267 1529
23s 71 3133 73 3132 106 3130
5s 117 117 117

ksk remarques[modifier | modifier le wikicode]

  • Remarques : 9 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires. Analogue à sma.
    1. @ 9 blocs 16-23-5s sans aas.
      - 8 opérons ont des intercalaires identiques, 267 73.
      - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 45% plus élevée, 33/73. L'autre est commune aux 9 opérons, 267.
    2. @ Les intercalaires élevés ne touchent que 2 opérons sans rRNAs et sont à la limite de la règle de 210 bases, et sont équivalents à l’intercalaire 16s-23s, 269 et 240.
  • Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
    - Il n'y a que 7 opérons contenant des doubles:
    - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2 , comme sma.
    - (ggc tgc 3gtc), répétition triple comme sma, plus (3gcc).
    - (atgi 2aac) est remplacé par 4 doublets, 2gtg 2aac 2ggc et (agc 2cgt).
    - Au total 5 doublets et 3 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 70. C’est donc que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 9 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.