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**Atableur**
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes

Annexe 12


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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/Atableur », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.

bacilli

Bacillus subtilis

bsu

Lien tableau: bsu

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;

bsu blocs

Lien tableau: bsu blocs

bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;

bsu données intercalaires

Lien tableau: bsu données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;bsu;long;long
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;401;406
0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;4;gta;9;atgj;402;411
0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;36;aca;**;gaa;404;412
0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;6;aaa;3;gaa;406;421
0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;40;cta;4;gta;407;422
0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;14;ggc;22;aca;407;422
0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;9;tta;4;tac;408;423
2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;27;cgt;**;caa;409;423
1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;atc;9;cca;4;aac;410;423
3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;**;gca;29;agc;410;426
1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;gca;4;aac;11;gaa;411;427
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;56;acc;26;caa;413;442
1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;gta;30;ggc;11;aaa;413;446
0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;aac;27;cgt;80;cta;415;448
0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;atgf;8;cca;**;ctc;415;463
0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;aac;**;gca;35;ttc;425;463
0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;intra;13;cgt;81;gac;434;465
0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;atc gca;**;gga;9;gaa;435;471
2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;60;atgf;**;aaa;438;471
0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;gca;**;gac;;;442;480
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;gca;5;aac;;;442;481
0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;gga;34;tcc;;;446;482
0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;9;gaa;CDS-CDS;inf 50;448;485
0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;9;gta;intercalaire;;459;503
0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;11;atgf;c-;x-;463;518
0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;12;gac;-7616;-361;464;521
0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;5;ttc;-500;-127;471;531
1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;22;aca;-492;-93;475;544
0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;5;tac;-164;-86;482;548
1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;24;tgg;-154;-71;484;552
0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;9;cac;-143;-69;485;559
0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;49;caa;-119;-58;487;560
0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;5;ggc;-113;;490;567
0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;7;tgc;-101;;494;573
1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;265;tta;-95;;495;573
0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;**;ttg;-94;;496;582
0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;25;gaa;-92;;506;582
0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;3;agc;-91;;515;619
0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;10;aac;-82;;517;625
0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;15;atc;-65;;520;627
0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;10;gga;-59;;529;669
1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;17;cac;-58;;529;682
16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;12;ttc;total;intercalaires;533;731
15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;11;gac;;434,723;538;777
0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;17;atgf;ADN long;4,215,606;546;809
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;6;tca;%;10.3;550;824
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;2;atgi;;;555;950
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;19;atgj;non RNA;190;558;1021
;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;5;gca;;;572;7511
;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;15;cca;;;577;
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;9;cgt;;;584;
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;14;tta;;;588;
;;;;;;;;;;;;;;;;;5;ggc;;;594;
;;;;;;;;;;;;;;;;;10;ctg;;;594;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;aaa;;;602;
;;;;;;;;;;;;;;;;;32;aca;;;623;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gta;;;783;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;783;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;952;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1306;

bsu autres intercalaires aas

Lien tableau: bsu autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;bsu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6994;9459;350;*;
;;rRNA;9810;11364;99;*;16s
;;tRNA;11464;11540;11;*;atc
;;tRNA;11552;11627;81;*;gca
;;rRNA;11709;14636;55;*;23s
;;rRNA;14692;14810;36;*;5s
fin;comp;CDS;14847;15794;;0;
deb;;CDS;19968;20558;52;*;
;;misc_RNA;20611;20823;56;*;
deb;;CDS;20880;22157;134;*;
;;tRNA;22292;22384;111;*;tca
fin;comp;CDS;22496;23149;;;
deb;;CDS;25852;26337;41;*;
;;misc_RNA;26379;26732;81;*;
fin;;CDS;26814;28505;;;
deb;;CDS;29772;30035;243;*;
;;rRNA;30279;31832;99;*;16s
;;tRNA;31932;32008;11;*;atc
;;tRNA;32020;32095;81;*;gca
;;rRNA;32177;35103;133;*;23s
;;rRNA;35237;35355;175;*;5s
fin;;CDS;35531;35725;;;
deb;;CDS;69626;70012;168;*;
;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj
;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa
fin;;CDS;70538;73021;;;
deb;;CDS;88727;90226;309;*;
;;rRNA;90536;92089;164;*;16s
;;rRNA;92254;95181;55;*;23s
;;rRNA;95237;95354;20;*;5s
;;tRNA;95375;95450;4;*;gta
;;tRNA;95455;95530;36;*;aca
;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa
;;tRNA;95649;95731;40;*;cta
;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc
;;tRNA;95861;95946;9;*;tta
;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt
;;tRNA;96060;96136;9;*;cca
;;tRNA;96146;96221;170;*;gca
;;rRNA;96392;97945;164;*;16s
;;rRNA;98110;101037;55;*;23s
;;rRNA;101093;101211;237;*;5s
fin;;CDS;101449;101913;;;
deb;;CDS;119111;119809;45;*;
;;misc_RNA;119855;119995;65;*;
fin;;CDS;120061;120561;;;
deb;;CDS;152937;153680;56;*;
;;misc_RNA;153737;153793;48;*;
fin;;CDS;153842;154279;;;
deb;comp;CDS;159779;160543;349;*;
;;rRNA;160893;162445;164;*;16s
;;rRNA;162610;165535;55;*;23s
;;rRNA;165591;165707;46;*;5s
;;tRNA;165754;165825;4;*;aac
;;tRNA;165830;165902;56;*;acc
;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc
;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt
;;tRNA;166168;166244;8;*;cca
;;tRNA;166253;166328;171;*;gca
;;rRNA;166500;168053;164;*;16s
;;rRNA;168218;171141;55;*;23s
;;rRNA;171197;171314;183;*;5s
;;rRNA;171498;173049;164;*;16s
;;rRNA;173214;176141;55;*;23s
;;rRNA;176197;176315;767;*;5s
fin;;CDS;177083;178519;;;
deb;comp;CDS;193570;194025;179;*;
;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa
;;tRNA;194283;194358;4;*;gta
;;tRNA;194363;194435;22;*;aca
;;tRNA;194458;194542;4;*;tac
;;tRNA;194547;194621;227;*;caa
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;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*;
fin;comp;CDS;3335751;3336272;;;
deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*;
;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*;
fin;comp;CDS;3360974;3361111;;;
deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*;
;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*;
fin;comp;CDS;3364618;3364962;;;
deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*;
;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*;
fin;;CDS;3404835;3405626;;0;
deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*;
;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*;
fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0;
deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*;
;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*;
fin;comp;CDS;3451248;3451718;;;
deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*;
;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*;
fin;comp;CDS;3491655;3492689;;;
deb;;CDS;3544642;3545604;284;*;
;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg
fin;;CDS;3546234;3546827;;0;
deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*;
;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*;
;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*;
fin;comp;CDS;3856782;3856937;;;
deb;;CDS;3946394;3946909;0;*;
;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*;
fin;;CDS;3947158;3948399;;;
deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*;
;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*;
fin;;CDS;3989331;3989873;;0;
deb;;CDS;3997221;3997709;65;*;
;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*;
deb;;CDS;3997964;3999097;68;*;
;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*;
fin;;CDS;3999350;4000486;;0;
deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*;
;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*;
fin;;CDS;4005752;4006945;;0;
deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*;
;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*;
fin;;CDS;4097416;4098150;;;
deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*;
;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc
;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac
;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa
;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa
fin;comp;CDS;4155433;4156725;;;
deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*;
;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*;
fin;;CDS;4170045;4171352;;0;

Intergen51. bsu. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. bsu les différents types d'intercalaires.

bsu intercalaires positifs S+

Lien tableau: bsu intercalaires positifs S+
Tableaux

bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, t30 t50.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6
290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0
330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1
340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3
350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0
360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1
370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2
380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0
390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1
400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8
reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0
total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3
diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2
 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573

bsu distribution

Lien tableau: bsu distribution

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;

bsu lmo

Lien tableau: bsu lmo

bsu-lmo  comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;

Listeria monocytogenes

lmo

Lien tableau: lmo

Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;

lmo distribution

Lien tableau: lmo distribution

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;

lmo données intercalaires

Lien tableau: lmo données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
Note du 01/12/22: remaniement des tRNAin en 2*46 gca atc seulement. Le reste est mis dans contig.

;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;lmo;long;long
;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;tRNA tRNA;contig;403;401
10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;gca;5;gaa;403;402
20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;34;agc;408;403
30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;atc;6;aac;422;405
40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;25;atc;424;411
50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;gca;23;gga;427;412
60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;28;cac;440;423
70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;gta;4;ttc;441;425
80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;aac;4;gac;447;428
90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;intra;42;atgf;447;429
100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;2* 46;gca;22;tca;449;432
110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;**;atc;11;atgi;450;440
120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;tRNA tRNA;;42;atgj;454;441
130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;3;aac;22;gca;464;451
140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;**;agc;10;cca;478;451
150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;27;gaa;9;cgt;484;454
160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;**;gac;14;tta;495;456
170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;157;gaa;15;ggc;498;460
180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;9;acg;5;cta;502;461
190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;11;tac;41;aaa;516;462
200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;6;caa;8;aca;534;464
210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;**;aaa;**;gta;536;480
220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;;;45;ttg;538;492
230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;;;19;tgc;543;493
240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;;;5;ggc;566;500
250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;;;29;caa;571;503
260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;;;15;cac;588;554
270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;;;7;tgg;602;573
280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;;;20;tac;618;580
290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;;;4;ttc;623;589
300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;;;6;gac;659;597
310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;;;21;atgf;679;600
320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;;;56;gta;691;634
330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;33;gaa;735;639
340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;6;tcc;817;666
350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;CDS-CDS;inf 50;;**;aac;833;673
360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;intercalaire;;;8;gta;1083;680
370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;c-;x-;;41;aca;;684
380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;-161;-71;;5;aaa;;692
390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;-97;;;14;cta;;705
400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;-88;;;21;ggc;;725
reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;-71;;;12;tta;;767
;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;-59;;;10;cgt;;785
;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;-56;;;19;cca;;793
;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;-52;;;**;gca;;816
;;;;;;;;;-46;;1;;total;intercalaires;;24;acc;;819
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;288,032;;**;aac;;821
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;ADN long;2,944,528;;;;;831
;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;%;9.8;;;;;895
;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;913
;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;non RNA;0;;;;;949
;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;

lmo autres intercalaires aas

Lien tableau: autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
Construction: remarque sur les nombreux regulatory

autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;

Intergen51. lmo. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. lmo les différents types d'intercalaires.

lmo blocs

Lien tableau: lmo blocs

lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;

lam

Lien tableau: lam

;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;

lam blocs

Lien tableau: lam blocs

lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;

lam distribution

Lien tableau: lam distribution

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
>1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;

lam données intercalaires

Lien tableau: lam données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;lam;long;long
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;403;417
0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;2;gta;111;ggc;404;423
0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;13;aaa;112;ggc;408;431
0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;23;cta;35;ggc;413;442
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;10;aca;**;ccg;419;453
0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;atc;11;ggc;35;gaa;421;453
3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;8;tta;9;tca;423;465
0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;gca;5;cgt;3;atgf;429;481
0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;29;cca;6;gac;435;489
3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;aac;12;atgj;7;ttc;437;495
1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;gta;27;atgi;4;tac;437;500
0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;intra;3;atgf;12;tgg;439;505
1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;atc gca;6;gac;7;cac;440;512
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;19;ttc;23;caa;449;523
1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;5;gga;40;tgc;462;525
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;2;atc;**;ttg;466;529
0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;**;agc;34;tac;467;548
1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;10;tcc;**;caa;526;553
0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;**;aac;6;tca;528;558
0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;CDS-CDS;inf 50;;;;7;gac;578;646
0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;intercalaire;;;;;4;cac;589;684
0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;c-;x-;;;;**;gta;590;696
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;-64;néant;;;;5;gta;608;961
0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;-53;;;;;**;gaa;617;1100
1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;-53;;;;;8;cgt;688;1332
0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;total;intercalaires;;;;**;cca;789;
0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;210,907;;;;;;1405;
0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;ADN long;2,078,001;;;;;;;
0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;%;10.1;;;;;;;
0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;non RNA;54;;;;;;;
0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;;
0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;;
0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;;
0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;;
0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;;
0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;;
15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;;
15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;;
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;

lam autres intercalaires aas

Lien tableau: lam autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;

Intergen51. lam. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. lam les différents types d'intercalaires.

ppm

opérons

ppm chromosome

Lien tableau: ppm opérons
Chromosome

45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;

ppm plasmide

Plasmide

plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;

ppm plasmide MAJ

plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;

ppm cumuls

Lien tableau: ppm cumuls
Chromosome

Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;

Plasmide

Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;

ppm blocs

Lien tableau: ppm blocs

ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;

ppm distribution

Lien tableau: ppm distribution
Chromosome

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68

Plasmide

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45

ppm données intercalaires

Lien tableau: ppm données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;400-600;;reste;Sup 700
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;effectif;;;long;long
;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;ppm;fx;fc;fx;fc
0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;tRNA tRNA;contig;tRNA tRNA;suite;contig;400;1116;2955;708;702
10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;gca;28;agc;7;;cca;410;10;13;730;702
20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;10;atgj;12;;ttg;420;6;17;734;705
30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;gca;4;gta;5;;cgt;430;8;8;749;719
40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;gca;19;aca;38;;ggc;440;5;16;751;719
50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;gca;77;gac;28;;aaa;450;7;2;763;723
60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;9;ttc;26;;gac;460;8;8;764;728
70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;atc;7;tac;30;;atgf;470;6;9;770;736
80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;atc;**;aaa;9;;gta;480;4;3;778;740
90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;gca;22;atc;17;;gaa;490;3;7;794;743
100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;aac;4;gca;3;;tcc;500;5;7;800;743
110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;atc;34;aac;**;;aac;510;8;8;811;745
120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;3;atgj;9;;gga;520;5;8;836;751
130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;agc;31;agc;22;;cca;530;5;9;844;752
140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;intra;6;gaa;5;;cgt;540;2;7;854;755
150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;atc gca;10;gta;10;;ggc;550;5;5;855;761
160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;25;atgf;11;;cta;560;4;3;866;763
170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;aac;50;gac;4;;aaa;570;4;2;988;775
180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;agc;25;ttc;55;;caa;580;4;4;1042;786
190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;gaa;5;aca;11;;gta;590;5;2;1130;795
200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;aaa;16;tac;11;;gaa;600;1;3;1176;798
210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;ctc;18;cac;3;;acc;610;4;3;1244;801
220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;gcc;4;caa;**;;aac;620;1;1;1277;805
230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;aag;15;aaa;;;;630;1;4;1310;820
240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;ttg;6;ctg;;;;640;3;1;1482;824
250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;tgc;10;ggc;;;;650;0;0;1505;836
260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;ggc;26;tgc;;;;660;4;5;;840
270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;caa;22;cgt;;;;670;3;3;;847
280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;cac;9;cca;;;;680;2;1;;849
290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;tgg;**;gga;;CDS-CDS;inf 50;690;1;1;;857
300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;tac;4;gca;;intercalaire;;700;1;4;;866
310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;aca;3;aac;;c-;x-;;;;;867
320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;ttc;19;tcc;;-101;-87;;;;;888
330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;gac;9;gaa;;-80;-71;;;;;893
340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;atgf;29;gta;;-64;-68;;;;;898
350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;gta;25;atgf;;-55;;;;;;955
360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;gaa;13;gac;;-55;;;;;;977
370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;tcc;4;aca;;-53;;;;;;979
380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;aac;102;tac;;-53;;;;;;1005
390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;4;caa;;total;intercalaires;;;;;1018
400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;12;aaa;;;791,31;;;;;1020
reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;10;cta;;ADN long;5,728,392;;;;;1028
;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;5;ggc;;%;13.8;;;;;1046
;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;12;cgt;;;;;;;;1108
;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;7;ttg;;non RNA;8;;;;;1110
;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;7;cca;;;;;;;;1130
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;**;gga;;;;;;;;1167
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;;;;1215
;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;;;;1237
;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;;;;1239
;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;;;;1303
;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;;;;1323
;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;;;;1390
;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;;;;1431
;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;;;;1479
;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;;;;1614
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2159

ppm autres intercalaires aas

Lien tableau: ppm autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;

ppmp données intercalaires

Lien tableau: ppmp données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;;reste;Sup 400
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;ppmp;long;long
;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;aa;fx;fc
0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;;404;401
10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;tta;420;401
20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;aca;427;402
30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;tcg;433;403
40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;tcc;438;406
50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;ctt;442;410
60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;tcg;466;423
70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;tca;480;427
80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;;512;439
90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;;514;439
100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;;546;440
110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;;560;446
120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;CDS-CDS;inf 50;565;448
130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;intercalaire;;582;470
140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;c-;x-;593;476
150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;-92;néant;602;476
160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;-56;;643;484
170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;total;intercalaires;654;490
180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;119,608;657;503
190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;ADN long;510,118;735;504
200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;%;23.4;753;521
210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;;933;524
220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;non RNA;2;1087;532
230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;;1108;562
240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;;1171;562
250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;;;576
260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;;;586
270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;;;598
280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;;;600
290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;;;608
300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;;;619
310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;;;620
320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;;;642
330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;;;672
340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;;;673
350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;;;719
360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;;;719
370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;;;719
380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;;;719
390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;;;720
400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;;;728
reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;;;743
;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;;;755
;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;;;804
;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;;;857
;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;863
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;974
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;981
;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;;;1009
;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;;;1013
;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;;;1048
;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;;;1053
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1137
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1882

ppmp autres intercalaires aas

Lien tableau: ppmp autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires ;;ppmp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3920;4174;536;*;
;;tRNA;4711;4803;5;*;agc
;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc
;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa
;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt
;;tRNA;5112;5186;101;*;cca
;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg
;;tRNA;5366;5441;7;*;tat
;;tRNA;5449;5522;6;*;caa
;;tRNA;5529;5605;5;*;cac
;;tRNA;5611;5686;125;*;gac
;;tRNA;5812;5887;10;*;gga
;;tRNA;5898;5973;4;*;aac
;;tRNA;5978;6066;9;*;tac
;;tRNA;6076;6153;82;*;ata
;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi
;;tRNA;6317;6392;4;*;aac
;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg
;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa
;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc
;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc
;;tRNA;6908;6980;7;*;cga
;;tRNA;6988;7065;5;*;cca
;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg
;;tRNA;7161;7235;4;*;atc
;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf
;;tRNA;7323;7398;109;*;gca
;;tRNA;7508;7584;3;*;cga
;;tRNA;7588;7668;13;*;cta
;;tRNA;7682;7758;8;*;atc
;;tRNA;7767;7841;4;*;aac
;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg
deb;;CDS;7953;8324;-24;*;
;;tRNA;8301;8378;8;*;gac
;;tRNA;8387;8473;86;*;tac
;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa
;;tRNA;8647;8720;4;*;gga
;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc
;;tRNA;8808;8882;100;*;acg
deb;comp;CDS;8983;9600;89;*;
;;tRNA;9690;9771;3;*;tta
;;tRNA;9775;9849;35;*;aca
fin;comp;CDS;9885;10169;;;
deb;comp;CDS;10320;10622;116;*;
;;tRNA;10739;10813;18;*;aca
fin;comp;CDS;10832;11146;;;
deb;comp;CDS;11363;11599;94;*;
;;tRNA;11694;11765;106;*;aga
fin;;CDS;11872;12312;;0;
deb;;CDS;13199;14083;226;*;
;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg
;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc
;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt
;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg
;;tRNA;14660;14751;119;*;tca
fin;;CDS;14871;15080;;0;
deb;comp;CDS;227125;227388;444;*;
;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga
deb;comp;CDS;228152;228391;126;*;
;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other
fin;comp;CDS;228741;229064;;;
deb;comp;CDS;229793;229999;24;*;
;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca
deb;comp;CDS;230872;231393;164;*;
;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta
fin;;CDS;232618;233067;;0;
deb;;CDS;369072;371174;102;*;
;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b
fin;;CDS;371577;374243;;;

Intergen51. ppm. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. ppm les différents types d'intercalaires.

pmq

pmq opérons

Lien tableau: pmq opérons

58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
;184906..184982;atgj;;39;;;39;;
;185022..185097;gta;;15;;;15;;
;185113..185189;atgf;;14;;;14;;
;185204..185280;gac;;48;;;48;;
;185329..185404;ttc;;5;;;5;;
;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
;260485..260569;tac;;20;;;20;;
;260590..260665;aac;;3;;;3;;
;260669..260744;gta;;19;;;19;;
;260764..260840;gac;;20;;;20;;
;260861..260933;ttc;;15;;;15;;
;260949..261021;aaa;;10;;;10;;
;261032..261118;ctg;;3;;;3;;
;261122..261196;ggc;;12;;;12;;
;261209..261280;tgc;;15;;;15;;
;261296..261369;cgt;;5;;;5;;
;261375..261448;cca;;158;;;*158;;
;261607..261682;gca;;4;;;4;;
;261687..261759;acc;;5;;;5;;
;261765..261854;tcg;;19;;;19;;
;261874..261961;agc;;17;;;17;;
;261979..262054;gtc;;5;;;5;;
;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
;585869..585942;aga;;187;187;;;;187
;586130..586885;CDS;;85587;;;;252;
;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
;672968..673043;aac;;7;;7;;;
;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
;701671..701747;atgf;;4;;;4;;
;701752..701825;tgg;;9;;;9;;
;701835..701909;caa;;8;;;8;;
;701918..701990;aaa;;18;;;18;;
;702009..702095;ctg;;4;;;4;;
;702100..702174;ggc;;11;;;11;;
;702186..702259;cgt;;12;;;12;;
;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577
;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
;1074588..1076136;16s;;260;;;;;
;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;;
;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
;1600724..1600799;aac;;4;;;4;;
;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;;
;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;;
;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74;
;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;;
comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;;
comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd

pmq cumuls

Lien tableau: pmq cumuls

pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;

pmq blocs

Lien tableau: pmq blocs

Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234

pmq distribution

Lien tableau: pmq distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138

pmq données intercalaires

Lien tableau: pmq données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;;Sup 800;Sup 1200
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;x;aa;c;aa;pmq;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;1623;4186;804;807;1203
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;29;agc;11;atc;28;;ctc;7;aac;410;14;15;810;811;1206
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;39;atgj;5;gaa;12;;tcc;297;agc;420;10;15;823;814;1240
;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;15;gta;5;gtc;14;;atgf;9;gaa;430;16;19;826;815;1252
;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;14;atgf;4;atgf;14;;atgj;**;ctc;440;10;21;837;816;1263
;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;48;gac;9;tgg;8;;agc;16;gca;450;9;10;849;819;1270
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;5;ttc;8;caa;4;;tcg;12;gaa;460;12;13;851;827;1276
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;9;aca;18;aaa;4;;acc;16;gta;470;5;12;851;828;1276
1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;15;tac;7;ctg;;119;gca;17;gac;480;7;14;856;828;1277
1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;**;aaa;11;ggc;;36;ncRNA;9;cac;490;11;9;856;830;1351
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;19;atc;12;cgt;6;;cca;9;caa;500;15;11;858;852;1352
;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;16;gca;**;cca;104;;cgt;8;aaa;510;6;7;858;863;1428
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;9;gaa;6;aac;7;;ggc;3;ctg;520;7;7;873;868;1497
;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;20;tac;38;tcc;9;;ctg;**;ggc;530;5;9;875;885;1534
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;3;aac;11;gaa;9;;aaa;49;ctg;540;9;10;886;885;1546
;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;19;gta;17;gta;9;;caa;**;ctg;550;6;14;896;899;1576
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;20;gac;13;atgf;17;;cac;40;ctc;560;2;10;906;900;1613
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;15;ttc;49;gac;12;;gac;13;tcc;570;6;9;910;903;1742
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;10;aaa;4;ttc;4;;gta;19;atgj;580;3;6;921;912;
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;agc;3;ctg;13;aca;15;;aac;**;tcg;590;3;8;922;913;
1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;atc;12;ggc;8;tac;8;;tac;7;tta;600;4;8;923;931;
;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;atc;15;tgc;13;tgg;5;;aca;19;atgi;610;4;11;930;932;
;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;atc;5;cgt;26;cac;15;;gaa;**;atgf;620;6;4;936;935;
2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;aac;158;cca;9;caa;9;;gcc;230;cac;630;2;4;940;947;
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;aac;4;gca;12;ggc;**;;atc;**;cac;640;2;4;949;951;
;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;ttc;5;acc;10;tgc;5;;ggg;;;650;4;6;959;962;
;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;19;tcg;20;tta;106;;cca;;;660;6;2;963;989;
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;17;agc;3;cgt;11;;cgt;;;670;3;2;987;996;
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;5;gtc;**;ttg;5;;ggc;;;680;2;3;992;1006;
;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;CDS-CDS;inf 50;;;39;acg;19;atc;13;;ctg;;;690;2;4;1007;1013;
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;intercalaire;;;;41;tcc;17;gca;16;;ctc;;;700;2;2;1027;1024;
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;c-;x-;;;**;ctc;8;gaa;10;;aaa;;;710;1;4;1038;1040;
;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;-119;-89;;;10;aac;5;gta;28;;tac;;;720;3;2;1042;1045;
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;-119;-75;;;38;tcc;10;aca;**;;ttc;;;730;1;4;1054;1052;
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;-116;-73;;;11;gaa;18;tac;5;;gga;;;740;4;1;1055;1052;
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;-115;-65;;;17;gta;4;aac;16;;cca;;;750;3;1;1084;1077;
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;-113;-51;;;15;atgf;21;gta;4;;cgt;;;760;4;2;1087;1088;
;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;-101;;;;67;gac;12;atgf;8;;ggc;;;770;2;3;1169;1095;
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;-101;;;;11;acg;34;gac;42;;cta;;;780;2;2;1211;1109;
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;-95;;;;10;cac;13;cac;8;;aaa;;;790;3;0;1277;1141;
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;-95;;;;5;caa;8;caa;9;;caa;;;800;2;3;1279;1157;
2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;-74;;;;17;aaa;17;aaa;4;;tgg;;;;47;63;1318;1184;
15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;-65;;;;40;ggc;13;ctc;5;;atgf;;;;;;1378;1186;
13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;-65;;;;24;ggc;5;ctg;5;;gtc;;;;;;1521;1189;
0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;-56;;;;8;ttg;14;ggc;11;;gaa;;;;;;1532;1200;
;;;;;;;;-46;0;1;;;-56;;;;19;cca;10;tgc;**;;atc;;;;;;1551;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;-55;;;;1;gga;5;cgt;;;;;;;;;1651;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;-53;;;;**;aga;**;cca;;;;;;;;;;;
;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;total;intercalaires;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;1,228,719;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;ADN long;8,739,048;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;%;14.1;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;non RNA;12;;;;;;;;;;;;;;;;;

pmq autres intercalaires aas

Lien tableau: pmq autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;pmq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9206;10276;318;*;
;;rRNA;10595;12131;280;*;16s
;;rRNA;12412;15341;97;*;23s
;;rRNA;15439;15555;178;*;5s
fin;;CDS;15734;17190;;;
deb;;CDS;20252;21532;47;*;
;;tRNA;21580;21669;137;*;tca
fin;;CDS;21807;22157;;;
deb;;CDS;25422;26165;222;*;
;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg
fin;;CDS;26644;27168;;;
deb;;CDS;178456;179454;299;*;
;;rRNA;179754;181290;266;*;16s
;;rRNA;181557;184486;170;*;23s
;;rRNA;184657;184773;15;*;5s
;;tRNA;184789;184876;29;*;agc
;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj
;;tRNA;185022;185097;15;*;gta
;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf
;;tRNA;185204;185280;48;*;gac
;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc
;;tRNA;185410;185485;9;*;aca
;;tRNA;185495;185579;15;*;tac
;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa
fin;comp;CDS;185854;187104;;0;
deb;comp;CDS;217565;218146;129;*;
;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg
fin;;CDS;218612;219643;;;
deb;;CDS;230970;231455;186;*;
;;tmRNA;231642;232004;140;*;
fin;;CDS;232145;232804;;;
deb;;CDS;253921;254526;673;*;
;;rRNA;255200;256736;280;*;16s
;;rRNA;257017;259946;97;*;23s
;;rRNA;260044;260160;55;*;5s
;;tRNA;260216;260292;19;*;atc
;;tRNA;260312;260387;16;*;gca
;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa
;;tRNA;260485;260569;20;*;tac
;;tRNA;260590;260665;3;*;aac
;;tRNA;260669;260744;19;*;gta
;;tRNA;260764;260840;20;*;gac
;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc
;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa
;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg
;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc
;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc
;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt
;;tRNA;261375;261448;158;*;cca
;;tRNA;261607;261682;4;*;gca
;;tRNA;261687;261759;5;*;acc
;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg
;;tRNA;261874;261961;17;*;agc
;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc
;;tRNA;262060;262134;39;*;acg
;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc
;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc
fin;;CDS;262670;263515;;;
deb;;CDS;578195;579055;320;*;
;;rRNA;579376;580913;269;*;16s
;;rRNA;581183;584112;168;*;23s
;;rRNA;584281;584397;31;*;5s
;;tRNA;584429;584501;10;*;aac
;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc
;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa
;;tRNA;584722;584797;17;*;gta
;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf
;;tRNA;584907;584983;67;*;gac
;;tRNA;585051;585125;11;*;acg
;;tRNA;585137;585212;10;*;cac
;;tRNA;585223;585297;5;*;caa
;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa
;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc
;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc
;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg
;;tRNA;585698;585774;19;*;cca
;;tRNA;585794;585867;1;*;gga
;;tRNA;585869;585942;187;*;aga
fin;;CDS;586130;586885;;;
deb;;CDS;672473;672949;18;*;
;;tRNA;672968;673043;7;*;aac
;;tRNA;673051;673138;297;*;agc
;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa
;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc
fin;;CDS;673780;674199;;;
deb;;CDS;674382;675278;159;*;
;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc
fin;;CDS;675585;675833;;;
deb;comp;CDS;694284;695636;793;*;
;;rRNA;696430;697966;272;*;16s
;;rRNA;698239;701168;96;*;23s
;;rRNA;701265;701381;43;*;5s
;;tRNA;701425;701498;11;*;atc
;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa
;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc
;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf
;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg
;;tRNA;701835;701909;8;*;caa
;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa
;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg
;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc
;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt
;;tRNA;702272;702348;577;*;cca
fin;;CDS;702926;703120;;;
deb;;CDS;1073441;1074214;377;*;
;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s
;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s
;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s
;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac
;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc
;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa
;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta
;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf
;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac
;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc
;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca
;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac
;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg
;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac
;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa
;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc
;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc
;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta
;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt
;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg
fin;;CDS;1081347;1081973;;0;
deb;;CDS;1210625;1213519;354;*;
;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca
;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa
;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta
;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac
;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac
;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa
;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa
;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg
;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc
fin;comp;CDS;1214817;1215602;;;
deb;;CDS;1594387;1594665;533;*;
;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s
;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s
;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s
;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc
;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca
;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa
;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta
;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca
;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac
;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac
;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta
;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf
;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac
;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac
;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa
;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa
;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc
;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg
;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc
;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc
;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt
;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca
fin;;CDS;1601982;1602245;;;
deb;;CDS;1834781;1835260;106;*;
;;tRNA;1835367;1835439;137;*;gcc
fin;comp;CDS;1835577;1835978;;;
deb;;CDS;2147627;2148466;89;*;
;;ncRNA;2148556;2148735;114;*;
fin;;CDS;2148850;2149506;;0;
deb;comp;CDS;2207093;2208091;192;*;
;;tRNA;2208284;2208367;49;*;ctg
;;tRNA;2208417;2208500;315;*;ctg
fin;;CDS;2208816;2209952;;;
deb;;CDS;3456514;3456786;256;*;
;;tRNA;3457043;3457119;142;*;ccc
fin;;CDS;3457262;3457483;;;
deb;comp;CDS;5004536;5005159;394;*;
;comp;tRNA;5005554;5005636;40;*;ctc
;comp;tRNA;5005677;5005765;13;*;tcc
;comp;tRNA;5005779;5005852;19;*;atgj
;comp;tRNA;5005872;5005958;167;*;tcg
;;ncRNA;5006126;5006220;132;*;
fin;comp;CDS;5006353;5007825;;;
deb;comp;CDS;6383256;6384173;228;*;
;;tRNA;6384402;6384474;72;*;gtc
fin;comp;CDS;6384547;6385458;;;
deb;comp;CDS;6390912;6391130;142;*;
;comp;tRNA;6391273;6391358;7;*;tta
;comp;tRNA;6391366;6391442;19;*;atgi
;comp;tRNA;6391462;6391538;75;*;atgf
fin;comp;CDS;6391614;6391778;;;
deb;;CDS;6561157;6563109;118;*;
;comp;ncRNA;6563228;6563648;95;*;
fin;comp;CDS;6563744;6564859;;;
deb;;CDS;7354507;7354737;342;*;
;comp;tRNA;7355080;7355162;28;*;ctc
;comp;tRNA;7355191;7355279;12;*;tcc
;comp;tRNA;7355292;7355368;14;*;atgf
;comp;tRNA;7355383;7355459;14;*;atgj
;comp;tRNA;7355474;7355561;8;*;agc
;comp;tRNA;7355570;7355659;4;*;tcg
;comp;tRNA;7355664;7355736;4;*;acc
;comp;tRNA;7355741;7355816;119;*;gca
;;ncRNA;7355936;7356030;36;*;
;comp;tRNA;7356067;7356140;6;*;cca
;comp;tRNA;7356147;7356220;104;*;cgt
;comp;tRNA;7356325;7356396;7;*;ggc
;comp;tRNA;7356404;7356490;9;*;ctg
;comp;tRNA;7356500;7356572;9;*;aaa
;comp;tRNA;7356582;7356656;9;*;caa
;comp;tRNA;7356666;7356741;17;*;cac
;comp;tRNA;7356759;7356835;12;*;gac
;comp;tRNA;7356848;7356923;4;*;gta
;comp;tRNA;7356928;7357003;15;*;aac
;comp;tRNA;7357019;7357103;8;*;tac
;comp;tRNA;7357112;7357187;5;*;aca
;comp;tRNA;7357193;7357264;15;*;gaa
;comp;tRNA;7357280;7357355;9;*;gcc
;comp;tRNA;7357365;7357438;54;*;atc
;comp;rRNA;7357493;7357609;113;*;5s
;comp;rRNA;7357723;7360652;269;*;23s
;comp;rRNA;7360922;7362458;399;*;16s
fin;;CDS;7362858;7363397;;0;
deb;;CDS;7618150;7618842;280;*;
;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg
fin;;CDS;7619529;7620461;;0;
deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*;
;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg
;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca
;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt
;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc
;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg
;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc
;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa
;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac
;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc
;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s
;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s
;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s
fin;;CDS;7674633;7675382;;;
deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*;
;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac
;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac
fin;comp;CDS;7854601;7854801;;;
deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*;
;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s
;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s
;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s
fin;comp;CDS;8106295;8106636;;;
deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*;
;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s
;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s
;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s
fin;comp;CDS;8158136;8158708;;;
deb;;CDS;8256928;8257746;86;*;
;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga
;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca
;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt
;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc
;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta
;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa
;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa
;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg
;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf
;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc
;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa
;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc
;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s
;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s
;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s
fin;comp;CDS;8264152;8264370;;;
deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*;
;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s
;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s
;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s
fin;comp;CDS;8328917;8330413;;;
deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*;
;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj
fin;comp;CDS;8355034;8355537;;;
deb;;CDS;8389988;8390512;296;*;
;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s
;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s
;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s
fin;comp;CDS;8395989;8396255;;;
deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*;
;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*;
fin;comp;CDS;8401203;8401592;;;
deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*;
;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac
fin;;CDS;8617576;8618541;;0;
deb;;CDS;8724363;8724614;455;*;
;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg
fin;comp;CDS;8725326;8725559;;;

Intergen51. pmq. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. pmq les différents types d'intercalaires.

pmq intercalaires positifs S+

Lien tableau: pmq intercalaires positifs S+
Tableaux

Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753

lbu

lbu opérons

Lien tableau: lbu opérons

49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128
;19366..19438;act;@1;195;195;;;;
;19634..20371;CDS;;6912;;;;246;
;;;;;;;;;
;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834;
;30062..30134;act;;134;134;;;;134
;30269..30907;CDS;;11768;;;;213;
;;;;;;;;;
;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191;
;43700..45271;16s;;209;;;;;
;45481..48391;23s;;69;;;;;
;48461..48577;5s;;275;275;;;;275
;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80;
;;;;;;;;;
comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56
comp;106604..106679;aag;;125;125;;;;
;106805..107533;CDS;;103754;;;;243;
;;;;;;;;;
;211288..212553;CDS;;94;94;;;422;
;212648..212720;acc;;23;23;;;;23
comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173;
;;;;;;;;;
;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69
comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;;
;279250..280275;CDS;;44047;;;;342;
;;;;;;;;;
comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117
;325067..325138;ggc;+;4;;4;;;
;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;;
;325325..325399;ggc;;155;155;;;;
;325555..326016;CDS;;37886;;;;154;
;;;;;;;;;
;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98
;364493..364564;caa;;614;*614;;;;
;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394;
;;;;;;;;;
;366347..367402;CDS;;75;75;;;352;
;367478..367559;tac;;5;;5;;;
;367565..367636;caa;;62;62;;;;62
<;367699..368318;CDS;;14127;;;;207;
;;;;;;;;;
;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30
;382938..383026;ctt;;118;118;;;;
;383145..383768;CDS;;70441;;;;208;
;;;;;;;;;
;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61
;455591..455665;agg;;341;341;;;;
;456007..457035;CDS;;75557;;;;343;
;;;;;;;;;
;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82
comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;;
;533739..534782;CDS;;48963;;;;348;
;;;;;;;;;
;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57
comp;584786..584858;cag;;5;;5;;;
comp;584864..584935;gag;;170;170;;;;
;585106..586110;CDS;;94988;;;;335;
;;;;;;;;;
;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548;
;683260..684831;16s;;106;;;;;
;684938..685011;atc;;69;;;69;;
;685081..685153;gca;;127;;;;;
;685281..688191;23s;;68;;;;;
;688260..688376;5s;;208;208;;;;208
comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406;
;;;;;;;;;
comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134
comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;;
;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922;
;;;;;;;;;
;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54
;787059..787142;ctg;;109;109;;;;
comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207;
;;;;;;;;;
comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641;
;792481..794052;16s;;105;;;;;
;794158..794231;atc;;69;;;69;;
;794301..794373;gca;;126;;;;;
;794500..797410;23s;;69;;;;;
;797480..797596;5s;;87;87;;;;87
;797684..798559;CDS;;36;;;;292;
;;;;;;;;;
comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528;
;800709..800781;aac;@2;3;;3;;;
;800785..800858;cca;;24;;24;;;
;800883..800954;ggc;;30;;30;;;
;800985..801058;cgt;;2;;2;;;
;801061..801133;gta;;3;;3;;;
;801137..801208;gaa;;42;;42;;;
;801251..801338;tca;;9;;9;;;
;801348..801421;atgf;;3;;3;;;
;801425..801498;gac;;6;;6;;;
;801505..801577;ttc;;8;;8;;;
;801586..801667;tac;;4;;4;;;
;801672..801742;tgg;;13;;13;;;
;801756..801831;cac;;26;;26;;;
;801858..801928;tgc;;28;;28;;;
;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356
;802398..802961;CDS;;284259;;;;188;
;;;;;;;;;
comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157
comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;;
comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299;
;;;;;;;;;
comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188
comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;;
;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793;
;;;;;;;;;
comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98
;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;;
comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173;
;;;;;;;;;
comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161
comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;;
comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;;
comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;;
comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;;
comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;;
comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;;
comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;;
comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;;
comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;;
comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;;
;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309;
;;;;;;;;;
comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125;
comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;;
comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;;
comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;;
comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;;
comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;;
comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;;
comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;;
comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153
comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64;
;;;;;;;;;
comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268;
comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;;
comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;;
comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;;
comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;;
comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130
comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288;
;;;;;;;;;
;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106
comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;;
comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;;
;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;;
;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177;
;;;;;;;;;
comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308;
comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154
comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413;
;;;;;;;;;
;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303
comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;;
comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167;
;;;;;;;;;
;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460;
comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;;
comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;;
comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;;
comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;;
comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189
;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63;
;;;;;;;;;
comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151
comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;;
comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;;
comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;;
comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;;
comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;;
comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;;
comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;;
comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;;
comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;;
comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;;
comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;;
comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;;
comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;;
comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;;
comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;;
comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;;
comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;;
comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;;
comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;;
comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;;
comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;;
comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;;
comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;

lbu cumuls

Lien tableau: lbu cumuls

lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122

lbu blocs

Lien tableau: lbu blocs

lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;

lbu distribution

Lien tableau: lbu distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16

lbu données intercalaires

Lien tableau: lbu données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;;reste;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;lam;long;long
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;fx;fc
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;hors bloc;408;403
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;3;gta;4;;ggc;420;406
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;138;gaa;108;;ccg;430;409
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;6;atgj;**;;ggc;437;409
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;8;tcc;5;;tac;439;416
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;**;aac;**;;caa;439;419
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;26;gac;5;;cag;445;420
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;atc;3;gaa;**;;gag;447;424
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;atc;2;gta;3;;aac;460;427
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;35;cgt;24;;cca;461;429
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;gca;**;ggc;30;;ggc;481;429
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;gca;3;gac;2;;cgt;481;430
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;2;gta;3;;gta;481;446
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;aac;35;cgt;42;;gaa;485;449
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;ggc;19;ggc;9;;tca;487;449
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;intra;3;cca;3;;atgf;493;451
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;atc gca;**;aac;6;;gac;506;452
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;8;;ttc;517;455
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;4;;tac;517;461
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;13;;tgg;522;465
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;29;;cac;540;473
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;28;;tgc;547;479
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;;ttg;550;484
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;intercalaire;;;;;34;;aag;601;490
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;c-;x-;;;;33;;aag;634;494
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;-119;-99;;;;33;;aag;647;506
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;-97;-99;;;;33;;aag;668;511
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;-89;-98;;;;**;;aag;674;511
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;-85;-76;;;;3;;gta;800;515
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;-77;-54;;;;-;151;gaa;845;515
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;-67;-51;;;;**;;ctt;876;516
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;-67;;;;;17;;ttg;917;523
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;-65;;;;;28;;ttg;;533
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;-62;;;;;29;;tgc;;558
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;-61;;;;;13;;cac;;559
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;-59;;;;;4;;tgg;;560
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;-56;;;;;8;;tac;;586
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;-56;;;;;6;;ttc;;598
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;-52;;;;;3;;gac;;642
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;-52;;;;;9;;atgf;;669
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;total;intercalaires;;;;42;;tca;;671
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;222,489;;;;261;;gaa;;693
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;ADN long;1,856,951;;;;2;;agc;;718
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;%;12.0;;;;3;;atc;;721
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;14;;gga;;755
;;;;;;;;-46;;2;;;;non RNA;42;;;;17;;ttc;;755
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;11;;atgf;;841
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;12;;atgi;;844
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;36;;atgj;;1005
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;6;;cca;;1005
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;5;;cgt;;1054
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;15;;tta;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;

lbu autres intercalaires aas

Lien tableau: lbu autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc
;;tRNA;801586;801667;4;*;tac
;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg
;;tRNA;801756;801828;29;*;cac
;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc
;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg
fin;;CDS;802398;804017;;;
deb;;CDS;862229;862693;29;*;
;;ncRNA;862723;863083;125;*;
fin;;CDS;863209;864333;;;
deb;comp;CDS;905582;905794;173;*;
;comp;misc_b;905968;906185;390;*;
fin;;CDS;906576;907085;;0;
deb;comp;CDS;952333;952842;390;*;
;;misc_b;953233;953450;173;*;
fin;;CDS;953624;953836;;;
deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*;
;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa
fin;comp;CDS;1088887;1089033;;;
deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*;
;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*;
fin;;CDS;1243403;1243759;;0;
deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*;
;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga
fin;;CDS;1266254;1268632;;;
deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*;
;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*;
fin;comp;CDS;1299025;1299375;;;
deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*;
;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*;
fin;;CDS;1310399;1311799;;0;
deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*;
;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg
fin;comp;CDS;1354409;1355976;;;
deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*;
;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*;
;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta
;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa
;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj
;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc
;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac
;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117
;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909
;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca
;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc
;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564
fin;;CDS;1375678;1376604;;;
deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*;
;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*;
fin;comp;CDS;1420821;1421330;;;
deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*;
;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*;
fin;;CDS;1435654;1436972;;;
deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*;
;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac
;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa
;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta
;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt
;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc
;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117
;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908
;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564
fin;comp;CDS;1485881;1487044;;;
deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*;
;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag
;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag
;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag
;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag
;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag
fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0;
deb;;CDS;1509394;1510872;106;*;
;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta
;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa
;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt
fin;;CDS;1511480;1512010;;0;
deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*;
;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg
fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0;
deb;;CDS;1554441;1554638;303;*;
;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc
fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0;
deb;;CDS;1556799;1558178;277;*;
;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117
;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908
;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca
;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act
;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564
fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0;
deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*;
;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg
;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg
;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc
;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac
;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg
;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac
;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc
;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac
;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf
;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca
;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa
;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc
;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc
;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga
;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc
;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf
;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi
;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj
;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca
;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt
;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta
;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc
;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca
;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta
;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa
;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta
fin;comp;CDS;1587254;1588681;;;
deb;comp;CDS;1589221;1590557;156;*;
;comp;rRNA;1590714;1590830;70;*;117
;comp;rRNA;1590901;1593808;127;*;2908
;comp;tRNA;1593936;1594008;69;*;gca
;comp;tRNA;1594078;1594151;113;*;act
;comp;rRNA;1594265;1595828;295;*;1564
fin;;CDS;1596124;1596324;;0;
deb;comp;CDS;1787130;1788440;298;*;
;comp;rRNA;1788739;1788855;70;*;117
;comp;rRNA;1788926;1791833;217;*;2908
;comp;rRNA;1792051;1793614;507;*;1564
fin;comp;CDS;1794122;1794325;;;
deb;comp;CDS;1795068;1795472;102;*;
;comp;tRNA;1795575;1795648;3;*;gac
;comp;tRNA;1795652;1795724;2;*;gta
;comp;tRNA;1795727;1795800;35;*;cgt
;comp;tRNA;1795836;1795907;19;*;ggc
;comp;tRNA;1795927;1796000;3;*;cca
;comp;tRNA;1796004;1796076;7;*;aac
;comp;rRNA;1796084;1796200;70;*;117
;comp;rRNA;1796271;1799178;217;*;2908
;comp;rRNA;1799396;1800959;501;*;1564
fin;comp;CDS;1801461;1802087;;;
deb;;CDS;1813522;1815336;60;*;
;;misc_f;1815397;1815445;52;*;
fin;;CDS;1815498;1816658;;0;

Intergen51. lbu. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. lbu les différents types d'intercalaires.

ban*

ban opérons

Lien tableau: ban opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188
;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;;
comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63;
;;;;;;;;;;
comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130
comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;;
comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;;
comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;;
comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;;
comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;;
comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;;
comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;;
comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;;
comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;;
comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;;
comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;;
comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;;
comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;;
comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;;
comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;;
comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;;
comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;;
comp;1104305..1104380;;aca;;4;;;4;;
comp;1104385..1104460;;gta;;4;;;;;
comp;1104465..1104580;;5s;;97;;;;;
comp;1104678..1107604;;23s;;141;;;;;
comp;1107746..1109299;;16s;;694;*694;;;;
;1109994..1113038;;CDS;;;;;;*1015;
;;;;;;;;;;
comp;1306706..1307848;;CDS;;198;198;;;381;
comp;1308047..1308120;;gga;;115;115;;;;115
comp;1308236..1308889;;CDS;;;;;;218;
;;;;;;;;;;
;1312025..1312345;;CDS;;207;207;;;107;207
comp;1312553..1312637;;ttg;;10;;;10;;
comp;1312648..1312718;;tgc;;14;;;14;;
comp;1312733..1312807;;ggc;;5;;;5;;
comp;1312813..1312887;;caa;;63;;;63;;
comp;1312951..1313026;;cac;;19;;;19;;
comp;1313046..1313119;;tgg;;7;;;7;;
comp;1313127..1313210;;tac;;17;;;17;;
comp;1313228..1313303;;gta;;5;;;5;;
comp;1313309..1313383;;gaa;;24;;;24;;
comp;1313408..1313480;;acc;;4;;;4;;
comp;1313485..1313559;;aac;;9;;;;;
comp;1313569..1313684;;5s;;96;;;;;
comp;1313781..1316709;;23s;;141;;;;;
comp;1316851..1318405;;16s;;386;*386;;;;
;1318792..1319148;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1556278..1556507;;CDS;;57;57;;;77;57
comp;1556565..1556680;;5s;;49;;;;;
comp;1556730..1560126;;23s;;173;;;;;
comp;1560300..1562132;;16s;;476;*476;;;;
;1562609..1563322;;CDS;;;;;;238;
;;;;;;;;;;
>;1566949..1567219;;CDS;;99;99;;;90;99
comp;1567319..1567434;;5s;;46;;;;;
comp;1567481..1570409;;23s;;142;;;;;
comp;1570552..1572115;;16s;;451;*451;;;;
;1572567..1574498;;CDS;;;;;;*644;
;;;;;;;;;;
;1579539..1580615;;CDS;;14;14;;;359;14
comp;1580630..1580745;;5s;;45;;;;;
comp;1580791..1583912;;23s;;153;;;;;
comp;1584066..1585720;;16s;;294;294;;;;
comp;1586015..1587520;;CDS;;;;;;*502;
;;;;;;;;;;
comp;1600693..1601166;;CDS;;174;174;;;158;
comp;1601341..1601416;;gac;;3;;;3;;
comp;1601420..1601496;;atgf;;12;;;;;
comp;1601509..1601624;;5s;@1;46;;;;;
comp;1601671..1604598;;23s;;141;;;;;
comp;1604740..1606294;;16s;;75;;;;;
comp;1606370..1606440;;gga;;1;;1;;;
comp;1606442..1606518;;cca;+;4;;4;;;
comp;1606523..1606599;;cgt;Séquence 10;3;;3;;;
comp;1606603..1606691;;tta;;16;;16;;;
comp;1606708..1606782;;ggc;;29;;29;;;
comp;1606812..1606892;;cta;;14;;14;;;
comp;1606907..1606982;;aaa;;5;;5;;;
comp;1606988..1607062;;caa;;87;;*87;;;
comp;1607150..1607225;;gac;;46;;46;;;
comp;1607272..1607347;;gta;;4;;4;;;
comp;1607352..1607426;;gaa;;1;;1;;;
comp;1607428..1607502;;aac;2 aac;8;;8;;;
comp;1607511..1607587;;atc;;11;;11;;;
comp;1607599..1607669;;tgg;;6;;6;;;
comp;1607676..1607748;;aca;;9;;9;;;
comp;1607758..1607833;;ttc;;8;;8;;;
comp;1607842..1607917;;gac;;4;;4;;;
comp;1607922..1607998;;atgf;;20;;20;;;
comp;1608019..1608111;;tca;2 tca;54;;54;;;
comp;1608166..1608258;;tca;;20;;20;;;
comp;1608279..1608351;;gca;;16;;16;;;
comp;1608368..1608441;;cca;;10;;10;;;
comp;1608452..1608525;;cgt;;3;;3;;;
comp;1608529..1608617;;tta;;16;;16;;;
comp;1608634..1608708;;ggc;;29;;29;;;
comp;1608738..1608818;;cta;;13;;13;;;
comp;1608832..1608907;;aaa;;5;;5;;;
comp;1608913..1608987;;caa;;87;;*87;;;
comp;1609075..1609150;;gac;;46;;46;;;
comp;1609197..1609272;;gta;;4;;4;;;
comp;1609277..1609351;;gaa;;8;;8;;;
comp;1609360..1609450;;agc;;3;;3;;;
comp;1609454..1609528;;aac;;114;114;;;;114
comp;1609643..1610101;;CDS;;;;;;153;
;;;;;;;;;;
comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114
comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;;
comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;;
comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;;
comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;;
comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;;
comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;;
comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;;
comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;;
comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;;
comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;;
comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;;
comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;;
comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73;
;;;;;;;;;;
comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206
comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;;
comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;;
comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;;
comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500;
;;;;;;;;;;
comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824;
comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;;
comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160
comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161;
;;;;;;;;;;
comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190
comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;;
comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;;
comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;;
comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;;
comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;;
comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90;
;;;;;;;;;;
comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131;
comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;

ban cumuls

Lien tableau: ban cumuls

ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124

ban blocs

Lien tableau: ban blocs

ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;

ban distribution

Lien tableau: ban distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;

ban données intercalaires

Lien tableau: ban données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
Note du 2.12.22: correction des tRNA hors (-1, 139 tRNA-CDS) et tRNA cont (+1, 10 ttg)

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;400-600;;reste;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;effectif;;;long;long
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;ban;fx;fc;fx;fc
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;1416;3121;610;605
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;1;gaa;20;atgf;13;gaa;410;13;11;612;605
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;8;aac;54;tca;**;atgj;420;10;16;616;612
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;11;atc;20;tca;13;aaa;430;7;11;624;617
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;6;tgg;16;gca;21;gaa;440;9;8;627;617
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;9;aca;10;cca;41;gac;450;9;8;630;619
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;9;ttc;3;cgt;**;ttc;460;4;6;634;629
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;4;gac;16;tta;1;gga;470;4;5;636;630
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;20;atgf;29;ggc;**;aga;480;6;6;637;634
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;54;tca;13;cta;;;490;6;9;638;636
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;20;tca;5;aaa;;;500;6;7;648;641
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;16;gca;87;caa;;;510;2;5;660;642
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;10;cca;46;gac;;;520;8;2;665;645
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;3;cgt;4;gta;;;530;1;4;697;646
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;atc;16;tta;8;gaa;;;540;6;6;697;651
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;gca;29;ggc;3;agc;;;550;9;3;698;651
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;22;cta;**;aac;;;560;3;6;709;654
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;9;cac;10;gca;;;570;5;2;734;668
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;4;aca;5;ggc;;;580;5;2;744;670
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;gta;**;gta;5;aaa;;;590;7;6;769;677
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;aac;10;ttg;65;caa;;;600;2;2;777;677
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;atgf;14;tgc;17;tac;;;;;;783;685
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;intra;5;ggc;5;gta;;;;;;814;691
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;atc gca;63;caa;24;gaa;;;;;;825;692
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;19;cac;4;acc;;;;;;834;696
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;gaa;7;tgg;**;aac;;;;;;836;709
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;17;tac;4;gta;;;;;;853;721
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;5;gta;9;aca;;;;;;856;734
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;CDS-CDS;inf 50;;;24;gaa;22;cac;;;;;;870;737
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;intercalaire;;;;4;acc;29;cta;;;;;;883;741
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;c-;x-;;;**;aac;16;ggc;;;;;;897;744
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;-95;-89;;;3;gac;3;tta;;;;;;902;770
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;-65;;;;**;atgf;10;cgt;;;;;;956;827
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;-59;;;;1;gga;16;cca;;;;;;963;831
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;-59;;;;4;cca;20;gca;;;;;;1044;833
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;-59;;;;3;cgt;54;tca;;;;;;1073;847
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;-55;;;;16;tta;20;cta;;;;;;1140;871
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;-53;;;;29;ggc;1;atgf;;;;;;1149;953
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;total;intercalaires;;;14;cta;12;gac;;;;;;1159;963
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;749,857;;;5;aaa;14;ttc;;;;;;1195;967
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;ADN long;5,321,900;;;87;caa;10;aca;;;;;;1641;1004
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;%;14.1;;;46;gac;13;aaa;;;;;;;1078
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;4;gta;10;gga;;;;;;;1152
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;non RNA;9;;;1;gaa;7;atc;;;;;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;8;aac;7;aac;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;11;atc;6;agc;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;6;tgg;**;gaa;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;9;aca;;;;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;8;ttc;;;;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;4;gac;;;;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;suite;suite;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;;;

ban autres intercalaires aas

Lien tableau: ban autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;

Intergen51. ban. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. ban les différents types d'intercalaires.

ban séquences

33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;

bacilli synthèse

bacilli données intercalaires

Lien tableau: bacilli données intercalaires
Note: hors/contig pour considérer certains tRNA hors bloc comme appartenant au processus des contig

Les bacilli;;ban;bsu;lbu;lam;lmo;pmq;ppm;ppmp;;;;;* Autres intercalaires: 1456;;;ft: 271;Ici: 868;Reste: 317;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
compilation du 18.10.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;fx%;fc%;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA hors;;Hors / contig;;;;;bacilli;HC
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;2;9;218;295;87;14;183;1;144;1;86;1;98;1;79;1;15;1;5;5;1;2;1;lam;;ppm;;bsu;;2;3
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;13;85;224;349;123;34;;1;147;1;100;1;114;1;80;1;31;1;10;5;2;3;2;35;gaa;11;ttg;3;gaa;3;10
0;0;1;0;12;159;0;12;159;-1;1;525;20;114;230;387;130;36;;1;158;1;111;2;99;1;128;1;34;1;12;19;3;13;3;9;tca;11;tgc;4;gta;4;14
10;0;0;10;94;1534;1;7;264;-2;4;5;31;65;241;399;148;57;;1;177;1;113;2;127;1;129;1;36;1;14;30;4;16;4;3;atgf;6;ggc;22;aca;5;8
20;2;1;20;146;2063;2;10;262;-3;0;2;60;44;243;404;156;99;;1;231;1;133;2;132;1;130;1;38;1;19;38;5;12;5;6;gac;9;caa;4;tac;6;8
30;0;3;30;228;1179;3;9;210;-4;50;1371;47;36;258;452;175;208;;1;259;1;144;2;133;1;186;1;39;1;21;14;6;10;6;7;ttc;17;cac;*;caa;7;8
40;2;2;40;448;807;4;8;158;-5;0;1;31;33;272;477;178;277;;1;263;1;161;4;113;2;81;1;46;1;24;11;7;11;7;4;tac;7;tgg;4;aac;8;5
50;2;3;50;347;649;5;11;137;-6;5;2;27;38;289;513;190;296;;1;266;1;168;;;2;118;1;54;1;41;17;8;7;8;12;tgg;4;tac;29;agc;9;10
60;5;6;60;227;606;6;4;128;-7;1;29;29;39;291;533;206;176;;1;267;1;169;;;2;172;1;55;2;11;26;9;11;9;7;cac;22;aca;11;gaa;10;1
70;4;4;70;197;681;7;12;83;-8;5;448;28;36;295;547;237;183;;1;268;2;48;;;4;127;1;82;2;20;24;10;1;10;23;caa;35;ttc;26;caa;11;7
80;3;7;80;216;703;8;14;64;-9;5;0;33;33;298;570;298;236;;1;270;2;49;;;;;2;7;2;46;16;11;8;11;40;tgc;15;gac;11;aaa;12;4
90;9;5;90;211;646;9;9;105;-10;5;26;29;37;299;612;308;;;1;271;2;81;;;;;2;12;2;52;13;12;4;12;*;ttg;25;atgf;80;cta;13;5
100;7;4;100;245;606;10;10;123;-11;9;200;34;33;302;613;393;;;1;272;2;97;;;;;2;14;3;8;11;13;6;13;lbu;;58;gta;*;ctc;14;2
110;3;12;110;212;668;11;8;162;-12;2;0;36;29;309;649;460;;;1;290;2;101;;;;;2;18;5;69;10;14;2;14;3;aac;17;gaa;35;ttc;15;2
120;5;10;120;251;597;12;11;273;-13;1;29;30;26;318;695;767;;;1;353;2;145;;;;;2;20;;;12;15;3;15;24;cca;3;tcc;81;gac;16;2
130;6;13;130;270;531;13;15;222;-14;5;132;35;25;320;793;232;;;2;203;2;170;;;;;3;4;;;11;16;2;16;30;ggc;*;aac;9;gaa;17;5
140;4;7;140;221;470;14;21;240;-15;2;0;33;23;321;;343;;;2;218;3;50;;;;;3;43;;;12;17;5;17;2;cgt;ppmp;;*;aaa;18;0
150;2;6;150;261;458;15;15;263;-16;3;18;32;21;323;;216;;;2;280;3;71;;;;;4;9;;;3;18;0;18;3;gta;5;agc;pmq;;19;1
160;0;11;160;241;425;16;11;206;-17;4;97;28;21;344;;383;;;2;410;3;78;;;;;6;13;;;12;19;2;19;42;gaa;63;tgc;7;aac;20;0
170;3;8;170;234;388;17;17;174;-18;1;1;29;19;350;;163;;;3;167;4;69;;;;;;;;;10;20;0;20;9;tca;7;gaa;297;agc;21;1
180;3;3;180;204;376;18;18;214;-19;1;13;28;18;363;;;;;4;244;4;80;;;;;;;;;2;21;1;21;3;atgf;6;ctt;9;gaa;22;3
190;3;5;190;216;347;19;15;155;-20;3;78;27;16;364;;;;;4;269;6;70;;;;;;;;;8;22;3;22;6;gac;101;cca;*;ctc;23;1
200;2;4;200;206;327;20;15;154;-21;0;0;23;14;365;;;;;5;146;6;77;;;;;;;;;2;23;1;23;8;ttc;4;tgg;16;gca;24;1
210;6;3;210;199;293;21;10;165;-22;1;18;23;14;373;;;;;5;164;6;96;;;;;;;;;4;24;1;24;4;tac;7;tat;12;gaa;25;1
220;1;3;220;168;253;22;13;156;-23;1;55;20;13;376;;;;;7;217;8;55;;;;;;;;;5;25;1;25;13;tgg;6;caa;16;gta;26;1
230;4;7;230;169;255;23;19;126;-24;0;1;20;11;377;;;;;;;;;;;;;;;;;4;26;1;26;29;cac;5;cac;17;gac;27;0
240;2;1;240;149;243;24;28;144;-25;3;21;16;10;388;;;;;51;;66;;14;;16;;36;;24;;3;27;1;27;28;tgc;125;gac;9;cac;28;2
250;5;1;250;151;200;25;17;101;-26;5;53;17;9;408;;;;;tRNA 16s;23s tRNA;16s 5s;;;;;;;;;;5;28;2;28;*;ttg;10;gga;9;caa;29;3
260;1;3;260;121;173;26;29;102;-27;0;0;16;10;422;;;;;76;131;102;;;;;;;;;;8;29;3;29;17;ttg;4;aac;8;aaa;30;1
270;3;3;270;125;167;27;28;109;-28;1;7;12;8;445;;;;;159;;117;;;;;;;;;;2;30;1;30;28;ttg;9;tac;3;ctg;31;0
280;2;1;280;119;181;28;24;83;-29;3;32;11;7;445;;;;;170;;;;;;;;;;776;;1;31;0;31;29;tgc;82;ata;*;ggc;32;0
290;1;1;290;89;144;29;26;95;-30;0;0;12;7;451;;;;;171;;;;;;;;;;;;1;32;0;32;13;cac;5;atgi;40;ctc;33;0
300;1;0;300;82;121;30;34;98;-31;1;7;11;5;451;;;;;341;;;;;;;;;;;;1;33;3;33;4;tgg;4;aac;13;tcc;34;0
310;1;0;310;87;130;31;33;98;-32;3;28;8;7;489;;;;;;;8;;;;;;;;;;4;34;2;34;8;tac;131;tgg;19;atgj;35;3
320;0;1;320;81;95;32;30;75;-33;1;0;11;5;501;;;;;;;;;;;;;;;;;2;35;4;35;6;ttc;5;gaa;*;tcg;36;1
330;0;0;330;63;128;33;42;101;-34;1;5;8;6;510;;;;;;;;;;;;;;;;;1;36;1;36;3;gac;55;ggc;lmo;;37;0
340;3;1;340;79;91;34;33;67;-35;1;24;8;5;518;;;;;;;;;;;;;;;;;1;37;0;37;9;atgf;22;ttc;157;gaa;38;0
350;1;1;350;57;101;35;45;87;-36;2;0;6;4;520;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;0;38;42;tca;7;cga;9;acg;39;0
360;0;4;360;60;82;36;42;94;-37;0;8;5;5;533;;;;;;;;;;;;;;;;;2;39;0;39;261;gaa;5;cca;11;tac;40;2
370;1;1;370;47;71;37;39;62;-38;1;9;6;5;536;;;;;;;;;;;;;;;;;2;40;2;40;2;agc;5;ttg;6;caa;41;1
380;0;0;380;39;82;38;49;67;-39;1;0;5;3;562;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;1;41;3;atc;4;atc;*;aaa;42;2
390;1;2;390;47;88;39;66;90;-40;1;6;;;607;;;;;;;;;;;;;;;;;3;42;2;42;14;gga;5;atgf;ban;;55;1
400;0;2;400;36;59;40;69;66;-41;1;17;;;673;;;;;;;;;;;;;;;;;0;43;0;43;17;ttc;109;gca;13;aaa;58;1
reste;10;13;reste;760;973;reste;6487;12408;-42;2;0;;;744;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44;11;atgf;3;cga;21;gaa;63;1
total;108;163;total;7415;18150;total;7415;18150;-43;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;0;45;12;atgi;13;cta;41;gac;80;1
%reste;9,3;8,0;%reste;10,2;5,4;diagr;916;5583;-44;2;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;46;0;46;36;atgj;8;atc;*;ttc;81;1
 t30;2;4; t30;468;4776;;;;-45;1;0;;;44;16;20;11;1;92;;;;;;;;;;;;0;47;0;47;6;cca;4;aac;;;82;1
%t30;1,9;2,5;%t30;6,3;26,3;;;;-46;0;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;0;48;5;cgt;*;tgg;;;86;1
diagr;98;149;diagr;6643;17018;;;;-47;1;13;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;49;1;49;15;tta;8;gac;;;101;1
;;;;;;;;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50;4;ggc;86;tac;;;109;1
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-49;0;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;20;;11;aca;14;aaa;;;125;1
;;>0;<0;zéro;total;*;;;-50;1;31;;;;;;;;;;;;;;;;;;;561;391;;169;;12;cta;4;gga;;;131;1
;x;7403;164;12;7472;;;;reste;23;49;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;55;2;aaa;7;ttc;;;157;1
;c;17991;3390;159;21070;42610;;;total;164;3390;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;58;*;gta;*;acg;;;261;1
;;;;;;1456;;;%reste;14,0;1,4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;63;;;;;;;297;1
;;;;;;44066;;;diagr;86;1 437;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;55;1;80;;;;;;;;132
;;;;;;;;;%diagr;52,4;42,4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;81;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;82;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;60;2;86;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;63;1;101;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;65;1;108;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;67;1;109;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;77;1;111;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;112;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;125;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;102;1;131;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;104;1;139;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;106;1;157;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;138;1;230;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;158;1;261;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;265;1;297;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;lbu x+;151;;;;;;;;

bacilli données intercalaires 200

Lien tableau: bacilli données intercalaires 200;fc+400

total;2512;3289;1248;1098;1849;4540;3176;438
gen;bsu;ban;lam;lbu;lmo;pmq;ppm;ppmp
0;25;33;16;10;27;26;19;3
1;41;38;30;24;32;52;46;1
2;31;35;38;36;40;46;33;3
3;34;40;28;15;33;35;22;3
4;27;33;13;10;11;34;28;2
5;19;20;11;11;19;28;25;4
6;21;22;13;5;16;32;17;2
7;16;10;7;3;5;28;14;0
8;7;7;16;4;5;12;12;1
9;16;12;23;17;13;10;13;1
10;19;17;23;17;9;21;16;1
11;32;31;23;15;26;23;12;0
12;54;63;17;16;52;38;31;2
13;46;42;16;12;31;43;25;7
14;47;50;16;15;36;45;30;1
15;52;62;21;16;46;39;23;4
16;31;37;19;12;42;34;29;2
17;41;39;13;10;21;25;21;4
18;44;40;14;11;43;36;22;4
19;23;31;11;12;26;29;21;2
20;29;32;12;9;22;24;26;0
21;25;29;11;11;30;37;20;2
22;29;21;8;17;25;32;21;3
23;22;29;4;7;16;24;22;2
24;24;21;10;5;18;45;19;2
25;15;16;7;7;9;28;16;3
26;12;18;11;8;10;15;24;4
27;12;20;5;6;16;24;25;1
28;14;12;9;5;8;14;20;1
29;17;16;4;5;6;25;21;1
30;15;10;1;7;9;30;24;2
31;16;22;5;4;8;26;14;3
32;12;13;0;4;5;21;19;1
33;18;17;7;6;9;26;16;2
34;7;12;4;2;7;20;15;0
35;11;12;4;3;10;31;14;2
36;13;16;3;4;9;23;20;6
37;5;13;6;2;3;24;8;1
38;11;13;2;2;0;24;14;1
39;21;11;2;6;6;27;12;5
40;7;8;3;2;7;28;9;2
41;5;10;2;6;5;22;13;1
42;6;12;5;7;3;17;11;2
43;13;15;1;4;6;23;15;0
44;14;7;3;3;6;24;10;0
45;9;10;5;5;6;18;19;0
46;8;4;3;2;5;14;9;2
47;4;4;5;0;4;18;13;1
48;8;12;4;6;4;21;12;2
49;11;13;5;6;2;19;16;0
50;6;10;6;4;4;19;18;2
51;3;10;9;6;4;19;9;0
52;8;10;6;6;3;17;9;0
53;13;14;4;6;1;12;9;3
54;11;9;5;4;8;14;9;0
55;6;8;2;2;9;16;12;1
56;8;14;9;2;4;15;19;2
57;8;5;1;3;6;17;6;1
58;6;8;3;4;2;15;8;4
59;11;13;7;5;3;14;13;1
60;18;6;9;5;6;17;9;2
61;11;10;13;4;11;14;8;1
62;15;12;4;7;5;12;15;2
63;10;8;4;2;7;18;11;3
64;12;6;7;4;7;20;7;2
65;7;12;5;2;9;15;6;1
66;16;21;7;4;5;18;9;4
67;10;14;12;5;9;12;12;3
68;9;11;3;6;5;10;10;3
69;16;15;7;2;7;8;14;1
70;13;11;4;4;4;15;11;2
71;18;10;4;6;6;14;17;1
72;11;14;4;3;6;16;12;2
73;14;9;3;1;3;23;11;4
74;8;16;7;3;7;13;11;2
75;15;10;3;3;7;17;15;1
76;11;10;11;8;6;17;10;1
77;10;12;4;1;7;15;6;3
78;13;14;3;4;6;22;5;3
79;4;20;7;3;10;14;10;3
80;17;12;10;2;11;19;8;1
81;20;6;6;6;5;16;8;2
82;14;10;3;2;6;16;10;3
83;10;11;5;1;9;21;12;3
84;12;6;4;3;7;14;19;1
85;13;6;5;5;8;10;11;3
86;2;11;3;1;6;21;11;1
87;13;11;4;5;11;23;14;3
88;8;9;4;4;6;10;13;0
89;8;16;5;1;8;16;4;4
90;11;8;4;5;3;15;12;0
91;12;9;6;3;5;14;12;1
92;11;12;6;3;3;16;11;3
93;11;12;6;8;6;13;14;2
94;5;8;7;5;5;15;6;1
95;8;10;4;3;9;15;14;1
96;5;14;7;6;9;21;5;0
97;7;10;5;0;5;8;10;1
98;10;10;6;1;2;14;9;0
99;7;14;6;7;3;17;10;1
100;15;9;4;3;7;15;7;1
101;11;16;4;5;8;19;18;2
102;8;9;6;1;10;9;10;1
103;8;13;6;8;7;10;10;1
104;8;13;10;4;7;11;8;1
105;11;16;3;5;10;14;14;2
106;14;11;3;1;11;13;5;0
107;9;16;4;5;11;15;9;0
108;6;17;6;4;10;6;12;0
109;17;11;7;6;6;14;12;1
110;14;13;8;4;8;10;12;0
111;12;12;2;4;5;14;11;1
112;7;18;5;5;12;11;9;0
113;7;10;6;2;7;10;7;3
114;12;14;1;4;9;11;8;1
115;13;9;4;4;6;14;11;1
116;7;18;2;5;4;7;10;1
117;6;18;9;4;9;12;9;1
118;5;10;6;5;8;14;11;0
119;11;13;6;2;9;7;10;1
120;7;10;2;2;5;17;10;2
121;8;10;3;3;8;6;10;1
122;11;10;2;2;8;12;9;0
123;5;5;4;4;5;17;11;1
124;11;13;5;3;2;12;8;2
125;9;10;4;2;8;13;14;1
126;11;10;4;4;4;9;7;1
127;6;18;3;1;5;11;7;1
128;7;17;3;5;8;15;11;1
129;4;12;3;1;4;12;8;0
130;13;3;3;0;5;12;6;4
131;5;8;4;3;3;9;6;1
132;6;5;2;3;4;8;6;0
133;9;8;3;2;9;9;6;1
134;7;13;3;2;8;16;10;3
135;9;7;2;4;6;6;13;1
136;7;16;3;5;7;10;13;1
137;5;7;2;2;6;15;11;1
138;5;8;3;3;4;8;9;2
139;7;9;4;4;2;4;7;2
140;6;8;3;4;3;10;12;2
141;3;11;2;4;4;9;3;3
142;6;9;2;2;7;12;10;0
143;8;13;3;4;4;12;9;2
144;15;10;2;2;5;10;12;1
145;7;9;1;3;1;13;11;1
146;8;13;2;3;5;17;7;3
147;9;10;4;0;5;10;5;0
148;4;9;1;1;5;15;1;1
149;5;7;4;2;8;10;2;1
150;3;3;1;4;4;10;9;2
151;8;7;3;7;4;12;7;0
152;9;7;0;1;3;14;7;0
153;6;8;0;4;4;4;12;1
154;8;8;2;1;6;9;5;0
155;6;12;2;3;2;4;7;2
156;7;7;1;2;7;9;7;2
157;2;6;2;3;4;10;13;2
158;5;7;2;5;4;6;13;0
159;8;8;1;6;3;15;8;2
160;6;12;5;2;5;4;8;1
161;10;11;0;7;2;7;6;0
162;11;6;1;3;2;13;8;2
163;6;2;1;4;5;7;13;1
164;4;5;4;1;2;10;11;1
165;6;8;2;1;2;5;11;0
166;1;7;1;4;6;8;9;0
167;9;7;1;1;4;10;14;0
168;3;4;2;2;1;10;6;2
169;5;12;3;2;2;10;7;0
170;3;4;2;4;2;14;3;2
171;0;4;1;1;3;12;5;1
172;10;3;1;4;1;10;6;1
173;5;13;3;1;7;12;11;2
174;5;2;3;1;3;16;8;1
175;4;5;0;1;5;8;10;0
176;7;5;3;1;1;9;7;1
177;4;7;2;4;2;15;13;1
178;5;6;0;4;1;7;6;1
179;5;3;2;1;2;8;5;0
180;8;7;4;3;5;14;8;0
181;1;13;2;2;2;12;10;1
182;2;4;2;2;7;8;7;2
183;2;8;1;2;0;11;7;0
184;1;4;1;1;1;6;2;3
185;8;9;4;0;3;9;8;0
186;3;4;1;5;1;11;6;1
187;3;5;3;1;3;7;12;2
188;5;6;4;1;2;5;13;0
189;4;5;4;1;2;11;7;0
190;4;4;2;1;4;13;12;1
191;3;4;0;1;4;7;5;2
192;2;3;5;0;6;7;4;3
193;6;4;1;2;4;16;4;1
194;3;6;0;1;6;6;9;0
195;8;10;2;4;2;12;8;1
196;3;4;0;2;1;10;12;0
197;4;3;2;0;3;9;7;0
198;1;2;1;0;4;9;10;2
199;3;8;1;1;2;12;8;0
200;1;7;1;3;3;7;7;2
201;4;5;1;2;1;11;4;0
202;1;8;2;2;4;4;6;0
203;2;7;1;3;2;10;8;1
204;1;7;1;1;1;8;7;1
205;6;2;0;2;4;10;3;3
206;4;5;4;3;1;8;3;0
207;1;7;0;1;3;13;5;0
208;4;6;1;1;3;11;7;0
209;2;7;1;0;1;4;4;1
210;5;11;2;1;3;6;7;1
211;2;6;0;2;2;8;3;2
212;0;4;1;2;1;7;6;0
213;2;4;1;2;2;13;9;2
214;1;7;0;1;0;3;6;2
215;2;4;0;1;2;14;9;2
216;3;6;1;1;0;6;4;1
217;1;5;0;0;2;11;5;0
218;1;6;3;1;2;5;6;2
219;2;3;0;3;0;10;6;1
220;0;3;3;1;3;8;2;1
221;2;4;2;1;1;8;7;0
222;2;3;1;2;1;6;3;2
223;2;6;1;2;3;3;7;0
224;1;5;1;2;1;8;9;3
225;1;1;4;0;1;14;10;2
226;4;4;1;0;3;9;3;0
227;1;2;1;0;2;6;3;0
228;3;7;0;0;1;11;6;1
229;1;4;4;4;2;0;5;2
230;3;7;0;0;1;13;9;0
231;2;2;2;2;2;6;4;1
232;5;4;0;3;2;12;5;0
233;3;5;0;1;3;9;5;0
234;1;3;3;1;3;6;6;0
235;4;6;3;3;2;7;8;0
236;4;4;0;2;0;11;1;0
237;1;3;2;0;2;10;8;1
238;3;4;1;1;0;8;1;3
239;4;2;0;0;1;8;2;0
240;0;2;4;0;1;10;5;0
241;1;5;1;1;1;5;6;1
242;1;2;3;4;0;8;2;0
243;4;2;0;1;2;8;4;0
244;0;1;0;1;2;7;7;0
245;6;0;1;1;0;10;3;0
246;1;2;0;0;0;8;4;2
247;2;5;0;0;1;6;4;1
248;0;4;1;0;2;5;4;0
249;2;3;3;1;1;8;7;1
250;1;6;0;0;1;8;3;2
251;2;0;1;3;3;9;4;0
252;0;2;0;0;1;7;3;0
253;1;5;0;1;0;8;2;2
254;2;5;1;0;0;6;2;0
255;1;5;0;1;2;6;6;0
256;3;0;0;0;2;4;4;0
257;1;2;2;1;3;6;3;0
258;2;2;1;0;4;5;6;0
259;1;2;2;0;0;9;2;0
260;1;2;1;1;1;5;4;0
261;3;2;2;1;2;5;4;0
262;3;0;1;0;0;4;0;0
263;3;6;0;0;0;6;4;0
264;1;3;2;3;0;9;3;0
265;2;7;0;1;1;10;3;0
266;0;3;3;0;0;5;1;1
267;1;2;0;0;1;7;2;2
268;0;4;2;1;0;5;4;0
269;2;2;1;0;0;5;5;0
270;1;7;0;2;1;4;2;0
271;3;3;0;1;1;4;5;1
272;2;3;2;2;1;3;5;1
273;2;5;0;2;2;7;2;1
274;0;3;0;0;4;3;2;0
275;4;2;0;0;1;7;7;0
276;2;3;0;1;0;9;10;1
277;0;5;0;0;3;6;4;1
278;0;2;0;0;2;5;4;2
279;3;1;0;0;1;8;2;0
280;0;2;0;1;2;7;3;0
281;1;0;3;0;1;2;4;2
282;1;3;0;0;4;8;3;0
283;0;0;1;4;2;5;2;0
284;0;5;2;2;0;3;2;0
285;1;2;0;0;0;7;3;0
286;1;2;0;1;1;2;1;1
287;0;5;0;0;1;7;4;0
288;1;4;0;1;1;4;4;0
289;0;6;0;3;1;5;3;1
290;1;1;1;1;3;2;2;0
291;0;2;1;2;2;4;4;1
292;1;2;0;0;1;7;2;0
293;0;3;0;0;1;0;7;1
294;0;4;0;0;2;2;2;0
295;3;1;1;1;0;3;0;0
296;1;2;1;0;1;4;4;0
297;1;3;1;0;1;3;0;0
298;1;6;1;1;1;2;2;0
299;1;4;2;1;1;4;1;1
300;1;1;0;0;2;6;0;0
301;1;5;0;2;0;6;3;0
302;2;2;0;0;0;7;3;1
303;1;2;1;1;0;7;4;0
304;0;4;0;0;0;0;4;2
305;0;5;1;1;2;4;3;1
306;1;6;0;1;1;3;2;1
307;0;2;2;1;0;4;1;0
308;2;0;0;1;1;3;0;0
309;0;4;0;0;1;5;2;0
310;1;2;0;1;0;6;1;0
311;0;3;0;1;0;8;1;0
312;0;3;0;0;0;5;1;0
313;0;2;0;0;0;3;1;0
314;0;2;0;0;0;0;3;0
315;1;1;1;0;0;3;2;1
316;1;2;1;0;1;1;4;2
317;2;0;0;1;3;4;2;1
318;0;1;1;0;1;2;2;0
319;1;1;1;0;1;3;2;0
320;1;4;1;0;1;3;2;0
321;0;2;5;0;1;4;2;0
322;1;2;1;1;1;4;2;0
323;2;5;0;1;0;5;2;0
324;0;3;0;3;0;1;1;1
325;1;3;1;0;1;5;3;0
326;1;2;1;0;1;3;1;1
327;2;3;0;1;1;5;3;1
328;1;1;0;1;0;5;3;0
329;0;2;1;1;2;6;3;0
330;0;3;2;0;2;3;1;1
331;0;6;0;0;1;3;1;0
332;0;3;1;1;2;8;0;0
333;3;1;0;0;0;1;1;0
334;3;4;0;0;3;1;3;0
335;1;2;0;0;0;3;1;0
336;0;2;0;1;0;3;3;0
337;2;3;1;0;0;2;1;1
338;0;4;0;0;0;1;2;0
339;0;2;0;0;1;4;3;0
340;0;1;0;0;0;1;0;0
341;0;2;1;0;0;4;4;1
342;0;7;1;0;0;3;2;0
343;0;2;0;0;0;5;1;0
344;1;0;0;0;1;3;2;0
345;0;3;0;1;2;6;2;0
346;0;0;0;0;1;1;3;0
347;0;6;0;0;0;2;0;0
348;0;1;0;0;0;5;2;0
349;4;4;0;1;1;2;2;0
350;0;2;2;2;0;2;4;0
351;1;1;0;0;0;3;1;0
352;0;2;0;0;0;4;2;3
353;0;1;1;0;0;4;2;1
354;0;2;2;0;1;4;1;0
355;1;1;2;0;1;1;2;0
356;2;0;0;0;0;1;1;0
357;0;3;0;0;0;2;4;0
358;0;4;0;0;2;2;1;0
359;0;3;0;1;0;0;4;0
360;0;0;2;1;1;1;2;1
361;0;0;0;0;1;0;2;0
362;1;1;0;0;0;4;2;0
363;0;1;0;1;0;3;0;0
364;0;4;0;0;0;3;0;0
365;0;2;0;1;2;2;1;0
366;0;1;0;1;3;1;1;1
367;0;0;1;2;1;4;2;0
368;0;2;0;0;1;1;0;0
369;1;5;2;0;0;5;0;0
370;0;1;1;0;1;2;0;0
371;1;2;0;1;1;5;0;0
372;0;3;1;0;0;4;1;1
373;1;0;0;0;0;2;4;0
374;1;2;0;0;1;6;3;0
375;0;2;2;0;0;3;1;0
376;0;1;0;0;0;3;2;0
377;0;2;1;1;0;1;0;2
378;1;1;2;1;0;4;1;0
379;1;0;0;0;0;2;0;0
380;2;0;1;0;1;2;2;0
381;1;1;0;0;1;3;0;1
382;4;3;0;0;0;3;0;0
383;0;1;0;1;0;3;2;0
384;0;3;1;1;0;4;4;0
385;1;2;1;0;1;3;3;0
386;0;1;1;2;2;2;4;1
387;0;4;0;1;0;3;1;0
388;1;2;0;0;0;1;0;0
389;1;2;0;0;1;1;2;0
390;0;1;0;2;1;1;2;0
391;0;1;1;0;0;5;1;1
392;0;3;0;1;0;1;1;1
393;0;4;0;0;0;3;0;0
394;0;1;1;0;0;2;2;0
395;0;1;0;1;0;2;1;0
396;0;1;0;1;0;3;1;0
397;0;2;0;0;2;3;0;0
398;1;1;0;0;0;1;0;0
399;1;1;0;0;0;4;1;0
400;0;0;0;0;0;2;0;0
;;;;;;;;
;2438;3088;1207;1037;1771;4160;2936;381

bacilli données intercalaires 200

Lien tableau: bacilli données intercalaires 200

bacilli distribution par génome

Lien tableau: bacilli distribution par génome

baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760

bacilli distribution du total

Lien tableur: bacilli distribution du total

baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43

bacilli distribution par type

Lien tableur: bacilli distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;

bacilli par rapport au groupe de référence

Lien tableau: bacilli par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci  ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;

bacilli, estimation des -rRNAs

Lien tableau: bacilli, estimation des -rRNAs

;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est  43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554

clostridia

psor

psor opérons

Lien tableau: psor opérons

27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;

psor cumuls

Lien tableau: psor cumuls

psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121

psor blocs

Lien tableau: psor blocs

I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;

psor distribution

Lien tableau: psor distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;

psor données intercalaires

Lien tableau: psor données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;Sup 500;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;psor;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;psor;fx;fc;fx;fc
;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;629;2219;503;606
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;13;tta;13;atgj;12;tgc;410;10;11;511;608
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;15;atgf;6;ttc;3;aac;420;2;9;524;616
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;9;gaa;6;atc;**;aca;430;5;6;534;619
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;6;gga;31;cca;8;gta;440;4;4;538;619
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;5;gta;11;tgg;20;gaa;450;1;6;544;630
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;16;gac;6;atgi;10;aaa;460;3;5;570;632
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;4;aac;6;cca;10;aca;470;7;5;584;647
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;4;aca;11;agc;7;gac;480;0;6;587;653
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;15;tac;6;tca;9;gta;490;2;4;603;657
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;14;cta;12;aaa;5;gaa;500;0;6;623;659
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;7;aga;6;caa;**;aaa;510;1;1;643;684
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;gca;11;caa;19;aga;;;520;1;5;643;688
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;gca;6;aaa;11;gga;;;530;1;4;646;691
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;gca;3;tca;4;tac;;;540;2;3;679;698
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;gca;9;ttc;4;aca;;;550;1;0;704;699
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;8;atgj;31;aac;;;560;0;2;707;711
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;gca;21;atgi;16;aac;CDS-CDS;inf 50;570;1;3;713;725
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;gca;6;cca;5;gac;intercalaire;;580;0;1;723;733
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;gca;4;cac;6;gta;c-;x-;590;2;4;727;754
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;gca;25;tgc;9;gga;-113;-52;600;0;4;796;769
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;13;tta;15;gaa;total;intercalaires;;;;824;821
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;tta;15;atgf;13;atgf;;450,598;;;;827;840
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;gaa;9;gaa;**;tta;ADN long;3,550,458;;;;942;858
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;6;gga;;;%;12.7;;;;998;859
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;gga;5;gta;;;;;;;;1035;861
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;gga;16;gac;;;non RNA;49;;;;1088;872
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;aca;4;aac;;;;;;;;1217;876
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;4;aca;;;;;;;;1350;888
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;atgi;15;tac;;;;;;;;;888
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;atgj;11;cta;;;;;;;;;937
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;13;ggc;;;;;;;;;940
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;gga;7;aga;;;;;;;;;941
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;gga;11;caa;;;;;;;;;997
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;gga;6;aaa;;;;;;;;;1082
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;aca;3;tca;;;;;;;;;1115
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;intra;9;ttc;;;;;;;;;1170
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;tta atgi;8;atgj;;;;;;;;;1283
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;21;atgi;;;;;;;;;1310
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;6;cca;;;;;;;;;1445
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;9;cac;;;;;;;;;1537
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;21;aaa;;;;;;;;;2038
7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;6;tgc;;;;;;;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;10;cgt;;;;;;;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;**;gta;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;7;aga;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;9;ggc;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;5;gac;;;;;;;;;
;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;8;gta;;;;;;;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;**;gaa;;;;;;;;;
;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;;;

psor autres intercalaires aas

Lien tableau: psor autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
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;;tRNA;31245;31321;6;cca
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;;tRNA;32039;32114;4;aac
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;;tRNA;33360;33433;6;tgc
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;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
deb;;CDS;221659;221940;525;
;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
deb;;CDS;449964;450266;253;
;;rRNA;450520;452026;196;1507
;;rRNA;452223;455139;144;2917
;;rRNA;455284;455400;112;117
fin;comp;CDS;455513;456616;;
deb;;CDS;498418;499074;189;
;;rRNA;499264;500770;118;1507
;;tRNA;500889;500964;95;gca
;;rRNA;501060;503976;144;2917
;;rRNA;504121;504237;131;117
fin;;CDS;504369;504551;;
deb;;CDS;535194;536090;85;
;;ncRNA;536176;536362;27;
fin;comp;CDS;536390;537400;;
deb;;CDS;546886;550416;41;
;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg
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deb;;CDS;608009;608683;195;
;;tRNA;608879;608975;37;tga
fin;comp;CDS;609013;609732;;
deb;;CDS;664519;665208;281;
;;regulatory;665490;665566;155;
fin;;CDS;665722;667788;;
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;;tRNA;816727;816800;12;tgc
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;;tRNA;816892;816966;285;aca
fin;;CDS;817252;818727;;
deb;;CDS;871627;872337;134;
;;regulatory;872472;872649;13;
fin;;CDS;872663;873685;;
deb;;CDS;982641;983897;103;
;;regulatory;984001;984104;104;
fin;;CDS;984209;985012;;
deb;;CDS;1284870;1288097;111;
;;tRNA;1288209;1288297;426;cta
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deb;;CDS;1445161;1445664;135;
;;tRNA;1445800;1445868;258;other
fin;;CDS;1446127;1446813;;
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;comp;regulatory;2028481;2028580;345;
fin;;CDS;2028926;2029534;;
deb;comp;CDS;2147128;2147418;106;
;comp;regulatory;2147525;2147625;50;
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;comp;regulatory;2252846;2252890;465;
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;comp;tRNA;2268005;2268088;404;cta
fin;;CDS;2268493;2269758;;
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;comp;regulatory;2361365;2361480;190;
fin;comp;CDS;2361671;2362552;;
deb;comp;CDS;2523189;2523929;207;
;comp;regulatory;2524137;2524320;75;
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;comp;regulatory;2552846;2552929;39;
;comp;regulatory;2552969;2553052;39;
;comp;regulatory;2553092;2553175;39;
;comp;regulatory;2553215;2553298;63;
fin;comp;CDS;2553362;2554816;;
deb;comp;CDS;2701048;2701620;93;
;comp;regulatory;2701714;2701815;171;
fin;comp;CDS;2701987;2702790;;
deb;comp;CDS;2732519;2732845;274;
;comp;regulatory;2733120;2733211;363;
fin;comp;CDS;2733575;2735470;;
deb;comp;CDS;2850976;2851347;95;
;comp;regulatory;2851443;2851563;450;
fin;comp;CDS;2852014;2853708;;
deb;comp;CDS;3090637;3091464;131;
;comp;ncRNA;3091596;3091935;54;
fin;comp;CDS;3091990;3093003;;
deb;;CDS;3094098;3094784;40;
;comp;rRNA;3094825;3094941;78;117
;comp;rRNA;3095020;3097936;194;2917
;comp;rRNA;3098131;3099637;276;1507
fin;comp;CDS;3099914;3101161;;
deb;;CDS;3159922;3160827;37;
;comp;tRNA;3160865;3160956;120;agc
fin;comp;CDS;3161077;3161376;;
deb;comp;CDS;3274188;3274733;245;
;comp;rRNA;3274979;3275095;12;117
;comp;tRNA;3275108;3275181;107;gga
;comp;rRNA;3275289;3278214;137;2926
;comp;rRNA;3278352;3279858;253;1507
fin;comp;CDS;3280112;3280690;;
deb;comp;CDS;3299331;3300842;101;
;comp;regulatory;3300944;3301122;20;
fin;comp;CDS;3301143;3301745;;
deb;comp;CDS;3303104;3304150;124;
;comp;regulatory;3304275;3304459;96;
;comp;rRNA;3304556;3304672;11;117
;comp;tRNA;3304684;3304758;116;aca
;comp;rRNA;3304875;3307789;196;2915
;comp;rRNA;3307986;3309492;364;1507
fin;;CDS;3309857;3310504;;
deb;comp;CDS;3368437;3369900;236;
;comp;regulatory;3370137;3370238;63;
fin;comp;CDS;3370302;3370706;;
deb;comp;CDS;3407639;3408244;120;
;comp;regulatory;3408365;3408485;61;
fin;comp;CDS;3408547;3409716;;
deb;comp;CDS;3420136;3421329;134;
;comp;regulatory;3421464;3421568;139;
fin;;CDS;3421708;3422217;;
deb;comp;CDS;3438683;3439531;142;
;comp;tRNA;3439674;3439750;7;aga
;comp;tRNA;3439758;3439832;9;ggc
;comp;tRNA;3439842;3439918;5;gac
;comp;tRNA;3439924;3439999;8;gta
;comp;tRNA;3440008;3440082;5;gaa
;comp;rRNA;3440088;3440204;40;117
;comp;rRNA;3440245;3443168;112;2924
;comp;tRNA;3443281;3443356;109;gca
;comp;rRNA;3443466;3444972;138;1507
;comp;tRNA;3445111;3445187;13;atgj
;comp;tRNA;3445201;3445276;6;ttc
;comp;tRNA;3445283;3445359;6;atc
;comp;tRNA;3445366;3445442;31;cca
;comp;tRNA;3445474;3445549;11;tgg
;comp;tRNA;3445561;3445637;6;atgi
;comp;tRNA;3445644;3445720;6;cca
;comp;tRNA;3445727;3445817;11;agc
;comp;tRNA;3445829;3445917;6;tca
;comp;tRNA;3445924;3445999;12;aaa
;comp;tRNA;3446012;3446087;6;caa
;comp;tRNA;3446094;3446170;19;aga
;comp;tRNA;3446190;3446263;11;gga
;comp;tRNA;3446275;3446359;4;tac
;comp;tRNA;3446364;3446438;4;aca
;comp;tRNA;3446443;3446518;31;aac
;comp;tRNA;3446550;3446625;16;aac
;comp;tRNA;3446642;3446718;5;gac
;comp;tRNA;3446724;3446799;6;gta
;comp;tRNA;3446806;3446879;9;gga
;comp;tRNA;3446889;3446963;15;gaa
;comp;tRNA;3446979;3447054;13;atgf
;comp;tRNA;3447068;3447156;5;tta
;comp;rRNA;3447162;3447278;213;117
;comp;rRNA;3447492;3450406;196;2915
;comp;rRNA;3450603;3452109;239;1507
fin;comp;CDS;3452349;3452552;;
deb;comp;CDS;3479880;3480509;30;
;comp;regulatory;3480540;3480623;335;
fin;comp;CDS;3480959;3484165;;
deb;comp;CDS;3523330;3524046;129;
;comp;tRNA;3524176;3524251;8;gta
;comp;tRNA;3524260;3524334;20;gaa
;comp;tRNA;3524355;3524430;10;aaa
;comp;tRNA;3524441;3524515;10;aca
;comp;tRNA;3524526;3524602;7;gac
;comp;tRNA;3524610;3524685;9;gta
;comp;tRNA;3524695;3524769;5;gaa
;comp;tRNA;3524775;3524850;289;aaa
fin;;CDS;3525140;3526039;;
deb;comp;CDS;3549752;3549886;0;

Intergen51. psor. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. psor les différents types d'intercalaires.

cdc

cdc opérons

Lien tableau: cdc opérons

28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
dir    ;9857..10630;;cds;;179;179;774;;258;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;10810..12317;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;12370..12445;;gca;;249;;76;;;;
dir    ;12695..15596;;23s;;111;;2902;;;;
dir    ;15708..15824;;5s;;126;126;117;;;126;
dir    ;15951..16460;;cds;;;;510;;170;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir   ;19402..19857;;cds;;0;0;456;;152;0;nucleoside deaminase
dir   ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;;
dir   ;19987..20251;;ncRNA;@1;76;76;265;;;;
dir   ;20328..21965;;cds;;;;1638;;546;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;23419..24624;;cds;;505;*505;1206;;402;;glycosyl transferase
dir    ;25130..26637;;16s;;279;;1508;;;;
dir    ;26917..29816;;23s;+;180;;2900;;;;
dir    ;29997..30113;;5s;3 aaa;6;;117;;;;
dir    ;30120..30194;;aac;3 gta;6;;75;6;;;
dir    ;30201..30286;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;30302..30377;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;30385..30459;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;30469..30542;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;30548..30623;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;30629..30705;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;30715..30789;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;30804..30888;;tac;;8;;85;8;;;
dir    ;30897..30980;;cta;;29;;84;29;;;
dir    ;31010..31086;;aga;;7;;77;7;;;
dir    ;31094..31169;;caa;;88;;76;88;;;
dir    ;31258..31346;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;31350..31425;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;31432..31508;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;31520..31596;;atgi;;23;;77;23;;;
dir    ;31620..31696;;cca;;7;;77;7;;;
dir    ;31704..31780;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;31789..31864;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;31872..31945;;tgc;;6;;74;6;;;
dir    ;31952..32026;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;32032..32117;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;32133..32208;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;32216..32290;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;32300..32373;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;32379..32454;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;32460..32536;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;32546..32620;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;32635..32719;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;32729..32812;;cta;;23;;84;23;;;
dir    ;32836..32910;;ggc;;24;;75;24;;;
dir    ;32935..33011;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;33021..33096;;caa;;8;;76;8;;;
dir    ;33105..33180;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;33183..33271;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;33275..33350;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;33357..33433;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;33445..33521;;atgi;;17;;77;17;;;
dir    ;33539..33615;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;33624..33699;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;33707..33780;;tgc;;7;;74;7;;;
dir    ;33788..33864;;cgt;;12;;77;12;;;
dir    ;33877..33952;;gta;;75;75;76;;;75;
dir    ;34028..34441;;cds;;308;308;414;;138;;hp
dir    ;34750..38181;;cds;;;;3432;;1144;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;127011..127715;;cds;;281;281;705;;235;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir    ;127997..129505;;16s;;279;;1509;;;;
dir    ;129785..132685;;23s;+;131;;2901;;;;
dir    ;132817..132933;;5s;2 cca;6;;117;;;;
dir    ;132940..133014;;aac;;4;;75;4;;;
dir    ;133019..133093;;gaa;;5;;75;5;;;
dir    ;133099..133174;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;133180..133256;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;133267..133341;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;133356..133440;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;133450..133523;;gga;;10;;74;10;;;
dir    ;133534..133610;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;133620..133695;;caa;;11;;76;11;;;
dir    ;133707..133782;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;133785..133873;;tca;;17;;89;17;;;
dir    ;133891..133981;;agc;;8;;91;8;;;
dir    ;133990..134066;;cca;;85;;77;85;;;
dir    ;134152..134227;;tgg;;60;;76;60;;;
dir    ;134288..134364;;cca;;6;;77;6;;;
dir    ;134371..134447;;atc;;3;;77;3;;;
dir    ;134451..134526;;ttc;;7;;76;7;;;
dir    ;134534..134610;;atgj;;114;;77;;;;
dir    ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;;
dir    ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;;
dir    ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213;
comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;;
dir    ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;;
dir    ;150292..150366;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;150372..150457;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;150473..150548;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;150556..150630;;gaa;;14;;75;14;;;
dir    ;150645..150718;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;150724..150799;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;150805..150881;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;150892..150966;;ggc;;9;;75;9;;;
dir    ;150976..151049;;aga;;975;*975;74;;;;
dir    ;152025..152864;;cds;;;;840;;280;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase
dir   ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;;
dir   ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;;
dir   ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177;
dir   ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir    ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87;
dir    ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;;
dir    ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;;
dir    ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;;
dir    ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;;
dir    ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein
comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318;
dir    ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir   ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir   ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;;
<dir   ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir   ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase

cdc cumuls

Lien tableau: cdc cumuls

cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144

cdc blocs

Lien tableau: cdc blocs

7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;

cdc distribution

Lien tableau: cdc distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75

cdc données intercalaires

Lien tableau: cdc données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cdc;fx;fc;fx;fc;fc
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;515;2343;603;606;705
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;6;aac;4;aac;33;aca;410;2;14;606;608;707
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;15;tta;5;gaa;4;gta;420;8;9;609;611;718
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;7;atgf;5;gta;6;gaa;430;4;11;625;611;721
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;9;gaa;10;gac;**;aaa;440;5;10;638;611;722
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;5;gga;14;aca;;;450;6;5;649;613;724
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;5;gta;9;tac;;;460;2;11;651;618;727
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;9;gac;10;gga;;;470;9;10;655;619;741
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;14;aca;9;aga;;;480;7;8;657;622;743
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;8;tac;11;caa;;;490;3;11;658;625;744
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;29;cta;2;aaa;;;500;4;8;675;628;753
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;7;aga;17;tca;CDS-CDS;inf 50;510;0;5;676;629;767
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;88;caa;8;agc;intercalaire;;520;1;10;677;630;770
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;gca;3;tca;85;cca;c-;x-;530;2;8;679;630;790
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;6;ttc;60;tgg;-85;-52;540;1;4;686;631;796
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;gca;14;atgj;6;cca;-83;;550;2;6;689;634;800
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;gca;23;atgi;3;atc;-71;;560;4;2;694;634;808
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;gca;7;cca;7;ttc;-62;;570;1;6;702;634;816
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;8;cac;**;atgj;-52;;580;4;3;722;636;817
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;aac;7;aaa;5;aac;total;intercalaires;590;5;2;723;636;817
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;aac;6;tgc;15;tta;;636,447;600;6;4;730;636;820
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;5;aac;7;atgf;ADN long;4,110,554;;49;99;737;637;821
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;gga;15;tta;14;gaa;%;15.5;;;;769;637;823
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;7;atgf;5;gga;;;;;;769;638;826
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;atgj;9;gaa;5;gta;non RNA;156;;;;790;638;830
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;5;gga;10;gac;;;;;;791;638;837
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;gga;5;gta;9;ggc;;;;;;792;638;885
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;aca;9;gac;**;aga;;;;;;797;640;903
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;14;aca;;;;;;;;798;644;905
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;9;tac;;;;;;;;805;645;908
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;23;cta;;;;;;;;805;645;922
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;24;ggc;;;;;;;;821;647;924
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;9;aga;;;;;;;;850;647;940
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;8;caa;;;;;;;;871;647;962
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;2;aaa;;;;;;;;876;657;965
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;3;tca;;;;;;;;877;659;968
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;6;ttc;;;;;;;;882;660;973
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;14;atgj;;;;;;;;885;664;976
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;17;atgi;;;;;;;;910;667;992
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;8;cac;;;;;;;;924;677;1016
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;7;aaa;;;;;;;;941;681;1021
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;7;tgc;;;;;;;;950;684;1023
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;12;cgt;;;;;;;;985;691;1048
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;**;gta;;;;;;;;999;700;1063
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1060;;1093
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1100;;1119
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;;1100;;1133
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1127;;1171
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1208;;1192
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1295
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;1324
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;;;;1346
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1412
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1588
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1907

cdc autres intercalaires aas

Lien tableau: cdc autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
;;regulatory;254387;254488;220;*;
fin;;CDS;254709;256244;;;
deb;;CDS;309184;310275;308;*;
;;regulatory;310584;310674;406;*;
fin;;CDS;311081;311398;;;
deb;;CDS;378341;380728;585;*;
;;rRNA;381314;382816;315;*;1503
;;rRNA;383132;386029;127;*;2898
;;rRNA;386157;386273;177;*;117
fin;;CDS;386451;387059;;0;
deb;;CDS;393173;394945;131;*;
;;regulatory;395077;395269;188;*;
fin;;CDS;395458;396210;;;
deb;comp;CDS;518815;519642;205;*;
;;regulatory;519848;519954;69;*;
fin;;CDS;520024;520344;;0;
deb;;CDS;601016;601618;560;*;
;;misc_b;602179;602417;63;*;
fin;;CDS;602481;604400;;;
deb;;CDS;703255;703989;800;*;
;;regulatory;704790;704866;264;*;
fin;;CDS;705131;706387;;;
deb;;CDS;774245;775042;343;*;
;;misc_b;775386;775620;49;*;
fin;;CDS;775670;776689;;;
deb;comp;CDS;833130;833894;258;*;
;;tRNA;834153;834243;87;*;agc
fin;;CDS;834331;835119;;;
deb;;CDS;840990;843056;591;*;
;;misc_b;843648;843858;225;*;
fin;;CDS;844084;844899;;;
deb;;CDS;1027707;1028153;147;*;
;;misc_b;1028301;1028547;123;*;
fin;;CDS;1028671;1030413;;;
deb;;CDS;1089165;1090139;241;*;
;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503
;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898
;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga
;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117
fin;;CDS;1095670;1097688;;;
deb;;CDS;1140023;1140928;114;*;
;;ncRNA;1141043;1141223;182;*;
fin;;CDS;1141406;1142623;;0;
deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*;
;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg
fin;;CDS;1184734;1187382;;;
deb;;CDS;1221766;1222134;91;*;
;;regulatory;1222226;1222332;102;*;
fin;;CDS;1222435;1223640;;0;
deb;;CDS;1292920;1293819;907;*;
;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*;
fin;;CDS;1296897;1297052;;;
deb;;CDS;1347580;1348659;142;*;
;;misc_b;1348802;1349040;67;*;
fin;;CDS;1349108;1351747;;;
deb;;CDS;1503182;1503538;530;*;
;;repeat_region;1504069;1504755;391;*;
fin;comp;CDS;1505147;1506880;;;
deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*;
;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*;
fin;comp;CDS;1513062;1513736;;;
deb;;CDS;1583597;1584714;449;*;
;;regulatory;1585164;1585270;105;*;
fin;;CDS;1585376;1586341;;;
deb;;CDS;1612685;1614778;660;*;
;;repeat_region;1615439;1615732;167;*;
fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0;
deb;;CDS;1620655;1621623;151;*;
;;misc_b;1621775;1622027;71;*;
fin;;CDS;1622099;1623307;;0;
deb;;CDS;1668527;1669288;160;*;
;;misc_b;1669449;1669706;112;*;
fin;;CDS;1669819;1670058;;;
deb;;CDS;1708973;1709134;741;*;
;;repeat_region;1709876;1710232;238;*;
fin;;CDS;1710471;1710659;;;
deb;;CDS;1710778;1711644;452;*;
;;repeat_region;1712097;1712386;122;*;
fin;;CDS;1712509;1713036;;;
deb;;CDS;1745654;1747510;82;*;
;;misc_b;1747593;1747833;65;*;
;;misc_b;1747899;1748134;84;*;
fin;;CDS;1748219;1749436;;;
deb;;CDS;1770800;1771111;92;*;
;;regulatory;1771204;1771296;99;*;
fin;;CDS;1771396;1772190;;;
deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*;
;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*;
deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*;
;;regulatory;1835448;1835624;143;*;
deb;;CDS;1835768;1837498;109;*;
;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta
;;regulatory;1838585;1838689;209;*;
fin;;CDS;1838899;1839933;;;
deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*;
;;repeat_region;1849663;1850878;408;*;
fin;;CDS;1851287;1851574;;0;
deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*;
;;regulatory;1870833;1870876;100;*;
fin;;CDS;1870977;1871945;;;
deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*;
;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*;
deb;;CDS;1887967;1890450;87;*;
;;regulatory;1890538;1890649;141;*;
fin;;CDS;1890791;1892092;;;
deb;;CDS;1903300;1903731;430;*;
;;misc_b;1904162;1904373;162;*;
fin;;CDS;1904536;1905825;;;
deb;;CDS;1963260;1964567;85;*;
;;misc_b;1964653;1964915;125;*;
fin;;CDS;1965041;1965844;;;
deb;;CDS;1974995;1975732;110;*;
;;misc_b;1975843;1976050;252;*;
fin;;CDS;1976303;1977502;;;
deb;;CDS;2015338;2017995;53;*;
;;regulatory;2018049;2018151;109;*;
fin;;CDS;2018261;2019526;;;
deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*;
;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*;
;;regulatory;2143958;2144047;52;*;
fin;;CDS;2144100;2144276;;0;
deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*;
;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*;
fin;comp;CDS;2155032;2155430;;;
deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*;
;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*;
deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*;
;;regulatory;2157412;2157509;54;*;
fin;;CDS;2157564;2157740;;;
deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*;
;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*;
fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0;
deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*;
;;repeat_region;2200186;2200869;830;*;
fin;comp;CDS;2201700;2202572;;;
deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*;
;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*;
fin;comp;CDS;2209489;2210106;;;
deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*;
;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*;
fin;;CDS;2276688;2278034;;;
deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*;
;;misc_b;2291548;2291779;107;*;
fin;;CDS;2291887;2293368;;;
deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*;
;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*;
fin;comp;CDS;2434700;2434903;;;
deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*;
;;regulatory;2476388;2476476;189;*;
fin;;CDS;2476666;2478033;;0;
deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*;
;;regulatory;2502116;2502205;53;*;
fin;;CDS;2502259;2502435;;;
deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*;
;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*;
fin;comp;CDS;2525213;2526364;;;
deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*;
;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*;
fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0;
deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*;
;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*;
fin;comp;CDS;2596567;2597583;;;
deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*;
;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga
fin;comp;CDS;2696703;2697542;;;
deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*;
;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*;
fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0;
deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*;
;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*;
fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0;
deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*;
;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*;
fin;comp;CDS;2858087;2858614;;;
deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*;
;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*;
fin;comp;CDS;2948632;2949822;;;
deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*;
;;regulatory;2958868;2958969;72;*;
fin;;CDS;2959042;2960385;;;
deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*;
;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*;
deb;;CDS;2981767;2982444;159;*;
;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca
;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898
;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503
fin;;CDS;2987705;2988643;;0;
deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*;
;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*;
fin;comp;CDS;3096356;3097759;;;
deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*;
;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*;
deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*;
;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*;
fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0;
deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*;
;;repeat_region;3244625;3246042;183;*;
fin;comp;CDS;3246226;3246492;;;
deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*;
;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*;
fin;comp;CDS;3276416;3277309;;;
deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*;
;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*;
fin;comp;CDS;3407875;3409527;;;
deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*;
;;repeat_region;3491430;3492052;252;*;
fin;comp;CDS;3492305;3494290;;;
deb;;CDS;3508604;3509509;673;*;
;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*;
fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0;
deb;;CDS;3600566;3601447;77;*;
;;regulatory;3601525;3601699;172;*;
fin;;CDS;3601872;3602873;;;
deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*;
;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*;
fin;comp;CDS;3640186;3641013;;;
deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*;
;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*;
fin;comp;CDS;3656089;3656931;;;
deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*;
;;regulatory;3690789;3690904;174;*;
fin;;CDS;3691079;3692449;;0;
deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*;
;;regulatory;3750238;3750334;53;*;
fin;;CDS;3750388;3750564;;;
deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*;
;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117
;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898
;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503
fin;comp;CDS;3794009;3794587;;;
deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*;
;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*;
fin;comp;CDS;3812242;3812856;;;
deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*;
;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*;
fin;comp;CDS;3906737;3907687;;;
deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*;
;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*;
fin;comp;CDS;3934329;3934850;;;
deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*;
;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117
;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898
;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503
fin;comp;CDS;3949723;3949917;;;
deb;;CDS;4084445;4085437;382;*;
;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca
;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa
;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;

Intergen51. cdc. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. cdc les différents types d'intercalaires.

cdc psor

Lien tableau: cdc psor

cdc-psor  comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6;
atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7;
cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52;
tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7;
gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10;
aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0
gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0
gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0
gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31;
gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor  coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t.  -2+2;24;;

cdc8

cdc8 opérons

Lien tableau: cdc8 opérons

28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir   ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir   ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir   ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir   ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir   ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir   ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir   ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir   ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir   ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir   ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir   ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir   ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir   ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir   ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir   ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir   ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir   ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir   ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir   ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir   ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir   ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir   ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir   ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir   ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir   ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir   ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir   ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir   ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir   ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir   ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir   ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
dir   ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;;
dir   ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir   ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir   ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir   ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir   ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir   ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir   ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir   ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir   ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir   ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir   ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir   ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir   ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir   ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir   ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir   ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir   ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir   ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir   ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir   ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
<> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
dir   ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir   ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir   ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir   ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir   ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir    ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir    ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir    ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir    ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir    ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir    ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir    ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir    ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir    ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
<comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir    ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir    ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir    ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir    ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir    ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir    ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir    ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir    ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir    ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir    ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir    ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir    ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir    ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir    ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
<>comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir    ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir    ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
>comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir    ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir    ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir    ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir    ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir    ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir    ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir    ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir    ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir    ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir    ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir    ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir    ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir    ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir    ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir    ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir    ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir    ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir    ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir    ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir    ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir    ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir    ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir    ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir    ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir    ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir    ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir    ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir    ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir    ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir    ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir    ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
<dir    ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir    ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir    ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein

cdc8 cumuls

Lien tableau: cdc8 cumuls

cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97

cdc8 blocs

Lien tableau: cdc8 blocs

cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;

cdc8 cdc psor 43

Lien tableau: cdc8 cdc psor 43

cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6
cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13
ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11
aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3
aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3
atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21;
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14
cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1
gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2
cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;

cdc8 cdc psor 18

Lien tableau: cdc8 cdc psor 18

cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas;
cds;214;;;;;16s;321;16s;196;
cds;554;;;;;23s;181;23s;213;
cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5;
cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2
23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0
aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4;
tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10
gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11;
aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19;
caa;11;caa;11;0;;caa;89;aga;6;-1
aaa;2;aaa;2;0;;tca;3;caa;12;
tca;18;tca;17;-1;;ttc;6;aaa;6;
agc;8;agc;8;0;;atgj;11;tca;11;
cca;85;cca;85;0;;atgi;29;agc;6;
tgg;60;tgg;60;0;;cca;7;cca;6;
cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11;
atc;3;atc;3;0;;aaa;353;tgg;31;
ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6;
;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas;
cds;214;5s;5;;;;;cds;214;
cds;554;tta;13;;;;;cds;554;
cds;0;atg;15;;;cdc8;19aas;cds;0;
cds;167;gaa;9;;;16s;321;cds;167;
23s°;132;gga;6;;;23s;181;23s°;132;
5s;6;gta;5;0;;5s;6;5s;6;
aac;4;gac;16;;;aac;6;aac;4;
gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5;
gta;5;aac;4;;;atgf;7;gta;5;0
gac;11;aca;4;-10;;gaa;9;gac;11;2
aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0
tac;9;gga;19;9;;gta;5;tac;9;
gga;10;aga;6;-3;;gac;9;gga;10;
aga;9;caa;12;1;;aca;14;aga;9;2
caa;11;aaa;6;4;;tac;10;caa;11;
aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18;
agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
tgg;60;tgg;31;-29;;ttc;6;tgg;60;
cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
atc;3;atc;6;3;;atgi;29;atc;3;
ttc;7;ttc;13;6;;cca;7;ttc;7;
atgj;114;atg;138;24;;cac;8;atgj;114;
;;;;;;aaa;353;;;

cdc8 cdc psor 9

Lien tableau: cdc8 cdc psor 9

cdc8;18aas;cdc8;9aas;;;cdc8;9aas;cdc;9aas;
cds;214;;;;;cds;281;16s;52;
cds;554;;;;;16s°;100;gca;373;
cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126;
cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7;
23s°;132;23s°;126;;;aac;6;aac;5;-1
5s;6;5s;7;;;tta;15;tta;15;0
aac;4;aac;6;;;atgf;7;atgf;7;0
gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6
gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1
gac;11;gaa;8;;;gta;5;gta;5;0
aca;14;gga;4;;;gac;10;gac;10;0
tac;9;gta;5;0;;ggc;9;ggc;9;0
gga;10;gac;10;;;aga;954;aga;975;21
aga;9;ggc;9;;;cds;;cds;;
caa;11;aga;954;;;;;;;
aaa;2;cds;;;;cdc8;I4;cdc;VIII1;
tca;18;;;;;;;16s;68;
agc;8;;;;;16s;217;gca;271;
cca;85;;;;;23s;126;23s;126;0
tgg;60;;;;;5s;216;5s;213;-3
cca;5;;;;;cds;372;cds;372;0
atc;3;;;;;cds;21;cds;21;0
ttc;7;;;;;cds;778;cds;776;-2
atgj;114;;;;;16s;261;16s;52;
;;;;;;23s;201;gca;373;
cdc8;19aas;cdc8;9aas;;;5s;5;23s;126;-75
;;cds;281;;;;;5s;7;2
16s;321;16s°;100;;;;;;;
23s;181;23s°;126;;;psor;VII1;cdc8;VII1;
5s;6;5s;7;;;CDS;431;cds;179;
aac;6;aac;6;0;;16s;54;16s;161;
tta;15;tta;15;9;;gca;114;5s;201;
atgf;7;atgf;7;-8;;23s;193;23s;217;
gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108;
gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2
gta;5;gta;5;0;;atg;123;tta;5;0
gac;9;gac;10;;;16s;54;5s;201;8
aca;14;ggc;9;;;gca;114;23s;375;261
tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2
cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23
aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
caa;89;;;;;atg;123;gca;248;
tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2
ttc;6;;;;;gca;114;16s°;321;134
atgj;11;;;;;23s;78;23s;100;
atgi;29;;;;;5s;100;16s°;320;
cca;7;;;;;CDS;;23s°;100;
cac;8;;;;;;;23s’;126;
aaa;353;;;;;;;5s;127;
;;;;;;;;cds;;

cdc8 cdc protéines

Alignement sur cdc

Lien tableau: Alignement sur cdc

;cdc;;;;;;cdc8;;;;;
ordre;Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;Peptoclostridium difficile M68;;;;;
0;dir    ;9857..10630;cds;179;774;SigB;dir    ;4194196..4196423;23s’;100;2228;
;dir    ;10810..12317;16s;52;1508;;dir    ;4196524..4197091;16s°;320;568;
;dir    ;12370..12445;gca;249;76;;dir    ;4197412..4199044;23s°;100;1633;
1;dir    ;12695..15596;23s;111;2902;;dir    ;4199145..4201593;23s’;126;2449;
;dir    ;15708..15824;5s;126;117;;dir    ;4201720..4201836;5s;127;117;
;dir    ;15951..16460;cds;11;510;NadR;dir    ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR
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;;;;;;;;;;;;
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;dir    ;29997..30113;5s;6;117;;dir   ;978..1094;5s;6;117;
3;dir    ;30120..30194;aac;6;75;;dir   ;1101..1175;aac;6;75;
;dir    ;;**41aas;12;;;dir   ;;**41aas;12;;
;dir    ;33877..33952;gta;75;76;;dir   ;4868..4943;gta;75;76;
;dir    ;34028..34441;cds;308;414;hp-414;dir   ;5019..5432;cds;308;414;hp-414
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;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;dir;4300349..4300807;cds;554;459;Helix
;dir    ;127011..127715;cds;281;705;CwlD;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740
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;dir    ;132817..132933;5s;6;117;;dir   ;4304432..4304548;5s;6;117;
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;dir    ;;**16aas;8;;;dir   ;;**16aas;8;;
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;dir    ;134725..136115;16s;68;1391;;;;;;;
;dir    ;136184..136259;gca;271;76;;dir    ;4232593..4234098;16s;217;1506;
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;dir    ;147142..150041;23s;126;2900;;dir   ;96095..97613;23s°;126;1519;
;dir    ;150168..150284;5s;7;117;;dir   ;97740..97856;5s;7;117;
6;dir    ;150292..150366;aac;5;75;;dir   ;97864..97938;aac;6;75;
;dir    ;;**7aas;6;;;dir   ;;**7aas;6;;
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;;;;;;;;;;;;
;dir   ;378341..380728;cds;583;2388;cad;dir   ;306829..309216;cds;733;2388;cad
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;;;;;;;;;;;;
;comp;833130..833894;cds;258;765;DeoR;comp;861856..862620;cds;258;765;DeoR
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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14;comp;3944816..3947715;23s;217;2900;;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;
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;;;;;;;;;;;;
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15;comp;4085928..4086003;gta;4;76;;comp;4137365..4137440;gta;4;76;
;comp;4086008..4086082;gaa;6;75;;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;
;comp;4086089..4086164;aaa;326;76;;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;
;comp;4086491..4087780;cds;;1290;succinate;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate

Alignement sur cdc8

Lien tableau: Alignement sur cdc8

;cdc8;;;;;;;cdc8;;;;;;;psor;;;;
ordre cdc;sens;adresse;gène;intercal;pbs;abrégé;;ordre cdc;sens;adresse;gène;intercal;pbs;abrégé;adresse;gène;intercal;pbs;abrégé
insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;;0;dir    ;4178197..4178970;cds;179;774;SigB;127845..129260;CDS;100;1416;R-deca
insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;;insert;dir    ;4179150..4180587;16s;161;1438;;127628..127744;5s;78;;
;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;;insert;comp;4180749..4180865;5s;201;117;;124628..127549;23s;114;;
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;dir   ;;**16aas;8;;;;insert;comp;4189568..4189643;gca;52;76;;119157..119232;gca;54;;
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;dir   ;4306341..4307538;16s;0;1198;;;insert;dir    ;4191060..4192225;16s’;52;1166;;117396..117472;atg;9;;
;dir   ;4307539..4308225;cds;100;687;xylose;;insert;dir    ;4192278..4192353;gca;248;76;;117298..117386;tta;5;;
;dir   ;1..796;23s°;181;796;;;insert;dir    ;4192602..4193197;23s°;100;596;;117176..117292;5s;193;;
3;dir   ;978..1094;5s;6;117;;;insert;dir    ;4193298..4193874;16s°;321;577;;114067..116982;23s;114;;
;dir    ;1101..1175;aac;6;75;;;insert;dir    ;4194196..4196423;23s’;100;2228;;113877..113952;gca;54;;
;dir    ;;**41aas;12;;;;;dir    ;4196524..4197091;16s°;320;568;;112316..113822;16s;431;;
;dir    ;4868..4943;gta;75;76;;;1;dir    ;4197412..4199044;23s°;100;1633;;111345..111884;CDS;;540;Art-reda
;dir    ;5019..5432;cds;308;414;hp-414;;;dir    ;4199145..4201593;23s’;126;2449;;;;;;
;dir    ;5741..9172;cds;;3432;pyruvate ;;;dir    ;4201720..4201836;5s;127;117;;;;;;
;;;;;;;;;dir    ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR;;;;;
;dir   ;94032..94736;cds;281;705;CwlD;;;dir    ;4202485..4203366;cds;458;882;mecano;;;;;
;dir   ;95018..95994;16s°;100;977;;;;dir    ;4203825..4205096;cds;320;1272;S-ligase;;;;;
;dir   ;96095..97613;23s°;126;1519;;;;dir    ;4205417..4205872;cds;0;456;Nuc-de;;;;;
6;dir   ;97740..97856;5s;7;117;;;;dir    ;4205873..4205964;tcc;37;92;;;;;;
;dir   ;97864..97938;aac;6;75;;;2;dir    ;4206002..4206266;ncRNA;76;265;;;;;;
;dir   ;;**7aas;6;;;;;dir    ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau;;;;;
;dir   ;98542..98615;aga;954;74;;;;;;;;;;;;;;
;dir   ;99570..100409;cds;;840;TIGR;;insert;comp;4209435..4210639;cds;496;1205;Glyco-tr;;;;;
;;;;;;;;insert;;4211136..4212643;16s;321;1508;;;;;;
;<> cp;309950..310076;cds;1;127;seleno;;insert;;4212965..4213127;23s°;100;163;;;;;;
;dir   ;310078..311313;23s°;126;1236;;;insert;<>comp;4213228..4213849;cds;;622;CHAP;;;;;
7;dir   ;311440..311556;5s;177;117;;;insert;;;;;;;;;;;
;dir   ;311734..312342;cds;;609;DedA;;insert;comp;4213961..4214620;cds;228;660;A-1chlor;;;;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4214849..4216199;16s;321;1351;;;;;;
;comp;861856..862620;cds;258;765;DeoR;;insert;dir    ;4216521..4217008;23s°;101;488;;;;;;
8;dir   ;862879..862969;agc;87;91;;;insert;comp;4217110..4218529;23s°;250;1420;;;;;;
;dir   ;863057..863845;cds;;789;flagellar;;insert;comp;4218780..4218855;gca;52;76;;;;;;
;;;;;;;;insert;comp;4218908..4219471;16s°;100;564;;;;;;
;dir    ;1106477..1107451;cds;238;975;Mannosyl;;insert;comp;4219572..4219856;23s°;217;285;;;;;;
;dir    ;1107690..1109197;16s;320;1508;;;insert;comp;4220074..4221581;16s;179;1508;;;;;;
;dir    ;1109518..1112416;23s;91;2899;;;insert;>comp;4221761..4222206;cds;386;446;SigB2;3452349..3452552;CDS;239;204;hp-204
;dir    ;1112508..1112581;gga;8;74;;;insert;dir    ;4222593..4224100;16s;321;1508;;3450603..3452109;16s;196;;
9;dir    ;1112590..1112706;5s;273;117;;;insert;dir    ;4224422..4227321;23s;181;2900;;3447492..3450406;23s;213;;
;dir    ;1112980..1114998;cds;;2019;Ala amid;;insert;dir    ;4227503..4227619;5s;6;117;;3447162..3447278;5s;5;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4227626..4227700;aac;6;75;;3447068..3447156;tta;13;;
;comp;1196804..1198213;cds;1378;1410;MBOAT;;insert;dir    ;4227707..4227792;tta;15;86;;3446979..3447054;atg;15;;
10;comp;1199592..1199674;ttg;318;83;;;insert;dir    ;4227808..4227883;atgf;7;76;;3446889..3446963;gaa;9;;
;dir    ;1199993..1202641;cds;;2649;PolyI;;insert;dir    ;4227891..4227965;gaa;9;75;;3446806..3446879;gga;6;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4227975..4228048;gga;5;74;;3446724..3446799;gta;5;;
;dir    ;1850896..1852626;cds;109;1731; NhaC;;insert;dir    ;4228054..4228129;gta;5;76;;3446642..3446718;gac;16;;
11;dir    ;1852736..1852816;cta;334;81;;;insert;dir    ;4228135..4228211;gac;9;77;;3446550..3446625;aac;31;;
;dir    ;1853151..1853666;cds;;516;HXXEE;;insert;dir    ;4228221..4228295;aca;14;75;;3446443..3446518;aac;4;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4228310..4228394;tac;10;85;;3446364..3446438;aca;4;;
;dir    ;3024038..3024715;cds;150;678;SrtB;;insert;dir    ;4228405..4228488;cta;28;84;;3446275..3446359;tac;11;;
;comp;3024866..3024940;aca;93;75;;;insert;dir    ;4228517..4228593;aga;7;77;;3446190..3446263;gga;19;;
12;comp;3025034..3027933;23s;184;2900;;;insert;dir    ;4228601..4228676;caa;89;76;;3446094..3446170;aga;6;;
;comp;3028118..3029625;16s;374;1508;;;insert;dir    ;4228766..4228854;tca;3;89;;3446012..3446087;caa;12;;
;dir    ;3030000..3030938;cds;;939;lactam;;insert;dir    ;4228858..4228933;ttc;6;76;;3445924..3445999;aaa;6;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4228940..4229016;atgj;11;77;;3445829..3445917;tca;11;;
;dir    ;3805298..3806743;cds;208;1446;Y-r2;;insert;dir    ;4229028..4229104;atgi;29;77;;3445727..3445817;agc;6;;
;comp;3806952..3807028;agg;61;77;;;insert;dir    ;4229134..4229210;cca;7;77;;3445644..3445720;cca;6;;
;<comp;3807090..3808790;cds;;1701;fdHa;;insert;dir    ;4229218..4229294;cac;8;77;;3445561..3445637;atg;11;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4229303..4229378;aaa;353;76;;3445474..3445549;tgg;31;;
;comp;3875816..3876886;cds;452;1071;ABC;;insert;comp;4229732..4229848;5s;126;117;;3445366..3445442;cca;6;;
;comp;3877339..3877455;5s;125;117;;;insert;comp;4229975..4232010;23s’;582;2036;;3445283..3445359;atc;6;;
13;comp;3877581..3880480;23s;261;2900;;;;dir    ;4232593..4234098;16s;217;1506;;3445201..3445276;ttc;13;;
;comp;3880742..3882249;16s;190;1508;;;;dir    ;4234316..4237215;23s;126;2900;;3445111..3445187;atg;;;
;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir    ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;;
;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;;
;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir    ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;;
;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir    ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;;
14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir    ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;;
;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir    ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;;
;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir    ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda
;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir    ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir    ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir    ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir    ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir    ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir   ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir   ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca

cdc8 cdc création de cds

Lien tableau: cdc8 cdc création de cds

;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;<4307539..4308225;687;;;;
CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846

cdc8 cdc abrégé protéines

Lien tableau: cdc8 cdc abrégé protéines

A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2

cdc8 cdc psor stats

Lien tableau: cdc8 cdc psor stats

NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total)         ;4 025;3 807;3 528
CDS (total)           ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding)        ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding)          ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA)           ;155;116;160
RRNAs  (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs        ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs     ;108;83;105
ncRNAs    ;4;4;4
Pseudo Genes (total)  ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)       ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)         ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)      ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)  ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays         ;4;9; - 
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37

cdc8 distribution

Lien tableau: cdc8 distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9

cdc8 données intercalaires

Lien tableau: cdc8 données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cdc8;fx;fc;fx;fc;fc
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;548;2485;608;601;805
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;aac;6;aac;33;aca;410;6;9;625;602;808
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;tta;15;tta;4;gta;420;7;15;636;602;815
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;atgf;7;atgf;6;gaa;430;7;8;646;604;816
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;gaa;9;gaa;**;aaa;440;7;12;655;606;826
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;gga;5;gga;;;450;4;13;658;610;828
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;gta;5;gta;;;460;1;12;671;612;844
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;gac;9;gac;;;470;13;5;674;618;865
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;aca;14;aca;;;480;7;4;677;619;871
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;tac;10;tac;;;490;2;10;679;624;884
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;cta;28;cta;CDS-CDS;inf 50;500;5;5;685;628;890
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;aga;7;aga;intercalaire;;510;2;3;689;630;910
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;caa;89;caa;c-;x-;520;1;11;695;634;916
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;tca;3;tca;-89;néant;530;1;9;695;635;962
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;ttc;6;ttc;-82;;540;3;5;702;637;964
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;atgj;14;atgj;-71;;550;3;7;716;637;966
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;atgi;29;atgi;-62;;560;5;6;722;637;972
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;cca;7;cca;-52;;570;1;4;723;641;987
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;cac;8;cac;total;intercalaires;580;5;6;731;641;1001
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;aaa;**;aaa;;663,874;590;3;6;733;641;1003
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;tgc;4;aac;ADN long;4,308,325;600;5;4;733;644;1007
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;aac;5;gaa;%;15.4;;50;88;753;646;1018
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;tta;5;gta;;;;;;766;646;1024
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;atgf;11;gac;non RNA;191;;;;782;647;1044
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;gaa;14;aca;;;;;;787;648;1048
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;gga;9;tac;;;;;;789;648;1057
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;gta;10;gga;;;;;;798;649;1064
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;gac;9;aga;;;;;;799;661;1082
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;aca;11;caa;;;;;;804;667;1117
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;tac;2;aaa;;;;;;805;685;1211
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;cta;18;tca;;;;;;837;689;1218
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;ggc;8;agc;;;;;;873;695;1243
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;aga;85;cca;;;;;;877;702;1262
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;caa;60;tgg;;;;;;881;704;1347
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;aaa;5;cca;;;;;;885;708;1357
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;tca;3;atc;;;;;;887;716;1398
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;ttc;7;ttc;;;;;;899;718;1411
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;atgj;**;atgj;;;;;;903;723;1554
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;atgi;;;;;;;;918;731;1856
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;cac;;;;;;;;927;743;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;aaa;;;;;;;;940;752;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;tgc;;;;;;;;987;760;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;cgt;;;;;;;;1011;763;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;gta;;;;;;;;1033;765;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;aac;;;;;;;;1078;774;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;tta;;;;;;;;1101;775;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;atgf;;;;;;;;1219;783;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;gaa;;;;;;;;1258;795;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;gga;;;;;;;;1271;796;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;gta;;;;;;;;1405;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;gac;;;;;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;ggc;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aga;;;;;;;;;;

cdc8 autres intercalaires aas

Lien tableau: cdc8 autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;cdc8;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;misc_f;1;795;182;*;
;;rRNA;978;1094;6;*;117
;;tRNA;1101;1175;6;*;aac
;;tRNA;1182;1267;15;*;tta
;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf
;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa
;;tRNA;1450;1523;5;*;gga
;;tRNA;1529;1604;5;*;gta
;;tRNA;1610;1686;9;*;gac
;;tRNA;1696;1770;14;*;aca
;;tRNA;1785;1869;10;*;tac
;;tRNA;1880;1963;28;*;cta
;;tRNA;1992;2068;7;*;aga
;;tRNA;2076;2151;89;*;caa
;;tRNA;2241;2329;3;*;tca
;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc
;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj
;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi
;;tRNA;2609;2685;7;*;cca
;;tRNA;2693;2769;8;*;cac
;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa
;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc
;;tRNA;2941;3015;6;*;aac
;;tRNA;3022;3107;15;*;tta
;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf
;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa
;;tRNA;3290;3363;5;*;gga
;;tRNA;3369;3444;5;*;gta
;;tRNA;3450;3526;9;*;gac
;;tRNA;3536;3610;14;*;aca
;;tRNA;3625;3709;9;*;tac
;;tRNA;3719;3802;24;*;cta
;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc
;;tRNA;3926;4002;9;*;aga
;;tRNA;4012;4087;8;*;caa
;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa
;;tRNA;4174;4262;3;*;tca
;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc
;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj
;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi
;;tRNA;4530;4606;8;*;cac
;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa
;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc
;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt
;;tRNA;4868;4943;75;*;gta
fin;;CDS;5019;5432;;;
deb;;CDS;43312;43797;94;*;
;;misc_b;43892;44100;63;*;
fin;;CDS;44164;45882;;;
deb;;CDS;57549;58247;51;*;
;;misc_f;58299;58427;42;*;
fin;;CDS;58470;58976;;;
deb;;CDS;93984;94736;291;*;
;;misc_f;95028;95862;232;*;
;;misc_f;96095;96344;50;*;
;;misc_f;96395;96725;9;*;
;;misc_f;96735;97600;139;*;
;;rRNA;97740;97856;7;*;117
;;tRNA;97864;97938;6;*;aac
;;tRNA;97945;98030;15;*;tta
;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf
;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa
;;tRNA;98212;98285;4;*;gga
;;tRNA;98290;98365;5;*;gta
;;tRNA;98371;98447;10;*;gac
;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc
;;tRNA;98542;98615;954;*;aga
fin;;CDS;99570;100409;;;
deb;comp;CDS;119142;119651;188;*;
;;regulatory;119840;119943;135;*;
fin;;CDS;120079;121272;;;
deb;;CDS;141169;142335;59;*;
;;regulatory;142395;142512;124;*;
fin;;CDS;142637;143242;;;
deb;;CDS;192887;194019;59;*;
;;regulatory;194079;194180;220;*;
fin;;CDS;194401;195936;;;
deb;;CDS;240412;241887;526;*;
;;regulatory;242414;242504;406;*;
fin;;CDS;242911;243228;;;
deb;comp;CDS;309950;310076;16;*;
;;misc_f;310093;310425;9;*;
;;misc_f;310435;311300;139;*;
;;rRNA;311440;311556;177;*;117
fin;;CDS;311734;312342;;0;
deb;;CDS;318620;320392;131;*;
;;regulatory;320524;320716;181;*;
fin;;CDS;320898;321650;;;
deb;comp;CDS;522666;523493;205;*;
;;regulatory;523699;523805;69;*;
fin;;CDS;523875;524195;;0;
deb;;CDS;605941;606543;375;*;
;;misc_b;606919;607151;63;*;
fin;;CDS;607215;609134;;;
deb;;CDS;727895;728629;644;*;
;;regulatory;729274;729350;262;*;
fin;;CDS;729613;730869;;;
deb;;CDS;801271;802068;383;*;
;;misc_b;802452;802685;49;*;
fin;;CDS;802735;803754;;;
deb;comp;CDS;861856;862620;258;*;
;;tRNA;862879;862969;87;*;agc
fin;;CDS;863057;863845;;;
deb;;CDS;869869;871935;594;*;
;;misc_b;872530;872740;225;*;
fin;;CDS;872966;873781;;;
deb;;CDS;1044480;1044926;147;*;
;;misc_b;1045074;1045320;122;*;
fin;;CDS;1045443;1047185;;;
deb;;CDS;1106477;1107451;240;*;
;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503
;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897
;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga
;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117
fin;;CDS;1112980;1114998;;;
deb;;CDS;1157234;1158145;114;*;
;;ncRNA;1158260;1158440;182;*;
fin;;CDS;1158623;1159840;;0;
deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*;
;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg
fin;;CDS;1199993;1202641;;;
deb;;CDS;1235339;1235707;91;*;
;;regulatory;1235799;1235905;102;*;
fin;;CDS;1236008;1237213;;0;
deb;;CDS;1360996;1362075;141;*;
;;misc_b;1362217;1362455;67;*;
fin;;CDS;1362523;1365162;;;
deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*;
;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*;
fin;comp;CDS;1527677;1528351;;;
deb;;CDS;1597387;1598331;288;*;
;;regulatory;1598620;1598726;105;*;
fin;;CDS;1598832;1599797;;;
deb;;CDS;1625872;1627965;660;*;
;;repeat_region;1628626;1629050;897;*;
fin;;CDS;1629948;1630766;;0;
deb;;CDS;1634212;1635180;151;*;
;;misc_b;1635332;1635584;72;*;
fin;;CDS;1635657;1636865;;0;
deb;;CDS;1682039;1682800;159;*;
;;misc_b;1682960;1683217;112;*;
fin;;CDS;1683330;1683569;;;
deb;;CDS;1719185;1719346;735;*;
;;repeat_region;1720082;1720376;117;*;
fin;;CDS;1720494;1721246;;;
deb;;CDS;1767472;1769328;81;*;
;;misc_b;1769410;1769650;65;*;
;;misc_b;1769716;1769951;84;*;
fin;;CDS;1770036;1771253;;;
deb;;CDS;1792609;1792920;92;*;
;;regulatory;1793013;1793105;99;*;
fin;;CDS;1793205;1793999;;;
deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*;
;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*;
deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*;
;;regulatory;1850577;1850753;142;*;
deb;;CDS;1850896;1852626;109;*;
;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta
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;comp;rRNA;4229732;4229848;139;*;117
;comp;misc_f;4229988;4230853;1;*;
;comp;misc_f;4230855;4231585;11;*;
;comp;misc_f;4231597;4232010;584;*;
;;rRNA;4232595;4234095;221;*;1501
;;rRNA;4234317;4237214;127;*;2898
;;rRNA;4237342;4237458;216;*;117
fin;comp;CDS;4237675;4238859;;0;
deb;;CDS;4241605;4242144;780;*;
;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532
;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897
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;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta
;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi
;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503
;;misc_f;4249935;4250480;184;*;
fin;;CDS;4250665;4250923;;;
deb;;CDS;4250940;4251038;87;*;
;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005
;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca
;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*;
;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*;
fin;;CDS;4254524;4254712;;;
deb;;CDS;4303117;4303305;167;*;
;;misc_f;4303473;4304013;15;*;
;;misc_f;4304029;4304286;145;*;
;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117
;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac
;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa
;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta
;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac
;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca
;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac
;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga
;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga
;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa
;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa
;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca
;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc
;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca
;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg
;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca
;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc
;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc
;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj
;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335
deb;;CDS;4307680;4308225;0;*;

Intergen51. cdc8. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. cdc8 les différents types d'intercalaires.

cbc

cbc opérons

Lien tableau: cbc* opérons

28%GC;30.6.19 Paris;16s  5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;

cbc blocs

Lien tableau: cbc* blocs

cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;

cbc distribution

Lien tableau: cbc distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;

cbc données intercalaires

Lien tableau: cbc données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

tRNA-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;c;aa;cbc;fx;fc;fx;fc;fc
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;;tRNA tRNA;hors bloc;400;547;2246;704;706;907
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;gca;84;cgt;410;10;20;707;711;913
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;3;atgi;20;agc;420;5;15;707;714;918
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;**;aac;306;tca;430;8;17;713;719;925
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;27;aac;20;agc;440;7;10;735;720;943
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;**;;**;tca;450;10;17;735;720;948
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;5;tac;460;6;10;738;723;948
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;**;aca;470;6;16;748;725;949
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;17;gaa;480;5;10;756;726;950
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;9;gta;490;9;6;761;727;957
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;aac;;;4;gac;500;4;11;785;728;960
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;ttc;;;5;aca;510;6;14;792;729;963
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;atgi;;;18;gaa;520;8;12;805;734;1003
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;aac;;;7;gta;530;0;8;808;735;1009
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;57;gac;540;4;4;819;741;1013
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;17;gaa;550;5;5;826;745;1020
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;CDS-CDS;inf 50;;9;gta;560;5;7;831;756;1025
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;intercalaire;;;4;gac;570;3;6;832;772;1040
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;c-;x-;;**;aca;580;1;8;837;781;1099
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;-62;-54;;4;tta;590;3;8;844;787;1105
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;-56;;;53;atgf;600;3;8;856;788;1107
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;-56;;;10;atgf;610;4;10;876;801;1117
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;-55;;;**;atgj;620;0;3;897;802;1181
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;total;intercalaires;;18;ggg;630;3;4;897;807;1391
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;696,513;;**;acc;640;4;5;905;811;1506
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;ADN long;3,892,029;;7;cca;650;3;3;915;813;1800
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;%;17.9;;6;gga;660;1;4;916;815;2050
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;5;aga;670;2;5;919;818;2620
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;non RNA;0;;26;aag;680;2;4;934;826;
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;29;cca;690;2;6;976;831;
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;24;gga;700;3;4;1004;831;
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;**;cga;;40;66;1033;849;
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;5;gta;;;;1085;858;
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;3;gac;;;;1107;860;
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;4;ttc;;;;1126;862;
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;9;ggc;;;;1161;864;
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;**;tgc;;;;1177;890;
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;;;;1482;892;
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;;;1485;;
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;;;1525;;
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;diagr;;;diagr;;;-44;1;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;; t30;;;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;x;718;7;1;720;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;3580;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3668;;total;7;288;;;;;;;;;;;;;;;;

cbc autres intercalaires aas

Lien tableau: cbc autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;

Intergen51. cbc. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. cbc les différents types d'intercalaires.

cbn

cbn opérons

Lien tableau: cbn opérons

28%GC;30.6.19 Paris;16s  10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;

cbn blocs

Lien tableau: cbn blocs

cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;

cbn distribution

Lien tableau: cbn distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6

cbn données intercalaires

Lien tableau: cbn données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;cbn;long;long;long
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc;fc
;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;404;407;502
;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;311;aaa;12;gaa;405;409;507
;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;**;ttc;13;gta;407;412;508
;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;61;gag;5;gac;415;419;526
;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;6;caa;18;aca;419;420;532
;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;4;aga;12;gaa;420;421;533
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;19;gga;13;gta;424;426;533
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;16;cta;5;gac;447;431;536
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;**;gaa;**;aca;452;438;537
;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;gca;4;gca;5;tta;454;443;537
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;gca;**;atgi;5;atgf;457;447;538
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;46;atgj;465;449;543
1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;atc;;;5;tta;471;449;546
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;atc;;;30;atgf;473;450;558
;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;46;atgj;486;450;569
;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;aac;;;5;tta;490;450;570
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;ttc;;;**;atgf;493;453;572
;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;ttc;;;17;gta;493;454;574
;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;aaa;;;14;gac;493;456;574
;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;gaa;;;4;ttc;500;461;582
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;atgi;;;8;ggc;502;462;655
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;57;tgc;504;464;680
;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;aac;;;**;tgc;510;468;703
;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;15;gga;513;479;710
;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;ttc;;;7;atc;532;479;745
;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;aac;;;**;gca;534;479;747
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;intra;;;21;cga;539;481;753
;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;gca atc;;;28;gga;540;484;759
;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;gca atc;;;4;aaa;556;487;777
;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;4;caa;563;488;
;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;5;cac;567;491;
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;CDS-CDS;inf 50;3;aag;573;498;
;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;intercalaire;;6;aga;576;500;
;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;c-;x-;4;gga;581;;
;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;néant;néant;21;cca;600;;
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;total;intercalaires;5;aag;619;;
;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;330,729;5;aga;625;;
;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;ADN long;2,773,157;5;gga;626;;
;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;%;11.9;3;ggc;652;;
;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;22;cta;696;;
;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;non RNA;4;4;aaa;723;;
2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;4;caa;730;;
11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;5;cac;748;;
9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;5;aag;751;;
0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;5;aga;826;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;5;gga;836;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;6;ggc;856;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;**;cca;952;;
;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;39;tac;1025;;
;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;8;gta;1149;;
;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;4;tac;1270;;
;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;**;aca;1443;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;cgt;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;agc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;tca;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;tca;;;

cbn autres intercalaires aas

Lien tableau: cbn autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;cbn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;20118;20459;206;*;
;;tRNA;20666;20741;214;*;acg
fin;;CDS;20956;21813;;;
deb;comp;CDS;34861;36105;307;*;
;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa
;;tRNA;36500;36575;13;*;gta
;;tRNA;36589;36665;5;*;gac
;;tRNA;36671;36746;18;*;aca
;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa
;;tRNA;36852;36927;13;*;gta
;;tRNA;36941;37017;5;*;gac
;;tRNA;37023;37098;106;*;aca
fin;comp;CDS;37205;38164;;;
deb;comp;CDS;135851;137197;168;*;
;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca
fin;comp;CDS;137573;137743;;0;
deb;;CDS;161395;161805;158;*;
;;tRNA;161964;162052;5;*;tta
;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf
;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj
;;tRNA;162262;162350;5;*;tta
;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf
;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj
;;tRNA;162585;162673;5;*;tta
;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf
fin;comp;CDS;163235;163759;;0;
deb;;CDS;174610;176142;115;*;
;;tRNA;176258;176332;275;*;aac
fin;;CDS;176608;177999;;;
deb;;CDS;178351;179727;453;*;
;;rRNA;180181;181692;237;*;16s
;;rRNA;181930;184833;48;*;23s
;;tRNA;184882;184956;14;*;aac
;;rRNA;184971;185087;7;*;5s
;;tRNA;185095;185169;435;*;aac
fin;comp;CDS;185605;186639;;0;
deb;;CDS;221558;222268;140;*;
;;tRNA;222409;222484;106;*;aac
fin;;CDS;222591;223772;;;
deb;;CDS;577193;578356;60;*;
;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag
fin;comp;CDS;578560;579072;;;
deb;comp;CDS;943937;944485;261;*;
;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg
fin;;CDS;945182;945985;;;
deb;;CDS;954881;955486;59;*;
;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt
fin;;CDS;955713;956147;;;
deb;;CDS;1025682;1026566;379;*;
;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta
;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac
;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc
;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc
;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc
;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc
fin;;CDS;1027765;1027989;;;
deb;;CDS;1679540;1680001;6;*;
;comp;gene;1680008;1681575;128;*;
fin;comp;CDS;1681704;1683125;;;
deb;;CDS;1865810;1866349;45;*;
;;gene;1866395;1867531;88;*;
fin;comp;CDS;1867620;1868972;;;
deb;;CDS;2029941;2030711;104;*;
;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac
;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s
;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc
;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca
;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s
fin;comp;CDS;2036154;2036600;;;
deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*;
;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s
;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s
;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s
fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0;
deb;;CDS;2168490;2168942;590;*;
;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s
;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s
;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s
fin;;CDS;2174439;2174690;;;
deb;;CDS;2281037;2283634;144;*;
;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s
;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s
;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s
deb;;CDS;2288746;2288985;117;*;
;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga
;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc
;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca
fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0;
deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*;
;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga
;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga
;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa
;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa
;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac
;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag
;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga
;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga
;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca
;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag
;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga
;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga
;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc
;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta
;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa
;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa
;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac
;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag
;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga
;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga
;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc
;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca
fin;comp;CDS;2352512;2352910;;;
deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*;
;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg
fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0;
deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*;
;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac
;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta
;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac
;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca
fin;;CDS;2455508;2456227;;;
deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*;
;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s
;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s
;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s
deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*;
;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa
;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc
;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s
;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc
;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s
;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s
;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s
fin;comp;CDS;2710157;2711029;;;
deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*;
;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa
;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s
;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s
;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s
fin;comp;CDS;2726593;2727531;;;
deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*;
;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag
;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa
;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga
;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga
;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta
;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa
;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s
;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s
;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc
;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca
;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s
fin;comp;CDS;2737834;2738727;;;
deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*;
;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc
deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*;
;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg
deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*;
;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg
fin;;CDS;2744098;2744829;;;
deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*;
;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt
;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc
;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca
;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca
fin;comp;CDS;2749181;2750461;;;
deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*;
;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca
;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi
;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s
;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s
;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s
fin;comp;CDS;2764060;2766609;;;

Intergen51. cbn. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. cbn les différents types d'intercalaires.

cbn intercalaires positifs S+

Lien tableau: cbn intercalaires positifs S+
Tableaux

cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0
390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0
400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0
total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0
diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1
 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167

cle

cle opérons

Lien tableau: cle opérons

34.3%GC;30.6.19 Paris;16s  11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
;84392..85929;;16s;;72;;
;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
;151619..153160;;16s;;605;;
;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;

cle blocs

Lien tableau: cle blocs

cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;

cle distribution

Lien tableau: cle distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;

cle données intercalaires

Lien tableau: cle données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;400-700;;Sup 500;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;cle;fx;fc;fx;fc
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;400;696;2715;516;706
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;61;gac;13;tta;410;6;14;521;712
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;7;gta;**;tca;420;7;8;532;718
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;34;aca;23;gaa;430;6;8;532;719
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;12;tac;45;cca;440;4;7;538;719
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;3;atgj;11;aaa;450;3;7;544;723
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;3;ttc;56;gac;460;2;4;546;723
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;gca;**;aaa;7;gta;470;3;4;547;725
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;gca;9;aaa;187;tta;480;4;4;549;727
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;ggc;6;gga;26;aca;490;2;4;559;729
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;atc;**;aga;10;tac;500;3;7;561;733
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;gaa;9;aac;31;atgj;510;0;2;563;754
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;ggc;6;gaa;**;ttc;520;1;7;566;760
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;23;tgc;23;cac;530;1;3;567;778
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;gca;58;aac;32;caa;540;3;4;584;779
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;gca;**;tgc;**;tca;550;4;3;588;779
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;gca;7;atgj;148;ctt;560;1;6;599;781
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;atc;9;gta;**;ctt;570;4;4;611;784
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;gca;18;tgg;5;gga;580;0;5;614;796
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;**;aac;5;aga;590;2;1;615;801
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;agc;4;aca;31;cac;600;1;3;644;821
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;gaa;50;cgt;23;caa;610;0;3;653;832
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;tcc;27;cgt;30;aaa;620;3;4;656;845
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;6;tta;26;cta;630;0;1;659;852
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;gac;47;gta;5;gga;640;0;2;662;854
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;aaa;25;gac;6;aga;650;1;3;683;862
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;aac;23;atgi;**;caa;660;3;2;710;869
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;aac;14;aca;4;ggc;670;1;3;721;891
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;intra;9;gaa;**;cca;680;0;2;725;894
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;atc;**;aac;62;gaa;690;1;3;732;916
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;gca;33;tcc;22;cca;700;0;2;754;926
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;**;tca;**;aaa;;17;55;766;941
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;3;tac;;;;774;964
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;ttc;;;;787;975
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;intercalaire;;;;;7;atgj;;;;799;1006
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;c-;x-;;;;4;gta;;;;806;1014
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;-98;néant;;;;10;gac;;;;811;1022
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;-95;;;;;20;tgg;;;;828;1031
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;-95;;;;;**;aac;;;;918;1042
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;-95;;;;;4;gta;;;;934;1050
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;-77;;;;;**;atgj;;;;998;1057
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;-71;;;;;;;;;;1019;1116
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;-71;;;;;;;;;;1126;1125
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;-58;;;;;;;;;;;1129
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;-56;;;;;;;;;;;1215
;;;;;;;;-46;0;1;310;;;-52;;;;;;;;;;;1240
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;total;intercalaires;;;;;;;;;;1267
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;615,068;;;;;;;;;;1336
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;ADN long;4,714,237;;;;;;;;;;1350
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;%;13.0;;;;;;;;;;1416
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;;;;1421
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;non RNA;84;;;;;;;;;;1437
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1783
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2271
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3106

cle autres intercalaires aas

Lien tableau: cle autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
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fin;;CDS;3972676;3975807;;0;
deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*;
;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*;
fin;;CDS;4300478;4301533;;0;
deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*;
;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*;
fin;;CDS;4554357;4554878;;0;
deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*;
;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*;
fin;;CDS;4594485;4595609;;;
deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*;
;;regulatory;4664128;4664228;86;*;
fin;;CDS;4664315;4664980;;0;
deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*;
;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*;
fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;

Intergen51. cle. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. cle les différents types d'intercalaires.

hmo

hmo opérons

Lien tableau: hmo opérons

57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245;
;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;;
comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;;
comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;;
comp;221086..221160;;caa;;103;;;;;
comp;221264..224182;;23s;;237;;;;;
comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;;
comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;;
comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;;
comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325;
;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;;
comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;;
comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;;
comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
comp;978944..981860;;23s;;237;;;;;
comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
comp;982238..982354;;5s;;328;;;;;
comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207
comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875;
;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;;
comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
>;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;;
;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;;
;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62
;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;;
;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;;
;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
;1353254..1354786;;16s;;252;;;;;
;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
;1818806..1820337;;16s;;252;;;;;
;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;

hmo cumuls

Lien tableau: hmo cumuls

hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128

hmo blocs

Lien tableau: hmo blocs

hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;

hmo distribution

Lien tableau: hmo distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;

hmo données intercalaires

Lien tableau: hmo données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;;Sup 400;Sup 400;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;hmo;long;long;long
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;fx;fc;fc
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;hors bloc;401;401;501
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;5;gac;1;;ggc;405;402;502
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;10;gta;**;;ctg;406;403;504
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;4;gaa;65;;cta;408;404;505
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;18;aaa;60;;aga;412;404;506
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;**;caa;**;;cca;415;408;508
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;6;aac;7;;ccc;426;408;512
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;**;atgf;**;;tac;427;408;513
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;gcc;6;tcc;5;;tgg;430;412;515
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;atc;10;ccg;**;;cgg;431;413;517
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;14;gga;75;;gac;436;414;519
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;gcc;1;cac;**;;gaa;442;415;520
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;gcc;9;tgc;85;;cgt;446;416;526
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;atc;3;gtc;**;;agg;455;417;529
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;gca;6;ttc;5;;atgf;470;419;544
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;gcc;4;tac;7;;atgj;473;421;544
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;atc;17;caa;**;;gaa;485;422;545
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;gca;4;aaa;4;;gac;492;424;549
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;5;gaa;3;;ttc;496;427;551
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;caa;5;gta;**;;ggc;502;428;563
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;aac;7;gac;18;;tgc;507;429;573
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;tcc;43;agc;**;;tta;518;433;575
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;aaa;30;ccc;9;;gtc;519;433;575
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;aac;3;ctg;**;;cgg;523;435;580
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;intra;4;ggc;4;;gtc;528;435;594
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;atc;4;cgt;**;;atgj;535;439;595
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;gca;**;acc;7;;ctc;535;440;602
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;4;aaa;18;;acc;537;440;603
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;CDS-CDS;inf 50;;;8;acc;14;;tgg;546;441;625
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;intercalaire;;;;**;ctc;19;;ggg;547;441;629
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;c-;x-;;;6;aac;7;;ggc;552;443;641
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;-119;-115;;;**;atgf;8;;ttg;562;445;656
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;-119;-51;;;1;ggc;;293;gtg;566;449;656
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;-110;;;;32;ctg;**;;ccg;567;452;667
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;-95;;;;42;ccc;2;;gaa;571;453;669
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;-88;;;;4;cgt;6;;ttc;578;455;685
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;-83;;;;120;ggc;4;;tac;585;455;687
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;-80;;;;42;atgj;18;;caa;598;455;692
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;-68;;;;16;agc;4;;aaa;609;457;696
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;-62;;;;6;atgf;9;;ggc;625;458;699
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;-59;;;;7;aac;**;;cac;641;458;714
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;-56;;;;4;gaa;;;;659;458;731
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;-55;;;;18;aaa;;;;661;459;738
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;-53;;;;4;caa;;;;661;459;771
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;-53;;;;91;tac;;;;690;468;795
;;;;;;;;-46;0;0;;;-52;;;;7;gtc;;;;711;468;871
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;total;intercalaires;;;**;tgc;;;;715;468;916
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;396,94;;;;;;;;738;469;971
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;ADN long;3,075,407;;;;;;;;756;477;1032
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;0;;;%;12.9;;;;;;;;770;480;1121
;;;;;2670;223;;reste;2;0;15;;;;;;;;;;;796;481;1316
;;;;;;2893;;total;11;332;;;non RNA;51;;;;;;;;797;482;1644
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;828;483;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;873;489;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;879;497;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;930;500;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1242;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1458;;

hmo autres intercalaires aas

Lien tableau: hmo autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917
;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac
;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc
;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc
;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
fin;;CDS;2465894;2466226;;0;
deb;;CDS;2471030;2471977;69;*;
;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa
;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf
;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa
;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;

Intergen51. hmo. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. hmo les différents types d'intercalaires.

cbei

cbei opérons

Lien tableau: cbei opérons

29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
<;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
;2098638..2100154;;16s;;502;;;;;
;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
;2340985..2342501;;16s;;338;;;;;
;2342840..2345755;;23s;;140;;;;;
;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429
;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
;2768171..2771082;;23s;;202;;;;;
;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;;
comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;;
comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;;
comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;;
comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;;
comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;

cbei cumuls

Lien tableau: cbei cumuls

cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206

cbei blocs

Lien tableau: cbei blocs

cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;

cbei distribution

Lien tableau: cbei distribution

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63

cbei données intercalaires

Lien tableau: cbei données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;reste;Sup 800;Sup 800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cbei;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;cbei;fx;fc;803;809;1002
;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;1;atgi;30;tca;6;gac;400;950;3414;813;816;1006
;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;**;gca;241;agc;14;gta;410;17;31;820;817;1014
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;4;ttc;18;tca;29;gaa;420;12;32;823;818;1016
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;**;tgc;**;agc;10;aca;430;6;26;829;820;1017
;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;6;ttc;20;tta;6;gac;440;11;25;832;821;1017
;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;25;gac;7;atgf;16;gta;450;19;23;835;825;1021
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;**;gaa;6;atgj;29;gaa;460;13;26;837;827;1027
;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;1;gca;22;tta;10;aca;470;11;17;846;835;1031
;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;**;atgi;7;atgf;6;gac;480;6;21;847;837;1032
;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;6;atgj;14;gta;490;9;15;873;842;1051
;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;21;tta;**;gaa;500;10;18;873;851;1051
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;70;atgf;;;510;6;16;891;855;1054
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;21;tta;;;520;2;17;895;864;1058
;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;**;atgf;;;530;5;18;905;869;1058
;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;234;aac;;;540;7;20;911;872;1064
;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;439;aac;;;550;5;13;952;873;1065
;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;**;aac;;;560;12;15;963;877;1072
;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;4;cta;;;570;7;14;992;886;1078
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;**;ggg;;;580;4;16;1009;886;1107
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;17;cca;;;590;9;11;1040;891;1127
;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;149;gga;;;600;9;11;1102;896;1153
;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;6;aga;;;610;2;12;1112;902;1176
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;gca;;;16;cca;;;620;4;15;1173;909;1178
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;atc;;;35;gga;;;630;3;5;1221;909;1201
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;gca;;;5;aga;;;640;4;10;1289;917;1205
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;3;cac;;;650;2;8;1372;917;1207
;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;atc;;;7;caa;;;660;3;5;1429;920;1226
;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;atc;;;18;aaa;;;670;3;10;1431;924;1239
;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;gca;;;5;cta;;;680;4;3;1499;933;1302
;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;25;ggc;;;690;1;8;1555;936;1326
;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;ttc;;;5;gga;;;700;6;8;;955;1348
;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;atgi;;;57;aag;;;710;3;4;;958;1391
;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;aaa;;;7;caa;;;720;2;6;;961;1469
;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;aaa;;;18;aaa;;;730;3;3;;964;1482
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;atgi;;;5;cta;;;740;5;7;;979;1545
;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;25;ggc;;;750;2;3;;986;1881
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;CDS-CDS;inf 50;;2* 140;aac;;;46;gga;;;760;1;5;;988;2121
;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;intercalaire;;;71;aac;;;**;cga;;;770;1;6;;991;
;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;c-;x-;;tRNA 5s;;;;9;tac;;;780;1;3;;994;
;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;-110;-60;;2* 3;aac;;;27;gta;;;790;0;8;;995;
4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;-64;;;tRNA tRNA;intra;;;12;aca;;;800;1;3;;;
13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;-64;;;3;gca atc;;;9;tac;;;reste;31;79;;;
9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;-62;;;;;;;30;gta;;;;;;;;
0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;12;aca;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;total;intercalaires;;;;;;**;tac;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;1,199,672;;;;;;3;cac;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;ADN long;6,485,394;;;;;;5;cag;;;;;;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;%;18.5;;;;;;**;aaa;;;;;;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;79;aaa;;;;;;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;non RNA;14;;;;;;7;cac;;;;;;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;35;aga;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gga;;;;;;;;

cbei autres intercalaires aas

Lien tableau: cbei autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;cbei;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;tRNA;15;91;1;*;atgi
;;tRNA;93;168;85;*;gca
fin;;CDS;254;769;;;
deb;;CDS;2710;2937;119;*;
;;tRNA;3057;3147;30;*;tca
;;tRNA;3178;3268;241;*;agc
;;tRNA;3510;3600;18;*;tca
;;tRNA;3619;3709;125;*;agc
fin;;CDS;3835;4350;;;
deb;;CDS;13821;14726;187;*;
;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt
fin;comp;CDS;15023;15913;;0;
deb;;CDS;124928;125338;275;*;
;;tRNA;125614;125702;20;*;tta
;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf
;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj
;;tRNA;125889;125977;22;*;tta
;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf
;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj
;;tRNA;126166;126254;21;*;tta
;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf
;;tRNA;126422;126510;21;*;tta
;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf
fin;;CDS;127272;129683;;;
deb;;CDS;138638;140143;307;*;
;;tRNA;140451;140525;234;*;aac
;;tRNA;140760;140834;439;*;aac
;;tRNA;141274;141348;299;*;aac
fin;;CDS;141648;143039;;;
deb;comp;CDS;144627;145649;548;*;
;;rRNA;146198;147709;140;*;16s
;;tRNA;147850;147925;3;*;gca
;;tRNA;147929;148005;111;*;atc
;;rRNA;148117;151030;70;*;23s
;;rRNA;151101;151217;5;*;5s
;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc
;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc
fin;;CDS;152059;153456;;0;
deb;;CDS;177450;178097;76;*;
;;tRNA;178174;178249;65;*;acc
fin;;CDS;178315;179508;;;
deb;;CDS;313730;316207;90;*;
;;tRNA;316298;316382;4;*;cta
;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg
fin;comp;CDS;316582;316986;;0;
deb;;CDS;402474;402953;125;*;
;;tRNA;403079;403154;17;*;cca
;;tRNA;403172;403245;149;*;gga
;;tRNA;403395;403471;6;*;aga
;;tRNA;403478;403553;16;*;cca
;;tRNA;403570;403643;35;*;gga
;;tRNA;403679;403755;5;*;aga
;;tRNA;403761;403836;3;*;cac
;;tRNA;403840;403914;7;*;caa
;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa
;;tRNA;404016;404100;5;*;cta
;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc
;;tRNA;404206;404279;5;*;gga
;;tRNA;404285;404360;57;*;aag
;;tRNA;404418;404492;7;*;caa
;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa
;;tRNA;404594;404678;5;*;cta
;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc
;;tRNA;404784;404857;46;*;gga
;;tRNA;404904;404980;325;*;cga
fin;;CDS;405306;405467;;;
deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc
;;rRNA;416312;417823;132;*;16s
;;tRNA;417956;418032;84;*;
;;rRNA;418117;421031;71;*;23s
;;tRNA;421103;421177;345;*;aac
fin;;CDS;421523;422449;;;
deb;;CDS;486264;486668;159;*;
;;tRNA;486828;486912;9;*;tac
;;tRNA;486922;486997;27;*;gta
;;tRNA;487025;487099;12;*;aca
;;tRNA;487112;487196;9;*;tac
;;tRNA;487206;487281;30;*;gta
;;tRNA;487312;487386;12;*;aca
;;tRNA;487399;487483;451;*;tac
fin;;CDS;487935;489110;;;
deb;;CDS;540067;540969;187;*;
;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg
fin;;CDS;541440;541820;;0;
deb;comp;CDS;541918;542985;252;*;
;;tRNA;543238;543312;354;*;
fin;;CDS;543667;544683;;;
deb;;CDS;772270;774093;262;*;
;;tmRNA;774356;774713;871;*;
fin;;CDS;775585;776133;;;
deb;;CDS;892419;893339;565;*;
;;rRNA;893905;895416;137;*;16s
;;tRNA;895554;895629;118;*;gca
;;rRNA;895748;898661;204;*;23s
;;rRNA;898866;898982;552;*;5s
fin;;CDS;899535;900446;;;
deb;;CDS;900798;902048;709;*;
;;rRNA;902758;904269;339;*;16s
;;rRNA;904609;907522;273;*;23s
;;rRNA;907796;907912;69;*;5s
fin;comp;CDS;907982;908449;;0;
deb;;CDS;951995;952630;97;*;
;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc
fin;;CDS;953210;954919;;;
deb;;CDS;1017389;1017694;70;*;
;;ncRNA;1017765;1018113;758;*;
fin;;CDS;1018872;1020263;;;
deb;;CDS;1646835;1647233;56;*;
;;ncRNA;1647290;1647483;182;*;
fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0;
deb;;CDS;1739334;1739933;380;*;
;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac
;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag
;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa
fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0;
deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*;
;;gene;1847876;1848058;588;*;
fin;;CDS;1848647;1849633;;;
deb;;CDS;1894180;1895406;34;*;
;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg
fin;;CDS;1896102;1896794;;;
deb;;CDS;2097496;2097915;727;*;
;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s
;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s
;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s
fin;;CDS;2104207;2104905;;;
deb;;CDS;2296804;2297472;104;*;
;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*;
fin;;CDS;2298150;2299064;;;
deb;;CDS;2305297;2306502;275;*;
;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*;
fin;;CDS;2307274;2308908;;0;
deb;;CDS;2339219;2340322;667;*;
;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s
;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s
;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac
;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s
fin;;CDS;2346520;2348088;;;
deb;;CDS;2351663;2352139;573;*;
;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s
;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s
;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac
;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s
fin;;CDS;2357903;2358316;;0;
deb;;CDS;2765706;2765873;282;*;
;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s
;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s
;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s
;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc
;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac
;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa
fin;;CDS;2772114;2774864;;;
deb;;CDS;3556683;3557051;565;*;
;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag
fin;comp;CDS;3558197;3558508;;;
deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*;
;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt
fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0;
deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*;
;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa
;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac
;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga
;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga
fin;;CDS;4259847;4260392;;;
deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*;
;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s
;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s
;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s
fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0;
deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*;
;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca
fin;;CDS;6162639;6163283;;0;
deb;;CDS;6165324;6165734;222;*;
;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc
;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s
fin;;CDS;6166343;6167074;;0;
deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*;
;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca
;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi
;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s
;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s
;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s
fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0;
deb;;CDS;6182670;6183419;190;*;
;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa
;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s
deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*;
;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa
;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s
;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s
;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s
fin;comp;CDS;6191091;6192203;;;
deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*;
;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s
;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s
;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s
;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s
;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s
;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s
fin;comp;CDS;6214382;6215329;;;
deb;;CDS;6256716;6257600;154;*;
;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*;
fin;comp;CDS;6258338;6258889;;;
deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*;
;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc
fin;comp;CDS;6306809;6307984;;;
deb;;CDS;6374512;6375684;125;*;
;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg
fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0;
deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*;
;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s
;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s
;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s
;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s
;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s
;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s
fin;comp;CDS;6404535;6405107;;;
deb;;CDS;6436810;6437790;192;*;
;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac
;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta
;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca
;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac
;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta
;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca
;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac
;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta
;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa
fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0;
deb;;CDS;6477551;6480031;501;*;
;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s
;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s
;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s

Intergen51. cbei. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. cbei les différents types d'intercalaires.

cbei intercalaires positifs S+

Lien tableau: cbei intercalaires positifs S+
Tableaux

cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélation et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
 - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;

afn

afn opérons

Lien tableau: afn opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s  6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;

afn blocs

Lien tableau: afn blocs

afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;

afn remarques

Lien tableau: afn remarques

afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

negativicutes distribution

Lien tableau: negativicutes distribution

22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421

afn distribution

Lien tableau: afn distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2

afn données intercalaires

Lien tableau: afn données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;afn;Sup 400;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fc
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;405;411;628
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;22;aca;416;411;636
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;5;tac;425;414;647
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;3;atgj;429;417;649
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;6;acc;442;432;667
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;**;atgf;457;432;677
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;3;aac;471;435;679
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;8;gaa;492;436;683
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;atc;50;gta;508;441;693
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;11;cca;517;446;718
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;gca;8;gga;548;446;721
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;gca;**;aga;550;452;736
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;intra;30;ctg;701;456;744
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;atc gca;52;ctc;772;468;795
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;**;ctg;957;472;845
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;18;cac;992;472;922
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;3;caa;;475;1130
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;16;aaa;;476;1154
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;**;cta;;481;2261
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;4;gac;;495;
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;8;ttc;;497;
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;9;ggc;;499;
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;CDS-CDS;inf 50;;13;tgc;;499;
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;intercalaire;;;**;tta;;502;
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;c-;x-;;2;gac;;503;
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;-113;-83;;8;ttc;;507;
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;-79;;;9;ggc;;513;
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;-74;;;**;tgc;;515;
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;-71;;;2;gac;;519;
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;-68;;;1;ggc;;542;
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;-67;;;**;tgg;;544;
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;-67;;;6;gta;;551;
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;-59;;;8;gaa;;551;
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;-53;;;**;aag;;567;
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;12;gag;;580;
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;total;intercalaires;;111;cag;;;
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;242,27;;**;cag;;;
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;ADN long;2329769;;;;;;
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;%;10.4;;;;;;
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;non RNA;42;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;;;

afn autres intercalaires aas

Lien tableau: afn autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
contrôlé le 21.7.22

autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;

Intergen51. afn. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. afn les différents types d'intercalaires.

afn intercalaires positifs S+

Lien tableau: afn intercalaires positifs S+
Tableaux

afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303

afn par rapport au groupe de référence

Lien tableau: afn par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;

negativicutes, estimation des -rRNAs

Lien tableau: negativicutes, estimation des -rRNAs

negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est  10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832

clostridia synthèse

clostridia données intercalaires

Lien tableau: clostridia données intercalaires

Les clostridia;;psor;cdc;cdc8;cbc;cbn;cle;hmo;cbei;;;;* Autres intercalaires: 1779;;;Ft: 299;Ici: 931;Reste: 549;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;hors/contig;H / C;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA 5s;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA h;;psor;;cbc;;cbei;;cbn;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;20;81;85;40;1107;161;1;137;1;35;1;77;1;84;1;3;1;14;1;7;4;1;1;1;;8;gta;84;cgt;30;tca;12;gaa
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;;117;111;90;69;1125;;1;194;1;40;1;109;1;97;1;13;1;336;2;3;4;2;1;2;;20;gaa;20;agc;241;agc;13;gta
0;0;2;0;3;204;0;3;204;-1;0;473;;181;111;100;99;;;1;213;1;70;1;118;1;109;1;14;2;3;2;6;14;3;8;3;;10;aaa;306;tca;18;tca;5;gac
10;0;1;10;55;1786;1;7;364;-2;1;0;;181;264;109;112;;;1;226;1;76;1;123;1;111;1;15;2;8;2;9;23;4;21;4;;10;aca;20;agc;*;agc;18;aca
20;0;1;20;52;2435;2;7;356;-3;0;2;;181;342;118;114;;;1;285;1;93;1;124;1;118;1;44;2;11;2;11;27;5;29;5;;7;gac;*;tca;20;tta;12;gaa
30;1;1;30;92;1463;3;4;187;-4;19;543;;189;347;119;144;;;1;315;1;114;1;132;1;145;1;89;2;12;2;53;37;6;13;6;;9;gta;17;gaa;7;atgf;13;gta
40;5;0;40;120;903;4;9;188;-5;1;4;;192;348;126;188;;;1;502;1;122;1;137;1;152;2;8;;;;;29;7;15;7;;5;gaa;9;gta;6;atgj;5;gac
50;2;1;50;133;612;5;3;132;-6;3;0;;193;364;127;213;;;1;503;1;126;1;140;1;198;5;6;;;;;15;8;4;8;;*;aaa;4;gac;22;tta;*;aca
60;2;5;60;136;674;6;5;73;-7;0;87;;205;376;128;216;;;1;578;1;132;4;54;1;233;8;4;;;;;32;9;8;9;;cdc  néant;;5;aca;7;atgf;5;tta
70;1;13;70;138;587;7;3;63;-8;4;416;;239;388;131;402;;;1;613;1;134;4;55;1;238;9;7;;;;;10;10;7;10;;cdc8;;18;gaa;6;atgj;5;atgf
80;1;9;80;143;617;8;4;101;-9;1;1;;240;498;138;590;;;2;188;1;181;;;1;240;9;64;;;;;9;11;1;11;;33;aca;7;gta;21;tta;46;atgj
90;3;7;90;157;585;9;9;149;-10;0;38;;241;507;159;;;;2;214;1;182;;;1;250;13;5;;;;;4;12;5;12;;4;gta;57;gac;70;atgf;5;tta
100;1;10;100;150;592;10;4;173;-11;4;227;;249;548;177;;;;2;265;1;204;;;1;263;1;353;x cdc8;;;;5;13;3;13;;6;gaa;17;gaa;21;tta;30;atgf
110;3;5;110;153;587;11;8;285;-12;1;0;;253;;177;;;;2;283;1;205;;;1;272;;;;23s tRNA;;16s 5s;16;14;4;14;;*;aaa;9;gta;*;atgf;46;atgj
120;3;9;120;162;568;12;4;344;-13;2;39;;253;;180;;;;2;324;1;213;;;1;284;;tRNA 16s;1;8;1;79;12;15;1;15;;cle;;4;gac;17;cca;5;tta
130;4;11;130;178;496;13;5;243;-14;1;135;;276;;228;;;;2;325;1;273;;;1;374;1;138;1;41;1;144;5;16;2;16;;23;gaa;*;aca;149;gga;*;atgf
140;3;5;140;160;467;14;1;277;-15;2;0;;276;;245;;;;2;338;1;274;;;1;376;1;151;1;50;1;146;4;17;4;17;;45;cca;4;tta;6;aga;17;gta
150;4;8;150;143;518;15;3;256;-16;1;16;;282;;273;;;;3;221;2;34;;;1;390;1;204;1;56;1;336;4;18;9;18;;11;aaa;53;atgf;16;cca;14;gac
160;4;6;160;191;438;16;4;204;-17;2;99;;283;;273;;;;3;228;2;98;;;2;95;1;459;1;61;2;262;2;19;1;19;;56;gac;10;atgf;35;gga;4;ttc
170;0;7;170;173;416;17;5;233;-18;0;0;;284;;301;;;;5;339;2;100;;;2;237;2;110;1;71;3;261;0;20;5;20;;7;gta;*;atgj;5;aga;8;ggc
180;2;4;180;160;373;18;5;230;-19;1;16;;294;;315;;;;8;196;2;139;;;2;241;2;116;1;92;4;337;3;21;4;21;;187;tta;7;cca;3;cac;57;tgc
190;3;5;190;187;369;19;9;180;-20;1;73;;302;;363;;;;8;237;2;193;;;2;283;2;123;1;94;6;79;0;22;3;22;;26;aca;6;gga;7;caa;*;tgc
200;2;3;200;141;348;20;8;183;-21;2;0;;309;;429;;;;;;3;138;;;3;262;;;1;95;;;4;23;4;23;;10;tac;5;aga;18;aaa;21;cga
210;3;6;210;166;311;21;9;179;-22;2;9;;323;;452;;;;;;3;144;;;4;114;;5s 23s;1;98;;;3;24;1;24;;31;atgj;26;aag;5;cta;28;gga
220;3;2;220;145;323;22;3;149;-23;0;45;;325;;454;;;;;;4;108;;;;;1;230;1;100;;;3;25;2;25;;*;ttc;29;cca;25;ggc;4;aaa
230;5;1;230;142;265;23;7;151;-24;0;2;;331;;508;;;;;;4;202;;;;;;;1;103;;;0;26;3;26;;5;gga;24;gga;5;gga;4;caa
240;1;4;240;108;255;24;3;157;-25;1;13;;346;;552;;;;;;5;78;;;;;;;1;107;;;2;27;1;27;;5;aga;*;cga;57;aag;5;cac
250;0;7;250;130;217;25;7;154;-26;2;44;;369;;661;;;;;;7;127;;;;;;;1;116;;;2;28;1;28;;31;cac;5;gta;7;caa;3;aag
260;5;2;260;120;248;26;11;127;-27;1;0;;387;;;;;;;;;;;;;;;;1;119;;;3;29;3;29;;23;caa;3;gac;18;aaa;6;aga
270;1;10;270;112;234;27;13;157;-28;0;11;;390;;16s CDS c;16s CDS x;CDS 23s c;CDS 23s x;;;;;;;;;;;1;476;;;1;30;4;30;;30;aaa;4;ttc;5;cta;4;gga
280;1;4;280;98;211;28;12;136;-29;0;38;;393;;2;228;531;;;;;;;;;;;;2;48;;;2;31;2;31;;26;cta;9;ggc;25;ggc;21;cca
290;1;3;290;97;215;29;10;121;-30;0;0;;402;;294;;563;;;;;;;;;;;;2;111;;;1;32;1;32;;5;gga;*;tgc;46;gga;5;aag
300;0;3;300;119;208;30;17;132;-31;0;7;;416;;695;;407;;;;;;;;;;;;2;112;;;1;33;2;33;;6;aga;hmo;;*;cga;5;aga
310;2;3;310;69;180;31;12;125;-32;3;26;;423;;;;;;;;;;;;;;;;2;140;;;1;34;0;34;;*;caa;7;ctc;9;tac;5;gga
320;3;2;320;101;153;32;9;108;-33;0;0;;423;;23s CDS c;23s CDS x;CDS 5s c;CDS 5s x;;;;;;;;;;;;;;;0;35;2;35;;7;atgj;18;acc;27;gta;3;ggc
330;1;7;330;100;162;33;11;91;-34;1;3;;424;;188;87;335;184;51;;53;;16;;33;;64;;34;;30;281;0;36;0;36;;4;gta;14;tgg;12;aca;22;cta
340;0;2;340;80;120;34;12;75;-35;0;13;;431;;223;109;;228;;;;;;;;;;;;;;;0;37;0;37;;10;gac;19;ggg;9;tac;4;aaa
350;2;2;350;57;131;35;12;95;-36;0;0;;437;;237;188;;301;;;;;;;;;;;;;;;0;38;0;38;;20;tgg;7;ggc;30;gta;4;caa
360;0;2;360;71;142;36;15;89;-37;0;4;;453;;299;260;;343;;;;;;;;;;;;;;;0;39;1;39;;*;aac;8;ttg;12;aca;5;cac
370;0;0;370;74;135;37;9;81;-38;1;12;;459;;313;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;40;0;40;;;;x+ 293;gtg;*;tac;5;aag
380;0;2;380;63;126;38;14;74;-39;0;0;;488;;322;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;41;0;41;;;;*;ccg;79;aaa;5;aga
390;2;2;390;54;120;39;13;81;-40;1;3;;501;;336;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;42;0;42;;;;2;gaa;7;cac;5;gga
400;0;1;400;43;100;40;13;84;-41;0;5;;506;;357;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;43;0;43;;;;6;ttc;35;aga;6;ggc
reste;20;27;reste;953;1896;reste;5407;13999;-42;0;0;;507;;463;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44;;;;4;tac;*;gga;*;cca
;94;205;total;5729;20790;total;5729;20790;-43;0;1;;525;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;45;1;45;;;;18;caa;6;gac;39;tac
;;;diagr;;;diagr;;;-44;2;6;;542;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;46;3;46;;;;4;aaa;14;gta;8;gta
;;; t30;;;;;;-45;0;0;;558;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;47;0;47;;;;9;ggc;29;gaa;4;tac
;;;;;;;;;-46;1;2;;559;;12;5;4;4;25;;;;;;;;;;;;;;0;48;0;48;;;;*;cac;10;aca;*;aca
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;13;;565;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;49;0;49;;;;;;6;gac;144;cgt
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;570;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50;;;;;;16;gta;23;agc
;;x;5726;67;3;5790;;;-49;0;1;;572;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;22;;;;;;;29;gaa;69;tca
;;c;20586;2475;204;23265;;;-50;0;19;;573;;;;;;;;;;;;931;;;;;;;503;300;;202;;;;;;;10;aca;*;tca
;;;;;;29055;1779;;reste;6;29;;585;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;58;1;53;;;;;;6;gac;;
;;;;;;;30834;;total;;;;602;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;60;1;56;;;;;;14;gta;;
;;;;;;;;;;;;;643;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;61;3;57;;;;;;*;gaa;;
;;;;;;;;;;;;;652;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;85;1;60;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;667;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;88;1;62;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;703;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;89;1;65;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;705;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;91;1;69;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;709;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;120;1;70;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;727;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;311;1;75;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;774;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;84;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;776;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;85;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;778;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;144;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;780;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;148;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;909;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;149;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;187;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;67;13;28;11;2;1;122;;;;;;;;;;;;;;;;1;234;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;241;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;306;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;439;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;x;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;hmo;1;293;;;;;;;;;

clostridia données intercalaires 200

Lien tableau: clostridia données intercalaires 200;fc+400

total;2572;4010;1775;2589;2727;2900;1867;2350
gen;cbc;cbei;cbn;cdc;cdc8;cle;hmo;psor
0;24;19;10;37;39;35;17;23
1;55;55;37;52;48;56;21;40
2;38;39;31;55;53;50;38;52
3;14;23;13;21;24;36;37;19
4;18;36;12;26;29;24;21;22
5;15;17;17;15;15;20;18;15
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357;4;0;0;0;2;3;2;1
358;2;2;1;3;2;2;2;1
359;1;6;2;0;3;2;1;0
360;1;3;0;1;1;2;1;1
361;4;4;1;4;2;0;0;0
362;3;4;2;3;2;2;1;1
363;2;6;0;1;1;4;1;1
364;1;3;0;0;0;1;3;0
365;2;2;2;2;2;1;3;0
366;6;5;0;1;1;0;2;0
367;1;2;1;3;1;2;2;4
368;1;2;0;1;2;3;0;0
369;2;3;0;1;2;1;0;0
370;2;4;2;1;3;0;1;2
371;0;6;1;1;3;1;1;3
372;2;4;1;2;2;1;1;0
373;2;3;0;2;1;0;1;2
374;6;3;1;1;1;1;0;1
375;1;1;1;2;1;0;0;1
376;2;3;0;1;1;1;0;1
377;1;4;0;1;1;0;1;0
378;2;5;0;1;1;1;2;0
379;1;3;1;2;1;3;0;1
380;5;3;2;3;5;1;5;0
381;2;2;1;3;1;2;0;0
382;2;3;0;1;1;4;0;0
383;5;7;1;1;1;2;0;0
384;3;3;0;1;1;0;1;2
385;0;2;0;1;2;1;1;2
386;3;6;1;0;1;2;1;1
387;1;3;0;2;1;2;1;2
388;1;3;1;2;2;0;0;0
389;2;3;1;4;1;0;2;1
390;0;5;1;1;3;0;1;0
391;1;1;0;2;3;0;1;0
392;1;3;0;1;1;1;0;0
393;2;2;0;2;3;2;0;0
394;0;4;0;2;3;0;0;0
395;4;5;0;1;2;0;1;3
396;5;2;0;2;2;1;0;0
397;3;1;0;0;2;0;1;1
398;3;2;2;0;1;1;1;0
399;0;2;0;0;0;0;2;1
400;3;3;2;2;1;1;0;2
;;;;;;;;
;2222;3395;1703;2306;2446;2680;1742;2196

clostridia distribution par génome

Lien tableau: clostridia distribution par génome

clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740

clostridia distribution du total

Lien tableau: clostridia distribution du total

clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;

clostridia distribution par type

Lien tableau: clostridia distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;

clostridia par rapport au groupe de référence

Lien tableau: clostridia par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;

clostridia, estimation des -rRNAs

Lien tableau: clostridia, estimation des -rRNAs

clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est  15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481

gamma

Shewanella

spl opérons

Lien tableau: spl opérons

39.1%GC;30.6.19 Paris;16s  11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;

spl blocs

Lien tableau: spl blocs

spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;

spl distribution

Lien tableau: spl distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3

spl données intercalaires

Lien tableau: spl données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;reste;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;aa;intercalaire;aa;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;;c;;c;;spl;fx;fc;fx;fc
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;400;1075;2229;706;703
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;8;aca;45;aac;410;18;14;707;706
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;35;tac;41;aac;420;17;14;712;706
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;**;gga;26;aac;430;9;15;712;709
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;39;cgg;32;aac;440;11;9;721;712
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;41;cac;33;aac;450;8;12;734;715
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;58;cca;40;aac;460;9;11;738;717
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;**;cca;**;aac;470;12;7;739;717
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;1172;tca;97;gac;480;6;6;745;729
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;atc;**;tca;97;gac;490;4;8;746;731
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;52;aca;83;gac;500;11;8;768;735
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;gca;539;ttc;**;gac;510;8;5;774;740
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;gca;52;aca;58;aaa;520;8;6;780;740
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;gca;**;ttc;58;aaa;530;6;6;784;744
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;52;aca;58;aaa;540;8;4;784;746
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;gac;**;ttc;59;aaa;550;4;5;798;759
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;acc;21;agc;57;aaa;560;4;7;807;763
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;gac;30;cgt;58;aaa;570;9;6;814;765
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;32;cgt;58;aaa;580;1;6;830;775
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;acc;30;cgt;59;aaa;590;3;4;844;781
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;intra;33;cgt;58;aaa;600;5;2;865;789
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;atc gca;9;cgt;59;aaa;610;0;5;884;791
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;76;agc;59;aaa;620;2;8;885;793
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;35;cgt;**;aaa;630;4;3;897;795
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;9;cgt;8;cac;640;2;4;904;801
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;**;agc;63;aga;650;2;4;909;814
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;9* 37;gta;**;cca;660;2;4;912;817
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;39;gta;103;atgf;670;3;4;915;832
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;**;gta;**;ctc;680;2;4;944;833
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;CDS-CDS;inf 50;;;80;gcc;51;caa;690;2;1;946;836
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;intercalaire;;;;11* 102;gaa;131;cta;700;2;3;959;850
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;c-;x-;;;253;gaa;20;caa;;48;58;968;857
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;-98;-52;;;47;gaa;96;cta;;;;975;861
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;-77;;;;**;gcc;49;caa;;;;1007;862
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;-56;;;;3* 40;atgf;211;cta;;;;1009;866
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;-53;;;;**;atgf;5;atgj;;;;1016;874
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;-53;;;;13;ggc;47;caa;;;;1046;877
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;total;intercalaires;;;85;tgc;55;cta;;;;1103;887
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;789,212;;;**;tta;5;atgj;;;;1140;926
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;ADN long;5,174,581;;;13;ggc;47;caa;;;;1141;933
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;%;15.3;;;95;tgc;55;cta;;;;1157;936
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;634;tta;**;atgj;;;;1166;937
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;non RNA;32;;;95;tgc;167;tgg;;;;1221;944
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;479;tta;**;tgg;;;;1329;957
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;132;tgc;20;ggc;;;;1401;959
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;**;tta;13;ggt;;;;1593;1016
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;128;cat;47;ggc;;;;1722;1150
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;128;cat;47;ggc;;;;1942;1154
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;189;atgf;15;ggt;;;;;1161
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;45;atgf;16;ggc;;;;;1178
;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;2;gtc;48;ggc;;;;;1225
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;35;atgf;**;ggc;;;;;1254
;;;;;;;;;;;;;;;;;13;gtc;;;;;;;1318
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;atgf;;;;;;;1331
;;;;;;;;;;;;;;;;;30;tac;;;;;;;1489
;;;;;;;;;;;;;;;;;85;tac;;;;;;;1674
;;;;;;;;;;;;;;;;;107;tac;;;;;;;2727
;;;;;;;;;;;;;;;;;107;tac;;;;;;;3180
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;tac;;;;;;;

spl autres intercalaires aas

Lien tableau: spl autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
;comp;regulatory;146483;146744;188;*;
fin;;CDS;146933;149083;;;
deb;comp;CDS;181132;181587;687;*;
;;rRNA;182275;183817;74;*;16s
;;tRNA;183892;183968;65;*;atc
;;tRNA;184034;184109;371;*;gca
;;rRNA;184481;187375;132;*;23s
;;rRNA;187508;187623;100;*;5s
;;tRNA;187724;187800;606;*;gac
fin;;CDS;188407;189432;;;
deb;comp;CDS;190429;191379;234;*;
;;tRNA;191614;191689;8;*;aca
;;tRNA;191698;191782;35;*;tac
;;tRNA;191818;191891;195;*;gga
fin;;CDS;192087;193271;;;
deb;;CDS;233942;234538;647;*;
;;rRNA;235186;236728;384;*;16s
;;rRNA;237113;240007;132;*;23s
;;rRNA;240140;240255;454;*;5s
deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*;
;;rRNA;243635;245177;348;*;16s
;;rRNA;245526;248420;133;*;23s
;;rRNA;248554;248669;68;*;5s
;;tRNA;248738;248813;17;*;acc
;;rRNA;248831;248946;703;*;5s
fin;;CDS;249650;250924;;0;
deb;;CDS;282426;283268;135;*;
;;ncRNA;283404;283755;313;*;
fin;comp;CDS;284069;285322;;;
deb;comp;CDS;413908;416529;236;*;
;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg
;;tRNA;416882;416957;41;*;cac
;;tRNA;416999;417075;58;*;cca
;;tRNA;417134;417210;320;*;cca
fin;comp;CDS;417531;419450;;;
deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*;
;;rRNA;493715;495257;349;*;16s
;;rRNA;495607;498501;132;*;23s
;;rRNA;498634;498749;768;*;5s
fin;comp;CDS;499518;500534;;;
deb;;CDS;550745;552652;-23;*;
;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga
fin;;CDS;553011;553874;;;
deb;;CDS;640018;641220;155;*;
;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca
;;tRNA;642639;642729;789;*;tca
deb;;CDS;643519;644862;988;*;
;;rRNA;645851;647393;74;*;16s
;;tRNA;647468;647544;65;*;atc
;;tRNA;647610;647685;336;*;gca
;;rRNA;648022;650916;177;*;23s
;;rRNA;651094;651209;727;*;5s
fin;;CDS;651937;653757;;0;
deb;comp;CDS;727650;727784;330;*;
;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg
fin;;CDS;728895;730808;;0;
deb;;CDS;878528;879232;406;*;
;;regulatory;879639;879784;204;*;
fin;;CDS;879989;881359;;;
deb;;CDS;1166653;1168824;117;*;
;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi
fin;comp;CDS;1169239;1171089;;;
deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*;
;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*;
fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0;
deb;;CDS;1337892;1339205;500;*;
;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca
;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc
;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca
;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc
deb;;CDS;1341198;1342432;34;*;
;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca
;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc
fin;comp;CDS;1343112;1343390;;;
deb;;CDS;1455613;1455810;913;*;
;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc
;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt
;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt
;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt
;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt
;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt
;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc
;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt
;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt
;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc
fin;;CDS;1458872;1459117;;;
deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*;
;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*;
fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0;
deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*;
;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg
fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0;
deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*;
;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta
;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta
;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta
;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta
;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta
;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta
;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta
;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta
;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta
;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta
;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta
deb;;CDS;1772396;1773805;104;*;
;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc
;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa
;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa
;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa
;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa
;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa
;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa
;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa
;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa
;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa
;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa
;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa
;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa
;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa
;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc
fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0;
deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*;
;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*;
fin;;CDS;1930887;1931621;;;
deb;;CDS;2079870;2080424;876;*;
;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s
;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s
;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s
fin;comp;CDS;2086639;2087564;;;
deb;;CDS;2142913;2143137;136;*;
;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc
fin;comp;CDS;2143485;2145269;;;
deb;;CDS;2225993;2226382;125;*;
;;regulatory;2226508;2226638;52;*;
fin;;CDS;2226691;2228829;;;
deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*;
;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf
fin;;CDS;2366975;2369110;;;
deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*;
;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca
fin;;CDS;2376525;2377169;;;
deb;;CDS;2379066;2379614;152;*;
;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc
;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc
;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta
fin;;CDS;2380631;2381200;;;
deb;;CDS;2548825;2550261;595;*;
;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc
;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc
;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta
;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc
;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta
;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc
;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta
fin;comp;CDS;2553406;2553735;;;
deb;;CDS;2556685;2557929;89;*;
;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca
fin;comp;CDS;2558294;2559073;;;
deb;;CDS;2716829;2717467;98;*;
;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc
fin;comp;CDS;2717834;2719828;;;
deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*;
;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat
;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat
;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf
;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf
;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc
;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf
;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc
;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf
fin;comp;CDS;2760829;2762043;;;
deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*;
;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac
;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac
;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac
;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac
;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac
fin;;CDS;2859892;2860968;;0;
deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*;
;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac
;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac
;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac
;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac
;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac
;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac
;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac
fin;;CDS;2867204;2869120;;;
deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*;
;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*;
fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0;
deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*;
;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac
;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac
;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac
;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac
fin;comp;CDS;2930138;2931472;;;
deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*;
;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa
;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa
;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa
fin;comp;CDS;3122035;3122760;;;
deb;;CDS;3243130;3243747;634;*;
;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*;
fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0;
deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*;
;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac
;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga
;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca
fin;;CDS;3270626;3271480;;0;
deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*;
;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf
;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc
fin;comp;CDS;3758364;3758699;;;
deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*;
;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa
;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta
;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa
;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta
;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa
;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta
;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa
;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta
;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa
;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta
;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj
fin;comp;CDS;3837555;3838646;;;
deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*;
;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg
;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg
fin;comp;CDS;3863366;3864334;;;
deb;;CDS;3865578;3866594;454;*;
;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s
;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s
;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s
fin;;CDS;3872890;3873405;;0;
deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*;
;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc
fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0;
deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*;
;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*;
fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0;
deb;;CDS;4051244;4051564;82;*;
;;ncRNA;4051647;4051828;251;*;
fin;comp;CDS;4052080;4052250;;;
deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*;
;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*;
fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0;
deb;;CDS;4146436;4146708;183;*;
;;regulatory;4146892;4146991;94;*;
fin;;CDS;4147086;4148081;;0;
deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*;
;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc
;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt
;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt
;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc
;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc
;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc
fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0;
deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*;
;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*;
fin;;CDS;4449582;4449893;;;
deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*;
;;regulatory;4453881;4453980;104;*;
fin;;CDS;4454085;4455455;;0;
deb;;CDS;4615072;4616082;798;*;
;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s
;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s
;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca
;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc
;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s
fin;comp;CDS;4622436;4623133;;;
deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*;
;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*;
fin;;CDS;5004800;5006449;;0;
deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*;
;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac
;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s
;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s
;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;

Intergen51. spl. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. spl les différents types d'intercalaires.

Les types d’intercalaires;;spl;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;2 482;414;17;2 913;2,2;141;7;148
x;1 305;12;1;1 318;;0;11;11
t;3 787;426;18;4 231;;141;18;159
%;89,5;10,1;0,0;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;39;0;0;39;1,7;tRNA-CDS;62;25
x;22;1;0;23;;RNA-RNA;141;56
t;61;1;0;62;;CDS-rRNA;18;7
%;98,4;1,6;0,0;;;non RNA;32;13
-;;;;;;total;253;10
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;10,2;38,5;1,2;24,1;0,0;63;0,6;0,0
x;17,6;30,4;8,3;3,1;0,0;58;0,1;0,0

Intergen51. spl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Lien tableau: Intergen51. spl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
Note: les diagrammes tRNA hors, fx% fc% et fc40

;;;correl;;;;;
;308;264;0,794;;;;;
CDS-CDS;;% total;publié;26/11/22;;;;
frequence;;;effectif;;;;;
spl;fx%;fc%;fx;fc;spl;fc40;;tRNA h spl
0;1;7;1;17;0;17;5;3
10;6;114;8;284;1;46;10;4
20;15;78;19;193;2;53;15;5
30;10;48;13;120;3;29;20;3
40;22;35;29;86;4;22;25;1
50;13;30;17;74;5;16;30;4
60;30;32;39;80;6;13;35;7
70;38;29;50;72;7;14;40;15
80;52;40;68;100;8;29;45;4
90;41;37;53;92;9;29;50;7
100;43;36;56;90;10;33;55;6
110;29;26;38;64;11;27;60;12
120;41;29;54;73;12;35;65;1
130;34;34;44;84;13;20;70;0
140;20;23;26;56;14;29;75;0
150;21;21;27;51;15;15;80;2
160;23;21;30;52;16;10;85;3
170;24;20;31;49;17;13;90;0
180;28;21;36;53;18;20;95;2
190;18;17;24;43;19;14;100;3
200;26;15;34;36;20;10;105;12
210;18;15;24;37;21;12;110;2
220;19;16;25;39;22;12;115;0
230;19;13;25;33;23;13;120;0
240;21;13;27;32;24;19;;12
250;18;10;23;25;25;3;;
260;17;12;22;30;26;9;;
270;18;12;23;31;27;21;;
280;18;9;24;23;28;9;;
290;21;12;27;29;29;11;;
300;16;9;21;23;30;11;;
310;14;7;18;18;31;17;;
320;12;8;16;19;32;9;;
330;8;7;11;18;33;8;;
340;12;8;16;20;34;9;;
350;10;7;13;17;35;8;;
360;11;6;14;16;36;6;;
370;11;9;15;22;37;6;;
380;8;4;10;9;38;10;;
390;11;4;14;10;39;7;;
400;8;4;10;9;40;6;;
reste;;;230;253;;;;
total;;;1305;2482;;;;
diagr;;;1074;2212;;;;
 t30;;;40;597;;;;

spl intercalaires positifs S+

Lien tableau: spl intercalaires positifs S+
Tableaux

spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0
270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1
280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2
290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0
300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0
310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3
320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0
330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1
340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0
350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0
360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0
370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1
380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0
390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0
400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1
reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0
total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1
diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0
 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;5
;;;;;;;;;;;;total;12;414
;;;;;;;;;;;;-52;1;

Vibrio parahaemolyticus

vpb opérons

Lien tableau: vpb opérons

45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
;33614..35175;;16s;@4;80
;35256..35331;;gaa;;2
;35334..35409;;aaa;;30
;35440..35515;;gta;;55
comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59
;35828..38743;;23s;;73
;38817..38932;;5s;;
;;;;;
;49997..50073;;cgg;;32
;50106..50181;;cac;+;72
;50254..50330;;cca;2 cac;49
;50380..50455;;cac;2 cca;24
;50480..50556;;cca;;
;;;;;
comp;400045..400120;;atgi;;
;;;;;
;577971..579532;;16s;;88
;579621..579696;;gcc;;12
;579709..579784;;gaa;;258
;580043..582958;;23s;;73
;583032..583147;;5s;;30
;583178..583254;;gac;;35
;583290..583366;;tgg;;
;;;;;
comp;769649..769733;;cta;+;29
comp;769763..769847;;cta;10 cta;47
comp;769895..769971;;atg;4 atg;24
comp;769996..770080;;cta;5 caa;52
comp;770133..770207;;caa;;29
comp;770237..770321;;cta;;53
comp;770375..770451;;atg;;24
comp;770476..770560;;cta;;52
comp;770613..770687;;caa;;29
comp;770717..770801;;cta;;54
comp;770856..770930;;caa;;29
comp;770960..771044;;cta;;35
comp;771080..771154;;caa;;48
comp;771203..771287;;cta;;31
comp;771319..771403;;cta;;77
comp;771481..771557;;atg;;77
comp;771635..771709;;caa;;31
comp;771741..771825;;cta;;40
comp;771866..771942;;atg;;
;;;;;
;786939..787015;;cca;;
;;;;;
comp;802315..802391;;agg;;
;;;;;
;910219..910295;;aga;;
;;;;;
comp;982089..982173;;tac;+;81
comp;982255..982339;;tac;4 tac;81
comp;982421..982505;;tac;;81
comp;982587..982671;;tac;;
;;;;;
;1124715..1124802;;tcc;;
;;;;;
;1418321..1418397;;gtc;+;32
;1418430..1418506;;gtc;2gtc;
;;;;;
comp;1988127..1988202;;ggc;+;10
comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76
comp;1988376..1988451;;ggc;;20
comp;1988472..1988545;;tgc;;
;;;;;
;2164082..2164157;;aac;;
;;;;;
;2193593..2193683;;tca;;
;;;;;
comp;2547884..2547960;;atgf;;56
comp;2548017..2548100;;ctc;;
;;;;;
;2652092..2652168;;cgt;+;56
comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57
comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57
comp;2652493..2652569;;cgt;;57
comp;2652627..2652703;;cgt;;57
comp;2652761..2652837;;cgt;;56
comp;2652894..2652970;;cgt;;210
comp;2653181..2653257;;cgt;;31
comp;2653289..2653380;;agc;@5;320
comp;2653701..2653777;;cgt;;31
comp;2653809..2653900;;agc;;
;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
comp;2741545..2741620;;acc;;100
comp;2741721..2741836;;5s;;73
comp;2741910..2744825;;23s;;257
comp;2745083..2745158;;gca;;41
comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;

vpb blocs

Lien tableau: vpb blocs

vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;

vpb distribution

Lien tableau: vpb distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12

vpb1 données intercalaires

Lien tableau: vpb1 données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;vpb1;CDS-CDS;reste;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;aa;Sup 400;Sup 400;Sup 500;Sup 500
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;;c;aa;c;hors bloc;c;hors bloc;long;long;long;long
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;suite;fx;fc;fx;fc
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;35;gac;32;cgg;64;ttc;402;402;505;501
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;**;tgg;72;cac;7;aca;403;405;514;506
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;2* 68;tgg;49;cac;70;ttc;408;405;519;507
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;**;gac;24;cac;71;aac;412;408;521;509
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;gcc;;;**;cac;7;aca;412;413;529;519
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;atc;;;29;cta;43;ttc;420;413;531;537
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;gaa;;;47;cta;**;aac;421;417;536;537
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;24;atgj;51;ttc;428;417;537;540
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;gca;;;52;cta;21;aca;429;418;541;540
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;gaa;;;29;caa;39;aac;431;418;543;546
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;gta;;;53;cta;15;aca;431;424;546;547
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;gta;;;24;atgj;**;aac;432;426;547;551
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;52;cta;56;atgf;432;427;548;553
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;gac;;;29;caa;18;ggc;433;430;551;557
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;gac;CDS-CDS;inf 50;54;cta;35;atgf;434;432;551;561
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;acc;intercalaire;;29;caa;50;ggc;438;434;552;581
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;tca;c-;x-;35;cta;49;ggc;438;435;556;596
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;-56;-65;48;caa;49;ggc;445;436;557;597
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;acc;total;intercalaires;31;cta;30;ggc;445;437;560;606
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;403,53;77;cta;55;atgf;446;437;560;609
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;gaa;ADN long;3,297,305;77;atgj;30;ggc;450;443;561;610
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;aaa;%;12.2;31;caa;39;atgf;452;445;573;616
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;gta;;;40;cta;19;ggc;454;446;575;619
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;gcc;non RNA;32;**;atgj;35;atgf;456;448;575;621
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;gaa;;;81;tac;**;ggc;458;450;575;625
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;gca;;;81;tac;13;acc;459;451;579;636
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;atc;;;81;tac;35;gga;461;452;611;639
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;gta;;;**;tac;36;tac;461;455;618;647
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;gca;;;32;gtc;**;aca;464;456;634;650
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;aaa;;;**;gtc;;;464;456;637;652
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;gaa;;;10;ggc;;;467;460;639;670
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;gca;;;76;tta;;;475;473;641;687
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;atc;;;20;ggc;;;481;474;669;707
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;gta;;;**;tgc;;;489;476;669;714
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;aaa;;;56;atgf;;;489;477;683;716
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;gaa;;;**;ctc;;;490;481;685;731
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;56;cgt;;;495;487;688;751
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;497;487;699;755
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;499;489;701;798
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;57;cgt;;;500;491;716;799
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;;492;718;821
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;56;cgt;;;;494;721;880
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;210;cgt;;;;496;757;908
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;31;cgt;;;;500;794;976
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;**;agc;;;;;803;1070
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;31;cgt;;;;;815;1131
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;**;agc;;;;;820;1145
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;894;1347
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;895;1605
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;1022;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;;

vpb2 données intercalaires

Lien tableau: vpb2 données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;vpb2;Sup 400;Sup 400;Sup 500;Sup 500
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;long;long;long;long
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;fx;fc;fx;fc
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;73;tgc;403;406;503;501
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;**;tta;404;408;525;505
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;gaa;73;tgc;405;410;529;510
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;**;tta;408;410;531;515
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;gta;3;ggc;413;411;533;521
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;**;tgc;413;412;543;529
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;tca;;;415;412;544;536
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;intra;;;416;413;545;538
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;gaa;;;417;415;548;544
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;aaa;;;418;418;552;550
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;gca;;;419;426;552;569
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;gta;;;431;432;556;590
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;432;432;557;592
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;CDS-CDS;inf 50;433;433;575;596
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;intercalaire;;434;434;576;607
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;c-;x-;439;442;577;624
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;-97;-53;443;445;613;639
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;-74;;444;446;613;649
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;-59;;445;446;615;672
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;total;intercalaires;457;452;625;673
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;242,529;457;454;653;697
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;ADN long;1,806,219;460;454;666;711
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;%;13.4;460;456;674;752
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;461;460;685;781
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;non RNA;8;466;461;690;805
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;469;463;722;844
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;469;468;739;892
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;472;473;742;930
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;473;476;753;1030
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;473;480;773;1265
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;475;;802;1409
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;482;;816;1427
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;489;;867;1439
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;491;;882;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;496;;1150;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;;;1282;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;;;;

vpb1 autres intercalaires aas

Lien tableau: vpb1 autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*;
;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*;
;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;

Intergen51. vpb1. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. vpb1 les différents types d'intercalaires.

vpb2 autres intercalaires aas

Lien tableau: vpb2 autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;

Intergen51. vpb2. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. vpb2 les différents types d'intercalaires.

Escherichia albertii

eal opérons

Lien tableau: eal opérons

49.6%GC;10.3.19 Paris;16s   7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;

eal blocs

Lien tableau: eal blocs

eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;

eal distribution

Lien tableau: eal distribution

atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4

eal données intercalaires

Lien tableau: eal données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 1000
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;eal;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;1063;2148;609;601;1034
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;212;tac;410;5;5;616;602;1050
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;**;tac;420;6;8;621;604;1065
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;atc;6;gga;430;3;3;621;609;1073
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;atc;**;aca;440;5;7;622;609;1077
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;gaa;5;aaa;450;3;3;629;610;1119
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;48;gta;460;3;10;635;614;1169
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;gca;5;aaa;470;4;4;637;622;1226
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;gaa;48;gta;480;4;6;638;629;1268
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;**;aaa;490;3;3;645;632;1421
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;gac;10;atgj;500;7;6;646;636;1595
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;acc;26;cta;510;2;3;654;645;1637
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;37;caa;520;6;3;655;657;1689
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;acc;18;caa;530;4;1;670;665;1791
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;intra;51;atgj;540;3;4;672;665;2324
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;atc gca;35;cag;550;3;3;684;666;
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;contig;**;cag;560;4;2;692;680;
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;tgg;31;ctg;570;1;2;693;680;
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;gac;35;ctg;580;5;3;694;684;
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;**;ctg;590;1;2;707;685;
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;159;ggc;600;5;4;714;690;
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;**;ggc;;45;56;721;700;
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;9;acc;;;;725;714;
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;119;gga;;;;729;738;
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;11;tac;;;;732;742;
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;**;aca;;;;736;745;
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;43;cca;;;;737;761;
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;23;ctc;;;;738;806;
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;CDS-CDS;inf 50;;61;cac;;;;748;843;
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;intercalaire;;;**;cgg;;;;762;865;
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;c-;x-;;37;atgf;;;;765;878;
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;-310;-189;;37;atgf;;;;810;891;
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;-95;-167;;**;atgf;;;;852;942;
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;-71;-129;;6;agc;;;;859;947;
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;-53;-98;;201;cgt;;;;869;952;
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;-78;;200;cgt;;;;878;953;
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;-66;;**;cgt;;;;923;954;
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;-51;;7;aaa;;;;925;958;
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;total;intercalaires;;47;gta;;;;1115;960;
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;594,081;;**;gta;;;;1117;967;
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;ADN long;4,701,875;;42;gcc;;;;1145;977;
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;%;12.6;;**;gcc;;;;1156;;
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;100;atgi;;;;1621;;
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;non RNA;386;;**;aga;;;;1660;;
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;56;ggc;;;;1882;;
;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;14;tgc;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;**;tta;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;7;gtc;;;;;;
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;**;gtc;;;;;;
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;;;;;;

eal autres intercalaires aas

Lien tableau: eal autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
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;comp;tRNA;2009519;2009592;70;*;atc
;comp;rRNA;2009663;2011202;339;*;1540
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;comp;tRNA;2043359;2043431;9;*;acc
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deb;;CDS;4155845;4156684;8;*;
;;gene;4156693;4156833;772;*;
fin;comp;CDS;4157606;4159459;;0;
deb;comp;CDS;4217020;4217574;2;*;
;comp;gene;4217577;4218935;-4;*;
fin;comp;CDS;4218932;4219480;;;
deb;;CDS;4231182;4232117;58;*;
;comp;tRNA;4232176;4232248;100;*;aac
deb;comp;CDS;4232349;4233833;162;*;
;;tRNA;4233996;4234068;71;*;aac
fin;comp;CDS;4234140;4235642;;;
deb;comp;CDS;4238007;4242296;655;*;
;comp;tRNA;4242952;4243024;324;*;aac
fin;;CDS;4243349;4243624;;;
deb;comp;CDS;4244552;4246090;-1539;*;
;comp;mobile_el;4244552;4246433;-294;*;
;comp;gene;4246140;4246433;4;*;
;;gene;4246438;4246626;-189;*;
;;mobile_el;4246438;4247675;-1072;*;
;;gene;4246604;4246804;-20;*;
fin;;CDS;4246785;4247675;;;
deb;;CDS;4247983;4248300;41;*;
;comp;tRNA;4248342;4248414;100;*;aac
deb;comp;CDS;4248515;4249312;93;*;
;;tRNA;4249406;4249492;55;*;tcg
fin;comp;CDS;4249548;4250573;;;
deb;;CDS;4255597;4256646;49;*;
;;tRNA;4256696;4256768;100;*;atgi
;;tRNA;4256869;4256942;502;*;aga
deb;;CDS;4257445;4257576;916;*;
;;mobile_el;4258493;4258858;-43;*;
fin;;CDS;4258816;4260225;;0;
deb;;CDS;4261965;4262312;-348;*;
;;mobile_el;4261965;4263900;-1539;*;
fin;;CDS;4262362;4263900;;;
deb;;CDS;4278068;4278370;12;*;
;;gene;4278383;4279027;137;*;
fin;;CDS;4279165;4280583;;;
deb;comp;CDS;4287685;4287954;8;*;
;comp;gene;4287963;4288700;-1;*;
fin;comp;CDS;4288700;4289068;;;
deb;comp;CDS;4304648;4305058;24;*;
;comp;gene;4305083;4306483;264;*;
fin;;CDS;4306748;4308007;;;
deb;;CDS;4317280;4317828;151;*;
;;tRNA;4317980;4318052;56;*;ggc
;;tRNA;4318109;4318179;14;*;tgc
;;tRNA;4318194;4318277;712;*;tta
;;gene;4318990;4319154;-165;*;
;;mobile_el;4318990;4320203;-1072;*;
;;gene;4319132;4319332;-20;*;
fin;;CDS;4319313;4320203;;0;
deb;;CDS;4377172;4377537;-366;*;
;;mobile_el;4377172;4378400;-906;*;
fin;;CDS;4377495;4378400;;;
deb;;CDS;4378416;4378562;151;*;
;;gene;4378714;4380770;-4;*;
fin;comp;CDS;4380767;4381429;;;
deb;comp;CDS;4437118;4437621;42;*;
;comp;gene;4437664;4439143;179;*;
fin;comp;CDS;4439323;4440657;;;
deb;;CDS;4448284;4448556;1106;*;
;;gene;4449663;4450085;305;*;
fin;;CDS;4450391;4451527;;;
deb;;CDS;4461624;4462049;-426;*;
;;mobile_el;4461624;4464040;-1995;*;
fin;;CDS;4462046;4462396;;;
deb;comp;CDS;4483177;4484004;198;*;
;;gene;4484203;4484540;298;*;
fin;;CDS;4484839;4485159;;;
deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*;
;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc
;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc
fin;;CDS;4557206;4558462;;0;
deb;;CDS;4580951;4581385;46;*;
;comp;gene;4581432;4581897;273;*;
fin;;CDS;4582171;4583292;;;
deb;;CDS;4603717;4604412;51;*;
;;gene;4604464;4604628;-165;*;
;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*;
;;gene;4604606;4604806;-20;*;
fin;;CDS;4604787;4605677;;0;
deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*;
;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*;
fin;comp;CDS;4658477;4658842;;;
deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*;
;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*;
fin;comp;CDS;4662051;4662401;;;
deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*;
;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*;
fin;;CDS;4681342;4681845;;0;
deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*;
;;gene;4698399;4698569;7;*;
;;gene;4698577;4699832;109;*;
fin;;CDS;4699942;4701063;;0;

Intergen51. eal. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. eal les différents types d'intercalaires.

Escherichia coli

eco opérons

Lien tableau: eco opérons

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;
50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP
;223771..225312;;16s;;68;opéron;
;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045]
;225500..225575;;gca;;183;« ;
;225759..228662;;23s;;93;« ;
;228756..228875;;5s;@1;52;« ;
;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024]
;;;;;;;
;236931..237007;;gac;;;;
;;;;;;;
;262871..262946;;acg;;;;
;;;;;;;
;564723..564799;;aga;;;;
;;;;;;;
comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron;
comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029]
comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ;
comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ;
comp;696865..696939;;caa;;23;« ;
comp;696963..697047;;cta;;9;« ;
comp;697057..697133;;atg;;;;
;;;;;;;
;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055]
;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron;
;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ;
;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389]
;781147..781222;;aaa;;146;opéron;
;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391]
;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392]
;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12]
comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12]
;;;;;;;
comp;1031625..1031712;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;1097565..1097652;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr;
comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron;
comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106]
;;;;;;;
; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111]
; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron;
;;;;;;«RNA 67pb;
comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314]
comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ;
comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron;
;;;;;;;
comp;2043468..2043557;;tcg;;;;
;;;;;;;
;2044549..2044624;;aac;;;;
;;;;;;;
comp;2058027..2058102;;aac;;;;
;;;;;;;
; 2059851..2059926;;aac;;;;
;;;;;;;
;2062260..2062335;;aac;;;;
;;;;;;;
;2286211..2286287;;ccc;;;;
;;;;;;;
;2466309..2466383;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012]
comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron;
;;;;;;;
;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110]
;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron;
;2521173..2521248;;gta;;4;« ;
;2521253..2521328;;aaa;;;« ;
;;;;;;;
comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron;
comp;2726281..2729184;;23s;;184;;
comp;2729369..2729444;;gaa;;171;;
comp;2729616..2731157;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2785762..2785837;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ;
comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ;
comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ;
comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron;
comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013]
;;;;;;;
;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron;
;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117]
;2947607..2947683;;atgf;;;« ;
;;;;;;;
comp;2998984..2999057;;ggg;;;;
;;;;;;;
;3110366..3110441;;ttc;;;;
;;;;;;;
;3215598..3215673;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;3318213..3318289;;atgf;;;;
;;;;;;;
comp;3322072..3322158;;ctc;;;;
;;;;;;;
comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ;
comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ;
comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ;
comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ;
comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ;
comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044]
comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron;
;;;;;;;
comp;3708616..3708692;;ccg;;;;
;;;;;;;
;3836222..3836316;;tga;;;;
;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons]
;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033]
;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron;
;3943704..3946607;;23s;;92;« ;
;3946700..3946819;;5s;;52;« ;
;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023]
;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105]
;;;;;;;
;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017]
;3982509..3982585;;cac;;20;opéron;
;3982606..3982692;;ctg;;42;« ;
;3982735..3982811;;cca;;;« ;
;;;;;;;
;4035531..4037072;;16s;;68;opéron;
;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043]
;4037260..4037335;;gca;;183;« ;
;4037519..4040423;;23s;;93;« ;
;4040517..4040636;;5s;;;« ;
;;;;;;;
;4166659..4168200;;16s;;171;opéron;
;4168372..4168447;;gaa;;193;;
;4168641..4171544;;23s;;92;;
;4171637..4171756;;5s;;;;
;;;;;;;
;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101]
;4175472..4175556;;tac;;116;opéron;
;4175673..4175747;;gga;;6;« ;
;4175754..4175829;;acc;;114;« ;
;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;

eco cds

Lien tableau: eco cds

les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903]

eco blocs

Lien tableau: eco blocs

eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;

eco distribution

Lien tableau: eco distribution

atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4

eco données intercalaires

Lien tableau: eco données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;Sup 400;Sup 400;Sup 600;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;eco22;long;long;long;long
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;;fx;
0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;fc;604;512
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;37;cag;403;401;611;513
0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;47;cag;405;403;615;526
0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;15;atgj;406;405;618;544
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;gaa;34;caa;407;406;626;545
0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;atc;23;caa;417;410;641;556
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;gaa;9;cta;417;411;658;559
0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;**;atgj;419;412;659;570
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;gaa;135;aaa;423;412;668;577
0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;gca;2;gta;424;414;674;578
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;gaa;149;aaa;425;421;714;597
0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;gca;3;gta;429;422;728;601
0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;146;aaa;432;423;754;602
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;acc;132;aaa;433;423;775;610
0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;gac;**;aaa;434;424;796;616
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;209;tac;435;425;919;620
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;acc;**;tac;435;428;950;630
0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;intra;4;gtc;436;429;1372;634
0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;atc gca;**;gtc;445;430;1455;657
0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;12;tta;453;434;;669
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;CDS-CDS;inf 50;;54;tgc;457;439;;680
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;intercalaire;;;**;ggc;462;450;;768
0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;c-;x-;;39;ggc;470;451;;846
0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;-2400;-723;;**;ggc;471;454;;852
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;-2202;-530;;44;gta;475;455;;
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;-2181;-527;;46;gta;482;456;;
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;-2130;-495;;4;gta;501;459;;
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;-1674;-436;;**;aaa;519;459;;
0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;-1295;-210;;198;cgt;519;464;;
0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;-897;-129;;62;cgt;523;469;;
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;-729;-113;;198;cgt;524;473;;
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;-448;-105;;3;cgt;536;473;;
0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;-242;-102;;**;agc;537;474;;
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;-212;-86;;33;atgf;540;477;;
0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;-153;-82;;33;atgf;544;481;;
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;-110;-63;;**;atgf;546;484;;
0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;-89;;;8;gac;586;494;;
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;-85;;;**;tgg;588;494;;
0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;-82;;;57;cgg;;495;;
0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;-82;;;20;cac;;498;;
0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;-82;;;42;ctg;;498;;
4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;-82;;;**;cca;;;;
28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;-82;;;8;aca;;;;
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;-82;;;116;tac;;;;
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;-82;;;6;gga;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;-75;;;**;acc;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;-66;;;36;ggc;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;-56;;;35;ggc;;;;
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;total;intercalaires;;**;ggc;;;;
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;501,283;;34;ctg;;;;
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;ADN long;4,641,652;;28;ctg;;;;
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;%;10.8;;**;ctg;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;non RNA;570;;;;;;;

eco autres intercalaires aas

Lien tableau: eco autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
deb;comp;CDS;238257;238736;9;;
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fin;comp;CDS;3311415;3311684;;;
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;comp;tRNA;3318213;3318289;347;*;atgf
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;comp;tRNA;3322072;3322158;14;*;ctc
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;;misc_f;3366755;3366929;-4;*;
fin;;CDS;3366926;3367642;;;
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fin;;CDS;3405436;3405906;;;
deb;;CDS;3418390;3418611;430;;
;;gene;3419042;3420066;67;*;
fin;;CDS;3420134;3421315;;;
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;comp;tRNA;3423580;3423655;12;*;acc
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23s;comp;rRNA;3423880;3426783;174;*;
;comp;tRNA;3426958;3427033;42;*;gca
;comp;tRNA;3427076;3427152;68;*;atc
16s;comp;rRNA;3427221;3428762;473;*;
fin;;CDS;3429236;3429790;;;
deb;;CDS;3558268;3559866;-19;;
;comp;gene;3559848;3560605;16;*;
fin;comp;CDS;3560622;3561452;;;
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;comp;ncRNA;3580922;3581016;121;*;
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deb;;CDS;3583677;3584180;24;;
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deb;;CDS;3623399;3623782;104;;
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fin;;CDS;3634841;3635893;;;
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;;ncRNA;3648294;3648375;152;*;
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deb;;CDS;3650237;3650662;628;;
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;comp;mobile_el;3652036;3653230;-1049;*;
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;;misc_f;3653236;3653713;247;*;
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fin;comp;CDS;3695997;3696185;;;
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fin;;CDS;3700563;3701834;;;
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fin;comp;CDS;3708784;3710475;;;
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;;mobile_el;3720633;3722075;-1396;*;
fin;;CDS;3720680;3721201;;;
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;;gene;3722077;3722111;216;*;
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deb;comp;CDS;3727917;3729371;14;;
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deb;;CDS;3750086;3750781;31;;
;comp;gene;3750813;3750914;3;*;
;;gene;3750918;3751109;18;*;
fin;comp;CDS;3751128;3751868;;;
deb;;CDS;3766337;3767179;41;;
;;gene;3767221;3767922;254;*;
deb;;CDS;3768177;3768638;0;;
;;gene;3768639;3768890;1;*;
;;gene;3768892;3769256;88;*;
deb;;CDS;3769345;3769680;267;;
;;gene;3769948;3770146;96;*;
fin;comp;CDS;3770243;3771379;;;
deb;comp;CDS;3807064;3808098;67;;
;comp;ncRNA;3808166;3808238;301;*;
fin;;CDS;3808540;3809817;;;
deb;comp;CDS;3834547;3835929;292;;
;;tRNA;3836222;3836316;108;*;tga
;;gene;3836425;3836556;396;*;
fin;;CDS;3836953;3838137;;;
deb;;CDS;3843964;3845730;-1;;
;comp;ncRNA;3845730;3845995;-220;*;
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deb;comp;CDS;3852890;3852988;129;;
;comp;ncRNA;3853118;3853190;-73;*;
;comp;ncRNA;3853118;3853257;295;*;
fin;;CDS;3853553;3853642;;;
deb;;CDS;3860283;3861176;-4;;
;comp;gene;3861173;3861987;-1;*;
fin;comp;CDS;3861987;3862472;;;
deb;comp;CDS;3923744;3925633;110;;
;;rep_origin;3925744;3925975;36;*;
fin;comp;CDS;3926012;3926455;;;
deb;;CDS;3936278;3937168;-124;;
;;ncRNA;3937045;3937278;15;*;
fin;;CDS;3937294;3938223;;;
deb;comp;CDS;3940635;3941327;480;;
;16s;rRNA;3941808;3943349;85;*;
;;tRNA;3943435;3943510;193;*;gaa
;23s;rRNA;3943704;3946607;92;*;
;5s;rRNA;3946700;3946819;52;*;
;;tRNA;3946872;3946948;8;*;gac
;;tRNA;3946957;3947032;95;*;tgg
fin;comp;CDS;3947128;3947967;;;
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;;gene;3950560;3952204;-4;*;
fin;;CDS;3952201;3952464;;;
deb;comp;CDS;3959532;3959813;198;;
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fin;;CDS;3960677;3962698;;;
deb;;CDS;3980887;3982272;102;;
;;tRNA;3982375;3982451;57;*;cgg
;;tRNA;3982509;3982585;20;*;cac
;;tRNA;3982606;3982692;42;*;ctg
;;tRNA;3982735;3982811;146;*;cca
fin;;CDS;3982958;3984193;;;
deb;comp;CDS;3984352;3986007;424;;
;;ncRNA;3986432;3986603;82;*;
fin;comp;CDS;3986686;3987882;;;
deb;;CDS;4019624;4020229;-252;;
;;ncRNA;4019978;4020229;-4;*;
fin;;CDS;4020226;4021866;;;
deb;;CDS;4034608;4035153;377;;
;16s;rRNA;4035531;4037072;68;*;
;;tRNA;4037141;4037217;42;*;atc
;;tRNA;4037260;4037335;183;*;gca
;23s;rRNA;4037519;4040423;93;*;
;5s;rRNA;4040517;4040636;269;*;
fin;comp;CDS;4040906;4041433;;;
deb;;CDS;4046966;4049752;146;;
;;ncRNA;4049899;4050009;123;*;
deb;comp;CDS;4050133;4050765;270;;
;;ncRNA;4051036;4051281;65;*;
fin;;CDS;4051347;4051856;;;
deb;;CDS;4105820;4106320;9;;
;;ncRNA;4106330;4106387;81;*;
fin;;CDS;4106469;4107371;;;
deb;;CDS;4156850;4158223;54;;
;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*;
fin;;CDS;4158490;4159407;;;
deb;;CDS;4165428;4166285;373;;
16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*;
;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa
23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*;
5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*;
fin;;CDS;4172057;4173085;;;
deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;;
;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca
;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac
;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga
;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc
fin;;CDS;4175944;4177128;;;
deb;;CDS;4189786;4190325;1;;
;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*;
fin;comp;CDS;4190735;4191868;;;
deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;;
16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*;
;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa
23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*;
5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*;
fin;;CDS;4213234;4213617;;;
deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;;
;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*;
fin;comp;CDS;4220301;4222487;;;
deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;;
;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*;
fin;comp;CDS;4242626;4243516;;;
deb;;CDS;4249554;4250474;228;;
;;gene;4250703;4252283;222;*;
fin;;CDS;4252506;4253003;;;
deb;;CDS;4262840;4263082;56;;
;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*;
fin;comp;CDS;4263248;4264231;;;
deb;;CDS;4277469;4277933;-8;;
;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*;
fin;;CDS;4278479;4279828;;;
deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;;
;comp;gene;4322443;4323281;54;*;
fin;comp;CDS;4323336;4324352;;;
deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;;
;comp;gene;4362191;4362353;197;*;
;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc
fin;comp;CDS;4362733;4363308;;;
deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;;
;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*;
fin;comp;CDS;4366891;4368327;;;
deb;;CDS;4391604;4392149;210;;
;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc
;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc
;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc
fin;;CDS;4392892;4392945;;;
deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;;
;;gene;4427694;4428095;-17;*;
fin;comp;CDS;4428079;4428717;;;
deb;;CDS;4457959;4459311;176;;
;;gene;4459488;4459855;44;*;
fin;comp;CDS;4459900;4460364;;;
deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;;
;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg
;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*;
;;gene;4496750;4497940;240;*;
;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*;
fin;;CDS;4498272;4498637;;;
deb;;CDS;4498595;4499500;92;;
;comp;gene;4499593;4500791;468;*;
deb;;CDS;4501260;4501589;500;;
;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*;
fin;comp;CDS;4502103;4503431;;;
deb;;CDS;4506448;4506573;52;;
;comp;gene;4506626;4506856;4;*;
;;gene;4506861;4507109;15;*;
;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*;
;;misc_f;4507197;4507451;7;*;
;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*;
deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;;
;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*;
;comp;gene;4508684;4508942;64;*;
;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*;
;;misc_f;4509009;4509479;-1;*;
;;misc_f;4509479;4509793;10;*;
;;gene;4509804;4510133;556;*;
fin;comp;CDS;4510690;4511457;;;
deb;;CDS;4518372;4518440;31;;
;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*;
deb;;CDS;4518527;4518802;-82;;
;;gene;4518721;4519224;113;*;
fin;comp;CDS;4519338;4520324;;;
deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;;
;;ncRNA;4527977;4528066;44;*;
fin;comp;CDS;4528111;4528917;;;
deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;;
;comp;gene;4532050;4532310;126;*;
fin;comp;CDS;4532437;4533183;;;
deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;;
;comp;gene;4534430;4534675;339;*;
;;gene;4535015;4536031;565;*;
fin;;CDS;4536597;4536695;;;
deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;;
;;gene;4568998;4569918;243;*;
fin;comp;CDS;4570162;4571574;;;
deb;;CDS;4572414;4573931;203;;
;;gene;4574135;4576855;56;*;
fin;comp;CDS;4576912;4577958;;;
deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;;
;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
fin;comp;CDS;4580068;4581462;;;
deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;

Intergen51. eco. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. eco les différents types d'intercalaires.

eco. Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;2 188;647;16;2 851;2,4;65;6;71
x;1 061;95;13;1 169;;0;6;6
t;3 249;742;29;4 020;;65;12;77
%;80,8;18,5;0,7;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;37;0;0;37;1,3;tRNA-CDS;65;9
x;28;0;0;28;;RNA-RNA;65;9
t;65;0;0;65;;CDS-rRNA;12;2
%;100,0;0,0;0,0;;;non RNA;570;80
-;;;;;;total;712;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;2,9;10,8;13,7;33,8;2,7;47;0,6;0,0
x;5,3;14,3;3,9;5,9;3,6;65;1,1;0,0

Intergen51. eco. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Lien tableau: Intergen51. eco. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
Note: les diagrammes tRNA hors, fx% fc% et fc40

;;;correl;;;;;
;179;233;0,324;;;;;
CDS-CDS;;% total;publié;26/11/22;;;;
frequence;;;effectif;;;;;
eco;fx%;fc%;fx;fc;eco;fc40;;tRNA h eco
0;12;7;13;16;0;16;5;5
10;33;157;35;345;1;43;10;4
20;9;120;10;265;2;51;15;2
30;17;61;18;135;3;44;20;1
40;59;36;63;79;4;27;25;1
50;73;33;78;73;5;14;30;1
60;47;47;51;104;6;13;35;5
70;34;40;37;89;7;24;40;3
80;20;40;21;88;8;15;45;2
90;27;30;29;67;9;56;50;2
100;32;37;34;82;10;58;55;1
110;34;38;36;83;11;48;60;1
120;30;26;32;58;12;39;65;1
130;31;24;33;52;13;23;70;0
140;36;23;39;51;14;37;75;0
150;26;23;28;50;15;23;80;0
160;36;19;39;41;16;20;85;0
170;30;19;32;41;17;19;90;0
180;20;19;22;41;18;19;95;0
190;28;17;30;37;19;14;100;0
200;27;14;29;31;20;23;105;0
210;33;16;35;36;21;17;110;0
220;27;17;29;37;22;18;115;0
230;19;9;20;20;23;13;120;1
240;22;8;24;18;24;19;;7
250;22;8;24;17;25;10;;37
260;20;12;22;26;26;14;;
270;13;6;14;14;27;14;;
280;20;7;21;16;28;8;;
290;16;10;17;21;29;9;;
300;8;8;9;17;30;13;;
310;8;6;9;13;31;6;;
320;15;5;16;12;32;7;;
330;7;5;7;11;33;7;;
340;10;3;11;6;34;8;;
350;2;4;2;9;35;7;;
360;10;5;11;10;36;15;;
370;7;5;7;12;37;7;;
380;17;2;18;4;38;7;;
390;6;1;6;3;39;8;;
400;6;5;6;10;40;7;;
reste;53;29;57;64;;;;
total;1000;1000;1074;2204;;;;
diagr;;;1004;2124;;;;
t30;;;63;745;;;;

eco intercalaires positifs S+

Lien tableau: eco intercalaires positifs S+
Tableaux

eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
Corrélations et fréquences faibles

25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644

Escherichia coli Nissle 1917

ecoN opérons

Lien tableau: ecoN opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s  10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;;
;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
;234484..234557;;gca;;174;;;;;;;
;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;;
;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;;
;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;;
;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;*
;;;;;;;;;;;;
;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;*
;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;*
;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;*
;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;;
comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
> comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;;
;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
<;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
<;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
>;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
< comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
<> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
< comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
<;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
>;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
<;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
>;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
>;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
< comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
< comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
>;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*

ecoN cumuls

Lien tableau: ecoN cumuls

ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;

ecoN blocs

Lien tableau: ecoN blocs

ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;

ecoN distribution

Lien tableau: ecoN distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6

ecoN eco

ecoN eco tableaux

Lien tableau: ecoN eco tableaux

;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
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;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
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;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;;
;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&1554;
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;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&120;
;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&2904;
;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;;
;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;;
;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&1542;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA
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;;781369..781444;°aaa;132;;;;;;808853..808928;°aaa;33;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;
;;781577..781652;°aaa;432;;;;;;808962..809037;°aaa;277;;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;> comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;;
;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN13;comp;1829066..1830322;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco13;;;;;;;;;;1830630..1830706;°gtc;4;;;;;;;;;;
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;;;°gtc;;;;;;<;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN14;comp;1831218..1832474;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;<;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco15;comp;1744871..1746127;cds;307;419;%adhes YdhQ;;ecoN15;comp;1833321..1834577;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
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;; 1746516..1746592;°gtc;107;;;;;;1834966..1835042;°gtc;108;;;;;;;;;;
;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;1992269..1992817;cds;;183;@glycerolP;;;comp;2117108..2117656;CDS;;183;@CDP-diacyl;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2043468..2043557;tcg;93;;;;;comp;2192566..2192655;tcg;93;;;;;;;;;;
;;2043651..2044448;cds;100;266;%Mtf;;;;2192749..2193546;CDS;100;266;%MtfA;;;;;;;;
;;2044549..2044624;aac;313;;;;;;2193647..2193722;aac;161;;;;;;;;;;
;;2044938..2052014;cds;;2359;§Inv-adhesin;;;;2193884..2195146;CDS;;421;§Tyr recb-421;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2058027..2058102;aac;[100;;;;;comp;2233777..2233852;acc;[326;;;;;;;;;;
;comp;2058203..2059846;cds;[4;548;@exporter;;;;2234179..2235096;CDS;[101;306;@tr-nitrogen;;;;;;;;
;; 2059851..2059926;aac;[37;;;;;;2235198..2236148;CDS;[37;317;@tr-Cbl;;;;;;;;
;comp;2059964..2060914;cds;[101;317;tact Cbl;;;comp;2236186..2236261;aac;[4;;;;;;;;;;
;comp;2061016..2061933;cds;[326;306;tr-Nac;;;;2236266..2237909;CDS;[100;548;trp-YeeO;;;;;;;;
;;2062260..2062335;aac;55;;;;;;2238010..2238085;aac;161;;;;;;;;;;
;comp;2062391..2063323;cds;;311;§ErfK;;;;2238247..2239518;CDS;;424;§Tyr recb 424;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2286390..2288914;cds;;842;§adhes YejO;;;comp;2548981..2549136;CDS;;52;§barrel;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2466545..2467702;cds;;386;§KpLE1;;;comp;2719300..2719830;CDS;;177;§OmpH;;;ecoN;;;;;
;;2466369..2476583;#phage;;3405;pp CPS-53;;;;;;;;;;EcoN 53;comp;5321144..5321869;CDS;206;242;§p-His kinase
;;;;;;;;ecoN21;comp;2768744..2770933;CDS;206;730;@sensor;;ok;comp;5322076..5322151;°gcc;39;;
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;comp;2518156..2518231;°gcc;235;;;;;;2771551..2771910;CDS;;120;%pu-tr 120;;;;5322602..5322961;CDS;;120;%pu-tr 120
;;2518467..2518811;cds;;115;%pu- YfeC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2520931..2521006;°gta;44;;;;;;2774029..2774104;°gta;43;;;;EcoN 54;comp;5323406..5324821;CDS;258;472;@Glu ligase
;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;<;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2785762..2785837;atgi;559;;;;;;;****atgi*****;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3027207..3027773;CDS;280;189;@fructose 6;;;;;;;;
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;comp;2818059..2818135;°cgt;62;;;;;comp;3028333..3028409;°cgt;62;;;;;;;;;;
;comp;2818198..2818274;°cgt;198;;;;;comp;3028472..3028548;°cgt;64;;;;;;;;;;
;comp;2818473..2818549;°cgt;3;;;;;comp;3028613..3028689;°cgt;3;;;;;;;;;;
;comp;2818553..2818645;agc;315;;;;;comp;3028693..3028785;agc;315;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
;comp;2947757..2949010;cds;;418;§Ala C;;;;3159575..3160075;CDS;;167;§sscs VI;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2999136..2999891;cds;;252;%pu-LysM;;;comp;3231870..3232625;CDS;;252;%glycan DD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3110590..3111126;cds;;179;§pu-ssM;;;;3342134..3343399;CDS;;422;§arm-type;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3215727..3216491;cds;;255;@ferric ;;;comp;3570068..3570832;CDS;;255;@ferric ;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3670886..3670962;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3671310..3672155;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco31;;;;;;;;ecoN31;comp;3673935..3674387;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3674594..3674670;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco32;;;;;;;;ecoN32;comp;3677794..3678246;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco33;comp;3317554..3318006;cds;206;151;@RimP;;ecoN33;comp;3681532..3681984;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;comp;3318213..3318289;atgf;347;;;;;comp;3682191..3682267;atgf;347;;;;;;;;;;
;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco34;comp;3319988..3321613;cds;458;542;%pu-hydrolase;;ecoN34;comp;3683966..3685591;CDS;456;542;%Pet;;;;;;;;
;comp;3322072..3322158;ctc;14;;;;;comp;3686048..3686134;ctc;14;;;;;;;;;;
;comp;322173..3322505;cds;;111;@SecG-t;;;comp;3686149..3686481;CDS;;111;@SecG-p;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3423580..3423655;acc;12;;;;;comp;3785529..3785605;acc;14;;;;;;;;;;
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;comp;3423880..3426783;$23s;174;&2904;;;;comp;3786513..3786588;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3426958..3427033;gca;42;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;1834;&116;;;;;;;;;
;comp;3427076..3427152;atc;68;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;;;;;;;;;
;comp;3427221..3428762;$16s;473;&1542;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase;;;;;;;;
;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3708273..3708306;rpr;16;&34;rpt-34;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3708323..3708358;rpr;257;&36;rpt-36;;ecoN36;comp;4078635..4080242;CDS;743;536;@DppA;;;;;;;;
;comp;3708616..3708692;ccg;91;;;;;comp;4080986..4081062;ccg;91;;;;;;;;;;
;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco37;comp;3834547..3835929;cds;292;461;%pu-YicJ;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3836222..3836316;tga;108;;;;ecoN37;comp;4205966..4207348;CDS;[292;461;%glycoside-p5;;EcoN 51;comp;5252659..5253870;CDS;[300;404;(Tyr recb 404
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;;3836953..3838137;cds;;395;§pu-arabi;;;>;4208036..4208857;CDS;;274;§p-DUF4102;;;>;5254542..5255171;CDS;;210;p-glycoside
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3941808..3943349;$16s;85;&1542;;;;;4339815..4341342;$16s;73;&1528;;;;;;;;;
;;3943435..3943510;gaa;193;;;;;;4341416..4341491;gaa;184;;;;;;;;;;
;;3943704..3946607;$23s;92;&2904;;;;;4341676..4344286;$23s;83;&2611;;;;;;;;;
;;3946700..3946819;$5s;52;&120;;;;;4344370..4344485;$5s;53;&116;;;;;;;;;
;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;EcoN 52;> comp;5305902..5306228;CDS;0;109;p-hp
eco39;;3980887..3982272;cds;102;462;%pu-YifK;;ecoN39;;4377681..4379066;CDS;102;462;%aa permease;;;comp;5306229..5306302;atc;1096;;
;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;> comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&1255;
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;;4035531..4037072;$16s;68;&1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;>;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;< comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&1189;;;;<;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;< comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630

ecoN eco noms cds

Lien tableau: ecoN eco noms cds

fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO,  misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6"     misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12"     misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other  71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*

ecoN données intercalaires

Lien tableau: ecoN données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;Sup 700;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;hors bloc;ecoN;fx;fc;fx;fc
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;400;1240;2697;707;728
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;8;gac;37;cag;410;4;8;733;729
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;**;tgg;48;cag;420;8;4;738;737
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;1472;gaa;15;atgj;430;6;4;747;754
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;gaa;42;atc;34;caa;440;7;10;752;772
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;gaa;2351;atc;23;caa;450;1;3;753;775
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;gaa;**;gaa;10;cta;460;4;12;773;798
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;atc;42;gca;**;atgj;470;5;2;779;810
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;**;atc;35;aaa;480;8;7;789;815
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;gca;;;2;gta;490;7;2;796;830
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;51;aaa;500;3;6;799;835
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;gaa;;;3;gta;510;1;0;799;847
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;gaa;;;48;aaa;520;2;3;806;875
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;gaa;;;33;aaa;530;7;1;823;963
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;gca;;;**;aaa;540;3;4;834;977
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;33;tac;550;5;5;876;1005
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;**;tac;560;4;2;919;1037
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;gac;;;4;gtc;570;4;4;938;1068
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;acc;;;**;gtc;580;2;2;948;1085
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;gac;;;4;gtc;590;4;0;968;1098
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;**;gtc;600;4;1;1007;1103
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;acc;;;4;gtc;610;3;4;1057;1200
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;acc;;;**;gtc;620;2;2;1065;1238
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;gaa;;;12;tta;630;3;5;1184;1238
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;gaa;;;53;tgc;640;0;2;1187;1486
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;intra;;;**;ggc;650;1;2;1310;1847
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;atc gca;;;39;gcc;660;1;1;1333;
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;**;gcc;670;1;2;1348;
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;43;gta;680;2;1;1352;
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;46;gta;690;3;0;1361;
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;4;gta;700;2;0;1466;
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;**;aaa;;35;26;1671;
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;63;cgt;;;;1837;
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;CDS-CDS;inf 50;;62;cgt;;;;1888;
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;intercalaire;;;62;cgt;;;;2071;
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;c-;x-;;64;cgt;;;;;
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;-94;-113;;3;cgt;;;;;
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;-89;-113;;**;agc;;;;;
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;-74;-91;;33;atgf;;;;;
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;-70;-77;;33;atgf;;;;;
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;-67;-51;;**;atgf;;;;;
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;-64;;;58;cgg;;;;;
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;-61;;;20;cac;;;;;
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;-59;;;42;ctg;;;;;
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;-56;;;**;cca;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;-56;;;8;aca;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;total;intercalaires;;116;tac;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;646,219;;6;gga;;;;;
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;ADN long;5,441,200;;**;acc;;;;;
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;%;11.9;;36;ggc;;;;;
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;35;ggc;;;;;
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;non RNA;12;;**;ggc;;;;;
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;34;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;28;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;**;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;39;gcc;;;;;
;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;39;gcc;;;;;
;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;**;gcc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;gta;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gta;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;ctg;;;;;

ecoN autres intercalaires aas

Lien tableau: ecoN autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;ecoN;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;231864;232436;365;*;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac
fin;;CDS;237812;238615;;1;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg
fin;;CDS;368927;369265;;0;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;
fin;;CDS;556537;556890;;0;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj
fin;comp;CDS;735603;737267;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa
fin;;CDS;809315;810358;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc
fin;comp;CDS;953030;953248;;;
deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*;
;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca
fin;;CDS;1048604;1049722;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga
fin;comp;CDS;1184837;1185786;;;
deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc
fin;;CDS;1215296;1216234;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc
fin;;CDS;1217586;1218524;;;
deb;;CDS;1457038;1458129;16;*;
;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;
;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac
;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac
fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;
deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;
;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc
;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc
fin;;CDS;1830794;1831177;;0;
deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;
;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc
;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc
fin;;CDS;1832948;1833280;;0;
deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc
;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc
fin;;CDS;1835151;1835456;;;
deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;
;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;
fin;;CDS;1858893;1859249;;;
deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;
;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta
;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc
;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc
fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;
deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;
;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg
deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;
;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac
fin;;CDS;2193884;2195146;;0;
deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;
;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc
fin;;CDS;2234179;2235096;;;
deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;
;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac
deb;;CDS;2236266;2237909;100;*;
;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;
deb;;CDS;2546968;2548728;74;*;
;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc
fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0;
deb;;CDS;2717780;2718712;75;*;
;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg
fin;comp;CDS;2719300;2719818;;;
deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*;
;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc
;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc
fin;;CDS;2771551;2771910;;;
deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*;
;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta
;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta
;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta
;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa
fin;comp;CDS;2774536;2775420;;;
deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*;
;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s
;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s
;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa
;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s
fin;comp;CDS;2968162;2970735;;;
deb;;CDS;2991343;2991825;214;*;
;;tmRNA;2992040;2992402;88;*;
fin;comp;CDS;2992491;2992679;;;
deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*;
;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt
;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt
;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt
;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt
;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt
;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc
fin;comp;CDS;3029101;3029286;;;
deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*;
;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf
;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf
;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf
fin;;CDS;3159575;3160075;;;
deb;;CDS;3230172;3231401;316;*;
;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg
fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0;
deb;;CDS;3287195;3287524;41;*;
;;ncRNA;3287566;3287749;20;*;
fin;;CDS;3287770;3288372;;0;
deb;;CDS;3341048;3341755;105;*;
;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc
fin;;CDS;3342134;3343399;;;
deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*;
;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi
fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0;
deb;;CDS;3620528;3620746;556;*;
;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*;
fin;comp;CDS;3621712;3622857;;;
deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*;
;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf
fin;;CDS;3671310;3672155;;0;
deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*;
;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf
fin;;CDS;3675018;3675869;;1;
deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*;
;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf
fin;;CDS;3678877;3679722;;0;
deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*;
;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf
fin;;CDS;3682615;3683958;;0;
deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*;
;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc
fin;comp;CDS;3686149;3686481;;;
deb;;CDS;3784553;3785311;62;*;
;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s
;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc
;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s
;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc
;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s
;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa
fin;;CDS;3789989;3790543;;1;
deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*;
;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg
fin;comp;CDS;4081154;4082845;;;
deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*;
;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga
fin;;CDS;4208036;4208857;;;
deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*;
;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s
;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa
;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s
;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s
;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac
;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg
fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0;
deb;;CDS;4377681;4379066;102;*;
;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg
;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac
;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg
;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca
fin;;CDS;4379752;4380987;;0;
deb;;CDS;4460971;4461516;377;*;
;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s
;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc
;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca
;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s
;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s
fin;comp;CDS;4467642;4468169;;;
deb;;CDS;4605577;4606434;374;*;
;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s
;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa
;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s
fin;;CDS;4610166;4611194;;;
deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*;
;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca
;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac
;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga
;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc
fin;;CDS;4614053;4615237;;;
deb;;CDS;4646462;4648150;436;*;
;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa
;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s
;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s
fin;;CDS;4651595;4651978;;0;
deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*;
;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc
fin;comp;CDS;4835341;4835916;;;
deb;;CDS;4864628;4865173;210;*;
;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc
;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc
;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc
fin;;CDS;4865916;4865969;;1;
deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*;
;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg
fin;comp;CDS;4975517;4976055;;;
deb;;CDS;5042527;5042763;38;*;
;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg
;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg
;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg
fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0;
deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*;
;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s
;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa
fin;comp;CDS;5082543;5082754;;;
deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*;
;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa
deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*;
;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa
;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc
;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc
;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa
;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s
;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s
fin;;CDS;5101169;5101552;;0;
deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*;
;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s
;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s
fin;comp;CDS;5128754;5129323;;;
deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*;
;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga
fin;;CDS;5254542;5255171;;;
deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*;
;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc
fin;;CDS;5307399;5308450;;;
deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*;
;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc
;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc
;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc
fin;;CDS;5322602;5322961;;;
deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*;
;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta
;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta
fin;;CDS;5325276;5325389;;0;
deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*;
;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s
;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca
;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc
;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s
;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca
;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc
;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s
fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0;
deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*;
;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc
;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s
fin;comp;CDS;5363061;5363543;;;
deb;;CDS;5425965;5426201;150;*;
;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg
;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg
fin;comp;CDS;5426617;5427150;;;
deb;;CDS;5433568;5433687;39;*;
;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;

Intergen51. ecoN. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. ecoN les différents types d'intercalaires.

Vibrio campbellii

vha opérons

Lien tableau: vha opérons

45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;;
comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;;
comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;;
comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;;
comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156
comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182;
;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
comp;190817..190933;;5s;;107;;;;;
comp;191041..193955;;23s;;290;;;;;
comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;;
comp;194365..194441;;atc;;97;;;;;
comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;;
comp;196468..196584;;5s;;77;;;;;
comp;196662..199576;;23s;;290;;;;;
comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;;
comp;199986..200062;;atc;;97;;;;;
comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853
comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712;
;;;;;;;;;;
comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101
comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;;
comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;;
comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;;
comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;;
;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308;
;;;;;;;;;;
comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546
comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;;
comp;243159..243235;;gac;;32;;;;;
comp;243268..243384;;5s;;117;;;;;
comp;243502..246404;;23s;;310;;;;;
comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;;
comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;;
comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;;
comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554
;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;;
comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;;
comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83
comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45;
;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
;449605..451162;;16s;;122;;;;;
;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
;468291..468367;;cca;;46;;46;;;
;468414..468489;;cac;;64;;64;;;
;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242;
;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;

vha cumuls

Lien tableau: vha cumuls

vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178

vha blocs

Lien tableau: vha blocs

vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;<u>86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;<u>371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;

vha distribution

Lien tableau: vha distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11

vha1 données intercalaires

Lien tableau: vha1 données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;vha1;fx;fc;fx;fc
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;809;1799;617;601
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;158;atgf;410;7;2;619;602
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;35;ggc;420;6;10;620;604
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;35;ggc;430;9;8;629;605
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;18;ggc;440;4;5;636;605
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;39;atgf;450;5;10;639;606
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;90;ggc;460;10;5;641;608
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;atc;39;atgf;470;9;7;641;610
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;atc;18;ggc;480;5;2;649;611
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;gaa;39;atgf;490;5;3;651;612
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;gaa;18;ggc;500;3;2;653;617
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;gcc;39;atgf;510;0;9;657;620
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;**;ggc;520;1;4;664;623
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;gca;13;acc;530;3;5;666;638
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;gta;35;gga;540;5;5;671;638
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;gca;52;tac;550;1;3;685;645
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;gca;**;aca;560;3;2;709;650
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;gta;35;cgg;570;1;6;710;652
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;gaa;76;cac;580;1;1;714;655
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;46;cca;590;4;5;722;677
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;gac;64;cac;600;1;10;745;683
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;gac;**;cca;;42;42;754;687
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;gac;54;cta;;;;758;694
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;tca;46;caa;;;;794;706
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;acc;21;cta;;;;797;728
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;18;cta;;;;801;745
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;acc;23;atgj;;;;812;749
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;intra;70;cta;;;;821;756
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;gca;79;atgj;;;;828;774
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;atc;31;caa;;;;836;802
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;gta;39;cta;;;;841;810
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;aaa;**;atgj;;;;847;821
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;gaa;100;tac;;;;855;834
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;gaa;100;tac;;;;857;852
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;aaa;100;tac;;;;872;916
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;gca;**;tac;;;;891;919
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;gta;46;gtc;;;;891;981
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;gcc;**;gtc;;;;924;994
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;gaa;11;ggc;;;;1029;1020
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;contig;78;tta;;;;1032;1186
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;tgg;37;ggc;;;;1276;1507
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;gac;**;tgc;;;;1427;2251
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;gac;56;atgf;;;;;
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;tgg;**;ctc;;;;;
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;59;cgt;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;CDS-CDS;inf 50;;;57;cgt;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;intercalaire;;;;57;cgt;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;c-;x-;;;57;cgt;;;;;
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;-70;-65;;;57;cgt;;;;;
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;-55;-59;;;85;cgt;;;;;
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;-53;;;;29;agc;;;;;
;;;;;;3496;;total;25;402;;;total;intercalaires;;;31;cgt;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;499,733;;;**;agc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;ADN long;3,765,351;;;51;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;%;13.3;;;7;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;43;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;non RNA;28;;;69;aac;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;10;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;42;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aac;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;51;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;21;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;39;aac;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;15;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aac;;;;;

vha1 autres intercalaires aas

Lien tableau: autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
deb;comp;CDS;251637;253490;57;*;
;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
fin;;CDS;253934;255043;;0;
deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*;
;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
;;regulatory;2485238;2485339;116;*;
fin;;CDS;2485456;2486832;;;
deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553

Intergen51. vha1. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. vha1 les différents types d'intercalaires.

vha2 données intercalaires

Lien tableau: vha2 données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;vha2;long;long;long;long
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;405;402;602;601
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;97;tta;411;409;608;602
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;5;ggc;412;410;610;605
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;gaa;**;tgc;413;412;616;609
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;53;tta;415;413;622;609
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;gta;181;tgc;422;414;625;614
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;**;tgc;422;414;627;617
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;tca;;;424;418;636;621
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;intra;;;432;420;641;627
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;gta;;;432;426;662;635
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;gca;;;435;434;664;636
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;aaa;;;438;437;666;636
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;gaa;;;438;439;674;637
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;444;444;678;659
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;448;446;679;664
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;CDS-CDS;inf 50;;452;447;686;703
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;intercalaire;;;454;448;695;707
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;c-;x-;;455;450;696;709
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;-97;-59;;456;452;705;711
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;-85;-52;;457;456;712;730
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;-53;-52;;458;458;753;737
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;total;intercalaires;;460;470;757;759
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;317,649;;461;470;765;784
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;ADN long;2,204,018;;461;473;768;792
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;%;14.4;;462;473;770;811
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;464;487;774;854
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;non RNA;6;;464;488;785;914
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;465;496;833;931
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;465;499;837;1037
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;466;500;844;1251
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;470;510;861;1262
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;477;515;863;2682
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;483;521;866;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;494;525;955;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;500;527;955;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;516;529;973;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;520;532;991;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;522;533;1241;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;527;534;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;530;540;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;537;544;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;543;548;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;544;548;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;544;549;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;547;553;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;551;570;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;551;571;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;556;583;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;568;589;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;568;590;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;574;598;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;576;600;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;579;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;581;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;584;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;593;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;594;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;598;;;

vha2 autres intercalaires aas

Lien tableau: vha2 autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;

Intergen51. vha2. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. vha2 les différents types d'intercalaires.

Aeromonas media WS

amed opérons

Lien tableau: amed opérons

61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
<  comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;

amed cumuls

Lien tableau: amed cumuls

amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157

amed blocs

Lien tableau: amed blocs

amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;

amed distribution

Lien tableau: amed distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5

amed autres intercalaires

Lien tableau: amed autres intercalaires
voir amed autres intercalaires aas, le même.

amed données intercalaires

Lien tableau: amed données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;amed;fx;fc;fx;fc
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;400;1233;2273;602;602
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;2* 120;;52;ttc;40;tta;410;5;6;609;605
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;2* 126;;3;aca;35;tgc;420;8;7;612;608
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;2* 123;;45;ttc;**;ggc;430;5;3;616;609
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;127;;**;aac;30;tac;440;6;6;645;613
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;124;;71;ctg;**;tac;450;7;6;646;613
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;122;;46;ctg;104;gga;460;6;6;662;621
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;5s CDS;;16s tRNA;;46;ctg;**;ggg;470;4;6;665;624
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;386;268;3* 72;atc;51;ctg;57;tgc;480;4;2;669;624
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;275;99;2* 274;gaa;**;ctg;**;ggc;490;1;1;674;631
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;164;;2* 198;gaa;5;aac;32;tac;500;4;2;686;639
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;;;2* 224;gaa;**;ttc;45;tac;510;4;3;700;642
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;;;225;gaa;24;ggc;**;tac;520;4;3;730;646
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;;;tRNA 23s;;29;ggc;25;cgt;530;2;1;733;660
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;;;3* 238;gca;38;ggc;25;cgt;540;6;4;740;668
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;;;252;gaa;25;ggc;26;cgt;550;5;3;744;681
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;;;3* 236;gaa;23;ggc;98;cgt;560;3;2;761;693
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;;;237;gaa;**;ggc;4;cgt;570;2;1;803;695
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;;;238;gaa;28;gcc;**;agc;580;2;2;887;703
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;;;5s tRNA;;66;gcc;38;gga;590;1;1;907;709
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;;;98;gac;58;gcc;**;tac;600;3;3;935;716
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;;;2* 106;acc;40;gcc;58;cca;;28;41;938;722
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;;;98;gac;**;gcc;20;ctg;;;;1001;724
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;;;95;gac;91;ctc;49;cac;;;;1018;724
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;;;tRNA 5s;;**;atgf;**;cgg;;;;1028;753
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;;;23;acc;8;cta;18;gta;;;;1275;760
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;;;tRNA tRNA;intra;38;atgj;34;aaa;;;;1406;781
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;;;3* 10;atc;47;caa;18;gta;;;;1663;794
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;;;**;gca;17;caa;23;aaa;;;;;815
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;;;;;35;atgj;18;gta;;;;;838
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;;;;;47;caa;23;aaa;;;;;840
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;;;;;13;caa;18;gta;;;;;881
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;;;;;**;atgj;34;aaa;;;;;884
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;;;;;2;aac;22;gta;;;;;913
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;;;;;**;gga;46;aag;;;;;936
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;;CDS-CDS;inf 50;;123;cac;22;gta;;;;;940
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;;intercalaire;;;36;aga;46;aag;;;;;1098
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;;c-;x-;;**;cca;32;gta;;;;;1211
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;;-89;-75;;36;gtc;**;aaa;;;;;1501
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;;-83;-71;;26;gtc;;;;;;;2076
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;-82;-58;;15;gtc;;;;;;;2281
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;-80;-57;;11;gtc;;;;;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;-65;;;**;gtc;;;;;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;-53;;;110;atgf;;;;;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;total;intercalaire;;102;atgf;;;;;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;601,332;;101;atgf;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;longueur;4,777,154;;101;atgf;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;%;12.6;;103;atgf;;;;;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;non RNA;38;;102;atgf;;;;;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;;102;atgf;;;;;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;;92;atgf;;;;;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;;**;atgf;;;;;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;;;;;

amed autres intercalaires aas

Lien tableau: amed autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
;;tmRNA;2954083;2954442;177;*;
fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
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;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
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fin;;CDS;4233828;4234793;;;
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fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
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;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
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;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
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;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
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;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
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;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
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;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
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;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;

Intergen51. amed. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. amed les différents types d'intercalaires.

gamma synthèse

gamma données intercalaires

Lien tableau: gamma données intercalaires

;Les gama;;spl;vpb1;vpb2;eal;eco;ecoN;vha1;vha2;amed;;* Autres intercalaires: 2416;;;ft: 509;Ici: 795;Reste: 1112;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
compile du 6.10.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;;;gama;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;fx%;fc%;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA 5s;;tRNA contig;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors
0;1;4;0;52;137;0;52;137;-1;2;1002;6;8;;161;117;56;62;317;1;384;1;122;3;65;1;183;1;12;1;9;1;17;1;8;0;1;7;51;2;101
10;2;3;10;218;2316;1;24;288;-2;16;5;24;130;;206;264;74;81;319;3;277;1;124;8;68;1;184;1;31;1;12;1;23;1;11;4;2;7;52;14;102
20;2;7;20;145;1774;2;28;360;-3;2;2;16;100;;362;339;76;98;371;3;348;1;125;2;70;1;237;1;53;1;16;1;37;2;35;6;3;3;53;2;103
30;1;1;30;155;982;3;40;310;-4;152;1572;17;55;;364;467;76;99;1319;4;349;1;127;3;72;1;238;1;54;1;24;1;39;2;42;7;4;3;54;1;104
40;9;2;40;344;656;4;24;175;-5;2;4;37;37;;365;473;76;101;;;;1;135;3;74;1;252;1;90;1;32;1;40;3;68;6;5;3;55;2;107
50;2;4;50;393;595;5;8;136;-6;8;0;42;33;;370;477;136;104;;;tRNA 16s;1;177;9;85;1;260;1;91;1;35;1;57;1;1472;4;6;6;56;1;110
60;6;2;60;401;742;6;21;94;-7;4;85;43;42;;373;479;164;110;;1;1063;1;1881;5;89;1;263;1;95;1;37;1;57;1;2351;5;7;11;57;2;116
70;1;5;70;451;651;7;19;126;-8;11;414;49;37;;374;480;275;113;;;;2;120;1;91;1;269;1;151;2;14;1;777;;;6;8;10;58;1;119
80;4;7;80;432;655;8;18;151;-9;11;2;47;37;;377;481;300;228;;;;2;123;1;97;1;272;2;14;2;30;1;1112;;;4;9;5;59;1;123
90;1;5;90;379;647;9;16;363;-10;2;38;41;36;;377;492;300;268;;;;2;133;4;102;1;296;2;32;2;30;1;1360;;;4;10;0;60;2;128
100;10;10;100;361;596;10;20;313;-11;11;261;39;34;;385;496;323;269;;;;3;93;1;123;1;313;2;68;3;10;;;;;3;11;1;61;1;131
110;3;16;110;334;594;11;10;269;-12;4;3;36;33;;424;516;386;304;;;;3;129;2;127;1;336;2;69;3;41;;;;;2;12;3;62;2;132
120;4;13;120;309;545;12;19;282;-13;3;32;33;31;;432;516;703;339;;;;4;92;1;134;2;174;2;98;3;45;;;;;7;13;2;63;1;135
130;8;3;130;280;491;13;9;171;-14;24;134;30;28;;441;554;727;454;;;;4;126;2;171;2;183;2;106;3;65;;;;;1;14;3;64;1;146
140;6;10;140;248;426;14;9;241;-15;7;0;27;24;;442;556;;454;;;;7;169;2;198;2;194;3;31;5;43;;;;;6;15;0;65;1;149
150;4;11;150;219;428;15;19;164;-16;4;23;24;24;;448;596;;460;;;;8;132;2;224;2;265;4;52;7;42;;;;;1;16;1;66;1;158
160;5;18;160;252;410;16;17;126;-17;5;78;27;23;;451;614;;768;;;;9;95;1;225;2;317;4;100;8;2;;;;;1;17;0;67;1;159
170;5;16;170;204;325;17;18;134;-18;8;0;22;18;;454;614;;798;;;;11;91;2;274;2;319;5;30;;;;;;;10;18;0;68;1;167
180;0;13;180;199;354;18;12;158;-19;5;23;22;20;;468;626;;;;;;;;1;375;2;371;;;;;;;;;1;19;1;69;1;181
190;3;9;190;221;297;19;15;98;-20;6;68;24;17;;469;627;;;;;;;;1;443;3;186;;;;;;;;;6;20;2;70;1;189
200;6;8;200;208;261;20;17;131;-21;5;0;22;15;;471;687;;;;;;;;;;3;236;;;;;;;;;4;21;2;71;2;198
210;9;14;210;202;287;21;14;127;-22;5;11;22;16;;472;807;;;;;;;;;;3;238;;;;;;;;;2;22;1;72;1;200
220;2;3;220;203;266;22;11;111;-23;3;40;22;15;;487;1178;;;;;;;;;;3;297;;;;;;;;;7;23;2;73;1;201
230;0;6;230;171;213;23;8;93;-24;7;0;18;12;;504;1908;;;;;;;;;;4;198;;;;;;;;;4;24;0;74;1;209
240;9;8;240;168;203;24;25;129;-25;7;12;18;11;;518;;;;;;;;;;;4;264;;;;;;;;;3;25;0;75;1;210
250;6;5;250;150;172;25;12;79;-26;6;35;16;10;;543;;;;;;;;;;;5;193;;;;;;;;;4;26;3;76;1;211
260;9;7;260;162;188;26;13;88;-27;3;0;18;11;;557;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;27;2;77;1;212
270;2;3;270;140;188;27;17;107;-28;3;10;15;11;;575;;;;;12;;62;;54;;51;;36;;45;;10;;11;281;4;28;1;78;1;253
280;5;5;280;144;155;28;20;76;-29;9;25;16;9;;599;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;29;1;79;1;479
290;5;5;290;130;164;29;19;76;-30;8;0;14;9;;611;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;30;1;80;1;539
300;5;4;300;87;146;30;16;96;-31;2;5;9;8;;631;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;31;3;81;1;634
310;6;3;310;101;132;31;23;81;-32;6;28;11;7;;647;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;32;0;82;1;1172
320;3;8;320;112;94;32;23;74;-33;5;0;12;5;;672;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8;33;1;83;;
330;8;2;330;86;98;33;29;63;-34;1;6;9;6;;817;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;34;0;84;;
340;2;0;340;83;77;34;37;73;-35;8;24;9;4;;853;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;18;35;3;85;;
350;8;3;350;70;94;35;27;58;-36;1;0;8;5;;876;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;36;0;86;;
360;0;2;360;79;83;36;19;72;-37;1;4;9;5;;988;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;15;37;0;87;;
370;6;3;370;81;80;37;45;48;-38;6;10;9;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;0;88;;
380;2;3;380;96;62;38;48;63;-39;7;0;10;3;;23s CDS c;16s 16s c;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;39;0;89;;
390;2;1;390;69;53;39;56;60;-40;1;4;7;3;;331;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;40;1;90;;
400;0;2;400;73;69;40;37;64;-41;6;4;8;4;;385;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;1;91;;
reste;36;47;reste;1043;1075;reste;8341;11916;-42;0;0;113;60;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;42;1;92;;
total;208;301;total;9255;17781;total;9255;17781;-43;0;14;1000;1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;43;0;93;;
;;;diagr;;;diagr;;;-44;4;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;44;0;94;;
;;; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;45;2;95;;
;;;;;;;;;-46;4;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;9;46;1;96;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;4;0;;;;39;25;14;18;4;100;;;;;;;;;;;;;;;;10;47;3;97;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;10;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;48;1;98;;
;;x;9203;450;52;9705;;;-49;2;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;49;0;99;;
;;c;17644;4048;137;21829;;;-50;4;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;4;100;;
;;;;;;;2416;;reste;35;53;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;154;;52;;;
;;;;;;;;;total;450;4048;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;414;;154;;52;

gamma données intercalaires 200

Lien tableau: gamma données intercalaires 200; fc+400

c+;2382;2286;2204;2822;2482;1945;1075;1757;828
gen;amed;eal;eco;ecoN;spl;vha1;vha2;vbp1;vbp2
0;12;18;16;29;17;9;16;9;11
1;26;35;43;51;46;30;14;25;18
2;41;39;51;61;53;40;14;45;16
3;34;50;44;58;29;39;13;36;7
4;18;29;27;27;22;17;13;16;6
5;12;17;14;18;16;25;6;24;4
6;6;15;13;17;13;11;5;8;6
7;12;18;24;24;14;13;2;15;4
8;17;18;15;16;29;16;11;21;8
9;34;47;56;66;29;31;27;44;29
10;25;55;58;65;33;24;15;20;18
11;21;42;48;53;27;21;18;25;14
12;18;36;39;53;35;32;25;31;13
13;20;19;23;29;20;27;7;21;5
14;22;47;37;38;29;27;12;23;6
15;14;26;23;39;15;13;8;18;8
16;13;25;20;29;10;9;7;9;4
17;20;18;19;21;13;18;4;19;2
18;17;14;19;34;20;22;6;17;9
19;6;17;14;18;14;11;7;8;3
20;16;20;23;23;10;13;3;16;7
21;11;18;17;24;12;15;9;14;7
22;8;18;18;23;12;8;10;8;6
23;16;11;13;11;13;11;5;9;4
24;10;17;19;27;19;9;3;20;5
25;13;9;10;19;3;9;2;10;4
26;7;7;14;15;9;8;9;15;4
27;10;12;14;25;21;12;3;6;4
28;11;4;8;8;9;8;4;18;6
29;15;8;9;14;11;7;4;5;3
30;9;22;13;16;11;9;4;9;3
31;9;8;6;13;17;11;3;11;3
32;11;7;7;12;9;6;6;11;5
33;11;11;7;9;8;6;2;6;3
34;9;10;8;17;9;8;1;9;2
35;12;8;7;8;8;6;2;5;2
36;5;11;15;15;6;8;1;10;1
37;4;11;7;5;6;5;1;6;3
38;13;9;7;7;10;9;1;6;1
39;10;9;8;10;7;7;1;6;2
40;8;10;7;13;6;10;1;4;5
41;6;10;8;15;7;1;1;4;1
42;10;13;7;9;6;6;4;2;1
43;10;6;4;6;8;4;4;3;3
44;4;5;5;10;10;7;7;10;2
45;3;11;14;14;8;8;3;10;2
46;8;6;2;7;7;7;3;6;3
47;5;12;10;18;8;4;3;8;2
48;7;13;5;7;6;8;3;5;2
49;12;6;9;18;7;3;4;4;3
50;10;9;9;9;7;7;3;6;2
51;12;11;10;17;5;5;6;5;4
52;9;10;13;16;6;3;0;7;1
53;7;6;8;9;9;6;0;4;2
54;11;10;10;18;8;4;3;4;2
55;13;7;8;12;7;9;1;5;2
56;10;14;10;14;8;6;3;6;4
57;7;13;18;18;9;6;4;4;3
58;11;14;9;12;10;6;1;1;2
59;6;10;9;15;7;13;15;5;6
60;6;11;9;16;11;32;17;4;2
61;16;11;4;9;6;10;2;13;5
62;8;13;12;14;7;4;5;3;0
63;8;6;8;10;4;3;4;3;6
64;8;12;13;14;10;7;6;5;3
65;13;7;10;9;5;7;6;4;5
66;16;11;10;10;10;4;5;6;1
67;10;3;8;9;7;3;4;1;2
68;11;4;10;12;8;6;7;4;3
69;7;7;9;14;11;9;2;9;3
70;14;9;5;8;4;8;1;6;2
71;9;8;9;10;8;8;2;8;3
72;12;8;5;10;12;4;3;6;2
73;11;12;11;16;8;7;3;6;0
74;12;7;9;7;7;8;5;8;1
75;9;9;12;18;9;7;2;6;2
76;9;6;8;9;11;8;5;6;1
77;13;3;11;11;7;5;2;3;4
78;9;9;9;10;13;8;6;6;5
79;7;10;8;9;13;1;6;4;6
80;8;3;6;10;12;6;5;4;1
81;11;6;6;11;5;6;3;7;4
82;13;5;6;9;10;6;1;7;3
83;14;7;8;9;11;3;4;3;4
84;11;4;2;6;12;3;3;8;3
85;15;15;12;15;5;5;5;0;3
86;17;7;4;7;13;6;2;6;1
87;14;6;4;9;7;6;5;5;3
88;7;11;9;13;8;4;5;6;4
89;11;7;10;17;9;5;3;6;4
90;7;7;6;16;12;12;4;9;4
91;4;8;12;13;5;7;4;10;1
92;12;8;8;11;7;9;4;8;1
93;11;7;8;8;14;2;6;2;2
94;14;9;11;15;8;6;2;2;3
95;8;6;4;7;8;3;7;4;3
96;6;9;10;9;11;3;1;5;5
97;6;8;6;6;9;3;3;4;0
98;4;5;6;4;13;6;2;5;2
99;15;8;10;13;10;9;3;7;2
100;10;6;7;13;5;7;2;1;5
101;13;3;12;8;5;4;4;8;5
102;16;6;3;5;6;10;3;5;0
103;13;8;4;8;2;4;1;3;1
104;11;7;11;9;6;6;3;4;2
105;10;10;8;13;8;6;0;9;5
106;11;5;11;7;3;8;0;4;2
107;12;8;8;14;13;3;5;6;0
108;8;7;9;12;6;8;4;11;0
109;11;10;5;8;7;3;0;5;0
110;7;13;12;12;8;7;5;5;3
111;7;7;10;12;4;3;3;6;1
112;6;1;2;5;4;14;3;6;2
113;10;3;6;5;11;7;9;8;1
114;13;10;5;9;6;3;3;6;3
115;9;9;7;6;9;8;9;8;3
116;10;8;6;5;11;6;3;5;2
117;15;10;11;14;9;8;6;3;2
118;11;3;5;7;9;5;5;5;3
119;5;6;3;1;4;5;5;5;0
120;10;4;3;6;6;8;2;1;2
121;8;2;4;4;5;2;4;9;1
122;9;5;5;5;8;3;4;4;4
123;11;3;0;1;8;8;4;3;2
124;8;4;6;8;6;3;3;7;2
125;5;7;6;10;11;7;3;6;2
126;10;8;8;8;9;7;4;2;1
127;6;5;7;6;7;6;2;7;1
128;11;9;8;6;12;1;3;4;2
129;7;10;5;10;11;7;3;3;1
130;6;4;3;5;7;11;2;5;1
131;10;6;3;4;2;5;2;9;3
132;8;6;6;4;7;7;2;4;1
133;7;5;8;7;5;8;4;1;1
134;11;6;4;4;4;2;4;5;1
135;13;5;1;3;4;0;2;2;3
136;3;3;3;4;12;6;1;2;2
137;3;4;7;4;5;8;9;5;1
138;5;5;7;5;3;8;1;4;1
139;6;7;6;9;6;4;4;4;3
140;8;8;6;8;8;6;1;2;0
141;8;6;3;3;8;3;2;2;4
142;4;6;2;4;3;2;1;7;0
143;9;4;3;2;6;4;0;2;0
144;3;4;4;5;6;10;4;2;2
145;9;3;5;8;7;6;1;6;0
146;6;6;6;8;1;6;4;3;4
147;9;4;4;8;3;7;1;8;2
148;9;6;13;16;1;3;4;5;1
149;8;6;6;8;6;5;3;6;2
150;7;5;4;6;10;5;4;6;0
151;5;7;6;4;5;8;4;5;6
152;10;0;7;5;6;12;3;6;1
153;8;6;4;5;6;3;2;4;3
154;7;1;2;4;2;5;5;5;5
155;9;9;6;10;7;2;3;4;4
156;8;3;3;4;3;8;2;8;0
157;2;4;4;3;5;5;0;5;3
158;6;10;4;6;10;3;1;0;4
159;5;3;4;5;4;4;0;5;2
160;10;2;1;4;4;4;1;5;2
161;4;2;4;0;8;3;2;4;1
162;0;6;1;3;3;3;4;4;1
163;5;3;6;9;7;5;2;6;4
164;5;4;5;5;4;5;3;5;2
165;5;0;2;3;6;6;3;8;4
166;2;4;11;9;3;4;2;4;0
167;2;3;2;1;4;5;2;6;1
168;2;3;6;5;5;3;1;2;2
169;3;4;0;5;4;2;3;5;1
170;4;2;4;5;5;2;1;3;3
171;9;1;6;8;2;10;3;5;1
172;3;2;4;3;11;2;3;2;2
173;7;1;2;4;3;6;0;2;3
174;1;6;4;5;7;3;2;5;2
175;4;6;6;4;4;6;4;6;1
176;12;2;1;2;6;5;2;8;6
177;8;7;6;6;6;6;2;5;2
178;3;0;1;1;3;2;0;5;0
179;1;6;3;2;4;2;3;3;5
180;2;6;8;7;7;3;2;1;1
181;4;2;1;3;5;5;1;3;2
182;5;4;8;5;3;2;4;4;2
183;1;7;5;6;6;4;1;3;3
184;6;2;3;3;7;2;1;3;1
185;5;5;2;3;2;3;4;2;2
186;5;2;2;4;4;4;0;3;1
187;7;0;3;1;1;2;0;1;4
188;5;6;2;4;6;3;2;7;2
189;3;1;6;7;4;7;0;1;0
190;3;2;5;8;5;3;2;4;0
191;6;3;4;7;4;3;1;0;0
192;9;2;1;3;3;4;1;6;0
193;2;4;3;1;6;1;2;3;2
194;5;4;3;3;4;1;0;3;0
195;5;2;3;3;5;3;3;3;0
196;3;3;3;3;3;4;2;3;0
197;2;3;6;4;3;2;0;1;0
198;9;4;4;6;4;5;1;5;0
199;3;4;3;4;0;2;0;5;1
200;9;1;1;2;4;5;1;2;0
201;2;1;4;2;4;4;5;4;1
202;12;2;7;5;6;2;3;4;1
203;5;3;1;2;7;6;1;1;2
204;5;4;6;6;4;5;1;4;2
205;1;6;2;5;4;3;1;0;2
206;3;2;1;2;1;5;4;2;2
207;4;2;1;4;4;2;3;3;1
208;5;5;5;5;2;1;1;2;2
209;6;2;4;2;2;2;0;2;1
210;5;3;5;3;3;8;1;4;2
211;5;2;3;2;1;2;5;3;1
212;5;6;4;3;2;3;1;5;2
213;6;1;3;4;4;3;2;2;1
214;3;1;5;5;4;3;0;2;1
215;1;3;1;2;1;3;3;0;2
216;3;4;5;6;4;5;0;1;3
217;2;3;2;6;9;1;1;2;0
218;2;2;4;5;6;2;4;3;2
219;5;6;4;6;5;1;1;2;1
220;2;5;6;4;3;2;3;1;1
221;4;3;0;3;1;3;2;5;1
222;6;2;2;2;5;1;4;4;1
223;3;2;1;1;3;2;1;2;0
224;4;3;1;1;7;3;1;2;1
225;3;1;1;3;4;3;0;1;1
226;1;3;4;6;2;2;4;6;1
227;1;2;3;2;2;7;1;1;1
228;2;1;2;5;4;1;0;2;2
229;1;5;5;6;1;5;0;3;2
230;1;1;1;1;4;0;2;0;3
231;1;3;0;2;2;3;3;1;0
232;2;0;1;4;6;4;0;3;2
233;4;3;2;0;5;0;0;1;0
234;4;1;2;5;4;4;2;1;2
235;2;1;2;2;1;1;2;3;4
236;2;3;2;3;3;4;3;2;2
237;4;2;3;2;5;1;2;2;0
238;2;5;3;3;2;4;1;1;3
239;6;1;3;3;3;3;1;3;3
240;3;0;0;1;1;2;0;4;2
241;3;3;2;2;2;0;0;2;1
242;2;1;4;1;5;4;2;7;1
243;8;3;0;1;4;2;0;3;2
244;3;2;3;5;3;2;0;1;1
245;0;3;1;2;0;4;0;3;2
246;2;4;2;4;2;2;1;0;0
247;2;1;3;1;3;1;0;2;0
248;0;3;2;1;2;1;1;0;1
249;3;2;0;1;3;2;2;2;0
250;3;3;0;0;1;3;3;2;1
251;3;0;1;2;4;3;0;4;0
252;2;2;4;2;4;4;1;4;2
253;5;1;2;4;2;2;0;1;1
254;0;2;1;1;3;1;1;0;0
255;3;1;3;3;5;2;3;0;1
256;2;4;2;2;2;1;2;1;1
257;6;5;4;4;4;1;0;1;0
258;1;2;2;1;3;2;1;1;0
259;1;6;3;3;2;3;1;2;1
260;2;4;4;2;1;3;3;1;1
261;5;3;3;3;3;1;1;0;0
262;3;5;1;4;3;1;1;1;0
263;2;1;1;2;3;1;4;3;0
264;4;2;3;4;7;5;3;2;1
265;0;3;1;1;3;2;1;0;1
266;2;3;1;0;3;2;4;2;0
267;1;2;0;0;2;1;1;1;2
268;9;3;2;5;3;0;1;5;3
269;5;2;0;2;2;2;0;2;2
270;5;1;2;2;2;1;1;1;0
271;3;2;3;6;1;3;1;1;0
272;3;4;3;6;1;2;1;0;0
273;0;0;0;0;1;0;1;2;1
274;6;4;5;1;2;2;0;2;0
275;3;4;1;1;5;1;0;1;0
276;3;1;0;2;3;1;0;2;1
277;2;2;0;1;2;2;3;2;1
278;2;1;0;1;3;1;1;1;2
279;3;4;1;1;1;3;2;0;2
280;3;0;3;1;4;1;1;1;1
281;1;1;0;0;2;1;1;1;1
282;2;3;1;1;1;1;1;0;0
283;4;2;3;3;2;1;3;1;0
284;1;5;6;5;7;4;2;3;2
285;2;4;2;1;3;3;1;2;1
286;3;1;2;2;2;2;2;0;1
287;4;3;0;0;3;1;0;3;0
288;4;1;1;1;2;1;1;3;1
289;2;3;3;1;4;0;1;2;0
290;1;0;3;4;3;1;1;0;0
291;0;2;3;5;1;3;0;0;1
292;1;1;3;1;6;1;2;3;0
293;2;2;2;0;1;2;3;5;5
294;1;3;3;3;0;3;3;4;0
295;0;2;0;0;2;1;0;1;0
296;3;5;0;0;2;2;2;1;0
297;0;1;0;1;3;1;0;1;1
298;0;0;3;2;3;1;1;2;0
299;3;3;1;2;0;3;2;2;1
300;4;0;2;1;5;0;0;0;1
301;2;2;1;2;2;2;0;1;1
302;0;4;1;3;6;0;0;0;1
303;2;1;1;3;1;2;0;2;0
304;2;1;1;1;2;1;0;3;1
305;2;1;1;1;2;2;3;5;0
306;2;1;2;2;1;2;0;2;0
307;2;3;2;0;0;4;0;0;1
308;1;1;2;0;1;2;1;2;2
309;2;1;0;2;1;2;1;2;0
310;2;1;2;3;2;3;2;1;0
311;1;0;0;1;1;1;0;0;0
312;2;0;2;1;5;1;0;2;1
313;3;3;2;1;1;0;0;1;1
314;0;1;1;1;1;2;0;0;1
315;2;1;0;0;3;3;2;0;0
316;2;0;3;1;3;2;1;0;0
317;1;2;0;3;1;0;1;1;0
318;0;2;1;1;1;2;1;0;0
319;1;1;3;3;2;2;0;0;0
320;2;0;0;0;1;0;0;2;0
321;1;1;1;1;2;2;2;0;0
322;4;2;1;3;3;0;0;0;1
323;0;1;1;3;2;2;1;1;0
324;3;0;2;1;2;1;1;0;0
325;0;4;0;0;2;1;0;0;0
326;2;0;1;1;2;0;0;0;1
327;0;0;0;0;1;0;1;1;1
328;0;1;3;2;2;0;0;2;0
329;2;1;2;3;1;1;1;1;0
330;3;2;0;2;1;2;0;3;0
331;1;2;1;0;1;1;0;0;1
332;0;0;1;0;3;0;1;3;0
333;1;1;2;2;1;0;1;0;1
334;2;1;1;0;1;1;1;0;2
335;0;0;0;2;3;1;0;0;1
336;1;0;1;1;2;2;1;2;0
337;0;0;0;1;1;2;1;1;2
338;1;0;0;1;3;2;1;0;0
339;1;0;0;0;3;0;0;0;0
340;1;1;0;1;2;0;1;0;1
341;2;0;1;1;2;1;0;1;1
342;1;1;2;5;3;2;1;0;1
343;1;1;1;1;2;2;0;2;1
344;0;0;1;3;2;0;1;0;0
345;2;2;0;0;1;0;0;1;1
346;1;1;2;1;1;1;0;0;0
347;2;0;0;0;0;0;1;2;1
348;2;2;1;2;2;0;0;2;0
349;0;0;0;1;2;1;1;0;1
350;2;5;1;1;2;0;1;0;2
351;0;2;0;0;1;0;0;0;0
352;2;1;2;0;2;0;0;2;0
353;1;5;1;4;2;1;1;0;1
354;2;1;2;1;2;1;0;1;2
355;0;0;1;2;2;1;1;0;1
356;0;2;1;3;2;0;0;0;1
357;2;2;1;0;2;2;1;1;1
358;0;0;0;1;1;0;1;0;1
359;1;1;2;1;1;2;0;0;1
360;0;0;0;0;1;0;0;0;0
361;0;2;1;2;1;1;0;1;0
362;0;1;2;0;2;0;0;1;0
363;0;1;1;4;1;1;0;0;1
364;1;0;2;1;0;1;1;1;0
365;2;0;2;3;5;0;1;0;0
366;0;0;0;0;1;0;0;0;0
367;0;1;1;2;1;1;1;2;0
368;2;1;0;1;2;0;0;0;0
369;0;1;3;1;6;0;1;1;1
370;0;1;0;0;3;2;1;0;0
371;1;3;1;3;1;1;0;0;1
372;0;0;1;0;2;0;2;0;0
373;1;2;0;0;1;0;1;1;0
374;0;1;0;3;0;0;1;3;0
375;1;0;0;2;0;0;1;0;0
376;0;1;1;2;1;2;1;0;0
377;0;0;0;1;4;1;0;0;0
378;1;1;0;1;0;0;0;0;1
379;1;0;0;0;0;1;1;0;0
380;2;2;1;0;0;2;0;0;0
381;2;1;0;2;3;2;0;1;0
382;0;0;0;1;1;0;1;0;0
383;1;1;1;3;1;0;1;0;0
384;1;0;0;0;0;1;1;1;0
385;0;1;0;1;0;0;0;0;1
386;0;0;0;0;1;0;0;1;1
387;2;0;0;1;0;0;0;0;2
388;0;0;0;0;3;2;0;0;1
389;2;0;1;1;1;2;0;0;0
390;1;0;1;0;0;0;1;0;0
391;1;2;0;0;2;1;1;0;0
392;0;1;1;3;1;0;0;0;0
393;2;3;1;2;0;0;0;1;0
394;1;2;2;2;2;2;0;0;0
395;0;0;0;1;2;0;1;1;0
396;1;0;1;1;1;0;2;0;0
397;3;0;0;1;0;0;1;0;1
398;0;0;2;2;1;1;1;1;0
399;1;0;1;1;0;0;0;1;0
400;0;1;2;1;0;0;2;0;1
;;;;;;;;;
;2261;2130;2124;2668;2212;1790;975;1655;754

gamma distribution par génome

Lien tableau: gamma distribution par génome

gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808

gamma distribution du total

Lien tableau: gamma distribution du total

gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148

gamma distribution par type

Lien tableau: gamma distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;

gamma par rapport au groupe de référence

Lien tableau: gamma par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama  ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39

gamma, estimation des -rRNAs

Lien tableau: gamma, estimation des -rRNAs

gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est  62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310

alpha

rtb

rtb opérons

Lien tableau: rtb opérons

29.0%GC;31.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*

rtb cumuls

Lien tableau: rtb cumuls

rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86

rtb blocs

Lien tableau: rtb blocs

rtb distribution

Lien tableau: rtb distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8

rtb données intercalaires

Lien tableau: rtb données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;rtb;CDS-CDS;Sup 400;Sup 1400;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;hors bloc;long;long;long;long
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;CDS 16s;;23s 5s;tRNA tRNA;;;423;401;1401;703
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;1854;;228;15;;aaa;428;404;1463;743
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;5s CDS;;;**;;atc;447;409;1464;759
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;16s CDS;173;;;60;cgg;453;410;1468;777
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;2466;;;**;;caa;482;416;1524;803
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;CDS 23s;;;;1051;gac;494;420;1539;823
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;736;;;**;;gcc;499;420;1656;824
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;;;;95;;gga;499;434;1743;842
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;;;;**;;tac;562;438;1794;881
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;;;;;606;448;1858;906
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;;;;;617;450;1870;920
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;;;;;618;454;2071;950
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;;CDS-CDS;inf 50;;647;466;2262;991
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;;intercalaire;;;656;473;2360;1017
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;;c-;x-;;676;480;2624;1022
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;;néant;néant;;678;481;3216;1032
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;;total;intercalaires;;714;487;;1059
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;;;264,633;;716;503;;1073
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;;ADN long;1,112,957;;721;504;;1103
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;;%;23.8;;724;506;;1119
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;;;;;761;507;;1123
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;;non RNA;8;;764;511;;1150
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;;;;;775;516;;1165
;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;;;;;793;518;;1167
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;;;;;806;530;;1182
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;;;;;809;530;;1227
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;;;;;822;530;;1255
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;;;;;830;551;;1266
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;;;;;852;552;;1282
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;;;;;876;554;;1302
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;;;;;892;562;;1318
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;;;;;903;562;;1354
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;;;;;930;579;;1370
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;;;;;935;586;;1374
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;;;;;944;594;;1444
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;;;;;948;595;;1446
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;;;;;976;598;;1485
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;;;;;1004;630;;1524
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;;;;;1042;632;;1532
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;;;;;1048;633;;1581
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;;;;;1053;640;;1621
12;12;reste;66;100;reste;177;370;-42;0;0;130;;;;;;;;1067;644;;1637
16;42;total;186;505;total;186;505;-43;0;0;;;;;;;;;1109;651;;1715
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;;;;;;;;;1115;652;;1765
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;;;;;;;;;1149;671;;1846
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;1176;673;;1893
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;1184;674;;2078
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;1260;675;;2171
;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;;;;;;;;;1335;678;;2313
;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;;;;;;;;;1373;692;;3065
;;;;;793;75;;reste;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;;;;;;;;;;;

rtb autres intercalaires aas

Lien tableau: rtb autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;rtb;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7429;8469;381;*;
;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc
fin;;CDS;9295;10278;;;
deb;;CDS;14663;18055;108;*;
;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa
fin;comp;CDS;19633;20106;;;
deb;comp;CDS;48065;48709;278;*;
;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf
fin;comp;CDS;49175;49411;;;
deb;comp;CDS;73627;73929;17;*;
;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc
fin;comp;CDS;74161;75417;;;
deb;;CDS;155064;157163;143;*;
;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg
fin;;CDS;157550;157750;;;
deb;comp;CDS;189738;189878;411;*;
;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg
fin;comp;CDS;190508;192814;;;
deb;;CDS;255010;255921;736;*;
;;rRNA;256658;259417;228;*;23s
;;rRNA;259646;259760;173;*;5s
fin;comp;CDS;259934;261007;;;
deb;;CDS;291358;291843;35;*;
;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj
fin;comp;CDS;293320;293805;;;
deb;;CDS;335194;336996;402;*;
;;tRNA;337399;337473;633;*;aac
fin;comp;CDS;338107;338793;;;
deb;comp;CDS;440466;440933;496;*;
;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc
fin;;CDS;441536;442456;;;
deb;comp;CDS;469056;469781;218;*;
;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa
;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc
fin;;CDS;472090;472662;;;
deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*;
;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc
fin;comp;CDS;567399;568145;;;
deb;;CDS;583250;584149;1278;*;
;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca
fin;comp;CDS;585577;586569;;0;
deb;;CDS;598723;599706;26;*;
;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg
;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa
fin;comp;CDS;600007;601779;;;
deb;comp;CDS;608541;609209;176;*;
;comp;ncRNA;609386;609769;248;*;
fin;;CDS;610018;612660;;;
deb;comp;CDS;644395;644745;499;*;
;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac
;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc
fin;comp;CDS;646671;647276;;;
deb;comp;CDS;649389;650048;452;*;
;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc
fin;comp;CDS;651852;652094;;;
deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*;
;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt
fin;;CDS;700039;705720;;0;
deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*;
;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga
fin;comp;CDS;729359;729574;;;
deb;;CDS;739215;740075;181;*;
;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc
deb;;CDS;740590;741960;1199;*;
;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc
fin;;CDS;744325;744753;;;
deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*;
;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s
fin;comp;CDS;783686;785485;;;
deb;comp;CDS;814590;814823;349;*;
;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta
fin;comp;CDS;815317;815589;;;
deb;comp;CDS;829300;830484;82;*;
;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga
;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac
fin;;CDS;831005;831733;;;
deb;comp;CDS;839520;839732;382;*;
;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta
fin;;CDS;842210;842446;;;
deb;comp;CDS;876906;877589;401;*;
;;tRNA;877991;878067;145;*;cac
fin;;CDS;878213;879943;;;
deb;comp;CDS;911079;911558;179;*;
;comp;tmRNA;911738;912287;74;*;
fin;;CDS;912362;913186;;;
deb;;CDS;918938;919882;951;*;
;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc
fin;comp;CDS;922871;924049;;;
deb;comp;CDS;941489;942730;156;*;
;comp;ncRNA;942887;943045;9;*;
fin;comp;CDS;943055;943372;;;
deb;comp;CDS;961209;962297;41;*;
;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi
fin;comp;CDS;962806;963273;;;
deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*;
;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca
fin;;CDS;1025306;1025521;;;
deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*;
;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga
fin;;CDS;1056506;1056823;;;
deb;;CDS;1090984;1091625;14;*;
;;ncRNA;1091640;1091733;152;*;
fin;;CDS;1091886;1093411;;;
deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*;
;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta
fin;comp;CDS;1099511;1100662;;;
deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*;
;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca
fin;comp;CDS;1103661;1103996;;;

Intergen51. rtb. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. rtb les différents types d'intercalaires.

rtb intercalaires positifs S+

Lien tableau: rtb intercalaires positifs S+
Tableaux

rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98

rpl

rpl opérons

Lien tableau: rpl opérons

29.0%GC;30.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*

rpl cumuls

Lien tableau: rpl cumuls

rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89

rpl blocs

Lien tableau: rpl blocs

rpl distribution

Lien tableau: rpl distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8

rpl données intercalaires

Lien tableau: rpl données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;sup400;sup600;sup800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;effectif;;long;long
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;;hors bloc;415;407;606;812
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;1458;;261;;;830;gcc;449;408;607;835
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;5s CDS;;;;**;;gac;459;413;612;843
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;-;183;;;;49;caa;463;423;637;847
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;16s CDS;;;;**;;cgg;488;428;649;853
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;1463;;;;15;;atc;506;428;665;857
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;CDS 23s;;;;**;;aaa;524;436;674;868
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;719;;;;105;;tac;532;436;674;879
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;;;;;**;;gga;539;442;735;888
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;;;;;;544;446;746;891
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;;;;;;545;451;764;911
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;CDS-CDS;inf 50;;;;;573;456;773;931
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;intercalaire;;;;;;579;461;779;950
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;c-;x-;;;;;582;461;791;955
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;néant;-92;;;;;591;468;847;966
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;;;;;;596;471;852;967
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;total;intercalaires;;;;;;483;881;990
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;252,952;;;;;;506;921;1027
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;ADN long;1,109,301;;;;;;515;974;1038
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;%;22.8;;;;;;526;983;1047
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;;;;;;;527;987;1078
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;non RNA;8;;;;;;528;1011;1089
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;;;;;;;529;1025;1118
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;;;;;;;531;1026;1150
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;;;;;;;542;1109;1159
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;;;;;;;544;1179;1306
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;;;;;;;544;1216;1308
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;;;;;;;544;1240;1313
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;;;;;;;555;1261;1354
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;;;;;;;570;1325;1392
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;;;;;;;582;1326;1395
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;;;;;;;586;1356;1464
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;;;;;;;586;1367;1477
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;;;;;;;588;1499;1509
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;;;;;;;600;1539;1520
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;;;;;;;607;1545;1541
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;;;;;;;611;1602;1606
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;;;;;;;653;1762;1607
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;;;;;;;659;1819;1637
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;;;;;;;;;;;667;1830;1682
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;;;;;;;;;;;667;1874;1704
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;;;;;;;;;;;667;1910;1786
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;;;;;;;;;;;668;3012;1787
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;;;;;;;;;;;678;;1805
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;692;;1826
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;701;;1845
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;705;;1960
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;713;;2089
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;;;;;;;;;;;731;;2940
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;;;;;;;760;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;;;;;;;782;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;;;;;;;782;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;789;;

rpl autres intercalaires aas

Lien tableau: rpl autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
fin;comp;CDS;430965;432767;;0;
deb;;CDS;473867;474352;928;*;
;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
fin;comp;CDS;475398;475883;;;
deb;;CDS;506934;508007;183;*;
;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
deb;comp;CDS;612439;612639;143;*;
;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
deb;comp;CDS;656226;656870;296;*;
;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
fin;;CDS;777234;777863;;;
deb;;CDS;779197;780348;140;*;
;;tRNA;780489;780573;37;*;cta
fin;;CDS;780611;781075;;0;
deb;comp;CDS;786459;787982;143;*;
;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
fin;comp;CDS;856124;856357;;0;
deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
deb;;CDS;953564;954742;696;*;
;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
fin;comp;CDS;956429;957373;;;
deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*;
;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;

Intergen51. rpl. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. rpl les différents types d'intercalaires.

rpm

rpm opérons

Lien tableau: rpm opérons

;20   m23s;17  m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s  7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
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comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
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<>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
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;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
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comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
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comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
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;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
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;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
>;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
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;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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>comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
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;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
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;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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<comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
<;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
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;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
>;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
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comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
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;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
>;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
< comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
<;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
<comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*

rpm cumuls

Lien tableau: rpm cumuls

rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71

rpm blocs

rpm blocs protéines

Lien tableau: rpm blocs protéines

23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein

rpm blocs construits

Lien tableau: rpm blocs construits
Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
- * jaune, ffff00

- $ orange, ff6600

- ? cyan, 66ffff

- § vert, 99ff33

- & bleu, 00ccff

- ( gris, dddddd

- enlever le gras, et surligne.

rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;>;2768823..2769518;;cds;-12;232;&methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;;b8;;<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;>;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;<u>1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;<u>1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;<u>1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;

rpm distribution

Lien tableau: rpm distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;

rpm données intercalaires

Lien tableau: rpm données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;sup400;sup600;sup600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;effectif;;long;long
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;rpm;fx;fc;fx;fc
;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;799;1771;601;627
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;68;;24;atgj;410;7;4;602;650
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;16s tRNA;;**;atgj;420;5;9;603;650
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;116;atc;25;gtg;430;10;3;603;661
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;tRNA 23s;;**;gtg;440;3;4;613;680
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;240;atc;35;cgt;450;7;2;620;683
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;243;atc;44;cgt;460;4;1;623;694
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;16s CDS;;5s tRNA;;**;cgt;470;0;0;624;701
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;-3;;51;atgf;23;ggc;480;4;3;624;707
2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;;;51;atgf;45;ggc;490;2;1;642;753
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;;;52;atgf;29;ggc;500;7;4;644;786
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;;;52;atgf;**;ggc;510;1;2;644;806
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;CDS-CDS;inf 50;51;atgf;54;cag;520;3;0;655;826
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;intercalaire;;;;**;cag;530;1;4;662;833
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;c-;x-;;;16;acc;540;3;2;677;849
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;-119;-118;;;18;acc;550;1;1;703;857
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;-115;-104;;;**;acc;560;1;2;704;910
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;-113;-103;;;37;gac;570;1;0;717;939
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;-110;-102;;;**;gac;580;2;4;718;1018
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;-104;-98;;;34;gga;590;3;1;722;1061
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;-100;-88;;;**;tac;600;2;2;759;1107
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;-95;-78;;;24;aag;610;4;0;762;1118
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;-95;-77;;;**;aag;620;2;0;764;1147
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;-94;-74;;;165;ccg;630;3;1;802;1675
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;-89;-68;;;**;ccg;640;0;0;808;1722
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;-85;-67;;;70;gcc;650;3;2;808;1735
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;-83;-64;;;69;gcc;660;1;0;845;2454
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;-82;-64;;;57;gcc;670;1;1;861;
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;-82;-64;;;**;gcc;680;1;1;890;
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;-79;-63;;;117;cca;690;0;1;900;
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;-77;-62;;;373;atgi;700;0;1;956;
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;-77;;;;157;gca;710;2;2;1007;
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;-76;;;;**;aca;720;2;0;1015;
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;-74;;;;29;ttc;730;1;0;1021;
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;-74;;;;34;ttc;740;0;0;1038;
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;-74;;;;33;ttc;750;0;0;1065;
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;-73;;;;**;ttc;760;1;1;1096;
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;-71;;;;27;tgc;770;2;0;1313;
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;-70;;;;31;aac;780;0;0;1320;
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;-67;;;;**;aac;790;0;1;1666;
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;-65;;;;70;gcg;800;0;0;;
4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;-64;;;;33;gcg;;17;16;;
35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;-62;;;;**;gcg;;;;;
31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;-59;;;;214;gaa;;;;;
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;-58;;;;**;gaa;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;15;55;-55;;;;47;ctg;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;-52;;;;153;ctg;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;;48;ctg;;;;;
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;total;intercalaires;;;47;ctg;;;;;
;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;461,433;;;**;ctg;;;;;
;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;ADN long;3,876,289;;;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;%;11.9;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;113;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;non RNA;92;;;;;;;;;

rpm autres intercalaires aas

Lien tableau: rpm autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;rpm;;;;
deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
;comp;tRNA;51436;51512;129;atc
;comp;misc_f;51642;51774;62;
;comp;misc_f;51837;51932;84;
;;misc_f;52017;52217;76;
;;misc_f;52294;52918;69;
fin;;CDS;52988;53464;;
deb;;CDS;53428;53694;87;
;comp;misc_f;53782;53921;72;
;comp;misc_f;53994;54619;90;
;;misc_f;54710;54881;129;
;;tRNA;55011;55087;289;atc
;;misc_f;55377;55746;433;
fin;;CDS;56180;56440;;
deb;comp;CDS;82891;83088;116;
;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg
fin;comp;CDS;83480;84178;;
deb;;CDS;417242;417412;142;
;;tRNA;417555;417631;24;atgj
;;tRNA;417656;417732;38;atgj
fin;comp;CDS;417771;418820;;
deb;;CDS;434306;435142;672;
;;misc_f;435815;436065;82;
;;rRNA;436148;436262;51;115
;;tRNA;436314;436390;196;atgf
fin;;CDS;436587;436883;;
deb;comp;CDS;467261;468367;193;
;;misc_f;468561;468657;82;
;;rRNA;468740;468854;51;115
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Intergen51. rpm. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. rpm les différents types d'intercalaires.

rpm remarques

rpm remarques texte

rpm listes

alpha codes

Lien tableau: alpha codes

rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;5/2;acg;1;aag;3;agg;1;;atg;3/1;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

gamma codes

Lien tableau: gamma codes

19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74

rru

rru opérons

Lien tableau: rru opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s  4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*

rru cumuls

Lien tableau: rru cumuls

rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69

rru blocs

Lien tableau: rru blocs

rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;

rru distribution

Lien tableau: rru distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;

rru données intercalaires

Lien tableau: rru données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400;Sup 500;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;rru;long;long;long;long
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;402;404;502;624
;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;2* 119;;202;gcc;403;405;505;627
;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999;118;;**;gcc;405;405;509;657
1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;116;;81;tgc;408;405;510;659
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;16s tRNA;atc;**;aac;408;407;527;662
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;;;180;;27;gga;409;408;529;663
;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;;;178;;**;tac;411;409;530;682
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;;;180;;165;acc;412;410;531;686
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;;;180;;**;acc;412;413;537;702
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;;;tRNA 23s;gca;;;413;413;539;734
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;;;347;;;;415;414;542;769
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;;;346;;;;415;414;543;771
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;;;347;;;;421;415;546;787
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;;;347;;;;424;416;547;788
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;;;5s tRNA;;;;425;417;548;802
2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;;;96;atgf;;;426;420;550;866
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;;;95;atgf;;;429;421;566;881
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;;;95;atgf;;;430;421;577;954
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;;;tRNA tRNA;intra;;;437;427;578;1469
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;;;4*66;atc gca;;;441;432;579;
;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;;;;;;;442;438;592;
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;;;;;;;442;438;592;
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;;;CDS-CDS;inf 50;;;443;443;604;
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;;;intercalaire;;;;445;444;622;
1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;;;c-;x-;;;446;446;625;
;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;;;-137;-122;;;447;446;628;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;;;-73;-120;;;452;447;631;
1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;;;-68;-106;;;455;448;633;
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;;;-65;-104;;;460;448;636;
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;;;-64;-104;;;463;450;636;
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;;;-62;-70;;;464;451;637;
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;;;-61;-59;;;465;452;639;
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;;;-59;-58;;;470;464;650;
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;;;-53;-55;;;474;479;652;
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;-52;;;;475;479;656;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;-52;;;;486;484;669;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;total;intercalaires;;;491;485;675;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;;461,427;;;496;488;697;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;ADN long;4,352,825;;;498;491;732;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;%;10.6;;;;500;739;
1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;;;;;;502;755;
1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;;non RNA;49;;;;505;767;
35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;;;;;;;510;777;
34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;;;;;;;515;777;
1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;;;;;;;534;785;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;;;;;;543;873;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;;;;;;552;884;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;;;;;;559;885;
;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;;;;;;;574;929;
;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;;;;;;;580;938;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;;;;;;585;995;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;;;;;;;;

rru autres intercalaires aas

Lien tableau: rru autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;rru;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16232;16852;163;*;
;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg
fin;;CDS;17356;18378;;0;
deb;;CDS;117072;117287;37;*;
;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg
fin;;CDS;117701;123022;;;
deb;comp;CDS;149921;151093;147;*;
;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg
fin;comp;CDS;151454;152929;;0;
deb;;CDS;189941;191668;841;*;
;;rRNA;192510;194008;180;*;1477
;;tRNA;194189;194265;66;*;atc
;;tRNA;194332;194407;347;*;gca
;;rRNA;194755;197527;119;*;2758
;;rRNA;197647;197761;96;*;115
;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf
deb;comp;CDS;198222;198455;222;*;
;;rpr;198678;199866;145;*;
fin;comp;CDS;200012;200305;;;
deb;comp;CDS;211593;213335;261;*;
;;rpr;213597;214174;128;*;
fin;comp;CDS;214303;215160;;;
deb;comp;CDS;305449;306648;257;*;
;;tRNA;306906;306979;319;*;cag
fin;comp;CDS;307299;308303;;;
deb;comp;CDS;322896;323693;406;*;
;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa
fin;comp;CDS;324273;325601;;;
deb;;CDS;362552;362881;224;*;
;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc
;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc
fin;comp;CDS;363503;364531;;;
deb;;CDS;407067;407606;92;*;
;;tRNA;407699;407790;141;*;agc
fin;;CDS;407932;408774;;0;
deb;;CDS;419952;420275;57;*;
;;rpr;420333;422803;228;*;
fin;comp;CDS;423032;423388;;0;
deb;;CDS;466945;467925;115;*;
;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta
fin;comp;CDS;468210;468458;;;
deb;;CDS;529650;529988;67;*;
;;rpr;530056;530553;180;*;
fin;comp;CDS;530734;534255;;0;
deb;comp;CDS;536858;537154;111;*;
;;regulatory;537266;537472;38;*;
fin;;CDS;537511;538188;;;
deb;comp;CDS;559038;559457;239;*;
;;tRNA;559697;559772;170;*;aag
fin;;CDS;559943;560608;;0;
deb;;CDS;571949;572881;20;*;
;;regulatory;572902;573134;194;*;
fin;;CDS;573329;575266;;;
deb;comp;CDS;794877;795188;217;*;
;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc
fin;;CDS;795583;795846;;;
deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*;
;;rRNA;911379;912878;178;*;1477
;;tRNA;913057;913133;66;*;atc
;;tRNA;913200;913275;346;*;gca
;;rRNA;913622;916394;118;*;2758
;;rRNA;916513;916627;95;*;115
;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf
fin;;CDS;917538;921860;;0;
deb;;CDS;988887;989177;204;*;
;;rpr;989382;991847;533;*;
fin;comp;CDS;992381;992809;;;
deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*;
;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*;
fin;comp;CDS;1145882;1146607;;;
deb;;CDS;1159249;1160091;71;*;
;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag
fin;;CDS;1160356;1160613;;0;
deb;;CDS;1339162;1340364;168;*;
;;regulatory;1340533;1340749;238;*;
fin;;CDS;1340988;1342007;;;
deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*;
;;rpr;1363865;1364439;208;*;
fin;comp;CDS;1364648;1365022;;;
deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*;
;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg
fin;comp;CDS;1465635;1466303;;;
deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*;
;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*;
fin;;CDS;1502001;1504436;;;
deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*;
;;rpr;1580591;1581961;284;*;
fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0;
deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*;
;;rpr;1694053;1695967;193;*;
fin;comp;CDS;1696161;1697498;;;
deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*;
;;regulatory;1707586;1707782;93;*;
fin;;CDS;1707876;1709765;;;
deb;;CDS;1791953;1792159;116;*;
;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa
fin;comp;CDS;1792483;1792689;;;
deb;;CDS;1824299;1825738;98;*;
;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta
fin;;CDS;1826072;1827415;;;
deb;;CDS;1833133;1833408;284;*;
;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta
fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0;
deb;;CDS;1933548;1934138;85;*;
;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca
deb;;CDS;1934364;1934663;12;*;
;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga
fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0;
deb;;CDS;1959133;1959858;175;*;
;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc
fin;;CDS;1960326;1960439;;;
deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*;
;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca
fin;;CDS;1998595;2002550;;0;
deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*;
;;regulatory;2009119;2009340;129;*;
fin;;CDS;2009470;2011794;;;
deb;;CDS;2031997;2032863;123;*;
;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa
fin;comp;CDS;2033249;2033809;;;
deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*;
;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc
;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac
fin;;CDS;2094653;2094916;;;
deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*;
;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc
fin;;CDS;2306189;2306839;;;
deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*;
;;regulatory;2319857;2319989;73;*;
fin;;CDS;2320063;2321928;;;
deb;;CDS;2331183;2331521;73;*;
;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj
fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0;
deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*;
;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac
fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0;
deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*;
;;regulatory;2551172;2551329;147;*;
fin;;CDS;2551477;2552121;;0;
deb;;CDS;2559473;2560621;36;*;
;;tmRNA;2560658;2560994;131;*;
fin;;CDS;2561126;2561716;;;
deb;;CDS;2667051;2667758;354;*;
;;rpr;2668113;2669657;204;*;
fin;comp;CDS;2669862;2670212;;;
deb;;CDS;2714978;2715835;129;*;
;;rpr;2715965;2716300;262;*;
fin;;CDS;2716563;2717564;;0;
deb;;CDS;2729598;2731271;449;*;
;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf
;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115
;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758
;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca
;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc
;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477
fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0;
deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*;
;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc
fin;;CDS;2962475;2963359;;;
deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*;
;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg
deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*;
;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga
;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac
deb;;CDS;3127241;3128158;57;*;
;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca
fin;;CDS;3128419;3128652;;;
deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*;
;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc
fin;comp;CDS;3195117;3195512;;;
deb;;CDS;3320745;3322115;90;*;
;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi
fin;comp;CDS;3322342;3324432;;;
deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*;
;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc
;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc
deb;;CDS;3378807;3379370;234;*;
;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac
fin;comp;CDS;3379759;3380517;;;
deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*;
;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg
fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0;
deb;;CDS;3490378;3491148;84;*;
;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg
fin;;CDS;3491715;3492080;;;
deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*;
;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*;
;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*;
fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0;
deb;;CDS;3523910;3524125;371;*;
;;rpr;3524497;3525372;79;*;
fin;comp;CDS;3525452;3526372;;;
deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*;
;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*;
fin;;CDS;3707518;3707919;;;
deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*;
;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg
fin;comp;CDS;3720086;3720859;;;
deb;;CDS;3805869;3806813;130;*;
;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115
;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758
;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca
;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc
;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477
fin;;CDS;3813192;3814118;;;
deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*;
;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt
fin;;CDS;3826395;3827531;;0;
deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*;
;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*;
fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0;
deb;;CDS;4021982;4023163;27;*;
;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg
fin;;CDS;4023502;4023855;;0;
deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*;
;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg
fin;comp;CDS;4059560;4060126;;;
deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*;
;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg
fin;;CDS;4108262;4108843;;0;
deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*;
;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc
fin;;CDS;4262501;4263136;;;

Intergen51. rru. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. rru les différents types d'intercalaires.

rru intercalaires positifs S+

Lien tableau: rru intercalaires positifs S+
Légende:
Tableaux

rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0
total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1
diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0
 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609

oan

oan opérons

Lien tableau: oan opérons

;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s  4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;*
;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;*
comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;*
comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;*
comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;*
;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;*
;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;*
comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;*
comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;*
;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;*
comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;*
comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;*
comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;*
comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;*
comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;*
;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;*
;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;*
;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;*
;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;*
;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;*
comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;*
;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;*
;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;*
;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;*
;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;*
;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;*
comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;*
comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;*
;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;*
comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;*
comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;*
comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;*
comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;*
;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
>;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
<comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
>comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
<;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*

oan cumuls

Lien tableau: oan cumuls

oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81

oan blocs

Lien tableau: oan blocs

oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator

Détails

cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;

oan distribution

Lien tableau: oan distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;

oan1 données intercalaires

Lien tableau: oan1 données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;oan1;Sup 400;Sup 400;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long;long
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fx;fc;fc
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;502;406;505
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;2* 194;;146;gaa;402;503;406;507
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;;;16s tRNA;;**;gaa;403;507;407;508
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;;;2*273;atc;24;tac;403;509;409;516
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;;;tRNA 23s;;**;gga;403;510;410;516
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;;;2* 270;gca;245;gac;404;522;413;535
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;;;5s tRNA;;**;gac;409;528;415;536
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;;;2* 54;atgf;;;411;563;415;539
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;;;tRNA tRNA;intra;;;411;564;419;542
1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;;;2* 11;atc gca;;;412;565;420;551
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;;;;;;;413;566;426;552
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;;;;;;;413;571;427;557
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;;;;;;;413;598;427;559
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;;;;;;;413;598;429;568
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;;;;;;;418;603;431;570
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;;;;;;;424;626;432;572
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;;CDS-CDS;inf 50;;;;428;631;434;577
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;;intercalaire;;;;;428;633;435;601
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;;c-;x-;;;;437;641;437;601
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;-86;-102;;;;444;652;437;605
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;-77;-91;;;;448;697;438;623
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;-68;-58;;;;451;700;442;625
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;-65;;;;;452;745;454;625
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;total;intercalaires;;;;452;790;458;636
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;364,228;;;;454;800;459;641
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;ADN long;2,887,297;;;;456;834;460;647
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;%;12.6;;;;457;840;460;657
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;;;;;458;858;462;676
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;non RNA;20;;;;461;965;483;690
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;;;;;461;992;485;702
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;;;;;468;1172;496;717
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;;;;;469;;;728
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;;;;;469;;;740
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;;;;;475;;;742
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;;;;;476;;;803
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;;;;;477;;;895
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;;;;;478;;;957
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;;;;;483;;;1073
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;;;;;490;;;1871
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;;;;;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;;;;;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;;;;;;;;;
26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;;;;;;;;;
20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;;;;;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;
;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;;;;;;;;

oan1 autres intercalaires aas

Lien tableau: oan1 autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj   f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj   f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj  j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj  j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj   f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;

Intergen51. oan1. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. oan1 les différents types d'intercalaires.

oan2 données intercalaires

Lien tableau: oan2 données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;oan2;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;fx;fc
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;23s 5s;;401;402
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;2* 194;;403;416
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;;;16s tRNA;;403;422
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;;;2* 273;atc;411;424
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;;;tRNA 23s;;425;441
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;;;2* 270;gca;425;441
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;;;5s tRNA;;428;455
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;;;2* 54;atgf;435;458
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;;;tRNA tRNA;intra;437;461
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;;;2* 11;atc gca;440;484
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;;;;;441;496
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;;;;;447;501
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;;;459;510
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;;;463;515
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;CDS-CDS;inf 50;;468;518
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;intercalaire;;;477;522
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;c-;x-;;482;538
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;-86;-71;;487;552
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;-58;-56;;491;583
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;;;504;590
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;total;intercalaires;;513;602
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;199,249;;526;608
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;ADN long;1,895,911;;541;668
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;%;10.5;;559;680
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;;;570;703
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;non RNA;10;;581;817
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;;;609;820
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;;;635;833
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;;;648;1008
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;;;674;1500
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;;;677;1560
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;;;683;1629
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;;;719;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;;;742;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;;;789;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;821;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;;;958;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;;;1333;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;1377;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;;;1801;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;;;;

oan2 autres intercalaires aas

Lien tableau: oan2 autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
deb;;CDS;1067405;1068742;131;*;
;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
fin;;CDS;1218024;1218500;;;
deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*;
;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
fin;;CDS;1275426;1275572;;;
deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*;
;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
fin;;CDS;1328998;1329948;;;
deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*;
;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
fin;;CDS;1334226;1337393;;;
deb;;CDS;1473437;1474405;269;*;
;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;

Intergen51. oan2. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. oan2 les différents types d'intercalaires.

abq

abq opérons

Lien tableau: abq opérons

;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s  9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;*
;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;*
;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;*
comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;*
comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;*
comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;*
;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;*
comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;*
comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;*
comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;*
comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;*
comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;*
;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;*
;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;*
;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;*
;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;*
comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;*
;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;*
;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;*
;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;*
comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;*
;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;*
comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;*
;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;*
comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;*
comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;*
comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;*
comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;*
comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;*
comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;*
comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;*
comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;*
;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;*
comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;*
comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;*
comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;*
;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;*
comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;*
comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;*
comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;*
comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;*
comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;*
;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;*
;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;*
comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;*
comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;*
comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;*
;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;*
;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;*
;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;*
comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;*
comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;*
comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;*
comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;*
;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;*
;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;*
;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;*
comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;*
;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;*
;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;*
plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
>comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;*
;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;*
;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
<comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;*
comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
>;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;*
;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*

abq cumuls

Lien tableau: abq cumuls

abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71

abq blocs

Lien tableau: abq blocs

abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;

abq distribution

Lien tableau: abq distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;

abq données intercalaires

Lien tableau: abq données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;abq;CDS-CDS;sup400;sup500;sup500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long;long
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;401;502;502
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;496;779;2* 134;;206;ccg;402;404;508;506
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;5s CDS;;16s tRNA;;**;ccg;403;408;510;508
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;236;187;2* 114;atc;60;tac;405;411;511;513
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;;;tRNA 23s;;**;gga;409;415;512;514
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;;;267;gca;76;aag;410;420;515;516
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;;;256;gca;**;aag;410;422;518;530
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;;;tRNA tRNA;intra;38;gag;413;428;518;536
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;;;2* 30;atc gca;**;gag;414;428;525;546
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;;;;;132;gtg;417;429;527;559
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;;;;;**;gtg;417;430;534;560
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;;;;;220;aac;417;435;536;562
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;;;;;**;tgc;420;438;537;569
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;;;;;164;gac;420;441;538;573
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;;;;;**;gta;421;444;542;618
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;;;;;109;cac;421;455;543;622
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;;;;;**;cac;425;457;549;656
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;;;;;;;426;457;550;674
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;;CDS-CDS;inf 50;;;;429;462;552;677
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;;intercalaire;;;;;438;463;552;680
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;;c-;x-;;;;439;464;553;684
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;;-113;-102;;;;439;470;561;703
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;;-110;-99;;;;440;475;570;742
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;;-77;-77;;;;442;479;583;981
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;-77;-77;;;;448;482;591;1022
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;-77;-65;;;;448;483;593;1052
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;-56;;;;;456;484;595;1402
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;-52;;;;;458;488;614;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;total;intercalaires;;;;479;498;615;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;356,439;;;;480;500;619;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;ADN long;3,064,393;;;;482;;627;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;%;11.6;;;;488;;644;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;;;;;488;;648;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;non RNA;20;;;;490;;668;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;;;;;494;;673;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;;;;;498;;692;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;;;;;499;;750;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;;;;;;;;;;;753;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;;;;;;;;;;;758;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;;;;;;;;;;;804;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;;;;;;;;;;;843;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;865;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;;;;;;;;;;;892;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;;;;;;;896;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;1188;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;;;;;;;;

abq autres intercalaires aas

Lien tableau: abq autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;

Intergen51. abq. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. abq les différents types d'intercalaires.

abqp données intercalaires

Lien tableau: abqp données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;abqp;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;402;401
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;444;734;269;;29;ctg;414;406
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;;472;23s 5s;;**;gcc;415;416
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;;643;2* 134;;4;aac;426;424
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;5s CDS;;133;;**;gac;427;430
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;;193;16s tRNA;atc;1;acc;435;434
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;23s CDS;;2* 114;;99;gcg;441;441
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;;151;100;;44;gac;453;446
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;;;tRNA 23s;gca;1;gtc;458;448
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;;;2* 256;;**;cag;463;448
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;;;255;;;;467;454
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;;;5s tRNA;;;;471;455
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;;;2* 96;atgf;;;472;471
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;;;tRNA tRNA;intra;;;480;473
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;;;3* 30;atc gca;;;483;477
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;;;;;;;483;488
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;;;;;;;;;488;502
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;;;;;;;;;502;507
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;;;;;;;;522;516
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;;;;;;;;538;519
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;;;;;;;;;542;520
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;549;528
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;;intercalaire;;;;;;;562;528
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;;c-;x-;;;;;;564;534
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;;-112;-101;;;;;;569;545
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;;-85;-95;;;;;;570;551
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;;-85;-78;;;;;;575;559
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;-77;-76;;;;;;577;572
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;-62;-70;;;;;;578;583
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;-62;-60;;;;;;598;586
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;-53;;;;;;;640;600
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;;;;;652;607
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;total;intercalaires;;;;;;659;618
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;217409;;;;;;682;646
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;ADN long;1901707;;;;;;684;648
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;%;11.4;;;;;;732;712
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;;;;;789;783
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;non RNA;12;;;;;;803;785
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;;;;;918;786
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;;;;;998;798
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;;;;;1011;816
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;;;;;1093;819
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;;;;;1135;1229
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;;;;;;1456
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;1965
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;1978
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;;;;;;

abqp autres intercalaires aas

Lien tableau: abqp autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;

Intergen51. abqp. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. abqp les différents types d'intercalaires.

abs

abs opérons

Lien tableau: abs opérons

;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s  5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
<comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
>comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
>;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*

abs cumuls

Lien tableau: abs cumuls

abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72

abs blocs

abs blocs abrégé

Lien tableau: abs blocs abrégé

abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic  P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*

abs blocs tableau

Lien tableau: abs blocs tableau

abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;

abs abq blocs

Lien tableau: abs abq blocs
Note: attention pour les couleurs de & (EAL & GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois

;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;*    CHA1;;*  comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;*    CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;*  hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;*  modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;*  déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;*   ;;*   d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;*   recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;*  insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;*  bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;*  comp;;*  réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;*  recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;*
comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;93530..94258;cds;60;243;SDR fam;*  CHA;;;;;2781933..2783774;cds;187;614;EAL & GGDEF;*    CHA
comp;94319..94395;agg;175;;;*;;;;comp;2783962..2784077;$5s;129;§116;;*
;94571..96262;cds;;564;@hp;*  hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
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;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
comp;132540..133586;cds;;349;@DMT fam;*  modif;;;;comp;2789503..2790207;cds;;235;PAP2 fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*    
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
;540147..540262;$5s;153;§116;;*;;;;;;;;;;*
comp;540416..542290;cds;;625;GGDEF dom;*;;;;comp;163237..164982;cds;175;582;@Hase HypA;*
;;;;;;;;;;;165158..165234;agg;59;;;*
;;;;;;;;;;;165294..166022;cds;;243;SDR fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;600048..601079;cds;79;344;@Tyr rec/int;*    comp;;;;comp;188235..189860;cds;42;542;@glycosyl;*    CHB
comp;601159..601233;acg;81;;;*;;;;comp;189903..189977;acg;81;;;*
comp;601315..603243;cds;;643;helicas RecQ;*;;;;comp;190059..191987;cds;;643;helicas RecQ;*
;;;;;;*  CHB;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;cds;169;93;hp;*;;;;comp;250833..251111;cds;169;93;hp;*
comp;656690..656765;gcc;141;;;*;;;;comp;251281..251356;gcc;141;;;*
comp;656907..657305;cds;;133;TIGR02300;*;;;;comp;251498..251893;cds;;132;TIGR02300;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;cds;209;106;50s L21;*;;;;comp;458142..458459;cds;209;106;50s L21;*
;864668..864757;tcg;79;;;*;;;;;458669..458758;tcg;63;;;*
comp;864837..865679;cds;;281;ab hydrolase;*;;;;comp;458822..459664;cds;;281;ab hydrolase f;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;2233677..2234435;cds;92;253;@hp;*    recomb;;;;comp;496776..497171;cds;162;132;cupin dom;*    CHC
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comp;2234642..2234717;?gag;68;;;*;;;;;497558..498085;cds;;176;disulfide;*
comp;2234786..2235836;cds;;350;@p-low Thr;*  modif;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;comp;615937..616350;cds;121;138;hp;*
comp;2293087..2293593;cds;211;169;hp;*  CHC;;;;comp;616472..616548;?ccg;206;;;*
;2293805..2293881;cgt;137;;;*;;;;comp;616755..616831;?ccg;109;;;*
;2294019..2294495;cds;5;159;GNAT fam;*;;;;comp;616941..617957;cds;;339;farnesyl;*
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comp;2294722..2296683;cds;;654;sigma RpoD;*;;;;comp;748703..749161;cds;38;153;@hp;*
;;;;;;*;;;;comp;749200..749275;aca;91;;;*
;2372946..2373401;cds;86;152;MaoC fam;*;;;;comp;749367..750221;cds;144;285;23s RlmB;*
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;2374023..2375549;cds;;509;methyl trans;*;;;;;750667..751857;cds;153;397;elonga Tu;*
;;;;;;*;;;;;752011..752086;tgg;69;;;*
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comp;2418470..2418545;tgg;152;;;*;;;;;;;;;;*
comp;2418698..2419888;cds;81;397;elonga Tu;*;;;;comp;794457..795983;cds;296;509;methyl trans;*
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;2420334..2421188;cds;91;285;23s RlmB;*;;;;comp;796617..797057;cds;;147;MaoC fam;*
;2421280..2421355;aca;137;;;*;;;;;;;;;;*
;2421493..2423187;cds;;565;@ss integrase;*    recombi;;;;;870412..872373;cds;159;654;sigma RpoD;*
;;;;;;*;;;;;872533..872608;atgi;5;;;*
;2561207..2562223;cds;109;339;farnesyl;*;;;;comp;872614..873093;cds;134;160;GNAT fam;*
;2562333..2562409;?ccg;205;;;*;;;;comp;873228..873304;cgt;212;;;*
;2562615..2562691;?ccg;136;;;*;;;;;873517..874023;cds;;169;hp;*
;2562828..2563241;cds;;138;hp;*;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;;931962..933011;cds;68;350;@low Thr;*
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;2681071..2681157;ttg;162;;;*;;;;;933194..933269;?gag;72;;;*
;2681320..2681715;cds;;132;cupin dom;*;;;;comp;933342..934340;cds;;333;@SLT dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;comp;1724224..1724496;cds;;91;HU bind;*
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;;;;;;*;;;;comp;1732069..1733634;cds;106;522;malonyl CoA;*
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;;;;;;*;;;;;1735935..1736273;cds;;113;P-II nitrogen;*
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;1501449..1501524;?cac;109;;;*;;;;;1951126..1951752;cds;149;209;nitrogen NifQ;*
;1501634..1501709;?cac;129;;;*;;;;;1951902..1951987;tac;74;;;*
;1501839..1503305;cds;106;489;bif NAD;*;;;;comp;1952062..1952424;cds;;121;hp;*
;1503412..1504977;cds;173;522;malonyl CoA;*;;;;;;;;;;*
;1505151..1505235;cta;91;;;*;;;;;1996903..1997244;cds;595;114;@hp;*
;1505327..1506661;cds;;445;trigger factor;*;;;;comp;1997840..1997914;atgj;131;;;*
;;;;;;*;;;;comp;1998046..1999179;cds;;378;tRNA MnmA;*
;1511745..1512017;cds;105;91;HU bind;*;;;;;;;;;;*
;1512123..1512197;gta;163;;;*;;;;;2086487..2088658;cds;156;724;@malate G;*
;1512361..1512437;gac;344;;;*;;;;comp;2088815..2088889;gtc;234;;;*
;1512782..1513150;cds;;123;NADH-quinone;*;;;;;2089124..2090002;cds;;293;N-formyl Glu;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;cds;123;601;p-ssDNA exo;*;;;;comp;2303404..2303880;cds;414;159;@bacteriofer;*
;1659521..1659596;gaa;234;;;*;;;;comp;2304295..2304377;tta;406;;;*
;1659831..1660671;cds;;280;ak reductase;*;;;;comp;2304784..2305029;cds;;82;hp;*
plasmide1;;;;;;;;;;plasmide1;;;;;;
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;199382..199953;&16s°;193;§572;;*   déplacé;;;;comp;116291..116367;atgf;96;;;*
;200147..200223;atgf;437;;;*;;;;comp;116464..116579;$5s;129;§116;;*
comp;200661..202571;cds;;637;@PAS kinase;*  déplacé;;;;comp;116709..119461;$23s;255;§2753;;* 
;;;;;;;;;;comp;119717..119792;gca;30;;;*
;;;;;;;;;;comp;119823..119899;atc;108;;;*
;;;;;;;;;;comp;120008..121498;$16s;740;§1491;;*
;;;;;;;;;;;122239..123597;cds;;453;peptido fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;909530..909766;cds;153;79;@hp;*hp caracter;;;;comp;217550..218176;cds;123;209;ribonucleaseD;*   PL1B
comp;909920..910035;$5s;127;§116;;*;;;;comp;218300..218386;ctg;228;;;*
comp;910163..912915;$23s;271;§2753;;*;;;;;218615..219604;cds;;330;NDUFA9;*
comp;913187..913262;gca;30;;;*    PL1B;;;;;;;;;;*
comp;913293..913369;atc;110;;;*;;;;comp;300477..301733;cds;472;419;exo SbcD;*
comp;913480..914970;$16s;486;§1491;;*;;;;;302206..303696;$16s;108;§1491;;*
;915457..916713;cds;;419;exo SbcD;*;;;;;303805..303881;atc;30;;;*
;;;;;;*;;;;;303912..303987;gca;255;;;*
comp;998160..999149;cds;229;330;NDUFA9;*;;;;;304243..306995;$23s;129;§2753;;*
;999379..999465;ctg;123;;;*;;;;;307125..307240;$5s;96;§116;;*
;999589..1000215;cds;;209;ribonucleaseD;*;;;;;307337..307413;atgf;161;;;*
;;;;;;;;;;<comp;307575..307805;cds;;77;@p-ATP-bind;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;198109..199200;cds;84;364;@Tyr rec/int;*   comp;;;;comp;466493..467710;cds;231;406;@ss integrase;*   PL1C
comp;199285..199360;aaa;135;;;*;;;;comp;467942..468031;tca;205;;;*
comp;199496..200044;cds;;183;pantetheine;*    PL1C;;;;comp;468237..468809;cds;;191;hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;243776..244348;cds;205;191;hp;*;;;;;512242..512790;cds;136;183;pantetheine;*
;244554..244643;tca;143;;;*;;;;;512927..513002;aaa;209;;;*
;244787..245683;cds;;299;@diG cyclase;*   recomb;;;;;513212..514036;cds;;275;@DUF3618;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;cds;301;274;hp;*   PL1D;;;;;931813..933912;cds;79;700;@membrane p;*   PL1D
comp;1400132..1400206;caa;79;;;*;;;;;933992..934066;caa;382;;;*
comp;1400286..1402379;cds;;698;@hp;*hp caracter;;;;comp;934449..935270;cds;;274;hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;cds;200;343;Ppx/GppA;*   PL1E;;;;comp;948715..949743;cds;199;343;Ppx/GppA;*   PL1E
;365702..365775;cag;746;;;*;;;;;949943..950016;cag;246;;;*
;366522..367214;cds;;231;@FadR fam;*  comp;;;;comp;950263..950829;cds;;189;@IS3 fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;cds;453;709;@PAS S-box;*   recomb;;;;>;971260..971532;cds;493;91;@P-hp;*   PL1F
;1397194..1397287;agc;52;;;*  PL1F;;;;comp;972026..972119;agc;197;;;*
comp;1397340..1397858;cds;;173;@Tyr rec/int;*   recomb;;;;;972317..972550;cds;;78;@hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1098197..1098655;cds;675;153;MarR fam;*   PL1G;;;;comp;1302373..1303350;cds;166;326;fucosyl;*   PL1G
;1099331..1100821;$16s;107;§1491;;*;;;;comp;1303517..1303592;ttc;98;;;*
;1100929..1101005;@atc;31;;;*  insertion;;;;comp;1303691..1303876;cds;;62;gyrase YacG;*
;1101037..1101112;@gca;271;;;*;;;;;;;;;;*
;1101384..1104136;$23s;147;§2753;;*;;;;;1349823..1350929;cds;145;369;GNAT fam;*
comp;1104284..1105390;cds;;369;GNAT fam;*;;;;comp;1351075..1353828;$23s;262;§2754;;*
;;;;;;*;;;;comp;1354091..1355591;$16s;676;§1501;;*
;1157171..1157356;cds;98;62;gyrase YacG;*;;;;;1356268..1356726;cds;;153;MarR fam;*
;1157455..1157530;ttc;178;;;*;;;;;;;;;;*
;1157709..1158686;cds;;326;fucosyl;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;629856..631229;cds;154;458;tetratricopep;*   PL1H;;;;comp;1441708..1443066;cds;153;453;hp;*   PL1H
;631384..631458;acc;1;;;*;;;;;1443220..1443294;acc;1;;;*
;631460..631535;gcg;99;;;*;;;;;1443296..1443371;gcg;99;;;*
;631635..631711;gac;35;;;*;;;;;1443471..1443547;gac;44;;;*
;631747..631821;gtc;1;;;*;;;;;1443592..1443666;gtc;1;;;*
;631823..631896;cag;153;;;*;;;;;1443668..1443741;cag;137;;;*
;632050..632259;cds;;70;@hp;*   comp;;;;comp;1443879..1446428;cds;;850;@dip ABC;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;1577667..1578095;cds;457;143;DUF1489;*   PL1I;;;;;1566394..1566612;cds;193;73;@hp;*   PL1I
;1578553..1580043;$16s;110;§1491;@ ;*  bloc?;;;;comp;1566806..1566921;$5s;128;§116;;*
;1580154..1580230;atc;31;;;*;;;;comp;1567050..1569802;$23s;254;§2753;;*
;1580262..1580337;gca;269;;;*;;;;comp;1570057..1570132;gca;30;;;*
;1580607..1581986;&23s°;100;§1380;;*  réunion;;;;comp;1570163..1570239;atc;94;;;*
;1582087..1582616;&23s°;123;§530;;*;;;;comp;1570334..1571834;$16s;444;§1501;@ ;*
;1582740..1582855;$5s;100;§116;;*;;;;comp;1572279..1572707;cds;;143;DUF1489;*
;1582956..1583032;atgf;706;;;*  d’où?;;;;;;;;;;
;1583739..1585157;cds;;473;@pyruvate kin;*  comp;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;338004..339383;cds;116;460;hp;*   PL1J;;;;;1723583..1724962;cds;94;460;hp;*   PL1J
comp;339500..339586;ctc;257;;;*;;;;comp;1725057..1725143;ctc;475;;;*
comp;339844..340836;cds;;331;@ab hydrolase;*  comp;;;;;1725619..1726311;cds;;231;FadR fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;474173..477079;cds;298;969;PAS dom;*   PL1K;;;;;1757680..1760568;cds;308;963;PAS dom;*   PL1K
;477378..477464;ctg;30;;;*;;;;;1760877..1760963;ctg;29;;;*
;477495..477570;gcc;238;;;*;;;;;1760993..1761068;gcc;247;;;*
;477809..478123;cds;;105;@hp;*  comp;;;;comp;1761316..1761840;cds;;175;@Hx-t-Hx;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;599223..600230;cds;245;336;inorganic  P;*;;;;;1854042..1855049;cds;135;336;inorganic  P;*
comp;600476..600550;ggc;351;;;*;;;;comp;1855185..1855259;ggc;243;;;*
;600902..602071;cds;;390;@AG cyclase;*   recomb;;;;;1855503..1858685;cds;;1061;@AAA fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
>comp;699265..699846;cds;210;194;p-hp;*   PL1L;;;;>comp;1883235..1883816;cds;210;194;P-hp;*   PL1L
;700057..700132;aac;4;;;*;;;;;1884027..1884102;aac;4;;;*
;700137..700213;gac;32;;;*;;;;;1884107..1884183;gac;32;;;*
comp;700246..700851;cds;;202;hp;*;;;;comp;1884216..1884821;cds;;202;hp;*
plasmide2;;;;;;*;;;;plasmide2;;;;;;*
;271302..272090;cds;529;263;@ATP bind;*  comp;;;;comp;51090..51836;cds;481;249;sigma-70 fam;*
;272620..272695;tgg;480;;;*;;;;comp;52318..52393;tgg;363;;;*
;273176..273922;cds;;249;sigma-70 fam;*;;;;;52757..53587;cds;;277;@hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;449562..450338;cds;465;259;@IclR fam;*    modif;;;;comp;809229..810019;cds;870;264;@IS5 fam;*
;450804..452289;$16s;584;§1486;;*;;;;comp;810890..810966;atgf;96;;;*
;452874..453640;&23s°;128;§767;;*;;;;comp;811063..811178;$5s;127;§116;;*
;453769..453884;$5s;101;§116;;*;;;;comp;811306..814058;$23s;266;§2753;;*
;453986..454062;atgf;359;;;*;;;;comp;814325..814400;gca;30;;;*
comp;454422..457751;cds;;1110;@NERD dom;*  comp;;;;comp;814431..814507;atc;108;;;*
;;;;;;;;;;comp;814616..816106;$16s;452;§1491;;*
;;;;;;;;;;comp;816559..817443;cds;;295;@Hx-t-Hx dom;*
plasmide4;;;;;;;;;;plasmide4;;;;;;*
;2176963..2177427;cds;107;155;@membrane p;*    comp;;;;;196992..199346;cds;148;785;mecano ion;*   PL4A
comp;2177535..2177610;gcc;30;;;*  ;;;;;199495..199581;ctg;30;;;*
comp;2177641..2177727;ctg;135;;;*  CH;;;;;199612..199687;gcc;188;;;*
comp;2177863..2180208;cds;;782;mecano ion;*;;;;;199876..201333;cds;;486;@hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;cds;208;637;@polymerase;*   recomb;;;;;237538..238578;cds;92;347;@response reg;*  PL4B
comp;248896..248972;cgg;96;;;*;;;;comp;238671..238747;cgg;96;;;*
comp;249069..249983;cds;;305;ab hydrolase;*  PL4B;;;;comp;238844..239821;cds;;326;ab hydrolase;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;319641..319943;cds;134;101;STAS dom;*;;;;comp;257739..258470;cds;125;244;lipoyl LipB;*
comp;320078..320164;ctc;125;;;*;;;;;258596..258682;ctc;123;;;*
;320290..321018;cds;;243;lipoyl LipB;*;;;;comp;258806..259108;cds;;101;STAS dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;cds;281;387;PQQ;*;;;;comp;399367..400527;cds;278;387;PQQ;*
comp;402509..402624;$5s;129;§116;;*;;;;comp;400806..400921;$5s;129;§116;;*
comp;402754..403402;&23s°;106;§649;;*;;;;comp;401051..403803;$23s;255;§2753;;*
comp;403509..403880;&16s°;502;§372;;*;;;;comp;404059..404134;gca;30;;;*
comp;404383..404577;cds;;65;hp;*;;;;comp;404165..404241;atc;108;;;*
;;;;;;*;;;;comp;404350..405850;$16s;502;§1501;;*
;501394..501756;cds;95;121;response reg;*;;;;comp;406353..406547;cds;;65;hp;*
;501852..501927;aac;4;;;*;;;;;;;;;;*
;501932..502008;gac;4;;;*;;;;;504531..504893;cds;82;121;response reg;*
;502013..502087;ggc;102;;;*;;;;;504976..505051;aac;3;;;*
comp;502190..502957;cds;83;256;Hx-t-Hx;*;;;;;505055..505131;gac;4;;;*
;503041..503667;cds;249;209;pyridoxamine;*;;;;;505136..505210;ggc;102;;;*
comp;503917..504474;&16s°;547;§558;;*;;;;comp;505313..506080;cds;83;256;Hx-t-Hx;*
;505022..506005;cds;;328;@lytic dom;*    modif;;;;;506164..506790;cds;202;209;pyridoxamine;*
;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
comp;601019..603679;cds;358;887;bif CoA;*;;;;comp;507236..509988;$23s;266;§2753;;*
;604038..604113;ttc;318;;;*;;;;comp;510255..510330;gca;30;;;*
>;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;*   recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
>comp;131140..131621;cds;193;161;p-erythrose;*   ;;;;;512654..513568;cds;;305;@lytic dom;*
;131815..131891;atgf;202;;@ ;*  d’où?;;;;;;;;;;*
comp;132094..132276;cds;;61;hp;*;;;;comp;588108..590768;cds;340;887;bif CoA;*
;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*

abs distribution

Lien tableau: abs distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;

abs données intercalaires

Lien tableau: abs données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;sup400;sup550
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;abs;long;long;long
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc;fx
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;5s CDS;;23s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;401;401;562
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;244;153;128;;32;atc gca;109;cac;402;401;571
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;;;tRNA 23s;;;;**;cac;404;403;574
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;;;272;gca;;;163;gta;404;408;575
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;;;;;;;**;gac;408;413;576
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;;;;;;;219;aac;409;419;578
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;;;;;;;**;tgc;409;419;582
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;;;;;;;132;gtg;411;421;584
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;gtg;413;422;605
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;;intercalaire;;;;;30;gcc;416;423;606
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;;c-;x-;;;;**;ctg;416;430;608
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;;-115;-99;;;;38;gag;420;431;626
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;;-101;-65;;;;**;gag;422;432;643
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;;-83;-56;;;;74;aag;423;437;653
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;;-80;;;;;**;aag;426;438;659
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;;-77;;;;;60;gga;427;439;670
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;;-74;;;;;**;tac;427;442;681
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;;-73;;;;;205;ccg;428;446;683
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;;-56;;;;;**;ccg;431;447;741
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;;-56;;;;;;;442;455;745
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;;-55;;;;;;;448;456;772
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;;-52;;;;;;;456;456;804
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;;total;intercalaires;;;;;;456;458;844
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;363,304;;;;;;460;461;850
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;ADN long;3,023,440;;;;;;465;461;862
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;%;12.0;;;;;;466;465;865
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;;;;;;;475;475;875
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;non RNA;30;;;;;;479;479;878
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;;;;;;;481;480;885
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;;;;;;;482;483;897
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;;;;;;;487;484;903
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;;;;;;;488;508;926
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;;;;;;;491;513;942
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;;;;;;;492;515;966
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;;;;;;;494;520;1001
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;;;;;;;497;529;1007
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;;502;546;1027
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;;;;;;;;;;;503;553;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;516;562;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;517;581;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;;;;;;;518;602;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;525;634;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;;;;;;;531;659;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;;;;;;;534;675;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;535;689;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;537;714;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;;;;538;741;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;538;742;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;542;874;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;545;900;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;;;;;;;549;980;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;;;;;;;549;1017;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;550;1021;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1036;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2038;

abs autres intercalaires aas

Lien tableau: abs autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;

Intergen51. abs. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. abs les différents types d'intercalaires.

absp données intercalaires

Lien tableau: absp données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;absp;long;long
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;417;414
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;457;486;128;;30;ctg;420;417
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;;642;132;;**;gcc;420;421
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;5s CDS;;16s tRNA;;1;acc;423;428
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;;153;2* 116;atc;99;gcg;424;429
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;23s CDS;;113;atc;35;gac;425;448
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;;151;tRNA 23s;;1;gtc;425;455
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;;;2* 272;gca;**;cag;426;455
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;;;270;gca;4;aac;438;455
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;;;5s tRNA;;**;gac;439;460
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;;;100;atgf;;;443;474
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;;;tRNA tRNA;intra;;;445;477
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;;;30;atc gca;;;458;483
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;;;2* 31;atc gca;;;460;488
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;;;;;;;;;483;491
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;;;;;;;;;486;494
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;;;;;;;;489;495
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;489;496
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;;intercalaire;;;;;;;490;510
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;;c-;x-;;;;;;501;519
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;;-116;-89;;;;;;503;531
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;;-115;-86;;;;;;504;539
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;;-104;-81;;;;;;509;539
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;;-95;-78;;;;;;510;545
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;-95;-60;;;;;;514;595
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;-91;;;;;;;539;623
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;-86;;;;;;;540;631
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;-64;;;;;;;552;633
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;-62;;;;;;;557;650
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;-61;;;;;;;564;689
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;-61;;;;;;;569;721
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;-58;;;;;;;577;771
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;-56;;;;;;;595;811
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;-56;;;;;;;611;818
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;total;intercalaires;;;;;;618;907
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;211,208;;;;;;626;949
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;ADN long;1,766,028;;;;;;643;1024
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;%;12.0;;;;;;646;1120
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;;;;;650;1133
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;non RNA;6;;;;;;660;1237
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;;;;;680;1318
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;;;;;712;1499
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;;;;;733;1572
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;;;;;811;1976
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;;;;;812;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;827;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;840;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;847;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;848;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;;;;;869;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;;;;;999;
;;;;;;1630;;;;;;;;;;;;;1098;

absp autres intercalaires aas

Lien tableau: absp autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;

Intergen51. absp. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. absp les différents types d'intercalaires.

agr

agr opérons

Lien tableau: agr opérons

59.3%GC;29.12.19 Paris;16s  5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
<comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
>;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
<;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
>;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
>;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*

agr cumuls

Lien tableau: agr cumuls

agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71

agr blocs

Lien tableau: agr blocs

agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;

agr distribution

Lien tableau: agr distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5

agrc données intercalaires

Lien tableau: agrc données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;agrc;long;long
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;c;x;cont;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;410;401
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;;689;2* 249;;41;gac;412;408
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;;585;16s tRNA;;**;gac;412;412
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;;;2* 342;atc;452;gaa;414;413
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;;;tRNA 23s;;**;gaa;414;421
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;;;2* 585;gca;26;gga;418;427
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;;;5s tRNA;;**;tac;428;431
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;;;257;atgf;;;428;432
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;;;287;atgf;;;430;435
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;;;tRNA tRNA;intra;;;432;439
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;;;2* 59;atc gca;;;439;443
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;;;;;;;443;446
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;;;;;;;451;446
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;;;;;;;455;449
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;;CDS-CDS;inf 50;;;;455;449
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;;intercalaire;;;;;464;452
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;c-;x-;;;;465;461
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;-94;-67;;;;465;464
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;-53;;;;;479;467
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;total;intercalaires;;;;480;475
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;332,177;;;;481;482
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;ADN long;2,823,930;;;;481;495
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;%;11.8;;;;481;500
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;;;;;483;522
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;non RNA;28;;;;485;543
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;;;;;493;582
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;;;;;498;599
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;;;;;499;632
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;;;;;508;684
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;;;;;509;706
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;;;;;515;804
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;;;;;527;834
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;;;;;530;871
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;;;;;531;884
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;;;;;535;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;;;;;;;;;540;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;;;;;;;;542;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;;;;;;;;543;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;;;;;;;;;547;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;;;;;;;;;548;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;;;;;550;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;;;;;552;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;;;;;555;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;;;;;556;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;;;;;567;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;;;;;568;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;;;;;597;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;;;;;605;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;;;;;632;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;;;;;645;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;;;;;674;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;;;;;682;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;698;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;749;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;880;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;884;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1046;

agrc autres intercalaires aas

Lien tableau: agrc autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;

Intergen51. agrc. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. agrc les différents types d'intercalaires.

agrl données intercalaires

Lien tableau: agrl données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;agrl;long;long
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;fx;fc
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;;hors bloc;404;403
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;561;714;3* 249;;;793;ggc;407;405
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;2136;;16s tRNA;;**;;atgj;410;416
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;;;3* 342;atc;;;;415;418
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;;;tRNA 23s;;;;;420;423
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;;;3* 585;gca;;;;421;442
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;;;5s tRNA;;;;;429;447
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;;;3* 257;atgf;;;;432;453
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;;;tRNA tRNA;intra;;;;440;462
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;;;3* 59;atc gca;;;;442;462
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;;;;;;;;;;443;466
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;;;;;;;;;;445;477
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;;;;;;;;;;454;479
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;;;;;;;;;;460;487
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;;;;;;;;;;463;489
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;469;496
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;intercalaire;;;;;;;470;510
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;c-;x-;;;;;;476;514
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;-86;néant;;;;;;481;550
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;;;;;;502;555
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;total;intercalaires;;;;;;503;564
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;225,474;;;;;;507;572
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;ADN long;2,148,289;;;;;;516;598
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;%;10.5;;;;;;518;607
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;;;;;;521;639
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;non RNA;6;;;;;;523;663
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;;;;;;528;676
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;;;;;;535;676
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;;;;;;537;683
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;;552;695
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;;;;;;581;706
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;;;;;;598;723
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;;;;;;599;728
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;;;;;;625;754
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;;;;;;631;770
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;;;;;;639;839
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;;;;;;661;894
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;;;;;;794;1022
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;;;;;;797;1035
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;;;;;;908;1371
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;;;;;;1079;1583
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;;;;;;1278;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;;;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;;;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;308;;;;;;;;;;;

agrl autres intercalaires aas

Lien tableau: agrl autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;

Intergen51. agrl. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. agrl les différents types d'intercalaires.

aua

aua opérons

Lien tableau: aua opérons

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
>;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;

aua cumuls

Lien tableau: aua cumuls

aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69

aua blocs

Lien tableau: aua blocs

CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein

aua distribution

Lien tableau: aua distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13

aua données intercalaires

Lien tableau: aua données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
Attention les rRNA sont dans le plasmide pau20rrn uniquement.

chromosome;aua;;;;;;;;;;chromosome;;;;;plasmide;pAU20rrn;;;chromosome;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA hors;;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;CDS-CDS;sup400;sup500;sup500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;intercalaire;aua;long;long;long;long
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;c;aa;fx;fc;fx;fc
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;tRNA tRNA;;hors bloc;CDS 16s;;23s 5s;;409;401;501;507
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;;404;ggc;717;;89;;410;402;502;511
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;44;;atgf;5s CDS;;16s tRNA;;410;403;503;513
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;**;;atgf;;461;240;atc;411;404;504;521
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;51;;cgt;;;tRNA 23s;;413;404;506;530
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;**;;cgt;;;478;gca;416;405;506;532
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;;161;ttc;;;tRNA tRNA;intra;418;411;515;535
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;**;;acc;;;33;atc gca;418;411;518;545
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;128;;gtc;;voir aua autres intercalaires aas;;;419;414;519;570
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;186;;gtc;;tRNA 23s c;se décompose en;;419;416;525;571
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;**;;gtc;;tRNA CDS x;253;*;422;419;529;572
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;140;;gaa;;CDS 23s x;-6;*;425;420;530;587
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;**;;gaa;;;;;427;422;533;602
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;58;;gac;;;;;428;423;536;607
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;;270;gac;chromosome;;;;437;425;538;609
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;**;;gta;CDS-CDS;inf 50;;;437;427;543;612
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;;173;ccg;intercalaire;;;;440;432;554;624
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;**;;caa;c-;x-;;;443;436;555;630
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;132;;ctc;-110;-99;;;445;437;567;631
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;**;;ctc;-104;-80;;;446;445;568;638
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;24;;gga;-103;-71;;;449;446;574;652
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;tac;-83;-64;;;452;448;583;663
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;208;;ggc;-71;-63;;;452;451;588;679
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;ggg;-68;-62;;;452;452;592;680
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;;;;-62;-61;;;456;455;593;681
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;;;;-59;-54;;;456;455;603;688
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;;;;-58;-54;;;457;457;641;696
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;;;;-52;;;;458;460;648;702
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;;;;total;intercalaires;;;463;461;650;710
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;;;;;449,307;;;465;461;656;745
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;;ADN long;3,742,793;;;468;466;669;746
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;;%;12.0;;;469;467;676;776
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;;;;;;470;468;689;779
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;;non RNA;24;;;472;469;701;788
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;;;;;;474;469;718;797
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;;;;;;482;475;721;798
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;;auap;plasmide;;;487;478;728;809
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;;     CDS             216..1028;;;;487;479;731;843
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;;     CDS             4510..4740;;;;495;480;739;895
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;;     CDS             complement(7617..8363);;;;498;481;746;903
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;;     CDS             complement(8651..9109);;;;;487;753;905
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;;     rRNA            complement(1490..1604);;;;;489;762;908
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;;     rRNA            complement(1694..4515);;;;;491;773;964
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;;     rRNA            complement(5420..6899);;;;;492;792;983
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;;     tRNA            complement(4994..5069);;;;;;795;1030
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;     tRNA            complement(5103..5179);;;;;;811;1100
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;;844;1186
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;881;1212
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;909;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;;;;;;;;;;;;920;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;;;;;;;;;;;;966;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;;;;;;;;1037;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1048;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1066;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1075;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1138;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2167;

aua autres intercalaires aas

Lien tableau: aua autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement

deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;;;;;;
autres intercalaires ;;pAU20rrn;plasmide;;;;
deb;;CDS;216;1028;461;*;
;comp;rRNA;1490;1604;89;*;5s
;comp;rRNA;1694;4515;-6;*;23s
;;CDS;4510;4740;253;*;
;comp;tRNA;4994;5069;33;*;gca
;comp;tRNA;5103;5179;240;*;atc
;comp;rRNA;5420;6899;717;*;16s
fin;comp;CDS;7617;8363;287;;
;comp;CDS;8651;9109;502;0;
;;;;;;;
autres intercalaires ;;aua;chromosome;;;;
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;

Intergen51. aua. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. aua les différents types d'intercalaires.

alpha synthèse

Alpha données intercalaires

Lien tableau: Alpha données intercalaires

;Les alpha;rtb;rpl;rpm;rru;oan1;oan2;abq;abqp;abs;absp;;* Autres intercalaires: 1382;;;Ft: 785;Ici: 272;Reste: 331;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;agrc;agrl;aua;pub;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s;CDS 16s x;5s CDS;5s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA contig;tRNA hors c;;tRNA hors c;;tRNA hors x
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;444;330;13;91;;;1;269;1;68;1;98;1;149;1;96;1;9;1;32;4;1;51;rtb;60
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;;457;472;25;114;;;;;1;89;1;100;1;240;1;100;1;30;;;0;2;52;;1051
0;5;0;0;51;115;0;51;115;-1;0;821;;496;486;173;118;;;;;1;116;1;113;1;243;1;257;1;32;;;0;3;54;;
10;8;15;10;489;2286;1;38;297;-2;23;1;;561;585;229;130;;;;;1;118;1;116;1;255;1;287;1;33;;;2;4;57;rpl;49
20;8;11;20;380;1539;2;32;325;-3;1;0;;678;642;236;153;;;;;1;128;1;178;1;256;2;52;2;11;;;0;5;58;;830
30;4;9;30;362;946;3;78;315;-4;153;2719;;714;643;244;153;;;;;1;132;1;240;1;267;2;54;2;11;;;0;6;60;;
40;4;14;40;243;701;4;71;312;-5;0;3;;841;689;250;161;;;;;1;133;2;114;1;270;2;54;2;30;;;0;7;60;agrl;
50;2;12;50;348;620;5;40;235;-6;9;0;;972;714;;173;;;;;1;228;2;114;1;272;2;95;2;31;;;0;8;66;;793
60;6;15;60;375;640;6;57;133;-7;10;35;;1458;734;;183;;;;;1;261;2;116;1;346;2;96;2;59;;;0;9;69;;
70;8;13;70;300;685;7;55;131;-8;27;337;;717;744;;187;;;;;2;119;2;273;1;478;3;257;3;30;;;0;10;70;aua;161
80;13;12;80;308;673;8;24;186;-9;10;1;;1854;779;;193;;;;;2;134;2;273;2;256;3;51;3;59;;;0;11;70;;173
90;6;23;90;261;632;9;45;148;-10;9;30;;2136;999;;461;;;;;2;134;2;342;2;270;;;4;66;;;0;12;74;;270
100;13;19;100;272;661;10;49;204;-11;15;172;;;999;;;;;;;2;194;3;180;2;270;;;;;;;1;13;76;;404
110;8;15;110;272;555;11;36;226;-12;10;0;;;1026;;;;;;;2;194;3;342;2;272;;;;;;;0;14;81;;
120;5;14;120;235;563;12;43;231;-13;7;43;;;1193;;;;;;;2;249;;;2;585;;;;;;;2;15;95;;
130;8;21;130;225;540;13;38;200;-14;15;106;;;;;;;;;;3;249;;;3;347;;;;;;;1;16;99;;
140;14;24;140;236;527;14;25;190;-15;5;2;;16s CDS;CDS 5s;23s CDS;23s CDS x;CDS 23s;CDS 23s x;;;;;;;3;585;;;;;;;0;17;99;;
150;8;23;150;250;495;15;46;133;-16;6;17;;-3;52;446;151;736;;;;;;;;;;;;;;;;1;18;105;;
160;10;16;160;214;455;16;39;131;-17;15;69;;1463;;;151;719;;;;;;;;;;;;;;;;0;19;109;;
170;12;20;170;251;416;17;31;114;-18;10;2;;2466;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;20;109;;
180;12;15;180;188;341;18;42;107;-19;7;16;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;21;117;;
190;10;5;190;206;327;19;51;112;-20;15;55;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;22;128;;
200;9;10;200;193;318;20;29;95;-21;2;2;;15;16;8;14;2;55;1;;24;;24;;26;;20;;24;;1;120;1;23;132;;
210;11;7;210;186;251;21;61;102;-22;2;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;24;132;;
220;13;8;220;184;263;22;56;95;-23;12;38;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;25;132;;
230;5;4;230;156;221;23;32;90;-24;5;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;26;140;;
240;6;12;240;152;214;24;44;96;-25;5;11;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;27;146;;
250;7;9;250;147;200;25;36;101;-26;10;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;28;153;;
260;4;3;260;129;156;26;20;102;-27;3;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;29;157;;
270;5;10;270;160;156;27;36;90;-28;4;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;30;163;;
280;1;4;280;125;106;28;32;91;-29;13;23;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;31;164;;
290;3;6;290;107;95;29;14;92;-30;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;32;165;;
300;7;5;300;104;106;30;31;87;-31;7;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;33;165;;
310;3;3;310;101;108;31;16;83;-32;7;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;272;2;34;186;;
320;4;3;320;94;79;32;23;77;-33;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;35;202;;
330;4;0;330;83;74;33;29;81;-34;1;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;36;205;;
340;3;1;340;82;75;34;22;70;-35;5;11;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;37;206;;
350;3;5;350;80;56;35;22;69;-36;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;38;208;;
360;6;3;360;59;51;36;24;68;-37;3;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;39;214;;
370;9;4;370;64;74;37;31;67;-38;6;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;40;219;;
380;3;1;380;44;47;38;26;61;-39;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;41;220;;
390;5;4;390;45;55;39;26;63;-40;3;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;42;245;;
400;2;3;400;59;40;40;24;62;-41;8;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;43;373;;
reste;41;66;reste;899;823;reste;7194;11698;-42;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;97;3;44;452;;
;318;467;total;8719;17285;total;8719;17285;-43;3;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;;;
;;;diagr;;;diagr;;;-44;3;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;46;;;
;20;35; t30;1231;4771;;148;937;-45;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;47;;;
;6,3;7,5;;14,1;27,6;;;;-46;5;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;9;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;49;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;50;;;
;;x;8668;544;51;9263;;;-49;7;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;;;;
;;c;17170;4755;115;22040;;;-50;4;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;;44;;
;;;;;;31303;1382;;reste;60;104;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;32685;;total;544;4755;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

Alpha données intercalaires 200

Lien tableau: Alpha données intercalaires 200; fc+400

total;1803;1565;921;1570;873;1466;1040;;1517;914;601;527;1847;2136;505
gen;aua;abq;abqp;abs;absp;agrc;agrl;;oan1;oan2;pub;rpl;rpm;rru;rtb
0;0;4;2;6;0;3;2;;9;1;58;5;9;12;4
1;32;13;10;12;8;26;25;;24;26;52;8;30;21;10
2;24;15;10;18;9;20;19;;45;23;57;10;36;32;7
3;36;20;10;20;16;32;18;;30;18;37;9;23;38;8
4;33;26;10;21;10;26;24;;22;17;25;11;31;43;13
5;32;24;7;24;7;11;12;;21;14;26;4;22;29;2
6;13;12;8;9;3;14;8;;12;4;14;4;8;19;5
7;11;15;8;14;7;8;10;;10;8;12;3;11;11;3
8;17;16;7;17;11;6;11;;20;15;13;6;18;22;7
9;12;8;6;11;5;13;8;;14;12;12;6;20;14;7
10;20;21;6;21;11;17;16;;28;22;8;3;14;15;2
11;22;17;14;20;7;25;14;;16;26;5;3;18;34;5
12;31;14;6;13;6;28;20;;16;19;7;7;29;30;5
13;12;22;15;23;14;10;20;;15;12;6;3;19;26;3
14;13;21;12;15;15;17;10;;19;10;10;2;16;26;4
15;8;14;5;17;3;13;9;;13;6;2;3;22;13;5
16;5;14;10;9;9;13;10;;9;6;3;4;21;13;5
17;14;8;6;6;6;11;13;;9;3;3;2;16;16;1
18;6;7;9;6;10;4;15;;12;4;6;4;12;9;3
19;6;13;6;13;7;10;11;;4;8;4;4;13;10;3
20;10;8;2;12;4;11;4;;6;10;5;3;5;12;3
21;9;8;8;5;6;13;4;;10;6;4;5;17;5;2
22;15;8;5;7;3;6;8;;6;5;4;1;13;12;2
23;11;3;5;7;5;8;7;;11;7;3;1;11;11;0
24;7;9;6;11;3;5;5;;6;7;5;6;13;9;4
25;13;11;6;11;9;4;6;;5;1;2;3;11;16;3
26;12;13;8;9;9;9;6;;4;9;3;1;9;8;2
27;10;11;7;10;8;7;4;;6;4;2;0;8;13;0
28;5;8;7;12;8;4;5;;6;1;2;1;14;16;2
29;8;8;7;9;4;6;7;;9;3;3;0;12;14;2
30;6;11;5;8;4;7;11;;7;6;2;1;8;11;0
31;8;11;9;11;3;10;5;;3;4;3;0;7;9;0
32;9;5;7;7;3;3;4;;4;4;5;4;10;10;2
33;4;8;5;10;3;9;1;;8;7;1;3;12;7;3
34;6;6;4;5;7;8;3;;9;3;2;2;4;11;0
35;6;7;11;6;8;2;5;;6;5;4;0;4;4;1
36;1;9;5;5;4;9;3;;2;9;4;0;9;7;1
37;2;5;1;8;3;5;8;;3;6;3;1;10;10;2
38;7;3;8;8;5;1;5;;9;3;1;0;5;6;0
39;6;4;5;10;6;3;0;;1;6;4;1;6;9;2
40;9;7;5;6;2;6;0;;3;2;3;0;7;10;2
41;6;10;4;5;4;3;5;;9;5;4;1;6;8;0
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282;1;0;0;1;0;1;2;;1;0;0;0;1;2;0
283;3;0;0;2;1;0;0;;0;1;0;0;0;2;0
284;3;0;1;2;0;1;0;;0;0;0;0;2;2;0
285;0;0;0;1;1;0;0;;0;2;0;0;3;1;0
286;0;0;0;1;0;1;0;;2;0;0;0;1;3;2
287;4;0;2;0;1;0;0;;0;1;0;0;5;0;0
288;2;0;2;1;0;4;1;;1;1;0;0;0;3;0
289;5;1;0;0;0;0;0;;1;1;0;0;0;1;0
290;1;1;0;0;0;0;2;;0;0;0;0;0;0;0
291;0;1;2;1;1;3;0;;3;0;0;0;2;2;0
292;1;0;2;0;0;0;0;;4;1;0;0;2;0;0
293;0;2;0;1;0;2;0;;1;0;0;0;0;2;0
294;1;1;0;0;0;2;2;;0;0;0;0;2;1;1
295;1;0;0;1;1;1;2;;1;0;0;0;0;2;0
296;1;2;0;2;0;1;2;;1;0;0;0;2;2;0
297;0;0;1;0;1;1;1;;2;0;0;0;0;1;0
298;3;1;0;1;2;2;2;;2;0;0;0;1;1;0
299;1;1;1;1;0;2;1;;2;1;0;0;1;1;0
300;1;0;0;0;0;2;1;;1;1;0;0;1;0;0
301;3;1;1;0;0;0;2;;4;1;0;1;2;1;1
302;1;1;0;3;0;2;0;;1;1;0;0;2;3;0
303;3;0;0;1;0;0;0;;0;0;0;0;2;2;0
304;0;1;0;1;0;2;1;;1;0;0;0;1;0;0
305;0;0;1;0;0;1;1;;1;0;0;0;1;6;0
306;2;2;0;2;0;1;0;;3;1;0;0;1;0;0
307;1;3;0;0;0;4;1;;1;0;0;0;0;0;0
308;2;0;1;0;1;0;0;;0;0;0;1;1;1;0
309;1;0;0;2;0;0;0;;1;3;0;1;1;2;0
310;1;1;1;1;2;0;0;;0;1;0;0;1;3;0
311;2;0;0;0;0;0;1;;1;1;0;0;2;1;0
312;1;0;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;1;0;0
313;0;1;0;0;1;1;1;;1;0;0;0;0;0;1
314;1;1;0;2;0;0;1;;1;1;0;1;0;0;0
315;1;0;0;0;0;0;0;;0;1;0;1;2;2;0
316;1;1;0;1;0;0;0;;0;1;0;0;1;1;0
317;0;0;2;0;1;1;0;;0;1;1;1;0;1;1
318;0;0;0;1;0;0;0;;1;0;1;0;0;1;0
319;2;2;0;3;0;0;1;;1;0;0;0;2;2;0
320;4;2;1;2;1;0;1;;0;2;0;0;1;0;1
321;1;1;0;1;0;1;0;;2;0;0;0;2;0;0
322;0;1;0;0;0;0;1;;1;1;0;0;2;2;1
323;0;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;3;2;1
324;1;0;1;0;0;1;1;;3;0;0;0;0;0;0
325;0;0;1;1;0;0;0;;2;1;0;0;1;1;0
326;3;0;0;0;0;2;1;;2;0;0;0;3;0;0
327;1;0;0;0;0;2;0;;0;0;0;1;0;0;0
328;1;1;0;0;1;0;0;;2;1;0;0;1;0;0
329;0;0;1;1;0;0;0;;1;0;0;0;0;1;0
330;3;2;3;0;1;0;0;;1;1;0;0;0;0;0
331;1;2;0;1;1;0;1;;2;1;0;0;1;2;0
332;0;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;1;2;1
333;0;0;1;0;1;1;1;;3;1;0;0;2;0;0
334;2;0;1;1;2;1;0;;1;1;0;0;1;1;0
335;0;0;0;0;0;1;1;;0;0;0;0;0;1;0
336;0;0;1;0;1;2;0;;2;0;0;0;1;2;0
337;0;0;2;0;0;0;0;;3;0;0;0;1;1;0
338;0;1;0;0;0;1;1;;1;1;0;0;0;0;0
339;2;0;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;1;2;0
340;1;0;1;0;2;0;1;;1;1;0;0;0;1;0
341;0;0;0;0;0;0;0;;3;0;0;0;0;2;1
342;0;0;0;0;0;0;0;;2;1;0;0;2;0;0
343;3;1;0;0;1;1;0;;1;0;0;1;1;0;0
344;0;0;0;0;0;0;0;;4;0;0;0;0;1;0
345;1;0;0;0;0;2;0;;2;0;0;0;1;2;1
346;0;1;0;0;0;0;1;;0;0;0;1;0;0;0
347;1;0;0;1;0;1;0;;2;0;0;1;2;0;0
348;1;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;2;1;0
349;0;1;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;0;0;0
350;0;0;0;1;0;1;0;;1;0;0;1;0;1;0
351;0;1;0;2;0;0;0;;1;0;0;0;1;0;0
352;0;0;1;0;1;1;1;;0;1;0;0;1;0;1
353;1;0;0;0;0;0;0;;0;1;0;0;1;1;0
354;1;0;1;0;1;1;0;;0;0;0;0;0;0;0
355;1;0;0;0;0;0;1;;1;0;0;0;1;0;0
356;2;1;0;1;0;0;0;;1;0;0;1;0;0;0
357;0;0;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;1;0;0
358;2;1;0;0;0;1;0;;1;0;0;0;1;0;0
359;1;0;0;1;1;1;0;;1;1;0;0;1;0;1
360;0;0;0;1;0;0;0;;0;1;0;0;1;2;0
361;0;0;1;0;0;0;0;;0;0;0;1;1;0;0
362;1;2;0;1;1;2;1;;1;0;0;1;0;0;0
363;1;0;0;0;0;0;0;;1;1;0;0;2;0;0
364;0;1;0;0;0;0;1;;0;2;0;0;1;0;1
365;0;1;1;1;0;1;0;;0;0;0;1;2;0;0
366;1;1;0;1;0;1;1;;0;0;0;0;0;0;0
367;0;2;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;2;4;0
368;0;0;0;2;0;1;2;;3;0;0;0;0;2;1
369;2;2;1;2;1;0;0;;1;0;0;0;0;2;0
370;0;0;0;0;2;0;1;;1;0;0;1;1;2;0
371;0;0;0;0;0;1;2;;1;0;0;1;0;0;0
372;0;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;2;0;0
373;0;0;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;1;1;0
374;0;1;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;0;1;0
375;2;0;1;1;0;1;0;;0;0;0;0;0;2;0
376;2;0;0;1;0;0;0;;2;0;0;0;1;0;0
377;0;0;0;0;0;1;1;;1;1;0;0;0;1;0
378;0;0;0;0;0;1;1;;0;0;0;0;0;1;0
379;1;1;0;1;1;0;2;;3;1;0;0;1;0;0
380;0;0;0;0;0;1;0;;1;0;0;0;0;0;0
381;1;1;1;0;0;0;0;;0;1;0;0;0;0;0
382;0;0;0;0;0;3;0;;0;1;0;1;0;1;0
383;1;1;1;0;0;3;0;;1;0;0;0;1;0;0
384;2;0;0;1;0;0;0;;0;0;0;0;0;0;0
385;0;2;0;0;0;0;0;;0;1;0;0;2;1;0
386;0;0;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;1;0;0
387;1;1;0;0;0;1;1;;0;0;0;0;2;0;0
388;0;1;0;0;0;0;1;;1;1;0;0;1;1;0
389;2;0;0;0;0;2;0;;2;0;0;0;0;2;0
390;0;1;1;1;0;0;0;;0;1;0;0;1;0;1
391;0;0;0;0;1;1;0;;1;0;0;0;2;1;0
392;1;0;0;0;0;0;1;;0;0;0;0;0;0;1
393;0;0;0;0;0;0;0;;1;1;0;0;1;0;0
394;0;1;0;1;0;2;0;;0;0;0;0;0;1;0
395;0;1;0;1;0;0;1;;2;0;0;0;0;0;0
396;0;0;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;0;0;0
397;0;0;0;1;1;1;0;;1;0;0;0;1;0;0
398;0;0;0;0;0;1;0;;1;0;0;0;0;0;0
399;0;1;0;0;0;0;0;;2;0;0;0;0;1;1
400;0;1;0;1;0;0;1;;0;0;0;0;0;1;1
;;;;;;;;;;;;;;;
;1711;1504;873;1509;829;1429;997;;1438;881;539;420;1762;2054;401

alpha distribution par génome

Lien tableau: alpha distribution par génome

alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518

alpha distribution du total

Lien tableau: alpha distribution du total

alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83

alpha distribution par type

Lien tableau: alpha distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;

alpha par rapport au groupe de référence

Lien tableau: alpha par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38

alpha, estimation des -rRNAs

Lien tableau: alpha, estimation des -rRNAs

alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est  19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959

cvi

cvi opérons

Lien tableau: cvi opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s  8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;

cvi blocs

Lien tableau: cvi blocs

cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;

cvi distribution

Lien tableau: cvi distribution

beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;

cvi données intercalaires

Lien tableau: cvi données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;cvi;Sup 400;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;403;402;605;502
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;127;;6;ttc;51;ctg;405;405;621;504
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;7* 124;;**;ttc;33;ctg;405;406;645;505
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;5s 5s;;6;agc;57;ctg;405;406;651;507
0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;89;;3;cgt;**;ctg;405;406;653;510
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;16s tRNA;;**;gaa;61;acg;409;411;654;514
2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;5s CDS;;6* 182;atc;3;gaa;78;ccg;411;412;665;515
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;280;137;2* 82;atc;7;cgt;**;ccg;418;414;669;516
1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;189;154;tRNA 23s;;5;gaa;35;atgj;419;415;694;521
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;415;101;3* 254;gca;**;cgt;**;atgj;420;415;717;528
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;213;206;5* 253;gca;23;ggc;24;acc;421;421;726;530
2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;;;tRNA tRNA;intra;22;ggc;52;gga;421;421;727;531
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;;;6* 86;atc gca;24;ggc;**;tac;422;427;729;541
0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;;;2* 12;atc gca;29;ggc;38;aaa;424;427;733;545
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;;;;;45;ggc;35;aag;428;430;742;546
0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;;;;;**;tgc;28;aaa;428;430;767;554
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;;;;;32;aac;37;aag;431;431;787;556
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;;;;;31;aac;**;aaa;432;432;791;561
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;;;;;**;aac;;;433;433;793;567
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;;;;;53;tcc;;;434;437;799;570
0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;;CDS-CDS;inf 50;;**;tcc;;;436;437;809;572
1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;;intercalaire;;;26;cac;;;437;438;811;578
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;;c-;x-;;45;cac;;;437;439;838;602
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;;-97;-102;;27;cac;;;441;443;865;613
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;;-94;-80;;18;aga;;;442;443;888;629
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;;-73;-61;;**;cca;;;443;444;900;634
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;;-71;-59;;7;gac;;;445;447;902;655
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;;;-57;;**;gta;;;450;451;905;661
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;;;-56;;8;gcc;;;457;451;1068;662
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;;;;;11;gaa;;;458;467;1148;673
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;;total;intercalaires;;**;gcc;;;458;469;1165;674
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;;;481,477;;12;gta;;;461;475;1253;687
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;;ADN long;4,751,080;;26;gac;;;465;477;1309;688
0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;;%;10.1;;12;gta;;;465;482;1977;689
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;;;;;26;gac;;;470;482;;698
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;;non RNA;36;;12;gta;;;472;486;;698
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;;;;;26;gac;;;476;487;;699
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;;;;;12;gta;;;476;490;;699
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;;;;;27;gac;;;479;500;;705
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;;;;;6;gta;;;505;;;710
0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;;;;;27;gac;;;508;;;722
3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;;;;;6;gtg;;;508;;;723
26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;;;;;**;gac;;;509;;;736
23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;;;;;;;;;510;;;751
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;;;;;;;;;517;;;759
;;;;;;;;-46;0;0;10;;;;;;;;;;520;;;771
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;;;;;;;;;524;;;796
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;;;;;;;;;536;;;819
;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;;;;;;;;;541;;;858
;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;;;;;;;;;560;;;968
;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;;;;;;;;;562;;;984
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;;;;569;;;1004
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;579;;;1098
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;594;;;1187
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;596;;;1220

cvi autres intercalaires aas

Lien tableau: cvi autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;cvi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;242272;242931;116;*;
;;regulatory;243048;243195;76;*;
fin;;CDS;243272;245170;;;
deb;comp;CDS;419401;420717;506;*;
;;rRNA;421224;422759;182;*;16s
;;tRNA;422942;423018;86;*;atc
;;tRNA;423105;423180;253;*;gca
;;rRNA;423434;426322;127;*;23s
;;rRNA;426450;426564;137;*;5s
fin;comp;CDS;426702;427856;;;
deb;;CDS;500524;501741;447;*;
;;rRNA;502189;503724;82;*;16s
;;tRNA;503807;503883;12;*;atc
;;tRNA;503896;503971;254;*;gca
;;rRNA;504226;507114;124;*;23s
;;rRNA;507239;507353;280;*;5s
fin;;CDS;507634;508074;;;
deb;comp;CDS;521304;522338;119;*;
;;regulatory;522458;522723;124;*;
fin;;CDS;522848;524695;;;
deb;;CDS;526333;526644;31;*;
;;ncRNA;526676;526859;12;*;
fin;;CDS;526872;527483;;;
deb;comp;CDS;578634;581798;106;*;
;;ncRNA;581905;582364;130;*;
fin;;CDS;582495;583553;;;
deb;comp;CDS;680663;681856;177;*;
;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg
fin;comp;CDS;682177;684003;;1;
deb;comp;CDS;758940;759671;152;*;
;;tRNA;759824;759908;57;*;tac
fin;comp;CDS;759966;760805;;;
deb;comp;CDS;877002;877916;858;*;
;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg
fin;comp;CDS;878869;879849;;0;
deb;;CDS;952811;955105;49;*;
;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg
fin;;CDS;955560;956537;;;
deb;;CDS;975236;975592;19;*;
;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc
fin;;CDS;975788;976144;;;
deb;comp;CDS;996781;998367;89;*;
;;regulatory;998457;998548;72;*;
fin;;CDS;998621;1000021;;;
deb;;CDS;1006022;1006666;155;*;
;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc
;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc
fin;comp;CDS;1007031;1008230;;;
deb;;CDS;1057229;1058455;62;*;
;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc
;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt
;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa
deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*;
;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa
;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt
;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa
;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt
fin;;CDS;1062106;1063701;;1;
deb;;CDS;1153105;1153656;370;*;
;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s
;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc
;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca
;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s
;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s
fin;;CDS;1159555;1160445;;0;
deb;;CDS;1262223;1263365;190;*;
;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg
fin;comp;CDS;1263766;1264999;;;
deb;;CDS;1272648;1273274;435;*;
;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf
fin;comp;CDS;1273967;1274848;;;
deb;;CDS;1292860;1293150;191;*;
;;rpr;1293342;1295116;324;*;
fin;;CDS;1295441;1297966;;;
deb;;CDS;1376752;1377333;101;*;
;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc
;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc
;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc
;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc
;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc
;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc
fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1;
deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*;
;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta
fin;;CDS;1387278;1387724;;;
deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*;
;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc
fin;;CDS;1420344;1422245;;;
deb;;CDS;1427387;1427740;30;*;
;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc
fin;;CDS;1428052;1428429;;;
deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*;
;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac
;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac
;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac
fin;;CDS;1433746;1434780;;;
deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*;
;;rpr;1452712;1454024;105;*;
fin;comp;CDS;1454130;1454693;;;
deb;;CDS;1458879;1461128;179;*;
;;rpr;1461308;1462500;144;*;
fin;;CDS;1462645;1463904;;;
deb;;CDS;1644076;1646388;439;*;
;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s
;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc
;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca
;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s
;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s
;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s
fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0;
deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*;
;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*;
fin;comp;CDS;1690745;1691731;;;
deb;;CDS;1744930;1746057;59;*;
;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc
;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc
fin;;CDS;1746712;1748223;;;
deb;;CDS;1786722;1786937;25;*;
;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other
fin;;CDS;1787071;1788270;;;
deb;;CDS;1899096;1900754;223;*;
;;rpr;1900978;1902570;157;*;
fin;comp;CDS;1902728;1903315;;;
deb;;CDS;1975805;1978750;93;*;
;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac
fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0;
deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*;
;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac
;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac
;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac
;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga
;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca
fin;;CDS;2095095;2095946;;;
deb;;CDS;2186305;2186922;69;*;
;;tmRNA;2186992;2187356;205;*;
fin;;CDS;2187562;2187735;;;
deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*;
;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*;
;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*;
fin;comp;CDS;2193653;2196067;;;
deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*;
;;ncRNA;2338135;2338209;0;*;
fin;;CDS;2338210;2338812;;;
deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*;
;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca
fin;comp;CDS;2511759;2513429;;;
deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*;
;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*;
fin;;CDS;2561022;2562185;;;
deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*;
;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac
;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta
fin;comp;CDS;2747507;2747776;;;
deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*;
;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta
fin;comp;CDS;2853376;2857686;;;
deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*;
;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca
fin;;CDS;3187569;3188321;;0;
deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*;
;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc
fin;comp;CDS;3257589;3259631;;;
deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*;
;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc
;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa
;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc
fin;comp;CDS;3262599;3263309;;;
deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*;
;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s
;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s
;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca
;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc
;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s
fin;comp;CDS;3377082;3377729;;;
deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*;
;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*;
fin;;CDS;3448608;3450053;;;
deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*;
;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta
;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac
;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta
;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac
;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta
;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac
;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta
;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac
;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta
;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac
;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg
;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac
fin;;CDS;3474097;3475629;;;
deb;;CDS;3621600;3622121;170;*;
;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg
fin;;CDS;3622421;3624571;;0;
deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*;
;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*;
;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*;
fin;comp;CDS;3728534;3729817;;;
deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*;
;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s
;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s
;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca
;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc
;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s
deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*;
;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg
;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg
;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg
;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg
fin;comp;CDS;3829976;3831349;;;
deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*;
;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg
;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg
;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg
fin;;CDS;3855646;3856641;;;
deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*;
;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi
fin;comp;CDS;4060005;4061936;;;
deb;;CDS;4244169;4244489;101;*;
;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s
;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s
;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca
;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc
;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s
fin;;CDS;4250379;4251968;;;
deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*;
;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf
fin;comp;CDS;4325946;4326557;;;
deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*;
;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa
fin;comp;CDS;4389349;4390203;;;
deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*;
;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg
fin;comp;CDS;4402419;4404281;;;
deb;;CDS;4433423;4433923;206;*;
;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s
;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s
;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca
;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc
;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s
fin;;CDS;4439859;4440494;;0;
deb;;CDS;4472951;4474108;87;*;
;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj
;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj
fin;;CDS;4474510;4474914;;;
deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*;
;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc
fin;comp;CDS;4529870;4530565;;;
deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*;
;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg
deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*;
;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc
;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga
;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac
fin;comp;CDS;4533819;4534070;;;
deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*;
;;regulatory;4551002;4551150;131;*;
fin;;CDS;4551282;4551914;;;
deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*;
;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa
;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag
;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa
;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag
;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa
fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0;

Intergen51. cvi. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. cvi les différents types d'intercalaires.

cvi intercalaires positifs S+

Lien tableau: cvi intercalaires positifs S+
Tableaux

cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, t30 t70.
Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.

;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0
370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0
390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687

cvi par rapport au groupe de référence

Lien tableau: cvi par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;

beta, estimation des -rRNAs

Lien tableau: beta, estimation des -rRNAs

44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est  52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281

cvi remarques

Lien tableau: cvi remarques
code génétique cvi

cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1

ade

ade opérons

Lien tableau: ade opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s  2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;

ade blocs

Lien tableau: ade blocs

ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558

ade distribution

Lien tableau: ade distribution

delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;

ade données intercalaires

Lien tableau: ade données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;ade;Sup 400;Sup 400;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long;long
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fx;fc;fc
0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;501;401;551
0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;2* 152;;6;gac;403;501;404;552
0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;16s tRNA;;**;gta;403;504;406;557
0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;5s CDS;;2* 187;atc;60;cag;404;505;408;563
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;167;75;tRNA 23s;;**;gag;409;509;410;570
0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;;;2* 194;gca;22;acc;414;513;417;589
0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;;;tRNA tRNA;intra;63;gga;417;513;418;589
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;;;2* 22;atc gca;46;tac;422;519;430;598
0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;;;;;**;aca;433;522;431;600
0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;;;;;248;aag;433;523;432;604
2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;;;;;142;aga;436;525;432;607
2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;;;;;18;cac;437;535;437;610
1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;;;;;134;cga;438;538;438;616
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;;;;;**;cca;440;545;441;617
0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;;;;;278;tcc;442;556;447;628
0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;;;;;**;tcg;455;557;447;643
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;;;;;27;tca;456;559;450;649
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;;;;;73;agc;458;568;454;660
0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;;;;;**;cgt;465;580;454;676
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;;;;;;;470;589;456;689
1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;;;;;;;473;591;458;697
0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;;CDS-CDS;inf 50;;;;474;605;459;704
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;;intercalaire;;;;;476;607;461;715
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;;c-;x-;;;;480;615;468;719
0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;;-109;-116;;;;482;627;468;731
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;;-106;-110;;;;482;641;469;741
0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;;-100;-109;;;;485;730;469;788
0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;;-68;-107;;;;488;732;470;793
0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;;-68;-104;;;;493;749;472;834
0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;;-67;-101;;;;496;807;473;900
0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;;-61;-98;;;;496;817;502;917
0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;;-61;-86;;;;500;821;505;963
0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;-55;-82;;;;;849;507;1014
0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;-79;;;;;860;511;1080
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;-74;;;;;984;529;1119
0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;-67;;;;;1080;533;1160
0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;-65;;;;;1915;534;1388
0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;-65;;;;;;535;1774
0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;-59;;;;;;539;
0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;;;;;;;539;
0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;total;intercalaires;;;;;;548;
1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;;445,108;;;;;;549;
22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;ADN long;5,029,329;;;;;;;
21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;%;8.9;;;;;;;
0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;non RNA;16;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;
;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4569;;total;103;712;;;;;;;;;;;;

ade autres intercalaires aas

Lien tableau: ade autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;ade;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;7060;8055;91;*;
;;tRNA;8147;8220;44;*;caa
fin;;CDS;8265;8786;;;
deb;;CDS;20441;20881;158;*;
;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc
fin;comp;CDS;21333;22034;;;
deb;comp;CDS;432722;433183;119;*;
;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg
fin;comp;CDS;433458;435416;;0;
deb;comp;CDS;664814;666052;456;*;
;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac
;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta
fin;;CDS;666824;669520;;0;
deb;comp;CDS;691951;692988;157;*;
;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg
fin;;CDS;693563;694450;;0;
deb;;CDS;849021;851429;53;*;
;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi
fin;;CDS;851592;852335;;;
deb;;CDS;883315;883644;64;*;
;;rpr;883709;886604;98;*;
fin;comp;CDS;886703;887395;;;
deb;comp;CDS;887392;888668;77;*;
;;rpr;888746;892491;95;*;
fin;;CDS;892587;893286;;;
deb;;CDS;1055941;1057242;68;*;
;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg
fin;;CDS;1057492;1059753;;;
deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*;
;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc
fin;comp;CDS;1306401;1306958;;;
deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*;
;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*;
fin;;CDS;1312542;1313453;;0;
deb;;CDS;1441648;1442364;14;*;
;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc
fin;;CDS;1442562;1443500;;0;
deb;;CDS;1492304;1494853;691;*;
;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s
;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc
;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca
;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s
;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s
fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0;
deb;;CDS;1508769;1509182;3;*;
;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag
;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag
fin;comp;CDS;1509525;1511858;;;
deb;;CDS;1690794;1691075;9;*;
;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc
fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0;
deb;;CDS;1818424;1819266;110;*;
;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf
fin;;CDS;1819507;1820262;;;
deb;;CDS;1968293;1969147;141;*;
;;regulatory;1969289;1969371;108;*;
fin;;CDS;1969480;1970796;;;
deb;;CDS;2235017;2235631;38;*;
;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc
fin;;CDS;2235819;2237771;;;
deb;;CDS;2313926;2314942;38;*;
;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga
fin;comp;CDS;2315172;2317013;;;
deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*;
;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj
fin;;CDS;2337327;2339093;;;
deb;;CDS;2375620;2375955;53;*;
;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg
fin;;CDS;2376518;2377108;;;
deb;;CDS;2429105;2429527;190;*;
;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg
fin;;CDS;2429902;2430240;;0;
deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*;
;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg
fin;comp;CDS;2624033;2624191;;;
deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*;
;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc
;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga
;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac
;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca
fin;comp;CDS;2626004;2626774;;;
deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*;
;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg
fin;;CDS;2653636;2654361;;0;
deb;;CDS;2680375;2680698;91;*;
;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc
fin;comp;CDS;2680982;2681350;;;
deb;;CDS;2747439;2747711;94;*;
;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg
fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0;
deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*;
;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac
fin;;CDS;3029307;3029750;;;
deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*;
;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s
;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s
;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca
;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc
;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s
fin;comp;CDS;3082199;3082876;;;
deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*;
;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa
fin;comp;CDS;3144664;3145676;;;
deb;;CDS;3155946;3156653;78;*;
;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa
fin;;CDS;3157499;3158125;;;
deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*;
;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg
fin;;CDS;3254194;3254382;;;
deb;;CDS;3372825;3372986;107;*;
;;tmRNA;3373094;3373444;219;*;
fin;;CDS;3373664;3374548;;;
deb;;CDS;3793550;3793769;226;*;
;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg
fin;comp;CDS;3794456;3795775;;;
deb;;CDS;3805030;3806052;111;*;
;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta
fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0;
deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*;
;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta
fin;;CDS;3915853;3916260;;1;
deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*;
;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag
;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga
;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac
;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga
;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca
fin;comp;CDS;3921231;3921950;;;
deb;;CDS;4031625;4031963;149;*;
;;regulatory;4032113;4032269;67;*;
fin;;CDS;4032337;4034331;;;
deb;;CDS;4120462;4121640;34;*;
;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc
fin;;CDS;4121996;4123084;;0;
deb;;CDS;4164508;4166256;430;*;
;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*;
fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0;
deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*;
;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*;
;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc
;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg
fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0;
deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*;
;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca
;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc
;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt
fin;;CDS;4457526;4459313;;;

Intergen51. ade. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. ade les différents types d'intercalaires.

ade intercalaires positifs S+

Lien tableau: ade intercalaires positifs S+
Tableaux

Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, t30 t50.
Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.

;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713

ade par rapport au groupe de référence

Lien tableau: ade par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;

delta, estimation des -rRNAs

Lien tableau: delta, estimation des -rRNAs

delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est  22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670

ade remarques

Lien tableau: ade remarques
code génétique ade

ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

epsilon

Arcobacter nitrofigilis DSM 7299

ant opérons

Lien tableau: ant opérons
notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*

ant cumuls

Lien tableau: ant cumuls
Notes: * pour les jaunes

ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132

ant blocs

Lien tableau: ant blocs

Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;

ant remarques

ant distribution

Lien tableau: ant distribution
Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double.

distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55

ant données intercalaires

Lien tableau: ant données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;ant;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;402
1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;3* 202;;10;cca;405;415
1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;223;;16;cac;443;454
;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;16s tRNA;;61;aga;445;455
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;5s CDS;;4* 111;atc;96;cta;450;460
;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;;354;tRNA 23s;;**;atgf;459;482
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;;231;2* 301;gca;5;ttc;478;496
;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;;;300;gca;**;tac;526;502
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;;;273;gca;16;gac;551;509
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;;;5s tRNA;;3;gta;596;513
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;;;167;acc;31;gaa;613;520
;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;;;173;acc;8;aaa;628;532
1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;;;tRNA tRNA;intra;22;gac;642;562
;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;;;4* 19;atc gca;3;gta;672;575
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;;;;;42;gaa;712;583
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;;;;;**;aaa;739;587
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;;;;;12;atgf;776;612
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;;;;;**;caa;850;617
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;;CDS-CDS;inf 50;;33;aac;947;625
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;;intercalaire;;;**;aac;984;649
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;;c-;x-;;81;tcc;1028;702
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;-71;-79;;39;gga;1181;772
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;-65;;;15;atgi;;773
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;-59;;;**;agc;;783
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;-56;;;45;tgc;;789
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;-55;;;16;tca;;848
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;-53;;;**;tta;;863
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;total;intercalaires;;8;gga;;916
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;203,179;;69;tac;;924
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;ADN long;3,192,235;;21;aca;;
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;%;6.4;;**;ttc;;
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;;16;caa;;
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;non RNA;8;;7;tta;;
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;;14;gga;;
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;;16;aaa;;
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;;14;atgf;;
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;12;atgj;;
;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;;30;aca;;
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;;**;tca;;
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;
;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;;;;
6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;;;;
6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;;;;
2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;;;;

ant autres intercalaires aas

Lien tableau: ant autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;ant;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;167574;168434;66;*;
;;tRNA;168501;168577;447;*;cga
fin;;CDS;169025;169261;;;
deb;;CDS;237275;237622;305;*;
;;rRNA;237928;239444;111;*;16s
;;tRNA;239556;239632;19;*;atc
;;tRNA;239652;239727;301;*;gca
;;rRNA;240029;242945;202;*;23s
;;rRNA;243148;243263;354;*;5s
fin;comp;CDS;243618;244301;;;
deb;comp;CDS;302333;303160;155;*;
;;tRNA;303316;303393;10;*;cca
;;tRNA;303404;303480;16;*;cac
;;tRNA;303497;303573;61;*;aga
;;tRNA;303635;303719;96;*;cta
;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf
fin;;CDS;303963;304103;;0;
deb;;CDS;316375;317343;110;*;
;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf
fin;;CDS;317640;318416;;;
deb;comp;CDS;373519;375741;120;*;
;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc
;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac
fin;comp;CDS;376093;376725;;;
deb;;CDS;597419;598486;47;*;
;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg
fin;;CDS;598827;600107;;;
deb;comp;CDS;751446;752990;73;*;
;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac
;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta
;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa
;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa
;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac
;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta
;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa
;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa
fin;comp;CDS;753837;754343;;;
deb;comp;CDS;833388;833978;142;*;
;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc
fin;comp;CDS;834298;836409;;0;
deb;;CDS;1445917;1449822;93;*;
;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa
fin;;CDS;1450262;1450510;;;
deb;;CDS;1615201;1615542;29;*;
;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc
fin;;CDS;1615747;1616595;;;
deb;;CDS;1703617;1703835;1;*;
;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf
;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa
fin;;CDS;1704118;1705149;;0;
deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*;
;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*;
fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0;
deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*;
;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac
;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac
fin;comp;CDS;2223023;2223931;;;
deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*;
;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc
;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga
;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi
;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc
fin;comp;CDS;2284362;2285048;;;
deb;;CDS;2323802;2324866;12;*;
;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc
;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s
;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s
;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca
;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc
;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s
fin;comp;CDS;2330835;2331530;;;
deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*;
;;tmRNA;2427398;2427792;181;*;
fin;;CDS;2427974;2428249;;;
deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*;
;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc
;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca
;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta
fin;;CDS;2583489;2585177;;;
deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*;
;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg
fin;comp;CDS;2637648;2637815;;;
deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*;
;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga
;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac
;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca
;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc
fin;comp;CDS;2639727;2640881;;;
deb;;CDS;2656033;2656263;231;*;
;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s
;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s
;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca
;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc
;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s
fin;comp;CDS;2662144;2662782;;;
deb;;CDS;2693436;2695451;95;*;
;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa
;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta
;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga
;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa
;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf
;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj
;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca
;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca
fin;;CDS;2696381;2696893;;;
deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*;
;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*;
fin;comp;CDS;2740399;2740944;;;
deb;;CDS;2825449;2825763;163;*;
;;rpr;2825927;2827069;233;*;
fin;;CDS;2827303;2828151;;;
deb;;CDS;3082950;3083174;143;*;
;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc
;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s
;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s
;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca
;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc
;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s
fin;;CDS;3089337;3090032;;;

Intergen51. ant. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. ant les différents types d'intercalaires.

ant intercalaires positifs S+

Lien tableau: ant intercalaires positifs S+
Tableaux

Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679

ant par rapport au groupe de référence

Lien tableau: ant par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;

epsilon, estimation des -rRNAs

Lien tableau: epsilon, estimation des -rRNAs

epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est  13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676

pub

pub opérons

Lien tableau: pub opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*

pub cumuls

Lien tableau: pub cumuls

pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134

pub blocs

Lien tableau: pub blocs

Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*

pub distribution

Lien tableau: pub distribution

distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;>1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29

pub données intercalaires

Lien tableau: pub données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;pub;long;long
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa;fx;fc
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;;434;403
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;;445;435
5;2;20;15;51;2;12;57;-3;0;0;32;68;23s CDS;;;549;464
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;;;596;1380
;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;;;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;;;;
;0;60;19;29;6;1;14;-7;1;2;2;101;CDS 5s;;;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;;;;
1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;;;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;;;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;;;;
2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;;;;
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra;;
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca;;
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;;;;
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi;;
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc;;
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta;;
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac;;
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac;;
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc;;
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga;;
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac;;
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;CDS-CDS;inf 50;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;intercalaire;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;c-;x-;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;-65;néant;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;-59;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;-56;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;total;intercalaires;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;44,276;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;ADN long;1,308,759;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;%;3.4;;;;
;0;reste;4;4;reste;133;176;-42;0;0;;;;;;;
22;28;total;234;601;total;234;601;-43;1;0;;nonRNA;18;;;;
20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;
;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;;;;
;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;;;
;;;;;;1386;;total;95;377;;;;;;;

pub autres intercalaires aas

Lien tableau: pub autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;pub;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;9267;10214;4;*;
;;tmRNA;10219;10520;-2;*;
fin;comp;CDS;10519;10890;;0;
deb;comp;CDS;38328;38795;255;*;
;comp;ncRNA;39051;39405;42;*;
fin;comp;CDS;39448;40191;;;
deb;;CDS;41060;41653;20;*;
;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi
;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc
fin;comp;CDS;41900;43723;;;
deb;comp;CDS;114873;116147;3;*;
;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa
fin;comp;CDS;116257;117102;;0;
deb;comp;CDS;319204;319548;22;*;
;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc
fin;;CDS;319743;320384;;0;
deb;comp;CDS;407852;408448;68;*;
;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg
fin;;CDS;408609;410315;;;
deb;comp;CDS;414886;415407;26;*;
;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt
fin;;CDS;415586;416773;;;
deb;;CDS;438405;440213;2;*;
;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc
fin;comp;CDS;440311;441081;;;
deb;;CDS;461643;462362;2;*;
;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc
fin;;CDS;462540;462737;;;
deb;;CDS;466335;466550;5;*;
;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc
deb;;CDS;466720;466932;235;*;
;;tRNA;467168;467242;5;*;cac
fin;;CDS;467248;468645;;;
deb;comp;CDS;496262;498457;70;*;
;comp;regulatory;498528;498615;91;*;
fin;;CDS;498707;499813;;1;
deb;comp;CDS;509729;511027;330;*;
;;rRNA;511358;512832;98;*;1475
;;tRNA;512931;513007;9;*;atc
;;tRNA;513017;513092;149;*;gca
;;rRNA;513242;515995;446;*;2754
fin;;CDS;516442;516975;;;
deb;;CDS;563601;564479;52;*;
;;rRNA;564532;564646;13;*;115
fin;;CDS;564660;564785;;;
deb;;CDS;567715;568413;18;*;
;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf
fin;comp;CDS;568515;568709;;;
deb;comp;CDS;593396;594376;23;*;
;;tRNA;594400;594476;16;*;cga
fin;comp;CDS;594493;595425;;;
deb;;CDS;648881;649762;24;*;
;;regulatory;649787;649876;77;*;
fin;;CDS;649954;651060;;;
deb;comp;CDS;731869;732777;9;*;
;comp;regulatory;732787;732850;88;*;
fin;comp;CDS;732939;733529;;0;
deb;;CDS;785951;786466;32;*;
;;regulatory;786499;786587;-13;*;
fin;;CDS;786575;788023;;;
deb;comp;CDS;842772;843023;101;*;
;;tRNA;843125;843209;16;*;cta
fin;;CDS;843226;844659;;;
deb;;CDS;846722;849106;49;*;
;;tRNA;849156;849231;13;*;gta
;;tRNA;849245;849321;88;*;gac
fin;;CDS;849410;849778;;;
deb;;CDS;934654;936063;31;*;
;;tRNA;936095;936171;170;*;aga
fin;;CDS;936342;937382;;;
deb;;CDS;941232;942389;19;*;
;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac
;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc
fin;;CDS;942739;945366;;;
deb;;CDS;970015;971127;200;*;
;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa
fin;comp;CDS;971424;972251;;0;
deb;;CDS;975062;975328;0;*;
;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca
fin;;CDS;975511;976392;;;
deb;comp;CDS;985615;986127;93;*;
;;tRNA;986221;986297;4;*;cca
fin;;CDS;986302;986583;;;
deb;;CDS;988522;990216;50;*;
;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa
fin;;CDS;990365;990598;;;
deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*;
;;regulatory;1005818;1005886;4;*;
fin;;CDS;1005891;1007219;;1;
deb;;CDS;1029539;1031752;0;*;
;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc
fin;;CDS;1031913;1033166;;;
deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*;
;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg
deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*;
;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga
;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac
deb;;CDS;1087091;1087834;33;*;
;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca
deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*;
;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta
fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1;
deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*;
;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*;
deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*;
;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*;
fin;comp;CDS;1127719;1127925;;;
deb;;CDS;1165696;1166454;141;*;
;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj
fin;comp;CDS;1166737;1166964;;;

Intergen51. pub. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. pub les différents types d'intercalaires.

pub intercalaires positifs S+

Lien tableau: pub intercalaires positifs S+
Tableaux

Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;

Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.

;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381

actino

Actinoplanes sp. SE50/110

ase opérons

Lien tableau: ase opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;;
;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;;
;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;;
;;;;;;;;;;;
;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;;
;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;;
;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;;
;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;;
comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;;
;;;;;;;;;;;
comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;;
comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;;
;46588..47385;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;;
;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;;
;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;;
;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;;
;574910..576340;;CDS;;;;;;477;;
;;;;;;;;;;;
comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;;
comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;;
comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;;
comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;;
comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;;
comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;;
comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;;
;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;;
;165134..166444;;CDS;;;;;;437;;
;;;;;;;;;;;
comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;;
;458877..458950;;acg;;74;74;;;;;
comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;;
;;;;;;;;;;;
;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;;
;628439..628515;;gac;;5;5;;;;;
comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;;
;;;;;;;;;;;
;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;;
;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;;
comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;;
;;;;;;;;;;;
;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;;
comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;;
;749000..749491;;CDS;;;;;;164;;
;;;;;;;;;;;
;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;;
;754798..754873;;acc;;44;;44;;;;
;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;;
;755129..755296;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;;
;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;;
;756480..756857;;CDS;;;;;;126;;
;;;;;;;;;;;
;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;;
;942060..942142;;tta;;221;221;;;;;
;942364..943218;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;;
comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;;
comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;;
;;;;;;;;;;;
;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;;
comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;;
comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;;
;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;;
comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;;
;;;;;;;;;;;
comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;;
;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;;
;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;;
comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;;
;;;;;;;;;;;
;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;;
comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;;
comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;;
;;;;;;;;;;;
comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;;
comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;;
;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;;
;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;;
;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;;
;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;;
;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;;
comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;;
;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;;
;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;;
;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;;
< comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;;
;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;;
<>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;;
;;;;;;;;;;;
comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;;
comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;;
;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;;
comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;;
;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;;
;;;;;;;;;;;
comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;;
;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;;
;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;;
;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;;
comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;;
;;;;;;;;;;;
comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;;
comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;;
comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;;
comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;;
comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;;
comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;;
;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;;
;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;;
comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;;
;;;;;;;;;;;
;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;;
comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;;
comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;;
comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;;
comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;;
comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;;
comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;;
comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;;
comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;;
comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;;
comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;;
;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;;
;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;;
;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;;
;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;;
;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;;
;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;;
;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;;
;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;;
;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;;
;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;;
;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;;
;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;;
;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;;
;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;;
;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;;
;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;;
;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;;
;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;;
;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;;
;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;;
;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;;
;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;;
;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;;
;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;;
;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;;
;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;;
;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;;
;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;;
;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;;
;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;;
;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;;
comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;;
;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;;
;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;;
;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;;
comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;;
comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;;
;;;;;;;;;;;
comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;;
comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;;
comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;;
comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;;
comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;;
;;;;;;;;;;;
;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;;
comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;;
comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;;
;;;;;;;;;;;
;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;;
comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;;
comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;;
comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;;
comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;;
comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;;
comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;;
;;;;;;;;;;;
;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;;
comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;;
;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;;
;;;;;;;;;;;
;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;;
comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;;
comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;;
comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;;
comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;;
;;;;;;;;;;;
;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;;
;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;;
comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;;
comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;;
comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;;
;;;;;;;;;;;
comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;;
comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;;
comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;;
;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;;
comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;;
;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;

ase cumuls

Lien tableau: ase cumuls

ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62

ase blocs

Lien tableau: ase blocs

ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773

ase remarques

Lien tableau: ase remarques

ase distribution

Lien tableau: ase distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;

ase données intercalaires

Lien tableau: ase données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;CDS rRNA;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;inf 50;CDS-CDS;;400-700;reste;Sup 700;Sup 900
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;c;aa;c-;x-;ase;fx;fc;fx;fc;fc
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;16s 23s;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;suite;-119;-120;400;2429;3562;701;702;907
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;2* 345;245;;atc;97;cgt;-119;-119;410;11;5;704;711;923
1;3;20;91;281;2;4;60;-3;0;0;151;387;491;793;2* 344;**;;gca;14;aag;-110;-111;420;17;19;707;711;934
;2;30;93;195;3;23;38;-4;90;886;595;185;530;;2* 352;15;;ttc;11;aga;-106;-109;430;11;8;723;711;945
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;23s 5s;62;;gac;1;aaa;-106;-109;440;14;6;725;719;961
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;5s CDS;;2* 105;**;;gaa;1;atgf;-101;-107;450;8;11;731;723;969
1;3;60;128;185;6;13;27;-7;11;18;274;459;245;377;114;47;;acc;1;gtc;-100;-106;460;13;6;732;725;970
2;1;70;139;191;7;13;30;-8;6;71;434;430;983;122;100;**;;atgj;5;gaa;-97;-105;470;7;9;747;732;990
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;;247;176;118;;aag;44;aac;-97;-93;480;10;10;757;740;995
;2;90;105;170;9;16;54;-10;4;9;42;262;;83;175;**;;aag;1;tcc;-95;-93;490;12;9;757;740;1018
1;3;100;104;123;10;12;67;-11;17;22;1343;54;;;;;130;gga;2;gtg;-94;-88;500;7;6;765;743;1028
1;1;110;96;121;11;9;49;-12;5;0;94;132;;;;**;;cca;96;cac;-94;-87;510;14;8;783;745;1032
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;;;;29;;tgc;**;other;-91;-86;520;6;8;790;748;1034
;0;130;97;95;13;8;33;-14;18;12;79;296;;;;**;;gcg;152;ctg;-89;-86;530;1;3;791;748;1044
5;2;140;88;89;14;4;27;-15;11;1;103;217;;;;20;;ctc;**;gca;-86;-82;540;10;6;813;749;1050
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;;;;**;;tac;18;gtc;-82;-82;550;4;7;815;755;1057
1;1;160;73;82;16;16;29;-17;12;6;221;1132;;;;9;;cgg;38;tgc;-79;-81;560;5;5;818;760;1083
1;0;170;67;70;17;6;23;-18;4;0;203;131;;;;17;;cca;**;ggc;-76;-80;570;7;5;832;763;1129
2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;;;5;;agc;28;gtc;-74;-74;580;4;10;833;763;1172
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;;;4;;ctg;38;tgc;-70;-72;590;3;9;848;763;1179
;0;200;66;57;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;ggc;-70;-72;600;5;3;867;764;1207
2;1;210;56;44;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;gag;-67;-69;610;4;5;874;773;1238
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;gag;-59;-68;620;4;6;877;773;1251
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;cag;-59;-68;630;6;5;881;780;1253
;0;240;39;37;24;11;13;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;cgt;-55;-67;640;4;5;883;783;1259
;1;250;42;47;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;agc;-52;-67;650;4;4;891;788;1260
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;;-52;-66;660;4;1;912;792;1267
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;;-52;-65;670;4;6;944;796;1289
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;;;-65;680;4;3;962;797;1292
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;;;-65;690;0;2;964;799;1297
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;;;-64;700;2;1;965;802;1320
;0;310;31;21;31;1;22;-32;8;3;31;112;451;;;1;;ttg;;;;-62;;;;967;802;1331
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;;;-62;;;;981;804;1338
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;;;-59;;;;990;814;1392
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;;;-59;;;;993;819;1395
1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;;;-59;;;;998;821;1411
;0;360;25;18;36;7;19;-37;1;2;34;175;71;;;1;;acg;;;;-59;;;;999;827;1458
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;35;204;81;;;5;;ctg;;;;-58;;;;1042;830;1484
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;412;273;37;;;30;;gcg;;;;-58;;;;1054;834;1508
1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;380;91;171;;;5;;gac;;;;-58;;;;1081;840;1532
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;113;116;190;;;1;;agc;;;;-57;;;;1083;840;1616
9;10;reste;262;292;reste;2281;2675;-42;2;0;51;329;370;;;**;;atc;;;;-56;;;;1103;845;1782
45;56;total;2691;3854;total;2691;3854;-43;2;1;55;408;524;;;;;;;;;-56;;;;1116;846;1920
35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;116;77;;;;;;;;;;-56;;;;1189;860;1991
2;5; t30;;;;;;-45;0;0;451;1017;;;;;;;;;;-56;;;;1195;862;2155
;;;;;;;;-46;0;1;65;;;;;;;;;;;-54;;;;1258;862;2255
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;135;;;;;;;;;;;-53;;;;1263;867;2663
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;296;;;;;;;;;;;-53;;;;1285;873;3263
;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;599;;;;;;;;;;;-53;;;;1409;875;3290
;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;71;;;;;;;;;;;-53;;;;1467;882;3760
;;;;;8197;183;;reste;53;28;81;;;;;;;;;;;-51;;;;1526;885;
;;;;;;8380;;total;352;1300;37;;;;;;;;;;;-51;;;;2014;;
;;;;;;;;;;;171;;;;;;;;;;;-51;;;;2080;;
;;;;;;;;;;;190;;;;;;;;;;total;intercalaires;;;;2103;;
;;;;;;;;;;;370;;;;;;;;;;;1,100,127;;;;2272;;
;;;;;;;;;;;524;;;;;;;;;;ADN long;9,239,851;;;;2918;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;%;11.9;;;;3118;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;non RNA;8;;;;;;

ase autres intercalaires aas

Lien tableau: ase autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;ase;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;12497;13392;78;*;
;;tRNA;13471;13544;245;*;atc
;;tRNA;13790;13862;202;*;gca
fin;comp;CDS;14065;14607;;;
deb;comp;CDS;45153;45968;279;*;
;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg
fin;;CDS;46588;47385;;;
deb;;CDS;65469;66323;387;*;
;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg
fin;comp;CDS;66936;67442;;0;
deb;comp;CDS;145264;145572;595;*;
;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc
;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac
;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa
fin;comp;CDS;146807;147778;;;
deb;;CDS;153733;155094;555;*;
;;rRNA;155650;157166;345;*;16s
;;rRNA;157512;160585;105;*;23s
;;rRNA;160691;160807;377;*;5s
fin;comp;CDS;161185;161988;;0;
deb;;CDS;164168;164716;92;*;
;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa
fin;;CDS;165158;166444;;;
deb;;CDS;261106;261627;434;*;
;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa
fin;;CDS;262948;263811;;0;
deb;comp;CDS;457033;458691;185;*;
;;tRNA;458877;458950;74;*;acg
fin;comp;CDS;459025;460683;;0;
deb;;CDS;568633;569007;491;*;
;;rRNA;569499;571014;345;*;16s
;;rRNA;571360;574433;114;*;23s
;;rRNA;574548;574664;245;*;5s
fin;;CDS;574910;576340;;;
deb;;CDS;627485;628396;42;*;
;;tRNA;628439;628512;8;*;gac
fin;comp;CDS;628521;629174;;0;
deb;;CDS;643285;644433;1343;*;
;;tRNA;645777;645849;459;*;agg
fin;comp;CDS;646309;648462;;;
deb;;CDS;747348;748337;430;*;
;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac
fin;;CDS;749000;749491;;;
deb;;CDS;752175;754703;94;*;
;;tRNA;754798;754870;47;*;acc
;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj
fin;;CDS;755129;755296;;;
deb;;CDS;755829;756224;79;*;
;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg
fin;;CDS;756480;756857;;;
deb;;CDS;940643;942004;55;*;
;;tRNA;942060;942142;221;*;tta
fin;;CDS;942364;943218;;0;
deb;;CDS;1120784;1121443;33;*;
;;tmRNA;1121477;1121858;553;*;
fin;comp;CDS;1122412;1122636;;;
deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*;
;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc
fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0;
deb;;CDS;1222705;1223634;262;*;
;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta
fin;comp;CDS;1224225;1224701;;;
deb;;CDS;1237525;1238115;91;*;
;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac
fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0;
deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*;
;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag
;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag
fin;comp;CDS;1249654;1249878;;;
deb;;CDS;1335812;1336096;296;*;
;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga
fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0;
deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*;
;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga
;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca
fin;;CDS;1400763;1402112;;;
deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*;
;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s
;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s
;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s
fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0;
deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*;
;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac
fin;;CDS;1520860;1522122;;;
deb;;CDS;1522138;1522311;47;*;
;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi
fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0;
deb;;CDS;1604562;1605026;38;*;
;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta
fin;comp;CDS;1606269;1606883;;;
deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*;
;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*;
fin;;CDS;1620155;1620919;;0;
deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*;
;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg
fin;;CDS;1937036;1937656;;;
deb;;CDS;2434657;2435559;19;*;
;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc
fin;;CDS;2435813;2438881;;;
deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*;
;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s
;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s
;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s
fin;comp;CDS;2577025;2577462;;;
deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*;
;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc
;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg
deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*;
;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac
fin;comp;CDS;4902449;4903369;;;
deb;;CDS;4989030;4989761;22;*;
;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other
fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0;
deb;;CDS;5443888;5444526;409;*;
;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc
;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac
fin;comp;CDS;5445144;5446565;;;
deb;;CDS;6208479;6209489;104;*;
;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg
;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca
;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc
;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg
;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag
;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc
;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt
;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc
;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg
fin;;CDS;6210715;6210885;;0;
deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*;
;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga
fin;;CDS;6291049;6292041;;0;
deb;;CDS;6397947;6398423;699;*;
;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg
;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg
;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc
;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag
;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga
;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa
;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg
;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc
;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc
deb;;CDS;6400612;6401055;35;*;
;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag
;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc
;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg
;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg
;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg
;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac
;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc
;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc
;;ncRNA;6401861;6402227;7;*;
;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt
;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag
;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga
;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa
;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf
;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc
;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa
;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac
;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc
;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg
;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac
;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other
fin;comp;CDS;6403817;6404185;;;
deb;;CDS;6543191;6543619;412;*;
;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg
;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca
deb;;CDS;6544712;6545917;113;*;
;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac
fin;comp;CDS;6546284;6546739;;;
deb;;CDS;6934653;6935819;69;*;
;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc
fin;comp;CDS;6936014;6937450;;;
deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*;
;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s
;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s
;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s
fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0;
deb;;CDS;7455514;7456608;167;*;
;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg
fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0;
deb;;CDS;7481701;7483989;83;*;
;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s
;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s
;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s
fin;comp;CDS;7490105;7490731;;;
deb;;CDS;7670534;7671652;136;*;
;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc
;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc
;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc
fin;comp;CDS;7672180;7674045;;;
deb;;CDS;7710075;7711193;136;*;
;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc
;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc
;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc
fin;;CDS;7711727;7712905;;1;
deb;;CDS;8111157;8111843;546;*;
;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag
;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag
;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag
fin;comp;CDS;8113651;8114445;;;
deb;;CDS;8275151;8275810;65;*;
;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg
fin;comp;CDS;8276367;8276921;;;
deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*;
;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf
fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0;
deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*;
;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf
fin;comp;CDS;8399858;8402857;;;
deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*;
;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa
fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0;
deb;;CDS;8623005;8623730;64;*;
;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg
fin;comp;CDS;8624043;8624798;;;
deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*;
;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca
fin;comp;CDS;8822532;8824394;;;
deb;;CDS;8945870;8946763;190;*;
;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg
fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0;
deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*;
;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*;
;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc
fin;comp;CDS;8967346;8967687;;;
deb;;CDS;8969168;8969500;91;*;
;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg
fin;;CDS;8969798;8970505;;0;
deb;;CDS;9077764;9078855;329;*;
;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt
fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0;
deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*;
;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt
;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc
fin;;CDS;9087851;9089017;;0;
deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*;
;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca
fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0;

Intergen51. ase. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. ase les différents types d'intercalaires.

ase intercalaires positifs S+

Lien tableau: ase intercalaires positifs S+
Tableaux

corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, t30 t50.
Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.

;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0
220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1
240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1
260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0
270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0
280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1
290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0
300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0
310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1
320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0
330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0
340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0
350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1
360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0
370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0
380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1
390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0
400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1
reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0
total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0
diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2
 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1
 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7
;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28

blo

blo opérons

Lien tableau: blo opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s  4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;

blo blocs

Lien tableau: blo blocs

blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120

blo remarques

Lien tableau: blo remarques

blo distribution

Lien tableau: blo distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;

blo données intercalaires

Lien tableau: blo données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA;;CDS;;rRNA;tRNA;rRNA;reste;Sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;blo;long;long
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;c;c;aa;fx;fc
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS16s;;16s23s;tRNA;tRNA;403;403
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;432;43;aac;406;407
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;3*431;**;aac;416;408
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5sCDS;;23s5s;27;ggc;417;411
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;375;188;4*170;41;tgc;418;412
;0;50;16;39;5;3;9;-6;;1;64;95;;251;;48;gtc;418;414
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;5s16s;;;31;gtg;426;415
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;866;;;**;ggc;433;416
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;;;;29;cgt;439;417
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;;;;**;cgt;445;419
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;;;;89;gcc;456;425
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;;;;**;gcc;457;428
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;;;87;acg;458;435
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;;;;**;cta;474;442
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;;;;48;gtg;479;455
;3;150;15;29;15;1;14;-16;;1;467;175;;;;46;gtc;484;461
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;;;;**;ggc;485;463
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;;;;39;cag;489;465
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;;;;**;gag;491;479
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;;;;42;atc;495;485
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;;;;**;gca;499;485
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;;;;1;tac;507;510
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;;;;4;acc;512;519
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;;;;**;atgj;514;524
;1;240;5;18;24;3;4;-25;1;0;433;333;;;;47;gac;546;525
;1;250;9;13;25;1;6;-26;;1;113;253;;;;**;ttc;552;526
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;;CDS-CDS;inf 50;;;554;532
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;;intercalaire;;;;557;535
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;;c-;x-;;;559;536
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;;-86;-102;;;586;549
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;;-53;-85;;;589;549
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;;total;intercalaires;;;593;557
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;;;267,098;;;603;559
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;;ADN long;2,256,640;;;605;587
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;;%;11.8;;;620;606
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;;;;;;626;618
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;;nonRNA;16;;;649;627
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;;;;;;667;628
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;;;;;;673;631
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;;;;679;635
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;;;;688;653
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;;;;729;666
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;;;;745;698
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;;;;746;735
0;0;t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;;;;773;752
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;;;;1003;765
;;Récapitulatif;des;effectifs;;;;-47;;0;179;;;;;;;1037;780
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;;;;1253;831
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;;;;1331;922
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;;;;;982
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;;;;;1039
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;;;;;

blo autres intercalaires aas

Lien tableau: blo autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;blo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54774;55427;6;*;
;comp;regulatory;55434;55585;84;*;
fin;;CDS;55670;56692;;0;
deb;;CDS;114598;115023;163;*;
;;tRNA;115187;115260;231;*;gta
fin;;CDS;115492;117195;;;
deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*;
;comp;regulatory;140900;141008;336;*;
fin;;CDS;141345;142817;;;
deb;;CDS;158126;158626;618;*;
;;rRNA;159245;160770;432;*;16s
;;rRNA;161203;164268;170;*;23s
;;rRNA;164439;164555;188;*;5s
fin;comp;CDS;164744;165571;;0;
deb;;CDS;205431;206360;187;*;
;;tmRNA;206548;206944;238;*;
deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*;
;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg
fin;comp;CDS;207612;207896;;;
deb;;CDS;327271;327864;8;*;
;comp;ncRNA;327873;328247;493;*;
fin;;CDS;328741;329403;;;
deb;;CDS;381615;382658;190;*;
;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac
;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac
fin;;CDS;383325;384260;;0;
deb;;CDS;439838;440116;-39;*;
;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac
fin;;CDS;440709;441398;;0;
deb;comp;CDS;502556;503389;159;*;
;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc
;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc
;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc
;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg
;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc
fin;;CDS;504209;506242;;;
deb;;CDS;518814;520943;64;*;
;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc
fin;;CDS;521298;522827;;;
deb;comp;CDS;647871;648668;95;*;
;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc
fin;;CDS;648912;649790;;;
deb;comp;CDS;745690;747108;187;*;
;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt
;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt
fin;comp;CDS;747590;749008;;;
deb;;CDS;774507;775529;116;*;
;;tRNA;775646;775716;94;*;caa
fin;;CDS;775811;777193;;;
deb;;CDS;777792;778490;218;*;
;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc
;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc
fin;;CDS;779150;780820;;;
deb;;CDS;790385;793456;272;*;
;;tRNA;793729;793802;467;*;cca
fin;;CDS;794270;795018;;1;
deb;comp;CDS;803537;804322;67;*;
;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg
fin;;CDS;804668;805267;;0;
deb;comp;CDS;840296;840865;192;*;
;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta
fin;comp;CDS;841295;842296;;;
deb;comp;CDS;884674;884868;174;*;
;comp;regulatory;885043;885146;70;*;
fin;comp;CDS;885217;886689;;0;
deb;comp;CDS;902480;903079;104;*;
;comp;regulatory;903184;903288;90;*;
fin;comp;CDS;903379;904746;;0;
deb;comp;CDS;935658;936719;336;*;
;;tRNA;937056;937131;149;*;cac
fin;;CDS;937281;938306;;0;
deb;comp;CDS;980173;980928;251;*;
;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga
fin;;CDS;981330;982538;;0;
deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*;
;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg
;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta
fin;;CDS;1202866;1203867;;0;
deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*;
;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg
fin;comp;CDS;1208379;1209137;;;
deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*;
;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg
;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc
;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc
fin;;CDS;1264898;1265449;;;
deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*;
;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg
fin;;CDS;1280764;1281390;;0;
deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*;
;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf
fin;;CDS;1295976;1296182;;;
deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*;
;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag
fin;comp;CDS;1350274;1350720;;;
deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*;
;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa
fin;;CDS;1389126;1390664;;;
deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*;
;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc
fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0;
deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*;
;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag
;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag
fin;;CDS;1424972;1425556;;0;
deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*;
;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*;
fin;;CDS;1448664;1450847;;0;
deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*;
;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*;
fin;comp;CDS;1479502;1480089;;;
deb;;CDS;1523012;1524079;62;*;
;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg
fin;comp;CDS;1524290;1525228;;;
deb;;CDS;1533182;1534495;306;*;
;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg
fin;;CDS;1535759;1536615;;0;
deb;;CDS;1605867;1606060;102;*;
;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc
;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca
fin;comp;CDS;1606708;1606953;;;
deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*;
;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca
fin;comp;CDS;1647042;1648019;;;
deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*;
;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s
;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s
;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s
;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s
;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s
;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s
fin;comp;CDS;1717641;1718426;;;
deb;;CDS;1769786;1769896;55;*;
;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg
fin;;CDS;1770354;1771364;;0;
deb;;CDS;1904329;1905534;130;*;
;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg
fin;;CDS;1905778;1906005;;;
deb;;CDS;1907638;1908330;573;*;
;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s
;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s
;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s
fin;;CDS;1914589;1915422;;;
deb;;CDS;1935774;1935953;178;*;
;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga
fin;;CDS;1936725;1939109;;;
deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*;
;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac
;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc
;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj
fin;;CDS;1971690;1971857;;;
deb;;CDS;1978293;1979240;71;*;
;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc
fin;;CDS;1979775;1981118;;;
deb;;CDS;2014827;2015627;397;*;
;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg
fin;;CDS;2016437;2018005;;;
deb;;CDS;2045606;2046892;179;*;
;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca
fin;;CDS;2047402;2047542;;;
deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*;
;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg
fin;;CDS;2068918;2070600;;;
deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*;
;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0;
deb;;CDS;2086731;2087744;224;*;
;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac
;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc
fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0;
deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*;
;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac
fin;;CDS;2111349;2112299;;0;
deb;;CDS;2129279;2130508;117;*;
;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi
fin;;CDS;2130837;2131049;;;
deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*;
;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg
fin;;CDS;2171669;2171887;;;

Intergen51. blo. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. blo les différents types d'intercalaires.

blo intercalaires positifs S+

Lien tableau: blo intercalaires positifs S+
Tableaux

blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1
160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7
170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0
180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2
190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1
200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0
210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0
220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0
230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0
240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0
250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1
260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0
270;6;17;;270;13;17;27;1;3;;;-28;1;1
280;11;11;;280;25;11;28;1;3;;;-29;0;0
290;4;3;;290;9;3;29;1;4;;;-30;0;0
300;5;12;;300;11;12;30;1;2;;;-31;0;1
310;6;7;;310;13;7;31;2;6;;;-32;1;0
320;5;11;;320;11;11;32;1;3;;;-33;0;0
330;3;3;;330;7;3;33;4;2;;;-34;0;0
340;7;5;;340;16;5;34;1;4;;;-35;1;0
350;2;3;;350;4;3;35;0;2;;;-36;0;0
360;6;6;;360;13;6;36;1;3;;;-37;0;0
370;3;1;;370;7;1;37;1;3;;;-38;1;0
380;5;4;;380;11;4;38;1;2;;;-39;1;0
390;2;2;;390;4;2;39;1;9;;;-40;0;0
400;3;3;;400;7;3;40;2;0;;;-41;0;0
reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0
total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1
diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0
 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210

sma

sma opérons

Lien tableau: sma opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;;
70%GC;30.6.19 Paris;16s  6;74;doubles;intercalaires
;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;;
;357776..357847;;gtg;;
;;;;;
comp;1219274..1219346;;gga;;
;;;;;
comp;1225751..1225823;;gga;;
;;;;;
;1675869..1675942;;atgf;;
;;;;;
comp;1965347..1965423;;ccc;;
;;;;;
comp;1992012..1992088;;ccc;;
;;;;;
comp;2222599..2222686;;ctc;;
;;;;;
comp;3072632..3072707;;acc;;
;;;;;
comp;3073568..3073684;;5s;@1;84
comp;3073769..3076918;;23s;;288
comp;3077207..3078737;;16s;;
;;;;;
comp;3295252..3295324;;gag;+;20
comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21
comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62
comp;3295573..3295645;;gag;;42
comp;3295688..3295759;;cag;;
;;;;;
;3655871..3655942;;cgg;;
;;;;;
comp;3813093..3813166;;atgf;;
;;;;;
comp;3815457..3815530;;atgf;;
;;;;;
comp;4362610..4362695;;tta;;
;;;;;
;4410534..4410608;;caa;;
;;;;;
comp;4542466..4542542;;gcg;;
;;;;;
;4589760..4589835;;agg;;
;;;;;
comp;4886830..4886906;;aca;;
;;;;;
comp;5024109..5024225;;5s;;84
comp;5024310..5027458;;23s;;288
comp;5027747..5029277;;16s;;
;;;;;
comp;5051970..5052043;;atgf;;
;;;;;
comp;5055486..5055561;;aaa;;
;;;;;
;5063087..5063159;;gaa;;47
;5063207..5063281;;gac;;24
;5063306..5063382;;ttc;;
;;;;;
;5068123..5068197;;gac;;
;;;;;
;5081640..5081711;;gga;;79
;5081791..5081866;;ggc;;
;;;;;
;5085779..5085854;;ggc;;
;;;;;
;5095224..5095311;;tcc;;
;;;;;
;5129698..5129782;;tcg;;
;;;;;
comp;5154937..5155009;;cgt;;205
comp;5155215..5155305;;agc;;
;;;;;
comp;5177691..5177777;;tca;;
;;;;;
comp;5206939..5207028;;agc;;
;;;;;
comp;5299302..5299378;;atc;;
;;;;;
;5304905..5304977;;gca;;
;;;;;
;5322106..5322192;;ctg;;
;;;;;
comp;5452769..5452842;;ggg;;
;;;;;
comp;5594481..5594554;;ccg;;
;;;;;
;5650316..5650389;;acg;;
;;;;;
;5759342..5760872;;16s;;288
;5761161..5764309;;23s;;84
;5764394..5764510;;5s;;
;;;;;
;5950170..5950251;;tac;;
;;;;;
;5956602..5956674;;acc;;46
;5956721..5956793;;atg;;
;;;;;
;5964532..5964607;;tgg;;
;;;;;
;6124386..6125916;;16s;;288
;6126205..6129353;;23s;;84
;6129438..6129554;;5s;;
;;;;;
comp;6242261..6242335;;tgc;;
;;;;;
comp;6279029..6279112;;cta;;
;;;;;
comp;6329202..6329278;;aag;;
;;;;;
comp;6335068..6335141;;aag;;
;;;;;
comp;6349312..6349385;;aag;;
;;;;;
comp;6372705..6372777;;cac;;
;;;;;
comp;6501509..6501584;;aga;;
;;;;;
comp;6604435..6604508;;gga;;153
comp;6604662..6604738;;cca;;
;;;;;
;6653846..6653918;;gcc;;
;;;;;
;6658303..6658375;;gcc;;
;;;;;
;6875603..6875675;;aac;+;5
;6875681..6875753;;aac;2 aac;166
;6875920..6875996;;atgi;;
;;;;;
;7021984..7022058;;gta;;
;;;;;
;7025336..7025415;;gtg;;
;;;;;
comp;7471270..7471342;;ttg;;
;;;;;
;7765513..7767043;;16s;;284
;7767328..7770477;;23s;;133
;7770611..7770727;;5s;;
;;;;;
comp;7937463..7937550;;ctc;;
;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;

sma blocs

Lien tableau: sma blocs

sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117

sma remarques

Lien tableau: sma remarques

sma données intercalaires

Lien tableau: sma données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;sma;fx;fc;fx;fc
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;16s 23s;tRNA tRNA;;hors bloc;400;2281;3565;903;906
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;5* 312;37;;other;410;23;12;904;906
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;308;37;;other;420;19;21;905;910
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;23s 5s;34;;other;430;13;16;907;925
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;5* 89;**;;tct;440;9;18;915;932
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;5s CDS;;138;20;;gag;450;17;11;940;934
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;114;114;;21;;cag;460;14;16;940;938
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;134;;;62;;gag;470;9;12;967;949
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;77;;;42;;gag;480;7;9;970;984
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;144;;;**;;cag;490;6;11;981;991
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;150;;;47;;gaa;500;4;9;989;995
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;;;;24;;gac;510;4;13;1020;997
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;;;;**;;ttc;520;11;10;1030;1002
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;;;;79;;gga;530;6;8;1038;1008
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;;;;**;;ggc;540;11;6;1043;1024
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;;;;205;;cgt;550;3;7;1062;1035
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;;;;**;;agc;560;2;6;1070;1063
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;;;;46;;acc;570;9;5;1075;1078
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;;;;**;;atgj;580;4;5;1075;1090
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;;CDS-CDS;inf 50;;153;gga;590;6;6;1078;1097
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;;intercalaire;;**;;cca;600;5;6;1082;1107
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;;c-;x-;5;;aac;610;6;9;1148;1128
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;;-116;-119;166;;aac;620;5;5;1180;1143
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;;-112;-115;**;;atgi;630;4;7;1216;1160
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;;-98;-111;40;;gtc;640;4;7;1274;1190
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;;-94;-108;19;;gtc;650;3;4;1455;1248
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;;-88;-107;1;;gtc;660;4;2;1474;1254
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;;-88;-97;38;;tgc;670;1;2;1530;1282
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;;-88;-97;**;;ggc;680;6;1;1613;1283
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;;-79;-95;;;;690;4;1;1660;1289
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;;-76;-89;;;;700;9;3;1681;1332
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;;-76;-86;;;;710;3;3;1693;1373
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;;-76;-85;;;;720;2;3;2260;1382
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;;-73;-77;;;;730;0;1;3959;1415
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;;-73;-77;;;;740;1;4;4769;1497
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;;-70;-75;;;;750;0;3;;1509
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;;-67;-73;;;;760;1;3;;1522
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;;-65;-65;;;;770;3;4;;1587
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;;-64;-65;;;;780;3;2;;1663
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;;-62;-62;;;;790;4;1;;1679
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;;-59;-62;;;;800;1;4;;1839
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;;-55;-62;;;;810;4;0;;2317
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;;-55;-53;;;;820;3;1;;2597
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;;-53;-52;;;;830;1;0;;
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;;-53;-52;;;;840;0;3;;
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;;-52;;;;;850;1;1;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;total;intercalaires;;;;860;0;2;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;1,241,224;;;;870;3;1;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;ADN long;9,025,608;;;;880;3;0;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;%;13.8;;;;890;1;0;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;;;;;900;3;2;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;non RNA;6;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;;;;

sma autres intercalaires aas

Lien tableau: sma autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;

Intergen51. sma. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. sma les différents types d'intercalaires.

sma distribution

Lien tableau: sma distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;

ksk

ksk opérons

Lien tableau: ksk opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s  9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;

ksk blocs

Lien tableau: ksk blocs

ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117

ksk remarques

Lien tableau: ksk remarques

ksk données intercalaires

Lien tableau: ksk données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;ksk;fx;fc;fx;fc
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;16s 23s;tRNA tRNA;;hors bloc;400;2267;3679;908;902
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;5* 291;35;;other;410;13;17;915;902
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;290;**;;other;420;15;12;930;905
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;2* 280;209;;gtg;430;12;16;939;923
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;288;**;;gtg;440;16;15;975;930
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;23s 5s;79;;ggc;450;15;11;977;986
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;6* 78;36;;tgc;460;11;8;1002;987
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;2* 76;34;;gtc;470;11;11;1005;992
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;5s CDS;;108;37;;gtc;480;9;3;1010;998
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;101;82;;**;;gtc;490;9;6;1047;1001
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;182;;;5;;aac;500;8;4;1047;1001
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;251;;;**;;aac;510;8;10;1059;1013
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;553;;;269;;gcc;520;4;8;1067;1044
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;205;;;38;;gcc;530;6;8;1072;1051
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;271;;;**;;gcc;540;8;7;1074;1056
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;3080;;;;151;cca;550;5;10;1107;1056
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;239;;;**;;gga;560;4;6;1183;1068
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;;;;18;;cga;570;8;4;1215;1115
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;;;;18;;cga;580;2;6;1268;1130
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;;;;18;;other;590;10;2;1288;1130
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;;CDS-CDS;inf 50;18;;cga;600;3;6;1311;1135
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;;intercalaire;;**;;other;610;4;6;1319;1135
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;;c-;x-;129;;aag;620;3;4;1360;1147
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;;-109;-120;**;;aag;630;4;1;1364;1171
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;;-97;-102;42;;atgj;640;3;3;1375;1188
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;;-97;-94;**;;acc;650;4;4;1381;1191
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;-94;-83;35;;cgt;660;3;6;1384;1192
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;-91;-83;240;;cgt;670;3;5;1483;1209
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;-91;-83;**;;agc;680;2;6;1540;1219
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;-91;-82;51;;ggc;690;3;2;1540;1235
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;-91;-79;**;;ggc;700;4;5;1656;1265
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;-91;-67;34;;ttc;710;4;3;1756;1288
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;-86;-67;42;;gac;720;3;1;2045;1305
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;-85;-65;**;;gaa;730;2;1;2488;1344
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;-79;-61;21;;cag;740;4;7;2735;1380
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;-77;-56;38;;gag;750;1;2;3132;1403
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;-73;-55;13;;gag;760;1;3;4435;1405
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;-68;;4;;gag;770;2;4;;1433
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;-64;;**;;gag;780;2;3;;1461
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;-64;;22;;tgc;790;3;2;;1500
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;-64;;**;;ggc;800;2;5;;1572
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;-64;;;;;810;2;2;;1618
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;-61;;;;;820;4;1;;1622
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;-61;;;;;830;5;2;;1714
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;total;intercalaires;;;;840;1;0;;1848
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;1,255,749;;;;850;6;2;;1893
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;ADN long;8,783,278;;;;860;1;3;;1919
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;%;14.3;;;;870;2;1;;2018
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;;880;0;0;;2064
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;non RNA;6;;;;890;3;2;;2158
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;;900;2;4;;2340
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;;;;;;2557
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3290
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3373
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3533
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3930

ksk autres intercalaires aas

Lien tableau: ksk autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;

Intergen51. ksk. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. ksk les différents types d'intercalaires.

ksk distribution

Lien tableau: ksk distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;

actino synthèse

actino données intercalaires

Lien tableau: actino données intercalaires

Les actino;;ase;blo;sma;ksk;;;;;;;* Autres intercalaires: 646;;;Ft: 401;Ici: 209;Reste: 36;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;;16s 23s;;23s 5s;;tRNA hors;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;405;518;77;82;1;288;1;100;9;1;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;;452;585;101;83;1;290;1;108;1;2;
5;3;0;40;29;0;40;29;-1;0;453;;491;672;114;114;1;308;1;114;1;3;
2;0;10;331;1127;1;33;135;-2;24;0;;525;675;134;122;1;432;1;138;5;4;
1;4;20;258;718;2;9;159;-3;0;1;;530;734;144;188;2;280;1;175;7;5;
0;4;30;293;514;3;41;107;-4;119;2410;;553;793;150;247;2;344;1;176;0;6;
3;10;40;243;597;4;41;116;-5;0;1;;555;852;182;251;2;345;2;76;0;7;
6;3;50;278;532;5;19;137;-6;4;3;;573;;205;377;2;352;2;105;0;8;
6;8;60;332;516;6;33;77;-7;20;41;;607;;239;;3;431;4;170;1;9;
6;10;70;337;522;7;70;69;-8;14;180;;611;;245;;5;291;5;89;0;10;
11;8;80;363;516;8;20;84;-9;3;1;;615;;251;;5;312;6;78;2;11;
1;7;90;330;516;9;36;106;-10;8;28;;618;;271;;;;;;0;12;
10;8;100;305;445;10;29;137;-11;30;73;;619;;375;;;;;;1;13;
4;11;110;289;490;11;18;115;-12;5;0;;641;;553;;;;;;1;14;
5;16;120;256;390;12;28;74;-13;13;28;;645;;983;;;;;;1;15;
2;4;130;276;440;13;23;78;-14;33;47;;653;;3080;;;;;;0;16;
11;6;140;249;373;14;12;84;-15;14;2;;799;;;;;5s 16s;;;1;17;
2;9;150;224;339;15;31;68;-16;8;14;;;;;;;866;;;5;18;
5;7;160;242;328;16;30;70;-17;19;33;;;;;;;;;;1;19;
3;4;170;212;342;17;19;63;-18;8;0;;17;7;16;8;25;1;25;99;2;20;
7;5;180;197;260;18;35;37;-19;11;17;;;;;;;;;;2;21;
7;7;190;190;270;19;33;60;-20;16;25;;;;;;;;;;1;22;
2;6;200;185;240;20;29;69;-21;2;0;;;;;;;;;;0;23;
6;3;210;175;195;21;39;49;-22;8;6;;;;;;;;;;1;24;
5;3;220;150;181;22;33;61;-23;15;17;;;;;;;;;;0;25;
2;4;230;144;199;23;27;62;-24;9;0;;;;;;;;;;0;26;
2;1;240;140;175;24;37;39;-25;3;10;;;;;;;;;;1;27;
2;3;250;142;185;25;32;44;-26;11;12;;;;;;;;;;1;28;
4;6;260;140;111;26;16;65;-27;1;1;;;;;;;;;;2;29;
5;2;270;136;146;27;36;39;-28;8;10;;;;;;;;;;1;30;
2;5;280;113;115;28;28;45;-29;9;8;;;;;;;;;;1;31;
2;2;290;94;127;29;20;73;-30;5;0;;;;;;;;;;0;32;
3;2;300;85;117;30;25;37;-31;6;6;;;;;;;;;;0;33;
6;1;310;104;102;31;18;63;-32;13;4;;;;;;;;;;3;34;
1;5;320;82;85;32;15;74;-33;3;0;;;;;;;;;;2;35;
1;3;330;71;86;33;29;49;-34;7;4;;;;;;;;;;1;36;
4;1;340;71;90;34;27;66;-35;11;2;;;;;;;;;;3;37;
2;0;350;70;69;35;22;65;-36;4;0;;;;;;;;;;5;38;
2;0;360;77;73;36;21;56;-37;1;3;;;;;;;;;;1;39;
0;3;370;49;60;37;29;55;-38;7;2;;;;;;;;;;2;40;
3;3;380;58;53;38;21;74;-39;4;0;;;;;;;;;;1;41;
2;0;390;53;71;39;29;49;-40;6;3;;;;;;;;;;4;42;
0;2;400;43;56;40;32;46;-41;3;5;;;;;;;;;;2;43;
28;31;reste;908;988;reste;7170;9803;-42;3;0;;;;;;;;;;1;44;
181;220;total;8335;12788;total;8335;12788;-43;4;4;;;;;;;;;;0;45;
;;diagr;;;;;;-44;2;5;;;;;;;;;;2;46;
;; t30;;;;;;-45;2;0;;;;;;;;;;3;47;
;;;;;;;;-46;2;1;;;;;;;;;;2;48;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;;;;;;;;;;0;49;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;0;50;
;x;8295;598;40;;;;-49;1;5;;;;;;;;;;27;;
;c;12759;3546;29;;;;-50;5;4;;;;;;;;;209;107;;
;;;;;;646;;reste;92;75;;;;;;;;;;1;51;
;;;;;;;;total;;;;;;;;;;;;1;57;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;62;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;64;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;79;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;81;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;89;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;96;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;97;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;110;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;118;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;129;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;141;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;144;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;152;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;157;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;166;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;199;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;205;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;209;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;240;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;245;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;269;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;532;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;x;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;1;130;ase
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;153;sma
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;151;ksk

actino données intercalaires 200

Lien tableau: actino données intercalaires 200;fc+400

total;3854;1045;3995;3894
gen;ase;blo;ksk;sma
0;13;1;4;11
1;60;12;28;35
2;60;15;40;44
3;38;8;26;35
4;48;5;29;34
5;43;9;38;47
6;27;9;16;25
7;30;4;13;22
8;37;8;12;27
9;54;6;19;27
10;67;11;23;36
11;49;10;27;29
12;33;7;12;22
13;33;7;13;25
14;27;3;22;32
15;23;14;10;21
16;29;8;12;21
17;23;9;16;15
18;12;5;7;13
19;17;3;13;27
20;35;4;15;15
21;20;7;7;15
22;24;6;14;17
23;23;8;18;13
24;13;4;8;14
25;18;6;8;12
26;24;7;13;21
27;14;3;9;13
28;14;3;15;13
29;28;4;23;18
30;17;2;11;7
31;22;6;18;17
32;34;3;14;23
33;20;2;11;16
34;23;4;19;20
35;22;2;19;22
36;19;3;17;17
37;23;3;18;11
38;29;2;30;13
39;14;9;13;13
40;20;0;11;15
41;18;2;28;20
42;20;4;20;10
43;17;7;12;20
44;16;1;21;8
45;19;3;17;13
46;23;2;13;22
47;15;3;15;12
48;19;6;11;13
49;16;6;18;11
50;15;5;18;12
51;18;0;12;9
52;18;4;18;8
53;26;4;25;13
54;19;5;14;12
55;20;5;13;11
56;21;6;17;17
57;19;11;12;13
58;16;6;19;12
59;12;4;11;15
60;16;6;18;11
61;17;6;19;12
62;21;6;15;17
63;19;5;16;12
64;20;7;20;14
65;24;3;17;10
66;12;4;8;12
67;26;3;15;12
68;19;2;23;16
69;13;4;11;17
70;20;3;9;13
71;14;3;23;8
72;17;2;15;12
73;20;4;10;17
74;16;5;24;14
75;11;6;13;22
76;17;3;19;21
77;15;4;13;11
78;15;2;25;11
79;18;5;18;11
80;17;6;12;17
81;26;1;22;16
82;20;9;16;6
83;20;2;25;9
84;14;2;12;7
85;12;4;22;17
86;18;7;19;16
87;12;3;16;10
88;15;6;15;14
89;15;5;20;17
90;18;8;9;11
91;14;2;20;17
92;17;1;23;12
93;9;7;15;13
94;15;2;17;11
95;12;2;14;15
96;15;6;9;13
97;9;6;18;8
98;10;2;15;16
99;10;2;10;11
100;12;4;16;15
101;13;9;27;11
102;13;4;24;15
103;11;3;20;16
104;13;7;26;15
105;7;3;15;14
106;11;2;12;10
107;20;3;15;10
108;9;5;14;12
109;11;3;13;21
110;13;3;17;20
111;17;4;11;7
112;10;5;11;10
113;7;4;12;12
114;11;9;8;14
115;8;6;19;13
116;7;1;10;17
117;13;1;19;9
118;11;1;16;11
119;10;6;16;17
120;4;3;8;12
121;11;10;23;11
122;13;1;19;12
123;6;6;14;15
124;9;3;16;10
125;14;2;16;16
126;11;1;15;17
127;5;2;25;16
128;7;5;15;10
129;7;1;18;15
130;12;7;10;14
131;9;5;10;12
132;10;2;13;10
133;16;9;14;8
134;7;2;13;12
135;4;5;15;12
136;10;3;8;14
137;4;1;11;15
138;6;3;9;15
139;17;6;16;9
140;6;2;14;16
141;8;2;13;10
142;10;2;13;10
143;10;2;13;5
144;8;3;14;14
145;9;5;8;15
146;4;2;5;18
147;9;3;7;14
148;9;6;14;14
149;5;2;11;7
150;6;2;14;12
151;11;4;13;7
152;12;1;12;16
153;7;2;8;13
154;11;3;14;10
155;9;3;14;16
156;3;1;15;11
157;7;3;12;10
158;10;0;6;10
159;7;4;5;7
160;5;4;11;11
161;7;5;12;7
162;8;4;13;15
163;5;7;18;9
164;7;3;12;7
165;14;4;10;13
166;4;5;16;5
167;4;6;17;7
168;5;3;10;10
169;8;5;14;12
170;8;1;13;9
171;6;2;8;10
172;4;4;7;3
173;6;4;15;5
174;8;3;8;13
175;8;3;4;8
176;5;2;8;10
177;5;4;9;8
178;5;5;7;6
179;3;2;13;4
180;7;4;16;8
181;4;1;12;10
182;7;2;8;7
183;3;2;10;6
184;7;1;11;9
185;8;0;12;7
186;4;3;10;4
187;7;2;11;10
188;12;0;12;8
189;7;2;10;7
190;11;2;10;11
191;3;4;10;6
192;8;2;11;8
193;6;3;10;6
194;8;0;6;6
195;6;5;13;10
196;7;2;7;9
197;6;2;3;9
198;5;4;9;7
199;2;1;10;4
200;6;1;8;7
201;4;1;3;7
202;4;2;5;10
203;5;1;9;11
204;9;1;11;7
205;4;2;11;6
206;3;1;5;6
207;1;1;9;4
208;6;2;7;5
209;5;0;5;5
210;3;3;4;7
211;8;3;4;12
212;3;1;8;6
213;4;0;2;5
214;3;4;7;4
215;9;0;9;7
216;5;0;10;9
217;4;1;4;6
218;6;4;9;5
219;3;1;3;5
220;1;2;1;3
221;3;2;7;8
222;6;1;12;5
223;4;0;10;4
224;3;1;7;5
225;8;1;6;7
226;6;2;3;3
227;3;2;8;6
228;7;1;9;10
229;4;0;10;6
230;9;1;5;4
231;4;2;9;6
232;7;3;7;9
233;4;4;8;10
234;4;1;5;1
235;3;1;8;2
236;5;1;5;6
237;4;2;6;6
238;2;2;3;8
239;0;1;4;9
240;4;1;5;4
241;1;3;5;11
242;6;2;4;9
243;5;1;8;3
244;7;0;5;8
245;2;1;9;7
246;5;0;8;3
247;5;1;4;7
248;5;3;3;5
249;6;1;7;9
250;5;1;4;7
251;1;3;3;5
252;3;2;7;2
253;0;0;6;2
254;1;0;3;6
255;1;1;3;8
256;0;0;5;1
257;1;0;2;5
258;3;1;5;4
259;4;2;3;1
260;3;2;6;6
261;5;1;2;3
262;4;3;5;6
263;5;0;9;2
264;0;1;4;5
265;3;2;6;3
266;2;1;6;8
267;1;2;4;5
268;3;3;7;4
269;5;3;3;4
270;5;1;5;5
271;5;0;0;4
272;3;1;3;5
273;5;3;4;4
274;4;1;5;2
275;1;2;4;4
276;1;0;3;4
277;4;3;1;5
278;3;0;9;3
279;2;1;3;1
280;5;0;5;2
281;3;0;5;7
282;5;0;1;6
283;2;0;9;3
284;3;2;7;5
285;3;0;7;6
286;5;0;0;4
287;1;1;6;5
288;1;0;4;4
289;4;0;3;3
290;2;0;3;7
291;7;0;3;2
292;3;1;3;0
293;4;1;3;3
294;0;3;4;2
295;1;2;4;1
296;3;0;0;6
297;0;1;8;4
298;5;1;3;10
299;5;1;6;6
300;1;2;2;6
301;2;0;6;5
302;1;0;2;1
303;2;2;3;5
304;3;0;2;5
305;2;2;3;2
306;3;0;4;5
307;3;1;5;5
308;3;0;1;3
309;0;1;5;4
310;2;1;2;6
311;1;3;4;3
312;4;1;0;1
313;5;0;1;4
314;1;1;1;5
315;0;2;2;4
316;0;0;3;3
317;3;1;3;4
318;3;1;4;3
319;2;1;2;1
320;3;1;2;2
321;1;1;2;4
322;1;0;3;4
323;4;0;4;5
324;1;0;3;2
325;2;0;1;8
326;2;1;3;4
327;1;0;2;4
328;2;0;3;3
329;4;1;1;3
330;2;0;0;4
331;3;1;0;2
332;8;0;2;2
333;3;0;1;2
334;5;0;3;3
335;4;1;4;5
336;3;1;3;2
337;1;0;1;9
338;1;1;2;1
339;2;1;5;4
340;2;0;1;1
341;1;0;2;0
342;3;0;2;0
343;3;0;3;3
344;2;0;1;5
345;2;0;3;2
346;3;0;0;0
347;2;0;2;5
348;0;2;3;1
349;4;1;2;0
350;4;0;5;3
351;3;0;2;3
352;2;0;0;4
353;1;0;2;1
354;3;0;2;5
355;2;3;1;0
356;0;1;3;5
357;1;0;1;1
358;1;0;6;2
359;4;1;2;2
360;1;1;1;6
361;1;0;0;3
362;1;0;3;1
363;2;0;1;4
364;2;0;1;2
365;2;0;4;2
366;2;0;1;3
367;2;1;3;3
368;1;0;2;1
369;1;0;3;2
370;2;0;2;2
371;1;1;3;1
372;1;0;1;1
373;2;0;0;1
374;0;0;2;2
375;1;1;0;4
376;1;0;1;3
377;2;0;1;6
378;3;0;2;3
379;1;1;0;3
380;2;1;0;1
381;2;0;2;5
382;2;1;4;3
383;1;0;0;3
384;1;0;4;3
385;3;0;1;2
386;3;0;3;3
387;0;0;4;4
388;1;0;1;2
389;1;1;3;5
390;0;0;0;3
391;0;1;3;4
392;0;1;2;2
393;2;0;2;1
394;1;0;2;2
395;1;0;2;1
396;4;0;3;2
397;1;1;3;5
398;0;0;2;2
399;1;0;0;2
400;0;0;1;2
;;;;
;3549;993;3675;3554

actino distribution par génome

Lien tableau: actino distribution par génome

actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294

actino distribution du total

Lien tableau: actino distribution du total

actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295

actino distribution par type

Lien tableau: actino distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;

actino par rapport au groupe de référence

Lien tableau: actino par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26

actinobacteria, estimation des -rRNAs

Lien tableau: actinobacteria, estimation des -rRNAs

actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est  36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301

cyano

npu

npu opérons

Lien tableau: npu opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
> comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
< comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
<> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;

npu cumuls

Lien tableau: npu cumuls

npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85

npu blocs

Lien tableau: npu blocs

npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289

npu remarques

Lien tableau: npu remarques

gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1

npu distribution

Lien tableau: npu distribution

atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;

npu données intercalaires

Lien tableau: npu données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900;Sup 1100
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;npu;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;1772;3413;904;903;1104
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;4* 61;;-1;atgj;410;21;25;905;906;1106
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;16s tRNA;;**;atgj;420;18;19;909;907;1119
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;4* 131;atc;44;other;430;14;30;913;909;1120
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;tRNA 23s;;**;other;440;16;18;913;910;1136
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;5s CDS;;4* 260;gca;156;aaa;450;19;29;915;912;1139
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;149;68;tRNA tRNA;intra;7;other;460;14;15;921;914;1142
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;;319;4* 82;atc gca;6;cac;470;16;16;924;917;1143
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;;176;;;48;gca;480;16;14;925;917;1146
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;;;;8;aca;490;10;19;926;918;1154
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;;;;10;atgf;500;12;14;937;918;1191
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;;;;;4;cta;510;19;13;938;919;1216
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;;;;;6;ccg;520;14;11;938;922;1221
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;;CDS-CDS;inf 50;;5;ctc;530;16;12;941;927;1247
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;;intercalaire;;;3;ctg;540;13;18;948;935;1255
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;;c-;x-;;1;cca;550;11;10;949;952;1266
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;;-107;-107;;6;tta;560;13;18;953;955;1323
;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;;-104;-102;;6;ttg;570;13;14;961;967;1391
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;;-95;-75;;3;caa;580;12;11;964;974;1392
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;;-91;-74;;5;cag;590;6;13;968;975;1394
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;;-83;-74;;6;aac;600;10;13;971;980;1402
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;;-77;-74;;81;aca;610;9;15;980;983;1429
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;;-71;-71;;4;cgt;620;7;9;984;992;1433
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;;-68;-58;;4;agc;630;12;11;987;998;1565
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;;-64;-54;;7;tac;640;9;7;994;1000;1589
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;;-62;-53;;62;gaa;650;9;8;996;1013;1590
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;;-62;-53;;3;tgg;660;6;9;999;1018;1641
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;;-61;-53;;11;atgi;670;4;7;1001;1023;1655
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;;-61;;;3;tgc;680;10;10;1012;1028;1660
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;;-59;;;4;other;690;7;5;1014;1038;1785
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;;-56;;;**;gac;700;7;14;1042;1038;2074
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;;-56;;;88;acc;710;9;5;1050;1041;2478
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;;-56;;;**;tac;720;7;4;1054;1044;3041
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;;-56;;;;;730;9;3;1073;1052;3230
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;;-55;;;;;740;5;2;1076;1054;5114
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;;-53;;;;;750;5;5;1121;1071;
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;;-53;;;;;760;8;5;1130;1079;
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;;-52;;;;;770;6;2;1131;1080;
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;;total;intercalaires;;;;780;4;8;1147;1085;
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;;;1,547,626;;;;790;3;5;1166;1097;
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;;ADN long;8,234,322;;;;800;1;6;1170;1098;
6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;;%;18.8;;;;810;8;4;1177;;
34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;;;;;;;820;3;4;1189;;
28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;;non RNA;8;;;;830;7;4;1208;;
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;;;;;;;840;1;3;1211;;
;;;;;;;;-46;1;0;270;63;;;;;;;850;3;4;1225;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;;;;;;;860;4;1;1228;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;;;;;;;870;7;4;1230;;
;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;;;;;;;880;4;6;1262;;
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;;;;;;;890;5;4;1271;;
;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;;;;;;900;3;4;1302;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;;;;;;;70;76;1375;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1409;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1422;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1435;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1445;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1447;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1468;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1484;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1586;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1591;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1653;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1658;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1715;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1724;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1761;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1852;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1897;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2111;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2137;;

npu autres intercalaires aas

Lien tableau: npu autres intercalaires aas
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autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj
;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj
deb;;CDS;504299;505384;216;*;
;;tRNA;505601;505673;615;*;ata
fin;;CDS;506289;507815;;;
deb;;CDS;727418;728587;5;*;
;;tRNA;728593;728664;231;*;other
fin;;CDS;728896;730239;;;
deb;comp;CDS;777899;778429;34;*;
;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt
fin;comp;CDS;778576;779829;;;
deb;;CDS;878016;878609;384;*;
;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc
fin;;CDS;879270;879491;;;
deb;comp;CDS;954493;955170;72;*;
;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga
fin;;CDS;955672;956331;;;
deb;;CDS;1054005;1054811;290;*;
;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga
fin;comp;CDS;1055223;1056383;;;
deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*;
;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other
;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other
fin;;CDS;1083187;1084788;;;
deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*;
;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg
fin;;CDS;1175983;1176855;;;
deb;;CDS;1380042;1380593;226;*;
;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc
fin;;CDS;1381012;1381380;;;
deb;;CDS;1440092;1440529;705;*;
;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other
fin;;CDS;1441450;1441650;;;
deb;;CDS;1442145;1442867;32;*;
;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc
fin;;CDS;1443337;1444770;;;
deb;;CDS;1484155;1484853;46;*;
;;ncRNA;1484900;1485316;115;*;
fin;;CDS;1485432;1486151;;;
deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*;
;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac
fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0;
deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*;
;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489
;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc
;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca
;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887
;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118
fin;comp;CDS;2026732;2026957;;;
deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*;
;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac
fin;;CDS;2305712;2308132;;0;
deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*;
;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta
fin;;CDS;3373923;3374555;;;
deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*;
;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc
fin;comp;CDS;3435881;3436813;;;
deb;;CDS;3438597;3439685;102;*;
;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa
;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other
;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac
;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca
;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca
;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf
;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta
;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg
;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc
;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg
;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca
;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta
;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg
;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa
;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag
;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac
;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca
;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt
;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc
;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac
;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa
;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg
;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi
;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc
;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other
;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac
fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0;
deb;;CDS;3448311;3448919;80;*;
;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa
fin;;CDS;3449400;3451319;;;
deb;;CDS;3675128;3675659;409;*;
;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca
fin;comp;CDS;3676203;3676421;;;
deb;;CDS;4538041;4538745;151;*;
;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg
fin;;CDS;4539176;4540357;;0;
deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*;
;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca
fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0;
deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*;
;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*;
fin;comp;CDS;5114076;5115230;;;
deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*;
;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf
fin;comp;CDS;5428065;5429018;;;
deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*;
;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc
fin;comp;CDS;5482138;5482332;;;
deb;;CDS;5510568;5511620;319;*;
;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118
;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890
;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca
;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc
;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489
fin;;CDS;5517435;5517515;;0;
deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*;
;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi
fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0;
deb;;CDS;5573827;5574450;93;*;
;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca
fin;;CDS;5574961;5575881;;;
deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*;
;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac
fin;comp;CDS;5656038;5656589;;;
deb;;CDS;5688669;5689538;75;*;
;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc
fin;comp;CDS;5690353;5692080;;;
deb;;CDS;5756596;5757801;66;*;
;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg
fin;comp;CDS;5758078;5758233;;;
deb;;CDS;6022666;6023613;294;*;
;;tmRNA;6023908;6024297;537;*;
fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0;
deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*;
;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other
fin;;CDS;6050948;6051328;;;
deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*;
;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg
fin;comp;CDS;6077435;6078040;;;
deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*;
;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489
;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc
;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca
;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889
;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118
fin;comp;CDS;6090523;6090720;;;
deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*;
;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118
;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889
;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca
;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc
;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489
fin;;CDS;6504777;6505643;;0;
deb;;CDS;6889916;6890785;61;*;
;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa
fin;comp;CDS;6891213;6892148;;;
deb;;CDS;6948457;6949644;162;*;
;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta
fin;;CDS;6950202;6950609;;0;
deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*;
;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc
fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0;
deb;;CDS;7066111;7067829;232;*;
;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa
fin;comp;CDS;7068404;7069606;;;
deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*;
;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg
fin;comp;CDS;7072224;7073345;;;
deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*;
;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg
fin;;CDS;7076598;7077374;;0;
deb;;CDS;7130044;7131132;131;*;
;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg
fin;;CDS;7131369;7131662;;0;
deb;;CDS;7224805;7225167;146;*;
;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg
fin;;CDS;7225765;7225986;;;
deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*;
;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*;
fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0;
deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*;
;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc
fin;;CDS;7348852;7349475;;;
deb;;CDS;7506243;7506593;747;*;
;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc
fin;comp;CDS;7507465;7507830;;;
deb;;CDS;7517041;7519347;167;*;
;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj
fin;comp;CDS;7519890;7520066;;;
deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*;
;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag
fin;comp;CDS;7572740;7574992;;;
deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*;
;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca
fin;;CDS;7611395;7612312;;0;
deb;;CDS;7936008;7936736;65;*;
;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg
fin;;CDS;7937312;7938874;;;
deb;;CDS;7973321;7973482;70;*;
;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc
;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac
fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0;
deb;;CDS;7975047;7975976;100;*;
;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca
fin;;CDS;7976536;7978545;;;

Intergen51. npu. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. npu les différents types d'intercalaires.

pmg

pmg opérons

Lien tableau: pmg opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;;
comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;;
comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;;
;75867..77216;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;;
;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;;
;133396..133845;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;;
comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;;
;240592..241041;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;;
comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;;
;259082..259333;;CDS;;;;;;84;;
;;;;;;;;;;;
comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;;
comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;;
;274272..274832;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;;
comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;;
comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;;
;;;;;;;;;;;
;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;;
comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;;
comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;;
;322592..324074;;16s;;125;;;;;;
;324200..324273;;atc;;12;;;12;;;
;324286..324358;;gca;;256;;;;;;
;324615..327496;;23s;;60;;;;;;
;327557..327673;;5s;;43;43;;;;;
comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;;
;;;;;;;;;;;
comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;;
comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;;
comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;;
;355522..355962;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;;
comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;;
comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;;
comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;;
comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;;
;;;;;;;;;;;
;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;;
;522597..522682;;tta;;78;78;;;;;
;522761..522994;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;;
comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;;
;610638..611399;;CDS;;;;;;254;;
;;;;;;;;;;;
;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;;
comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;;
comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;;
;;;;;;;;;;;
comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;;
;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;;
;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;;
;;;;;;;;;;;
;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;;
;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;;
;869384..869671;;CDS;;;;;;96;;
;;;;;;;;;;;
;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;;
;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;;
;911421..911810;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;;
comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;;
comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;;
;;;;;;;;;;;
comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;;
;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;;
;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;;
;;;;;;;;;;;
;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;;
;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;;
comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;;
comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;;
comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;;
;;;;;;;;;;;
comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;;
;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;;
;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;;
;;;;;;;;;;;
;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;;
comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;;
comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;

pmg cumuls

Lien tableau: pmg cumuls

pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74

pmg blocs

Lien tableau: pmg blocs

pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293

pmg remarques

Lien tableau: pmg remarques
code génétique de pmg

Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc; 
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

pmg distribution

Lien tableau: pmg distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;

pmg données intercalaires

Lien tableau: pmg données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;pmg;long;long
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;404;404
;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;;601;64;;10;acc;406;405
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;5s CDS;;16s tRNA;;**;tac;421;410
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;;43;125;atc;;;421;410
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;;;tRNA 23s;;;;421;419
2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;;;258;gca;;;441;430
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;;;tRNA tRNA;intra;;;458;435
;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;;;12;atc gca;;;459;445
1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;;;;;;;471;448
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;;;;;495;449
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;;;;;508;450
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;;;;;523;461
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;;CDS-CDS;inf 50;;540;467
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;;intercalaire;;;560;478
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;;c-;x-;;560;484
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;;-65;-67;;566;518
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;;-59;-61;;574;676
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;;total;intercalaires;;579;679
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;;;149,5;;625;690
2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;;ADN long;1641879;;638;696
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;;%;9.1;;638;1643
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;;;;;800;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;;non RNA;10;;901;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;;;;;950;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;;;;;987;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;;;;;1051;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;;;;;1208;
;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;;;;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;;;;;;
;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;;;;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;;;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;;;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;;;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;;;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;;;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;;;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;;;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;;;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;;;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;;;;;;
1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;;;;;;;;;;
26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;;;;;;;;;;
24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;;;;;;;;;;
2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;;;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;;;;;;
;;;;;;1884;;total;96;157;;;;;;;;;;

pmg autres intercalaires aas

Lien tableau: pmg autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;pmg;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;65120;66082;306;*;
;comp;tmRNA;66389;66662;44;*;
fin;;CDS;66707;67831;;0;
deb;comp;CDS;74235;75521;4;*;
;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt
fin;;CDS;75867;77216;;0;
deb;;CDS;132034;132708;49;*;
;;tRNA;132758;132829;566;*;aac
fin;;CDS;133396;133845;;;
deb;comp;CDS;239249;240253;185;*;
;;tRNA;240439;240520;71;*;cta
fin;;CDS;240592;241041;;;
deb;comp;CDS;257573;258844;77;*;
;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt
fin;;CDS;259082;259333;;;
deb;comp;CDS;272771;274039;18;*;
;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi
fin;;CDS;274272;274832;;;
deb;;CDS;305431;305850;87;*;
;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc
fin;comp;CDS;306102;307331;;;
deb;;CDS;313891;314472;178;*;
;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca
fin;comp;CDS;314788;315123;;;
deb;comp;CDS;320549;321988;601;*;
;;rRNA;322590;324074;125;*;1483
;;tRNA;324200;324273;12;*;atc
;;tRNA;324286;324358;258;*;gca
;;rRNA;324617;327492;64;*;2882
;;rRNA;327557;327673;43;*;117
fin;comp;CDS;327717;328595;;;
deb;comp;CDS;354976;355167;88;*;
;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc
;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac
fin;;CDS;355522;355962;;;
deb;comp;CDS;434230;435660;17;*;
;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac
deb;comp;CDS;435901;436095;35;*;
;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg
fin;comp;CDS;436257;436595;;;
deb;;CDS;521448;522497;99;*;
;;tRNA;522597;522682;78;*;tta
fin;;CDS;522761;522994;;;
deb;comp;CDS;609397;609897;249;*;
;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca
fin;;CDS;610638;611399;;0;
deb;;CDS;656308;657498;17;*;
;;ncRNA;657516;657700;162;*;
fin;;CDS;657863;658162;;;
deb;;CDS;774440;775240;210;*;
;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc
fin;comp;CDS;775552;776280;;;
deb;comp;CDS;828018;828392;49;*;
;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc
fin;;CDS;828743;830740;;;
deb;;CDS;868731;869213;29;*;
;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj
fin;;CDS;869384;869671;;;
deb;;CDS;909742;910707;45;*;
;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf
fin;;CDS;911421;911810;;;
deb;;CDS;996073;996609;16;*;
;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa
fin;comp;CDS;996740;997858;;0;
deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*;
;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa
fin;;CDS;1040897;1041004;;0;
deb;;CDS;1044863;1045423;276;*;
;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca
fin;comp;CDS;1045962;1046666;;;
deb;;CDS;1134197;1134427;251;*;
;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg
fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0;
deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*;
;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga
fin;;CDS;1164647;1165600;;0;
deb;;CDS;1212124;1212894;58;*;
;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc
fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0;
deb;;CDS;1253753;1255123;525;*;
;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg
fin;;CDS;1255736;1256911;;;
deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*;
;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac
fin;;CDS;1261061;1262455;;;
deb;;CDS;1264859;1265974;12;*;
;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*;
fin;;CDS;1266131;1266904;;1;
deb;;CDS;1275239;1277272;0;*;
;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga
fin;;CDS;1277456;1278802;;;
deb;;CDS;1308006;1308797;50;*;
;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc
fin;;CDS;1308987;1309604;;;
deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*;
;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg
fin;;CDS;1420120;1420440;;;
deb;;CDS;1453287;1454075;35;*;
;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc
fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0;
deb;;CDS;1472925;1473932;94;*;
;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa
fin;;CDS;1474115;1474891;;;
deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*;
;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg
fin;comp;CDS;1486812;1487258;;;
deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*;
;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc
fin;comp;CDS;1501649;1501816;;;
deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*;
;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg
;;ncRNA;1518319;1518700;21;*;
fin;;CDS;1518722;1519471;;0;
deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*;
;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*;
fin;comp;CDS;1527743;1527955;;;
deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*;
;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc
fin;comp;CDS;1554812;1555288;;;
deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*;
;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta
fin;;CDS;1601425;1602279;;;

Intergen51. pmg. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. pmg les différents types d'intercalaires.

pmg intercalaires positifs S+

Lien tableau: pmg intercalaires positifs S+
Tableaux

pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.

;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158

cyano synthèse

cyano données intercalaires

Lien tableau: cyano données intercalaires

Les cyanobactéries;;npu;pmg;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 240;;;Ft: 163;Ici: 59;Reste: 18;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;tRNA in;;tRNA hors;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;;315;149;43;;4;61;1;125;1;258;1;12;1;1;
fxt;fct;cyano;fx;fc;cyano;fx40;fc40;cyano;x-;c-;;;317;;68;;1;64;4;131;4;260;4;82;4;3;
3;40;12;268;4;5;51;-6;0;1;713;;;317;;176;;;;;;;;;;4;4;
3;60;21;206;6;5;47;-8;9;204;216;;;601;;319;;;;;;;;;;2;5;
5;80;38;196;8;3;42;-10;0;0;474;;;676;;;;;;;;;;;;5;6;
8;100;51;192;10;1;43;-12;3;0;234;;;;;;;;;;;;;;;2;7;
1;120;47;187;12;1;40;-14;0;9;706;;;5;1;4;;5;;5;;5;;5;;1;8;
10;140;54;165;14;4;28;-16;0;47;70;;;;;;;;;;;;;;;2;10;
7;160;51;192;16;2;27;-18;0;0;319;;;;;;;;;;;;;;;1;11;
1;180;29;171;18;1;39;-20;0;8;401;;;;;;;;;;;;;;;1;44;
8;200;35;160;20;4;31;-22;2;38;354;;;;;;;;;;;;;59;;1;48;
1;220;22;195;22;1;34;-24;0;0;107;;;;;;;;;;;;;;;1;62;
2;240;32;161;24;2;31;-26;1;14;103;;;;;;;;;;;;;;;1;81;
3;260;28;118;26;0;29;-28;0;29;136;;;;;;;;;;;;;;;1;88;
1;280;22;136;28;1;29;-30;1;1;325;;;;;;;;;;;;;;;1;156;
7;300;28;114;30;2;27;-32;0;7;954;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;320;30;112;32;1;19;-34;1;18;172;;;;;;;;;;;;;;;28;;
2;340;26;113;34;1;27;-36;1;0;246;;;;;;;;;;;;;;;1;-1;c npu
2;360;21;90;36;2;20;-38;0;1;397;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;380;22;84;38;1;25;-40;1;11;200;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;400;20;74;40;1;27;-42;0;0;156;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;420;19;60;42;0;17;-44;0;2;1956;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;440;12;70;44;4;12;-46;0;6;456;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;460;17;77;46;0;15;-48;0;0;716;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;480;19;57;48;0;18;-50;0;4;417;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;500;16;65;50;0;16;-52;0;11;181;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;520;14;76;52;2;25;-54;0;0;751;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;540;17;55;54;5;26;-56;0;4;280;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;560;9;54;56;4;27;-58;0;1;719;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;580;11;49;58;4;24;-60;0;0;604;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;600;12;51;60;2;26;-62;0;2;370;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;620;12;43;62;4;16;-64;0;4;150;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;640;10;46;64;1;21;-66;0;0;113;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;660;10;36;66;3;19;-68;0;0;507;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;680;5;39;68;5;8;-70;0;6;155;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;700;4;43;70;2;17;-72;0;0;118;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;720;11;43;72;7;27;-74;0;4;160;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;740;6;22;74;3;19;-76;0;5;153;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;760;2;36;76;2;23;-78;0;0;111;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;780;3;17;78;5;25;-80;0;1;329;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;800;5;31;80;6;21;-82;0;2;145;;;;;;;;;;;;;;;;;
15;0;146;607;0;877;3841;-84;0;0;171;;;;;;;;;;;;;;;;;
103;0;980;4947;0;979;4947;-86;0;1;61;;;;;;;;;;;;;;;;;
87;0;829;4291;0;97;1057;-88;0;2;162;;;;;;;;;;;;;;;;;
289;16380;59;;;;;;0;0;313;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;0;270;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;1;39;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;109;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;20;;;;;;0;0;95;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;282;13;2555;0;0;;0;2;146;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;8575;;;;1;24;378;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;0;;;;20;559;127;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;0;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;

cyano distribution par génome

Lien tableau: cyano distribution par génome

cyano distribution du total

Lien tableau: cyano distribution du total

cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10

cyano distribution par type

Lien tableau: cyano distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;

cyano par rapport au groupe de référence

Lien tableau: cyano par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;

cyano, estimation des -rRNAs

Lien tableau: cyano, estimation des -rRNAs

actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est  2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946

bacteroide

myr

myr opérons

Lien tableau: myr opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
>;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
<;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;

myr cumuls

Lien tableau: myr cumuls

myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78

myr blocs

Lien tableau: myr blocs

myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;

myr remarques

Lien tableau: myr remarques
code génétique de myr

myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

myr distribution

Lien tableau: myr distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;

myr données intercalaires

Lien tableau: myr données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;reste;Sup 600;reste;Sup 800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long;long
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;myr;fx;fc;fx;fc;fx;fc
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;400;834;2093;607;601;804;803
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;2* 109;;30;gta;52;cgt;410;9;6;607;610;817;805
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;105;;30;gta;**;cgt;420;8;4;607;619;821;812
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;2* 108;;30;gta;22;tgc;430;1;10;610;627;823;831
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;3* 107;;42;gta;22;tgc;440;5;4;616;629;838;833
2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s CDS;;16s tRNA;;**;gta;22;tgc;450;8;10;622;630;874;846
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;259;158;3* 80;atc;31;aga;22;tgc;460;6;3;630;630;907;860
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;165;;81;atc;7;cca;**;tgc;470;6;8;637;631;912;888
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;156;;3* 82;atc;**;agc;26;cac;480;2;8;640;649;925;890
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;279;;79;atc;90;ctc;25;cac;490;5;6;640;655;937;890
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;5s 16s;;tRNA 23s;;34;aaa;24;cac;500;2;3;648;656;978;896
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;266;;6*151;gca;39;aaa;**;cac;510;4;5;653;658;1001;909
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;265;;2* 119;gca;48;aaa;49;tac;520;3;2;659;658;1003;909
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;267;;tRNA 16s;;36;aaa;51;tac;530;5;4;673;659;1007;918
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;;;90;aac;**;aaa;44;tac;540;1;2;683;660;1022;928
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;;;tRNA tRNA;intra;36;aca;**;tac;550;5;2;690;664;1074;953
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;;;7* 91;atc gca;41;aca;83;aga;560;2;4;702;666;1121;956
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;;;93;atc gca;42;aca;**;aga;570;1;6;704;667;1149;981
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;;;;;41;aca;39;cca;580;4;0;705;668;1210;986
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;;;;;**;aca;10;cca;590;2;4;705;670;1218;997
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;;;;;40;gaa;**;agc;600;2;4;719;676;1353;997
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;;;;;37;gaa;;;;65;85;727;679;1544;1020
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;;;;;38;gaa;;;;;;735;685;2069;1045
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;;;;;38;gaa;;;;;;735;692;;1079
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;;;;;38;gaa;CDS-CDS;inf 50;;;;737;692;;1092
1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;;;;;**;gaa;intercalaire;;;;;737;701;;1157
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;;;;;20;acc;c-;x-;;;;741;704;;1180
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;;;;;30;tac;néant;-68;;;;744;705;;1274
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;;;;;**;aca;total;intercalaires;;;;754;707;;1283
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;;;;;37;gga;;538,974;;;;756;708;;1312
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;;;;;37;gga;ADN long;4,155,464;;;;756;709;;1661
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;;;;;37;gga;%;13.0;;;;757;714;;1824
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;;37;gga;;;;;;758;719;;1978
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;;37;gga;non RNA;24;;;;764;720;;2764
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;;**;gga;;;;;;767;721;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;;221;caa;;;;;;768;731;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;;**;caa;;;;;;778;734;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;;373;aac;;;;;;786;735;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;;**;aac;;;;;;788;736;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;;151;gac;;;;;;792;739;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;;202;gac;;;;;;800;740;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;;**;gac;;;;;;800;752;;
33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;;186;cta;;;;;;;769;;
28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;;**;cta;;;;;;;771;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;150;;;;;;24;atgi;;;;;;;773;;
;;;;;;;;-46;0;1;595;;;;;;**;atgi;;;;;;;775;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;341;tta;;;;;;;780;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;**;tta;;;;;;;789;;
;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;;9;tta;;;;;;;789;;
;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;;**;ggc;;;;;;;797;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;;35;ttc;;;;;;;797;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;;26;ttc;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;ttc;;;;;;;;;

myr autres intercalaires aas

Lien tableau: myr autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;myr;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;151454;152776;273;*;
;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca
fin;comp;CDS;153343;154476;;;
deb;comp;CDS;171836;174145;177;*;
;comp;regulatory;174323;174510;162;*;
fin;;CDS;174673;175134;;0;
deb;;CDS;211346;212332;123;*;
;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta
;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta
;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta
;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta
;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta
fin;comp;CDS;213058;214275;;;
deb;comp;CDS;294948;295334;146;*;
;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga
;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca
;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc
fin;;CDS;296032;297210;;;
deb;;CDS;327067;328053;115;*;
;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa
deb;;CDS;328708;328866;73;*;
;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc
;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa
;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa
;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa
;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa
;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa
fin;;CDS;329763;330281;;1;
deb;comp;CDS;353908;354384;259;*;
;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s
;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s
;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca
;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc
;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s
;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s
;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s
;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca
;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc
;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s
fin;comp;CDS;365786;366973;;;
deb;comp;CDS;407344;408819;144;*;
;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca
;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca
;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca
;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca
;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca
fin;comp;CDS;409575;409838;;;
deb;comp;CDS;539601;541829;209;*;
;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other
fin;comp;CDS;542191;543285;;0;
deb;comp;CDS;550792;551043;40;*;
;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa
;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa
;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa
;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa
;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa
;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa
fin;comp;CDS;551782;553257;;0;
deb;comp;CDS;571079;574315;165;*;
;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s
;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s
;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca
;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc
;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s
;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s
;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s
;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca
;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc
;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s
fin;comp;CDS;585979;586545;;;
deb;comp;CDS;719558;719755;16;*;
;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg
deb;comp;CDS;719903;721090;58;*;
;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc
;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac
;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca
fin;comp;CDS;721519;721818;;;
deb;;CDS;781522;782178;76;*;
;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf
fin;;CDS;782424;782978;;0;
deb;comp;CDS;783008;783451;332;*;
;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf
fin;comp;CDS;783970;785886;;;
deb;comp;CDS;814859;815281;544;*;
;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga
fin;comp;CDS;815910;816362;;0;
deb;;CDS;868515;869267;40;*;
;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga
;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga
;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga
;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga
;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga
;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga
fin;;CDS;870173;870646;;;
deb;;CDS;887776;888255;96;*;
;;regulatory;888352;888451;64;*;
fin;;CDS;888516;888722;;;
deb;comp;CDS;900643;902784;77;*;
;comp;regulatory;902862;902950;75;*;
fin;comp;CDS;903026;903424;;;
deb;;CDS;1010425;1011210;95;*;
;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa
;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa
fin;;CDS;1011852;1015055;;;
deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*;
;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg
fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0;
deb;;CDS;1113809;1114273;158;*;
;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s
;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s
;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca
;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc
;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s
;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s
;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s
;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca
;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc
;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s
;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac
fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0;
deb;;CDS;1214932;1215615;104;*;
;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc
fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0;
deb;;CDS;1391184;1391825;85;*;
;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac
;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac
fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0;
deb;;CDS;1597909;1598226;635;*;
;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac
;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac
;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac
fin;comp;CDS;1599612;1600157;;;
deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*;
;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*;
fin;comp;CDS;1607085;1607525;;;
deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*;
;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta
;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta
fin;;CDS;1645276;1646115;;;
deb;;CDS;1721814;1722689;66;*;
;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg
fin;comp;CDS;1722878;1723252;;;
deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*;
;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi
;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi
fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0;
deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*;
;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta
;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta
fin;;CDS;1927015;1927368;;;
deb;;CDS;1928728;1929714;125;*;
;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta
deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*;
;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta
;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc
fin;comp;CDS;1930922;1933519;;;
deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*;
;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc
;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc
;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc
fin;comp;CDS;1963080;1964066;;;
deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*;
;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s
;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc
;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca
;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s
;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s
fin;;CDS;2089086;2089943;;;
deb;;CDS;2147912;2148241;286;*;
;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt
;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt
fin;;CDS;2148800;2149288;;;
deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*;
;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf
deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*;
;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj
fin;;CDS;2209975;2210361;;;
deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*;
;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*;
fin;comp;CDS;2225810;2226118;;;
deb;;CDS;2302059;2303552;133;*;
;;regulatory;2303686;2303879;199;*;
fin;;CDS;2304079;2304477;;;
deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*;
;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca
fin;;CDS;2427624;2428565;;;
deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*;
;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj
fin;;CDS;2435619;2436269;;0;
deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*;
;;ncRNA;2506290;2506388;93;*;
fin;comp;CDS;2506482;2507468;;;
deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*;
;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s
;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc
;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca
;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s
;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s
fin;;CDS;2569751;2571682;;1;
deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*;
;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*;
fin;;CDS;2641765;2642745;;;
deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*;
;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca
fin;;CDS;2679438;2681390;;;
deb;;CDS;2729998;2731122;20;*;
;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc
;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc
;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc
;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc
;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc
fin;;CDS;2731880;2732548;;1;
deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*;
;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta
fin;comp;CDS;2978554;2978928;;;
deb;;CDS;3228192;3228908;79;*;
;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac
;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac
;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac
;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac
fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0;
deb;;CDS;3299472;3300458;99;*;
;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*;
fin;;CDS;3301177;3302400;;;
deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*;
;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca
fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0;
deb;;CDS;3457542;3458360;150;*;
;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac
;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac
;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac
;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac
fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0;
deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*;
;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*;
fin;;CDS;3477177;3479327;;0;
deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*;
;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*;
fin;;CDS;3490278;3492428;;0;
deb;;CDS;3951958;3953367;595;*;
;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga
;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga
fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0;
deb;;CDS;3975219;3976205;99;*;
;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca
;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca
;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc
fin;;CDS;3977553;3978161;;;
deb;;CDS;4054689;4055261;76;*;
;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*;
fin;;CDS;4055928;4056746;;;

Intergen51. myr. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. myr les différents types d'intercalaires.

myr intercalaires positifs S+

Lien tableau: myr intercalaires positifs S+
Tableaux

myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0
total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0
diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1
 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282

fps

fps opérons

Lien tableau: fps opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;;
comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;;
comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;;
;;;;;;;;;;;
;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;;
comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;;
comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;;
;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;;
comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;;
;192053..193441;;CDS;;;;;;463;;
;;;;;;;;;;;
comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;;
comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;;
comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;;
;;;;;;;;;;;
comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;;
comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;;
comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;;
;;;;;;;;;;;
comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;;
;374503..374576;;caa;;47;47;;;;;
comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;;
;;;;;;;;;;;
comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;;
comp;466843..466920;;cca;;163;163;;;;;
;467084..468346;;CDS;;;;;;421;;
;;;;;;;;;;;
;507944..508621;;CDS;;1042;*1042;;;226;;
;509664..511163;;16s;;110;;;;1500;;
;511274..511350;;atc;;158;;;158;;;
;511509..511585;;gca;;213;;;;;;
;511799..514683;;23s;;156;;;;2885;;
;514840..514945;;5s;;204;204;;;106;;
;515150..515902;;CDS;;;;;;251;;
;;;;;;;;;;;
;596537..597679;;CDS;;312;312;;;381;;
comp;597992..598074;;ctc;+;40;;40;;;;
comp;598115..598190;;aaa;2 aaa;23;;23;;;;
comp;598214..598289;;aaa;;128;128;;;;;
;598418..598936;;CDS;;;;;;173;;
;;;;;;;;;;;
;642117..643595;;CDS;;91;91;;;493;;
;643687..643758;;gaa;+;31;;31;;;;
;643790..643864;;gaa;2 gaa;162;162;;;;;
;644027..644278;;CDS;;1149;*1149;;;84;;
;645428..646927;;16s;;110;;;;1500;;
;647038..647114;;atc;;158;;;158;;;
;647273..647349;;gca;;213;;;;;;
;647563..650447;;23s;;156;;;;2885;;
;650604..650709;;5s;;931;*931;;;106;;
;651641..653437;;CDS;;;;;;599;;
;;;;;;;;;;;
;726614..727399;;CDS;;207;207;;;262;;
comp;727607..727684;;gta;;81;81;;;;;
comp;727766..728980;;CDS;;;;;;405;;
;;;;;;;;;;;
;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;;
comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;;
comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;;
;;;;;;;;;;;
;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;;
;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;;
;897383..897955;;CDS;;;;;;191;;
;;;;;;;;;;;
comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;;
;984298..984384;;agc;;15;;15;;;;
;984400..984477;;cca;;30;;30;;;;
;984508..984584;;aga;;93;93;;;;;
;984678..985880;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;;
;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;;
;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;;
;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;;
;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;;
;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;;
comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;;
comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;;
comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;;
comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;;
comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;;
comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;;
;;;;;;;;;;;
;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;;
;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;;
;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;;
comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;;
comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;;
comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;;
comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;;
comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;;
;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;;
comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;;
comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;;
comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;;
comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;;
;;;;;;;;;;;
comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;;
comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;;
comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;;
;;;;;;;;;;;
comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;;
;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;;
;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;;
;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;;
;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;;
;;;;;;;;;;;
comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;;
comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;;
comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;;
comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;;
;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;;
;;;;;;;;;;;
;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;;
;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;;
comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;;
comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;;
comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;;
comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;;
comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;;
;;;;;;;;;;;
;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;;
;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;;
;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;;
comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;;
comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;;
comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;;
comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;;
comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;;
comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;;
comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;;
comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;

fps cumuls

Lien tableau: fps cumuls

fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78

fps blocs

Lien tableau: fps blocs

fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418

fps remarques

Lien tableau: fps remarques
code génétique fps

fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

fps données intercalaires

Lien tableau: fps données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;;Sup 400;Sup 600;Sup 400;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;fps;long;long;long;long
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;fx;fx;fc;fc
;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;;hors bloc;417;603;401;601
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;1035;1075;6* 154;;;296;ttg;418;604;402;607
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;1142;1269;16s tRNA;;**;;cta;425;605;402;612
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;1563;;6* 105;atc;43;;ctc;425;608;403;613
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;1003;;tRNA 23s;;26;;aaa;426;616;407;636
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;5s CDS;;6* 214;gca;**;;aaa;428;622;412;652
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;202;268;tRNA tRNA;intra;31;;gaa;436;625;412;665
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;;280;6* 161;atc gca;**;;gaa;443;626;415;676
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;;268;;;15;;agc;444;630;416;680
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;;114;;;33;;cca;445;646;420;686
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;;286;;;**;;aga;457;646;421;686
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;;;;;34;;atgf;462;657;433;693
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;;;;;**;;atgf;477;658;437;694
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;;;;;43;;ggc;479;668;442;705
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;;;;;**;;tta;489;689;446;731
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;;;;;86;;acc;491;703;448;744
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;;;;;141;;tac;492;703;448;746
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;;;;;**;;aca;494;705;451;772
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;;;;;;;;501;729;451;799
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;;CDS-CDS;inf 50;;;;;510;737;454;801
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;;intercalaire;;;;;;513;742;454;813
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;;c-;x-;;;;;516;750;458;828
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;;-68;néant;;;;;516;759;463;833
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;;total;intercalaires;;;;;520;767;464;859
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;351,518;;;;;530;773;465;863
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;ADN long;2,860,382;;;;;534;800;475;867
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;%;12.3;;;;;550;850;476;894
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;;;;;;553;851;476;904
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;non RNA;14;;;;;554;898;479;915
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;;;;;;562;937;483;1011
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;;;;;;562;983;484;1014
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;;;;;;;;;;565;1471;485;1033
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;;;;;;;;;;566;2984;492;1090
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;;;;;;;;;;567;;517;1114
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;;;;;;;;;;570;;517;1175
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;;573;;519;1258
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;;;;;;;;;;575;;522;1260
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;;585;;522;1324
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;;;;;;;;;;587;;522;1341
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;;;;;;;;;;594;;522;1453
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;;;;;;;;;598;;523;1668
;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;;;;;;;;;600;;530;1996
23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;;;;;;;;;;;540;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;;;;;;;;;;;544;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;546;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;550;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;559;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;563;
;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;566;
;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;572;
;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;;;;;;;;;574;
;;;;;;2550;;total;42;206;;;;;;;;;;;;576;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;578;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;583;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;585;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;587;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;588;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;590;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;598;

fps autres intercalaires aas

Lien tableau: fps autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;

Intergen51. fps. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. fps les différents types d'intercalaires.

fps distribution

Lien tableau: fps distribution

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;

bacteroide synthèse

bacteroide données intercalaires

Lien tableau: bacteroide données intercalaires

Les bacteroidites;;myr;fps;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 313;;;Ft: 133;Ici: 142;Reste: 38;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;tRNA in;;tRNA 16s;;tRNA hors;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;688;1075;156;114;265;;1;105;1;79;2;119;7;91;90;;1;7;
fxt;fct;bac;fx;fc;bac;fx40;fc40;bac;;;;1003;1269;165;158;266;;3;107;1;81;6;151;1;93;;;1;9;
1;0;0;12;28;0;12;28;-1;0;131;;1035;;202;268;267;;2;108;3;80;6;214;6;161;;;1;10;
0;1;10;44;758;1;0;126;-2;1;0;;1071;;259;268;;;2;109;3;82;;;;;;;1;15;
0;3;20;21;359;2;10;128;-3;0;2;;1073;;279;280;;;6;154;6;105;;;;;;;1;20;
0;1;30;38;183;3;7;99;-4;31;106;;1104;;;286;;;;;;;;;;;;;4;22;
3;2;40;51;160;4;3;85;-5;0;0;;1142;;;;;;;;;;;;;;;;2;24;
4;1;50;62;144;5;2;62;-6;5;0;;1563;;;;;;;;;;;;;;;;1;25;
0;5;60;70;134;6;3;73;-7;0;13;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;26;
2;4;70;70;165;7;6;40;-8;0;62;;8;2;5;6;3;24;14;;14;;14;;14;;1;57;4;30;
1;7;80;76;159;8;4;48;-9;3;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;31;
0;10;90;53;168;9;2;43;-10;0;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;33;
5;5;100;67;144;10;7;54;-11;4;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;34;
3;3;110;51;123;11;3;55;-12;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;142;;1;35;
2;1;120;46;113;12;5;60;-13;2;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;36;
5;2;130;47;73;13;0;30;-14;1;36;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;37;
4;2;140;35;77;14;2;38;-15;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;
2;7;150;43;86;15;3;31;-16;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;39;
2;0;160;46;67;16;1;25;-17;2;25;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;40;
2;1;170;46;66;17;1;38;-18;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;
1;0;180;34;56;18;3;26;-19;1;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;42;
1;1;190;35;54;19;2;26;-20;2;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;43;
0;0;200;33;37;20;1;30;-21;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;44;
1;3;210;26;41;21;2;19;-22;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;
0;1;220;18;33;22;10;23;-23;0;11;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;49;
0;0;230;29;36;23;0;20;-24;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;51;
1;1;240;24;37;24;1;27;-25;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;52;
1;2;250;24;32;25;2;17;-26;0;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;83;
1;1;260;21;25;26;4;19;-27;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;86;
0;0;270;22;36;27;5;13;-28;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;90;
1;1;280;15;22;28;4;14;-29;1;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;141;
1;1;290;17;26;29;5;12;-30;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;151;
0;2;300;22;21;30;5;19;-31;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;186;
2;0;310;20;24;31;5;18;-32;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;202;
2;1;320;19;26;32;1;25;-33;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;221;
0;0;330;20;23;33;3;14;-34;1;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;341;
1;0;340;10;17;34;7;14;-35;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;373;
0;0;350;8;17;35;3;8;-36;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;60;;
1;0;360;12;16;36;11;16;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;0;370;9;9;37;3;9;-38;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;296;x fps
0;0;380;7;11;38;5;12;-39;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;0;390;8;8;39;5;21;-40;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;0;400;8;6;40;8;23;-41;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
4;8;reste;221;281;reste;1373;2414;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
56;77;total;;;;;;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;diagr;;;;;;-44;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;x;1528;62;12;;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;3873;488;28;;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;313;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;total;62;488;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

bacteroide distribution par génome

Lien tableau: bacteroide distribution par génome

bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150

bacteroide distribution du total

Lien tableur: bacteroide distribution du total

bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150

bacteroide distribution par type

Lien tableau: bacteroide distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;

bacteroide par rapport au groupe de référence

Lien tableau: bacteroide par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;

bacteroide, estimation des -rRNAs

Lien tableau: bacteroide, estimation des -rRNAs

bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est  12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059

Intergen51. bcts bde données intercalaires 200

Lien tableau: Intergen51. bcts bde données intercalaires 200; fc+400

fc200;bcts bde afn;;;;;;;;;;;
total;2412;2335;1700;;2273;1628;948;3999;980;919;1385;1000
gen;cvi;ade;ant;;myr;fps;pmg;npu;abra;apal;afn;scc
0;10;17;56;;13;15;34;15;12;10;9;6
1;58;35;109;;66;60;17;22;58;42;38;31
2;44;63;55;;78;50;27;24;40;26;25;27
3;42;55;56;;61;38;25;22;21;17;20;23
4;30;25;24;;56;29;26;16;29;14;28;7
5;25;19;22;;29;33;18;25;7;10;13;13
6;13;24;18;;42;31;23;17;6;4;9;4
7;18;26;14;;23;17;11;17;4;6;5;8
8;13;37;46;;32;16;11;16;15;10;7;11
9;41;51;88;;25;18;27;12;16;15;19;20
10;50;38;48;;23;31;14;17;12;19;16;20
11;42;32;43;;41;14;19;15;19;18;28;12
12;26;41;45;;46;14;14;17;33;23;46;15
13;35;39;32;;19;11;14;15;13;15;29;16
14;25;28;15;;27;11;6;23;11;16;22;16
15;21;26;19;;16;15;12;15;13;18;37;12
16;28;23;19;;19;6;10;9;7;9;24;8
17;19;16;12;;24;14;11;16;6;15;10;7
18;17;19;22;;19;7;11;9;11;18;25;15
19;18;14;16;;21;5;6;19;7;13;12;7
20;14;12;8;;19;11;13;14;7;12;15;12
21;16;12;16;;15;4;2;15;5;1;20;5
22;13;17;7;;15;8;7;5;7;5;13;6
23;7;13;6;;15;5;4;11;14;5;11;9
24;18;8;4;;18;9;8;10;4;6;9;8
25;10;14;4;;14;3;5;11;5;7;9;6
26;13;14;10;;10;9;6;19;5;7;6;9
27;7;9;5;;9;4;11;15;3;3;14;3
28;12;20;4;;12;2;9;18;1;0;10;5
29;13;7;12;;10;2;8;16;3;0;3;3
30;11;14;6;;12;7;11;15;4;3;10;1
31;17;13;8;;8;10;3;13;4;3;5;7
32;12;14;1;;14;11;9;12;6;6;5;2
33;12;15;8;;5;9;7;12;3;2;3;3
34;11;19;5;;9;5;1;7;1;5;5;8
35;9;11;5;;3;5;7;10;3;1;6;5
36;11;9;5;;10;6;11;16;6;1;3;5
37;9;15;6;;8;1;6;13;4;2;8;2
38;9;8;4;;7;5;6;17;3;6;3;7
39;10;6;7;;13;8;6;19;2;4;6;8
40;14;14;4;;6;17;8;13;2;4;4;2
41;11;9;6;;7;7;2;20;3;4;2;6
42;8;8;7;;3;6;5;13;3;2;6;5
43;14;11;8;;4;5;2;18;2;3;4;8
44;11;9;2;;9;8;6;14;6;4;1;4
45;9;9;3;;7;6;9;16;3;3;5;6
46;10;14;8;;4;8;2;7;3;4;9;2
47;10;7;7;;5;10;8;15;3;5;3;7
48;5;10;12;;2;8;3;14;3;2;2;5
49;10;9;3;;18;7;6;12;6;4;4;5
50;11;8;6;;9;11;7;13;3;4;2;4
51;9;9;9;;9;9;2;15;4;8;3;3
52;15;14;12;;8;9;5;15;7;2;5;3
53;9;6;9;;15;7;4;17;1;5;6;5
54;8;8;2;;5;7;7;20;4;7;7;3
55;9;11;8;;8;5;5;8;4;2;2;7
56;12;9;6;;5;6;5;8;3;6;5;2
57;12;13;2;;4;7;4;26;1;3;3;1
58;10;13;5;;5;6;3;13;2;4;5;0
59;11;11;10;;7;3;5;9;3;4;1;3
60;12;10;10;;3;6;5;11;2;0;7;4
61;13;10;13;;7;4;7;6;4;7;5;3
62;16;14;6;;8;11;5;13;5;3;5;4
63;17;13;9;;9;6;4;9;6;7;2;8
64;16;12;13;;5;7;5;14;3;3;6;4
65;13;22;10;;14;7;0;14;3;3;3;8
66;16;14;6;;11;6;8;10;5;4;4;3
67;19;12;4;;10;5;4;10;4;4;3;4
68;10;9;11;;10;6;7;14;6;4;8;5
69;19;14;5;;11;8;6;13;2;1;3;2
70;15;9;6;;13;7;4;12;4;1;3;3
71;18;16;9;;12;7;1;14;4;5;4;4
72;20;15;9;;4;6;5;13;3;5;4;2
73;9;12;3;;7;11;4;13;5;0;3;2
74;15;3;10;;12;9;5;14;2;4;8;4
75;18;9;11;;6;6;4;13;3;4;8;3
76;16;17;6;;10;9;3;15;5;1;0;5
77;16;4;9;;8;7;9;16;1;2;6;7
78;11;12;8;;6;8;4;21;9;4;3;6
79;10;7;12;;7;7;7;13;1;1;4;1
80;5;11;6;;8;9;4;14;2;3;1;4
81;7;9;7;;13;4;6;15;5;6;3;6
82;12;13;6;;4;7;5;11;4;3;5;2
83;8;6;8;;11;6;3;12;2;1;4;6
84;10;8;11;;8;7;8;12;2;1;7;2
85;6;7;6;;8;12;7;13;3;1;1;1
86;8;13;6;;9;10;1;15;1;2;3;4
87;8;13;6;;6;9;0;15;4;5;9;5
88;8;11;7;;13;3;5;13;4;4;2;3
89;10;12;10;;12;8;3;8;5;4;7;2
90;6;6;10;;12;6;4;15;2;4;4;5
91;12;7;4;;10;10;3;15;3;3;4;5
92;11;11;4;;13;3;2;7;4;2;4;4
93;5;12;4;;9;9;5;16;1;1;2;3
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95;6;8;5;;12;3;1;8;3;4;3;5
96;5;10;7;;6;0;5;18;3;4;2;0
97;11;10;10;;7;8;7;15;3;5;5;1
98;8;4;5;;8;6;3;13;1;6;3;2
99;9;6;4;;10;7;3;14;4;2;3;2
100;12;10;7;;3;6;1;14;1;3;7;4
101;10;12;5;;6;7;1;15;4;4;3;1
102;7;9;3;;8;3;2;17;3;2;2;3
103;8;6;5;;4;3;2;24;4;2;5;1
104;10;11;4;;7;7;2;16;2;2;4;5
105;6;6;4;;13;6;6;18;2;0;1;4
106;7;11;1;;8;3;3;15;5;1;2;2
107;7;9;5;;10;5;2;17;6;2;3;4
108;10;1;8;;6;7;5;13;2;3;3;1
109;6;8;2;;6;4;2;20;4;1;6;5
110;10;2;3;;5;5;2;13;3;7;3;5
111;13;11;1;;10;5;6;20;5;3;4;0
112;9;10;7;;11;3;3;10;1;3;6;3
113;5;2;4;;6;2;0;18;5;1;6;3
114;8;10;11;;7;3;1;5;0;1;3;1
115;7;9;7;;4;5;3;15;3;7;2;1
116;13;6;2;;7;4;3;12;3;3;4;2
117;7;7;4;;5;3;4;14;5;5;2;3
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119;4;12;5;;6;5;3;20;4;4;7;4
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121;5;11;2;;8;3;2;9;3;2;6;3
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123;4;7;6;;4;4;1;14;2;3;5;0
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139;10;4;5;;0;5;0;8;4;3;4;2
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142;5;4;3;;5;5;0;14;5;1;5;2
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144;2;6;5;;4;2;1;10;2;2;4;3
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148;5;2;2;;1;6;1;10;1;1;2;3
149;5;4;4;;10;5;0;15;1;1;4;3
150;4;6;1;;5;1;2;11;2;0;2;1
151;3;5;2;;4;4;2;8;5;2;3;2
152;3;3;2;;3;3;1;13;3;2;2;2
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154;8;2;0;;5;3;3;7;4;3;1;2
155;6;3;1;;2;0;1;10;1;1;3;4
156;7;3;2;;1;5;0;12;4;2;3;2
157;5;3;5;;4;5;3;10;2;2;2;2
158;3;3;2;;0;5;1;12;2;1;5;1
159;5;6;2;;3;4;0;11;0;3;2;1
160;2;2;3;;2;0;0;8;2;0;3;1
161;4;6;3;;5;1;0;9;0;1;4;2
162;6;7;3;;4;3;1;9;2;1;4;1
163;5;4;2;;4;7;0;14;1;2;3;1
164;4;2;1;;3;3;3;9;2;1;1;2
165;7;5;0;;6;4;0;16;1;2;6;1
166;2;5;1;;3;3;2;8;2;1;1;1
167;2;4;0;;2;4;0;9;0;0;2;0
168;9;5;0;;2;4;1;12;3;2;1;0
169;6;5;0;;2;3;1;4;1;0;1;3
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172;6;0;4;;2;1;0;10;2;3;0;1
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174;7;4;1;;2;8;2;5;0;3;5;2
175;7;4;2;;2;2;0;8;1;0;3;2
176;2;6;6;;5;3;1;14;2;3;2;3
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178;3;6;2;;3;0;0;1;2;0;5;1
179;2;5;1;;0;0;4;9;2;2;2;1
180;3;5;2;;6;4;0;10;0;1;2;3
181;7;8;1;;4;1;1;6;0;1;0;2
182;3;3;0;;2;3;0;11;0;2;1;0
183;8;8;1;;4;2;0;6;3;3;1;1
184;3;3;2;;2;5;0;11;2;0;0;0
185;4;5;0;;2;1;0;6;3;1;0;3
186;2;7;0;;3;3;1;10;1;2;2;2
187;2;3;2;;3;2;0;7;1;1;2;3
188;3;6;2;;2;2;0;10;1;3;2;2
189;2;5;3;;3;3;2;5;1;1;3;0
190;5;2;0;;4;3;1;7;2;0;2;0
191;4;5;2;;0;2;1;6;1;1;1;1
192;2;3;4;;2;2;0;8;3;3;1;3
193;2;2;1;;2;1;0;8;0;1;2;2
194;2;2;1;;3;0;0;10;2;0;2;5
195;2;1;1;;3;2;0;6;2;0;2;0
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197;1;0;2;;3;1;0;5;0;2;2;1
198;3;2;2;;6;1;0;7;1;1;0;1
199;4;3;1;;3;1;0;6;0;0;0;0
200;5;2;1;;1;1;0;6;0;3;0;1
201;2;4;1;;3;1;1;7;0;0;2;1
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212;4;3;0;;3;1;0;4;0;1;1;2
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214;2;4;1;;1;3;0;13;4;1;3;3
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219;1;0;2;;2;0;0;7;1;1;1;1
220;2;2;0;;2;1;0;4;0;1;2;0
221;3;4;0;;2;0;0;9;0;0;5;1
222;4;4;0;;1;1;1;7;0;0;2;3
223;2;5;0;;3;3;1;5;1;2;8;1
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225;0;0;2;;2;2;2;4;0;2;3;0
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227;0;0;2;;1;1;0;3;1;0;1;2
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230;4;0;1;;1;1;1;7;1;0;1;1
231;2;1;1;;2;1;0;3;0;2;1;0
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234;2;1;1;;1;2;1;8;0;1;5;1
235;1;3;0;;1;3;1;1;1;1;1;0
236;1;2;2;;4;3;1;7;1;0;4;1
237;1;1;1;;1;1;0;5;0;1;2;1
238;0;2;1;;4;2;0;7;0;0;1;2
239;2;4;0;;3;1;0;4;0;1;2;2
240;1;2;1;;2;2;0;7;0;1;3;0
241;1;2;2;;3;1;0;12;0;1;2;0
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257;2;3;1;;3;2;0;9;1;1;0;0
258;2;3;0;;2;0;1;5;0;0;4;0
259;1;1;1;;1;0;0;7;1;2;0;0
260;2;2;0;;2;0;1;9;0;2;1;0
261;0;0;0;;2;1;0;8;1;0;2;1
262;2;1;0;;2;2;0;5;0;0;1;2
263;2;3;0;;0;4;1;5;0;2;0;0
264;2;3;0;;2;1;0;5;1;0;2;0
265;3;3;0;;1;3;0;4;3;1;0;1
266;3;1;1;;4;1;1;5;1;0;3;1
267;1;1;1;;3;0;0;4;1;1;1;0
268;1;0;0;;2;0;0;8;0;0;1;3
269;4;0;0;;4;1;0;5;0;2;3;1
270;3;3;0;;2;1;0;4;0;0;3;0
271;1;1;0;;3;0;0;4;2;1;1;0
272;1;1;2;;1;4;1;8;1;0;1;0
273;2;1;0;;0;0;0;9;1;1;0;1
274;1;2;0;;1;3;0;8;1;0;0;1
275;2;3;2;;1;4;0;5;0;0;1;0
276;1;2;0;;0;1;0;4;1;0;1;1
277;0;0;1;;0;1;0;3;0;0;1;1
278;3;0;0;;1;0;0;1;0;2;2;3
279;1;0;0;;0;1;0;6;0;1;3;0
280;2;0;2;;1;0;0;5;0;0;0;0
281;0;1;2;;2;2;0;4;1;0;1;1
282;0;1;0;;4;3;1;4;0;0;0;1
283;3;0;0;;1;1;0;5;0;0;1;1
284;1;2;0;;2;0;0;3;0;0;1;0
285;0;1;0;;1;2;1;5;0;0;1;1
286;2;2;0;;0;1;0;8;1;0;1;1
287;2;1;0;;0;2;0;6;1;0;1;1
288;0;1;0;;4;1;0;8;0;0;0;1
289;3;0;0;;0;0;0;3;0;0;0;0
290;0;0;0;;0;0;0;1;0;0;0;1
291;2;1;1;;0;3;1;5;0;0;2;1
292;3;1;0;;1;1;0;8;0;1;2;1
293;1;0;0;;2;2;0;6;0;0;0;2
294;2;0;0;;0;0;0;5;0;0;0;0
295;2;1;0;;1;2;0;4;0;0;1;2
296;0;2;0;;2;0;0;2;0;0;1;0
297;1;0;0;;0;3;1;6;1;0;1;0
298;0;1;0;;0;1;1;2;0;2;1;0
299;1;1;1;;1;0;0;5;0;0;0;1
300;3;2;1;;1;1;0;5;0;0;1;1
301;0;1;0;;1;2;0;6;0;0;1;3
302;3;1;0;;1;0;0;2;0;0;1;0
303;1;1;0;;0;2;0;2;0;0;4;1
304;1;0;0;;2;2;0;4;0;0;0;1
305;3;0;0;;4;0;0;3;0;0;1;1
306;0;4;0;;2;0;1;3;0;0;2;1
307;0;0;0;;0;2;0;7;1;0;1;0
308;1;1;0;;0;2;0;8;0;0;0;0
309;0;2;0;;2;0;0;4;0;0;1;0
310;0;1;1;;0;2;0;3;0;1;0;1
311;1;1;1;;1;0;0;7;0;1;0;1
312;4;2;1;;3;3;0;4;1;0;1;2
313;2;0;0;;0;5;1;3;2;1;0;2
314;3;1;0;;0;0;1;3;0;1;0;0
315;0;1;0;;2;1;0;3;2;0;1;0
316;1;0;0;;2;0;1;5;0;0;0;1
317;0;0;0;;1;0;0;2;1;1;1;0
318;0;4;0;;3;0;0;2;0;0;0;3
319;0;0;0;;1;0;0;6;1;1;1;0
320;3;1;0;;3;1;1;7;1;1;0;1
321;0;1;0;;1;0;0;3;0;0;1;0
322;0;0;0;;0;1;1;1;0;0;0;0
323;1;2;1;;3;0;1;3;0;0;2;0
324;2;0;1;;1;2;0;1;0;2;1;0
325;0;1;0;;1;0;1;1;0;0;1;2
326;1;0;2;;1;2;0;4;0;0;0;0
327;1;0;0;;0;0;0;6;0;1;1;1
328;3;0;0;;1;2;0;6;0;0;0;1
329;1;1;0;;3;3;0;4;1;0;1;1
330;0;0;0;;0;2;0;4;1;1;1;1
331;0;0;1;;1;0;0;1;0;0;0;0
332;2;2;2;;0;2;0;3;0;0;1;0
333;1;0;0;;1;0;0;6;0;0;0;0
334;2;1;0;;2;1;1;6;0;0;1;1
335;2;1;0;;0;0;0;3;0;0;0;0
336;0;0;0;;1;3;0;4;0;0;1;0
337;0;0;0;;1;1;0;4;0;2;1;1
338;1;1;0;;0;1;0;0;0;0;0;0
339;0;2;1;;1;1;1;3;0;0;3;0
340;1;1;0;;0;1;0;7;1;0;1;1
341;1;0;0;;2;0;0;1;0;0;1;0
342;0;1;0;;2;2;0;2;0;1;2;0
343;1;0;0;;2;0;0;7;0;1;1;0
344;0;0;0;;2;1;0;5;0;0;1;2
345;1;1;0;;0;0;0;5;0;0;1;0
346;0;0;0;;2;0;0;5;0;0;0;1
347;1;0;0;;2;0;0;5;0;0;2;0
348;0;1;0;;0;1;0;5;1;1;0;1
349;1;0;0;;0;0;0;5;0;0;0;0
350;0;0;1;;0;1;0;3;0;1;1;2
351;0;2;1;;1;0;1;2;0;0;1;1
352;0;0;1;;3;2;0;2;1;0;0;0
353;0;1;0;;1;1;0;5;1;0;1;0
354;1;2;0;;0;1;0;5;0;0;1;0
355;0;1;0;;0;0;0;4;0;0;0;1
356;0;0;0;;1;0;0;7;0;0;2;0
357;0;0;1;;1;0;0;3;0;0;0;0
358;0;0;0;;1;2;0;5;0;0;2;1
359;3;1;0;;0;0;0;4;0;0;0;3
360;1;0;0;;1;1;0;5;0;0;1;1
361;1;1;0;;0;1;0;1;0;0;0;1
362;2;0;0;;0;1;1;5;1;0;1;0
363;1;0;0;;1;0;0;0;2;2;1;1
364;0;0;0;;1;0;1;3;0;0;3;1
365;3;0;1;;1;1;0;1;0;0;1;1
366;1;0;0;;0;0;0;2;0;0;2;0
367;0;0;0;;1;0;0;5;0;0;1;1
368;0;0;0;;0;0;0;1;1;0;0;0
369;2;0;0;;2;0;0;1;2;0;1;0
370;1;0;0;;0;0;0;1;0;0;0;0
371;0;0;0;;1;0;0;5;0;0;0;0
372;0;1;0;;0;0;0;2;0;0;0;0
373;1;0;0;;2;2;0;5;0;1;0;1
374;0;1;0;;2;0;0;2;0;0;0;2
375;2;0;0;;0;0;0;2;2;0;0;0
376;0;0;0;;1;1;2;4;0;0;1;2
377;0;0;0;;0;1;0;2;1;1;0;0
378;0;0;0;;1;0;0;5;0;0;0;0
379;2;1;0;;0;0;1;5;0;1;1;0
380;1;1;0;;0;0;0;1;1;0;2;0
381;0;0;0;;0;0;0;0;0;0;1;0
382;3;0;0;;0;0;0;4;0;1;1;1
383;0;1;0;;1;0;0;2;0;0;1;2
384;1;0;1;;1;1;0;1;0;1;0;1
385;0;0;0;;0;0;0;2;0;2;1;0
386;1;1;0;;0;0;0;1;1;0;0;0
387;1;1;0;;2;0;0;2;0;0;0;1
388;0;0;1;;1;1;0;2;1;0;0;0
389;1;0;1;;0;0;0;3;1;1;0;0
390;0;0;0;;0;1;0;0;1;0;0;0
391;0;1;0;;1;0;1;5;0;1;0;0
392;0;0;0;;0;0;0;2;1;0;1;0
393;0;0;0;;0;0;1;2;0;2;1;0
394;1;0;0;;0;1;0;3;0;0;0;0
395;0;0;0;;0;0;0;3;0;0;0;1
396;1;0;0;;1;1;0;3;0;0;0;0
397;0;1;0;;1;0;0;2;0;0;2;1
398;0;1;0;;0;0;0;2;0;0;1;1
399;0;0;0;;0;0;0;4;0;0;0;1
400;4;0;1;;1;0;0;3;0;0;1;0
;;;;;;;;;;;;
;2308;2238;1615;;2080;1512;893;3398;935;871;1322;960

Intergen51.bcts. Les diagrammes CDS-16s

Lien tableau: Intergen51.bcts. Les diagrammes CDS-16s.

CDS16sc;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;1060,0;72,8;14,6;1003:1005;1142;*1563;58,2;145,1
;myr;984,0;197,9;5,0;688;1071:1073;1104;134,2;69,1
cyano;npu;;;;;;;;
;pmg;;;;;;;;
tener;abra;432,7;0,6;749,4;432;2x433;;-25,4;99,5
;apal;276,5;99,7;2,8;206;347;;130,7;-56,7
bacteroide;total;1016,6;151,7;6,7;;;;1118,2;914,9
cyano;total;;;;;;;;
tener;total;370,2;99,0;3,7;;;;407,2;333,2
spirochète;scc;536,3;243,6;2,2;350;447;812;;
beta;cvi;426,4;31,8;13,4;370;3x437-439;447;;
delta;ade;640,5;71,4;9,0;590;691;;;
epsilon;ant;325,0;46,4;7,0;292:305;378;;;
negaticutes;afn;351,0;78,2;4,5;265;3x300-346;391:485;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CDS16sx;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;1172,0;137,2;8,5;1075;1269;;;
;myr;;;;;;;;
cyano;npu;406,3;179,8;2,3;315;2x317;676;83,5;5,6
;pmg;601;;;601;;;-111,3;200,3
tener;abra;;;;;;;;
;apal;;;;;;;;
bacteroide;total;1172,0;137,2;8,5;;;;;
cyano;total;445,2;178,4;2,5;;;;489,7;400,7
tener;total;;;;;;;;
spirochète;scc;;;;;;;;
beta;cvi;449,0;57,5;7,8;391;450;506;;
delta;ade;;;;;;;;
epsilon;ant;462;;;462;;;;
negaticutes;afn;néant;;;;;;;

Intergen51.bcts. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

Lien tableau: Intergen51.bcts. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.

ftx;bcts;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;bcts;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
fps;bacteroide;165,0;84,1;2,0;1;0;42,0;-4,4;;fps;bacteroide;243,2;72,6;3,3;114;4x268-286;;
myr;;205,8;146,9;1,4;2;1;1,2;36,4;;myr;;158;;;158;;;
npu;cyano;237,4;150,7;1,6;3;2;-15,7;56,0;;npu;cyano;187,7;125,9;1,5;68;176;319;
pmg;;152,1;85,5;1,8;4;0;69,6;-29,3;;pmg;;43;;;43;;;
abra;tener;90,6;38,0;2,4;0;1;57,2;-30,3;;abra;tener;;;;;;;
apal;;200,0;165,9;1,2;1;0;-52,2;79,1;;apal;;;;;;;;
total;bacteroide;188,2;124,4;1,5;;;207,1;169,4;;total;bacteroide;229,0;73,7;3,1;;;;
total;cyano;201,6;133,3;1,5;;;221,8;181,4;;total;cyano;151,5;125,7;1,2;;;;
total;tener;134,3;117,2;1,1;;;147,8;120,9;;total;tener;;;;;;;
scc;spirochète;193,5;95,9;2,0;2;0;;;;scc;spirochète;175;;;175;;;-
cvi;beta;174,0;134,5;1,29;0;1;;;;cvi;beta;149,5;43,7;3,42;101;137:154;206;
ade;delta;156,6;70,1;2,23;2;1;;;;ade;delta;75;;;75;;;
ant;epsilon;139,5;16,0;8,70;2;0;;;;ant;epsilon;292,5;87,0;3,36;231;354;;
afn;negaticutes;170,9;116,2;1,47;0;0;;;;afn;negaticutes;308,25;139,9;2,20;193;262:266;512;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;bcts;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;bcts;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
fps;bacteroide;156,4;138,3;1,1;2;1;32,9;1,5;;fps;bacteroide;202;;;202;;;
myr;;182,9;149,0;1,2;5;0;6,5;27,9;;myr;;214,8;63,3;3,4;156:165;259:279;;
npu;cyano;221,8;157,7;1,4;6;3;-4,1;43,7;;npu;cyano;149;;;149;;;
pmg;;158,4;166,1;1,0;8;0;59,3;-19,7;;pmg;;;;;;;;
abra;tener;194,9;152,2;1,3;2;3;-16,7;49,1;;abra;tener;;;;;;;
apal;;122,9;51,1;2,4;1;0;55,4;-23,0;;apal;;;;;;;;
total;bacteroide;172,1;144,4;1,2;;;189,3;154,9;;total;bacteroide;212,2;55,1;3,9;;;;
total;cyano;197,9;162,9;1,2;;;217,7;178,1;;total;cyano;149;;;;;;
total;tener;162,0;121,8;1,3;;;178,2;145,8;;total;tener;;;;;;;
scc;spirochète;217,7;160,5;1,4;2;1;;;;scc;spirochète;398,5;68,6;5,8;350;447;;-
cvi;beta;126,7;100,2;1,26;8;3;;;;cvi;beta;274,25;101,4;2,70;;;;
ade;delta;140,4;130,8;1,07;6;1;;;;ade;delta;167;;;167;;;
ant;epsilon;129,1;100,9;1,28;3;0;;;;ant;epsilon;;;;;;;
afn;negaticutes;147,0;106,3;1,38;1;0;;;;afn;negaticutes;291;7,1;41,15;286;296;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;bcts;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;bcts;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
fps;bacteroide;211,1;151,9;1,4;-46,0;18;11,4;29,0;;fps;bacteroide;167,5;129,3;1,3;-11,1;28;21,9;12,5
myr;;197,2;143,7;1,4;8,6;49;25,3;15,2;;myr;;175,9;138,0;1,3;6,9;60;13,5;20,9
npu;cyano;248,3;163,4;1,5;-10,9;172;9,2;37,6;;npu;cyano;215,7;151,9;1,4;6,0;159;9,4;31,5
pmg;;163,2;117,3;1,4;-11,1;6;94,3;-47,5;;pmg;;127,9;106,5;1,2;30,4;1;97,2;-56,3
abra;tener;150,9;104,8;1,4;-60,3;7;12,7;17,1;;abra;tener;153,4;108,7;1,4;41,5;8;16,2;14,7
apal;;145,6;80,5;1,8;54,4;3;17,9;11,8;;apal;;154,9;118,2;1,3;-32,1;13;14,6;16,2
total;bacteroide;202,3;146,8;1,4;-14,0;++;222,5;182,0;;total;bacteroide;172,2;134,3;1,3;-0,1;;189,4;155,0
total;cyano;234,1;159,8;1,5;-32,5;++;257,5;210,7;;total;cyano;204,7;149,8;1,4;-6,8;;225,2;184,2
total;tener;148,7;95,4;1,6;-14,3;++;163,5;133,8;;total;tener;154,1;113,3;1,4;7,9;;169,5;138,7
scc;spirochète;193,5;127,9;1,5;-0,1;7;;;;scc;spirochète;166,2;113,3;1,5;51,5;5;;
cvi;beta;170,8;122,0;1,40;3,2;25;;;;cvi;beta;151,3;115,0;1,3;-24,6;17;;
ade;delta;178,9;113,3;1,58;-22,3;11;;;;ade;delta;145,6;108,6;1,3;-5,2;17;;
ant;epsilon;154,3;97,9;1,58;-14,8;8;;;;ant;epsilon;124,1;92,5;1,3;5,1;9;;
afn;negaticutes;189,7;104,5;1,81;-18,8;10;;;;afn;negaticutes;177,6;122,0;1,46;-30,6;10;;

Intergen51.bcts. Les diagrammes tRNA-rRNA

Lien tableau: Intergen51.bcts. Les diagrammes tRNA-rRNA.

16s23s;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;;;;;;;;;;bacteroide;fps;154;;;6x154;;;-13,8;39,3
;myr;;;;;;;;;;;myr;107,5;1,3;82,1;105;7x107-109;;32,7;-7,2
cyano;npu;;;;;;;;;;cyano;npu;61;;;4x61;;;6,8;5,6
;pmg;;;;;;;;;;;pmg;64;;;64;;;3,8;8,6
tener;abra;167,5;0,7;236,9;167;168;;5,6;25,9;;tener;abra;35;;;4x35;;;3,5;3,5
;apal;137;;;137;;;36,1;-4,6;;;apal;35;;;35;;;3,5;3,5
bacteroide;total;;;;;;;;;;bacteroide;total;127,4;23,9;5,3;;;;140,2;114,7
cyano;total;;;;;;;;;;cyano;total;61,6;1,3;45,9;;;;67,8;55,4
tener;total;157,3;17,6;8,9;;;;173,1;141,6;;tener;total;35;;;;;;38,5;31,5
spirochète;scc;;;;;;;;;;spirochète;scc;;;;3x72;;;;
beta;cvi;;;;;;;;;;beta;cvi;124,4;1,1;117,3;7x124;127;;;
delta;ade;;;;;;;;;;delta;ade;152;;;2x152;;;;
epsilon;ant;;;;;;;;;;epsilon;ant;207,3;10,5;19,7;3x202;223;;;
negativicutes;afn;332,0;54,0;6,1;251;3x 359;;;;;negativicutes;afn;213,3;36,4;5,9;139;5x228-229;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;105;;;6x105;;;-4,7;23,0;;bacteroide;fps;214;;;6x214;;;-23,2;57,9
;myr;80,8;1,2;69,3;8x79-82;;;19,5;-1,3;;;myr;143,0;14,8;9,7;2x119;6x151;;47,8;-13,1
cyano;npu;131;;;4x131;;;11,8;14,2;;cyano;npu;260;;;4x260;;;25,6;26,4
;pmg;125;;;125;;;17,8;8,2;;;pmg;258;;;258;;;27,6;24,4
tener;abra;145;;;2x145;;;4,6;22,6;;tener;abra;89;;;2x89;;;-5,0;20,3
;apal;118;;;118;;;31,6;-4,4;;;apal;51;;;51;;;33,0;-17,7
bacteroide;total;91,1;12,5;7,3;;;;100,3;82,0;;bacteroide;total;173,4;38,0;4,6;;;;190,8;156,1
cyano;total;129,8;2,7;48,4;;;;142,8;116,8;;cyano;total;259,6;0,9;290,2;;;;285,6;233,6
tener;total;136,0;15,6;8,7;;;;149,6;122,4;;tener;total;76,3;21,9;3,5;;;;84,0;68,7
spirochète;scc;135,3;2,9;46,9;132;2x137;;;;;spirochète;scc;53,0;22,5;2,4;2x40;79;;;
beta;cvi;167,7;37,8;4,4;2x82;6x182;;;;;beta;cvi;253,4;0,5;489,6;5x253;3x254;;;
delta;ade;187;;;2x187;;;;;;delta;ade;194;;;2x194;;;;
epsilon;ant;111;;;4x111;;;;;;epsilon;ant;293,8;13,8;21,2;273;300;2x301;;
negativicutes;afn;94;;;2x94;;;;;;negativicutes;afn;285,5;17,7;16,2;273;298;;;

Intergen51.bcts. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien tableau: Intergen51.bcts. Les diagrammes tRNA-tRNA.

5stRNA;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;bcts;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
bacteroide;fps;;;;;;;;;;bacteroide;fps;;;;;;;;
;myr;;;;;;;;;;;myr;;;;;;;;
cyano;npu;;;;;;;;;;cyano;npu;;;;;;;;
;pmg;;;;;;;;;;;pmg;;;;;;;;
tener;abra;11,5;1,2;9,4;5x11;14;;7,9;-4,4;;tener;abra;21,6;23,3;0,9;10;100;;0,3;3,6
;apal;36,0;21,2;1,7;21;51;;-16,6;20,1;;;apal;18,3;18,1;1,0;10;100;;3,6;0,3
bacteroide;total;;;;;;;;;;bacteroide;total;;;;;;;;
cyano;total;;;;;;;;;;cyano;total;;;;;;;;
tener;total;17,6;13,9;1,3;;;;19,4;15,9;;tener;total;20,0;20,4;1,0;20;100;;21,9;18,0
spirochète;scc;;;;;;;;;;spirochète;scc;;;;;;;;
beta;cvi;;;;;;;;;;beta;cvi;;;;;;;;
delta;ade;;;;;;;;;;delta;ade;;;;;;;;
epsilon;ant;170,0;4,2;40,1;*167;*173;;;;;epsilon;ant;;;;;;;;
negativicutes;afn;;;;;;;;;;negativicutes;afn;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;bcts;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
bacteroide;fps;161;;;6x161;;atc;-27,7;52,0;;bacteroide;fps;38,9;21,1;1,8;9;78;1;0,5;6,6
;myr;91,3;0,7;129,0;7x91;93;atc;42,0;-17,8;;;myr;35,3;15,2;2,3;51;84;6;4,1;3,0
cyano;npu;82;;;4x82;;atc;-7,2;20,8;;cyano;npu;16,7;25,2;0,7;27;85;;1,4;1,9
;pmg;12;;;12;;atc;62,8;-49,2;;;pmg;10;;;1;100;1;8,1;-4,8
tener;abra;;;;;;;;;;tener;abra;23,1;26,0;0,9;8;75;;1,5;3,0
;apal;6;;;6;;atc;;;;;apal;21,6;24,0;0,9;7;86;;3,1;1,4
bacteroide;total;121,1;35,8;3,4;;;;133,3;109,0;;bacteroide;total;35,8;16,1;2,2;60;83;;39,4;32,2
cyano;total;68,0;31,3;2,2;;;;74,8;61,2;;cyano;total;16,5;24,7;0,7;28;86;7;18,1;14,8
tener;total;6;;;;;;;;;tener;total;22,4;24,2;0,9;15;80;1;24,6;20,2
spirochète;scc;;;;;;;;;;spirochète;scc;31,7;11,1;2,8;10;100;;;
beta;cvi;67,5;34,3;2,0;2x12;6x86;atc;;;;beta;cvi;26,2;17,7;1,5;44;95;;;
delta;ade;22;;;2x22;;atc;;;;delta;ade;39,4;24,4;1,6;12;50;4;;
epsilon;ant;19;;;4x19;;atc;;;;epsilon;ant;26,2;23,9;1,1;29;86;;;
negativicutes;afn;66;;;2x66;;atc;;;;negativicutes;afn;15,9;23,0;0,7;27;96;;;

tenericutes

abra

abra opérons

Lien tableau: abra opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;

abra cumuls

Lien tableau: abra cumuls

abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74

abra blocs

Lien tableau: abra blocs

abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177

abra remarques

Lien tableau: abra remarques
code génétique abra

abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

abra distribution

Lien tableau: abra distribution
code génétique abra

tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas  ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

abra données intercalaires

Lien tableau: abra données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;abra;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;408;401
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;433;;167;;44;gta;66;ggc;413;408
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;433;;168;;11;aca;17;cca;421;409
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;432;;23s 5s;;7;aaa;13;cga;422;418
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;;;4* 35;;8;tta;**;gac;443;428
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;;;16s tRNA;;72;gca;8;tcg;619;434
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;;;2* 145;atc;7;atgj;**;gcc;675;438
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;;;tRNA 23s;;44;atgi;9;gga;793;441
1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;;;2* 89;atc;8;tca;1;cca;816;446
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;;;5s tRNA;;4;atgf;8;cgt;821;449
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;;;5* 11;aac;11;gac;**;gaa;878;465
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;;;14;gta;**;ttc;63;cac;1027;474
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;;;tRNA 16s;;;;**;caa;1229;476
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;;;215;tac;;;;;1230;483
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;;;tRNA 5s;;;;;;;483
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;;;2* 149;aac;;;;;;494
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;;;;;;;;;;500
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;;;;;;;;;;526
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;;;;;;;;;;555
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;;;;;;;;;;555
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;;575
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;;intercalaire;;;;;;;;579
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;;c-;x-;;;;;;;595
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;;-92;;;;;;;;628
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;;-86;;;;;;;;646
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;;-73;;;;;;;;706
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;;-67;;;;;;;;729
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;;-67;;;;;;;;741
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;;-67;;;;;;;;756
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;;-67;;;;;;;;822
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;102;;;-67;;;;;;;;926
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;;;;-67;;;;;;;;968
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;;;;-67;;;;;;;;1176
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;;;;-67;;;;;;;;
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;;;;-67;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;;;;-59;;;;;;;;
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;;;;total;intercalaires;;;;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;;;;;151,7;;;;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;;;;ADN long;1877792;;;;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;%;8.1;;;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;;;;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;non RNA;47;;;;;;;
10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;;;;;;;;;
9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;
;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;;;;;;;;

abra autres intercalaires aas

Lien tableau: abra autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;abra;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6032;8602;39;*;
;;misc_binding;8642;8842;66;*;
fin;;CDS;8909;10186;;;
deb;;CDS;58474;59019;199;*;
;;misc_binding;59219;59468;96;*;
fin;;CDS;59565;60740;;;
deb;;CDS;175843;176448;64;*;
;;regulatory;176513;176610;67;*;
fin;;CDS;176678;178138;;;
deb;;CDS;226433;226846;115;*;
;;regulatory;226962;227062;128;*;
fin;;CDS;227191;228555;;;
deb;;CDS;241700;242158;14;*;
;;ncRNA;242173;242267;222;*;
fin;;CDS;242490;243404;;;
deb;;CDS;253260;253430;86;*;
;;tRNA;253517;253601;215;*;tac
;;rRNA;253817;255343;145;*;16s
;;tRNA;255489;255565;89;*;atc
;;rRNA;255655;258506;35;*;23s
;;rRNA;258542;258652;11;*;5s
;;tRNA;258664;258740;149;*;aac
;;rRNA;258890;259000;11;*;5s
;;tRNA;259012;259088;860;*;aac
deb;;CDS;259949;260053;433;*;
;;rRNA;260487;262013;145;*;16s
;;tRNA;262159;262235;89;*;atc
;;rRNA;262325;265176;35;*;23s
;;rRNA;265212;265322;14;*;5s
;;tRNA;265337;265412;44;*;gta
;;tRNA;265457;265532;11;*;aca
;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa
;;tRNA;265627;265713;8;*;tta
;;tRNA;265722;265797;72;*;gca
;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj
;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi
;;tRNA;266075;266165;8;*;tca
;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf
;;tRNA;266255;266330;11;*;gac
;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc
fin;;CDS;266558;267409;;;
deb;;CDS;296513;297367;98;*;
;;misc_binding;297466;297674;30;*;
fin;;CDS;297705;299270;;;
deb;;CDS;326721;327413;0;*;
;;misc_feature;327414;327533;18;*;
fin;;CDS;327552;328049;;;
deb;;CDS;574175;574945;-5;*;
;;misc_binding;574941;575144;43;*;
fin;;CDS;575188;576195;;;
deb;;CDS;582446;584125;49;*;
;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc
fin;;CDS;584431;586110;;;
deb;;CDS;625631;626317;84;*;
;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc
;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca
;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga
;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac
fin;;CDS;626952;627599;;;
deb;;CDS;633550;634710;63;*;
;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc
fin;;CDS;634924;636651;;;
deb;;CDS;690994;692286;64;*;
;;regulatory;692351;692446;55;*;
fin;;CDS;692502;693653;;;
deb;;CDS;755442;756548;64;*;
;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag
fin;;CDS;756819;757373;;;
deb;;CDS;807788;808216;108;*;
;;tRNA;808325;808401;216;*;aga
fin;;CDS;808618;808854;;0;
deb;comp;CDS;818257;818448;29;*;
;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*;
fin;comp;CDS;818548;818796;;;
deb;;CDS;829563;829871;155;*;
;;tRNA;830027;830102;27;*;agg
fin;;CDS;830130;831458;;;
deb;;CDS;862237;863004;104;*;
;;regulatory;863109;863206;46;*;
fin;;CDS;863253;863771;;1;
deb;;CDS;951162;951842;56;*;
;;misc_feature;951899;952022;10;*;
fin;;CDS;952033;952593;;;
deb;;CDS;979156;980118;92;*;
;comp;ncRNA;980211;980543;41;*;
fin;comp;CDS;980585;980917;;;
deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*;
;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*;
fin;comp;CDS;1001128;1001976;;;
deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*;
;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*;
;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*;
fin;comp;CDS;1034750;1035400;;;
deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*;
;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*;
fin;comp;CDS;1044360;1045796;;;
deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*;
;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*;
fin;;CDS;1057073;1058293;;;
deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*;
;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*;
fin;comp;CDS;1127899;1128741;;;
deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*;
;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*;
fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0;
deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*;
;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg
;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc
fin;comp;CDS;1177945;1179252;;;
deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*;
;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc
fin;comp;CDS;1188688;1189704;;;
deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*;
;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg
fin;comp;CDS;1194870;1196045;;;
deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*;
;;tmRNA;1222634;1222981;262;*;
fin;;CDS;1223244;1223657;;;
deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*;
;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc
fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0;
deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*;
;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc
fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0;
deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*;
;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga
;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca
;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt
;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa
fin;comp;CDS;1428665;1429210;;;
deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*;
;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac
;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s
;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s
;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s
deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*;
;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac
;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s
;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac
;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s
;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s
;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s
fin;comp;CDS;1444094;1444618;;;
deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*;
;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*;
fin;comp;CDS;1455181;1455630;;;
deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*;
;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta
fin;comp;CDS;1533446;1535560;;;
deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*;
;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg
deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*;
;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac
;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa
fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0;
deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*;
;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg
fin;comp;CDS;1718204;1718947;;;
deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*;
;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*;
fin;comp;CDS;1729832;1730329;;;
deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*;
;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa
fin;comp;CDS;1744337;1744720;;;
deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*;
;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc
fin;comp;CDS;1748022;1750199;;;
deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*;
;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*;
fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0;

Intergen51. abra. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. abra les différents types d'intercalaires.

abra intercalaires positifs S+

Lien tableau: abra intercalaires positifs S+
Tableaux

corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et faibles fréquences

;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409

apal

apal opérons

Lien tableau: apal opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s  2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;

apal cumuls

Lien tableau: apal cumuls

apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91

apal blocs

Lien tableau: apal blocs

apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;

apal remarques

Lien tableau: apal remarques
code génétique apal

apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

apal distribution

Lien tableau: apal distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;

apal données intercalaires

Lien tableau: apal données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;apal;long;long
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;418;411
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;347;;137;;7;ttc;9;agc;429;412
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;206;;23s 5s;;4;gac;**;gaa;712;414
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;;;35;;55;atgf;14;cac;768;425
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;;;16s tRNA;;22;tca;34;caa;795;435
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;;;118;atc;4;atgi;**;cta;;441
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;;;tRNA 23s;gca;45;atgj;9;gaa;;459
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;;;51;;5;gca;71;cgt;;476
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;;;5s tRNA;;20;tta;13;cca;;493
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;;;51;aac;6;aaa;**;gga;;497
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;;;21;gta;15;aca;1;cgg;;501
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;;;tRNA 16s;;**;gta;**;tcc;;510
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;;;206;tac;;;;;;523
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;;;tRNA tRNA;intra;;;;;;532
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;;;6;atc gca;;;;;;533
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;;;;;;;;;;556
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;;;;;;;;;;572
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;;;;;;;;;;578
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;;;578
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;intercalaire;;;;;;;;;578
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;c-;x-;;;;;;;;592
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;-62;néant;;;;;;;;646
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;;;-53;;;;;;;;;661
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;;;total;intercalaires;;;;;;;;678
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;;;;128,786;;;;;;;;683
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;;;ADN long;1,554,229;;;;;;;;707
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;;;%;8.3;;;;;;;;725
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;;;;;;;;;;;;739
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;;;non RNA;40;;;;;;;;761
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;;;;;;;;;;783
;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;;;803
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;;;;;;;;;;815
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;;;;;;;;;;837
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;;;;;;;;;;872
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;;;;;;;;;;893
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;;;;;;;;901
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;;;;;;;;974
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;;;;;;;;1421
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;;;;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;;;;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;;;;;;;;;
7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;;;;;;;;;
6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;
;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;;;;;;;;

apal autres intercalaires aas

Lien tableau: apal autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;

Intergen51. apal. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. apal les différents types d'intercalaires.

tenericutes synthèse

tenericutes données intercalaires

Lien tableau: tenericutes données intercalaires

Les tenericutes;;abra;apal;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 224;;;Ft: 70;Ici: 67;Reste: 87;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;;16s 23s;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA 16s;;tRNA 5s;;tRNA contig;;tRNA hors;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;206;1;137;5;35;1;118;1;51;5;11;1;6;1;206;2;149;3;4;2;1
fxt;fct;cyano;fx;fc;cyano;fx40;fc40;cyano;x-;c-;;347;1;167;;;2;145;2;89;1;14;;;1;215;;;1;5;2;8
0;40;12;284;4;5;66;-6;0;0;212;;432;1;168;;;;;;;1;21;;;;;;;1;6;3;9
1;60;21;88;6;5;38;-8;9;243;122;;433;;;;;;;;;1;51;;;;;;;3;7;2;13
1;80;38;68;8;3;43;-10;0;2;338;;433;;;;;;;;;;;;;;;;;2;8;1;14
5;100;51;70;10;1;17;-12;3;0;247;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;11;1;17
0;120;47;72;12;1;10;-14;0;2;286;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;15;1;34
2;140;54;79;14;4;10;-16;0;114;292;;5;3;;5;;3;;3;;8;;1;;2;;2;32;1;20;1;63
3;160;51;64;16;2;25;-18;0;0;118;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;22;1;66
3;180;29;63;18;1;31;-20;0;4;482;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;44;1;71
4;200;35;56;20;4;31;-22;2;67;783;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;;
3;220;22;59;22;1;37;-24;0;0;506;;;;;;;;;;;;;;;;;;67;1;55;;
2;240;32;60;24;2;56;-26;1;3;317;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;72;;
2;260;28;54;26;0;28;-28;0;41;251;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
6;280;22;50;28;1;27;-30;1;0;143;;;;;;;;;;;;;;;;;;;20;;15;
0;300;28;47;30;2;31;-32;0;2;458;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
3;320;30;42;32;1;16;-34;1;29;204;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;340;26;24;34;1;21;-36;1;0;497;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;360;21;27;36;2;29;-38;0;1;211;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;380;22;28;38;1;20;-40;1;20;136;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;400;20;20;40;1;19;-42;0;0;1014;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;420;19;17;42;0;6;-44;0;1;376;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;440;12;20;44;4;12;-46;0;11;46;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;460;17;13;46;0;19;-48;0;0;171;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;480;19;10;48;0;10;-50;0;2;47;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;500;16;12;50;0;12;-52;0;13;854;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;520;14;17;52;2;12;-54;0;0;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;540;17;13;54;5;6;-56;0;0;493;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;560;9;11;56;4;1;-58;0;6;109;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;580;11;3;58;4;3;-60;0;0;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;600;12;4;60;2;7;-62;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;620;12;2;62;4;7;-64;0;4;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;640;10;14;64;1;12;-66;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;660;10;6;66;3;5;-68;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;680;5;3;68;5;6;-70;0;4;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;700;4;5;70;2;4;-72;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;720;11;2;72;7;7;-74;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;740;6;8;74;3;6;-76;0;3;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;760;2;7;76;2;9;-78;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;780;3;9;78;5;6;-80;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;800;5;4;80;6;6;-82;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
7;0;146;71;0;877;1065;-84;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
53;0;980;1899;0;979;1898;-86;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
46;0;829;1806;0;97;811;-88;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
151;16380;59;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;20;;;;;;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;282;13;2555;0;0;;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;3077;;;;1;15;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;0;;;;20;703;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;0;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

tenericutes distribution par génome

Lien tableau: tenericutes distribution par génome

tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80

tenericutes distribution du total

Lien tableau: tenericutes distribution du total

tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf; 
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66

tenericutes distribution par type

Lien tableau: tenericutes distribution par type
Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.

tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;

tenericutes par rapport au groupe de référence

Lien tableau: tenericutes par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;

tenericutes, estimation des -rRNAs

Lien tableau: tenericutes, estimation des -rRNAs

tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est  23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693

spirochète

Sphaerochaeta coccoides DSM 17374

scc opérons

Lien tableau: scc opérons
Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*

scc cumuls

Lien tableau: scc cumuls
Notes: * pour le nombre de jaunes

scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164

scc blocs

Lien tableau: scc blocs

cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;

scc remarques

scc distribution

Lien tableau: scc distribution

distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47

scc données intercalaires

Lien tableau: scc données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;scc;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;403;401
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;812;;3* 72;;10;gag;409;402
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;350;;16s tRNA;;**;cag;411;403
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;447;;132;atc;43;gaa;412;405
1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;5s CDS;;2* 137;gca;**;aaa;419;407
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;350;175;tRNA 23s;;32;cac;420;415
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;447;;79;atc;38;cga;421;415
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;;;2* 40;gca;37;aag;425;416
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;;;;;36;cta;431;416
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;;;;;**;ggc;431;427
1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;;;;;40;tca;433;430
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;;;;;25;agc;459;435
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;;;;;16;cgc;463;450
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;;;;;40;tcg;476;462
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;;;;;**;tcc;478;463
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;;;;;;;481;467
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;;;;;;;482;467
;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;;;;CDS-CDS;inf 50;;500;477
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;;;;intercalaire;;;508;496
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;;;;c-;x-;;515;511
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;;;;-74;-120;;522;512
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;;;-68;;;525;521
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;;;-68;;;527;548
2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;;;-59;;;558;561
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;;;-59;;;563;579
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;;;-53;;;565;590
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;;;total;intercalaires;;580;617
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;;;;214,658;;590;655
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;;;ADN long;2,227,296;;635;671
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;;;%;9.6;;643;775
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;;;;;;643;916
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;;;non RNA;12;;700;959
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;;;;;;715;1598
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;;;;;;867;1666
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;;;;;;;;;874;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;960;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;1048;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;;;;;;;;;1229;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;;;;;;;;;1670;
;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;;;;;;;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;;;;;;;;;;
33;34;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;;;;;;;;;;
32;27;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;;;;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;;;;;;

scc autres intercalaires aas

Lien tableau: scc autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;scc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*;
;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg
fin;comp;CDS;216868;217047;;0;
deb;;CDS;243358;244170;812;*;
;;rRNA;244983;246519;132;*;16s
;;tRNA;246652;246725;79;*;atc
;;rRNA;246805;249778;72;*;23s
;;rRNA;249851;249962;175;*;5s
fin;comp;CDS;250138;250947;;;
deb;;CDS;300128;301798;669;*;
;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg
fin;;CDS;302992;304032;;;
deb;comp;CDS;316296;317216;152;*;
;;tRNA;317369;317442;176;*;gac
fin;;CDS;317619;318692;;;
deb;;CDS;330207;331004;16;*;
;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg
fin;;CDS;331356;333446;;1;
deb;comp;CDS;345290;346216;228;*;
;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg
fin;comp;CDS;346700;347059;;0;
deb;;CDS;422975;424363;71;*;
;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc
fin;;CDS;424759;426600;;;
deb;;CDS;436852;438168;237;*;
;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg
fin;;CDS;438680;440152;;1;
deb;comp;CDS;481186;482484;180;*;
;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj
fin;;CDS;482820;483494;;;
deb;;CDS;530805;532313;82;*;
;;tRNA;532396;532467;310;*;gta
fin;;CDS;532778;533485;;;
deb;;CDS;568939;569700;102;*;
;;tRNA;569803;569874;412;*;gga
fin;;CDS;570287;570952;;;
deb;;CDS;636017;636391;52;*;
;;tRNA;636444;636517;334;*;aca
fin;comp;CDS;636852;637013;;0;
deb;;CDS;640192;640530;79;*;
;;tmRNA;640610;640987;334;*;
fin;comp;CDS;641322;642209;;0;
deb;;CDS;711173;712012;51;*;
;comp;ncRNA;712064;712406;10;*;
fin;comp;CDS;712417;713229;;;
deb;comp;CDS;717326;717772;66;*;
;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac
fin;;CDS;718151;719386;;;
deb;comp;CDS;721419;723056;67;*;
;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag
;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag
fin;comp;CDS;723381;723911;;;
deb;comp;CDS;724974;725225;236;*;
;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg
fin;comp;CDS;725658;728366;;;
deb;comp;CDS;767509;768549;350;*;
;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s
;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s
;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca
;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s
fin;;CDS;774381;774947;;;
deb;;CDS;783089;784627;273;*;
;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa
;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa
fin;;CDS;785312;787483;;;
deb;comp;CDS;877367;879202;447;*;
;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s
;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s
;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca
;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s
fin;;CDS;885244;885867;;0;
deb;;CDS;900855;901490;73;*;
;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc
fin;;CDS;901852;903519;;;
deb;;CDS;928254;930545;138;*;
;;tRNA;930684;930755;32;*;cac
;;tRNA;930788;930861;38;*;cga
;;tRNA;930900;930972;37;*;aag
;;tRNA;931010;931091;36;*;cta
;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc
fin;;CDS;931623;932981;;;
deb;;CDS;937885;939693;171;*;
;;tRNA;939865;939938;437;*;aga
fin;;CDS;940376;940579;;0;
deb;comp;CDS;974079;974468;223;*;
;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc
deb;comp;CDS;974929;975384;112;*;
;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca
fin;;CDS;975665;976339;;0;
deb;;CDS;1069506;1069922;81;*;
;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta
fin;;CDS;1070166;1070981;;;
deb;;CDS;1084097;1084510;24;*;
;;regulatory;1084535;1084630;39;*;
fin;;CDS;1084670;1085716;;;
deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*;
;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac
fin;comp;CDS;1114496;1117318;;;
deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*;
;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa
fin;comp;CDS;1128044;1128334;;;
deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*;
;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg
fin;;CDS;1259057;1259779;;0;
deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*;
;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc
fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1;
deb;;CDS;1301674;1301952;54;*;
;;rpr;1302007;1306491;4;*;
fin;;CDS;1306496;1306978;;;
deb;;CDS;1319568;1319912;73;*;
;;rpr;1319986;1322002;84;*;
fin;comp;CDS;1322087;1322668;;;
deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*;
;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf
fin;;CDS;1365108;1366457;;;
deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*;
;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg
fin;comp;CDS;1479975;1481738;;;
deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*;
;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc
fin;comp;CDS;1523336;1523890;;;
deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*;
;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc
fin;;CDS;1542418;1544223;;0;
deb;;CDS;1691238;1692578;189;*;
;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg
fin;;CDS;1693416;1693646;;;
deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*;
;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi
fin;comp;CDS;1762481;1765135;;;
deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*;
;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg
deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*;
;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc
fin;;CDS;2035721;2036506;;0;
deb;;CDS;2185380;2186171;84;*;
;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca
;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc
;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc
;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg
;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc
;;ncRNA;2186809;2186906;133;*;
fin;comp;CDS;2187040;2188236;;;

Intergen51. scc. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. scc les différents types d'intercalaires.

scc intercalaires positifs S+

Lien tableau: scc intercalaires positifs S+
Tableaux

scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319

scc par rapport au groupe de référence

Lien tableau: scc par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;

spirochetes, estimation des -rRNAs

Lien tableau: spirochetes, estimation des -rRNAs

spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est  18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850

archeo

mfi

mfi opérons

Lien tableau: mfi opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;

mfi cumuls

Lien tableau: mfi cumuls

mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81

mfi blocs

Lien tableau: mfi blocs

mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382

mfi remarques

Lien tableau: mfi remarques

mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1

mfi distribution

Lien tableau: mfi distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;

mfi données intercalaires

Lien tableau: mfi données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400;reste;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;mfi;long;long;long;long
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;402;503;502
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;454;724;305;;85;acc;403;405;508;506
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;5s CDS;;286;;**;tta;403;406;511;507
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;;939;16s tRNA;;5;aac;405;408;512;511
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;;397;87;gca;58;atgi;405;409;517;519
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;5s 5s;;72;gca;53;gaa;410;409;518;521
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;748;;tRNA 23s;;29;cta;411;411;519;526
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;;;2* 233;gca;**;cac;413;411;523;528
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;;;;;90;aag;416;414;524;528
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;;;;;504;ttg;420;417;538;530
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;;;;;**;aaa;421;419;538;531
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;;;;;40;tgg;427;429;545;533
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;;;;;**;tgc;427;431;546;534
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;;;;;62;aga;428;431;547;542
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;;;;;**;agg;432;433;548;545
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;;;;;99;gta;433;434;550;550
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;;CDS-CDS;inf 50;;**;gtg;436;434;553;551
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;;intercalaire;;;76;aca;436;434;554;560
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;;c-;x-;;44;cca;437;435;558;562
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;;-161;-71;;170;tac;438;436;559;564
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;;-98;-57;;7;gac;439;437;564;574
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;;-88;;;**;aaa;440;443;564;576
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;;-71;;;4;gtc;441;449;576;579
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;;-67;;;**;ttc;442;450;583;593
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;;-65;;;2;ggc;448;454;586;598
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;;-59;;;**;gga;448;454;592;599
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;;total;intercalaires;;;;449;458;594;611
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;;;403,834;;;;450;458;604;633
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;;ADN long;2,478,074;;;;451;462;619;645
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;;%;16.3;;;;452;471;619;652
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;;;;;;;453;471;629;654
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;non RNA;4;;;;454;474;642;662
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;;;;;456;475;654;675
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;;;;;457;476;665;690
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;;;;;;;;;458;478;681;710
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;;;;;;;;;462;480;682;716
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;;;;;;;;;471;483;701;725
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;;;;;;;;;472;485;731;741
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;;;;;;;;;473;489;754;753
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;;;;;;;;;474;491;756;788
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;;;;;;;;;475;500;778;795
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;;;;;;;;;475;500;803;867
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;;;;;;;;478;;865;909
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;;;;;;;;480;;905;923
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;;;;;483;;953;931
;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;487;;1006;974
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;488;;1090;981
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;489;;1111;993
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;;;;;;;1406;1095
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;;;;;;;1416;1722
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;;;;;;;1733;11130
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;;;;;;;;

mfi autres intercalaires aas

Lien tableau: mfi autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;

Intergen51. mfi. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. mfi les différents types d'intercalaires.

mja

mja opérons

Lien tableau: mja opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;

mja cumuls

Lien tableau: mja cumuls

mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74

mja blocs

Lien tableau: mja blocs

mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;

mja remarques

Lien tableau: mja remarques

mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;

mja distribution

Lien tableau: mja distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;

mja données intercalaires

Lien tableau: mja données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;mja;long;Sup 400
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;CDS 23s;;23s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;411;406
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;;182;78;;7;ttc;91;atgj;412;431
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;5s 16s;;16s tRNA;;29;aac;**;ctc;417;456
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;;340;2* 64;gca;18;atgi;23;aga;417;478
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;;;tRNA 23s;;39;gaa;**;gaa;439;527
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;;;2* 207;gca;11;cta;178;acc;446;622
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;;;5s tRNA;;**;cac;**;caa;450;685
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;;;80;gac;14;aca;34;ggc;472;711
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;;;tRNA 16s;;8;cca;**;gga;474;724
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;;;295;cac;83;tac;;;478;848
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;;;tRNA 5s;;**;aaa;;;479;859
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;;;13;aaa;;;;;487;1019
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;;;;;;CDS-CDS;inf 50;;489;
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;;;;;;intercalaire;;;489;
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;;;;;;c-;x-;;490;
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;;;;;;-83;-62;;495;
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;;;;;;-73;;;501;
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;;;;;;-71;;;522;
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;;;;;;-64;;;542;
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;;;;;;-62;;;625;
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;;;;;;-59;;;629;
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;;;;;;total;intercalaires;;687;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;;;;;;;168,865;;694;
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;;;;;;ADN long;1,664,970;;694;
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;;;;;;%;10.1;;;
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;;;;;;;;;;;;
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;;;;;;;;non RNA;34;;;
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;;;;;;;;;;;;
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;;;;;;;;;;;;
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;;;;;;;;;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;;;;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;;;;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;;;;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;;;;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;;;;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;;;;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;;;;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;;;;;;;;

mja autres intercalaires aas

Lien tableau: mja autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
Attention: Correction erreur fin de génome

autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;

Intergen51. mja. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. mja les différents types d'intercalaires.

mja intercalaires positifs S+

Lien tableau: mja intercalaires positifs S+
Tableaux

Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélations et fréquences faibles

;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0
diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1
 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163

mba

mba opérons

Lien tableau: mba opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;*
comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;*
comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;*
comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";*
;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;*
;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;*
;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;*
comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;*
comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;*
comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;*
;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;*
;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;*
comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;*
comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;*
comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;*
comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;*
>comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;*
comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
<;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;*
;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;*
comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
>;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*

mba cumuls

Lien tableau: mba cumuls

mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78

mba blocs

Lien tableau: mba blocs

mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*

mba remarques

Lien tableau: mba remarques

mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

mba distribution

Lien tableau: mba distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;

mba données intercalaires

Lien tableau: mba données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;;;800-1200;;Sup 1200;Sup 1200
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;;effectif;;long;long;long
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;mba;fx;fc;mba;fx;fc;fx;fc;fc
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;706;1672;810;3;3;1224;1039;1279
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;2*209;;132;ctc;410;13;21;820;3;5;1241;1047;1283
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;23s 5s;;**;ctc;420;13;18;830;5;3;1250;1054;1297
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;3*74;;71;aac;430;20;23;840;3;6;1252;1054;1299
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;5s CDS;;16s tRNA;;119;atgi;440;15;19;850;4;9;1266;1056;1306
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;;488;85;gca;**;aac;450;14;16;860;2;4;1267;1057;1316
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;;607;tRNA 23s;;94;gga;460;7;20;870;11;7;1269;1061;1326
;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;;289;116;gca;**;cta;470;11;20;880;2;6;1273;1062;1335
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;;;;;63;atgf;480;7;21;890;6;4;1273;1063;1342
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;;;;63;atgf;490;14;14;900;2;7;1284;1067;1347
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;;;;**;atgf;500;12;14;910;4;3;1311;1067;1351
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;;;;65;tgc;510;5;17;920;1;4;1346;1070;1353
;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;;CDS-CDS;inf 50;;**;tgc;520;15;17;930;2;2;1347;1072;1362
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;;intercalaire;;;112;tac;530;8;17;940;6;1;1358;1080;1366
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;;c-;x-;;**;gac;540;6;14;950;8;7;1359;1096;1374
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;;-59;-74;;223;gcc;550;15;8;960;5;4;1368;1102;1386
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;;-59;-55;;74;atc;560;10;12;970;1;4;1375;1106;1393
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;;-56;-51;;**;atc;570;14;8;980;4;5;1392;1109;1411
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;;-56;;;94;gtc;580;13;15;990;4;4;1393;1122;1447
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;;-56;;;7;ttc;590;8;10;1000;4;5;1410;1126;1448
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;;-56;;;61;ggc;600;13;10;1010;2;1;1420;1131;1453
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;;;;;94;gtc;610;10;11;1020;4;5;1434;1137;1468
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;;total;intercalaires;;7;ttc;620;7;16;1030;1;3;1437;1139;1472
1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;;;1341425;;**;ggc;630;9;12;1040;4;3;1447;1145;1484
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;;ADN long;4837408;;;;640;6;14;1050;2;1;1453;1147;1485
2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;;%;27.7;;;;650;4;10;1060;3;4;1487;1152;1503
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;;;;;;;660;8;14;1070;4;6;1508;1152;1549
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;;non RNA;10;;;;670;4;10;1080;3;2;1516;1158;1553
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;;;;;;;680;12;16;1090;3;0;1548;1162;1557
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;;;;;;;690;2;4;1100;0;1;1555;1189;1568
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;;;;;;;700;5;6;1110;5;3;1677;1190;1569
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;;;;;;;710;8;12;1120;4;0;1707;1194;1595
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;;;;;;;720;5;9;1130;1;2;1797;1198;1596
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;;;;;;;730;3;4;1140;1;3;1848;1204;1600
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;;;;;;;740;5;11;1150;1;2;1870;1205;1613
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;;;;;;;750;9;11;1160;2;3;1901;1213;1624
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;;;;;;;760;6;6;1170;3;1;1964;1215;1712
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;;;;;;;770;11;7;1180;3;0;2165;1218;1733
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;;;;;;;780;3;9;1190;1;2;2233;1220;1754
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;;;;;;;790;5;3;1200;2;2;2309;1220;1761
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;;;;;800;2;5;;43;66;2323;1221;1854
17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;;;;;;;;;;;;2894;1221;1946
41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;;;;;;;;;;;;2919;1228;2076
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;;;;;;;;;;;;1230;2161
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;;;;;;;;;;;;1230;2282
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;;;;;;;;;;;;1234;2299
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;;;;;;;;;;;;1242;2322
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;;;;;;;;;;;;1254;2517
;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;;;;;;;;;;;;;1254;2693
;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;2705
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;;;;;;;;;;;;;

mba autres intercalaires aas

Lien tableau: mba autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;mba;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;91192;91938;137;*;
;comp;tRNA;92076;92160;132;*;ctc
;comp;tRNA;92293;92377;298;*;ctc
fin;comp;CDS;92676;93476;;;
deb;comp;CDS;98630;99337;535;*;
;comp;tRNA;99873;99955;222;*;tcc
fin;comp;CDS;100178;101194;;;
deb;comp;CDS;146979;147518;80;*;
;comp;tRNA;147599;147670;198;*;acc
fin;comp;CDS;147869;148381;;;
deb;comp;CDS;199345;200268;492;*;
;comp;tRNA;200761;200833;71;*;aac
;comp;tRNA;200905;200979;119;*;atgi
;comp;tRNA;201099;201171;790;*;aac
fin;;CDS;201962;202126;;;
deb;;CDS;260990;261532;173;*;
;;tRNA;261706;261777;673;*;cgg
fin;;CDS;262451;262960;;0;
deb;;CDS;355894;356157;309;*;
;;rpr;356467;359809;137;*;
fin;;CDS;359947;361317;;;
deb;comp;CDS;463836;464723;2075;*;
;;tRNA;466799;466870;94;*;gga
;;tRNA;466965;467049;221;*;cta
fin;comp;CDS;467271;468818;;;
deb;;CDS;473154;473723;298;*;
;comp;tRNA;474022;474096;246;*;gag
fin;comp;CDS;474343;475584;;0;
deb;comp;CDS;692109;692987;349;*;
;;tRNA;693337;693411;400;*;aga
fin;comp;CDS;693812;694420;;;
deb;comp;CDS;703446;703958;488;*;
;;tRNA;704447;704521;307;*;agg
fin;;CDS;704829;705284;;;
deb;comp;CDS;800463;800642;799;*;
;comp;tRNA;801442;801526;137;*;agc
;comp;ncRNA;801664;801978;327;*;
fin;;CDS;802306;803931;;0;
deb;;CDS;1109819;1110013;15;*;
;;tRNA;1110029;1110103;63;*;atgf
;;tRNA;1110167;1110241;63;*;atgf
;;tRNA;1110305;1110379;273;*;atgf
fin;;CDS;1110653;1111984;;0;
deb;comp;CDS;1134460;1135074;235;*;
;comp;tRNA;1135310;1135381;65;*;tgc
;comp;tRNA;1135447;1135518;126;*;tgc
fin;comp;CDS;1135645;1136277;;;
deb;;CDS;1137210;1137680;488;*;
;comp;rRNA;1138169;1138290;74;*;122
;comp;rRNA;1138365;1141271;209;*;2833
;comp;rRNA;1141481;1142958;835;*;1489
fin;;CDS;1143794;1145302;;;
deb;comp;CDS;1249870;1250040;423;*;
;comp;tRNA;1250464;1250537;546;*;aag
fin;;CDS;1251084;1251290;;;
deb;;CDS;1315521;1315691;-12;*;
;comp;tRNA;1315680;1315751;174;*;cgc
fin;;CDS;1315926;1317110;;;
deb;comp;CDS;1516050;1516220;286;*;
;;tRNA;1516507;1516579;760;*;caa
fin;comp;CDS;1517340;1517663;;;
deb;comp;CDS;1538879;1539286;36;*;
;comp;tRNA;1539323;1539395;1249;*;other
fin;comp;CDS;1540645;1540794;;;
deb;comp;CDS;1546247;1547791;576;*;
;comp;tRNA;1548368;1548441;448;*;aca
fin;;CDS;1548890;1549093;;;
deb;;CDS;1550566;1550760;745;*;
;comp;tRNA;1551506;1551579;506;*;aca
fin;;CDS;1552086;1552640;;;
deb;;CDS;1621639;1622835;433;*;
;;tRNA;1623269;1623384;112;*;tac
;;tRNA;1623497;1623569;300;*;gac
fin;comp;CDS;1623870;1624067;;0;
deb;comp;CDS;1657967;1659625;616;*;
;;rpr;1660242;1661581;74;*;
fin;;CDS;1661656;1662045;;0;
deb;;CDS;1714788;1715069;154;*;
;comp;tRNA;1715224;1715295;187;*;acg
fin;comp;CDS;1715483;1716493;;;
deb;comp;CDS;1755811;1755993;113;*;
;comp;tRNA;1756107;1756181;0;*;ccg
fin;comp;CDS;1756182;1756370;;;
deb;;CDS;1842058;1842195;16;*;
;comp;tRNA;1842212;1842285;717;*;gtg
fin;;CDS;1843003;1843767;;0;
deb;comp;CDS;1852573;1852881;1379;*;
;comp;tRNA;1854261;1854338;198;*;ccc
fin;comp;CDS;1854537;1855121;;0;
deb;comp;CDS;1908225;1908989;349;*;
;comp;tRNA;1909339;1909530;445;*;tgg
fin;;CDS;1909976;1910152;;;
deb;;CDS;1926495;1927178;183;*;
;comp;tRNA;1927362;1927445;125;*;tcg
fin;comp;CDS;1927571;1928944;;;
deb;;CDS;1975038;1976213;78;*;
;comp;ncRNA;1976292;1976649;428;*;
fin;;CDS;1977078;1978217;;;
deb;comp;CDS;2005431;2007053;2315;*;
;comp;tRNA;2009369;2009443;199;*;cca
fin;comp;CDS;2009643;2010194;;;
deb;comp;CDS;2026807;2028456;314;*;
;;tRNA;2028771;2028842;513;*;ggg
fin;comp;CDS;2029356;2029766;;0;
deb;;CDS;2157926;2158684;567;*;
;;tRNA;2159252;2159362;349;*;atgj
fin;;CDS;2159712;2160225;;;
deb;comp;CDS;2194967;2195302;718;*;
;;rRNA;2196021;2197498;209;*;1489
;;rRNA;2197708;2200614;74;*;2833
;;rRNA;2200689;2200810;607;*;122
fin;comp;CDS;2201418;2201615;;0;
deb;comp;CDS;2434335;2434609;603;*;
;comp;tRNA;2435213;2435284;223;*;gcc
;;tRNA;2435508;2435584;74;*;atc
;;tRNA;2435659;2435735;241;*;atc
fin;comp;CDS;2435977;2436390;;0;
deb;;CDS;2622097;2624025;1489;*;
;;tRNA;2625515;2625588;1102;*;gta
fin;;CDS;2626691;2626918;;;
deb;;CDS;2650514;2651296;164;*;
;;tRNA;2651461;2651532;218;*;cac
fin;;CDS;2651751;2653460;;;
deb;;CDS;2663547;2664668;318;*;
;comp;tRNA;2664987;2665058;263;*;ggc
fin;;CDS;2665322;2666563;;;
deb;;CDS;2856552;2857409;134;*;
;comp;tRNA;2857544;2857628;153;*;tca
fin;comp;CDS;2857782;2858546;;0;
deb;;CDS;3326036;3326557;539;*;
;;tRNA;3327097;3327168;995;*;tgc
fin;;CDS;3328164;3328898;;;
deb;;CDS;3994472;3994921;514;*;
;comp;tRNA;3995436;3995529;477;*;cga
fin;;CDS;3996007;3996714;;;
deb;;CDS;4005709;4006026;269;*;
;;tRNA;4006296;4006378;860;*;ttg
;;rpr;4007239;4009012;169;*;
fin;comp;CDS;4009182;4009478;;;
deb;comp;CDS;4031590;4031871;1075;*;
;;tRNA;4032947;4033019;182;*;cag
fin;comp;CDS;4033202;4033765;;0;
deb;comp;CDS;4041205;4041960;96;*;
;;tRNA;4042057;4042141;375;*;tta
fin;comp;CDS;4042517;4044976;;;
deb;comp;CDS;4045359;4048274;718;*;
;;tRNA;4048993;4049077;35;*;tta
deb;comp;CDS;4049113;4052403;241;*;
;;tRNA;4052645;4052729;177;*;tta
fin;comp;CDS;4052907;4053395;;;
deb;;CDS;4407561;4407830;64;*;
;;tRNA;4407895;4407966;675;*;gcg
fin;comp;CDS;4408642;4409715;;;
deb;comp;CDS;4504139;4504300;536;*;
;comp;tRNA;4504837;4504921;220;*;ctg
fin;comp;CDS;4505142;4506050;;;
deb;comp;CDS;4551177;4551851;566;*;
;;tRNA;4552418;4552491;94;*;gtc
;;tRNA;4552586;4552660;7;*;ttc
;;tRNA;4552668;4552739;61;*;ggc
;;tRNA;4552801;4552874;94;*;gtc
;;tRNA;4552969;4553043;7;*;ttc
;;tRNA;4553051;4553122;717;*;ggc
fin;;CDS;4553840;4554052;;0;
deb;;CDS;4617920;4618339;200;*;
;;tRNA;4618540;4618617;351;*;gaa
deb;;CDS;4618969;4619190;377;*;
;;tRNA;4619568;4619645;214;*;gaa
fin;comp;CDS;4619860;4620678;;;
deb;;CDS;4673041;4673643;289;*;
;comp;rRNA;4673933;4674054;74;*;122
;comp;rRNA;4674129;4677035;116;*;2833
;comp;tRNA;4677152;4677224;85;*;gca
;comp;rRNA;4677310;4678787;1247;*;1489
fin;;CDS;4680035;4680817;;;
deb;comp;CDS;4759174;4759410;89;*;
;comp;tRNA;4759500;4759576;655;*;aaa
fin;comp;CDS;4760232;4760801;;;

Intergen51. mba. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. mba les différents types d'intercalaires.

mba intercalaires positifs S+

Lien tableau: mba intercalaires positifs S+
Tableaux

mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF

Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
Corrélation et fréquences faibles

;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
 - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;

mfe

mfe opérons

Lien tableau: mfe opérons

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
40.2%GC;3.2.20 Paris;16s  3;56;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina sp. WH1;;;;;;;;;;;;
comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;*
;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;*
;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;*
;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;*
;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;*
;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;*
;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;*
;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;*
comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;*
comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;*
;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;*
comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;*
comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;*
;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;*
comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;*
;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;*
comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;*
;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;*
comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;*
comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;*
comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;*
comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;*
;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;*
>;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;*
comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;*
comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;*
;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;*
comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;*
comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;*
comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;*
comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;*
comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;*
comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;*
comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;*
comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;*
comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;*
;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;*
comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;*
;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;*
;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;*
comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;*
;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;*
;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;*
comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;*
;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;*
;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;*
;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;*
comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;*
comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;*
comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;*
comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;*
comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;*
comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;*
comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;*
comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;*
;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;*
;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;*
comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;*
;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
>;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;*
;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;*
comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;*
;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;*
comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;*
comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;*
comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;*
comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*

mfe cumuls

Lien tableau: mfe cumuls

mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80

mfe blocs

Lien tableau: mfe blocs

mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*

mfe remarques

Lien tableau: mfe remarques

mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

mfe distribution

Lien tableau: mfe distribution

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;

mfe données intercalaires

Lien tableau: mfe données intercalaires
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900;reste;Sup 1200
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;frequence;effectif;;long;long;long;long
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;mfe;fx;fc;fx;fc;fx;fc
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;;hors bloc;400;695;1544;912;902;1203;1203
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;2* 196;;72;;tgc;410;13;13;916;911;1203;1211
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;23s 5s;;**;;tgc;420;11;16;920;916;1207;1214
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;3* 74;;89;;atgf;430;6;14;948;918;1211;1222
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;5s CDS;;16s tRNA;;**;;atgf;440;19;15;949;926;1212;1224
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;857;5;84;gca;111;;gac;450;16;14;950;933;1215;1226
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;;271;tRNA 23s;;**;;tac;460;11;12;950;940;1221;1227
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;;;119;gca;73;;cta;470;9;9;957;941;1226;1242
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;;;;;**;;gga;480;15;13;959;948;1239;1245
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;;;;;117;;ctc;490;17;11;968;951;1239;1247
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;;;;**;;ctc;500;2;14;979;956;1250;1266
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;;;;;87;;aac;510;2;9;983;957;1252;1287
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;;;;;110;;atgi;520;9;12;997;957;1255;1291
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;;CDS-CDS;inf 50;;**;;aac;530;12;7;1008;962;1261;1302
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;;intercalaire;;;;227;gcc;540;7;8;1009;974;1288;1305
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;;c-;x-;;62;;atc;550;4;6;1025;980;1300;1333
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;;-98;-71;;**;;atc;560;5;10;1033;980;1302;1364
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;;-89;-66;;718;;gaa;570;4;11;1035;993;1324;1378
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;;-59;-57;;**;;gaa;580;5;7;1047;993;1335;1388
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;;total;intercalaires;;25;;ggc;590;8;10;1064;993;1338;1393
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;;;987,074;;57;;ttc;600;4;9;1076;999;1347;1400
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;;ADN long;3,914,091;;71;;gtc;610;11;9;1077;1001;1382;1421
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;;%;25.2;;25;;ggc;620;4;8;1081;1005;1463;1464
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;;;;;118;;ttc;630;7;8;1086;1016;1502;1478
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;;non RNA;15;;**;;gtc;640;6;10;1093;1017;1515;1486
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;;;;;;;;650;5;11;1104;1023;1535;1496
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;;;;;;;;660;3;5;1112;1038;1556;1575
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;;;;;;;;670;5;1;1123;1039;1595;1586
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;;;;;;;;680;3;3;1128;1043;1607;1609
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;;;;;;;;690;5;5;1134;1048;1623;1622
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;;;;;;;;700;4;4;1146;1051;1739;1651
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;;;;;;;;710;2;6;1156;1057;1782;1679
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;;;;;;;;720;9;3;1160;1065;1991;1694
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;;;;;;;;730;3;4;1161;1069;;1726
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;;;;;;;;740;2;3;1171;1085;;1740
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;;;;;;;;750;5;8;1172;1093;;1756
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;;;;;;;;760;2;9;1190;1097;;1835
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;;;;;;;;770;6;4;;1097;;1958
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;;;;;;;;780;4;5;;1102;;1960
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;;;;;;;;790;8;6;;1115;;2091
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;;;;;;800;6;5;;1118;;2110
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;;;;;;810;2;5;;1119;;2239
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;;;;;;820;2;1;;1122;;2442
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;;;;;;830;7;7;;1136;;2916
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;;;;;;840;0;2;;1139;;4246
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;;;;;;850;1;3;;1145;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;;;;;;860;2;6;;1150;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;;;;;;870;3;3;;1155;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;;;;;;880;3;4;;1184;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;;;;;;890;1;0;;1193;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;;;;;;900;2;3;;1197;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;;;;;;;;;;;;

mfe autres intercalaires aas

Lien tableau: mfe autres intercalaires aas
Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.

autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;

Intergen51. mfe. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. mfe les différents types d'intercalaires.

archées synthèse

archées données intercalaires

Lien tableau: archées données intercalaires

Les archeo;;mfe;mja;mba;mfi;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 436;;;Ft: 268;Ici: 105;Reste: 63;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA contig;;tRNA h;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;;454;704;857;5;;340;2;196;1;78;1;72;1;116;1;80;1;7;1;2;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;fx%;fc%;;718;;271;;;2;209;1;286;1;84;1;119;;;1;8;1;4;
1;3;0;12;78;0;12;78;-1;0;106;4;11;;724;;289;;;;;1;305;1;85;2;207;;;1;11;1;5;
2;1;10;80;632;1;14;88;-2;3;0;24;90;;835;;397;;;;;6;74;1;87;2;233;;;1;14;3;7;
2;2;20;65;483;2;15;113;-3;0;2;19;69;;845;;488;;;;;;;2;64;;;;;1;18;1;23;
0;2;30;67;295;3;4;48;-4;34;354;20;42;;973;;607;;;tRNA 16s;tRNA 5s;;;;;;;;;1;29;2;25;
4;4;40;71;240;4;10;84;-5;1;2;21;34;;1247;;939;;;295;13;;;;;;;;;1;39;1;29;
2;4;50;58;215;5;3;66;-6;7;0;17;31;;;;;;;;;;;;;;;;;1;83;1;34;
1;3;60;54;205;6;8;40;-7;2;10;16;29;5s 5s c;CDS 23s x;;;;;;;;;;;;;;;;;1;40;
2;4;70;61;207;7;4;20;-8;3;99;18;30;748;182;;;;;;;;;;;;;;;;;1;44;
0;4;80;67;197;8;9;36;-9;5;1;20;28;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;53;
0;3;90;91;200;9;8;62;-10;2;14;27;29;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;57;
2;1;100;70;181;10;5;75;-11;2;44;21;26;2;8;1;7;0;1;6;;9;;6;;6;;1;;8;55;1;58;
0;4;110;61;160;11;11;64;-12;4;0;18;23;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;61;
0;3;120;92;169;12;5;53;-13;1;17;27;24;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;62;
3;5;130;77;165;13;5;66;-14;5;38;23;24;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;63;
2;4;140;70;147;14;10;50;-15;3;1;21;21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;65;
3;5;150;74;162;15;6;38;-16;0;9;22;23;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;71;
2;6;160;69;123;16;4;40;-17;2;28;20;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;72;
1;2;170;63;119;17;4;36;-18;2;6;19;17;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;73;
5;5;180;77;108;18;7;50;-19;0;8;23;15;;;;;;;;;;;;;;;;;105;;1;74;
3;5;190;76;129;19;8;42;-20;1;19;23;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;76;
0;9;200;64;100;20;5;44;-21;1;0;19;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;85;
3;3;210;53;101;21;7;41;-22;0;2;16;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;
2;4;220;86;104;22;11;26;-23;2;16;26;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;89;
4;6;230;61;104;23;8;30;-24;1;1;18;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;90;
4;2;240;50;99;24;5;49;-25;1;11;15;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;91;
5;3;250;47;77;25;4;30;-26;1;11;14;11;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;94;
1;2;260;50;92;26;3;25;-27;0;1;15;13;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;99;
1;2;270;55;86;27;6;30;-28;0;5;16;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;110;
1;4;280;46;81;28;14;22;-29;1;5;14;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;111;
2;2;290;41;68;29;5;16;-30;0;0;12;10;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;112;
3;3;300;39;63;30;4;26;-31;0;0;12;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;117;
3;1;310;44;62;31;7;18;-32;0;10;13;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;118;
3;0;320;49;71;32;9;18;-33;1;0;15;10;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;119;
2;0;330;41;65;33;4;30;-34;1;3;12;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;132;
2;1;340;50;51;34;8;30;-35;1;14;15;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;170;
3;2;350;34;59;35;5;21;-36;0;0;10;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;178;
3;3;360;37;45;36;9;19;-37;0;0;11;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;223;
1;0;370;36;43;37;2;27;-38;0;7;11;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;504;
2;3;380;36;54;38;4;28;-39;2;0;11;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;718;
1;2;390;32;41;39;12;29;-40;0;0;9;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;49;;
2;1;400;39;44;40;11;20;-41;1;7;12;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29;33;reste;1024;1279;reste;3074;5276;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;227;x mfe
112;156;total;3369;7004;total;3369;7004;-43;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;x;3357;100;12;;;;-49;0;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;6926;887;78;;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;436;;reste;9;22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;total;100;887;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

archées données intercalaires 200

Lien tableau: archées données intercalaires 200;fc+400

total;2379;2011;1545;1069;;
gen;mba;mfe;mfi;mja;;mba
0;21;17;29;11;400;4
1;22;28;20;18;401;3
2;31;29;25;28;402;4
3;12;16;14;6;403;0
4;17;15;20;32;404;0
5;23;18;14;11;405;3
6;15;14;7;4;406;1
7;4;3;8;5;407;3
8;4;7;10;15;408;1
9;8;8;14;32;409;3
10;19;14;14;28;410;3
11;16;15;17;16;411;3
12;8;11;12;22;412;2
13;19;12;18;17;413;3
14;13;8;16;13;414;1
15;12;10;3;13;415;1
16;13;3;10;14;416;2
17;11;7;8;10;417;2
18;13;8;12;17;418;2
19;7;12;5;18;419;0
20;15;8;7;14;420;2
21;8;11;6;16;421;4
22;8;3;4;11;422;3
23;4;9;8;9;423;1
24;14;12;12;11;424;0
25;4;8;6;12;425;3
26;6;10;0;9;426;2
27;10;5;9;6;427;2
28;4;10;5;3;428;5
29;4;2;4;6;429;1
30;10;4;4;8;430;2
31;2;6;6;4;431;2
32;6;3;5;4;432;2
33;8;1;10;11;433;3
34;7;7;5;11;434;1
35;11;4;5;1;435;2
36;8;4;3;4;436;2
37;9;10;5;3;437;2
38;11;5;7;5;438;0
39;6;8;8;7;439;3
40;6;12;2;0;440;2
41;8;9;4;6;441;2
42;7;9;5;9;442;4
43;3;5;8;7;443;0
44;5;5;1;3;444;1
45;4;5;6;3;445;1
46;4;4;7;3;446;3
47;5;2;4;8;447;0
48;5;6;6;5;448;2
49;12;7;5;3;449;2
50;1;6;7;3;450;1
51;2;7;8;4;451;1
52;6;6;4;0;452;1
53;1;3;7;4;453;3
54;9;4;3;3;454;0
55;8;5;6;4;455;3
56;12;6;10;6;456;4
57;8;0;3;11;457;2
58;5;5;6;4;458;2
59;3;1;5;4;459;0
60;7;4;6;5;460;4
61;3;12;10;1;461;3
62;7;5;8;5;462;5
63;8;3;1;4;463;2
64;5;8;7;2;464;1
65;3;7;3;5;465;3
66;5;3;7;6;466;1
67;1;3;10;5;467;0
68;4;6;2;5;468;3
69;5;4;7;7;469;1
70;6;4;6;4;470;1
71;6;5;6;9;471;3
72;1;8;7;1;472;1
73;6;4;9;2;473;4
74;7;3;4;5;474;2
75;7;7;6;1;475;1
76;2;2;5;2;476;3
77;4;5;2;5;477;2
78;11;11;8;5;478;1
79;5;2;4;1;479;3
80;5;5;6;3;480;1
81;2;3;4;3;481;2
82;7;3;7;5;482;0
83;7;2;5;6;483;0
84;11;4;11;4;484;3
85;2;5;7;3;485;0
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87;6;4;7;2;487;2
88;7;1;5;4;488;2
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90;4;10;7;2;490;1
91;1;4;3;2;491;0
92;2;2;13;1;492;1
93;6;3;5;2;493;0
94;5;6;11;4;494;2
95;5;5;12;4;495;2
96;2;1;2;2;496;1
97;5;2;8;7;497;2
98;3;5;5;8;498;5
99;5;10;6;4;499;1
100;3;3;2;2;500;0
101;6;4;4;4;501;5
102;3;4;4;2;502;0
103;3;3;5;5;503;0
104;4;6;8;2;504;2
105;1;7;1;2;505;1
106;5;3;7;3;506;1
107;5;6;5;0;507;2
108;4;4;3;4;508;0
109;5;4;6;3;509;4
110;2;7;3;3;510;2
111;6;5;9;1;511;1
112;4;3;2;1;512;5
113;2;3;4;6;513;3
114;3;7;2;3;514;1
115;4;5;5;2;515;1
116;5;5;6;3;516;2
117;2;6;7;1;517;1
118;5;2;5;3;518;1
119;6;7;5;2;519;1
120;7;1;6;8;520;1
121;5;3;6;2;521;2
122;4;2;4;2;522;2
123;3;3;4;4;523;2
124;2;7;6;2;524;1
125;5;7;5;3;525;2
126;4;3;6;5;526;3
127;2;6;5;3;527;0
128;4;5;5;1;528;1
129;5;7;3;3;529;2
130;5;3;8;3;530;2
131;2;5;8;6;531;1
132;3;7;7;3;532;2
133;3;0;0;2;533;2
134;4;6;4;5;534;1
135;4;3;2;1;535;2
136;2;3;2;2;536;1
137;7;4;5;6;537;0
138;4;8;3;2;538;3
139;1;2;2;1;539;0
140;5;2;7;4;540;2
141;5;4;5;6;541;0
142;8;8;2;2;542;0
143;2;1;7;2;543;1
144;8;3;4;2;544;0
145;7;3;5;3;545;2
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147;4;6;4;3;547;1
148;4;5;3;1;548;2
149;6;2;6;6;549;1
150;6;2;5;1;550;1
151;4;6;8;3;551;1
152;1;7;5;1;552;0
153;2;2;6;2;553;3
154;7;1;4;1;554;0
155;1;7;2;1;555;0
156;0;3;0;5;556;4
157;2;5;5;2;557;1
158;0;2;5;1;558;2
159;5;4;2;1;559;0
160;3;4;2;1;560;1
161;3;3;4;2;561;1
162;6;3;1;3;562;2
163;4;4;6;1;563;2
164;4;5;3;0;564;1
165;1;5;2;2;565;1
166;3;3;2;0;566;0
167;5;4;2;0;567;0
168;7;2;3;3;568;0
169;5;4;2;0;569;1
170;6;2;3;1;570;0
171;4;0;1;1;571;4
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174;4;2;1;2;574;0
175;2;4;5;1;575;1
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345;1;2;0;0;;
346;1;2;2;0;;
347;2;1;0;0;;
348;6;5;2;0;;
349;2;1;0;0;;
350;4;1;1;0;;
351;3;1;0;0;;
352;1;2;2;0;;
353;3;3;0;0;;
354;1;1;1;1;;
355;4;0;1;1;;
356;1;0;0;1;;
357;4;1;2;0;;
358;0;2;0;0;;
359;0;2;0;0;;
360;1;2;4;0;;
361;3;2;1;0;;
362;1;5;1;0;;
363;0;3;1;1;;
364;0;0;1;1;;
365;5;0;0;0;;
366;2;0;0;0;;
367;3;1;1;0;;
368;1;1;0;1;;
369;3;1;2;0;;
370;2;0;0;0;;
371;4;1;1;0;;
372;2;3;2;0;;
373;3;2;2;1;;
374;2;2;1;0;;
375;2;0;0;0;;
376;1;1;0;0;;
377;2;2;1;0;;
378;3;3;0;1;;
379;3;2;2;0;;
380;2;1;2;0;;
381;1;2;1;0;;
382;3;2;1;0;;
383;0;3;2;0;;
384;3;2;1;0;;
385;3;1;0;0;;
386;1;1;1;0;;
387;2;5;1;0;;
388;1;1;1;0;;
389;0;1;0;0;;
390;1;0;0;0;;
391;1;3;1;0;;
392;1;0;0;0;;
393;2;2;0;0;;
394;1;0;1;0;;
395;1;0;1;0;;
396;3;1;1;0;;
397;1;2;0;0;;
398;1;2;5;0;;
399;3;2;1;1;;
400;4;3;0;0;;
;;;;;;
;1651;1527;1423;1046;;314

archées distribution par génome

Lien tableau: archées distribution par génome

arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;

archées distribution du total

Lien tableau: archées distribution du total

atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;

archées distribution par type

Lien tableau: archées distribution par type

;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;

archées par rapport au groupe de référence

Lien tableau: archées par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;

euryarchaeota, estimation des -rRNAs

Lien tableau: euryarchaeota, estimation des -rRNAs

euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est  10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832

génomes synthèse

Les intercalaires entre cds d'un génome

Les intercalaires tRNAs-cds

comparaison continu-discontinu

Lien tableau: comparaison continu-discontinu
Total des nuls cds-cds

gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510

tableau

;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6

Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs

Lien tableau: Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs
Total des tRNAs-cds des 22 génomes qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.

tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670

Tableau

tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;

cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;;
pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7

Les cds-cds positif-négatif

Lien tableau: Les cds-cds positif-négatif

taux de 1-40;;;;;;;;
gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3

22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800
pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;

tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+;  xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7

Récapitulatif des taux discontinu/continu

Lien tableau: Récapitulatif des taux discontinu/continu

>0;;;<0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1

Les taux de discontinus par classe génomique

Lien tableau: Les taux de discontinus par classe génomique

gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&25;°24;°6
ant;&10,9;27;&25;°15;°8
mja;&24,2;30;13;42;&36
pmg;&36,0;&39;14;39;&41
pub;&19,0;29;&36;44;&45
$II;;;;;
ade;&11,9;&36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&19,3;&42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&12,3;33;18;43;&35
rru;&10,1;31;18;41;&33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10

Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds

Lien tableau: Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds
Tableau

14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
 -1;1671;'''17.5;;0;0;;
 -2;4;0.0;;40;3.3;;
 -3;5;0.1;;0;0;;
 -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10;
 -5;9;0.1;;3;0.2;;
 -6;4;0.0;;35;2.9;;16
 -7;139;1.5;;19;1.6;;
 -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
 -9;3;0.0;;25;2.0;;14
 -10;93;1.0;;11;0.9;;
 -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
 -12;2;0.0;;23;1.9;;8
 -13;94;1.0;;15;1.2;;
 -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
 -15;1;0.0;;25;2.0;;12
 -16;58;0.6;;13;1.1;;
 -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
 -18;5;0.1;;13;1.1;;1
 -19;43;0.4;;12;1.0;;
 -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
 -21;0;0;;11;0.9;;3
 -22;22;0.2;;8;0.7;;
 -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
 -24;1;0.0;;19;1.6;;8
 -25;34;0.4;;11;0.9;;
 -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
 -27;2;0.0;;6;0.5;; -2
 -28;19;0.2;;8;0.7;;
 -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
 -30;0;0;;5;0.4;; -3
 -31;16;0.2;;8;0.7;;
 -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
 -33;0;0;;3;0.2;; -4
 -34;15;0.2;;7;0.6;;
 -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
 -36;0;0;;3;0.2;;0
 -37;9;0.1;;3;0.2;;
 -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
 -39;0;0;;3;0.2;; -4
 -40;5;0.1;;7;0.6;;
 -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
 -42;0;0;;4;0.3;; -2
 -43;16;0.2;;6;0.5;;
 -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
 -45;0;0;;2;0.2;; -1
 -46;5;0.1;;3;0.2;;
 -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
 -48;0;0;;2;0.2;; -2
 -49;11;0.1;;4;0.3;;
 -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;

Fréquences des négatifs, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus

14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl

Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes

Lien tableau: Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes
Tableau

14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu   50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92

Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements

Lien tableau: Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements

recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;

Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus

Tableau cds-cds négatifs discontinus

Lien tableau: Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus

14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰  ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88
3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335
4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56
5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83
6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84
7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93
8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68
10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;;

Coefficient de détermination, moyenne et corrélation: effectifs

	14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs continus		14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs discontinus				
gen	r50	“5	“6	“7	“8	total	cds	r80	“5	“6	“7	“8	total
abra	13	211	0	11	174	409	1667	0	2	3	0	3	8
ade	9	607	0	25	72	713	4464	9	36	4	17	36	102
afn	9	167	2	20	105	303	2039	1	1	1	1	0	4
ant	6	387	1	33	252	679	3095	0	40	20	5	18	83
ase	28	1054	3	70	145	1300	8197	17	109	48	55	123	352
blo	2	161	1	10	36	210	1772	2	3	1	4	8	18
bsu	17	305	0	42	209	573	4215	4	14	5	7	5	35
cbei	4	153	0	32	200	389	5622	0	4	2	2	3	11
cbn	0	62	0	23	82	167	2491	0	0	5	0	4	9
cvi	4	493	0	38	152	687	4282	1	25	7	16	20	69
eco	22	423	0	47	152	644	4024	10	45	15	6	18	94
mba	6	152	7	34	108	307	3943	0	6	3	3	10	22
mja	6	78	0	17	62	163	1730	0	26	19	3	8	56
myr	0	133	0	22	127	282	3555	0	9	5	1	5	20
pmg	2	105	0	10	41	158	1800	0	33	16	9	30	88
pmq	16	466	1	44	226	753	7223	1	14	8	5	14	42
pub	3	233	2	14	129	381	1307	0	47	17	3	25	92
rru	11	475	0	26	97	609	3786	5	28	6	13	22	74
rtb	0	43	0	9	46	98	793	0	1	0	0	3	4
scc	6	195	1	22	95	319	1805	1	3	9	3	12	28
spl	5	262	0	30	117	414	4213	0	7	1	1	3	12
total	169	6165	18	579	2627	9558	72023	51	453	195	154	370	1223

Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats

‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. 
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;

Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails

Fréquences des discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls

14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles

Restes des cds-cds négatifs

Restes des cds-cds négatifs

14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;

Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus

Lien tableau: Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus
Tableau cds-cds-c

*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023

Tableau cds-cds-x

*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5
'''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5
'''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8
'''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;

Fréquences des intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails

negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262

Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400

Lien tableau: Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400
Légende

12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max  40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max  50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max  50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:Image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:Image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:Image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17;
[[:Image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21;

Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences

Lien tableau: Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences
Légende

;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30  ‰ ;;;teff;;0  ‰;;<0  ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:Image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:Image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:Image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:Image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:Image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:Image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:Image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:Image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:Image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:Image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:Image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:Image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:Image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:Image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:Image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:Image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:Image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:Image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:Image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:Image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:Image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc

Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400

Lien tableau: Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400
Légende

12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:Image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:Image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&pmq;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:Image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&cbei;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&'''blo;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&mba;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:Image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&'''scc;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3

Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40

Lien tableau: Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40
Légende
Tableau

Sc+  40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;

Données

fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870

Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40

Lien tableau: Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40
Légende

13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+  40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15   611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;

Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu

Lien tableau: Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu
Les tRNA-tRNA x+

;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210"
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1

Tableau

tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;

Gamma intergen51

Intergen51. Gamma les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. Les différents types d'intercalaires

Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;tRNA-CDS
c;17 644;4 048;137;21 829;2,2;695;58;753
x;9 203;450;52;9 705;;0;42;42
t;26 847;4 498;189;31 534;;695;100;795
%;85,1;14,3;0,1;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;297;2;2;301;1,4;tRNA-CDS;509;5
x;207;1;0;208;;RNA-RNA;695;7
t;504;3;2;509;;CDS-rRNA;100;1
%;99,0;0,6;0,4;;;non RNA;1 112;12
-;;;;;;total;2 416;2 416
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;6,0;15,6;1,3;28,5;3,7;65;0,6;0,7
x;11,3;17,3;7,8;5,6;2,4;46;0,5;0,0

Intergen51. Gamma. Les diagrammes CDS-16s

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes CDS-16s
Les diagrammes

gama;CDS 16s c;CDS 16s x;gama;5s CDS c;5s CDS x
150;0;1;30;0;0
180;1;0;60;1;0
210;1;0;90;4;2
240;0;0;120;0;6
270;0;1;150;1;0
300;0;0;180;1;0
330;0;0;210;0;0
360;0;1;240;0;1
390;9;0;270;0;2
420;0;0;300;3;0
450;5;0;330;1;1
480;6;5;360;0;1
510;2;3;390;1;0
540;1;2;420;0;0
570;2;2;450;0;0
600;2;1;480;0;3
630;1;4;;2;2
660;2;0;;;
690;1;1;;;
720;0;0;;;
750;0;0;;;
780;0;0;;;
810;0;1;;;
840;1;0;;;
870;1;0;;;
900;1;0;;;
;1;2;;;
;37;24;;;

Les moyennes CDS-16s par génome

CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;488,4;72,1;6,8;424:432;469:518;599;63,5;36,8
eal;298,3;119,0;2,5;161;364:370;;253,6;-153,2
eco;388,5;36,2;10,7;362;373:377;442;163,4;-63,1
ecoN;435,7;118,9;3,7;4x365-385;441;672;116,2;-15,9
spl;665,6;301,2;2,2;206;611:647;876:988;-113,7;214,0
vha1;584,3;146,6;4,0;4x451-557;631:853;;-32,4;132,8
vha2;448;;;448;;;103,9;-3,6
vpb1;551,5;136,6;4,0;4x454-504;575:817;;0,4;99,9
vpb2;468;;;468;;;83,9;16,4
total;501,7;173,5;2,9;;;;551,9;451,6
gama;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;560,3;63,6;8,8;3x481-516;626:627;;35,4;72,9
eal;386,8;103,2;3,7;264;339;467:471;209,0;-100,7
eco;522,3;79,5;6,6;473:480;614;;73,4;34,9
ecoN;298,0;256,0;1,2;117;479;;297,7;-189,4
spl;821,5;250,6;3,3;614;687:807;1178:*1908;-225,8;334,1
vha1;523,0;43,8;11,9;492;554;;72,7;35,6
vha2;;;;;;;;
vpb1;526,0;42,4;12,4;496;556;;69,7;38,6
vpb2;;;;;;;;
total;541,6;197,1;2,7;;;;595,7;487,4

Intergen51.gamma. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

Lien tableau: Intergen51.gamma. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.

ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
amed;215,8;114,5;1,9;0;0;71,6;-19,3;;amed;183,5;119,5;1,5;99;268;;
eal;213,1;140,6;1,5;2;0;74,3;-22,1;;eal;223,7;204,8;1,1;98:113;460;;
eco;243,8;133,8;1,8;3;1;43,5;8,7;;eco;192,7;98,9;1,9;81;228:269;;
ecoN;259,6;117,9;2,2;6;3;27,8;24,4;;ecoN;83,0;29,7;2,8;62;104;;
spl;300,0;140,1;2,1;1;3;-12,6;64,9;;spl;387,8;77,8;5,0;304:339;2x454;*768:798;
vha1;277,3;152,6;1,8;0;0;10,0;42,2;;vha1;101;;;101;;;
vha2;329,8;40,5;8,1;0;0;-42,4;94,7;;vha2;;;;;;;
vpb1;288,7;166,5;1,7;0;1;-1,3;53,6;;vpb1;110;;;110;;;
vpb2;487,0;141,3;3,4;2;0;-237,7;283,1;;vpb2;;;;;;;
total;261,2;141,9;1,8;;++;287,4;235,1;;total;221,5;145,6;1,5;++;243,7;199,4;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
amed;201,0;117,5;1,7;1;2;48,2;-2,9;;amed;275,0;111,0;2,5;164;275;386;
eal;212,5;133,7;1,6;1;0;36,8;8,5;;eal;178,0;172,5;1,0;56;300;;
eco;187,9;105,6;1,8;1;2;61,3;-16,0;;eco;187,0;159,8;1,2;74;300;;
ecoN;214,4;127,2;1,7;4;2;34,9;10,4;;ecoN;137,4;107,0;1,3;3x76;136;323;
spl;298,3;187,7;1,6;0;4;-49,1;94,4;;spl;*715;17,0;42,1;*703;*727;;
vha1;238,1;138,9;1,7;1;1;11,2;34,1;;vha1;;;;;;;
vha2;254,0;125,2;2,0;1;0;-4,7;50,1;;vha2;;;;;;;
vpb1;253,9;138,9;1,8;3;1;-4,6;49,9;;vpb1;;;;;;;
vpb2;266,3;77,7;3,4;1;1;-17,1;62,4;;vpb2;;;;;;;
total;226,6;137,5;1,6;;++;249,3;203,9;;total;186,8;121,1;1,5;++;205,5;168,2;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
amed;183,3;129,6;1,41;32,5;16;36,4;3,5;;amed;165,4;113,5;1,5;35,6;23;30,3;5,3
eal;198,0;142,2;1,39;15,1;26;21,8;18,2;;eal;175,7;129,9;1,4;36,8;34;20,0;15,6
eco;185,9;118,7;1,57;57,9;9;33,8;6,1;;eco;161,6;111,5;1,4;26,3;3;34,1;1,5
ecoN;199,8;138,9;1,44;59,8;35;19,9;20,0;;ecoN;164,0;121,1;1,4;50,3;26;31,7;3,9
spl;227,7;147,9;1,54;72,3;48;-7,9;47,9;;spl;201,0;142,9;1,4;97,4;58;-5,3;40,8
vha1;205,7;144,3;1,43;71,7;26;14,1;25,9;;vha1;189,3;136,6;1,4;48,8;19;6,4;29,1
vha2;213,6;152,5;1,40;116,2;20;6,1;33,8;;vha2;188,8;136,8;1,4;65,2;17;6,9;28,7
vpb1;195,2;146,0;1,34;93,5;12;24,5;15,4;;vpb1;177,7;120,7;1,5;76,2;17;18,0;17,6
vpb2;201,0;142,8;1,41;286,0;11;18,7;21,3;;vpb2;193,9;131,6;1,5;72,5;12;1,8;33,7
total;199,8;138,8;1,44;61,5;;219,7;179,8;;total;177,9;127,5;1,40;48,7;;195,7;160,1
;;;;804,9;;;;;;;;;509,0;;;

Intergen51. Gamma. Les diagrammes rRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes rRNA-rRNA

16s23s;;23s 5s;
280;3;80;0
300;0;100;27
320;0;120;2
340;0;140;24
360;7;160;0
380;0;180;8
400;1;reste;1
;;;
16stRNA;;tRNA23sc;
60;0;160;0
80;19;180;2
100;16;200;18
120;4;220;0
140;4;240;8
160;0;260;2
180;2;280;9
200;2;300;4
220;0;320;5
240;3;340;1
260;0;360;0
280;2;380;2
reste;2;reste;0

Intergen51. Gamma. Les diagrammes rRNA-RNA

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes rRNA-RNA

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;;;;;;;;;;amed;123,4;2,6;48,3;9x120-127;;;6,3;17,3
eal;;;;;;;;;;eal;169;;;7x169;;;-39,3;62,8
eco;;;;;;;;;;eco;92,4;0,5;172,9;7x92-93;;;37,3;-13,7
ecoN;;;;;;;;;;ecoN;95;;;6x95;*1881;;34,7;-11,2
spl;353,0;12,5;28,2;7x348-349;384;;12,5;54,0;;spl;136,3;13,5;10,1;10x132-133;177;;-6,5;30,1
vha1;;;;;;;;;;vha1;121,0;15,0;8,1;2x95;7x125-135;;8,7;14,8
vha2;;;;;;;;;;vha2;95;;;95;;;34,7;-11,2
vpb1;277;;;3x277;;;88,5;-22,0;;vpb1;91;;;10x91;;;38,7;-15,2
vpb2;;;;;;;;;;vpb2;91;;;91;;;38,7;-15,2
total;332,3;37,0;9,0;;;;365,5;299,0;;total;118,0;26,5;4,4;;;;129,7;106,2
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;183,3;81,0;2,3;3x72;7x198-274;;-52,7;76,5;;amed;238,8;5,0;47,3;8x236-238;252;;29,4;19,4
eal;78,3;8,4;9,3;7x68-85;;;52,3;-28,6;;eal;192,9;6,4;30,1;3x186;4x198;;75,3;-26,5
eco;102,3;47,6;2,2;5x68-85;2x171;;28,3;-4,6;;eco;186,1;7,2;25,8;174;3x183-184;3x193;82,0;-33,3
ecoN;149,4;148,3;1,0;7x68-85;375;443;-18,8;42,6;;ecoN;200,0;31,3;6,4;174;5x183-194;269;68,2;-19,4
spl;74;;;3x74;;;56,6;-32,8;;spl;359,3;20,2;17,8;336;2x371;;-91,2;139,9
vha1;105,8;21,3;5,0;65;5x91-102;3x127-134;24,8;-1,1;;vha1;290,8;21,0;13,8;3x260-272;6x296-317;;-22,6;71,4
vha2;123;;;123;;;7,6;16,2;;vha2;313;;;313;;;-44,8;93,6
vpb1;83,3;12,8;6,5;2x65;5x89;97;47,3;-23,6;;vpb1;280,0;26,6;10,5;5x264-265;2x319;;-11,8;60,6
vpb2;89;;;89;;;41,6;-17,8;;vpb2;263;;;263;;;5,2;43,6
total;118,7;79,4;1,5;;;;130,6;106,9;;total;243,8;53,8;4,5;;;;268,2;219,4

Intergen51. Gamma. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes tRNA-tRNA
Les diagrammes

gama;tRNA hors;;5s tRNA;;tRNA in
;;1;12;8;2
5;23;2;14;1;9
10;23;5;30;3;10
15;19;1;31;1;12
20;19;3;31;2;14
25;20;2;32;1;16
30;20;4;52;1;24
35;45;1;53;2;30
40;44;1;54;2;30
45;16;2;68;1;32
50;31;2;69;1;35
55;23;1;90;1;37
60;32;1;91;3;41
65;9;1;95;7;42
70;4;2;98;5;43
75;5;4;100;3;45
80;8;2;106;3;65
85;7;1;151;;
90;1;;;;
95;4;36;;45;
100;9;;;;
105;19;;;;
110;3;;tRNA 5s;;tRNA contig
115;0;1;17;1;8
120;3;1;23;1;11
125;1;1;37;2;35
130;2;1;39;2;42
135;4;1;40;3;68
140;0;1;57;1;1472
145;0;1;57;1;2351
150;2;1;777;;
155;0;1;1112;;
160;2;1;1360;;
165;0;;;;
170;1;;;;
175;0;;;;
180;0;;;;
185;1;;;;
190;1;;;;
195;0;;;;
200;3;;;;
205;1;;;;
210;2;10;;11;
215;2;;;;
220;0;;;;
225;0;;;;
230;0;;;;
235;0;;;;
240;0;;;;
245;0;;;;
250;0;;;;
255;1;;;;
260;0;;;;
reste;4;;;;
;;;;;
;414;;;;

Les moyennes par génome

5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;100,6;5,1;19,8;95;2x98;2x106;-35,2;47,1;;amed;;;;;;;;
eal;52;57,2;1,5;2x52;*151;;13,4;-1,5;;eal;11;;;11;;;35,1;-26,7
eco;38,7;23,1;1,7;12;2x52;;26,7;-14,8;;eco;;;;;;;;
ecoN;33,8;22,8;1,5;2x14;53:54;;31,6;-19,7;;ecoN;30,7;19,6;1,6;8;2x42;*1472:2351;15,4;-7,0
spl;89,3;18,5;4,8;68;2x100;;-24,0;35,9;;spl;;;;;;;;
vha1;55,0;30,8;1,8;5x31-32;68;91:100;10,4;1,5;;vha1;51,5;23,3;2,2;35;68;;-5,4;13,8
vha2;90;;;90;;;-24,6;36,5;;vha2;;;;;;;;
vpb1;43,8;26,5;1,7;6x30;69;100;21,6;-9,7;;vpb1;57,0;19,1;3,0;35;2x68;;-10,9;19,3
vpb2;69;;;69;;;-3,6;15,5;;vpb2;;;;;;;;
total;59,4;31,3;1,9;;;;65,4;53,5;;total;41,9;23,0;1,8;;;;46,1;37,7
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
amed;10;;;3x10;;;23,7;-17,6;;amed;43,0;29,5;1,5;69;80;1;4,3;4,3
eal;45;;;3x45;;;-11,3;17,4;;eal;33,6;27,5;1,2;33;79;4;13,7;-5,1
eco;42;;;3x42;;;-8,3;14,4;;eco;29,8;24,3;1,2;37;76;7;17,5;-8,9
ecoN;42;;;4x42;;;-8,3;14,4;;ecoN;33,3;22,9;1,5;43;88;0;14,0;-5,4
spl;65;;;3x65;;;-31,3;37,4;;spl;52,3;29,9;1,7;108;66;12;-5,0;13,6
vha1;30,5;16,6;1,8;5x43;4x2-9;4x30-41;3,2;2,9;;vha1;45,8;24,3;1,9;53;77;1;1,6;7,1
vha2;20,3;16,8;1,2;2;24;35;13,4;-7,2;;vha2;51,7;46,0;1,1;4;50;1;-4,3;13,0
vpb1;21,8;16,3;1,3;2x41;4x2-14;;12,0;-5,8;;vpb1;43,1;19,6;2,2;64;83;1;4,2;4,4
vpb2;10,7;7,6;1,4;2;14;16;23,0;-16,9;;vpb2;49,7;40,4;1,2;3;100;0;-2,3;11,0
total;30,6;18,5;1,7;;;;33,7;27,6;;total;43,0;27,2;1,6;414;76;27;47,3;38,7

Alpha intergen51

Intergen51. alpha les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. Les différents types d'intercalaires

Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;17 170;4 755;115;22 040;2,4;208;26;234
x;8 668;544;51;9 263;;9;29;38
t;25 838;5 299;166;31 303;;217;55;272
%;82,5;16,9;0,5;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;467;0;0;467;1,5;tRNA-CDS;785;57
x;313;3;2;318;;RNA-RNA;217;16
t;780;3;2;785;;CDS-rRNA;55;4
%;99,4;0,4;0,3;;;non RNA;325;24
-;;;;;;total;1 382;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;4,8;14,1;2,2;27,6;7,5;75;0,5;0,0
x;10,3;12,9;11,0;14,1;6,3;33;0,6;0,6

Intergen51. Alpha. Les diagrammes CDS-16s

Lien au tableau: Intergen51. Alpha. Les diagrammes CDS-16s
Les diagrammes

alpha;CDS 16s c;CDS 16s x;alpha;5s CDS c;5s CDS x
420;0;1;30;2;
450;1;;60;;
480;1;1;90;;
510;1;1;120;;3
540;;;150;;1
570;1;;180;1;4
600;;1;210;;3
630;;;240;2;
660;;2;270;2;
690;1;1;300;;
720;2;1;330;;
750;;2;360;;
780;;1;390;;
810;;;420;;
840;;;450;;
870;1;;480;;1
900;;;;;
930;;;;;
960;;;;;
990;1;;;;
reste;3;4;;;
;;;;;
;12;15;;7;12

Les moyennes par génome

CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;496;;;496;;;222,7;-92,0
abqp;444;;;444;;;274,7;-144,0
abs;;;;;;;;
absp;457;;;457;;;261,7;-131,0
agrc;;;;;;;;
agrl;561;;;561;*2136;;157,7;-27,0
aua;717;;;717;;;1,7;129,0
oan1;678;;;678;;;40,7;90,0
oan2;714;;;714;;;4,7;126,0
pub;;;;;;;;
rpl;;;;;;;;
rpm;;;;;;;;
rru;906,5;92,6;9,8;841;972;;-187,8;318,5
rtb;1854;;;*1854;;;-1135,3;1266,0
total;653,3;180,5;3,6;;;;718,7;588,0
alpha;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;779;;;779;;;30,2;116,9
abqp;616,3;133,0;4,6;472;643:734;;192,9;-45,8
abs;;;;;;;;
absp;564,0;110,3;5,1;486;642;;245,2;-98,1
agrc;637,0;73,5;8,7;585;689;;172,2;-25,1
agrl;714;;;714;;;95,2;51,9
aua;;;;;;;;
oan1;999;;;999;;;-189,8;336,9
oan2;744;;;744;;;65,2;81,9
pub;330;;;330;;;479,2;-332,1
rpl;;;;;;;;
rpm;1026;;;1026;;;-216,8;363,9
rru;1096,0;137,2;8,0;999;1193;;-286,8;433,9
rtb;;;;;;;;
total;735,7;235,0;3,1;;;;809,2;662,1

Intergen51.alpha. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

Lien tableau: Intergen51.alpha. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.

;;;;;;;;;alpha;;;;;;;
ftx;moyen;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
abq;191,5;112,8;1,70;1;;55,1;-10,2;;abq;187;;;187;;;
abqp;227,5;95,9;2,37;2;;19,1;25,7;;abqp;193;;;193;;;
abs;170,8;84,8;2,01;1;;75,9;-31,0;;abs;153;;;153;;;
absp;196,9;93,6;2,10;1;;49,7;-4,9;;absp;153;;;153;;;
agrc;222,5;130,2;1,71;1;;24,1;20,8;;agrc;;;;;;;
agrl;189,6;92,9;2,04;;;57,0;-12,2;;agrl;;;;;;;
aua;269,8;139,4;1,94;2;;-23,2;68,0;;aua;461;;;461;;;
oan1;263,3;157,1;1,68;3;3;-16,6;61,5;;oan1;;;;;;;
oan2;254,1;105,9;2,40;1;;-7,5;52,3;;oan2;;;;;;;
pub;99,5;24,9;3,99;9;;147,1;-102,2;;pub;;;;;;;
rpl;358,8;160,7;2,23;;8;-112,2;157,0;;rpl;183;;;183;;;
rpm;209,2;159,2;1,31;1;;37,4;7,5;;rpm;121,0;29,2;4,1;91;114:118;161;
rru;202,7;98,7;2,05;2;;43,9;0,9;;rru;130;;;130;;;
rtb;375,9;164,2;2,29;;6;-129,3;174,1;;rtb;173;;;173;;;
total;224,2;134,1;1,67;;;246,6;201,8;;total;176,4;95,1;1,9;++;158,8;194,1;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;alpha;;;;;;;
ftc;moyen;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
abq;169,5;154,9;1,09;3;;22,7;12,2;;abq;236;;;236;;;
abqp;194,9;97,9;1,99;;;-2,7;37,6;;abqp;;;;;;;
abs;153,8;120,0;1,28;2;;38,5;-3,5;;abs;244;;;244;;;
absp;196,7;104,2;1,89;;2;-4,4;39,4;;absp;;;;;;;
agrc;245,3;142,9;1,72;;2;-53,1;88,1;;agrc;;;;;;;
agrl;277,0;185,8;1,49;;;-84,8;119,7;;agrl;;;;;;;
aua;174,8;153,9;1,14;5;2;17,4;17,5;;aua;;;;;;;
oan1;199,9;125,5;1,59;2;2;-7,7;42,6;;oan1;;;;;;;
oan2;340,5;180,5;1,89;;1;-148,2;183,2;;oan2;;;;;;;
pub;47,3;60,9;0,78;18;;145,0;-110,0;;pub;13;;;*13;;;
rpl;165,2;145,9;1,13;7;8;27,0;7,9;;rpl;1458;;;*1458;;;
rpm;155,7;91,6;1,70;4;1;36,6;-1,6;;rpm;217,3;39,8;5,5;*25;173;229:250;
rru;160,4;102,2;1,57;1;2;31,9;3,1;;rru;;;;;;;
rtb;164,4;133,3;1,23;7;10;27,8;7,2;;rtb;;;;;;;
total;174,7;135,7;1,29;;;192,2;157,3;;total;226,4;30,9;7,3;++;203,8;249,0;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyen;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyen;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
abq;207,9;133,2;1,56;-16,4;9;14,4;26,0;;abq;157,5;108,3;1,45;12,0;6;23,2;9,6
abqp;205,1;132,5;1,55;22,4;8;17,2;23,2;;abqp;161,2;114,1;1,41;33,7;11;19,6;13,3
abs;205,8;136,1;1,51;-35,0;19;16,5;23,9;;abs;155,7;101,9;1,53;-1,9;10;25,1;7,8
absp;210,3;139,2;1,51;-13,4;11;12,0;28,4;;absp;160,5;111,7;1,44;36,1;14;20,2;12,6
agrc;194,9;129,1;1,51;27,6;4;27,4;13,0;;agrc;160,1;96,9;1,65;85,2;5;20,6;12,3
agrl;204,5;131,6;1,55;-14,9;5;17,8;22,6;;agrl;161,3;116,2;1,39;115,7;11;19,4;13,4
aua;201,6;131,9;1,53;68,2;24;20,7;19,7;;aua;168,9;114,8;1,47;5,9;21;11,8;21,0
oan1;200,4;133,0;1,51;62,9;9;21,9;18,5;;oan1;179,1;120,4;1,49;20,8;10;1,7;31,2
oan2;203,2;133,8;1,52;50,9;8;19,1;21,4;;oan2;162,0;112,3;1,44;178,4;8;18,7;14,1
pub;119,3;93,9;1,27;-19,8;0;102,9;-62,5;;pub;97,4;69,1;1,41;-50,1;1;83,4;-50,5
rpl;242,4;174,5;1,39;116,4;35;-20,1;60,5;;rpl;201,5;150,9;1,33;-36,3;57;-20,7;53,6
rpm;192,2;143,7;1,34;17,0;25;30,1;10,3;;rpm;166,8;110,4;1,51;-11,1;20;14,0;18,9
rru;210,8;135,0;1,56;-8,1;13;11,5;28,9;;rru;156,2;104,8;1,49;4,2;11;24,6;8,3
rtb;210,3;154,6;1,36;165,6;50;12,0;28,5;;rtb;213,0;160,1;1,33;-48,5;50;-32,2;65,1
total;202,1;135,9;1,49;22,1;;222,3;181,9;;total;164,3;113,2;1,45;10,4;;180,8;147,9

Intergen51. Alpha. Les diagrammes rRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Alpha. Les diagrammes rRNA-rRNA

alpha;23s5sc;16stRNA;alpha;tRNA23sc
60;0;;220;1
80;1;;240;1
100;1;2;260;5
120;4;8;280;9
140;7;0;300;
160;0;0;320;
180;0;4;340;
200;4;0;360;4
220;0;0;380;
240;1;1;400;
260;5;0;420;
280;1;4;440;
300;;0;460;
320;;0;480;1
340;;0;500;
360;;5;520;
;;;540;
;;;560;
;;;580;
;;;600;5
;;;;
;;;;
;24;24;;26

Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-rRNA

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;114;;;2x 114;;;68,2;-35,1;;abq;134;;;2x134;;;54,2;-20,0
abqp;269;;;269;;;-86,8;119,9;;abqp;133,7;0,6;231,5;2x 134;133;;54,6;-20,3
abs;;;;;;;;;;abs;128;;;128;;;60,2;-26,0
absp;;;;;;;;;;absp;130,0;2,8;46,0;128;132;;58,2;-24,0
agrc;;;;;;;;;;agrc;249;;;2x 249;;;-60,8;95,0
agrl;;;;;;;;;;agrl;249;;;3x 249;;;-60,8;95,0
aua;;;;;;;;;;aua;;;;;;;;
oan1;;;;;;;;;;oan1;194;;;2x 194;;;-5,8;40,0
oan2;;;;;;;;;;oan2;194;;;2x 194;;;-5,8;40,0
pub;;;;;;;;;;pub;;;;;;;;
rpl;;;;;;;;;;rpl;261;;;261;;;-72,8;107,0
rpm;;;;;;;;;;rpm;68;;;68;;;120,2;-86,0
rru;;;;;;;;;;rru;118,0;1,4;83,4;4x 116-119;;;70,2;-36,0
rtb;;;;;;;;;;rtb;228;;;228;;;-39,8;74,0
total;165,7;89,5;1,9;;;;182,2;149,1;;total;171,1;58,2;2,9;;;;188,2;154,0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;;;;;;;;;;abq;261,5;7,8;33,6;256;267;;114,1;-45,8
abqp;109,3;8,1;13,5;2x 114;100;;123,0;-80,8;;abqp;255,7;0,6;442,8;3x255-256;;;119,9;-51,6
abs;;;;;;;;;;abs;272;;;272;;;103,6;-35,3
absp;115,0;1,7;66,4;2x 116;113;;117,4;-75,1;;absp;271,3;1,2;235,0;2x 272;270;;104,3;-36,0
agrc;342;;;2x 342;;;-109,7;151,9;;agrc;585;;;2x 585;;;-209,4;277,7
agrl;342;;;3x 342;;;-109,7;151,9;;agrl;585;;;3x 585;;;-209,4;277,7
aua;240;;;240;;;-7,6;49,9;;aua;478;;;478;;;-102,4;170,7
oan1;273;;;2x273;;;-40,6;82,9;;oan1;270;;;2x 270;;;105,6;-37,3
oan2;273;;;2x273;;;-40,6;82,9;;oan2;270;;;2x 270;;;105,6;-37,3
pub;98;;;98;;;134,4;-92,1;;pub;149;;;149;;;226,6;-158,3
rpl;;;;;;;;;;rpl;;;;;;;;
rpm;116;;;116;;;116,4;-74,1;;rpm;241,5;2,1;113,8;240;243;;134,1;-65,8
rru;179,5;1,0;179,5;178;3x180;;52,9;-10,6;;rru;346,8;0,5;693,5;346;3x347;;28,9;39,4
rtb;;;;;;;;;;rtb;;;;;;;;
total;211,2;94,3;2,2;;;;232,4;190,1;;total;341,5;133,8;2,6;;;;375,6;307,3

Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien au tableau: Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-tRNA
Les diagrammes

alpha;tRNAh;alpha;5s tRNA;alpha;tRNA in
5;6;3;51;1;9
10;0;2;52;2;11
15;3;2;54;2;11
20;2;2;54;1;30
25;6;2;95;2;30
30;8;1;96;3;30
35;7;2;96;2;31
40;3;1;100;1;32
45;5;1;257;1;33
50;4;3;257;2;59
55;3;1;287;3;59
60;4;;;4;66
65;0;20;;24;
70;4;;;;
75;1;;;;
80;1;;;;
85;1;;;;
90;0;;;;
95;1;;;;
100;2;;;;
105;1;;;;
110;2;;;;
115;0;;;;
120;1;;;;
125;0;;;;
130;1;;;;
135;3;;;;
140;1;;;;
145;0;;;;
150;1;;;;
155;1;;;;
160;1;;;;
165;4;;;;
170;0;;;;
reste;11;;;;
;;;;;
;88;;;;

les moyennes par génome

5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;;;;;;;;;;abq;;;;;;;;
abqp;96;;;2x96;;;-18,9;32,9;;abqp;;;;;;;;
abs;;;;;;;;;;abs;32;;;32;atc;;;
absp;100;;;100;;;-22,9;36,9;;absp;;;;;;;;
agrc;272,0;21,2;12,8;*257;*287;;-194,9;208,9;;agrc;;;;;;;;
agrl;257;;;*3x257;;;-179,9;193,9;;agrl;;;;;;;;
aua;;;;;;;;;;aua;;;;;;;;
oan1;54;;;2x54;;;23,1;-9,1;;oan1;;;;;;;;
oan2;54;;;2x54;;;23,1;-9,1;;oan2;;;;;;;;
pub;;;;;;;;;;pub;;;;;;;;
rpl;;;;;;;;;;rpl;;;;;;;;
rpm;51,4;0,5;93,8;3x51;2x52;;25,7;-11,7;;rpm;;;;;;;;
rru;95;;;3x95;;;-17,9;31,9;;rru;;;;;;;;
rtb;;;;;;;;;;rtb;;;;;;;;
total;70,1;22,3;3,1;;;;77,1;63,1;;total;32;;;;;;;
;118,3;88,0;1,3;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
abq;30;;;2x30;;atc;12,9;-5,1;;abq;70,8;29,9;2,4;8;25;4;-22,6;31,4
abqp;30;;;2x30;;atc;12,9;-5,1;;abqp;29,7;38,3;0,8;6;83;0;18,5;-9,7
abs;;;;;;;;;;abs;62,2;31,5;2,0;9;33;4;-14,1;22,8
absp;30,7;0,6;53,1;30;2x31;atc;12,2;-4,4;;absp;28,3;37,8;0,8;6;83;0;19,8;-11,1
agrc;59;;;2x59;;atc;-16,2;23,9;;agrc;33,5;10,6;3,2;3;67;1;14,6;-5,9
agrl;59;;;3x59;;atc;-16,2;23,9;;agrl;;;;;;;;
aua;33;;;33;;atc;9,9;-2,1;;aua;44,3;14,7;3,0;9;44;5;3,9;4,9
oan1;11;;;2x11;;atc;31,9;-24,1;;oan1;24,0;;;3;33;2;24,1;-15,4
oan2;11;;;2x11;;atc;31,9;-24,1;;oan2;;;;;;;;
pub;9;;;9;;atc;33,9;-26,1;;pub;44,3;22,5;2,0;4;75;0;3,9;4,9
rpl;;;;;;;;;;rpl;60,0;63,6;0,9;2;50;0;-11,9;20,6
rpm;;;;;;;;;;rpm;41,5;21,5;1,9;32;72;5;6,7;2,1
rru;66;;;4x66;;atc;-23,1;30,9;;rru;54,0;38,2;1,4;4;25;2;-5,9;14,6
rtb;;;;;;;;;;rtb;55,0;56,6;1,0;2;50;0;-6,9;15,6
total;39,0;21,3;1,8;;;;42,9;35,1;;total;43,8;28,8;1,5;88;58;23;48,1;39,4

Bacilli intergen51

Intergen51. bacilli les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. Les différents types d'intercalaires

Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;17 991;3 390;159;21 540;2,8;775;65;840
x;7 403;164;12;7 579;;1;27;28
t;25 394;3 554;171;29 119;;776;92;868
%;87,2;12,2;0,6;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;162;1;0;163;1,5;tRNA-CDS;271;19
x;108;0;0;108;;RNA-RNA;776;53
t;270;1;0;271;;CDS-rRNA;92;6
%;99,6;0,4;0,0;;;non RNA;317;22
-;;;;;;total;1 456;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;5,4;8,0;1,4;26,3;2,5;56;0,7;0,0
x;10,2;9,3;14,0;6,3;1,9;34;0,2;0,0

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes CDS-16s

Lien au tableur: Intergen51. Bacilli. Les diagrammes CDS-16s.
Les diagrammes

bacilli;CDS16sc;CDS 16s x;bacilli;5s CDS c;5s CDS x
210;0;0;30;0;1
240;3;0;60;0;3
270;3;0;90;1;0
300;6;1;120;0;1
330;6;0;150;3;0
360;2;1;180;4;1
390;7;1;210;2;2
420;1;2;240;3;1
450;3;0;270;0;0
480;2;2;300;1;2
510;3;0;330;1;
540;4;2;360;1;
570;1;2;390;1;
600;0;0;420;1;
630;1;2;450;0;
660;0;1;480;1;
690;1;0;;1;
720;0;1;;;
750;1;0;;;
reste;0;1;;;
;;;;;
;;;;;
;44;16;;20;11

Les moyennes par génome

CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;270,2;65,0;4,2;3x218-241;295:373;;159,0;-80,9
bsu;298,3;44,3;6,7;243;291:309;350;130,9;-52,9
lam;653,0;128,7;5,1;562;744;;-223,9;301,9
lbu;422,7;115,2;3,7;258:298;451;3x501-518;6,5;71,5
lmo;378,6;69,1;5,5;289;344:354;445:451;50,6;27,5
pmq;364,5;128,3;2,8;230:272;7x299-377;533:673;64,6;13,4
ppm;443,4;85,8;5,2;6x323:422;4x445:536;607;-14,2;92,2
ppmp;;;;;;;;
total;390,1;123,2;3,2;;;;429,2;351,1
;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;483,0;123,9;3,9;4*387:477;695;;86,8;16,8
bsu;349;;;349;;;220,8;-117,2
lam;581,0;96,2;6,0;513;649;;-11,2;114,8
lbu;485,0;167,8;2,9;295;547:613;;84,8;18,8
lmo;;;;;;;;
pmq;575,0;200,3;2,9;399;533:534;;-5,2;108,8
ppm;591,0;29,7;19,9;570;612;;-21,2;124,8
ppmp;;;;;;;;
total;518,0;135,3;3,8;;;;569,8;466,2

Intergen51.bacilli. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

Lien tableau: Intergen51.bacilli. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.

ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
ban;269,0;101,3;2,65;0;0;-68,3;104,8;;ban;78,0;29,7;2,6;*'14:34;57:99;;
bsu;147,0;87,6;1,68;0;1;53,7;-17,2;;bsu;36;;;*36;;;
lam;119,6;56,2;2,13;1;0;81,1;-44,6;;lam;;;;;;;
lbu;175,0;120,1;1,46;1;1;25,7;10,8;;lbu;242,5;48,8;5,0;208;277;;
lmo;138,1;124,9;1,11;0;1;62,6;-26,1;;lmo;;;;;;;
pmq;237,5;112,1;2,12;0;0;-36,7;73,2;;pmq;296;;;296;;;
ppm;229,9;112,5;2,04;0;0;-29,2;65,7;;ppm;198,3;32,8;6,0;176:183;236;;
ppmp;99,8;11,7;8,50;2;1;101,0;-64,5;;ppmp;;;;;;;
total;182,5;111,1;1,64;;++;200,7;164,2;;total;191,5;82,3;2,3;++;210,7;172,4;-
bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
ban;220,6;141,1;1,56;0;0;-23,1;59,0;;ban;198,0;11,3;17,5;190;206;;
bsu;179,8;84,3;2,13;0;0;17,7;18,2;;bsu;393,0;325,4;1,2;175:237;767;;
lam;138,3;72,7;1,90;1;0;59,2;-23,3;;lam;;;;;;;
lbu;175,2;126,3;1,39;1;0;22,3;13,6;;lbu;212,3;108,6;2,0;87;156;298:308;
lmo;172,6;112,2;1,54;1;0;24,8;11,1;;lmo;139,0;12,7;10,9;130;148;;
pmq;202,3;131,3;1,54;1;0;-4,9;40,8;;pmq;288,5;163,2;1,8;123:178;393:460;;
ppm;150,3;69,6;2,16;0;4;47,2;-11,3;;ppm;267,4;92,0;2,9;163;216:232;343:383;
ppmp;231,7;156,4;1,48;2;1;-34,2;70,1;;ppmp;;;;;;;
total;179,5;115,3;1,56;;++;197,5;161,6;;total;259,7;156,3;1,7;++;285,6;233,7;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
ban;205,6;138,6;1,5;63,4;25;18,7;22,1;;ban;181,4;123,6;1,5;39,2;18;11,0;23,9
bsu;180,7;117,1;1,5;-33,7;4;43,6;-2,9;;bsu;141,8;94,4;1,5;37,9;7;50,6;-15,6
lam;164,5;116,4;1,4;-44,8;2;59,8;-19,0;;lam;148,3;103,9;1,4;-10,0;3;44,2;-9,2
lbu;172,4;127,9;1,3;2,6;4;51,9;-11,1;;lbu;166,8;117,2;1,4;8,3;9;25,6;9,4
lmo;180,5;131,1;1,4;-42,4;4;43,8;-3,1;;lmo;156,2;104,3;1,5;16,5;12;36,3;-1,3
pmq;227,6;129,1;1,8;9,9;72;-3,3;44,0;;pmq;192,7;131,4;1,5;9,7;85;-0,2;35,2
ppm;212,2;133,2;1,6;17,8;26;12,1;28,6;;ppm;182,4;123,0;1,5;-32,1;57;10,0;25,0
ppmp;250,7;160,8;1,6;-150,9;6;-26,4;67,1;;ppmp;197,8;138,7;1,4;33,9;19;-5,4;40,3
total;203,9;132,0;1,5;-21,4;++;224,3;183,5;;total;174,9;121,1;1,4;4,6;++;192,4;157,4

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes rRNA-rRNA

Lien au tableur: Intergen51. Bacilli. Les diagrammes rRNA-rRNA.

bacilli;23s 5s;16stRNA;tRNA23sc;bacilli;16s 23s
40;0;;;140;0
60;15;;0;160;8
80;26;0;2;180;9
100;12;3;2;200;0
120;4;5;2;220;11
140;1;6;7;240;1
160;3;0;0;260;5
180;5;;2;280;13
200;0;;1;300;1
220;;;0;320;0
;;;;340;0
;;;;360;1
;;;;380;0
;;;;400;0
;;;;420;2
;;;;;0

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes tRNA-rRNA

Lien au tableur: Intergen51. Bacilli. Les diagrammes tRNA-rRNA.

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;150,7;10,7;14,1;7x144-147;158:177;;96,9;-51,9;;ban;66,5;24,5;2,7;7x48-50;86;2x 100-101;27,8;-10,6
bsu;165,1;1,6;106,4;5x 164;3x 167;;82,5;-37,5;;bsu;68,4;28,7;2,4;8x 55;111;133;25,9;-8,8
lam;203;;;2x 203;;;44,6;0,4;;lam;69;;;4x 69;;;25,3;-8,2
lbu;217,3;0,5;434,5;3x 217;218;;30,4;14,7;;lbu;70,3;0,5;140,7;6x 70;3x 71;;24,0;-6,8
lmo;244;;;4x 244;;;3,6;41,4;;lmo;80,3;0,5;155,6;4x 80;2x 81;;14,0;3,2
pmq;269,4;5,6;48,4;259:263;10x266-272;2x 280;-21,8;66,8;;pmq;122,9;34,9;3,5;8x96-97;113;5x161-170;-28,6;45,8
ppm;278,0;82,5;3,4;6x217-231;290:353;2x 410;-30,4;75,4;;ppm;94,2;30,5;3,1;9x77-78;3x144-145;;0,1;17,0
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;;;;;;;;
total;225,1;63,2;3,6;;;;247,6;202,6;;total;85,7;32,9;2,6;;;;94,3;77,2
bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;132;;;2x 132;;;-2,7;26,2;;ban;79,5;0,7;112,4;79;80;;56,8;-32,0
bsu;99;;;2x 99;;;30,3;-6,8;;bsu;81;;;2x 81;;;55,3;-30,5
lam;133;;;2x 133;;;-3,7;27,2;;lam;118;;;2x 118;;;18,3;6,5
lbu;113,2;0,4;253,1;4x 113;114;;16,1;7,4;;lbu;127,2;0,4;284,4;4x 127;128;;9,1;15,7
lmo;127;;;2x 127;;;2,3;21,2;;lmo;172;;;2x 172;;;-35,7;60,5
pmq;;;;;;;;;;pmq;;;;;;;;
ppm;98;;;98;;;31,3;-7,8;;ppm;148,3;32,6;4,5;129:130;186;;-12,1;36,8
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;;;;;;;;
total;117,6;13,1;9,0;;;;129,3;105,8;;total;123,9;33,0;3,8;;;;136,3;111,5

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien au tableur: Intergen51. Bacilli. Les diagrammes tRNA-tRNA.
Les diagrammes

bacilli;5s tRNA;bacilli;tRNA in;bacilli;tRNA contig;bacilli;tRNA hors
5;3;5;1;5;97;5;46
10;6;10;4;10;92;10;40
15;11;15;4;15;62;15;23
20;4;20;3;20;48;20;9
25;0;25;2;25;21;25;7
30;0;30;0;30;22;30;8
35;2;35;0;35;9;35;9
40;3;40;0;40;9;40;3
45;3;45;1;45;6;45;3
50;1;50;2;50;6;50;1
55;2;55;2;55;4;55;1
reste;1;60;0;60;3;60;1
;;65;0;65;2;65;1
;36;70;5;70;1;70;0
;hors cont;;;75;0;75;0
bacilli;HC;;24;80;1;80;1
5;35;;;85;0;85;2
10;32;;;90;2;90;2
15;20;;;95;0;95;0
20;8;;;100;0;100;0
25;7;;;105;2;105;1
30;7;;;110;1;110;2
35;3;;;115;0;115;2
40;3;;;reste;3;120;0
45;3;;;;391;125;1
50;0;;;;;130;0
55;1;;;;;135;1
60;1;;;;;140;1
65;1;;;;;145;0
70;0;;;;;reste;4
75;0;;;;;;169
80;1;;;;;;
85;2;;;;;;
90;1;;;;;;
95;0;;;;;;
;7;;;;;;
;132;;;;;;

Les moyennes par génome

5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
ban;7,6;3,5;2,2;2x4;2x9;12;17,7;-13,1;;ban;16,1;17,7;0,9;88;95;1;2,0;1,3
bsu;21,6;14,4;1,5;9:13;2x20;46;3,7;0,9;;bsu;16,8;14,0;1,2;50;98;;1,3;2,0
lam;10,8;4,5;2,4;4;3x13;;14,5;-9,9;;lam;11,6;8,6;1,3;16;100;;6,6;-3,3
lbu;16,7;16,7;1,0;2x7;36;;8,6;-4,0;;lbu;12,1;13,1;0,9;13;92;1;6,0;-2,7
lmo;13,5;0,6;23,4;2x13;2x14;;11,8;-7,2;;lmo;18,8;13,6;1,4;42;100;;-0,7;4,0
pmq;33,9;21,8;1,6;3x9-15;31;5x43-55;-8,6;13,2;;pmq;15,4;15,8;1,0;128;97;1;2,7;0,6
ppm;38,2;23,8;1,6;2x18;3x34-39;82;-12,9;17,5;;ppm;17,1;17,6;1,0;63;97;;1,0;2,3
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;20,7;31,0;0,7;35;80;2;-2,5;5,8
total;23,0;18,2;1,3;;;;25,3;20,7;;total;16,5;17,4;0,9;435;96;5;18,1;14,8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
ban;8;;;2x8;atc;;37,4;-29,1;;ban;17,8;14,8;1,2;6;83;1;2,2;1,4
bsu;11;;;2x11;atc;;34,4;-26,1;;bsu;23,4;26,3;0,9;14;86;;-3,4;7,1
lam;52;;;2x52;atc;;-6,6;14,9;;lam;24,6;33,0;0,7;19;89;;-4,6;8,3
lbu;69;;;5x69;atc;;-23,6;31,9;;lbu;16,4;18,3;0,9;48;96;1;3,6;0,0
lmo;46;;;2x46;atc;;-0,6;8,9;;lmo;11,2;9,3;1,2;6;83;1;8,8;-5,2
pmq;;;;;;;;;;pmq;15,8;12,2;1,3;18;89;2;4,2;-0,6
ppm;20;;;2x20;atc;;25,4;-17,1;;ppm;19,6;21,4;0,9;18;94;;0,4;3,2
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;5,8;1,9;3,0;5;100;;14,2;-10,6
total;41,3;25,5;1,6;;;;45,4;37,1;;total;18,2;21,2;0,9;134;92;5;20,0;16,4

Clostridia intergen51

Intergen51. Clostridia les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. Les différents types d'intercalaires

clostridia;;;;;;;;
Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;20 586;2 475;204;23 265;4,0;784;111;895
x;5 726;67;3;5 796;;3;33;36
t;26 312;2 542;207;29 061;;787;144;931
%;90,5;8,7;0,7;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;203;0;2;205;2,2;tRNA-CDS;299;21
x;94;0;0;94;;RNA-RNA;787;54
t;297;0;2;299;;CDS-rRNA;144;10
%;99,3;0,0;0,7;;;non RNA;549;38
-;;;;;;total;1 779;122
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;9,1;13,2;1,8;27,3;1,5;41;0,9;1,0
x;16,6;21,3;9,0;3,5;1,1;31;0,1;0,0

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes CDS-16s

Lien au tableau: Intergen51. Clostridia. Les diagrammes CDS-16s.
Les diagrammes

clostridia;CDS16sc;CDS 16s x;clostridia;CDS5sc;5s CDS x
90;1;1;60;0;1
120;1;2;90;2;1
150;0;;120;4;3
180;0;;150;5;0
210;7;;180;4;0
240;2;;210;0;1
270;4;1;240;1;2
300;6;;270;1;
330;4;;300;2;
360;2;3;330;2;
390;3;3;360;0;
420;3;;390;1;
450;5;;420;0;1
480;2;;450;1;
510;4;2;480;2;
540;1;;510;1;
570;5;1;540;0;
600;3;;570;1;
630;1;;reste;1;1
660;2;;;;
690;1;;;;
720;3;;;;
750;1;;;;
780;5;;;;
reste;1;;;;
;;;;;
;67;13;;28;10

Les moyennes par génome

CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;570,5;239,5;2,4;*117;3x387-570;909;-78,6;168,1
cbei;594,2;148,2;4,0;282:390;5x501-573;6x667-776;-102,4;191,8
cbn;404,1;34,3;11,8;346:369;5x393-424;453;87,7;1,7
cdc;363,6;227,7;1,6;181:193;3x241-284;585:778;128,3;-38,9
cdc8;311,3;233,8;1,3;3x181-192;240:294;780;180,5;-91,1
cle;423,3;143,4;3,0;4x302-331;402;602:643;68,6;20,9
hmo;582,6;105,7;5,5;*20;6x459-559;3x652-774;-90,7;180,1
psor;291,4;100,1;2,9;8x189-276;309;431:525;200,5;-111,1
total;447,1;189,3;2,4;;;;491,9;402,4
clostridia;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;;;;;;;;
cbei;548;;;548;;;-185,4;251,3
cbn;111;;;2x111;;;251,6;-185,7
cdc;424,5;116,7;3,6;342;507;;-61,9;127,8
cdc8;335,8;178,5;1,9;81;376:388;498;26,8;39,1
cle;347;;;347;;;15,6;50,3
hmo;;;;;;;;
psor;325,3;53,7;6,1;264;348;364;37,2;28,7
total;329,6;151,9;2,2;;;;362,6;296,7

Intergen51.clostridia. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

Lien tableau: Intergen51.clostridia. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.

ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
cbc;269,8;197,0;1,37;2;0;5,7;44,4;;cbc;;;;;;;
cbei;296,6;161,4;1,84;2;1;-21,1;71,2;;cbei;123,7;60,1;2,1;69;114;188;
cbn;231,6;144,4;1,60;0;0;43,9;6,2;;cbn;367,0;315,4;1,2;144;590;;
cdc;279,3;94,8;2,95;0;0;-3,7;53,8;;cdc;213;;;213;;;
cdc8;263,4;91,2;2,89;0;0;12,1;38,0;;cdc8;216;;;216;;;
cle;254,9;158,0;1,61;0;0;20,7;29,4;;cle;;;;;;;
hmo;225,5;130,3;1,73;0;0;50,1;0,0;;hmo;;;;;;;
psor;235,6;144,5;1,63;2;0;39,9;10,2;;psor;204,3;171,3;1,2;*40;99:112;402;
total;250,5;142,7;1,76;;++;275,5;225,4;;total;214,7;162,3;1,3;++;236,2;193,2;-
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
cbc;199,3;134,9;1,48;0;4;28,7;12,8;;cbc;363;;;363;;;
cbei;270,4;158,2;1,71;1;0;-42,4;83,8;;cbei;387,7;209,8;1,8;90:159;315:429;3x508-661;
cbn;164,8;100,9;1,63;0;0;63,3;-21,8;;cbn;133,0;7,1;18,8;128;138;;
cdc;164,8;99,4;1,66;0;2;63,2;-21,8;;cdc;229,8;139,6;1,6;119:126;177:273;454;
cdc8;177,1;114,6;1,55;0;2;50,9;-9,5;;cdc8;229,4;138,8;1,7;118:127;177:273;452;
cle;207,7;126,3;1,64;1;1;20,4;21,1;;cle;301;;;301;;;
hmo;210,9;127,8;1,65;0;1;17,1;24,3;;hmo;;;;;;;
psor;184,9;102,1;1,81;1;0;43,1;-1,7;;psor;154,0;64,1;2,4;3x85-109;131:180;228:245;
total;207,3;130,3;1,59;;++;228,0;186,6;;total;250,6;159,6;1,6;++;275,7;225,6;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
cbc;274,2;152,6;1,80;-4,4;40;-12,4;60,0;;cbc;228,0;154,5;1,48;-28,7;66;-3,6;44,4
cbei;262,3;151,8;1,73;34,3;50;-0,4;48,0;;cbei;234,5;154,8;1,51;35,9;127;-10,1;50,9
cbn;200,8;134,4;1,49;30,9;12;61,1;-13,5;;cbn;167,3;110,9;1,51;-2,5;7;57,1;-16,3
cdc;254,9;143,3;1,78;24,4;32;7,0;40,6;;cdc;210,5;147,2;1,43;-45,6;55;13,9;26,9
cdc8;253,9;141,8;1,79;9,5;36;7,9;39,7;;cdc8;205,6;143,5;1,43;-28,4;56;18,8;22,0
cle;207,2;128,1;1,62;47,7;17;54,7;-7,0;;cle;184,2;126,7;1,45;23,5;55;40,2;0,6
hmo;224,6;136,9;1,64;0,9;13;37,3;10,4;;hmo;180,8;125,3;1,44;30,1;12;43,6;-2,8
psor;193,9;124,0;1,56;41,7;14;67,9;-20,3;;psor;179,7;122,1;1,47;5,2;26;44,7;-3,9
total;238,1;143,7;1,66;12,4;++;261,9;214,3;;total;204,0;141,5;1,44;3,3;++;224,4;183,6
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;189,3;;;;;;;;;94,7;;;
;;;;-4,4;;;;;;;;;-105,3;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
'''cbc;269,8;197,0;1,37;2;0;5,7;44,4;;'''cbc;;;;;;;
'''cbei;&296,6;161,4;1,84;2;1;'''-21,1;71,2;;'''cbei;§123,7;60,1;2,1;69;114;188;
'''cbn;231,6;144,4;1,60;0;0;43,9;6,2;;'''cbn;&367,0;315,4;1,2;144;590;;
'''cdc;279,3;94,8;2,95;0;0;'''-3,7;53,8;;'''cdc;213;;;213;;;
'''cdc8;263,4;91,2;2,89;0;0;12,1;38,0;;'''cdc8;216;;;216;;;
'''cle;254,9;158,0;1,61;0;0;20,7;29,4;;'''cle;;;;;;;
'''hmo;225,5;130,3;1,73;0;0;50,1;0,0;;'''hmo;;;;;;;
'''psor;235,6;144,5;1,63;2;0;39,9;10,2;;'''psor;204,3;171,3;1,2;'''*40;99:112;402;
'''total;250,5;142,7;1,76;;++;275,5;225,4;;'''total;214,7;162,3;1,3;++;236,2;193,2;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
'''cbc;199,3;134,9;1,48;0;4;28,7;12,8;;'''cbc;&363;;;363;;;
'''cbei;&270,4;158,2;1,71;1;0;'''-42,4;83,8;;'''cbei;&387,7;209,8;1,8;90:159;315:429;3x508-661;
'''cbn;§164,8;100,9;1,63;0;0;63,3;'''-21,8;;'''cbn;§133,0;7,1;18,8;128;138;;
'''cdc;§164,8;99,4;1,66;0;2;63,2;'''-21,8;;'''cdc;229,8;139,6;1,6;119:126;177:273;454;
'''cdc8;§177,1;114,6;1,55;0;2;50,9;'''-9,5;;'''cdc8;229,4;138,8;1,7;118:127;177:273;452;
'''cle;207,7;126,3;1,64;1;1;20,4;21,1;;'''cle;&301;;;301;;;
'''hmo;210,9;127,8;1,65;0;1;17,1;24,3;;'''hmo;;;;;;;
'''psor;184,9;102,1;1,81;1;0;43,1;-1,7;;'''psor;§154,0;64,1;2,4;3x85-109;131:180;228:245;
'''total;207,3;130,3;1,59;;++;228,0;186,6;;'''total;250,6;159,6;1,6;++;275,7;225,6;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
'''cbc;&274,2;152,6;1,80;°-4,4;40;'''-12,4;60,0;;'''cbc;228,0;154,5;1,48;°-28,7;66;'''-3,6;44,4
'''cbei;262,3;151,8;1,73;34,3;50;'''-0,4;48,0;;'''cbei;&234,5;154,8;1,51;35,9;127;'''-10,1;50,9
'''cbn;§200,8;134,4;1,49;30,9;12;61,1;'''-13,5;;'''cbn;§167,3;110,9;1,51;°-2,5;7;57,1;'''-16,3
'''cdc;254,9;143,3;1,78;24,4;32;7,0;40,6;;'''cdc;210,5;147,2;1,43;°-45,6;55;13,9;26,9
'''cdc8;253,9;141,8;1,79;9,5;36;7,9;39,7;;'''cdc8;205,6;143,5;1,43;°-28,4;56;18,8;22,0
'''cle;207,2;128,1;1,62;47,7;17;54,7;'''-7,0;;'''cle;184,2;126,7;1,45;23,5;55;40,2;0,6
'''hmo;224,6;136,9;1,64;0,9;13;37,3;10,4;;'''hmo;180,8;125,3;1,44;30,1;12;43,6;'''-2,8
'''psor;§193,9;124,0;1,56;41,7;14;67,9;'''-20,3;;'''psor;179,7;122,1;1,47;5,2;26;44,7;'''-3,9
'''total;238,1;143,7;1,66;12,4;++;261,9;214,3;;'''total;204,0;141,5;1,44;3,3;++;224,4;183,6

Intergen51. Clostridia. Les CDS-rRNA rares

Lien au tableau: Intergen51. Clostridia. Les CDS-rRNA rares.

16s CDS c;16s CDS x;CDS 23s c;CDS 23s x
2;228;531;
294;;563;
695;;407;
;;;
23s CDS c;23s CDS x;CDS 5s c;CDS 5s x
188;87;335;184
223;109;;228
237;188;;301
299;260;;343
313;;;
322;;;
336;;;
357;;;
463;;;

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes rRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Clostridia. Les diagrammes rRNA-rRNA.

clostridia;23s 5s;16stRNA;tRNA23sc;clostridia;16s 23s
20;0;0;;120;0
40;4;0;;140;1
60;0;8;;160;0
80;7;1;0;180;0
100;5;0;4;200;11
120;5;2;7;220;3
140;16;5;0;240;15
160;3;;2;260;0
180;0;;0;280;2
200;4;;1;300;3
220;7;;0;320;1
240;0;;5;340;11
260;0;;3;reste;4
280;2;;5;;
300;;;3;;
320;;;0;;
340;;;0;;
360;;;0;;
380;;;2;;
400;;;1;;
;53;16;33;;51

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes tRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Clostridia. Les diagrammes tRNA-rRNA.

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;227,5;1,0;227,5;226;3x 228;;73,3;-18,6;;cbc;104,3;7,5;13,9;93;3x 108;;40,3;-14,1
cbei;353,5;113,6;3,1;3x213-214;7x338-339;3x502-578;-52,7;107,4;;cbei;166,3;61,1;2,7;70:108;6x134-139;5x202-274;-21,7;48,0
cbn;237;;;8x 237;;;63,8;-9,1;;cbn;71,9;32,1;2,2;3x34-35;76;4x98-100;72,7;-46,4
cdc;271,3;49,4;5,5;188:221;3x283-285;315:324;29,5;25,2;;cdc;132,8;20,2;6,6;114;6x127x132;181;11,8;14,4
cdc8;266,8;54,1;4,9;3x188-221;2x 265;3x324-325;34,0;20,6;;cdc8;166,9;38,3;4,4;;3x126-127;4x182-202;-22,3;48,5
cle;613;;;613;;;-312,2;366,9;;cle;;;;;;;;
hmo;189,9;18,6;10,2;137;194;8x 196;110,9;-56,2;;hmo;;;;;;;;
psor;;;;;;;;;;psor;121,8;54,9;2,2;6x40-78;4x122-144;3x193-213;22,8;3,5
total;273,5;98,1;2,8;;;;300,8;246,1;;total;131,5;55,0;2,4;;;;144,6;118,3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;;;;;;;;;;cbc;;;;;;;;
cbei;136,3;4,0;33,7;140;132;137;-40,4;57,8;;cbei;104,3;18,0;5,8;84;111;118;125,3;-83,5
cbn;100,5;33,2;3,0;124;77;;-4,5;22,0;;cbn;96,0;1,4;67,9;95;97;;133,6;-91,9
cdc;55;;;3x 55;;;41,0;-23,5;;cdc;298,7;66,2;4,5;250;272;374;-69,1;110,8
cdc8;55;;;55;;;41,0;-23,5;;cdc8;383,0;9,9;38,7;376;390;;-153,4;195,1
cle;;;;;;;;;;cle;271,3;11,3;24,1;4x262-263;3x283-284;;-41,7;83,4
hmo;;;;;;;;;;hmo;223,3;32,3;6,9;145:198;7x233-241;;6,3;35,5
psor;80,9;33,7;2,4;4x 54;109;118:123;15,1;2,3;;psor;116,0;17,3;6,7;6x95-114;152;;113,6;-71,9
total;87,3;36,5;2,4;;;;96,0;78,5;;total;208,7;88,9;2,3;;;;229,6;187,9

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien au tableau: Intergen51. Clostridia. Les diagrammes tRNA-tRNA.
Les diagrammes

clostridia;5s tRNA;tRNA 5s;clostridia;tRNA in;clostridia;tRNA contig;tRNA hors;H / C
5;22;2;5;2;5;72;60;45
10;16;2;10;5;10;123;47;42
15;3;5;15;2;15;46;14;11
20;0;0;20;0;20;15;21;19
44;1;;53;2;25;13;14;12
64;9;;;;30;8;12;12
89;1;;;;35;5;7;5
total;52;9;;11;40;0;1;1
;;;;;45;3;1;1
;;;;;50;2;3;3
reste;;336;;;55;0;1;1
;;;;;60;3;5;4
;;;;;65;2;2;0
;;;;;70;0;2;2
;;;;;75;0;1;0
;;;;;80;0;1;1
;;;;;85;2;2;1
;;;;;90;3;0;0
;;;;;95;1;0;0
;;;;;100;0;0;0
;;;;;reste;2;8;5
;;;;;total;300;202;165

Les moyennes par génome

5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
cbc;7,5;0,6;13,0;2x7;2x8;;12,5;-8,9;;cbc;15,0;17,0;0,9;2;100;;-0,5;3,1
cbei;11,3;13,6;0,8;4x5;7;14:44;8,8;-5,1;;cbei;7,4;10,1;0,7;5;100;;7,1;-4,5
cbn;7,8;5,0;1,6;4x3-7;13;15;12,2;-8,6;;cbn;18,3;21,9;0,8;7;71;1;-3,8;6,4
cdc;6,3;0,6;11,0;2x6;7;;13,7;-10,1;;cdc;12,4;15,4;0,8;67;97;;2,2;0,5
cdc8;5,8;0,8;7,7;2x5;3x6;7;14,2;-10,6;;cdc8;13,0;16,5;0,8;85;96;;1,5;1,1
cle;11,9;24,3;0,5;8x4-5;3x7;89;8,1;-4,5;;cle;20,1;17,7;1,1;25;96;;-5,6;8,2
hmo;64;;;9x64;;;-44,0;47,6;;hmo;15,8;23,9;0,7;40;95;;-1,2;3,9
psor;5;;;5x5;;;15,0;-11,4;;psor;10,2;6,1;1,7;69;100;;4,3;-1,7
total;18,2;24,4;0,7;;;;20,0;16,4;;total;13,2;16,0;0,8;300;97;1;14,5;11,9
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
cbc;;;;;;;;;;cbc;17,1;18,9;0,9;29;93;1;1,1;2,2
cbei;3;;;3;atc;;17,6;-13,8;;cbei;18,0;16,5;1,1;53;89;4;0,2;3,1
cbn;5,0;2,8;1,8;3:7;atc;;15,6;-11,8;;cbn;13,9;15,2;0,9;48;96;1;4,3;-1,0
cdc;;;;;;;;;;cdc;14,3;16,2;0,9;3;100;;3,9;-0,6
cdc8;;;;;;;;;;cdc8;14,3;16,2;0,9;3;100;;3,9;-0,6
cle;53;;;2x53;atc;;-32,4;36,2;;cle;19,4;15,9;1,2;30;90;2;-1,2;4,5
hmo;6;;;2x6;atc;;14,6;-10,8;;hmo;17,8;24,1;0,7;26;88;;0,4;2,9
psor;;;;;;;;;;psor;9,3;4,8;1,9;9;100;;8,9;-5,6
total;18,7;23,5;0,8;;;;20,6;16,8;;total;16,6;17,3;1,0;201;92;8;18,2;14,9

Intergen51. Clostridia. Les RNA-RNA rares

Lien au tableau: Intergen51. Clostridia. Les RNA-RNA rares.

;tRNA 16s;;23s tRNA;;16s 5s
2;110;1;8;7;79
2;116;1;41;1;144
2;123;2;48;1;146
1;138;1;50;3;261
1;151;1;56;2;262
1;204;1;61;1;336
1;459;1;71;4;337
;;1;92;;
;;1;94;;
;;1;95;;
;;1;98;;
;;1;100;;
;;1;103;;
;;1;107;;
;;2;111;;
;;2;112;;
;;1;116;;
;;1;119;;
;;2;140;;
;;1;476;;
;;;;;
10;;24;;19;

Actino intergen51

Intergen51. Actino. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. Actino.Les différents types d'intercalaires

Les types d’intercalaires;;actino;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;12 759;3 546;29;16 334;1,8;157;34;191
x;8 295;598;40;8 933;;0;15;15
t;21 054;4 144;69;25 267;;157;49;206
%;83,3;16,4;0,3;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;217;3;0;220;1,2;tRNA-CDS;401;62
x;181;5;0;186;;RNA-RNA;157;24
t;398;8;0;406;;CDS-rRNA;49;8
%;98,0;2,0;0,0;;;non RNA;36;6
-;;;;;;total;643;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;7,7;14,1;2,1;18,4;3,6;81;0,2;0,0
x;10,9;15,5;15,4;10,6;1,7;24;0,4;0,0

Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-16s

Lien au tableau: Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-16s
Les diagrammes

actino;CDS16sc;CDS 16s x;actino;CDS5sc;5s CDS x
390;0;;60;0;0
420;1;;90;1;2
450;0;;120;2;1
480;1;;150;3;1
510;1;;180;0;0
540;2;1;210;2;1
570;2;0;240;1;0
600;1;1;270;2;2
630;5;0;300;1;0
660;3;0;330;0;0
690;0;2;360;0;0
720;0;0;390;1;1
750;0;1;reste;3;0
780;0;0;;;
810;1;1;;;
840;;0;;;
870;;1;;;
;17;7;;16;8

Les moyennes par génome

CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;593,8;139,3;4,3;3x491-555;799;;46,3;70,1
blo;595,5;31,8;18,7;573;618;;44,6;71,8
ksk;544,3;89,9;6,1;405;3x452-553;3x611-645;95,8;20,6
sma;629,0;21,6;29,1;4x607-653;;;11,1;105,3
total;581,9;89,8;6,5;;;;640,1;523,7
actino;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;689,0;147,1;4,7;585;793;;69,8;68,1
blo;518;;;518;;;240,8;-102,9
ksk;703,0;43,8;16,0;672;734;;55,8;82,1
sma;763,5;125,2;6,1;675;852;;-4,7;142,6
total;689,9;115,4;6,0;;;;758,8;620,9

Intergen51.actino. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

Lien tableau: Intergen51.actino. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.

ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
ase;215,8;132,0;1,6;3;3;21,9;21,4;;ase;207,3;133,0;1,6;;83:122;247:377;
blo;263,7;147,3;1,8;0;0;-26,0;69,2;;blo;219,5;44,5;4,9;;188;251;
ksk;203,5;124,2;1,6;1;4;34,2;9,0;;ksk;82;;;;82;;
sma;205,8;145,2;1,4;2;1;31,9;11,3;;sma;114;;;;114;;
total;216,1;137,1;1,6;;++;237,7;194,5;;total;183,0;103,6;1,8;++;201,3;164,7;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
ase;237,3;174,3;1,4;11;2;-12,7;53,5;;ase;614,0;521,8;1,2;245;983;;
blo;202,2;115,4;1,8;1;1;22,4;18,4;;blo;375;;;375;;;
ksk;156,6;84,5;1,9;3;3;67,9;-27,1;;ksk;257,4;141,9;1,8;101;5x182-271;553:*3080;
sma;220,6;147,9;1,5;3;2;4,0;36,8;;sma;123,8;29,5;4,2;77:114;134:144;150;
total;204,2;136,1;1,5;;++;224,6;183,7;;total;268,3;231,8;1,2;++;295,1;241,4;-
;actino;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
ase;188,9;135,0;1,4;27,0;57;30,0;9,8;;ase;171,8;132,0;1,3;65,5;101;25,7;10,2
blo;201,0;136,0;1,5;62,6;8;17,9;21,9;;blo;167,7;114,9;1,5;34,5;8;29,8;6,1
ksk;200,4;136,9;1,5;3,1;87;18,5;21,3;;ksk;176,2;123,5;1,4;-19,6;104;21,2;14,7
sma;207,5;138,1;1,5;-1,7;81;11,4;28,4;;sma;193,1;130,8;1,5;27,4;72;4,4;31,6
total;199,0;136,8;1,45;17,1;++;218,9;179,1;;total;179,5;127,8;1,41;24,6;++;197,5;161,6

Intergen51. Actino. Les diagrammes rRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Actino. Les diagrammes rRNA-rRNA

actino;16s 23s;actino;23s 5s
280;2;80;8
300;7;100;6
320;6;120;4
340;0;140;1
360;6;160;0
380;0;180;6
400;0;;
420;0;;
440;4;;
;;;
;25;;25

Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-rRNA

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;347,0;3,9;89,0;2x 344;2x 345;2x 352;16,8;49,4
blo;431,3;0,5;862,5;3x 431;432;;-67,5;133,6
ksk;288,1;4,7;61,3;2x 280;7x288-291;;75,7;-9,5
sma;311,3;1,6;190,7;308;5x 312;;52,5;13,7
total;330,7;50,4;6,6;;;;363,8;297,6
;;;;;;;;
23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;129,2;36,2;3,6;4x100-114;175:176;;-7,5;29,6
blo;170;;;4x 170;;;-48,3;70,4
ksk;80,9;10,2;7,9;2x 76;6x 78;108;40,8;-18,7
sma;97,2;20,0;4,9;5x 89;138;;24,5;-2,4
total;110,6;38,0;2,9;;;;121,7;99,6

Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien au tableau: Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-tRNA
Les diagrammes

actino;tRNA hors;;
5;23;105;0
10;1;110;1
15;5;115;0
20;9;120;1
25;4;125;0
30;5;130;1
35;6;135;0
40;12;140;0
45;8;145;2
50;7;150;0
55;1;155;1
60;1;160;1
65;3;165;0
70;0;170;1
75;0;175;0
80;2;180;0
85;1;185;0
90;2;190;0
95;0;195;0
100;2;200;1
;;205;1
;;210;1
;;215;0
;;220;0
;;reste;4
;;;107

Les moyennes par génome

tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
ase;28,2;32,7;0,9;49;71;7;6,8;-0,5
blo;41,5;23,9;1,7;15;87;0;-6,4;12,8
ksk;30,4;16,9;1,8;25;80;4;4,7;1,7
sma;34,5;19,8;1,7;18;78;2;0,6;5,8
total;31,9;26,6;1,2;107;77;13;35,1;28,7

Archeo intergen51

Intergen51. Archeo. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. Archeo.Les différents types d'intercalaires

Les types d’intercalaires;;archeo;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;6 926;887;78;7 891;2,3;86;2;88
x;3 357;100;12;3 469;;2;15;17
t;10 283;987;90;11 360;;88;17;105
%;90,5;8,7;0,8;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;153;1;2;156;1,4;tRNA-CDS;268;42
x;112;1;0;113;;RNA-RNA;88;14
t;265;2;2;269;;CDS-rRNA;17;3
%;98,5;0,7;0,7;;;non RNA;63;10
-;;;;;;total;436;68
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;18,3;21,2;2,5;20,1;3,2;52;1,0;1,3
x;30,4;25,9;9,0;6,3;3,6;38;0,3;0,0

Intergen51. Archeo. Les diagrammes CDS-16s

Lien au tableau: Les diagrammes CDS-16s
Les diagrammes

archeo;CDS16sc;CDS 16s x;archeo;CDS5sc;5s CDS x
690;454;0;270;857;1
720;;2;300;;2
750;;1;330;;
780;;;360;;
810;;;390;;
840;;1;420;;1
870;;1;450;;
900;;;480;;
930;;;510;;1
960;;;540;;
990;;1;570;;
reste;;1;600;;
;1;7;630;;1
;;;reste;;1
;;;;1;7

Les moyennes par génome

CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
'''mba;;;;;;;;-
'''mfe;;;;;;;;
'''mfi;454;;;454;;;;
'''mja;;;;;;;;
total;454;;;;;;;
archeo;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
'''mba;933,3;277,9;3,4;718;835;1247;16,8;156,0
'''mfe;840,7;134,6;6,2;704;845;973;109,4;63,3
'''mfi;724;;;724;;;226,1;-53,3
'''mja;;;;;;;;
total;863,7;194,2;4,4;;;;950,1;777,3

Intergen51.archeo. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

Lien tableur: Intergen51.archeo. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.

ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
mba;330,2;153,1;2,2;2;7;-10,0;68,2;;mba;461,3;160,7;2,9;289;488;607;
mfe;305,4;135,0;2,3;2;4;14,7;43,5;;mfe;138,0;188,1;0,7;5;271;;
mfi;308,7;139,6;2,2;4;0;11,5;46,7;;mfi;397;;;397;*939;;
mja;186,2;87,9;2,1;0;0;134,0;-75,7;;mja;;;;;;;
total;291,1;143,0;2,0;;++;320,2;262,0;;total;342,8;207,8;1,6;++;377,1;308,6;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
mba;310,9;175,0;1,8;2;8;-43,6;92,2;;mba;;;;;;;
mfe;273,3;156,2;1,7;0;5;-5,9;54,5;;mfe;857;;;                                                                                  ;;;
mfi;182,8;91,0;2,0;2;0;84,5;-35,9;;mfi;;;;;;;
mja;144,0;102,3;1,4;5;0;123,4;-74,8;;mja;;;;;;;
total;243,1;154,5;1,6;;++;267,4;218,7;;total;857;;;++;857;;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
mba;314,0;172,6;1,8;16,2;229;-11,9;66,8;;mba;277,8;177,6;1,6;33,1;280;-24,7;70,7
mfe;288,4;170,2;1,7;17,0;140;13,6;41,3;;mfe;251,2;165,9;1,5;22,1;183;2,0;44,1
mfi;237,1;143,2;1,7;71,5;15;64,9;-10,0;;mfi;181,7;123,9;1,5;1,1;17;71,4;-25,4
mja;185,1;127,3;1,5;1,1;0;116,9;-62,0;;mja;136,8;87,6;1,6;7,2;5;116,4;-70,3
total;274,6;166,7;1,65;16,5;++;302,0;247,1;;total;230,2;161,7;1,42;12,9;++;253,2;207,1

Intergen51. Archeo. Les diagrammes rRNA-rRNA

Lien au tableau: Les diagrammes rRNA-rRNA

archeo;16s 23s;23s 5s;archeo;16s tRNA;tRNA 23s
60;;0;60;0;
80;;7;80;3;
180;0;;100;3;0
200;2;;120;;2
220;2;;140;;
240;;;160;;
260;;;180;;
280;;;200;;
300;;1;220;;2
320;;1;240;;2
;4;9;;6;6

Intergen51. Archeo. Les diagrammes tRNA-rRNA

Lien au tableau: Les diagrammes tRNA-rRNA

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
mba;209;;;2x209;;;13,8;26,8;;mba;74;;;3x74;;;62,0;-37,3
mfe;196;;;2x196;;;26,8;13,8;;mfe;74;;;3x74;;;62,0;-37,3
mfi;;;;;;;;;;mfi;295,5;13,4;22,0;286;305;;-159,5;184,2
mja;;;;;;;;;;mja;78;;;78;;;58,0;-33,3
total;202,5;7,5;27,0;;;;222,8;182,3;;total;123,7;97,5;1,3;;;;136,0;111,3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
mba;85;;;85;;;-1,4;16,6;;mba;116;;;116;;;88,4;-51,2
mfe;84;;;84;;;-0,4;15,6;;mfe;119;;;119;;;85,4;-48,2
mfi;79,5;10,6;7,5;72;87;;4,1;11,1;;mfi;233;;;2x 233;;;-28,6;65,8
mja;64;;;2x64;;;19,6;-4,4;;mja;207;;;2x 207;;;-2,6;39,8
total;76,0;10,7;7,1;;;;83,6;68,4;;total;185,8;54,2;3,4;;;;204,4;167,3

Intergen51. Archeo. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien au tableau: Les diagrammes tRNA-tRNA
Les diagrammes

;tRNA hors
5;3
10;3
15;0
20;0
25;3
30;1
35;1
40;1
45;1
50;0
55;1
60;2
65;6
70;0
75;5
80;1
85;1
90;3
95;4
100;1
105;0
110;1
115;2
120;3
125;0
130;0
135;1
140;0
reste;5
;
;49

Les moyennes par génome

mja;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
5stRNA;80;;;1;100;;;
tRNA in;-;;;0;;;;
tRNA cont;26,1;25,5;1,0;8;88;0;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
mba;71,1;34,2;2,1;15;13;2;-0,9;13,7
mfe;78,2;31,4;2,5;14;21;1;-8,1;20,8
mfi;46,7;33,8;1,4;16;56;2;23,5;-10,7
mja;49,3;36,5;1,4;4;50;;20,8;-8,1
total;63,8;35,0;1,8;49;33;5;70,2;57,4

Intergen51

Intergen51. Le total des intercalaires des 51 génomes

Intergen51. Formatage des résultats pour 51 génomes

Lien au tableau: Intergen51. Formatage des résultats pour 51 génomes
Compilation du 24.9.22

compile du 24.9.22:::::::::::::::
:::::::::::::::
CDS-tRNA:::CDS-CDS:::CDS-CDS:::CDS-CDS:::CDS-CDS::CDS-CDS:
frequence:effectif::frequence:effectif::frequence:effectif::frequence:effectif::Pour 1000::Pour 1000:
:fxt:fct::fx:fc::fx40:fc40::fx-:fc-:%fx-:%fc-:%fx:%fc
0:14:14:0:228:919:0:228:919:-1:4:4140:1.6:176:4:8
10:15:29:10:1746:12728:1:173:1972:-2:85:11:35:0.5:34:112
20:19:37:20:1378:11017:2:157:2034:-3:3:12:1.2:0.5:27:97
30:6:32:30:1475:6338:3:248:1557:-4:717:10938:292:465:29:56
40:38:47:40:1715:4716:4:213:1317:-5:5:19:2.0:0.8:33:42
50:25:50:50:1838:3974:5:125:1057:-6:59:6:24:0.3:36:35
60:32:54:60:1877:4135:6:174:736:-7:41:351:17:15:36:36
70:34:75:70:1855:4194:7:205:641:-8:89:2362:36:100:36:37
80:42:76:80:1880:4182:8:125:836:-9:47:7:19:0.3:36:37
90:25:74:90:1723:3967:9:169:1265:-10:29:213:12:9:33:35
100:57:84:100:1734:3737:10:157:1313:-11:94:1255:38:53:34:33
110:32:84:110:1605:3690:11:115:1404:-12:39:3:16:0.1:31:33
120:27:79:120:1594:3438:12:149:1577:-13:35:242:14:10:31:30
130:41:72:130:1599:3154:13:131:1218:-14:97:788:39:33:31:28
140:56:71:140:1489:2883:14:116:1282:-15:43:6:18:0.3:29:25
150:30:78:150:1406:2828:15:154:1126:-16:28:123:11:5:27:25
160:35:75:160:1466:2552:16:133:939:-17:68:537:28:23:28:23
170:27:64:170:1338:2356:17:116:904:-18:35:9:14:0.4:26:21
180:36:54:180:1211:2127:18:154:969:-19:29:107:12:5:23:19
190:37:44:190:1304:2031:19:181:785:-20:51:408:21:17:25:18
200:25:46:200:1201:1818:20:129:813:-21:17:2:7:0.1:23:16
210:43:45:210:1163:1656:21:168:774:-22:21:61:9:3:23:15
220:32:31:220:1074:1602:22:165:701:-23:42:264:17:11:21:14
230:26:33:230:979:1470:23:127:652:-24:28:5:11:0.2:19:13
240:28:32:240:914:1363:24:177:716:-25:22:91:9:4:18:12
250:30:33:250:896:1206:25:125:597:-26:43:246:18:10:17:11
260:30:25:260:847:1139:26:119:617:-27:13:3:5:0.1:16:10
270:19:35:270:842:1144:27:173:615:-28:21:54:9:2:16:10
280:14:25:280:741:984:28:155:546:-29:43:158:18:7:14:9
290:17:20:290:658:927:29:115:550:-30:17:0:7:0:13:8
300:20:20:300:632:881:30:151:570:-31:20:48:8:2:12:8
310:25:14:310:586:823:31:135:559:-32:39:125:16:5:11:7
320:17:21:320:595:703:32:122:518:-33:14:0:6:0:12:6
330:17:13:330:523:710:33:173:494:-34:15:32:6:1:10:6
340:17:6:340:507:595:34:167:457:-35:31:108:13:5:10:5
350:20:16:350:435:599:35:150:460:-36:9:0:4:0:8:5
360:14:15:360:447:567:36:165:481:-37:8:27:3:1:9:5
370:19:13:370:396:530:37:174:414:-38:27:71:11:3:8:5
380:10:15:380:398:497:38:187:442:-39:15:0:6:0:8:4
390:14:14:390:341:484:39:233:461:-40:14:21:6:1:7:4
400:6:13:400:334:429:40:209:430:-41:24:58:10:2:6:4
reste:182:267:reste:6,624:8,284:reste:45,052:77,659:-42:7:0:3:0::
total:1,253:1,945:total:51,594:113,377:total:51,594:113,377:-43:10:31:4:1::
%reste:14.5:13.7:%reste:12.8:7.3:diagr:6,314:34,799:-44:14:47:6:2::
 t30:40:98: t30:4,599:30,083::::-45:6:0:2:0::
%t30:3.2:5.0:%t30:8.9:26.5::::-46:15:14:6:1::
diagr:1,057:1,664:diagr:44,742:104,174::::-47:19:43:8:2::
:::::::::-48:12:0:5:0::
:Récapitulatif des effectifs:::::38428:69375::-49:13:23:5:1::
:>0:<0:zéro:total:* autres ::::-50:15:55:6:2::
x:51,366:2,456:228:54,050:::::reste:264:420::::
c:112,458:23,544:919:136,921:::::total:2,456:23544::::
::::190,971:9,555::::%reste:10.7:1.8::::
::::total:200,526::::diagr:1,378:8,004::::

Intergen51. Diagrammes ftc1 ftx1

Lien au chapitre: Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs
Note: courbe de tendance des effectifs de ftx1, f(x)=0.036x+1.110: R2=0.239 et de ftc1, f(x)=0.063x+2.392: R2=0.347.

;ftx1;;ftx1;;ftc1;;ftc1
0;14;53;2;0;14;53;9
1;3;54;4;1;1;54;2
2;1;55;4;2;1;55;6
3;0;56;3;3;3;56;4
4;4;57;3;4;3;57;4
5;3;58;5;5;4;58;8
6;1;59;3;6;3;59;5
7;2;60;2;7;2;60;7
8;1;61;1;8;4;61;9
9;0;62;1;9;2;62;7
10;0;63;5;10;6;63;6
11;2;64;5;11;1;64;11
12;2;65;1;12;1;65;11
13;0;66;6;13;3;66;6
14;1;67;0;14;4;67;7
15;1;68;6;15;5;68;6
16;4;69;2;16;5;69;7
17;1;70;7;17;5;70;5
18;3;71;4;18;5;71;13
19;3;72;3;19;7;72;7
20;2;73;5;20;1;73;7
21;0;74;4;21;2;74;6
22;0;75;4;22;3;75;13
23;1;76;6;23;4;76;6
24;2;77;5;24;5;77;5
25;0;78;3;25;2;78;6
26;0;79;4;26;5;79;8
27;1;80;4;27;2;80;5
28;1;81;1;28;0;81;13
29;0;82;2;29;6;82;8
30;1;83;0;30;3;83;8
31;0;84;4;31;6;84;5
32;3;85;3;32;9;85;6
33;1;86;5;33;5;86;7
34;7;87;3;34;1;87;6
35;5;88;2;35;5;88;9
36;3;89;2;36;3;89;5
37;7;90;3;37;4;90;7
38;6;91;4;38;4;91;18
39;4;92;8;39;4;92;9
40;2;93;11;40;6;93;9
41;4;94;5;41;6;94;8
42;2;95;7;42;2;95;8
43;3;96;4;43;2;96;4
44;3;97;5;44;4;97;4
45;0;98;7;45;5;98;6
46;3;99;3;46;3;99;6
47;2;100;3;47;6;100;12
48;1;reste;946;48;2;reste;1373
49;4;;;49;8;;
50;3;total;1253;50;12;total;1945
51;4;;;51;4;;
52;2;diagr;293;52;5;diagr;558

Intergen51. Diagrammes en pour 1000 de fx et fc

Lien au chapitre: Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs

Diagrammes en pour 1000 de fx et fc;;
;fx;fc
0;4;8
10;34;112
20;27;97
30;29;56
40;33;42
50;36;35
60;36;36
70;36;37
80;36;37
90;33;35
100;34;33
110;31;33
120;31;30
130;31;28
140;29;25
150;27;25
160;28;23
170;26;21
180;23;19
190;25;18
200;23;16
210;23;15
220;21;14
230;19;13
240;18;12
250;17;11
260;16;10
270;16;10
280;14;9
290;13;8
300;12;8
310;11;7
320;12;6
330;10;6
340;10;5
350;8;5
360;9;5
370;8;5
380;8;4
390;7;4
400;6;4

Intergen51. Les rapports de périodicité

Lien au chapitre: Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS négatifs

rapports;;;;;;Fréquences 51-100;;;;Fréquences 101-120 et  reste;;;;Périodicité de 9 discontinus;;;;;;Périodicité de 9 continus;;;;
;2/1x-;0/1x-;2/0x-;2/1c-;;;x-;c-;;;x-;c-;;x-;6xa;6xb;6xc;6xt;;c-;6ca;6cb;6cc;6ct
6;;;;;;-51;9;0;;-101;2;6;;6;59;47;39;145;;6;6;7;3;16
7;*2.17;1.44;1.51;6.73;;-52;7;16;;-102;8;0;;15;43;35;17;95;;15;6;9;2;17
8;;;;;;-53;9;22;;-103;1;1;;24;28;13;17;58;;24;5;3;0;8
9;;;;;;-54;6;0;;-104;4;4;;33;14;9;15;38;;33;0;0;0;0
10;3.24;1.62;2.00;5.89;;-55;3;13;;-105;2;0;;42;7;6;12;25;;42;0;0;0;0
11;;;;;;-56;8;27;;-106;2;3;;51;9;6;5;20;;51;0;0;0;0
12;;;;;;-57;5;0;;-107;4;1;;60;3;3;3;9;;60;0;0;1;1
13;2.77;1.11;2.49;3.26;;-58;8;6;;-108;1;0;;69;2;2;4;8;;69;0;0;1;1
14;;;;;;-59;8;23;;-109;3;2;;78;4;2;0;6;;78;0;0;0;0
15;;;;;;-60;3;0;;-110;1;7;;87;2;0;3;5;;87;0;0;0;0
16;2.43;1.54;1.58;4.37;;-61;4;10;;-111;2;0;;96;0;5;8;13;;96;0;0;0;0
17;;;;;;-62;8;16;;-112;0;2;;105;2;1;2;5;;105;0;0;0;0
18;;;;;;-63;3;0;;-113;3;6;;114;0;0;4;4;;114;0;0;0;0
19;1.76;1.21;1.46;3.81;;-64;5;14;;-114;0;0;;;;;;;;;;;;
20;;;;;;-65;12;12;;-115;2;4;;x-;7xa;7xb;7xc;7xt;;c-;7ca;7cb;7cc;7ct
21;;;;;;-66;3;1;;-116;1;3;;7;41;29;35;105;;7;351;213;242;806
22;2.00;0.81;2.47;4.33;;-67;8;17;;-117;0;0;;16;28;29;21;78;;16;123;107;61;291
23;;;;;;-68;5;11;;-118;1;0;;25;22;21;20;63;;25;91;54;48;193
24;;;;;;-69;2;0;;-119;2;8;;34;15;8;14;37;;34;32;27;21;80
25;1.95;1.27;1.54;2.70;;-70;2;5;;-120;4;0;;43;10;15;13;38;;43;31;14;23;68
26;;;;;;-71;9;14;;reste;13;22;;52;7;3;8;18;;52;16;13;6;35
27;;;;;;-72;2;0;;;264;420;;61;4;5;8;17;;61;10;14;17;41
28;2.05;0.62;3.31;2.93;;-73;2;9;;;;;;70;2;2;2;6;;70;5;9;5;19
29;;;;;;-74;7;9;;;-122;-137;;79;3;5;2;10;;79;5;13;7;25
30;;;;;;-75;4;1;;;-127;-143;;88;2;2;1;5;;88;6;9;9;24
31;1.95;0.85;2.29;2.60;;-76;2;5;;;-129;-153;;97;2;0;1;3;;97;7;3;1;11
32;;;;;;-77;6;12;;;-129;-154;;106;2;3;0;5;;106;3;2;2;7
33;;;;;;-78;4;0;;;-167;-161;;115;2;1;0;3;;115;4;0;0;4
34;2.07;0.93;2.21;3.38;;-79;3;5;;;-189;-161;;;;;;;;;;;;
35;;;;;;-80;3;4;;;-210;-164;;x-;8xa;8xb;8xc;8xt;;c-;8ca;8cb;8cc;8ct
36;;;;;;-81;2;0;;;-361;-212;;8;89;94;97;280;;8;2,362;1,255;788;4405
37;*3.38;1.13;3.00;2.63;;-82;5;13;;;-436;-242;;17;68;51;42;161;;17;537;408;264;1209
38;;;;;;-83;4;8;;;-495;-310;;26;43;43;39;125;;26;246;158;125;529
39;;;;;;-84;0;0;;;-527;-448;;35;31;27;24;82;;35;108;71;58;237
40;1.71;1.07;1.60;2.76;;-85;2;7;;;-530;-492;;44;14;19;15;48;;44;47;43;55;145
41;;;;;;-86;7;8;;;-723;-500;;53;9;8;8;25;;53;22;27;23;72
42;;;;;;-87;2;0;;;;-729;;62;8;12;5;25;;62;16;12;11;39
43;1.40;0.70;2.00;1.52;;-88;2;6;;;;-897;;71;9;7;6;22;;71;14;9;12;35
44;;;;;;-89;4;7;;;;-1295;;80;3;4;7;14;;80;4;8;8;20
45;;;;;;-90;0;0;;;;-1674;;89;4;1;2;7;;89;7;3;14;24
46;1.27;0.40;3.17;3.07;;-91;2;9;;;;-2130;;98;4;2;4;10;;98;5;6;4;15
47;;;;;;-92;1;3;;;;-2181;;107;4;1;3;8;;107;1;7;6;14
48;;;;;;-93;3;0;;;;-2202;;116;1;2;1;4;;116;3;8;0;11
49;1.15;0.92;1.25;2.39;;-94;1;9;;;;-2400;;;;;;;;;;;;
50;;;;;;-95;2;14;;;;-7616;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-96;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-97;2;7;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-98;4;5;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-99;5;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-100;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;

Intergen51. CDS-CDS négatifs. Les recouvrements

Lien au chapitre: Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS négatifs

;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;multiple 3;intercal;add1;add2;shift;couvre;multiple 3
continu;;;;;;continu;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;;
-7616;387744;398495;° -7475;141;*;-2400;164730;&167264;0;2400;*
;390880;391020;;;;;164865;167264;;;
;;;;;;-2202;&3313342;3315543;470;2202;*
-500;3717238;3717825;° -20;480;*;;3313342;3316014;;;
;3717326;3717805;;;;-2181;&3313342;3315522;20;2181;*
;;;;;;;3313342;3315543;;;
-492;&2909520;2910011;735;492;*;-2130;&2731600;2733729;444;2130;*
;2909520;2910746;;;;;2731600;2734173;;;
;;;;;;-1674;&1973360;1975033;290;1674;*
-164;1252815;1253021;52;164;;;1973360;1975324;;;
;1252858;1253073;;;;-1295;&492092;493386;637;1295;
;;;;;;;492092;494023;;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-897;&4577958;4578854;483;897;*
;2467800;2468162;;;;;4577958;4579337;;;
;;;;;;-729;1179520;&1180359;0;729;*
-143;1916663;1917097;205;143;;;1179631;1180359;;;
;1916955;1917302;;;;-448;1639030;1639527;° -193;255;*
rru;;;;;;;1639080;1639334;;;
-137;2068001;2069146;934;137;;-242;578107;578568;° -59;183;*
;2069010;2070080;;;;;578327;578509;;;
lmo;;;;;;-212;508875;&511379;0;212;
-161;509400;510287;925;161;;;511168;511379;;;
;510127;511212;;;;-153;&16751;16903;57;153;*
mfi;;;;;;;16751;16960;;;
-161;515362;516138;142;161;;eal;;;;;
;515978;516280;;;;-310;1869470;1869865;467;310;
 -;;;;;;;1869556;1870332;;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;;
-361;2601528;2603339;° -64;297;*;-723;3111128;3111988;° -663;60;*
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;° -470;60;*
-127;3666841;3667059;° -43;84;*;;3838642;3838701;;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;° -41;486;*
;;;;;;;10830;11315;;;
-93;2652993;2653463;1410;93;*;-495;234027;234782;° -462;33;*
;2653371;2654873;;;;;234288;234320;;;
eal;;;;;;-436;3796948;3798207;° -361;75;*
-189;3265916;3266143;1749;189;*;;3797772;3797846;;;
;3265955;3267892;;;;-210;3993739;3994059;276;210;*
eal;;;;;;;3993850;3994335;;;
-167;1123029;1123934;1507;167;;-129;1240260;1240463;1608;129;*
;1123768;1125441;;;;;1240335;1242071;;;

Intergen51. Les différents types d'intercalaires

Lien au tableau: Intergen51. Les différents types d'intercalaires

Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;112,458;23,544;919;136,921;2.5;18;196;217
x;51,366;2,456;228;54,050;;3,136;348;3,484
t;163,824;26,000;1,147;190,971;;3,154;544;3,698
%;85.8;13.6;0.6;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;1,931;8;6;1,945;1.6;tRNA-CDS;3,198;33
x;1,239;11;3;1,253;;RNA-RNA;3,154;33
t;3,170;19;9;3,198;;CDS-rRNA;544;6
%;99.1;0.6;0.3;;;non RNA;2,665;28
-;;;;;;total;9,561;9,555+6 aua
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;7.3;13.7;4.8;26.5;5.0;64;0.7;0.3
x;12.8;14.5;15.9;8.9;3.2;33;0.4;0.2

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs discontinus.

Lien au tableau: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs discontinus..

;x+;;;*1000;;*1000;;;;;;;;;
;;taille;%reste;courb1;courbe;courb4;soma;somo;%dom;adom;long1;long2;%t20;x=0;classe
alp1;pub;234;1.7;-;-;-;;;;;167;64;231;127;A0
cya2;pmg;599;4.5;-;41;-1.109;-500.6;141.6;;;194;65;259;110;A1
bde3;ant;633;3.5;-;41;-4.031;101.7;38.0;;;128;81;209;82.0;A20
arc4;mja;441;5.4;-;41;-3.400;97.9;34.7;;;111;70;181;71.5;A21
bde2;ade;1314;5.3;-;41;-2.325;92.1;34.6;;;78;80;158;64.4;A22
al4;absp;472;11.0;-;41;-1.720;108.2;29.2;;;81;59;140;62.4;A23
al1;abq;890;9.2;-;41;-1.870;111.4;29.9;;;73;61;134;59.8;A24
al2;abs;883;10.2;-;41;-1.841;94.7;30.6;;;74;46;120;58.8;A25  
al3;abqp;497;8.7;-;41;-1.884;111.3;30.9;;;70;64;135;56.1;A26
al9;oan2;460;8.7;-;41;-1.613;46.9;34.4;;;63;54;117;49.5;A27
alp4;rru;967;9.3;-;41;-1.079;76.7;30.3;;;47;52;98;47.8;A28
al5;agrc;796;7.2;-;31;-0.790;-45.1;40.2;90;60;53;45;98;46.3;B10
al7;aua;975;9.9;-;31;-0.116;-875.6;76.3;91;60;51;39;90;45.3;B11
al8;oan1;771;9.1;-;21;-1.160;30.5;34.4;99;60;54;38;92;43.0;B12
bac2;bsu;1093;5.5;-;51;-3.143;135.7;29.9;219;40;26;41;67;62.5;C10
bac5;lmo;587;6.3;-;51;-2.188;126.7;26.3;271;40;17;34;51;59.1;C11
act1;ase;2691;9.7;-1.804;41;-0.942;20.6;41.1;99;70;52;34;86;40.7;C12
clo8;psor;693;9.1;-0.901;51;-1.586;-11.0;39.2;140;50;12;23;35;39.1;C13
bac1;ban;1579;10.3;-1.565;61;-2.317;23.3;38.5;138;40;10;26;36;38.1;C14
bde1;cvi;1114;8.0;-2.436;31;-1.943;53.3;41.6;146;70;56;30;85;37.7;C15
ga2;eal;1185;10.3;-1.902;21;-1.263;42.3;37.9;118;50;38;22;60;36.0;C16
ga4;ecoN;1382;10.3;-1.471;21;-1.299;34.8;36.3;134;50;32;16;48;35.3;C17
alp3;rpm;906;11.8;-2.175;11;-1.555;65.2;35.7;191;50;15;7;22;30.3;C18
clo3;cbn;540;9.6;-1.339;11;-0.731;68.8;33.3;113;50;19;6;24;29.7;C19
ga3;eco;1074;5.3;-1.834;11;-1.881;78.5;36.0;131;50;33;9;42;29.4;C19a
bct1;myr;980;14.9;-2.327;21;-1.238;76.6;35.7;107;70;27;12;39;27.6;C19b
bac3;lam;483;5.6;-3.737;;;85.8;43.6;155;60;17;6;23;26.7;C20
ga1;amed;1343;8.2;-3.171;;;90.6;39.3;141;80;28;15;43;23.2;C21
ga7;vha2;689;13.9;-2.925;;;96.5;35.1;103;80;20;20;41;17.8;C22
bac4;lbu;411;7.8;-4.193;;;98.5;42.9;141;70;2;5;7;17.0;C23
ga8;vpb1;782;11.5;-3.965;;;96.4;39.7;145;70;15;15;31;16.1;C24
ga6;vha1;934;13.4;-3.343;;;98.7;36.4;115;70;12;17;29;15.5;C25
ga9;vpb2;561;12.7;-3.667;;;104.6;38.2;127;80;20;11;30;12.1;C26
alp2;rpl;183;32.2;-2.604;;;108.0;28.1;104;80;11;22;33;8.12;C27
alp5;rtb;186;35.5;-2.195;;;117.3;27.0;97;80;11;16;27;7.33;C28
clo4;cdc;640;19.5;-1.942;;;176.9;31.0;;;5;0;5;-11.8;D10
clo5;cdc8;686;20.1;-1.748;;;175.5;29.9;;;7;4;12;-7.46;D11
bac6;pmq;1888;14.0;-2.305;;;160.2;34.2;;;8;8;16;-6.46;D12
clo2;cbei;1212;21.6;-1.691;;;156.0;27.6;;;5;10;15;-2.49;D13
bac7;ppm;1267;11.9;-3.106;;;133.9;37.0;86;90;13;16;28;-1.18;D14
clo6;cle;779;10.7;-2.811;;;133.5;35.8;;;12;8;19;1.51;D15
bac8;ppmp;107;23.4;-1.912;;;146.0;29.5;;;0;0;0;2.61;D16
clo1;cbc;719;23.9;-0.859;;;174.4;23.9;;;1;7;8;4.94;D17
arc3;mba;1235;42.8;-0.482;;;193.6;17.4;;;6;11;17;6.43;D18
arc1;mfe;1067;34.9;-0.779;;;119.8;20.2;;;10;14;24;12.8;D19
ga5;spl;1305;17.6;-2.662;;;120.1;32.4;93;80;6;15;21;6.45;D21
clo7;hmo;460;12.6;-1.900;;;135.5;31.6;;;20;22;41;8.01;D22
arc2;mfi;626;15.8;-1.820;;;123.8;29.8;;;19;10;29;11.2;D23
neg1;afn;346;4.6;-2.277;;;121.4;36.2;;;12;9;20;14.5;D24
cya1;npu;2307;23.2;-1.454;;;98.1;27.1;;;22;23;44;18.4;D25
bct2;fps;560;13.4;-2.683;;;91.5;35.2;;;32;16;48;21.3;D26
act2;blo;499;9.8;-2.403;;;98.7;36.0;;;34;16;50;21.4;D27
act4;sma;2581;11.6;-1.894;;;84.2;33.9;;;29;26;55;25.9;D28
spi1;scc;458;8.5;-2.273;;;81.0;37.2;;;20;33;52;28.3;D29
ter2;apal;191;2.6;-4.112;;;82.3;47.3;;;31;21;52;30.4;D30
ter1;abra;270;5.2;-3.934;;;65.0;47.0;137;50;19;33;52;37.3;D31
act3;ksk;2564;11.6;-1.185;31;-0.849;-10.8;39.5;87;80;38;36;74;39.4;D32
al6;agrl;499;8.4;-0.543;31;-0.454;-431.0;72.3;78;60;42;38;80;42.2;D33
act5;;;;;;;;;;;;;;;
alp6;;;;;;;;;;;;;;;
arc5;;;;;;;;;;;;;;;
bac9;;;;;;;;;;;;;;;
bct3;;;;;;;;;;;;;;;
bde4;;;;;;;;;;;;;;;
clo9;;;;;;;;;;;;;;;
cya3;;;;;;;;;;;;;;;
gam;;;;;;;;;;;;;;;
neg2;;;;;;;;;;;;;;;
ter3;;;;;;;;;;;;;;;
totale;58;51,594;12.8;-1.520;;;63.7;33.5;;;34;27;61;30.0;D28
<pre>

=====Intergen51. Les diagrammes CDS-16s=====
*Lien au tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intergen51._Les diagrammes_CDS-16s|Intergen51. Les diagrammes CDS-16s]]
*Note: '''abde''' pour alpha beta delta epsilon. '''Nclostridia''' pour clostridia et afn. '''bcts''' pour bacteroidites cyano tenericutes scc.
*CDS-16s c
<pre>
Intergen51;Total des intercalaires CDS-16s continus;;;;;
abde;gama;bacilli;Nclostridia;Nclostridia;;CDS 16s c
CDS 16s;CDS 16s c;CDS 16s c;CDS 16s c;CDS 16s c;90;1
292;161;218;20;459;120;1
305;206;224;117;485;150;0
370;362;230;181;488;180;1
378;364;241;181;501;210;9
437;365;243;181;506;240;5
439;370;258;189;507;270;8
439;373;272;192;525;300;14
444;374;289;193;542;330;12
447;377;291;205;558;360;7
457;377;295;239;559;390;21
496;385;298;240;565;420;6
561;424;299;241;570;450;22
590;432;302;249;572;480;13
678;441;309;253;573;510;12
691;442;318;253;585;540;8
714;448;320;265;602;570;11
841;451;321;276;643;600;7
972;454;323;276;652;630;8
1458;468;344;282;667;660;7
717;469;350;283;703;690;5
1854;471;363;284;705;720;6
2136;472;364;294;709;750;2
actino;487;365;300;727;780;5
CDS 16s c;504;373;302;753;810;1
405;518;376;309;774;840;2
452;543;377;319;776;870;2
491;557;388;323;778;900;1
525;575;408;325;780;930;1
530;599;422;331;909;960;0
553;611;445;346;bcts;990;2
555;631;445;346;CDS 16s c;1020;1
573;647;451;369;206;1050;1
607;672;451;387;347;1080;2
611;817;489;390;350;1110;1
615;853;501;391;432;1140;0
618;876;510;393;433;1170;1
619;988;518;402;433;1200;0
641;;520;416;447;;4
645;;533;423;688;;210
653;;536;423;812;;
799;;562;424;1003;;
archeo;;607;431;1035;;
CDS 16s c;;673;437;1071;;
454;;744;453;1073;;
;;;;1104;;
;;;;1142;;
;;;;1563;;

CDS-16s x

Intergen51;Total des intercalaires CDS-16s discontinus;;;;;;;
abde;gama;bacilli;Nclostridia;archeo;;CDS 16s x;;CDS 16s x
CDS 16s x;CDS 16s x;CDS 16s x;CDS 16s x;CDS 16s x;90;1;840;1
330;117;295;81;704;120;3;870;2
391;264;349;111;718;150;0;900;0
450;339;387;111;724;180;0;930;0
462;467;399;264;835;210;0;960;0
472;473;404;342;845;240;0;990;1
486;477;452;347;973;270;2;1020;2
506;479;477;348;1247;300;1;1050;1
585;480;513;364;bcts;330;4;1080;1
642;481;533;376;CDS 16s x;360;5;1110;0
643;492;547;388;315;390;4;1140;0
689;496;570;498;317;420;3;1170;0
714;516;612;507;317;450;1;1200;2
734;516;613;548;601;480;9;;3
744;554;649;actino;676;510;7;;93
779;556;695;CDS 16s x;1075;540;5;;
999;596;793;518;1269;570;5;;
999;614;;585;;600;3;;
1026;614;;672;;630;7;;
1193;626;;675;;660;3;;
;627;;734;;690;5;;
;687;;793;;720;4;;
;807;;852;;750;4;;
;1178;;;;780;1;;
;1908;;;;810;3;;

Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x.

Lien au tableau: Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x..

;;c+;;;;;;;x+;;;;;;41-200;;
clade;gen;taille;%reste;%t30;%0;R2 41;flexa;fcp;taille;%reste;%t30;%0;classe;%x+;corel;t30c/x;restx/c
act1;ase;3854;7.58;24.39;0.25;0.972;333.3;-1;2691;9.74;12.08;0.72;C12;41.12;0.9183;2.02;1.29
act2;blo;1045;4.88;19.81;0.08;0.906;188.5;2;499;9.82;8.02;0.39;D27;32.32;0.4064;2.47;2.01
act3;ksk;3995;7.91;12.94;0.08;0.955;193.3;0;2564;11.58;11.31;0.26;D32;39.09;0.7662;1.14;1.46
act4;sma;3894;8.45;17.85;0.22;0.952;198.2;1;2581;11.62;8.80;0.33;D28;39.86;0.8010;2.03;1.38
act5;;;;;;;;;;;;;;;;;
al1;abq;1565;3.64;25.43;0.21;0.949;188.0;2;890;9.21;19.78;0.22;A24;36.25;0.2274;1.29;2.53
al2;abqp;921;4.99;25.08;0.17;0.930;176.0;3;497;8.65;19.11;0.19;A26;35.05;0.3019;1.31;1.73
al3;abs;1570;3.50;24.84;0.32;0.952;197.1;2;883;10.19;18.91;0.22;A25;36.00;0.4120;1.31;2.91
al4;absp;873;5.04;26.00;0.00;0.910;168.6;3;472;11.02;19.70;0.00;A23;35.09;0.2725;1.32;2.19
al5;agrc;1466;2.32;26.19;0.17;0.908;216.8;2;796;7.16;13.32;1.08;B10;35.19;0.0336;1.97;3.09
al6;agrl;1040;3.94;32.69;0.15;0.924;507.0;3;499;8.42;12.02;0.19;D33;32.42;0.4539;2.72;2.14
al7;aua;1803;5.10;25.12;0.00;0.931;201.3;1;975;9.95;12.92;0.29;B11;35.10;0.5847;1.94;1.95
al8;oan1;1517;4.61;27.36;0.47;0.901;188.3;2;771;9.08;11.28;1.45;B12;33.70;0.3098;2.42;1.97
al9;oan2;914;3.50;34.14;0.08;0.863;129.8;4;460;8.70;13.70;0.41;A27;33.48;0.1893;2.49;2.48
alp1;pub;601;0.67;56.07;5.93;0.939;278.6;-1;234;1.71;29.49;3.95;A0;28.02;0.8650;1.90;2.57
alp2;rpl;527;19.35;22.39;0.79;0.822;229.1;1;183;32.24;4.37;0.00;C27;25.77;0.0514;5.12;1.67
alp3;rpm;1847;4.11;23.37;0.37;0.945;195.3;2;906;11.81;3.23;0.42;C18;32.91;0.3949;7.24;2.87
alp4;rru;2136;3.28;25.66;0.44;0.963;52.4;2;967;9.31;15.20;0.10;A28;31.16;0.1889;1.69;2.84
alp5;rtb;505;19.80;23.37;0.66;0.804;230.0;1;186;35.48;3.23;0.53;C28;26.92;-0.1047;1.69;1.79
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;
arc1;mfe;2011;23.22;15.91;0.75;0.872;4261.2;-1;1067;34.86;4.40;0.09;D19;34.67;0.3270;3.61;1.50
arc2;mfi;1545;6.02;20.19;1.69;0.937;164.3;2;626;15.81;5.75;0.00;D23;28.83;-0.0432;3.51;2.63
arc3;mba;2379;29.72;14.88;0.78;0.739;246.6;-1;1235;42.83;2.59;0.08;D18;34.17;-0.3170;5.74;1.44
arc4;mja;1069;1.12;39.66;0.89;0.960;413.1;-1;441;5.44;22.00;2.01;A21;29.21;0.3257;1.80;4.85
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;
bac1;bsu;2512;1.95;32.44;0.81;0.936;166.0;3;1093;5.49;13.08;0.18;C10;30.32;0.0048;2.48;2.81
bac2;ban;3289;5.11;25.93;0.86;0.900;198.3;3;1579;10.32;8.74;0.00;C14;32.44;0.1059;2.97;2.02
bac3;lam;1248;2.00;34.78;1.05;0.875;-166.3;4;483;5.59;4.76;0.40;C20;27.90;0.4902;7.30;2.79
bac4;lbu;1098;4.64;31.69;0.73;0.936;162.1;3;411;7.79;2.92;0.46;C23;27.24;0.5583;10.86;1.68
bac5;lmo;1849;2.76;36.51;1.20;0.850;201.9;3;587;6.30;8.52;0.17;C11;24.10;-0.1778;4.29;2.29
bac6;pmq;4540;7.80;20.00;0.49;0.950;387.5;5;1888;14.04;2.70;0.26;D12;29.37;-0.8357;7.40;1.80
bac7;ppm;3176;6.96;21.35;0.51;0.956;201.3;2;1267;11.92;3.71;0.00;D14;28.52;-0.1286;5.75;1.71
bac8;ppmp;438;12.33;14.84;0.64;0.726;196.4;0;107;23.36;3.74;0.00;D16;19.63;0.0439;3.97;1.90
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;
bct1;myr;2273;7.92;35.90;0.51;0.891;-134.8;3;980;14.90;6.02;0.50;C19b;30.13;0.6422;5.96;1.88
bct2;fps;1628;6.20;29.73;0.82;0.943;319.8;2;560;13.39;7.86;1.16;D26;25.59;0.4510;3.78;2.16
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;
bde1;cvi;2412;3.90;28.98;0.32;0.915;1288.8;2;1114;7.99;10.14;0.42;C15;31.59;0.8598;2.86;2.05
bde2;ade;2335;3.43;32.16;0.56;0.952;-975.1;2;1314;5.25;20.70;0.85;A22;36.01;0.5914;1.55;1.53
bde3;ant;1700;1.71;46.18;2.36;0.925;437.1;2;633;3.48;26.38;1.24;A20;27.13;0.2741;1.75;2.04
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;
clo1;cbc;2572;12.67;25.54;0.84;0.885;164.9;4;719;23.92;2.50;0.14;D17;21.85;-0.6759;10.20;1.89
clo2;cbei;4010;14.86;20.65;0.43;0.931;-3362.0;4;1212;21.62;2.06;0.00;D13;23.21;-0.5092;10.01;1.45
clo3;cbn;1775;3.49;29.86;0.51;0.941;186.3;3;540;9.63;5.93;0.18;C19;23.33;0.5515;5.04;2.76
clo4;cdc;2589;9.50;29.47;1.28;0.903;430.8;-1;640;19.53;0.47;0.00;D10;19.82;-0.5869;62.87;2.06
clo5;cdc8;2727;8.87;29.96;1.28;0.905;551.3;-1;686;20.12;1.75;0.00;D11;20.10;-0.6401;17.13;2.27
clo6;cle;2900;6.38;30.28;1.05;0.948;181.0;4;779;10.65;2.57;0.00;D15;21.17;0.2691;11.79;1.67
clo7;hmo;1867;5.78;24.58;0.77;0.959;151.9;3;460;12.61;5.00;0.00;D22;19.77;0.1802;4.92;2.18
clo8;psor;2350;5.57;32.00;0.89;0.926;219.5;3;693;9.09;9.52;0.14;C13;22.77;-0.4731;3.36;1.63
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;
cya1;npu;3999;14.65;11.88;0.34;0.913;169.8;0;2307;23.19;6.29;0.17;D25;36.58;0.4283;1.89;1.58
cya2;pmg;948;2.22;40.72;3.08;0.963;318.2;-1;599;4.51;30.22;1.58;A1;38.72;0.7390;1.35;2.03
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;
ga1;amed;2382;4.58;33.80;0.42;0.902;186.0;2;1343;8.19;5.87;0.14;C21;36.05;0.7173;5.76;1.79
ga2;eal;2286;6.04;32.67;0.62;0.966;349.1;3;1185;10.30;6.44;0.92;C16;34.14;0.6731;5.07;1.71
ga3;eco;2204;2.90;31.19;0.56;0.938;-1789.2;3;1074;5.31;8.35;1.11;C19a;32.76;0.3238;3.73;1.83
ga4;ecoN;2822;4.43;24.05;0.80;0.959;434.8;3;1382;10.30;3.07;1.21;C17;32.87;0.5964;7.85;2.33
ga5;spl;2482;10.19;24.05;0.68;0.976;150.5;2;1305;17.62;3.07;0.08;D21;34.46;0.7399;3.49;1.73
ga6;vha1;1945;7.51;27.51;0.38;0.929;189.7;2;934;13.38;4.60;0.31;C25;32.44;0.5325;5.97;1.78
ga7;vha2;1075;7.81;25.12;1.23;0.877;3.6;2;689;13.93;6.10;0.14;C22;39.06;0.7279;4.12;1.78
ga8;vpb1;1757;5.29;31.59;0.43;0.947;214.3;3;782;11.51;4.22;0.13;C24;30.80;0.5997;7.49;2.17
ga9;vpb2;828;7.61;28.14;1.10;0.764;185.9;3;561;12.66;4.99;0.17;C26;40.39;0.5158;5.64;1.66
gam;;;;;;;;;;;;;;;;;
neg1;afn;1385;3.90;38.48;0.53;0.893;164.2;3;346;4.62;4.05;0.57;D24;19.99;-0.0250;9.51;1.19
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;
spi1;scc;1000;3.40;33.90;0.45;0.938;321.3;-1;458;8.52;10.70;0.41;D29;31.41;0.4454;3.17;2.50
ter1;abra;980;3.37;39.39;0.86;0.909;148.9;2;270;5.19;8.89;0.36;D31;21.60;0.7132;4.43;1.54
ter2;apal;919;4.13;38.85;0.82;0.951;-261.8;2;191;2.62;10.99;0.00;D30;17.21;0.5492;3.53;0.63
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;
totale;58;113,377;7.3;26.5;0.8;0.989;120.9;3;51,594;12.8;8.9;0.4;D28;31.3;0.975;3.0;1.8

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40. Moyennes par clade et classe

Lien au tableau: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40.Note.

I.6 sans ;ordre mx12;I.6;zéros;s0;s6;sx;s18;s42;t42;p6;px;p18;p42;I.18;I.30;18/30;mx6;mn6;mx12;mx42;mx162;px-p6;px-p6 sans;;;n;i.6 sans;;;n
;D0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;V60;11;;;F60;5
;m;8,12;17,2;7,17;61,28;9,3;52,07;108,7;170,08;-1,68;2,93;-0,52;-118,66;5,49;4,87;1,17;12,5;1,83;10,22;8,81;6,28;3,71;3,71;3,84;mfi abs ase;;8,12;;;
;e;1,41;8,61;1,41;11,75;3,13;5,56;26,93;33,87;0,47;1,74;0,5;84,41;0,96;1,47;0,2;2,26;1,36;3,4;3,16;1,65;0,57;0,57;0,47;rtb rpl blo;;1,41;;;
;m/e;5,74;2;5,07;5,22;2,97;9,36;4,04;5,02;-3,55;1,68;-1,05;-1,41;5,69;3,31;5,9;5,55;1,34;3,01;2,79;3,82;6,52;6,52;8,11;;;5,74;;;
cbei;D1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;lbu lam;;V61;6;lbu lam;;F61;6
12,46;m;11,81;21,5;9,92;86,54;17,85;102,56;134,45;254,86;-3,49;3,31;-0,4;-292,53;10,36;7,18;1,47;22,53;3,15;16,11;10,47;6,8;6,8;5,10;;;;10,50;;;
2,51;e;2,95;11,17;3,66;21,83;8,3;27,48;23,74;36,33;1,37;1,91;0,29;77,55;1,92;1,23;0,33;6,16;1,54;2,23;2,23;1,86;3,19;0,61;;;;1,80;;;
4,97;m/e;4;1,92;2,71;3,96;2,15;3,73;5,66;7,02;-2,54;1,73;-1,39;-3,77;5,4;5,81;4,5;3,66;2,05;7,23;4,7;3,66;2,13;8,37;;;;5,83;;;
apal;D2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal scc;;V62;5;apal scc;;F62;5
12,05;m;13,06;22,71;10,48;94,23;25,28;131,33;135,6;292,21;-4,11;4,44;-0,74;-547,15;13,36;7,26;1,89;24,04;2,81;22,21;12,35;6,83;8,55;7,35;;;;11,29;;;
2,31;e;3,41;10,97;2,6;22,22;4,77;21,03;13,22;22,91;2,39;0,64;0,4;218,64;1,95;1,18;0,5;11,18;1,06;3,28;2,16;1,43;2,39;1,40;;;;1,54;;;
5,21;m/e;3,84;2,07;4,02;4,24;5,3;6,24;10,26;12,75;-1,72;6,98;-1,83;-2,5;6,84;6,14;3,75;2,15;2,64;6,77;5,72;4,79;3,57;5,23;;;;7,35;;;
;S1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;spl amed;mfi abs;V63;7;;;F63;9
;m;11,1;11,11;6,04;83,06;29,84;74,28;113,97;218,09;-2,71;2,9;-1,06;-128,44;9,17;5,36;1,74;17,52;5,26;14,79;8,43;8,71;5,6;4,97;6,08;;;11,10;;;
;e;1,65;8,1;4,99;11,32;18,01;22,04;19,62;21,53;1,22;1,07;0,56;128,86;0,91;0,86;0,23;3,29;1,44;1,51;1,49;3,29;1,61;1,15;1,49;;;1,65;;;
;m/e;6,73;1,37;1,21;7,34;1,66;3,37;5,81;10,13;-2,22;2,7;-1,88;-1;10,08;6,2;7,5;5,32;3,64;9,79;5,66;2,65;3,49;4,34;4,08;;;6,73;;;
fps myr;S2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;vbp2;ase vbp2;V64;9;fps myr ;;F64;9
12,71;m;14,41;8,45;4,81;105,78;29,18;93,24;113,13;235,56;-3,77;4,16;-1,53;-174,07;10,56;5,37;2;24,85;6,66;20,49;8,96;8,02;7,93;6,94;7,26;;;12,71;;;
2,23;e;4,28;6,17;4,05;34,87;15,63;23,5;14,89;34,94;1,36;3,78;0,56;213,36;1,75;0,88;0,35;6,59;2,18;5,04;1,13;1,24;3,69;1,71;1,46;;;2,23;;;
5,70;m/e;3,36;1,37;1,19;3,03;1,87;3,97;7,6;6,74;-2,78;1,1;-2,75;-0,82;6,04;6,09;5,68;3,77;3,05;4,06;7,95;6,45;2,15;4,06;4,97;;;5,70;;;
pmg ant abra;S3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;ant;ant;V65 ;14;pmg abra ant;pmg abra ant;F65;13
13,64;m;17,14;19,18;13,12;122,47;29,11;139,84;126,72;295,67;-4,93;6,95;-1,76;-272,14;14,3;6,58;2,26;31,17;5,5;29,95;11,81;8,84;11,88;11,14;11,30;scc apal ;;13,64;14,17;lbu lam ;
1,42;e;6,16;15,33;11,16;46,82;21,47;17,39;28,06;40,31;2,4;2,52;0,51;160,81;2,3;1,43;0,66;15,82;2,65;8,02;2,58;2,7;3,16;2,08;1,79;lbu lam;;1,42;1,52;scc rpl rtb;
9,61;m/e;2,78;1,25;1,18;2,62;1,36;8,04;4,52;7,34;-2,06;2,76;-3,48;-1,69;6,23;4,6;3,44;1,97;2,07;3,73;4,58;3,27;3,76;5,36;6,3;;;9,61;9,30;;4
pub;X;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3+pub;V66;pub ant;3;pub rtb rpl;;F66;F67
9,29;m;17,1;14;17,49;125,19;20,53;57,58;91,29;169,4;-3,91;1,11;-0,69;-83,92;6,97;4,08;1,66;26,31;7,2;11,99;7,95;9,43;5,02;1,95;18,23;vbp2;V67;7,01;23,78;fps myr;pub
3,73;e;20,94;19,98;35;143,99;12,87;33,89;18,49;49,43;6,21;0,84;0,3;149,57;2,83;0,73;0,44;30,93;7,21;5,38;1,93;3,06;5,61;0,85;0,96;;;1,57;3,35;pmg apal ;63,94
2,49;m/e;0,82;0,7;0,5;0,87;1,6;1,7;4,94;3,43;-0,63;1,33;-2,31;-0,56;2,46;5,61;3,79;0,85;1;2,23;4,13;3,08;0,89;2,30;18,96;;;4,5;7,09;abra ant;
;;I.6;zéros;s0;s6;sx;s18;s42;t42;p6;px;p18;p42;I.18;I.30;18/30;mx6;mn6;mx12;mx42;mx162;px-p6;;;;;;;;
;archeo;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;m;11,21;19,5;11,59;79,24;15,25;82,07;106,42;203,74;-3,22;3,49;-0,64;-146,24;8,18;5,14;1,57;18,39;2,86;14,26;9,22;7,43;6,7;;;;;;;;
;e;2,73;7,55;4,86;18,3;11,37;59,27;46,52;109,37;1,64;3,51;0,51;139,99;5,25;2,98;0,37;7,8;1,51;10,62;5,14;2,38;5,1;;;;;;;;
;m/e;4,1;2,58;2,39;4,33;1,34;1,38;2,29;1,86;-1,96;0,99;-1,24;-1,04;1,56;1,73;4,21;2,36;1,9;1,34;1,79;3,12;1,32;;;;;;;;
 ppmp lam;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
10,93;m;11,06;19,88;9,38;89,0;15,51;101,79;130,14;247,44;-2,76;4,69;-0,75;-355,95;10,24;6,75;1,49;18,55;2,74;17,29;11,8;7,37;7,45;;;;;;;;
2,71;e;3,77;9,89;3,19;21,7;8,54;41,54;13,84;50,9;1,9;1,64;0,4;273,27;3,77;1,34;0,42;8,91;1,58;6,05;2,99;1,72;3,29;;;;;;;;
4,03;m/e;2,93;2,01;2,94;4,1;1,82;2,45;9,41;4,86;-1,46;2,86;-1,86;-1,3;2,72;5,04;3,6;2,08;1,74;2,86;3,95;4,28;2,27;;;;;;;;
6;gen;;;;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;m;10,61;25,5;9,91;77,37;22,94;98,08;139,98;261;-3,12;2,67;-0,45;-336,18;10,34;7,45;1,39;19,8;2,57;17,08;10,18;5,87;5,78;;;;;;;;
;e;1,55;10,47;3,57;12,35;6,4;20,94;21,49;40,48;1;0,76;0,42;89,55;1,79;1,22;0,13;2,64;1,29;3,14;1,21;1,16;1,44;;;;;;;;
;m/e;6,86;2,43;2,78;6,26;3,58;4,68;6,51;6,45;-3,12;3,51;-1,08;-3,75;5,78;6,11;10,39;7,5;1,99;5,44;8,44;5,05;4,01;;;;;;;;
;gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;vbp2;;;;;;;
;m;11,99;15,22;8,36;84,67;16,01;123,58;108,89;248,48;-3,58;6,88;-1,47;-238,92;11,69;5,63;2,07;20,68;4,79;22,64;9,07;8,98;10,45;9,52;;;;;;;
;e;1,48;6,2;3,7;10,19;5,97;26,37;15,33;37,74;1,01;3,95;0,73;139,93;2,09;0,8;0,17;3,62;1,61;6,73;1,41;4,12;3,59;2,41;;;;;;;
;m/e;8,1;2,46;2,26;8,31;2,68;4,69;7,1;6,58;-3,54;1,74;-2,01;-1,71;5,59;7,08;11,98;5,71;2,98;3,36;6,42;2,18;2,91;3,96;;;;;;;
;actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;m;8,43;7,25;2,04;62,95;12,35;63,03;104,16;179,54;-1,53;1,79;-0,88;37,53;6,61;4,26;1,52;13;4,87;11,7;8,03;7,42;3,31;;;;;;;;
;e;1,75;5,68;1,24;9,76;5,37;23,47;19,11;44,89;0,47;0,58;0,46;87,28;2,16;0,9;0,21;2,46;1,8;4,68;0,99;2,14;1,02;;;;;;;;
;m/e;4,82;1,28;1,64;6,45;2,3;2,69;5,45;4;-3,27;3,07;-1,89;0,43;3,07;4,73;7,11;5,28;2,7;2,5;8,15;3,48;3,23;;;;;;;;
;alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;m;16,25;8,21;10,28;119,92;35,52;75,65;113,78;224,95;-3,97;2,52;-1,3;-141,35;9,78;5,49;1,8;26,15;6,9;17,5;9,22;9,17;6,49;;;;;;;;
;e;13,92;14,77;24,98;95,49;16,13;25,58;23,47;39,74;4,22;1,46;0,59;179,09;1,69;0,9;0,3;20,4;4,89;3,94;1,52;2,2;3,64;;;;;;;;
;m/e;1,17;0,56;0,41;1,26;2,2;2,96;4,85;5,66;-0,94;1,72;-2,19;-0,79;5,8;6,12;6,01;1,28;1,41;4,44;6,06;4,17;1,78;;;;;;;;
;alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;m;12,58;4,38;3,65;94,71;36,72;71,86;112,81;221,39;-2,9;2,74;-1,31;-136,22;9,6;5,5;1,77;20,87;5,64;17,18;9,29;8,85;5,65;;;;;;;;
;e;2,42;3,73;2,96;15,58;16,13;22,18;24,13;38,97;1,38;1,24;0,62;185,33;1,62;0,93;0,29;5,23;1,33;3,91;1,56;1,92;1,87;;;;;;;;
;m/e;5,21;1,18;1,23;6,08;2,28;3,24;4,68;5,68;-2,1;2,21;-2,13;-0,74;5,94;5,89;6,21;3,99;4,25;4,4;5,95;4,6;3,02;;;;;;;;
;gen:13;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc400. Moyennes par clade et classe

Lien au tableau: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc400. Moyennes par clade et classe.

;fc400 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;sup4;;;;pte;;;;xmp;;;;flexp;;;;rest;;;
;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n
C11;74,41;3,29;22,60;5;13,79;4,96;2,78;5;348,32;26,48;13,15;5;260,37;16,29;15,99;5;391,31;21,24;18,43;5
C12;86,15;4,38;19,66;3;17,87;14,99;1,19;3;275,35;84,58;3,26;3;310,20;17,45;17,77;3;414,45;83,38;4,97;3
C21;100,63;2,65;38,02;5;26,21;20,74;1,26;5;409,97;136,15;3,01;5;295,83;41,56;7,12;5;294,20;99,47;2,96;5
C22;109,99;2,24;49,03;4;27,73;20,98;1,32;4;353,92;127,23;2,78;4;303,85;39,15;7,76;4;342,24;117,22;2,92;4
C23;117,66;1,37;85,84;8;18,98;9,71;1,95;8;338,18;86,83;3,89;8;351,08;35,01;10,03;8;310,15;70,73;4,39;8
C31;137,42;3,54;38,83;3;22,25;5,72;3,89;3;400,26;5,90;67,90;3;361,08;34,28;10,53;3;238,66;30,57;7,81;3
C32;153,42;5,40;28,39;14;17,94;8,43;2,13;14;316,65;93,61;3,38;14;426,97;33,41;12,78;14;256,38;63,30;4,05;14
C33;169,89;2,42;70,27;3;16,24;2,32;7,01;3;356,49;44,42;8,03;3;418,46;11,04;37,92;3;225,05;33,38;6,74;3
C41;195,74;6,97;28,08;6;16,46;1,87;8,82;6;323,15;78,11;4,14;6;463,45;33,94;13,66;6;213,41;55,03;3,88;6
C42;228,15;4,92;46,34;4;19,07;1,57;12,11;4;242,35;90,47;2,68;4;552,02;43,32;12,74;4;205,63;49,06;4,19;4
C43;257,08;6,75;38,10;3;20,35;1,64;12,41;3;247,56;29,95;8,27;3;495,21;69,63;7,11;3;257,23;39,74;6,47;3
total;139,34;32,68;4,26;46;18,32;5,07;3,61;49;324,14;63,5;5,1;53;376,44;60,18;6,26;46;280,56;63,81;4,4;49
C1;78,81;6,97;11,31;8;15,32;9,10;1,68;8;320,96;62,22;5,16;8;279,06;30,06;9,28;8;399,99;48,86;8,19;8
C2;110,85;7,72;14,37;17;23,16;15,76;1,47;17;363,00;109,48;3,32;17;323,72;44,40;7,29;17;313,01;86,99;3,60;17
C3;153,49;10,26;14,97;20;18,33;7,48;2,45;20;335,17;84,85;3,95;20;415,81;38,29;10,86;20;249,02;55,72;4,47;20
C4;219,87;26,34;8,35;13;18,16;2,33;7,79;13;280,84;80,02;3,51;13;498,03;57,70;8,63;13;221,13;50,62;4,37;13
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;sup4;;;;pte;;;;xmp;;;;flexp;;;;rest;;;
clade;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n
alpha;179,12;55,11;3,25;14;22,38;11,93;1,88;14;334,46;94,77;3,53;14;425,92;90,78;4,69;14;239,62;62,92;3,81;14
gama;126,37;41,74;3,03;9;16,69;4,74;3,52;9;327,03;45,08;7,25;9;361,47;71,05;5,09;9;311,51;71,53;4,35;9
bacilli;148,34;31,23;4,75;8;15,46;4,25;3,64;8;334,20;67,08;4,98;8;398,75;53,69;7,43;8;267,06;104,82;2,55;8
clostrid;113,85;46,28;2,46;8;12,94;4,00;3,24;8;341,33;53,89;6,33;8;344,46;86,77;3,97;8;314,22;78,92;3,98;8
actino;180,33;79,86;2,26;4;21,46;9,01;2,38;4;198,99;61,74;3,22;4;492,96;130,28;3,78;4;308,05;103,58;2,97;4
archeo;131,30;48,72;2,69;4;12,27;10,42;1,18;4;278,57;133,42;2,09;4;362,99;103,11;3,52;4;357,28;128,11;2,79;4
total;139,34;32,68;4,26;46;18,32;5,07;3,61;49;324,14;63,5;5,1;53;376,44;60,18;6,26;46;280,56;63,81;4,4;49
bacter;118,03;118,75;;2;29,33;28,71;;2;411,35;328,01;;2;315;346,44;;2;273,65;325,55;;2
cyano;149,48;108,6;;2;11,77;58,83;;2;99,02;520,04;;2;486,62;272,15;;2;414,35;207,81;;2
teneri;159,7;140,69;;2;17,24;17,35;;2;420,41;396,08;;2;390,82;354,73;;2;188,78;249,18;;2
cvi;147,26;;;1;31,29;;;1;315,51;;;1;420,4;;;1;264,1;;;1
ade;148,36;;;1;29,7;;;1;355,03;;;1;410,28;;;1;234,69;;;1
ant;153,23;;;1;35,99;;;1;507,65;;;1;354,71;;;1;137,65;;;1
afn;102,38;;;1;11,99;;;1;434,66;;;1;299,64;;;1;265,7;;;1
scc;107,59;;;1;21,07;;;1;365;;;1;290;;;1;345;;;1

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40

Lien au tableau: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40.

intergen51.; Courbes fc40;; correction du 26/9/24
I.6;pol12;;mx42-mx162;t42-6;clade;gen;c+;zéros;maxp;s0;s6;sx;s18;s42;t42;p6;px;p18;p42;I.18;I.30;18/30;mx6;mn6;mx12;mx42;mx162;px-p6;Form;gen;dgen
9,73;5,5;[[:Image:Intergen51_fc40_actarc.png|mfe]];0,00;96,43;arc2;mfe;2 011;17;1-7-10;8,45;69,62;7,46;43,76;85,53;136,75;-2,07;1,82;-0,37;20,72;4,39;3,90;1,13;14,42;1,49;7,46;5,97;5,97;3,90;D01;mfe;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|mfe]]
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10,76;21;[[:Image:Intergen51_fc40_alpha2.png|vpb2]];1,21;179,17;ga9;vpb2;828;11;1-7-9;13,29;86,96;9,66;130,43;102,66;242,75;-2,82;15,10;-2,68;-402,58;12,08;5,64;2,14;21,74;4,83;35,02;8,45;7,25;17,91;S29;vpb2;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|vpb2]]
14,56;19;[[:Image:Intergen51_fc40_alpha2.png|ade]];-0,86;224,77;bde2;ade;2 335;17;2-5-9;7,28;91,65;37,26;134,05;126,34;297,64;-6,28;3,43;-1,52;-196,29;13,42;5,50;2,44;26,98;8,14;21,84;8,57;9,42;9,71;S2a;ade;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|ade]]
13,21;20;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|ecoN]];3,19;215,33;ga4;ecoN;2 822;29;2-6-9;10,28;92,49;14,17;151,31;126,15;291,64;-3,90;5,79;-1,26;-369,12;13,79;6,59;2,09;21,62;6,02;23,39;9,57;6,38;9,69;S30;ecoN;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|ecoN]]
12,69;20;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|eal]];3,06;217,73;ga2;eal;2 286;18;2-6-9;7,87;88,80;15,75;143,92;122,48;282,15;-2,62;4,67;-1,60;-18,23;13,31;5,94;2,24;21,87;6,56;24,06;9,62;6,56;7,29;S31;eal;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|eal]]
12,56;17,5;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|vpb1]];3,98;195,09;ga8;vpb1;1 757;9;2-6-9;5,12;92,77;20,49;129,20;124,08;273,76;-5,26;6,83;-1,71;-355,72;12,47;6,55;1,91;25,61;4,55;25,04;11,38;7,40;12,09;S32;vpb1;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|vpb1]]
11,73;18,5;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|vha2]];-6,51;173,49;ga7;vha2;1 075;16;1-7-9;14,88;77,21;10,23;120,00;80,93;211,16;-1,86;11,63;-2,17;-77,52;11,01;4,88;2,25;13,02;1,86;25,12;9,30;15,81;13,49;S33;vha2;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|vha2]]
13,48;22;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|eco]];2,27;211,06;ga3;eco;2 204;16;2-6-9;7,26;94,37;17,70;155,17;120,69;293,56;-4,31;6,50;-1,87;-226,86;14,41;6,50;2,22;23,14;5,90;26,32;10,44;8,17;10,81;S34;eco;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|eco]]
16,10;22;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|oan2]];1,09;158,25;al9;oan2;914;1;1-6-10;1,09;112,69;38,29;118,16;134,57;291,03;-4,81;4,92;-2,46;-91,17;13,04;6,11;2,13;28,45;4,38;28,45;10,94;9,85;9,74;S35;oan2;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|oan2]]
25,62;17;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|pmg]];4,22;71,27;cya2;pmg;948;34;2-7-9;35,86;190,93;11,60;145,57;169,83;327,00;-3,38;8,44;-1,88;-263,71;14,06;7,91;1,78;28,48;11,60;28,48;13,71;9,49;11,81;S36;pmg;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|pmg]]
14,70;22;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|mja]];6,55;254,55;arc4;mja;1 069;11;2-6-9;10,29;102,90;18,71;170,25;175,87;364,83;-5,61;8,73;-1,40;-311,82;15,75;9,59;1,64;29,93;3,74;29,93;16,84;10,29;14,34;S37;mja;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|mja]]
14,65;23;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|afn]];7,94;206,80;neg1;afn;1 385;9;1-7-12;6,50;106,14;50,54;139,35;135,74;325,63;-3,97;5,92;-2,53;-571,60;16,13;7,94;2,03;27,44;3,61;33,21;14,44;6,50;9,89;S38;afn;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|afn]]
25,22;22;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|abra]];5,10;47,46;ter1;abra;980;12;1-7-11;12,24;180,61;43,88;115,31;107,14;266,33;-9,18;3,06;-0,82;-340,14;13,61;5,53;2,46;59,18;4,08;33,67;14,29;9,18;12,24;S39;abra;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|abra]]
28,57;33;[[:Image:Intergen51_fc40_gamma.png|ant]];1,76;56,21;bde3;ant;1 700;56;1-7-10;32,94;208,24;78,82;150,00;96,47;325,29;-9,31;10,00;-1,70;-367,65;19,75;4,80;4,11;64,12;8,24;51,76;9,41;7,65;19,31;S3a;ant;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|ant]]
5,04;4,1;[[:Image:Intergen51_fc40_afn_bcts.png|npu]];-1,50;152,15;cya1;npu;3 999;15;2-9-14;3,75;46,51;16,00;18,00;83,27;117,28;-0,43;0,55;-0,35;41,68;3,77;3,50;1,08;6,25;3,00;5,75;5,00;6,50;0,98;x11;npu;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|npu]]
6,47;5;[[:Image:Intergen51_fc40_afn_bcts.png|ksk]];0,75;158,74;act3;ksk;3 995;4;2-8-10;1,00;51,56;4,76;35,54;93,12;133,42;-1,17;1,38;-0,50;135,59;3,88;3,21;1,21;10,01;3,00;6,76;7,51;6,76;2,54;x12;ksk;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|ksk]]
8,47;7;[[:Image:Intergen51_fc40_afn_bcts.png|sma]];1,28;156,92;act4;sma;3 894;11;2-7-10;2,82;64,97;13,87;54,96;98,10;166,92;-1,13;1,20;-0,74;-32,10;6,21;3,96;1,57;12,07;5,65;9,24;6,93;5,65;2,33;x13;sma;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|sma]]
13,82;8,5;[[:Image:Intergen51_fc40_afn_bcts .png|rpl]];0,00;51,85;alp2;rpl;527;5;2-7-12;9,49;102,47;34,16;47,44;74,00;155,60;-2,66;1,52;-0,95;-237,19;7,27;4,11;1,77;20,87;5,69;13,28;11,39;11,39;4,17;x14;rpl;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|rpl]]
8,07;8,2;[[:Image:Intergen51_fc40_afn_bcts.png|blo]];-1,91;193,65;act2;blo;1 045;1;2-7-10;0,96;60,29;13,40;70,81;92,82;177,03;-2,11;2,23;-0,72;-39,87;7,34;4,55;1,61;14,35;3,83;13,40;8,61;10,53;4,34;x15;blo;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|blo]]
13,86;9;[[:Image:Intergen51_fc40_afn_bcts .png|rtb]];-3,96;59,62;alp5;rtb;505;4;2-7-12;7,92;102,97;41,58;51,49;71,29;164,36;-1,98;1,32;-0,40;-247,52;8,25;3,80;2,17;25,74;5,94;13,86;7,92;11,88;3,30;x16;rtb;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|rtb]]
63,94;15;[[:Image:Intergen51_fc40_afn_bcts .png|pub]];-4,99;-39,41;alp1;pub;601;58;2-6-8;96,51;447,59;19,97;124,79;126,46;271,21;-17,89;-0,42;-1,16;-207,99;12,06;5,41;2,23;94,84;23,29;21,63;8,32;13,31;17,47;x17;pub;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|pub]]
;;;;;act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;clade;gen;c+;zéros;maxp;s0;s6;sx;s18;s42;t42;p6;px;p18;p42;I.18;I.30;18/30;mx6;mn6;mx12;mx42;mx162;px-p6;Form;gen;
12,10;;;;;m;;;15,44;;8,90;85,12;22,74;96,08;116,53;239,65;-3,13;3,33;-1,14;-259,34;10,90;5,99;1,72;20,73;4,48;18,75;9,90;7,99;7,13;;;
2,55;;;;;e;;;9,65;;6,40;19,72;10,12;33,54;22,55;43,35;1,26;1,58;0,49;90,37;2,64;1,32;0,35;6,58;1,79;6,54;2,54;2,44;3,09;;;
4,75;;;;;m/e;;;1,60;;1,39;4,32;2,25;2,86;5,17;5,53;-2,48;2,11;-2,31;-2,87;4,13;4,53;4,86;3,15;2,50;2,87;3,90;3,27;2,31;;;
8-19;;;;;plage;;;2-39;;2-36;41-134;10-47;41-151;71-164;156-303;5,6-1,2;1,2-6,8;2-0,5;423-91;6,2-16,5;3,8-8,8;1,1-2,3;9-37;1,5-8;7-35;5-17;5-17;2,3-14;;;
48;;;;;gen;;;52;;52;52;48;53;56;49;47;51;43;38;52;53;52;53;51;56;58;58;54;;;

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec la diagonale

Lien au tableau: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec la diagonale.

;Les génomes;;;Le rebond sur la diagonale;;;La diagonale de la courbe;;;;Le rebond jusqu’à l’inflexion de la courbe;;;;Indices des rebonds;;;;Les plages encadrant la diagonale;;;Les classes des formes;;;;;;;;;;
;clade;gen;effect;supd;supdt;%sd;x1m;xm;‰pte;cste;supf ;supft;%sf;lonf;sf/lf;sr/lr;i.r400;sd/ld;rfin;xmp;restp;R2.21;forme;clasf;Gf;gen;r400f;;;;restf;bornf
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._pub._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|pub]];alp1;pub;601;102,79;264,56;38,85;108;30;41,03;5,43;68,65;178,04;38,56;37;1,86;0,83;0,25642;1,32;6,66;653,91;81,53;924;E4;E10;af;pub;161,40;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|pub]];;;168,05;67
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#Intergen51._scc._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|scc]];spi1;scc;1000;139,32;420,00;33,17;163;30;22,56;4,68;85,26;276,00;30,89;69;1,24;0,84;0,85232;1,05;34,00;344,00;236,00;815;E6;E11;bf;scc;346,00;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|scc]];;;380,00;99
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#Intergen51._ase._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ase]];act1;ase;3854;66,29;604,57;10,96;235;25;18,71;5,40;46,43;335,24;13,85;70;0,66;0,14;0,61958;0,32;75,77;217,44;178,00;870;E4;E12;ff;ase;371,56;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|ase]];;;447,33;95
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._rru._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|rru]];alp4;rru;2136;158,18;589,42;26,84;231;35;14,01;4,24;77,67;298,69;26,00;71;1,09;0,64;0,58174;0,81;32,77;279,49;131,09;792;E4;E13;hf;rru;389,04;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|rru]];;;421,82;106
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._ppm._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ppm]];bac7;ppm;3176;144,23;501,57;28,76;259;60;9,21;3,39;72,53;275,82;26,30;87;0,83;0,64;0,65652;0,72;69,58;336,27;162,15;831;E5;E14;gf;ppm;318,32;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|ppm]];;;387,91;147
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._cdc8._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|cdc8]];clo5;cdc8;2727;61,01;389,44;15,67;229;45;12,50;3,86;34,88;248,99;14,01;92;0,38;0,28;0,83420;0,33;88,74;379,17;231,39;864;E2;E15;bf;cdc8;283,09;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|cdc8]];;;371,84;137
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._cdc._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|cdc]];clo4;cdc;2589;71,24;385,48;18,48;228;45;11,42;3,60;41,58;246,04;16,90;92;0,45;0,33;0,85110;0,39;95,02;373,12;241,41;860;E2;E16;bf;cdc;285,82;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|cdc]];;;380,84;137
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._eal._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|eal]];ga2;eal;2286;76,78;452,32;16,97;227;43;15,96;4,62;28,19;270,78;10,41;95;0,30;0,55;0,67260;0,42;60,37;370,95;176,73;798;E5;E17;ef;eal;297,90;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|eal]];;;358,27;138
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._pmq._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|pmq]];bac6;pmq;4540;78,52;526,43;14,91;284;54;10,02;3,84;36,74;295,81;12,42;101;0,36;0,32;0,70067;0,34;77,97;314,32;159,25;839;E4;E18;gf;pmq;311,89;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|pmq]];;;389,87;155
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._spl._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|spl]];ga5;spl;2482;132,37;483,48;27,38;248;45;8,97;3,22;90,68;317,49;28,56;102;0,89;0,41;0,78990;0,65;101,93;294,52;222,00;802;E5;E19;bf;spl;286,06;[[:Image:Intergen51.fc+12f1.png|spl]];;;387,99;147
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#Intergen51._mja._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|mja]];arc4;mja;1069;135,32;349,86;38,68;163;50;20,35;4,32;135,32;349,86;38,68;114;1,19;0,00;0,59601;1,20;11,23;497,66;152,48;738;F6;E21;af;mja;141,25;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|mja]];;;152,48;164
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._cle._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|cle]];clo6;cle;2900;119,41;442,76;26,97;231;45;9,45;3,18;92,41;352,41;26,22;128;0,72;0,47;0,71618;0,64;63,79;372,41;184,83;841;F9;E22;ef;cle;211,38;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|cle]];;;275,17;173
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._cbn._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|cbn]];clo3;cbn;1775;133,29;509,86;26,14;241;45;12,14;3,93;102,14;409,01;24,97;135;0,76;0,51;0,54566;0,68;34,93;368,45;121,69;845;E6;E23;af;cbn;187,61;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|cbn]];;;222,54;180
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#Intergen51._mfi._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|mfi]];arc3;mfi;1545;202,61;622,01;32,57;252;25;9,85;3,48;151,18;463,43;32,62;135;1,12;0,56;0,77845;0,89;60,19;202,59;175,40;686;E5;E24;if;mfi;273,79;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|mfi]];;;333,98;160
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._cbc._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|cbc]];clo1;cbc;2572;115,24;407,47;28,28;241;45;6,80;2,64;89,52;325,82;27,47;140;0,64;0,46;0,92921;0,59;126,75;318,04;274,49;836;F6;E25;bf;cbc;229,39;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|cbc]];;;356,14;185
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._vpb2._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|vpb2]];ga9;vpb2;828;205,93;487,92;42,21;254;45;6,77;2,72;168,63;396,14;42,57;147;1,15;0,60;0,68659;0,99;76,09;335,75;176,33;593;F6;E26;ef;vpb2;192,03;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|vpb2]];;;268,12;192
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._cbei._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|cbei]];clo2;cbei;4010;92,43;517,71;17,85;289;37;6,92;3,00;61,49;396,01;15,53;170;0,36;0,38;0,93235;0,37;148,63;230,17;252,12;818;E6;E27;cf;cbei;225,19;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|cbei]];;;373,82;207
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#Intergen51._mba._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|mba]];arc1;mba;2379;88,65;449,35;19,73;283;26;5,92;2,68;58,38;335,44;17,40;172;0,34;0,36;0,94128;0,34;297,18;143,34;407,31;604;E8;E28;cf;mba;224,04;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|mba]];;;521,23;198
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#Intergen51._mfe._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|mfe]];arc2;mfe;2011;130,96;485,33;26,98;283;32;5,92;2,68;98,84;396,32;24,94;185;0,53;0,49;0,95628;0,52;232,22;170,56;344,11;619;E8;E29;cf;mfe;200,90;[[:Image:Intergen51.fc+12f2.png|mfe]];;;433,12;217
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._ade._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ade]];bde2;ade;2335;130,71;464,67;28,13;196;47;19,16;4,75;75,77;269,81;28,08;63;1,20;0,64;0,45766;0,88;34,26;407,71;127,62;845;C;M11;af;ade;288,22;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|ade]];;;322,48;110
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._cvi._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|cvi]];bde1;cvi;2412;125,47;484,25;25,91;194;45;21,11;5,10;85,35;327,94;26,02;76;1,12;0,55;0,56956;0,84;38,97;359,45;156,30;855;C;M12;gf;cvi;273,63;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|cvi]];;;312,60;121
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._eco._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|eco]];ga3;eco;2204;139,42;465,06;29,98;222;46;12,36;3,74;86,18;276,77;31,14;75;1,15;0,53;0,60411;0,79;29,04;398,37;136,57;800;M3;M13;af;eco;295,83;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|eco]];;;324,86;121
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._ecoN._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ecoN]];ga4;ecoN;2822;112,26;500,71;22,42;235;37;12,85;4,02;77,94;305,81;25,49;79;0,99;0,29;0,55624;0,57;44,29;363,22;136,07;814;M3;M14;gf;ecoN;286,68;[[:Image:Intergen51.fc+12f3.png|ecoN]];;;330,97;116
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#Intergen51._npu._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|npu]];cya1;npu;3999;163,78;648,16;25,27;282;25;7,78;3,19;93,26;344,59;27,07;99;0,94;0,45;0,90065;0,64;146,54;99,02;252,81;716;M4;M21;cf;npu;409,85;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|npu]];;;556,39;124
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._ban._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ban]];bac1;ban;3289;168,96;484,34;34,88;222;45;9,81;3,18;127,50;356,04;35,81;107;1,19;0,59;0,78744;0,95;51,08;324,41;191,24;800;M4;M22;ef;ban;268,47;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|ban]];;;319,55;152
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._oan1._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|oan1]];al8;oan1;1517;189,62;519,45;36,50;250;45;7,98;3,00;128,43;352,01;36,48;110;1,17;0,64;0,72072;0,92;46,14;326,30;154,25;779;M4;M23;gf;oan1;275,54;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|oan1]];;;321,69;155
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._rpm._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|rpm]];alp3;rpm;1847;193,08;551,16;35,03;253;45;8,21;3,08;144,13;401,73;35,88;121;1,19;0,56;0,53037;0,93;41,15;329,72;119,11;820;M2;M24;hf;rpm;227,40;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|rpm]];;;268,54;166
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._aua._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|aua]];al7;aua;1803;220,30;620,63;35,50;270;35;7,55;3,04;168,82;443,70;38,05;127;1,33;0,48;0,47784;0,94;51,03;266,22;113,14;781;M4;M25;hf;aua;239,05;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|aua]];;;290,07;162
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._abqp._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|abqp]];al2;abqp;921;206,57;536,37;38,51;229;45;12,27;3,81;164,61;440,83;37,34;129;1,28;0,76;0,45717;1,12;49,95;335,50;128,12;689;M3;M26;hf;abqp;173,72;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|abqp]];;;223,67;174
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._lbu._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|lbu]];bac4;lbu;1098;184,93;507,29;36,46;220;35;11,35;3,50;159,07;434,43;36,62;136;1,17;0,53;0,58693;1,00;46,45;340,62;152,09;777;M4;M27;gf;lbu;178,51;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|lbu]];;;224,95;171
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._absp._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|absp]];al4;absp;873;169,20;478,81;35,34;194;45;20,13;4,91;166,62;468,50;35,56;139;1,20;0,26;0,70063;1,14;50,40;326,46;194,73;644;M4;M28;ef;absp;154,64;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|absp]];;;205,04;184
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._vpb1._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|vpb1]];ga8;vpb1;1757;156,13;477,52;32,70;231;41;9,71;3,24;132,35;408,65;32,39;144;0,92;0,52;0,62977;0,82;52,93;363,12;159,36;767;M5;M29;gf;vpb1;175,30;[[:Image:Intergen51.fc+12f4.png|vpb1]];;;228,23;185
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._agrl._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|agrl]];al6;agrl;1040;220,09;510,58;43,11;235;39;7,65;2,80;96,79;189,42;51,10;45;2,15;0,82;0,53613;1,12;39,42;361,54;127,88;784;C;M31;af;agrl;409,62;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|agrl]];;;449,04;84
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._ppmp._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ppmp]];bac8;ppmp;438;334,60;554,79;60,31;250;45;4,88;2,22;136,74;232,88;58,72;63;2,17;1,39;0,71537;1,63;123,29;214,61;230,59;331;C;M32;cf;ppmp;429,22;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|ppmp]];;;552,51;108
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._ant._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ant]];bde3;ant;1700;164,25;384,71;42,69;155;35;16,18;3,51;123,76;282,35;43,83;69;1,79;0,79;0,36975;1,37;17,06;507,65;107,65;822;M3;M33;af;ant;192,94;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|ant]];;;210,00;104
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#Intergen51._myr._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|myr]];bct1;myr;2273;169,26;384,95;43,97;191;46;8,27;2,58;131,50;271,89;48,37;76;1,73;0,55;0,58098;1,17;79,19;414,43;200,62;901;M4;M34;df;myr;234,49;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|myr]];;;313,68;122
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._bsu._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|bsu]];bac2;bsu;2512;184,61;491,64;37,55;200;45;14,09;3,82;135,06;362,66;37,24;93;1,45;0,80;0,45581;1,19;19,51;397,69;110,67;847;C;M35;af;bsu;220,14;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|bsu]];;;239,65;138
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._amed._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|amed]];ga1;amed;2382;224,16;566,33;39,58;230;45;10,48;3,41;155,94;380,35;41,00;93;1,68;0,74;0,71122;1,21;45,76;267,00;166,67;760;M4;M36;ff;amed;306,88;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|amed]];;;352,64;138
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._lam._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|lam]];bac3;lam;1248;221,01;486,38;45,44;196;35;9,94;2,95;180,05;371,79;48,43;93;1,94;0,60;0,58918;1,37;20,03;373,40;140,22;838;M2;M37;gf;lam;234,78;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|lam]];;;254,81;128
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Intergen51._lmo._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|lmo]];bac5;lmo;1849;217,68;449,43;48,43;209;45;6,10;2,27;167,52;326,12;51,37;95;1,76;0,73;0,51252;1,33;27,58;425,09;125,47;816;M4;M38;af;lmo;221,20;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|lmo]];;;248,78;140
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#Intergen51._fps._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|fps]];bct2;fps;1628;195,12;515,97;37,82;199;25;11,90;3,37;151,65;379,61;39,95;96;1,58;0,56;0,65703;1,12;62,04;289,93;194,10;895;M2;M39;ff;fps;268,43;[[:Image:Intergen51.fc+12f5.png|fps]];;;330,47;121
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#Intergen51._apal._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|apal]];ter2;apal;919;198,36;412,40;48,10;170;33;10,95;2,86;186,59;383,03;48,72;116;1,61;0,56;0,59611;1,45;41,35;409,14;178,45;875;M4;M41;df;apal;166,49;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|apal]];;;207,83;149
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#Intergen51._ksk._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|ksk]];act3;ksk;3995;291,99;728,41;40,09;259;20;7,34;2,90;197,08;467,83;42,13;117;1,68;0,78;0,69058;1,22;79,10;95,12;176,47;764;M4;M42;if;ksk;357,95;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|ksk]];;;437,05;137
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._vha2._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|vha2]];ga7;vha2;1075;343,79;520,93;66,00;238;35;0;1;275,95;391,63;70,46;123;2,24;0,85;0,76371;1,69;78,14;277,21;201,86;577;M4;M43;ff;vha2;253,02;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|vha2]];;;331,16;158
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._oan2._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|oan2]];al9;oan2;914;213,21;426,70;49,97;203;45;7,52;2,53;195,90;381,84;51,30;126;1,55;0,54;0,66645;1,35;35,01;407,00;166,30;749;M4;M44;df;oan2;176,15;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|oan2]];;;211,16;171
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._agrc._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|agrc]];al5;agrc;1466;283,73;551,16;51,48;231;45;5,63;2,30;236,35;447,48;52,82;130;1,82;0,85;0,64580;1,53;23,19;316,51;132,33;730;M5;M45;hf;agrc;212,82;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|agrc]];;;236,02;175
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._rpl._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|rpl]];alp2;rpl;527;291,69;394,69;73,90;178;45;0;1;291,69;394,69;73,90;133;2,19;0,00;0,68380;2,19;193,55;259,96;345,35;608;M4;M46;bf;rpl;151,80;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|rpl]];;;345,35;178
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._psor._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|psor]];clo8;psor;2350;227,35;451,06;50,40;219;45;4,02;1,88;197,92;384,68;51,45;135;1,47;0,75;0,63242;1,31;55,74;378,72;170,21;851;M4;M47;ef;psor;180,85;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|psor]];;;236,60;180
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#Intergen51._blo._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|blo]];act2;blo;1045;279,92;612,44;45,71;229;35;9,64;3,21;250,88;542,58;46,24;149;1,68;0,65;0,73309;1,44;48,80;213,40;174,16;611;M4;M48;ff;blo;195,22;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|blo]];;;244,02;184
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._rtb._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|rtb]];alp5;rtb;505;306,68;431,68;71,04;205;45;0;1;306,68;431,68;71,04;160;1,92;0,00;0,51790;1,92;198,02;269,31;299,01;617;M4;M49;bf;rtb;100,99;[[:Image:Intergen51.fc+12f6.png|rtb]];;;299,01;205
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#Intergen51._pmg._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|pmg]];cya2;pmg;948;100,72;309,07;32,59;122;46;56,24;7,86;60,47;216,24;27,96;43;1,41;1,22;0,47810;1,33;22,15;535,86;155,06;850;P1;Q1;af;pmg;225,74;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|pmg]];;;247,89;89
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._hmo._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|hmo]];clo7;hmo;1867;161,85;545,26;29,68;257;43;9,35;3,40;83,28;271,56;30,67;74;1,13;0,56;0,67046;0,76;57,85;301,02;153,72;757;P4;Q2;hf;hmo;369,58;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|hmo]];;;427,42;117
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Intergen51._afn._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|afn]];neg1;afn;1385;125,12;366,06;34,18;183;40;13,20;3,42;92,08;288,09;31,96;100;0,92;0,77;0,79189;0,87;38,99;423,10;210,83;799;P2;Q3;df;afn;249,82;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|afn]];;;288,81;140
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._abs._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|abs]];al3;abs;1570;178,07;527,39;33,76;205;45;17,64;4,62;123,66;390,45;31,67;100;1,24;0,91;0,63041;1,11;35,03;314,65;157,96;756;P2;Q4;gf;abs;259,87;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|abs]];;;294,90;145
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#Intergen51._abq._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|abq]];al1;abq;1565;186,45;579,55;32,17;220;37;15,49;4,41;129,00;423,00;30,50;109;1,18;0,78;0,54313;1,02;36,42;286,26;134,19;768;P2;Q5;hf;abq;254,31;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|abq]];;;290,73;146
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#Intergen51._vha1._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|vha1]];ga6;vha1;1945;181,52;468,89;38,71;220;45;8,98;2,97;141,35;356,30;39,67;113;1,25;0,65;0,71123;1,04;75,06;328,02;203,08;757;P5;Q6;ef;vha1;240,62;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|vha1]];;;315,68;158
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#Intergen51._abra._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|abra]];ter1;abra;980;177,71;441,84;40,22;175;29;14,12;3,47;170,07;422,45;40,26;132;1,29;0,55;0,55782;1,22;33,67;398,98;159,18;849;P4;Q7;df;abra;144,90;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|abra]];;;178,57;161
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#Intergen51._sma._Les_diagrammes_CDS-CDS_positifs|sma]];act4;sma;3894;131,66;637,39;20,66;261;25;11,00;3,87;94,92;459,68;20,65;134;0,71;0,36;0,85171;0,56;84,49;159,73;202,88;820;P2;Q8;if;sma;296,10;[[:Image:Intergen51.fc+12f7.png|sma]];;;380,59;159
;act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;clade;gen;effect;supd;supdt;%sd;x1m;xm;-‰pte;cste;supf ;supft;%sf;lonf;sf/lf;sr/lr;i.r400;sd/ld;rfin;xmp;restp;R2.21;forme;clasf;Gf;gen;r400f;;;;restf;bornf
;Moyennes par colonne;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;m;;1812,79;163,90;492,28;33,65;226,02;39,93;11,17;3,38;118,29;349,23;35,02;109,21;1,23;0,59;0,66;0,96;49,41;331,27;165,96;777,48;;;;;231,71;;;;298,67;149,35
;e;;678,16;39,34;72,31;9,41;32,84;8,20;4,48;0,65;37,15;73,10;9,68;33,13;0,50;0,17;0,15;0,36;20,81;81,71;34,74;83,69;;;;;49,61;;;;58,27;31,30
;m/e;;2,67;4,17;6,81;3,57;6,88;4,87;2,49;5,20;3,18;4,78;3,62;3,30;2,44;3,50;4,50;2,67;2,37;4,05;4,78;9,29;;;;;4,67;;;;5,13;4,77
;plage;;828-3289;89-227;350-648;15-51;155-289;20-60;4-23;2,2-4,8;58-187;178-468;16-53;37-185;0,30-2,24;0,26-0,91;0,26-0,96;0,32-1,69;11-95;143-536;108-241;577-901;;;;;141-318;;;;205-390;84-217
;n gen;;48;46;55;53;56;58;53;49;45;57;50;58;58;52;58;56;48;55;50;56;;;;;49;;;;46;57
;Moyennes par classe de forme, clasf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;E1;-;2754,44;103,10;483,63;21,46;233,78;42,44;13,71;4,10;57,11;284,98;19,93;86,56;0,69;0,46;0,73;0,56;70,68;323,25;193,11;830,11;;;;;;
;E2;;2121,00;135,98;474,70;28,82;248,56;38,89;9,35;3,18;106,43;380,49;27,82;147,33;0,76;0,42;0,79;0,69;116,78;293,22;232,09;731,11;;;;;;
;M1;;2443,25;126,97;478,67;26,61;211,75;43,75;16,37;4,40;81,31;295,08;27,68;73,25;1,12;0,50;0,55;0,77;36,64;382,19;139,14;828,50;;;;;;
;M2;;1900,44;183,62;535,97;34,47;239,00;40,11;10,53;3,44;142,76;405,61;35,02;123,56;1,15;0,53;0,64;0,94;59,52;301,27;162,76;752,56;;;;;;
;M3;;1674,44;214,53;482,75;44,32;207,22;40,00;9,94;2,99;142,11;310,79;46,67;80,33;1,81;0,78;0,57;1,28;48,21;361,26;155,99;832,90;;;;;;
;M4;;1421,78;270,75;503,28;55,19;214,67;38,67;7,52;2,61;237,67;425,05;56,45;132,11;1,80;0,71;0,66;1,57;83,66;291,82;204,91;709,11;;;;;;
;Q;;1769,25;155,39;484,43;32,75;205,38;38,75;12,82;3,74;111,85;353,47;31,67;100,63;1,14;0,72;0,65;0,99;47,96;343,45;172,11;794,50;;;;;;

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec la diagonale. Comparaisons intra-génome

Lien au tableau: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec la diagonale. Comparaisons intra-génome.

ordre;gen;cdc-8;rpl-b;abq-s;abq-sp;abq-p;abs-p;ppm-p;vha1-2;vpb1-2;oan1-2;agrc-l;vha-b1;vha-b2
;;type;génomes semblables ;;;comparaison intra-génome;;;;;;;génomes différents;
1;effect;5,33;4,36;0,32;5,50;69,92;79,84;625,11;80,93;112,20;65,97;40,96;10,70;15,82
2;supd;16,77;5,14;4,71;22,09;10,79;5,25;131,98;89,39;31,90;12,44;28,92;16,26;21,45
3;supdt;1,03;9,37;9,89;12,02;8,05;10,15;10,61;11,10;2,18;21,74;7,95;1,84;8,78
4;%sd;17,97;4,03;4,95;8,99;19,71;4,66;109,73;70,48;29,08;36,88;19,42;18,40;11,65
5;x1m;0,44;15,17;7,32;18,04;4,09;5,67;3,60;8,18;9,96;23,15;1,73;5,00;8,23
6;xm;0,00;0,00;21,62;0,00;21,62;0,00;33,33;28,57;9,76;0,00;15,38;9,76;9,76
7;-‰pte;9,47;0,00;13,88;64,12;26,23;14,17;88,90;897,54;43,44;6,17;36,04;8,24;21,67
8;supf ;19,20;5,14;4,32;1,22;27,60;34,74;88,52;95,23;27,41;52,54;144,18;6,80;3,06
9;supft;1,20;9,37;8,34;6,28;4,21;19,99;18,44;9,92;3,16;8,47;136,23;14,69;16,09
10;%sf;20,63;4,03;3,85;5,00;22,44;12,29;123,28;77,62;31,43;40,62;3,37;22,49;12,65
11;lonf;0,00;20,30;9,00;7,75;18,35;39,00;38,10;8,85;2,08;14,55;188,89;27,43;30,91
12;sf/lf;19,20;14,42;4,48;6,45;7,82;3,16;160,33;79,36;24,81;33,17;18,31;36,09;27,02
13;sr/lr;14,76;0,00;16,82;195,73;1,76;251,53;117,65;30,87;16,40;19,06;3,62;25,36;24,62
14;i.r400;2,03;32,03;16,07;53,25;18,80;11,14;8,96;7,38;9,02;8,14;20,46;12,93;14,44
15;sd/ld;17,40;14,42;9,23;1,15;10,19;2,03;125,19;63,27;19,91;45,89;35,85;26,23;12,56
16;rfin;7,07;2,31;3,97;0,91;37,13;43,87;77,18;4,10;43,75;31,80;69,98;41,81;14,71
17;xmp;1,62;3,59;9,92;2,77;17,20;3,75;56,69;18,33;8,15;24,73;14,23;10,70;11,28
18;restp;4,33;15,50;17,72;51,99;4,73;23,28;42,21;0,61;10,65;7,81;3,48;27,44;3,31
19;R2.21;0,47;1,48;1,59;6,99;11,47;17,39;151,06;31,20;29,34;4,01;7,40;1,32;1,56
;clasf;=;=;=;=;#;#;#;#;#;#;#;#;#
;Gf;=;=;#;#;=;#;#;#;#;#;#;#;#
;faibles;14;15;13;13;7;7;2;5;5;6;6;5;5

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec le polynôme de d°3

Lien au tableau: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec le polynôme de d°3.
Tableau suivi de ses équations puis des équations de test

clade;gen;effect;pfin;xm;soma;somo;pte;flexa;flexo;sup4;xmp;flexp;r400;rfin;rest;supF;l4;clas;G;forme;clasf;flexf;flexd;et99;i.rfin;gen
act1;ase;3854;200;25;4,60;5,67;34,65;92,89;3,64;81,85;217,44;328,23;378,57;75,77;454,33;24,94;67,89;C12;c3;E4;E12;-2,11;84,19;1030;402;ase
act2;blo;1045;;35;47,70;4,07;18,50;201,05;2,17;256,86;213,40;575,12;162,68;48,80;211,48;44,66;166,05;C43;i2;M4;M48;17,05;6,49;660;158;blo
act3;ksk;3995;;25;44,15;4,17;18,43;197,31;2,29;232,14;110,64;616,77;193,49;79,10;272,59;37,64;172,31;C42;i3;M4;M42;60,31;18,10;1060;418;ksk
act4;sma;3894;;49;51,61;3,47;14,27;200,67;2,06;150,45;254,49;451,72;209,30;84,49;293,79;33,31;151,67;C32;f6;P2;Q8;41,67;41,10;930;547;sma
act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
al1;abq;1565;;35;38,22;4,19;20,13;189,16;2,16;229,28;276,04;535,46;152,08;36,42;188,50;42,82;154,16;C42;h4;P2;Q5;43,16;8,23;560;256;abq
al2;abqp;921;;45;-23,24;4,63;17,70;165,91;2,40;169,67;335,50;423,45;191,10;49,95;241,04;40,07;120,91;C33;g6;M3;M26;-8,09;26,67;720;112;abqp
al3;abs;1570;;45;28,44;4,27;19,41;187,70;2,21;205,77;314,65;496,18;154,14;35,03;189,17;41,47;142,70;C41;h1;P2;Q4;42,70;6,29;570;229;abs
al4;absp;873;;45;-29,71;4,71;17,46;164,35;2,45;172,41;326,46;426,12;197,02;50,40;247,42;40,46;119,35;C33;g7;M4;M28;-19,65;12,37;910;65;absp
al5;agrc;1466;;45;87,22;3,64;20,56;212,73;1,92;230,18;316,51;527,29;133,02;23,19;156,21;43,65;167,73;C42;h2;M5;M45;37,73;4,53;480;250;agrc
al6;agrl;1040;250;35;-23,28;4,84;20,42;110,65;3,02;98,43;341,35;288,46;330,77;39,42;370,19;34,12;75,65;C21;b6;C;M31;26,65;77,00;710;100;agrl
al7;aua;1803;;35;55,35;3,68;17,15;205,02;1,97;220,98;266,22;528,56;154,19;51,03;205,21;41,81;170,02;C42;h3;M4;M25;43,02;17,42;710;242;aua
al8;oan1;1517;;45;13,72;3,67;13,89;183,87;2,09;155,68;326,30;418,59;208,97;46,14;255,11;37,19;138,87;C32;g4;M4;M23;28,87;24,09;640;229;oan1
al9;oan2;914;250;45;74,08;3,71;28,53;143,93;2,39;133,66;407,00;330,42;227,57;35,01;262,58;40,45;98,93;C31;d3;M4;M44;-27,07;29,14;670;85;oan2
alp1;pub;601;150;25;29,21;4,91;62,10;80,30;2,79;101,34;633,94;229,62;129,78;6,66;136,44;44,13;55,30;C21;a1;E4;E10;13,30;15,22;400;0;pub
alp2;rpl;527;;45;111,56;3,09;20,91;223,58;1,53;263,93;259,96;463,00;83,49;193,55;277,04;57,00;178,58;C43;f8;M4;M46;45,58;-14,75;1800;69;rpl
alp3;rpm;1847;;45;17,60;3,88;15,61;188,15;2,10;159,30;329,72;445,59;183,54;41,15;224,69;35,75;143,15;C32;gb;M2;M24;22,15;23,69;710;187;rpm
alp4;rru;2136;;35;-79,05;5,49;17,86;140,45;2,88;116,61;279,49;402,62;285,11;32,77;317,88;28,96;105,45;C23;f2;E4;E13;34,45;46,40;580;278;rru
alp5;rtb;505;;45;116,21;3,05;21,63;224,02;1,49;250,44;269,31;447,52;85,15;198,02;283,17;55,96;179,02;C43;f4;M4;M49;19,02;-3,54;1850;66;rtb
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
arc1;mba;2379;;45;-;-;2,62;242,73;1,32;116,95;198,40;340,90;163,51;297,18;460,70;34,31;197,73;C23;c4;E8;E28;44,73;31,81;1550;595;mba
arc2;mfe;2011;;55;-67,89;2,71;5,78;195,14;1,70;90,61;236,20;293,39;238,19;232,22;470,41;30,89;140,14;C12;c2;E8;E29;-21,86;65,42;1490;410;mfe
arc3;mfi;1545;;25;25,08;3,77;14,87;187,14;2,17;202,09;202,59;514,56;222,65;60,19;282,85;39,27;162,14;C41;i1;E5;E24;27,14;20,88;720;244;mfi
arc4;mja;1069;250;45;42,18;4,01;25,82;134,49;2,42;115,54;477,08;303,09;203,93;11,23;215,15;38,12;89,49;C23;d4;F6;E21;-29,51;15,43;440;50;mja
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bac1;ban;3289;;45;45,92;3,48;15,24;193,76;1,98;162,80;324,41;437,52;186,99;51,08;238,07;37,21;148,76;C32;g8;M4;M22;41,76;10,70;640;562;ban
bac2;bsu;2512;;45;-32,27;5,13;20,87;150,76;2,59;137,90;397,69;398,09;184,71;19,51;204,22;34,64;105,76;C31;a5;C;M35;12,76;23,50;510;218;bsu
bac3;lam;1248;;35;-89,08;5,64;19,42;120,47;2,93;120,02;373,40;349,36;257,21;20,03;277,24;34,35;85,47;C23;e5;M2;M37;-7,53;39,22;520;108;lam
bac4;lbu;1098;;35;12,40;3,83;16,23;176,70;2,05;190,31;340,62;445,36;167,58;46,45;214,03;42,73;141,70;C41;ga;M4;M27;5,70;13,91;670;148;lbu
bac5;lmo;1849;;45;51,07;3,45;17,65;192,69;1,78;187,97;425,09;427,26;120,06;27,58;147,65;43,99;147,69;C41;a7;M4;M38;52,69;5,19;600;160;lmo
bac6;pmq;4540;300;45;-;-;7,18;185,59;2,08;117,98;279,74;397,80;244,49;77,97;322,47;29,66;140,59;C23;f1;E4;E18;30,59;32,34;910;606;pmq
bac7;ppm;3176;;55;42,33;3,46;13,78;208,97;1,93;158,22;318,01;442,38;170,03;69,58;239,61;35,77;153,97;C32;g9;E5;E14;61,97;13,38;830;440;ppm
bac8;ppmp;438;;45;-135,92;5,21;13,29;133,13;2,83;111,52;214,61;292,24;369,86;123,29;493,15;38,16;88,13;C22;c1;C;M32;25,13;89,84;1020;81;ppmp
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bct1;myr;2273;250;45;65,53;3,70;29,33;142,34;2,20;118,03;411,35;315,00;194,46;79,19;273,65;37,47;97,34;C23;d2;M4;M34;20,34;22,21;900;314;myr
bct2;fps;1628;250;35;27,46;4,59;28,71;122,77;2,77;118,75;328,01;346,44;263,51;62,04;325,55;34,28;87,77;C23;e4;M2;M39;1,77;48,94;870;181;fps
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bde1;cvi;2412;250;35;39,50;4,83;31,29;136,99;2,79;147,26;315,51;420,40;225,12;38,97;264,10;35,03;101,99;C32;g5;C;M12;15,99;15,19;680;250;cvi
bde2;ade;2335;250;35;39,60;4,63;29,70;138,86;2,66;148,36;355,03;410,28;200,43;34,26;234,69;36,16;103,86;C32;g3;C;M11;28,86;13,26;630;248;ade
bde3;ant;1700;250;35;54,00;4,14;35,99;134,17;2,21;153,23;507,65;354,71;120,59;17,06;137,65;43,20;99,17;C32;a3;M3;M33;30,17;8,46;540;86;ant
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clo1;cbc;2572;;45;-43,66;3,13;8,78;153,62;1,98;75,35;318,04;272,16;283,05;126,75;409,80;27,69;108,62;C11;b4;F6;E25;-31,38;49,71;920;579;cbc
clo2;cbei;4010;300;35;-;-;5,50;246,79;1,52;157,56;224,69;462,59;164,09;148,63;312,72;34,06;211,79;C32;f7;E6;E27;39,79;11,91;990;941;cbei
clo3;cbn;1775;;45;-3,26;3,92;14,99;175,93;2,13;145,39;368,45;401,69;194,93;34,93;229,86;36,20;130,93;C32;g1;E6;E23;-4,07;26,93;540;314;cbn
clo4;cdc;2589;250;45;35,98;2,98;13,53;137,71;2,06;70,11;373,12;248,74;283,12;95,02;378,14;28,19;92,71;C11;b2;E2;E16;0,71;54,97;910;433;cdc
clo5;cdc8;2727;250;45;29,01;3,06;13,48;137,98;2,08;71,86;379,17;251,56;280,53;88,74;369,27;28,57;92,98;C11;b3;E2;E15;0,98;54,81;910;422;cdc8
clo6;cle;2900;300;45;7,56;3,48;13,19;151,90;2,22;85,99;372,41;308,97;254,83;63,79;318,62;27,83;106,90;C12;e2;F9;E22;-21,10;43,30;870;334;cle
clo7;hmo;1867;300;47;33,97;3,89;17,71;155,07;2,46;112,24;316,01;361,01;265,13;57,85;322,98;31,09;108,07;C22;e7;P4;Q2;38,07;51,04;660;342;hmo
clo8;psor;2350;;45;89,39;3,00;16,32;216,05;1,62;192,27;378,72;448,94;116,60;55,74;172,34;42,83;171,05;C41;a8;M4;M47;36,05;0,47;740;318;psor
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cya1;npu;3999;;25;-12,26;3,77;11,77;180,30;2,26;149,48;99,02;486,62;267,82;146,54;414,35;30,72;155,30;C32;c5;M4;M21;56,30;33,20;1060;826;npu
cya2;pmg;948;150;44;38,22;5,68;58,83;102,44;3,17;108,60;520,04;272,15;185,65;22,15;207,81;39,90;58,44;C22;a2;P1;Q1;13,44;13,57;450;220;pmg
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ga1;amed;2382;;45;-29,44;5,02;18,34;161,97;2,68;150,27;267,00;447,52;239,71;45,76;285,47;33,58;116,97;C32;f3;M4;M36;23,97;26,55;700;287;amed
ga2;eal;2286;200;35;-21,01;4,78;21,94;111,79;2,84;77,24;335,52;283,03;321,08;60,37;381,45;27,29;76,79;C11;b5;E5;E17;-26,21;59,81;950;211;eal
ga3;eco;2204;250;35;24,31;4,10;20,88;137,07;2,53;117,43;357,99;353,45;259,53;29,04;288,57;33,22;102,07;C23;e6;M3;M13;16,07;31,58;520;350;eco
ga4;ecoN;2822;250;35;14,73;4,46;24,21;123,10;2,71;103,64;355,07;327,43;273,21;44,29;317,51;31,65;88,10;C21;e3;M3;M14;7,10;52,92;670;363;ecoN
ga5;spl;2482;;42;-69,69;4,16;12,31;150,17;2,36;97,38;284,85;334,00;279,21;101,93;381,14;29,16;108,17;C21;b7;E5;E19;3,17;44,75;860;493;spl
ga6;vha1;1945;;43;-15,93;3,84;13,48;179,16;2,08;150,24;322,37;407,20;195,37;75,06;270,44;36,90;136,16;C32;g2;P5;Q6;21,16;15,15;700;423;vha1
ga7;vha2;1075;;35;37,14;3,42;14,29;191,07;1,96;196,05;277,21;448,37;196,28;78,14;274,42;43,73;156,07;C41;f5;M4;M43;33,07;16,18;740;215;vha2
ga8;vpb1;1757;;55;50,16;3,15;13,57;209,69;1,71;167,59;407,51;405,81;133,75;52,93;186,68;41,30;154,69;C33;a6;M5;M29;24,69;17,67;670;278;vpb1
ga9;vpb2;828;;45;-159,58;4,68;11,20;127,03;2,54;77,49;335,75;246,38;341,79;76,09;417,87;31,45;82,03;C11;b1;F6;E26;-64,97;98,04;810;134;vpb2
gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
neg1;afn;1385;;44;-54,01;3,71;11,99;150,76;2,08;102,38;434,66;299,64;226,71;38,99;265,70;34,17;106,76;C21;d1;P2;Q3;10,76;22,17;670;148;afn
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
spi1;scc;1000;170;35;-;-;21,07;109,63;2,77;107,59;365,00;290,00;311,00;34,00;345,00;37,10;74,63;C22;e1;E6;E11;10,63;44,83;570;141;scc
ter1;abra;980;;35;-20,69;4,15;17,24;154,65;2,14;159,70;420,41;390,82;155,10;33,67;188,78;40,86;119,65;C32;a4;P4;Q7;-6,35;13,05;600;115;abra
ter2;apal;919;;28;-65,04;4,70;17,35;131,34;2,43;140,69;396,08;354,73;207,83;41,35;249,18;39,66;103,34;C31;d5;M4;M41;-17,66;16,26;770;78;apal
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clade;gen;effect;;xm;soma;somo;pte;flexa;flexo;sup4;xmp;flexp;r400;rfin;rest;supF;l4;clas;G;forme;clasf;flexf;flexd;et99;i.rfin;gen
Moyennes des colonnes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
m;;1812,79;;;;4,09;18,32;159,27;2,26;139,34;324,14;376,44;204,16;52,03;280,56;36,37;122,00;;;;;;;796,32;287,00;
e;;678,16;;;;0,75;5,07;30,14;0,32;32,68;63,50;60,18;49,06;21,00;63,81;5,03;29,28;;;;;;;294,15;188,99;
m/e;;2,67;;;;5,43;3,61;5,28;7,06;4,26;5,10;6,26;4,16;2,48;4,40;7,22;4,17;;;;;;;2,71;1,52;
g;;48;;;;54;49;50;49;46;53;46;50;47;49;55;51;;;;;;;57;57;
p;;830-3300;;;;2,7-5,7;11-31;102-210;1,6-2,8;82-206;198-435;272-463;117-285;20-102;187-418;27-45;75-172;;;;;;;440-1850;50-941;
Moyennes des groupes G flexp;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;sup4;xmp;flexp;rest;flexa;sup4;xmp;flexp;rest;flexa;sup4;xmp;flexp;rest;flexa;sup4;xmp;flexp;rest;flexa;sup4;xmp;flexp;rest;flexa
;'''a7;;;;;'''b7;;;;;'''c5;;;;;'''d5;;;;;'''e7;;;;
m;158,18;436,73;385,39;177,87;165,78;81,12;338,26;274,91;386,84;132,71;110,08;193,14;348,28;458,59;168,84;122,06;425,23;320,58;253,25;140,57;109,38;352,56;333,81;313,64;131,43
e;28,97;54,95;57,97;26,92;41,91;11,78;32,08;31,07;19,21;17,08;26,35;54,29;80,23;28,78;57,72;15,23;32,22;22,58;23,05;7,75;11,95;22,20;26,15;23,11;17,07
m/e;5,46;7,95;6,65;6,61;3,96;6,89;10,55;8,85;20,14;7,77;4,18;3,56;4,34;15,93;2,93;8,01;13,20;14,20;10,99;18,13;9,15;15,88;12,76;13,57;7,70
;'''f8;;;;;'''g11;;;;;'''h4;;;;;'''i3;;;;;;;;;
m;175,41;263,99;440,14;295,87;196,77;159,97;332,94;425,32;241,73;173,88;221,55;293,35;521,87;184,77;198,65;230,36;175,54;568,82;255,64;195,17;;;;;
e;56,34;18,33;25,46;19,14;34,89;13,43;16,19;15,62;16,74;21,71;11,31;25,98;17,50;20,55;12,23;27,43;56,47;51,39;38,58;7,20;;;;;
m/e;3,11;14,40;17,29;15,46;5,64;11,92;20,56;27,24;14,44;8,01;19,60;11,29;29,82;8,99;16,24;8,40;3,11;11,07;6,63;27,11;;;;;
Moyennes des groupes G supft;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
27/08/24;supf ;xmp;supft;restf;bornf;supf ;xmp;supft;restf;bornf;supf ;xmp;supft;restf;bornf;supf ;xmp;supft;restf;bornf;supf ;xmp;supft;restf;bornf
;a7;;;;;b7;;;;;c5;;;;;d5;;;;;e7;;;;
m;141,02;429,59;343,31;227,10;142,43;78,61;347,58;284,95;367,46;145,71;86,73;168,99;328,89;502,11;148,40;148,28;430,27;334,94;234,79;149,20;108,11;348,91;319,14;331,96;125,00
e;44,12;66,29;73,91;25,16;36,34;49,20;32,20;67,36;53,78;35,84;35,77;49,96;59,36;58,34;55,33;42,85;38,18;52,21;65,58;19,49;40,51;40,00;47,67;58,67;22,97
m/e;3,20;6,48;4,65;9,03;3,92;1,60;10,80;4,23;6,83;4,07;2,42;3,38;5,54;8,61;2,68;3,46;11,27;6,41;3,58;7,66;2,67;8,72;6,69;5,66;5,44
;f8;;;;;g11;;;;;h4;;;;;i3;;;;;;;;;
m;162,64;257,15;381,07;361,78;163,25;124,32;343,90;372,04;284,06;156,18;164,46;295,91;426,16;277,93;157,00;199,71;170,37;491,28;338,35;160,33;;;;;
e;112,23;45,73;57,71;38,03;33,60;35,18;25,50;65,37;58,45;23,35;51,99;24,15;26,13;28,03;14,31;49,90;65,39;44,48;96,59;23,50;;;;;
m/e;1,45;5,62;6,60;9,51;4,86;3,53;13,49;5,69;4,86;6,69;3,16;12,25;16,31;9,92;10,97;4,00;2,61;11,04;3,50;6,82;;;;;
Moyennes des groupes Gf supdt;;;2 décimales;;voir;06/08/24;après correction des tris;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;supd;xmp;supdt;restp;x1m;supd;xmp;supdt;restp;x1m;supd;xmp;supdt;restp;x1m;supd;xmp;supdt;restp;x1m;supd;xmp;supdt;restp;x1m
;'''af 9;;;;;'''bf 7;;;;;'''cf 5;;;;;'''df 5;;;;;'''ef 7;;;;
m;158,45;433,34;437,21;129,46;193,67;159,65;319,73;416,03;264,24;213,14;162,08;171,54;531,07;297,39;277,40;176,73;410,53;406,39;183,08;184,40;164,16;348,11;466,59;185,31;223,86
e;41,32;63,99;72,55;16,38;39,69;99,77;47,83;34,11;44,86;32,35;101,21;53,26;76,19;75,44;15,57;33,61;8,96;30,78;22,09;13,11;51,20;24,62;17,97;11,71;17,81
m/e;3,83;6,77;6,03;7,90;4,88;1,60;6,68;12,20;5,89;6,59;1,60;3,22;6,97;3,94;17,82;5,26;45,82;13,20;8,29;14,07;3,21;14,14;25,97;15,83;12,57
;'''ff 5;;;;;'''gf 9;;;;;'''hf 7;;;;;'''if 3;;;;;;;;;
m;221,85;252,99;564,05;182,96;226,20;154,47;343,48;503,44;153,08;230,44;201,45;302,10;567,65;130,24;241,57;208,75;152,48;662,60;184,92;257,33;;;;;
e;103,88;35,28;45,16;14,57;15,64;44,23;22,26;18,42;9,02;30,33;42,60;26,26;30,13;12,86;18,37;80,34;54,10;57,51;15,56;4,73;;;;;
m/e;2,14;7,17;12,49;12,56;14,46;3,49;15,43;27,33;16,97;7,60;4,73;11,51;18,84;10,13;13,15;2,60;2,82;11,52;11,88;54,45;;;;;
;'''af4 ;pub pmg;ant mja;;;'''af6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
m;125,77;548,77;327,05;124,18;137,00;170,97;393,14;481,87;124,98;217,17;;;;;;;;;;;;;;;
e;30,15;71,94;51,87;35,81;26,24;41,99;24,04;25,82;8,55;18,54;;;;;;;;;;;;;;;
m/e;4,17;7,63;6,30;3,47;5,22;4,07;16,35;18,66;14,62;11,71;;;;;;;;;;;;;;;

équations polynôme de d° 3 pour le tableau

gen;R2;a;b;c;d;clade
;;;;;;
ase;0,697;1,4815E-06;-4,1287E-04;3,7017E-03;5,6664E+00;act1
blo;0,471;2,6229E-07;-1,5820E-04;1,3302E-02;3,7631E+00;act2
ksk;0,742;2,6184E-07;-1,5499E-04;1,2154E-02;3,9178E+00;act3
sma;0,701;2,1403E-07;-1,2885E-04;1,1589E-02;3,1905E+00;act4
;;;;;;act5
abq;0,624;2,9452E-07;-1,6713E-04;1,1486E-02;3,9763E+00;al1
abqp;0,494;1,6491E-07;-8,2081E-05;-4,0827E-03;4,5860E+00;al2
abs;0,601;2,5509E-07;-1,4364E-04;7,5502E-03;4,1667E+00;al3
absp;0,464;1,5457E-07;-7,6212E-05;-4,9379E-03;4,6347E+00;al4
agrc;0,572;4,3511E-07;-2,7768E-04;3,8507E-02;2,1064E+00;al5
agrl;0,295;3,7952E-07;-1,2598E-04;-6,4817E-03;4,7622E+00;al6
aua;0,611;2,5516E-07;-1,5694E-04;1,5028E-02;3,2889E+00;al7
oan1;0,512;1,5990E-07;-8,8204E-05;2,3304E-03;3,6540E+00;al8
oan2;0,273;1,9488E-06;-8,4149E-04;9,2590E-02;6,8088E-01;al9
pub;0,390;7,9291E-06;-1,9102E-03;9,1294E-02;3,6734E+00;alp1
rpl;0,325;5,5556E-07;-3,7263E-04;6,2397E-02;-1,5925E-03;alp2
rpm;0,632;1,7892E-07;-1,0099E-04;3,3878E-03;3,8474E+00;alp3
rru;0,703;1,2358E-07;-5,2069E-05;-1,0549E-02;5,0463E+00;alp4
rtb;0,327;6,2047E-07;-4,1699E-04;7,1779E-02;-6,3587E-01;alp5
;;;;;;alp6
mba;0,221;-6,6792E-08;4,8638E-05;-1,4431E-02;2,9127E+00;arc1
mfe;0,23;2,7853E-08;-1,6306E-05;-2,5992E-03;2,6167E+00;arc2
mfi;0,501;1,8870E-07;-1,0594E-04;4,9586E-03;3,7111E+00;arc3
mja;0,366;1,0100E-06;-4,0749E-04;2,8986E-02;3,4393E+00;arc4
;;;;;;arc5
ban;0,645;2,3243E-07;-1,3511E-04;1,0938E-02;3,2375E+00;bac1
bsu;0,715;2,0768E-07;-9,3927E-05;-6,7111E-03;5,0205E+00;bac2
lam;0,544;1,4743E-07;-5,3282E-05;-1,3003E-02;5,0100E+00;bac3
lbu;0,504;2,0045E-07;-1,0626E-04;2,5422E-03;3,8123E+00;bac4
lmo;0,626;2,9341E-07;-1,6961E-04;1,5027E-02;3,0813E+00;bac5
pmq;0,577;-3,2176E-07;1,7915E-04;-4,0429E-02;5,4707E+00;bac6
ppm;0,67;1,6543E-07;-1,0371E-04;7,8900E-03;3,3029E+00;bac7
ppmp;0,241;6,1208E-08;-2,4445E-05;-1,0037E-02;4,4557E+00;bac8
;;;;;;bac9
myr;0,539;1,6567E-06;-7,0744E-04;7,1371E-02;1,5945E+00;bct1
fps;0,530;1,0535E-06;-3,8803E-04;1,8926E-02;4,3460E+00;bct2
;;;;;;bct3
cvi;0,651;1,0977E-06;-4,5111E-04;3,0502E-02;4,2577E+00;bde1
ade;0,633;1,0049E-06;-4,1862E-04;2,8426E-02;4,0946E+00;bde2
ant;0,598;1,8669E-06;-7,5143E-04;6,4823E-02;2,5322E+00;bde3
;;;;;;bde4
cbc;0,41;7,5190E-08;-3,4651E-05;-3,4557E-03;3,0516E+00;clo1
cbei;0,357;-3,4685E-08;2,5680E-05;-1,1834E-02;3,3963E+00;clo2
cbn;0,595;1,5556E-07;-8,2104E-05;-5,4105E-04;3,9179E+00;clo3
cdc;0,347;4,3587E-07;-1,8007E-04;1,1265E-02;2,7883E+00;clo4
cdc8;0,361;3,7856E-07;-1,5670E-04;8,1369E-03;2,9479E+00;clo5
cle;0,488;2,1111E-07;-9,6203E-05;1,4183E-03;3,4795E+00;clo6
hmo;0,492;4,0244E-07;-1,8722E-04;1,1327E-02;3,7053E+00;clo7
psor;0,621;3,3901E-07;-2,1973E-04;3,1156E-02;1,7306E+00;clo8
;;;;;;clo9
npu;0,662;1,0584E-07;-5,7248E-05;-1,4515E-03;3,7639E+00;cya1
pmg;0,410;4,7551E-06;-1,4614E-03;9,0878E-02;4,0808E+00;cya2
;;;;;;cya3
amed;0,674;1,6681E-07;-8,1057E-05;-5,2068E-03;4,9445E+00;ga1
eal;0,444;4,1475E-07;-1,3910E-04;-6,3926E-03;4,7126E+00;ga2
eco;0,467;5,4751E-07;-2,2514E-04;9,9770E-03;3,9823E+00;ga3
ecoN;0,565;6,8704E-07;-2,5373E-04;7,0255E-03;4,4127E+00;ga4
spl;0,594;8,4923E-08;-3,8259E-05;-6,5695E-03;3,9182E+00;ga5
vha1;0,475;1,1806E-07;-6,3456E-05;-2,1121E-03;3,8212E+00;ga6
vha2;0,316;2,0097E-07;-1,1520E-04;7,7247E-03;3,2850E+00;ga7
vpb1;0,529;1,7772E-07;-1,1180E-04;9,8749E-03;2,9120E+00;ga8
vpb2;0,312;4,5445E-08;-1,7319E-05;-8,9993E-03;3,8738E+00;ga9
;;;;;;gam
afn;0,437;9,5315E-08;-4,3110E-05;-5,4911E-03;3,5588E+00;neg1
;;;;;;neg2
scc;0,308;-2,0463E-06;6,7302E-04;-9,4856E-02;7,7733E+00;spi1
abra;0,541;1,8688E-07;-8,6701E-05;-3,8271E-03;4,1094E+00;ter1
apal;0,498;1,4994E-07;-5,9081E-05;-9,5874E-03;4,3650E+00;ter2
;;;;;;ter3
gen;R2;a;b;c;d;

équations polynôme de d° 3 pour les tests

;;tableau;*'''équations polynôme de d° 3 pour les tests''';;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
flexa;flexo;xm;gen;effect;xm;soma;somo;a’;flexa;flexo;sup4;R2;a;b;c;d
400;;;;;400;;;;;;;;;;;
189;2,16;35;abq;1565;38;41,3;4,15;20,18;190,53;2,14;;0,62;3,02E-07;-1,73E-04;1,27E-02;3,90E+00
166;2,4;45;abqp;921;46;-33,56;4,78;17,75;161,21;2,48;;0,494;1,56E-07;-7,54E-05;-5,59E-03;4,69E+00
154,6;2,14;35;abra;980;36;-27,36;4,25;17,29;151,42;2,19;;0,54;1,80E-07;-8,19E-05;-4,89E-03;4,18E+00
187,7;2,21;45;abs;1570;44;38,15;4,14;19,52;192,02;2,14;;0,597;2,75E-07;-1,58E-04;1,09E-02;3,94E+00
164;2,45;45;absp;873;46;-27,6;4,67;17,66;165,84;2,39;;0,461;1,57E-07;-7,83E-05;-4,68E-03;4,60E+00
205;1,97;35;aua;1803;36;54,38;3,69;17,12;204,64;1,98;;0,61;2,53E-07;-1,55E-04;1,46E-02;3,31E+00
193,8;1,98;45;ban;3289;47;31,61;3,62;15,11;187,28;2,05;;0,653;2,08E-07;-1,17E-04;6,76E-03;3,52E+00
150,8;2,59;45;bsu;2512;47;-55,18;5,56;21,22;139,62;2,81;;0,716;1,86E-07;-7,81E-05;-1,03E-02;5,26E+00
153,6;1,98;45;cbc;2572;46;-46,38;3,15;8,79;152,34;1,99;;0,408;7,42E-08;-3,39E-05;-3,62E-03;3,06E+00
120,5;2,93;35;lam;1248;38;-143,01;6,69;20,45;93,95;3,46;;0,545;1,21E-07;-3,42E-05;-1,72E-02;5,28E+00
192,7;1,78;45;lmo;1849;49;35,61;3,63;17,5;185,42;1,88;;0,629;2,60E-07;-1,45E-04;9,31E-03;3,47E+00
195,1;1,7;55;mfe;2011;54;-43,08;2,61;5,81;202,61;1,66;;0,23;3,21E-08;-1,95E-05;-1,86E-03;2,57E+00
187,1;2,17;25;mfi;1545;26;25,61;3,77;14,88;187,37;2,16;;0,499;1,90E-07;-1,07E-04;5,08E-03;3,70E+00
209;1,93;55;ppm;3176;57;60,36;3,31;14,07;215,56;1,86;;0,669;1,95E-07;-1,26E-04;1,31E-02;2,94E+00
223,6;1,53;45;rpl;527;47;109,14;3,1;20,63;222,59;1,54;;0,327;5,34E-07;-3,57E-04;5,88E-02;2,41E-01
;;;;;;;;;;;;;;;;
200,7;2,06;49;sma;3894;25;61,3;4,07;6,95;183,75;3,5;;0,708;1,55E-07;-8,52E-05;8,70E-03;3,82E+00
;;;sma;3894;45;44,50;3,54;14,17;197,66;2,09;154;0,703;2,01E-07;-1,19E-04;9,43E-03;3,34E+00
209,7;1,71;55;vpb1;1757;43;31,02;3,3;13,27;202,79;1,78;;0,54;1,50E-07;-9,12E-05;5,23E-03;3,22E+00
150,2;2,36;42;spl;2482;45;-98,51;4,47;12,48;137,19;2,51;;0,502;7,49E-08;-3,08E-05;-8,25E-03;4,03E+00
179,2;2,08;43;vha1;1945;45;-38,7;4,07;13,49;169,64;2,2;;0,476;1,04E-07;-5,27E-05;-4,54E-03;3,98E+00
150,8;2,08;44;afn;1385;45;-117,53;4,41;12,47;121,08;2,43;;0,446;7,30E-08;-2,65E-05;-9,26E-03;3,81E+00
131,3;2,43;28;apal;919;25;-153,13;6,21;18,72;88,13;3,2;;0,51;1,07E-07;-2,83E-05;-1,62E-02;4,77E+00
;;;;;;;;;;;;;;;;
250;;;;;;;;;;;;;;;;
138,9;2,66;35;ade;2335;35;-632;21,59;33,02;-144,37;10,86;;0,755;4,63E-08;2,00E-05;-3,01E-02;6,23E+00
;;;ade;2335;39;-1193,9;49,21;47,82;-424,31;24,67;;0,752;2,69E-08;3,43E-05;-3,33E-02;6,44E+00
110,6;3,02;35;agrl;1040;45;-;-;2,92;403,99;0,22;;0,513;-7,57E-08;9,17E-05;-4,00E-02;6,40E+00
;;;agrl;1040;44;599,13;0,33;-0,77;522,19;0,29;;0,511;-4,31E-08;6,75E-05;-3,45E-02;6,03E+00
134,2;2,21;35;ant;1700;35;7372,04;969,04;-206,16;3846,62;484,52;;0,682;-5,53E-09;6,38E-05;-3,93E-02;6,21E+00
;;;ant;1700;32;-755,69;26,93;37,6;-217,57;13,44;;0,667;4,33E-08;2,82E-05;-3,15E-02;5,71E+00
137,7;2,06;45;cdc;2589;45;-;-;3,73;377,99;0,59;;0,5;-3,75E-08;4,25E-05;-1,98E-02;4,02E+00
138;2,08;45;cdc8;2727;45;817,99;0,85;-1,4;645,25;0,69;;0,505;-1,57E-08;3,04E-05;-1,82E-02;4,00E+00
137;2,79;35;cvi;2412;35;-838,11;32,12;40,72;-250,9;16,17;;0,754;3,94E-08;2,96E-05;-3,33E-02;6,58E+00
;;;cvi;2412;25;-306,4;11,35;26,14;13,51;5,78;;0,763;8,51E-08;-3,45E-06;-2,61E-02;6,13E+00
137,1;2,53;35;eco;2204;35;-599,18;15,15;22,98;-116,15;7,76;;0,639;3,28E-08;1,14E-05;-2,17E-02;5,14E+00
123,1;2,71;35;ecoN;2822;35;2985,76;93,79;-53,14;1667,88;47,1;;0,694;-1,02E-08;5,10E-05;-3,20E-02;5,79E+00
;;;ecoN;2822;37;1508,02;16,73;-21,18;930,31;8,58;;0,693;-2,12E-08;5,90E-05;-3,37E-02;5,90E+00
122,8;2,77;35;fps;1628;35;-;-;3,71;349,57;0,4;;0,637;-1,16E-07;1,22E-04;-4,62E-02;6,65E+00
;;;fps;1628;29;-;-;2,62;393,84;0,26;;0,637;-8,23E-08;9,72E-05;-4,09E-02;6,31E+00
133,6;2,45;35;mja;1069;35;-;-;3,67;348,05;0,24;;0,558;-1,26E-07;1,32E-04;-4,95E-02;6,84E+00
142,3;2,2;45;myr;2273;55;62,82;3,72;28,82;141,36;2,21;101,17;0,567;1,56E-06;-6,61E-04;6,46E-02;1,89E+00
;;;myr;2273;45;1510,97;16,33;-20,75;931,88;8,32;;0,64;-2,06E-08;5,77E-05;-3,30E-02;5,68E+00
;;;myr;2273;43;-6462,15;674,91;148,59;-3057,21;337,61;;0,634;4,27E-09;3,92E-05;-2,88E-02;5,40E+00
143,9;2,39;45;oan2;914;45;-259,32;7,74;18,1;48,2;4,03;;0,433;6,38E-08;-9,22E-06;-1,77E-02;4,90E+00
;;;oan2;914;47;-360,31;10,03;22,55;77,88;3,44;;0,435;3,91E-08;-9,15E-06;-2,18E-02;5,18E+00
200;;;;;;;;;;;;;;;;
111,8;2,84;35;eal;2286;35;-;-;4,18;358,63;0,43;;0,666;-8,35E-08;8,98E-05;-3,64E-02;5,78E+00
92,9;3,64;25;ase;3854;25;-;-;3,13;344,27;0,52;;0,832;-1,37E-07;1,42E-04;-5,19E-02;7,19E+00
;;;ase;3854;24;-;-;2,76;360,18;0,46;;0,826;-1,19E-07;1,29E-04;-4,91E-02;7,02E+00
;;;;;;;;;;;;;;;;
300;;;;;;;;;;;;;;;;
246,8;1,52;35;cbei;4010;35;-;-;2,98;842,52;-0,87;;0,535;-2,73E-09;6,89E-06;-8,79E-03;3,27E+00
;;;cbei;4010;37;-;-;4,57;505,18;0,19;;0,532;-6,26E-09;9,48E-06;-9,36E-03;3,31E+00
151,9;2,22;45;cle;2900;45;-192,77;5,14;12,01;106,49;2,74;;0,638;4,47E-08;-1,43E-05;-1,05E-02;3,97E+00
155,1;2,46;47;hmo;1867;45;-164,32;5,94;15,27;104,16;3,21;49,58;0,62;7,06E-08;-2,21E-05;-1,30E-02;4,72E+00
;;;hmo;1867;47;-169,84;6,02;15,33;101,57;3,25;;0,616;6,94E-08;-2,11E-05;-1,32E-02;4,73E+00
185,6;2,08;45;pmq;4540;45;-;-;2,53;729,14;-0,74;;0,716;-8,63E-09;1,89E-05;-1,63E-02;4,45E+00
;;;pmq;4540;46;-;-;0,9;862,1;-0,68;;0,716;-6,76E-09;1,75E-05;-1,60E-02;4,43E+00
170;;;;;;;;;;;;;;;;
109,6;2,77;35;scc;1000;35-250;-;-;10,11;221,13;1,05;308,3;0,415;-3,42E-07;2,27E-04;-6,03E-02;6,99E+00
;;;scc;1000;35;-;-;2,39;320,79;0,67;;0,513;-1,60E-07;1,54E-04;-5,17E-02;6,71E+00
;;;scc;1000;37;-;-;2,4;320,31;0,67;;0,503;-1,61E-07;1,54E-04;-5,19E-02;6,72E+00
150;;;;;;;;;;;;;;;;
102,4;3,17;44;pmg;948;45-150;42,78;5,55;59,92;102,79;3,15;106,15;0,403;5,55E-06;-1,71E-03;1,16E-01;3,29E+00
;;150;pmg;948;45;336,54;0,26;-1,32;302,32;0,23;;0,658;-3,77E-07;3,42E-04;-1,02E-01;1,02E+01
;;;pmg;948;46;339,91;0,24;-1,15;306,75;0,22;;0,649;-3,48E-07;3,21E-04;-9,72E-02;9,92E+00
80,3;2,79;25;pub;601;25;326,8;0,15;-1,97;283,51;0,09;;0,586;-3,51E-07;2,99E-04;-8,27E-02;7,53E+00

Intergen51. Comparaison diagonale poly3

Lien au tableau: comparaison.

;Poly3;;;;Forme;;;;;;s4-sf;sd-s4;sd-sf
clasf;l4;s4/l4;s4;flexo;lf;sf/lf;sf;ld;sd/ld;sd;%s4f;%sd4;%sdf
E1;101,5;1,01;99,9;2,52;86,6;0,69;57,1;191,3;0,56;103,1;74,9;3,2;80,5
E2;131,6;0,90;118,6;2,00;147,3;0,76;106,4;209,7;0,69;136,0;11,4;14,7;27,8
M11;99,0;1,30;129,2;2,67;73,3;1,12;81,3;168,0;0,77;127,0;58,9;-1,7;56,2
M21;143,6;1,21;172,0;2,11;123,6;1,15;142,8;198,9;0,94;183,6;20,5;6,7;28,6
M31;100,4;1,33;132,9;2,56;80,3;1,81;142,1;167,2;1,28;214,5;-6,9;61,4;51,0
M41;154,8;1,36;210,7;1,98;132,1;1,80;237,7;176,0;1,57;270,7;-12,8;28,5;13,9
Q;122,2;1,28;152,3;2,29;100,6;1,14;111,9;166,6;0,99;155,4;36,2;2,0;38,9

Intergen51. Diagramme corel freq1 freq10

Lien au tableau: Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x..

Cor 41-200;freq10;freq1
abq;0.2274;0.0123
abqp;0.3019;0.1341
abs;0.4120;0.1068
absp;0.2725;0.0624
agrc;0.0336;0.0005
agrl;0.4539;0.1075
aua;0.5847;0.1548
oan1;0.3098;0.1455
oan2;0.1893;0.1044
pub;0.8650;0.2895
rpl;0.0514;0.0808
rpm;0.3949;0.1568
rru;0.1889;0.0241
rtb;-0.1047;0.0441
;;
amed;0.7173;0.2530
eal;0.6731;0.2913
eco;0.324;0.0507
ecoN;0.5964;0.2208
spl;0.7399;0.2424
vha1;0.5325;0.1077
vha2;0.7279;0.2782
vpb1;0.5997;0.2039
vpb2;0.5158;0.0715
;;
ban;0.1059;0.0382
bsu;0.0048;-0.0283
lam;0.4902;0.2668
lbu;0.5583;0.1507
lmo;-0.1778;-0.0709
pmq;-0.8357;-0.3504
ppm;-0.1286;0.0709
ppmp;0.0439;-0.0559
;;
cbc;-0.6759;-0.0237
cbei;-0.5092;-0.0872
cbn;0.5515;0.1739
cdc;-0.5869;-0.2578
cdc8;-0.6401;-0.2905
cle;0.2691;0.0080
hmo;0.1802;0.0819
psor;-0.4731;-0.0812
;;
ase;0.9183;0.6023
blo;0.4064;0.0179
ksk;0.7662;0.3524
sma;0.8010;0.2361
;;
mfe;0.3270;-0.0275
mfi;-0.0432;0.0130
mba;-0.3170;-0.1244
mja;0.3257;0.1474
;;
myr;0.6422;0.1833
fps;0.4510;0.1707
npu;0.4283;0.1349
pmg;0.7390;0.1627
abra;0.7132;0.1544
apal;0.5492;0.1420
cvi;0.8598;0.5066
ade;0.5914;0.2422
ant;0.2741;0.0908
scc;0.4454;-0.0419
afn;-0.0250;0.0766

Intergen51. Les diagrammes 5s-CDS

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes 5s-CDS
5s-CDS c

Intergen51;Total des intercalaires 5s-CDS continus;;;;
abde;bacilli;Nclostridia;actino;;5sCDS c
5s CDS;5s CDS c;5s CDS c;5s CDS c;30;2
13;87;85;77;60;1
25;123;90;101;90;8
167;130;100;114;120;6
173;148;109;134;150;13
189;156;118;144;180;13
213;175;119;150;210;6
229;178;126;182;240;8
236;190;127;205;270;6
244;206;128;239;300;11
250;237;131;245;330;4
280;298;138;251;360;2
415;308;159;271;390;4
gama;393;177;375;420;2
5s CDS c;460;177;553;450;2
56;767;180;983;480;3
74;232;228;3080;510;1
76;343;245;archeo;540;0
76;216;273;5s CDS c;570;2
76;383;273;857;600;0
136;163;286;;630;0
164;bcts;296;;660;0
275;5s CDS c;301;;690;1
300;149;315;;720;1
300;156;363;;750;1
323;165;429;;780;1
386;202;452;;810;0
703;259;454;;reste;3
727;279;508;;;101
;350;552;;;
;447;661;;;

5s-CDS x

Intergen51;Total des intercalaires 5s-CDS discontinus;;;;;;;
abde;gama;bacilli;Nclostridia;actino;;5sCDS x;;5sCDS x
5s CDS x;5s CDS x;5s CDS x;5s CDS x;5s CDS x;30;2;690;0
75;62;14;40;82;60;5;720;0
91;81;34;69;83;90;7;750;0
101;98;36;99;114;120;16;780;1
114;99;57;112;122;150;4;810;1
118;101;99;114;188;180;9;840;0
130;104;208;144;247;210;9;reste;1
137;110;277;188;251;240;5;;89
153;113;296;193;377;270;8;;
153;228;176;213;bcts;300;6;;
154;268;183;216;5s CDS x;330;2;;
161;269;236;262;43;360;2;;
173;339;archeo;266;68;390;1;;
183;454;5s CDS x;402;114;420;2;;
187;460;5;512;158;450;0;;
193;768;271;590;175;480;4;;
206;304;289;;176;510;1;;
231;454;397;;268;540;1;;
354;798;488;;268;570;0;;
461;;607;;280;600;1;;
;;939;;286;630;1;;
;;;;319;660;0;;

Intergen51. Les CDS-rRNA rares

Lien au tableau: Intergen51. Les CDS-rRNA rares
Les CDS-rRNA rares

autres CDS-rRNA et rRNA-rRNA;;;;Total 51;
abde;;;;;
16s CDS c;CDS 5s c;23s CDS c;23s CDS x;CDS 23s c;
-3;52;446;151;736;
1463;;;151;719;
2466;;;;;
gama;;;;;
23s CDS c;5s 16s c;16s 16s c;;;
331;317;0;;;
385;319;;;;
;371;;;;
;1319;;;;
bacilli;;;;;
;5s 16s c;;;;
;183;;;;
Nclostridia;;;;;
16s CDS c;16s CDS x;CDS 23s c;;;
2;228;531;;;
294;;563;;;
695;;407;;;
Nclostridia;;;;;
23s CDS c;23s CDS x;CDS 5s c;CDS 5s x;5s 16s c;5s 16s x
188;87;335;184;1107;161
223;109;;228;1125;
237;188;;301;;
299;260;;343;;
313;;;;;
322;;;;;
336;;;;;
357;;;;;
463;;;;;
archeo;;;bcts;actino;
CDS 23s x;5s 16s x;;5s 16s c;5s 16s c;
182;340;;265;866;
;;;266;;
;;;267;;
;;;;;
16s CDS;16s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;16s 16s c;
-3;228;183;161;0;
2;;265;340;;
294;;266;;;
695;;267;;;
1463;;317;;;
2466;;319;;;
;;371;;;
;;866;;;
;;1107;;;
;;1125;;;
;;1319;;;
6;1;11;2;1;
;;;;;
23s CDS c;23s CDS x;CDS 23s c;CDS 23s x;CDS 5s c;CDS 5s x
188;87;407;182;52;184
223;109;531;;335;228
237;151;563;;;301
299;151;719;;;343
313;188;736;;;
322;260;;;;
331;;;;;
336;;;;;
357;;;;;
385;;;;;
446;;;;;
463;;;;;
12;6;5;1;2;4

Intergen51. Les diagrammes rRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes rRNA-rRNA
23s5s

abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;;
;23s 5s;;23s 5s;;23s 5s;;23s 5s;diagramme;23s 5s c
1;68;1;122;1;86;1;35;20;0
1;89;1;124;1;100;1;40;40;9
1;116;1;125;1;111;1;70;60;15
1;118;1;127;1;113;1;76;80;57
1;127;1;135;1;133;1;93;100;52
1;128;1;177;1;144;1;114;120;27
1;132;1;1881;1;161;1;122;140;58
1;133;2;120;1;168;1;126;160;14
1;223;2;123;1;169;1;132;180;19
1;228;2;133;2;48;1;134;200;8
1;261;3;93;2;49;1;139;220;10
2;119;3;129;2;81;1;181;240;7
2;134;4;92;2;97;1;182;260;5
2;134;4;126;2;101;1;204;280;3
2;152;7;169;2;145;1;205;300;1
2;194;8;132;2;170;1;213;320;1
2;194;9;95;3;50;1;229;;286
2;249;11;91;3;71;1;273;;
3;202;actino;;3;78;1;274;;
3;249;;23s 5s;4;69;2;34;;
7;124;1;100;4;80;2;98;;
bcts;;1;108;6;70;2;100;;
;23s 5s;1;114;6;77;2;139;;
1;35;1;138;6;96;2;193;;
1;64;1;175;8;55;3;138;;
1;105;1;176;archeo;;3;144;;
2;108;2;76;;23s 5s;4;108;;
2;109;2;105;1;78;4;202;;
3;107;4;170;1;286;4;228;;
3;72;5;89;1;305;5;78;;
4;35;6;78;6;74;7;127;;
4;61;;;;;;;;
6;154;;;;;;;;

16s23s

gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;16s 23s
;16s 23s;;16s 23s;;16s 23s;100;0
1;384;1;144;1;137;120;0
3;277;1;147;1;194;140;2
3;348;1;158;1;213;160;8
4;349;1;177;1;226;180;11
archeo;;1;231;1;251;200;13
;16s 23s;1;259;1;285;220;16
2;196;1;263;1;315;240;16
2;209;1;266;1;502;260;6
bcts;;1;267;1;503;280;21
;16s 23s;1;268;1;578;300;11
1;137;1;270;1;613;320;7
1;167;1;271;2;188;340;11
1;168;1;272;2;214;360;17
actino;;1;290;2;265;380;0
;16s 23s;1;353;2;283;400;1
1;288;2;203;2;324;420;2
1;290;2;218;2;325;440;4
1;308;2;280;2;338;460;0
1;432;2;410;3;221;480;0
2;280;3;167;3;228;500;0
2;344;4;244;3;359;520;2
2;345;4;269;5;339;540;0
2;352;5;146;8;196;560;0
3;431;5;164;8;237;580;1
5;291;7;217;abde;;600;0
5;312;;;;16s 23s;620;1
;;;;1;269;640;0
;;;;;;;150

Intergen51. Les diagrammes tRNA-rRNA

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes tRNA-rRNA
16stRNA

abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;16s tRNA
;16s tRNA;;16s tRNA;;16s tRNA;;16s tRNA;40;0
1;98;3;65;1;98;1;77;60;8
1;100;8;68;1;114;1;109;80;27
1;113;2;70;2;99;1;118;100;32
1;116;3;72;2;127;1;123;120;30
1;178;3;74;2;132;1;124;140;23
1;240;9;85;2;133;1;132;160;2
2;82;5;89;4;113;1;137;180;6
2;114;1;91;bcts;;1;140;200;10
2;114;1;97;;16s tRNA;2;94;220;0
2;116;4;102;1;79;4;54;240;4
2;187;1;123;1;81;4;55;260;0
2;273;2;127;1;118;archeo;;280;6
2;273;1;134;1;125;;16s tRNA;300;0
2;342;2;171;1;132;1;72;320;0
3;180;2;198;2;137;1;84;340;0
3;342;2;224;2;145;1;85;360;5
4;111;1;225;3;80;1;87;380;1
6;182;2;274;3;82;2;64;400;0
actino;;1;375;4;131;;;420;0
;16s tRNA;1;443;6;105;;;440;0
;;;;;;;;460;1
;;;;;;;;480;0
;;;;;;;;;155

tRNA23s

abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;tRNA 23s
0;tRNA 23s;0;tRNA 23s;0;tRNA 23s;0;tRNA 23s;20;0
1;149;1;183;1;79;1;84;40;2
1;240;1;184;1;80;1;97;60;1
1;243;1;237;1;128;1;109;80;3
1;255;1;238;1;129;1;111;100;8
1;256;1;252;1;130;1;118;120;13
1;267;1;260;1;186;1;145;140;7
1;270;1;269;2;81;1;152;160;9
1;272;1;272;2;118;1;198;180;4
1;273;1;296;2;172;1;233;200;22
1;300;1;313;4;127;1;238;220;8
1;346;1;336;archeo;;1;240;240;16
1;478;2;174;0;tRNA 23s;1;250;260;23
2;194;2;183;1;116;1;263;280;25
2;256;2;194;1;119;1;272;300;9
2;270;2;265;2;207;1;273;320;7
2;270;2;317;2;233;1;284;340;1
2;272;2;319;bcts;;1;298;360;4
2;301;2;371;0;tRNA 23s;1;374;380;4
2;585;3;186;1;51;1;376;400;1
3;254;3;236;1;79;1;390;420;0
3;347;3;238;1;258;2;95;440;0
3;585;3;297;2;119;2;237;460;0
5;253;4;198;2;40;2;241;480;1
actino;;4;264;2;89;2;283;500;0
;tRNA 23s;5;193;4;260;3;262;520;0
;;1;263;6;151;4;114;540;0
;;;;6;214;;;560;0
;;;;;;;;580;0
;;;;;;;;600;5
;;;;;;;;620;0
;;;;;;;;;173

5stRNA

abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;5s tRNA;;5s tRNA
;5s tRNA;;5s tRNA;;5s tRNA;;5s tRNA;5;25;105;0
1;96;1;12;1;15;1;3;10;22;110;2
1;100;1;31;1;31;1;13;15;23;115;0
1;167;1;53;1;34;1;14;20;4;120;0
1;173;1;54;1;36;1;15;25;1;reste;8
1;257;1;90;1;38;1;44;30;5;;155
1;287;1;91;1;39;1;89;35;8;;
2;52;1;95;1;46;2;8;40;3;;
2;54;1;151;1;54;5;6;45;4;;
2;54;2;14;1;55;8;4;50;1;;
2;95;2;32;1;82;9;7;55;18;;
2;96;2;68;2;7;9;64;60;0;;
3;51;2;69;2;12;13;5;65;9;;
3;257;2;98;2;14;abde;;70;4;;
archeo;;2;106;2;18;;5s tRNA;75;0;;
;5s tRNA;3;31;2;20;1;14;80;1;;
1;80;4;52;3;4;1;21;85;1;;
actino;;4;100;3;43;1;51;90;2;;
;5s tRNA;5;30;4;9;5;11;95;4;;
;;;;6;13;;;100;10;;

Intergen51. Les diagrammes tRNA-tRNA

Lien au tableau: Intergen51. Les diagrammes tRNA-tRNA
5stRNA: voir chapitre tRNA-rRNA précédent.
tRNA intra

abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;tRNA in;;tRNA in
;tRNA in;;tRNA in;;tRNA in;;tRNA in;5;11;95;8
1;9;1;9;1;5;1;7;10;15;100;0
1;30;1;12;1;10;2;3;15;16;105;0
1;32;1;16;1;12;2;6;20;8;110;0
1;33;1;24;1;14;2;9;25;5;115;0
2;11;1;32;1;19;2;11;30;10;120;0
2;11;1;35;1;21;2;53;35;6;125;0
2;12;1;37;1;24;2;66;40;1;130;0
2;22;2;14;1;41;bcts;;45;19;135;0
2;30;2;30;2;11;;tRNA in;50;2;140;0
2;31;2;30;2;20;1;6;55;4;145;0
2;59;3;10;2;46;1;12;60;5;150;0
3;30;3;41;2;52;1;93;65;3;155;0
3;59;3;45;3;8;4;82;70;11;160;0
4;19;3;65;5;69;6;161;75;0;165;6
4;66;5;43;archeo;;7;91;80;0;170;0
6;86;7;42;;tRNA in;actino;;85;4;;140
;;8;2;;;;tRNA in;90;6;;

tRNA contig

bacilli;;Nclostridia;;bcts;;diagramme;contig
;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA contig;5;173
5;1;4;1;1;0;10;224
5;2;4;2;2;0;15;114
19;3;14;3;3;0;20;65
30;4;23;4;4;3;25;35
38;5;27;5;5;1;30;31
14;6;37;6;6;1;35;17
11;7;29;7;7;3;40;10
17;8;15;8;8;2;45;14
26;9;32;9;9;0;50;8
24;10;10;10;10;0;55;5
16;11;9;11;11;2;60;6
13;12;4;12;12;0;65;4
11;13;5;13;13;0;70;4
10;14;16;14;14;0;75;1
12;15;12;15;15;1;80;1
11;16;5;16;16;0;85;3
12;17;4;17;17;0;90;5
3;18;4;18;18;0;95;1
12;19;2;19;19;0;100;0
10;20;0;20;20;1;105;2
2;21;3;21;21;0;110;1
8;22;0;22;22;1;115;0
2;23;4;23;23;0;120;1
4;24;3;24;24;0;;6
5;25;3;25;25;0;;731
4;26;0;26;26;0;;
3;27;2;27;27;0;;
5;28;2;28;28;0;;
8;29;3;29;29;0;;
2;30;1;30;30;0;;
1;31;2;31;31;0;;
1;32;1;32;32;0;;
1;33;1;33;33;0;;
4;34;1;34;34;0;;
2;35;0;35;35;0;;
1;36;0;36;36;0;;
1;37;0;37;37;0;;
3;38;0;38;38;0;;
2;39;0;39;39;0;;
2;40;0;40;40;0;;
2;41;0;41;41;0;;
3;42;2;42;42;0;;
0;43;1;43;43;0;;
0;44;0;44;44;2;;
1;45;0;45;45;1;;
2;46;0;46;46;0;;
0;47;1;47;47;0;;
1;48;0;48;48;0;;
2;49;0;49;49;0;;
1;50;1;50;50;0;;
19;;13;;;2;;
391;;300;;;20;;
1;54;1;58;1;55;;
1;54;2;60;1;72;;
1;54;2;61;actino;;;
1;55;2;85;;tRNA contig;;
1;56;1;88;abde;;;
1;56;2;89;;tRNA contig;;
1;60;1;91;1;32;;
1;63;1;120;gama;;;
1;65;1;311;;tRNA contig;;
1;67;archeo;;1;8;;
1;77;;tRNA contig;1;11;;
1;87;1;7;2;35;;
1;87;1;8;2;42;;
1;102;1;11;3;68;;
1;104;1;14;1;1472;;
1;106;1;18;1;2351;;
1;138;1;29;11;;;
1;158;1;39;;;;
1;265;1;83;;;;
;;8;;;;;

tRNA hors blocs

gamma;;gamma;;gamma;;;alpha;;bacilli;;bacilli;;clostridia;;clostridia;;actino;;bacteroide;;archeo;;bde afn ssc;;bde afn ssc;;diagramme;tRNA hors
;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;tRNA hors;;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;5;188
0;1;7;51;2;101;4;1;51;2;1;1;55;1;1;1;53;9;1;7;1;1;2;1;1;1;51;10;154
4;2;7;52;14;102;0;2;52;3;2;1;58;1;2;1;56;1;2;9;1;1;4;2;2;1;52;15;82
6;3;3;53;2;103;0;3;54;13;3;1;63;8;3;3;57;1;3;10;1;1;5;3;7;1;52;20;72
7;4;3;54;1;104;2;4;57;16;4;1;80;21;4;1;60;5;4;15;1;3;7;4;1;1;53;25;70
6;5;3;55;2;107;0;5;58;12;5;1;81;29;5;1;62;7;5;20;1;1;23;5;3;1;57;30;73
4;6;6;56;1;110;0;6;60;10;6;1;82;13;6;1;65;0;6;22;4;2;25;6;7;1;60;35;90
5;7;11;57;2;116;0;7;60;11;7;2;86;15;7;1;69;0;7;24;2;1;29;7;3;1;61;40;86
6;8;10;58;1;119;0;8;66;7;8;1;101;4;8;1;70;0;8;25;1;1;34;8;8;1;61;45;47
4;9;5;59;1;123;0;9;69;11;9;1;108;8;9;1;75;1;9;26;3;1;40;9;2;1;63;50;51
4;10;0;60;2;128;0;10;70;1;10;1;109;7;10;1;79;0;10;30;4;1;44;10;2;1;69;55;36
3;11;1;61;1;131;0;11;70;8;11;1;111;1;11;1;84;2;11;31;2;1;53;11;2;1;73;60;47
2;12;3;62;2;132;0;12;74;4;12;1;112;5;12;1;85;0;12;33;1;1;57;12;7;1;78;65;26
7;13;2;63;1;135;1;13;76;6;13;1;125;3;13;1;144;1;13;34;2;1;58;13;1;1;81;70;12
1;14;3;64;1;146;0;14;81;2;14;1;131;4;14;1;148;1;14;35;1;1;61;14;2;1;96;75;14
6;15;0;65;1;149;2;15;95;3;15;1;139;1;15;1;149;1;15;36;2;2;62;15;1;1;111;80;15
1;16;1;66;1;158;1;16;99;2;16;1;157;2;16;1;187;0;16;37;6;2;63;16;7;1;134;85;17
1;17;0;67;1;159;0;17;99;5;17;1;230;4;17;1;234;1;17;38;3;1;65;17;0;1;142;90;11
10;18;0;68;1;167;1;18;105;0;18;1;261;9;18;1;241;5;18;39;2;2;71;18;3;1;248;95;9
1;19;1;69;1;181;0;19;109;2;19;1;297;1;19;1;306;1;19;40;1;1;72;19;0;1;278;100;15
6;20;2;70;1;189;0;20;109;0;20;20;;5;20;1;439;2;20;41;2;1;73;20;0;;;105;21
4;21;2;71;2;198;0;21;117;1;21;cyano;;4;21;22;;2;21;42;2;1;74;21;1;;;110;9
2;22;1;72;1;200;0;22;128;3;22;tRNA hors;;3;22;actino;;1;22;43;2;1;76;22;4;;;115;5
7;23;2;73;1;201;1;23;132;1;23;1;1;4;23;;tRNA hors;0;23;44;1;1;85;23;1;;;120;8
4;24;0;74;1;209;4;24;132;1;24;4;3;1;24;1;51;1;24;48;1;1;87;24;2;;;125;2
3;25;0;75;1;210;1;25;132;1;25;4;4;2;25;1;57;0;25;49;1;1;89;25;1;;;130;4
4;26;3;76;1;211;1;26;140;1;26;2;5;3;26;2;62;0;26;51;1;1;90;26;4;;;135;10
0;27;2;77;1;212;2;27;146;1;27;5;6;1;27;1;64;1;27;52;1;1;91;27;4;;;140;2
4;28;1;78;1;253;0;28;153;2;28;2;7;1;28;2;79;1;28;83;1;3;94;28;1;;;145;5
6;29;1;79;1;479;3;29;157;3;29;1;8;3;29;1;81;2;29;86;1;1;99;29;1;;;150;5
6;30;1;80;1;539;2;30;163;1;30;2;10;4;30;1;87;1;30;90;1;1;110;30;2;;;155;3
7;31;3;81;1;634;1;31;164;0;31;1;11;2;31;1;89;1;31;141;1;1;111;31;2;;;160;6
6;32;0;82;1;1172;0;32;165;0;32;1;44;1;32;1;96;0;32;151;1;1;112;32;2;;;165;4
8;33;1;83;;;2;33;165;3;33;1;48;2;33;1;97;0;33;186;1;1;117;33;2;;;170;3
6;34;0;84;52;414;2;34;186;2;34;1;62;0;34;1;110;3;34;202;1;1;118;34;0;;;175;0
18;35;3;85;;;2;35;202;4;35;1;81;2;35;1;118;2;35;221;1;1;119;35;2;;;180;1
5;36;0;86;;;0;36;205;1;36;1;88;0;36;1;129;1;36;341;1;1;132;36;1;;;185;1
15;37;0;87;;;1;37;206;0;37;1;156;0;37;1;141;3;37;373;1;1;170;37;2;;;190;4
3;38;0;88;;;2;38;208;0;38;28;;0;38;1;144;5;38;;60;1;178;38;2;;;195;0
14;39;0;89;;;0;39;214;0;39;tenericutes;;1;39;1;152;1;39;;;1;223;39;1;;;200;4
7;40;1;90;;;0;40;219;2;40;tRNA hors;;0;40;1;157;2;40;;;1;504;40;2;;;205;5
2;41;1;91;;;1;41;220;1;41;2;1;0;41;1;166;1;41;;;1;718;41;0;;;210;5
4;42;1;92;;;0;42;245;2;42;2;8;0;42;1;199;4;42;;;49;;42;1;;;215;3
4;43;0;93;;;0;43;373;0;43;3;9;0;43;1;205;2;43;;;;;43;1;;;220;2
2;44;0;94;;;3;44;452;0;44;2;13;0;44;1;209;1;44;;;;;44;0;;;225;2
4;45;2;95;;;1;45;;0;45;1;14;1;45;1;240;0;45;;;;;45;3;;;230;1
9;46;1;96;;;1;46;;0;46;1;17;3;46;1;245;2;46;;;;;46;1;;;235;1
10;47;3;97;;;2;47;;0;47;1;34;0;47;1;269;3;47;;;;;47;0;;;240;1
6;48;1;98;;;1;48;;0;48;1;63;0;48;1;532;2;48;;;;;48;0;;;245;3
5;49;0;99;;;0;49;;1;49;1;66;0;49;27;;0;49;;;;;49;0;;;250;1
1;50;4;100;;;0;50;;0;50;1;71;0;50;;;0;50;;;;;50;1;;;255;1
;;;;;;0;;;20;;;;22;;;;27;;;;;;;19;;;260;0
260;;102;;;;44;;44;169;;15;;202;;;;107;;;;;;;122;;;;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1254

tRNA horsh et horsc

diagramme;tRNA hors;;bacilli;cyano;tener;ase;ant;afn;clostri;total;;diagramme;hors h;hors c
5;188;;46;11;2;17;3;8;60;147;;5;41;147
10;154;;40;10;5;1;4;9;47;116;;10;38;116
15;82;;23;1;3;4;5;3;14;53;;15;29;53
20;72;;9;;1;3;5;2;21;41;;20;31;41
25;70;;7;;;;2;1;14;24;;25;46;24
30;73;;8;;;3;1;1;12;25;;30;48;25
35;90;;9;;1;;2;0;7;19;;35;71;19
40;86;;3;;;3;1;0;1;8;;40;78;8
45;47;;3;1;;2;2;0;1;9;;45;38;9
50;51;;1;1;;1;0;1;3;7;;50;44;7
55;36;;1;;;;0;1;1;3;;55;33;3
60;47;;1;;;1;0;0;5;7;;60;40;7
65;26;;1;1;1;2;1;0;2;8;;65;18;8
70;12;;;;1;;1;0;2;4;;70;8;4
75;14;;;;1;;0;0;1;2;;75;12;2
80;15;;1;;;;0;0;1;2;;80;13;2
85;17;;2;1;;1;1;0;2;7;;85;10;7
90;11;;2;1;;;0;0;;3;;90;8;3
95;9;;;;;;0;0;;0;;95;9;0
100;15;;;;;2;1;0;;3;;100;12;3
105;21;;1;;;;0;0;;1;;105;20;1
110;9;;2;;;1;0;0;;3;;110;6;3
115;5;;2;;;;0;1;;3;;115;2;3
120;8;;;;;1;0;;;1;;120;7;1
125;2;;1;;;;;;;1;;125;1;1
130;4;;;;;;;;;0;;130;4;0
135;10;;1;;;;;;;1;;135;9;1
140;2;;1;;;;;;;1;;140;1;1
145;5;;;;;2;;;1;3;;145;2;3
150;5;;;;;;;;2;2;;150;3;2
155;3;;;;;1;;;;1;;155;2;1
160;6;;1;1;;1;;;;3;;160;3;3
165;4;;;;;;;;;0;;165;4;0
170;3;;;;;;;;;0;;170;3;0
175;0;;;;;;;;;0;;175;0;0
180;1;;;;;;;;;0;;180;1;0
185;1;;;;;;;;;0;;185;1;0
190;4;;;;;;;;1;1;;190;3;1
195;0;;;;;;;;;0;;195;0;0
200;4;;;;;1;;;;1;;200;3;1
205;5;;;;;;;;;0;;205;5;0
210;5;;;;;;;;;0;;210;5;0
215;3;;;;;;;;;0;;215;3;0
220;2;;;;;;;;;0;;220;2;0
225;2;;;;;;;;;0;;225;2;0
230;1;;1;;;;;;;1;;230;0;1
235;1;;;;;;;;1;1;;235;0;1
240;1;;;;;;;;;0;;240;1;0
245;3;;;;;1;;;1;2;;245;1;2
250;1;;;;;;;;;0;;250;1;0
255;1;;;;;;;;;0;;255;1;0
260;0;;;;;;;;;0;;260;0;0
;17;;2;;;1;;;2;5;;;12;5
;1254;;169;28;15;49;29;27;202;519;;;735;519

Intergen51. Les RNA-RNA rares

Lien au tableau: Intergen51. Les RNA-RNA rares

Détail des intercalaires RNA rares;;;;;;;
abde;;;clostridia;;clostridia;;gama
5s 5s;;;tRNA 16s;;23s tRNA;;tRNA 16s
89;;2;110;1;8;;1063
archeo;;2;116;1;41;;tRNA 5s
tRNA 16s;;2;123;2;48;;17
295;;1;138;1;50;;23
tRNA 5s;;1;151;1;56;;37
13;;1;204;1;61;;39
5s5s;;1;459;1;71;;40
748;;;tRNA 5s;1;92;;57
bacilli;;2;3;1;94;;57
tRNA 16s;;2;8;1;95;;777
76;;2;11;1;98;;1112
159;;2;12;1;100;;1360
170;;1;14;1;103;;bcts
171;;1;336;1;107;;tRNA 16s
341;;;16s 5s;2;111;;90
23s tRNA;;7;79;2;112;;206
131;;1;144;1;116;;215
16s 5s;;1;146;1;119;;tRNA 5s
102;;3;261;2;140;;149
117;;2;262;1;476;;149
;;1;336;;5s 23s;;
;;4;337;1;230;;
;;;;;;;
;tRNA 16s;;;23s tRNA;;;tRNA 5s
1;76;;1;8;;2;3
1;90;;1;41;;2;8
2;110;;2;48;;2;11
2;116;;1;50;;2;12
2;123;;1;56;;1;13
1;138;;1;61;;1;14
1;151;;1;71;;1;17
1;159;;1;92;;1;23
1;170;;1;94;;1;37
1;171;;1;95;;1;39
1;204;;1;98;;1;40
1;206;;1;100;;2;57
1;215;;1;103;;2;149
1;295;;1;107;;1;336
1;341;;2;111;;1;777
1;459;;2;112;;1;1112
1;1063;;1;116;;1;1360
20;;;1;119;;23;
;16s 5s;;1;131;;;
7;79;;2;140;;;Récapitulatif
1;102;;1;476;;20;tRNA 16s
1;117;;25;;;25;23s tRNA
1;144;;;;;23;tRNA 5s
1;146;;;;;21;16s 5s
3;261;;;;;1;5s 23s
2;262;;;;;2;5s 5s
1;336;;;;;92;
4;337;;;;;;
21;;;;;;;

Liste NCBI des 51 génomes sauvegardés

Lien tableau: Liste NCBI des 51 génomes sauvegardés

Liste des 30 génomes en complément étudiés avec la méthode et sauvegardés après. Je les étudiés sommairement avant, en 2019, sans les fréquences des intercalaires CDS-CDS.;;;;;;;;;
Ils n’avaient pas la date de NCBI.;;;;;;;;;
KEEG;date;;longueur pb;nom;;;;;lien NCBI
alpha;;;;;;;;;
oan;date NCBI 1.8.21;;2887297 bp;Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009667.1]
oan2;date NCBI 1.8.21;;1895911 bp;Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 2;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009668.1]
rpm;date NCBI 12.3.21;;3876289 bp;Pararhodospirillum photometricum DSM 122 chromosome DSM 122;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1]
rpl;date NCBI 20.01.22;;1109301 bp;Rickettsia prowazekii str. Breinl;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_020993.1]
abqp;date NCBI 26.4.22;;1901707 pb;Azospirillum brasilense strain Az39 plasmid AbAZ39_p1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007794.1]
abq;date NCBI 25.4.21;;3064393 bp;Azospirillum brasilense strain Az39 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007793.1]
absp;date NCBI 11.4.22;;1766028 bp;Azospirillum baldaniorum plasmid AZOBR_p1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016594.1]
abs;date NCBI 25.4.21;;3023440 bp;Azospirillum baldaniorum;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016617.1]
auap;date NCBI 12.4.22;;9393 bp;Aureimonas sp. AU20 plasmid pAU20rrn;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006375.1]
aua;date NCBI 12.4.21;;3742793 bp;Aureimonas sp. AU20 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1]
;;;;;;;;;
gama;;;;;;;;;
ecoN;date NCBI 11.5.21 ;;5441200 pb;Escherichia coli Nissle 1917 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1]
vpb1;date NCBI 20.02.22 ;;3297305 bp;Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_019955.1]
vpb2;date NCBI 20.02.22 ;;1806219 bp;Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 2;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_019971.1]
eal;date NCBI 28.2.14;;4701875 bp;Escherichia albertii KF1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP007025]
vha1;date NCBI 12.12.21 ;;3765351 bp;Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 chromosome I;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009783.1]
vha2;date NCBI 12.12.21 ;;2204018 bp;Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 chromosome II;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009784.1]
;;;;;;;;;
alpha gama;;;;;;;;;
eco;date NCBI 7.3.22;;4641652 bp;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U00096]
amed;date NCBI 15.1.22 ;;4777154 bp;Aeromonas media WS chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007567.1]
agr l;date NCBI 19.4.21;;2148289 bp;Agrobacterium fabacearum chromosome linear;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015508.1]
agr c;date NCBI 24.4.22;;2823930 bp;Agrobacterium fabacearum chromosome circular;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015183.1]
;;;;;;;;;
bacilli;;;;;;;;;
lmo;Date NCBI 27.2.15;;2944528 bp;Listeria monocytogenes EGD-e;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL591824]
lam;Date NCBI 6.3.22;;2078001 bp;Lactobacillus amylovorus;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015214.1]
lbu;date ncbi 13.2.22;;1856951 bp;Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_008529.1]
ban;date ncbi 21.1.22;;5321900 bp;Bacillus anthracis strain 2002013094 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902]
ppm;date ncbi 10.11.21;;5728392 bp;Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014622.2]
ppmp;date ncbi 10.11.21;;510118 bp ;Paenibacillus polymyxa SC2, plasmid pSC2.;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014628.2]
;;;;;;;;;
clostridia;;;;;;;;;
psor;date NCBI 8.1.18;;3550458 bp;Paeniclostridium sordellii strain AM370 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP014150]
cdc;date NCBI 6.2.22;;4110554 bp;Clostridioides difficile CD196;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013315.1]
cdc8;date NCBI 6.2.22;;4308325 bp;Clostridioides difficile M68;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017175.1]
cbc;date NCBI 14.4.15;;3892029 bp;Clostridium botulinum CDC_297;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP006907.1]
cle;date NCBI 19.3.21;;4714237 bp;Cellulosilyticum lentocellum DSM 5427;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015275.1]
hmo;date NCBI 6.3.22;;3075407 bp;Heliomicrobium modesticaldum Ice1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010337.2]
;;;;;;;;;
actino;;;;;;;;;
sma;date NCBI 20.4.21;;9025608 bp;Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5]
ksk;date NCBI 15.12.21;;8783278 bp;Kitasatospora setae KM-6054;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1]
;;;;;;;;;
apal;;;;;;;;;
npu;date NCBI 6.2.22 ;;8234322 bp;Nostoc punctiforme PCC 73102;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1]
apal;date NCBI 14.12.21;;1554229 bp;Alteracholeplasma palmae J233;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1]
mfe;date NCBI 11.12.21;;3914091 bp;Methanosarcina sp. WH1 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1]
mfi;date NCBI 25.9.19 ;;2478074 bp;Methanobacterium formicicum genome assembly DSM1535, chromosome : chrI;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1?report=genbank]
fps;date NCBI 14.12.21 ;;2860382 bp;Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3]
;;;;;;;;;
Liste de la pré-étude de 21 génomes sauvegardés avant la nouvelle méthode et avec les fréquences des intercalaires CDS-CDS des chapitres “génome, intercalaires entre CDS”.;;;;;;;;;
Artb;;;;;;;;;
rtb;date NCBI 7.12.20 ;;1112957 bp;Rickettsia typhi str. B9991CWPP;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017062.1];
pub;date NCBI 24.01.21 ;;1308759 bp;Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1];
abra;date NCBI 13.12.20 ;;1877792 bp;Acholeplasma brassicae;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1];
mja;date NCBI 09.04.20 ;;1664970 bp;Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1];
pmg;date NCBI 08.02.21 ;;1641879 bp;Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1];
blo;date NCBI 25.10.20 ;;2256640 bp;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2];
scc;date NCBI 16.07.20 ;;2227296 bp;Sphaerochaeta coccoides DSM 17374;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1];
afn;date NCBI 30.08.20 ;;2329769 bp;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1];
;;;;;;;;;
Acbn;;;;;;;;;
cbn;date NCBI 31.01.14 ;;2773157 bp;Clostridium botulinum BKT015925;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP002410];
ant;date NCBI 24.09.20 ;;3192235 bp;Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1];
myr;date NCBI 18.01.21 ;;4155464 bp;Myroides sp. A21;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1];
rru;date NCBI 10.03.20 ;;4352825 pb;Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1];
mba;date NCBI 17.12.20 ;;4837408 bp;Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1];
;;;;;;;;;
Aspl;;;;;;;;;
spl;date NCBI 24.09.20 ;;5174581 bp;Shewanella pealeana ATCC 700345;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009901.1];
cvi;date NCBI 25.12.20 ;;4751080 bp;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1];
bsu;date NCBI 08.02.18 ;;4215606 bp;Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL009126];
ade;date NCBI 16.07.20 ;;5029329 bp;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1];
eco;date NCBI 23.09.20 ;;4641652 bp;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U00096];
;;;;;;;;;
Apmq;;;;;;;;;
pmq;date NCBI 07.02.21 ;;8739048 bp;Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016935.1];
cbei;date NCBI 31.07.20 ;;6485394 bp;Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010086.2];
ase;date NCBI 17.12.20 ;;9239851 bp;Actinoplanes sp. SE50/110;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1];

Les blocs à tRNA

Les cds dans les blocs à tRNA

Lien tableau: cds

27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328  ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp < ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;

Les totaux des génomes par type

Lien tableau: Les totaux des génomes par type
Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).

;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;1;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
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1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
2 tta;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
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;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;48;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
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avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
2 aac;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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1-3aas;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atgi;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
gca;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
2 aaa;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
2 ttc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
aac;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
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;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;38;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
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1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
4 ggc;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
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;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
-16s;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
tcc;ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
tca;cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
agc;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;39
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctc;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
3 aac;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
aaa;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
2 atgf;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
tgg;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
cgg;tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;8;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;52
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
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;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
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;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
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;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;;;;;;;;
;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;36;;;;;;;;;4;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;39;;;;;;;;;20;;;;;;;;;10;;;;;;;;;
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;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;35;;;;;;;;;5;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;30;;;;;;;;;10;;;;;;;;;13;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;22;;;;;;;;;37;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;continus;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ttc2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ggc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;aac3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;tcc2;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;cac3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;(gaa cgt)2;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta gac)5 gtg gac;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;beta;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+>a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;

Les totaux des types

Lien tableau: Les totaux des types

bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666

La référence +5s >3

Lien tableau: La référence +5s >3

La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;

totaux par rapport au groupe de référence

Lien tableau: totaux par rapport au groupe de référence

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114

Caractérisation des tRNAs

Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication

Lien tableau: Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication

gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;

Construction du tableau avec les sous-totaux

Lien tableau: Construction du tableau avec les sous-totaux
Lien tableur au tableau de contrôle: tableau
Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.

bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;6;80;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;;
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;;
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23;;beta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
delta1;;;;;;;45;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18;;delta1;;;;;;;;;delta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;2;aac;0;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;0;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total

Les processus +16s -16s -5s 1-3aas

Lien tableau: Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas

Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence

Lien tableau: Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence

;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135

Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires

Lien tableau: Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires

+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000

Classement des tRNAs avec les 8 processus

Lien tableau: Classement des tRNAs avec les 8 processus

;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-

Les intercalaires dans les genome.cumuls

Lien tableau: Les intercalaires dans les genome.cumuls
Récapitulatif des chapitres cumuls
- ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
- Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
- 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)

;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;