Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/Atableur

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Atableur
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Annexe 12
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/Atableur
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bacilli[modifier | modifier le wikicode]

Bacillus subtilis[modifier | modifier le wikicode]

bsu[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: bsu
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;

bsu blocs[modifier | modifier le wikicode]

bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;

bsu données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: bsu données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;bsu;long;long
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;401;406
0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;4;gta;9;atgj;402;411
0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;36;aca;**;gaa;404;412
0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;6;aaa;3;gaa;406;421
0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;40;cta;4;gta;407;422
0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;14;ggc;22;aca;407;422
0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;9;tta;4;tac;408;423
2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;27;cgt;**;caa;409;423
1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;atc;9;cca;4;aac;410;423
3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;**;gca;29;agc;410;426
1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;gca;4;aac;11;gaa;411;427
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;56;acc;26;caa;413;442
1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;gta;30;ggc;11;aaa;413;446
0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;aac;27;cgt;80;cta;415;448
0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;atgf;8;cca;**;ctc;415;463
0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;aac;**;gca;35;ttc;425;463
0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;intra;13;cgt;81;gac;434;465
0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;atc gca;**;gga;9;gaa;435;471
2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;60;atgf;**;aaa;438;471
0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;gca;**;gac;;;442;480
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;gca;5;aac;;;442;481
0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;gga;34;tcc;;;446;482
0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;9;gaa;CDS-CDS;inf 50;448;485
0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;9;gta;intercalaire;;459;503
0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;11;atgf;c-;x-;463;518
0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;12;gac;-7616;-361;464;521
0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;5;ttc;-500;-127;471;531
1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;22;aca;-492;-93;475;544
0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;5;tac;-164;-86;482;548
1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;24;tgg;-154;-71;484;552
0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;9;cac;-143;-69;485;559
0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;49;caa;-119;-58;487;560
0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;5;ggc;-113;;490;567
0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;7;tgc;-101;;494;573
1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;265;tta;-95;;495;573
0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;**;ttg;-94;;496;582
0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;25;gaa;-92;;506;582
0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;3;agc;-91;;515;619
0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;10;aac;-82;;517;625
0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;15;atc;-65;;520;627
0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;10;gga;-59;;529;669
1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;17;cac;-58;;529;682
16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;12;ttc;total;intercalaires;533;731
15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;11;gac;;434,723;538;777
0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;17;atgf;ADN long;4,215,606;546;809
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;6;tca;%;10.3;550;824
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;2;atgi;;;555;950
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;19;atgj;non RNA;190;558;1021
;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;5;gca;;;572;7511
;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;15;cca;;;577;
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;9;cgt;;;584;
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;14;tta;;;588;
;;;;;;;;;;;;;;;;;5;ggc;;;594;
;;;;;;;;;;;;;;;;;10;ctg;;;594;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;aaa;;;602;
;;;;;;;;;;;;;;;;;32;aca;;;623;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gta;;;783;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;783;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;952;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1306;

bsu autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: bsu autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;bsu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6994;9459;350;*;
;;rRNA;9810;11364;99;*;16s
;;tRNA;11464;11540;11;*;atc
;;tRNA;11552;11627;81;*;gca
;;rRNA;11709;14636;55;*;23s
;;rRNA;14692;14810;36;*;5s
fin;comp;CDS;14847;15794;;0;
deb;;CDS;19968;20558;52;*;
;;misc_RNA;20611;20823;56;*;
deb;;CDS;20880;22157;134;*;
;;tRNA;22292;22384;111;*;tca
fin;comp;CDS;22496;23149;;;
deb;;CDS;25852;26337;41;*;
;;misc_RNA;26379;26732;81;*;
fin;;CDS;26814;28505;;;
deb;;CDS;29772;30035;243;*;
;;rRNA;30279;31832;99;*;16s
;;tRNA;31932;32008;11;*;atc
;;tRNA;32020;32095;81;*;gca
;;rRNA;32177;35103;133;*;23s
;;rRNA;35237;35355;175;*;5s
fin;;CDS;35531;35725;;;
deb;;CDS;69626;70012;168;*;
;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj
;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa
fin;;CDS;70538;73021;;;
deb;;CDS;88727;90226;309;*;
;;rRNA;90536;92089;164;*;16s
;;rRNA;92254;95181;55;*;23s
;;rRNA;95237;95354;20;*;5s
;;tRNA;95375;95450;4;*;gta
;;tRNA;95455;95530;36;*;aca
;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa
;;tRNA;95649;95731;40;*;cta
;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc
;;tRNA;95861;95946;9;*;tta
;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt
;;tRNA;96060;96136;9;*;cca
;;tRNA;96146;96221;170;*;gca
;;rRNA;96392;97945;164;*;16s
;;rRNA;98110;101037;55;*;23s
;;rRNA;101093;101211;237;*;5s
fin;;CDS;101449;101913;;;
deb;;CDS;119111;119809;45;*;
;;misc_RNA;119855;119995;65;*;
fin;;CDS;120061;120561;;;
deb;;CDS;152937;153680;56;*;
;;misc_RNA;153737;153793;48;*;
fin;;CDS;153842;154279;;;
deb;comp;CDS;159779;160543;349;*;
;;rRNA;160893;162445;164;*;16s
;;rRNA;162610;165535;55;*;23s
;;rRNA;165591;165707;46;*;5s
;;tRNA;165754;165825;4;*;aac
;;tRNA;165830;165902;56;*;acc
;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc
;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt
;;tRNA;166168;166244;8;*;cca
;;tRNA;166253;166328;171;*;gca
;;rRNA;166500;168053;164;*;16s
;;rRNA;168218;171141;55;*;23s
;;rRNA;171197;171314;183;*;5s
;;rRNA;171498;173049;164;*;16s
;;rRNA;173214;176141;55;*;23s
;;rRNA;176197;176315;767;*;5s
fin;;CDS;177083;178519;;;
deb;comp;CDS;193570;194025;179;*;
;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa
;;tRNA;194283;194358;4;*;gta
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fin;comp;CDS;3194635;3195465;;;
deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*;
;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*;
fin;comp;CDS;3335751;3336272;;;
deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*;
;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*;
fin;comp;CDS;3360974;3361111;;;
deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*;
;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*;
fin;comp;CDS;3364618;3364962;;;
deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*;
;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*;
fin;;CDS;3404835;3405626;;0;
deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*;
;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*;
fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0;
deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*;
;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*;
fin;comp;CDS;3451248;3451718;;;
deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*;
;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*;
fin;comp;CDS;3491655;3492689;;;
deb;;CDS;3544642;3545604;284;*;
;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg
fin;;CDS;3546234;3546827;;0;
deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*;
;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*;
;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*;
fin;comp;CDS;3856782;3856937;;;
deb;;CDS;3946394;3946909;0;*;
;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*;
fin;;CDS;3947158;3948399;;;
deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*;
;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*;
fin;;CDS;3989331;3989873;;0;
deb;;CDS;3997221;3997709;65;*;
;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*;
deb;;CDS;3997964;3999097;68;*;
;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*;
fin;;CDS;3999350;4000486;;0;
deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*;
;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*;
fin;;CDS;4005752;4006945;;0;
deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*;
;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*;
fin;;CDS;4097416;4098150;;;
deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*;
;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc
;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac
;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa
;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa
fin;comp;CDS;4155433;4156725;;;
deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*;
;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*;
fin;;CDS;4170045;4171352;;0;

Intergen51. bsu. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

bsu intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, t30 t50.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6
290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0
330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1
340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3
350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0
360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1
370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2
380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0
390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1
400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8
reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0
total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3
diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2
 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573

bsu distribution[modifier | modifier le wikicode]

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;

bsu lmo[modifier | modifier le wikicode]

bsu-lmo  comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;

Listeria monocytogenes[modifier | modifier le wikicode]

lmo[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: lmo
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;

lmo distribution[modifier | modifier le wikicode]

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;

lmo données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: lmo données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
  • Note du 01/12/22: remaniement des tRNAin en 2*46 gca atc seulement. Le reste est mis dans contig.
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;lmo;long;long
;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;tRNA tRNA;contig;403;401
10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;gca;5;gaa;403;402
20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;34;agc;408;403
30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;atc;6;aac;422;405
40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;25;atc;424;411
50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;gca;23;gga;427;412
60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;28;cac;440;423
70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;gta;4;ttc;441;425
80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;aac;4;gac;447;428
90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;intra;42;atgf;447;429
100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;2* 46;gca;22;tca;449;432
110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;**;atc;11;atgi;450;440
120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;tRNA tRNA;;42;atgj;454;441
130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;3;aac;22;gca;464;451
140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;**;agc;10;cca;478;451
150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;27;gaa;9;cgt;484;454
160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;**;gac;14;tta;495;456
170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;157;gaa;15;ggc;498;460
180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;9;acg;5;cta;502;461
190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;11;tac;41;aaa;516;462
200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;6;caa;8;aca;534;464
210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;**;aaa;**;gta;536;480
220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;;;45;ttg;538;492
230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;;;19;tgc;543;493
240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;;;5;ggc;566;500
250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;;;29;caa;571;503
260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;;;15;cac;588;554
270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;;;7;tgg;602;573
280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;;;20;tac;618;580
290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;;;4;ttc;623;589
300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;;;6;gac;659;597
310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;;;21;atgf;679;600
320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;;;56;gta;691;634
330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;33;gaa;735;639
340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;6;tcc;817;666
350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;CDS-CDS;inf 50;;**;aac;833;673
360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;intercalaire;;;8;gta;1083;680
370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;c-;x-;;41;aca;;684
380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;-161;-71;;5;aaa;;692
390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;-97;;;14;cta;;705
400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;-88;;;21;ggc;;725
reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;-71;;;12;tta;;767
;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;-59;;;10;cgt;;785
;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;-56;;;19;cca;;793
;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;-52;;;**;gca;;816
;;;;;;;;;-46;;1;;total;intercalaires;;24;acc;;819
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;288,032;;**;aac;;821
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;ADN long;2,944,528;;;;;831
;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;%;9.8;;;;;895
;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;913
;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;non RNA;0;;;;;949
;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;

lmo autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
  • Construction: remarque sur les nombreux regulatory
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;

Intergen51. lmo. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

lmo blocs[modifier | modifier le wikicode]

lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;

lam[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: lam
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;

lam blocs[modifier | modifier le wikicode]

lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;

lam distribution[modifier | modifier le wikicode]

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
>1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;

lam données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: lam données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;lam;long;long
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;403;417
0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;2;gta;111;ggc;404;423
0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;13;aaa;112;ggc;408;431
0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;23;cta;35;ggc;413;442
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;10;aca;**;ccg;419;453
0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;atc;11;ggc;35;gaa;421;453
3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;8;tta;9;tca;423;465
0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;gca;5;cgt;3;atgf;429;481
0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;29;cca;6;gac;435;489
3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;aac;12;atgj;7;ttc;437;495
1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;gta;27;atgi;4;tac;437;500
0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;intra;3;atgf;12;tgg;439;505
1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;atc gca;6;gac;7;cac;440;512
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;19;ttc;23;caa;449;523
1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;5;gga;40;tgc;462;525
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;2;atc;**;ttg;466;529
0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;**;agc;34;tac;467;548
1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;10;tcc;**;caa;526;553
0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;**;aac;6;tca;528;558
0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;CDS-CDS;inf 50;;;;7;gac;578;646
0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;intercalaire;;;;;4;cac;589;684
0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;c-;x-;;;;**;gta;590;696
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;-64;néant;;;;5;gta;608;961
0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;-53;;;;;**;gaa;617;1100
1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;-53;;;;;8;cgt;688;1332
0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;total;intercalaires;;;;**;cca;789;
0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;210,907;;;;;;1405;
0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;ADN long;2,078,001;;;;;;;
0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;%;10.1;;;;;;;
0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;non RNA;54;;;;;;;
0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;;
0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;;
0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;;
0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;;
0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;;
0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;;
0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;;
15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;;
15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;;
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;

lam autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: lam autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;

Intergen51. lam. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

ppm[modifier | modifier le wikicode]

opérons[modifier | modifier le wikicode]

ppm chromosome[modifier | modifier le wikicode]
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
ppm plasmide[modifier | modifier le wikicode]
  • Plasmide
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
ppm plasmide MAJ[modifier | modifier le wikicode]
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;

ppm cumuls[modifier | modifier le wikicode]

Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
  • Plasmide
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;

ppm blocs[modifier | modifier le wikicode]

ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;

ppm distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
  • Plasmide
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45

ppm données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ppm données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;400-600;;reste;Sup 700
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;effectif;;;long;long
;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;ppm;fx;fc;fx;fc
0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;tRNA tRNA;contig;tRNA tRNA;suite;contig;400;1116;2955;708;702
10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;gca;28;agc;7;;cca;410;10;13;730;702
20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;10;atgj;12;;ttg;420;6;17;734;705
30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;gca;4;gta;5;;cgt;430;8;8;749;719
40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;gca;19;aca;38;;ggc;440;5;16;751;719
50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;gca;77;gac;28;;aaa;450;7;2;763;723
60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;9;ttc;26;;gac;460;8;8;764;728
70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;atc;7;tac;30;;atgf;470;6;9;770;736
80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;atc;**;aaa;9;;gta;480;4;3;778;740
90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;gca;22;atc;17;;gaa;490;3;7;794;743
100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;aac;4;gca;3;;tcc;500;5;7;800;743
110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;atc;34;aac;**;;aac;510;8;8;811;745
120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;3;atgj;9;;gga;520;5;8;836;751
130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;agc;31;agc;22;;cca;530;5;9;844;752
140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;intra;6;gaa;5;;cgt;540;2;7;854;755
150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;atc gca;10;gta;10;;ggc;550;5;5;855;761
160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;25;atgf;11;;cta;560;4;3;866;763
170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;aac;50;gac;4;;aaa;570;4;2;988;775
180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;agc;25;ttc;55;;caa;580;4;4;1042;786
190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;gaa;5;aca;11;;gta;590;5;2;1130;795
200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;aaa;16;tac;11;;gaa;600;1;3;1176;798
210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;ctc;18;cac;3;;acc;610;4;3;1244;801
220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;gcc;4;caa;**;;aac;620;1;1;1277;805
230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;aag;15;aaa;;;;630;1;4;1310;820
240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;ttg;6;ctg;;;;640;3;1;1482;824
250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;tgc;10;ggc;;;;650;0;0;1505;836
260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;ggc;26;tgc;;;;660;4;5;;840
270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;caa;22;cgt;;;;670;3;3;;847
280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;cac;9;cca;;;;680;2;1;;849
290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;tgg;**;gga;;CDS-CDS;inf 50;690;1;1;;857
300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;tac;4;gca;;intercalaire;;700;1;4;;866
310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;aca;3;aac;;c-;x-;;;;;867
320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;ttc;19;tcc;;-101;-87;;;;;888
330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;gac;9;gaa;;-80;-71;;;;;893
340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;atgf;29;gta;;-64;-68;;;;;898
350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;gta;25;atgf;;-55;;;;;;955
360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;gaa;13;gac;;-55;;;;;;977
370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;tcc;4;aca;;-53;;;;;;979
380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;aac;102;tac;;-53;;;;;;1005
390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;4;caa;;total;intercalaires;;;;;1018
400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;12;aaa;;;791,31;;;;;1020
reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;10;cta;;ADN long;5,728,392;;;;;1028
;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;5;ggc;;%;13.8;;;;;1046
;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;12;cgt;;;;;;;;1108
;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;7;ttg;;non RNA;8;;;;;1110
;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;7;cca;;;;;;;;1130
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;**;gga;;;;;;;;1167
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;;;;1215
;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;;;;1237
;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;;;;1239
;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;;;;1303
;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;;;;1323
;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;;;;1390
;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;;;;1431
;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;;;;1479
;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;;;;1614
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2159

ppm autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ppm autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;

ppmp données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ppmp données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;;reste;Sup 400
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;ppmp;long;long
;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;aa;fx;fc
0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;;404;401
10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;tta;420;401
20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;aca;427;402
30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;tcg;433;403
40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;tcc;438;406
50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;ctt;442;410
60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;tcg;466;423
70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;tca;480;427
80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;;512;439
90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;;514;439
100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;;546;440
110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;;560;446
120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;CDS-CDS;inf 50;565;448
130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;intercalaire;;582;470
140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;c-;x-;593;476
150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;-92;néant;602;476
160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;-56;;643;484
170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;total;intercalaires;654;490
180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;119,608;657;503
190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;ADN long;510,118;735;504
200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;%;23.4;753;521
210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;;933;524
220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;non RNA;2;1087;532
230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;;1108;562
240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;;1171;562
250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;;;576
260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;;;586
270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;;;598
280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;;;600
290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;;;608
300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;;;619
310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;;;620
320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;;;642
330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;;;672
340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;;;673
350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;;;719
360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;;;719
370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;;;719
380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;;;719
390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;;;720
400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;;;728
reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;;;743
;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;;;755
;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;;;804
;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;;;857
;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;863
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;974
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;981
;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;;;1009
;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;;;1013
;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;;;1048
;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;;;1053
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1137
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1882

ppmp autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ppmp autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires ;;ppmp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3920;4174;536;*;
;;tRNA;4711;4803;5;*;agc
;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc
;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa
;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt
;;tRNA;5112;5186;101;*;cca
;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg
;;tRNA;5366;5441;7;*;tat
;;tRNA;5449;5522;6;*;caa
;;tRNA;5529;5605;5;*;cac
;;tRNA;5611;5686;125;*;gac
;;tRNA;5812;5887;10;*;gga
;;tRNA;5898;5973;4;*;aac
;;tRNA;5978;6066;9;*;tac
;;tRNA;6076;6153;82;*;ata
;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi
;;tRNA;6317;6392;4;*;aac
;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg
;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa
;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc
;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc
;;tRNA;6908;6980;7;*;cga
;;tRNA;6988;7065;5;*;cca
;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg
;;tRNA;7161;7235;4;*;atc
;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf
;;tRNA;7323;7398;109;*;gca
;;tRNA;7508;7584;3;*;cga
;;tRNA;7588;7668;13;*;cta
;;tRNA;7682;7758;8;*;atc
;;tRNA;7767;7841;4;*;aac
;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg
deb;;CDS;7953;8324;-24;*;
;;tRNA;8301;8378;8;*;gac
;;tRNA;8387;8473;86;*;tac
;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa
;;tRNA;8647;8720;4;*;gga
;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc
;;tRNA;8808;8882;100;*;acg
deb;comp;CDS;8983;9600;89;*;
;;tRNA;9690;9771;3;*;tta
;;tRNA;9775;9849;35;*;aca
fin;comp;CDS;9885;10169;;;
deb;comp;CDS;10320;10622;116;*;
;;tRNA;10739;10813;18;*;aca
fin;comp;CDS;10832;11146;;;
deb;comp;CDS;11363;11599;94;*;
;;tRNA;11694;11765;106;*;aga
fin;;CDS;11872;12312;;0;
deb;;CDS;13199;14083;226;*;
;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg
;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc
;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt
;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg
;;tRNA;14660;14751;119;*;tca
fin;;CDS;14871;15080;;0;
deb;comp;CDS;227125;227388;444;*;
;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga
deb;comp;CDS;228152;228391;126;*;
;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other
fin;comp;CDS;228741;229064;;;
deb;comp;CDS;229793;229999;24;*;
;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca
deb;comp;CDS;230872;231393;164;*;
;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta
fin;;CDS;232618;233067;;0;
deb;;CDS;369072;371174;102;*;
;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b
fin;;CDS;371577;374243;;;

Intergen51. ppm. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

pmq[modifier | modifier le wikicode]

pmq opérons[modifier | modifier le wikicode]

58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
;184906..184982;atgj;;39;;;39;;
;185022..185097;gta;;15;;;15;;
;185113..185189;atgf;;14;;;14;;
;185204..185280;gac;;48;;;48;;
;185329..185404;ttc;;5;;;5;;
;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
;260485..260569;tac;;20;;;20;;
;260590..260665;aac;;3;;;3;;
;260669..260744;gta;;19;;;19;;
;260764..260840;gac;;20;;;20;;
;260861..260933;ttc;;15;;;15;;
;260949..261021;aaa;;10;;;10;;
;261032..261118;ctg;;3;;;3;;
;261122..261196;ggc;;12;;;12;;
;261209..261280;tgc;;15;;;15;;
;261296..261369;cgt;;5;;;5;;
;261375..261448;cca;;158;;;*158;;
;261607..261682;gca;;4;;;4;;
;261687..261759;acc;;5;;;5;;
;261765..261854;tcg;;19;;;19;;
;261874..261961;agc;;17;;;17;;
;261979..262054;gtc;;5;;;5;;
;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
;585869..585942;aga;;187;187;;;;187
;586130..586885;CDS;;85587;;;;252;
;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
;672968..673043;aac;;7;;7;;;
;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
;701671..701747;atgf;;4;;;4;;
;701752..701825;tgg;;9;;;9;;
;701835..701909;caa;;8;;;8;;
;701918..701990;aaa;;18;;;18;;
;702009..702095;ctg;;4;;;4;;
;702100..702174;ggc;;11;;;11;;
;702186..702259;cgt;;12;;;12;;
;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577
;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
;1074588..1076136;16s;;260;;;;;
;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;;
;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
;1600724..1600799;aac;;4;;;4;;
;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;;
;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;;
;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74;
;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;;
comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;;
comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd

pmq cumuls[modifier | modifier le wikicode]

pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;

pmq blocs[modifier | modifier le wikicode]

Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234

pmq distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138

pmq données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: pmq données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;;Sup 800;Sup 1200
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;x;aa;c;aa;pmq;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;1623;4186;804;807;1203
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;29;agc;11;atc;28;;ctc;7;aac;410;14;15;810;811;1206
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;39;atgj;5;gaa;12;;tcc;297;agc;420;10;15;823;814;1240
;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;15;gta;5;gtc;14;;atgf;9;gaa;430;16;19;826;815;1252
;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;14;atgf;4;atgf;14;;atgj;**;ctc;440;10;21;837;816;1263
;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;48;gac;9;tgg;8;;agc;16;gca;450;9;10;849;819;1270
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;5;ttc;8;caa;4;;tcg;12;gaa;460;12;13;851;827;1276
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;9;aca;18;aaa;4;;acc;16;gta;470;5;12;851;828;1276
1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;15;tac;7;ctg;;119;gca;17;gac;480;7;14;856;828;1277
1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;**;aaa;11;ggc;;36;ncRNA;9;cac;490;11;9;856;830;1351
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;19;atc;12;cgt;6;;cca;9;caa;500;15;11;858;852;1352
;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;16;gca;**;cca;104;;cgt;8;aaa;510;6;7;858;863;1428
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;9;gaa;6;aac;7;;ggc;3;ctg;520;7;7;873;868;1497
;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;20;tac;38;tcc;9;;ctg;**;ggc;530;5;9;875;885;1534
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;3;aac;11;gaa;9;;aaa;49;ctg;540;9;10;886;885;1546
;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;19;gta;17;gta;9;;caa;**;ctg;550;6;14;896;899;1576
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;20;gac;13;atgf;17;;cac;40;ctc;560;2;10;906;900;1613
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;15;ttc;49;gac;12;;gac;13;tcc;570;6;9;910;903;1742
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;10;aaa;4;ttc;4;;gta;19;atgj;580;3;6;921;912;
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;agc;3;ctg;13;aca;15;;aac;**;tcg;590;3;8;922;913;
1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;atc;12;ggc;8;tac;8;;tac;7;tta;600;4;8;923;931;
;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;atc;15;tgc;13;tgg;5;;aca;19;atgi;610;4;11;930;932;
;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;atc;5;cgt;26;cac;15;;gaa;**;atgf;620;6;4;936;935;
2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;aac;158;cca;9;caa;9;;gcc;230;cac;630;2;4;940;947;
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;aac;4;gca;12;ggc;**;;atc;**;cac;640;2;4;949;951;
;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;ttc;5;acc;10;tgc;5;;ggg;;;650;4;6;959;962;
;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;19;tcg;20;tta;106;;cca;;;660;6;2;963;989;
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;17;agc;3;cgt;11;;cgt;;;670;3;2;987;996;
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;5;gtc;**;ttg;5;;ggc;;;680;2;3;992;1006;
;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;CDS-CDS;inf 50;;;39;acg;19;atc;13;;ctg;;;690;2;4;1007;1013;
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;intercalaire;;;;41;tcc;17;gca;16;;ctc;;;700;2;2;1027;1024;
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;c-;x-;;;**;ctc;8;gaa;10;;aaa;;;710;1;4;1038;1040;
;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;-119;-89;;;10;aac;5;gta;28;;tac;;;720;3;2;1042;1045;
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;-119;-75;;;38;tcc;10;aca;**;;ttc;;;730;1;4;1054;1052;
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;-116;-73;;;11;gaa;18;tac;5;;gga;;;740;4;1;1055;1052;
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;-115;-65;;;17;gta;4;aac;16;;cca;;;750;3;1;1084;1077;
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;-113;-51;;;15;atgf;21;gta;4;;cgt;;;760;4;2;1087;1088;
;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;-101;;;;67;gac;12;atgf;8;;ggc;;;770;2;3;1169;1095;
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;-101;;;;11;acg;34;gac;42;;cta;;;780;2;2;1211;1109;
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;-95;;;;10;cac;13;cac;8;;aaa;;;790;3;0;1277;1141;
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;-95;;;;5;caa;8;caa;9;;caa;;;800;2;3;1279;1157;
2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;-74;;;;17;aaa;17;aaa;4;;tgg;;;;47;63;1318;1184;
15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;-65;;;;40;ggc;13;ctc;5;;atgf;;;;;;1378;1186;
13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;-65;;;;24;ggc;5;ctg;5;;gtc;;;;;;1521;1189;
0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;-56;;;;8;ttg;14;ggc;11;;gaa;;;;;;1532;1200;
;;;;;;;;-46;0;1;;;-56;;;;19;cca;10;tgc;**;;atc;;;;;;1551;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;-55;;;;1;gga;5;cgt;;;;;;;;;1651;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;-53;;;;**;aga;**;cca;;;;;;;;;;;
;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;total;intercalaires;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;1,228,719;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;ADN long;8,739,048;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;%;14.1;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;non RNA;12;;;;;;;;;;;;;;;;;

pmq autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: pmq autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;pmq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9206;10276;318;*;
;;rRNA;10595;12131;280;*;16s
;;rRNA;12412;15341;97;*;23s
;;rRNA;15439;15555;178;*;5s
fin;;CDS;15734;17190;;;
deb;;CDS;20252;21532;47;*;
;;tRNA;21580;21669;137;*;tca
fin;;CDS;21807;22157;;;
deb;;CDS;25422;26165;222;*;
;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg
fin;;CDS;26644;27168;;;
deb;;CDS;178456;179454;299;*;
;;rRNA;179754;181290;266;*;16s
;;rRNA;181557;184486;170;*;23s
;;rRNA;184657;184773;15;*;5s
;;tRNA;184789;184876;29;*;agc
;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj
;;tRNA;185022;185097;15;*;gta
;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf
;;tRNA;185204;185280;48;*;gac
;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc
;;tRNA;185410;185485;9;*;aca
;;tRNA;185495;185579;15;*;tac
;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa
fin;comp;CDS;185854;187104;;0;
deb;comp;CDS;217565;218146;129;*;
;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg
fin;;CDS;218612;219643;;;
deb;;CDS;230970;231455;186;*;
;;tmRNA;231642;232004;140;*;
fin;;CDS;232145;232804;;;
deb;;CDS;253921;254526;673;*;
;;rRNA;255200;256736;280;*;16s
;;rRNA;257017;259946;97;*;23s
;;rRNA;260044;260160;55;*;5s
;;tRNA;260216;260292;19;*;atc
;;tRNA;260312;260387;16;*;gca
;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa
;;tRNA;260485;260569;20;*;tac
;;tRNA;260590;260665;3;*;aac
;;tRNA;260669;260744;19;*;gta
;;tRNA;260764;260840;20;*;gac
;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc
;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa
;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg
;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc
;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc
;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt
;;tRNA;261375;261448;158;*;cca
;;tRNA;261607;261682;4;*;gca
;;tRNA;261687;261759;5;*;acc
;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg
;;tRNA;261874;261961;17;*;agc
;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc
;;tRNA;262060;262134;39;*;acg
;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc
;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc
fin;;CDS;262670;263515;;;
deb;;CDS;578195;579055;320;*;
;;rRNA;579376;580913;269;*;16s
;;rRNA;581183;584112;168;*;23s
;;rRNA;584281;584397;31;*;5s
;;tRNA;584429;584501;10;*;aac
;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc
;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa
;;tRNA;584722;584797;17;*;gta
;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf
;;tRNA;584907;584983;67;*;gac
;;tRNA;585051;585125;11;*;acg
;;tRNA;585137;585212;10;*;cac
;;tRNA;585223;585297;5;*;caa
;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa
;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc
;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc
;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg
;;tRNA;585698;585774;19;*;cca
;;tRNA;585794;585867;1;*;gga
;;tRNA;585869;585942;187;*;aga
fin;;CDS;586130;586885;;;
deb;;CDS;672473;672949;18;*;
;;tRNA;672968;673043;7;*;aac
;;tRNA;673051;673138;297;*;agc
;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa
;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc
fin;;CDS;673780;674199;;;
deb;;CDS;674382;675278;159;*;
;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc
fin;;CDS;675585;675833;;;
deb;comp;CDS;694284;695636;793;*;
;;rRNA;696430;697966;272;*;16s
;;rRNA;698239;701168;96;*;23s
;;rRNA;701265;701381;43;*;5s
;;tRNA;701425;701498;11;*;atc
;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa
;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc
;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf
;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg
;;tRNA;701835;701909;8;*;caa
;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa
;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg
;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc
;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt
;;tRNA;702272;702348;577;*;cca
fin;;CDS;702926;703120;;;
deb;;CDS;1073441;1074214;377;*;
;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s
;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s
;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s
;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac
;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc
;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa
;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta
;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf
;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac
;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc
;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca
;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac
;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg
;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac
;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa
;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc
;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc
;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta
;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt
;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg
fin;;CDS;1081347;1081973;;0;
deb;;CDS;1210625;1213519;354;*;
;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca
;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa
;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta
;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac
;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac
;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa
;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa
;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg
;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc
fin;comp;CDS;1214817;1215602;;;
deb;;CDS;1594387;1594665;533;*;
;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s
;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s
;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s
;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc
;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca
;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa
;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta
;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca
;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac
;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac
;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta
;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf
;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac
;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac
;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa
;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa
;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc
;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg
;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc
;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc
;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt
;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca
fin;;CDS;1601982;1602245;;;
deb;;CDS;1834781;1835260;106;*;
;;tRNA;1835367;1835439;137;*;gcc
fin;comp;CDS;1835577;1835978;;;
deb;;CDS;2147627;2148466;89;*;
;;ncRNA;2148556;2148735;114;*;
fin;;CDS;2148850;2149506;;0;
deb;comp;CDS;2207093;2208091;192;*;
;;tRNA;2208284;2208367;49;*;ctg
;;tRNA;2208417;2208500;315;*;ctg
fin;;CDS;2208816;2209952;;;
deb;;CDS;3456514;3456786;256;*;
;;tRNA;3457043;3457119;142;*;ccc
fin;;CDS;3457262;3457483;;;
deb;comp;CDS;5004536;5005159;394;*;
;comp;tRNA;5005554;5005636;40;*;ctc
;comp;tRNA;5005677;5005765;13;*;tcc
;comp;tRNA;5005779;5005852;19;*;atgj
;comp;tRNA;5005872;5005958;167;*;tcg
;;ncRNA;5006126;5006220;132;*;
fin;comp;CDS;5006353;5007825;;;
deb;comp;CDS;6383256;6384173;228;*;
;;tRNA;6384402;6384474;72;*;gtc
fin;comp;CDS;6384547;6385458;;;
deb;comp;CDS;6390912;6391130;142;*;
;comp;tRNA;6391273;6391358;7;*;tta
;comp;tRNA;6391366;6391442;19;*;atgi
;comp;tRNA;6391462;6391538;75;*;atgf
fin;comp;CDS;6391614;6391778;;;
deb;;CDS;6561157;6563109;118;*;
;comp;ncRNA;6563228;6563648;95;*;
fin;comp;CDS;6563744;6564859;;;
deb;;CDS;7354507;7354737;342;*;
;comp;tRNA;7355080;7355162;28;*;ctc
;comp;tRNA;7355191;7355279;12;*;tcc
;comp;tRNA;7355292;7355368;14;*;atgf
;comp;tRNA;7355383;7355459;14;*;atgj
;comp;tRNA;7355474;7355561;8;*;agc
;comp;tRNA;7355570;7355659;4;*;tcg
;comp;tRNA;7355664;7355736;4;*;acc
;comp;tRNA;7355741;7355816;119;*;gca
;;ncRNA;7355936;7356030;36;*;
;comp;tRNA;7356067;7356140;6;*;cca
;comp;tRNA;7356147;7356220;104;*;cgt
;comp;tRNA;7356325;7356396;7;*;ggc
;comp;tRNA;7356404;7356490;9;*;ctg
;comp;tRNA;7356500;7356572;9;*;aaa
;comp;tRNA;7356582;7356656;9;*;caa
;comp;tRNA;7356666;7356741;17;*;cac
;comp;tRNA;7356759;7356835;12;*;gac
;comp;tRNA;7356848;7356923;4;*;gta
;comp;tRNA;7356928;7357003;15;*;aac
;comp;tRNA;7357019;7357103;8;*;tac
;comp;tRNA;7357112;7357187;5;*;aca
;comp;tRNA;7357193;7357264;15;*;gaa
;comp;tRNA;7357280;7357355;9;*;gcc
;comp;tRNA;7357365;7357438;54;*;atc
;comp;rRNA;7357493;7357609;113;*;5s
;comp;rRNA;7357723;7360652;269;*;23s
;comp;rRNA;7360922;7362458;399;*;16s
fin;;CDS;7362858;7363397;;0;
deb;;CDS;7618150;7618842;280;*;
;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg
fin;;CDS;7619529;7620461;;0;
deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*;
;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg
;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca
;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt
;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc
;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg
;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc
;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa
;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac
;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc
;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s
;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s
;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s
fin;;CDS;7674633;7675382;;;
deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*;
;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac
;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac
fin;comp;CDS;7854601;7854801;;;
deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*;
;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s
;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s
;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s
fin;comp;CDS;8106295;8106636;;;
deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*;
;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s
;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s
;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s
fin;comp;CDS;8158136;8158708;;;
deb;;CDS;8256928;8257746;86;*;
;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga
;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca
;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt
;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc
;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta
;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa
;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa
;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg
;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf
;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc
;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa
;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc
;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s
;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s
;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s
fin;comp;CDS;8264152;8264370;;;
deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*;
;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s
;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s
;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s
fin;comp;CDS;8328917;8330413;;;
deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*;
;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj
fin;comp;CDS;8355034;8355537;;;
deb;;CDS;8389988;8390512;296;*;
;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s
;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s
;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s
fin;comp;CDS;8395989;8396255;;;
deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*;
;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*;
fin;comp;CDS;8401203;8401592;;;
deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*;
;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac
fin;;CDS;8617576;8618541;;0;
deb;;CDS;8724363;8724614;455;*;
;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg
fin;comp;CDS;8725326;8725559;;;

Intergen51. pmq. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

pmq intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753

lbu[modifier | modifier le wikicode]

lbu opérons[modifier | modifier le wikicode]

49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128
;19366..19438;act;@1;195;195;;;;
;19634..20371;CDS;;6912;;;;246;
;;;;;;;;;
;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834;
;30062..30134;act;;134;134;;;;134
;30269..30907;CDS;;11768;;;;213;
;;;;;;;;;
;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191;
;43700..45271;16s;;209;;;;;
;45481..48391;23s;;69;;;;;
;48461..48577;5s;;275;275;;;;275
;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80;
;;;;;;;;;
comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56
comp;106604..106679;aag;;125;125;;;;
;106805..107533;CDS;;103754;;;;243;
;;;;;;;;;
;211288..212553;CDS;;94;94;;;422;
;212648..212720;acc;;23;23;;;;23
comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173;
;;;;;;;;;
;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69
comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;;
;279250..280275;CDS;;44047;;;;342;
;;;;;;;;;
comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117
;325067..325138;ggc;+;4;;4;;;
;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;;
;325325..325399;ggc;;155;155;;;;
;325555..326016;CDS;;37886;;;;154;
;;;;;;;;;
;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98
;364493..364564;caa;;614;*614;;;;
;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394;
;;;;;;;;;
;366347..367402;CDS;;75;75;;;352;
;367478..367559;tac;;5;;5;;;
;367565..367636;caa;;62;62;;;;62
<;367699..368318;CDS;;14127;;;;207;
;;;;;;;;;
;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30
;382938..383026;ctt;;118;118;;;;
;383145..383768;CDS;;70441;;;;208;
;;;;;;;;;
;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61
;455591..455665;agg;;341;341;;;;
;456007..457035;CDS;;75557;;;;343;
;;;;;;;;;
;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82
comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;;
;533739..534782;CDS;;48963;;;;348;
;;;;;;;;;
;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57
comp;584786..584858;cag;;5;;5;;;
comp;584864..584935;gag;;170;170;;;;
;585106..586110;CDS;;94988;;;;335;
;;;;;;;;;
;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548;
;683260..684831;16s;;106;;;;;
;684938..685011;atc;;69;;;69;;
;685081..685153;gca;;127;;;;;
;685281..688191;23s;;68;;;;;
;688260..688376;5s;;208;208;;;;208
comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406;
;;;;;;;;;
comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134
comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;;
;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922;
;;;;;;;;;
;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54
;787059..787142;ctg;;109;109;;;;
comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207;
;;;;;;;;;
comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641;
;792481..794052;16s;;105;;;;;
;794158..794231;atc;;69;;;69;;
;794301..794373;gca;;126;;;;;
;794500..797410;23s;;69;;;;;
;797480..797596;5s;;87;87;;;;87
;797684..798559;CDS;;36;;;;292;
;;;;;;;;;
comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528;
;800709..800781;aac;@2;3;;3;;;
;800785..800858;cca;;24;;24;;;
;800883..800954;ggc;;30;;30;;;
;800985..801058;cgt;;2;;2;;;
;801061..801133;gta;;3;;3;;;
;801137..801208;gaa;;42;;42;;;
;801251..801338;tca;;9;;9;;;
;801348..801421;atgf;;3;;3;;;
;801425..801498;gac;;6;;6;;;
;801505..801577;ttc;;8;;8;;;
;801586..801667;tac;;4;;4;;;
;801672..801742;tgg;;13;;13;;;
;801756..801831;cac;;26;;26;;;
;801858..801928;tgc;;28;;28;;;
;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356
;802398..802961;CDS;;284259;;;;188;
;;;;;;;;;
comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157
comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;;
comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299;
;;;;;;;;;
comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188
comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;;
;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793;
;;;;;;;;;
comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98
;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;;
comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173;
;;;;;;;;;
comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161
comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;;
comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;;
comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;;
comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;;
comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;;
comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;;
comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;;
comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;;
comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;;
comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;;
;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309;
;;;;;;;;;
comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125;
comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;;
comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;;
comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;;
comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;;
comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;;
comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;;
comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;;
comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153
comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64;
;;;;;;;;;
comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268;
comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;;
comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;;
comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;;
comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;;
comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130
comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288;
;;;;;;;;;
;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106
comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;;
comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;;
;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;;
;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177;
;;;;;;;;;
comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308;
comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154
comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413;
;;;;;;;;;
;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303
comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;;
comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167;
;;;;;;;;;
;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460;
comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;;
comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;;
comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;;
comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;;
comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189
;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63;
;;;;;;;;;
comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151
comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;;
comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;;
comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;;
comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;;
comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;;
comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;;
comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;;
comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;;
comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;;
comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;;
comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;;
comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;;
comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;;
comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;;
comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;;
comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;;
comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;;
comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;;
comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;;
comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;;
comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;;
comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;;
comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;

lbu cumuls[modifier | modifier le wikicode]

lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122

lbu blocs[modifier | modifier le wikicode]

lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;

lbu distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16

lbu données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: lbu données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;;reste;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;lam;long;long
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;fx;fc
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;hors bloc;408;403
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;3;gta;4;;ggc;420;406
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;138;gaa;108;;ccg;430;409
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;6;atgj;**;;ggc;437;409
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;8;tcc;5;;tac;439;416
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;**;aac;**;;caa;439;419
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;26;gac;5;;cag;445;420
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;atc;3;gaa;**;;gag;447;424
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;atc;2;gta;3;;aac;460;427
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;35;cgt;24;;cca;461;429
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;gca;**;ggc;30;;ggc;481;429
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;gca;3;gac;2;;cgt;481;430
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;2;gta;3;;gta;481;446
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;aac;35;cgt;42;;gaa;485;449
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;ggc;19;ggc;9;;tca;487;449
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;intra;3;cca;3;;atgf;493;451
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;atc gca;**;aac;6;;gac;506;452
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;8;;ttc;517;455
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;4;;tac;517;461
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;13;;tgg;522;465
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;29;;cac;540;473
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;28;;tgc;547;479
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;;ttg;550;484
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;intercalaire;;;;;34;;aag;601;490
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;c-;x-;;;;33;;aag;634;494
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;-119;-99;;;;33;;aag;647;506
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;-97;-99;;;;33;;aag;668;511
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;-89;-98;;;;**;;aag;674;511
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;-85;-76;;;;3;;gta;800;515
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;-77;-54;;;;-;151;gaa;845;515
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;-67;-51;;;;**;;ctt;876;516
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;-67;;;;;17;;ttg;917;523
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;-65;;;;;28;;ttg;;533
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;-62;;;;;29;;tgc;;558
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;-61;;;;;13;;cac;;559
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;-59;;;;;4;;tgg;;560
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;-56;;;;;8;;tac;;586
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;-56;;;;;6;;ttc;;598
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;-52;;;;;3;;gac;;642
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;-52;;;;;9;;atgf;;669
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;total;intercalaires;;;;42;;tca;;671
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;222,489;;;;261;;gaa;;693
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;ADN long;1,856,951;;;;2;;agc;;718
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;%;12.0;;;;3;;atc;;721
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;14;;gga;;755
;;;;;;;;-46;;2;;;;non RNA;42;;;;17;;ttc;;755
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;11;;atgf;;841
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;12;;atgi;;844
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;36;;atgj;;1005
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;6;;cca;;1005
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;5;;cgt;;1054
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;15;;tta;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;

lbu autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: lbu autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc
;;tRNA;801586;801667;4;*;tac
;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg
;;tRNA;801756;801828;29;*;cac
;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc
;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg
fin;;CDS;802398;804017;;;
deb;;CDS;862229;862693;29;*;
;;ncRNA;862723;863083;125;*;
fin;;CDS;863209;864333;;;
deb;comp;CDS;905582;905794;173;*;
;comp;misc_b;905968;906185;390;*;
fin;;CDS;906576;907085;;0;
deb;comp;CDS;952333;952842;390;*;
;;misc_b;953233;953450;173;*;
fin;;CDS;953624;953836;;;
deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*;
;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa
fin;comp;CDS;1088887;1089033;;;
deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*;
;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*;
fin;;CDS;1243403;1243759;;0;
deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*;
;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga
fin;;CDS;1266254;1268632;;;
deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*;
;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*;
fin;comp;CDS;1299025;1299375;;;
deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*;
;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*;
fin;;CDS;1310399;1311799;;0;
deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*;
;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg
fin;comp;CDS;1354409;1355976;;;
deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*;
;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*;
;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta
;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa
;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj
;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc
;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac
;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117
;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909
;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca
;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc
;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564
fin;;CDS;1375678;1376604;;;
deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*;
;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*;
fin;comp;CDS;1420821;1421330;;;
deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*;
;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*;
fin;;CDS;1435654;1436972;;;
deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*;
;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac
;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa
;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta
;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt
;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc
;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117
;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908
;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564
fin;comp;CDS;1485881;1487044;;;
deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*;
;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag
;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag
;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag
;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag
;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag
fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0;
deb;;CDS;1509394;1510872;106;*;
;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta
;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa
;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt
fin;;CDS;1511480;1512010;;0;
deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*;
;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg
fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0;
deb;;CDS;1554441;1554638;303;*;
;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc
fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0;
deb;;CDS;1556799;1558178;277;*;
;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117
;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908
;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca
;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act
;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564
fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0;
deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*;
;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg
;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg
;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc
;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac
;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg
;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac
;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc
;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac
;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf
;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca
;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa
;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc
;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc
;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga
;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc
;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf
;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi
;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj
;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca
;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt
;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta
;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc
;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca
;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta
;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa
;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta
fin;comp;CDS;1587254;1588681;;;
deb;comp;CDS;1589221;1590557;156;*;
;comp;rRNA;1590714;1590830;70;*;117
;comp;rRNA;1590901;1593808;127;*;2908
;comp;tRNA;1593936;1594008;69;*;gca
;comp;tRNA;1594078;1594151;113;*;act
;comp;rRNA;1594265;1595828;295;*;1564
fin;;CDS;1596124;1596324;;0;
deb;comp;CDS;1787130;1788440;298;*;
;comp;rRNA;1788739;1788855;70;*;117
;comp;rRNA;1788926;1791833;217;*;2908
;comp;rRNA;1792051;1793614;507;*;1564
fin;comp;CDS;1794122;1794325;;;
deb;comp;CDS;1795068;1795472;102;*;
;comp;tRNA;1795575;1795648;3;*;gac
;comp;tRNA;1795652;1795724;2;*;gta
;comp;tRNA;1795727;1795800;35;*;cgt
;comp;tRNA;1795836;1795907;19;*;ggc
;comp;tRNA;1795927;1796000;3;*;cca
;comp;tRNA;1796004;1796076;7;*;aac
;comp;rRNA;1796084;1796200;70;*;117
;comp;rRNA;1796271;1799178;217;*;2908
;comp;rRNA;1799396;1800959;501;*;1564
fin;comp;CDS;1801461;1802087;;;
deb;;CDS;1813522;1815336;60;*;
;;misc_f;1815397;1815445;52;*;
fin;;CDS;1815498;1816658;;0;

Intergen51. lbu. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

ban*[modifier | modifier le wikicode]

ban opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188
;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;;
comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63;
;;;;;;;;;;
comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130
comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;;
comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;;
comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;;
comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;;
comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;;
comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;;
comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;;
comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;;
comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;;
comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;;
comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;;
comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;;
comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;;
comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;;
comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;;
comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;;
comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;;
comp;1104305..1104380;;aca;;4;;;4;;
comp;1104385..1104460;;gta;;4;;;;;
comp;1104465..1104580;;5s;;97;;;;;
comp;1104678..1107604;;23s;;141;;;;;
comp;1107746..1109299;;16s;;694;*694;;;;
;1109994..1113038;;CDS;;;;;;*1015;
;;;;;;;;;;
comp;1306706..1307848;;CDS;;198;198;;;381;
comp;1308047..1308120;;gga;;115;115;;;;115
comp;1308236..1308889;;CDS;;;;;;218;
;;;;;;;;;;
;1312025..1312345;;CDS;;207;207;;;107;207
comp;1312553..1312637;;ttg;;10;;;10;;
comp;1312648..1312718;;tgc;;14;;;14;;
comp;1312733..1312807;;ggc;;5;;;5;;
comp;1312813..1312887;;caa;;63;;;63;;
comp;1312951..1313026;;cac;;19;;;19;;
comp;1313046..1313119;;tgg;;7;;;7;;
comp;1313127..1313210;;tac;;17;;;17;;
comp;1313228..1313303;;gta;;5;;;5;;
comp;1313309..1313383;;gaa;;24;;;24;;
comp;1313408..1313480;;acc;;4;;;4;;
comp;1313485..1313559;;aac;;9;;;;;
comp;1313569..1313684;;5s;;96;;;;;
comp;1313781..1316709;;23s;;141;;;;;
comp;1316851..1318405;;16s;;386;*386;;;;
;1318792..1319148;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1556278..1556507;;CDS;;57;57;;;77;57
comp;1556565..1556680;;5s;;49;;;;;
comp;1556730..1560126;;23s;;173;;;;;
comp;1560300..1562132;;16s;;476;*476;;;;
;1562609..1563322;;CDS;;;;;;238;
;;;;;;;;;;
>;1566949..1567219;;CDS;;99;99;;;90;99
comp;1567319..1567434;;5s;;46;;;;;
comp;1567481..1570409;;23s;;142;;;;;
comp;1570552..1572115;;16s;;451;*451;;;;
;1572567..1574498;;CDS;;;;;;*644;
;;;;;;;;;;
;1579539..1580615;;CDS;;14;14;;;359;14
comp;1580630..1580745;;5s;;45;;;;;
comp;1580791..1583912;;23s;;153;;;;;
comp;1584066..1585720;;16s;;294;294;;;;
comp;1586015..1587520;;CDS;;;;;;*502;
;;;;;;;;;;
comp;1600693..1601166;;CDS;;174;174;;;158;
comp;1601341..1601416;;gac;;3;;;3;;
comp;1601420..1601496;;atgf;;12;;;;;
comp;1601509..1601624;;5s;@1;46;;;;;
comp;1601671..1604598;;23s;;141;;;;;
comp;1604740..1606294;;16s;;75;;;;;
comp;1606370..1606440;;gga;;1;;1;;;
comp;1606442..1606518;;cca;+;4;;4;;;
comp;1606523..1606599;;cgt;Séquence 10;3;;3;;;
comp;1606603..1606691;;tta;;16;;16;;;
comp;1606708..1606782;;ggc;;29;;29;;;
comp;1606812..1606892;;cta;;14;;14;;;
comp;1606907..1606982;;aaa;;5;;5;;;
comp;1606988..1607062;;caa;;87;;*87;;;
comp;1607150..1607225;;gac;;46;;46;;;
comp;1607272..1607347;;gta;;4;;4;;;
comp;1607352..1607426;;gaa;;1;;1;;;
comp;1607428..1607502;;aac;2 aac;8;;8;;;
comp;1607511..1607587;;atc;;11;;11;;;
comp;1607599..1607669;;tgg;;6;;6;;;
comp;1607676..1607748;;aca;;9;;9;;;
comp;1607758..1607833;;ttc;;8;;8;;;
comp;1607842..1607917;;gac;;4;;4;;;
comp;1607922..1607998;;atgf;;20;;20;;;
comp;1608019..1608111;;tca;2 tca;54;;54;;;
comp;1608166..1608258;;tca;;20;;20;;;
comp;1608279..1608351;;gca;;16;;16;;;
comp;1608368..1608441;;cca;;10;;10;;;
comp;1608452..1608525;;cgt;;3;;3;;;
comp;1608529..1608617;;tta;;16;;16;;;
comp;1608634..1608708;;ggc;;29;;29;;;
comp;1608738..1608818;;cta;;13;;13;;;
comp;1608832..1608907;;aaa;;5;;5;;;
comp;1608913..1608987;;caa;;87;;*87;;;
comp;1609075..1609150;;gac;;46;;46;;;
comp;1609197..1609272;;gta;;4;;4;;;
comp;1609277..1609351;;gaa;;8;;8;;;
comp;1609360..1609450;;agc;;3;;3;;;
comp;1609454..1609528;;aac;;114;114;;;;114
comp;1609643..1610101;;CDS;;;;;;153;
;;;;;;;;;;
comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114
comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;;
comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;;
comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;;
comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;;
comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;;
comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;;
comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;;
comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;;
comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;;
comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;;
comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;;
comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;;
comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73;
;;;;;;;;;;
comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206
comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;;
comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;;
comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;;
comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500;
;;;;;;;;;;
comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824;
comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;;
comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160
comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161;
;;;;;;;;;;
comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190
comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;;
comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;;
comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;;
comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;;
comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;;
comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90;
;;;;;;;;;;
comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131;
comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;

ban cumuls[modifier | modifier le wikicode]

ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124

ban blocs[modifier | modifier le wikicode]

ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;

ban distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;

ban données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ban données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
  • Note du 2.12.22: correction des tRNA hors (-1, 139 tRNA-CDS) et tRNA cont (+1, 10 ttg)
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;400-600;;reste;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;effectif;;;long;long
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;ban;fx;fc;fx;fc
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;1416;3121;610;605
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;1;gaa;20;atgf;13;gaa;410;13;11;612;605
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;8;aac;54;tca;**;atgj;420;10;16;616;612
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;11;atc;20;tca;13;aaa;430;7;11;624;617
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;6;tgg;16;gca;21;gaa;440;9;8;627;617
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;9;aca;10;cca;41;gac;450;9;8;630;619
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;9;ttc;3;cgt;**;ttc;460;4;6;634;629
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;4;gac;16;tta;1;gga;470;4;5;636;630
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;20;atgf;29;ggc;**;aga;480;6;6;637;634
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;54;tca;13;cta;;;490;6;9;638;636
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;20;tca;5;aaa;;;500;6;7;648;641
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;16;gca;87;caa;;;510;2;5;660;642
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;10;cca;46;gac;;;520;8;2;665;645
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;3;cgt;4;gta;;;530;1;4;697;646
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;atc;16;tta;8;gaa;;;540;6;6;697;651
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;gca;29;ggc;3;agc;;;550;9;3;698;651
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;22;cta;**;aac;;;560;3;6;709;654
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;9;cac;10;gca;;;570;5;2;734;668
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;4;aca;5;ggc;;;580;5;2;744;670
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;gta;**;gta;5;aaa;;;590;7;6;769;677
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;aac;10;ttg;65;caa;;;600;2;2;777;677
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;atgf;14;tgc;17;tac;;;;;;783;685
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;intra;5;ggc;5;gta;;;;;;814;691
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;atc gca;63;caa;24;gaa;;;;;;825;692
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;19;cac;4;acc;;;;;;834;696
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;gaa;7;tgg;**;aac;;;;;;836;709
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;17;tac;4;gta;;;;;;853;721
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;5;gta;9;aca;;;;;;856;734
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;CDS-CDS;inf 50;;;24;gaa;22;cac;;;;;;870;737
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;intercalaire;;;;4;acc;29;cta;;;;;;883;741
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;c-;x-;;;**;aac;16;ggc;;;;;;897;744
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;-95;-89;;;3;gac;3;tta;;;;;;902;770
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;-65;;;;**;atgf;10;cgt;;;;;;956;827
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;-59;;;;1;gga;16;cca;;;;;;963;831
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;-59;;;;4;cca;20;gca;;;;;;1044;833
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;-59;;;;3;cgt;54;tca;;;;;;1073;847
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;-55;;;;16;tta;20;cta;;;;;;1140;871
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;-53;;;;29;ggc;1;atgf;;;;;;1149;953
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;total;intercalaires;;;14;cta;12;gac;;;;;;1159;963
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;749,857;;;5;aaa;14;ttc;;;;;;1195;967
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;ADN long;5,321,900;;;87;caa;10;aca;;;;;;1641;1004
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;%;14.1;;;46;gac;13;aaa;;;;;;;1078
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;4;gta;10;gga;;;;;;;1152
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;non RNA;9;;;1;gaa;7;atc;;;;;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;8;aac;7;aac;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;11;atc;6;agc;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;6;tgg;**;gaa;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;9;aca;;;;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;8;ttc;;;;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;4;gac;;;;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;suite;suite;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;;;

ban autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ban autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;

Intergen51. ban. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

ban séquences[modifier | modifier le wikicode]

33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;

bacilli synthèse[modifier | modifier le wikicode]

bacilli données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les bacilli;;ban;bsu;lbu;lam;lmo;pmq;ppm;ppmp;;;;;* Autres intercalaires: 1456;;;ft: 271;Ici: 868;Reste: 317;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
compilation du 18.10.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;fx%;fc%;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA hors;;Hors / contig;;;;;bacilli;HC
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;2;9;218;295;87;14;183;1;144;1;86;1;98;1;79;1;15;1;5;5;1;2;1;lam;;ppm;;bsu;;2;3
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;13;85;224;349;123;34;;1;147;1;100;1;114;1;80;1;31;1;10;5;2;3;2;35;gaa;11;ttg;3;gaa;3;10
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40;2;2;40;448;807;4;8;158;-5;0;1;31;33;272;477;178;277;;1;263;1;161;4;113;2;81;1;46;1;24;11;7;11;7;4;tac;7;tgg;4;aac;8;5
50;2;3;50;347;649;5;11;137;-6;5;2;27;38;289;513;190;296;;1;266;1;168;;;2;118;1;54;1;41;17;8;7;8;12;tgg;4;tac;29;agc;9;10
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220;1;3;220;168;253;22;13;156;-23;1;55;20;13;376;;;;;7;217;8;55;;;;;;;;;5;25;1;25;13;tgg;6;caa;16;gta;26;1
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250;5;1;250;151;200;25;17;101;-26;5;53;17;9;408;;;;;tRNA 16s;23s tRNA;16s 5s;;;;;;;;;;5;28;2;28;*;ttg;10;gga;9;caa;29;3
260;1;3;260;121;173;26;29;102;-27;0;0;16;10;422;;;;;76;131;102;;;;;;;;;;8;29;3;29;17;ttg;4;aac;8;aaa;30;1
270;3;3;270;125;167;27;28;109;-28;1;7;12;8;445;;;;;159;;117;;;;;;;;;;2;30;1;30;28;ttg;9;tac;3;ctg;31;0
280;2;1;280;119;181;28;24;83;-29;3;32;11;7;445;;;;;170;;;;;;;;;;776;;1;31;0;31;29;tgc;82;ata;*;ggc;32;0
290;1;1;290;89;144;29;26;95;-30;0;0;12;7;451;;;;;171;;;;;;;;;;;;1;32;0;32;13;cac;5;atgi;40;ctc;33;0
300;1;0;300;82;121;30;34;98;-31;1;7;11;5;451;;;;;341;;;;;;;;;;;;1;33;3;33;4;tgg;4;aac;13;tcc;34;0
310;1;0;310;87;130;31;33;98;-32;3;28;8;7;489;;;;;;;8;;;;;;;;;;4;34;2;34;8;tac;131;tgg;19;atgj;35;3
320;0;1;320;81;95;32;30;75;-33;1;0;11;5;501;;;;;;;;;;;;;;;;;2;35;4;35;6;ttc;5;gaa;*;tcg;36;1
330;0;0;330;63;128;33;42;101;-34;1;5;8;6;510;;;;;;;;;;;;;;;;;1;36;1;36;3;gac;55;ggc;lmo;;37;0
340;3;1;340;79;91;34;33;67;-35;1;24;8;5;518;;;;;;;;;;;;;;;;;1;37;0;37;9;atgf;22;ttc;157;gaa;38;0
350;1;1;350;57;101;35;45;87;-36;2;0;6;4;520;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;0;38;42;tca;7;cga;9;acg;39;0
360;0;4;360;60;82;36;42;94;-37;0;8;5;5;533;;;;;;;;;;;;;;;;;2;39;0;39;261;gaa;5;cca;11;tac;40;2
370;1;1;370;47;71;37;39;62;-38;1;9;6;5;536;;;;;;;;;;;;;;;;;2;40;2;40;2;agc;5;ttg;6;caa;41;1
380;0;0;380;39;82;38;49;67;-39;1;0;5;3;562;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;1;41;3;atc;4;atc;*;aaa;42;2
390;1;2;390;47;88;39;66;90;-40;1;6;;;607;;;;;;;;;;;;;;;;;3;42;2;42;14;gga;5;atgf;ban;;55;1
400;0;2;400;36;59;40;69;66;-41;1;17;;;673;;;;;;;;;;;;;;;;;0;43;0;43;17;ttc;109;gca;13;aaa;58;1
reste;10;13;reste;760;973;reste;6487;12408;-42;2;0;;;744;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44;11;atgf;3;cga;21;gaa;63;1
total;108;163;total;7415;18150;total;7415;18150;-43;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;0;45;12;atgi;13;cta;41;gac;80;1
%reste;9,3;8,0;%reste;10,2;5,4;diagr;916;5583;-44;2;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;46;0;46;36;atgj;8;atc;*;ttc;81;1
 t30;2;4; t30;468;4776;;;;-45;1;0;;;44;16;20;11;1;92;;;;;;;;;;;;0;47;0;47;6;cca;4;aac;;;82;1
%t30;1,9;2,5;%t30;6,3;26,3;;;;-46;0;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;0;48;5;cgt;*;tgg;;;86;1
diagr;98;149;diagr;6643;17018;;;;-47;1;13;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;49;1;49;15;tta;8;gac;;;101;1
;;;;;;;;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50;4;ggc;86;tac;;;109;1
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-49;0;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;20;;11;aca;14;aaa;;;125;1
;;>0;<0;zéro;total;*;;;-50;1;31;;;;;;;;;;;;;;;;;;;561;391;;169;;12;cta;4;gga;;;131;1
;x;7403;164;12;7472;;;;reste;23;49;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;55;2;aaa;7;ttc;;;157;1
;c;17991;3390;159;21070;42610;;;total;164;3390;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;58;*;gta;*;acg;;;261;1
;;;;;;1456;;;%reste;14,0;1,4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;63;;;;;;;297;1
;;;;;;44066;;;diagr;86;1 437;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;55;1;80;;;;;;;;132
;;;;;;;;;%diagr;52,4;42,4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;81;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;82;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;60;2;86;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;63;1;101;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;65;1;108;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;67;1;109;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;77;1;111;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;112;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;125;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;102;1;131;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;104;1;139;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;106;1;157;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;138;1;230;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;158;1;261;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;265;1;297;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;lbu x+;151;;;;;;;;

bacilli données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

total;2512;3289;1248;1098;1849;4540;3176;438
gen;bsu;ban;lam;lbu;lmo;pmq;ppm;ppmp
0;25;33;16;10;27;26;19;3
1;41;38;30;24;32;52;46;1
2;31;35;38;36;40;46;33;3
3;34;40;28;15;33;35;22;3
4;27;33;13;10;11;34;28;2
5;19;20;11;11;19;28;25;4
6;21;22;13;5;16;32;17;2
7;16;10;7;3;5;28;14;0
8;7;7;16;4;5;12;12;1
9;16;12;23;17;13;10;13;1
10;19;17;23;17;9;21;16;1
11;32;31;23;15;26;23;12;0
12;54;63;17;16;52;38;31;2
13;46;42;16;12;31;43;25;7
14;47;50;16;15;36;45;30;1
15;52;62;21;16;46;39;23;4
16;31;37;19;12;42;34;29;2
17;41;39;13;10;21;25;21;4
18;44;40;14;11;43;36;22;4
19;23;31;11;12;26;29;21;2
20;29;32;12;9;22;24;26;0
21;25;29;11;11;30;37;20;2
22;29;21;8;17;25;32;21;3
23;22;29;4;7;16;24;22;2
24;24;21;10;5;18;45;19;2
25;15;16;7;7;9;28;16;3
26;12;18;11;8;10;15;24;4
27;12;20;5;6;16;24;25;1
28;14;12;9;5;8;14;20;1
29;17;16;4;5;6;25;21;1
30;15;10;1;7;9;30;24;2
31;16;22;5;4;8;26;14;3
32;12;13;0;4;5;21;19;1
33;18;17;7;6;9;26;16;2
34;7;12;4;2;7;20;15;0
35;11;12;4;3;10;31;14;2
36;13;16;3;4;9;23;20;6
37;5;13;6;2;3;24;8;1
38;11;13;2;2;0;24;14;1
39;21;11;2;6;6;27;12;5
40;7;8;3;2;7;28;9;2
41;5;10;2;6;5;22;13;1
42;6;12;5;7;3;17;11;2
43;13;15;1;4;6;23;15;0
44;14;7;3;3;6;24;10;0
45;9;10;5;5;6;18;19;0
46;8;4;3;2;5;14;9;2
47;4;4;5;0;4;18;13;1
48;8;12;4;6;4;21;12;2
49;11;13;5;6;2;19;16;0
50;6;10;6;4;4;19;18;2
51;3;10;9;6;4;19;9;0
52;8;10;6;6;3;17;9;0
53;13;14;4;6;1;12;9;3
54;11;9;5;4;8;14;9;0
55;6;8;2;2;9;16;12;1
56;8;14;9;2;4;15;19;2
57;8;5;1;3;6;17;6;1
58;6;8;3;4;2;15;8;4
59;11;13;7;5;3;14;13;1
60;18;6;9;5;6;17;9;2
61;11;10;13;4;11;14;8;1
62;15;12;4;7;5;12;15;2
63;10;8;4;2;7;18;11;3
64;12;6;7;4;7;20;7;2
65;7;12;5;2;9;15;6;1
66;16;21;7;4;5;18;9;4
67;10;14;12;5;9;12;12;3
68;9;11;3;6;5;10;10;3
69;16;15;7;2;7;8;14;1
70;13;11;4;4;4;15;11;2
71;18;10;4;6;6;14;17;1
72;11;14;4;3;6;16;12;2
73;14;9;3;1;3;23;11;4
74;8;16;7;3;7;13;11;2
75;15;10;3;3;7;17;15;1
76;11;10;11;8;6;17;10;1
77;10;12;4;1;7;15;6;3
78;13;14;3;4;6;22;5;3
79;4;20;7;3;10;14;10;3
80;17;12;10;2;11;19;8;1
81;20;6;6;6;5;16;8;2
82;14;10;3;2;6;16;10;3
83;10;11;5;1;9;21;12;3
84;12;6;4;3;7;14;19;1
85;13;6;5;5;8;10;11;3
86;2;11;3;1;6;21;11;1
87;13;11;4;5;11;23;14;3
88;8;9;4;4;6;10;13;0
89;8;16;5;1;8;16;4;4
90;11;8;4;5;3;15;12;0
91;12;9;6;3;5;14;12;1
92;11;12;6;3;3;16;11;3
93;11;12;6;8;6;13;14;2
94;5;8;7;5;5;15;6;1
95;8;10;4;3;9;15;14;1
96;5;14;7;6;9;21;5;0
97;7;10;5;0;5;8;10;1
98;10;10;6;1;2;14;9;0
99;7;14;6;7;3;17;10;1
100;15;9;4;3;7;15;7;1
101;11;16;4;5;8;19;18;2
102;8;9;6;1;10;9;10;1
103;8;13;6;8;7;10;10;1
104;8;13;10;4;7;11;8;1
105;11;16;3;5;10;14;14;2
106;14;11;3;1;11;13;5;0
107;9;16;4;5;11;15;9;0
108;6;17;6;4;10;6;12;0
109;17;11;7;6;6;14;12;1
110;14;13;8;4;8;10;12;0
111;12;12;2;4;5;14;11;1
112;7;18;5;5;12;11;9;0
113;7;10;6;2;7;10;7;3
114;12;14;1;4;9;11;8;1
115;13;9;4;4;6;14;11;1
116;7;18;2;5;4;7;10;1
117;6;18;9;4;9;12;9;1
118;5;10;6;5;8;14;11;0
119;11;13;6;2;9;7;10;1
120;7;10;2;2;5;17;10;2
121;8;10;3;3;8;6;10;1
122;11;10;2;2;8;12;9;0
123;5;5;4;4;5;17;11;1
124;11;13;5;3;2;12;8;2
125;9;10;4;2;8;13;14;1
126;11;10;4;4;4;9;7;1
127;6;18;3;1;5;11;7;1
128;7;17;3;5;8;15;11;1
129;4;12;3;1;4;12;8;0
130;13;3;3;0;5;12;6;4
131;5;8;4;3;3;9;6;1
132;6;5;2;3;4;8;6;0
133;9;8;3;2;9;9;6;1
134;7;13;3;2;8;16;10;3
135;9;7;2;4;6;6;13;1
136;7;16;3;5;7;10;13;1
137;5;7;2;2;6;15;11;1
138;5;8;3;3;4;8;9;2
139;7;9;4;4;2;4;7;2
140;6;8;3;4;3;10;12;2
141;3;11;2;4;4;9;3;3
142;6;9;2;2;7;12;10;0
143;8;13;3;4;4;12;9;2
144;15;10;2;2;5;10;12;1
145;7;9;1;3;1;13;11;1
146;8;13;2;3;5;17;7;3
147;9;10;4;0;5;10;5;0
148;4;9;1;1;5;15;1;1
149;5;7;4;2;8;10;2;1
150;3;3;1;4;4;10;9;2
151;8;7;3;7;4;12;7;0
152;9;7;0;1;3;14;7;0
153;6;8;0;4;4;4;12;1
154;8;8;2;1;6;9;5;0
155;6;12;2;3;2;4;7;2
156;7;7;1;2;7;9;7;2
157;2;6;2;3;4;10;13;2
158;5;7;2;5;4;6;13;0
159;8;8;1;6;3;15;8;2
160;6;12;5;2;5;4;8;1
161;10;11;0;7;2;7;6;0
162;11;6;1;3;2;13;8;2
163;6;2;1;4;5;7;13;1
164;4;5;4;1;2;10;11;1
165;6;8;2;1;2;5;11;0
166;1;7;1;4;6;8;9;0
167;9;7;1;1;4;10;14;0
168;3;4;2;2;1;10;6;2
169;5;12;3;2;2;10;7;0
170;3;4;2;4;2;14;3;2
171;0;4;1;1;3;12;5;1
172;10;3;1;4;1;10;6;1
173;5;13;3;1;7;12;11;2
174;5;2;3;1;3;16;8;1
175;4;5;0;1;5;8;10;0
176;7;5;3;1;1;9;7;1
177;4;7;2;4;2;15;13;1
178;5;6;0;4;1;7;6;1
179;5;3;2;1;2;8;5;0
180;8;7;4;3;5;14;8;0
181;1;13;2;2;2;12;10;1
182;2;4;2;2;7;8;7;2
183;2;8;1;2;0;11;7;0
184;1;4;1;1;1;6;2;3
185;8;9;4;0;3;9;8;0
186;3;4;1;5;1;11;6;1
187;3;5;3;1;3;7;12;2
188;5;6;4;1;2;5;13;0
189;4;5;4;1;2;11;7;0
190;4;4;2;1;4;13;12;1
191;3;4;0;1;4;7;5;2
192;2;3;5;0;6;7;4;3
193;6;4;1;2;4;16;4;1
194;3;6;0;1;6;6;9;0
195;8;10;2;4;2;12;8;1
196;3;4;0;2;1;10;12;0
197;4;3;2;0;3;9;7;0
198;1;2;1;0;4;9;10;2
199;3;8;1;1;2;12;8;0
200;1;7;1;3;3;7;7;2
201;4;5;1;2;1;11;4;0
202;1;8;2;2;4;4;6;0
203;2;7;1;3;2;10;8;1
204;1;7;1;1;1;8;7;1
205;6;2;0;2;4;10;3;3
206;4;5;4;3;1;8;3;0
207;1;7;0;1;3;13;5;0
208;4;6;1;1;3;11;7;0
209;2;7;1;0;1;4;4;1
210;5;11;2;1;3;6;7;1
211;2;6;0;2;2;8;3;2
212;0;4;1;2;1;7;6;0
213;2;4;1;2;2;13;9;2
214;1;7;0;1;0;3;6;2
215;2;4;0;1;2;14;9;2
216;3;6;1;1;0;6;4;1
217;1;5;0;0;2;11;5;0
218;1;6;3;1;2;5;6;2
219;2;3;0;3;0;10;6;1
220;0;3;3;1;3;8;2;1
221;2;4;2;1;1;8;7;0
222;2;3;1;2;1;6;3;2
223;2;6;1;2;3;3;7;0
224;1;5;1;2;1;8;9;3
225;1;1;4;0;1;14;10;2
226;4;4;1;0;3;9;3;0
227;1;2;1;0;2;6;3;0
228;3;7;0;0;1;11;6;1
229;1;4;4;4;2;0;5;2
230;3;7;0;0;1;13;9;0
231;2;2;2;2;2;6;4;1
232;5;4;0;3;2;12;5;0
233;3;5;0;1;3;9;5;0
234;1;3;3;1;3;6;6;0
235;4;6;3;3;2;7;8;0
236;4;4;0;2;0;11;1;0
237;1;3;2;0;2;10;8;1
238;3;4;1;1;0;8;1;3
239;4;2;0;0;1;8;2;0
240;0;2;4;0;1;10;5;0
241;1;5;1;1;1;5;6;1
242;1;2;3;4;0;8;2;0
243;4;2;0;1;2;8;4;0
244;0;1;0;1;2;7;7;0
245;6;0;1;1;0;10;3;0
246;1;2;0;0;0;8;4;2
247;2;5;0;0;1;6;4;1
248;0;4;1;0;2;5;4;0
249;2;3;3;1;1;8;7;1
250;1;6;0;0;1;8;3;2
251;2;0;1;3;3;9;4;0
252;0;2;0;0;1;7;3;0
253;1;5;0;1;0;8;2;2
254;2;5;1;0;0;6;2;0
255;1;5;0;1;2;6;6;0
256;3;0;0;0;2;4;4;0
257;1;2;2;1;3;6;3;0
258;2;2;1;0;4;5;6;0
259;1;2;2;0;0;9;2;0
260;1;2;1;1;1;5;4;0
261;3;2;2;1;2;5;4;0
262;3;0;1;0;0;4;0;0
263;3;6;0;0;0;6;4;0
264;1;3;2;3;0;9;3;0
265;2;7;0;1;1;10;3;0
266;0;3;3;0;0;5;1;1
267;1;2;0;0;1;7;2;2
268;0;4;2;1;0;5;4;0
269;2;2;1;0;0;5;5;0
270;1;7;0;2;1;4;2;0
271;3;3;0;1;1;4;5;1
272;2;3;2;2;1;3;5;1
273;2;5;0;2;2;7;2;1
274;0;3;0;0;4;3;2;0
275;4;2;0;0;1;7;7;0
276;2;3;0;1;0;9;10;1
277;0;5;0;0;3;6;4;1
278;0;2;0;0;2;5;4;2
279;3;1;0;0;1;8;2;0
280;0;2;0;1;2;7;3;0
281;1;0;3;0;1;2;4;2
282;1;3;0;0;4;8;3;0
283;0;0;1;4;2;5;2;0
284;0;5;2;2;0;3;2;0
285;1;2;0;0;0;7;3;0
286;1;2;0;1;1;2;1;1
287;0;5;0;0;1;7;4;0
288;1;4;0;1;1;4;4;0
289;0;6;0;3;1;5;3;1
290;1;1;1;1;3;2;2;0
291;0;2;1;2;2;4;4;1
292;1;2;0;0;1;7;2;0
293;0;3;0;0;1;0;7;1
294;0;4;0;0;2;2;2;0
295;3;1;1;1;0;3;0;0
296;1;2;1;0;1;4;4;0
297;1;3;1;0;1;3;0;0
298;1;6;1;1;1;2;2;0
299;1;4;2;1;1;4;1;1
300;1;1;0;0;2;6;0;0
301;1;5;0;2;0;6;3;0
302;2;2;0;0;0;7;3;1
303;1;2;1;1;0;7;4;0
304;0;4;0;0;0;0;4;2
305;0;5;1;1;2;4;3;1
306;1;6;0;1;1;3;2;1
307;0;2;2;1;0;4;1;0
308;2;0;0;1;1;3;0;0
309;0;4;0;0;1;5;2;0
310;1;2;0;1;0;6;1;0
311;0;3;0;1;0;8;1;0
312;0;3;0;0;0;5;1;0
313;0;2;0;0;0;3;1;0
314;0;2;0;0;0;0;3;0
315;1;1;1;0;0;3;2;1
316;1;2;1;0;1;1;4;2
317;2;0;0;1;3;4;2;1
318;0;1;1;0;1;2;2;0
319;1;1;1;0;1;3;2;0
320;1;4;1;0;1;3;2;0
321;0;2;5;0;1;4;2;0
322;1;2;1;1;1;4;2;0
323;2;5;0;1;0;5;2;0
324;0;3;0;3;0;1;1;1
325;1;3;1;0;1;5;3;0
326;1;2;1;0;1;3;1;1
327;2;3;0;1;1;5;3;1
328;1;1;0;1;0;5;3;0
329;0;2;1;1;2;6;3;0
330;0;3;2;0;2;3;1;1
331;0;6;0;0;1;3;1;0
332;0;3;1;1;2;8;0;0
333;3;1;0;0;0;1;1;0
334;3;4;0;0;3;1;3;0
335;1;2;0;0;0;3;1;0
336;0;2;0;1;0;3;3;0
337;2;3;1;0;0;2;1;1
338;0;4;0;0;0;1;2;0
339;0;2;0;0;1;4;3;0
340;0;1;0;0;0;1;0;0
341;0;2;1;0;0;4;4;1
342;0;7;1;0;0;3;2;0
343;0;2;0;0;0;5;1;0
344;1;0;0;0;1;3;2;0
345;0;3;0;1;2;6;2;0
346;0;0;0;0;1;1;3;0
347;0;6;0;0;0;2;0;0
348;0;1;0;0;0;5;2;0
349;4;4;0;1;1;2;2;0
350;0;2;2;2;0;2;4;0
351;1;1;0;0;0;3;1;0
352;0;2;0;0;0;4;2;3
353;0;1;1;0;0;4;2;1
354;0;2;2;0;1;4;1;0
355;1;1;2;0;1;1;2;0
356;2;0;0;0;0;1;1;0
357;0;3;0;0;0;2;4;0
358;0;4;0;0;2;2;1;0
359;0;3;0;1;0;0;4;0
360;0;0;2;1;1;1;2;1
361;0;0;0;0;1;0;2;0
362;1;1;0;0;0;4;2;0
363;0;1;0;1;0;3;0;0
364;0;4;0;0;0;3;0;0
365;0;2;0;1;2;2;1;0
366;0;1;0;1;3;1;1;1
367;0;0;1;2;1;4;2;0
368;0;2;0;0;1;1;0;0
369;1;5;2;0;0;5;0;0
370;0;1;1;0;1;2;0;0
371;1;2;0;1;1;5;0;0
372;0;3;1;0;0;4;1;1
373;1;0;0;0;0;2;4;0
374;1;2;0;0;1;6;3;0
375;0;2;2;0;0;3;1;0
376;0;1;0;0;0;3;2;0
377;0;2;1;1;0;1;0;2
378;1;1;2;1;0;4;1;0
379;1;0;0;0;0;2;0;0
380;2;0;1;0;1;2;2;0
381;1;1;0;0;1;3;0;1
382;4;3;0;0;0;3;0;0
383;0;1;0;1;0;3;2;0
384;0;3;1;1;0;4;4;0
385;1;2;1;0;1;3;3;0
386;0;1;1;2;2;2;4;1
387;0;4;0;1;0;3;1;0
388;1;2;0;0;0;1;0;0
389;1;2;0;0;1;1;2;0
390;0;1;0;2;1;1;2;0
391;0;1;1;0;0;5;1;1
392;0;3;0;1;0;1;1;1
393;0;4;0;0;0;3;0;0
394;0;1;1;0;0;2;2;0
395;0;1;0;1;0;2;1;0
396;0;1;0;1;0;3;1;0
397;0;2;0;0;2;3;0;0
398;1;1;0;0;0;1;0;0
399;1;1;0;0;0;4;1;0
400;0;0;0;0;0;2;0;0
;;;;;;;;
;2438;3088;1207;1037;1771;4160;2936;381

bacilli données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

bacilli distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760

bacilli distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43

bacilli distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;

bacilli par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci  ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;

bacilli, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est  43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554

clostridia[modifier | modifier le wikicode]

psor[modifier | modifier le wikicode]

psor opérons[modifier | modifier le wikicode]

27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;

psor cumuls[modifier | modifier le wikicode]

psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121

psor blocs[modifier | modifier le wikicode]

I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;

psor distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;

psor données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: psor données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;Sup 500;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;psor;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;psor;fx;fc;fx;fc
;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;629;2219;503;606
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;13;tta;13;atgj;12;tgc;410;10;11;511;608
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;15;atgf;6;ttc;3;aac;420;2;9;524;616
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;9;gaa;6;atc;**;aca;430;5;6;534;619
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;6;gga;31;cca;8;gta;440;4;4;538;619
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;5;gta;11;tgg;20;gaa;450;1;6;544;630
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;16;gac;6;atgi;10;aaa;460;3;5;570;632
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;4;aac;6;cca;10;aca;470;7;5;584;647
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;4;aca;11;agc;7;gac;480;0;6;587;653
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;15;tac;6;tca;9;gta;490;2;4;603;657
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;14;cta;12;aaa;5;gaa;500;0;6;623;659
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;7;aga;6;caa;**;aaa;510;1;1;643;684
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;gca;11;caa;19;aga;;;520;1;5;643;688
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;gca;6;aaa;11;gga;;;530;1;4;646;691
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;gca;3;tca;4;tac;;;540;2;3;679;698
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;gca;9;ttc;4;aca;;;550;1;0;704;699
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;8;atgj;31;aac;;;560;0;2;707;711
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;gca;21;atgi;16;aac;CDS-CDS;inf 50;570;1;3;713;725
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;gca;6;cca;5;gac;intercalaire;;580;0;1;723;733
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;gca;4;cac;6;gta;c-;x-;590;2;4;727;754
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;gca;25;tgc;9;gga;-113;-52;600;0;4;796;769
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;13;tta;15;gaa;total;intercalaires;;;;824;821
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;tta;15;atgf;13;atgf;;450,598;;;;827;840
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;gaa;9;gaa;**;tta;ADN long;3,550,458;;;;942;858
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;6;gga;;;%;12.7;;;;998;859
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;gga;5;gta;;;;;;;;1035;861
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;gga;16;gac;;;non RNA;49;;;;1088;872
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;aca;4;aac;;;;;;;;1217;876
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;4;aca;;;;;;;;1350;888
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;atgi;15;tac;;;;;;;;;888
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;atgj;11;cta;;;;;;;;;937
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;13;ggc;;;;;;;;;940
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;gga;7;aga;;;;;;;;;941
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;gga;11;caa;;;;;;;;;997
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;gga;6;aaa;;;;;;;;;1082
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;aca;3;tca;;;;;;;;;1115
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;intra;9;ttc;;;;;;;;;1170
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;tta atgi;8;atgj;;;;;;;;;1283
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;21;atgi;;;;;;;;;1310
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;6;cca;;;;;;;;;1445
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;9;cac;;;;;;;;;1537
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;21;aaa;;;;;;;;;2038
7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;6;tgc;;;;;;;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;10;cgt;;;;;;;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;**;gta;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;7;aga;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;9;ggc;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;5;gac;;;;;;;;;
;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;8;gta;;;;;;;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;**;gaa;;;;;;;;;
;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;;;

psor autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: psor autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
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;;tRNA;30275;30350;4;aac
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deb;comp;CDS;39922;40113;348;
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deb;;CDS;101428;102144;276;
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;;rRNA;104172;107096;41;2925
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;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
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;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
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;;rRNA;455284;455400;112;117
fin;comp;CDS;455513;456616;;
deb;;CDS;498418;499074;189;
;;rRNA;499264;500770;118;1507
;;tRNA;500889;500964;95;gca
;;rRNA;501060;503976;144;2917
;;rRNA;504121;504237;131;117
fin;;CDS;504369;504551;;
deb;;CDS;535194;536090;85;
;;ncRNA;536176;536362;27;
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;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg
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;;tRNA;1288209;1288297;426;cta
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deb;;CDS;1445161;1445664;135;
;;tRNA;1445800;1445868;258;other
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;comp;regulatory;2028481;2028580;345;
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;comp;tRNA;2268005;2268088;404;cta
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;comp;regulatory;2361365;2361480;190;
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;comp;regulatory;2524137;2524320;75;
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;comp;regulatory;2553092;2553175;39;
;comp;regulatory;2553215;2553298;63;
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;comp;regulatory;2701714;2701815;171;
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;comp;regulatory;2733120;2733211;363;
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deb;comp;CDS;2850976;2851347;95;
;comp;regulatory;2851443;2851563;450;
fin;comp;CDS;2852014;2853708;;
deb;comp;CDS;3090637;3091464;131;
;comp;ncRNA;3091596;3091935;54;
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;comp;rRNA;3094825;3094941;78;117
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;comp;rRNA;3098131;3099637;276;1507
fin;comp;CDS;3099914;3101161;;
deb;;CDS;3159922;3160827;37;
;comp;tRNA;3160865;3160956;120;agc
fin;comp;CDS;3161077;3161376;;
deb;comp;CDS;3274188;3274733;245;
;comp;rRNA;3274979;3275095;12;117
;comp;tRNA;3275108;3275181;107;gga
;comp;rRNA;3275289;3278214;137;2926
;comp;rRNA;3278352;3279858;253;1507
fin;comp;CDS;3280112;3280690;;
deb;comp;CDS;3299331;3300842;101;
;comp;regulatory;3300944;3301122;20;
fin;comp;CDS;3301143;3301745;;
deb;comp;CDS;3303104;3304150;124;
;comp;regulatory;3304275;3304459;96;
;comp;rRNA;3304556;3304672;11;117
;comp;tRNA;3304684;3304758;116;aca
;comp;rRNA;3304875;3307789;196;2915
;comp;rRNA;3307986;3309492;364;1507
fin;;CDS;3309857;3310504;;
deb;comp;CDS;3368437;3369900;236;
;comp;regulatory;3370137;3370238;63;
fin;comp;CDS;3370302;3370706;;
deb;comp;CDS;3407639;3408244;120;
;comp;regulatory;3408365;3408485;61;
fin;comp;CDS;3408547;3409716;;
deb;comp;CDS;3420136;3421329;134;
;comp;regulatory;3421464;3421568;139;
fin;;CDS;3421708;3422217;;
deb;comp;CDS;3438683;3439531;142;
;comp;tRNA;3439674;3439750;7;aga
;comp;tRNA;3439758;3439832;9;ggc
;comp;tRNA;3439842;3439918;5;gac
;comp;tRNA;3439924;3439999;8;gta
;comp;tRNA;3440008;3440082;5;gaa
;comp;rRNA;3440088;3440204;40;117
;comp;rRNA;3440245;3443168;112;2924
;comp;tRNA;3443281;3443356;109;gca
;comp;rRNA;3443466;3444972;138;1507
;comp;tRNA;3445111;3445187;13;atgj
;comp;tRNA;3445201;3445276;6;ttc
;comp;tRNA;3445283;3445359;6;atc
;comp;tRNA;3445366;3445442;31;cca
;comp;tRNA;3445474;3445549;11;tgg
;comp;tRNA;3445561;3445637;6;atgi
;comp;tRNA;3445644;3445720;6;cca
;comp;tRNA;3445727;3445817;11;agc
;comp;tRNA;3445829;3445917;6;tca
;comp;tRNA;3445924;3445999;12;aaa
;comp;tRNA;3446012;3446087;6;caa
;comp;tRNA;3446094;3446170;19;aga
;comp;tRNA;3446190;3446263;11;gga
;comp;tRNA;3446275;3446359;4;tac
;comp;tRNA;3446364;3446438;4;aca
;comp;tRNA;3446443;3446518;31;aac
;comp;tRNA;3446550;3446625;16;aac
;comp;tRNA;3446642;3446718;5;gac
;comp;tRNA;3446724;3446799;6;gta
;comp;tRNA;3446806;3446879;9;gga
;comp;tRNA;3446889;3446963;15;gaa
;comp;tRNA;3446979;3447054;13;atgf
;comp;tRNA;3447068;3447156;5;tta
;comp;rRNA;3447162;3447278;213;117
;comp;rRNA;3447492;3450406;196;2915
;comp;rRNA;3450603;3452109;239;1507
fin;comp;CDS;3452349;3452552;;
deb;comp;CDS;3479880;3480509;30;
;comp;regulatory;3480540;3480623;335;
fin;comp;CDS;3480959;3484165;;
deb;comp;CDS;3523330;3524046;129;
;comp;tRNA;3524176;3524251;8;gta
;comp;tRNA;3524260;3524334;20;gaa
;comp;tRNA;3524355;3524430;10;aaa
;comp;tRNA;3524441;3524515;10;aca
;comp;tRNA;3524526;3524602;7;gac
;comp;tRNA;3524610;3524685;9;gta
;comp;tRNA;3524695;3524769;5;gaa
;comp;tRNA;3524775;3524850;289;aaa
fin;;CDS;3525140;3526039;;
deb;comp;CDS;3549752;3549886;0;

Intergen51. psor. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cdc[modifier | modifier le wikicode]

cdc opérons[modifier | modifier le wikicode]

28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
dir    ;9857..10630;;cds;;179;179;774;;258;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;10810..12317;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;12370..12445;;gca;;249;;76;;;;
dir    ;12695..15596;;23s;;111;;2902;;;;
dir    ;15708..15824;;5s;;126;126;117;;;126;
dir    ;15951..16460;;cds;;;;510;;170;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir   ;19402..19857;;cds;;0;0;456;;152;0;nucleoside deaminase
dir   ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;;
dir   ;19987..20251;;ncRNA;@1;76;76;265;;;;
dir   ;20328..21965;;cds;;;;1638;;546;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;23419..24624;;cds;;505;*505;1206;;402;;glycosyl transferase
dir    ;25130..26637;;16s;;279;;1508;;;;
dir    ;26917..29816;;23s;+;180;;2900;;;;
dir    ;29997..30113;;5s;3 aaa;6;;117;;;;
dir    ;30120..30194;;aac;3 gta;6;;75;6;;;
dir    ;30201..30286;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;30302..30377;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;30385..30459;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;30469..30542;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;30548..30623;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;30629..30705;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;30715..30789;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;30804..30888;;tac;;8;;85;8;;;
dir    ;30897..30980;;cta;;29;;84;29;;;
dir    ;31010..31086;;aga;;7;;77;7;;;
dir    ;31094..31169;;caa;;88;;76;88;;;
dir    ;31258..31346;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;31350..31425;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;31432..31508;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;31520..31596;;atgi;;23;;77;23;;;
dir    ;31620..31696;;cca;;7;;77;7;;;
dir    ;31704..31780;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;31789..31864;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;31872..31945;;tgc;;6;;74;6;;;
dir    ;31952..32026;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;32032..32117;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;32133..32208;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;32216..32290;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;32300..32373;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;32379..32454;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;32460..32536;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;32546..32620;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;32635..32719;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;32729..32812;;cta;;23;;84;23;;;
dir    ;32836..32910;;ggc;;24;;75;24;;;
dir    ;32935..33011;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;33021..33096;;caa;;8;;76;8;;;
dir    ;33105..33180;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;33183..33271;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;33275..33350;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;33357..33433;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;33445..33521;;atgi;;17;;77;17;;;
dir    ;33539..33615;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;33624..33699;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;33707..33780;;tgc;;7;;74;7;;;
dir    ;33788..33864;;cgt;;12;;77;12;;;
dir    ;33877..33952;;gta;;75;75;76;;;75;
dir    ;34028..34441;;cds;;308;308;414;;138;;hp
dir    ;34750..38181;;cds;;;;3432;;1144;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;127011..127715;;cds;;281;281;705;;235;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir    ;127997..129505;;16s;;279;;1509;;;;
dir    ;129785..132685;;23s;+;131;;2901;;;;
dir    ;132817..132933;;5s;2 cca;6;;117;;;;
dir    ;132940..133014;;aac;;4;;75;4;;;
dir    ;133019..133093;;gaa;;5;;75;5;;;
dir    ;133099..133174;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;133180..133256;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;133267..133341;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;133356..133440;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;133450..133523;;gga;;10;;74;10;;;
dir    ;133534..133610;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;133620..133695;;caa;;11;;76;11;;;
dir    ;133707..133782;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;133785..133873;;tca;;17;;89;17;;;
dir    ;133891..133981;;agc;;8;;91;8;;;
dir    ;133990..134066;;cca;;85;;77;85;;;
dir    ;134152..134227;;tgg;;60;;76;60;;;
dir    ;134288..134364;;cca;;6;;77;6;;;
dir    ;134371..134447;;atc;;3;;77;3;;;
dir    ;134451..134526;;ttc;;7;;76;7;;;
dir    ;134534..134610;;atgj;;114;;77;;;;
dir    ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;;
dir    ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;;
dir    ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213;
comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;;
dir    ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;;
dir    ;150292..150366;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;150372..150457;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;150473..150548;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;150556..150630;;gaa;;14;;75;14;;;
dir    ;150645..150718;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;150724..150799;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;150805..150881;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;150892..150966;;ggc;;9;;75;9;;;
dir    ;150976..151049;;aga;;975;*975;74;;;;
dir    ;152025..152864;;cds;;;;840;;280;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase
dir   ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;;
dir   ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;;
dir   ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177;
dir   ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir    ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87;
dir    ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;;
dir    ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;;
dir    ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;;
dir    ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;;
dir    ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein
comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318;
dir    ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir   ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir   ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;;
<dir   ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir   ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase

cdc cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144

cdc blocs[modifier | modifier le wikicode]

7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;

cdc distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75

cdc données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cdc données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cdc;fx;fc;fx;fc;fc
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;515;2343;603;606;705
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;6;aac;4;aac;33;aca;410;2;14;606;608;707
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;15;tta;5;gaa;4;gta;420;8;9;609;611;718
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;7;atgf;5;gta;6;gaa;430;4;11;625;611;721
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;9;gaa;10;gac;**;aaa;440;5;10;638;611;722
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;5;gga;14;aca;;;450;6;5;649;613;724
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;5;gta;9;tac;;;460;2;11;651;618;727
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;9;gac;10;gga;;;470;9;10;655;619;741
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;14;aca;9;aga;;;480;7;8;657;622;743
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;8;tac;11;caa;;;490;3;11;658;625;744
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;29;cta;2;aaa;;;500;4;8;675;628;753
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;7;aga;17;tca;CDS-CDS;inf 50;510;0;5;676;629;767
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;88;caa;8;agc;intercalaire;;520;1;10;677;630;770
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;gca;3;tca;85;cca;c-;x-;530;2;8;679;630;790
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;6;ttc;60;tgg;-85;-52;540;1;4;686;631;796
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;gca;14;atgj;6;cca;-83;;550;2;6;689;634;800
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;gca;23;atgi;3;atc;-71;;560;4;2;694;634;808
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;gca;7;cca;7;ttc;-62;;570;1;6;702;634;816
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;8;cac;**;atgj;-52;;580;4;3;722;636;817
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;aac;7;aaa;5;aac;total;intercalaires;590;5;2;723;636;817
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;aac;6;tgc;15;tta;;636,447;600;6;4;730;636;820
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;5;aac;7;atgf;ADN long;4,110,554;;49;99;737;637;821
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;gga;15;tta;14;gaa;%;15.5;;;;769;637;823
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;7;atgf;5;gga;;;;;;769;638;826
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;atgj;9;gaa;5;gta;non RNA;156;;;;790;638;830
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;5;gga;10;gac;;;;;;791;638;837
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;gga;5;gta;9;ggc;;;;;;792;638;885
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;aca;9;gac;**;aga;;;;;;797;640;903
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;14;aca;;;;;;;;798;644;905
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;9;tac;;;;;;;;805;645;908
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;23;cta;;;;;;;;805;645;922
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;24;ggc;;;;;;;;821;647;924
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;9;aga;;;;;;;;850;647;940
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;8;caa;;;;;;;;871;647;962
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;2;aaa;;;;;;;;876;657;965
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;3;tca;;;;;;;;877;659;968
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;6;ttc;;;;;;;;882;660;973
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;14;atgj;;;;;;;;885;664;976
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;17;atgi;;;;;;;;910;667;992
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;8;cac;;;;;;;;924;677;1016
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;7;aaa;;;;;;;;941;681;1021
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;7;tgc;;;;;;;;950;684;1023
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;12;cgt;;;;;;;;985;691;1048
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;**;gta;;;;;;;;999;700;1063
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1060;;1093
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1100;;1119
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;;1100;;1133
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1127;;1171
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1208;;1192
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1295
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;1324
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;;;;1346
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1412
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1588
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1907

cdc autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cdc autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
;;regulatory;254387;254488;220;*;
fin;;CDS;254709;256244;;;
deb;;CDS;309184;310275;308;*;
;;regulatory;310584;310674;406;*;
fin;;CDS;311081;311398;;;
deb;;CDS;378341;380728;585;*;
;;rRNA;381314;382816;315;*;1503
;;rRNA;383132;386029;127;*;2898
;;rRNA;386157;386273;177;*;117
fin;;CDS;386451;387059;;0;
deb;;CDS;393173;394945;131;*;
;;regulatory;395077;395269;188;*;
fin;;CDS;395458;396210;;;
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fin;;CDS;520024;520344;;0;
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fin;;CDS;602481;604400;;;
deb;;CDS;703255;703989;800;*;
;;regulatory;704790;704866;264;*;
fin;;CDS;705131;706387;;;
deb;;CDS;774245;775042;343;*;
;;misc_b;775386;775620;49;*;
fin;;CDS;775670;776689;;;
deb;comp;CDS;833130;833894;258;*;
;;tRNA;834153;834243;87;*;agc
fin;;CDS;834331;835119;;;
deb;;CDS;840990;843056;591;*;
;;misc_b;843648;843858;225;*;
fin;;CDS;844084;844899;;;
deb;;CDS;1027707;1028153;147;*;
;;misc_b;1028301;1028547;123;*;
fin;;CDS;1028671;1030413;;;
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;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503
;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898
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;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117
fin;;CDS;1095670;1097688;;;
deb;;CDS;1140023;1140928;114;*;
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fin;;CDS;1141406;1142623;;0;
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;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg
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;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*;
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;;repeat_region;1504069;1504755;391;*;
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;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*;
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;;repeat_region;1615439;1615732;167;*;
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fin;;CDS;1622099;1623307;;0;
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;;repeat_region;1709876;1710232;238;*;
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;;repeat_region;1712097;1712386;122;*;
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;;misc_b;1747899;1748134;84;*;
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deb;;CDS;1770800;1771111;92;*;
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;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*;
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;;repeat_region;1849663;1850878;408;*;
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fin;;CDS;1904536;1905825;;;
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;;misc_b;1964653;1964915;125;*;
fin;;CDS;1965041;1965844;;;
deb;;CDS;1974995;1975732;110;*;
;;misc_b;1975843;1976050;252;*;
fin;;CDS;1976303;1977502;;;
deb;;CDS;2015338;2017995;53;*;
;;regulatory;2018049;2018151;109;*;
fin;;CDS;2018261;2019526;;;
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;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*;
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fin;;CDS;2144100;2144276;;0;
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;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*;
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fin;;CDS;2157564;2157740;;;
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;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*;
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;;repeat_region;2200186;2200869;830;*;
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fin;;CDS;2291887;2293368;;;
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;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*;
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;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*;
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;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*;
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;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga
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;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*;
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;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*;
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;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*;
fin;comp;CDS;2858087;2858614;;;
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;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*;
fin;comp;CDS;2948632;2949822;;;
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fin;;CDS;2959042;2960385;;;
deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*;
;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*;
deb;;CDS;2981767;2982444;159;*;
;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca
;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898
;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503
fin;;CDS;2987705;2988643;;0;
deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*;
;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*;
fin;comp;CDS;3096356;3097759;;;
deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*;
;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*;
deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*;
;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*;
fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0;
deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*;
;;repeat_region;3244625;3246042;183;*;
fin;comp;CDS;3246226;3246492;;;
deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*;
;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*;
fin;comp;CDS;3276416;3277309;;;
deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*;
;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*;
fin;comp;CDS;3407875;3409527;;;
deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*;
;;repeat_region;3491430;3492052;252;*;
fin;comp;CDS;3492305;3494290;;;
deb;;CDS;3508604;3509509;673;*;
;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*;
fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0;
deb;;CDS;3600566;3601447;77;*;
;;regulatory;3601525;3601699;172;*;
fin;;CDS;3601872;3602873;;;
deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*;
;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*;
fin;comp;CDS;3640186;3641013;;;
deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*;
;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*;
fin;comp;CDS;3656089;3656931;;;
deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*;
;;regulatory;3690789;3690904;174;*;
fin;;CDS;3691079;3692449;;0;
deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*;
;;regulatory;3750238;3750334;53;*;
fin;;CDS;3750388;3750564;;;
deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*;
;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117
;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898
;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503
fin;comp;CDS;3794009;3794587;;;
deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*;
;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*;
fin;comp;CDS;3812242;3812856;;;
deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*;
;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*;
fin;comp;CDS;3906737;3907687;;;
deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*;
;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*;
fin;comp;CDS;3934329;3934850;;;
deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*;
;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117
;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898
;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503
fin;comp;CDS;3949723;3949917;;;
deb;;CDS;4084445;4085437;382;*;
;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca
;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa
;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;

Intergen51. cdc. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cdc psor[modifier | modifier le wikicode]

cdc-psor  comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6;
atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7;
cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52;
tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7;
gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10;
aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0
gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0
gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0
gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31;
gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor  coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t.  -2+2;24;;

cdc8[modifier | modifier le wikicode]

cdc8 opérons[modifier | modifier le wikicode]

28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir   ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir   ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir   ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir   ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir   ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir   ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir   ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir   ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir   ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir   ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir   ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir   ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir   ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir   ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir   ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir   ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir   ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir   ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir   ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir   ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir   ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir   ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir   ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir   ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir   ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir   ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir   ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir   ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir   ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir   ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir   ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
dir   ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;;
dir   ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir   ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir   ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir   ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir   ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir   ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir   ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir   ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir   ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir   ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir   ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir   ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir   ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir   ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir   ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir   ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir   ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir   ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir   ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir   ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
<> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
dir   ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir   ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir   ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir   ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir   ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir    ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir    ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir    ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir    ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir    ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir    ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir    ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir    ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir    ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
<comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir    ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir    ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir    ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir    ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir    ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir    ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir    ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir    ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir    ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir    ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir    ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir    ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir    ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir    ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
<>comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir    ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir    ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
>comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir    ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir    ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir    ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir    ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir    ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir    ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir    ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir    ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir    ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir    ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir    ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir    ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir    ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir    ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir    ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir    ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir    ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir    ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir    ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir    ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir    ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir    ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir    ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir    ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir    ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir    ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir    ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir    ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir    ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir    ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir    ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
<dir    ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir    ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir    ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein

cdc8 cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97

cdc8 blocs[modifier | modifier le wikicode]

cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;

cdc8 cdc psor 43[modifier | modifier le wikicode]

cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6
cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13
ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11
aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3
aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3
atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21;
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14
cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1
gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2
cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;

cdc8 cdc psor 18[modifier | modifier le wikicode]

cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas;
cds;214;;;;;16s;321;16s;196;
cds;554;;;;;23s;181;23s;213;
cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5;
cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2
23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0
aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4;
tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10
gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11;
aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19;
caa;11;caa;11;0;;caa;89;aga;6;-1
aaa;2;aaa;2;0;;tca;3;caa;12;
tca;18;tca;17;-1;;ttc;6;aaa;6;
agc;8;agc;8;0;;atgj;11;tca;11;
cca;85;cca;85;0;;atgi;29;agc;6;
tgg;60;tgg;60;0;;cca;7;cca;6;
cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11;
atc;3;atc;3;0;;aaa;353;tgg;31;
ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6;
;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas;
cds;214;5s;5;;;;;cds;214;
cds;554;tta;13;;;;;cds;554;
cds;0;atg;15;;;cdc8;19aas;cds;0;
cds;167;gaa;9;;;16s;321;cds;167;
23s°;132;gga;6;;;23s;181;23s°;132;
5s;6;gta;5;0;;5s;6;5s;6;
aac;4;gac;16;;;aac;6;aac;4;
gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5;
gta;5;aac;4;;;atgf;7;gta;5;0
gac;11;aca;4;-10;;gaa;9;gac;11;2
aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0
tac;9;gga;19;9;;gta;5;tac;9;
gga;10;aga;6;-3;;gac;9;gga;10;
aga;9;caa;12;1;;aca;14;aga;9;2
caa;11;aaa;6;4;;tac;10;caa;11;
aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18;
agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
tgg;60;tgg;31;-29;;ttc;6;tgg;60;
cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
atc;3;atc;6;3;;atgi;29;atc;3;
ttc;7;ttc;13;6;;cca;7;ttc;7;
atgj;114;atg;138;24;;cac;8;atgj;114;
;;;;;;aaa;353;;;

cdc8 cdc psor 9[modifier | modifier le wikicode]

cdc8;18aas;cdc8;9aas;;;cdc8;9aas;cdc;9aas;
cds;214;;;;;cds;281;16s;52;
cds;554;;;;;16s°;100;gca;373;
cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126;
cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7;
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cdc8 cdc protéines[modifier | modifier le wikicode]

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;dir   ;94032..94736;cds;281;705;CwlD;;;dir    ;4202485..4203366;cds;458;882;mecano;;;;;
;dir   ;95018..95994;16s°;100;977;;;;dir    ;4203825..4205096;cds;320;1272;S-ligase;;;;;
;dir   ;96095..97613;23s°;126;1519;;;;dir    ;4205417..4205872;cds;0;456;Nuc-de;;;;;
6;dir   ;97740..97856;5s;7;117;;;;dir    ;4205873..4205964;tcc;37;92;;;;;;
;dir   ;97864..97938;aac;6;75;;;2;dir    ;4206002..4206266;ncRNA;76;265;;;;;;
;dir   ;;**7aas;6;;;;;dir    ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau;;;;;
;dir   ;98542..98615;aga;954;74;;;;;;;;;;;;;;
;dir   ;99570..100409;cds;;840;TIGR;;insert;comp;4209435..4210639;cds;496;1205;Glyco-tr;;;;;
;;;;;;;;insert;;4211136..4212643;16s;321;1508;;;;;;
;<> cp;309950..310076;cds;1;127;seleno;;insert;;4212965..4213127;23s°;100;163;;;;;;
;dir   ;310078..311313;23s°;126;1236;;;insert;<>comp;4213228..4213849;cds;;622;CHAP;;;;;
7;dir   ;311440..311556;5s;177;117;;;insert;;;;;;;;;;;
;dir   ;311734..312342;cds;;609;DedA;;insert;comp;4213961..4214620;cds;228;660;A-1chlor;;;;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4214849..4216199;16s;321;1351;;;;;;
;comp;861856..862620;cds;258;765;DeoR;;insert;dir    ;4216521..4217008;23s°;101;488;;;;;;
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;dir   ;863057..863845;cds;;789;flagellar;;insert;comp;4218780..4218855;gca;52;76;;;;;;
;;;;;;;;insert;comp;4218908..4219471;16s°;100;564;;;;;;
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;dir    ;1107690..1109197;16s;320;1508;;;insert;comp;4220074..4221581;16s;179;1508;;;;;;
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9;dir    ;1112590..1112706;5s;273;117;;;insert;dir    ;4224422..4227321;23s;181;2900;;3447492..3450406;23s;213;;
;dir    ;1112980..1114998;cds;;2019;Ala amid;;insert;dir    ;4227503..4227619;5s;6;117;;3447162..3447278;5s;5;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4227626..4227700;aac;6;75;;3447068..3447156;tta;13;;
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10;comp;1199592..1199674;ttg;318;83;;;insert;dir    ;4227808..4227883;atgf;7;76;;3446889..3446963;gaa;9;;
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;;;;;;;;insert;dir    ;4227975..4228048;gga;5;74;;3446724..3446799;gta;5;;
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11;dir    ;1852736..1852816;cta;334;81;;;insert;dir    ;4228135..4228211;gac;9;77;;3446550..3446625;aac;31;;
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;;;;;;;;insert;dir    ;4228310..4228394;tac;10;85;;3446364..3446438;aca;4;;
;dir    ;3024038..3024715;cds;150;678;SrtB;;insert;dir    ;4228405..4228488;cta;28;84;;3446275..3446359;tac;11;;
;comp;3024866..3024940;aca;93;75;;;insert;dir    ;4228517..4228593;aga;7;77;;3446190..3446263;gga;19;;
12;comp;3025034..3027933;23s;184;2900;;;insert;dir    ;4228601..4228676;caa;89;76;;3446094..3446170;aga;6;;
;comp;3028118..3029625;16s;374;1508;;;insert;dir    ;4228766..4228854;tca;3;89;;3446012..3446087;caa;12;;
;dir    ;3030000..3030938;cds;;939;lactam;;insert;dir    ;4228858..4228933;ttc;6;76;;3445924..3445999;aaa;6;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4228940..4229016;atgj;11;77;;3445829..3445917;tca;11;;
;dir    ;3805298..3806743;cds;208;1446;Y-r2;;insert;dir    ;4229028..4229104;atgi;29;77;;3445727..3445817;agc;6;;
;comp;3806952..3807028;agg;61;77;;;insert;dir    ;4229134..4229210;cca;7;77;;3445644..3445720;cca;6;;
;<comp;3807090..3808790;cds;;1701;fdHa;;insert;dir    ;4229218..4229294;cac;8;77;;3445561..3445637;atg;11;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4229303..4229378;aaa;353;76;;3445474..3445549;tgg;31;;
;comp;3875816..3876886;cds;452;1071;ABC;;insert;comp;4229732..4229848;5s;126;117;;3445366..3445442;cca;6;;
;comp;3877339..3877455;5s;125;117;;;insert;comp;4229975..4232010;23s’;582;2036;;3445283..3445359;atc;6;;
13;comp;3877581..3880480;23s;261;2900;;;;dir    ;4232593..4234098;16s;217;1506;;3445201..3445276;ttc;13;;
;comp;3880742..3882249;16s;190;1508;;;;dir    ;4234316..4237215;23s;126;2900;;3445111..3445187;atg;;;
;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir    ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;;
;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;;
;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir    ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;;
;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir    ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;;
14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir    ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;;
;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir    ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;;
;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir    ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda
;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir    ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir    ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir    ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir    ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir    ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir   ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir   ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca

cdc8 cdc création de cds[modifier | modifier le wikicode]

;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;<4307539..4308225;687;;;;
CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846

cdc8 cdc abrégé protéines[modifier | modifier le wikicode]

A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2

cdc8 cdc psor stats[modifier | modifier le wikicode]

NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total)         ;4 025;3 807;3 528
CDS (total)           ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding)        ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding)          ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA)           ;155;116;160
RRNAs  (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs        ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs     ;108;83;105
ncRNAs    ;4;4;4
Pseudo Genes (total)  ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)       ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)         ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)      ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)  ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays         ;4;9; - 
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37

cdc8 distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9

cdc8 données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cdc8 données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cdc8;fx;fc;fx;fc;fc
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;548;2485;608;601;805
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;aac;6;aac;33;aca;410;6;9;625;602;808
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;tta;15;tta;4;gta;420;7;15;636;602;815
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;atgf;7;atgf;6;gaa;430;7;8;646;604;816
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;gaa;9;gaa;**;aaa;440;7;12;655;606;826
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;gga;5;gga;;;450;4;13;658;610;828
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;gta;5;gta;;;460;1;12;671;612;844
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;gac;9;gac;;;470;13;5;674;618;865
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;aca;14;aca;;;480;7;4;677;619;871
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;tac;10;tac;;;490;2;10;679;624;884
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;cta;28;cta;CDS-CDS;inf 50;500;5;5;685;628;890
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;aga;7;aga;intercalaire;;510;2;3;689;630;910
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;caa;89;caa;c-;x-;520;1;11;695;634;916
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;tca;3;tca;-89;néant;530;1;9;695;635;962
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;ttc;6;ttc;-82;;540;3;5;702;637;964
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;atgj;14;atgj;-71;;550;3;7;716;637;966
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;atgi;29;atgi;-62;;560;5;6;722;637;972
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;cca;7;cca;-52;;570;1;4;723;641;987
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;cac;8;cac;total;intercalaires;580;5;6;731;641;1001
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;aaa;**;aaa;;663,874;590;3;6;733;641;1003
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;tgc;4;aac;ADN long;4,308,325;600;5;4;733;644;1007
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;aac;5;gaa;%;15.4;;50;88;753;646;1018
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;tta;5;gta;;;;;;766;646;1024
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;atgf;11;gac;non RNA;191;;;;782;647;1044
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;gaa;14;aca;;;;;;787;648;1048
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;gga;9;tac;;;;;;789;648;1057
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;gta;10;gga;;;;;;798;649;1064
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;gac;9;aga;;;;;;799;661;1082
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;aca;11;caa;;;;;;804;667;1117
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;tac;2;aaa;;;;;;805;685;1211
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;cta;18;tca;;;;;;837;689;1218
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;ggc;8;agc;;;;;;873;695;1243
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;aga;85;cca;;;;;;877;702;1262
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;caa;60;tgg;;;;;;881;704;1347
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;aaa;5;cca;;;;;;885;708;1357
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;tca;3;atc;;;;;;887;716;1398
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;ttc;7;ttc;;;;;;899;718;1411
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;atgj;**;atgj;;;;;;903;723;1554
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;atgi;;;;;;;;918;731;1856
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;cac;;;;;;;;927;743;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;aaa;;;;;;;;940;752;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;tgc;;;;;;;;987;760;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;cgt;;;;;;;;1011;763;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;gta;;;;;;;;1033;765;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;aac;;;;;;;;1078;774;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;tta;;;;;;;;1101;775;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;atgf;;;;;;;;1219;783;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;gaa;;;;;;;;1258;795;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;gga;;;;;;;;1271;796;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;gta;;;;;;;;1405;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;gac;;;;;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;ggc;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aga;;;;;;;;;;

cdc8 autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cdc8 autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cdc8;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;misc_f;1;795;182;*;
;;rRNA;978;1094;6;*;117
;;tRNA;1101;1175;6;*;aac
;;tRNA;1182;1267;15;*;tta
;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf
;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa
;;tRNA;1450;1523;5;*;gga
;;tRNA;1529;1604;5;*;gta
;;tRNA;1610;1686;9;*;gac
;;tRNA;1696;1770;14;*;aca
;;tRNA;1785;1869;10;*;tac
;;tRNA;1880;1963;28;*;cta
;;tRNA;1992;2068;7;*;aga
;;tRNA;2076;2151;89;*;caa
;;tRNA;2241;2329;3;*;tca
;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc
;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj
;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi
;;tRNA;2609;2685;7;*;cca
;;tRNA;2693;2769;8;*;cac
;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa
;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc
;;tRNA;2941;3015;6;*;aac
;;tRNA;3022;3107;15;*;tta
;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf
;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa
;;tRNA;3290;3363;5;*;gga
;;tRNA;3369;3444;5;*;gta
;;tRNA;3450;3526;9;*;gac
;;tRNA;3536;3610;14;*;aca
;;tRNA;3625;3709;9;*;tac
;;tRNA;3719;3802;24;*;cta
;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc
;;tRNA;3926;4002;9;*;aga
;;tRNA;4012;4087;8;*;caa
;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa
;;tRNA;4174;4262;3;*;tca
;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc
;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj
;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi
;;tRNA;4530;4606;8;*;cac
;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa
;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc
;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt
;;tRNA;4868;4943;75;*;gta
fin;;CDS;5019;5432;;;
deb;;CDS;43312;43797;94;*;
;;misc_b;43892;44100;63;*;
fin;;CDS;44164;45882;;;
deb;;CDS;57549;58247;51;*;
;;misc_f;58299;58427;42;*;
fin;;CDS;58470;58976;;;
deb;;CDS;93984;94736;291;*;
;;misc_f;95028;95862;232;*;
;;misc_f;96095;96344;50;*;
;;misc_f;96395;96725;9;*;
;;misc_f;96735;97600;139;*;
;;rRNA;97740;97856;7;*;117
;;tRNA;97864;97938;6;*;aac
;;tRNA;97945;98030;15;*;tta
;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf
;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa
;;tRNA;98212;98285;4;*;gga
;;tRNA;98290;98365;5;*;gta
;;tRNA;98371;98447;10;*;gac
;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc
;;tRNA;98542;98615;954;*;aga
fin;;CDS;99570;100409;;;
deb;comp;CDS;119142;119651;188;*;
;;regulatory;119840;119943;135;*;
fin;;CDS;120079;121272;;;
deb;;CDS;141169;142335;59;*;
;;regulatory;142395;142512;124;*;
fin;;CDS;142637;143242;;;
deb;;CDS;192887;194019;59;*;
;;regulatory;194079;194180;220;*;
fin;;CDS;194401;195936;;;
deb;;CDS;240412;241887;526;*;
;;regulatory;242414;242504;406;*;
fin;;CDS;242911;243228;;;
deb;comp;CDS;309950;310076;16;*;
;;misc_f;310093;310425;9;*;
;;misc_f;310435;311300;139;*;
;;rRNA;311440;311556;177;*;117
fin;;CDS;311734;312342;;0;
deb;;CDS;318620;320392;131;*;
;;regulatory;320524;320716;181;*;
fin;;CDS;320898;321650;;;
deb;comp;CDS;522666;523493;205;*;
;;regulatory;523699;523805;69;*;
fin;;CDS;523875;524195;;0;
deb;;CDS;605941;606543;375;*;
;;misc_b;606919;607151;63;*;
fin;;CDS;607215;609134;;;
deb;;CDS;727895;728629;644;*;
;;regulatory;729274;729350;262;*;
fin;;CDS;729613;730869;;;
deb;;CDS;801271;802068;383;*;
;;misc_b;802452;802685;49;*;
fin;;CDS;802735;803754;;;
deb;comp;CDS;861856;862620;258;*;
;;tRNA;862879;862969;87;*;agc
fin;;CDS;863057;863845;;;
deb;;CDS;869869;871935;594;*;
;;misc_b;872530;872740;225;*;
fin;;CDS;872966;873781;;;
deb;;CDS;1044480;1044926;147;*;
;;misc_b;1045074;1045320;122;*;
fin;;CDS;1045443;1047185;;;
deb;;CDS;1106477;1107451;240;*;
;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503
;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897
;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga
;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117
fin;;CDS;1112980;1114998;;;
deb;;CDS;1157234;1158145;114;*;
;;ncRNA;1158260;1158440;182;*;
fin;;CDS;1158623;1159840;;0;
deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*;
;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg
fin;;CDS;1199993;1202641;;;
deb;;CDS;1235339;1235707;91;*;
;;regulatory;1235799;1235905;102;*;
fin;;CDS;1236008;1237213;;0;
deb;;CDS;1360996;1362075;141;*;
;;misc_b;1362217;1362455;67;*;
fin;;CDS;1362523;1365162;;;
deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*;
;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*;
fin;comp;CDS;1527677;1528351;;;
deb;;CDS;1597387;1598331;288;*;
;;regulatory;1598620;1598726;105;*;
fin;;CDS;1598832;1599797;;;
deb;;CDS;1625872;1627965;660;*;
;;repeat_region;1628626;1629050;897;*;
fin;;CDS;1629948;1630766;;0;
deb;;CDS;1634212;1635180;151;*;
;;misc_b;1635332;1635584;72;*;
fin;;CDS;1635657;1636865;;0;
deb;;CDS;1682039;1682800;159;*;
;;misc_b;1682960;1683217;112;*;
fin;;CDS;1683330;1683569;;;
deb;;CDS;1719185;1719346;735;*;
;;repeat_region;1720082;1720376;117;*;
fin;;CDS;1720494;1721246;;;
deb;;CDS;1767472;1769328;81;*;
;;misc_b;1769410;1769650;65;*;
;;misc_b;1769716;1769951;84;*;
fin;;CDS;1770036;1771253;;;
deb;;CDS;1792609;1792920;92;*;
;;regulatory;1793013;1793105;99;*;
fin;;CDS;1793205;1793999;;;
deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*;
;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*;
deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*;
;;regulatory;1850577;1850753;142;*;
deb;;CDS;1850896;1852626;109;*;
;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta
deb;;CDS;1853151;1853666;475;*;
;;regulatory;1854142;1854246;209;*;
fin;;CDS;1854456;1855490;;;
deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*;
;;repeat_region;1864377;1864796;406;*;
fin;;CDS;1865203;1865490;;0;
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fin;;CDS;4250665;4250923;;;
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;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc
;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca
;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg
;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca
;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc
;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc
;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj
;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335
deb;;CDS;4307680;4308225;0;*;

Intergen51. cdc8. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cbc[modifier | modifier le wikicode]

cbc opérons[modifier | modifier le wikicode]

28%GC;30.6.19 Paris;16s  5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
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;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;

cbc blocs[modifier | modifier le wikicode]

cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;

cbc distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;

cbc données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cbc données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
tRNA-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;c;aa;cbc;fx;fc;fx;fc;fc
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;;tRNA tRNA;hors bloc;400;547;2246;704;706;907
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;gca;84;cgt;410;10;20;707;711;913
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;3;atgi;20;agc;420;5;15;707;714;918
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;**;aac;306;tca;430;8;17;713;719;925
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;27;aac;20;agc;440;7;10;735;720;943
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;**;;**;tca;450;10;17;735;720;948
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;5;tac;460;6;10;738;723;948
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;**;aca;470;6;16;748;725;949
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;17;gaa;480;5;10;756;726;950
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;9;gta;490;9;6;761;727;957
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;aac;;;4;gac;500;4;11;785;728;960
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;ttc;;;5;aca;510;6;14;792;729;963
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;atgi;;;18;gaa;520;8;12;805;734;1003
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;aac;;;7;gta;530;0;8;808;735;1009
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;57;gac;540;4;4;819;741;1013
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;17;gaa;550;5;5;826;745;1020
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;CDS-CDS;inf 50;;9;gta;560;5;7;831;756;1025
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;intercalaire;;;4;gac;570;3;6;832;772;1040
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;c-;x-;;**;aca;580;1;8;837;781;1099
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;-62;-54;;4;tta;590;3;8;844;787;1105
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;-56;;;53;atgf;600;3;8;856;788;1107
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;-56;;;10;atgf;610;4;10;876;801;1117
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;-55;;;**;atgj;620;0;3;897;802;1181
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;total;intercalaires;;18;ggg;630;3;4;897;807;1391
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;696,513;;**;acc;640;4;5;905;811;1506
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;ADN long;3,892,029;;7;cca;650;3;3;915;813;1800
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;%;17.9;;6;gga;660;1;4;916;815;2050
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;5;aga;670;2;5;919;818;2620
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;non RNA;0;;26;aag;680;2;4;934;826;
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;29;cca;690;2;6;976;831;
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;24;gga;700;3;4;1004;831;
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;**;cga;;40;66;1033;849;
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;5;gta;;;;1085;858;
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;3;gac;;;;1107;860;
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;4;ttc;;;;1126;862;
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;9;ggc;;;;1161;864;
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;**;tgc;;;;1177;890;
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;;;;1482;892;
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;;;1485;;
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;;;1525;;
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;diagr;;;diagr;;;-44;1;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;; t30;;;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;x;718;7;1;720;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;3580;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;3668;;total;7;288;;;;;;;;;;;;;;;;

cbc autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cbc autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;

Intergen51. cbc. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cbn[modifier | modifier le wikicode]

cbn opérons[modifier | modifier le wikicode]

28%GC;30.6.19 Paris;16s  10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;

cbn blocs[modifier | modifier le wikicode]

cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;

cbn distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6

cbn données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cbn données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;cbn;long;long;long
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc;fc
;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;404;407;502
;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;311;aaa;12;gaa;405;409;507
;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;**;ttc;13;gta;407;412;508
;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;61;gag;5;gac;415;419;526
;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;6;caa;18;aca;419;420;532
;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;4;aga;12;gaa;420;421;533
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;19;gga;13;gta;424;426;533
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;16;cta;5;gac;447;431;536
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;**;gaa;**;aca;452;438;537
;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;gca;4;gca;5;tta;454;443;537
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;gca;**;atgi;5;atgf;457;447;538
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;46;atgj;465;449;543
1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;atc;;;5;tta;471;449;546
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;atc;;;30;atgf;473;450;558
;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;46;atgj;486;450;569
;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;aac;;;5;tta;490;450;570
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;ttc;;;**;atgf;493;453;572
;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;ttc;;;17;gta;493;454;574
;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;aaa;;;14;gac;493;456;574
;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;gaa;;;4;ttc;500;461;582
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;atgi;;;8;ggc;502;462;655
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;57;tgc;504;464;680
;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;aac;;;**;tgc;510;468;703
;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;15;gga;513;479;710
;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;ttc;;;7;atc;532;479;745
;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;aac;;;**;gca;534;479;747
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;intra;;;21;cga;539;481;753
;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;gca atc;;;28;gga;540;484;759
;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;gca atc;;;4;aaa;556;487;777
;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;4;caa;563;488;
;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;5;cac;567;491;
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;CDS-CDS;inf 50;3;aag;573;498;
;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;intercalaire;;6;aga;576;500;
;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;c-;x-;4;gga;581;;
;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;néant;néant;21;cca;600;;
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;total;intercalaires;5;aag;619;;
;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;330,729;5;aga;625;;
;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;ADN long;2,773,157;5;gga;626;;
;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;%;11.9;3;ggc;652;;
;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;22;cta;696;;
;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;non RNA;4;4;aaa;723;;
2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;4;caa;730;;
11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;5;cac;748;;
9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;5;aag;751;;
0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;5;aga;826;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;5;gga;836;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;6;ggc;856;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;**;cca;952;;
;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;39;tac;1025;;
;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;8;gta;1149;;
;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;4;tac;1270;;
;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;**;aca;1443;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;cgt;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;agc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;tca;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;tca;;;

cbn autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cbn autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cbn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;20118;20459;206;*;
;;tRNA;20666;20741;214;*;acg
fin;;CDS;20956;21813;;;
deb;comp;CDS;34861;36105;307;*;
;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa
;;tRNA;36500;36575;13;*;gta
;;tRNA;36589;36665;5;*;gac
;;tRNA;36671;36746;18;*;aca
;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa
;;tRNA;36852;36927;13;*;gta
;;tRNA;36941;37017;5;*;gac
;;tRNA;37023;37098;106;*;aca
fin;comp;CDS;37205;38164;;;
deb;comp;CDS;135851;137197;168;*;
;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca
fin;comp;CDS;137573;137743;;0;
deb;;CDS;161395;161805;158;*;
;;tRNA;161964;162052;5;*;tta
;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf
;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj
;;tRNA;162262;162350;5;*;tta
;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf
;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj
;;tRNA;162585;162673;5;*;tta
;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf
fin;comp;CDS;163235;163759;;0;
deb;;CDS;174610;176142;115;*;
;;tRNA;176258;176332;275;*;aac
fin;;CDS;176608;177999;;;
deb;;CDS;178351;179727;453;*;
;;rRNA;180181;181692;237;*;16s
;;rRNA;181930;184833;48;*;23s
;;tRNA;184882;184956;14;*;aac
;;rRNA;184971;185087;7;*;5s
;;tRNA;185095;185169;435;*;aac
fin;comp;CDS;185605;186639;;0;
deb;;CDS;221558;222268;140;*;
;;tRNA;222409;222484;106;*;aac
fin;;CDS;222591;223772;;;
deb;;CDS;577193;578356;60;*;
;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag
fin;comp;CDS;578560;579072;;;
deb;comp;CDS;943937;944485;261;*;
;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg
fin;;CDS;945182;945985;;;
deb;;CDS;954881;955486;59;*;
;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt
fin;;CDS;955713;956147;;;
deb;;CDS;1025682;1026566;379;*;
;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta
;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac
;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc
;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc
;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc
;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc
fin;;CDS;1027765;1027989;;;
deb;;CDS;1679540;1680001;6;*;
;comp;gene;1680008;1681575;128;*;
fin;comp;CDS;1681704;1683125;;;
deb;;CDS;1865810;1866349;45;*;
;;gene;1866395;1867531;88;*;
fin;comp;CDS;1867620;1868972;;;
deb;;CDS;2029941;2030711;104;*;
;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac
;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s
;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc
;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca
;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s
fin;comp;CDS;2036154;2036600;;;
deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*;
;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s
;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s
;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s
fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0;
deb;;CDS;2168490;2168942;590;*;
;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s
;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s
;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s
fin;;CDS;2174439;2174690;;;
deb;;CDS;2281037;2283634;144;*;
;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s
;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s
;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s
deb;;CDS;2288746;2288985;117;*;
;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga
;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc
;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca
fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0;
deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*;
;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga
;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga
;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa
;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa
;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac
;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag
;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga
;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga
;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca
;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag
;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga
;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga
;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc
;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta
;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa
;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa
;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac
;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag
;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga
;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga
;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc
;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca
fin;comp;CDS;2352512;2352910;;;
deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*;
;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg
fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0;
deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*;
;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac
;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta
;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac
;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca
fin;;CDS;2455508;2456227;;;
deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*;
;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s
;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s
;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s
deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*;
;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa
;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc
;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s
;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc
;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s
;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s
;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s
fin;comp;CDS;2710157;2711029;;;
deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*;
;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa
;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s
;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s
;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s
fin;comp;CDS;2726593;2727531;;;
deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*;
;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag
;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa
;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga
;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga
;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta
;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa
;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s
;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s
;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc
;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca
;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s
fin;comp;CDS;2737834;2738727;;;
deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*;
;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc
deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*;
;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg
deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*;
;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg
fin;;CDS;2744098;2744829;;;
deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*;
;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt
;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc
;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca
;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca
fin;comp;CDS;2749181;2750461;;;
deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*;
;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca
;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi
;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s
;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s
;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s
fin;comp;CDS;2764060;2766609;;;

Intergen51. cbn. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cbn intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0
390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0
400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0
total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0
diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1
 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167

cle[modifier | modifier le wikicode]

cle opérons[modifier | modifier le wikicode]

34.3%GC;30.6.19 Paris;16s  11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
;84392..85929;;16s;;72;;
;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
;151619..153160;;16s;;605;;
;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;

cle blocs[modifier | modifier le wikicode]

cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;

cle distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;

cle données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cle données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;400-700;;Sup 500;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;cle;fx;fc;fx;fc
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;400;696;2715;516;706
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;61;gac;13;tta;410;6;14;521;712
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;7;gta;**;tca;420;7;8;532;718
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;34;aca;23;gaa;430;6;8;532;719
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;12;tac;45;cca;440;4;7;538;719
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;3;atgj;11;aaa;450;3;7;544;723
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;3;ttc;56;gac;460;2;4;546;723
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;gca;**;aaa;7;gta;470;3;4;547;725
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;gca;9;aaa;187;tta;480;4;4;549;727
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;ggc;6;gga;26;aca;490;2;4;559;729
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;atc;**;aga;10;tac;500;3;7;561;733
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;gaa;9;aac;31;atgj;510;0;2;563;754
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;ggc;6;gaa;**;ttc;520;1;7;566;760
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;23;tgc;23;cac;530;1;3;567;778
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;gca;58;aac;32;caa;540;3;4;584;779
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;gca;**;tgc;**;tca;550;4;3;588;779
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;gca;7;atgj;148;ctt;560;1;6;599;781
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;atc;9;gta;**;ctt;570;4;4;611;784
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;gca;18;tgg;5;gga;580;0;5;614;796
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;**;aac;5;aga;590;2;1;615;801
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;agc;4;aca;31;cac;600;1;3;644;821
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;gaa;50;cgt;23;caa;610;0;3;653;832
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;tcc;27;cgt;30;aaa;620;3;4;656;845
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;6;tta;26;cta;630;0;1;659;852
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;gac;47;gta;5;gga;640;0;2;662;854
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;aaa;25;gac;6;aga;650;1;3;683;862
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;aac;23;atgi;**;caa;660;3;2;710;869
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;aac;14;aca;4;ggc;670;1;3;721;891
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;intra;9;gaa;**;cca;680;0;2;725;894
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;atc;**;aac;62;gaa;690;1;3;732;916
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;gca;33;tcc;22;cca;700;0;2;754;926
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;**;tca;**;aaa;;17;55;766;941
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;3;tac;;;;774;964
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;ttc;;;;787;975
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;intercalaire;;;;;7;atgj;;;;799;1006
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;c-;x-;;;;4;gta;;;;806;1014
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;-98;néant;;;;10;gac;;;;811;1022
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;-95;;;;;20;tgg;;;;828;1031
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;-95;;;;;**;aac;;;;918;1042
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;-95;;;;;4;gta;;;;934;1050
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;-77;;;;;**;atgj;;;;998;1057
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;-71;;;;;;;;;;1019;1116
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;-71;;;;;;;;;;1126;1125
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;-58;;;;;;;;;;;1129
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;-56;;;;;;;;;;;1215
;;;;;;;;-46;0;1;310;;;-52;;;;;;;;;;;1240
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;total;intercalaires;;;;;;;;;;1267
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;615,068;;;;;;;;;;1336
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;ADN long;4,714,237;;;;;;;;;;1350
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;%;13.0;;;;;;;;;;1416
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;;;;1421
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;non RNA;84;;;;;;;;;;1437
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1783
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2271
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3106

cle autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cle autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc
fin;;CDS;97802;98497;;;
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;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*;
fin;;CDS;4300478;4301533;;0;
deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*;
;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*;
fin;;CDS;4554357;4554878;;0;
deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*;
;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*;
fin;;CDS;4594485;4595609;;;
deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*;
;;regulatory;4664128;4664228;86;*;
fin;;CDS;4664315;4664980;;0;
deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*;
;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*;
fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;

Intergen51. cle. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

hmo[modifier | modifier le wikicode]

hmo opérons[modifier | modifier le wikicode]

57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245;
;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;;
comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;;
comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;;
comp;221086..221160;;caa;;103;;;;;
comp;221264..224182;;23s;;237;;;;;
comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;;
comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;;
comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;;
comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325;
;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;;
comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;;
comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;;
comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
comp;978944..981860;;23s;;237;;;;;
comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
comp;982238..982354;;5s;;328;;;;;
comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207
comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875;
;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;;
comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
>;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;;
;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;;
;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62
;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;;
;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;;
;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
;1353254..1354786;;16s;;252;;;;;
;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
;1818806..1820337;;16s;;252;;;;;
;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;

hmo cumuls[modifier | modifier le wikicode]

hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128

hmo blocs[modifier | modifier le wikicode]

hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;

hmo distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;

hmo données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: hmo données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;;Sup 400;Sup 400;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;hmo;long;long;long
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;fx;fc;fc
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;hors bloc;401;401;501
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;5;gac;1;;ggc;405;402;502
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;10;gta;**;;ctg;406;403;504
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;4;gaa;65;;cta;408;404;505
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;18;aaa;60;;aga;412;404;506
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;**;caa;**;;cca;415;408;508
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;6;aac;7;;ccc;426;408;512
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;**;atgf;**;;tac;427;408;513
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;gcc;6;tcc;5;;tgg;430;412;515
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;atc;10;ccg;**;;cgg;431;413;517
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;14;gga;75;;gac;436;414;519
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;gcc;1;cac;**;;gaa;442;415;520
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;gcc;9;tgc;85;;cgt;446;416;526
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;atc;3;gtc;**;;agg;455;417;529
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;gca;6;ttc;5;;atgf;470;419;544
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;gcc;4;tac;7;;atgj;473;421;544
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;atc;17;caa;**;;gaa;485;422;545
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;gca;4;aaa;4;;gac;492;424;549
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;5;gaa;3;;ttc;496;427;551
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;caa;5;gta;**;;ggc;502;428;563
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;aac;7;gac;18;;tgc;507;429;573
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;tcc;43;agc;**;;tta;518;433;575
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;aaa;30;ccc;9;;gtc;519;433;575
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;aac;3;ctg;**;;cgg;523;435;580
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;intra;4;ggc;4;;gtc;528;435;594
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;atc;4;cgt;**;;atgj;535;439;595
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;gca;**;acc;7;;ctc;535;440;602
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;4;aaa;18;;acc;537;440;603
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;CDS-CDS;inf 50;;;8;acc;14;;tgg;546;441;625
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;intercalaire;;;;**;ctc;19;;ggg;547;441;629
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;c-;x-;;;6;aac;7;;ggc;552;443;641
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;-119;-115;;;**;atgf;8;;ttg;562;445;656
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;-119;-51;;;1;ggc;;293;gtg;566;449;656
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;-110;;;;32;ctg;**;;ccg;567;452;667
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;-95;;;;42;ccc;2;;gaa;571;453;669
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;-88;;;;4;cgt;6;;ttc;578;455;685
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;-83;;;;120;ggc;4;;tac;585;455;687
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;-80;;;;42;atgj;18;;caa;598;455;692
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;-68;;;;16;agc;4;;aaa;609;457;696
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;-62;;;;6;atgf;9;;ggc;625;458;699
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;-59;;;;7;aac;**;;cac;641;458;714
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;-56;;;;4;gaa;;;;659;458;731
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;-55;;;;18;aaa;;;;661;459;738
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;-53;;;;4;caa;;;;661;459;771
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;-53;;;;91;tac;;;;690;468;795
;;;;;;;;-46;0;0;;;-52;;;;7;gtc;;;;711;468;871
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;total;intercalaires;;;**;tgc;;;;715;468;916
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;396,94;;;;;;;;738;469;971
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;ADN long;3,075,407;;;;;;;;756;477;1032
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;0;;;%;12.9;;;;;;;;770;480;1121
;;;;;2670;223;;reste;2;0;15;;;;;;;;;;;796;481;1316
;;;;;;2893;;total;11;332;;;non RNA;51;;;;;;;;797;482;1644
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;828;483;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;873;489;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;879;497;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;930;500;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1242;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1458;;

hmo autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: hmo autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917
;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac
;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc
;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc
;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
fin;;CDS;2465894;2466226;;0;
deb;;CDS;2471030;2471977;69;*;
;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa
;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf
;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa
;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;

Intergen51. hmo. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cbei[modifier | modifier le wikicode]

cbei opérons[modifier | modifier le wikicode]

29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
<;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
;2098638..2100154;;16s;;502;;;;;
;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
;2340985..2342501;;16s;;338;;;;;
;2342840..2345755;;23s;;140;;;;;
;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429
;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
;2768171..2771082;;23s;;202;;;;;
;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;;
comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;;
comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;;
comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;;
comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;;
comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;

cbei cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206

cbei blocs[modifier | modifier le wikicode]

cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;

cbei distribution[modifier | modifier le wikicode]

;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63

cbei données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cbei données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;reste;Sup 800;Sup 800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cbei;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;cbei;fx;fc;803;809;1002
;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;1;atgi;30;tca;6;gac;400;950;3414;813;816;1006
;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;**;gca;241;agc;14;gta;410;17;31;820;817;1014
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;4;ttc;18;tca;29;gaa;420;12;32;823;818;1016
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;**;tgc;**;agc;10;aca;430;6;26;829;820;1017
;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;6;ttc;20;tta;6;gac;440;11;25;832;821;1017
;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;25;gac;7;atgf;16;gta;450;19;23;835;825;1021
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;**;gaa;6;atgj;29;gaa;460;13;26;837;827;1027
;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;1;gca;22;tta;10;aca;470;11;17;846;835;1031
;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;**;atgi;7;atgf;6;gac;480;6;21;847;837;1032
;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;6;atgj;14;gta;490;9;15;873;842;1051
;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;21;tta;**;gaa;500;10;18;873;851;1051
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;70;atgf;;;510;6;16;891;855;1054
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;21;tta;;;520;2;17;895;864;1058
;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;**;atgf;;;530;5;18;905;869;1058
;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;234;aac;;;540;7;20;911;872;1064
;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;439;aac;;;550;5;13;952;873;1065
;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;**;aac;;;560;12;15;963;877;1072
;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;4;cta;;;570;7;14;992;886;1078
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;**;ggg;;;580;4;16;1009;886;1107
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;17;cca;;;590;9;11;1040;891;1127
;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;149;gga;;;600;9;11;1102;896;1153
;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;6;aga;;;610;2;12;1112;902;1176
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;gca;;;16;cca;;;620;4;15;1173;909;1178
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;atc;;;35;gga;;;630;3;5;1221;909;1201
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;gca;;;5;aga;;;640;4;10;1289;917;1205
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;3;cac;;;650;2;8;1372;917;1207
;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;atc;;;7;caa;;;660;3;5;1429;920;1226
;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;atc;;;18;aaa;;;670;3;10;1431;924;1239
;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;gca;;;5;cta;;;680;4;3;1499;933;1302
;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;25;ggc;;;690;1;8;1555;936;1326
;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;ttc;;;5;gga;;;700;6;8;;955;1348
;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;atgi;;;57;aag;;;710;3;4;;958;1391
;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;aaa;;;7;caa;;;720;2;6;;961;1469
;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;aaa;;;18;aaa;;;730;3;3;;964;1482
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;atgi;;;5;cta;;;740;5;7;;979;1545
;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;25;ggc;;;750;2;3;;986;1881
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;CDS-CDS;inf 50;;2* 140;aac;;;46;gga;;;760;1;5;;988;2121
;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;intercalaire;;;71;aac;;;**;cga;;;770;1;6;;991;
;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;c-;x-;;tRNA 5s;;;;9;tac;;;780;1;3;;994;
;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;-110;-60;;2* 3;aac;;;27;gta;;;790;0;8;;995;
4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;-64;;;tRNA tRNA;intra;;;12;aca;;;800;1;3;;;
13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;-64;;;3;gca atc;;;9;tac;;;reste;31;79;;;
9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;-62;;;;;;;30;gta;;;;;;;;
0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;12;aca;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;total;intercalaires;;;;;;**;tac;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;1,199,672;;;;;;3;cac;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;ADN long;6,485,394;;;;;;5;cag;;;;;;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;%;18.5;;;;;;**;aaa;;;;;;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;79;aaa;;;;;;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;non RNA;14;;;;;;7;cac;;;;;;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;35;aga;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gga;;;;;;;;

cbei autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cbei autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cbei;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;tRNA;15;91;1;*;atgi
;;tRNA;93;168;85;*;gca
fin;;CDS;254;769;;;
deb;;CDS;2710;2937;119;*;
;;tRNA;3057;3147;30;*;tca
;;tRNA;3178;3268;241;*;agc
;;tRNA;3510;3600;18;*;tca
;;tRNA;3619;3709;125;*;agc
fin;;CDS;3835;4350;;;
deb;;CDS;13821;14726;187;*;
;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt
fin;comp;CDS;15023;15913;;0;
deb;;CDS;124928;125338;275;*;
;;tRNA;125614;125702;20;*;tta
;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf
;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj
;;tRNA;125889;125977;22;*;tta
;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf
;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj
;;tRNA;126166;126254;21;*;tta
;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf
;;tRNA;126422;126510;21;*;tta
;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf
fin;;CDS;127272;129683;;;
deb;;CDS;138638;140143;307;*;
;;tRNA;140451;140525;234;*;aac
;;tRNA;140760;140834;439;*;aac
;;tRNA;141274;141348;299;*;aac
fin;;CDS;141648;143039;;;
deb;comp;CDS;144627;145649;548;*;
;;rRNA;146198;147709;140;*;16s
;;tRNA;147850;147925;3;*;gca
;;tRNA;147929;148005;111;*;atc
;;rRNA;148117;151030;70;*;23s
;;rRNA;151101;151217;5;*;5s
;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc
;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc
fin;;CDS;152059;153456;;0;
deb;;CDS;177450;178097;76;*;
;;tRNA;178174;178249;65;*;acc
fin;;CDS;178315;179508;;;
deb;;CDS;313730;316207;90;*;
;;tRNA;316298;316382;4;*;cta
;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg
fin;comp;CDS;316582;316986;;0;
deb;;CDS;402474;402953;125;*;
;;tRNA;403079;403154;17;*;cca
;;tRNA;403172;403245;149;*;gga
;;tRNA;403395;403471;6;*;aga
;;tRNA;403478;403553;16;*;cca
;;tRNA;403570;403643;35;*;gga
;;tRNA;403679;403755;5;*;aga
;;tRNA;403761;403836;3;*;cac
;;tRNA;403840;403914;7;*;caa
;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa
;;tRNA;404016;404100;5;*;cta
;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc
;;tRNA;404206;404279;5;*;gga
;;tRNA;404285;404360;57;*;aag
;;tRNA;404418;404492;7;*;caa
;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa
;;tRNA;404594;404678;5;*;cta
;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc
;;tRNA;404784;404857;46;*;gga
;;tRNA;404904;404980;325;*;cga
fin;;CDS;405306;405467;;;
deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc
;;rRNA;416312;417823;132;*;16s
;;tRNA;417956;418032;84;*;
;;rRNA;418117;421031;71;*;23s
;;tRNA;421103;421177;345;*;aac
fin;;CDS;421523;422449;;;
deb;;CDS;486264;486668;159;*;
;;tRNA;486828;486912;9;*;tac
;;tRNA;486922;486997;27;*;gta
;;tRNA;487025;487099;12;*;aca
;;tRNA;487112;487196;9;*;tac
;;tRNA;487206;487281;30;*;gta
;;tRNA;487312;487386;12;*;aca
;;tRNA;487399;487483;451;*;tac
fin;;CDS;487935;489110;;;
deb;;CDS;540067;540969;187;*;
;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg
fin;;CDS;541440;541820;;0;
deb;comp;CDS;541918;542985;252;*;
;;tRNA;543238;543312;354;*;
fin;;CDS;543667;544683;;;
deb;;CDS;772270;774093;262;*;
;;tmRNA;774356;774713;871;*;
fin;;CDS;775585;776133;;;
deb;;CDS;892419;893339;565;*;
;;rRNA;893905;895416;137;*;16s
;;tRNA;895554;895629;118;*;gca
;;rRNA;895748;898661;204;*;23s
;;rRNA;898866;898982;552;*;5s
fin;;CDS;899535;900446;;;
deb;;CDS;900798;902048;709;*;
;;rRNA;902758;904269;339;*;16s
;;rRNA;904609;907522;273;*;23s
;;rRNA;907796;907912;69;*;5s
fin;comp;CDS;907982;908449;;0;
deb;;CDS;951995;952630;97;*;
;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc
fin;;CDS;953210;954919;;;
deb;;CDS;1017389;1017694;70;*;
;;ncRNA;1017765;1018113;758;*;
fin;;CDS;1018872;1020263;;;
deb;;CDS;1646835;1647233;56;*;
;;ncRNA;1647290;1647483;182;*;
fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0;
deb;;CDS;1739334;1739933;380;*;
;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac
;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag
;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa
fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0;
deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*;
;;gene;1847876;1848058;588;*;
fin;;CDS;1848647;1849633;;;
deb;;CDS;1894180;1895406;34;*;
;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg
fin;;CDS;1896102;1896794;;;
deb;;CDS;2097496;2097915;727;*;
;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s
;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s
;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s
fin;;CDS;2104207;2104905;;;
deb;;CDS;2296804;2297472;104;*;
;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*;
fin;;CDS;2298150;2299064;;;
deb;;CDS;2305297;2306502;275;*;
;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*;
fin;;CDS;2307274;2308908;;0;
deb;;CDS;2339219;2340322;667;*;
;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s
;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s
;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac
;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s
fin;;CDS;2346520;2348088;;;
deb;;CDS;2351663;2352139;573;*;
;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s
;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s
;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac
;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s
fin;;CDS;2357903;2358316;;0;
deb;;CDS;2765706;2765873;282;*;
;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s
;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s
;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s
;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc
;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac
;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa
fin;;CDS;2772114;2774864;;;
deb;;CDS;3556683;3557051;565;*;
;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag
fin;comp;CDS;3558197;3558508;;;
deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*;
;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt
fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0;
deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*;
;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa
;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac
;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga
;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga
fin;;CDS;4259847;4260392;;;
deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*;
;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s
;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s
;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s
fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0;
deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*;
;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca
fin;;CDS;6162639;6163283;;0;
deb;;CDS;6165324;6165734;222;*;
;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc
;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s
fin;;CDS;6166343;6167074;;0;
deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*;
;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca
;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi
;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s
;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s
;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s
fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0;
deb;;CDS;6182670;6183419;190;*;
;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa
;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s
deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*;
;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa
;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s
;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s
;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s
fin;comp;CDS;6191091;6192203;;;
deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*;
;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s
;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s
;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s
;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s
;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s
;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s
fin;comp;CDS;6214382;6215329;;;
deb;;CDS;6256716;6257600;154;*;
;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*;
fin;comp;CDS;6258338;6258889;;;
deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*;
;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc
fin;comp;CDS;6306809;6307984;;;
deb;;CDS;6374512;6375684;125;*;
;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg
fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0;
deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*;
;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s
;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s
;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s
;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s
;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s
;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s
fin;comp;CDS;6404535;6405107;;;
deb;;CDS;6436810;6437790;192;*;
;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac
;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta
;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca
;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac
;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta
;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa
;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca
;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac
;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta
;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa
fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0;
deb;;CDS;6477551;6480031;501;*;
;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s
;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s
;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s

Intergen51. cbei. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cbei intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélation et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
 - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;

afn[modifier | modifier le wikicode]

afn opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s  6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;

afn blocs[modifier | modifier le wikicode]

afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;

afn remarques[modifier | modifier le wikicode]

afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

negativicutes distribution[modifier | modifier le wikicode]

22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421

afn distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2

afn données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: afn données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;afn;Sup 400;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fc
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;405;411;628
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;22;aca;416;411;636
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;5;tac;425;414;647
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;3;atgj;429;417;649
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;6;acc;442;432;667
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;**;atgf;457;432;677
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;3;aac;471;435;679
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;8;gaa;492;436;683
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;atc;50;gta;508;441;693
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;11;cca;517;446;718
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;gca;8;gga;548;446;721
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;gca;**;aga;550;452;736
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;intra;30;ctg;701;456;744
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;atc gca;52;ctc;772;468;795
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;**;ctg;957;472;845
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;18;cac;992;472;922
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;3;caa;;475;1130
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;16;aaa;;476;1154
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;**;cta;;481;2261
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;4;gac;;495;
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;8;ttc;;497;
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;9;ggc;;499;
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;CDS-CDS;inf 50;;13;tgc;;499;
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;intercalaire;;;**;tta;;502;
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;c-;x-;;2;gac;;503;
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;-113;-83;;8;ttc;;507;
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;-79;;;9;ggc;;513;
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;-74;;;**;tgc;;515;
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;-71;;;2;gac;;519;
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;-68;;;1;ggc;;542;
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;-67;;;**;tgg;;544;
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;-67;;;6;gta;;551;
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;-59;;;8;gaa;;551;
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;-53;;;**;aag;;567;
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;12;gag;;580;
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;total;intercalaires;;111;cag;;;
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;242,27;;**;cag;;;
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;ADN long;2329769;;;;;;
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;%;10.4;;;;;;
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;non RNA;42;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;;;

afn autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: afn autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
  • contrôlé le 21.7.22
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;

Intergen51. afn. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

afn intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303

afn par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;

negativicutes, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est  10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832

clostridia synthèse[modifier | modifier le wikicode]

clostridia données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les clostridia;;psor;cdc;cdc8;cbc;cbn;cle;hmo;cbei;;;;* Autres intercalaires: 1779;;;Ft: 299;Ici: 931;Reste: 549;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;hors/contig;H / C;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA 5s;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA h;;psor;;cbc;;cbei;;cbn;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;20;81;85;40;1107;161;1;137;1;35;1;77;1;84;1;3;1;14;1;7;4;1;1;1;;8;gta;84;cgt;30;tca;12;gaa
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;;117;111;90;69;1125;;1;194;1;40;1;109;1;97;1;13;1;336;2;3;4;2;1;2;;20;gaa;20;agc;241;agc;13;gta
0;0;2;0;3;204;0;3;204;-1;0;473;;181;111;100;99;;;1;213;1;70;1;118;1;109;1;14;2;3;2;6;14;3;8;3;;10;aaa;306;tca;18;tca;5;gac
10;0;1;10;55;1786;1;7;364;-2;1;0;;181;264;109;112;;;1;226;1;76;1;123;1;111;1;15;2;8;2;9;23;4;21;4;;10;aca;20;agc;*;agc;18;aca
20;0;1;20;52;2435;2;7;356;-3;0;2;;181;342;118;114;;;1;285;1;93;1;124;1;118;1;44;2;11;2;11;27;5;29;5;;7;gac;*;tca;20;tta;12;gaa
30;1;1;30;92;1463;3;4;187;-4;19;543;;189;347;119;144;;;1;315;1;114;1;132;1;145;1;89;2;12;2;53;37;6;13;6;;9;gta;17;gaa;7;atgf;13;gta
40;5;0;40;120;903;4;9;188;-5;1;4;;192;348;126;188;;;1;502;1;122;1;137;1;152;2;8;;;;;29;7;15;7;;5;gaa;9;gta;6;atgj;5;gac
50;2;1;50;133;612;5;3;132;-6;3;0;;193;364;127;213;;;1;503;1;126;1;140;1;198;5;6;;;;;15;8;4;8;;*;aaa;4;gac;22;tta;*;aca
60;2;5;60;136;674;6;5;73;-7;0;87;;205;376;128;216;;;1;578;1;132;4;54;1;233;8;4;;;;;32;9;8;9;;cdc  néant;;5;aca;7;atgf;5;tta
70;1;13;70;138;587;7;3;63;-8;4;416;;239;388;131;402;;;1;613;1;134;4;55;1;238;9;7;;;;;10;10;7;10;;cdc8;;18;gaa;6;atgj;5;atgf
80;1;9;80;143;617;8;4;101;-9;1;1;;240;498;138;590;;;2;188;1;181;;;1;240;9;64;;;;;9;11;1;11;;33;aca;7;gta;21;tta;46;atgj
90;3;7;90;157;585;9;9;149;-10;0;38;;241;507;159;;;;2;214;1;182;;;1;250;13;5;;;;;4;12;5;12;;4;gta;57;gac;70;atgf;5;tta
100;1;10;100;150;592;10;4;173;-11;4;227;;249;548;177;;;;2;265;1;204;;;1;263;1;353;x cdc8;;;;5;13;3;13;;6;gaa;17;gaa;21;tta;30;atgf
110;3;5;110;153;587;11;8;285;-12;1;0;;253;;177;;;;2;283;1;205;;;1;272;;;;23s tRNA;;16s 5s;16;14;4;14;;*;aaa;9;gta;*;atgf;46;atgj
120;3;9;120;162;568;12;4;344;-13;2;39;;253;;180;;;;2;324;1;213;;;1;284;;tRNA 16s;1;8;1;79;12;15;1;15;;cle;;4;gac;17;cca;5;tta
130;4;11;130;178;496;13;5;243;-14;1;135;;276;;228;;;;2;325;1;273;;;1;374;1;138;1;41;1;144;5;16;2;16;;23;gaa;*;aca;149;gga;*;atgf
140;3;5;140;160;467;14;1;277;-15;2;0;;276;;245;;;;2;338;1;274;;;1;376;1;151;1;50;1;146;4;17;4;17;;45;cca;4;tta;6;aga;17;gta
150;4;8;150;143;518;15;3;256;-16;1;16;;282;;273;;;;3;221;2;34;;;1;390;1;204;1;56;1;336;4;18;9;18;;11;aaa;53;atgf;16;cca;14;gac
160;4;6;160;191;438;16;4;204;-17;2;99;;283;;273;;;;3;228;2;98;;;2;95;1;459;1;61;2;262;2;19;1;19;;56;gac;10;atgf;35;gga;4;ttc
170;0;7;170;173;416;17;5;233;-18;0;0;;284;;301;;;;5;339;2;100;;;2;237;2;110;1;71;3;261;0;20;5;20;;7;gta;*;atgj;5;aga;8;ggc
180;2;4;180;160;373;18;5;230;-19;1;16;;294;;315;;;;8;196;2;139;;;2;241;2;116;1;92;4;337;3;21;4;21;;187;tta;7;cca;3;cac;57;tgc
190;3;5;190;187;369;19;9;180;-20;1;73;;302;;363;;;;8;237;2;193;;;2;283;2;123;1;94;6;79;0;22;3;22;;26;aca;6;gga;7;caa;*;tgc
200;2;3;200;141;348;20;8;183;-21;2;0;;309;;429;;;;;;3;138;;;3;262;;;1;95;;;4;23;4;23;;10;tac;5;aga;18;aaa;21;cga
210;3;6;210;166;311;21;9;179;-22;2;9;;323;;452;;;;;;3;144;;;4;114;;5s 23s;1;98;;;3;24;1;24;;31;atgj;26;aag;5;cta;28;gga
220;3;2;220;145;323;22;3;149;-23;0;45;;325;;454;;;;;;4;108;;;;;1;230;1;100;;;3;25;2;25;;*;ttc;29;cca;25;ggc;4;aaa
230;5;1;230;142;265;23;7;151;-24;0;2;;331;;508;;;;;;4;202;;;;;;;1;103;;;0;26;3;26;;5;gga;24;gga;5;gga;4;caa
240;1;4;240;108;255;24;3;157;-25;1;13;;346;;552;;;;;;5;78;;;;;;;1;107;;;2;27;1;27;;5;aga;*;cga;57;aag;5;cac
250;0;7;250;130;217;25;7;154;-26;2;44;;369;;661;;;;;;7;127;;;;;;;1;116;;;2;28;1;28;;31;cac;5;gta;7;caa;3;aag
260;5;2;260;120;248;26;11;127;-27;1;0;;387;;;;;;;;;;;;;;;;1;119;;;3;29;3;29;;23;caa;3;gac;18;aaa;6;aga
270;1;10;270;112;234;27;13;157;-28;0;11;;390;;16s CDS c;16s CDS x;CDS 23s c;CDS 23s x;;;;;;;;;;;1;476;;;1;30;4;30;;30;aaa;4;ttc;5;cta;4;gga
280;1;4;280;98;211;28;12;136;-29;0;38;;393;;2;228;531;;;;;;;;;;;;2;48;;;2;31;2;31;;26;cta;9;ggc;25;ggc;21;cca
290;1;3;290;97;215;29;10;121;-30;0;0;;402;;294;;563;;;;;;;;;;;;2;111;;;1;32;1;32;;5;gga;*;tgc;46;gga;5;aag
300;0;3;300;119;208;30;17;132;-31;0;7;;416;;695;;407;;;;;;;;;;;;2;112;;;1;33;2;33;;6;aga;hmo;;*;cga;5;aga
310;2;3;310;69;180;31;12;125;-32;3;26;;423;;;;;;;;;;;;;;;;2;140;;;1;34;0;34;;*;caa;7;ctc;9;tac;5;gga
320;3;2;320;101;153;32;9;108;-33;0;0;;423;;23s CDS c;23s CDS x;CDS 5s c;CDS 5s x;;;;;;;;;;;;;;;0;35;2;35;;7;atgj;18;acc;27;gta;3;ggc
330;1;7;330;100;162;33;11;91;-34;1;3;;424;;188;87;335;184;51;;53;;16;;33;;64;;34;;30;281;0;36;0;36;;4;gta;14;tgg;12;aca;22;cta
340;0;2;340;80;120;34;12;75;-35;0;13;;431;;223;109;;228;;;;;;;;;;;;;;;0;37;0;37;;10;gac;19;ggg;9;tac;4;aaa
350;2;2;350;57;131;35;12;95;-36;0;0;;437;;237;188;;301;;;;;;;;;;;;;;;0;38;0;38;;20;tgg;7;ggc;30;gta;4;caa
360;0;2;360;71;142;36;15;89;-37;0;4;;453;;299;260;;343;;;;;;;;;;;;;;;0;39;1;39;;*;aac;8;ttg;12;aca;5;cac
370;0;0;370;74;135;37;9;81;-38;1;12;;459;;313;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;40;0;40;;;;x+ 293;gtg;*;tac;5;aag
380;0;2;380;63;126;38;14;74;-39;0;0;;488;;322;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;41;0;41;;;;*;ccg;79;aaa;5;aga
390;2;2;390;54;120;39;13;81;-40;1;3;;501;;336;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;42;0;42;;;;2;gaa;7;cac;5;gga
400;0;1;400;43;100;40;13;84;-41;0;5;;506;;357;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;43;0;43;;;;6;ttc;35;aga;6;ggc
reste;20;27;reste;953;1896;reste;5407;13999;-42;0;0;;507;;463;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44;;;;4;tac;*;gga;*;cca
;94;205;total;5729;20790;total;5729;20790;-43;0;1;;525;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;45;1;45;;;;18;caa;6;gac;39;tac
;;;diagr;;;diagr;;;-44;2;6;;542;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;46;3;46;;;;4;aaa;14;gta;8;gta
;;; t30;;;;;;-45;0;0;;558;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;47;0;47;;;;9;ggc;29;gaa;4;tac
;;;;;;;;;-46;1;2;;559;;12;5;4;4;25;;;;;;;;;;;;;;0;48;0;48;;;;*;cac;10;aca;*;aca
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;13;;565;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;49;0;49;;;;;;6;gac;144;cgt
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;570;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50;;;;;;16;gta;23;agc
;;x;5726;67;3;5790;;;-49;0;1;;572;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;22;;;;;;;29;gaa;69;tca
;;c;20586;2475;204;23265;;;-50;0;19;;573;;;;;;;;;;;;931;;;;;;;503;300;;202;;;;;;;10;aca;*;tca
;;;;;;29055;1779;;reste;6;29;;585;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;58;1;53;;;;;;6;gac;;
;;;;;;;30834;;total;;;;602;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;60;1;56;;;;;;14;gta;;
;;;;;;;;;;;;;643;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;61;3;57;;;;;;*;gaa;;
;;;;;;;;;;;;;652;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;85;1;60;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;667;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;88;1;62;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;703;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;89;1;65;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;705;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;91;1;69;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;709;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;120;1;70;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;727;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;311;1;75;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;774;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;84;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;776;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;85;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;778;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;144;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;780;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;148;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;909;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;149;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;187;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;67;13;28;11;2;1;122;;;;;;;;;;;;;;;;1;234;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;241;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;306;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;439;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;x;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;hmo;1;293;;;;;;;;;

clostridia données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

total;2572;4010;1775;2589;2727;2900;1867;2350
gen;cbc;cbei;cbn;cdc;cdc8;cle;hmo;psor
0;24;19;10;37;39;35;17;23
1;55;55;37;52;48;56;21;40
2;38;39;31;55;53;50;38;52
3;14;23;13;21;24;36;37;19
4;18;36;12;26;29;24;21;22
5;15;17;17;15;15;20;18;15
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359;1;6;2;0;3;2;1;0
360;1;3;0;1;1;2;1;1
361;4;4;1;4;2;0;0;0
362;3;4;2;3;2;2;1;1
363;2;6;0;1;1;4;1;1
364;1;3;0;0;0;1;3;0
365;2;2;2;2;2;1;3;0
366;6;5;0;1;1;0;2;0
367;1;2;1;3;1;2;2;4
368;1;2;0;1;2;3;0;0
369;2;3;0;1;2;1;0;0
370;2;4;2;1;3;0;1;2
371;0;6;1;1;3;1;1;3
372;2;4;1;2;2;1;1;0
373;2;3;0;2;1;0;1;2
374;6;3;1;1;1;1;0;1
375;1;1;1;2;1;0;0;1
376;2;3;0;1;1;1;0;1
377;1;4;0;1;1;0;1;0
378;2;5;0;1;1;1;2;0
379;1;3;1;2;1;3;0;1
380;5;3;2;3;5;1;5;0
381;2;2;1;3;1;2;0;0
382;2;3;0;1;1;4;0;0
383;5;7;1;1;1;2;0;0
384;3;3;0;1;1;0;1;2
385;0;2;0;1;2;1;1;2
386;3;6;1;0;1;2;1;1
387;1;3;0;2;1;2;1;2
388;1;3;1;2;2;0;0;0
389;2;3;1;4;1;0;2;1
390;0;5;1;1;3;0;1;0
391;1;1;0;2;3;0;1;0
392;1;3;0;1;1;1;0;0
393;2;2;0;2;3;2;0;0
394;0;4;0;2;3;0;0;0
395;4;5;0;1;2;0;1;3
396;5;2;0;2;2;1;0;0
397;3;1;0;0;2;0;1;1
398;3;2;2;0;1;1;1;0
399;0;2;0;0;0;0;2;1
400;3;3;2;2;1;1;0;2
;;;;;;;;
;2222;3395;1703;2306;2446;2680;1742;2196

clostridia distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740

clostridia distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;

clostridia distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;

clostridia par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;

clostridia, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est  15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481

gamma[modifier | modifier le wikicode]

Shewanella[modifier | modifier le wikicode]

spl opérons[modifier | modifier le wikicode]

39.1%GC;30.6.19 Paris;16s  11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;

spl blocs[modifier | modifier le wikicode]

spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;

spl distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3

spl données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: spl données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;reste;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;aa;intercalaire;aa;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;;c;;c;;spl;fx;fc;fx;fc
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;400;1075;2229;706;703
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;8;aca;45;aac;410;18;14;707;706
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;35;tac;41;aac;420;17;14;712;706
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;**;gga;26;aac;430;9;15;712;709
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;39;cgg;32;aac;440;11;9;721;712
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;41;cac;33;aac;450;8;12;734;715
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;58;cca;40;aac;460;9;11;738;717
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;**;cca;**;aac;470;12;7;739;717
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;1172;tca;97;gac;480;6;6;745;729
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;atc;**;tca;97;gac;490;4;8;746;731
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;52;aca;83;gac;500;11;8;768;735
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;gca;539;ttc;**;gac;510;8;5;774;740
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;gca;52;aca;58;aaa;520;8;6;780;740
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;gca;**;ttc;58;aaa;530;6;6;784;744
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;52;aca;58;aaa;540;8;4;784;746
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;gac;**;ttc;59;aaa;550;4;5;798;759
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;acc;21;agc;57;aaa;560;4;7;807;763
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;gac;30;cgt;58;aaa;570;9;6;814;765
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;32;cgt;58;aaa;580;1;6;830;775
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;acc;30;cgt;59;aaa;590;3;4;844;781
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;intra;33;cgt;58;aaa;600;5;2;865;789
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;atc gca;9;cgt;59;aaa;610;0;5;884;791
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;76;agc;59;aaa;620;2;8;885;793
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;35;cgt;**;aaa;630;4;3;897;795
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;9;cgt;8;cac;640;2;4;904;801
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;**;agc;63;aga;650;2;4;909;814
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;9* 37;gta;**;cca;660;2;4;912;817
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;39;gta;103;atgf;670;3;4;915;832
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;**;gta;**;ctc;680;2;4;944;833
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;CDS-CDS;inf 50;;;80;gcc;51;caa;690;2;1;946;836
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;intercalaire;;;;11* 102;gaa;131;cta;700;2;3;959;850
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;c-;x-;;;253;gaa;20;caa;;48;58;968;857
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;-98;-52;;;47;gaa;96;cta;;;;975;861
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;-77;;;;**;gcc;49;caa;;;;1007;862
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;-56;;;;3* 40;atgf;211;cta;;;;1009;866
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;-53;;;;**;atgf;5;atgj;;;;1016;874
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;-53;;;;13;ggc;47;caa;;;;1046;877
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;total;intercalaires;;;85;tgc;55;cta;;;;1103;887
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;789,212;;;**;tta;5;atgj;;;;1140;926
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;ADN long;5,174,581;;;13;ggc;47;caa;;;;1141;933
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;%;15.3;;;95;tgc;55;cta;;;;1157;936
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;634;tta;**;atgj;;;;1166;937
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;non RNA;32;;;95;tgc;167;tgg;;;;1221;944
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;479;tta;**;tgg;;;;1329;957
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;132;tgc;20;ggc;;;;1401;959
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;**;tta;13;ggt;;;;1593;1016
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;128;cat;47;ggc;;;;1722;1150
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;128;cat;47;ggc;;;;1942;1154
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;189;atgf;15;ggt;;;;;1161
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;45;atgf;16;ggc;;;;;1178
;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;2;gtc;48;ggc;;;;;1225
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;35;atgf;**;ggc;;;;;1254
;;;;;;;;;;;;;;;;;13;gtc;;;;;;;1318
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;atgf;;;;;;;1331
;;;;;;;;;;;;;;;;;30;tac;;;;;;;1489
;;;;;;;;;;;;;;;;;85;tac;;;;;;;1674
;;;;;;;;;;;;;;;;;107;tac;;;;;;;2727
;;;;;;;;;;;;;;;;;107;tac;;;;;;;3180
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;tac;;;;;;;

spl autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: spl autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
;comp;regulatory;146483;146744;188;*;
fin;;CDS;146933;149083;;;
deb;comp;CDS;181132;181587;687;*;
;;rRNA;182275;183817;74;*;16s
;;tRNA;183892;183968;65;*;atc
;;tRNA;184034;184109;371;*;gca
;;rRNA;184481;187375;132;*;23s
;;rRNA;187508;187623;100;*;5s
;;tRNA;187724;187800;606;*;gac
fin;;CDS;188407;189432;;;
deb;comp;CDS;190429;191379;234;*;
;;tRNA;191614;191689;8;*;aca
;;tRNA;191698;191782;35;*;tac
;;tRNA;191818;191891;195;*;gga
fin;;CDS;192087;193271;;;
deb;;CDS;233942;234538;647;*;
;;rRNA;235186;236728;384;*;16s
;;rRNA;237113;240007;132;*;23s
;;rRNA;240140;240255;454;*;5s
deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*;
;;rRNA;243635;245177;348;*;16s
;;rRNA;245526;248420;133;*;23s
;;rRNA;248554;248669;68;*;5s
;;tRNA;248738;248813;17;*;acc
;;rRNA;248831;248946;703;*;5s
fin;;CDS;249650;250924;;0;
deb;;CDS;282426;283268;135;*;
;;ncRNA;283404;283755;313;*;
fin;comp;CDS;284069;285322;;;
deb;comp;CDS;413908;416529;236;*;
;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg
;;tRNA;416882;416957;41;*;cac
;;tRNA;416999;417075;58;*;cca
;;tRNA;417134;417210;320;*;cca
fin;comp;CDS;417531;419450;;;
deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*;
;;rRNA;493715;495257;349;*;16s
;;rRNA;495607;498501;132;*;23s
;;rRNA;498634;498749;768;*;5s
fin;comp;CDS;499518;500534;;;
deb;;CDS;550745;552652;-23;*;
;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga
fin;;CDS;553011;553874;;;
deb;;CDS;640018;641220;155;*;
;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca
;;tRNA;642639;642729;789;*;tca
deb;;CDS;643519;644862;988;*;
;;rRNA;645851;647393;74;*;16s
;;tRNA;647468;647544;65;*;atc
;;tRNA;647610;647685;336;*;gca
;;rRNA;648022;650916;177;*;23s
;;rRNA;651094;651209;727;*;5s
fin;;CDS;651937;653757;;0;
deb;comp;CDS;727650;727784;330;*;
;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg
fin;;CDS;728895;730808;;0;
deb;;CDS;878528;879232;406;*;
;;regulatory;879639;879784;204;*;
fin;;CDS;879989;881359;;;
deb;;CDS;1166653;1168824;117;*;
;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi
fin;comp;CDS;1169239;1171089;;;
deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*;
;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*;
fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0;
deb;;CDS;1337892;1339205;500;*;
;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca
;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc
;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca
;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc
deb;;CDS;1341198;1342432;34;*;
;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca
;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc
fin;comp;CDS;1343112;1343390;;;
deb;;CDS;1455613;1455810;913;*;
;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc
;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt
;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt
;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt
;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt
;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt
;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc
;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt
;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt
;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc
fin;;CDS;1458872;1459117;;;
deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*;
;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*;
fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0;
deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*;
;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg
fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0;
deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*;
;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta
;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta
;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta
;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta
;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta
;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta
;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta
;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta
;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta
;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta
;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta
deb;;CDS;1772396;1773805;104;*;
;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc
;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa
;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa
;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa
;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa
;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa
;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa
;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa
;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa
;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa
;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa
;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa
;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa
;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa
;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc
fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0;
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;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*;
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deb;;CDS;2079870;2080424;876;*;
;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s
;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s
;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s
fin;comp;CDS;2086639;2087564;;;
deb;;CDS;2142913;2143137;136;*;
;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc
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deb;;CDS;2225993;2226382;125;*;
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;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf
fin;;CDS;2366975;2369110;;;
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fin;;CDS;2376525;2377169;;;
deb;;CDS;2379066;2379614;152;*;
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fin;;CDS;2380631;2381200;;;
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;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc
;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc
;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta
;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc
;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta
;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc
;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta
fin;comp;CDS;2553406;2553735;;;
deb;;CDS;2556685;2557929;89;*;
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;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat
;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat
;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf
;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf
;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc
;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf
;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc
;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf
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deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*;
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;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac
;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac
;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac
;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac
fin;;CDS;2859892;2860968;;0;
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;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac
;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac
;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac
;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac
;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac
;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac
fin;;CDS;2867204;2869120;;;
deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*;
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;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac
;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac
;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac
;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac
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;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa
;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa
;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa
fin;comp;CDS;3122035;3122760;;;
deb;;CDS;3243130;3243747;634;*;
;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*;
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;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac
;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga
;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca
fin;;CDS;3270626;3271480;;0;
deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*;
;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf
;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc
fin;comp;CDS;3758364;3758699;;;
deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*;
;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa
;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta
;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa
;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta
;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa
;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta
;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa
;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta
;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa
;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta
;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj
fin;comp;CDS;3837555;3838646;;;
deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*;
;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg
;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg
fin;comp;CDS;3863366;3864334;;;
deb;;CDS;3865578;3866594;454;*;
;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s
;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s
;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s
fin;;CDS;3872890;3873405;;0;
deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*;
;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc
fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0;
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;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*;
fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0;
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;;ncRNA;4051647;4051828;251;*;
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deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*;
;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*;
fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0;
deb;;CDS;4146436;4146708;183;*;
;;regulatory;4146892;4146991;94;*;
fin;;CDS;4147086;4148081;;0;
deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*;
;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc
;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt
;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt
;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc
;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc
;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc
fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0;
deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*;
;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*;
fin;;CDS;4449582;4449893;;;
deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*;
;;regulatory;4453881;4453980;104;*;
fin;;CDS;4454085;4455455;;0;
deb;;CDS;4615072;4616082;798;*;
;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s
;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s
;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca
;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc
;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s
fin;comp;CDS;4622436;4623133;;;
deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*;
;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*;
fin;;CDS;5004800;5006449;;0;
deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*;
;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac
;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s
;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s
;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;

Intergen51. spl. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les types d’intercalaires;;spl;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;2 482;414;17;2 913;2,2;141;7;148
x;1 305;12;1;1 318;;0;11;11
t;3 787;426;18;4 231;;141;18;159
%;89,5;10,1;0,0;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;39;0;0;39;1,7;tRNA-CDS;62;25
x;22;1;0;23;;RNA-RNA;141;56
t;61;1;0;62;;CDS-rRNA;18;7
%;98,4;1,6;0,0;;;non RNA;32;13
-;;;;;;total;253;10
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;10,2;38,5;1,2;24,1;0,0;63;0,6;0,0
x;17,6;30,4;8,3;3,1;0,0;58;0,1;0,0

Intergen51. spl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc[modifier | modifier le wikicode]

;;;correl;;;;;
;308;264;0,794;;;;;
CDS-CDS;;% total;publié;26/11/22;;;;
frequence;;;effectif;;;;;
spl;fx%;fc%;fx;fc;spl;fc40;;tRNA h spl
0;1;7;1;17;0;17;5;3
10;6;114;8;284;1;46;10;4
20;15;78;19;193;2;53;15;5
30;10;48;13;120;3;29;20;3
40;22;35;29;86;4;22;25;1
50;13;30;17;74;5;16;30;4
60;30;32;39;80;6;13;35;7
70;38;29;50;72;7;14;40;15
80;52;40;68;100;8;29;45;4
90;41;37;53;92;9;29;50;7
100;43;36;56;90;10;33;55;6
110;29;26;38;64;11;27;60;12
120;41;29;54;73;12;35;65;1
130;34;34;44;84;13;20;70;0
140;20;23;26;56;14;29;75;0
150;21;21;27;51;15;15;80;2
160;23;21;30;52;16;10;85;3
170;24;20;31;49;17;13;90;0
180;28;21;36;53;18;20;95;2
190;18;17;24;43;19;14;100;3
200;26;15;34;36;20;10;105;12
210;18;15;24;37;21;12;110;2
220;19;16;25;39;22;12;115;0
230;19;13;25;33;23;13;120;0
240;21;13;27;32;24;19;;12
250;18;10;23;25;25;3;;
260;17;12;22;30;26;9;;
270;18;12;23;31;27;21;;
280;18;9;24;23;28;9;;
290;21;12;27;29;29;11;;
300;16;9;21;23;30;11;;
310;14;7;18;18;31;17;;
320;12;8;16;19;32;9;;
330;8;7;11;18;33;8;;
340;12;8;16;20;34;9;;
350;10;7;13;17;35;8;;
360;11;6;14;16;36;6;;
370;11;9;15;22;37;6;;
380;8;4;10;9;38;10;;
390;11;4;14;10;39;7;;
400;8;4;10;9;40;6;;
reste;;;230;253;;;;
total;;;1305;2482;;;;
diagr;;;1074;2212;;;;
 t30;;;40;597;;;;

spl intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0
270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1
280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2
290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0
300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0
310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3
320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0
330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1
340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0
350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0
360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0
370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1
380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0
390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0
400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1
reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0
total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1
diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0
 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;5
;;;;;;;;;;;;total;12;414
;;;;;;;;;;;;-52;1;

Vibrio parahaemolyticus[modifier | modifier le wikicode]

vpb opérons[modifier | modifier le wikicode]

45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
;33614..35175;;16s;@4;80
;35256..35331;;gaa;;2
;35334..35409;;aaa;;30
;35440..35515;;gta;;55
comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59
;35828..38743;;23s;;73
;38817..38932;;5s;;
;;;;;
;49997..50073;;cgg;;32
;50106..50181;;cac;+;72
;50254..50330;;cca;2 cac;49
;50380..50455;;cac;2 cca;24
;50480..50556;;cca;;
;;;;;
comp;400045..400120;;atgi;;
;;;;;
;577971..579532;;16s;;88
;579621..579696;;gcc;;12
;579709..579784;;gaa;;258
;580043..582958;;23s;;73
;583032..583147;;5s;;30
;583178..583254;;gac;;35
;583290..583366;;tgg;;
;;;;;
comp;769649..769733;;cta;+;29
comp;769763..769847;;cta;10 cta;47
comp;769895..769971;;atg;4 atg;24
comp;769996..770080;;cta;5 caa;52
comp;770133..770207;;caa;;29
comp;770237..770321;;cta;;53
comp;770375..770451;;atg;;24
comp;770476..770560;;cta;;52
comp;770613..770687;;caa;;29
comp;770717..770801;;cta;;54
comp;770856..770930;;caa;;29
comp;770960..771044;;cta;;35
comp;771080..771154;;caa;;48
comp;771203..771287;;cta;;31
comp;771319..771403;;cta;;77
comp;771481..771557;;atg;;77
comp;771635..771709;;caa;;31
comp;771741..771825;;cta;;40
comp;771866..771942;;atg;;
;;;;;
;786939..787015;;cca;;
;;;;;
comp;802315..802391;;agg;;
;;;;;
;910219..910295;;aga;;
;;;;;
comp;982089..982173;;tac;+;81
comp;982255..982339;;tac;4 tac;81
comp;982421..982505;;tac;;81
comp;982587..982671;;tac;;
;;;;;
;1124715..1124802;;tcc;;
;;;;;
;1418321..1418397;;gtc;+;32
;1418430..1418506;;gtc;2gtc;
;;;;;
comp;1988127..1988202;;ggc;+;10
comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76
comp;1988376..1988451;;ggc;;20
comp;1988472..1988545;;tgc;;
;;;;;
;2164082..2164157;;aac;;
;;;;;
;2193593..2193683;;tca;;
;;;;;
comp;2547884..2547960;;atgf;;56
comp;2548017..2548100;;ctc;;
;;;;;
;2652092..2652168;;cgt;+;56
comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57
comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57
comp;2652493..2652569;;cgt;;57
comp;2652627..2652703;;cgt;;57
comp;2652761..2652837;;cgt;;56
comp;2652894..2652970;;cgt;;210
comp;2653181..2653257;;cgt;;31
comp;2653289..2653380;;agc;@5;320
comp;2653701..2653777;;cgt;;31
comp;2653809..2653900;;agc;;
;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
comp;2741545..2741620;;acc;;100
comp;2741721..2741836;;5s;;73
comp;2741910..2744825;;23s;;257
comp;2745083..2745158;;gca;;41
comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;

vpb blocs[modifier | modifier le wikicode]

vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;

vpb distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12

vpb1 données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: vpb1 données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;vpb1;CDS-CDS;reste;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;aa;Sup 400;Sup 400;Sup 500;Sup 500
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;;c;aa;c;hors bloc;c;hors bloc;long;long;long;long
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;suite;fx;fc;fx;fc
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;35;gac;32;cgg;64;ttc;402;402;505;501
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;**;tgg;72;cac;7;aca;403;405;514;506
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;2* 68;tgg;49;cac;70;ttc;408;405;519;507
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;**;gac;24;cac;71;aac;412;408;521;509
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;gcc;;;**;cac;7;aca;412;413;529;519
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;atc;;;29;cta;43;ttc;420;413;531;537
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;gaa;;;47;cta;**;aac;421;417;536;537
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;24;atgj;51;ttc;428;417;537;540
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;gca;;;52;cta;21;aca;429;418;541;540
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;gaa;;;29;caa;39;aac;431;418;543;546
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;gta;;;53;cta;15;aca;431;424;546;547
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;gta;;;24;atgj;**;aac;432;426;547;551
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;52;cta;56;atgf;432;427;548;553
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;gac;;;29;caa;18;ggc;433;430;551;557
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;gac;CDS-CDS;inf 50;54;cta;35;atgf;434;432;551;561
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;acc;intercalaire;;29;caa;50;ggc;438;434;552;581
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;tca;c-;x-;35;cta;49;ggc;438;435;556;596
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;-56;-65;48;caa;49;ggc;445;436;557;597
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;acc;total;intercalaires;31;cta;30;ggc;445;437;560;606
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;403,53;77;cta;55;atgf;446;437;560;609
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;gaa;ADN long;3,297,305;77;atgj;30;ggc;450;443;561;610
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;aaa;%;12.2;31;caa;39;atgf;452;445;573;616
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;gta;;;40;cta;19;ggc;454;446;575;619
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;gcc;non RNA;32;**;atgj;35;atgf;456;448;575;621
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;gaa;;;81;tac;**;ggc;458;450;575;625
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;gca;;;81;tac;13;acc;459;451;579;636
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;atc;;;81;tac;35;gga;461;452;611;639
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;gta;;;**;tac;36;tac;461;455;618;647
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;gca;;;32;gtc;**;aca;464;456;634;650
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;aaa;;;**;gtc;;;464;456;637;652
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;gaa;;;10;ggc;;;467;460;639;670
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;gca;;;76;tta;;;475;473;641;687
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;atc;;;20;ggc;;;481;474;669;707
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;gta;;;**;tgc;;;489;476;669;714
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;aaa;;;56;atgf;;;489;477;683;716
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;gaa;;;**;ctc;;;490;481;685;731
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;56;cgt;;;495;487;688;751
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;497;487;699;755
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;499;489;701;798
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;57;cgt;;;500;491;716;799
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;;492;718;821
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;56;cgt;;;;494;721;880
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;210;cgt;;;;496;757;908
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;31;cgt;;;;500;794;976
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;**;agc;;;;;803;1070
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;31;cgt;;;;;815;1131
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;**;agc;;;;;820;1145
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;894;1347
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;895;1605
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;1022;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;;

vpb2 données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: vpb2 données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;vpb2;Sup 400;Sup 400;Sup 500;Sup 500
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;long;long;long;long
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;fx;fc;fx;fc
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;73;tgc;403;406;503;501
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;**;tta;404;408;525;505
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;gaa;73;tgc;405;410;529;510
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;**;tta;408;410;531;515
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;gta;3;ggc;413;411;533;521
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;**;tgc;413;412;543;529
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;tca;;;415;412;544;536
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;intra;;;416;413;545;538
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;gaa;;;417;415;548;544
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;aaa;;;418;418;552;550
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;gca;;;419;426;552;569
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;gta;;;431;432;556;590
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;432;432;557;592
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;CDS-CDS;inf 50;433;433;575;596
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;intercalaire;;434;434;576;607
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;c-;x-;439;442;577;624
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;-97;-53;443;445;613;639
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;-74;;444;446;613;649
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;-59;;445;446;615;672
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;total;intercalaires;457;452;625;673
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;242,529;457;454;653;697
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;ADN long;1,806,219;460;454;666;711
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;%;13.4;460;456;674;752
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;461;460;685;781
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;non RNA;8;466;461;690;805
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;469;463;722;844
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;469;468;739;892
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;472;473;742;930
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;473;476;753;1030
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;473;480;773;1265
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;475;;802;1409
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;482;;816;1427
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;489;;867;1439
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;491;;882;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;496;;1150;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;;;1282;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;;;;

vpb1 autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: vpb1 autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*;
;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*;
;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;

Intergen51. vpb1. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

vpb2 autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: vpb2 autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;

Intergen51. vpb2. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Escherichia albertii[modifier | modifier le wikicode]

eal opérons[modifier | modifier le wikicode]

49.6%GC;10.3.19 Paris;16s   7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;

eal blocs[modifier | modifier le wikicode]

eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;

eal distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4

eal données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: eal données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 1000
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;eal;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;1063;2148;609;601;1034
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;212;tac;410;5;5;616;602;1050
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;**;tac;420;6;8;621;604;1065
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;atc;6;gga;430;3;3;621;609;1073
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;atc;**;aca;440;5;7;622;609;1077
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;gaa;5;aaa;450;3;3;629;610;1119
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;48;gta;460;3;10;635;614;1169
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;gca;5;aaa;470;4;4;637;622;1226
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;gaa;48;gta;480;4;6;638;629;1268
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;**;aaa;490;3;3;645;632;1421
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;gac;10;atgj;500;7;6;646;636;1595
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;acc;26;cta;510;2;3;654;645;1637
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;37;caa;520;6;3;655;657;1689
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;acc;18;caa;530;4;1;670;665;1791
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;intra;51;atgj;540;3;4;672;665;2324
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;atc gca;35;cag;550;3;3;684;666;
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;contig;**;cag;560;4;2;692;680;
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;tgg;31;ctg;570;1;2;693;680;
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;gac;35;ctg;580;5;3;694;684;
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;**;ctg;590;1;2;707;685;
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;159;ggc;600;5;4;714;690;
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;**;ggc;;45;56;721;700;
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;9;acc;;;;725;714;
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;119;gga;;;;729;738;
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;11;tac;;;;732;742;
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;**;aca;;;;736;745;
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;43;cca;;;;737;761;
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;23;ctc;;;;738;806;
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;CDS-CDS;inf 50;;61;cac;;;;748;843;
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;intercalaire;;;**;cgg;;;;762;865;
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;c-;x-;;37;atgf;;;;765;878;
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;-310;-189;;37;atgf;;;;810;891;
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;-95;-167;;**;atgf;;;;852;942;
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;-71;-129;;6;agc;;;;859;947;
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;-53;-98;;201;cgt;;;;869;952;
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;-78;;200;cgt;;;;878;953;
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;-66;;**;cgt;;;;923;954;
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;-51;;7;aaa;;;;925;958;
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;total;intercalaires;;47;gta;;;;1115;960;
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;594,081;;**;gta;;;;1117;967;
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;ADN long;4,701,875;;42;gcc;;;;1145;977;
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;%;12.6;;**;gcc;;;;1156;;
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;100;atgi;;;;1621;;
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;non RNA;386;;**;aga;;;;1660;;
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;56;ggc;;;;1882;;
;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;14;tgc;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;**;tta;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;7;gtc;;;;;;
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;**;gtc;;;;;;
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;;;;;;

eal autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: eal autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
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;comp;tRNA;2009519;2009592;70;*;atc
;comp;rRNA;2009663;2011202;339;*;1540
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;comp;tRNA;2043359;2043431;9;*;acc
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deb;;CDS;4155845;4156684;8;*;
;;gene;4156693;4156833;772;*;
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;comp;gene;4217577;4218935;-4;*;
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;comp;tRNA;4232176;4232248;100;*;aac
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;comp;tRNA;4242952;4243024;324;*;aac
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;comp;gene;4246140;4246433;4;*;
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;comp;tRNA;4248342;4248414;100;*;aac
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;;mobile_el;4258493;4258858;-43;*;
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deb;comp;CDS;4287685;4287954;8;*;
;comp;gene;4287963;4288700;-1;*;
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;comp;gene;4305083;4306483;264;*;
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deb;;CDS;4317280;4317828;151;*;
;;tRNA;4317980;4318052;56;*;ggc
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;;mobile_el;4318990;4320203;-1072;*;
;;gene;4319132;4319332;-20;*;
fin;;CDS;4319313;4320203;;0;
deb;;CDS;4377172;4377537;-366;*;
;;mobile_el;4377172;4378400;-906;*;
fin;;CDS;4377495;4378400;;;
deb;;CDS;4378416;4378562;151;*;
;;gene;4378714;4380770;-4;*;
fin;comp;CDS;4380767;4381429;;;
deb;comp;CDS;4437118;4437621;42;*;
;comp;gene;4437664;4439143;179;*;
fin;comp;CDS;4439323;4440657;;;
deb;;CDS;4448284;4448556;1106;*;
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fin;;CDS;4450391;4451527;;;
deb;;CDS;4461624;4462049;-426;*;
;;mobile_el;4461624;4464040;-1995;*;
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deb;comp;CDS;4483177;4484004;198;*;
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deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*;
;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc
;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc
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;comp;gene;4581432;4581897;273;*;
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;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*;
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fin;;CDS;4604787;4605677;;0;
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;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*;
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deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*;
;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*;
fin;comp;CDS;4662051;4662401;;;
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;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*;
fin;;CDS;4681342;4681845;;0;
deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*;
;;gene;4698399;4698569;7;*;
;;gene;4698577;4699832;109;*;
fin;;CDS;4699942;4701063;;0;

Intergen51. eal. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Escherichia coli[modifier | modifier le wikicode]

eco opérons[modifier | modifier le wikicode]

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;
50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP
;223771..225312;;16s;;68;opéron;
;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045]
;225500..225575;;gca;;183;« ;
;225759..228662;;23s;;93;« ;
;228756..228875;;5s;@1;52;« ;
;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024]
;;;;;;;
;236931..237007;;gac;;;;
;;;;;;;
;262871..262946;;acg;;;;
;;;;;;;
;564723..564799;;aga;;;;
;;;;;;;
comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron;
comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029]
comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ;
comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ;
comp;696865..696939;;caa;;23;« ;
comp;696963..697047;;cta;;9;« ;
comp;697057..697133;;atg;;;;
;;;;;;;
;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055]
;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron;
;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ;
;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389]
;781147..781222;;aaa;;146;opéron;
;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391]
;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392]
;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12]
comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12]
;;;;;;;
comp;1031625..1031712;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;1097565..1097652;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr;
comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron;
comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106]
;;;;;;;
; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111]
; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron;
;;;;;;«RNA 67pb;
comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314]
comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ;
comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron;
;;;;;;;
comp;2043468..2043557;;tcg;;;;
;;;;;;;
;2044549..2044624;;aac;;;;
;;;;;;;
comp;2058027..2058102;;aac;;;;
;;;;;;;
; 2059851..2059926;;aac;;;;
;;;;;;;
;2062260..2062335;;aac;;;;
;;;;;;;
;2286211..2286287;;ccc;;;;
;;;;;;;
;2466309..2466383;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012]
comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron;
;;;;;;;
;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110]
;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron;
;2521173..2521248;;gta;;4;« ;
;2521253..2521328;;aaa;;;« ;
;;;;;;;
comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron;
comp;2726281..2729184;;23s;;184;;
comp;2729369..2729444;;gaa;;171;;
comp;2729616..2731157;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2785762..2785837;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ;
comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ;
comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ;
comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron;
comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013]
;;;;;;;
;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron;
;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117]
;2947607..2947683;;atgf;;;« ;
;;;;;;;
comp;2998984..2999057;;ggg;;;;
;;;;;;;
;3110366..3110441;;ttc;;;;
;;;;;;;
;3215598..3215673;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;3318213..3318289;;atgf;;;;
;;;;;;;
comp;3322072..3322158;;ctc;;;;
;;;;;;;
comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ;
comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ;
comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ;
comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ;
comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ;
comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044]
comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron;
;;;;;;;
comp;3708616..3708692;;ccg;;;;
;;;;;;;
;3836222..3836316;;tga;;;;
;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons]
;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033]
;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron;
;3943704..3946607;;23s;;92;« ;
;3946700..3946819;;5s;;52;« ;
;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023]
;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105]
;;;;;;;
;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017]
;3982509..3982585;;cac;;20;opéron;
;3982606..3982692;;ctg;;42;« ;
;3982735..3982811;;cca;;;« ;
;;;;;;;
;4035531..4037072;;16s;;68;opéron;
;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043]
;4037260..4037335;;gca;;183;« ;
;4037519..4040423;;23s;;93;« ;
;4040517..4040636;;5s;;;« ;
;;;;;;;
;4166659..4168200;;16s;;171;opéron;
;4168372..4168447;;gaa;;193;;
;4168641..4171544;;23s;;92;;
;4171637..4171756;;5s;;;;
;;;;;;;
;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101]
;4175472..4175556;;tac;;116;opéron;
;4175673..4175747;;gga;;6;« ;
;4175754..4175829;;acc;;114;« ;
;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;

eco cds[modifier | modifier le wikicode]

les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903]

eco blocs[modifier | modifier le wikicode]

eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;

eco distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4

eco données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: eco données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;Sup 400;Sup 400;Sup 600;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;eco22;long;long;long;long
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;;fx;
0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;fc;604;512
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;37;cag;403;401;611;513
0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;47;cag;405;403;615;526
0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;15;atgj;406;405;618;544
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;gaa;34;caa;407;406;626;545
0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;atc;23;caa;417;410;641;556
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;gaa;9;cta;417;411;658;559
0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;**;atgj;419;412;659;570
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;gaa;135;aaa;423;412;668;577
0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;gca;2;gta;424;414;674;578
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;gaa;149;aaa;425;421;714;597
0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;gca;3;gta;429;422;728;601
0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;146;aaa;432;423;754;602
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;acc;132;aaa;433;423;775;610
0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;gac;**;aaa;434;424;796;616
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;209;tac;435;425;919;620
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;acc;**;tac;435;428;950;630
0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;intra;4;gtc;436;429;1372;634
0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;atc gca;**;gtc;445;430;1455;657
0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;12;tta;453;434;;669
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;CDS-CDS;inf 50;;54;tgc;457;439;;680
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;intercalaire;;;**;ggc;462;450;;768
0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;c-;x-;;39;ggc;470;451;;846
0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;-2400;-723;;**;ggc;471;454;;852
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;-2202;-530;;44;gta;475;455;;
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;-2181;-527;;46;gta;482;456;;
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;-2130;-495;;4;gta;501;459;;
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;-1674;-436;;**;aaa;519;459;;
0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;-1295;-210;;198;cgt;519;464;;
0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;-897;-129;;62;cgt;523;469;;
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;-729;-113;;198;cgt;524;473;;
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;-448;-105;;3;cgt;536;473;;
0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;-242;-102;;**;agc;537;474;;
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;-212;-86;;33;atgf;540;477;;
0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;-153;-82;;33;atgf;544;481;;
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;-110;-63;;**;atgf;546;484;;
0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;-89;;;8;gac;586;494;;
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;-85;;;**;tgg;588;494;;
0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;-82;;;57;cgg;;495;;
0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;-82;;;20;cac;;498;;
0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;-82;;;42;ctg;;498;;
4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;-82;;;**;cca;;;;
28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;-82;;;8;aca;;;;
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;-82;;;116;tac;;;;
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;-82;;;6;gga;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;-75;;;**;acc;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;-66;;;36;ggc;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;-56;;;35;ggc;;;;
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;total;intercalaires;;**;ggc;;;;
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;501,283;;34;ctg;;;;
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;ADN long;4,641,652;;28;ctg;;;;
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;%;10.8;;**;ctg;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;non RNA;570;;;;;;;

eco autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: eco autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
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;;gene;3768892;3769256;88;*;
deb;;CDS;3769345;3769680;267;;
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deb;comp;CDS;3807064;3808098;67;;
;comp;ncRNA;3808166;3808238;301;*;
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deb;;CDS;4105820;4106320;9;;
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;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc
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deb;;CDS;4189786;4190325;1;;
;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*;
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;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa
23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*;
5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*;
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deb;;CDS;4277469;4277933;-8;;
;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*;
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deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;;
;comp;gene;4322443;4323281;54;*;
fin;comp;CDS;4323336;4324352;;;
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;comp;gene;4362191;4362353;197;*;
;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc
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;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*;
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deb;;CDS;4391604;4392149;210;;
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;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc
;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc
fin;;CDS;4392892;4392945;;;
deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;;
;;gene;4427694;4428095;-17;*;
fin;comp;CDS;4428079;4428717;;;
deb;;CDS;4457959;4459311;176;;
;;gene;4459488;4459855;44;*;
fin;comp;CDS;4459900;4460364;;;
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;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg
;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*;
;;gene;4496750;4497940;240;*;
;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*;
fin;;CDS;4498272;4498637;;;
deb;;CDS;4498595;4499500;92;;
;comp;gene;4499593;4500791;468;*;
deb;;CDS;4501260;4501589;500;;
;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*;
fin;comp;CDS;4502103;4503431;;;
deb;;CDS;4506448;4506573;52;;
;comp;gene;4506626;4506856;4;*;
;;gene;4506861;4507109;15;*;
;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*;
;;misc_f;4507197;4507451;7;*;
;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*;
deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;;
;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*;
;comp;gene;4508684;4508942;64;*;
;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*;
;;misc_f;4509009;4509479;-1;*;
;;misc_f;4509479;4509793;10;*;
;;gene;4509804;4510133;556;*;
fin;comp;CDS;4510690;4511457;;;
deb;;CDS;4518372;4518440;31;;
;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*;
deb;;CDS;4518527;4518802;-82;;
;;gene;4518721;4519224;113;*;
fin;comp;CDS;4519338;4520324;;;
deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;;
;;ncRNA;4527977;4528066;44;*;
fin;comp;CDS;4528111;4528917;;;
deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;;
;comp;gene;4532050;4532310;126;*;
fin;comp;CDS;4532437;4533183;;;
deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;;
;comp;gene;4534430;4534675;339;*;
;;gene;4535015;4536031;565;*;
fin;;CDS;4536597;4536695;;;
deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;;
;;gene;4568998;4569918;243;*;
fin;comp;CDS;4570162;4571574;;;
deb;;CDS;4572414;4573931;203;;
;;gene;4574135;4576855;56;*;
fin;comp;CDS;4576912;4577958;;;
deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;;
;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
fin;comp;CDS;4580068;4581462;;;
deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;

Intergen51. eco. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

eco. Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;2 188;647;16;2 851;2,4;65;6;71
x;1 061;95;13;1 169;;0;6;6
t;3 249;742;29;4 020;;65;12;77
%;80,8;18,5;0,7;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;37;0;0;37;1,3;tRNA-CDS;65;9
x;28;0;0;28;;RNA-RNA;65;9
t;65;0;0;65;;CDS-rRNA;12;2
%;100,0;0,0;0,0;;;non RNA;570;80
-;;;;;;total;712;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;2,9;10,8;13,7;33,8;2,7;47;0,6;0,0
x;5,3;14,3;3,9;5,9;3,6;65;1,1;0,0

Intergen51. eco. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc[modifier | modifier le wikicode]

;;;correl;;;;;
;179;233;0,324;;;;;
CDS-CDS;;% total;publié;26/11/22;;;;
frequence;;;effectif;;;;;
eco;fx%;fc%;fx;fc;eco;fc40;;tRNA h eco
0;12;7;13;16;0;16;5;5
10;33;157;35;345;1;43;10;4
20;9;120;10;265;2;51;15;2
30;17;61;18;135;3;44;20;1
40;59;36;63;79;4;27;25;1
50;73;33;78;73;5;14;30;1
60;47;47;51;104;6;13;35;5
70;34;40;37;89;7;24;40;3
80;20;40;21;88;8;15;45;2
90;27;30;29;67;9;56;50;2
100;32;37;34;82;10;58;55;1
110;34;38;36;83;11;48;60;1
120;30;26;32;58;12;39;65;1
130;31;24;33;52;13;23;70;0
140;36;23;39;51;14;37;75;0
150;26;23;28;50;15;23;80;0
160;36;19;39;41;16;20;85;0
170;30;19;32;41;17;19;90;0
180;20;19;22;41;18;19;95;0
190;28;17;30;37;19;14;100;0
200;27;14;29;31;20;23;105;0
210;33;16;35;36;21;17;110;0
220;27;17;29;37;22;18;115;0
230;19;9;20;20;23;13;120;1
240;22;8;24;18;24;19;;7
250;22;8;24;17;25;10;;37
260;20;12;22;26;26;14;;
270;13;6;14;14;27;14;;
280;20;7;21;16;28;8;;
290;16;10;17;21;29;9;;
300;8;8;9;17;30;13;;
310;8;6;9;13;31;6;;
320;15;5;16;12;32;7;;
330;7;5;7;11;33;7;;
340;10;3;11;6;34;8;;
350;2;4;2;9;35;7;;
360;10;5;11;10;36;15;;
370;7;5;7;12;37;7;;
380;17;2;18;4;38;7;;
390;6;1;6;3;39;8;;
400;6;5;6;10;40;7;;
reste;53;29;57;64;;;;
total;1000;1000;1074;2204;;;;
diagr;;;1004;2124;;;;
t30;;;63;745;;;;

eco intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
  • Corrélations et fréquences faibles
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644

Escherichia coli Nissle 1917[modifier | modifier le wikicode]

ecoN opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s  10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;;
;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
;234484..234557;;gca;;174;;;;;;;
;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;;
;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;;
;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;;
;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;*
;;;;;;;;;;;;
;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;*
;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;*
;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;*
;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;;
comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
> comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;;
;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
<;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
<;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
>;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
>;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
< comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
<> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
< comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
<;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
>;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
<;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
>;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
>;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
> comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
< comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
< comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
>;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*

ecoN cumuls[modifier | modifier le wikicode]

ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;

ecoN blocs[modifier | modifier le wikicode]

ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;

ecoN distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6

ecoN eco[modifier | modifier le wikicode]

ecoN eco tableaux[modifier | modifier le wikicode]
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
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;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542;
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;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120;
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;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
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;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
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;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&1554;
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;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
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;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&1542;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;°gtc;;;;;;<;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;<;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2044549..2044624;aac;313;;;;;;2193647..2193722;aac;161;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2059964..2060914;cds;[101;317;tact Cbl;;;comp;2236186..2236261;aac;[4;;;;;;;;;;
;comp;2061016..2061933;cds;[326;306;tr-Nac;;;;2236266..2237909;CDS;[100;548;trp-YeeO;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2466369..2476583;#phage;;3405;pp CPS-53;;;;;;;;;;EcoN 53;comp;5321144..5321869;CDS;206;242;§p-His kinase
;;;;;;;;ecoN21;comp;2768744..2770933;CDS;206;730;@sensor;;ok;comp;5322076..5322151;°gcc;39;;
eco21;comp;2515643..2517832;cds;208;730;@pu-sensor;;;comp;2771140..2771215;°gcc;39;;;;;comp;5322191..5322266;°gcc;39;;
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;comp;2518156..2518231;°gcc;235;;;;;;2771551..2771910;CDS;;120;%pu-tr 120;;;;5322602..5322961;CDS;;120;%pu-tr 120
;;2518467..2518811;cds;;115;%pu- YfeC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;<;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2785762..2785837;atgi;559;;;;;;;****atgi*****;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3027207..3027773;CDS;280;189;@fructose 6;;;;;;;;
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;comp;2818059..2818135;°cgt;62;;;;;comp;3028333..3028409;°cgt;62;;;;;;;;;;
;comp;2818198..2818274;°cgt;198;;;;;comp;3028472..3028548;°cgt;64;;;;;;;;;;
;comp;2818473..2818549;°cgt;3;;;;;comp;3028613..3028689;°cgt;3;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
;comp;2947757..2949010;cds;;418;§Ala C;;;;3159575..3160075;CDS;;167;§sscs VI;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3110590..3111126;cds;;179;§pu-ssM;;;;3342134..3343399;CDS;;422;§arm-type;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3215727..3216491;cds;;255;@ferric ;;;comp;3570068..3570832;CDS;;255;@ferric ;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3670886..3670962;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3671310..3672155;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco31;;;;;;;;ecoN31;comp;3673935..3674387;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3674594..3674670;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco32;;;;;;;;ecoN32;comp;3677794..3678246;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;>;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco33;comp;3317554..3318006;cds;206;151;@RimP;;ecoN33;comp;3681532..3681984;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;comp;3318213..3318289;atgf;347;;;;;comp;3682191..3682267;atgf;347;;;;;;;;;;
;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco34;comp;3319988..3321613;cds;458;542;%pu-hydrolase;;ecoN34;comp;3683966..3685591;CDS;456;542;%Pet;;;;;;;;
;comp;3322072..3322158;ctc;14;;;;;comp;3686048..3686134;ctc;14;;;;;;;;;;
;comp;322173..3322505;cds;;111;@SecG-t;;;comp;3686149..3686481;CDS;;111;@SecG-p;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3423580..3423655;acc;12;;;;;comp;3785529..3785605;acc;14;;;;;;;;;;
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;comp;3423880..3426783;$23s;174;&2904;;;;comp;3786513..3786588;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3426958..3427033;gca;42;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;1834;&116;;;;;;;;;
;comp;3427076..3427152;atc;68;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;;;;;;;;;
;comp;3427221..3428762;$16s;473;&1542;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase;;;;;;;;
;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3708323..3708358;rpr;257;&36;rpt-36;;ecoN36;comp;4078635..4080242;CDS;743;536;@DppA;;;;;;;;
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;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco37;comp;3834547..3835929;cds;292;461;%pu-YicJ;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3836953..3838137;cds;;395;§pu-arabi;;;>;4208036..4208857;CDS;;274;§p-DUF4102;;;>;5254542..5255171;CDS;;210;p-glycoside
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3941808..3943349;$16s;85;&1542;;;;;4339815..4341342;$16s;73;&1528;;;;;;;;;
;;3943435..3943510;gaa;193;;;;;;4341416..4341491;gaa;184;;;;;;;;;;
;;3943704..3946607;$23s;92;&2904;;;;;4341676..4344286;$23s;83;&2611;;;;;;;;;
;;3946700..3946819;$5s;52;&120;;;;;4344370..4344485;$5s;53;&116;;;;;;;;;
;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;EcoN 52;> comp;5305902..5306228;CDS;0;109;p-hp
eco39;;3980887..3982272;cds;102;462;%pu-YifK;;ecoN39;;4377681..4379066;CDS;102;462;%aa permease;;;comp;5306229..5306302;atc;1096;;
;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;> comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&1255;
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;;4035531..4037072;$16s;68;&1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;>;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;< comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&1189;;;;<;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;< comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
ecoN eco noms cds[modifier | modifier le wikicode]
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO,  misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6"     misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12"     misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other  71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*

ecoN données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ecoN données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;Sup 700;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;hors bloc;ecoN;fx;fc;fx;fc
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;400;1240;2697;707;728
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;8;gac;37;cag;410;4;8;733;729
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;**;tgg;48;cag;420;8;4;738;737
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;1472;gaa;15;atgj;430;6;4;747;754
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;gaa;42;atc;34;caa;440;7;10;752;772
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;gaa;2351;atc;23;caa;450;1;3;753;775
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;gaa;**;gaa;10;cta;460;4;12;773;798
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;atc;42;gca;**;atgj;470;5;2;779;810
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;**;atc;35;aaa;480;8;7;789;815
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;gca;;;2;gta;490;7;2;796;830
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;51;aaa;500;3;6;799;835
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;gaa;;;3;gta;510;1;0;799;847
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;gaa;;;48;aaa;520;2;3;806;875
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;gaa;;;33;aaa;530;7;1;823;963
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;gca;;;**;aaa;540;3;4;834;977
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;33;tac;550;5;5;876;1005
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;**;tac;560;4;2;919;1037
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;gac;;;4;gtc;570;4;4;938;1068
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;acc;;;**;gtc;580;2;2;948;1085
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;gac;;;4;gtc;590;4;0;968;1098
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;**;gtc;600;4;1;1007;1103
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;acc;;;4;gtc;610;3;4;1057;1200
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;acc;;;**;gtc;620;2;2;1065;1238
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;gaa;;;12;tta;630;3;5;1184;1238
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;gaa;;;53;tgc;640;0;2;1187;1486
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;intra;;;**;ggc;650;1;2;1310;1847
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;atc gca;;;39;gcc;660;1;1;1333;
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;**;gcc;670;1;2;1348;
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;43;gta;680;2;1;1352;
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;46;gta;690;3;0;1361;
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;4;gta;700;2;0;1466;
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;**;aaa;;35;26;1671;
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;63;cgt;;;;1837;
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;CDS-CDS;inf 50;;62;cgt;;;;1888;
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;intercalaire;;;62;cgt;;;;2071;
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;c-;x-;;64;cgt;;;;;
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;-94;-113;;3;cgt;;;;;
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;-89;-113;;**;agc;;;;;
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;-74;-91;;33;atgf;;;;;
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;-70;-77;;33;atgf;;;;;
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;-67;-51;;**;atgf;;;;;
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;-64;;;58;cgg;;;;;
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;-61;;;20;cac;;;;;
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;-59;;;42;ctg;;;;;
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;-56;;;**;cca;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;-56;;;8;aca;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;total;intercalaires;;116;tac;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;646,219;;6;gga;;;;;
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;ADN long;5,441,200;;**;acc;;;;;
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;%;11.9;;36;ggc;;;;;
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;35;ggc;;;;;
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;non RNA;12;;**;ggc;;;;;
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;34;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;28;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;**;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;39;gcc;;;;;
;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;39;gcc;;;;;
;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;**;gcc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;gta;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gta;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;ctg;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;ctg;;;;;

ecoN autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ecoN autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ecoN;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;231864;232436;365;*;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac
fin;;CDS;237812;238615;;1;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;
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deb;;CDS;733188;734363;153;*;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj
fin;comp;CDS;735603;737267;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa
fin;;CDS;809315;810358;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc
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fin;;CDS;1048604;1049722;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga
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deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc
fin;;CDS;1215296;1216234;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc
fin;;CDS;1217586;1218524;;;
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;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;
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;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc
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deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc
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;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta
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;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc
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;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac
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;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;
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;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta
;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta
;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa
fin;comp;CDS;2774536;2775420;;;
deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*;
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;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s
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;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s
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;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt
;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt
;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt
;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc
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;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf
;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf
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;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc
;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s
;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa
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;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa
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;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s
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;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc
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;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa
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;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s
fin;;CDS;4651595;4651978;;0;
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;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc
;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc
fin;;CDS;4865916;4865969;;1;
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;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg
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;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc
;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc
;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa
;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s
;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s
fin;;CDS;5101169;5101552;;0;
deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*;
;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s
;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s
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deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*;
;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga
fin;;CDS;5254542;5255171;;;
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deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*;
;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc
;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc
;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc
fin;;CDS;5322602;5322961;;;
deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*;
;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta
;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta
fin;;CDS;5325276;5325389;;0;
deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*;
;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s
;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca
;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc
;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s
;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca
;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc
;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s
fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0;
deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*;
;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc
;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s
fin;comp;CDS;5363061;5363543;;;
deb;;CDS;5425965;5426201;150;*;
;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg
;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg
fin;comp;CDS;5426617;5427150;;;
deb;;CDS;5433568;5433687;39;*;
;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;

Intergen51. ecoN. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Vibrio campbellii[modifier | modifier le wikicode]

vha opérons[modifier | modifier le wikicode]

45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;;
comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;;
comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;;
comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;;
comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156
comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182;
;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
comp;190817..190933;;5s;;107;;;;;
comp;191041..193955;;23s;;290;;;;;
comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;;
comp;194365..194441;;atc;;97;;;;;
comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;;
comp;196468..196584;;5s;;77;;;;;
comp;196662..199576;;23s;;290;;;;;
comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;;
comp;199986..200062;;atc;;97;;;;;
comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853
comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712;
;;;;;;;;;;
comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101
comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;;
comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;;
comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;;
comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;;
;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308;
;;;;;;;;;;
comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546
comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;;
comp;243159..243235;;gac;;32;;;;;
comp;243268..243384;;5s;;117;;;;;
comp;243502..246404;;23s;;310;;;;;
comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;;
comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;;
comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;;
comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554
;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;;
comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;;
comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83
comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45;
;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
;449605..451162;;16s;;122;;;;;
;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
;468291..468367;;cca;;46;;46;;;
;468414..468489;;cac;;64;;64;;;
;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242;
;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;

vha cumuls[modifier | modifier le wikicode]

vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178

vha blocs[modifier | modifier le wikicode]

vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;<u>86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;<u>371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;

vha distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11

vha1 données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: vha1 données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;vha1;fx;fc;fx;fc
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;809;1799;617;601
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;158;atgf;410;7;2;619;602
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;35;ggc;420;6;10;620;604
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;35;ggc;430;9;8;629;605
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;18;ggc;440;4;5;636;605
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;39;atgf;450;5;10;639;606
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;90;ggc;460;10;5;641;608
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;atc;39;atgf;470;9;7;641;610
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;atc;18;ggc;480;5;2;649;611
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;gaa;39;atgf;490;5;3;651;612
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;gaa;18;ggc;500;3;2;653;617
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;gcc;39;atgf;510;0;9;657;620
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;**;ggc;520;1;4;664;623
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;gca;13;acc;530;3;5;666;638
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;gta;35;gga;540;5;5;671;638
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;gca;52;tac;550;1;3;685;645
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;gca;**;aca;560;3;2;709;650
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;gta;35;cgg;570;1;6;710;652
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;gaa;76;cac;580;1;1;714;655
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;46;cca;590;4;5;722;677
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;gac;64;cac;600;1;10;745;683
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;gac;**;cca;;42;42;754;687
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;gac;54;cta;;;;758;694
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;tca;46;caa;;;;794;706
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;acc;21;cta;;;;797;728
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;18;cta;;;;801;745
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;acc;23;atgj;;;;812;749
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;intra;70;cta;;;;821;756
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;gca;79;atgj;;;;828;774
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;atc;31;caa;;;;836;802
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;gta;39;cta;;;;841;810
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;aaa;**;atgj;;;;847;821
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;gaa;100;tac;;;;855;834
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;gaa;100;tac;;;;857;852
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;aaa;100;tac;;;;872;916
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;gca;**;tac;;;;891;919
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;gta;46;gtc;;;;891;981
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;gcc;**;gtc;;;;924;994
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;gaa;11;ggc;;;;1029;1020
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;contig;78;tta;;;;1032;1186
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;tgg;37;ggc;;;;1276;1507
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;gac;**;tgc;;;;1427;2251
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;gac;56;atgf;;;;;
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;tgg;**;ctc;;;;;
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;59;cgt;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;CDS-CDS;inf 50;;;57;cgt;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;intercalaire;;;;57;cgt;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;c-;x-;;;57;cgt;;;;;
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;-70;-65;;;57;cgt;;;;;
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;-55;-59;;;85;cgt;;;;;
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;-53;;;;29;agc;;;;;
;;;;;;3496;;total;25;402;;;total;intercalaires;;;31;cgt;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;499,733;;;**;agc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;ADN long;3,765,351;;;51;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;%;13.3;;;7;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;43;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;non RNA;28;;;69;aac;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;10;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;42;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aac;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;51;ttc;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;21;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;39;aac;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;15;aca;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aac;;;;;

vha1 autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
deb;comp;CDS;251637;253490;57;*;
;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
fin;;CDS;253934;255043;;0;
deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*;
;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
;;regulatory;2485238;2485339;116;*;
fin;;CDS;2485456;2486832;;;
deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553

Intergen51. vha1. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

vha2 données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: vha2 données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;vha2;long;long;long;long
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;405;402;602;601
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;97;tta;411;409;608;602
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;5;ggc;412;410;610;605
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;gaa;**;tgc;413;412;616;609
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;53;tta;415;413;622;609
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;gta;181;tgc;422;414;625;614
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;**;tgc;422;414;627;617
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;tca;;;424;418;636;621
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;intra;;;432;420;641;627
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;gta;;;432;426;662;635
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;gca;;;435;434;664;636
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;aaa;;;438;437;666;636
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;gaa;;;438;439;674;637
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;444;444;678;659
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;448;446;679;664
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;CDS-CDS;inf 50;;452;447;686;703
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;intercalaire;;;454;448;695;707
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;c-;x-;;455;450;696;709
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;-97;-59;;456;452;705;711
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;-85;-52;;457;456;712;730
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;-53;-52;;458;458;753;737
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;total;intercalaires;;460;470;757;759
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;317,649;;461;470;765;784
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;ADN long;2,204,018;;461;473;768;792
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;%;14.4;;462;473;770;811
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;464;487;774;854
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;non RNA;6;;464;488;785;914
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;465;496;833;931
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;465;499;837;1037
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;466;500;844;1251
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;470;510;861;1262
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;477;515;863;2682
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;483;521;866;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;494;525;955;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;500;527;955;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;516;529;973;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;520;532;991;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;522;533;1241;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;527;534;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;530;540;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;537;544;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;543;548;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;544;548;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;544;549;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;547;553;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;551;570;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;551;571;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;556;583;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;568;589;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;568;590;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;574;598;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;576;600;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;579;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;581;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;584;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;593;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;594;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;598;;;

vha2 autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: vha2 autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;

Intergen51. vha2. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Aeromonas media WS[modifier | modifier le wikicode]

amed opérons[modifier | modifier le wikicode]

61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
<  comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;

amed cumuls[modifier | modifier le wikicode]

amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157

amed blocs[modifier | modifier le wikicode]

amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;

amed distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5

amed autres intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

amed données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: amed données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;amed;fx;fc;fx;fc
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;400;1233;2273;602;602
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;2* 120;;52;ttc;40;tta;410;5;6;609;605
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;2* 126;;3;aca;35;tgc;420;8;7;612;608
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;2* 123;;45;ttc;**;ggc;430;5;3;616;609
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;127;;**;aac;30;tac;440;6;6;645;613
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;124;;71;ctg;**;tac;450;7;6;646;613
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;122;;46;ctg;104;gga;460;6;6;662;621
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;5s CDS;;16s tRNA;;46;ctg;**;ggg;470;4;6;665;624
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;386;268;3* 72;atc;51;ctg;57;tgc;480;4;2;669;624
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;275;99;2* 274;gaa;**;ctg;**;ggc;490;1;1;674;631
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;164;;2* 198;gaa;5;aac;32;tac;500;4;2;686;639
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;;;2* 224;gaa;**;ttc;45;tac;510;4;3;700;642
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;;;225;gaa;24;ggc;**;tac;520;4;3;730;646
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;;;tRNA 23s;;29;ggc;25;cgt;530;2;1;733;660
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;;;3* 238;gca;38;ggc;25;cgt;540;6;4;740;668
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;;;252;gaa;25;ggc;26;cgt;550;5;3;744;681
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;;;3* 236;gaa;23;ggc;98;cgt;560;3;2;761;693
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;;;237;gaa;**;ggc;4;cgt;570;2;1;803;695
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;;;238;gaa;28;gcc;**;agc;580;2;2;887;703
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;;;5s tRNA;;66;gcc;38;gga;590;1;1;907;709
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;;;98;gac;58;gcc;**;tac;600;3;3;935;716
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;;;2* 106;acc;40;gcc;58;cca;;28;41;938;722
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;;;98;gac;**;gcc;20;ctg;;;;1001;724
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;;;95;gac;91;ctc;49;cac;;;;1018;724
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;;;tRNA 5s;;**;atgf;**;cgg;;;;1028;753
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;;;23;acc;8;cta;18;gta;;;;1275;760
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;;;tRNA tRNA;intra;38;atgj;34;aaa;;;;1406;781
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;;;3* 10;atc;47;caa;18;gta;;;;1663;794
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;;;**;gca;17;caa;23;aaa;;;;;815
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;;;;;35;atgj;18;gta;;;;;838
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;;;;;47;caa;23;aaa;;;;;840
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;;;;;13;caa;18;gta;;;;;881
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;;;;;**;atgj;34;aaa;;;;;884
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;;;;;2;aac;22;gta;;;;;913
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;;;;;**;gga;46;aag;;;;;936
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;;CDS-CDS;inf 50;;123;cac;22;gta;;;;;940
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;;intercalaire;;;36;aga;46;aag;;;;;1098
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;;c-;x-;;**;cca;32;gta;;;;;1211
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;;-89;-75;;36;gtc;**;aaa;;;;;1501
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;;-83;-71;;26;gtc;;;;;;;2076
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;-82;-58;;15;gtc;;;;;;;2281
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;-80;-57;;11;gtc;;;;;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;-65;;;**;gtc;;;;;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;-53;;;110;atgf;;;;;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;total;intercalaire;;102;atgf;;;;;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;601,332;;101;atgf;;;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;longueur;4,777,154;;101;atgf;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;%;12.6;;103;atgf;;;;;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;non RNA;38;;102;atgf;;;;;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;;102;atgf;;;;;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;;92;atgf;;;;;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;;**;atgf;;;;;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;;;;;

amed autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: amed autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
;;tmRNA;2954083;2954442;177;*;
fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
fin;;CDS;2979932;2981701;;;
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fin;;CDS;3336456;3336731;;;
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;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*;
fin;comp;CDS;3385563;3389024;;;
deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
;;regulatory;3497555;3497645;99;*;
fin;;CDS;3497745;3498725;;;
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;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115
;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890
;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa
;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545
fin;;CDS;3512353;3515220;;;
deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg
fin;;CDS;3677664;3678182;;0;
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;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
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;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca
;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc
;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545
fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
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;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg
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;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
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fin;;CDS;3915324;3916262;;0;
deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*;
;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
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deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg
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deb;;CDS;4109413;4111986;99;*;
;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
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;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
fin;;CDS;4121593;4122102;;;
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;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115
;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
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fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;

Intergen51. amed. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

gamma synthèse[modifier | modifier le wikicode]

gamma données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

;Les gama;;spl;vpb1;vpb2;eal;eco;ecoN;vha1;vha2;amed;;* Autres intercalaires: 2416;;;ft: 509;Ici: 795;Reste: 1112;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
compile du 6.10.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;;;gama;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;fx%;fc%;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA 5s;;tRNA contig;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors
0;1;4;0;52;137;0;52;137;-1;2;1002;6;8;;161;117;56;62;317;1;384;1;122;3;65;1;183;1;12;1;9;1;17;1;8;0;1;7;51;2;101
10;2;3;10;218;2316;1;24;288;-2;16;5;24;130;;206;264;74;81;319;3;277;1;124;8;68;1;184;1;31;1;12;1;23;1;11;4;2;7;52;14;102
20;2;7;20;145;1774;2;28;360;-3;2;2;16;100;;362;339;76;98;371;3;348;1;125;2;70;1;237;1;53;1;16;1;37;2;35;6;3;3;53;2;103
30;1;1;30;155;982;3;40;310;-4;152;1572;17;55;;364;467;76;99;1319;4;349;1;127;3;72;1;238;1;54;1;24;1;39;2;42;7;4;3;54;1;104
40;9;2;40;344;656;4;24;175;-5;2;4;37;37;;365;473;76;101;;;;1;135;3;74;1;252;1;90;1;32;1;40;3;68;6;5;3;55;2;107
50;2;4;50;393;595;5;8;136;-6;8;0;42;33;;370;477;136;104;;;tRNA 16s;1;177;9;85;1;260;1;91;1;35;1;57;1;1472;4;6;6;56;1;110
60;6;2;60;401;742;6;21;94;-7;4;85;43;42;;373;479;164;110;;1;1063;1;1881;5;89;1;263;1;95;1;37;1;57;1;2351;5;7;11;57;2;116
70;1;5;70;451;651;7;19;126;-8;11;414;49;37;;374;480;275;113;;;;2;120;1;91;1;269;1;151;2;14;1;777;;;6;8;10;58;1;119
80;4;7;80;432;655;8;18;151;-9;11;2;47;37;;377;481;300;228;;;;2;123;1;97;1;272;2;14;2;30;1;1112;;;4;9;5;59;1;123
90;1;5;90;379;647;9;16;363;-10;2;38;41;36;;377;492;300;268;;;;2;133;4;102;1;296;2;32;2;30;1;1360;;;4;10;0;60;2;128
100;10;10;100;361;596;10;20;313;-11;11;261;39;34;;385;496;323;269;;;;3;93;1;123;1;313;2;68;3;10;;;;;3;11;1;61;1;131
110;3;16;110;334;594;11;10;269;-12;4;3;36;33;;424;516;386;304;;;;3;129;2;127;1;336;2;69;3;41;;;;;2;12;3;62;2;132
120;4;13;120;309;545;12;19;282;-13;3;32;33;31;;432;516;703;339;;;;4;92;1;134;2;174;2;98;3;45;;;;;7;13;2;63;1;135
130;8;3;130;280;491;13;9;171;-14;24;134;30;28;;441;554;727;454;;;;4;126;2;171;2;183;2;106;3;65;;;;;1;14;3;64;1;146
140;6;10;140;248;426;14;9;241;-15;7;0;27;24;;442;556;;454;;;;7;169;2;198;2;194;3;31;5;43;;;;;6;15;0;65;1;149
150;4;11;150;219;428;15;19;164;-16;4;23;24;24;;448;596;;460;;;;8;132;2;224;2;265;4;52;7;42;;;;;1;16;1;66;1;158
160;5;18;160;252;410;16;17;126;-17;5;78;27;23;;451;614;;768;;;;9;95;1;225;2;317;4;100;8;2;;;;;1;17;0;67;1;159
170;5;16;170;204;325;17;18;134;-18;8;0;22;18;;454;614;;798;;;;11;91;2;274;2;319;5;30;;;;;;;10;18;0;68;1;167
180;0;13;180;199;354;18;12;158;-19;5;23;22;20;;468;626;;;;;;;;1;375;2;371;;;;;;;;;1;19;1;69;1;181
190;3;9;190;221;297;19;15;98;-20;6;68;24;17;;469;627;;;;;;;;1;443;3;186;;;;;;;;;6;20;2;70;1;189
200;6;8;200;208;261;20;17;131;-21;5;0;22;15;;471;687;;;;;;;;;;3;236;;;;;;;;;4;21;2;71;2;198
210;9;14;210;202;287;21;14;127;-22;5;11;22;16;;472;807;;;;;;;;;;3;238;;;;;;;;;2;22;1;72;1;200
220;2;3;220;203;266;22;11;111;-23;3;40;22;15;;487;1178;;;;;;;;;;3;297;;;;;;;;;7;23;2;73;1;201
230;0;6;230;171;213;23;8;93;-24;7;0;18;12;;504;1908;;;;;;;;;;4;198;;;;;;;;;4;24;0;74;1;209
240;9;8;240;168;203;24;25;129;-25;7;12;18;11;;518;;;;;;;;;;;4;264;;;;;;;;;3;25;0;75;1;210
250;6;5;250;150;172;25;12;79;-26;6;35;16;10;;543;;;;;;;;;;;5;193;;;;;;;;;4;26;3;76;1;211
260;9;7;260;162;188;26;13;88;-27;3;0;18;11;;557;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;27;2;77;1;212
270;2;3;270;140;188;27;17;107;-28;3;10;15;11;;575;;;;;12;;62;;54;;51;;36;;45;;10;;11;281;4;28;1;78;1;253
280;5;5;280;144;155;28;20;76;-29;9;25;16;9;;599;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;29;1;79;1;479
290;5;5;290;130;164;29;19;76;-30;8;0;14;9;;611;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;30;1;80;1;539
300;5;4;300;87;146;30;16;96;-31;2;5;9;8;;631;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;31;3;81;1;634
310;6;3;310;101;132;31;23;81;-32;6;28;11;7;;647;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;32;0;82;1;1172
320;3;8;320;112;94;32;23;74;-33;5;0;12;5;;672;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8;33;1;83;;
330;8;2;330;86;98;33;29;63;-34;1;6;9;6;;817;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;34;0;84;;
340;2;0;340;83;77;34;37;73;-35;8;24;9;4;;853;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;18;35;3;85;;
350;8;3;350;70;94;35;27;58;-36;1;0;8;5;;876;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;36;0;86;;
360;0;2;360;79;83;36;19;72;-37;1;4;9;5;;988;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;15;37;0;87;;
370;6;3;370;81;80;37;45;48;-38;6;10;9;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;0;88;;
380;2;3;380;96;62;38;48;63;-39;7;0;10;3;;23s CDS c;16s 16s c;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;39;0;89;;
390;2;1;390;69;53;39;56;60;-40;1;4;7;3;;331;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;40;1;90;;
400;0;2;400;73;69;40;37;64;-41;6;4;8;4;;385;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;1;91;;
reste;36;47;reste;1043;1075;reste;8341;11916;-42;0;0;113;60;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;42;1;92;;
total;208;301;total;9255;17781;total;9255;17781;-43;0;14;1000;1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;43;0;93;;
;;;diagr;;;diagr;;;-44;4;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;44;0;94;;
;;; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;45;2;95;;
;;;;;;;;;-46;4;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;9;46;1;96;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;4;0;;;;39;25;14;18;4;100;;;;;;;;;;;;;;;;10;47;3;97;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;10;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;48;1;98;;
;;x;9203;450;52;9705;;;-49;2;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;49;0;99;;
;;c;17644;4048;137;21829;;;-50;4;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;4;100;;
;;;;;;;2416;;reste;35;53;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;154;;52;;;
;;;;;;;;;total;450;4048;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;414;;154;;52;

gamma données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

c+;2382;2286;2204;2822;2482;1945;1075;1757;828
gen;amed;eal;eco;ecoN;spl;vha1;vha2;vbp1;vbp2
0;12;18;16;29;17;9;16;9;11
1;26;35;43;51;46;30;14;25;18
2;41;39;51;61;53;40;14;45;16
3;34;50;44;58;29;39;13;36;7
4;18;29;27;27;22;17;13;16;6
5;12;17;14;18;16;25;6;24;4
6;6;15;13;17;13;11;5;8;6
7;12;18;24;24;14;13;2;15;4
8;17;18;15;16;29;16;11;21;8
9;34;47;56;66;29;31;27;44;29
10;25;55;58;65;33;24;15;20;18
11;21;42;48;53;27;21;18;25;14
12;18;36;39;53;35;32;25;31;13
13;20;19;23;29;20;27;7;21;5
14;22;47;37;38;29;27;12;23;6
15;14;26;23;39;15;13;8;18;8
16;13;25;20;29;10;9;7;9;4
17;20;18;19;21;13;18;4;19;2
18;17;14;19;34;20;22;6;17;9
19;6;17;14;18;14;11;7;8;3
20;16;20;23;23;10;13;3;16;7
21;11;18;17;24;12;15;9;14;7
22;8;18;18;23;12;8;10;8;6
23;16;11;13;11;13;11;5;9;4
24;10;17;19;27;19;9;3;20;5
25;13;9;10;19;3;9;2;10;4
26;7;7;14;15;9;8;9;15;4
27;10;12;14;25;21;12;3;6;4
28;11;4;8;8;9;8;4;18;6
29;15;8;9;14;11;7;4;5;3
30;9;22;13;16;11;9;4;9;3
31;9;8;6;13;17;11;3;11;3
32;11;7;7;12;9;6;6;11;5
33;11;11;7;9;8;6;2;6;3
34;9;10;8;17;9;8;1;9;2
35;12;8;7;8;8;6;2;5;2
36;5;11;15;15;6;8;1;10;1
37;4;11;7;5;6;5;1;6;3
38;13;9;7;7;10;9;1;6;1
39;10;9;8;10;7;7;1;6;2
40;8;10;7;13;6;10;1;4;5
41;6;10;8;15;7;1;1;4;1
42;10;13;7;9;6;6;4;2;1
43;10;6;4;6;8;4;4;3;3
44;4;5;5;10;10;7;7;10;2
45;3;11;14;14;8;8;3;10;2
46;8;6;2;7;7;7;3;6;3
47;5;12;10;18;8;4;3;8;2
48;7;13;5;7;6;8;3;5;2
49;12;6;9;18;7;3;4;4;3
50;10;9;9;9;7;7;3;6;2
51;12;11;10;17;5;5;6;5;4
52;9;10;13;16;6;3;0;7;1
53;7;6;8;9;9;6;0;4;2
54;11;10;10;18;8;4;3;4;2
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56;10;14;10;14;8;6;3;6;4
57;7;13;18;18;9;6;4;4;3
58;11;14;9;12;10;6;1;1;2
59;6;10;9;15;7;13;15;5;6
60;6;11;9;16;11;32;17;4;2
61;16;11;4;9;6;10;2;13;5
62;8;13;12;14;7;4;5;3;0
63;8;6;8;10;4;3;4;3;6
64;8;12;13;14;10;7;6;5;3
65;13;7;10;9;5;7;6;4;5
66;16;11;10;10;10;4;5;6;1
67;10;3;8;9;7;3;4;1;2
68;11;4;10;12;8;6;7;4;3
69;7;7;9;14;11;9;2;9;3
70;14;9;5;8;4;8;1;6;2
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72;12;8;5;10;12;4;3;6;2
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74;12;7;9;7;7;8;5;8;1
75;9;9;12;18;9;7;2;6;2
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77;13;3;11;11;7;5;2;3;4
78;9;9;9;10;13;8;6;6;5
79;7;10;8;9;13;1;6;4;6
80;8;3;6;10;12;6;5;4;1
81;11;6;6;11;5;6;3;7;4
82;13;5;6;9;10;6;1;7;3
83;14;7;8;9;11;3;4;3;4
84;11;4;2;6;12;3;3;8;3
85;15;15;12;15;5;5;5;0;3
86;17;7;4;7;13;6;2;6;1
87;14;6;4;9;7;6;5;5;3
88;7;11;9;13;8;4;5;6;4
89;11;7;10;17;9;5;3;6;4
90;7;7;6;16;12;12;4;9;4
91;4;8;12;13;5;7;4;10;1
92;12;8;8;11;7;9;4;8;1
93;11;7;8;8;14;2;6;2;2
94;14;9;11;15;8;6;2;2;3
95;8;6;4;7;8;3;7;4;3
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100;10;6;7;13;5;7;2;1;5
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109;11;10;5;8;7;3;0;5;0
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119;5;6;3;1;4;5;5;5;0
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121;8;2;4;4;5;2;4;9;1
122;9;5;5;5;8;3;4;4;4
123;11;3;0;1;8;8;4;3;2
124;8;4;6;8;6;3;3;7;2
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126;10;8;8;8;9;7;4;2;1
127;6;5;7;6;7;6;2;7;1
128;11;9;8;6;12;1;3;4;2
129;7;10;5;10;11;7;3;3;1
130;6;4;3;5;7;11;2;5;1
131;10;6;3;4;2;5;2;9;3
132;8;6;6;4;7;7;2;4;1
133;7;5;8;7;5;8;4;1;1
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136;3;3;3;4;12;6;1;2;2
137;3;4;7;4;5;8;9;5;1
138;5;5;7;5;3;8;1;4;1
139;6;7;6;9;6;4;4;4;3
140;8;8;6;8;8;6;1;2;0
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170;4;2;4;5;5;2;1;3;3
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172;3;2;4;3;11;2;3;2;2
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184;6;2;3;3;7;2;1;3;1
185;5;5;2;3;2;3;4;2;2
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299;3;3;1;2;0;3;2;2;1
300;4;0;2;1;5;0;0;0;1
301;2;2;1;2;2;2;0;1;1
302;0;4;1;3;6;0;0;0;1
303;2;1;1;3;1;2;0;2;0
304;2;1;1;1;2;1;0;3;1
305;2;1;1;1;2;2;3;5;0
306;2;1;2;2;1;2;0;2;0
307;2;3;2;0;0;4;0;0;1
308;1;1;2;0;1;2;1;2;2
309;2;1;0;2;1;2;1;2;0
310;2;1;2;3;2;3;2;1;0
311;1;0;0;1;1;1;0;0;0
312;2;0;2;1;5;1;0;2;1
313;3;3;2;1;1;0;0;1;1
314;0;1;1;1;1;2;0;0;1
315;2;1;0;0;3;3;2;0;0
316;2;0;3;1;3;2;1;0;0
317;1;2;0;3;1;0;1;1;0
318;0;2;1;1;1;2;1;0;0
319;1;1;3;3;2;2;0;0;0
320;2;0;0;0;1;0;0;2;0
321;1;1;1;1;2;2;2;0;0
322;4;2;1;3;3;0;0;0;1
323;0;1;1;3;2;2;1;1;0
324;3;0;2;1;2;1;1;0;0
325;0;4;0;0;2;1;0;0;0
326;2;0;1;1;2;0;0;0;1
327;0;0;0;0;1;0;1;1;1
328;0;1;3;2;2;0;0;2;0
329;2;1;2;3;1;1;1;1;0
330;3;2;0;2;1;2;0;3;0
331;1;2;1;0;1;1;0;0;1
332;0;0;1;0;3;0;1;3;0
333;1;1;2;2;1;0;1;0;1
334;2;1;1;0;1;1;1;0;2
335;0;0;0;2;3;1;0;0;1
336;1;0;1;1;2;2;1;2;0
337;0;0;0;1;1;2;1;1;2
338;1;0;0;1;3;2;1;0;0
339;1;0;0;0;3;0;0;0;0
340;1;1;0;1;2;0;1;0;1
341;2;0;1;1;2;1;0;1;1
342;1;1;2;5;3;2;1;0;1
343;1;1;1;1;2;2;0;2;1
344;0;0;1;3;2;0;1;0;0
345;2;2;0;0;1;0;0;1;1
346;1;1;2;1;1;1;0;0;0
347;2;0;0;0;0;0;1;2;1
348;2;2;1;2;2;0;0;2;0
349;0;0;0;1;2;1;1;0;1
350;2;5;1;1;2;0;1;0;2
351;0;2;0;0;1;0;0;0;0
352;2;1;2;0;2;0;0;2;0
353;1;5;1;4;2;1;1;0;1
354;2;1;2;1;2;1;0;1;2
355;0;0;1;2;2;1;1;0;1
356;0;2;1;3;2;0;0;0;1
357;2;2;1;0;2;2;1;1;1
358;0;0;0;1;1;0;1;0;1
359;1;1;2;1;1;2;0;0;1
360;0;0;0;0;1;0;0;0;0
361;0;2;1;2;1;1;0;1;0
362;0;1;2;0;2;0;0;1;0
363;0;1;1;4;1;1;0;0;1
364;1;0;2;1;0;1;1;1;0
365;2;0;2;3;5;0;1;0;0
366;0;0;0;0;1;0;0;0;0
367;0;1;1;2;1;1;1;2;0
368;2;1;0;1;2;0;0;0;0
369;0;1;3;1;6;0;1;1;1
370;0;1;0;0;3;2;1;0;0
371;1;3;1;3;1;1;0;0;1
372;0;0;1;0;2;0;2;0;0
373;1;2;0;0;1;0;1;1;0
374;0;1;0;3;0;0;1;3;0
375;1;0;0;2;0;0;1;0;0
376;0;1;1;2;1;2;1;0;0
377;0;0;0;1;4;1;0;0;0
378;1;1;0;1;0;0;0;0;1
379;1;0;0;0;0;1;1;0;0
380;2;2;1;0;0;2;0;0;0
381;2;1;0;2;3;2;0;1;0
382;0;0;0;1;1;0;1;0;0
383;1;1;1;3;1;0;1;0;0
384;1;0;0;0;0;1;1;1;0
385;0;1;0;1;0;0;0;0;1
386;0;0;0;0;1;0;0;1;1
387;2;0;0;1;0;0;0;0;2
388;0;0;0;0;3;2;0;0;1
389;2;0;1;1;1;2;0;0;0
390;1;0;1;0;0;0;1;0;0
391;1;2;0;0;2;1;1;0;0
392;0;1;1;3;1;0;0;0;0
393;2;3;1;2;0;0;0;1;0
394;1;2;2;2;2;2;0;0;0
395;0;0;0;1;2;0;1;1;0
396;1;0;1;1;1;0;2;0;0
397;3;0;0;1;0;0;1;0;1
398;0;0;2;2;1;1;1;1;0
399;1;0;1;1;0;0;0;1;0
400;0;1;2;1;0;0;2;0;1
;;;;;;;;;
;2261;2130;2124;2668;2212;1790;975;1655;754

gamma distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808

gamma distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148

gamma distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;

gamma par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama  ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39

gamma, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est  62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310

alpha[modifier | modifier le wikicode]

rtb[modifier | modifier le wikicode]

rtb opérons[modifier | modifier le wikicode]

29.0%GC;31.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*

rtb cumuls[modifier | modifier le wikicode]

rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86

rtb blocs[modifier | modifier le wikicode]

rtb distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8

rtb données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rtb données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;rtb;CDS-CDS;Sup 400;Sup 1400;Sup 700
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;hors bloc;long;long;long;long
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;CDS 16s;;23s 5s;tRNA tRNA;;;423;401;1401;703
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;1854;;228;15;;aaa;428;404;1463;743
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;5s CDS;;;**;;atc;447;409;1464;759
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;16s CDS;173;;;60;cgg;453;410;1468;777
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;2466;;;**;;caa;482;416;1524;803
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;CDS 23s;;;;1051;gac;494;420;1539;823
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;736;;;**;;gcc;499;420;1656;824
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;;;;95;;gga;499;434;1743;842
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;;;;**;;tac;562;438;1794;881
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;;;;;606;448;1858;906
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;;;;;617;450;1870;920
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;;;;;618;454;2071;950
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;;CDS-CDS;inf 50;;647;466;2262;991
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;;intercalaire;;;656;473;2360;1017
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;;c-;x-;;676;480;2624;1022
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;;néant;néant;;678;481;3216;1032
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;;total;intercalaires;;714;487;;1059
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;;;264,633;;716;503;;1073
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;;ADN long;1,112,957;;721;504;;1103
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;;%;23.8;;724;506;;1119
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;;;;;761;507;;1123
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;;non RNA;8;;764;511;;1150
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;;;;;775;516;;1165
;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;;;;;793;518;;1167
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;;;;;806;530;;1182
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;;;;;809;530;;1227
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;;;;;822;530;;1255
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;;;;;830;551;;1266
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;;;;;852;552;;1282
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;;;;;876;554;;1302
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;;;;;892;562;;1318
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;;;;;903;562;;1354
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;;;;;930;579;;1370
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;;;;;935;586;;1374
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;;;;;944;594;;1444
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;;;;;948;595;;1446
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;;;;;976;598;;1485
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;;;;;1004;630;;1524
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;;;;;1042;632;;1532
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;;;;;1048;633;;1581
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;;;;;1053;640;;1621
12;12;reste;66;100;reste;177;370;-42;0;0;130;;;;;;;;1067;644;;1637
16;42;total;186;505;total;186;505;-43;0;0;;;;;;;;;1109;651;;1715
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;;;;;;;;;1115;652;;1765
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;;;;;;;;;1149;671;;1846
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;1176;673;;1893
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;1184;674;;2078
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;1260;675;;2171
;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;;;;;;;;;1335;678;;2313
;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;;;;;;;;;1373;692;;3065
;;;;;793;75;;reste;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;;;;;;;;;;;

rtb autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rtb autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;rtb;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7429;8469;381;*;
;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc
fin;;CDS;9295;10278;;;
deb;;CDS;14663;18055;108;*;
;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa
fin;comp;CDS;19633;20106;;;
deb;comp;CDS;48065;48709;278;*;
;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf
fin;comp;CDS;49175;49411;;;
deb;comp;CDS;73627;73929;17;*;
;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc
fin;comp;CDS;74161;75417;;;
deb;;CDS;155064;157163;143;*;
;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg
fin;;CDS;157550;157750;;;
deb;comp;CDS;189738;189878;411;*;
;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg
fin;comp;CDS;190508;192814;;;
deb;;CDS;255010;255921;736;*;
;;rRNA;256658;259417;228;*;23s
;;rRNA;259646;259760;173;*;5s
fin;comp;CDS;259934;261007;;;
deb;;CDS;291358;291843;35;*;
;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj
fin;comp;CDS;293320;293805;;;
deb;;CDS;335194;336996;402;*;
;;tRNA;337399;337473;633;*;aac
fin;comp;CDS;338107;338793;;;
deb;comp;CDS;440466;440933;496;*;
;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc
fin;;CDS;441536;442456;;;
deb;comp;CDS;469056;469781;218;*;
;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa
;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc
fin;;CDS;472090;472662;;;
deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*;
;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc
fin;comp;CDS;567399;568145;;;
deb;;CDS;583250;584149;1278;*;
;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca
fin;comp;CDS;585577;586569;;0;
deb;;CDS;598723;599706;26;*;
;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg
;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa
fin;comp;CDS;600007;601779;;;
deb;comp;CDS;608541;609209;176;*;
;comp;ncRNA;609386;609769;248;*;
fin;;CDS;610018;612660;;;
deb;comp;CDS;644395;644745;499;*;
;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac
;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc
fin;comp;CDS;646671;647276;;;
deb;comp;CDS;649389;650048;452;*;
;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc
fin;comp;CDS;651852;652094;;;
deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*;
;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt
fin;;CDS;700039;705720;;0;
deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*;
;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga
fin;comp;CDS;729359;729574;;;
deb;;CDS;739215;740075;181;*;
;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc
deb;;CDS;740590;741960;1199;*;
;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc
fin;;CDS;744325;744753;;;
deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*;
;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s
fin;comp;CDS;783686;785485;;;
deb;comp;CDS;814590;814823;349;*;
;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta
fin;comp;CDS;815317;815589;;;
deb;comp;CDS;829300;830484;82;*;
;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga
;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac
fin;;CDS;831005;831733;;;
deb;comp;CDS;839520;839732;382;*;
;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta
fin;;CDS;842210;842446;;;
deb;comp;CDS;876906;877589;401;*;
;;tRNA;877991;878067;145;*;cac
fin;;CDS;878213;879943;;;
deb;comp;CDS;911079;911558;179;*;
;comp;tmRNA;911738;912287;74;*;
fin;;CDS;912362;913186;;;
deb;;CDS;918938;919882;951;*;
;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc
fin;comp;CDS;922871;924049;;;
deb;comp;CDS;941489;942730;156;*;
;comp;ncRNA;942887;943045;9;*;
fin;comp;CDS;943055;943372;;;
deb;comp;CDS;961209;962297;41;*;
;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi
fin;comp;CDS;962806;963273;;;
deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*;
;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca
fin;;CDS;1025306;1025521;;;
deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*;
;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga
fin;;CDS;1056506;1056823;;;
deb;;CDS;1090984;1091625;14;*;
;;ncRNA;1091640;1091733;152;*;
fin;;CDS;1091886;1093411;;;
deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*;
;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta
fin;comp;CDS;1099511;1100662;;;
deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*;
;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca
fin;comp;CDS;1103661;1103996;;;

Intergen51. rtb. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

rtb intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98

rpl[modifier | modifier le wikicode]

rpl opérons[modifier | modifier le wikicode]

29.0%GC;30.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*

rpl cumuls[modifier | modifier le wikicode]

rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89

rpl blocs[modifier | modifier le wikicode]

rpl distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8

rpl données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rpl données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;sup400;sup600;sup800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;effectif;;long;long
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;;hors bloc;415;407;606;812
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;1458;;261;;;830;gcc;449;408;607;835
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;5s CDS;;;;**;;gac;459;413;612;843
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;-;183;;;;49;caa;463;423;637;847
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;16s CDS;;;;**;;cgg;488;428;649;853
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;1463;;;;15;;atc;506;428;665;857
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;CDS 23s;;;;**;;aaa;524;436;674;868
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;719;;;;105;;tac;532;436;674;879
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;;;;;**;;gga;539;442;735;888
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;;;;;;544;446;746;891
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;;;;;;545;451;764;911
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;CDS-CDS;inf 50;;;;;573;456;773;931
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;intercalaire;;;;;;579;461;779;950
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;c-;x-;;;;;582;461;791;955
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;néant;-92;;;;;591;468;847;966
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;;;;;;596;471;852;967
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;total;intercalaires;;;;;;483;881;990
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;252,952;;;;;;506;921;1027
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;ADN long;1,109,301;;;;;;515;974;1038
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;%;22.8;;;;;;526;983;1047
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;;;;;;;527;987;1078
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;non RNA;8;;;;;;528;1011;1089
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;;;;;;;529;1025;1118
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;;;;;;;531;1026;1150
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;;;;;;;542;1109;1159
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;;;;;;;544;1179;1306
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;;;;;;;544;1216;1308
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;;;;;;;544;1240;1313
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;;;;;;;555;1261;1354
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;;;;;;;570;1325;1392
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;;;;;;;582;1326;1395
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;;;;;;;586;1356;1464
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;;;;;;;586;1367;1477
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;;;;;;;588;1499;1509
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;;;;;;;600;1539;1520
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;;;;;;;607;1545;1541
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;;;;;;;611;1602;1606
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;;;;;;;653;1762;1607
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;;;;;;;659;1819;1637
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;;;;;;;;;;;667;1830;1682
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;;;;;;;;;;;667;1874;1704
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;;;;;;;;;;;667;1910;1786
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;;;;;;;;;;;668;3012;1787
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;;;;;;;;;;;678;;1805
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;692;;1826
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;701;;1845
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;705;;1960
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;713;;2089
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;;;;;;;;;;;731;;2940
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;;;;;;;760;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;;;;;;;782;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;;;;;;;782;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;789;;

rpl autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rpl autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
fin;comp;CDS;430965;432767;;0;
deb;;CDS;473867;474352;928;*;
;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
fin;comp;CDS;475398;475883;;;
deb;;CDS;506934;508007;183;*;
;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
deb;comp;CDS;612439;612639;143;*;
;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
deb;comp;CDS;656226;656870;296;*;
;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
fin;;CDS;777234;777863;;;
deb;;CDS;779197;780348;140;*;
;;tRNA;780489;780573;37;*;cta
fin;;CDS;780611;781075;;0;
deb;comp;CDS;786459;787982;143;*;
;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
fin;comp;CDS;856124;856357;;0;
deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
deb;;CDS;953564;954742;696;*;
;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
fin;comp;CDS;956429;957373;;;
deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*;
;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;

Intergen51. rpl. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

rpm[modifier | modifier le wikicode]

rpm opérons[modifier | modifier le wikicode]

;20   m23s;17  m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s  7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
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comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
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<>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
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;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
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comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
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comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
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;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
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;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
>;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
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;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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>comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
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;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
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;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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<comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
<;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
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;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
>;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
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comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
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;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
>;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
< comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
<;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
<comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*

rpm cumuls[modifier | modifier le wikicode]

rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71

rpm blocs[modifier | modifier le wikicode]

rpm blocs protéines[modifier | modifier le wikicode]

23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein

rpm blocs construits[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rpm blocs construits
  • Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
    - * jaune, ffff00
    - $ orange, ff6600
    - ? cyan, 66ffff
    - § vert, 99ff33
    - & bleu, 00ccff
    - ( gris, dddddd
    - enlever le gras, et surligne.
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;>;2768823..2769518;;cds;-12;232;&methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;;b8;;<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;>;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
<>;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;<u>1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;<u>1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;<u>1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
>;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
<;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
<;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
<comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;

rpm distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;

rpm données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rpm données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;sup400;sup600;sup600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;effectif;;long;long
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;rpm;fx;fc;fx;fc
;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;799;1771;601;627
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;68;;24;atgj;410;7;4;602;650
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;16s tRNA;;**;atgj;420;5;9;603;650
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;116;atc;25;gtg;430;10;3;603;661
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;tRNA 23s;;**;gtg;440;3;4;613;680
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;240;atc;35;cgt;450;7;2;620;683
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;243;atc;44;cgt;460;4;1;623;694
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;16s CDS;;5s tRNA;;**;cgt;470;0;0;624;701
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;-3;;51;atgf;23;ggc;480;4;3;624;707
2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;;;51;atgf;45;ggc;490;2;1;642;753
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;;;52;atgf;29;ggc;500;7;4;644;786
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;;;52;atgf;**;ggc;510;1;2;644;806
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;CDS-CDS;inf 50;51;atgf;54;cag;520;3;0;655;826
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;intercalaire;;;;**;cag;530;1;4;662;833
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;c-;x-;;;16;acc;540;3;2;677;849
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;-119;-118;;;18;acc;550;1;1;703;857
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;-115;-104;;;**;acc;560;1;2;704;910
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;-113;-103;;;37;gac;570;1;0;717;939
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;-110;-102;;;**;gac;580;2;4;718;1018
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;-104;-98;;;34;gga;590;3;1;722;1061
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;-100;-88;;;**;tac;600;2;2;759;1107
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;-95;-78;;;24;aag;610;4;0;762;1118
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;-95;-77;;;**;aag;620;2;0;764;1147
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;-94;-74;;;165;ccg;630;3;1;802;1675
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;-89;-68;;;**;ccg;640;0;0;808;1722
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;-85;-67;;;70;gcc;650;3;2;808;1735
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;-83;-64;;;69;gcc;660;1;0;845;2454
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;-82;-64;;;57;gcc;670;1;1;861;
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;-82;-64;;;**;gcc;680;1;1;890;
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;-79;-63;;;117;cca;690;0;1;900;
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;-77;-62;;;373;atgi;700;0;1;956;
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;-77;;;;157;gca;710;2;2;1007;
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;-76;;;;**;aca;720;2;0;1015;
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;-74;;;;29;ttc;730;1;0;1021;
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;-74;;;;34;ttc;740;0;0;1038;
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;-74;;;;33;ttc;750;0;0;1065;
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;-73;;;;**;ttc;760;1;1;1096;
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;-71;;;;27;tgc;770;2;0;1313;
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;-70;;;;31;aac;780;0;0;1320;
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;-67;;;;**;aac;790;0;1;1666;
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;-65;;;;70;gcg;800;0;0;;
4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;-64;;;;33;gcg;;17;16;;
35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;-62;;;;**;gcg;;;;;
31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;-59;;;;214;gaa;;;;;
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;-58;;;;**;gaa;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;15;55;-55;;;;47;ctg;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;-52;;;;153;ctg;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;;48;ctg;;;;;
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;total;intercalaires;;;47;ctg;;;;;
;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;461,433;;;**;ctg;;;;;
;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;ADN long;3,876,289;;;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;%;11.9;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;113;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;non RNA;92;;;;;;;;;

rpm autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rpm autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;rpm;;;;
deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
;comp;tRNA;51436;51512;129;atc
;comp;misc_f;51642;51774;62;
;comp;misc_f;51837;51932;84;
;;misc_f;52017;52217;76;
;;misc_f;52294;52918;69;
fin;;CDS;52988;53464;;
deb;;CDS;53428;53694;87;
;comp;misc_f;53782;53921;72;
;comp;misc_f;53994;54619;90;
;;misc_f;54710;54881;129;
;;tRNA;55011;55087;289;atc
;;misc_f;55377;55746;433;
fin;;CDS;56180;56440;;
deb;comp;CDS;82891;83088;116;
;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg
fin;comp;CDS;83480;84178;;
deb;;CDS;417242;417412;142;
;;tRNA;417555;417631;24;atgj
;;tRNA;417656;417732;38;atgj
fin;comp;CDS;417771;418820;;
deb;;CDS;434306;435142;672;
;;misc_f;435815;436065;82;
;;rRNA;436148;436262;51;115
;;tRNA;436314;436390;196;atgf
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deb;comp;CDS;3034652;3035092;250;
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;comp;tRNA;3307238;3307313;60;ttc
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;;tRNA;3816034;3816109;220;atgi
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;;tRNA;3833576;3833662;47;ctg
;;tRNA;3833710;3833796;153;ctg
;;tRNA;3833950;3834036;48;ctg
;;tRNA;3834085;3834171;47;ctg
;;tRNA;3834219;3834305;113;ctg
fin;;CDS;3834419;3835039;;

Intergen51. rpm. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

rpm remarques[modifier | modifier le wikicode]

rpm remarques texte[modifier | modifier le wikicode]
rpm listes[modifier | modifier le wikicode]
alpha codes[modifier | modifier le wikicode]
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;5/2;acg;1;aag;3;agg;1;;atg;3/1;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
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tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
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gamma codes[modifier | modifier le wikicode]
19/01/20;Paris;;;;;;
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;;;;;;;
indices;;;;;;;
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gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
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ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74

rru[modifier | modifier le wikicode]

rru opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s  4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
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;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*

rru cumuls[modifier | modifier le wikicode]

rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69

rru blocs[modifier | modifier le wikicode]

rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;

rru distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;

rru données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rru données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400;Sup 500;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;rru;long;long;long;long
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;402;404;502;624
;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;2* 119;;202;gcc;403;405;505;627
;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999;118;;**;gcc;405;405;509;657
1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;116;;81;tgc;408;405;510;659
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;16s tRNA;atc;**;aac;408;407;527;662
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;;;180;;27;gga;409;408;529;663
;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;;;178;;**;tac;411;409;530;682
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;;;180;;165;acc;412;410;531;686
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;;;180;;**;acc;412;413;537;702
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;;;tRNA 23s;gca;;;413;413;539;734
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;;;347;;;;415;414;542;769
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;;;346;;;;415;414;543;771
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;;;347;;;;421;415;546;787
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;;;347;;;;424;416;547;788
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;;;5s tRNA;;;;425;417;548;802
2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;;;96;atgf;;;426;420;550;866
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;;;95;atgf;;;429;421;566;881
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;;;95;atgf;;;430;421;577;954
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;;;tRNA tRNA;intra;;;437;427;578;1469
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;;;4*66;atc gca;;;441;432;579;
;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;;;;;;;442;438;592;
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;;;;;;;442;438;592;
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;;;CDS-CDS;inf 50;;;443;443;604;
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;;;intercalaire;;;;445;444;622;
1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;;;c-;x-;;;446;446;625;
;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;;;-137;-122;;;447;446;628;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;;;-73;-120;;;452;447;631;
1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;;;-68;-106;;;455;448;633;
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;;;-65;-104;;;460;448;636;
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;;;-64;-104;;;463;450;636;
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;;;-62;-70;;;464;451;637;
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;;;-61;-59;;;465;452;639;
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;;;-59;-58;;;470;464;650;
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;;;-53;-55;;;474;479;652;
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;-52;;;;475;479;656;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;-52;;;;486;484;669;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;total;intercalaires;;;491;485;675;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;;461,427;;;496;488;697;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;ADN long;4,352,825;;;498;491;732;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;%;10.6;;;;500;739;
1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;;;;;;502;755;
1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;;non RNA;49;;;;505;767;
35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;;;;;;;510;777;
34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;;;;;;;515;777;
1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;;;;;;;534;785;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;;;;;;543;873;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;;;;;;552;884;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;;;;;;559;885;
;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;;;;;;;574;929;
;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;;;;;;;580;938;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;;;;;;585;995;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;;;;;;;;

rru autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: rru autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;rru;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16232;16852;163;*;
;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg
fin;;CDS;17356;18378;;0;
deb;;CDS;117072;117287;37;*;
;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg
fin;;CDS;117701;123022;;;
deb;comp;CDS;149921;151093;147;*;
;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg
fin;comp;CDS;151454;152929;;0;
deb;;CDS;189941;191668;841;*;
;;rRNA;192510;194008;180;*;1477
;;tRNA;194189;194265;66;*;atc
;;tRNA;194332;194407;347;*;gca
;;rRNA;194755;197527;119;*;2758
;;rRNA;197647;197761;96;*;115
;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf
deb;comp;CDS;198222;198455;222;*;
;;rpr;198678;199866;145;*;
fin;comp;CDS;200012;200305;;;
deb;comp;CDS;211593;213335;261;*;
;;rpr;213597;214174;128;*;
fin;comp;CDS;214303;215160;;;
deb;comp;CDS;305449;306648;257;*;
;;tRNA;306906;306979;319;*;cag
fin;comp;CDS;307299;308303;;;
deb;comp;CDS;322896;323693;406;*;
;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa
fin;comp;CDS;324273;325601;;;
deb;;CDS;362552;362881;224;*;
;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc
;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc
fin;comp;CDS;363503;364531;;;
deb;;CDS;407067;407606;92;*;
;;tRNA;407699;407790;141;*;agc
fin;;CDS;407932;408774;;0;
deb;;CDS;419952;420275;57;*;
;;rpr;420333;422803;228;*;
fin;comp;CDS;423032;423388;;0;
deb;;CDS;466945;467925;115;*;
;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta
fin;comp;CDS;468210;468458;;;
deb;;CDS;529650;529988;67;*;
;;rpr;530056;530553;180;*;
fin;comp;CDS;530734;534255;;0;
deb;comp;CDS;536858;537154;111;*;
;;regulatory;537266;537472;38;*;
fin;;CDS;537511;538188;;;
deb;comp;CDS;559038;559457;239;*;
;;tRNA;559697;559772;170;*;aag
fin;;CDS;559943;560608;;0;
deb;;CDS;571949;572881;20;*;
;;regulatory;572902;573134;194;*;
fin;;CDS;573329;575266;;;
deb;comp;CDS;794877;795188;217;*;
;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc
fin;;CDS;795583;795846;;;
deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*;
;;rRNA;911379;912878;178;*;1477
;;tRNA;913057;913133;66;*;atc
;;tRNA;913200;913275;346;*;gca
;;rRNA;913622;916394;118;*;2758
;;rRNA;916513;916627;95;*;115
;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf
fin;;CDS;917538;921860;;0;
deb;;CDS;988887;989177;204;*;
;;rpr;989382;991847;533;*;
fin;comp;CDS;992381;992809;;;
deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*;
;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*;
fin;comp;CDS;1145882;1146607;;;
deb;;CDS;1159249;1160091;71;*;
;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag
fin;;CDS;1160356;1160613;;0;
deb;;CDS;1339162;1340364;168;*;
;;regulatory;1340533;1340749;238;*;
fin;;CDS;1340988;1342007;;;
deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*;
;;rpr;1363865;1364439;208;*;
fin;comp;CDS;1364648;1365022;;;
deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*;
;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg
fin;comp;CDS;1465635;1466303;;;
deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*;
;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*;
fin;;CDS;1502001;1504436;;;
deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*;
;;rpr;1580591;1581961;284;*;
fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0;
deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*;
;;rpr;1694053;1695967;193;*;
fin;comp;CDS;1696161;1697498;;;
deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*;
;;regulatory;1707586;1707782;93;*;
fin;;CDS;1707876;1709765;;;
deb;;CDS;1791953;1792159;116;*;
;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa
fin;comp;CDS;1792483;1792689;;;
deb;;CDS;1824299;1825738;98;*;
;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta
fin;;CDS;1826072;1827415;;;
deb;;CDS;1833133;1833408;284;*;
;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta
fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0;
deb;;CDS;1933548;1934138;85;*;
;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca
deb;;CDS;1934364;1934663;12;*;
;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga
fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0;
deb;;CDS;1959133;1959858;175;*;
;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc
fin;;CDS;1960326;1960439;;;
deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*;
;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca
fin;;CDS;1998595;2002550;;0;
deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*;
;;regulatory;2009119;2009340;129;*;
fin;;CDS;2009470;2011794;;;
deb;;CDS;2031997;2032863;123;*;
;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa
fin;comp;CDS;2033249;2033809;;;
deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*;
;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc
;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac
fin;;CDS;2094653;2094916;;;
deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*;
;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc
fin;;CDS;2306189;2306839;;;
deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*;
;;regulatory;2319857;2319989;73;*;
fin;;CDS;2320063;2321928;;;
deb;;CDS;2331183;2331521;73;*;
;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj
fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0;
deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*;
;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac
fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0;
deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*;
;;regulatory;2551172;2551329;147;*;
fin;;CDS;2551477;2552121;;0;
deb;;CDS;2559473;2560621;36;*;
;;tmRNA;2560658;2560994;131;*;
fin;;CDS;2561126;2561716;;;
deb;;CDS;2667051;2667758;354;*;
;;rpr;2668113;2669657;204;*;
fin;comp;CDS;2669862;2670212;;;
deb;;CDS;2714978;2715835;129;*;
;;rpr;2715965;2716300;262;*;
fin;;CDS;2716563;2717564;;0;
deb;;CDS;2729598;2731271;449;*;
;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf
;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115
;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758
;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca
;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc
;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477
fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0;
deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*;
;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc
fin;;CDS;2962475;2963359;;;
deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*;
;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg
deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*;
;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga
;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac
deb;;CDS;3127241;3128158;57;*;
;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca
fin;;CDS;3128419;3128652;;;
deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*;
;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc
fin;comp;CDS;3195117;3195512;;;
deb;;CDS;3320745;3322115;90;*;
;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi
fin;comp;CDS;3322342;3324432;;;
deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*;
;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc
;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc
deb;;CDS;3378807;3379370;234;*;
;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac
fin;comp;CDS;3379759;3380517;;;
deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*;
;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg
fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0;
deb;;CDS;3490378;3491148;84;*;
;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg
fin;;CDS;3491715;3492080;;;
deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*;
;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*;
;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*;
fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0;
deb;;CDS;3523910;3524125;371;*;
;;rpr;3524497;3525372;79;*;
fin;comp;CDS;3525452;3526372;;;
deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*;
;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*;
fin;;CDS;3707518;3707919;;;
deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*;
;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg
fin;comp;CDS;3720086;3720859;;;
deb;;CDS;3805869;3806813;130;*;
;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115
;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758
;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca
;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc
;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477
fin;;CDS;3813192;3814118;;;
deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*;
;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt
fin;;CDS;3826395;3827531;;0;
deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*;
;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*;
fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0;
deb;;CDS;4021982;4023163;27;*;
;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg
fin;;CDS;4023502;4023855;;0;
deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*;
;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg
fin;comp;CDS;4059560;4060126;;;
deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*;
;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg
fin;;CDS;4108262;4108843;;0;
deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*;
;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc
fin;;CDS;4262501;4263136;;;

Intergen51. rru. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

rru intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0
total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1
diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0
 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609

oan[modifier | modifier le wikicode]

oan opérons[modifier | modifier le wikicode]

;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s  4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;*
;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;*
comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;*
comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;*
comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;*
;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;*
;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;*
comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;*
comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;*
;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;*
comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;*
comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;*
comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;*
comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;*
comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;*
;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;*
;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;*
;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;*
;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;*
;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;*
comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;*
;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;*
;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;*
;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;*
;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;*
;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;*
comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;*
comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;*
;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;*
comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;*
comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;*
comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;*
comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;*
;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
>;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
<comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
>comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
>comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
<;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*

oan cumuls[modifier | modifier le wikicode]

oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81

oan blocs[modifier | modifier le wikicode]

oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
  • Détails
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;

oan distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;

oan1 données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: oan1 données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;oan1;Sup 400;Sup 400;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long;long
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fx;fc;fc
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;502;406;505
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;2* 194;;146;gaa;402;503;406;507
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;;;16s tRNA;;**;gaa;403;507;407;508
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;;;2*273;atc;24;tac;403;509;409;516
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;;;tRNA 23s;;**;gga;403;510;410;516
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;;;2* 270;gca;245;gac;404;522;413;535
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;;;5s tRNA;;**;gac;409;528;415;536
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;;;2* 54;atgf;;;411;563;415;539
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;;;tRNA tRNA;intra;;;411;564;419;542
1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;;;2* 11;atc gca;;;412;565;420;551
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;;;;;;;413;566;426;552
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;;;;;;;413;571;427;557
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;;;;;;;413;598;427;559
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;;;;;;;413;598;429;568
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;;;;;;;418;603;431;570
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;;;;;;;424;626;432;572
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;;CDS-CDS;inf 50;;;;428;631;434;577
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;;intercalaire;;;;;428;633;435;601
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;;c-;x-;;;;437;641;437;601
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;-86;-102;;;;444;652;437;605
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;-77;-91;;;;448;697;438;623
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;-68;-58;;;;451;700;442;625
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;-65;;;;;452;745;454;625
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;total;intercalaires;;;;452;790;458;636
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;364,228;;;;454;800;459;641
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;ADN long;2,887,297;;;;456;834;460;647
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;%;12.6;;;;457;840;460;657
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;;;;;458;858;462;676
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;non RNA;20;;;;461;965;483;690
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;;;;;461;992;485;702
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;;;;;468;1172;496;717
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;;;;;469;;;728
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;;;;;469;;;740
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;;;;;475;;;742
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;;;;;476;;;803
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;;;;;477;;;895
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;;;;;478;;;957
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;;;;;483;;;1073
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;;;;;490;;;1871
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;;;;;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;;;;;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;;;;;;;;;
26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;;;;;;;;;
20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;;;;;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;
;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;;;;;;;;

oan1 autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: oan1 autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj   f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj   f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj  j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj  j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj   f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;

Intergen51. oan1. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

oan2 données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: oan2 données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;oan2;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;fx;fc
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;23s 5s;;401;402
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;2* 194;;403;416
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;;;16s tRNA;;403;422
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;;;2* 273;atc;411;424
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;;;tRNA 23s;;425;441
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;;;2* 270;gca;425;441
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;;;5s tRNA;;428;455
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;;;2* 54;atgf;435;458
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;;;tRNA tRNA;intra;437;461
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;;;2* 11;atc gca;440;484
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;;;;;441;496
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;;;;;447;501
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;;;459;510
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;;;463;515
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;CDS-CDS;inf 50;;468;518
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;intercalaire;;;477;522
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;c-;x-;;482;538
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;-86;-71;;487;552
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;-58;-56;;491;583
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;;;504;590
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;total;intercalaires;;513;602
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;199,249;;526;608
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;ADN long;1,895,911;;541;668
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;%;10.5;;559;680
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;;;570;703
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;non RNA;10;;581;817
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;;;609;820
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;;;635;833
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;;;648;1008
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;;;674;1500
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;;;677;1560
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;;;683;1629
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;;;719;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;;;742;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;;;789;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;821;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;;;958;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;;;1333;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;1377;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;;;1801;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;;;;

oan2 autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: oan2 autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
deb;;CDS;1067405;1068742;131;*;
;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
fin;;CDS;1218024;1218500;;;
deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*;
;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
fin;;CDS;1275426;1275572;;;
deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*;
;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
fin;;CDS;1328998;1329948;;;
deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*;
;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
fin;;CDS;1334226;1337393;;;
deb;;CDS;1473437;1474405;269;*;
;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;

Intergen51. oan2. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

abq[modifier | modifier le wikicode]

abq opérons[modifier | modifier le wikicode]

;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s  9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;*
;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;*
;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
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comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
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comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;*
;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;*
comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
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comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;*
;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;*
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plasmide2;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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plasmide4;;;;;;;;;;;;*
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;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;*
;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
>comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
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comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
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;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
<comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
>;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*

abq cumuls[modifier | modifier le wikicode]

abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71

abq blocs[modifier | modifier le wikicode]

abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;

abq distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;

abq données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abq données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;abq;CDS-CDS;sup400;sup500;sup500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long;long
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;401;502;502
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;496;779;2* 134;;206;ccg;402;404;508;506
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;5s CDS;;16s tRNA;;**;ccg;403;408;510;508
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;236;187;2* 114;atc;60;tac;405;411;511;513
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;;;tRNA 23s;;**;gga;409;415;512;514
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;;;267;gca;76;aag;410;420;515;516
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;;;256;gca;**;aag;410;422;518;530
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;;;tRNA tRNA;intra;38;gag;413;428;518;536
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;;;2* 30;atc gca;**;gag;414;428;525;546
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;;;;;132;gtg;417;429;527;559
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;;;;;**;gtg;417;430;534;560
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;;;;;220;aac;417;435;536;562
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;;;;;**;tgc;420;438;537;569
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;;;;;164;gac;420;441;538;573
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;;;;;**;gta;421;444;542;618
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;;;;;109;cac;421;455;543;622
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;;;;;**;cac;425;457;549;656
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;;;;;;;426;457;550;674
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;;CDS-CDS;inf 50;;;;429;462;552;677
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;;intercalaire;;;;;438;463;552;680
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;;c-;x-;;;;439;464;553;684
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;;-113;-102;;;;439;470;561;703
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;;-110;-99;;;;440;475;570;742
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;;-77;-77;;;;442;479;583;981
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;-77;-77;;;;448;482;591;1022
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;-77;-65;;;;448;483;593;1052
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;-56;;;;;456;484;595;1402
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;-52;;;;;458;488;614;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;total;intercalaires;;;;479;498;615;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;356,439;;;;480;500;619;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;ADN long;3,064,393;;;;482;;627;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;%;11.6;;;;488;;644;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;;;;;488;;648;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;non RNA;20;;;;490;;668;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;;;;;494;;673;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;;;;;498;;692;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;;;;;499;;750;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;;;;;;;;;;;753;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;;;;;;;;;;;758;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;;;;;;;;;;;804;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;;;;;;;;;;;843;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;865;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;;;;;;;;;;;892;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;;;;;;;896;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;1188;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;;;;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;;;;;;;;

abq autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abq autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;

Intergen51. abq. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

abqp données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abqp données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;abqp;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;402;401
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;444;734;269;;29;ctg;414;406
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;;472;23s 5s;;**;gcc;415;416
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;;643;2* 134;;4;aac;426;424
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;5s CDS;;133;;**;gac;427;430
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;;193;16s tRNA;atc;1;acc;435;434
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;23s CDS;;2* 114;;99;gcg;441;441
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;;151;100;;44;gac;453;446
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;;;tRNA 23s;gca;1;gtc;458;448
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;;;2* 256;;**;cag;463;448
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;;;255;;;;467;454
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;;;5s tRNA;;;;471;455
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;;;2* 96;atgf;;;472;471
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;;;tRNA tRNA;intra;;;480;473
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;;;3* 30;atc gca;;;483;477
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;;;;;;;483;488
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;;;;;;;;;488;502
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;;;;;;;;;502;507
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;;;;;;;;522;516
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;;;;;;;;538;519
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;;;;;;;;;542;520
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;549;528
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;;intercalaire;;;;;;;562;528
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;;c-;x-;;;;;;564;534
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;;-112;-101;;;;;;569;545
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;;-85;-95;;;;;;570;551
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;;-85;-78;;;;;;575;559
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;-77;-76;;;;;;577;572
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;-62;-70;;;;;;578;583
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;-62;-60;;;;;;598;586
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;-53;;;;;;;640;600
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;;;;;652;607
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;total;intercalaires;;;;;;659;618
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;217409;;;;;;682;646
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;ADN long;1901707;;;;;;684;648
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;%;11.4;;;;;;732;712
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;;;;;789;783
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;non RNA;12;;;;;;803;785
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;;;;;918;786
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;;;;;998;798
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;;;;;1011;816
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;;;;;1093;819
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;;;;;1135;1229
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;;;;;;1456
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;1965
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;1978
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;;;;;;

abqp autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abqp autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;

Intergen51. abqp. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

abs[modifier | modifier le wikicode]

abs opérons[modifier | modifier le wikicode]

;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s  5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
<comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
>comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
>;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*

abs cumuls[modifier | modifier le wikicode]

abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72

abs blocs[modifier | modifier le wikicode]

abs blocs abrégé[modifier | modifier le wikicode]
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic  P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
abs blocs tableau[modifier | modifier le wikicode]
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
abs abq blocs[modifier | modifier le wikicode]
  • Lien tableau: abs abq blocs
  • Note: attention pour les couleurs de & (EAL & GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;*    CHA1;;*  comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;*    CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;*  hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;*  modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;*  déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;*   ;;*   d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;*   recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;*  insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;*  bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;*  comp;;*  réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;94571..96262;cds;;564;@hp;*  hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
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;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*    
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
;540147..540262;$5s;153;§116;;*;;;;;;;;;;*
comp;540416..542290;cds;;625;GGDEF dom;*;;;;comp;163237..164982;cds;175;582;@Hase HypA;*
;;;;;;;;;;;165158..165234;agg;59;;;*
;;;;;;;;;;;165294..166022;cds;;243;SDR fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;600048..601079;cds;79;344;@Tyr rec/int;*    comp;;;;comp;188235..189860;cds;42;542;@glycosyl;*    CHB
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;;;;;;*  CHB;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;864668..864757;tcg;79;;;*;;;;;458669..458758;tcg;63;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
;2233677..2234435;cds;92;253;@hp;*    recomb;;;;comp;496776..497171;cds;162;132;cupin dom;*    CHC
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;;;;;;*;;;;comp;615937..616350;cds;121;138;hp;*
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;2293805..2293881;cgt;137;;;*;;;;comp;616755..616831;?ccg;109;;;*
;2294019..2294495;cds;5;159;GNAT fam;*;;;;comp;616941..617957;cds;;339;farnesyl;*
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;;;;;;*;;;;comp;749200..749275;aca;91;;;*
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;;;;;;*;;;;;752011..752086;tgg;69;;;*
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;;;;;;*;;;;;931962..933011;cds;68;350;@low Thr;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;comp;1732069..1733634;cds;106;522;malonyl CoA;*
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;1505151..1505235;cta;91;;;*;;;;;1996903..1997244;cds;595;114;@hp;*
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;;;;;;*;;;;comp;1998046..1999179;cds;;378;tRNA MnmA;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;cds;123;601;p-ssDNA exo;*;;;;comp;2303404..2303880;cds;414;159;@bacteriofer;*
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;1659831..1660671;cds;;280;ak reductase;*;;;;comp;2304784..2305029;cds;;82;hp;*
plasmide1;;;;;;;;;;plasmide1;;;;;;
comp;197300..198643;cds;738;448;peptido fam;*   PL4;;;;>comp;115594..115896;cds;394;101;@p-IS5/IS1182;*   PL1A
;199382..199953;&16s°;193;§572;;*   déplacé;;;;comp;116291..116367;atgf;96;;;*
;200147..200223;atgf;437;;;*;;;;comp;116464..116579;$5s;129;§116;;*
comp;200661..202571;cds;;637;@PAS kinase;*  déplacé;;;;comp;116709..119461;$23s;255;§2753;;* 
;;;;;;;;;;comp;119717..119792;gca;30;;;*
;;;;;;;;;;comp;119823..119899;atc;108;;;*
;;;;;;;;;;comp;120008..121498;$16s;740;§1491;;*
;;;;;;;;;;;122239..123597;cds;;453;peptido fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;909530..909766;cds;153;79;@hp;*hp caracter;;;;comp;217550..218176;cds;123;209;ribonucleaseD;*   PL1B
comp;909920..910035;$5s;127;§116;;*;;;;comp;218300..218386;ctg;228;;;*
comp;910163..912915;$23s;271;§2753;;*;;;;;218615..219604;cds;;330;NDUFA9;*
comp;913187..913262;gca;30;;;*    PL1B;;;;;;;;;;*
comp;913293..913369;atc;110;;;*;;;;comp;300477..301733;cds;472;419;exo SbcD;*
comp;913480..914970;$16s;486;§1491;;*;;;;;302206..303696;$16s;108;§1491;;*
;915457..916713;cds;;419;exo SbcD;*;;;;;303805..303881;atc;30;;;*
;;;;;;*;;;;;303912..303987;gca;255;;;*
comp;998160..999149;cds;229;330;NDUFA9;*;;;;;304243..306995;$23s;129;§2753;;*
;999379..999465;ctg;123;;;*;;;;;307125..307240;$5s;96;§116;;*
;999589..1000215;cds;;209;ribonucleaseD;*;;;;;307337..307413;atgf;161;;;*
;;;;;;;;;;<comp;307575..307805;cds;;77;@p-ATP-bind;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;198109..199200;cds;84;364;@Tyr rec/int;*   comp;;;;comp;466493..467710;cds;231;406;@ss integrase;*   PL1C
comp;199285..199360;aaa;135;;;*;;;;comp;467942..468031;tca;205;;;*
comp;199496..200044;cds;;183;pantetheine;*    PL1C;;;;comp;468237..468809;cds;;191;hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;243776..244348;cds;205;191;hp;*;;;;;512242..512790;cds;136;183;pantetheine;*
;244554..244643;tca;143;;;*;;;;;512927..513002;aaa;209;;;*
;244787..245683;cds;;299;@diG cyclase;*   recomb;;;;;513212..514036;cds;;275;@DUF3618;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;cds;301;274;hp;*   PL1D;;;;;931813..933912;cds;79;700;@membrane p;*   PL1D
comp;1400132..1400206;caa;79;;;*;;;;;933992..934066;caa;382;;;*
comp;1400286..1402379;cds;;698;@hp;*hp caracter;;;;comp;934449..935270;cds;;274;hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;cds;200;343;Ppx/GppA;*   PL1E;;;;comp;948715..949743;cds;199;343;Ppx/GppA;*   PL1E
;365702..365775;cag;746;;;*;;;;;949943..950016;cag;246;;;*
;366522..367214;cds;;231;@FadR fam;*  comp;;;;comp;950263..950829;cds;;189;@IS3 fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;cds;453;709;@PAS S-box;*   recomb;;;;>;971260..971532;cds;493;91;@P-hp;*   PL1F
;1397194..1397287;agc;52;;;*  PL1F;;;;comp;972026..972119;agc;197;;;*
comp;1397340..1397858;cds;;173;@Tyr rec/int;*   recomb;;;;;972317..972550;cds;;78;@hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1098197..1098655;cds;675;153;MarR fam;*   PL1G;;;;comp;1302373..1303350;cds;166;326;fucosyl;*   PL1G
;1099331..1100821;$16s;107;§1491;;*;;;;comp;1303517..1303592;ttc;98;;;*
;1100929..1101005;@atc;31;;;*  insertion;;;;comp;1303691..1303876;cds;;62;gyrase YacG;*
;1101037..1101112;@gca;271;;;*;;;;;;;;;;*
;1101384..1104136;$23s;147;§2753;;*;;;;;1349823..1350929;cds;145;369;GNAT fam;*
comp;1104284..1105390;cds;;369;GNAT fam;*;;;;comp;1351075..1353828;$23s;262;§2754;;*
;;;;;;*;;;;comp;1354091..1355591;$16s;676;§1501;;*
;1157171..1157356;cds;98;62;gyrase YacG;*;;;;;1356268..1356726;cds;;153;MarR fam;*
;1157455..1157530;ttc;178;;;*;;;;;;;;;;*
;1157709..1158686;cds;;326;fucosyl;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;629856..631229;cds;154;458;tetratricopep;*   PL1H;;;;comp;1441708..1443066;cds;153;453;hp;*   PL1H
;631384..631458;acc;1;;;*;;;;;1443220..1443294;acc;1;;;*
;631460..631535;gcg;99;;;*;;;;;1443296..1443371;gcg;99;;;*
;631635..631711;gac;35;;;*;;;;;1443471..1443547;gac;44;;;*
;631747..631821;gtc;1;;;*;;;;;1443592..1443666;gtc;1;;;*
;631823..631896;cag;153;;;*;;;;;1443668..1443741;cag;137;;;*
;632050..632259;cds;;70;@hp;*   comp;;;;comp;1443879..1446428;cds;;850;@dip ABC;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;1577667..1578095;cds;457;143;DUF1489;*   PL1I;;;;;1566394..1566612;cds;193;73;@hp;*   PL1I
;1578553..1580043;$16s;110;§1491;@ ;*  bloc?;;;;comp;1566806..1566921;$5s;128;§116;;*
;1580154..1580230;atc;31;;;*;;;;comp;1567050..1569802;$23s;254;§2753;;*
;1580262..1580337;gca;269;;;*;;;;comp;1570057..1570132;gca;30;;;*
;1580607..1581986;&23s°;100;§1380;;*  réunion;;;;comp;1570163..1570239;atc;94;;;*
;1582087..1582616;&23s°;123;§530;;*;;;;comp;1570334..1571834;$16s;444;§1501;@ ;*
;1582740..1582855;$5s;100;§116;;*;;;;comp;1572279..1572707;cds;;143;DUF1489;*
;1582956..1583032;atgf;706;;;*  d’où?;;;;;;;;;;
;1583739..1585157;cds;;473;@pyruvate kin;*  comp;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;338004..339383;cds;116;460;hp;*   PL1J;;;;;1723583..1724962;cds;94;460;hp;*   PL1J
comp;339500..339586;ctc;257;;;*;;;;comp;1725057..1725143;ctc;475;;;*
comp;339844..340836;cds;;331;@ab hydrolase;*  comp;;;;;1725619..1726311;cds;;231;FadR fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;474173..477079;cds;298;969;PAS dom;*   PL1K;;;;;1757680..1760568;cds;308;963;PAS dom;*   PL1K
;477378..477464;ctg;30;;;*;;;;;1760877..1760963;ctg;29;;;*
;477495..477570;gcc;238;;;*;;;;;1760993..1761068;gcc;247;;;*
;477809..478123;cds;;105;@hp;*  comp;;;;comp;1761316..1761840;cds;;175;@Hx-t-Hx;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;599223..600230;cds;245;336;inorganic  P;*;;;;;1854042..1855049;cds;135;336;inorganic  P;*
comp;600476..600550;ggc;351;;;*;;;;comp;1855185..1855259;ggc;243;;;*
;600902..602071;cds;;390;@AG cyclase;*   recomb;;;;;1855503..1858685;cds;;1061;@AAA fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
>comp;699265..699846;cds;210;194;p-hp;*   PL1L;;;;>comp;1883235..1883816;cds;210;194;P-hp;*   PL1L
;700057..700132;aac;4;;;*;;;;;1884027..1884102;aac;4;;;*
;700137..700213;gac;32;;;*;;;;;1884107..1884183;gac;32;;;*
comp;700246..700851;cds;;202;hp;*;;;;comp;1884216..1884821;cds;;202;hp;*
plasmide2;;;;;;*;;;;plasmide2;;;;;;*
;271302..272090;cds;529;263;@ATP bind;*  comp;;;;comp;51090..51836;cds;481;249;sigma-70 fam;*
;272620..272695;tgg;480;;;*;;;;comp;52318..52393;tgg;363;;;*
;273176..273922;cds;;249;sigma-70 fam;*;;;;;52757..53587;cds;;277;@hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;449562..450338;cds;465;259;@IclR fam;*    modif;;;;comp;809229..810019;cds;870;264;@IS5 fam;*
;450804..452289;$16s;584;§1486;;*;;;;comp;810890..810966;atgf;96;;;*
;452874..453640;&23s°;128;§767;;*;;;;comp;811063..811178;$5s;127;§116;;*
;453769..453884;$5s;101;§116;;*;;;;comp;811306..814058;$23s;266;§2753;;*
;453986..454062;atgf;359;;;*;;;;comp;814325..814400;gca;30;;;*
comp;454422..457751;cds;;1110;@NERD dom;*  comp;;;;comp;814431..814507;atc;108;;;*
;;;;;;;;;;comp;814616..816106;$16s;452;§1491;;*
;;;;;;;;;;comp;816559..817443;cds;;295;@Hx-t-Hx dom;*
plasmide4;;;;;;;;;;plasmide4;;;;;;*
;2176963..2177427;cds;107;155;@membrane p;*    comp;;;;;196992..199346;cds;148;785;mecano ion;*   PL4A
comp;2177535..2177610;gcc;30;;;*  ;;;;;199495..199581;ctg;30;;;*
comp;2177641..2177727;ctg;135;;;*  CH;;;;;199612..199687;gcc;188;;;*
comp;2177863..2180208;cds;;782;mecano ion;*;;;;;199876..201333;cds;;486;@hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;cds;208;637;@polymerase;*   recomb;;;;;237538..238578;cds;92;347;@response reg;*  PL4B
comp;248896..248972;cgg;96;;;*;;;;comp;238671..238747;cgg;96;;;*
comp;249069..249983;cds;;305;ab hydrolase;*  PL4B;;;;comp;238844..239821;cds;;326;ab hydrolase;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;319641..319943;cds;134;101;STAS dom;*;;;;comp;257739..258470;cds;125;244;lipoyl LipB;*
comp;320078..320164;ctc;125;;;*;;;;;258596..258682;ctc;123;;;*
;320290..321018;cds;;243;lipoyl LipB;*;;;;comp;258806..259108;cds;;101;STAS dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;cds;281;387;PQQ;*;;;;comp;399367..400527;cds;278;387;PQQ;*
comp;402509..402624;$5s;129;§116;;*;;;;comp;400806..400921;$5s;129;§116;;*
comp;402754..403402;&23s°;106;§649;;*;;;;comp;401051..403803;$23s;255;§2753;;*
comp;403509..403880;&16s°;502;§372;;*;;;;comp;404059..404134;gca;30;;;*
comp;404383..404577;cds;;65;hp;*;;;;comp;404165..404241;atc;108;;;*
;;;;;;*;;;;comp;404350..405850;$16s;502;§1501;;*
;501394..501756;cds;95;121;response reg;*;;;;comp;406353..406547;cds;;65;hp;*
;501852..501927;aac;4;;;*;;;;;;;;;;*
;501932..502008;gac;4;;;*;;;;;504531..504893;cds;82;121;response reg;*
;502013..502087;ggc;102;;;*;;;;;504976..505051;aac;3;;;*
comp;502190..502957;cds;83;256;Hx-t-Hx;*;;;;;505055..505131;gac;4;;;*
;503041..503667;cds;249;209;pyridoxamine;*;;;;;505136..505210;ggc;102;;;*
comp;503917..504474;&16s°;547;§558;;*;;;;comp;505313..506080;cds;83;256;Hx-t-Hx;*
;505022..506005;cds;;328;@lytic dom;*    modif;;;;;506164..506790;cds;202;209;pyridoxamine;*
;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
comp;601019..603679;cds;358;887;bif CoA;*;;;;comp;507236..509988;$23s;266;§2753;;*
;604038..604113;ttc;318;;;*;;;;comp;510255..510330;gca;30;;;*
>;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;*   recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
>comp;131140..131621;cds;193;161;p-erythrose;*   ;;;;;512654..513568;cds;;305;@lytic dom;*
;131815..131891;atgf;202;;@ ;*  d’où?;;;;;;;;;;*
comp;132094..132276;cds;;61;hp;*;;;;comp;588108..590768;cds;340;887;bif CoA;*
;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*

abs distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;

abs données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abs données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;sup400;sup550
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;abs;long;long;long
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc;fx
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;5s CDS;;23s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;401;401;562
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;244;153;128;;32;atc gca;109;cac;402;401;571
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;;;tRNA 23s;;;;**;cac;404;403;574
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;;;272;gca;;;163;gta;404;408;575
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;;;;;;;**;gac;408;413;576
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;;;;;;;219;aac;409;419;578
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;;;;;;;**;tgc;409;419;582
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;;;;;;;132;gtg;411;421;584
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;gtg;413;422;605
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;;intercalaire;;;;;30;gcc;416;423;606
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;;c-;x-;;;;**;ctg;416;430;608
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;;-115;-99;;;;38;gag;420;431;626
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;;-101;-65;;;;**;gag;422;432;643
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;;-83;-56;;;;74;aag;423;437;653
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;;-80;;;;;**;aag;426;438;659
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;;-77;;;;;60;gga;427;439;670
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;;-74;;;;;**;tac;427;442;681
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;;-73;;;;;205;ccg;428;446;683
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;;-56;;;;;**;ccg;431;447;741
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;;-56;;;;;;;442;455;745
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;;-55;;;;;;;448;456;772
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;;-52;;;;;;;456;456;804
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;;total;intercalaires;;;;;;456;458;844
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;363,304;;;;;;460;461;850
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;ADN long;3,023,440;;;;;;465;461;862
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;%;12.0;;;;;;466;465;865
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;;;;;;;475;475;875
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;non RNA;30;;;;;;479;479;878
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;;;;;;;481;480;885
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;;;;;;;482;483;897
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;;;;;;;487;484;903
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;;;;;;;488;508;926
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;;;;;;;491;513;942
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;;;;;;;492;515;966
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;;;;;;;494;520;1001
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;;;;;;;497;529;1007
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;;502;546;1027
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;;;;;;;;;;;503;553;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;516;562;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;517;581;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;;;;;;;518;602;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;525;634;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;;;;;;;531;659;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;;;;;;;534;675;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;535;689;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;537;714;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;;;;538;741;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;538;742;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;542;874;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;545;900;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;;;;;;;549;980;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;;;;;;;549;1017;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;550;1021;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1036;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2038;

abs autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abs autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;

Intergen51. abs. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

absp données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: absp données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;absp;long;long
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;417;414
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;457;486;128;;30;ctg;420;417
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;;642;132;;**;gcc;420;421
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;5s CDS;;16s tRNA;;1;acc;423;428
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;;153;2* 116;atc;99;gcg;424;429
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;23s CDS;;113;atc;35;gac;425;448
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;;151;tRNA 23s;;1;gtc;425;455
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;;;2* 272;gca;**;cag;426;455
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;;;270;gca;4;aac;438;455
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;;;5s tRNA;;**;gac;439;460
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;;;100;atgf;;;443;474
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;;;tRNA tRNA;intra;;;445;477
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;;;30;atc gca;;;458;483
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;;;2* 31;atc gca;;;460;488
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;;;;;;;;;483;491
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;;;;;;;;;486;494
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;;;;;;;;489;495
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;489;496
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;;intercalaire;;;;;;;490;510
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;;c-;x-;;;;;;501;519
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;;-116;-89;;;;;;503;531
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;;-115;-86;;;;;;504;539
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;;-104;-81;;;;;;509;539
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;;-95;-78;;;;;;510;545
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;-95;-60;;;;;;514;595
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;-91;;;;;;;539;623
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;-86;;;;;;;540;631
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;-64;;;;;;;552;633
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;-62;;;;;;;557;650
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;-61;;;;;;;564;689
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;-61;;;;;;;569;721
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;-58;;;;;;;577;771
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;-56;;;;;;;595;811
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;-56;;;;;;;611;818
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;total;intercalaires;;;;;;618;907
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;211,208;;;;;;626;949
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;ADN long;1,766,028;;;;;;643;1024
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;%;12.0;;;;;;646;1120
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;;;;;650;1133
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;non RNA;6;;;;;;660;1237
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;;;;;680;1318
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;;;;;712;1499
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;;;;;733;1572
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;;;;;811;1976
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;;;;;812;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;827;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;840;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;847;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;848;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;;;;;869;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;;;;;999;
;;;;;;1630;;;;;;;;;;;;;1098;

absp autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: absp autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;

Intergen51. absp. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

agr[modifier | modifier le wikicode]

agr opérons[modifier | modifier le wikicode]

59.3%GC;29.12.19 Paris;16s  5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
<comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
<comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
>;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
<;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
>;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
>;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*

agr cumuls[modifier | modifier le wikicode]

agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71

agr blocs[modifier | modifier le wikicode]

agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;

agr distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5

agrc données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: agrc données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;agrc;long;long
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;c;x;cont;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;410;401
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;;689;2* 249;;41;gac;412;408
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;;585;16s tRNA;;**;gac;412;412
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;;;2* 342;atc;452;gaa;414;413
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;;;tRNA 23s;;**;gaa;414;421
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;;;2* 585;gca;26;gga;418;427
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;;;5s tRNA;;**;tac;428;431
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;;;257;atgf;;;428;432
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;;;287;atgf;;;430;435
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;;;tRNA tRNA;intra;;;432;439
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;;;2* 59;atc gca;;;439;443
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;;;;;;;443;446
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;;;;;;;451;446
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;;;;;;;455;449
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;;CDS-CDS;inf 50;;;;455;449
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;;intercalaire;;;;;464;452
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;c-;x-;;;;465;461
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;-94;-67;;;;465;464
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;-53;;;;;479;467
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;total;intercalaires;;;;480;475
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;332,177;;;;481;482
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;ADN long;2,823,930;;;;481;495
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;%;11.8;;;;481;500
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;;;;;483;522
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;non RNA;28;;;;485;543
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;;;;;493;582
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;;;;;498;599
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;;;;;499;632
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;;;;;508;684
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;;;;;509;706
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;;;;;515;804
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;;;;;527;834
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;;;;;530;871
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;;;;;531;884
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;;;;;535;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;;;;;;;;;540;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;;;;;;;;542;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;;;;;;;;543;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;;;;;;;;;547;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;;;;;;;;;548;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;;;;;550;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;;;;;552;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;;;;;555;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;;;;;556;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;;;;;567;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;;;;;568;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;;;;;597;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;;;;;605;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;;;;;632;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;;;;;645;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;;;;;674;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;;;;;682;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;698;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;749;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;880;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;884;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1046;

agrc autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: agrc autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;

Intergen51. agrc. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

agrl données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: agrl données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;sup400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;agrl;long;long
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;fx;fc
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;;hors bloc;404;403
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;561;714;3* 249;;;793;ggc;407;405
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;2136;;16s tRNA;;**;;atgj;410;416
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;;;3* 342;atc;;;;415;418
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;;;tRNA 23s;;;;;420;423
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;;;3* 585;gca;;;;421;442
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;;;5s tRNA;;;;;429;447
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;;;3* 257;atgf;;;;432;453
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;;;tRNA tRNA;intra;;;;440;462
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;;;3* 59;atc gca;;;;442;462
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;;;;;;;;;;443;466
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;;;;;;;;;;445;477
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;;;;;;;;;;454;479
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;;;;;;;;;;460;487
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;;;;;;;;;;463;489
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;469;496
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;intercalaire;;;;;;;470;510
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;c-;x-;;;;;;476;514
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;-86;néant;;;;;;481;550
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;;;;;;502;555
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;total;intercalaires;;;;;;503;564
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;225,474;;;;;;507;572
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;ADN long;2,148,289;;;;;;516;598
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;%;10.5;;;;;;518;607
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;;;;;;521;639
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;non RNA;6;;;;;;523;663
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;;;;;;528;676
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;;;;;;535;676
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;;;;;;537;683
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;;552;695
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;;;;;;581;706
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;;;;;;598;723
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;;;;;;599;728
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;;;;;;625;754
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;;;;;;631;770
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;;;;;;639;839
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;;;;;;661;894
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;;;;;;794;1022
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;;;;;;797;1035
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;;;;;;908;1371
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;;;;;;1079;1583
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;;;;;;1278;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;;;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;;;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;308;;;;;;;;;;;

agrl autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: agrl autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;

Intergen51. agrl. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

aua[modifier | modifier le wikicode]

aua opérons[modifier | modifier le wikicode]

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
>;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;

aua cumuls[modifier | modifier le wikicode]

aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69

aua blocs[modifier | modifier le wikicode]

CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein

aua distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13

aua données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: aua données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
  • Attention les rRNA sont dans le plasmide pau20rrn uniquement.
chromosome;aua;;;;;;;;;;chromosome;;;;;plasmide;pAU20rrn;;;chromosome;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA hors;;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;CDS-CDS;sup400;sup500;sup500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;intercalaire;aua;long;long;long;long
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;c;aa;fx;fc;fx;fc
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;tRNA tRNA;;hors bloc;CDS 16s;;23s 5s;;409;401;501;507
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;;404;ggc;717;;89;;410;402;502;511
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;44;;atgf;5s CDS;;16s tRNA;;410;403;503;513
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;**;;atgf;;461;240;atc;411;404;504;521
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;51;;cgt;;;tRNA 23s;;413;404;506;530
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;**;;cgt;;;478;gca;416;405;506;532
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;;161;ttc;;;tRNA tRNA;intra;418;411;515;535
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;**;;acc;;;33;atc gca;418;411;518;545
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;128;;gtc;;voir aua autres intercalaires aas;;;419;414;519;570
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;186;;gtc;;tRNA 23s c;se décompose en;;419;416;525;571
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;**;;gtc;;tRNA CDS x;253;*;422;419;529;572
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;140;;gaa;;CDS 23s x;-6;*;425;420;530;587
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;**;;gaa;;;;;427;422;533;602
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;58;;gac;;;;;428;423;536;607
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;;270;gac;chromosome;;;;437;425;538;609
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;**;;gta;CDS-CDS;inf 50;;;437;427;543;612
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;;173;ccg;intercalaire;;;;440;432;554;624
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;**;;caa;c-;x-;;;443;436;555;630
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;132;;ctc;-110;-99;;;445;437;567;631
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;**;;ctc;-104;-80;;;446;445;568;638
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;24;;gga;-103;-71;;;449;446;574;652
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;tac;-83;-64;;;452;448;583;663
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;208;;ggc;-71;-63;;;452;451;588;679
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;ggg;-68;-62;;;452;452;592;680
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;;;;-62;-61;;;456;455;593;681
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;;;;-59;-54;;;456;455;603;688
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;;;;-58;-54;;;457;457;641;696
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;;;;-52;;;;458;460;648;702
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;;;;total;intercalaires;;;463;461;650;710
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;;;;;449,307;;;465;461;656;745
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;;ADN long;3,742,793;;;468;466;669;746
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;;%;12.0;;;469;467;676;776
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;;;;;;470;468;689;779
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;;non RNA;24;;;472;469;701;788
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;;;;;;474;469;718;797
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;;;;;;482;475;721;798
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;;auap;plasmide;;;487;478;728;809
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;;     CDS             216..1028;;;;487;479;731;843
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;;     CDS             4510..4740;;;;495;480;739;895
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;;     CDS             complement(7617..8363);;;;498;481;746;903
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;;     CDS             complement(8651..9109);;;;;487;753;905
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;;     rRNA            complement(1490..1604);;;;;489;762;908
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;;     rRNA            complement(1694..4515);;;;;491;773;964
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;;     rRNA            complement(5420..6899);;;;;492;792;983
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;;     tRNA            complement(4994..5069);;;;;;795;1030
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;     tRNA            complement(5103..5179);;;;;;811;1100
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;;844;1186
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;881;1212
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;909;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;;;;;;;;;;;;920;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;;;;;;;;;;;;966;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;;;;;;;;1037;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1048;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1066;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1075;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1138;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2167;

aua autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: aua autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
  • Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;;;;;;
autres intercalaires ;;pAU20rrn;plasmide;;;;
deb;;CDS;216;1028;461;*;
;comp;rRNA;1490;1604;89;*;5s
;comp;rRNA;1694;4515;-6;*;23s
;;CDS;4510;4740;253;*;
;comp;tRNA;4994;5069;33;*;gca
;comp;tRNA;5103;5179;240;*;atc
;comp;rRNA;5420;6899;717;*;16s
fin;comp;CDS;7617;8363;287;;
;comp;CDS;8651;9109;502;0;
;;;;;;;
autres intercalaires ;;aua;chromosome;;;;
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
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fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
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;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
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;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
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;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
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;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
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;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
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;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
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;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
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;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
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;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
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deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
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deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;

Intergen51. aua. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

alpha synthèse[modifier | modifier le wikicode]

Alpha données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

;Les alpha;rtb;rpl;rpm;rru;oan1;oan2;abq;abqp;abs;absp;;* Autres intercalaires: 1382;;;Ft: 785;Ici: 272;Reste: 331;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;agrc;agrl;aua;pub;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s;CDS 16s x;5s CDS;5s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA contig;tRNA hors c;;tRNA hors c;;tRNA hors x
;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;444;330;13;91;;;1;269;1;68;1;98;1;149;1;96;1;9;1;32;4;1;51;rtb;60
tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;;457;472;25;114;;;;;1;89;1;100;1;240;1;100;1;30;;;0;2;52;;1051
0;5;0;0;51;115;0;51;115;-1;0;821;;496;486;173;118;;;;;1;116;1;113;1;243;1;257;1;32;;;0;3;54;;
10;8;15;10;489;2286;1;38;297;-2;23;1;;561;585;229;130;;;;;1;118;1;116;1;255;1;287;1;33;;;2;4;57;rpl;49
20;8;11;20;380;1539;2;32;325;-3;1;0;;678;642;236;153;;;;;1;128;1;178;1;256;2;52;2;11;;;0;5;58;;830
30;4;9;30;362;946;3;78;315;-4;153;2719;;714;643;244;153;;;;;1;132;1;240;1;267;2;54;2;11;;;0;6;60;;
40;4;14;40;243;701;4;71;312;-5;0;3;;841;689;250;161;;;;;1;133;2;114;1;270;2;54;2;30;;;0;7;60;agrl;
50;2;12;50;348;620;5;40;235;-6;9;0;;972;714;;173;;;;;1;228;2;114;1;272;2;95;2;31;;;0;8;66;;793
60;6;15;60;375;640;6;57;133;-7;10;35;;1458;734;;183;;;;;1;261;2;116;1;346;2;96;2;59;;;0;9;69;;
70;8;13;70;300;685;7;55;131;-8;27;337;;717;744;;187;;;;;2;119;2;273;1;478;3;257;3;30;;;0;10;70;aua;161
80;13;12;80;308;673;8;24;186;-9;10;1;;1854;779;;193;;;;;2;134;2;273;2;256;3;51;3;59;;;0;11;70;;173
90;6;23;90;261;632;9;45;148;-10;9;30;;2136;999;;461;;;;;2;134;2;342;2;270;;;4;66;;;0;12;74;;270
100;13;19;100;272;661;10;49;204;-11;15;172;;;999;;;;;;;2;194;3;180;2;270;;;;;;;1;13;76;;404
110;8;15;110;272;555;11;36;226;-12;10;0;;;1026;;;;;;;2;194;3;342;2;272;;;;;;;0;14;81;;
120;5;14;120;235;563;12;43;231;-13;7;43;;;1193;;;;;;;2;249;;;2;585;;;;;;;2;15;95;;
130;8;21;130;225;540;13;38;200;-14;15;106;;;;;;;;;;3;249;;;3;347;;;;;;;1;16;99;;
140;14;24;140;236;527;14;25;190;-15;5;2;;16s CDS;CDS 5s;23s CDS;23s CDS x;CDS 23s;CDS 23s x;;;;;;;3;585;;;;;;;0;17;99;;
150;8;23;150;250;495;15;46;133;-16;6;17;;-3;52;446;151;736;;;;;;;;;;;;;;;;1;18;105;;
160;10;16;160;214;455;16;39;131;-17;15;69;;1463;;;151;719;;;;;;;;;;;;;;;;0;19;109;;
170;12;20;170;251;416;17;31;114;-18;10;2;;2466;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;20;109;;
180;12;15;180;188;341;18;42;107;-19;7;16;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;21;117;;
190;10;5;190;206;327;19;51;112;-20;15;55;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;22;128;;
200;9;10;200;193;318;20;29;95;-21;2;2;;15;16;8;14;2;55;1;;24;;24;;26;;20;;24;;1;120;1;23;132;;
210;11;7;210;186;251;21;61;102;-22;2;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;24;132;;
220;13;8;220;184;263;22;56;95;-23;12;38;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;25;132;;
230;5;4;230;156;221;23;32;90;-24;5;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;26;140;;
240;6;12;240;152;214;24;44;96;-25;5;11;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;27;146;;
250;7;9;250;147;200;25;36;101;-26;10;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;28;153;;
260;4;3;260;129;156;26;20;102;-27;3;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;29;157;;
270;5;10;270;160;156;27;36;90;-28;4;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;30;163;;
280;1;4;280;125;106;28;32;91;-29;13;23;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;31;164;;
290;3;6;290;107;95;29;14;92;-30;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;32;165;;
300;7;5;300;104;106;30;31;87;-31;7;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;33;165;;
310;3;3;310;101;108;31;16;83;-32;7;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;272;2;34;186;;
320;4;3;320;94;79;32;23;77;-33;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;35;202;;
330;4;0;330;83;74;33;29;81;-34;1;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;36;205;;
340;3;1;340;82;75;34;22;70;-35;5;11;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;37;206;;
350;3;5;350;80;56;35;22;69;-36;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;38;208;;
360;6;3;360;59;51;36;24;68;-37;3;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;39;214;;
370;9;4;370;64;74;37;31;67;-38;6;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;40;219;;
380;3;1;380;44;47;38;26;61;-39;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;41;220;;
390;5;4;390;45;55;39;26;63;-40;3;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;42;245;;
400;2;3;400;59;40;40;24;62;-41;8;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;43;373;;
reste;41;66;reste;899;823;reste;7194;11698;-42;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;97;3;44;452;;
;318;467;total;8719;17285;total;8719;17285;-43;3;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;;;
;;;diagr;;;diagr;;;-44;3;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;46;;;
;20;35; t30;1231;4771;;148;937;-45;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;47;;;
;6,3;7,5;;14,1;27,6;;;;-46;5;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;;;
;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;9;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;49;;;
;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;50;;;
;;x;8668;544;51;9263;;;-49;7;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;;;;
;;c;17170;4755;115;22040;;;-50;4;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;;44;;
;;;;;;31303;1382;;reste;60;104;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;32685;;total;544;4755;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

Alpha données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

total;1803;1565;921;1570;873;1466;1040;;1517;914;601;527;1847;2136;505
gen;aua;abq;abqp;abs;absp;agrc;agrl;;oan1;oan2;pub;rpl;rpm;rru;rtb
0;0;4;2;6;0;3;2;;9;1;58;5;9;12;4
1;32;13;10;12;8;26;25;;24;26;52;8;30;21;10
2;24;15;10;18;9;20;19;;45;23;57;10;36;32;7
3;36;20;10;20;16;32;18;;30;18;37;9;23;38;8
4;33;26;10;21;10;26;24;;22;17;25;11;31;43;13
5;32;24;7;24;7;11;12;;21;14;26;4;22;29;2
6;13;12;8;9;3;14;8;;12;4;14;4;8;19;5
7;11;15;8;14;7;8;10;;10;8;12;3;11;11;3
8;17;16;7;17;11;6;11;;20;15;13;6;18;22;7
9;12;8;6;11;5;13;8;;14;12;12;6;20;14;7
10;20;21;6;21;11;17;16;;28;22;8;3;14;15;2
11;22;17;14;20;7;25;14;;16;26;5;3;18;34;5
12;31;14;6;13;6;28;20;;16;19;7;7;29;30;5
13;12;22;15;23;14;10;20;;15;12;6;3;19;26;3
14;13;21;12;15;15;17;10;;19;10;10;2;16;26;4
15;8;14;5;17;3;13;9;;13;6;2;3;22;13;5
16;5;14;10;9;9;13;10;;9;6;3;4;21;13;5
17;14;8;6;6;6;11;13;;9;3;3;2;16;16;1
18;6;7;9;6;10;4;15;;12;4;6;4;12;9;3
19;6;13;6;13;7;10;11;;4;8;4;4;13;10;3
20;10;8;2;12;4;11;4;;6;10;5;3;5;12;3
21;9;8;8;5;6;13;4;;10;6;4;5;17;5;2
22;15;8;5;7;3;6;8;;6;5;4;1;13;12;2
23;11;3;5;7;5;8;7;;11;7;3;1;11;11;0
24;7;9;6;11;3;5;5;;6;7;5;6;13;9;4
25;13;11;6;11;9;4;6;;5;1;2;3;11;16;3
26;12;13;8;9;9;9;6;;4;9;3;1;9;8;2
27;10;11;7;10;8;7;4;;6;4;2;0;8;13;0
28;5;8;7;12;8;4;5;;6;1;2;1;14;16;2
29;8;8;7;9;4;6;7;;9;3;3;0;12;14;2
30;6;11;5;8;4;7;11;;7;6;2;1;8;11;0
31;8;11;9;11;3;10;5;;3;4;3;0;7;9;0
32;9;5;7;7;3;3;4;;4;4;5;4;10;10;2
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273;3;2;0;2;1;1;0;;2;0;0;0;1;5;0
274;2;1;0;2;1;1;0;;3;0;0;2;2;3;0
275;2;0;1;0;0;3;0;;1;0;0;0;2;2;0
276;0;0;1;1;1;1;0;;1;1;0;0;1;1;0
277;0;0;1;0;0;2;1;;4;0;0;2;2;3;0
278;1;0;1;0;1;0;0;;0;1;0;0;1;4;0
279;0;0;1;0;1;1;0;;3;0;1;0;0;1;0
280;2;0;1;2;0;0;2;;2;0;0;0;0;1;0
281;0;0;0;2;0;0;1;;2;1;0;0;1;0;0
282;1;0;0;1;0;1;2;;1;0;0;0;1;2;0
283;3;0;0;2;1;0;0;;0;1;0;0;0;2;0
284;3;0;1;2;0;1;0;;0;0;0;0;2;2;0
285;0;0;0;1;1;0;0;;0;2;0;0;3;1;0
286;0;0;0;1;0;1;0;;2;0;0;0;1;3;2
287;4;0;2;0;1;0;0;;0;1;0;0;5;0;0
288;2;0;2;1;0;4;1;;1;1;0;0;0;3;0
289;5;1;0;0;0;0;0;;1;1;0;0;0;1;0
290;1;1;0;0;0;0;2;;0;0;0;0;0;0;0
291;0;1;2;1;1;3;0;;3;0;0;0;2;2;0
292;1;0;2;0;0;0;0;;4;1;0;0;2;0;0
293;0;2;0;1;0;2;0;;1;0;0;0;0;2;0
294;1;1;0;0;0;2;2;;0;0;0;0;2;1;1
295;1;0;0;1;1;1;2;;1;0;0;0;0;2;0
296;1;2;0;2;0;1;2;;1;0;0;0;2;2;0
297;0;0;1;0;1;1;1;;2;0;0;0;0;1;0
298;3;1;0;1;2;2;2;;2;0;0;0;1;1;0
299;1;1;1;1;0;2;1;;2;1;0;0;1;1;0
300;1;0;0;0;0;2;1;;1;1;0;0;1;0;0
301;3;1;1;0;0;0;2;;4;1;0;1;2;1;1
302;1;1;0;3;0;2;0;;1;1;0;0;2;3;0
303;3;0;0;1;0;0;0;;0;0;0;0;2;2;0
304;0;1;0;1;0;2;1;;1;0;0;0;1;0;0
305;0;0;1;0;0;1;1;;1;0;0;0;1;6;0
306;2;2;0;2;0;1;0;;3;1;0;0;1;0;0
307;1;3;0;0;0;4;1;;1;0;0;0;0;0;0
308;2;0;1;0;1;0;0;;0;0;0;1;1;1;0
309;1;0;0;2;0;0;0;;1;3;0;1;1;2;0
310;1;1;1;1;2;0;0;;0;1;0;0;1;3;0
311;2;0;0;0;0;0;1;;1;1;0;0;2;1;0
312;1;0;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;1;0;0
313;0;1;0;0;1;1;1;;1;0;0;0;0;0;1
314;1;1;0;2;0;0;1;;1;1;0;1;0;0;0
315;1;0;0;0;0;0;0;;0;1;0;1;2;2;0
316;1;1;0;1;0;0;0;;0;1;0;0;1;1;0
317;0;0;2;0;1;1;0;;0;1;1;1;0;1;1
318;0;0;0;1;0;0;0;;1;0;1;0;0;1;0
319;2;2;0;3;0;0;1;;1;0;0;0;2;2;0
320;4;2;1;2;1;0;1;;0;2;0;0;1;0;1
321;1;1;0;1;0;1;0;;2;0;0;0;2;0;0
322;0;1;0;0;0;0;1;;1;1;0;0;2;2;1
323;0;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;3;2;1
324;1;0;1;0;0;1;1;;3;0;0;0;0;0;0
325;0;0;1;1;0;0;0;;2;1;0;0;1;1;0
326;3;0;0;0;0;2;1;;2;0;0;0;3;0;0
327;1;0;0;0;0;2;0;;0;0;0;1;0;0;0
328;1;1;0;0;1;0;0;;2;1;0;0;1;0;0
329;0;0;1;1;0;0;0;;1;0;0;0;0;1;0
330;3;2;3;0;1;0;0;;1;1;0;0;0;0;0
331;1;2;0;1;1;0;1;;2;1;0;0;1;2;0
332;0;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;1;2;1
333;0;0;1;0;1;1;1;;3;1;0;0;2;0;0
334;2;0;1;1;2;1;0;;1;1;0;0;1;1;0
335;0;0;0;0;0;1;1;;0;0;0;0;0;1;0
336;0;0;1;0;1;2;0;;2;0;0;0;1;2;0
337;0;0;2;0;0;0;0;;3;0;0;0;1;1;0
338;0;1;0;0;0;1;1;;1;1;0;0;0;0;0
339;2;0;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;1;2;0
340;1;0;1;0;2;0;1;;1;1;0;0;0;1;0
341;0;0;0;0;0;0;0;;3;0;0;0;0;2;1
342;0;0;0;0;0;0;0;;2;1;0;0;2;0;0
343;3;1;0;0;1;1;0;;1;0;0;1;1;0;0
344;0;0;0;0;0;0;0;;4;0;0;0;0;1;0
345;1;0;0;0;0;2;0;;2;0;0;0;1;2;1
346;0;1;0;0;0;0;1;;0;0;0;1;0;0;0
347;1;0;0;1;0;1;0;;2;0;0;1;2;0;0
348;1;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;2;1;0
349;0;1;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;0;0;0
350;0;0;0;1;0;1;0;;1;0;0;1;0;1;0
351;0;1;0;2;0;0;0;;1;0;0;0;1;0;0
352;0;0;1;0;1;1;1;;0;1;0;0;1;0;1
353;1;0;0;0;0;0;0;;0;1;0;0;1;1;0
354;1;0;1;0;1;1;0;;0;0;0;0;0;0;0
355;1;0;0;0;0;0;1;;1;0;0;0;1;0;0
356;2;1;0;1;0;0;0;;1;0;0;1;0;0;0
357;0;0;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;1;0;0
358;2;1;0;0;0;1;0;;1;0;0;0;1;0;0
359;1;0;0;1;1;1;0;;1;1;0;0;1;0;1
360;0;0;0;1;0;0;0;;0;1;0;0;1;2;0
361;0;0;1;0;0;0;0;;0;0;0;1;1;0;0
362;1;2;0;1;1;2;1;;1;0;0;1;0;0;0
363;1;0;0;0;0;0;0;;1;1;0;0;2;0;0
364;0;1;0;0;0;0;1;;0;2;0;0;1;0;1
365;0;1;1;1;0;1;0;;0;0;0;1;2;0;0
366;1;1;0;1;0;1;1;;0;0;0;0;0;0;0
367;0;2;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;2;4;0
368;0;0;0;2;0;1;2;;3;0;0;0;0;2;1
369;2;2;1;2;1;0;0;;1;0;0;0;0;2;0
370;0;0;0;0;2;0;1;;1;0;0;1;1;2;0
371;0;0;0;0;0;1;2;;1;0;0;1;0;0;0
372;0;0;0;0;0;0;0;;0;0;0;0;2;0;0
373;0;0;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;1;1;0
374;0;1;0;0;0;1;0;;0;0;0;0;0;1;0
375;2;0;1;1;0;1;0;;0;0;0;0;0;2;0
376;2;0;0;1;0;0;0;;2;0;0;0;1;0;0
377;0;0;0;0;0;1;1;;1;1;0;0;0;1;0
378;0;0;0;0;0;1;1;;0;0;0;0;0;1;0
379;1;1;0;1;1;0;2;;3;1;0;0;1;0;0
380;0;0;0;0;0;1;0;;1;0;0;0;0;0;0
381;1;1;1;0;0;0;0;;0;1;0;0;0;0;0
382;0;0;0;0;0;3;0;;0;1;0;1;0;1;0
383;1;1;1;0;0;3;0;;1;0;0;0;1;0;0
384;2;0;0;1;0;0;0;;0;0;0;0;0;0;0
385;0;2;0;0;0;0;0;;0;1;0;0;2;1;0
386;0;0;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;1;0;0
387;1;1;0;0;0;1;1;;0;0;0;0;2;0;0
388;0;1;0;0;0;0;1;;1;1;0;0;1;1;0
389;2;0;0;0;0;2;0;;2;0;0;0;0;2;0
390;0;1;1;1;0;0;0;;0;1;0;0;1;0;1
391;0;0;0;0;1;1;0;;1;0;0;0;2;1;0
392;1;0;0;0;0;0;1;;0;0;0;0;0;0;1
393;0;0;0;0;0;0;0;;1;1;0;0;1;0;0
394;0;1;0;1;0;2;0;;0;0;0;0;0;1;0
395;0;1;0;1;0;0;1;;2;0;0;0;0;0;0
396;0;0;0;0;0;0;0;;1;0;0;0;0;0;0
397;0;0;0;1;1;1;0;;1;0;0;0;1;0;0
398;0;0;0;0;0;1;0;;1;0;0;0;0;0;0
399;0;1;0;0;0;0;0;;2;0;0;0;0;1;1
400;0;1;0;1;0;0;1;;0;0;0;0;0;1;1
;;;;;;;;;;;;;;;
;1711;1504;873;1509;829;1429;997;;1438;881;539;420;1762;2054;401

alpha distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518

alpha distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83

alpha distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;

alpha par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38

alpha, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est  19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959

cvi[modifier | modifier le wikicode]

cvi opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s  8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;

cvi blocs[modifier | modifier le wikicode]

cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;

cvi distribution[modifier | modifier le wikicode]

beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;

cvi données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cvi données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;cvi;Sup 400;Sup 600;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;403;402;605;502
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;127;;6;ttc;51;ctg;405;405;621;504
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;7* 124;;**;ttc;33;ctg;405;406;645;505
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;5s 5s;;6;agc;57;ctg;405;406;651;507
0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;89;;3;cgt;**;ctg;405;406;653;510
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;16s tRNA;;**;gaa;61;acg;409;411;654;514
2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;5s CDS;;6* 182;atc;3;gaa;78;ccg;411;412;665;515
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;280;137;2* 82;atc;7;cgt;**;ccg;418;414;669;516
1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;189;154;tRNA 23s;;5;gaa;35;atgj;419;415;694;521
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;415;101;3* 254;gca;**;cgt;**;atgj;420;415;717;528
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;213;206;5* 253;gca;23;ggc;24;acc;421;421;726;530
2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;;;tRNA tRNA;intra;22;ggc;52;gga;421;421;727;531
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;;;6* 86;atc gca;24;ggc;**;tac;422;427;729;541
0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;;;2* 12;atc gca;29;ggc;38;aaa;424;427;733;545
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;;;;;45;ggc;35;aag;428;430;742;546
0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;;;;;**;tgc;28;aaa;428;430;767;554
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;;;;;32;aac;37;aag;431;431;787;556
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;;;;;31;aac;**;aaa;432;432;791;561
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;;;;;**;aac;;;433;433;793;567
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;;;;;53;tcc;;;434;437;799;570
0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;;CDS-CDS;inf 50;;**;tcc;;;436;437;809;572
1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;;intercalaire;;;26;cac;;;437;438;811;578
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;;c-;x-;;45;cac;;;437;439;838;602
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;;-97;-102;;27;cac;;;441;443;865;613
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;;-94;-80;;18;aga;;;442;443;888;629
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;;-73;-61;;**;cca;;;443;444;900;634
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;;-71;-59;;7;gac;;;445;447;902;655
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;;;-57;;**;gta;;;450;451;905;661
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;;;-56;;8;gcc;;;457;451;1068;662
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;;;;;11;gaa;;;458;467;1148;673
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;;total;intercalaires;;**;gcc;;;458;469;1165;674
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;;;481,477;;12;gta;;;461;475;1253;687
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;;ADN long;4,751,080;;26;gac;;;465;477;1309;688
0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;;%;10.1;;12;gta;;;465;482;1977;689
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;;;;;26;gac;;;470;482;;698
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;;non RNA;36;;12;gta;;;472;486;;698
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;;;;;26;gac;;;476;487;;699
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;;;;;12;gta;;;476;490;;699
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;;;;;27;gac;;;479;500;;705
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;;;;;6;gta;;;505;;;710
0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;;;;;27;gac;;;508;;;722
3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;;;;;6;gtg;;;508;;;723
26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;;;;;**;gac;;;509;;;736
23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;;;;;;;;;510;;;751
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;;;;;;;;;517;;;759
;;;;;;;;-46;0;0;10;;;;;;;;;;520;;;771
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;;;;;;;;;524;;;796
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;;;;;;;;;536;;;819
;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;;;;;;;;;541;;;858
;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;;;;;;;;;560;;;968
;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;;;;;;;;;562;;;984
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;;;;569;;;1004
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;579;;;1098
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;594;;;1187
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;596;;;1220

cvi autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cvi autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cvi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;242272;242931;116;*;
;;regulatory;243048;243195;76;*;
fin;;CDS;243272;245170;;;
deb;comp;CDS;419401;420717;506;*;
;;rRNA;421224;422759;182;*;16s
;;tRNA;422942;423018;86;*;atc
;;tRNA;423105;423180;253;*;gca
;;rRNA;423434;426322;127;*;23s
;;rRNA;426450;426564;137;*;5s
fin;comp;CDS;426702;427856;;;
deb;;CDS;500524;501741;447;*;
;;rRNA;502189;503724;82;*;16s
;;tRNA;503807;503883;12;*;atc
;;tRNA;503896;503971;254;*;gca
;;rRNA;504226;507114;124;*;23s
;;rRNA;507239;507353;280;*;5s
fin;;CDS;507634;508074;;;
deb;comp;CDS;521304;522338;119;*;
;;regulatory;522458;522723;124;*;
fin;;CDS;522848;524695;;;
deb;;CDS;526333;526644;31;*;
;;ncRNA;526676;526859;12;*;
fin;;CDS;526872;527483;;;
deb;comp;CDS;578634;581798;106;*;
;;ncRNA;581905;582364;130;*;
fin;;CDS;582495;583553;;;
deb;comp;CDS;680663;681856;177;*;
;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg
fin;comp;CDS;682177;684003;;1;
deb;comp;CDS;758940;759671;152;*;
;;tRNA;759824;759908;57;*;tac
fin;comp;CDS;759966;760805;;;
deb;comp;CDS;877002;877916;858;*;
;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg
fin;comp;CDS;878869;879849;;0;
deb;;CDS;952811;955105;49;*;
;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg
fin;;CDS;955560;956537;;;
deb;;CDS;975236;975592;19;*;
;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc
fin;;CDS;975788;976144;;;
deb;comp;CDS;996781;998367;89;*;
;;regulatory;998457;998548;72;*;
fin;;CDS;998621;1000021;;;
deb;;CDS;1006022;1006666;155;*;
;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc
;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc
fin;comp;CDS;1007031;1008230;;;
deb;;CDS;1057229;1058455;62;*;
;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc
;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt
;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa
deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*;
;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa
;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt
;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa
;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt
fin;;CDS;1062106;1063701;;1;
deb;;CDS;1153105;1153656;370;*;
;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s
;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc
;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca
;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s
;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s
fin;;CDS;1159555;1160445;;0;
deb;;CDS;1262223;1263365;190;*;
;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg
fin;comp;CDS;1263766;1264999;;;
deb;;CDS;1272648;1273274;435;*;
;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf
fin;comp;CDS;1273967;1274848;;;
deb;;CDS;1292860;1293150;191;*;
;;rpr;1293342;1295116;324;*;
fin;;CDS;1295441;1297966;;;
deb;;CDS;1376752;1377333;101;*;
;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc
;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc
;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc
;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc
;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc
;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc
fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1;
deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*;
;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta
fin;;CDS;1387278;1387724;;;
deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*;
;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc
fin;;CDS;1420344;1422245;;;
deb;;CDS;1427387;1427740;30;*;
;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc
fin;;CDS;1428052;1428429;;;
deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*;
;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac
;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac
;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac
fin;;CDS;1433746;1434780;;;
deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*;
;;rpr;1452712;1454024;105;*;
fin;comp;CDS;1454130;1454693;;;
deb;;CDS;1458879;1461128;179;*;
;;rpr;1461308;1462500;144;*;
fin;;CDS;1462645;1463904;;;
deb;;CDS;1644076;1646388;439;*;
;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s
;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc
;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca
;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s
;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s
;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s
fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0;
deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*;
;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*;
fin;comp;CDS;1690745;1691731;;;
deb;;CDS;1744930;1746057;59;*;
;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc
;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc
fin;;CDS;1746712;1748223;;;
deb;;CDS;1786722;1786937;25;*;
;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other
fin;;CDS;1787071;1788270;;;
deb;;CDS;1899096;1900754;223;*;
;;rpr;1900978;1902570;157;*;
fin;comp;CDS;1902728;1903315;;;
deb;;CDS;1975805;1978750;93;*;
;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac
fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0;
deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*;
;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac
;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac
;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac
;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga
;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca
fin;;CDS;2095095;2095946;;;
deb;;CDS;2186305;2186922;69;*;
;;tmRNA;2186992;2187356;205;*;
fin;;CDS;2187562;2187735;;;
deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*;
;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*;
;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*;
fin;comp;CDS;2193653;2196067;;;
deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*;
;;ncRNA;2338135;2338209;0;*;
fin;;CDS;2338210;2338812;;;
deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*;
;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca
fin;comp;CDS;2511759;2513429;;;
deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*;
;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*;
fin;;CDS;2561022;2562185;;;
deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*;
;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac
;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta
fin;comp;CDS;2747507;2747776;;;
deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*;
;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta
fin;comp;CDS;2853376;2857686;;;
deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*;
;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca
fin;;CDS;3187569;3188321;;0;
deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*;
;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc
fin;comp;CDS;3257589;3259631;;;
deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*;
;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc
;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa
;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc
fin;comp;CDS;3262599;3263309;;;
deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*;
;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s
;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s
;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca
;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc
;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s
fin;comp;CDS;3377082;3377729;;;
deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*;
;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*;
fin;;CDS;3448608;3450053;;;
deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*;
;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta
;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac
;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta
;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac
;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta
;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac
;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta
;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac
;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta
;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac
;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg
;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac
fin;;CDS;3474097;3475629;;;
deb;;CDS;3621600;3622121;170;*;
;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg
fin;;CDS;3622421;3624571;;0;
deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*;
;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*;
;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*;
fin;comp;CDS;3728534;3729817;;;
deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*;
;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s
;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s
;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca
;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc
;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s
deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*;
;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg
;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg
;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg
;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg
fin;comp;CDS;3829976;3831349;;;
deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*;
;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg
;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg
;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg
fin;;CDS;3855646;3856641;;;
deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*;
;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi
fin;comp;CDS;4060005;4061936;;;
deb;;CDS;4244169;4244489;101;*;
;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s
;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s
;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca
;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc
;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s
fin;;CDS;4250379;4251968;;;
deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*;
;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf
fin;comp;CDS;4325946;4326557;;;
deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*;
;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa
fin;comp;CDS;4389349;4390203;;;
deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*;
;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg
fin;comp;CDS;4402419;4404281;;;
deb;;CDS;4433423;4433923;206;*;
;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s
;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s
;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca
;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc
;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s
fin;;CDS;4439859;4440494;;0;
deb;;CDS;4472951;4474108;87;*;
;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj
;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj
fin;;CDS;4474510;4474914;;;
deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*;
;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc
fin;comp;CDS;4529870;4530565;;;
deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*;
;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg
deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*;
;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc
;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga
;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac
fin;comp;CDS;4533819;4534070;;;
deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*;
;;regulatory;4551002;4551150;131;*;
fin;;CDS;4551282;4551914;;;
deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*;
;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa
;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag
;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa
;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag
;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa
fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0;

Intergen51. cvi. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

cvi intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, t30 t70.
  • Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0
370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0
390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687

cvi par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;

beta, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est  52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281

cvi remarques[modifier | modifier le wikicode]

cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1

ade[modifier | modifier le wikicode]

ade opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s  2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;

ade blocs[modifier | modifier le wikicode]

ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558

ade distribution[modifier | modifier le wikicode]

delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;

ade données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ade données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;ade;Sup 400;Sup 400;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long;long
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fx;fc;fc
0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;501;401;551
0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;2* 152;;6;gac;403;501;404;552
0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;16s tRNA;;**;gta;403;504;406;557
0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;5s CDS;;2* 187;atc;60;cag;404;505;408;563
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;167;75;tRNA 23s;;**;gag;409;509;410;570
0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;;;2* 194;gca;22;acc;414;513;417;589
0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;;;tRNA tRNA;intra;63;gga;417;513;418;589
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;;;2* 22;atc gca;46;tac;422;519;430;598
0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;;;;;**;aca;433;522;431;600
0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;;;;;248;aag;433;523;432;604
2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;;;;;142;aga;436;525;432;607
2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;;;;;18;cac;437;535;437;610
1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;;;;;134;cga;438;538;438;616
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;;;;;**;cca;440;545;441;617
0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;;;;;278;tcc;442;556;447;628
0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;;;;;**;tcg;455;557;447;643
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;;;;;27;tca;456;559;450;649
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;;;;;73;agc;458;568;454;660
0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;;;;;**;cgt;465;580;454;676
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;;;;;;;470;589;456;689
1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;;;;;;;473;591;458;697
0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;;CDS-CDS;inf 50;;;;474;605;459;704
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;;intercalaire;;;;;476;607;461;715
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;;c-;x-;;;;480;615;468;719
0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;;-109;-116;;;;482;627;468;731
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;;-106;-110;;;;482;641;469;741
0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;;-100;-109;;;;485;730;469;788
0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;;-68;-107;;;;488;732;470;793
0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;;-68;-104;;;;493;749;472;834
0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;;-67;-101;;;;496;807;473;900
0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;;-61;-98;;;;496;817;502;917
0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;;-61;-86;;;;500;821;505;963
0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;-55;-82;;;;;849;507;1014
0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;-79;;;;;860;511;1080
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;-74;;;;;984;529;1119
0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;-67;;;;;1080;533;1160
0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;-65;;;;;1915;534;1388
0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;-65;;;;;;535;1774
0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;-59;;;;;;539;
0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;;;;;;;539;
0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;total;intercalaires;;;;;;548;
1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;;445,108;;;;;;549;
22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;ADN long;5,029,329;;;;;;;
21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;%;8.9;;;;;;;
0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;non RNA;16;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;
;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4569;;total;103;712;;;;;;;;;;;;

ade autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ade autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ade;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;7060;8055;91;*;
;;tRNA;8147;8220;44;*;caa
fin;;CDS;8265;8786;;;
deb;;CDS;20441;20881;158;*;
;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc
fin;comp;CDS;21333;22034;;;
deb;comp;CDS;432722;433183;119;*;
;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg
fin;comp;CDS;433458;435416;;0;
deb;comp;CDS;664814;666052;456;*;
;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac
;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta
fin;;CDS;666824;669520;;0;
deb;comp;CDS;691951;692988;157;*;
;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg
fin;;CDS;693563;694450;;0;
deb;;CDS;849021;851429;53;*;
;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi
fin;;CDS;851592;852335;;;
deb;;CDS;883315;883644;64;*;
;;rpr;883709;886604;98;*;
fin;comp;CDS;886703;887395;;;
deb;comp;CDS;887392;888668;77;*;
;;rpr;888746;892491;95;*;
fin;;CDS;892587;893286;;;
deb;;CDS;1055941;1057242;68;*;
;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg
fin;;CDS;1057492;1059753;;;
deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*;
;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc
fin;comp;CDS;1306401;1306958;;;
deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*;
;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*;
fin;;CDS;1312542;1313453;;0;
deb;;CDS;1441648;1442364;14;*;
;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc
fin;;CDS;1442562;1443500;;0;
deb;;CDS;1492304;1494853;691;*;
;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s
;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc
;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca
;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s
;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s
fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0;
deb;;CDS;1508769;1509182;3;*;
;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag
;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag
fin;comp;CDS;1509525;1511858;;;
deb;;CDS;1690794;1691075;9;*;
;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc
fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0;
deb;;CDS;1818424;1819266;110;*;
;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf
fin;;CDS;1819507;1820262;;;
deb;;CDS;1968293;1969147;141;*;
;;regulatory;1969289;1969371;108;*;
fin;;CDS;1969480;1970796;;;
deb;;CDS;2235017;2235631;38;*;
;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc
fin;;CDS;2235819;2237771;;;
deb;;CDS;2313926;2314942;38;*;
;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga
fin;comp;CDS;2315172;2317013;;;
deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*;
;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj
fin;;CDS;2337327;2339093;;;
deb;;CDS;2375620;2375955;53;*;
;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg
fin;;CDS;2376518;2377108;;;
deb;;CDS;2429105;2429527;190;*;
;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg
fin;;CDS;2429902;2430240;;0;
deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*;
;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg
fin;comp;CDS;2624033;2624191;;;
deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*;
;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc
;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga
;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac
;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca
fin;comp;CDS;2626004;2626774;;;
deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*;
;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg
fin;;CDS;2653636;2654361;;0;
deb;;CDS;2680375;2680698;91;*;
;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc
fin;comp;CDS;2680982;2681350;;;
deb;;CDS;2747439;2747711;94;*;
;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg
fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0;
deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*;
;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac
fin;;CDS;3029307;3029750;;;
deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*;
;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s
;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s
;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca
;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc
;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s
fin;comp;CDS;3082199;3082876;;;
deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*;
;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa
fin;comp;CDS;3144664;3145676;;;
deb;;CDS;3155946;3156653;78;*;
;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa
fin;;CDS;3157499;3158125;;;
deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*;
;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg
fin;;CDS;3254194;3254382;;;
deb;;CDS;3372825;3372986;107;*;
;;tmRNA;3373094;3373444;219;*;
fin;;CDS;3373664;3374548;;;
deb;;CDS;3793550;3793769;226;*;
;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg
fin;comp;CDS;3794456;3795775;;;
deb;;CDS;3805030;3806052;111;*;
;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta
fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0;
deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*;
;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta
fin;;CDS;3915853;3916260;;1;
deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*;
;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag
;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga
;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac
;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga
;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca
fin;comp;CDS;3921231;3921950;;;
deb;;CDS;4031625;4031963;149;*;
;;regulatory;4032113;4032269;67;*;
fin;;CDS;4032337;4034331;;;
deb;;CDS;4120462;4121640;34;*;
;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc
fin;;CDS;4121996;4123084;;0;
deb;;CDS;4164508;4166256;430;*;
;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*;
fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0;
deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*;
;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*;
;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc
;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg
fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0;
deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*;
;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca
;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc
;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt
fin;;CDS;4457526;4459313;;;

Intergen51. ade. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

ade intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, t30 t50.
  • Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713

ade par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;

delta, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est  22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670

ade remarques[modifier | modifier le wikicode]

ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

epsilon[modifier | modifier le wikicode]

Arcobacter nitrofigilis DSM 7299[modifier | modifier le wikicode]

ant opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ant opérons
  • notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*

ant cumuls[modifier | modifier le wikicode]

ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132

ant blocs[modifier | modifier le wikicode]

Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;

ant remarques[modifier | modifier le wikicode]

ant distribution[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ant distribution
  • Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double.
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55

ant données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ant données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;ant;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;402
1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;3* 202;;10;cca;405;415
1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;223;;16;cac;443;454
;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;16s tRNA;;61;aga;445;455
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;5s CDS;;4* 111;atc;96;cta;450;460
;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;;354;tRNA 23s;;**;atgf;459;482
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;;231;2* 301;gca;5;ttc;478;496
;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;;;300;gca;**;tac;526;502
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;;;273;gca;16;gac;551;509
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;;;5s tRNA;;3;gta;596;513
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;;;167;acc;31;gaa;613;520
;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;;;173;acc;8;aaa;628;532
1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;;;tRNA tRNA;intra;22;gac;642;562
;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;;;4* 19;atc gca;3;gta;672;575
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;;;;;42;gaa;712;583
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;;;;;**;aaa;739;587
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;;;;;12;atgf;776;612
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;;;;;**;caa;850;617
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;;CDS-CDS;inf 50;;33;aac;947;625
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;;intercalaire;;;**;aac;984;649
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;;c-;x-;;81;tcc;1028;702
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;-71;-79;;39;gga;1181;772
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;-65;;;15;atgi;;773
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;-59;;;**;agc;;783
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;-56;;;45;tgc;;789
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;-55;;;16;tca;;848
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;-53;;;**;tta;;863
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;total;intercalaires;;8;gga;;916
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;203,179;;69;tac;;924
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;ADN long;3,192,235;;21;aca;;
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;%;6.4;;**;ttc;;
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;;16;caa;;
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;non RNA;8;;7;tta;;
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;;14;gga;;
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;;16;aaa;;
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;;14;atgf;;
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;12;atgj;;
;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;;30;aca;;
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;;**;tca;;
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;
;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;;;;
6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;;;;
6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;;;;
2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;;;;
;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;;;;

ant autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ant autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ant;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;167574;168434;66;*;
;;tRNA;168501;168577;447;*;cga
fin;;CDS;169025;169261;;;
deb;;CDS;237275;237622;305;*;
;;rRNA;237928;239444;111;*;16s
;;tRNA;239556;239632;19;*;atc
;;tRNA;239652;239727;301;*;gca
;;rRNA;240029;242945;202;*;23s
;;rRNA;243148;243263;354;*;5s
fin;comp;CDS;243618;244301;;;
deb;comp;CDS;302333;303160;155;*;
;;tRNA;303316;303393;10;*;cca
;;tRNA;303404;303480;16;*;cac
;;tRNA;303497;303573;61;*;aga
;;tRNA;303635;303719;96;*;cta
;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf
fin;;CDS;303963;304103;;0;
deb;;CDS;316375;317343;110;*;
;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf
fin;;CDS;317640;318416;;;
deb;comp;CDS;373519;375741;120;*;
;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc
;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac
fin;comp;CDS;376093;376725;;;
deb;;CDS;597419;598486;47;*;
;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg
fin;;CDS;598827;600107;;;
deb;comp;CDS;751446;752990;73;*;
;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac
;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta
;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa
;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa
;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac
;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta
;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa
;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa
fin;comp;CDS;753837;754343;;;
deb;comp;CDS;833388;833978;142;*;
;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc
fin;comp;CDS;834298;836409;;0;
deb;;CDS;1445917;1449822;93;*;
;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa
fin;;CDS;1450262;1450510;;;
deb;;CDS;1615201;1615542;29;*;
;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc
fin;;CDS;1615747;1616595;;;
deb;;CDS;1703617;1703835;1;*;
;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf
;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa
fin;;CDS;1704118;1705149;;0;
deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*;
;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*;
fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0;
deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*;
;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac
;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac
fin;comp;CDS;2223023;2223931;;;
deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*;
;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc
;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga
;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi
;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc
fin;comp;CDS;2284362;2285048;;;
deb;;CDS;2323802;2324866;12;*;
;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc
;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s
;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s
;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca
;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc
;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s
fin;comp;CDS;2330835;2331530;;;
deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*;
;;tmRNA;2427398;2427792;181;*;
fin;;CDS;2427974;2428249;;;
deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*;
;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc
;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca
;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta
fin;;CDS;2583489;2585177;;;
deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*;
;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg
fin;comp;CDS;2637648;2637815;;;
deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*;
;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga
;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac
;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca
;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc
fin;comp;CDS;2639727;2640881;;;
deb;;CDS;2656033;2656263;231;*;
;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s
;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s
;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca
;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc
;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s
fin;comp;CDS;2662144;2662782;;;
deb;;CDS;2693436;2695451;95;*;
;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa
;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta
;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga
;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa
;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf
;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj
;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca
;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca
fin;;CDS;2696381;2696893;;;
deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*;
;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*;
fin;comp;CDS;2740399;2740944;;;
deb;;CDS;2825449;2825763;163;*;
;;rpr;2825927;2827069;233;*;
fin;;CDS;2827303;2828151;;;
deb;;CDS;3082950;3083174;143;*;
;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc
;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s
;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s
;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca
;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc
;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s
fin;;CDS;3089337;3090032;;;

Intergen51. ant. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

ant intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679

ant par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;

epsilon, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est  13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676

pub[modifier | modifier le wikicode]

pub opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*

pub cumuls[modifier | modifier le wikicode]

pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134

pub blocs[modifier | modifier le wikicode]

Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*

pub distribution[modifier | modifier le wikicode]

distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;>1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29

pub données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: pub données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;pub;long;long
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa;fx;fc
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;;434;403
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;;445;435
5;2;20;15;51;2;12;57;-3;0;0;32;68;23s CDS;;;549;464
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;;;596;1380
;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;;;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;;;;
;0;60;19;29;6;1;14;-7;1;2;2;101;CDS 5s;;;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;;;;
1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;;;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;;;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;;;;
2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;;;;
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra;;
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca;;
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;;;;
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi;;
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc;;
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta;;
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac;;
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac;;
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc;;
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga;;
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac;;
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;CDS-CDS;inf 50;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;intercalaire;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;c-;x-;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;-65;néant;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;-59;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;-56;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;total;intercalaires;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;44,276;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;ADN long;1,308,759;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;%;3.4;;;;
;0;reste;4;4;reste;133;176;-42;0;0;;;;;;;
22;28;total;234;601;total;234;601;-43;1;0;;nonRNA;18;;;;
20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;
;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;;;;
;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;;;
;;;;;;1386;;total;95;377;;;;;;;

pub autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: pub autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;pub;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;9267;10214;4;*;
;;tmRNA;10219;10520;-2;*;
fin;comp;CDS;10519;10890;;0;
deb;comp;CDS;38328;38795;255;*;
;comp;ncRNA;39051;39405;42;*;
fin;comp;CDS;39448;40191;;;
deb;;CDS;41060;41653;20;*;
;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi
;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc
fin;comp;CDS;41900;43723;;;
deb;comp;CDS;114873;116147;3;*;
;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa
fin;comp;CDS;116257;117102;;0;
deb;comp;CDS;319204;319548;22;*;
;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc
fin;;CDS;319743;320384;;0;
deb;comp;CDS;407852;408448;68;*;
;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg
fin;;CDS;408609;410315;;;
deb;comp;CDS;414886;415407;26;*;
;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt
fin;;CDS;415586;416773;;;
deb;;CDS;438405;440213;2;*;
;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc
fin;comp;CDS;440311;441081;;;
deb;;CDS;461643;462362;2;*;
;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc
fin;;CDS;462540;462737;;;
deb;;CDS;466335;466550;5;*;
;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc
deb;;CDS;466720;466932;235;*;
;;tRNA;467168;467242;5;*;cac
fin;;CDS;467248;468645;;;
deb;comp;CDS;496262;498457;70;*;
;comp;regulatory;498528;498615;91;*;
fin;;CDS;498707;499813;;1;
deb;comp;CDS;509729;511027;330;*;
;;rRNA;511358;512832;98;*;1475
;;tRNA;512931;513007;9;*;atc
;;tRNA;513017;513092;149;*;gca
;;rRNA;513242;515995;446;*;2754
fin;;CDS;516442;516975;;;
deb;;CDS;563601;564479;52;*;
;;rRNA;564532;564646;13;*;115
fin;;CDS;564660;564785;;;
deb;;CDS;567715;568413;18;*;
;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf
fin;comp;CDS;568515;568709;;;
deb;comp;CDS;593396;594376;23;*;
;;tRNA;594400;594476;16;*;cga
fin;comp;CDS;594493;595425;;;
deb;;CDS;648881;649762;24;*;
;;regulatory;649787;649876;77;*;
fin;;CDS;649954;651060;;;
deb;comp;CDS;731869;732777;9;*;
;comp;regulatory;732787;732850;88;*;
fin;comp;CDS;732939;733529;;0;
deb;;CDS;785951;786466;32;*;
;;regulatory;786499;786587;-13;*;
fin;;CDS;786575;788023;;;
deb;comp;CDS;842772;843023;101;*;
;;tRNA;843125;843209;16;*;cta
fin;;CDS;843226;844659;;;
deb;;CDS;846722;849106;49;*;
;;tRNA;849156;849231;13;*;gta
;;tRNA;849245;849321;88;*;gac
fin;;CDS;849410;849778;;;
deb;;CDS;934654;936063;31;*;
;;tRNA;936095;936171;170;*;aga
fin;;CDS;936342;937382;;;
deb;;CDS;941232;942389;19;*;
;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac
;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc
fin;;CDS;942739;945366;;;
deb;;CDS;970015;971127;200;*;
;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa
fin;comp;CDS;971424;972251;;0;
deb;;CDS;975062;975328;0;*;
;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca
fin;;CDS;975511;976392;;;
deb;comp;CDS;985615;986127;93;*;
;;tRNA;986221;986297;4;*;cca
fin;;CDS;986302;986583;;;
deb;;CDS;988522;990216;50;*;
;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa
fin;;CDS;990365;990598;;;
deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*;
;;regulatory;1005818;1005886;4;*;
fin;;CDS;1005891;1007219;;1;
deb;;CDS;1029539;1031752;0;*;
;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc
fin;;CDS;1031913;1033166;;;
deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*;
;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg
deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*;
;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga
;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac
deb;;CDS;1087091;1087834;33;*;
;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca
deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*;
;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta
fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1;
deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*;
;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*;
deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*;
;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*;
fin;comp;CDS;1127719;1127925;;;
deb;;CDS;1165696;1166454;141;*;
;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj
fin;comp;CDS;1166737;1166964;;;

Intergen51. pub. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

pub intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
  • Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381

actino[modifier | modifier le wikicode]

Actinoplanes sp. SE50/110[modifier | modifier le wikicode]

ase opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;;
;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;;
;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;;
;;;;;;;;;;;
;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;;
;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;;
;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;;
;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;;
comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;;
;;;;;;;;;;;
comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;;
comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;;
;46588..47385;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;;
;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;;
;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;;
;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;;
;574910..576340;;CDS;;;;;;477;;
;;;;;;;;;;;
comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;;
comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;;
comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;;
comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;;
comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;;
comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;;
comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;;
;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;;
;165134..166444;;CDS;;;;;;437;;
;;;;;;;;;;;
comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;;
;458877..458950;;acg;;74;74;;;;;
comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;;
;;;;;;;;;;;
;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;;
;628439..628515;;gac;;5;5;;;;;
comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;;
;;;;;;;;;;;
;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;;
;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;;
comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;;
;;;;;;;;;;;
;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;;
comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;;
;749000..749491;;CDS;;;;;;164;;
;;;;;;;;;;;
;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;;
;754798..754873;;acc;;44;;44;;;;
;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;;
;755129..755296;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;;
;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;;
;756480..756857;;CDS;;;;;;126;;
;;;;;;;;;;;
;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;;
;942060..942142;;tta;;221;221;;;;;
;942364..943218;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;;
comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;;
comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;;
;;;;;;;;;;;
;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;;
comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;;
comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;;
;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;;
comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;;
;;;;;;;;;;;
comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;;
;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;;
;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;;
comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;;
;;;;;;;;;;;
;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;;
comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;;
comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;;
;;;;;;;;;;;
comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;;
comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;;
;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;;
;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;;
;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;;
;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;;
;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;;
comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;;
;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;;
;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;;
;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;;
< comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;;
;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;;
<>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;;
;;;;;;;;;;;
comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;;
comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;;
;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;;
comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;;
;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;;
;;;;;;;;;;;
comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;;
;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;;
;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;;
;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;;
comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;;
;;;;;;;;;;;
comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;;
comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;;
comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;;
comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;;
comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;;
comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;;
;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;;
;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;;
comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;;
;;;;;;;;;;;
;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;;
comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;;
comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;;
comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;;
comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;;
comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;;
comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;;
comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;;
comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;;
comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;;
comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;;
;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;;
;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;;
;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;;
;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;;
;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;;
;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;;
;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;;
;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;;
;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;;
;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;;
;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;;
;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;;
;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;;
;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;;
;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;;
;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;;
;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;;
;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;;
;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;;
;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;;
;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;;
;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;;
;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;;
;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;;
;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;;
;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;;
;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;;
;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;;
;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;;
;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;;
;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;;
comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;;
;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;;
;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;;
;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;;
comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;;
comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;;
;;;;;;;;;;;
comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;;
comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;;
comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;;
comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;;
comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;;
;;;;;;;;;;;
;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;;
comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;;
comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;;
;;;;;;;;;;;
;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;;
comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;;
comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;;
comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;;
comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;;
comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;;
comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;;
;;;;;;;;;;;
;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;;
comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;;
;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;;
;;;;;;;;;;;
;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;;
comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;;
comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;;
comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;;
comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;;
;;;;;;;;;;;
;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;;
;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;;
comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;;
comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;;
comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;;
;;;;;;;;;;;
comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;;
comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;;
comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;;
;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;;
comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;;
;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;

ase cumuls[modifier | modifier le wikicode]

ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62

ase blocs[modifier | modifier le wikicode]

ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773

ase remarques[modifier | modifier le wikicode]

ase distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;

ase données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ase données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;CDS rRNA;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;inf 50;CDS-CDS;;400-700;reste;Sup 700;Sup 900
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;c;aa;c-;x-;ase;fx;fc;fx;fc;fc
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;16s 23s;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;suite;-119;-120;400;2429;3562;701;702;907
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;2* 345;245;;atc;97;cgt;-119;-119;410;11;5;704;711;923
1;3;20;91;281;2;4;60;-3;0;0;151;387;491;793;2* 344;**;;gca;14;aag;-110;-111;420;17;19;707;711;934
;2;30;93;195;3;23;38;-4;90;886;595;185;530;;2* 352;15;;ttc;11;aga;-106;-109;430;11;8;723;711;945
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;23s 5s;62;;gac;1;aaa;-106;-109;440;14;6;725;719;961
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;5s CDS;;2* 105;**;;gaa;1;atgf;-101;-107;450;8;11;731;723;969
1;3;60;128;185;6;13;27;-7;11;18;274;459;245;377;114;47;;acc;1;gtc;-100;-106;460;13;6;732;725;970
2;1;70;139;191;7;13;30;-8;6;71;434;430;983;122;100;**;;atgj;5;gaa;-97;-105;470;7;9;747;732;990
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;;247;176;118;;aag;44;aac;-97;-93;480;10;10;757;740;995
;2;90;105;170;9;16;54;-10;4;9;42;262;;83;175;**;;aag;1;tcc;-95;-93;490;12;9;757;740;1018
1;3;100;104;123;10;12;67;-11;17;22;1343;54;;;;;130;gga;2;gtg;-94;-88;500;7;6;765;743;1028
1;1;110;96;121;11;9;49;-12;5;0;94;132;;;;**;;cca;96;cac;-94;-87;510;14;8;783;745;1032
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;;;;29;;tgc;**;other;-91;-86;520;6;8;790;748;1034
;0;130;97;95;13;8;33;-14;18;12;79;296;;;;**;;gcg;152;ctg;-89;-86;530;1;3;791;748;1044
5;2;140;88;89;14;4;27;-15;11;1;103;217;;;;20;;ctc;**;gca;-86;-82;540;10;6;813;749;1050
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;;;;**;;tac;18;gtc;-82;-82;550;4;7;815;755;1057
1;1;160;73;82;16;16;29;-17;12;6;221;1132;;;;9;;cgg;38;tgc;-79;-81;560;5;5;818;760;1083
1;0;170;67;70;17;6;23;-18;4;0;203;131;;;;17;;cca;**;ggc;-76;-80;570;7;5;832;763;1129
2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;;;5;;agc;28;gtc;-74;-74;580;4;10;833;763;1172
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;;;4;;ctg;38;tgc;-70;-72;590;3;9;848;763;1179
;0;200;66;57;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;ggc;-70;-72;600;5;3;867;764;1207
2;1;210;56;44;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;gag;-67;-69;610;4;5;874;773;1238
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;gag;-59;-68;620;4;6;877;773;1251
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;cag;-59;-68;630;6;5;881;780;1253
;0;240;39;37;24;11;13;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;cgt;-55;-67;640;4;5;883;783;1259
;1;250;42;47;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;agc;-52;-67;650;4;4;891;788;1260
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;;-52;-66;660;4;1;912;792;1267
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;;-52;-65;670;4;6;944;796;1289
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;;;-65;680;4;3;962;797;1292
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;;;-65;690;0;2;964;799;1297
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;;;-64;700;2;1;965;802;1320
;0;310;31;21;31;1;22;-32;8;3;31;112;451;;;1;;ttg;;;;-62;;;;967;802;1331
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;;;-62;;;;981;804;1338
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;;;-59;;;;990;814;1392
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;;;-59;;;;993;819;1395
1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;;;-59;;;;998;821;1411
;0;360;25;18;36;7;19;-37;1;2;34;175;71;;;1;;acg;;;;-59;;;;999;827;1458
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;35;204;81;;;5;;ctg;;;;-58;;;;1042;830;1484
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;412;273;37;;;30;;gcg;;;;-58;;;;1054;834;1508
1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;380;91;171;;;5;;gac;;;;-58;;;;1081;840;1532
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;113;116;190;;;1;;agc;;;;-57;;;;1083;840;1616
9;10;reste;262;292;reste;2281;2675;-42;2;0;51;329;370;;;**;;atc;;;;-56;;;;1103;845;1782
45;56;total;2691;3854;total;2691;3854;-43;2;1;55;408;524;;;;;;;;;-56;;;;1116;846;1920
35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;116;77;;;;;;;;;;-56;;;;1189;860;1991
2;5; t30;;;;;;-45;0;0;451;1017;;;;;;;;;;-56;;;;1195;862;2155
;;;;;;;;-46;0;1;65;;;;;;;;;;;-54;;;;1258;862;2255
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;135;;;;;;;;;;;-53;;;;1263;867;2663
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;296;;;;;;;;;;;-53;;;;1285;873;3263
;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;599;;;;;;;;;;;-53;;;;1409;875;3290
;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;71;;;;;;;;;;;-53;;;;1467;882;3760
;;;;;8197;183;;reste;53;28;81;;;;;;;;;;;-51;;;;1526;885;
;;;;;;8380;;total;352;1300;37;;;;;;;;;;;-51;;;;2014;;
;;;;;;;;;;;171;;;;;;;;;;;-51;;;;2080;;
;;;;;;;;;;;190;;;;;;;;;;total;intercalaires;;;;2103;;
;;;;;;;;;;;370;;;;;;;;;;;1,100,127;;;;2272;;
;;;;;;;;;;;524;;;;;;;;;;ADN long;9,239,851;;;;2918;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;%;11.9;;;;3118;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;non RNA;8;;;;;;

ase autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ase autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ase;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;12497;13392;78;*;
;;tRNA;13471;13544;245;*;atc
;;tRNA;13790;13862;202;*;gca
fin;comp;CDS;14065;14607;;;
deb;comp;CDS;45153;45968;279;*;
;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg
fin;;CDS;46588;47385;;;
deb;;CDS;65469;66323;387;*;
;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg
fin;comp;CDS;66936;67442;;0;
deb;comp;CDS;145264;145572;595;*;
;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc
;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac
;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa
fin;comp;CDS;146807;147778;;;
deb;;CDS;153733;155094;555;*;
;;rRNA;155650;157166;345;*;16s
;;rRNA;157512;160585;105;*;23s
;;rRNA;160691;160807;377;*;5s
fin;comp;CDS;161185;161988;;0;
deb;;CDS;164168;164716;92;*;
;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa
fin;;CDS;165158;166444;;;
deb;;CDS;261106;261627;434;*;
;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa
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deb;comp;CDS;457033;458691;185;*;
;;tRNA;458877;458950;74;*;acg
fin;comp;CDS;459025;460683;;0;
deb;;CDS;568633;569007;491;*;
;;rRNA;569499;571014;345;*;16s
;;rRNA;571360;574433;114;*;23s
;;rRNA;574548;574664;245;*;5s
fin;;CDS;574910;576340;;;
deb;;CDS;627485;628396;42;*;
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deb;;CDS;643285;644433;1343;*;
;;tRNA;645777;645849;459;*;agg
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deb;;CDS;747348;748337;430;*;
;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac
fin;;CDS;749000;749491;;;
deb;;CDS;752175;754703;94;*;
;;tRNA;754798;754870;47;*;acc
;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj
fin;;CDS;755129;755296;;;
deb;;CDS;755829;756224;79;*;
;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg
fin;;CDS;756480;756857;;;
deb;;CDS;940643;942004;55;*;
;;tRNA;942060;942142;221;*;tta
fin;;CDS;942364;943218;;0;
deb;;CDS;1120784;1121443;33;*;
;;tmRNA;1121477;1121858;553;*;
fin;comp;CDS;1122412;1122636;;;
deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*;
;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc
fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0;
deb;;CDS;1222705;1223634;262;*;
;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta
fin;comp;CDS;1224225;1224701;;;
deb;;CDS;1237525;1238115;91;*;
;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac
fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0;
deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*;
;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag
;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag
fin;comp;CDS;1249654;1249878;;;
deb;;CDS;1335812;1336096;296;*;
;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga
fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0;
deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*;
;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga
;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca
fin;;CDS;1400763;1402112;;;
deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*;
;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s
;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s
;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s
fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0;
deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*;
;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac
fin;;CDS;1520860;1522122;;;
deb;;CDS;1522138;1522311;47;*;
;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi
fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0;
deb;;CDS;1604562;1605026;38;*;
;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta
fin;comp;CDS;1606269;1606883;;;
deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*;
;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*;
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;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg
fin;;CDS;1937036;1937656;;;
deb;;CDS;2434657;2435559;19;*;
;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc
fin;;CDS;2435813;2438881;;;
deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*;
;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s
;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s
;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s
fin;comp;CDS;2577025;2577462;;;
deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*;
;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc
;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg
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;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac
fin;comp;CDS;4902449;4903369;;;
deb;;CDS;4989030;4989761;22;*;
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;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc
;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac
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;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg
;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca
;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc
;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg
;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag
;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc
;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt
;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc
;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg
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;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga
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;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg
;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc
;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag
;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga
;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa
;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg
;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc
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;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag
;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc
;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg
;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg
;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg
;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac
;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc
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;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt
;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag
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;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa
;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf
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;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac
;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc
;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg
;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac
;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other
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deb;;CDS;6543191;6543619;412;*;
;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg
;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca
deb;;CDS;6544712;6545917;113;*;
;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac
fin;comp;CDS;6546284;6546739;;;
deb;;CDS;6934653;6935819;69;*;
;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc
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;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s
;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s
;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s
fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0;
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;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg
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;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s
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deb;;CDS;7710075;7711193;136;*;
;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc
;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc
;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc
fin;;CDS;7711727;7712905;;1;
deb;;CDS;8111157;8111843;546;*;
;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag
;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag
;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag
fin;comp;CDS;8113651;8114445;;;
deb;;CDS;8275151;8275810;65;*;
;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg
fin;comp;CDS;8276367;8276921;;;
deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*;
;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf
fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0;
deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*;
;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf
fin;comp;CDS;8399858;8402857;;;
deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*;
;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa
fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0;
deb;;CDS;8623005;8623730;64;*;
;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg
fin;comp;CDS;8624043;8624798;;;
deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*;
;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca
fin;comp;CDS;8822532;8824394;;;
deb;;CDS;8945870;8946763;190;*;
;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg
fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0;
deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*;
;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*;
;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc
fin;comp;CDS;8967346;8967687;;;
deb;;CDS;8969168;8969500;91;*;
;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg
fin;;CDS;8969798;8970505;;0;
deb;;CDS;9077764;9078855;329;*;
;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt
fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0;
deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*;
;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt
;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc
fin;;CDS;9087851;9089017;;0;
deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*;
;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca
fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0;

Intergen51. ase. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

ase intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, t30 t50.
  • Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0
220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1
240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1
260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0
270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0
280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1
290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0
300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0
310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1
320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0
330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0
340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0
350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1
360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0
370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0
380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1
390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0
400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1
reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0
total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0
diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2
 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1
 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7
;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28

blo[modifier | modifier le wikicode]

blo opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s  4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;

blo blocs[modifier | modifier le wikicode]

blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120

blo remarques[modifier | modifier le wikicode]

blo distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;

blo données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: blo données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA;CDS;;rRNA;tRNA;;rRNA;bloc;tRNA;tRNA;;reste;Sup;400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;blo;long;long;;;;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;c;c;aa;fx;fc;;;;;
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS;16s;;16s;23s;tRNA;tRNA;hors;bloc;403;403;
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;432;43;aac;406;407;;;;;
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;3*;431;**;aac;416;408;;;;
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s;CDS;;23s;5s;27;ggc;417;411;;;
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;375;188;4*;170;41;tgc;418;412;;;;
;0;50;16;39;5;3;9;-6;;1;64;95;;251;;48;gtc;418;414;;;;;
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;5s;16s;;;31;gtg;426;415;;;;
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;866;;;**;ggc;433;416;;;;;
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;;;;29;cgt;439;417;;;;;
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;;;;**;cgt;445;419;;;;;
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;;;;89;gcc;456;425;;;;;
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;;;;**;gcc;457;428;;;;;
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;;;87;acg;458;435;;;;;
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;;;;**;cta;474;442;;;;;
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;;;;48;gtg;479;455;;;;;
;3;150;15;29;15;1;14;-16;;1;467;175;;;;46;gtc;484;461;;;;;
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;;;;**;ggc;485;463;;;;;
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;;;;39;cag;489;465;;;;;
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;;;;**;gag;491;479;;;;;
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;;;;42;atc;495;485;;;;;
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;;;;**;gca;499;485;;;;;
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;;;;1;tac;507;510;;;;;
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;;;;4;acc;512;519;;;;;
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;;;;**;atgj;514;524;;;;;
;1;240;5;18;24;3;4;-25;1;0;433;333;;;;47;gac;546;525;;;;;
;1;250;9;13;25;1;6;-26;;1;113;253;;;;**;ttc;552;526;;;;;
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;;CDS-CDS;inf;50;;;554;532;;;;
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;;intercalaire;;;;557;535;;;;;
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;;c-;x-;;;559;536;;;;;
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;;-86;-102;;;586;549;;;;;
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;;-53;-85;;;589;549;;;;;
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;;total;intercalaires;;;593;557;;;;;
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;;;267,098;;;603;559;;;;;
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;;ADN;long;2,256,640;;;605;587;;;;
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;;%;11.8;;;620;606;;;;;
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;;;;;;626;618;;;;;
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;;non;RNA;16;;;649;627;;;;
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;;;;;;667;628;;;;;
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;;;;;;673;631;;;;;
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;;;;679;635;;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;;;;688;653;;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;;;;729;666;;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;;;;745;698;;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;;;;746;735;;;;;
0;0;;t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;;;;773;752;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;;;;1003;765;;;;;
;;Récapitulatif;des;effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;;;;1037;780;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;;;;1253;831;;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;;;;1331;922;;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;;;;;982;;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;;;;;1039;;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;;;;;;;;;;

blo autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: blo autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;blo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54774;55427;6;*;
;comp;regulatory;55434;55585;84;*;
fin;;CDS;55670;56692;;0;
deb;;CDS;114598;115023;163;*;
;;tRNA;115187;115260;231;*;gta
fin;;CDS;115492;117195;;;
deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*;
;comp;regulatory;140900;141008;336;*;
fin;;CDS;141345;142817;;;
deb;;CDS;158126;158626;618;*;
;;rRNA;159245;160770;432;*;16s
;;rRNA;161203;164268;170;*;23s
;;rRNA;164439;164555;188;*;5s
fin;comp;CDS;164744;165571;;0;
deb;;CDS;205431;206360;187;*;
;;tmRNA;206548;206944;238;*;
deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*;
;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg
fin;comp;CDS;207612;207896;;;
deb;;CDS;327271;327864;8;*;
;comp;ncRNA;327873;328247;493;*;
fin;;CDS;328741;329403;;;
deb;;CDS;381615;382658;190;*;
;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac
;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac
fin;;CDS;383325;384260;;0;
deb;;CDS;439838;440116;-39;*;
;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac
fin;;CDS;440709;441398;;0;
deb;comp;CDS;502556;503389;159;*;
;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc
;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc
;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc
;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg
;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc
fin;;CDS;504209;506242;;;
deb;;CDS;518814;520943;64;*;
;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc
fin;;CDS;521298;522827;;;
deb;comp;CDS;647871;648668;95;*;
;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc
fin;;CDS;648912;649790;;;
deb;comp;CDS;745690;747108;187;*;
;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt
;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt
fin;comp;CDS;747590;749008;;;
deb;;CDS;774507;775529;116;*;
;;tRNA;775646;775716;94;*;caa
fin;;CDS;775811;777193;;;
deb;;CDS;777792;778490;218;*;
;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc
;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc
fin;;CDS;779150;780820;;;
deb;;CDS;790385;793456;272;*;
;;tRNA;793729;793802;467;*;cca
fin;;CDS;794270;795018;;1;
deb;comp;CDS;803537;804322;67;*;
;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg
fin;;CDS;804668;805267;;0;
deb;comp;CDS;840296;840865;192;*;
;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta
fin;comp;CDS;841295;842296;;;
deb;comp;CDS;884674;884868;174;*;
;comp;regulatory;885043;885146;70;*;
fin;comp;CDS;885217;886689;;0;
deb;comp;CDS;902480;903079;104;*;
;comp;regulatory;903184;903288;90;*;
fin;comp;CDS;903379;904746;;0;
deb;comp;CDS;935658;936719;336;*;
;;tRNA;937056;937131;149;*;cac
fin;;CDS;937281;938306;;0;
deb;comp;CDS;980173;980928;251;*;
;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga
fin;;CDS;981330;982538;;0;
deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*;
;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg
;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta
fin;;CDS;1202866;1203867;;0;
deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*;
;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg
fin;comp;CDS;1208379;1209137;;;
deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*;
;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg
;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc
;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc
fin;;CDS;1264898;1265449;;;
deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*;
;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg
fin;;CDS;1280764;1281390;;0;
deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*;
;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf
fin;;CDS;1295976;1296182;;;
deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*;
;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag
fin;comp;CDS;1350274;1350720;;;
deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*;
;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa
fin;;CDS;1389126;1390664;;;
deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*;
;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc
fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0;
deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*;
;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag
;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag
fin;;CDS;1424972;1425556;;0;
deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*;
;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*;
fin;;CDS;1448664;1450847;;0;
deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*;
;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*;
fin;comp;CDS;1479502;1480089;;;
deb;;CDS;1523012;1524079;62;*;
;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg
fin;comp;CDS;1524290;1525228;;;
deb;;CDS;1533182;1534495;306;*;
;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg
fin;;CDS;1535759;1536615;;0;
deb;;CDS;1605867;1606060;102;*;
;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc
;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca
fin;comp;CDS;1606708;1606953;;;
deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*;
;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca
fin;comp;CDS;1647042;1648019;;;
deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*;
;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s
;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s
;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s
;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s
;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s
;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s
fin;comp;CDS;1717641;1718426;;;
deb;;CDS;1769786;1769896;55;*;
;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg
fin;;CDS;1770354;1771364;;0;
deb;;CDS;1904329;1905534;130;*;
;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg
fin;;CDS;1905778;1906005;;;
deb;;CDS;1907638;1908330;573;*;
;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s
;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s
;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s
fin;;CDS;1914589;1915422;;;
deb;;CDS;1935774;1935953;178;*;
;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga
fin;;CDS;1936725;1939109;;;
deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*;
;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac
;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc
;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj
fin;;CDS;1971690;1971857;;;
deb;;CDS;1978293;1979240;71;*;
;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc
fin;;CDS;1979775;1981118;;;
deb;;CDS;2014827;2015627;397;*;
;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg
fin;;CDS;2016437;2018005;;;
deb;;CDS;2045606;2046892;179;*;
;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca
fin;;CDS;2047402;2047542;;;
deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*;
;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg
fin;;CDS;2068918;2070600;;;
deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*;
;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0;
deb;;CDS;2086731;2087744;224;*;
;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac
;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc
fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0;
deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*;
;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac
fin;;CDS;2111349;2112299;;0;
deb;;CDS;2129279;2130508;117;*;
;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi
fin;;CDS;2130837;2131049;;;
deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*;
;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg
fin;;CDS;2171669;2171887;;;

Intergen51. blo. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

blo intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1
160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7
170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0
180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2
190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1
200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0
210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0
220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0
230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0
240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0
250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1
260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0
270;6;17;;270;13;17;27;1;3;;;-28;1;1
280;11;11;;280;25;11;28;1;3;;;-29;0;0
290;4;3;;290;9;3;29;1;4;;;-30;0;0
300;5;12;;300;11;12;30;1;2;;;-31;0;1
310;6;7;;310;13;7;31;2;6;;;-32;1;0
320;5;11;;320;11;11;32;1;3;;;-33;0;0
330;3;3;;330;7;3;33;4;2;;;-34;0;0
340;7;5;;340;16;5;34;1;4;;;-35;1;0
350;2;3;;350;4;3;35;0;2;;;-36;0;0
360;6;6;;360;13;6;36;1;3;;;-37;0;0
370;3;1;;370;7;1;37;1;3;;;-38;1;0
380;5;4;;380;11;4;38;1;2;;;-39;1;0
390;2;2;;390;4;2;39;1;9;;;-40;0;0
400;3;3;;400;7;3;40;2;0;;;-41;0;0
reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0
total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1
diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0
 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210

sma[modifier | modifier le wikicode]

sma opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;;
70%GC;30.6.19 Paris;16s  6;74;doubles;intercalaires
;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;;
;357776..357847;;gtg;;
;;;;;
comp;1219274..1219346;;gga;;
;;;;;
comp;1225751..1225823;;gga;;
;;;;;
;1675869..1675942;;atgf;;
;;;;;
comp;1965347..1965423;;ccc;;
;;;;;
comp;1992012..1992088;;ccc;;
;;;;;
comp;2222599..2222686;;ctc;;
;;;;;
comp;3072632..3072707;;acc;;
;;;;;
comp;3073568..3073684;;5s;@1;84
comp;3073769..3076918;;23s;;288
comp;3077207..3078737;;16s;;
;;;;;
comp;3295252..3295324;;gag;+;20
comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21
comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62
comp;3295573..3295645;;gag;;42
comp;3295688..3295759;;cag;;
;;;;;
;3655871..3655942;;cgg;;
;;;;;
comp;3813093..3813166;;atgf;;
;;;;;
comp;3815457..3815530;;atgf;;
;;;;;
comp;4362610..4362695;;tta;;
;;;;;
;4410534..4410608;;caa;;
;;;;;
comp;4542466..4542542;;gcg;;
;;;;;
;4589760..4589835;;agg;;
;;;;;
comp;4886830..4886906;;aca;;
;;;;;
comp;5024109..5024225;;5s;;84
comp;5024310..5027458;;23s;;288
comp;5027747..5029277;;16s;;
;;;;;
comp;5051970..5052043;;atgf;;
;;;;;
comp;5055486..5055561;;aaa;;
;;;;;
;5063087..5063159;;gaa;;47
;5063207..5063281;;gac;;24
;5063306..5063382;;ttc;;
;;;;;
;5068123..5068197;;gac;;
;;;;;
;5081640..5081711;;gga;;79
;5081791..5081866;;ggc;;
;;;;;
;5085779..5085854;;ggc;;
;;;;;
;5095224..5095311;;tcc;;
;;;;;
;5129698..5129782;;tcg;;
;;;;;
comp;5154937..5155009;;cgt;;205
comp;5155215..5155305;;agc;;
;;;;;
comp;5177691..5177777;;tca;;
;;;;;
comp;5206939..5207028;;agc;;
;;;;;
comp;5299302..5299378;;atc;;
;;;;;
;5304905..5304977;;gca;;
;;;;;
;5322106..5322192;;ctg;;
;;;;;
comp;5452769..5452842;;ggg;;
;;;;;
comp;5594481..5594554;;ccg;;
;;;;;
;5650316..5650389;;acg;;
;;;;;
;5759342..5760872;;16s;;288
;5761161..5764309;;23s;;84
;5764394..5764510;;5s;;
;;;;;
;5950170..5950251;;tac;;
;;;;;
;5956602..5956674;;acc;;46
;5956721..5956793;;atg;;
;;;;;
;5964532..5964607;;tgg;;
;;;;;
;6124386..6125916;;16s;;288
;6126205..6129353;;23s;;84
;6129438..6129554;;5s;;
;;;;;
comp;6242261..6242335;;tgc;;
;;;;;
comp;6279029..6279112;;cta;;
;;;;;
comp;6329202..6329278;;aag;;
;;;;;
comp;6335068..6335141;;aag;;
;;;;;
comp;6349312..6349385;;aag;;
;;;;;
comp;6372705..6372777;;cac;;
;;;;;
comp;6501509..6501584;;aga;;
;;;;;
comp;6604435..6604508;;gga;;153
comp;6604662..6604738;;cca;;
;;;;;
;6653846..6653918;;gcc;;
;;;;;
;6658303..6658375;;gcc;;
;;;;;
;6875603..6875675;;aac;+;5
;6875681..6875753;;aac;2 aac;166
;6875920..6875996;;atgi;;
;;;;;
;7021984..7022058;;gta;;
;;;;;
;7025336..7025415;;gtg;;
;;;;;
comp;7471270..7471342;;ttg;;
;;;;;
;7765513..7767043;;16s;;284
;7767328..7770477;;23s;;133
;7770611..7770727;;5s;;
;;;;;
comp;7937463..7937550;;ctc;;
;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;

sma blocs[modifier | modifier le wikicode]

sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117

sma remarques[modifier | modifier le wikicode]

sma données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: sma données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;sma;fx;fc;fx;fc
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;16s 23s;tRNA tRNA;;hors bloc;400;2281;3565;903;906
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;5* 312;37;;other;410;23;12;904;906
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;308;37;;other;420;19;21;905;910
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;23s 5s;34;;other;430;13;16;907;925
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;5* 89;**;;tct;440;9;18;915;932
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;5s CDS;;138;20;;gag;450;17;11;940;934
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;114;114;;21;;cag;460;14;16;940;938
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;134;;;62;;gag;470;9;12;967;949
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;77;;;42;;gag;480;7;9;970;984
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;144;;;**;;cag;490;6;11;981;991
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;150;;;47;;gaa;500;4;9;989;995
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;;;;24;;gac;510;4;13;1020;997
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;;;;**;;ttc;520;11;10;1030;1002
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;;;;79;;gga;530;6;8;1038;1008
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;;;;**;;ggc;540;11;6;1043;1024
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;;;;205;;cgt;550;3;7;1062;1035
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;;;;**;;agc;560;2;6;1070;1063
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;;;;46;;acc;570;9;5;1075;1078
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;;;;**;;atgj;580;4;5;1075;1090
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;;CDS-CDS;inf 50;;153;gga;590;6;6;1078;1097
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;;intercalaire;;**;;cca;600;5;6;1082;1107
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;;c-;x-;5;;aac;610;6;9;1148;1128
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;;-116;-119;166;;aac;620;5;5;1180;1143
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;;-112;-115;**;;atgi;630;4;7;1216;1160
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;;-98;-111;40;;gtc;640;4;7;1274;1190
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;;-94;-108;19;;gtc;650;3;4;1455;1248
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;;-88;-107;1;;gtc;660;4;2;1474;1254
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;;-88;-97;38;;tgc;670;1;2;1530;1282
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;;-88;-97;**;;ggc;680;6;1;1613;1283
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;;-79;-95;;;;690;4;1;1660;1289
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;;-76;-89;;;;700;9;3;1681;1332
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;;-76;-86;;;;710;3;3;1693;1373
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;;-76;-85;;;;720;2;3;2260;1382
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;;-73;-77;;;;730;0;1;3959;1415
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;;-73;-77;;;;740;1;4;4769;1497
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;;-70;-75;;;;750;0;3;;1509
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;;-67;-73;;;;760;1;3;;1522
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;;-65;-65;;;;770;3;4;;1587
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;;-64;-65;;;;780;3;2;;1663
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;;-62;-62;;;;790;4;1;;1679
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;;-59;-62;;;;800;1;4;;1839
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;;-55;-62;;;;810;4;0;;2317
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;;-55;-53;;;;820;3;1;;2597
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;;-53;-52;;;;830;1;0;;
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;;-53;-52;;;;840;0;3;;
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;;-52;;;;;850;1;1;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;total;intercalaires;;;;860;0;2;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;1,241,224;;;;870;3;1;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;ADN long;9,025,608;;;;880;3;0;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;%;13.8;;;;890;1;0;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;;;;;900;3;2;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;non RNA;6;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;;;;;

sma autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: sma autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;

Intergen51. sma. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

sma distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;

ksk[modifier | modifier le wikicode]

ksk opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s  9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;

ksk blocs[modifier | modifier le wikicode]

ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117

ksk remarques[modifier | modifier le wikicode]

ksk données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ksk données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;intercalaire;;;frequence;effectif;;long;long
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;c;c;x;aa;ksk;fx;fc;fx;fc
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;16s 23s;tRNA tRNA;;hors bloc;400;2267;3679;908;902
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;5* 291;35;;other;410;13;17;915;902
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;290;**;;other;420;15;12;930;905
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;2* 280;209;;gtg;430;12;16;939;923
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;288;**;;gtg;440;16;15;975;930
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;23s 5s;79;;ggc;450;15;11;977;986
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;6* 78;36;;tgc;460;11;8;1002;987
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;2* 76;34;;gtc;470;11;11;1005;992
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;5s CDS;;108;37;;gtc;480;9;3;1010;998
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;101;82;;**;;gtc;490;9;6;1047;1001
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;182;;;5;;aac;500;8;4;1047;1001
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;251;;;**;;aac;510;8;10;1059;1013
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;553;;;269;;gcc;520;4;8;1067;1044
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;205;;;38;;gcc;530;6;8;1072;1051
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;271;;;**;;gcc;540;8;7;1074;1056
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;3080;;;;151;cca;550;5;10;1107;1056
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;239;;;**;;gga;560;4;6;1183;1068
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;;;;18;;cga;570;8;4;1215;1115
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;;;;18;;cga;580;2;6;1268;1130
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;;;;18;;other;590;10;2;1288;1130
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;;CDS-CDS;inf 50;18;;cga;600;3;6;1311;1135
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;;intercalaire;;**;;other;610;4;6;1319;1135
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;;c-;x-;129;;aag;620;3;4;1360;1147
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;;-109;-120;**;;aag;630;4;1;1364;1171
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;;-97;-102;42;;atgj;640;3;3;1375;1188
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;;-97;-94;**;;acc;650;4;4;1381;1191
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;-94;-83;35;;cgt;660;3;6;1384;1192
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;-91;-83;240;;cgt;670;3;5;1483;1209
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;-91;-83;**;;agc;680;2;6;1540;1219
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;-91;-82;51;;ggc;690;3;2;1540;1235
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;-91;-79;**;;ggc;700;4;5;1656;1265
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;-91;-67;34;;ttc;710;4;3;1756;1288
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;-86;-67;42;;gac;720;3;1;2045;1305
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;-85;-65;**;;gaa;730;2;1;2488;1344
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;-79;-61;21;;cag;740;4;7;2735;1380
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;-77;-56;38;;gag;750;1;2;3132;1403
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;-73;-55;13;;gag;760;1;3;4435;1405
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;-68;;4;;gag;770;2;4;;1433
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;-64;;**;;gag;780;2;3;;1461
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;-64;;22;;tgc;790;3;2;;1500
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;-64;;**;;ggc;800;2;5;;1572
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;-64;;;;;810;2;2;;1618
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;-61;;;;;820;4;1;;1622
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;-61;;;;;830;5;2;;1714
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;total;intercalaires;;;;840;1;0;;1848
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;1,255,749;;;;850;6;2;;1893
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;ADN long;8,783,278;;;;860;1;3;;1919
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;%;14.3;;;;870;2;1;;2018
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;;880;0;0;;2064
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;non RNA;6;;;;890;3;2;;2158
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;;900;2;4;;2340
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;;;;;;2557
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3290
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3373
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3533
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3930

ksk autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: ksk autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
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;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
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;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
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;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;

Intergen51. ksk. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

ksk distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;

actino synthèse[modifier | modifier le wikicode]

actino données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les actino;;ase;blo;sma;ksk;;;;;;;* Autres intercalaires: 646;;;Ft: 401;Ici: 209;Reste: 36;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;;16s 23s;;23s 5s;;tRNA hors;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;405;518;77;82;1;288;1;100;9;1;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;;452;585;101;83;1;290;1;108;1;2;
5;3;0;40;29;0;40;29;-1;0;453;;491;672;114;114;1;308;1;114;1;3;
2;0;10;331;1127;1;33;135;-2;24;0;;525;675;134;122;1;432;1;138;5;4;
1;4;20;258;718;2;9;159;-3;0;1;;530;734;144;188;2;280;1;175;7;5;
0;4;30;293;514;3;41;107;-4;119;2410;;553;793;150;247;2;344;1;176;0;6;
3;10;40;243;597;4;41;116;-5;0;1;;555;852;182;251;2;345;2;76;0;7;
6;3;50;278;532;5;19;137;-6;4;3;;573;;205;377;2;352;2;105;0;8;
6;8;60;332;516;6;33;77;-7;20;41;;607;;239;;3;431;4;170;1;9;
6;10;70;337;522;7;70;69;-8;14;180;;611;;245;;5;291;5;89;0;10;
11;8;80;363;516;8;20;84;-9;3;1;;615;;251;;5;312;6;78;2;11;
1;7;90;330;516;9;36;106;-10;8;28;;618;;271;;;;;;0;12;
10;8;100;305;445;10;29;137;-11;30;73;;619;;375;;;;;;1;13;
4;11;110;289;490;11;18;115;-12;5;0;;641;;553;;;;;;1;14;
5;16;120;256;390;12;28;74;-13;13;28;;645;;983;;;;;;1;15;
2;4;130;276;440;13;23;78;-14;33;47;;653;;3080;;;;;;0;16;
11;6;140;249;373;14;12;84;-15;14;2;;799;;;;;5s 16s;;;1;17;
2;9;150;224;339;15;31;68;-16;8;14;;;;;;;866;;;5;18;
5;7;160;242;328;16;30;70;-17;19;33;;;;;;;;;;1;19;
3;4;170;212;342;17;19;63;-18;8;0;;17;7;16;8;25;1;25;99;2;20;
7;5;180;197;260;18;35;37;-19;11;17;;;;;;;;;;2;21;
7;7;190;190;270;19;33;60;-20;16;25;;;;;;;;;;1;22;
2;6;200;185;240;20;29;69;-21;2;0;;;;;;;;;;0;23;
6;3;210;175;195;21;39;49;-22;8;6;;;;;;;;;;1;24;
5;3;220;150;181;22;33;61;-23;15;17;;;;;;;;;;0;25;
2;4;230;144;199;23;27;62;-24;9;0;;;;;;;;;;0;26;
2;1;240;140;175;24;37;39;-25;3;10;;;;;;;;;;1;27;
2;3;250;142;185;25;32;44;-26;11;12;;;;;;;;;;1;28;
4;6;260;140;111;26;16;65;-27;1;1;;;;;;;;;;2;29;
5;2;270;136;146;27;36;39;-28;8;10;;;;;;;;;;1;30;
2;5;280;113;115;28;28;45;-29;9;8;;;;;;;;;;1;31;
2;2;290;94;127;29;20;73;-30;5;0;;;;;;;;;;0;32;
3;2;300;85;117;30;25;37;-31;6;6;;;;;;;;;;0;33;
6;1;310;104;102;31;18;63;-32;13;4;;;;;;;;;;3;34;
1;5;320;82;85;32;15;74;-33;3;0;;;;;;;;;;2;35;
1;3;330;71;86;33;29;49;-34;7;4;;;;;;;;;;1;36;
4;1;340;71;90;34;27;66;-35;11;2;;;;;;;;;;3;37;
2;0;350;70;69;35;22;65;-36;4;0;;;;;;;;;;5;38;
2;0;360;77;73;36;21;56;-37;1;3;;;;;;;;;;1;39;
0;3;370;49;60;37;29;55;-38;7;2;;;;;;;;;;2;40;
3;3;380;58;53;38;21;74;-39;4;0;;;;;;;;;;1;41;
2;0;390;53;71;39;29;49;-40;6;3;;;;;;;;;;4;42;
0;2;400;43;56;40;32;46;-41;3;5;;;;;;;;;;2;43;
28;31;reste;908;988;reste;7170;9803;-42;3;0;;;;;;;;;;1;44;
181;220;total;8335;12788;total;8335;12788;-43;4;4;;;;;;;;;;0;45;
;;diagr;;;;;;-44;2;5;;;;;;;;;;2;46;
;; t30;;;;;;-45;2;0;;;;;;;;;;3;47;
;;;;;;;;-46;2;1;;;;;;;;;;2;48;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;;;;;;;;;;0;49;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;0;50;
;x;8295;598;40;;;;-49;1;5;;;;;;;;;;27;;
;c;12759;3546;29;;;;-50;5;4;;;;;;;;;209;107;;
;;;;;;646;;reste;92;75;;;;;;;;;;1;51;
;;;;;;;;total;;;;;;;;;;;;1;57;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;62;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;64;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;79;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;81;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;89;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;96;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;97;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;110;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;118;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;129;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;141;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;144;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;152;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;157;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;166;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;199;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;205;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;209;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;240;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;245;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;269;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;532;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;x;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;1;130;ase
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;153;sma
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;151;ksk

actino données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

total;3854;1045;3995;3894
gen;ase;blo;ksk;sma
0;13;1;4;11
1;60;12;28;35
2;60;15;40;44
3;38;8;26;35
4;48;5;29;34
5;43;9;38;47
6;27;9;16;25
7;30;4;13;22
8;37;8;12;27
9;54;6;19;27
10;67;11;23;36
11;49;10;27;29
12;33;7;12;22
13;33;7;13;25
14;27;3;22;32
15;23;14;10;21
16;29;8;12;21
17;23;9;16;15
18;12;5;7;13
19;17;3;13;27
20;35;4;15;15
21;20;7;7;15
22;24;6;14;17
23;23;8;18;13
24;13;4;8;14
25;18;6;8;12
26;24;7;13;21
27;14;3;9;13
28;14;3;15;13
29;28;4;23;18
30;17;2;11;7
31;22;6;18;17
32;34;3;14;23
33;20;2;11;16
34;23;4;19;20
35;22;2;19;22
36;19;3;17;17
37;23;3;18;11
38;29;2;30;13
39;14;9;13;13
40;20;0;11;15
41;18;2;28;20
42;20;4;20;10
43;17;7;12;20
44;16;1;21;8
45;19;3;17;13
46;23;2;13;22
47;15;3;15;12
48;19;6;11;13
49;16;6;18;11
50;15;5;18;12
51;18;0;12;9
52;18;4;18;8
53;26;4;25;13
54;19;5;14;12
55;20;5;13;11
56;21;6;17;17
57;19;11;12;13
58;16;6;19;12
59;12;4;11;15
60;16;6;18;11
61;17;6;19;12
62;21;6;15;17
63;19;5;16;12
64;20;7;20;14
65;24;3;17;10
66;12;4;8;12
67;26;3;15;12
68;19;2;23;16
69;13;4;11;17
70;20;3;9;13
71;14;3;23;8
72;17;2;15;12
73;20;4;10;17
74;16;5;24;14
75;11;6;13;22
76;17;3;19;21
77;15;4;13;11
78;15;2;25;11
79;18;5;18;11
80;17;6;12;17
81;26;1;22;16
82;20;9;16;6
83;20;2;25;9
84;14;2;12;7
85;12;4;22;17
86;18;7;19;16
87;12;3;16;10
88;15;6;15;14
89;15;5;20;17
90;18;8;9;11
91;14;2;20;17
92;17;1;23;12
93;9;7;15;13
94;15;2;17;11
95;12;2;14;15
96;15;6;9;13
97;9;6;18;8
98;10;2;15;16
99;10;2;10;11
100;12;4;16;15
101;13;9;27;11
102;13;4;24;15
103;11;3;20;16
104;13;7;26;15
105;7;3;15;14
106;11;2;12;10
107;20;3;15;10
108;9;5;14;12
109;11;3;13;21
110;13;3;17;20
111;17;4;11;7
112;10;5;11;10
113;7;4;12;12
114;11;9;8;14
115;8;6;19;13
116;7;1;10;17
117;13;1;19;9
118;11;1;16;11
119;10;6;16;17
120;4;3;8;12
121;11;10;23;11
122;13;1;19;12
123;6;6;14;15
124;9;3;16;10
125;14;2;16;16
126;11;1;15;17
127;5;2;25;16
128;7;5;15;10
129;7;1;18;15
130;12;7;10;14
131;9;5;10;12
132;10;2;13;10
133;16;9;14;8
134;7;2;13;12
135;4;5;15;12
136;10;3;8;14
137;4;1;11;15
138;6;3;9;15
139;17;6;16;9
140;6;2;14;16
141;8;2;13;10
142;10;2;13;10
143;10;2;13;5
144;8;3;14;14
145;9;5;8;15
146;4;2;5;18
147;9;3;7;14
148;9;6;14;14
149;5;2;11;7
150;6;2;14;12
151;11;4;13;7
152;12;1;12;16
153;7;2;8;13
154;11;3;14;10
155;9;3;14;16
156;3;1;15;11
157;7;3;12;10
158;10;0;6;10
159;7;4;5;7
160;5;4;11;11
161;7;5;12;7
162;8;4;13;15
163;5;7;18;9
164;7;3;12;7
165;14;4;10;13
166;4;5;16;5
167;4;6;17;7
168;5;3;10;10
169;8;5;14;12
170;8;1;13;9
171;6;2;8;10
172;4;4;7;3
173;6;4;15;5
174;8;3;8;13
175;8;3;4;8
176;5;2;8;10
177;5;4;9;8
178;5;5;7;6
179;3;2;13;4
180;7;4;16;8
181;4;1;12;10
182;7;2;8;7
183;3;2;10;6
184;7;1;11;9
185;8;0;12;7
186;4;3;10;4
187;7;2;11;10
188;12;0;12;8
189;7;2;10;7
190;11;2;10;11
191;3;4;10;6
192;8;2;11;8
193;6;3;10;6
194;8;0;6;6
195;6;5;13;10
196;7;2;7;9
197;6;2;3;9
198;5;4;9;7
199;2;1;10;4
200;6;1;8;7
201;4;1;3;7
202;4;2;5;10
203;5;1;9;11
204;9;1;11;7
205;4;2;11;6
206;3;1;5;6
207;1;1;9;4
208;6;2;7;5
209;5;0;5;5
210;3;3;4;7
211;8;3;4;12
212;3;1;8;6
213;4;0;2;5
214;3;4;7;4
215;9;0;9;7
216;5;0;10;9
217;4;1;4;6
218;6;4;9;5
219;3;1;3;5
220;1;2;1;3
221;3;2;7;8
222;6;1;12;5
223;4;0;10;4
224;3;1;7;5
225;8;1;6;7
226;6;2;3;3
227;3;2;8;6
228;7;1;9;10
229;4;0;10;6
230;9;1;5;4
231;4;2;9;6
232;7;3;7;9
233;4;4;8;10
234;4;1;5;1
235;3;1;8;2
236;5;1;5;6
237;4;2;6;6
238;2;2;3;8
239;0;1;4;9
240;4;1;5;4
241;1;3;5;11
242;6;2;4;9
243;5;1;8;3
244;7;0;5;8
245;2;1;9;7
246;5;0;8;3
247;5;1;4;7
248;5;3;3;5
249;6;1;7;9
250;5;1;4;7
251;1;3;3;5
252;3;2;7;2
253;0;0;6;2
254;1;0;3;6
255;1;1;3;8
256;0;0;5;1
257;1;0;2;5
258;3;1;5;4
259;4;2;3;1
260;3;2;6;6
261;5;1;2;3
262;4;3;5;6
263;5;0;9;2
264;0;1;4;5
265;3;2;6;3
266;2;1;6;8
267;1;2;4;5
268;3;3;7;4
269;5;3;3;4
270;5;1;5;5
271;5;0;0;4
272;3;1;3;5
273;5;3;4;4
274;4;1;5;2
275;1;2;4;4
276;1;0;3;4
277;4;3;1;5
278;3;0;9;3
279;2;1;3;1
280;5;0;5;2
281;3;0;5;7
282;5;0;1;6
283;2;0;9;3
284;3;2;7;5
285;3;0;7;6
286;5;0;0;4
287;1;1;6;5
288;1;0;4;4
289;4;0;3;3
290;2;0;3;7
291;7;0;3;2
292;3;1;3;0
293;4;1;3;3
294;0;3;4;2
295;1;2;4;1
296;3;0;0;6
297;0;1;8;4
298;5;1;3;10
299;5;1;6;6
300;1;2;2;6
301;2;0;6;5
302;1;0;2;1
303;2;2;3;5
304;3;0;2;5
305;2;2;3;2
306;3;0;4;5
307;3;1;5;5
308;3;0;1;3
309;0;1;5;4
310;2;1;2;6
311;1;3;4;3
312;4;1;0;1
313;5;0;1;4
314;1;1;1;5
315;0;2;2;4
316;0;0;3;3
317;3;1;3;4
318;3;1;4;3
319;2;1;2;1
320;3;1;2;2
321;1;1;2;4
322;1;0;3;4
323;4;0;4;5
324;1;0;3;2
325;2;0;1;8
326;2;1;3;4
327;1;0;2;4
328;2;0;3;3
329;4;1;1;3
330;2;0;0;4
331;3;1;0;2
332;8;0;2;2
333;3;0;1;2
334;5;0;3;3
335;4;1;4;5
336;3;1;3;2
337;1;0;1;9
338;1;1;2;1
339;2;1;5;4
340;2;0;1;1
341;1;0;2;0
342;3;0;2;0
343;3;0;3;3
344;2;0;1;5
345;2;0;3;2
346;3;0;0;0
347;2;0;2;5
348;0;2;3;1
349;4;1;2;0
350;4;0;5;3
351;3;0;2;3
352;2;0;0;4
353;1;0;2;1
354;3;0;2;5
355;2;3;1;0
356;0;1;3;5
357;1;0;1;1
358;1;0;6;2
359;4;1;2;2
360;1;1;1;6
361;1;0;0;3
362;1;0;3;1
363;2;0;1;4
364;2;0;1;2
365;2;0;4;2
366;2;0;1;3
367;2;1;3;3
368;1;0;2;1
369;1;0;3;2
370;2;0;2;2
371;1;1;3;1
372;1;0;1;1
373;2;0;0;1
374;0;0;2;2
375;1;1;0;4
376;1;0;1;3
377;2;0;1;6
378;3;0;2;3
379;1;1;0;3
380;2;1;0;1
381;2;0;2;5
382;2;1;4;3
383;1;0;0;3
384;1;0;4;3
385;3;0;1;2
386;3;0;3;3
387;0;0;4;4
388;1;0;1;2
389;1;1;3;5
390;0;0;0;3
391;0;1;3;4
392;0;1;2;2
393;2;0;2;1
394;1;0;2;2
395;1;0;2;1
396;4;0;3;2
397;1;1;3;5
398;0;0;2;2
399;1;0;0;2
400;0;0;1;2
;;;;
;3549;993;3675;3554

actino distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294

actino distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295

actino distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;

actino par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26

actinobacteria, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est  36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301

cyano[modifier | modifier le wikicode]

npu[modifier | modifier le wikicode]

npu opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
> comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
< comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
<> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;

npu cumuls[modifier | modifier le wikicode]

npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85

npu blocs[modifier | modifier le wikicode]

npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289

npu remarques[modifier | modifier le wikicode]

gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1

npu distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;

npu données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: npu données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900;Sup 1100
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;npu;fx;fc;fx;fc;fc
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;1772;3413;904;903;1104
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;4* 61;;-1;atgj;410;21;25;905;906;1106
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;16s tRNA;;**;atgj;420;18;19;909;907;1119
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;4* 131;atc;44;other;430;14;30;913;909;1120
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;tRNA 23s;;**;other;440;16;18;913;910;1136
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;5s CDS;;4* 260;gca;156;aaa;450;19;29;915;912;1139
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;149;68;tRNA tRNA;intra;7;other;460;14;15;921;914;1142
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;;319;4* 82;atc gca;6;cac;470;16;16;924;917;1143
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;;176;;;48;gca;480;16;14;925;917;1146
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;;;;8;aca;490;10;19;926;918;1154
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;;;;10;atgf;500;12;14;937;918;1191
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;;;;;4;cta;510;19;13;938;919;1216
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;;;;;6;ccg;520;14;11;938;922;1221
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;;CDS-CDS;inf 50;;5;ctc;530;16;12;941;927;1247
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;;intercalaire;;;3;ctg;540;13;18;948;935;1255
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;;c-;x-;;1;cca;550;11;10;949;952;1266
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;;-107;-107;;6;tta;560;13;18;953;955;1323
;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;;-104;-102;;6;ttg;570;13;14;961;967;1391
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;;-95;-75;;3;caa;580;12;11;964;974;1392
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;;-91;-74;;5;cag;590;6;13;968;975;1394
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;;-83;-74;;6;aac;600;10;13;971;980;1402
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;;-77;-74;;81;aca;610;9;15;980;983;1429
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;;-71;-71;;4;cgt;620;7;9;984;992;1433
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;;-68;-58;;4;agc;630;12;11;987;998;1565
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;;-64;-54;;7;tac;640;9;7;994;1000;1589
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;;-62;-53;;62;gaa;650;9;8;996;1013;1590
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;;-62;-53;;3;tgg;660;6;9;999;1018;1641
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;;-61;-53;;11;atgi;670;4;7;1001;1023;1655
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;;-61;;;3;tgc;680;10;10;1012;1028;1660
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;;-59;;;4;other;690;7;5;1014;1038;1785
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;;-56;;;**;gac;700;7;14;1042;1038;2074
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;;-56;;;88;acc;710;9;5;1050;1041;2478
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;;-56;;;**;tac;720;7;4;1054;1044;3041
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;;-56;;;;;730;9;3;1073;1052;3230
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;;-55;;;;;740;5;2;1076;1054;5114
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;;-53;;;;;750;5;5;1121;1071;
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;;-53;;;;;760;8;5;1130;1079;
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;;-52;;;;;770;6;2;1131;1080;
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;;total;intercalaires;;;;780;4;8;1147;1085;
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;;;1,547,626;;;;790;3;5;1166;1097;
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;;ADN long;8,234,322;;;;800;1;6;1170;1098;
6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;;%;18.8;;;;810;8;4;1177;;
34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;;;;;;;820;3;4;1189;;
28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;;non RNA;8;;;;830;7;4;1208;;
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;;;;;;;840;1;3;1211;;
;;;;;;;;-46;1;0;270;63;;;;;;;850;3;4;1225;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;;;;;;;860;4;1;1228;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;;;;;;;870;7;4;1230;;
;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;;;;;;;880;4;6;1262;;
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;;;;;;;890;5;4;1271;;
;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;;;;;;900;3;4;1302;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;;;;;;;70;76;1375;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1409;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1422;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1435;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1445;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1447;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1468;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1484;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1586;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1591;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1653;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1658;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1715;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1724;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1761;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1852;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1897;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2111;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2137;;

npu autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: npu autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj
;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj
deb;;CDS;504299;505384;216;*;
;;tRNA;505601;505673;615;*;ata
fin;;CDS;506289;507815;;;
deb;;CDS;727418;728587;5;*;
;;tRNA;728593;728664;231;*;other
fin;;CDS;728896;730239;;;
deb;comp;CDS;777899;778429;34;*;
;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt
fin;comp;CDS;778576;779829;;;
deb;;CDS;878016;878609;384;*;
;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc
fin;;CDS;879270;879491;;;
deb;comp;CDS;954493;955170;72;*;
;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga
fin;;CDS;955672;956331;;;
deb;;CDS;1054005;1054811;290;*;
;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga
fin;comp;CDS;1055223;1056383;;;
deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*;
;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other
;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other
fin;;CDS;1083187;1084788;;;
deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*;
;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg
fin;;CDS;1175983;1176855;;;
deb;;CDS;1380042;1380593;226;*;
;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc
fin;;CDS;1381012;1381380;;;
deb;;CDS;1440092;1440529;705;*;
;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other
fin;;CDS;1441450;1441650;;;
deb;;CDS;1442145;1442867;32;*;
;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc
fin;;CDS;1443337;1444770;;;
deb;;CDS;1484155;1484853;46;*;
;;ncRNA;1484900;1485316;115;*;
fin;;CDS;1485432;1486151;;;
deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*;
;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac
fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0;
deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*;
;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489
;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc
;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca
;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887
;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118
fin;comp;CDS;2026732;2026957;;;
deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*;
;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac
fin;;CDS;2305712;2308132;;0;
deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*;
;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta
fin;;CDS;3373923;3374555;;;
deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*;
;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc
fin;comp;CDS;3435881;3436813;;;
deb;;CDS;3438597;3439685;102;*;
;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa
;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other
;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac
;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca
;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca
;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf
;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta
;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg
;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc
;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg
;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca
;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta
;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg
;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa
;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag
;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac
;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca
;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt
;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc
;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac
;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa
;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg
;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi
;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc
;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other
;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac
fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0;
deb;;CDS;3448311;3448919;80;*;
;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa
fin;;CDS;3449400;3451319;;;
deb;;CDS;3675128;3675659;409;*;
;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca
fin;comp;CDS;3676203;3676421;;;
deb;;CDS;4538041;4538745;151;*;
;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg
fin;;CDS;4539176;4540357;;0;
deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*;
;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca
fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0;
deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*;
;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*;
fin;comp;CDS;5114076;5115230;;;
deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*;
;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf
fin;comp;CDS;5428065;5429018;;;
deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*;
;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc
fin;comp;CDS;5482138;5482332;;;
deb;;CDS;5510568;5511620;319;*;
;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118
;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890
;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca
;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc
;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489
fin;;CDS;5517435;5517515;;0;
deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*;
;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi
fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0;
deb;;CDS;5573827;5574450;93;*;
;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca
fin;;CDS;5574961;5575881;;;
deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*;
;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac
fin;comp;CDS;5656038;5656589;;;
deb;;CDS;5688669;5689538;75;*;
;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc
fin;comp;CDS;5690353;5692080;;;
deb;;CDS;5756596;5757801;66;*;
;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg
fin;comp;CDS;5758078;5758233;;;
deb;;CDS;6022666;6023613;294;*;
;;tmRNA;6023908;6024297;537;*;
fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0;
deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*;
;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other
fin;;CDS;6050948;6051328;;;
deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*;
;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg
fin;comp;CDS;6077435;6078040;;;
deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*;
;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489
;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc
;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca
;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889
;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118
fin;comp;CDS;6090523;6090720;;;
deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*;
;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118
;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889
;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca
;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc
;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489
fin;;CDS;6504777;6505643;;0;
deb;;CDS;6889916;6890785;61;*;
;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa
fin;comp;CDS;6891213;6892148;;;
deb;;CDS;6948457;6949644;162;*;
;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta
fin;;CDS;6950202;6950609;;0;
deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*;
;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc
fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0;
deb;;CDS;7066111;7067829;232;*;
;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa
fin;comp;CDS;7068404;7069606;;;
deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*;
;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg
fin;comp;CDS;7072224;7073345;;;
deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*;
;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg
fin;;CDS;7076598;7077374;;0;
deb;;CDS;7130044;7131132;131;*;
;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg
fin;;CDS;7131369;7131662;;0;
deb;;CDS;7224805;7225167;146;*;
;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg
fin;;CDS;7225765;7225986;;;
deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*;
;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*;
fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0;
deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*;
;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc
fin;;CDS;7348852;7349475;;;
deb;;CDS;7506243;7506593;747;*;
;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc
fin;comp;CDS;7507465;7507830;;;
deb;;CDS;7517041;7519347;167;*;
;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj
fin;comp;CDS;7519890;7520066;;;
deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*;
;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag
fin;comp;CDS;7572740;7574992;;;
deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*;
;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca
fin;;CDS;7611395;7612312;;0;
deb;;CDS;7936008;7936736;65;*;
;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg
fin;;CDS;7937312;7938874;;;
deb;;CDS;7973321;7973482;70;*;
;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc
;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac
fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0;
deb;;CDS;7975047;7975976;100;*;
;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca
fin;;CDS;7976536;7978545;;;

Intergen51. npu. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

pmg[modifier | modifier le wikicode]

pmg opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;;
comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;;
comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;;
;75867..77216;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;;
;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;;
;133396..133845;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;;
comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;;
;240592..241041;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;;
comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;;
;259082..259333;;CDS;;;;;;84;;
;;;;;;;;;;;
comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;;
comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;;
;274272..274832;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;;
comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;;
comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;;
;;;;;;;;;;;
;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;;
comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;;
comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;;
;322592..324074;;16s;;125;;;;;;
;324200..324273;;atc;;12;;;12;;;
;324286..324358;;gca;;256;;;;;;
;324615..327496;;23s;;60;;;;;;
;327557..327673;;5s;;43;43;;;;;
comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;;
;;;;;;;;;;;
comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;;
comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;;
comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;;
;355522..355962;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;;
comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;;
comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;;
comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;;
comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;;
;;;;;;;;;;;
;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;;
;522597..522682;;tta;;78;78;;;;;
;522761..522994;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;;
comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;;
;610638..611399;;CDS;;;;;;254;;
;;;;;;;;;;;
;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;;
comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;;
comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;;
;;;;;;;;;;;
comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;;
;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;;
;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;;
;;;;;;;;;;;
;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;;
;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;;
;869384..869671;;CDS;;;;;;96;;
;;;;;;;;;;;
;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;;
;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;;
;911421..911810;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;;
comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;;
comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;;
;;;;;;;;;;;
comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;;
;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;;
;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;;
;;;;;;;;;;;
;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;;
;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;;
comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;;
comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;;
comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;;
;;;;;;;;;;;
comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;;
;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;;
;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;;
;;;;;;;;;;;
;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;;
comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;;
comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;

pmg cumuls[modifier | modifier le wikicode]

pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74

pmg blocs[modifier | modifier le wikicode]

pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293

pmg remarques[modifier | modifier le wikicode]

Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc; 
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

pmg distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;

pmg données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: pmg données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;pmg;long;long
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;404;404
;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;;601;64;;10;acc;406;405
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;5s CDS;;16s tRNA;;**;tac;421;410
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;;43;125;atc;;;421;410
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;;;tRNA 23s;;;;421;419
2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;;;258;gca;;;441;430
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;;;tRNA tRNA;intra;;;458;435
;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;;;12;atc gca;;;459;445
1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;;;;;;;471;448
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;;;;;495;449
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;;;;;508;450
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;;;;;523;461
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;;CDS-CDS;inf 50;;540;467
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;;intercalaire;;;560;478
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;;c-;x-;;560;484
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;;-65;-67;;566;518
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;;-59;-61;;574;676
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;;total;intercalaires;;579;679
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;;;149,5;;625;690
2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;;ADN long;1641879;;638;696
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;;%;9.1;;638;1643
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;;;;;800;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;;non RNA;10;;901;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;;;;;950;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;;;;;987;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;;;;;1051;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;;;;;1208;
;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;;;;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;;;;;;
;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;;;;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;;;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;;;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;;;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;;;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;;;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;;;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;;;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;;;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;;;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;;;;;;
1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;;;;;;;;;;
26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;;;;;;;;;;
24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;;;;;;;;;;
2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;;;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;;;;;;
;;;;;;1884;;total;96;157;;;;;;;;;;

pmg autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: pmg autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;pmg;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;65120;66082;306;*;
;comp;tmRNA;66389;66662;44;*;
fin;;CDS;66707;67831;;0;
deb;comp;CDS;74235;75521;4;*;
;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt
fin;;CDS;75867;77216;;0;
deb;;CDS;132034;132708;49;*;
;;tRNA;132758;132829;566;*;aac
fin;;CDS;133396;133845;;;
deb;comp;CDS;239249;240253;185;*;
;;tRNA;240439;240520;71;*;cta
fin;;CDS;240592;241041;;;
deb;comp;CDS;257573;258844;77;*;
;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt
fin;;CDS;259082;259333;;;
deb;comp;CDS;272771;274039;18;*;
;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi
fin;;CDS;274272;274832;;;
deb;;CDS;305431;305850;87;*;
;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc
fin;comp;CDS;306102;307331;;;
deb;;CDS;313891;314472;178;*;
;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca
fin;comp;CDS;314788;315123;;;
deb;comp;CDS;320549;321988;601;*;
;;rRNA;322590;324074;125;*;1483
;;tRNA;324200;324273;12;*;atc
;;tRNA;324286;324358;258;*;gca
;;rRNA;324617;327492;64;*;2882
;;rRNA;327557;327673;43;*;117
fin;comp;CDS;327717;328595;;;
deb;comp;CDS;354976;355167;88;*;
;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc
;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac
fin;;CDS;355522;355962;;;
deb;comp;CDS;434230;435660;17;*;
;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac
deb;comp;CDS;435901;436095;35;*;
;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg
fin;comp;CDS;436257;436595;;;
deb;;CDS;521448;522497;99;*;
;;tRNA;522597;522682;78;*;tta
fin;;CDS;522761;522994;;;
deb;comp;CDS;609397;609897;249;*;
;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca
fin;;CDS;610638;611399;;0;
deb;;CDS;656308;657498;17;*;
;;ncRNA;657516;657700;162;*;
fin;;CDS;657863;658162;;;
deb;;CDS;774440;775240;210;*;
;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc
fin;comp;CDS;775552;776280;;;
deb;comp;CDS;828018;828392;49;*;
;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc
fin;;CDS;828743;830740;;;
deb;;CDS;868731;869213;29;*;
;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj
fin;;CDS;869384;869671;;;
deb;;CDS;909742;910707;45;*;
;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf
fin;;CDS;911421;911810;;;
deb;;CDS;996073;996609;16;*;
;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa
fin;comp;CDS;996740;997858;;0;
deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*;
;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa
fin;;CDS;1040897;1041004;;0;
deb;;CDS;1044863;1045423;276;*;
;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca
fin;comp;CDS;1045962;1046666;;;
deb;;CDS;1134197;1134427;251;*;
;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg
fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0;
deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*;
;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga
fin;;CDS;1164647;1165600;;0;
deb;;CDS;1212124;1212894;58;*;
;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc
fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0;
deb;;CDS;1253753;1255123;525;*;
;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg
fin;;CDS;1255736;1256911;;;
deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*;
;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac
fin;;CDS;1261061;1262455;;;
deb;;CDS;1264859;1265974;12;*;
;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*;
fin;;CDS;1266131;1266904;;1;
deb;;CDS;1275239;1277272;0;*;
;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga
fin;;CDS;1277456;1278802;;;
deb;;CDS;1308006;1308797;50;*;
;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc
fin;;CDS;1308987;1309604;;;
deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*;
;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg
fin;;CDS;1420120;1420440;;;
deb;;CDS;1453287;1454075;35;*;
;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc
fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0;
deb;;CDS;1472925;1473932;94;*;
;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa
fin;;CDS;1474115;1474891;;;
deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*;
;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg
fin;comp;CDS;1486812;1487258;;;
deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*;
;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc
fin;comp;CDS;1501649;1501816;;;
deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*;
;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg
;;ncRNA;1518319;1518700;21;*;
fin;;CDS;1518722;1519471;;0;
deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*;
;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*;
fin;comp;CDS;1527743;1527955;;;
deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*;
;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc
fin;comp;CDS;1554812;1555288;;;
deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*;
;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta
fin;;CDS;1601425;1602279;;;

Intergen51. pmg. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

pmg intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158

cyano synthèse[modifier | modifier le wikicode]

cyano données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les cyanobactéries;;npu;pmg;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 240;;;Ft: 163;Ici: 59;Reste: 18;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;tRNA in;;tRNA hors;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;;315;149;43;;4;61;1;125;1;258;1;12;1;1;
fxt;fct;cyano;fx;fc;cyano;fx40;fc40;cyano;x-;c-;;;317;;68;;1;64;4;131;4;260;4;82;4;3;
3;40;12;268;4;5;51;-6;0;1;713;;;317;;176;;;;;;;;;;4;4;
3;60;21;206;6;5;47;-8;9;204;216;;;601;;319;;;;;;;;;;2;5;
5;80;38;196;8;3;42;-10;0;0;474;;;676;;;;;;;;;;;;5;6;
8;100;51;192;10;1;43;-12;3;0;234;;;;;;;;;;;;;;;2;7;
1;120;47;187;12;1;40;-14;0;9;706;;;5;1;4;;5;;5;;5;;5;;1;8;
10;140;54;165;14;4;28;-16;0;47;70;;;;;;;;;;;;;;;2;10;
7;160;51;192;16;2;27;-18;0;0;319;;;;;;;;;;;;;;;1;11;
1;180;29;171;18;1;39;-20;0;8;401;;;;;;;;;;;;;;;1;44;
8;200;35;160;20;4;31;-22;2;38;354;;;;;;;;;;;;;59;;1;48;
1;220;22;195;22;1;34;-24;0;0;107;;;;;;;;;;;;;;;1;62;
2;240;32;161;24;2;31;-26;1;14;103;;;;;;;;;;;;;;;1;81;
3;260;28;118;26;0;29;-28;0;29;136;;;;;;;;;;;;;;;1;88;
1;280;22;136;28;1;29;-30;1;1;325;;;;;;;;;;;;;;;1;156;
7;300;28;114;30;2;27;-32;0;7;954;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;320;30;112;32;1;19;-34;1;18;172;;;;;;;;;;;;;;;28;;
2;340;26;113;34;1;27;-36;1;0;246;;;;;;;;;;;;;;;1;-1;c npu
2;360;21;90;36;2;20;-38;0;1;397;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;380;22;84;38;1;25;-40;1;11;200;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;400;20;74;40;1;27;-42;0;0;156;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;420;19;60;42;0;17;-44;0;2;1956;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;440;12;70;44;4;12;-46;0;6;456;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;460;17;77;46;0;15;-48;0;0;716;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;480;19;57;48;0;18;-50;0;4;417;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;500;16;65;50;0;16;-52;0;11;181;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;520;14;76;52;2;25;-54;0;0;751;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;540;17;55;54;5;26;-56;0;4;280;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;560;9;54;56;4;27;-58;0;1;719;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;580;11;49;58;4;24;-60;0;0;604;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;600;12;51;60;2;26;-62;0;2;370;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;620;12;43;62;4;16;-64;0;4;150;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;640;10;46;64;1;21;-66;0;0;113;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;660;10;36;66;3;19;-68;0;0;507;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;680;5;39;68;5;8;-70;0;6;155;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;700;4;43;70;2;17;-72;0;0;118;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;720;11;43;72;7;27;-74;0;4;160;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;740;6;22;74;3;19;-76;0;5;153;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;760;2;36;76;2;23;-78;0;0;111;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;780;3;17;78;5;25;-80;0;1;329;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;800;5;31;80;6;21;-82;0;2;145;;;;;;;;;;;;;;;;;
15;0;146;607;0;877;3841;-84;0;0;171;;;;;;;;;;;;;;;;;
103;0;980;4947;0;979;4947;-86;0;1;61;;;;;;;;;;;;;;;;;
87;0;829;4291;0;97;1057;-88;0;2;162;;;;;;;;;;;;;;;;;
289;16380;59;;;;;;0;0;313;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;0;270;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;1;39;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;109;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;20;;;;;;0;0;95;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;282;13;2555;0;0;;0;2;146;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;8575;;;;1;24;378;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;0;;;;20;559;127;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;0;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;

cyano distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

cyano distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10

cyano distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;

cyano par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;

cyano, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est  2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946

bacteroide[modifier | modifier le wikicode]

myr[modifier | modifier le wikicode]

myr opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
>;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
<;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;

myr cumuls[modifier | modifier le wikicode]

myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78

myr blocs[modifier | modifier le wikicode]

myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;

myr remarques[modifier | modifier le wikicode]

myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

myr distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;

myr données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: myr données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;reste;Sup 600;reste;Sup 800
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long;long
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;myr;fx;fc;fx;fc;fx;fc
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;400;834;2093;607;601;804;803
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;2* 109;;30;gta;52;cgt;410;9;6;607;610;817;805
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;105;;30;gta;**;cgt;420;8;4;607;619;821;812
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;2* 108;;30;gta;22;tgc;430;1;10;610;627;823;831
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;3* 107;;42;gta;22;tgc;440;5;4;616;629;838;833
2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s CDS;;16s tRNA;;**;gta;22;tgc;450;8;10;622;630;874;846
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;259;158;3* 80;atc;31;aga;22;tgc;460;6;3;630;630;907;860
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;165;;81;atc;7;cca;**;tgc;470;6;8;637;631;912;888
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;156;;3* 82;atc;**;agc;26;cac;480;2;8;640;649;925;890
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;279;;79;atc;90;ctc;25;cac;490;5;6;640;655;937;890
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;5s 16s;;tRNA 23s;;34;aaa;24;cac;500;2;3;648;656;978;896
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;266;;6*151;gca;39;aaa;**;cac;510;4;5;653;658;1001;909
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;265;;2* 119;gca;48;aaa;49;tac;520;3;2;659;658;1003;909
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;267;;tRNA 16s;;36;aaa;51;tac;530;5;4;673;659;1007;918
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;;;90;aac;**;aaa;44;tac;540;1;2;683;660;1022;928
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;;;tRNA tRNA;intra;36;aca;**;tac;550;5;2;690;664;1074;953
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;;;7* 91;atc gca;41;aca;83;aga;560;2;4;702;666;1121;956
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;;;93;atc gca;42;aca;**;aga;570;1;6;704;667;1149;981
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;;;;;41;aca;39;cca;580;4;0;705;668;1210;986
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;;;;;**;aca;10;cca;590;2;4;705;670;1218;997
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;;;;;40;gaa;**;agc;600;2;4;719;676;1353;997
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;;;;;37;gaa;;;;65;85;727;679;1544;1020
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;;;;;38;gaa;;;;;;735;685;2069;1045
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;;;;;38;gaa;;;;;;735;692;;1079
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;;;;;38;gaa;CDS-CDS;inf 50;;;;737;692;;1092
1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;;;;;**;gaa;intercalaire;;;;;737;701;;1157
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;;;;;20;acc;c-;x-;;;;741;704;;1180
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;;;;;30;tac;néant;-68;;;;744;705;;1274
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;;;;;**;aca;total;intercalaires;;;;754;707;;1283
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;;;;;37;gga;;538,974;;;;756;708;;1312
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;;;;;37;gga;ADN long;4,155,464;;;;756;709;;1661
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;;;;;37;gga;%;13.0;;;;757;714;;1824
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;;37;gga;;;;;;758;719;;1978
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;;37;gga;non RNA;24;;;;764;720;;2764
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;;**;gga;;;;;;767;721;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;;221;caa;;;;;;768;731;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;;**;caa;;;;;;778;734;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;;373;aac;;;;;;786;735;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;;**;aac;;;;;;788;736;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;;151;gac;;;;;;792;739;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;;202;gac;;;;;;800;740;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;;**;gac;;;;;;800;752;;
33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;;186;cta;;;;;;;769;;
28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;;**;cta;;;;;;;771;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;150;;;;;;24;atgi;;;;;;;773;;
;;;;;;;;-46;0;1;595;;;;;;**;atgi;;;;;;;775;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;341;tta;;;;;;;780;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;**;tta;;;;;;;789;;
;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;;9;tta;;;;;;;789;;
;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;;**;ggc;;;;;;;797;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;;35;ttc;;;;;;;797;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;;26;ttc;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;**;ttc;;;;;;;;;

myr autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: myr autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;myr;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;151454;152776;273;*;
;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca
fin;comp;CDS;153343;154476;;;
deb;comp;CDS;171836;174145;177;*;
;comp;regulatory;174323;174510;162;*;
fin;;CDS;174673;175134;;0;
deb;;CDS;211346;212332;123;*;
;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta
;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta
;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta
;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta
;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta
fin;comp;CDS;213058;214275;;;
deb;comp;CDS;294948;295334;146;*;
;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga
;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca
;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc
fin;;CDS;296032;297210;;;
deb;;CDS;327067;328053;115;*;
;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa
deb;;CDS;328708;328866;73;*;
;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc
;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa
;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa
;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa
;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa
;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa
fin;;CDS;329763;330281;;1;
deb;comp;CDS;353908;354384;259;*;
;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s
;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s
;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca
;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc
;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s
;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s
;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s
;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca
;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc
;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s
fin;comp;CDS;365786;366973;;;
deb;comp;CDS;407344;408819;144;*;
;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca
;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca
;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca
;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca
;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca
fin;comp;CDS;409575;409838;;;
deb;comp;CDS;539601;541829;209;*;
;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other
fin;comp;CDS;542191;543285;;0;
deb;comp;CDS;550792;551043;40;*;
;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa
;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa
;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa
;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa
;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa
;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa
fin;comp;CDS;551782;553257;;0;
deb;comp;CDS;571079;574315;165;*;
;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s
;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s
;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca
;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc
;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s
;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s
;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s
;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca
;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc
;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s
fin;comp;CDS;585979;586545;;;
deb;comp;CDS;719558;719755;16;*;
;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg
deb;comp;CDS;719903;721090;58;*;
;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc
;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac
;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca
fin;comp;CDS;721519;721818;;;
deb;;CDS;781522;782178;76;*;
;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf
fin;;CDS;782424;782978;;0;
deb;comp;CDS;783008;783451;332;*;
;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf
fin;comp;CDS;783970;785886;;;
deb;comp;CDS;814859;815281;544;*;
;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga
fin;comp;CDS;815910;816362;;0;
deb;;CDS;868515;869267;40;*;
;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga
;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga
;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga
;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga
;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga
;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga
fin;;CDS;870173;870646;;;
deb;;CDS;887776;888255;96;*;
;;regulatory;888352;888451;64;*;
fin;;CDS;888516;888722;;;
deb;comp;CDS;900643;902784;77;*;
;comp;regulatory;902862;902950;75;*;
fin;comp;CDS;903026;903424;;;
deb;;CDS;1010425;1011210;95;*;
;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa
;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa
fin;;CDS;1011852;1015055;;;
deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*;
;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg
fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0;
deb;;CDS;1113809;1114273;158;*;
;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s
;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s
;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca
;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc
;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s
;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s
;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s
;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca
;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc
;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s
;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac
fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0;
deb;;CDS;1214932;1215615;104;*;
;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc
fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0;
deb;;CDS;1391184;1391825;85;*;
;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac
;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac
fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0;
deb;;CDS;1597909;1598226;635;*;
;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac
;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac
;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac
fin;comp;CDS;1599612;1600157;;;
deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*;
;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*;
fin;comp;CDS;1607085;1607525;;;
deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*;
;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta
;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta
fin;;CDS;1645276;1646115;;;
deb;;CDS;1721814;1722689;66;*;
;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg
fin;comp;CDS;1722878;1723252;;;
deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*;
;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi
;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi
fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0;
deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*;
;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta
;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta
fin;;CDS;1927015;1927368;;;
deb;;CDS;1928728;1929714;125;*;
;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta
deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*;
;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta
;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc
fin;comp;CDS;1930922;1933519;;;
deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*;
;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc
;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc
;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc
fin;comp;CDS;1963080;1964066;;;
deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*;
;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s
;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc
;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca
;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s
;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s
fin;;CDS;2089086;2089943;;;
deb;;CDS;2147912;2148241;286;*;
;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt
;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt
fin;;CDS;2148800;2149288;;;
deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*;
;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf
deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*;
;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj
fin;;CDS;2209975;2210361;;;
deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*;
;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*;
fin;comp;CDS;2225810;2226118;;;
deb;;CDS;2302059;2303552;133;*;
;;regulatory;2303686;2303879;199;*;
fin;;CDS;2304079;2304477;;;
deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*;
;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca
fin;;CDS;2427624;2428565;;;
deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*;
;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj
fin;;CDS;2435619;2436269;;0;
deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*;
;;ncRNA;2506290;2506388;93;*;
fin;comp;CDS;2506482;2507468;;;
deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*;
;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s
;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc
;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca
;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s
;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s
fin;;CDS;2569751;2571682;;1;
deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*;
;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*;
fin;;CDS;2641765;2642745;;;
deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*;
;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca
fin;;CDS;2679438;2681390;;;
deb;;CDS;2729998;2731122;20;*;
;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc
;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc
;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc
;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc
;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc
fin;;CDS;2731880;2732548;;1;
deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*;
;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta
fin;comp;CDS;2978554;2978928;;;
deb;;CDS;3228192;3228908;79;*;
;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac
;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac
;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac
;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac
fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0;
deb;;CDS;3299472;3300458;99;*;
;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*;
fin;;CDS;3301177;3302400;;;
deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*;
;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca
fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0;
deb;;CDS;3457542;3458360;150;*;
;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac
;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac
;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac
;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac
fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0;
deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*;
;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*;
fin;;CDS;3477177;3479327;;0;
deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*;
;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*;
fin;;CDS;3490278;3492428;;0;
deb;;CDS;3951958;3953367;595;*;
;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga
;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga
fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0;
deb;;CDS;3975219;3976205;99;*;
;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca
;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca
;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc
fin;;CDS;3977553;3978161;;;
deb;;CDS;4054689;4055261;76;*;
;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*;
fin;;CDS;4055928;4056746;;;

Intergen51. myr. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

myr intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0
total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0
diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1
 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282

fps[modifier | modifier le wikicode]

fps opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;;
comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;;
comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;;
;;;;;;;;;;;
;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;;
comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;;
comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;;
;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;;
comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;;
;192053..193441;;CDS;;;;;;463;;
;;;;;;;;;;;
comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;;
comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;;
comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;;
;;;;;;;;;;;
comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;;
comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;;
comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;;
;;;;;;;;;;;
comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;;
;374503..374576;;caa;;47;47;;;;;
comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;;
;;;;;;;;;;;
comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;;
comp;466843..466920;;cca;;163;163;;;;;
;467084..468346;;CDS;;;;;;421;;
;;;;;;;;;;;
;507944..508621;;CDS;;1042;*1042;;;226;;
;509664..511163;;16s;;110;;;;1500;;
;511274..511350;;atc;;158;;;158;;;
;511509..511585;;gca;;213;;;;;;
;511799..514683;;23s;;156;;;;2885;;
;514840..514945;;5s;;204;204;;;106;;
;515150..515902;;CDS;;;;;;251;;
;;;;;;;;;;;
;596537..597679;;CDS;;312;312;;;381;;
comp;597992..598074;;ctc;+;40;;40;;;;
comp;598115..598190;;aaa;2 aaa;23;;23;;;;
comp;598214..598289;;aaa;;128;128;;;;;
;598418..598936;;CDS;;;;;;173;;
;;;;;;;;;;;
;642117..643595;;CDS;;91;91;;;493;;
;643687..643758;;gaa;+;31;;31;;;;
;643790..643864;;gaa;2 gaa;162;162;;;;;
;644027..644278;;CDS;;1149;*1149;;;84;;
;645428..646927;;16s;;110;;;;1500;;
;647038..647114;;atc;;158;;;158;;;
;647273..647349;;gca;;213;;;;;;
;647563..650447;;23s;;156;;;;2885;;
;650604..650709;;5s;;931;*931;;;106;;
;651641..653437;;CDS;;;;;;599;;
;;;;;;;;;;;
;726614..727399;;CDS;;207;207;;;262;;
comp;727607..727684;;gta;;81;81;;;;;
comp;727766..728980;;CDS;;;;;;405;;
;;;;;;;;;;;
;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;;
comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;;
comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;;
;;;;;;;;;;;
;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;;
;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;;
;897383..897955;;CDS;;;;;;191;;
;;;;;;;;;;;
comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;;
;984298..984384;;agc;;15;;15;;;;
;984400..984477;;cca;;30;;30;;;;
;984508..984584;;aga;;93;93;;;;;
;984678..985880;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;;
;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;;
;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;;
;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;;
;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;;
;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;;
comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;;
comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;;
comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;;
comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;;
comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;;
comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;;
;;;;;;;;;;;
;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;;
;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;;
;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;;
comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;;
comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;;
comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;;
comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;;
comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;;
;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;;
comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;;
comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;;
comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;;
comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;;
;;;;;;;;;;;
comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;;
comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;;
comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;;
;;;;;;;;;;;
comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;;
;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;;
;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;;
;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;;
;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;;
;;;;;;;;;;;
comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;;
comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;;
comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;;
comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;;
;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;;
;;;;;;;;;;;
;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;;
;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;;
comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;;
comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;;
comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;;
comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;;
comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;;
;;;;;;;;;;;
;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;;
;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;;
;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;;
comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;;
comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;;
comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;;
comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;;
comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;;
comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;;
comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;;
comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;

fps cumuls[modifier | modifier le wikicode]

fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78

fps blocs[modifier | modifier le wikicode]

fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418

fps remarques[modifier | modifier le wikicode]

fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

fps données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: fps données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;;Sup 400;Sup 600;Sup 400;Sup 600
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;fps;long;long;long;long
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;fx;fx;fc;fc
;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;;hors bloc;417;603;401;601
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;1035;1075;6* 154;;;296;ttg;418;604;402;607
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;1142;1269;16s tRNA;;**;;cta;425;605;402;612
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;1563;;6* 105;atc;43;;ctc;425;608;403;613
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;1003;;tRNA 23s;;26;;aaa;426;616;407;636
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;5s CDS;;6* 214;gca;**;;aaa;428;622;412;652
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;202;268;tRNA tRNA;intra;31;;gaa;436;625;412;665
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;;280;6* 161;atc gca;**;;gaa;443;626;415;676
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;;268;;;15;;agc;444;630;416;680
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;;114;;;33;;cca;445;646;420;686
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;;286;;;**;;aga;457;646;421;686
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;;;;;34;;atgf;462;657;433;693
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;;;;;**;;atgf;477;658;437;694
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;;;;;43;;ggc;479;668;442;705
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;;;;;**;;tta;489;689;446;731
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;;;;;86;;acc;491;703;448;744
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;;;;;141;;tac;492;703;448;746
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;;;;;**;;aca;494;705;451;772
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;;;;;;;;501;729;451;799
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;;CDS-CDS;inf 50;;;;;510;737;454;801
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;;intercalaire;;;;;;513;742;454;813
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;;c-;x-;;;;;516;750;458;828
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;;-68;néant;;;;;516;759;463;833
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;;total;intercalaires;;;;;520;767;464;859
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;351,518;;;;;530;773;465;863
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;ADN long;2,860,382;;;;;534;800;475;867
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;%;12.3;;;;;550;850;476;894
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;;;;;;553;851;476;904
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;non RNA;14;;;;;554;898;479;915
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;;;;;;562;937;483;1011
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;;;;;;562;983;484;1014
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;;;;;;;;;;565;1471;485;1033
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;;;;;;;;;;566;2984;492;1090
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;;;;;;;;;;567;;517;1114
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;;;;;;;;;;570;;517;1175
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;;573;;519;1258
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;;;;;;;;;;575;;522;1260
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;;585;;522;1324
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;;;;;;;;;;587;;522;1341
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;;;;;;;;;;594;;522;1453
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;;;;;;;;;598;;523;1668
;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;;;;;;;;;600;;530;1996
23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;;;;;;;;;;;540;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;;;;;;;;;;;544;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;546;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;550;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;559;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;563;
;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;566;
;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;572;
;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;;;;;;;;;574;
;;;;;;2550;;total;42;206;;;;;;;;;;;;576;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;578;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;583;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;585;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;587;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;588;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;590;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;598;

fps autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: fps autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;

Intergen51. fps. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

fps distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;

bacteroide synthèse[modifier | modifier le wikicode]

bacteroide données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les bacteroidites;;myr;fps;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 313;;;Ft: 133;Ici: 142;Reste: 38;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;tRNA in;;tRNA 16s;;tRNA hors;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;688;1075;156;114;265;;1;105;1;79;2;119;7;91;90;;1;7;
fxt;fct;bac;fx;fc;bac;fx40;fc40;bac;;;;1003;1269;165;158;266;;3;107;1;81;6;151;1;93;;;1;9;
1;0;0;12;28;0;12;28;-1;0;131;;1035;;202;268;267;;2;108;3;80;6;214;6;161;;;1;10;
0;1;10;44;758;1;0;126;-2;1;0;;1071;;259;268;;;2;109;3;82;;;;;;;1;15;
0;3;20;21;359;2;10;128;-3;0;2;;1073;;279;280;;;6;154;6;105;;;;;;;1;20;
0;1;30;38;183;3;7;99;-4;31;106;;1104;;;286;;;;;;;;;;;;;4;22;
3;2;40;51;160;4;3;85;-5;0;0;;1142;;;;;;;;;;;;;;;;2;24;
4;1;50;62;144;5;2;62;-6;5;0;;1563;;;;;;;;;;;;;;;;1;25;
0;5;60;70;134;6;3;73;-7;0;13;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;26;
2;4;70;70;165;7;6;40;-8;0;62;;8;2;5;6;3;24;14;;14;;14;;14;;1;57;4;30;
1;7;80;76;159;8;4;48;-9;3;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;31;
0;10;90;53;168;9;2;43;-10;0;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;33;
5;5;100;67;144;10;7;54;-11;4;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;34;
3;3;110;51;123;11;3;55;-12;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;142;;1;35;
2;1;120;46;113;12;5;60;-13;2;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;36;
5;2;130;47;73;13;0;30;-14;1;36;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;37;
4;2;140;35;77;14;2;38;-15;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;
2;7;150;43;86;15;3;31;-16;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;39;
2;0;160;46;67;16;1;25;-17;2;25;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;40;
2;1;170;46;66;17;1;38;-18;2;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;
1;0;180;34;56;18;3;26;-19;1;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;42;
1;1;190;35;54;19;2;26;-20;2;9;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;43;
0;0;200;33;37;20;1;30;-21;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;44;
1;3;210;26;41;21;2;19;-22;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;
0;1;220;18;33;22;10;23;-23;0;11;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;49;
0;0;230;29;36;23;0;20;-24;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;51;
1;1;240;24;37;24;1;27;-25;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;52;
1;2;250;24;32;25;2;17;-26;0;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;83;
1;1;260;21;25;26;4;19;-27;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;86;
0;0;270;22;36;27;5;13;-28;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;90;
1;1;280;15;22;28;4;14;-29;1;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;141;
1;1;290;17;26;29;5;12;-30;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;151;
0;2;300;22;21;30;5;19;-31;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;186;
2;0;310;20;24;31;5;18;-32;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;202;
2;1;320;19;26;32;1;25;-33;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;221;
0;0;330;20;23;33;3;14;-34;1;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;341;
1;0;340;10;17;34;7;14;-35;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;373;
0;0;350;8;17;35;3;8;-36;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;60;;
1;0;360;12;16;36;11;16;-37;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;0;370;9;9;37;3;9;-38;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;296;x fps
0;0;380;7;11;38;5;12;-39;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;0;390;8;8;39;5;21;-40;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;0;400;8;6;40;8;23;-41;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
4;8;reste;221;281;reste;1373;2414;-42;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
56;77;total;;;;;;-43;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;diagr;;;;;;-44;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;x;1528;62;12;;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c;3873;488;28;;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;313;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;total;62;488;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

bacteroide distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150

bacteroide distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150

bacteroide distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;

bacteroide par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;

bacteroide, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
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Intergen51. bcts bde données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

fc200;bcts bde afn;;;;;;;;;;;
total;2412;2335;1700;;2273;1628;948;3999;980;919;1385;1000
gen;cvi;ade;ant;;myr;fps;pmg;npu;abra;apal;afn;scc
0;10;17;56;;13;15;34;15;12;10;9;6
1;58;35;109;;66;60;17;22;58;42;38;31
2;44;63;55;;78;50;27;24;40;26;25;27
3;42;55;56;;61;38;25;22;21;17;20;23
4;30;25;24;;56;29;26;16;29;14;28;7
5;25;19;22;;29;33;18;25;7;10;13;13
6;13;24;18;;42;31;23;17;6;4;9;4
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9;41;51;88;;25;18;27;12;16;15;19;20
10;50;38;48;;23;31;14;17;12;19;16;20
11;42;32;43;;41;14;19;15;19;18;28;12
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13;35;39;32;;19;11;14;15;13;15;29;16
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241;1;2;2;;3;1;0;12;0;1;2;0
242;2;2;1;;2;2;0;3;0;1;0;0
243;1;0;0;;3;2;1;5;0;0;0;0
244;1;0;0;;1;0;0;5;0;0;1;2
245;0;0;0;;0;1;0;6;1;0;0;1
246;2;1;0;;2;2;0;14;0;2;4;0
247;0;4;0;;0;3;0;5;1;1;2;1
248;1;1;1;;0;2;0;8;2;1;0;1
249;3;1;0;;4;2;1;4;0;0;0;2
250;0;1;0;;0;2;0;1;2;0;3;0
251;0;2;0;;1;0;0;10;2;1;2;0
252;1;1;1;;0;3;0;8;1;1;0;1
253;0;0;0;;1;2;0;6;3;0;1;3
254;1;2;0;;4;1;0;6;0;0;0;2
255;0;3;1;;2;1;0;8;0;2;0;0
256;4;2;1;;0;0;0;6;0;0;1;1
257;2;3;1;;3;2;0;9;1;1;0;0
258;2;3;0;;2;0;1;5;0;0;4;0
259;1;1;1;;1;0;0;7;1;2;0;0
260;2;2;0;;2;0;1;9;0;2;1;0
261;0;0;0;;2;1;0;8;1;0;2;1
262;2;1;0;;2;2;0;5;0;0;1;2
263;2;3;0;;0;4;1;5;0;2;0;0
264;2;3;0;;2;1;0;5;1;0;2;0
265;3;3;0;;1;3;0;4;3;1;0;1
266;3;1;1;;4;1;1;5;1;0;3;1
267;1;1;1;;3;0;0;4;1;1;1;0
268;1;0;0;;2;0;0;8;0;0;1;3
269;4;0;0;;4;1;0;5;0;2;3;1
270;3;3;0;;2;1;0;4;0;0;3;0
271;1;1;0;;3;0;0;4;2;1;1;0
272;1;1;2;;1;4;1;8;1;0;1;0
273;2;1;0;;0;0;0;9;1;1;0;1
274;1;2;0;;1;3;0;8;1;0;0;1
275;2;3;2;;1;4;0;5;0;0;1;0
276;1;2;0;;0;1;0;4;1;0;1;1
277;0;0;1;;0;1;0;3;0;0;1;1
278;3;0;0;;1;0;0;1;0;2;2;3
279;1;0;0;;0;1;0;6;0;1;3;0
280;2;0;2;;1;0;0;5;0;0;0;0
281;0;1;2;;2;2;0;4;1;0;1;1
282;0;1;0;;4;3;1;4;0;0;0;1
283;3;0;0;;1;1;0;5;0;0;1;1
284;1;2;0;;2;0;0;3;0;0;1;0
285;0;1;0;;1;2;1;5;0;0;1;1
286;2;2;0;;0;1;0;8;1;0;1;1
287;2;1;0;;0;2;0;6;1;0;1;1
288;0;1;0;;4;1;0;8;0;0;0;1
289;3;0;0;;0;0;0;3;0;0;0;0
290;0;0;0;;0;0;0;1;0;0;0;1
291;2;1;1;;0;3;1;5;0;0;2;1
292;3;1;0;;1;1;0;8;0;1;2;1
293;1;0;0;;2;2;0;6;0;0;0;2
294;2;0;0;;0;0;0;5;0;0;0;0
295;2;1;0;;1;2;0;4;0;0;1;2
296;0;2;0;;2;0;0;2;0;0;1;0
297;1;0;0;;0;3;1;6;1;0;1;0
298;0;1;0;;0;1;1;2;0;2;1;0
299;1;1;1;;1;0;0;5;0;0;0;1
300;3;2;1;;1;1;0;5;0;0;1;1
301;0;1;0;;1;2;0;6;0;0;1;3
302;3;1;0;;1;0;0;2;0;0;1;0
303;1;1;0;;0;2;0;2;0;0;4;1
304;1;0;0;;2;2;0;4;0;0;0;1
305;3;0;0;;4;0;0;3;0;0;1;1
306;0;4;0;;2;0;1;3;0;0;2;1
307;0;0;0;;0;2;0;7;1;0;1;0
308;1;1;0;;0;2;0;8;0;0;0;0
309;0;2;0;;2;0;0;4;0;0;1;0
310;0;1;1;;0;2;0;3;0;1;0;1
311;1;1;1;;1;0;0;7;0;1;0;1
312;4;2;1;;3;3;0;4;1;0;1;2
313;2;0;0;;0;5;1;3;2;1;0;2
314;3;1;0;;0;0;1;3;0;1;0;0
315;0;1;0;;2;1;0;3;2;0;1;0
316;1;0;0;;2;0;1;5;0;0;0;1
317;0;0;0;;1;0;0;2;1;1;1;0
318;0;4;0;;3;0;0;2;0;0;0;3
319;0;0;0;;1;0;0;6;1;1;1;0
320;3;1;0;;3;1;1;7;1;1;0;1
321;0;1;0;;1;0;0;3;0;0;1;0
322;0;0;0;;0;1;1;1;0;0;0;0
323;1;2;1;;3;0;1;3;0;0;2;0
324;2;0;1;;1;2;0;1;0;2;1;0
325;0;1;0;;1;0;1;1;0;0;1;2
326;1;0;2;;1;2;0;4;0;0;0;0
327;1;0;0;;0;0;0;6;0;1;1;1
328;3;0;0;;1;2;0;6;0;0;0;1
329;1;1;0;;3;3;0;4;1;0;1;1
330;0;0;0;;0;2;0;4;1;1;1;1
331;0;0;1;;1;0;0;1;0;0;0;0
332;2;2;2;;0;2;0;3;0;0;1;0
333;1;0;0;;1;0;0;6;0;0;0;0
334;2;1;0;;2;1;1;6;0;0;1;1
335;2;1;0;;0;0;0;3;0;0;0;0
336;0;0;0;;1;3;0;4;0;0;1;0
337;0;0;0;;1;1;0;4;0;2;1;1
338;1;1;0;;0;1;0;0;0;0;0;0
339;0;2;1;;1;1;1;3;0;0;3;0
340;1;1;0;;0;1;0;7;1;0;1;1
341;1;0;0;;2;0;0;1;0;0;1;0
342;0;1;0;;2;2;0;2;0;1;2;0
343;1;0;0;;2;0;0;7;0;1;1;0
344;0;0;0;;2;1;0;5;0;0;1;2
345;1;1;0;;0;0;0;5;0;0;1;0
346;0;0;0;;2;0;0;5;0;0;0;1
347;1;0;0;;2;0;0;5;0;0;2;0
348;0;1;0;;0;1;0;5;1;1;0;1
349;1;0;0;;0;0;0;5;0;0;0;0
350;0;0;1;;0;1;0;3;0;1;1;2
351;0;2;1;;1;0;1;2;0;0;1;1
352;0;0;1;;3;2;0;2;1;0;0;0
353;0;1;0;;1;1;0;5;1;0;1;0
354;1;2;0;;0;1;0;5;0;0;1;0
355;0;1;0;;0;0;0;4;0;0;0;1
356;0;0;0;;1;0;0;7;0;0;2;0
357;0;0;1;;1;0;0;3;0;0;0;0
358;0;0;0;;1;2;0;5;0;0;2;1
359;3;1;0;;0;0;0;4;0;0;0;3
360;1;0;0;;1;1;0;5;0;0;1;1
361;1;1;0;;0;1;0;1;0;0;0;1
362;2;0;0;;0;1;1;5;1;0;1;0
363;1;0;0;;1;0;0;0;2;2;1;1
364;0;0;0;;1;0;1;3;0;0;3;1
365;3;0;1;;1;1;0;1;0;0;1;1
366;1;0;0;;0;0;0;2;0;0;2;0
367;0;0;0;;1;0;0;5;0;0;1;1
368;0;0;0;;0;0;0;1;1;0;0;0
369;2;0;0;;2;0;0;1;2;0;1;0
370;1;0;0;;0;0;0;1;0;0;0;0
371;0;0;0;;1;0;0;5;0;0;0;0
372;0;1;0;;0;0;0;2;0;0;0;0
373;1;0;0;;2;2;0;5;0;1;0;1
374;0;1;0;;2;0;0;2;0;0;0;2
375;2;0;0;;0;0;0;2;2;0;0;0
376;0;0;0;;1;1;2;4;0;0;1;2
377;0;0;0;;0;1;0;2;1;1;0;0
378;0;0;0;;1;0;0;5;0;0;0;0
379;2;1;0;;0;0;1;5;0;1;1;0
380;1;1;0;;0;0;0;1;1;0;2;0
381;0;0;0;;0;0;0;0;0;0;1;0
382;3;0;0;;0;0;0;4;0;1;1;1
383;0;1;0;;1;0;0;2;0;0;1;2
384;1;0;1;;1;1;0;1;0;1;0;1
385;0;0;0;;0;0;0;2;0;2;1;0
386;1;1;0;;0;0;0;1;1;0;0;0
387;1;1;0;;2;0;0;2;0;0;0;1
388;0;0;1;;1;1;0;2;1;0;0;0
389;1;0;1;;0;0;0;3;1;1;0;0
390;0;0;0;;0;1;0;0;1;0;0;0
391;0;1;0;;1;0;1;5;0;1;0;0
392;0;0;0;;0;0;0;2;1;0;1;0
393;0;0;0;;0;0;1;2;0;2;1;0
394;1;0;0;;0;1;0;3;0;0;0;0
395;0;0;0;;0;0;0;3;0;0;0;1
396;1;0;0;;1;1;0;3;0;0;0;0
397;0;1;0;;1;0;0;2;0;0;2;1
398;0;1;0;;0;0;0;2;0;0;1;1
399;0;0;0;;0;0;0;4;0;0;0;1
400;4;0;1;;1;0;0;3;0;0;1;0
;;;;;;;;;;;;
;2308;2238;1615;;2080;1512;893;3398;935;871;1322;960

Intergen51.bcts. Les diagrammes CDS-16s[modifier | modifier le wikicode]

CDS16sc;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;1060,0;72,8;14,6;1003:1005;1142;*1563;58,2;145,1
;myr;984,0;197,9;5,0;688;1071:1073;1104;134,2;69,1
cyano;npu;;;;;;;;
;pmg;;;;;;;;
tener;abra;432,7;0,6;749,4;432;2x433;;-25,4;99,5
;apal;276,5;99,7;2,8;206;347;;130,7;-56,7
bacteroide;total;1016,6;151,7;6,7;;;;1118,2;914,9
cyano;total;;;;;;;;
tener;total;370,2;99,0;3,7;;;;407,2;333,2
spirochète;scc;536,3;243,6;2,2;350;447;812;;
beta;cvi;426,4;31,8;13,4;370;3x437-439;447;;
delta;ade;640,5;71,4;9,0;590;691;;;
epsilon;ant;325,0;46,4;7,0;292:305;378;;;
negaticutes;afn;351,0;78,2;4,5;265;3x300-346;391:485;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CDS16sx;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;1172,0;137,2;8,5;1075;1269;;;
;myr;;;;;;;;
cyano;npu;406,3;179,8;2,3;315;2x317;676;83,5;5,6
;pmg;601;;;601;;;-111,3;200,3
tener;abra;;;;;;;;
;apal;;;;;;;;
bacteroide;total;1172,0;137,2;8,5;;;;;
cyano;total;445,2;178,4;2,5;;;;489,7;400,7
tener;total;;;;;;;;
spirochète;scc;;;;;;;;
beta;cvi;449,0;57,5;7,8;391;450;506;;
delta;ade;;;;;;;;
epsilon;ant;462;;;462;;;;
negaticutes;afn;néant;;;;;;;

Intergen51.bcts. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS[modifier | modifier le wikicode]

ftx;bcts;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;bcts;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
fps;bacteroide;165,0;84,1;2,0;1;0;42,0;-4,4;;fps;bacteroide;243,2;72,6;3,3;114;4x268-286;;
myr;;205,8;146,9;1,4;2;1;1,2;36,4;;myr;;158;;;158;;;
npu;cyano;237,4;150,7;1,6;3;2;-15,7;56,0;;npu;cyano;187,7;125,9;1,5;68;176;319;
pmg;;152,1;85,5;1,8;4;0;69,6;-29,3;;pmg;;43;;;43;;;
abra;tener;90,6;38,0;2,4;0;1;57,2;-30,3;;abra;tener;;;;;;;
apal;;200,0;165,9;1,2;1;0;-52,2;79,1;;apal;;;;;;;;
total;bacteroide;188,2;124,4;1,5;;;207,1;169,4;;total;bacteroide;229,0;73,7;3,1;;;;
total;cyano;201,6;133,3;1,5;;;221,8;181,4;;total;cyano;151,5;125,7;1,2;;;;
total;tener;134,3;117,2;1,1;;;147,8;120,9;;total;tener;;;;;;;
scc;spirochète;193,5;95,9;2,0;2;0;;;;scc;spirochète;175;;;175;;;-
cvi;beta;174,0;134,5;1,29;0;1;;;;cvi;beta;149,5;43,7;3,42;101;137:154;206;
ade;delta;156,6;70,1;2,23;2;1;;;;ade;delta;75;;;75;;;
ant;epsilon;139,5;16,0;8,70;2;0;;;;ant;epsilon;292,5;87,0;3,36;231;354;;
afn;negaticutes;170,9;116,2;1,47;0;0;;;;afn;negaticutes;308,25;139,9;2,20;193;262:266;512;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;bcts;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;bcts;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
fps;bacteroide;156,4;138,3;1,1;2;1;32,9;1,5;;fps;bacteroide;202;;;202;;;
myr;;182,9;149,0;1,2;5;0;6,5;27,9;;myr;;214,8;63,3;3,4;156:165;259:279;;
npu;cyano;221,8;157,7;1,4;6;3;-4,1;43,7;;npu;cyano;149;;;149;;;
pmg;;158,4;166,1;1,0;8;0;59,3;-19,7;;pmg;;;;;;;;
abra;tener;194,9;152,2;1,3;2;3;-16,7;49,1;;abra;tener;;;;;;;
apal;;122,9;51,1;2,4;1;0;55,4;-23,0;;apal;;;;;;;;
total;bacteroide;172,1;144,4;1,2;;;189,3;154,9;;total;bacteroide;212,2;55,1;3,9;;;;
total;cyano;197,9;162,9;1,2;;;217,7;178,1;;total;cyano;149;;;;;;
total;tener;162,0;121,8;1,3;;;178,2;145,8;;total;tener;;;;;;;
scc;spirochète;217,7;160,5;1,4;2;1;;;;scc;spirochète;398,5;68,6;5,8;350;447;;-
cvi;beta;126,7;100,2;1,26;8;3;;;;cvi;beta;274,25;101,4;2,70;;;;
ade;delta;140,4;130,8;1,07;6;1;;;;ade;delta;167;;;167;;;
ant;epsilon;129,1;100,9;1,28;3;0;;;;ant;epsilon;;;;;;;
afn;negaticutes;147,0;106,3;1,38;1;0;;;;afn;negaticutes;291;7,1;41,15;286;296;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;bcts;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;bcts;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
fps;bacteroide;211,1;151,9;1,4;-46,0;18;11,4;29,0;;fps;bacteroide;167,5;129,3;1,3;-11,1;28;21,9;12,5
myr;;197,2;143,7;1,4;8,6;49;25,3;15,2;;myr;;175,9;138,0;1,3;6,9;60;13,5;20,9
npu;cyano;248,3;163,4;1,5;-10,9;172;9,2;37,6;;npu;cyano;215,7;151,9;1,4;6,0;159;9,4;31,5
pmg;;163,2;117,3;1,4;-11,1;6;94,3;-47,5;;pmg;;127,9;106,5;1,2;30,4;1;97,2;-56,3
abra;tener;150,9;104,8;1,4;-60,3;7;12,7;17,1;;abra;tener;153,4;108,7;1,4;41,5;8;16,2;14,7
apal;;145,6;80,5;1,8;54,4;3;17,9;11,8;;apal;;154,9;118,2;1,3;-32,1;13;14,6;16,2
total;bacteroide;202,3;146,8;1,4;-14,0;++;222,5;182,0;;total;bacteroide;172,2;134,3;1,3;-0,1;;189,4;155,0
total;cyano;234,1;159,8;1,5;-32,5;++;257,5;210,7;;total;cyano;204,7;149,8;1,4;-6,8;;225,2;184,2
total;tener;148,7;95,4;1,6;-14,3;++;163,5;133,8;;total;tener;154,1;113,3;1,4;7,9;;169,5;138,7
scc;spirochète;193,5;127,9;1,5;-0,1;7;;;;scc;spirochète;166,2;113,3;1,5;51,5;5;;
cvi;beta;170,8;122,0;1,40;3,2;25;;;;cvi;beta;151,3;115,0;1,3;-24,6;17;;
ade;delta;178,9;113,3;1,58;-22,3;11;;;;ade;delta;145,6;108,6;1,3;-5,2;17;;
ant;epsilon;154,3;97,9;1,58;-14,8;8;;;;ant;epsilon;124,1;92,5;1,3;5,1;9;;
afn;negaticutes;189,7;104,5;1,81;-18,8;10;;;;afn;negaticutes;177,6;122,0;1,46;-30,6;10;;

Intergen51.bcts. Les diagrammes tRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;;;;;;;;;;bacteroide;fps;154;;;6x154;;;-13,8;39,3
;myr;;;;;;;;;;;myr;107,5;1,3;82,1;105;7x107-109;;32,7;-7,2
cyano;npu;;;;;;;;;;cyano;npu;61;;;4x61;;;6,8;5,6
;pmg;;;;;;;;;;;pmg;64;;;64;;;3,8;8,6
tener;abra;167,5;0,7;236,9;167;168;;5,6;25,9;;tener;abra;35;;;4x35;;;3,5;3,5
;apal;137;;;137;;;36,1;-4,6;;;apal;35;;;35;;;3,5;3,5
bacteroide;total;;;;;;;;;;bacteroide;total;127,4;23,9;5,3;;;;140,2;114,7
cyano;total;;;;;;;;;;cyano;total;61,6;1,3;45,9;;;;67,8;55,4
tener;total;157,3;17,6;8,9;;;;173,1;141,6;;tener;total;35;;;;;;38,5;31,5
spirochète;scc;;;;;;;;;;spirochète;scc;;;;3x72;;;;
beta;cvi;;;;;;;;;;beta;cvi;124,4;1,1;117,3;7x124;127;;;
delta;ade;;;;;;;;;;delta;ade;152;;;2x152;;;;
epsilon;ant;;;;;;;;;;epsilon;ant;207,3;10,5;19,7;3x202;223;;;
negativicutes;afn;332,0;54,0;6,1;251;3x 359;;;;;negativicutes;afn;213,3;36,4;5,9;139;5x228-229;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
bacteroide;fps;105;;;6x105;;;-4,7;23,0;;bacteroide;fps;214;;;6x214;;;-23,2;57,9
;myr;80,8;1,2;69,3;8x79-82;;;19,5;-1,3;;;myr;143,0;14,8;9,7;2x119;6x151;;47,8;-13,1
cyano;npu;131;;;4x131;;;11,8;14,2;;cyano;npu;260;;;4x260;;;25,6;26,4
;pmg;125;;;125;;;17,8;8,2;;;pmg;258;;;258;;;27,6;24,4
tener;abra;145;;;2x145;;;4,6;22,6;;tener;abra;89;;;2x89;;;-5,0;20,3
;apal;118;;;118;;;31,6;-4,4;;;apal;51;;;51;;;33,0;-17,7
bacteroide;total;91,1;12,5;7,3;;;;100,3;82,0;;bacteroide;total;173,4;38,0;4,6;;;;190,8;156,1
cyano;total;129,8;2,7;48,4;;;;142,8;116,8;;cyano;total;259,6;0,9;290,2;;;;285,6;233,6
tener;total;136,0;15,6;8,7;;;;149,6;122,4;;tener;total;76,3;21,9;3,5;;;;84,0;68,7
spirochète;scc;135,3;2,9;46,9;132;2x137;;;;;spirochète;scc;53,0;22,5;2,4;2x40;79;;;
beta;cvi;167,7;37,8;4,4;2x82;6x182;;;;;beta;cvi;253,4;0,5;489,6;5x253;3x254;;;
delta;ade;187;;;2x187;;;;;;delta;ade;194;;;2x194;;;;
epsilon;ant;111;;;4x111;;;;;;epsilon;ant;293,8;13,8;21,2;273;300;2x301;;
negativicutes;afn;94;;;2x94;;;;;;negativicutes;afn;285,5;17,7;16,2;273;298;;;

Intergen51.bcts. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]

5stRNA;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;bcts;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
bacteroide;fps;;;;;;;;;;bacteroide;fps;;;;;;;;
;myr;;;;;;;;;;;myr;;;;;;;;
cyano;npu;;;;;;;;;;cyano;npu;;;;;;;;
;pmg;;;;;;;;;;;pmg;;;;;;;;
tener;abra;11,5;1,2;9,4;5x11;14;;7,9;-4,4;;tener;abra;21,6;23,3;0,9;10;100;;0,3;3,6
;apal;36,0;21,2;1,7;21;51;;-16,6;20,1;;;apal;18,3;18,1;1,0;10;100;;3,6;0,3
bacteroide;total;;;;;;;;;;bacteroide;total;;;;;;;;
cyano;total;;;;;;;;;;cyano;total;;;;;;;;
tener;total;17,6;13,9;1,3;;;;19,4;15,9;;tener;total;20,0;20,4;1,0;20;100;;21,9;18,0
spirochète;scc;;;;;;;;;;spirochète;scc;;;;;;;;
beta;cvi;;;;;;;;;;beta;cvi;;;;;;;;
delta;ade;;;;;;;;;;delta;ade;;;;;;;;
epsilon;ant;170,0;4,2;40,1;*167;*173;;;;;epsilon;ant;;;;;;;;
negativicutes;afn;;;;;;;;;;negativicutes;afn;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;bcts;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;bcts;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
bacteroide;fps;161;;;6x161;;atc;-27,7;52,0;;bacteroide;fps;38,9;21,1;1,8;9;78;1;0,5;6,6
;myr;91,3;0,7;129,0;7x91;93;atc;42,0;-17,8;;;myr;35,3;15,2;2,3;51;84;6;4,1;3,0
cyano;npu;82;;;4x82;;atc;-7,2;20,8;;cyano;npu;16,7;25,2;0,7;27;85;;1,4;1,9
;pmg;12;;;12;;atc;62,8;-49,2;;;pmg;10;;;1;100;1;8,1;-4,8
tener;abra;;;;;;;;;;tener;abra;23,1;26,0;0,9;8;75;;1,5;3,0
;apal;6;;;6;;atc;;;;;apal;21,6;24,0;0,9;7;86;;3,1;1,4
bacteroide;total;121,1;35,8;3,4;;;;133,3;109,0;;bacteroide;total;35,8;16,1;2,2;60;83;;39,4;32,2
cyano;total;68,0;31,3;2,2;;;;74,8;61,2;;cyano;total;16,5;24,7;0,7;28;86;7;18,1;14,8
tener;total;6;;;;;;;;;tener;total;22,4;24,2;0,9;15;80;1;24,6;20,2
spirochète;scc;;;;;;;;;;spirochète;scc;31,7;11,1;2,8;10;100;;;
beta;cvi;67,5;34,3;2,0;2x12;6x86;atc;;;;beta;cvi;26,2;17,7;1,5;44;95;;;
delta;ade;22;;;2x22;;atc;;;;delta;ade;39,4;24,4;1,6;12;50;4;;
epsilon;ant;19;;;4x19;;atc;;;;epsilon;ant;26,2;23,9;1,1;29;86;;;
negativicutes;afn;66;;;2x66;;atc;;;;negativicutes;afn;15,9;23,0;0,7;27;96;;;

tenericutes[modifier | modifier le wikicode]

abra[modifier | modifier le wikicode]

abra opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;

abra cumuls[modifier | modifier le wikicode]

abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74

abra blocs[modifier | modifier le wikicode]

abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177

abra remarques[modifier | modifier le wikicode]

abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

abra distribution[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas  ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

abra données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abra données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;abra;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;408;401
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;433;;167;;44;gta;66;ggc;413;408
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;433;;168;;11;aca;17;cca;421;409
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;432;;23s 5s;;7;aaa;13;cga;422;418
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;;;4* 35;;8;tta;**;gac;443;428
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;;;16s tRNA;;72;gca;8;tcg;619;434
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;;;2* 145;atc;7;atgj;**;gcc;675;438
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;;;tRNA 23s;;44;atgi;9;gga;793;441
1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;;;2* 89;atc;8;tca;1;cca;816;446
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;;;5s tRNA;;4;atgf;8;cgt;821;449
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;;;5* 11;aac;11;gac;**;gaa;878;465
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;;;14;gta;**;ttc;63;cac;1027;474
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;;;tRNA 16s;;;;**;caa;1229;476
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;;;215;tac;;;;;1230;483
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;;;tRNA 5s;;;;;;;483
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;;;2* 149;aac;;;;;;494
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;;;;;;;;;;500
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;;;;;;;;;;526
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;;;;;;;;;;555
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;;;;;;;;;;555
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;;575
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;;intercalaire;;;;;;;;579
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;;c-;x-;;;;;;;595
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;;-92;;;;;;;;628
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;;-86;;;;;;;;646
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;;-73;;;;;;;;706
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;;-67;;;;;;;;729
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;;-67;;;;;;;;741
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;;-67;;;;;;;;756
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;;-67;;;;;;;;822
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;102;;;-67;;;;;;;;926
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;;;;-67;;;;;;;;968
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;;;;-67;;;;;;;;1176
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;;;;-67;;;;;;;;
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;;;;-67;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;;;;-59;;;;;;;;
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;;;;total;intercalaires;;;;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;;;;;151,7;;;;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;;;;ADN long;1877792;;;;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;%;8.1;;;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;;;;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;non RNA;47;;;;;;;
10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;;;;;;;;;
9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;
;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;
;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;;;;;;;;

abra autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: abra autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;abra;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;6032;8602;39;*;
;;misc_binding;8642;8842;66;*;
fin;;CDS;8909;10186;;;
deb;;CDS;58474;59019;199;*;
;;misc_binding;59219;59468;96;*;
fin;;CDS;59565;60740;;;
deb;;CDS;175843;176448;64;*;
;;regulatory;176513;176610;67;*;
fin;;CDS;176678;178138;;;
deb;;CDS;226433;226846;115;*;
;;regulatory;226962;227062;128;*;
fin;;CDS;227191;228555;;;
deb;;CDS;241700;242158;14;*;
;;ncRNA;242173;242267;222;*;
fin;;CDS;242490;243404;;;
deb;;CDS;253260;253430;86;*;
;;tRNA;253517;253601;215;*;tac
;;rRNA;253817;255343;145;*;16s
;;tRNA;255489;255565;89;*;atc
;;rRNA;255655;258506;35;*;23s
;;rRNA;258542;258652;11;*;5s
;;tRNA;258664;258740;149;*;aac
;;rRNA;258890;259000;11;*;5s
;;tRNA;259012;259088;860;*;aac
deb;;CDS;259949;260053;433;*;
;;rRNA;260487;262013;145;*;16s
;;tRNA;262159;262235;89;*;atc
;;rRNA;262325;265176;35;*;23s
;;rRNA;265212;265322;14;*;5s
;;tRNA;265337;265412;44;*;gta
;;tRNA;265457;265532;11;*;aca
;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa
;;tRNA;265627;265713;8;*;tta
;;tRNA;265722;265797;72;*;gca
;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj
;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi
;;tRNA;266075;266165;8;*;tca
;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf
;;tRNA;266255;266330;11;*;gac
;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc
fin;;CDS;266558;267409;;;
deb;;CDS;296513;297367;98;*;
;;misc_binding;297466;297674;30;*;
fin;;CDS;297705;299270;;;
deb;;CDS;326721;327413;0;*;
;;misc_feature;327414;327533;18;*;
fin;;CDS;327552;328049;;;
deb;;CDS;574175;574945;-5;*;
;;misc_binding;574941;575144;43;*;
fin;;CDS;575188;576195;;;
deb;;CDS;582446;584125;49;*;
;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc
fin;;CDS;584431;586110;;;
deb;;CDS;625631;626317;84;*;
;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc
;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca
;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga
;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac
fin;;CDS;626952;627599;;;
deb;;CDS;633550;634710;63;*;
;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc
fin;;CDS;634924;636651;;;
deb;;CDS;690994;692286;64;*;
;;regulatory;692351;692446;55;*;
fin;;CDS;692502;693653;;;
deb;;CDS;755442;756548;64;*;
;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag
fin;;CDS;756819;757373;;;
deb;;CDS;807788;808216;108;*;
;;tRNA;808325;808401;216;*;aga
fin;;CDS;808618;808854;;0;
deb;comp;CDS;818257;818448;29;*;
;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*;
fin;comp;CDS;818548;818796;;;
deb;;CDS;829563;829871;155;*;
;;tRNA;830027;830102;27;*;agg
fin;;CDS;830130;831458;;;
deb;;CDS;862237;863004;104;*;
;;regulatory;863109;863206;46;*;
fin;;CDS;863253;863771;;1;
deb;;CDS;951162;951842;56;*;
;;misc_feature;951899;952022;10;*;
fin;;CDS;952033;952593;;;
deb;;CDS;979156;980118;92;*;
;comp;ncRNA;980211;980543;41;*;
fin;comp;CDS;980585;980917;;;
deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*;
;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*;
fin;comp;CDS;1001128;1001976;;;
deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*;
;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*;
;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*;
fin;comp;CDS;1034750;1035400;;;
deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*;
;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*;
fin;comp;CDS;1044360;1045796;;;
deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*;
;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*;
fin;;CDS;1057073;1058293;;;
deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*;
;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*;
fin;comp;CDS;1127899;1128741;;;
deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*;
;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*;
fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0;
deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*;
;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg
;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc
fin;comp;CDS;1177945;1179252;;;
deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*;
;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc
fin;comp;CDS;1188688;1189704;;;
deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*;
;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg
fin;comp;CDS;1194870;1196045;;;
deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*;
;;tmRNA;1222634;1222981;262;*;
fin;;CDS;1223244;1223657;;;
deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*;
;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc
fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0;
deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*;
;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc
fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0;
deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*;
;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga
;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca
;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt
;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa
fin;comp;CDS;1428665;1429210;;;
deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*;
;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac
;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s
;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s
;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s
deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*;
;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac
;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s
;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac
;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s
;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s
;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s
fin;comp;CDS;1444094;1444618;;;
deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*;
;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*;
fin;comp;CDS;1455181;1455630;;;
deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*;
;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta
fin;comp;CDS;1533446;1535560;;;
deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*;
;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg
deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*;
;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac
;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa
fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0;
deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*;
;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg
fin;comp;CDS;1718204;1718947;;;
deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*;
;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*;
fin;comp;CDS;1729832;1730329;;;
deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*;
;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa
fin;comp;CDS;1744337;1744720;;;
deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*;
;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc
fin;comp;CDS;1748022;1750199;;;
deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*;
;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*;
fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0;

Intergen51. abra. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

abra intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et faibles fréquences
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409

apal[modifier | modifier le wikicode]

apal opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s  2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;

apal cumuls[modifier | modifier le wikicode]

apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91

apal blocs[modifier | modifier le wikicode]

apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;

apal remarques[modifier | modifier le wikicode]

apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;

apal distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;

apal données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: apal données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;apal;long;long
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;418;411
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;347;;137;;7;ttc;9;agc;429;412
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;206;;23s 5s;;4;gac;**;gaa;712;414
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;;;35;;55;atgf;14;cac;768;425
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;;;16s tRNA;;22;tca;34;caa;795;435
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;;;118;atc;4;atgi;**;cta;;441
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;;;tRNA 23s;gca;45;atgj;9;gaa;;459
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;;;51;;5;gca;71;cgt;;476
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;;;5s tRNA;;20;tta;13;cca;;493
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;;;51;aac;6;aaa;**;gga;;497
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;;;21;gta;15;aca;1;cgg;;501
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;;;tRNA 16s;;**;gta;**;tcc;;510
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;;;206;tac;;;;;;523
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;;;tRNA tRNA;intra;;;;;;532
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;;;6;atc gca;;;;;;533
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;;;;;;;;;;556
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;;;;;;;;;;572
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;;;;;;;;;;578
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;CDS-CDS;inf 50;;;;;;;;578
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;intercalaire;;;;;;;;;578
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;c-;x-;;;;;;;;592
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;-62;néant;;;;;;;;646
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;;;-53;;;;;;;;;661
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;;;total;intercalaires;;;;;;;;678
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;;;;128,786;;;;;;;;683
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;;;ADN long;1,554,229;;;;;;;;707
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;;;%;8.3;;;;;;;;725
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;;;;;;;;;;;;739
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;;;non RNA;40;;;;;;;;761
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;;;;;;;;;;783
;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;;;803
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;;;;;;;;;;815
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;;;;;;;;;;837
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;;;;;;;;;;872
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;;;;;;;;;;893
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;;;;;;;;901
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;;;;;;;;974
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;;;;;;;;1421
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;;;;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;;;;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;;;;;;;;;
7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;;;;;;;;;
6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;;;;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;
;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;;;;;;;;

apal autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: apal autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;

Intergen51. apal. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes synthèse[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les tenericutes;;abra;apal;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 224;;;Ft: 70;Ici: 67;Reste: 87;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;;16s 23s;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA 16s;;tRNA 5s;;tRNA contig;;tRNA hors;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;206;1;137;5;35;1;118;1;51;5;11;1;6;1;206;2;149;3;4;2;1
fxt;fct;cyano;fx;fc;cyano;fx40;fc40;cyano;x-;c-;;347;1;167;;;2;145;2;89;1;14;;;1;215;;;1;5;2;8
0;40;12;284;4;5;66;-6;0;0;212;;432;1;168;;;;;;;1;21;;;;;;;1;6;3;9
1;60;21;88;6;5;38;-8;9;243;122;;433;;;;;;;;;1;51;;;;;;;3;7;2;13
1;80;38;68;8;3;43;-10;0;2;338;;433;;;;;;;;;;;;;;;;;2;8;1;14
5;100;51;70;10;1;17;-12;3;0;247;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;11;1;17
0;120;47;72;12;1;10;-14;0;2;286;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;15;1;34
2;140;54;79;14;4;10;-16;0;114;292;;5;3;;5;;3;;3;;8;;1;;2;;2;32;1;20;1;63
3;160;51;64;16;2;25;-18;0;0;118;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;22;1;66
3;180;29;63;18;1;31;-20;0;4;482;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;44;1;71
4;200;35;56;20;4;31;-22;2;67;783;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;;
3;220;22;59;22;1;37;-24;0;0;506;;;;;;;;;;;;;;;;;;67;1;55;;
2;240;32;60;24;2;56;-26;1;3;317;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;72;;
2;260;28;54;26;0;28;-28;0;41;251;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
6;280;22;50;28;1;27;-30;1;0;143;;;;;;;;;;;;;;;;;;;20;;15;
0;300;28;47;30;2;31;-32;0;2;458;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
3;320;30;42;32;1;16;-34;1;29;204;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;340;26;24;34;1;21;-36;1;0;497;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;360;21;27;36;2;29;-38;0;1;211;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;380;22;28;38;1;20;-40;1;20;136;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;400;20;20;40;1;19;-42;0;0;1014;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;420;19;17;42;0;6;-44;0;1;376;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
2;440;12;20;44;4;12;-46;0;11;46;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;460;17;13;46;0;19;-48;0;0;171;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;480;19;10;48;0;10;-50;0;2;47;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;500;16;12;50;0;12;-52;0;13;854;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;520;14;17;52;2;12;-54;0;0;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;540;17;13;54;5;6;-56;0;0;493;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;560;9;11;56;4;1;-58;0;6;109;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;580;11;3;58;4;3;-60;0;0;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;600;12;4;60;2;7;-62;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;620;12;2;62;4;7;-64;0;4;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;640;10;14;64;1;12;-66;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;660;10;6;66;3;5;-68;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;680;5;3;68;5;6;-70;0;4;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;700;4;5;70;2;4;-72;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;720;11;2;72;7;7;-74;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;740;6;8;74;3;6;-76;0;3;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;760;2;7;76;2;9;-78;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1;780;3;9;78;5;6;-80;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
0;800;5;4;80;6;6;-82;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
7;0;146;71;0;877;1065;-84;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
53;0;980;1899;0;979;1898;-86;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
46;0;829;1806;0;97;811;-88;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
151;16380;59;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;0;;;;;;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;20;;;;;;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;282;13;2555;0;0;;0;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;3077;;;;1;15;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;0;0;0;0;;;;20;703;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;0;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;0;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

tenericutes distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80

tenericutes distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf; 
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66

tenericutes distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;

tenericutes par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;

tenericutes, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est  23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693

spirochète[modifier | modifier le wikicode]

Sphaerochaeta coccoides DSM 17374[modifier | modifier le wikicode]

scc opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: scc opérons
  • Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*

scc cumuls[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: scc cumuls
  • Notes: * pour le nombre de jaunes
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164

scc blocs[modifier | modifier le wikicode]

cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;

scc remarques[modifier | modifier le wikicode]

scc distribution[modifier | modifier le wikicode]

distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47

scc données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: scc données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;scc;CDS-CDS;Sup 400
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;403;401
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;812;;3* 72;;10;gag;409;402
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;350;;16s tRNA;;**;cag;411;403
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;447;;132;atc;43;gaa;412;405
1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;5s CDS;;2* 137;gca;**;aaa;419;407
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;350;175;tRNA 23s;;32;cac;420;415
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;447;;79;atc;38;cga;421;415
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;;;2* 40;gca;37;aag;425;416
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;;;;;36;cta;431;416
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;;;;;**;ggc;431;427
1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;;;;;40;tca;433;430
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;;;;;25;agc;459;435
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;;;;;16;cgc;463;450
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;;;;;40;tcg;476;462
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;;;;;**;tcc;478;463
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;;;;;;;481;467
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;;;;;;;482;467
;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;;;;CDS-CDS;inf 50;;500;477
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;;;;intercalaire;;;508;496
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;;;;c-;x-;;515;511
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;;;;-74;-120;;522;512
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;;;-68;;;525;521
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;;;-68;;;527;548
2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;;;-59;;;558;561
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;;;-59;;;563;579
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;;;-53;;;565;590
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;;;total;intercalaires;;580;617
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;;;;214,658;;590;655
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;;;ADN long;2,227,296;;635;671
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;;;%;9.6;;643;775
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;;;;;;643;916
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;;;non RNA;12;;700;959
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;;;;;;715;1598
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;;;;;;867;1666
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;;;;;;;;;874;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;960;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;1048;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;;;;;;;;;1229;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;;;;;;;;;1670;
;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;;;;;;;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;;;;;;;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;;;;;;;;;;
33;34;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;;;;;;;;;;
32;27;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;;;;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;
;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;;;;;;;
;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;;;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;;;;;;

scc autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: scc autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;scc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*;
;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg
fin;comp;CDS;216868;217047;;0;
deb;;CDS;243358;244170;812;*;
;;rRNA;244983;246519;132;*;16s
;;tRNA;246652;246725;79;*;atc
;;rRNA;246805;249778;72;*;23s
;;rRNA;249851;249962;175;*;5s
fin;comp;CDS;250138;250947;;;
deb;;CDS;300128;301798;669;*;
;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg
fin;;CDS;302992;304032;;;
deb;comp;CDS;316296;317216;152;*;
;;tRNA;317369;317442;176;*;gac
fin;;CDS;317619;318692;;;
deb;;CDS;330207;331004;16;*;
;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg
fin;;CDS;331356;333446;;1;
deb;comp;CDS;345290;346216;228;*;
;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg
fin;comp;CDS;346700;347059;;0;
deb;;CDS;422975;424363;71;*;
;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc
fin;;CDS;424759;426600;;;
deb;;CDS;436852;438168;237;*;
;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg
fin;;CDS;438680;440152;;1;
deb;comp;CDS;481186;482484;180;*;
;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj
fin;;CDS;482820;483494;;;
deb;;CDS;530805;532313;82;*;
;;tRNA;532396;532467;310;*;gta
fin;;CDS;532778;533485;;;
deb;;CDS;568939;569700;102;*;
;;tRNA;569803;569874;412;*;gga
fin;;CDS;570287;570952;;;
deb;;CDS;636017;636391;52;*;
;;tRNA;636444;636517;334;*;aca
fin;comp;CDS;636852;637013;;0;
deb;;CDS;640192;640530;79;*;
;;tmRNA;640610;640987;334;*;
fin;comp;CDS;641322;642209;;0;
deb;;CDS;711173;712012;51;*;
;comp;ncRNA;712064;712406;10;*;
fin;comp;CDS;712417;713229;;;
deb;comp;CDS;717326;717772;66;*;
;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac
fin;;CDS;718151;719386;;;
deb;comp;CDS;721419;723056;67;*;
;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag
;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag
fin;comp;CDS;723381;723911;;;
deb;comp;CDS;724974;725225;236;*;
;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg
fin;comp;CDS;725658;728366;;;
deb;comp;CDS;767509;768549;350;*;
;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s
;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s
;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca
;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s
fin;;CDS;774381;774947;;;
deb;;CDS;783089;784627;273;*;
;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa
;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa
fin;;CDS;785312;787483;;;
deb;comp;CDS;877367;879202;447;*;
;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s
;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s
;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca
;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s
fin;;CDS;885244;885867;;0;
deb;;CDS;900855;901490;73;*;
;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc
fin;;CDS;901852;903519;;;
deb;;CDS;928254;930545;138;*;
;;tRNA;930684;930755;32;*;cac
;;tRNA;930788;930861;38;*;cga
;;tRNA;930900;930972;37;*;aag
;;tRNA;931010;931091;36;*;cta
;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc
fin;;CDS;931623;932981;;;
deb;;CDS;937885;939693;171;*;
;;tRNA;939865;939938;437;*;aga
fin;;CDS;940376;940579;;0;
deb;comp;CDS;974079;974468;223;*;
;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc
deb;comp;CDS;974929;975384;112;*;
;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca
fin;;CDS;975665;976339;;0;
deb;;CDS;1069506;1069922;81;*;
;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta
fin;;CDS;1070166;1070981;;;
deb;;CDS;1084097;1084510;24;*;
;;regulatory;1084535;1084630;39;*;
fin;;CDS;1084670;1085716;;;
deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*;
;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac
fin;comp;CDS;1114496;1117318;;;
deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*;
;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa
fin;comp;CDS;1128044;1128334;;;
deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*;
;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg
fin;;CDS;1259057;1259779;;0;
deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*;
;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc
fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1;
deb;;CDS;1301674;1301952;54;*;
;;rpr;1302007;1306491;4;*;
fin;;CDS;1306496;1306978;;;
deb;;CDS;1319568;1319912;73;*;
;;rpr;1319986;1322002;84;*;
fin;comp;CDS;1322087;1322668;;;
deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*;
;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf
fin;;CDS;1365108;1366457;;;
deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*;
;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg
fin;comp;CDS;1479975;1481738;;;
deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*;
;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc
fin;comp;CDS;1523336;1523890;;;
deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*;
;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc
fin;;CDS;1542418;1544223;;0;
deb;;CDS;1691238;1692578;189;*;
;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg
fin;;CDS;1693416;1693646;;;
deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*;
;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi
fin;comp;CDS;1762481;1765135;;;
deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*;
;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg
deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*;
;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc
fin;;CDS;2035721;2036506;;0;
deb;;CDS;2185380;2186171;84;*;
;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca
;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc
;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc
;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg
;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc
;;ncRNA;2186809;2186906;133;*;
fin;comp;CDS;2187040;2188236;;;

Intergen51. scc. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

scc intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319

scc par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;

spirochetes, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est  18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850

archeo[modifier | modifier le wikicode]

mfi[modifier | modifier le wikicode]

mfi opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;

mfi cumuls[modifier | modifier le wikicode]

mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81

mfi blocs[modifier | modifier le wikicode]

mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382

mfi remarques[modifier | modifier le wikicode]

mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1

mfi distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;

mfi données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mfi données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400;reste;Sup 500
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;mfi;long;long;long;long
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;402;503;502
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;454;724;305;;85;acc;403;405;508;506
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;5s CDS;;286;;**;tta;403;406;511;507
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;;939;16s tRNA;;5;aac;405;408;512;511
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;;397;87;gca;58;atgi;405;409;517;519
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;5s 5s;;72;gca;53;gaa;410;409;518;521
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;748;;tRNA 23s;;29;cta;411;411;519;526
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;;;2* 233;gca;**;cac;413;411;523;528
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;;;;;90;aag;416;414;524;528
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;;;;;504;ttg;420;417;538;530
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;;;;;**;aaa;421;419;538;531
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;;;;;40;tgg;427;429;545;533
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;;;;;**;tgc;427;431;546;534
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;;;;;62;aga;428;431;547;542
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;;;;;**;agg;432;433;548;545
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;;;;;99;gta;433;434;550;550
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;;CDS-CDS;inf 50;;**;gtg;436;434;553;551
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;;intercalaire;;;76;aca;436;434;554;560
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;;c-;x-;;44;cca;437;435;558;562
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;;-161;-71;;170;tac;438;436;559;564
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;;-98;-57;;7;gac;439;437;564;574
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;;-88;;;**;aaa;440;443;564;576
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;;-71;;;4;gtc;441;449;576;579
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;;-67;;;**;ttc;442;450;583;593
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;;-65;;;2;ggc;448;454;586;598
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;;-59;;;**;gga;448;454;592;599
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;;total;intercalaires;;;;449;458;594;611
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;;;403,834;;;;450;458;604;633
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;;ADN long;2,478,074;;;;451;462;619;645
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;;%;16.3;;;;452;471;619;652
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;;;;;;;453;471;629;654
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;non RNA;4;;;;454;474;642;662
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;;;;;456;475;654;675
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;;;;;457;476;665;690
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;;;;;;;;;458;478;681;710
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;;;;;;;;;462;480;682;716
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;;;;;;;;;471;483;701;725
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;;;;;;;;;472;485;731;741
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;;;;;;;;;473;489;754;753
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;;;;;;;;;474;491;756;788
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;;;;;;;;;475;500;778;795
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;;;;;;;;;475;500;803;867
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;;;;;;;;478;;865;909
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;;;;;;;;480;;905;923
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;;;;;483;;953;931
;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;487;;1006;974
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;488;;1090;981
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;489;;1111;993
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;;;;;;;1406;1095
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;;;;;;;1416;1722
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;;;;;;;1733;11130
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;;;;;;;;

mfi autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mfi autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;

Intergen51. mfi. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

mja[modifier | modifier le wikicode]

mja opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;

mja cumuls[modifier | modifier le wikicode]

mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74

mja blocs[modifier | modifier le wikicode]

mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;

mja remarques[modifier | modifier le wikicode]

mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;

mja distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;

mja données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mja données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;mja;long;Sup 400
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;CDS 23s;;23s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;411;406
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;;182;78;;7;ttc;91;atgj;412;431
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;5s 16s;;16s tRNA;;29;aac;**;ctc;417;456
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;;340;2* 64;gca;18;atgi;23;aga;417;478
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;;;tRNA 23s;;39;gaa;**;gaa;439;527
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;;;2* 207;gca;11;cta;178;acc;446;622
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;;;5s tRNA;;**;cac;**;caa;450;685
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;;;80;gac;14;aca;34;ggc;472;711
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;;;tRNA 16s;;8;cca;**;gga;474;724
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;;;295;cac;83;tac;;;478;848
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;;;tRNA 5s;;**;aaa;;;479;859
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;;;13;aaa;;;;;487;1019
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;;;;;;CDS-CDS;inf 50;;489;
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;;;;;;intercalaire;;;489;
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;;;;;;c-;x-;;490;
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;;;;;;-83;-62;;495;
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;;;;;;-73;;;501;
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;;;;;;-71;;;522;
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;;;;;;-64;;;542;
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;;;;;;-62;;;625;
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;;;;;;-59;;;629;
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;;;;;;total;intercalaires;;687;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;;;;;;;168,865;;694;
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;;;;;;ADN long;1,664,970;;694;
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;;;;;;%;10.1;;;
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;;;;;;;;;;;;
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;;;;;;;;non RNA;34;;;
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;;;;;;;;;;;;
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;;;;;;;;;;;;
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;;;;;;;;;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;;;;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;;;;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;;;;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;;;;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;;;;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;;;;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;;;;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;;;;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;;;;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;;;;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;;;;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;;;;;;;;

mja autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mja autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
  • Attention: Correction erreur fin de génome
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;

Intergen51. mja. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

mja intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0
diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1
 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163

mba[modifier | modifier le wikicode]

mba opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;*
comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;*
comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;*
comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";*
;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;*
;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;*
;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;*
comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;*
comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;*
comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;*
;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;*
;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;*
comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;*
comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;*
comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;*
comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;*
>comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;*
comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
<;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;*
;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;*
comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
>;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
>comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*

mba cumuls[modifier | modifier le wikicode]

mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78

mba blocs[modifier | modifier le wikicode]

mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*

mba remarques[modifier | modifier le wikicode]

mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

mba distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;

mba données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mba données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;;;800-1200;;Sup 1200;Sup 1200
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;;effectif;;long;long;long
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;mba;fx;fc;mba;fx;fc;fx;fc;fc
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;706;1672;810;3;3;1224;1039;1279
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;2*209;;132;ctc;410;13;21;820;3;5;1241;1047;1283
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;23s 5s;;**;ctc;420;13;18;830;5;3;1250;1054;1297
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;3*74;;71;aac;430;20;23;840;3;6;1252;1054;1299
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;5s CDS;;16s tRNA;;119;atgi;440;15;19;850;4;9;1266;1056;1306
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;;488;85;gca;**;aac;450;14;16;860;2;4;1267;1057;1316
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;;607;tRNA 23s;;94;gga;460;7;20;870;11;7;1269;1061;1326
;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;;289;116;gca;**;cta;470;11;20;880;2;6;1273;1062;1335
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;;;;;63;atgf;480;7;21;890;6;4;1273;1063;1342
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;;;;63;atgf;490;14;14;900;2;7;1284;1067;1347
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;;;;**;atgf;500;12;14;910;4;3;1311;1067;1351
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;;;;65;tgc;510;5;17;920;1;4;1346;1070;1353
;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;;CDS-CDS;inf 50;;**;tgc;520;15;17;930;2;2;1347;1072;1362
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;;intercalaire;;;112;tac;530;8;17;940;6;1;1358;1080;1366
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;;c-;x-;;**;gac;540;6;14;950;8;7;1359;1096;1374
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;;-59;-74;;223;gcc;550;15;8;960;5;4;1368;1102;1386
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;;-59;-55;;74;atc;560;10;12;970;1;4;1375;1106;1393
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;;-56;-51;;**;atc;570;14;8;980;4;5;1392;1109;1411
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;;-56;;;94;gtc;580;13;15;990;4;4;1393;1122;1447
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;;-56;;;7;ttc;590;8;10;1000;4;5;1410;1126;1448
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;;-56;;;61;ggc;600;13;10;1010;2;1;1420;1131;1453
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;;;;;94;gtc;610;10;11;1020;4;5;1434;1137;1468
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;;total;intercalaires;;7;ttc;620;7;16;1030;1;3;1437;1139;1472
1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;;;1341425;;**;ggc;630;9;12;1040;4;3;1447;1145;1484
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;;ADN long;4837408;;;;640;6;14;1050;2;1;1453;1147;1485
2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;;%;27.7;;;;650;4;10;1060;3;4;1487;1152;1503
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;;;;;;;660;8;14;1070;4;6;1508;1152;1549
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;;non RNA;10;;;;670;4;10;1080;3;2;1516;1158;1553
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;;;;;;;680;12;16;1090;3;0;1548;1162;1557
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;;;;;;;690;2;4;1100;0;1;1555;1189;1568
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;;;;;;;700;5;6;1110;5;3;1677;1190;1569
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;;;;;;;710;8;12;1120;4;0;1707;1194;1595
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;;;;;;;720;5;9;1130;1;2;1797;1198;1596
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;;;;;;;730;3;4;1140;1;3;1848;1204;1600
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;;;;;;;740;5;11;1150;1;2;1870;1205;1613
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;;;;;;;750;9;11;1160;2;3;1901;1213;1624
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;;;;;;;760;6;6;1170;3;1;1964;1215;1712
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;;;;;;;770;11;7;1180;3;0;2165;1218;1733
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;;;;;;;780;3;9;1190;1;2;2233;1220;1754
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;;;;;;;790;5;3;1200;2;2;2309;1220;1761
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;;;;;800;2;5;;43;66;2323;1221;1854
17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;;;;;;;;;;;;2894;1221;1946
41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;;;;;;;;;;;;2919;1228;2076
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;;;;;;;;;;;;1230;2161
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;;;;;;;;;;;;1230;2282
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;;;;;;;;;;;;1234;2299
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;;;;;;;;;;;;1242;2322
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;;;;;;;;;;;;1254;2517
;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;;;;;;;;;;;;;1254;2693
;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;2705
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;;;;;;;;;;;;;

mba autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mba autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;mba;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;91192;91938;137;*;
;comp;tRNA;92076;92160;132;*;ctc
;comp;tRNA;92293;92377;298;*;ctc
fin;comp;CDS;92676;93476;;;
deb;comp;CDS;98630;99337;535;*;
;comp;tRNA;99873;99955;222;*;tcc
fin;comp;CDS;100178;101194;;;
deb;comp;CDS;146979;147518;80;*;
;comp;tRNA;147599;147670;198;*;acc
fin;comp;CDS;147869;148381;;;
deb;comp;CDS;199345;200268;492;*;
;comp;tRNA;200761;200833;71;*;aac
;comp;tRNA;200905;200979;119;*;atgi
;comp;tRNA;201099;201171;790;*;aac
fin;;CDS;201962;202126;;;
deb;;CDS;260990;261532;173;*;
;;tRNA;261706;261777;673;*;cgg
fin;;CDS;262451;262960;;0;
deb;;CDS;355894;356157;309;*;
;;rpr;356467;359809;137;*;
fin;;CDS;359947;361317;;;
deb;comp;CDS;463836;464723;2075;*;
;;tRNA;466799;466870;94;*;gga
;;tRNA;466965;467049;221;*;cta
fin;comp;CDS;467271;468818;;;
deb;;CDS;473154;473723;298;*;
;comp;tRNA;474022;474096;246;*;gag
fin;comp;CDS;474343;475584;;0;
deb;comp;CDS;692109;692987;349;*;
;;tRNA;693337;693411;400;*;aga
fin;comp;CDS;693812;694420;;;
deb;comp;CDS;703446;703958;488;*;
;;tRNA;704447;704521;307;*;agg
fin;;CDS;704829;705284;;;
deb;comp;CDS;800463;800642;799;*;
;comp;tRNA;801442;801526;137;*;agc
;comp;ncRNA;801664;801978;327;*;
fin;;CDS;802306;803931;;0;
deb;;CDS;1109819;1110013;15;*;
;;tRNA;1110029;1110103;63;*;atgf
;;tRNA;1110167;1110241;63;*;atgf
;;tRNA;1110305;1110379;273;*;atgf
fin;;CDS;1110653;1111984;;0;
deb;comp;CDS;1134460;1135074;235;*;
;comp;tRNA;1135310;1135381;65;*;tgc
;comp;tRNA;1135447;1135518;126;*;tgc
fin;comp;CDS;1135645;1136277;;;
deb;;CDS;1137210;1137680;488;*;
;comp;rRNA;1138169;1138290;74;*;122
;comp;rRNA;1138365;1141271;209;*;2833
;comp;rRNA;1141481;1142958;835;*;1489
fin;;CDS;1143794;1145302;;;
deb;comp;CDS;1249870;1250040;423;*;
;comp;tRNA;1250464;1250537;546;*;aag
fin;;CDS;1251084;1251290;;;
deb;;CDS;1315521;1315691;-12;*;
;comp;tRNA;1315680;1315751;174;*;cgc
fin;;CDS;1315926;1317110;;;
deb;comp;CDS;1516050;1516220;286;*;
;;tRNA;1516507;1516579;760;*;caa
fin;comp;CDS;1517340;1517663;;;
deb;comp;CDS;1538879;1539286;36;*;
;comp;tRNA;1539323;1539395;1249;*;other
fin;comp;CDS;1540645;1540794;;;
deb;comp;CDS;1546247;1547791;576;*;
;comp;tRNA;1548368;1548441;448;*;aca
fin;;CDS;1548890;1549093;;;
deb;;CDS;1550566;1550760;745;*;
;comp;tRNA;1551506;1551579;506;*;aca
fin;;CDS;1552086;1552640;;;
deb;;CDS;1621639;1622835;433;*;
;;tRNA;1623269;1623384;112;*;tac
;;tRNA;1623497;1623569;300;*;gac
fin;comp;CDS;1623870;1624067;;0;
deb;comp;CDS;1657967;1659625;616;*;
;;rpr;1660242;1661581;74;*;
fin;;CDS;1661656;1662045;;0;
deb;;CDS;1714788;1715069;154;*;
;comp;tRNA;1715224;1715295;187;*;acg
fin;comp;CDS;1715483;1716493;;;
deb;comp;CDS;1755811;1755993;113;*;
;comp;tRNA;1756107;1756181;0;*;ccg
fin;comp;CDS;1756182;1756370;;;
deb;;CDS;1842058;1842195;16;*;
;comp;tRNA;1842212;1842285;717;*;gtg
fin;;CDS;1843003;1843767;;0;
deb;comp;CDS;1852573;1852881;1379;*;
;comp;tRNA;1854261;1854338;198;*;ccc
fin;comp;CDS;1854537;1855121;;0;
deb;comp;CDS;1908225;1908989;349;*;
;comp;tRNA;1909339;1909530;445;*;tgg
fin;;CDS;1909976;1910152;;;
deb;;CDS;1926495;1927178;183;*;
;comp;tRNA;1927362;1927445;125;*;tcg
fin;comp;CDS;1927571;1928944;;;
deb;;CDS;1975038;1976213;78;*;
;comp;ncRNA;1976292;1976649;428;*;
fin;;CDS;1977078;1978217;;;
deb;comp;CDS;2005431;2007053;2315;*;
;comp;tRNA;2009369;2009443;199;*;cca
fin;comp;CDS;2009643;2010194;;;
deb;comp;CDS;2026807;2028456;314;*;
;;tRNA;2028771;2028842;513;*;ggg
fin;comp;CDS;2029356;2029766;;0;
deb;;CDS;2157926;2158684;567;*;
;;tRNA;2159252;2159362;349;*;atgj
fin;;CDS;2159712;2160225;;;
deb;comp;CDS;2194967;2195302;718;*;
;;rRNA;2196021;2197498;209;*;1489
;;rRNA;2197708;2200614;74;*;2833
;;rRNA;2200689;2200810;607;*;122
fin;comp;CDS;2201418;2201615;;0;
deb;comp;CDS;2434335;2434609;603;*;
;comp;tRNA;2435213;2435284;223;*;gcc
;;tRNA;2435508;2435584;74;*;atc
;;tRNA;2435659;2435735;241;*;atc
fin;comp;CDS;2435977;2436390;;0;
deb;;CDS;2622097;2624025;1489;*;
;;tRNA;2625515;2625588;1102;*;gta
fin;;CDS;2626691;2626918;;;
deb;;CDS;2650514;2651296;164;*;
;;tRNA;2651461;2651532;218;*;cac
fin;;CDS;2651751;2653460;;;
deb;;CDS;2663547;2664668;318;*;
;comp;tRNA;2664987;2665058;263;*;ggc
fin;;CDS;2665322;2666563;;;
deb;;CDS;2856552;2857409;134;*;
;comp;tRNA;2857544;2857628;153;*;tca
fin;comp;CDS;2857782;2858546;;0;
deb;;CDS;3326036;3326557;539;*;
;;tRNA;3327097;3327168;995;*;tgc
fin;;CDS;3328164;3328898;;;
deb;;CDS;3994472;3994921;514;*;
;comp;tRNA;3995436;3995529;477;*;cga
fin;;CDS;3996007;3996714;;;
deb;;CDS;4005709;4006026;269;*;
;;tRNA;4006296;4006378;860;*;ttg
;;rpr;4007239;4009012;169;*;
fin;comp;CDS;4009182;4009478;;;
deb;comp;CDS;4031590;4031871;1075;*;
;;tRNA;4032947;4033019;182;*;cag
fin;comp;CDS;4033202;4033765;;0;
deb;comp;CDS;4041205;4041960;96;*;
;;tRNA;4042057;4042141;375;*;tta
fin;comp;CDS;4042517;4044976;;;
deb;comp;CDS;4045359;4048274;718;*;
;;tRNA;4048993;4049077;35;*;tta
deb;comp;CDS;4049113;4052403;241;*;
;;tRNA;4052645;4052729;177;*;tta
fin;comp;CDS;4052907;4053395;;;
deb;;CDS;4407561;4407830;64;*;
;;tRNA;4407895;4407966;675;*;gcg
fin;comp;CDS;4408642;4409715;;;
deb;comp;CDS;4504139;4504300;536;*;
;comp;tRNA;4504837;4504921;220;*;ctg
fin;comp;CDS;4505142;4506050;;;
deb;comp;CDS;4551177;4551851;566;*;
;;tRNA;4552418;4552491;94;*;gtc
;;tRNA;4552586;4552660;7;*;ttc
;;tRNA;4552668;4552739;61;*;ggc
;;tRNA;4552801;4552874;94;*;gtc
;;tRNA;4552969;4553043;7;*;ttc
;;tRNA;4553051;4553122;717;*;ggc
fin;;CDS;4553840;4554052;;0;
deb;;CDS;4617920;4618339;200;*;
;;tRNA;4618540;4618617;351;*;gaa
deb;;CDS;4618969;4619190;377;*;
;;tRNA;4619568;4619645;214;*;gaa
fin;comp;CDS;4619860;4620678;;;
deb;;CDS;4673041;4673643;289;*;
;comp;rRNA;4673933;4674054;74;*;122
;comp;rRNA;4674129;4677035;116;*;2833
;comp;tRNA;4677152;4677224;85;*;gca
;comp;rRNA;4677310;4678787;1247;*;1489
fin;;CDS;4680035;4680817;;;
deb;comp;CDS;4759174;4759410;89;*;
;comp;tRNA;4759500;4759576;655;*;aaa
fin;comp;CDS;4760232;4760801;;;

Intergen51. mba. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

mba intercalaires positifs S+[modifier | modifier le wikicode]

mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;<0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
  • Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
  • Corrélation et fréquences faibles
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
 - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;

mfe[modifier | modifier le wikicode]

mfe opérons[modifier | modifier le wikicode]

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
40.2%GC;3.2.20 Paris;16s  3;56;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina sp. WH1;;;;;;;;;;;;
comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;*
;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;*
;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;*
;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;*
;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;*
;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;*
;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;*
;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;*
comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;*
comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;*
;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;*
comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;*
comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;*
;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;*
comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;*
;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;*
comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;*
;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;*
comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;*
comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;*
comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;*
comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;*
;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;*
>;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;*
comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;*
comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;*
;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;*
comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;*
comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;*
comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;*
comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;*
comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;*
comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;*
comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;*
comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;*
comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;*
;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;*
comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;*
;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;*
;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;*
comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;*
;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;*
;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;*
comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;*
;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;*
;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;*
;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;*
comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;*
comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;*
comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;*
comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;*
comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;*
comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;*
comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;*
comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;*
;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;*
;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;*
comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;*
;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
>;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;*
;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;*
comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;*
;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;*
comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;*
comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;*
comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;*
comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
<comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*

mfe cumuls[modifier | modifier le wikicode]

mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80

mfe blocs[modifier | modifier le wikicode]

mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*

mfe remarques[modifier | modifier le wikicode]

mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1

mfe distribution[modifier | modifier le wikicode]

atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;

mfe données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mfe données intercalaires
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;;400-900;reste;Sup 900;reste;Sup 1200
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;frequence;effectif;;long;long;long;long
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;x;aa;mfe;fx;fc;fx;fc;fx;fc
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;;hors bloc;400;695;1544;912;902;1203;1203
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;2* 196;;72;;tgc;410;13;13;916;911;1203;1211
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;23s 5s;;**;;tgc;420;11;16;920;916;1207;1214
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;3* 74;;89;;atgf;430;6;14;948;918;1211;1222
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;5s CDS;;16s tRNA;;**;;atgf;440;19;15;949;926;1212;1224
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;857;5;84;gca;111;;gac;450;16;14;950;933;1215;1226
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;;271;tRNA 23s;;**;;tac;460;11;12;950;940;1221;1227
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;;;119;gca;73;;cta;470;9;9;957;941;1226;1242
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;;;;;**;;gga;480;15;13;959;948;1239;1245
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;;;;;117;;ctc;490;17;11;968;951;1239;1247
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;;;;**;;ctc;500;2;14;979;956;1250;1266
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;;;;;87;;aac;510;2;9;983;957;1252;1287
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;;;;;110;;atgi;520;9;12;997;957;1255;1291
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;;CDS-CDS;inf 50;;**;;aac;530;12;7;1008;962;1261;1302
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;;intercalaire;;;;227;gcc;540;7;8;1009;974;1288;1305
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;;c-;x-;;62;;atc;550;4;6;1025;980;1300;1333
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;;-98;-71;;**;;atc;560;5;10;1033;980;1302;1364
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;;-89;-66;;718;;gaa;570;4;11;1035;993;1324;1378
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;;-59;-57;;**;;gaa;580;5;7;1047;993;1335;1388
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;;total;intercalaires;;25;;ggc;590;8;10;1064;993;1338;1393
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;;;987,074;;57;;ttc;600;4;9;1076;999;1347;1400
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;;ADN long;3,914,091;;71;;gtc;610;11;9;1077;1001;1382;1421
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;;%;25.2;;25;;ggc;620;4;8;1081;1005;1463;1464
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;;;;;118;;ttc;630;7;8;1086;1016;1502;1478
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;;non RNA;15;;**;;gtc;640;6;10;1093;1017;1515;1486
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;;;;;;;;650;5;11;1104;1023;1535;1496
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;;;;;;;;660;3;5;1112;1038;1556;1575
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;;;;;;;;670;5;1;1123;1039;1595;1586
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;;;;;;;;680;3;3;1128;1043;1607;1609
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;;;;;;;;690;5;5;1134;1048;1623;1622
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;;;;;;;;700;4;4;1146;1051;1739;1651
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;;;;;;;;710;2;6;1156;1057;1782;1679
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;;;;;;;;720;9;3;1160;1065;1991;1694
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;;;;;;;;730;3;4;1161;1069;;1726
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;;;;;;;;740;2;3;1171;1085;;1740
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;;;;;;;;750;5;8;1172;1093;;1756
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;;;;;;;;760;2;9;1190;1097;;1835
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;;;;;;;;770;6;4;;1097;;1958
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;;;;;;;;780;4;5;;1102;;1960
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;;;;;;;;790;8;6;;1115;;2091
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;;;;;;800;6;5;;1118;;2110
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;;;;;;810;2;5;;1119;;2239
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;;;;;;820;2;1;;1122;;2442
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;;;;;;830;7;7;;1136;;2916
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;;;;;;840;0;2;;1139;;4246
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;;;;;;850;1;3;;1145;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;;;;;;860;2;6;;1150;;
;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;;;;;;870;3;3;;1155;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;;;;;;880;3;4;;1184;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;;;;;;890;1;0;;1193;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;;;;;;900;2;3;;1197;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;;;;;;;;;;;;

mfe autres intercalaires aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: mfe autres intercalaires aas
  • Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;

Intergen51. mfe. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

archées synthèse[modifier | modifier le wikicode]

archées données intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les archeo;;mfe;mja;mba;mfi;;;;;;;;;* Autres intercalaires: 436;;;Ft: 268;Ici: 105;Reste: 63;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA contig;;tRNA h;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;;454;704;857;5;;340;2;196;1;78;1;72;1;116;1;80;1;7;1;2;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;fx%;fc%;;718;;271;;;2;209;1;286;1;84;1;119;;;1;8;1;4;
1;3;0;12;78;0;12;78;-1;0;106;4;11;;724;;289;;;;;1;305;1;85;2;207;;;1;11;1;5;
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archées données intercalaires 200[modifier | modifier le wikicode]

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gen;mba;mfe;mfi;mja;;mba
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307;2;3;1;1;;
308;2;3;1;0;;
309;4;2;0;0;;
310;0;3;2;0;;
311;2;3;0;0;;
312;2;1;2;2;;
313;1;5;3;2;;
314;5;3;1;0;;
315;5;2;2;0;;
316;4;1;3;0;;
317;3;3;2;1;;
318;1;1;0;0;;
319;2;3;1;0;;
320;2;2;0;1;;
321;0;3;3;0;;
322;2;3;3;0;;
323;4;4;3;1;;
324;3;2;0;0;;
325;1;2;1;1;;
326;1;2;2;0;;
327;4;1;1;0;;
328;2;1;0;0;;
329;2;2;3;0;;
330;4;3;1;0;;
331;1;1;0;0;;
332;4;3;4;0;;
333;2;0;0;0;;
334;2;2;0;2;;
335;1;3;1;0;;
336;4;2;0;0;;
337;5;2;0;1;;
338;1;3;0;0;;
339;1;2;1;0;;
340;1;2;0;0;;
341;3;0;1;0;;
342;4;4;1;0;;
343;1;3;1;0;;
344;4;3;0;1;;
345;1;2;0;0;;
346;1;2;2;0;;
347;2;1;0;0;;
348;6;5;2;0;;
349;2;1;0;0;;
350;4;1;1;0;;
351;3;1;0;0;;
352;1;2;2;0;;
353;3;3;0;0;;
354;1;1;1;1;;
355;4;0;1;1;;
356;1;0;0;1;;
357;4;1;2;0;;
358;0;2;0;0;;
359;0;2;0;0;;
360;1;2;4;0;;
361;3;2;1;0;;
362;1;5;1;0;;
363;0;3;1;1;;
364;0;0;1;1;;
365;5;0;0;0;;
366;2;0;0;0;;
367;3;1;1;0;;
368;1;1;0;1;;
369;3;1;2;0;;
370;2;0;0;0;;
371;4;1;1;0;;
372;2;3;2;0;;
373;3;2;2;1;;
374;2;2;1;0;;
375;2;0;0;0;;
376;1;1;0;0;;
377;2;2;1;0;;
378;3;3;0;1;;
379;3;2;2;0;;
380;2;1;2;0;;
381;1;2;1;0;;
382;3;2;1;0;;
383;0;3;2;0;;
384;3;2;1;0;;
385;3;1;0;0;;
386;1;1;1;0;;
387;2;5;1;0;;
388;1;1;1;0;;
389;0;1;0;0;;
390;1;0;0;0;;
391;1;3;1;0;;
392;1;0;0;0;;
393;2;2;0;0;;
394;1;0;1;0;;
395;1;0;1;0;;
396;3;1;1;0;;
397;1;2;0;0;;
398;1;2;5;0;;
399;3;2;1;1;;
400;4;3;0;0;;
;;;;;;
;1651;1527;1423;1046;;314

archées distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;

archées distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;

archées distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;

archées par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;

euryarchaeota, estimation des -rRNAs[modifier | modifier le wikicode]

euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est  10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832

génomes synthèse[modifier | modifier le wikicode]

Les intercalaires entre cds d'un génome[modifier | modifier le wikicode]

Les intercalaires tRNAs-cds[modifier | modifier le wikicode]

comparaison continu-discontinu[modifier | modifier le wikicode]
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
  • tableau
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs[modifier | modifier le wikicode]
  • Lien tableau: Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs
  • Total des tRNAs-cds des 22 génomes qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
  • Tableau
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;

cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;;
pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
Les cds-cds positif-négatif[modifier | modifier le wikicode]
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3

22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800
pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;

tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+;  xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
Récapitulatif des taux discontinu/continu[modifier | modifier le wikicode]
>0;;;<0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1
Les taux de discontinus par classe génomique[modifier | modifier le wikicode]
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&25;°24;°6
ant;&10,9;27;&25;°15;°8
mja;&24,2;30;13;42;&36
pmg;&36,0;&39;14;39;&41
pub;&19,0;29;&36;44;&45
$II;;;;;
ade;&11,9;&36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&19,3;&42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&12,3;33;18;43;&35
rru;&10,1;31;18;41;&33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds[modifier | modifier le wikicode]
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
 -1;1671;'''17.5;;0;0;;
 -2;4;0.0;;40;3.3;;
 -3;5;0.1;;0;0;;
 -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10;
 -5;9;0.1;;3;0.2;;
 -6;4;0.0;;35;2.9;;16
 -7;139;1.5;;19;1.6;;
 -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
 -9;3;0.0;;25;2.0;;14
 -10;93;1.0;;11;0.9;;
 -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
 -12;2;0.0;;23;1.9;;8
 -13;94;1.0;;15;1.2;;
 -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
 -15;1;0.0;;25;2.0;;12
 -16;58;0.6;;13;1.1;;
 -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
 -18;5;0.1;;13;1.1;;1
 -19;43;0.4;;12;1.0;;
 -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
 -21;0;0;;11;0.9;;3
 -22;22;0.2;;8;0.7;;
 -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
 -24;1;0.0;;19;1.6;;8
 -25;34;0.4;;11;0.9;;
 -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
 -27;2;0.0;;6;0.5;; -2
 -28;19;0.2;;8;0.7;;
 -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
 -30;0;0;;5;0.4;; -3
 -31;16;0.2;;8;0.7;;
 -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
 -33;0;0;;3;0.2;; -4
 -34;15;0.2;;7;0.6;;
 -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
 -36;0;0;;3;0.2;;0
 -37;9;0.1;;3;0.2;;
 -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
 -39;0;0;;3;0.2;; -4
 -40;5;0.1;;7;0.6;;
 -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
 -42;0;0;;4;0.3;; -2
 -43;16;0.2;;6;0.5;;
 -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
 -45;0;0;;2;0.2;; -1
 -46;5;0.1;;3;0.2;;
 -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
 -48;0;0;;2;0.2;; -2
 -49;11;0.1;;4;0.3;;
 -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
  • Fréquences des négatifs, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes[modifier | modifier le wikicode]
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu   50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements[modifier | modifier le wikicode]
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus[modifier | modifier le wikicode]
Tableau cds-cds négatifs discontinus[modifier | modifier le wikicode]
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰  ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88
3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335
4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56
5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83
6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84
7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93
8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68
10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;;
  • Coefficient de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
	14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs continus		14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs discontinus				
gen	r50	“5	“6	“7	“8	total	cds	r80	“5	“6	“7	“8	total
abra	13	211	0	11	174	409	1667	0	2	3	0	3	8
ade	9	607	0	25	72	713	4464	9	36	4	17	36	102
afn	9	167	2	20	105	303	2039	1	1	1	1	0	4
ant	6	387	1	33	252	679	3095	0	40	20	5	18	83
ase	28	1054	3	70	145	1300	8197	17	109	48	55	123	352
blo	2	161	1	10	36	210	1772	2	3	1	4	8	18
bsu	17	305	0	42	209	573	4215	4	14	5	7	5	35
cbei	4	153	0	32	200	389	5622	0	4	2	2	3	11
cbn	0	62	0	23	82	167	2491	0	0	5	0	4	9
cvi	4	493	0	38	152	687	4282	1	25	7	16	20	69
eco	22	423	0	47	152	644	4024	10	45	15	6	18	94
mba	6	152	7	34	108	307	3943	0	6	3	3	10	22
mja	6	78	0	17	62	163	1730	0	26	19	3	8	56
myr	0	133	0	22	127	282	3555	0	9	5	1	5	20
pmg	2	105	0	10	41	158	1800	0	33	16	9	30	88
pmq	16	466	1	44	226	753	7223	1	14	8	5	14	42
pub	3	233	2	14	129	381	1307	0	47	17	3	25	92
rru	11	475	0	26	97	609	3786	5	28	6	13	22	74
rtb	0	43	0	9	46	98	793	0	1	0	0	3	4
scc	6	195	1	22	95	319	1805	1	3	9	3	12	28
spl	5	262	0	30	117	414	4213	0	7	1	1	3	12
total	169	6165	18	579	2627	9558	72023	51	453	195	154	370	1223
  • Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. 
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails[modifier | modifier le wikicode]
  • Fréquences des discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
Restes des cds-cds négatifs[modifier | modifier le wikicode]
  • Restes des cds-cds négatifs
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus[modifier | modifier le wikicode]
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
  • Tableau cds-cds-x
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5
'''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5
'''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8
'''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
  • Fréquences des intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
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;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400[modifier | modifier le wikicode]
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max  40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
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§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max  50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:Image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:Image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:Image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:Image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17;
[[:Image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18;
$[[:Image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19;
§[[:Image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20;
&[[:Image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21;
Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences[modifier | modifier le wikicode]
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30  ‰ ;;;teff;;0  ‰;;<0  ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:Image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:Image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:Image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:Image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:Image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:Image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:Image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:Image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:Image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:Image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:Image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:Image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:Image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:Image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:Image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:Image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:Image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:Image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:Image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:Image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:Image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc
Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400[modifier | modifier le wikicode]
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:Image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:Image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&pmq;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:Image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&cbei;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:Image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&'''blo;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&mba;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:Image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:Image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:Image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&'''scc;;&[[:Image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40[modifier | modifier le wikicode]
Sc+  40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
  • Données
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40[modifier | modifier le wikicode]
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+  40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15   611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu[modifier | modifier le wikicode]
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210"
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
  • Tableau
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;

Gamma intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. Gamma les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;tRNA-CDS
c;17 644;4 048;137;21 829;2,2;695;58;753
x;9 203;450;52;9 705;;0;42;42
t;26 847;4 498;189;31 534;;695;100;795
%;85,1;14,3;0,1;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;297;2;2;301;1,4;tRNA-CDS;509;5
x;207;1;0;208;;RNA-RNA;695;7
t;504;3;2;509;;CDS-rRNA;100;1
%;99,0;0,6;0,4;;;non RNA;1 112;12
-;;;;;;total;2 416;2 416
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;6,0;15,6;1,3;28,5;3,7;65;0,6;0,7
x;11,3;17,3;7,8;5,6;2,4;46;0,5;0,0

Intergen51. Gamma. Les diagrammes CDS-16s[modifier | modifier le wikicode]

gama;CDS 16s c;CDS 16s x;gama;5s CDS c;5s CDS x
150;0;1;30;0;0
180;1;0;60;1;0
210;1;0;90;4;2
240;0;0;120;0;6
270;0;1;150;1;0
300;0;0;180;1;0
330;0;0;210;0;0
360;0;1;240;0;1
390;9;0;270;0;2
420;0;0;300;3;0
450;5;0;330;1;1
480;6;5;360;0;1
510;2;3;390;1;0
540;1;2;420;0;0
570;2;2;450;0;0
600;2;1;480;0;3
630;1;4;;2;2
660;2;0;;;
690;1;1;;;
720;0;0;;;
750;0;0;;;
780;0;0;;;
810;0;1;;;
840;1;0;;;
870;1;0;;;
900;1;0;;;
;1;2;;;
;37;24;;;
  • Les moyennes CDS-16s par génome
CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;488,4;72,1;6,8;424:432;469:518;599;63,5;36,8
eal;298,3;119,0;2,5;161;364:370;;253,6;-153,2
eco;388,5;36,2;10,7;362;373:377;442;163,4;-63,1
ecoN;435,7;118,9;3,7;4x365-385;441;672;116,2;-15,9
spl;665,6;301,2;2,2;206;611:647;876:988;-113,7;214,0
vha1;584,3;146,6;4,0;4x451-557;631:853;;-32,4;132,8
vha2;448;;;448;;;103,9;-3,6
vpb1;551,5;136,6;4,0;4x454-504;575:817;;0,4;99,9
vpb2;468;;;468;;;83,9;16,4
total;501,7;173,5;2,9;;;;551,9;451,6
gama;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;560,3;63,6;8,8;3x481-516;626:627;;35,4;72,9
eal;386,8;103,2;3,7;264;339;467:471;209,0;-100,7
eco;522,3;79,5;6,6;473:480;614;;73,4;34,9
ecoN;298,0;256,0;1,2;117;479;;297,7;-189,4
spl;821,5;250,6;3,3;614;687:807;1178:*1908;-225,8;334,1
vha1;523,0;43,8;11,9;492;554;;72,7;35,6
vha2;;;;;;;;
vpb1;526,0;42,4;12,4;496;556;;69,7;38,6
vpb2;;;;;;;;
total;541,6;197,1;2,7;;;;595,7;487,4

Intergen51.gamma. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS[modifier | modifier le wikicode]

ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
amed;215,8;114,5;1,9;0;0;71,6;-19,3;;amed;183,5;119,5;1,5;99;268;;
eal;213,1;140,6;1,5;2;0;74,3;-22,1;;eal;223,7;204,8;1,1;98:113;460;;
eco;243,8;133,8;1,8;3;1;43,5;8,7;;eco;192,7;98,9;1,9;81;228:269;;
ecoN;259,6;117,9;2,2;6;3;27,8;24,4;;ecoN;83,0;29,7;2,8;62;104;;
spl;300,0;140,1;2,1;1;3;-12,6;64,9;;spl;387,8;77,8;5,0;304:339;2x454;*768:798;
vha1;277,3;152,6;1,8;0;0;10,0;42,2;;vha1;101;;;101;;;
vha2;329,8;40,5;8,1;0;0;-42,4;94,7;;vha2;;;;;;;
vpb1;288,7;166,5;1,7;0;1;-1,3;53,6;;vpb1;110;;;110;;;
vpb2;487,0;141,3;3,4;2;0;-237,7;283,1;;vpb2;;;;;;;
total;261,2;141,9;1,8;;++;287,4;235,1;;total;221,5;145,6;1,5;++;243,7;199,4;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
amed;201,0;117,5;1,7;1;2;48,2;-2,9;;amed;275,0;111,0;2,5;164;275;386;
eal;212,5;133,7;1,6;1;0;36,8;8,5;;eal;178,0;172,5;1,0;56;300;;
eco;187,9;105,6;1,8;1;2;61,3;-16,0;;eco;187,0;159,8;1,2;74;300;;
ecoN;214,4;127,2;1,7;4;2;34,9;10,4;;ecoN;137,4;107,0;1,3;3x76;136;323;
spl;298,3;187,7;1,6;0;4;-49,1;94,4;;spl;*715;17,0;42,1;*703;*727;;
vha1;238,1;138,9;1,7;1;1;11,2;34,1;;vha1;;;;;;;
vha2;254,0;125,2;2,0;1;0;-4,7;50,1;;vha2;;;;;;;
vpb1;253,9;138,9;1,8;3;1;-4,6;49,9;;vpb1;;;;;;;
vpb2;266,3;77,7;3,4;1;1;-17,1;62,4;;vpb2;;;;;;;
total;226,6;137,5;1,6;;++;249,3;203,9;;total;186,8;121,1;1,5;++;205,5;168,2;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
amed;183,3;129,6;1,41;32,5;16;36,4;3,5;;amed;165,4;113,5;1,5;35,6;23;30,3;5,3
eal;198,0;142,2;1,39;15,1;26;21,8;18,2;;eal;175,7;129,9;1,4;36,8;34;20,0;15,6
eco;185,9;118,7;1,57;57,9;9;33,8;6,1;;eco;161,6;111,5;1,4;26,3;3;34,1;1,5
ecoN;199,8;138,9;1,44;59,8;35;19,9;20,0;;ecoN;164,0;121,1;1,4;50,3;26;31,7;3,9
spl;227,7;147,9;1,54;72,3;48;-7,9;47,9;;spl;201,0;142,9;1,4;97,4;58;-5,3;40,8
vha1;205,7;144,3;1,43;71,7;26;14,1;25,9;;vha1;189,3;136,6;1,4;48,8;19;6,4;29,1
vha2;213,6;152,5;1,40;116,2;20;6,1;33,8;;vha2;188,8;136,8;1,4;65,2;17;6,9;28,7
vpb1;195,2;146,0;1,34;93,5;12;24,5;15,4;;vpb1;177,7;120,7;1,5;76,2;17;18,0;17,6
vpb2;201,0;142,8;1,41;286,0;11;18,7;21,3;;vpb2;193,9;131,6;1,5;72,5;12;1,8;33,7
total;199,8;138,8;1,44;61,5;;219,7;179,8;;total;177,9;127,5;1,40;48,7;;195,7;160,1
;;;;804,9;;;;;;;;;509,0;;;

Intergen51. Gamma. Les diagrammes rRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;;23s 5s;
280;3;80;0
300;0;100;27
320;0;120;2
340;0;140;24
360;7;160;0
380;0;180;8
400;1;reste;1
;;;
16stRNA;;tRNA23sc;
60;0;160;0
80;19;180;2
100;16;200;18
120;4;220;0
140;4;240;8
160;0;260;2
180;2;280;9
200;2;300;4
220;0;320;5
240;3;340;1
260;0;360;0
280;2;380;2
reste;2;reste;0

Intergen51. Gamma. Les diagrammes rRNA-RNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;;;;;;;;;;amed;123,4;2,6;48,3;9x120-127;;;6,3;17,3
eal;;;;;;;;;;eal;169;;;7x169;;;-39,3;62,8
eco;;;;;;;;;;eco;92,4;0,5;172,9;7x92-93;;;37,3;-13,7
ecoN;;;;;;;;;;ecoN;95;;;6x95;*1881;;34,7;-11,2
spl;353,0;12,5;28,2;7x348-349;384;;12,5;54,0;;spl;136,3;13,5;10,1;10x132-133;177;;-6,5;30,1
vha1;;;;;;;;;;vha1;121,0;15,0;8,1;2x95;7x125-135;;8,7;14,8
vha2;;;;;;;;;;vha2;95;;;95;;;34,7;-11,2
vpb1;277;;;3x277;;;88,5;-22,0;;vpb1;91;;;10x91;;;38,7;-15,2
vpb2;;;;;;;;;;vpb2;91;;;91;;;38,7;-15,2
total;332,3;37,0;9,0;;;;365,5;299,0;;total;118,0;26,5;4,4;;;;129,7;106,2
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;183,3;81,0;2,3;3x72;7x198-274;;-52,7;76,5;;amed;238,8;5,0;47,3;8x236-238;252;;29,4;19,4
eal;78,3;8,4;9,3;7x68-85;;;52,3;-28,6;;eal;192,9;6,4;30,1;3x186;4x198;;75,3;-26,5
eco;102,3;47,6;2,2;5x68-85;2x171;;28,3;-4,6;;eco;186,1;7,2;25,8;174;3x183-184;3x193;82,0;-33,3
ecoN;149,4;148,3;1,0;7x68-85;375;443;-18,8;42,6;;ecoN;200,0;31,3;6,4;174;5x183-194;269;68,2;-19,4
spl;74;;;3x74;;;56,6;-32,8;;spl;359,3;20,2;17,8;336;2x371;;-91,2;139,9
vha1;105,8;21,3;5,0;65;5x91-102;3x127-134;24,8;-1,1;;vha1;290,8;21,0;13,8;3x260-272;6x296-317;;-22,6;71,4
vha2;123;;;123;;;7,6;16,2;;vha2;313;;;313;;;-44,8;93,6
vpb1;83,3;12,8;6,5;2x65;5x89;97;47,3;-23,6;;vpb1;280,0;26,6;10,5;5x264-265;2x319;;-11,8;60,6
vpb2;89;;;89;;;41,6;-17,8;;vpb2;263;;;263;;;5,2;43,6
total;118,7;79,4;1,5;;;;130,6;106,9;;total;243,8;53,8;4,5;;;;268,2;219,4

Intergen51. Gamma. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]

gama;tRNA hors;;5s tRNA;;tRNA in
;;1;12;8;2
5;23;2;14;1;9
10;23;5;30;3;10
15;19;1;31;1;12
20;19;3;31;2;14
25;20;2;32;1;16
30;20;4;52;1;24
35;45;1;53;2;30
40;44;1;54;2;30
45;16;2;68;1;32
50;31;2;69;1;35
55;23;1;90;1;37
60;32;1;91;3;41
65;9;1;95;7;42
70;4;2;98;5;43
75;5;4;100;3;45
80;8;2;106;3;65
85;7;1;151;;
90;1;;;;
95;4;36;;45;
100;9;;;;
105;19;;;;
110;3;;tRNA 5s;;tRNA contig
115;0;1;17;1;8
120;3;1;23;1;11
125;1;1;37;2;35
130;2;1;39;2;42
135;4;1;40;3;68
140;0;1;57;1;1472
145;0;1;57;1;2351
150;2;1;777;;
155;0;1;1112;;
160;2;1;1360;;
165;0;;;;
170;1;;;;
175;0;;;;
180;0;;;;
185;1;;;;
190;1;;;;
195;0;;;;
200;3;;;;
205;1;;;;
210;2;10;;11;
215;2;;;;
220;0;;;;
225;0;;;;
230;0;;;;
235;0;;;;
240;0;;;;
245;0;;;;
250;0;;;;
255;1;;;;
260;0;;;;
reste;4;;;;
;;;;;
;414;;;;
  • Les moyennes par génome
5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
amed;100,6;5,1;19,8;95;2x98;2x106;-35,2;47,1;;amed;;;;;;;;
eal;52;57,2;1,5;2x52;*151;;13,4;-1,5;;eal;11;;;11;;;35,1;-26,7
eco;38,7;23,1;1,7;12;2x52;;26,7;-14,8;;eco;;;;;;;;
ecoN;33,8;22,8;1,5;2x14;53:54;;31,6;-19,7;;ecoN;30,7;19,6;1,6;8;2x42;*1472:2351;15,4;-7,0
spl;89,3;18,5;4,8;68;2x100;;-24,0;35,9;;spl;;;;;;;;
vha1;55,0;30,8;1,8;5x31-32;68;91:100;10,4;1,5;;vha1;51,5;23,3;2,2;35;68;;-5,4;13,8
vha2;90;;;90;;;-24,6;36,5;;vha2;;;;;;;;
vpb1;43,8;26,5;1,7;6x30;69;100;21,6;-9,7;;vpb1;57,0;19,1;3,0;35;2x68;;-10,9;19,3
vpb2;69;;;69;;;-3,6;15,5;;vpb2;;;;;;;;
total;59,4;31,3;1,9;;;;65,4;53,5;;total;41,9;23,0;1,8;;;;46,1;37,7
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
amed;10;;;3x10;;;23,7;-17,6;;amed;43,0;29,5;1,5;69;80;1;4,3;4,3
eal;45;;;3x45;;;-11,3;17,4;;eal;33,6;27,5;1,2;33;79;4;13,7;-5,1
eco;42;;;3x42;;;-8,3;14,4;;eco;29,8;24,3;1,2;37;76;7;17,5;-8,9
ecoN;42;;;4x42;;;-8,3;14,4;;ecoN;33,3;22,9;1,5;43;88;0;14,0;-5,4
spl;65;;;3x65;;;-31,3;37,4;;spl;52,3;29,9;1,7;108;66;12;-5,0;13,6
vha1;30,5;16,6;1,8;5x43;4x2-9;4x30-41;3,2;2,9;;vha1;45,8;24,3;1,9;53;77;1;1,6;7,1
vha2;20,3;16,8;1,2;2;24;35;13,4;-7,2;;vha2;51,7;46,0;1,1;4;50;1;-4,3;13,0
vpb1;21,8;16,3;1,3;2x41;4x2-14;;12,0;-5,8;;vpb1;43,1;19,6;2,2;64;83;1;4,2;4,4
vpb2;10,7;7,6;1,4;2;14;16;23,0;-16,9;;vpb2;49,7;40,4;1,2;3;100;0;-2,3;11,0
total;30,6;18,5;1,7;;;;33,7;27,6;;total;43,0;27,2;1,6;414;76;27;47,3;38,7

Alpha intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. alpha les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;17 170;4 755;115;22 040;2,4;208;26;234
x;8 668;544;51;9 263;;9;29;38
t;25 838;5 299;166;31 303;;217;55;272
%;82,5;16,9;0,5;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;467;0;0;467;1,5;tRNA-CDS;785;57
x;313;3;2;318;;RNA-RNA;217;16
t;780;3;2;785;;CDS-rRNA;55;4
%;99,4;0,4;0,3;;;non RNA;325;24
-;;;;;;total;1 382;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;4,8;14,1;2,2;27,6;7,5;75;0,5;0,0
x;10,3;12,9;11,0;14,1;6,3;33;0,6;0,6

Intergen51. Alpha. Les diagrammes CDS-16s[modifier | modifier le wikicode]

alpha;CDS 16s c;CDS 16s x;alpha;5s CDS c;5s CDS x
420;0;1;30;2;
450;1;;60;;
480;1;1;90;;
510;1;1;120;;3
540;;;150;;1
570;1;;180;1;4
600;;1;210;;3
630;;;240;2;
660;;2;270;2;
690;1;1;300;;
720;2;1;330;;
750;;2;360;;
780;;1;390;;
810;;;420;;
840;;;450;;
870;1;;480;;1
900;;;;;
930;;;;;
960;;;;;
990;1;;;;
reste;3;4;;;
;;;;;
;12;15;;7;12
  • Les moyennes par génome
CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;496;;;496;;;222,7;-92,0
abqp;444;;;444;;;274,7;-144,0
abs;;;;;;;;
absp;457;;;457;;;261,7;-131,0
agrc;;;;;;;;
agrl;561;;;561;*2136;;157,7;-27,0
aua;717;;;717;;;1,7;129,0
oan1;678;;;678;;;40,7;90,0
oan2;714;;;714;;;4,7;126,0
pub;;;;;;;;
rpl;;;;;;;;
rpm;;;;;;;;
rru;906,5;92,6;9,8;841;972;;-187,8;318,5
rtb;1854;;;*1854;;;-1135,3;1266,0
total;653,3;180,5;3,6;;;;718,7;588,0
alpha;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;779;;;779;;;30,2;116,9
abqp;616,3;133,0;4,6;472;643:734;;192,9;-45,8
abs;;;;;;;;
absp;564,0;110,3;5,1;486;642;;245,2;-98,1
agrc;637,0;73,5;8,7;585;689;;172,2;-25,1
agrl;714;;;714;;;95,2;51,9
aua;;;;;;;;
oan1;999;;;999;;;-189,8;336,9
oan2;744;;;744;;;65,2;81,9
pub;330;;;330;;;479,2;-332,1
rpl;;;;;;;;
rpm;1026;;;1026;;;-216,8;363,9
rru;1096,0;137,2;8,0;999;1193;;-286,8;433,9
rtb;;;;;;;;
total;735,7;235,0;3,1;;;;809,2;662,1

Intergen51.alpha. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS[modifier | modifier le wikicode]

;;;;;;;;;alpha;;;;;;;
ftx;moyen;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
abq;191,5;112,8;1,70;1;;55,1;-10,2;;abq;187;;;187;;;
abqp;227,5;95,9;2,37;2;;19,1;25,7;;abqp;193;;;193;;;
abs;170,8;84,8;2,01;1;;75,9;-31,0;;abs;153;;;153;;;
absp;196,9;93,6;2,10;1;;49,7;-4,9;;absp;153;;;153;;;
agrc;222,5;130,2;1,71;1;;24,1;20,8;;agrc;;;;;;;
agrl;189,6;92,9;2,04;;;57,0;-12,2;;agrl;;;;;;;
aua;269,8;139,4;1,94;2;;-23,2;68,0;;aua;461;;;461;;;
oan1;263,3;157,1;1,68;3;3;-16,6;61,5;;oan1;;;;;;;
oan2;254,1;105,9;2,40;1;;-7,5;52,3;;oan2;;;;;;;
pub;99,5;24,9;3,99;9;;147,1;-102,2;;pub;;;;;;;
rpl;358,8;160,7;2,23;;8;-112,2;157,0;;rpl;183;;;183;;;
rpm;209,2;159,2;1,31;1;;37,4;7,5;;rpm;121,0;29,2;4,1;91;114:118;161;
rru;202,7;98,7;2,05;2;;43,9;0,9;;rru;130;;;130;;;
rtb;375,9;164,2;2,29;;6;-129,3;174,1;;rtb;173;;;173;;;
total;224,2;134,1;1,67;;;246,6;201,8;;total;176,4;95,1;1,9;++;158,8;194,1;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;alpha;;;;;;;
ftc;moyen;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
abq;169,5;154,9;1,09;3;;22,7;12,2;;abq;236;;;236;;;
abqp;194,9;97,9;1,99;;;-2,7;37,6;;abqp;;;;;;;
abs;153,8;120,0;1,28;2;;38,5;-3,5;;abs;244;;;244;;;
absp;196,7;104,2;1,89;;2;-4,4;39,4;;absp;;;;;;;
agrc;245,3;142,9;1,72;;2;-53,1;88,1;;agrc;;;;;;;
agrl;277,0;185,8;1,49;;;-84,8;119,7;;agrl;;;;;;;
aua;174,8;153,9;1,14;5;2;17,4;17,5;;aua;;;;;;;
oan1;199,9;125,5;1,59;2;2;-7,7;42,6;;oan1;;;;;;;
oan2;340,5;180,5;1,89;;1;-148,2;183,2;;oan2;;;;;;;
pub;47,3;60,9;0,78;18;;145,0;-110,0;;pub;13;;;*13;;;
rpl;165,2;145,9;1,13;7;8;27,0;7,9;;rpl;1458;;;*1458;;;
rpm;155,7;91,6;1,70;4;1;36,6;-1,6;;rpm;217,3;39,8;5,5;*25;173;229:250;
rru;160,4;102,2;1,57;1;2;31,9;3,1;;rru;;;;;;;
rtb;164,4;133,3;1,23;7;10;27,8;7,2;;rtb;;;;;;;
total;174,7;135,7;1,29;;;192,2;157,3;;total;226,4;30,9;7,3;++;203,8;249,0;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyen;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyen;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
abq;207,9;133,2;1,56;-16,4;9;14,4;26,0;;abq;157,5;108,3;1,45;12,0;6;23,2;9,6
abqp;205,1;132,5;1,55;22,4;8;17,2;23,2;;abqp;161,2;114,1;1,41;33,7;11;19,6;13,3
abs;205,8;136,1;1,51;-35,0;19;16,5;23,9;;abs;155,7;101,9;1,53;-1,9;10;25,1;7,8
absp;210,3;139,2;1,51;-13,4;11;12,0;28,4;;absp;160,5;111,7;1,44;36,1;14;20,2;12,6
agrc;194,9;129,1;1,51;27,6;4;27,4;13,0;;agrc;160,1;96,9;1,65;85,2;5;20,6;12,3
agrl;204,5;131,6;1,55;-14,9;5;17,8;22,6;;agrl;161,3;116,2;1,39;115,7;11;19,4;13,4
aua;201,6;131,9;1,53;68,2;24;20,7;19,7;;aua;168,9;114,8;1,47;5,9;21;11,8;21,0
oan1;200,4;133,0;1,51;62,9;9;21,9;18,5;;oan1;179,1;120,4;1,49;20,8;10;1,7;31,2
oan2;203,2;133,8;1,52;50,9;8;19,1;21,4;;oan2;162,0;112,3;1,44;178,4;8;18,7;14,1
pub;119,3;93,9;1,27;-19,8;0;102,9;-62,5;;pub;97,4;69,1;1,41;-50,1;1;83,4;-50,5
rpl;242,4;174,5;1,39;116,4;35;-20,1;60,5;;rpl;201,5;150,9;1,33;-36,3;57;-20,7;53,6
rpm;192,2;143,7;1,34;17,0;25;30,1;10,3;;rpm;166,8;110,4;1,51;-11,1;20;14,0;18,9
rru;210,8;135,0;1,56;-8,1;13;11,5;28,9;;rru;156,2;104,8;1,49;4,2;11;24,6;8,3
rtb;210,3;154,6;1,36;165,6;50;12,0;28,5;;rtb;213,0;160,1;1,33;-48,5;50;-32,2;65,1
total;202,1;135,9;1,49;22,1;;222,3;181,9;;total;164,3;113,2;1,45;10,4;;180,8;147,9

Intergen51. Alpha. Les diagrammes rRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

alpha;23s5sc;16stRNA;alpha;tRNA23sc
60;0;;220;1
80;1;;240;1
100;1;2;260;5
120;4;8;280;9
140;7;0;300;
160;0;0;320;
180;0;4;340;
200;4;0;360;4
220;0;0;380;
240;1;1;400;
260;5;0;420;
280;1;4;440;
300;;0;460;
320;;0;480;1
340;;0;500;
360;;5;520;
;;;540;
;;;560;
;;;580;
;;;600;5
;;;;
;;;;
;24;24;;26

Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;114;;;2x 114;;;68,2;-35,1;;abq;134;;;2x134;;;54,2;-20,0
abqp;269;;;269;;;-86,8;119,9;;abqp;133,7;0,6;231,5;2x 134;133;;54,6;-20,3
abs;;;;;;;;;;abs;128;;;128;;;60,2;-26,0
absp;;;;;;;;;;absp;130,0;2,8;46,0;128;132;;58,2;-24,0
agrc;;;;;;;;;;agrc;249;;;2x 249;;;-60,8;95,0
agrl;;;;;;;;;;agrl;249;;;3x 249;;;-60,8;95,0
aua;;;;;;;;;;aua;;;;;;;;
oan1;;;;;;;;;;oan1;194;;;2x 194;;;-5,8;40,0
oan2;;;;;;;;;;oan2;194;;;2x 194;;;-5,8;40,0
pub;;;;;;;;;;pub;;;;;;;;
rpl;;;;;;;;;;rpl;261;;;261;;;-72,8;107,0
rpm;;;;;;;;;;rpm;68;;;68;;;120,2;-86,0
rru;;;;;;;;;;rru;118,0;1,4;83,4;4x 116-119;;;70,2;-36,0
rtb;;;;;;;;;;rtb;228;;;228;;;-39,8;74,0
total;165,7;89,5;1,9;;;;182,2;149,1;;total;171,1;58,2;2,9;;;;188,2;154,0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;;;;;;;;;;abq;261,5;7,8;33,6;256;267;;114,1;-45,8
abqp;109,3;8,1;13,5;2x 114;100;;123,0;-80,8;;abqp;255,7;0,6;442,8;3x255-256;;;119,9;-51,6
abs;;;;;;;;;;abs;272;;;272;;;103,6;-35,3
absp;115,0;1,7;66,4;2x 116;113;;117,4;-75,1;;absp;271,3;1,2;235,0;2x 272;270;;104,3;-36,0
agrc;342;;;2x 342;;;-109,7;151,9;;agrc;585;;;2x 585;;;-209,4;277,7
agrl;342;;;3x 342;;;-109,7;151,9;;agrl;585;;;3x 585;;;-209,4;277,7
aua;240;;;240;;;-7,6;49,9;;aua;478;;;478;;;-102,4;170,7
oan1;273;;;2x273;;;-40,6;82,9;;oan1;270;;;2x 270;;;105,6;-37,3
oan2;273;;;2x273;;;-40,6;82,9;;oan2;270;;;2x 270;;;105,6;-37,3
pub;98;;;98;;;134,4;-92,1;;pub;149;;;149;;;226,6;-158,3
rpl;;;;;;;;;;rpl;;;;;;;;
rpm;116;;;116;;;116,4;-74,1;;rpm;241,5;2,1;113,8;240;243;;134,1;-65,8
rru;179,5;1,0;179,5;178;3x180;;52,9;-10,6;;rru;346,8;0,5;693,5;346;3x347;;28,9;39,4
rtb;;;;;;;;;;rtb;;;;;;;;
total;211,2;94,3;2,2;;;;232,4;190,1;;total;341,5;133,8;2,6;;;;375,6;307,3

Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]

alpha;tRNAh;alpha;5s tRNA;alpha;tRNA in
5;6;3;51;1;9
10;0;2;52;2;11
15;3;2;54;2;11
20;2;2;54;1;30
25;6;2;95;2;30
30;8;1;96;3;30
35;7;2;96;2;31
40;3;1;100;1;32
45;5;1;257;1;33
50;4;3;257;2;59
55;3;1;287;3;59
60;4;;;4;66
65;0;20;;24;
70;4;;;;
75;1;;;;
80;1;;;;
85;1;;;;
90;0;;;;
95;1;;;;
100;2;;;;
105;1;;;;
110;2;;;;
115;0;;;;
120;1;;;;
125;0;;;;
130;1;;;;
135;3;;;;
140;1;;;;
145;0;;;;
150;1;;;;
155;1;;;;
160;1;;;;
165;4;;;;
170;0;;;;
reste;11;;;;
;;;;;
;88;;;;
  • les moyennes par génome
5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
abq;;;;;;;;;;abq;;;;;;;;
abqp;96;;;2x96;;;-18,9;32,9;;abqp;;;;;;;;
abs;;;;;;;;;;abs;32;;;32;atc;;;
absp;100;;;100;;;-22,9;36,9;;absp;;;;;;;;
agrc;272,0;21,2;12,8;*257;*287;;-194,9;208,9;;agrc;;;;;;;;
agrl;257;;;*3x257;;;-179,9;193,9;;agrl;;;;;;;;
aua;;;;;;;;;;aua;;;;;;;;
oan1;54;;;2x54;;;23,1;-9,1;;oan1;;;;;;;;
oan2;54;;;2x54;;;23,1;-9,1;;oan2;;;;;;;;
pub;;;;;;;;;;pub;;;;;;;;
rpl;;;;;;;;;;rpl;;;;;;;;
rpm;51,4;0,5;93,8;3x51;2x52;;25,7;-11,7;;rpm;;;;;;;;
rru;95;;;3x95;;;-17,9;31,9;;rru;;;;;;;;
rtb;;;;;;;;;;rtb;;;;;;;;
total;70,1;22,3;3,1;;;;77,1;63,1;;total;32;;;;;;;
;118,3;88,0;1,3;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
abq;30;;;2x30;;atc;12,9;-5,1;;abq;70,8;29,9;2,4;8;25;4;-22,6;31,4
abqp;30;;;2x30;;atc;12,9;-5,1;;abqp;29,7;38,3;0,8;6;83;0;18,5;-9,7
abs;;;;;;;;;;abs;62,2;31,5;2,0;9;33;4;-14,1;22,8
absp;30,7;0,6;53,1;30;2x31;atc;12,2;-4,4;;absp;28,3;37,8;0,8;6;83;0;19,8;-11,1
agrc;59;;;2x59;;atc;-16,2;23,9;;agrc;33,5;10,6;3,2;3;67;1;14,6;-5,9
agrl;59;;;3x59;;atc;-16,2;23,9;;agrl;;;;;;;;
aua;33;;;33;;atc;9,9;-2,1;;aua;44,3;14,7;3,0;9;44;5;3,9;4,9
oan1;11;;;2x11;;atc;31,9;-24,1;;oan1;24,0;;;3;33;2;24,1;-15,4
oan2;11;;;2x11;;atc;31,9;-24,1;;oan2;;;;;;;;
pub;9;;;9;;atc;33,9;-26,1;;pub;44,3;22,5;2,0;4;75;0;3,9;4,9
rpl;;;;;;;;;;rpl;60,0;63,6;0,9;2;50;0;-11,9;20,6
rpm;;;;;;;;;;rpm;41,5;21,5;1,9;32;72;5;6,7;2,1
rru;66;;;4x66;;atc;-23,1;30,9;;rru;54,0;38,2;1,4;4;25;2;-5,9;14,6
rtb;;;;;;;;;;rtb;55,0;56,6;1,0;2;50;0;-6,9;15,6
total;39,0;21,3;1,8;;;;42,9;35,1;;total;43,8;28,8;1,5;88;58;23;48,1;39,4

Bacilli intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. bacilli les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;17 991;3 390;159;21 540;2,8;775;65;840
x;7 403;164;12;7 579;;1;27;28
t;25 394;3 554;171;29 119;;776;92;868
%;87,2;12,2;0,6;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;162;1;0;163;1,5;tRNA-CDS;271;19
x;108;0;0;108;;RNA-RNA;776;53
t;270;1;0;271;;CDS-rRNA;92;6
%;99,6;0,4;0,0;;;non RNA;317;22
-;;;;;;total;1 456;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;5,4;8,0;1,4;26,3;2,5;56;0,7;0,0
x;10,2;9,3;14,0;6,3;1,9;34;0,2;0,0

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes CDS-16s[modifier | modifier le wikicode]

bacilli;CDS16sc;CDS 16s x;bacilli;5s CDS c;5s CDS x
210;0;0;30;0;1
240;3;0;60;0;3
270;3;0;90;1;0
300;6;1;120;0;1
330;6;0;150;3;0
360;2;1;180;4;1
390;7;1;210;2;2
420;1;2;240;3;1
450;3;0;270;0;0
480;2;2;300;1;2
510;3;0;330;1;
540;4;2;360;1;
570;1;2;390;1;
600;0;0;420;1;
630;1;2;450;0;
660;0;1;480;1;
690;1;0;;1;
720;0;1;;;
750;1;0;;;
reste;0;1;;;
;;;;;
;;;;;
;44;16;;20;11
  • Les moyennes par génome
CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;270,2;65,0;4,2;3x218-241;295:373;;159,0;-80,9
bsu;298,3;44,3;6,7;243;291:309;350;130,9;-52,9
lam;653,0;128,7;5,1;562;744;;-223,9;301,9
lbu;422,7;115,2;3,7;258:298;451;3x501-518;6,5;71,5
lmo;378,6;69,1;5,5;289;344:354;445:451;50,6;27,5
pmq;364,5;128,3;2,8;230:272;7x299-377;533:673;64,6;13,4
ppm;443,4;85,8;5,2;6x323:422;4x445:536;607;-14,2;92,2
ppmp;;;;;;;;
total;390,1;123,2;3,2;;;;429,2;351,1
;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;483,0;123,9;3,9;4*387:477;695;;86,8;16,8
bsu;349;;;349;;;220,8;-117,2
lam;581,0;96,2;6,0;513;649;;-11,2;114,8
lbu;485,0;167,8;2,9;295;547:613;;84,8;18,8
lmo;;;;;;;;
pmq;575,0;200,3;2,9;399;533:534;;-5,2;108,8
ppm;591,0;29,7;19,9;570;612;;-21,2;124,8
ppmp;;;;;;;;
total;518,0;135,3;3,8;;;;569,8;466,2
Intergen51.bacilli. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS[modifier | modifier le wikicode]
ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
ban;269,0;101,3;2,65;0;0;-68,3;104,8;;ban;78,0;29,7;2,6;*'14:34;57:99;;
bsu;147,0;87,6;1,68;0;1;53,7;-17,2;;bsu;36;;;*36;;;
lam;119,6;56,2;2,13;1;0;81,1;-44,6;;lam;;;;;;;
lbu;175,0;120,1;1,46;1;1;25,7;10,8;;lbu;242,5;48,8;5,0;208;277;;
lmo;138,1;124,9;1,11;0;1;62,6;-26,1;;lmo;;;;;;;
pmq;237,5;112,1;2,12;0;0;-36,7;73,2;;pmq;296;;;296;;;
ppm;229,9;112,5;2,04;0;0;-29,2;65,7;;ppm;198,3;32,8;6,0;176:183;236;;
ppmp;99,8;11,7;8,50;2;1;101,0;-64,5;;ppmp;;;;;;;
total;182,5;111,1;1,64;;++;200,7;164,2;;total;191,5;82,3;2,3;++;210,7;172,4;-
bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;-
ban;220,6;141,1;1,56;0;0;-23,1;59,0;;ban;198,0;11,3;17,5;190;206;;
bsu;179,8;84,3;2,13;0;0;17,7;18,2;;bsu;393,0;325,4;1,2;175:237;767;;
lam;138,3;72,7;1,90;1;0;59,2;-23,3;;lam;;;;;;;
lbu;175,2;126,3;1,39;1;0;22,3;13,6;;lbu;212,3;108,6;2,0;87;156;298:308;
lmo;172,6;112,2;1,54;1;0;24,8;11,1;;lmo;139,0;12,7;10,9;130;148;;
pmq;202,3;131,3;1,54;1;0;-4,9;40,8;;pmq;288,5;163,2;1,8;123:178;393:460;;
ppm;150,3;69,6;2,16;0;4;47,2;-11,3;;ppm;267,4;92,0;2,9;163;216:232;343:383;
ppmp;231,7;156,4;1,48;2;1;-34,2;70,1;;ppmp;;;;;;;
total;179,5;115,3;1,56;;++;197,5;161,6;;total;259,7;156,3;1,7;++;285,6;233,7;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
ban;205,6;138,6;1,5;63,4;25;18,7;22,1;;ban;181,4;123,6;1,5;39,2;18;11,0;23,9
bsu;180,7;117,1;1,5;-33,7;4;43,6;-2,9;;bsu;141,8;94,4;1,5;37,9;7;50,6;-15,6
lam;164,5;116,4;1,4;-44,8;2;59,8;-19,0;;lam;148,3;103,9;1,4;-10,0;3;44,2;-9,2
lbu;172,4;127,9;1,3;2,6;4;51,9;-11,1;;lbu;166,8;117,2;1,4;8,3;9;25,6;9,4
lmo;180,5;131,1;1,4;-42,4;4;43,8;-3,1;;lmo;156,2;104,3;1,5;16,5;12;36,3;-1,3
pmq;227,6;129,1;1,8;9,9;72;-3,3;44,0;;pmq;192,7;131,4;1,5;9,7;85;-0,2;35,2
ppm;212,2;133,2;1,6;17,8;26;12,1;28,6;;ppm;182,4;123,0;1,5;-32,1;57;10,0;25,0
ppmp;250,7;160,8;1,6;-150,9;6;-26,4;67,1;;ppmp;197,8;138,7;1,4;33,9;19;-5,4;40,3
total;203,9;132,0;1,5;-21,4;++;224,3;183,5;;total;174,9;121,1;1,4;4,6;++;192,4;157,4

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes rRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

bacilli;23s 5s;16stRNA;tRNA23sc;bacilli;16s 23s
40;0;;;140;0
60;15;;0;160;8
80;26;0;2;180;9
100;12;3;2;200;0
120;4;5;2;220;11
140;1;6;7;240;1
160;3;0;0;260;5
180;5;;2;280;13
200;0;;1;300;1
220;;;0;320;0
;;;;340;0
;;;;360;1
;;;;380;0
;;;;400;0
;;;;420;2
;;;;;0

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes tRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;150,7;10,7;14,1;7x144-147;158:177;;96,9;-51,9;;ban;66,5;24,5;2,7;7x48-50;86;2x 100-101;27,8;-10,6
bsu;165,1;1,6;106,4;5x 164;3x 167;;82,5;-37,5;;bsu;68,4;28,7;2,4;8x 55;111;133;25,9;-8,8
lam;203;;;2x 203;;;44,6;0,4;;lam;69;;;4x 69;;;25,3;-8,2
lbu;217,3;0,5;434,5;3x 217;218;;30,4;14,7;;lbu;70,3;0,5;140,7;6x 70;3x 71;;24,0;-6,8
lmo;244;;;4x 244;;;3,6;41,4;;lmo;80,3;0,5;155,6;4x 80;2x 81;;14,0;3,2
pmq;269,4;5,6;48,4;259:263;10x266-272;2x 280;-21,8;66,8;;pmq;122,9;34,9;3,5;8x96-97;113;5x161-170;-28,6;45,8
ppm;278,0;82,5;3,4;6x217-231;290:353;2x 410;-30,4;75,4;;ppm;94,2;30,5;3,1;9x77-78;3x144-145;;0,1;17,0
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;;;;;;;;
total;225,1;63,2;3,6;;;;247,6;202,6;;total;85,7;32,9;2,6;;;;94,3;77,2
bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ban;132;;;2x 132;;;-2,7;26,2;;ban;79,5;0,7;112,4;79;80;;56,8;-32,0
bsu;99;;;2x 99;;;30,3;-6,8;;bsu;81;;;2x 81;;;55,3;-30,5
lam;133;;;2x 133;;;-3,7;27,2;;lam;118;;;2x 118;;;18,3;6,5
lbu;113,2;0,4;253,1;4x 113;114;;16,1;7,4;;lbu;127,2;0,4;284,4;4x 127;128;;9,1;15,7
lmo;127;;;2x 127;;;2,3;21,2;;lmo;172;;;2x 172;;;-35,7;60,5
pmq;;;;;;;;;;pmq;;;;;;;;
ppm;98;;;98;;;31,3;-7,8;;ppm;148,3;32,6;4,5;129:130;186;;-12,1;36,8
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;;;;;;;;
total;117,6;13,1;9,0;;;;129,3;105,8;;total;123,9;33,0;3,8;;;;136,3;111,5

Intergen51. Bacilli. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]

bacilli;5s tRNA;bacilli;tRNA in;bacilli;tRNA contig;bacilli;tRNA hors
5;3;5;1;5;97;5;46
10;6;10;4;10;92;10;40
15;11;15;4;15;62;15;23
20;4;20;3;20;48;20;9
25;0;25;2;25;21;25;7
30;0;30;0;30;22;30;8
35;2;35;0;35;9;35;9
40;3;40;0;40;9;40;3
45;3;45;1;45;6;45;3
50;1;50;2;50;6;50;1
55;2;55;2;55;4;55;1
reste;1;60;0;60;3;60;1
;;65;0;65;2;65;1
;36;70;5;70;1;70;0
;hors cont;;;75;0;75;0
bacilli;HC;;24;80;1;80;1
5;35;;;85;0;85;2
10;32;;;90;2;90;2
15;20;;;95;0;95;0
20;8;;;100;0;100;0
25;7;;;105;2;105;1
30;7;;;110;1;110;2
35;3;;;115;0;115;2
40;3;;;reste;3;120;0
45;3;;;;391;125;1
50;0;;;;;130;0
55;1;;;;;135;1
60;1;;;;;140;1
65;1;;;;;145;0
70;0;;;;;reste;4
75;0;;;;;;169
80;1;;;;;;
85;2;;;;;;
90;1;;;;;;
95;0;;;;;;
;7;;;;;;
;132;;;;;;
  • Les moyennes par génome
5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
ban;7,6;3,5;2,2;2x4;2x9;12;17,7;-13,1;;ban;16,1;17,7;0,9;88;95;1;2,0;1,3
bsu;21,6;14,4;1,5;9:13;2x20;46;3,7;0,9;;bsu;16,8;14,0;1,2;50;98;;1,3;2,0
lam;10,8;4,5;2,4;4;3x13;;14,5;-9,9;;lam;11,6;8,6;1,3;16;100;;6,6;-3,3
lbu;16,7;16,7;1,0;2x7;36;;8,6;-4,0;;lbu;12,1;13,1;0,9;13;92;1;6,0;-2,7
lmo;13,5;0,6;23,4;2x13;2x14;;11,8;-7,2;;lmo;18,8;13,6;1,4;42;100;;-0,7;4,0
pmq;33,9;21,8;1,6;3x9-15;31;5x43-55;-8,6;13,2;;pmq;15,4;15,8;1,0;128;97;1;2,7;0,6
ppm;38,2;23,8;1,6;2x18;3x34-39;82;-12,9;17,5;;ppm;17,1;17,6;1,0;63;97;;1,0;2,3
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;20,7;31,0;0,7;35;80;2;-2,5;5,8
total;23,0;18,2;1,3;;;;25,3;20,7;;total;16,5;17,4;0,9;435;96;5;18,1;14,8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
ban;8;;;2x8;atc;;37,4;-29,1;;ban;17,8;14,8;1,2;6;83;1;2,2;1,4
bsu;11;;;2x11;atc;;34,4;-26,1;;bsu;23,4;26,3;0,9;14;86;;-3,4;7,1
lam;52;;;2x52;atc;;-6,6;14,9;;lam;24,6;33,0;0,7;19;89;;-4,6;8,3
lbu;69;;;5x69;atc;;-23,6;31,9;;lbu;16,4;18,3;0,9;48;96;1;3,6;0,0
lmo;46;;;2x46;atc;;-0,6;8,9;;lmo;11,2;9,3;1,2;6;83;1;8,8;-5,2
pmq;;;;;;;;;;pmq;15,8;12,2;1,3;18;89;2;4,2;-0,6
ppm;20;;;2x20;atc;;25,4;-17,1;;ppm;19,6;21,4;0,9;18;94;;0,4;3,2
ppmp;;;;;;;;;;ppmp;5,8;1,9;3,0;5;100;;14,2;-10,6
total;41,3;25,5;1,6;;;;45,4;37,1;;total;18,2;21,2;0,9;134;92;5;20,0;16,4

Clostridia intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. Clostridia les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

clostridia;;;;;;;;
Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;20 586;2 475;204;23 265;4,0;784;111;895
x;5 726;67;3;5 796;;3;33;36
t;26 312;2 542;207;29 061;;787;144;931
%;90,5;8,7;0,7;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;203;0;2;205;2,2;tRNA-CDS;299;21
x;94;0;0;94;;RNA-RNA;787;54
t;297;0;2;299;;CDS-rRNA;144;10
%;99,3;0,0;0,7;;;non RNA;549;38
-;;;;;;total;1 779;122
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;9,1;13,2;1,8;27,3;1,5;41;0,9;1,0
x;16,6;21,3;9,0;3,5;1,1;31;0,1;0,0

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes CDS-16s[modifier | modifier le wikicode]

clostridia;CDS16sc;CDS 16s x;clostridia;CDS5sc;5s CDS x
90;1;1;60;0;1
120;1;2;90;2;1
150;0;;120;4;3
180;0;;150;5;0
210;7;;180;4;0
240;2;;210;0;1
270;4;1;240;1;2
300;6;;270;1;
330;4;;300;2;
360;2;3;330;2;
390;3;3;360;0;
420;3;;390;1;
450;5;;420;0;1
480;2;;450;1;
510;4;2;480;2;
540;1;;510;1;
570;5;1;540;0;
600;3;;570;1;
630;1;;reste;1;1
660;2;;;;
690;1;;;;
720;3;;;;
750;1;;;;
780;5;;;;
reste;1;;;;
;;;;;
;67;13;;28;10
  • Les moyennes par génome
CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;570,5;239,5;2,4;*117;3x387-570;909;-78,6;168,1
cbei;594,2;148,2;4,0;282:390;5x501-573;6x667-776;-102,4;191,8
cbn;404,1;34,3;11,8;346:369;5x393-424;453;87,7;1,7
cdc;363,6;227,7;1,6;181:193;3x241-284;585:778;128,3;-38,9
cdc8;311,3;233,8;1,3;3x181-192;240:294;780;180,5;-91,1
cle;423,3;143,4;3,0;4x302-331;402;602:643;68,6;20,9
hmo;582,6;105,7;5,5;*20;6x459-559;3x652-774;-90,7;180,1
psor;291,4;100,1;2,9;8x189-276;309;431:525;200,5;-111,1
total;447,1;189,3;2,4;;;;491,9;402,4
clostridia;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;;;;;;;;
cbei;548;;;548;;;-185,4;251,3
cbn;111;;;2x111;;;251,6;-185,7
cdc;424,5;116,7;3,6;342;507;;-61,9;127,8
cdc8;335,8;178,5;1,9;81;376:388;498;26,8;39,1
cle;347;;;347;;;15,6;50,3
hmo;;;;;;;;
psor;325,3;53,7;6,1;264;348;364;37,2;28,7
total;329,6;151,9;2,2;;;;362,6;296,7
Intergen51.clostridia. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS[modifier | modifier le wikicode]
ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
cbc;269,8;197,0;1,37;2;0;5,7;44,4;;cbc;;;;;;;
cbei;296,6;161,4;1,84;2;1;-21,1;71,2;;cbei;123,7;60,1;2,1;69;114;188;
cbn;231,6;144,4;1,60;0;0;43,9;6,2;;cbn;367,0;315,4;1,2;144;590;;
cdc;279,3;94,8;2,95;0;0;-3,7;53,8;;cdc;213;;;213;;;
cdc8;263,4;91,2;2,89;0;0;12,1;38,0;;cdc8;216;;;216;;;
cle;254,9;158,0;1,61;0;0;20,7;29,4;;cle;;;;;;;
hmo;225,5;130,3;1,73;0;0;50,1;0,0;;hmo;;;;;;;
psor;235,6;144,5;1,63;2;0;39,9;10,2;;psor;204,3;171,3;1,2;*40;99:112;402;
total;250,5;142,7;1,76;;++;275,5;225,4;;total;214,7;162,3;1,3;++;236,2;193,2;-
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
cbc;199,3;134,9;1,48;0;4;28,7;12,8;;cbc;363;;;363;;;
cbei;270,4;158,2;1,71;1;0;-42,4;83,8;;cbei;387,7;209,8;1,8;90:159;315:429;3x508-661;
cbn;164,8;100,9;1,63;0;0;63,3;-21,8;;cbn;133,0;7,1;18,8;128;138;;
cdc;164,8;99,4;1,66;0;2;63,2;-21,8;;cdc;229,8;139,6;1,6;119:126;177:273;454;
cdc8;177,1;114,6;1,55;0;2;50,9;-9,5;;cdc8;229,4;138,8;1,7;118:127;177:273;452;
cle;207,7;126,3;1,64;1;1;20,4;21,1;;cle;301;;;301;;;
hmo;210,9;127,8;1,65;0;1;17,1;24,3;;hmo;;;;;;;
psor;184,9;102,1;1,81;1;0;43,1;-1,7;;psor;154,0;64,1;2,4;3x85-109;131:180;228:245;
total;207,3;130,3;1,59;;++;228,0;186,6;;total;250,6;159,6;1,6;++;275,7;225,6;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
cbc;274,2;152,6;1,80;-4,4;40;-12,4;60,0;;cbc;228,0;154,5;1,48;-28,7;66;-3,6;44,4
cbei;262,3;151,8;1,73;34,3;50;-0,4;48,0;;cbei;234,5;154,8;1,51;35,9;127;-10,1;50,9
cbn;200,8;134,4;1,49;30,9;12;61,1;-13,5;;cbn;167,3;110,9;1,51;-2,5;7;57,1;-16,3
cdc;254,9;143,3;1,78;24,4;32;7,0;40,6;;cdc;210,5;147,2;1,43;-45,6;55;13,9;26,9
cdc8;253,9;141,8;1,79;9,5;36;7,9;39,7;;cdc8;205,6;143,5;1,43;-28,4;56;18,8;22,0
cle;207,2;128,1;1,62;47,7;17;54,7;-7,0;;cle;184,2;126,7;1,45;23,5;55;40,2;0,6
hmo;224,6;136,9;1,64;0,9;13;37,3;10,4;;hmo;180,8;125,3;1,44;30,1;12;43,6;-2,8
psor;193,9;124,0;1,56;41,7;14;67,9;-20,3;;psor;179,7;122,1;1,47;5,2;26;44,7;-3,9
total;238,1;143,7;1,66;12,4;++;261,9;214,3;;total;204,0;141,5;1,44;3,3;++;224,4;183,6
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;189,3;;;;;;;;;94,7;;;
;;;;-4,4;;;;;;;;;-105,3;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
'''cbc;269,8;197,0;1,37;2;0;5,7;44,4;;'''cbc;;;;;;;
'''cbei;&296,6;161,4;1,84;2;1;'''-21,1;71,2;;'''cbei;§123,7;60,1;2,1;69;114;188;
'''cbn;231,6;144,4;1,60;0;0;43,9;6,2;;'''cbn;&367,0;315,4;1,2;144;590;;
'''cdc;279,3;94,8;2,95;0;0;'''-3,7;53,8;;'''cdc;213;;;213;;;
'''cdc8;263,4;91,2;2,89;0;0;12,1;38,0;;'''cdc8;216;;;216;;;
'''cle;254,9;158,0;1,61;0;0;20,7;29,4;;'''cle;;;;;;;
'''hmo;225,5;130,3;1,73;0;0;50,1;0,0;;'''hmo;;;;;;;
'''psor;235,6;144,5;1,63;2;0;39,9;10,2;;'''psor;204,3;171,3;1,2;'''*40;99:112;402;
'''total;250,5;142,7;1,76;;++;275,5;225,4;;'''total;214,7;162,3;1,3;++;236,2;193,2;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
'''cbc;199,3;134,9;1,48;0;4;28,7;12,8;;'''cbc;&363;;;363;;;
'''cbei;&270,4;158,2;1,71;1;0;'''-42,4;83,8;;'''cbei;&387,7;209,8;1,8;90:159;315:429;3x508-661;
'''cbn;§164,8;100,9;1,63;0;0;63,3;'''-21,8;;'''cbn;§133,0;7,1;18,8;128;138;;
'''cdc;§164,8;99,4;1,66;0;2;63,2;'''-21,8;;'''cdc;229,8;139,6;1,6;119:126;177:273;454;
'''cdc8;§177,1;114,6;1,55;0;2;50,9;'''-9,5;;'''cdc8;229,4;138,8;1,7;118:127;177:273;452;
'''cle;207,7;126,3;1,64;1;1;20,4;21,1;;'''cle;&301;;;301;;;
'''hmo;210,9;127,8;1,65;0;1;17,1;24,3;;'''hmo;;;;;;;
'''psor;184,9;102,1;1,81;1;0;43,1;-1,7;;'''psor;§154,0;64,1;2,4;3x85-109;131:180;228:245;
'''total;207,3;130,3;1,59;;++;228,0;186,6;;'''total;250,6;159,6;1,6;++;275,7;225,6;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
'''cbc;&274,2;152,6;1,80;°-4,4;40;'''-12,4;60,0;;'''cbc;228,0;154,5;1,48;°-28,7;66;'''-3,6;44,4
'''cbei;262,3;151,8;1,73;34,3;50;'''-0,4;48,0;;'''cbei;&234,5;154,8;1,51;35,9;127;'''-10,1;50,9
'''cbn;§200,8;134,4;1,49;30,9;12;61,1;'''-13,5;;'''cbn;§167,3;110,9;1,51;°-2,5;7;57,1;'''-16,3
'''cdc;254,9;143,3;1,78;24,4;32;7,0;40,6;;'''cdc;210,5;147,2;1,43;°-45,6;55;13,9;26,9
'''cdc8;253,9;141,8;1,79;9,5;36;7,9;39,7;;'''cdc8;205,6;143,5;1,43;°-28,4;56;18,8;22,0
'''cle;207,2;128,1;1,62;47,7;17;54,7;'''-7,0;;'''cle;184,2;126,7;1,45;23,5;55;40,2;0,6
'''hmo;224,6;136,9;1,64;0,9;13;37,3;10,4;;'''hmo;180,8;125,3;1,44;30,1;12;43,6;'''-2,8
'''psor;§193,9;124,0;1,56;41,7;14;67,9;'''-20,3;;'''psor;179,7;122,1;1,47;5,2;26;44,7;'''-3,9
'''total;238,1;143,7;1,66;12,4;++;261,9;214,3;;'''total;204,0;141,5;1,44;3,3;++;224,4;183,6

Intergen51. Clostridia. Les CDS-rRNA rares[modifier | modifier le wikicode]

16s CDS c;16s CDS x;CDS 23s c;CDS 23s x
2;228;531;
294;;563;
695;;407;
;;;
23s CDS c;23s CDS x;CDS 5s c;CDS 5s x
188;87;335;184
223;109;;228
237;188;;301
299;260;;343
313;;;
322;;;
336;;;
357;;;
463;;;

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes rRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

clostridia;23s 5s;16stRNA;tRNA23sc;clostridia;16s 23s
20;0;0;;120;0
40;4;0;;140;1
60;0;8;;160;0
80;7;1;0;180;0
100;5;0;4;200;11
120;5;2;7;220;3
140;16;5;0;240;15
160;3;;2;260;0
180;0;;0;280;2
200;4;;1;300;3
220;7;;0;320;1
240;0;;5;340;11
260;0;;3;reste;4
280;2;;5;;
300;;;3;;
320;;;0;;
340;;;0;;
360;;;0;;
380;;;2;;
400;;;1;;
;53;16;33;;51

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes tRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;227,5;1,0;227,5;226;3x 228;;73,3;-18,6;;cbc;104,3;7,5;13,9;93;3x 108;;40,3;-14,1
cbei;353,5;113,6;3,1;3x213-214;7x338-339;3x502-578;-52,7;107,4;;cbei;166,3;61,1;2,7;70:108;6x134-139;5x202-274;-21,7;48,0
cbn;237;;;8x 237;;;63,8;-9,1;;cbn;71,9;32,1;2,2;3x34-35;76;4x98-100;72,7;-46,4
cdc;271,3;49,4;5,5;188:221;3x283-285;315:324;29,5;25,2;;cdc;132,8;20,2;6,6;114;6x127x132;181;11,8;14,4
cdc8;266,8;54,1;4,9;3x188-221;2x 265;3x324-325;34,0;20,6;;cdc8;166,9;38,3;4,4;;3x126-127;4x182-202;-22,3;48,5
cle;613;;;613;;;-312,2;366,9;;cle;;;;;;;;
hmo;189,9;18,6;10,2;137;194;8x 196;110,9;-56,2;;hmo;;;;;;;;
psor;;;;;;;;;;psor;121,8;54,9;2,2;6x40-78;4x122-144;3x193-213;22,8;3,5
total;273,5;98,1;2,8;;;;300,8;246,1;;total;131,5;55,0;2,4;;;;144,6;118,3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
cbc;;;;;;;;;;cbc;;;;;;;;
cbei;136,3;4,0;33,7;140;132;137;-40,4;57,8;;cbei;104,3;18,0;5,8;84;111;118;125,3;-83,5
cbn;100,5;33,2;3,0;124;77;;-4,5;22,0;;cbn;96,0;1,4;67,9;95;97;;133,6;-91,9
cdc;55;;;3x 55;;;41,0;-23,5;;cdc;298,7;66,2;4,5;250;272;374;-69,1;110,8
cdc8;55;;;55;;;41,0;-23,5;;cdc8;383,0;9,9;38,7;376;390;;-153,4;195,1
cle;;;;;;;;;;cle;271,3;11,3;24,1;4x262-263;3x283-284;;-41,7;83,4
hmo;;;;;;;;;;hmo;223,3;32,3;6,9;145:198;7x233-241;;6,3;35,5
psor;80,9;33,7;2,4;4x 54;109;118:123;15,1;2,3;;psor;116,0;17,3;6,7;6x95-114;152;;113,6;-71,9
total;87,3;36,5;2,4;;;;96,0;78,5;;total;208,7;88,9;2,3;;;;229,6;187,9

Intergen51. Clostridia. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]

clostridia;5s tRNA;tRNA 5s;clostridia;tRNA in;clostridia;tRNA contig;tRNA hors;H / C
5;22;2;5;2;5;72;60;45
10;16;2;10;5;10;123;47;42
15;3;5;15;2;15;46;14;11
20;0;0;20;0;20;15;21;19
44;1;;53;2;25;13;14;12
64;9;;;;30;8;12;12
89;1;;;;35;5;7;5
total;52;9;;11;40;0;1;1
;;;;;45;3;1;1
;;;;;50;2;3;3
reste;;336;;;55;0;1;1
;;;;;60;3;5;4
;;;;;65;2;2;0
;;;;;70;0;2;2
;;;;;75;0;1;0
;;;;;80;0;1;1
;;;;;85;2;2;1
;;;;;90;3;0;0
;;;;;95;1;0;0
;;;;;100;0;0;0
;;;;;reste;2;8;5
;;;;;total;300;202;165
  • Les moyennes par génome
5stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA cont;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
cbc;7,5;0,6;13,0;2x7;2x8;;12,5;-8,9;;cbc;15,0;17,0;0,9;2;100;;-0,5;3,1
cbei;11,3;13,6;0,8;4x5;7;14:44;8,8;-5,1;;cbei;7,4;10,1;0,7;5;100;;7,1;-4,5
cbn;7,8;5,0;1,6;4x3-7;13;15;12,2;-8,6;;cbn;18,3;21,9;0,8;7;71;1;-3,8;6,4
cdc;6,3;0,6;11,0;2x6;7;;13,7;-10,1;;cdc;12,4;15,4;0,8;67;97;;2,2;0,5
cdc8;5,8;0,8;7,7;2x5;3x6;7;14,2;-10,6;;cdc8;13,0;16,5;0,8;85;96;;1,5;1,1
cle;11,9;24,3;0,5;8x4-5;3x7;89;8,1;-4,5;;cle;20,1;17,7;1,1;25;96;;-5,6;8,2
hmo;64;;;9x64;;;-44,0;47,6;;hmo;15,8;23,9;0,7;40;95;;-1,2;3,9
psor;5;;;5x5;;;15,0;-11,4;;psor;10,2;6,1;1,7;69;100;;4,3;-1,7
total;18,2;24,4;0,7;;;;20,0;16,4;;total;13,2;16,0;0,8;300;97;1;14,5;11,9
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tRNA in;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
cbc;;;;;;;;;;cbc;17,1;18,9;0,9;29;93;1;1,1;2,2
cbei;3;;;3;atc;;17,6;-13,8;;cbei;18,0;16,5;1,1;53;89;4;0,2;3,1
cbn;5,0;2,8;1,8;3:7;atc;;15,6;-11,8;;cbn;13,9;15,2;0,9;48;96;1;4,3;-1,0
cdc;;;;;;;;;;cdc;14,3;16,2;0,9;3;100;;3,9;-0,6
cdc8;;;;;;;;;;cdc8;14,3;16,2;0,9;3;100;;3,9;-0,6
cle;53;;;2x53;atc;;-32,4;36,2;;cle;19,4;15,9;1,2;30;90;2;-1,2;4,5
hmo;6;;;2x6;atc;;14,6;-10,8;;hmo;17,8;24,1;0,7;26;88;;0,4;2,9
psor;;;;;;;;;;psor;9,3;4,8;1,9;9;100;;8,9;-5,6
total;18,7;23,5;0,8;;;;20,6;16,8;;total;16,6;17,3;1,0;201;92;8;18,2;14,9

Intergen51. Clostridia. Les RNA-RNA rares[modifier | modifier le wikicode]

;tRNA 16s;;23s tRNA;;16s 5s
2;110;1;8;7;79
2;116;1;41;1;144
2;123;2;48;1;146
1;138;1;50;3;261
1;151;1;56;2;262
1;204;1;61;1;336
1;459;1;71;4;337
;;1;92;;
;;1;94;;
;;1;95;;
;;1;98;;
;;1;100;;
;;1;103;;
;;1;107;;
;;2;111;;
;;2;112;;
;;1;116;;
;;1;119;;
;;2;140;;
;;1;476;;
;;;;;
10;;24;;19;

Actino intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. Actino. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les types d’intercalaires;;actino;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;12 759;3 546;29;16 334;1,8;157;34;191
x;8 295;598;40;8 933;;0;15;15
t;21 054;4 144;69;25 267;;157;49;206
%;83,3;16,4;0,3;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;217;3;0;220;1,2;tRNA-CDS;401;62
x;181;5;0;186;;RNA-RNA;157;24
t;398;8;0;406;;CDS-rRNA;49;8
%;98,0;2,0;0,0;;;non RNA;36;6
-;;;;;;total;643;100
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;7,7;14,1;2,1;18,4;3,6;81;0,2;0,0
x;10,9;15,5;15,4;10,6;1,7;24;0,4;0,0

Intergen51. Actino. Les diagrammes CDS-16s[modifier | modifier le wikicode]

actino;CDS16sc;CDS 16s x;actino;CDS5sc;5s CDS x
390;0;;60;0;0
420;1;;90;1;2
450;0;;120;2;1
480;1;;150;3;1
510;1;;180;0;0
540;2;1;210;2;1
570;2;0;240;1;0
600;1;1;270;2;2
630;5;0;300;1;0
660;3;0;330;0;0
690;0;2;360;0;0
720;0;0;390;1;1
750;0;1;reste;3;0
780;0;0;;;
810;1;1;;;
840;;0;;;
870;;1;;;
;17;7;;16;8
  • Les moyennes par génome
CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;593,8;139,3;4,3;3x491-555;799;;46,3;70,1
blo;595,5;31,8;18,7;573;618;;44,6;71,8
ksk;544,3;89,9;6,1;405;3x452-553;3x611-645;95,8;20,6
sma;629,0;21,6;29,1;4x607-653;;;11,1;105,3
total;581,9;89,8;6,5;;;;640,1;523,7
actino;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;689,0;147,1;4,7;585;793;;69,8;68,1
blo;518;;;518;;;240,8;-102,9
ksk;703,0;43,8;16,0;672;734;;55,8;82,1
sma;763,5;125,2;6,1;675;852;;-4,7;142,6
total;689,9;115,4;6,0;;;;758,8;620,9
Intergen51.actino. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS[modifier | modifier le wikicode]
ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
ase;215,8;132,0;1,6;3;3;21,9;21,4;;ase;207,3;133,0;1,6;;83:122;247:377;
blo;263,7;147,3;1,8;0;0;-26,0;69,2;;blo;219,5;44,5;4,9;;188;251;
ksk;203,5;124,2;1,6;1;4;34,2;9,0;;ksk;82;;;;82;;
sma;205,8;145,2;1,4;2;1;31,9;11,3;;sma;114;;;;114;;
total;216,1;137,1;1,6;;++;237,7;194,5;;total;183,0;103,6;1,8;++;201,3;164,7;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
ase;237,3;174,3;1,4;11;2;-12,7;53,5;;ase;614,0;521,8;1,2;245;983;;
blo;202,2;115,4;1,8;1;1;22,4;18,4;;blo;375;;;375;;;
ksk;156,6;84,5;1,9;3;3;67,9;-27,1;;ksk;257,4;141,9;1,8;101;5x182-271;553:*3080;
sma;220,6;147,9;1,5;3;2;4,0;36,8;;sma;123,8;29,5;4,2;77:114;134:144;150;
total;204,2;136,1;1,5;;++;224,6;183,7;;total;268,3;231,8;1,2;++;295,1;241,4;-
;actino;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
ase;188,9;135,0;1,4;27,0;57;30,0;9,8;;ase;171,8;132,0;1,3;65,5;101;25,7;10,2
blo;201,0;136,0;1,5;62,6;8;17,9;21,9;;blo;167,7;114,9;1,5;34,5;8;29,8;6,1
ksk;200,4;136,9;1,5;3,1;87;18,5;21,3;;ksk;176,2;123,5;1,4;-19,6;104;21,2;14,7
sma;207,5;138,1;1,5;-1,7;81;11,4;28,4;;sma;193,1;130,8;1,5;27,4;72;4,4;31,6
total;199,0;136,8;1,45;17,1;++;218,9;179,1;;total;179,5;127,8;1,41;24,6;++;197,5;161,6

Intergen51. Actino. Les diagrammes rRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

actino;16s 23s;actino;23s 5s
280;2;80;8
300;7;100;6
320;6;120;4
340;0;140;1
360;6;160;0
380;0;180;6
400;0;;
420;0;;
440;4;;
;;;
;25;;25

Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;347,0;3,9;89,0;2x 344;2x 345;2x 352;16,8;49,4
blo;431,3;0,5;862,5;3x 431;432;;-67,5;133,6
ksk;288,1;4,7;61,3;2x 280;7x288-291;;75,7;-9,5
sma;311,3;1,6;190,7;308;5x 312;;52,5;13,7
total;330,7;50,4;6,6;;;;363,8;297,6
;;;;;;;;
23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
ase;129,2;36,2;3,6;4x100-114;175:176;;-7,5;29,6
blo;170;;;4x 170;;;-48,3;70,4
ksk;80,9;10,2;7,9;2x 76;6x 78;108;40,8;-18,7
sma;97,2;20,0;4,9;5x 89;138;;24,5;-2,4
total;110,6;38,0;2,9;;;;121,7;99,6

Intergen51. Actino. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]

actino;tRNA hors;;
5;23;105;0
10;1;110;1
15;5;115;0
20;9;120;1
25;4;125;0
30;5;130;1
35;6;135;0
40;12;140;0
45;8;145;2
50;7;150;0
55;1;155;1
60;1;160;1
65;3;165;0
70;0;170;1
75;0;175;0
80;2;180;0
85;1;185;0
90;2;190;0
95;0;195;0
100;2;200;1
;;205;1
;;210;1
;;215;0
;;220;0
;;reste;4
;;;107
  • Les moyennes par génome
tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
ase;28,2;32,7;0,9;49;71;7;6,8;-0,5
blo;41,5;23,9;1,7;15;87;0;-6,4;12,8
ksk;30,4;16,9;1,8;25;80;4;4,7;1,7
sma;34,5;19,8;1,7;18;78;2;0,6;5,8
total;31,9;26,6;1,2;107;77;13;35,1;28,7

Archeo intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. Archeo. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]

Les types d’intercalaires;;archeo;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;6 926;887;78;7 891;2,3;86;2;88
x;3 357;100;12;3 469;;2;15;17
t;10 283;987;90;11 360;;88;17;105
%;90,5;8,7;0,8;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;153;1;2;156;1,4;tRNA-CDS;268;42
x;112;1;0;113;;RNA-RNA;88;14
t;265;2;2;269;;CDS-rRNA;17;3
%;98,5;0,7;0,7;;;non RNA;63;10
-;;;;;;total;436;68
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;18,3;21,2;2,5;20,1;3,2;52;1,0;1,3
x;30,4;25,9;9,0;6,3;3,6;38;0,3;0,0

Intergen51. Archeo. Les diagrammes CDS-16s[modifier | modifier le wikicode]

archeo;CDS16sc;CDS 16s x;archeo;CDS5sc;5s CDS x
690;454;0;270;857;1
720;;2;300;;2
750;;1;330;;
780;;;360;;
810;;;390;;
840;;1;420;;1
870;;1;450;;
900;;;480;;
930;;;510;;1
960;;;540;;
990;;1;570;;
reste;;1;600;;
;1;7;630;;1
;;;reste;;1
;;;;1;7
  • Les moyennes par génome
CDS16sc;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
'''mba;;;;;;;;-
'''mfe;;;;;;;;
'''mfi;454;;;454;;;;
'''mja;;;;;;;;
total;454;;;;;;;
archeo;;;;;;;;
CDS16sx;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
'''mba;933,3;277,9;3,4;718;835;1247;16,8;156,0
'''mfe;840,7;134,6;6,2;704;845;973;109,4;63,3
'''mfi;724;;;724;;;226,1;-53,3
'''mja;;;;;;;;
total;863,7;194,2;4,4;;;;950,1;777,3
Intergen51.archeo. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS[modifier | modifier le wikicode]
ftx;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSx;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
mba;330,2;153,1;2,2;2;7;-10,0;68,2;;mba;461,3;160,7;2,9;289;488;607;
mfe;305,4;135,0;2,3;2;4;14,7;43,5;;mfe;138,0;188,1;0,7;5;271;;
mfi;308,7;139,6;2,2;4;0;11,5;46,7;;mfi;397;;;397;*939;;
mja;186,2;87,9;2,1;0;0;134,0;-75,7;;mja;;;;;;;
total;291,1;143,0;2,0;;++;320,2;262,0;;total;342,8;207,8;1,6;++;377,1;308,6;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
ftc;moyenne;écart;m/e;Inf 40;Sup 700;haut;bas;;5sCDSc;moyenne;écart;m/e;intercalaires;;;-
mba;310,9;175,0;1,8;2;8;-43,6;92,2;;mba;;;;;;;
mfe;273,3;156,2;1,7;0;5;-5,9;54,5;;mfe;857;;;                                                                                  ;;;
mfi;182,8;91,0;2,0;2;0;84,5;-35,9;;mfi;;;;;;;
mja;144,0;102,3;1,4;5;0;123,4;-74,8;;mja;;;;;;;
total;243,1;154,5;1,6;;++;267,4;218,7;;total;857;;;++;857;;-
;;;;;;;;;;;;;;;;
fx;moyenne;écart;m/e;ftx-fx;Sup 700;haut;bas;;fc;moyenne;écart;m/e;ftc-fc;Sup 700;haut;bas
mba;314,0;172,6;1,8;16,2;229;-11,9;66,8;;mba;277,8;177,6;1,6;33,1;280;-24,7;70,7
mfe;288,4;170,2;1,7;17,0;140;13,6;41,3;;mfe;251,2;165,9;1,5;22,1;183;2,0;44,1
mfi;237,1;143,2;1,7;71,5;15;64,9;-10,0;;mfi;181,7;123,9;1,5;1,1;17;71,4;-25,4
mja;185,1;127,3;1,5;1,1;0;116,9;-62,0;;mja;136,8;87,6;1,6;7,2;5;116,4;-70,3
total;274,6;166,7;1,65;16,5;++;302,0;247,1;;total;230,2;161,7;1,42;12,9;++;253,2;207,1

Intergen51. Archeo. Les diagrammes rRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

archeo;16s 23s;23s 5s;archeo;16s tRNA;tRNA 23s
60;;0;60;0;
80;;7;80;3;
180;0;;100;3;0
200;2;;120;;2
220;2;;140;;
240;;;160;;
260;;;180;;
280;;;200;;
300;;1;220;;2
320;;1;240;;2
;4;9;;6;6

Intergen51. Archeo. Les diagrammes tRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]

16s23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;23s5s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
mba;209;;;2x209;;;13,8;26,8;;mba;74;;;3x74;;;62,0;-37,3
mfe;196;;;2x196;;;26,8;13,8;;mfe;74;;;3x74;;;62,0;-37,3
mfi;;;;;;;;;;mfi;295,5;13,4;22,0;286;305;;-159,5;184,2
mja;;;;;;;;;;mja;78;;;78;;;58,0;-33,3
total;202,5;7,5;27,0;;;;222,8;182,3;;total;123,7;97,5;1,3;;;;136,0;111,3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
16stRNA;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas;;tRNA23s;moyen;écart;m/e;intercalaires;;;haut;bas
mba;85;;;85;;;-1,4;16,6;;mba;116;;;116;;;88,4;-51,2
mfe;84;;;84;;;-0,4;15,6;;mfe;119;;;119;;;85,4;-48,2
mfi;79,5;10,6;7,5;72;87;;4,1;11,1;;mfi;233;;;2x 233;;;-28,6;65,8
mja;64;;;2x64;;;19,6;-4,4;;mja;207;;;2x 207;;;-2,6;39,8
total;76,0;10,7;7,1;;;;83,6;68,4;;total;185,8;54,2;3,4;;;;204,4;167,3

Intergen51. Archeo. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]

;tRNA hors
5;3
10;3
15;0
20;0
25;3
30;1
35;1
40;1
45;1
50;0
55;1
60;2
65;6
70;0
75;5
80;1
85;1
90;3
95;4
100;1
105;0
110;1
115;2
120;3
125;0
130;0
135;1
140;0
reste;5
;
;49
  • Les moyennes par génome
mja;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
5stRNA;80;;;1;100;;;
tRNA in;-;;;0;;;;
tRNA cont;26,1;25,5;1,0;8;88;0;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
tRNA hors;moyen;écart;m/e;total;S60%;Sup 120;haut;bas
mba;71,1;34,2;2,1;15;13;2;-0,9;13,7
mfe;78,2;31,4;2,5;14;21;1;-8,1;20,8
mfi;46,7;33,8;1,4;16;56;2;23,5;-10,7
mja;49,3;36,5;1,4;4;50;;20,8;-8,1
total;63,8;35,0;1,8;49;33;5;70,2;57,4

Intergen51[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. Le total des intercalaires des 51 génomes[modifier | modifier le wikicode]

Intergen51. Formatage des résultats pour 51 génomes[modifier | modifier le wikicode]
compile du 24.9.22:::::::::::::::
:::::::::::::::
CDS-tRNA:::CDS-CDS:::CDS-CDS:::CDS-CDS:::CDS-CDS::CDS-CDS:
frequence:effectif::frequence:effectif::frequence:effectif::frequence:effectif::Pour 1000::Pour 1000:
:fxt:fct::fx:fc::fx40:fc40::fx-:fc-:%fx-:%fc-:%fx:%fc
0:14:14:0:228:919:0:228:919:-1:4:4140:1.6:176:4:8
10:15:29:10:1746:12728:1:173:1972:-2:85:11:35:0.5:34:112
20:19:37:20:1378:11017:2:157:2034:-3:3:12:1.2:0.5:27:97
30:6:32:30:1475:6338:3:248:1557:-4:717:10938:292:465:29:56
40:38:47:40:1715:4716:4:213:1317:-5:5:19:2.0:0.8:33:42
50:25:50:50:1838:3974:5:125:1057:-6:59:6:24:0.3:36:35
60:32:54:60:1877:4135:6:174:736:-7:41:351:17:15:36:36
70:34:75:70:1855:4194:7:205:641:-8:89:2362:36:100:36:37
80:42:76:80:1880:4182:8:125:836:-9:47:7:19:0.3:36:37
90:25:74:90:1723:3967:9:169:1265:-10:29:213:12:9:33:35
100:57:84:100:1734:3737:10:157:1313:-11:94:1255:38:53:34:33
110:32:84:110:1605:3690:11:115:1404:-12:39:3:16:0.1:31:33
120:27:79:120:1594:3438:12:149:1577:-13:35:242:14:10:31:30
130:41:72:130:1599:3154:13:131:1218:-14:97:788:39:33:31:28
140:56:71:140:1489:2883:14:116:1282:-15:43:6:18:0.3:29:25
150:30:78:150:1406:2828:15:154:1126:-16:28:123:11:5:27:25
160:35:75:160:1466:2552:16:133:939:-17:68:537:28:23:28:23
170:27:64:170:1338:2356:17:116:904:-18:35:9:14:0.4:26:21
180:36:54:180:1211:2127:18:154:969:-19:29:107:12:5:23:19
190:37:44:190:1304:2031:19:181:785:-20:51:408:21:17:25:18
200:25:46:200:1201:1818:20:129:813:-21:17:2:7:0.1:23:16
210:43:45:210:1163:1656:21:168:774:-22:21:61:9:3:23:15
220:32:31:220:1074:1602:22:165:701:-23:42:264:17:11:21:14
230:26:33:230:979:1470:23:127:652:-24:28:5:11:0.2:19:13
240:28:32:240:914:1363:24:177:716:-25:22:91:9:4:18:12
250:30:33:250:896:1206:25:125:597:-26:43:246:18:10:17:11
260:30:25:260:847:1139:26:119:617:-27:13:3:5:0.1:16:10
270:19:35:270:842:1144:27:173:615:-28:21:54:9:2:16:10
280:14:25:280:741:984:28:155:546:-29:43:158:18:7:14:9
290:17:20:290:658:927:29:115:550:-30:17:0:7:0:13:8
300:20:20:300:632:881:30:151:570:-31:20:48:8:2:12:8
310:25:14:310:586:823:31:135:559:-32:39:125:16:5:11:7
320:17:21:320:595:703:32:122:518:-33:14:0:6:0:12:6
330:17:13:330:523:710:33:173:494:-34:15:32:6:1:10:6
340:17:6:340:507:595:34:167:457:-35:31:108:13:5:10:5
350:20:16:350:435:599:35:150:460:-36:9:0:4:0:8:5
360:14:15:360:447:567:36:165:481:-37:8:27:3:1:9:5
370:19:13:370:396:530:37:174:414:-38:27:71:11:3:8:5
380:10:15:380:398:497:38:187:442:-39:15:0:6:0:8:4
390:14:14:390:341:484:39:233:461:-40:14:21:6:1:7:4
400:6:13:400:334:429:40:209:430:-41:24:58:10:2:6:4
reste:182:267:reste:6,624:8,284:reste:45,052:77,659:-42:7:0:3:0::
total:1,253:1,945:total:51,594:113,377:total:51,594:113,377:-43:10:31:4:1::
%reste:14.5:13.7:%reste:12.8:7.3:diagr:6,314:34,799:-44:14:47:6:2::
 t30:40:98: t30:4,599:30,083::::-45:6:0:2:0::
%t30:3.2:5.0:%t30:8.9:26.5::::-46:15:14:6:1::
diagr:1,057:1,664:diagr:44,742:104,174::::-47:19:43:8:2::
:::::::::-48:12:0:5:0::
:Récapitulatif des effectifs:::::38428:69375::-49:13:23:5:1::
:>0:<0:zéro:total:* autres ::::-50:15:55:6:2::
x:51,366:2,456:228:54,050:::::reste:264:420::::
c:112,458:23,544:919:136,921:::::total:2,456:23544::::
::::190,971:9,555::::%reste:10.7:1.8::::
::::total:200,526::::diagr:1,378:8,004::::
Intergen51. Diagrammes ftc1 ftx1[modifier | modifier le wikicode]
;ftx1;;ftx1;;ftc1;;ftc1
0;14;53;2;0;14;53;9
1;3;54;4;1;1;54;2
2;1;55;4;2;1;55;6
3;0;56;3;3;3;56;4
4;4;57;3;4;3;57;4
5;3;58;5;5;4;58;8
6;1;59;3;6;3;59;5
7;2;60;2;7;2;60;7
8;1;61;1;8;4;61;9
9;0;62;1;9;2;62;7
10;0;63;5;10;6;63;6
11;2;64;5;11;1;64;11
12;2;65;1;12;1;65;11
13;0;66;6;13;3;66;6
14;1;67;0;14;4;67;7
15;1;68;6;15;5;68;6
16;4;69;2;16;5;69;7
17;1;70;7;17;5;70;5
18;3;71;4;18;5;71;13
19;3;72;3;19;7;72;7
20;2;73;5;20;1;73;7
21;0;74;4;21;2;74;6
22;0;75;4;22;3;75;13
23;1;76;6;23;4;76;6
24;2;77;5;24;5;77;5
25;0;78;3;25;2;78;6
26;0;79;4;26;5;79;8
27;1;80;4;27;2;80;5
28;1;81;1;28;0;81;13
29;0;82;2;29;6;82;8
30;1;83;0;30;3;83;8
31;0;84;4;31;6;84;5
32;3;85;3;32;9;85;6
33;1;86;5;33;5;86;7
34;7;87;3;34;1;87;6
35;5;88;2;35;5;88;9
36;3;89;2;36;3;89;5
37;7;90;3;37;4;90;7
38;6;91;4;38;4;91;18
39;4;92;8;39;4;92;9
40;2;93;11;40;6;93;9
41;4;94;5;41;6;94;8
42;2;95;7;42;2;95;8
43;3;96;4;43;2;96;4
44;3;97;5;44;4;97;4
45;0;98;7;45;5;98;6
46;3;99;3;46;3;99;6
47;2;100;3;47;6;100;12
48;1;reste;946;48;2;reste;1373
49;4;;;49;8;;
50;3;total;1253;50;12;total;1945
51;4;;;51;4;;
52;2;diagr;293;52;5;diagr;558
Intergen51. Diagrammes en pour 1000 de fx et fc[modifier | modifier le wikicode]
Diagrammes en pour 1000 de fx et fc;;
;fx;fc
0;4;8
10;34;112
20;27;97
30;29;56
40;33;42
50;36;35
60;36;36
70;36;37
80;36;37
90;33;35
100;34;33
110;31;33
120;31;30
130;31;28
140;29;25
150;27;25
160;28;23
170;26;21
180;23;19
190;25;18
200;23;16
210;23;15
220;21;14
230;19;13
240;18;12
250;17;11
260;16;10
270;16;10
280;14;9
290;13;8
300;12;8
310;11;7
320;12;6
330;10;6
340;10;5
350;8;5
360;9;5
370;8;5
380;8;4
390;7;4
400;6;4
Intergen51. Les rapports de périodicité[modifier | modifier le wikicode]
rapports;;;;;;Fréquences 51-100;;;;Fréquences 101-120 et  reste;;;;Périodicité de 9 discontinus;;;;;;Périodicité de 9 continus;;;;
;2/1x-;0/1x-;2/0x-;2/1c-;;;x-;c-;;;x-;c-;;x-;6xa;6xb;6xc;6xt;;c-;6ca;6cb;6cc;6ct
6;;;;;;-51;9;0;;-101;2;6;;6;59;47;39;145;;6;6;7;3;16
7;*2.17;1.44;1.51;6.73;;-52;7;16;;-102;8;0;;15;43;35;17;95;;15;6;9;2;17
8;;;;;;-53;9;22;;-103;1;1;;24;28;13;17;58;;24;5;3;0;8
9;;;;;;-54;6;0;;-104;4;4;;33;14;9;15;38;;33;0;0;0;0
10;3.24;1.62;2.00;5.89;;-55;3;13;;-105;2;0;;42;7;6;12;25;;42;0;0;0;0
11;;;;;;-56;8;27;;-106;2;3;;51;9;6;5;20;;51;0;0;0;0
12;;;;;;-57;5;0;;-107;4;1;;60;3;3;3;9;;60;0;0;1;1
13;2.77;1.11;2.49;3.26;;-58;8;6;;-108;1;0;;69;2;2;4;8;;69;0;0;1;1
14;;;;;;-59;8;23;;-109;3;2;;78;4;2;0;6;;78;0;0;0;0
15;;;;;;-60;3;0;;-110;1;7;;87;2;0;3;5;;87;0;0;0;0
16;2.43;1.54;1.58;4.37;;-61;4;10;;-111;2;0;;96;0;5;8;13;;96;0;0;0;0
17;;;;;;-62;8;16;;-112;0;2;;105;2;1;2;5;;105;0;0;0;0
18;;;;;;-63;3;0;;-113;3;6;;114;0;0;4;4;;114;0;0;0;0
19;1.76;1.21;1.46;3.81;;-64;5;14;;-114;0;0;;;;;;;;;;;;
20;;;;;;-65;12;12;;-115;2;4;;x-;7xa;7xb;7xc;7xt;;c-;7ca;7cb;7cc;7ct
21;;;;;;-66;3;1;;-116;1;3;;7;41;29;35;105;;7;351;213;242;806
22;2.00;0.81;2.47;4.33;;-67;8;17;;-117;0;0;;16;28;29;21;78;;16;123;107;61;291
23;;;;;;-68;5;11;;-118;1;0;;25;22;21;20;63;;25;91;54;48;193
24;;;;;;-69;2;0;;-119;2;8;;34;15;8;14;37;;34;32;27;21;80
25;1.95;1.27;1.54;2.70;;-70;2;5;;-120;4;0;;43;10;15;13;38;;43;31;14;23;68
26;;;;;;-71;9;14;;reste;13;22;;52;7;3;8;18;;52;16;13;6;35
27;;;;;;-72;2;0;;;264;420;;61;4;5;8;17;;61;10;14;17;41
28;2.05;0.62;3.31;2.93;;-73;2;9;;;;;;70;2;2;2;6;;70;5;9;5;19
29;;;;;;-74;7;9;;;-122;-137;;79;3;5;2;10;;79;5;13;7;25
30;;;;;;-75;4;1;;;-127;-143;;88;2;2;1;5;;88;6;9;9;24
31;1.95;0.85;2.29;2.60;;-76;2;5;;;-129;-153;;97;2;0;1;3;;97;7;3;1;11
32;;;;;;-77;6;12;;;-129;-154;;106;2;3;0;5;;106;3;2;2;7
33;;;;;;-78;4;0;;;-167;-161;;115;2;1;0;3;;115;4;0;0;4
34;2.07;0.93;2.21;3.38;;-79;3;5;;;-189;-161;;;;;;;;;;;;
35;;;;;;-80;3;4;;;-210;-164;;x-;8xa;8xb;8xc;8xt;;c-;8ca;8cb;8cc;8ct
36;;;;;;-81;2;0;;;-361;-212;;8;89;94;97;280;;8;2,362;1,255;788;4405
37;*3.38;1.13;3.00;2.63;;-82;5;13;;;-436;-242;;17;68;51;42;161;;17;537;408;264;1209
38;;;;;;-83;4;8;;;-495;-310;;26;43;43;39;125;;26;246;158;125;529
39;;;;;;-84;0;0;;;-527;-448;;35;31;27;24;82;;35;108;71;58;237
40;1.71;1.07;1.60;2.76;;-85;2;7;;;-530;-492;;44;14;19;15;48;;44;47;43;55;145
41;;;;;;-86;7;8;;;-723;-500;;53;9;8;8;25;;53;22;27;23;72
42;;;;;;-87;2;0;;;;-729;;62;8;12;5;25;;62;16;12;11;39
43;1.40;0.70;2.00;1.52;;-88;2;6;;;;-897;;71;9;7;6;22;;71;14;9;12;35
44;;;;;;-89;4;7;;;;-1295;;80;3;4;7;14;;80;4;8;8;20
45;;;;;;-90;0;0;;;;-1674;;89;4;1;2;7;;89;7;3;14;24
46;1.27;0.40;3.17;3.07;;-91;2;9;;;;-2130;;98;4;2;4;10;;98;5;6;4;15
47;;;;;;-92;1;3;;;;-2181;;107;4;1;3;8;;107;1;7;6;14
48;;;;;;-93;3;0;;;;-2202;;116;1;2;1;4;;116;3;8;0;11
49;1.15;0.92;1.25;2.39;;-94;1;9;;;;-2400;;;;;;;;;;;;
50;;;;;;-95;2;14;;;;-7616;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-96;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-97;2;7;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-98;4;5;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-99;5;0;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;-100;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;
Intergen51. CDS-CDS négatifs. Les recouvrements[modifier | modifier le wikicode]
;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;multiple 3;intercal;add1;add2;shift;couvre;multiple 3
continu;;;;;;continu;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;;
-7616;387744;398495;° -7475;141;*;-2400;164730;&167264;0;2400;*
;390880;391020;;;;;164865;167264;;;
;;;;;;-2202;&3313342;3315543;470;2202;*
-500;3717238;3717825;° -20;480;*;;3313342;3316014;;;
;3717326;3717805;;;;-2181;&3313342;3315522;20;2181;*
;;;;;;;3313342;3315543;;;
-492;&2909520;2910011;735;492;*;-2130;&2731600;2733729;444;2130;*
;2909520;2910746;;;;;2731600;2734173;;;
;;;;;;-1674;&1973360;1975033;290;1674;*
-164;1252815;1253021;52;164;;;1973360;1975324;;;
;1252858;1253073;;;;-1295;&492092;493386;637;1295;
;;;;;;;492092;494023;;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-897;&4577958;4578854;483;897;*
;2467800;2468162;;;;;4577958;4579337;;;
;;;;;;-729;1179520;&1180359;0;729;*
-143;1916663;1917097;205;143;;;1179631;1180359;;;
;1916955;1917302;;;;-448;1639030;1639527;° -193;255;*
rru;;;;;;;1639080;1639334;;;
-137;2068001;2069146;934;137;;-242;578107;578568;° -59;183;*
;2069010;2070080;;;;;578327;578509;;;
lmo;;;;;;-212;508875;&511379;0;212;
-161;509400;510287;925;161;;;511168;511379;;;
;510127;511212;;;;-153;&16751;16903;57;153;*
mfi;;;;;;;16751;16960;;;
-161;515362;516138;142;161;;eal;;;;;
;515978;516280;;;;-310;1869470;1869865;467;310;
 -;;;;;;;1869556;1870332;;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;;
-361;2601528;2603339;° -64;297;*;-723;3111128;3111988;° -663;60;*
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;° -470;60;*
-127;3666841;3667059;° -43;84;*;;3838642;3838701;;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;° -41;486;*
;;;;;;;10830;11315;;;
-93;2652993;2653463;1410;93;*;-495;234027;234782;° -462;33;*
;2653371;2654873;;;;;234288;234320;;;
eal;;;;;;-436;3796948;3798207;° -361;75;*
-189;3265916;3266143;1749;189;*;;3797772;3797846;;;
;3265955;3267892;;;;-210;3993739;3994059;276;210;*
eal;;;;;;;3993850;3994335;;;
-167;1123029;1123934;1507;167;;-129;1240260;1240463;1608;129;*
;1123768;1125441;;;;;1240335;1242071;;;
Intergen51. Les différents types d'intercalaires[modifier | modifier le wikicode]
Les types d’intercalaires;;;;;;;;
intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;;
continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total
c;112,458;23,544;919;136,921;2.5;18;196;217
x;51,366;2,456;228;54,050;;3,136;348;3,484
t;163,824;26,000;1,147;190,971;;3,154;544;3,698
%;85.8;13.6;0.6;;;;;
Détail des * autres intercalaires;;;;;;;;
intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;;
continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;%
c;1,931;8;6;1,945;1.6;tRNA-CDS;3,198;33
x;1,239;11;3;1,253;;RNA-RNA;3,154;33
t;3,170;19;9;3,198;;CDS-rRNA;544;6
%;99.1;0.6;0.3;;;non RNA;2,665;28
-;;;;;;total;9,561;9,555+6 aua
Les taux remarquables;;;;;;;;
taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0;
gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;-
type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+
c;7.3;13.7;4.8;26.5;5.0;64;0.7;0.3
x;12.8;14.5;15.9;8.9;3.2;33;0.4;0.2
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs discontinus.[modifier | modifier le wikicode]
;x+;;;*1000;;*1000;;;;;;;;;
;;taille;%reste;courb1;courbe;courb4;soma;somo;%dom;adom;long1;long2;%t20;x=0;classe
alp1;pub;234;1.7;-;-;-;;;;;167;64;231;127;A0
cya2;pmg;599;4.5;-;41;-1.109;-500.6;141.6;;;194;65;259;110;A1
bde3;ant;633;3.5;-;41;-4.031;101.7;38.0;;;128;81;209;82.0;A20
arc4;mja;441;5.4;-;41;-3.400;97.9;34.7;;;111;70;181;71.5;A21
bde2;ade;1314;5.3;-;41;-2.325;92.1;34.6;;;78;80;158;64.4;A22
al4;absp;472;11.0;-;41;-1.720;108.2;29.2;;;81;59;140;62.4;A23
al1;abq;890;9.2;-;41;-1.870;111.4;29.9;;;73;61;134;59.8;A24
al2;abs;883;10.2;-;41;-1.841;94.7;30.6;;;74;46;120;58.8;A25  
al3;abqp;497;8.7;-;41;-1.884;111.3;30.9;;;70;64;135;56.1;A26
al9;oan2;460;8.7;-;41;-1.613;46.9;34.4;;;63;54;117;49.5;A27
alp4;rru;967;9.3;-;41;-1.079;76.7;30.3;;;47;52;98;47.8;A28
al5;agrc;796;7.2;-;31;-0.790;-45.1;40.2;90;60;53;45;98;46.3;B10
al7;aua;975;9.9;-;31;-0.116;-875.6;76.3;91;60;51;39;90;45.3;B11
al8;oan1;771;9.1;-;21;-1.160;30.5;34.4;99;60;54;38;92;43.0;B12
bac2;bsu;1093;5.5;-;51;-3.143;135.7;29.9;219;40;26;41;67;62.5;C10
bac5;lmo;587;6.3;-;51;-2.188;126.7;26.3;271;40;17;34;51;59.1;C11
act1;ase;2691;9.7;-1.804;41;-0.942;20.6;41.1;99;70;52;34;86;40.7;C12
clo8;psor;693;9.1;-0.901;51;-1.586;-11.0;39.2;140;50;12;23;35;39.1;C13
bac1;ban;1579;10.3;-1.565;61;-2.317;23.3;38.5;138;40;10;26;36;38.1;C14
bde1;cvi;1114;8.0;-2.436;31;-1.943;53.3;41.6;146;70;56;30;85;37.7;C15
ga2;eal;1185;10.3;-1.902;21;-1.263;42.3;37.9;118;50;38;22;60;36.0;C16
ga4;ecoN;1382;10.3;-1.471;21;-1.299;34.8;36.3;134;50;32;16;48;35.3;C17
alp3;rpm;906;11.8;-2.175;11;-1.555;65.2;35.7;191;50;15;7;22;30.3;C18
clo3;cbn;540;9.6;-1.339;11;-0.731;68.8;33.3;113;50;19;6;24;29.7;C19
ga3;eco;1074;5.3;-1.834;11;-1.881;78.5;36.0;131;50;33;9;42;29.4;C19a
bct1;myr;980;14.9;-2.327;21;-1.238;76.6;35.7;107;70;27;12;39;27.6;C19b
bac3;lam;483;5.6;-3.737;;;85.8;43.6;155;60;17;6;23;26.7;C20
ga1;amed;1343;8.2;-3.171;;;90.6;39.3;141;80;28;15;43;23.2;C21
ga7;vha2;689;13.9;-2.925;;;96.5;35.1;103;80;20;20;41;17.8;C22
bac4;lbu;411;7.8;-4.193;;;98.5;42.9;141;70;2;5;7;17.0;C23
ga8;vpb1;782;11.5;-3.965;;;96.4;39.7;145;70;15;15;31;16.1;C24
ga6;vha1;934;13.4;-3.343;;;98.7;36.4;115;70;12;17;29;15.5;C25
ga9;vpb2;561;12.7;-3.667;;;104.6;38.2;127;80;20;11;30;12.1;C26
alp2;rpl;183;32.2;-2.604;;;108.0;28.1;104;80;11;22;33;8.12;C27
alp5;rtb;186;35.5;-2.195;;;117.3;27.0;97;80;11;16;27;7.33;C28
clo4;cdc;640;19.5;-1.942;;;176.9;31.0;;;5;0;5;-11.8;D10
clo5;cdc8;686;20.1;-1.748;;;175.5;29.9;;;7;4;12;-7.46;D11
bac6;pmq;1888;14.0;-2.305;;;160.2;34.2;;;8;8;16;-6.46;D12
clo2;cbei;1212;21.6;-1.691;;;156.0;27.6;;;5;10;15;-2.49;D13
bac7;ppm;1267;11.9;-3.106;;;133.9;37.0;86;90;13;16;28;-1.18;D14
clo6;cle;779;10.7;-2.811;;;133.5;35.8;;;12;8;19;1.51;D15
bac8;ppmp;107;23.4;-1.912;;;146.0;29.5;;;0;0;0;2.61;D16
clo1;cbc;719;23.9;-0.859;;;174.4;23.9;;;1;7;8;4.94;D17
arc3;mba;1235;42.8;-0.482;;;193.6;17.4;;;6;11;17;6.43;D18
arc1;mfe;1067;34.9;-0.779;;;119.8;20.2;;;10;14;24;12.8;D19
ga5;spl;1305;17.6;-2.662;;;120.1;32.4;93;80;6;15;21;6.45;D21
clo7;hmo;460;12.6;-1.900;;;135.5;31.6;;;20;22;41;8.01;D22
arc2;mfi;626;15.8;-1.820;;;123.8;29.8;;;19;10;29;11.2;D23
neg1;afn;346;4.6;-2.277;;;121.4;36.2;;;12;9;20;14.5;D24
cya1;npu;2307;23.2;-1.454;;;98.1;27.1;;;22;23;44;18.4;D25
bct2;fps;560;13.4;-2.683;;;91.5;35.2;;;32;16;48;21.3;D26
act2;blo;499;9.8;-2.403;;;98.7;36.0;;;34;16;50;21.4;D27
act4;sma;2581;11.6;-1.894;;;84.2;33.9;;;29;26;55;25.9;D28
spi1;scc;458;8.5;-2.273;;;81.0;37.2;;;20;33;52;28.3;D29
ter2;apal;191;2.6;-4.112;;;82.3;47.3;;;31;21;52;30.4;D30
ter1;abra;270;5.2;-3.934;;;65.0;47.0;137;50;19;33;52;37.3;D31
act3;ksk;2564;11.6;-1.185;31;-0.849;-10.8;39.5;87;80;38;36;74;39.4;D32
al6;agrl;499;8.4;-0.543;31;-0.454;-431.0;72.3;78;60;42;38;80;42.2;D33
act5;;;;;;;;;;;;;;;
alp6;;;;;;;;;;;;;;;
arc5;;;;;;;;;;;;;;;
bac9;;;;;;;;;;;;;;;
bct3;;;;;;;;;;;;;;;
bde4;;;;;;;;;;;;;;;
clo9;;;;;;;;;;;;;;;
cya3;;;;;;;;;;;;;;;
gam;;;;;;;;;;;;;;;
neg2;;;;;;;;;;;;;;;
ter3;;;;;;;;;;;;;;;
totale;58;51,594;12.8;-1.520;;;63.7;33.5;;;34;27;61;30.0;D28
<pre>

=====Intergen51. Les diagrammes CDS-16s=====
*Lien au tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intergen51._Les diagrammes_CDS-16s|Intergen51. Les diagrammes CDS-16s]]
*Note: '''abde''' pour alpha beta delta epsilon. '''Nclostridia''' pour clostridia et afn. '''bcts''' pour bacteroidites cyano tenericutes scc.
*CDS-16s c
<pre>
Intergen51;Total des intercalaires CDS-16s continus;;;;;
abde;gama;bacilli;Nclostridia;Nclostridia;;CDS 16s c
CDS 16s;CDS 16s c;CDS 16s c;CDS 16s c;CDS 16s c;90;1
292;161;218;20;459;120;1
305;206;224;117;485;150;0
370;362;230;181;488;180;1
378;364;241;181;501;210;9
437;365;243;181;506;240;5
439;370;258;189;507;270;8
439;373;272;192;525;300;14
444;374;289;193;542;330;12
447;377;291;205;558;360;7
457;377;295;239;559;390;21
496;385;298;240;565;420;6
561;424;299;241;570;450;22
590;432;302;249;572;480;13
678;441;309;253;573;510;12
691;442;318;253;585;540;8
714;448;320;265;602;570;11
841;451;321;276;643;600;7
972;454;323;276;652;630;8
1458;468;344;282;667;660;7
717;469;350;283;703;690;5
1854;471;363;284;705;720;6
2136;472;364;294;709;750;2
actino;487;365;300;727;780;5
CDS 16s c;504;373;302;753;810;1
405;518;376;309;774;840;2
452;543;377;319;776;870;2
491;557;388;323;778;900;1
525;575;408;325;780;930;1
530;599;422;331;909;960;0
553;611;445;346;bcts;990;2
555;631;445;346;CDS 16s c;1020;1
573;647;451;369;206;1050;1
607;672;451;387;347;1080;2
611;817;489;390;350;1110;1
615;853;501;391;432;1140;0
618;876;510;393;433;1170;1
619;988;518;402;433;1200;0
641;;520;416;447;;4
645;;533;423;688;;210
653;;536;423;812;;
799;;562;424;1003;;
archeo;;607;431;1035;;
CDS 16s c;;673;437;1071;;
454;;744;453;1073;;
;;;;1104;;
;;;;1142;;
;;;;1563;;
  • CDS-16s x
Intergen51;Total des intercalaires CDS-16s discontinus;;;;;;;
abde;gama;bacilli;Nclostridia;archeo;;CDS 16s x;;CDS 16s x
CDS 16s x;CDS 16s x;CDS 16s x;CDS 16s x;CDS 16s x;90;1;840;1
330;117;295;81;704;120;3;870;2
391;264;349;111;718;150;0;900;0
450;339;387;111;724;180;0;930;0
462;467;399;264;835;210;0;960;0
472;473;404;342;845;240;0;990;1
486;477;452;347;973;270;2;1020;2
506;479;477;348;1247;300;1;1050;1
585;480;513;364;bcts;330;4;1080;1
642;481;533;376;CDS 16s x;360;5;1110;0
643;492;547;388;315;390;4;1140;0
689;496;570;498;317;420;3;1170;0
714;516;612;507;317;450;1;1200;2
734;516;613;548;601;480;9;;3
744;554;649;actino;676;510;7;;93
779;556;695;CDS 16s x;1075;540;5;;
999;596;793;518;1269;570;5;;
999;614;;585;;600;3;;
1026;614;;672;;630;7;;
1193;626;;675;;660;3;;
;627;;734;;690;5;;
;687;;793;;720;4;;
;807;;852;;750;4;;
;1178;;;;780;1;;
;1908;;;;810;3;;
Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x.[modifier | modifier le wikicode]
;;c+;;;;;;;x+;;;;;;41-200;;
clade;gen;taille;%reste;%t30;%0;R2 41;flexa;fcp;taille;%reste;%t30;%0;classe;%x+;corel;t30c/x;restx/c
act1;ase;3854;7.58;24.39;0.25;0.972;333.3;-1;2691;9.74;12.08;0.72;C12;41.12;0.9183;2.02;1.29
act2;blo;1045;4.88;19.81;0.08;0.906;188.5;2;499;9.82;8.02;0.39;D27;32.32;0.4064;2.47;2.01
act3;ksk;3995;7.91;12.94;0.08;0.955;193.3;0;2564;11.58;11.31;0.26;D32;39.09;0.7662;1.14;1.46
act4;sma;3894;8.45;17.85;0.22;0.952;198.2;1;2581;11.62;8.80;0.33;D28;39.86;0.8010;2.03;1.38
act5;;;;;;;;;;;;;;;;;
al1;abq;1565;3.64;25.43;0.21;0.949;188.0;2;890;9.21;19.78;0.22;A24;36.25;0.2274;1.29;2.53
al2;abqp;921;4.99;25.08;0.17;0.930;176.0;3;497;8.65;19.11;0.19;A26;35.05;0.3019;1.31;1.73
al3;abs;1570;3.50;24.84;0.32;0.952;197.1;2;883;10.19;18.91;0.22;A25;36.00;0.4120;1.31;2.91
al4;absp;873;5.04;26.00;0.00;0.910;168.6;3;472;11.02;19.70;0.00;A23;35.09;0.2725;1.32;2.19
al5;agrc;1466;2.32;26.19;0.17;0.908;216.8;2;796;7.16;13.32;1.08;B10;35.19;0.0336;1.97;3.09
al6;agrl;1040;3.94;32.69;0.15;0.924;507.0;3;499;8.42;12.02;0.19;D33;32.42;0.4539;2.72;2.14
al7;aua;1803;5.10;25.12;0.00;0.931;201.3;1;975;9.95;12.92;0.29;B11;35.10;0.5847;1.94;1.95
al8;oan1;1517;4.61;27.36;0.47;0.901;188.3;2;771;9.08;11.28;1.45;B12;33.70;0.3098;2.42;1.97
al9;oan2;914;3.50;34.14;0.08;0.863;129.8;4;460;8.70;13.70;0.41;A27;33.48;0.1893;2.49;2.48
alp1;pub;601;0.67;56.07;5.93;0.939;278.6;-1;234;1.71;29.49;3.95;A0;28.02;0.8650;1.90;2.57
alp2;rpl;527;19.35;22.39;0.79;0.822;229.1;1;183;32.24;4.37;0.00;C27;25.77;0.0514;5.12;1.67
alp3;rpm;1847;4.11;23.37;0.37;0.945;195.3;2;906;11.81;3.23;0.42;C18;32.91;0.3949;7.24;2.87
alp4;rru;2136;3.28;25.66;0.44;0.963;52.4;2;967;9.31;15.20;0.10;A28;31.16;0.1889;1.69;2.84
alp5;rtb;505;19.80;23.37;0.66;0.804;230.0;1;186;35.48;3.23;0.53;C28;26.92;-0.1047;1.69;1.79
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;
arc1;mfe;2011;23.22;15.91;0.75;0.872;4261.2;-1;1067;34.86;4.40;0.09;D19;34.67;0.3270;3.61;1.50
arc2;mfi;1545;6.02;20.19;1.69;0.937;164.3;2;626;15.81;5.75;0.00;D23;28.83;-0.0432;3.51;2.63
arc3;mba;2379;29.72;14.88;0.78;0.739;246.6;-1;1235;42.83;2.59;0.08;D18;34.17;-0.3170;5.74;1.44
arc4;mja;1069;1.12;39.66;0.89;0.960;413.1;-1;441;5.44;22.00;2.01;A21;29.21;0.3257;1.80;4.85
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;
bac1;bsu;2512;1.95;32.44;0.81;0.936;166.0;3;1093;5.49;13.08;0.18;C10;30.32;0.0048;2.48;2.81
bac2;ban;3289;5.11;25.93;0.86;0.900;198.3;3;1579;10.32;8.74;0.00;C14;32.44;0.1059;2.97;2.02
bac3;lam;1248;2.00;34.78;1.05;0.875;-166.3;4;483;5.59;4.76;0.40;C20;27.90;0.4902;7.30;2.79
bac4;lbu;1098;4.64;31.69;0.73;0.936;162.1;3;411;7.79;2.92;0.46;C23;27.24;0.5583;10.86;1.68
bac5;lmo;1849;2.76;36.51;1.20;0.850;201.9;3;587;6.30;8.52;0.17;C11;24.10;-0.1778;4.29;2.29
bac6;pmq;4540;7.80;20.00;0.49;0.950;387.5;5;1888;14.04;2.70;0.26;D12;29.37;-0.8357;7.40;1.80
bac7;ppm;3176;6.96;21.35;0.51;0.956;201.3;2;1267;11.92;3.71;0.00;D14;28.52;-0.1286;5.75;1.71
bac8;ppmp;438;12.33;14.84;0.64;0.726;196.4;0;107;23.36;3.74;0.00;D16;19.63;0.0439;3.97;1.90
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;
bct1;myr;2273;7.92;35.90;0.51;0.891;-134.8;3;980;14.90;6.02;0.50;C19b;30.13;0.6422;5.96;1.88
bct2;fps;1628;6.20;29.73;0.82;0.943;319.8;2;560;13.39;7.86;1.16;D26;25.59;0.4510;3.78;2.16
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;
bde1;cvi;2412;3.90;28.98;0.32;0.915;1288.8;2;1114;7.99;10.14;0.42;C15;31.59;0.8598;2.86;2.05
bde2;ade;2335;3.43;32.16;0.56;0.952;-975.1;2;1314;5.25;20.70;0.85;A22;36.01;0.5914;1.55;1.53
bde3;ant;1700;1.71;46.18;2.36;0.925;437.1;2;633;3.48;26.38;1.24;A20;27.13;0.2741;1.75;2.04
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;
clo1;cbc;2572;12.67;25.54;0.84;0.885;164.9;4;719;23.92;2.50;0.14;D17;21.85;-0.6759;10.20;1.89
clo2;cbei;4010;14.86;20.65;0.43;0.931;-3362.0;4;1212;21.62;2.06;0.00;D13;23.21;-0.5092;10.01;1.45
clo3;cbn;1775;3.49;29.86;0.51;0.941;186.3;3;540;9.63;5.93;0.18;C19;23.33;0.5515;5.04;2.76
clo4;cdc;2589;9.50;29.47;1.28;0.903;430.8;-1;640;19.53;0.47;0.00;D10;19.82;-0.5869;62.87;2.06
clo5;cdc8;2727;8.87;29.96;1.28;0.905;551.3;-1;686;20.12;1.75;0.00;D11;20.10;-0.6401;17.13;2.27
clo6;cle;2900;6.38;30.28;1.05;0.948;181.0;4;779;10.65;2.57;0.00;D15;21.17;0.2691;11.79;1.67
clo7;hmo;1867;5.78;24.58;0.77;0.959;151.9;3;460;12.61;5.00;0.00;D22;19.77;0.1802;4.92;2.18
clo8;psor;2350;5.57;32.00;0.89;0.926;219.5;3;693;9.09;9.52;0.14;C13;22.77;-0.4731;3.36;1.63
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;
cya1;npu;3999;14.65;11.88;0.34;0.913;169.8;0;2307;23.19;6.29;0.17;D25;36.58;0.4283;1.89;1.58
cya2;pmg;948;2.22;40.72;3.08;0.963;318.2;-1;599;4.51;30.22;1.58;A1;38.72;0.7390;1.35;2.03
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;
ga1;amed;2382;4.58;33.80;0.42;0.902;186.0;2;1343;8.19;5.87;0.14;C21;36.05;0.7173;5.76;1.79
ga2;eal;2286;6.04;32.67;0.62;0.966;349.1;3;1185;10.30;6.44;0.92;C16;34.14;0.6731;5.07;1.71
ga3;eco;2204;2.90;31.19;0.56;0.938;-1789.2;3;1074;5.31;8.35;1.11;C19a;32.76;0.3238;3.73;1.83
ga4;ecoN;2822;4.43;24.05;0.80;0.959;434.8;3;1382;10.30;3.07;1.21;C17;32.87;0.5964;7.85;2.33
ga5;spl;2482;10.19;24.05;0.68;0.976;150.5;2;1305;17.62;3.07;0.08;D21;34.46;0.7399;3.49;1.73
ga6;vha1;1945;7.51;27.51;0.38;0.929;189.7;2;934;13.38;4.60;0.31;C25;32.44;0.5325;5.97;1.78
ga7;vha2;1075;7.81;25.12;1.23;0.877;3.6;2;689;13.93;6.10;0.14;C22;39.06;0.7279;4.12;1.78
ga8;vpb1;1757;5.29;31.59;0.43;0.947;214.3;3;782;11.51;4.22;0.13;C24;30.80;0.5997;7.49;2.17
ga9;vpb2;828;7.61;28.14;1.10;0.764;185.9;3;561;12.66;4.99;0.17;C26;40.39;0.5158;5.64;1.66
gam;;;;;;;;;;;;;;;;;
neg1;afn;1385;3.90;38.48;0.53;0.893;164.2;3;346;4.62;4.05;0.57;D24;19.99;-0.0250;9.51;1.19
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;
spi1;scc;1000;3.40;33.90;0.45;0.938;321.3;-1;458;8.52;10.70;0.41;D29;31.41;0.4454;3.17;2.50
ter1;abra;980;3.37;39.39;0.86;0.909;148.9;2;270;5.19;8.89;0.36;D31;21.60;0.7132;4.43;1.54
ter2;apal;919;4.13;38.85;0.82;0.951;-261.8;2;191;2.62;10.99;0.00;D30;17.21;0.5492;3.53;0.63
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;
totale;58;113,377;7.3;26.5;0.8;0.989;120.9;3;51,594;12.8;8.9;0.4;D28;31.3;0.975;3.0;1.8
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40. Moyennes par clade et classe[modifier | modifier le wikicode]
;clade;0;6;x;18;42;162;t162;classe;0;6;x;18;42;162;t162
m;bacilli;9,38;73,61;17,20;101,79;130,14;390,02;720,45;D1;8,73;61,47;15,99;74,72;124,28;316,89;602,08
e;;3,19;24,02;7,63;41,54;13,84;25,44;90,62;;3,34;14,82;8,17;24,89;30,69;55,61;99,79
m/e;;2,94;3,06;2,25;2,45;9,41;15,33;7,95;;2,61;4,15;1,96;3,00;4,05;5,70;6,03
gen;;8,00;8,00;7,00;8,00;8,00;8,00;8,00;;10,00;10,00;10,00;10,00;10,00;10,00;10,00
m;clostridia;9,91;67,46;22,94;98,08;139,98;329,23;667,60;D2;10,12;85,52;22,52;132,88;132,45;380,53;766,07
e;;3,57;11,52;6,40;20,94;21,49;40,72;64,88;;2,73;22,21;6,86;30,02;13,63;29,91;57,72
m/e;;2,78;5,86;3,58;4,68;6,51;8,08;10,29;;3,71;3,85;3,28;4,43;9,72;12,72;13,27
gen;;8,00;8,00;8,00;8,00;8,00;8,00;8,00;;10,00;10,00;9,00;10,00;10,00;10,00;10,00
m;alpha ;4,64;89,84;39,64;75,62;113,05;395,88;683,27;S1;6,95;80,47;36,53;90,05;114,72;393,50;731,98
e;;2,63;16,07;14,62;21,65;26,00;42,61;83,99;;5,33;12,60;16,44;27,74;14,11;41,04;63,50
m/e;;1,76;5,59;2,71;3,49;4,35;9,29;8,14;;1,30;6,39;2,22;3,25;8,13;9,59;11,53
gen;;10,00;11,00;10,00;11,00;11,00;13,00;13,00;;9,00;8,00;9,00;9,00;9,00;9,00;9,00
m;gamma ;8,36;76,31;16,01;123,58;108,89;374,38;707,53;S2;4,87;87,28;21,81;99,32;115,54;400,98;729,32
e;;3,70;10,74;5,97;26,37;15,33;33,71;42,41;;2,23;18,16;10,38;22,54;20,68;37,88;46,50
m/e;;2,26;7,10;2,68;4,69;7,10;11,10;16,68;;2,18;4,80;2,10;4,41;5,59;10,59;15,69
gen;;9,00;9,00;9,00;9,00;9,00;9,00;9,00;;7,00;8,00;8,00;8,00;8,00;8,00;8,00
m;actino;2,04;60,91;12,35;63,03;104,16;423,94;666,43;S3;12,57;83,60;15,16;143,21;120,32;362,52;761,23
e;;1,24;8,67;5,37;23,47;19,11;29,23;42,68;;8,88;12,38;4,54;16,47;28,79;23,03;81,67
m/e;;1,64;7,02;2,30;2,69;5,45;14,50;15,61;;1,42;6,75;3,34;8,69;4,18;15,74;9,32
gen;;4,00;4,00;4,00;4,00;4,00;4,00;4,00;;8,00;7,00;6,00;8,00;8,00;8,00;8,00
m;archeo;11,59;67,66;15,25;52,67;83,28;318,60;601,58;X1;5,30;119,92;12,02;90,01;122,93;399,02;767,24
e;;4,86;17,46;11,37;9,20;5,58;87,87;195,67;;4,14;54,93;1,22;32,72;31,79;35,73;79,57
m/e;;2,39;3,87;1,34;5,72;14,92;3,63;3,07;;1,28;2,18;9,82;2,75;3,87;11,17;9,64
gen;;4,00;4,00;4,00;3,00;3,00;4,00;4,00;;3,00;5,00;3,00;5,00;5,00;5,00;5,00
m;reste;7,30;132,31;32,77;126,70;117,76;379,11;782,85;X2;4,59;63,00;19,89;35,94;76,18;399,39;589,50
e;;2,92;36,06;20,04;27,76;23,63;31,27;95,44;;3,34;25,70;14,66;15,53;17,15;41,29;47,60
m/e;;2,50;3,67;1,64;4,56;4,98;12,12;8,20;;1,37;2,45;1,36;2,31;4,44;9,67;12,38
gen;;9,00;10,00;11,00;10,00;11,00;11,00;11,00;;6,00;6,00;6,00;7,00;7,00;7,00;7,00
;;;;;;;;;;;;;;;;
;classe;p6;px;p18;p42;p162;clade;p6;px;p18;p42;p162;;;;
m;D1;-2,38;2,23;-0,39;-261,96;-12,90;bacilli;-2,76;4,69;-0,84;-355,95;-15,34;;;;
e;;0,80;0,28;0,40;95,77;8,96;;1,90;1,64;0,32;273,27;10,87;;;;
m/e;;-2,98;7,88;-0,98;-2,74;-1,44;;-1,46;2,86;-2,64;-1,30;-1,41;;;;
gen;;10,00;10,00;10,00;9,00;8,00;;8,00;8,00;7,00;8,00;6,00;;;;
m;D2;-4,13;4,98;-0,70;-516,32;-15,17;clostridia;-3,12;2,67;-0,53;-336,18;-11,58;;;;
e;;2,24;1,03;0,34;220,41;11,83;;1,00;0,76;0,38;89,55;9,23;;;;
m/e;;-1,84;4,85;-2,05;-2,34;-1,28;;-3,12;3,51;-1,40;-3,75;-1,26;;;;
gen;;10,00;10,00;10,00;8,00;9,00;;8,00;8,00;7,00;8,00;7,00;;;;
m;S1;-2,69;2,58;-1,11;-290,07;-14,04;alpha ;-2,82;3,20;-1,28;-200,01;-15,01;;;;
e;;0,98;0,71;0,51;139,11;9,88;;1,23;1,63;0,69;180,26;8,77;;;;
m/e;;-2,75;3,62;-2,21;-2,09;-1,42;;-2,29;1,97;-1,86;-1,11;-1,71;;;;
gen;;7,00;9,00;9,00;6,00;9,00;;10,00;10,00;10,00;10,00;10,00;;;;
m;S2;-3,63;4,25;-1,40;-116,26;-17,85;gamma ;-3,58;5,02;-1,20;-238,92;-20,64;;;;
e;;1,03;0,39;0,68;144,69;9,29;;1,01;1,35;0,55;139,93;9,11;;;;
m/e;;-3,52;10,93;-2,05;-0,80;-1,92;;-3,54;3,72;-2,19;-1,71;-2,27;;;;
gen;;7,00;8,00;8,00;7,00;7,00;;9,00;7,00;7,00;9,00;6,00;;;;
m;S3;-3,96;8,81;-1,91;-372,19;-23,76;actino;-1,53;1,79;-0,88;-36,00;-20,00;;;;
e;;1,31;3,29;0,51;104,69;13,43;;0,47;0,58;0,46;-;-;;;;
m/e;;-3,03;2,68;-3,76;-3,56;-1,77;;-3,27;3,07;-1,89;-;-;;;;
gen;;7,00;8,00;8,00;7,00;5,00;;4,00;4,00;4,00;2,00;2,00;;;;
m;X1;-3,18;4,71;-1,26;-297,04;-22,35;archeo;-3,22;3,49;-0,64;-201,90;-23,10;;;;
e;;1,28;2,74;0,65;35,34;18,11;;1,64;3,51;0,51;103,99;17,83;;;;
m/e;;-2,49;1,72;-1,94;-8,40;-1,23;;-1,96;0,99;-1,24;-1,94;-1,30;;;;
gen;;5,00;5,00;5,00;3,00;2,00;;4,00;4,00;4,00;3,00;4,00;;;;
m;X2;-1,25;1,17;-0,52;-230,90;-13,81;reste;-5,33;4,66;-1,31;-335,58;-15,96;;;;
e;;0,80;0,56;0,24;20,51;5,12;;2,74;2,72;0,74;202,81;11,28;;;;
m/e;;-1,55;2,09;-2,18;-11,26;-2,70;;-1,95;1,71;-1,77;-1,65;-1,42;;;;
gen;;7,00;7,00;7,00;3,00;3,00;;11,00;11,00;11,00;10,00;9,00;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;clade;mx6;mn6;mx12;mx18;mx162;classe;mx6;mn6;mx12;mx18;mx162;;;;
m;bacilli;18,55;3,13;17,29;11,80;7,37;D1;16,50;2,47;13,63;9,46;6,21;;;;
e;;8,91;1,22;6,05;2,99;1,72;;4,63;1,23;4,04;2,29;1,45;;;;
m/e;;2,08;2,58;2,86;3,95;4,28;;3,57;2,02;3,38;4,14;4,29;;;;
gen;;8,00;7,00;8,00;8,00;8,00;;10,00;9,00;10,00;10,00;10,00;;;;
m;clostridia;19,80;2,57;17,08;10,18;5,87;D2;24,60;3,18;19,91;11,97;7,15;;;;
e;;2,64;1,29;3,14;1,21;1,16;;10,31;1,26;5,01;2,61;1,67;;;;
m/e;;7,50;1,99;5,44;8,44;5,05;;2,39;2,53;3,97;4,59;4,29;;;;
gen;;8,00;8,00;8,00;8,00;8,00;;10,00;10,00;10,00;10,00;10,00;;;;
m;alpha ;21,34;5,41;17,11;9,47;8,99;S1;19,78;5,81;18,50;9,22;9,21;;;;
e;;5,54;1,27;4,64;1,64;2,04;;4,17;1,49;6,36;2,13;3,12;;;;
m/e;;3,85;4,25;3,68;5,77;4,41;;4,74;3,91;2,91;4,33;2,96;;;;
gen;;11,00;11,00;11,00;11,00;11,00;;8,00;9,00;9,00;9,00;9,00;;;;
m;gamma ;20,68;4,79;22,64;9,07;8,98;S2;21,91;5,16;19,43;8,91;7,53;;;;
e;;3,62;1,61;6,73;1,41;4,12;;6,00;1,45;4,93;1,84;1,35;;;;
m/e;;5,71;2,98;3,36;6,42;2,18;;3,65;3,57;3,94;4,84;5,56;;;;
gen;;9,00;9,00;9,00;9,00;9,00;;8,00;8,00;8,00;8,00;8,00;;;;
m;actino;13,00;4,87;11,70;8,03;7,42;S3;23,21;4,84;31,22;11,23;8,68;;;;
e;;2,46;1,80;4,68;0,99;2,14;;5,44;1,92;9,28;2,93;3,13;;;;
m/e;;5,28;2,70;2,50;8,15;3,48;;4,27;2,53;3,36;3,84;2,77;;;;
gen;;4,00;4,00;4,00;4,00;4,00;;7,00;8,00;8,00;8,00;8,00;;;;
m;archeo;18,39;2,86;9,03;6,68;6,48;X1;26,47;7,76;19,67;10,46;9,12;;;;
e;;7,80;1,51;2,28;0,96;1,74;;9,83;3,83;5,57;1,97;1,42;;;;
m/e;;2,36;1,90;3,96;6,98;3,72;;2,69;2,03;3,53;5,31;6,44;;;;
gen;;4,00;4,00;3,00;3,00;3,00;;5,00;5,00;5,00;5,00;5,00;;;;
m;reste;37,81;6,58;27,40;11,37;8,09;X2;12,58;3,93;8,22;7,45;8,96;;;;
e;;14,03;3,07;10,14;2,66;1,06;;7,76;1,77;2,78;1,92;2,88;;;;
m/e;;2,69;2,14;2,70;4,27;7,66;;1,62;2,22;2,96;3,89;3,10;;;;
gen;;10,00;11,00;10,00;10,00;11,00;;7,00;7,00;7,00;8,00;8,00;;;;
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc200. Moyennes par clade et classe[modifier | modifier le wikicode]
sup;;;;;a’;;;;%1;;;;%flex;;;;%rest;;;
;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n
C11;35,99;2,10;17,18;4;15,96;22,72;0,70;4;387,56;182,74;2,12;4;154,93;28,02;5,53;4;457,51;161,30;2,84;4
C12;41,72;1,48;28,27;5;11,02;5,90;1,87;5;336,39;71,73;4,69;5;211,81;21,80;9,72;5;451,80;55,90;8,08;5
C22;61,56;1,11;55,50;5;12,23;4,45;2,75;5;367,56;9,22;39,85;5;243,36;19,48;12,50;5;389,08;17,67;22,02;5
C31;79,14;2,51;31,54;7;19,87;8,92;2,23;7;348,87;52,64;6,63;7;275,27;30,31;9,08;7;375,87;32,29;11,64;7
C41;91,98;0,56;163,81;3;37,16;3,21;11,58;3;299,35;105,26;2,84;3;349,11;15,78;22,12;3;351,54;95,85;3,67;3
C42;94,92;0,66;142,82;3;34,10;5,31;6,42;3;368,37;43,71;8,43;3;316,38;35,15;9,00;3;315,25;11,07;28,48;3
C43;97,43;0,21;465,01;3;28,46;6,06;4,70;3;314,29;81,78;3,84;3;343,34;30,60;11,22;3;342,37;62,49;5,48;3
C51;104,03;1,72;60,33;6;32,33;9,84;3,29;6;332,34;153,62;2,16;6;335,69;76,28;4,40;6;331,96;123,88;2,68;6
C52;110,45;1,81;61,14;4;26,96;6,11;4,41;4;325,92;55,73;5,85;4;360,32;41,92;8,59;4;313,76;19,42;16,16;4
C61;125,25;4,53;27,62;4;35,85;9,70;3,69;4;379,01;62,23;6,09;4;349,14;21,03;16,60;4;271,86;41,46;6,56;4
C63;182,66;8,94;20,44;3;16,09;11,81;1,36;3;290,05;41,16;7,05;3;450,45;12,50;36,03;3;259,50;43,23;6,00;3
total;85,47;30,06;2,84;51;24,48;13,57;1,80;58;332,58;63,48;5,24;53;315,35;75,09;4,20;54;353,17;95,00;3,72;58
C62;145,40;155,16;;2;22,49;17,61;;2;231,58;390,44;;2;438,28;397,27;;2;330,14;212,29;;2
C71;208,84;275,22;;2;28,19;42,55;;2;283,72;316,83;;2;413,02;380,20;;2;303,26;302,97;;2
C72;349,17;370,87;;2;23,45;50,98;;2;92,52;309,30;;2;531,13;385,20;;2;376,34;305,50;;2
C21;54,39;;;1;0,83;;;1;203,87;;;1;194,20;;;1;601,93;;;1
C23;68,92;;;1;3,51;;;1;341,79;;;1;218,60;;;1;439,61;;;1
C32;85,74;;;1;30,36;;;1;316,51;;;1;357,44;;;1;326,06;;;1
C44;99,47;;;1;39,99;;;1;359,45;;;1;327,94;;;1;312,60;;;1
C53;115,86;;;1;47,88;;;1;538,24;;;1;294,71;;;1;167,06;;;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
sup;;;;;a’;;;;%1;;;;%flex;;;;%rest;;;
clade;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n;m;e;m/e;n
alpha;135,29;90,27;1,50;14;28,50;13,24;2,15;14;342,88;90,56;3,79;14;338,36;88,67;3,82;14;318,76;56,51;5,64;14
gama;100,56;50,44;1,99;9;22,71;11,86;1,91;9;336,42;50,85;6,62;9;307,93;75,38;4,09;9;355,65;75,90;4,69;9
bacilli;82,14;30,35;2,71;8;27,94;13,68;2,04;8;344,49;65,58;5,25;8;292,33;61,80;4,73;8;363,18;110,70;3,28;8
clostrid;67,41;25,66;2,63;8;13,29;7,25;1,83;8;339,36;48,31;7,02;8;265,15;61,78;4,29;8;395,49;88,04;4,49;8
actino;132,03;44,12;2,99;4;20,52;13,39;1,53;4;199,75;69,26;2,88;4;423,18;52,07;8,13;4;377,07;69,59;5,42;4
archeo;78,38;40,31;1,94;4;15,19;14,93;1,02;4;277,83;107,06;2,60;4;256,26;94,03;2,73;4;465,92;184,57;2,52;4
total;85,00;29,60;2,90;53;24,60;13,60;1,80;58;334,80;63,70;5,30;51;309,50;70,90;4,40;54;364,70;97,70;3,70;58
bacter;94,19;129,58;;2;39,47;35,00;;2;414,43;289,93;;2;282,89;379,61;;2;302,68;330,47;;2
cyano;349,17;104,74;;2;23,45;48,70;;2;92,52;535,86;;2;531,13;266,88;;2;376,34;197,26;;2
teneri;42,03;127,22;;2;10,19;30,39;;2;448,98;396,08;;2;184,69;339,50;;2;366,33;264,42;;2
cvi;99,47;;;1;39,99;;;1;359,45;;;1;327,94;;;1;312,60;;;1
ade;97,25;;;1;34,77;;;1;407,71;;;1;313,92;;;1;278,37;;;1
ant;115,86;;;1;47,88;;;1;538,24;;;1;294,71;;;1;167,06;;;1
afn;34,28;;;1;5,16;;;1;410,83;;;1;150,90;;;1;438,27;;;1
scc;80,36;;;1;28,61;;;1;423,00;;;1;232,00;;;1;345,00;;;1
Intergen51. Les groupes de génomes en fonction des 4 régions des diagrammes fc200[modifier | modifier le wikicode]
groupe;n;m;sup;%1;%flex;%rest;f200;f%rest;clas;gen;clas;gen
G1;3;m;64,56;211,76;207,08;581,16;25,34;433,91;C11;mfe;;
;;e;34,22;6,92;56,99;57,67;11,49;;C21;mba;;
;;m/e;1,89;30,58;3,63;10,08;2,21;;C51;ppmp;;
G4;3;m;40,76;283,98;210,66;505,36;32,72;340,01;C11;cbc;;
;;e;2,38;30,3;20,97;24,04;6,64;;C12;cbei;;
;;m/e;17,13;9,37;10,05;21,02;4,92;;C12;pmq;;
G10;3;m;52,22;427,6;189,2;383,2;55,75;169,58;C11;afn;;
;;e;24,67;19,49;40,74;48,87;9,4;;C12;abra;;
;;m/e;2,12;21,94;4,64;7,84;5,93;;C31;scc;;
G56;3;m;85;569,35;227,68;202,97;71,54;57,77;C53;ant;;
;;e;44,17;55,95;93,04;39,08;17,58;;C51;pmg;;
;;m/e;1,92;10,18;2,45;5,19;4,07;;C11;pub;;
G50;4;m;260,84;291,09;404,77;304,14;3,9;292,27;C71;rtb;C63;sma
;;e;82,18;28,21;27,95;1,22;5,96;;C72;rpl;;
;;m/e;3,17;10,32;14,48;249,27;0,66;;C71;vha2;;
G13;4;m;77,31;345,75;279,28;374,97;29,7;263,6;C42;ban;C52;hmo
;;e;23,4;28,5;68,55;49,42;0,98;;C22;cdc;;
;;m/e;3,3;12,13;4,07;7,59;30,41;;C22;cdc8;;
G17;9;m;63,28;348,76;244,94;406,31;47,48;213,4;C12;vha1;C31;abqp
;;e;14,18;15,86;25,5;35,24;7,34;;C23;vpb2;C22;cbn
;;m/e;4,46;21,99;9,6;11,53;6,47;;C12;ppm;C22;cle
;;;;;;;;;C31;absp;C31;eal
;;;;;;;;;C22;lbu;;
G26;14;m;107,36;297,69;361,96;340,34;41,49;199,14;C31;spl;C61;fps
;;e;26,03;41,23;49,59;40,72;6,53;;C43;mfi;C62;blo
;;m/e;4,13;7,22;7,30;8,36;6,36;;C31;oan1;C32;agrc
;;;;;;;;;C41;amed;C42;ecoN
;;;;;;;;;C43;rru;C44;cvi
;;;;;;;;;C51;agrl;C52;abs
;;;;;;;;;C52;aua;C63;abq
G40;10;m;105,47;405,05;324,29;270,66;45,38;147,84;C31;eco;C51;psor
;;e;15,16;15,11;30,01;30,13;9,42;;C42;myr;C61;lam
;;m/e;6,96;26,81;10,81;8,98;4,81;;C52;oan2;C41;lmo
;;;;;;;;;C43;ade;C51;bsu
;;;;;;;;;C61;apal;C61;mja
G7;2;-;92,39;214,06;347,43;438,51;49,64;220,83;C41;ase;;
;;-;101,88;98,87;466,33;434,79;38,86;265,83;C51;ksk;;
G54;2;-;155,16;390,44;397,27;212,29;5,09;201,48;C62;vpb1;;
;;-;187,19;335,14;446,13;218,73;7,18;203,03;C63;rpm;;
G9;1;-;349,17;92,52;531,13;376,34;0;376,34;C72;npu;;
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc200. Calcul du rebond en freq10[modifier | modifier le wikicode]
clade;gen;effect;frm;x50;soma;somo;flexa;flexo;a’;sup10;sup200;supt;sup;diff sup%;%1;flex %;r200;r400;rfin;%rest;gen
act1;ase;3854;D1;24;17,26;53,7;98,25;34,8;35,03;-;poly3;-;92,39;-;214,06;347,43;217,68;145,04;75,77;438,49;ase
act2;blo;1045;A;40;53,76;40,5;205,94;21,65;185,83;257,84;0;257,84;145,4;77,33;213,4;581,82;-7,66;163,64;48,8;204,78;blo
act3;ksk;3995;A;30;60,99;40,65;206,66;22,31;188,85;267,47;1,09;268,56;101,88;163,6;110,64;636,8;-13,27;186,73;79,1;252,57;ksk
act4;sma;3894;P2;30;17,42;38,19;188,8;22,4;138,24;169,61;;169,61;188,43;11,1;159,73;523,37;21,31;211,09;84,49;316,9;sma
act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
al1;abq;1565;A;40;35,75;42,76;190,55;22,12;200,00;223,95;;223,95;172,37;29,92;276,04;538,66;20,45;128,43;36,42;97,12;abq corrigé
al2;abqp;921;S3;50;-6,7;44,9;175,67;23,27;177,96;178,36;;178,36;79,2;125,2;335,5;444,08;43,43;127,04;49,95;220,41;abqp
al3;abs;1570;A;50;42,59;41,43;196,58;21,41;194,94;217,2;;217,2;108,62;99,96;314,65;515,92;7,01;127,39;35,03;169,43;abs
al4;absp;873;S2;50;-26,49;47,08;168,64;24,49;173,61;175,61;;175,61;75,69;132,02;326,46;438,72;51,55;132,88;50,4;234,82;absp
al5;agrc;1466;A;50;90,12;36,57;216,31;19,31;205,19;225,34;5,02;230,35;85,74;168,66;316,51;532,74;-27,29;154,84;23,19;150,75;agrc
al6;agrl;1040;S2;39;63,15;40,2;160;20;31,83;175,46;poly12;175,46;106,36;64,97;361,54;389,42;67,31;142,31;39,42;249,04;agrl
al7;aua;1803;A;40;58,58;36,88;209,41;19,75;170,32;217,02;3,75;206,19;112,77;82,84;266,22;533;-16,1;165,83;51,03;200,78;aua
al8;oan1;1517;S1;50;17,55;36,8;188,15;21,00;138,98;155,18;;155,18;77,13;101,20;326,3;423,86;23,07;180,62;46,14;249,84;oan1
al9;oan2;914;S2;50;-95,61;50,57;129,32;26,81;158,42;104,56;;104,56;110,89;6,06;407;287,75;137,86;132,39;35,01;305,25;oan2
alp1;pub;601;S1;25;-70;82,29;70;30;50,04;87,36;poly12;87,36;34,41;153,9;633,94;204,66;141,43;13,31;6,66;161,4;pub
alp2;rpl;527;A;50;118,71;30,90;229,12;15,24;212,79;256,3;9,40;265,67;370,87;39,60;259,96;466,79;-32,26;111,95;193,55;273,24;rpl;corrigé
alp3;rpm;1847;S1;50;27,01;38,24;194,44;20,76;156,60;164,30;;164,30;187,19;13,93;329,72;456,96;10,29;161,88;41,15;213,32;rpm;corrigé 50
alp4;rru;2136;D2;40;-59,71;52,62;151,99;27,62;177,1;128,36;;128,36;97,66;31,44;279,49;433,05;111,89;142,79;32,77;287,45;rru
alp5;rtb;505;A;50;123,43;30,33;229,8;14,81;218,9;245,62;11,94;257,56;275,22;6,86;269,31;457,43;-29,7;104,95;198,02;273,27;rtb
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
arc1;mba;2379;P1;60;-;-;247,31;13,18;23,45;93;14,46;107,49;54,39;97,62;219;323,67;-61,79;221,94;297,18;457,34;mba
arc2;mfe;2011;P1;60;-56,88;26,87;199,82;16,94;58,01;91;0;91;36,57;148,83;236,2;295,87;1,99;233,71;232,22;467,93;mfe
arc3;mfi;1545;A;30;15,02;39,17;185,23;22,44;147,48;192,78;;192,78;97,38;97,97;202,59;510,68;27,83;198,71;60,19;286,73;mfi
arc4;mja;1069;D2;35;50,12;40,3;153;19;28,22;191,43;poly12;191,43;125,18;52,92;434,99;395,7;59,87;98,22;11,23;169,32;mja
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bac1;ban;3289;S2;50;52,15;36,89;198,8;20,95;163,02;150,38;;150,38;95,08;58,16;324,41;445,73;2,13;176,65;51,08;229,86;ban
bac2;bsu;2512;S2;50;-5,73;47,46;165,87;23,86;206,28;161,13;;161,13;105,35;52,94;397,69;435,91;55,73;91,16;19,51;166,4;bsu
bac3;lam;1248;D2;40;-35,24;48;148,92;24,94;187,81;153,87;;153,87;119;29,3;373,4;416,67;73,72;116,19;20,03;136,22;lam
bac4;lbu;1098;D2;40;22,82;37,59;184,06;20,14;162,36;195,96;;195,96;63,28;209,68;340,62;459,02;20,95;132,97;46,45;200,36;lbu
bac5;lmo;1849;A;50;64,53;33,5;201,4;17,25;178,15;195,81;0;195,81;91,34;114,37;425,09;438,62;0;108,71;27,58;136,29;lmo
bac6;pmq;4540;D1;40;-;-;284,44;12,24;62,82;278,66;39,8;318,46;40,2;692,18;226,21;614,54;-134,36;215,64;77,97;159,25;pmq
bac7;ppm;3176;P1;60;63,24;36,09;219,04;20,25;152,58;146,31;2,65;148,96;40,18;270,72;318,01;461,59;-34,01;184,82;69,58;220,4;ppm
bac8;ppmp;438;S2;50;13,53;37,12;196,35;21,1;131,42;209,23;;209,23;102,71;103,71;214,61;449,77;9,13;203,2;123,29;335,62;ppmp
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bct1;myr;2273;D2;46;75,53;38,8;127,82;25;39,47;-;poly3;-;94,19;-;414,43;282,89;112,63;110,87;79,19;302,68;myr
bct2;fps;1628;D2;25;54,78;43,6;120,57;28,2;35;-;poly3;-;129,58;-;289,93;379,61;136,98;131,45;62,04;330,47;fps
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bde1;cvi;2412;S1;45;56,4;49;120,82;31,9;39,99;-;poly3;-;99,47;-;359,45;327,94;163,77;109,87;38,97;312,61;cvi
bde2;ade;2335;S1;47;53,56;46,6;122,49;30,6;34,77;-;poly3;-;97,25;-;407,71;313,92;153,74;90,36;34,26;278,37;ade
bde3;ant;1700;D1;44;62,93;43,9;120,22;25,6;47,88;-;poly3;-;115,86;-;538,24;294,71;102,36;47,65;17,06;167,06;ant
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clo1;cbc;2572;P2;50;-23,17;30,28;164,95;19,23;88,07;80,01;;80,01;38,71;106,68;318,04;291,6;55,99;207,62;126,75;390,36;cbc
clo2;cbei;4010;P1;70;33,27;25,42;228,49;16,44;69,02;87,7;7,9;95,61;43,37;120,45;313,72;347,63;-46,38;236,41;148,63;338,65;cbei
clo3;cbn;1775;D2;50;14,69;37,71;186,35;20,53;150,16;156,53;;156,53;60,97;156,73;368,45;421,97;28,17;146,48;34,93;209,58;cbn
clo4;cdc;2589;D3;40;-;-;283,2;10,4;34,47;221,48;29,49;250,96;60,63;313,93;332,95;485,9;-98,88;185,01;95,02;181,15;cdc
clo5;cdc8;2727;D3;40;-;-;300,01;9,36;34,28;243,42;30,76;274,18;62,07;341,73;337;488,08;-94,98;181,15;88,74;174,92;cdc8
clo6;cle;2900;P2;50;-26,15;35,27;180,71;19,57;113,8;105,52;;105,52;60,86;73,39;372,41;365,86;35,52;162,41;63,79;261,72;cle
clo7;hmo;1867;D3;50;-67,32;46,68;151,94;25,69;143,59;105,25;;105,25;109,52;4,06;307,98;363,69;94,27;176,22;57,85;328,33;hmo
clo8;psor;2350;A;50;91,15;30,19;219,35;16,36;161,79;183,52;7,04;190,56;103,12;84,79;378,72;451,06;-30,64;145,11;55,74;170,21;psor
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cya1;npu;3999;D3;30;20,29;35,47;196,07;21,49;119,28;166,71;;166,71;349,17;109,44;99,02;518,63;6;229,81;146,54;382,35;npu
cya2;pmg;948;D1;46;23,17;57,6;104,7;31,1;48,7;-;poly3;-;104,74;-;535,86;266,88;121,31;53,8;22,15;197,26;pmg
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ga1;amed;2382;A;50;17,66;44,21;185,9;23,73;182,64;186,07;;186,07;92,21;101,79;267;491,18;29,81;166,25;45,76;241,81;amed
ga2;eal;2286;S2;43;11,4;42,9;156;17;22,4;183,67;poly12;183,67;77,59;136,72;370,95;353,02;64,74;150,92;60,37;276,03;eal
ga3;eco;2204;D2;46;48,29;41,2;118,59;28,5;26,97;-;poly3;-;81,11;-;398,37;273,59;157,43;141,56;29,04;328,03;eco
ga4;ecoN;2822;D2;37;56,15;42;117,84;28;33,98;-;poly3;-;95,49;-;363,22;313,25;144,23;135,01;44,29;323,54;ecoN
ga5;spl;2482;S2;50;-73,86;42,42;150,56;23,98;123,21;91,39;;91,39;82,89;10,26;294,52;326,35;91,86;185,33;101,93;379,13;spl
ga6;vha1;1945;S2;50;-0,63;36,97;188,97;20,14;133,17;157,61;;157,61;42,82;268,07;328,02;419,54;16,97;160,41;75,06;252,44;vha1
ga7;vha2;1075;S2;40;44,27;33,77;197,24;19,35;141,44;198,87;;198,87;208,84;5,01;277,21;455,81;1,86;186,98;78,14;266,98;vha2
ga8;vpb1;1757;S3;60;66,66;30,63;218,38;16,64;138,38;170,31;3,77;174,07;155,16;12,19;407,51;416,05;-25,04;148,55;52,93;176,44;vpb1
ga9;vpb2;828;D2;50;-26,94;35,07;185,72;19,76;108,05;164,53;;164,53;68,92;138,73;335,75;388,89;10,87;188,41;76,09;275,36;vpb2
gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
neg1;afn;1385;P2;50;-29,79;35,25;164,03;19,81;119,46;114,48;;114,48;34,28;233,96;435,38;324,91;45,49;155,23;38,99;239,71;afn
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
spi1;scc;1000;D1;46;41,45;40,5;159;15;28,61;185;poly12;185;80,36;130,21;423;336;56;151;34;241;scc
ter1;abra;980;A;40;-3,87;39,75;165,32;20,45;171,18;169,07;;169,07;42,03;302,27;420,41;407,14;44,9;93,88;33,67;172,45;abra
ter2;apal;919;A;28;63,42;38,4;151;18;30,39;202,23;poly12;202,23;127,22;58,96;396,08;398,26;68,55;95,76;41,35;205,66;apal
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clade;gen;effect;frm;x50;soma;somo;flexa;flexo;a’;sup10;sup200;supt;sup;diff sup%;%1;flex %;r200;r400;rfin;%rest;ttsup
m;;;;;;;198,68;20,01;157,3;;;177,86;92,65;;328,32;407,52;41,39;149,8;51,3;252,91;165,23
e;;;;;;;36,58;4;30,27;;;58,02;19,79;;65,07;79,24;36,06;46,23;21,38;80,42;58,61
m/e;;;;;;;5,43;5,01;5,2;;;3,07;4,68;;5,05;5,14;1,15;3,24;2,4;3,14;2,82
n;;;;;;;43;43;36;;;43;40;43;52;54;43;58;48;58;
;;;;;;;;;;;;;;;freq1;freq1;;;;freq1;
plages;;;;;;;27 129-199;5 9-15;88-219;;;80;54-130;10 <32;332,58;315,35;15 <0;13;17-102;353,17;2 80
;;;;;;;11 <230;29 16-22;23;;;8 91-114;9 34-43;15 53-110;63,48;75,09;16 <30;2 50;2 7-11;95;16 87-116
;;;;;;;4 <285;7 23-25;5 34-69;;;27 128-230;6 <209; 10 114-170;5,24;4,2;12 <74;36 90-166;7 123-232;3,72;33 128-230
;;;;;;;300;2 27;267;;;7 251-318;3 >274;8 >209;53;54;15 <218;19 176-236;297;58;7 251-318
  • Équations
;;;alpha;;;;a’;flexa;flexo;soma;somo;sup10
3,75;aua;40;2,4958E-06;-1,5679E-03;1,5801E-01;3,2502E+01;170,32;209,41;19,75;58,58;36,88;
R2;alpha;x50;a;b;c;d;a’;flexa;flexo;soma;somo;sup10;Sup 200
951;abq;40;2,7821E-06;-1,5904E-03;1,0305E-01;4,0979E+01;200,00;190,55;22,12;35,75;42,76;223,95;corrigé
;abqp;50;1,78E-06;-9,40E-04;-1,28E-02;4,49E+01;177,96;175,67;23,27;-6,7;44,9;178,36;
;abs;50;2,74E-06;-1,62E-03;1,23E-01;3,89E+01;194,94;196,58;21,41;42,59;41,43;217,2;
;absp;50;1,52E-06;-7,69E-04;-4,39E-02;4,65E+01;173,61;168,64;24,49;-26,49;47,08;175,61;
;agrc;50;4,30E-06;-2,79E-03;3,98E-01;2,02E+01;205,19;216,31;19,31;90,12;36,57;225,34;
;agrl;60;-1,38E-06;1,40E-03;-5,15E-01;7,30E+01;45,51;336,54;5,01;-;-;poly12;
928;aua;40;2,4958E-06;-1,5679E-03;1,5801E-01;3,2502E+01;170,32;209,41;19,75;58,58;36,88;217,02;3,75
901;oan1;50;1,59E-06;-8,98E-04;3,01E-02;3,65E+01;138,98;188,15;21,00;17,55;36,8;155,18;corrigé
;oan2;50;1,04E-06;-4,05E-04;-1,06E-01;4,50E+01;158,42;129,32;26,81;-95,61;50,57;104,56;
;pub;30;-3,61E-06;3,11E-03;-8,72E-01;8,04E+01;-20,65;286,98;0,91;330,62;1,51;freq1;
822;rpl;50;5,82E-06;-4,00E-03;7,04E-01;-5,99E+00;212,79;229,12;15,24;118,71;30,90;256,3;9,40;corrigé
945;rpm;50;1,86E-06;-1,09E-03;5,46E-02;3,75E+01;156,60;194,44;20,76;27,01;38,24;164,30;;corrigé 50
;rru;40;1,32E-06;-6,01E-04;-8,58E-02;4,99E+01;177,1;151,99;27,62;-59,71;52,62;128,36;
804;rtb;50;6,45E-06;-4,45E-03;8,03E-01;-1,32E+01;218,9;229,8;14,81;123,43;30,33;245,62;
;rtb70;70;5,65E-06;-3,83E-03;6,58E-01;-2,92E+00;208,82;226,16;15,19;115,15;30,65;219,45;
;pub;25;polynome d°12 ;;;;<0;70;3;;;87,36;
;agrl;39;polynome d°12 ;;;;<0;160;2;;;175,46;
;bacilli;;;;;;;;;;;;
;ban;50;2,53E-06;-1,51E-03;1,37E-01;3,35E+01;163,02;198,8;20,95;52,15;36,89;150,4;
;bsu;50;2,33E-06;-1,16E-03;-1,36E-02;4,74E+01;206,28;165,87;23,86;-5,73;47,46;161,1;
;lam;40;1,85E-06;-8,25E-04;-6,50E-02;4,68E+01;187,81;148,92;24,94;-35,24;48;153,9;
;lbu;40;2,08E-06;-1,15E-03;4,92E-02;3,70E+01;162,36;184,06;20,14;22,82;37,59;196;
;lbu;50;1,54E-06;-7,49E-04;-4,16E-02;4,31E+01;-0,16264;161,6;23,29;-25,75;43,61;144,25;
;lmo;50;3,17E-06;-1,92E-03;2,08E-01;2,72E+01;178,15;201,4;17,25;64,53;33,5;195,8;0
;pmq;50;-3,20E-07;3,72E-04;-2,08E-01;4,84E+01;63,97;387,92;4,87;-;-;freq1;
;pmq;40;-1,24E-06;1,06E-03;-3,65E-01;5,87E+01;62,82;284,44;12,24;-;-;278,66;39,8
;pmq;30;-1,91E-06;1,55E-03;-4,73E-01;6,56E+01;53,35;270,37;13,34;-;-;298,21;31,2
;pmq;20;-2,81E-06;2,20E-03;-6,12E-01;7,40E+01;38,77;260,66;14,07;-;-;;
;pmq;80;-4,26E-07;4,66E-04;-2,35E-01;5,07E+01;64,87;364,57;6,4;-;-;;
;ppm;60;2,10E-06;-1,38E-03;1,49E-01;3,16E+01;152,58;219,04;20,25;63,24;36,09;146,31;2,65
;ppm;50;1,25E-06;-7,55E-04;1,74E-02;3,76E+01;134,18;200,65;20,78;11,87;37,66;158,07;0
;ppm;40;7,91E-07;-4,09E-04;-6,10E-02;4,28E+01;-0,1317;172,55;24,1;-63,03;44,78;124,51;
;ppmp;50;1,31E-06;-7,72E-04;2,02E-02;3,70E+01;131,42;196,35;21,1;13,53;37,12;209,2;
;clostridia;;;;;;;;;;;;
;cbc;50;8,29E-07;-4,10E-04;-2,04E-02;3,00E+01;88,07;164,95;19,23;-23,17;30,28;80;
;cbei;40;-1,17E-07;1,37E-04;-1,04E-01;3,42E+01;50,39;392,45;7,32;-;-;268,9;99,6
;cbei;70;6,04E-07;-4,14E-04;2,55E-02;2,50E+01;69,02;228,49;16,44;33,27;25,42;87,7;7,9
;cbei;30;-1,25E-06;9,70E-04;-2,88E-01;4,58E+01;37,85;258,1;14,51;-;-;;
;cbn;50;1,70E-06;-9,50E-04;2,68E-02;3,75E+01;150,16;186,35;20,53;14,69;37,71;156,5;
;cdc;50;-2,77E-07;3,58E-04;-1,86E-01;4,01E+01;31,22;431,44;4,39;-;-;freq1;
;cdc;40;-1,46E-06;1,24E-03;-3,86E-01;5,33E+01;34,47;283,2;10,4;-;-;221,5;29,5
;cdc;30;-3,67E-06;2,86E-03;-7,43E-01;7,60E+01;0,61;259,8;11,54;-;-;272,09;16,81
;cdc;20;-6,68E-06;5,03E-03;-1,21E+00;1,04E+02;-52,03;250,86;11,72;301,8;13,49;;
;cdc8;50;-2,11E-07;3,49E-04;-1,96E-01;4,17E+01;2,59;552,45;4,7;-;-;freq1;
;cdc8;40;-1,25E-06;1,12E-03;-3,71E-01;5,33E+01;34,28;300,01;9,36;-;-;243,4;30,8
;cdc8;30;-3,66E-06;2,89E-03;-7,62E-01;7,81E+01;0,46;263,24;11,15;-;-;279,05;16,82
;cdc8;20;-6,90E-06;5,23E-03;-1,26E+00;1,08E+02;-55,47;252,33;11,46;304,09;13,38;;
;cle;50;8,86E-07;-4,81E-04;-2,70E-02;3,49E+01;113,8;180,71;19,57;-26,15;35,27;105,5;
;hmo;50;9,96E-07;-4,54E-04;-7,46E-02;4,40E+01;143,59;151,94;25,69;-67,32;46,68;105,3;
;psor;50;3,28E-06;-2,16E-03;3,12E-01;1,72E+01;161,79;219,35;16,36;91,15;30,19;183,5;7
;gama;;;;;;;;;;;;
902;amed;50;2,15E-06;-1,20E-03;4,04E-02;4,39E+01;182,64;185,9;23,73;17,66;44,21;186,1;
;eal;50;-9,74E-07;1,02E-03;-4,00E-01;6,14E+01;42,54;349,57;4,97;-;-;freq1;
;eco;60;-1,05E-06;1,16E-03;-4,61E-01;6,91E+01;36,77;366,29;3,83;-;-;freq1;
;ecoN;50;-8,05E-07;1,05E-03;-4,48E-01;6,77E+01;-4,71;432,76;4,45;476,91;4,59;freq1;
;ecoN;60;-1,67E-06;1,70E-03;-6,01E-01;7,82E+01;22,54;339,54;5,16;-;-;freq1;
909;spl;50;8,15E-07;-3,68E-04;-6,78E-02;3,98E+01;123,21;150,56;23,98;-73,86;42,42;91,4;
929;vha1;50;1,23E-06;-7,00E-04;-8,87E-04;3,70E+01;133,17;188,97;20,14;-0,63;36,97;157,6;
;vha1;40;1,03E-06;-5,49E-04;-3,52E-02;3,92E+01;132,46;177,25;21,51;-29,6;39,78;155,62;
;vha1;60;4,49E-07;-1,04E-04;-1,40E-01;4,65E+01;-0,14755;77,14;35,36;-253,87;67,92;-;
800;vha2;40;2,02E-06;-1,19E-03;9,37E-02;3,18E+01;141,44;197,24;19,35;44,27;33,77;198,9;
944;vpb1;60;2,00E-06;-1,31E-03;1,48E-01;2,60E+01;138,38;218,38;16,64;66,66;30,63;170,3;3,8
764;vpb2;50;7,96E-07;-4,44E-04;-2,56E-02;3,47E+01;108,05;185,72;19,76;-26,94;35,07;164,5;
;eal;43;poly12;;;;;156;1,7;;;183,7;
;bcts;;;;;;;;;;;;
;abra;40;1,99E-06;-9,89E-04;-7,73E-03;3,97E+01;171,18;165,32;20,45;-3,87;39,75;169,07;
;abra;50;1,67E-06;-7,46E-04;-6,27E-02;4,34E+01;173,96;149,1;22,97;-37,31;44,59;127,97;
;afn;50;1,06E-06;-5,22E-04;-3,39E-02;3,47E+01;119,46;164,03;19,81;-29,79;35,25;114,48;
;afn;40;9,29E-07;-4,24E-04;-5,60E-02;3,62E+01;-0,12053;152,11;21,13;-55,84;37,84;111,52;
;afn;60;5,67E-07;-1,48E-04;-1,21E-01;4,07E+01;-0,13369;86,79;29,5;-193,55;54,48;-;
;apal;30;1,17E-06;-3,63E-04;-1,48E-01;4,80E+01;185,27;103,22;30,13;-126,38;58,49;94,9;
;fps;30;-1,26E-06;1,30E-03;-4,89E-01;6,95E+01;38,37;345,81;4,34;-;-;freq1;
;myr;60;-7,71E-07;1,01E-03;-4,36E-01;6,53E+01;-5,34;436,73;3,4;484,76;3,57;freq1;
;npu;30;1,29E-06;-7,57E-04;2,91E-02;3,52E+01;119,28;196,07;21,49;20,29;35,47;166,7;
;pmg;50;-3,09E-06;2,95E-03;-9,32E-01;9,89E+01;-10,55;319,06;2,01;352,82;2,25;freq1;
;scc;40;-1,54E-06;1,51E-03;-5,20E-01;6,87E+01;24,04;328,21;6,55;-;-;freq1;
;scc;46;poly12;;;;;159;1,5;;;185;
;actino;;;;;;;;;;;;
;ase;30;-1,09E-06;1,23E-03;-4,88E-01;7,16E+01;24,39;375,84;4,33;-;-;freq1;
;ase;50;-1,60E-06;1,60E-03;-5,69E-01;7,67E+01;33,93;333,67;5,79;-;-;freq1;
;ase;60;-2,25E-06;2,10E-03;-6,84E-01;8,45E+01;33,02;310,4;6,98;-;-;freq1;
;ase;40;-1,75E-06;1,71E-03;-5,94E-01;7,83E+01;34,41;326,57;6,14;-;-;freq1;
;ase;70;-2,58E-06;2,35E-03;-7,43E-01;8,88E+01;30,68;303,68;7,37;-;-;freq1;
;blo;40;2,67E-06;-1,65E-03;1,54E-01;3,66E+01;185,83;205,94;21,65;53,76;40,5;257,8;0
;ksk;30;2,97E-06;-1,84E-03;1,91E-01;3,52E+01;188,85;206,66;22,31;60,99;40,65;267,5;1,1
;mja;50;-8,15E-07;1,01E-03;-4,38E-01;6,64E+01;18,39;414,17;0,88;-;-;freq1;
;mja;30;-2,46E-06;2,21E-03;-7,02E-01;8,30E+01;37,45;300,2;5,29;-;-;freq1;
;sma;30;1,57E-06;-8,89E-04;2,95E-02;3,79E+01;138,24;188,8;22,4;17,42;38,19;169,6;
;mja;35;poly12;;;;;153;1,9;;;191,4;
;archeo;;;;;;;;;;;;
;mba;30;-1,21E-06;9,00E-04;-2,40E-01;3,57E+01;17,22;247;13,15;-;-;;
;mba;40;-1,13E-06;8,38E-04;-2,26E-01;3,48E+01;18,68;247,21;13,15;-;-;121;14,52
;mba;50;-7,30E-07;5,40E-04;-1,58E-01;3,04E+01;25,18;246,45;13,22;-;-;102,3;14,46
;mba;60;-8,43E-07;6,26E-04;-1,78E-01;3,17E+01;23,45;247,31;13,18;-;-;93;14,52
;mfe;30;-6,49E-07;5,25E-04;-1,81E-01;3,66E+01;39,64;269,58;13,22;-;-;;
;mfe;40;-1,92E-07;1,90E-04;-1,07E-01;3,19E+01;44,51;329,54;10,37;-;-;196,9;67,8
;mfe;60;2,93E-07;-1,76E-04;-2,29E-02;2,62E+01;58,01;199,82;16,94;-56,88;26,87;91;
;mfi;30;1,70E-06;-9,43E-04;2,72E-02;3,90E+01;147,48;185,23;22,44;15,02;39,17;192,8;
;bde;;;;;;;;;;;;
;ade;60;-1,00E-06;1,30E-03;-5,60E-01;8,13E+01;-4,45;433,17;1,8;471,63;1,91;freq1;
;ade;70;-1,97E-06;2,05E-03;-7,37E-01;9,40E+01;27,19;346,84;2,53;-;-;freq1;
;ant;50;-1,06E-06;1,39E-03;-5,70E-01;7,53E+01;-38,51;437,59;3,43;547,71;6,25;freq1;
;ant;60;-2,58E-06;2,54E-03;-8,38E-01;9,38E+01;1,98;328,62;1,56;-;-;freq1;
;cvi;40;-1,63E-06;1,81E-03;-6,87E-01;9,14E+01;12,14;372,18;3,07;-;-;freq1;
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc200. Calcul du rebond en freq10. Les extrêmes[modifier | modifier le wikicode]
gen;x50;flexa;flexo;diff%sup;;sup10;x50;a’;flexa;flexo10;poly;flexo1;somo12
lbu;40;161,60;23,29;127,96;;eco;60;36,77;366,29;3,83;3;2,85;4,5
;50;184,06;20,14;209,68;;ecoN;50;-4,71;432,76;4,45;3;2,80;4,8
abra;50;149,10;22,97;204,00;;myr;60;-5,34;436,73;3,40;3;2,50;4,2
;40;165,32;20,45;302,27;;fps;30;38,37;345,81;4,34;3;2,82;4,8
ppm;40;172,55;24,10;209,89;;pmg;50;-10,55;319,06;2,01;3;3,11;5,5
;60;219,04;20,25;270,72;;cvi;40;12,14;372,18;3,07;3;3,19;6,5
afn;40;152,11;21,13;225,32;;ade;60;-4,45;433,17;1,80;3;3,06;5,5
;50;164,03;19,81;233,96;;ant;50;-38,51;437,59;3,43;3;2,56;5,1
vha1;40;177,25;21,51;263,43;;ase;30;24,39;375,84;4,33;3;3,48;5,8
;50;188,97;20,14;268,07;;mja;50;18,39;414,17;0,88;12;2,55;4,9
cdc;30;259,80;11,54;218,10;;scc;40;24,04;328,21;6,55;12;2,73;4,2
;40;283,20;10,40;264,83;;agrl;60;45,51;336,54;5,01;12;2,82;5,5
cdc;40;283,20;10,40;313,93;;pub;30;-20,65;286,98;0,91;12;4,26;5,5
cdc8;30;263,24;11,15;226,52;;eal;50;42,54;349,57;4,97;12;2,68;4,6
;40;300,01;9,36;288,86;;apal;30;185,27;103,22;30,13;12;2,56;4,7
cdc8;40;300,01;9,36;341,73;;cdc;40;34,47;283,20;10,40;-;2,19;3,1
pmq;30;270,37;13,34;413,27;;cd8;40;34,28;300,01;9,36;-;2,21;3,2
;40;284,44;12,24;470,09;;pmq;40;62,82;284,44;12,24;-;2,73;3,7
pmq;40;284,44;12,24;692,18;;apal;28;freq1;126,66;;;;
Intergen51. Étendues des 3 régions des diagrammes CDS-CDS positifs continus fc200[modifier | modifier le wikicode]
clade;gen;effect;flexa;etd9;retd;%rest;%retd;fetd;%flex;%fetd;x50;xm;%1;%1etd;G;gen
act1;ase;3854;98,25;340;241,75;438,51;1,4;74,25;347,43;4,679;30;24;214,06;8,919;7;ase
act2;blo;1045;156,56;290;133,44;330,14;1,725;116,56;438,28;3,76;40;40;231,58;5,79;34;blo
act3;ksk;3995;138,36;350;211,64;434,79;1,582;117,36;466,33;3,974;30;21;98,87;4,708;8;ksk
act4;sma;3894;195,21;370;174,79;304,83;1,172;146,21;440,68;3,014;30-60;49;254,49;5,194;52;sma
act5;;;;;;;;;;;;;;;;
al1;abq;1565;164,96;250;85,04;254,95;1,822;128,96;464,54;3,602;40;36;280,51;7,792;39;abq
al2;abqp;921;113,94;260;146,06;397,39;2,036;66,94;262,76;3,925;50;47;339,85;7,231;22;abqp
al3;abs;1570;142,81;250;107,19;301,27;1,878;98,81;385,99;3,906;50;44;312,74;7,108;38;abs
al4;absp;873;113,86;260;146,14;410,08;2,122;67,86;258,88;3,815;50;46;331,04;7,197;20;absp
al5;agrc;1466;141,69;260;118,31;326,06;1,911;96,69;357,44;3,697;50;45;316,51;7,034;35;agrc
al6;agrl;1040;119,78;260;140,22;345,19;1,749;80,78;293,27;3,63;40;39;361,54;9,27;31;agrl
al7;aua;1803;146,26;280;133,74;332,22;1,736;108,26;396,56;3,663;40;38;271,21;7,137;32;aua
al8;oan1;1517;131,08;310;178,92;384,97;1,593;92,08;306,53;3,329;50;39;308,5;7,91;28;oan1
al9;oan2;914;131,87;250;118,13;293,22;1,636;88,87;303,06;3,41;50;43;403,72;9,389;42;oan2
alp1;pub;601;48,84;90;41,16;244,59;3,513;23,84;121,46;5,094;30;25;633,94;25,358;56;pub
alp2;rpl;527;221,83;760;538,17;305,5;0,382;154,83;385,2;2,488;50;67;309,3;4,616;51;rpl
alp3;rpm;1847;190,99;270;79,01;218,73;1,503;143,99;446,13;3,098;50;47;335,14;7,131;54;rpm
alp4;rru;2136;130,63;250;119,37;345,51;2,057;95,63;375;3,921;40;35;279,49;7,985;30;rru
alp5;rtb;505;213,92;680;466,08;302,97;0,435;146,92;380,2;2,588;50-90;67;316,83;4,729;50;rtb
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;
arc1;mba;2379;147,23;740;592,77;601,93;0,847;99,23;194,2;1,957;50;48;203,87;4,247;2;mba
arc2;mfe;2011;113,86;640;526,14;625,56;0,999;65,86;157,63;2,393;60;48;216,81;4,517;1;mfe
arc3;mfi;1545;133,75;320;186,25;403,24;1,628;93,75;341,1;3,638;50;40;255,66;6,392;27;mfi
arc4;mja;1069;128,61;210;81,39;232,93;1,633;93,61;332,09;3,548;40;35;434,99;12,428;49;mja
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;
bac1;ban;3289;151,67;320;168,33;319,55;1,304;105,67;352,99;3,34;50;46;327,46;7,119;16;ban
bac2;bsu;2512;138,76;200;61,24;236,86;2,235;91,76;358,68;3,909;50;47;404,46;8,606;48;bsu
bac3;lam;1248;125,94;230;104,06;259,62;1,534;82,94;345,35;4,164;40;43;395,03;9,187;46;lam
bac4;lbu;1098;105,09;280;174,91;409,84;1,771;64,09;232,24;3,624;40;41;357,92;8,73;21;lbu
bac5;lmo;1849;140,27;230;89,73;248,78;1,658;98,27;334,23;3,401;50;42;416,98;9,928;47;lmo
bac6;pmq;4540;118,04;360;241,96;477,75;1,561;65,04;210,57;3,238;70;53;311,67;5,881;6;pmq
bac7;ppm;3176;129,22;330;200,78;437,03;1,679;72,22;235,2;3,257;60;57;327,77;5,75;19;ppm
bac8;ppmp;438;123,89;440;316,11;515,98;1,316;80,89;269,41;3,331;50;43;214,61;4,991;3;ppmp
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;
bct1;myr;2273;127,82;330;202,18;302,68;1,002;81,82;282,89;3,457;50;46;414,43;9,009;41;myr
bct2;fps;1628;120,57;300;179,43;330,47;1,284;95,57;379,61;3,972;30;25;289,93;11,597;33;fps
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;
bde1;cvi;2412;120,82;250;129,18;312,6;1,646;75,82;327,94;4,325;50;45;359,45;7,988;37;cvi
bde2;ade;2335;122,49;220;97,51;278,37;1,829;75,49;313,92;4,158;50;47;407,71;8,675;43;ade
bde3;ant;1700;120,22;150;29,78;167,06;2,252;76,22;294,71;3,867;40;44;538,24;12,233;58;ant
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;
clo1;cbc;2572;111,19;440;328,81;521,62;1,282;72,19;189,74;2,628;50;39;288,64;7,401;4;cbc
clo2;cbei;4010;135,69;470;334,31;516,71;1,246;91,69;231,67;2,527;40;44;251,62;5,719;5;cbei
clo3;cbn;1775;122,99;260;137,01;377,15;2,023;78,99;264,23;3,345;50;44;358,63;8,151;23;cbn
clo4;cdc;2589;126,02;380;253,98;401,31;1,186;81,02;225,57;2,784;50;45;373,12;8,292;13;cdc
clo5;cdc8;2727;126,61;380;253,39;390,91;1,148;81,61;229,92;2,817;50;45;379,17;8,426;14;cdc8
clo6;cle;2900;132,95;310;177,05;366,21;1,504;89,95;264,83;2,944;40;43;368,97;8,581;24;cle
clo7;hmo;1867;152,34;310;157,66;328,33;1,448;105,34;355,65;3,376;40;47;316,01;6,724;15;hmo
clo8;psor;2350;166,73;300;133,27;261,7;1,213;121,73;359,57;2,954;50;45;378,72;8,416;45;psor
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;
cya1;npu;3999;227,07;490;262,93;376,34;1,051;205,07;531,13;2,59;30;22;92,52;4,205;9;npu
cya2;pmg;948;104,7;160;55,3;197,26;1,759;58,7;266,88;4,547;50;46;535,86;11,649;57;pmg
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;
ga1;amed;2382;132,72;280;147,28;367,34;1,815;87,72;365,66;4,168;50;45;267;5,933;29;amed
ga2;eal;2286;119,52;300;180,48;358,27;1,431;76,52;270,78;3,539;50;43;370,95;8,627;25;eal
ga3;eco;2204;118,59;260;141,41;328,04;1,613;72,59;273,59;3,769;50;46;398,37;8,66;40;eco
ga4;ecoN;2822;117,84;280;162,16;323,53;1,378;80,84;313,25;3,875;50;37;363,22;9,817;36;ecoN
ga5;spl;2482;138,45;410;271,55;407,33;1,132;101,45;322,32;3,177;50;37;270,35;7,307;26;spl
ga6;vha1;1945;107,56;320;212,44;461,18;1,7;58,56;196,92;3,363;50;49;341,9;6,978;17;vha1
ga7;vha2;1075;172,24;360;187,76;303,26;1,083;131,24;413,02;3,147;40;41;283,72;6,92;53;vha2
ga8;vpb1;1757;194,49;300;105,51;212,29;1,064;145,49;397,27;2,731;60;49;390,44;7,968;55;vpb1
ga9;vpb2;828;117,34;340;222,66;439,61;1,525;70,34;218,6;3,108;50;47;341,79;7,272;18;vpb2
gam;;;;;;;;;;;;;;;;
neg1;afn;1385;85,87;280;194,13;438,27;1,742;48,87;150,9;3,088;50;37;410,83;11,104;10;afn
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;
spi1;scc;1000;111,12;290;178,88;345;1,37;65,12;232;3,563;60;46;423;9,196;12;scc
ter1;abra;980;95,62;220;124,38;366,33;2,141;51,62;184,69;3,578;40;44;448,98;10,204;11;abra
ter2;apal;919;126,66;240;113,34;264,42;1,451;98,66;339,5;3,441;30;28;396,08;14,146;44;apal
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;
;m;1812,79;131,51;304,44;171,72;353,17;1,553;91,31;295,72;3,450;;42,60;332,58;7,749;;
;e;678,16;22,96;84,27;63,51;95,00;0,337;25,31;69,01;0,525;;8,71;63,48;2,002;;
;m/e;2,67;5,73;3,61;2,70;3,72;4,606;3,61;4,29;6,567;;4,89;5,24;3,870;;
;exclus;g;g;g;g;t;g;g;g;g;;t;g;g;;
;genx;48;54;53;50;58;55;56;51;56;;58;53;56;;
;plage;828-3289;86-195;150-490;79-334;167-626;0,85-2,25;49–155;151-413;2,4-4,7;;21-67;204-449;4,2-12,4;;
clade;gen;effect;flexa;etd9;retd;%rest;%retd;fetd;%flex;%fetd;x50;xm;%1;%1etd;G;gen
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40[modifier | modifier le wikicode]
;;intergen51. Courbes fc40;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
zéros;%zéro;clade;gen;c+;maxp;6;x;18;42;162;t162;p6;px;p18;p42;p162;x6;n6;x18;x42;x162;px-p6;Form;gen
17;9.11;clo7;hmo;1,867;2-8-13;85.16;29.46;58.38;118.91;392.07;693.09;-2.77;1.82;-0.64;-290.13;-4.46;20.35;3.75;12.85;10.18;8.03;4.59;D10;hmo
17;8.45;arc2;mfe;2,011;1-7-10;61.16;7.46;43.76;85.53;265.04;471.41;-2.07;1.82;-0.37;20.72;-20.55;14.42;1.49;7.46;5.97;5.97;3.90;D11;mfe
26;5.73;bac6;pmq;4,540;1-9-12;61.01;9.69;57.27;135.68;354.85;624.23;-1.16;2.06;-0.07;-174.38;-7.34;11.45;2.20;9.91;9.91;5.29;3.21;D12;pmq
21;8.83;arc1;mba;2,379;2-7-10;52.12;5.04;52.12;76.92;224.04;419.08;-2.27;2.10;-0.32;-105.09;-3.50;13.03;1.68;7.99;6.31;5.04;4.37;D13;mba
37;14.29;clo4;cdc;2,589;1-6-11;67.59;25.88;102.74;157.59;293.55;661.65;-3.55;2.24;-0.33;-305.78;-22.53;21.24;2.32;17.38;9.66;5.79;5.79;D14;cdc
39;14.30;clo5;cdc8;2,727;1-6-11;64.54;23.84;107.44;163.55;297.40;671.07;-3.01;2.27;-0.43;-290.31;-24.45;19.44;2.57;16.87;10.27;5.50;5.28;D15;cdc8
24;9.33;clo1;cbc;2,572;1-7-11;59.88;17.11;95.26;131.03;292.38;604.98;-3.37;2.43;0.11;-340.20;-16.20;21.38;1.17;17.11;9.33;5.05;5.80;D16;cbc
10;5.63;clo3;cbn;1,775;1-8-11;80.56;16.34;99.72;159.44;376.34;738.03;-2.25;2.44;-0.16;-422.54;32.86;20.85;5.07;18.03;11.27;7.32;4.69;D17;cbn
19;4.74;clo2;cbei;4,010;1-7-11;48.38;13.72;80.30;102.24;294.26;543.64;-1.95;2.49;-0.36;-238.99;-4.16;13.72;2.00;12.72;7.98;4.99;4.45;D18;cbei
3;6.85;bac8;ppmp;438;2-7-13;34.25;11.42;50.23;111.87;379.00;593.61;-1.37;2.66;-1.37;-190.26;0.00;9.13;0.00;15.98;13.70;9.13;4.03;D19;ppmp
23;9.79;clo8;psor;2,350;2-6-11;64.26;30.64;125.96;140.85;352.34;723.83;-5.21;3.49;-0.49;-514.18;-3.55;22.13;1.28;19.57;11.06;5.11;8.70;D20;psor
10;10.88;ter2;apal;919;1-6-10;122.96;27.20;164.31;110.99;368.88;805.22;-8.27;4.08;-0.16;-725.43;-9.14;45.70;4.35;25.03;14.15;8.71;12.35;D21;apal
35;12.07;clo6;cle;2,900;1-7-11;69.31;26.55;114.83;146.21;335.52;704.48;-2.82;4.14;-1.33;-287.36;-5.75;19.31;2.41;22.07;11.72;5.17;6.95;D22;cle
33;10.03;bac1;ban;3,289;1-8-12;62.33;18.24;101.25;125.87;388.57;706.29;-1.35;4.26;-1.17;-354.72;-15.20;12.16;2.79;19.15;9.73;6.38;5.60;D23;ban
25;9.95;bac2;bsu;2,512;1-8-12;78.03;26.67;125.40;146.89;439.89;826.83;-1.93;4.68;-0.66;-630.31;16.59;16.32;2.13;21.50;11.54;7.96;6.61;D24;bsu
27;14.60;bac5;lmo;1,849;2-7-12;84.37;28.66;146.57;144.40;383.45;802.06;-3.79;5.08;-0.81;-901.39;-4.51;21.63;2.70;28.12;16.22;6.49;8.87;D25;lmo
6;6.00;spi1;scc;1,000;1-6-9;105.00;19.00;141.00;134.00;358.00;763.00;-5.40;5.33;-0.56;-416.67;-33.33;31.00;4.00;20.00;12.00;8.00;10.73;D26;scc
19;5.98;bac7;ppm;3,176;1-8-12;62.03;12.91;56.99;133.50;376.26;647.67;-1.53;5.98;-0.47;-144.31;-7.94;14.48;3.78;9.76;8.19;5.98;7.51;D27;ppm
10;9.11;bac4;lbu;1,098;2-7-9;94.72;3.64;128.42;133.88;387.07;756.83;-6.01;6.38;-0.61;-151.79;-30.36;32.79;2.73;15.48;15.48;7.29;12.39;D28;lbu
16;12.82;bac3;lam;1,248;2-7-9;112.18;12.82;148.24;108.97;411.06;806.09;-4.97;6.41;-0.80;-300.48;-26.71;30.45;5.61;18.43;9.62;10.42;11.38;D29;lam
29;18.77;arc3;mfi;1,545;2-6-11;64.72;29.77;62.14;87.38;406.47;669.26;-2.91;1.29;-0.46;-188.78;-21.57;16.18;4.53;11.65;7.77;8.41;4.21;S10;mfi
9;4.87;alp3;rpm;1,847;2-6-12;81.21;43.85;73.09;119.65;305.90;628.59;-3.79;1.89;-1.53;-151.60;-9.02;19.49;4.33;15.70;9.20;5.41;5.68;S11;rpm
6;3.82;al3;abs;1,570;2-6-13;66.24;61.15;48.41;128.66;440.76;749.04;-1.43;2.23;-1.35;26.54;-5.31;15.29;5.73;14.65;8.28;10.19;3.66;S12;abs
13;3.37;act1;ase;3,854;1-6-9;71.61;17.38;90.81;132.59;401.40;717.18;-1.71;2.34;-1.56;86.49;-25.95;15.57;7.01;17.38;9.08;6.75;4.05;S13;ase
12;5.62;alp4;rru;2,136;2-7-11;90.36;23.88;78.18;111.89;432.12;742.04;-1.97;2.69;-1.67;39.01;-31.47;20.13;5.15;15.92;7.49;7.49;4.66;S14;rru
2;1.92;al6;agrl;1,040;1-6-12;101.92;56.73;93.27;114.42;385.58;753.85;-3.27;2.88;-0.60;-520.83;-8.08;24.04;7.69;19.23;10.58;9.62;6.15;S15;agrl
12;12.24;ter1;abra;980;1-7-11;168.37;43.88;115.31;107.14;376.53;823.47;-9.18;3.06;-0.82;-340.14;-8.50;59.18;4.08;33.67;14.29;9.18;12.24;S16;abra
17;7.28;bde2;ade;2,335;2-5-9;84.37;37.26;134.05;126.34;423.55;812.85;-6.28;3.43;-1.52;-196.29;-3.57;26.98;8.14;21.84;8.57;9.42;9.71;S17;ade
9;4.63;ga6;vha1;1,945;2-6-9;83.29;14.91;115.17;104.37;369.15;691.52;-3.73;3.43;-0.51;-342.76;-12.85;20.57;5.66;16.45;7.71;16.45;7.16;S18;vha1
10;4.15;bde1;cvi;2,412;1-6-10;87.89;29.85;109.04;118.16;439.88;788.97;-3.73;3.83;-1.71;-155.47;-13.94;24.05;5.39;20.73;7.46;8.29;7.57;S21;cvi
12;5.04;ga1;amed;2,382;2-6-9;57.51;12.17;85.64;100.76;453.40;714.53;-3.67;3.92;-0.79;-122.45;-34.98;17.21;2.52;14.27;6.72;7.14;7.59;S22;amed
9;5.93;al8;oan1;1,517;2-7-10;108.11;22.41;90.31;92.95;372.45;692.16;-4.61;3.96;-1.32;-219.73;-10.99;29.66;6.59;18.46;7.25;6.59;8.57;S23;oan1
17;6.85;ga5;spl;2,482;2-6-10;72.12;29.01;81.39;97.90;356.97;644.24;-4.03;4.03;-0.65;-235.03;-10.07;21.35;5.24;14.10;8.46;5.64;8.06;S24;spl
3;2.05;al5;agrc;1,466;1-8-11;97.54;20.46;82.54;104.37;427.01;733.97;-1.95;4.32;-2.05;191.00;-11.37;21.83;4.09;19.10;8.87;7.50;6.27;S25;agrc
2;2.17;al2;abqp;921;1-9-11;82.52;6.51;83.60;153.09;419.11;747.01;-0.54;4.34;-0.60;-180.96;-18.10;10.86;6.51;16.29;11.94;8.69;4.89;S26;abqp
18;7.87;ga2;eal;2,286;2-6-9;80.93;15.75;143.92;122.48;364.83;735.78;-2.62;4.67;-1.60;-18.23;-25.52;21.87;6.56;24.06;9.62;6.56;7.29;S27;eal
1;1.09;al9;oan2;914;1-6-10;111.60;38.29;118.16;134.57;374.18;777.90;-4.81;4.92;-2.46;-91.17;0.00;28.45;4.38;28.45;10.94;9.85;9.74;S28;oan2
29;10.28;ga4;ecoN;2,822;2-6-9;82.21;14.17;151.31;126.15;378.45;762.58;-3.90;5.79;-1.26;-369.12;-17.72;21.62;6.02;23.39;9.57;6.38;9.69;S31;ecoN
9;6.50;neg1;afn;1,385;1-7-12;99.64;50.54;139.35;135.74;325.63;757.40;-3.97;5.92;-2.53;-571.60;-12.03;27.44;3.61;33.21;14.44;6.50;9.89;S32;afn
16;7.26;ga3;eco;2,204;2-6-9;87.11;17.70;155.17;120.69;375.68;763.61;-4.31;6.50;-1.87;-226.86;-22.69;23.14;5.90;26.32;10.44;8.17;10.81;S33;eco
9;5.12;ga8;vpb1;1,757;2-6-9;87.65;20.49;129.20;124.08;350.60;717.13;-5.26;6.83;-1.71;-355.72;9.49;25.61;4.55;25.04;11.38;7.40;12.09;S34;vpb1
11;10.29;arc4;mja;1,069;2-6-9;92.61;18.71;170.25;175.87;378.86;846.59;-5.61;8.73;-1.40;-311.82;-46.77;29.93;3.74;29.93;16.84;10.29;14.34;S35;mja
56;32.94;bde3;ant;1,700;1-7-10;175.29;78.82;150.00;96.47;370.59;904.12;-9.31;10.00;-1.70;-367.65;-19.61;64.12;8.24;51.76;9.41;7.65;19.31;S36;ant
16;14.88;ga7;vha2;1,075;1-7-9;62.33;10.23;120.00;80.93;386.98;675.35;-1.86;11.63;-2.17;-77.52;0.00;13.02;1.86;25.12;9.30;15.81;13.49;S37;vha2
11;13.29;ga9;vpb2;828;1-7-9;73.67;9.66;130.43;102.66;333.33;663.04;-2.82;15.10;-2.68;-402.58;0.00;21.74;4.83;35.02;8.45;7.25;17.91;S38;vpb2
13;5.72;bct1;myr;2,273;2-7-11;156.18;35.20;92.83;115.71;356.36;761.99;-4.84;1.98;-1.38;-293.30;3.67;34.32;10.12;20.24;9.24;7.92;6.82;x11;myr
1;0.96;act2;blo;1,045;2-7-10;59.33;13.40;70.81;92.82;448.80;686.12;-2.11;2.23;-0.72;-39.87;0.00;14.35;3.83;13.40;8.61;10.53;4.34;x12;blo
15;9.21;bct2;fps;1,628;1-8-10;168.30;11.06;75.55;97.67;388.82;750.61;-3.86;4.61;-1.84;-25.59;5.08;36.86;9.83;19.04;10.44;7.37;8.47;x13;fps
0;0.00;al4;absp;873;2-6-13;60.71;53.84;65.29;138.60;419.24;737.69;-1.72;6.30;-0.46;-334.10;-9.55;18.33;3.44;17.18;10.31;10.31;8.02;x14;absp
34;35.86;cya2;pmg;948;2-7-9;155.06;11.60;145.57;169.83;381.86;899.79;-3.38;8.44;-1.88;-263.71;-35.16;28.48;11.60;28.48;13.71;9.49;11.81;x15;pmg
58;96.51;alp1;pub;601;2-6-8;351.08;19.97;124.79;126.46;242.93;961.73;-17.89;-0.42;-1.16;-207.99;-27.73;94.84;23.29;21.63;8.32;13.31;17.47;x21;pub
4;2.56;al1;abq;1,565;3-8-12;34.50;8.95;23.64;65.81;445.37;580.83;-0.55;0.32;-0.32;53.25;15.97;7.03;2.56;7.03;6.39;8.95;0.87;x22;abq
15;3.75;cya1;npu;3,999;2-9-14;42.76;16.00;18.00;83.27;380.10;543.89;-0.43;0.55;-0.35;41.68;-8.34;6.25;3.00;5.75;5.00;6.50;0.98;x23;npu
11;2.82;act4;sma;3,894;2-7-10;62.15;13.87;54.96;98.10;395.99;627.89;-1.13;1.20;-0.74;-32.10;10.70;12.07;5.65;9.24;6.93;5.65;2.33;x24;sma
4;7.92;alp5;rtb;505;2-7-12;95.05;41.58;51.49;71.29;338.61;605.94;-1.98;1.32;-0.40;-247.52;0.00;25.74;5.94;9.90;7.92;11.88;3.30;x25;rtb
4;1.00;act3;ksk;3,995;2-8-10;50.56;4.76;35.54;93.12;449.56;634.54;-1.17;1.38;-0.50;135.59;-14.60;10.01;3.00;6.76;7.51;6.76;2.54;x26;ksk
5;9.49;alp2;rpl;527;2-7-12;92.98;34.16;47.44;74.00;366.22;624.29;-2.66;1.52;-0.95;-237.19;31.63;20.87;5.69;13.28;11.39;11.39;4.17;x27;rpl
0;0.00;al7;aua;1,803;3-7-9;19.41;1.66;20.52;47.70;419.86;509.15;-0.83;1.94;-0.37;46.22;-18.49;6.10;1.66;5.55;6.10;7.21;2.77;x28;aua
;;act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;clade;gen;c+;maxp;6;x;18;42;162;t162;p6;px;p18;p42;P162;x6;n6;x18;x42;x162;px-p6;Form;gen
;9.70;m;;;;79.36;22.10;97.84;115.79;373.33;706.89;-3.07;3.54;-1.10;254.68;13.46;20.83;4.29;18.57;9.83;7.99;7.16;;
;13.29;e;;;;25.99;9.63;32.90;23.66;50.70;102.41;1.27;1.63;0.50;93.80;7.52;6.68;1.78;6.83;2.60;2.44;3.15;;
;0.73;m/e;;;;3.05;2.29;2.97;4.89;7.36;6.90;-2.42;2.17;-2.22;2.72;1.79;3.12;2.42;2.72;3.79;3.27;2.28;;
  • Différences x42-x162
clade;gen;x42-x162;Form
clo7;hmo;2,1;D10
arc2;mfe;0,0;D11
bac6;pmq;4,6;D12
arc1;mba;1,3;D13
clo4;cdc;3,9;D14
clo5;cdc8;4,8;D15
clo1;cbc;4,3;D16
clo3;cbn;3,9;D17
clo2;cbei;3,0;D18
bac8;ppmp;4,6;D19
clo8;psor;6,0;D20
ter2;apal;5,4;D21
clo6;cle;6,6;D22
bac1;ban;3,3;D23
bac2;bsu;3,6;D24
bac5;lmo;9,7;D25
spi1;scc;4,0;D26
bac7;ppm;2,2;D27
bac4;lbu;8,2;D28
bac3;lam;-0,8;D29
arc3;mfi;-0,6;S10
alp3;rpm;3,8;S11
al3;abs;-1,9;S12
act1;ase;2,3;S13
alp4;rru;0,0;S14
al6;agrl;1,0;S15
ter1;abra;5,1;S16
bde2;ade;-0,9;S17
ga6;vha1;-8,7;S18
bde1;cvi;-0,8;S21
ga1;amed;-0,4;S22
al8;oan1;0,7;S23
ga5;spl;2,8;S24
al5;agrc;1,4;S25
al2;abqp;3,3;S26
ga2;eal;3,1;S27
al9;oan2;1,1;S28
ga4;ecoN;3,2;S31
neg1;afn;7,9;S32
ga3;eco;2,3;S33
ga8;vpb1;4,0;S34
arc4;mja;6,5;S35
bde3;ant;1,8;S36
ga7;vha2;-6,5;S37
ga9;vpb2;1,2;S38
bct1;myr;1,3;x11
act2;blo;-1,9;x12
bct2;fps;3,1;x13
al4;absp;0,0;x14
cya2;pmg;4,2;x15
alp1;pub;-5,0;x21
al1;abq;-2,6;x22
cya1;npu;-1,5;x23
act4;sma;1,3;x24
alp5;rtb;-4,0;x25
act3;ksk;0,8;x26
alp2;rpl;0,0;x27
al7;aua;-1,1;x28
act5;;;
alp6;;;
arc5;;;
bac9;;;
bct3;;;
bde4;;;
clo9;;;
cya3;;;
gam;;;
neg2;;;
ter3;;;
moyen;m;e;m/e
D-18;4,5;2,1;2,2
S-11;-0,1;3,6;-0,03
S+13;3,0;2,1;1,4
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec la diagonale[modifier | modifier le wikicode]
clade;gen;effect;supd;supdt;%sd;x1m;xml;‰pte;cste;supf ;supft;%sf;lonf;sf/lf;sr/lr;i.r400;sd/ld;rfin;restp;xmp;R2.21;forme;clasf;gen
alp1;pub;601;102,79;264,56;38,85;108;30;41,03;5,43;68,65;178,04;38,56;37;1,86;0,83;0,26;1,32;6,66;81,53;653,91;924;E4;E10;pub
spi1;scc;1000;139,32;420,00;33,17;163;30;22,56;4,68;85,26;276,00;30,89;69;1,24;0,84;0,85;1,05;34,00;236,00;344,00;815;E6;E11;scc
act1;ase;3854;66,29;604,57;10,96;235;25;18,71;5,40;46,43;335,24;13,85;70;0,66;0,14;0,62;0,32;75,77;178,00;217,44;870;E4;E12;ase
alp4;rru;2136;158,18;589,42;26,84;231;35;14,01;4,24;77,67;298,69;26,00;71;1,09;0,64;0,58;0,81;32,77;131,09;279,49;792;E4;E13;rru
bac7;ppm;3176;144,23;501,57;28,76;259;60;9,21;3,39;72,53;275,82;26,30;87;0,83;0,64;0,66;0,72;69,58;162,15;336,27;831;E5;E14;ppm
clo5;cdc8;2727;61,01;389,44;15,67;229;45;12,50;3,86;34,88;248,99;14,01;92;0,38;0,28;0,83;0,33;88,74;231,39;379,17;864;E2;E15;cdc8
clo4;cdc;2589;71,24;385,48;18,48;228;45;11,42;3,60;41,58;246,04;16,90;92;0,45;0,33;0,85;0,39;95,02;241,41;373,12;860;E2;E16;cdc
ga2;eal;2286;76,78;452,32;16,97;227;43;15,96;4,62;28,19;270,78;10,41;95;0,30;0,55;0,67;0,42;60,37;176,73;370,95;798;E5;E17;eal
bac6;pmq;4540;78,52;526,43;14,91;284;54;10,02;3,84;36,74;295,81;12,42;101;0,36;0,32;0,70;0,34;77,97;159,25;314,32;839;E4;E18;pmq
ga5;spl;2482;132,37;483,48;27,38;248;45;8,97;3,22;90,68;317,49;28,56;102;0,89;0,41;0,79;0,65;101,93;222,00;294,52;802;E5;E19;spl
arc4;mja;1069;135,32;349,86;38,68;163;50;20,35;4,32;135,32;349,86;38,68;114;1,19;0,00;0,60;1,20;11,23;152,48;497,66;738;F6;E21;mja
clo6;cle;2900;119,41;442,76;26,97;231;45;9,45;3,18;92,41;352,41;26,22;128;0,72;0,47;0,72;0,64;63,79;184,83;372,41;841;F9;E22;cle
clo3;cbn;1775;133,29;509,86;26,14;241;45;12,14;3,93;102,14;409,01;24,97;135;0,76;0,51;0,55;0,68;34,93;121,69;368,45;845;E6;E23;cbn
arc3;mfi;1545;202,61;622,01;32,57;252;25;9,85;3,48;151,18;463,43;32,62;135;1,12;0,56;0,78;0,89;60,19;175,40;202,59;686;E5;E24;mfi
clo1;cbc;2572;115,24;407,47;28,28;241;45;6,80;2,64;89,52;325,82;27,47;140;0,64;0,46;0,93;0,59;126,75;274,49;318,04;836;F6;E25;cbc
ga9;vpb2;828;205,93;487,92;42,21;254;45;6,77;2,72;168,63;396,14;42,57;147;1,15;0,60;0,69;0,99;76,09;176,33;335,75;593;F6;E26;vpb2
clo2;cbei;4010;92,43;517,71;17,85;289;37;6,92;3,00;61,49;396,01;15,53;170;0,36;0,38;0,93;0,37;148,63;252,12;230,17;818;E6;E27;cbei
arc1;mba;2379;88,65;449,35;19,73;283;26;5,92;2,68;58,38;335,44;17,40;172;0,34;0,36;0,94;0,34;297,18;407,31;143,34;604;E8;E28;mba
arc2;mfe;2011;130,96;485,33;26,98;283;32;5,92;2,68;98,84;396,32;24,94;185;0,53;0,49;0,96;0,52;232,22;344,11;170,56;619;E8;E29;mfe
bde2;ade;2335;130,71;464,67;28,13;196;47;19,16;4,75;75,77;269,81;28,08;63;1,20;0,64;0,46;0,88;34,26;127,62;407,71;845;C;M11;ade
bde1;cvi;2412;125,47;484,25;25,91;194;45;21,11;5,10;85,35;327,94;26,02;76;1,12;0,55;0,57;0,84;38,97;156,30;359,45;855;C;M12;cvi
ga3;eco;2204;139,42;465,06;29,98;222;46;12,36;3,74;86,18;276,77;31,14;75;1,15;0,53;0,60;0,79;29,04;136,57;398,37;800;M3;M13;eco
ga4;ecoN;2822;112,26;500,71;22,42;235;37;12,85;4,02;77,94;305,81;25,49;79;0,99;0,29;0,56;0,57;44,29;136,07;363,22;814;M3;M14;ecoN
cya1;npu;3999;163,78;648,16;25,27;282;25;7,78;3,19;93,26;344,59;27,07;99;0,94;0,45;0,90;0,64;146,54;252,81;99,02;716;M4;M21;npu
bac1;ban;3289;168,96;484,34;34,88;222;45;9,81;3,18;127,50;356,04;35,81;107;1,19;0,59;0,79;0,95;51,08;191,24;324,41;800;M4;M22;ban
al8;oan1;1517;189,62;519,45;36,50;250;45;7,98;3,00;128,43;352,01;36,48;110;1,17;0,64;0,72;0,92;46,14;154,25;326,30;779;M4;M23;oan1
alp3;rpm;1847;193,08;551,16;35,03;253;45;8,21;3,08;144,13;401,73;35,88;121;1,19;0,56;0,53;0,93;41,15;119,11;329,72;820;M2;M24;rpm
al7;aua;1803;220,30;620,63;35,50;270;35;7,55;3,04;168,82;443,70;38,05;127;1,33;0,48;0,48;0,94;51,03;113,14;266,22;781;M4;M25;aua
al2;abqp;921;206,57;536,37;38,51;229;45;12,27;3,81;164,61;440,83;37,34;129;1,28;0,76;0,46;1,12;49,95;128,12;335,50;689;M3;M26;abqp
bac4;lbu;1098;184,93;507,29;36,46;220;35;11,35;3,50;159,07;434,43;36,62;136;1,17;0,53;0,59;1,00;46,45;152,09;340,62;777;M4;M27;lbu
al4;absp;873;169,20;478,81;35,34;194;45;20,13;4,91;166,62;468,50;35,56;139;1,20;0,26;0,70;1,14;50,40;194,73;326,46;644;M4;M28;absp
ga8;vpb1;1757;156,13;477,52;32,70;231;41;9,71;3,24;132,35;408,65;32,39;144;0,92;0,52;0,63;0,82;52,93;159,36;363,12;767;M5;M29;vpb1
al6;agrl;1040;220,09;510,58;43,11;235;39;7,65;2,80;96,79;189,42;51,10;45;2,15;0,82;0,54;1,12;39,42;127,88;361,54;784;C;M31;agrl
bac8;ppmp;438;334,60;554,79;60,31;250;45;4,88;2,22;136,74;232,88;58,72;63;2,17;1,39;0,72;1,63;123,29;230,59;214,61;331;C;M32;ppmp
bde3;ant;1700;164,25;384,71;42,69;155;35;16,18;3,51;123,76;282,35;43,83;69;1,79;0,79;0,37;1,37;17,06;107,65;507,65;822;M3;M33;ant
bct1;myr;2273;169,26;384,95;43,97;191;46;8,27;2,58;131,50;271,89;48,37;76;1,73;0,55;0,58;1,17;79,19;200,62;414,43;901;M4;M34;myr
bac2;bsu;2512;184,61;491,64;37,55;200;45;14,09;3,82;135,06;362,66;37,24;93;1,45;0,80;0,46;1,19;19,51;110,67;397,69;847;C;M35;bsu
ga1;amed;2382;224,16;566,33;39,58;230;45;10,48;3,41;155,94;380,35;41,00;93;1,68;0,74;0,71;1,21;45,76;166,67;267,00;760;M4;M36;amed
bac3;lam;1248;221,01;486,38;45,44;196;35;9,94;2,95;180,05;371,79;48,43;93;1,94;0,60;0,59;1,37;20,03;140,22;373,40;838;M2;M37;lam
bac5;lmo;1849;217,68;449,43;48,43;209;45;6,10;2,27;167,52;326,12;51,37;95;1,76;0,73;0,51;1,33;27,58;125,47;425,09;816;M4;M38;lmo
bct2;fps;1628;195,12;515,97;37,82;199;25;11,90;3,37;151,65;379,61;39,95;96;1,58;0,56;0,66;1,12;62,04;194,10;289,93;895;M2;M39;fps
ter2;apal;919;198,36;412,40;48,10;170;33;10,95;2,86;186,59;383,03;48,72;116;1,61;0,56;0,60;1,45;41,35;178,45;409,14;875;M4;M41;apal
act3;ksk;3995;291,99;728,41;40,09;259;20;7,34;2,90;197,08;467,83;42,13;117;1,68;0,78;0,69;1,22;79,10;176,47;95,12;764;M4;M42;ksk
ga7;vha2;1075;343,79;520,93;66,00;238;35;0;1;275,95;391,63;70,46;123;2,24;0,85;0,76;1,69;78,14;201,86;277,21;577;M4;M43;vha2
al9;oan2;914;213,21;426,70;49,97;203;45;7,52;2,53;195,90;381,84;51,30;126;1,55;0,54;0,67;1,35;35,01;166,30;407,00;749;M4;M44;oan2
al5;agrc;1466;283,73;551,16;51,48;231;45;5,63;2,30;236,35;447,48;52,82;130;1,82;0,85;0,65;1,53;23,19;132,33;316,51;730;M5;M45;agrc
alp2;rpl;527;291,69;394,69;73,90;178;45;0;1;291,69;394,69;73,90;133;2,19;0,00;0,68;2,19;193,55;345,35;259,96;608;M4;M46;rpl
clo8;psor;2350;227,35;451,06;50,40;219;45;4,02;1,88;197,92;384,68;51,45;135;1,47;0,75;0,63;1,31;55,74;170,21;378,72;851;M4;M47;psor
act2;blo;1045;279,92;612,44;45,71;229;35;9,64;3,21;250,88;542,58;46,24;149;1,68;0,65;0,73;1,44;48,80;174,16;213,40;611;M4;M48;blo
alp5;rtb;505;306,68;431,68;71,04;205;45;0;1;306,68;431,68;71,04;160;1,92;0,00;0,52;1,92;198,02;299,01;269,31;617;M4;M49;rtb
cya2;pmg;948;100,72;309,07;32,59;122;46;56,24;7,86;60,47;216,24;27,96;43;1,41;1,22;0,48;1,33;22,15;155,06;535,86;850;P1;Q1;pmg
clo7;hmo;1867;161,85;545,26;29,68;257;43;9,35;3,40;83,28;271,56;30,67;74;1,13;0,56;0,67;0,76;57,85;153,72;301,02;757;P4;Q2;hmo
neg1;afn;1385;125,12;366,06;34,18;183;40;13,20;3,42;92,08;288,09;31,96;100;0,92;0,77;0,79;0,87;38,99;210,83;423,10;799;P2;Q3;afn
al3;abs;1570;178,07;527,39;33,76;205;45;17,64;4,62;123,66;390,45;31,67;100;1,24;0,91;0,63;1,11;35,03;157,96;314,65;756;P2;Q4;abs
al1;abq;1565;186,45;579,55;32,17;220;37;15,49;4,41;129,00;423,00;30,50;109;1,18;0,78;0,54;1,02;36,42;134,19;286,26;768;P2;Q5;abq
ga6;vha1;1945;181,52;468,89;38,71;220;45;8,98;2,97;141,35;356,30;39,67;113;1,25;0,65;0,71;1,04;75,06;203,08;328,02;757;P5;Q6;vha1
ter1;abra;980;177,71;441,84;40,22;175;29;14,12;3,47;170,07;422,45;40,26;132;1,29;0,55;0,56;1,22;33,67;159,18;398,98;849;P4;Q7;abra
act4;sma;3894;131,66;637,39;20,66;261;25;11,00;3,87;94,92;459,68;20,65;134;0,71;0,36;0,85;0,56;84,49;202,88;159,73;820;P2;Q8;sma
act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clade;gen;effect;supd;supdt;%sd;x1m;xml;‰pte;cste;supf ;supft;%sf;lonf;sf/lf;sr/lr;i.r400;sd/ld;rfin;restp;xmp;R2.21;forme;clasf;gen
Moyennes par colonne;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
m;;1812,79;163,90;492,28;33,65;226,02;39,93;11,17;3,38;118,29;349,23;35,02;109,21;1,23;0,59;0,66;0,96;49,41;165,96;331,27;777,48;;;
e;;678,16;39,34;72,31;9,41;32,84;8,20;4,48;0,65;37,15;73,10;9,68;33,13;0,50;0,17;0,15;0,36;20,81;34,74;81,71;83,69;;;
m/e;;2,67;4,17;6,81;3,57;6,88;4,87;2,49;5,20;3,18;4,78;3,62;3,30;2,44;3,50;4,50;2,67;2,37;4,78;4,05;9,29;;;
plage;;828-3289;89-227;350-648;15-51;155-289;20-60;4-23;2,2-4,8;58-187;178-468;16-53;37-185;0,30-2,24;0,26-0,91;0,26-0,96;0,32-1,69;11-95;108-241;143-536;577-901;;;
n gen;;48;46;55;53;56;58;53;49;45;57;50;58;58;52;58;56;48;50;55;56;;;
Moyennes par classe de forme, clasf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
E1;-;2597,44;103,43;468,79;22,72;224,33;43,00;14,97;4,22;62,07;288,58;21,05;90,67;0,72;0,47;0,71;0,62;60,61;185,39;345,82;823,00;;;
E2;;2278,00;135,65;489,54;27,57;258,00;38,33;8,08;3,06;101,47;376,90;26,70;151,00;0,72;0,47;0,81;0,63;126,86;239,81;270,65;738,22;;;
M1;;2443,25;126,97;478,67;26,61;211,75;43,75;16,37;4,40;81,31;295,08;27,68;73,25;1,12;0,50;0,55;0,77;36,64;139,14;382,19;828,50;;;
M2;;1900,44;183,62;535,97;34,47;239,00;40,11;10,53;3,44;142,76;405,61;35,02;123,56;1,15;0,53;0,64;0,94;59,52;162,76;301,27;752,56;;;
M3;;1674,44;214,53;482,75;44,32;207,22;40,00;9,94;2,99;142,11;310,79;46,67;80,33;1,81;0,78;0,57;1,28;48,21;155,99;361,26;832,90;;;
M4;;1421,78;270,75;503,28;55,19;214,67;38,67;7,52;2,61;237,67;425,05;56,45;132,11;1,80;0,71;0,66;1,57;83,66;204,91;291,82;709,11;;;
Q;;1769,25;155,39;484,43;32,75;205,38;38,75;18,25;4,25;111,85;353,47;31,67;100,63;1,14;0,72;0,65;0,99;47,96;172,11;343,45;794,50;;;
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc+400, avec le polynôme de d°3[modifier | modifier le wikicode]
clade;gen;effect;pfin;xm;soma;somo;pte;flexa;flexo;sup4;xmp;flexp;r400;rfin;rest;supF;supL;clas;G;form;gen
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
act1;ase;3854;200;25;4,60;5,67;34,65;92,89;3,64;81,85;217,44;328,23;378,57;75,77;454,33;24,94;67,89;C12;c3;;ase
act2;blo;1045;;35;47,70;4,07;18,50;201,05;2,17;256,86;213,40;575,12;162,68;48,80;211,48;44,66;166,05;C43;i2;;blo
act3;ksk;3995;;25;44,15;4,17;18,43;197,31;2,29;232,14;110,64;616,77;193,49;79,10;272,59;37,64;172,31;C42;i3;;ksk
act4;sma;3894;;49;51,61;3,47;14,27;200,67;2,06;150,45;254,49;451,72;209,30;84,49;293,79;33,31;151,67;C32;f6;;sma
act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
al1;abq;1565;;35;38,22;4,19;20,13;189,16;2,16;229,28;276,04;535,46;152,08;36,42;188,50;42,82;154,16;C42;h4;;abq
al2;abqp;921;;45;-23,24;4,63;17,70;165,91;2,40;169,67;335,50;423,45;191,10;49,95;241,04;40,07;120,91;C33;g6;;abqp
al3;abs;1570;;45;28,44;4,27;19,41;187,70;2,21;205,77;314,65;496,18;154,14;35,03;189,17;41,47;142,70;C41;h1;;abs
al4;absp;873;;45;-29,71;4,71;17,46;164,35;2,45;172,41;326,46;426,12;197,02;50,40;247,42;40,46;119,35;C33;g7;;absp
al5;agrc;1466;;45;87,22;3,64;20,56;212,73;1,92;230,18;316,51;527,29;133,02;23,19;156,21;43,65;167,73;C42;h2;;agrc
al6;agrl;1040;250;35;-23,28;4,84;20,42;110,65;3,02;98,43;341,35;288,46;330,77;39,42;370,19;34,12;75,65;C21;b6;;agrl
al7;aua;1803;;35;55,35;3,68;17,15;205,02;1,97;220,98;266,22;528,56;154,19;51,03;205,21;41,81;170,02;C42;h3;;aua
al8;oan1;1517;;45;13,72;3,67;13,89;183,87;2,09;155,68;326,30;418,59;208,97;46,14;255,11;37,19;138,87;C32;g4;;oan1
al9;oan2;914;250;45;74,08;3,71;28,53;143,93;2,39;133,66;407,00;330,42;227,57;35,01;262,58;40,45;98,93;C31;d3;;oan2
alp1;pub;601;150;25;29,21;4,91;62,10;80,30;2,79;101,34;633,94;229,62;129,78;6,66;136,44;44,13;55,30;C21;a1;;pub
alp2;rpl;527;;45;111,56;3,09;20,91;223,58;1,53;263,93;259,96;463,00;83,49;193,55;277,04;57,00;178,58;C43;f8;;rpl
alp3;rpm;1847;;45;17,60;3,88;15,61;188,15;2,10;159,30;329,72;445,59;183,54;41,15;224,69;35,75;143,15;C32;gb;;rpm
alp4;rru;2136;;35;-79,05;5,49;17,86;140,45;2,88;116,61;279,49;402,62;285,11;32,77;317,88;28,96;105,45;C23;f2;;rru
alp5;rtb;505;;45;116,21;3,05;21,63;224,02;1,49;250,44;269,31;447,52;85,15;198,02;283,17;55,96;179,02;C43;f4;;rtb
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
arc1;mba;2379;;45;-;-;2,62;242,73;1,32;116,95;198,40;340,90;163,51;297,18;460,70;34,31;197,73;C23;c4;;mba
arc2;mfe;2011;;55;-67,89;2,71;5,78;195,14;1,70;90,61;236,20;293,39;238,19;232,22;470,41;30,89;140,14;C12;c2;;mfe
arc3;mfi;1545;;25;25,08;3,77;14,87;187,14;2,17;202,09;202,59;514,56;222,65;60,19;282,85;39,27;162,14;C41;i1;;mfi
arc4;mja;1069;250;45;42,18;4,01;25,82;134,49;2,42;115,54;477,08;303,09;203,93;11,23;215,15;38,12;89,49;C31;d4;;mja
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bac1;ban;3289;;45;45,92;3,48;15,24;193,76;1,98;162,80;324,41;437,52;186,99;51,08;238,07;37,21;148,76;C32;g8;;ban
bac2;bsu;2512;;45;-32,27;5,13;20,87;150,76;2,59;137,90;397,69;398,09;184,71;19,51;204,22;34,64;105,76;C31;a5;;bsu
bac3;lam;1248;;35;-89,08;5,64;19,42;120,47;2,93;120,02;373,40;349,36;257,21;20,03;277,24;34,35;85,47;C23;e5;;lam
bac4;lbu;1098;;35;12,40;3,83;16,23;176,70;2,05;190,31;340,62;445,36;167,58;46,45;214,03;42,73;141,70;C41;ga;;lbu
bac5;lmo;1849;;45;51,07;3,45;17,65;192,69;1,78;187,97;425,09;427,26;120,06;27,58;147,65;43,99;147,69;C41;a7;;lmo
bac6;pmq;4540;300;45;-;-;7,18;185,59;2,08;117,98;279,74;397,80;244,49;77,97;322,47;29,66;140,59;C23;f1;;pmq
bac7;ppm;3176;;55;42,33;3,46;13,78;208,97;1,93;158,22;318,01;442,38;170,03;69,58;239,61;35,77;153,97;C32;g9;;ppm
bac8;ppmp;438;;45;-135,92;5,21;13,29;133,13;2,83;111,52;214,61;292,24;369,86;123,29;493,15;38,16;88,13;C22;c1;;ppmp
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bct1;myr;2273;250;45;65,53;3,70;29,33;142,34;2,20;118,03;411,35;315,00;194,46;79,19;273,65;37,47;97,34;C23;d2;;myr
bct2;fps;1628;250;35;27,46;4,59;28,71;122,77;2,77;118,75;328,01;346,44;263,51;62,04;325,55;34,28;87,77;C23;e4;;fps
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bde1;cvi;2412;250;35;39,50;4,83;31,29;136,99;2,79;147,26;315,51;420,40;225,12;38,97;264,10;35,03;101,99;C32;g5;;cvi
bde2;ade;2335;250;35;39,60;4,63;29,70;138,86;2,66;148,36;355,03;410,28;200,43;34,26;234,69;36,16;103,86;C32;g3;;ade
bde3;ant;1700;250;35;54,00;4,14;35,99;134,17;2,21;153,23;507,65;354,71;120,59;17,06;137,65;43,20;99,17;C32;a3;;ant
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clo1;cbc;2572;;45;-43,66;3,13;8,78;153,62;1,98;75,35;318,04;272,16;283,05;126,75;409,80;27,69;108,62;C11;b4;;cbc
clo2;cbei;4010;300;35;-;-;5,50;246,79;1,52;157,56;224,69;462,59;164,09;148,63;312,72;34,06;211,79;C32;f7;;cbei
clo3;cbn;1775;;45;-3,26;3,92;14,99;175,93;2,13;145,39;368,45;401,69;194,93;34,93;229,86;36,20;130,93;C32;g1;;cbn
clo4;cdc;2589;250;45;35,98;2,98;13,53;137,71;2,06;70,11;373,12;248,74;283,12;95,02;378,14;28,19;92,71;C11;b2;;cdc
clo5;cdc8;2727;250;45;29,01;3,06;13,48;137,98;2,08;71,86;379,17;251,56;280,53;88,74;369,27;28,57;92,98;C11;b3;;cdc8
clo6;cle;2900;300;45;7,56;3,48;13,19;151,90;2,22;85,99;372,41;308,97;254,83;63,79;318,62;27,83;106,90;C12;e2;;cle
clo7;hmo;1867;300;47;33,97;3,89;17,71;155,07;2,46;112,24;316,01;361,01;265,13;57,85;322,98;31,09;108,07;C22;e7;;hmo
clo8;psor;2350;;45;89,39;3,00;16,32;216,05;1,62;192,27;378,72;448,94;116,60;55,74;172,34;42,83;171,05;C41;a8;;psor
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cya1;npu;3999;;25;-12,26;3,77;11,77;180,30;2,26;149,48;99,02;486,62;267,82;146,54;414,35;30,72;155,30;C32;c5;;npu
cya2;pmg;948;150;44;38,22;5,68;58,83;102,44;3,17;108,60;520,04;272,15;185,65;22,15;207,81;39,90;58,44;C22;a2;;pmg
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ga1;amed;2382;;45;-29,44;5,02;18,34;161,97;2,68;150,27;267,00;447,52;239,71;45,76;285,47;33,58;116,97;C32;f3;;amed
ga2;eal;2286;200;35;-21,01;4,78;21,94;111,79;2,84;77,24;335,52;283,03;321,08;60,37;381,45;27,29;76,79;C11;b5;;eal
ga3;eco;2204;250;35;24,31;4,10;20,88;137,07;2,53;117,43;357,99;353,45;259,53;29,04;288,57;33,22;102,07;C23;e6;;eco
ga4;ecoN;2822;250;35;14,73;4,46;24,21;123,10;2,71;103,64;355,07;327,43;273,21;44,29;317,51;31,65;88,10;C21;e3;;ecoN
ga5;spl;2482;;42;-69,69;4,16;12,31;150,17;2,36;97,38;284,85;334,00;279,21;101,93;381,14;29,16;108,17;C21;b7;;spl
ga6;vha1;1945;;43;-15,93;3,84;13,48;179,16;2,08;150,24;322,37;407,20;195,37;75,06;270,44;36,90;136,16;C32;g2;;vha1
ga7;vha2;1075;;35;37,14;3,42;14,29;191,07;1,96;196,05;277,21;448,37;196,28;78,14;274,42;43,73;156,07;C41;f5;;vha2
ga8;vpb1;1757;;55;50,16;3,15;13,57;209,69;1,71;167,59;407,51;405,81;133,75;52,93;186,68;41,30;154,69;C33;a6;;vpb1
ga9;vpb2;828;;45;-159,58;4,68;11,20;127,03;2,54;77,49;335,75;246,38;341,79;76,09;417,87;31,45;82,03;C11;b1;;vpb2
gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
neg1;afn;1385;;44;-54,01;3,71;11,99;150,76;2,08;102,38;434,66;299,64;226,71;38,99;265,70;34,17;106,76;C21;d1;;afn
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
spi1;scc;1000;170;35;-;-;21,07;109,63;2,77;107,59;365,00;290,00;311,00;34,00;345,00;37,10;74,63;C22;e1;;scc
ter1;abra;980;;35;-20,69;4,15;17,24;154,65;2,14;159,70;420,41;390,82;155,10;33,67;188,78;40,86;119,65;C32;a4;;abra
ter2;apal;919;;28;-65,04;4,70;17,35;131,34;2,43;140,69;396,08;354,73;207,83;41,35;249,18;39,66;103,34;C31;d5;;apal
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clade;gen;effect;;xm;soma;somo;pte;flexa;flexo;sup4;xmp;flexp;r400;rfin;rest;supF;supL;clas;G;;gen
m;;1812,79;;;;4,09;18,32;159,27;2,26;139,34;324,14;376,44;375,46;52,03;280,56;36,37;122,00;;;;
e;;678,16;;;;0,75;5,07;30,14;0,32;32,68;63,50;60,18;59,97;21,00;63,81;5,03;29,28;;;;
m/e;;2,67;;;;5,43;3,61;5,28;7,06;4,26;5,10;6,26;6,18;2,48;4,40;7,22;4,17;;;;
g;;48;;;;54;49;50;49;46;53;46;50;47;49;55;51;;;;
p;;830-3300;;;;2,7-5,7;11-31;102-210;1,6-2,8;82-206;198-435;272-463;117-285;20-102;187-418;27-45;75-172;;;;
  • équations polynôme de d° 3 pour le tableau
gen;R2;a;b;c;d;clade
;;;;;;
ase;0,697;1,4815E-06;-4,1287E-04;3,7017E-03;5,6664E+00;act1
blo;0,471;2,6229E-07;-1,5820E-04;1,3302E-02;3,7631E+00;act2
ksk;0,742;2,6184E-07;-1,5499E-04;1,2154E-02;3,9178E+00;act3
sma;0,701;2,1403E-07;-1,2885E-04;1,1589E-02;3,1905E+00;act4
;;;;;;act5
abq;0,624;2,9452E-07;-1,6713E-04;1,1486E-02;3,9763E+00;al1
abqp;0,494;1,6491E-07;-8,2081E-05;-4,0827E-03;4,5860E+00;al2
abs;0,601;2,5509E-07;-1,4364E-04;7,5502E-03;4,1667E+00;al3
absp;0,464;1,5457E-07;-7,6212E-05;-4,9379E-03;4,6347E+00;al4
agrc;0,572;4,3511E-07;-2,7768E-04;3,8507E-02;2,1064E+00;al5
agrl;0,295;3,7952E-07;-1,2598E-04;-6,4817E-03;4,7622E+00;al6
aua;0,611;2,5516E-07;-1,5694E-04;1,5028E-02;3,2889E+00;al7
oan1;0,512;1,5990E-07;-8,8204E-05;2,3304E-03;3,6540E+00;al8
oan2;0,273;1,9488E-06;-8,4149E-04;9,2590E-02;6,8088E-01;al9
pub;0,390;7,9291E-06;-1,9102E-03;9,1294E-02;3,6734E+00;alp1
rpl;0,325;5,5556E-07;-3,7263E-04;6,2397E-02;-1,5925E-03;alp2
rpm;0,632;1,7892E-07;-1,0099E-04;3,3878E-03;3,8474E+00;alp3
rru;0,703;1,2358E-07;-5,2069E-05;-1,0549E-02;5,0463E+00;alp4
rtb;0,327;6,2047E-07;-4,1699E-04;7,1779E-02;-6,3587E-01;alp5
;;;;;;alp6
mba;0,221;-6,6792E-08;4,8638E-05;-1,4431E-02;2,9127E+00;arc1
mfe;0,23;2,7853E-08;-1,6306E-05;-2,5992E-03;2,6167E+00;arc2
mfi;0,501;1,8870E-07;-1,0594E-04;4,9586E-03;3,7111E+00;arc3
mja;0,366;1,0100E-06;-4,0749E-04;2,8986E-02;3,4393E+00;arc4
;;;;;;arc5
ban;0,645;2,3243E-07;-1,3511E-04;1,0938E-02;3,2375E+00;bac1
bsu;0,715;2,0768E-07;-9,3927E-05;-6,7111E-03;5,0205E+00;bac2
lam;0,544;1,4743E-07;-5,3282E-05;-1,3003E-02;5,0100E+00;bac3
lbu;0,504;2,0045E-07;-1,0626E-04;2,5422E-03;3,8123E+00;bac4
lmo;0,626;2,9341E-07;-1,6961E-04;1,5027E-02;3,0813E+00;bac5
pmq;0,577;-3,2176E-07;1,7915E-04;-4,0429E-02;5,4707E+00;bac6
ppm;0,67;1,6543E-07;-1,0371E-04;7,8900E-03;3,3029E+00;bac7
ppmp;0,241;6,1208E-08;-2,4445E-05;-1,0037E-02;4,4557E+00;bac8
;;;;;;bac9
myr;0,539;1,6567E-06;-7,0744E-04;7,1371E-02;1,5945E+00;bct1
fps;0,530;1,0535E-06;-3,8803E-04;1,8926E-02;4,3460E+00;bct2
;;;;;;bct3
cvi;0,651;1,0977E-06;-4,5111E-04;3,0502E-02;4,2577E+00;bde1
ade;0,633;1,0049E-06;-4,1862E-04;2,8426E-02;4,0946E+00;bde2
ant;0,598;1,8669E-06;-7,5143E-04;6,4823E-02;2,5322E+00;bde3
;;;;;;bde4
cbc;0,41;7,5190E-08;-3,4651E-05;-3,4557E-03;3,0516E+00;clo1
cbei;0,357;-3,4685E-08;2,5680E-05;-1,1834E-02;3,3963E+00;clo2
cbn;0,595;1,5556E-07;-8,2104E-05;-5,4105E-04;3,9179E+00;clo3
cdc;0,347;4,3587E-07;-1,8007E-04;1,1265E-02;2,7883E+00;clo4
cdc8;0,361;3,7856E-07;-1,5670E-04;8,1369E-03;2,9479E+00;clo5
cle;0,488;2,1111E-07;-9,6203E-05;1,4183E-03;3,4795E+00;clo6
hmo;0,492;4,0244E-07;-1,8722E-04;1,1327E-02;3,7053E+00;clo7
psor;0,621;3,3901E-07;-2,1973E-04;3,1156E-02;1,7306E+00;clo8
;;;;;;clo9
npu;0,662;1,0584E-07;-5,7248E-05;-1,4515E-03;3,7639E+00;cya1
pmg;0,410;4,7551E-06;-1,4614E-03;9,0878E-02;4,0808E+00;cya2
;;;;;;cya3
amed;0,674;1,6681E-07;-8,1057E-05;-5,2068E-03;4,9445E+00;ga1
eal;0,444;4,1475E-07;-1,3910E-04;-6,3926E-03;4,7126E+00;ga2
eco;0,467;5,4751E-07;-2,2514E-04;9,9770E-03;3,9823E+00;ga3
ecoN;0,565;6,8704E-07;-2,5373E-04;7,0255E-03;4,4127E+00;ga4
spl;0,594;8,4923E-08;-3,8259E-05;-6,5695E-03;3,9182E+00;ga5
vha1;0,475;1,1806E-07;-6,3456E-05;-2,1121E-03;3,8212E+00;ga6
vha2;0,316;2,0097E-07;-1,1520E-04;7,7247E-03;3,2850E+00;ga7
vpb1;0,529;1,7772E-07;-1,1180E-04;9,8749E-03;2,9120E+00;ga8
vpb2;0,312;4,5445E-08;-1,7319E-05;-8,9993E-03;3,8738E+00;ga9
;;;;;;gam
afn;0,437;9,5315E-08;-4,3110E-05;-5,4911E-03;3,5588E+00;neg1
;;;;;;neg2
scc;0,308;-2,0463E-06;6,7302E-04;-9,4856E-02;7,7733E+00;spi1
abra;0,541;1,8688E-07;-8,6701E-05;-3,8271E-03;4,1094E+00;ter1
apal;0,498;1,4994E-07;-5,9081E-05;-9,5874E-03;4,3650E+00;ter2
;;;;;;ter3
gen;R2;a;b;c;d;
  • équations polynôme de d° 3 pour les tests
gen;effect;xm;soma;somo;a’;flexa;flexo;sup4;R2;a;b;c;d
abq;1565;38;41,30;4,15;20,18;190,53;2,14;;0,62;3,0213E-07;-1,7269E-04;1,2718E-02;3,8974E+00
abqp;921;46;-33,56;4,78;17,75;161,21;2,48;;0,494;1,5600E-07;-7,5448E-05;-5,5905E-03;4,6869E+00
abra;980;36;-27,36;4,25;17,29;151,42;2,19;;0,54;1,8033E-07;-8,1915E-05;-4,8874E-03;4,1774E+00
abs;1570;44;38,15;4,14;19,52;192,02;2,14;;0,597;2,7485E-07;-1,5833E-04;1,0881E-02;3,9446E+00
absp;873;46;-27,60;4,67;17,66;165,84;2,39;;0,461;1,5734E-07;-7,8279E-05;-4,6810E-03;4,6032E+00
ade;2335;35;-632,00;21,59;33,02;-144,37;10,86;;0,755;4,6283E-08;2,0046E-05;-3,0121E-02;6,2345E+00
ade;2335;39;-1193,90;49,21;47,82;-424,31;24,67;;0,752;2,6914E-08;3,4260E-05;-3,3284E-02;6,4391E+00
agrl;1040;45;-;-;2,92;403,99;0,22;;0,513;-7,5697E-08;9,1743E-05;-3,9986E-02;6,3957E+00
agrl;1040;44;599,13;0,33;-0,77;522,19;0,29;;0,511;-4,3099E-08;6,7518E-05;-3,4492E-02;6,0293E+00
ant;1700;35;7372,04;969,04;-206,16;3846,62;484,52;;0,682;-5,5291E-09;6,3805E-05;-3,9277E-02;6,2078E+00
ant;1700;32;-755,69;26,93;37,60;-217,57;13,44;;0,667;4,3277E-08;2,8247E-05;-3,1450E-02;5,7108E+00
ase;3854;25;-;-;3,13;344,27;0,52;;0,832;-1,3711E-07;1,4161E-04;-5,1881E-02;7,1874E+00
ase;3854;24;-;-;2,76;360,18;0,46;;0,826;-1,1905E-07;1,2864E-04;-4,9095E-02;7,0175E+00
aua;1803;36;54,38;3,69;17,12;204,64;1,98;;0,61;2,5271E-07;-1,5514E-04;1,4631E-02;3,3144E+00
ban;3289;47;31,61;3,62;15,11;187,28;2,05;;0,653;2,0783E-07;-1,1677E-04;6,7599E-03;3,5183E+00
bsu;2512;47;-55,18;5,56;21,22;139,62;2,81;;0,716;1,8641E-07;-7,8077E-05;-1,0320E-02;5,2628E+00
cbc;2572;46;-46,38;3,15;8,79;152,34;1,99;;0,408;7,4194E-08;-3,3909E-05;-3,6244E-03;3,0629E+00
cbei;4010;35;-;-;2,98;842,52;-0,87;;0,535;-2,7265E-09;6,8914E-06;-8,7882E-03;3,2687E+00
cbei;4010;37;-;-;4,57;505,18;0,19;;0,532;-6,2554E-09;9,4804E-06;-9,3641E-03;3,3059E+00
cdc;2589;45;-;-;3,73;377,99;0,59;;0,5;-3,7480E-08;4,2501E-05;-1,9794E-02;4,0223E+00
cdc8;2727;45;817,99;0,85;-1,40;645,25;0,69;;0,505;-1,5686E-08;3,0364E-05;-1,8188E-02;4,0008E+00
cle;2900;45;-192,77;5,14;12,01;106,49;2,74;;0,638;4,4718E-08;-1,4286E-05;-1,0493E-02;3,9687E+00
cvi;2412;35;-838,11;32,12;40,72;-250,90;16,17;;0,754;3,9366E-08;2,9631E-05;-3,3287E-02;6,5793E+00
cvi;2412;25;-306,40;11,35;26,14;13,51;5,78;;0,763;8,5136E-08;-3,4515E-06;-2,6093E-02;6,1318E+00
eal;2286;35;-;-;4,18;358,63;0,43;;0,666;-8,3486E-08;8,9821E-05;-3,6389E-02;5,7805E+00
eco;2204;35;-599,18;15,15;22,98;-116,15;7,76;;0,639;3,2830E-08;1,1440E-05;-2,1650E-02;5,1378E+00
ecoN;2822;35;2985,76;93,79;-53,14;1667,88;47,10;;0,694;-1,0199E-08;5,1032E-05;-3,1974E-02;5,7907E+00
ecoN;2822;37;1508,02;16,73;-21,18;930,31;8,58;;0,693;-2,1155E-08;5,9042E-05;-3,3746E-02;5,9043E+00
fps;1628;35;-;-;3,71;349,57;0,40;;0,637;-1,1602E-07;1,2167E-04;-4,6246E-02;6,6500E+00
fps;1628;29;-;-;2,62;393,84;0,26;;0,637;-8,2256E-08;9,7188E-05;-4,0897E-02;6,3145E+00
hmo;1867;45;-164,32;5,94;15,27;104,16;3,21;49,58;0,62;7,0624E-08;-2,2069E-05;-1,2974E-02;4,7180E+00
hmo;1867;47;-169,84;6,02;15,33;101,57;3,25;;0,616;6,9386E-08;-2,1143E-05;-1,3186E-02;4,7323E+00
lam;1248;38;-143,01;6,69;20,45;93,95;3,46;;0,545;1,2139E-07;-3,4213E-05;-1,7233E-02;5,2821E+00
lmo;1849;49;35,61;3,63;17,50;185,42;1,88;;0,629;2,5993E-07;-1,4459E-04;9,3099E-03;3,4674E+00
mfe;2011;54;-43,08;2,61;5,81;202,61;1,66;;0,23;3,2068E-08;-1,9492E-05;-1,8581E-03;2,5652E+00
mfi;1545;26;25,61;3,77;14,88;187,37;2,16;;0,499;1,8950E-07;-1,0652E-04;5,0831E-03;3,7035E+00
mja;1069;35;-;-;3,67;348,05;0,24;;0,558;-1,2616E-07;1,3173E-04;-4,9520E-02;6,8378E+00
myr;2273;55;62,82;3,72;28,82;141,36;2,21;101,17;0,567;1,5576E-06;-6,6055E-04;6,4554E-02;1,8893E+00
myr;2273;45;1510,97;16,33;-20,75;931,88;8,32;;0,64;-2,0624E-08;5,7657E-05;-3,2980E-02;5,6783E+00
myr;2273;43;-6462,15;674,91;148,59;-3057,21;337,61;;0,634;4,2723E-09;3,9184E-05;-2,8800E-02;5,4005E+00
oan2;914;45;-259,32;7,74;18,10;48,20;4,03;;0,433;6,3795E-08;-9,2242E-06;-1,7654E-02;4,8970E+00
oan2;914;47;-360,31;10,03;22,55;77,88;3,44;;0,435;3,9147E-08;-9,1468E-06;-2,1838E-02;5,1781E+00
pmg;948;45;42,78;5,55;59,92;102,79;3,15;106,15;0,403;5,5465E-06;-1,7104E-03;1,1589E-01;3,2857E+00
pmg;948;45;336,54;0,26;-1,32;302,32;0,23;;0,658;-3,7688E-07;3,4181E-04;-1,0201E-01;1,0243E+01
pmg;948;46;339,91;0,24;-1,15;306,75;0,22;;0,649;-3,4834E-07;3,2056E-04;-9,7183E-02;9,9190E+00
pmq;4540;45;-;-;2,53;729,14;-0,74;;0,716;-8,6335E-09;1,8885E-05;-1,6299E-02;4,4522E+00
pmq;4540;46;-;-;0,90;862,10;-0,68;;0,716;-6,7641E-09;1,7494E-05;-1,5982E-02;4,4311E+00
ppm;3176;57;60,36;3,31;14,07;215,56;1,86;;0,669;1,9466E-07;-1,2588E-04;1,3069E-02;2,9409E+00
pub;601;25;326,80;0,15;-1,97;283,51;0,09;;0,586;-3,5107E-07;2,9860E-04;-8,2684E-02;7,5303E+00
rpl;527;47;109,14;3,10;20,63;222,59;1,54;;0,327;5,3428E-07;-3,5677E-04;5,8783E-02;2,4138E-01
scc;1000;35;-;-;10,11;221,13;1,05;308,30;0,415;-3,4179E-07;2,2674E-04;-6,0252E-02;6,9861E+00
scc;1000;35;-;-;2,39;320,79;0,67;;0,513;-1,5972E-07;1,5371E-04;-5,1702E-02;6,7071E+00
scc;1000;37;-;-;2,40;320,31;0,67;;0,503;-1,6069E-07;1,5441E-04;-5,1859E-02;6,7171E+00
sma;3894;25;61,30;4,07;6,95;183,75;3,50;;0,708;1,5454E-07;-8,5188E-05;8,7020E-03;3,8194E+00
vpb1;1757;43;31,02;3,30;13,27;202,79;1,78;;0,54;1,4992E-07;-9,1205E-05;5,2262E-03;3,2197E+00
;;;;;;;;;;;;;
spl;2482;45;-98,51;4,47;12,48;137,19;2,51;;0,502;7,4854E-08;-3,0807E-05;-8,2492E-03;4,0291E+00
vha1;1945;45;-38,70;4,07;13,49;169,64;2,20;;0,476;1,0356E-07;-5,2703E-05;-4,5448E-03;3,9828E+00
afn;1385;45;-117,53;4,41;12,47;121,08;2,43;;0,446;7,2977E-08;-2,6509E-05;-9,2556E-03;3,8099E+00
apal;919;25;-153,13;6,21;18,72;88,13;3,20;;0,51;1,0719E-07;-2,8339E-05;-1,6220E-02;4,7719E+00
Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc200[modifier | modifier le wikicode]
G31+2;sma49;pub25;abq;aua;rpm;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clade;gen;xm;ym;soma;somo;yf-;sup;a’;b’;flexa;flexo;%1;%flex;%rest;f200;p1;pr;effect;sup/fx;sofo;frm;clas;gen;tri;G
arc2;mfe;48;2,1;-;-;12,8;36,57;3,78;2,59;113,86;2,16;216,81;157,63;625,56;25,52;41;11;2011;23,2;;P2;C11;mfe;a1;1
arc1;mba;48;2,1;-;-;28,86;54,39;0,83;1,78;147,23;1,65;203,87;194,2;601,93;13,76;41;11;2379;28,01;1,89;D1;C21;mba;a1;2
bac8;ppmp;43;0;79,06;3,84;31,06;102,71;31,14;6,76;123,89;2,91;214,61;269,41;515,98;36,73;41;11;438;38,13;0,93;S2;C51;ppmp;a1;3
clo1;cbc;39;4,67;-;-;16,64;38,71;4,87;2,91;111,19;2,37;288,64;189,74;521,62;34,14;31;11;2572;20,4;1,4;D2;C11;cbc;a2;4
clo2;cbei;44;1,25;-;-;26,53;43,37;3,8;2,72;135,69;2,21;251,62;231,67;516,71;25,48;32;11;4010;18,72;;S3;C12;cbei;a2;5
bac6;pmq;53;2,64;63,48;3,42;30,52;40,2;18,99;4,97;118,04;2,73;311,67;210,57;477,75;38,54;31;11;4540;19,09;1,38;D2;C12;pmq;a2;6
act1;ase;24;3,37;17,26;5,37;86,57;92,39;35,03;6,92;98,25;3,48;214,06;347,43;438,51;49,64;41;12;3854;26,59;3,47;A;C41;ase;b1;7
act3;ksk;21;1,75;70,7;4,3;75,36;101,88;21,94;6,35;138,36;3,31;98,87;466,33;434,79;38,86;42;12;3995;21,85;1,24;S3;C51;ksk;b1;8
cya1;npu;22;1,25;68,59;3,5;348,36;349,17;23,45;6,35;227,07;1,02;92,52;531,13;376,34;0;42;21;3999;65,74;;A;C72;npu;c1;9
neg1;afn;37;5,78;-;-;7,11;34,28;5,16;3,32;85,87;2,88;410,83;150,9;438,27;55,68;12;12;1385;22,72;0,7;P2;C11;afn;b5;10
ter1;abra;44;6,12;-;-;13,48;42,03;10,19;4,2;95,62;3,23;448,98;184,69;366,33;65,18;11;21;980;22,76;1,98;S2;C12;abra;c4;11
spi1;scc;46;2;41,45;4,05;52,12;80,36;28,61;5,9;111,12;2,73;423;232;345;46,38;11;22;1000;34,64;1,28;A;C31;scc;d3;12
clo4;cdc;45;1,54;61,47;2,91;45,7;60,63;16,6;4,29;126,02;2,19;373,12;225,57;401,31;30,22;21;12;2589;26,88;;P1;C22;cdc;b4;13
clo5;cdc8;45;0,73;56,56;2,95;46,38;62,07;15,91;4,23;126,61;2,21;379,17;229,92;390,91;30,96;21;21;2727;27;;S2;C22;cdc8;c3;14
clo7;hmo;47;1,61;61,28;3,75;92,37;109,52;20,84;5,66;152,34;2,48;316,01;355,65;328,33;28,71;22;22;1867;30,79;1,27;D2;C52;hmo;d2;15
bac1;ban;46;1,22;91,38;3,72;78,96;95,08;28,85;6,94;151,67;2,56;327,46;352,99;319,55;28,73;22;22;3289;26,94;1,6;S1;C42;ban;d2;16
ga6;vha1;49;1,54;-;-;14,57;42,82;7,67;3,86;107,56;3,04;341,9;196,92;461,18;48,94;22;12;1945;21,75;1,01;A;C12;vha1;b3;17
ga9;vpb2;47;2,42;-;-;29,09;68,92;3,51;3,08;117,34;2,67;341,79;218,6;439,61;39,84;22;12;828;13,75;1,69;D2;C23;vpb2;b3;18
bac7;ppm;57;1,89;82,77;3,35;23,54;40,18;14,44;4,77;129,22;2,9;327,77;235,2;437,03;41,79;22;12;3176;17,08;;P1;C12;ppm;b3;19
al4;absp;46;2,29;-;-;27,7;75,69;3,22;3,72;113,86;3,35;331,04;258,88;410,08;55,31;22;12;873;29,24;2,55;A;C31;absp;b3;20
bac4;lbu;41;5,46;-;-;25,02;63,28;7,54;3,98;105,09;3,19;357,92;232,24;409,84;56,22;21;12;1098;27,25;1,16;A;C22;lbu;b4;21
al2;abqp;47;7,6;-;-;36,52;79,2;12,68;4,77;113,94;3,33;339,85;262,76;397,39;55,46;22;12;921;30,14;;P2;C31;abqp;b3;22
clo3;cbn;44;4,51;-;-;33,75;60,97;7,47;3,8;122,99;2,88;358,63;264,23;377,15;50,49;21;21;1775;5,45;1,05;A;C22;cbn;c3;23
clo6;cle;43;1,38;55,81;3,16;40,81;60,86;13,64;4,28;132,95;2,46;368,97;264,83;366,21;38,23;21;21;2900;22,98;0,69;D1;C22;cle;c3;24
ga2;eal;43;2,62;11,4;4,29;61,7;77,59;22,4;5,36;119,52;2,68;370,95;270,78;358,27;41,03;21;21;2286;28,65;0,72;D3;C31;eal;c3;25
ga5;spl;37;2,42;78,03;3,47;63,68;82,89;23,19;5,75;138,45;2,54;270,35;322,32;407,33;29,48;32;12;2482;25,72;1,2;S2;C31;spl;b2;26
arc3;mfi;40;1,29;77,68;3,95;65,33;97,38;27,93;6,64;133,75;2,9;255,66;341,1;403,24;35,79;32;12;1545;28,55;0,99;A;C43;mfi;b2;27
al8;oan1;39;0,66;78,84;3,59;44,1;77,13;22,01;5,71;131,08;2,82;308,5;306,53;384,97;41,1;31;21;1517;25,16;1,21;S2;C31;oan1;c2;28
ga1;amed;45;1,26;83,04;4,62;74,59;92,21;40,85;8,69;132,72;3,27;267;365,66;367,34;42,29;32;21;2382;25,22;0,63;S1;C41;amed;c2;29
alp4;rru;35;1,87;50,56;4,31;74,88;97,66;22,69;6,06;130,63;3,09;279,49;375;345,51;49,19;31;22;2136;26,04;;P1;C43;rru;d1;30
al6;agrl;39;0;63,15;4,02;62,31;106,36;31,83;6,63;119,78;2,82;361,54;293,27;345,19;47,35;21;22;1040;36,27;1,22;D2;C51;agrl;d2;31
al7;aua;38;3,88;80,26;4,02;89,59;112,77;27,31;6,81;146,26;2,82;271,21;396,56;332,22;34,72;32;22;1803;28,44;1,43;P1;C52;aua;d1;32
bct2;fps;25;1,84;54,78;4,36;105,82;129,58;35;7,04;120,57;2,82;289,93;379,61;330,47;41,45;31;22;1628;34,14;0,77;S1;C61;fps;d1;33
act2;blo;40;0;79,24;4,15;85,53;145,4;22,49;6,51;156,56;2,99;231,58;438,28;330,14;35,65;32;22;1045;33,17;0,96;A;C62;blo;d1;34
al5;agrc;45;0,68;94,18;4,17;42,62;85,74;30,36;7,51;141,69;3,21;316,51;357,44;326,06;45,4;22;22;1466;23,99;1,04;A;C32;agrc;d2;35
ga4;ecoN;37;1,77;56,15;4,2;83,73;95,49;33,98;6,8;117,84;2,8;363,22;313,25;323,53;44,58;21;22;2822;30,48;1,48;D2;C42;ecoN;d2;36
bde1;cvi;45;3,73;56,4;4,9;82,6;99,47;39,99;8,02;120,82;3,19;359,45;327,94;312,6;52,39;21;31;2412;30,33;1,09;A;C44;cvi;e2;37
al3;abs;44;1,91;80,82;4,14;73,46;108,62;24,46;6,62;142,81;3,13;312,74;385,99;301,27;46,09;31;31;1570;28,14;1,27;D3;C52;abs;e1;38
al1;abq;36;0,64;71,34;4,14;141,5;172,4;24,57;6,66;164,96;2,60;280,51;464,54;254,95;35,34;31;32;1565;37,11;1,59;D2;C63;abq;f1;39
ga3;eco;46;0,91;48,29;4,12;62,59;81,11;26,97;6,05;118,59;2,85;398,37;273,59;328,04;47,99;12;22;2204;29,65;1,35;A;C31;eco;d3;40
bct1;myr;46;1,76;75,53;3,88;75,23;94,19;39,47;7,55;127,82;2,5;414,43;282,89;302,68;37,21;12;31;2273;33,3;1,61;S2;C42;myr;e3;41
al9;oan2;43;1,09;80,27;3,85;65,58;110,89;35,22;7,28;131,87;2,64;403,72;303,06;293,22;42,91;12;31;914;36,59;0,93;S2;C52;oan2;e3;42
bde2;ade;47;3;53,56;4,66;81,56;97,25;34,77;7,32;122,49;3,06;407,71;313,92;278,37;55,23;12;32;2335;30,98;1,14;A;C43;ade;f2;43
ter2;apal;28;0;63,42;3,84;83,63;127,22;30,39;6,41;126,66;2,56;396,08;339,5;264,42;48,15;12;32;919;37,47;1,71;S1;C61;apal;f2;44
clo8;psor;45;1,28;99,55;3,32;79,39;103,12;23,22;6,15;166,73;2,28;378,72;359,57;261,7;23,25;21;32;2350;28,68;;D2;C51;psor;f1;45
bac3;lam;43;0,8;74,97;4,61;99,8;119;49,77;9,19;125,94;2,92;395,03;345,35;259,62;47,53;12;32;1248;34,46;1,43;S2;C61;lam;f2;46
bac5;lmo;42;1,62;89,76;3,92;64,64;91,34;35,6;7,72;140,27;2,72;416,98;334,23;248,78;45,22;12;41;1849;27,33;0,74;D3;C41;lmo;g2;47
bac2;bsu;47;1,59;81,09;4,37;85,21;105,35;37,15;8,09;138,76;2,94;404,46;358,68;236,86;53,28;12;41;2512;29,37;1,2;A;C51;bsu;g2;48
arc4;mja;35;0,94;50,12;4,03;89,85;125,18;28,22;6,18;128,61;2,55;434,99;332,09;232,93;53,01;11;41;1069;37,7;1,83;D1;C61;mja;g3;49
alp5;rtb;67;1,98;124,07;3,51;251,15;275,22;42,55;10,07;213,92;0,96;316,83;380,2;302,97;0;22;31;505;72,39;;P2;C71;rtb;e2;50
alp2;rpl;67;0;119,64;3,61;366,74;370,87;50,98;11,45;221,83;0,14;309,3;385,2;305,5;0;31;31;527;96,28;3,96;S1;C72;rpl;e1;51
act4;sma;49;2,82;92,73;3,53;183,35;188,43;2,60;6,83;195,21;1,75;254,49;440,68;304,83;3,03;32;31;3894;42,76;2,65;D1;C63;sma;e1;52
ga7;vha2;41;0,93;67,11;3,74;180,64;208,84;28,19;6,62;172,24;1,76;283,72;413,02;303,26;12,58;31;31;1075;50,56;;D2;C71;vha2;e1;53
alp3;rpm;47;1,62;59,00;3,72;176,42;187,19;21,11;5,89;190,99;1,86;335,14;446,13;218,73;7,18;22;41;1847;41,96;2,00;D1;C63;rpm;g1;54
ga8;vpb1;49;2,28;88,81;3,09;127,89;155,16;17,61;5,27;194,49;1,85;390,44;397,27;212,29;5,09;12;41;1757;39,06;;S2;C62;vpb1;g2;55
alp1;pub;25;3,33;-70,00;8,23;14,84;34,41;50,04;6,71;48,84;4,26;633,94;121,46;244,59;91,84;11;41;601;28,33;2,48;D3;C11;pub;g3;56
cya2;pmg;46;2,11;23,17;5,76;80,15;104,74;48,7;8,21;104,7;3,11;535,86;266,88;197,26;61,5;11;41;948;39,24;1,16;S2;C51;pmg;g3;57
bde3;ant;44;1,18;62,93;4,39;97,56;115,86;47,88;8,32;120,22;2,56;538,24;294,71;167,06;61,27;11;41;1700;39,31;1,54;D2;C53;ant;g3;58
act5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
alp6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
arc5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bac9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bct3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bde4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clo9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cya3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gam;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
neg2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ter3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clade;gen;xm;ym;soma;somo;yf-;sup;a’;b’;flexa;flexo;%1;%flex;%rest;f200;p1;pr;effect;sup/fx;sofo;frm;clas;gen;tri;G
m;;42,60;2,14;69,33;4,06;;85,47;24,48;6,04;126,34;2,68;332,58;315,35;353,17;40,53;;;1812,79;28,65;1,45;;;;;
e;;8,71;1,31;22,33;0,85;;30,06;13,57;1,89;20,69;0,58;63,48;75,09;95,00;11,82;;;678,16;6,21;0,68;;;;;
m/e;;4,89;1,64;3,10;4,80;;2,84;1,80;3,19;6,11;4,66;5,24;4,20;3,72;3,43;;;2,67;4,61;2,13;;;;;
exclus;;t;g;-;-;;g;t;t;g;g;g;g;t;g;;;g;g;-;;;;;
genx;;58;52;45;46;;51;58;58;52;57;53;54;58;48;;;48;53;46;;;;;
  • Les équations des courbes
clade;gen;xm;a;b;c;d;;;;;;
act1;ase;24;1,78E-06;-5,25E-04;1,65E-02;5,23E+00;;;;;;
act2;blo;40;1,25E-06;-5,89E-04;6,97E-02;1,70E+00;;;;;;
act3;ksk;21;1,60E-06;-6,63E-04;6,98E-02;2,12E+00;;;;;;
act4;sma;49;8,25E-07;-4,83E-04;6,83E-02;6,88E-01;;;;;;
act5;;;;;;;;;;;;
al1;abq;36;9,3461E-07;-4,6251E-04;5,1720E-02;2,4614E+00;;;;;;
al2;abqp;47;-1,18E-06;4,04E-04;-5,87E-02;6,52E+00;;;;;;
al3;abs;44;2,12E-06;-9,09E-04;1,05E-01;4,40E-01;;;;;;
al4;absp;46;-3,37E-06;1,15E-03;-1,34E-01;8,70E+00;;;;;;
al5;agrc;45;4,49E-06;-1,91E-03;2,40E-01;-5,24E+00;;;;;;
al6;agrl;39;3,31E-06;-1,19E-03;1,11E-01;9,43E-01;;;;;;
al7;aua;38;2,0892E-06;-9,1673E-04;1,0678E-01;2,7277E-01;;;;;;
al8;oan1;39;2,69E-06;-1,06E-03;1,17E-01;-3,46E-01;;;;;;
al9;oan2;43;4,41E-06;-1,74E-03;1,95E-01;-2,83E+00;;;;;;
alp1;pub;25;1,18E-06;-1,73E-04;-4,16E-02;6,57E+00;;;;;;
alp2;rpl;67;1,63E-06;-1,08E-03;1,89E-01;-6,32E+00;;;;;;
alp3;rpm;47;4,0386E-07;-2,3140E-04;2,3088E-02;3,0777E+00;;;;;;
alp4;rru;35;1,18E-06;-4,62E-04;3,77E-02;3,43E+00;;;;;;
alp5;rtb;67;1,76E-06;-1,13E-03;1,99E-01;-7,13E+00;;;;;;
alp6;;;;;;;;;;;;
arc1;mba;48;-9,28E-07;4,10E-04;-6,12E-02;4,74E+00;;;;;;
arc2;mfe;48;-8,24E-07;2,82E-04;-3,58E-02;3,81E+00;;;;;;
arc3;mfi;40;2,96E-06;-1,19E-03;1,31E-01;-4,48E-01;;;;;;
arc4;mja;35;1,53E-06;-5,89E-04;4,75E-02;2,93E+00;;;;;;
arc5;;;;;;;;;;;;
bac1;ban;46;2,65E-06;-1,20E-03;1,54E-01;-2,30E+00;;;;;;
bac2;bsu;47;3,72E-06;-1,55E-03;1,78E-01;-1,85E+00;;;;;;
bac3;lam;43;6,39E-06;-2,41E-03;2,54E-01;-3,56E+00;;;;;;
bac4;lbu;41;-1,76E-06;5,56E-04;-6,59E-02;6,03E+00;;;;;;
bac5;lmo;42;4,65E-06;-1,96E-03;2,39E-01;-5,12E+00;;;;;;
bac6;pmq;53;2,13E-06;-7,53E-04;6,99E-02;1,47E+00;;;;;;
bac7;ppm;57;2,23E-06;-8,65E-04;9,73E-02;-4,73E-02;;;;;;
bac8;ppmp;43;5,16E-06;-1,92E-03;2,07E-01;-3,06E+00;;;;;;
bac9;;;;;;;;;;;;
bct1;myr;46;4,81E-06;-1,85E-03;1,96E-01;-2,50E+00;;;;;;
bct2;fps;25;2,70E-06;-9,75E-04;8,26E-02;2,32E+00;;;;;;
bct3;;;;;;;;;;;;
bde1;cvi;45;3,21E-06;-1,16E-03;1,01E-01;2,35E+00;;;;;;
bde2;ade;47;2,44E-06;-8,96E-04;7,50E-02;2,83E+00;;;;;;
bde3;ant;44;4,86E-06;-1,75E-03;1,63E-01;-1,34E-01;;;;;;
bde4;;;;;;;;;;;;
clo1;cbc;39;-1,09E-06;3,64E-04;-4,53E-02;4,41E+00;;;;;;
clo2;cbei;44;-6,50E-07;2,65E-04;-3,97E-02;4,35E+00;;;;;;
clo3;cbn;44;-1,22E-06;4,50E-04;-6,28E-02;6,07E+00;;;;;;
clo4;cdc;45;1,33E-06;-5,02E-04;4,67E-02;1,63E+00;;;;;;
clo5;cdc8;45;1,08E-06;-4,11E-04;3,61E-02;2,03E+00;;;;;;
clo6;cle;43;7,64E-07;-3,05E-04;2,69E-02;2,48E+00;;;;;;
clo7;hmo;47;8,38E-07;-3,83E-04;3,75E-02;2,70E+00;;;;;;
clo8;psor;45;1,72E-06;-8,58E-04;1,20E-01;-1,80E+00;;;;;;
clo9;;;;;;;;;;;;
cya1;npu;22;3,11E-07;-2,12E-04;2,47E-02;2,70E+00;;;;;;
cya2;pmg;46;2,44E-06;-7,67E-04;3,16E-02;5,41E+00;;;;;;
cya3;;;;;;;;;;;;
ga1;amed;45;5,52E-06;-2,20E-03;2,51E-01;-4,21E+00;;;;;;
ga2;eal;43;6,39E-07;-2,29E-04;4,97E-03;4,27E+00;;;;;;
ga3;eco;46;1,82E-06;-6,47E-04;4,98E-02;3,02E+00;;;;;;
ga4;ecoN;37;2,98E-06;-1,05E-03;9,00E-02;1,93E+00;;;;;;
ga5;spl;37;2,12E-06;-8,79E-04;9,86E-02;1,28E-01;;;;;;
ga6;vha1;49;-1,24E-06;4,01E-04;-5,08E-02;5,41E+00;;;;;;
ga7;vha2;41;8,50E-07;-4,39E-04;4,75E-02;2,27E+00;;;;;;
ga8;vpb1;49;5,25E-07;-3,07E-04;4,20E-02;1,40E+00;;;;;;
ga9;vpb2;47;-2,47E-06;8,69E-04;-1,06E-01;7,07E+00;;;;;;
gam;;;;;;;;;;;;
neg1;afn;37;-1,18E-06;3,03E-04;-3,12E-02;4,06E+00;;;;;;
neg2;;;;;;;;;;;;
spi1;scc;46;1,96E-06;-6,55E-04;4,42E-02;3,21E+00;;;;;;
ter1;abra;44;-1,46E-06;4,19E-04;-5,03E-02;5,48E+00;;;;;;
ter2;apal;28;2,53E-06;-9,63E-04;9,15E-02;1,26E+00;;;;;;
*;;;;;;;;;;;;
*;équations;à;courbe;anormale;;;;;;;;
clade;gen;xm;a;b;c;d;a’;b’;flexa;flexo;x50;
pente;ou;flexa;négatifs;;;;;;;;;
ter1;abra;39;-1,22E-07;-1,12E-04;1,57E-02;2,95E+00;-49,82;6,42;-304,79;-8,77;40;
alp1;pub;46;2,59E-07;1,37E-04;-7,07E-02;7,16E+00;94,69;5,75;-175,97;22,42;30;
alp5;rtb;46;-1,04E-06;6,81E-05;3,48E-02;2,31E-02;-36,31;0,01;21,74;0,8;50-90;
alp1;pub;47;-4,10E-07;4,06E-04;-1,05E-01;8,53E+00;-29,04;-6,19;329,9;3,4;30;
;pub;28;3,95E-07;1,24E-04;-7,50E-02;7,76E+00;87,94;7,31;-104,36;16,49;30;
flexa;supérieur;à;200;;;;;;;;;
alp2;rpl;46;3,14E-07;-4,95E-04;1,04E-01;-2,35E+00;156,17;43,27;525,86;-38,85;50;
ga6;vha1;41;1,20E-07;-1,42E-04;1,73E-02;2,77E+00;39,07;10,2;395,55;-5,25;50;
act4;sma;44;2,89E-07;-2,66E-04;4,06E-02;1,79E+00;41,19;10,17;307,17;-2,49;30-60;
cya1;npu;34;2,39E-07;-1,88E-04;2,24E-02;2,76E+00;26,76;7,04;261,68;0,04;30;
act4;sma;52;5,90E-07;-3,87E-04;5,58E-02;1,19E+00;28,79;7,37;218,75;1,07;30-60;
act4;sma;47;6,99E-07;-4,32E-04;6,18E-02;9,48E-01;27,26;7,06;206,06;1,45;30-60;
coefficient;x3;négatif;;;;;;;;;;
ga2;eal;46;-1,29E-07;7,78E-05;-3,36E-02;5,77E+00;17,96;4,7;200,6;1,1;50;
act4;sma;32;-1,63E-06;4,84E-04;-5,11E-02;5,21E+00;3,05;3,63;99,11;3,33;30-60;
alp1;pub;43;-2,75E-06;1,34E-03;-2,23E-01;1,31E+01;4,39;1,29;162,58;0,58;30;
;;;;;;;;;;;;
soma;négatif;;;a;b;c;d;soma;somo;sup;a’;
clo6;cle;45;3,79E-08;-1,46E-05;-9,57E-03;3,90E+00;-188,77;4,93;57,68;11,45;40;
ga2;eal;44;2,83E-07;-8,73E-05;-1,28E-02;4,96E+00;-57,33;5,35;49,44;21,76;50;
alp1;pub;25;1,18E-06;-1,73E-04;-4,16E-02;6,57E+00;-70;8,23;34,41;50,04;30;
;;;;;;;;;;;;
flexa;proche;de;xm;;;a;b;c;d;flexa;flexo;x50
;afn;44;-6,70E-07;1,05E-04;-6,89E-03;3,15E+00;52,01;2,98;50;;;
;pub;26;8,54E-07;-5,03E-05;-5,57E-02;7,06E+00;19,61;5,95;30;;;
;pub;27;7,60E-07;-1,47E-05;-5,99E-02;7,20E+00;6,46;6,81;;;;
;lbu;35;-5,53E-07;8,12E-05;-7,83E-03;3,85E+00;48,97;3,59;40;;;
*autres;tests;acceptables;;;a;b;c;d;flexa;flexo;x50;sup
;absp;41;-2,79E-06;9,19E-04;-1,05E-01;7,56E+00;109,84;3,4;50;;;
;absp;51;-3,38E-06;1,15E-03;-1,34E-01;8,68E+00;113,77;3,35;50;;;
;mba;46;-5,68E-07;2,65E-04;-4,27E-02;4,01E+00;155,3;1,6;50;;;
;mba;47;-7,92E-07;3,55E-04;-5,42E-02;4,46E+00;149,38;1,65;50;;;
;mfe;46;-3,05E-07;7,19E-05;-9,12E-03;2,75E+00;78,6;2,3;60;;;
;vha1;48;-1,33E-06;4,37E-04;-5,54E-02;5,59E+00;109,37;3,02;50;44,68;;
;vha1;50;-1,86E-06;6,51E-04;-8,30E-02;6,70E+00;116,83;2,93;50;55,25;;
;vha1;51;-1,96E-06;6,93E-04;-8,83E-02;6,92E+00;117,83;2,92;50;54,3;;
;sma;51;8,03E-07;-4,74E-04;6,72E-02;7,34E-01;196,87;1,71;30-60;193,19;;
;rtb;68;1,91E-06;-1,20E-03;2,08E-01;-7,55E+00;208,1;1,23;50-90;245,24;;
;lbu;36;-7,32E-07;1,51E-04;-1,63E-02;4,16E+00;68,74;3,52;40;;;
;lbu;37;-7,51E-07;1,58E-04;-1,71E-02;4,19E+00;70,24;3,51;;;;
;lbu;38;-1,14E-06;3,12E-04;-3,59E-02;4,89E+00;90,92;3,34;;;;
;lbu;39;-1,59E-06;4,86E-04;-5,72E-02;5,69E+00;102,06;3,22;;;;
;lbu;40;-1,29E-06;3,70E-04;-4,29E-03;5,15E+00;95,4;6,98;;;;
;lbu;41;-1,76E-06;5,56E-04;-6,59E-02;6,03E+00;105,09;3,19;;;;
;lbu;42;-1,46E-06;4,36E-04;-5,10E-02;5,45E+00;99,49;3,25;;;;
;ppm;50;1,12E-06;-4,07E-04;3,71E-02;2,44E+00;120,82;2,97;60;;;
;ppm;51;1,77E-06;-6,71E-04;7,12E-02;1,06E+00;126,38;2,92;;;;
;ppm;52;1,69E-06;-6,28E-04;6,57E-02;1,28E+00;124,27;2,99;;;;
;ppm;53;1,54E-06;-5,78E-04;5,92E-02;1,55E+00;124,87;2,93;;;;
;ppm;54;1,40E-06;-5,18E-04;5,13E-02;1,87E+00;123,59;2,93;;;;
;ppm;55;1,23E-06;-4,49E-04;4,23E-02;2,25E+00;121,66;2,96;;;;
;ppm;56;1,35E-06;-4,98E-04;4,87E-02;1,98E+00;123,1;2,95;;;;
;ppm;57;2,23E-06;-8,65E-04;9,73E-02;-4,73E-02;129,22;2,9;;;;
;pmg;41;3,10E-06;-1,02E-03;6,31E-02;4,23E+00;110,22;2,89;50;;;
;pmg;43;2,29E-06;-7,04E-04;2,33E-02;5,75E+00;102,46;3,21;;;;
;pmg;51;2,33E-06;-7,24E-04;2,66E-02;5,58E+00;103,65;3,15;;;;
;moyenne;des;acceptables;lbu;et;ppm;;;;;;
;flexa;m;e;m/e;flexo;m;e;m/e;n;;;
;lbu;90,28;14,92;6,05;lbu;3,86;1,38;2,79;7;;;
;ppm;124,24;2,67;46,55;ppm;2,94;0,03;100,65;8;;;
Intergen51. Diagramme corel freq1 freq10[modifier | modifier le wikicode]
Cor 41-200;freq10;freq1
abq;0.2274;0.0123
abqp;0.3019;0.1341
abs;0.4120;0.1068
absp;0.2725;0.0624
agrc;0.0336;0.0005
agrl;0.4539;0.1075
aua;0.5847;0.1548
oan1;0.3098;0.1455
oan2;0.1893;0.1044
pub;0.8650;0.2895
rpl;0.0514;0.0808
rpm;0.3949;0.1568
rru;0.1889;0.0241
rtb;-0.1047;0.0441
;;
amed;0.7173;0.2530
eal;0.6731;0.2913
eco;0.324;0.0507
ecoN;0.5964;0.2208
spl;0.7399;0.2424
vha1;0.5325;0.1077
vha2;0.7279;0.2782
vpb1;0.5997;0.2039
vpb2;0.5158;0.0715
;;
ban;0.1059;0.0382
bsu;0.0048;-0.0283
lam;0.4902;0.2668
lbu;0.5583;0.1507
lmo;-0.1778;-0.0709
pmq;-0.8357;-0.3504
ppm;-0.1286;0.0709
ppmp;0.0439;-0.0559
;;
cbc;-0.6759;-0.0237
cbei;-0.5092;-0.0872
cbn;0.5515;0.1739
cdc;-0.5869;-0.2578
cdc8;-0.6401;-0.2905
cle;0.2691;0.0080
hmo;0.1802;0.0819
psor;-0.4731;-0.0812
;;
ase;0.9183;0.6023
blo;0.4064;0.0179
ksk;0.7662;0.3524
sma;0.8010;0.2361
;;
mfe;0.3270;-0.0275
mfi;-0.0432;0.0130
mba;-0.3170;-0.1244
mja;0.3257;0.1474
;;
myr;0.6422;0.1833
fps;0.4510;0.1707
npu;0.4283;0.1349
pmg;0.7390;0.1627
abra;0.7132;0.1544
apal;0.5492;0.1420
cvi;0.8598;0.5066
ade;0.5914;0.2422
ant;0.2741;0.0908
scc;0.4454;-0.0419
afn;-0.0250;0.0766
Intergen51. Les diagrammes 5s-CDS[modifier | modifier le wikicode]
Intergen51;Total des intercalaires 5s-CDS continus;;;;
abde;bacilli;Nclostridia;actino;;5sCDS c
5s CDS;5s CDS c;5s CDS c;5s CDS c;30;2
13;87;85;77;60;1
25;123;90;101;90;8
167;130;100;114;120;6
173;148;109;134;150;13
189;156;118;144;180;13
213;175;119;150;210;6
229;178;126;182;240;8
236;190;127;205;270;6
244;206;128;239;300;11
250;237;131;245;330;4
280;298;138;251;360;2
415;308;159;271;390;4
gama;393;177;375;420;2
5s CDS c;460;177;553;450;2
56;767;180;983;480;3
74;232;228;3080;510;1
76;343;245;archeo;540;0
76;216;273;5s CDS c;570;2
76;383;273;857;600;0
136;163;286;;630;0
164;bcts;296;;660;0
275;5s CDS c;301;;690;1
300;149;315;;720;1
300;156;363;;750;1
323;165;429;;780;1
386;202;452;;810;0
703;259;454;;reste;3
727;279;508;;;101
;350;552;;;
;447;661;;;
  • 5s-CDS x
Intergen51;Total des intercalaires 5s-CDS discontinus;;;;;;;
abde;gama;bacilli;Nclostridia;actino;;5sCDS x;;5sCDS x
5s CDS x;5s CDS x;5s CDS x;5s CDS x;5s CDS x;30;2;690;0
75;62;14;40;82;60;5;720;0
91;81;34;69;83;90;7;750;0
101;98;36;99;114;120;16;780;1
114;99;57;112;122;150;4;810;1
118;101;99;114;188;180;9;840;0
130;104;208;144;247;210;9;reste;1
137;110;277;188;251;240;5;;89
153;113;296;193;377;270;8;;
153;228;176;213;bcts;300;6;;
154;268;183;216;5s CDS x;330;2;;
161;269;236;262;43;360;2;;
173;339;archeo;266;68;390;1;;
183;454;5s CDS x;402;114;420;2;;
187;460;5;512;158;450;0;;
193;768;271;590;175;480;4;;
206;304;289;;176;510;1;;
231;454;397;;268;540;1;;
354;798;488;;268;570;0;;
461;;607;;280;600;1;;
;;939;;286;630;1;;
;;;;319;660;0;;
Intergen51. Les CDS-rRNA rares[modifier | modifier le wikicode]
autres CDS-rRNA et rRNA-rRNA;;;;Total 51;
abde;;;;;
16s CDS c;CDS 5s c;23s CDS c;23s CDS x;CDS 23s c;
-3;52;446;151;736;
1463;;;151;719;
2466;;;;;
gama;;;;;
23s CDS c;5s 16s c;16s 16s c;;;
331;317;0;;;
385;319;;;;
;371;;;;
;1319;;;;
bacilli;;;;;
;5s 16s c;;;;
;183;;;;
Nclostridia;;;;;
16s CDS c;16s CDS x;CDS 23s c;;;
2;228;531;;;
294;;563;;;
695;;407;;;
Nclostridia;;;;;
23s CDS c;23s CDS x;CDS 5s c;CDS 5s x;5s 16s c;5s 16s x
188;87;335;184;1107;161
223;109;;228;1125;
237;188;;301;;
299;260;;343;;
313;;;;;
322;;;;;
336;;;;;
357;;;;;
463;;;;;
archeo;;;bcts;actino;
CDS 23s x;5s 16s x;;5s 16s c;5s 16s c;
182;340;;265;866;
;;;266;;
;;;267;;
;;;;;
16s CDS;16s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;16s 16s c;
-3;228;183;161;0;
2;;265;340;;
294;;266;;;
695;;267;;;
1463;;317;;;
2466;;319;;;
;;371;;;
;;866;;;
;;1107;;;
;;1125;;;
;;1319;;;
6;1;11;2;1;
;;;;;
23s CDS c;23s CDS x;CDS 23s c;CDS 23s x;CDS 5s c;CDS 5s x
188;87;407;182;52;184
223;109;531;;335;228
237;151;563;;;301
299;151;719;;;343
313;188;736;;;
322;260;;;;
331;;;;;
336;;;;;
357;;;;;
385;;;;;
446;;;;;
463;;;;;
12;6;5;1;2;4
Intergen51. Les diagrammes rRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]
abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;;
;23s 5s;;23s 5s;;23s 5s;;23s 5s;diagramme;23s 5s c
1;68;1;122;1;86;1;35;20;0
1;89;1;124;1;100;1;40;40;9
1;116;1;125;1;111;1;70;60;15
1;118;1;127;1;113;1;76;80;57
1;127;1;135;1;133;1;93;100;52
1;128;1;177;1;144;1;114;120;27
1;132;1;1881;1;161;1;122;140;58
1;133;2;120;1;168;1;126;160;14
1;223;2;123;1;169;1;132;180;19
1;228;2;133;2;48;1;134;200;8
1;261;3;93;2;49;1;139;220;10
2;119;3;129;2;81;1;181;240;7
2;134;4;92;2;97;1;182;260;5
2;134;4;126;2;101;1;204;280;3
2;152;7;169;2;145;1;205;300;1
2;194;8;132;2;170;1;213;320;1
2;194;9;95;3;50;1;229;;286
2;249;11;91;3;71;1;273;;
3;202;actino;;3;78;1;274;;
3;249;;23s 5s;4;69;2;34;;
7;124;1;100;4;80;2;98;;
bcts;;1;108;6;70;2;100;;
;23s 5s;1;114;6;77;2;139;;
1;35;1;138;6;96;2;193;;
1;64;1;175;8;55;3;138;;
1;105;1;176;archeo;;3;144;;
2;108;2;76;;23s 5s;4;108;;
2;109;2;105;1;78;4;202;;
3;107;4;170;1;286;4;228;;
3;72;5;89;1;305;5;78;;
4;35;6;78;6;74;7;127;;
4;61;;;;;;;;
6;154;;;;;;;;
  • 16s23s
gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;16s 23s
;16s 23s;;16s 23s;;16s 23s;100;0
1;384;1;144;1;137;120;0
3;277;1;147;1;194;140;2
3;348;1;158;1;213;160;8
4;349;1;177;1;226;180;11
archeo;;1;231;1;251;200;13
;16s 23s;1;259;1;285;220;16
2;196;1;263;1;315;240;16
2;209;1;266;1;502;260;6
bcts;;1;267;1;503;280;21
;16s 23s;1;268;1;578;300;11
1;137;1;270;1;613;320;7
1;167;1;271;2;188;340;11
1;168;1;272;2;214;360;17
actino;;1;290;2;265;380;0
;16s 23s;1;353;2;283;400;1
1;288;2;203;2;324;420;2
1;290;2;218;2;325;440;4
1;308;2;280;2;338;460;0
1;432;2;410;3;221;480;0
2;280;3;167;3;228;500;0
2;344;4;244;3;359;520;2
2;345;4;269;5;339;540;0
2;352;5;146;8;196;560;0
3;431;5;164;8;237;580;1
5;291;7;217;abde;;600;0
5;312;;;;16s 23s;620;1
;;;;1;269;640;0
;;;;;;;150
Intergen51. Les diagrammes tRNA-rRNA[modifier | modifier le wikicode]
abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;16s tRNA
;16s tRNA;;16s tRNA;;16s tRNA;;16s tRNA;40;0
1;98;3;65;1;98;1;77;60;8
1;100;8;68;1;114;1;109;80;27
1;113;2;70;2;99;1;118;100;32
1;116;3;72;2;127;1;123;120;30
1;178;3;74;2;132;1;124;140;23
1;240;9;85;2;133;1;132;160;2
2;82;5;89;4;113;1;137;180;6
2;114;1;91;bcts;;1;140;200;10
2;114;1;97;;16s tRNA;2;94;220;0
2;116;4;102;1;79;4;54;240;4
2;187;1;123;1;81;4;55;260;0
2;273;2;127;1;118;archeo;;280;6
2;273;1;134;1;125;;16s tRNA;300;0
2;342;2;171;1;132;1;72;320;0
3;180;2;198;2;137;1;84;340;0
3;342;2;224;2;145;1;85;360;5
4;111;1;225;3;80;1;87;380;1
6;182;2;274;3;82;2;64;400;0
actino;;1;375;4;131;;;420;0
;16s tRNA;1;443;6;105;;;440;0
;;;;;;;;460;1
;;;;;;;;480;0
;;;;;;;;;155
  • tRNA23s
abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;tRNA 23s
0;tRNA 23s;0;tRNA 23s;0;tRNA 23s;0;tRNA 23s;20;0
1;149;1;183;1;79;1;84;40;2
1;240;1;184;1;80;1;97;60;1
1;243;1;237;1;128;1;109;80;3
1;255;1;238;1;129;1;111;100;8
1;256;1;252;1;130;1;118;120;13
1;267;1;260;1;186;1;145;140;7
1;270;1;269;2;81;1;152;160;9
1;272;1;272;2;118;1;198;180;4
1;273;1;296;2;172;1;233;200;22
1;300;1;313;4;127;1;238;220;8
1;346;1;336;archeo;;1;240;240;16
1;478;2;174;0;tRNA 23s;1;250;260;23
2;194;2;183;1;116;1;263;280;25
2;256;2;194;1;119;1;272;300;9
2;270;2;265;2;207;1;273;320;7
2;270;2;317;2;233;1;284;340;1
2;272;2;319;bcts;;1;298;360;4
2;301;2;371;0;tRNA 23s;1;374;380;4
2;585;3;186;1;51;1;376;400;1
3;254;3;236;1;79;1;390;420;0
3;347;3;238;1;258;2;95;440;0
3;585;3;297;2;119;2;237;460;0
5;253;4;198;2;40;2;241;480;1
actino;;4;264;2;89;2;283;500;0
;tRNA 23s;5;193;4;260;3;262;520;0
;;1;263;6;151;4;114;540;0
;;;;6;214;;;560;0
;;;;;;;;580;0
;;;;;;;;600;5
;;;;;;;;620;0
;;;;;;;;;173
  • 5stRNA
abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;5s tRNA;;5s tRNA
;5s tRNA;;5s tRNA;;5s tRNA;;5s tRNA;5;25;105;0
1;96;1;12;1;15;1;3;10;22;110;2
1;100;1;31;1;31;1;13;15;23;115;0
1;167;1;53;1;34;1;14;20;4;120;0
1;173;1;54;1;36;1;15;25;1;reste;8
1;257;1;90;1;38;1;44;30;5;;155
1;287;1;91;1;39;1;89;35;8;;
2;52;1;95;1;46;2;8;40;3;;
2;54;1;151;1;54;5;6;45;4;;
2;54;2;14;1;55;8;4;50;1;;
2;95;2;32;1;82;9;7;55;18;;
2;96;2;68;2;7;9;64;60;0;;
3;51;2;69;2;12;13;5;65;9;;
3;257;2;98;2;14;abde;;70;4;;
archeo;;2;106;2;18;;5s tRNA;75;0;;
;5s tRNA;3;31;2;20;1;14;80;1;;
1;80;4;52;3;4;1;21;85;1;;
actino;;4;100;3;43;1;51;90;2;;
;5s tRNA;5;30;4;9;5;11;95;4;;
;;;;6;13;;;100;10;;
Intergen51. Les diagrammes tRNA-tRNA[modifier | modifier le wikicode]
abde;;gama;;bacilli;;Nclostridia;;diagramme;tRNA in;;tRNA in
;tRNA in;;tRNA in;;tRNA in;;tRNA in;5;11;95;8
1;9;1;9;1;5;1;7;10;15;100;0
1;30;1;12;1;10;2;3;15;16;105;0
1;32;1;16;1;12;2;6;20;8;110;0
1;33;1;24;1;14;2;9;25;5;115;0
2;11;1;32;1;19;2;11;30;10;120;0
2;11;1;35;1;21;2;53;35;6;125;0
2;12;1;37;1;24;2;66;40;1;130;0
2;22;2;14;1;41;bcts;;45;19;135;0
2;30;2;30;2;11;;tRNA in;50;2;140;0
2;31;2;30;2;20;1;6;55;4;145;0
2;59;3;10;2;46;1;12;60;5;150;0
3;30;3;41;2;52;1;93;65;3;155;0
3;59;3;45;3;8;4;82;70;11;160;0
4;19;3;65;5;69;6;161;75;0;165;6
4;66;5;43;archeo;;7;91;80;0;170;0
6;86;7;42;;tRNA in;actino;;85;4;;140
;;8;2;;;;tRNA in;90;6;;
  • tRNA contig
bacilli;;Nclostridia;;bcts;;diagramme;contig
;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA contig;5;173
5;1;4;1;1;0;10;224
5;2;4;2;2;0;15;114
19;3;14;3;3;0;20;65
30;4;23;4;4;3;25;35
38;5;27;5;5;1;30;31
14;6;37;6;6;1;35;17
11;7;29;7;7;3;40;10
17;8;15;8;8;2;45;14
26;9;32;9;9;0;50;8
24;10;10;10;10;0;55;5
16;11;9;11;11;2;60;6
13;12;4;12;12;0;65;4
11;13;5;13;13;0;70;4
10;14;16;14;14;0;75;1
12;15;12;15;15;1;80;1
11;16;5;16;16;0;85;3
12;17;4;17;17;0;90;5
3;18;4;18;18;0;95;1
12;19;2;19;19;0;100;0
10;20;0;20;20;1;105;2
2;21;3;21;21;0;110;1
8;22;0;22;22;1;115;0
2;23;4;23;23;0;120;1
4;24;3;24;24;0;;6
5;25;3;25;25;0;;731
4;26;0;26;26;0;;
3;27;2;27;27;0;;
5;28;2;28;28;0;;
8;29;3;29;29;0;;
2;30;1;30;30;0;;
1;31;2;31;31;0;;
1;32;1;32;32;0;;
1;33;1;33;33;0;;
4;34;1;34;34;0;;
2;35;0;35;35;0;;
1;36;0;36;36;0;;
1;37;0;37;37;0;;
3;38;0;38;38;0;;
2;39;0;39;39;0;;
2;40;0;40;40;0;;
2;41;0;41;41;0;;
3;42;2;42;42;0;;
0;43;1;43;43;0;;
0;44;0;44;44;2;;
1;45;0;45;45;1;;
2;46;0;46;46;0;;
0;47;1;47;47;0;;
1;48;0;48;48;0;;
2;49;0;49;49;0;;
1;50;1;50;50;0;;
19;;13;;;2;;
391;;300;;;20;;
1;54;1;58;1;55;;
1;54;2;60;1;72;;
1;54;2;61;actino;;;
1;55;2;85;;tRNA contig;;
1;56;1;88;abde;;;
1;56;2;89;;tRNA contig;;
1;60;1;91;1;32;;
1;63;1;120;gama;;;
1;65;1;311;;tRNA contig;;
1;67;archeo;;1;8;;
1;77;;tRNA contig;1;11;;
1;87;1;7;2;35;;
1;87;1;8;2;42;;
1;102;1;11;3;68;;
1;104;1;14;1;1472;;
1;106;1;18;1;2351;;
1;138;1;29;11;;;
1;158;1;39;;;;
1;265;1;83;;;;
;;8;;;;;
  • tRNA hors blocs
gamma;;gamma;;gamma;;;alpha;;bacilli;;bacilli;;clostridia;;clostridia;;actino;;bacteroide;;archeo;;bde afn ssc;;bde afn ssc;;diagramme;tRNA hors
;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;tRNA hors;;;tRNA hors;;tRNA hors;;tRNA hors;5;188
0;1;7;51;2;101;4;1;51;2;1;1;55;1;1;1;53;9;1;7;1;1;2;1;1;1;51;10;154
4;2;7;52;14;102;0;2;52;3;2;1;58;1;2;1;56;1;2;9;1;1;4;2;2;1;52;15;82
6;3;3;53;2;103;0;3;54;13;3;1;63;8;3;3;57;1;3;10;1;1;5;3;7;1;52;20;72
7;4;3;54;1;104;2;4;57;16;4;1;80;21;4;1;60;5;4;15;1;3;7;4;1;1;53;25;70
6;5;3;55;2;107;0;5;58;12;5;1;81;29;5;1;62;7;5;20;1;1;23;5;3;1;57;30;73
4;6;6;56;1;110;0;6;60;10;6;1;82;13;6;1;65;0;6;22;4;2;25;6;7;1;60;35;90
5;7;11;57;2;116;0;7;60;11;7;2;86;15;7;1;69;0;7;24;2;1;29;7;3;1;61;40;86
6;8;10;58;1;119;0;8;66;7;8;1;101;4;8;1;70;0;8;25;1;1;34;8;8;1;61;45;47
4;9;5;59;1;123;0;9;69;11;9;1;108;8;9;1;75;1;9;26;3;1;40;9;2;1;63;50;51
4;10;0;60;2;128;0;10;70;1;10;1;109;7;10;1;79;0;10;30;4;1;44;10;2;1;69;55;36
3;11;1;61;1;131;0;11;70;8;11;1;111;1;11;1;84;2;11;31;2;1;53;11;2;1;73;60;47
2;12;3;62;2;132;0;12;74;4;12;1;112;5;12;1;85;0;12;33;1;1;57;12;7;1;78;65;26
7;13;2;63;1;135;1;13;76;6;13;1;125;3;13;1;144;1;13;34;2;1;58;13;1;1;81;70;12
1;14;3;64;1;146;0;14;81;2;14;1;131;4;14;1;148;1;14;35;1;1;61;14;2;1;96;75;14
6;15;0;65;1;149;2;15;95;3;15;1;139;1;15;1;149;1;15;36;2;2;62;15;1;1;111;80;15
1;16;1;66;1;158;1;16;99;2;16;1;157;2;16;1;187;0;16;37;6;2;63;16;7;1;134;85;17
1;17;0;67;1;159;0;17;99;5;17;1;230;4;17;1;234;1;17;38;3;1;65;17;0;1;142;90;11
10;18;0;68;1;167;1;18;105;0;18;1;261;9;18;1;241;5;18;39;2;2;71;18;3;1;248;95;9
1;19;1;69;1;181;0;19;109;2;19;1;297;1;19;1;306;1;19;40;1;1;72;19;0;1;278;100;15
6;20;2;70;1;189;0;20;109;0;20;20;;5;20;1;439;2;20;41;2;1;73;20;0;;;105;21
4;21;2;71;2;198;0;21;117;1;21;cyano;;4;21;22;;2;21;42;2;1;74;21;1;;;110;9
2;22;1;72;1;200;0;22;128;3;22;tRNA hors;;3;22;actino;;1;22;43;2;1;76;22;4;;;115;5
7;23;2;73;1;201;1;23;132;1;23;1;1;4;23;;tRNA hors;0;23;44;1;1;85;23;1;;;120;8
4;24;0;74;1;209;4;24;132;1;24;4;3;1;24;1;51;1;24;48;1;1;87;24;2;;;125;2
3;25;0;75;1;210;1;25;132;1;25;4;4;2;25;1;57;0;25;49;1;1;89;25;1;;;130;4
4;26;3;76;1;211;1;26;140;1;26;2;5;3;26;2;62;0;26;51;1;1;90;26;4;;;135;10
0;27;2;77;1;212;2;27;146;1;27;5;6;1;27;1;64;1;27;52;1;1;91;27;4;;;140;2
4;28;1;78;1;253;0;28;153;2;28;2;7;1;28;2;79;1;28;83;1;3;94;28;1;;;145;5
6;29;1;79;1;479;3;29;157;3;29;1;8;3;29;1;81;2;29;86;1;1;99;29;1;;;150;5
6;30;1;80;1;539;2;30;163;1;30;2;10;4;30;1;87;1;30;90;1;1;110;30;2;;;155;3
7;31;3;81;1;634;1;31;164;0;31;1;11;2;31;1;89;1;31;141;1;1;111;31;2;;;160;6
6;32;0;82;1;1172;0;32;165;0;32;1;44;1;32;1;96;0;32;151;1;1;112;32;2;;;165;4
8;33;1;83;;;2;33;165;3;33;1;48;2;33;1;97;0;33;186;1;1;117;33;2;;;170;3
6;34;0;84;52;414;2;34;186;2;34;1;62;0;34;1;110;3;34;202;1;1;118;34;0;;;175;0
18;35;3;85;;;2;35;202;4;35;1;81;2;35;1;118;2;35;221;1;1;119;35;2;;;180;1
5;36;0;86;;;0;36;205;1;36;1;88;0;36;1;129;1;36;341;1;1;132;36;1;;;185;1
15;37;0;87;;;1;37;206;0;37;1;156;0;37;1;141;3;37;373;1;1;170;37;2;;;190;4
3;38;0;88;;;2;38;208;0;38;28;;0;38;1;144;5;38;;60;1;178;38;2;;;195;0
14;39;0;89;;;0;39;214;0;39;tenericutes;;1;39;1;152;1;39;;;1;223;39;1;;;200;4
7;40;1;90;;;0;40;219;2;40;tRNA hors;;0;40;1;157;2;40;;;1;504;40;2;;;205;5
2;41;1;91;;;1;41;220;1;41;2;1;0;41;1;166;1;41;;;1;718;41;0;;;210;5
4;42;1;92;;;0;42;245;2;42;2;8;0;42;1;199;4;42;;;49;;42;1;;;215;3
4;43;0;93;;;0;43;373;0;43;3;9;0;43;1;205;2;43;;;;;43;1;;;220;2
2;44;0;94;;;3;44;452;0;44;2;13;0;44;1;209;1;44;;;;;44;0;;;225;2
4;45;2;95;;;1;45;;0;45;1;14;1;45;1;240;0;45;;;;;45;3;;;230;1
9;46;1;96;;;1;46;;0;46;1;17;3;46;1;245;2;46;;;;;46;1;;;235;1
10;47;3;97;;;2;47;;0;47;1;34;0;47;1;269;3;47;;;;;47;0;;;240;1
6;48;1;98;;;1;48;;0;48;1;63;0;48;1;532;2;48;;;;;48;0;;;245;3
5;49;0;99;;;0;49;;1;49;1;66;0;49;27;;0;49;;;;;49;0;;;250;1
1;50;4;100;;;0;50;;0;50;1;71;0;50;;;0;50;;;;;50;1;;;255;1
;;;;;;0;;;20;;;;22;;;;27;;;;;;;19;;;260;0
260;;102;;;;44;;44;169;;15;;202;;;;107;;;;;;;122;;;;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1254
  • tRNA horsh et horsc
diagramme;tRNA hors;;bacilli;cyano;tener;ase;ant;afn;clostri;total;;diagramme;hors h;hors c
5;188;;46;11;2;17;3;8;60;147;;5;41;147
10;154;;40;10;5;1;4;9;47;116;;10;38;116
15;82;;23;1;3;4;5;3;14;53;;15;29;53
20;72;;9;;1;3;5;2;21;41;;20;31;41
25;70;;7;;;;2;1;14;24;;25;46;24
30;73;;8;;;3;1;1;12;25;;30;48;25
35;90;;9;;1;;2;0;7;19;;35;71;19
40;86;;3;;;3;1;0;1;8;;40;78;8
45;47;;3;1;;2;2;0;1;9;;45;38;9
50;51;;1;1;;1;0;1;3;7;;50;44;7
55;36;;1;;;;0;1;1;3;;55;33;3
60;47;;1;;;1;0;0;5;7;;60;40;7
65;26;;1;1;1;2;1;0;2;8;;65;18;8
70;12;;;;1;;1;0;2;4;;70;8;4
75;14;;;;1;;0;0;1;2;;75;12;2
80;15;;1;;;;0;0;1;2;;80;13;2
85;17;;2;1;;1;1;0;2;7;;85;10;7
90;11;;2;1;;;0;0;;3;;90;8;3
95;9;;;;;;0;0;;0;;95;9;0
100;15;;;;;2;1;0;;3;;100;12;3
105;21;;1;;;;0;0;;1;;105;20;1
110;9;;2;;;1;0;0;;3;;110;6;3
115;5;;2;;;;0;1;;3;;115;2;3
120;8;;;;;1;0;;;1;;120;7;1
125;2;;1;;;;;;;1;;125;1;1
130;4;;;;;;;;;0;;130;4;0
135;10;;1;;;;;;;1;;135;9;1
140;2;;1;;;;;;;1;;140;1;1
145;5;;;;;2;;;1;3;;145;2;3
150;5;;;;;;;;2;2;;150;3;2
155;3;;;;;1;;;;1;;155;2;1
160;6;;1;1;;1;;;;3;;160;3;3
165;4;;;;;;;;;0;;165;4;0
170;3;;;;;;;;;0;;170;3;0
175;0;;;;;;;;;0;;175;0;0
180;1;;;;;;;;;0;;180;1;0
185;1;;;;;;;;;0;;185;1;0
190;4;;;;;;;;1;1;;190;3;1
195;0;;;;;;;;;0;;195;0;0
200;4;;;;;1;;;;1;;200;3;1
205;5;;;;;;;;;0;;205;5;0
210;5;;;;;;;;;0;;210;5;0
215;3;;;;;;;;;0;;215;3;0
220;2;;;;;;;;;0;;220;2;0
225;2;;;;;;;;;0;;225;2;0
230;1;;1;;;;;;;1;;230;0;1
235;1;;;;;;;;1;1;;235;0;1
240;1;;;;;;;;;0;;240;1;0
245;3;;;;;1;;;1;2;;245;1;2
250;1;;;;;;;;;0;;250;1;0
255;1;;;;;;;;;0;;255;1;0
260;0;;;;;;;;;0;;260;0;0
;17;;2;;;1;;;2;5;;;12;5
;1254;;169;28;15;49;29;27;202;519;;;735;519
Intergen51. Les RNA-RNA rares[modifier | modifier le wikicode]
Détail des intercalaires RNA rares;;;;;;;
abde;;;clostridia;;clostridia;;gama
5s 5s;;;tRNA 16s;;23s tRNA;;tRNA 16s
89;;2;110;1;8;;1063
archeo;;2;116;1;41;;tRNA 5s
tRNA 16s;;2;123;2;48;;17
295;;1;138;1;50;;23
tRNA 5s;;1;151;1;56;;37
13;;1;204;1;61;;39
5s5s;;1;459;1;71;;40
748;;;tRNA 5s;1;92;;57
bacilli;;2;3;1;94;;57
tRNA 16s;;2;8;1;95;;777
76;;2;11;1;98;;1112
159;;2;12;1;100;;1360
170;;1;14;1;103;;bcts
171;;1;336;1;107;;tRNA 16s
341;;;16s 5s;2;111;;90
23s tRNA;;7;79;2;112;;206
131;;1;144;1;116;;215
16s 5s;;1;146;1;119;;tRNA 5s
102;;3;261;2;140;;149
117;;2;262;1;476;;149
;;1;336;;5s 23s;;
;;4;337;1;230;;
;;;;;;;
;tRNA 16s;;;23s tRNA;;;tRNA 5s
1;76;;1;8;;2;3
1;90;;1;41;;2;8
2;110;;2;48;;2;11
2;116;;1;50;;2;12
2;123;;1;56;;1;13
1;138;;1;61;;1;14
1;151;;1;71;;1;17
1;159;;1;92;;1;23
1;170;;1;94;;1;37
1;171;;1;95;;1;39
1;204;;1;98;;1;40
1;206;;1;100;;2;57
1;215;;1;103;;2;149
1;295;;1;107;;1;336
1;341;;2;111;;1;777
1;459;;2;112;;1;1112
1;1063;;1;116;;1;1360
20;;;1;119;;23;
;16s 5s;;1;131;;;
7;79;;2;140;;;Récapitulatif
1;102;;1;476;;20;tRNA 16s
1;117;;25;;;25;23s tRNA
1;144;;;;;23;tRNA 5s
1;146;;;;;21;16s 5s
3;261;;;;;1;5s 23s
2;262;;;;;2;5s 5s
1;336;;;;;92;
4;337;;;;;;
21;;;;;;;

Liste NCBI des 51 génomes sauvegardés[modifier | modifier le wikicode]

Liste des 30 génomes en complément étudiés avec la méthode et sauvegardés après. Je les étudiés sommairement avant, en 2019, sans les fréquences des intercalaires CDS-CDS.;;;;;;;;;
Ils n’avaient pas la date de NCBI.;;;;;;;;;
KEEG;date;;longueur pb;nom;;;;;lien NCBI
alpha;;;;;;;;;
oan;date NCBI 1.8.21;;2887297 bp;Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009667.1]
oan2;date NCBI 1.8.21;;1895911 bp;Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 2;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009668.1]
rpm;date NCBI 12.3.21;;3876289 bp;Pararhodospirillum photometricum DSM 122 chromosome DSM 122;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1]
rpl;date NCBI 20.01.22;;1109301 bp;Rickettsia prowazekii str. Breinl;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_020993.1]
abqp;date NCBI 26.4.22;;1901707 pb;Azospirillum brasilense strain Az39 plasmid AbAZ39_p1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007794.1]
abq;date NCBI 25.4.21;;3064393 bp;Azospirillum brasilense strain Az39 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007793.1]
absp;date NCBI 11.4.22;;1766028 bp;Azospirillum baldaniorum plasmid AZOBR_p1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016594.1]
abs;date NCBI 25.4.21;;3023440 bp;Azospirillum baldaniorum;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016617.1]
auap;date NCBI 12.4.22;;9393 bp;Aureimonas sp. AU20 plasmid pAU20rrn;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006375.1]
aua;date NCBI 12.4.21;;3742793 bp;Aureimonas sp. AU20 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1]
;;;;;;;;;
gama;;;;;;;;;
ecoN;date NCBI 11.5.21 ;;5441200 pb;Escherichia coli Nissle 1917 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1]
vpb1;date NCBI 20.02.22 ;;3297305 bp;Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_019955.1]
vpb2;date NCBI 20.02.22 ;;1806219 bp;Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 2;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_019971.1]
eal;date NCBI 28.2.14;;4701875 bp;Escherichia albertii KF1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP007025]
vha1;date NCBI 12.12.21 ;;3765351 bp;Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 chromosome I;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009783.1]
vha2;date NCBI 12.12.21 ;;2204018 bp;Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 chromosome II;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009784.1]
;;;;;;;;;
alpha gama;;;;;;;;;
eco;date NCBI 7.3.22;;4641652 bp;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U00096]
amed;date NCBI 15.1.22 ;;4777154 bp;Aeromonas media WS chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007567.1]
agr l;date NCBI 19.4.21;;2148289 bp;Agrobacterium fabacearum chromosome linear;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015508.1]
agr c;date NCBI 24.4.22;;2823930 bp;Agrobacterium fabacearum chromosome circular;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015183.1]
;;;;;;;;;
bacilli;;;;;;;;;
lmo;Date NCBI 27.2.15;;2944528 bp;Listeria monocytogenes EGD-e;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL591824]
lam;Date NCBI 6.3.22;;2078001 bp;Lactobacillus amylovorus;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015214.1]
lbu;date ncbi 13.2.22;;1856951 bp;Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_008529.1]
ban;date ncbi 21.1.22;;5321900 bp;Bacillus anthracis strain 2002013094 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902]
ppm;date ncbi 10.11.21;;5728392 bp;Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014622.2]
ppmp;date ncbi 10.11.21;;510118 bp ;Paenibacillus polymyxa SC2, plasmid pSC2.;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014628.2]
;;;;;;;;;
clostridia;;;;;;;;;
psor;date NCBI 8.1.18;;3550458 bp;Paeniclostridium sordellii strain AM370 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP014150]
cdc;date NCBI 6.2.22;;4110554 bp;Clostridioides difficile CD196;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013315.1]
cdc8;date NCBI 6.2.22;;4308325 bp;Clostridioides difficile M68;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017175.1]
cbc;date NCBI 14.4.15;;3892029 bp;Clostridium botulinum CDC_297;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP006907.1]
cle;date NCBI 19.3.21;;4714237 bp;Cellulosilyticum lentocellum DSM 5427;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015275.1]
hmo;date NCBI 6.3.22;;3075407 bp;Heliomicrobium modesticaldum Ice1;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010337.2]
;;;;;;;;;
actino;;;;;;;;;
sma;date NCBI 20.4.21;;9025608 bp;Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5]
ksk;date NCBI 15.12.21;;8783278 bp;Kitasatospora setae KM-6054;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1]
;;;;;;;;;
apal;;;;;;;;;
npu;date NCBI 6.2.22 ;;8234322 bp;Nostoc punctiforme PCC 73102;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1]
apal;date NCBI 14.12.21;;1554229 bp;Alteracholeplasma palmae J233;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1]
mfe;date NCBI 11.12.21;;3914091 bp;Methanosarcina sp. WH1 chromosome;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1]
mfi;date NCBI 25.9.19 ;;2478074 bp;Methanobacterium formicicum genome assembly DSM1535, chromosome : chrI;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1?report=genbank]
fps;date NCBI 14.12.21 ;;2860382 bp;Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3]
;;;;;;;;;
Liste de la pré-étude de 21 génomes sauvegardés avant la nouvelle méthode et avec les fréquences des intercalaires CDS-CDS des chapitres “génome, intercalaires entre CDS”.;;;;;;;;;
Artb;;;;;;;;;
rtb;date NCBI 7.12.20 ;;1112957 bp;Rickettsia typhi str. B9991CWPP;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017062.1];
pub;date NCBI 24.01.21 ;;1308759 bp;Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1];
abra;date NCBI 13.12.20 ;;1877792 bp;Acholeplasma brassicae;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1];
mja;date NCBI 09.04.20 ;;1664970 bp;Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1];
pmg;date NCBI 08.02.21 ;;1641879 bp;Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1];
blo;date NCBI 25.10.20 ;;2256640 bp;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2];
scc;date NCBI 16.07.20 ;;2227296 bp;Sphaerochaeta coccoides DSM 17374;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1];
afn;date NCBI 30.08.20 ;;2329769 bp;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1];
;;;;;;;;;
Acbn;;;;;;;;;
cbn;date NCBI 31.01.14 ;;2773157 bp;Clostridium botulinum BKT015925;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP002410];
ant;date NCBI 24.09.20 ;;3192235 bp;Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1];
myr;date NCBI 18.01.21 ;;4155464 bp;Myroides sp. A21;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1];
rru;date NCBI 10.03.20 ;;4352825 pb;Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1];
mba;date NCBI 17.12.20 ;;4837408 bp;Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1];
;;;;;;;;;
Aspl;;;;;;;;;
spl;date NCBI 24.09.20 ;;5174581 bp;Shewanella pealeana ATCC 700345;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009901.1];
cvi;date NCBI 25.12.20 ;;4751080 bp;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1];
bsu;date NCBI 08.02.18 ;;4215606 bp;Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL009126];
ade;date NCBI 16.07.20 ;;5029329 bp;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1];
eco;date NCBI 23.09.20 ;;4641652 bp;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U00096];
;;;;;;;;;
Apmq;;;;;;;;;
pmq;date NCBI 07.02.21 ;;8739048 bp;Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016935.1];
cbei;date NCBI 31.07.20 ;;6485394 bp;Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010086.2];
ase;date NCBI 17.12.20 ;;9239851 bp;Actinoplanes sp. SE50/110;;;;NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1];

Les blocs à tRNA[modifier | modifier le wikicode]

Les cds dans les blocs à tRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: cds
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328  ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp < ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;

Les totaux des génomes par type[modifier | modifier le wikicode]

;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;abra;;14; ;;;;;;abra;12;;;;;;;;abra;0;;;;;;;;abra;;; ;16;1;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal >1aa 1aa duplicata;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
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;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;;;;;;;;
;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;72
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
3 gga;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
2 tta;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
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;psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
gga 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca 1;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;4
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
gga 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca 1;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;4;tcc;;tac;4;tgc;2
1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;tta 2;atc;1;acc;;aac;5;agc;1
tta 2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;atgi 2;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;1
atgi 2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;3;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;4;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9;;;;;;;;;;;cdc8;;;2 *;89;;4;99
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas;;;;;;;;
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
gca;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi;;;;;;;;
atgi;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac;;;;;;;;
aac;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc;;;;;;;;
ttc;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2;;;;;;;;
aac2;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;48;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
2 aac;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
1-3aas;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atgi;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
gca;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
2 aaa;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
2 ttc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
aac;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
-16s;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
atc;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
gca;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
gga;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;38;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
16s5saa23s;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
4 ggc;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
gaa;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
-16s;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
tcc;ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
tca;cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
agc;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;39
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctc;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
3 aac;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
aaa;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
2 atgf;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
tgg;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
cgg;tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
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;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
;cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;5;;;;;;;;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;93
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
;att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;25;;;;;;;;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;(gaa cgt)2;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta gac)5 gtg gac;beta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;beta;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+>a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;

Les totaux des types[modifier | modifier le wikicode]

bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666

La référence +5s >3[modifier | modifier le wikicode]

La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;

totaux par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114

Caractérisation des tRNAs[modifier | modifier le wikicode]

Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication[modifier | modifier le wikicode]

gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;

Construction du tableau avec les sous-totaux[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: Construction du tableau avec les sous-totaux
  • Lien tableur au tableau de contrôle: tableau
  • Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
  • Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;6;80;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;;
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;;
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
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cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
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;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
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atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total

Les processus +16s -16s -5s 1-3aas[modifier | modifier le wikicode]

Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence[modifier | modifier le wikicode]

;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135

Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires[modifier | modifier le wikicode]

+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000

Classement des tRNAs avec les 8 processus[modifier | modifier le wikicode]

;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-

Les intercalaires dans les genome.cumuls[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableau: Les intercalaires dans les genome.cumuls
  • Récapitulatif des chapitres cumuls
  • - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
  • - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
  • - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;