Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/tenericutes

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tenericutes
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Annexe 8
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/tenericutes
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Acholeplasma brassicae[modifier | modifier le wikicode]

abra opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: abra opérons
  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
T1. abra opérons, Acholeplasma brassicae
35.8%GC 15.8.19 Paris  45  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
253257..253430 CDS 86 86 58
253517..253601 tac 214
253816..255351 16s 137 1536
255489..255565 atc 88
255654..258507 23s 34 2854
258542..258652 5s 11 111
258664..258740 aac 149
258890..259000 5s 11 111
259012..259088 aac 860 860
259949..260053 CDS 432 35
260486..262021 16s 137 1536
262159..262235 atc 88
262324..265177 23s 34 2854
265212..265322 5s @1 14 111
265337..265412 gta 44 44
265457..265532 aca 11 11
265544..265619 aaa 7 7
265627..265713 tta 8 8
265722..265797 gca 72 72
265870..265946 atgj 7 7
265954..266030 atgi 44 44
266075..266165 tca 8 8
266174..266250 atgf 4 4
266255..266330 gac 11 11
266342..266417 ttc 137 137
266555..267409 CDS 285
582446..584125 CDS 49 49 560
584175..584260 ctc 170 170
584431..586110 CDS 560
625631..626317 CDS 84 84 229
comp 626402..626476 ggc 66 66
comp 626543..626619 cca 17 17
comp 626637..626713 cga 13 13
comp 626727..626802 gac 149 149
626952..627599 CDS 216
633526..634710 CDS 63 63 395
comp 634774..634847 acc 76 76
634924..636651 CDS 576
755442..756548 CDS 64 64 369
comp 756613..756688 aag 130 130
756819..757373 CDS 185
807788..808216 CDS 108 108 143
808325..808401 aga 216 216
808618..808854 CDS 79
829563..829871 CDS 155 155 103
830027..830102 agg 27 27
830130..831458 CDS 443
comp 1176200..1176799 CDS 398 398 200
comp 1177198..1177291 tcg 8 8
comp 1177300..1177375 gcc 569 569
comp 1177945..1179252 CDS 436
1187918..1188148 CDS 382 382 77
1188531..1188621 tcc 66 66
1188688..1189761 CDS 358
comp 1194077..1194568 CDS 206 206 164
comp 1194775..1194859 ttg 10 10
comp 1194870..1196045 CDS 392
comp 1251487..1252329 CDS 68 68 281
1252398..1252472 gtc 44 44
comp 1252517..1252873 CDS 119
comp 1416224..1416484 CDS 301 301 87
comp 1416786..1416859 tgc 92 92
comp 1416952..1418427 CDS 492
comp 1427372..1427890 CDS @2 379 379 173
comp 1428270..1428343 gga 9 9
comp 1428353..1428429 cca 1 1
comp 1428431..1428507 cgt 8 8
comp 1428516..1428591 gaa 73 73
comp 1428665..1429210 CDS 182
comp 1431948..1432259 CDS 96 96 104
comp 1432356..1432432 aac 11
comp 1432444..1432554 5s 34 111
comp 1432589..1435442 23s 158 2854
comp 1435601..1437135 16s 432 1535
comp 1437568..1437672 CDS 860 860 35
comp 1438533..1438609 aac 11
comp 1438621..1438731 5s @3 149 111
comp 1438881..1438957 aac 11
comp 1438969..1439079 5s 34 111
comp 1439114..1441967 23s 159 2854
comp 1442127..1443662 16s 431 431 1536
comp 1444094..1444624 CDS 177
comp 1532381..1533052 CDS 262 262 224
comp 1533315..1533399 cta 46 46
comp 1533446..1535560 CDS 705
comp 1540295..1540534 CDS 171 171 80
comp 1540706..1540780 tgg 47 47
comp 1540828..1541754 CDS 137 137 309
1541892..1541967 cac 63 63
1542031..1542104 caa 37 37
comp 1542142..1542357 CDS 72
comp 1716869..1717186 CDS 854 854 106
comp 1718041..1718116 acg 87 87
comp 1718204..1718947 CDS 248
comp 1742909..1743664 CDS 487 487 252
comp 1744152..1744227 gaa 109 109
comp 1744337..1744720 CDS 128
comp 1747424..1747726 CDS 100 100 101
comp 1747827..1747919 agc 102 102
comp 1748022..1750199 CDS 726

abra cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. abra.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 4 1 1 0 1 0 1 100 8 30 0
16 23 5s 0 0 20 5 7 50 7 20 200 13 60 3
16 atc 235 a 2 40 0 0 100 12 40 300 7 90 5
16 23 5s a 2 60 0 2 150 7 60 400 4 120 5
max a 12 80 2 1 200 3 80 500 3 150 2
a doubles 0 100 0 0 250 2 100 600 3 180 3
autres 0 120 0 0 300 1 120 700 0 210 3
total aas 19 140 0 0 350 1 140 800 2 240 3
sans opérons 18 160 0 0 400 3 160 900 0 270 2
1 aa 14 180 0 0 450 1 180 1000 0 300 2
max a 4 200 0 0 500 1 200 1100 0 330 0
a doubles 0 0 0 4 0 12
total aas 26 8 10 36 0 35 28
total aas 45
remarques 3
avec jaune moyenne 209 254
variance 226 187
sans jaune moyenne 23 22 131 201 148
variance 26 23 101 127 74

abra blocs[modifier | modifier le wikicode]

T1. abra blocs, Acholeplasma brassicae
CDS 86 58
tac 214
16s 137 1536
atc 88
23s 34 2854
5s 11 111
aac 149
5s 11 111
aac 860
CDS 432 35
16s 137 1536
atc 88
23s 34 2854
5s 14 111
gta 44
CDS 96 104
aac 11
5s 34 111
23s 158 2854
16s 432 1535
CDS 860 35
aac 11
5s 149 111
aac 11
5s 34 111
23s 159 2854
16s 431 1536
CDS 177

abra remarques[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: abra remarques
  • Remarques: comme apal sans doubles mais avec 4 blocs à rRNAs au lieu de 2, 2 de type atc et non atcgca et 2 de type 16s23s5s.
    1. @ séquence de 11 aas d’un bloc à rRNAs de type atc et 2ème bloc de même type avec aac-5s après 5s et tac avant 16s.
    2. @ séquence de 4 aas dans un bloc sans rRNA comme apal, sans doubles. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
    3. @ 2 blocs de type 16s23s5s dont un avec aac-5s après le 5s. Avec le aac du 2ème bloc on a 5 aas aac.
  • Séquences des doubles: aucun double, comme apal. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
  • Code génétique de abra:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 45 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 45 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
T1 abra, Acholeplasma brassicae
g1    t1       45  45
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 5 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg

abra distribution[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: abra distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 12 *, >1aa a un total de 12 dont gac et gaa qui se trouvent dans 2
T1 abra, Acholeplasma brassicae. tenericutes.
g1    t1       
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 5 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
abra 12 * 14 16 1 2 45

Acholeplasma palmae J233[modifier | modifier le wikicode]

apal opérons[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: apal opérons
  • Liens: gtRNAdb [3], NCBI [4], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
T2. apal opérons, Acholeplasma palmae J233
29%GC 16.8.19 Paris  35  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
161706..162593 CDS 132 132 296
162726..162816 agc 9 9
162826..162901 gaa 126 126
163028..163522 CDS 165
comp 205002..205226 CDS 72 72 75
comp 205299..205373 tgg 73 73
comp 205447..206382 CDS 133 133 312
206516..206591 cac 14 14
206606..206680 caa 34 34
206715..206797 cta 168 168
206966..207208 CDS 81
294770..296290 CDS 347 347 507
296638..298160 16s 128 1523
298289..301126 23s 34 2838
301161..301268 5s 51 108
301320..301396 aac 118 118
301515..301835 CDS 107
303638..304993 CDS 70 70 452
305064..305139 gaa @1 9 9
305149..305225 cgt 71 71
305297..305373 cca 13 13
305387..305461 gga 86 86
305548..308184 CDS 879
326174..327313 CDS 91 91 380
327405..327478 tgc 527 527
comp 328006..328539 CDS 178
435096..436751 CDS 48 48 552
436800..436885 ctc 214 214
437100..438890 CDS 597
441323..442294 CDS 38 38 324
comp 442333..442407 ggc 100 100
442508..443650 CDS 381
443640..444197 CDS 93 93 186
comp 444291..444364 acc 133 133
444498..444695 CDS 66
644468..646315 CDS 124 124 616
646440..646516 aga 251 251
646768..647322 CDS 185
669786..670511 CDS 45 45 242
670557..670632 cgg 1
670634..670722 tcc 133 133
670856..671359 CDS 168
comp 837575..837796 CDS 157 157 74
comp 837954..838029 aag 214 214
838244..838888 CDS 215
comp 1172026..1173090 CDS 112 112 355
comp 1173203..1173285 ttg 82 82
comp 1173368..1175038 CDS 557
comp 1456398..1457315 CDS 72 72 306
comp 1457388..1457463 gac 40 40
comp 1457504..1458355 CDS 154 154 284
comp 1458510..1458585 ttc 7 7
comp 1458593..1458668 gac 4 4
comp 1458673..1458749 atgf 55 55
comp 1458805..1458895 tca 22 22
comp 1458918..1458994 atgi 4 4
comp 1458999..1459075 atgj 45 45
comp 1459121..1459196 gca 5 5
comp 1459202..1459286 tta 20 20
comp 1459307..1459382 aaa 6 6
comp 1459389..1459464 aca 15 15
comp 1459480..1459555 gta 21
comp 1459577..1459684 5s @2 34 108
comp 1459719..1462556 23s 50 2838
comp 1462607..1462682 gca 6 6
comp 1462689..1462765 atc 110
comp 1462876..1464398 16s 206 1523
comp 1464605..1464688 tac 114 114

apal cumuls[modifier | modifier le wikicode]

cumuls. apal.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 2 1 0 0 1 0 1 100 5 30 0
16 23 5s 0 0 20 4 8 50 4 20 200 6 60 1
16 atc gca 1 40 1 1 100 9 40 300 4 90 4
16 23 5s a 1 60 0 2 150 9 60 400 5 120 1
max a 14 80 1 0 200 3 80 500 1 150 0
a doubles 0 100 0 0 250 2 100 600 4 180 3
autres 0 120 0 0 300 1 120 700 1 210 2
total aas 15 140 0 0 350 1 140 800 0 240 1
sans opérons 14 160 0 0 400 0 160 900 1 270 1
1 aa 9 180 0 0 450 0 180 1000 0 300 2
max a 4 200 0 0 500 0 200 1100 0 330 2
a doubles 0 0 0 1 0 10
total aas 20 6 11 29 0 21 17
total aas 35
remarques 2
avec jaune moyenne 136 307
variance 100 208
sans jaune moyenne 25 17 122 218 177
variance 24 18 68 120 91

apal blocs[modifier | modifier le wikicode]

T2. apal blocs, Acholeplasma palmae J233
gta 21 CDS 347
5s 34 108 16s 128 1523
23s 50 2838 23s 34 2838
gca 6 5s 51 108
atc 110 aac 118
16s 206 1523 CDS
tac 114
CDS

apal remarques[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: apal remarques
  • Remarques: un génome avec très peu de tRNAs, 35, mais sont très regroupés, à peine 9 à 1 seul tRNA.
    1. @ séquence de 4 aas sans rRNAs et sans doubles
    2. @ séquence de 11 aas dans bloc à rRNAs et sans doubles. Les 2 blocs à rRNAs ont un aa avant 16s.
  • Séquence des doubles: aucun double malgré une séquence de 11 tRNAs.
  • Code génétique de apal:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 35 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 35 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
T2 apal, Acholeplasma palmae J233
g1    t1       35  35
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 0 cac 1 cgt 1
gtc gcc 0 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 2 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag 1 agg
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg

apal distribution[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: apal distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 12 *, +5s a un total de 12 dont 1 gca, 3
    - 9 *, 1aa a un total de 9 dont 1 gac, 2
T2 apal, Acholeplasma palmae J233. tenericutes.
g1    t1       
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc gcc gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 3 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag 1 agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
apal 9 9 * 12 * 1 4 35

tenericutes synthèse[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]

tenericutes distribution par génome
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
abra 12 14 11 1 2 5 45
apal 9 9 11 1 4 1 35
total 21 23 0 22 2 6 0 6 80

tenericutes distribution du total[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: tenericutes distribution du total
  • Légende:
    - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
    - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau
    - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
Tenericutes. Distribution du total.
tenericutes. Distribution du total: >1aa 1aa +5s >3.
g1    t1       
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 2
ctc 2 ccc cac 2 cgc 2
gtc 1 gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 2
cta 2 cca 3 caa 2 cga 1
gta 2 gca 2 gaa 4 gga 2
ttg 2 tcg 1 tag tgg 2
atgj 2 acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 21 23 22 66
tenericutes. Distribution du total: +16s +5s <4 -16s
g1    t1       
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 2 tgc
atc 4 acc aac 6 agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 2 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 6 2 6 14
tenericutes. indices du 10.01.21 112 génomes
g1 t1 112 3536 0.9  0
atgi 87 tct tat atgf 96
att 0.9 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 0.9
ttc 104 tcc 40 tac 100 tgc 99
atc 103 acc 71 aac 104 agc 99
ctc 32 ccc cac 100 cgt 72
gtc 1.8 gcc 0.9 gac 102 ggc 56
tta 98 tca 100 taa tga 90
ata 8.0 aca 103 aaa 121 aga 103
cta 100 cca 99 caa 103 cga 38
gta 105 gca 104 gaa 104 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 94 acg 25 aag 62 agg 22
ctg ccg cag cgg 2.7
gtg gcg gag ggg 0.9
inter max min total

tenericutes distribution par type[modifier | modifier le wikicode]

Tenericutes. Distribution par type.
tenericutes. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 1
ctc 2 ccc cac cgc
gtc 1 gcc gac 1 ggc 1
tta tca taa tga
ata aca aaa aga 2
cta 1 cca caa cga
gta gca gaa 1 gga
ttg 2 tcg tag tgg 2
atgj acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 1aa 23
tenericutes. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc acc aac agc 1
ctc ccc cac 2 cgc 2
gtc gcc 1 gac 1 ggc 1
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta 1 cca 3 caa 2 cga 1
gta gca gaa 3 gga 2
ttg tcg 1 tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 21
tenericutes. distribution du type +5s >3
g1    t1          
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc tac tgc
atc acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac 2 ggc
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga
cta cca caa cga
gta 2 gca 2 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 +5s 22

tenericutes par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
tener2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 7 3 10
16 moyen 13 4 10 6 33
14 fort 3 14 12 6 2 37
23 21 22 6 8 80
10 g+cga 3 2 5
2 agg+cgg 1 1
4 carre ccc 3 1 4
5 autres
7 3 10
total tRNAs ‰
tener2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres tener ‰ ref.‰
21 faible 88 38 125 26
16 moyen 163 50 125 75 413 324
14 fort 38 175 150 75 25 463 650
288 263 275 75 100 80 729
10 g+cgg 38 25 63 10
2 agg+cga 13 13
4 carre ccc 38 13 50 16
5 autres
88 38 125
blocs tRNAs ‰ total colonne %
tener2 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 159 68 227 26 30 14
16 moyen 295 91 386 324 57 19
14 fort 68 318 386 650 13 67
523 477 44 729 23 21
10 g+cgg 68 45 114 10
2 agg+cga 23 23
4 carre ccc 68 23 91 16
5 autres
159 68 227