Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Bacteroidetes

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Fiche mémoire sur Bacteroidetes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Bacteroidetes
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Bacteroidetes[modifier | modifier le wikicode]

bactero blocs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: bactero blocs
  • Légende:
    - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
    - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
    - 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
    - 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
bactero blocs
lien blocs 16s total aas avec sans total page bac001-46 Notes
bac001 2*16atcgca235 2 38 4 34 16s23s5s 16-atcgca-35 16-atc-35 avant
bac002 2*16s23s5s 3 41 2 39 sans 16 32 0 1 1-3
16atcgca235 1-3 1 16atcgca235-tca
bac003 16s23s5s 2 53 2 51 50 total 16 33 0 1 avant
16atcgca235 cgt-16s23s5s
bac005 2*16s23s5s 3 38 2 36 incomplets
16atcgca 2*16atcgca
23s5s 16s-atc-gaa-cds-agg
16s-gca
bac007 6*16atcgca235 6 73 12 61
bac011 5*16atcgca235 5 68 10 58 autres incomplets
bac014 6*16atcgca235 7 85 14 71 3*23s5s
16atcgca235-5s
5s de trop
bac016 4*16atcgca235 5 62 11 51 16atcgca235-5s
16atcgca235-tca
bac017 2*16s23s5s 4 40 3 37
cgt-16s23s5s
16atcgca235
bac018 16atcgca235 1 33 2 31
bac027 16atcgca 2 38 5 33
23s5s
16s-atc-gaa-cds-agg
bac038 3*16atcgca235 3 46 6 40
bac041 5*16s23s5s 5 45 0 45
bac046 4*16s23s5s 6 79 3 76
16atcgca235
16s-gca
23s5s 54
lien blocs 16s total aas avec sans total page bac047-138 Notes
bac047 6*16atcgca235 6 86 12 74 16s23s5s 16-atcgca-35 16-atc-35 avant
3 sans 1 67 2 1 1-3
bac060 2*16atcgca235 74 4 70 1-3 1 16atcgca235-cca
16s23s5s
72 total 1 68 2 1 avant
bac063 5*16atcgca235 5 75 10 65 aac-16atcgca235
bac066 6*16atcgca235 6 49 12 37
5s de trop
bac095 4*16atcgca235 5 104 11 93 16atcgca235-5s
aac-16atcgca235
bac096 8*16atcgca235 8 107 16 91
bac105 3*16atcgca235 3 53 6 47
bac106 7*16atcgca235 7 83 14 69
bac113 4*16atcgca235 4 53 8 45
bac117 5*16atcgca235 5 61 10 51
bac124 16atcgca235 1 46 2 44
bac127 3*16atcgca235 3 41 6 35
bac137 4*16atcgca235 4 62 8 54
bac138 2*16atcgca235 4 56 6 50
2*16-atc-235
bac139 6*16atcgca235 8 88 17 71
16atcgca235-cca
16atcgca235-5s
72
lien blocs 16s total aas avec sans total page Total Notes
29 16s23s5s 16-atcgca-35 16-atc-35 avant
sans 17 99 2 2 1-3
Moyenne 61 8 54 1-3 0 2 0 0 16atcgca235-tca
ecartype 21 5 17 16atcgca235-cca
max 107 17 93 122 total 17 101 2 2
min 33 0 31 avant
cgt-16s23s5s
aac-16atcgca235
incomplets
2*16atcgca
blocs 126 16s-atc-gaa-cds-agg
génomes 29 16s-gca
cds incomplet 1
16s23s5s 15% autres incomplets
16atcgca235 84% 3*23s5s
5s de trop
2*16atcgca235-5s

bactero notes[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: bactero notes
  • Les aas en dehors des blocs: Il y a très peu de tRNAs avant ou après les blocs, tca cca après et cgt aac avant.
  • Sur 126 blocs il y a à peine un cds incomplet 16s-atc-gaa-cds-agg.

bactero typage[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: bactero typage
  • Les bacteroidites ont des blocs solides et quasiment uniformes sur un total de 126:
    - 16atcgca235   81%
    - 16s23s5s    14%
    - incomplets   3%

bactero type 16-y-235 après 16s[modifier | modifier le wikicode]

  • Typpe
type		tableau	avant 16s	total	%
16s23s5s	17	1		18	15
atcgca		101	1		102	84
atc		2			2	2
total		120	2		122	

bactero type 16235-z après 5s[modifier | modifier le wikicode]

  • Type
type	tableau		%
sans	120		98
cca	1		1
tca	1		1
total	122	

bactero type x-16235 avant 16s[modifier | modifier le wikicode]

  • Type
type	tableau
cgt	1
aac	1

Tableau des noms bactero[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: bactero noms
  • Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le 4.9.19 Paris.
  • Légende:
    - rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).
    - rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs
    - fait, dans génomes bactero
    - code, utilisé dans les génomes "fait"
    - tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
    - notes
    - 80+84, à partir de gtRNAdb et la méthode de construction de la liste des noms, le même noms peut regrouper quelques échantillons ayant le même nombre de tRNAs.
tRNAs           total           7181
génomes		ruptures	faits	total
 		82		29	146
F. Noms des bactero
ruptures notes rRNAs fait code tRNAs génomes
1 222 1 bac001 38 Aequorivita sublithincola DSM 14238
1 333 1 bac002 41 Algoriphagus machipongonensis PR1
1 222 1 bac003 53 Alistipes finegoldii DSM 17242
bac004 45 Alistipes shahii WAL 8301
1 333 1 bac005 38 Bacteroidales bacterium CF
1 80+84 bac006 164 Bacteroides dorei
1 666 1 bac007 73 Bacteroides fragilis 638R
bac008 71 Bacteroides fragilis BOB25
bac009 73 Bacteroides fragilis NCTC 9343
bac010 74 Bacteroides fragilis YCH46
1 555 1 bac011 68 Bacteroides helcogenes P 36-108
1 bac012 82 Bacteroides salanitronis DSM 18170
1 bac013 71 Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
1 877 1 bac014 85 Bacteroides vulgatus ATCC 8482
1 bac015 59 Bacteroides xylanisolvens XB1A
1 555 1 bac016 62 Barnesiella viscericola DSM 18177 C46 DSM 18177
1 444 1 bac017 40 Belliella baltica DSM 15883
1 111 1 bac018 33 Blattabacterium sp. Blaberus giganteus BGIGA
bac019 34 Blattabacterium sp. Blatta orientalis str. Tarazona
bac020 34 Blattabacterium sp. Blattella germanica str. Bge
bac021 32 Blattabacterium sp. Cryptocercus punctulatus str. Cpu
bac022 34 Blattabacterium sp. Mastotermes darwiniensis str. MADAR
bac023 34 Blattabacterium sp. Nauphoeta cinerea
bac024 34 Blattabacterium sp. Panesthia angustipennis spadica str. BPAA
bac025 34 Blattabacterium sp. Periplaneta americana str. BPLAN
1 bac026 35 Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2
1 121 1 bac027 38 Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2
1 bac028 31 Candidatus Sulcia muelleri BGSS
bac029 30 Candidatus Sulcia muelleri CARI
bac030 31 Candidatus Sulcia muelleri DMIN
bac031 31 Candidatus Sulcia muelleri GWSS
bac032 30 Candidatus Sulcia muelleri ML
bac033 30 Candidatus Sulcia muelleri PSPU
bac034 28 Candidatus Sulcia muelleri SMDSEM
bac035 30 Candidatus Sulcia muelleri str. Sulcia-ALF
bac036 30 Candidatus Sulcia muelleri TETUND
1 bac037 32 Candidatus Uzinura diaspidicola str. ASNER
1 333 1 bac038 46 Capnocytophaga canimorsus Cc5
bac039 47 Capnocytophaga ochracea DSM 7271
1 bac040 37 Cardinium endosymbiont cEper1 of Encarsia pergandiella
1 555 1 bac041 45 Cellulophaga algicola DSM 14237
bac042 43 Cellulophaga baltica 18
bac043 44 Cellulophaga baltica NN016038
bac044 40 Cellulophaga lytica DSM 7489
bac045 40 Cellulophaga lytica HI1
1 666 1 bac046 79 Chitinophaga pinensis DSM 2588
1 666 1 bac047 86 Chryseobacterium sp. StRB126
1 bac048 37 Croceibacter atlanticus HTCC2559
1 bac049 46 Cyclobacterium marinum DSM 745
1 bac050 41 Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406
1 bac051 43 Dokdonia sp. 4H-3-7-5
bac052 42 Dokdonia sp. MED134
1 bac053 46 Draconibacterium orientale FH5T
1 bac054 39 Dyadobacter fermentans DSM 18053
1 bac055 49 Echinicola vietnamensis DSM 17526
1 bac056 52 Elizabethkingia anophelis NUHP1
bac057 58 Elizabethkingia sp. BM10
1 bac058 42 Emticicia oligotrophica DSM 17448
1 bac059 35 endosymbiont of Llaveia axin axin
1 333 1 bac060 74 Fibrella aestuarina BUZ 2
1 bac061 42 Flavobacteriaceae bacterium 3519-10
bac062 44 Flavobacterium branchiophilum FL-15
555 1 bac063 75 Flavobacterium columnare ATCC 49512
bac064 63 Flavobacterium indicum GPTSA100-9 DSM 17447
bac065 62 Flavobacterium johnsoniae UW101 ATCC 17061
1 666 1 bac066 49 Flavobacterium psychrophilum 3
bac067 37 Flavobacterium psychrophilum 4
bac068 49 Flavobacterium psychrophilum 5
bac069 38 Flavobacterium psychrophilum 950106-1/1
bac070 50 Flavobacterium psychrophilum CSF259-93
bac071 50 Flavobacterium psychrophilum FPG101
bac072 49 Flavobacterium psychrophilum FPG3
bac073 49 Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
bac074 49 Flavobacterium psychrophilum MH1
bac075 49 Flavobacterium psychrophilum PG2
bac076 39 Flavobacterium psychrophilum V3-5
bac077 38 Flavobacterium psychrophilum V4-24
bac078 39 Flavobacterium psychrophilum v4-33
bac079 49 Flavobacterium psychrophilum VQ50
1 bac080 50 Flexibacter litoralis DSM 6794
1 bac081 45 Fluviicola taffensis DSM 16823
1 bac082 45 Formosa agariphila KMM 3901
1 bac083 45 Gramella forsetii KT0803
1 bac084 53 Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100
1 bac085 47 Hymenobacter sp. APR13
bac086 44 Hymenobacter sp. DG25B
bac087 48 Hymenobacter swuensis DY53
1 bac088 36 Lacinutrix sp. 5H-3-7-4
1 bac089 42 Leadbetterella byssophila DSM 17132
1 bac090 40 Maribacter sp. HTCC2170
1 bac091 41 Marivirga tractuosa DSM 4126
1 bac092 39 Mucinivorans hirudinis
1 bac093 40 Muricauda lutaonensis CC-HSB-11
bac094 38 Muricauda ruestringensis DSM 13258
1 555 1 bac095 104 Myroides profundi D25
1 888 1 bac096 107 Myroides sp. A21
1 bac097 41 Niabella soli DSM 19437 JS13-8
1 bac098 67 Niastella koreensis GR20-10
1 bac099 42 Nonlabens dokdonensis DSW-6
bac100 37 Nonlabens marinus S1-08
1 bac101 61 Odoribacter splanchnicus DSM 20712 DSM 220712
1 bac102 43 Ornithobacterium rhinotracheale DSM 15997
bac103 43 Ornithobacterium rhinotracheale ORT-UMN 88
1 bac104 38 Owenweeksia hongkongensis DSM 17368
1 333 1 bac105 53 Paludibacter propionicigenes WB4
1 777 1 bac106 83 Parabacteroides distasonis ATCC 8503
1 bac107 47 Pedobacter heparinus DSM 2366
bac108 55 Pedobacter saltans DSM 12145
1 bac109 35 Polaribacter sp. MED152
1 bac110 49 Pontibacter korlensis X14-1T
1 bac111 46 Porphyromonadaceae bacterium ING2-E5B
1 bac112 47 Porphyromonas asaccharolytica DSM 20707
444 1 bac113 53 Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
bac114 53 Porphyromonas gingivalis HG66
bac115 53 Porphyromonas gingivalis TDC60
bac116 53 Porphyromonas gingivalis W83
1 555 1 bac117 61 Prevotella dentalis DSM 3688
bac118 50 Prevotella denticola F0289
bac119 50 Prevotella intermedia 17
bac120 49 Prevotella melaninogenica ATCC 25845
bac121 54 Prevotella ruminicola 23 Bryant 23
bac122 49 Prevotella sp. oral taxon 299 str. F0039
1 bac123 38 Psychroflexus torquis ATCC 700755
1 111 1 bac124 46 Rhodothermus marinus DSM 4252
bac125 47 Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172
1 bac126 77 Riemerella anatipestifer ATCC 11845 DSM 15868
1 333 1 bac127 41 Riemerella anatipestifer CH3
bac128 41 Riemerella anatipestifer RA-CH-1
bac129 41 Riemerella anatipestifer RA-CH-2
bac130 40 Riemerella anatipestifer RA-GD
1 bac131 41 Robiginitalea biformata HTCC2501
1 bac132 44 Runella slithyformis DSM 19594
1 bac133 46 Salinibacter ruber DSM 13855 M31
bac134 47 Salinibacter ruber M8
1 bac135 48 Saprospira grandis str. Lewin
1 bac136 44 Siansivirga zeaxanthinifaciens CC-SAMT-1
1 444 1 bac137 62 Solitalea canadensis DSM 3403
1 444 1 bac138 56 Sphingobacterium sp. 21
1 988 1 bac139 88 Sphingobacterium sp. ML3W
1 bac140 52 Spirosoma linguale DSM 74
bac141 42 Spirosoma radiotolerans DG5A
1 bac142 46 Tannerella forsythia 92A2
1 bac143 59 Weeksella virosa DSM 16922
1 bac144 57 Winogradskyella sp. PG-2
1 bac145 40 Zobellia galactanivorans DsiJT
1 bac146 49 Zunongwangia profunda SM-A87 SMA-87
82 29