Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/cyano
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Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133[modifier | modifier le wikicode]
npu opérons[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: npu opérons
- Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
- Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Nostocales; Nostocaceae; Nostoc.
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
41.4%GC | 12.8.19 Paris | 79 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd | protéines |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
199270..199464 | CDS | 237 | 237 | 65 | ||||||
comp | 199702..199775 | agg | 33 | 33 | ||||||
comp | 199809..200906 | CDS | 366 | |||||||
comp | 352653..353060 | CDS | 690 | 690 | 136 | |||||
comp | 353751..353822 | ggc | 147 | 147 | ||||||
comp | 353970..354548 | CDS | 193 | |||||||
503259..503606 | CDS | 145 | 145 | 116 | ||||||
503752..503827 | atgj | + | -1 | -1 | ||||||
503827..503901 | atgj | 2 atg | 397 | 397 | ||||||
504299..505384 | CDS | @1 | 362 | |||||||
comp | 777899..778429 | CDS | 34 | 34 | 177 | |||||
778464..778537 | cgt | 38 | 38 | |||||||
comp | 778576..779829 | CDS | 418 | |||||||
878016..878609 | CDS | 384 | 384 | 198 | ||||||
878994..879064 | tgc | 205 | 205 | |||||||
879270..879491 | CDS | 74 | ||||||||
comp | 951559..952671 | CDS | 53 | 53 | 371 | |||||
952725..952796 | acc | 310 | 310 | |||||||
comp | 953107..953340 | CDS | 78 | |||||||
comp | 954493..955170 | CDS | 72 | 72 | 226 | |||||
comp | 955243..955315 | aga | 356 | 356 | ||||||
955672..956331 | CDS | 220 | ||||||||
1054005..1054811 | CDS | 290 | 290 | 269 | ||||||
comp | 1055102..1055172 | gga | 50 | 50 | ||||||
comp | 1055223..1056383 | CDS | 387 | |||||||
comp | 1175326..1175523 | CDS | 247 | 247 | 66 | |||||
comp | 1175771..1175844 | ccg | 138 | 138 | ||||||
1175983..1176855 | CDS | 291 | ||||||||
1380042..1380593 | CDS | 226 | 226 | 184 | ||||||
comp | 1380820..1380904 | tcc | 107 | 107 | ||||||
1381012..1381380 | CDS | 123 | ||||||||
1442145..1442867 | CDS | 32 | 32 | 241 | ||||||
1442900..1442974 | ttc | 362 | 362 | |||||||
1443337..1444770 | CDS | 478 | ||||||||
comp | 1650791..1652236 | CDS | 133 | 133 | 482 | |||||
comp | 1652370..1652443 | gac | 111 | 111 | ||||||
comp | 1652555..1653088 | CDS | 178 | |||||||
comp | 2020233..2021171 | CDS | 317 | 317 | 313 | |||||
2021489..2022985 | 16s | 123 | 1497 | |||||||
2023109..2023185 | atc | 79 | 79 | |||||||
2023265..2023340 | gca | 249 | ||||||||
2023590..2026486 | 23s | 59 | 2897 | |||||||
2026546..2026663 | 5s | 230 | 230 | 118 | ||||||
> comp | 2026894..2027373 | CDS | 160 | |||||||
comp | 2303766..2304149 | CDS | 124 | 124 | 128 | |||||
2304274..2304349 | cac | 1362 | 1362 | |||||||
2305712..2308132 | CDS | 807 | ||||||||
comp | 3372671..3373291 | CDS | 143 | 143 | 207 | |||||
3373435..3373507 | gta | 415 | 415 | |||||||
3373923..3374555 | CDS | 211 | ||||||||
comp | 3434121..3435443 | CDS | 204 | 204 | 441 | |||||
comp | 3435648..3435739 | agc | 141 | 141 | ||||||
comp | 3435881..3436813 | CDS | 311 | |||||||
3439846..3440202 | CDS | @2 | -19 | -19 | 119 | |||||
comp | 3440184..3440257 | gca | 48 | 48 | ||||||
comp | 3440306..3440378 | aca | + | 8 | 8 | |||||
comp | 3440387..3440462 | atgf | 2 aca | 11 | 11 | |||||
comp | 3440474..3440546 | cta | 4 | 4 | ||||||
comp | 3440551..3440623 | ccg | 6 | 6 | ||||||
comp | 3440630..3440706 | ctc | 2 | 2 | ||||||
comp | 3440709..3440785 | ctg | 3 | 3 | ||||||
comp | 3440789..3440861 | cca | 1 | 1 | ||||||
comp | 3440863..3440940 | tta | 6 | 6 | ||||||
comp | 3440947..3441023 | ttg | 6 | 6 | ||||||
comp | 3441030..3441105 | caa | 3 | 3 | ||||||
comp | 3441109..3441181 | cag | 5 | 5 | ||||||
comp | 3441187..3441261 | aac | 6 | 6 | ||||||
comp | 3441268..3441365 | aca | 81 | 81 | ||||||
comp | 3441447..3441521 | cgt | 4 | 4 | ||||||
comp | 3441526..3441615 | agc | 113 | 113 | ||||||
comp | 3441729..3441800 | gaa | 58 | 58 | ||||||
comp | 3441859..3441933 | tgg | 88 | 88 | ||||||
comp | 3442022..3442095 | tgc | 132 | 132 | ||||||
comp | 3442228..3442301 | gac | 118 | 118 | ||||||
comp | 3442420..3442614 | CDS | 65 | |||||||
3448311..3448919 | CDS | 80 | 80 | 203 | ||||||
comp | 3449000..3449072 | gaa | 120 | 120 | ||||||
3449193..3449375 | CDS | 61 | ||||||||
4538041..4538745 | CDS | 151 | 151 | 235 | ||||||
4538897..4538981 | tcg | 194 | 194 | |||||||
4539176..4540357 | CDS | 394 | ||||||||
comp | 4869164..4869988 | CDS | 584 | 584 | 275 | |||||
comp | 4870573..4870646 | cca | 298 | 298 | ||||||
comp | 4870945..4871493 | CDS | 183 | |||||||
comp | 5426384..5427841 | CDS | 100 | 100 | 486 | |||||
comp | 5427942..5428018 | atgf | 46 | 46 | ||||||
comp | 5428065..5429018 | CDS | 318 | |||||||
comp | 5480844..5481563 | CDS | 407 | 407 | 240 | |||||
comp | 5481971..5482043 | gcc | 94 | 94 | ||||||
comp | 5482138..5482332 | CDS | 65 | |||||||
5510568..5511620 | CDS | 319 | 319 | 351 | ||||||
comp | 5511940..5512057 | 5s | 59 | 118 | ||||||
comp | 5512117..5515016 | 23s | 249 | 2900 | ||||||
comp | 5515266..5515341 | gca | 82 | 82 | ||||||
comp | 5515424..5515497 | atc | 123 | |||||||
comp | 5515621..5517117 | 16s | 682 | 682 | 1497 | |||||
comp | 5517800..5519035 | CDS | 412 | |||||||
comp | 5572068..5572769 | CDS | 290 | 290 | 234 | |||||
5573060..5573132 | atgi | 153 | 153 | |||||||
comp | 5573286..5573720 | CDS | 145 | |||||||
5573827..5574450 | CDS | 93 | 93 | 208 | ||||||
comp | 5574544..5574615 | aca | 345 | 345 | ||||||
5574961..5575881 | CDS | 307 | ||||||||
< comp | 5655591..5655800 | CDS | 21 | 21 | 70 | |||||
comp | 5655822..5655893 | aac | 144 | 144 | ||||||
comp | 5656038..5656589 | CDS | 184 | |||||||
5688669..5689538 | CDS | 75 | 75 | 290 | ||||||
5689614..5689689 | ttc | 663 | 663 | |||||||
comp | 5690353..5692080 | CDS | 576 | |||||||
5756596..5757801 | CDS | 66 | 66 | 402 | ||||||
5757868..5757940 | cgg | 400 | 400 | |||||||
comp | 5758341..5759045 | CDS | 235 | |||||||
comp | 6075820..6077016 | CDS | 175 | 175 | 399 | |||||
comp | 6077192..6077263 | ggg | 171 | 171 | ||||||
comp | 6077435..6078052 | CDS | 206 | |||||||
comp | 6083633..6084493 | CDS | 676 | 676 | 287 | |||||
6085170..6086666 | 16s | 123 | 1497 | |||||||
6086790..6086866 | atc | 79 | 79 | |||||||
6086946..6087021 | gca | 249 | ||||||||
6087271..6090169 | 23s | 59 | 2899 | |||||||
6090229..6090346 | 5s | 176 | 176 | 118 | ||||||
comp | 6090523..6090720 | CDS | 66 | |||||||
comp | 6498176..6499135 | CDS | 149 | 149 | 320 | |||||
comp | 6499285..6499402 | 5s | 59 | 118 | ||||||
comp | 6499462..6502360 | 23s | 249 | 2899 | ||||||
comp | 6502610..6502685 | atc | 79 | 79 | ||||||
comp | 6502765..6502841 | gca | 123 | |||||||
comp | 6502965..6504461 | 16s | 315 | 315 | 1497 | |||||
6504777..6505643 | CDS | 289 | ||||||||
6889916..6890785 | CDS | 61 | 61 | 290 | ||||||
6890847..6890918 | aaa | 294 | 294 | |||||||
comp | 6891213..6892148 | CDS | 312 | |||||||
6948457..6949644 | CDS | 162 | 162 | 396 | ||||||
6949807..6949888 | cta | 400 | 400 | |||||||
6950289..6950609 | CDS | 107 | ||||||||
comp | 6980662..6982233 | CDS | 171 | 171 | 524 | |||||
6982405..6982478 | gtc | 1521 | 1521 | |||||||
comp | 6984000..6985919 | CDS | 640 | |||||||
7066111..7067829 | CDS | 232 | 232 | 573 | ||||||
comp | 7068062..7068133 | caa | 270 | 270 | ||||||
comp | 7068404..7069606 | CDS | 401 | |||||||
comp | 7071719..7071991 | CDS | 39 | 39 | 91 | |||||
comp | 7072031..7072114 | ttg | 109 | 109 | ||||||
comp | 7072224..7073345 | CDS | 374 | |||||||
comp | 7074644..7076011 | CDS | 409 | 409 | 456 | |||||
7076421..7076502 | ctg | 95 | 95 | |||||||
7076598..7077374 | CDS | 259 | ||||||||
7130044..7131132 | CDS | 131 | 131 | 363 | ||||||
comp | 7131264..7131335 | acg | 33 | 33 | ||||||
7131369..7131662 | CDS | 98 | ||||||||
7224805..7225167 | CDS | 146 | 146 | 121 | ||||||
7225314..7225386 | tgg | 378 | 378 | |||||||
7225765..7225986 | CDS | 74 | ||||||||
comp | 7346902..7348245 | CDS | 396 | 396 | 448 | |||||
7348642..7348724 | ctc | 127 | 127 | |||||||
7348852..7349475 | CDS | 208 | ||||||||
7506243..7506593 | CDS | 747 | 747 | 117 | ||||||
comp | 7507341..7507414 | ccc | 50 | 50 | ||||||
comp | 7507465..7507830 | CDS | 122 | |||||||
7517008..7519347 | CDS | 167 | 167 | 780 | ||||||
7519515..7519588 | atgj | 213 | 213 | |||||||
<> comp | 7519802..7520109 | CDS | 103 | |||||||
comp | 7571389..7571706 | CDS | 895 | 895 | 106 | |||||
comp | 7572602..7572676 | aag | 63 | 63 | ||||||
comp | 7572740..7574992 | CDS | 751 | |||||||
comp | 7610323..7610769 | CDS | 481 | 481 | 149 | |||||
comp | 7611251..7611323 | gca | 71 | 71 | ||||||
7611395..7612312 | CDS | 306 | ||||||||
7936008..7936736 | CDS | 65 | 65 | 243 | ||||||
7936802..7936874 | gcg | 437 | 437 | |||||||
7937312..7938874 | CDS | 521 | ||||||||
7972961..7973239 | CDS | 313 | 313 | 93 | ||||||
comp | 7973553..7973624 | acc | 88 | 88 | ||||||
comp | 7973713..7973798 | tac | 124 | 124 | ||||||
comp | 7973923..7974897 | CDS | 325 | |||||||
7975047..7975976 | CDS | 100 | 100 | 310 | ||||||
7976077..7976161 | tca | 374 | 374 | |||||||
7976536..7978545 | CDS | 670 |
npu cumuls[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: npu cumuls
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds chromosome | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | gammes | cdsa 300 | ||
avec rRNA | opérons | 4 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 100 | 13 | 30 | 0 | ||
16 23 5s 0 | 0 | 20 | 12 | 50 | 10 | 40 | 200 | 21 | 60 | 0 | |||
16 atc gca | 4 | 40 | 0 | 100 | 14 | 80 | 300 | 22 | 90 | 10 | |||
16 23 5s a | 0 | 60 | 2 | 150 | 18 | 120 | 400 | 19 | 120 | 9 | |||
max a | 2 | 80 | 0 | 3 | 200 | 9 | 160 | 500 | 10 | 150 | 7 | ||
a doubles | 0 | 100 | 3 | 1 | 250 | 8 | 200 | 600 | 4 | 180 | 3 | ||
autres | 0 | 120 | 1 | 300 | 5 | 240 | 700 | 2 | 210 | 10 | |||
total aas | 8 | 140 | 1 | 350 | 6 | 280 | 800 | 2 | 240 | 7 | |||
sans | opérons | 43 | 160 | 0 | 400 | 9 | 320 | 900 | 1 | 270 | 4 | ||
1 aa | 40 | 180 | 0 | 450 | 4 | 360 | 1000 | 0 | 300 | 6 | |||
max a | 20 | 200 | 0 | 500 | 1 | 400 | 1100 | 0 | 330 | 9 | |||
a doubles | 2 | 0 | 9 | 0 | 29 | ||||||||
total aas | 64 | 16 | 4 | 79 | 0 | 85 | 65 | ||||||
total aas | 72 | ||||||||||||
remarques | 2 | ||||||||||||
avec jaune | moyenne | 32 | 79 | 254 | 279 | ||||||||
variance | 43 | 0 | 254 | 171 | |||||||||
sans jaune | moyenne | 11 | 176 | 240 | 188 | ||||||||
variance | 17 | 111 | 122 | 85 |
npu blocs[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: npu blocs
CDS | 317 | 313 | 676 | 287 |
16s | 123 | 1497 | 123 | 1497 |
atc | 79 | 79 | ||
gca | 249 | 249 | ||
23s | 59 | 2897 | 59 | 2897 |
5s | 230 | 118 | 176 | 118 |
CDS | 160 | 66 | ||
CDS | 319 | 351 | 149 | 320 |
5s | 59 | 118 | 59 | 118 |
23s | 249 | 2900 | 249 | 2899 |
gca | 82 | 79 | ||
atc | 123 | 123 | ||
16s | 682 | 1497 | 315 | 1497 |
CDS | 412 | 289 |
npu remarques[modifier | modifier le wikicode]
- Remarques
- @ un intercalaire entre 2 aas négatif d’une pb.
- @ un cds négatif de 19 qui empiète de 25% sur le tRNA gca.
- - une séquence de tRNAs de 20, semblable à celles des bacilli, avec des intercalaires très faibles, 13 sur 21 de 1 à 11.
- - Cette séquence présente un intercalaire de tête de 48 et une queue avec 5 intercalaires élevés de 48 à 132 pbs.
- Les protéines des cds sont aussi très petites comme npu avec une moyenne de 188 (170) aas pour 65 (45) cds sur 94 (69).
- 4 blocs à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs. Par contre atc-gca est très élevé par rapport à celui de npu, 79 contre 12.
- Séquence des doubles: très peu de doubles comme npu, à peine 2 doublets. Par contre le code génétique montre un doublement quasi généralisé des tRNAs avec apparition de ata et les multiplicités de atc et gca sont dues aux blocs à rRNAs. Le doublement généralisé est du à la longue séquence 20 aas. Les tRNAs ordinairement faibles sont gtg gag cga. Par contre d’autres faibles sont doubles, ccc ccg aag ctg.
- Multiples, sup1: blocs sans rRNA ayant 2 aas ou plus, sans les 4 atcgca des blocs à rRNAs. Tous les simples, 40, (blocs à un seul aa) n'ont qu'une occurrence sauf ttc. Voir code génétique ci-dessous.
gca ctc caa agc * aca ctg cag gaa atgj2 atgf cca aac tgg * cta tta aca tgc acc ccg ttg cgt gac tac
- Code génétique de npu:
- Lien tableur: npu remarques
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
- - totaux en en-tête, 79 total de gtRNAdb [3] contenant des pseudo et inconnus; 72 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
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npu distribution[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: npu distribution
- Légende: couleur orange clair, contient 1 tRNA du bloc de 20 aas sans rRNA, sauf pour aca qui en compte 2 séparés.
- Notes:
- - atgj2, un seul double, en gras.
- - gca: compte 4 +16s, 1 >1aa appartenant au bloc à 20 aas et 1 =1aa.
g1 | t1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 2 | tct | tat | atgf | 2 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgc | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 1 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 2 |
atc | 4 | acc | 2 | aac | 2 | agc | 2 |
ctc | 2 | ccc | 1 | cac | 1 | cgt | 2 |
gtc | 1 | gcc | 1 | gac | 2 | ggc | 1 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 3 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 2 | cca | 2 | caa | 2 | cga | |
gta | 1 | gca | 6 | gaa | 2 | gga | 1 |
ttg | 2 | tcg | 1 | tag | tgg | 2 | |
atgj | 3 | acg | 1 | aag | 1 | agg | 1 |
ctg | 2 | ccg | 2 | cag | 1 | cgg | 1 |
gtg | gcg | 1 | gag | ggg | 1 | ||
tenr | >1aa | =1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | total |
npu | 25 * | 39 * | 8 | 72 |
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301[modifier | modifier le wikicode]
pmg opérons[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: pmg opérons
- Liens: gtRNAdb [4], NCBI [5], génome [orgn]
- Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Synechococcales; Prochloraceae; Prochlorococcus.
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
31.3%GC | 13.8.19 Paris | 37 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd | protéines |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
comp | 74235..75521 | CDS | 4 | 4 | 429 | |||||
comp | 75526..75607 | ctt | 259 | 259 | ||||||
75867..77216 | CDS | 450 | ||||||||
132034..132708 | CDS | 49 | 49 | 225 | ||||||
132758..132829 | aac | 566 | 566 | |||||||
133396..133845 | CDS | 150 | ||||||||
comp | 239249..240268 | CDS | 170 | 170 | 340 | |||||
comp | 240439..240520 | cta | 71 | 71 | ||||||
240592..241041 | CDS | 150 | ||||||||
comp | 257573..258844 | CDS | 77 | 77 | 424 | |||||
comp | 258922..258995 | cgt | 86 | 86 | ||||||
259082..259333 | CDS | 84 | ||||||||
comp | 272771..274039 | CDS | 18 | 18 | 423 | |||||
comp | 274058..274130 | atgi | 141 | 141 | ||||||
274272..274832 | CDS | 187 | ||||||||
305431..305850 | CDS | 84 | 84 | 140 | ||||||
comp | 305935..306010 | ttc | 91 | 91 | ||||||
comp | 306102..307331 | CDS | 410 | |||||||
313891..314472 | CDS | 178 | 178 | 194 | ||||||
comp | 314651..314722 | aca | 65 | 65 | ||||||
comp | 314788..315120 | CDS | 111 | |||||||
comp | 320549..321988 | CDS | 603 | 603 | 480 | |||||
322592..324074 | 16s | 125 | ||||||||
324200..324273 | atc | 12 | 12 | |||||||
324286..324358 | gca | 256 | ||||||||
324615..327496 | 23s | 60 | ||||||||
327557..327673 | 5s | 43 | 43 | |||||||
comp | 327717..328595 | CDS | 293 | |||||||
comp | 354976..355167 | CDS | 88 | 88 | 64 | |||||
comp | 355256..355327 | acc | 10 | 10 | ||||||
comp | 355338..355419 | tac | 102 | 102 | ||||||
355522..355962 | CDS | 147 | ||||||||
comp | 434230..435660 | CDS | 17 | 17 | 477 | |||||
comp | 435678..435751 | gac | 149 | 149 | ||||||
comp | 435901..436095 | CDS | 35 | 35 | 65 | |||||
comp | 436131..436203 | tgg | 53 | 53 | ||||||
comp | 436257..436727 | CDS | 157 | |||||||
521448..522497 | CDS | 99 | 99 | 350 | ||||||
522597..522682 | tta | 78 | 78 | |||||||
522761..522994 | CDS | 78 | ||||||||
comp | 609397..609897 | CDS | 249 | 249 | 167 | |||||
comp | 610147..610233 | tca | 404 | 404 | ||||||
610638..611399 | CDS | 254 | ||||||||
774440..775240 | CDS | 210 | 210 | 267 | ||||||
comp | 775451..775524 | ccc | 27 | 27 | ||||||
comp | 775552..776280 | CDS | 243 | |||||||
comp | 828018..828392 | CDS | 49 | 49 | 125 | |||||
828442..828528 | tcc | 214 | 214 | |||||||
828743..830740 | CDS | 666 | ||||||||
868731..869213 | CDS | 29 | 29 | 161 | ||||||
869243..869316 | atgj | 67 | 67 | |||||||
869384..869671 | CDS | 96 | ||||||||
909742..910707 | CDS | 45 | 45 | 322 | ||||||
910753..910829 | atgf | 591 | 591 | |||||||
911421..911810 | CDS | 130 | ||||||||
996073..996609 | CDS | 16 | 16 | 179 | ||||||
comp | 996626..996698 | gaa | 41 | 41 | ||||||
comp | 996740..997858 | CDS | 373 | |||||||
comp | 1040019..1040135 | CDS | 177 | 177 | 39 | |||||
1040313..1040384 | aaa | 512 | 512 | |||||||
1040897..1041004 | CDS | 36 | ||||||||
1044863..1045423 | CDS | 276 | 276 | 187 | ||||||
1045700..1045773 | cca | 188 | 188 | |||||||
comp | 1045962..1046666 | CDS | 235 | |||||||
1134197..1134427 | CDS | 251 | 251 | 77 | ||||||
comp | 1134679..1134763 | tcg | 63 | 63 | ||||||
comp | 1134827..1135849 | CDS | 341 | |||||||
comp | 1163424..1164092 | CDS | 138 | 138 | 223 | |||||
1164231..1164304 | aga | 27 | 27 | |||||||
1164332..1165600 | CDS | 423 | ||||||||
1212124..1212894 | CDS | 58 | 58 | 257 | ||||||
comp | 1212953..1213025 | gcc | 129 | 129 | ||||||
comp | 1213155..1214180 | CDS | 342 | |||||||
1253753..1255123 | CDS | 525 | 525 | 457 | ||||||
1255649..1255730 | ttg | 5 | 5 | |||||||
1255736..1256911 | CDS | 392 | ||||||||
comp | 1259549..1260784 | CDS | 131 | 131 | 412 | |||||
1260916..1260988 | cac | 72 | 72 | |||||||
1261061..1262455 | CDS | 465 | ||||||||
1275239..1277272 | CDS | 0 | 0 | 678 | ||||||
comp | 1277273..1277343 | gga | 112 | 112 | ||||||
1277456..1278802 | CDS | 449 | ||||||||
1308006..1308797 | CDS | 50 | 50 | 264 | ||||||
1308848..1308919 | gtc | 67 | 67 | |||||||
1308987..1309604 | CDS | 206 | ||||||||
comp | 1419657..1419893 | CDS | 54 | 54 | 79 | |||||
1419948..1420019 | acg | 100 | 100 | |||||||
1420120..1420440 | CDS | 107 | ||||||||
1453287..1454075 | CDS | 35 | 35 | 263 | ||||||
comp | 1454111..1454199 | agc | 61 | 61 | ||||||
comp | 1454261..1455460 | CDS | 400 | |||||||
1472925..1473932 | CDS | 94 | 94 | 336 | ||||||
1474027..1474098 | caa | 16 | 16 | |||||||
1474115..1474891 | CDS | 259 | ||||||||
comp | 1485558..1486649 | CDS | 77 | 77 | 364 | |||||
1486727..1486800 | cgg | 11 | 11 | |||||||
comp | 1486812..1487258 | CDS | 149 | |||||||
comp | 1500099..1501325 | CDS | 42 | 42 | 409 | |||||
1501368..1501438 | tgc | @1 | 364 | 364 | ||||||
comp | 1501803..1502447 | CDS | 215 | |||||||
comp | 1517796..1518128 | CDS | 78 | 78 | 111 | |||||
comp | 1518207..1518280 | agg | 38 | 38 | ||||||
1518319..1518700 | ncRNA | 21 | 21 | |||||||
1518722..1519471 | CDS | 250 | ||||||||
comp | 1554202..1554633 | CDS | 45 | 45 | 144 | |||||
comp | 1554679..1554750 | ggc | 61 | 61 | ||||||
comp | 1554812..1555288 | CDS | 159 | |||||||
comp | 1600898..1601284 | CDS | @2 | -30 | -30 | 129 | ||||
comp | 1601255..1601326 | gta | 98 | 98 | ||||||
1601425..1602279 | CDS | 285 |
pmg cumuls[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: pmg cumuls
- Légende:
- Notes: l'opéron à 2 aas sans rRNA est tac-acc
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds chromosome | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | gammes | cdsa 300 | ||
avec rRNA | opérons | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 100 | 9 | 30 | 0 | |||
16 23 5s 0 | 0 | 20 | 1 | 1 | 50 | 22 | 40 | 200 | 20 | 60 | 2 | ||
16 atc gca | 1 | 40 | 100 | 23 | 80 | 300 | 15 | 90 | 6 | ||||
16 23 5s a | 0 | 60 | 150 | 7 | 120 | 400 | 10 | 120 | 4 | ||||
max a | 2 | 80 | 200 | 4 | 160 | 500 | 13 | 150 | 9 | ||||
a doubles | 0 | 100 | 250 | 3 | 200 | 600 | 0 | 180 | 5 | ||||
autres | 0 | 120 | 300 | 3 | 240 | 700 | 2 | 210 | 4 | ||||
total aas | 2 | 140 | 350 | 0 | 280 | 800 | 0 | 240 | 4 | ||||
sans | opérons | 34 | 160 | 400 | 1 | 320 | 900 | 0 | 270 | 8 | |||
1 aa | 33 | 180 | 450 | 1 | 360 | 1000 | 0 | 300 | 2 | ||||
max a | 2 | 200 | 500 | 0 | 400 | 1100 | 0 | 330 | 1 | ||||
a doubles | 0 | 5 | 0 | 24 | |||||||||
total aas | 35 | 1 | 1 | 63 | 0 | 67 | 45 | ||||||
total aas | 37 | ||||||||||||
remarques | 2 | ||||||||||||
avec jaune | moyenne | 10 | 12 | 127 | 260 | ||||||||
variance | 0 | 0 | 146 | 147 | |||||||||
sans jaune | moyenne | 93 | 248 | 170 | |||||||||
variance | 76 | 130 | 74 |
pmg blocs[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: pmg blocs
- Légende:
CDS | 603 | 480 |
16s | 125 | 1483 |
atc | 12 | |
gca | 256 | |
23s | 60 | 2882 |
5s | 43 | 117 |
CDS | 293 |
pmg remarques[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: pmg remarques
- Légende:
- Remarques
- @ Un cds négatif de 30 qui empiète de 40% sur le tRNA gta, et un cds nul qui côtoie gga.
- @ Ensuite une moyenne générale des intercalaires des cds très faible, et 64 tRNAs sur 71 ne dépassant pas 300 pbs avec une moyenne de 93.
- Les protéines des cds sont aussi très petites avec une moyenne de 170 aas pour 45 cds sur 69.
- Un seul bloc à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs.
- Séquence des doubles: néant, même pas séparés. Le tableau du code génétique le montre bien. Et les tRNAs qui manquent sont ceux se terminant par g, ctg gtg ccg gcg aag cag gag ggg cga (à la place de cgg) en dehors des obligatoires, tgg agg ttg atg cgg, il n’y a que tcg acg ccc.
- Code génétique de pmg:
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
- - totaux en en-tête, 37 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus est égal au total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
g1 | t1 | 37 | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 1 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | 1 | cct | cat | cgc | |||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 1 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 1 |
atc | 1 | acc | 1 | aac | 1 | agc | 1 |
ctc | ccc | 1 | cac | 1 | cgt | 1 | |
gtc | 1 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 1 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 1 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | |
gta | 1 | gca | 1 | gaa | 1 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atgj | 1 | acg | 1 | aag | agg | 1 | |
ctg | ccg | cag | cgg | 1 | |||
gtg | gcg | gag | ggg |
pmg distribution[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: pmg distribution
g1 | t1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 1 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | 1 | cct | cat | cgc | |||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 1 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 1 |
atc | 1 | acc | 1 | aac | 1 | agc | 1 |
ctc | ccc | 1 | cac | 1 | cgt | 1 | |
gtc | 1 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 1 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 1 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | |
gta | 1 | gca | 1 | gaa | 1 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atgj | 1 | acg | 1 | aag | agg | 1 | |
ctg | ccg | cag | cgg | 1 | |||
gtg | gcg | gag | ggg | ||||
tenr | >1aa | =1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | total |
pmg | 2 | 33 | 2 | 37 |
cyano synthèse[modifier | modifier le wikicode]
- Liens aux indices des clades: alpha bacilli gamma actino clostridia bacteroide cyano tener spiro beta epsilon delta bactéries
- Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo
cyano distribution par génome[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: cyano distribution par génome
cyano2 | >1aa | 1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | duplica | 1-3aas | total |
npu | 21 | 39 | 8 | 4 | 72 | ||||
pmg | 2 | 33 | 2 | 37 | |||||
total | 23 | 72 | 10 | 4 | 109 |
cyano distribution du total[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: cyano distribution du total
- Légende:
- - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
- - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau. Cependant les duplicata ne sont pas comptés dans ce tableau mais dans les >1aa du 1er.
- - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
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cyano distribution par type[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: cyano distribution par type
- Légende: voir bacilli
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cyano par rapport au groupe de référence[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: cyano par rapport au groupe de référence
- Le groupe de référence: voir la référence
- Légende:
- - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc
- - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)
tRNAs | blocs tRNAs | blocs rRNAs | |||||||
cyano2 | 1aa | >1aa | dup | +5s | 1-3aas | autres | total | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
21 | faible | 19 | 4 | 23 | |||||
16 | moyen | 27 | 10 | 2 | 10 | 49 | |||
14 | fort | 26 | 9 | 2 | 37 | ||||
72 | 23 | 4 | 10 | 109 | |||||
10 | g+cga | 8 | 2 | 10 | |||||
2 | agg+cgg | 4 | 4 | ||||||
4 | carre ccc | 6 | 2 | 8 | |||||
5 | autres | 1 | 1 | ||||||
19 | 4 | 23 | |||||||
total tRNAs ‰ | |||||||||
cyano2 | 1aa | >1aa | dup | +5s | 1-3aas | autres | cyano ‰ | ref.‰ | |
21 | faible | 174 | 37 | 211 | 26 | ||||
16 | moyen | 248 | 92 | 18 | 92 | 450 | 324 | ||
14 | fort | 239 | 83 | 18 | 339 | 650 | |||
661 | 211 | 37 | 92 | 109 | 729 | ||||
10 | g+cgg | 73 | 18 | 92 | 10 | ||||
2 | agg+cga | 37 | 37 | ||||||
4 | carre ccc | 55 | 18 | 73 | 16 | ||||
5 | autres | 9 | 9 | ||||||
174 | 37 | 211 | |||||||
blocs tRNAs ‰ | total colonne % | ||||||||
cyano2 | 1aa | >1aa | dup | total | ref.‰ | 1aa | >1aa | dup | |
21 | faible | 192 | 40 | 232 | 26 | 26 | 17 | ||
16 | moyen | 273 | 101 | 20 | 394 | 324 | 38 | 43 | |
14 | fort | 263 | 91 | 20 | 374 | 650 | 36 | 39 | |
727 | 232 | 40 | 99 | 729 | 72 | 23 | |||
10 | g+cgg | 81 | 20 | 101 | 10 | 42 | |||
2 | agg+cga | 40 | 40 | 21 | |||||
4 | carre ccc | 61 | 20 | 81 | 16 | 32 | |||
5 | autres | 10 | 10 | 5 | |||||
192 | 40 | 232 | 19 |