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Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/bacteroide

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bacteroide
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Annexe 6
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/bacteroide  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Myroides sp. A21

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myr opérons

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  • Lien tableur: myr opérons
  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [3]
  • Phylogénie: Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Myroides; unclassified Myroides.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Bd1. myr opérons, Myroides sp. A21
41.4%GC 12.8.19 Paris  101  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
comp 151454..152776 CDS 270 270 441
comp 153047..153134 tca 208 208
comp 153343..154476 CDS 378
 
211346..212332 CDS 123 123 329
comp 212456..212530 gta + 27 27
comp 212558..212635 gta 5 gta 27 27
comp 212663..212740 gta 27 27
comp 212768..212845 gta 42 42
comp 212888..212965 gta 92 92
comp 213058..214275 CDS 406
 
comp 294948..295334 CDS 146 146 129
comp 295481..295554 aga 28 28
comp 295583..295660 cca 7 7
comp 295668..295751 agc 280 280
296032..297210 CDS 393
 
327067..328053 CDS 112 112 329
comp 328166..328241 aaa + 698 698
comp 328940..329021 ctc 6 aaa 87 87
comp 329109..329184 aaa @1 31 31
comp 329216..329291 aaa 36 36
comp 329328..329403 aaa 45 45
comp 329449..329524 aaa 33 33
comp 329558..329633 aaa 129 129
329763..330281 CDS 173
 
comp 353908..354384 CDS 259 259 159
comp 354644..354753 5s 107 §110
comp 354861..357744 23s 150 §2884
comp 357895..357971 gca 88 88
comp 358060..358136 atc 75
comp 358212..359735 16s 265 §1524
comp 360001..360110 5s 103 §110
comp 360214..363107 23s 150 §2894
comp 363258..363334 gca 88 88
comp 363423..363499 atc 75
comp 363575..365098 16s 687 687 §1524
comp 365786..366973 CDS 396
 
comp 407344..408819 CDS 141 141 492
comp 408961..409037 aca + 33 33
comp 409071..409147 aca 5 aca 38 38
comp 409186..409262 aca 39 39
comp 409302..409378 aca 41 41
comp 409420..409493 aca 81 81
comp 409575..409838 CDS 88
 
comp 550792..551043 CDS 37 37 84
comp 551081..551155 gaa + 40 40
comp 551196..551267 gaa 6 gaa 37 37
comp 551305..551376 gaa 38 38
comp 551415..551486 gaa 35 35
comp 551522..551596 gaa 38 38
comp 551635..551706 gaa 75 75
comp 551782..553257 CDS 492
 
comp 571079..574315 CDS 165 165 1079
comp 574481..574590 5s 107 §110
comp 574698..577581 23s 118 §2884
comp 577700..577776 gca 88 88
comp 577865..577941 atc 76
comp 578018..579541 16s 264 §1524
comp 579806..579915 5s 106 §110
comp 580022..582915 23s 150 §2894
comp 583066..583142 gca 88 88
comp 583231..583307 atc 77
comp 583385..584908 16s 1070 1070 §1524
comp 585979..586545 CDS 189
 
comp 719558..719755 CDS 13 13 66
comp 719769..719842 tgg 60 60
comp 719903..721090 CDS 58 58 396
comp 721149..721220 acc 20 20
comp 721241..721321 tac 27 27
comp 721349..721425 aca 93 93
comp 721519..721818 CDS 100
 
781522..782178 CDS 76 76 219
782255..782330 atgf 93 93
782424..782978 CDS 185
 
comp 783008..783451 CDS 332 332 148
783784..783859 atgf 110 110
comp 783970..785886 CDS 639
 
comp 814859..815281 CDS 541 541 141
comp 815823..815899 cga 10 10
comp 815910..816362 CDS 151
 
868515..869267 CDS 37 37 251
comp 869305..869380 gga + 34 34
comp 869415..869490 gga 6 gga 34 34
comp 869525..869600 gga 34 34
comp 869635..869710 gga 34 34
comp 869745..869820 gga 37 37
comp 869858..869930 gga 242 242
870173..870646 CDS 158
 
1010425..1011210 CDS 92 92 262
comp 1011303..1011376 caa + 221 221
comp 1011598..1011668 caa 2 caa 183 183
1011852..1015055 CDS 1068
 
comp 1110980..1111921 CDS 158 158 314
1112080..1112162 ttg 44 44
comp 1112207..1112701 CDS 165
 
1113809..1114273 CDS 158 158 155
comp 1114432..1114541 5s 105 §110
comp 1114647..1117530 23s 150 §2884
comp 1117681..1117757 gca 88 88
comp 1117846..1117922 atc 75
comp 1117998..1119521 16s 266 §1524
comp 1119788..1119897 5s 105 §110
comp 1120003..1122896 23s 150 §2894
comp 1123047..1123123 gca 88 88
comp 1123212..1123288 atc 77
comp 1123366..1124889 16s 77 §1524
comp 1126238..1126311 aac 90 90
comp 1126402..1127745 CDS 448
 
1214932..1215615 CDS 101 101 228
comp 1215717..1215790 tgc 88 88
comp 1215879..1216235 CDS 119
 
1391184..1391825 CDS 85 85 214
1391911..1391987 aac + 370 370
1392358..1392434 aac 2 aac 590 590
comp 1393025..1393459 CDS 145
 
1597909..1598226 CDS 635 635 106
1598862..1598938 gac + 148 148
1599087..1599163 gac 3 gac 202 202
1599366..1599442 gac 169 169
comp 1599612..1600157 CDS 182
 
comp 1643091..1644479 CDS 132 132 463
1644612..1644696 cta + 183 183
1644880..1644961 cta 2 cta 314 314
1645276..1646115 CDS 280
 
1721814..1722689 CDS 66 66 292
comp 1722756..1722826 tgg 51 51
comp 1722878..1723252 CDS 125
 
comp 1738209..1739033 CDS 183 183 275
comp 1739217..1739293 atgi + 24 24
comp 1739318..1739394 atgi 2 atgi 69 69
comp 1739464..1739865 CDS 134
 
> 1924596..1926158 CDS + -41 -41 521
comp 1926118..1926206 tta 2 tta 341 341
comp 1926548..1926633 tta @2 320 320
< 1926954..1927025 CDS 24
 
1928728..1929714 CDS 125 125 329
comp 1929840..1929925 tta 147 147
comp 1930073..1930444 CDS 108 108 124
comp 1930553..1930638 tta 6 6
comp 1930645..1930720 ggc 201 201
comp 1930922..1933519 CDS 866
 
comp 1961822..1962571 CDS 128 128 250
1962700..1962775 ttc + 32 32
1962808..1962883 ttc 3 ttc 23 23
1962907..1962982 ttc 97 97
comp 1963080..1964066 CDS 329
 
2082191..2082733 CDS 1103 1103 181
2083837..2085360 16s 77 §1524
2085438..2085514 atc 88 88
2085603..2085679 gca 150
2085830..2088713 23s 106 §2884
2088820..2088929 5s 156 156 §110
2089086..2089943 CDS 286
 
2147912..2148241 CDS 286 286 110
2148528..2148604 cgt + 49 49
2148654..2148730 cgt 2 cgt 69 69
2148800..2149288 CDS 163
 
comp 2207990..2208685 CDS 111 111 232
comp 2208797..2208872 atgf 106 106
comp 2208979..2209605 CDS 147 147 209
comp 2209753..2209829 atgj 145 145
2209975..2210361 CDS 129
 
comp 2425634..2426896 CDS 299 299 421
comp 2427196..2427270 cca 353 353
2427624..2428565 CDS 314
 
comp 2434061..2435053 CDS 125 125 331
comp 2435179..2435252 atgj 366 366
2435619..2436269 CDS 217
 
2561350..2563341 CDS 1072 1072 664
2564414..2565937 16s 74 §1524
2566012..2566088 atc 90 90
2566179..2566255 gca 118
2566374..2569256 23s 105 §2883
2569362..2569471 5s 279 279 §110
2569751..2571682 CDS 610
 
comp 2676791..2678620 CDS 235 235 610
comp 2678856..2678940 tca 497 497
2679438..2681390 CDS 651
 
comp 2977513..2977920 CDS 497 497 136
comp 2978418..2978492 gta 61 61
comp 2978554..2978928 CDS 125
 
3228192..3228908 CDS 79 79 239
3228988..3229064 cac + 23 23
3229088..3229164 cac 4 cac 22 22
3229187..3229263 cac 21 21
3229285..3229361 cac 40 40
comp 3229402..3230577 CDS 392
 
comp 3394869..3395093 CDS 90 90 75
comp 3395184..3395268 tca 215 215
comp 3395484..3396884 CDS 467
 
3457542..3458360 CDS 150 150 273
3458511..3458594 tac + 49 49
3458644..3458727 tac 4 tac 48 48
3458776..3458859 tac 41 41
3458901..3458984 tac 309 309
comp 3459294..3460415 CDS 374
 
3951958..3953367 CDS 595 595 470
3953963..3954039 aga + 80 80
3954120..3954196 aga 2 aga 36 36
comp 3954233..3954712 CDS 160
 
3975219..3976205 CDS 99 99 329
comp 3976305..3976379 cca + 36 36
comp 3976416..3976493 cca 2 cca 7 7
comp 3976501..3976587 agc 965 965
3977553..3978161 CDS 203

myr cumuls

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cumuls. myr.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 8 1 0 1 1 1 100 6 30 1
16 23 5s 0 0 20 4 50 7 20 200 25 60 0
16 atc gca 8 40 28 100 21 40 300 16 90 4
16 23 5s a 0 60 7 150 18 60 400 14 120 4
max a 2 80 1 200 7 80 500 9 150 10
a doubles 0 100 1 8 250 5 100 600 1 180 8
autres 0 120 0 300 6 120 700 5 210 6
total aas 16 140 0 350 4 140 800 0 240 6
sans opérons 34 160 1 400 2 160 900 1 270 3
1 aa 13 180 0 450 0 180 1000 0 300 5
max a 7 200 1 500 2 200 1100 2 330 6
a doubles 17 5 9 0 26
total aas 85 40 8 70 0 70 53
total aas 101
remarques 2
avec jaune moyenne 74 88 223 302
variance 120 0 242 209
sans jaune moyenne 33 144 244 189
variance 13 90 122 78

myr blocs

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Bd1. myr blocs, Myroides sp. A21
CDS 259 159 165 1079 CDS 158 155
5s 107 110 107 110 5s 105 110
23s 150 2884 118 2884 23s 150 2884
gca 88 88 gca 88
atc 75 76 atc 75
16s 265 1524 264 1524 16s 266 1524
5s 103 110 106 110 5s 105 110
23s 150 2894 150 2894 23s 150 2894
gca 88 88 gca 88
atc 75 77 atc 77
16s 687 1524 1070 1524 16s 77 1524
CDS 396 189 aac 90
CDS 448
 
CDS 1103 181 1072 664
16s 77 1524 74 1524
atc 88 90
gca 150 118
23s 106 2884 105 2883
5s 156 110 279 110
CDS 286 644

myr remarques

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  • Lien tableur: myr remarques
  • Remarques
    1. @1 intercalaire entre aas très élevé voir /Annexe/alpha#abq_remarques pour intercalaires élevés
    2. @2 un cds négatif de 41 qui empiète de 53% sur le tRNA tta, et un intercalaire entre les 2 tta élevé de 341.
    3. Six blocs à rRNAs sont juxtaposés 2 par 2 dont un a un tRNA externe. Le 2 blocs restants sont séparés et ne portent pas de tRNA externe.
  • Séquences des doubles: La caractéristique principale de ce génome c’est l’existence de nombreux clusters sans rRNAs avec quasiment que des n-tuples, séquence inintérompue du même aa.
    1. Il y a 17 clusters de ce genre sur 34 et se répartissent comme suite
      - 2 sextuplets, gga gaa
      - 3 quintuplets, aaa aca gta
      - 2 quadruplets, cac tac
      - 2 triplets, gac ttc
      - 8 doublets
    2. Malgré le grand nombre de tRNAs de ce génome 14 se terminant par c a g sont absents dont ceux parmi les plus fréquents chez les bactéries, gtc tcc ccc gcc agg ctg cgg, et en même temps cga, très rare, est présent.
    3. Il ne reste donc plus que 6 tRNAs à un seul exemplaire et 5 en 2 (atgj agc tgg) et 3 (tca atgf) exemplaires séparés.
    4. atc et gca sont en 8 exemplaires chacun et appartiennent aux 8 blocs à rRNAs, sans exemplaire en dehors.
    5. Tableau du code génétique avec les n-tuplets colorés en vert. Ils sont concentrés dans les colonnes 1,3 et les lignes 2,3. Par ailleurs la colonne 2 est à moitié vide ( 7 sur 12 sont vides) et la ligne 4 quasiment vide, seul ttg non obligatoire existe.
  • Code génétique de myr:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 101 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 101 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Bd1 myr, Myroides sp. A21
g1    t1       101 101
atgi 2 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc 0 tac 5 tgc 1
atc 8 acc 1 aac 3 agc 2
ctc 1 ccc 0 cac 4 cgt 2
gtc gcc 0 gac 3 ggc 1
tta 4 tca 3 taa tga
ata aca 6 aaa 6 aga 3
cta 2 cca 4 caa 2 cga 1
gta 6 gca 8 gaa 6 gga 6
ttg 1 tcg tag tgg 2
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg

myr distribution

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  • Lien tableur: myr distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 16 *, =1aa a un total de 16 dont 1 tta, 1 cca et 1 gta sont indiqués dans 4 et 6. Le reste de ces cumuls sont des >1aa.
    - 1 *, -16s ne contient qu'un tRNA aac indiqué dans 3, le reste appartient aux >1aa.
    - 68 *, les >1aa sont représentés en clair. A ces tRNAs il faut ajouter donc 3 tta 3 cca 5 gta et 2 aac, d'après les 2 notes ci-dessus. Le total des >1aa est donc de 68.
    - Les duplications, tableau Bd12, sont les répétitions en continu du même tRNA. Elles sont cumulées dans le tableau Bd11 avec les >1aa, blocs sans rRNAs contenant plus d'un tRNA. Ainsi il y a 11 tRNAs sur 68 qui ne sont pas dupliqués dans ces blocs.
Bd1 myr, Myroides sp. A21. bacteroide.
Bd11 myr. La distribution des tRNAs
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc tac 5 tgc 1
atc 8 acc 1 aac 3 agc 2
ctc 1 ccc cac 4 cgt 2
gtc gcc gac 3 ggc 1
tta 4 tca 3 taa tga
ata aca 6 aaa 6 aga 3
cta 2 cca 4 caa 2 cga 1
gta 6 gca 8 gaa 6 gga 6
ttg 1 tcg tag tgg 2
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
myr 68 * 16 * 1 * 16 101
Bd12 myr. Les duplications.
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc tac 4 tgc
atc acc aac 2 agc
ctc ccc cac 4 cgt 2
gtc gcc gac 3 ggc
tta 2 tca taa tga
ata aca 5 aaa 5 aga 2
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 5 gca gaa 6 gga 6
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
myr 57 57

myr. Intergen51

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Intergen51. myr. Le génome

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  • myr Le prélèvement: Acbn
  • Le nom et le lien NCBI: myr, Myroides sp. A21, NCBI [4], date 18.01.21.
  • myr La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
myr	538,974		4,155,464
myr données intercalaires
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myr données intercalaires 200
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myr autres intercalaires aas
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Intergen51. myr. Les différents types d'intercalaires

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  • Lien au tableur: Intergen51. myr les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 myr les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 2,260 282 13 2,555 2.6 84 11 95
x 975 20 5 1,000 0 1 1
t 3,235 302 18 3,555 84 12 96
% 91.0 8.5 0.5
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 46 0 0 46 1.4 tRNA-CDS 79 40
x 32 1 0 33 RNA-RNA 84 42
t 78 1 0 79 CDS-rRNA 12 6
% 98.7 1.3 0.0 non RNA 24 12
- total 199 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 7.9 8.7 0.0 35.9 6.5 47 0.5 0.0
x 14.9 12.1 5.0 6.0 0.0 45 0.5 0.0

Intergen51. myr. Les diagrammes CDS-CDS positifs

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  • Lien tableur: myr données intercalaires
  • Diagrammes:
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées myr fc40
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. myr fx1
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	myr
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.705	2.77E-06	-1.80E-03	2.27E-01	27.60	fx1	abscisse	279.9	436,7	
0.742	-8.64E-06	6.56E-03	-1.59E+00	131.0	fc1	ordonnée	-64.1	3,4
								
0.908	-2.12E-06	1.78E-03	-5.59E-01	77.1	fx41	
0.917	-7,71E-07	1,01E-03	-4,36E-01	65.3	fc51
  • Le rfin après 400 est de 180 sur un total de 2273 . Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 900 , reste 23 . L'indice i.rfin1 = 157/500=0,314.
  • Le reste après 900 est de 23 sur un total de 2273 . Jusqu'à 2‰ les freq10 sont en continu jusqu'à 1290 , reste 5 . L'indice i.rf2 = 18/390=0,046.
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	myr		calculs			poly3	myr
effect	2273		R2.21	901		abscis	250
xm	46		pte	8,27		flexa	142
ym	5		cste	2,58		flexo	2,20
x1m	191		r400l	209		xm	45
y1m	1		restp	200,62		sup4	118,0
rfin	79,19		%sd	43,97		sup4t	315,0
bornf	122		lond	145		%	37,5
supd	169,3		%sf	48,37		long	97
supdt	385,0		lonf	76		R2	539
xmp	414,43		sf/lf	1,73			
r400	121,43		sr/lr	0,55			
supf	131,5		sd/ld	1,17			
supft	271,9		i.r400	0,58

Intergen51. myr. Les CDS-CDS négatifs

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Sous-totaux	myr			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	71		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	2		3	12
 - 4		9	60		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		11	149		1642	8424
total		20	282		2,456	23,544
reste		1	0		264	420
s6		5	0		361	41
s7		1	22		321	1438
s8		4	127		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		#DIV/0 !	0.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		45.5	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		9.1	14.8		19.5	17.1
s8/sp6		36.4	85.2		42.4	77.5
reste/sp6	9.1	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	9	133		814	15120
% / total						
%s1-5		45.0	47.2		33.1	64.2
%sp6		55.0	52.8		66.9	35.8

Intergen51. myr. Les intercalaires des blocs

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  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		8			CDS 16s		4	
16s 23s					5s CDS		4	1
16s tRNA	8			16 CDS			
tRNA 23s	8			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		8			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s		3	
tRNA hors	51			16s16s			
tRNA 16s	1						
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		84	0		total		11	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. myr. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

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myr intercalaires entre cds

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  • Lien NCBI [5]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

myr intercalaires positifs S+

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myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
myr Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 33 -213 270 32 708 215 max70 -94 717 -1739 143 742 254 min50
31 à 400 2 parties 7.8 -12 -192 52 897 51 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 112 48 - 640 poly 68 tm 215 69 452 poly 290 SF
31 à 400 117 42 - 811 poly 86 tF
  • Légende du tableau corrélations et fréquences faibles
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
abra min10 256 934 1190 874 716 797 81 -163 59 312
myr min20 828 2081 2909 872 649 764 115 -143 41 323
spl min10 1071 2215 3286 884 735 784 49 -353 -202 172
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
94 413 0.23 279 1388 4 9 29 295 41 420 -243
71 392 0.18 999 2556 5 5 20 110 97 899 -78
37 270 0.14 1313 2900 1 6 9 143 69 683 -342
  • Diagrammes 400:  myr abra,   diagramme 1-40: c+ myr   c+ abra   total,   texte: abra.
  • Résumé: Myr ressemble beaucoup à abra. C’est le 2ème génome sans fréquences faibles, 1-30, sur les 13 que j’ai signalés dans ase et cvi. Son minimum x+ est à la fréquence 20, min20. La conséquence, ce sont 2 tildes forts des diagrammes 31-400. Mais ce génome a la particularité d’avoir une corrélation forte comme ase cvi abra dans la plage 41-250, en plus de n’avoir quasiment pas de fréquences faibles.
    - Les courbes des diagrammes 400
    • Je n’ai pas représenté le diagramme x+ 31-400, les fréquences faibles ayant très peu d’effectifs pour modifier notablement la courbe de x+ 1-400.
    • Au minimum local min50 de c+ 1-400, x+ 1-400 présente un maximum local max70, décalé par rapport à celui d’abra, max50.
    • Et toujours la courbe du c+ 1-400 est un SF.
    • Il reste 2 tildes forts, tm pour x+ 1-400 et tF pour c+ 31-400 avec respectivement un R2’ de 68 et 86, contre 96 et 85 pour abra.
    - Les corrélations
    • Comme avec pmg et abra, aux effectifs du total de 2909 contre respectivement 1454 et 1190, la corrélation 41-250 est forte, 764 contre 802 et 797, et chute fortement à 649, pour la plage de fréquences 41-200, contre 728 et 716. La différence entre les 2 corrélations est la plus forte chez myr avec 115 contre 74 et 81.
    • A cause des fréquences faibles inexistantes les corrélations 1-n sont très faibles en positif ou en négatif, comme abra, mais au contraire de pmg qui a des taux de fréquences faibles élevés et des corrélations 1-n nettement supérieures à celles du 41-250, autour de 900.
    - Les courbes des diagrammes 1-40
    • Avec un effectif réduit de 97 pour le total des fréquences x+ 1-40, le diagramme et la corrélation c+/x+ sont peu significatifs
    • Malgré un effectif élevé de 899 le diagramme des c+ 1-40 est certes proche du modèle, mieux que celui de pmg, mais reste cependant faible comparé à celui de ade par exemple avec un effectif de 876.
    • La hauteur relative de la bosse à la fréquence 11 de myr est plus faible que celle de abra. Elle diminue progressivement de abra à pub en passant par myr.

myr autres intercalaires

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  • Lien tableur: myr autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux: 8 regulatory 3 ncRNA 1 tmRNA
tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-	
55	32	1	87			14	10		199
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Flavobacterium psychrophilum JIP02/86

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fps opérons

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  • Lien tableur: fps opérons
  • Liens: gtRNAdb [6], NCBI [7], génome [8]
  • Phylogénie: Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Flavobacterium.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Bd2. fps opérons, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
32.4%GC 14.8.19 Paris  49   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
3517..4200 CDS 43 43 228
comp 4244..4317 tgc 104 104
comp 4422..4781 CDS 120
 
113561..114154 CDS 107 107 198
comp 114262..114335 aac 147 147
comp 114483..115817 CDS 445
 
comp 190346..191287 CDS 175 175 314
191463..191545 ttg @1 290 290
comp 191836..191920 cta 132 132
192053..193441 CDS 463
 
comp 295744..295950 CDS 179 179 69
comp 296130..296203 atgi 86 86
comp 296290..296694 CDS 135
 
comp 318122..319414 CDS 896 896 431
comp 320311..320387 gac 86 86
comp 320474..321400 CDS 309
 
comp 371118..374348 CDS 154 154 1077
374503..374576 caa 47 47
comp 374624..375631 CDS 336
 
comp 464114..466717 CDS 125 125 868
comp 466843..466920 cca 163 163
467084..468346 CDS 421
 
507944..508621 CDS 1042 1042 226
509664..511163 16s 110 1500
511274..511350 atc 158 158
511509..511585 gca 213
511799..514683 23s 156 2885
514840..514945 5s 204 204 106
515150..515902 CDS 251
 
596537..597679 CDS 312 312 381
comp 597992..598074 ctc + 40 40
comp 598115..598190 aaa 2 aaa 23 23
comp 598214..598289 aaa 128 128
598418..598936 CDS 173
 
642117..643595 CDS 91 91 493
643687..643758 gaa + 31 31
643790..643864 gaa 2 gaa 162 162
644027..644278 CDS 1149 1149 84
645428..646927 16s 110 1500
647038..647114 atc 158 158
647273..647349 gca 213
647563..650447 23s 156 2885
650604..650709 5s 931 931 106
651641..653437 CDS 599
 
726614..727399 CDS 207 207 262
comp 727607..727684 gta 81 81
comp 727766..728980 CDS 405
 
852715..853170 CDS 128 128 152
comp 853299..853375 cac 75 75
comp 853451..854167 CDS 239
 
897041..897184 CDS 75 75 48
897260..897336 cgt 46 46
897383..897955 CDS 191
 
comp 982868..984043 CDS 254 254 392
984298..984384 agc 15 15
984400..984477 cca 30 30
984508..984584 aga 93 93
984678..985880 CDS 401
 
comp 1110660..1112606 CDS 1082 1082 649
1113689..1115188 16s 110 1500
1115299..1115375 atc 158 158
1115534..1115610 gca 213
1115824..1118708 23s 156 2885
1118865..1118970 5s 282 282 106
comp 1119253..1120218 CDS 322
 
comp 1123344..1124324 CDS -981 -981 327
comp 1123344..1124324 rpr @2 191 191 981
comp 1124516..1124698 rpr 20 20 183
comp 1124719..1124862 rpr 289 289 144
comp 1125152..1125229 gta 82 82
comp 1125312..1125686 CDS 125
 
1285199..1285477 CDS 148 148 93
1285626..1285710 tac 473 473
1286184..1286810 CDS 209
 
1309373..1310833 CDS 1079 1079 487
comp 1311913..1312018 5s 156 106
comp 1312175..1315059 23s 213 2885
comp 1315273..1315349 gca 158 158
comp 1315508..1315584 atc 110
comp 1315695..1317194 16s 1276 1276 1500
1318471..1319160 CDS 230
 
comp 1395138..1395728 CDS 73 73 197
comp 1395802..1396536 rpr 93 93 735
comp 1396630..1397052 rpr 248 248 423
comp 1397301..1397388 tca 135 135
comp 1397524..1398660 CDS 379
 
comp 1622342..1622755 CDS 100 100 138
comp 1622856..1622929 aca 79 79
comp 1623009..1623275 CDS 89
 
comp 1815453..1816334 CDS 239 239 294
1816574..1816649 atgf + 31 31
1816681..1816756 atgf 2 atgf 591 591
1817348..1817794 CDS 149
 
1859580..1860149 CDS 305 305 190
comp 1860455..1860531 atgj 143 143
1860675..1861067 CDS 131
 
comp 1904719..1905537 CDS 26 26 273
comp 1905564..1905637 cga 70 70
comp 1905708..1906157 CDS 150
 
1995546..1996253 CDS 35 35 236
comp 1996289..1996361 gga 281 281
1996643..1997074 CDS 144
 
2088032..2088418 CDS 105 105 129
2088524..2089369 rpr 116 846
comp 2089486..2089591 5s 156 106
comp 2089748..2092632 23s 213 2885
comp 2092846..2092922 gca 158 158
comp 2093081..2093157 atc 110
comp 2093268..2094767 16s 1570 1570 1500
comp 2096338..2099241 CDS 968
 
2182840..2185440 CDS 138 138 867
2185579..2185654 ggc 40 40
2185695..2185782 tta 93 93
comp 2185876..2190132 CDS 1419
 
comp 2295987..2296184 CDS 14 14 66
comp 2296199..2296272 tgg 61 61
comp 2296334..2297521 CDS 55 55 396
comp 2297577..2297651 acc 83 83
comp 2297735..2297818 tac 138 138
comp 2297957..2298033 aca 90 90
comp 2298124..2298426 CDS 101
 
2506720..2507055 CDS 288 288 112
comp 2507344..2507449 5s 156 106
comp 2507606..2510490 23s 213 2885
comp 2510704..2510780 gca 158 158
comp 2510939..2511015 atc 110
comp 2511126..2512625 16s 1010 1010 1500
comp 2513636..2514889 CDS 418
 
2632307..2633335 CDS 53 53 343
2633389..2633476 tcc 246 246
2633723..2634982 CDS 420
 
comp 2752993..2753322 CDS 64 64 110
2753387..2753463 gcc 105 105
comp 2753569..2757033 CDS 1155
 
comp 2800796..2801521 CDS 98 98 242
2801620..2801695 ttc 299 299
comp 2801995..2802723 gene @3 406 406 243
comp 2803130..2803444 CDS 105

fps cumuls

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cumuls. fps.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 6 1 0 1 1 1 100 6 30 0
16 23 5s 0 0 20 1 50 7 20 200 19 60 1
16 atc gca 6 40 6 100 20 40 300 12 90 4
16 23 5s a 0 60 0 150 13 60 400 10 120 6
max a 2 80 0 200 6 80 500 10 150 8
a doubles 0 100 1 250 5 100 600 1 180 2
autres 0 120 0 300 6 120 700 1 210 5
total aas 12 140 1 350 2 140 800 0 240 5
sans opérons 26 160 0 6 400 0 160 900 2 270 4
1 aa 19 180 0 450 1 180 1000 1 300 2
max a 3 200 0 500 1 200 1100 1 330 4
a doubles 3 1 10 24
total aas 37 7 6 59 0 57 41
total aas 49
remarques 3
avec jaune moyenne 72 158 257 333
variance 85 0 374 276
sans jaune moyenne 30 135 246 181
variance 9 82 126 78

fps tRNA-cds

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  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de fps opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
fps	70			81			56			96
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
14	61		75	46		61	14		61	14
26	70		154	47		70	26		70	26
35	281		14	61		75	46		281	35
43	104		26	70		90	55		104	43
53	246		128	75		100	79		75	46
55	90		100	79		104	43		154	47
64	105		207	81		105	64		246	53
75	46		289	82		128	75		90	55
91	162		179	86		138	93		105	64
98	299		896	86		147	107		128	75
100	79		55	90		154	47		100	79
107	147		138	93		162	91		207	81
125	163		254	93		163	125		289	82
128	75		43	104		175	132		179	86
138	93		64	105		179	86		896	86
148	473		312	128		207	81		162	91
154	47		175	132		246	53		138	93
175	132		248	135		248	135		254	93
179	86		305	143		254	93		299	98
207	81		107	147		281	35		147	107
239	591		91	162		289	82		163	125
248	135		125	163		299	98		312	128
254	93		53	246		305	143		175	132
289	82		35	281		312	128		248	135
305	143		98	299		473	148		305	143
312	128		148	473		591	239		473	148
896	86		239	591		896	86		591	239
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.
bacteroide	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
fps		2,478		54		41	10	2	1	19	22	15	26
 ‰						759	185	37	19	704	815	556	963

fps blocs

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Bd2. fps blocs, Flavobacterium psychrophilum
CDS 1042 226 1149 84 1082 649
16s 110 1500 110 1500 110 1500
atc 158 158 158
gca 213 213 213
23s 156 2885 156 2885 156 2885
5s 204 106 931 106 282 106
CDS 251 599 322
 
105 129
CDS 1079 487 116 846 288 112
5s 156 106 156 106 156 106
23s 213 2885 213 2885 213 2885
gca 158 158 158
atc 110 110 110
16s 1276 1500 1570 1500 1010 1500
CDS 230 968 418

fps remarques

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  • Lien tableur: fps remarques
  • Remarques: des blocs à rRNAs tous identiques de type atcgca
    1. @ Les intercalaires très élevés entre 2 aas
    2. @ rpr pour repeat region, peuvent jouer un rôle dans la création de gènes.
    3. @ NCBI l’a qualifié de pseudo gène sans lui attribuer le label de cds
  • Séquence des doubles: très peu de doubles, avec 3 doublets seulement aaa gaa atgf
  • Code génétique de fps:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 49 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 49 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Bd2 fps, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
g1    t1       49  49
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 6 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 0 cac 1 cgt 1
gtc gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 2 gca 6 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg

fps distribution

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  • Lien tableur: fps distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 17 *, >1aa a un total de 17 dont aaa gaa atgf sont des doubles.
    - 20 *, =1aa a un total de 20 dont aca cca tac qui se trouvent dans 2, ont un tRNA =1aa et l'autre >1aa.
Bd2 fps, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86. bacteroide.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 6 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 2 gca 6 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
fps 17 * 20 * 12 49

fps. Intergen51

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Intergen51. fps. Le génome

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  • fps Le prélèvement: Aapal
  • Le nom et le lien NCBI: fps, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86, NCBI [9], date 14.12.21.
  • fps La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
fps	51,518		2,860,382
fps données intercalaires
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fps données intercalaires 200
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fps autres intercalaires aas
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Intergen51. fps. Les différents types d'intercalaires

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  • Lien au tableur: Intergen51. fps les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 fps les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,613 206 15 1,834 3.0 33 5 38
x 553 42 7 602 1 7 8
t 2,166 248 22 2,436 34 12 46
% 88.9 10.2 0.9
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 31 0 0 31 1.3 tRNA-CDS 54 47
x 23 0 0 23 RNA-RNA 34 30
t 54 0 0 54 CDS-rRNA 12 11
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 14 12
- total 114 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 6.2 12.9 0.0 29.7 6.5 51 0.8 0.0
x 13.4 0.0 0.0 7.9 0.0 55 1.2 0.0

Intergen51. fps. Les diagrammes CDS-CDS positifs

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  • Lien tableur: fps données intercalaires
  • Diagrammes:
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées fps fc40
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. fps fx1
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	fps
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.656	3.53E-06	-2.31E-03	3.34E-01	21.30	fx1	abscisse	206.1	319.8
0.670	-7.30E-06	5.55E-03	-1.37E+00	119.0	fc1	ordonnée	-9.2	5.9
								
0.688	2.62E-06	-1.62E-03	1.77E-01	31.9	fx41			
0.943	-1.72E-06	1.65E-03	-5.67E-01	74.7	fc41

Le rfin après 400 est de 101 sur un total de 1628 . Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 870 , reste 16 . L'indice i.rfin1 = 85/470=0,181.

  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	fps		calculs			poly3	fps
effect	1628		R2.21	895		abscis	250
xm	25		pte	11,90		flexa	123
ym	5		cste	3,37		flexo	2,77
x1m	199		r400l	201		xm	35
y1m	1		restp	194,10		sup4	118,7
rfin	62,04		%sd	37,82		sup4t	346,4
bornf	121		lond	174		%	34,3
supd	195,1		%sf	39,95		long	88
supdt	516,0		lonf	96		R2	530
xmp	289,93		sf/lf	1,58			
r400	132,06		sr/lr	0,56			
supf	151,6		sd/ld	1,12			
supft	379,6		i.r400	0,66

Intergen51. fps. Les CDS-CDS négatifs

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Sous-totaux	fps			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	60		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		22	46		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		19	100		1642	8424
total		42	206		2,456	23,544
reste		0	0		264	420
s6		10	0		361	41
s7		3	15		321	1438
s8		6	85		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		22.0	0.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		52.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		15.8	15.0		19.5	17.1
s8/sp6		31.6	85.0		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	23	106		814	15120
% / total						
%s1-5		54.8	51.5		33.1	64.2
%sp6		45.2	48.5		66.9	35.8

Intergen51. fps. Les intercalaires des blocs

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  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		6			CDS 16s		4	2
16s 23s					5s CDS		1	5
16s tRNA	6			16 CDS			
tRNA 23s	6			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		6			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	9	1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		33	1		total		5	7
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. fps. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

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Int51.31 bacteroidites. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs
fps hors myr hors1 myr hors2 myr hors3 myr hors4
inter aa    inter aa    inter aa    inter aa    inter aa
x296 ttg 30 gta 40 gaa 373 aac 22 tgc
** cta 30 gta 37 gaa ** aac 22 tgc
43 ctc 30 gta 38 gaa 151 gac 22 tgc
26 aaa 42 gta 38 gaa 202 gac 22 tgc
** aaa ** gta 38 gaa ** gac ** tgc
31 gaa 31 aga ** gaa 186 cta 26 cac
** gaa 7 cca 20 acc ** cta 25 cac
15 agc ** agc 30 tac 24 atgi 24 cac
33 cca 90 ctc ** aca ** atgi ** cac
** aga 34 aaa 37 gga 341 tta 49 tac
34 atgf 39 aaa 37 gga ** tta 51 tac
** atgf 48 aaa 37 gga 9 tta 44 tac
43 ggc 36 aaa 37 gga ** ggc ** tac
** tta ** aaa 37 gga 35 ttc 83 aga
86 acc 36 aca ** gga 26 ttc ** aga
141 tac 41 aca 221 caa ** ttc 39 cca
** aca 42 aca ** caa 52 cgt 10 cca
41 aca ** cgt ** agc
** aca
-

bacteroide synthèse

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bacteroide données intercalaires

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bacteroide distribution par génome

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Bacteroide distribution par génome
bact2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
myr 11 16 1 16 57 101
fps 11 20 12 6 49
total 22 36 0 0 1 28 63 0 150

bacteroide distribution du total

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  • Lien tableur: bacteroide distribution du total
  • Notes: dans tac souligné il y a 1 -16s, les +16s sont tous en rouge.
  • Légende: Couleurs des tableaux, voir bacilli
    - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
bacteroide. Distribution du total et indices
bacteroide. Distribution du total
g1    t1         
atgi 3 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 4 tcc 1 tac 8 tgc 2
atc 14 acc 2 aac 3 agc 3
ctc 2 ccc cac 5 cgt 3
gtc gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 4 tca 4 taa tga
ata aca 8 aaa 8 aga 4
cta 3 cca 6 caa 3 cga 2
gta 9 gca 14 gaa 8 gga 7
ttg 2 tcg tag tgg 3
atgj 3 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 85 36 1 28 150
bacteroide. indices du 27.5.20 146 génomes
g1 t1 146 7096 1,4  0,7
atgi 105 tct 0,7 tat 0,7 atgf 129
att 0,7 act aat agt
ctt 0,7 cct 1,4 cat cgc 1,4
gtt 0,7 gct gat ggt 0,7
ttc 129 tcc 98 tac 152 tgc 119
atc 295 acc 102 aac 130 agc 110
ctc 99 ccc 58 cac 114 cgt 134
gtc 35 gcc 83 gac 173 ggc 151
tta 112 tca 125 taa 6,2 tga 2,1
ata 0,7 aca 161 aaa 186 aga 108
cta 109 cca 149 caa 113 cga 42
gta 184 gca 286 gaa 181 gga 141
ttg 101 tcg 21 tag 0,7 tgg 117
atgj 114 acg 32 aag 47 agg 68
ctg 49 ccg 30 cag 29 cgg 55
gtg 3,4 gcg 4,1 gag 25 ggg 34
inter max min total
 

bacteroide distribution par type

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Bacteroide. Distribution par type.
bacteroide. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi 1 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 2
atc acc aac 1 agc
ctc ccc cac 1 cgt 1
gtc gcc 1 gac 1 ggc
tta 1 tca 4 taa tga
ata aca 1 aaa aga
cta cca 2 caa 1 cga 2
gta 3 gca gaa gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 3
atgj 3 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 1aa 36
bacteroide. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 2 tgc
atc acc 2 aac agc 3
ctc 2 ccc cac cgt
gtc gcc gac ggc 2
tta 1 tca taa tga
ata aca 2 aaa 1 aga 2
cta 1 cca 2 caa cga
gta 1 gca gaa gga
ttg 1 tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 >1aa 22
bacteroide. distribution du type >1aa duplicata
g1    t1          
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc tac 4 tgc
atc acc aac 2 agc
ctc ccc cac 4 cgt 2
gtc gcc gac 3 ggc
tta 2 tca taa tga
ata aca 5 aaa 7 aga 2
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 5 gca gaa 8 gga 6
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 dupli 63

bacteroide par rapport au groupe de référence

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Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
bact2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 3 2 0 5
16 moyen 16 10 12 28 66
14 fort 17 10 51 1 79
36 22 63 29 150
10 g+cga 2 2
2 agg+cgg
4 carre ccc 1 2 3
5 autres
3 2 5
total tRNAs ‰
bact2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres bact ‰ ref.‰
21 faible 20 13 33 26
16 moyen 107 67 80 187 440 324
14 fort 113 67 340 7 527 650
240 147 420 193 150 729
10 g+cgg 13 13 10
2 agg+cga
4 carre ccc 7 13 20 16
5 autres
20 13 33
blocs tRNAs ‰ total colonne %
bact2 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 25 17 41 26 8 9
16 moyen 132 83 99 314 324 44 45 19
14 fort 140 83 421 645 650 47 45 81
298 182 521 121 729 36 22 63
10 g+cgg 17 17 10
2 agg+cga
4 carre ccc 8 17 25 16
5 autres
25 17 41

bacteroide, estimation des -rRNAs

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  • Lien tableur: bacteroide, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 27.5.20
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

bacteroide, calcul des -rRNAs

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bac bacteroide 63 génomes
bac1 cumul des +rRNAs de la fiche bacteroide pour 29 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 104 acc aac 1 agc
ctc ccc cac cgt 1
gtc gcc gac ggc
tta tca 1 taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa 1 cga
gta gca 102 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact29 inter max min total
207 3 0 210
bac2 indices du clade bacteroide du 27.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1        1.4  0.7
atgi 105 tct 0.7 tat 0.7 atgf 129
att 0.7 act aat agt
ctt 0.7 cct 1.4 cat cgc 1.4
gtt 0.7 gct gat ggt 0.7
ttc 129 tcc 98 tac 152 tgc 119
atc 295 acc 102 aac 130 agc 110
ctc 99 ccc 58 cac 114 cgt 134
gtc 35 gcc 83 gac 173 ggc 151
tta 112 tca 125 taa 6.2 tga 2.1
ata 0.7 aca 161 aaa 186 aga 108
cta 109 cca 149 caa 113 cga 42
gta 184 gca 286 gaa 181 gga 141
ttg 101 tcg 21 tag 0.7 tgg 117
atgj 114 acg 32 aag 47 agg 68
ctg 49 ccg 30 cag 29 cgg 55
gtg 3.4 gcg 4.1 gag 25 ggg 34
gtRNA inter max min total
2064 2113 669 4846
bac3 cumul des -rRNAs de l'annexe bacteroide de 2 génomes
g1    t1         
atgi 3 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 4 tcc 1 tac 7 tgc 2
atc acc 2 aac 3 agc 3
ctc 2 ccc cac 5 cgt 3
gtc gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 4 tca 4 taa tga
ata aca 8 aaa 8 aga 4
cta 3 cca 6 caa 3 cga 2
gta 9 gca gaa 8 gga 7
ttg 2 tcg tag tgg 3
atgj 3 acg aag agg
ctg 0 ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 inter max min total
39 77 5 121
bac4 indices des +rRNAs de la fiche bacteroide pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 359 acc 3.4 aac agc
ctc ccc cac cgt 3.4
gtc gcc gac ggc
tta tca 3.4 taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa 3.4 cga
gta gca 354 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact29 inter max min total
714 10 0 725
bac5 estimation des -rRNA du clade bacteroide pour 100 génomes
g1    t1        1.4  0.7
atgi 105 tct 0.2 tat atgf 129
att act 0.7 aat agt 0.2
ctt 0.9 cct 0.5 cat 0.9 cgc 1.4
gtt 0.2 gct 0.2 gat 0.9 ggt 0.2
ttc 129 tcc 98 tac 152 tgc 119
atc -64 acc 102 aac 127 agc 110
ctc 99 ccc 58 cac 114 cgt 131
gtc 35 gcc 83 gac 173 ggc 151
tta 112 tca 122 taa 6.2 tga 2
ata 0.7 aca 161 aaa 186 aga 108
cta 109 cca 146 caa 113 cga 42
gta 184 gca -66 gaa 181 gga 141
ttg 101 tcg 21 tag 0.7 tgg 117
atgj 114 acg 32 aag 47 agg 68
ctg 49 ccg 30 cag 29 cgg 55
gtg 3 gcg 4.1 gag 25 ggg 34
-rRNA inter max min total
1350 2103 670 4122
bac6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 150 tct tat atgf 250
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 200 tcc 50 tac 350 tgc 100
atc acc 100 aac 150 agc 150
ctc 100 ccc cac 250 cgt 150
gtc gcc 50 gac 200 ggc 100
tta 200 tca 200 taa tga
ata aca 400 aaa 400 aga 200
cta 150 cca 300 caa 150 cga 100
gta 450 gca gaa 400 gga 350
ttg 100 tcg tag tgg 150
atgj 150 acg aag agg
ctg 0 ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 inter max min total
1950 3850 250 6050

bacteroide, comparaison clade-annexe des -rRNAs

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  • Lien tableur: bacteroide, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - bac7. diff, somme des couleurs de bac7. La différence entre tRNAs est faite entre bac5 et bac6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - bac8. rap, rapport des sommes couleurs bac5/bac2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de bac5 sur celui de bac2.
  • Fréquences des différences en % du tableau bac7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	3	4	6	4	4	9	0	0	0	18	0	48
tot ≤ 50						21
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 12% au dessus de celle de la fiche des bacteroides.
tRNAs		fiche		annexe
sans		1559		121
avec		218		29
genomes		29		2
indice %	54		61
bac bacteroide 63 génomes
bac7 bacteroide, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 30 tct 100 tat atgf 48
att act 100 aat agt 100
ctt 100 cct 100 cat 100 cgc 100
gtt 100 gct 100 gat 100 ggt 100
ttc 36 tcc 49 tac 57 tgc 16
atc 100 acc 2 aac 16 agc 27
ctc 1 ccc 100 cac 54 cgt 13
gtc 100 gcc 40 gac 14 ggc 34
tta 44 tca 39 taa tga 100
ata 100 aca 60 aaa 54 aga 46
cta 27 cca 51 caa 25 cga 58
gta 59 gca 100 gaa 55 gga 60
ttg 1 tcg 100 tag 100 tgg 22
atgj 24 acg 100 aag 100 agg 100
ctg 100 ccg 100 cag 100 cgg 100
gtg 100 gcg 100 gag 100 ggg 100
diff inter max min total
381 579 99 1059
bac8 bacteroide, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt 129 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc -22 acc aac 97 agc
ctc ccc cac cgt 97
gtc gcc gac ggc
tta tca 97 taa tga
ata aca aaa aga
cta cca 98 caa cga
gta gca -23 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
65 100 100 85

bcts. Intergen51

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Intergen51. bcts. Introduction

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Intergen51. bcts. Historique des pré-études

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Intergen51. bcts. Formatage des résultats pour 51 génomes

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  • Lien au tableur:

bcts données intercalaires

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  • Voir le chapitre du même nom dans chaque génome
  • L'étendue des intercalaires fc+
myr	2273	1045	11	1978	2764
fps	1628	1114	8	1668	1996
npu	3999	1255	20	3230	5114
pmg	948	518	5	696	1643
abra	980	741	5	968	1176
apal	919	837	5	974	1421
scc	1000	671	5	1598	1666

Intergen51. bcts bde données intercalaires 200

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Intergen51. bcts. Vue de l'ensemble

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Intergen51. bcts. La longueur totale des intercalaires d'un génome

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  • Note:
bacteriodites						cyano bactéries							
fps	351,518		2,860,382	12.3		pmg	149,500		1,641,879	9.1			
myr	538,974		4,155,464	13.0		npu	1,547,626	8,234,322	18.8		
	
tenericutes						spirochete	
abra	151,700		1,877,792	8.1		scc	214,658		2,227,296	9.6			
apal	128,786		1,554,229	8.3		

beta delta epsilon 					negativicutes
cvi	481,477		4,751,080	10.1 		afn	242,270		2,329,769	10.4
ade	445,108		5,029,329	8.9
ant	203,179		3,192,235	6.4

Intergen51. bcts. Les différents types d'intercalaires

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  • Lien au tableur:

Intergen51. bcts. Détail des intercalaires RNA-RNA et CDS-rRNA

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Intergen51. bcts. Les intercalaires rares

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  • Note:

Intergen51. bcts. Les diagrammes de la totale

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Intergen51. bcts. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS

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Intergen51. bcts. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs
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  • Lien au tableur:
Intergen51. bcts. Les diagrammes CDS-CDS négatifs
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Intergen51. bcts. homogénéité des génomes
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  • Homogénéité des génomes
    - bacteroide: myr et fps sont analogues et ressemblent par leur rapport 4/1 de 0.8 aux clostridia. Ils ont un effectif du total moyen suivant le type x c, les 2 rapports 4/2 très élevés et ceux des s1-5/sp6 proches de l'unité. En outre ils présentent tous les 2 un excès de s6 par rapport à s8.
    - cyano: npu et pmg sont très différents. Ils ne se ressemblent franchement que par le rapport 4/1 des continus qui sont proches de 2.0. Ils diffèrent nettement par les effectifs, le 4/2 et les 2 s1-5/sp6.
    - tenericutes: abra et apal sont quasiment identiques. Des effectifs très faibles des x et forts des c, les 4/2/1 tournent autour de 2.0 et les s1-5/sp6 diffèrent entre x et c respectivement 1/3 et 1/1.
    - abde: cvi ade epsilon sont des proteobacteria. Ils ont en commun des effectifs et des 4/2 élevés et diffèrent pour le reste. cvi ressemble aux alpha par le 4/1 avec 3.2 contre 3.9, ade des actino avec 7.7 contre 5.7 et ant des clostridia avec 1.3 contre 0.9. Si cvi et ade ont des rapports s1-5/sp6 analogues (1/3 x et 3/4 c) ant diffère franchement avec les 2 rapports en 1/1 et un excès de s6, 44 contre 14 et 6 pour cvi et ade.
    - scc afn: bien qu'appartenant à 2 clades différents, spirochète et negativicutes, sont presque identiques avec seulement un faible des x pour afn de 4 contre 28 pour scc. Ils ressemblent aux tenericutes pour les discontinus, 4/2 et s1-5/sp6, et ressemblent à cvi ,donc aux alpha, pour les continus, 4/1 et s1-5/sp6.
négatifs x	myr	fps	npu	pmg	apal	abra	scc	afn	cvi	ade	ant
total		20	42	67	96	6	8	28	4	69	103	90
s1-5		9	23	22	41	2	2	3	1	25	36	42
sp6		11	19	45	55	4	6	25	3	44	67	48
rapport s1-5												
4/2		-	22.0	2.5	-	-	-	2.0	-	7.3	11.0	-
% / sp6												
s6		45	53	24	29	25	50	36	33	14	6	44
s7		9	16	16	13	0	0	12	33	34	22	8
s8		36	32	33	55	75	50	48	0	39	49	46
reste		9	0	27	4	0	0	4	33	14	22	2
% / total												
s1-5		45	55	33	43	33	25	11	25	36	35	47
sp6		55	45	67	57	67	75	89	75	64	65	53
												
												
négatifs c	myr	fps	npu	pmg	apal	abra	scc	afn	cvi	ade	ant
total		282	206	402	157	294	409	319	303	687	712	672
s1-5		133	106	190	104	145	211	195	167	493	607	385
sp6		149	100	212	53	149	198	124	136	194	105	287
rapport s1-5												
4/1		0.8	0.8	2.5	2.0	2.4	2.1	4.0	3.4	3.2	7.7	1.3
% / sp6												
s6		0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0
s7		15	15	22	19	5	6	18	15	20	24	11
s8		85	85	67	77	94	88	77	77	78	68	86
reste		0	0	10	4	1	7	5	7	2	9	2
% / total												
s1-5		47	51	47	66	49	52	61	55	72	85	57
sp6		53	49	53	34	51	48	39	45	28	15	43

Intergen51. bcts. Les diagrammes CDS-rRNA

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Intergen51. bcts. Les diagrammes CDS-16s
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Intergen51.bcts. Moyennes CDS-16s
CDS16sx. discontinu
bcts CDS16sx moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps 1172,0 137,2 8,5 1075 1269
myr
cyano npu 406,3 179,8 2,3 315 2x317 676 83,5 5,6
pmg 601 601 -111,3 200,3
tener abra
apal
bacteroide total 1172,0 137,2 8,5
cyano total 445,2 178,4 2,5 489,7 400,7
tener total
spirochète scc
beta cvi 449,0 57,5 7,8 391 450 506
delta ade
epsilon ant 462 462
negaticutes afn
CDS16sc. continu
bcts CDS16sc moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps 1060,0 72,8 14,6 1003:1005 1142 *1563 58,2 145,1
myr 984,0 197,9 5,0 688 1071:1073 1104 134,2 69,1
cyano npu
pmg
tener abra 432,7 0,6 749,4 432 2x433 -25,4 99,5
apal 276,5 99,7 2,8 206 347 130,7 -56,7
bacteroide total 1016,6 151,7 6,7 1118,2 914,9
cyano total
tener total 370,2 99,0 3,7 407,2 333,2
spirochète scc 536,3 243,6 2,2 350 447 812
beta cvi 426,4 31,8 13,4 370 3x437-439 447
delta ade 640,5 71,4 9,0 590 691
epsilon ant 325,0 46,4 7,0 292:305 378
negaticutes afn 351,0 78,2 4,5 265 3x300-346 391:485
Intergen51. bcts. Les diagrammes 5s-CDS
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  • Lien au tableur:
Intergen51.bcts. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS
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ftx-fx	66,3	ftc-fc	149,5
ftx-fx	-245,1	ftc-fc	-110,4
Intergen51.bcts Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS
ftx. tRNA-CDS discontinu
ftx bcts moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas
fps bacteroide 165,0 84,1 2,0 1 0 42,0 -4,4
myr 205,8 146,9 1,4 2 1 1,2 36,4
npu cyano 237,4 150,7 1,6 3 2 -15,7 56,0
pmg 152,1 85,5 1,8 4 0 69,6 -29,3
abra tener 90,6 38,0 2,4 0 1 57,2 -30,3
apal 200,0 165,9 1,2 1 0 -52,2 79,1
total bacteroide 188,2 124,4 1,5 207,1 169,4
total cyano 201,6 133,3 1,5 221,8 181,4
total tener 134,3 117,2 1,1 147,8 120,9
scc spirochète 193,5 95,9 2,0 2 0
cvi beta 174,0 134,5 1,29 0 1
ade delta 156,6 70,1 2,23 2 1
ant epsilon 139,5 16,0 8,70 2 0
afn negaticutes 170,9 116,2 1,47 0 0
5sCDSx. 5s-CDS discontinu
5sCDSx bcts moyenne écart m/e intercalaires  -
fps bacteroide 243,2 72,6 3,3 114 4x268-286
myr 158 158
npu cyano 187,7 125,9 1,5 68 176 319
pmg 43 43
abra tener
apal
total bacteroide 229,0 73,7 3,1
total cyano 151,5 125,7 1,2
total tener
scc spirochète 175 175 -
cvi beta 149,5 43,7 3,42 101 137:154 206
ade delta 75 75
ant epsilon 292,5 87,0 3,36 231 354
afn negaticutes 308,25 139,9 2,20 193 262:266 512
ftc. tRNA-CDS continu
ftc bcts moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas
fps bacteroide 156,4 138,3 1,1 2 1 32,9 1,5
myr 182,9 149,0 1,2 5 0 6,5 27,9
npu cyano 221,8 157,7 1,4 6 3 -4,1 43,7
pmg 158,4 166,1 1,0 8 0 59,3 -19,7
abra tener 194,9 152,2 1,3 2 3 -16,7 49,1
apal 122,9 51,1 2,4 1 0 55,4 -23
total bacteroide 172,1 144,4 1,2 189,3 154,9
total cyano 197,9 162,9 1,2 217,7 178,1
total tener 162,0 121,8 1,3 178,2 145,8
scc spirochète 217,7 160,5 1,4 2 1
cvi beta 126,7 100,2 1,26 8 3
ade delta 140,4 130,8 1,07 6 1
ant epsilon 129,1 100,9 1,28 3 0
afn negaticutes 147,0 106,3 1,38 1 0
5sCDSc. 5s-CDS continu
5sCDSc bcts moyenne écart m/e intercalaires  -
fps bacteroide 202 202  
myr 214,8 63,3 3,4 156:165 259:279
npu cyano 149 149
pmg
abra tener
apal
total bacteroide 212,2 55,1 3,9
total cyano 149
total tener
scc spirochète 398,5 68,6 5,8 350 447 -
cvi beta 274,25 101,4 2,70
ade delta 167 167
ant epsilon
afn negaticutes 291 7,1 41,15 286 296
fx. CDS-CDS discontinu
fx bcts moyenne écart m/e ftx-fx Sup 700 haut bas
fps bacteroide 211,1 151,9 1,4 -46,0 18 11,4 29,0
myr 197,2 143,7 1,4 8,6 49 25,3 15,2
npu cyano 248,3 163,4 1,5 -10,9 172 9,2 37,6
pmg 163,2 117,3 1,4 -11,1 6 94,3 -47,5
abra tener 150,9 104,8 1,4 -60,3 7 12,7 17,1
apal 145,6 80,5 1,8 54,4 3 17,9 11,8
total bacteroide 202,3 146,8 1,4 -14,0 ++ 222,5 182,0
total cyano 234,1 159,8 1,5 -32,5 ++ 257,5 210,7
total tener 148,7 95,4 1,6 -14,3 ++ 163,5 133,8
scc spirochète 193,5 127,9 1,5 -0,1 7
cvi beta 170,8 122,0 1,40 3,2 25
ade delta 178,9 113,3 1,58 -22,3 11
ant epsilon 154,3 97,9 1,58 -14,8 8
afn negaticutes 189,7 104,5 1,81 -18,8 10
fc. CDS-CDS continu
fc bcts moyenne écart m/e ftc-fc Sup 700 haut bas
fps bacteroide 167,5 129,3 1,3 -11,1 28 21,9 12,5
myr 175,9 138,0 1,3 6,9 60 13,5 20,9
npu cyano 215,7 151,9 1,4 6,0 159 9,4 31,5
pmg 127,9 106,5 1,2 30,4 1 97,2 -56,3
abra tener 153,4 108,7 1,4 41,5 8 16,2 14,7
apal 154,9 118,2 1,3 -32,1 13 14,6 16,2
total bacteroide 172,2 134,3 1,3 -0,1 189,4 155,0
total cyano 204,7 149,8 1,4 -6,8 225,2 184,2
total tener 154,1 113,3 1,4 7,9 169,5 138,7
scc spirochète 166,2 113,3 1,5 51,5 5
cvi beta 151,3 115,0 1,3 -24,6 17
ade delta 145,6 108,6 1,3 -5,2 17
ant epsilon 124,1 92,5 1,3 5,1 9
afn negaticutes 177,6 122,0 1,46 -30,6 10
Intergen51. bcts. Les CDS-rRNA rares
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  • Lien au tableur:

Intergen51. bcts. Les diagrammes RNA-RNA

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Intergen51. bcts. Les diagrammes rRNA-rRNA
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Intergen51.bcts. Les diagrammes tRNA-rRNA
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Intergen51.bcts. Moyennes rRNA-RNA
16s23s.
16s23s bcts moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps   
myr
cyano npu
pmg
tener abra 167,5 0,7 236,9 167 168 5,6 25,9
apal 137 137 36,1 -4,6
bacteroide total
cyano total
tener total 157,3 17,6 8,9 173,1 141,6
spirochète scc
beta cvi
delta ade
epsilon ant
negativicutes afn 332,0 54,0 6,1 251 3x 359
23s5s.
23s5s bcts moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps 154 6x154    -13,8 39,3
myr 107,5 1,3 82,1 105 7x107-109 32,7 -7,2
cyano npu 61 4x61 6,8 5,6
pmg 64 64 3,8 8,6
tener abra 35 4x35 3,5 3,5
apal 35 35 3,5 3,5
bacteroide total 127,4 23,9 5,3 140,2 114,7
cyano total 61,6 1,3 45,9 67,8 55,4
tener total 35 38,5 31,5
spirochète scc 3x72
beta cvi 124,4 1,1 117,3 7x124 127
delta ade 152 2x152
epsilon ant 207,3 10,5 19,7 3x202 223
negativicutes afn 213,3 36,4 5,9 139 5x228-229
16stRNA.
16stRNA bcts moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps 105 6x105    -4,7 23,0
myr 80,8 1,2 69,3 8x79-82 19,5 -1,3
cyano npu 131 4x131 11,8 14,2
pmg 125 125 17,8 8,2
tener abra 145 2x145 4,6 22,6
apal 118 118 31,6 -4,4
bacteroide total 91,1 12,5 7,3 100,3 82,0
cyano total 129,8 2,7 48,4 142,8 116,8
tener total 136,0 15,6 8,7 149,6 122,4
spirochète scc 135,3 2,9 46,9 132 2x137
beta cvi 167,7 37,8 4,4 2x82 6x182
delta ade 187 2x187
epsilon ant 111 4x111
negativicutes afn 94 2x94
tRNA23s.
tRNA23s bcts moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps 214 6x214 -23,2 57,9
myr 143,0 14,8 9,7 2x119 6x151 47,8 -13,1
cyano npu 260 4x260 25,6 26,4
pmg 258 258 27,6 24,4
tener abra 89 2x89 -5,0 20,3
apal 51 51 33,0 -17,7
bacteroide total 173,4 38,0 4,6 190,8 156,1
cyano total 259,6 0,9 290,2 285,6 233,6
tener total 76,3 21,9 3,5 84,0 68,7
spirochète scc 53,0 22,5 2,4 2x40 79
beta cvi 253,4 0,5 489,6 5x253 3x254
delta ade 194 2x194
epsilon ant 293,8 13,8 21,2 273 300 2x301
negativicutes afn 285,5 17,7 16,2 273 298
Intergen51. bcts. Les diagrammes tRNA-tRNA
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Les pourcentages des tRNA-tRNA extra bloc
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hors bloc	myr	fps	npu	pmg	apal	abra	scc	contigu	apal	abra		%bac	% cyan	%ten h	%ten c	%scc
20		4	1	22	1	5	6	2		7	7		8.3	79.3	73.3	70	20
40		30	4	0		1	0	7		1	0		56.7	0	6.7	5	70
60		9	2	2		0	0	1		2	2		18.3	6.9	0	20	10
80				1		1	2				1		0	3.4	20.0	5	0
100		2	1	2									5.0	6.9	0	0	0
120													0	0	0	0	0
140													0	0	0	0	0
160		1	1	1									3.3	3.4	0	0	0
180													0	0	0	0	0
200		1											1.7	0	0	0	0
220		1											1.7	0	0	0	0
240		1											1.7	0	0	0	0
260													0	0	0	0	0
restes		2											3.3	0	0	0	0
total		51	9	28	1	7	8	10		10	10		100	100	100	100	100
																	
repete		18	3	2	0	0	0	0		0	0		77.8	40	0	0	0
séquence	0	0	0	0	0	0	0		0	0		0	0	0	0	0
sans		3	3	2	1	4	4	4		1	1		22.2	60	100	100	100
clusters	21	6	4	1	4	4	4		1	1		100	100	100	100	100
																	
5		0	0	12	0	1	1	0		3	1		0.0	41.4	13.3	20	0
10		3	0	9	1	2	3	1		2	4		5.0	34.5	33.3	30	10
15		0	1	1	0	2	1	0		1	2		1.7	3.4	20.0	15	0
20		1	0	0	0	0	1	1		1	0		1.7	0	6.7	5	10
Les moyennes par génome
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Intergen51.bcts. Moyennes tRNA-tRNA
5stRNA
5stRNA bcts moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps   
myr
cyano npu
pmg
tener abra 11,5 1,2 9,4 5x11 14 7,9 -4,4
apal 36,0 21,2 1,7 21 51 -16,6 20,1
bacteroide total
cyano total
tener total 17,6 13,9 1,3 19,4 15,9
spirochète scc
beta cvi
delta ade
epsilon ant 170,0 4,2 40,1 *167 *173
negativicutes afn
tRNA contigu
tRNA cont bcts moyenne écart m/e total S60% sup120 haut bas
bacteroide fps   
myr
cyano npu
pmg
tener abra 21,6 23,3 0,9 10 100 0,3 3,6
apal 18,3 18,1 1,0 10 100 3,6 0,3
bacteroide total
cyano total
tener total 20,0 20,4 1,0 20 100 21,9 18,0
spirochète scc
beta cvi
delta ade
epsilon ant
negativicutes afn
tRNA intra cluster
tRNA in bcts moyenne écart m/e intercalaires haut bas
bacteroide fps 161 6x161 atc -27,7 52,0
myr 91,3 0,7 129,0 7x91 93 atc 42,0 -17,8
cyano npu 82 4x82 atc -7,2 20,8
pmg 12 12 atc 62,8 -49,2
tener abra
apal 6 6 atc
bacteroide total 121,1 35,8 3,4 133,3 109,0
cyano total 68,0 31,3 2,2 74,8 61,2
tener total 6
spirochète scc
beta cvi 67,5 34,3 2,0 2x12 6x86 atc
delta ade 22 2x22 atc
epsilon ant 19 4x19 atc
negativicutes afn 66 2x66 atc
tRNA hors cluster
tRNA hors bcts moyenne écart m/e total S60% sup120s haut bas
bacteroide fps 38,9 21,1 1,8 9 78 1 0,5 6,6
myr 35,3 15,2 2,3 51 84 6 4,1 3,0
cyano npu 16,7 25,2 0,7 27 85 1,4 1,9
pmg 10 1 100 1 8,1 -4,8
tener abra 23,1 26,0 0,9 8 75 1,5 3,0
apal 21,6 24,0 0,9 7 86 3,1 1,4
bacteroide total 35,8 16,1 2,2 60 83 39,4 32,2
cyano total 16,5 24,7 0,7 28 86 7 18,1 14,8
tener total 22,4 24,2 0,9 15 80 1 24,6 20,2
spirochète scc 31,7 11,1 2,8 10 100
beta cvi 26,2 17,7 1,5 44 95
delta ade 39,4 24,4 1,6 12 50 4
epsilon ant 26,2 23,9 1,1 29 86
negativicutes afn 15,9 23,0 0,7 27 96
Intergen51. bcts. Les RNA-RNA rares
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