Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/clostridia

• Annexe en préparation

Tanger le 3.11.19

Paeniclostridium sordellii AM370

psor opérons

• Liens: gtRNAdb, NCBI [1], génome [2]
• Lien tableur: psor opérons
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales;Peptostreptococcaceae; Paeniclostridium.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé

  - @2, cds de 62 aas, hp, à allure répétitive susceptible d'être créé par contrainte lors des conversions ou d'autres réparations: MWLFFLFFFLFFFLFFFFFLFFFLFFFFFLFFFFFFPIVVLQTEINFRYGYIYTIHSGIIF

  - @4, riboswitch se trouve dans un bloc à rRNA. Concerne cette remarque aussi le RNA non codant, ncRNA, à l'adresse 19421..19685.

• Note: il n'y apas de gtRNAdb. Aussi j'ai comparé (EXACT NB.CAR STXT) les 1ers atgf atgi atgj du génome cdc, avec les atg de psor.

C1 Paeniclostridium sordellii AM370

27.3%GC	8.8.19 Paris	112	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd
	9847..10620	CDS		205	205			258
	10826..12332	16s		196
	12529..15445	23s		78
	15524..15640	5s		85	85				85
	15726..15947	CDS						74
	18845..19297	CDS		3	3			151	3
	19301..19393	tcc		27
	19421..19685	ncRNA		152	152
	19838..21478	CDS						*547
	24343..24570	CDS		309	309			76
	24880..26386	16s		196
	26583..29499	23s		122
	29622..29738	5s		5			5
	29744..29832	tta	+	13			13
	29846..29921	atgf	3 aaa	15			15
	29937..30011	gaa	6 atg	9			9
	30021..30094	gga	3 gta	6			6
	30101..30176	gta	1 cgt	5			5
	30182..30258	gac	1 ggc	16			16
	30275..30350	aac	2 fois suite	4			4
	30355..30429	aca	aac aca aga	4			4
	30434..30518	tac	caa cac cca	15			15
	30534..30617	cta	cta gaa gac	14			14
	30632..30708	aga	gga tac tca	7			7
	30716..30791	caa	tgc tta ttc	11			11
	30803..30878	aaa		6			6
	30885..30973	tca		3			3
	30977..31052	ttc		9			9
	31062..31138	atgj		8			8
	31147..31223	atgi		21			21
	31245..31321	cca		6			6
	31328..31404	cac		4			4
	31409..31482	tgc		25			25
	31508..31596	tta		13			13
	31610..31685	atgf		15			15
	31701..31775	gaa		9			9
	31785..31858	gga		6			6
	31865..31940	gta		5			5
	31946..32022	gac		16			16
	32039..32114	aac		4			4
	32119..32193	aca		4			4
	32198..32282	tac		15			15
	32298..32381	cta		11			11
	32393..32467	ggc		13			13
	32481..32557	aga		7			7
	32565..32640	caa		11			11
	32652..32727	aaa		6			6
	32734..32822	tca		3			3
	32826..32901	ttc		9			9
	32911..32987	atgj		8			8
	32996..33072	atgi		21			21
	33094..33170	cca		6			6
	33177..33253	cac		9			9
	33263..33338	aaa		21			21
	33360..33433	tgc		6			6
	33440..33516	cgt		10
	33527..33602	gta		162	162				162
	33765..34016	CDS						84
	34042..34455	CDS		249	249			138
	34705..36211	16s		196
	36408..39324	23s		78
	39403..39519	5s		402	*402
comp	39922..40113	CDS		348	348			64
	40462..41968	16s		196
	42165..45081	23s		78
	45160..45276	5s		180	180				*180
	45457..47394	CDS						*646
	101428..102144	CDS		276	276			239
	102421..103927	16s		54
	103982..104057	gca		114
	104172..107096	23s		41
	107138..107211	gga		11
	107223..107339	5s		99	99				99
comp	107439..108617	CDS						393
	111345..111884	CDS		431	*431			180
	112316..113822	16s		54
	113877..113952	gca		114
	114067..116982	23s		193
	117176..117292	5s		5
	117298..117386	tta		9			9
	117396..117472	atgi		123
	117596..119102	16s		54
	119157..119232	gca		114
	119347..122263	23s		193
	122457..122573	5s		5
	122579..122667	tta		9			9
	122677..122753	atgi		123
	122877..124383	16s		54
	124438..124513	gca		114
	124628..127549	23s		78
	127628..127744	5s		100	100				100
	127845..129260	CDS						472
	215388..216260	CDS		264	264			291
	216525..218030	16s		123
	218154..218229	gca		152
	218382..221296	23s		50
	221347..221420	gga		12
	221433..221549	5s		109	109				109
	221659..221940	CDS		525	*525			94
	222466..223972	16s		196
	224169..227083	23s		144
	227228..227344	5s		228	228				*228
	227573..227989	CDS						139
	449964..450266	CDS		253	253			101
	450520..452026	16s		196
	452223..455139	23s		144
	455284..455400	5s		112	112				112
comp	455513..456616	CDS						368
	498418..499074	CDS		189	189			219
	499264..500770	16s		118
	500889..500964	gca		95
	501060..503976	23s		144
	504121..504237	5s		131	131				131
	504369..504551	CDS						61
	546886..550416	CDS		41	41			*1177	*41
comp	550458..550544	ttg		138	138
	550683..553325	CDS						*881
	608009..608683	CDS		195	195			225
	608879..608975	tga		37	37				37
comp	609013..609732	CDS						240
	815939..816655	CDS		71	71			239	71
	816727..816800	tgc		12		12
	816813..816888	aac		3		3
	816892..816966	aca		285	285
	817252..818727	CDS						492
	1284870..1288097	CDS		111	111			*1076	*111
	1288209..1288297	cta		426	*426
	1288724..1290853	CDS						*710
	1445161..1445664	CDS		135	135			168	135
	1445800..1445868	other	@1	258	258
	1446127..1446813	CDS						229
	2267513..2267698	CDS	@2	306	306			62	*306
comp	2268005..2268088	cta		404	*404
	2268493..2269758	CDS						422
	3094098..3094784	CDS		40	40			229	40
comp	3094825..3094941	5s		78
comp	3095020..3097936	23s		194
comp	3098131..3099637	16s		276	276
comp	3099914..3101161	CDS						416
	3159922..3160827	CDS		37	37			302	37
comp	3160865..3160956	agc		120	120
comp	3161077..3161376	CDS						100
comp	3274188..3274733	CDS		245	245			182	*245
comp	3274979..3275095	5s	@3	12
comp	3275108..3275181	gga		107
comp	3275289..3278214	23s		137
comp	3278352..3279858	16s		253	253
comp	3280112..3280690	CDS						193
comp	3303104..3304150	CDS		124	124			349	124
comp	3304275..3304459	riboswitch	@4	96
comp	3304556..3304672	5s		11
comp	3304684..3304758	aca		116
comp	3304875..3307789	23s		196
comp	3307986..3309492	16s		364	*364
	3309857..3310504	CDS						216
comp	3438683..3439531	CDS		142	142			283	142
comp	3439674..3439750	aga		7			7
comp	3439758..3439832	ggc		9			9
comp	3439842..3439918	gac		5			5
comp	3439924..3439999	gta		8			8
comp	3440008..3440082	gaa		5
comp	3440088..3440204	5s		40
comp	3440245..3443168	23s		112
comp	3443281..3443356	gca		109
comp	3443466..3444972	16s		138
comp	3445111..3445187	atgj	+	13			13
comp	3445201..3445276	ttc	3 atg	6			6
comp	3445283..3445359	atc	2 cca	6			6
comp	3445366..3445442	cca	2 gga	31			31
comp	3445474..3445549	tgg	2 aac	11			11
comp	3445561..3445637	atgi		6			6
comp	3445644..3445720	cca		6			6
comp	3445727..3445817	agc		11			11
comp	3445829..3445917	tca		6			6
comp	3445924..3445999	aaa		12			12
comp	3446012..3446087	caa		6			6
comp	3446094..3446170	aga		19			19
comp	3446190..3446263	gga		11			11
comp	3446275..3446359	tac		4			4
comp	3446364..3446438	aca		4			4
comp	3446443..3446518	aac		31			31
comp	3446550..3446625	aac		16			16
comp	3446642..3446718	gac		5			5
comp	3446724..3446799	gta		6			6
comp	3446806..3446879	gga		9			9
comp	3446889..3446963	gaa		15			15
comp	3446979..3447054	atgf		13			13
comp	3447068..3447156	tta		5
comp	3447162..3447278	5s		213
comp	3447492..3450406	23s		196
comp	3450603..3452109	16s		239	239
comp	3452349..3452552	CDS						68
comp	3523330..3524046	CDS		129	129			239	129
comp	3524176..3524251	gta	+	8		8
comp	3524260..3524334	gaa	2 fois	20		20
comp	3524355..3524430	aaa	gta gaa aaa	10		10
comp	3524441..3524515	aca		10		10
comp	3524526..3524602	gac		7		7
comp	3524610..3524685	gta		9		9
comp	3524695..3524769	gaa		5		5
comp	3524775..3524850	aaa		289	289
	3525140..3526039	CDS						300

psor cumuls

• Lien tableur: psor cumuls

cumuls. Paeniclostridium sordellii AM370

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	17	1	0	0	1	0	1	0	100	9
	16 23 5s 0	6	20	9	65	50	5	20	1	200	8
	16 atc gca	0	40	0	6	100	4	40	3	300	13
	16 23 5s a	2	60	0	0	150	10	60	1	400	4
	max a	44	80	0	0	200	5	80	1	500	4
	a doubles	2	100	0	0	250	5	100	3	600	1
	autres	9	120	0	0	300	8	120	3	700	1
	total aas	87	140	0	0	350	3	140	4	800	1
sans	opérons	8	160	0	0	400	1	160	1	900	1
	1 aa	6	180	0	0	450	4	180	2	1000	0
	max a	8	200	0	0	500	0	200	0	1100	1
	a doubles	1		0	0		1		3		1
	total aas	17		9	71		46		22		44
total aas		104
remarques		4
avec jaune			moyenne	9	10		206		119		304
			variance	5	6		121		73		257
sans jaune			moyenne				173		95		220
			variance				90		45		121

psor tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de psor opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

psor	89			44			44			89
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
3	27		3	27		27	3		27	3
37	120		195	37		120	37		120	37
41	138		37	120		138	41		195	37
71	285		41	138		195	37		138	41
111	426		135	258		258	135		285	71
129	289		71	285		285	71		426	111
135	258		129	289		289	129		289	129
195	37		306	404		404	306		258	135
306	404		111	426		426	111		404	306

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.

clostridia	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
psor		3,368		18		12	4	2		8	4	4	8
‰						667	222	111		889	444	444	889

psor blocs

• Lien tableur: psor blocs
• Lien cdc blocs: le tabeau de cdc blocs est à comparer à celui de psor pour les types manquants, en gris dans cdc blocs.
• Légende:

  - Les blocs sont rangés par type de I à IV pour les blocs 16s23s et de V à X pour les blocs 16sgca23s. Chaque bloc est noté par son type suivi d'un indice.

  - La 1ère partie du tableau représente la totalité des blocs; la 2ème les groupes où les blocs se suivent avec des intercalaires très faibles. Seul l'intercalaire séparant le bloc V2 de I4 est élevé et le plus grand du tableau, 525. Je considère qu'un intercalaire inférieur à 350 est faible relativement aux intercalaires intra bloc. Les intercalaires avec les CDS sont faibles ici puisque seulement 3 sont supérieurs à 350, 402 (I2), 431 (VI1) et 525 (I4). Voir le tableau des cumuls pour tout les intercalaires des cds où seulement 6 sur 46 dépassent 350, avec une moyenne de 173±90.

  - Les couleurs, rouge pour rRNA, vert pour une configuration peu courante, un gène tRNA entre 23s et 5s, et ribosw pour riboswitch. Le cyan pour repérer le même intercalaire par rapport à la direction 16s23s5s quand elle change quand on a des adresses complément.

• Notes:

  - 3 blocs avec des tRNAs longs, 44 23 5, concentrant les 2/3 des tRNAs avec des blocs 16s23s. 15 tRNAs sont dans des blocs courts ou 16sgca23s. Les tRNAs extra blocs sont 17.

  - 10 blocs 16s23s contre 7 blocs 16sgca23s

  - Le regroupement des blocs par 3 et 2 concerne 10 blocs et restent donc 7 blocs solitaires, 3 sans tRNA et 4 avec 1 ou 2 tRNA.

  - Existence de 4 cds intra groupe de petite taille en aas, 84 138 64 pour le 2èmer groupe, et 94 pour le 4ème groupe.

  - Le 1er groupe de 3 blocs n'a pas de cds internes et est constitué de la duplication d'un même bloc.

  - Des intercalaires très faibles inter blocs

  - Des intercalaires intra blocs qui se répètent beaucoup mais peuvent être divisés ou multipliés par 2.

  - note du 25.3.21, 348' pour complement à cheval sur 2 adresses 348' et souligné pour dire que le cds est partagé entre 2 blocs.

intercalaire				Total
16s-23s	9*196	137			10
23s-5s	5*78	4*144	3*193	40	13
16s-gca	4*54	3*120			7
gca-23s	5*114	95	152		7
5s-aas	4*5 (tta)	5 (gaa)		5

C1. Paeniclostridium sordellii AM370, blocs à rRNA

I		I2	I3	I4			II		III		IV	IV1	IV2
									CDS	124
							CDS	245	ribosw	96
CDS	205	249	348'	525	253	40'	5s	12	5s	11	CDS	309	5
16s	196	196	196	196	196	78	gga	107	aca	116	16s	196	213
23s	78	78	78	144	144	194	23s	137	23s	196	23s	122	196
5s	85	402'	180	228	112'	276	16s	253	16s	364'	5s	5	239
CDS							CDS		CDS		tta
V		V2	VI	VI1	VII	VII1	VIII	VIII1	IX		X	X1
CDS	276	264	CDS	431					CDS	189	gaa	5
16s	54	123	16s	54	16s	54	16s	54	16s	118	5s	40
gca	114	152	gca	114	gca	114	gca	114	gca	95	23s	112
23s	41	50	23s	193	23s	193	23s	78	23s	144	gca	109
gga	11	12	5s	5	5s	5	5s	100	5s	131	16s	138
5s	99'	109	tta	9	tta	9	CDS		CDS		atgj
CDS			atgi	123	atgi	123
groupe1			groupe2			groupe3			groupe4
	CDS	431		CDS	309		CDS	142		CDS	264
VI1	16s	54	IV1	16s	196		**4aas	8	V2	16s	123
	gca	114		23s	122		gaa	5		gca	152
	23s	193		5s	5		5s	40		23s	50
	5s	5		tta	13		23s	112		gga	12
	tta	9		**42aas	10		gca	109		5s	109
	atgi	123		gta	162	X1	16s	138		CDS	525
VII1	16s	54		CDS	25		atgj	13	I4	16s	196
	gca	114		CDS	249		**21aas	13		23s	144
	23s	193	I2	16s	196		tta	5		5s	228
	5s	5		23s	78		5s	213		CDS
	tta	9		5s	402		23s	196
	atgi	123		CDS	348	IV2	16s	239
VIII1	16s	54	I3	16s	196		CDS
	gca	114		23s	78
	23s	78		5s	180
	5s	100		CDS
	CDS

psor remarques

• Lien tableur: psor remarques
• Nombre de gènes protéines: 3327 (NCBI)
• Rmarques @:

1. - Un tRNA nommé other, non déterminé
2. - cds de 62 aas, hp, à allure répétitive susceptible d'être créé par contrainte lors des conversions ou d'autres réparations: MWLFFLFFFLFFFLFFFFFLFFFLFFFFFLFFFFFFPIVVLQTEINFRYGYIYTIHSGIIF
3. - une configuration rare 23s-aas-5s concerne 3 gga et 1 aca
4. - Les RNAs non codants: riboswitch dans un bloc à rRNA et ncRNA dans un bloc sans rRNA, adresse 19421..19685.

• Configuration des blocs: voir psor blocs.
• Les séquences des doubles: Il y a très peu de doubles mais des duplications de séquences. Le signe + dans psor opérons indique les doubles.

  - séquence 44 aas: voir psor opérons, la couleur cyan pour la duplication de 20 aas et la couleur verte pour les insertions. Je n'ai pas pu distingué les 3 types d'atg dans 6 atg, qui certainement doivent être départagés en 2 atgf 2 atgj 2 atgi. Ce qui laisse 2 doubles aaa et gta.

  - séquence 23 aas: voir ci-dessous l'analogie de séquence entre 23 aas et le début de 44 aas. Seuls 3 aas ont des doubles cca gga aac, aucune séquence n'est dupliquée.

  - séquence 5 aas, c'est une petite séquence simple à la suite du blocs 23aas. Est-ce le fait d'être dans un bloc 416s-gca-23s?

  - séquence 8 aas: voir psor opérons, adresse 3523330..3524046, duplication de 3 aas. Est-ce que ça ne serait pas une séquence détachée d'un bloc 16s23s5s comme les 2 autres longs blocs.

23aas	tta atg gaa gga gta gac aac aac aca tac gga aga caa aaa tca   agc cca atg tgg cca atc   ttc atg
44aas	tta atg gaa gga gta gac aac     aca tac cta aga caa aaa tca                             ttc atg   atg cca cac - - - -

psor distribution

• Lien tableur: psor distribution
• Notes: tableau Cl12 blocs à de 3 tRNAs sauf

  - -5s: 3 gga et aca

  - 1-3 aas: 2 tta et 2 atgi

Cl1 psor, Paeniclostridium sordellii AM370. clostridia.

Cl11 psor. La distribution des tRNAs sans rRNA. g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc 1 f atc j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac 1 ggc i tta c tca taa tga 1 j ata k aca 2 aaa 2 aga k cta 2 g cca caa cga l gta 2 o gca gaa 2 gga m ttg 1 d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total psor 12 5* 17

Cl12 psor. La distribution des tRNAs avec rRNA. g1    t1          a atgi 5 a tct tat atgf 3 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 3 b tcc tac 3 tgc 2 f atc 1 j acc aac 4 agc 1 g ctc f ccc cac 2 cgt 1 h gtc n gcc gac 4 ggc 2 i tta 5 c tca 3 taa tga j ata k aca 4 aaa 4 aga 4 k cta 2 g cca 4 caa 4 cga l gta 5 o gca 7 gaa 4 gga 7 m ttg d tcg tag tgg 1 n atgj 3 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total psor 4* 76* 7 87

psor. Intergen51

Intergen51. psor. Le génome

• psor Le prélèvement: Aclostridia
• Le nom et le lien NCBI: psor, Paeniclostridium sordellii strain AM370 chromosome, NCBI [3], date 8.1.18.
• psor La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
psor	450,598		3,550,458	12.7

psor données intercalaires

• Lien tableur: psor données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

psor données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

psor autres intercalaires aas

• Lien tableur: psor autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

Intergen51. psor. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. psor les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 psor les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,327 235 23 2,585 3.7 133 18 151 x 692 3 1 696 0 7 7 t 3,019 238 24 3,281 133 25 158 % 92.0 7.3 0.7

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 12 0 0 12 1.7 tRNA-CDS 19 8 x 7 0 0 7 RNA-RNA 133 59 t 19 0 0 19 CDS-rRNA 25 11 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 49 22 - total 226 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 5.6 8.3 0.4 32.0 8.3 33 0.9 0.0 x 9.1 14.3 33.3 9.5 0.0 33 0.1 0.0

Intergen51. psor. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  psor présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	psor
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.515	5.62E-07	-4.32E-04	-9.67E-03	39.1	fx1	abscisse	210.1	219.5
0.718	-5.50E-06	4.12E-03	-1.07E+00	103.0	fc1	ordonnée	22.1	16.3
								
0.636	-1.22E-06	7.69E-04	-2.40E-01	49.9	fx41			
0.926	3.28E-06	-2.16E-03	3.12E-01	17.2	fc41			

Intergen51. psor. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	psor			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	52		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		1	23		717	10938
 - 5		0	3		5	19
sp6		2	157		1642	8424
total		3	235		2,456	23,544
reste		1	1		264	420
s6		0	0		361	41
s7		0	27		321	1438
s8		1	129		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	0.4		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		0.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	17.2		19.5	17.1
s8/sp6		50.0	82.2		42.4	77.5
reste/sp6	50.0	0.6		16.1	5.0
						
total s1-5	1	78		814	15120
% / total						
%s1-5		33.3	33.2		33.1	64.2
%sp6		66.7	66.8		66.9	35.8

Intergen51. psor. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		13			CDS 16s		11	3
16s 23s		10			5s CDS		7	4
16s tRNA	7			16 CDS			
tRNA 23s	7			CDS 5s			
5s tRNA		5			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig	69			5s 16s			
tRNA hors	9			16s16s			
tRNA 16s	3						
23s tRNA	4						
tRNA 5s		4						
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		133	0		total		18	7

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. psor. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. psor. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 psor. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	cont1			cont2			cont3			cont4
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
13	tta		9	gaa		7	aga		4	aca
15	atgf		6	gga		9	ggc		31	aac
9	gaa		5	gta		5	gac		16	aac
6	gga		16	gac		8	gta		5	gac
5	gta		4	aac		**	gaa		6	gta
16	gac		4	aca		13	atgj		9	gga
4	aac		15	tac		6	ttc		15	gaa
4	aca		11	cta		6	atc		13	atgf
15	tac		13	ggc		31	cca		**	tta
14	cta		7	aga		11	tgg
7	aga		11	caa		6	atgi			hors
11	caa		6	aaa		6	cca		12	tgc
6	aaa		3	tca		11	agc		3	aac
3	tca		9	ttc		6	tca		**	aca
9	ttc		8	atgj		12	aaa		8	gta
8	atgj		21	atgi		6	caa		20	gaa
21	atgi		6	cca		19	aga		10	aaa
6	cca		9	cac		11	gga		10	aca
4	cac		21	aaa		4	tac		7	gac
25	tgc		6	tgc					9	gta
13	tta		10	cgt					5	gaa
15	atgf		**	gta					**	aaa
-

Peptoclostridium difficile CD196

cdc opérons

• Liens: gtRNAdb [4], NCBI [5], génome [orgn]
• Lien tableur: cdc opérons
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales;Peptostreptococcaceae; Clostridioides.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

C2 Peptoclostridium difficile CD196

28.6%GC	11.9.19 Paris	83	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
dir	9857..10630	cds		179	179			258		SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir	10810..12317	16s		52
dir	12370..12445	gca		249
dir	12695..15596	23s		111
dir	15708..15824	5s		126	126				126
dir	15951..16460	cds						170		transcription repressor NadR
dir	19402..19857	cds		0	0			152	0	nucleoside deaminase
dir	19858..19949	tcc		37
dir	19987..20251	ncRNA	@1	76	76
dir	20328..21965	cds						546		DNA polymerase III subunit gamma/tau
comp	23419..24624	cds		505	*505			402		glycosyl transferase
dir	25130..26637	16s		279
dir	26917..29816	23s	+	180
dir	29997..30113	5s	3 aaa	6
dir	30120..30194	aac	3 gta	6			6
dir	30201..30286	tta		15			15
dir	30302..30377	atgf		7			7
dir	30385..30459	gaa		9			9
dir	30469..30542	gga		5			5
dir	30548..30623	gta		5			5
dir	30629..30705	gac		9			9
dir	30715..30789	aca		14			14
dir	30804..30888	tac		8			8
dir	30897..30980	cta		29			29
dir	31010..31086	aga		7			7
dir	31094..31169	caa		88			88
dir	31258..31346	tca		3			3
dir	31350..31425	ttc		6			6
dir	31432..31508	atgj		11			11
dir	31520..31596	atgi		23			23
dir	31620..31696	cca		7			7
dir	31704..31780	cac		8			8
dir	31789..31864	aaa		7			7
dir	31872..31945	tgc		6			6
dir	31952..32026	aac		5			5
dir	32032..32117	tta		15			15
dir	32133..32208	atgf		7			7
dir	32216..32290	gaa		9			9
dir	32300..32373	gga		5			5
dir	32379..32454	gta		5			5
dir	32460..32536	gac		9			9
dir	32546..32620	aca		14			14
dir	32635..32719	tac		9			9
dir	32729..32812	cta		23			23
dir	32836..32910	ggc		24			24
dir	32935..33011	aga		9			9
dir	33021..33096	caa		8			8
dir	33105..33180	aaa		2			2
dir	33183..33271	tca		3			3
dir	33275..33350	ttc		6			6
dir	33357..33433	atgj		11			11
dir	33445..33521	atgi		17			17
dir	33539..33615	cac		8			8
dir	33624..33699	aaa		7			7
dir	33707..33780	tgc		7			7
dir	33788..33864	cgt		12			12
dir	33877..33952	gta		75	75				75
dir	34028..34441	cds		308	308			138		hp
dir	34750..38181	cds						1144		pyruvate carboxylase
dir	127011..127715	cds		281	281			235		N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir	127997..129505	16s		279
dir	129785..132685	23s	+	131
dir	132817..132933	5s	2 cca	6
dir	132940..133014	aac		4			4
dir	133019..133093	gaa		5			5
dir	133099..133174	gta		5			5
dir	133180..133256	gac		10			10
dir	133267..133341	aca		14			14
dir	133356..133440	tac		9			9
dir	133450..133523	gga		10			10
dir	133534..133610	aga		9			9
dir	133620..133695	caa		11			11
dir	133707..133782	aaa		2			2
dir	133785..133873	tca		17			17
dir	133891..133981	agc		8			8
dir	133990..134066	cca		85			85
dir	134152..134227	tgg		60			60
dir	134288..134364	cca		6			6
dir	134371..134447	atc		3			3
dir	134451..134526	ttc		7			7
dir	134534..134610	atgj		114
dir	134725..136115	16s		68
dir	136184..136259	gca		271
dir	136531..139430	23s		126
dir	139557..139673	5s		213	213				213
comp	139887..141071	cds		372	*372			395		pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir	141444..143795	cds		21	21			784		anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir	143817..144356	cds		776	*776			180		anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir	145133..146640	16s		52
dir	146693..146768	gca		373
dir	147142..150041	23s		126
dir	150168..150284	5s		7			7
dir	150292..150366	aac		5			5
dir	150372..150457	tta		15			15
dir	150473..150548	atgf		7			7
dir	150556..150630	gaa		14			14
dir	150645..150718	gga		5			5
dir	150724..150799	gta		5			5
dir	150805..150881	gac		10			10
dir	150892..150966	ggc		9			9
dir	150976..151049	aga		975	*975
dir	152025..152864	cds						280		TIGR00159 family protein
dir	378341..380728	cds		583	*583			796		cadmium-translocating P-type ATPase
dir	381312..382819	16s		311
dir	383131..386030	23s		126
dir	386157..386273	5s		177	177				177
dir	386451..387059	cds						203		DedA family protein
comp	833130..833894	cds		258	258			255		DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir	834153..834243	agc		87	87				87
dir	834331..835119	cds						263		flagellar motor protein
dir	1089165..1090139	cds		239	239			325	239	Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir	1090379..1091886	16s		320
dir	1092207..1095106	23s		91
dir	1095198..1095271	gga	@2	8
dir	1095280..1095396	5s		273	273
dir	1095670..1097688	cds						673		N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
comp	1181549..1182958	cds		1374	*1374			470		MBOAT family protein
comp	1184333..1184415	ttg		318	318				318
dir	1184734..1187382	cds						883		DNA polymerase I
dir	1835768..1837498	cds		109	109			577	109	Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir	1837608..1837688	cta		231	231
<dir	1837920..1838093	cds						58		HXXEE domain-containing protein
dir	2981767..2982444	cds		159	159			226	159	sortase SrtB
comp	2982604..2982678	aca	@3	94
comp	2982773..2985672	23s		184
comp	2985857..2987364	16s		340	340
dir	2987705..2988643	cds						313		delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
comp	3787361..3788431	cds		454	*454			357		ABC transporter ATP-binding protein
comp	3788886..3789002	5s		126
comp	3789129..3792028	23s		281
comp	3792310..3793817	16s		191	191				191
comp	3794009..3794587	cds						193		bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
comp	3944262..3944453	cds		119	119			64	119	DUF378 domain-containing protein
comp	3944573..3944689	5s		126
comp	3944816..3947715	23s		217
comp	3947933..3949440	16s		282	282
comp	3949723..3950004	cds		221	221			94		hp
comp	3950226..3951755	cds						510		lysine--tRNA ligase
dir	4084445..4085437	cds		382	*382			331		DNA replication protein DnaC
comp	4085820..4085894	aca				33
comp	4085928..4086003	gta				4
comp	4086008..4086082	gaa				6
comp	4086089..4086164	aaa		326	326				326
comp	4086491..4087780	cds						430		adenylosuccinate synthase

cdc cumuls

• Lien tableur: cdc cumuls

cumuls. Peptoclostridium difficile CD196

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	10	1		0	1	1	1	1	100	3
	16 23 5s 0	3	20	2	61	50	1	20	0	200	5
	16 gca 235	3	40	1	4	100	3	40	0	300	7
	16 23 5s a	2	60		1	150	3	60	0	400	5
	max a	43	80		0	200	4	80	1	500	3
	a doubles	2	100		2	250	4	100	1	600	3
	autres	2	120		0	300	4	120	2	700	1
	total aas	75	140		0	350	4	140	1	800	2
sans	opérons	5	160		0	400	2	160	1	900	1
	1 aa	4	180		0	450	0	180	1	1000	0
	max a	4	200		0	500	1	200	1	1100	0
	a doubles	0			0		5		4		1
	total aas	8		3	68		32		13		31
total aas		83
remarques		3
avec jaune			moyenne	14	12		313		165		378
			variance		15		283		94		259
sans jaune			moyenne		9		206				286
			variance		5		107				144

cdc tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de cdc opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

cdc	40			40			20			60
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
0	37		0	37		37	0		37	0
109	231		258	87		231	109		258	87
258	87		109	231		258	87		231	109
382	326		1374	318		382	326		1374	318
1374	318		382	326		1374	318		382	326

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.

clostridia	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
cdc		3,614		10		4	4	1	1	2	2	1	3
cdc ‰						400	400	100	100	400	400	200	600

cdc blocs

• Lien tableur: cdc blocs
• Lien psor blocs: le tabeau de cdc blocs est à comparer à celui de psor pour les types manquants, ici en gris.
• Légende: voir psor blocs.
• Notes:

  - cdc a perdu 3 blocs de type I, 16s23s5s sans tRNAs; les 2 blocs de type V, 16s-gca-23sgga5s et les 2 blocs 16s-gca-23s5s-2aas de type VI et VII. Soit la moitié des blocs courts, 7 sur 14, et plus de la moitié des blocs 16s-gca, 4 sur 7. Les 3 blocs longs sont maintenus mais modifiés.

C2. cdc blocs

	groupes		types				absents
	cds	281	I					II		III		IV	IV1	IV2
IV2	16s	279
	23s	131	CDS	583	454	119		cds	239
	5s	6	16s	311	126	126		16s	320	cds	159	cds	505	281
	aac	4	23s	126	281	217		23s	91	aca	94	16s	279	279
	**16aas	3	5s	177	191	282		gga	8	23s	184	23s	180	131
	ttc	7	CDS					5s	273	16s	340	5s	6	6
	atgj	114						cds		cds		aac	6	4
VIII1	16s	68
	gca	271						V		V2	VI	VI1	VII	VII1
	23s	126
	5s	213
	cds	372
	cds	21						VIII	VIII1	IX		X	X1
	cds	776										cds	21
X1	16s	52						atgj	114	cds	179	cds	776
	gca	373						16s	68	16s	52	16s	52
	23s	126						gca	271	gca	249	gca	373
	5s	7						23s	126	23s	111	23s	126
	aac	5						5s	213	5s	126	5s	7
	**7aas	9						cds	372	cds		aac	5
	aga	975
	cds

cdc psor

• Lien tableur: cdc psor
• Comparaison bsu-lmo: Les séquences, les cumuls.
• Légende:

  - La couleur cyan pour les différents entre cdc et psor; bois pour les identiques entre les clusters 43aas et 18aas de cdc d'une part et les clusters 44aas et 23aas de psor. Le gène aaa du cluster 18aas de cdc a son identique dans la 2ème partie du cluster 43aas et non dans la 1ère partie, car la duplication n'est pas exacte.

  - Le bleu pour des intercalaires exceptionnels.

  - Les blocs 16s indiquent des rRNAs de bordure, l'équivalent d'un cds.

  - Le jaune pour la conservation des cds: je ne l'ai appliqué ici qu'aux petits clusters sans rRNAs; Comparer les cumuls des intercalaires et protéines des cds de cdc et psor montre clairement que les clusters soit, sont très mobiles ou bien qu'il y a de nombreuses recombinansons entre le cluster et ses cds. Le jaune indique ici des intercalaires et des protéines presque identiques.

  - Les bordures très épaisses noires encadrent les 7 gènes du cluster 9aas identiques dans les duplicata du 43aas, comparaison cdc-cdc. Les bordures très épaisses bleues encadrent les 4 gènes du cluster 9aas de cdc et ceux du 23aas de psor, comparaison cdc-psor.

• Notes:

  - Les 3 blocs longs de cdc commencent tous par aac. Chez psor 2 blocs longs et 2 courts commencent par tta et 1 bloc long gca commence par gaa.

  - Le jaune encadré montre que le cluster cta conservé dans cdc est celui ayant une protéine identique, 58 contre 62 aas dans psor. Or dans psor ce cluster présente des répétitions caractéristiques des contraintes imposées aux réparations.

  - Les fréquences des différences entre intercalaires (diff) sont reportées dans le dernier tableau C24 et sont établies sur la plage des différences entre intercalaires cdc et psor du tableau C21 pour des couples identiques. 16% des différences sont nulles (8 sur 49) et 50% ne dépassent pas 2 paires de bases. Ces résultats sont à mettre en parallèle avec ceux de la omparaison bsu-lmo, avec les séquences et les cumuls. La faible variabilité des intercalaires cdc-psor par rapport à bsu-lmo est due à leur plus grande filiation, niveau genre contre le niveau famille pour bsu-lmo.

C2. Comparaison cdc-psor

C21. Comparaison cdc-psor cdc intercal psor intercal diff cds 505 cds 309 16s 279 16s 196 23s 180 23s 122 5s 6 5s 5 aac 6 tta 13 tta 15 atg 15 -2 atgf 7 gaa 9 8 gaa 9 gga 6 0 gga 5 gta 5 1 gta 5 gac 16 gac 9 aac 4 aca 14 aca 4 -10 tac 8 tac 15 7 cta 29 cta 14 -15 aga 7 aga 7 0 caa 88 caa 11 tca 3 aaa 6 ttc 6 tca 3 0 atgj 11 ttc 9 3 atgi 23 atg 8 -3 cca 7 atg 21 -2 cac 8 cca 6 -1 aaa 7 cac 4 tgc 6 tgc 25 aac 5 tta 13 -2 tta 15 atg 15 8 atgf 7 gaa 9 0 gaa 9 gga 6 1 gga 5 gta 5 0 gta 5 gac 16 gac 9 aac 4 aca 14 aca 4 -10 tac 9 tac 15 6 cta 23 cta 11 -12 ggc 24 ggc 13 -11 aga 9 aga 7 -2 caa 8 caa 11 3 aaa 2 aaa 6 4 tca 3 tca 3 0 ttc 6 ttc 9 3 atgj 11 atg 8 -3 atgi 17 atg 21 cac 8 cca 6 aaa 7 cac 9 1 tgc 7 aaa 21 14 cgt 12 tgc 6 -1 gta 75 cgt 10 -2 cds gta 162 cds   cds 776 16s 52 gca 373 23s 126 5s 7 atg 138 aac 5 16s 109 tta 15 gca 112 atgf 7 23s 40 gaa 14 5s 5 gga 5 gaa 8 gta 5 gta 5 0 gac 10 gac 9 -1 ggc 9 ggc 7 -2 aga 975 aga 142 cds cds   cds 281 cds 239 16s 279 16s 196 23s 131 23s 213 5s 6 5s 5 aac 4 tta 13 gaa 5 atg 15 gta 5 gaa 9 gac 10 gga 6 aca 14 gta 5 tac 9 gac 16 gga 10 aac 31 aga 9 aac 4 caa 11 aca 4 -10 aaa 2 tac 11 2 tca 17 gga 19 9 agc 8 aga 6 -3 cca 85 caa 12 1 tgg 60 aaa 6 4 cca 6 tca 11 -6 atc 3 agc 6 -2 ttc 7 cca 6 atgj 114 atg 11 16s tgg 31 -29 cca 6 0 atc 6 3 ttc 13 6 atg 138 16s   cds 129 gta 8 gaa 20 aaa 10 cds 382 aca 10 aca 33 gac 7 gta 4 gta 9 5 gaa 6 gaa 5 -1 aaa 326 aaa 289 cds cds

C22. Comparaisons internes cdc intercal cdc intercal diff cds 505 cds 281 16s 279 16s 279 23s 180 23s 131 5s 6 5s 6 aac 6 aac 4 tta 15 gaa 5 atgf 7 gta 5 gaa 9 gac 10 gga 5 aca 14 gta 5 tac 9 0 gac 9 gga 10 1 aca 14 aga 9 0 tac 8 caa 11 cta 29 aaa 2 aga 7 tca 17 2 caa 88 agc 8 tca 3 cca 85 ttc 6 tgg 60 atgj 11 cca 6 atgi 23 atc 3 cca 7 ttc 7 cac 8 atgj 114 aaa 7 16s tgc 6 cds 776 aac 5 16s 52 tta 15 gca 373 atgf 7 23s 126 gaa 9 5s 7 gga 5 aac 5 gta 5 tta 15 0 gac 9 atgf 7 1 aca 14 gaa 14 0 tac 9 gga 5 cta 23 gta 5 ggc 24 gac 10 aga 9 ggc 9 0 caa 8 aga 975 3 aaa 2 cds 0 tca 3 ttc 6 atgj 11 atgi 17 cac 8 aaa 7 tgc 7 cgt 12 gta 75 cds   psor psor intercal diff cds 309 cds 239 16s 196 16s 196 23s 122 23s 213 5s 5 5s 5 tta 13 tta 13 0 atg 15 atg 15 0 gaa 9 gaa 9 0 gga 6 gga 6 0 gta 5 gta 5 0 gac 16 gac 16 0 aac 4 aac 31 aca 4 aac 4 tac 15 aca 4 0 cta 14 tac 11 -4 aga 7 cta 19 5 caa 11 aga 6 -1 aaa 6 caa 12 1 tca 3 aaa 6 0 ttc 9 tca 11 atg 8 agc 6 atg 21 cca 6 cca 6 atg 11 cac 4 tgg 31 tgc 25 cca 6 tta 13 atc 6 0 atg 15 ttc 13 0 gaa 9 atg 138 0 gga 6 16s 0 gta 5 atg 138 0 gac 16 16s 109 0 aac 4 gca 112 aca 4 23s 40 0 tac 15 5s 5 cta 11 gaa 8 ggc 13 gta 5 aga 7 gac 9 -1 caa 11 ggc 7 1 aaa 6 aga 142 0 tca 3 cds ttc 9 atg 8 atg 21 cca 6 cac 9 aaa 21 tgc 6 cgt 10 gta 162 cds

C23. Conservation des cds cdc intercal psor intercal protéines cds 0 cds 3 151 – 152 tcc 37 tcc 27 ncRNA 76 ncRNA 152 547 – 546 cds cds   cds 1374 cds 41 470 – 1177 ttg 318 ttg 138 883 – 881 cds cds   cds 109 cds 111 577 – 1076 cta 231 cta 426 cds cds 58 – 577   cds 258 cds 37 255 – 302 agc 87 agc 120 cds cds 263 – 100   cds 306 62 cta 404 cds 422   cds 135 other 258 cds   cds 195 tga 37 cds   cds 71 tgc 12 aac 3 aca 285 cds

C24. Fréquence des différences des intercalaires gamme fréquence     -15 2 -14 -13 -12 1 -11 1 -10 3 -9 -8 -7 -6 1 -5 -4 -3 3 -2 7 -1 4 0 8 1 4 2 1 3 4 4 2 5 1 6 2 7 1 8 2 9 1 10 11 12 13 14 1 15   total 49 sous t. -2+2 24

cdc remarques

• Nombre de gènes protéines: cdc 3615, psor 3327 (NCBI)
• Comparaison bsu-lmo: Les séquences, les cumuls. bsu-lmo nouveau
• Rmarques @: On retrouve une partie des remarques de psor

1. - Les RNAs non codants: seul le bloc cds-tcc-ncRNA-cds est maintenu.
2. - Une configuration rare 23s-gga-5s complète au lieu de 3.
3. - La configuration 16s23s-aca-5s-riboswitch perd 5s-riboswitch et devient 16s23s-aca.

• Comparaison cdc-psor
  1. Les blocs à rRNAs: Les blocs disparaissent au moment des divisions et ce sont les non protégés par des séquences de tRNAs qui disparaissent en 1er. 7 clusters simples disparaissent et les groupes se défont.
  2. Les séquences longues:
     • Comparaison entre les 2 génomes, cdc-psor: Très peu de modifications, plutôt des mutations que des recombinaisons et encore moins des créations. Le cas de la disparition de aaa qui apparaît dans un intercalaire est emblématique.
     • Comparaisons intra génome, cdc-cdc et psor-psor. Là les remaniements sont légions et puissants: duplication de 20 tRNAs d'un seul coup, recombinaisons par lots ou tRNA par tRNA.
• Comparaison clostridia-bacilli entre cdc-psor et bsu-lmo: la comparaison est saisissante et on arrive à repérer une recombinaison après division, celle de 16s23s5s en 16s-atcgca-23s5s entre bsu et lmo. La mutation de cta en ctg, entre génome, qui conserve la longueur du tRNA, ainsi que la agc en tcc dans le petit bloc aac-**-gaa en intra.

  - Seul les clostridia présentent des cds dans les groupes, les bacilli non. Les autres génomes de clostridia (voir fiche) présentent beaucoup de cds dans les clusters alors que les bacilli (fiche) jamais.

• Conclusion: Tout se passe comme si le processus se déroulait d'un seul coup dans un génome, en dehors de la division. Puis pendant la 1ère division et les divisions suivantes certains clusters disparaissent facilement alors que se produisent quelques rares mutations et recombinaisons. C'est avant tout un processus de création ordonné donnant des séquences qui peuvent se dupliquer et se recombiner. Les séquences de tRNA stabilisent et maintiennent les blocs de rRNAs, un seul cluster à 6 tRNAs disparaît entre bsu et lmo, et aucun entre cdc et psor.

cdc distribution

• Lien tableur: cdc distribution
• Notes: Tableau Cl22

  - -5s: gga aca

Cl2 cdc, Peptoclostridium difficile CD196. clostridia.

Cl21 cdc. La distribution des tRNAs sans rRNA. g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 1 tac tgc f atc j acc aac agc 1 g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga k cta 1 g cca caa cga l gta 1 o gca gaa 1 gga m ttg 1 d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cdc 4 4* 8

Cl22 psor. La distribution des tRNAs avec rRNA. g1    t1          a atgi 2 a tct tat atgf 3 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 3 b tcc tac 3 tgc 2 f atc 1 j acc 2 aac 2 agc 1 g ctc f ccc cac 2 cgt 1 h gtc n gcc gac 4 ggc 2 i tta 3 c tca 3 taa tga j ata k aca 4 aaa 4 aga 4 k cta 2 g cca 3 caa 3 cga l gta 5 o gca 3 gaa 4 gga 5 m ttg d tcg tag tgg 1 n atgj 3 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cdc 2* 70 3 75

cdc. Intergen51

Intergen51. cdc. Le génome

• cdc Le prélèvement: Aclostridia
• Le nom et le lien NCBI: cdc, Clostridioides difficile CD196, NCBI [6], date 6.2.22.
• cdc La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
cdc	636,447		4,110,554	15.5	

cdc données intercalaires

• Lien tableur: cdc données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

cdc données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

cdc autres intercalaires aas

• Lien tableur: cdc autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

Intergen51. cdc. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. cdc les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 cdc les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,552 296 37 2,885 4.5 98 12 110 x 640 2 0 642 0 3 3 t 3,192 298 37 3,527 98 15 113 % 90.5 8.4 1.0

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 8 0 1 9 2.3 tRNA-CDS 13 5 x 4 0 0 4 RNA-RNA 98 35 t 12 0 1 13 CDS-rRNA 15 5 % 92.3 0.0 7.7 non RNA 156 55 - total 282 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 9.5 22.2 1.7 29.5 0.0 35 1.3 11.1 x 19.5 0.0 50.0 0.5 0.0 50 0.0 0.0

Intergen51. cdc. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  cdc présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cdc
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.718	2.24E-06	-2.16E-03	5.54E-01	11.8	fx1	abscisse	286.2	430.8
0.844	-6.73E-06	5.06E-03	-1.22E+00	105.0	fc1	ordonnée	21.4	4.3
								
0.670	3.89E-06	-3.34E-03	8.06E-01	-26.9	fx41			
0.903	-2.77E-07	3.58E-04	-1.86E-01	40.1	fc41			

Intergen51. cdc. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	cdc			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	59		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	1		3	12
 - 4		1	44		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		1	192		1642	8424
total		2	296		2,456	23,544
reste		1	5		264	420
s6		0	1		361	41
s7		0	32		321	1438
s8		0	154		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	0.7		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		0.0	0.5		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	16.7		19.5	17.1
s8/sp6		0.0	80.2		42.4	77.5
reste/sp6	100.0	2.6		16.1	5.0
						
total s1-5	1	104		814	15120
% / total						
%s1-5		50.0	35.1		33.1	64.2
%sp6		50.0	64.9		66.9	35.8

Intergen51. cdc. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		8			CDS 16s		7	2
16s 23s		7			5s CDS		5	1
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		3			23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig	67			5s 16s			
tRNA hors	3			16s16s			
tRNA 16s	1						
23s tRNA	2						
tRNA 5s		1						
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		98	0		total		12	3

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cdc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. cdc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 cdc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	cont1			cont2			cont3			cont5
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
6	aac		5	aac		8	cac		6	cca
15	tta		15	tta		7	aaa		3	atc
7	atgf		7	atgf		7	tgc		7	ttc
9	gaa		9	gaa		12	cgt		**	atgj
5	gga		5	gga		**	gta		5	aac
5	gta		5	gta			cont4		15	tta
9	gac		9	gac		4	aac		7	atgf
14	aca		14	aca		5	gaa		14	gaa
8	tac		9	tac		5	gta		5	gga
29	cta		23	cta		10	gac		5	gta
7	aga		24	ggc		14	aca		10	gac
88	caa		9	aga		9	tac		9	ggc
3	tca		8	caa		10	gga		**	aga
6	ttc		2	aaa		9	aga
14	atgj		3	tca		11	caa
23	atgi		6	ttc		2	aaa			hors
7	cca		14	atgj		17	tca		33	aca
8	cac		17	atgi		8	agc		4	gta
7	aaa					85	cca		6	gaa
6	tgc					60	tgg		**	aaa
-

Peptoclostridium difficile M68

cdc8 opérons

• Liens data bases: gtRNAdb [7], NCBI [8], génome [9]
• Lien tableur: cdc8 opérons
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales;Peptostreptococcaceae; Clostridioides.
• Liens internes: noms abrégés cdc8 remarques cdc8 cumuls
• Légende: voir cdc8 cumuls pour cdsa: cds en pbs, cdsd: cds dirigé; voir cdc8 remarques pour @ et +

  - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

  - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

  - cca: tRNA dupliqué dans le cluster 43aas (4306341).

  - cca: tRNA non dupliqué dans le cluster 43aas (4306341), ou remarques @2 et @3.

  - 554: voir cdc8 cumuls, veut dire sans jaune, exclu de la moyenne.

C3 Peptoclostridium difficile M68

28.6%GC	11.9.19 Paris	110	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
dir	4299490..4300134	cds		214	214			645		tyrosine-type recombinase/integrase
dir	4300349..4300807	cds	@1	554	554			459		helix-turn-helix domain-containing protein
dir	4301362..4303101	cds		0	0			1740		hypothetical protein
dir	4303102..4303305	cds		167	167			204		hp
dir	4303473..4304299	23s°		132				827
dir	4304432..4304548	5s	+	6				117
dir	4304555..4304629	aac		4			4	75
dir	4304634..4304708	gaa	2 cca	5			5	75
dir	4304714..4304789	gta		5			5	76
dir	4304795..4304871	gac		11			11	77
dir	4304883..4304957	aca		14			14	75
dir	4304972..4305056	tac		9			9	85
dir	4305066..4305139	gga		10			10	74
dir	4305150..4305226	aga		9			9	77
dir	4305236..4305311	caa		11			11	76
dir	4305323..4305398	aaa		2			2	76
dir	4305401..4305489	tca		18			18	89
dir	4305508..4305598	agc		8			8	91
dir	4305607..4305683	cca		85			85	77
dir	4305769..4305844	tgg		60			60	76
dir	4305905..4305981	cca		5			5	77
dir	4305987..4306063	atc		3			3	77
dir	4306067..4306142	ttc		7			7	76
dir	4306150..4306226	atgj		114				77
dir	4306341..4307538	16s		0	0			1198	0
dir	4307539..4308225	cds		100	100			687		xylose isomerase
dir	1..796	23s°		181				796
dir	978..1094	5s		6				117
dir	1101..1175	aac	+	6			6	75
dir	1182..1267	tta	3 aaa	15			15	86
dir	1283..1358	atgf	3 gta	7			7	76
dir	1366..1440	gaa		9			9	75
dir	1450..1523	gga		5			5	74
dir	1529..1604	gta		5			5	76
dir	1610..1686	gac		9			9	77
dir	1696..1770	aca		14			14	75
dir	1785..1869	tac		10			10	85
dir	1880..1963	cta		28			28	84
dir	1992..2068	aga		7			7	77
dir	2076..2151	caa		89			89	76
dir	2241..2329	tca		3			3	89
dir	2333..2408	ttc		6			6	76
dir	2415..2491	atgj		11			11	77
dir	2503..2579	atgi		29			29	77
dir	2609..2685	cca		7			7	77
dir	2693..2769	cac		8			8	77
dir	2778..2853	aaa		7			7	76
dir	2861..2934	tgc		6			6	74
dir	2941..3015	aac		6			6	75
dir	3022..3107	tta		15			15	86
dir	3123..3198	atgf		7			7	76
dir	3206..3280	gaa		9			9	75
dir	3290..3363	gga		5			5	74
dir	3369..3444	gta		5			5	76
dir	3450..3526	gac		9			9	77
dir	3536..3610	aca		14			14	75
dir	3625..3709	tac		9			9	85
dir	3719..3802	cta		24			24	84
dir	3827..3901	ggc		24			24	75
dir	3926..4002	aga		9			9	77
dir	4012..4087	caa		8			8	76
dir	4096..4171	aaa		2			2	76
dir	4174..4262	tca		3			3	89
dir	4266..4341	ttc		6			6	76
dir	4348..4424	atgj		11			11	77
dir	4436..4512	atgi		17			17	77
dir	4530..4606	cac		8			8	77
dir	4615..4690	aaa		7			7	76
dir	4698..4771	tgc		7			7	74
dir	4779..4855	cgt		12			12	77
dir	4868..4943	gta		75	75			76	75
dir	5019..5432	cds		308	308			414		hp
dir	5741..9172	cds						3432		pyruvate carboxylase
dir	94032..94736	cds		281	281			705	281	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir	95018..95994	16s°		100				977
dir	96095..97613	23s°		126				1519
dir	97740..97856	5s		7				117
dir	97864..97938	aac		6			6	75
dir	97945..98030	tta		15			15	86
dir	98046..98121	atgf		7			7	76
dir	98129..98203	gaa		8			8	75
dir	98212..98285	gga		4			4	74
dir	98290..98365	gta		5			5	76
dir	98371..98447	gac		10			10	77
dir	98458..98532	ggc		9			9	75
dir	98542..98615	aga		954	954			74
dir	99570..100409	cds						840		TIGR00159 family protein
dir	306829..309216	cds		733	733			2388		cadmium-translocating P-type ATPase
<> comp	309950..310076	cds		1	1			127	1	glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A
dir	310078..311313	23s°		126				1236
dir	311440..311556	5s		177	177			117
dir	311734..312342	cds						609		DedA family protein
comp	861856..862620	cds		258	258			765		DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir	862879..862969	agc		87	87			91	87
dir	863057..863845	cds						789		flagellar motor protein
dir	1106477..1107451	cds		238	238			975	238	Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir	1107690..1109197	16s	@2	320				1508
dir	1109518..1112416	23s		91				2899
dir	1112508..1112581	gga		8				74
dir	1112590..1112706	5s		273	273			117
dir	1112980..1114998	cds						2019		N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
comp	1196804..1198213	cds		1378	1378			1410		MBOAT family protein
comp	1199592..1199674	ttg		318	318			83	318
dir	1199993..1202641	cds						2649		DNA polymerase I
dir	1850896..1852626	cds		109	109			1731	109	Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir	1852736..1852816	cta		334	334			81
dir	1853151..1853666	cds						516		HXXEE domain-containing protein
dir	3024038..3024715	cds		150	150			678	150	sortase SrtB
comp	3024866..3024940	aca	@3	93				75
comp	3025034..3027933	23s		184				2900
comp	3028118..3029625	16s		374	374			1508
dir	3030000..3030938	cds						939		delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
dir	3805298..3806743	cds		208	208			1446		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	3806952..3807028	agg		61	61			77	61
<comp	3807090..3808790	cds						1701		formate dehydrogenase subunit alpha
comp	3875816..3876886	cds		452	452			1071		ABC transporter ATP-binding protein
comp	3877339..3877455	5s		125				117
comp	3877581..3880480	23s		261				2900
comp	3880742..3882249	16s		190	190			1508	190
comp	3882440..3883018	cds						579		bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
comp	4017523..4017714	cds		118	118			192	118	DUF378 domain-containing protein
comp	4017833..4017949	5s		126				117
comp	4018076..4020975	23s		321				2900
comp	4021297..4022804	16s		292	292			1508
comp	4023097..4023378	cds		221	221			282		hp
comp	4023600..4025129	cds						1530		lysine--tRNA ligase
dir	4135881..4136873	cds		383	383			993		DNA replication protein DnaC
comp	4137257..4137331	aca		33		33		75
comp	4137365..4137440	gta		4		4		76
comp	4137445..4137519	gaa		6		6		75
comp	4137526..4137601	aaa		331	331			76	331
comp	4137933..4139222	cds						1290		adenylosuccinate synthase
dir	4178197..4178970	cds		179	179			774		SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir	4179150..4180587	16s		161				1438
comp	4180749..4180865	5s		201				117
comp	4181067..4183959	23s		217				2893
comp	4184177..4185684	16s		108				1508
comp	4185793..4185869	atgi		11			11	77
comp	4185881..4185969	tta		5				89
comp	4185975..4186091	5s		201				117
comp	4186293..4189192	23s		375				2900
comp	4189568..4189643	gca		52				76
comp	4189696..4190959	16s’	@4	100				1264
dir	4191060..4192225	16s’		52				1166
dir	4192278..4192353	gca		248				76
dir	4192602..4193197	23s°		100				596
dir	4193298..4193874	16s°		321				577
dir	4194196..4196423	23s’		100				2228
dir	4196524..4197091	16s°		320				568
dir	4197412..4199044	23s°		100				1633
dir	4199145..4201593	23s’		126				2449
dir	4201720..4201836	5s		127	127			117	127
dir	4201964..4202473	cds						510		transcription repressor NadR
dir	4205417..4205872	cds		0	0			456	0	nucleoside deaminase
dir	4205873..4205964	tcc	@5	37				92
dir	4206002..4206266	ncRNA		76	76			265
dir	4206343..4207980	cds						1638		DNA polymerase III subunit gamma/tau
comp	4209435..4210639	cds		496	496			1205		glycosyl transferase
	4211136..4212643	16s		321				1508
	4212965..4213127	23s°		100	100			163	100
<>comp	4213228..4213849	cds		111				622		CHAP domain-containing protein
comp	4213961..4214620	cds		228	228			660	228	type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir	4214849..4216199	16s		321				1351
dir	4216521..4217008	23s°		101				488
comp	4217110..4218529	23s°		250				1420
comp	4218780..4218855	gca		52				76
comp	4218908..4219471	16s°		100				564
comp	4219572..4219856	23s°		217				285
comp	4220074..4221581	16s		179	179			1508	179
>comp	4221761..4222206	cds		386	386			446	386	B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir	4222593..4224100	16s		321				1508
dir	4224422..4227321	23s		181				2900
dir	4227503..4227619	5s		6				117
dir	4227626..4227700	aac		6			6	75
dir	4227707..4227792	tta		15			15	86
dir	4227808..4227883	atgf		7			7	76
dir	4227891..4227965	gaa		9			9	75
dir	4227975..4228048	gga		5			5	74
dir	4228054..4228129	gta		5			5	76
dir	4228135..4228211	gac		9			9	77
dir	4228221..4228295	aca		14			14	75
dir	4228310..4228394	tac		10			10	85
dir	4228405..4228488	cta		28			28	84
dir	4228517..4228593	aga		7			7	77
dir	4228601..4228676	caa		89			89	76
dir	4228766..4228854	tca		3			3	89
dir	4228858..4228933	ttc		6			6	76
dir	4228940..4229016	atgj		11			11	77
dir	4229028..4229104	atgi		29			29	77
dir	4229134..4229210	cca		7			7	77
dir	4229218..4229294	cac		8			8	77
dir	4229303..4229378	aaa		353				76
comp	4229732..4229848	5s		126				117
comp	4229975..4232010	23s'		582				2036
dir	4232593..4234098	16s	@6	217				1506
dir	4234316..4237215	23s		126				2900
dir	4237342..4237458	5s		216	216			117	216
comp	4237675..4238859	cds		372	372			1185		pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir	4239232..4241583	cds		21	21			2352		anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir	4241605..4242144	cds		778	778			540		anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir	4242923..4244459	16s	@7	261				1537
dir	4244721..4247619	23s		201				2899
dir	4247821..4247937	5s		5				117
dir	4247943..4248031	tta		11			11	89
dir	4248043..4248119	atgi		108				77
dir	4248228..4249735	16s		184				1508
dir	4249920..4250564	23s°		100	100			645	100
<dir	4250665..4250923	cds		112	112			259	112	hp
comp	4251036..4253145	23s’		375				2110
comp	4253521..4253596	gca		52				76
comp	4253649..4254226	16s°		282	282			578
dir	4254509..4254712	cds		12	12			204		hp
dir	4254725..4256002	cds						1278		phage portal protein

cdc8 cumuls

• Lien tableur: cdc8 cumuls
• Liens internes: cdc8 opérons
• Légende:

  - avec et sans rRNA, fréquences des intercalaires dans les clusters avec rRNA ou sans rRNA.

  - cdsd, je ne choisis que le cds avec l'intercalaire le plus faible d'un cluster donné, en supposant que ce cds a été créé par le cluster lors des conversions.

  - cdsa, longueur du cds en aas ici. C'est le cdsa de cdc8 opérons divisé par 3.

  -  1 : occurences exclues de la moyenne. Sont exclus de la moyenne les jaunes 554 de cdc8 opérons.

C3. cumuls. Peptoclostridium difficile M68

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	21	1		0	1	4	1	3	100	6
	16 23 5s 0	4	20	2	77	50	2	20	0	200	8
	16 gca 235	2	40	1	6	100	7	40	0	300	11
	16 23 5s a	5	60		0	150	5	60	0	400	5
	max a	43	80		1	200	5	80	2	500	5
	a doubles	2	100		3	250	6	100	3	600	5
	autres	10	120		0	300	5	120	3	700	1
	total aas	98	140		0	350	4	140	1	800	1
sans	opérons	6	160		0	400	4	160	1	900	1
	1 aa	5	180		0	450	0	180	1	1000	0
	max a	4	200		0	500	2	200	1	1100	0
	a doubles	0			0		4		7		1
	total aas	9		3	87		48		22		44
total aas		108
remarques		7
avec jaune			moyenne	14	13		256		155		330
			variance		16		252		109		234
sans jaune			moyenne		10		182				208
			variance		6		117				97

cdc8 tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de cdc8 opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

cdc8	33			50			17			67
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
0	37		0	37		37	0		37	0
109	334		208	61		208	61		208	61
208	61		258	87		258	87		258	87
258	87		1378	318		334	109		334	109
383	331		383	331		383	331		1378	318
1378	318		109	334		1378	318		383	331

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.

clostridia	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
cdc8		3,831		12		5	5	1	1	2	3	1	4
‰						417	417	83	83	333	500	167	667

cdc8 blocs

• Lien tableur: cdc8 blocs
• Lien cdc blocs: La colonne "Bloc type" de cdc8 blocs correspond aux types définis dans cdc blocs.
• Légende

  - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

  - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

  - cca: remarques @2 et @3.

• Notes:

  - Je définis le type de bloc en comparant avec un bloc de cdc_bloc ayant approximativement les mêmes intercalaires et quand c'est possible les tRNAs identiques qui l'accompagnent. L'identification des tRNAs est faite dans la comparaison entre cdc et cdc 8 dans 43aas, 18aas et 9aas.

  - Les groupes de clusters. Un groupe de cluster à rRNA, et ici avec les débris de rRNA aussi, est un ensemble de rRNAs espacés de tRNAs et de cds par des intercalaires faibles, inférieurs à 778 pbs ici. Les 2 intercalaires des cds terminaux peuvent être très élevés, indiquant que le cds n'est pas sous l'influence de la conversion appliquée au cluster. Au total cdc8 a 9 groupes dont 6 avec un seul bloc, et 3 avec plus de 2 comprenant la quasi totalité des rRNAs, 40/46.

  1. Les solitaires, 6 dont 5 bien typés, I2 I3 II III et X1.
  2. Le groupe à 2 blocs, IV1 et IV2 bien typés.
  3. Le groupe à 15 rRNAs dans lequel je n'ai pu typé que 2 blocs, I1 et VII1.
  4. Le groupe à 23 rRNAs dans lequel je n'ai pu typé que 3 blocs, I4 IV3 IV4.
  5. Le type IV4, 16s23s5s-tta-atgi, n'existe pas dans psor mais est ajouté ici parce qu'il est semblable aux types IV, 16s23s5s suivi de tRNAs. Mais en plus avec tta-atgi il est comparable aussi aux types VII1 et VIII1. Ce point est important quand on considère l'origine de cdc8 comme croisement de cdc et psor. Ce type IV4 va en faveur d'une évolution de cdc vers psor en passant par cdc8.

C3. cdc8 blocs

Bloc type	groupes	intercal	Bloc type	groupes	intercal	Bloc type	groupe	intercal
	cds	554		cds	150		cds	496
	cds	0		aca	93		16s	321
	cds	167		23s	184		23s°	100
	23s°	132	III	16s	374		cds	111
IV2	5s	6		cds			cds	228
	aac	4					16s	321
	**16aas	7		cds	452		23s°	101
	atgj	114		5s	125		23s°	250
IV1	16s	0		23s	261		gca	52
	cds	100	I2	16s	190		16s°	100
	23s°	181		cds			23s°	217
	5s	6					16s	179
	aac	6		cds	118		cds	386
	**41aas	12		5s	126	IV3	16s	321
	gta	75		23s	321		23s	181
	cds	308	I3	16s	292		5s	6
	cds			cds			aac	6
							**17aas	8
	cds	281		cds	179		aaa	353
	16s°	100		16s	161		5s	126
	23s°	126		5s	201		23s'	582
X1	5s	7	I1	23s	217	I4	16s	217
	aac	6		16s	108		23s	126
	**7aas	9		atgi	11		5s	216
	aga	954		tta	5		cds	372
	cds			5s	201		cds	21
				23s	375		cds	778
	cds	733	VII1	gca	52	IV4	16s	261
	cds	1		16s’	100		23s	201
	23s°	126		16s’	52		5s	5
	5s	177		gca	248		tta	11
	cds			23s°	100		atgi	108
				16s°	321		16s	184
	cds	238		23s'	100		23s°	100
II	16s	320		16s°	320		cds	112
	23s	91		23s°	100		23s’	375
	gga	8		23s’	126		gca	52
	5s	273		5s	127		16s°	282
	cds			cds			cds

cdc8 cdc psor 43

• Lien tableur: cdc8 cdc psor 43
• Lien cdc psor: le tableau de comparaison cdc-psor
• Légende

  - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

  - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

  - cca: marque les tRNAs différents entre les 2 génomes.

  - diff pour différence entre les intercalaires (intercal) cdc moins cdc8.

  - séquences identiques (bordure épaisse): Une séquence identique entre les 2 génomes est encadrée par 2 tRNAs différents (cyan) dans l'un et par 2 bordures épaisses dans l'autre.

• Notes:

  - identité entre cdc et cdc8 avec de rares différences faibles entre les intercalaires.

  - Aussi on retrouve les différences entre cdc et psor dans le tableau de droite.

C3. Comparaison cdc8-cdc-psor 43

C31. Comparaison cdc8-cdc 43 cdc8 43aas cdc 43aas gene intercal gene intercal diff 16s 1 cds 100 16s 279 23s° 181 23s 180 -1 5s 6 5s 6 0 aac 6 aac 6 0 tta 15 tta 15 0 atgf 7 atgf 7 0 gaa 9 gaa 9 0 gga 5 gga 5 0 gta 5 gta 5 0 gac 9 gac 9 0 aca 14 aca 14 0 tac 10 tac 8 -2 cta 28 cta 29 1 aga 7 aga 7 0 caa 89 caa 88 -1 tca 3 tca 3 0 ttc 6 ttc 6 0 atgj 11 atgj 11 0 atgi 29 atgi 23 -6 cca 7 cca 7 0 cac 8 cac 8 0 aaa 7 aaa 7 0 tgc 6 tgc 6 0 aac 6 aac 5 -1 tta 15 tta 15 0 atgf 7 atgf 7 0 gaa 9 gaa 9 0 gga 5 gga 5 0 gta 5 gta 5 0 gac 9 gac 9 0 aca 14 aca 14 0 tac 9 tac 9 0 cta 24 cta 23 -1 ggc 24 ggc 24 0 aga 9 aga 9 0 caa 8 caa 8 0 aaa 2 aaa 2 0 tca 3 tca 3 0 ttc 6 ttc 6 0 atgj 11 atgj 11 0 atgi 17 atgi 17 0 cac 8 cac 8 0 aaa 7 aaa 7 0 tgc 7 tgc 7 0 cgt 12 cgt 12 0 gta 75 gta 75 0 cds cds

C32. Comparaison cdc8-psor 43 cdc8 43aas psor 44aas gene intercal gene intercal diff 16s 1 cds 100 16s 196 23s° 181 23s 122 5s 6 5s 5 aac 6 tta 13 -2 tta 15 atg 15 8 atgf 7 gaa 9 0 gaa 9 gga 6 1 gga 5 gta 5 0 gta 5 gac 16 gac 9 aac 4 aca 14 aca 4 -10 tac 10 tac 15 5 cta 28 cta 14 -14 aga 7 aga 7 0 caa 89 caa 11 tca 3 aaa 6 ttc 6 tca 3 0 atgj 11 ttc 9 3 atgi 29 atg 8 -3 cca 7 atg 21 -8 cac 8 cca 6 -1 aaa 7 cac 4 tgc 6 tgc 25 aac 6 tta 13 -2 tta 15 atg 15 8 atgf 7 gaa 9 0 gaa 9 gga 6 1 gga 5 gta 5 0 gta 5 gac 16 gac 9 aac 4 aca 14 aca 4 -10 tac 9 tac 15 6 cta 24 cta 11 -13 ggc 24 ggc 13 -11 aga 9 aga 7 -2 caa 8 caa 11 3 aaa 2 aaa 6 4 tca 3 tca 3 0 ttc 6 ttc 9 3 atgj 11 atg 8 -3 atgi 17 atg 21 cac 8 cca 6 aaa 7 cac 9 1 tgc 7 aaa 21 14 cgt 12 tgc 6 -1 gta 75 cgt 10 -2 cds gta 162 cds

cdc8 cdc psor 18

• Lien tableur: cdc8 cdc psor 18
• Lien cdc psor: le tableau de comparaison cdc-psor
• Légende

  - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

  - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

  - cca: marque les tRNAs différents entre les 2 génomes.

  - diff pour différence entre les intercalaires (intercal) colonne de droite moins colonne de gauche.

  - séquences identiques (bordure épaisse): Une séquence identique entre les 2 génomes est encadrée par 2 tRNAs différents (cyan) dans l'un et par 2 bordures épaisses dans l'autre.

• Notes:

  - Sont comparés ici des suite de longueurs équivalentes entre les 3 génomes, 18aas 19aas 23aas,

  - avec 4 comparaisons cdc8 18aas/cdc 18aas, cdc8 19aas/psor 23aas, cdc8 18aas/psor 23aas, cdc8 19aas/cdc8 18aas,

  - cdc8 18aas et cdc 18aas sont identiques alors que, en intra, cdc8 19aas est très différent de cdc8 18aas.

  - cdc8 18aas est quasiment inclus dans psor 23aas: les 14 tRNAs de la fin de cdc8 se trouvent en fin de psor avec une seule insertion dans psor, mais les différences entre intercalaires sont élevées comme entre cdc et psor.

C3. Comparaison cdc8-cdc-psor 18

C33. Comparaison cdc8-cdc-psor 18 cdc8 18aas cdc 18aas gene intercal gene intercal diff cds 214 cds 554 cds 0 cds 167 16s 279 23s° 132 23s 131 -1 5s 6 5s 6 0 aac 4 aac 4 0 gaa 5 gaa 5 0 gta 5 gta 5 0 gac 11 gac 10 -1 aca 14 aca 14 0 tac 9 tac 9 0 gga 10 gga 10 0 aga 9 aga 9 0 caa 11 caa 11 0 aaa 2 aaa 2 0 tca 18 tca 17 -1 agc 8 agc 8 0 cca 85 cca 85 0 tgg 60 tgg 60 0 cca 5 cca 6 1 atc 3 atc 3 0 ttc 7 ttc 7 0 atgj 114 atgj 114 0     cdc8 18aas psor 23aas gène intercal gène intercal diff 16s 196 23s 213 cds 214 5s 5 cds 554 tta 13 cds 0 atg 15 cds 167 gaa 9 23s° 132 gga 6 5s 6 gta 5 0 aac 4 gac 16 gaa 5 aac 31 gta 5 aac 4 gac 11 aca 4 -10 aca 14 tac 11 2 tac 9 gga 19 9 gga 10 aga 6 -3 aga 9 caa 12 1 caa 11 aaa 6 4 aaa 2 tca 11 -7 tca 18 agc 6 -2 agc 8 cca 6 cca 85 atg 11 tgg 60 tgg 31 -29 cca 5 cca 6 1 atc 3 atc 6 3 ttc 7 ttc 13 6 atgj 114 atg 138 24

C34. Comparaison cdc8-cdc-psor 19 cdc8 19aas psor 23aas gene intercal gene intercal diff 16s 321 16s 196 23s 181 23s 213 5s 6 5s 5 aac 6 tta 13 -2 tta 15 atg 15 8 atgf 7 gaa 9 0 gaa 9 gga 6 1 gga 5 gta 5 0 gta 5 gac 16 gac 9 aac 31 aca 14 aac 4 tac 10 aca 4 -10 cta 28 tac 11 aga 7 gga 19 caa 89 aga 6 -1 tca 3 caa 12 ttc 6 aaa 6 atgj 11 tca 11 atgi 29 agc 6 cca 7 cca 6 cac 8 atg 11 aaa 353 tgg 31 cca 6 atc 6 ttc 13 atg 138 cdc8 19aas cdc8 18aas gène intercal gène intercal diff cds 214 cds 554 cds 0 16s 321 cds 167 23s 181 23s° 132 5s 6 5s 6 aac 6 aac 4 tta 15 gaa 5 atgf 7 gta 5 0 gaa 9 gac 11 2 gga 5 aca 14 0 gta 5 tac 9 gac 9 gga 10 aca 14 aga 9 2 tac 10 caa 11 cta 28 aaa 2 aga 7 tca 18 caa 89 agc 8 tca 3 cca 85 ttc 6 tgg 60 atgj 11 cca 5 atgi 29 atc 3 cca 7 ttc 7 cac 8 atgj 114 aaa 353

cdc8 cdc psor 9

• Lien tableur: cdc8 cdc psor 9
• Lien cdc psor: le tableau de comparaison cdc-psor
• Légende

  - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

  - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

  - cca: marque les tRNAs différents entre les 2 génomes.

  - diff pour différence entre les intercalaires (intercal) colonne de droite moins colonne de gauche.

  - séquences identiques (bordure épaisse): Une séquence identique entre les 2 génomes est encadrée par 2 tRNAs différents (cyan) dans l'un et par 2 bordures épaisses dans l'autre.

• Notes:

  - Sont comparés ici des suites courtes, en intra cdc8 18aas/9aas et 19aas/9aas, cdc8 9aas/cdc 9aas et cdc8 VII1/psor VII1.

  - cdc8 9aas et cdc 9aas sont identiques

  - cdc8 9aas se retrouve entièrement (sauf 1 tRNA) dans cdc8 19aas avec cependant des diff élevés, mais il est très différent de cdc8 18aas (4 tRNAs différents).

  - La comparaison cdc8 VII1/psor VII1: le groupe de psor à 3 blocs 16s-gca-23s5s est caractérisé en plus par la séquence courte tta-atg (atg supposé atgi). On retrouve le bloc du milieu, VII1 dans cdc8, à l'envers (compléments) et on retrouve partiellement le bloc de fin VIII1 à l'endroit. Dans cdc8 ces blocs sont partiellement abîmés et se trouvent dans le groupe à 15 rRNAs (voir cdc8_blocs). Attention aux diff qui suivent le changement de sens.

  - 3 intercalaires sont préservés entre cdc8 VII1 et celui de psor, 16s-gca   5s-tta   tta-atgi. De même pour 16s-gca du bloc VIII1.

C3. Comparaison cdc8-cdc-psor 9

C35. Comparaison cdc8-cdc-psor 9 cdc8 18aas cdc8 9aas gene intercal gene intercal diff cds 214 cds 554 cds 0 cds 281 cds 167 16s° 100 23s° 132 23s° 126 5s 6 5s 7 aac 4 aac 6 gaa 5 tta 15 gta 5 atgf 7 gac 11 gaa 8 aca 14 gga 4 tac 9 gta 5 0 gga 10 gac 10 aga 9 ggc 9 caa 11 aga 954 aaa 2 cds tca 18 agc 8 cca 85 tgg 60 cca 5 atc 3 ttc 7 atgj 114 cdc8 19aas cdc8 9aas gene intercal gene intercal diff cds 281 16s 321 16s° 100 23s 181 23s° 126 5s 6 5s 7 aac 6 aac 6 0 tta 15 tta 15 9 atgf 7 atgf 7 -8 gaa 9 gaa 8 1 gga 5 gga 4 -5 gta 5 gta 5 0 gac 9 gac 10 aca 14 ggc 9 tac 10 aga 954 cta 28 cds aga 7 caa 89 tca 3 ttc 6 atgj 11 atgi 29 cca 7 cac 8 aaa 353

C36. Comparaison cdc8-cdc-psor groupe cdc8 9aas cdc 9aas gene intercal gene intercal diff cds 281 16s 52 16s° 100 gca 373 23s° 126 23s 126 5s 7 5s 7 aac 6 aac 5 -1 tta 15 tta 15 0 atgf 7 atgf 7 0 gaa 8 gaa 14 6 gga 4 gga 5 1 gta 5 gta 5 0 gac 10 gac 10 0 ggc 9 ggc 9 0 aga 954 aga 975 21 cds cds cdc8 I4 cdc VIII1 gene intercal gene intercal diff 16s 68 16s 217 gca 271 23s 126 23s 126 0 5s 216 5s 213 -3 cds 372 cds 372 0 cds 21 cds 21 0 cds 778 cds 776 -2 16s 261 16s 52 23s 201 gca 373 5s 5 23s 126 -75 5s 7 2 psor VII1 cdc8 VII1 gene intercal gene intercal diff CDS 431 cds 179 16s 54 16s 161 gca 114 5s 201 23s 193 23s 217 5s 5 16s 108 tta 9 atgi 11 2 atg 123 tta 5 0 16s 54 5s 201 8 gca 114 23s 375 261 23s 193 gca 52 -2 5s 5 16s’ 100 -23 tta 9 16s’ 52 atg 123 gca 248 16s 54 23s° 100 -2 gca 114 16s° 321 134 23s 78 23s' 100 5s 100 16s° 320 CDS 23s° 100 23s’ 126 5s 127 cds

cdc8 cdc protéines

• Notes:

  - L'altération poussée des rRNAs dans cdc8 qui saute aux yeux quand on comapre les blocs en tRNAs et intercalaires, m'a poussé à comparer les tailles en pbs ici des rRNAs et des cds qui les entourent avec l'idée que ces cds sont issus de la conversion de ces rRNAs. D'où l'idée de création de gène par conversion à l'instar du processus CRISPR.

Alignement sur cdc

• Lien tableur: Alignement sur cdc
• Lien noms abrégés
• Légende: abrégé pour noms abrégés des protéines.

  - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

  - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

  - SigB: Protéine existant dans cdc et cdc8 mais est décalée dans cdc8 par les grands remaniements. Voir alignement sur cdc8, tableau qui suit.

• Notes:

  - cdc présente 15 clusters avec ou sans rRNAs. 5 clusters sans rRNAs sont reproduits tels quels dans cdc8. Les clusters avec rRNAs se répartissent en 3 16sgca23s et 7 16s23s. Dans cdc8 les 3 16sgca23s sont modifiés ou altérés, 3 16s23s sont altérés et les 4 autres sont reproduits tels quels.

  - Les 3 16sgca23s5s perdent leur gca mais gardent le 5s. Deux sont durement altérés dont un porte une séquence de 9 tRNAs et l'autre rien. La modification du 3ème consiste en la suppression du gca seulement sans tocher le reste. Cependant l'intercalaire 16s-23s de 415 pbs dans cdc est divisé par 2 dans cdc8, 217 pbs.

  - Les 3 16s23s5s altérés le sont fortement, 2 portent des séquences longues de tRNAs, 43 et 18, le 3ème est sans tRNAs.

  - La colonne "ordre dans cdc" servira à repérer les grands remaniement quand je ferai l'alignement sur cdc8. De même pour les protéines en bleu foncé.

C3. cdc-cdc8, alignement des protéines sur cdc

C37. cdc protéines ordre sens adresse gene intercal pbs abrégé 0 dir 9857..10630 cds 179 774 SigB dir 10810..12317 16s 52 1508 dir 12370..12445 gca 249 76 1 dir 12695..15596 23s 111 2902 dir 15708..15824 5s 126 117 dir 15951..16460 cds 11 510 NadR dir 16472..17353 cds 457 882 mecano dir 17811..19082 cds 319 1272 S-ligase dir 19402..19857 cds 0 456 Nuc-de dir 19858..19949 tcc 37 92 2 dir 19987..20251 ncRNA 76 265 dir 20328..21965 cds 1638 III-tau   comp 23419..24624 cds 505 1206 Glyco-tr dir 25130..26637 16s 279 1508 dir 26917..29816 23s 180 2900 dir 29997..30113 5s 6 117 3 dir 30120..30194 aac 6 75 dir **41aas 12 dir 33877..33952 gta 75 76 dir 34028..34441 cds 308 414 hp-414 dir 34750..38181 cds 3432 pyruvate     dir 127011..127715 cds 281 705 CwlD dir 127997..129505 16s 279 1509 dir 129785..132685 23s 131 2901 dir 132817..132933 5s 6 117 4 dir 132940..133014 aac 4 75 dir **16aas 8 dir 134534..134610 atgj 114 77 dir 134725..136115 16s 68 1391 dir 136184..136259 gca 271 76 dir 136531..139430 23s 126 2900 dir 139557..139673 5s 213 117 comp 139887..141071 cds 372 1185 B6 5 dir 141444..143795 cds 21 2352 Art-red dir 143817..144356 cds 776 540 Art-reda dir 145133..146640 16s 52 1508 dir 146693..146768 gca 373 76 dir 147142..150041 23s 126 2900 dir 150168..150284 5s 7 117 6 dir 150292..150366 aac 5 75 dir **7aas 6 dir 150976..151049 aga 975 74 dir 152025..152864 cds 840 TIGR   dir 378341..380728 cds 583 2388 cad dir 381312..382819 16s 311 1508 dir 383131..386030 23s 126 2900 7 dir 386157..386273 5s 177 117 dir 386451..387059 cds 609 DedA   comp 833130..833894 cds 258 765 DeoR 8 dir 834153..834243 agc 87 91 dir 834331..835119 cds 789 flagellar   dir 1089165..1090139 cds 239 975 Mannosyl dir 1090379..1091886 16s 320 1508 dir 1092207..1095106 23s 91 2900 dir 1095198..1095271 gga 8 74 9 dir 1095280..1095396 5s 273 117 dir 1095670..1097688 cds 2019 Ala amid   comp 1181549..1182958 cds 1374 1410 MBOAT 10 comp 1184333..1184415 ttg 318 83 dir 1184734..1187382 cds 2649 PolyI   dir 1835768..1837498 cds 109 1731 NhaC 11 dir 1837608..1837688 cta 231 81 <dir 1837920..1838093 cds 174 HXXEE   dir 2981767..2982444 cds 159 678 SrtB comp 2982604..2982678 aca 94 75 comp 2982773..2985672 23s 184 2900 12 comp 2985857..2987364 16s 340 1508 dir 2987705..2988643 cds 939 lactam   comp 3787361..3788431 cds 454 1071 ABC comp 3788886..3789002 5s 126 117 13 comp 3789129..3792028 23s 281 2900 comp 3792310..3793817 16s 191 1508 comp 3794009..3794587 cds 579 precorrin   comp 3944262..3944453 cds 119 192 DUF378 comp 3944573..3944689 5s 126 117 14 comp 3944816..3947715 23s 217 2900 comp 3947933..3949440 16s 282 1508 comp 3949723..3950004 cds 221 282 hp-282 comp 3950226..3951755 cds 1530 K-ligase   dir 4084445..4085437 cds 382 993 DnaC comp 4085820..4085894 aca 33 75 15 comp 4085928..4086003 gta 4 76 comp 4086008..4086082 gaa 6 75 comp 4086089..4086164 aaa 326 76 comp 4086491..4087780 cds 1290 succinate

C38. cdc8 protéines sens adresse gene intercal pbs abrégé dir 4194196..4196423 23s’ 100 2228 dir 4196524..4197091 16s° 320 568 dir 4197412..4199044 23s° 100 1633 dir 4199145..4201593 23s’ 126 2449 dir 4201720..4201836 5s 127 117 dir 4201964..4202473 cds 11 510 NadR dir 4202485..4203366 cds 458 882 mecano dir 4203825..4205096 cds 320 1272 S-ligase dir 4205417..4205872 cds 0 456 Nuc-de dir 4205873..4205964 tcc 37 92 dir 4206002..4206266 ncRNA 76 265 dir 4206343..4207980 cds 1638 III-tau   dir 4306341..4307538 16s 0 1198 dir 4307539..4308225 cds 100 687 xylose dir 1..796 23s° 181 796 dir 978..1094 5s 6 117 dir 1101..1175 aac 6 75 dir **41aas 12 dir 4868..4943 gta 75 76 dir 5019..5432 cds 308 414 hp-414 dir 5741..9172 cds 3432 pyruvate   dir 4300349..4300807 cds 554 459 Helix dir 4301362..4303101 cds 0 1740 hp-1740 dir 4303102..4303305 cds 167 204 hp-204 dir 4303473..4304299 23s° 132 827 dir 4304432..4304548 5s 6 117 dir 4304555..4304629 aac 4 75 dir **16aas 8 dir 4306150..4306226 atgj 114 77   dir 4232593..4234098 16s 217 1506 dir 4234316..4237215 23s 126 2900 dir 4237342..4237458 5s 216 117 comp 4237675..4238859 cds 372 1185 B6 dir 4239232..4241583 cds 21 2352 Art-red dir 4241605..4242144 cds 778 540 Art-reda dir 94032..94736 cds 281 705 CwlD dir 95018..95994 16s° 100 977 dir 96095..97613 23s° 126 1519 dir 97740..97856 5s 7 117 dir 97864..97938 aac 6 75 dir **7aas 6 dir 98542..98615 aga 954 74 dir 99570..100409 cds 840 TIGR   dir 306829..309216 cds 733 2388 cad <>comp 309950..310076 cds 1 127 seleno dir 310078..311313 23s° 126 1236 dir 311440..311556 5s 177 117 dir 311734..312342 cds 609 DedA   comp 861856..862620 cds 258 765 DeoR dir 862879..862969 agc 87 91 dir 863057..863845 cds 789 flagellar   dir 1106477..1107451 cds 238 975 Mannosyl dir 1107690..1109197 16s 320 1508 dir 1109518..1112416 23s 91 2899 dir 1112508..1112581 gga 8 74 dir 1112590..1112706 5s 273 117 dir 1112980..1114998 cds 2019 Ala amid   comp 1196804..1198213 cds 1378 1410 MBOAT comp 1199592..1199674 ttg 318 83 dir 1199993..1202641 cds 2649 PolyI   dir 1850896..1852626 cds 109 1731 NhaC dir 1852736..1852816 cta 334 81 dir 1853151..1853666 cds 516 HXXEE   dir 3024038..3024715 cds 150 678 SrtB comp 3024866..3024940 aca 93 75 comp 3025034..3027933 23s 184 2900 comp 3028118..3029625 16s 374 1508 dir 3030000..3030938 cds 939 lactam   comp 3875816..3876886 cds 452 1071 ABC comp 3877339..3877455 5s 125 117 comp 3877581..3880480 23s 261 2900 comp 3880742..3882249 16s 190 1508 comp 3882440..3883018 cds 579 precorrin   comp 4017523..4017714 cds 118 192 DUF378 comp 4017833..4017949 5s 126 117 comp 4018076..4020975 23s 321 2900 comp 4021297..4022804 16s 292 1508 comp 4023097..4023378 cds 221 282 hp-282 comp 4023600..4025129 cds 1530 K-ligase   dir 4135881..4136873 cds 383 993 DnaC comp 4137257..4137331 aca 33 75 comp 4137365..4137440 gta 4 76 comp 4137445..4137519 gaa 6 75 comp 4137526..4137601 aaa 331 76 comp 4137933..4139222 cds 1290 succinate

Alignement sur cdc8

• Lien tableur: Alignement sur cdc8
• Lien noms abrégés
• Légende:

  - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

  - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

  - SigB: Protéine existant dans cdc et cdc8 mais est décalée dans cdc8 par les grands remaniements. Voir alignement sur cdc, tableau précédent.

• Notes:

  - Ici je n'ai pas fait de parallélisme cdc8/cdc. Il suffit de voir la colonne ordre de cdc décrit dans le tableau précédent (alignement sur cdc) pour se rendre compte des grands remaniements du chromosome. Dans cette colonne j'ai ajouté "insert" pour insertion par rapport à cdc.

  - Pour comparer cdc8 à psor pour certains clusters j'ai du intervertir l'ordre des tableaux, le tableau de gauche doit être la suite de celui de droite.

  - Les insertions accumulent les 2 grands groupes qu'on a vu dans cdc8-blocs, à 15 et 23 rRNAs. Par contre en dehors des insertions on trouve 3 groupes altérés à 1 ou 2 clusters, et tous les groupes non altérés sauf l'ordre 5 de cdc.

  - comparaison avec psor: on devine les types VI VII VIII, mais il y a de nouveau type le IV4 par exemple qu'on a signalé dans cdc8-blocs.

C3. cdc-cdc8, alignement des protéines sur cdc8

C40. cdc8 début cdc8 ordre cdc sens adresse gène intercal pbs abrégé insert dir 4299490..4300134 cds 214 645 Y-r1 insert dir 4300349..4300807 cds 554 459 Helix dir 4301362..4303101 cds 0 1740 hp-1740 dir 4303102..4303305 cds 167 204 hp-204 dir 4303473..4304299 23s° 132 827 4 dir 4304432..4304548 5s 6 117 dir 4304555..4304629 aac 4 75 dir 4304634..4304708 gaa 5 75 dir 4304555..4304629 aac 4 75 dir **16aas 8 dir 4306150..4306226 atgj 114 77 dir 4306341..4307538 16s 0 1198 dir 4307539..4308225 cds 100 687 xylose dir 1..796 23s° 181 796 3 dir 978..1094 5s 6 117 dir 1101..1175 aac 6 75 dir **41aas 12 dir 4868..4943 gta 75 76 dir 5019..5432 cds 308 414 hp-414 dir 5741..9172 cds 3432 pyruvate   dir 94032..94736 cds 281 705 CwlD dir 95018..95994 16s° 100 977 dir 96095..97613 23s° 126 1519 6 dir 97740..97856 5s 7 117 dir 97864..97938 aac 6 75 dir **7aas 6 dir 98542..98615 aga 954 74 dir 99570..100409 cds 840 TIGR   <> cp 309950..310076 cds 1 127 seleno dir 310078..311313 23s° 126 1236 7 dir 311440..311556 5s 177 117 dir 311734..312342 cds 609 DedA   comp 861856..862620 cds 258 765 DeoR 8 dir 862879..862969 agc 87 91 dir 863057..863845 cds 789 flagellar   dir 1106477..1107451 cds 238 975 Mannosyl dir 1107690..1109197 16s 320 1508 dir 1109518..1112416 23s 91 2899 dir 1112508..1112581 gga 8 74 9 dir 1112590..1112706 5s 273 117 dir 1112980..1114998 cds 2019 Ala amid   comp 1196804..1198213 cds 1378 1410 MBOAT 10 comp 1199592..1199674 ttg 318 83 dir 1199993..1202641 cds 2649 PolyI   dir 1850896..1852626 cds 109 1731 NhaC 11 dir 1852736..1852816 cta 334 81 dir 1853151..1853666 cds 516 HXXEE   dir 3024038..3024715 cds 150 678 SrtB comp 3024866..3024940 aca 93 75 12 comp 3025034..3027933 23s 184 2900 comp 3028118..3029625 16s 374 1508 dir 3030000..3030938 cds 939 lactam   insert dir 3805298..3806743 cds 208 1446 Y-r2 insert comp 3806952..3807028 agg 61 77 insert <comp 3807090..3808790 cds 1701 fdHa   comp 3875816..3876886 cds 452 1071 ABC comp 3877339..3877455 5s 125 117 13 comp 3877581..3880480 23s 261 2900 comp 3880742..3882249 16s 190 1508 comp 3882440..3883018 cds 579 precorrin   comp 4017523..4017714 cds 118 192 DUF378 comp 4017833..4017949 5s 126 117 14 comp 4018076..4020975 23s 321 2900 comp 4021297..4022804 16s 292 1508 comp 4023097..4023378 cds 221 282 hp-282 comp 4023600..4025129 cds 1530 K-ligase   dir 4135881..4136873 cds 383 993 DnaC comp 4137257..4137331 aca 33 75 15 comp 4137365..4137440 gta 4 76 comp 4137445..4137519 gaa 6 75 comp 4137526..4137601 aaa 331 76 comp 4137933..4139222 cds 1290 succinate

C40. cdc8 suite cdc8 psor ordre cdc sens adresse gène intercal pbs abrégé adresse gène intercal pbs abrégé  0 dir 4178197..4178970 cds 179 774 SigB 127845..129260 CDS 100 1416 R-deca insert dir 4179150..4180587 16s 161 1438 127628..127744 5s 78 insert comp 4180749..4180865 5s 201 117 124628..127549 23s 114 insert comp 4181067..4183959 23s 217 2893 124438..124513 gca 54 insert comp 4184177..4185684 16s 108 1508 122877..124383 16s 123 insert comp 4185793..4185869 atgi 11 77 122677..122753 atg 9 insert comp 4185881..4185969 tta 5 89 122579..122667 tta 5 insert comp 4185975..4186091 5s 201 117 122457..122573 5s 193 insert comp 4186293..4189192 23s 375 2900 119347..122263 23s 114 insert comp 4189568..4189643 gca 52 76 119157..119232 gca 54 insert comp 4189696..4190959 16s’ 100 1264 117596..119102 16s 123 insert dir 4191060..4192225 16s’ 52 1166 117396..117472 atg 9 insert dir 4192278..4192353 gca 248 76 117298..117386 tta 5 insert dir 4192602..4193197 23s° 100 596 117176..117292 5s 193 insert dir 4193298..4193874 16s° 321 577 114067..116982 23s 114 insert dir 4194196..4196423 23s’ 100 2228 113877..113952 gca 54 dir 4196524..4197091 16s° 320 568 112316..113822 16s 431 1 dir 4197412..4199044 23s° 100 1633 111345..111884 CDS 540 Art-reda dir 4199145..4201593 23s’ 126 2449 dir 4201720..4201836 5s 127 117 dir 4201964..4202473 cds 11 510 NadR dir 4202485..4203366 cds 458 882 mecano dir 4203825..4205096 cds 320 1272 S-ligase dir 4205417..4205872 cds 0 456 Nuc-de dir 4205873..4205964 tcc 37 92 2 dir 4206002..4206266 ncRNA 76 265 dir 4206343..4207980 cds 1638 III-tau   insert comp 4209435..4210639 cds 496 1205 Glyco-tr insert 4211136..4212643 16s 321 1508 insert 4212965..4213127 23s° 100 163 insert <>comp 4213228..4213849 cds 622 CHAP   insert comp 4213961..4214620 cds 228 660 A-1chlor insert dir 4214849..4216199 16s 321 1351 insert dir 4216521..4217008 23s° 101 488 insert comp 4217110..4218529 23s° 250 1420 insert comp 4218780..4218855 gca 52 76 insert comp 4218908..4219471 16s° 100 564 insert comp 4219572..4219856 23s° 217 285 insert comp 4220074..4221581 16s 179 1508 insert >comp 4221761..4222206 cds 386 446 SigB2 3452349..3452552 CDS 239 204 hp-204 insert dir 4222593..4224100 16s 321 1508 3450603..3452109 16s 196 insert dir 4224422..4227321 23s 181 2900 3447492..3450406 23s 213 insert dir 4227503..4227619 5s 6 117 3447162..3447278 5s 5 insert dir 4227626..4227700 aac 6 75 3447068..3447156 tta 13 insert dir 4227707..4227792 tta 15 86 3446979..3447054 atg 15 insert dir 4227808..4227883 atgf 7 76 3446889..3446963 gaa 9 insert dir 4227891..4227965 gaa 9 75 3446806..3446879 gga 6 insert dir 4227975..4228048 gga 5 74 3446724..3446799 gta 5 insert dir 4228054..4228129 gta 5 76 3446642..3446718 gac 16 insert dir 4228135..4228211 gac 9 77 3446550..3446625 aac 31 insert dir 4228221..4228295 aca 14 75 3446443..3446518 aac 4 insert dir 4228310..4228394 tac 10 85 3446364..3446438 aca 4 insert dir 4228405..4228488 cta 28 84 3446275..3446359 tac 11 insert dir 4228517..4228593 aga 7 77 3446190..3446263 gga 19 insert dir 4228601..4228676 caa 89 76 3446094..3446170 aga 6 insert dir 4228766..4228854 tca 3 89 3446012..3446087 caa 12 insert dir 4228858..4228933 ttc 6 76 3445924..3445999 aaa 6 insert dir 4228940..4229016 atgj 11 77 3445829..3445917 tca 11 insert dir 4229028..4229104 atgi 29 77 3445727..3445817 agc 6 insert dir 4229134..4229210 cca 7 77 3445644..3445720 cca 6 insert dir 4229218..4229294 cac 8 77 3445561..3445637 atg 11 insert dir 4229303..4229378 aaa 353 76 3445474..3445549 tgg 31 insert comp 4229732..4229848 5s 126 117 3445366..3445442 cca 6 insert comp 4229975..4232010 23s’ 582 2036 3445283..3445359 atc 6 dir 4232593..4234098 16s 217 1506 3445201..3445276 ttc 13 dir 4234316..4237215 23s 126 2900 3445111..3445187 atg dir 4237342..4237458 5s 216 117 comp 4237675..4238859 cds 372 1185 B6 5 dir 4239232..4241583 cds 21 2352 Art-red dir 4241605..4242144 cds 778 540 Art-reda insert dir 4242923..4244459 16s 261 1537 insert dir 4244721..4247619 23s 201 2899 insert dir 4247821..4247937 5s 5 117 111345..111884 CDS 431 540 Art-reda insert dir 4247943..4248031 tta 11 89 112316..113822 16s 54 insert dir 4248043..4248119 atgi 108 77 113877..113952 gca 114 insert dir 4248228..4249735 16s 184 1508 114067..116982 23s 193 insert dir 4249920..4250564 23s° 100 645 117176..117292 5s 5 insert <dir 4250665..4250923 cds 112 259 hp-259 117298..117386 tta 9 insert comp 4251036..4253145 23s’ 375 2110 117396..117472 atg 123 insert comp 4253521..4253596 gca 52 76 117596..119102 16s 54 insert comp 4253649..4254226 16s° 282 578 119157..119232 gca 114 insert dir 4254509..4254712 cds 12 204 hp-204 119347..122263 23s 193 insert dir 4254725..4256002 cds 1278 phagePP 122457..122573 5s 5 122579..122667 tta 9 début début début début début début début 122677..122753 atg 123 insert dir 4299490..4300134 cds 214 645 Y-r1 122877..124383 16s 54 insert dir 4300349..4300807 cds 554 459 Helix 124438..124513 gca 114 dir 4301362..4303101 cds 0 1740 hp-1740 124628..127549 23s 78 dir 4303102..4303305 cds 167 204 hp-204 127628..127744 5s 100 4 dir 4303473..4304299 23s° 132 827 127845..129260 CDS 1416 R-deca

cdc8 cdc création de cds

• Lien tableur: cdc8 cdc création de cds
• Lien abrégé
• Notes:

  - Dans la colonne abrégé sont marqués les cds spécifiques à cdc8, cyan dans Alignement sur cdc8.

  - Certains de ces cds, étant donné leur position dans un bloc de rRNAs dégradés, seraient des candidats de gènes créés de novo lors des conversions qui ont altéré ce bloc. Il est évident qu'on peut toujours rétorquer que ce gène a été copié ou intégré à ce niveau par la conversion. Mais si ce gène ou plusieurs n'existaient pas dans cdc mais seulement dans cdc8, alors l'hypothèse de création de novo serait renforcée.

  - 7 gènes de cdc8, Y-r1 Helix xylose seleno CHAP A-1chlor sigB2, répondent aux critères de la conversion mais n'existent pas dans cdc. Ces cds sont colorés en jaunes et repérés par leur taille en pbs.

  - 4 gènes parmi les 7, seleno CHAP A-1chlor sigB2, n'existent qu'en un seul exemplaire, et ne peuvent donc être extraits à la limite que d'un cds hypothétique, hypothetical protein.

  - Les 3 gènes restants, Y-r1 Helix xylose, ont des cds analogues, c.a.d portant le même nom dans mes recherches et pourraient être extraits de ces analogues d'autant plus qu'ils ont des noms portant la mention type ou domaine.

  - Le gène PhagePP est à la limite du critère de conversion puisqu'il est en fin de bloc mais séparé de 12 pbs du cds hp-204 qui est plus proche de la création de novo puisqu'il est hypothétique. Il appartiendrait au 2ème groupe de gènes ayant des analogues. Cependant j'ai trouvé un gène dans cdc et un gène dans psor qui ont des tailles quasi identiques. Aussi j'ai recherché les cdcs encadrant ces gènes, ils sont tous différents dans les 3 génomes. PhagePP serait analogue donc à Y-r1 Helix xylose.

  Le nom complet du cds Clp est "Clp protéase" et celui de PhageHM est "phage head morphogenesis, SPP1 gp7 family domain protein".

  - J'ai inclue aussi 2 cds appartenant à un cluster sans rRNA, Y-r2 et fdhA. Y-r2 avec sa taille de 1446 se comporte comme Y-r1, il n'existe pas dans cdc. fdhA est le contre exemple de cds qui n'est pas créé de novo, il n'est pas dans une zone altérée par la conversion des rRNA, et il existe dans cdc, mais pas dans psor qui est plus loin phylogénétiquement.

C3. cdc8 cdc création de cds

abrégé	cdc8	pbs	cdc	pbs	psor	pbs
seleno A	309950..310076	127	0		-
Y-r	457663..457878	216	457207..457422	216	-
	1237414..1237986	573	1223841..1224413	573
	1291413..1292327	915	1277836..1278750	915
	1418672..1419580	909	1405262..1406170	909
	2120221..2121348	1128
	2785863..2786042	180
	3564835..3565434	600
Y-r2	3805298..3806743	1446
Y-r1	4299490..4300134	645
Helix	351106..351336	231	391813..392001	189	-
	379952..380503	552	429510..430061	552
	456588..456776	189	461727..462398	672
	1187185..1187736	552	1169984..1170535	552
	1466364..1466783	420	1292255..1292926	672
	1467749..1468147	399	1454375..1454773	399
	1605760..1606344	585	1517855..1518619	765
	1694358..1694750	393	1592306..1592890	585
	1936722..1937267	546	1682266..1682658	393
	2105662..2106711	1050	1695592..1696284	693
	2196549..2198204	1656	1916424..1916630	207
	2342487..2342690	204	1922813..1923358	546
	2353934..2354578	645	2164151..2165806	1656
	2378761..2379891	1131	2308386..2308589	204
	2721795..2722316	522	2319833..2320477	645
	3485137..3486024	888	2344477..2345607	1131
	3570953..3571183	231	2501260..2501931	672
	3571660..3571878	219	2688255..2688776	522
	3804379..3804627	249	3459701..3460588	888
	3804878..3805279	402	3475449..3475589	141
	4286854..4287222	369
	4288799..4289518	720
	4300349..4300807	459
xylose	3383443..3384780	1338	3349843..3351180	1338	0
	<4307539..4308225	687
CHAP	<4213228..>4213849	622	0		-
A-1chlor	4213961..4214620	660	0		0
SigB2	4221761..4222206	446	0		0
fdHa	4221761..4222206	1701	3711229..3713373	2145	-
R-deca	0		0		127845..129260	1416
					876023..877522	1500
phagePP	1448919..1449983	1065	1435547..1436611	1065	1489507..1490769	1263
	1450539..1450985	447	1437167..1437613	447
	1709611..1711050	1440	1697521..1698963	1443
	1718404..1718844	441	1708192..1708632	441
	3560756..3561910	1155	3841162..3842367	1206
	4254725..4256002	1278
	4260531..4261586	1056
	4262058..4262474	417
hp-204	4254509..4254712	204
phagePP	4254725..4256002	1278
phageHM	4255980..4256741	762
hp-543			3840525..3841067	543
phagePP			3841162..3842367	1206
hydrolase			3842345..3842512	168
terminase					1487770..1489491	1722
phagePP					1489507..1490769	1263
Clp					1490762..1491607	846

cdc8 cdc abrégé protéines

• Lien tableur: cdc8 cdc abrégé protéines
• Légende:

  - Helix: spécifique cdc8

  - R-deca: spécifique psor

  - SigB: délocalisé dans cdc8

C3. C39 abrégé des protéines

abrégé	nom protéine
A-1chlor	type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC	ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red	anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda	anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6	pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad	cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP	CHAP domain-containing protein
CwlD	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA	DedA family protein
DeoR	DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC	DNA replication protein DnaC
DUF378	DUF378 domain-containing protein
fdHa	formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar	flagellar motor protein
Glyco-tr	glycosyl transferase
Helix	helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740	hp-1740
hp-204	hp-204
hp-282	hp-282
hp-414	hp-414
HXXEE	HXXEE domain-containing protein
III-tau	DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase	lysine--tRNA ligase
lactam	delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl	Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT	MBOAT family protein
mecano	mechanosensitive ion channel
NadR	transcription repressor NadR
NhaC	Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de	nucleoside deaminase
phagePP	phage portal protein
PolyI	DNA polymerase I
precorrin	bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate	pyruvate carboxylase
R-deca	arginine decarboxylase
seleno	glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A
SigB	SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2	B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
S-ligase	serine--tRNA ligase
SrtB	sortase SrtB
succinate	adenylosuccinate synthase
TIGR	TIGR00159 family protein
xylose	xylose isomerase
Y-r1	tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2	tyrosine-type recombinase/integrase – 2

cdc8 cdc psor stats

• Lien tableur: cdc8 cdc psor stats
• légende

C3 cdc8 cdc psor base NCBI

NCBI du 13.11.19	cdc8	cdc	psor
date	15-MAR-2017	18-MAY-2017	08-JAN-2018
DNA circulaire	4 308 325	4 110 554	3 550 458
Genes (total)	4 025	3 807	3 528
CDS (total)	3 870	3 691	3 368
Genes (coding)	3 763	3 615	3 327
CDS (coding)	3 763	3 615	3 327
Genes (RNA)	155	116	160
RRNAs (5S, 16S, 23S)	14, 16, 13	9, 10, 10	17, 17, 17
complete rRNAs	14, 16, 13	9, 10, 10	17, 17, 17
tRNAs	108	83	105
ncRNAs	4	4	4
Pseudo Genes (total)	107	76	41
Pseudo Genes (ambiguous residues)	0 of 107	0 of 76	0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)	60 of 107	42 of 76	4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)	35 of 107	30 of 76	18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)	31 of 107	18 of 76	22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)	18 of 107	12 of 76	3 of 41
CRISPR Arrays	4	9	-
Décompte du 19.11.19
hypothetical protein	609	523	1 256
hp / cds (total)	0,16	0,14	0,37

cdc8 remarques

• Lien noms abrégés
• Liens pour ce chapitre:  noms abrégés  opérons   cumuls  blocs  cdc8 cdc psor 43  cdc8 cdc psor 18  cdc8 cdc psor 9  Alignement sur cdc  Alignement sur cdc8.
• Remarques des 7 @ dans opérons :
  1. @ Dans la comparaison cdc8-cdc du bloc à 18aas, les rRNAs 23s et 16s disparaissent. Les 4 cds récupérés et le 23s° (voir opérons pour les noms et les longueurs des cds)

     - correspondraient à la somme des longueurs de 16s (1500 pbs) et 23s (2900 pbs), soit 4400 pbs

     - correspondraient à la longueur totale entre le 1er cds et le 5s, 4304299-4299490 = 4810 pbs

     - la somme des 4 cds récupérés et du 23s° est de 3875 pbs. Les longueurs des cds en aas sont dans l'ordre 215 153 580 68.

     - Le plus intéressant c'est que, si on suppose que les 2 protéines hypothétiques 580 et 68 sont dues aux remaniements,

     - les 2 protéines qui les précèdent sont qualifiées de type intégrase et de protéine contenant un domaine. C'est comme si les remaniements (certainement des conversions géniques) utilisaient une partie d'un gène protéique comme matrice de copie.

  2. @ configuration de bloc peu courante, avec gga: même bloc que cdc et psor.
  3. @ configuration de bloc peu courante, avec aca, et perte de 5s: même bloc que cdc et psor sans 5s.
  4. @ On retrouve le groupe1 de psor, avec 2 gca: VII1 en comp suivi de VIII1 en dir

     - L’intercalaire 23s-gca de VII1 est de 375, beaucoup plus élevé que celui de psor , 114.

     - De même pour VIII1, 248 contre 114.

  5. @ Conservation du bloc tcc-ncRNA dans cdc8 cdc et psor, avec les mêmes intercalaires.
  6. @ Conservation des 3 cds , avec leurs intercalaires, du seul groupe de cdc, mais les gca disparaissent.
  7. @ Nouveau bloc analogue au VI1 et VII1 de psor, sans gca, et qui n’existe pas chez cdc: 16s23s5s-tta-atgi. Avec ces 2 dernières remarques c'est comme si les remaniements des blocs à RNA consistaient à supprimer les gca des blocs 16sgca23s5s, et en le faisant ils laissaient des morceaux de 16s et 23s.
     
• Décompte des rRNAs de cdc8 d'après Alignement sur cdc8.

Les RNAs		
16s	14	
16s’	2	
16s°	5	
23s	9	
23s’	4	
23s°	11	
5s	14	
taille d’un bloc normal		
16s	16	1508  soit 10/14
23s	13	2900  soit  9/9
5s	14	117   soit 14/14

• Notes:

  - Les autres cds créés création de cds

  - Alignement sur cdc8: cdc8 résulte d'une recombinaison d'une clostridia de type cdc et d'une autre de type psor Alignement sur cdc8

  - Orientation des créations stats: soit création en masse par la mobilité et l'insertion des blocs 16s23s5s (cas de psor) puis dégradation de ces blocs dans une étape intermédiaire (cas de cdc8) qui aboutit à un état stable (cas de cdc), soit création par une évolution progressive de cdc vers psor en passant par cdc8. Le 1er cas serait soutenu la proportion très élevée des hp par rapport au total de 37% (voir stats) alors que le 2ème cas serait soutenu par par le type IV4 de cluster dans cdc8 et n'existe ni dans cdc ni dans psor, 16s23s5s-tta-atgi (voir alignement sur cdc8).

  - Les 3 types de création: avec altération des rRNAs (cdc8), dans les blocs 16s23s5s ou 16s-aaas-23s5s (décompte des cds dans un échantillon de clostridia) et après les blocs à la suite des tRNAs ou non (psor opérons).

  - Hypothèse de la création des gènes [10]

cdc8 distribution

• Lien tableur: cdc8 distribution
• Notes: Tableau Cl32

  - -5s: gga et aca

  - 1-3: 2 tta et 2 atgi

Cl3 cdc8, Peptoclostridium difficile M68. clostridia.

Cl31 cdc. La distribution des tRNAs sans rRNA. g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 1 tac tgc f atc j acc aac agc 1 g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga k cta 1 g cca caa cga l gta 1 o gca gaa 1 gga m ttg 1 d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg 1 o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cdc8 4 5* 9

Cl32 psor. La distribution des tRNAs avec rRNA. g1    t1          a atgi 5 a tct tat atgf 4 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 4 b tcc tac 4 tgc 2 f atc 1 j acc aac 5 agc 1 g ctc f ccc cac 3 cgt 1 h gtc n gcc gac 5 ggc 2 i tta 6 c tca 4 taa tga j ata k aca 5 aaa 5 aga 5 k cta 3 g cca 4 caa 4 cga l gta 6 o gca 4 gaa 5 gga 6 m ttg d tcg tag tgg 1 n atgj 4 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cdc8 2* 93* 4 99

cdc8. Intergen51

Intergen51. cdc8. Le génome

• cdc8 Le prélèvement: Aclostridia
• Le nom et le lien NCBI: cdc8, Clostridioides difficile M68, NCBI [11], date 6.2.22.
• cdc8 La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
cdc8	663,874		4,308,325	15.4	

cdc8 données intercalaires

• Lien tableur: cdc8 données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

cdc8 données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

cdc8 autres intercalaires aas

• Lien tableur: cdc8 autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

Intergen51. cdc8. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. cdc8 les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 cdc8 les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,688 326 39 3,053 4.4 120 13 133 x 686 4 0 690 1 7 8 t 3,374 330 39 3,743 121 20 141 % 90.1 8.8 1.0

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 10 0 1 11 2.2 tRNA-CDS 16 5 x 5 0 0 5 RNA-RNA 121 35 t 15 0 1 16 CDS-rRNA 20 6 % 93.8 0.0 6.3 non RNA 191 55 - total 348 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 8.9 18.2 1.5 30.0 0.0 38 1.3 9.1 x 20.1 0.0 0.0 1.7 0.0 25 0.0 0.0

Intergen51. cdc8. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  cdc8 présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cdc8
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.680	1.93E-06	-1.89E-03	4.85E-01	-7.46	fx1	abscisse	284.3	551.3
0.829	-6.53E-06	4.96E-03	-1.21E+00	105.0	fc1	ordonnée	21.5	4.4
								
0.663	3.67E-06	-3.13E-03	7.51E-01	-23.4	fx41			
0.905	-2.11E-07	3.49E-04	-1.96E-01	41.7	fc41			

Intergen51. cdc8. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	cdc8			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	71		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	1		3	12
 - 4		1	51		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		3	203		1642	8424
total		4	326		2,456	23,544
reste		0	5		264	420
s6		0	1		361	41
s7		1	30		321	1438
s8		2	167		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	0.7		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		0.0	0.5		22.0	0.5
s7/sp6		33.3	14.8		19.5	17.1
s8/sp6		66.7	82.3		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	2.5		16.1	5.0
						
total s1-5	1	123		814	15120
% / total						
%s1-5		25.0	37.7		33.1	64.2
%sp6		75.0	62.3		66.9	35.8

Intergen51. cdc8. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		7			CDS 16s		6	4
16s 23s		8			5s CDS		5	1
16s tRNA	1			16 CDS		2	
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		6	1		23s CDS			1
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig	85			5s 16s			1
tRNA hors	3			16s16s			
tRNA 16s	3						
23s tRNA	2						
tRNA 5s		1						
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		120	1		total		13	7

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cdc8. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. cdc8. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 cdc8. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	cont1			cont2			cont3			cont5			cont6
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
6	aac		7	atgf		6	aac		89	caa		4	aac
15	tta		9	gaa		15	tta		3	tca		5	gaa
7	atgf		5	gga		7	atgf		6	ttc		5	gta
9	gaa		5	gta		8	gaa		14	atgj		11	gac
5	gga		9	gac		4	gga		29	atgi		14	aca
5	gta		14	aca		5	gta		7	cca		9	tac
9	gac		9	tac		10	gac		8	cac		10	gga
14	aca		24	cta		9	ggc		**	aaa		9	aga
10	tac		24	ggc		**	aga					11	caa
28	cta		9	aga			cont4					2	aaa
7	aga		8	caa		6	aac					18	tca
89	caa		2	aaa		15	tta					8	agc
3	tca		3	tca		7	atgf					85	cca
6	ttc		6	ttc		9	gaa					60	tgg
14	atgj		14	atgj		5	gga					5	cca
29	atgi		17	atgi		5	gta					3	atc
7	cca		8	cac		9	gac			hors		7	ttc
8	cac		7	aaa		14	aca		33	aca		**	atgj
7	aaa		7	tgc		10	tac		4	gta
6	tgc		12	cgt		28	cta		6	gaa
6	aac		**	gta		7	aga		**	aaa
15	tta
-

Clostridium botulinum CDC_297

• Notes: Il n'y a pas de code KEGG pour ce génome, je lui ai donné le code cbc*, mais pour les têtes de chapitre je mets cbc.

cbc opérons

• Lien tableur: cbc* opérons
• Liens: gtRNAdb [12], NCBI [13], génome
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae;Clostridium.
• Légende:

  - cyan pour les doubles signalés par le signe + dans la colonne doubles.

  - cds, ce cds a la particularité d'être très court et collé au cluster à rRNA. Il fait 108 pbs et sa séquence est,
  MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH.

  - @ voir le chapitre remarques de ce génome.

C4. Clostridium botulinum CDC_297

28%GC	30.6.19 Paris	52	doubles	intercal	aa	avec aa
comp	1309334..1309408	gag
comp	1385938..1386012	aac		8
comp	1386021..1386134	5s		108
comp	1386243..1389140	23s		228
comp	1389369..1390866	16s	@1
comp	1392997..1393072	ttc		7
comp	1393080..1393193	5s		108
comp	1393302..1396199	23s		228
comp	1396428..1397925	16s
comp	1408673..1408762	tcc
comp	1412183..1412259	agg
comp	1415464..1415540	cgt		84	84
comp	1415625..1415715	agc	+	20	20
comp	1415736..1415826	tca	2 agc	306	306
comp	1416133..1416223	agc	2 tca	20	20
comp	1416244..1416334	tca	@4
comp	1425969..1426044	gca		3		3
comp	1426048..1426124	atgi		8
comp	1426133..1426246	5s		79
comp	1426326..1427823	16s	@2	117
comp	1427941..1428051	cds
	1694943..1695017	cag
comp	1722580..1722664	tac		5	5
comp	1722670..1722745	aca
comp	1841437..1841510	tgc
comp	1842698..1842811	5s		108
comp	1842920..1845817	23s		228
comp	1846046..1847543	16s
	1890534..1890608	gaa	+	17	17
	1890626..1890701	gta	3 gaa	9	9
	1890711..1890787	gac	3 gta	4	4
	1890792..1890867	aca	3 gac	5	5
	1890873..1890947	gaa	2 aca	18	18
	1890966..1891041	gta		7	7
	1891049..1891125	gac		57	57
	1891183..1891257	gaa		17	17
	1891275..1891350	gta		9	9
	1891360..1891436	gac		4	4
	1891441..1891516	aca
comp	1948153..1948228	cca
	1969157..1969245	tta		4	4
	1969250..1969325	atgf	+	53	53
	1969379..1969454	atgf	2 atgf	10	10
	1969465..1969541	atg
	1987541..1989040	16s	@3	226
	1989267..1992166	23s		93
	1992260..1992375	5s		7
	1992383..1992457	aac	+	27		27
	1992485..1992559	aac
	2013239..2013313	ggg		18	18
	2013332..2013407	acc
	2222515..2222590	tgg
	2294767..2294842	cca	+	7	7
	2294850..2294923	gga	2 cca	6	6
	2294930..2295006	aga	2 gga	5	5
	2295012..2295087	aag		26	26
	2295114..2295189	cca		29	29
	2295219..2295292	gga		24	24
	2295317..2295393	cga
	2402556..2402631	gta		5	5
	2402637..2402713	gac		3	3
	2402717..2402792	ttc		4	4
	2402797..2402871	ggc		9	9
	2402881..2402954	tgc
	2517305..2517391	ttg
	2548708..2548792	ctc
	2583298..2583388	tga

cbc cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.cbc. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

cbc cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		5
		16 23 5s 0	1
		16 atc gca	0
		16 23 5s a	3
		max a		2
		a doubles	1
		spéciaux	1
		total aas	6
sans 		opérons		17
		1 aa		10
		max a		11
		a doubles	4
		total aas	46
total aas			52
remarques			4

cbc blocs

• Lien tableur: cbc* blocs
• Légende:

C4. Clostridium botulinum CDC_297, cbc* blocs

aac	8	7	-
5s	108	108	108	226
23s	228	228	228	93
16s			-	7
gca	3
atgi	8
5s	79
16s

cbc remarques

@1	Les 4 blocs 16.23.5.aa ont des intercalaires identiques à 1 base près.
	- 1 a 0aa, 2 ont 1aa et 1 a 2aas (@3.
	
@2	C’est 1 bloc 16.23.5.aa qui a perdu 23s.
	- L'intercalaire 5s-aa est le même que pour les 4 blocs de @1.
	- Il a 2aas dont le 1er est atgi, rare avec les rRNAs.
	- Il est précédé d'une protéine de 36aas avec un intercalaire de 117.
	- Est-ce qu'elle appartient à l'opéron?
	
@3	C’est 1 bloc 16.23.5.aa  de @1 avec 1 aa double.
	- L'intercalaire 23-5  est très faible, 14% de moins par rapport à @1, 15/108.
	
@4	Dépassement de la règle des intercalaires, 210 bases, 306. 
	- Il se trouve entre 2 séquences de 2 aas.
	- Est-ce 2 opérons?
	
Séquences des doubles : 	
	- 1 opéron à 1 doublet.
	- 2 opérons à 2 séquences de 2 aas chacun.
	- 1 opéron de 11 aas avec 4 séquences de 3 aas, moins 1 aa.

cbc distribution

• Lien tableur: cbc distribution
• Notes:

  - 1-3aas: gca atgi aac ttc aac2

  - >1aa: atgf2

Cl4 cbc. Clostridium botulinum CDC_297 . clostridia.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc		j acc	1	aac	3	agc	2
g ctc	1	f ccc		cac		cgt	1
h gtc		n gcc		gac	4	ggc	1
i tta	1	c tca	2	taa		tga	1
j ata		k aca	3	aaa		aga	1
k cta		g cca	3	caa		cga	1
l gta	4	o gca	1	gaa	3	gga	2
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag	1	agg	1
o ctg		h ccg		cag	1	cgg
p gtg		p gcg		gag	1	ggg	1
clos	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
cbc*	36	10		6*			52

cbc. Intergen51

Intergen51. cbc. Le génome

• cbc Le prélèvement: Aclostridia
• Le nom et le lien NCBI: cbc, Clostridium botulinum CDC_297, NCBI [14], date 14.4.15.
• cbc La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
cbc	696,513		3,892,029	17.9	

cbc données intercalaires

• Lien tableur: cbc données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

cbc données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

cbc autres intercalaires aas

• Lien tableur: cbc autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

Intergen51. cbc. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. cbc les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 cbc les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,548 288 24 2,860 3.9 44 6 50 x 718 7 1 726 0 0 0 t 3,266 295 25 3,586 44 6 50 % 91.1 8.2 0.7

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 30 0 0 30 3.8 tRNA-CDS 38 43 x 8 0 0 8 RNA-RNA 44 50 t 38 0 0 38 CDS-rRNA 6 7 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 0 0 - total 88 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 12.7 20.0 1.4 25.5 0.0 45 0.8 0.0 x 23.9 25.0 14.3 2.5 12.5 43 0.1 0.0

Intergen51. cbc. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  cbc présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cbc
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.481	1.11E-06	-1.01E-03	2.51E-01	4.94	fx1	abscisse	309.3	164.9
0.782	-5.00E-06	3.83E-03	-9.48E-01	87.8	fc1	ordonnée	18.6	19.2
								
0.365	1.11E-06	-1.03E-03	2.60E-01	3.84	fx41			
0.885	8.29E-07	-4.10E-04	-2.04E-02	30.0	fc41			

Intergen51. cbc. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	cbc			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	72		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		3	58		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		4	158		1642	8424
total		7	288		2,456	23,544
reste		1	4		264	420
s6		1	0		361	41
s7		1	28		321	1438
s8		1	126		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	0.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		25.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		25.0	17.7		19.5	17.1
s8/sp6		25.0	79.7		42.4	77.5
reste/sp6	25.0	2.5		16.1	5.0
						
total s1-5	3	130		814	15120
% / total						
%s1-5		42.9	45.1		33.1	64.2
%sp6		57.1	54.9		66.9	35.8

Intergen51. cbc. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		4			CDS 16s		5	
16s 23s		4			5s CDS		1	
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA		4			23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig	2			5s 16s			
tRNA hors	29			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s		1						
5s 23s								
5s 5s								
total		44	0		total		6	0

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cbc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. cbc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 cbc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	hors1			hors2
inter	aa		inter	aa
84	cgt		18	ggg
20	agc		**	acc
306	tca		7	cca
20	agc		6	gga
**	tca		5	aga
5	tac		26	aag
**	aca		29	cca
17	gaa		24	gga
9	gta		**	cga
4	gac		5	gta
5	aca		3	gac
18	gaa		4	ttc
7	gta		9	ggc
57	gac		**	tgc
17	gaa
9	gta
4	gac
**	aca			cont
4	tta		3	gca
53	atgf		**	atgi
10	atgf		27	aac
**	atgj		**	aac
-

Clostridium botulinum BKT015925

cbn opérons

• Lien tableur: cbn opérons
• Liens: gtRNAdb [15], NCBI [16], génome
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae;Clostridium.
• Légende:

  - cyan pour les doubles signalés par le signe + dans la colonne doubles.

  - @ voir le chapitre remarques de ce génome.

C5. Clostridium botulinum BKT015925

28%GC	30.6.19 Paris	86	doubles	intercal	aa	avec aa
	20666..20741	acg
	36413..36487	gaa	+	12	12
	36500..36575	gta	2 gaa	13	13
	36589..36665	gac	2 gta	5	5
	36671..36746	aca	2 gac	18	18
	36765..36839	gaa	2 aca	12	12
	36852..36927	gta		13	13
	36941..37017	gac		5	5
	37023..37098	aca
	137366..137441	cca
	161964..162052	tta	+	5	5
	162058..162133	atgf	3 tta	5	5
	162139..162215	atgj	3 atgf	46	46
	162262..162350	tta	2 atgj	5	5
	162356..162431	atgf		30	30
	162462..162538	atgj		46	46
	162585..162673	tta		5	5
	162679..162754	atgf
	76258..176332	aac
	180177..181695	16s	@5	233
	181929..184836	23s		45
	184882..184956	aac	+	14
	184971..185087	5s		7
	185095..185169	aac	2 aac
	222409..222484	acc
comp	578417..578492	cag
comp	944747..944833	ttg
	955546..955630	ctt
	1026946..1027021	gta		17	17	17
	1027039..1027115	gac		14	14	14
	1027130..1027205	ttc		4	4	4
	1027210..1027284	ggc		8	8	8
	1027293..1027367	tgc	+	57	57	57
	1027425..1027499	tgc	2 tgc
comp	2030816..2030890	aac		45
comp	2030936..2033842	23s		96
comp	2033939..2034015	atc		7		7
comp	2034023..2034098	gca		121
comp	2034220..2035734	16s
comp	2283768..2283884	5s		95
comp	2283980..2286886	23s		233
comp	2287120..2288638	16s	@3	464
comp	2289103..2289176	gga		15		15
comp	2289192..2289268	atc		7		7
comp	2289276..2289351	gca
comp	2350598..2350674	cga	+	21	21
comp	2350696..2350769	gga	4 gga	28	28
comp	2350798..2350873	aaa	2 aaa	4	4
comp	2350878..2350952	caa	2 caa	4	4
comp	2350957..2351032	cac	2 cac	5	5
comp	2351038..2351112	aag	3 aag	3	3
comp	2351116..2351192	aga	3 aga	6	6
comp	2351199..2351272	gga	2 cca	4	4
comp	2351277..2351352	cca	2 ggc	21	21
comp	2351374..2351449	aag		5	5
comp	2351455..2351531	aga		5	5
comp	2351537..2351610	gga		5	5
comp	2351616..2351690	ggc		3	3
comp	2351694..2351777	cta		22	22
comp	2351800..2351875	aaa		4	4
comp	2351880..2351954	caa		4	4
comp	2351959..2352034	cac		5	5
comp	2352040..2352115	aag		5	5
comp	2352121..2352197	aga		5	5
comp	2352203..2352276	gga		5	5
comp	2352282..2352356	ggc		6	6
comp	2352363..2352438	cca
comp	2432784..2432859	tgg
comp	2454880..2454964	tac	+	39	39
comp	2455004..2455079	gta	2 tac	8	8
comp	2455088..2455172	tac		4	4
comp	2455177..2455252	aca
comp	2697795..2697911	5s	@1	31
comp	2697943..2700847	23s		233
comp	2701081..2702599	16s
comp	2703946..2704021	aaa		311		311
comp	2704333..2704408	ttc		5
comp	2704414..2704530	5s		336
comp	2704867..2704942	ttc		5
comp	2704948..2705064	5s		97
comp	2705162..2708066	23s		233
comp	2708300..2709814	16s
comp	2721253..2721328	aaa	@2	5
comp	2721334..2721450	5s		95
comp	2721546..2724452	23s		233
comp	2724686..2726203	16s
comp	2731902..2731976	gag		61		61
comp	2732038..2732112	caa		6		6
comp	2732119..2732195	aga		4		4
comp	2732200..2732273	gga		19		19
comp	2732293..2732376	cta		16		16
comp	2732393..2732467	gaa		4
comp	2732472..2732588	5s		97
comp	2732686..2735592	23s	@4	94
comp	2735687..2735763	atc		3
comp	2735767..2735842	gca		74
comp	2735917..2737435	16s
comp	2742262..2742351	tcc
comp	2743220..2743312	tcg
comp	2743891..2743967	agg
comp	2748534..2748610	cgt		144	144
comp	2748755..2748845	agc		23	23
comp	2748869..2748959	tca	+	69	69
comp	2749029..2749119	tca	2 tca
comp	2758688..2758763	gca		4		4
comp	2758768..2758844	atgi		3
comp	2758848..2758964	5s		73
comp	2759038..2761942	23s		233
comp	2762176..2763694	16s
comp	2150504..2150620	5s		31
comp	2150652..2153560	23s		233
comp	2153794..2155308	16s
comp	2169525..2169641	5s		32
comp	2169674..2172579	23s		233
comp	2172813..2174331	16s
sur plasmide		tgg

cbn cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.cbn. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

cbn cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		10
		16 23 5s 0	3
		16 gca atc	2
		16 23 5s a	4
		max a		8
		a doubles	1
		spéciaux	1
		total aas	22
sans 		opérons		18
		1 aa		12
		max a		22
		a doubles	6
		total aas	64
total aas			86
remarques			5

cbn blocs

• Lien tableur: cbn blocs
• Légende:

C5. Clostridium botulinum BKT015925, cbn blocs

5s	31	31	32
23s	233	233	233
16s
					ttc	5
					5s	336
aaa	5	3			ttc	5
5s	95	73	5s	95	5s	97
23s	233	233	23s	233	23s	233
16s	aaa	atgi	16s	464	16s
			gga	15
16s	233
23s	45
aac	14
5s	7
aac
gaa	4
5s	97	aac	45
23s	94	23s	96
atc	3	atc	7
gca	74	gca	121
16s		16s

cbn remarques

*Remarques
@1	Les 3 opérons 16-23-5s ont les mêmes intercalaires, 233-31 bases.
	
@2	Les 4 opérons 16-23-5s -aa  ont tous à peu près les mêmes intercalaires 233-95-5.
	- Mais ils sont tous différents:
	+ 1 seul  opéron répond au critère des intercalaires, il a 1aa.
	+ 1 seul opéron ne répond pas strictement au critère des intercalaires.
	Ses 3aas sont du côté du 16s et l’intercalaire avec le 1er aa est très
	Élevé, 464.
	+ L'opéron à 2aas a l'intercalaire 23-5s très faible de 23% inférieur à 95, 22/95.
	+ L'opéron à 3aas répondant aux critères  a un 5s en plus.
	
@3	Le critère d’un intercalaire entre 2aas, supérieur à 210 bases, se trouve 
	dans le 4ème opéron à rRNA, mais il est accompagné d’un intercalaire très
	élevé entre 5s et le 1er aa, comme pour le 2ème opéron à rRNA.
	
@4	C’est un opéron à rRNA atypique : 2aas double entourant le 5s.
	- Mais coserve l’intercalaire 16-23s de 233 bases comme les 7 opérons de ce type.
	
@5	Les 2 opérons à 16-atc gca présentent, ici, la particularité d’inverser ses 2 aas, gca-atc.
	- Ils ont aussi, à peu près,  les mêmes intercalaires 16-gca-atc-23s, 74 4 94.
	- L'opéron à rRNA présentant le max d'aas, au nombre de 8, est de ce type.
	Il a le même intercalaire 23-5s que tous les autres opérons à rRNA, 97 bases.
	
*Séquences des doubles :  tous les opérons à plus de 3aas ont des doubles, 6/6.	
	- Les répétitions vont de 5 à 2.
	- 3 opérons sur 6 ont des séquences qui se répètent, avec 22aas et 2 avec 8aas.
	- L'opéron contenant le max d'aas, 22, a 2 séquences de 6 aas qui se répètent.
	- On peut repérer dans cet opéron d'autres séquences de 3 aas.
	- Ces séquences sont séparées par 1 ou 2 aas différents.

cbn distribution

• Lien tableur: cbn distribution
• Notes:

  - Tableau Cl51: gca, 1-3aas et -16s. aac, 1aa et 1-3aas.

  - Tableau Cl52: 4-8aas, gag caa aga gga cta gaa. >1aa, tgc2 et tca2 en gras.

Cl5 cbn, Clostridium botulinum BKT015925. clostridia.

Cl51 cbc. 1aa -16s 1-3aas. clostridia. g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt 1 e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 1 tac tgc f atc 1 j acc 1 aac 2 agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 2 aga k cta g cca 1 caa cga l gta o gca 2 gaa gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 2 n atgj l acg 1 aag agg 1 o ctg h ccg cag 1 cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cbn 12 7* 3* 22

Cl52 cbn. >1aa -5s 4-8aas +16s. g1    t1          a atgi a tct tat atgf 3 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc tac 2 tgc 2 f atc 2 j acc aac 2 agc 1 g ctc f ccc cac 2 cgt 1 h gtc n gcc gac 3 ggc 3 i tta 3 c tca 2 taa tga j ata k aca 3 aaa 2 aga 4 k cta 2 g cca 2 caa 3 cga 1 l gta 4 o gca 2 gaa 3 gga 5 m ttg d tcg tag tgg n atgj 2 l acg aag 3 agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag 1 ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cbn 52 2* 6* 4 64

cbn. Intergen51

Intergen51. cbn. Le génome

• cbn Le prélèvement: Acbn
• Le nom et le lien NCBI: cbn, Clostridium botulinum BKT015925, NCBI [17], date 31.01.14.
• cbn La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
cbn	330,729		2,773,157	11.9	

cbn données intercalaires

• Lien tableur: cbn données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

cbn données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

cbn autres intercalaires aas

• Lien tableur: cbn autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

Intergen51. cbn. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. cbn les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 cbn les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,765 167 10 1,942 3.5 87 10 97 x 539 9 1 549 0 4 4 t 2,304 176 11 2,491 87 14 101 % 92.5 7.1 0.4

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 31 0 0 31 2.8 tRNA-CDS 42 29 x 11 0 0 11 RNA-RNA 87 59 t 42 0 0 42 CDS-rRNA 14 10 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 4 3 - total 147 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.5 3.2 0.0 29.9 0.0 37 0.5 0.0 x 9.6 18.2 0.0 5.9 0.0 0 0.2 0.0

Intergen51. cbn. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  cbn présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cbn
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.450	1.33E-06	-9.44E-04	1.11E-01	29.70	fx1	abscisse	243.0	186.3
0.856	-3.49E-06	2.27E-03	-7.66E-01	85.6	fc1	ordonnée	19.3	20.5
								
0.692	-4.02E-06	2.93E-03	-7.31E-01	81.60	fx41			
0.941	1.70E-06	-9.50E-04	2.68E-02	37.5	fc41			

Intergen51. cbn. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	cbn			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	34		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		0	28		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		9	105		1642	8424
total		9	167		2,456	23,544
reste		0	0		264	420
s6		5	0		361	41
s7		0	23		321	1438
s8		4	82		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	0.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		55.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	21.9		19.5	17.1
s8/sp6		44.4	78.1		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	0	62		814	15120
% / total						
%s1-5		0.0	37.1		33.1	64.2
%sp6		100.0	62.9		66.9	35.8

Intergen51. cbn. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		8			CDS 16s		8	2
16s 23s		8			5s CDS		2	2
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		6			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig	7			5s 16s			
tRNA hors	48			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA	2						
tRNA 5s		2						
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		87	0		total		10	4

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cbn. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. cbn. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 cbn. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	hors1			hors2			hors3
inter	aa		inter	aa		inter	aa
12	gaa		21	cga		39	tac
13	gta		28	gga		8	gta
5	gac		4	aaa		4	tac
18	aca		4	caa		**	aca
12	gaa		5	cac		144	cgt
13	gta		3	aag		23	agc
5	gac		6	aga		69	tca
**	aca		4	gga		**	tca
5	tta		21	cca
5	atgf		5	aag
46	atgj		5	aga
5	tta		5	gga			cont
30	atgf		3	ggc		311	aaa
46	atgj		22	cta		**	ttc
5	tta		4	aaa		61	gag
**	atgf		4	caa		6	caa
17	gta		5	cac		4	aga
14	gac		5	aag		19	gga
4	ttc		5	aga		16	cta
8	ggc		5	gga		**	gaa
57	tgc		6	ggc		4	gca
**	tgc		**	cca		**	atgi
15	gga
7	atc
**	gca
-

cbn intercalaires entre cds

• Lien NCBI [18]
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

cbn intercalaires positifs S+

• Lien tableur: cbn intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  cbn cvi,   diagramme 1-40: c+ cbn   c+ cvi   x+ cvi   total,   texte: cvi.
• Légende: voir la légende de cvi.

cbn. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

cbn	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	15	-107	126	33	450	238	max50	-50	394	-1048	106	855	263	min50
31 à 400							2 parties	8.8	-32	-123	49	932	121	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	86	43	-	424	dte	26	tf	184	63	-	652	poly	203	SF
31 à 400			-					120	45	-	891	dte	41	tf

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles

cbn. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
scc	min10	416	961	1377	748	440	530	90	-88	49	367
cbn	min20	489	1701	2190	731	543	505	-38	-222	-114	271
eco	min20	1003	2130	3133	735	296	440	144	-178	-64	287
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
118	353	0.33	485	1320	4	5	58	242	60	389	-177
65	312	0.21	553	1940	2	5	17	86	56	620	-382
63	348	0.18	1169	2855	11	6	80	226	126	821	-119

• Diagrammes 400:  cbn cvi,   diagramme 1-40: c+ cbn   c+ cvi   x+ cvi   total,   texte: cvi.
• Résumé: J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes,
  1. Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc.
  2. Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249.
  3. Les diagrammes à pyramide, c’est à dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68.

  - cbn ressemble beaucoup à cvi comme on vient de le voir avec des courbes x+ 1-400 à pyramide et de forme tilde faible (R2’ 26 30). Il diffère principalement par la corrélation sur 41-250 de 505 contre 891 et une courbe c+ 31-400 de forme tilde moyenne tm (41) contre un tilde fort tF (107) pour cvi. Le total des effectifs est 50% plus faible que cvi, 2190 contre 3328.

  - Les diagrammes 400

  • x+ 1-400:

    + Les 2 génomes ont une pyramide à 4 fréquences avec un maximum à 50 pour cbn et 70 pour cvi. Quand j’enlève les fréquences faibles pour ne laisser que la pyramide, 3 pour cbn et 4 pour cvi, les 2 courbes deviennent de S forts, SF, avec R2’ de 76 pour cbn contre 68 pour cvi. Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 65 pour cbn et 112 pour cvi.

    + Les fréquences faibles 1-30 sont en opposition avec celles des cbn c+1-400 et en parallèle avec cvi. Cette différence va impacter différemment les corrélations 1-n qu’on verra plus loin.

    + Les points d’inflexion sont normaux et presque égaux 238 pour cbn contre 200.

  • c+ 1-400: Ce sont 2 courbes presque identiques de formes S fort avec le même R2’ de 203 et des 2 points d’inflexion normaux, 263 pour cbn et 282 pour cvi.
  • x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 65 pour cbn et 112 pour cvi. Il faudrait les remplacer par les courbes avec pyramide seule sans les fréquences faibles, soit 1-30 pour cbn et 1-40 pour cvi, voir le paragraphe x+ 1-400 ci-dessus.
  • c+ 31-400: C’est la différence entre ces courbes qui va impacter le plus la corrélation sur 41-250 qui passe de 505 chez cbn à 891 chez cvi. En effet la courbe de cbn est un tilde faible à moyen avec un R2’ de 41 alors que cvi arbore un tilde fort avec un R2’ de 107. Les 2 points d’inflexions sont faibles en valeur absolue, mais celui de cbn est positif, 121, alors que celui de cvi est négatif, -137.

  - Les corrélations:

  • Sur les plages 41-n: La grande différence entre les 2 génomes c’est une corrélation moyenne pour cbn avec 505 et la 2ème plus forte des 21 génomes de cvi avec 891 après 940 de ase. Dans les 2 génomes elle se maintient légèrement sur 41-200, avec une amélioration pour cbn, différence de -38 (diff), et un recul de 33 pour cvi. Avec cbn c’est la seule amélioration constatée chez les 21 génomes étudiés.
  • Sur les plages 1-n: les évolutions contraires des fréquences faibles 1-30 que j’ai mentionnées au paragraphe x+ 1-400 agissent fortement sur les corrélations 1-n.

    + Chez cbn les fréquences faibles évoluent en opposition entre celles de x+ 1-400 et c+ 1-400 d’où des corrélations sur 1-n fortement négatives -222 pour 1 -200 et -114 pour 1 -250.

    + Chez cvi les fréquences faibles évoluent en parallèle entre celles de x+ 1-400 et c+ 1-400 d’où des corrélations sur 1-n, certes fortement diminuées mais sont positives et seulement moitié que sur 41-n, 434/858 pour 1-200 et 549/891 pour 1-250.

  - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. Entre cbn et cvi il passe de 0.21 à 0.37. Les zéros sont identiques et font 7‰, alors que le taux des négatifs fait le triple de cbn chez cvi, 103‰ contre 280‰.

  - Les courbes 1-40:

  • c+ 1-40: Les 2 courbes sont semblales et très proche de celle du total des c+ 1-40.
  • x+ 1-40: Avec un effectif de 56 pour cbn la courbe ne peut être significative. Avec 130 pour cvi sa courbe a été étudiée dans cvi.

cbn autres intercalaires

• Lien tableur: cbn autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

  - misc_f, pour misc_feature

  - misc_R, pour misc_RNA

• Totaux: il y a 2 pseudo gene

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-	
43	13		87			2	2		147

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Clostridium lentocellum DSM 5427

cle opérons

• Lien tableur: cle opérons
• Liens: gtRNAdb, NCBI [19], génome
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Lachnospiraceae;Cellulosilyticum.
• Légende:

  - cyan pour les doubles signalés par le signe + dans la colonne doubles.

  - @ voir le chapitre remarques de ce génome.

• Note: il n'y apas de gtRNAdb. Aussi j'ai comparé (EXACT NB.CAR STXT) les 1ers atgf atgi atgj du génome cdc, avec les atg de cle.

C6. Clostridium lentocellum DSM 5427

34.3%GC	30.6.19 Paris	104	doubles	intercal	aa	avec aa
	10157..10246	agc	@1	202
	10449..11981	16s		72
	12054..12171	5s		4
	12176..12248	gca		262
	12511..15414	23s		55
	15470..15543	gac		61		61
	15605..15677	gta		7		7
	15685..15757	aca		34		34
	15792..15872	tac		12		12
	15885..15961	atgj		3		3
	15965..16040	ttc		3		3
	16044..16116	aaa
				30118
	46235..47767	16s	@3	21284
	69052..71964	23s
				4873
	76838..78371	16s		72
	78444..78561	5s		5
	78567..78639	gca		282
	78922..81829	23s
				904
	82734..82851	5s		4
	82856..82928	ggc
				1463
	84392..85929	16s		72
	86002..86119	5s		4
	86124..86196	gca		280
	86477..89386	23s
				7380
	96767..96884	5s		89
	96974..97047	ggc
				5082
	102130..102204	cag
	104716..104799	tta		13	13
	104813..104898	tca
	141499..143034	16s		138
	143173..143290	5s		7
	143298..143374	atc		258
	143633..146538	23s
	150968..151085	5s	@4	4
	151090..151161	gaa		457
	151619..153160	16s		605
	153766..156671	23s		475
	157147..157219	aaa		9		9
	157229..157299	gga		6		6
	157306..157379	aga
				4223
	161603..161720	5s		4
	161725..161797	ggc
				11104
	172902..172973	gaa		23	23
	172997..173071	cca		45	45
	173117..173189	aaa		11	11
	173201..173274	gac		56	56
	173331..173403	gta		7	7
	173411..173494	tta		187	187
	173682..173754	aca		26	26
	173781..173861	tac		10	10
	173872..173948	atgj		31	31
	173980..174052	ttc
				248498
	422551..424086	16s
				113898
	537985..540890	23s
				25153
	566044..566117	cac		23	23
	566141..566212	caa		32	32
	566245..566330	tca
	571984..573519	16s		72
	573592..573709	5s		4
	573714..573786	gca		282
	574069..576975	23s
				25302
	602278..603812	16s		137
	603950..604067	5s
				11014
	615082..617987	23s
				21159
	639147..639362	16s°	@5
				98139
	737502..737619	5s		4
	737624..737696	ggc
				3291
	740988..741058	gga
	759839..759920	cta
	911999..912083	ctt	+	148	148
	912232..912316	ctt	2 ctt
	1035192..1035265	cga
	1061152..1061225	agg
comp	1136376..1136448	ccc
	1229184..1230718	16s	@2	72
	1230791..1230908	5s		7
	1230916..1230989	atc		53		53
	1231043..1231115	gca		261
	1231377..1234282	23s		110
	1234393..1234464	aac	+	9		9
	1234474..1234545	gaa	2 tgc	6		6
	1234552..1234622	tgc	2 aac	23		23
	1234646..1234717	aac		58		58
	1234776..1234846	tgc
	1280211..1280283	atgf
	1283250..1283320	gga	+	5	5
	1283326..1283399	aga	2 gga	5	5
	1283405..1283478	cac	2 aga	31	31
	1283510..1283581	caa	2 caa	23	23
	1283605..1283677	aaa		30	30
	1283708..1283792	cta		23	23
	1283816..1283886	gga		5	5
	1283892..1283965	aga		6	6
	1283972..1284043	caa
	1299560..1299632	ggc		4	4
	1299637..1299711	cca
	1346208..1346290	ctg
	1363346..1363428	ctg
	1515234..1515305	gaa		62	62
	1515368..1515442	cca		22	22
	1515465..1515537	aaa
	1597292..1597364	acg
	1611976..1612042	acg
	2065352..2065425	ata
comp	2090478..2090550	acc
	2394421..2394501	tac		3	3
	2394505..2394577	ttc
	2592342..2592422	ttg
	2606024..2606104	ttg
comp	2737232..2737304	gcc
comp	2798802..2798874	aag
comp	2881571..2881642	gag
comp	3215471..3215545	cca
comp	3252582..3252655	atgj		7	7
comp	3252663..3252735	gta		4	4
comp	3252740..3252813	gac		10	10
comp	3252824..3252896	tgg		20	20
comp	3252917..3252988	aac
				683
comp	3253672..3253748	atgj		7		7
comp	3253756..3253828	gta		9		9
comp	3253838..3253910	tgg		18		18
comp	3253929..3254000	aac		60
comp	3254061..3256967	23s
				362637
comp	3619605..3619677	aca	+	4		4
comp	3619682..3619755	cgt	2 cgt	50		50
comp	3619806..3619879	cgt	2 aca	27		27
comp	3619907..3619990	tta		3		3
comp	3619994..3620069	gta		47		47
comp	3620117..3620190	gac		22		22
comp	3620213..3620289	atgi		23		23
comp	3620313..3620385	aca		14		14
comp	3620400..3620471	gaa		9		9
comp	3620481..3620552	aac		110
comp	3620663..3623568	23s		261
comp	3623830..3623902	gca		53		53
comp	3623956..3624029	atc		7
comp	3624037..3624154	5s		72
comp	3624227..3625761	16s		149
comp	3625911..3625999	tcc		33		33
comp	3626033..3626118	tca
comp	3714637..3714709	gta		1	1
comp	3714711..3714787	atgj

cle cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.cle. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

cle cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		19
		16 5 aa 23	5
		16 5 atc gca	2
		solo		11
		max a		14
		a doubles	2
		indéterminé	1
		total aas	46
sans 		opérons		29
		1 aa		19
		max a		10
		a doubles	2
		total aas	59
total aas			105
remarques			5

cle blocs

• Lien tableur: cle blocs
• Légende:

C6. Clostridium lentocellum DSM 5427, cle blocs

Solitaires
16s	*2	16s°	@5
23s	*3
5s	3*4	89
ggc
aac	60
23s
16s	137
5s
16s	72	72	72
5s	5	4	4
gca	282	280	282
23s
		agc	202
16s	138	16s	72
5s	7	5s	4
atc	258	gca	262
23s		23s	55
		gac	61
		aac	110
16s	72	23s	261
5s	7	gca	53
atc	53	atc	7
gca	261	5s	72
23s	110	16s	149
aac	9	tcc	33
5s	4		@4
gaa	457
16s	605
23s	475
aaa	9

cle remarques

Remarques :	Pas de blocs 16-23-5s ni de séquence 16-atc-gca-23.
	
@1	5 blocs 16-5-aa-23s avec les mêmes intercalaires, à peu près, 72 4 280.
	- 4 blocs avec gca dont 3 à 1aa et 1 avec 9aas. 
	- Le bloc à 9aas a un aa avant le 16s, compatible.
	- 1 bloc avec atc seul et les intercalaires modifiées, 138 7 258.
	
@2	2 blocs 16-5-atc-gca-23s, avec les mêmes intercalaires, 72 7 53 261.
	- Les 2 blocs contiennent des doubles, 2 paires chacun avec 7 et 14aas.
	- Le bloc contenant le max de 14aas a 2aas avant le 16s compatibles.
	
@3	Les solos ne contiennent qu’un seul rRNA avec ou sans aas.
	- 5s-1aa, il y en a 4 et l'intercalaire est équivalente de celle des blocs.
	- 23s, il y en a 4 dont 1 seul avec 4aas
	- 16s, 2 sans aas et 1 du 16s5s avec une intercalaire comme le bloc atc, 137.
	
@4	Apparemment un trio de solos. Les 3 intercalaires supérieures à 450 permettent
	de diviser le groupe en 3 opérons, 5saa avec une intercalaire semblable aux 
	autres 5saa, 23s avec 3aas aux petites intercalaires et 1 16s sasns aas.
	
@5	16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
	
Séquences des doubles : très peu de doublons. 	
	- 2 opérons avec rRNAs ont des doublons sur 5 possédant au moins 2 aas.
	- 2 opérons sans rRNAs sur 10 possédant au moins 2 aas.
	- 4 doublons pour chaque type d'opérons.
	- 1 seule paire répétée chez les opérons sans rRNAs.

cle distribution

• Lien tableur: cle distribution
• Notes:

  - Tableau Cl61: ctt2 en gras, très rare

  - Tableau Cl62

  1-3aas: aaa aga gga

  -5s: Ces 5s sont seuls sans 16s ni 23s. Ce sont 4 5s ggc et 1 5s gaa

  Blocs à rRNA: ils ont la forme 16s5saa23s

  cgt2 double en gras

Cl6 cle, Clostridium lentocellum DSM 5427. clostridia.

Cl61 cle. Distribution des blocs sans rRNA. g1    t1          a atgi a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt 2 e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc tac 2 tgc f atc j acc 1 aac 1 agc g ctc f ccc 1 cac 2 cgt h gtc n gcc 1 gac 2 ggc 1 i tta 2 c tca 2 taa tga j ata 1 k aca 1 aaa 3 aga 2 k cta 2 g cca 4 caa 3 cga 1 l gta 3 o gca gaa 2 œ 3 m ttg 2 d tcg tag tgg 1 n atgj 3 l acg 2 aag 1 agg 1 o ctg 2 h ccg cag 1 cgg p gtg p gcg gag 1 ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cle 40 19 59

Cl62 cle. Distribution des blocs avec rRNA. g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 2 f atc 3 j acc aac 4 agc 1 g ctc f ccc cac cgt 2 h gtc n gcc gac 2 ggc 4 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 3 aaa 2 aga 1 k cta g cca caa cga l gta 3 o gca 6 gaa 3 gga 1 m ttg d tcg tag tgg 1 n atgj 2 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total cle 34* 3 9 64

cle. Intergen51

Intergen51. cle. Le génome

• cle Le prélèvement: Aclostridia
• Le nom et le lien NCBI: cle, Cellulosilyticum lentocellum DSM 5427, NCBI [20], date 19.3.21.
• cle La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
cle	615,068		4,714,237	13.0	

cle données intercalaires

• Lien tableur: cle données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

cle données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

cle autres intercalaires aas

• Lien tableur: cle autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

Intergen51. cle. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. cle les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 cle les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,865 441 35 3,341 4.2 93 19 112 x 779 21 0 800 0 8 8 t 3,644 462 35 4,141 93 27 120 % 88.0 11.2 0.8

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 46 0 0 46 2.0 tRNA-CDS 69 25 x 23 0 0 23 RNA-RNA 93 34 t 69 0 0 69 CDS-rRNA 27 10 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 84 31 - total 273 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 6.4 13.0 2.3 30.3 2.2 42 1.0 0.0 x 10.7 30.4 0.0 2.6 0.0 38 0.0 0.0

Intergen51. cle. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  cle présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cle
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.708	3.88E-06	-2.96E-03	5.83E-01	1.51	fx1	abscisse	259.1	181.0
0.810	-6.21E-06	4.68E-03	-1.15E+00	105.0	fc1	ordonnée	21.5	19.5
								
0.727	2.29E-06	-1.78E-03	3.17E-01	19.00	fx41			
0.948	8.86E-07	-4.81E-04	-2.70E-02	34.9	fc41			

Intergen51. cle. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	cle			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	78		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		8	107		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		13	255		1642	8424
total		21	441		2,456	23,544
reste		0	10		264	420
s6		2	0		361	41
s7		3	37		321	1438
s8		8	208		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	1.4		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		15.4	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		23.1	14.5		19.5	17.1
s8/sp6		61.5	81.6		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	3.9		16.1	5.0
						
total s1-5	8	186		814	15120
% / total						
%s1-5		38.1	42.2		33.1	64.2
%sp6		61.9	57.8		66.9	35.8

Intergen51. cle. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s					CDS 16s		7	1
16s 23s		1			5s CDS		1	
16s tRNA				16 CDS		1	1
tRNA 23s	7			CDS 5s		1	4
5s tRNA		12			23s CDS		6	2
tRNA in		2			CDS 23s		3	
tRNA contig	25			5s 16s			
tRNA hors	30			16s16s			
tRNA 16s	3						
23s tRNA	5						
tRNA 5s								
16s 5s		8						
5s 23s								
5s 5s								
total		93	0		total		19	8

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cle. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. cle. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 cle. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	hors1			hors2			cont1			cont2
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
13	tta		5	gga		61	gac		7	atgj
**	tca		5	aga		7	gta		9	gta
23	gaa		31	cac		34	aca		18	tgg
45	cca		23	caa		12	tac		**	aac
11	aaa		30	aaa		3	atgj		4	aca
56	gac		26	cta		3	ttc		50	cgt
7	gta		5	gga		**	aaa		27	cgt
187	tta		6	aga		9	aaa		6	tta
26	aca		**	caa		6	gga		47	gta
10	tac		4	ggc		**	aga		25	gac
31	atgj		**	cca		9	aac		23	atgi
**	ttc		62	gaa		6	gaa		14	aca
23	cac		22	cca		23	tgc		9	gaa
32	caa		**	aaa		58	aac		**	aac
**	tca		3	tac		**	tgc		33	tcc
148	ctt		**	ttc					**	tca
**	ctt		7	atgj
			4	gta
			10	gac
			20	tgg
			**	aac
			4	gta
			**	atgj
-

Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547

hmo opérons

• Lien tableur: hmo opérons
• Liens: gtRNAdb [21], NCBI [22], génome [23]
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Heliobacteriaceae;Heliobacterium.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

  -  cds : cds inséré dans un cluster avec ou sans rRNA.

C7. Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547

57%GC	24.7.19 Paris	109	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd
	103699..104088	CDS		380				130
	104469..105695	CDS		186	186			409	186
comp	105882..105956	ggc		1		1
comp	105958..106044	ctg		321	321
comp	106366..106929	CDS	@1	241	241			188	241
comp	107171..107246	aca		202	202				202
comp	107449..108183	CDS		111772				245
comp	219956..220483	CDS		260	260			176	260
comp	220744..220820	gac		5			5
comp	220826..220901	gta		10			10
comp	220912..220987	gaa		4			4
comp	220992..221067	aaa		18			18
comp	221086..221160	caa		103
comp	221264..224182	23s		237
comp	224420..224495	gcc		64
comp	224560..224676	5s	@2	328
comp	225005..226536	16s		651	651
comp	227188..228162	CDS		98792				325
comp	326955..328340	CDS		178	178			462	178
comp	328519..328601	cta		65		65
comp	328667..328743	aga		60		60
comp	328804..328880	cca		568	568
comp	329449..330090	CDS		57730				214
comp	387821..388105	CDS		135	135			95
	388241..388317	ccc		7		7
	388325..388410	tac		47	47				47
comp	388458..388742	CDS		588493				95
comp	977236..978504	CDS		439	439			423
comp	978944..981860	23s		237
comp	982098..982173	gcc		64
comp	982238..982354	5s		328
comp	982683..984208	16s		460
comp	984669..984744	tgg	@3	5			5
comp	984750..984824	cgg		207	207				207
comp	985032..987656	CDS		26258				875
comp	1013915..1014760	CDS		105	105			282	105
comp	1014866..1014942	gac		75		75
comp	1015018..1015093	gaa		265	265
comp	1015359..1016642	CDS		40115				428
	1056758..1058014	CDS		121	121			419	121
comp	1058136..1058233	tga		173	173
	1058407..1058733	CDS		62951				109
	1121685..1122878	CDS		588	588			398
	1123467..1124998	16s		328
	1125327..1125443	5s		64
	1125508..1125583	gcc		233
	1125817..1128734	23s		337	337				337
>	1129072..1129785	CDS		24938				238
	1154724..1155224	CDS		99	99			167
	1155324..1155413	tca		56	56				56
comp	1155470..1156627	CDS		13350				386
	1169978..1171828	CDS		129	129			617	129
	1171958..1172034	cgt		85		85
	1172120..1172196	agg		181	181
	1172378..1172812	CDS		62	62			145	62
	1172875..1172966	tcg		548	548
	1173515..1174330	CDS		6655				272
comp	1180986..1182974	CDS		444	444			663
	1183419..1183512	tcc		39	39				39
	1183552..1183817	ncRNA		11908				89
	1195726..1195998	CDS		181	181			91
	1196180..1196255	gcg		151	151				151
	1196407..1197051	CDS		86894				215
comp	1283946..1285331	CDS		177	177			462	177
	1285509..1285584	atgf		5		5
	1285590..1285667	atgj		7		7
	1285675..1285750	gaa		542	542
	1286293..1287630	CDS		63447				446
	1351078..1352549	CDS		704	704			491
	1353254..1354786	16s		252
	1355039..1355155	5s		64
	1355220..1355296	atc		194
	1355491..1358408	23s		112
	1358521..1358595	aac		109	109				109
comp	1358705..1358926	CDS		139555				74
	1498482..1498898	CDS		535	535			139
comp	1499434..1499509	acg		238	238				238
	1499748..1500836	CDS		262182				363
	1763019..1763858	CDS		68	68			280	68
	1763927..1764003	gac		4		4
	1764008..1764083	ttc		3		3
	1764087..1764161	ggc		92	92
comp	1764254..1764493	CDS		72	72			80	72
	1764566..1764641	tgc		18		18
	1764660..1764746	tta		253	253
comp	1765000..1765467	CDS		52131				156
	1817599..1818318	CDS		487	487			240
	1818806..1820337	16s		252
	1820590..1820706	5s		64
	1820771..1820847	atc		6			6
	1820854..1820929	gca		229
	1821159..1824076	23s		112
	1824189..1824263	aac		6			6
	1824270..1824345	atgf		243	243				243
	1824589..1825014	CDS		168198				142
	1993213..1994328	CDS		99	99			372
	1994428..1994502	atgi		41	41				41
	1994544..1995368	CDS		284281				275
	2279650..2279997	CDS		541	541			116
	2280539..2282070	16s		253
	2282324..2282440	5s		64
	2282505..2282580	gcc		234
	2282815..2285735	23s		119
	2285855..2285948	tcc		6			6
	2285955..2286031	ccg		10			10
	2286042..2286115	gga		14			14
	2286130..2286205	cac		1			1
	2286207..2286281	tgc		9			9
	2286291..2286367	gtc		3			3
	2286371..2286446	ttc		6			6
	2286453..2286537	tac		4			4
	2286542..2286616	caa		17			17
	2286634..2286709	aaa		4			4
	2286714..2286789	gaa		5			5
	2286795..2286870	gta		5			5
	2286876..2286952	gac		7			7
	2286960..2287050	agc		43			43
	2287094..2287170	ccc		30			30
	2287201..2287287	ctg		3			3
	2287291..2287365	ggc		4			4
	2287370..2287446	cgt		4			4
	2287451..2287526	acc		352	352				352
	2287879..2288343	CDS		33184				155
comp	2321528..2322544	CDS		268	268			339
comp	2322813..2322889	gtc		9		9
comp	2322899..2322973	cgg		81	81				81
comp	2323055..2323243	CDS		3375				63
	2326619..2327947	CDS		464	464			443	464
	2328412..2329943	16s		327
	2330271..2330387	5s		226
	2330614..2333532	23s		98
	2333631..2333706	aaa		4			4
	2333711..2333786	acc		8			8
	2333795..2333877	ctc		89	89				89
comp	2333967..2334704	CDS		7389				246
	2342094..2342804	CDS		155	155			237	155
comp	2342960..2343030	ttc		213	213
	2343244..2343936	CDS		563	563			231
	2344500..2346025	16s		252
	2346278..2346394	5s		64
	2346459..2346535	atc		141
	2346677..2349594	23s		100
	2349695..2349769	aac		6			6
	2349776..2349851	atgf		102	102				102
	2349954..2350976	CDS		113601				341
	2464578..2465114	CDS		271	271			179	271
comp	2465386..2465461	aca		432	432
	2465894..2466226	CDS		4722				111
	2470949..2471977	CDS		69	69			343	69
	2472047..2472133	ctg		678	678
	2472812..2473192	CDS		22232				127
	2495425..2496048	CDS		402	402			208
comp	2496451..2496527	gtc		4		4
comp	2496532..2496609	atgj		175	175				175
	2496785..2497120	CDS		217	217			112
comp	2497338..2497420	ctc		7		7
comp	2497428..2497503	acc		18		18
comp	2497522..2497596	tgg		14		14
comp	2497611..2497684	ggg		19		19
comp	2497704..2497778	ggc		7		7
comp	2497786..2497873	ttg		8		8
comp	2497882..2497958	gtg		-10	-10				-10
comp	2497949..2498185	CDS		66	66			79	66
	2498252..2498328	ccg		314	314
comp	2498643..2499506	CDS		55292				288
	2554799..2554984	CDS		109	109			62	109
	2555094..2555169	gaa		2		2
	2555172..2555247	ttc		6		6
	2555254..2555338	tac		4		4
	2555343..2555417	caa		18		18
	2555436..2555511	aaa		4		4
	2555516..2555590	ggc		9		9
	2555600..2555675	cac		117	117
comp	2555793..2557049	CDS		235940				419
comp	2792990..2793442	CDS		219	219			151	219
comp	2793662..2796583	23s		236
comp	2796820..2796895	gca		6			6
comp	2796902..2796978	atc		64
comp	2797043..2797159	5s		328
comp	2797488..2799019	16s		505
comp	2799525..2799599	ggc	+	1			1
comp	2799601..2799687	ctg	2 ggc	32			32
comp	2799720..2799796	ccc		42			42
comp	2799839..2799915	cgt		4			4
comp	2799920..2799994	ggc		120			120
comp	2800115..2800192	atgj		42			42
comp	2800235..2800325	agc		16			16
comp	2800342..2800417	atgf		6			6
comp	2800424..2800498	aac		7			7
comp	2800506..2800581	gaa		4			4
comp	2800586..2800661	aaa		18			18
comp	2800680..2800754	caa		4			4
comp	2800759..2800843	tac		91			91
comp	2800935..2801011	gtc		7			7
comp	2801019..2801093	tgc		325	325
	2801419..2801724	CDS		230813				102
	3032538..3032729	CDS		109	109			64	109
comp	3032839..3035757	23s		233
comp	3035991..3036066	gcc		64
comp	3036131..3036247	5s		253
comp	3036501..3038026	16s		779	779
comp	3038806..3040017	CDS		232				404
comp	3040250..3042013	CDS						588

hmo cumuls

• Lien tableur: hmo cumuls
• Légende:

  - avec et sans rRNA, fréquences des intercalaires dans les clusters avec rRNA ou sans rRNA.

  - cdsd, je ne choisis que le cds avec l'intercalaire le plus faible d'un cluster donné, en supposant que ce cds a été créé par le cluster lors des conversions.

  - cdsa, longueur du cds en aas ici.

  -  1 : occurences exclues de la moyenne. Sont exclus de la moyenne les jaunes 554 de hmo opérons.

C7. cumuls. Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	10	1	1	2	1	1	40	1	100	10
	16 5s gcc 23	5	20	20	34	50	3	80	8	200	16
	16 5s atc 23	2	40	0	2	100	11	120	7	300	14
	16 5 23s a	1	60	1	3	150	9	160	4	400	8
	max a	20	80	2	0	200	9	200	4	500	11
	a doubles	1	100	1	1	250	8	240	4	600	0
	16 5s atc gca	2	120	0	1	300	5	280	4	700	2
	total aas	60	140	0	0	350	4	320	0	800	0
sans	opérons	24	160	0	0	400	1	360	2	900	1
	1 aa	12	180	0	0	450	4	400	0	1000	0
	max a	7	200	0	0	500	2	440	0	1100	0
	a doubles	0		0	0		11		1		0
	total aas	49		21	38		56		32		59
total aas		109
remarques		3
avec jaune			moyenne
			variance
sans jaune			moyenne	8	8		196		137		230
			variance	6	7		120		71		128

hmo tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de hmo opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

hmo	70			52			35			87
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
62	548		217	-10		92	68		217	-10
66	314		444	39		99	41		444	39
68	92		99	41		99	56		99	41
69	678		135	47		117	109		135	47
72	253		99	56		135	47		99	56
99	56		268	81		173	121		548	62
99	41		68	92		181	151		314	66
105	265		109	117		181	129		92	68
109	117		181	151		217	-10		678	69
121	173		121	173		241	202		253	72
129	181		402	175		253	72		268	81
135	47		129	181		265	105		265	105
177	542		241	202		268	81		117	109
178	568		535	238		314	66		173	121
181	151		72	253		321	186		181	129
186	321		105	265		402	175		181	151
217	-10		66	314		432	271		402	175
241	202		186	321		444	39		542	177
268	81		271	432		535	238		568	178
271	432		177	542		542	177		321	186
402	175		62	548		548	62		241	202
444	39		178	568		568	178		535	238
535	238		69	678		678	69		432	271

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.

clostridia	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
hmo		2,707		46	1	27	10	7	1	16	11	8	19
‰					22	587	217	152	22	696	478	348	826

hmo blocs

• Lien tableur: hmo blocs
• Légende:

  - tgg: L'intercalaire, en jaune aussi, est entre tgg et 16s.

• Notes:

  - Les spécificités gcc atc atc-gca et tRNA avant 16s

  - Homogénéité des intercalaires intra bloc

C7. Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547, hmo blocs.

					tgg
CDS	541	651	588	779	460
16s	253	328	328	253	328
5s	64	64	64	64	64
gcc	234	237	233	233	237
23s	119	103	337	109	439
tcc	tcc	caa	cds	cds	cds
CDS	704	563		CDS	464
16s	252	252		16s	327
5s	64	64		5s	226
atc	194	141		23s	98
23s	112	100		aaa
aac	aac	aac
		ggc
CDS	487	505
16s	252	328
5s	64	64
atc	6	6
gca	229	236
23s	112	219
aac	aac	cds

hmo remarques

• Remarques des 3 @ dans opérons :
  1. @ Les cds en vert.

     - Ces cds sont insérés dans un cluster avec ou sans rRNA. Ce sont des candidats pour la création. Plus les 2 intercalaires avec les voisins sont petits plus ils sont intéressants. Il y en a 6 dont un seul, *, est accolé à un 16s. Un intercalaire est même négatif, c’est-à-dire que le cds démarre dans le tRNA, adresse 2497949. Dansl’ordre des adresses croissantes les intercalaires sont les suivants :  321-241   181-62   92-72   213-563*   175-217   -10-66.

     - Voir hmo cumuls : 9 intercalaires entre tRNAs dans un cluster ont plus de 40 pbs et 1 fait 120 pbs (adresse 2799920).

     - Dans hmo_opérons j'ai ajouté l'intercalaire entre 2 clusters, qui contient plusieurs autres gènes, pour faire ressortir la proximité des cds intra cluster avec les rRNAs et les tRNAs.

  2. @ Voir hmo blocs.

     - Il y a 10 blocs avec rRNA et tous sont complets. Cependant le 5s est anormalement positionné entre 16s et 23s au lieu d’être en 3ème position. Ce type de génome est rare, voir les statistiques des blocs à rRNAs.

     - Il n'y a qu'un seul bloc sans aas, adresse 2328412, mais ce génome a 5 blocs sur 10 qui est rare dans cette position, gcc, au lieu de gca, plus courant. Les 4 autres blocs arborent des aas courants dans cette position, 2 atc-gca et 2 atc.

  3. @ tRNAs avant 16s

     - Des tRNAs se trouvent avant le 16s, adresses 982683 et 2797488, le 1er avec 2 et le 2ème avec 15 tRNAs.

     - Les 2 intercalaires aa-16s sont du même de grandeur général qu'un cds-16s, 460 et 505 pbs ici.

• Séquences des doubles: Voir hmo cumuls :beaucoup de séquences longues et à peine un double dans la séquence 15aas-16s5s-gcc-23s.
• Notes:

  - Les 5 cds, candidats à la création, sont insérés dans des clusters sans rRNAs et 1 seul est collé à 16s.

  - Le 5s est positionné anormalement en 16s5s23s, dans les 10 blocs que possède le génome.

  - Un tRNA intra bloc très rare, gcc au lieu de gca, dans 5 cas sur 10. 4 autres sont courants, 2 atc et 2 atc-gca.

hmo distribution

• Lien tableur: hmo distribution
• Notes: Tableau Cl72,

  - les 1-3aas sont au nombre de 10 et sont soulignés, aac est composé de 1 >3aas et 3 1-3aas alors que aaa est composé respectivement de 3 et 1, et atgf de 2 et 1 respectivement.

  - Les blocs à rRNA sont de la forme 16s5saa23s

Cl7 hmo, Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547. clostridia.

Cl71 hmo. Distribution des blocs sans rRNA. g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 3 b tcc 1 tac 2 tgc 1 f atc j acc 1 aac agc g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 2 n gcc gac 2 ggc 4 i tta 1 c tca 1 taa tga 1 j ata k aca 2 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga l gta o gca gaa 3 gga m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj 2 l acg 1 aag agg 1 o ctg 2 h ccg 1 cag cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag ggg 1 clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total hmo 37 12 49

Cl72 hmo. Distribution des blocs avec rRNA. g1    t1          a atgi a tct tat atgf 3 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 2 tgc 2 f atc 4 j acc 2 aac 4 agc 2 g ctc 1 f ccc 2 cac 1 cgt 2 h gtc 2 n gcc 5 gac 2 ggc 3 i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 4 aga k cta g cca caa 3 cga l gta 2 o gca 2 gaa 3 gga 1 m ttg d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag agg o ctg 2 h ccg 1 cag cgg 1 p gtg p gcg gag ggg clos >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total hmo 49 11 60

hmo. Intergen51

Intergen51. hmo. Le génome

• hmo Le prélèvement: Aclostridia
• Le nom et le lien NCBI: hmo, Heliomicrobium modesticaldum Ice1, NCBI [24], date 6.3.22.
• hmo La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
hmo	396,940		3,075,407	12.9	

hmo données intercalaires

• Lien tableur: hmo données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

hmo données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

hmo autres intercalaires aas

• Lien tableur: hmo autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aclostridia

Intergen51. hmo. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. hmo les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 hmo les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,850 332 17 2,199 4.7 103 13 116 x 460 11 0 471 1 1 2 t 2,310 343 17 2,670 104 14 118 % 86.5 12.8 0.6

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 31 0 0 31 1.3 tRNA-CDS 54 24 x 23 0 0 23 RNA-RNA 104 47 t 54 0 0 54 CDS-rRNA 14 6 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 51 23 - total 223 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 5.8 12.9 0.0 24.6 0.0 60 0.8 0.0 x 12.6 17.4 18.2 5.0 0.0 36 0.0 0.0

Intergen51. hmo. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  hmo présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	hmo
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.427	2.46E-06	-1.95E-03	3.93E-01	8.01	fx1	abscisse	257.3	151.9
0.885	-3.49E-06	2.27E-03	-7.66E-01	85.6	fc1	ordonnée	21.3	25.7
								
0.449	3.20E-06	-2.47E-03	4.97E-01	2.46	fx41			
0.959	9.96E-07	-4.54E-04	-7.46E-02	44.0	fc41			

Intergen51. hmo. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	hmo			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	36		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		3	149		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		7	132		1642	8424
total		11	332		2,456	23,544
reste		2	0		264	420
s6		1	1		361	41
s7		3	41		321	1438
s8		1	90		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		3.0	4.1		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		14.3	0.8		22.0	0.5
s7/sp6		42.9	31.1		19.5	17.1
s8/sp6		14.3	68.2		42.4	77.5
reste/sp6	28.6	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	4	185		814	15120
% / total						
%s1-5		36.4	55.7		33.1	64.2
%sp6		63.6	44.3		66.9	35.8

Intergen51. hmo. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s					CDS 16s		10	
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s	9			CDS 5s			
5s tRNA		9			23s CDS		3	1
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig	40			5s 16s			
tRNA hors	26	1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA	6						
tRNA 5s								
16s 5s		10						
5s 23s		1						
5s 5s								
total		103	1		total		13	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. hmo. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. hmo. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 hmo. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	cont1			cont2			hors1			hors2
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
5	gac		4	aaa		1	ggc		18	tgc
10	gta		8	acc		**	ctg		**	tta
4	gaa		**	ctc		65	cta		9	gtc
18	aaa		6	aac		60	aga		**	cgg
**	caa		**	atgf		**	cca		4	gtc
6	aac		1	ggc		7	ccc		**	atgj
**	atgf		32	ctg		**	tac		7	ctc
6	tcc		42	ccc		5	tgg		18	acc
10	ccg		4	cgt		**	cgg		14	tgg
14	gga		120	ggc		75	gac		19	ggg
1	cac		42	atgj		**	gaa		7	ggc
9	tgc		16	agc		85	cgt		8	ttg
3	gtc		6	atgf		**	agg		x293	gtg
6	ttc		7	aac		5	atgf		**	ccg
4	tac		4	gaa		7	atgj		2	gaa
17	caa		18	aaa		**	gaa		6	ttc
4	aaa		4	caa		4	gac		4	tac
5	gaa		91	tac		3	ttc		18	caa
5	gta		7	gtc		**	ggc		4	aaa
7	gac		**	tgc					9	ggc
43	agc								**	cac
30	ccc
3	ctg
4	ggc
4	cgt
**	acc
-

Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988

cbei opérons

• Lien tableur: cbei opérons
• Liens: gtRNAdb [], NCBI [25], génome []
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae;Clostridium.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

  - cyan pour les doubles signalés par le signe + dans la colonne doubles.

  - @ voir le chapitre remarques de ce génome.

• Notes:

  - Les atg ont été résolus en comparant avec ceux de cdc avec stxt. A faire pour psor aussi.

C8. Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988

29.65%GC	29.7.19 Paris	93	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd
	6477551..6480031	CDS		496	496			827
	6480528..6482044	16s		213
	6482258..6485171	23s		108
	6485280..6485394	5s		14
	15..91	atgi		1			1
	93..168	gca		85	85				85
	254..769	CDS		1940				172
	2710..2937	CDS		119	119			76	119
	3057..3147	tca	+	30		30
	3178..3268	agc	2 tca	241		241
	3510..3600	tca	2 agc	18		18
	3619..3709	agc		125	125
	3835..4350	CDS		9470				172
	13821..14726	CDS		187	187			302
	14914..14988	cgt		34	34				34
comp	15023..15913	CDS		109014				297
	124928..125338	CDS		275	275			137	275
	125614..125702	tta	+	20		20
	125723..125798	atgf	4 tta	7		7
	125806..125882	atgj	4 atgf	6		6
	125889..125977	tta	2 atgj	22		22
	126000..126075	atgf		7		7
	126083..126159	atgj		6		6
	126166..126254	tta		21		21
	126276..126351	atgf		70		70
	126422..126510	tta		21		21
	126532..126607	atgf		664	664
	127272..129683	CDS		8954				804
	138638..140143	CDS		307	307			502
	140451..140525	aac	+	234		234
	140760..140834	aac	3 aac	439		439
	141274..141348	aac	@6	299	299				299
	141648..143039	CDS		1587				464
comp	144627..145649	CDS		543	543			341
	146193..147709	16s		140
	147850..147925	gca		3			3
	147929..148005	atc		111
	148117..151030	23s		70
	151101..151217	5s		5			5
	151223..151298	ttc		4
	151303..151377	tgc		167	167				167
	151545..151841	CDS		25608				99
	177450..178097	CDS		76	76			216
	178174..178249	acc		65	65				65
	178315..179508	CDS		134221				398
	313730..316207	CDS		90	90			826	90
	316298..316382	cta		4		4
	316387..316461	ggg		120	120
comp	316582..316986	CDS		85487				135
	402474..402953	CDS		125	125			160	125
	403079..403154	cca	+	17		17
	403172..403245	gga	2*	149		149
	403395..403471	aga	cca gga aga	6		6
	403478..403553	cca		16		16
	403570..403643	gga		35		35
	403679..403755	aga		5		5
	403761..403836	cac		3		3
	403840..403914	caa	2*	7		7
	403922..403997	aaa	caa aaa cta	18		18
	404016..404100	cta	ggc gga	5		5
	404106..404180	ggc		25		25
	404206..404279	gga		5		5
	404285..404360	aag		57		57
	404418..404492	caa		7		7
	404500..404575	aaa		18		18
	404594..404678	cta		5		5
	404684..404758	ggc		25		25
	404784..404857	gga		46		46
	404904..404980	cga		325	325
<	405306..405467	CDS		8393				54
	413861..415921	CDS		385	385			687
	416307..417823	16s	@5	132
	417956..418032	atc		84
	418117..421031	23s		71
	421103..421177	aac		345	345				345
	421523..422449	CDS		63814				309
	486264..486668	CDS		159	159			135	159
	486828..486912	tac	+	9		9
	486922..486997	gta	3 tac	27		27
	487025..487099	aca	2 gta	12		12
	487112..487196	tac	2 aca	9		9
	487206..487281	gta		30		30
	487312..487386	aca		12		12
	487399..487483	tac		451	451
	487935..489110	CDS		50956				392
	540067..540969	CDS		187	187			301	187
	541157..541231	tgg		208	208
	541440..541820	CDS		97				127
comp	541918..542985	CDS		252	252			356	252
	543238..543312	tgg		354	354
	543667..544683	CDS		347735				339
	892419..893339	CDS		560	560			307
	893900..895416	16s		137
	895554..895629	gca		118
	895748..898661	23s		204
	898866..898982	5s		552	552				552
	899535..900446	CDS		351				304
	900798..902048	CDS		704	704			417
	902753..904269	16s		339
	904609..907522	23s		273
	907796..907912	5s		69	69				69
comp	907982..908449	CDS		43545				156
	951995..952630	CDS		97	97			212	97
	952728..952813	ctc		396	396
	953210..954919	CDS		784414				570
	1739334..1739933	CDS		380	380			200	380
	1740314..1740389	cac		3		3
	1740393..1740467	cag		5		5
	1740473..1740548	aaa		443	443
comp	1740992..1742350	CDS		151829				453
	1894180..1895406	CDS		34	34			409	34
comp	1895441..1895527	ttg		574	574
	1896102..1896794	CDS		200701				231
	2097496..2097915	CDS		722	722			140
	2098638..2100154	16s		502
	2100657..2103569	23s		205
	2103775..2103891	5s		315	315				315
	2104207..2104905	CDS		234313				233
	2339219..2340322	CDS		662	662			368
	2340985..2342501	16s		338
	2342840..2345755	23s		140
	2345896..2345970	aac		3
	2345974..2346090	5s		429	429				429
	2346520..2348088	CDS		3574				523
	2351663..2352139	CDS		568	568			159
	2352708..2354224	16s		338
	2354563..2357477	23s		140
	2357618..2357692	aac		3
	2357696..2357812	5s		90	90				90
	2357903..2358316	CDS		406783				138
	2765100..2765525	CDS		625	625			142
	2766151..2767667	16s		503
	2768171..2771082	23s		202
	2771285..2771401	5s		5
	2771407..2771482	ttc		6			6
	2771489..2771565	gac		25			25
	2771591..2771665	gaa		448	448				448
	2772114..2774864	CDS		781818				917
	3556683..3557051	CDS		565	565			123	565
	3557617..3557691	gag		925	925
comp	3558617..3559759	CDS		192275				381
comp	3752035..3752652	CDS		245	245			206	245
comp	3752898..3752985	agt	@1	711	711
comp	3753697..3755112	CDS		501326				472
comp	4256439..4258403	CDS		267	267			655	267
comp	4258671..4258746	aaa		79		79
comp	4258826..4258901	cac		7		7
comp	4258909..4258985	aga		35		35
comp	4259021..4259094	gga		752	752
	4259847..4260392	CDS		619853				182
comp	4880246..4880488	CDS		508	508			81	508
comp	4880997..4881113	5s		274
comp	4881388..4884300	23s		578
comp	4884879..4886395	16s		703	703
comp	4887099..4888034	CDS		1272704				312
comp	6160739..6161977	CDS		343	343			413
	6162321..6162396	cca		242	242				242
	6162639..6163283	CDS		2040				215
	6165324..6165734	CDS		222	222			137
comp	6165957..6166032	ttc		5
comp	6166038..6166154	5s	@2	188	188				188
	6166343..6167074	CDS		8085				244
comp	6175160..6175597	CDS		249	249			146	249
comp	6175847..6175922	gca		1			1
comp	6175924..6176000	atgi		44
comp	6176045..6176161	5s		138
comp	6176300..6179216	23s		339
comp	6179556..6181072	16s		567	567
comp	6181640..6182446	CDS		223				269
	6182670..6183419	CDS		190	190			250	190
comp	6183610..6183685	aaa	+	5
comp	6183691..6183807	5s	2 aaa	159	159				159
comp	6183967..6184914	CDS	@3	294	294			316	294
comp	6185209..6185284	aaa		7
comp	6185292..6185408	5s		138
comp	6185547..6188463	23s		339
comp	6188803..6190319	16s		771	771
comp	6191091..6192203	CDS		7306				371
comp	6199510..6202059	CDS		661	661			850
comp	6202721..6202837	5s	@4	139
comp	6202977..6205893	23s		339
comp	6206233..6207749	16s		1102
comp	6208852..6208968	5s		138
comp	6209107..6212023	23s		339
comp	6212363..6213879	16s		502	502				502
comp	6214382..6215329	CDS		90019				316
comp	6305349..6306314	CDS		123	123			322	123
comp	6306438..6306527	tcc		281	281
comp	6306809..6307984	CDS		66527				392
	6374512..6375684	CDS		125	125			391	125
comp	6375810..6375884	agg		303	303
comp	6376188..6378578	CDS		13398				797
comp	6391977..6392753	CDS		114	114			259	114
comp	6392868..6392984	5s		134
comp	6393119..6396033	23s		214
comp	6396248..6397764	16s		1120
comp	6398885..6399001	5s		139
comp	6399141..6402055	23s		214
comp	6402270..6403786	16s		748	748
comp	6404535..6405107	CDS		31702				191
	6436810..6437790	CDS		192	192			327
comp	6437983..6438059	gac	+	6		6
comp	6438066..6438141	gta	3*	14		14
comp	6438156..6438230	gaa	gac gta	29		29
comp	6438260..6438334	aca	gaa aca – 1	10		10
comp	6438345..6438421	gac		6		6
comp	6438428..6438503	gta		16		16
comp	6438520..6438594	gaa		29		29
comp	6438624..6438698	aca		10		10
comp	6438709..6438785	gac		6		6
comp	6438792..6438867	gta		14		14
comp	6438882..6438956	gaa		162	162				162
comp	6439119..6439685	CDS		37865				189

cbei cumuls

• Lien tableur: cbei cumuls
• Légende:

  - avec et sans rRNA, fréquences des intercalaires dans les clusters avec rRNA ou sans rRNA.

  - cdsd, je ne choisis que le cds avec l'intercalaire le plus faible d'un cluster donné, en supposant que ce cds a été créé par le cluster lors des conversions.

  - cdsa, longueur du cds en aas ici.

  -  1 : occurences exclues de la moyenne. Sont exclus de la moyenne les jaunes 554 de cbei opérons.

• Notes:

C8. cumuls. Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	17	1	0	2	1	0	1	0	100	4
	16 23 5s 0	7	20	34	3	50	2	50	2	200	19
	16 atc gca	1	40	12	1	100	7	100	6	300	11
	16 23 5s a	4	60	2	0	150	7	150	5	400	20
	max a	4	80	2	0	200	9	200	7	500	6
	a doubles	1	100	0	0	250	5	250	3	600	3
	autres	6	120	0	0	300	6	300	5	700	2
	total aas	19	140	0	0	350	6	350	2	800	1
sans	opérons	20	160	1	0	400	4	400	1	900	4
	1 aa	11	180	0	0	450	3	450	2	1000	1
	max a	19	200	0	0	500	2	500	0	1100	0
	a doubles	5		3	0		21		4		0
	total aas	74		54	6		72		37		71
total aas		93
remarques		6
avec jaune			moyenne
			variance
sans jaune			moyenne	18	7		350		195		328
			variance	17	9		225		111		206

cbei blocs

• Lien tableur: cbei blocs
• Légende:
• Notes:

C8. Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988, cbei blocs.

16s	213	503	339
23s	108	202	138
5s	14	5	44
atgi	atgi	ttc	atgi
16s	339	502	578
23s	273	205	274
5s
aaa	5
5s	159	5s	139	134
cds	294	23s	339	214
aaa	7	16s	1102	1120
5s	138	5s	138	139
23s	339	23s	339	214
16s		16s
16s	338	338	16s	140
23s	140	140	gca	3
aac	3	3	atc	111
5s	aac	aac	23s	70
			5s	5
			ttc
16s	137		16s	132
gca	118		atc	84
23s	204		23s	71
5s			aac
ttc	5
5s

cbei remarques

• Remarques des 6 @ de cbei opérons
  1. @ Un tRNA très rare même chez les eucaryotes, agt.
  2. @ Un 5s isolé avec un tRNA.
  3. @ Les cds candidats à la création

     - Un cds inséré dans un cluster, candidat pour la création. Ses 2 intercalaires sont faibles, 159 et 294, se trouvent dans les 36 1ers sur un total de 72 ( voir cbei cumuls ). C’est une protéine moyenne de 316 aas.

     - Les groupes de 2 clusters réunis par 2 cds. Ces cds sont colorés en vert comme candidats à la création:

     • le groupe contenant @3, adresse 6181640, intercalaires des cds 567 223 190, taille en aas 269 250 ;
     • le groupe d’ adresse 541440 contient 2 tgg, intercalaires des cds 208 97 252, taille en aas 127 356 ;
     • le groupe d’ adresse 899535, intercalaires des cds 552 351 704, taille en aas 304 417 ;

  4. @ Un cluster à 2 blocs complets en rRNAs, séparés par un intercalaire de 1102 pbs pouvant contenir un protéine moyenne comme @3. Adresse 6202721. Et le même cluster se retrouve à l’adresse 6392868 avec le même intercalaire 1120. Les 2 clusters se différencient, en intra, uniquement par l’intercalaire 23s-5s qui est le même pour les 2 blocs du premier, 339, et pour le deuxième, 214. Ce qui prouve que ce n’est pas une simple copie.
  5. @ Les blocs 16s-atc-23s5s sont relativement nombreux quand les 16s-atcgca-23s5s existent. Voir la fiche des clostridia. Ici le 5s est remplacé par un tRNA aac ce qui renforce l’hypothèse de 5s comme modèle.
  6. @ Un rare triplet pour un firmicutes et en plus les 2 intercalaires sont de la même longueur que les 2 intercalaires avec les 2 cds du cluster, 307 234 439 299, alors que la moyenne des intercalaires entre aas, sans rRNA, et sans jaunes n’est que de 18 (écart 17), celle des cds 350 (écart 225), voir cbei cumuls.
• Séquence des doubles

  - Les doubles ne se trouvent que dans les clusters sans rRNAs puisqu’ils totalisent 74 tRNAs sur 93 et les tRNAs des clusters avec rRNA se trouvent à l’intérieur.

  - A part le triplet de @6 les clusters avec des doubles, signalés par le signe +, totalisent 5 sur 8 contenant plus d’un tRNA. Ce ne sont uniquement que des duplications de séquences colorées en cyan ou séparées par une bordure épaisse.

  - Les longueurs des séquences dupliquées sont:  2*2  4*3  1*4  1*5

• Notes

  - Les blocs à rRNAs, voir cbei blocs. Ils sont caractérisés par très peu de tRNAs internes ou externes et par 5 groupes de 2 clusters chacun (@3), totalisant 10 blocs sur 16 . La distribution est la suivante :

  • 11 clusters complets sans tRNAs internes
  • 2 clusters peu courants avec un tRNA entre 23s et 5s,
  • 3 clusters avec tRNAs internes   gcaatc   gca   atc   voir la fiche des firmicutes.

  - 7 cds insérés dans les groupes à 2 clusters, candidats à la création .

  - Le 5s perçu comme un modèle dans @5, 16s-atc-23s-aac

  - Beaucoup de duplications dans les clusters sans rRNAs, caractéristique des firmicutes renforcée par la présence

  • d’un cluster avec un triplet aux intercalaires de type cds plutôt que tRNAs.
  • et des longueurs de séquences dupliquées variables:  2*2  4*3  1*4  1*5.
  • Ces longs clusters sans rRNAs seraient alors issus des clusters longs à rRNAs , qui , quand ils existent dans les autres génomes étudiés des firmicutes, présentent des duplications analogues.

cbei distribution

• Lien tableur: cbei distribution
• Notes:

  - Tous les +5s sont des 1-3aas

  - aaa es composé de 2 +5s et 4 >1aa

  - gca de 2 +16s, 2 +5s

  - aac de 3 -5s et de 3 >1aa

Cl8 cbei, Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988. clostridia.

g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	4
b att		i act		aat		agt	1
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	3	b tcc	1	tac	3	tgc	1
f atc	2	j acc	1	aac	6	agc	2
g ctc	1	f ccc		cac	3	cgt	1
h gtc		n gcc		gac	4	ggc	2
i tta	4	c tca	2	taa		tga
j ata		k aca	4	aaa	6	aga	3
k cta	3	g cca	3	caa	2	cga	1
l gta	5	o gca	4	gaa	4	gga	5
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	2
n atgj	2	l acg		aag	1	agg	1
o ctg		h ccg		cag	1	cgg
p gtg		p gcg		gag	1	ggg	1
clos	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
cbei	63	11	3	12*		4	93

cbei. Intergen51

Intergen51. cbei. Le génome

• cbei Le prélèvement: Acbei
• Le nom et le lien NCBI: cbei, Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988, NCBI [26], date 31.07.20.
• cbei La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
cbei	1,199,672	6,485,394	18.5	

cbei données intercalaires

• Lien tableur: cbei données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Apmq

cbei données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

cbei autres intercalaires aas

• Lien tableur: cbei autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Apmq

Intergen51. cbei. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. cbei les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 cbei les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 3,991 390 19 4,400 3.6 104 22 126 x 1,212 10 0 1,222 0 4 4 t 5,203 400 19 5,622 104 26 130 % 92.5 7.1 0.3

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 35 0 0 35 2.7 tRNA-CDS 48 25 x 13 0 0 13 RNA-RNA 104 54 t 48 0 0 48 CDS-rRNA 26 14 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 14 7 - total 192 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 14.9 14.3 1.0 20.6 2.9 39 0.4 0.0 x 21.6 30.8 10.0 2.1 0.0 30 0.0 0.0

Intergen51. cbei. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  cbei présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cbei
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.723	2.51E-06	-2.02E-03	4.47E-01	-2.49	fx1	abscisse	262.1	-3362.0
0.780	-3.89E-06	2.87E-03	-6.97E-01	70.6	fc1	ordonnée	21.0	667.9
								
0.642	3.04E-06	-2.39E-03	5.24E-01	-6.94	fx41			
0.931	4.65E-09	4.69E-05	-8.38E-02	32.8	fc41			

Intergen51. cbei. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	cbei			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	71		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		2	83		717	10938
 - 5		1	0		5	19
sp6		7	236		1642	8424
total		10	390		2,456	23,544
reste		1	4		264	420
s6		1	0		361	41
s7		2	32		321	1438
s8		3	200		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	1.2		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		14.3	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		28.6	13.6		19.5	17.1
s8/sp6		42.9	84.7		42.4	77.5
reste/sp6	14.3	1.7		16.1	5.0
						
total s1-5	3	154		814	15120
% / total						
%s1-5		30.0	39.5		33.1	64.2
%sp6		70.0	60.5		66.9	35.8

Intergen51. cbei. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		13			CDS 16s		13	1
16s 23s		13			5s CDS		7	3
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		7			23s CDS			
tRNA in		1			CDS 23s			
tRNA contig	5			5s 16s		2	
tRNA hors	54			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA	3						
tRNA 5s		2						
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		104	0		total		22	4

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cbei. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. cbei. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 cbei. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs

	hors1			hors2			hors3			hors3
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
30	tca		17	cca		9	tac		6	gac
241	agc		149	gga		27	gta		14	gta
18	tca		6	aga		12	aca		29	gaa
**	agc		16	cca		9	tac		10	aca
20	tta		35	gga		30	gta		6	gac
7	atgf		5	aga		12	aca		16	gta
6	atgj		3	cac		**	tac		29	gaa
22	tta		7	caa		3	cac		10	aca
7	atgf		18	aaa		5	cag		6	gac
6	atgj		5	cta		**	aaa		14	gta
21	tta		25	ggc		79	aaa		**	gaa
70	atgf		5	gga		7	cac			cont
21	tta		57	aag		35	aga		1	atgi
**	atgf		7	caa		**	gga		**	gca
234	aac		18	aaa					4	ttc
439	aac		5	cta					**	tgc
**	aac		25	ggc					6	ttc
4	cta		46	gga					25	gac
**	ggg		**	cga					**	gaa
									1	gca
									**	atgi
-

cbei intercalaires entre cds

• Lien NCBI [27]
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

cbei intercalaires positifs S+

• Lien tableur: cbei intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  cbei  cbei 600  afn,   diagramme 1-40: c+ cbei   c+ afn   total,   texte: afn.
• Légende: voir la légende de cvi.

  - "*", diagramme en effectifs de 1 à 600 pour cbei x+. Les lignes 31-400 sont pour cbei c+ en ‰.

cbei. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

cbei	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	32	-258	569	-3.0	712	269	max160	-46	338	-822	83	779	245	min50
31 à 400	12.7	-134	357	3.5	790	352	*	-1.4	16	-123	40	937	391	1 partie
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	5	26	-	4	poly	708	tF	123	50	-	566	poly	213	SF
31 à 400	36	30	-	345	poly	445	tF *	75	37	-	929	dte	8	Sf

• Légende du tableau des corrélations et des faibles fréquences

cbei. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
mba	min10	705	1651	2356	154	-330	-221	109	-512	-477	-223
cbei	min10	950	3395	4345	402	-509	-375	134	-649	-648	-290
pmq	min10	1613	4170	5783	455	-834	-652	182	-867	-826	-61
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
45	214	0.21	1255	2688	1	8	18	114	51	428	-74
26	244	0.11	1212	4400	0	4	8	89	35	954	272
32	217	0.15	1926	5302	3	5	22	142	68	1155	-203

• Diagrammes 400:  cbei   cbei 600  afn,   diagramme 1-40: c+ cbei   c+ afn   total,   texte: afn.
• Résumé: J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes,
  1. Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc.
  2. Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249.
  3. Les diagrammes à pyramide, c’est à dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68.

  - cbei / afn: Malgré la différence de forme, sur x+ 1-400, entre afn, tilde avec pyramides, et cbei, tilde régulier, les génomes ont en commun le tilde fort, 183 contre 708, le minimum10 et une corrélation très faible et négative sur 41-250. Certes cbei et pmq sont très semblables mais la comparaison avec un génome d’un autre groupe à corrélation faible permet de faire le lien entre groupes. J’aurais pu comparer cbei à blo puisqu’ils ont la régularité du tilde mais ses taux aux fréquences 10 20 sont très élevés par rapport au trio cbei mba pmq, 19‰ pour cbei contre 56‰, soit 3 fois plus et les corrélations sont très différentes 537 contre -377.

  - Les diagrammes 400

  • x+ 1-400:

    + Les 2 courbes ont des taux peu élevés des fréquences faibles, 26‰ pour cbei et 46‰ pour afn à comparer à 89‰ de blo. Ensuite leur tilde est fort, 708 (R2 712 4) pour cbei contre 183 (R2 486 303). Les R2 montrent bien la régularité de cbei par rapport à afn, 712 contre 486.

    + Les points d’inflexion sont normaux et presque égaux 269 pour cbei contre 261.

  • c+ 1-400: Ce sont 2 courbes presque identiques de formes S fort avec un R2’ de 213 pour cbei contre 297 et des 2 points d’inflexion normaux, 245 pour cbei et 250 pour afn.
  • x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 26 pour cbei contre 46.
  • c+ 31-400: La courbe cbei présente le plus faible R2’ des 21 génomes avec 8, ce qui la rend quasiment une droite et je n’arrive pas à distinguer une première partie en bosse comme pour les autres génomes, c’est pour ça que j’ai indiqué 1 partie en commentaire. La courbe de afn est un tilde moyen, tm, R2’ de 45 (904 859). Les points d’inflexion sont aussi différents, il est faible pour afn à 147 et très faible pour cbei à 38.

  - Les corrélations:

  • Sur les plages 41-n: Les 2 corrélations sur 41-250 sont différentes, il n’y a pas corrélation entre x+ et c+ pour afn, mais cbei a une corrélation négative, c’est à dire x+ et c+ s’opposent entre elles. Mais leur comportement sont les mêmes quand on passe d’une palge de fréquences à l’autre, les 2 génomes chutent pareil en passant à 41-200, différence (diff) de 133 pour cbei cntre 125. De même en passant à 1-250, cbei devient -646 contre -407, c’est à dire que les 2 génomes sont complètement décorrélés.

  - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. Pour cbei et afn ils sont très faibles et égaux à 0.11. Les zéros sont à 4‰ pour cbei et 11‰ pour afn, alors que le taux des négatifs fait le double de cbei chez afn, 191‰ contre 97‰.

  - Les courbes 1-40:

  • c+ 1-40: Les 2 courbes sont semblales et très proche de celle du total des c+ 1-40.
  • x+ 1-40: Avec un effectif de 35 pour chacun, la courbe ne peut être significative.

  - Les diagrammes x+ 1-600: Ces diagrammes affinent la forme des courbes x+ 1-400 en la prolongeant à 600 à cause de nombreux restes (reste) non intégrés pour les 2 génomes, pour mba 705 sont représentés contre 527 en reste et pour cbei 946 contre 262.

  • cbei x+ 1-600: Le tilde se renforce avec R2p R2d R2’ qui passent respectivement de 712 4 708 à 783 344 439. Le R2 de la droite, R2d, devient conséquent à 344 contre 4. La corrélation 41-400 de 395 passe à 651, elle reste faible pour la longueur de la plage 41-600.
  • mba x+ 1-600: La forme devient clairement tilde et se renforce en passant de 350 1 349 à 465 156 309. Le R2 de la droite devient conséquent à 156 contre 1. La variabilité entre cbei et mba est maintenue et passe, en faisant la différence des R2 des tildes cbei-mba, de 712-349 = 363 à 783-465= 318 avec des effectifs qui passent de 946 à 1126 (reste 82 non pris en compte) pour cbei et de 705 à 937 (reste 295 non pris en compte) pour mba. La corrélation 41-400 de 154 passe à 435, elle reste faible pour la longueur de la plage 41-600.

cbei autres intercalaires

• Lien tableur: cbei autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

  - misc_f, pour misc_feature

  - misc_R, pour misc_RNA

  - gene, c'est un pseudo sans cds

• Totaux: il y a une erreur dans les couleurs et il y a un pseudo gene

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-	
57	15		106			10	3	1	192

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Acidaminococcus fermentans DSM 20731

afn opérons

• Lien tableur: afn opérons
• Liens: gtRNAdb [28], NCBI [29], génome []
• Phylogénie: Bacteria; Firmicutes; Negativicutes; Acidaminococcales; Acidaminococcaceae; Acidaminococcus.

N1. Acidaminococcus fermentans DSM 20731

56%GC	30.6.19 Paris	60	doubles	intercalaire
	24678..26242	16s	@1	359
	26602..29507	23s		228
	29736..29852	5s
	36819..36894	acg
	57713..59277	16s		359
	59637..62543	23s		228
	62772..62888	5s
	169459..169534	gcc
	249791..249867	agg
comp	274627..274703	cgt
	311123..311198	aca		22
	311221..311305	tac		5
	311311..311386	atg		3
	311390..311465	acc		6
	311472..311548	atgf
	380482..382046	16s		251
	382298..385204	23s		229
	385434..385550	5s
	461553..461627	aac		3
	461631..461705	gaa		8
	461714..461789	gta		50
	461840..461916	cca		11
	461928..462001	gga		8
	462010..462086	aga
	526984..527070	ctg	+	30
	527101..527186	ctc	2 ctg	52
	527239..527325	ctg
	578049..578123	ggc
	636984..638548	16s	@2	94
	638643..638719	atc		66
	638786..638861	gca		273
	639135..642040	23s		139
	642180..642296	5s
	712229..712304	cac		18
	712323..712398	caa		3
	712402..712477	aaa		16
	712494..712577	cta
comp	724421..724497	gtc
	774880..774956	gac		4
	774961..775036	ttc		8
	775045..775119	ggc		9
	775129..775202	tgc		13
	775216..775304	tta
	796654..796728	cgg
	842393..842469	gac		2
	842472..842547	ttc		8
	842556..842630	ggc		9
	842640..842713	tgc
	889670..889746	ccc
	906136..906210	aac
	1022783..1022859	gac		2
	1022862..1022936	ggc		1
	1022938..1023011	tgg
	1555201..1555277	ccg
comp	1567911..1567999	tca
comp	1613773..1613863	agc
	1702659..1702744	ttg
comp	1711770..1711886	5s		228
comp	1712115..1715021	23s		359
comp	1715381..1716945	16s
comp	1823852..1823927	gta		6
comp	1823934..1824008	gaa		8
comp	1824017..1824092	aag
	1909446..1909536	tcc
comp	1911342..1911429	tcg
comp	1974984..1975058	atgi
comp	1984782..1984856	gag		12
comp	1984869..1984942	cag	+	111
comp	1985054..1985127	cag	2 cag
comp	2072279..2072395	5s		228
comp	2072624..2075529	23s		298
comp	2075828..2075903	gca		66
comp	2075970..2076046	atc		94
comp	2076141..2077705	16s
	2148343..2148418	gcg
comp	2287117..2287192	aaa
comp	2303018..2303094	gtg
comp	2323563..2323636	ggg

afn cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.afn. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

afn cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		6
		16 23 5s 0	4
		16 atc gca	2
		16 23 5s a	0
		max a		2
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	4
sans 		opérons		29
		1 aa		20
		max a		6
		a doubles	2
		total aas	56
total aas			60
remarques			2

afn blocs

• Lien tableur: afn blocs

N1. afn blocs

16s	359	1565	359	1565	251	1565
23s	228	2906	228	2907	229	2907
5s		117		117		117
16s	94	1565		5s	228	117
atc	66			23s	298	2906
gca	273			gca	66
23s	139	2906		atc	94
5s		117		16s		1565
5s	228	117
23s	359	2907
16s		1565

afn remarques

• Lien tableur: afn remarques
• Remarques : 4 blocs 16-23-5s sans aas et très peu de doubles. Très simple.
  1. @ 4 blocs 16-23-5s sans aas .

     - 3 opérons ont leurs intercalaires identiques, 359 228.

     - 1 opéron a son intercalaire 16s-23s diminué de 30%, 108/359, l’autre intercalaire est commune aux 4 opérons.

  2. @ 2 blocs 16-atc gca 23s-5s, classiques mais sans aas en plus.

     - 3 intercallaires sont identiques et celui entre 23s-5s varie du simple au double, 94 66 298 228 et 94 66 273 139.

• Séquences des doubles : Très peu de doubles, 2 opérons à 2aas et plus sur 11 ont des doubles.

  - 2 doublets au total: opéron ctc + 2ctg et opéron gag + 2cag.

afn distribution

• Lien tableur: afn distribution
• Notes:

  - cag2 est un double, en gras

  - ggc est composé de 1 1aa et 3 >1aa, les autres soulignés contiennent 1 et 1 respectivement.

Cl9 afn, Acidaminococcus fermentans DSM 20731. Negativicutes.

Cl91 distribution du total g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 2 tac 1 tgc 2 f atc 2 j acc 1 aac 2 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 1 gac 3 ggc 4 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 2 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga l gta 2 o gca 2 gaa 2 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj 1 l acg 1 aag 1 agg 1 o ctg 2 h ccg 1 cag 2 cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag 1 ggg 1 clos >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total afn 36 20 4 60

Cl92 afn, distribution des solitaires g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 1 tac tgc f atc j acc aac 1 agc 1 g ctc f ccc 1 cac cgc 1 h gtc 1 n gcc 1 gac ggc 1 i tta c tca 1 taa tga j ata k aca aaa 1 aga k cta g cca caa cga l gta o gca gaa gga m ttg 1 d tcg 1 tag tgg n atgj l acg 1 aag agg 1 o ctg h ccg 1 cag cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag ggg 1 afn >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 20 20

Cl93 afn, distribution des >1aa et duplicata g1    t1          a atgi a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 2 f atc j acc 1 aac 1 agc g ctc 1 f ccc cac 1 cgc h gtc n gcc gac 3 ggc 3 i tta 1 c tca taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga l gta 2 o gca gaa 2 gga 1 m ttg d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag 1 agg o ctg 2 h ccg cag 2 cgg p gtg p gcg gag 1 ggg ade >1aa dupli -5s +5s -16s +16s total type 34 2 36

afn. Intergen51

Intergen51. afn. Le génome

• afn Le prélèvement: Artb
• Le nom et le lien NCBI: afn, Acidaminococcus fermentans DSM 20731, NCBI [30], date 30.08.20.
• afn La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
afn	242,270		2,329,769	10.4	

afn données intercalaires

• Lien tableur: afn données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

afn données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

afn autres intercalaires aas

• Lien tableur: afn autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

Intergen51. afn. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. afn les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étafn ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étafn le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étafn le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 afn les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,376 303 9 1,688 4.8 43 8 51 x 344 4 2 350 0 4 4 t 1,720 307 11 2,038 43 12 55 % 84.4 15.1 0.5

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 45 0 0 45 3.8 tRNA-CDS 57 37 x 12 0 0 12 RNA-RNA 43 28 t 57 0 0 57 CDS-rRNA 12 8 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 42 27 - total 154 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 45 0 0 45 3.8 tRNA-CDS 57 37 x 12 0 0 12 RNA-RNA 43 28 t 57 0 0 57 CDS-rRNA 12 8 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 42 27 - total 154 100

Intergen51. afn. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: Les diagrammes
• Diagrammes des gamma:  afn présente 2 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	afn
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.471	2.75E-06	-2.14E-03	3.98E-01	14.50	fx1	abscisse	276.0	164.2
0.722	-9.09E-06	6.80E-03	-1.62E+00	131.0	fc1	ordonnée	1.0	19.8
								
0.537	1.92E-06	-1.59E-03	2.95E-01	19.0	fx41			
0.893	1.06E-06	-5.22E-04	-3.39E-02	34.7	fc41			

Intergen51. afn. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	afn			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	38		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		1	129		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		3	136		1642	8424
total		4	303		2,456	23,544
reste		1	9		264	420
s6		1	2		361	41
s7		1	20		321	1438
s8		0	105		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		-	3.4		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		33.3	1.5		22.0	0.5
s7/sp6		33.3	14.7		19.5	17.1
s8/sp6		0.0	77.2		42.4	77.5
reste/sp6	33.3	6.6		16.1	5.0
						
total s1-5	1	167		814	15120
% / total						
%s1-5		25.0	55.1		33.1	64.2
%sp6		75.0	44.9		66.9	35.8

Intergen51. afn. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		6			CDS 16s		6	
16s 23s		4			5s CDS		2	4
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	27			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		43	0		total		8	4

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clafn et dans l'étude.

Intergen51. afn. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. afn. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

Int51.31 afn. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs

inter	aa			inter	aa
22	aca			4	gac
5	tac			8	ttc
3	atgj			9	ggc
6	acc			13	tgc
**	atgf			**	tta
3	aac			2	gac
8	gaa			8	ttc
50	gta			9	ggc
11	cca			**	tgc
8	gga			2	gac
**	aga			1	ggc
30	ctg			**	tgg
52	ctc			6	gta
**	ctg			8	gaa
18	cac			**	aag
3	caa			12	gag
16	aaa			111	cag
**	cta			**	cag

afn intercalaires entre cds

• Lien NCBI [31]
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

afn intercalaires positifs S+

• Lien tableur: afn intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  afn rtb,   diagramme 1-40: c+ afn   c+ rtb   total,   texte: rtb.
• Légende: voir la légende de cvi.

afn. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

afn	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	29	-227	419	16	486	261	max40,140	-95	712	-1690	137	722	250	min50
31 à 400							2 parties	9.5	-42	-63	38	904	147	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	75	40	-	303	poly	183	tF	197	65		425	poly	297	SF
31 à 400								92	36	-	859	dte	45	tm

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles

afn. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
rtb	min30	118	402	520	536	-105	148	253	-277	-165	202
afn	min10	328	1322	1650	607	-17	108	125	-467	-407	-8
mba	min10	705	1651	2356	154	-330	-221	109	-512	-477	-223
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
51	294	0.17	189	604	5	7	21	162	8	131	-81
46	402	0.11	350	1688	6	5	11	180	36	580	-369
45	214	0.21	1255	2688	1	8	18	114	51	428	-74

• Diagrammes 400:  afn rtb,   diagramme 1-40: c+ afn   c+ rtb   total,   texte: rtb.
• Résumé: J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes,
  1. Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc.
  2. Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249.
  3. Les diagrammes à pyramide, c’est à dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68.

  - afn est un génome bien particulier. Dans les diagrammes x+ 1-400, il appartient au groupe à pyramide et à tilde fort, tF, donc un tilde non régulier et possède un minimum local à la fréquence 10 comme tout le groupe à pyramide qui a ce minimum entre 10 et 40. Mais il possède 2 pyramides à 40 et 140 alternant avec 2 creux profonds à 70 et 180, au lieu d’une seule pyramide pour les autres. Avec sa faible corrélation de 101 sur 41-250, il ressemble plus, dans son groupe, à rtb avec une corrélation de 148, plutôt qu’à spl ou abra avec respectivement 797 et 784.

  - Les diagrammes 400

  • x+ 1-400:

    + Les 2 génomes se différencient avant tout par leurs pyramides, rtb en a une seule à 5 fréquences avec un maximum à 80 et afn en a 2 à 3 et 4 fréquences avec des maxima À 40 et 140 respectivement, alternant avec 2 creux profonds avec des minima à 70 et 180.

    + Les fréquences faibles 1-30 sont en opposition avec celles des c+1-400 pour les 2 génomes. Cette différence va impacter fortement leurs corrélations 1-n qu’on verra plus loin.

    + Les points d’inflexion sont normaux, 246 pour rtb contre 261 pour afn.

  • c+ 1-400: Ce sont 2 courbes semblables de forme S, moyenne pour rtb avec un R2’ de 82 et forte pour afn avec un R2’ de 297. Les 2 points d’inflexion sont normaux, 258 pour rtb et 250 pour afn. Les fréquences faibles sont concentrées aux fréquences 10 et 20 pour les 2 génomes et les minima locaux sont à la fréquence 50 pour tout les 2. La différence des effectifs, 402 pour rtb et 1323 pour afn explique la différence de forme avec des R2 très différents, 569 pour rtb et 722 pour afn.
  • x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30. Quand j’enlève ces fréquences il y a un changement dans la forme de afn qui passe de tF 183 (R2 486 et 303) à Sf 12 (R2 541 et 529) alors que rtb passe de la forme tF 191 (R2 496 et 304) à la forme tm 41 (R2 515 et 474). Ce sont de faibles changement par rapport à leurs faibles totaux en effectif, 118 pour rtb contre 328 pour afn.
  • c+ 31-400: Les 2 formes sont 2 tildes très différents , tF pour rtb, avec un R2’ de 190 (788 598) et moyen pour afn, tm, R2’ de 45 (904 859). Les points d’inflexion sont aussi différents, il est normal pour rtb à la fréquence 228 et plus faible pour afn à 147. Les effectifs de ces diagrammes sont de 284 pour rtb et 790 pour afn.

  - Les corrélations:

  • Sur les plages 41-n: Les 2 corrélations sur 41-250 sont du même ordre de grandeur, 148 pour rtb contre 101 pour afn. Par contre rtb chute fortement sur 41-200, avec une différence de 253, alors que afn le fait moins avec une différence de 127.
  • Sur les plages 1-n: les 2 génomes chutent fortement, -165 pour rtb et -407 pour afn

  - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. Ici rtb et afn se comportent de la même façon, respectivement, le rapport x+/c+ fait 0.17 et 0.11, les zéros font 12‰ et 11‰ et les négatifs 183‰ et 190‰.

  - Les courbes 1-40:

  • c+ 1-40: La courbe afn est semblable et très proche de celle du total des c+ 1-40; celle de rtb le devient aussi en omettant les fréquences 6 et 10.
  • x+ 1-40: Avec un effectif de 8 pour rtb et 51 pour afn les courbes ne peuvent pas être significatives.

afn autres intercalaires

• Lien tableur: afn autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

• Totaux

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	c-	c+	x+	c-	c+	x+	nc-tRNA	
51	16		43			37	6	1	154

• - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

afn par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: afn par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	afn	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	11	3	2				16
16	moyen	5	12				4	21
14	fort	4	19					23
		20	34	2			4	60
10	g+cga	6	2	2				10
2	agg+cgg	2						2
4	carre ccc	3	1					4
5	autres
		11	3	2				16
		total tRNAs ‰
	afn	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	afn ‰	ref.‰
21	faible	183	50	33				267	26
16	moyen	83	200	0			67	350	324
14	fort	67	317	0				383	650
		333	567	33			67	60	729
10	g+cgg	100	33	33				167	10
2	agg+cga	33						33
4	carre ccc	50	17					67	16
5	autres
		183	50	33				267
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	afn	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	196	54	36	286	26	55	9
16	moyen	89	214		304	324	25	35
14	fort	71	339		411	650	20	56
		357	607	36	56	729	20	34
10	g+cgg	107	36	36	179	10	55
2	agg+cga	36			36		18
4	carre ccc	54	18		71	16	27
5	autres
		196	54	36	286		11

negativicutes distribution

• Lien tableur: negativicutes distribution
• Liens fiche:   1-3aas   9-23aas
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 22.1.21

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

• Notes: attention tableau neg4, atc est négatif et n'est pas contenu dans le total de 423. Le tableau neg4 est égal à neg1-neg2-neg3. Dans neg2 le rouge est totalement +16s.

neg Negativicutes 9 génomes

neg1 total du 22.1.21 de gtRNAdb g1    t1          a atgi 8 a tct tat atgf 15 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 17 b tcc 10 tac 16 tgc 13 f atc 17 j acc 11 aac 26 agc 11 g ctc 11 f ccc 7 cac 10 cgt 16 h gtc 8 n gcc 7 gac 24 ggc 33 i tta 11 c tca 10 taa tga 1 j ata k aca 13 aaa 20 aga 9 k cta 9 g cca 11 caa 13 cga 2 l gta 24 o gca 21 gaa 25 gga 10 m ttg 11 d tcg 9 tag tgg 13 n atgj 12 l acg 9 aag 10 agg 9 o ctg 10 h ccg 7 cag 11 cgg 9 p gtg 4 p gcg 5 gag 5 ggg 8 9-23aas inter max min total 186 263 122 571

neg2 distribution des 1-3aas g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac 1 tgc f atc 18 j acc aac 6 agc 1 g ctc f ccc cac cgt 2 h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa 1 cga l gta o gca 21 gaa 1 gga m ttg d tcg tag tgg 4 n atgj l acg 1 aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg 1-3aas inter max min total 7 11 1 19

neg3 distribution des 9-23aas g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 3 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 6 b tcc 2 tac 3 tgc 2 f atc 1 j acc aac 5 agc 2 g ctc 2 f ccc cac 3 cgt 4 h gtc n gcc gac 7 ggc 3 i tta 4 c tca 1 taa tga j ata k aca 5 aaa 5 aga k cta 1 g cca 2 caa 5 cga l gta 7 o gca gaa 5 gga 4 m ttg 2 d tcg tag tgg 2 n atgj 1 l acg aag 2 agg o ctg 2 h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg 9-23aas inter max min total 24 64 4 92

neg4 distribution des -rRNA g1    t1          a atgi 7 a tct tat atgf 12 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 11 b tcc 8 tac 12 tgc 11 f atc -2 j acc 11 aac 15 agc 8 g ctc 9 f ccc 7 cac 5 cgt 10 h gtc 8 n gcc 7 gac 17 ggc 30 i tta 7 c tca 9 taa tga 1 j ata k aca 8 aaa 15 aga 9 k cta 8 g cca 9 caa 7 cga 2 l gta 17 o gca 0 gaa 19 gga 6 m ttg 9 d tcg 9 tag tgg 7 n atgj 11 l acg 8 aag 8 agg 9 o ctg 8 h ccg 7 cag 11 cgg 9 p gtg 4 p gcg 5 gag 5 ggg 8 -rRNA inter max min total 118 188 117 423

• Discussion

  - La comparaison avec le classement des tRNAs montre que les effectifs élevés des -rRNAs correspondraient à des duplications. Il faut tenir compte aussi des doubles qui ne sont pas des duplications comme dans le génome afn avec le bloc ctg ctc ctg.

  - pour les 1-3aas aac est élevé alors que atgf est absent.

  - Les tRNAs faibles (cyan) seraient plutôt des 1aa.

  - La méthode de comparaison, ici, sans passer par les indices, c'est à dire une fiche de la totalité des génomes, montre qu'il y a des différences entre le décompte total et la fiche des +rRNAs. Notamment pour le +16s atc avec une valeur négative dans la différence. Pour les comparaions avec indices, pour les autres clades, il faut que ces valeurs négatives soient les plus petites possible en valeur absolue. Sinon il faut vérifier les calculs et les relevés. Voir la comparaison du clade avec le tRNA afn.

negativicutes, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: negativicutes, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   1-3aas   9-23aas
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 22.1.21

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

negativicutes, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: negativicutes, calcul des -rRNAs

neg Negativicutes 9 génomes

neg1 cumul des +rRNAs de la fiche négativicutes pour 9 génomes g1    t1        0  0 a atgi 1 a tct tat atgf 3 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 6 b tcc 2 tac 4 tgc 2 f atc 18 j acc aac 11 agc 3 g ctc 2 f ccc cac 5 cgt 6 h gtc n gcc gac 7 ggc 3 i tta 4 c tca 1 taa tga j ata k aca 5 aaa 5 aga k cta 1 g cca 2 caa 6 cga l gta 7 o gca 21 gaa 6 gga 4 m ttg 2 d tcg tag tgg 6 n atgj 1 l acg 1 aag 2 agg o ctg 2 h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg nega9 inter max min total 69 75 5 149	neg2 indices du clade negativicutes du 22.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes g1    t1        0  0 a atgi 89 a tct tat atgf 167 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 189 b tcc 111 tac 178 tgc 144 f atc 189 j acc 122 aac 289 agc 122 g ctc 122 f ccc 78 cac 111 cgt 178 h gtc 89 n gcc 78 gac 267 ggc 367 i tta 122 c tca 111 taa tga 11 j ata k aca 144 aaa 222 aga 100 k cta 100 g cca 122 caa 144 cga 22 l gta 267 o gca 233 gaa 278 gga 111 m ttg 122 d tcg 100 tag tgg 144 n atgj 133 l acg 100 aag 111 agg 100 o ctg 111 h ccg 78 cag 122 cgg 100 p gtg 44 p gcg 56 gag 56 ggg 89 gtRNA inter max min total 2667 2922 1356 6344	neg3 cumul des -rRNAs de l'annexe afn pour 1 génome g1    t1        0  0 a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 1 tac 1 tgc 2 f atc j acc 1 aac 2 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 1 gac 3 ggc 4 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 2 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga l gta 2 o gca gaa 2 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj 1 l acg 1 aag 1 agg 1 o ctg 2 h ccg 1 cag 2 cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag 1 ggg 1 afn inter max min total 16 24 16 56
neg4 indices des +rRNAs de la fiche negativicutes pour 100 génomes g1    t1        0  0 a atgi 11 a tct tat atgf 33 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 67 b tcc 22 tac 44 tgc 22 f atc 200 j acc aac 122 agc 33 g ctc 22 f ccc cac 56 cgt 67 h gtc n gcc gac 78 ggc 33 i tta 44 c tca 11 taa tga j ata k aca 56 aaa 56 aga 1 k cta 11 g cca 22 caa 67 cga l gta 78 o gca 233 gaa 67 gga 44 m ttg 22 d tcg tag tgg 67 n atgj 11 l acg 11 aag 22 agg 1 o ctg 22 h ccg cag cgg 1 p gtg p gcg gag ggg 1 nega9 inter max min total 767 833 56 1656	neg5 estimation des -rRNA du clade negativicutes pour 100 génomes g1    t1          a atgi 78 a tct tat atgf 133 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 122 b tcc 89 tac 133 tgc 122 f atc -11 j acc 122 aac 167 agc 89 g ctc 100 f ccc 78 cac 56 cgt 111 h gtc 89 n gcc 78 gac 189 ggc 333 i tta 78 c tca 100 taa tga 11 j ata k aca 89 aaa 167 aga 100 k cta 89 g cca 100 caa 78 cga 22 l gta 189 o gca 0 gaa 211 gga 67 m ttg 100 d tcg 100 tag tgg 78 n atgj 122 l acg 89 aag 89 agg 100 o ctg 89 h ccg 78 cag 122 cgg 100 p gtg 44 p gcg 56 gag 56 ggg 89 -rRNA inter max min total 1300 2089 1300 4689	neg6 indices des -rRNAs de l'annexe afn pour 100 génomes g1    t1          a atgi 100 a tct tat atgf 100 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 200 b tcc 100 tac 100 tgc 200 f atc j acc 100 aac 200 agc 100 g ctc 100 f ccc 100 cac 100 cgt 100 h gtc 100 n gcc 100 gac 300 ggc 400 i tta 100 c tca 100 taa tga j ata k aca 100 aaa 200 aga 100 k cta 100 g cca 100 caa 100 cga l gta 200 o gca gaa 200 gga 100 m ttg 100 d tcg 100 tag tgg 100 n atgj 100 l acg 100 aag 100 agg 100 o ctg 200 h ccg 100 cag 200 cgg 100 p gtg 100 p gcg 100 gag 100 ggg 100 afn inter max min total 1600 2400 1600 5600

negativicutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs

• Lien tableur: negativicutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs
• Légende

  - neg7. diff, somme des couleurs de neg7. La différence entre tRNAs est faite entre neg5 et neg6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

  - neg8. rap, rapport des sommes couleurs neg5/neg2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de neg5 sur celui de neg2.

• Fréquences des différences en % du tableau neg7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100			total
fréquence		2	11	13	9	5	3	2	0	0	0	3	0	48
tot ≤ 50							41							

• Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 10% au dessus de celle de la fiche des negativicutes.

tRNAs		fiche		annexe
sans		456		56
avec		152		4
genomes		9		1
indice %	51		56

neg Negativicutes 9 génomes

neg7 negativicutes, différence clade-annexe des -rRNAs g1    t1          a atgi 22 a tct tat atgf 25 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 39 b tcc 11 tac 25 tgc 39 f atc 100 j acc 18 aac 17 agc 11 g ctc 0 f ccc 22 cac 44 cgt 10 h gtc 11 n gcc 22 gac 37 ggc 17 i tta 22 c tca 0 taa tga 100 j ata k aca 11 aaa 17 aga 0 k cta 11 g cca 0 caa 22 cga 100 l gta 6 o gca gaa 5 gga 33 m ttg 0 d tcg 0 tag tgg 22 n atgj 18 l acg 11 aag 11 agg 0 o ctg 56 h ccg 22 cag 39 cgg 0 p gtg 56 p gcg 44 gag 44 ggg 11 diff inter max min total 275 263 294 833

neg8 negativicutes, rapports -rRNA/total g1    t1          a atgi 88 a tct tat atgf 80 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 65 b tcc 80 tac 75 tgc 85 f atc -6 j acc aac 58 agc 73 g ctc 82 f ccc cac 50 cgt 62 h gtc n gcc gac 71 ggc 91 i tta 64 c tca 90 taa tga j ata k aca 62 aaa 75 aga k cta 89 g cca 82 caa 54 cga l gta 71 o gca 0 gaa 76 gga 60 m ttg 82 d tcg tag tgg 54 n atgj 92 l acg 89 aag 80 agg o ctg 80 h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg rap inter max min total 63 71 96 74

clostridia synthèse

• notes: 16 blocs longs +5s
• Liens aux indices des clades: alpha bacilli   gamma actino clostridia bacteroide   cyano tener spiro   beta epsilon delta   bactéries
• Liens aux fiches:   spiro    tener    gama    alpha    beta    delta    epsilon    bacilli    clostridia    autres firmicutes    actino    bactero    cyano    archeo

clostridia distribution par génome

• Lien tableur: clostridia distribution par génome

clostridia distribution par génome

baci	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
psor	12	5	4	72		7		4	104
cdc	4	4	2	70		3			83
cdc8	4	5	2	89		4		4	108
cbc*	34	10		0		0	2	6	54
cbn	48	12	2	6	3	4	4	7	90
cle	38	19		26	3	9	2	8	107
hmo	37	12		39		11		10	109
cbei	63	11	3	0		4		12	93
total	240	78	13	302	6	42	8	51	748

clostridia distribution du total

• Lien tableur: clostridia distribution du total
• Légende:

  - Couleurs du 1er tableau: voir la distribution des bacilli

  - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau

  - Couleurs du 3ème tableau: comme le tableau 2. Cependant les duplicata ne sont pas comptés dans le total de 55 mais dans le total des >1aa du 1er tableau.

  - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Clostridia. Distribution du total.

clostridia. Distribution du total: >1aa 1aa +5s >3. g1    t1          a atgi 10 a tct tat atgf 32 b att i act aat agt c ctt 3 e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 19 b tcc 7 tac 23 tgc 16 f atc 3 j acc 9 aac 22 agc 13 g ctc 3 f ccc 4 cac 16 cgc 11 h gtc 4 n gcc 1 gac 32 ggc 20 i tta 22 c tca 19 taa tga 3 j ata 1 k aca 30 aaa 31 aga 24 k cta 19 g cca 25 caa 22 cga 4 l gta 41 o gca gaa 36 gga 29 m ttg 9 d tcg 2 tag tgg 11 n atgj 23 l acg 4 aag 6 agg 6 o ctg 6 h ccg 2 cag 4 cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag 4 ggg 3 clos8 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 248 78 302 628

clostridia. Distribution du total. -16s +5s <4 g1    t1          a atgi 8 a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 6 b tcc 1 tac tgc 1 f atc 1 j acc 1 aac 7 agc 1 g ctc 1 f ccc cac cgc h gtc n gcc gac 1 ggc 4 i tta 4 c tca 1 taa tga j ata k aca aaa 6 aga 1 k cta g cca caa cga l gta o gca 5 gaa 2 gga 2 m ttg d tcg tag tgg 1 n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg 1 p gtg p gcg gag ggg clos8 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 51 6 57

clostridia. Distribution du total. duplica -5s +16s g1    t1          a atgi a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt 2 e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc 2 f atc 11 j acc aac 5 agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc 5 gac ggc i tta c tca 2 taa tga j ata k aca 3 aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 26 gaa gga 5 m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg clos8 dupli 1aa -5s +5s -16s +16s total type 8 13 42 55

clostridia. indices du 27.5.20 174 génomes g1 t1 618 11144 4,0  0,6 a atgi 159 a tct 1,1 tat atgf 187 b att 1,1 i act aat agt 0,6 c ctt 15,5 e cct 2,3 cat cgc d gtt 0,6 m gct gat ggt e ttc 206 b tcc 103 tac 187 tgc 151 f atc 152 j acc 102 aac 248 agc 133 g ctc 81 f ccc 62 cac 140 cgt 116 h gtc 53 n gcc 61 gac 242 ggc 220 i tta 172 c tca 142 taa 1,1 tga 55 j ata 2,9 k aca 218 aaa 271 aga 174 k cta 148 g cca 163 caa 156 cga 48 l gta 286 o gca 219 gaa 239 gga 243 m ttg 108 d tcg 83 tag 2,3 tgg 120 n atgj 132 l acg 77 aag 120 agg 96 o ctg 76 h ccg 64 cag 77 cgg 60 p gtg 34 p gcg 35 gag 83 ggg 70 inter max min total

clostridia distribution par type

• Lien tableur: clostridia distribution par type
• Légende: voir bacilli

Clostridia. Distribution par type.

clostridia. distribution des solitaires g1    t1           a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt 1 c ctt 1 e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 6 tac tgc 1 f atc j acc 3 aac 1 agc 3 g ctc 2 f ccc 1 cac cgc 1 h gtc n gcc 1 gac ggc i tta c tca 1 taa tga 3 j ata 1 k aca 2 aaa aga k cta 5 g cca 4 caa cga 1 l gta o gca gaa gga 1 m ttg 8 d tcg 2 tag tgg 5 n atgj l acg 4 aag 1 agg 5 o ctg 3 h ccg 1 cag 3 cgg p gtg p gcg 1 gag 3 ggg clos8 1aa 78

clostridia. distribution du type >1aa sans duplicata. g1    t1           a atgi a tct tat atgf 8 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 6 b tcc tac 10 tgc 3 f atc j acc 3 aac 5 agc 5 g ctc 1 f ccc 1 cac 8 cgc 3 h gtc 2 n gcc gac 15 ggc 11 i tta 11 c tca 6 taa tga j ata k aca 15 aaa 14 aga 10 k cta 6 g cca 10 caa 8 cga 3 l gta 20 o gca gaa 17 gga 13 m ttg 1 d tcg tag tgg 2 n atgj 10 l acg aag 5 agg 1 o ctg 1 h ccg cag 1 cgg 1 p gtg 1 p gcg gag ggg 3 clos8 >1aa 240

clostridia. distribution du type +5s >3. g1    t1           a atgi 9 a tct tat atgf 11 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 12 b tcc 1 tac 13 tgc 10 f atc 3 j acc 3 aac 16 agc 5 g ctc f ccc 2 cac 8 cgc 7 h gtc 2 n gcc gac 17 ggc 9 i tta 11 c tca 10 taa tga j ata k aca 13 aaa 17 aga 14 k cta 8 g cca 11 caa 14 cga l gta 21 o gca gaa 19 gga 15 m ttg d tcg tag tgg 4 n atgj 13 l acg aag agg o ctg 2 h ccg 1 cag cgg p gtg p gcg gag 1 ggg clos8 +5s 302

clostridia par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: clostridia par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	clos8	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	31	19	2	6	2	5	65
16	moyen	36	66	4	101	20	42	269
14	fort	11	155	2	195	29	14	406
		78	240	8	302	51	61	740
10	g+cga	16	13		2			31
2	agg+cgg	5	2			1		8
4	carre ccc	4	4		4	1	5	13
5	autres	6		2				8
		31	19	2	6	2	5	65
		total tRNAs ‰
	clos8	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	clos ‰	ref.‰
21	faible	42	26	3	8	3	7	88	26
16	moyen	49	89	5	136	27	57	364	324
14	fort	15	209	3	264	39	19	549	650
		105	324	11	408	69	82	740	729
10	g+cga	22	18		3			42	10
2	agg+cgg	7	3			1		11
4	carre ccc	5	5		5	1	7	18	16
5	autres	8	0	3	0			11
		42	26	3	8	3	7	88
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	clos8	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	95	58	6	160	26	40	8
16	moyen	110	202	12	325	324	46	28
14	fort	34	475	6	515	650	14	65
		239	736	25	326	729	78	240
10	g+cga	49	40		89	10	52
2	agg+cgg	15	6		21		16
4	carre ccc	12	12		25	16	13
5	autres	18		6	25		19
		95	58	6	160		31

clostridia, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: clostridia, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   typage
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 27.5.20

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

clostridia, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: clostridia, calcul des -rRNAs

clo clostridia 63 génomes

clo1 cumul des +rRNAs de la fiche clostridia pour 43 génomes g1    t1          a atgi 29 a tct tat atgf 30 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 44 b tcc 1 tac 26 tgc 16 f atc 72 j acc 10 aac 64 agc 11 g ctc 2 f ccc 3 cac 12 cgt 8 h gtc 4 n gcc 12 gac