Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/alpha

Rickettsia typhi str. B9991CWPP

rtb opérons

• Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [3]
• Lien tableur: rtb opérons
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rickettsiales; Rickettsiaceae; Rickettsieae; Rickettsia; typhus group.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A8. Rickettsia typhi str. B9991CWPP

29%GC	31.12.19 Paris	33	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
comp	7429..8469	cds		381	381			347		UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
comp	8851..8926	ttc		368	368
	9295..10278	cds						328		tRNA dihydrouridine synthase DusB
	14663..18055	cds		108	108			1131		autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein
	18164..18238	gaa		1394	1394
comp	19633..20106	cds						158		crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
comp	48065..48709	cds		278	278			215		YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein
comp	48988..49064	atgf		110	110
comp	49175..49411	cds						79		50S ribosomal protein L31
comp	73627..73929	cds		17	17			101		preprotein translocase subunit SecG
comp	73947..74021	acc		139	139
comp	74161..75417	cds						419		MFS transporter
	155064..157163	cds		143	143			700		elongation factor G
	157307..157382	tgg		167	167
	157550..157750	cds						67		preprotein translocase subunit SecE
	189197..189400	cds		889	889			68		DUF2674 domain-containing protein
comp	190290..190365	acg		142	142
comp	190508..192814	cds						769		outer membrane protein assembly factor BamA
	255010..255921	cds		732	732			304		methionyl-tRNA formyltransferase
	256654..259439	23s		206				2786
	259646..259760	5s		173	173			115
comp	259934..261007	cds						358		cell division protein ZapE
	291358..291843	cds		35	35			162		30S ribosomal protein S9
	291879..291955	atgj		1364	1364
comp	293320..293805	cds						162		RNA pyrophosphohydrolase
	335194..336996	cds		402	402			601		elongation factor 4
	337399..337473	aac		633	633
comp	338107..338793	cds						229		hp
comp	440466..440933	cds		496	496			156		DUF2155 domain-containing protein
	441430..441504	tgc		31	31
	441536..442456	cds						307		site-specific tyrosine recombinase XerD
comp	469056..469781	cds		218	218			242		3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
	470000..470075	aaa		15		15
	470091..470167	atc		1922	1922
	472090..472662	cds						191		GTP cyclohydrolase I FolE
comp	564534..565562	cds		1530	1530			343		type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
comp	567093..567180	tcc		218	218
comp	567399..568145	cds						249		NTP transferase domain-containing protein
	583250..584149	cds		1278	1278			300		hydroxymethylbilane synthase
comp	585428..585518	tca		58	58
comp	585577..586569	cds						331		tryptophan--tRNA ligase
	598723..599706	cds		26	26			328		polyprenyl synthetase family protein
	599733..599809	cgg		60		60
comp	599870..599944	caa		62	62
comp	600007..601779	cds						591		aminopeptidase P family protein
comp	644357..644745	cds		499	499			130		p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA
	645245..645321	gac	@1	1051		1051
comp	646373..646448	gcc		222	222
comp	646671..647276	cds						202		ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP
comp	649389..650048	cds		452	452			220		(d)CMP kinase
	650501..650577	gtc		1274	1274
comp	651852..652094	cds						81		HU family DNA-binding protein
comp	696163..697398	cds		1535	1535			412		tyrosine--tRNA ligase
	698934..699010	cgt		1028	1028
	700039..705720	cds						1894		alpha-2-macroglobulin family protein
comp	727560..728087	cds		1164	1164			176		copper chaperone Pcu(A)C
comp	729252..729326	gca		32	32
comp	729359..729574	cds						72		hp
	739215..740075	cds		181	181			287		TIGR01459 family HAD-type hydrolase
	740257..740343	ctc		246	246
	740590..741960	cds		1199	1199			457		magnesium transporter
	743160..743234	ggc		1090	1090
	744325..744753	cds						143		preprotein translocase subunit YajC
comp	775944..777866	cds		2465	2465			641		hp
comp	780332..781831	16s		1854	1854			1500
comp	783686..785485	cds						600		PAS domain-containing sensor histidine kinase
comp	814590..814823	cds		349	349			78		hp
comp	815173..815248	gta		68	68
comp	815317..815589	cds						91		30S ribosomal protein S20
comp	829300..830484	cds		82	82			395		elongation factor Tu
comp	830567..830640	gga		95		95
comp	830736..830821	tac		183	183
	831005..831733	cds						243		23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	839841..839969	cds		145	145			43		dimethyladenosine transferase
	840115..840200	tta		2009	2009
	842210..842446	cds						79		hp
comp	876906..877589	cds		401	401			228		7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC
	877991..878067	cac		145	145
	878213..879943	cds						577		ATP-binding cassette domain-containing protein
	918938..919882	cds		951	951			315		ACP S-malonyltransferase
	920834..920925	agc		1945	1945
comp	922871..924049	cds						393		acetyl-CoA C-acetyltransferase
comp	961209..962297	cds		41	41			363		YjgP/YjgQ family permease
comp	962339..962415	atgi		390	390
comp	962806..963273	cds						156		peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
	1023375..1023626	cds		1585	1585			84		BolA family transcriptional regulator
	1025212..1025288	cca		17	17
	1025306..1025521	cds						72		translation initiation factor IF-1
	1053321..1054139	cds		2191	2191			273		alpha/beta hydrolase
comp	1056331..1056407	aga		98	98
	1056506..1056823	cds						106		DUF167 domain-containing protein
comp	1098776..1099240	cds		40	40			155		DNA polymerase III subunit chi
comp	1099281..1099365	cta		145	145
comp	1099511..1100662	cds						384		succinyl-diaminopimelate desuccinylase
comp	1102351..1102980	cds		475	475			210		lipoyl(octanoyl) transferase LipB
comp	1103456..1103530	aca		130	130
comp	1103661..1103996	cds						112		30S ribosomal protein S16

rtb cumuls

• Lien tableur: rtb cumuls
• Légende
• Notes: moyenne et variance des intercalaires élevés des 21 cds : 1430 et 491

cumuls. rtb.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1		-	1	0	1		100	11	30	0
	23s5s	1	20	1		50	8	40		200	13	60	1
	16s	1	40			100	5	80		300	12	90	9
	16s23s	0	60	1		150	9	120		400	13	120	4
	max a	0	80			200	4	160		500	3	150	2
	a doubles	0	100	1		250	4	200		600	3	180	7
	spéciaux	0	120			300	1	240		700	3	210	3
	total aas	0	140			350	1	280		800	1	240	4
sans	opérons	29	160			400	3	320		900	0	270	3
	1 aa	25	180			450	2	360		1000	0	300	3
	max a	2	200			500	4	400		1100	0	330	5
	a doubles	0		1			21				2		20
	total aas	33		4	0		62		0		61		61
total aas		33
remarques		1
avec jaune			moyenne				612				310
			variance				665				291
sans jaune			moyenne	57			193				269		176
			variance	40			148				176		86

rtb blocs

• Lien tableur: rtb blocs

A8. rtb, blocs à rRNA.

cds	732	304	methionyl-tRNA formyltransferase
23s	206	2786
5s	173	115
cds		358	cell division protein ZapE
cds	2465	641	hp
16s	1854	1500
cds		600	PAS domain-containing sensor histidine kinase

rtb remarques

• Remarques: Les rickettia, rtb et rpl, présentent de nombreux intercalaires très élevés. D’où cet intercalaire @1 entre 2 aas de 1051 pbs. Je détaille ici les intercalaires du tableau des cumuls.

  - Les intercalaires entre aas: Il y a quatre intercalaires de ce type, 1051 95 60 15. A part le 1er les 3 autres sont courants dans cette étude et seulement le dernier est le rprésentant de la moyenne dans cette étude.

  - Les intercalaires avec un cds. Les 31 blocs de ce génomes se répartissent en 3 groupes

  1. Les RNAs complètement isolés, les 2 intercalaires du bloc sont supérieurs à 400 pbs. Il y a 6 aas dont celui avec 1051, plus le 16s. Sur ces 14 intercalaires 10 sont supérieurs à 900 et 4 entre 400 et 600 pbs.
  2. Les tRNAs proches de leurs 2 cds. Il y a 6 aas dont les 2 intercalaires sont inférieurs à 300 pbs et 4 aas dont au moins un des 2 intercalaires est entre 300 et 400 pbs et l'autre inférieur à 300 pbs.
  3. Il reste 14 blocs dont le 23s5s, auxquels il faut ajouter l’aa gcc voisin du gac isolé par 1051. Ces blocs sont très polarisés, leurs 2 intercalaires sont très dissymétriques.

     - 11 aas ont leur intercalaire majeur supérieur à 900 et va jusqu’à 2465 pbs. Le 23s5s a un intercalaire majeur modéré et assez courant pour les blocs à rRNAs.

     - 3 aas ont leur intercalaire majeur de 450 pbs environ.

• Les blocs isolés et les blocs entourés par 2 cds.

				
	Blocs à RNAs isolés par 2 intercalaires de plus de 400 pbs.					
	bloc	adresse			Blocs entourés par 2 intercalaires de 300 à 400 pbs	
	aac	337399			ttc	8851
	gac	645245			gta	815173
	gtc	650501			cac	877991
	cgt	698934			atgi	962339
	ggc	743160				
	16s	780332			Blocs entourés par 2 intercalaires inférieurs à 300 pbs	
	agc	920834			atgf	48988
	:	:			acc	73947
	:	:			tgg	157307
	:	:			cgg-caa	599733
	:	:			gga-tac	830567
	:	:			cta	1099281

• Les séquences des doubles: Il n'y a aucun double dans ce génome

rtb distribution

• Lien tableur: rtb distribution

Al1 rtb, Rickettsia typhi str. B9991CWPP. alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	1	gaa	1	gga	1
m ttg		d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
rtb	6	27					33

rtb. Intergen51

Intergen51. rtb. Le génome

• rtb Le prélèvement: Artb
• Le nom et le lien NCBI: rtb, Rickettsia typhi str. B9991CWPP, NCBI [4], date 7.12.20.
• rtb La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
rtb	264,633		1,112,957	23.8	

rtb données intercalaires

• Lien tableur: rtb données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

rtb données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

rtb autres intercalaires aas

• Lien tableur: rtb autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

Intergen51. rtb. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. rtb les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 rtb les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 501 98 4 603 3.2 3 3 6 x 185 4 1 190 2 1 3 t 686 102 5 793 5 4 9 % 86.5 12.9 0.6

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 42 0 0 42 2.6 tRNA-CDS 58 77 x 16 0 0 16 RNA-RNA 5 7 t 58 0 0 58 CDS-rRNA 4 5 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 8 11 - total 75 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 19.8 28.6 0.0 23.4 7.1 44 0.7 0.0 x 35.5 75.0 0.0 3.2 0.0 25 0.5 0.0

Intergen51. rtb. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: rtb données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées rtb fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. rtb fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rtb
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.496	2.82E-06	-2.09E-03	3.74E-01	7.33	fx1	abscisse	244.3	229.8
0.570	-2.82E-06	2.21E-03	-6.22E-01	72.4	fc1	ordonnée	15.1	14.8
								
0.551	8.35E-07	-6.12E-04	4.27E-02	29.0	fx41			
0.804	6.45E-06	-4.45E-03	8.03E-01	-13.2	fc41			

• Le rfin après 400 est de 100 sur un total de 505. Jusqu'à 1% les freq50 sont en continu jusqu'à 1850 (-1), reste 5. L'indice i.rfin1 = 95/1450 = 0.066. Jusqu’à 700, il est de i.rfin10,5=50/300=0.167
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	rtb		calculs			poly3	rtb
effect	505		R2.21	617		abscis	400
xm	45		pte	0,06		flexa	224
ym	0,51		cste	1,01		flexo	1,49
x1m	205		r400l	195		xm	45
y1m	1		restp	299,01		sup4	250,4
rfin	198,02		%sd	71,04		sup4t	447,5
bornf	205		lond	160		%	56,0
supd	306,7		%sf	71,04		long	179
supdt	431,7		lonf	160		R2	327
xmp	269,31		sf/lf	1,92			
r400	100,99		sr/lr	0,00			
supf	306,7		sd/ld	1,92			
supft	431,7		i.r400	0,52						

Intergen51. rtb. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	rtb			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	10		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		0	33		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		3	55		1642	8424
total		4	98		2,456	23,544
reste		0	0		264	420
s6		0	0		361	41
s7		0	9		321	1438
s8		3	46		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		0	3.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		0.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	16.4		19.5	17.1
s8/sp6		100.0	83.6		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	1	43		814	15120
% / total						
%s1-5		25.0	43.9		33.1	64.2
%sp6		75.0	56.1		66.9	35.8

Intergen51. rtb. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s		1	
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA				16 CDS		1	1
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s		1	
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	2	2		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		3	2		total		3	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rtb. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. rtb. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

rtb intercalaires entre cds

• Rickettsia typhi str. B9991CWPP, 7.12.2020, NCBI [5]
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

rtb intercalaires positifs S+

• Lien tableur: rtb intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  rtb cvi,   diagramme 1-40: c+ rtb c+ cvi x+ cvi total,   texte: cvi.
• Légende: voir la légende de cvi.

rtb. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

rtb	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	45	-332	590	12	496	246	max80	-36	279	-782	91	569	258	min50
31 à 400								70	-478	827	-4.5	788	228	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	91	44	-	304	poly	191	tF	174	61	-	487	poly	82	Sm
31 à 400								-36	44	-	598	poly	190	tF

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles

rtb. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
bsu	min10	1028	2444	3472	659	8	282	274	152	257	470
rtb	min30	118	402	520	536	-105	148	253	-277	-165	202
afn	min10	328	1323	1651	603	-26	101	127	-468	-407	-9
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
140	333	0.42	1125	3091	2	8	31	186	302	936	-432
51	294	0.17	189	604	5	7	21	162	8	131	-81
46	402	0.11	350	1689	6	5	11	179	36	580	-369

• Diagrammes 400:  rtb cvi,   diagramme 1-40: c+ rtb c+ cvi x+ cvi total,   texte: cvi.
• Résumé: J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes,
  1. Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc.
  2. Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249.
  3. Les diagrammes à pyramide, c’est-à-dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68.

  - rtb ressemble à cvi par la pyramide de x+ 1-400 avec un maximum à 80 pour rtb et 70 pour cvi et la forme de toutes les courbes ne diffèrent que par leur force. La différence entre les 2 génomes est due à la grande différence des effectifs, 520 pour rtb contre 3328 pour cvi, et des corrélations sur 41-250, de 148 pour rtb contre 891 pour cvi.

  - Les diagrammes 400

  • x+ 1-400:

    + Les 2 génomes ont une pyramide à 3 fréquences avec un maximum à 80 pour rtb et 70 pour cvi. Quand j’enlève les fréquences faibles pour ne laisser que la pyramide (6 pour rtb et 5 pour cvi), la courbe rtb devient une S faible, Sf, R2’ à 36 (662 625) et la courbe cvi devient une S moyenne, Sm, R2’ à 68 (794 726). Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 51 pour rtb et 112 pour cvi.

    + Les fréquences faibles 1-30 sont en opposition avec celles des rtb c+1-400 et en parallèle avec cvi. Cette différence va impacter différemment les corrélations 1-n qu’on verra plus loin.

    + Les points d’inflexion sont normaux, 246 pour rtb contre 200 pour cvi.

  • c+ 1-400: Ce sont 2 courbes semblables de forme S, moyenne pour rtb avec un R2’ de 82 et forte pour cvi avec un R2’ de 203. Les 2 points d’inflexion normaux, 258 pour rtb et 282 pour cvi. Les fréquences faibles sont positionnées aux fréquences 10 et 20 pour les 2 génomes et les minima locaux sont identiques à la fréquence 50. La différence des effectifs, 402 pour rtb et 2320 pour cvi explique la différence de forme avec des R2 très différents, 569 pour rtb et 852 pour cvi
  • x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30. Il faudrait les remplacer par les courbes avec pyramide seule sans les fréquences faibles 1-30, voir le paragraphe x+ 1-400 ci-dessus.
  • c+ 31-400: Les 2 formes sont 2 tildes très différents , tF pour rtb, avec un R2’ de 190 (788 598) et très faible pour cvi, tf, R2’ de 30 (525 808) plus proche d’une droite. La forme de rtb est bien différente de celle de cvi car les R2, polynome et droite, sont inversés dans le mauvais sens par rapport aux effectifs, 284 pour rtb et 1621 pour cvi. De même les points d’inflexion sont différents, il est normal pour rtb à la fréquence 228 et négatif pour cvi à -138.

  - Les corrélations:

  • Sur les plages 41-n: Les 2 corrélations sur 41-250 sont très dfiiérentes, 148 pour rtb contre 891 pour cvi.. Par contre rtb chute fortement sur 41-200, avec une différence de 253, alors que cvi se maintient avec une différence de 33.
  • Sur les plages 1-n: les 2 génomes chutent fortement, -165 pour rtb et 549 pour cvi, malgré le comportement des fréquences faibles que j’ai signalé au paragraphe x+ 1 -400, en opposition pour rtb et en parallèle avec cvi.

  - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. rtb fait 0.17 et cvi 0.37 Les zéros sont à 7‰ pour cvi et 12‰ pour rtb et les négatifs sont 50% plus élevés chez cvi que chez rtb, 280 ‰ contre 183 ‰ pour rtb.

  - Les courbes 1-40:

  • c+ 1-40: La courbe cvi est semblale et très proche de celle du total des c+ 1-40; celle de rtb le devient aussi en omettant les fréquences 6 et 10.
  • x+ 1-40: Avec un effectif de 8 pour rtb la courbe ne peut être significative. Cvi avec 130 est différente du modèle c+ 1-40 avec un effectif aussi grand à la fréquence 6 et 9, un creux profond à la fréquence 11 et aussi à cause de la faible corrélation x+/c+ de 582.

rtb autres intercalaires

• Lien tableur: rtb autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux: 3 ncRNA 1 tmRNA

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-	
45	17		3	2		6	2		75

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Rickettsia prowazekii str. Breinl

rpl opérons

• Lien tableur: rpl opérons
• Liens: gtRNAdb [6], NCBI [7], génome [8]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rickettsiales; Rickettsiaceae; Rickettsieae; Rickettsia; typhus group.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A7. Rickettsia prowazekii str. Breinl

29%GC	30.12.19 Paris	33	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
comp	31462..31892	cds		263	263			144		p-preprotein translocase subunit YajC
comp	32156..32181	rpr		870	870			26		tandem
comp	33052..33126	ggc		1253	1253
comp	34380..35750	cds		256	256					magnesium transporter
comp	36007..36093	ctc		190	190
comp	36284..37144	cds						287		TIGR01459 family HAD-type hydrolase
	46825..47040	cds		31	31			72		hp
	47072..47146	gca		1964	1964
	49111..49650	cds						180		copper chaperone Pcu(A)C
comp	71150..76816	cds		933	933			1889		alpha-2-macroglobulin family protein
comp	77750..77826	cgt		1179	1179
	79006..80241	cds						412		tyrosine--tRNA ligase
	121704..121946	cds		984	984			81		HU family DNA-binding protein
comp	122931..123007	gtc		446	446
	123454..124113	cds						220		(d)CMP kinase
	126222..126827	cds		236	236			202		ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP
	127064..127139	gcc	@1	830		830
comp	127970..128046	gac		365	365
	128412..128843	cds						144		ribosome-associated translation inhibitor RaiA
	171237..173012	cds		50	50			592		aminopeptidase P family protein
	173063..173137	caa		49		49
comp	173187..173263	cgg		18	18
comp	173282..174265	cds						328		polyprenyl synthetase family protein
	186344..187336	cds		58	58			331		tryptophan--tRNA ligase
	187395..187484	tca		354	354
comp	187839..188738	cds						300		hydroxymethylbilane synthase
	203097..203846	cds		219	219			250		bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase
	204066..204153	tcc		1457	1457
	205611..206639	cds						343		type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
comp	299321..300853	cds		419	419			511		hp
comp	301273..301349	atc		15		15
comp	301365..301440	aaa		219	219
	301660..302400	cds						247		3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
comp	328700..329635	cds		22	22			312		site-specific tyrosine recombinase XerD
comp	329658..329732	tgc		499	499
	330232..330699	cds						156		DUF2155 domain-containing protein
	429121..429807	cds		723	723			229		hp
comp	430531..430605	aac		359	359
comp	430965..432767	cds						601		elongation factor 4
	473867..474352	cds		928	928			162		RNA pyrophosphohydrolase
comp	475281..475357	atgj		40	40
comp	475398..475883	cds						162		30S ribosomal protein S9
	506934..508007	cds		183	183			358		cell division protein ZapE
comp	508191..508305	5s		240				115
comp	508546..511330	23s		716	716			2785
comp	512047..512958	cds						304		methionyl-tRNA formyltransferase
	577419..579725	cds		138	138			769		outer membrane protein assembly factor BamA
	579864..579939	acg		1026	1179
comp	580966..581169	cds						68		DUF2674 domain-containing protein
comp	612439..612639	cds		143	143			67		preprotein translocase subunit SecE
comp	612783..612858	tgg		143	143
comp	613002..615101	cds						700		elongation factor G
comp	656226..656870	cds		296	296			215		YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein
comp	657167..657243	atgf		119	119
comp	657363..657599	cds						79		50S ribosomal protein L31
comp	678911..679213	cds		19	19			101		preprotein translocase subunit SecG
comp	679233..679307	acc		159	159
comp	679467..680723	cds						419		MFS transporter
comp	746326..746529	cds		1664	1664			68		hp
comp	748194..748268	gaa		109	109
comp	748378..749421	cds						348		autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein
comp	756703..757686	cds		363	363			328		tRNA dihydrouridine synthase DusB
	758050..758125	ttc		564	564
	758690..759730	cds						347		UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
	776202..776537	cds		154	154			112		30S ribosomal protein S16
	776692..776766	aca		467	467
	777234..777863	cds						210		lipoyl(octanoyl) transferase LipB
	779197..780348	cds		140	140			384		succinyl-diaminopimelate desuccinylase
	780489..780573	cta		37	37
	780611..781075	cds						155		DNA polymerase III subunit chi
comp	823242..823559	cds		98	98			106		DUF167 domain-containing protein
	823658..823734	aga		1364	1364
comp	825099..825230	cds						44		hp
comp	854241..854456	cds		17	17			72		translation initiation factor IF-1
comp	854474..854550	cca		1573	1573
comp	856124..856357	cds						78		BolA family transcriptional regulator
	915034..915501	cds		391	391			156		peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
	915893..915969	atgi		41	41
	916011..917099	cds						363		YjgP/YjgQ family permease
	953564..954742	cds		696	696			393		acetyl-CoA C-acetyltransferase
comp	955439..955530	agc		898	898
comp	956429..957373	cds						315		ACP S-malonyltransferase
comp	1009435..1011165	cds		142	142			577		ATP-binding cassette domain-containing protein
comp	1011308..1011384	cac		346	346
	1011731..1012414	cds						228		7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC
comp	1045414..1045656	cds		2381	2381			81		hp
comp	1048038..1048123	tta		135	135
comp	1048259..1048387	cds						43		hp
comp	1056245..1056973	cds		188	188			243		23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	1057162..1057247	tac		105		105
	1057353..1057426	gga		82	82
	1057509..1058693	cds						395		elongation factor Tu
	1072391..1072663	cds		62	62			91		30S ribosomal protein S20
	1072726..1072801	gta		1181	1181
comp	1073983..1074648	cds						222		hp
	1102136..1103935	cds		1458	1462			600		PAS domain-containing sensor histidine kinase
	1105394..1106893	16s		1462	1462			1500
	1108356..1109301,1..184	cds						377		P-hp

rpl cumuls

• Lien tableur: rpl cumuls
• Légende
• Notes: moyenne et variance des intercalaires élevés des 21 cds : 1204 et 453

cumuls. rpl.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1		-	1	0	1		100	12	30	0
	23s5s	1	20	1		50	9	40		200	11	60	2
	16s	1	40			100	4	80		300	12	90	9
	16s23s	0	60	1		150	8	120		400	15	120	4
	max a	0	80			200	5	160		500	2	150	2
	a doubles	0	100			250	3	200		600	4	180	6
	spéciaux	0	120	1		300	3	240		700	2	210	2
	total aas	0	140			350	1	280		800	1	240	5
sans	opérons	29	160			400	5	320		900	0	270	3
	1 aa	25	180			450	2	360		1000	0	300	2
	max a	2	200			500	2	400		1100	0	330	5
	a doubles	0		1			21				1		20
	total aas	33		4	0		63		0		60		60
total aas		33
remarques		1
avec jaune			moyenne				528				293
			variance				558				271
sans jaune			moyenne	56			191				243		172
			variance	45			140				145		89

rpl tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de rpl opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

rpl	50			36			18			68
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
17	1573		50	18		50	18		1573	17
19	159		140	37		140	37		50	18
22	499		928	40		143	143		159	19
31	1964		391	41		159	19		499	22
50	18		188	82		188	82		1964	31
58	354		1664	109		296	119		140	37
62	1181		296	119		346	142		928	40
98	1364		2381	135		354	58		391	41
138	1026		143	143		365	236		354	58
140	37		19	159		391	41		1181	62
142	346		419	219		419	219		188	82
143	143		142	346		467	154		1364	98
154	467		58	354		499	22		1664	109
188	82		723	359		564	363		296	119
219	1457		236	365		723	359		2381	135
236	365		984	446		898	696		1026	138
296	119		154	467		928	40		346	142
363	564		22	499		984	446		143	143
391	41		363	564		1026	138		467	154
419	219		696	898		1179	933		419	219
696	898		138	1026		1181	62		1457	219
723	359		933	1179		1253	870		365	236
870	1253		62	1181		1364	98		723	359
928	40		870	1253		1457	219		564	363
933	1179		98	1364		1573	17		984	446
984	446		219	1457		1664	109		898	696
1664	109		17	1573		1964	31		1253	870
2381	135		31	1964		2381	135		1179	933

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.

alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
rpl	850		56		24	9	6	17	14	10	5	19
‰					429	161	107	304	500	357	179	679

rpl blocs

• Lien tableur: rpl blocs

A7. rpl, blocs à rRNA.

cds	183	358	cell division protein ZapE
5s	240	115
23s	716	2785
cds		304	methionyl-tRNA formyltransferase
cds	1458	600	PAS domain-containing sensor histidine kinase
16s	1462	1500
cds		377	P-hp

rpl remarques

• Remarques: Les rickettsia, rtb et rpl, présentent de nombreux intercalaires très élevés. D’où cet intercalaire entre 2 aas de 830 pbs. La phylogénie très forte entre ces 2 génomes donne des blocs analogues mais avec des intercalaires différents. Ici les intercalaires élevés sont atténués. Je détaille ici les intercalaires du tableau des cumuls.

  - Les intercalaires entre aas: Il y a quatre intercalaires de ce type, 830 105 49 15. A part le 1er les 3 autres sont courants dans cette étude et seulement le dernier est le représentant de la moyenne dans cette étude.

  - Les intercalaires avec un cds. Les 31 blocs de ce génomes se répartissent en 3 groupes

  1. Les RNAs complètement isolés, les 2 intercalaires du bloc sont supérieurs à 400 pbs. Il y a 7 aas dont celui avec 830, et le 16s. Ici aac, gac et ttc ont l’intercalaire mineur à peine inférieur à 400. Sur ces 16 intercalaires 9 sont supérieurs à 800 et 7 entre 360 et 700 pbs.
  2. Les tRNAs proches de leurs 2 cds. Il y a 6 aas dont les 2 intercalaires sont inférieurs à 300 pbs et 3 aas dont au moins un des 2 intercalaires est entre 300 et 400 pbs.
  3. Il reste 14 blocs dont le 23s5s, auxquels il faut ajouter l’aa gcc voisin du gac isolé par 830. Ces blocs sont très polarisés, leurs 2 intercalaires sont très dissymétriques.

     10 aas ont leur intercalaire majeur supérieur à 800 et va jusqu’à 2381 pbs. Le 23s5s a un intercalaire majeur modéré, 723, assez courant pour les blocs à rRNAs.

     3 aas ont leur intercalaire majeur de 450 pbs environ.

• Les blocs isolés et les blocs entourés par 2 cds

	Blocs à RNAs isolés par 2 intercalaires de plus de 400 pbs.					
	bloc	adresse	intercalaire	Blocs entourés par 2 intercalaires de 300 à 400 pbs	
	aac	430531	723-359		cac	1011308
	gac	127064	830-365		atgi	915893
	gtc	122931			tca	187395
	cgt	77750				
	ggc	33052			Blocs entourés par 2 intercalaires inférieurs à 300 pbs	
	16s	1105394			atgf	657167
	agc	955439			acc	679233
	ttc	758050	564-363		tgg	612783
	:	:			cgg-caa	173063
	:	:			gga-tac	1057162
	:	:			cta	780489

• Les séquences des doubles: Il n'y a aucun double dans ce génome

rpl distribution

• Lien tableur: rpl distribution

Al2 rpl, Rickettsia prowazekii str. Breinl. alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	1	gaa	1	gga	1
m ttg		d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
rpl	8	25					33

rpl. Intergen51

Intergen51. rpl. Le génome

• rpl Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: rpl, Rickettsia prowazekii str. Breinl, NCBI [9], date 20.01.22.
• rpl La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
rpl	252,952		1,109,301	22.8

rpl données intercalaires

• Lien tableur: rpl données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

rpl données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

rpl autres intercalaires aas

• Lien tableur: rpl autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. rpl. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. rpl les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 rpl les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 522 103 5 630 3.4 3 3 6 x 183 5 0 188 2 1 3 t 705 108 5 818 5 4 9 % 86.2 13.2 0.6

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 39 0 0 39 2.1 tRNA-CDS 58 77 x 19 0 0 19 RNA-RNA 5 7 t 58 0 0 58 CDS-rRNA 4 5 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 8 11 - total 75 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 19.4 28.2 0.0 22.4 10.3 44 0.8 0.0 x 32.2 57.9 20.0 4.4 0.0 20 0.0 0.0

Intergen51. rpl. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: rpl données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées rpl fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. rpl fx1

  - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. rpl fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rpl
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.376	3.82E-06	-2.54E-03	4.15E-01	8.12	fx1	abscisse	221.3	229.1
0.589	-2.38E-06	1.88E-03	-5.50E-01	68.8	fc1	ordonnée	16.9	15.2
								
0.38	3.78E-06	-2.51E-03	4.07E-01	8.79	fx41			
0.822	5.82E-06	-4.00E-03	7.04E-01	5.99	fc41			

• Le rfin après 400 est de 102 sur un total de 527. Jusqu'à 1% les freq50 sont en continu jusqu'à 1800 (-4), reste 6. L'indice i.rfin1 = 96/1400 = 0.069. Jusqu’à 700 i.rfin1=45/300=0.150.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	rpl		calculs			poly3	rpl
effect	527		R2.21	608		abscis	400
xm	45		pte	0,04		flexa	224
ym	0,53		cste	1,01		flexo	1,53
x1m	178		r400l	222		xm	45
y1m	1		restp	345,35		sup4	263,9
rfin	193,55		%sd	73,90		sup4t	463,0
bornf	178		lond	133		%	57,0
supd	291,7		%sf	73,90		long	179
supdt	394,7		lonf	133		R2	325
xmp	259,96		sf/lf	2,19			
r400	151,80		sr/lr	0,00			
supf	291,7		sd/ld	2,19			
supft	394,7		i.r400	0,68								

Intergen51. rpl. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	rpl			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	10		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		0	35		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		4	58		1642	8424
total		5	103		2,456	23,544
reste		1	0		264	420
s6		0	0		361	41
s7		0	9		321	1438
s8		3	49		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		0.0	3.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		0.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	15.5		19.5	17.1
s8/sp6		75.0	84.5		42.4	77.5
reste/sp6	25.0	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	1	45		814	15120
% / total						
%s1-5		20.0	43.7		33.1	64.2
%sp6		80.0	56.3		66.9	35.8

Intergen51. rpl. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s		1	
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA				16 CDS		1	
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s		1	
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	2	2		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		3	2		total		3	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rpl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. rpl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

Rhodospirillum photometricum DSM 122

rpm opérons

• Lien tableur: rpm opérons
• Liens: gtRNAdb [10], NCBI [11], génome [12]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Pararhodospirillum.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A5. Rhodospirillum photometricum DSM 122

64.7%GC	26.12.19 Paris	95	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
comp	3322..4194	cds		30	30			291		LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
comp	4225..4821	23s°	@1	196				595
comp	5018..5093	gca		182
comp	5276..5684	16s°		38	38			407
	5723..6664	cds						314		SEL1-like repeat protein
comp <	12458..13198	cds		242	242			247		p-transposase
comp	13441..13555	5s	@2	72				113
comp	13628..13880	23s°		-7	-7			251
comp	13874..15127	cds						418		hp
	21325..22362	cds		586	586			346		hp
	22949..23237	16s°		85	85			287
comp	23323..23490	cds						56		hp
comp	24015..24287	cds		250	250			91		TraYdomain-containingprotein
comp	24538..24652	5s		71				113
comp	24724..27490	23s		212				2765
comp	27703..27779	atc		112
comp	27892..28378	16s°		18	18			485
<>	28397..29119	cds						241		p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
comp	32782..33759	cds		190	190			326		glycosyltransferase
	33950..34357	16s°		112				406
	34470..34546	atc		216
	34763..35591	23s°		44				827
comp	35636..35750	5s		72				113
comp	35823..38589	23s		215				2765
comp	38805..38881	atc		112
comp	38994..40502	16s		260				1507
comp	40763..42629	23s°		-15				1865
	42615..42903	16s°		112				287
	43016..43092	atc		213
	43306..44132	23s°		-1				825
comp	44132..44835	23s°		-5	-5			702
	44831..45121	cds						97		hp
<	45496..45768	cds		553	553			91		p-glycosyl transferase family 1
	46322..47040	16s°		0	0			717
comp	47041..47433	cds						131		winged helix-turn-helix domain-containing protein
comp	49761..51017	cds		128	128			419		glycosyltransferase
comp	51146..51221	23s°		214				74
comp	51436..51512	atc		112
comp	51625..52017	16s°		-7				391
	52011..52881	23s°		106	106			869
	52988..53464	cds		-37	-37			159		hp
>	53428..53694	cds		86	86			89		p-glycosyltransferase
comp	53781..54709	23s°		26				927
	54736..54898	16s°		112				161
	55011..55087	atc		216
	55304..55741	23s°		438	438			436
	56180..56440	cds						87		hp
comp	82891..83088	cds		116	116			66		preprotein translocase subunit SecE
comp	83205..83280	tgg		199	199
>comp	83480..84178	cds						233		p-elongation factor Tu
	417242..417412	cds		142	142			57		tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
	417555..417631	atgj	+	24		24
	417656..417732	atgj	2 atgj	38	38
comp	417771..418796	cds						342		tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG
	434306..435142	cds		512	512			279		CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
	435655..435842	16s°		-6				186
	435837..436075	23s°		72				237
	436148..436262	5s		51				113
	436314..436390	atgf		196	196
	436587..436883	cds						99		hp
comp	467261..468370	cds		167	167			370		3-isopropylmalate dehydrogenase
	468538..468667	23s°		72				128
	468740..468854	5s		51				113
	468906..468982	atgf		125	125
	469108..469863	cds						252		SAM-dependent chlorinase/fluorinase
comp	534521..536161	cds		367	367			547		glucose-6-phosphate isomerase
	536529..536603	acg		92	92
comp	536696..537778	cds						361		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	658467..658931	cds		110	110			155		GNAT family N-acetyltransferase
comp	659042..659116	gtc		155	155
	659272..660159	cds		106	106			296		N-formylglutamate amidohydrolase
	660266..660340	gtc		648	648
comp	660989..661800	cds						271		p-N-formylglutamate amidohydrolase
comp	684188..685141	cds		323	323			318		cation transporter
comp	685465..685539	gtg	+	25		25
comp	685565..685639	gtg	2 gtg	195	195
	685835..686251	cds						139		NUDIX hydrolase
comp	691078..691773	cds		4	4			232		ComF family protein
	691778..691897	23s°		72				118
	691970..692084	5s		114	114			113
comp	692199..694505	cds						769		VWA domain-containing protein
	750262..751398	cds		161	161			379		[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
comp	751560..751674	5s		72				113
comp	751747..752005	23s°		597	597			257
	752603..752814	rpr	@4	388	388			21		CRISPR
	753203..753760	cds						186		hp
comp	839981..840214	cds		4	4			78		hp
comp	840219..840478	16s°		568	568			258
comp	841047..844388	cds						1114		response regulator
	874585..875391	cds		88	88			269		phosphoadenylyl-sulfate reductase
	875480..875556	cac		81	81
	875638..876117	cds						160		CreA family protein
	885688..886299	cds		176	176			204		LysE family translocator
	886476..886552	ccc		144	144
comp	886697..887233	cds						179		helix-turn-helix transcriptional regulator
	932708..934243	cds		93	93			512		Fic family protein
comp	934337..934413	cgt	+	35		35
comp	934449..934525	cgt	3 cgt	44		44
comp	934570..934646	cgt		449	449
	935096..936175	cds						360		hp
comp	978995..979396	cds		138	138			134		MFS transporter
comp	979535..979609	ggc	+	23		23
comp	979633..979707	ggc	4 ggc	45		45
comp	979753..979827	ggc		29		29
comp	979857..979931	ggc		206	206
	980138..981679	cds						514		murein biosynthesis integral membrane protein MurJ
	997575..997898	cds		95	95			108		DUF1476 domain-containing protein
comp	997994..998067	cag	+	54		54
comp	998122..998195	cag	2 cag	168	168
	998364..999509	cds						382		Ppx/GppA family phosphatase
	1050081..1051028	cds		60	60			316		NnrS family protein
comp	1051089..1051163	acc	+	16		16
comp	1051180..1051254	acc	3 acc	18		18
comp	1051273..1051347	acc		170	170
comp	1051518..1053305	cds						596		EAL domain-containing protein
	1197836..1199341	cds		197	197			502		aldehyde dehydrogenase
	1199539..1199623	cta		126	126
	1199750..1201090	cds						447		trigger factor
	1206196..1206501	cds		93	93			102		HU family DNA-binding protein
	1206595..1206670	gta		50	50
	1206721..1207092	cds						124		hp
	1213113..1214459	cds		210	210			449		acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
comp	1214670..1214874	16s°		600	600			203
comp	1215475..1216716	cds						414		polyphosphate kinase
comp	1349719..1350132	cds		109	109			138		NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
comp	1350242..1350608	23s°		212				365
comp	1350821..1350897	atc		115
comp	1351013..1351438	16s°		23	23			424
< comp	1351462..1352160	cds						233		p-tetratricopeptide repeat protein
	1359745..1360302	cds		176	176			186		hp
	1360479..1360555	gac	+	37		37
	1360593..1360669	gac	2 gac	274	274
	1360944..1361204	cds						87		hp
	1416615..1417769	cds		214	214			385		glycosyltransferase family 61 protein
	1417984..1418074	tcc		154	154
comp	1418229..1419095	cds						289		LysR family transcriptional regulator
comp	1472421..1473403	cds		250	250			328		biotin synthase BioB
comp	1473654..1473740	ttg		77	77
comp	1473818..1474678	cds						287		homocysteine S-methyltransferase family protein
comp	1735298..1736380	cds		209	209			361		DUF262 domain-containing protein
	1736590..1736859	23s°		72				268
	1736932..1737046	5s		52				113
	1737099..1737175	atgf		93	93
comp	1737269..1737694	cds						142		type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
comp	1812365..1813924	cds		894	894			520		peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
	1814819..1815040	16s°		-7	-7			222
<comp	1815034..1815837	cds		80	80			268		p-elongation factor Tu
comp	1815918..1815991	gga		34		34
comp	1816026..1816111	tac		144	144
	1816256..1817143	cds						296		23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
comp	1833109..1833603	cds		83	83			165		MBL fold metallo-hydrolase
comp	1833687..1833762	aag	+	24		24
comp	1833787..1833862	aag	2 aag	198	198
comp	1834061..1835224	cds						388		rod shape-determining protein RodA
>	1941413..1943059	cds		-30	-30			549		p-recombinase family protein
comp	1943030..1943121	agc		160	160
comp	1943282..1944133	cds						284		FAD-dependent thymidylate synthase
comp	2087696..2090938	cds		705	705			1081		PAS domain-containing protein
	2091644..2091826	16s°		7	7			181
	2091834..2092247	cds						138		hp
comp	2095044..2095490	cds		48	48			149		hp
comp	2095539..2095733	16s°		614	614			193
comp	2096348..2097337	cds						330		trypsin-like serine protease
comp	2113248..2114603	cds		219	219			452		hp
comp	2114823..2114899	aga		55	55
comp	2114955..2115251	cds		71	71			99		ETC complex I subunit
comp	2115323..2115399	cca		261	261
comp	2115661..2115960	cds						100		hp
comp	2144042..2146288	cds		308	308			749		HAMP domain-containing protein
	2146597..2147256	23s°		72				658
	2147329..2147443	5s		52				113
	2147496..2147572	atgf		645	645
comp	2148218..2148664	cds						149		hp
	2268003..2268461	cds		87	87			153		23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH
comp	2268549..2268625	ccg	+	165		165
comp	2268791..2268867	ccg	2 ccg	56	56
comp	2268924..2269910	cds						329		farnesyltranstransferase
comp	2321621..2322145	cds		332	332			175		hp
	2322478..2322554	ccc		225	225
	2322780..2322974	cds						65		hp
comp	2393295..2396009	cds	@3	1003	1003			905		CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
	2397013..2397919	16s°		2	2			905
	2397922..2400888	cds						989		hp
comp	2517845..2520559	cds		229	229			905		phosphoenolpyruvate carboxylase
comp	2520789..2520903	5s		72				113
comp	2520976..2521339	23s°		189	189			362
comp	2521529..2522152	cds						208		3-isopropylmalate dehydratase small subunit
comp	2596508..2596738	cds		989	989			77		motility twitching protein PilT
comp	2597728..2597815	tca		194	194
	2598010..2599204	cds						398		hp
comp	2621435..2622058	cds		106	106			208		helix-turn-helix transcriptional regulator
comp	2622165..2622251	ctc		202	202
	2622454..2623107	cds						218		lipoyl(octanoyl) transferase LipB
	2631201..2631554	cds		192	192			118		hp
	2631747..2631822	gcc	+	70		70
	2631893..2631968	gcc	4 gcc	69		69
	2632038..2632113	gcc		57		57
	2632171..2632246	gcc		166	166
<	2632413..2632965	cds		-41	-41			184		p-IS256 family transposase
	2632925..2633473	cds		30	30			183		hp
comp	2633504..2633579	aca		93	93
comp	2633673..2634200	cds		271	271			176		N-acetyltransferase
comp	2634472..2634561	tcg		155	155
	2634717..2635742	cds						342		hp
comp	2655872..2656489	cds		182	182			206		YitT family protein
comp	2656672..2656747	gag		141	141
comp	2656889..2657674	cds						262		MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein
	2758160..2758312	cds		110	110			51		light-harvesting protein
comp	2758423..2758509	tta		94	94
comp	2758604..2759899	cds						432		bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase
>	2768823..2769518	cds		-12	-12			232		methyltransferase
	2769507..2769776	23s°		71				268
	2769848..2769962	5s		118	118			113
comp	2770081..2771016	cds						312		tetratricopeptide repeat protein
	2792922..2794778	cds		129	129			619		glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB
	2794908..2794982	caa		92	92
comp	2795075..2795686	cds						204		hp
	2862755..2862982	cds		123	123			76		hp
	2863106..2863182	cca		117		117
	2863300..2863374	atgi		373		373
	2863748..2863823	gca		157		157
	2863981..2864056	aca		15
	2864072..2864317	cds		8				82		DUF2829 domain-containing protein
	2864326..2864401	aaa		250	250
>	2864652..2865041	cds						130		p-hp
	2867066..2868112	cds		76	76			349		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	2868189..2868264	aaa		99	99
comp	2868364..2868870	cds						169		peptidylprolyl isomerase
	2893891..2894430	cds		25	25			180		phage portal protein
	2894456..2894570	5s		51				113
	2894622..2894698	atgf		285	285
	2894984..2895400	cds						139		p-hp
comp	3034652..3035092	cds		250	250			147		hp
comp	3035343..3035418	aaa		8	8
comp	3035427..3035986	cds						187		DUF2829 domain-containing protein
comp	3305068..3306534	cds		379	379			489		S8 family serine peptidase
comp	3306914..3306989	ttc	+	29		29
comp	3307019..3307094	ttc	4 ttc	34		34
comp	3307129..3307204	ttc		33		33
comp	3307238..3307313	ttc		60	60
comp	3307374..3308864	cds						497		RimK family protein
comp	3332977..3334356	cds		54	54			460		type II secretion system protein
	3334411..3334487	cgg		176	176
< comp	3334664..3335983	cds						440		p-hp
	3408217..3409026	cds		91	91			270		hp
comp	3409118..3409232	5s		71				113
comp	3409304..3409410	23s°		1	1			105
<	3409412..3409711	cds						100		p-IS5/IS1182 family transposase
comp	3456276..3461666	cds		387	387			1797		alpha-2-macroglobulin family protein
	3462054..3462130	agg		29	29
	3462160..3462951	cds						264		amino acid ABC transporter substrate-binding protein
comp	3500025..3500675	cds		210	210			217		protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
	3500886..3500959	tgc	+	27		27
	3500987..3501061	aac	2 aac	31		31
	3501093..3501167	aac		84	84
comp	3501252..3501659	cds						136		hp
	3639978..3641276	cds		172	172			433		outer membrane efflux protein
	3641449..3641525	gcg	+	70		70
	3641596..3641671	gcg	3 gcg	33		33
	3641705..3641780	gcg		389	389
	3642170..3644392	cds						741		sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator
	3651524..3652711	cds		55	55			396		aminotransferase
	3652767..3652843	cac		202	202
<comp	3653046..3653543	cds						166		arsenical-resistance protein
	3710072..3710840	cds		126	126			256		TonB family protein
comp	3710967..3711042	gaa	+	214		214
comp	3711257..3711332	gaa	2 gaa	125	125
comp	3711458..3711664	cds						69		cold-shock protein
comp	3727874..3729085	cds		828	828			404		hp
	3729914..3730068	16s°		87	87			153
	3730156..3730545	cds						130		hp
comp	3804728..3805231	cds		118	118			168		response regulator
comp	3805350..3805425	gag		241	241
comp	3805667..3806140	cds						158		transcription elongation factor GreA
	3813820..3815895	cds		138	138			692		RNA polymerase sigma factor RpoD
	3816034..3816109	atgi		94	94
	3816204..3818993	cds						930		diguanylate cyclase
comp	3827982..3828878	cds		90	90			299		phosphoserine phosphatase SerB
comp	3828969..3829042	ggg	@5	292	292
	3829335..3830670	cds						445		chemotaxis protein
comp	3832305..3833264	cds		311	311			320		complex I NDUFA9 subunit family protein
	3833576..3833662	ctg	+	47		47
	3833710..3833796	ctg	5 ctg	153		153
	3833950..3834036	ctg		48		48
	3834085..3834171	ctg		47		47
	3834219..3834305	ctg		113	113
	3834419..3835039	cds						207		ribonuclease D

rpm cumuls

• Lien tableur: rpm cumuls

cumuls. rpm.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	27	1	0		1	9	1		100	20	1	0
	16s°atc23s°	7	20	2		50	15	40		200	35	30	0
	16s°gca23s°	1	40	14		100	30	80		300	30	60	3
	16s°23s°	1	60	7		150	24	120		400	23	90	10
	max a	1	80	3		200	23	160		500	14	120	10
	a doubles	0	100	0		250	16	200		600	7	150	14
	spéciaux	18	120	1		300	5	240		700	2	180	13
	total aas	13	140	0		350	4	280		800	3	210	11
sans	opérons	47	160	2		400	5	320		900	0	240	6
	1 aa	30	180	1		450	2	360		1000	4	270	9
	max a	5	200	0		500	0	400		1100	1	300	9
	a doubles	15		2			14				2		56
	total aas	79		32	0		147		0		141		141
total aas		92
remarques		5
avec jaune			moyenne	69			194				310
			variance	75			197				248
sans jaune			moyenne	39			147				252		170
			variance	16			112				134		71

rpm tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de rpm opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

rpm	71			73			47			98
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
-30	160		250	8		87	56		160	-30
30	93		387	29		88	81		250	8
54	176		142	38		93	50		387	29
55	202		93	50		93	30		93	30
60	170		219	55		99	76		142	38
71	261		87	56		110	94		93	50
76	99		379	60		126	125		176	54
83	198		250	77		129	92		202	55
87	56		88	81		138	94		219	55
88	81		210	84		142	38		87	56
90	292		129	92		155	110		170	60
93	449		367	92		160	-30		379	60
93	50		30	93		168	95		261	71
95	168		110	94		170	60		99	76
106	648		138	94		176	144		250	77
106	202		76	99		176	54		88	81
110	155		311	113		182	141		198	83
110	94		126	125		192	166		210	84
116	199		197	126		197	126		292	90
118	241		182	141		198	83		129	92
123	250		176	144		199	116		367	92
126	125		214	154		202	55		449	93
129	92		110	155		202	106		110	94
138	206		271	155		206	138		138	94
138	94		-30	160		210	84		168	95
142	38		192	166		214	154		202	106
172	389		95	168		219	55		648	106
176	144		60	170		241	118		155	110
176	274		54	176		250	8		311	113
182	141		989	194		250	77		199	116
192	166		323	195		250	123		241	118
197	126		83	198		261	71		250	123
210	84		116	199		271	155		126	125
214	154		55	202		274	176		197	126
219	55		106	202		292	90		206	138
250	77		138	206		311	113		182	141
250	8		332	225		323	195		176	144
271	155		118	241		332	225		214	154
311	113		123	250		367	92		271	155
323	195		71	261		379	60		192	166
332	225		176	274		387	29		389	172
367	92		90	292		389	172		274	176
379	60		172	389		449	93		989	194
387	29		93	449		648	106		323	195
989	194		106	648		989	194		332	225

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.

alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
rpm	3,484		90	1	64	19	4	2	31	33	21	43
rpm ‰				11	711	211	44	22	689	733	467	956

rpm blocs

rpm blocs protéines

• Lien tableur: rpm blocs protéines
• Note:

  - hp pour hypothetical protein

  - p- pour pseudo, par exemple p-elon en abrégé donne p-elongation factor Tu.

A5p. rpm, protéines.

abrégé	nom
23s	23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop	3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub	3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3	CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP	CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF	ComF family protein
CRISPR	CRISPR
DUF262	DUF262 domain-containing protein
FeFe	[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco	glycosyltransferase
HAMP	HAMP domain-containing protein
LysM	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl	methyltransferase
NAD	NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon	p-elongation factor Tu
p-EscV	p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco	p-glycosyltransferase
P-glyco1	p-glycosyl transferase family 1
p-IS5	p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra	p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans	p-transposase
PAS	PAS domain-containing protein
peptido	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage	phage portal protein
phospho	phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho	polyphosphate kinase
respons	response regulator
SAM	SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1	SEL1-like repeat protein
tetra	tetratricopeptide repeat protein
TraY	TraY domain-containing protein
trypsin	trypsin-like serine protease
type II	type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA	VWA domain-containing protein
winged	winged helix-turn-helix domain-containing protein

rpm blocs construits

• Lien tableur: rpm blocs construits
• Légende: lien au tableau des protéines, abrégés

  - vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cdsa) sont en aas.

  - bleu: protéines bien caractérisées alors qu'en clair sont les protéines candidates à la création, hp pour hypothetical protein, p-protéine pour pseudo-protéine et les protéines caractérisées seulement par un domaine comme DUF262 par exemple.

  - cyan: Les intercalaires constantes vestiges des blocs complets représentés par l'unique bloc contenant le 16s avec les intercalaires 71 pour 5s-23s, 212 pour 23s-atc, 112 pour atc-16s et 52 dans le cas de 5s-atgf.

  - gris: Je ne considère ici que les protéines créées à l'intérieur d'un bloc rRNA. Les protéines non canditates à la création sont en bleu, voir ci-dessus le bleu, mais la reconstruction des blocs détruits m'a obligé à considérer des protéines internes au bloc, bien caractérisées non candiates à la création. Aussi je n'ai conservé que les plus petites, metyl adresse 2768823, 3-isop-sub adresse 2521529 et glyco adresse 49761. La reconstruction ne m'a pas permis de faire de grands blocs pour 4 clusters listés à la fin des 2 derniers tableaux en gris. Ces clusters sont restés parce qu'ils mettraient des protéines non candidates en intra bloc avec de grande taille.

• Notes: Il faut noter que théoriquement, pour cet organisme où la destruction des blocs est spéctaculaire, les protéines créées pourraient être aussi grande que le 23s en paires de base, 2765 soit 900 aas à peu près. C'est ce que j'ai suggéré en plaçant le 16s° contenant 1 grosse protéine candidate pour la création parce qu'elle est hypothétique dans le reconstruction du bloc b10, cas3-16s°-hp, 905-16s°-989. La même situation est reproduite dans le bloc b9 avec PAS-16s°-hp, 1081-16s°-138.
  • @ Les blocs à rRNAs: texte de rpm remarques, remarque @3.

    - Les clusters de rpm tels qu’ils apparaissent dans la séquence des adresses sont présentés au chapitre rpm blocs construits, tableaux A5b1 et A5b2.

    + A5b1 rassemble 9 16s° solitaires suivis de longs clusters où on peut repérer les blocs d’origine altérés caractérisés par les intercalaires 16s-atc-23s, respectivement de 112 pbs et 216 pbs. Ainsi je suppose qu’il y a 5 blocs d’origine de type 16s-atc-23s-5s et un,isolé, de type 16s-gca-23s-5s. Dans ces grands clusters seul subsiste un seul 5s appartenant au bloc complet et intègre que j’ai nommé b0.

    + A5b2 rassemble 9 23s°5s solitaires et 3 blocs complets et un 5s solitaire. Les 23s°5s sont mis en face des 16s° du tableau A5b1. Les blocs complets contiennent un représentant de 16s, un de 23s et un 5s. Dans cette partie du tableau A5b2 j’ai ajouté le bloc b0 séparé de son cluster pour comparaison. Le bloc analogue au b0 est le bloc b1 qui est isolé et où seul le 16s est altéré. Le bloc b3 de cette partie du tableau apparaît comme un racollage d’un 16s° solitaire et d’un 23s°5s solitaire puisque l’intercalaire 16s°-23s° est négatif, c’est-à-dire qu’il y a recouvrement des 2 morceaux, ce qui ne serait pas le cas s’il y avait une délétion entre le 16s et le 23s d’origine.

    - Le parallélisme et l'égalité en nombres entre les 16s° et les 23s°5s solitaires, ainsi que l'analyse des intercalaires petits et négatifs de la remarque @2 m’ont poussé à reconstruire les blocs d’origines en rapprochant des 16s° solitaires à d’autres 16s° solitaires ou non tous 2 avec leurs cds, selon l’hypothèse que les 2 cds internes résultant font partie de l’altération ou de la délétion du 16s original et du coup ces cds seraient des candidats à la création de gènes nouveaux. Le même procédé et la même hypothèse sont appliqués pour un 23° et un 23s°5s.

    - Cette reconstruction se trouve dans les tableaux A5b3 et A5b4. Ainsi en optimisant les tailles des 16s et 23s reconstruits pour se rapprocher le plus aux tailles de ces rRNAs du bloc intègre b0, j’ai pu construire 11 blocs. J’ai séparé le 16s° du 23s°5s du bloc b3 du tableau A5b2. Il reste cependant un 16s°, un 23s° et un 5s-atgf que je n’ai pas pu réunir car leurs cds sont tous bien caractérisés et ne répondent aux critères des candidats à la création. L’hypothèse de 11 blocs ou 12 blocs à l’origine est tout à fait probable en comparaison des 9 blocs de abq.

    - Je n'ai pas pu faire une reconstruction analogue avec abs malgré la proximité phylogénique de abq car la complémentarité 16s° et 23s°5s n’existe pas comme si l’altération faisait disparaître une partie du rRNA, ceux qui restent indiquant la position des originaux. Cela indiquerait que ce sont 2 processus d’altération différents certainement reliés à la présence des tRNAs intra bloc, atc pour rpm et atc-gca pour abs.

    - Le génome analogue avec que des atc Tistrella mobilis KA081020-065, voir proteobacteria et Tistrella mobilis KA081020-065 [[13]]

A5b. rpm blocs et leur réorganisation.

A5b1. 9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre 21325..22362 cds 586 346 hp 1493 22949..23237 16s° 85 287 comp 23323..23490 cds 56 hp b3   abrégés < 45496..45768 cds 553 91 p-glyco1 1383 46322..47040 16s° 0 717 comp 47041..47433 cds 131 winged b4   abrégés comp 839981..840214 cds 4 78 hp 492 comp 840219..840478 16s° 568 258 comp 841047..844388 cds 1114 respons b7   abrégés 1213113..1214459 cds 210 449 acetyl 1445 comp 1214670..1214874 16s° 600 203 comp 1215475..1216716 cds 414 polypho   abrégés comp 1812365..1813924 cds 894 520 peptido 1026 1814819..1815040 16s° -7 222 <comp 1815034..1815837 cds 268 p-elon b5   abrégés comp 2087696..2090938 cds 705 1081 PAS 595 2091644..2091826 16s° 7 181 2091834..2092247 cds 138 hp b9   abrégés comp 2095044..2095490 cds 48 149 hp 640 comp 2095539..2095733 16s° 614 193 comp 2096348..2097337 cds 330 trypsin b8   abrégés comp 2393295..2396009 cds 1003 905 cas3 2397013..2397919 16s° 2 905 905 2397922..2400888 cds 989 hp b10   abrégés comp 3727874..3729085 cds 828 404 hp 1755 3729914..3730068 16s° 87 153 3730156..3730545 cds 130 hp b2   abrégés 434306..435142 cds 512 279 CDP 435655..435842 16s° -6 186 1023   abrégés comp 3322..4194 cds 30 291 LysM comp 4225..4821 23s° 196 595 1468 comp 5018..5093 gca 182 comp 5276..5684 16s° 38 407 5723..6664 cds 314 SEL1 b6   abrégés comp 32782..33759 cds 190 326 glyco 33950..34357 16s° 112 406 34470..34546 atc 216 34763..35591 23s° 44 827 827 b7 comp 35636..35750 5s 72 113 comp 35823..38589 23s 215 2765 comp 38805..38881 atc 112 comp 38994..40502 16s 260 1507 b0 comp 40763..42629 23s° -15 1865 1865 b4 42615..42903 16s° 112 287 43016..43092 atc 213 43306..44132 23s° -1 825 825 b8 comp 44132..44835 23s° -5 702 993 44831..45121 cds 97 hp b5   abrégés comp 49761..51017 cds 128 419 glyco 1331 comp 51146..51221 23s° 214 74 comp 51436..51512 atc 112 comp 51625..52017 16s° -7 391 b9 52011..52881 23s° 106 869 1346 52988..53464 cds -37 159 hp > 53428..53694 cds 86 89 p-glyco comp 53781..54709 23s° 26 927 1194 b3 54736..54898 16s° 112 161 55011..55087 atc 216 697 55304..55741 23s° 438 436 56180..56440 cds 87 hp b10

A5b2. 9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre comp 13874..15127 cds -7 418 hp 1505 comp 13628..13880 23s° 72 251 comp 13441..13555 5s 242 113 comp < 12458..13198 cds 247 p-trans b5   abrégés comp 691078..691773 cds 4 232 ComF 814 691778..691897 23s° 72 118 691970..692084 5s 114 113 comp 692199..694505 cds 769 VWA b9   abrégés 753203..753760 cds 388 186 hp 1028 752603..752814 rpr 597 71 CRISPR comp 751747..752005 23s° 72 257 comp 751560..751674 5s 161 113 750262..751398 cds 379 FeFe b8   abrégés comp 2521529..2522152 cds 189 208 3-isop-sub 986 comp 2520976..2521339 23s° 72 362 comp 2520789..2520903 5s 229 113 comp 2517845..2520559 cds 905 phospho b7   abrégés > 2768823..2769518 cds -12 232 methyl 964 2769507..2769776 23s° 71 268 2769848..2769962 5s 118 113 comp 2770081..2771016 cds 312 tetra b6   abrégés < 3409412..3409711 cds 1 100 p-IS5 405 comp 3409304..3409410 23s° 71 105 comp 3409118..3409232 5s 91 113 3408217..3409026 cds 270 hp b4   abrégés comp 467261..468370 cds 167 370 3-isop 1238 468538..468667 23s° 72 128 468740..468854 5s 51 113 468906..468982 atgf 125 469108..469863 cds 252 SAM   abrégés comp 1735298..1736380 cds 209 361 DUF262 1351 1736590..1736859 23s° 72 268 1736932..1737046 5s 52 113 1737099..1737175 atgf 93 comp 1737269..1737694 cds 142 type II b10   abrégés comp 2144042..2146288 cds 308 749 HAMP 2905 2146597..2147256 23s° 72 658 2147329..2147443 5s 52 113 2147496..2147572 atgf 645 comp 2148218..2148664 cds 149 hp b2   abrégés comp 24015..24287 cds 250 91 TraY comp 24538..24652 5s 71 113 comp 24724..27490 23s 212 2765 comp 27703..27779 atc 112 comp 27892..28378 16s° 18 485 <> 28397..29119 cds 241 p-EscV b1   abrégés comp 35636..35750 5s 72 113 comp 35823..38589 23s 215 2765 comp 38805..38881 atc 112 comp 38994..40502 16s 260 1507 b0   abrégés 434306..435142 cds 512 279 CDP 435655..435842 16s° -6 186 1023 435837..436075 23s° 72 237 436148..436262 5s 51 113 237 436314..436390 atgf 196 436587..436883 cds 99 hp b3   abrégés 2893891..2894430 cds 25 180 phage 2894456..2894570 5s 51 113 540 2894622..2894698 atgf 285 2894984..2895400 cds 139 p-hp

A5b3. Fait: 4 blocs sans aas sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre comp 35636..35750 5s 72 113 b0 comp 35823..38589 23s 215 2765 2765 comp 38805..38881 atc 112 comp 38994..40502 16s 260 1507 1507   abrégés comp 24015..24287 cds 250 91 TraY b1 comp 24538..24652 5s 71 113 comp 24724..27490 23s 212 2765 2765 comp 27703..27779 atc 112 comp 27892..28378 16s° 18 485 1208 <> 28397..29119 cds 241 p-EscV   abrégés comp 3727874..3729085 cds 828 404 hp 1755 b2 3729914..3730068 16s° 87 153 1365 3730156..3730545 cds 130 hp comp 2144042..2146288 cds 308 749 HAMP 2146597..2147256 23s° 72 658 2147329..2147443 5s 52 113 2147496..2147572 atgf 645 comp 2148218..2148664 cds 149 hp 2905   abrégés 21325..22362 cds 586 346 hp 1493 b3 22949..23237 16s° 85 287 1325 comp 23323..23490 cds 56 hp 52011..52881 23s° 106 869 1346 52988..53464 cds -37 159 hp > 53428..53694 cds 86 89 p-glyco comp 53781..54709 23s° 26 927 1194 435837..436075 23s° 72 237 237 436148..436262 5s 51 113 436314..436390 atgf 196 436587..436883 cds 99 hp 2777   abrégés < 45496..45768 cds 553 91 p-glyco1 1383 b4 46322..47040 16s° 0 717 comp 47041..47433 cds 131 winged comp 40763..42629 23s° -15 1865 1865 < 3409412..3409711 cds 1 100 p-IS5 comp 3409304..3409410 23s° 71 105 405 comp 3409118..3409232 5s 91 113 3408217..3409026 cds 270 hp 2270   abrégés comp 1812365..1813924 cds 894 520 peptido b5 1814819..1815040 16s° -7 222 1026 <comp 1815034..1815837 cds 268 p-elon comp 44132..44835 23s° -5 702 993 44831..45121 cds 97 hp comp 13874..15127 cds -7 418 hp 1505 comp 13628..13880 23s° 72 251 comp 13441..13555 5s 242 113 comp < 12458..13198 cds 247 p-trans 2498   abrégés   2893891..2894430 cds 25 180 phage 2894456..2894570 5s 51 113 540 2894622..2894698 atgf 285 2894984..2895400 cds 139 p-hp   abrégés 1213113..1214459 cds 210 449 acetyl 1445 comp 1214670..1214874 16s° 600 203 comp 1215475..1216716 cds 414 polypho   abrégés comp 467261..468370 cds 167 370 3-isop 1238 468538..468667 23s° 72 128 468740..468854 5s 51 113 468906..468982 atgf 125 469108..469863 cds 252 SAM

A5b4. Fait: 5 blocs atc, gca sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre 5723..6664 cds 314 SEL1 1349 b6 comp 5276..5684 16s° 38 407 comp 5018..5093 gca 182 comp 4225..4821 23s° 196 595 comp 3322..4194 cds 30 291 LysM 1468 > 2768823..2769518 cds -12 232 methyl 964 2769507..2769776 23s° 71 268 2769848..2769962 5s 118 113 comp 2770081..2771016 cds 312 tetra 2432   abrégés comp 841047..844388 cds 1114 respons 898 b7 comp 840219..840478 16s° 568 258 492 comp 839981..840214 cds 4 78 hp comp 32782..33759 cds 190 326 glyco 33950..34357 16s° 112 406 406 34470..34546 atc 216 34763..35591 23s° 44 827 827 comp 2521529..2522152 cds 189 208 3-isop-sub 986 comp 2520976..2521339 23s° 72 362 comp 2520789..2520903 5s 229 113 1238 comp 2517845..2520559 cds 905 phospho 1813   abrégés   comp 2096348..2097337 cds 330 trypsin 927 b8 comp 2095539..2095733 16s° 614 193 640 comp 2095044..2095490 cds 48 149 hp 42615..42903 16s° 112 287 287 43016..43092 atc 213 43306..44132 23s° -1 825 825 753203..753760 cds 388 186 hp 752603..752814 rpr 597 71 CRISPR 1028 comp 751747..752005 23s° 72 257 comp 751560..751674 5s 161 113 750262..751398 cds 379 FeFe 1853   abrégés comp 2087696..2090938 cds 705 1081 PAS 986 b9 2091644..2091826 16s° 7 181 595 2091834..2092247 cds 138 hp comp 51625..52017 16s° -7 391 391 comp 51436..51512 atc 112 comp 51146..51221 23s° 214 74 comp 49761..51017 cds 128 419 glyco 1331 comp 691078..691773 cds 4 232 ComF 691778..691897 23s° 72 118 814 691970..692084 5s 114 113 comp 692199..694505 cds 769 VWA 2145   abrégés comp 2393295..2396009 cds 1003 905 cas3 1066 b10 2397013..2397919 16s° 2 905 905 2397922..2400888 cds 989 hp 54736..54898 16s° 112 161 161 55011..55087 atc 216 55304..55741 23s° 438 436 56180..56440 cds 87 hp 697 comp 1735298..1736380 cds 209 361 DUF262 1351 1736590..1736859 23s° 72 268 1736932..1737046 5s 52 113 1737099..1737175 atgf 93 comp 1737269..1737694 cds 142 type II 2048   abrégés   434306..435142 cds 512 279 CDP 435655..435842 16s° -6 186 1023 435837..436075 23s° 72 237 436148..436262 5s 51 113 237 436314..436390 atgf 196 436587..436883 cds 99 hp

rpm remarques

rpm remarques texte

• Remarques:
  1. @ Il y a 7 atc dans 7 blocs à rRNAs courts ou longs et il n’y a qu’un seul gca de ce type. Il y a un 2ème gca mais dans un bloc sans rRNAs. C’est un génome à 16satc23s5s comme Tistrella mobilis KA081020-065 [[14]]. Voir fiche alpha.
  2. @ Il y a 12 blocs à rRNAs courts ou complets et tous ont un intercalaire 23s-5s ou 23s°-5s de 72 ou 71. Les intercalaires avec cds et entre aas

     - Les intercalaires élevés: Ils sont peu nombreux et modérés.

     + Les cds avec les blocs à rRNAs sont en général élevés jusqu’à 600 pbs. Sur les 13 de rpm seulement 4 dépassent 700, 705 828 894 1003.

     + Il y a 3 intercalaires avec les tRNAs supérieurs à 400, 489 648 989. Le génome rpm n’échappe donc pas au comportement des alpha.Voir le tableau des spectres des intercalaires avec les cds. Bien que rpm présente un maximum élevé il affiche un minimum de 3 intercalaires avec les tRNAs, élevés, supérieurs à 400 contre un maximum de 24 pour rpl.

     - Les intercalaires négatifs et petits, voir le tableau des spectres et la liste de ces intercalaires.

     + Dans le tableau des spectres des intercalaires, rpm et aon sont les seuls à présenter une proportion significative de ces intercalaires négatifs avec 6% alors que les 7 autres alpha n’en présentent aucun.

     + Dans la liste de rpm sur 24 intercalaires inférieurs à 51, 7 sont négatifs un nul et un égale à l’unité. Six autres ont des intercalaires positifs inférieurs à 9. Cette liste laisse penser que ce comportement est très lié à l’altération des blocs à rRNAs. Puisque, 16 de ces intercalaires concernent les rRNAs altérés de même que les intercalaires élevés, supérieurs à 400, concernent 12 de ces RNAs.

     + C'est comme si l'altération des blocs à rRNAs se faisait à l'intérieur du bloc et épargnait son extérieur. D'où cette hypothèse que les cds à intercalaires petits ou négatifs collés aux rRNAs altérés seraient des candidats à la création de gènes, petits, hypothétiques et/ou pseudo.

     + Ces intercalaires ne seraient pas dus seulement au changement de brin lors de la recombinaison ou de la conversion, puisque les changements de brin (présentés ici par comp) ne représentent que le tiers, 6 sur 16.

     + Dans ce génome les intercalaires négatifs et petits existent entre 2 cds contigus et un cds et un tRNA (agc).Mais les intercalaires des 5 autres tRNAs sont assez élevés et correspondent à la dissymétrie, constatée chez beaucoup de génomes, entre les 2 cds encadrant un bloc sans rRNAs.

     - Spectre des intercalaires avec les cds: rapportés au total j’ai distingué 4 intervalles de ces intercalaires en pbs, inférieur à 51, de 51-200, de 201-400 et supérieur à 400. A part les génomes à phylogénie étroite, abq abs et rtb rpl, il y a 6 génomes différents.

     + rru et abq sont identiques

     + rpm et oan sont différents avec tous les autres à cause des négatifs et ils sont différents entre eux par l'intervalle 51-200, 0.52 contre 0.36.

     + agr a l'intervalle 201-400 le plus élevé de tous, 0.34 contre 0.15 à 0.28. Et le génome dont il se rapproche le plus, aua, diffère avec lui pour tous les autres intervalles.

     + rtb diffère de tous les autres par un intervalle > 400 élevé qui est de 0.44 contre moins de 0.20 pour tous les autres. En même temps ce génome est très dissymétrique puisqu’il a un intervalle < 51 aussi élevé que rpm et oan, 13 contre 16 et 19 respectivement, alors que les autres tournent autour de 0.05 jusqu’à 0.10 pour aua.

     - Les intercalaires entre tRNAs notés aussi aas, voir la liste entre aas.

     + Pour ces intercalaires, rpm se comporte comme les autres alpha et gamma (spl eco) avec 2 groupes, ceux supérieurs à 80 et pouvant atteindre des maxima élevés jusqu’à 1172 pour spl et 373 pour rpm, et le 2ème groupe ,le plus nombreux, aux intercalaires inférieurs à 81 avec une moyenne proche de 30 (variance inférieure à 20).

     + Le comportement des gamma et alpha est nettement différent de celui des firmicutes (ban lbu cbc) où le 2ème groupe fait à peine 5% du total (5 pour 113) mais avec des maxima aussi élevés que rpm. Le 2ème groupe des alpha dépasse les 50% ( 24 pour 45) et celui des gamma fait 25% ( 31 pour 129).

  3. @ Les blocs à rRNAs:

     - Les clusters de rpm tels qu’ils apparaissent dans la séquence des adresses sont présentés au chapitre rpm blocs construits, tableaux A5b1 et A5b2.

     + A5b1 rassemble 9 16s° solitaires suivis de longs clusters où on peut repérer les blocs d’origine altérés caractérisés par les intercalaires 16s-atc-23s, respectivement de 112 pbs et 216 pbs. Ainsi je suppose qu’il y a 5 blocs d’origine de type 16s-atc-23s-5s et un,isolé, de type 16s-gca-23s-5s. Dans ces grands clusters seul subsiste un seul 5s appartenant au bloc complet et intègre que j’ai nommé b0.

     + A5b2 rassemble 9 23s°5s solitaires et 3 blocs complets et un 5s solitaire. Les 23s°5s sont mis en face des 16s° du tableau A5b1. Les blocs complets contiennent un représentant de 16s, un de 23s et un 5s. Dans cette partie du tableau A5b2 j’ai ajouté le bloc b0 séparé de son cluster pour comparaison. Le bloc analogue au b0 est le bloc b1 qui est isolé et où seul le 16s est altéré. Le bloc b3 de cette partie du tableau apparaît comme un racollage d’un 16s° solitaire et d’un 23s°5s solitaire puisque l’intercalaire 16s°-23s° est négatif, c’est-à-dire qu’il y a recouvrement des 2 morceaux, ce qui ne serait pas le cas s’il y avait une délétion entre le 16s et le 23s d’origine.

     - Le parallélisme et l'égalité en nombres entre les 16s° et les 23s°5s solitaires, ainsi que l'analyse des intercalaires petits et négatifs de la remarque @2 m’ont poussé à reconstruire les blocs d’origines en rapprochant des 16s° solitaires à d’autres 16s° solitaires ou non tous 2 avec leurs cds, selon l’hypothèse que les 2 cds internes résultant font partie de l’altération ou de la délétion du 16s original et du coup ces cds seraient des candidats à la création de gènes nouveaux. Le même procédé et la même hypothèse sont appliqués pour un 23° et un 23s°5s.

     - Cette reconstruction se trouve dans les tableaux A5b3 et A5b4. Ainsi en optimisant les tailles des 16s et 23s reconstruits pour se rapprocher le plus aux tailles de ces rRNAs du bloc intègre b0, j’ai pu construire 11 blocs. J’ai séparé le 16s° du 23s°5s du bloc b3 du tableau A5b2. Il reste cependant un 16s°, un 23s° et un 5s-atgf que je n’ai pas pu réunir car leurs cds sont tous bien caractérisés et ne répondent aux critères des candidats à la création. L’hypothèse de 11 blocs ou 12 blocs à l’origine est tout à fait probable en comparaison des 9 blocs de abq.

     - Je n'ai pas pu faire une reconstruction analogue avec abs malgré la proximité phylogénique de abq car la complémentarité 16s° et 23s°5s n’existe pas comme si l’altération faisait disparaître une partie du rRNA, ceux qui restent indiquant la position des originaux. Cela indiquerait que ce sont 2 processus d’altération différents certainement reliés à la présence des tRNAs intra bloc, atc pour rpm et atc-gca pour abs.

     - Le génome analogue avec que des atc Tistrella mobilis KA081020-065, voir proteobacteria et Tistrella mobilis KA081020-065 [[15]]

  4. @ CRISPR, en relation avec la création des gènes et la conversion?

     Adresse 752603

     /rpt_family="CRISPR"

     /rpt_type=direct

     /rpt_unit_range=752664..752692

     /rpt_unit_seq="gggttcatccctgcgcatgcaggggatac"

  5. @ Les tRNAs rares : liens aux indices de l'ensemble des alpha, de l'ensemble des bacilli et de l'ensemble des gamma

     - Les 11 tRNAs se terminant par g, à part ttg agg tgg atg et tag, sont souvent les premiers absents chez certains génomes bactériens. A ceux-là il faut ajouter ccc et cga: ccc s’expliquerait par complémentarité avec ggg; cga est du au fait que chez les bactéries il y a bascule cgt/cgc et cgg/cga (cgc devenant rare comme pour tous les autres doublets xyt et de même cga par rapport à cgg). Chez les bacilli par exemple ces 13 tRNAs sont très rares alors que chez les alphaproteobacteria sont aussi abondants que les xyc et xya, à part cga est absent dans les 9 génomes étudiés ici.

     - Indices pour 100 génomes des aas les plus faibles, < 80: cgg et ttg soupçonnés ne présentent aucune faiblesse. Par contre je découvre 4 tRNAs présentant une seule faiblesse sur les 4 clades et seul le clade bacilli présente cette faiblesse, ce sont ctc gtc gcc ctg. Est-ce que ce foisonnement de doubles est en relation avec l'étendue des altérations des blocs à rRNAs?

génomes	354	1161	672	4032
clade	alpha	gamma	bacilli	bacteria
				
cga	8.5	13.4	5.4	22
ccc	78	87	5.7	68
				
gtc	101	176	47	110
gcc	94	170	26	103
ctc	110	104	67	95
				
gtg	55	8.4	0.7	33
gcg	55	7.1	7.9	30
gag	50	7.8	15	34
ggg	66	74	17	56
				
ctg	87	256	57	129
ccg	68	63	17	54
cag	62	104	16	59
cgg	101	102	99	83
				
acg	86	73	43	68
aag	74	24	67	60
agg	71	112	66	86
				
ttg	84	105	112	99
tcg	76	85	46	65

• séquences des doubles: C'est le génome des 9 alpha étudiés qui présente le plus de doubles avec 15 contre 1 ou 2 cluster pour les autres présentant des doubles. En plus, même les tRNAs les plus faibles présentent des doublets, ccg aag cag gtg, et même un triplet gcg.

										
n aas	effectif	total		doubles						
1	30		30								
2	7		14		ccg	aag	gac	cag	gtg	atgi	gaa
3	4		12		gcgx3	cgtx3	accx3	tgc.aacx2			
4	4		16		ttcx4	gccx4	ggcx4	simplesx4			
5	1		5		ctgx5						
total	46		77								

rpm listes

rpm intercalaires entre aas

• Tableau des intercalaires entre aas dans les blocs sans rRNAs

2863300	373	atgi-gca
3710967	214	gaa-gaa
2268549	165	ccg-ccg
2863748	157	gca-aca
3833710	153	ctg-ctg
2863106	117	cca-atgi

• Comparaison avec les gamma et les firmicutes

clade		génome	< 80	> 80	moyenne	ecartype	maximum
alpha		rpm	26	6	39	16		373
		rru	1	3	-			202
		abq	11	6	-			220
		abs	11	6	-			219
		oan	1	2	-			245
		agr	2	2	-			793
		aua	4	9	-			404
		rtb	2	2	-			1051
		rpl	2	2	-			830
alpha total-rpm		34	32	-			-
alpha sans double	21	24	-			-
bacilli		ban	35	2	14	14		87
bacilli		lbu	46	2	14	12		258
clostridia	cbc	27	1	15	14		306
gama		spl	70	23	39	14		1172
gama		eco	28	8	28	18		209

rpm intercalaires avec les cds

	cds > 400	
adresse	intercalaire	RNA
435655		512	16s°
46322		553	16s°
840219		568	16s°
22949		586	16s°
1214670		600	16s°
2095539		614	16s°
2091644		705	16s° comp
3729914		828	16s° comp
1814819		894	16s° comp
2393295		1003	16s° comp
		
55304		438	23s°
751747		597	23s°  comp
		
2147496		645	atgf  comp
		
934570		449	cgt  comp
660266		648	gtc  comp
2597728		989	tca

• Tableau des intercalaires négatifs ou petits avec les cds

	cds < 50	
adresse	intercalaire	RNA ou cds
1814819		-7	16s° comp
46322		0	16s°
2397013		2	16s°
840219		4	16s°
2091644		7	16s°
27892		18	16s° comp
1351013		23	16s°
5276		38	16s° comp
2095539		48	16s°
		
2769507		-12	23s°
13628		-7	23s°
44132		-5	23s°  comp
3409304		1	23s°  comp
691778		4	23s°  comp
4225		30	23s°
		
2894456		25	5s
		
52988		-37	cds
2632925		-41	cds
		
1814819		-30	agc  comp
3035343		8	aaa
3462054		29	agg
2633504		30	aca comp
417656		38	atgj comp
1206595		50	gta

• Spectre des intercalaires avec les cds
• Liens aux cumuls

  - spl cumuls, gamma

  - lbu cumuls, bacilli

  - fiche alpha

  - ban cumuls, bacilli

  - cbc cumuls, clostridia

  - eco cumuls, gamma

• Tableau des intercalaires élevés avec les cds

intercalaires	rru	rpm	oan	abs	abq	agr	rtb	rpl	aua
< 2		0	0.06	0.05	0	0	0	0	0	0.01
< 51		0.07	0.16	0.19	0.04	0.06	0.03	0.13	0.14	0.10
51-200		0.53	0.52	0.36	0.55	0.54	0.53	0.29	0.27	0.40
201-400		0.25	0.20	0.28	0.26	0.24	0.34	0.15	0.19	0.30
> 400		0.15	0.11	0.17	0.14	0.17	0.10	0.44	0.40	0.20
total		88	147	107	125	121	97	62	63	80
Aas > 400	7	3	13	6	9	8	24	22	16
max  aas	1389	989	1650	746	688	660	2465	2381	3102

alpha codes

• Lien tableur: alpha codes
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris

  - totaux en en-tête, exemple pour A5c, 25 98 95, 12 somme des tRNAs faibles ccc cga les jaunes et les 3 oranges de la colonne 6; 98 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 95 total du tableau.

  - ata très rare est remplacé par atgi (Ile2)

  - Met comprend atgf (Metf) et atgj (Met) sous la forme atgf/atgj, sauf pour A1c dont il faut les différencier.

  - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ac. Code génétique des 9 alpha

A1c. aua Aureimonas sp. AU20 g1    t1    12    55   55 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 1 j acc 1 aac 2 agc 1 g ctc 2 f ccc 1 cac 1 cgt 2 h gtc 3 n gcc 1 gac 2 ggc 2 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata 1 k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 1 gaa 2 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atg 4 l acg 1 aag 1 agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag 1 cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag 1 ggg 1	A2c. abq Azospirillum brasilense strain Az39 g1    t1    20    88   87 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 1 tac 2 tgc 1 f atc 8 j acc 2 aac 3 agc 1 g ctc 2 f ccc 1 cac 2 cgt 2 h gtc 2 n gcc 3 gac 4 ggc 4 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata 1 k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 8 gaa 1 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 2 n atg 3/1 l acg 1 aag 2 agg 1 o ctg 3 h ccg 2 cag 2 cgg 1 p gtg 2 p gcg 2 gag 2 ggg 1	A9c. abs Azospirillum brasilense strain Sp245 g1    t1    20    85   82 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 1 tac 2 tgc 1 f atc 4 j acc 2 aac 3 agc 1 g ctc 2 f ccc 1 cac 2 cgt 2 h gtc 2 n gcc 3 gac 4 ggc 4 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata 1 k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 4 gaa 1 gga 2 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 2 n atg 5/1 l acg 1 aag 2 agg 1 o ctg 3 h ccg 2 cag 2 cgg 1 p gtg 2 p gcg 2 gag 2 ggg 1	A3c. oan Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 g1    t1    11    61   59 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 4 j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 1 gac 2 ggc 2 i tta 1 c tca 1 taa tga 1 j ata 1 k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 4 gaa 2 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atg 5/2 l acg 1 aag 1 agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag 1 cgg 1 p gtg 1 p gcg 0 gag 1 ggg 1
A4c. rru Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 g1    t1    12    55   55 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 4 j acc 2 aac 1 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 2 gac 1 ggc 1 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata 1 k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 4 gaa 1 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atg 3/1 l acg 1 aag 1 agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag 1 cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag 1 ggg 1	A5c. rpm Rhodospirillum photometricum g1    t1    25    95   95 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat 1 ggt e ttc 4 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 7 j acc 3 aac 2 agc 1 g ctc 1 f ccc 2 cac 2 cgt 3 h gtc 2 n gcc 4 gac 2 ggc 4 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata 2 k aca 2 aaa 4 aga 1 k cta 1 g cca 2 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 2 gaa 2 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atg 5/2 l acg 1 aag 3 agg 1 o ctg 5 h ccg 2 cag 2 cgg 1 p gtg 2 p gcg 3 gag 2 ggg 1	A6c. agr Agrobacterium sp. H13-3 g1    t1    9    58   58 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt 1 e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 5 j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 1 gac 2 ggc 2 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata 1 k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 5 gaa 2 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atg 6/1 l acg 1 aag 1 agg 0 o ctg 1 h ccg 1 cag 1 cgg 1 p gtg 0 p gcg 0 gag 0 ggg 1	A78c. rpl Rickettsia prowazekii et rtb typhi g1    t1    2    33   33 a ttt a tct tat tgt b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 1 j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc 1 f ccc 0 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 1 gac 1 ggc 1 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata 1 k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 0 l gta 1 o gca 1 gaa 1 gga 1 m ttg 0 d tcg 0 tag tgg 1 n atg 1/1 l acg 1 aag 0 agg 0 o ctg 0 h ccg 0 cag 0 cgg 1 p gtg 0 p gcg 0 gag 0 ggg 0

gamma codes

• Lien tableur: gamma codes
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris

  - totaux en en-tête, exemple pour G1c, 88642 86720, 88642 total de la requête pour tout gamma dans gtRNAdb, 86720 total du tableau.

  - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

• Liens aux indices de l'ensemble des alpha et de l'ensemble des bacilli

Gc. Code génétique des gammaproteobacteria

G1c. Effectifs g1    t1    1161    88462 86720 a ttt 18 a tct 20 tat 15 tgt 2 b att 1 i act 6 aat 2 agt 0 c ctt 11 e cct 1 cat 3 cgc 0 d gtt 6 m gct 0 gat 0 ggt 6 e ttc 2075 b tcc 1 795 tac 2 687 tgc 1345 f atc 3369 j acc 1 829 aac 3 679 agc 1256 g ctc 1204 f ccc 1 012 cac 1 369 cgt 3520 h gtc 2046 n gcc 1 973 gac 3 421 ggc 4151 i tta 1422 c tca 1 662 taa 12 tga 762 j ata 10 k aca 1 666 aaa 4 457 aga 1784 k cta 1516 g cca 1 671 caa 2 239 cga 156 l gta 3798 o gca 3 342 gaa 3 829 gga 1347 m ttg 1214 d tcg 984 tag 32 tgg 1340 n atg 7009 l acg 845 aag 282 agg 1298 o ctg 2977 h ccg 729 cag 1208 cgg 1182 p gtg 98 p gcg 82 gag 90 ggg 855

G2c. gamma indice pour 100 génomes g1    t1    1161    88462 7469 a ttt 1.55 a tct 1.72 tat 1.29 tgt 0.17 b att 0.09 i act 0.52 aat 0.17 agt 0 c ctt 0.95 e cct 0.09 cat 0.26 cgc 0 d gtt 0.52 m gct 0 gat 0 ggt 0.52 e ttc 179 b tcc 155 tac 231 tgc 116 f atc 290 j acc 158 aac 317 agc 108 g ctc 104 f ccc 87 cac 118 cgt 303 h gtc 176 n gcc 170 gac 295 ggc 358 i tta 122 c tca 143 taa 1.03 tga 66 j ata 0.86 k aca 143 aaa 384 aga 154 k cta 131 g cca 144 caa 193 cga 13.4 l gta 327 o gca 288 gaa 330 gga 116 m ttg 105 d tcg 85 tag 2.76 tgg 115 n atg 604 l acg 73 aag 24.3 agg 112 o ctg 256 h ccg 63 cag 104 cgg 102 p gtg 8.4 p gcg 7.1 gag 7.8 ggg 74

rpm distribution

• Lien tableur: rpm distribution
• Notes:

aac2 aag2 acc3 atgj2 cag2 ccg2 cgt3 ctg5 gaa2 gac2 gcc4 gcg3 ggc4 gtg2 ttc4
gca >1 16s

Al3 rpm, Rhodospirillum photometricum DSM 122. alpha.

g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	5
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	4	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	7	j acc	3	aac	2	agc	1
g ctc	1	f ccc	2	cac	2	cgt	3
h gtc	2	n gcc	4	gac	2	ggc	4
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	3	aga	1
k cta	1	g cca	2	caa	1	cga
l gta	1	o gca	2	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	2	l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg	5	h ccg	2	cag	2	cgg	1
p gtg	2	p gcg	3	gag	2	ggg	1
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
rpm	49	30		5		8	92

rpm. Intergen51

Intergen51. rpm. Le génome

• rpm Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: rpm, Pararhodospirillum photometricum DSM 122 chromosome DSM 122, NCBI [16], date 12.3.21.
• rpm La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
rpm	461,433		3,876,289	11.9

rpm données intercalaires

• Lien tableur: rpm données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

rpm données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

rpm autres intercalaires aas

• Lien tableur: rpm autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. rpm. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. rpm les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 rpm les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,838 603 9 2,450 2.6 41 5 46 x 902 46 4 952 0 5 5 t 2,740 649 13 3,402 41 10 51 % 80.5 19.1 0.4

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 65 0 0 65 1.9 tRNA-CDS 100 41 x 35 0 0 35 RNA-RNA 41 17 t 100 0 0 100 CDS-rRNA 10 4 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 92 38 - total 243 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 4.1 3.1 5.3 27.1 6.2 67 0.4 0.0 x 11.8 11.4 34.8 3.1 0.0 22 0.4 0.0

Intergen51. rpm. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: rpm données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées rpm fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. rpm fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rpm
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.287	2.67E-06	-1.61E-03	1.76E-01	30.3	fx1	abscisse	256.4	194.4
0.846	-4.09E-06	3.19E-03	-8.62E-01	92.7	fc1	ordonnée	16.6	20.8
								
0.792	-9.05E-06	6.96E-03	-1.71E+00	150.0	fx41			
0.945	1,86E-06	-1,09E-03	5,46E-02	37.5	fc41			

• Le rfin après 400 est de 76 sur un total de 1847. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 710, reste 18. L'indice i.rfin1 = 58/310 = 0.187.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	rpm		calculs			poly3	rpm
effect	1847		R2.21	820		abscis	400
xm	45		pte	8,21		flexa	188
ym	5		cste	3,08		flexo	2,10
x1m	253		r400l	147		xm	45
y1m	1		restp	119,11		sup4	159,3
rfin	41,15		%sd	35,03		sup4t	445,6
bornf	166		lond	208		%	35,8
supd	193,1		%sf	35,88		long	143
supdt	551,2		lonf	121		R2	632
xmp	329,72		sf/lf	1,19			
r400	77,96		sr/lr	0,56			
supf	144,1		sd/ld	0,93			
supft	401,7		i.r400	0,53						

Intergen51. rpm. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	rpm			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	65		4	4140
 - 2		3	1		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		7	338		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		36	199		1642	8424
total		46	603		2,456	23,544
reste		16	32		264	420
s6		5	0		361	41
s7		4	43		321	1438
s8		11	124		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		2.3	5.2		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		13.9	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		11.1	21.6		19.5	17.1
s8/sp6		30.6	62.3		42.4	77.5
reste/sp6	44.4	16.1		16.1	5.0
						
total s1-5	10	404		814	15120
% / total						
%s1-5		21.7	67.0		33.1	64.2
%sp6		78.3	33.0		66.9	35.8

Intergen51. rpm. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s			1
16s 23s					5s CDS		4	4
16s tRNA	1			16 CDS		1	
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		5			23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	32			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		41	0		total		5	5

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rpm. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. rpm. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• Pas de tRNA-tRNA extra bloc pour oan2

Int51.31 alpha. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs

abq			abs			absp			aua			agrc			pub			rpl			rpm1			rpm2			rpm3
inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
206	ccg		109	cac		30	ctg		x404	ggc		41	gac		66	atgi		x830	gcc		24	atgj		37	gac		29	ttc
**	ccg		**	cac		**	gcc		44	atgf		**	gac		**	gtc		**	gac		**	atgj		**	gac		34	ttc
60	tac		163	gta		1	acc		**	atgf		452	gaa		13	gta		x49	caa		25	gtg		34	gga		33	ttc
**	gga		**	gac		99	gcg		51	cgt		**	gaa		**	gac		**	cgg		**	gtg		**	tac		**	ttc
76	aag		219	aac		35	gac		**	cgt		26	gga		52	aac		15	atc		35	cgt		24	aag		27	tgc
**	aag		**	tgc		1	gtc		x161	ttc		**	tac		**	tgc		**	aaa		44	cgt		**	aag		31	aac
38	gag		132	gtg		**	cag		**	acc		agrl			46	gga		105	tac		**	cgt		165	ccg		**	aac
**	gag		**	gtg		4	aac		128	gtc		x793	ggc		**	tac		**	gga		23	ggc		**	ccg		70	gcg
132	gtg		30	gcc		**	gac		186	gtc		**	atgj		rru			rtb			45	ggc		70	gcc		33	gcg
**	gtg		**	ctg		abqp			**	gtc		oan1			202	gcc		15	aaa		29	ggc		69	gcc		**	gcg
220	aac		38	gag		29	ctg		140	gaa		146	gaa		**	gcc		**	atc		**	ggc		57	gcc		214	gaa
**	tgc		**	gag		**	gcc		**	gaa		**	gaa		81	tgc		x60	cgg		54	cag		**	gcc		**	gaa
164	gac		74	aag		4	aac		58	gac		24	tac		**	aac		**	caa		**	cag		117	cca		47	ctg
**	gta		**	aag		**	gac		x270	gac		**	gga		27	gga		x1051	gac		16	acc		373	atgi		153	ctg
109	cac		60	gga		1	acc		**	gta		245	gac		**	tac		**	gcc		18	acc		157	gca		48	ctg
**	cac		**	tac		99	gcg		x173	ccg		**	gac		165	acc		95	gga		**	acc		**	aca		47	ctg
			205	ccg		44	gac		**	caa					**	acc		**	tac								**	ctg
			**	ccg		1	gtc		132	ctc
						**	cag		**	ctc
									24	gga
									**	tac
									208	ggc
									**	ggg

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170

rru opérons

• Lien tableur: rru opérons
• Liens: gtRNAdb [17], NCBI [18], génome [orgn]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Rhodospirillum.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A4. Rhodospirillum rubrum ATCC 11170

64.97%GC	26.12.19 Paris	55	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
chromosome
comp	16232..16852	cds		163	163			207		3'-5' exonuclease
comp	17016..17102	ctg		253	253
	17356..18378	cds						341		3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase
	117072..117287	cds		37	37			72		slyX
comp	117325..117401	agg		341	341
	117743..123022	cds						1760		alpha-2-macroglobulin-like protein
comp	149921..151015	cds		225	225			365		hp
	151241..151317	cgg		136	136
comp	151454..152929	cds						492		chemotaxis sensory transducer protein
	189941..191668	cds		859	859			576		sulfate transporter/antisigma-factor antagonist
	192528..194004	16s		184				1477
	194189..194265	atc		66			66
	194332..194407	gca		362
	194770..197527	23s		119				2758
	197647..197761	5s		96				115
	197858..197934	atgf		287	287
comp	198222..198455	cds						78		hp
comp	305449..306648	cds		257	257			400		Ppx/GppA phosphatase
	306906..306979	cag		319	319
comp	307299..308303	cds						335		LacI family transcriptional regulator
comp	322896..323807	cds		292	292			304		hp
comp	324100..324174	caa		98	98
comp	324273..325601	cds						443		chemotaxis sensory transducer protein
	362552..362881	cds		224	224			110		hp
	363106..363181	gcc	+	202		202
	363384..363459	gcc	2 gcc	43	43
comp	363503..364531	cds						343		esterase
	407067..407606	cds		92	92			180		YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	407699..407790	agc		141	141
	407932..408774	cds						281		hp
	466945..467925	cds		115	115			327		hp
comp	468041..468126	tta		83	83
comp	468210..468458	cds						83		hp
comp	559038..559610	cds		86	86			191		OsmC-like protein
	559697..559772	aag		140	140
	559913..560608	cds						232		hp
comp	794877..795188	cds		-81	-81			104		hp
comp	795108..795188	Sig-pep		217	217			27		hp
	795406..795496	tcc		44	44
	795541..795846	cds						102		hp
comp	908584..910185	cds		-102	-102			534		peptidase M23B
comp	910084..910185	Sig-pep	@1	1212	1212			34		hp
	911398..912874	16s		182				1477
	913057..913133	atc		66			66
	913200..913275	gca		361
	913637..916394	23s		118				2758
	916513..916627	5s		95				115
	916723..916799	atgf		573	573
	917373..921860	cds						1496		hp
	1159249..1160091	cds		71	71			281		Linocin_M18 bacteriocin protein
	1160163..1160238	gag		117	117
	1160356..1160613	cds						86		prevent-host-death protein
comp	1464820..1465122	cds		283	283			101		50S ribosomal protein L21
	1465406..1465495	tcg		139	139
comp	1465635..1466303	cds						223		cytochrome B561
	1791953..1792159	cds		116	116			69		hp
comp	1792276..1792351	gaa		131	131
comp	1792483..1792689	cds						69		cold-shock DNA-binding protein family protein
	1824302..1825738	cds		98	98			479		malonyl-CoA decarboxylase
	1825837..1825921	cta		102	102
	1826024..1827415	cds						464		trigger factor
	1833133..1833408	cds		284	284			92		histone-like DNA-binding protein
	1833693..1833768	gta		70	70
comp	1833839..1835326	cds						496		methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
	1933506..1934138	cds		-633	-633			211		hp
	1933506..1933652	Sig-pep		571	571			49		hp
	1934224..1934300	cca		63	63
	1934364..1934663	cds		12	12			100		ETC complex I subunit region
	1934676..1934752	aga		396	396
	1935149..1939624	cds						1492		hp
	1959133..1959858	cds		175	175			242		MerR family transcriptional regulator
	1960034..1960110	ccc	@2	1062	1062
	1961173..1961367	cds						65		hp
comp	1996760..1998124	cds		-120	-120			455		lytic murein transglycosylase
comp	1998005..1998124	Sig-pep		119	119			40		hp
	1998244..1998333	tca		927	927
comp	1999261..1999929	cds						223		hp
	2032027..2032863	cds		123	123			279		phage integrase
comp	2032987..2033062	aaa		186	186
comp	2033249..2033755	cds						169		peptidyl-prolyl isomerase
comp	2093327..2093977	cds		295	295			217		protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase
	2094273..2094346	tgc		81		81
	2094428..2094502	aac		150	150
	2094653..2094916	cds						88		prevent-host-death protein
comp	2304404..2305834	cds		89	89			477		divalent cation transporter
comp	2305924..2306010	ctc		178	178
	2306189..2306839	cds						217		lipoate-protein ligase B
	2331183..2331521	cds		73	73			113		hp
	2331595..2331671	atgj		126	126
comp	2331798..2332040	cds						81		hp
comp	2411337..2411804	cds		-72	-72			156		CreA
comp	2411733..2411804	Sig-pep		202	202			24		hp
comp	2412007..2412083	cac		75	75
comp	2412159..2413343	cds						395		hp
	2729598..2731271	cds		449	449			558		macrocin-O-methyltransferase
comp	2731721..2731797	atgf		95
comp	2731893..2732007	5s		119				115
comp	2732127..2734884	23s		362				2758
comp	2735247..2735322	gca		66			66
comp	2735389..2735465	atc		184
comp	2735650..2737126	16s		606	606			1477
comp	2737733..2738110	cds						126		hp
comp	2959802..2961874	cds		354	354			691		chemotaxis sensory transducer protein
comp	2962229..2962303	gtc		123	123
	2962427..2963359	cds						311		N-formylglutamate amidohydrolase
comp	3124836..3125033	cds		151	151			66		preprotein translocase subunit SecE
comp	3125185..3125260	tgg		343	343
comp	3125604..3126794	cds		93	93			397		elongation factor Tu
comp	3126888..3126961	gga		27		27
comp	3126989..3127074	tac		37	37
	3127112..3128158	cds		57	57			349		23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	3128216..3128291	aca		127	127
	3128419..3128652	cds						78		hp
comp	3193350..3194507	cds		430	430			386		acyltransferase
comp	3194938..3195013	ttc		103	103
comp	3195117..3195635	cds						173		hp
	3320745..3322115	cds		-1371	-1371			457		virulence protein
	3320745..3320816	Sig-pep		1389	1389			24		hp
comp	3322206..3322281	atgi		60	60
comp	3322342..3324432	cds						697		RNA polymerase sigma factor RpoD
comp	3377932..3378114	cds		140	140			61		hp
	3378255..3378329	acc	+	165		165
	3378495..3378569	acc	2 acc	237	237
	3378807..3379370	cds		234	234			188		hp
	3379605..3379681	gac		77	77
comp	3379759..3380517	cds						253		diguanylate phosphodiesterase
comp	3399207..3399494	cds		262	262			96		hp
comp	3399757..3399833	ccg		56	56
comp	3399890..3400972	cds						361		farnesyltranstransferase
	3490378..3491148	cds		84	84			257		2-phosphoglycolate phosphatase
	3491233..3491307	gtg		407	407
	3491715..3492080	cds						122		hp
comp	3719367..3719753	cds		163	163			129		hp
comp	3719917..3719990	ggg		95	95
comp	3720086..3720859	cds						258		enoyl-ACP reductase
	3805869..3806813	cds		130	130			315		inner-membrane translocator
comp	3806944..3807058	5s		116				115
comp	3807175..3809932	23s		362				2758
comp	3810295..3810370	gca		66			66
comp	3810437..3810513	atc		184
comp	3810698..3812174	16s		1227	1227			1477
	3813402..3814118	cds						239		transposase
comp	3824154..3825854	cds		76	76			567		phage integrase
comp	3825931..3826007	cgt		387	387
	3826395..3827531	cds						379		hp
	4021982..4023163	cds		27	27			394		diguanylate phosphodiesterase
comp	4023191..4023277	ttg		224	224
	4023502..4023855	cds						118		hp
comp	4058818..4059117	cds		187	187			100		hp
	4059305..4059380	gcg		179	179
comp	4059560..4060126	cds						189		hp
comp	4105626..4107317	cds		-114	-114			564		chemotaxis sensory transducer
comp	4107204..4107317	Sig-pep		721	721			38		hp
comp	4108039..4108113	acg		148	148
	4108262..4108843	cds						194		D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
comp	4261100..4262038	cds		269	269			313		thioredoxin-like protein
	4262308..4262382	ggc		118	118
	4262501..4263136	cds						212		lysine exporter protein LysE/YggA

rru cumuls

• Lien tableur: rru cumuls

cumuls. rru.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	4	1			1	7	1		100	23	1	0
	16atcgca235	1	20			50	6	40		200	17	30	3
	Id-atgf	3	40	1		100	19	80		300	16	60	4
	-		60			150	20	120		400	17	90	12
	max a	3	80		4	200	8	160		500	8	120	10
	a doubles	0	100	1		250	7	200		600	5	150	3
	spéciaux	0	120			300	9	240		700	2	180	4
	total aas	11	140			350	3	280		800	0	210	5
sans	opérons	40	160			400	3	320		900	0	240	8
	1 aa	36	180	1		450	3	360		1000	0	270	4
	max a	2	200			500	0	400		1100	0	300	3
	a doubles	2		1			10				3		35
	total aas	44		4	4		95		0		91		91
total aas		55
remarques
avec jaune			moyenne	119	66		208				292
			variance	79	0		333				187
sans jaune			moyenne				148				237		140
			variance				83				132		69

rru blocs

• Lien tableur: rru blocs
• Légende:

  sulfate sulfate transporter/antisigma-factor antagonist

  inner   inner-membrane translocator

  macrocin macrocin-O-methyltransferase

  peptidase peptidase M23B

  hp    Hypothetical protein

A4. rru, blocs à rRNA.

cds	859	576	sulfate	cds	606	126	hp
16s	184	1477		16s	184	1477
atc	66			atc	66
gca	362			gca	362
23s	119	2758		23s	119	2758
5s	96	115		5s	95	115
atgf	287			atgf	449
cds		78	hp	cds		558	macrocin
cds	-102	534	peptidase
Sig-pep	1212	34	hp	cds	1227	239	transposase
16s	182	1477		16s	184	1477
atc	66			atc	66
gca	361			gca	362
23s	118	2758		23s	116	2758
5s	95	115		5s	130	115
atgf	573			cds		315	inner
cds		1496	hp

rru remarques

• Remarques: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires élevés sont rares.
  1. @ Les intercalaires élevés

     - il n’y a pas d’aas isolés et les mineurs des blocs à rRNAs sont normaux pour ces blocs, inférieurs à 573.

     - Pour les aas il n’y a que 5 intercalaires élevés entre 571-1389, et 2 dépassant à peine 400 pbs.

     - Pour les blocs à rRNAs il n’y a que 3 intercalaires franchement élevés, 1227 1212 859.

  2. @ Sig-pep, signal peptide.

     - Il y a 580 sig-peptide dans ce génome. Dans le tableau des opérons ce sont de petites séquences peptidiques de moins de 30 aas placsés au début du cds. D’où l’intercalaire négatif.

     - Dans le tableau sur les 7 seg-pep, 4 sont associés à des intercalaires élevés (voir tableau ci-dessous) et 3 à des intercalaires inférieurs à 219 pbs.

• Note: Les 4 blocs à rRNAs sont tous complets ayant atcgca en interne dont 3 ont atgf qui suit 5s. Aucun bloc ne contient un cds en interne.
• Séquences des doubles: Sur 40 blocs sans rRNAs seulement 4 ont 2 aas dont 2 ont un doublet, gcc et acc.
• Tableau des intercalaires

16s			aas			Sig-pep
adresse	intercalaire	adresse	intercalaire	intercalaire
911398	1212-573	atgi	3322206	1389	1389
2735650	606-449		ccc	1960034	1062	1212
3810698	1227-130	tca	1998244	927	721
192528	859-257		acg	4108039	721	571
			cca	1934224	571	3 <219
			ttc	3194938	430	
			gtg	3491233	407	

rru distribution

• Lien tableur: rru distribution
• Notes: gcc2 acc2

Al4 rru, Rhodospirillum rubrum ATCC 11170. alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	4	j acc	2	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	2	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	4	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
rru	8	36		3		8	55

rru. Intergen51

Intergen51. rru. Le génome

• rru Le prélèvement: Acbn
• Le nom et le lien NCBI: rru, Rhodospirillum rubrum ATCC 11170, NCBI [19], date 10.03.20.
• rru La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
rru	461,427		4,352,825	10.6	

rru données intercalaires

• Lien tableur: rru données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

rru données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

rru autres intercalaires aas

• Lien tableur: rru autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

Intergen51. rru. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. rru les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 rru les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,124 609 12 2,745 2.6 23 2 25 x 966 74 1 1,041 0 3 3 t 3,090 683 13 3,786 23 5 28 % 81.6 18.0 0.3

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 48 0 0 48 1.4 tRNA-CDS 83 52 x 35 0 0 35 RNA-RNA 23 14 t 83 0 0 83 CDS-rRNA 5 3 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 49 31 - total 160 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.3 10.4 1.8 25.7 2.1 78 0.4 0.0 x 9.3 2.9 12.2 15.2 2.9 38 0.1 0.0

Intergen51. rru. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: rru données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées rru fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. rru fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rru
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.814	-1.20E-06	8.00E-04	-2.40E-01	47.80	fx1	abscisse	268.5	152.0	
0.876	-3.23E-06	2.65E-03	-7.77E-01	90.9	fc1	ordonnée	17.1	27,6
								
0.831	9.36E-07	-7.54E-04	9.93E-02	26.7	fx41	
0.957	1,32E-06	-6,01E-04	-8,58E-02	49.9	fc31		

• Le rfin après 400 est de 70 sur un total de 2136. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 580, reste 20. L'indice i.rfin1 = 50/180 = 0.278.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	rru		calculs			poly3	rru
effect	2136		R2.21	792		abscis	400
xm	35		pte	14,01		flexa	140
ym	8		cste	4,24		flexo	2,88
x1m	231		r400l	169		xm	35
y1m	1		restp	131,09		sup4	116,6
rfin	32,77		%sd	26,84		sup4t	402,6
bornf	106		lond	196		%	29,0
supd	158,2		%sf	26,00		long	105
supdt	589,4		lonf	71		R2	703
xmp	279,49		sf/lf	1,09			
r400	98,31		sr/lr	0,64			
supf	77,7		sd/ld	0,81			
supft	298,7		i.r400	0,58						

Intergen51. rru. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	rru			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	81		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		27	394		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		46	134		1642	8424
total		74	609		2,456	23,544
reste		9	11		264	420
s6		6	0		361	41
s7		10	26		321	1438
s8		21	97		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		27	4.9		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		13.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		21.7	19.4		19.5	17.1
s8/sp6		45.7	72.4		42.4	77.5
reste/sp6	19.6	8.2		16.1	5.0
						
total s1-5	28	475		814	15120
% / total						
%s1-5		37.8	78.0		33.1	64.2
%sp6		62.2	22.0		66.9	35.8

Intergen51. rru. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		4			CDS 16s		2	2
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA	4			16 CDS			
tRNA 23s	4			CDS 5s			
5s tRNA		3			23s CDS			
tRNA in		4			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	4			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		23	0		total		2	3

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rru. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. rru. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

rru intercalaires entre cds

• Rhodospirillum rubrum ATCC 11170, 10.3.2020, NCBI [20]
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

rru intercalaires positifs S+

• Lien tableur: rru intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  rru ade,   diagramme 1-40: c+ rru   c+ ade   x+ rru   x+ ade   total,   texte: ade.
• Légende: voir la légende de cvi.

rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

rru	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	-13	90	-272	53	818	231	min50	-34	275	-804	94	878	270	min40
31 à 400	12	-97	135	28	833	269	2 parties	13	-61	-91	52	957	156	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	103	46	-	798	dte	20	Sf	181	62	-	739	poly	139	SF
31 à 400	86	41	-	797	dte	36	tf	137	50	-	916	dte	41	tf

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles

rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
spl	min10	1071	2215	3286	884	735	784	49	-353	-202	172
rru	min40	874	2056	2930	829	193	611	418	722	792	861
mja	min30	406	1047	1453	776	326	571	245	844	857	881
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
37	270	0.14	1313	2900	1	6	9	143	69	683	-342
169	266	0.64	1037	2749	1	4	71	222	175	630	17
239	405	0.59	495	1234	20	9	113	132	113	474	502

• Diagrammes 400:  rru ade,   diagramme 1-40: c+ rru   c+ ade   x+ rru   x+ ade   total,   texte: ade.
• Résumé: Ici je ne compare que les 2 génomes rru et ade en sachant que pmg est semblable à ade. Car rru et ade se ressemblent beaucoup avec des effectif des diagrammes 400 presque égaux, 2930 contre 3471, et un rapport des fréquences faibles c+/x+ aussi presque égaux, 0.64 contre 0.66. Par contre les corrélations à 41-250 sont très différentes, 611 contre 758.

  - La forme des courbes 400: Les 4 courbes de rru sont identiques une à une aux 4 courbes de ade, seules les forces des courbes tildes 31-400 diffèrent, elles sont fortes pour ade, tF, et faibles pour rru, tf.

  • Les 2 courbes, c+ 1-400 rru ade, sont SF avec R2’ 139 232.
  • Les 2 courbes, x+ 1-400 rru ade, sont Sf avec R2’ 20 39.
  • Les 2 courbes rru 31-400 sont tf avec R2’ x+ à 31 et c+ à 41. Les courbes sont presque des droites mais toujours avec des renflements en 1ère partie.
  • Les 2 courbes ade 31-400 sont tF avec R2’ x+ à 67 et c+ à 103 avec 2 parties nettes.
  • Les points d’inflexion sont compris entre 230 et 271 sauf pour rru c+ 31-400 avec 156 et ade c+ 31-400 avec -507.

  - Les corrélations des courbes 400: C’est la différence la plus importante entre les 2 génômes.

  • Chez ade la corrélation 41-250, de 758 chute à 624 pour 41-200 avec une différence de 134. Et rru en parallèle passe de 611 à 193 avec une différence de 418.
  • Les 3 corrélations 1-n de ade tournent autour de 900 alors que celles de rru sont plutôt négatives -353 -202 172.

  - Les fréquences faibles 1-30:

  • Elles sont du même ordre de grandeur et dans le même rapport x+/c+: 169/266 pour rru et 221/335 pour ade, donnant les rapports respectifs 0.66 0.64.
  • Elles sont réparties sur les 3 fréquences 10 20 30 dans les 2 génomes.
  • Les minima des fréquences faibles: elles sont bien prononcées mais plus chez ade que chez rru.
  • Les fréquences des zéros sont faibles mais plus élevées chez ade avec 14‰ que chez rr avec 5‰.
  • Les fréquences négatives sont réparties entre x- et c- de la même façon chez les 2 génômes: 72/234 pour ade et 71/222 pour rru

  - La forme des courbes 1-40:

  • La courbe c+1-40: avec un effectif élevé de 876 pour ade contre 630 pour rru, les 2 courbes sont très proches de la courbe du total. Cependant les sommets à 2 et 10 de rru sont déplacés à 4 et 12 chez ade.
  • La courbe x+1-40: Les 2 courbes diffèrent du modèle c+ 1-40 et entre elles:
  • + La courbe de rru, avec un effectif de 175, n’a pas le maximum à la fréquence 2 du modèle par contre elle a le minimum à 6 et la bosse à 10 comme lui. La bosse du 10 est suivie par un plateau et non par une pente comme le modèle.
  • + La courbe de ade, avec un effectif de 304, a le maximum à la fréquence 3 du modèle par contre le minimum à 6 devient une bosse et la bosse du 11 est un creux profond. La bosse du 11 du modèle est remplacée par une forte bosse à 17.

  - Les corrélations des courbes 1-40:

  • La corrélation x+/c+ de rru à 17 est quasiment nulle et va de pair avec les coorélations négatives des courbes 400 des 3 plages de fréquences 1-n.
  • La corrélation x+/c+ de ade à 459 est moyenne et va de pair avec les coorélations élevées des courbes 400 des 3 plages de fréquences 1-n.

rru autres intercalaires

• Lien tableur: rru autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux: 11 regulatory 2 ncRNA 1 tmRNA 11 repeat_region

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total	160
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
50	38		23			28	20		159	1 ac+

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Ochrobactrum anthropi ATCC 49188

oan opérons

• Lien tableur: oan opérons
• Liens: gtRNAdb [21], NCBI [22], génome [orgn]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Brucellaceae; Ochrobactrum.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A3. Ochrobactrum anthropi ATCC 49188

56.1%GC	27.12.19 Paris	61	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
chromosom1
	34057..34446	cds		224	224			130		TIGR02300 family protein
	34671..34746	gcc	@1	-40	-40
	34707..35480	cds						258		glutathione S-transferase family protein
	223549..224394	cds		164	164			282		3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ
	224559..224635	ccg		109	109
comp	224745..225806	cds						354		site-specific integrase
comp	337757..338197	cds		158	158			147		DMT family transporter
comp	338356..338431	ttc		171	171
comp	338603..338818	cds						72		DNA gyrase inhibitor YacG
comp	344419..344598	cds		147	147			60		hp
	344746..344820	acc		397	397
	345218..346030	cds						271		DUF2189 domain-containing protein
comp	351922..353328	cds		167	167			469		deoxyribodipyrimidine photo-lyase
comp	353496..353572	cgt		159	159
comp	353732..355285	cds						518		HAMP domain-containing histidine kinase
comp	725472..726479	cds		219	219			336		glycosyltransferase family 4 protein
	726699..726773	caa		61	61
comp	726835..727413	cds						193		hp
comp	934613..934987	cds		333	333			125		transposase
comp	935321..935397	agg		114	114
comp	935512..936675	cds						388		amidohydrolase
	1049919..1051202	cds		24	24			428		cystathionine gamma-synthase family protein
comp	1051227..1051311	ttg	@2	593	593
comp	1051905..1053539	cds						545		phosphoethanolamine transferase
comp	1081066..1083021	cds		998	998			652		M23 family metallopeptidase
	1084020..1085508	16s		268				1489
	1085777..1085853	atc		11			11
	1085865..1085940	gca		39	39
>comp	1085980..1086168	cds	@3	38	38			63		P-hp
	1086207..1089125	23s		186				2919
	1089312..1089426	5s		54				115
	1089481..1089557	atgf		363	363
	1089921..1090091	cds						57		LysR family transcriptional regulator
	1096454..1096912	cds		7	7			153		hp
comp	1096920..1097009	tcg		352	352
	1097362..1097751	cds						130		50S ribosomal protein L21
	1311344..1311823	cds		211	211			160		hp
	1312035..1312109	gag		88	88
	1312198..1312467	cds						90		hp
	1344750..1345565	cds		677	677			272		IclR family transcriptional regulator
	1346243..1347731	16s		268				1489
	1348000..1348076	atc		11			11
	1348088..1348163	gca		39	39
>comp	1348203..1348391	cds		38	38			63		P-hp
	1348430..1351348	23s		186				2919
	1351535..1351649	5s		54				115
	1351704..1351780	atgf		360	360
	1352141..1353082	cds						314		LysR family transcriptional regulator
	1354558..1355604	cds		85	85			349		polysaccharide deacetylase family protein
comp	1355690..1355764	ggc		136	136
comp	1355901..1357280	cds						460		MFS transporter
comp	1386666..1387982	cds		819	819			439		hp
comp	1388802..1388891	tcc		374	374
	1389266..1389589	cds						108		hp
comp	1405236..1405859	cds		139	139			208		5,6-dimethylbenzimidazole synthase
comp	1405999..1406085	ctg		146	146
comp	1406232..1406852	cds						207		2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
comp	1604615..1604854	cds		26	26			80		hp
comp	1604881..1604958	atgj		10	10
comp	1604969..1605214	cds						82		hp
	1639492..1640289	cds		-44	-44			266		hp
comp	1640246..1640322	atgj		55	55
	1640378..1640572	cds						65		hp
comp	1778816..1779571	cds		385	385			252		SIMPL domain-containing protein
	1779957..1780033	atgi		265	265
	1780299..1780844	cds						182		sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
>	1945985..1946374	cds		721	721			130		P-hp
comp	1947096..1947171	aag		-38	-38
comp	1947134..1947319	cds						62		hp
comp	2014813..2015097	cds		103	103			95		DUF2218 domain-containing protein
comp	2015201..2015275	gaa	+	146		146
comp	2015422..2015496	gaa	2 gaa	200	200
comp	2015697..2016962	cds						422		DUF882 domain-containing protein
comp	2040234..2040453	cds		91	91			73		hp
	2040545..2040629	tac		24		24
	2040654..2040727	gga		6	6
comp	2040734..2040916	cds		-50	-50			61		hp
	2040867..2042042	cds		65	65			392		elongation factor Tu
	2042108..2042183	tgg		420	420
	2042604..2042804	cds						67		preprotein translocase subunit SecE
	2168416..2168658	cds		28	28			81		PepSY domain-containing protein
comp	2168687..2168760	ggg		289	289
	2169050..2169946	cds						299		lipid kinase
comp	2244184..2245050	cds		112	112			289		mechanosensitive ion channel
comp	2245163..2245248	tta		200	200
	2245449..2246705	cds						419		threonine ammonia-lyase IlvA
	2267888..2268835	cds		305	305			316		patatin family protein
	2269141..2269225	ctc		66	66
comp	2269292..2270185	cds						298		tyrosine-type recombinase/integrase
	2332394..2333530	cds		393	393			379		glycosyltransferase family 2 protein
comp	2333924..2334000	cgg		169	169
comp	2334170..2335792	cds						541		ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein
comp	2339396..2340514	cds		1650	1650			373		porin
comp	2342165..2342239	gtg		178	178
comp	2342418..2344424	cds						669		murein L,D-transpeptidase
comp	2369668..2370441	cds		152	152			258		NAD kinase
	2370594..2370669	aca		987	987
comp	2371657..2372076	cds						140		SUF system Fe-S cluster assembly protein
comp	2442729..2443145	cds		299	299			139		hp
comp	2443445..2443519	atgf		70	70
<comp	2443590..2443799	cds						70		helix-turn-helix domain-containing protein
comp	2449947..2451311	cds		156	156			455		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	2451468..2451550	cta		236	236
comp	2451787..2452356	cds						190		hp
comp	2548914..2550098	cds		513	513			395		alpha/beta hydrolase
comp	2550612..2550688	gac	+	245		245
comp	2550934..2551010	gac	2 gac	328	328
	2551339..2551956	cds						206		TetR/AcrR family transcriptional regulator
	2604616..2605908	cds		824	824			431		FAD-binding oxidoreductase
comp	2606733..2606808	gta		264	264
comp	2607073..2607996	cds						308		sugar kinase
	2641040..2641360	cds		97	97			107		YnfA family protein
	2641458..2641534	ccc		94	94
	2641629..2642357	cds						243		SDR family oxidoreductase
	2696299..2697183	cds		54	54			295		transcriptional regulator GcvA
comp	2697238..2697314	aga		123	123
comp	2697438..2697743	cds		156	156			102		ETC complex I subunit
comp	2697900..2697976	cca		186	186
	2698163..2698309	cds						49		hp
comp	2771579..2772697	cds		584	584			373		porin
	2773282..2773372	agc		203	203
	2773576..2774643	cds						356		porin
chromosom2
	149537..151504	cds		355	355			656		selenocysteine-specific translation elongation factor
	151860..151955	tga		14	14
comp	151970..152605	cds						212		lipase
comp	298403..299422	cds		300	300			340		TerC family protein
comp	299723..299796	cag		361	361
comp	300158..300460	cds						101		DUF1127 domain-containing protein
	455428..456111	cds		713	713			228		FkbM family methyltransferase
	456825..458313	16s		268				1489
	458582..458658	atc		11			11
	458670..458745	gca		39	39
>comp	458785..458973	cds		38	38			63		P-hp
	459012..461930	23s		186				2919
	462117..462231	5s		54				115
	462286..462362	atgf		-44	-44
comp	462319..463974	cds						552		recombinase family protein
comp	572059..572721	cds		545	545			221		response regulator transcription factor
comp	573267..573357	other	@4	620	620
comp	573978..575285	cds						436		SidA/IucD/PvdA family monooxygenase
comp	611464..611742	cds		88	88			93		hp
comp	611831..611905	ggc		387	387
	612293..612814	cds						174		prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	991265..991999	cds		217	217			245		alpha/beta hydrolase
comp	992217..992306	tca		323	323
	992630..992884	cds						85		DUF2171 domain-containing protein
comp	1031528..1032946	cds		607	607			473		PepSY domain-containing protein
comp	1033554..1033629	aaa		327	327
	1033957..1035651	cds						565		membrane protein
	1067405..1068742	cds		131	131			446		DNA polymerase IV
	1068874..1068947	tgc		739	739
	1069687..1069905	cds						73		hp
	1081639..1082031	cds		103	103			131		hp
comp	1082135..1082209	aac		168	168
	1082378..1082653	cds						92		hp
comp	1333375..1333587	cds		209	209			71		hp
comp	1333797..1333873	cac		352	352
	1334226..1337393	cds						1056		PAS domain S-box protein
	1473437..1474405	cds		269	269			323		nitronate monooxygenase
	1474675..1474750	acg		156	156
>comp	1474907..1475239	cds						111		DNA adenine methylase
comp	1597496..1597666	cds		363	363			57		LysR family transcriptional regulator
comp	1598030..1598106	atgf		54
comp	1598161..1598275	5s		186				115
comp	1598462..1601380	23s		38	38			2919
<	1601419..1601607	cds		39	39			63		P-hp
comp	1601647..1601722	gca		11			11
comp	1601734..1601810	atc		268
comp	1602079..1603567	16s		743	743			1489
	1604311..1605192	cds						294		ATPase
	1720169..1720531	cds		113	113			121		response regulator
	1720645..1720719	gtc		465	465
	1721185..1721838	cds						218		protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase

oan cumuls

• Lien tableur: oan cumuls

cumuls. oan.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	4	1		4	1	5	1		100	25	1	0
	16atcgca-cds	4	20			50	15	40		200	20	30	0
	-		40	1		100	12	80		300	21	60	4
	-		60			150	12	120		400	15	90	18
	max a	3	80			200	15	160		500	11	120	8
	a doubles	0	100			250	7	200		600	5	150	9
	spéciaux	0	120			300	6	240		700	3	180	3
	total aas	12	140			350	5	280		800	0	210	6
sans	opérons	45	160	1		400	12	320		900	0	240	4
	1 aa	42	180			450	1	360		1000	0	270	6
	max a	2	200			500	1	400		1100	1	300	8
	a doubles	2		1			16				0		35
	total aas	48		3	4		107		0		101		101
total aas		60
remarques		4
avec jaune			moyenne	138	11		258				256
			variance	111	0		268				180
sans jaune			moyenne				174				218		150
			variance				117				132		81

oan tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de oan opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

oan	53			56			31			78
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
-44	55		224	-40		26	10		55	-44
7	352		721	-38		55	-44		224	-40
24	593		91	6		91	6		721	-38
26	10		26	10		97	94		91	6
28	289		355	14		123	54		352	7
54	123		-44	55		136	85		26	10
65	420		219	61		146	139		355	14
85	136		305	66		164	109		593	24
88	387		299	70		167	159		289	28
91	6		211	88		168	103		123	54
97	94		97	94		171	158		219	61
103	200		164	109		186	156		420	65
103	168		333	114		200	103		305	66
112	200		54	123		200	112		299	70
113	465		85	136		211	88		136	85
131	739		139	146		219	61		211	88
139	146		269	156		224	-40		387	88
147	397		167	159		236	156		97	94
152	987		103	168		269	156		168	103
156	236		393	169		289	28		200	103
156	186		158	171		299	70		164	109
158	171		1650	178		305	66		200	112
164	109		156	186		323	217		465	113
167	159		103	200		333	114		333	114
209	352		112	200		352	7		739	131
211	88		584	203		352	209		146	139
217	323		156	236		355	14		397	147
219	61		824	264		361	300		987	152
224	-40		385	265		385	265		269	156
269	156		28	289		387	88		186	156
299	70		217	323		393	169		236	156
300	361		607	327		397	147		171	158
305	66		513	328		420	65		167	159
333	114		7	352		465	113		393	169
355	14		209	352		513	328		1650	178
385	265		300	361		584	203		584	203
393	169		819	374		593	24		352	209
513	328		88	387		607	327		323	217
545	620		147	397		620	545		824	264
584	203		65	420		721	-38		385	265
607	327		113	465		739	131		361	300
721	-38		24	593		819	374		607	327
819	374		545	620		824	264		513	328
824	264		131	739		987	152		819	374
1650	178		152	987		1650	178		620	545

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.

alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
oan	4,900		90	3	46	22	11	8	23	23	14	32
‰				33	511	244	122	89	511	511	311	711

oan blocs

• Lien tableur: oan blocs
• Légende:

  p-hp   pseudo hypothetical protein

A3. oan, blocs à rRNA.

Constantes
cds	intercal	cdsa
16s	268	1489
atc	11
gca	39
cds	38	63	p-hp
23s	186	2919
5s	54	115
atgf
cds
Variations
bloc 16s	intercal	cdsa
1084020..1085508	998	652	M23 family metallopeptidase
	363	57	LysR family transcriptional regulator
1346243..1347731	677	272	IclR family transcriptional regulator
	360	314	LysR family transcriptional regulator
456825..458313	713	228	FkbM family methyltransferase
	-44	552	recombinase family protein
1602079..1603567	743	294	ATPase
	363	57	LysR family transcriptional regulator

• Détails: tous les blocs sont identiques avec comp' pour le cds du mileieu (jaune). Comp' pour sens direct quand les autres sont complement et complement quand les autres sont directs. Trois cds externes sont comp' aussi. Les intercalaires entourant ces cds sont en gras et primés.

A3. oan, blocs à rRNA.

cds	743’	713	677	998’
16s	268	268	268	268
atc	11	11	11	11
gca	39’	39’	39’	39’
cds	38’	38’	38’	38’
23s	186	186	186	186
5s	54	54	54	54
atgf	363	-44'	360	363
cds

oan remarques

• Remarques: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires très élevés existent, 3 contre 10, 987 988 1650. Ce génome est analogue à agr pour les cds internes aux blocs à RNAs.
  1. @ Des intercalaires négatifs avec les cds, 5, de -40 à -50 même dans un bloc à rRNAs, -44.
  2. @ Les intercalaires avec les cds élevés supérieurs à 500, 16 dont 4 pour les blocs. Voir le tableau des intercalaires ci-dessous .

     - Par rapport à agr analogue de ce génome, il y a nettement plus d’intercalaires élevés. Sur 45 blocs à aas il y a 12 intercalaires supérieurs à 500, contre 6 pour 38 aas chez agr.

     - Un seul cas où les 2 intercailaires d’un cluster sont supérieurs à 500, other, voir @4 ici.

     - Tous les 11 autres paires sont très assymétriques.

     - 2 intercalaires sur 3 entre aas sont du même ordre que la moyenne de ceux des cds sans jaune, 245 et 146 contre 174 pour la moyenne de ceux des cds.

  3. @ Les blocs à rRNAs sont identiques et ne diffèrent que par l’intercalaire du cds.

     - Le cds intra blocs est une pseudo protéine hypothétique, de faible taille, 63aas.

     - Ses intercalaires avec gca et 23s sont quasi identiques, très faibles et se situent dans la 1ère gamme des intercalaires cds.

  4. @ other, cela doit être un tRNA incomplet comme ceux des mitochondries
• Note: les cds intra bloc à rRNAs. Les 4 blocs sont identiques. Cela veut dire que le cds interne est bien du au processus de la création des blocs. Le fait que le cds soit un pseudo renforce encore l’hypothèse de la création de ce cds par le processus de création ou de conversion. Voir remarque @2 de agr remarques.
• Note du 3.10.20: le contrôle des 4 cds montre qu'ils sont absents au 31.7.20, date du NCBI.
• Séquences des doubles, quasiment pas de doubles, 42 solitaires sur 45 opérons et 2 doubles seulement, gac et gaa.
• Tableau des intercalaires

						
Intercalaires élevés		Intercalaires moyens	
pbs	adresse	RNA		pbs	adresse	tRNA
1650	2342165	gtg		465	1720645	gtc
987	2370594	aca		420	2042108	tgg
824	2606733	gta		397	344746	acc
819	1096920	tcg		387	611831	ggc
739	1068874	tgc		385	1779957	atgi
721	1947096	aag		363	1089481	atgf
620	573267	other isolé	363	1598030	atgf
607	1033554	aaa		352	1333797	cac
593	1051227	ttg		333	935321	agg
584	2773282	agc		323	992217	tca
513	2550612	gac		305	2269141	ctc
						
998	1084020	16s				
743	1602079	16s				
713	456825	16s				
677	1346243	16s				

oan distribution

• Lien tableur: oan distribution

Al5 oan, Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 . alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	5
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	4	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	2	ggc	2
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	4	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	2	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg		gag	1	ggg	1
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
oan	6	41		4		8	59

oan1. Intergen51

Intergen51. oan1. Le génome

• oan1 Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: oan1, Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 1, NCBI [23], date 1.8.21.
• oan1 La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
oan1	364,228		2,887,297	12.6	

oan1 données intercalaires

• Lien tableur: oan1 données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

oan1 données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

oan1 autres intercalaires aas

• Lien tableur: oan1 autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. oan1. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. oan1 les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 oan1 les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,508 402 9 1,919 2.3 13 1 14 x 759 55 12 826 0 1 1 t 2,267 457 21 2,745 13 2 15 % 82.6 16.6 0.8

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 44 0 0 44 1.7 tRNA-CDS 70 67 x 25 1 0 26 RNA-RNA 13 12 t 69 1 0 70 CDS-rRNA 2 2 % 98.6 1.4 0.0 non RNA 20 19 - total 105 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 4.6 11.4 1.0 27.4 4.5 77 0.5 0.0 x 9.1 19.2 5.5 11.3 11.5 42 1.5 0.0

Intergen51. oan1. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: oan1 données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées oan1 fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. oan1 fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	oan1
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.686	-3.12E-08	8.32E-05	-1.21E-01	43.0	fx1	abscisse	269.0	188.1
0.707	-5.22E-06	3.95E-03	-9.93E-01	96.4	fc1	ordonnée	16.4	21.0
								
0.758	-1.45E-06	1.17E-03	-3.74E-01	60.6	fx41			
0.901	1.59E-06	-8.98E-04	3.01E-02	36.5	fc41		

• Le rfin après 400 est de 70 sur un total de 1517. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 640, reste 15. L'indice i.rfin1 = 55/240 = 0.229.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	oan1		calculs			poly3	oan1
effect	1517		R2.21	779		abscis	400
xm	45		pte	7,98		flexa	184
ym	4		cste	3,00		flexo	2,09
x1m	250		r400l	150		xm	45
y1m	1		restp	154,25		sup4	155,7
rfin	46,14		%sd	36,50		sup4t	418,6
bornf	155		lond	205		%	37,2
supd	189,6		%sf	36,48		long	139
supdt	519,4		lonf	110		R2	512
xmp	326,30		sf/lf	1,17			
r400	108,11		sr/lr	0,64			
supf	128,4		sd/ld	0,92			
supft	352,0		i.r400	0,72							

Intergen51. oan1. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	oan1			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	93		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		22	215		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		32	94		1642	8424
total		55	402		2,456	23,544
reste		3	4		264	420
s6		9	2		361	41
s7		10	13		321	1438
s8		10	75		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		22.0	2.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		28.1	2.1		22.0	0.5
s7/sp6		31.3	13.8		19.5	17.1
s8/sp6		31.3	79.8		42.4	77.5
reste/sp6	9.4	4.3		16.1	5.0
						
total s1-5	23	308		814	15120
% / total						
%s1-5		41.8	76.6		33.1	64.2
%sp6		58.2	23.4		66.9	35.8

Intergen51. oan1. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	1
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	3			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		13	0		total		1	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. oan1. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. oan1. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

oan2. Intergen51

Intergen51. oan2. Le génome

• oan2 Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: oan2, Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 2, NCBI [24], date 1.8.21.
• oan2 La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
oan2	199,249		1,895,911	10.5	

oan2 données intercalaires

• Lien tableur: oan2 données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

oan2 données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

oan2 autres intercalaires aas

• Lien tableur: oan2 autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. oan2. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. oan2 les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 oan2 les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 913 292 1 1,206 2.5 10 1 11 x 458 28 2 488 0 1 1 t 1,371 320 3 1,694 10 2 12 % 80.9 18.9 0.2

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 14 0 0 14 1.4 tRNA-CDS 24 52 x 9 1 0 10 RNA-RNA 10 22 t 23 1 0 24 CDS-rRNA 2 4 % 95.8 4.2 0.0 non RNA 10 22 - total 46 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.5 35.7 0.7 34.1 0.0 83 0.1 0.0 x 8.7 0.0 7.1 13.7 10.0 50 0.4 0.0

Intergen51. oan2. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: oan2 données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées oan2 fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. oan2 fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	oan2
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.685	-1.69E-07	3.15E-04	-2.02E-01	49.5	fx1	abscisse	202.3	129.8
0.772	-7.79E-06	5.93E-03	-1.46E+00	126.0	fc1	ordonnée	21.4	26.7
								
0.678	1.73E-06	-1.05E-03	8.71E-02	32.4	fx41			
0.863	1.04E-06	-4.05E-04	-1.06E-01	45.0	fc41

• Le rfin après 400 est de 32 sur un total de 914. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 670, reste 9. L'indice i.rfin1 = 23/270 = 0.085.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	oan2		calculs			poly3	oan2
effect	914		R2.21	749		abscis	250
xm	45		pte	7,52		flexa	144
ym	2		cste	2,53		flexo	2,39
x1m	203		r400l	197		xm	45
y1m	1		restp	166,30		sup4	133,7
rfin	35,01		%sd	49,97		sup4t	330,4
bornf	171		lond	158		%	40,5
supd	213,2		%sf	51,30		long	99
supdt	426,7		lonf	126		R2	273
xmp	407,00		sf/lf	1,55			
r400	131,29		sr/lr	0,54			
supf	195,9		sd/ld	1,35			
supft	381,8		i.r400	0,67								

Intergen51. oan2. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	oan2			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	48		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		1	0		3	12
 - 4		12	195		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		14	49		1642	8424
total		28	292		2,456	23,544
reste		2	2		264	420
s6		4	0		361	41
s7		4	6		321	1438
s8		4	41		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		12.0	4.1		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		28.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		28.6	12.2		19.5	17.1
s8/sp6		28.6	83.7		42.4	77.5
reste/sp6	14.3	4.1		16.1	5.0
						
total s1-5	14	243		814	15120
% / total						
%s1-5		50.0	83.2		33.1	64.2
%sp6		50.0	16.8		66.9	35.8

Intergen51. oan2. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	1
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors				16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		10	0		total		1	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. oan2. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. oan2. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

Azospirillum brasilense Az39

abq opérons

• Lien tableur: abq opérons
• Liens: gtRNAdb [25], NCBI [26], génome [27]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Azospirillum.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A2. Azospirillum brasilense strain Az39

68.45%GC	29.12.19 Paris	88	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
chromosome
	125527..126444	cds		127	127			306		restriction endonuclease
comp	126572..126647	gcg		206	206
	126854..127138	cds						95		YggT family protein
comp	163237..164982	cds		175	175			582		hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA
	165158..165234	agg		59	59
	165294..166022	cds						243		SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
comp	188235..189860	cds		42	42			542		glycosyltransferase
comp	189903..189977	acg		81	81
comp	190059..191987	cds						643		DNA helicase RecQ
comp	250833..251111	cds		169	169			93		hp
comp	251281..251356	gcc		141	141
comp	251498..251893	cds						132		TIGR02300 family protein
comp	458142..458459	cds		209	209			106		50S ribosomal protein L21
	458669..458758	tcg		63	63
comp	458822..459664	cds						281		alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein
comp	496776..497171	cds		162	162			132		cupin domain-containing protein
comp	497334..497420	ttg		137	137
	497558..498085	cds						176		disulfide bond formation protein B
comp	615937..616350	cds		121	121			138		hp
comp	616472..616548	ccg	+	206		206
comp	616755..616831	ccg	2 ccg	109	109
comp	616941..617957	cds						339		farnesyltranstransferase
comp	748703..749161	cds		38	38			153		hp
comp	749200..749275	aca		91	91
comp	749367..750221	cds		144	144			285		23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	750366..750451	tac		60		60
	750512..750585	gga		81	81
	750667..751857	cds		153	153			397		elongation factor Tu
	752011..752086	tgg		69	69
	752156..752353	cds						66		preprotein translocase subunit SecE
comp	794457..795983	cds		296	296			509		methyltransferase domain-containing protein
	796280..796355	aag	+	76		76
	796432..796507	aag	2 aag	109	109
comp	796617..797057	cds						147		MaoC family dehydratase
	870412..872373	cds		159	159			654		RNA polymerase sigma factor RpoD
	872533..872608	atgi		5	5
comp	872614..873093	cds		134	134			160		GNAT family N-acetyltransferase
comp	873228..873304	cgt		212	212
	873517..874023	cds						169		hp
	931962..933011	cds		68	68			350		low specificity L-threonine aldolase
	933080..933155	gag	+	38		38
	933194..933269	gag	2 gag	72	72
comp	933342..934340	cds						333		transglycosylase SLT domain-containing protein
	997881..998357	cds		246	246			159		peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
comp	998604..998678	acc		175	175
comp	998854..1000815	cds						654		polysaccharide biosynthesis protein
comp	1164137..1165048	cds		159	159			304		DUF3108 domain-containing protein
	1165208..1165282	gtg	+	132		132
	1165415..1165489	gtg	2 gtg	231	231
	1165721..1165885	cds						55		hp
	1242416..1242919	cds		85	85			168		MerR family transcriptional regulator
	1243005..1243081	ccc		139	139
comp	1243221..1244999	cds						593		cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
comp	1353398..1353895	cds		118	118			166		hp
	1354014..1354091	cca		49	49
	1354141..1354437	cds		10	10			99		ETC complex I subunit
	1354448..1354524	aga		443	443
	1354968..1355213	cds						82		hp
comp	1370270..1370500	cds		196	196			77		hp
comp	1370697..1370772	aac	@2	220		220
comp	1370993..1371066	tgc		218	218
	1371285..1371941	cds						219		protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
comp	1427443..1427733	cds		236	236			97		YkgJ family cysteine cluster protein
comp	1427970..1428085	5s		129				116
comp	1428215..1430967	23s		266				2753
comp	1431234..1431309	gca		30			30
comp	1431340..1431416	atc		108
comp	1431525..1433015	16s		779	779			1491
	1433795..1437778	cds						1328		non-ribosomal peptide synthetase
comp	1576457..1577296	cds		243	243			280		aldo/keto reductase
comp	1577540..1577615	gaa		123	123
comp	1577739..1579538	cds						600		single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
comp	1723089..1723457	cds		344	344			123		NADH-quinone oxidoreductase subunit A
comp	1723802..1723878	gac		164		164
comp	1724043..1724117	gta		106	106
comp	1724224..1724496	cds						91		HU family DNA-binding protein
comp	1730385..1731719	cds		91	91			445		trigger factor
comp	1731811..1731895	cta		173	173
comp	1732069..1733634	cds						522		malonyl-CoA decarboxylase
comp	1733741..1735207	cds		129	129			489		bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
comp	1735337..1735412	cac	+	109		109
comp	1735522..1735597	cac	2 cac	337	337
	1735935..1736273	cds						113		P-II family nitrogen regulator
	1951126..1951752	cds		149	149			209		nitrogen fixation protein NifQ
	1951902..1951987	tac		74	74
comp	1952062..1952424	cds						121		hp
	1996903..1997244	cds		595	595			114		hp
comp	1997840..1997914	atgj		131	131
comp	1998046..1999179	cds						378		tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
	2086487..2088658	cds		156	156			724		malate synthase G
comp	2088815..2088889	gtc		234	234
	2089124..2090002	cds						293		N-formylglutamate amidohydrolase
comp	2303404..2303880	cds		414	414			159		bacterioferritin
comp	2304295..2304377	tta		406	406
comp	2304784..2305029	cds						82		hp
	2482875..2484518	cds		365	365			548		recombinase family protein
comp	2484884..2484974	tcc		120	120
comp	2485095..2485898	cds						268		alpha/beta hydrolase
comp	2640759..2641325	cds		149	149			189		prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	2641475..2641549	ggc		688	688
	2642238..2642915	cds						226		dimethylmenaquinone methyltransferase
comp	2764482..2765567	cds		659	659			362		hp
comp	2766227..2766300	ggg		35	35
comp	2766336..2766995	cds						220		N-acetyltransferase
	2781933..2783774	cds		187	187			614		EAL and GGDEF domain-containing protein
comp	2783962..2784077	5s		129				116
comp	2784207..2786959	23s		255				2753
comp	2787215..2787290	gca		30			30
comp	2787321..2787397	atc		108
comp	2787506..2789006	16s		496	496			1501
comp	2789503..2790207	cds						235		phosphatase PAP2 family protein
	2843264..2843443	cds		77	77			60		hp
comp	2843521..2843597	cgt		170	170
	2843768..2844268	cds						167		xanthine phosphoribosyltransferase
plasmide2
comp	51090..51836	cds		481	481			249		sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
comp	52318..52393	tgg		363	363
	52757..53587	cds						277		hp
comp	809229..810019	cds		870	870			264		IS5 family transposase
comp	810890..810966	atgf		96
comp	811063..811178	5s		127				116
comp	811306..814058	23s		266				2753
comp	814325..814400	gca		30			30
comp	814431..814507	atc		108
comp	814616..816106	16s		452	452			1491
comp	816559..817443	cds						295		helix-turn-helix domain-containing protein
plasmide4
	196992..199346	cds		148	148			785		mechanosensitive ion channel
	199495..199581	ctg		30		30
	199612..199687	gcc		188	188
	199876..201333	cds						486		hp
	237538..238578	cds		92	92			347		response regulator
comp	238671..238747	cgg		96	96
comp	238844..239821	cds						326		alpha/beta hydrolase
comp	257739..258470	cds		125	125			244		lipoyl(octanoyl) transferase LipB
	258596..258682	ctc		123	123
comp	258806..259108	cds						101		STAS domain-containing protein
comp	399367..400527	cds		278	278			387		PQQ-dependent sugar dehydrogenase
comp	400806..400921	5s		129				116
comp	401051..403803	23s		255				2753
comp	404059..404134	gca		30			30
comp	404165..404241	atc		108
comp	404350..405850	16s		502	502			1501
comp	406353..406547	cds						65		hp
	504531..504893	cds		82	82			121		response regulator
	504976..505051	aac		3		3
	505055..505131	gac		4		4
	505136..505210	ggc		102	102
comp	505313..506080	cds		83	83			256		helix-turn-helix transcriptional regulator
	506164..506790	cds		202	202			209		pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
comp	506993..507108	5s		127				116
comp	507236..509988	23s		266				2753
comp	510255..510330	gca		30			30
comp	510361..510437	atc		110
comp	510548..512038	16s		615	615			1491
	512654..513568	cds						305		lytic transglycosylase domain-containing protein
comp	588108..590768	cds		340	340			887		bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
	591109..591184	ttc		286	286
	591471..592979	cds						503		FAD-binding oxidoreductase
plasmide5
	86421..87089	cds		455	455			223		RraA family protein
	87545..87619	ggc		193	193
	87813..88865	cds						351		UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)
plasmide1		@3
>comp	115594..115896	cds		394	394			101		P-IS5/IS1182 family transposase
comp	116291..116367	atgf		96
comp	116464..116579	5s		129				116
comp	116709..119461	23s		255				2753
comp	119717..119792	gca		30			30
comp	119823..119899	atc		108
comp	120008..121498	16s		740	740			1491
	122239..123597	cds						453		peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
comp	217550..218176	cds		123	123			209		ribonuclease D
comp	218300..218386	ctg		228	228
	218615..219604	cds						330		complex I NDUFA9 subunit family protein
comp	300477..301733	cds		472	472			419		exonuclease subunit SbcD
	302206..303696	16s		108				1491
	303805..303881	atc		30			30
	303912..303987	gca		255
	304243..306995	23s		129				2753
	307125..307240	5s		96				116
	307337..307413	atgf		161	161
<comp	307575..307805	cds						77		p-ATP-binding protein
comp	466493..467710	cds		231	231			406		site-specific integrase
comp	467942..468031	tca		205	205
comp	468237..468809	cds						191		hp
	512242..512790	cds		136	136			183		pantetheine-phosphate adenylyltransferase
	512927..513002	aaa		209	209
	513212..514036	cds						275		DUF3618 domain-containing protein
	931813..933912	cds		79	79			700		membrane protein
	933992..934066	caa		382	382
comp	934449..935270	cds						274		hp
comp	948715..949743	cds		199	199			343		Ppx/GppA family phosphatase
	949943..950016	cag		246	246
comp	950263..950829	cds						189		IS3 family transposase
>	971260..971532	cds		493	493			91		P-hp
comp	972026..972119	agc		197	197
	972317..972550	cds						78		hp
comp	1302373..1303350	cds		166	166			326		alpha-1,3-fucosyltransferase
comp	1303517..1303592	ttc		98	98
comp	1303691..1303876	cds						62		DNA gyrase inhibitor YacG
	1349823..1350929	cds		145	145			369		GNAT family N-acetyltransferase
comp	1351075..1353828	23s		262				2754
comp	1354091..1355591	16s	@1	676	676			1501
	1356268..1356726	cds						153		MarR family transcriptional regulator
comp	1441708..1443066	cds		153	153			453		hp
	1443220..1443294	acc		1		1
	1443296..1443371	gcg		99		99
	1443471..1443547	gac		44		44
	1443592..1443666	gtc		1		1
	1443668..1443741	cag		137	137
comp	1443879..1446428	cds						850		dipeptide ABC transporter ATP-binding protein
	1566394..1566612	cds		193	193			73		hp
comp	1566806..1566921	5s		128				116
comp	1567050..1569802	23s		254				2753
comp	1570057..1570132	gca		30			30
comp	1570163..1570239	atc		94
comp	1570334..1571834	16s		444	444			1501
comp	1572279..1572707	cds						143		DUF1489 domain-containing protein
	1723583..1724962	cds		94	94			460		hp
comp	1725057..1725143	ctc		475	475
	1725619..1726311	cds						231		FadR family transcriptional regulator
	1757680..1760568	cds		308	308			963		PAS domain-containing protein
	1760877..1760963	ctg		29		29
	1760993..1761068	gcc		247	247
comp	1761316..1761840	cds						175		helix-turn-helix transcriptional regulator
	1854042..1855049	cds		135	135			336		inorganic phosphate transporter
comp	1855185..1855259	ggc		243	243
	1855503..1858685	cds						1061		AAA family ATPase
>comp	1883235..1883816	cds		210	210			194		P-hp
	1884027..1884102	aac		4		4
	1884107..1884183	gac		32	32
comp	1884216..1884821	cds						202		hp

abq cumuls

• Lien tableur: abq cumuls

cumuls. abq.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	9	1	2		1	0	1		100	17	1	0
	16atcgca235	5	20	3		50	7	40		200	29	30	0
	Id-atgf	3	40	3	8	100	19	80		300	24	60	2
	16s23s	1	60	2		150	26	120		400	18	90	9
	max a	3	80	1		200	20	160		500	8	120	11
	a doubles	0	100	1		250	18	200		600	8	150	8
	spéciaux	0	120	1		300	3	240		700	5	180	11
	total aas	19	140	1		350	4	280		800	2	210	9
sans	opérons	51	160	0		400	4	320		900	2	240	6
	1 aa	38	180	1		450	4	360		1000	1	270	6
	max a	5	200	0		500	7	400		1100	1	300	8
	a doubles	5		2			9				1		46
	total aas	68		17	8		121		0		116		116
total aas		87
remarques		3
avec jaune			moyenne	72	30		227				308
			variance	72	0		175				230
sans jaune			moyenne				153				249		166
			variance				74				142		71

abq tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de abq opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

abq	67			60			38			90
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
38	91		159	5		72	68		159	5
42	81		210	32		81	42		210	32
68	72		659	35		91	38		659	35
77	170		175	59		96	92		91	38
79	382		209	63		125	123		81	42
85	139		153	69		139	85		175	59
91	173		68	72		144	81		209	63
92	96		149	74		149	74		72	68
94	475		42	81		153	69		153	69
118	443		144	81		153	137		149	74
123	228		38	91		159	5		170	77
125	123		92	96		162	137		382	79
127	206		166	98		166	98		144	81
129	337		344	106		169	141		139	85
134	212		296	109		170	77		173	91
135	243		365	120		173	91		96	92
136	209		125	123		175	59		475	94
144	81		243	123		188	148		166	98
148	188		595	131		206	127		344	106
149	74		153	137		209	63		296	109
149	688		162	137		209	136		443	118
153	69		85	139		210	32		365	120
153	137		169	141		212	134		125	123
156	234		77	170		218	196		243	123
159	5		91	173		228	123		228	123
159	231		246	175		231	205		206	127
162	137		148	188		231	159		337	129
166	98		455	193		234	156		595	131
169	141		493	197		243	123		212	134
175	59		231	205		243	135		243	135
196	218		127	206		246	175		209	136
199	246		136	209		246	199		153	137
209	63		134	212		296	109		162	137
210	32		196	218		308	247		169	141
231	205		123	228		337	129		188	148
243	123		159	231		340	286		688	149
246	175		156	234		344	106		234	156
296	109		135	243		365	120		231	159
308	247		199	246		382	79		246	175
340	286		308	247		414	406		455	193
344	106		340	286		443	118		218	196
365	120		129	337		455	193		493	197
414	406		481	363		475	94		246	199
455	193		79	382		481	363		231	205
481	363		414	406		493	197		308	247
493	197		118	443		595	131		340	286
595	131		94	475		659	35		481	363
659	35		149	688		688	149		414	406

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.

alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
abq	6,576		96		61	24	9	2	32	29	18	43
‰					635	250	94	21	667	604	375	896

abq blocs

• Lien tableur: abq blocs
• Légende: lien au tableau des protéines, abrégé

  - vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cds) sont en aas.

A2. abq, blocs à rRNA.

bloc	intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa
cds	779	1328	non ribosom	496	235	PAP2 fam	502	65	hp	615	305	lytic dom	444	143	DUF1489
16s	108	1491		108	1501		108	1501		110	1491		94	1501
atc	30			30			30			30			30
gca	266			255			255			266			254
23s	129	2753		129	2753		129	2753		127	2753		128	2753
5s	236	116		187	116		278	116		202	116		193	116
cds		97	YkgJ fam		614	EAL & GGDEF		387	PQQ		209	pyridoxamine		73	hp
cds	452	295	Hx-t-Hx	740	453	peptido fam	472	419	exo SbcD
16s	108	1491		108	1491		108	1491
atc	30			30			30
gca	266			255			255				cds	676	153	MarR fam
23s	127	2753		129	2753		129	2753			16s	262	1501
5s	96	116		96	116		96	116			23s	145	2754
atgf	870			394			161				cds		369	GNAT fam
cds		264	IS5 fam		101	p-IS5/IS1182		77	p-ATP-bind

abq remarques

• Remarques

  - Les intercalaires élevés des cds: Ce génome ressemble à agr plus qu’à oan, voir le tableau des intercalaires ci-dessous. Le génome oan se rapproche plus des rickettsia avec 12 intercalaires cds-aa supérieurs à 500 et un maximum de 1650. Le génome abq a des intercalaires cds-aa inférieurs à 700 comme agr mais en plus grand nombre, 6 contre 3.

  1. @ Les blocs à RNAs: Les blocs sont nombreux, 9 16s, quasiment identiques et complets.

     - Sur 18 cds 2 hp 1 pseudo et 5 petits avec moins de 210 aas.

     - Tous les blocs sauf un (incomplet, 16s23s) sont de type 16satcgca23s5s dont 5 se terminent avec 5s et 3 avec 5s-atgf.

     - Les intercalaires internes, hors cds, sont quasiment identiques.

     - Les tailles des rRNAs du 23s et du 5s ne varient pas. Il y a 5 16s à 1491 pbs et 4 avec 1501 pbs.

  2. @ Les intercalaires entre aas: Il y a 13 blocs à plusieurs aas, pour 51 au total, contre 3 pour 45 chez oan et 3 pour 38 chez agr. Aussi je distingue 2 groupes comme avec agr et oan qui ont des effectifs très faibles.

     - un groupe de 10, normal dans cette étude, autour de 15 de moyenne, de 3 à 60 pbs

     - un groupe de 7, extrême, de 76 à 220 pbs. Le maximum est équivalent à celui de oan mais nettement inférieur aux 2 extrêmes de agr, 793 et 446.

  3. @ Les plasmides: génome exceptionnel avec 5 plasmides et 9 blocs à rRNAs. Exceptionnel aussi du fait qu’un plasmide, le plasmide 1, contient 4 blocs à rRNAs, soit 2 fois plus que le chromosome avec 2 blocs. Cette situation rappelle le cas unique du génome aua où le seul bloc à rRNA se trouve sur l’unique et tout petit plasmide de 10k pbs.
• Séquences des doubles: sur les 51 blocs à aas seulement 13 ont plus d’un aa. Les doubles sont tous des doublets de blocs à 2 aas, 5 sur 11, ccg aag gag gtg cac.

• Tableau des intercalaires

abq intercalaires entre aas	abq intercalaires cds		abq intercalaires cds			
1370697	aac-tgc	220		810890	atgf	870		2641475	ggc	688	
616472	ccg-ccg	206		1431525	16s	779		2766227	ggg	659	
1723802	gac-gta	164		120008	16s	740		1997840	atgj	595	
1165208	gtg-gtg	132		1354091	16s	676		972026	agc	493	
1735337	cac-cac	109		510548	16s	615		1725057	ctc	475	
1443296	gcg-gac	99		404350	16s	502		86421	ggc	455	
796280	aag-aag	76		2787506	16s	496		1354448	aga	443	
				302206	16s	472		52318	tgg	481-363	
				814616	16s	452		2304295	tta	414-406	isolé
				1570334	16s	444					
											
intercalaires supérieurs à 500 pbs.											
	agr	oan	abq								
16s	2	4	6								
aas	6	12	3								
max 16s	633	998	870								
max aas	793	1650	688								

abq distribution

• Lien tableur: abq distribution
• Notes

aag2 cac2 ccg2 gag3 gtg3  
ggc: 3 1aa et 1 >1aa

Al6 abq, Azospirillum brasilense strain Az39. alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	2	tgc	1
f atc	8	j acc	2	aac	3	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	2	cgt	2
h gtc	2	n gcc	3	gac	3	ggc	4
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta		o gca	8	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj	1	l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg	3	h ccg	2	cag	2	cgg	1
p gtg	3	p gcg	2	gag	3	ggg	1
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
abq	30	38		3		16	87

abq. Intergen51

Intergen51. abq. Le génome

• abq Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: abq, Azospirillum brasilense strain Az39 chromosome, NCBI [28], date 25.4.21.
• abq La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
abq	356,439		3,064,393	11.6

abq données intercalaires

• Lien tableur: abq données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI:Aalpha

abq données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

abq autres intercalaires aas

• Lien tableur: abq données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI:Aalpha

Intergen51. abq. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. abq les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 abq les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,561 330 4 1,895 2.0 16 2 18 x 888 37 2 927 0 2 2 t 2,449 367 6 2,822 16 4 20 % 86.8 13.0 0.2

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 37 0 0 37 1.4 tRNA-CDS 64 62 x 27 0 0 27 RNA-RNA 16 15 t 64 0 0 64 CDS-rRNA 4 4 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 20 19 - total 104 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.6 10.8 2.1 25.4 2.7 79 0.2 0.0 x 9.2 3.7 13.5 19.8 3.7 19 0.2 0.0

Intergen51. abq. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: abq données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées abq fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. abq fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	abq
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.726	-2.54E-06	1.74E-03	-4.43E-01	59.8	fx1	abscisse	255.0	190.6
0.871	-2.17E-06	1.96E-03	-6.55E-01	86.2	fc1	ordonnée	17.0	22.1
								
0.846	2.17E-06	-1.66E-03	2.89E-01	15.3	fx41			
0.951	2,78E-06	-1,59E-03	1,03E-01	41.0	fc31

• Le rfin après 400 est de 57 sur un total de 1565. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 560, reste 16. L'indice i.rfin1 = 41/160 = 0.256.
• Moyennes glissantes fc+400,diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	abq		calculs			poly3	abq
effect	1565		R2.21	768		abscis	400
xm	37		pte	15,49		flexa	189
ym	6		cste	4,41		flexo	2,16
x1m	220		r400l	180		xm	35
y1m	1		restp	134,19		sup4	229,3
rfin	36,42		%sd	32,17		sup4t	535,5
bornf	146		lond	183		%	42,8
supd	186,45		%sf	30,50		long	154
supdt	579,55		lonf	109		R2	624
xmp	286,26		sf/lf	1,18			
r400	97,76		sr/lr	0,78			
supf	129,00		sd/ld	1,02			
supft	423,00		i.r400	0,54						

Intergen51. abq. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	abq			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	61		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		6	199		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		30	70		1642	8424
total		37	330		2,456	23,544
reste		5	7		264	420
s6		2	1		361	41
s7		4	14		321	1438
s8		19	48		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		6.0	3.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		6.7	1.4		22.0	0.5
s7/sp6		13.3	20.0		19.5	17.1
s8/sp6		63.3	68.6		42.4	77.5
reste/sp6	16.7	10.0		16.1	5.0
						
total s1-5	7	260		814	15120
% / total						
%s1-5		18.9	78.8		33.1	64.2
%sp6		81.1	21.2		66.9	35.8

Intergen51. abq. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	1
16s 23s					5s CDS		1	1
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	8			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		16	0		total		2	2

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. abq. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. abq. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

abqp. Intergen51

Intergen51. abqp. Le génome

• abqp Le prélèvement: Aabqp
• Le nom et le lien NCBI: abqp, Azospirillum brasilense strain Az39 plasmid AbAZ39_p1, NCBI [29], date 26.4.22.
• abqp La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
abqp	217,409		1,901,707	11.4	

abqp données intercalaires

• Lien tableur: abqp données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

abqp données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

abqp autres intercalaires aas

• Lien tableur: abqp autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. abqp. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. abqp les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 abqp les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 919 235 2 1,156 2.2 21 1 22 x 496 26 1 523 0 5 5 t 1,415 261 3 1,679 21 6 27 % 84.3 15.5 0.2

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 10 0 0 10 0.6 tRNA-CDS 26 40 x 16 0 0 16 RNA-RNA 21 32 t 26 0 0 26 CDS-rRNA 6 9 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 12 18 - total 65 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 5.0 0.0 3.0 25.1 0.0 74 0.2 0.0 x 8.7 6.3 23.1 19.1 6.3 8 0.2 0.0

Intergen51. abqp. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: abqp données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées abqp fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. abqp fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	abqp
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.650	-2.13E-06	1.44E-03	-3.77E-01	56.1	fx1	abscisse	251.5	176.0
0.923	-2.61E-06	2.27E-03	-7.16E-01	89.0	fc1	ordonnée	18.5	23.2
								
0.762	2.24E-06	-1.69E-03	2.93E-01	16.1	fx41			
0.930	1.78E-06	-9.40E-04	-1.28E-02	44.9	fc41

• Le rfin après 400 est de 46 sur un total de 941. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 720, reste 10. L'indice i.rfin1 = 36/320 = 0.112.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	abqp		calculs			poly3	abqp
effect	921		R2.21	689		abscis	400
xm	45		pte	12,27		flexa	166
ym	3		cste	3,81		flexo	2,40
x1m	229		r400l	171		xm	45
y1m	1		restp	128,12		sup4	169,7
rfin	49,95		%sd	38,51		sup4t	423,5
bornf	174		lond	184		%	40,1
supd	206,6		%sf	37,34		long	121
supdt	536,4		lonf	129		R2	494
xmp	335,50		sf/lf	1,28			
r400	78,18		sr/lr	0,76			
supf	164,6		sd/ld	1,12			
supft	440,8		i.r400	0,46			

Intergen51. abqp. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	abqp			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	30		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		1	143		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		24	62		1642	8424
total		26	235		2,456	23,544
reste		6	7		264	420
s6		2	1		361	41
s7		7	14		321	1438
s8		9	40		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		1.0	4.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		8.3	1.6		22.0	0.5
s7/sp6		29.2	22.6		19.5	17.1
s8/sp6		37.5	64.5		42.4	77.5
reste/sp6	25.0	11.3		16.1	5.0
						
total s1-5	2	173		814	15120
% / total						
%s1-5		7.7	73.6		33.1	64.2
%sp6		92.3	26.4		66.9	35.8

Intergen51. abqp. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		3			CDS 16s		1	3
16s 23s		1			5s CDS			1
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			1
tRNA in		3			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	6			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		21	0		total		1	5

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. abqp. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. abqp. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

Azospirillum brasilense Sp245

abs opérons

• Lien tableur: abs opérons
• Liens: gtRNAdb [30], NCBI [31], génome [32]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Azospirillum.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A9. Azospirillum brasilense strain Sp245

68.45%GC	10.1.20 Paris	80	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
chromosome [33]
comp	16414..16980	cds		163	163			189		prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	17144..17218	ggc		670	670
	17889..18566	cds						226		demethylmenaquinone methyltransferase
	84790..85017	cds		114	114			76		osmotically-inducible lipoprotein B
comp	85132..85205	ggg		35	35
comp	85241..85900	cds						220		N-acetyltransferase
comp	93530..94258	cds		60	60			243		SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
comp	94319..94395	agg		175	175
	94571..96262	cds						564		hp
comp	131833..132117	cds		206	206			95		YggT family protein
	132324..132399	gcg		140	140
comp	132540..133586	cds						349		DMT family transporter
comp	483582..484082	cds		170	170			167		xanthine phosphoribosyltransferase
	484253..484329	cgt		77	77
comp	484407..484586	cds						60		hp
	536869..537573	cds		495	495			235		phosphatase PAP2 family protein
	538069..539152	16s’	@1	189				1084
	539342..540019	23s°		127				678
	540147..540262	5s		153	153			116
comp	540416..542290	cds						625		GGDEF domain-containing protein
	600048..601079	cds		79	79			344		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	601159..601233	acg		81	81
comp	601315..603243	cds						643		DNA helicase RecQ
comp	656242..656520	cds		169	169			93		hp
comp	656690..656765	gcc		141	141
comp	656907..657305	cds						133		TIGR02300 family protein
comp	864141..864458	cds		209	209			106		50S ribosomal protein L21
	864668..864757	tcg		79	79
comp	864837..865679	cds						281		alpha/beta hydrolase
	927651..927896	cds		392	392			82		hp
	928289..928371	tta		175	175
	928547..929164	cds						206		hp
comp	1148345..1149223	cds		234	234			293		N-formylglutamate amidohydrolase
	1149458..1149532	gtc		106	106
comp	1149639..1151516	cds						626		methyl-accepting chemotaxis protein
	1243974..1245108	cds		131	131			378		tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
	1245240..1245314	atgj		354	354
comp	1245669..1246637	cds						323		NAD(+) diphosphatase
	1279875..1280237	cds		74	74			121		hp
comp	1280312..1280397	tac		148	148
comp	1280546..1281172	cds						209		nitrogen fixation protein NifQ
comp	1500772..1501110	cds		338	338			113		P-II family nitrogen regulator
	1501449..1501524	cac	+	109		109
	1501634..1501709	cac	2 cac	129	129
	1501839..1503305	cds		106	106			489		bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
	1503412..1504977	cds		173	173			522		malonyl-CoA decarboxylase
	1505151..1505235	cta		91	91
	1505327..1506661	cds						445		trigger factor
	1511745..1512017	cds		105	105			91		HU family DNA-binding protein
	1512123..1512197	gta		163		163
	1512361..1512437	gac		344	344
	1512782..1513150	cds						123		NADH-quinone oxidoreductase subunit A
	1657596..1659397	cds		123	123			601		p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
	1659521..1659596	gaa		234	234
	1659831..1660671	cds						280		aldo/keto reductase
comp	1808199..1808735	cds		79	79			179		hp
	1808815..1808892	cca		49	49
	1808942..1809238	cds		10	10			99		ETC complex I subunit
	1809249..1809325	aga		442	442
	1809768..1810013	cds						82		hp
comp	1825075..1825305	cds		210	210			77		hp
comp	1825516..1825591	aac	@2	219		219
comp	1825811..1825884	tgc		217	217
	1826102..1826758	cds						219		protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
comp	1878424..1878714	cds		244	244			97		YkgJ family cysteine cluster protein
comp	1878959..1879074	5s		123				116
comp	1879198..1881950	23s		272				2753
comp	1882223..1882298	gca		32			32
comp	1882331..1882407	atc		110
comp	1882518..1883224	16s°		100	100			707
<comp	1883325..1883763	cds						146		p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
	1896604..1897080	cds		192	192			159		peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
comp	1897273..1897347	acc		162	162
comp	1897510..1899495	cds						662		polysaccharide biosynthesis protein
comp	2032701..2033588	cds		165	165			296		DUF3108 domain-containing protein
	2033754..2033828	gtg	+	132		132
	2033961..2034035	gtg	2 gtg	231	231
	2034267..2034431	cds						55		hp
	2113098..2113601	cds		85	85			168		MerR family transcriptional regulator
	2113687..2113763	ccc		140	140
comp	2113904..2115682	cds						593		cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
comp	2163405..2167388	cds		775	775			1328		non-ribosomal peptide synthetase
	2168164..2168552	16s°		100				389
comp	2168653..2169323	16s°		522	522			671
comp	2169846..2170325	cds						160		DUF2141 domain-containing protein
	2176963..2177427	cds		107	107			155		membrane protein
comp	2177535..2177610	gcc		30		30
comp	2177641..2177727	ctg		135	135
comp	2177863..2180208	cds						782		mechanosensitive ion channel
	2233677..2234435	cds		92	92			253		hp
comp	2234528..2234603	gag	+	38		38
comp	2234642..2234717	gag	2 gag	68	68
comp	2234786..2235836	cds						350		p-low specificity L-threonine aldolase
comp	2293087..2293593	cds		211	211			169		hp
	2293805..2293881	cgt		137	137
	2294019..2294495	cds		5	5			159		GNAT family N-acetyltransferase
comp	2294501..2294576	atgi		145	145
comp	2294722..2296683	cds						654		RNA polymerase sigma factor RpoD
	2372946..2373401	cds		86	86			152		MaoC family dehydratase
comp	2373488..2373563	aag	+	74		74
comp	2373638..2373713	aag	2 aag	309	309
	2374023..2375549	cds						509		methyltransferase domain-containing protein
comp	2418203..2418400	cds		69	69			66		preprotein translocase subunit SecE
comp	2418470..2418545	tgg		152	152
comp	2418698..2419888	cds		81	81			397		elongation factor Tu
comp	2419970..2420043	gga		60		60
comp	2420104..2420189	tac		144	144
	2420334..2421188	cds		91	91			285		23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	2421280..2421355	aca		137	137
	2421493..2423187	cds						565		site-specific integrase
	2561207..2562223	cds		109	109			339		farnesyltranstransferase
	2562333..2562409	ccg	+	205		205
	2562615..2562691	ccg	2 ccg	136	136
	2562828..2563241	cds						138		hp
comp	2680406..2680930	cds		140	140			175		disulfide bond formation protein B
	2681071..2681157	ttg		162	162
	2681320..2681715	cds						132		cupin domain-containing protein
	2856509..2858152	cds		365	365			548		recombinase family protein
comp	2858518..2858608	tcc		118	118
comp	2858727..2859530	cds						268		alpha/beta hydrolase
plasmide1 [34]			@3
	198109..199200	cds		84	84			364		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	199285..199360	aaa		135	135
comp	199496..200044	cds						183		pantetheine-phosphate adenylyltransferase
	243776..244348	cds		205	205			191		hp
	244554..244643	tca		143	143
	244787..245683	cds						299		diguanylate cyclase
	338004..339383	cds		116	116			460		hp
comp	339500..339586	ctc		257	257
comp	339844..340836	cds						331		alpha/beta hydrolase
comp	364473..365501	cds		200	200			343		Ppx/GppA family phosphatase
	365702..365775	cag		746	746
	366522..367214	cds						231		FadR family transcriptional regulator
	474173..477079	cds		298	298			969		PAS domain-containing protein
	477378..477464	ctg		30		30
	477495..477570	gcc		238	238
	477809..478123	cds						105		hp
	599223..600230	cds		245	245			336		inorganic phosphate transporter
comp	600476..600550	ggc		351	351
	600902..602071	cds						390		adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein
comp	629856..631229	cds		154	154			458		tetratricopeptide repeat protein
	631384..631458	acc		1		1
	631460..631535	gcg		99		99
	631635..631711	gac		35		35
	631747..631821	gtc		1		1
	631823..631896	cag		153	153
	632050..632259	cds						70		hp
>comp	699265..699846	cds		210	210			194		P-hp
	700057..700132	aac		4		4
	700137..700213	gac		32	32
comp	700246..700851	cds						202		hp
	909530..909766	cds		153	153			79		hp
comp	909920..910035	5s		127				116
comp	910163..912915	23s		271				2753
comp	913187..913262	gca		30			30
comp	913293..913369	atc		110
comp	913480..914970	16s		486	486			1491
	915457..916713	cds						419		exonuclease subunit SbcD
comp	998160..999149	cds		229	229			330		complex I NDUFA9 subunit family protein
	999379..999465	ctg		123	123
	999589..1000215	cds						209		ribonuclease D
comp	1098197..1098655	cds		675	675			153		MarR family transcriptional regulator
	1099331..1100821	16s		107				1491
	1100929..1101005	atc		31			31
	1101037..1101112	gca		271
	1101384..1104136	23s		147	147			2753
comp	1104284..1105390	cds						369		GNAT family N-acetyltransferase
	1157171..1157356	cds		98	98			62		DNA gyrase inhibitor YacG
	1157455..1157530	ttc		178	178
	1157709..1158686	cds						326		alpha-(1,3)-fucosyltransferase
	1394614..1396740	cds		453	453			709		PAS domain S-box protein
	1397194..1397287	agc		52	52
comp	1397340..1397858	cds						173		tyrosine-type recombinase/integrase
	1399009..1399830	cds		301	301			274		hp
comp	1400132..1400206	caa		79	79
comp	1400286..1402379	cds						698		hp
	1577667..1578095	cds		457	457			143		DUF1489 domain-containing protein
	1578553..1580043	16s		110				1491
	1580154..1580230	atc		31			31
	1580262..1580337	gca		269
	1580607..1581986	23s°		100				1380
	1582087..1582616	23s°		123				530
	1582740..1582855	5s		100				116
	1582956..1583032	atgf		706	706
	1583739..1585157	cds						473		pyruvate kinase
plasmide2 [35]
	271302..272090	cds		529	529			263		ATP-binding cassette domain-containing protein
	272620..272695	tgg		480	480
	273176..273922	cds						249		sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
	449562..450338	cds		465	465			259		IclR family transcriptional regulator
	450804..452289	16s		584				1486
	452874..453640	23s°		128				767
	453769..453884	5s		101				116
	453986..454062	atgf		359	359
comp	454422..457751	cds						1110		NERD domain-containing protein
plasmide4 [36]
>comp	131140..131621	cds		193	193			161		p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
	131815..131891	atgf		202	202
comp	132094..132276	cds						61		hp
comp	197300..198643	cds		738	738			448		peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
	199382..199953	16s°		193				572
	200147..200223	atgf		437	437
comp	200661..202571	cds						637		PAS domain-containing sensor histidine kinase
	246777..248687	cds		208	208			637		RNA-directed DNA polymerase
comp	248896..248972	cgg		96	96
comp	249069..249983	cds						305		alpha/beta hydrolase
	319641..319943	cds		134	134			101		STAS domain-containing protein
comp	320078..320164	ctc		125	125
	320290..321018	cds						243		lipoyl(octanoyl) transferase LipB
comp	401067..402227	cds		281	281			387		PQQ-dependent sugar dehydrogenase
comp	402509..402624	5s		129				116
comp	402754..403402	23s°		106				649
comp	403509..403880	16s°		502	502			372
comp	404383..404577	cds						65		hp
	501394..501756	cds		95	95			121		response regulator
	501852..501927	aac		4		4
	501932..502008	gac		4		4
	502013..502087	ggc		102	102
comp	502190..502957	cds						256		helix-turn-helix transcriptional regulator
	503041..503667	cds		249	249			209		pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
comp	503917..504474	16s°		547	547			558
	505022..506005	cds						328		lytic transglycosylase domain-containing protein
comp	601019..603679	cds		358	358			887		bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
	604038..604113	ttc		318	318
>	604432..605613	cds						394		site-specific integrase
plasmide6 [37]
	88804..89472	cds		397	397			223		RraA family protein
	89870..89944	ggc		249	249
	90194..91186	cds						331		UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)

abs cumuls

• Lien tableur: abs cumuls

cumuls. abs.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 30-300
avec rRNA	opérons	10	1	2		1	0	1		100	18	1	0
	16atcgca235	1	20	3		50	5	40		200	29	30	0
	Id-23s°-atgf	1	40	4	4	100	22	80		300	26	60	3
	1623s°5atgf	1	60	1		150	29	120		400	20	90	10
	max a	3	80	1		200	18	160		500	7	120	9
	a doubles	0	100	1		250	18	200		600	6	150	8
	autres	7	120	1		300	3	240		700	9	180	13
	total aas	10	140	1		350	5	280		800	2	210	9
sans	opérons	51	160	0		400	7	320		900	1	240	6
	1 aa	39	180	1		450	2	360		1000	1	270	8
	max a	5	200	0		500	6	400		1100	0	300	7
	a doubles	5		2			10				2		48
	total aas	67		17	4		125		0		121		121
total aas
remarques		3
avec jaune			moyenne	71	31		221				308
			variance	72	1		168				230
sans jaune			moyenne				151				242		166
			variance				72				137		72

abs tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de abs opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

abs	63			69			44			88
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
5	145		210	32		79	49		145	5
10	442		114	35		81	79		442	10
60	175		79	49		92	68		210	32
69	152		453	52		102	95		114	35
74	148		92	68		114	35		79	49
79	81		170	77		134	125		453	52
79	49		209	79		135	84		175	60
81	144		301	79		135	107		92	68
84	135		79	81		136	109		152	69
85	140		173	91		137	91		148	74
86	309		208	96		140	85		170	77
91	137		95	102		144	81		81	79
92	68		234	106		145	5		209	79
95	102		365	118		148	74		301	79
98	178		229	123		152	69		144	81
105	344		134	125		154	153		135	84
107	135		338	129		162	140		140	85
109	136		84	135		169	141		309	86
114	35		107	135		170	77		137	91
116	257		109	136		173	91		173	91
123	234		91	137		175	60		102	95
131	354		211	137		178	98		208	96
134	125		85	140		192	162		178	98
140	162		206	140		202	193		344	105
154	153		169	141		205	143		234	106
163	670		205	143		206	140		135	107
165	231		81	144		208	96		136	109
169	141		5	145		209	79		257	116
170	77		74	148		210	32		365	118
173	91		69	152		211	137		229	123
192	162		154	153		217	210		234	123
193	202		140	162		229	123		134	125
200	746		192	162		231	165		338	129
205	143		60	175		234	106		354	131
206	140		392	175		234	123		211	137
208	96		98	178		257	116		162	140
209	79		193	202		298	238		206	140
210	217		210	217		301	79		169	141
210	32		165	231		309	86		205	143
211	137		123	234		338	129		154	153
229	123		298	238		344	105		192	162
234	106		397	249		351	245		670	163
245	351		116	257		354	131		231	165
298	238		86	309		358	318		392	175
301	79		358	318		365	118		202	193
338	129		105	344		392	175		746	200
358	318		245	351		397	249		217	210
365	118		131	354		442	10		298	238
392	175		10	442		453	52		351	245
397	249		529	480		529	480		397	249
453	52		163	670		670	163		358	318
529	480		200	746		746	200		529	480

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.

alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
abs	6,817		104		69	27	6	2	33	36	23	46
‰					663	260	58	19	635	692	442	885

abs blocs

abs blocs abrégé

• Lien tableur: abs blocs abrégé
• Note:

  - hp pour hypothetical protein

  - p- pour pseudo, par exemple p-elon en abrégé donne p-elongation factor Tu.

A9p. abs abq, protéines.

abrégé	nom
23s RlmB	23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
50s L21	50S ribosomal protein L21
AAA fam	AAA family ATPase
ab hydrolase	alpha/beta hydrolase
ab hydrolase f	alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein
AG cyclase	adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein
ak reductase	aldo/keto reductase
ATP bind	ATP-binding cassette domain-containing protein
bacteriofer	bacterioferritin
bif CoA	bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
bif NAD	bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
chemotaxis p	methyl-accepting chemotaxis protein
cupin dom	cupin domain-containing protein
cyclicN bind	cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
diG cyclase	diguanylate cyclase
dip ABC	dipeptide ABC transporter ATP-binding protein
disulfide	disulfide bond formation protein B
DMT fam	DMT family transporter
DUF1489	DUF1489 domain-containing protein
DUF2141	DUF2141 domain-containing protein
DUF3108	DUF3108 domain-containing protein
DUF3618	DUF3618 domain-containing protein
EAL & GGDEF	EAL and GGDEF domain-containing protein
elonga Tu	elongation factor Tu
ETC complex	ETC complex I subunit
exo SbcD	exonuclease subunit SbcD
FAD bind	FAD-binding oxidoreductase
FadR fam	FadR family transcriptional regulator
farnesyl	farnesyltranstransferase
fucosyl	alpha-1,3-fucosyltransferase
GGDEF dom	GGDEF domain-containing protein
glycosyl	glycosyltransferase
GNAT fam	GNAT family N-acetyltransferase
gyrase YacG	DNA gyrase inhibitor YacG
Hase HypA	hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA
helicas RecQ	DNA helicase RecQ
HU bind	HU family DNA-binding protein
Hx-t-Hx	helix-turn-helix transcriptional regulator
Hx-t-Hx dom	helix-turn-helix domain-containing protein
IclR fam	IclR family transcriptional regulator
inorganic P	inorganic phosphate transporter
IS3 fam	IS3 family transposase
IS5 fam	IS5 family transposase
L-iso-Asp	protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
lipoyl LipB	lipoyl(octanoyl) transferase LipB
low Thr	low specificity L-threonine aldolase
lytic dom	lytic transglycosylase domain-containing protein
malate G	malate synthase G
malonyl CoA	malonyl-CoA decarboxylase
MaoC fam	MaoC family dehydratase
MarR fam	MarR family transcriptional regulator
mecano ion	mechanosensitive ion channel
membrane p	membrane protein
menaquinone	dimethylmenaquinone methyltransferase
MerR fam	MerR family transcriptional regulator
methyl trans	methyltransferase domain-containing protein
N-acetyl trans	N-acetyltransferase
N-formyl Glu	N-formylglutamate amidohydrolase
NAD diP	NAD(+) diphosphatase
NADH-quinone	NADH-quinone oxidoreductase subunit A
NDUFA9	complex I NDUFA9 subunit family protein
NERD dom	NERD domain-containing protein
nitrogen NifQ	nitrogen fixation protein NifQ
non ribosom	non-ribosomal peptide synthetase
osmose LipB	osmotically-inducible lipoprotein B
p-ATP-bind	p-ATP-binding protein
p-erythrose	p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
P-II nitrogen	P-II family nitrogen regulator
p-IS5/IS1182	P-IS5/IS1182 family transposase
p-low Thr	p-low specificity L-threonine aldolase
p-ssDNA exo	p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
pantetheine	pantetheine-phosphate adenylyltransferase
PAP2 fam	phosphatase PAP2 family protein
PAS dom	PAS domain-containing protein
PAS kinase	PAS domain-containing sensor histidine kinase
PAS S-box	PAS domain S-box protein
peptido fam	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
peptido Pal	peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
polymerase	RNA-directed DNA polymerase
polysacchard	polysaccharide biosynthesis protein
Ppx/GppA	Ppx/GppA family phosphatase
PQQ	PQQ-dependent sugar dehydrogenase
Prolyl-tRNA	prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
pyridoxamine	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
pyruvate kin	pyruvate kinase
recombinase	recombinase family protein
response reg	response regulator
restriction end	restriction endonuclease
ribonucleaseD	ribonuclease D
RraA fam	RraA family protein
SDR fam	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
sigma RpoD	RNA polymerase sigma factor RpoD
sigma-70 fam	sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
SLT dom	transglycosylase SLT domain-containing protein
ss integrase	site-specific integrase
Ss-DNA	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
STAS dom	STAS domain-containing protein
subunit SecE	preprotein translocase subunit SecE
tetratricopep	tetratricopeptide repeat protein
TIGR02300	TIGR02300 family protein
trigger factor	trigger factor
tRNA MnmA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
Tyr rec/int	tyrosine-type recombinase/integrase
UDP-N-acetyl	UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)
xanthine	xanthine phosphoribosyltransferase
YggT fam	YggT family protein
YkgJ fam	YkgJ family cysteine cluster protein

abs blocs tableau

• Lien tableur: abs blocs tableau
• Légende: lien au tableau des protéines, abrégé

  - vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cds) sont en aas.

• Note: 10 cds < 259 sur 20 dont 2 hp + 1 p

A9b. abs blocs.

gène	inter	long	abrégé	gène	inter	long	abrégé	gène	inter	long	abrégé
cds	486	419	SbcD	cds	100	146	P-eryt	cds	675	153	MarR
16s	110	1491		16s°	110	707		16s	107	1491
atc	30			atc	32			atc	31
gca	271			gca	272			gca	271
23s	127	2753		23s	123	2753		23s	147	2753
5s	153	116		5s	244	116		cds		369	GNAT
cds		79	hp	cds		97	YkgJ
cds	457	143	DUF1489
16s	110	1491
atc	31
gca	269
23s°	100	1380
23s°	123	530
5s	100	116
atgf	706
cds		473	pyruvat
cds	465	259	IclR	cds	502	65	hp	cds	495	235	PAP2
16s	584	1486		16s°	106	372		16s'	189	1084
23s°	128	767		23s°	129	649		23s°	127	678
5s	101	116		5s	281	116		5s	153	v116
atgf	359			cds		387	PQQ	cds		625	GGDEF
cds		1110	NERD
cds	775	1328	non-rib	cds	738	448	peptido	cds	249	209	pyridox
16s°	100	389		16s°	193			16s°	547	558
16s°	522	671		atgf	437			cds		328	lytic
cds		160	DUF2141	cds		637	PAS

abs abq blocs

• Lien tableur: abs abq blocs
• Légende: lien au tableau des protéines, abs abq blocs abrégé

  - vert: la taille des rRNAs en pbs alors qu'en clair les protéines (cdsa) sont en aas.

  - 16s° 16s' 23s°

  - comp: complement, le cds a changé de brin. Cela ressemble à une recombinaison. Exemple CHA1

  - hp caracter: hypothetical protein caractérisée. Le cds est, dans un génome hypothétique, alors que dans l'autre il est caractérisé,tout en ayant à peu près même taille et même intercalaire. Exemple CHA

  - modif: le cds a le même nom mais la taille est légèrement modifiée, ou bien le nom est modifié et nom et intercalaire sont les mêmes. Exemple CHA CHC

  - déplacé: Le cds est déplacé avec son rRNA, tout en conservant taille et intercalaire. Exemple le pavé après CHE

  - d’où?: je ne peux pas savoir de quel bloc à rRNAs, il vient. Exemple le pavé après CHE

  - recomb: En bordure un changement net du cds est du à la recombinaison d'un pavé de clusters. Exemple CHC

  - recombi: à l'intérieur, un changement net de cds est du à un déplacement ou à une recombinaison interne. Exemple CHC

  - insertion: C'est le cas typique du bloc à rRNAs incomplet qui lui manque 5s et atcgca dans abq. Exemple PL1G

  - bloc?: cela vient de quel bloc à rRNA? Exemple PL1I

  - réunion: 2 déplacés réunis. Exemple PL1I, réunion de bloc? et où?.

• Notes:

  - PL1G

  - disparition des atc et gca internes non retrouvés dans les blocs aas

  - Les 5s ne sont pas abimés mais 2 disparaissent

  - Les atgf disparaissent aussi

  - Les 23s, 2 de perdus et 4 de modifiés et perdent leur 5s et 5satgf au contraire de rpm

  - Les 16s, aucun perdu, 4 modifiés s° et 1 modifié s'.

  - Les blocs rRNAs modifiés restent sur place.

A9-2b. Comparaison abs abq

A9. Azospirillum brasilense strain Sp245 sens adresse bloc inter cdsa protéine Note chrom 2856509..2858152 cds 365 548 recombinase CHA1 comp 2858518..2858608 tcc 118 comp 2858727..2859530 cds 268 ab hydrolase   comp 16414..16980 cds 163 189 Prolyl-tRNA CHA 17144..17218 ggc 670 17889..18566 cds 226 menaquinone   84790..85017 cds 114 76 osmose LipB comp comp 85132..85205 ggg 35 comp 85241..85900 cds 220 N-acetyl trans   comp 93530..94258 cds 60 243 SDR fam comp 94319..94395 agg 175 94571..96262 cds 564 hp hp caracter   comp 131833..132117 cds 206 95 YggT fam 132324..132399 gcg 140 comp 132540..133586 cds 349 DMT fam modif   comp 483582..484082 cds 170 167 xanthine 484253..484329 cgt 77 comp 484407..484586 cds 60 hp   536869..537573 cds 495 235 PAP2 fam 538069..539152 16s’ 189 1084 539342..540019 23s° 127 678 540147..540262 5s 153 116 comp 540416..542290 cds 625 GGDEF dom       600048..601079 cds 79 344 Tyr rec/int comp comp 601159..601233 acg 81 comp 601315..603243 cds 643 helicas RecQ   CHB comp 656242..656520 cds 169 93 hp comp 656690..656765 gcc 141 comp 656907..657305 cds 133 TIGR02300   comp 864141..864458 cds 209 106 50s L21 864668..864757 tcg 79 comp 864837..865679 cds 281 ab hydrolase   2233677..2234435 cds 92 253 hp recomb comp 2234528..2234603 gag 38 comp 2234642..2234717 gag 68 comp 2234786..2235836 cds 350 p-low Thr modif   comp 2293087..2293593 cds 211 169 hp CHC 2293805..2293881 cgt 137 2294019..2294495 cds 5 159 GNAT fam comp 2294501..2294576 atgi 145 comp 2294722..2296683 cds 654 sigma RpoD   2372946..2373401 cds 86 152 MaoC fam comp 2373488..2373563 aag 74 comp 2373638..2373713 aag 309 2374023..2375549 cds 509 methyl trans   comp 2418203..2418400 cds 69 66 subunit SecE comp 2418470..2418545 tgg 152 comp 2418698..2419888 cds 81 397 elonga Tu comp 2419970..2420043 gga 60 comp 2420104..2420189 tac 144 2420334..2421188 cds 91 285 23s RlmB 2421280..2421355 aca 137 2421493..2423187 cds 565 ss integrase recombi   2561207..2562223 cds 109 339 farnesyl 2562333..2562409 ccg 205 2562615..2562691 ccg 136 2562828..2563241 cds 138 hp   comp 2680406..2680930 cds 140 175 disulfide 2681071..2681157 ttg 162 2681320..2681715 cds 132 cupin dom   1896604..1897080 cds 192 159 peptido Pal CHD comp 1897273..1897347 acc 162 comp 1897510..1899495 cds 662 polysacchard   comp 2032701..2033588 cds 165 296 DUF3108 2033754..2033828 gtg 132 2033961..2034035 gtg 231 2034267..2034431 cds 55 hp   2113098..2113601 cds 85 168 MerR fam 2113687..2113763 ccc 140 comp 2113904..2115682 cds 593 cyclicN bind   comp 1808199..1808735 cds 79 179 hp CHE 1808815..1808892 cca 49 1808942..1809238 cds 10 99 ETC complex 1809249..1809325 aga 442 1809768..1810013 cds 82 hp   comp 1825075..1825305 cds 210 77 hp comp 1825516..1825591 aac 219 comp 1825811..1825884 tgc 217 1826102..1826758 cds 219 L-iso-Asp   comp 1878424..1878714 cds 244 97 YkgJ fam comp 1878959..1879074 5s 123 116 comp 1879198..1881950 23s 272 2753 comp 1882223..1882298 gca 32 comp 1882331..1882407 atc 110 comp 1882518..1883224 16s° 100 707 <comp 1883325..1883763 cds 146 p-erythrose comp   comp 2163405..2167388 cds 775 1328 non ribosom déplacé 2168164..2168552 16s° 100 389 comp 2168653..2169323 16s° 522 671 d’où? comp 2169846..2170325 cds 160 DUF2141   927651..927896 cds 392 82 hp CHF 928289..928371 tta 175 928547..929164 cds 206 hp recombi   comp 1148345..1149223 cds 234 293 N-formyl Glu 1149458..1149532 gtc 106 comp 1149639..1151516 cds 626 chemotaxis p modif   1243974..1245108 cds 131 378 tRNA MnmA 1245240..1245314 atgj 354 comp 1245669..1246637 cds 323 NAD diP recombi   1279875..1280237 cds 74 121 hp comp 1280312..1280397 tac 148 comp 1280546..1281172 cds 209 nitrogen NifQ   comp 1500772..1501110 cds 338 113 P-II nitrogen 1501449..1501524 cac 109 1501634..1501709 cac 129 1501839..1503305 cds 106 489 bif NAD 1503412..1504977 cds 173 522 malonyl CoA 1505151..1505235 cta 91 1505327..1506661 cds 445 trigger factor   1511745..1512017 cds 105 91 HU bind 1512123..1512197 gta 163 1512361..1512437 gac 344 1512782..1513150 cds 123 NADH-quinone   1657596..1659397 cds 123 601 p-ssDNA exo 1659521..1659596 gaa 234 1659831..1660671 cds 280 ak reductase plasmide1 comp 197300..198643 cds 738 448 peptido fam PL4 199382..199953 16s° 193 572 déplacé 200147..200223 atgf 437 comp 200661..202571 cds 637 PAS kinase déplacé           909530..909766 cds 153 79 hp hp caracter comp 909920..910035 5s 127 116 comp 910163..912915 23s 271 2753 comp 913187..913262 gca 30 PL1B comp 913293..913369 atc 110 comp 913480..914970 16s 486 1491 915457..916713 cds 419 exo SbcD   comp 998160..999149 cds 229 330 NDUFA9 999379..999465 ctg 123 999589..1000215 cds 209 ribonucleaseD     198109..199200 cds 84 364 Tyr rec/int comp comp 199285..199360 aaa 135 comp 199496..200044 cds 183 pantetheine PL1C   243776..244348 cds 205 191 hp 244554..244643 tca 143 244787..245683 cds 299 diG cyclase recomb   1399009..1399830 cds 301 274 hp PL1D comp 1400132..1400206 caa 79 comp 1400286..1402379 cds 698 hp hp caracter   comp 364473..365501 cds 200 343 Ppx/GppA PL1E 365702..365775 cag 746 366522..367214 cds 231 FadR fam comp   1394614..1396740 cds 453 709 PAS S-box recomb 1397194..1397287 agc 52 PL1F comp 1397340..1397858 cds 173 Tyr rec/int recomb   comp 1098197..1098655 cds 675 153 MarR fam PL1G 1099331..1100821 16s 107 1491 1100929..1101005 atc 31 insertion 1101037..1101112 gca 271 1101384..1104136 23s 147 2753 comp 1104284..1105390 cds 369 GNAT fam   1157171..1157356 cds 98 62 gyrase YacG 1157455..1157530 ttc 178 1157709..1158686 cds 326 fucosyl   comp 629856..631229 cds 154 458 tetratricopep PL1H 631384..631458 acc 1 631460..631535 gcg 99 631635..631711 gac 35 631747..631821 gtc 1 631823..631896 cag 153 632050..632259 cds 70 hp comp   1577667..1578095 cds 457 143 DUF1489 PL1I 1578553..1580043 16s 110 1491 bloc? 1580154..1580230 atc 31 1580262..1580337 gca 269 1580607..1581986 23s° 100 1380 réunion 1582087..1582616 23s° 123 530 1582740..1582855 5s 100 116 1582956..1583032 atgf 706 d’où? 1583739..1585157 cds 473 pyruvate kin comp   338004..339383 cds 116 460 hp PL1J comp 339500..339586 ctc 257 comp 339844..340836 cds 331 ab hydrolase comp   474173..477079 cds 298 969 PAS dom PL1K 477378..477464 ctg 30 477495..477570 gcc 238 477809..478123 cds 105 hp comp   599223..600230 cds 245 336 inorganic P comp 600476..600550 ggc 351 600902..602071 cds 390 AG cyclase recomb   >comp 699265..699846 cds 210 194 p-hp PL1L 700057..700132 aac 4 700137..700213 gac 32 comp 700246..700851 cds 202 hp plasmide2 271302..272090 cds 529 263 ATP bind comp 272620..272695 tgg 480 273176..273922 cds 249 sigma-70 fam   449562..450338 cds 465 259 IclR fam modif 450804..452289 16s 584 1486 452874..453640 23s° 128 767 453769..453884 5s 101 116 453986..454062 atgf 359 comp 454422..457751 cds 1110 NERD dom comp     plasmide4 2176963..2177427 cds 107 155 membrane p comp comp 2177535..2177610 gcc 30 comp 2177641..2177727 ctg 135 CH comp 2177863..2180208 cds 782 mecano ion   246777..248687 cds 208 637 polymerase recomb comp 248896..248972 cgg 96 comp 249069..249983 cds 305 ab hydrolase PL4B   319641..319943 cds 134 101 STAS dom comp 320078..320164 ctc 125 320290..321018 cds 243 lipoyl LipB   comp 401067..402227 cds 281 387 PQQ comp 402509..402624 5s 129 116 comp 402754..403402 23s° 106 649 comp 403509..403880 16s° 502 372 comp 404383..404577 cds 65 hp   501394..501756 cds 95 121 response reg 501852..501927 aac 4 501932..502008 gac 4 502013..502087 ggc 102 comp 502190..502957 cds 83 256 Hx-t-Hx 503041..503667 cds 249 209 pyridoxamine comp 503917..504474 16s° 547 558 505022..506005 cds 328 lytic dom modif   comp 601019..603679 cds 358 887 bif CoA 604038..604113 ttc 318 > 604432..605613 cds 394 ss integrase recomb   >comp 131140..131621 cds 193 161 p-erythrose 131815..131891 atgf 202 d’où? comp 132094..132276 cds 61 hp     plasmide6 88804..89472 cds 397 223 RraA fam 89870..89944 ggc 249 90194..91186 cds 331 UDP-N-acetyl

A2. Azospirillum brasilense strain Az39 sens adresse bloc inter cdsa protéine ordre chrom 2482875..2484518 cds 365 548 recombinase CHA1 comp 2484884..2484974 tcc 120 comp 2485095..2485898 cds 268 ab hydrolase   comp 2640759..2641325 cds 149 189 Prolyl-tRNA CHA 2641475..2641549 ggc 688 2642238..2642915 cds 226 menaquinone   comp 2764482..2765567 cds 659 362 hp comp 2766227..2766300 ggg 35 comp 2766336..2766995 cds 220 N-acetyl trans   2781933..2783774 cds 187 614 EAL & GGDEF comp 2783962..2784077 5s 129 116 comp 2784207..2786959 23s 255 2753 comp 2787215..2787290 gca 30 comp 2787321..2787397 atc 108 comp 2787506..2789006 16s 496 1501 comp 2789503..2790207 cds 235 PAP2 fam   2843264..2843443 cds 77 60 hp comp 2843521..2843597 cgt 170 2843768..2844268 cds 167 xanthine   125527..126444 cds 127 306 restriction end comp 126572..126647 gcg 206 126854..127138 cds 95 YggT fam   comp 163237..164982 cds 175 582 Hase HypA 165158..165234 agg 59 165294..166022 cds 243 SDR fam   comp 188235..189860 cds 42 542 glycosyl CHB comp 189903..189977 acg 81 comp 190059..191987 cds 643 helicas RecQ   comp 250833..251111 cds 169 93 hp comp 251281..251356 gcc 141 comp 251498..251893 cds 132 TIGR02300   comp 458142..458459 cds 209 106 50s L21 458669..458758 tcg 63 comp 458822..459664 cds 281 ab hydrolase f   comp 496776..497171 cds 162 132 cupin dom CHC comp 497334..497420 ttg 137 497558..498085 cds 176 disulfide   comp 615937..616350 cds 121 138 hp comp 616472..616548 ccg 206 comp 616755..616831 ccg 109 comp 616941..617957 cds 339 farnesyl   comp 748703..749161 cds 38 153 hp comp 749200..749275 aca 91 comp 749367..750221 cds 144 285 23s RlmB 750366..750451 tac 60 750512..750585 gga 81 750667..751857 cds 153 397 elonga Tu 752011..752086 tgg 69 752156..752353 cds 66 subunit SecE   comp 794457..795983 cds 296 509 methyl trans 796280..796355 aag 76 796432..796507 aag 109 comp 796617..797057 cds 147 MaoC fam   870412..872373 cds 159 654 sigma RpoD 872533..872608 atgi 5 comp 872614..873093 cds 134 160 GNAT fam comp 873228..873304 cgt 212 873517..874023 cds 169 hp   931962..933011 cds 68 350 low Thr 933080..933155 gag 38 933194..933269 gag 72 comp 933342..934340 cds 333 SLT dom   997881..998357 cds 246 159 peptido Pal CHD comp 998604..998678 acc 175 comp 998854..1000815 cds 654 polysacchard   comp 1164137..1165048 cds 159 304 DUF3108 1165208..1165282 gtg 132 1165415..1165489 gtg 231 1165721..1165885 cds 55 hp   1242416..1242919 cds 85 168 MerR fam 1243005..1243081 ccc 139 comp 1243221..1244999 cds 593 cyclicN bind   comp 1353398..1353895 cds 118 166 hp CHE 1354014..1354091 cca 49 1354141..1354437 cds 10 99 ETC complex 1354448..1354524 aga 443 1354968..1355213 cds 82 hp   comp 1370270..1370500 cds 196 77 hp comp 1370697..1370772 aac 220 comp 1370993..1371066 tgc 218 1371285..1371941 cds 219 L-iso-Asp   comp 1427443..1427733 cds 236 97 YkgJ fam comp 1427970..1428085 5s 129 116 comp 1428215..1430967 23s 266 2753 comp 1431234..1431309 gca 30 comp 1431340..1431416 atc 108 comp 1431525..1433015 16s 779 1491 1433795..1437778 cds 1328 non ribosom             comp 1576457..1577296 cds 243 280 ak reductase CHF comp 1577540..1577615 gaa 123 comp 1577739..1579538 cds 600 ss-DNA   comp 1723089..1723457 cds 344 123 NADH-quinone comp 1723802..1723878 gac 164 comp 1724043..1724117 gta 106 comp 1724224..1724496 cds 91 HU bind   comp 1730385..1731719 cds 91 445 trigger factor comp 1731811..1731895 cta 173 comp 1732069..1733634 cds 106 522 malonyl CoA comp 1733741..1735207 cds 129 489 bif NAD comp 1735337..1735412 cac 109 comp 1735522..1735597 cac 337 1735935..1736273 cds 113 P-II nitrogen   1951126..1951752 cds 149 209 nitrogen NifQ 1951902..1951987 tac 74 comp 1952062..1952424 cds 121 hp   1996903..1997244 cds 595 114 hp comp 1997840..1997914 atgj 131 comp 1998046..1999179 cds 378 tRNA MnmA   2086487..2088658 cds 156 724 malate G comp 2088815..2088889 gtc 234 2089124..2090002 cds 293 N-formyl Glu   comp 2303404..2303880 cds 414 159 bacteriofer comp 2304295..2304377 tta 406 comp 2304784..2305029 cds 82 hp plasmide1 >comp 115594..115896 cds 394 101 p-IS5/IS1182 PL1A comp 116291..116367 atgf 96 comp 116464..116579 5s 129 116 comp 116709..119461 23s 255 2753 comp 119717..119792 gca 30 comp 119823..119899 atc 108 comp 120008..121498 16s 740 1491 122239..123597 cds 453 peptido fam   comp 217550..218176 cds 123 209 ribonucleaseD PL1B comp 218300..218386 ctg 228 218615..219604 cds 330 NDUFA9   comp 300477..301733 cds 472 419 exo SbcD 302206..303696 16s 108 1491 303805..303881 atc 30 303912..303987 gca 255 304243..306995 23s 129 2753 307125..307240 5s 96 116 307337..307413 atgf 161 <comp 307575..307805 cds 77 p-ATP-bind   comp 466493..467710 cds 231 406 ss integrase PL1C comp 467942..468031 tca 205 comp 468237..468809 cds 191 hp   512242..512790 cds 136 183 pantetheine 512927..513002 aaa 209 513212..514036 cds 275 DUF3618   931813..933912 cds 79 700 membrane p PL1D 933992..934066 caa 382 comp 934449..935270 cds 274 hp   comp 948715..949743 cds 199 343 Ppx/GppA PL1E 949943..950016 cag 246 comp 950263..950829 cds 189 IS3 fam   > 971260..971532 cds 493 91 P-hp PL1F comp 972026..972119 agc 197 972317..972550 cds 78 hp   comp 1302373..1303350 cds 166 326 fucosyl PL1G comp 1303517..1303592 ttc 98 comp 1303691..1303876 cds 62 gyrase YacG   1349823..1350929 cds 145 369 GNAT fam comp 1351075..1353828 23s 262 2754 comp 1354091..1355591 16s 676 1501 1356268..1356726 cds 153 MarR fam       comp 1441708..1443066 cds 153 453 hp PL1H 1443220..1443294 acc 1 1443296..1443371 gcg 99 1443471..1443547 gac 44 1443592..1443666 gtc 1 1443668..1443741 cag 137 comp 1443879..1446428 cds 850 dip ABC   1566394..1566612 cds 193 73 hp PL1I comp 1566806..1566921 5s 128 116 comp 1567050..1569802 23s 254 2753 comp 1570057..1570132 gca 30 comp 1570163..1570239 atc 94 comp 1570334..1571834 16s 444 1501 comp 1572279..1572707 cds 143 DUF1489       1723583..1724962 cds 94 460 hp PL1J comp 1725057..1725143 ctc 475 1725619..1726311 cds 231 FadR fam   1757680..1760568 cds 308 963 PAS dom PL1K 1760877..1760963 ctg 29 1760993..1761068 gcc 247 comp 1761316..1761840 cds 175 Hx-t-Hx   1854042..1855049 cds 135 336 inorganic P comp 1855185..1855259 ggc 243 1855503..1858685 cds 1061 AAA fam   >comp 1883235..1883816 cds 210 194 P-hp PL1L 1884027..1884102 aac 4 1884107..1884183 gac 32 comp 1884216..1884821 cds 202 hp plasmide2 comp 51090..51836 cds 481 249 sigma-70 fam comp 52318..52393 tgg 363 52757..53587 cds 277 hp   comp 809229..810019 cds 870 264 IS5 fam comp 810890..810966 atgf 96 comp 811063..811178 5s 127 116 comp 811306..814058 23s 266 2753 comp 814325..814400 gca 30 comp 814431..814507 atc 108 comp 814616..816106 16s 452 1491 comp 816559..817443 cds 295 Hx-t-Hx dom plasmide4 196992..199346 cds 148 785 mecano ion PL4A 199495..199581 ctg 30 199612..199687 gcc 188 199876..201333 cds 486 hp   237538..238578 cds 92 347 response reg PL4B comp 238671..238747 cgg 96 comp 238844..239821 cds 326 ab hydrolase   comp 257739..258470 cds 125 244 lipoyl LipB 258596..258682 ctc 123 comp 258806..259108 cds 101 STAS dom   comp 399367..400527 cds 278 387 PQQ comp 400806..400921 5s 129 116 comp 401051..403803 23s 255 2753 comp 404059..404134 gca 30 comp 404165..404241 atc 108 comp 404350..405850 16s 502 1501 comp 406353..406547 cds 65 hp   504531..504893 cds 82 121 response reg 504976..505051 aac 3 505055..505131 gac 4 505136..505210 ggc 102 comp 505313..506080 cds 83 256 Hx-t-Hx 506164..506790 cds 202 209 pyridoxamine comp 506993..507108 5s 127 116 comp 507236..509988 23s 266 2753 comp 510255..510330 gca 30 comp 510361..510437 atc 110 comp 510548..512038 16s 615 1491 512654..513568 cds 305 lytic dom   comp 588108..590768 cds 340 887 bif CoA 591109..591184 ttc 286 591471..592979 cds 503 FAD bind plasmide5 86421..87089 cds 455 223 RraA fam 87545..87619 ggc 193 87813..88865 cds 351 UDP-N-acety

abs remarques

• Remarques:

  - Les remarques de abq qui ne changent pas: les intercalaires élevés avec les cds, les intercalaires entre aas (@2) et les séquences des doubles. La phylogénie étroite entre les 2 souches explique cette étroite ressemblance en tout cas pour les intercalaires et les doubles, mais pas pour les blocs à rRNAs.

  - Le tableau des intercalaires et des doubles ci-dessous met en parallèle ces 3 remarques.

  - Les remarques qui changent fondamentalement: ce sont les blocs à rRNAs (@1) et les plasmides (@3). J’ai fait une comparaison détaillée entre les 2 génomes dans abs abq blocs. Elle montre 2 processus distincts:

  1. Le processus de recombinaison qui explique l’ordre des blocs et le changement de certains cds.
  2. Le processus de conversion génique qui, en grande partie, a détruit partiellement les rRNAs 16s et 23s et non les 5s. Cependant un 5s a disparu en laissant son atgf. D’après la majorité des cds identiques entre abs et abq et qui sont attachés à ces blocs, les rRNas modifiés restent sur place.

• Tableau des intercalaires et des doubles

abs intercalaires aas		abs	intercalaires cds	abs intercalaires cds			
adresse	aas			adresse	rRNA			adresse	aas		
1825516	aac-tgc	219		2168164	16s°	775		365702	cag	746	
2562333	ccg-ccg	205		199382	16s°	738		17144	ggc	670	
1512123	gta-gac	163		1582956	atgf	706		272620	tgg	529-480	isolé
2033754	gtg-gtg	132		913480	16s	675		1397194	agc	453	
1501449	cac-cac	109		503917	16s°	547		1809249	aga	442	
631460	gcg-gac	99		2168653	16s°	522					
2373488	aag-aag	74		403509	16s°	502			atgj	354	
				538069	16s’	495			ctc	257	
				913480	16s	486			ggg	114	
				450804	16s	465					
				1578553	16s	457			cag abq	246	
				200147	atgf	437					
											
abq intercalaires entre aas	abq intercalaires cds		abq intercalaires cds			
1370697	aac-tgc	220		810890	atgf	870		2641475	ggc	688	
616472	ccg-ccg	206		1431525	16s	779		2766227	ggg	659	
1723802	gac-gta	164		120008	16s	740		1997840	atgj	595	
1165208	gtg-gtg	132		1354091	16s	676		972026	agc	493	
1735337	cac-cac	109		510548	16s	615		1725057	ctc	475	
1443296	gcg-gac	99		404350	16s	502		86421	ggc	455	
796280	aag-aag	76		2787506	16s	496		1354448	aga	443	
				302206	16s	472		52318	tgg	481-363	
				814616	16s	452		2304295	tta	414-406	isolé
				1570334	16s	444					
											
intercalaires supérieurs à 500 pbs.											
	agr	oan	abq	abs							
16s	2	4	6	7							
aas	6	12	3	3							
max 16s	633	998	870	775							
max aas	793	1650	688	746							
											
											
Doubles abs			Doubles abq							
aas	n	doublets	aas	n	doublets					
1	39	ccg		1	38	ccg					
2	10	aag		2	11	aag					
3	1	gag		3	1	gag					
4		gtg		4		gtg					
5	1	cac		5	1	cac					

abs distribution

• Lien tableur: abs distribution
• Notes

aag2 cac2 ccg2 gag2 gtg2  
ggc: 3 1aa et 1 >1aa

Al7 abs, Azospirillum brasilense strain Sp245. alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	4
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	2	tgc	1
f atc	4	j acc	2	aac	3	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	2	cgt	2
h gtc	2	n gcc	3	gac	4	ggc	4
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	4	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj	1	l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg	3	h ccg	2	cag	2	cgg	1
p gtg	2	p gcg	2	gag	2	ggg	1
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
abs	30	39		3		8	80

abs. Intergen51

Intergen51. abs. Le génome

• abs Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: abs, Azospirillum baldaniorum, NCBI [38], date 25.4.21.
• abs La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
abs	363,304		3,023,440	12.0		

abs données intercalaires

• Lien tableur: abs données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

abs données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

abs autres intercalaires aas

• Lien tableur: abs autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. abs. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. abs les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 abs les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,564 324 6 1,894 2.1 12 1 13 x 881 34 2 917 0 1 1 t 2,445 358 8 2,811 12 2 14 % 87.0 12.7 0.3

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 36 0 0 36 1.2 tRNA-CDS 66 60 x 30 0 0 30 RNA-RNA 12 11 t 66 0 0 66 CDS-rRNA 2 2 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 30 27 - total 110 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.5 5.6 3.4 24.8 2.8 77 0.3 0.0 x 10.2 0.0 8.8 18.9 3.3 12 0.2 0.0

Intergen51. abs. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: abs données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées abs fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. abs fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	abs
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.750	-1.80E-06	1.34E-03	-3.91E-01	58.8	fx1	abscisse	235.5	197.1
0.883	-2.23E-06	1.96E-03	-6.44E-01	85.2	fc1	ordonnée	18.4	21.2
								
0.822	2.18E-06	-1.54E-03	2.33E-01	20.5	fx41			
0.952	2.74E-06	-1.62E-03	1.23E-01	38.9	fc41

• Le rfin après 400 est de 55 sur un total de 1570. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 570, reste 16. L'indice i.rfin1 = 39/170 = 0.229.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir la légende des diagrammes.

données	abs		calculs			formules				légende  de la colonne calculs
effect	1570		R2.21	756		diagramme pol21				coefficient de détermination polynôme 21
xm	45		pte	17,64		1000*(-1+1000*ym/effect)/(x1m-xm)	pente de la diagonale
ym	6		cste	4,62		1+x1m*pte/1000				sa constante
x1m	205		r400l	195		400-x1m					longueur de x1m à 400
y1m	1		restp	157,96		rfin+r400				somme des intercalaires au-delà de x1m
rfin	35,03		%sd	33,76		100*supd/supdt				taux des intercalaires au-dessus de la diagonale
bornf	145		lond	160		x1m-xm					longueur de la diagonale
supd	178,07		%sf	31,67		100*supf/supft				taux des intercalaires pour la forme
supdt	527,39		lonf	100		bornf-xm				longueur de la forme
xmp	314,65		sf/lf	1,24		supf/lonf				indice intercalaire de la forme
r400	122,93		sr/lr	0,91		(supd-supf)/(lond-lonf)			indice intercalaire du reste de la diagonale
supf	123,66		sd/ld	1,11		supd/lond				indice intercalaire de la diagonale
supft	390,45		i.r400	0,63		r400/r400i				indice intercalaire de r400
										
poly3	abs									
abscis	400									
flexa	188									
flexo	2,21									
xm	45									
sup4	205,8									
sup4t	496,2									
%s4	41,5									
lon4	143
R2	601

Légende de la colonne données					suite de la légende des données	
effect	total des intercalaires du génome			supf	somme des intercalaires au-dessus de la diagonale de xm à bornf
xm	abscisse du minmum local 				supft	somme des intercalaires de xm à bornf
ym	son ordonnée en effectif				poly3	
x1m	abscisse à 1‰ de la courbe des moyennes			abscis	abscisse limite des diagrammes en poly3
y1m	l’ordonnée de 1‰ 					flexa	abscisse du point d’inflexion de la courbe
rfin	reste des intercalaires àprès 400			flexo	son ordonnée
bornf	borne estimée de la forme				xm	abscisse du minmum local du diagramme poly3
supd	somme des intercalaires au-dessus de la diagonale	sup4	somme des intercalaires au-dessus  de l’horizontale flexo de xm à flexa
supdt	somme des intercalaires de xm à y1m			sup4t	somme des intercalaires de xm à flexa
xmp	somme des intercalaires de 0 à xm			%s4	taux des intercalaires pour poly3
r400	somme des intercalaires de y1m à 400			lon4	longueur de xm à flexa					

Intergen51. abs. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	abs			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	55		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		3	194		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		30	75		1642	8424
total		34	324		2,456	23,544
reste		3	11		264	420
s6		3	2		361	41
s7		7	15		321	1438
s8		17	47		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		3.0	3.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		10.0	2.7		22.0	0.5
s7/sp6		23.3	20.0		19.5	17.1
s8/sp6		56.7	62.7		42.4	77.5
reste/sp6	10.0	14.7		16.1	5.0
						
total s1-5	4	249		814	15120
% / total						
%s1-5		11.8	76.9		33.1	64.2
%sp6		88.2	23.1		66.9	35.8

Intergen51. abs. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s			
16s 23s					5s CDS		1	1
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig	1			5s 16s			
tRNA hors	9			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		12	0		total		1	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. abs. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. abs. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

absp. Intergen51

Intergen51. absp. Le génome

• absp Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: absp, Azospirillum baldaniorum plasmid AZOBR_p1, NCBI [39], date 11.4.22.
• absp La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
absp	211,208		1,766,028	12.0	

absp données intercalaires

• Lien tableur: absp données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

absp données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

absp autres intercalaires aas

• Lien tableur: absp autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. absp. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. absp les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 absp les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 873 206 0 1,079 2.2 18 1 19 x 472 25 0 497 0 4 4 t 1,345 231 0 1,576 18 5 23 % 85.3 14.7 0.0

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 14 0 0 14 1.3 tRNA-CDS 25 46 x 11 0 0 11 RNA-RNA 18 33 t 25 0 0 25 CDS-rRNA 5 9 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 6 11 - total 54 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 5.0 21.4 4.3 26.0 0.0 83 0.0 0.0 x 11.0 0.0 14.7 19.7 0.0 38 0.0 0.0

Intergen51. absp. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: absp données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées absp fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. absp fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	absp
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.660	-2.95E-06	2.02E-03	-4.99E-01	62.4	fx1	abscisse	260.6	168.6
0.899	-3.10E-06	2.57E-03	-7.65E-01	90.5	fc1	ordonnée	15.9	24.5
								
0.599	1.88E-06	-1.47E-03	2.52E-01	16.8	fx41			
0.910	1.52E-06	-7.69E-04	-4.39E-02	46.5	fc41

• Le rfin après 400 est de 44 sur un total de 873. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 910, reste 9 . L'indice i.rfin1 = 35/510 = 0.065.
• Le rfin après 400 est de 44 sur un total de 873. Jusqu'à 2% les freq10 sont en continu jusqu'à 630, reste 18. L'indice i.rfin2 = 26/230 = 0.113.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données			calculs			poly3	absp
effect	873		R2.21	644		abscis	400
xm	45		pte	20,20		flexa	164,4
ym	3,5		cste	4,92		flexo	2,45
x1m	194		r400l	206		xm	45
y1m	1		restp	194,73		sup4	172,4
rfin	50,40		%sd	35,34		sup4t	426,1
bornf	184		lond	149		%	40,5
supd	169,20		%sf	35,56		long	119
supdt	478,81		lonf	139		R2	464
xmp	326,46		sf/lf	1,20			
r400	144,33		sr/lr	0,26			
supf	166,62		sd/ld	1,14			
supft	468,50		i.r400	0,70					

Intergen51. absp. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	absp			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	26		4	4140
 - 2		2	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		2	124		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		21	56		1642	8424
total		25	206		2,456	23,544
reste		5	14		264	420
s6		1	0		361	41
s7		7	8		321	1438
s8		8	34		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		1.0	4.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		4.8	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		33.3	14.3		19.5	17.1
s8/sp6		38.1	60.7		42.4	77.5
reste/sp6	23.8	25.0		16.1	5.0
						
total s1-5	4	150		814	15120
% / total						
%s1-5		16.0	72.8		33.1	64.2
%sp6		84.0	27.2		66.9	35.8

Intergen51. absp. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	2
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		1			23s CDS			1
tRNA in		3			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	6			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		18	0		total		1	4

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. absp. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. absp. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

Agrobacterium sp. H13-3

agr opérons

• Lien tableur: agr opérons
• Liens: gtRNAdb [40], NCBI [41], génome [orgn]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A6. Agrobacterium sp. H13-3

59.3%GC	29.12.19 Paris	58	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
chromosoml
comp	1064633..1065274	cds		296	296			214		hp
	1065571..1065655	ttg		266	266
	1065922..1066437	cds						172		disulfide bond formation protein B
comp	1178605..1179114	cds		256	256			170		prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	1179371..1179445	ggc	@1	793		793
comp	1180239..1180315	atgj		135	135
comp	1180451..1181647	cds						399		tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
comp	1320644..1321006	cds		318	318			121		hp
comp	1321325..1321414	tcg		197	197
comp	1321612..1322493	cds						294		dihydrodipicolinate synthase family protein
comp	1361929..1362942	cds		554	554			338		sugar ABC transporter substrate-binding protein
comp	1363497..1363571	gtc		81	81
comp	1363653..1364015	cds						121		response regulator
<comp	1426814..1427137	cds		105	105			108		hp
	1427243..1428733	16s		337				1491
	1429071..1429147	atc		59			59
	1429207..1429282	gca		146	146
<comp	1429429..1429626	cds	@2	241	241			66		P-hp
	1429868..1432681	23s		242				2814
	1432924..1433038	5s		257				115
	1433296..1433372	atgf		311	311
	1433684..1434118	cds						145		acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit
	1503534..1504520	cds		122	122			329		beta-ketoacyl-ACP synthase III
comp	1504643..1504716	cag		123	123
comp	1504840..1505277	cds						146		Lrp/AsnC family transcriptional regulator
	1605356..1605856	cds		71	71			167		hp
comp	1605928..1606003	gcc		152	152
comp	1606156..1606545	cds						130		TIGR02300 family protein
<comp	1687683..1688015	cds		105	105			111		hp
	1688121..1689611	16s		337				1491
	1689949..1690025	atc		59			59
	1690085..1690160	gca		146	146
<comp	1690307..1690504	cds		241	241			66		P-hp
	1690746..1693559	23s		242				2814
	1693802..1693916	5s		257				115
	1694174..1694250	atgf		203	203
comp	1694454..1694645	cds						64		hp
<comp	2103153..2103404	cds		105	105			84		P-hp
	2103510..2105000	16s		337				1491
	2105338..2105414	atc		59			59
	2105474..2105549	gca		146	146
<comp	2105696..2105893	cds		241	241			66		P-hp
	2106135..2108948	23s		242				2814
	2109191..2109305	5s		257				115
	2109563..2109639	atgf		633	633
	2110273..2110680	cds						136		membrane protein
chromosomc
<comp	56862..57137	cds		105	105			92		P-hp
	57243..58733	16s		337				1491
	59071..59147	atc		59			59
	59207..59282	gca		146	146
<comp	59429..59626	cds		241	241			66		P-hp
	59868..62681	23s		242				2814
	62924..63038	5s		257				115
	63296..63372	atgf		196	196
	63569..65377	cds						603		DNA helicase RecQ
comp	125821..127722	cds		287	287			634		molecular chaperone DnaK
comp	128010..128099	tcc		220	220
	128320..128637	cds						106		hp
	227621..228004	cds		240	240			128		membrane protein
comp	228245..228331	ctg		120	120
comp	228452..228757	cds						102		SelT/SelW/SelH family protein
>	378307..378396	cds		40	40			30		P-hp
	378437..378513	cgt		174	174
	378688..379500	cds						271		class I SAM-dependent methyltransferase
comp	407277..407435	cds		167	167			53		YqaE/Pmp3 family membrane protein
comp	407603..407678	acg		137	137
comp	407816..408778	cds						321		nitronate monooxygenase
	425990..427087	cds		56	56			366		2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase
	427144..427217	ggg		154	154
	427372..428058	cds						229		aquaporin Z
	458659..459081	cds		285	285			141		hp
	459367..459442	ttc		246	246
comp	459689..460033	cds						115		cation:proton antiporter
comp	493759..494025	cds		155	155			89		hp
	494181..494255	acc		195	195
comp	494451..495686	cds						412		flagellin
comp	564938..568684	cds		361	361			1249		PAS domain S-box protein
	569046..569122	cac		79	79
	569202..570920	cds						573		Ppx/GppA family phosphatase
comp	763448..764356	cds		202	202			303		MBL fold metallo-hydrolase
	764559..764633	caa		263	263
comp	764897..766549	cds						551		malate dehydrogenase (quinone)
comp	767020..767439	cds		264	264			140		hp
	767704..767780	ccg		159	159
comp	767940..768260	cds						107		hp
comp	960360..960701	cds		163	163			114		hp
	960865..960955	agc		500	500
comp	961456..961671	cds						72		hp
	1123408..1124136	cds		141	141			243		hp
	1124278..1124363	tta		241	241
	1124605..1127115	cds						837		copper-translocating P-type ATPase
	1154411..1154803	cds		91	91			131		DUF2934 domain-containing protein
comp	1154895..1154969	aac		176	176
	1155146..1155424	cds						93		hp
comp	1162767..1163027	cds		138	138			87		hp
comp	1163166..1163242	ccc		218	218
	1163461..1163997	cds						179		DUF1269 domain-containing protein
	1192452..1194650	cds		660	660			733		esterase-like activity of phytase family protein
comp	1195311..1195386	gta	+	446		446
	1195833..1195909	gac	2 gac	41		41
	1195951..1196027	gac		435	435
	1196463..1196828	cds						122		NADH-quinone oxidoreductase subunit A
	1421863..1422201	cds		134	134			113		hp
comp	1422336..1422425	tca		88	88
comp	1422514..1422678	cds						55		hp
comp	1468229..1469110	cds		180	180			294		HNH endonuclease
comp	1469291..1469367	atgf		132	132
comp	1469500..1470450	cds						317		hp
comp	1508458..1508883	cds		558	558			142		PAS domain-containing protein
comp	1509442..1509526	ctc		189	189
	1509716..1510447	cds						244		lipoyl(octanoyl) transferase LipB
	1531160..1531933	cds		447	447			258		amino acid ABC transporter ATP-binding protein
	1532381..1532455	gaa		121	121
	1532577..1532818	cds		89	89			81		P-hp
	1532908..1532982	gaa		129	129
comp	1533112..1534920	cds						603		single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
	1584509..1584763	cds		155	155			85		GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein
	1584919..1584994	aag		134	134
comp	1585129..1585575	cds						149		hp
comp	1612420..1613898	cds		240	240			493		trigger factor
comp	1614139..1614221	cta		447	447
<	1614669..1614876	cds						69		P-hp
comp	1672216..1672887	cds		245	245			224		protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
comp	1673133..1673206	tgc		240	240
comp	1673447..1673599	cds						51		DUF3309 family protein
comp	1744688..1745434	cds		341	341			249		cytochrome c biogenesis protein CcdA
	1745776..1745851	aaa		310	310
	1746162..1746743	cds						194		DUF1003 domain-containing protein
comp	1770727..1772280	cds		91	91			518		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	1772372..1772448	cca		265	265
	1772714..1773019	cds		51	51			102		ETC complex I subunit
	1773071..1773147	aga		7	7
comp	1773155..1773892	cds						246		DUF429 domain-containing protein
comp	1902337..1902537	cds		184	184			67		preprotein translocase subunit SecE
comp	1902722..1902797	tgg		241	241
comp	1903039..1903845	cds						269		glycosyltransferase
	1908698..1908892	cds		70	70			65		hp
comp	1908963..1909036	gga		26	26	26
comp	1909063..1909147	tac		209	209
	1909357..1910244	cds						296		23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	1922447..1922800	cds		55	55			118		hp
comp	1922856..1922931	aca		207	207
	1923139..1924878	cds						580		GGDEF domain-containing protein
	2079925..2080287	cds		156	156			121		hp
comp	2080444..2080519	atgi		178	178
	2080698..2081441	cds						248		SIMPL domain-containing protein
comp	2275632..2276138	cds		522	522			169		winged helix-turn-helix transcriptional regulator
	2276661..2276737	cgg		287	287
	2277025..2277264	cds						80		hp
comp	2388300..2388497	cds		87	87			66		hp
	2388585..2388659	ggc		361	361
	2389021..2391024	cds						668		methyl-accepting chemotaxis protein
comp	2490745..2491854	cds		535	535			370		2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein
comp	2492390..2492466	atgf		287				115
comp	2492754..2492868	5s		242				2814
comp	2493111..2495924	23s		241	241
>	2496166..2496363	cds		146	146			66		P-hp
comp	2496510..2496585	gca		59			59
comp	2496645..2496721	atc		337
comp	2497059..2498549	16s		105	105			1491
>	2498655..2498930	cds						92		P-hp

agr cumuls

• Lien tableur: agr cumuls

cumuls. agr.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	5	1			1	0	1		100	24	1	0
	16atcgca235	0	20			50	3	40		200	30	30	1
	Id-atgf	5	40	1		100	12	80		300	14	60	3
	16s23s	0	60	1	5	150	22	120		400	8	90	17
	max a	3	80			200	17	160		500	2	120	13
	a doubles	0	100			250	18	200		600	4	150	14
	spéciaux	0	120			300	9	240		700	4	180	5
	total aas	15	140			350	4	280		800	1	210	1
sans	opérons	38	160			400	2	320		900	1	240	3
	1 aa	35	180			450	3	360		1000	0	270	7
	max a	3	200			500	1	400		1100	0	300	4
	a doubles	1		2			6				1		21
	total aas	42		4	5		97		0		89		89
total aas		57
remarques		2
avec jaune			moyenne		59		213				230
			variance		0		134				209
sans jaune			moyenne	33			172				185		137
			variance				76				131		71

agr tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de agr opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

agr	55			55			34			76
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
40	174		51	7		51	7		51	7
51	7		361	79		123	122		174	40
55	207		554	81		129	89		207	55
56	154		134	88		134	88		154	56
70	209		240	120		152	71		209	70
71	152		447	121		154	56		152	71
87	361		122	123		155	134		361	79
89	129		89	129		167	137		554	81
91	176		180	132		174	40		361	87
91	265		155	134		176	91		134	88
122	123		256	135		178	156		129	89
134	88		167	137		180	132		176	91
138	218		71	152		195	155		265	91
141	241		56	154		207	55		240	120
155	195		264	159		209	70		447	121
155	134		40	174		218	138		123	122
156	178		91	176		240	120		180	132
163	500		156	178		241	141		155	134
167	137		558	189		241	184		256	135
180	132		155	195		245	240		167	137
184	241		318	197		256	135		218	138
202	263		55	207		263	202		241	141
240	120		70	209		264	159		195	155
240	447		138	218		265	91		178	156
245	240		287	220		285	246		264	159
256	135		245	240		287	220		500	163
264	159		141	241		296	266		241	184
285	246		184	241		318	197		558	189
287	220		285	246		341	310		318	197
296	266		202	263		361	79		263	202
318	197		91	265		361	87		287	220
341	310		296	266		447	121		245	240
361	79		522	287		447	240		447	240
447	121		341	310		500	163		285	246
522	287		87	361		522	287		296	266
554	81		660	435		554	81		522	287
558	189		240	447		558	189		341	310
660	435		163	500		660	435		660	435

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.

alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
agr	5,159		76		42	26	7	1	21	21	13	29
‰					553	342	92	13	553	553	342	763

agr blocs

• Lien tableur: agr blocs
• Légende:

  CoA   acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit

  helicase  DNA helicase RecQ

  2Fe-2S  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein

  membrane  membrane protein

  hp    hypothetical protein

  p-hp   pseudo hp

A6. agr, blocs à rRNA.

chromomel	intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa
cds	105	108	hp	105	111	hp	105	84	P-hp
16s	337	1491		337	1491		337	1491
atc	59			59			59
gca	146			146			146
cds	241	66	P-hp	241	66	P-hp	241	66	P-hp
23s	242	2814		242	2814		242	2814
5s	257	115		257	115		257	115
atgf	311			203			633
cds		145	CoA		64	hp		136	membrane
chromosomec
cds	105	92	P-hp	105	92	P-hp
16s	337	1491		337	1491
atc	59			59
gca	146			146
cds	241	66	P-hp	241	66	P-hp
23s	242	2814		242	2814
5s	257	115		287	115
atgf	196			535
cds		603	helicase		370	2Fe-2S

agr remarques

• Remarques
  1. @: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires élevés sont rares et faibles, 6 sur 38 aas sont entre 500 et 793. Voir tableau ci-dessous.

     - un seul aa isolé, gta , 660-446.

     - 2 intercalaires élevés entre 2 aas, ggc-atgi 793 et gta-gac 446. Le 1er est du même ordre que celui de rtb et rpl, 1051 830.

     - Les intercalaires entre aas: Il y en a quatre comme les rickettsia, 793 446 41 26. Les 2 petits sont proches de la moyenne de cette étude de 15 pbs.

     - Les intercalaires avec un cds. Ils sont très faibles sur les 38 aas un seul atteint 660 pbs les autres élevés se répartissent en 4 entre 500-558 et 3 entre 435-447. Ces valeurs sont analogues à ceux des blocs à rRNA, 535 et 633 tout à fait courants dans le haut de gamme de cette étude. Les 30 aas restants ont des intercalaires cds inférieurs à 400 dont 3 seulement dépassent les 300, cac aaa ggc.

  2. @ Les cds dans les blocs à rRNAs. Voir agr blocs.

  - Les 5 blocs sont identiques qu’ils soient sur le chromosome linéaire ou circulaire. C’est comme une duplication répétée 5 fois.

  - Le cds interne a toutes les caractéristiques d’un candidat à la création: interne, hypothétique et petit. La caractéristique pseudo est encore un indice très fort de la genèse, la séquence acquiera plus tard le codon initial et le codon stop ou tout autre complément imposé par le système de réparation contraint par l’évolution de l’environnement du génome.

  - On retrouve la situation du génome oan, avec un p-hp de 63 aas contre 66 ici. Ces 2 génomes se ressemblent beaucoup,

  + DNAa total identique oan et agr 4,8 mega, 2 chromosomes dont 1 linéaire pour agr. Tous les blocs se terminent par atgf et sont complets.

  + Beaucoup de cds hp externes.

  - Chez agr, 5 hp dont 3 p-hp au-dessus de 16s de la même taille que le p-hp interne. Ils se comportent comme lui, quasimment même petite taille et des intercalaires identiques de 105 pbs. Ces 10 cds font partie intégrante du processus de réparation ou de conversion qui a créé les 5 blocs. Après 5s 3 cds de petites tailles dont un hpcomme ceux au-dessus du 16s. Donc 2 cds bien caractérisés se comportant comme le p-hp interne candidat à la création. Cependant ces 3 cds apparemment ne font pas partie intégrante du processus de conversion puisque leurs intercalaires avec atgf varient beaucoup de 203 à 633, comme les 2 restant.

  - Chez oan seulement 2 cds de 57 aas sur un total de 8 cds. Ils sont bien caractérisés.

  - La question qui se pose alors est : est-ce que ces 10 cds analogues aux internes peuvent ils être des candidats à la création?

  - Note du 4.10.20: les 5 cds disparaissent dans NCBI du 12.4.20, après contrôle.

• Séquence des doubles: très peu de doubles, 1 doublets pour 38 opérons à aas.
• Tableau des intercalaires élevés

aas	adresse	pbs	note
ggc	1179371	793	aa-aa
gta	1195311	660-446	isolé
ctc	1509442	558	
gtc	1363497	554	
cgg	2276661	522	
agc	960865	500	
gaa	1532381	447	
cta	1614139	447	
gac	1195833	446	aa-aa
gac	1195951	435	
			
cac	569046	361	
aaa	1745776	341-310	
ggc	2388585	361	
			
atgf	2492390	535	5s-aa
atgf	2109563	633	5s-aa

agr distribution

• Lien tableur: agr distribution
• Notes: gac2

Al8 agr, Agrobacterium sp. H13-3. alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	6
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	5	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	2	ggc	2
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	5	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg	1
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
agr	7	35		5		10	57

agrl. Intergen51

Intergen51. agrl. Le génome

• agrl Le prélèvement: alpha gama
• Le nom et le lien NCBI: agrl, Agrobacterium fabacearum chromosome linear, NCBI [42], date 19.4.21.
• agrl La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
agrl	225,474		2,148,289	10.5	

agrl données intercalaires

• Lien tableur: agrl données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: alpha gama

agrl données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

agrl autres intercalaires aas

• Lien tableur: agrl autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: alpha gama]

Intergen51. agrl. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. agrl les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 agrl les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,038 308 2 1,348 2.6 15 2 17 x 498 25 1 524 1 1 2 t 1,536 333 3 1,872 16 3 19 % 82.1 17.8 0.2

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 10 0 0 10 2.0 tRNA-CDS 15 38 x 5 0 0 5 RNA-RNA 16 40 t 15 0 0 15 CDS-rRNA 3 8 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 6 15 - total 40 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.9 20.0 0.3 32.7 0.0 80 0.1 0.0 x 8.4 0.0 0.0 12.0 0.0 40 0.2 0.0

Intergen51. agrl. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: agrl données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées agrl fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. agrl fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	agrl
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.762	2.42E-07	-7.81E-05	-9.33E-02	42.2	fx1	abscisse	-112.4	507.0
0.813	-6.76E-06	5.18E-03	-1.30E+00	117.0	fc1	ordonnée	57.3	1.8
								
0.695	9.34E-08	3.15E-05	-1.18E-01	43.8	fx41			
0.924	-4.55E-07	6.92E-04	-3.52E-01	61.7	fc41

• Le rfin après 400 est de 41 sur un total de 1040. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 710, reste 10 . L'indice i.rfin1 = 31/310 = 0.100.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	agrl		calculs			poly3	agrl
effect	1040		R2.21	784		abscis	250
xm	39		pte	7,65		flexa	111
ym	2,6		cste	2,80		flexo	3,02
x1m	235		r400l	165		xm	35
y1m	1		restp	127,88		sup4	98,4
rfin	39,42		%sd	43,11		sup4t	288,5
bornf	84		lond	196		%	34,1
supd	220,1		%sf	51,10		long	76
supdt	510,6		lonf	45		R2	295
xmp	361,54		sf/lf	2,15			
r400	88,46		sr/lr	0,82			
supf	96,8		sd/ld	1,12			
supft	189,4		i.r400	0,54										

Intergen51. agrl. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	agrl			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	46		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		9	199		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		15	63		1642	8424
total		25	308		2,456	23,544
reste		0	1		264	420
s6		4	0		361	41
s7		6	9		321	1438
s8		5	53		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		9.0	4.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		26.7	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		40.0	14.3		19.5	17.1
s8/sp6		33.3	84.1		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	1.6		16.1	5.0
						
total s1-5	10	245		814	15120
% / total						
%s1-5		40.0	79.5		33.1	64.2
%sp6		60.0	20.5		66.9	35.8

Intergen51. agrl. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		3			CDS 16s		2	1
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		3			23s CDS			
tRNA in		3			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors		1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		15	1		total		2	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. agrl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. agrl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

agrc. Intergen51

Intergen51. agrc. Le génome

• agrc Le prélèvement: alpha gama
• Le nom et le lien NCBI: agrc, Agrobacterium fabacearum chromosome circular, NCBI [43], date 24.4.22.
• agrc La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
agrc	332,177		2,823,930	11.8	

agrc données intercalaires

• Lien tableur: agrc données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: alpha gama

agrc données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

agrc autres intercalaires aas

• Lien tableur: agrc autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: alpha gama

Intergen51. agrc. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. agrc les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 agrc les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,463 345 3 1,811 2.2 13 0 13 x 787 35 9 831 0 2 2 t 2,250 380 12 2,642 13 2 15 % 85.2 14.4 0.5

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 35 0 0 35 1.1 tRNA-CDS 66 61 x 31 0 0 31 RNA-RNA 13 12 t 66 0 0 66 CDS-rRNA 2 2 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 28 26 - total 109 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 2.3 22.9 0.6 26.2 0.0 82 0.2 0.0 x 7.2 6.5 2.9 13.3 3.2 31 1.1 0.0

Intergen51. agrc. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: agrc données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées agrc fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. agrc fx1, agrc fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	agrc
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.828	-3.27E-07	2.41E-04	-1.52E-01	46.3	fx1	abscisse	266.8	216.8
0.760	-2.84E-06	2.34E-03	-6.99E-01	86.0	fc1	ordonnée	16.5	19.1
								
0.829	-5.06E-07	4.05E-04	-1.99E-01	50.4	fx41			
0.908	4.29E-06	-2.79E-03	3.98E-01	20.2	fc41

• Le rfin après 400 est de 34 sur un total de 1466. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 480, reste 14 . L'indice i.rfin1 = 20/80 = 0.250.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	agrc		calculs			poly3	agrc
effect	1466		R2.21	730		abscis	400
xm	45		pte	5,63		flexa	213
ym	3		cste	2,30		flexo	1,92
x1m	231		r400l	169		xm	45
y1m	1		restp	132,33		sup4	230,2
rfin	23,19		%sd	51,48		sup4t	527,3
bornf	175		lond	186		%	43,7
supd	283,7		%sf	52,82		long	168
supdt	551,2		lonf	130		R2	572
xmp	316,51		sf/lf	1,82			
r400	109,14		sr/lr	0,85			
supf	236,4		sd/ld	1,53			
supft	447,5		i.r400	0,65								

Intergen51. agrc. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	agrc			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	57		4	4140
 - 2		5	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		6	226		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		24	61		1642	8424
total		35	345		2,456	23,544
reste		1	2		264	420
s6		3	0		361	41
s7		8	8		321	1438
s8		12	51		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		1.2	4.0		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		12.5	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		33.3	13.1		19.5	17.1
s8/sp6		50.0	83.6		42.4	77.5
reste/sp6	4.2	3.3		16.1	5.0
						
total s1-5	11	284		814	15120
% / total						
%s1-5		31.4	82.3		33.1	64.2
%sp6		68.6	17.7		66.9	35.8

Intergen51. agrc. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s			2
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	3			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		13	0		total		0	2

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. agrc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. agrc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

Aureimonas sp. AU20

aua opérons

• Lien tableur: aua opérons
• Liens: gtRNAdb [], NCBI [44], génome [orgn], pau20rrn [45]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Aurantimonadaceae; Aureimonas.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
• Note: il n'y a pas de gtRNAdb. Aussi j'ai comparé (EXACT NB.CAR STXT) les 1ers atgf atgi atgj du génome cdc, avec les atg de aua sauf atgi qui est défini dans NCB. Les 2 atgf de atgf2 (331629..331705) sont identiques.

A1. Aureimonas sp. AU20

67%GC	8.8.19 Paris	55	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
pAU20rrn
	324..1028	CDS rep		461				235		replication initiation protein
comp	1490..1604	5s	@1	82				115
comp	1687..4515	23s		-15				2829
comp	4501..4851	CDS hp		142				117		hp
comp	4994..5069	gca		33			33
comp	5103..5179	atc		233
comp	5413..6898	16s		1752				1486
comp	8651..9109	CDS hp						153		hp
Chromosome
comp	170900..171925	CDS		368	368			342
	172294..172378	ctg		130	130				130
	172509..172772	CDS						88
comp	330094..330690	CDS		338	338			199
	331029..331103	ggc	@2	404		404
comp	331508..331584	atgf	+	44		44
comp	331629..331705	atgf	2 atg	255	255				255
comp	331961..333217	CDS						419
	344949..346025	CDS		589	589			359	589
	346615..346704	tcg		609	609
	347314..348471	CDS						386
comp	393335..395356	CDS		800	800			674
comp	396157..396232	gcc		439	439				439
comp	396672..397094	CDS						141
	635177..637537	CDS		640	640			787
comp	638178..638253	gcg		182	182				182
	638436..638738	CDS						101
comp	924507..925466	CDS		529	529			320
comp	925996..926085	tcc		349	349				349
	926435..926767	CDS						111
	1216789..1217439	CDS		60	60			217	60
	1217500..1217576	agg		68	68
comp	1217645..1218760	CDS						372
	1350534..1352180	CDS	@4	-30	-30			549
comp	1352151..1352227	cgt	+	51		51
comp	1352279..1352355	cgt	2 cgt	169	169
comp	1352525..1353967	CDS						481
	1401921..1402442	CDS		142	142			174	142
	1402585..1402661	cac		585	585
	1403247..1404875	CDS						543
	1544580..1546277	CDS		455	455			566
comp	1546733..1546808	ttc	@2	161		161
	1546970..1547044	acc		414	414				414
	1547459..1549516	CDS						686
	1609269..1610216	CDS		278	278			316
comp	1610495..1610571	cgg		121	121				121
comp	1610693..1611427	CDS						245
>	1683255..1683581	CDS		209	209			109	209
comp	1683791..1683864	cag		580	580
	1684445..1685734	CDS						430
	1700827..1701852	CDS		300	300			342
comp	1702153..1702227	gtc	+	128		128
comp	1702356..1702430	gtc	3 gtc	186		186
comp	1702617..1702691	gtc		68	68				68
comp	1702760..1703125	CDS						122
	1946715..1946936	CDS		6	6			74	6
comp	1946943..1947018	atgi		105	105
	1947124..1947345	CDS						74
	1981934..1983139	CDS		139	139			402	139
	1983279..1983368	agc		825	825
	1984194..1985339	CDS						382
	1996083..1997171	CDS		243	243			363
comp	1997415..1997490	acg		112	112				112
comp	1997603..1998583	CDS						327
comp	2263930..2264781	CDS		30	30			284	30
comp	2264812..2264886	gtg		111	111
comp	2264998..2265768	CDS						257
	2363764..2364786	CDS		18	18			341	18
comp	2364805..2364879	gaa	+	140		140
comp	2365020..2365094	gaa	2 gaa	69	69				69
comp	2365164..2366144	CDS						327
	2367774..2368247	CDS		105	105			158
	2368353..2368429	cca	@3	43	43				43
	2368473..2368778	CDS		36	36			102	36
	2368815..2368890	aga		448	448
	2369339..2369929	CDS						197
comp	2401620..2402732	CDS		155	155			371	155
comp	2402888..2402963	aaa		169	169
	2403133..2403870	CDS						246
	2419689..2420852	CDS		13	13			388	13
	2420866..2420955	tca		238	238
	2421194..2421934	CDS						247
comp	2601493..2601858	CDS		287	287			122	287
comp	2602146..2602222	gac	+	58		58
comp	2602281..2602357	gac	2 gac	270		270
	2602628..2602703	gta	@2	330	330
comp	2603034..2603312	CDS						93
comp	2608494..2609852	CDS		73	73			453	73
comp	2609926..2610009	cta		307	307
	2610317..2610460	CDS						48
comp	2641174..2641824	CDS	@3	125	125			217	125
comp	2641950..2642023	tgc		153	153
comp <	2642177..2642443	CDS		296	296			89
	2642740..2642814	aac		269	269				269
	2643084..2644127	CDS						348
comp	2651145..2652935	CDS		239	239			597	239
	2653175..2653259	tta		265	265
	2653525..2653725	CDS						67
comp	2749758..2750318	CDS		3102	3102			187
comp	2753421..2753497	atgf		83	83				83
comp	2753581..2754180	CDS						200
	2768127..2769224	CDS		63	63			366	63
comp	2769288..2769364	ccg	@2	173		173
	2769538..2769612	caa		528	528
comp	2770141..2770566	CDS						142
comp	2787112..2788920	CDS		217	217			603	217
comp	2789138..2789214	ccc		265	265
comp	2789480..2790022	CDS						181
	2927857..2928789	CDS		136	136			311	136
comp	2928926..2929010	ctc	+	132		132
comp	2929143..2929227	ctc	2 ctc	175	175
	2929403..2930164	CDS						254
comp	2971057..2971257	CDS		130	130			67
comp	2971388..2971463	tgg		53	53				53
comp	2971517..2972374	CDS						286
comp	2973322..2974497	CDS		291	291			392
comp	2974789..2974862	gga		24		24
comp	2974887..2974971	tac		259	259				259
	2975231..2976097	CDS						289
comp	2979955..2981049	CDS		221	221			365
	2981271..2981346	aca		55	55				55
comp	2981402..2981752	CDS						117
comp	3063743..3064045	CDS		106	106			101	106
comp	3064152..3064227	aag		147	147
comp	3064375..3064803	CDS						143
comp	3194307..3194906	CDS		249	249			200
	3195156..3195232	atgj		173	173				173
	3195406..3196356	CDS						317
comp	3206006..3206455	CDS		743	743			150
comp	3207199..3207273	gag		50	50				50
comp	3207324..3207689	CDS						122
	3398165..3399901	CDS		554	554			579
	3400456..3400530	aac		115	115				115
	3400646..3400924	CDS						93
	3401737..3403497	CDS		227	227			587
comp	3403725..3403799	ggc		208		208
comp	3404008..3404082	ggg		74	74				74
comp	3404157..3404819	CDS						221
comp	3597872..3598414	CDS		370	370			181
	3598785..3598869	ttg		151	151				151
comp	3599021..3599251	CDS						77

aua cumuls

• Lien tableur: aua cumuls

cumuls. aua. Aureimonas sp. AU20

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	1	1	0	-	1	1	1	0	100	10	1	0
	16 aas 23 5s	0	20	0		50	7	40	7	200	22	30	0
	16 atc gca hp	1	40	1		100	10	80	9	300	11	60	1
	16 cds 23 5s	0	60	3		150	14	120	9	400	20	90	7
	max a	2	80	0		200	8	160	4	500	5	120	8
	a doubles	0	100	0		250	8	200	3	600	6	150	7
	spéciaux	0	120	0		300	10	240	4	700	3	180	2
	total aas	2	140	3		350	4	280	1	800	1	210	7
sans	opérons	38	160	0		400	2	320		900	0	240	3
	1 aa	26	180	2		450	3	360	2	1000	0	270	5
	max a	3	200	1		500	1	400		1100	0	300	3
	a doubles	6		3			12		1		0		35
	total aas	53		13	0		80		40		78		78
total aas		55
remarques		4
avec jaune			moyenne
			variance
sans jaune			moyenne	131			226		153		235		158
			variance	75			165		128		125		69

aua tRNA-cds

• Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de aua opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.

aua	43			58			28			73
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
-30	169		105	43		68	60		169	-30
6	105		743	50		69	18		105	6
13	238		130	53		105	43		238	13
18	69		221	55		105	6		69	18
30	111		60	68		111	30		111	30
36	448		300	68		130	53		448	36
60	68		18	69		147	106		105	43
63	528		227	74		153	125		743	50
73	307		3102	83		169	-30		130	53
105	43		6	105		169	155		221	55
106	147		30	111		175	136		68	60
125	153		243	112		221	55		528	63
130	53		554	115		227	74		300	68
136	175		278	121		238	13		307	73
139	825		368	130		243	112		227	74
142	585		106	147		249	173		3102	83
155	169		370	151		265	217		147	106
209	580		125	153		265	239		243	112
217	265		-30	169		278	121		554	115
221	55		155	169		291	259		278	121
227	74		249	173		296	269		153	125
239	265		136	175		300	68		368	130
243	112		640	182		307	73		175	136
249	173		13	238		330	287		825	139
278	121		338	255		338	255		585	142
287	330		291	259		368	130		370	151
291	259		217	265		370	151		169	155
296	269		239	265		448	36		249	173
300	68		296	269		455	414		640	182
338	255		73	307		528	63		580	209
368	130		287	330		529	349		265	217
370	151		529	349		554	115		265	239
455	414		455	414		580	209		338	255
529	349		800	439		585	142		291	259
554	115		36	448		609	589		296	269
589	609		63	528		640	182		330	287
640	182		209	580		743	50		529	349
743	50		142	585		800	439		455	414
800	439		589	609		825	139		800	439
3102	83		139	825		3102	83		609	589

• Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est-à-dire la moitié du total des tRNA-cds.

alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
aua	4,721		80	1	39	24	10	6	16	23	11	28
‰				13	488	300	125	75	400	575	275	700

aua blocs

• Lien tableur: aua blocs

A1. aua, blocs à rRNA du 8.8.19.

CDS	1752	153	hp
16s	233	1486
atc	33
gca	142
CDS	-15	117	hp
23s	82	2829
5s	461	115
CDS		235	replication initiation protein

aua remarques

• cds de 77 aas: MIVLIAHVHQTSSEDEGERDEQDGFFSSLSALNTGPRATGVGVLRRRSASSRALDGRELAKDQLPETDPDNGGQAR

A1. aua, blocs à rRNA du 6.1.20.

	324..1028	cds	461	235	replication initiation protein
comp	1490..1604	5s	82	115
comp	1687..4515	23s	-6	2829
	4510..4740	cds	253	77	hp
comp	4994..5069	gca	33
comp	5103..5179	atc	236
comp	5416..6898	16s	718	1483
comp	7617..8363	cds	287	249	hp
comp	8651..9178	cds		176	excisionase family DNA-binding protein

• Remarques: Le seul génome de cette étude dont l’unique bloc rRNA est dans un tout petit plasmide de 9 kpbs pour un chromosome circulaire de 3 742 793 pbs.
  1. @ Une protéine candidate à la création est dans le bloc rRNA, hp, petite taille de 77 aas avec un intercalaire négatif avec 23s (voir prélèvement du 6.1.20 ci-dessus)
  2. @ Des intercalaires entre aas très élevés par rapport aux clusters à plusieurs aas étudiés. Trois très élevés au-delà de 200 pbs, 44 270 208, trois supérieurs à 160, 161 173 186. Alors que la moyenne des autres génomes est autour de 15 pbs.
  3. @ A l’adresse 2367774, deux aas séparés par un cds à très faibles intercalaires, 43 et 36 pbs. Le cds a une taille de 102 aas. Est-ce un candidat à la création? La même situation se retrouve à l’adresse 2641174, avec des intervals moyens, 153 2936 mais le cds a encore une taille plus petite 89 aas.
  4. @ Un intercalaire négatif qui souligne surtout la proximité d’un aa et d’un cds se trouvant sur 2 brins différents. Ceci est du certainement aux processus de conversion génique qui agissent sur les blocs à rRNA, ici ceux-là ont disparus laissant cette configuration. Les 2 cds entourant les 2 aas sont énormes, 500 aas environs, et ne sont donc pas candidats à la création.
• Note: En séparant les tRNAs des 2 clusters du @3 le spectre des blocs sans rRNA est le suivant

	aas   effectif	total
	1	30	30
	2	7	14
	3	3	9
total aas		53

• Séquences des doubles: La caractéristique principale des doublons pour ce génome est la grandeur de leurs inteercalaires. Les blocs à doublons se répartissent en

  - 3 blocs à 2 aas doubles, cgt gaa ctc, séparés entre eux par respectivement, 51 140 132 pbs.

  - 2 blocs à 3 aas dont un doublet chacun, ggc atg atg et gta gac gac, avec respectivement entre les doubles 44 et 58 pbs

  - 1 bloc avec un triplet gtc avec les intercalaires de 128 186 pbs.

aua distribution

• Lien tableur: aua distribution
• Notes: ctc2 gtc3 gac2 gaa2 cgt2 atgf2

Al9 aua, Aureimonas sp. AU20. alpha.

g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgt	2
h gtc	3	n gcc	1	gac	2	ggc	2
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
alpha	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
aua	23	30				2	55

aua. Intergen51

Intergen51. aua. Le génome

• aua Le prélèvement: Aalpha
• Le nom et le lien NCBI: aua, Aureimonas sp. AU20 chromosome, NCBI [46], date 12.4.21.
• aua La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
aua	449,307		3,742,793	12.0	

aua données intercalaires

• Lien tableur: aua données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

aua données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

aua autres intercalaires aas

• Lien tableur: aua autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aalpha

Intergen51. aua. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. aua les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 aua les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,803 523 0 2,326 2.3 9 0 9 x 972 55 3 1,030 4 0 4 t 2,775 578 3 3,356 13 0 13 % 82.7 17.2 0.1

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 45 0 0 45 1.3 tRNA-CDS 80 68 x 34 1 0 35 RNA-RNA 13 11 t 79 1 0 80 CDS-rRNA 0 0 % 98.8 1.3 0.0 non RNA 24 21 - total 117 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 5.1 15.6 1.9 25.1 8.9 83 0.0 0.0 x 9.9 11.4 16.4 12.9 5.7 27 0.3 0.0

Intergen51. aua. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: aua données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées aua fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. aua fx1

  - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. aua fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	aua
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.799	-6.86E-07	4.67E-04	-1.81E-01	45.3	fx1	abscisse	243.4	209.4
0.776	-3.44E-06	2.67E-03	-7.42E-01	85.8	fc1	ordonnée	18.8	19.8
								
0.807	-1.22E-06	8.91E-04	-2.85E-01	53.0	fx41			
0.928	2,50E-06	-1,57E-03	1,58E-01	32.5	fc31

• Le rfin après 400 est de 92 sur un total de 1803. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 710, reste 19 . L'indice i.rfin1 = 73/310 = 0.242.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	aua		calculs			poly3	aua
effect	1803		R2.21	781		abscis	400
xm	35		pte	7,55		flexa	205
ym	5		cste	3,04		flexo	1,97
x1m	270		r400l	130		xm	35
y1m	1		restp	113,14		sup4	221,0
rfin	51,03		%sd	35,50		sup4t	528,6
bornf	162		lond	235		%	41,8
supd	220,3		%sf	38,05		long	170
supdt	620,6		lonf	127		R2	611
xmp	266,22		sf/lf	1,33			
r400	62,12		sr/lr	0,48			
supf	168,8		sd/ld	0,94			
supft	443,7		i.r400	0,48								

Intergen51. aua. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	aua			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	87		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		14	345		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		40	90		1642	8424
total		55	523		2,456	23,544
reste		9	10		264	420
s6		6	2		361	41
s7		9	12		321	1438
s8		16	66		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		14.0	4.0		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		15.0	2.2		22.0	0.5
s7/sp6		22.5	13.3		19.5	17.1
s8/sp6		40.0	73.3		42.4	77.5
reste/sp6	22.5	11.1		16.1	5.0
						
total s1-5	15	433		814	15120
% / total						
%s1-5		27.3	82.8		33.1	64.2
%sp6		72.7	17.2		66.9	35.8

Intergen51. aua. Les intercalaires des blocs

• Le détail
• Note: le bloc à rRNA est dans le plasmide

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s		1	
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA	1			16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		1			CDS 23s			1
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	9	4		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		13	4		total		1	2

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. aua. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. aua. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• voir les répétitions dans rpm

alpha synthèse

alpha synthèse les tRNA

• Liens aux indices des clades: alpha bacilli   gamma actino clostridia bacteroide   cyano tener spiro   beta epsilon delta   bactéries
• Liens aux fiches:   spiro    tener    gama    alpha    beta    delta    epsilon    bacilli    clostridia    autres firmicutes    actino    bactero    cyano    archeo

alpha distribution par génome

• Lien tableur: alpha distribution par génome

Alpha distribution par génome

baci	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
rtb	8	25				0			33
rpm	7	30				8	42	5	92
rru	4	36				8	4	3	55
oan	6	41				8		4	59
abq	20	38				16	10	3	87
abs	20	39				8	10	3	80
agr	5	35				10	2	5	57
aua	10	30				2	13		55
total	80	274	0	0	0	60	81	23	518

alpha distribution du total

• Lien tableur: alpha distribution du total

  - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli

  - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau

  - Tableau des indices, en-tête: total génomes, total tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Alpha. Distribution du total.

alpha. Distribution du total sans +16s +5s g1    t1          a atgi 9 a tct tat atgf 7 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 13 b tcc 8 tac 10 tgc 8 f atc 1 j acc 13 aac 14 agc 8 g ctc 11 f ccc 8 cac 11 cgc 13 h gtc 13 n gcc 16 gac 17 ggc 22 i tta 8 c tca 8 taa tga 1 j ata k aca 9 aaa 10 aga 8 k cta 8 g cca 9 caa 8 cga l gta 7 o gca 2 gaa 12 gga 8 m ttg 7 d tcg 7 tag tgg 10 n atgj 10 l acg 8 aag 10 agg 6 o ctg 15 h ccg 10 cag 10 cgg 8 p gtg 9 p gcg 9 gag 9 ggg 7 alpha8 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 161 274 0 0 0 0 435

alpha. Distribution du total. +16s +5s (1-3aas) g1    t1          a atgi a tct tat atgf 23 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 33 j acc 0 aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac 0 ggc i tta c tca 0 taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 27 gaa gga m ttg d tcg tag tgg 0 n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg alpha8 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 23 60 83

alpha. indices du 27.5.20 347 génomes g1 t1 347 16935 0,6  0,3 a atgi 106 a tct tat 0,9 atgf 236 b att i act 0,3 aat agt c ctt 1,2 e cct 0,3 cat cgc 0,3 d gtt m gct gat 0,6 ggt e ttc 109 b tcc 101 tac 104 tgc 105 f atc 241 j acc 108 aac 111 agc 101 g ctc 116 f ccc 82 cac 102 cgt 112 h gtc 105 n gcc 97 gac 150 ggc 133 i tta 94 c tca 102 taa 1,2 tga 10 j ata 1,7 k aca 107 aaa 106 aga 103 k cta 103 g cca 104 caa 113 cga 9,2 l gta 105 o gca 239 gaa 141 gga 104 m ttg 91 d tcg 89 tag 0,3 tgg 102 n atgj 116 l acg 91 aag 80 agg 75 o ctg 90 h ccg 71 cag 65 cgg 107 p gtg 59 p gcg 59 gag 54 ggg 70 inter max min total

alpha distribution par type

• Lien tableur: alpha distribution par type
• Légende: voir bacilli

Alpha. Distribution par type.

alpha. distribution des solitaires g1    t1           a atgi 8 a tct tat atgf 5 b att i act aat agt 0 c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 8 b tcc 8 tac 2 tgc 4 f atc j acc 5 aac 5 agc 8 g ctc 9 f ccc 8 cac 7 cgc 8 h gtc 8 n gcc 5 gac 1 ggc 11 i tta 8 c tca 8 taa tga 1 j ata k aca 8 aaa 9 aga 8 k cta 8 g cca 8 caa 6 cga l gta 4 o gca 1 gaa 6 gga m ttg 7 d tcg 7 tag tgg 10 n atgj 7 l acg 8 aag 4 agg 6 o ctg 6 h ccg 3 cag 6 cgg 7 p gtg 3 p gcg 4 gag 5 ggg 6 alpha8 1aa 274

alpha. distribution du type >1aa sans duplicata. g1    t1           a atgi 1 a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc tac 8 tgc 4 f atc 1 j acc 3 aac 7 agc g ctc f ccc cac cgc h gtc 2 n gcc 5 gac 10 ggc 7 i tta c tca taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga k cta g cca 1 caa 2 cga l gta 3 o gca 1 gaa 2 gga 8 m ttg d tcg tag tgg n atgj 1 l acg aag agg o ctg 4 h ccg 1 cag 2 cgg 1 p gtg p gcg 2 gag ggg 1 alpha8 >1aa 80

alpha. distribution du type >1aa duplicata g1    t1           a atgi a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 4 b tcc tac tgc f atc j acc 5 aac 2 agc g ctc 2 f ccc cac 4 cgc 5 h gtc 3 n gcc 6 gac 6 ggc 4 i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca gaa 4 gga m ttg d tcg tag tgg n atgj 2 l acg aag 6 agg o ctg 5 h ccg 6 cag 2 cgg p gtg 6 p gcg 3 gag 4 ggg alpha8 dupli 81

alpha par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: alpha par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	alpha8	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	90	14	38				142
16	moyen	103	15	16			60	134
14	fort	81	51	27		23		182
		274	80	81		23	60	518
10	g+cga	46	6	27				79
2	agg+cgg	13	1					14
4	carre ccc	30	7	11				48
5	autres	1						1
		90	14	38				142
		total tRNAs ‰
	alpha8	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	alpha ‰	ref.‰
21	faible	174	27	73				274	26
16	moyen	199	29	31			116	259	324
14	fort	156	98	52		44		351	650
		529	154	156		44	116	518	729
10	g+cga	89	12	52				153	10
2	agg+cgg	25	2	0				27
4	carre ccc	58	14	21				93	16
5	autres	2	0	0				2
		174	27	73				274
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	alpha8	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	207	32	87	326	26	33	18	47
16	moyen	237	34	37	308	324	38	19	20
14	fort	186	117	62	366	650	30	64	33
		630	184	186	435	729	274	80	81
10	g+cga	106	14	62	182	10	51		71
2	agg+cgg	30	2	0	32		14
4	carre ccc	69	16	25	110	16	33		29
5	autres	2	0	0	2		1
		207	32	87	326		90		38

alpha, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: alpha, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   typage
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 27.5.20

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

alpha, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: alpha, calcul des -rRNAs

alp alpha 70 génomes

alp1 cumul des +rRNAs de la fiche alpha pour 70 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 144 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 189 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 191 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg 1 p gtg p gcg gag ggg alph70 inter max min total 380 144 1 525	alp2 indices du clade alpha du 27.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes g1    t1      347 0.6  0.3 a atgi 106 a tct tat 0.9 atgf 236 b att i act 0.3 aat agt c ctt 1.2 e cct 0.3 cat cgc 0.3 d gtt m gct gat 0.6 ggt e ttc 109 b tcc 101 tac 104 tgc 105 f atc 269 j acc 108 aac 111 agc 101 g ctc 116 f ccc 82 cac 102 cgt 112 h gtc 105 n gcc 97 gac 150 ggc 133 i tta 94 c tca 102 taa 1.2 tga 10 j ata 1.7 k aca 107 aaa 106 aga 103 k cta 103 g cca 104 caa 113 cga 9.2 l gta 105 o gca 271 gaa 141 gga 104 m ttg 91 d tcg 89 tag 0.3 tgg 102 n atgj 116 l acg 91 aag 80 agg 75 o ctg 90 h ccg 71 cag 65 cgg 107 p gtg 59 p gcg 59 gag 54 ggg 70 gtRNA inter max min total 1964 1735 1242 4941	alp3 cumul des -rRNAs de l'annexe alpha 8 génomes g1    t1          a atgi 9 a tct tat atgf 7 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 13 b tcc 8 tac 10 tgc 8 f atc 1 j acc 13 aac 14 agc 8 g ctc 11 f ccc 8 cac 11 cgt 13 h gtc 13 n gcc 16 gac 17 ggc 22 i tta 8 c tca 8 taa tga 1 j ata k aca 9 aaa 10 aga 8 k cta 8 g cca 9 caa 8 cga l gta 7 o gca 2 gaa 12 gga 8 m ttg 7 d tcg 7 tag tgg 10 n atgj 10 l acg 8 aag 10 agg 6 o ctg 15 h ccg 10 cag 10 cgg 8 p gtg 9 p gcg 9 gag 9 ggg 7 alph8 inter max min total 134 159 142 435
alp4 indices des +rRNAs de la fiche alpha pour 100 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 206 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 270 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 273 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg 1.4 p gtg p gcg gag ggg alph70 inter max min total 543 206 1 750	alp5 estimation des -rRNA du clade alpha pour 100 génomes g1    t1          a atgi 106 a tct tat 0.9 atgf 30 b att i act 0.3 aat agt c ctt 1.2 e cct 0.3 cat cgc 0.3 d gtt m gct gat 0.6 ggt e ttc 109 b tcc 101 tac 104 tgc 105 f atc -1 j acc 108 aac 111 agc 101 g ctc 116 f ccc 82 cac 102 cgt 112 h gtc 105 n gcc 97 gac 150 ggc 133 i tta 94 c tca 102 taa 1.2 tga 10 j ata 1.7 k aca 107 aaa 106 aga 103 k cta 103 g cca 104 caa 113 cga 9.2 l gta 105 o gca -2 gaa 141 gga 104 m ttg 91 d tcg 89 tag 0.3 tgg 102 n atgj 116 l acg 91 aag 80 agg 75 o ctg 90 h ccg 71 cag 65 cgg 106 p gtg 59 p gcg 59 gag 54 ggg 70 -rRNA inter max min total 1421 1529 1241 4191	alp6 indices des -rRNAs de l'annexe alpha pour 100 génomes g1    t1          a atgi 113 a tct tat atgf 88 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 163 b tcc 100 tac 125 tgc 100 f atc 13 j acc 163 aac 175 agc 100 g ctc 138 f ccc 100 cac 138 cgt 163 h gtc 163 n gcc 200 gac 213 ggc 275 i tta 100 c tca 100 taa tga 13 j ata k aca 113 aaa 125 aga 100 k cta 100 g cca 113 caa 100 cga l gta 88 o gca 25 gaa 150 gga 100 m ttg 88 d tcg 88 tag tgg 125 n atgj 125 l acg 100 aag 125 agg 75 o ctg 188 h ccg 125 cag 125 cgg 100 p gtg 113 p gcg 113 gag 113 ggg 88 alph8 inter max min total 1675 1988 1775 5438

alpha, comparaison clade-annexe des -rRNAs

• Lien tableur: alpha, comparaison clade-annexe des -rRNAs
• Légende

  - alp7. diff, somme des couleurs de alp7. La différence entre tRNAs est faite entre alp5 et alp6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

  - alp8. rap, rapport des sommes couleurs alp5/alp2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de alp5 sur celui de alp2.

• Fréquences des différences en % du tableau alp7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	18	9	2	6	4	4	1	0	0	2	2	48
tot ≤ 50						39							

• Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 19% au dessus de celle de la fiche des alpha.

tRNAs		fiche		annexe
sans		3190		435
avec		525		205
genomes		70		8
indice %	46		54

alp alpha 63 génomes

alp7 alpha, différence clade-annexe des -rRNAs g1    t1          a atgi 6 a tct tat 100 atgf 66 b att i act 100 aat agt c ctt 100 e cct 100 cat cgc 100 d gtt m gct gat 100 ggt e ttc 33 b tcc 1 tac 17 tgc 5 f atc 108 j acc 34 aac 37 agc 1 g ctc 16 f ccc 18 cac 26 cgt 31 h gtc 35 n gcc 52 gac 29 ggc 52 i tta 6 c tca 2 taa 100 tga 20 j ata 100 k aca 5 aaa 15 aga 3 k cta 3 g cca 8 caa 12 cga 100 l gta 17 o gca 107 gaa 6 gga 4 m ttg 4 d tcg 2 tag 100 tgg 18 n atgj 7 l acg 9 aag 36 agg 0 o ctg 52 h ccg 43 cag 48 cgg 5 p gtg 48 p gcg 48 gag 52 ggg 20 diff inter max min total 178 330 451 959

alp8 alpha, rapports -rRNA/total g1    t1          a atgi a tct tat atgf 13 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 0 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca -1 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg 99 p gtg p gcg gag ggg rap inter max min total 72 88 100 85

Alpha intergen51

Intergen51. Introduction

• Voir les 51 génomes

Intergen51. Historique des pré-études

• Voir les 51 génomes

Alpha données intercalaires

• Lien tableur: Alpha données intercalaires
• L'étendue des fc+

	total	max1	reste	max2	un
rtb	505	2078	3	2313	3065
rpl	527	1845	3	2089	2940
rpm	1847	939	9	1735	2454
rru	2136	686	11	954	1469
oan1	1517	717	8	1073	1871
oan2	914	820	5	1560	1629
abq	1565	677	8	1052	1402
abqp	921	816	5	1456	1965-1978
abs	1570	885	8	1007	1027
absp	873	1237	4	1572	1976
argc	1466	599	7	871	884
agrl	1040	839	5	1371	1583
aua	1803	895	9	1186	1212
pub	601	403	3	464	1380
					
cvi	2412	736	12	1187	1220
ade	2335	741	12	1160	1388-1774
ant	1700	649	9	916	924

Alpha données intercalaires 200

• Lien tableur: Alpha données intercalaires 200

Intergen51. Alpha vue de l'ensemble

Intergen51. La longueur totale des intercalaires d'un génome

• Légende: intercals pour longueur totale des intercalaires positifs en pdb et génome pour celle de l'ADN du génome donnée par NCBI
• Note:

  - pub a le plus petit taux des 51 génomes étudiés, 3.4%

  - rtb et rpl sont identiques du point de vue phylogénie et ils ont le taux parmi les plus élevés des 51 génomes étudiés de 22 à 28%.

  - auap: c'est le plasmide de aua. A faire

  - Les 11 éléments restant ont un taux autour de 12%

Nom	intercals	génome			taux en %
alpha					
abq	356,439		3,064,393		11.6
abqp	217,409		1,901,707		11.4
abs	363,304		3,023,440		12.0
absp	211,208		1,766,028		12.0
agrc	332,177		2,823,930		11.8
agrl	225,474		2,148,289		10.5
aua	449,307		3,742,793		12.0
auap	-				
oan	364,228		2,887,297		12.6
oan2	199,249		1,895,911		10.5
pub	44,276		1,308,759		3.4
rpl	252,952		1,109,301		22.8
rpm	461,433		3,876,289		11.9
rru	461,427		4,352,825		10.6
rtb	264,633		1,112,957		23.8

Intergen51. alpha les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. alpha les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

• Note:

  - taux des R-: c-/c = 100*0/467 = 0 et x-/x = 100*3/323 = 0.9.

Int51.2 Alpha les différents types d'intercalaires entre gène de 10 génomes

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 17 170 4 755 115 22 040 2,4 208 26 234 x 8 668 544 51 9 263 9 29 38 t 25 838 5 299 166 31 303 217 55 272 % 82,5 16,9 0,5

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 467 0 0 467 1,4 tRNA-CDS 785 57 x 318 3 2 323 RNA-RNA 217 16 t 785 3 2 790 CDS-rRNA 55 4 % 99,4 0,4 0,3 non RNA 325 24

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - c 4,8 14,1 2,2 27,6 7,5 75 0,5 0,0 x 10,3 12,9 11,0 14,1 6,3 33 0,6 0,6

Intergen51. Alpha Détail des intercalaires RNA-RNA et CDS-rRNA

• Lien aux données intercalaires.

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		24			CDS 16s		12	15
16s 23s		1			5s CDS		7	12
16s tRNA	24			16 CDS		3	
tRNA 23s	26			CDS 5s		1	
5s tRNA		20			23s CDS		1	2
tRNA in		24			CDS 23s		2	
tRNA contig	1			5s 16s		
tRNA hors	88	9		16s16s		
tRNA 16s							
23s tRNA							
tRNA 5s							
16s 5s							
5s 23s							
5s 5s							
total		208	9		total		26	29

Intergen51. Alpha Les intercalaires rares

• Lien aux données intercalaires.

tRNA-CDS			16sCDS	x	c
gen	Rx	Rx0		rpm		-3
oan1	-44			rpl		1463
oan2	-44			rtb		2466
aua	-30			CDS5s		
pub		2		pub		52
tRNAhors x			23sCDS		
rtb	60			pub		446
-	1051			CDS23s		
rpl	49			rtb		736
-	830			rpl		719
agrl	793			23sCDSx		
aua	161			absp	151	
-	173			abqp	151	
-	270			-		
-	404			-		

Intergen51. Les diagrammes des alpha

Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS

Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs

• Lien aux données intercalaires.
• Diagrammes des alpha:  tal présente 4 diagrammes

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.

  - ftc, tRNA-CDS continu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées

  - ftx, tRNA-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: à partir des colonnes fx fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41 et autres R2 desf.1		
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0,934	-6,91E-07	5,47E-04	-2,21E-01	48,9	fx1	abscisse	303,0	182,5
0,824	-4,29E-06	3,38E-03	-9,17E-01	96,5	fc1	ordonnée	12,7	22,1
									poly3/droite	12,6	22,6
0,967	-4,07E-07	3,70E-04	-1,92E-01	48,2	fx41			
0,986	1,90E-06	-1,04E-03	2,47E-02	40,7	fc41	R2 f.1	x	c
									Poly 3	934	824
0,958					-9,56E-02	41,6	fx41	Poly 6	950	979
0,939					-1,21E-01	44,7	fc41	Poly 9	963	996
0,915					-1,00E-01	42,9	fx1			
0,654					-1,74E-01	59,4	fc1			

Intergen51. alpha CDS-CDS négatifs

Intergen51. alpha comparaison avec la totale

• Lien aux données intercalaires.

Sous-totaux	alpha			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
-1		0	821		4	4140
-2		23	1		85	11
-3		1	0		3	12
-4		153	2719		717	10938
-5		0	3		5	19
sp6		367	1211		1642	8424
total		544	4755		2 456	23 544
reste		60	104		264	420
s6		64	8		361	41
s7		79	200		321	1438
s8		164	899		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		6,7	3,3		8,4	2,6
% / sp6						
s6/sp6		17,4	0,7		22,0	0,5
s7/sp6		21,5	16,5		19,5	17,1
s8/sp6		44,7	74,2		42,4	77,5
reste/sp6	16,3	8,6		16,1	5,0
						
total s1-5	177	3544		814	15120
% / total						
%s1-5		32,5	74,5		33,1	64,2
%sp6		67,5	25,5		66,9	35,8

Intergen51. alpha homogénéité des génomes

• Lien aux données intercalaires des génomes
• Homogénéité des discontinus x:

  - Le rapport s1-5/sp6 est de 1/3 sauf pour oan et pub qui ont 1/1 avec des effectifs élevés, 83 et 95 respectivement.

  - Le rapport 4/2 est de 6.7 au total mais de 11.1 si on enlève abqp absp et agr qui ont des effectifs élevés, 26 25 25 respectivement, et si on enlève rpl et rtb avec des effectifs faibles, 5 et 4.

• Homogénéité des continus c:

  - Le rapport s1-5/sp6 est de 3/4 sauf pour rtb et rpl qui sont proches de 1/1 avec des effectifs élevés, 98 et 103 respectivement.

  - Le rapport 4/1 est de 3.3 au total mais de 3.9 si on enlève pub qui a un rapport aberrant de 0.5 avec un effectif élevé de 232.

négatifs x	abq	abqp	abs	absp	agrc	agrl	aua	oan1	oan2	pub	rpl	rtb	rpm	rru	total
total		37	26	34	25	35	25	55	55	28	95	5	4	46	74	544
s1-5		7	2	4	4	11	10	15	23	14	47	1	1	10	28	177
sp6		30	24	30	21	24	15	40	32	14	48	4	3	36	46	367
rapport s1-5																
4/2		6.0	1.0	3.0	1.0	1.2	9.0	14.0	22.0	12.0	14.7	0.0	0.0	2.3	27.0	6.7
% / sp6																
s6		7	8	10	5	13	27	15	28	29	40	0	0	14	13	17.4
s7		13	29	23	33	33	40	23	31	29	6	0	0	11	22	21.5
s8		63	38	57	38	50	33	40	31	29	54	75	100	31	46	44.7
reste		17	25	10	24	4	0	23	9	14	0	25	0	44	20	16.3
% / total																
s1-5		19	8	12	16	31	40	27	42	50	49	20	25	22	38	32.5
sp6		81	92	88	84	69	60	73	58	50	51	80	75	78	62	67.5
																
																
négatifs c	abq	abqp	abs	absp	agrc	agrl	aua	oan1	oan2	pub	rpl	rtb	rpm	rru	total
total		330	235	324	206	345	308	523	402	292	377	103	98	603	609	4755
s1-5		260	173	249	150	284	245	433	308	243	232	45	43	404	475	3544
sp6		70	62	75	56	61	63	90	94	49	145	58	55	199	134	1211
rapport s1-5																
4/1		3.3	4.8	3.5	4.8	4.0	4.3	4.0	2.3	4.1	0.5	3.5	3.3	5.2	4.9	3.3
% / sp6																
s6		1	2	3	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	1
s7		20	23	20	14	13	14	13	14	12	10	16	16	22	19	17
s8		69	65	63	61	84	84	73	80	84	88	84	84	62	72	74
reste		10	11	15	25	3	2	11	4	4	2	0	0	16	8	9
% / total																
s1-5		79	74	77	73	82	80	83	77	83	62	44	44	67	78	75
sp6		21	26	23	27	18	20	17	23	17	38	56	56	33	22	25

Intergen51. alpha Les grands négatifs inférieurs à -120

• Voir intergen51

Intergen51. Les diagrammes CDS-rRNA

Intergen51. Alpha. Les diagrammes CDS-16s

• Lien au tableur: Intergen51. Alpha. Les diagrammes CDS-16s.
• Lien aux données intercalaires.
• Les diagrammes CDS-16s

alpha		CDS16sc		CDS16sx		5sCDSc		5sCDSx
R2		-		-		-		-
xs		613,5		648,8		226,4		150,5
plage		420-870		450-780		150-270		90-210
total-p		8		10		5		11
%		67		67		71		92
queue		4		4		0		1
%		33		27		0		8
tête		0		1		2		0
%		0		7		29		0
max		720;2		660;2		240;2		180;4
total10		12		15		7		12
freq		30		30		30		30

• Les moyennes CDS-16s par génome

Intergen51.alpha. Moyennes CDS-16s

CDS16sx. discontinu CDS16sx moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq 779 779 30,2 116,9 abqp 616,3 133,0 4,6 472 643:734    192,9 -45,8 abs absp 564,0 110,3 5,1 486 642 245,2 -98,1 agrc 637,0 73,5 8,7 585 689 172,2 -25,1 agrl 714 714 95,2 51,9 aua oan1 999 999 -189,8 336,9 oan2 744 744 65,2 81,9 pub 330 330 479,2 -332,1 rpl rpm 1026 1026 -216,8 363,9 rru 1096,0 137,2 8,0 999 1193 -286,8 433,9 rtb total 735,7 235,0 3,1 809,2 662,1

CDS16sc. continu CDS16sc moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq 496 496    222,7 -92,0 abqp 444 444 274,7 -144,0 abs absp 457 457 261,7 -131,0 agrc agrl 561 561 *2136 157,7 -27,0 aua 717 717 1,7 129,0 oan1 678 678 40,7 90,0 oan2 714 714 4,7 126,0 pub rpl rpm rru 906,5 92,6 9,8 841 972 -187,8 318,5 rtb 1854 *1854 -1135,3 1266,0 total 653,3 180,5 3,6 718,7 588,0

Intergen51. Les diagrammes 5s-CDS

• Lien aux données intercalaires.
• Comparaison avec les tRNA-CDS

  - Les équations des polynômes de d°3

  fct    f(x) = 2.08E-06 x3 – 1.41E-03 x2 + 2.24E-01 x + 7.17

  fxt    f(X) = 8.72E-07 x3 – 6.49E-04 x2 + 1.24E-01 x + 2.64

  - Les caractéristiques des courbes: xs abscisse calculée du maximum de la courbe en pbs, plage des effectifs forts et max de l'effectif maximum et son abscisse.

alpha		fct		fxt		5sCDSc		5sCDSx
R2		0,723		0,382		-		-
xs		102,8		129,1		226,4		150,5
plage		40-180		60-220		150-270		90-210
total-p		256		166		5		11
%		55		52		71		92
queue		176		121		0		1
%		38		38		0		8
tête		35		26		2		0
%		7,5		8,2		29		0
max		140;24		140;14		240;2		180;4
total10		467		318		7		12
freq		10		10		30		30

Intergen51.alpha. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

• Lien tableur: Intergen51.alpha. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.
• Légende:

  - Inf40, Sup700: nombre d'intercalaires du génome inférieurs à 41 et supérieurs à 700. Dans les tableaux 5sCDS ils sont notés en gras avec un *. A voir aux données intercalaires du génome.

  - moyenne: elle est calculée pour tous les intercalaires compris entre inf40 et sup700, 40 exclu. Et son écart est la fonction ecartype.

  - haut, bas: pour estimer que la moyenne du génome est très élevée ou trop basse par rapport à celle du total des alpha.

  + la référence du haut est égale à (total + total/10), indiquée sur la ligne total.

  + la référence du bas est égale à (total - total/10), indiquée sur la ligne total.

  + Pour un génome le haut est égal à (haut référence - sa moyenne): si cette différence est négative la moyenne est considérée trop élevée.

  + Pour un génome le bas est égal à (sa moyenne - haut référence): si cette différence est négative la moyenne est considérée trop basse.

  + pour les tableaux 5sCDS les références sont sur la ligne du total précédés du signe ++

  - Les colonnes ft*-f* représentent la différence entre les 2 moyennes.

  - intercalaires: pour les tableaux 5sCDS où les effectifs sont très faibles. Une plage continue de plus de 2 effectifs est représentée par un tiret, inférieur - supérieur. S'il n'y a que 2 intercalaires, ils sont séparés par 2 points, :.

• Note: Sommes des différences ft*-f*, positives et négatives, dans les tableaux correspondants

ftc-fc	492,0
ftc-fc	-148,0
	
ftx-fx	365,5
ftx-fx	-107,5

Intergen51.alpha Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS

ftx. tRNA-CDS discontinu ftc moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas abq 191,5 112,8 1,70 1 55,1 -10,2 abqp 227,5 95,9 2,37 2 19,1 25,7 abs 170,8 84,8 2,01 1 75,9 -31 absp 196,9 93,6 2,10 1 49,7 -4,9 agrc 222,5 130,2 1,71 1 24,1 20,8 agrl 189,6 92,9 2,04 57,0 -12,2 aua 269,8 139,4 1,94 2 -23,2 68,0 oan1 263,3 157,1 1,68 3 3 -16,6 61,5 oan2 254,1 105,9 2,40 1 -7,5 52,3 pub 99,5 24,9 3,99 9 147,1 -102,2 rpl 358,8 160,7 2,23 8 -112,2 157,0 rpm 209,2 159,2 1,31 1 37,4 7,5 rru 202,7 98,7 2,05 2 43,9 0,9 rtb 375,9 164,2 2,29 6 -129,3 174,1 total 224,2 134,1 1,67 246,6 201,8	5sCDSx. 5s-CDS discontinu 5sCDSx moyenne écart m/e intercalaires  - abq 187 187 abqp 193 193 abs 153 153 absp 153 153 agrc agrl aua 461 461 oan1 oan2 pub rpl 183 183 rpm 121,0 29,2 4,1 91 114:118 161 rru 130 130 rtb 173 173 total 176,4 95,1 1,9 ++ 158,8 194,1 -
ftc. tRNA-CDS continu ftc moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas abq 169,5 154,9 1,09 3 22,7 12,2 abqp 194,9 97,9 1,99 -2,7 37,6 abs 153,8 120,0 1,28 2 38,5 -3,5 absp 196,7 104,2 1,89 2 -4,4 39,4 agrc 245,3 142,9 1,72 2 -53,1 88,1 agrl 277 185,8 1,49 -84,8 119,7 aua 174,8 153,9 1,14 5 2 17,4 17,5 oan1 199,9 125,5 1,59 2 2 -7,7 42,6 oan2 340,5 180,5 1,89 1 -148,2 183,2 pub 47,3 60,9 0,78 18 145,0 -110 rpl 165,2 145,9 1,13 7 8 27,0 7,9 rpm 155,7 91,6 1,70 4 1 36,6 -1,6 rru 160,4 102,2 1,57 1 2 31,9 3,1 rtb 164,4 133,3 1,23 7 10 27,8 7,2 total 174,7 135,7 1,29 192,2 157,3	5sCDSc. 5s-CDS continu 5sCDSc moyenne écart m/e intercalaires  - abq 236 236 abqp abs 244 244 absp agrc agrl aua oan1 oan2 pub 13 *13 rpl 1458 *1458 rpm 217,3 39,8 5,5 *25 173 229:250 rru rtb total 226,4 30,9 7,3 ++ 203,8 249,0 -
fx. CDS-CDS discontinu fx moyenne écart m/e ftx-fx Sup 700 haut bas abq 207,9 133,2 1,56 -16,4 9 14,4 26,0 abqp 205,1 132,5 1,55 22,4 8 17,2 23,2 abs 205,8 136,1 1,51 -35,0 19 16,5 23,9 absp 210,3 139,2 1,51 -13,4 11 12,0 28,4 agrc 194,9 129,1 1,51 27,6 4 27,4 13,0 agrl 204,5 131,6 1,55 -14,9 5 17,8 22,6 aua 201,6 131,9 1,53 68,2 24 20,7 19,7 oan1 200,4 133,0 1,51 62,9 9 21,9 18,5 oan2 203,2 133,8 1,52 50,9 8 19,1 21,4 pub 119,3 93,9 1,27 -19,8 0 102,9 -62,5 rpl 242,4 174,5 1,39 116,4 35 -20,1 60,5 rpm 192,2 143,7 1,34 17,0 25 30,1 10,3 rru 210,8 135,0 1,56 -8,1 13 11,5 28,9 rtb 210,3 154,6 1,36 165,6 50 12,0 28,5 total 202,1 135,9 1,49 22,1 222,3 181,9	fc. CDS-CDS continu fc moyenne écart m/e ftc-fc Sup 700 haut bas abq 157,5 108,3 1,45 12,0 6 23,2 9,6 abqp 161,2 114,1 1,41 33,7 11 19,6 13,3 abs 155,7 101,9 1,53 -1,9 10 25,1 7,8 absp 160,5 111,7 1,44 36,1 14 20,2 12,6 agrc 160,1 96,9 1,65 85,2 5 20,6 12,3 agrl 161,3 116,2 1,39 115,7 11 19,4 13,4 aua 168,9 114,8 1,47 5,9 21 11,8 21,0 oan1 179,1 120,4 1,49 20,8 10 1,7 31,2 oan2 162,0 112,3 1,44 178,4 8 18,7 14,1 pub 97,4 69,1 1,41 -50,1 1 83,4 -50,5 rpl 201,5 150,9 1,33 -36,3 57 -20,7 53,6 rpm 166,8 110,4 1,51 -11,1 20 14,0 18,9 rru 156,2 104,8 1,49 4,2 11 24,6 8,3 rtb 213,0 160,1 1,33 -48,5 50 -32,2 65,1 total 164,3 113,2 1,45 10,4 180,8 147,9

Intergen51. Les CDS-rRNA rares

• Lien aux données intercalaires.
• Lien aux alpha, les intercalaires rares

Intergen51. Les diagrammes RNA-RNA

Intergen51. Alpha. Les diagrammes rRNA-rRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Alpha. Les diagrammes rRNA-rRNA.
• Lien aux données intercalaires.

alpha		16s23s		16stRNA		tRNA23s		23s5s
R2		-		-		-		-
xs		269		203,1		341,5		169,5
plage		260-280		80-340		240-600		60-280
total-p		1		24		25		24
%		100		100		96		100
queue		0		0		0		0
%		0		0		0		0
tête		0		0		1		0
%		0		0		4		0
max		280;1		120;8		280;9		140;7
total10		1		24		26		24
freq		20		20		20		20

Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-rRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-rRNA.

Intergen51.alpha. Moyennes rRNA-RNA

16s23s. 16s23s moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq 114 2x 114 68,2 -35,1 abqp 269 269 -86,8 119,9 abs       absp agrc agrl aua oan1 oan2 pub rpl rpm rru rtb total 165,7 89,5 1,9 182,2 149,1

23s5s. 23s5s moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq 134 2x134    54,2 -20,0 abqp 133,7 0,6 231,5 2x 134 133 54,6 -20,3 abs 128 128 60,2 -26,0 absp 130,0 2,8 46,0 128 132 58,2 -24,0 agrc 249 2x 249 -60,8 95,0 agrl 249 3x 249 -60,8 95,0 aua   oan1 194 2x 194 -5,8 40,0 oan2 194 2x 194 -5,8 40,0 pub rpl 261 261 -72,8 107,0 rpm 68 68 120,2 -86,0 rru 118,0 1,4 83,4 4x 116-119 70,2 -36,0 rtb 228 228 -39,8 74,0 total 171,1 58,2 2,9 188,2 154,0

16stRNA. 16stRNA moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq abqp 109,3 8,1 13,5 2x 114 100 123,0 -80,8 abs    absp 115,0 1,7 66,4 2x 116 113 117,4 -75,1 agrc 342 2x 342 -109,7 151,9 agrl 342 3x 342 -109,7 151,9 aua 240 240 -7,6 49,9 oan1 273 2x273 -40,6 82,9 oan2 273 2x273 -40,6 82,9 pub 98 98 134,4 -92,1 rpl rpm 116 116 116,4 -74,1 rru 179,5 1,0 179,5 178 3x180 52,9 -10,6 rtb total 211,2 94,3 2,2 232,4 190,1

tRNA23s. tRNA23s moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq 261,5 7,8 33,6 256 267    114,1 -45,8 abqp 255,7 0,6 442,8 3x255-256 119,9 -51,6 abs 272 272 103,6 -35,3 absp 271,3 1,2 235,0 2x 272 270 104,3 -36,0 agrc 585 2x 585 -209,4 277,7 agrl 585 3x 585 -209,4 277,7 aua 478 478 -102,4 170,7 oan1 270 2x 270 105,6 -37,3 oan2 270 2x 270 105,6 -37,3 pub 149 149 226,6 -158,3 rpl   rpm 241,5 2,1 113,8 240 243 134,1 -65,8 rru 346,8 0,5 693,5 346 3x347 28,9 39,4 rtb total 341,5 133,8 2,6 375,6 307,3

Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-tRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-tRNA.
• Lien aux données intercalaires.

Les diagrammes des tRNA-tRNA

• alpha

type c		S40	%	R2	diag	total	reste	x+	restes	5stRNA	hors	hors	hors
hors		35	40	0,402	170	88	11	9		4*257	186	214	452
contig		1	100	-	40	1		-		287	202	219	
in		15	63	-	70	24		-			205	220	
5stRNA		0	0	-	100	20	5	-			206	245	
-		 	 								208	373	

Les pourcentages des tRNA-tRNA hors blocs

tRNA h 		abq	abs	agr	aua	oan	pub	rpl	rtb	rpm	rru	total	%
20		3	3				1	1	1	2		11	12.5
40		2	4	1	1	1				14	1	24	27.3
60		2	1	1	3		2			7		16	18.2
80		1	1				1			3		6	6.8
100		1	1						1		1	4	4.5
120		1	1					1		1		4	4.5
140		1	1		3							5	5.7
160						1				2		3	3.4
180		1	1							1	1	4	4.5
200					1							1	1.1
220		2	2		1					1	1	7	8.0
240												0	
260						1						1	1.1
restes				1						1		2	2.3
total		14	15	3	9	3	4	2	2	32	4	88	100.0
													
repete		5	5	2	6	2	0	0	0	14	2	36	55
séquence	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
sans		6	7	1	2	1	4	2	2	2	2	29	45
clusters	11	12	3	8	3	4	2	2	16	4	65	100

Les moyennes des tRNA-tRNA par génome

Intergen51.alpha. Moyennes tRNA-tRNA

5stRNA 5stRNA moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq    abqp 96 2x96 -18,9 32,9 abs absp 100 100 -22,9 36,9 agrc 272,0 21,2 12,8 *257 *287 -194,9 208,9 agrl 257 *3x257 -179,9 193,9 aua oan1 54 2x54 23,1 -9,1 oan2 54 2x54 23,1 -9,1 pub rpl rpm 51,4 0,5 93,8 3x51 2x52 25,7 -11,7 rru 95 3x95 -17,9 31,9 rtb total 70,1 22,3 3,1 77,1 63,1

tRNA contigu tRNA cont moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq       abqp abs 32 32 absp agrc agrl aua oan1 oan2 pub rpl rpm rru rtb total 32

tRNA intra cluster tRNA in moyenne écart m/e intercalaires haut bas abq 30 2x30 atc 12,9 -5,1 abqp 30 2x30 atc 12,9 -5,1 abs absp 30,7 0,6 53,1 30 2x31 atc 12,2 -4,4 agrc 59 2x59 atc -16,2 23,9 agrl 59 3x59 atc -16,2 23,9 aua 33 33 atc 9,9 -2,1 oan1 11 2x11 atc 31,9 -24,1 oan2 11 2x11 atc 31,9 -24,1 pub 9 9 atc 33,9 -26,1 rpl rpm rru 66 4x66 atc -23,1 30,9 rtb total 39,0 21,3 1,8 42,9 35,1

tRNA hors cluster tRNA hors moyenne écart m/e total S60% sup120 haut bas abq 70,8 29,9 2,4 8 25 4 -22,6 31,4 abqp 29,7 38,3 0,8 6 83 0 18,5 -9,7 abs 62,2 31,5 2,0 9 33 4 -14,1 22,8 absp 28,3 37,8 0,8 6 83 0 19,8 -11,1 agrc 33,5 10,6 3,2 3 67 1 14,6 -5,9 agrl aua 44,3 14,7 3,0 9 44 5 3,9 4,9 oan1 24 3 33 2 24,1 -15,4 oan2 pub 44,3 22,5 2,0 4 75 0 3,9 4,9 rpl 60,0 63,6 0,9 2 50 0 -11,9 20,6 rpm 41,5 21,5 1,9 32 72 5 6,7 2,1 rru 54,0 38,2 1,4 4 25 2 -5,9 14,6 rtb 55,0 56,6 1,0 2 50 0 -6,9 15,6 total 43,8 28,8 1,5 88 58 23 48,1 39,4

Intergen51. Les RNA-RNA rares

• Lien aux données intercalaires.
• Lien aux alpha, les intercalaires rares

Beta

cvi opérons

• Lien tableur: cvi opérons
• Liens: gtRNAdb [47], NCBI [48], génome [49]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Chromobacteriaceae; Chromobacterium.
• Légende:

Bd1. cvi opérons, Chromobacterium violaceum ATCC 12472

65%GC	30.6.19 Paris	98	doubles	intercalaire
	421217..422762	16s	@1	179
	422942..423018	atc		86
	423105..423180	gca		249
	423430..426324	23s		125
	426450..426564	5s
	502182..503727	16s		79
	503807..503883	atc		12
	503896..503971	gca		250
	504222..507116	23s		122
	507239..507353	5s
comp	682034..682118	ttg
	759824..759908	tac
comp	878775..878849	agg
	955155..955230	gcg
	975612..975696	ctc
	1006822..1006897	ttc	+	6
	1006904..1006979	ttc	2 ttc
	1058518..1058611	agc		6
	1058618..1058694	cgt		3
	1058698..1058772	gaa
comp	1061741..1061815	gaa	+	3
comp	1061819..1061895	cgt	2 gaa	7
comp	1061903..1061977	gaa	2cgt	5
comp	1061983..1062059	cgt
	1154020..1155565	16s		179
	1155745..1155821	atc		86
	1155908..1155983	gca		250
	1156234..1159128	23s		122
	1159251..1159365	5s
comp	1263556..1263645	tcg
	1273710..1273786	atgf
	1377435..1377510	ggc	+	23
	1377534..1377609	ggc	5 ggc	22
	1377632..1377707	ggc		24
	1377732..1377807	ggc		29
	1377837..1377912	ggc		45
	1377958..1378031	tgc
	1387010..1387094	tta
	1420085..1420161	gtc
	1427771..1427847	ccc
comp	1433244..1433319	aac	+	32
comp	1433352..1433427	aac	3 aac	31
comp	1433459..1433534	aac
	1646821..1648366	16s		179
	1648546..1648622	atc		86
	1648709..1648784	gca		249
	1649034..1651928	23s		122
	1652051..1652165	5s		89
	1652255..1652369	5s
	1746117..1746207	tcc	+	53
	1746261..1746351	tcc	2 tcc
	1978844..1978919	aac
comp	2094372..2094447	cac	+	26
comp	2094474..2094549	cac	3 cac	45
comp	2094595..2094670	cac		27
comp	2094698..2094774	aga		18
comp	2094793..2094869	cca
comp	2511625..2511712	tca
comp	2747299..2747375	gac		7
comp	2747383..2747458	gta
	2853221..2853305	cta
	3187082..3187157	aca
	3257362..3257437	gcc
	3262246..3262321	gcc	+	8
	3262330..3262405	gaa	2 gcc	11
	3262417..3262492	gcc
comp	3371478..3371592	5s		122
comp	3371715..3374609	23s		250
comp	3374860..3374935	gca		12
comp	3374948..3375024	atc		79
comp	3375104..3376649	16s
	3472822..3472897	gta	+	12
	3472910..3472986	gac	5 gta	26
	3473013..3473088	gta	6 gac	12
	3473101..3473177	gac	1 gtg	26
	3473204..3473279	gta		12
	3473292..3473368	gac		26
	3473395..3473470	gta		12
	3473483..3473559	gac		27
	3473587..3473663	gta		6
	3473670..3473746	gac		27
	3473774..3473850	gtg		6
	3473857..3473933	gac
	3622292..3622365	ggg
comp	3820120..3820234	5s		122
comp	3820357..3823251	23s		249
comp	3823501..3823576	gca		86
comp	3823663..3823739	atc		179
comp	3823919..3825464	16s
	3828836..3828922	ctg	+	51
	3828974..3829060	ctg	4 ctg	33
	3829094..3829180	ctg		57
	3829238..3829324	ctg
	3854547..3854622	caa	@2	557
	3855180..3855255	acg		61
	3855317..3855393	ccg	+	78
	3855472..3855548	ccg	2 ccg
comp	4059834..4059912	atgi
comp	4244591..4244705	5s		122
comp	4244828..4247722	23s		249
comp	4247972..4248047	gca		86
comp	4248134..4248210	atc		179
comp	4248390..4249935	16s
comp	4325718..4325794	atgf
comp	4389268..4389342	caa
	4402077..4402153	cgg
comp	4434130..4434244	5s		122
comp	4434367..4437261	23s		249
comp	4437511..4437586	gca		86
comp	4437673..4437749	atc		179
comp	4437929..4439474	16s
	4474196..4474272	atgj	+	35
	4474308..4474384	atgj	2 atgj
comp	4529616..4529690	acc
comp	4532053..4532128	tgg
comp	4533370..4533444	acc		24
comp	4533469..4533542	gga		52
comp	4533595..4533679	tac
comp	4586712..4586787	aaa	+	38
comp	4586826..4586901	aag	3 aaa	35
comp	4586937..4587012	aaa	2 aag	28
comp	4587041..4587116	aag		37
comp	4587154..4587229	aaa

cvi cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.cvi. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

cvi cumuls	opéron		effectif
avec rRNA	opérons		8
		16 23 5s 0	0
		16 atc gca	8
		16 23 5s a	0
		max a		2
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	16
sans 		opérons		37
		1 aa		22
		max a		12
		a doubles	12
		total aas	82
total aas			98
remarques			2

cvi blocs

• Lien tableur: cvi blocs

Bt1. cvi, blocs à rRNA.

16s	179	1546	79	1546	179	1546
atc	86		12		86
gca	249		250		250
23s	125	2895	122	2895	122	2895
5s		115		115		115
5s	122	115	122	115	122	115	122	115
23s	250	2895	249	2895	249	2895	249	2895
gca	12		86		86		86
atc	79		179		179		179
16s		1546		1546		1546		1546
16s	179	1546
atc	86
gca	249
23s	122	2895
5s	89	115
5s		115

cvi remarques

• Lien tableur: cvi remarques
• Remarques : Pas de blocs 16-23-5s et 8 blocs 16-atc gca 23-5s. Beaucoup de doubles.
  1. @ 8 blocs 16-atc gca 23-5s tous sans aas supplémentaires.

     - Les intercalaires gca-23s-5s sont tous identiques, 250 122.

     - Un groupe de 2 opérons aux intercalaires 16s-atc-gca 79 12 très différent du suivant

     - Un groupe de 6 opérons aux intercalaires 16s-atc-gca 179 86, respectivement 2 et 7 fois plus grands.

     - Un opéron présente 1 5s supplémentaire collé au 1er.

  2. @ Un intercallaire très élevé, 557 bases, entre 2 aas d’un opéron à 4aas.
• Séquences des doubles : 12 opérons sur 23 à 2aas et plus ont des doubles. 3 opérons à séquences répétées.

  - 12 opérons sans rRNAs sur 15 à 2 aas et plus ont des doubles.

  - 4 opérons avec 1 doublet chacun

  - 1 opéron au doublet séparé (gcc gaa gcc

  - 4 opérons à répétitions multiples non séparées, voir ci-dessous.

  - 3 opérons avec répétition de séquences

  • 2gaa 2cgt avec 2*2
  • 3aaa 2aag avec 2*2
  • 4gta 6gac 2gtg avec 4*2 + 2*2.

2ttc			3aac			2gaa 2cgt		2*2
2tcc			cca aga 3cac		3aaa 2aag		2*2
2atg			4ctg			4gta 6gac 2gtg		4*2 + 2*2
caa acg 2ccg		tgc 5ggc		-			-
gcc gaa gcc		-			-			-

• Code génétique de cvi:

  Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le

  • - totaux en en-tête, 99 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 98 total du cumul. Le tRNA impacté est atgf avec 3 gtRNAdb et 2 en NCBI.
  • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
  • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Bt1 cvi, Chromobacterium violaceum ATCC 12472

g1		t1				99	98
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	2	tac	2	tgc	1
f atc	8	j acc	2	aac	4	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	3	cgt	3
h gtc	1	n gcc	3	gac	7	ggc	5
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	3	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga
l gta	5	o gca	8	gaa	4	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	2	l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg	4	h ccg	2	cag		cgg	1
p gtg	2	p gcg	1	gag		ggg	1

cvi distribution

• Lien tableur: cvi distribution
• Liens aux fiches:   beta
• Liens aux indices:   beta epsilon delta
• Notes:
• Légende: Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

aac3 atgj2 cac3 ccg2 ctg4 ggc5 tcc2 ttc2
séquences:  (gaa cgt)2 ((gta gac)5 gtg gac) ((aaa aag)2 aaa)

Bt1 cvi, Chromobacterium violaceum ATCC 12472. Beta

Bt11 cvi, distribution du total g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 2 tac 2 tgc 1 f atc 8 j acc 1 aac 4 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 3 cgt 3 h gtc 1 n gcc 3 gac 7 ggc 5 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 3 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 2 cga l gta 6 o gca 8 gaa 4 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj 2 l acg 1 aag 2 agg 1 o ctg 4 h ccg 2 cag cgg 1 p gtg 1 p gcg 2 gag ggg 1 beta >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total cvi 60 22 16 98

Bt12 cvi, distribution des solitaires g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac 1 tgc f atc j acc 1 aac 1 agc g ctc 1 f ccc 1 cac cgt h gtc 1 n gcc 1 gac ggc i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa aga k cta 1 g cca caa 1 cga l gta o gca gaa gga m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj l acg aag agg 1 o ctg h ccg cag cgg 1 p gtg p gcg 1 gag ggg 1 cvi >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 22 22

Bt13 cvi, distribution des >1aa et des duplicata g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 2 tac 1 tgc 1 f atc j acc aac 3 agc 1 g ctc f ccc cac 3 cgt 3 h gtc n gcc 2 gac 7 ggc 5 i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 3 aga 1 k cta g cca 1 caa 1 cga l gta 6 o gca gaa 4 gga 1 m ttg d tcg tag tgg n atgj 2 l acg 1 aag 2 agg o ctg 4 h ccg 2 cag cgg p gtg 1 p gcg 1 gag ggg cvi >1aa dupli -5s +5s -16s +16s total type 37 23 60

beta2. Indices du 11.1.21. 268 génomes g1 t1 268 15721 5.2  0 a atgi 99 a tct 0.4 tat atgf 177 b att 1.1 i act 0.7 aat 0.4 agt 0.4 c ctt 2.2 e cct cat cgc 0.7 d gtt 0.7 m gct gat ggt e ttc 108 b tcc 101 tac 107 tgc 142 f atc 367 j acc 102 aac 184 agc 101 g ctc 143 f ccc 100 cac 109 cgt 187 h gtc 150 n gcc 124 gac 246 ggc 224 i tta 55 c tca 99 taa tga 60 j ata 0.4 k aca 114 aaa 121 aga 114 k cta 101 g cca 137 caa 123 cga l gta 118 o gca 373 gaa 202 gga 101 m ttg 102 d tcg 111 tag 2.6 tgg 102 n atgj 107 l acg 96 aag 103 agg 99 o ctg 191 h ccg 92 cag 0.7 cgg 107 p gtg 90 p gcg 79 gag 0.4 ggg 82 inter max min total

cvi. Intergen51

Intergen51. cvi. Le génome

• cvi Le prélèvement: Aspl
• Le nom et le lien NCBI: cvi, Chromobacterium violaceum ATCC 12472, NCBI [50], date 25.12.20.
• cvi La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
cvi	481,477		4,751,080	10.1	

cvi données intercalaires

• Lien tableur: cvi données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aspl

cvi données intercalaires 200

• Lien tableur: cvi données intercalaires 200

cvi autres intercalaires aas

• Lien tableur: cvi autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aspl

Intergen51. cvi. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. cvi les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 cvi les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,402 687 10 3,099 2.6 77 9 86 x 1,109 69 5 1,183 0 7 7 t 3,511 756 15 4,282 77 16 93 % 82.0 17.7 0.4

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 50 0 0 50 1.9 tRNA-CDS 76 37 x 26 0 0 26 RNA-RNA 77 38 t 76 0 0 76 CDS-rRNA 16 8 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 36 18 - total 205 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.9 10.0 0.6 29.0 14.0 72 0.3 0.0 x 8.0 11.5 8.7 10.1 0.0 36 0.4 0.0

Intergen51. cvi. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: cvi données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées cvi fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. cvi fx1

  - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. cvi fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cvi
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.620	2.70E-06	-1.65E-03	1.53E-01	37.70	fx1	abscisse	346.6	372,2 	
0.852	-4.29E-06	3.62E-03	-1.04E+00	108.0	fc1	ordonnée	-77.6	3.1
								
0.793	-1.26E-06	1.31E-03	-5.25E-01	83.1	fx41	
0.938	-1,63E-06	1,81E-03	-6,87E-01	91.4	fc31

• Le rfin après 400 est de 94 sur un total de 2412. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 680, reste 24 . L'indice i.rfin1 = 70/280 = 0.250.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	cvi		calculs			poly3	cvi
effect	2412		R2.21	855		abscis	250
xm	45		pte	21,11		flexa	137
ym	10		cste	5,10		flexo	2,79
x1m	194		r400l	206		xm	35
y1m	1		restp	156,30		sup4	147,3
rfin	38,97		%sd	25,91		sup4t	420,4
bornf	121		lond	149		%	35,0
supd	125,5		%sf	26,02		long	102
supdt	484,2		lonf	76		R2	651
xmp	359,45		sf/lf	1,12			
r400	117,33		sr/lr	0,55			
supf	85,3		sd/ld	0,84			
supft	327,9		i.r400	0,57					

Intergen51. cvi. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	cvi			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	118		4	4140
 - 2		3	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		22	375		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		44	194		1642	8424
total		69	687		2,456	23,544
reste		6	4		264	420
s6		6	0		361	41
s7		15	38		321	1438
s8		17	152		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		7.3	3.2		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		13.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		34.1	19.6		19.5	17.1
s8/sp6		38.6	78.4		42.4	77.5
reste/sp6	13.6	2.1		16.1	5.0
						
total s1-5	25	493		814	15120
% / total						
%s1-5		36.2	71.8		33.1	64.2
%sp6		63.8	28.2		66.9	35.8

Intergen51. cvi. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		8			CDS 16s		5	3
16s 23s					5s CDS		4	4
16s tRNA	8			16 CDS			
tRNA 23s	8			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		8			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	44			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s		1						
total		77	0		total		9	7

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cvi. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: *Lien tableur: cvi données intercalaires
• Voir les fréquences des intercalaires tRNA-tRNA hors blocs des proteobacteria, beta delta epsilon, cvi ade ant.

Int51.31 cvi. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs

inter	aa		inter	aa		inter	aa		inter	aa
6	ttc		32	aac		12	gta		61	acg
**	ttc		31	aac		26	gac		78	ccg
6	agc		**	aac		12	gta		**	ccg
3	cgt		53	tcc		26	gac		35	atgj
**	gaa		**	tcc		12	gta		**	atgj
3	gaa		26	cac		26	gac		24	acc
7	cgt		45	cac		12	gta		52	gga
5	gaa		27	cac		27	gac		**	tac
**	cgt		18	aga		6	gta		38	aaa
23	ggc		**	cca		27	gac		35	aag
22	ggc		7	gac		6	gtg		28	aaa
24	ggc		**	gta		**	gac		37	aag
29	ggc		8	gcc		51	ctg		**	aaa
45	ggc		11	gaa		33	ctg
**	tgc		**	gcc		57	ctg
						**	ctg

cvi intercalaires entre cds

• Lien NCBI [51] 25.12.20
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

cvi intercalaires positifs S+

• Lien tableur: cvi intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  cvi ase,   diagramme 1-40: c+ cvi   c+ ase   x+ cvi   x+ ase   total,   texte: ase.
• Légende: Les diagrammes de ce tableau sont faits à partir des pourcentages de l'effectif d'une abscisse par rapport au total du diagramme de 10 à 400. Les fréquences en effectifs et pourcentages sont reportées dans le tableur. Diagramme cvi.

  - Poly3, pour polynôme de degré 3, de la courbe de tendance, d'où les colonnes -7 -5 -3 1 qui représentent les décimales des coefficients de la variable x, respectivement pour x3 x2 x constante.

  - R2 est le coefficient de la courbe de tendance, flex pour abscisse du point d'inflexion qui est égal à 100*2*(-5)/6*(-7), équation obtenue par dérivation successive du polynôme.

  - comment., pour commentaire.

  - min50 max70, minimum et maximum locaux des diagrammes aux fréquences 50 70.

  - S t F m f: forme des courbes respectivement S tilde fort moyen faible. Par exemple tF, tilde fort.

  - Droite, courbe de tendance linéaire avec le coefficient de la variable x (-a), la constante (cste) et son coefficient de détermination R2 sur la même ligne. R2' est la différence entre le R2 de poly3 et le R2 de la droite ce qui indique la courbure du polynôme indiquée dans la colonne note, dte pour droite ou poly pour polynôme.

  - 2 parties: voir pmg résumé.

cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

cvi	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	29	-174	154	42	611	200	max70	-44	372	-1071	112	852	282	min50
31 à 400								5.3	22	-332	69	915	-138	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	131	52	-	581	dte	30	tf	204	67		649	poly	203	SF
31 à 400								149	52	-	808	poly	107	tF

• Légende du tableau des corrélations et des fréquences faibles.

cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
ase	min40	2398	3558	5956	959	922	940	18	646	725	814
cvi	min30	1008	2320	3328	931	858	891	33	434	549	696
abra	min10	256	934	1190	874	716	797	81	-163	59	312
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
135	264	0.51	3031	5166	7	3	116	252	389	1165	346
112	301	0.37	1171	3111	4	3	59	221	130	815	582
94	413	0.23	279	1388	4	9	29	295	41	420	-243

• Diagrammes 400:  cvi ase,   diagramme 1-40: c+ cvi   c+ ase   x+ cvi   x+ ase   total,   texte: ase.
• Résumé: cvi est quasiment identique à ase, 2ème corrélation la plus forte sur 41-250 après ase, 0.891 contre 0.940. Elle se maintient à 41-200 et chute fortement dans les plages 1-n comme le ase. Ce sont les fréquences faibles x+ qui agissent sur les corrélations. Les fréquences faibles agissent peu sur la forme des courbes x+ 31-400. Malgré la forme tF de cvi c+ 31-400 elle ressemble à celle de ase parce qu’elle a une fréquence d’inflexion négative qui lui donne une allure de SF.

  - Les courbes x+ n-400

  • Comme ase, la courbe cvi x+1-400 a un maximum à la fréquence 70 mais contrairement à lui le taux à la fréquence 10 est inférieur au maximum 70.
  • Les effectifs de cvi sont moitiés de ceux de ase
  • Comme ase la forme de la courbe 1-400 est un tilde faible.
  • Comme ase la courbe x+31-400 est un tilde faible mais je ne l’ai pas présentée ici car les fréquences faibles x+ sont moins élevées que celles de ase, 112 ‰ contre 135.

  - Comparaison pmg cvi

  • Ce sont les mêmes différences qu’entre pmg et ase bien que les effectifs de cvi soient moitiés de ceux dease. Les effectifs de cvi restent néanmoins doubles de ceux de pmg.
  • Cependant la courbe cvi c+ 31-400 est un tilde fort, tF, avec un R2’ de 107 mais avec une fréquence négative au point d’inflexion qui lui donne l’allure d’un S alors que la courbe de pmg c+ 31-400 et celle de ase ont des formes S fortes, SF.

  - Les corrélations: comme indiqué dans l’introduction, cvi comme ase se démarquent de pub pmg et ade par le comportement de ses corrélations à cause de ses faibles fréquences. cvi et ase rejoignent les 14 autres génomes au taux peu élevé des fréquences faibles avec des corrélations peu élevées dans les plages 1-n.

  - Les faibles fréquences: Le rapport des faibles fréquences x+/c+ de 0.37 est comparable à celui de ase, 0.51. Comme ase les taux des zéros sont inférieurs à 1%.

  - La seule différence avec ase c’est le taux des x- qui est divisé par 2 et est même inférieur à celui de ade, respectivement 116 59 72.

  - Les courbes 1-40, les génomes sont quasi identiques.

  • Celle de cvi est encore plus proche du modèle que celle de ase car elle des effectifs plus élevés aux fréquences de 1 à 6. Le creux en 6 est très prononcé.
  • Avec une corrélation x+/c+ de 0.582, la courbe x+1-40 ressemble à celle de ase pmg et ade avec une bosse à la fréquence 6 et un creux à 11, bien qu’il apparaît une bosse à la fréquence 9 comme ase.

cvi autres intercalaires

• Lien tableur: cvi autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux: repeat-region, regulatory, 2 reg-reg

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total	
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
60	32		77			24	9	1	203	2 reg-reg

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

cvi par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: cvi par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	cvi	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	9	7	2				18
16	moyen	7	3	11			16	37
14	fort	6	27	10				43
		22	37	23			16	98
10	g+cga	3	5	2				10
2	agg+cgg	2						2
4	carre ccc	4	2					6
5	autres							0
		9	7	2				18
		total tRNAs ‰
	cvi	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	cvi ‰	ref.‰
21	faible	92	71	20				184	26
16	moyen	71	31	112			163	378	324
14	fort	61	276	102				439	650
		224	378	235			163	98	729
10	g+cgg	31	51	20				102	10
2	agg+cga	20						20
4	carre ccc	41	20					61	16
5	autres							0
		92	71	20				184
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	cvi	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	110	85	24	220	26	41	19	9
16	moyen	85	37	134	256	324	32	8	48
14	fort	73	329	122	524	650	27	73	43
		268	451	280	82	729	22	37	23
10	g+cgg	37	61	24	122	10
2	agg+cga	24			24
4	carre ccc	49	24		73	16
5	autres
		110	85	24	220

beta, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: beta, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   typage
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 22.1.21

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

beta, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: beta, calcul des -rRNAs

bet beta 44 génomes

bet1 cumul des +rRNAs de la fiche beta pour 44 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac 10 tgc f atc 159 j acc 10 aac agc 1 g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 159 gaa gga 10 m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg +beta44 inter max min total 329 22 0 351	bet2 indices du clade beta du 11.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes g1    t1        5.2   0 a atgi 99 a tct tat atgf 177 b att 1.1 i act 0.7 aat 0.4 agt 0.4 c ctt 2.2 e cct cat cgc 0.7 d gtt 0.7 m gct gat ggt e ttc 108 b tcc 101 tac 107 tgc 142 f atc 367 j acc 102 aac 184 agc 101 g ctc 143 f ccc 100 cac 109 cgt 187 h gtc 150 n gcc 124 gac 246 ggc 224 i tta 55 c tca 99 taa tga 60 j ata 0.4 k aca 114 aaa 121 aga 114 k cta 101 g cca 137 caa 123 cga l gta 118 o gca 373 gaa 202 gga 101 m ttg 102 d tcg 111 tag tgg 102 n atgj 107 l acg 96 aag 103 agg 99 o ctg 191 h ccg 92 cag 0.7 cgg 107 p gtg 90 p gcg 79 gag 0.4 ggg 82 gtRNA inter max min total 2265 2149 1440 5854	bet3 cumul des -rRNAs de l'annexe beta de 1 génome g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 2 tac 2 tgc 1 f atc j acc 1 aac 4 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 3 cgt 3 h gtc 1 n gcc 3 gac 7 ggc 5 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 3 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 2 cga l gta 6 o gca gaa 4 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj 2 l acg 1 aag 2 agg 1 o ctg 4 h ccg 2 cag cgg 1 p gtg 1 p gcg 2 gag ggg 1 +beta1 inter max min total 21 43 18 82
bet4 indices des +rRNAs de la fiche beta pour 100 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 5 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac 23 tgc f atc 361 j acc 23 aac agc 2 g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 361 gaa gga 23 m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg +beta44 inter max min total 748 50 0 798	bet5 estimation des -rRNA du clade beta pour 100 génomes g1    t1          a atgi 99 a tct 0.4 tat atgf 172 b att 1.1 i act 0.7 aat 0.4 agt 0.4 c ctt 2.2 e cct cat cgc 0.7 d gtt 0.7 m gct gat ggt e ttc 108 b tcc 101 tac 84 tgc 142 f atc 6 j acc 79 aac 184 agc 99 g ctc 143 f ccc 100 cac 109 cgt 187 h gtc 150 n gcc 124 gac 246 ggc 224 i tta 55 c tca 99 taa tga 60 j ata 0.4 k aca 114 aaa 121 aga 114 k cta 101 g cca 137 caa 123 cga 0 l gta 118 o gca 12 gaa 202 gga 78 m ttg 102 d tcg 111 tag tgg 102 n atgj 107 l acg 96 aag 103 agg 99 o ctg 191 h ccg 92 cag 0.7 cgg 107 p gtg 90 p gcg 79 gag 0.4 ggg 82 -rRNA inter max min total 1517 2099 1440 5057	bet6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes g1    t1          a atgi 100 a tct tat atgf 200 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 200 b tcc 200 tac 200 tgc 100 f atc j acc 100 aac 400 agc 100 g ctc 100 f ccc 100 cac 300 cgt 300 h gtc 100 n gcc 300 gac 700 ggc 500 i tta 100 c tca 100 taa tga j ata k aca 100 aaa 300 aga 100 k cta 100 g cca 100 caa 200 cga l gta 600 o gca gaa 400 gga 100 m ttg 100 d tcg 100 tag tgg 100 n atgj 200 l acg 100 aag 200 agg 100 o ctg 400 h ccg 200 cag cgg 100 p gtg 100 p gcg 200 gag ggg 100 +beta1 inter max min total 2100 4300 1800 8200

beta, comparaison clade-annexe des -rRNAs

• Lien tableur: beta, comparaison clade-annexe des -rRNAs
• Légende

  - bet7. diff, somme des couleurs de bet7. La différence entre tRNAs est faite entre bet5 et bet6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

  - bet8. rap, rapport des sommes couleurs bet5/bet2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de bet5 sur celui de bet2.

• Fréquences des différences en % du tableau bet7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	1	12	4	4	4	6	7	3	0	1	6	0	48
tot ≤ 50						30							

• Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 52% en dessous de celle de la fiche des beta.

tRNAs		fiche		annexe
sans		2379		82
avec		353		16
genomes		44		1
indice %	54		82

bet beta 63 génomes

bet7 beta, différence clade-annexe des -rRNAs g1    t1          a atgi 1 a tct 100 tat atgf 14 b att 100 i act 100 aat 100 agt 100 c ctt 100 e cct cat cgc 100 d gtt 100 m gct gat ggt e ttc 46 b tcc 50 tac 58 tgc 30 f atc 100 j acc 21 aac 54 agc 1 g ctc 30 f ccc 0 cac 64 cgt 38 h gtc 33 n gcc 59 gac 65 ggc 55 i tta 45 c tca 1 taa tga 100 j ata 100 k aca 12 aaa 60 aga 12 k cta 1 g cca 27 caa 39 cga l gta 80 o gca 100 gaa 50 gga 22 m ttg 2 d tcg 10 tag tgg 2 n atgj 47 l acg 4 aag 49 agg 1 o ctg 52 h ccg 54 cag 100 cgg 7 p gtg 10 p gcg 61 gag 100 ggg 18 diff inter max min total 328 618 335 1281

bet8 beta, rapports -rRNA/total g1    t1          a atgi a tct tat atgf 97 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac 79 tgc f atc 2 j acc 78 aac agc 98 g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 3 gaa gga 77 m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg rap inter max min total 67 98 100 86

Delta

ade opérons

• Lien tableur: ade opérons
• Liens: gtRNAdb [52], NCBI [53], génome [54]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Anaeromyxobacteraceae; Anaeromyxobacter.
• Légende:

Bd1. ade opérons, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C

75%GC	30.6.19 Paris	49	doubles	intercalaire
	8147..8220	caa
	21040..21112	ttc
comp	433303..433378	ggg
comp	666509..666585	gac		6
comp	666592..666666	gta
comp	693146..693229	ctg
	851483..851555	atgi
comp	1057311..1057386	gcg
comp	1306222..1306295	ccc
	1442379..1442450	tgc
	1495545..1497102	16s	@1	187
	1497290..1497367	atc		22
	1497390..1497465	gca		194
	1497660..1500648	23s		152
	1500801..1500917	5s
	1509186..1509259	cag		60
	1509320..1509394	gag
	1691085..1691160	gcc
	1819377..1819453	atgf
	2235670..2235741	gtc
comp	2314981..2315079	tga
comp	2337031..2337104	atgj
	2376009..2376080	gtg
comp	2429718..2429790	acg
comp	2623942..2624017	tgg
comp	2625463..2625535	acc		22
comp	2625558..2625633	gga		63
comp	2625697..2625779	tac		46
comp	2625826..2625898	aca
	2653452..2653535	ttg
	2680790..2680871	ctc
comp	2747806..2747879	agg
	3029047..3029122	aac
comp	3076236..3076352	5s		152
comp	3076505..3079493	23s		194
comp	3079688..3079763	gca		22
comp	3079786..3079863	atc		187
comp	3080051..3081608	16s
comp	3144286..3144357	aaa
	3156732..3156804	gaa
	3253990..3254063	cgg
comp	3793996..3794069	ccg
	3806164..3806249	tta
comp	3915708..3915789	cta
comp	3920245..3920317	aag	@2	248
comp	3920566..3920639	aga		140
comp	3920780..3920854	cac		18
comp	3920873..3920946	cga		134
comp	3921081..3921154	cca
comp	4121675..4121749	ggc
comp	4195371..4195460	tcc		278
comp	4195739..4195829	tcg
	4456675..4456764	tca		27
	4456792..4456883	agc		73
	4456957..4457033	cgt

ade cumuls

• Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.ade. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.

ade cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		2
		16 23 5s 0	0
		16 atc gca	2
		16 23 5s a	0
		max a		2
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	4
sans 		opérons		33
		1 aa		27
		max a		5
		a doubles	0
		total aas	45
total aas			49
remarques			2

ade blocs

• Lien tableur: ade blocs

Dt1. ade, blocs à rRNA.

16s	187	1558	5s	152	117
atc	22		23s	194	2989
gca	194		gca	22
23s	152	2989	atc	187
5s		117	16s		1558

ade remarques

• Lien tableur: ade remarques
• Remarques : Pas de blocs 16-23-5s, 2 blocs 16-atc-gca-23-5s, pas de doubles.
  1. @ 2 blocs 16-atc-gca-23-5s sans aas supplémentaires.

     - Intercalaires identiques, 187 22 194 152.

  2. @ Les intercalaires élevés ne touchent que 2 opérons sans rRNAs et sont à la limite de la règle de 210 bases, et sont équivalents à l’intercalaire 16s-23s, 278 et 248. Comme ksk.
  3. tous les tRNAs existent sauf ata et les absents classiques. Cga et tga existent. Seuls atc et gca sont au nombre de 2 à cause des blocs rRNAs doubles.
• Séquences des doubles : 27 des 33 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.

  - Analogue à ksk

  - Pas de doubles du tout.

  - Ce sont les opérons qui se répètent qui font les doubles. Les opérons à rRNAs font de même, avec 2 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.

• Code génétique de ade:

  Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le

  • - totaux en en-tête, 49 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 49 total du cumul.
  • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
  • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
  • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Dt1 ade, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C

g1		t1				49	49
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	2	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1

ade distribution

• Lien tableur: ade distribution
• Liens aux fiches:   delta
• Liens aux indices:   beta epsilon delta

Dt1 ade, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C. Delta

Dt11 Distribution du total g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 2 j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 1 gac 1 ggc 1 i tta 1 c tca 1 taa tga 1 j ata k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 1 l gta 1 o gca 2 gaa 1 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj 1 l acg 1 aag 1 agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag 1 cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag 1 ggg 1 delta >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total ade 18 27 4 49

Dt12 ade, distribution des solitaires g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc tac tgc 1 f atc j acc aac 1 agc g ctc 1 f ccc 1 cac cgc h gtc 1 n gcc 1 gac ggc 1 i tta 1 c tca taa tga 1 j ata k aca aaa 1 aga k cta 1 g cca caa 1 cga l gta o gca gaa 1 gga m ttg 1 d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg 1 aag agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag ggg 1 ade >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 27 27

Dt13 ade, distribution des >1aa g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 1 tac 1 tgc f atc j acc 1 aac agc 1 g ctc f ccc cac 1 cgc 1 h gtc n gcc gac 1 ggc i tta c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa aga 1 k cta g cca 1 caa cga 1 l gta 1 o gca gaa gga 1 m ttg d tcg 1 tag tgg n atgj l acg aag 1 agg o ctg h ccg cag 1 cgg p gtg p gcg gag 1 ggg ade >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total type 18 18

delta2. indices du 11.1.21 65 génomes g1 t1 65 3551 1.4  0 a atgi 99 a tct tat 0.6 atgf 106 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc 97 d gtt 1.2 m gct gat ggt e ttc 107 b tcc 97 tac 103 tgc 101 f atc 191 j acc 99 aac 112 agc 101 g ctc 101 f ccc 55 cac 100 cgt 0 h gtc 98 n gcc 95 gac 139 ggc 140 i tta 104 c tca 101 taa tga 60 j ata k aca 108 aaa 150 aga 124 k cta 101 g cca 101 caa 109 cga 100 l gta 139 o gca 199 gaa 173 gga 111 m ttg 101 d tcg 0.6 tag tgg 100 n atgj 98 l acg 1.9 aag 9 agg 96 o ctg 1.2 h ccg 0.6 cag 0.6 cgg 1.2 p gtg p gcg gag 25 ggg 1.9 inter max min total

ade. Intergen51

Intergen51. ade. Le génome

• ade Le prélèvement: Aspl
• Le nom et le lien NCBI: ade, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C, NCBI [55], date 16.07.20.
• ade La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
ade	445,108		5,029,329	8.9	

ade données intercalaires

• Lien tableur: ade données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Aspl

ade données intercalaires 200

• Lien tableur: ade données intercalaires 200

ade autres intercalaires aas

• Lien tableur: ade autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Aspl

Intergen51. ade. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. ade les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 ade les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 2,318 712 17 3,047 2.2 20 3 23 x 1,302 103 12 1,417 0 1 1 t 3,620 815 29 4,464 20 4 24 % 81.1 18.3 0.6

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 43 0 0 43 2.0 tRNA-CDS 65 62 x 22 0 0 22 RNA-RNA 20 19 t 65 0 0 65 CDS-rRNA 4 4 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 16 15 - total 105 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 3.4 11.6 1.3 32.2 9.3 85 0.6 0.0 x 5.3 4.5 14.6 20.7 0.0 35 0.8 0.0

Intergen51. ade. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: ade données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées ade fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. ade fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	ade
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.777	-1.80E-06	1.34E-03	-4.13E-01	64.40	fx1	abscisse	233.6	433,2
0.843	-5.87E-06	4.71E-03	-1.26E+00	120.0	fc1	ordonnée	-3.2	1.8
								
0.872	2.74E-06	-1.92E-03	2.84E-01	22.6	fx41	
0.969	-1,00E-06	1,30E-03	-5,60E-01	81.3	fc51

• Le rfin après 400 est de 80 sur un total de 2335. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 630, reste 23 . L'indice i.rfin1 = 57/230 = 0.248.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	ade		calculs			poly3	ade
effect	2335		R2.21	845		abscis	250
xm	47		pte	19,16		flexa	139
ym	9		cste	4,75		flexo	2,66
x1m	196		r400l	204		xm	35
y1m	1		restp	127,62		sup4	148,4
rfin	34,26		%sd	28,13		sup4t	410,3
bornf	110		lond	149		%	36,2
supd	130,7		%sf	28,08		long	104
supdt	464,7		lonf	63		R2	633
xmp	407,71		sf/lf	1,20			
r400	93,36		sr/lr	0,64			
supf	75,8		sd/ld	0,88			
supft	269,8		i.r400	0,46						

Intergen51. ade. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	ade			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	70		4	4140
 - 2		3	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		33	537		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		67	105		1642	8424
total		103	712		2,456	23,544
reste		15	9		264	420
s6		4	0		361	41
s7		15	25		321	1438
s8		33	71		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		11.0	7.7		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		6.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		22.4	23.8		19.5	17.1
s8/sp6		49.3	67.6		42.4	77.5
reste/sp6	22.4	8.6		16.1	5.0
						
total s1-5	36	607		814	15120
% / total						
%s1-5		35.0	85.3		33.1	64.2
%sp6		65.0	14.7		66.9	35.8

Intergen51. ade. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		2	
16s 23s					5s CDS		1	1
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	12			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		20	0		total		3	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. ade. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: ade données intercalaires

Int51.31 ade. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs

inter	aa			inter	aa
6	gac			248	aag
**	gta			142	aga
60	cag			18	cac
**	gag			134	cga
22	acc			**	cca
63	gga			278	tcc
46	tac			**	tcg
**	aca			27	tca
				73	agc
				**	cgt

ade intercalaires entre cds

• Lien NCBI [56] 16.7.20
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

ade intercalaires positifs S+

• Lien tableur: ade intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  ade pmg,   diagramme 1-40: c+ ade   c+ pmg   x+ ade   x+ pmg   total,   texte: pmg.
• Légende du tableau diagrammes 400: voir la légende de cvi.

ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

ade	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	-20	145	-446	69	782	242	min50	-61	489	-1310	125	843	267	min50
31 à 400	32	-228	356	20	874	238	2 parties	2.5	38	-356	69	957	-507	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	144	54	-	743	dte	39	Sf	218	70	-	610	poly	232	SF
31 à 400	112	46	-	807	poly	67	tm	149	51	-	854	poly	103	tF

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles:

ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
pmg	min40	559	895	1454	856	728	802	74	904	915	928
ade	min50	1229	2242	3471	867	624	758	134	879	897	903
ase	min40	2398	3558	5956	959	922	940	18	646	725	814
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
326	430	0.76	692	1108	16	31	137	143	196	449	703
221	335	0.66	1412	3052	8	6	72	234	304	876	459
135	264	0.51	3031	5166	7	3	116	252	389	1165	346

• Diagrammes 400:  ade pmg,   diagramme 1-40: c+ ade   c+ pmg   x+ ade   x+ pmg   total,   texte: pmg.
• Résumé. Ici je ne compare que les 2 génomes ade et pmg en laissant en arrière plan pub. Car ade et pmg se ressemblent beaucoup malgré un effectif des diagrammes 400 de ade qui fait plus du double de celui de pmg.

  - La forme des courbes 400: ade n’a plus qu’une seule courbe de forme SF, c+1-400, qui est commune à tous les génomes étudiés ici. Alors que pmg a 3 SF sans pgm x+31-400, chez ade 2 courbes sont presque de forme SF:

  • ade x+1-400 est une forme S faible Sf avec un R2’ de 39
  • ade c+31-400 est une forme tilde forte, tF, avec un R2’ de 103, mais son point d’inflexion (flex) est largement négatif, -507, donnant une allure SF à la courbe.
  • ade x+31-400 est une forme tilde forte, tF, avec un R2’ de 67, et son point d’inflexion est positif, souvent rencontré, 238. Pour pmg on a un tm avec un R2’ de 48 et un point d’inflexion à 180.

  - Les corrélations des courbes 400: Elles sont quasiment identiques entre les 2 génomes. Les 3 corrélations 1-n de ade tournent autour de 900 comme pour pmg et montre l’importance des fréquences faibles. La corrélation 41-250 que j’ai pris comme référence est plus faible chez ade avec 758 contre 802 mais 41-200 chute beaucoup plus chez ade, 624 contre 728, du même niveau que la corrélation la plus élevée des corrélations faibles des 41-250, 611. Ceci montre la différence entre les 2 tildes, ade c+ 31-400 et ade x+ 31-400, comme entre le tilde pmg x+31-400 et la forme SF pmg c+31-400.

  - Les fréquences faibles 1-30:

  • Elles sont du même ordre de grandeur et dans le même rapport que celles de pmg, avec 221‰ pour x+ et 335‰ pour c+, contre respectivement 336 430 pour pmg. Soit un rapport de 0.66 contre 0.76.
  • Elles sont réparties sur les 3 fréquences 10 20 30 différemment de pmg sur 10 20 et pub sur 10.
  • Les minima des fréquences faibles: elles sont très prononcées sur les 2 courbes 1-400 chez ade aux fréquences 50 contre 40 chez pmg. Ces minima expliquent les formes tilde fortes des courbes 31-400 chez ade.
  • Contrairement à pgm les fréquences faibles n’entraînent pas un excès des fréquences nulles, 8‰ pour x+ et 6‰ pour c+, contre respectivement 16 et 30 pour pgm. Les fréquences négatives sont du même ordre de grandeur chez les 2 génomes.

  - La forme des courbes 1-40:

  • La courbe c+1-40: avec un effectif élevé de 876 pour ade contre 449 pour pmg, cette courbe est semblable à la courbe du total contrairement à pmg où j’ai du enlever la fréquence 6 pour trouver la ressemblance.
  • La courbe x+1-40: Son effectif est plus élevé que celui de pmg, 304 contre 196, mais il reste faible. Comparée à la courbe pmg c+1-40 avec un effectif aussi faible, 449 contre 304, les 2 courbes sont très différentes. Alors que pmg c+ est proche du modèle avec une bosse à la fréquence 11, ade x+ présente un creux profond et a une forte bosse à la fréquence 17. La courbe ade x+ est plutôt comparable à pmg x+:
  • + A la fréquence 6 il y a une bosse au lieu du creux du modèle;
  • + A la fréquence 11 les 2 creux sont profonds;
  • + ils sont suivis par une bosse à la fréquence 17, avec un effectif de 13 sur 304 pour ade et 6 sur 196 pour pmg relativement plus faible. Cette bosse est suivie par 2 petites ondulations dans les 2 cas.

  - Les corrélations des courbes 1-40: La corrélation x+/c+ de ade est très faible comparée à celle de pmg, 459 contre 703. Ceci montre, avec la majorité des génomes à x+ très faible par rapport au c+, que les courbes x+1-40 sont d’une autre nature que les courbes c+1-40 et que les fortes corrélations de pub et pmg sont dues aux faibles effectifs.

  - Les 2 parties

  • Voir la définition et l’analyse du cas de pmg, à la fin de son résumé.
  • Les 2 corrélations c+41-200 de ade et pmg sont très faibles, 624 contre 728. Cela est du essentiellement au 1er renflement de leur courbe en tilde. En plus à ce niveau les ordonnées varient fortement d’une abscisse à l’autre, alors que la queue des courbes (la 2ème partie) décroit de façon monotone. Comme pour les courbes c+1-40, ces variations fortes de la 1ère partie, doivent certainement révéler des bosses, indiquant des longueurs d’intercalaires spécifiques aux séquences de contrôle au niveau de l’ADN.
  • Les courbes c+31-400 de pmg et pub ne sont de forme S et pas des tildes, mais présentent dans leur 1ère partie de fortes variations comme les tildes. D’où l’hypothèse que la région des fréquences de 50 (minimum local) aux fréquences 200 serait le siège de certaines longueurs d’intercalaires privilègiées nécessaires au contrôle des cds au niveau de l’ADN. Les intercalaires de contrôle privilégiés à la fréquence 10 des courbes c+1-40 seraient communs à la plupart des génomes alors que ceux de la région des fréquences de 50 à 200, seraient spécifiques à chaque génome.

ade autres intercalaires

• Lien tableur: ade autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		nc-tRNA	total
c+	x+	c-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
46	23	0	21	0	0	11	3	0	1	105

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

ade par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: ade par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	ade	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	12	5					17
16	moyen	9	6				4	19
14	fort	6	7					13
		27	18				4	49
10	g+cga	5	5					10
2	agg+cgg	2						2
4	carre ccc	4						4
5	autres	1						1
		12	5					17
		total tRNAs ‰
	ade	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	ade ‰	ref.‰
21	faible	245	102					347	26
16	moyen	184	122				82	388	324
14	fort	122	143					265	650
		551	367				82	49	729
10	g+cgg	102	102					204	10
2	agg+cga	41						41
4	carre ccc	82						82	16
5	autres	20						20
		245	102					347
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	ade	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	267	111		378	26	44	28
16	moyen	200	133		333	324	33	33
14	fort	133	156		289	650	22	39
		600	400		45	729	27	18
10	g+cgg	111	111		222	10	42
2	agg+cga	44			44		17
4	carre ccc	89			89	16	33
5	autres	22			22		8
		267	111		378		12

delta, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: delta, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   typage
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 11.1.21

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

delta, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: delta, calcul des -rRNAs

del delta 19 génomes

del1 cumul des +rRNAs de la fiche delta pour 19 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 45 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 44 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg delt19 inter max min total 89 1 0 90	del2 indices du clade delta du 11.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes g1    t1          a atgi 97 a tct tat atgf 149 b att i act aat agt c ctt 1.5 e cct cat cgc 9 d gtt m gct gat ggt e ttc 122 b tcc 109 tac 118 tgc 108 f atc 243 j acc 118 aac 122 agc 105 g ctc 129 f ccc 106 cac 111 cgt 134 h gtc 100 n gcc 131 gac 165 ggc 175 i tta 108 c tca 108 taa tga 86 j ata k aca 102 aaa 118 aga 106 k cta 108 g cca 105 caa 111 cga 65 l gta 115 o gca 234 gaa 180 gga 105 m ttg 126 d tcg 106 tag tgg 111 n atgj 112 l acg 98 aag 85 agg 100 o ctg 122 h ccg 98 cag 88 cgg 92 p gtg 83 p gcg 78 gag 40 ggg 94 gtRNA inter max min total 2026 1821 1581 5428	del3 cumul des -rRNAs de l'annexe delta de 1 génome g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc 1 f ccc 1 cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc 1 gac 1 ggc 1 i tta 1 c tca 1 taa tga 1 j ata k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 1 l gta 1 o gca gaa 1 gga 1 m ttg 1 d tcg 1 tag tgg 1 n atgj 1 l acg 1 aag 1 agg 1 o ctg 1 h ccg 1 cag 1 cgg 1 p gtg 1 p gcg 1 gag 1 ggg 1 delt1 inter max min total 14 14 17 45
del4 indices des +rRNAs de la fiche delta pour 100 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 5 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 237 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 232 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg delt19 inter max min total 469 5 0 474	del5 estimation des -rRNA du clade delta pour 100 génomes g1    t1          a atgi 97 a tct tat atgf 144 b att i act aat agt c ctt 1.5 e cct cat cgc 9 d gtt m gct gat ggt e ttc 122 b tcc 109 tac 118 tgc 108 f atc 6 j acc 118 aac 122 agc 105 g ctc 129 f ccc 106 cac 111 cgt 134 h gtc 100 n gcc 131 gac 165 ggc 175 i tta 108 c tca 108 taa tga 86 j ata 0 k aca 102 aaa 118 aga 106 k cta 108 g cca 105 caa 111 cga 65 l gta 115 o gca 2 gaa 180 gga 105 m ttg 126 d tcg 106 tag tgg 111 n atgj 112 l acg 98 aag 85 agg 100 o ctg 122 h ccg 98 cag 88 cgg 92 p gtg 83 p gcg 78 gag 40 ggg 94 -rRNA inter max min total 1558 1816 1581 4954	del6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes g1    t1          a atgi 100 a tct tat atgf 100 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 100 b tcc 100 tac 100 tgc 100 f atc j acc 100 aac 100 agc 100 g ctc 100 f ccc 100 cac 100 cgt 100 h gtc 100 n gcc 100 gac 100 ggc 100 i tta 100 c tca 100 taa tga 100 j ata k aca 100 aaa 100 aga 100 k cta 100 g cca 100 caa 100 cga 100 l gta 100 o gca gaa 100 gga 100 m ttg 100 d tcg 100 tag tgg 100 n atgj 100 l acg 100 aag 100 agg 100 o ctg 100 h ccg 100 cag 100 cgg 100 p gtg 100 p gcg 100 gag 100 ggg 100 delt1 inter max min total 1400 1400 1700 4500

delta, comparaison clade-annexe des -rRNAs

• Lien tableur: delta, comparaison clade-annexe des -rRNAs
• Légende

  - del7. diff, somme des couleurs de del7. La différence entre tRNAs est faite entre del5 et del6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

  - del8. rap, rapport des sommes couleurs del5/eur2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de del5 sur celui de del2.

• Fréquences des différences en % du tableau del7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	1	22	12	5	3	2	1	0	0	0	3	0	49
tot ≤ 50						41							

• Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 22% en dessous de celle de la fiche des delta.

tRNAs		fiche		annexe
sans		1097		45
avec		89		4
genomes		19		1
indice %	58		45

del delta 19 génomes

del7 delta, différence clade-annexe des -rRNAs g1    t1          a atgi 3 a tct tat atgf 30 b att i act aat agt c ctt 100 e cct cat cgc 100 d gtt m gct gat ggt e ttc 18 b tcc 8 tac 15 tgc 7 f atc 100 j acc 15 aac 18 agc 5 g ctc 22 f ccc 6 cac 10 cgt 25 h gtc 0 n gcc 24 gac 39 ggc 43 i tta 7 c tca 7 taa tga 14 j ata k aca 2 aaa 15 aga 6 k cta 7 g cca 5 caa 10 cga 35 l gta 13 o gca 100 gaa 44 gga 5 m ttg 21 d tcg 6 tag tgg 10 n atgj 11 l acg 2 aag 15 agg 0 o ctg 18 h ccg 2 cag 12 cgg 8 p gtg 17 p gcg 22 gag 60 ggg 6 diff inter max min total 136 284 250 670

del8 delta, rapports -rRNA/total g1    t1          a atgi a tct tat atgf 96 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 3 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 1 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg rap inter max min total 77 100 100 91

Epsilon

ant opérons

• Lien tableur: ant opérons
• Liens: gtRNAdb [57], NCBI [58], génome [orgn]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Epsilonproteobacteria; Campylobacterales; Campylobacteraceae; Arcobacter group; Arcobacter.
• Légende:

Ep1. ant opérons, Arcobacter nitrofigilis DSM 7299.

28.4%GC	12.1.21 Paris	4.16s	doubles	intercal	cds	aa	avec.aa	cdsa	cdsd	protéines
	167574..168434	cds		66	66			287	66	4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase
	168501..168577	cga	@1	447	447
	169025..169261	cds						79		DNA-binding protein
	237275..237622	cds		305	305			116	305	nucleotide pyrophosphohydrolase
	237928..239444	16s		111			111
	239556..239632	atc		19		19
	239652..239727	gca		301			301
	240029..242945	23s		202
	243148..243263	5s		354	354
comp	243618..244301	cds						228		bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE
comp	302333..303160	cds		155	155			276		AraC family transcriptional regulator
	303316..303393	cca		10		10
	303404..303480	cac		16		16
	303497..303573	aga		61		61
	303635..303719	cta		96		96
	303816..303892	atgf		70	70				70
	303963..304103	cds						47		hp
	316375..317343	cds		110	110			323		glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX"
	317454..317530	atgf		109	109				109
	317640..318416	cds						259		helix-turn-helix domain-containing protein
	373519..375741	cds		120	120			741		PAS domain-containing protein
	375862..375937	ttc		5		5
	375943..376027	tac		65	65				65
	376093..376725	cds						211		hp
	597419..598486	cds		47	47			356	47	class II fructose-bisphosphate aldolase
	598534..598618	ttg		208	208
	598827..600107	cds						427		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	751446..752990	cds	@2	73	73			515		cache domain-containing protein
comp	753064..753140	gac	+	16		16
comp	753157..753232	gta	2 gac	3		3
comp	753236..753310	gaa	2 aaa	31		31
comp	753342..753417	aaa	2 gta	8		8
comp	753426..753502	gac	2 gaa	22		22
comp	753525..753600	gta		3		3
comp	753604..753678	gaa		42		42
comp	753721..753796	aaa		40	40				40
comp	753837..754343	cds						169		CinA family protein
comp	833388..833978	cds		142	142			197		LemA family protein
comp	834121..834204	ctc		93	93				93
comp	834298..836409	cds						704		methyl-accepting chemotaxis protein
	1445917..1449822	cds		93	93			1302	93	hemolysin-type calcium-binding region
	1449916..1449991	gaa		270	270
	1450262..1450510	cds						83		hp
	1615201..1615542	cds		29	29			114	29	hp
	1615572..1615647	gtc		99	99
	1615747..1616595	cds						283		universal stress protein
	1703617..1703835	cds		1	1			73	1	hp
comp	1703837..1703913	atgf		12		12
comp	1703926..1704000	caa		117	117
	1704118..1705149	cds						344		bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II
comp	2221719..2222525	cds	+	242	242			269		hp
comp	2222768..2222842	aac	2 aac	33		33
comp	2222876..2222950	aac		72	72				72
comp	2223023..2223931	cds	@3					303		radical SAM protein
comp	2282678..2283442	cds		349	349			255		oxidoreductase
comp	2283792..2283880	tcc		81		81
comp	2283962..2284038	gga		39		39
comp	2284078..2284154	atgi		15		15
comp	2284170..2284259	agc		102	102				102
comp	2284362..2285048	cds						229		orotidine-5'-phosphate decarboxylase
	2323802..2324866	cds	@4	12	12			355	12	methyltransferase domain-containing protein
comp	2324879..2324954	acc		167			167
comp	2325122..2325237	5s		202
comp	2325440..2328356	23s		300			300
comp	2328657..2328732	gca		19		19
comp	2328752..2328828	atc		111			111
comp	2328940..2330456	16s		378	378
comp	2330835..2331530	cds						232		5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase
comp	2581821..2582840	cds		192	192			340		UDP-glucose 4-epimerase GalE
comp	2583033..2583108	tgc		45		45
comp	2583154..2583242	tca		16		16
comp	2583259..2583345	tta		143	143				143
	2583489..2585177	cds						563		dihydroxy-acid dehydratase
comp	2637277..2637459	cds		81	81			61		preprotein translocase subunit SecE
comp	2637541..2637616	tgg		31	31				31
comp	2637648..2637815	cds						56		50S ribosomal protein L33
comp	2637824..2639032	cds		240	240			403		elongation factor Tu
comp	2639273..2639349	gga		8		8
comp	2639358..2639442	tac		69		69
comp	2639512..2639588	aca		21		21
comp	2639610..2639685	ttc		41	41				41
comp	2639727..2640881	cds						385		UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase
	2656033..2656263	cds		231	231			77	231	transcriptional antiterminator Rof
comp	2656495..2656610	5s		223
comp	2656834..2659750	23s		301			301
comp	2660052..2660127	gca		19		19
comp	2660147..2660223	atc		111			111
comp	2660335..2661851	16s		292	292
comp	2662144..2662782	cds						213		hp
	2693436..2695451	cds		95	95			672		dynamin family protein
	2695547..2695621	caa		16		16
	2695638..2695724	tta		7		7
	2695732..2695808	gga		14		14
	2695823..2695898	aaa		16		16
	2695915..2695991	atgf		14		14
	2696006..2696082	atgj		12		12
	2696095..2696171	aca		30		30
	2696202..2696290	tca		90	90				90
	2696381..2696893	cds						171		hp
	3082950..3083174	cds		143	143			75	143	CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone
comp	3083318..3083393	acc		173			173
comp	3083567..3083682	5s		202
comp	3083885..3086801	23s		273			273
comp	3087075..3087150	gca		19		19
comp	3087170..3087246	atc		111			111
comp	3087358..3088874	16s		462	462
	3089337..3090032	cds						232		Bax inhibitor-1/YccA family protein

ant cumuls

• Lien tableur: ant cumuls

cumuls. ant.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	4	1	0		1	1	1	1	100	8	-	-
	16 23 5s 0		20	21		50	6	20	1	200	5
	16 atc gca	4	40	6		100	11	40	3	300	12
	16 23 5s a		60	2		150	8	60	2	400	7
	max a	3	80	2		200	2	80	4	500	2
	a doubles		100	2		250	4	100	3	600	2
	autres		120		4	300	2	120	2	700	1
	total aas	10	140		0	350	2	140	0	800	2
sans	opérons	16	160		0	400	2	160	2	900	0
	1 aa	7	180		2	450	1	180	0	1000	0
	max a	8	200		0	500	1	200	0	1100	0
	a doubles	2			4		0		2		1
	total aas	45		33	10		38		16		36
total aas		55
remarques	4
avec jaune			moyenne	25	196		155		89		301
			variance	22	88		121		73		240
sans jaune			moyenne				139		60		239
			variance				102		33		132

ant blocs

• Lien tableur: ant blocs

Ep1. Arcobacter nitrofigilis DSM 7299

cds	143	12		cds	231		cds	305
acc	173	167		5s	223		16s	111
5s	202	202		23s	301		atc	19
23s	273	300		gca	19		gca	301
gca	19	19		atc	111		23s	202
atc	111	111		16s	292		5s	354
16s	462	378		cds			cds
cds

ant remarques

• Lien tableur: ant remarques
• Remarques: Ce génome se distingue par sa simplicité. Pas de tRNAs rares et 4 blocs 16s presque identiques.
  1. @ Même les solitaires ne sont pas des tRNAs rares, ccc xxg cga … Et ne représentent que 13 % du total des tRNAs.
  2. @ Les clusters multiples et sans rRNAs sont nombreux, 9/20, et accumulent 38 tRNAs contre 17 pour les autres. Les 2 plus grands font 8 chacun dont un avec une séquence de 4 double.
  3. @ Un seul duplicata de 2 tRNAs non rare, aac.
  4. @ Les 4 blocs sont presque identiques, 2 avec acc après 5s et 2 sans autres tRNAs. Les intercalaires sont quasiment identiques. Mais chaque bloque se distingue des 3 autres par un seul intercalaire, à part ceux avec les cds. Ainsi les 2 blocs avec acc diffèrent par gca-23s de 300 (pour 3 blocs) et 273 ; Les blocs sans acc diffèrent par 5s-23s de 202 (pour 3 blocs) et 223.
• Séquences des doubles: un seul duplicata et une séquence double de 4 aas simple. Les 7 clusters à multiples tRNAs n’ont pas de répétitions.

ant distribution

• Lien tableur: ant distribution
• Liens aux fiches:   epsilon
• Liens aux indices:   beta epsilon delta
• Légende: Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Ep1 ant, Arcobacter nitrofigilis DSM 7299. Epsilon

Ep11 ant, distribution par type g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 4 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 1 tac 2 tgc 1 f atc 4 j acc 2 aac 2 agc 1 g ctc 1 f ccc cac 1 cgt h gtc 1 n gcc gac 2 ggc i tta 2 c tca 2 taa tga j ata k aca 2 aaa 3 aga 1 k cta 1 g cca 2 caa 1 cga 1 l gta 2 o gca 4 gaa 3 gga 3 m ttg 1 d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg spiro >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total ant 38 7 2 8 55

Ep12 ant, distribution sur référence g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 4 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 1 tac 2 tgc 1 f atc 4 j acc 2 aac 2 agc 1 g ctc 1 f ccc cac 1 cgt h gtc 1 n gcc gac 2 ggc i tta 2 c tca 2 taa tga j ata k aca 2 aaa 3 aga 1 k cta 1 g cca 2 caa 1 cga 1 l gta 2 o gca 4 gaa 3 gga 3 m ttg 1 d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg inter max min total ant 24 28 3 55

epsilon2. indices du 11.1.21 161 génomes. g1 t1 161 6531 0  0 a atgi 97 a tct tat atgf 149 b att i act aat agt c ctt 1.5 e cct cat cgc 9 d gtt m gct gat ggt e ttc 122 b tcc 109 tac 118 tgc 108 f atc 243 j acc 118 aac 122 agc 105 g ctc 129 f ccc 106 cac 111 cgt 134 h gtc 100 n gcc 131 gac 165 ggc 175 i tta 108 c tca 108 taa 3.1 tga 86 j ata k aca 102 aaa 118 aga 106 k cta 108 g cca 105 caa 111 cga 65 l gta 115 o gca 234 gaa 180 gga 105 m ttg 126 d tcg 106 tag 1.5 tgg 111 n atgj 112 l acg 98 aag 85 agg 100 o ctg 122 h ccg 98 cag 88 cgg 92 p gtg 83 p gcg 78 gag 40 ggg 94 inter max min total epsilon

ant. Intergen51

Intergen51. ant. Le génome

• ant Le prélèvement: Acbn
• Le nom et le lien NCBI: ant, Arcobacter nitrofigilis DSM 7299, NCBI [59], date 24.09.20.
• ant La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
ant	203,179		3,192,235	6.4	

ant données intercalaires

• Lien tableur: ant données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

ant données intercalaires 200

• Lien tableur: ant données intercalaires 200

ant autres intercalaires aas

• Lien tableur: ant autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Acbn

Intergen51. ant. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. ant les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 ant les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 1,644 672 56 2,372 3.3 47 3 50 x 624 90 9 723 0 3 3 t 2,268 762 65 3,095 47 6 53 % 73.3 24.6 2.1

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 28 0 0 28 4.7 tRNA-CDS 34 36 x 6 0 0 6 RNA-RNA 47 49 t 34 0 0 34 CDS-rRNA 6 6 % 100.0 0.0 0.0 non RNA 8 8 - total 95 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 1.7 3.6 0.9 46.2 3.6 57 2.4 0.0 x 3.5 0.0 1.1 26.4 33.3 47 1.2 0.0

Intergen51. ant. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: ant données intercalaires
• Diagrammes:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées ant fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. ant fx1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	ant
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.684	-2.18E-	06	1.85E-03	-6.04E-01	82.00	fx1	abscisse	221.8	437.1
0.664	-1.29E-05	9.76E-03	-2.31E+00	175.0	fc1	ordonnée	7.9	3.2
								
0.786	5.59E-06	-3.72E-03	5.83E-01	11.3	fx41			
0.925	-1.06E-06	1.39E-03	-5.70E-01	75.3	fc41

• Le rfin après 400 est de 29 sur un total de 1700. Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 540, reste 17 . L'indice i.rfin1 = 12/140 = 0.086.
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	ant		calculs			poly3	ant
effect	1700		R2.21	822		abscis	250
xm	35		pte	16,18		flexa	134
ym	5		cste	3,51		flexo	2,21
x1m	155		r400l	245		xm	35
y1m	1		restp	107,65		sup4	153,2
rfin	17,06		%sd	42,69		sup4t	354,7
bornf	104		lond	120		%	43,2
supd	164,2		%sf	43,83		long	99
supdt	384,7		lonf	69		R2	598
xmp	507,65		sf/lf	1,79		R2.15	747
r400	90,59		sr/lr	0,79			
supf	123,8		sd/ld	1,37			
supft	282,4		i.r400	0,37					

Intergen51. ant. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	ant			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	164		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		42	219		717	10938
 - 5		0	2		5	19
sp6		48	287		1642	8424
total		90	672		2,456	23,544
reste		1	6		264	420
s6		21	0		361	41
s7		4	33		321	1438
s8		22	248		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	1.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		43.8	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		8.3	11.5		19.5	17.1
s8/sp6		45.8	86.4		42.4	77.5
reste/sp6	2.1	2.1		16.1	5.0
						
total s1-5	42	385		814	15120
% / total						
%s1-5		46.7	57.3		33.1	64.2
%sp6		53.3	42.7		66.9	35.8

Intergen51. ant. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		4			CDS 16s		3	1
16s 23s					5s CDS			2
16s tRNA	4			16 CDS			
tRNA 23s	4			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		4			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	29			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		47	0		total		3	3

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clant et dans l'étude.

Intergen51. ant. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. ant. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
• Les fréquences des intercalaires tRNA-tRNA hors blocs des proteobacteria, beta delta epsilon, cvi ade ant.

hors		cvi	ade	ant
20		16	2	17
40		20	2	6
60		6	2	2
80		2	2	2
100				2
120				
140			1	
160			1	
180				
200				
220				
240				
260			1	
restes			1	
total		44	12	29
				
repete		8	0	1
sequence	4	0	1
sans		3	6	7
clusters	15	6	9
				
5		3	0	3
10		7	1	4
15		5	0	5
20		1	1	5

• Les répétitions des aas dans les clusters hors blocs de ant:

Int51.31 ant. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs

inter	aa			inter	aa
10	cca			81	tcc
16	cac			39	gga
61	aga			15	atgi
96	cta			**	agc
**	atgf			45	tgc
5	ttc			16	tca
**	tac			**	tta
16	gac			8	gga
3	gta			69	tac
31	gaa			21	aca
8	aaa			**	ttc
22	gac			16	caa
3	gta			7	tta
42	gaa			14	gga
**	aaa			16	aaa
12	atgf			14	atgf
**	caa			12	atgj
33	aac			30	aca
**	aac			**	tca

ant intercalaires entre cds

• Lien NCBI [60] 24.9.20
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clant alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

ant intercalaires positifs S+

• Lien tableur: ant intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  ant ade,   diagramme 1-40: c+ ant   c+ ade   x+ ant   x+ ade   total,   texte: ade.
• Légende: voir la légende de cvi.

ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

ant	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	-25	209	-664	88	680	279	min40	-135	1021	-2424	183	664	252	min40
31 à 400	60	-400	637	9.8	785	222	2 parties	4.8	28	-332	62	888	-194	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	183	63	-	609	poly	70	SF	262	79	-	358	poly	306	SF
31 à 400	132	48	-	673	poly	112	tF	130	43	-	746	poly	142	tF

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles

ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
mja	min30	406	1047	1453	776	326	571	245	844	857	881
ant	min40	601	1616	2217	730	271	538	267	892	886	876
blo	min20	448	993	1441	820	406	537	131	0.038	0.255	0.669
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
239	405	0.59	495	1234	20	9	113	132	113	474	502
281	485	0.58	714	2381	13	24	116	285	186	836	575
89	208	0.43	518	1255	4	1	35	167	54	241	-109

• Diagrammes 400:  ant ade,   diagramme 1-40: c+ ant   c+ ade   x+ ant   x+ ade   total,   texte: ade.
• Résumé: Ici je ne compare que les 2 génomes ant et ade en sachant que pmg est semblable à ade. Car ant et ade se ressemblent beaucoup avec des effectif des diagrammes 400 élevés, 2217 contre 3471, et des rapports des fréquences faibles c+/x+ proches, 0.58 contre 0.66. Par contre les corrélations à 41-250 sont très différentes, 538 contre 758.

  - La forme des courbes 400: Les 4 courbes de ant sont identiques une à une aux 4 courbes de ade.

  • Les 2 courbes, x+ 1-400 ant ade, sont Sm avec R2’ 70 39, mais notées respectivement SF et Sf.
  • Les 2 courbes, c+ 1-400 ant ade, sont SF avec R2’ 306 232.
  • Les 2 courbes x+ 31-400 ant ade sont tF avec R2’ 112 67. Les renflements des 2 1ères parties des courbes sont nettes. Les 2 points d’inflxion 222 238 sont positives et standards.
  • Les 2 courbes c+ 31-400 ant ade sont tF avec R2’ 142 103. Les renflements des 2 1ères parties des courbes sont nettes. Par contre les 2 points d’inflexion sont négatifs -194 -507.

  - Les corrélations des courbes 400: C’est la différence la plus importante entre les 2 génômes.

  • Chez ade la corrélation 41-250, de 758 chute à 624 pour 41-200 avec une différence de 134. Et ant en parallèle passe de 538 à 271 avec une différence de 267.
  • Les 3 corrélations 1-n de ade tournent autour de 900 alors que celles de ant tournent autour de 880. Donc les fréquences faibles apparemment sont très corrélées.

  - Les fréquences faibles 1-30:

  • Leurs taux respectifs sont plus faibles pour ant, 89/208, que pour ade 221/335 mais les rapports respectifs sont très proches, 0.58 0.64.
  • Elles sont réparties sur les 3 fréquences 10 20 30 dans les 2 génomes.
  • Les minima des fréquences faibles: elles sont bien prononcées mais plus chez les x+ 1-400 que chez les c+ 1-400.
  • Les fréquences des zéros sont élevées chez ant, 37‰ aussi élevées que chez pmg , alors qu’ils sont faibles chez ade avec 14‰.
  • Les fréquences négatives sont plus élevées chez ant que chez ade, 116/285 contre 72/234, de même que dans leurs rapports x-/c-, 0.41 contre 0.31.

  - La forme des courbes 1-40:

  • La courbe c+1-40: avec un effectif élevé de 876 pour ade contre 836 pour ant, les 2 courbes sont très proches entre elles et de la courbe du total.
  • La courbe x+1-40: Les 2 courbes diffèrent du modèle c+ 1-40 et entre elles:

    + La courbe de ant, avec un effectif de 186, a 2 maxima en 5 ( effectif 11), et 19 ( effectif 10). Pour ade la fréquence 5 présente un minimum (effectif 7) et la fréquence 19 un maximum (effectif 15). Pour le modèle à 5 et 19 on a des minmima.

    + La courbe de ade, avec un effectif de 304, a le maximum à la fréquence 3 du modèle par contre le minimum à 6 devient une bosse et la bosse du 11 est un creux profond. La bosse du 11 du modèle est remplacée par une forte bosse à 17.

  - Les corrélations des courbes 1-40: Les corrélations x+/c+ sont presque identiques, 575 contre 459, et vont de pair avec les coorélations élevées des courbes 400 des 3 plages de fréquences 1-n.

ant autres intercalaires

• Lien tableur: ant autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	c-	c+	x+	c-	c+	x+	x-	
31	9		47			6	1	1	95

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

ant par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: ant par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

ant: Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	ant	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	3						3
16	moyen	2	12			2	8	24
14	fort	2	24	2				28
		7	36	2	0	2	8	55
10	g+cga	1						1
2	agg+cgg							0
4	carre ccc	2						2
5	autres							0
		3	0	0	0	0	0	3
		total tRNAs ‰
	ant	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	ant ‰	ref.‰
21	faible	55						55	26
16	moyen	36	218	0		36	145	436	324
14	fort	36	436	36				509	650
		127	655	36	0	36	145	55	729
10	g+cga	18						18	10
2	agg+cgg
4	carre ccc	36						36	16
5	autres
		55	0	0	0	0	0	55
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	ant	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	67			67	26		0
16	moyen	44	267		311	324		33
14	fort	44	533	44	622	650		67
		156	800	44	45	729		36
10	g+cga	22			22	10
2	agg+cgg
4	carre ccc	44			44	16
5	autres
		67			67

epsilon, estimation des -rRNAs

• Lien tableur: epsilon, estimation des -rRNAs
• Liens fiche:   typage
• Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 11.1.21

  - ttt et tgt sont nuls partout

  - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

  - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

  - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

  - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

epsilon, calcul des -rRNAs

• Lien tableur: epsilon, calcul des -rRNAs

eps epsilon 63 génomes

eps1 cumul des +rRNAs de la fiche epsilon pour 40 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 80 j acc 3 aac 3 agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac 2 ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 3 aga k cta g cca 1 caa cga l gta 2 o gca 89 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag 1 agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag 1 ggg epsi40 inter max min total 172 13 2 187	eps2 indices du clade epsilon du 11.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes g1    t1          a atgi 99 a tct tat 0.6 atgf 106 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc 97 d gtt 1.2 m gct gat ggt e ttc 107 b tcc 97 tac 103 tgc 101 f atc 191 j acc 99 aac 112 agc 101 g ctc 101 f ccc 55 cac 100 cgt 0 h gtc 98 n gcc 95 gac 139 ggc 140 i tta 104 c tca 101 taa tga 60 j ata k aca 108 aaa 150 aga 124 k cta 101 g cca 101 caa 109 cga 100 l gta 139 o gca 199 gaa 173 gga 111 m ttg 101 d tcg 0.6 tag tgg 100 n atgj 98 l acg 1.9 aag 9 agg 96 o ctg 1.2 h ccg 0.6 cag 0.6 cgg 1.2 p gtg p gcg gag 25 ggg 1.9 gtRNA inter max min total 1717 1695 646 4058	eps3 cumul des -rRNAs de l'annexe epsilon de 1 génome g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 4 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 2 b tcc 1 tac 2 tgc 1 f atc j acc aac 2 agc 1 g ctc 1 f ccc cac 1 cgt h gtc 1 n gcc gac 2 ggc i tta 2 c tca 2 taa tga j ata k aca 2 aaa 3 aga 1 k cta 1 g cca 2 caa 1 cga 1 l gta 2 o gca gaa 3 gga 3 m ttg 1 d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg epsi1 inter max min total 14 28 3 45
eps4 indices des +rRNAs de la fiche epsilon pour 100 génomes g1    t1          a atgi a tct tat atgf 3 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc 3 d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 200 j acc 8 aac 8 agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac 5 ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 8 aga k cta g cca 3 caa cga l gta 5 o gca 223 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag 3 agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag 3 ggg epsi40 inter max min total 430 33 5 468	eps5 estimation des -rRNA du clade epsilon pour 100 génomes g1    t1          a atgi 99 a tct tat 0.6 atgf 104 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc 95 d gtt 1.2 m gct gat ggt e ttc 107 b tcc 97 tac 103 tgc 101 f atc -9 j acc 92 aac 105 agc 101 g ctc 101 f ccc 55 cac 100 cgt 0 h gtc 98 n gcc 95 gac 134 ggc 140 i tta 104 c tca 101 taa tga 60 j ata 0 k aca 108 aaa 143 aga 124 k cta 101 g cca 99 caa 109 cga 100 l gta 134 o gca -24 gaa 173 gga 111 m ttg 101 d tcg 0.6 tag tgg 100 n atgj 98 l acg 1.9 aag 6.5 agg 96 o ctg 1.2 h ccg 0.6 cag 0.6 cgg 1.2 p gtg 0 p gcg 0 gag 23 ggg 1.9 -rRNA inter max min total 1287 1663 641 3591	eps6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes g1    t1          a atgi 100 a tct tat atgf 400 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 200 b tcc 100 tac 200 tgc 100 f atc j acc aac 200 agc 100 g ctc 100 f ccc cac 100 cgt h gtc 100 n gcc gac 200 ggc i tta 200 c tca 200 taa tga j ata k aca 200 aaa 300 aga 100 k cta 100 g cca 200 caa 100 cga 100 l gta 200 o gca gaa 300 gga 300 m ttg 100 d tcg tag tgg 100 n atgj 100 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg epsi1 inter max min total 1400 2800 300 4500

epsilon, comparaison clade-annexe des -rRNAs

• Lien tableur: epsilon, comparaison clade-annexe des -rRNAs
• Légende

  - eps7. diff, somme des couleurs de eps7. La différence entre tRNAs est faite entre eps5 et eps6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

  - eps8. rap, rapport des sommes couleurs eps5/eps2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de eps5 sur celui de eps2.

• Fréquences des différences en % du tableau eps7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	4	13	1	0	2	7	2	1	1	0	18	0	49
tot ≤ 50						23							

• Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 13% au dessus de celle de la fiche des archées.

tRNAs		fiche		annexe
sans		1588		45
avec		188		10
genomes		40		1
indice %	40		45

eps epsilon 40 génomes

eps7 epsilon, différence clade-annexe des -rRNAs g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 74 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc 100 d gtt m gct gat ggt e ttc 47 b tcc 3 tac 49 tgc 1 f atc 100 j acc 100 aac 48 agc 1 g ctc 1 f ccc 100 cac 0 cgt h gtc 2 n gcc 100 gac 33 ggc 100 i tta 48 c tca 50 taa tga 100 j ata k aca 46 aaa 53 aga 19 k cta 1 g cca 51 caa 8 cga 0 l gta 33 o gca 100 gaa 42 gga 63 m ttg 1 d tcg 100 tag tgg 0 n atgj 2 l acg 100 aag 100 agg 100 o ctg 100 h ccg 100 cag 100 cgg 100 p gtg p gcg gag 100 ggg 100 diff inter max min total 127 546 3 676

eps8 epsilon, rapports -rRNA/total g1    t1          a atgi a tct tat atgf 98 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc 97 d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc -5 j acc 92 aac 93 agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc gac 96 ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 95 aga k cta g cca 98 caa cga l gta 96 o gca -12 gaa gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag 72 agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag 90 ggg rap inter max min total 75 98 99 88

pelagibacter ubique

Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062. NCBI 24-JAN-2021.

pub opérons

• Lien tableur: pub opérons
• Liens: gtRNAdb [61], NCBI [62], génome [orgn]
• Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Pelagibacterales; Pelagibacteraceae; Candidatus Pelagibacter.
• Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A10. Pelagibacter ubique

29.2%GC	24.01.21	31	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
	41060..41653	cds		20	20			198		ABC transporter substrate-binding protein
comp	41674..41750	atgi		66		66
comp	41817..41891	gtc		8	8				8
comp	41900..43723	cds						608		RNA polymerase sigma factor RpoD
comp	114873..116147	cds		3	3			425	3	CCA tRNA nucleotidyltransferase
comp	116151..116224	caa		32	32
comp	116257..117102	cds						282		4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase
comp	319204..319548	cds		22	22			115	22	4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
comp	319571..319645	ggc		97	97
	319743..320384	cds						214		LON peptidase substrate-binding domain-containing protein
comp	407852..408448	cds		68	68			199		DedA family protein
	408517..408601	ttg		7	7				7
	408609..410315	cds						569		AMP-binding protein
comp	414886..415407	cds		26	26			174	26	PaaI family thioesterase
comp	415434..415510	cgt		75	75
	415586..416773	cds						396		acetyl-CoA C-acetyltransferase
	438405..440213	cds		2	2			603	2	elongation factor 4
	440216..440305	tcc		5	5				5
comp	440311..441081	cds						257		FkbM family methyltransferase
	461643..462362	cds		2	2			240	2	VTT domain-containing protein
comp	462365..462438	acc		101	101
	462540..462737	cds						66		hp
	466335..466550	cds		5	5			72	5	translation initiation factor IF-1
	466556..466631	ttc		88	88
	466720..466932	cds		235	235			71		cold-shock protein
	467168..467242	cac		5	5				5
	467248..468645	cds						466		histidine--tRNA ligase
comp	509729..511027	cds		330	330			433	330	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
	511358..512832	16s	@1	98
	512931..513007	atc		9			9
	513017..513092	gca		149
	513242..515995	23s		446	446
	516442..516975	cds		46625				178		WbuC family cupin fold metalloprotein
	563601..564479	cds		52	52			293		NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
	564532..564646	5s		13	13				13
	564660..564785	cds						42		type B 50S ribosomal protein L36
	567715..568413	cds		18	18			233		transaldolase
comp	568432..568508	atgf		6	6				6
comp	568515..568709	cds						65		30S ribosomal protein S21
comp	593396..594376	cds		23	23			327		RluA family pseudouridine synthase
	594400..594476	cga	@2	16	16				16
comp	594493..595425	cds						311		threonylcarbamoyl-AMP synthase
comp	842772..843023	cds		101	101			84		DUF1289 domain-containing protein
	843125..843209	cta		16	16				16
	843226..844659	cds						478		trigger factor
	846722..849106	cds		49	49			795	49	endopeptidase La
	849156..849231	gta		13		13
	849245..849321	gac		88	88
	849410..849778	cds						123		NADH-quinone oxidoreductase subunit A
	934654..936063	cds		31	31			470	31	potassium transporter Trk
	936095..936171	aga		170	170
	936342..937382	cds						347		amino acid ABC transporter substrate-binding protein
	941232..942389	cds		19	19			386	19	hp
comp	942409..942484	aac		52		52
comp	942537..942610	tgc		128	128
	942739..945366	cds						876		valine--tRNA ligase
	970015..971127	cds		200	200			371		tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt
	971328..971403	aaa		20	20				20
comp	971424..972251	cds						276		M48 family metallopeptidase
	975062..975328	cds		0	0			89	0	succinate dehydrogenase assembly factor 2
comp	975329..975418	tca		92	92
	975511..976392	cds						294		EamA family transporter RarD
comp	985615..986127	cds		93	93			171		zinc-ribbon domain-containing protein
	986221..986297	cca		4	4				4
	986302..986583	cds						94		ETC complex I subunit
	988522..990216	cds		50	50			565		single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
	990267..990341	gaa		23	23				23
	990365..990598	cds						78		GIY-YIG nuclease family protein
	1029539..1031752	cds		0	0			738	0	lytic transglycosylase domain-containing protein
comp	1031753..1031844	agc		68	68
	1031913..1033166	cds						418		sarcosine oxidase subunit beta family protein
comp	1085222..1085413	cds		19	19			64		preprotein translocase subunit SecE
comp	1085433..1085508	tgg		7	7				7
comp	1085516..1086706	cds		47	47			397	47	elongation factor Tu
comp	1086754..1086827	gga		46		46
comp	1086874..1086959	tac		131	131
	1087091..1087834	cds		33	33			248	33	23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	1087868..1087943	aca		4	4				4
comp	1087948..1088727	cds		4	4			260	4	NAD kinase
comp	1088732..1088816	tta		79	79
comp	1088896..1089312	cds						139		Gamma-glutamylcyclotransferase
	1165696..1166454	cds		141	141			253		pilin
comp	1166596..1166672	atgj		64	64				64
comp	1166737..1166964	cds						76		hp

pub cumuls

• Lien tableur: pub cumuls

cumuls. pub.

opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	1	1			1	2	1	2	100	11
	16 atcgca 23	1	20	1	1	50	31	20	18	200	8
	16 atc23s5s		40			100	11	40	5	300	11
	16gca23s5s		60	2		150	5	60	2	400	7
	max a	2	80	1		200	2	80	1	500	6
	a doubles		100			250	1	100		600	2
	autres		120			300		120		700	2
	total aas	2	140			350	1	140		800	2
sans	opérons	25	160			400		160		900	1
	1 aa	21	180			450	1	180		1000
	max a	2	200			500		200		1100
	a doubles	0							1
	total aas	29		4	1		52		28		43
total aas		31
remarques	2
avec jaune			moyenne	44	9		63		27		299
			variance	22	0		85		61		203
sans jaune			moyenne				50		16		237
			variance				55		16		134

pub blocs

• Lien tableur: pub blocs

A10. pub, blocs à rRNA.

cds	330	433	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
16s	98	1475
atc	9	77
gca	149	76
23s	446	2754
cds	46625	178	WbuC family cupin fold metalloprotein
cds	52	293	NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
5s	13	115
cds		42	type B 50S ribosomal protein L36

pub distribution

• Lien tableur: pub distribution
• Légende:

  - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli

  - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau

A10 pub distribution

A10 pub distribution selon la référence g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc f ccc cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc gac 1 ggc 1 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 1 l gta 1 o gca gaa 1 gga 1 m ttg 1 d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg pub inter max min total 13 14 2 29

A10 pub, distribution du total avec +16s. alpha. g1    t1          a atgi 1 a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 1 b tcc 1 tac 1 tgc 1 f atc 1 j acc 1 aac 1 agc 1 g ctc f ccc cac 1 cgt 1 h gtc 1 n gcc gac 1 ggc 1 i tta 1 c tca 1 taa tga j ata k aca 1 aaa 1 aga 1 k cta 1 g cca 1 caa 1 cga 1 l gta 1 o gca 1 gaa 1 gga 1 m ttg 1 d tcg tag tgg 1 n atgj 1 l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg alpha >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total pub 8 21 2 31

pub remarques

• Remarques : Ce génome se distingue par 1 seul bloc à rRNA dont le 5s est séparé, et le grand nombre de solitaires.
  1. @ 1 seul bloc rRNA dont le 5s se trouve à 46625 pbs.
  2. @ un tRNA très rare
• Séquences des doubles :pas de doubles

pub. Intergen51

Intergen51. pub. Le génome

• pub Le prélèvement: Artb
• Le nom et le lien NCBI: pub, Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062, NCBI [63], date 24.01.21.
• pub La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:

Nom	intercals	génome		taux en %			
pub	44,276		1,308,759	3.4	

pub données intercalaires

• Lien tableur: pub données intercalaires
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

pub données intercalaires 200

• Lien tableur: données intercalaires 200.

pub autres intercalaires aas

• Lien tableur: pub autres intercalaires aas
• Lien sauvegarde NCBI: Artb

Intergen51. pub. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. pub les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

Int51.2 pub les différents types d'intercalaires entre gène

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 543 377 58 978 3.0 7 3 10 x 221 95 13 329 0 1 1 t 764 472 71 1,307 7 4 11 % 58.5 36.1 5.4

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 28 0 0 28 1.3 tRNA-CDS 50 63 x 20 0 2 22 RNA-RNA 7 9 t 48 0 2 50 CDS-rRNA 4 5 % 96.0 0.0 4.0 non RNA 18 23 - total 79 100

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ c 0.7 0.0 0.8 56.1 53.6 62 5.9 0.0 x 1.7 0.0 0.0 29.5 40.9 49 4.0 9.1

Intergen51. pub. Les diagrammes CDS-CDS positifs

• Lien tableur: pub données intercalaires
• Diagrammes des gamma:

  - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées pub fc40

  - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. pub fx1

  - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. pub fc1

• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	pub
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.851	-5.50E-06	4.68E-03	-1.32E+00	127.0	fx1	abscisse	296.9	278.6
0.559	-2.10E-05	1.54E-02	-3.45E+00	229.0	fc1	ordonnée	2.7	1.2
								
0.891	-4.66E-06	4.15E-03	-1.23E+00	124.0	fx41			
0.939	-4.57E-06	3.82E-03	-1.03E+00	90.5	fc41

• Le rfin après 400 est de 4 sur un total de 601. Les freq10 sont en continu de 190 à 320 avec un total de 9. L'indice équivalent de i.rfin1 est 9/130=0.069
• Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.

données	pub		calculs			poly3	pub
effect	601		R2.12	924		abscis	150
xm	30		pte	40,94		flexa	80
ym	2,52		cste	5,42		flexo	2,79
x1m	108		r400l	292		xm	25
y1m	1		restp	81,53		sup4	101,3
rfin	6,66		%sd	38,85		sup4t	229,6
bornf	67		lond	78		%	44,1
supd	102,8		%sf	38,56		long	55
supdt	264,6		lonf	37		R2	390
xmp	653,91		sf/lf	1,86			
r400	74,88		sr/lr	0,83			
supf	68,6		sd/ld	1,32			
supft	178,0		i.r400	0,26								

Intergen51. pub. Les CDS-CDS négatifs

Sous-totaux	pub			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	152		4	4140
 - 2		3	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		44	79		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		48	145		1642	8424
total		95	377		2,456	23,544
reste		0	3		264	420
s6		19	0		361	41
s7		3	14		321	1438
s8		26	128		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		14.7	0.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		39.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		6.3	9.7		19.5	17.1
s8/sp6		54.2	88.3		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	2.1		16.1	5.0
						
total s1-5	47	232		814	15120
% / total						
%s1-5		49.5	61.5		33.1	64.2
%sp6		50.5	38.5		66.9	35.8

Intergen51. pub. Les intercalaires des blocs

• Le détail

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s					CDS 16s			1
16s 23s					5s CDS		1	
16s tRNA	1			16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s		1	
5s tRNA					23s CDS		1	
tRNA in		1			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	4			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		7	0		total		3	1

• Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
• Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. pub. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

• Lien tableur: Intergen51. pub. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc

pub intercalaires entre cds

• Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062, pub [64], 24-JAN-2021.
• Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

pub intercalaires positifs S+

• Lien tableur: pub intercalaires positifs S+
• Diagrammes 400:  pub,   diagramme 1-40:   c+ pub   total.
• Légende du tableau diagrammes 400: voir la légende de cvi.

pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400

pub	Sx+							Sc+
Poly3	-7	-5	-3	1	R2	flex x+	comment.	-7	-5	-3	1	R2	flex c+	comment.
1 à 400	-58	495	-1405	136	853	284	min20	-236	1732	-3869	256	559	245	min30
31 à 400	-49	437	-1304	133	918	297	2 parties	-48	403	-1093	97	945	280	2 parties
droite	-a	cste	-	R2	note	R2’		-a	cste	-	R2	note	R2’
1 à 400	243	75	-	604	poly	249	SF	308	88		221	poly	338	SF
31 à 400	190	60	-	662	poly	256	SF	117	36	-	580	poly	365	SF

• Légende du tableau corrélations et fréquences faibles:

pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30

		effectifs diagramme			corrélation x+ c+, 41-n				corrélation x+ c+, 1-n
gen	minima	x+	c+	total	400	200	250	diff	200	250	400
pub	min20	218	537	755	908	857	883	26	866	852	840
pmg	min40	559	895	1454	856	728	802	74	904	915	928
ade	min50	1229	2242	3471	867	624	758	134	879	897	903
1-30 ‰			effectifs		0 ‰		<0 ‰		effectifs 1-40		corel
1-30 x+	1-30 c+	x+/c+	x	c	x	c	x-	c-	x+	c+	x+/c+
317	628	0.50	327	980	40	59	281	389	88	367	715
326	430	0.76	692	1108	16	31	137	143	196	449	703
221	335	0.66	1412	3052	8	6	72	234	304	876	459

• Diagrammes 400:  pub,   diagramme 1-40:  c+ pub   total.
• Résumé

  - Ressemblance x+ c+. Très forte ressemblance entre les intercalaires x+ et c+:

  • Les 4 courbes sont de forme S forte, SF
  • Les corrélations x+ c+ sont fortes, plus de 0.850, sur 41-200 , 250 ou sur 1-200 , 250
  • Les faibles fréquences, de 1 à 30, sont concentrées sur l’abscisse 10 avec 179‰ pour x+ et 477‰ pour c+.
  • Diagramme 1-40: D’après le fort coefficient de corrélation des 1-40, de 0.715, les 2 courbes seraient semblables. Mais les courbes ne ressemblent pas au modèle des diagrammes 1-40. Voir les récapitulatifs des diagrammes 1-40 c+ et x+.

    + La courbe de x+ ne ressemble en rien à la courbe modèle des c+1-40 à cause du faible effectif de 88,

    + la courbe c+ aussi, malgré son effectif élevé de 367. Elle présente bien un minimum local à la fréquence 6 comme le modèle mais la bosse du modèle à l’abscisse 11 est remplacée par un creux, cependant elle représente la tendance finale de ces courbes à la suite de celle de myr.

  - Différences: La différence entre x+ et c+ est portée par les faibles fréquences de 1 à 30 et surtout de 1 à 10, à peu près 2 fois plus chez les c+, x+/c+ égale 0.50. Elle se répercute sur le coefficient de détermination R2 des courbes 1-400, avec respectivement 0.559 et 0.853 mais pas dans les courbes 31-400 avec 0.918 et 0.945. Cette différence ressort aussi dans les taux des intercalaires nuls ( qui ne sont pas inclus dans les diagrammes) avec respectivement 40‰ et 59‰.

pub autres intercalaires

• Lien tableur: pub autres intercalaires aas
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Totaux: 1 tmRNA 1 ncRNA 7 regulatory

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total	
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
30	24		7			13	3	1	78	1 acdsx-

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.