Recherche:Genèse et duplication des gènes des tRNAs/Annexe/Tableaux

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Annexe 1
Recherche : Genèse et duplication des gènes des tRNAs
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Genèse et duplication des gènes des tRNAs/Annexe/Tableaux
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Paris le 01.08.18

Sommaire

Bases de données[modifier | modifier le wikicode]

  • Les gènes de tRNAs: gtRNAdb [1]
  • La base Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG: [2]

Liste des génomes[modifier | modifier le wikicode]

Les fichiers fasta de la base gtRNAdb nécessaires pour les décomptes des tRNAs sont sous forme txt, compressés et localisés dans mon blog Blogooolife [3]. On peut les télécharger [4].

E79[modifier | modifier le wikicode]

E79: Eucaryotes non champignon, prélevés de la base gtRNAdb le 27.10.17

79 eucaryotes + zebrafish: Liste des génomes
n tRNAs KEGG Génome
1463 aml Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009)
211 acs Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010)
414 aga Anopheles gambiae
684 ath Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011)
7080 bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)
4040 bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
639 bdi Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X)
1095 cbr* Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008)
743 cbr Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3)
596 cel Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010)
827 cja* Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008)
408 cjc Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009)
13727 cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)
906 cfa Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011)
383 cpo* Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008)
518 csi* Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1)
554 cpic Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1)
498 cge Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011)
1119 dno* Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3)
289 dme Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6)
256 dsi Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0)
326 dya Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1)
494 ecb Equus caballus (horse) (Sep 2007)
485 eeu* Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2)
3729 fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)
1492 gmo* Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1)
283 gga Gallus gallus (galGal4 Nov 2011)
2489 gac* Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006)
203 gfr Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1)
738 gmx Glycine max (soybean) (Wm82.a2)
435 ggo Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011)
367 hgl Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2)
622 hsa Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)
373 lcm Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1)
82 lma Leishmania major
2002 lav Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009)
458 mcc Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3)
353 meu* Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2)
582 mtr Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0)
155 mgp Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009)
191 mun* Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1)
258 mmr* Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003)
481 mdo Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006)
469 mmu Mus musculus (mm10 Dec 2011)
749 mpu* Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1)
252 mlu* Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2)
421 nle Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3)
338 opr* Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3)
674 oni* Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2)
856 oaa Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007)
506 ocu Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009)
738 osa Oryza sativa
326 oga* Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3)
1176 oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010)
503 ptr Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4)
476 pan* Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2)
411 pha* Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008)
2485 pma* Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2)
418 ppp Physcomitrella patens
35 pfa Plasmodium falciparum
517 ppy* Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2)
618 pop Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0)
407 rno Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012)
334 sbq Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1)
446 shr Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1)
374 san* Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2)
578 sbi Sorghum bicolor (Version 1.0)
804 str* Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2)
1065 spu Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin)
807 ssc Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3)
230 tgu Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2)
575 tru Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3)
455 tsy* Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2)
540 tng Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007)
2017 tma* Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1)
5845 ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)
499 vvi Vitis vinifera (Grapevine 12X)
2639 xtr Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009)
1198 zma Zea mays (Version 5b.60)
12258 dre Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)

C42[modifier | modifier le wikicode]

C42: Eucaryotes, champignons, prélevés de la base gtRNAdb le 27.10.17

42 champignons: Liste des génomes
n tRNAs KEGG Génome
181 ani Aspergillus nidulans FGSC A4
242 aor Aspergillus oryzae RIB40
212 bfu Botrytis cinerea B05.10
125 cal Candida albicans WO-1
207 cgr Candida glabrata CBS 138
82 cot Candida orthopsilosis Co 90-125
143 cneg* Cryptococcus neoformans var. grubii H99
191 cjd* Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988
214 dha Debaryomyces hansenii CBS767
46 ecu Encephalitozoon cuniculi GB-M1
53 ede* Exophiala dermatitidis NIH/UT8656
273 fve* Flammulina velutipes KACC42780
270 fgr Fusarium graminearum CS3005
305 fgr Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084
285 fvr Fusarium verticillioides 7600
266 kaf Kazachstania africana CBS 2517
158 kna* Kazachstania naganishii CBS 8797
162 kla Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
123 kpa* Komagataella pastoris CBS 7435
258 lkl* Lachancea kluyveri NRRL Y-12651
229 lth Lachancea thermotolerans CBS 6340
190 mgr Magnaporthe oryzae 70-15
288 mfa* Millerozyma farinosa CBS 7064
192 mth* Myceliophthora thermophila ATCC 42464
270 ncs Naumovozyma castellii CBS 4309
396 ncr Neurospora crassa OR74A
80 opa* Ogataea parapolymorpha DL-1
192 pch* Penicillium chrysogenum P2niaD18
275 sce Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)
205 sas* Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri
170 pic Scheffersomyces stipitis CBS 6054
168 spo Schizosaccharomyces pombe 972h-
96 sre* Sporisorium reilianum SRZ2
328 tbl Tetrapisispora blattae CBS 6284
206 tpf Tetrapisispora phaffii CBS 4417
154 ttt Thielavia terrestris NRRL 8126
192 tdl Torulaspora delbrueckii CBS 1146
111 uma Ustilago maydis 521
156 vma* Valsa mali 03-8
225 vda Verticillium dahliae VdLs.17
510 yli Yarrowia lipolytica CLIB122
272 zro Zygosaccharomyces rouxii CBS 732

B42[modifier | modifier le wikicode]

B42: bactéries prélevées de la base gtRNAdb le 02.06.18

42 bactéries: Liste des génomes
n tRNAs KEGG Génome
75 bae Bacillus atrophaeus 1942
91 bcef Bacillus cereus FT9
84 bcoh* Bacillus coagulans HM-08
39 bbd Belliella baltica
111 blr Brevibacillus laterosporus LMG 15441
81 cbl Clostridium botulinum A3 Loch Maree
88 dzc Dickeya zeae EC1
85 eclx Enterobacter cloacae 34399
83 eno Enterobacter cloacae subsp. cloacae ENHKU01
85 eal Escherichia albertii KF1
87 eco Escherichia coli K-12 MG1655
91 gmc Geobacillus sp Y41MC1
109 hmo Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547
49 hmr Hippea maritima
78 ksk Kitasatospora setae KM-6054
86 kpn Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578
81 ksa Kosakonia sacchari SP1
73 lpl Lactobacillus plantarum WCFS1
81 mme Marinomonas mediterranea MMB-1
131 mvs Moritella viscosa
109 ppoy Paenibacillus polymyxa Sb3-1
83 pdi Parabacteroides distasonis ATCC 8503
90 pdix Peptoclostridium difficile 630 cultivar NCTC_13307_/strain
84 pge Pluralibacter gergoviae FB2
106 pha Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125
88 pse Pseudogulbenkiania sp NH8B
85 sbz Salmonella bongori N268-08
79 sty Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi CT18
108 sbn Shewanella baltica OS195
97 sfr Shewanella frigidimarina NCIMB 400
147 spl Shewanella pealeana ATCC 700345
61 sep Singulisphaera acidiphila
71 saci Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
71 sma Streptomyces avermitilis MA-4680
73 sho Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis TL01
105 vag Vibrio alginolyticus NBRC 15630 ATCC 17749
93 vau Vibrio anguillarum NB10
121 vha Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 BB120
130 vpf Vibrio parahaemolyticus O1_Kuk str.FDA_R31
112 vvm Vibrio vulnificus MO6-24/O
70 ype Yersinia pestis CO92 (biovar Orientalis)
82 yrb Yersinia ruckeri Big Creek 74

A10[modifier | modifier le wikicode]

A10: 10 archées prélevées de la base gtRNAdb le 13.07.18

10 archées: Liste des génomes
introns n tRNAs KEGG Génome
2 49 fpl Ferroglobus placidus DSM 10642
3 52 hbo Halogeometricum borinquense DSM 11551 PR 3
2 59 mru Methanobrevibacter ruminantium M1
6 55 mmet Methanococcoides methylutens MM1
4 58 mac Methanosarcina acetivorans C2A
4 62 mbw Methanosarcina barkeri str. Wiesmoor
4 60 mhor Methanosarcina horonobensis HB-1 JCM 15518
4 57 mls Methanosarcina lacustris Z-7289
3 56 mpl Methanosphaerula palustris E1-9c
3 54 nou Natronococcus occultus SP4
71 46 pcl Pyrobaculum calidifontis JCM 11548

Méthode pour compter les duplications[modifier | modifier le wikicode]

  • copier le fasta de gtRNAdb dans un txt. Exemple [5].
  • Sauvegarde dans Eklablog avec la date de prélèvement de la base, [6]
  • copier ce txt dans éditeur writer odt
  • remplacer tout "0$" par "0 " jusqu'à "9$" par "9 " (ctrl+H et cocher expression régulière)
  • remplacer tout "$" par ""
  • remplacer tout ">" par "\n"
  • utiliser la macro tRNA en la mettant à jour.
  • Créer un raccourci clavier:"gérer macro"/assigner/catégorie/"Macros Libreoffice"/"Mes macros"/standard/Module1/tRNA
  • choisir un raccourci dans "Raccourcis clavier". "Modifier" et le raccourci apparait dans "Touches".
  • copier le tout dans un txt
  • copier le tout de ce txt dans un nouveau classeur ods avec largeur de colonne de 1.3 cm.

Décomptes[modifier | modifier le wikicode]

  • illustration avec l'image du tableur image:GD-tRNA-methode.png
  • A la copie le texte s'étalle de la colonne I à U, avec le contenu de U recouvrant les colonnes suivantes.
  • Ecrire dans une cellule un * puis couper la cellule, sélectionner la cellule W28 puis "ctrl+shift+fin", réduire la sélection à la colonne W, puis coller. On obtient les cellules avec *.
  • Sans déplacer le curseur ailleurs sélectionner le dernier *, puis "ctrl+shift+début", réduire la sélection au rectangle commençant par la cellule I28.
  • données/trier : 1ère clé P28 2ème clé U28, tri croissant. Chercher les codons indéfinis (UND), déplacer leurs lignes à part et retrier avec "ctrl+shift+fin" sur la clé P28 croissant.
  • En G28 insérer la fonction =exact(U28,U29), qui donne comme résultat TRUE ou FALSE (ou 1 ou 0).
  • Couper puis "ctrl+shift+fin", réduire la sélection à la colonne G, coller. Puis sans deselectionner copier et sélectionner ensuite la cellule E28.
  • Coller avec (ctrl+V, texte nombre format). Tout en gardant la sélection il faut noter le nombre de lignes copiées, c'est le total des codons (ici écrit 123 dans la cellule G27).
  • Tout en gardant la sélection données/trier croissant. Rechercher le total des FALSE dans la sélection avec (ctrl+H et cocher sélection active). Ce total est marqué en E27 (67).
  • Coller avec (ctrl+V, texte nombre format) en sélectionnant la cellule X28, la copie de la colonne G28 est restée en mémoire.
  • Ne pas déselectionner et rechercher FALSE avec (ctrl+H et cocher sélection active), puis colorer les cellules (ici FALSE en jaune).
  • Sélectionner les colonnes O28 et P28 avec "ctrl+shift+fin", réduire la sélection. Copier et coller en Y28 et Z28.
  • Sélectionner les colonnes X28 Y28 Z28 avec "ctrl+shift+fin", réduire la sélection. Données/trier 1ère clé Z28 2ème clé X28: Les séquences identiques ont la valeur TRUE, les autres FALSE.
  • Copier la colonne Z28 en AD28 avec "ctrl+shift+fin".
  • En AE28 insérer la fonction =exact(Z28,Z29). Les sélections dans l'image sur les colonnes AD AE correspondent aux codons identiques par le nom seulement. Ces cellules sont supprimées.
  • Le décompte met le total du codon en AB28 et le nombre de séquences non identiques (FALSE) en AC28 pour le codon (AAC) dont on a gardé la cellule AD du nom.
  • Les séquences identiques (TRUE) ne nous renseignent pas sur leur identité qui appartient aux séquences FALSE.
  • Une fois le décompte terminé suprimer la colonne AE et copier AB AC AD en AF AG AH en sélectionnant avec "ctrl+shift+fin".
  • Sans déselectionner données/trier croissant sur la clé AH. Faire le total des codons et des FALSE. Controler avec les totaux en E27 et G27. Corriger au cas par cas.
  • le code KEGG est écrit en AF27.

Constitution des tableaux de travail[modifier | modifier le wikicode]

  • Les décomptes E79 C42 B42 A10 qui ne sont représentés que dans le tableur, prêts à être copier sans formatage, ont été triés sur le code KEGG. D'après la méthode des décomptes, les génomes n'ont pas le même nombre de noms de codons. Pour travailler sur des tableaux homogènes les décomptes sont normalisés à 64 noms de codons. Le tableau suivant détaille cette normalisation pour 4 génomes représentés par leur code KEGG.
  • Création et utilisation de la première ligne du tableau: =concat() et copie par blocs.
  • Recherche des codons faibles (2ème partie du tableau, en bas) dans la 1ère partie (les décomptes à proprement parler): 18 recherches "ctrl+H" et coloration des cellules trouvées.
  • Tri croissant pour chaque génome sur la colonne des codons (acs3). Auparavant enlever les 2 totaux.
  • Mais certains génomes leur manquent d'autres codons: rechercher ces codons par la fonction =exact() que l'on insère en acs4 et qui compare la colonne acs3 avec la colonne de référence (fixer la colonne par $ pour pouvoir copier la fonction =exact() dans les colonnes acs4) des noms des codons (1ère colonne). Le "drag and drop" de la fonction =exact() permet de repérer les FALSE et de corriger au fur et à mesure. Compléter par des zéros les effectifs de ces codons manquants.
  • Constitution du tableau de travail: refaire la 1ère ligne, toujours avec la fonction concat, en omettant acs3 et acs4, copie par blocs puis copie de toute la ligne avec "ctrl+V, texte nombre format). Tri sur cette ligne. Le tableau est constitué. Supprimer la 1ère ligne et les lignes et colonnes inutiles.
Préparation des décomptes pour la constitution des tableaux de travail
acs1 acs2 acs3 acs4 aga1 aga2 aga3 aga4 aml1 aml2 aml3 aml4 ath1 ath2 ath3
KEGG acs aga aml ath
(AAA) 5 3 (AAC) 31 7 (AAC) 10 2 (AAC) 15 3 (AAC)
(AAC) 4 2 (AAG) 5 2 (AAG) 7 5 (AAG) 12 3 (AAG)
(AAG) 6 2 (AAT) 12 2 (AAT) 12 5 (AAT) 17 2 (AAT)
(AAT) 4 2 (ACG) 10 1 (ACG) 8 3 (ACG) 11 7 (ACG)
(ACA) 5 1 (AGA) 6 2 (AGA) 2 2 (ACT) 37 11 (AGA)
(ACC) 12 6 (AGC) 17 4 (AGC) 10 4 (AGA) 16 3 (AGC)
(ACG) 3 1 (AGG) 7 5 (AGG) 17 14 (AGC) 16 5 (AGG)
(ACT) 4 3 (AGT) 8 1 (AGT) 9 2 (AGG) 10 3 (AGT)
(AGA) 2 1 (CAA) 4 4 (CAA) 10 6 (AGT) 12 6 (CAA)
(AGC) 3 1 (CAC) 29 8 (CAC) 1 1 (ATC) 8 2 (CAC)
(AGG) 4 2 (CAG) 10 2 (CAG) 6 6 (ATT) 3 1 (CAG)
(AGT) 12 8 (CAT) 18 5 (CAT) 9 7 (CAA) 32 16 (CAT)
(ATA) 7 4 (CCA) 6 1 (CCA) 9 2 (CAC) 16 5 (CCA)
(ATC) 2 1 (CCC) 2 2 (CCT) 7 5 (CAG) 5 1 (CCC)
(ATG) 1 1 (CCG) 8 1 (CGA) 24 13 (CAT) 4 3 (CCG)
(ATT) 3 3 (CCT) 6 2 (CGC) 10 7 (CCA) 8 4 (CCT)
(CAA) 2 2 (CGA) 13 6 (CGG) 7 5 (CCC) 7 4 (CGA)
(CAC) 3 3 (CGC) 6 3 (CGT) 7 5 (CCG) 7 3 (CGC)
(CAG) 2 1 (CGG) 15 3 (CTC) 45 44 (CCT) 5 3 (CGG)
(CAT) 1 1 (CGT) 11 6 (CTG) 4 4 (CGA) 6 4 (CGT)
(CCA) 5 4 (CTC) 17 2 (CTT) 5 4 (CGC) 13 4 (CTC)
(CCC) 5 3 (CTG) 9 1 (GAA) 5 2 (CGG) 9 5 (CTG)
(CCG) 6 3 (CTT) 5 1 (GCA) 10 10 (CGT) 19 5 (CTT)
(CCT) 5 1 (GAA) 15 1 (GCC) 10 10 (CTA) 21 5 (GAA)
(CGA) 12 4 (GCA) 6 2 (GCT) 37 34 (CTC) 2 1 (GAC)
(CGC) 7 2 (GCC) 22 21 (GTA) 25 21 (CTG) 1 1 (GAG)
(CGG) 5 3 (GCT) 20 2 (GTC) 772 760 (CTT) 2 1 (GAT)
(CGT) 1 1 (GGG) 21 5 (GTG) 11 3 (GAA) 18 14 (GCA)
(CTA) 6 6 (GTA) 12 2 (GTT) 25 12 (GCA) 25 9 (GCC)
(CTC) 8 2 (GTC) 6 5 (TAA) 10 2 (GCC) 16 9 (GCT)
(CTG) 5 2 (GTG) 3 1 (TAC) 1 1 (GCG) 3 2 (GGA)
(CTT) 10 4 (GTT) 3 2 (TAG) 13 10 (GCT) 1 1 (GGT)
(GAA) 2 2 (TAA) 2 2 (TAT) 11 10 (GTA) 83 33 (GTA)
(GAC) 2 2 (TAC) 8 1 (TCC) 11 6 (GTC) 29 8 (GTC)
(GAG) 3 3 (TAG) 8 4 (TCG) 8 1 (GTG) 12 6 (GTG)
(GAT) 1 1 (TAT) 2 2 (TCT) 28 18 (GTT) 19 9 (GTT)
(GCA) 1 1 (TCA) 2 1 (TGA) 5 4 (TAA) 6 3 (TAA)
(GCC) 8 3 (TCC) 3 2 (TGC) 7 7 (TAC) 7 3 (TAC)
(GCG) 3 3 (TCG) 8 2 (TGG) 5 5 (TAG) 11 5 (TAG)
(GCT) 3 3 (TCT) 2 1 (TGT) 6 6 (TAT) 5 2 (TAT)
(GGA) 1 1 (TGA) 1 1 (TTA) 2 2 (TCA) 13 2 (TCC)
(GGC) 6 6 (TGC) 11 3 (TTC) 7 4 (TCC) 6 2 (TCG)
(GGG) 3 1 (TGG) 4 2 (TTG) 84 82 (TCG) 10 9 (TCT)
(GGT) 3 2 (TGT) 8 5 (TTT) 17 17 (TCT) 12 6 (TGA)
(GTA) 7 2 (TTC) 422 138 6 6 (TGA) 10 3 (TGC)
(GTC) 3 3 (TTG) 9 7 (TGC) 47 6 (TGG)
(GTG) 5 3 (TTT) 11 8 (TGG) 9 5 (TGT)
(GTT) 211 119 9 8 (TGT) 1 1 (TTA)
(TAA) 1 1 (TTA) 16 9 (TTC)
(TAC) 11 7 (TTC) 10 4 (TTG)
(TAG) 43 42 (TTG) 16 6 (TTT)
(TAT) 55 50 (TTT) 699 268
(TCA) 1474 1302
(TCC)
(TCG)
(TCT)
(TGA)
(TGC)
(TGG)
(TGT)
(TTA)
(TTC)
(TTG)
(TTT)
0 0 (AAA) 0 0 (AAA) 0 0 (AAA) 0 0 (AAA)
0 0 (ACA) 0 0 (ACA) 0 0 (ACA) 0 0 (ACA)
0 0 (ACC) 0 0 (ACC) 0 0 (ACC) 0 0 (ACC)
0 0 (ACT) 0 0 (ACT) 0 0 (ACT) 0 0 (ACT)
0 0 (ATA) 0 0 (ATA) 0 0 (ATA) 0 0 (ATA)
0 0 (ATC) 0 0 (ATC) 0 0 (ATC) 0 0 (ATC)
0 0 (ATG) 0 0 (ATG) 0 0 (ATG) 0 0 (ATG)
0 0 (ATT) 0 0 (ATT) 0 0 (ATT) 0 0 (ATT)
0 0 (CTA) 0 0 (CTA) 0 0 (CTA) 0 0 (CTA)
0 0 (GAC) 0 0 (GAC) 0 0 (GAC) 0 0 (GAC)
0 0 (GAG) 0 0 (GAG) 0 0 (GAG) 0 0 (GAG)
0 0 (GAT) 0 0 (GAT) 0 0 (GAT) 0 0 (GAT)
0 0 (GCG) 0 0 (GCG) 0 0 (GCG) 0 0 (GCG)
0 0 (GGA) 0 0 (GGA) 0 0 (GGA) 0 0 (GGA)
0 0 (GGC) 0 0 (GGC) 0 0 (GGC) 0 0 (GGC)
0 0 (GGG) 0 0 (GGG) 0 0 (GGG) 0 0 (GGG)
0 0 (GGT) 0 0 (GGT) 0 0 (GGT) 0 0 (GGT)
0 0 (TTA) 0 0 (TTA) 0 0 (TTA) 0 0 (TTA)

Construction des tableaux des duplications[modifier | modifier le wikicode]

  • Ne laisser que la colonne ttt des codons, enlever la dernière, total.
  • Copie transposer le tableau
  • '=concat(codon,1) au-dessus de chaque codon, ce qui donne ttt1 par exemple
  • Couper coller cette ligne en ctrl V à la suite des codons, sans suffixe.
  • Trier par colonne avec la nouvelle ligne de codons avec et sans suffixe, on obtient une colonne (codon avec suffixe) à blanc intercalée entre 2 codon non suffixés.
    Avant le tri ajouter une colonne à blanc au début du tableau.
  • Décaler la nouvelle ligne de codons d’une cellule à droite. Sur la ligne au-dessus, au niveau de codon1(aaa1)
    écrire double, au niveau de aaa =cellule de aaa. Copier par bloc sur toute la ligne nouvelle.
    couper coller ctrl+v pour écraser la ligne des codons
  • La cellule (génome, codon) faire = la cellule diff qui est sous la cellule génome : =(ani, diff).
  • Copier par blocs toutes ces cellules du codon aaa. Ou bien
  • Executer la macro CopieM en la mettant à jour la cellule de la dernière ligne de la colonne,
    Avant de lancer la macro positionner le tableau comme indiqué dedans.
  • Couper tout le tableau et coller ctrl+V. Trier par ligne avec la colonne des génomes qui contient les cellules diff.
    enlever les lignes diff.
  • Copier la ligne et la colonne des en-têtes pour un nouveau tableau,
    pour calculer les doublons et les distincts autres que le 1er gène d’un codon.
  • A la cellule correspondant à double d’un génome, faire =double-codon,
  • A la cellule correspondant à codon faire =codon-1.
  • Copier par blocs sur tout le tableau. Ou bien utiliser la macro CopieM2 en la mettant à jour comme CopieM.
  • Rechercher les cellules -1 et remplacer par un tiret −.

Tableaux des effectifs[modifier | modifier le wikicode]

  • C'est le format 1 issu des décomptes. Deux colonnes par génome, tot pour le total du codon, diff le total des codons différents, à séquence non identique. Le total du codon est la somme des duplicata à séquence non identiques et des doublons de ces dernières. Donc les doublons obtenus par la différence tot-diff ne sont pas identiques entre eux. Ces doublons sont nommés dans les tableaux suivants, double. Il y a 3 processus en cours, celui qui, à partir d'une séquence donnée initiale, donne des duplicata différents qui à leur tour, par un 2ème processus, produisent des doublons (séquence identique au duplicata). Le 1er processus concerne les duplicata et son effectif est donc diff-1. Le 2ème processus est la somme des séquences identiques à chaque duplicata donné et donc son effectif est tot-diff. Le 3ème processus est la genèse ou non d'une 1ère séquence, son effectif est l'unité.

E79 effectifs[modifier | modifier le wikicode]

79 eucaryotes + zebrafish: Effectifs des tRNAs
dre diff E79 acs diff aga diff aml diff ath diff bacu diff bdi diff bta diff cbr diff cbre diff cel diff cfa diff cge diff cjap diff cjc diff cmk diff cpic diff cpo diff csi diff dme diff dno diff dsi diff dya diff ecb diff eeu diff fca diff gac diff gfr diff gga diff ggo diff gmo diff gmx diff hgl diff hsa-18 diff lav diff lcm diff lma diff mcc diff mdo diff meu diff mgp diff mlu diff mmr diff mmu diff mpu diff mtr diff mun diff nle diff oaa diff oas diff ocu diff oga diff oni diff opr diff osa diff pan diff pfa diff pha diff pma diff pop diff ppp diff ppy diff ptr diff rno diff san diff sbi diff sbq diff shr diff spu diff ssc diff str diff tgu diff tma diff tng diff tru diff tsy diff ttr diff vvi diff xtr diff zma
10 10 Phe ttt AAA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 3 3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 6 5 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 2 2 2 2 1 1
232 86 Val gtt AAC 5 3 31 7 10 2 15 3 14 9 16 5 20 13 25 7 33 3 19 4 6 4 13 9 23 4 7 4 22 16 16 15 6 2 11 6 6 2 12 8 7 2 7 2 12 5 7 4 8 4 21 12 2 2 7 5 9 7 21 13 22 7 12 11 10 6 41 34 3 3 2 1 10 7 9 3 8 3 3 3 5 2 4 2 8 6 8 5 17 6 4 3 11 7 23 16 7 4 12 8 6 3 8 2 7 5 18 7 9 5 1 1 9 4 166 70 17 4 13 3 10 6 11 5 8 5 7 2 16 7 6 4 8 1 20 3 10 6 18 14 9 8 11 8 10 7 19 11 6 5 8 7 15 7 55 19 22 11
270 146 Leu ctt AAG 4 2 5 2 7 5 12 3 6 2 14 7 11 5 26 5 32 3 20 6 4 1 5 2 26 4 8 4 20 14 2 2 5 2 6 3 4 1 5 2 5 1 5 1 7 2 6 2 6 1 49 18 4 3 3 3 9 5 33 22 16 1 5 3 9 4 22 18 4 3 3 1 9 7 8 3 5 3 1 1 3 2 5 2 5 3 6 2 9 6 3 3 10 6 8 5 6 3 5 3 4 1 14 9 5 3 15 4 8 4 1 1 9 5 112 56 49 36 6 1 16 10 11 6 1 1 6 2 15 4 7 3 9 3 18 13 8 3 6 3 2 2 8 5 15 13 11 8 6 3 6 1 10 5 38 18 29 10
258 129 Ile att AAT 6 2 12 2 12 5 17 2 12 6 20 7 18 4 21 4 33 2 21 2 9 5 13 3 26 6 13 8 31 23 11 9 10 3 13 6 10 2 12 6 9 3 10 2 20 7 9 2 10 2 101 17 6 2 7 1 14 9 26 21 31 19 8 3 15 10 43 30 7 6 3 1 12 8 13 1 6 2 3 2 10 4 4 2 12 5 10 4 23 9 5 2 13 9 27 17 6 3 11 5 10 4 25 13 8 2 18 4 14 9 1 1 12 7 110 63 20 6 12 3 16 9 17 11 12 7 15 8 17 3 11 5 11 1 69 12 13 1 14 8 40 35 13 8 18 10 12 3 8 3 11 6 15 6 63 18 69 37
9 9 Cys tgt ACA 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 143 134 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 5 5 0 0 2 2 4 4 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 16 16 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 4 4 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 5 5 0 0 0 0 1 1 6 5 1 1 2 2 1 1
11 11 Gly ggt ACC 0 0 0 0 0 0 0 0 12 11 0 0 20 20 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 24 24 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 7 1 1 9 9 0 0 0 0 0 0 19 18 0 0 0 0 0 0
203 56 Arg cgt ACG 4 2 10 1 8 3 11 7 9 6 16 4 13 6 22 5 32 4 18 4 6 5 6 3 21 4 6 2 9 5 7 5 7 3 10 6 10 1 10 5 9 1 12 1 10 4 6 3 9 4 49 12 6 5 8 4 7 4 31 23 13 2 5 3 7 2 14 10 4 2 4 1 6 3 5 5 7 5 2 2 6 5 6 4 6 3 6 3 12 7 3 2 7 3 12 8 2 2 7 3 6 4 16 4 7 3 24 7 7 3 0 0 7 4 85 30 12 8 8 3 7 3 7 2 6 3 9 5 15 4 6 2 4 4 29 9 7 2 6 3 6 4 8 5 14 4 16 3 6 3 7 5 11 10 33 13 35 10
14 11 Ser agt ACT 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 11 0 0 0 0 2 2 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 3 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 26 9 0 0 0 0 3 2 5 5 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
336 176 Ser tct AGA 5 1 6 2 10 4 37 11 10 7 11 3 13 5 17 3 20 4 15 4 10 5 6 1 19 5 9 4 26 14 24 22 8 2 13 5 8 3 10 3 8 3 9 3 12 4 7 2 8 3 52 14 2 1 9 5 11 5 30 18 15 5 7 5 9 4 29 20 3 3 1 1 9 4 12 6 8 2 5 3 6 2 7 6 10 5 8 3 12 5 4 4 10 7 0 0 2 1 10 3 6 4 10 4 7 2 12 5 10 4 1 1 9 3 22 8 14 6 13 3 11 8 12 6 11 9 8 4 11 3 9 3 10 3 0 0 10 4 15 9 3 1 14 10 14 9 11 6 7 4 12 9 13 9 40 17 13 5
92 26 Ala gct AGC 12 6 17 4 17 14 16 3 20 18 19 3 31 19 29 7 35 2 22 6 14 11 22 17 31 8 15 13 75 56 11 10 28 24 23 16 12 2 23 16 9 1 18 4 27 16 14 10 18 14 53 22 16 7 24 11 23 20 55 31 24 3 46 45 26 16 54 40 5 2 2 1 22 18 15 6 13 9 7 3 8 5 11 8 23 19 15 13 25 10 9 2 19 17 83 51 18 11 21 14 13 8 18 7 15 11 20 4 20 16 1 1 19 16 106 44 20 2 19 9 22 19 31 26 36 31 10 8 27 13 15 12 18 8 32 11 23 18 256 252 18 10 20 16 20 13 12 5 12 10 19 14 11 2 67 17 66 32
315 138 Pro cct AGG 3 1 7 5 9 2 16 5 7 2 15 4 13 2 6 4 25 12 6 4 8 1 7 1 9 2 7 1 12 11 12 8 8 2 10 2 7 1 7 1 6 1 6 1 10 1 10 2 8 2 63 5 4 1 7 1 10 5 55 30 21 5 13 9 9 2 16 7 12 10 2 1 8 2 11 1 7 3 7 2 6 1 7 1 8 3 9 1 7 1 3 3 9 4 19 6 4 1 9 1 7 1 14 4 8 1 14 4 9 4 1 1 7 2 54 18 14 2 13 2 11 3 11 7 33 23 8 1 14 5 9 4 10 2 19 5 9 1 12 5 6 3 11 4 13 9 10 3 7 2 7 3 15 6 60 18 15 4
359 182 Thr act AGT 4 3 8 1 10 6 10 3 13 9 9 7 14 10 22 2 31 5 17 3 8 6 8 7 24 7 10 9 24 17 17 16 10 10 10 7 9 3 11 10 8 1 8 1 9 7 9 7 9 6 99 50 5 3 4 4 9 7 30 20 9 6 15 15 9 6 14 13 11 8 3 1 10 7 12 6 8 5 4 4 5 3 3 3 11 9 10 8 10 2 5 4 12 9 23 16 5 5 8 6 9 8 18 12 7 6 11 3 11 7 0 0 10 6 62 33 7 5 10 2 12 8 10 8 9 7 8 6 12 9 9 7 9 5 27 13 13 7 34 32 8 6 16 15 26 17 18 11 9 7 9 7 10 6 151 75 20 13
5 4 Tyr tat ATA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 11 11 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 3 3 0 0 2 2 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 5 5 0 0 0 0 1 1 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 4 4 1 1 0 0 1 1 4 4 0 0 0 0
11 7 Asp gat ATC 0 0 0 0 1 1 0 0 20 19 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 1 1 6 6 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 2 2 0 0 1 1 2 2 0 0 1 1 1 1 1 1 2 1 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 10 9 6 6 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 10 10 3 3 0 0 1 1
0 0 His cat ATG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 4 4 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 5 5 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1
24 15 Asn aat ATT 0 0 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 5 5 1 1 1 1 0 0 2 2 2 2 2 2 0 0 0 0 4 4 3 3 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 48 44 0 0 3 3 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 2 1 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 3 3 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0
241 118 Leu ttg CAA 2 1 4 4 9 7 12 6 8 8 16 7 14 14 11 10 14 12 7 7 5 5 4 4 7 7 7 7 31 30 7 6 6 6 6 6 4 4 8 7 4 4 4 4 6 6 6 6 8 8 7 6 2 2 3 3 9 9 15 15 18 8 5 5 7 7 17 14 4 4 1 1 9 8 4 3 8 8 2 2 3 3 3 3 4 4 6 6 14 9 3 3 6 6 10 10 7 7 3 3 5 5 7 7 4 4 19 5 9 9 1 1 7 6 42 24 3 3 6 3 7 7 7 7 0 0 4 4 9 5 7 7 3 3 18 12 6 5 10 10 4 4 10 10 12 12 10 10 4 4 7 7 14 10 22 16 20 8
227 96 Val gtg CAC 3 1 29 8 9 2 8 2 32 24 11 3 39 27 6 3 15 8 6 2 8 3 9 6 13 5 11 7 1540 1503 6 6 6 3 15 11 7 2 81 76 6 2 11 3 15 6 4 2 9 3 18 11 3 2 7 5 11 6 28 19 13 2 6 3 13 6 35 26 4 3 2 1 12 8 9 3 7 4 3 3 5 1 5 2 12 8 7 4 7 5 4 2 13 9 10 5 9 7 14 4 5 2 9 2 7 2 11 4 12 6 1 1 12 6 71 25 11 5 11 9 18 11 14 10 7 5 7 4 11 3 8 6 10 4 0 0 12 5 39 36 1 1 16 13 16 9 29 13 6 4 22 19 11 5 53 28 16 3
300 139 Leu ctg CAG 4 2 10 2 7 5 3 1 7 4 8 1 6 3 7 5 8 5 5 2 7 3 10 5 12 7 12 9 25 20 6 4 6 2 4 2 8 1 10 4 9 1 8 1 3 2 6 4 5 3 9 3 7 5 7 5 5 4 47 34 7 1 5 4 9 2 10 6 8 8 2 1 6 4 11 6 6 5 4 3 5 2 7 3 10 4 5 3 4 2 6 6 9 6 18 13 2 2 16 6 9 4 16 8 11 3 10 2 12 6 1 1 6 5 75 38 7 2 5 2 11 8 9 7 5 3 13 10 11 4 5 3 9 4 5 3 5 2 4 2 7 4 5 4 37 19 21 7 7 4 6 5 7 3 32 15 13 3
522 174 Met atg CAT 12 8 18 5 24 13 32 16 21 13 56 31 35 19 23 5 29 5 19 3 23 17 16 9 30 5 20 13 94 74 16 11 15 10 26 15 12 4 30 20 12 4 15 4 25 13 16 6 24 15 286 65 6 4 14 6 17 7 154 112 36 14 14 8 20 9 50 34 11 8 4 2 19 14 25 11 14 7 11 4 14 6 14 6 19 11 20 14 41 23 9 3 17 10 32 18 18 14 18 10 13 8 27 7 15 4 60 29 19 11 2 2 15 6 278 91 26 8 24 9 22 13 23 14 13 6 15 8 39 30 15 7 22 8 73 30 23 11 14 7 5 3 21 14 20 12 36 12 12 5 17 11 26 20 138 39 79 48
44 22 Trp tgg CCA 7 4 6 1 10 7 16 5 256 243 18 6 178 173 13 1 22 3 12 3 6 6 6 4 18 4 11 10 30 20 10 9 8 7 8 4 8 2 15 12 9 2 8 2 7 4 7 5 23 22 74 27 3 3 6 3 9 7 29 19 18 3 6 5 7 5 23 17 15 13 1 1 9 6 9 6 8 7 5 3 4 2 6 4 8 6 11 9 14 7 4 3 10 10 14 9 47 45 10 7 6 6 12 5 6 4 18 7 10 6 0 0 8 5 9 8 14 2 9 1 10 9 8 5 8 7 6 5 13 3 8 7 8 5 18 13 7 4 7 4 3 3 13 11 12 7 17 10 6 4 217 208 10 1 33 12 27 7
268 181 Gly ggg CCC 2 1 0 0 7 5 5 1 2148 2045 9 1 1295 1266 5 5 25 14 3 1 9 7 7 5 2 2 5 4 81 74 2 1 6 5 9 6 0 0 326 322 0 0 1 1 8 5 5 3 6 5 4 3 4 3 4 2 9 5 18 14 9 3 3 2 5 3 72 70 2 1 1 1 8 5 8 2 5 3 3 2 3 2 2 2 7 5 4 3 3 2 1 1 10 9 9 5 341 339 16 11 3 1 9 7 5 2 9 5 9 6 0 0 8 5 6 2 7 1 11 8 13 11 16 14 5 4 2 1 6 2 4 4 6 3 4 3 6 4 20 19 4 4 90 88 6 5 4 3 7 6 1766 1696 6 3 105 35 11 2
59 35 Arg cgg CCG 1 1 0 0 7 5 4 3 21 20 6 4 16 13 0 0 24 11 1 1 4 3 3 3 1 1 4 3 2 2 3 3 3 3 4 2 0 0 5 5 0 0 0 0 4 2 3 2 24 24 2 2 0 0 2 2 5 3 10 7 5 4 4 4 4 2 3 3 1 1 1 1 4 2 4 3 3 3 2 2 2 2 2 2 3 3 5 3 3 2 1 1 3 2 14 11 6 6 4 3 3 3 6 6 4 3 8 5 4 2 0 0 4 2 10 6 6 5 5 3 7 3 5 3 3 3 3 2 7 3 3 2 3 3 1 1 3 1 3 3 0 0 7 6 2 2 4 4 3 2 12 12 6 6 8 6 6 3
104 29 Arg agg CCT 3 3 2 2 45 44 8 4 67 67 10 6 116 114 2 1 11 7 4 3 29 28 6 5 3 1 5 4 12 7 10 10 5 4 7 7 3 1 47 46 3 2 4 2 7 6 7 6 53 52 26 5 2 2 3 3 6 5 28 21 13 3 5 4 5 5 16 14 8 8 1 1 7 6 5 4 4 4 3 2 5 5 3 3 5 4 21 21 6 4 4 3 5 4 9 7 33 32 6 5 5 5 18 6 6 5 11 5 5 4 0 0 5 4 50 25 11 4 10 5 9 7 5 4 8 6 6 4 10 3 5 4 4 3 19 12 4 4 6 5 2 2 13 13 11 5 10 5 4 4 54 53 8 4 27 9 11 6
80 44 Ser tcg CGA 2 2 8 1 4 4 7 4 4 4 5 1 7 7 8 4 9 6 6 3 8 7 3 3 15 5 4 4 48 48 10 9 4 3 4 4 4 1 6 6 3 1 5 1 4 4 3 3 5 5 29 6 1 1 2 1 5 5 14 13 6 2 3 3 4 4 4 3 3 3 1 1 4 4 3 3 2 2 1 1 2 2 3 3 3 3 4 4 2 1 2 2 5 5 8 7 3 3 5 4 3 3 6 5 4 3 9 6 3 3 1 1 3 3 35 17 5 4 7 2 6 5 4 4 3 3 4 4 10 6 3 3 3 3 6 5 4 4 6 6 1 1 4 3 3 2 5 5 3 3 4 4 3 1 23 10 6 3
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66 42 Thr acg CGT 1 1 6 3 10 10 6 4 4 4 6 4 7 7 9 4 10 4 7 5 5 5 4 4 11 3 4 4 137 133 5 5 3 3 5 5 3 1 7 7 4 2 5 1 3 3 4 4 9 9 23 9 1 1 2 2 6 5 30 23 4 2 4 4 5 5 10 10 2 2 2 1 4 4 3 3 3 3 0 0 3 3 2 2 4 4 5 5 1 1 0 0 5 5 10 8 3 3 5 5 3 3 8 7 7 7 5 2 7 7 1 1 6 6 23 12 4 2 6 3 7 7 6 6 4 4 5 5 6 3 5 5 2 2 9 5 4 4 7 7 2 2 4 4 13 10 8 7 4 4 3 3 3 2 29 14 6 2
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953 463 Lys aag CTT 6 3 17 2 772 760 19 5 29 24 18 2 40 25 40 4 49 4 30 6 408 398 86 75 37 7 16 12 36 25 9 7 26 19 22 16 13 1 43 30 11 1 16 4 16 8 149 121 887 879 97 23 7 6 6 2 19 14 43 23 22 2 15 11 15 10 36 22 13 9 4 2 16 9 19 9 11 3 3 2 11 7 6 2 26 19 271 266 16 3 13 10 20 14 25 15 16 11 29 20 9 5 43 21 11 7 20 5 17 11 0 0 12 6 23 10 17 2 16 5 27 19 26 18 19 9 13 7 22 7 10 7 32 23 42 12 16 9 12 5 6 5 16 9 21 11 20 7 7 7 19 16 16 11 97 23 127 91
197 87 Phe ttc GAA 5 1 9 1 11 3 21 5 13 9 18 5 30 18 22 6 24 6 15 5 10 6 8 4 24 5 8 4 35 25 22 20 8 3 13 6 8 1 12 7 8 3 9 1 12 4 8 3 12 8 35 12 6 2 10 5 13 8 36 24 22 5 6 2 10 5 32 19 7 6 2 1 10 5 12 4 10 7 6 4 5 2 8 2 7 3 11 5 26 6 6 4 17 13 24 18 6 4 14 8 6 2 23 14 10 6 20 7 14 5 1 1 12 3 57 23 18 3 14 3 18 13 16 11 8 4 10 5 21 5 10 5 13 7 0 0 21 10 10 4 10 4 11 8 19 10 23 13 6 5 12 8 23 12 58 18 25 8
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252 139 Arg aga TCT 3 3 2 2 17 17 10 9 55 55 9 7 44 44 10 3 13 3 8 3 9 9 5 5 12 3 6 6 14 14 26 25 5 5 6 6 3 3 9 9 4 4 3 3 5 5 5 5 54 54 68 25 3 3 4 4 5 5 21 19 18 8 6 6 6 6 90 90 9 9 1 1 6 6 6 6 7 6 3 3 5 4 5 5 6 6 16 15 8 6 4 4 7 7 6 6 22 22 6 6 4 4 27 26 5 5 12 6 6 6 1 1 6 6 18 10 11 6 7 3 8 6 6 6 6 6 6 6 8 6 6 6 5 5 18 9 7 6 5 5 4 4 123 122 10 10 13 12 6 6 48 48 6 3 105 53 9 6
209 117 Ser tca TGA 1 1 2 1 6 6 12 6 5 5 10 5 7 7 8 5 14 7 9 7 5 5 3 3 7 3 5 4 54 51 15 15 3 2 5 3 2 2 6 5 2 2 2 2 4 4 3 3 14 13 62 19 3 3 4 3 5 5 18 15 11 5 3 3 4 4 7 7 6 6 1 1 20 16 6 5 4 2 3 3 2 2 2 2 3 2 4 4 8 4 5 4 6 6 6 6 4 4 4 4 3 2 10 9 3 3 17 7 9 9 1 1 5 5 20 10 9 5 5 3 8 8 9 9 4 4 3 3 13 6 6 5 5 5 15 9 5 5 7 7 4 4 6 6 9 9 8 8 5 5 6 6 8 3 41 19 11 5
368 103 Ala gca TGC 6 6 3 2 9 7 10 3 42 42 13 6 35 31 14 1 11 4 9 2 11 8 15 14 11 5 6 5 5898 3009 15 12 9 7 13 12 2 2 66 64 0 0 2 1 11 9 10 10 10 9 53 17 5 5 7 4 7 6 24 20 17 5 5 4 8 7 53 47 20 19 1 1 11 11 9 6 6 6 6 4 1 1 5 5 11 8 8 7 16 8 5 5 11 11 17 11 12 12 9 9 7 5 11 6 7 6 10 1 10 10 1 1 9 9 31 10 21 8 9 2 9 7 10 9 9 6 8 7 13 5 8 7 7 4 17 7 14 12 39 39 7 5 40 37 11 9 8 5 4 4 36 36 37 21 47 18 15 7
205 97 Pro cca TGG 3 1 8 2 11 8 47 6 5 3 18 10 9 3 41 11 54 6 31 8 8 7 6 2 43 10 6 3 51 44 4 3 4 2 7 3 5 1 7 2 5 2 8 1 7 3 5 2 68 64 29 7 5 4 4 3 7 4 21 15 27 7 5 4 7 3 14 12 10 7 1 1 10 7 8 3 4 1 2 2 3 3 4 3 8 5 7 6 11 3 4 3 5 3 12 9 6 4 5 3 4 3 11 5 4 3 14 9 6 4 1 1 6 4 43 14 23 10 8 2 9 6 10 6 6 2 6 4 11 5 5 3 6 1 21 6 4 2 7 5 1 1 8 5 14 10 9 5 32 32 5 3 16 8 53 17 31 18
290 139 Thr aca TGT 3 2 2 1 9 8 9 5 8 7 10 8 10 8 10 4 15 3 11 2 4 3 4 3 12 5 7 7 206 157 18 17 4 3 8 6 6 2 8 7 5 2 6 2 7 5 6 6 13 12 35 16 4 4 4 3 6 5 30 24 10 5 4 4 6 6 22 17 9 8 1 1 6 6 7 2 6 3 2 2 5 3 3 3 4 3 7 6 10 7 2 2 6 6 18 16 5 4 7 6 6 5 25 22 6 5 16 7 8 8 1 1 7 7 19 9 11 6 5 4 4 4 6 5 5 4 5 5 12 8 7 6 7 3 21 10 8 5 6 4 4 3 18 17 12 9 7 6 4 4 6 5 8 6 91 43 14 6
6 5 Stp taa TTA 0 0 1 1 1 1 1 1 24 24 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 36 0 0 0 0 0 0 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 2 2 32 30 1 1 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 1 1 2 1 1 1 0 0 1 1 2 2 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 3 3 20 20 1 1 2 2 0 0
225 97 Glu gaa TTC 7 2 11 3 11 7 16 9 2368 2321 15 7 435 424 19 4 36 9 17 3 15 11 7 5 20 4 21 18 66 59 17 17 6 4 11 7 6 1 20 15 5 3 7 2 11 6 8 5 15 11 46 24 4 4 9 7 16 13 51 39 16 4 6 4 8 5 114 107 11 9 1 1 12 10 14 4 12 6 5 4 5 4 9 6 8 3 7 6 22 9 3 3 14 12 16 13 139 136 18 9 5 4 14 8 7 4 16 6 13 6 1 1 13 7 12 9 14 1 7 2 24 15 18 12 10 5 10 9 13 5 21 17 15 5 26 8 235 205 5 3 2 2 114 112 16 13 13 9 9 7 1901 1872 15 10 84 24 22 10
105 46 Gln caa TTG 3 3 4 2 43 42 10 4 10 8 15 8 20 18 24 5 40 11 20 5 43 42 5 4 14 3 7 7 7 6 16 15 4 2 5 3 4 2 5 3 4 2 4 1 6 4 4 3 782 777 60 13 2 2 2 2 11 10 11 8 13 3 3 3 6 4 14 11 10 9 1 1 16 15 7 7 4 3 1 1 3 3 4 3 7 6 37 35 20 10 2 1 10 8 11 8 7 7 5 3 5 4 6 5 5 3 21 12 14 12 1 1 6 4 44 21 11 1 10 7 13 13 20 17 6 5 5 3 11 8 8 8 45 29 17 7 9 6 4 2 2 2 8 6 9 5 10 7 64 51 16 12 10 7 28 8 22 14
525 250 Lys aaa TTT 5 3 8 5 55 50 16 6 86 82 12 9 78 68 16 5 29 9 14 1 34 28 15 10 30 7 16 11 43 38 36 32 11 7 15 11 6 2 18 14 4 2 6 3 15 8 11 5 50 45 61 31 4 2 6 4 14 11 63 46 20 5 8 5 12 8 60 46 20 13 1 1 19 13 13 4 10 7 4 2 3 2 5 2 14 6 31 25 20 13 3 2 23 15 32 25 22 17 12 8 11 7 16 7 9 6 12 8 19 13 0 0 12 6 24 7 18 5 8 4 23 15 20 14 1 1 8 3 11 8 18 14 14 6 57 20 38 23 10 5 4 1 31 26 15 11 20 13 10 6 74 70 11 6 72 21 82 68
dre E79 acs aga aml ath bacu bdi bta cbr cbre cel cfa cge cjap cjc cmk cpic cpo csi dme dno dsi dya ecb eeu fca gac gfr gga ggo gmo gmx hgl hsa-18 lav lcm lma mcc mdo meu mgp mlu mmr mmu mpu mtr mun nle oaa oas ocu oga oni opr osa pan pfa pha pma pop ppp ppy ptr rno san sbi sbq shr spu ssc str tgu tma tng tru tsy ttr vvi xtr zma
12273 5704 total 211 119 422 138 1474 1302 699 268 7113 6771 648 267 4057 3737 743 213 1095 278 596 180 912 773 498 325 827 220 492 346 13732 10330 557 483 384 244 519 358 293 98 1119 929 258 97 332 104 494 300 485 322 3778 3620 2489 795 203 140 283 169 508 379 1497 1045 738 237 367 282 433 269 2004 1751 377 318 83 49 530 398 481 222 353 209 155 105 252 142 258 153 470 285 756 632 684 365 201 149 508 383 859 583 1179 1100 506 281 327 203 674 401 338 188 750 312 531 357 35 35 412 256 2488 1087 647 260 430 181 613 438 613 452 407 247 375 229 628 294 396 279 448 218 1066 427 808 572 804 658 279 201 2019 1908 614 409 616 345 458 323 5873 5642 583 347 2642 1054 1202 601

C42 effectifs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: C42.
  • Légende:
    − 6*6*, pour mgr aac, les décomptes à partir du fichier fasta donne 140 au total (tot) et 13 séquences différentes (diff). Le nombre total de tRNAs représenté dans le tableau récapitulatif de la base gtRNAdb [7] donne seulement 6 pour aac au lieu de 140. Ceci est du aux nombreux pseudo-gènes de ce génome. En comparaison avec les décomptes des autres tRNAs de ce génome, la plupart ont tot=diff. Aussi j'ai décidé d'attribuer au codon acc tot=diff=6.
42 champignons: Effectifs des tRNAs
C42 ani aor bfu cal cgr cjd cneg cot dha ecu ede fgr fgr5 fve fvr kaf kpa kla kna lkl lth mfa mgr mth ncr ncs opa pch pic sas sce spo sre tbl tdl tpf ttt uma vda vma yli zro
aa gène tRNA tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff
Phe ttt AAA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Val gtt AAC 8 2 10 2 8 8 6 3 10 1 9 2 7 6 4 2 10 2 1 1 2 2 19 8 16 6 7 2 13 2 13 2 5 2 7 1 7 1 14 1 11 2 12 2 6 6 7 3 19 1 13 3 3 1 9 5 7 3 7 2 14 2 9 2 4 4 18 3 12 2 10 1 6 3 4 3 11 9 7 7 24 3 12 2
Leu ctt AAG 6 6 0 0 6 5 2 2 0 0 4 1 6 4 1 1 2 2 1 1 1 1 13 2 6 1 6 4 12 5 2 2 2 2 0 0 1 1 0 0 4 2 7 6 7 7 17 15 2 2 1 1 6 1 3 1 0 0 0 0 5 2 4 4 0 0 0 0 0 0 5 4 4 3 8 2 5 2 21 12 0 0
Ile att AAT 7 5 10 5 8 8 6 6 9 1 6 1 6 5 4 1 9 1 1 1 2 2 13 5 11 5 11 2 11 7 13 1 5 1 7 1 7 1 12 2 10 1 12 2 8 8 8 8 17 17 12 1 4 1 10 3 7 1 9 1 13 1 8 2 4 4 17 4 8 1 10 1 6 6 4 2 9 1 7 7 26 12 11 2
Cys tgt ACA 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly ggt ACC 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0
Arg cgt ACG 9 3 12 2 6 5 2 2 4 1 6 3 3 3 2 2 5 2 1 1 2 2 10 2 10 2 13 11 10 2 4 2 2 2 3 1 3 2 5 1 4 2 4 3 6 6 7 7 21 2 5 2 2 2 10 1 3 1 4 1 6 2 8 1 4 4 4 1 4 1 3 1 6 6 4 4 9 5 6 6 1 1 5 2
Ser agt ACT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser tct AGA 5 1 7 3 7 1 4 1 9 1 7 1 6 5 2 2 6 1 1 1 1 1 11 6 11 6 7 4 10 4 11 3 4 1 6 1 7 1 11 7 9 1 10 3 4 4 5 4 14 2 12 2 2 1 7 4 6 1 7 1 11 2 7 1 2 2 16 3 7 1 8 1 3 1 3 3 6 3 5 3 21 4 12 1
Ala gct AGC 8 1 10 2 8 1 6 1 10 1 6 1 8 8 3 1 7 1 1 1 2 2 14 9 13 9 13 3 14 13 12 1 5 1 7 1 7 3 13 2 10 1 12 2 9 9 7 7 19 13 12 2 3 1 8 1 7 1 7 1 11 1 6 1 3 3 19 3 8 1 9 2 7 7 5 4 11 9 7 7 30 2 12 1
Pro cct AGG 6 5 9 6 4 4 1 1 1 1 0 0 6 6 1 1 1 1 1 1 0 0 10 6 10 6 4 4 10 9 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 5 4 6 6 12 4 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 2 1 6 1 3 3 1 1 1 1 1 1 4 4 4 4 8 4 1 1 21 6 3 2
Thr act AGT 6 2 10 2 6 4 4 2 9 1 6 1 5 5 4 1 8 2 1 1 2 2 11 4 11 4 7 7 11 7 11 3 5 2 6 1 7 1 12 3 9 2 10 1 6 5 6 5 12 3 11 1 3 1 12 6 7 1 7 2 11 1 7 2 4 4 15 4 9 2 9 3 4 4 4 1 8 2 4 4 22 1 10 1
Tyr tat ATA 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
Asp gat ATC 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
His cat ATG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asn aat ATT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu ttg CAA 2 2 0 0 5 5 6 5 8 5 7 1 3 3 1 1 4 1 1 1 1 1 3 3 3 3 4 4 4 4 2 2 3 3 7 3 5 3 11 7 8 7 14 2 2 2 2 2 5 5 9 9 3 1 0 0 8 1 7 3 10 5 4 1 0 0 9 6 8 5 2 1 1 1 0 0 2 2 3 3 3 3 10 10
Val gtg CAC 2 2 3 3 2 2 1 1 1 1 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 2 3 3 1 1 1 1 2 2 2 2 3 1 3 1 4 2 2 2 3 3 4 4 2 1 1 1 3 1 1 1 4 3 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 3 1 1 2 2 2 2 8 5 4 1
Leu ctg CAG 3 3 4 4 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 3 5 3 2 1 5 4 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 3 3 2 1 4 4 4 4 6 6 0 0 1 1 3 3 1 1 1 1 0 0 1 1 2 2 0 0 0 0 0 0 4 4 2 2 4 4 4 4 13 7 0 0
Met atg CAT 7 5 8 8 8 5 4 2 7 2 7 4 7 6 4 4 10 9 2 2 2 2 6 6 5 5 15 7 8 6 9 4 4 3 6 3 4 2 10 2 8 4 10 5 8 6 8 7 17 8 9 2 4 2 11 10 6 5 10 6 10 2 7 4 4 4 11 6 7 2 8 4 5 5 4 4 9 5 8 5 18 7 9 2
Trp tgg CCA 3 1 4 1 6 2 2 2 5 5 4 1 3 3 1 1 4 1 1 1 0 0 4 4 4 4 4 4 5 5 6 2 3 2 4 3 4 4 5 4 5 3 6 1 4 1 4 3 7 2 7 7 2 2 0 0 4 1 5 2 6 1 3 1 2 2 7 6 4 1 4 3 4 3 2 2 3 3 3 3 13 8 6 4
Gly ggg CCC 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 0 0 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 8 7 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 1 3 3 2 2 6 6 2 1 0 0 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 3 3 2 2 0 0 2 2
Arg cgg CCG 2 2 3 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 3 2 2 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 3 2 0 0 2 2 2 2 0 0 1 1
Arg agg CCT 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 6 4 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 3 2 2 5 4 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 3 3 1 1 2 1
Ser tcg CGA 2 2 3 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 1 3 3 3 2 4 3 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 3 3 3 3 4 3 3 3 4 3 2 2
Ala gcg CGC 3 1 4 3 2 2 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 3 3 5 2 3 2 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 2 1 2 2 3 3 5 5 0 0 0 0 2 2 0 0 2 2 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 1 1 4 2 2 2 2 1 0 0
Pro ccg CGG 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 1 1 2 2 1 1 2 2 0 0
Thr acg CGT 2 2 2 2 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 2 3 2 4 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 3 3 3 3 2 2 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 3 3 2 2 2 2 2 2
Stp tag CTA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu gag CTC 8 3 11 3 9 9 1 1 3 1 9 1 10 10 1 1 1 1 1 1 2 2 19 7 13 5 12 11 16 12 2 1 4 1 2 1 3 1 3 2 11 3 8 2 9 9 8 8 24 12 1 1 3 2 10 1 2 1 8 1 2 1 6 1 4 4 1 1 4 2 1 1 7 6 5 5 12 2 9 9 27 16 4 1
Gln cag CTG 5 4 7 4 2 2 1 1 2 1 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7 1 7 1 6 6 8 2 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 5 1 4 1 6 6 5 5 11 10 1 1 1 1 5 1 2 2 4 3 1 1 2 1 2 2 1 1 2 1 1 1 4 4 3 3 6 3 4 4 15 15 3 2
Lys aag CTT 8 1 11 3 10 9 2 2 12 1 8 1 7 2 3 3 10 4 1 1 0 0 16 4 12 4 11 9 15 5 12 1 5 2 9 2 7 1 14 1 15 2 10 2 9 7 9 9 24 4 14 1 3 1 9 1 9 3 9 1 14 1 9 3 5 5 15 2 10 3 9 2 6 6 5 5 12 1 9 7 34 24 14 1
Phe ttc GAA 5 3 7 6 7 5 5 4 6 1 8 4 5 5 2 2 9 4 1 1 1 1 11 8 9 7 15 15 10 9 9 7 5 1 5 1 6 5 8 4 7 7 10 1 7 5 5 4 12 4 10 7 3 1 5 2 6 2 7 4 10 5 5 2 4 4 12 7 6 4 9 3 5 5 3 2 7 5 4 3 17 11 8 4
Val gtc GAC 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu ctc GAG 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 6 2 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
Ile atc GAT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
Cys tgc GCA 3 2 4 4 5 5 2 2 3 1 3 2 3 3 0 0 4 1 1 1 1 1 5 3 5 3 4 4 5 4 5 1 2 1 3 1 4 3 5 2 4 2 4 2 3 3 3 2 7 2 4 1 1 1 3 3 3 1 3 2 4 1 3 2 2 2 0 0 3 1 4 1 3 2 2 2 5 4 3 2 8 1 4 1
Gly ggc GCC 11 1 15 1 8 8 5 1 12 1 11 1 9 5 2 1 11 1 1 1 2 2 14 12 15 13 11 11 14 3 17 1 5 2 7 1 9 2 15 1 15 2 16 1 14 14 11 2 26 2 13 1 4 1 11 1 10 1 11 1 16 1 8 1 6 5 23 1 11 1 13 1 10 3 6 6 13 1 9 9 30 1 17 2
Arg cgc GCG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser agc GCT 4 4 6 5 5 5 2 2 3 2 3 1 2 2 1 1 3 2 1 1 1 1 8 7 8 7 4 1 7 6 4 2 2 2 2 2 3 1 4 4 3 3 6 3 3 3 5 5 6 6 4 3 2 1 4 3 2 2 4 3 4 2 3 1 0 0 6 6 3 1 3 3 3 3 2 1 5 3 3 3 6 6 5 5
Ser tcc GGA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
Ala gcc GGC 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pro ccc GGG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Thr acc GGT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Tyr tac GTA 6 5 13 11 6 5 4 4 6 1 6 4 4 4 3 2 6 3 1 1 1 1 8 4 6 3 6 6 8 7 9 3 4 4 5 1 5 4 7 7 6 5 10 2 5 5 6 4 10 6 9 2 2 2 5 3 5 4 5 3 8 2 4 3 2 2 9 7 7 4 6 2 4 4 3 1 6 6 5 3 14 10 7 1
Asp gac GTC 8 6 13 8 9 6 6 1 9 1 8 3 2 2 5 1 10 2 1 1 2 2 14 1 10 1 7 7 14 1 13 1 6 1 8 1 8 2 13 1 10 1 14 1 10 5 10 10 18 8 14 1 3 1 9 2 8 1 11 2 16 2 8 1 3 3 19 3 9 1 12 2 6 6 5 3 10 6 6 5 28 25 14 4
His cac GTG 5 2 8 7 4 4 3 3 6 2 6 2 4 4 1 1 6 2 1 1 2 2 7 5 7 5 7 7 6 5 6 1 3 1 4 1 4 1 6 1 5 3 8 1 4 1 4 4 9 6 8 1 2 1 11 5 4 1 6 3 7 1 4 1 2 2 7 1 4 1 5 1 3 3 1 1 6 1 6 6 12 5 6 2
Asn aac GTT 6 6 8 4 6 5 3 3 9 3 7 2 4 4 3 1 9 2 2 2 1 1 9 6 9 5 12 8 8 5 10 1 4 1 6 1 6 1 9 1 7 1 12 4 6* 6* 6 2 12 3 10 2 2 1 6 2 7 2 8 2 10 1 6 2 4 4 11 1 7 2 9 2 3 3 4 3 6 6 5 5 16 9 9 2
Leu tta TAA 1 1 3 3 2 2 5 2 3 1 1 1 1 1 3 1 10 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 14 3 1 1 3 2 3 1 3 1 2 1 4 2 1 1 1 1 1 1 7 2 1 1 2 2 3 1 3 2 7 1 2 2 0 0 12 2 3 1 9 1 7 7 0 0 1 1 0 0 1 1 4 1
Val gta TAC 1 1 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 0 0 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 2 2 2 2 0 0 1 1 2 2 3 2 2 1 2 1 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2
Leu cta TAG 2 2 1 1 1 1 0 0 4 1 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 3 2 3 3 3 3 0 0 1 1 1 1 2 2 3 3 1 1 0 0 0 0 4 3 3 2 1 1 1 1 2 2 4 4 2 2 1 1 2 2 1 1 3 3 2 2 5 5
Ile ata TAT 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 3 3 3 3 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 4 3 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1
SeC tga TCA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0
Gly gga TCC 3 3 4 2 7 4 2 1 2 1 4 2 3 2 1 1 5 3 1 1 1 1 6 6 5 5 9 5 5 2 4 3 3 3 2 2 1 1 2 1 3 1 6 2 3 3 4 3 4 2 3 1 2 2 5 4 3 2 2 1 3 1 3 3 2 2 3 2 2 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 1 11 10 5 1
Arg cga TCG 2 2 2 1 4 3 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 0 0 1 1 2 2 9 7 9 7 8 4 7 6 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 2 2 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 3 3 2 2 2 1 25 11 0 0
Arg aga TCT 2 1 2 2 5 5 5 1 9 1 7 2 1 1 2 1 10 3 1 1 0 0 3 3 3 3 2 2 2 2 11 2 4 2 7 2 6 2 12 2 9 3 10 1 1 1 1 1 5 4 10 1 3 1 0 0 7 2 7 2 11 1 2 2 1 1 13 3 7 2 8 2 1 1 1 1 3 3 1 1 4 1 8 1
Ser tca TGA 1 1 1 1 4 3 3 2 2 1 3 3 1 1 2 2 4 3 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 4 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 1 4 1 2 2 3 3 3 3 4 2 1 1 1 1 2 1 3 3 3 1 2 2 1 1 4 1 2 1 2 1 1 1 1 1 3 3 1 1 2 2 3 3
Ala gca TGC 2 2 3 2 5 5 2 2 5 1 3 2 1 1 2 1 5 2 1 1 1 1 4 4 3 3 9 6 3 2 5 2 2 1 3 1 1 1 4 1 3 3 8 2 3 3 2 2 3 3 5 2 2 1 2 2 3 1 6 5 5 1 2 1 1 1 5 2 4 1 3 1 2 2 1 1 2 2 2 2 4 1 9 3
Pro cca TGG 2 2 3 3 8 8 4 4 7 2 7 1 1 1 3 3 7 5 1 1 1 1 3 3 3 3 4 3 3 3 10 9 4 1 7 6 6 4 10 5 8 7 8 6 2 2 2 2 4 3 10 8 3 2 0 0 6 4 8 5 10 7 2 2 1 1 13 13 6 2 7 7 2 2 1 1 3 3 2 2 3 1 10 1
Thr aca TGT 2 2 2 2 3 3 2 1 3 1 3 2 1 1 2 1 3 3 1 1 1 1 4 3 4 3 3 3 4 3 3 1 1 1 2 1 2 2 2 1 2 2 4 1 2 2 2 2 3 3 3 2 1 1 3 3 2 1 3 3 4 2 2 2 1 1 3 2 2 1 2 2 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 2 1
Stp taa TTA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu gaa TTC 3 3 6 5 6 6 6 5 9 1 5 2 3 3 2 2 9 2 1 1 1 1 5 4 4 3 6 5 5 5 15 1 5 2 8 1 6 2 13 1 6 2 8 2 3 2 2 2 5 2 13 2 2 1 3 3 8 1 4 2 14 2 4 1 2 2 16 5 8 1 11 3 2 2 2 2 2 2 3 3 6 3 10 2
Gln caa TTG 2 2 4 3 6 4 5 5 6 1 6 1 2 2 3 3 7 2 1 1 1 1 5 5 5 5 4 4 4 4 9 2 3 1 6 3 4 1 10 2 5 3 8 2 2 2 2 2 3 3 9 1 2 1 3 3 5 2 4 1 9 3 4 2 3 3 10 3 6 2 7 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 10 1
Lys aaa TTT 2 2 3 3 3 3 5 2 3 1 5 3 1 1 4 1 8 3 1 1 1 1 3 3 2 2 6 6 2 2 8 7 3 3 4 2 4 3 5 4 4 2 6 4 2 1 3 2 2 2 8 6 2 2 1 1 3 3 4 3 7 2 3 2 1 1 9 3 5 3 6 2 2 2 1 1 2 2 0 0 4 4 7 2
total 181 112 246 143 214 175 125 85 207 57 193 71 148 126 81 55 219 89 46 46 55 55 308 182 273 170 286 214 287 183 267 86 123 67 162 62 159 74 258 87 230 98 288 80 190 168 193 165 401 207 270 95 80 47 197 97 170 66 212 96 275 70 168 68 96 95 328 118 193 66 206 71 156 139 109 94 229 137 165 147 510 247 272 87

B42 effectifs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: B42.
42 bactéries: Effectifs des tRNAs
B42 cbl spl pdi ppoy sbn eal eco sbz eno kpn bcef bcoh blr dzc eclx gmc ksa mme mvs pge pha pse sfr vag vau vha vvm yrb bae saci sep hmr bbd lpl sty sma sho ksk ype pdix hmo vpf
aa tRNA gène tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff
Phe AAA ttt 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
Val AAC gtt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu AAG ctt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ile AAT att 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cys ACA tgt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly ACC ggt 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Arg ACG cgt 1 1 7 2 3 3 4 1 6 1 3 1 4 1 4 1 4 1 4 1 3 2 3 1 5 2 3 1 4 2 4 3 4 1 3 1 5 2 4 1 4 1 3 2 4 2 6 1 5 3 7 1 6 2 3 1 2 1 1 1 2 2 0 0 1 1 2 1 4 2 1 1 1 1 2 1 2 2 1 1 3 1 7 1
Ser ACT agt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser AGA tct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ala AGC gct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pro AGG cct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Thr AGT act 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Tyr ATA tat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asp ATC gat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
His ATG cat 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asn ATT aat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu CAA ttg 1 1 1 1 1 1 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2
Val CAC gtg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 4 4 2 1 2 1 0 0 0 0 1 1 0 0
Leu CAG ctg 0 0 0 0 2 1 3 2 2 2 4 2 4 3 4 2 4 3 4 2 0 0 1 1 1 1 8 2 4 3 1 1 4 4 0 0 0 0 4 1 0 0 3 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 1 1 4 2 1 1 1 1 1 1 2 2 0 0 4 3 0 0
Met CAT atg 7 5 13 5 4 3 7 6 10 6 9 5 8 5 6 3 6 3 7 3 8 6 6 3 8 5 6 4 8 4 6 4 6 3 11 8 11 3 7 3 7 3 4 3 9 5 7 3 8 4 10 5 10 4 7 3 6 3 6 2 4 3 3 3 3 3 5 4 6 3 6 3 8 5 5 3 6 3 10 5 8 4 11 4
Trp CCA tgg 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 1
Gly CCC ggg 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 0 0 1 1 0 0
Arg CCG cgg 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 2 2 1 1
Arg CCT agg 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1
Ser CGA tcg 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 1 1 2 2 4 4 2 2 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0
Ala CGC gcg 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0
Pro CGG ccg 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 2 2 0 0
Thr CGT acg 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0
Stp CTA tag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu CTC gag 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 3 1 3 2 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Gln CTG cag 1 1 0 0 2 1 0 0 0 0 2 1 2 1 2 1 2 2 2 1 0 0 0 0 0 0 2 1 2 2 0 0 2 2 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0
Lys CTT aag 2 2 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 3 1 3 1 4 1 1 1 0 0 0 0 0 0
Phe GAA ttc 3 1 4 1 2 2 3 1 3 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 3 2 3 3 3 2 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 4 1 2 2 3 2 2 1 2 1 4 2 3 2 4 2 4 2 2 1 3 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 1 3 2 4 2
Val GAC gtc 0 0 2 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 0 0 1 1 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 2 2 3 3 2 2 1 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 1 1 1 3 2 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 3 3 3 2 4 3 2 2 0 0 4 1 2 2
Leu GAG ctc 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 2 1 2 2 2 1 1 1 0 0 2 1 2 1
Ile GAT atc 2 2 3 1 7 1 3 2 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 4 1 3 2 4 2 3 1 3 1 4 3 3 1 3 1 11 1 3 1 2 1 8 1 4 2 7 1 3 1 5 1 8 1 3 1 3 2 2 2 2 1 2 1 1 1 3 1 3 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 4 1 3 1
Cys GCA tgc 2 2 4 1 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 1 1 2 2 4 1 2 2 5 3 3 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 4 4 1 1 2 1 3 3 4 2
Gly GCC ggc 3 1 8 1 3 1 5 2 6 1 3 1 4 1 4 1 4 1 4 1 4 2 4 1 5 1 4 1 4 1 5 3 4 1 4 1 5 1 4 1 6 2 2 1 5 2 9 1 7 2 10 1 8 1 4 1 2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 2 1 3 1 3 2 3 1 4 2 2 1 2 1 7 5 11 1
Arg GCG cgc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser GCT agc 2 1 3 1 1 1 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1
Ser GGA tcc 1 1 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 2 1 2 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1
Ala GGC gcc 0 0 2 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 0 0 1 1 1 1 6 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 2 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 2 1 2 1 2 1 4 2 2 1 0 0 5 1 1 1
Pro GGG ccc 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 2 2 0 0 2 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 3 1 3 1 1 1 1 1 0 0 3 2 0 0
Thr GGT acc 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 0 0 3 2 2 2
Tyr GTA tac 2 1 6 1 3 1 4 1 4 1 3 2 3 2 3 2 3 2 3 1 3 1 2 2 4 1 2 1 3 3 2 1 3 2 2 1 5 1 3 2 3 1 2 1 4 1 3 1 5 1 5 1 4 1 3 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 3 1 4 2 7 2
Asp GTC gac 4 2 6 1 3 2 5 1 4 1 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 6 1 4 4 6 2 3 1 3 1 4 3 3 1 7 2 5 1 3 1 11 1 7 2 4 2 6 1 5 1 6 1 7 1 3 2 4 1 2 1 3 3 1 1 3 2 3 1 3 1 2 1 2 1 2 1 3 2 4 2 4 2 7 1
His GTG cac 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 3 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 1 2 2 2 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 1
Asn GTT aac 3 2 7 1 3 2 6 1 5 1 4 1 4 1 4 1 4 1 4 1 5 2 4 2 5 2 3 1 5 2 4 3 4 1 2 1 6 1 4 1 4 1 3 1 5 3 5 1 4 1 5 3 5 1 3 1 4 2 2 1 3 2 1 1 1 1 5 3 5 2 2 1 2 1 2 2 3 1 4 2 4 1 5 3
Leu TAA tta 2 1 4 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 5 2 1 1 3 1 1 1 3 2 3 2 2 1 3 1 2 2 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 2 1 1 3 2
Val TAC gta 5 1 11 1 3 1 6 2 4 1 4 3 5 1 4 1 4 2 5 1 5 1 4 3 5 1 8 1 4 2 4 2 4 1 6 1 7 1 4 1 7 2 5 2 6 2 2 1 2 1 4 1 1 1 3 1 3 1 1 1 3 2 1 1 2 1 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 3 1 6 4 2 1 4 1
Leu TAG cta 2 1 5 1 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 4 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 5 1 1 1 4 2 1 1 2 2 3 2 4 3 5 2 7 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 2 1 1 11 3
Ile TAT ata 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
SeC TCA tga 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0
Gly TCC gga 4 1 1 1 2 1 4 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 2 2 1 4 1 1 1 1 1 3 2 1 1 1 1 4 3 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 4 2 2 1 1 1 3 2 1 1 5 4 1 1 1 1 3 2 1 1 3 3 2 2 1 1 1 1 5 1 1 1 2 1
Arg TCG cga 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Arg TCT aga 3 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 4 2 1 1 1 1
Ser TGA tca 2 1 4 2 2 2 1 1 4 2 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 3 3 2 2 3 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 8 2 1 1 4 2 1 1 3 1 4 1 3 1 4 1 3 1 2 2 2 2 1 1 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 3 1 1 1 4 1
Ala TGC gca 3 1 3 1 7 2 5 3 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 5 2 4 2 4 2 3 1 3 1 5 2 3 1 3 1 11 1 3 1 3 1 8 1 3 1 8 1 4 2 7 2 9 3 3 1 3 2 2 2 3 1 2 1 1 1 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1 3 1 5 1 2 1 5 1
Pro TGG cca 3 1 3 1 1 1 4 2 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 2 2 2 4 2 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 4 1 1 1 3 1 1 1 4 1 3 1 3 1 3 1 3 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 1 1 1 3 1
Thr TGT aca 4 3 4 1 3 1 4 2 3 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 2 2 2 6 1 1 1 1 1 3 2 1 1 4 2 4 1 1 1 3 1 1 1 2 1 5 1 4 2 5 1 4 1 2 1 3 3 1 1 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 5 1 2 2 5 1
Stp TTA taa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu TTC gaa 3 2 13 1 2 2 6 1 7 1 4 2 4 1 4 1 4 1 4 1 7 2 4 2 6 1 4 1 4 1 5 1 4 1 3 1 0 0 4 2 7 2 5 4 6 1 3 1 4 1 5 1 1 1 4 1 6 2 2 1 3 3 1 1 2 1 2 1 4 1 1 1 1 1 1 1 3 1 5 1 6 2 6 1
Gln TTG caa 2 1 5 1 1 1 4 1 3 2 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 5 2 3 3 4 2 1 1 2 1 4 3 2 1 3 1 4 1 1 1 4 1 1 1 3 1 1 1 2 2 2 2 5 1 2 1 4 3 3 3 2 2 1 1 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 4 1 6 2
Lys TTT aaa 4 1 12 1 2 2 6 2 10 4 4 1 6 1 5 1 5 1 6 1 6 2 4 2 6 1 3 1 5 1 4 2 5 1 4 1 7 1 5 1 8 2 2 1 6 1 2 1 2 1 4 1 1 1 5 1 3 1 0 0 3 2 1 1 2 1 2 1 4 2 1 1 1 1 1 1 4 2 5 1 5 1 4 1
total 81 47 147 44 83 56 109 55 108 49 85 52 87 50 85 49 83 48 86 45 92 47 84 64 113 53 89 47 86 52 91 61 82 49 81 42 132 41 85 48 106 44 89 52 97 50 105 41 93 49 121 47 112 46 83 47 75 48 71 61 61 48 49 47 40 36 70 50 81 53 77 63 74 59 77 58 70 48 90 39 109 65 131 47

A10 effectifs[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien tableur: A10.
10archées: Effectifs des tRNAs
A10 fpl hbo mac mbw mhor mls mmet mpl mru nou
aa tRNA gène tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff
Phe AAA ttt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Val AAC gtt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu AAG ctt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ile AAT att 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cys ACA tgt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly ACC ggt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Arg ACG cgt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
Ser ACT agt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser AGA tct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ala AGC gct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pro AGG cct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Thr AGT act 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Tyr ATA tat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asp ATC gat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
His ATG cat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asn ATT aat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu CAA ttg 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Val CAC gtg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Leu CAG ctg 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1
Met CAT atg 3 3 3 3 4 3 5 3 4 4 4 3 4 3 3 3 3 3 4 4
Trp CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Gly CCC ggg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Arg CCG cgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Arg CCT agg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Ser CGA tcg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1
Ala CGC gcg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Pro CGG ccg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Thr CGT acg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Stp CTA tag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu CTC gag 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Gln CTG cag 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Lys CTT aag 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1
Phe GAA ttc 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 2 1 1 2 2 1 1
Val GAC gtc 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Leu GAG ctc 2 2 1 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1
Ile GAT atc 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Cys GCA tgc 1 1 1 1 3 3 4 3 4 4 3 3 4 3 8 6 1 1 1 1
Gly GCC ggc 1 1 2 1 3 1 3 2 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1
Arg GCG cgc 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Ser GCT agc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ser GGA tcc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ala GGC gcc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Pro GGG ccc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Thr GGT acc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2
Tyr GTA tac 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Asp GTC gac 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 2 2
His GTG cac 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Asn GTT aac 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Leu TAA tta 1 1 1 1 1 1 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Val TAC gta 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1
Leu TAG cta 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ile TAT ata 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
SeC TCA tga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly TCC gga 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Arg TCG cga 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Arg TCT aga 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ser TGA tca 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ala TGC gca 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 3 2 4 1
Pro TGG cca 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Thr TGT aca 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 4 2 1 1 1 1
Stp TTA taa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu TTC gaa 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Gln TTG caa 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Lys TTT aaa 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
total 49 49 52 47 58 50 62 52 60 55 57 51 55 48 56 52 59 57 53 49

Les introns des eucayotes[modifier | modifier le wikicode]

  • Lien à l'article des corrélations: [8]

Champignons, détails des introns[modifier | modifier le wikicode]

Les introns des champignons
Génome KEGG tRNA total aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
Aspergillus nidulans FGSC A4 ani 181 93 2 6 0 0 2 0 2 1 0 4 2 0 1 0 3 4 2 0 5 0 2 0 1 6 2 0 2 0 2 0 3 6 2 8 1 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 6 0 0 1 0 2 0 0 3 0 0 1 5 2 0
Aspergillus oryzae RIB40 aor 242 114 3 0 11 0 2 0 2 0 2 6 2 0 2 0 4 0 4 7 0 0 3 0 0 9 0 0 1 0 1 0 4 0 3 13 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 3 0 0 13 0 0 1 0 3 0 0 4 0 1 0 7 0 0
Botrytis cinerea B05.10 bfu 212 161 1 6 8 0 2 0 0 3 5 5 0 0 1 0 4 8 0 4 0 0 8 0 1 4 4 0 0 4 1 0 1 6 6 9 9 0 5 0 2 0 0 8 2 0 2 0 2 8 0 6 0 0 4 0 2 0 0 5 1 0 2 7 5 0
Candida albicans WO-1 cal 125 67 1 3 2 0 0 0 1 0 0 2 1 0 1 0 0 6 5 3 0 0 4 0 0 1 0 0 1 2 0 0 0 2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1 0 0 2 2 0 5 5 6 0
Candida glabrata CBS 138 cgr 207 45 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 0 5 0 0 6 8 0
Candida orthopsilosis Co 90-125 cot 82 35 0 0 3 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2 0 3 1 1 0 3 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 3 0 0 2 0 1 0 0 0 1 0 3 0 1 0
Cryptococcus neoformans var. grubii H99 cneg* 143 136 1 4 7 0 1 0 1 5 1 2 3 0 1 0 6 6 2 2 0 0 1 0 1 6 5 0 1 3 0 0 1 6 3 2 10 0 1 0 2 8 1 5 2 0 0 0 2 7 0 4 0 0 1 0 1 6 0 3 3 0 1 5 3 0
Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 cjd* 191 25 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 2 0 1 0 0 0 4 0 0 0 0 0
Debaryomyces hansenii CBS767 dha 214 54 7 0 10 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 4 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 8 0 0
Encephalitozoon cuniculi GB-M1 ecu 46 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 ede* 53 47 1 1 0 0 0 0 0 2 0 1 1 0 1 0 3 2 1 2 1 0 1 0 1 0 2 0 1 1 1 1 0 1 1 2 0 0 1 0 1 2 0 2 1 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 1 2 1 0 0 1 1 1 0
Flammulina velutipes KACC42780 fve* 273 201 6 12 11 1 2 0 0 5 0 0 6 0 2 0 6 0 4 7 6 0 4 0 2 4 5 0 2 11 2 0 2 6 4 7 10 1 8 0 1 2 3 10 7 0 2 0 3 0 0 6 0 0 2 0 3 3 0 1 3 0 1 12 4 2
Fusarium graminearum CS3005 fgr 270 187 2 9 12 0 0 0 0 0 2 8 1 0 3 0 5 11 5 7 0 0 3 0 2 10 9 0 0 0 2 0 5 6 4 0 13 0 3 0 3 12 4 15 1 0 1 0 1 0 0 6 0 0 2 0 2 0 1 0 4 0 1 9 3 0
Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 fgr 305 209 2 9 16 0 0 0 0 0 2 8 1 0 3 0 6 13 5 7 0 0 3 0 2 10 9 0 0 0 2 0 5 13 4 0 19 0 3 0 2 13 4 14 1 0 1 0 1 0 0 8 0 0 2 0 2 0 1 0 4 0 1 10 3 0
Fusarium verticillioides 7600 fvr 285 197 2 8 15 1 0 0 0 4 1 7 0 0 1 0 5 11 4 6 0 0 0 0 2 10 7 0 0 0 2 0 5 12 5 0 16 1 3 0 3 14 2 14 0 0 1 0 1 0 0 8 0 0 2 0 3 0 0 0 5 0 2 10 4 0
Kazachstania africana CBS 2517 kaf 266 53 8 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0 0 9 2 0
Kazachstania naganishii CBS 8797 kna* 158 40 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 6 5 0
Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 kla 162 39 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 7 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 0 7 0
Komagataella pastoris CBS 7435 kpa* 123 29 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 5 3 0
Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 lkl* 258 72 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 10 0 0 0 0 0 0 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1 11 0 0 5 0 0 8 11 0
Lachancea thermotolerans CBS 6340 lth 229 57 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 4 3 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 2 0 0 0 5 0 0 7 8 0
Magnaporthe oryzae 70-15 mgr 190 157 0 6 6 0 2 0 2 4 1 3 3 0 1 0 4 8 2 0 6 0 2 0 2 5 2 0 0 6 1 0 4 7 1 0 9 0 3 0 2 9 3 14 3 0 1 0 2 6 0 5 0 0 2 0 3 4 0 3 0 0 1 7 2 0
Millerozyma farinosa CBS 7064 mfa* 288 68 6 0 10 0 0 0 0 0 0 6 0 0 4 0 6 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0
Myceliophthora thermophila ATCC 42464 mth* 192 127 0 0 9 0 2 0 2 2 1 5 2 0 1 0 4 8 2 4 3 0 2 0 3 6 0 0 2 5 1 0 4 7 0 8 8 0 2 0 3 7 0 0 2 0 1 0 3 0 0 6 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 1 5 2 0
Naumovozyma castellii CBS 4309 ncs 270 63 8 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1 0 0 0 7 0 0 10 9 0
Neurospora crassa OR74A ncr 396 232 2 1 5 0 3 0 3 2 1 6 5 0 1 1 7 17 3 9 11 0 1 0 4 11 1 0 0 0 2 0 6 16 1 18 24 0 3 0 5 19 0 0 6 0 2 0 1 0 0 10 1 0 2 0 4 0 0 0 0 0 1 12 5 0
Ogataea parapolymorpha DL-1 opa* 80 7 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0
Penicillium chrysogenum P2niaD18 pch* 192 100 1 1 0 0 2 0 1 6 0 4 1 0 2 0 10 0 3 11 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 3 6 1 8 0 0 0 0 2 0 4 0 1 0 1 0 3 8 1 5 0 0 1 0 2 3 1 3 0 0 2 0 0 0
Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) sce 275 61 7 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0 0 10 10 0
Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri sas* 205 52 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 7 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 3 0 0 0 5 0 0 6 7 0
Scheffersomyces stipitis CBS 6054 pic 170 42 3 0 9 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 6 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 6 0 0
Schizosaccharomyces pombe 972h- spo 168 44 0 0 9 0 0 0 0 0 0 3 1 0 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 4 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 0 4 0
Sporisorium reilianum SRZ2 sre* 96 91 1 0 5 0 1 0 1 1 1 0 1 0 1 0 4 4 3 3 2 0 1 0 1 3 2 0 0 4 1 0 2 4 2 3 4 0 1 0 1 3 1 6 1 0 1 0 1 4 0 2 0 0 1 0 2 2 1 2 2 0 1 4 0 0
Tetrapisispora blattae CBS 6284 tbl 328 71 9 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 2 0 0 0 7 0 0 12 9 0
Tetrapisispora phaffii CBS 4417 tpf 206 42 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 9 2 0
Thielavia terrestris NRRL 8126 ttt 154 117 1 3 6 0 1 0 2 4 0 3 2 0 1 0 2 6 2 3 4 0 2 0 3 4 1 0 1 6 1 0 4 5 0 6 7 0 2 0 3 7 1 0 2 0 1 0 3 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 7 5 1 0
Torulaspora delbrueckii CBS 1146 tdl 192 45 5 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 6 8 0
Ustilago maydis 521 uma 111 101 1 0 5 0 1 0 1 0 1 2 1 0 1 0 4 4 2 2 3 0 1 0 1 4 3 0 0 4 1 0 2 4 2 5 4 0 1 0 1 5 2 6 1 0 1 0 1 4 0 3 0 0 1 0 3 3 2 2 2 0 1 3 0 0
Valsa mali 03-8 vma* 156 130 0 3 9 0 3 0 2 3 0 3 2 0 1 0 3 7 2 4 3 0 2 0 1 1 2 0 2 5 3 0 4 5 2 3 8 0 2 0 2 7 0 8 1 1 1 0 2 5 0 4 0 0 1 0 2 2 0 0 3 0 0 4 2 0
Verticillium dahliae VdLs.17 vda 225 115 2 6 0 0 3 0 3 0 2 2 1 0 0 0 4 0 2 6 0 0 3 0 0 8 0 0 0 4 1 0 0 8 2 5 0 0 2 0 1 11 2 0 1 0 1 0 2 8 0 6 0 0 3 1 1 0 1 1 3 0 1 7 1 0
Yarrowia lipolytica CLIB122 yli 510 316 4 16 34 0 3 0 1 0 0 6 0 0 1 0 0 26 3 4 14 0 0 0 2 21 25 0 0 0 2 0 11 21 0 28 27 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 3 0 0 14 0 0 2 0 4 0 0 0 13 0 0 17 3 0
Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 zro 272 54 7 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 3 0 2 0 0 0 6 0 0 8 10 0
total 131 94 202 2 30 0 25 42 20 144 36 0 59 1 104 141 59 92 65 0 168 0 31 125 80 0 17 91 68 2 71 143 50 125 170 2 43 0 36 119 42 102 33 1 25 1 37 59 1 250 1 0 43 1 66 35 9 30 124 1 35 261 151 2
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
zéros 6 26 21 40 27 42 27 29 30 4 24 42 1 41 18 26 22 23 27 42 9 42 24 22 26 42 30 20 10 40 22 21 24 27 26 40 26 42 24 28 28 31 26 41 21 41 22 33 41 0 41 42 18 41 5 33 35 30 12 41 23 7 10 40
42−zéros 36 16 21 2 15 0 15 13 12 38 18 0 41 1 24 16 20 19 15 0 33 0 18 20 16 0 12 22 32 2 20 21 18 15 16 2 16 0 18 14 14 11 16 1 21 1 20 9 1 42 1 0 24 1 37 9 7 12 30 1 19 35 32 2

79 Eucaryotes, détails des introns[modifier | modifier le wikicode]

Les introns des 79 eucaryotes
Génome KEGG tRNA total aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) aml 1463 96 3 1 45 0 0 0 0 0 5 0 2 0 5 0 0 0 3 0 3 0 1 0 1 0 3 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0
Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) acs 211 11 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Anopheles gambiae aga 414 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011) ath 684 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) bacu 7080 50 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 1 1 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0
Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) bta 4040 57 0 0 1 0 0 0 1 0 6 0 0 0 5 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 3 1 5 2 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 6 0
Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X) bdi 639 36 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 1 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008) cbr* 1095 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 14 0
Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3) cbr 743 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0
Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010) cel 596 34 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008) cja* 827 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009) cjc 408 29 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 5 0
Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) cmk 13727 177 35 0 0 0 0 0 0 3 12 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 13 3 8 12 22 0 0 0 1 0 1 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 34 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 9 0
Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) cfa 906 68 2 0 33 0 0 0 0 0 4 0 1 0 5 0 0 0 3 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008) cpo* 383 28 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0
Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1) csi* 518 27 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1) cpic 554 36 0 0 0 0 0 0 0 0 10 1 0 0 12 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011) cge 498 23 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) dno* 1119 31 0 0 1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 1 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 0
Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6) dme 289 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) dsi 256 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1) dya 326 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Equus caballus (horse) (Sep 2007) ecb 494 32 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) eeu* 485 30 0 0 2 0 0 0 0 1 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) fca 3729 487 4 2 214 1 0 0 1 0 5 0 9 0 6 0 0 0 75 2 7 0 7 1 1 0 102 0 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 1 0 1 0 2 0 1 1 0 0 0 0 3 10 4 0 4 0 0 0 2 0 2 0 3 0 7 0
Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) gmo* 1492 105 1 0 0 0 2 0 0 0 19 0 0 0 16 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 50 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 2
Gallus gallus (galGal4 Nov 2011) gga 283 22 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) gac* 2489 146 0 0 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 5 0
Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) gfr 203 14 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Glycine max (soybean) (Wm82.a2) gmx 738 39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011) ggo 435 34 0 0 0 0 0 0 2 0 4 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 13 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 0
Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2) hgl 367 22 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0
Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013) hsa 622 34 0 0 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 5 0
Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1) lcm 373 21 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4 0
Leishmania major lma 82 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) lav 2002 60 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 17 0
Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3) mcc 458 34 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0
Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2) meu* 353 26 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0) mtr 582 40 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 4 0 13 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0
Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009) mgp 155 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1) mun* 191 12 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003) mmr* 258 18 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006) mdo 481 30 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Mus musculus (mm10 Dec 2011) mmu 469 25 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 4 0
Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) mpu* 749 66 1 1 25 1 0 0 0 0 8 0 1 0 5 0 0 0 2 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2) mlu* 252 21 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3) nle 421 31 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1
Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3) opr* 338 22 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2) oni* 674 76 0 0 0 0 0 0 0 2 22 0 0 0 24 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007) oaa 856 54 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 1 10 0
Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) ocu 506 27 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Oryza sativa osa 738 36 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 1 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0
Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3) oga* 326 41 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 10 9 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1
Ovis aries (sheep) (Feb 2010) oas 1176 29 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4) ptr 503 34 0 0 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 13 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 5 0
Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2) pan* 476 35 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0
Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008) pha* 411 31 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) pma* 2485 133 6 3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 9 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0
Physcomitrella patens ppp 418 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Plasmodium falciparum pfa 35 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) ppy* 517 40 0 0 0 0 0 0 1 0 7 0 0 0 6 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 5 0
Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) pop 618 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6
Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012) rno 407 15 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1) sbq 334 26 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1) shr 446 22 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2) san* 374 25 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 9 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0
Sorghum bicolor (Version 1.0) sbi 578 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) str* 804 24 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) spu 1065 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) ssc 807 56 0 1 0 1 0 0 0 0 6 1 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2) tgu 230 18 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3) tru 575 43 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0
Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) tsy* 455 114 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 60 0 0 1 26 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007) tng 540 58 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 11 0 3 0 20 0 0 0 0 0 0 1 0 7 0
Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) tma* 2017 41 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0
Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) ttr* 5845 47 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 7 1 1 0 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0
Vitis vinifera (Grapevine 12X) vvi 499 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 11 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) xtr 2639 275 0 0 0 0 0 0 0 0 103 0 0 0 43 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 105 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 19 0
Zea mays (Version 5b.60) zma 1198 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
total 54 8 321 4 5 0 7 10 469 9 14 2 454 14 149 5 148 11 17 6 50 5 11 18 131 3 4 0 2 1 7 45 28 18 13 4 2 1 4 4 21 7 15 4 5 0 6 3 8 1239 13 24 13 23 2 2 3 14 5 2 18 2 400 11
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
zéros 71 74 72 75 76 79 73 72 21 73 74 77 10 74 68 76 71 70 71 76 72 76 75 73 72 76 77 79 77 78 72 69 71 77 73 76 77 78 75 75 70 75 72 76 74 79 73 77 76 0 69 62 70 75 78 77 77 69 75 77 71 77 14 74
79−zéros 8 5 7 4 3 0 6 7 58 6 5 2 69 5 11 3 8 9 8 3 7 3 4 6 7 3 2 0 2 1 7 10 8 2 6 3 2 1 4 4 9 4 7 3 5 0 6 2 3 79 10 17 9 4 1 2 2 10 4 2 8 2 65 5
Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009) dre aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
intron 813 3 247 61 2 1 7 8 4 1 2 3 2 225 4 8 234 1
tRNAs 12258 525 1,045 953 24 290 10 66 359 252 424 104 14 75 10 522 258 105 387 266 10 205 2 180 315 107 24 59 203 244 4 300 270 225 150 245 1 368 4 112 92 47 836 268 11 230 6 227 232 0 236 0 5 209 2 80 336 14 136 44 9 73 197 241 10

Tableaux des duplications[modifier | modifier le wikicode]

  • C'est le format 2 issu des tableaux des effectifs. Il y a 3 processus en cours, celui qui, à partir d'une séquence donnée initiale, donne des duplicata différents qui à leur tour, par un 2ème processus, produisent des doublons (séquence identique au duplicata). Le 1er processus concerne les duplicata et son effectif est donc diff-1. Le 2ème processus est la somme des séquences identiques à chaque duplicata donné et donc son effectif est tot-diff. Le 3ème processus est la genèse ou non d'une 1ère séquence, son effectif est l'unité. Les tableaux des duplications qui suivent représentent les duplications réelles, à séquence identique à un codon initial nommées double=tot-diff (ce sont des doublons qui ne sont pas identiques entre eux), ou à séquences différentes nommées par le nom du gène du codon (aaa en minuscule) ou bien dif=diff-1 issues d'un 1er codon.

Tableaux des codons, corrélations et indice double[modifier | modifier le wikicode]

  • voir méthode

E79-Codons. Correlations et indices des doublons[modifier | modifier le wikicode]

79 eucaryotes: Codons, corrélation et indice des doublons
E79 Lys Asn Lys Asn Thr Thr Thr Thr Arg Ser Arg Ser Ile Ile Met Ile Gln His Gln His Pro Pro Pro Pro Arg Arg Arg Arg Leu Leu Leu Leu Glu Asp Glu Asp Ala Ala Ala Ala Gly Gly Gly Gly Val Val Val Val Stp Tyr Stp Tyr Ser Ser Ser Ser SeC Cys Trp Cys Leu Phe Leu Phe
TTT GTT CTT ATT TGT GGT CGT AGT TCT GCT CCT ACT TAT GAT CAT AAT TTG GTG CTG ATG TGG GGG CGG AGG TCG GCG CCG ACG TAG GAG CAG AAG TTC GTC CTC ATC TGC GGC CGC AGC TCC GCC CCC ACC TAC GAC CAC AAC TTA GTA CTA ATA TGA GGA CGA AGA TCA GCA CCA ACA TAA GAA CAA AAA
double aaa double aac double aag double aat double aca double acc double acg double act double aga double agc double agg double agt double ata double atc double atg double att double caa double cac double cag double cat double cca double ccc double ccg double cct double cga double cgc double cgg double cgt double cta double ctc double ctg double ctt double gaa double gac double gag double gat double gca double gcc double gcg double gct double gga double ggc double ggg double ggt double gta double gtc double gtg double gtt double taa double tac double tag double tat double tca double tcc double tcg double tct double tga double tgc double tgg double tgt double tta double ttc double ttg double ttt
acs 2 2 6 3 3 2 0 1 1 0 0 0 1 2 0 2 2 2 0 2 0 0 0 0 4 7 4 1 0 2 3 1 2 2 0 2 0 0 0 1 0 2 0 0 2 0 0 0 2 1 0 2 0 2 1 2 1 5 1 6 1 1 3 0 0 5 0 0 2 6 5 5 2 5 1 1 0 0 0 1 0 2 0 2 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 8 3 3 3 0 0 1 4 0 1 0 0
aga 3 4 10 1 15 1 0 1 0 0 3 2 7 0 0 1 4 1 0 1 0 0 1 0 13 4 10 1 2 1 16 4 5 5 0 6 1 0 7 5 2 4 4 3 0 0 9 0 1 1 0 8 1 3 1 8 2 18 1 12 2 0 1 1 0 4 1 13 3 7 0 14 0 0 0 2 0 0 21 7 24 6 0 0 1 20 0 0 1 0 0 7 0 4 1 0 4 0 5 0 0 1 4 8 0 0 3 0
aml 5 49 10 17 12 759 0 5 1 7 0 0 9 4 5 0 16 3 9 1 43 0 1 0 5 0 11 12 7 4 1 41 7 0 4 20 0 3 7 0 3 1 7 1 2 81 0 0 2 4 5 2 0 4 0 2 4 2 4 4 6 5 5 3 33 0 0 2 6 0 1 3 3 13 3 3 8 1 2 4 0 0 6 0 7 1 8 1 0 0 1 9 0 9 0 0 5 0 0 3 6 3 0 1 13 11 3 6 0 1 3 8 2 2 6 0
ath 10 5 10 8 14 4 0 4 4 0 0 2 3 7 2 1 8 7 8 4 3 0 3 1 1 0 16 15 15 1 6 3 6 5 4 4 0 41 5 0 2 2 11 4 4 1 0 1 2 4 6 6 4 0 0 2 0 9 2 7 8 21 7 9 3 0 7 2 0 4 2 13 2 11 1 16 8 4 0 0 4 2 1 0 6 1 12 2 0 0 50 32 0 0 6 5 1 1 3 3 26 10 0 4 13 11 4 0 3 2 16 4 6 5 0
bacu 4 81 17 6 5 23 0 1 6 0 0 3 4 8 0 54 3 9 0 66 0 0 7 0 0 8 12 6 5 2 7 7 3 4 15 0 2 2 0 2 1 5 1 1 7 0 1 19 3 5 0 3 0 3 3 4 1 47 2320 7 37 21 446 1 18 0 41 0 1 18 2 17 25 961 13 50 103 2044 1 10 0 17 0 0 8 23 5 8 0 23 0 13 0 8 0 0 4 0 0 0 3 3 6 0 16 5 18 13 242 0 1 1 11 4 8 0 7 0
bdi 3 8 10 5 16 1 0 2 7 2 0 2 3 2 6 2 6 12 5 4 5 0 1 2 0 1 25 30 13 6 7 7 14 6 8 2 0 2 8 9 0 5 2 11 3 4 0 0 0 2 3 12 3 6 3 0 7 0 7 6 8 6 21 4 16 2 0 7 5 0 9 1 16 2 6 2 19 8 8 0 0 2 2 2 1 8 2 11 4 0 3 13 0 0 0 5 4 1 2 4 0 8 2 0 6 8 12 5 0 2 1 13 4 9 6 0
bta 10 67 16 13 15 24 0 2 7 0 0 0 6 4 9 0 43 8 10 2 113 0 3 0 7 0 16 18 14 3 2 17 14 4 8 31 0 3 6 2 0 3 0 11 1 1 10 0 6 3 12 7 5 0 4 0 3 2 6 4 11 423 9 32 3 160 0 5 4 30 0 1 2 13 12 18 6 384 8 54 29 1265 0 19 2 18 0 12 26 7 12 0 3 1 37 0 12 0 10 0 6 4 27 0 6 8 4 0 28 25 312 5 172 9 133 0 9 12 17 0 13 0 5
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ssc 15 22 10 7 7 8 0 1 3 4 0 0 3 6 6 1 5 6 3 0 3 0 1 3 0 12 10 12 0 3 5 7 2 4 7 0 2 1 0 2 0 8 0 2 2 0 2 0 5 1 2 2 0 3 1 5 2 30 204 14 82 5 7 1 8 2 11 0 1 5 5 17 2 7 9 9 2 3 0 2 8 0 0 7 4 4 5 0 0 3 13 0 0 0 4 0 0 3 6 3 0 10 12 3 3 0 0 0 3 11 9 1 4 0
str 5 4 7 1 7 4 0 0 2 3 0 4 0 6 2 31 0 4 2 4 1 4 0 0 3 0 5 7 6 6 7 2 1 4 1 4 1 0 2 4 0 0 2 0 7 4 0 4 0 0 2 3 2 0 2 0 2 1 3 2 2 2 5 2 3 3 0 5 0 38 1 29 1 16 4 251 2 2 7 5 1 18 0 6 1 3 0 2 3 35 4 13 0 0 8 0 0 0 6 0 0 0 5 6 8 0 0 29 18 3 3 0 0 2 6 3 0 9 0 0
tgu 3 0 3 4 1 4 0 2 1 2 0 4 0 1 2 5 0 3 2 2 0 1 1 1 0 0 0 4 2 2 5 34 0 1 2 2 4 1 0 0 0 0 1 0 3 2 0 2 0 0 2 3 0 0 0 3 3 0 1 0 1 3 3 1 1 0 2 4 0 0 2 8 9 4 2 7 4 0 3 0 0 0 1 0 1 0 0 1 7 0 3 9 0 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 5 3 0 2 0 0 1 2 6 3 0 3 0 1
tma 5 25 5 17 7 8 0 0 1 16 0 0 0 3 1 14 1 121 2 33 0 12 0 4 0 7 0 0 7 13 5 7 2 5 7 4 4 5 0 3 4 0 2 0 7 3 0 11 0 1 5 3 4 0 4 0 1 3 3 4 2 111 4 10 0 18 0 0 3 36 0 0 1 4 4 15 5 1067 5 17 2 87 0 8 0 25 0 3 12 3 7 0 1 0 14 0 0 0 0 5 0 1 2 4 9 0 17 2 19 2 10 0 4 0 5 3 7 0 9 0 0
tng 4 10 6 10 10 10 0 3 8 0 3 9 9 16 0 9 5 5 6 4 0 0 0 4 0 8 11 8 9 4 4 4 7 13 4 0 4 9 0 0 1 3 4 8 0 6 0 0 0 1 10 3 0 5 0 18 18 2 12 3 12 6 12 8 4 0 2 8 0 0 3 7 12 5 10 5 8 1 4 0 1 2 0 7 8 3 6 0 2 10 0 0 3 0 8 5 17 1 1 5 8 0 0 7 7 5 6 0 1 3 9 9 0 11 0 0
tru 7 12 10 12 13 6 0 1 5 0 1 6 7 10 1 11 6 12 5 4 0 0 5 0 24 11 9 2 3 6 10 8 8 5 0 1 4 4 0 2 3 7 2 0 6 0 0 0 3 13 2 0 3 0 14 6 3 7 4 8 18 5 14 6 0 0 3 4 0 0 5 7 4 7 4 15 2 1 2 0 2 6 0 16 12 8 10 0 1 13 0 0 0 0 7 0 0 4 5 5 0 0 5 9 7 9 0 0 6 10 12 0 9 0 0
tsy 4 5 6 8 0 6 0 0 0 3 0 0 3 2 6 0 5 2 6 0 3 0 0 3 0 7 4 5 2 13 50 5 4 3 2 0 0 0 31 0 0 1 2 5 1 0 4 0 1 1 3 2 1 3 0 3 3 3 2 2 6 6 6 3 6 0 0 0 3 0 1 1 2 9 2 3 9 4 1 5 0 1 2 0 2 3 1 4 0 2 0 9 0 0 0 4 0 0 2 3 3 0 0 6 18 2 3 0 0 29 12 1 4 0 3 0
ttr 4 69 7 5 3 15 0 1 4 0 0 0 2 2 6 0 47 3 7 1 52 0 0 4 0 6 10 5 5 4 11 4 4 7 7 0 2 2 0 2 1 4 2 0 6 0 0 0 11 2 4 0 3 0 1 4 5 0 29 1871 5 43 8 386 0 9 0 35 0 1 1 19 5 13 19 813 6 36 70 1695 1 17 0 15 0 2 3 18 1 6 0 19 1 16 0 7 0 0 0 5 0 0 3 3 8 0 20 2 19 9 207 1 4 0 5 4 7 0 6 0
vvi 5 5 7 13 5 10 0 0 2 5 0 1 1 1 4 5 3 2 7 1 4 3 0 3 5 0 1 6 19 9 5 3 6 5 8 3 7 0 0 8 7 0 1 2 9 5 3 2 0 0 5 1 9 4 6 0 4 2 5 4 5 9 11 11 12 13 0 2 16 20 0 3 1 9 1 7 11 11 5 3 2 0 1 3 0 0 6 4 8 6 0 0 0 18 0 0 3 5 2 0 0 2 0 4 8 0 0 5 5 9 0 0 0 2 6 11 11 4 9 0 1
xtr 51 20 28 18 74 22 0 0 48 42 0 15 13 76 74 52 52 40 58 18 8 0 26 24 0 4 99 38 45 17 20 7 24 17 30 9 0 0 36 16 0 0 19 16 42 17 25 7 0 2 2 5 20 12 15 9 1 0 17 14 20 17 60 23 46 12 32 18 0 29 17 0 15 20 50 16 53 26 70 14 70 34 0 17 18 0 25 27 36 18 0 1 59 47 0 0 0 22 18 1 1 13 9 23 16 0 0 46 45 21 11 0 1 11 34 40 17 6 15 0 1
zma 14 67 31 17 36 90 0 8 5 8 4 4 1 7 12 3 5 10 3 5 5 0 1 3 0 31 47 32 36 8 13 18 7 6 6 0 0 13 17 0 5 3 11 3 3 3 0 3 2 25 9 4 4 0 10 2 19 9 12 9 30 11 16 13 0 0 8 6 0 11 10 34 31 8 2 30 2 9 1 0 2 1 11 0 13 2 11 10 0 3 17 0 3 0 6 4 10 11 3 2 8 4 0 10 14 20 6 0 0 2 2 17 7 12 7 0 0
corrélation 0.19 0.70 -0.01 0.95 0.78 0.49 0.19 0.79 0.19 0.53 -0.01 0.78 0.54 -0.08 0.65 0.43 0.03 0.46 0.49 #DIV/0 ! 0.16 -0.10 0.30 0.45 0.06 -0.15 0.23 0.62 0.29 -0.13 0.70 0.69 0.53 0.39 0.20 0.59 1.00 0.61 0.90 0.06 0.10 0.10 0.83 0.41 0.82 0.06 0.51 0.75 0.60 0.51 -0.13 #DIV/0 ! 0.36 0.80 0.15 0.41 0.00 0.26 0.15 0.99 0.35 0.40 0.36 0.42
total 318 481 942 767 950 3242 5 75 295 595 25 39 118 414 477 646 193 899 443 554 212 745 25 37 153 395 6 41 1387 1152 850 539 360 1357 631 319 515 608 0 14 531 444 1 10 211 154 650 252 241 1618 2 18 84 214 543 299 122 288 1 1 368 338 491 366 601 5711 1070 715 697 2075 3 58 3200 3735 8 218 308 4099 822 1240 682 4374 916 569 444 6146 2 97 148 503 27 35 494 2030 594 480 5 126 307 1078 1 81 0 36 178 403 42 100 134 269 506 337 7 167 887 1309 430 1077 10 175 97 416 645 472 114 465 1 23
Indice doublons 0.66 1.23 0.29 0.07 0.50 0.64 0.29 0.74 0.21 0.80 0.28 0.68 0.39 0.15 1.20 1.58 0.27 1.98 0.85 0.00 1.20 0.10 1.37 2.58 0.15 0.11 0.39 1.82 0.42 1.00 1.09 1.34 0.11 1.50 0.34 0.05 0.86 0.04 0.08 0.66 0.16 1.61 0.07 0.02 0.29 0.77 0.24 1.24 0.04 0.28 0.01 0.00 0.44 0.42 0.50 1.50 0.04 0.68 0.40 0.06 0.23 1.37 0.25 0.04
double aaa double aac double aag double aat double aca double acc double acg double act double aga double agc double agg double agt double ata double atc double atg double att double caa double cac double cag double cat double cca double ccc double ccg double cct double cga double cgc double cgg double cgt double cta double ctc double ctg double ctt double gaa double gac double gag double gat double gca double gcc double gcg double gct double gga double ggc double ggg double ggt double gta double gtc double gtg double gtt double taa double tac double tag double tat double tca double tcc double tcg double tct double tga double tgc double tgg double tgt double tta double ttc double ttg double ttt
dre 275 249 575 469 490 462 9 14 151 138 0 24 41 177 181 113 138 161 262 75 28 3 10 22 52 1 8 348 173 129 128 59 45 224 162 143 122 0 108 96 4 7 89 90 177 137 57 49 17 6 24 34 147 55 110 133 2 1 161 138 124 145 128 96 107 42 158 86 4 6 265 102 1 2 86 25 66 25 24 22 391 444 87 180 0 10 171 58 2 3 131 95 146 85 1 4 136 99 3 5 1 3 92 116 0 1 36 43 160 175 2 11 98 37 22 21 0 8 19 53 110 86 123 117 0 9
E79 Repérage des effectifs supérieurs à 49[modifier | modifier le wikicode]
  • Lien au tableur: E79 Repérage des effectifs supérieurs à 49
  • Méthode: Recherche dans calc, des cellules du tableau des corrélations et indices de doublons, contenant un nombre inférieur à 40 (ou bien le caractère −); les colorer. Avec la fonction concat() de calc les cellules non colorées ont leur nombre préfixé par * astérisque. Avec toujours la même fonction les codons faibles xyc/t, taa, tag et tga à effectif supérieur à 6 est préfixé par &. Ces préfixes aident à les changer sous writer en bgcolor="#xxxxxx"|.
  • Légende:
    aaa1, aaa2, respectivement doublons et gènes différents des gènes tRNAs du codon aaa
    Rouge pour effectif supérieur à 49, Sauf pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga.
    Cyan pour effectif supérieur à 39, Sauf pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga. Après le changement d'astérisque en rouge (bgcolor="#ff3300"|) rechercher (bgcolor="#ff3300"|4) et le remplacer par (bgcolor="#66ffff"|4). Cependant il faut rechercher 3 effectifs supérieurs à 400 et leur réattribuer le rouge.
    Jaune pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga dont l'effectif est supérieur à 6.
    Som− pour somme des tirets qui correspondent au nombre −1 pour les codons à effectif nul lors des décomptes directs( colonne diff et tot). Ce qui permet de calculer ici la ligne diff.
    db,diff: db pour doublon et diff pour différent, tout 2 issus des décomptes directs. diff est calculé ici comme suite: total de la colonne + 79 − "Som−".
    total total des codons correspondant au "tot" du décompte direct, db+diff.
    db+dif: somme de db et des "diff−1", soit la somme des 2 colonnes aa1 et aa2, ou bien, total - 79 + "Som−".
Total des génomes par codon
Duplications des gènes de tRNAs E79-codons. Repérage des effectifs supérieurs à 49.
KEGG aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
acs 2 2 6 3 3 2 0 1 1 0 0 0 1 2 0 2 2 2 0 2 0 0 0 0 4 7 4 1 0 2 3 1 2 2 0 2 0 0 0 1 0 2 0 0 2 0 0 0 2 1 0 2 0 2 1 2 1 5 1 6 1 1 3 0 0 5 0 0 2 6 5 5 2 5 1 1 0 0 0 1 0 2 0 2 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 8 3 3 3 0 0 1 4 0 1 0 0
aga 3 4 10 1 15 1 0 1 0 0 3 2 7 0 0 1 4 1 0 1 0 0 1 0 13 4 10 1 2 1 16 4 5 5 0 6 1 0 7 5 2 4 4 3 0 0 9 0 1 1 0 8 1 3 1 8 2 18 1 12 2 0 1 1 0 4 1 13 3 7 0 14 0 0 0 2 0 0 21 7 24 6 0 0 1 20 0 0 1 0 0 7 0 4 1 0 4 0 5 0 0 1 4 8 0 0 3 0
aml 5 49 10 17 12 759 0 5 1 7 0 0 9 4 5 0 16 3 9 1 43 0 1 0 5 0 11 12 7 4 1 41 7 0 4 20 0 3 7 0 3 1 7 1 2 81 0 0 2 4 5 2 0 4 0 2 4 2 4 4 6 5 5 3 33 0 0 2 6 0 1 3 3 13 3 3 8 1 2 4 0 0 6 0 7 1 8 1 0 0 1 9 0 9 0 0 5 0 0 3 6 3 0 1 13 11 3 6 0 1 3 8 2 2 6 0
ath 10 5 10 8 14 4 0 4 4 0 0 2 3 7 2 1 8 7 8 4 3 0 3 1 1 0 16 15 15 1 6 3 6 5 4 4 0 41 5 0 2 2 11 4 4 1 0 1 2 4 6 6 4 0 0 2 0 9 2 7 8 21 7 9 3 0 7 2 0 4 2 13 2 11 1 16 8 4 0 0 4 2 1 0 6 1 12 2 0 0 50 32 0 0 6 5 1 1 3 3 26 10 0 4 13 11 4 0 3 2 16 4 6 5 0
bacu 4 81 17 6 5 23 0 1 6 0 0 3 4 8 0 54 3 9 0 66 0 0 7 0 0 8 12 6 5 2 7 7 3 4 15 0 2 2 0 2 1 5 1 1 7 0 1 19 3 5 0 3 0 3 3 4 1 47 2320 7 37 21 446 1 18 0 41 0 1 18 2 17 25 961 13 50 103 2044 1 10 0 17 0 0 8 23 5 8 0 23 0 13 0 8 0 0 4 0 0 0 3 3 6 0 16 5 18 13 242 0 1 1 11 4 8 0 7 0
bdi 3 8 10 5 16 1 0 2 7 2 0 2 3 2 6 2 6 12 5 4 5 0 1 2 0 1 25 30 13 6 7 7 14 6 8 2 0 2 8 9 0 5 2 11 3 4 0 0 0 2 3 12 3 6 3 0 7 0 7 6 8 6 21 4 16 2 0 7 5 0 9 1 16 2 6 2 19 8 8 0 0 2 2 2 1 8 2 11 4 0 3 13 0 0 0 5 4 1 2 4 0 8 2 0 6 8 12 5 0 2 1 13 4 9 6 0
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spu 37 19 30 8 30 11 0 11 9 0 4 4 14 12 9 8 14 2 7 11 17 8 6 15 0 1 43 29 57 11 10 6 17 8 10 10 0 15 5 0 4 4 14 4 9 9 0 0 0 20 8 2 5 0 2 2 5 12 18 7 62 19 19 9 0 10 6 0 4 2 21 10 19 13 26 15 1 2 0 5 5 0 0 17 2 0 0 7 16 0 0 6 8 0 1 4 0 0 20 10 5 12 0 5 8 0 6 11 0 1
ssc 15 22 10 7 7 8 0 1 3 4 0 0 3 6 6 1 5 6 3 0 3 0 1 3 0 12 10 12 0 3 5 7 2 4 7 0 2 1 0 2 0 8 0 2 2 0 2 0 5 1 2 2 0 3 1 5 2 30 204 14 82 5 7 1 8 2 11 0 1 5 5 17 2 7 9 9 2 3 0 2 8 0 0 7 4 4 5 0 0 3 13 0 0 0 4 0 0 3 6 3 0 10 12 3 3 0 0 0 3 11 9 1 4 0
str 5 4 7 1 7 4 0 0 2 3 0 4 0 6 2 31 0 4 2 4 1 4 0 0 3 0 5 7 6 6 7 2 1 4 1 4 1 0 2 4 0 0 2 0 7 4 0 4 0 0 2 3 2 0 2 0 2 1 3 2 2 2 5 2 3 3 0 5 0 38 1 29 1 16 4 251 2 2 7 5 1 18 0 6 1 3 0 2 3 35 4 13 0 0 8 0 0 0 6 0 0 0 5 6 8 0 0 29 18 3 3 0 0 2 6 3 0 9 0 0
tgu 3 0 3 4 1 4 0 2 1 2 0 4 0 1 2 5 0 3 2 2 0 1 1 1 0 0 0 4 2 2 5 34 0 1 2 2 4 1 0 0 0 0 1 0 3 2 0 2 0 0 2 3 0 0 0 3 3 0 1 0 1 3 3 1 1 0 2 4 0 0 2 8 9 4 2 7 4 0 3 0 0 0 1 0 1 0 0 1 7 0 3 9 0 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 5 3 0 2 0 0 1 2 6 3 0 3 0 1
tma 5 25 5 17 7 8 0 0 1 16 0 0 0 3 1 14 1 121 2 33 0 12 0 4 0 7 0 0 7 13 5 7 2 5 7 4 4 5 0 3 4 0 2 0 7 3 0 11 0 1 5 3 4 0 4 0 1 3 3 4 2 111 4 10 0 18 0 0 3 36 0 0 1 4 4 15 5 1067 5 17 2 87 0 8 0 25 0 3 12 3 7 0 1 0 14 0 0 0 0 5 0 1 2 4 9 0 17 2 19 2 10 0 4 0 5 3 7 0 9 0 0
tng 4 10 6 10 10 10 0 3 8 0 3 9 9 16 0 9 5 5 6 4 0 0 0 4 0 8 11 8 9 4 4 4 7 13 4 0 4 9 0 0 1 3 4 8 0 6 0 0 0 1 10 3 0 5 0 18 18 2 12 3 12 6 12 8 4 0 2 8 0 0 3 7 12 5 10 5 8 1 4 0 1 2 0 7 8 3 6 0 2 10 0 0 3 0 8 5 17 1 1 5 8 0 0 7 7 5 6 0 1 3 9 9 0 11 0 0
tru 7 12 10 12 13 6 0 1 5 0 1 6 7 10 1 11 6 12 5 4 0 0 5 0 24 11 9 2 3 6 10 8 8 5 0 1 4 4 0 2 3 7 2 0 6 0 0 0 3 13 2 0 3 0 14 6 3 7 4 8 18 5 14 6 0 0 3 4 0 0 5 7 4 7 4 15 2 1 2 0 2 6 0 16 12 8 10 0 1 13 0 0 0 0 7 0 0 4 5 5 0 0 5 9 7 9 0 0 6 10 12 0 9 0 0
tsy 4 5 6 8 0 6 0 0 0 3 0 0 3 2 6 0 5 2 6 0 3 0 0 3 0 7 4 5 2 13 50 5 4 3 2 0 0 0 31 0 0 1 2 5 1 0 4 0 1 1 3 2 1 3 0 3 3 3 2 2 6 6 6 3 6 0 0 0 3 0 1 1 2 9 2 3 9 4 1 5 0 1 2 0 2 3 1 4 0 2 0 9 0 0 0 4 0 0 2 3 3 0 0 6 18 2 3 0 0 29 12 1 4 0 3 0
ttr 4 69 7 5 3 15 0 1 4 0 0 0 2 2 6 0 47 3 7 1 52 0 0 4 0 6 10 5 5 4 11 4 4 7 7 0 2 2 0 2 1 4 2 0 6 0 0 0 11 2 4 0 3 0 1 4 5 0 29 1871 5 43 8 386 0 9 0 35 0 1 1 19 5 13 19 813 6 36 70 1695 1 17 0 15 0 2 3 18 1 6 0 19 1 16 0 7 0 0 0 5 0 0 3 3 8 0 20 2 19 9 207 1 4 0 5 4 7 0 6 0
vvi 5 5 7 13 5 10 0 0 2 5 0 1 1 1 4 5 3 2 7 1 4 3 0 3 5 0 1 6 19 9 5 3 6 5 8 3 7 0 0 8 7 0 1 2 9 5 3 2 0 0 5 1 9 4 6 0 4 2 5 4 5 9 11 11 12 13 0 2 16 20 0 3 1 9 1 7 11 11 5 3 2 0 1 3 0 0 6 4 8 6 0 0 0 18 0 0 3 5 2 0 0 2 0 4 8 0 0 5 5 9 0 0 0 2 6 11 11 4 9 0 1
xtr 51 20 28 18 74 22 0 0 48 42 0 15 13 76 74 52 52 40 58 18 8 0 26 24 0 4 99 38 45 17 20 7 24 17 30 9 0 0 36 16 0 0 19 16 42 17 25 7 0 2 2 5 20 12 15 9 1 0 17 14 20 17 60 23 46 12 32 18 0 29 17 0 15 20 50 16 53 26 70 14 70 34 0 17 18 0 25 27 36 18 0 1 59 47 0 0 0 22 18 1 1 13 9 23 16 0 0 46 45 21 11 0 1 11 34 40 17 6 15 0 1
zma 14 67 31 17 36 90 0 8 5 8 4 4 1 7 12 3 5 10 3 5 5 0 1 3 0 31 47 32 36 8 13 18 7 6 6 0 0 13 17 0 5 3 11 3 3 3 0 3 2 25 9 4 4 0 10 2 19 9 12 9 30 11 16 13 0 0 8 6 0 11 10 34 31 8 2 30 2 9 1 0 2 1 11 0 13 2 11 10 0 3 17 0 3 0 6 4 10 11 3 2 8 4 0 10 14 20 6 0 0 2 2 17 7 12 7 0 0
aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
Som− 1 0 1 46 0 56 2 1 0 1 1 61 1 52 0 0 0 1 0 57 0 61 0 0 0 65 8 1 3 70 0 0 0 0 0 44 1 55 0 0 0 1 4 61 0 42 1 0 41 0 53 52 0 52 0 2 16 1 1 48 0 1 1 52
db, diff 589 1168 942 846 950 3320 5 108 295 674 25 62 118 491 477 724 193 978 443 632 212 823 25 55 153 473 6 68 1387 1231 850 618 360 1436 631 397 515 687 0 36 531 523 1 28 211 233 650 331 241 1697 2 32 84 285 543 377 122 364 1 10 368 417 491 445 601 5790 1070 794 697 2154 3 93 3200 3813 8 242 308 4178 822 1319 682 4453 916 647 444 6221 2 115 148 582 27 72 494 2108 594 559 5 164 307 1157 1 107 0 63 178 482 42 127 134 348 506 414 7 230 887 1387 430 1155 10 206 97 495 645 550 114 543 1 50
total 1757 1788 4270 113 969 87 609 1201 1171 1075 1035 80 626 74 2618 1468 1796 1028 1202 36 1054 29 444 981 1938 34 369 920 486 11 785 936 6391 1864 2851 96 7013 250 4486 2141 5135 1563 6665 117 730 99 2602 1153 169 1464 108 63 660 169 482 920 237 2274 1585 216 592 1195 657 51
db+dif 1679 1709 4192 80 890 64 532 1123 1092 997 957 62 548 47 2539 1389 1717 950 1123 14 975 11 365 902 1859 20 298 842 410 2 706 857 6312 1785 2772 61 6935 226 4407 2062 5056 1485 6590 99 651 62 2524 1074 131 1385 82 36 581 142 403 843 174 2196 1507 185 513 1117 579 24
Méthode d'estimation des duplications pour les codons excessifs[modifier | modifier le wikicode]
  • image:Dupication des gènes tRNAs-E79-tri.png
  • Lien au tableur pour cette image: Méthode d'estimation des duplications pour les codons excessifs.
  • Lhypothèse de travail, pour ces 79 eucaryotes, c'est que les duplications décomptées sont la somme de 2 processus, un processus de base, modéré, analogue à celui des champignons et un autre processus qui décuple pour certains codons ces duplications. Comme il n'y a pas de corrélation entre les duplications à l'identique (doublons) et les duplications différentes entre elles (différents, dif, diff), lorsqu'on ne considère que le processus de base (sans les codons excessifs), il est difficile d'attribuer une valeur aléatoire à l'estimation. C'est ce qu'illustre les défauts des estimations en utilisant une courbe de tendance.
    Le diagramme de l'image, en tête de ce chapitre, représente les "différents" en fonction des "doublons" quand les excessifs contiennent des caractères non numériques ( _ ,). Le tableur n'en tient pas compte. La courbe de tendance est supposée passer par l'origine (option du tableur calc), ce qui permet de calculer l'estimation en divisant (différent) ou en multipliant (doublon) par le coefficient de x. Or j'ai obtenu 10 estimations qui égalent ou dépassent le critère d'excessivité que je vais détailler juste après. On peut les vérifier facilement à partir du tableau récapitulatif des estimations où est représentée la pente de la droite. Ainsi on a (cag 51) (cct 38) (cgt 83) (gac 77 112) (gct 60) (gga 45 59) (gta 50) (tgg 46). Par ailleurs l'estimation est impossible, par la méthode des courbes de tendance, quand les 2 coordonnées sont excessives et donc absentes.
  • Critères d'excessivité:
    1. Le 1er critère le plus important d'excessivité est que l'effectif d'un génome devient à peu près le double du précédent, quand on fait un tri croissant d'une colonne "doublon" ou d'une colonne "différent". Cependant je n'utilise ce critère que pour les effectifs supérieurs à 30, considérant que le maximum des champignons de 29 sert de limite pour le processus de base.
    2. Le 2ème critère est une limite statistique, la plupart des décrochages se font aux alentour de 50 et leur nombre est réduit (140 à peut près sur 6952 au total pour 79 génomes et 44 codons forts). Une exception cependant pour atg qui, chez les procaryotes, est 3 fois plus élevé que la moyenne des codons forts ( il est utilisé pour Met Ile et l'initiation) et reste 2 fois plus élevé que les codons forts chez les champignons. Pour atg donc j'utilise le 1er critère au-delà de 50. Le critère 50 est coloré en orange foncé.
    3. Le 3ème critère concerne la plage 30−50. Les effectifs qui décrochent, dans cette plage, sont rares. Je considère que cette plage est une frontière floue où il faut estimer cas par cas. Ainsi si le décrochage se fait entre 40 et 50 et que la somme des 2 effectifs du même codon est inférieure à 60 (double du max des champignons) je considère le processus de type basique, mais si la somme est supérieure alors il est de type excessif. Quand le décrochage se fait dans la plage 30−40 j'ai relevé la somme à 70 pour le considérer de type excessif. J'ai accepté une seule exception, celle de ata à 26, où le décrochage est très fort. Le tableau aga-3 montre le décrochage de l'ordonnée 43 du génome bta par rapport à 25 de celle du génome oni. Les excessifs de cette plage 30−50 sont colorés en cyan.
    4. Les codons faibles, xyc/t et les codons taa tag tga: Ces codons dupliquent très peu, relativement aux autres, mais beaucoup plus que ceux des champignons et présentent des décrochages quelque fois spectaculaires, analogues aux excès des codons forts, par exemple 164 pour (gcc cmk) et 133 pour (tgt bta). Mon critère de décrochage est alors basé sur les effectifs très faibles ne dépassant pas quelques unités, en général 5. Ce maximum peut être élevé jusqu'à 8 quand le nombre des effectifs supérieurs à ce maximum est lui-même élevé, 6 pour tga, 5 pour tag et 4 pour ggt taa tcc. Le critère des codons faibles est coloré en orange clair.
  • Estimations du processus de base: Pour les codons faibles j'utilise le maximum de quelques unités comme décrit précédemment, mais pour les autres j'utilise la moyenne des effectifs les plus proches de celui en excès. Détaillons en se référant à l'image du codon aga en début du chapitre.
    1. Cette méthode parait adaptée aux estimations aléatoires. En effet quand j'ai cherché à estimer le processus de base du "différent" (colonne 2), en excès, du codon aga du génome lav ( excès décompté à 89 dans le tableau aga-1 ), son effectif le plus probable est 5, car c'est le plus fréquent (16 sur 46) ayant le même effectif de "doublons" (colonne 1) que lav (0). Pour obtenir ce résultat j'ai du trier la colonne 1 en 1ère clé et la colonne 2 en seconde clé. Les tableaux triés de wikipédia ne permettent pas de trier facilement sur 2 clés. Aussi je l'ai fait sur le tableur calc et je l'ai exporté en image.
    2. Cependant le voisinage de l'effectif en excès est souvent peu fréquent (tma "différent" en excès de 121 et d'abscisse 1), et/ou éloigné (tableau aga-2, le génome gac, "doublon" en excès de 43 et d'ordonnée 24, avec un seul voisin d'ordonnée 24, le génome gga, et le voisin suivant, ppy avec 21).
    3. La méthode d'estimation que j'ai adoptée alors est la moyenne des effectifs des 4 génomes qui entourent l'effectif excessif dans le tri, 2 en amont et 2 en aval. Le cas idéal est celui du tableau aga-1, génome tma d'abscisse 1 et d'ordonnée 121 entouré des génomes cpic oni mtr ppy. Pour les génomes en fin de liste avec une seule coordonnée en excès, je prends les 4 génomes en amont.
    4. Pour améliorer l'estimation d'une coordonnée j'ai étendu la moyenne de sa colonne à tous les génomes dont les coordonnées de l'autre colonne correspondent à ceux de la moyenne à 4 génomes plus quatre autres suivants, s'ils existent. Le tableau aga-1 illustre 2 cas.
      Le génome tma (1,121) a été estimé avec les 4 génomes cpic oni d'abscisse 1, et mtr ppy d'abscisse 2. La moyenne est étendue aux génomes d'abscisses 1 et 0 d'un coté et aux génomes 2 et 3 de l'autre coté. Les génomes de la colonne 1 concernés sont colorés en jaune pour le cas tma.
      Le génome bta (0,43) a été estimé avec les 4 génomes aml oas d'abscisse 0, et mlu meu d'abscisse 1. La moyenne est étendue aux génomes d'abscisses 0 d'un coté et aux génomes 1 et 2 de l'autre coté. Les génomes de la colonne 1 concernés sont encadrés pour ce cas.
      Dans le tableau synthétique des estimations et dans l'image du codon aga, la moyenne à 4 génomes est présentée en 1er suivie de la moyenne étendue, tma (121−15,6) et bta (43−11,6). Seule la moyenne à 4 génomes est affichée si la moyenne étendue n'existe pas. En général les 2 moyennes diffèrent peu et j'ai choisi la moyenne de ces 2 estimations pour les calculs, colonne estim du tableau récapitulatif.
    5. En adoptant les moyennes des voisins proches on peut avoir une estimation de type aléatoire pour les codons aux 2 coordonnées excessives. Ces génomes sont en fin de liste (aga-1, xtr, excès de l'ordonnée) ou mélangés à la fin de la liste avec des génomes à une seule coordonnées non excessive (aga-2, xtr, excès de l'abscisse). Mettons nous dans le tableau aga-1, la moyenne de l'ordonnée des 4 proches est faite sur les génomes en amont comme dans l'alinéa précédent. Elle est de 5 pour le "différent" de xtr et placée avec l'ordonnée excessive (52−5), dans la colonne 2. Comme xtr n'a pas d'abscisse, aussi, son estimation se fait sur la moyenne des abscisses des mêmes génomes, elle est de 9 et placée avec l'abscisse excessive (52-9), dans la colonne 1. Plaçons nous ensuite dans le tableau aga-2 où on estime l'abscisse. Les 4 voisins en amont de xtr sont oni cpic oas gmo, la moyenne de l'abscisse de xtr est alors 1. Comme précédemment la moyenne des ordonnées de ces mêmes génomes est de 22. Ainsi on a 2 estimations des coordonnées de xtr, (9,5) tableau aga-1 et (1,22) tableau aga-2. J'ai opté pour les coordonnées qui donnent la même pente que le diagramme de aga, soit ordonnée/abscisse= 0.86, aussi le choix est (9,5). De même pour le codon tac avec le génome pma, aux 2 effectifs excessifs et une pente supérieure à l'unité (1.25), j'ai choisi l'estimation (40−3) pour l'abscisse et (49−35) pour l'ordonnée respectant la pente de ce codon. Voir les tableaux des estimations (ref.).
    6. Dans le récapitulatif des estimations des codons j'ai donné cette pente pour décider du choix de ces codons à 2 coordonnées excessives. De même j'ai donné les maxima pour repérer les excès et décider des estimations des codons faibles.
Estimations des effectifs de base. Codons a,c.[modifier | modifier le wikicode]
I. Estimation des effectifs de base pour 79 Eucaryotes .
codons aax
double aaa moyn estim
x/R2 1.05 45
max 37 45
aml 5 49 22,13 17
bacu 4 81 12,11 11
bta 10 67 4,4 4
gmo 17 45 10,9 9
ttr 4 69 12,11 11
xtr 51 20 16 16
zma 14 67 19,13 16
double aac moyn estim
x/R2 0.98 42
max 31 40
gac 82 40 12 12
pma 100−29 67−12 29−12
double aag moyn estim
x/R2 0.52 36
max 45 29
aml 12 759 3,10 6
cfa 10 397 13,10 11
cge 11 74 8,9 8
eeu 28 120 11,9 10
fca 8 878 19,11 15
gac 74 22 11,12 11
mpu 5 265 12,9 10
xtr 74 22 11,12 11
zma 36 90 6 6
double aat estim
x/R2
max 4 5
mtr 4 43 5
codons acx
double aca moyn estim
x/R2 0.96 35
max 19 23
cmk 49−13 156−8 13−8
xtr 48−13 42−8 13−8
double acc estim
x/R2
max 5 4
cmk 0 11 4
pma 8 10 5−4
zma 8 4 5
double acg moyn estim
x/R2 0.89 35
max 15 22
cmk 4 132 3,3 3
double act moyn estim
x/R2 0.77 37
max 29 32
gac 49−23 49−11 23−11
xtr 76−23 74−11 23−11
codons agx
double aga moyn estim
x/R2 0.86 11
max 10 25
bacu 0 54 11,6 8
bta 0 43 11,6 8
fca 0 53 11,6 8
gac 43 24 1 1
lav 0 89 11,6 8
tma 1 121 15,6 10
ttr 0 47 11,6 8
xtr 52−9 52−5 9−5
double agc moyn estim
x/R2 0.78 40
max 16 33
lav 7 68 7,5 6
pma 34 30 7 7
xtr 40−14 58−8 14−8
double agg
x/R2 0.78 16
max 25 45
bacu 0 66 8,6 7
bta 2 113 6,6 6
fca 1 51 22,6 14
ttr 1 52 22,6 14
double agt estim
x/R2
max 1 4
oaa 7 10 1−4
spu 17 8 1−4
codons atx
double ata moyn estim
x/R2 1.48 37
max 13 24
gac 46 14 5,6 5
xtr 26 24 6,5 5
double atc estim
x/R2
max 3 5
oga 0 8 5
double atg moyn estim
x/R2 1.12 62
max 43 111
gac 99 38 27 27
pma 221 64 27 27
xtr 187 90 23 23
double att estim
x/R2 0.57 39
max 32 36
pma 47−25 62−11 25−11
xtr 45 17 10 10
spu 57 11 9,9 9
gac 84 16 10,10 10
codons cax
double caa moyn estim
x/R2 0.72 21
max 29 41
fca 5 776 6,7 6
gac 47 12 4,4 4
tsy 13 50 11,7 9
double cac moyn estim
x/R2 0.47 52
max 33 26
rien
double cag moyn estim
x/R2 0.92 38
max 30 47
gac 61 19 4,7 5
pma 60 47 9 9
double cat estim
x/R2
max 0 4
rien
codons ccx
double cca moyn estim
x/R2 0.35 26
max 48 43
fca 4 63 4,4 4
double ccc estim
x/R2
max 0 5
rien
double ccg moyn estim
x/R2 0.6 69
max 19 16
cmk 0 40 2,1 1
double cct moyn estim
x/R2 0.45 48
max 36 29
gac 58 4 13,8 10
xtr 42 17 17 17
codons cgx
double cga moyn estim
x/R2 0.58 17
max 25 27
aml 2 81 5,5 5
fca 7 1193 5,4 4
gac 65 13 1,2 1
double cgc estim
x/R2
max 2 2
bta 0 6 2
fca 0 8 2
double cgg moyn estim
x/R2 1.1 23
max 13 23
rien
double cgt moyn estim
x/R2 0.35 45
max 37 29
pma 55 29 22,16 19
codons ctx
double cta moyn estim
x/R2 0.68 21
max 26 32
rien
double ctc estim
x/R2
max 1 1
rien
double ctg moyn estim
x/R2 0.66 51
max 18 19
gmo 13 33 7 7
pma 37−15 37−11 15−11
double ctt moyn estim
x/R2 0.52 40
max 31 35
pma 56−26 55−6 26−6
Estimations des effectifs de base. Codons g,t.[modifier | modifier le wikicode]
II. Estimation des effectifs de base pour 79 Eucaryotes .
codons gax
double gaa moyn estim
x/R2 0.72 41
max 47 38
bacu 11 423 5,9 7
cbre 29 1871 10 10
cel 60 23 10,8 9
cjap 7 106 5,7 6
gac 3 135 10,7 8
spu 2 111 7,7 7
ssc 47 2320 10 10
ttr 30 204 10 10
xtr 7 58 5,7 6
double gac moyn estim
x/R2 0.43 30
max 46 48
gac 135 48 9 9
pma 56 33 8 8
spu 62 19 10 10
ssc 14 82 16,15 15
double gag moyn estim
x/R2 0.56 28
max 34 47
bacu 21 446 17 17
bta 3 160 22,8 15
cmk 22 405 17 17
csi 4 72 4,8 6
oas 3 56 22,8 15
ttr 8 386 4,6 5
double gat estim
x/R2
max 1 5
bacu 1 18 5
ssc 1 8 5
ttr 0 9 5
codons gcx
double gca moyn estim
x/R2 0.72 17
max 36 46
cmk 2889−25 3008−15 25−15
dno 2 63 7,8 7
double gcc estim
x/R2
max 4 6
cmk 3 164 6
str 1 29 6
double gcg moyn estim
x/R2 0.8 25
max 18 20
cmk 100−13 3757−9 13−9
gac 41 14 1 1
double gct moyn estim
x/R2 0.72 35
max 34 44
cmk 19 55 4,4 4
oaa 32 50 21 21
pma 62 43 18,16 17
str 4 251 15,13 14
xtr 50 16 3,6 4
codons ggx
double gga moyn estim
x/R2 0.44 27
max 36 45
bacu 25 961 11 11
bta 6 384 4,3 3
cbre 61 4 5,6 5
cmk 22 43 11 11
gac 40 20 12 12
lav 3 615 3,4 3
oas 1 131 2,4 3
tma 5 1067 4,3 3
ttr 19 813 11 11
xtr 53 26 12 12
double ggc moyn estim
x/R2 0.44 39
max 30 36
bacu 13 50 1,2 1
bta 8 54 3,4 3
xtr 70 14 18 18
double ggg moyn estim
x/R2 0.91 34
max 29 34
bacu 103−8 2044−4 8−4
bta 29 1265 4,3 3
cmk 7 73 1,2 1
dno 4 321 7,4 5
lav 2 69 6,4 5
oas 2 338 6,4 5
tma 2 87 6,4 5
ttr 70−8 1695−4 8−4
xtr 70 34 4 4
double ggt estim
x/R2
max 1 8
bacu 1 10 8
bta 0 19 8
dno 0 23 8
ttr 1 17 8
codons gtx
double gta moyn estim
x/R2 1.71 40
max 29 38
cmk 29 115 20 20
double gtc estim
x/R2
max 2 3
cmk 0 15 3
osa 13 3 2
zma 11 0 2
double gtg moyn estim
x/R2 0.89 47
max 37 35
cmk 37 1502 12 12
dno 5 75 3,4 3
pma 46 24 9,8 8
double gtt moyn estim
x/R2 0.48 36
max 36 33
pma 96−27 69−7 27−7
codons tax
double taa estim
x/R2
max 2 3
bacu 0 23 3
fca 1 35 3
mtr 2 29 3
ttr 0 19 3
double tac moyn estim
x/R2 1.25 14
max 22 47
ath 50 32 3,3 3
pma 40−3 49−35 3−35
xtr 59 47 3,3 3
double tag estim
x/R2
max 1 4
aml 0 9 4
bacu 0 8 4
bta 0 12 4
fca 0 11 4
double tat estim
x/R2
max 0 4
bta 0 10 4
codons tcx
double tca moyn estim
x/R2 0.92 38
max 22 18
cmk 3 50 6,5 5
gac 43 18 7 7
double tcc estim
x/R2
max 5 3
bta 4 27 3
gmo 14 26 5−3
tng 5 17 3
zma 10 11 5−3
double tcg moyn estim
x/R2 0.53 32
max 23 16
cmk 0 47 3,3 3
double tct moyn estim
x/R2 0.51 53
max 38 21
rien
codons tgx
double tga estim
x/R2
max 3 4
bacu 0 16 4
bta 0 28 4
fca 0 17 4
lav 0 23 4
tma 0 17 4
ttr 0 20 4
double tgc moyn estim
x/R2 0.86 59
max 38 34
bta 25 312 14 14
gac 72 34 21 21
oas 5 55 14,10 12
xtr 46−32 45−22 32−22
double tgg moyn estim
x/R2 0.56 20
max 21 44
bacu 13 242 3,3 3
bta 5 172 5,5 5
gac 47 26 6 6
ttr 9 207 5,6 5
double tgt estim
x/R2
max 1 4
bta 9 133 1−4
oas 0 15 4
codons ttx
double tta moyn estim
x/R2 0.91 22
max 29 34
rien
double ttc moyn estim
x/R2 0.57 55
max 40 24
rien
double ttg moyn estim
x/R2 1.06 27
max 18 29
rien
double ttt estim
x/R2
max 1 5
rien
E79 codons. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base[modifier | modifier le wikicode]
  • Lien au tableur: E79 codons. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base.
  • Méthode: remplacement par la fonction concat de calc. S'il faut recalculer les corrélations et les totaux par colonne, il suffit de copier le "lien tableur" de ce tableau dans un tableur puis remplacer tout * $ § par rien (ctrl+H), récupérer les résultats et non le tableau. S'il est nécessaire de republier le tableau, reprendre "le lien tableur" sans supprimer les * $ §, puis faire les modifications nécessaires avant de publier.
  • Légende:
    aaa1, aaa2, respectivement doublons et gènes différents des gènes tRNAs du codon aaa
    Rouge pour effectif supérieur à 48 remplacé par l'estimation moyenne des proches voisins. Voir méthode
    Cyan pour effectif de la plage 30−48 remplacé par l'estimation moyenne des proches voisins.
    Orange pour les codons faibles excessifs remplacé par le maximum non excessif. Voir méthode.
    zéro: décompte des tirets (−) qui correspondent à zéro gènes tRNA.
    corel pour corrélation entre les 2 colonnes xy1 xy2, cont. pour contrôle du contrôle des maximas, ind. pour indice "total xy1 / total xy2"
E79 Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base
codons aax
aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2
acs 2 2 6 3 3 2 0
aga 3 4 10 1 15 1 0
aml 5 17 10 17 12 6 0 5
ath 10 5 10 8 14 4 0
bacu 4 11 17 6 5 23 0
bdi 3 8 10 5 16 1 0
bta 10 5 16 13 15 24 0
cbr 11 4 20 2 36 3 0
cbre 20 8 28 4 45 3 0
cel 13 0 17 2 24 5 0
cfa 6 27 8 12 10 11 0 0
cge 5 9 8 8 11 8 0
cjap 23 6 20 2 30 6 0
cjc 5 10 9 17 4 11 0
cmk 5 37 16 31 11 24 0 1
cpic 4 31 5 11 2 6 0 0
cpo 4 6 9 8 7 18 0
csi 4 10 10 3 6 15 0 1
dme 4 1 9 0 12 0 0
dno 4 13 17 5 13 29 0
dsi 2 1 5 0 10 0 0
dya 3 2 10 0 12 3 0 0
ecb 7 7 9 7 8 7 0 0
eeu 6 4 5 1 28 10 0
fca 5 44 7 20 8 15 0 4
gac 30 30 12 40 11 22 0 0
gfr 2 1 1 4 1 5 0 0
gga 2 3 5 5 4 1 0
ggo 3 10 9 19 5 13 0 1
gmo 17 9 16 17 20 22 0 1
gmx 15 4 12 9 20 1 0 1
hgl 3 4 5 3 4 10 0
hsa-18 4 7 8 16 5 9 0
lav 14 45 14 36 14 21 0 3
lcm 7 12 2 6 4 8 0 2
lma 0 0 2 0 2 1 0
mcc 6 12 6 20 7 8 0 1
mdo 9 3 9 3 10 8 0
meu 3 6 10 3 8 2 0
mgp 2 1 2 1 1 1 0
mlu 1 1 7 1 4 6 0
mmr 3 1 4 4 4 1 0
mmu 8 5 8 4 7 18 0
mpu 6 24 4 7 5 10 0 5
mtr 7 12 14 15 13 2 4 5
mun 1 1 4 4 3 9 0
nle 8 14 7 13 6 13 0 2
oaa 7 24 10 10 10 14 0
oas 5 16 8 4 5 10 0
ocu 4 7 11 14 9 19 0 0
oga 4 6 8 3 4 4 0
oni 9 6 8 0 22 20 0
opr 3 5 9 4 4 6 0
osa 4 7 17 12 15 4 0
pan 6 12 9 19 6 10 0 1
pfa 0 0 0 0 0
pha 6 5 8 9 6 5 0 0
pma 17 6 29 12 13 9 0
pop 13 4 11 12 15 1 0
ppp 4 3 9 4 11 4 0 0
ppy 8 14 11 29 8 18 1 0
ptr 6 13 9 23 8 17 0 1
rno 0 0 8 6 10 8 0
san 5 2 8 3 6 6 0
sbi 3 7 9 6 15 6 0 0
sbq 4 13 5 6 3 6 0
shr 8 5 12 0 9 22 0
spu 37 19 30 8 30 11 0
ssc 15 22 10 7 7 8 0 1
str 5 4 7 1 7 4 0 0
tgu 3 0 3 4 1 4 0 2
tma 5 25 5 17 7 8 0 0
tng 4 10 6 10 10 10 0
tru 7 12 10 12 13 6 0
tsy 4 5 6 8 0 6 0 0
ttr 4 11 7 5 3 15 0
vvi 5 5 7 13 5 10 0 0
xtr 16 20 28 18 11 22 0 0
zma 14 16 31 17 36 6 0
aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2
zéros 1 0 1 46
db,diff 554 859 801 791 824 803 5 70
total.diff 1413 1592 1627 75
corel 0.29 0.23 -0.03 0.40
db,dif 554 781 801 712 824 725 5 37
total.dif 1335 1513 1549 42
indice 0.71 1.13 1.14 0.14
codons acx
aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2
acs 1 1 0 0 0 1 2
aga 1 0 0 3 2 7 0
aml 1 7 0 0 9 4 5
ath 4 4 0 0 2 3 7 2
bacu 1 6 0 0 3 4 8
bdi 2 7 2 0 2 3 2 6
bta 2 7 0 0 0 6 4 9
cbr 6 3 0 5 3 20 1
cbre 12 2 0 0 6 3 26 4
cel 9 1 0 2 4 14 2
cfa 1 2 0 0 4 2 5
cge 1 2 0 0 0 3 1 6
cjap 7 4 0 8 2 17 6
cjc 0 6 0 0 0 3 1 8
cmk 13 8 0 4 4 3 7 16
cpic 1 16 0 0 4 1 15
cpo 1 2 0 0 2 0 9
csi 2 5 0 0 4 3 6
dme 4 1 0 2 0 6 2
dno 1 6 0 0 6 1 9
dsi 3 1 0 2 1 7 0
dya 4 1 0 4 0 7 0
ecb 2 4 0 0 2 2 6
eeu 0 5 0 0 3 2 6
fca 1 11 0 0 8 3 5
gac 19 15 0 14 8 23 11
gfr 0 3 0 0 0 2 2
gga 1 2 0 0 1 0 3
ggo 1 4 0 1 4 2 6
gmo 6 23 0 7 22 10 19
gmx 5 4 0 0 2 1 3 5
hgl 0 3 0 1 0 3 0 14
hsa-18 0 5 0 0 4 3 5
lav 5 16 0 0 0 9 1 12
lcm 1 7 0 0 1 3 7
lma 0 0 0 1 0 2 0
mcc 0 5 0 0 3 3 6
mdo 5 1 0 0 2 6 5
meu 3 2 0 0 2 3 4
mgp 0 1 0 0 0 3
mlu 2 2 0 0 2 2 2
mmr 0 2 0 0 1 0 2
mmu 1 2 0 0 3 2 8
mpu 1 5 0 0 4 2 7
mtr 3 6 2 1 0 0 8 1
mun 0 1 0 0 1 3
nle 0 5 0 0 4 3 8
oaa 2 15 0 0 2 7 7 15
oas 1 3 0 0 2 0 4
ocu 1 5 0 0 0 4 2 5
oga 1 4 0 0 2 1 7
oni 3 21 0 0 1 6 6 11
opr 1 4 0 0 6 1 5
osa 9 6 5 2 3 1 8 2
pan 0 7 0 0 6 4 6
pfa 0 0 0 0 0 0
pha 0 6 0 0 5 4 5
pma 10 8 5 4 11 11 29 32
pop 5 5 0 2 1 2 4
ppp 1 3 0 3 2 8 1
ppy 0 3 0 0 6 4 7
ptr 1 4 0 0 5 2 7
rno 1 3 0 0 3 2 6
san 0 4 0 0 4 2 5
sbi 4 7 0 1 3 2 3 8
sbq 1 5 0 0 4 2 6
shr 4 2 0 0 1 4 4
spu 11 9 0 4 4 14 12
ssc 3 4 0 0 3 6 6
str 2 3 0 4 0 6 2 31
tgu 1 2 0 4 0 1 2 5
tma 1 16 0 0 0 3 1 14
tng 3 8 0 3 9 9 16
tru 1 5 0 1 6 7 10
tsy 0 3 0 0 3 2 6
ttr 1 4 0 0 0 2 2 6
vvi 2 5 0 1 1 1 4 5
xtr 13 8 0 15 13 23 11
zma 8 5 5 4 4 1 7 12
aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2
zéros 0 56 2 1
db,diff 224 492 19 49 118 362 398 623
total.diff 716 68 480 1021
corel 0.27 0.49 0.43 0.25
db,dif 224 413 19 26 118 285 398 545
total.dif 637 45 403 943
indice 0.54 0.73 0.41 0.73
codons agx
aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2
acs 0 2 2 2 0 2 0
aga 0 1 4 1 0 1 0
aml 0 16 3 9 1 43 0 1
ath 1 8 7 8 4 3 0
bacu 0 8 3 9 0 7 0
bdi 2 6 12 5 4 5 0
bta 0 8 8 10 2 6 0 3
cbr 7 2 6 2 1 0 0
cbre 10 2 9 4 4 6 0
cel 5 2 6 2 1 2 0 0
cfa 0 8 2 5 1 27 0
cge 0 4 3 5 1 4 0
cjap 9 2 12 2 2 0 0
cjc 0 5 3 4 1 3 0
cmk 0 13 10 22 5 6 0
cpic 1 24 1 18 0 9 0 2
cpo 0 4 3 6 1 3 0
csi 0 5 7 5 0 6 0
dme 0 2 4 1 2 0 0
dno 0 8 3 6 1 45 0
dsi 0 3 1 1 1 1 0
dya 0 2 4 3 2 1 0
ecb 0 4 5 6 1 5 0
eeu 0 4 4 2 1 5 0
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indice 0.23 1.37 0.25 0.04
E79 codons. Les carrés[modifier | modifier le wikicode]
E79-tg. Effectifs, corrélations et indices doublons/différents des 79 eucaryotes
I1. E79fe-tg  db,dif  différents  mtri
g1 t1
ttt 23 tct 337 tat 30 tgt 35
ctt 317 cct 252 cat 14 cgt 299
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gtt 418 gct 923 gat 38 ggt 60
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ctc 1 ccc 10 cac 319 cgc 8
atc 38 acc 26 aac 712 agc 442
gtc 23 gcc 37 gac 648 ggc 469
tta 416 tca 358 taa 32 tga 70
cta 288 cca 385 caa 546 cga 353
ata 395 aca 413 aaa 781 aga 495
gta 408 gca 686 gaa 547 gga 405
ttg 465 tcg 225 tag 54 tgg 469
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atg 1152 acg 285 aag 725 agg 504
gtg 468 gcg 351 gag 625 ggg 286
I2. E79be-tg  db,dif  doublons  mtri
g1 t1
ttt 1 tct 506 tat 0 tgt 2
ctt 461 cct 577 cat 0 cgt 507
att 671 act 398 aat 5 agt 25
gtt 525 gct 731 gat 3 ggt 2
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ctc 1 ccc 1 cac 631 cgc 2
atc 6 acc 19 aac 801 agc 390
gtc 7 gcc 8 gac 844 ggc 864
tta 97 tca 142 taa 5 tga 7
cta 122 cca 531 caa 317 cga 177
ata 91 aca 224 aaa 554 aga 108
gta 148 gca 336 gaa 550 gga 557
ttg 114 tcg 134 tag 1 tgg 389
ctg 346 ccg 211 cag 408 cgg 84
atg 957 acg 118 aag 824 agg 212
gtg 456 gcg 181 gag 697 ggg 221
I3. E79e-tg   db,dif  db + dif  mtri
g1 t1
ttt 24 tct 843 tat 30 tgt 37
ctt 778 cct 829 cat 14 cgt 806
att 1159 act 943 aat 42 agt 62
gtt 943 gct 1654 gat 41 ggt 62
ttc 1117 tcc 59 tac 1231 tgc 1767
ctc 2 ccc 11 cac 950 cgc 10
atc 44 acc 45 aac 1513 agc 832
gtc 30 gcc 45 gac 1492 ggc 1333
tta 513 tca 500 taa 37 tga 77
cta 410 cca 916 caa 863 cga 530
ata 486 aca 637 aaa 1335 aga 603
gta 556 gca 1022 gaa 1097 gga 962
ttg 579 tcg 359 tag 55 tgg 858
ctg 632 ccg 326 cag 1016 cgg 298
atg 2109 acg 403 aag 1549 agg 716
gtg 924 gcg 532 gag 1322 ggg 507
II1. E79ft-tg  db,diff  différents  mtri+1
g1 t1
ttt 50 tct 414 tat 57 tgt 66
ctt 396 cct 331 cat 36 cgt 377
att 567 act 623 aat 70 agt 55
gtt 497 gct 1002 gat 73 ggt 78
ttc 550 tcc 58 tac 1143 tgc 1023
ctc 10 ccc 28 cac 397 cgc 22
atc 65 acc 49 aac 791 agc 520
gtc 60 gcc 61 gac 727 ggc 547
tta 495