Recherche:Genèse et duplication des gènes des tRNAs/Annexe/Tableaux

Paris le 01.08.18

Bases de données

• Les gènes de tRNAs: gtRNAdb [1]
• La base Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG: [2]

Liste des génomes

Les fichiers fasta de la base gtRNAdb nécessaires pour les décomptes des tRNAs sont sous forme txt, compressés et localisés dans mon blog Blogooolife [3]. On peut les télécharger [4].

E79

E79: Eucaryotes non champignon, prélevés de la base gtRNAdb le 27.10.17

• Lien tableur liste, décomptes.

79 eucaryotes + zebrafish: Liste des génomes

n tRNAs	KEGG	Génome
1463	aml	Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009)
211	acs	Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010)
414	aga	Anopheles gambiae
684	ath	Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011)
7080	bacu	Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)
4040	bta	Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
639	bdi	Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X)
1095	cbr*	Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008)
743	cbr	Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3)
596	cel	Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010)
827	cja*	Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008)
408	cjc	Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009)
13727	cmk	Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)
906	cfa	Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011)
383	cpo*	Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008)
518	csi*	Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1)
554	cpic	Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1)
498	cge	Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011)
1119	dno*	Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3)
289	dme	Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6)
256	dsi	Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0)
326	dya	Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1)
494	ecb	Equus caballus (horse) (Sep 2007)
485	eeu*	Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2)
3729	fca	Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)
1492	gmo*	Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1)
283	gga	Gallus gallus (galGal4 Nov 2011)
2489	gac*	Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006)
203	gfr	Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1)
738	gmx	Glycine max (soybean) (Wm82.a2)
435	ggo	Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011)
367	hgl	Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2)
622	hsa	Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)
373	lcm	Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1)
82	lma	Leishmania major
2002	lav	Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009)
458	mcc	Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3)
353	meu*	Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2)
582	mtr	Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0)
155	mgp	Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009)
191	mun*	Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1)
258	mmr*	Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003)
481	mdo	Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006)
469	mmu	Mus musculus (mm10 Dec 2011)
749	mpu*	Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1)
252	mlu*	Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2)
421	nle	Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3)
338	opr*	Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3)
674	oni*	Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2)
856	oaa	Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007)
506	ocu	Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009)
738	osa	Oryza sativa
326	oga*	Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3)
1176	oas	Ovis aries (sheep) (Feb 2010)
503	ptr	Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4)
476	pan*	Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2)
411	pha*	Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008)
2485	pma*	Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2)
418	ppp	Physcomitrella patens
35	pfa	Plasmodium falciparum
517	ppy*	Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2)
618	pop	Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0)
407	rno	Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012)
334	sbq	Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1)
446	shr	Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1)
374	san*	Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2)
578	sbi	Sorghum bicolor (Version 1.0)
804	str*	Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2)
1065	spu	Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin)
807	ssc	Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3)
230	tgu	Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2)
575	tru	Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3)
455	tsy*	Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2)
540	tng	Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007)
2017	tma*	Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1)
5845	ttr*	Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)
499	vvi	Vitis vinifera (Grapevine 12X)
2639	xtr	Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009)
1198	zma	Zea mays (Version 5b.60)
12258	dre	Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)

C42

C42: Eucaryotes, champignons, prélevés de la base gtRNAdb le 27.10.17

• Lien tableur liste, décomptes.

42 champignons: Liste des génomes

n tRNAs	KEGG	Génome
181	ani	Aspergillus nidulans FGSC A4
242	aor	Aspergillus oryzae RIB40
212	bfu	Botrytis cinerea B05.10
125	cal	Candida albicans WO-1
207	cgr	Candida glabrata CBS 138
82	cot	Candida orthopsilosis Co 90-125
143	cneg*	Cryptococcus neoformans var. grubii H99
191	cjd*	Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988
214	dha	Debaryomyces hansenii CBS767
46	ecu	Encephalitozoon cuniculi GB-M1
53	ede*	Exophiala dermatitidis NIH/UT8656
273	fve*	Flammulina velutipes KACC42780
270	fgr5	Fusarium graminearum CS3005
305	fgr	Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084
285	fvr	Fusarium verticillioides 7600
266	kaf	Kazachstania africana CBS 2517
158	kna*	Kazachstania naganishii CBS 8797
162	kla	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
123	kpa*	Komagataella pastoris CBS 7435
258	lkl*	Lachancea kluyveri NRRL Y-12651
229	lth	Lachancea thermotolerans CBS 6340
190	mgr	Magnaporthe oryzae 70-15
288	mfa*	Millerozyma farinosa CBS 7064
192	mth*	Myceliophthora thermophila ATCC 42464
270	ncs	Naumovozyma castellii CBS 4309
396	ncr	Neurospora crassa OR74A
80	opa*	Ogataea parapolymorpha DL-1
192	pch*	Penicillium chrysogenum P2niaD18
275	sce	Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)
205	sas*	Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri
170	pic	Scheffersomyces stipitis CBS 6054
168	spo	Schizosaccharomyces pombe 972h-
96	sre*	Sporisorium reilianum SRZ2
328	tbl	Tetrapisispora blattae CBS 6284
206	tpf	Tetrapisispora phaffii CBS 4417
154	ttt	Thielavia terrestris NRRL 8126
192	tdl	Torulaspora delbrueckii CBS 1146
111	uma	Ustilago maydis 521
156	vma*	Valsa mali 03-8
225	vda	Verticillium dahliae VdLs.17
510	yli	Yarrowia lipolytica CLIB122
272	zro	Zygosaccharomyces rouxii CBS 732

B42

B42: bactéries prélevées de la base gtRNAdb le 02.06.18

• Lien tableur liste, décomptes.

42 bactéries: Liste des génomes

n tRNAs	KEGG	Génome
75	bae	Bacillus atrophaeus 1942
91	bcef	Bacillus cereus FT9
84	bcoh*	Bacillus coagulans HM-08
39	bbd	Belliella baltica
111	blr	Brevibacillus laterosporus LMG 15441
81	cbl	Clostridium botulinum A3 Loch Maree
88	dzc	Dickeya zeae EC1
85	eclx	Enterobacter cloacae 34399
83	eno	Enterobacter cloacae subsp. cloacae ENHKU01
85	eal	Escherichia albertii KF1
87	eco	Escherichia coli K-12 MG1655
91	gmc	Geobacillus sp Y41MC1
109	hmo	Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547
49	hmr	Hippea maritima
78	ksk	Kitasatospora setae KM-6054
86	kpn	Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578
81	ksa	Kosakonia sacchari SP1
73	lpl	Lactobacillus plantarum WCFS1
81	mme	Marinomonas mediterranea MMB-1
131	mvs	Moritella viscosa
109	ppoy	Paenibacillus polymyxa Sb3-1
83	pdi	Parabacteroides distasonis ATCC 8503
90	pdix	Peptoclostridium difficile 630 cultivar NCTC_13307_/strain
84	pge	Pluralibacter gergoviae FB2
106	pha	Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125
88	pse	Pseudogulbenkiania sp NH8B
85	sbz	Salmonella bongori N268-08
79	sty	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi CT18
108	sbn	Shewanella baltica OS195
97	sfr	Shewanella frigidimarina NCIMB 400
147	spl	Shewanella pealeana ATCC 700345
61	sep	Singulisphaera acidiphila
71	saci	Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
71	sma	Streptomyces avermitilis MA-4680
73	sho	Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis TL01
105	vag	Vibrio alginolyticus NBRC 15630 ATCC 17749
93	vau	Vibrio anguillarum NB10
121	vha	Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 BB120
130	vpf	Vibrio parahaemolyticus O1_Kuk str.FDA_R31
112	vvm	Vibrio vulnificus MO6-24/O
70	ype	Yersinia pestis CO92 (biovar Orientalis)
82	yrb	Yersinia ruckeri Big Creek 74

A10

A10: 10 archées prélevées de la base gtRNAdb le 13.07.18

• Lien tableur liste, décomptes.

10 archées: Liste des génomes

introns	n tRNAs	KEGG	Génome
2	49	fpl	Ferroglobus placidus DSM 10642
3	52	hbo	Halogeometricum borinquense DSM 11551 PR 3
2	59	mru	Methanobrevibacter ruminantium M1
6	55	mmet	Methanococcoides methylutens MM1
4	58	mac	Methanosarcina acetivorans C2A
4	62	mbw	Methanosarcina barkeri str. Wiesmoor
4	60	mhor	Methanosarcina horonobensis HB-1 JCM 15518
4	57	mls	Methanosarcina lacustris Z-7289
3	56	mpl	Methanosphaerula palustris E1-9c
3	54	nou	Natronococcus occultus SP4
71	46	pcl	Pyrobaculum calidifontis JCM 11548

Méthode pour compter les duplications

• copier le fasta de gtRNAdb dans un txt. Exemple [5].
• Sauvegarde dans Eklablog avec la date de prélèvement de la base, [6]
• copier ce txt dans éditeur writer odt
• remplacer tout "0$" par "0 " jusqu'à "9$" par "9 " (ctrl+H et cocher expression régulière)
• remplacer tout "$" par ""
• remplacer tout ">" par "\n"
• utiliser la macro tRNA en la mettant à jour.
• Créer un raccourci clavier:"gérer macro"/assigner/catégorie/"Macros Libreoffice"/"Mes macros"/standard/Module1/tRNA
• choisir un raccourci dans "Raccourcis clavier". "Modifier" et le raccourci apparait dans "Touches".
• copier le tout dans un txt
• copier le tout de ce txt dans un nouveau classeur ods avec largeur de colonne de 1,3 cm.

Décomptes

• illustration avec l'image du tableur Image:GD-tRNA-methode.png
• A la copie le texte s'étalle de la colonne I à U, avec le contenu de U recouvrant les colonnes suivantes.
• Ecrire dans une cellule un * puis couper la cellule, sélectionner la cellule W28 puis "ctrl+shift+fin", réduire la sélection à la colonne W, puis coller. On obtient les cellules avec *.
• Sans déplacer le curseur ailleurs sélectionner le dernier *, puis "ctrl+shift+début", réduire la sélection au rectangle commençant par la cellule I28.
• données/trier : 1ère clé P28 2ème clé U28, tri croissant. Chercher les codons indéfinis (UND), déplacer leurs lignes à part et retrier avec "ctrl+shift+fin" sur la clé P28 croissant.
• En G28 insérer la fonction =exact(U28,U29), qui donne comme résultat TRUE ou FALSE (ou 1 ou 0).
• Couper puis "ctrl+shift+fin", réduire la sélection à la colonne G, coller. Puis sans deselectionner copier et sélectionner ensuite la cellule E28.
• Coller avec (ctrl+V, texte nombre format). Tout en gardant la sélection il faut noter le nombre de lignes copiées, c'est le total des codons (ici écrit 123 dans la cellule G27).
• Tout en gardant la sélection données/trier croissant. Rechercher le total des FALSE dans la sélection avec (ctrl+H et cocher sélection active). Ce total est marqué en E27 (67).
• Coller avec (ctrl+V, texte nombre format) en sélectionnant la cellule X28, la copie de la colonne G28 est restée en mémoire.
• Ne pas déselectionner et rechercher FALSE avec (ctrl+H et cocher sélection active), puis colorer les cellules (ici FALSE en jaune).
• Sélectionner les colonnes O28 et P28 avec "ctrl+shift+fin", réduire la sélection. Copier et coller en Y28 et Z28.
• Sélectionner les colonnes X28 Y28 Z28 avec "ctrl+shift+fin", réduire la sélection. Données/trier 1ère clé Z28 2ème clé X28: Les séquences identiques ont la valeur TRUE, les autres FALSE.
• Copier la colonne Z28 en AD28 avec "ctrl+shift+fin".
• En AE28 insérer la fonction =exact(Z28,Z29). Les sélections dans l'image sur les colonnes AD AE correspondent aux codons identiques par le nom seulement. Ces cellules sont supprimées.
• Le décompte met le total du codon en AB28 et le nombre de séquences non identiques (FALSE) en AC28 pour le codon (AAC) dont on a gardé la cellule AD du nom.
• Les séquences identiques (TRUE) ne nous renseignent pas sur leur identité qui appartient aux séquences FALSE.
• Une fois le décompte terminé supprimer la colonne AE et copier AB AC AD en AF AG AH en sélectionnant avec "ctrl+shift+fin".
• Sans déselectionner données/trier croissant sur la clé AH. Faire le total des codons et des FALSE. Controler avec les totaux en E27 et G27. Corriger au cas par cas.
• le code KEGG est écrit en AF27.

Constitution des tableaux de travail

• Les décomptes E79 C42 B42 A10 qui ne sont représentés que dans le tableur, prêts à être copier sans formatage, ont été triés sur le code KEGG. D'après la méthode des décomptes, les génomes n'ont pas le même nombre de noms de codons. Pour travailler sur des tableaux homogènes les décomptes sont normalisés à 64 noms de codons. Le tableau suivant détaille cette normalisation pour 4 génomes représentés par leur code KEGG.
• Création et utilisation de la première ligne du tableau: =concat() et copie par blocs.
• Recherche des codons faibles (2ème partie du tableau, en bas) dans la 1ère partie (les décomptes à proprement parler): 18 recherches "ctrl+H" et coloration des cellules trouvées.
• Tri croissant pour chaque génome sur la colonne des codons (acs3). Auparavant enlever les 2 totaux.
• Mais certains génomes leur manquent d'autres codons: rechercher ces codons par la fonction =exact() que l'on insère en acs4 et qui compare la colonne acs3 avec la colonne de référence (fixer la colonne par $ pour pouvoir copier la fonction =exact() dans les colonnes acs4) des noms des codons (1ère colonne). Le "drag and drop" de la fonction =exact() permet de repérer les FALSE et de corriger au fur et à mesure. Compléter par des zéros les effectifs de ces codons manquants.
• Constitution du tableau de travail: refaire la 1ère ligne, toujours avec la fonction concat, en omettant acs3 et acs4, copie par blocs puis copie de toute la ligne avec "ctrl+V, texte nombre format). Tri sur cette ligne. Le tableau est constitué. Supprimer la 1ère ligne et les lignes et colonnes inutiles.

Préparation des décomptes pour la constitution des tableaux de travail

		acs1	acs2	acs3	acs4	aga1	aga2	aga3	aga4	aml1	aml2	aml3	aml4	ath1	ath2	ath3
KEGG		acs				aga				aml				ath
(AAA)		5	3	(AAC)		31	7	(AAC)		10	2	(AAC)		15	3	(AAC)
(AAC)		4	2	(AAG)		5	2	(AAG)		7	5	(AAG)		12	3	(AAG)
(AAG)		6	2	(AAT)		12	2	(AAT)		12	5	(AAT)		17	2	(AAT)
(AAT)		4	2	(ACG)		10	1	(ACG)		8	3	(ACG)		11	7	(ACG)
(ACA)		5	1	(AGA)		6	2	(AGA)		2	2	(ACT)		37	11	(AGA)
(ACC)		12	6	(AGC)		17	4	(AGC)		10	4	(AGA)		16	3	(AGC)
(ACG)		3	1	(AGG)		7	5	(AGG)		17	14	(AGC)		16	5	(AGG)
(ACT)		4	3	(AGT)		8	1	(AGT)		9	2	(AGG)		10	3	(AGT)
(AGA)		2	1	(CAA)		4	4	(CAA)		10	6	(AGT)		12	6	(CAA)
(AGC)		3	1	(CAC)		29	8	(CAC)		1	1	(ATC)		8	2	(CAC)
(AGG)		4	2	(CAG)		10	2	(CAG)		6	6	(ATT)		3	1	(CAG)
(AGT)		12	8	(CAT)		18	5	(CAT)		9	7	(CAA)		32	16	(CAT)
(ATA)		7	4	(CCA)		6	1	(CCA)		9	2	(CAC)		16	5	(CCA)
(ATC)		2	1	(CCC)		2	2	(CCT)		7	5	(CAG)		5	1	(CCC)
(ATG)		1	1	(CCG)		8	1	(CGA)		24	13	(CAT)		4	3	(CCG)
(ATT)		3	3	(CCT)		6	2	(CGC)		10	7	(CCA)		8	4	(CCT)
(CAA)		2	2	(CGA)		13	6	(CGG)		7	5	(CCC)		7	4	(CGA)
(CAC)		3	3	(CGC)		6	3	(CGT)		7	5	(CCG)		7	3	(CGC)
(CAG)		2	1	(CGG)		15	3	(CTC)		45	44	(CCT)		5	3	(CGG)
(CAT)		1	1	(CGT)		11	6	(CTG)		4	4	(CGA)		6	4	(CGT)
(CCA)		5	4	(CTC)		17	2	(CTT)		5	4	(CGC)		13	4	(CTC)
(CCC)		5	3	(CTG)		9	1	(GAA)		5	2	(CGG)		9	5	(CTG)
(CCG)		6	3	(CTT)		5	1	(GCA)		10	10	(CGT)		19	5	(CTT)
(CCT)		5	1	(GAA)		15	1	(GCC)		10	10	(CTA)		21	5	(GAA)
(CGA)		12	4	(GCA)		6	2	(GCT)		37	34	(CTC)		2	1	(GAC)
(CGC)		7	2	(GCC)		22	21	(GTA)		25	21	(CTG)		1	1	(GAG)
(CGG)		5	3	(GCT)		20	2	(GTC)		772	760	(CTT)		2	1	(GAT)
(CGT)		1	1	(GGG)		21	5	(GTG)		11	3	(GAA)		18	14	(GCA)
(CTA)		6	6	(GTA)		12	2	(GTT)		25	12	(GCA)		25	9	(GCC)
(CTC)		8	2	(GTC)		6	5	(TAA)		10	2	(GCC)		16	9	(GCT)
(CTG)		5	2	(GTG)		3	1	(TAC)		1	1	(GCG)		3	2	(GGA)
(CTT)		10	4	(GTT)		3	2	(TAG)		13	10	(GCT)		1	1	(GGT)
(GAA)		2	2	(TAA)		2	2	(TAT)		11	10	(GTA)		83	33	(GTA)
(GAC)		2	2	(TAC)		8	1	(TCC)		11	6	(GTC)		29	8	(GTC)
(GAG)		3	3	(TAG)		8	4	(TCG)		8	1	(GTG)		12	6	(GTG)
(GAT)		1	1	(TAT)		2	2	(TCT)		28	18	(GTT)		19	9	(GTT)
(GCA)		1	1	(TCA)		2	1	(TGA)		5	4	(TAA)		6	3	(TAA)
(GCC)		8	3	(TCC)		3	2	(TGC)		7	7	(TAC)		7	3	(TAC)
(GCG)		3	3	(TCG)		8	2	(TGG)		5	5	(TAG)		11	5	(TAG)
(GCT)		3	3	(TCT)		2	1	(TGT)		6	6	(TAT)		5	2	(TAT)
(GGA)		1	1	(TGA)		1	1	(TTA)		2	2	(TCA)		13	2	(TCC)
(GGC)		6	6	(TGC)		11	3	(TTC)		7	4	(TCC)		6	2	(TCG)
(GGG)		3	1	(TGG)		4	2	(TTG)		84	82	(TCG)		10	9	(TCT)
(GGT)		3	2	(TGT)		8	5	(TTT)		17	17	(TCT)		12	6	(TGA)
(GTA)		7	2	(TTC)		422	138			6	6	(TGA)		10	3	(TGC)
(GTC)		3	3	(TTG)						9	7	(TGC)		47	6	(TGG)
(GTG)		5	3	(TTT)						11	8	(TGG)		9	5	(TGT)
(GTT)		211	119							9	8	(TGT)		1	1	(TTA)
(TAA)										1	1	(TTA)		16	9	(TTC)
(TAC)										11	7	(TTC)		10	4	(TTG)
(TAG)										43	42	(TTG)		16	6	(TTT)
(TAT)										55	50	(TTT)		699	268
(TCA)										1474	1302
(TCC)
(TCG)
(TCT)
(TGA)
(TGC)
(TGG)
(TGT)
(TTA)
(TTC)
(TTG)
(TTT)
		0	0	(AAA)		0	0	(AAA)		0	0	(AAA)		0	0	(AAA)
		0	0	(ACA)		0	0	(ACA)		0	0	(ACA)		0	0	(ACA)
		0	0	(ACC)		0	0	(ACC)		0	0	(ACC)		0	0	(ACC)
		0	0	(ACT)		0	0	(ACT)		0	0	(ACT)		0	0	(ACT)
		0	0	(ATA)		0	0	(ATA)		0	0	(ATA)		0	0	(ATA)
		0	0	(ATC)		0	0	(ATC)		0	0	(ATC)		0	0	(ATC)
		0	0	(ATG)		0	0	(ATG)		0	0	(ATG)		0	0	(ATG)
		0	0	(ATT)		0	0	(ATT)		0	0	(ATT)		0	0	(ATT)
		0	0	(CTA)		0	0	(CTA)		0	0	(CTA)		0	0	(CTA)
		0	0	(GAC)		0	0	(GAC)		0	0	(GAC)		0	0	(GAC)
		0	0	(GAG)		0	0	(GAG)		0	0	(GAG)		0	0	(GAG)
		0	0	(GAT)		0	0	(GAT)		0	0	(GAT)		0	0	(GAT)
		0	0	(GCG)		0	0	(GCG)		0	0	(GCG)		0	0	(GCG)
		0	0	(GGA)		0	0	(GGA)		0	0	(GGA)		0	0	(GGA)
		0	0	(GGC)		0	0	(GGC)		0	0	(GGC)		0	0	(GGC)
		0	0	(GGG)		0	0	(GGG)		0	0	(GGG)		0	0	(GGG)
		0	0	(GGT)		0	0	(GGT)		0	0	(GGT)		0	0	(GGT)
		0	0	(TTA)		0	0	(TTA)		0	0	(TTA)		0	0	(TTA)

Construction des tableaux des duplications

• Ne laisser que la colonne ttt des codons, enlever la dernière, total.
• Copie transposer le tableau
• '=concat(codon,1) au-dessus de chaque codon, ce qui donne ttt1 par exemple
• Couper coller cette ligne en ctrl V à la suite des codons, sans suffixe.
• Trier par colonne avec la nouvelle ligne de codons avec et sans suffixe, on obtient une colonne (codon avec suffixe) à blanc intercalée entre 2 codon non suffixés.

  Avant le tri ajouter une colonne à blanc au début du tableau.

• Décaler la nouvelle ligne de codons d’une cellule à droite. Sur la ligne au-dessus, au niveau de codon1(aaa1)

  écrire double, au niveau de aaa =cellule de aaa. Copier par bloc sur toute la ligne nouvelle.

  couper coller ctrl+v pour écraser la ligne des codons

• La cellule (génome, codon) faire = la cellule diff qui est sous la cellule génome : =(ani, diff).
• Copier par blocs toutes ces cellules du codon aaa. Ou bien
• Executer la macro CopieM en la mettant à jour la cellule de la dernière ligne de la colonne,

  Avant de lancer la macro positionner le tableau comme indiqué dedans.

• Couper tout le tableau et coller ctrl+V. Trier par ligne avec la colonne des génomes qui contient les cellules diff.

  enlever les lignes diff.

• Copier la ligne et la colonne des en-têtes pour un nouveau tableau,

  pour calculer les doublons et les distincts autres que le 1er gène d’un codon.

• A la cellule correspondant à double d’un génome, faire =double-codon,
• A la cellule correspondant à codon faire =codon-1.
• Copier par blocs sur tout le tableau. Ou bien utiliser la macro CopieM2 en la mettant à jour comme CopieM.
• Rechercher les cellules -1 et remplacer par un tiret −.

Tableaux des effectifs

• C'est le format 1 issu des décomptes. Deux colonnes par génome, tot pour le total du codon, diff le total des codons différents, à séquence non identique. Le total du codon est la somme des duplicata à séquence non identiques et des doublons de ces dernières. Donc les doublons obtenus par la différence tot-diff ne sont pas identiques entre eux. Ces doublons sont nommés dans les tableaux suivants, double. Il y a 3 processus en cours, celui qui, à partir d'une séquence donnée initiale, donne des duplicata différents qui à leur tour, par un 2ème processus, produisent des doublons (séquence identique au duplicata). Le 1er processus concerne les duplicata et son effectif est donc diff-1. Le 2ème processus est la somme des séquences identiques à chaque duplicata donné et donc son effectif est tot-diff. Le 3ème processus est la genèse ou non d'une 1ère séquence, son effectif est l'unité.

E79 effectifs

• Lien tableur: E79 + dre.

79 eucaryotes + zebrafish: Effectifs des tRNAs

dre	diff				E79	acs	diff	aga	diff	aml	diff	ath	diff	bacu	diff	bdi	diff	bta	diff	cbr	diff	cbre	diff	cel	diff	cfa	diff	cge	diff	cjap	diff	cjc	diff	cmk	diff	cpic	diff	cpo	diff	csi	diff	dme	diff	dno	diff	dsi	diff	dya	diff	ecb	diff	eeu	diff	fca	diff	gac	diff	gfr	diff	gga	diff	ggo	diff	gmo	diff	gmx	diff	hgl	diff	hsa-18	diff	lav	diff	lcm	diff	lma	diff	mcc	diff	mdo	diff	meu	diff	mgp	diff	mlu	diff	mmr	diff	mmu	diff	mpu	diff	mtr	diff	mun	diff	nle	diff	oaa	diff	oas	diff	ocu	diff	oga	diff	oni	diff	opr	diff	osa	diff	pan	diff	pfa	diff	pha	diff	pma	diff	pop	diff	ppp	diff	ppy	diff	ptr	diff	rno	diff	san	diff	sbi	diff	sbq	diff	shr	diff	spu	diff	ssc	diff	str	diff	tgu	diff	tma	diff	tng	diff	tru	diff	tsy	diff	ttr	diff	vvi	diff	xtr	diff	zma
10	10		Phe	ttt	AAA	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	3	3	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	6	6	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	2	2	6	5	2	2	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	2	2	2	2	1	1
232	86		Val	gtt	AAC	5	3	31	7	10	2	15	3	14	9	16	5	20	13	25	7	33	3	19	4	6	4	13	9	23	4	7	4	22	16	16	15	6	2	11	6	6	2	12	8	7	2	7	2	12	5	7	4	8	4	21	12	2	2	7	5	9	7	21	13	22	7	12	11	10	6	41	34	3	3	2	1	10	7	9	3	8	3	3	3	5	2	4	2	8	6	8	5	17	6	4	3	11	7	23	16	7	4	12	8	6	3	8	2	7	5	18	7	9	5	1	1	9	4	166	70	17	4	13	3	10	6	11	5	8	5	7	2	16	7	6	4	8	1	20	3	10	6	18	14	9	8	11	8	10	7	19	11	6	5	8	7	15	7	55	19	22	11
270	146		Leu	ctt	AAG	4	2	5	2	7	5	12	3	6	2	14	7	11	5	26	5	32	3	20	6	4	1	5	2	26	4	8	4	20	14	2	2	5	2	6	3	4	1	5	2	5	1	5	1	7	2	6	2	6	1	49	18	4	3	3	3	9	5	33	22	16	1	5	3	9	4	22	18	4	3	3	1	9	7	8	3	5	3	1	1	3	2	5	2	5	3	6	2	9	6	3	3	10	6	8	5	6	3	5	3	4	1	14	9	5	3	15	4	8	4	1	1	9	5	112	56	49	36	6	1	16	10	11	6	1	1	6	2	15	4	7	3	9	3	18	13	8	3	6	3	2	2	8	5	15	13	11	8	6	3	6	1	10	5	38	18	29	10
258	129		Ile	att	AAT	6	2	12	2	12	5	17	2	12	6	20	7	18	4	21	4	33	2	21	2	9	5	13	3	26	6	13	8	31	23	11	9	10	3	13	6	10	2	12	6	9	3	10	2	20	7	9	2	10	2	101	17	6	2	7	1	14	9	26	21	31	19	8	3	15	10	43	30	7	6	3	1	12	8	13	1	6	2	3	2	10	4	4	2	12	5	10	4	23	9	5	2	13	9	27	17	6	3	11	5	10	4	25	13	8	2	18	4	14	9	1	1	12	7	110	63	20	6	12	3	16	9	17	11	12	7	15	8	17	3	11	5	11	1	69	12	13	1	14	8	40	35	13	8	18	10	12	3	8	3	11	6	15	6	63	18	69	37
9	9		Cys	tgt	ACA	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	143	134	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	5	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	5	5	0	0	2	2	4	4	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	16	16	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	4	4	0	0	2	2	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	5	5	0	0	0	0	1	1	6	5	1	1	2	2	1	1
11	11		Gly	ggt	ACC	0	0	0	0	0	0	0	0	12	11	0	0	20	20	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	24	24	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	4	0	0	4	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	1	1	0	0	0	0	2	2	5	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	7	1	1	9	9	0	0	0	0	0	0	19	18	0	0	0	0	0	0
203	56		Arg	cgt	ACG	4	2	10	1	8	3	11	7	9	6	16	4	13	6	22	5	32	4	18	4	6	5	6	3	21	4	6	2	9	5	7	5	7	3	10	6	10	1	10	5	9	1	12	1	10	4	6	3	9	4	49	12	6	5	8	4	7	4	31	23	13	2	5	3	7	2	14	10	4	2	4	1	6	3	5	5	7	5	2	2	6	5	6	4	6	3	6	3	12	7	3	2	7	3	12	8	2	2	7	3	6	4	16	4	7	3	24	7	7	3	0	0	7	4	85	30	12	8	8	3	7	3	7	2	6	3	9	5	15	4	6	2	4	4	29	9	7	2	6	3	6	4	8	5	14	4	16	3	6	3	7	5	11	10	33	13	35	10
14	11		Ser	agt	ACT	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	4	4	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	18	11	0	0	0	0	2	2	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	3	3	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	26	9	0	0	0	0	3	2	5	5	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
336	176		Ser	tct	AGA	5	1	6	2	10	4	37	11	10	7	11	3	13	5	17	3	20	4	15	4	10	5	6	1	19	5	9	4	26	14	24	22	8	2	13	5	8	3	10	3	8	3	9	3	12	4	7	2	8	3	52	14	2	1	9	5	11	5	30	18	15	5	7	5	9	4	29	20	3	3	1	1	9	4	12	6	8	2	5	3	6	2	7	6	10	5	8	3	12	5	4	4	10	7	0	0	2	1	10	3	6	4	10	4	7	2	12	5	10	4	1	1	9	3	22	8	14	6	13	3	11	8	12	6	11	9	8	4	11	3	9	3	10	3	0	0	10	4	15	9	3	1	14	10	14	9	11	6	7	4	12	9	13	9	40	17	13	5
92	26		Ala	gct	AGC	12	6	17	4	17	14	16	3	20	18	19	3	31	19	29	7	35	2	22	6	14	11	22	17	31	8	15	13	75	56	11	10	28	24	23	16	12	2	23	16	9	1	18	4	27	16	14	10	18	14	53	22	16	7	24	11	23	20	55	31	24	3	46	45	26	16	54	40	5	2	2	1	22	18	15	6	13	9	7	3	8	5	11	8	23	19	15	13	25	10	9	2	19	17	83	51	18	11	21	14	13	8	18	7	15	11	20	4	20	16	1	1	19	16	106	44	20	2	19	9	22	19	31	26	36	31	10	8	27	13	15	12	18	8	32	11	23	18	256	252	18	10	20	16	20	13	12	5	12	10	19	14	11	2	67	17	66	32
315	138		Pro	cct	AGG	3	1	7	5	9	2	16	5	7	2	15	4	13	2	6	4	25	12	6	4	8	1	7	1	9	2	7	1	12	11	12	8	8	2	10	2	7	1	7	1	6	1	6	1	10	1	10	2	8	2	63	5	4	1	7	1	10	5	55	30	21	5	13	9	9	2	16	7	12	10	2	1	8	2	11	1	7	3	7	2	6	1	7	1	8	3	9	1	7	1	3	3	9	4	19	6	4	1	9	1	7	1	14	4	8	1	14	4	9	4	1	1	7	2	54	18	14	2	13	2	11	3	11	7	33	23	8	1	14	5	9	4	10	2	19	5	9	1	12	5	6	3	11	4	13	9	10	3	7	2	7	3	15	6	60	18	15	4
359	182		Thr	act	AGT	4	3	8	1	10	6	10	3	13	9	9	7	14	10	22	2	31	5	17	3	8	6	8	7	24	7	10	9	24	17	17	16	10	10	10	7	9	3	11	10	8	1	8	1	9	7	9	7	9	6	99	50	5	3	4	4	9	7	30	20	9	6	15	15	9	6	14	13	11	8	3	1	10	7	12	6	8	5	4	4	5	3	3	3	11	9	10	8	10	2	5	4	12	9	23	16	5	5	8	6	9	8	18	12	7	6	11	3	11	7	0	0	10	6	62	33	7	5	10	2	12	8	10	8	9	7	8	6	12	9	9	7	9	5	27	13	13	7	34	32	8	6	16	15	26	17	18	11	9	7	9	7	10	6	151	75	20	13
5	4		Tyr	tat	ATA	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	11	11	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	4	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	2	2	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	3	3	0	0	2	2	4	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	5	5	0	0	0	0	1	1	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	4	4	1	1	0	0	1	1	4	4	0	0	0	0
11	7		Asp	gat	ATC	0	0	0	0	1	1	0	0	20	19	0	0	6	6	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	1	1	6	6	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	2	2	0	0	1	1	2	2	0	0	1	1	1	1	1	1	2	1	0	0	2	2	1	1	0	0	0	0	10	9	6	6	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	10	10	3	3	0	0	1	1
0	0		His	cat	ATG	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	4	4	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	5	5	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1
24	15		Asn	aat	ATT	0	0	0	0	6	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	5	5	1	1	1	1	0	0	2	2	2	2	2	2	0	0	0	0	4	4	3	3	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	6	48	44	0	0	3	3	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	2	1	2	2	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	3	3	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0
241	118		Leu	ttg	CAA	2	1	4	4	9	7	12	6	8	8	16	7	14	14	11	10	14	12	7	7	5	5	4	4	7	7	7	7	31	30	7	6	6	6	6	6	4	4	8	7	4	4	4	4	6	6	6	6	8	8	7	6	2	2	3	3	9	9	15	15	18	8	5	5	7	7	17	14	4	4	1	1	9	8	4	3	8	8	2	2	3	3	3	3	4	4	6	6	14	9	3	3	6	6	10	10	7	7	3	3	5	5	7	7	4	4	19	5	9	9	1	1	7	6	42	24	3	3	6	3	7	7	7	7	0	0	4	4	9	5	7	7	3	3	18	12	6	5	10	10	4	4	10	10	12	12	10	10	4	4	7	7	14	10	22	16	20	8
227	96		Val	gtg	CAC	3	1	29	8	9	2	8	2	32	24	11	3	39	27	6	3	15	8	6	2	8	3	9	6	13	5	11	7	1540	1503	6	6	6	3	15	11	7	2	81	76	6	2	11	3	15	6	4	2	9	3	18	11	3	2	7	5	11	6	28	19	13	2	6	3	13	6	35	26	4	3	2	1	12	8	9	3	7	4	3	3	5	1	5	2	12	8	7	4	7	5	4	2	13	9	10	5	9	7	14	4	5	2	9	2	7	2	11	4	12	6	1	1	12	6	71	25	11	5	11	9	18	11	14	10	7	5	7	4	11	3	8	6	10	4	0	0	12	5	39	36	1	1	16	13	16	9	29	13	6	4	22	19	11	5	53	28	16	3
300	139		Leu	ctg	CAG	4	2	10	2	7	5	3	1	7	4	8	1	6	3	7	5	8	5	5	2	7	3	10	5	12	7	12	9	25	20	6	4	6	2	4	2	8	1	10	4	9	1	8	1	3	2	6	4	5	3	9	3	7	5	7	5	5	4	47	34	7	1	5	4	9	2	10	6	8	8	2	1	6	4	11	6	6	5	4	3	5	2	7	3	10	4	5	3	4	2	6	6	9	6	18	13	2	2	16	6	9	4	16	8	11	3	10	2	12	6	1	1	6	5	75	38	7	2	5	2	11	8	9	7	5	3	13	10	11	4	5	3	9	4	5	3	5	2	4	2	7	4	5	4	37	19	21	7	7	4	6	5	7	3	32	15	13	3
522	174		Met	atg	CAT	12	8	18	5	24	13	32	16	21	13	56	31	35	19	23	5	29	5	19	3	23	17	16	9	30	5	20	13	94	74	16	11	15	10	26	15	12	4	30	20	12	4	15	4	25	13	16	6	24	15	286	65	6	4	14	6	17	7	154	112	36	14	14	8	20	9	50	34	11	8	4	2	19	14	25	11	14	7	11	4	14	6	14	6	19	11	20	14	41	23	9	3	17	10	32	18	18	14	18	10	13	8	27	7	15	4	60	29	19	11	2	2	15	6	278	91	26	8	24	9	22	13	23	14	13	6	15	8	39	30	15	7	22	8	73	30	23	11	14	7	5	3	21	14	20	12	36	12	12	5	17	11	26	20	138	39	79	48
44	22		Trp	tgg	CCA	7	4	6	1	10	7	16	5	256	243	18	6	178	173	13	1	22	3	12	3	6	6	6	4	18	4	11	10	30	20	10	9	8	7	8	4	8	2	15	12	9	2	8	2	7	4	7	5	23	22	74	27	3	3	6	3	9	7	29	19	18	3	6	5	7	5	23	17	15	13	1	1	9	6	9	6	8	7	5	3	4	2	6	4	8	6	11	9	14	7	4	3	10	10	14	9	47	45	10	7	6	6	12	5	6	4	18	7	10	6	0	0	8	5	9	8	14	2	9	1	10	9	8	5	8	7	6	5	13	3	8	7	8	5	18	13	7	4	7	4	3	3	13	11	12	7	17	10	6	4	217	208	10	1	33	12	27	7
268	181		Gly	ggg	CCC	2	1	0	0	7	5	5	1	2148	2045	9	1	1295	1266	5	5	25	14	3	1	9	7	7	5	2	2	5	4	81	74	2	1	6	5	9	6	0	0	326	322	0	0	1	1	8	5	5	3	6	5	4	3	4	3	4	2	9	5	18	14	9	3	3	2	5	3	72	70	2	1	1	1	8	5	8	2	5	3	3	2	3	2	2	2	7	5	4	3	3	2	1	1	10	9	9	5	341	339	16	11	3	1	9	7	5	2	9	5	9	6	0	0	8	5	6	2	7	1	11	8	13	11	16	14	5	4	2	1	6	2	4	4	6	3	4	3	6	4	20	19	4	4	90	88	6	5	4	3	7	6	1766	1696	6	3	105	35	11	2
59	35		Arg	cgg	CCG	1	1	0	0	7	5	4	3	21	20	6	4	16	13	0	0	24	11	1	1	4	3	3	3	1	1	4	3	2	2	3	3	3	3	4	2	0	0	5	5	0	0	0	0	4	2	3	2	24	24	2	2	0	0	2	2	5	3	10	7	5	4	4	4	4	2	3	3	1	1	1	1	4	2	4	3	3	3	2	2	2	2	2	2	3	3	5	3	3	2	1	1	3	2	14	11	6	6	4	3	3	3	6	6	4	3	8	5	4	2	0	0	4	2	10	6	6	5	5	3	7	3	5	3	3	3	3	2	7	3	3	2	3	3	1	1	3	1	3	3	0	0	7	6	2	2	4	4	3	2	12	12	6	6	8	6	6	3
104	29		Arg	agg	CCT	3	3	2	2	45	44	8	4	67	67	10	6	116	114	2	1	11	7	4	3	29	28	6	5	3	1	5	4	12	7	10	10	5	4	7	7	3	1	47	46	3	2	4	2	7	6	7	6	53	52	26	5	2	2	3	3	6	5	28	21	13	3	5	4	5	5	16	14	8	8	1	1	7	6	5	4	4	4	3	2	5	5	3	3	5	4	21	21	6	4	4	3	5	4	9	7	33	32	6	5	5	5	18	6	6	5	11	5	5	4	0	0	5	4	50	25	11	4	10	5	9	7	5	4	8	6	6	4	10	3	5	4	4	3	19	12	4	4	6	5	2	2	13	13	11	5	10	5	4	4	54	53	8	4	27	9	11	6
80	44		Ser	tcg	CGA	2	2	8	1	4	4	7	4	4	4	5	1	7	7	8	4	9	6	6	3	8	7	3	3	15	5	4	4	48	48	10	9	4	3	4	4	4	1	6	6	3	1	5	1	4	4	3	3	5	5	29	6	1	1	2	1	5	5	14	13	6	2	3	3	4	4	4	3	3	3	1	1	4	4	3	3	2	2	1	1	2	2	3	3	3	3	4	4	2	1	2	2	5	5	8	7	3	3	5	4	3	3	6	5	4	3	9	6	3	3	1	1	3	3	35	17	5	4	7	2	6	5	4	4	3	3	4	4	10	6	3	3	3	3	6	5	4	4	6	6	1	1	4	3	3	2	5	5	3	3	4	4	3	1	23	10	6	3
112	26		Ala	gcg	CGC	3	3	6	2	5	4	7	3	20	19	11	2	16	14	7	5	6	4	4	4	4	4	6	5	8	1	4	3	3858	3758	4	4	5	5	6	5	3	1	17	16	5	2	5	3	8	7	4	4	7	6	56	15	2	2	4	4	5	5	26	20	8	3	6	5	4	4	15	15	3	2	2	1	5	4	6	4	5	3	3	3	3	3	3	3	10	7	5	4	3	3	2	2	5	4	11	8	7	6	4	4	3	2	12	8	4	3	13	5	5	4	1	1	5	4	24	6	5	3	8	2	4	3	5	5	4	4	3	2	11	2	5	4	4	2	7	3	7	6	18	17	3	3	6	5	4	4	6	6	3	2	21	20	5	2	36	21	22	11
180	91		Pro	ccg	CGG	2	1	13	6	5	2	5	3	4	2	8	3	4	1	4	2	9	5	4	1	4	2	3	1	8	1	4	1	41	41	2	2	3	1	4	2	5	3	4	3	5	3	5	2	3	2	3	1	7	5	18	5	1	1	3	2	4	1	22	12	5	2	3	2	4	2	3	1	4	4	2	1	3	1	3	1	2	1	1	1	3	1	3	1	3	1	2	1	1	1	2	2	4	1	7	3	1	1	4	1	3	1	4	2	4	1	9	6	4	1	1	1	4	1	21	9	4	2	5	5	5	2	5	2	3	1	2	1	8	4	4	1	3	1	9	5	3	1	3	1	2	1	3	1	5	4	6	4	4	3	4	2	4	3	36	17	9	4
66	42		Thr	acg	CGT	1	1	6	3	10	10	6	4	4	4	6	4	7	7	9	4	10	4	7	5	5	5	4	4	11	3	4	4	137	133	5	5	3	3	5	5	3	1	7	7	4	2	5	1	3	3	4	4	9	9	23	9	1	1	2	2	6	5	30	23	4	2	4	4	5	5	10	10	2	2	2	1	4	4	3	3	3	3	0	0	3	3	2	2	4	4	5	5	1	1	0	0	5	5	10	8	3	3	5	5	3	3	8	7	7	7	5	2	7	7	1	1	6	6	23	12	4	2	6	3	7	7	6	6	4	4	5	5	6	3	5	5	2	2	9	5	4	4	7	7	2	2	4	4	13	10	8	7	4	4	3	3	3	2	29	14	6	2
9	6		Stp	tag	CTA	0	0	0	0	10	10	0	0	9	9	0	0	13	13	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	3	3	4	4	2	2	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	12	12	0	0	0	0	0	0	3	3	4	4	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	5	0	0	0	0	5	5	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	2	2	4	4	0	0	1	1	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	8	0	0	1	1	4	4
245	87		Glu	gag	CTC	5	4	15	3	37	34	13	4	468	447	19	3	164	161	30	9	37	3	24	5	22	16	20	14	40	9	15	9	428	406	5	3	5	1	77	73	15	5	45	38	10	4	14	3	51	48	9	4	44	41	53	25	6	2	7	2	9	7	50	30	24	7	4	1	8	2	24	18	8	6	2	1	6	4	13	3	7	2	6	3	6	1	8	4	14	6	19	15	11	3	1	1	17	10	27	14	60	57	19	5	8	2	15	2	11	4	25	11	10	3	1	1	4	1	11	3	21	8	15	8	11	6	13	7	8	3	14	5	26	9	10	7	10	2	29	10	13	8	7	4	3	2	19	19	13	5	21	7	10	7	395	387	26	14	51	19	30	14
266	123		Gln	cag	CTG	5	3	11	6	25	21	9	5	20	16	11	3	40	32	10	4	11	5	7	3	20	16	11	6	16	5	13	8	18	10	11	10	8	5	12	8	8	4	10	7	8	4	8	5	12	6	8	6	47	45	81	20	3	2	5	3	21	16	45	23	13	5	6	3	13	7	28	23	9	7	3	1	14	10	11	3	7	6	1	1	7	5	12	5	12	7	17	14	5	3	5	5	17	14	19	14	9	6	15	7	9	4	11	4	12	6	10	7	14	10	1	1	11	7	108	48	11	7	10	2	24	20	21	14	10	6	7	3	13	8	11	8	10	3	21	11	12	8	6	2	6	2	10	6	18	5	14	6	6	3	15	8	11	8	40	10	13	7
953	463		Lys	aag	CTT	6	3	17	2	772	760	19	5	29	24	18	2	40	25	40	4	49	4	30	6	408	398	86	75	37	7	16	12	36	25	9	7	26	19	22	16	13	1	43	30	11	1	16	4	16	8	149	121	887	879	97	23	7	6	6	2	19	14	43	23	22	2	15	11	15	10	36	22	13	9	4	2	16	9	19	9	11	3	3	2	11	7	6	2	26	19	271	266	16	3	13	10	20	14	25	15	16	11	29	20	9	5	43	21	11	7	20	5	17	11	0	0	12	6	23	10	17	2	16	5	27	19	26	18	19	9	13	7	22	7	10	7	32	23	42	12	16	9	12	5	6	5	16	9	21	11	20	7	7	7	19	16	16	11	97	23	127	91
197	87		Phe	ttc	GAA	5	1	9	1	11	3	21	5	13	9	18	5	30	18	22	6	24	6	15	5	10	6	8	4	24	5	8	4	35	25	22	20	8	3	13	6	8	1	12	7	8	3	9	1	12	4	8	3	12	8	35	12	6	2	10	5	13	8	36	24	22	5	6	2	10	5	32	19	7	6	2	1	10	5	12	4	10	7	6	4	5	2	8	2	7	3	11	5	26	6	6	4	17	13	24	18	6	4	14	8	6	2	23	14	10	6	20	7	14	5	1	1	12	3	57	23	18	3	14	3	18	13	16	11	8	4	10	5	21	5	10	5	13	7	0	0	21	10	10	4	10	4	11	8	19	10	23	13	6	5	12	8	23	12	58	18	25	8
6	4		Val	gtc	GAC	0	0	0	0	0	0	2	1	1	1	4	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	16	16	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	3	3	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	17	4	2	2	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	3	3	1	1	0	0	0	0	1	1	3	3	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	1	1	0	0	12	1
4	2		Leu	ctc	GAG	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0
10	9		Ile	atc	GAT	0	0	0	0	0	0	2	1	1	1	2	2	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	3	1	0	0	0	0	0	0	6	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	1	1	9	9	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	2	2	0	0	1	1	0	0	6	3	3	3	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	0	0	6	6	5	5	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	5	5	0	0
136	38		Cys	tgc	GCA	12	4	5	1	25	12	18	14	24	19	15	9	338	313	16	2	21	5	13	2	21	12	41	17	15	3	32	23	15	10	18	14	34	16	24	20	7	4	22	13	7	3	8	3	25	15	34	20	32	19	107	35	10	5	11	5	35	30	27	19	14	1	23	18	29	23	28	23	17	14	1	1	28	20	46	15	29	10	5	3	27	10	20	9	60	28	25	10	10	3	5	5	23	14	37	19	61	56	25	16	21	11	42	34	10	4	17	9	30	18	0	0	28	15	68	30	14	6	7	5	34	25	33	24	40	14	25	12	13	7	21	11	8	6	31	11	23	13	48	19	9	4	22	20	15	8	15	10	25	19	22	20	11	6	92	46	25	15
836	445		Gly	ggc	GCC	7	2	15	1	10	2	25	9	64	51	28	9	63	55	21	5	39	14	14	4	11	3	14	5	34	10	15	6	19	7	11	6	11	5	10	2	14	2	19	9	15	2	16	2	10	1	14	4	10	3	12	2	8	1	7	2	13	8	30	13	29	3	10	4	14	5	33	26	7	5	4	1	15	9	24	5	16	9	5	1	8	2	11	3	15	6	9	2	23	4	10	6	13	8	40	23	30	27	21	3	12	5	13	5	17	6	28	9	20	10	0	0	13	7	54	25	26	5	16	3	14	6	13	7	11	4	22	11	24	6	12	5	19	3	42	16	19	10	13	6	12	5	23	18	14	9	18	3	14	5	43	37	17	6	85	15	33	3
24	7		Arg	cgc	GCG	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	7	7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	9	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	3	3	0	0
424	263		Ser	agc	GCT	5	3	6	2	13	10	16	9	13	10	18	6	19	11	9	3	14	5	9	3	8	6	9	6	15	3	8	5	33	23	20	19	10	7	13	6	6	2	10	7	3	2	8	4	12	7	7	3	12	8	30	16	6	3	7	4	8	4	0	0	28	12	7	5	8	6	76	69	8	7	2	2	8	4	9	2	10	4	6	5	5	3	7	5	8	6	12	8	15	9	8	8	9	6	18	12	7	6	10	3	7	5	10	5	7	3	20	6	11	7	1	1	9	5	65	31	16	6	9	3	8	4	9	6	12	7	8	4	13	6	7	4	8	2	17	3	10	4	7	5	5	3	36	34	11	6	19	13	9	7	11	8	9	2	99	59	14	4
2	2		Ser	tcc	GGA	0	0	0	0	0	0	3	2	1	1	4	3	32	28	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	2	41	27	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	3	2	1	1	4	3	4	4	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	4	1	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	4	3	0	0	0	0	3	3	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	23	18	0	0	0	0	0	0	1	1	3	2	22	12
4	3		Ala	gcc	GGC	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	168	165	1	1	4	4	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	6	6	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	4	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	2	2	0	0	11	7	0	0	0	0	0	0	0	0	31	30	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0
12	8		Pro	ccc	GGG	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	6	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	2	2	4	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0
0	0		Thr	acc	GGT	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	3	1	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	12	12	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	2	2	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	2	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	8	3	0	0	0	0	0	0	19	11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	5	5	5	5	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	2	2	0	0	13	5
236	100		Tyr	tac	GTA	6	6	22	21	11	10	83	33	14	14	17	14	39	38	19	6	28	8	19	12	9	9	11	11	24	2	35	25	36	29	5	5	15	11	11	11	9	9	14	11	10	10	9	9	14	10	13	13	10	9	17	13	12	8	16	13	23	22	50	47	21	20	7	7	13	13	19	19	8	8	3	2	31	31	15	13	8	8	6	4	5	5	8	8	11	11	9	9	13	11	7	5	19	19	28	26	16	16	12	12	8	7	18	18	10	10	20	17	24	23	1	1	15	13	90	50	18	16	8	7	29	28	31	29	2	2	9	9	14	14	15	15	11	10	24	17	17	14	9	9	13	10	15	15	13	11	15	14	10	10	18	17	19	19	107	48	21	18
150	43		Asp	gac	GTC	8	2	20	2	11	6	29	8	45	38	26	5	42	33	34	7	34	3	27	7	13	4	15	5	41	9	14	6	49	35	14	10	10	4	13	7	14	3	21	9	6	1	17	3	10	5	13	4	9	2	184	49	5	4	10	3	15	8	30	15	33	8	10	6	13	3	20	14	19	16	3	1	15	9	24	12	13	12	3	1	8	3	5	2	16	4	8	4	30	14	9	5	13	8	27	14	8	6	23	6	13	4	10	4	14	3	31	11	15	7	1	1	10	4	90	34	34	5	11	3	13	6	17	10	15	3	19	10	24	4	11	5	19	7	82	20	97	83	8	3	7	4	15	11	19	13	24	6	13	7	49	44	23	12	59	13	42	12
387	163		His	cac	GTG	5	2	21	5	8	1	12	6	11	4	21	7	19	5	21	3	26	5	19	6	9	2	14	3	17	5	9	4	37	27	10	8	8	2	10	2	5	1	10	4	6	2	5	1	11	3	5	1	16	8	52	19	4	4	6	4	7	1	26	16	18	3	7	2	9	1	27	13	5	3	2	1	14	4	9	1	7	1	3	3	7	3	6	3	10	3	7	2	18	8	4	4	11	4	24	20	8	5	9	1	8	1	23	14	5	1	26	10	10	1	0	0	10	1	27	12	13	4	9	3	11	4	10	2	10	1	7	1	15	7	9	4	9	1	26	9	10	3	6	2	5	3	12	5	12	8	19	9	10	5	9	5	14	9	42	18	26	8
1045	470		Asn	aac	GTT	10	4	12	2	28	18	19	9	24	7	16	6	30	14	23	3	33	5	20	3	21	13	17	9	23	3	27	18	48	32	17	12	18	9	14	4	10	1	23	6	6	1	11	1	17	8	7	2	28	21	123	41	6	5	11	6	29	20	34	18	22	10	9	4	25	17	51	37	9	7	3	1	27	21	13	4	14	4	4	2	9	2	9	5	13	5	12	8	30	16	9	5	21	14	21	11	13	5	26	15	12	4	9	1	14	5	30	13	29	20	1	1	18	10	168	68	24	13	14	5	41	30	33	24	15	7	12	4	16	7	12	7	13	1	39	9	18	8	9	2	8	5	23	18	17	11	23	13	15	9	13	6	21	14	47	19	49	18
73	54		Leu	tta	TAA	2	2	6	5	5	4	6	3	13	12	4	2	10	10	6	4	7	3	4	3	4	4	4	4	5	5	11	11	13	12	13	13	4	4	5	5	4	4	8	8	3	3	5	4	4	4	3	3	19	19	12	8	11	11	3	3	9	8	16	15	9	5	4	4	4	4	15	14	11	11	1	1	16	15	2	2	3	3	1	1	2	2	3	3	7	5	4	4	8	5	4	3	8	8	10	7	5	5	6	5	3	3	12	12	3	3	4	3	10	10	1	1	7	7	5	3	7	6	2	1	8	8	11	9	3	3	4	4	4	4	9	9	6	6	14	9	4	4	3	3	4	3	6	6	5	4	7	7	42	13	6	6	9	7	46	35	5	3
230	59		Val	gta	TAC	2	2	3	1	7	7	7	3	18	18	5	3	21	19	6	4	8	5	5	4	5	5	5	4	7	5	6	5	145	116	5	5	3	2	7	7	2	1	16	16	2	1	2	1	6	6	6	6	6	6	12	8	1	1	3	3	8	8	9	9	9	4	4	3	5	4	50	39	7	7	1	1	7	6	5	4	1	1	2	2	3	3	2	2	3	1	6	6	7	5	1	1	6	6	15	13	8	8	8	5	3	2	9	7	4	4	4	1	7	5	1	1	7	5	26	19	8	3	2	1	7	5	10	10	3	2	5	5	4	2	5	4	4	3	11	6	11	9	5	4	2	2	26	26	4	3	9	7	4	3	16	16	5	4	36	19	4	2
244	134		Leu	cta	TAG	3	3	3	2	5	5	11	5	4	4	10	4	5	5	5	2	8	2	3	1	4	4	4	4	6	4	4	4	20	18	4	4	3	3	4	3	2	1	3	3	2	1	2	1	5	5	3	3	33	33	17	12	0	0	2	2	5	5	24	20	10	3	5	5	3	3	11	11	5	4	1	1	5	5	6	6	4	3	1	1	2	2	2	2	4	4	4	4	10	4	0	0	4	4	7	5	3	3	4	4	3	3	7	6	5	5	10	5	3	3	1	1	3	3	40	14	0	0	6	5	3	3	4	4	1	1	2	2	9	6	4	4	4	4	8	6	5	3	3	3	1	1	5	5	6	6	4	4	5	4	4	4	11	7	25	10	9	5
75	53		Ile	ata	TAT	1	1	2	2	6	6	5	2	8	8	4	3	8	8	24	16	26	13	7	4	5	5	5	5	7	5	5	5	23	19	13	13	5	5	5	5	2	2	6	6	0	0	2	2	5	5	4	4	9	9	61	15	2	2	2	2	6	6	18	16	8	3	3	3	5	5	7	7	7	7	1	1	7	7	7	7	6	6	1	1	3	3	3	2	5	5	5	5	14	7	1	1	5	5	10	8	5	5	7	7	11	11	25	20	4	4	5	3	7	7	1	1	4	4	10	7	9	3	5	3	6	6	5	5	3	3	5	5	5	4	6	6	4	4	22	16	5	4	4	4	1	1	8	8	5	5	6	6	4	4	5	5	9	6	51	25	5	4
14	12		SeC	tga	TCA	1	1	0	0	2	2	0	0	17	17	0	0	29	29	0	0	3	2	2	2	1	1	2	2	1	1	2	2	3	3	4	4	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	4	4	2	2	18	18	1	1	0	0	1	1	3	3	2	2	0	0	7	4	2	2	24	24	4	4	0	0	2	2	0	0	7	4	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	3	3	5	5	4	4	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	3	3	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	3	3	2	2	1	1	2	2	1	1	3	3	2	2	0	0	0	0	1	1	1	1	18	18	1	1	1	1	1	1	21	21	1	1	1	1	0	0
47	23		Gly	gga	TCC	8	3	8	1	7	4	13	2	987	962	9	3	391	385	42	9	66	5	34	6	11	4	6	1	47	11	9	3	66	44	24	14	6	4	4	2	6	2	34	24	5	2	7	2	4	2	7	2	48	46	61	21	4	2	7	4	5	4	39	21	18	2	4	3	9	4	619	616	5	5	1	1	5	3	11	7	10	4	4	2	6	2	7	2	8	2	9	7	15	6	11	6	6	2	15	9	133	132	14	2	9	6	12	6	7	2	10	5	8	2	1	1	4	2	17	4	17	7	9	4	8	5	7	5	9	3	12	7	10	3	6	4	9	3	33	14	10	8	5	3	7	3	1073	1068	16	11	12	5	6	4	833	814	19	12	80	27	11	3
107	50		Arg	cga	TCG	3	3	8	4	84	82	6	2	9	8	5	1	12	11	10	6	17	6	8	4	15	15	6	4	11	5	4	4	25	22	5	4	4	4	5	4	10	4	8	7	5	3	7	2	4	3	5	4	1201	1194	79	14	2	2	2	2	6	5	17	15	9	3	4	4	6	6	18	14	4	4	1	1	5	5	5	3	5	3	1	1	5	4	3	2	5	4	29	28	5	2	1	1	7	7	7	5	6	6	5	3	4	4	7	7	6	5	4	2	5	5	1	1	6	5	26	9	7	2	7	5	6	5	6	6	5	4	5	5	4	1	4	4	5	3	19	10	5	3	5	5	3	3	12	12	7	7	7	7	5	5	7	7	6	3	33	8	7	4
252	139		Arg	aga	TCT	3	3	2	2	17	17	10	9	55	55	9	7	44	44	10	3	13	3	8	3	9	9	5	5	12	3	6	6	14	14	26	25	5	5	6	6	3	3	9	9	4	4	3	3	5	5	5	5	54	54	68	25	3	3	4	4	5	5	21	19	18	8	6	6	6	6	90	90	9	9	1	1	6	6	6	6	7	6	3	3	5	4	5	5	6	6	16	15	8	6	4	4	7	7	6	6	22	22	6	6	4	4	27	26	5	5	12	6	6	6	1	1	6	6	18	10	11	6	7	3	8	6	6	6	6	6	6	6	8	6	6	6	5	5	18	9	7	6	5	5	4	4	123	122	10	10	13	12	6	6	48	48	6	3	105	53	9	6
209	117		Ser	tca	TGA	1	1	2	1	6	6	12	6	5	5	10	5	7	7	8	5	14	7	9	7	5	5	3	3	7	3	5	4	54	51	15	15	3	2	5	3	2	2	6	5	2	2	2	2	4	4	3	3	14	13	62	19	3	3	4	3	5	5	18	15	11	5	3	3	4	4	7	7	6	6	1	1	20	16	6	5	4	2	3	3	2	2	2	2	3	2	4	4	8	4	5	4	6	6	6	6	4	4	4	4	3	2	10	9	3	3	17	7	9	9	1	1	5	5	20	10	9	5	5	3	8	8	9	9	4	4	3	3	13	6	6	5	5	5	15	9	5	5	7	7	4	4	6	6	9	9	8	8	5	5	6	6	8	3	41	19	11	5
368	103		Ala	gca	TGC	6	6	3	2	9	7	10	3	42	42	13	6	35	31	14	1	11	4	9	2	11	8	15	14	11	5	6	5	5898	3009	15	12	9	7	13	12	2	2	66	64	0	0	2	1	11	9	10	10	10	9	53	17	5	5	7	4	7	6	24	20	17	5	5	4	8	7	53	47	20	19	1	1	11	11	9	6	6	6	6	4	1	1	5	5	11	8	8	7	16	8	5	5	11	11	17	11	12	12	9	9	7	5	11	6	7	6	10	1	10	10	1	1	9	9	31	10	21	8	9	2	9	7	10	9	9	6	8	7	13	5	8	7	7	4	17	7	14	12	39	39	7	5	40	37	11	9	8	5	4	4	36	36	37	21	47	18	15	7
205	97		Pro	cca	TGG	3	1	8	2	11	8	47	6	5	3	18	10	9	3	41	11	54	6	31	8	8	7	6	2	43	10	6	3	51	44	4	3	4	2	7	3	5	1	7	2	5	2	8	1	7	3	5	2	68	64	29	7	5	4	4	3	7	4	21	15	27	7	5	4	7	3	14	12	10	7	1	1	10	7	8	3	4	1	2	2	3	3	4	3	8	5	7	6	11	3	4	3	5	3	12	9	6	4	5	3	4	3	11	5	4	3	14	9	6	4	1	1	6	4	43	14	23	10	8	2	9	6	10	6	6	2	6	4	11	5	5	3	6	1	21	6	4	2	7	5	1	1	8	5	14	10	9	5	32	32	5	3	16	8	53	17	31	18
290	139		Thr	aca	TGT	3	2	2	1	9	8	9	5	8	7	10	8	10	8	10	4	15	3	11	2	4	3	4	3	12	5	7	7	206	157	18	17	4	3	8	6	6	2	8	7	5	2	6	2	7	5	6	6	13	12	35	16	4	4	4	3	6	5	30	24	10	5	4	4	6	6	22	17	9	8	1	1	6	6	7	2	6	3	2	2	5	3	3	3	4	3	7	6	10	7	2	2	6	6	18	16	5	4	7	6	6	5	25	22	6	5	16	7	8	8	1	1	7	7	19	9	11	6	5	4	4	4	6	5	5	4	5	5	12	8	7	6	7	3	21	10	8	5	6	4	4	3	18	17	12	9	7	6	4	4	6	5	8	6	91	43	14	6
6	5		Stp	taa	TTA	0	0	1	1	1	1	1	1	24	24	0	0	4	4	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	37	36	0	0	0	0	0	0	2	1	1	1	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	2	2	32	30	1	1	3	3	3	3	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	1	1	2	1	1	1	0	0	1	1	2	2	0	0	0	0	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	3	3	20	20	1	1	2	2	0	0
225	97		Glu	gaa	TTC	7	2	11	3	11	7	16	9	2368	2321	15	7	435	424	19	4	36	9	17	3	15	11	7	5	20	4	21	18	66	59	17	17	6	4	11	7	6	1	20	15	5	3	7	2	11	6	8	5	15	11	46	24	4	4	9	7	16	13	51	39	16	4	6	4	8	5	114	107	11	9	1	1	12	10	14	4	12	6	5	4	5	4	9	6	8	3	7	6	22	9	3	3	14	12	16	13	139	136	18	9	5	4	14	8	7	4	16	6	13	6	1	1	13	7	12	9	14	1	7	2	24	15	18	12	10	5	10	9	13	5	21	17	15	5	26	8	235	205	5	3	2	2	114	112	16	13	13	9	9	7	1901	1872	15	10	84	24	22	10
105	46		Gln	caa	TTG	3	3	4	2	43	42	10	4	10	8	15	8	20	18	24	5	40	11	20	5	43	42	5	4	14	3	7	7	7	6	16	15	4	2	5	3	4	2	5	3	4	2	4	1	6	4	4	3	782	777	60	13	2	2	2	2	11	10	11	8	13	3	3	3	6	4	14	11	10	9	1	1	16	15	7	7	4	3	1	1	3	3	4	3	7	6	37	35	20	10	2	1	10	8	11	8	7	7	5	3	5	4	6	5	5	3	21	12	14	12	1	1	6	4	44	21	11	1	10	7	13	13	20	17	6	5	5	3	11	8	8	8	45	29	17	7	9	6	4	2	2	2	8	6	9	5	10	7	64	51	16	12	10	7	28	8	22	14
525	250		Lys	aaa	TTT	5	3	8	5	55	50	16	6	86	82	12	9	78	68	16	5	29	9	14	1	34	28	15	10	30	7	16	11	43	38	36	32	11	7	15	11	6	2	18	14	4	2	6	3	15	8	11	5	50	45	61	31	4	2	6	4	14	11	63	46	20	5	8	5	12	8	60	46	20	13	1	1	19	13	13	4	10	7	4	2	3	2	5	2	14	6	31	25	20	13	3	2	23	15	32	25	22	17	12	8	11	7	16	7	9	6	12	8	19	13	0	0	12	6	24	7	18	5	8	4	23	15	20	14	1	1	8	3	11	8	18	14	14	6	57	20	38	23	10	5	4	1	31	26	15	11	20	13	10	6	74	70	11	6	72	21	82	68
dre					E79	acs		aga		aml		ath		bacu		bdi		bta		cbr		cbre		cel		cfa		cge		cjap		cjc		cmk		cpic		cpo		csi		dme		dno		dsi		dya		ecb		eeu		fca		gac		gfr		gga		ggo		gmo		gmx		hgl		hsa-18		lav		lcm		lma		mcc		mdo		meu		mgp		mlu		mmr		mmu		mpu		mtr		mun		nle		oaa		oas		ocu		oga		oni		opr		osa		pan		pfa		pha		pma		pop		ppp		ppy		ptr		rno		san		sbi		sbq		shr		spu		ssc		str		tgu		tma		tng		tru		tsy		ttr		vvi		xtr		zma
12273	5704				total	211	119	422	138	1474	1302	699	268	7113	6771	648	267	4057	3737	743	213	1095	278	596	180	912	773	498	325	827	220	492	346	13732	10330	557	483	384	244	519	358	293	98	1119	929	258	97	332	104	494	300	485	322	3778	3620	2489	795	203	140	283	169	508	379	1497	1045	738	237	367	282	433	269	2004	1751	377	318	83	49	530	398	481	222	353	209	155	105	252	142	258	153	470	285	756	632	684	365	201	149	508	383	859	583	1179	1100	506	281	327	203	674	401	338	188	750	312	531	357	35	35	412	256	2488	1087	647	260	430	181	613	438	613	452	407	247	375	229	628	294	396	279	448	218	1066	427	808	572	804	658	279	201	2019	1908	614	409	616	345	458	323	5873	5642	583	347	2642	1054	1202	601

C42 effectifs

• Lien tableur: C42.
• Légende:

  −   6  , pour mgr aac, les décomptes à partir du fichier fasta donne 140 au total (tot) et 13 séquences différentes (diff). Le nombre total de tRNAs représenté dans le tableau récapitulatif de la base gtRNAdb [7] donne seulement 6 pour aac au lieu de 140. Ceci est du aux nombreux pseudo-gènes de ce génome. En comparaison avec les décomptes des autres tRNAs de ce génome, la plupart ont tot=diff. Aussi j'ai décidé d'attribuer au codon acc tot=diff=6. Attention auparavant j’avais mis 6* pour le signaler, ceci a pu provoquer des erreurs.

42 champignons: Effectifs des tRNAs

C42			ani		aor		bfu		cal		cgr		cjd		cneg		cot		dha		ecu		ede		fgr		fgr5		fve		fvr		kaf		kpa		kla		kna		lkl		lth		mfa		mgr		mth		ncr		ncs		opa		pch		pic		sas		sce		spo		sre		tbl		tdl		tpf		ttt		uma		vda		vma		yli		zro
aa	gène	tRNA	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff
Phe	ttt	AAA	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Val	gtt	AAC	8	2	10	2	8	8	6	3	10	1	9	2	7	6	4	2	10	2	1	1	2	2	19	8	16	6	7	2	13	2	13	2	5	2	7	1	7	1	14	1	11	2	12	2	6	6	7	3	19	1	13	3	3	1	9	5	7	3	7	2	14	2	9	2	4	4	18	3	12	2	10	1	6	3	4	3	11	9	7	7	24	3	12	2
Leu	ctt	AAG	6	6	0	0	6	5	2	2	0	0	4	1	6	4	1	1	2	2	1	1	1	1	13	2	6	1	6	4	12	5	2	2	2	2	0	0	1	1			0	0	4	2	7	6	7	7	17	15	2	2	1	1	6	1	3	1	0	0	0	0	5	2	4	4	0	0	0	0	0	0	5	4	4	3	8	2	5	2	21	12	0	0
Ile	att	AAT	7	5	10	5	8	8	6	6	9	1	6	1	6	5	4	1	9	1	1	1	2	2	13	5	11	5	11	2	11	7	13	1	5	1	7	1	7	1	12	2	10	1	12	2	8	8	8	8	17	17	12	1	4	1	10	3	7	1	9	1	13	1	8	2	4	4	17	4	8	1	10	1	6	6	4	2	9	1	7	7	26	12	11	2
Cys	tgt	ACA	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Gly	ggt	ACC	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0
Arg	cgt	ACG	9	3	12	2	6	5	2	2	4	1	6	3	3	3	2	2	5	2	1	1	2	2	10	2	10	2	13	11	10	2	4	2	2	2	3	1	3	2	5	1	4	2	4	3	6	6	7	7	21	2	5	2	2	2	10	1	3	1	4	1	6	2	8	1	4	4	4	1	4	1	3	1	6	6	4	4	9	5	6	6	1	1	5	2
Ser	agt	ACT	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ser	tct	AGA	5	1	7	3	7	1	4	1	9	1	7	1	6	5	2	2	6	1	1	1	1	1	11	6	11	6	7	4	10	4	11	3	4	1	6	1	7	1	11	7	9	1	10	3	4	4	5	4	14	2	12	2	2	1	7	4	6	1	7	1	11	2	7	1	2	2	16	3	7	1	8	1	3	1	3	3	6	3	5	3	21	4	12	1
Ala	gct	AGC	8	1	10	2	8	1	6	1	10	1	6	1	8	8	3	1	7	1	1	1	2	2	14	9	13	9	13	3	14	13	12	1	5	1	7	1	7	3	13	2	10	1	12	2	9	9	7	7	19	13	12	2	3	1	8	1	7	1	7	1	11	1	6	1	3	3	19	3	8	1	9	2	7	7	5	4	11	9	7	7	30	2	12	1
Pro	cct	AGG	6	5	9	6	4	4	1	1	1	1	0	0	6	6	1	1	1	1	1	1	0	0	10	6	10	6	4	4	10	9	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	1	5	4	6	6	12	4	1	1	0	0	0	0	1	1	1	1	2	1	6	1	3	3	1	1	1	1	1	1	4	4	4	4	8	4	1	1	21	6	3	2
Thr	act	AGT	6	2	10	2	6	4	4	2	9	1	6	1	5	5	4	1	8	2	1	1	2	2	11	4	11	4	7	7	11	7	11	3	5	2	6	1	7	1	12	3	9	2	10	1	6	5	6	5	12	3	11	1	3	1	12	6	7	1	7	2	11	1	7	2	4	4	15	4	9	2	9	3	4	4	4	1	8	2	4	4	22	1	10	1
Tyr	tat	ATA	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0
Asp	gat	ATC	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
His	cat	ATG	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Asn	aat	ATT	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Leu	ttg	CAA	2	2	0	0	5	5	6	5	8	5	7	1	3	3	1	1	4	1	1	1	1	1	3	3	3	3	4	4	4	4	2	2	3	3	7	3	5	3	11	7	8	7	14	2	2	2	2	2	5	5	9	9	3	1	0	0	8	1	7	3	10	5	4	1	0	0	9	6	8	5	2	1	1	1	0	0	2	2	3	3	3	3	10	10
Val	gtg	CAC	2	2	3	3	2	2	1	1	1	1	3	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	3	3	3	3	3	2	3	3	1	1	1	1	2	2	2	2	3	1	3	1	4	2	2	2	3	3	4	4	2	1	1	1	3	1	1	1	4	3	2	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	3	3	1	1	2	2	2	2	8	5	4	1
Leu	ctg	CAG	3	3	4	4	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	5	3	5	3	2	1	5	4	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	3	3	2	1	4	4	4	4	6	6	0	0	1	1	3	3	1	1	1	1	0	0	1	1	2	2	0	0	0	0	0	0	4	4	2	2	4	4	4	4	13	7	0	0
Met	atg	CAT	7	5	8	8	8	5	4	2	7	2	7	4	7	6	4	4	10	9	2	2	2	2	6	6	5	5	15	7	8	6	9	4	4	3	6	3	4	2	10	2	8	4	10	5	8	6	8	7	17	8	9	2	4	2	11	10	6	5	10	6	10	2	7	4	4	4	11	6	7	2	8	4	5	5	4	4	9	5	8	5	18	7	9	2
Trp	tgg	CCA	3	1	4	1	6	2	2	2	5	5	4	1	3	3	1	1	4	1	1	1	0	0	4	4	4	4	4	4	5	5	6	2	3	2	4	3	4	4	5	4	5	3	6	1	4	1	4	3	7	2	7	7	2	2	0	0	4	1	5	2	6	1	3	1	2	2	7	6	4	1	4	3	4	3	2	2	3	3	3	3	13	8	6	4
Gly	ggg	CCC	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	2	2	0	0	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	8	7	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	1	2	2	2	1	3	3	2	2	6	6	2	1	0	0	1	1	1	1	2	2	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	3	3	2	2	0	0	2	2
Arg	cgg	CCG	2	2	3	3	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	2	2	2	3	2	2	2	1	1	2	1	1	1	2	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	3	2	0	0	2	2	2	2	0	0	1	1
Arg	agg	CCT	2	2	2	2	1	1	1	1	1	1	0	0	3	3	1	1	1	1	1	1	1	1	3	3	3	3	6	4	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	3	3	2	2	5	4	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	3	3	1	1	2	1
Ser	tcg	CGA	2	2	3	3	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	2	2	3	3	3	3	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	2	1	3	3	3	2	4	3	1	1	1	1	2	2	2	2	3	3	1	1	1	1	2	2	2	2	1	1	1	1	3	3	3	3	4	3	3	3	4	3	2	2
Ala	gcg	CGC	3	1	4	3	2	2	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	1	1	1	1	1	1	2	2	3	3	5	2	3	2	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	2	1	2	2	3	3	5	5	0	0	0	0	2	2	0	0	2	2	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	3	3	1	1	4	2	2	2	2	1	0	0
Pro	ccg	CGG	2	2	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	1	1	2	2	2	2	2	2	2	2	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	3	3	4	4	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	3	3	1	1	2	2	1	1	2	2	0	0
Thr	acg	CGT	2	2	2	2	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	3	2	3	2	4	2	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	2	3	3	3	3	2	2	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	3	3	2	2	2	2	2	2
Stp	tag	CTA	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Glu	gag	CTC	8	3	11	3	9	9	1	1	3	1	9	1	10	10	1	1	1	1	1	1	2	2	19	7	13	5	12	11	16	12	2	1	4	1	2	1	3	1	3	2	11	3	8	2	9	9	8	8	24	12	1	1	3	2	10	1	2	1	8	1	2	1	6	1	4	4	1	1	4	2	1	1	7	6	5	5	12	2	9	9	27	16	4	1
Gln	cag	CTG	5	4	7	4	2	2	1	1	2	1	2	2	3	1	1	1	1	1	1	1	1	1	7	1	7	1	6	6	8	2	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	5	1	4	1	6	6	5	5	11	10	1	1	1	1	5	1	2	2	4	3	1	1	2	1	2	2	1	1	2	1	1	1	4	4	3	3	6	3	4	4	15	15	3	2
Lys	aag	CTT	8	1	11	3	10	9	2	2	12	1	8	1	7	2	3	3	10	4	1	1	0	0	16	4	12	4	11	9	15	5	12	1	5	2	9	2	7	1	14	1	15	2	10	2	9	7	9	9	24	4	14	1	3	1	9	1	9	3	9	1	14	1	9	3	5	5	15	2	10	3	9	2	6	6	5	5	12	1	9	7	34	24	14	1
Phe	ttc	GAA	5	3	7	6	7	5	5	4	6	1	8	4	5	5	2	2	9	4	1	1	1	1	11	8	9	7	15	15	10	9	9	7	5	1	5	1	6	5	8	4	7	7	10	1	7	5	5	4	12	4	10	7	3	1	5	2	6	2	7	4	10	5	5	2	4	4	12	7	6	4	9	3	5	5	3	2	7	5	4	3	17	11	8	4
Val	gtc	GAC	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Leu	ctc	GAG	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	6	2	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1
Ile	atc	GAT	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1
Cys	tgc	GCA	3	2	4	4	5	5	2	2	3	1	3	2	3	3	0	0	4	1	1	1	1	1	5	3	5	3	4	4	5	4	5	1	2	1	3	1	4	3	5	2	4	2	4	2	3	3	3	2	7	2	4	1	1	1	3	3	3	1	3	2	4	1	3	2	2	2	0	0	3	1	4	1	3	2	2	2	5	4	3	2	8	1	4	1
Gly	ggc	GCC	11	1	15	1	8	8	5	1	12	1	11	1	9	5	2	1	11	1	1	1	2	2	14	12	15	13	11	11	14	3	17	1	5	2	7	1	9	2	15	1	15	2	16	1	14	14	11	2	26	2	13	1	4	1	11	1	10	1	11	1	16	1	8	1	6	5	23	1	11	1	13	1	10	3	6	6	13	1	9	9	30	1	17	2
Arg	cgc	GCG	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ser	agc	GCT	4	4	6	5	5	5	2	2	3	2	3	1	2	2	1	1	3	2	1	1	1	1	8	7	8	7	4	1	7	6	4	2	2	2	2	2	3	1	4	4	3	3	6	3	3	3	5	5	6	6	4	3	2	1	4	3	2	2	4	3	4	2	3	1	0	0	6	6	3	1	3	3	3	3	2	1	5	3	3	3	6	6	5	5
Ser	tcc	GGA	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0
Ala	gcc	GGC	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Pro	ccc	GGG	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Thr	acc	GGT	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Tyr	tac	GTA	6	5	13	11	6	5	4	4	6	1	6	4	4	4	3	2	6	3	1	1	1	1	8	4	6	3	6	6	8	7	9	3	4	4	5	1	5	4	7	7	6	5	10	2	5	5	6	4	10	6	9	2	2	2	5	3	5	4	5	3	8	2	4	3	2	2	9	7	7	4	6	2	4	4	3	1	6	6	5	3	14	10	7	1
Asp	gac	GTC	8	6	13	8	9	6	6	1	9	1	8	3	2	2	5	1	10	2	1	1	2	2	14	1	10	1	7	7	14	1	13	1	6	1	8	1	8	2	13	1	10	1	14	1	10	5	10	10	18	8	14	1	3	1	9	2	8	1	11	2	16	2	8	1	3	3	19	3	9	1	12	2	6	6	5	3	10	6	6	5	28	25	14	4
His	cac	GTG	5	2	8	7	4	4	3	3	6	2	6	2	4	4	1	1	6	2	1	1	2	2	7	5	7	5	7	7	6	5	6	1	3	1	4	1	4	1	6	1	5	3	8	1	4	1	4	4	9	6	8	1	2	1	11	5	4	1	6	3	7	1	4	1	2	2	7	1	4	1	5	1	3	3	1	1	6	1	6	6	12	5	6	2
Asn	aac	GTT	6	6	8	4	6	5	3	3	9	3	7	2	4	4	3	1	9	2	2	2	1	1	9	6	9	5	12	8	8	5	10	1	4	1	6	1	6	1	9	1	7	1	12	4	6	6	6	2	12	3	10	2	2	1	6	2	7	2	8	2	10	1	6	2	4	4	11	1	7	2	9	2	3	3	4	3	6	6	5	5	16	9	9	2
Leu	tta	TAA	1	1	3	3	2	2	5	2	3	1	1	1	1	1	3	1	10	2	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	14	3	1	1	3	2	3	1	3	1	2	1	4	2	1	1	1	1	1	1	7	2	1	1	2	2	3	1	3	2	7	1	2	2	0	0	12	2	3	1	9	1	7	7	0	0	1	1	0	0	1	1	4	1
Val	gta	TAC	1	1	2	2	2	2	1	1	2	2	2	2	0	0	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	2	2	3	3	2	2	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	2	2	2	2	2	2	0	0	1	1	2	2	3	2	2	1	2	1	1	1	2	2	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	2
Leu	cta	TAG	2	2	1	1	1	1	0	0	4	1	3	2	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	2	2	2	2	2	2	2	2	2	2	1	1	2	2	3	2	3	3	3	3	0	0	1	1	1	1	2	2	3	3	1	1	0	0	0	0	4	3	3	2	1	1	1	1	2	2	4	4	2	2	1	1	2	2	1	1	3	3	2	2	5	5
Ile	ata	TAT	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	3	3	3	3	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	4	3	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	1	1	2	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1
SeC	tga	TCA	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	0	0	0	0	0	0
Gly	gga	TCC	3	3	4	2	7	4	2	1	2	1	4	2	3	2	1	1	5	3	1	1	1	1	6	6	5	5	9	5	5	2	4	3	3	3	2	2	1	1	2	1	3	1	6	2	3	3	4	3	4	2	3	1	2	2	5	4	3	2	2	1	3	1	3	3	2	2	3	2	2	1	2	2	2	2	2	2	3	3	3	1	11	10	5	1
Arg	cga	TCG	2	2	2	1	4	3	0	0	0	0	0	0	5	1	0	0	0	0	1	1	2	2	9	7	9	7	8	4	7	6	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	1	1	2	2	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	3	3	2	2	2	1	25	11	0	0
Arg	aga	TCT	2	1	2	2	5	5	5	1	9	1	7	2	1	1	2	1	10	3	1	1	0	0	3	3	3	3	2	2	2	2	11	2	4	2	7	2	6	2	12	2	9	3	10	1	1	1	1	1	5	4	10	1	3	1	0	0	7	2	7	2	11	1	2	2	1	1	13	3	7	2	8	2	1	1	1	1	3	3	1	1	4	1	8	1
Ser	tca	TGA	1	1	1	1	4	3	3	2	2	1	3	3	1	1	2	2	4	3	1	1	1	1	2	2	2	2	2	2	2	2	4	1	2	1	2	1	1	1	2	1	2	1	4	1	2	2	3	3	3	3	4	2	1	1	1	1	2	1	3	3	3	1	2	2	1	1	4	1	2	1	2	1	1	1	1	1	3	3	1	1	2	2	3	3
Ala	gca	TGC	2	2	3	2	5	5	2	2	5	1	3	2	1	1	2	1	5	2	1	1	1	1	4	4	3	3	9	6	3	2	5	2	2	1	3	1	1	1	4	1	3	3	8	2	3	3	2	2	3	3	5	2	2	1	2	2	3	1	6	5	5	1	2	1	1	1	5	2	4	1	3	1	2	2	1	1	2	2	2	2	4	1	9	3
Pro	cca	TGG	2	2	3	3	8	8	4	4	7	2	7	1	1	1	3	3	7	5	1	1	1	1	3	3	3	3	4	3	3	3	10	9	4	1	7	6	6	4	10	5	8	7	8	6	2	2	2	2	4	3	10	8	3	2	0	0	6	4	8	5	10	7	2	2	1	1	13	13	6	2	7	7	2	2	1	1	3	3	2	2	3	1	10	1
Thr	aca	TGT	2	2	2	2	3	3	2	1	3	1	3	2	1	1	2	1	3	3	1	1	1	1	4	3	4	3	3	3	4	3	3	1	1	1	2	1	2	2	2	1	2	2	4	1	2	2	2	2	3	3	3	2	1	1	3	3	2	1	3	3	4	2	2	2	1	1	3	2	2	1	2	2	1	1	1	1	3	3	3	3	3	3	2	1
Stp	taa	TTA	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Glu	gaa	TTC	3	3	6	5	6	6	6	5	9	1	5	2	3	3	2	2	9	2	1	1	1	1	5	4	4	3	6	5	5	5	15	1	5	2	8	1	6	2	13	1	6	2	8	2	3	2	2	2	5	2	13	2	2	1	3	3	8	1	4	2	14	2	4	1	2	2	16	5	8	1	11	3	2	2	2	2	2	2	3	3	6	3	10	2
Gln	caa	TTG	2	2	4	3	6	4	5	5	6	1	6	1	2	2	3	3	7	2	1	1	1	1	5	5	5	5	4	4	4	4	9	2	3	1	6	3	4	1	10	2	5	3	8	2	2	2	2	2	3	3	9	1	2	1	3	3	5	2	4	1	9	3	4	2	3	3	10	3	6	2	7	2	2	2	2	2	2	2	2	2	3	3	10	1
Lys	aaa	TTT	2	2	3	3	3	3	5	2	3	1	5	3	1	1	4	1	8	3	1	1	1	1	3	3	2	2	6	6	2	2	8	7	3	3	4	2	4	3	5	4	4	2	6	4	2	1	3	2	2	2	8	6	2	2	1	1	3	3	4	3	7	2	3	2	1	1	9	3	5	3	6	2	2	2	1	1	2	2	0	0	4	4	7	2
		total	181	112	246	143	214	175	125	85	207	57	193	71	148	126	81	55	219	89	46	46	55	55	308	182	273	170	286	214	287	183	267	86	123	67	162	62	159	74	258	87	230	98	288	80	190	168	193	165	401	207	270	95	80	47	197	97	170	66	212	96	275	70	168	68	96	95	328	118	193	66	206	71	156	139	109	94	229	137	165	147	510	247	272	87

B42 effectifs

• Lien tableur: B42.

42 bactéries: Effectifs des tRNAs

B42			cbl		spl		pdi		ppoy		sbn		eal		eco		sbz		eno		kpn		bcef		bcoh		blr		dzc		eclx		gmc		ksa		mme		mvs		pge		pha		pse		sfr		vag		vau		vha		vvm		yrb		bae		saci		sep		hmr		bbd		lpl		sty		sma		sho		ksk		ype		pdix		hmo		vpf
aa	tRNA	gène	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff
Phe	AAA	ttt	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0
Val	AAC	gtt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Leu	AAG	ctt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ile	AAT	att	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Cys	ACA	tgt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Gly	ACC	ggt	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Arg	ACG	cgt	1	1	7	2	3	3	4	1	6	1	3	1	4	1	4	1	4	1	4	1	3	2	3	1	5	2	3	1	4	2	4	3	4	1	3	1	5	2	4	1	4	1	3	2	4	2	6	1	5	3	7	1	6	2	3	1	2	1	1	1	2	2	0	0	1	1	2	1	4	2	1	1	1	1	2	1	2	2	1	1	3	1	7	1
Ser	ACT	agt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ser	AGA	tct	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ala	AGC	gct	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Pro	AGG	cct	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Thr	AGT	act	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0
Tyr	ATA	tat	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Asp	ATC	gat	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
His	ATG	cat	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Asn	ATT	aat	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Leu	CAA	ttg	1	1	1	1	1	1	3	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	3	2	1	1	2	2	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2
Val	CAC	gtg	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	4	4	2	1	2	1	0	0	0	0	1	1	0	0
Leu	CAG	ctg	0	0	0	0	2	1	3	2	2	2	4	2	4	3	4	2	4	3	4	2	0	0	1	1	1	1	8	2	4	3	1	1	4	4	0	0	0	0	4	1	0	0	3	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	4	2	0	0	2	2	0	0	1	1	0	0	1	1	4	2	1	1	1	1	1	1	2	2	0	0	4	3	0	0
Met	CAT	atg	7	5	13	5	4	3	7	6	10	6	9	5	8	5	6	3	6	3	7	3	8	6	6	3	8	5	6	4	8	4	6	4	6	3	11	8	11	3	7	3	7	3	4	3	9	5	7	3	8	4	10	5	10	4	7	3	6	3	6	2	4	3	3	3	3	3	5	4	6	3	6	3	8	5	5	3	6	3	10	5	8	4	11	4
Trp	CCA	tgg	1	1	2	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	2	1	1	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	2	1
Gly	CCC	ggg	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	0	0	1	1	0	0
Arg	CCG	cgg	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	2	2	1	1
Arg	CCT	agg	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	2	2	2	2	2	2	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1
Ser	CGA	tcg	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	2	2	0	0	1	1	0	0	1	1	2	2	4	4	2	2	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0
Ala	CGC	gcg	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0
Pro	CGG	ccg	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	2	2	0	0
Thr	CGT	acg	0	0	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	0	0	0	0	1	1	0	0
Stp	CTA	tag	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Glu	CTC	gag	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	3	1	3	2	3	1	0	0	0	0	0	0	0	0
Gln	CTG	cag	1	1	0	0	2	1	0	0	0	0	2	1	2	1	2	1	2	2	2	1	0	0	0	0	0	0	2	1	2	2	0	0	2	2	0	0	0	0	3	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	2	2	2	2	2	2	1	1	0	0	0	0	0	0
Lys	CTT	aag	2	2	0	0	2	2	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	3	1	3	1	4	1	1	1	0	0	0	0	0	0
Phe	GAA	ttc	3	1	4	1	2	2	3	1	3	1	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	3	2	3	3	3	2	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	4	1	2	2	3	2	2	1	2	1	4	2	3	2	4	2	4	2	2	1	3	2	1	1	2	2	1	1	1	1	2	1	2	1	1	1	1	1	1	1	2	1	3	1	3	2	4	2
Val	GAC	gtc	0	0	2	1	1	1	1	1	2	1	2	2	2	2	2	2	2	2	3	3	0	0	1	1	2	2	2	2	2	2	1	1	2	2	1	1	2	2	3	3	2	2	1	1	2	1	2	2	2	2	2	2	2	2	3	1	1	1	3	2	0	0	1	1	0	0	0	0	2	2	3	3	3	2	4	3	2	2	0	0	4	1	2	2
Leu	GAG	ctc	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	1	2	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	2	1	2	2	2	1	1	1	0	0	2	1	2	1
Ile	GAT	atc	2	2	3	1	7	1	3	2	3	1	3	1	3	1	3	1	3	1	3	1	4	1	3	2	4	2	3	1	3	1	4	3	3	1	3	1	11	1	3	1	2	1	8	1	4	2	7	1	3	1	5	1	8	1	3	1	3	2	2	2	2	1	2	1	1	1	3	1	3	1	1	1	1	1	1	1	3	1	1	1	4	1	3	1
Cys	GCA	tgc	2	2	4	1	2	2	2	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	1	1	2	1	3	1	1	1	2	1	1	1	2	2	4	1	2	2	5	3	3	2	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	2	2	4	4	1	1	2	1	3	3	4	2
Gly	GCC	ggc	3	1	8	1	3	1	5	2	6	1	3	1	4	1	4	1	4	1	4	1	4	2	4	1	5	1	4	1	4	1	5	3	4	1	4	1	5	1	4	1	6	2	2	1	5	2	9	1	7	2	10	1	8	1	4	1	2	1	2	2	2	1	1	1	1	1	2	1	3	1	3	2	3	1	4	2	2	1	2	1	7	5	11	1
Arg	GCG	cgc	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ser	GCT	agc	2	1	3	1	1	1	3	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	2	2	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	2	1	1	1	2	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	1	2	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	2	1	2	1	2	1
Ser	GGA	tcc	1	1	1	1	2	1	3	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	1	1	1	2	2	2	1	2	1	1	1	2	2	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1
Ala	GGC	gcc	0	0	2	1	1	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	0	0	1	1	1	1	6	1	2	2	1	1	2	1	1	1	1	1	2	1	1	1	3	2	2	2	1	1	1	1	1	1	0	0	2	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	2	1	2	1	2	1	4	2	2	1	0	0	5	1	1	1
Pro	GGG	ccc	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	2	2	0	0	2	1	0	0	1	1	1	1	0	0	1	1	3	1	3	1	1	1	1	1	0	0	3	2	0	0
Thr	GGT	acc	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	2	2	2	2	2	2	2	1	2	1	1	1	1	1	2	2	2	2	2	1	1	1	2	1	1	1	1	1	2	1	1	1	2	2	1	1	2	2	2	2	2	2	2	2	2	2	1	1	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	2	2	2	2	2	2	2	1	2	2	0	0	3	2	2	2
Tyr	GTA	tac	2	1	6	1	3	1	4	1	4	1	3	2	3	2	3	2	3	2	3	1	3	1	2	2	4	1	2	1	3	3	2	1	3	2	2	1	5	1	3	2	3	1	2	1	4	1	3	1	5	1	5	1	4	1	3	1	2	1	1	1	2	1	1	1	1	1	2	1	2	2	1	1	1	1	1	1	2	1	3	1	4	2	7	2
Asp	GTC	gac	4	2	6	1	3	2	5	1	4	1	3	1	3	1	3	1	3	1	3	1	6	1	4	4	6	2	3	1	3	1	4	3	3	1	7	2	5	1	3	1	11	1	7	2	4	2	6	1	5	1	6	1	7	1	3	2	4	1	2	1	3	3	1	1	3	2	3	1	3	1	2	1	2	1	2	1	3	2	4	2	4	2	7	1
His	GTG	cac	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	3	2	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	4	3	1	1	2	2	2	1	2	1	2	2	2	1	2	1	2	1	1	1	2	1	2	2	2	2	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	2	2	1
Asn	GTT	aac	3	2	7	1	3	2	6	1	5	1	4	1	4	1	4	1	4	1	4	1	5	2	4	2	5	2	3	1	5	2	4	3	4	1	2	1	6	1	4	1	4	1	3	1	5	3	5	1	4	1	5	3	5	1	3	1	4	2	2	1	3	2	1	1	1	1	5	3	5	2	2	1	2	1	2	2	3	1	4	2	4	1	5	3
Leu	TAA	tta	2	1	4	1	1	1	1	1	3	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	2	2	2	1	1	1	1	2	1	1	1	2	1	5	2	1	1	3	1	1	1	3	2	3	2	2	1	3	1	2	2	1	1	2	2	1	1	2	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	5	2	1	1	3	2
Val	TAC	gta	5	1	11	1	3	1	6	2	4	1	4	3	5	1	4	1	4	2	5	1	5	1	4	3	5	1	8	1	4	2	4	2	4	1	6	1	7	1	4	1	7	2	5	2	6	2	2	1	2	1	4	1	1	1	3	1	3	1	1	1	3	2	1	1	2	1	3	1	3	2	1	1	1	1	1	1	3	1	6	4	2	1	4	1
Leu	TAG	cta	2	1	5	1	1	1	2	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	2	4	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	1	5	1	1	1	4	2	1	1	2	2	3	2	4	3	5	2	7	3	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	3	2	1	1	11	3
Ile	TAT	ata	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
SeC	TCA	tga	1	1	1	1	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1	1	1	1	1	0	0
Gly	TCC	gga	4	1	1	1	2	1	4	2	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	4	2	2	1	4	1	1	1	1	1	3	2	1	1	1	1	4	3	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	2	1	4	2	2	1	1	1	3	2	1	1	5	4	1	1	1	1	3	2	1	1	3	3	2	2	1	1	1	1	5	1	1	1	2	1
Arg	TCG	cga	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	1	1	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	1	0	0	0	0	0	0	0	0
Arg	TCT	aga	3	1	1	1	1	1	2	1	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	0	0	1	1	2	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	4	2	1	1	1	1
Ser	TGA	tca	2	1	4	2	2	2	1	1	4	2	1	1	1	1	2	2	2	2	1	1	3	3	2	2	3	1	1	1	2	1	2	1	1	1	1	1	8	2	1	1	4	2	1	1	3	1	4	1	3	1	4	1	3	1	2	2	2	2	1	1	3	2	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	2	2	3	1	1	1	4	1
Ala	TGC	gca	3	1	3	1	7	2	5	3	3	1	3	1	3	1	3	1	3	1	3	1	5	2	4	2	4	2	3	1	3	1	5	2	3	1	3	1	11	1	3	1	3	1	8	1	3	1	8	1	4	2	7	2	9	3	3	1	3	2	2	2	3	1	2	1	1	1	2	1	3	1	1	1	1	1	1	1	3	1	5	1	2	1	5	1
Pro	TGG	cca	3	1	3	1	1	1	4	2	3	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	3	2	2	2	4	2	1	1	2	1	3	1	1	1	2	1	4	1	1	1	3	1	1	1	4	1	3	1	3	1	3	1	3	1	2	1	1	1	1	1	2	2	1	1	2	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	3	1	1	1	3	1
Thr	TGT	aca	4	3	4	1	3	1	4	2	3	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	3	2	2	2	6	1	1	1	1	1	3	2	1	1	4	2	4	1	1	1	3	1	1	1	2	1	5	1	4	2	5	1	4	1	2	1	3	3	1	1	3	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	5	1	2	2	5	1
Stp	TTA	taa	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Glu	TTC	gaa	3	2	13	1	2	2	6	1	7	1	4	2	4	1	4	1	4	1	4	1	7	2	4	2	6	1	4	1	4	1	5	1	4	1	3	1	0	0	4	2	7	2	5	4	6	1	3	1	4	1	5	1	1	1	4	1	6	2	2	1	3	3	1	1	2	1	2	1	4	1	1	1	1	1	1	1	3	1	5	1	6	2	6	1
Gln	TTG	caa	2	1	5	1	1	1	4	1	3	2	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	5	2	3	3	4	2	1	1	2	1	4	3	2	1	3	1	4	1	1	1	4	1	1	1	3	1	1	1	2	2	2	2	5	1	2	1	4	3	3	3	2	2	1	1	1	1	2	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	3	1	4	1	6	2
Lys	TTT	aaa	4	1	12	1	2	2	6	2	10	4	4	1	6	1	5	1	5	1	6	1	6	2	4	2	6	1	3	1	5	1	4	2	5	1	4	1	7	1	5	1	8	2	2	1	6	1	2	1	2	1	4	1	1	1	5	1	3	1	0	0	3	2	1	1	2	1	2	1	4	2	1	1	1	1	1	1	4	2	5	1	5	1	4	1
		total	81	47	147	44	83	56	109	55	108	49	85	52	87	50	85	49	83	48	86	45	92	47	84	64	113	53	89	47	86	52	91	61	82	49	81	42	132	41	85	48	106	44	89	52	97	50	105	41	93	49	121	47	112	46	83	47	75	48	71	61	61	48	49	47	40	36	70	50	81	53	77	63	74	59	77	58	70	48	90	39	109	65	131	47

A10 effectifs

• Lien tableur: A10.

10archées: Effectifs des tRNAs

A10			fpl		hbo		mac		mbw		mhor		mls		mmet		mpl		mru		nou
aa	tRNA	gène	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff	tot	diff
Phe	AAA	ttt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Val	AAC	gtt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Leu	AAG	ctt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ile	AAT	att	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Cys	ACA	tgt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Gly	ACC	ggt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Arg	ACG	cgt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0
Ser	ACT	agt	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ser	AGA	tct	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Ala	AGC	gct	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Pro	AGG	cct	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Thr	AGT	act	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Tyr	ATA	tat	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Asp	ATC	gat	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
His	ATG	cat	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Asn	ATT	aat	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Leu	CAA	ttg	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Val	CAC	gtg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Leu	CAG	ctg	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	2	2	1	1	1	1	0	0	1	1
Met	CAT	atg	3	3	3	3	4	3	5	3	4	4	4	3	4	3	3	3	3	3	4	4
Trp	CCA	tgg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Gly	CCC	ggg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Arg	CCG	cgg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Arg	CCT	agg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1
Ser	CGA	tcg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1	0	0	1	1
Ala	CGC	gcg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Pro	CGG	ccg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Thr	CGT	acg	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Stp	CTA	tag	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Glu	CTC	gag	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Gln	CTG	cag	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1
Lys	CTT	aag	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1
Phe	GAA	ttc	1	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	2	2	1	1	2	2	1	1
Val	GAC	gtc	1	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Leu	GAG	ctc	2	2	1	1	2	2	2	1	2	2	2	2	2	1	1	1	1	1	1	1
Ile	GAT	atc	1	1	1	1	2	1	2	1	2	2	2	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Cys	GCA	tgc	1	1	1	1	3	3	4	3	4	4	3	3	4	3	8	6	1	1	1	1
Gly	GCC	ggc	1	1	2	1	3	1	3	2	3	2	2	2	1	1	1	1	1	1	2	1
Arg	GCG	cgc	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1
Ser	GCT	agc	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Ser	GGA	tcc	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Ala	GGC	gcc	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1
Pro	GGG	ccc	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	0	0	1	1
Thr	GGT	acc	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2
Tyr	GTA	tac	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Asp	GTC	gac	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	2	2	2	2
His	GTG	cac	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1
Asn	GTT	aac	1	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Leu	TAA	tta	1	1	1	1	1	1	3	3	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Val	TAC	gta	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1
Leu	TAG	cta	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Ile	TAT	ata	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
SeC	TCA	tga	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Gly	TCC	gga	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Arg	TCG	cga	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1
Arg	TCT	aga	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Ser	TGA	tca	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Ala	TGC	gca	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	3	1	1	1	3	2	4	1
Pro	TGG	cca	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Thr	TGT	aca	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	4	2	1	1	1	1
Stp	TTA	taa	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Glu	TTC	gaa	1	1	1	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Gln	TTG	caa	1	1	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
Lys	TTT	aaa	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2	1	1
		total	49	49	52	47	58	50	62	52	60	55	57	51	55	48	56	52	59	57	53	49

Les introns des eucayotes

• Lien à l'article des corrélations: Recherche:Corrélation_entre_les_codons_dans_les_gènes_de_protéines/Annexe/Tableaux#Introns,_Comparaison_des_introns

Champignons, détails des introns

• Lien Tableur: C42 Les introns
• Légende

Les introns des champignons

Génome	KEGG	tRNA	total	aaa	aac	aag	aat	aca	acc	acg	act	aga	agc	agg	agt	ata	atc	atg	att	caa	cac	cag	cat	cca	ccc	ccg	cct	cga	cgc	cgg	cgt	cta	ctc	ctg	ctt	gaa	gac	gag	gat	gca	gcc	gcg	gct	gga	ggc	ggg	ggt	gta	gtc	gtg	gtt	taa	tac	tag	tat	tca	tcc	tcg	tct	tga	tgc	tgg	tgt	tta	ttc	ttg	ttt
Aspergillus nidulans FGSC A4	ani	181	93	2	6	0	0	2	0	2	1	0	4	2	0	1	0	3	4	2	0	5	0	2	0	1	6	2	0	2	0	2	0	3	6	2	8	1	0	0	0	0	0	2	0	1	0	0	0	1	0	0	6	0	0	1	0	2	0	0	3	0	0	1	5	2	0
Aspergillus oryzae RIB40	aor	242	114	3	0	11	0	2	0	2	0	2	6	2	0	2	0	4	0	4	7	0	0	3	0	0	9	0	0	1	0	1	0	4	0	3	13	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	1	3	0	0	13	0	0	1	0	3	0	0	4	0	1	0	7	0	0
Botrytis cinerea B05.10	bfu	212	161	1	6	8	0	2	0	0	3	5	5	0	0	1	0	4	8	0	4	0	0	8	0	1	4	4	0	0	4	1	0	1	6	6	9	9	0	5	0	2	0	0	8	2	0	2	0	2	8	0	6	0	0	4	0	2	0	0	5	1	0	2	7	5	0
Candida albicans WO-1	cal	125	67	1	3	2	0	0	0	1	0	0	2	1	0	1	0	0	6	5	3	0	0	4	0	0	1	0	0	1	2	0	0	0	2	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	4	0	0	0	0	1	0	0	2	2	0	5	5	6	0
Candida glabrata CBS 138	cgr	207	45	3	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	0	0	1	0	0	0	5	0	0	6	8	0
Candida orthopsilosis Co 90-125	cot	82	35	0	0	3	0	0	0	1	0	0	1	0	0	1	0	2	0	3	1	1	0	3	0	0	1	0	0	0	2	0	0	0	1	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	3	0	0	2	0	1	0	0	0	1	0	3	0	1	0
Cryptococcus neoformans var. grubii H99	cneg*	143	136	1	4	7	0	1	0	1	5	1	2	3	0	1	0	6	6	2	2	0	0	1	0	1	6	5	0	1	3	0	0	1	6	3	2	10	0	1	0	2	8	1	5	2	0	0	0	2	7	0	4	0	0	1	0	1	6	0	3	3	0	1	5	3	0
Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988	cjd*	191	25	4	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	2	0	1	0	0	0	4	0	0	0	0	0
Debaryomyces hansenii CBS767	dha	214	54	7	0	10	0	0	0	0	0	0	3	0	0	2	0	4	0	0	0	0	0	7	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	6	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	8	0	0
Encephalitozoon cuniculi GB-M1	ecu	46	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Exophiala dermatitidis NIH/UT8656	ede*	53	47	1	1	0	0	0	0	0	2	0	1	1	0	1	0	2	2	1	2	1	0	1	0	1	0	2	0	1	1	1	1	0	1	1	2	0	0	1	0	1	2	0	2	1	0	1	0	1	0	0	1	0	0	1	0	1	1	1	1	0	0	1	1	1	0
Flammulina velutipes KACC42780	fve*	273	201	6	12	11	1	2	0	0	5	0	0	6	0	2	0	6	0	4	7	6	0	4	0	2	4	5	0	2	11	2	0	2	6	4	7	10	1	8	0	1	2	3	10	7	0	2	0	3	0	0	6	0	0	2	0	3	3	0	1	3	0	1	12	4	2
Fusarium graminearum CS3005	fgr5	270	187	2	9	12	0	0	0	0	0	2	8	1	0	3	0	5	11	5	7	0	0	3	0	2	10	9	0	0	0	2	0	5	6	4	0	13	0	3	0	3	12	4	15	1	0	1	0	1	0	0	6	0	0	2	0	2	0	1	0	4	0	1	9	3	0
Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084	fgr	305	209	2	9	16	0	0	0	0	0	2	8	1	0	3	0	6	13	5	7	0	0	3	0	2	10	9	0	0	0	2	0	5	13	4	0	19	0	3	0	2	13	4	14	1	0	1	0	1	0	0	8	0	0	2	0	2	0	1	0	4	0	1	10	3	0
Fusarium verticillioides 7600	fvr	285	197	2	8	15	1	0	0	0	4	1	7	0	0	1	0	5	11	4	6	0	0	0	0	2	10	7	0	0	0	2	0	5	12	5	0	16	1	3	0	3	14	2	14	0	0	1	0	1	0	0	8	0	0	2	0	3	0	0	0	5	0	2	10	4	0
Kazachstania africana CBS 2517	kaf	266	53	8	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	10	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	0	0	0	1	0	0	0	6	0	0	9	2	0
Kazachstania naganishii CBS 8797	kna*	158	40	4	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	1	0	0	0	4	0	0	6	5	0
Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140	kla	162	39	4	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	7	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	1	0	0	0	4	0	0	0	7	0
Komagataella pastoris CBS 7435	kpa*	123	29	3	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	1	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	2	0	0	0	0	0	3	0	0	5	3	0
Lachancea kluyveri NRRL Y-12651	lkl*	258	72	5	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	10	0	0	0	0	0	0	5	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	0	0	1	11	0	0	5	0	0	8	11	0
Lachancea thermotolerans CBS 6340	lth	229	57	4	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	8	0	0	0	0	0	0	4	3	0	3	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	0	0	2	0	0	0	5	0	0	7	8	0
Magnaporthe oryzae 70-15	mgr	190	157	0	6	6	0	2	0	2	4	1	3	3	0	1	0	4	8	2	0	6	0	2	0	2	5	2	0	0	6	1	0	4	7	1	0	9	0	3	0	2	9	3	14	3	0	1	0	2	6	0	5	0	0	2	0	3	4	0	3	0	0	1	7	2	0
Millerozyma farinosa CBS 7064	mfa*	288	68	6	0	10	0	0	0	0	0	0	6	0	0	4	0	6	0	0	0	0	0	8	0	0	0	0	0	2	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	10	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	10	0	0
Myceliophthora thermophila ATCC 42464	mth*	192	127	0	0	9	0	2	0	2	2	1	5	2	0	1	0	4	8	2	4	3	0	2	0	3	6	0	0	2	5	1	0	4	7	0	8	8	0	2	0	3	7	0	0	2	0	1	0	3	0	0	6	0	0	2	0	0	0	0	0	2	0	1	5	2	0
Naumovozyma castellii CBS 4309	ncs	270	63	8	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	10	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	0	0	0	1	0	0	0	7	0	0	10	9	0
Neurospora crassa OR74A	ncr	396	232	2	1	5	0	3	0	3	2	1	6	5	0	1	1	7	17	3	9	11	0	1	0	4	11	1	0	0	0	2	0	6	16	1	18	24	0	3	0	5	19	0	0	6	0	2	0	1	0	0	10	1	0	2	0	4	0	0	0	0	0	1	12	5	0
Ogataea parapolymorpha DL-1	opa*	80	7	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0
Penicillium chrysogenum P2niaD18	pch*	192	100	1	1	0	0	2	0	1	6	0	4	1	0	2	0	10	0	3	11	0	0	0	0	1	0	1	0	0	0	0	1	3	6	1	8	0	0	0	0	2	0	4	0	1	0	1	0	3	8	1	5	0	0	1	0	2	3	1	3	0	0	2	0	0	0
Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)	sce	275	61	7	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	10	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0	0	0	0	1	0	0	0	6	0	0	10	10	0
Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri	sas*	205	52	3	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	1	0	0	0	0	0	4	0	7	0	0	0	0	0	0	4	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	3	0	0	0	5	0	0	6	7	0
Scheffersomyces stipitis CBS 6054	pic	170	42	3	0	9	0	0	0	0	0	0	2	0	0	1	0	3	0	0	0	0	0	6	0	0	1	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	5	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	6	0	0
Schizosaccharomyces pombe 972h-	spo	168	44	0	0	9	0	0	0	0	0	0	3	1	0	1	0	3	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	4	0	0	2	0	1	0	0	0	0	0	2	0	4	0
Sporisorium reilianum SRZ2	sre*	96	91	1	0	5	0	1	0	1	1	1	0	1	0	1	0	4	4	3	3	2	0	1	0	1	3	2	0	0	4	1	0	2	4	2	3	4	0	1	0	1	3	1	6	1	0	1	0	1	4	0	2	0	0	1	0	2	2	1	2	2	0	1	4	0	0
Tetrapisispora blattae CBS 6284	tbl	328	71	9	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	13	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	0	0	0	2	0	0	0	7	0	0	12	9	0
Tetrapisispora phaffii CBS 4417	tpf	206	42	6	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	0	0	1	0	0	0	4	0	0	9	2	0
Thielavia terrestris NRRL 8126	ttt	154	117	1	3	6	0	1	0	2	4	0	3	2	0	1	0	2	6	2	3	4	0	2	0	3	4	1	0	1	6	1	0	4	5	0	6	7	0	2	0	3	7	1	0	2	0	1	0	3	0	0	4	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	7	5	1	0
Torulaspora delbrueckii CBS 1146	tdl	192	45	5	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	0	0	1	0	0	0	4	0	0	6	8	0
Ustilago maydis 521	uma	111	101	1	0	5	0	1	0	1	0	1	2	1	0	1	0	4	4	2	2	3	0	1	0	1	4	3	0	0	4	1	0	2	4	2	5	4	0	1	0	1	5	2	6	1	0	1	0	1	4	0	3	0	0	1	0	3	3	2	2	2	0	1	3	0	0
Valsa mali 03-8	vma*	156	130	0	3	9	0	3	0	2	3	0	3	2	0	1	0	3	7	2	4	3	0	2	0	1	1	2	0	2	5	3	0	4	5	2	3	8	0	2	0	2	7	0	8	1	1	1	0	2	5	0	4	0	0	1	0	2	2	0	0	3	0	0	4	2	0
Verticillium dahliae VdLs.17	vda	225	115	2	6	0	0	3	0	3	0	2	2	1	0	0	0	4	0	2	6	0	0	3	0	0	8	0	0	0	4	1	0	0	8	2	5	0	0	2	0	1	11	2	0	1	0	1	0	2	8	0	6	0	0	3	1	1	0	1	1	3	0	1	7	1	0
Yarrowia lipolytica CLIB122	yli	510	316	4	16	34	0	3	0	1	0	0	6	0	0	1	0	0	26	3	4	14	0	0	0	2	21	25	0	0	0	2	0	11	21	0	28	27	0	0	0	0	0	11	0	0	0	0	0	3	0	0	14	0	0	2	0	4	0	0	0	13	0	0	17	3	0
Zygosaccharomyces rouxii CBS 732	zro	272	54	7	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	3	0	2	0	0	0	6	0	0	8	10	0
total				131	94	202	2	30	0	25	42	20	144	36	0	59	1	104	141	59	92	65	0	168	0	31	125	80	0	17	91	68	2	71	143	50	125	170	2	43	0	36	119	42	102	33	1	25	1	37	59	1	250	1	0	43	1	66	35	9	30	124	1	35	261	151	2
				aaa	aac	aag	aat	aca	acc	acg	act	aga	agc	agg	agt	ata	atc	atg	att	caa	cac	cag	cat	cca	ccc	ccg	cct	cga	cgc	cgg	cgt	cta	ctc	ctg	ctt	gaa	gac	gag	gat	gca	gcc	gcg	gct	gga	ggc	ggg	ggt	gta	gtc	gtg	gtt	taa	tac	tag	tat	tca	tcc	tcg	tct	tga	tgc	tgg	tgt	tta	ttc	ttg	ttt
zéros				6	26	21	40	27	42	27	29	30	4	24	42	1	41	18	26	22	23	27	42	9	42	24	22	26	42	30	20	10	40	22	21	24	27	26	40	26	42	24	28	28	31	26	41	21	41	22	33	41	0	41	42	18	41	5	33	35	30	12	41	23	7	10	41
42−zéros				36	16	21	2	15	0	15	13	12	38	18	0	41	1	24	16	20	19	15	0	33	0	18	20	16	0	12	22	32	2	20	21	18	15	16	2	16	0	18	14	14	11	16	1	21	1	20	9	1	42	1	0	24	1	37	9	7	12	30	1	19	35	32	1

79 Eucaryotes, détails des introns

• Lien Tableur: E79 Les introns
• Légende

Les introns des 79 eucaryotes

Génome	KEGG	tRNA	total	aaa	aac	aag	aat	aca	acc	acg	act	aga	agc	agg	agt	ata	atc	atg	att	caa	cac	cag	cat	cca	ccc	ccg	cct	cga	cgc	cgg	cgt	cta	ctc	ctg	ctt	gaa	gac	gag	gat	gca	gcc	gcg	gct	gga	ggc	ggg	ggt	gta	gtc	gtg	gtt	taa	tac	tag	tat	tca	tcc	tcg	tct	tga	tgc	tgg	tgt	tta	ttc	ttg	ttt
Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009)	aml	1463	96	3	1	45	0	0	0	0	0	5	0	2	0	5	0	0	0	3	0	3	0	1	0	1	0	3	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	11	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0
Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010)	acs	211	11	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0
Anopheles gambiae	aga	414	27	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	22	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011)	ath	684	83	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	70	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)	bacu	7080	50	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	12	0	1	1	0	0	0	0	3	0	2	0	0	0	0	0	0	13	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	6	0
Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)	bta	4040	57	0	0	1	0	0	0	1	0	6	0	0	0	5	0	0	0	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	1	0	1	0	0	0	0	1	3	1	5	2	0	0	0	0	0	17	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	6	0
Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X)	bdi	639	36	0	0	0	0	0	0	0	1	0	3	1	0	0	0	17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	12	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008)	cbr*	1095	52	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	1	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	26	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	14	0
Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3)	cbr	743	34	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	19	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	10	0
Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010)	cel	596	34	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	19	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0
Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008)	cja*	827	35	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	24	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0
Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009)	cjc	408	29	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	11	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	5	0
Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)	cmk	13727	177	35	0	0	0	0	0	0	3	12	0	0	0	17	0	0	0	0	0	0	0	13	3	8	12	22	0	0	0	1	0	1	0	2	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	34	0	1	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	9	0
Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011)	cfa	906	68	2	0	33	0	0	0	0	0	4	0	1	0	5	0	0	0	3	0	1	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	1	0	2	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008)	cpo*	383	28	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0
Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1)	csi*	518	27	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0
Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1)	cpic	554	36	0	0	0	0	0	0	0	0	10	1	0	0	12	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0
Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011)	cge	498	23	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3)	dno*	1119	31	0	0	1	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	2	0	1	0	0	0	0	9	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	6	0
Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6)	dme	289	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0)	dsi	256	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	10	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1)	dya	326	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Equus caballus (horse) (Sep 2007)	ecb	494	32	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	14	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0
Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2)	eeu*	485	30	0	0	2	0	0	0	0	1	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0
Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)	fca	3729	487	4	2	214	1	0	0	1	0	5	0	9	0	6	0	0	0	75	2	7	0	7	1	1	0	102	0	2	0	0	0	0	0	0	0	7	0	1	0	1	0	2	0	1	1	0	0	0	0	3	10	4	0	4	0	0	0	2	0	2	0	3	0	7	0
Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1)	gmo*	1492	105	1	0	0	0	2	0	0	0	19	0	0	0	16	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	50	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	12	2
Gallus gallus (galGal4 Nov 2011)	gga	283	22	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006)	gac*	2489	146	0	0	0	0	0	0	0	0	62	0	0	0	58	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	5	0
Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1)	gfr	203	14	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0
Glycine max (soybean) (Wm82.a2)	gmx	738	39	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	18	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	20	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011)	ggo	435	34	0	0	0	0	0	0	2	0	4	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	13	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	6	0
Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2)	hgl	367	22	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	3	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	4	0
Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)	hsa	622	34	0	0	0	0	0	0	1	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	13	1	1	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	5	0
Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1)	lcm	373	21	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	4	0
Leishmania major	lma	82	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009)	lav	2002	60	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	19	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0	17	0
Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3)	mcc	458	34	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	13	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0
Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2)	meu*	353	26	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0
Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0)	mtr	582	40	2	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	4	0	13	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	2	0	0	0
Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009)	mgp	155	10	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0
Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1)	mun*	191	12	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003)	mmr*	258	18	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006)	mdo	481	30	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	14	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Mus musculus (mm10 Dec 2011)	mmu	469	25	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	10	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	4	0
Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1)	mpu*	749	66	1	1	25	1	0	0	0	0	8	0	1	0	5	0	0	0	2	0	1	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	9	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0
Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2)	mlu*	252	21	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	3	0	0	0	0	1	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3)	nle	421	31	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	13	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	1
Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3)	opr*	338	22	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	10	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2)	oni*	674	76	0	0	0	0	0	0	0	2	22	0	0	0	24	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	17	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0
Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007)	oaa	856	54	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	26	0	0	0	0	2	0	0	0	1	0	0	1	10	0
Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009)	ocu	506	27	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Oryza sativa	osa	738	36	0	0	0	0	1	0	0	0	0	2	0	0	0	0	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	13	0	1	1	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0
Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3)	oga*	326	41	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	1	10	9	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	1
Ovis aries (sheep) (Feb 2010)	oas	1176	29	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	0	0	0	0	8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4)	ptr	503	34	0	0	0	0	0	0	1	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	13	1	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	5	0
Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2)	pan*	476	35	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	14	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0
Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008)	pha*	411	31	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0
Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2)	pma*	2485	133	6	3	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	9	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	2	86	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	22	0
Physcomitrella patens	ppp	418	21	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	11	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Plasmodium falciparum	pfa	35	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2)	ppy*	517	40	0	0	0	0	0	0	1	0	7	0	0	0	6	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	15	0	1	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	5	0
Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0)	pop	618	74	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	35	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6
Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012)	rno	407	15	0	0	0	0	0	0	0	1	5	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1
Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1)	sbq	334	26	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0
Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1)	shr	446	22	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2)	san*	374	25	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	9	1	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	4	0
Sorghum bicolor (Version 1.0)	sbi	578	32	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	12	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2)	str*	804	24	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	1	0	0	8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0
Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin)	spu	1065	38	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	24	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3)	ssc	807	56	0	1	0	1	0	0	0	0	6	1	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	17	0	1	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	16	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	6	0
Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2)	tgu	230	18	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0
Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3)	tru	575	43	0	0	0	0	0	0	0	0	12	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	9	0
Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2)	tsy*	455	114	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	4	0	0	0	60	0	0	1	26	1	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	8	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0
Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007)	tng	540	58	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0	0	0	5	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	11	0	3	0	20	0	0	0	0	0	0	1	0	7	0
Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1)	tma*	2017	41	0	0	0	0	0	0	0	0	7	0	0	0	7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	1	0	0	0	0	0	0	0	14	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	8	0
Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)	ttr*	5845	47	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0	0	0	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	7	1	1	0	0	0	0	0	3	0	2	0	0	0	0	0	0	17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	0
Vitis vinifera (Grapevine 12X)	vvi	499	32	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	11	0	0	0	2	0	0	0	0	2	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	10	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0
Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009)	xtr	2639	275	0	0	0	0	0	0	0	0	103	0	0	0	43	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	105	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	19	0
Zea mays (Version 5b.60)	zma	1198	37	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	22	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
total				54	8	321	4	5	0	7	10	469	9	14	2	454	14	149	5	148	11	17	6	50	5	11	18	131	3	4	0	2	1	7	45	28	18	13	4	2	1	4	4	21	7	15	4	5	0	6	3	8	1239	13	24	13	23	2	2	3	14	5	2	18	2	400	11
				aaa	aac	aag	aat	aca	acc	acg	act	aga	agc	agg	agt	ata	atc	atg	att	caa	cac	cag	cat	cca	ccc	ccg	cct	cga	cgc	cgg	cgt	cta	ctc	ctg	ctt	gaa	gac	gag	gat	gca	gcc	gcg	gct	gga	ggc	ggg	ggt	gta	gtc	gtg	gtt	taa	tac	tag	tat	tca	tcc	tcg	tct	tga	tgc	tgg	tgt	tta	ttc	ttg	ttt
zéros				71	74	72	75	76	79	73	72	21	73	74	77	10	74	68	76	71	70	71	76	72	76	75	73	72	76	77	79	77	78	72	69	71	77	73	76	77	78	75	75	70	75	72	76	74	79	73	77	76	0	69	62	70	75	78	77	77	69	75	77	71	77	14	74
79−zéros				8	5	7	4	3	0	6	7	58	6	5	2	69	5	11	3	8	9	8	3	7	3	4	6	7	3	2	0	2	1	7	10	8	2	6	3	2	1	4	4	9	4	7	3	5	0	6	2	3	79	10	17	9	4	1	2	2	10	4	2	8	2	65	5
Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)	dre			aaa	aac	aag	aat	aca	acc	acg	act	aga	agc	agg	agt	ata	atc	atg	att	caa	cac	cag	cat	cca	ccc	ccg	cct	cga	cgc	cgg	cgt	cta	ctc	ctg	ctt	gaa	gac	gag	gat	gca	gcc	gcg	gct	gga	ggc	ggg	ggt	gta	gtc	gtg	gtt	taa	tac	tag	tat	tca	tcc	tcg	tct	tga	tgc	tgg	tgt	tta	ttc	ttg	ttt
intron			813	3								247				61		2	1								7					8			4		1							2		3					2		225		4									8		234	1
tRNAs		12258		525	1,045	953	24	290	10	66	359	252	424	104	14	75	10	522	258	105	387	266	10	205	2	180	315	107	24	59	203	244	4	300	270	225	150	245	1	368	4	112	92	47	836	268	11	230	6	227	232	0	236	0	5	209	2	80	336	14	136	44	9	73	197	241	10

Tableaux des duplications

• C'est le format 2 issu des tableaux des effectifs. Il y a 3 processus en cours, celui qui, à partir d'une séquence donnée initiale, donne des duplicata différents qui à leur tour, par un 2ème processus, produisent des doublons (séquence identique au duplicata). Le 1er processus concerne les duplicata et son effectif est donc diff-1. Le 2ème processus est la somme des séquences identiques à chaque duplicata donné et donc son effectif est tot-diff. Le 3ème processus est la genèse ou non d'une 1ère séquence, son effectif est l'unité. Les tableaux des duplications qui suivent représentent les duplications réelles, à séquence identique à un codon initial nommées double=tot-diff (ce sont des doublons qui ne sont pas identiques entre eux), ou à séquences différentes nommées par le nom du gène du codon (aaa en minuscule) ou bien dif=diff-1 issues d'un 1er codon.

Tableaux des codons, corrélations et indice double

• voir méthode

E79-Codons. Correlations et indices des doublons

• Lien tableur: E79-Codons. Corrélations et indices des doublons.

79 eucaryotes: Codons, corrélation et indice des doublons

E79		Lys		Asn		Lys		Asn		Thr		Thr		Thr		Thr		Arg		Ser		Arg		Ser		Ile		Ile		Met		Ile		Gln		His		Gln		His		Pro		Pro		Pro		Pro		Arg		Arg		Arg		Arg		Leu		Leu		Leu		Leu		Glu		Asp		Glu		Asp		Ala		Ala		Ala		Ala		Gly		Gly		Gly		Gly		Val		Val		Val		Val		Stp		Tyr		Stp		Tyr		Ser		Ser		Ser		Ser		SeC		Cys		Trp		Cys		Leu		Phe		Leu		Phe
		TTT		GTT		CTT		ATT		TGT		GGT		CGT		AGT		TCT		GCT		CCT		ACT		TAT		GAT		CAT		AAT		TTG		GTG		CTG		ATG		TGG		GGG		CGG		AGG		TCG		GCG		CCG		ACG		TAG		GAG		CAG		AAG		TTC		GTC		CTC		ATC		TGC		GGC		CGC		AGC		TCC		GCC		CCC		ACC		TAC		GAC		CAC		AAC		TTA		GTA		CTA		ATA		TGA		GGA		CGA		AGA		TCA		GCA		CCA		ACA		TAA		GAA		CAA		AAA
		double	aaa	double	aac	double	aag	double	aat	double	aca	double	acc	double	acg	double	act	double	aga	double	agc	double	agg	double	agt	double	ata	double	atc	double	atg	double	att	double	caa	double	cac	double	cag	double	cat	double	cca	double	ccc	double	ccg	double	cct	double	cga	double	cgc	double	cgg	double	cgt	double	cta	double	ctc	double	ctg	double	ctt	double	gaa	double	gac	double	gag	double	gat	double	gca	double	gcc	double	gcg	double	gct	double	gga	double	ggc	double	ggg	double	ggt	double	gta	double	gtc	double	gtg	double	gtt	double	taa	double	tac	double	tag	double	tat	double	tca	double	tcc	double	tcg	double	tct	double	tga	double	tgc	double	tgg	double	tgt	double	tta	double	ttc	double	ttg	double	ttt
	acs	2	2	6	3	3	2	0	−	1	1	0	−	0	0	1	2	0	2	2	2	0	2	0	−	0	0	0	−	4	7	4	1	0	2	3	1	2	2	0	−	2	0	0	0	1	0	2	0	0	2	0	−	0	0	2	1	0	2	0	−	2	1	2	1	5	1	6	1	1	3	0	−	0	5	0	−	0	2	6	5	5	2	5	1	1	0	0	−	0	1	0	−	2	0	2	2	0	−	0	5	0	−	0	−	0	0	0	−	0	1	4	0	0	0	8	3	3	3	0	−	0	1	4	0	1	0	0	−
	aga	3	4	10	1	15	1	0	−	1	0	0	−	3	2	7	0	0	1	4	1	0	1	0	−	0	1	0	−	13	4	10	1	2	1	16	4	5	5	0	−	6	1	0	−	7	5	2	4	4	3	0	−	0	−	9	0	1	1	0	−	8	1	3	1	8	2	18	1	12	2	0	−	1	1	0	−	4	1	13	3	7	0	14	0	0	−	0	−	2	0	0	−	21	7	24	6	0	0	1	20	0	−	0	−	1	0	0	−	7	0	4	1	0	−	4	0	5	0	0	−	1	4	8	0	0	3	0	−
	aml	5	49	10	17	12	759	0	5	1	7	0	−	0	9	4	5	0	16	3	9	1	43	0	1	0	5	0	−	11	12	7	4	1	41	7	0	4	20	0	−	3	7	0	−	3	1	7	1	2	81	0	0	2	4	5	2	0	4	0	−	2	4	2	4	4	6	5	5	3	33	0	0	2	6	0	−	1	3	3	13	3	3	8	1	2	4	0	−	0	6	0	−	7	1	8	1	0	0	1	9	0	9	0	−	0	5	0	−	0	3	6	3	0	1	13	11	3	6	0	−	1	3	8	2	2	6	0	−
	ath	10	5	10	8	14	4	0	−	4	4	0	0	2	3	7	2	1	8	7	8	4	3	0	−	3	1	1	0	16	15	15	1	6	3	6	5	4	4	0	−	41	5	0	−	2	2	11	4	4	1	0	−	1	2	4	6	6	4	0	0	2	0	9	2	7	8	21	7	9	3	0	−	7	2	0	−	4	2	13	2	11	1	16	8	4	0	0	−	4	2	1	0	6	1	12	2	0	0	50	32	0	−	0	−	6	5	1	1	3	3	26	10	0	−	4	13	11	4	0	−	3	2	16	4	6	5	0	−
	bacu	4	81	17	6	5	23	0	−	1	6	0	−	0	3	4	8	0	54	3	9	0	66	0	−	0	7	0	0	8	12	6	5	2	7	7	3	4	15	0	−	2	2	0	−	2	1	5	1	1	7	0	−	1	19	3	5	0	3	0	−	3	3	4	1	47	2320	7	37	21	446	1	18	0	41	0	−	1	18	2	17	25	961	13	50	103	2044	1	10	0	17	0	0	8	23	5	8	0	23	0	13	0	8	0	−	0	4	0	0	0	3	3	6	0	16	5	18	13	242	0	1	1	11	4	8	0	7	0	−
	bdi	3	8	10	5	16	1	0	−	2	7	2	0	2	3	2	6	2	6	12	5	4	5	0	−	1	2	0	1	25	30	13	6	7	7	14	6	8	2	0	2	8	9	0	−	5	2	11	3	4	0	0	0	2	3	12	3	6	3	0	−	7	0	7	6	8	6	21	4	16	2	0	−	7	5	0	−	9	1	16	2	6	2	19	8	8	0	0	−	2	2	2	1	8	2	11	4	0	−	3	13	0	−	0	0	5	4	1	2	4	0	8	2	0	−	6	8	12	5	0	−	2	1	13	4	9	6	0	−
	bta	10	67	16	13	15	24	0	−	2	7	0	0	0	6	4	9	0	43	8	10	2	113	0	3	0	7	0	−	16	18	14	3	2	17	14	4	8	31	0	3	6	2	0	−	3	0	11	1	1	10	0	6	3	12	7	5	0	4	0	−	3	2	6	4	11	423	9	32	3	160	0	5	4	30	0	1	2	13	12	18	6	384	8	54	29	1265	0	19	2	18	0	−	12	26	7	12	0	3	1	37	0	12	0	10	0	6	4	27	0	6	8	4	0	28	25	312	5	172	9	133	0	9	12	17	0	13	0	5
	cbr	11	4	20	2	36	3	0	−	6	3	0	−	5	3	20	1	7	2	6	2	1	0	0	−	8	15	0	−	18	4	17	3	19	4	18	2	6	3	0	−	30	10	0	−	2	1	2	3	4	5	0	−	0	−	17	4	3	1	0	−	2	4	21	4	15	3	27	6	21	8	0	−	13	0	0	−	2	4	22	6	33	8	16	4	0	4	0	−	2	3	0	−	3	2	18	6	0	−	13	5	0	−	0	−	3	4	0	−	4	3	14	2	0	−	14	1	12	0	0	−	2	3	16	5	1	9	0	−
	cbre	20	8	28	4	45	3	0	−	12	2	0	0	6	3	26	4	10	2	9	4	4	6	0	−	13	12	0	0	24	4	31	1	29	10	21	4	6	4	0	0	48	5	1	0	4	4	13	11	11	5	0	−	13	10	28	3	6	1	0	−	3	4	29	2	27	8	31	2	34	2	0	−	7	3	0	−	2	3	33	1	61	4	25	13	11	13	0	−	3	4	0	−	7	7	30	2	0	−	20	7	0	−	0	1	7	6	0	−	3	5	16	3	1	1	16	4	19	2	0	1	4	2	18	5	2	11	0	−
	cel	13	0	17	2	24	5	0	−	9	1	0	−	2	4	14	2	5	2	6	2	1	2	0	0	3	3	0	−	16	2	19	1	15	4	13	5	4	2	0	−	23	7	0	−	3	0	2	3	4	3	0	−	0	0	14	3	2	0	0	−	3	1	14	5	14	2	20	6	19	4	0	−	7	1	0	−	0	3	16	5	28	5	10	3	2	0	0	−	1	3	0	−	4	1	15	3	0	−	7	11	0	−	0	−	2	6	0	−	3	2	11	3	0	1	11	1	9	2	0	−	1	2	10	4	0	6	0	−
	cfa	6	27	8	12	10	397	0	0	1	2	0	−	0	4	2	5	0	8	2	5	1	27	0	−	0	4	0	−	6	16	4	4	1	41	7	1	4	15	0	−	1	6	0	−	2	1	7	0	0	14	0	−	1	2	1	4	0	3	0	−	4	2	3	0	4	10	9	3	6	15	0	1	3	7	0	−	0	3	3	10	7	3	8	2	2	6	0	−	0	4	0	−	5	2	2	3	0	2	0	8	0	2	0	−	0	4	0	−	1	6	5	4	0	0	9	11	0	5	0	−	0	3	4	5	0	4	0	−
	cge	5	9	8	8	11	74	0	−	1	2	0	0	0	3	1	6	0	4	3	5	1	4	0	−	0	4	0	−	7	8	10	2	1	3	11	2	5	5	0	−	4	1	0	−	2	0	6	0	2	3	0	−	0	2	3	2	0	3	0	−	5	4	3	1	2	4	10	4	6	13	0	−	1	13	0	0	1	4	5	16	5	0	9	4	2	4	0	0	1	3	0	−	3	5	4	8	0	−	0	10	0	−	0	−	0	2	0	−	0	2	5	0	0	1	24	16	2	3	0	−	0	3	4	3	0	3	0	−
	cjap	23	6	20	2	30	6	0	−	7	4	0	−	8	2	17	6	9	2	12	2	2	0	0	−	2	4	0	−	25	4	20	5	11	2	12	4	11	4	0	−	33	9	0	−	7	0	7	1	6	4	0	−	0	0	17	3	2	3	0	−	5	6	22	3	16	3	32	8	31	8	0	−	6	4	0	−	7	0	23	7	36	10	24	9	0	1	0	−	2	4	0	−	8	4	19	3	0	−	22	1	0	−	0	−	4	2	0	−	10	4	14	4	0	0	12	2	14	3	0	−	0	4	19	4	0	6	0	0
	cjc	5	10	9	17	4	11	0	−	0	6	0	0	0	3	1	8	0	5	3	4	1	3	0	−	0	4	0	2	7	12	5	7	0	6	5	3	5	7	0	0	3	2	0	−	3	0	6	0	0	3	2	0	1	2	4	1	0	3	0	−	3	8	4	3	3	17	8	5	6	8	0	0	1	4	0	1	1	2	2	12	6	2	9	5	1	3	0	−	1	4	0	2	4	6	3	3	0	0	10	24	0	2	0	0	1	3	0	−	0	3	5	3	0	1	9	22	1	9	0	−	0	10	4	3	0	6	0	−
	cmk	5	37	16	31	11	24	0	1	49	156	0	11	4	132	7	16	0	13	10	22	5	6	0	−	4	18	0	−	20	73	8	22	1	5	10	26	8	9	0	0	7	43	0	5	0	40	1	10	3	21	0	−	0	1	4	4	2	17	0	1	5	19	6	13	7	58	14	34	22	405	0	5	2889	3008	3	164	100	3757	19	55	22	43	12	6	7	73	0	1	29	115	0	15	37	1502	6	15	0	0	7	28	0	3	0	0	3	50	0	0	0	47	12	13	0	2	5	9	10	19	0	0	1	11	10	24	1	29	0	2
	cpic	4	31	5	11	2	6	0	0	1	16	0	−	0	4	1	15	1	24	1	18	0	9	0	2	0	12	0	0	5	10	2	8	1	14	2	7	1	9	0	−	1	2	0	0	0	1	4	7	1	3	0	−	0	2	2	4	0	3	0	0	2	3	0	1	0	16	4	9	2	2	0	−	3	11	0	0	0	3	1	9	10	13	5	5	1	0	0	−	0	4	0	−	0	5	1	14	0	0	0	4	0	1	0	0	0	14	0	−	1	8	2	21	0	3	4	13	1	8	0	4	0	12	2	19	1	5	0	1
	cpo	4	6	9	8	7	18	0	−	1	2	0	−	0	2	0	9	0	4	3	6	1	3	0	−	0	4	0	−	5	9	7	2	2	1	6	1	3	4	0	−	2	1	0	−	2	0	6	1	0	3	0	−	0	2	4	2	0	2	0	−	4	1	3	1	2	3	6	3	4	0	0	0	2	6	0	3	0	4	4	23	2	3	6	4	1	4	0	−	1	1	0	0	3	2	4	1	0	−	4	10	0	0	0	−	1	1	0	−	1	2	6	1	0	0	18	15	1	6	0	−	0	3	5	2	0	5	0	−
	csi	4	10	10	3	6	15	0	1	2	5	0	−	0	4	3	6	0	5	7	5	0	6	0	−	0	4	0	−	11	14	7	5	2	2	8	1	4	7	0	−	4	2	0	−	2	1	8	1	1	3	0	−	2	1	4	5	1	2	0	−	2	1	3	2	4	6	6	6	4	72	0	0	1	11	0	−	1	4	7	15	2	1	8	1	3	5	0	−	0	6	0	0	4	10	5	5	0	−	0	10	0	0	0	−	2	2	0	−	0	3	8	4	0	0	4	19	4	3	0	−	0	4	7	5	0	5	0	−
	dme	4	1	9	0	12	0	0	−	4	1	0	−	2	0	6	2	0	2	4	1	2	0	0	−	0	1	0	−	8	3	8	1	2	1	4	0	4	3	0	−	4	0	0	−	2	2	6	0	6	3	0	−	0	−	9	0	1	0	0	−	7	0	3	0	5	0	11	2	10	4	0	−	0	1	0	−	2	0	10	1	4	1	12	1	0	−	0	−	1	0	0	−	5	1	4	1	0	−	0	8	0	−	0	−	0	1	0	−	3	0	5	2	0	0	3	3	6	1	0	−	0	3	7	0	0	3	0	−
	dno	4	13	17	5	13	29	0	−	1	6	0	−	0	6	1	9	0	8	3	6	1	45	0	−	0	5	0	0	10	19	6	5	2	2	6	3	3	6	0	0	5	1	0	−	1	2	6	0	1	6	0	−	0	4	5	4	0	2	0	−	6	3	3	1	5	14	12	8	7	37	0	−	2	63	0	1	1	15	7	15	10	23	10	8	4	321	0	23	0	15	0	0	5	75	4	7	0	−	3	10	0	−	0	−	1	4	0	−	0	5	7	2	0	0	9	12	3	11	0	−	0	7	5	6	1	6	0	−
	dsi	2	1	5	0	10	0	0	−	3	1	0	−	2	1	7	0	0	3	1	1	1	1	0	−	0	−	0	−	8	3	6	2	2	1	4	1	4	3	0	−	3	1	0	−	2	2	5	0	2	2	0	−	0	−	8	0	1	0	0	−	8	0	4	0	2	2	5	0	6	3	0	−	0	−	0	−	3	1	8	0	3	1	13	1	0	−	0	−	1	0	0	−	4	1	5	1	0	−	0	9	0	−	0	−	0	1	0	−	2	0	5	2	0	0	4	2	7	1	0	−	0	2	5	2	0	3	0	−
	dya	3	2	10	0	12	3	0	0	4	1	0	−	4	0	7	0	0	2	4	3	2	1	0	−	0	1	0	−	11	3	8	1	3	0	4	0	3	4	0	−	7	0	0	−	3	1	5	0	5	1	0	−	0	−	11	0	1	0	0	−	7	0	4	0	5	1	14	2	11	2	0	−	1	0	0	−	2	2	14	3	5	1	14	1	0	0	0	−	1	0	0	−	8	2	5	1	0	−	0	8	0	−	0	−	0	1	0	−	4	0	6	2	0	0	5	2	6	1	0	−	1	3	8	0	0	3	0	−
	ecb	7	7	9	7	8	7	0	0	2	4	0	−	0	2	2	6	0	4	5	6	1	5	0	−	0	4	0	−	12	12	13	6	2	3	8	2	6	5	0	0	4	2	0	−	1	1	9	0	1	2	0	−	2	1	6	3	0	4	0	−	1	1	5	1	5	5	5	4	3	47	0	−	2	8	0	−	1	6	11	15	2	1	9	0	3	4	0	−	0	5	0	2	9	5	7	4	0	−	4	9	0	−	0	0	0	3	0	−	0	3	8	3	0	3	10	14	3	3	0	−	0	3	8	3	0	5	0	−
	eeu	6	4	5	1	28	120	0	−	0	5	0	−	0	3	2	6	0	4	4	2	1	5	0	−	0	3	0	−	10	5	7	1	1	2	4	0	2	5	0	−	3	1	0	−	2	0	8	1	1	3	0	−	1	1	3	2	0	2	0	−	2	3	4	1	3	4	9	3	5	3	0	−	0	9	0	−	0	3	4	9	5	1	10	3	2	2	0	−	0	5	0	−	2	1	3	3	0	−	0	12	0	−	0	−	0	2	0	−	0	2	5	1	0	1	14	19	2	4	0	−	0	2	5	2	0	5	0	−
	fca	5	44	7	20	8	878	0	4	1	11	0	−	0	8	3	5	0	53	4	7	1	51	0	1	0	8	0	−	9	14	8	1	5	776	8	7	2	44	0	1	4	63	0	0	2	4	6	1	7	1193	0	8	0	23	5	3	0	32	0	−	2	2	5	0	4	10	7	1	3	40	0	0	1	8	0	0	1	5	4	13	2	45	7	2	1	4	0	1	0	5	0	−	6	2	4	3	1	35	1	8	0	11	0	−	1	12	0	0	0	4	5	2	0	17	13	18	1	21	0	0	0	18	4	7	0	7	0	0
	gac	30	30	82	40	74	22	0	0	19	15	0	−	14	8	49	49	43	24	14	15	21	4	0	−	46	14	0	−	221	64	84	16	47	12	33	18	61	19	0	−	22	6	0	−	13	4	58	4	65	13	0	−	0	1	37	11	5	11	0	−	6	2	31	17	22	23	135	48	28	24	0	−	36	16	0	−	41	14	31	21	40	20	10	1	1	2	0	−	4	7	0	0	7	10	9	11	0	−	4	12	0	−	0	−	43	18	0	−	23	5	38	13	0	0	72	34	47	26	0	−	4	7	23	11	1	5	0	−
	gfr	2	1	1	4	1	5	0	0	0	3	0	−	0	0	2	2	0	2	3	2	0	1	0	−	0	1	0	0	2	3	4	1	0	1	0	3	1	1	0	−	1	3	0	−	0	0	3	0	0	1	0	−	0	−	1	4	0	−	0	−	2	4	1	2	0	3	1	3	4	1	0	−	0	4	0	−	0	1	9	6	2	1	7	0	1	2	0	−	0	0	0	0	1	1	0	1	0	−	4	7	0	−	0	−	0	2	0	−	0	0	1	0	0	−	5	4	0	2	0	−	0	10	4	1	0	1	0	−
	gga	2	3	5	5	4	1	0	−	1	2	0	−	0	1	0	3	0	3	3	3	0	2	0	−	0	1	0	−	8	5	6	0	0	1	2	3	2	2	0	−	1	2	0	−	1	1	6	0	0	1	0	−	0	1	4	3	0	1	0	−	2	4	0	2	2	6	7	2	5	1	0	−	3	3	0	−	0	3	13	10	3	3	5	1	2	1	0	−	0	2	0	0	2	4	2	4	0	−	3	12	0	−	0	−	1	2	0	−	1	0	4	4	0	0	6	4	3	2	0	−	0	2	5	4	0	2	0	−
	ggo	3	10	9	19	5	13	0	1	1	4	0	−	1	4	2	6	0	4	4	3	1	4	0	−	0	5	0	2	10	6	5	8	1	9	6	0	5	15	0	−	3	3	0	−	3	0	5	4	1	4	0	−	2	2	3	3	0	4	0	−	1	3	4	4	3	12	7	7	2	6	0	−	1	5	0	1	0	4	3	19	1	3	5	7	4	4	0	−	0	7	0	0	5	5	2	6	1	0	1	21	0	2	0	3	0	4	0	1	0	4	6	4	0	2	5	29	2	6	0	0	1	7	5	7	0	8	0	−
	gmo	17	45	16	17	20	22	0	1	6	23	0	−	7	22	10	19	2	18	0	−	7	20	0	0	2	15	0	−	42	111	5	20	3	7	10	15	22	22	0	0	6	14	0	0	10	11	25	29	2	14	0	1	3	6	8	22	4	19	0	−	13	33	11	21	12	38	15	14	20	29	0	0	4	19	0	−	6	19	24	30	18	20	17	12	4	13	0	−	0	8	0	−	9	18	8	12	0	0	3	46	0	3	0	−	3	14	14	26	1	12	12	17	0	1	8	18	10	18	0	−	1	14	12	23	0	14	0	5
	gmx	15	4	12	9	20	1	0	1	5	4	0	0	2	1	3	5	10	7	16	11	10	2	0	−	5	2	0	−	22	13	12	18	10	2	15	2	8	4	0	−	20	6	0	−	3	1	16	4	6	2	0	−	1	3	11	1	7	2	0	−	6	0	15	0	12	3	25	7	17	6	0	−	12	4	0	−	5	2	21	2	16	1	26	2	6	2	0	−	5	3	0	0	11	1	15	6	0	−	1	19	0	−	0	−	6	4	0	−	4	1	10	4	0	−	13	0	15	2	0	−	4	4	17	4	10	7	0	−
	hgl	3	4	5	3	4	10	0	−	0	3	0	1	0	3	0	14	0	5	2	4	1	3	0	1	0	2	0	−	6	7	5	2	0	2	5	1	3	2	0	−	1	3	0	−	1	1	4	8	0	3	0	−	0	3	2	2	0	4	0	−	1	3	2	2	2	3	4	5	3	0	0	1	1	3	0	5	1	4	1	44	1	2	6	3	1	1	0	3	1	2	0	0	3	2	1	10	0	−	0	6	0	−	0	−	0	2	0	−	0	2	2	4	3	3	5	17	1	4	0	−	0	3	4	1	0	4	0	−
	hsa-18	4	7	8	16	5	9	0	−	0	5	0	−	0	4	3	5	0	5	2	5	0	4	0	−	0	4	2	0	11	8	5	9	2	3	8	0	6	6	0	−	4	2	0	−	2	1	7	1	0	5	0	−	2	1	5	1	0	2	0	−	7	1	5	3	3	4	10	2	6	1	0	−	1	6	0	−	0	3	10	15	5	3	9	4	2	2	0	−	1	3	0	−	7	5	4	5	0	−	0	12	0	−	0	0	0	3	0	−	0	3	5	3	0	1	6	22	2	4	0	−	0	3	5	4	0	6	0	−
	lav	14	45	14	36	14	21	0	3	5	16	0	0	0	9	1	12	0	89	7	68	2	13	0	2	0	6	0	−	16	33	13	29	3	10	14	12	5	22	0	2	2	11	0	−	2	0	9	6	4	13	0	−	0	2	4	9	0	10	0	−	4	5	4	17	7	106	6	13	6	17	0	−	6	46	0	−	0	14	14	39	3	615	7	25	2	69	0	3	11	38	0	0	9	25	7	33	0	1	0	18	0	−	0	0	0	6	0	−	1	2	9	19	0	23	5	22	6	16	0	0	1	13	13	18	3	13	0	0
	lcm	7	12	2	6	4	8	0	2	1	7	0	−	0	1	3	7	0	8	1	6	0	7	0	−	0	6	0	−	3	7	1	5	1	8	2	2	2	6	0	−	3	6	0	−	0	3	2	9	0	3	0	−	0	0	2	1	1	3	0	−	0	7	1	2	2	8	3	15	2	5	0	0	1	18	0	−	1	1	3	1	0	4	2	4	1	0	0	−	0	6	0	−	1	2	0	2	0	0	0	7	1	1	0	1	0	5	0	−	0	2	0	2	0	3	3	13	2	12	0	4	0	10	1	5	0	3	0	−
	lma	0	0	2	0	2	1	0	−	0	0	0	−	1	0	2	0	0	0	0	1	0	0	0	−	0	0	0	−	2	1	2	0	0	0	1	0	2	0	0	−	0	0	0	−	1	0	1	0	0	0	0	−	0	0	3	0	0	0	0	−	1	0	2	0	0	0	2	0	1	0	0	−	0	0	0	−	1	0	1	0	0	0	3	0	0	0	0	−	0	0	0	−	1	0	1	0	0	−	1	1	0	−	0	−	0	0	0	−	0	0	0	0	0	−	0	0	0	0	0	−	0	0	1	0	0	0	0	−
	mcc	6	12	6	20	7	8	0	1	0	5	0	−	0	3	3	6	0	5	4	3	1	5	0	−	0	6	0	5	5	13	4	7	1	14	10	3	4	9	0	−	3	6	0	0	2	0	6	1	0	4	0	−	2	1	3	2	0	4	0	−	2	3	2	6	2	9	6	8	2	3	0	0	0	10	0	0	1	3	4	17	2	2	6	8	3	4	0	−	1	5	0	2	4	7	3	6	0	1	0	30	0	1	0	0	4	15	0	1	0	3	5	3	0	1	8	19	3	5	0	1	1	14	5	4	1	7	0	−
	mdo	9	3	9	3	10	8	0	−	5	1	0	−	0	2	6	5	0	5	7	1	1	3	0	−	0	6	0	−	14	10	12	0	0	6	8	0	8	2	0	−	5	2	0	−	2	0	10	0	2	2	0	−	1	2	0	4	0	5	0	−	5	5	5	2	10	3	12	11	10	2	0	0	3	5	0	−	2	3	9	5	4	6	19	4	6	1	0	−	1	3	0	−	6	2	6	2	0	−	2	12	0	−	0	−	1	4	0	−	0	2	6	5	0	−	31	14	3	5	0	3	0	1	8	3	1	2	0	−
	meu	3	6	10	3	8	2	0	−	3	2	0	−	0	2	3	4	1	5	6	3	0	3	0	−	0	5	0	−	7	6	4	1	1	2	6	0	1	5	0	0	3	0	0	−	1	0	4	2	2	2	0	−	0	2	2	4	1	2	0	−	1	4	2	2	6	5	1	11	5	1	0	−	0	5	0	−	2	2	4	8	6	3	7	8	2	2	0	−	0	0	0	−	3	3	5	2	0	−	0	7	0	−	0	0	2	1	0	−	0	1	6	1	3	3	19	9	1	6	0	−	0	2	3	6	0	7	0	0
	mgp	2	1	2	1	1	1	0	−	0	1	0	−	0	−	0	3	0	2	1	4	1	1	0	−	0	0	0	−	7	3	1	1	0	0	0	2	0	0	0	−	0	1	0	−	0	0	5	1	0	0	0	−	0	1	0	1	0	0	0	−	1	2	0	0	1	3	2	0	3	2	0	−	2	3	0	−	0	2	4	2	2	1	4	0	1	1	0	−	0	1	0	0	0	2	0	2	0	−	2	3	0	−	0	−	0	2	0	−	0	0	2	2	0	−	2	2	2	2	0	−	0	0	2	3	0	1	0	−
	mlu	1	1	7	1	4	6	0	−	2	2	0	−	0	2	2	2	1	3	2	2	0	4	0	−	0	2	0	−	8	5	6	3	0	2	4	2	2	4	0	4	0	2	0	−	2	0	5	0	1	3	0	−	0	1	1	4	0	1	0	−	3	1	1	1	1	3	5	2	5	0	0	−	0	0	0	−	0	2	3	4	4	1	6	1	1	1	0	−	0	2	0	−	4	0	3	1	0	−	0	4	0	−	0	−	0	1	0	−	0	1	4	1	0	−	17	9	2	1	0	−	0	1	3	1	0	2	0	−
	mmr	3	1	4	4	4	1	0	−	0	2	0	−	0	1	0	2	0	4	2	4	0	2	0	−	1	1	0	−	8	5	2	1	1	2	3	2	7	4	0	−	1	2	0	−	2	0	6	0	1	1	0	−	0	1	2	3	0	1	0	−	4	2	3	1	3	5	3	1	4	3	0	−	0	4	0	−	0	2	3	7	5	1	8	2	0	1	0	−	0	1	0	−	3	1	2	1	0	−	0	7	0	−	0	−	0	1	0	−	0	2	1	5	0	−	11	8	2	3	0	0	0	2	6	1	0	2	0	−
	mmu	8	5	8	4	7	18	0	−	1	2	0	−	0	3	2	8	0	5	2	5	1	3	0	−	0	4	0	0	8	10	7	4	1	5	7	2	5	6	0	0	3	4	0	0	2	0	5	2	1	3	0	−	0	2	3	2	0	3	0	−	6	3	2	2	5	2	12	3	8	5	0	−	3	7	0	3	3	6	4	18	6	1	9	5	2	4	0	1	2	0	0	0	4	7	2	5	0	0	0	10	0	−	0	−	1	1	0	0	0	2	5	4	0	0	32	27	2	5	0	0	2	4	4	2	0	3	0	−
	mpu	6	24	4	7	5	265	0	5	1	5	0	−	0	4	2	7	1	14	4	7	0	20	0	−	0	4	0	−	6	13	6	3	2	34	5	1	3	13	0	0	1	5	0	−	1	0	8	0	1	27	0	−	2	2	3	2	0	3	0	−	2	2	4	1	1	5	4	3	4	14	0	−	1	6	0	−	1	3	2	12	2	6	7	1	1	2	0	−	0	5	0	−	3	3	3	4	0	1	0	8	0	4	0	−	0	3	0	−	0	3	5	2	0	0	15	9	2	8	0	−	0	3	6	4	0	5	0	−
	mtr	7	12	14	15	13	2	4	43	3	6	2	1	0	0	8	1	2	5	6	8	2	3	0	−	7	6	0	−	18	22	14	8	10	9	10	7	2	2	0	−	8	2	0	0	0	0	6	0	3	1	0	−	1	1	5	6	6	3	0	−	2	1	3	5	13	8	16	13	8	2	0	0	8	7	0	−	0	2	15	9	9	5	19	3	1	1	0	0	2	4	0	2	2	4	11	5	2	29	2	10	0	−	0	2	4	3	1	1	1	0	7	4	0	0	7	2	7	6	0	0	3	4	20	5	5	8	0	0
	mun	1	1	4	4	3	9	0	−	0	1	0	−	0	−	1	3	0	3	0	7	1	2	0	−	0	0	0	−	6	2	3	1	1	0	0	3	0	4	0	−	1	2	0	−	0	1	0	2	0	0	0	−	0	0	1	1	0	−	0	−	0	5	0	2	0	2	4	4	0	0	0	−	0	4	0	−	0	1	7	1	5	5	4	5	0	0	0	−	0	0	0	0	2	1	1	2	0	0	2	4	0	−	0	−	1	3	0	0	0	1	0	3	0	0	0	4	1	2	0	−	1	2	2	3	0	2	0	−
	nle	8	14	7	13	6	13	0	2	0	5	0	−	0	4	3	8	0	6	3	5	1	3	0	−	0	4	0	2	7	9	4	8	2	7	7	3	3	13	0	−	2	2	0	1	3	0	5	3	0	6	0	−	1	1	4	2	0	3	0	−	3	5	4	5	2	11	5	7	7	9	0	−	0	10	0	0	1	3	2	16	4	1	5	7	1	8	0	−	0	5	0	0	4	8	4	6	0	2	0	18	0	4	0	−	0	5	1	2	0	4	3	6	0	2	9	13	0	9	0	0	0	7	4	12	0	5	0	0
	oaa	7	24	10	10	10	14	0	−	2	15	0	0	2	7	7	15	0	5	6	11	2	6	7	10	2	7	0	−	14	17	10	16	3	7	4	19	5	13	0	0	3	8	0	3	4	2	13	5	2	4	0	−	3	10	4	7	2	4	0	−	5	12	3	4	3	12	13	13	13	13	0	−	6	10	0	−	3	7	32	50	6	8	17	22	4	4	0	1	2	12	0	0	5	4	7	15	0	2	2	25	0	−	0	−	0	5	0	3	1	6	0	−	0	4	18	18	5	8	0	−	3	6	6	17	0	9	0	0
	oas	5	16	8	4	5	10	0	−	1	3	0	−	0	2	0	4	0	21	1	5	1	31	0	−	0	4	0	−	4	13	3	2	0	6	3	4	3	5	0	−	2	3	0	−	0	0	3	0	0	5	0	1	0	5	0	1	0	2	0	−	0	1	3	2	3	135	2	5	3	56	0	1	0	11	0	2	1	5	7	10	1	131	3	26	2	338	0	4	0	7	0	−	2	6	3	3	0	−	0	15	0	2	0	1	0	3	0	2	0	2	1	0	0	3	5	55	2	44	0	15	0	4	2	3	0	6	0	0
	ocu	4	7	11	14	9	19	0	0	1	5	0	0	0	4	2	5	0	5	7	2	1	4	0	−	0	6	0	0	8	9	6	4	2	2	8	0	8	6	0	−	2	2	0	−	3	0	8	0	2	2	0	−	1	2	4	2	0	3	0	−	10	5	2	2	9	8	17	5	14	4	0	0	0	8	0	−	0	3	7	13	12	1	18	2	5	10	0	−	3	4	0	−	10	3	4	7	0	−	0	11	0	−	0	−	0	3	0	−	1	3	7	2	0	0	9	15	3	6	0	−	1	4	6	7	0	2	0	−
	oga	4	6	8	3	4	4	0	−	1	4	0	−	0	2	1	7	0	3	2	4	0	4	0	1	0	10	0	8	5	7	6	3	1	3	7	0	5	3	0	−	1	2	0	−	2	0	6	0	0	3	0	−	0	2	2	3	0	2	0	−	5	3	3	0	1	3	9	3	6	1	0	−	2	4	0	−	1	1	5	7	3	5	7	4	2	0	0	−	1	1	0	−	3	1	3	2	0	0	1	6	0	−	0	−	1	1	0	−	0	2	2	3	0	0	10	10	0	5	0	−	0	2	4	1	0	4	0	0
	oni	9	6	8	0	22	20	0	−	3	21	0	0	1	6	6	11	1	25	5	4	12	5	0	1	5	19	0	−	20	6	12	12	1	4	9	13	7	3	0	−	6	4	0	−	2	1	10	3	0	6	0	−	0	5	12	3	1	5	0	−	8	7	5	8	6	7	6	3	13	1	0	−	5	5	0	−	4	7	11	6	6	5	8	4	2	6	0	−	2	6	0	−	7	1	6	1	0	−	0	17	0	−	0	2	1	8	0	−	1	4	6	3	0	0	8	33	7	4	0	0	0	11	9	13	0	6	0	−
	opr	3	5	9	4	4	6	0	−	1	4	0	−	0	6	1	5	0	4	4	2	1	4	0	−	0	3	0	−	11	3	6	1	2	2	4	0	6	5	0	−	1	2	0	−	3	0	7	0	1	4	0	−	1	2	4	2	0	4	0	−	8	2	2	2	3	3	11	2	7	3	0	−	1	5	0	−	1	2	4	10	5	1	11	5	3	1	0	−	0	3	0	−	5	1	2	4	0	−	0	9	0	−	0	−	0	2	0	−	1	2	5	1	0	0	6	3	2	3	0	−	0	2	4	5	0	3	0	−
	osa	4	7	17	12	15	4	0	−	9	6	5	2	3	1	8	2	6	5	14	5	6	4	0	−	2	2	0	−	31	28	14	3	9	11	16	9	3	6	0	−	5	8	0	−	3	5	10	3	2	1	0	−	3	4	17	6	5	4	0	−	8	1	11	3	10	5	20	10	14	10	0	0	9	0	0	0	8	4	16	3	5	4	19	8	4	4	0	−	3	0	13	3	7	3	11	6	0	−	3	16	0	−	0	1	10	6	3	0	3	5	7	4	0	−	8	8	11	6	0	0	1	2	13	6	14	4	0	−
	pan	6	12	9	19	6	10	0	1	0	7	0	−	0	6	4	6	0	5	4	6	1	3	0	−	0	6	0	1	8	10	5	8	2	11	9	0	4	9	0	−	2	3	0	−	3	0	5	3	0	4	0	−	2	1	4	2	0	2	0	−	6	5	4	3	7	5	8	6	7	2	0	1	0	9	0	0	1	3	4	15	6	1	10	9	3	5	0	−	2	4	0	1	6	5	4	4	0	2	1	22	0	−	0	3	0	8	0	0	0	2	6	3	0	2	12	17	4	5	0	3	0	9	9	4	0	8	0	0
	pfa	0	−	0	0	0	−	0	−	0	0	0	−	0	0	0	−	0	0	0	0	0	−	0	−	0	0	0	−	0	1	0	0	0	0	0	−	0	0	0	−	0	0	0	−	0	0	0	0	0	0	0	−	0	−	0	−	0	0	0	−	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	−	0	0	0	−	0	0	0	0	0	0	0	−	0	−	0	−	0	0	0	−	0	0	0	0	0	−	0	0	0	−	0	−	0	0	0	−	0	0	0	0	0	−	0	−	0	−	0	−	0	0	0	0	0	0	0	−
	pha	6	5	8	9	6	5	0	0	0	6	0	−	0	5	4	5	0	5	4	4	1	3	0	−	0	3	0	1	9	5	5	6	2	3	9	0	4	6	0	−	2	3	0	−	3	0	5	1	1	4	0	−	2	1	3	3	0	2	0	−	1	4	4	4	6	6	6	3	3	0	0	0	0	8	0	0	1	3	3	15	2	1	6	6	3	4	0	−	2	4	0	0	6	5	5	3	0	0	2	12	0	−	0	−	0	4	0	−	0	2	6	2	0	0	13	14	3	4	0	1	0	6	9	2	1	5	0	−
	pma	17	6	100	67	13	9	0	−	10	8	8	10	11	11	29	32	8	9	34	30	25	24	0	−	3	6	0	−	187	90	47	62	23	20	15	11	60	47	0	0	29	13	0	−	12	8	36	17	17	8	0	0	4	5	55	29	26	13	0	−	37	37	56	55	3	8	56	33	8	2	0	1	21	9	0	−	18	5	62	43	13	3	29	24	4	1	0	0	7	18	0	0	46	24	96	69	1	0	40	49	0	0	0	−	10	9	0	−	18	16	14	7	0	0	38	29	1	7	0	−	2	2	34	22	18	23	0	1
	pop	13	4	11	12	15	1	0	−	5	5	0	−	2	1	2	4	5	5	10	5	7	3	0	0	6	2	0	0	18	7	14	5	10	0	9	3	4	6	0	−	13	9	0	−	2	1	12	1	5	1	0	−	1	4	4	7	0	−	0	0	5	1	13	35	13	0	29	4	13	7	0	−	13	7	0	−	2	2	18	1	10	6	21	4	6	0	0	−	5	2	0	−	6	4	13	3	0	0	2	15	0	−	0	−	4	4	0	0	1	3	8	5	0	0	8	5	12	1	0	0	1	5	15	2	0	2	1	4
	ppp	4	3	9	4	11	4	0	0	1	3	0	−	3	2	8	1	4	2	6	2	5	4	0	−	2	2	0	−	15	8	9	2	3	6	6	2	8	1	0	−	6	1	0	−	0	4	11	1	2	4	0	0	2	2	5	2	1	4	0	0	3	1	5	0	5	1	8	2	7	7	0	0	7	1	0	−	6	1	10	8	5	3	13	2	3	7	0	0	1	0	0	−	2	8	10	2	0	−	1	6	0	1	0	−	2	2	0	−	5	1	10	2	0	0	2	4	8	0	0	−	1	0	11	2	3	2	0	1
	ppy	8	14	11	29	8	18	1	0	0	3	0	−	0	6	4	7	2	5	4	3	2	6	0	−	0	5	3	2	9	12	7	8	0	12	7	3	4	19	0	−	3	5	0	0	3	1	8	2	1	4	0	−	4	2	4	2	0	2	0	0	3	7	6	9	9	14	7	5	5	5	0	0	2	6	0	0	1	2	3	18	3	4	8	5	2	10	0	−	2	4	0	0	7	10	4	5	0	0	1	27	0	1	0	1	0	7	0	1	1	4	3	7	0	2	9	24	1	8	0	−	0	7	5	12	0	6	0	−
	ptr	6	13	9	23	8	17	0	1	1	4	0	−	0	5	2	7	0	5	3	5	1	3	0	2	0	4	0	2	9	13	6	10	3	16	8	1	7	13	0	−	4	5	0	0	3	1	4	6	0	5	0	0	2	2	5	1	0	3	0	0	2	6	5	5	6	11	7	9	6	6	0	0	1	8	0	0	0	4	5	25	2	4	6	6	2	13	0	−	0	9	0	0	4	9	6	4	0	1	2	28	0	3	0	4	0	8	1	2	0	3	6	5	0	1	9	23	3	4	0	0	2	8	5	10	0	6	0	−
	rno	0	0	8	6	10	8	0	−	1	3	0	−	0	3	2	6	0	5	5	6	2	5	0	0	0	2	0	−	7	5	5	6	1	4	9	0	4	5	0	−	4	1	0	−	2	0	10	22	1	3	0	−	0	2	3	2	0	0	0	−	2	2	0	0	5	4	12	2	5	2	1	0	3	5	0	1	0	3	5	30	6	2	7	3	1	3	0	−	1	1	0	−	2	4	3	4	0	−	0	1	0	−	0	−	0	3	0	−	0	2	2	8	0	0	26	13	1	6	0	−	0	2	4	3	0	−	0	0
	san	5	2	8	3	6	6	0	−	0	4	0	−	0	4	2	5	0	5	4	3	2	3	0	−	0	4	0	−	7	7	7	7	2	2	6	0	4	2	0	−	2	3	0	−	1	0	7	0	0	4	0	−	1	1	4	4	0	1	0	0	3	9	4	1	1	8	9	9	9	4	0	−	1	6	0	−	1	1	2	7	5	6	11	10	1	0	0	−	0	4	0	−	3	3	5	1	0	−	0	8	0	0	0	−	0	2	0	−	0	3	4	3	0	1	13	11	1	4	0	−	0	3	5	4	0	3	0	−
	sbi	3	7	9	6	15	6	0	0	4	7	0	1	3	2	3	8	2	5	7	5	7	2	0	−	1	3	0	−	9	29	14	2	3	7	8	6	5	7	0	1	6	4	0	1	4	3	9	4	3	0	0	−	4	2	11	3	3	5	0	−	7	3	11	3	8	4	20	3	17	8	0	1	8	4	4	6	9	1	14	12	7	2	18	5	4	1	0	−	2	1	0	2	8	2	9	6	0	0	0	13	0	1	0	0	7	5	0	2	4	5	8	2	0	0	6	6	10	2	0	−	0	3	16	4	4	4	0	−
	sbq	4	13	5	6	3	6	0	−	1	5	0	−	0	4	2	6	0	5	3	3	1	3	0	−	0	5	0	0	8	6	6	4	0	7	5	3	3	7	0	−	2	2	0	−	3	0	5	3	0	3	0	−	1	1	4	1	0	3	0	−	2	2	4	2	4	16	6	4	3	6	0	0	1	6	0	−	1	3	3	11	2	3	7	4	0	3	0	−	1	3	0	0	2	5	2	3	0	0	0	14	0	−	0	1	1	4	0	0	0	2	6	2	0	2	10	10	1	6	0	0	0	8	5	4	0	6	0	−
	shr	8	5	12	0	9	22	0	−	4	2	0	−	0	1	4	4	0	4	6	1	1	2	0	−	0	3	0	−	14	7	10	0	16	28	8	0	7	2	0	−	5	0	0	−	2	0	8	1	2	2	0	−	0	2	0	3	0	3	0	−	5	3	6	2	10	4	12	6	8	1	0	−	3	3	0	−	2	1	10	7	6	2	16	2	3	2	0	−	1	2	0	−	6	3	7	0	0	1	1	9	0	−	0	−	0	4	0	−	0	2	7	2	0	1	2	5	3	4	0	−	0	5	6	6	0	2	0	−
	spu	37	19	30	8	30	11	0	−	11	9	0	−	4	4	14	12	9	8	14	2	7	11	17	8	6	15	0	1	43	29	57	11	10	6	17	8	10	10	0	−	15	5	0	−	4	4	14	4	9	9	0	−	0	0	20	8	2	5	0	−	2	2	5	12	18	7	62	19	19	9	0	−	10	6	0	−	4	2	21	10	19	13	26	15	1	2	0	−	5	5	0	−	0	−	17	2	0	0	7	16	0	−	0	−	6	8	0	−	1	4	0	−	0	−	20	10	5	12	0	−	5	8	0	−	6	11	0	1
	ssc	15	22	10	7	7	8	0	1	3	4	0	−	0	3	6	6	1	5	6	3	0	3	0	−	1	3	0	−	12	10	12	0	3	5	7	2	4	7	0	−	2	1	0	−	2	0	8	0	2	2	0	−	2	0	5	1	2	2	0	−	3	1	5	2	30	204	14	82	5	7	1	8	2	11	0	−	1	5	5	17	2	7	9	9	2	3	0	−	2	8	0	0	7	4	4	5	0	0	3	13	0	−	0	−	0	4	0	−	0	3	6	3	0	−	10	12	3	3	0	0	0	3	11	9	1	4	0	−
	str	5	4	7	1	7	4	0	0	2	3	0	4	0	6	2	31	0	4	2	4	1	4	0	−	0	3	0	5	7	6	6	7	2	1	4	1	4	1	0	−	2	4	0	0	2	0	7	4	0	4	0	−	0	2	3	2	0	2	0	−	2	1	3	2	2	2	5	2	3	3	0	5	0	38	1	29	1	16	4	251	2	2	7	5	1	18	0	6	1	3	0	2	3	35	4	13	0	−	0	8	0	−	0	−	0	6	0	0	0	5	6	8	0	0	29	18	3	3	0	−	0	2	6	3	0	9	0	0
	tgu	3	0	3	4	1	4	0	2	1	2	0	4	0	1	2	5	0	3	2	2	0	1	1	1	0	0	0	4	2	2	5	34	0	1	2	2	4	1	0	−	0	0	0	−	1	0	3	2	0	2	0	−	0	−	2	3	0	0	0	−	3	3	0	1	0	1	3	3	1	1	0	−	2	4	0	−	0	2	8	9	4	2	7	4	0	3	0	0	0	1	0	1	0	0	1	7	0	−	3	9	0	−	0	−	0	3	0	−	0	0	2	0	0	0	5	3	0	2	0	0	1	2	6	3	0	3	0	1
	tma	5	25	5	17	7	8	0	0	1	16	0	0	0	3	1	14	1	121	2	33	0	12	0	4	0	7	0	0	7	13	5	7	2	5	7	4	4	5	0	−	3	4	0	−	2	0	7	3	0	11	0	−	1	5	3	4	0	4	0	−	1	3	3	4	2	111	4	10	0	18	0	0	3	36	0	0	1	4	4	15	5	1067	5	17	2	87	0	8	0	25	0	−	3	12	3	7	0	1	0	14	0	−	0	0	0	5	0	−	1	2	4	9	0	17	2	19	2	10	0	4	0	5	3	7	0	9	0	0
	tng	4	10	6	10	10	10	0	−	3	8	0	−	3	9	9	16	0	9	5	5	6	4	0	0	0	4	0	−	8	11	8	9	4	4	4	7	13	4	0	−	4	9	0	0	1	3	4	8	0	6	0	0	0	1	10	3	0	5	0	−	18	18	2	12	3	12	6	12	8	4	0	−	2	8	0	−	0	3	7	12	5	10	5	8	1	4	0	−	1	2	0	−	7	8	3	6	0	−	2	10	0	−	0	3	0	8	5	17	1	1	5	8	0	0	7	7	5	6	0	−	1	3	9	9	0	11	0	0
	tru	7	12	10	12	13	6	0	−	1	5	0	−	1	6	7	10	1	11	6	12	5	4	0	−	0	5	0	−	24	11	9	2	3	6	10	8	8	5	0	1	4	4	0	−	2	3	7	2	0	6	0	0	0	3	13	2	0	3	0	−	14	6	3	7	4	8	18	5	14	6	0	0	3	4	0	−	0	5	7	4	7	4	15	2	1	2	0	−	2	6	0	−	16	12	8	10	0	−	1	13	0	−	0	0	0	7	0	−	0	4	5	5	0	0	5	9	7	9	0	−	0	6	10	12	0	9	0	0
	tsy	4	5	6	8	0	6	0	0	0	3	0	−	0	3	2	6	0	5	2	6	0	3	0	−	0	3	0	−	7	4	5	2	13	50	5	4	3	2	0	0	0	31	0	0	1	2	5	1	0	4	0	−	1	1	3	2	1	3	0	−	3	3	3	2	2	6	6	6	3	6	0	0	0	3	0	−	1	1	2	9	2	3	9	4	1	5	0	−	1	2	0	−	2	3	1	4	0	2	0	9	0	−	0	−	0	4	0	−	0	2	3	3	0	0	6	18	2	3	0	0	29	12	1	4	0	3	0	−
	ttr	4	69	7	5	3	15	0	−	1	4	0	0	0	2	2	6	0	47	3	7	1	52	0	−	0	4	0	−	6	10	5	5	4	11	4	4	7	7	0	−	2	2	0	−	2	1	4	2	0	6	0	0	0	11	2	4	0	3	0	−	1	4	5	0	29	1871	5	43	8	386	0	9	0	35	0	1	1	19	5	13	19	813	6	36	70	1695	1	17	0	15	0	2	3	18	1	6	0	19	1	16	0	7	0	0	0	5	0	−	0	3	3	8	0	20	2	19	9	207	1	4	0	5	4	7	0	6	0	−
	vvi	5	5	7	13	5	10	0	0	2	5	0	1	1	1	4	5	3	2	7	1	4	3	0	−	3	5	0	1	6	19	9	5	3	6	5	8	3	7	0	0	8	7	0	−	1	2	9	5	3	2	0	−	0	5	1	9	4	6	0	−	4	2	5	4	5	9	11	11	12	13	0	2	16	20	0	−	3	1	9	1	7	11	11	5	3	2	0	−	1	3	0	0	6	4	8	6	0	0	0	18	0	−	0	3	5	2	0	0	2	0	4	8	0	0	5	5	9	0	0	0	2	6	11	11	4	9	0	1
	xtr	51	20	28	18	74	22	0	0	48	42	0	−	15	13	76	74	52	52	40	58	18	8	0	−	26	24	0	4	99	38	45	17	20	7	24	17	30	9	0	0	36	16	0	0	19	16	42	17	25	7	0	2	2	5	20	12	15	9	1	0	17	14	20	17	60	23	46	12	32	18	0	−	29	17	0	−	15	20	50	16	53	26	70	14	70	34	0	−	17	18	0	−	25	27	36	18	0	1	59	47	0	0	0	−	22	18	1	1	13	9	23	16	0	0	46	45	21	11	0	1	11	34	40	17	6	15	0	1
	zma	14	67	31	17	36	90	0	−	8	5	8	4	4	1	7	12	3	5	10	3	5	5	0	−	1	3	0	−	31	47	32	36	8	13	18	7	6	6	0	0	13	17	0	−	5	3	11	3	3	3	0	−	3	2	25	9	4	4	0	−	10	2	19	9	12	9	30	11	16	13	0	0	8	6	0	−	11	10	34	31	8	2	30	2	9	1	0	−	2	1	11	0	13	2	11	10	0	−	3	17	0	3	0	−	6	4	10	11	3	2	8	4	0	−	10	14	20	6	0	0	2	2	17	7	12	7	0	0
corrélation		0.19		0.70		-0.01		0.95		0.78		0.49		0.19		0.79		0.19		0.53		-0.01		0.78		0.54		-0.08		0.65		0.43		0.03		0.46		0.49		#DIV/0 !		0.16		-0.10		0.30		0.45		0.06		-0.15		0.23		0.62		0.29		-0.13		0.70		0.69		0.53		0.39		0.20		0.59		1.00		0.61		0.90		0.06		0.10		0.10		0.83		0.41		0.82		0.06		0.51		0.75		0.60		0.51		-0.13		#DIV/0 !		0.36		0.80		0.15		0.41		0.00		0.26		0.15		0.99		0.35		0.40		0.36		0.42
total		318	481	942	767	950	3242	5	75	295	595	25	39	118	414	477	646	193	899	443	554	212	745	25	37	153	395	6	41	1387	1152	850	539	360	1357	631	319	515	608	0	14	531	444	1	10	211	154	650	252	241	1618	2	18	84	214	543	299	122	288	1	1	368	338	491	366	601	5711	1070	715	697	2075	3	58	3200	3735	8	218	308	4099	822	1240	682	4374	916	569	444	6146	2	97	148	503	27	35	494	2030	594	480	5	126	307	1078	1	81	0	36	178	403	42	100	134	269	506	337	7	167	887	1309	430	1077	10	175	97	416	645	472	114	465	1	23
Indice doublons		0.66		1.23		0.29		0.07		0.50		0.64		0.29		0.74		0.21		0.80		0.28		0.68		0.39		0.15		1.20		1.58		0.27		1.98		0.85		0.00		1.20		0.10		1.37		2.58		0.15		0.11		0.39		1.82		0.42		1.00		1.09		1.34		0.11		1.50		0.34		0.05		0.86		0.04		0.08		0.66		0.16		1.61		0.07		0.02		0.29		0.77		0.24		1.24		0.04		0.28		0.01		0.00		0.44		0.42		0.50		1.50		0.04		0.68		0.40		0.06		0.23		1.37		0.25		0.04
		double	aaa	double	aac	double	aag	double	aat	double	aca	double	acc	double	acg	double	act	double	aga	double	agc	double	agg	double	agt	double	ata	double	atc	double	atg	double	att	double	caa	double	cac	double	cag	double	cat	double	cca	double	ccc	double	ccg	double	cct	double	cga	double	cgc	double	cgg	double	cgt	double	cta	double	ctc	double	ctg	double	ctt	double	gaa	double	gac	double	gag	double	gat	double	gca	double	gcc	double	gcg	double	gct	double	gga	double	ggc	double	ggg	double	ggt	double	gta	double	gtc	double	gtg	double	gtt	double	taa	double	tac	double	tag	double	tat	double	tca	double	tcc	double	tcg	double	tct	double	tga	double	tgc	double	tgg	double	tgt	double	tta	double	ttc	double	ttg	double	ttt
	dre	275	249	575	469	490	462	9	14	151	138	0	−	24	41	177	181	113	138	161	262	75	28	3	10	22	52	1	8	348	173	129	128	59	45	224	162	143	122	0	−	108	96	4	7	89	90	177	137	57	49	17	6	24	34	147	55	110	133	2	1	161	138	124	145	128	96	107	42	158	86	4	6	265	102	1	2	86	25	66	25	24	22	391	444	87	180	0	10	171	58	2	3	131	95	146	85	1	4	136	99	3	5	1	3	92	116	0	1	36	43	160	175	2	11	98	37	22	21	0	8	19	53	110	86	123	117	0	9

E79 Repérage des effectifs supérieurs à 49

• Lien au tableur: E79 Repérage des effectifs supérieurs à 49
• Méthode: Recherche dans calc, des cellules du tableau des corrélations et indices de doublons, contenant un nombre inférieur à 40 (ou bien le caractère −); les colorer. Avec la fonction concat() de calc les cellules non colorées ont leur nombre préfixé par * astérisque. Avec toujours la même fonction les codons faibles xyc/t, taa, tag et tga à effectif supérieur à 6 est préfixé par &. Ces préfixes aident à les changer sous writer en bgcolor="#xxxxxx"|.
• Légende:

  aaa1, aaa2, respectivement doublons et gènes différents des gènes tRNAs du codon aaa

  Rouge pour effectif supérieur à 49, Sauf pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga.

  Cyan pour effectif supérieur à 39, Sauf pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga. Après le changement d'astérisque en rouge (bgcolor="#ff3300"|) rechercher (bgcolor="#ff3300"|4) et le remplacer par (bgcolor="#66ffff"|4). Cependant il faut rechercher 3 effectifs supérieurs à 400 et leur réattribuer le rouge.

  Jaune pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga dont l'effectif est supérieur à 6.

  Som− pour somme des tirets qui correspondent au nombre −1 pour les codons à effectif nul lors des décomptes directs( colonne diff et tot). Ce qui permet de calculer ici la ligne diff.

  db,diff: db pour doublon et diff pour différent, tout 2 issus des décomptes directs. diff est calculé ici comme suite: total de la colonne + 79 − "Som−".

  total total des codons correspondant au "tot" du décompte direct, db+diff.

  db+dif: somme de db et des "diff−1", soit la somme des 2 colonnes aa1 et aa2, ou bien, total - 79 + "Som−".

Total des génomes par codon

Duplications des gènes de tRNAs E79-codons. Repérage des effectifs supérieurs à 49. KEGG aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2 acs 2 2 6 3 3 2 0 − 1 1 0 − 0 0 1 2 0 2 2 2 0 2 0 − 0 0 0 − 4 7 4 1 0 2 3 1 2 2 0 − 2 0 0 0 1 0 2 0 0 2 0 − 0 0 2 1 0 2 0 − 2 1 2 1 5 1 6 1 1 3 0 − 0 5 0 − 0 2 6 5 5 2 5 1 1 0 0 − 0 1 0 − 2 0 2 2 0 − 0 5 0 − 0 − 0 0 0 − 0 1 4 0 0 0 8 3 3 3 0 − 0 1 4 0 1 0 0 − aga 3 4 10 1 15 1 0 − 1 0 0 − 3 2 7 0 0 1 4 1 0 1 0 − 0 1 0 − 13 4 10 1 2 1 16 4 5 5 0 − 6 1 0 − 7 5 2 4 4 3 0 − 0 − 9 0 1 1 0 − 8 1 3 1 8 2 18 1 12 2 0 − 1 1 0 − 4 1 13 3 7 0 14 0 0 − 0 − 2 0 0 − 21 7 24 6 0 0 1 20 0 − 0 − 1 0 0 − 7 0 4 1 0 − 4 0 5 0 0 − 1 4 8 0 0 3 0 − aml 5 49 10 17 12 759 0 5 1 7 0 − 0 9 4 5 0 16 3 9 1 43 0 1 0 5 0 − 11 12 7 4 1 41 7 0 4 20 0 − 3 7 0 − 3 1 7 1 2 81 0 0 2 4 5 2 0 4 0 − 2 4 2 4 4 6 5 5 3 33 0 0 2 6 0 − 1 3 3 13 3 3 8 1 2 4 0 − 0 6 0 − 7 1 8 1 0 0 1 9 0 9 0 − 0 5 0 − 0 3 6 3 0 1 13 11 3 6 0 − 1 3 8 2 2 6 0 − ath 10 5 10 8 14 4 0 − 4 4 0 0 2 3 7 2 1 8 7 8 4 3 0 − 3 1 1 0 16 15 15 1 6 3 6 5 4 4 0 − 41 5 0 − 2 2 11 4 4 1 0 − 1 2 4 6 6 4 0 0 2 0 9 2 7 8 21 7 9 3 0 − 7 2 0 − 4 2 13 2 11 1 16 8 4 0 0 − 4 2 1 0 6 1 12 2 0 0 50 32 0 − 0 − 6 5 1 1 3 3 26 10 0 − 4 13 11 4 0 − 3 2 16 4 6 5 0 − bacu 4 81 17 6 5 23 0 − 1 6 0 − 0 3 4 8 0 54 3 9 0 66 0 − 0 7 0 0 8 12 6 5 2 7 7 3 4 15 0 − 2 2 0 − 2 1 5 1 1 7 0 − 1 19 3 5 0 3 0 − 3 3 4 1 47 2320 7 37 21 446 1 18 0 41 0 − 1 18 2 17 25 961 13 50 103 2044 1 10 0 17 0 0 8 23 5 8 0 23 0 13 0 8 0 − 0 4 0 0 0 3 3 6 0 16 5 18 13 242 0 1 1 11 4 8 0 7 0 − bdi 3 8 10 5 16 1 0 − 2 7 2 0 2 3 2 6 2 6 12 5 4 5 0 − 1 2 0 1 25 30 13 6 7 7 14 6 8 2 0 2 8 9 0 − 5 2 11 3 4 0 0 0 2 3 12 3 6 3 0 − 7 0 7 6 8 6 21 4 16 2 0 − 7 5 0 − 9 1 16 2 6 2 19 8 8 0 0 − 2 2 2 1 8 2 11 4 0 − 3 13 0 − 0 0 5 4 1 2 4 0 8 2 0 − 6 8 12 5 0 − 2 1 13 4 9 6 0 − bta 10 67 16 13 15 24 0 − 2 7 0 0 0 6 4 9 0 43 8 10 2 113 0 3 0 7 0 − 16 18 14 3 2 17 14 4 8 31 0 3 6 2 0 − 3 0 11 1 1 10 0 6 3 12 7 5 0 4 0 − 3 2 6 4 11 423 9 32 3 160 0 5 4 30 0 1 2 13 12 18 6 384 8 54 29 1265 0 19 2 18 0 − 12 26 7 12 0 3 1 37 0 12 0 10 0 6 4 27 0 6 8 4 0 28 25 312 5 172 9 133 0 9 12 17 0 13 0 5 cbr 11 4 20 2 36 3 0 − 6 3 0 − 5 3 20 1 7 2 6 2 1 0 0 − 8 15 0 − 18 4 17 3 19 4 18 2 6 3 0 − 30 10 0 − 2 1 2 3 4 5 0 − 0 − 17 4 3 1 0 − 2 4 21 4 15 3 27 6 21 8 0 − 13 0 0 − 2 4 22 6 33 8 16 4 0 4 0 − 2 3 0 − 3 2 18 6 0 − 13 5 0 − 0 − 3 4 0 − 4 3 14 2 0 − 14 1 12 0 0 − 2 3 16 5 1 9 0 − cbre 20 8 28 4 45 3 0 − 12 2 0 0 6 3 26 4 10 2 9 4 4 6 0 − 13 12 0 0 24 4 31 1 29 10 21 4 6 4 0 0 48 5 1 0 4 4 13 11 11 5 0 − 13 10 28 3 6 1 0 − 3 4 29 2 27 8 31 2 34 2 0 − 7 3 0 − 2 3 33 1 61 4 25 13 11 13 0 − 3 4 0 − 7 7 30 2 0 − 20 7 0 − 0 1 7 6 0 − 3 5 16 3 1 1 16 4 19 2 0 1 4 2 18 5 2 11 0 − cel 13 0 17 2 24 5 0 − 9 1 0 − 2 4 14 2 5 2 6 2 1 2 0 0 3 3 0 − 16 2 19 1 15 4 13 5 4 2 0 − 23 7 0 − 3 0 2 3 4 3 0 − 0 0 14 3 2 0 0 − 3 1 14 5 14 2 20 6 19 4 0 − 7 1 0 − 0 3 16 5 28 5 10 3 2 0 0 − 1 3 0 − 4 1 15 3 0 − 7 11 0 − 0 − 2 6 0 − 3 2 11 3 0 1 11 1 9 2 0 − 1 2 10 4 0 6 0 − cfa 6 27 8 12 10 397 0 0 1 2 0 − 0 4 2 5 0 8 2 5 1 27 0 − 0 4 0 − 6 16 4 4 1 41 7 1 4 15 0 − 1 6 0 − 2 1 7 0 0 14 0 − 1 2 1 4 0 3 0 − 4 2 3 0 4 10 9 3 6 15 0 1 3 7 0 − 0 3 3 10 7 3 8 2 2 6 0 − 0 4 0 − 5 2 2 3 0 2 0 8 0 2 0 − 0 4 0 − 1 6 5 4 0 0 9 11 0 5 0 − 0 3 4 5 0 4 0 − cge 5 9 8 8 11 74 0 − 1 2 0 0 0 3 1 6 0 4 3 5 1 4 0 − 0 4 0 − 7 8 10 2 1 3 11 2 5 5 0 − 4 1 0 − 2 0 6 0 2 3 0 − 0 2 3 2 0 3 0 − 5 4 3 1 2 4 10 4 6 13 0 − 1 13 0 0 1 4 5 16 5 0 9 4 2 4 0 0 1 3 0 − 3 5 4 8 0 − 0 10 0 − 0 − 0 2 0 − 0 2 5 0 0 1 24 16 2 3 0 − 0 3 4 3 0 3 0 − cjap 23 6 20 2 30 6 0 − 7 4 0 − 8 2 17 6 9 2 12 2 2 0 0 − 2 4 0 − 25 4 20 5 11 2 12 4 11 4 0 − 33 9 0 − 7 0 7 1 6 4 0 − 0 0 17 3 2 3 0 − 5 6 22 3 16 3 32 8 31 8 0 − 6 4 0 − 7 0 23 7 36 10 24 9 0 1 0 − 2 4 0 − 8 4 19 3 0 − 22 1 0 − 0 − 4 2 0 − 10 4 14 4 0 0 12 2 14 3 0 − 0 4 19 4 0 6 0 0 cjc 5 10 9 17 4 11 0 − 0 6 0 0 0 3 1 8 0 5 3 4 1 3 0 − 0 4 0 2 7 12 5 7 0 6 5 3 5 7 0 0 3 2 0 − 3 0 6 0 0 3 2 0 1 2 4 1 0 3 0 − 3 8 4 3 3 17 8 5 6 8 0 0 1 4 0 1 1 2 2 12 6 2 9 5 1 3 0 − 1 4 0 2 4 6 3 3 0 0 10 24 0 2 0 0 1 3 0 − 0 3 5 3 0 1 9 22 1 9 0 − 0 10 4 3 0 6 0 − cmk 5 37 16 31 11 24 0 1 49 156 0 11 4 132 7 16 0 13 10 22 5 6 0 − 4 18 0 − 20 73 8 22 1 5 10 26 8 9 0 0 7 43 0 5 0 40 1 10 3 21 0 − 0 1 4 4 2 17 0 1 5 19 6 13 7 58 14 34 22 405 0 5 2889 3008 3 164 100 3757 19 55 22 43 12 6 7 73 0 1 29 115 0 15 37 1502 6 15 0 0 7 28 0 3 0 0 3 50 0 0 0 47 12 13 0 2 5 9 10 19 0 0 1 11 10 24 1 29 0 2 cpic 4 31 5 11 2 6 0 0 1 16 0 − 0 4 1 15 1 24 1 18 0 9 0 2 0 12 0 0 5 10 2 8 1 14 2 7 1 9 0 − 1 2 0 0 0 1 4 7 1 3 0 − 0 2 2 4 0 3 0 0 2 3 0 1 0 16 4 9 2 2 0 − 3 11 0 0 0 3 1 9 10 13 5 5 1 0 0 − 0 4 0 − 0 5 1 14 0 0 0 4 0 1 0 0 0 14 0 − 1 8 2 21 0 3 4 13 1 8 0 4 0 12 2 19 1 5 0 1 cpo 4 6 9 8 7 18 0 − 1 2 0 − 0 2 0 9 0 4 3 6 1 3 0 − 0 4 0 − 5 9 7 2 2 1 6 1 3 4 0 − 2 1 0 − 2 0 6 1 0 3 0 − 0 2 4 2 0 2 0 − 4 1 3 1 2 3 6 3 4 0 0 0 2 6 0 3 0 4 4 23 2 3 6 4 1 4 0 − 1 1 0 0 3 2 4 1 0 − 4 10 0 0 0 − 1 1 0 − 1 2 6 1 0 0 18 15 1 6 0 − 0 3 5 2 0 5 0 − csi 4 10 10 3 6 15 0 1 2 5 0 − 0 4 3 6 0 5 7 5 0 6 0 − 0 4 0 − 11 14 7 5 2 2 8 1 4 7 0 − 4 2 0 − 2 1 8 1 1 3 0 − 2 1 4 5 1 2 0 − 2 1 3 2 4 6 6 6 4 72 0 0 1 11 0 − 1 4 7 15 2 1 8 1 3 5 0 − 0 6 0 0 4 10 5 5 0 − 0 10 0 0 0 − 2 2 0 − 0 3 8 4 0 0 4 19 4 3 0 − 0 4 7 5 0 5 0 − dme 4 1 9 0 12 0 0 − 4 1 0 − 2 0 6 2 0 2 4 1 2 0 0 − 0 1 0 − 8 3 8 1 2 1 4 0 4 3 0 − 4 0 0 − 2 2 6 0 6 3 0 − 0 − 9 0 1 0 0 − 7 0 3 0 5 0 11 2 10 4 0 − 0 1 0 − 2 0 10 1 4 1 12 1 0 − 0 − 1 0 0 − 5 1 4 1 0 − 0 8 0 − 0 − 0 1 0 − 3 0 5 2 0 0 3 3 6 1 0 − 0 3 7 0 0 3 0 − dno 4 13 17 5 13 29 0 − 1 6 0 − 0 6 1 9 0 8 3 6 1 45 0 − 0 5 0 0 10 19 6 5 2 2 6 3 3 6 0 0 5 1 0 − 1 2 6 0 1 6 0 − 0 4 5 4 0 2 0 − 6 3 3 1 5 14 12 8 7 37 0 − 2 63 0 1 1 15 7 15 10 23 10 8 4 321 0 23 0 15 0 0 5 75 4 7 0 − 3 10 0 − 0 − 1 4 0 − 0 5 7 2 0 0 9 12 3 11 0 − 0 7 5 6 1 6 0 − dsi 2 1 5 0 10 0 0 − 3 1 0 − 2 1 7 0 0 3 1 1 1 1 0 − 0 − 0 − 8 3 6 2 2 1 4 1 4 3 0 − 3 1 0 − 2 2 5 0 2 2 0 − 0 − 8 0 1 0 0 − 8 0 4 0 2 2 5 0 6 3 0 − 0 − 0 − 3 1 8 0 3 1 13 1 0 − 0 − 1 0 0 − 4 1 5 1 0 − 0 9 0 − 0 − 0 1 0 − 2 0 5 2 0 0 4 2 7 1 0 − 0 2 5 2 0 3 0 − dya 3 2 10 0 12 3 0 0 4 1 0 − 4 0 7 0 0 2 4 3 2 1 0 − 0 1 0 − 11 3 8 1 3 0 4 0 3 4 0 − 7 0 0 − 3 1 5 0 5 1 0 − 0 − 11 0 1 0 0 − 7 0 4 0 5 1 14 2 11 2 0 − 1 0 0 − 2 2 14 3 5 1 14 1 0 0 0 − 1 0 0 − 8 2 5 1 0 − 0 8 0 − 0 − 0 1 0 − 4 0 6 2 0 0 5 2 6 1 0 − 1 3 8 0 0 3 0 − ecb 7 7 9 7 8 7 0 0 2 4 0 − 0 2 2 6 0 4 5 6 1 5 0 − 0 4 0 − 12 12 13 6 2 3 8 2 6 5 0 0 4 2 0 − 1 1 9 0 1 2 0 − 2 1 6 3 0 4 0 − 1 1 5 1 5 5 5 4 3 47 0 − 2 8 0 − 1 6 11 15 2 1 9 0 3 4 0 − 0 5 0 2 9 5 7 4 0 − 4 9 0 − 0 0 0 3 0 − 0 3 8 3 0 3 10 14 3 3 0 − 0 3 8 3 0 5 0 − eeu 6 4 5 1 28 120 0 − 0 5 0 − 0 3 2 6 0 4 4 2 1 5 0 − 0 3 0 − 10 5 7 1 1 2 4 0 2 5 0 − 3 1 0 − 2 0 8 1 1 3 0 − 1 1 3 2 0 2 0 − 2 3 4 1 3 4 9 3 5 3 0 − 0 9 0 − 0 3 4 9 5 1 10 3 2 2 0 − 0 5 0 − 2 1 3 3 0 − 0 12 0 − 0 − 0 2 0 − 0 2 5 1 0 1 14 19 2 4 0 − 0 2 5 2 0 5 0 − fca 5 44 7 20 8 878 0 4 1 11 0 − 0 8 3 5 0 53 4 7 1 51 0 1 0 8 0 − 9 14 8 1 5 776 8 7 2 44 0 1 4 63 0 0 2 4 6 1 7 1193 0 8 0 23 5 3 0 32 0 − 2 2 5 0 4 10 7 1 3 40 0 0 1 8 0 0 1 5 4 13 2 45 7 2 1 4 0 1 0 5 0 − 6 2 4 3 1 35 1 8 0 11 0 − 1 12 0 0 0 4 5 2 0 17 13 18 1 21 0 0 0 18 4 7 0 7 0 0 gac 30 30 82 40 74 22 0 0 19 15 0 − 14 8 49 49 43 24 14 15 21 4 0 − 46 14 0 − 221 64 84 16 47 12 33 18 61 19 0 − 22 6 0 − 13 4 58 4 65 13 0 − 0 1 37 11 5 11 0 − 6 2 31 17 22 23 135 48 28 24 0 − 36 16 0 − 41 14 31 21 40 20 10 1 1 2 0 − 4 7 0 0 7 10 9 11 0 − 4 12 0 − 0 − 43 18 0 − 23 5 38 13 0 0 72 34 47 26 0 − 4 7 23 11 1 5 0 − gfr 2 1 1 4 1 5 0 0 0 3 0 − 0 0 2 2 0 2 3 2 0 1 0 − 0 1 0 0 2 3 4 1 0 1 0 3 1 1 0 − 1 3 0 − 0 0 3 0 0 1 0 − 0 − 1 4 0 − 0 − 2 4 1 2 0 3 1 3 4 1 0 − 0 4 0 − 0 1 9 6 2 1 7 0 1 2 0 − 0 0 0 0 1 1 0 1 0 − 4 7 0 − 0 − 0 2 0 − 0 0 1 0 0 − 5 4 0 2 0 − 0 10 4 1 0 1 0 − gga 2 3 5 5 4 1 0 − 1 2 0 − 0 1 0 3 0 3 3 3 0 2 0 − 0 1 0 − 8 5 6 0 0 1 2 3 2 2 0 − 1 2 0 − 1 1 6 0 0 1 0 − 0 1 4 3 0 1 0 − 2 4 0 2 2 6 7 2 5 1 0 − 3 3 0 − 0 3 13 10 3 3 5 1 2 1 0 − 0 2 0 0 2 4 2 4 0 − 3 12 0 − 0 − 1 2 0 − 1 0 4 4 0 0 6 4 3 2 0 − 0 2 5 4 0 2 0 − ggo 3 10 9 19 5 13 0 1 1 4 0 − 1 4 2 6 0 4 4 3 1 4 0 − 0 5 0 2 10 6 5 8 1 9 6 0 5 15 0 − 3 3 0 − 3 0 5 4 1 4 0 − 2 2 3 3 0 4 0 − 1 3 4 4 3 12 7 7 2 6 0 − 1 5 0 1 0 4 3 19 1 3 5 7 4 4 0 − 0 7 0 0 5 5 2 6 1 0 1 21 0 2 0 3 0 4 0 1 0 4 6 4 0 2 5 29 2 6 0 0 1 7 5 7 0 8 0 − gmo 17 45 16 17 20 22 0 1 6 23 0 − 7 22 10 19 2 18 0 − 7 20 0 0 2 15 0 − 42 111 5 20 3 7 10 15 22 22 0 0 6 14 0 0 10 11 25 29 2 14 0 1 3 6 8 22 4 19 0 − 13 33 11 21 12 38 15 14 20 29 0 0 4 19 0 − 6 19 24 30 18 20 17 12 4 13 0 − 0 8 0 − 9 18 8 12 0 0 3 46 0 3 0 − 3 14 14 26 1 12 12 17 0 1 8 18 10 18 0 − 1 14 12 23 0 14 0 5 gmx 15 4 12 9 20 1 0 1 5 4 0 0 2 1 3 5 10 7 16 11 10 2 0 − 5 2 0 − 22 13 12 18 10 2 15 2 8 4 0 − 20 6 0 − 3 1 16 4 6 2 0 − 1 3 11 1 7 2 0 − 6 0 15 0 12 3 25 7 17 6 0 − 12 4 0 − 5 2 21 2 16 1 26 2 6 2 0 − 5 3 0 0 11 1 15 6 0 − 1 19 0 − 0 − 6 4 0 − 4 1 10 4 0 − 13 0 15 2 0 − 4 4 17 4 10 7 0 − hgl 3 4 5 3 4 10 0 − 0 3 0 1 0 3 0 14 0 5 2 4 1 3 0 1 0 2 0 − 6 7 5 2 0 2 5 1 3 2 0 − 1 3 0 − 1 1 4 8 0 3 0 − 0 3 2 2 0 4 0 − 1 3 2 2 2 3 4 5 3 0 0 1 1 3 0 5 1 4 1 44 1 2 6 3 1 1 0 3 1 2 0 0 3 2 1 10 0 − 0 6 0 − 0 − 0 2 0 − 0 2 2 4 3 3 5 17 1 4 0 − 0 3 4 1 0 4 0 − hsa-18 4 7 8 16 5 9 0 − 0 5 0 − 0 4 3 5 0 5 2 5 0 4 0 − 0 4 2 0 11 8 5 9 2 3 8 0 6 6 0 − 4 2 0 − 2 1 7 1 0 5 0 − 2 1 5 1 0 2 0 − 7 1 5 3 3 4 10 2 6 1 0 − 1 6 0 − 0 3 10 15 5 3 9 4 2 2 0 − 1 3 0 − 7 5 4 5 0 − 0 12 0 − 0 0 0 3 0 − 0 3 5 3 0 1 6 22 2 4 0 − 0 3 5 4 0 6 0 − lav 14 45 14 36 14 21 0 3 5 16 0 0 0 9 1 12 0 89 7 68 2 13 0 2 0 6 0 − 16 33 13 29 3 10 14 12 5 22 0 2 2 11 0 − 2 0 9 6 4 13 0 − 0 2 4 9 0 10 0 − 4 5 4 17 7 106 6 13 6 17 0 − 6 46 0 − 0 14 14 39 3 615 7 25 2 69 0 3 11 38 0 0 9 25 7 33 0 1 0 18 0 − 0 0 0 6 0 − 1 2 9 19 0 23 5 22 6 16 0 0 1 13 13 18 3 13 0 0 lcm 7 12 2 6 4 8 0 2 1 7 0 − 0 1 3 7 0 8 1 6 0 7 0 − 0 6 0 − 3 7 1 5 1 8 2 2 2 6 0 − 3 6 0 − 0 3 2 9 0 3 0 − 0 0 2 1 1 3 0 − 0 7 1 2 2 8 3 15 2 5 0 0 1 18 0 − 1 1 3 1 0 4 2 4 1 0 0 − 0 6 0 − 1 2 0 2 0 0 0 7 1 1 0 1 0 5 0 − 0 2 0 2 0 3 3 13 2 12 0 4 0 10 1 5 0 3 0 − lma 0 0 2 0 2 1 0 − 0 0 0 − 1 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 − 0 0 0 − 2 1 2 0 0 0 1 0 2 0 0 − 0 0 0 − 1 0 1 0 0 0 0 − 0 0 3 0 0 0 0 − 1 0 2 0 0 0 2 0 1 0 0 − 0 0 0 − 1 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 − 0 0 0 − 1 0 1 0 0 − 1 1 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 1 0 0 0 0 − mcc 6 12 6 20 7 8 0 1 0 5 0 − 0 3 3 6 0 5 4 3 1 5 0 − 0 6 0 5 5 13 4 7 1 14 10 3 4 9 0 − 3 6 0 0 2 0 6 1 0 4 0 − 2 1 3 2 0 4 0 − 2 3 2 6 2 9 6 8 2 3 0 0 0 10 0 0 1 3 4 17 2 2 6 8 3 4 0 − 1 5 0 2 4 7 3 6 0 1 0 30 0 1 0 0 4 15 0 1 0 3 5 3 0 1 8 19 3 5 0 1 1 14 5 4 1 7 0 − mdo 9 3 9 3 10 8 0 − 5 1 0 − 0 2 6 5 0 5 7 1 1 3 0 − 0 6 0 − 14 10 12 0 0 6 8 0 8 2 0 − 5 2 0 − 2 0 10 0 2 2 0 − 1 2 0 4 0 5 0 − 5 5 5 2 10 3 12 11 10 2 0 0 3 5 0 − 2 3 9 5 4 6 19 4 6 1 0 − 1 3 0 − 6 2 6 2 0 − 2 12 0 − 0 − 1 4 0 − 0 2 6 5 0 − 31 14 3 5 0 3 0 1 8 3 1 2 0 − meu 3 6 10 3 8 2 0 − 3 2 0 − 0 2 3 4 1 5 6 3 0 3 0 − 0 5 0 − 7 6 4 1 1 2 6 0 1 5 0 0 3 0 0 − 1 0 4 2 2 2 0 − 0 2 2 4 1 2 0 − 1 4 2 2 6 5 1 11 5 1 0 − 0 5 0 − 2 2 4 8 6 3 7 8 2 2 0 − 0 0 0 − 3 3 5 2 0 − 0 7 0 − 0 0 2 1 0 − 0 1 6 1 3 3 19 9 1 6 0 − 0 2 3 6 0 7 0 0 mgp 2 1 2 1 1 1 0 − 0 1 0 − 0 − 0 3 0 2 1 4 1 1 0 − 0 0 0 − 7 3 1 1 0 0 0 2 0 0 0 − 0 1 0 − 0 0 5 1 0 0 0 − 0 1 0 1 0 0 0 − 1 2 0 0 1 3 2 0 3 2 0 − 2 3 0 − 0 2 4 2 2 1 4 0 1 1 0 − 0 1 0 0 0 2 0 2 0 − 2 3 0 − 0 − 0 2 0 − 0 0 2 2 0 − 2 2 2 2 0 − 0 0 2 3 0 1 0 − mlu 1 1 7 1 4 6 0 − 2 2 0 − 0 2 2 2 1 3 2 2 0 4 0 − 0 2 0 − 8 5 6 3 0 2 4 2 2 4 0 4 0 2 0 − 2 0 5 0 1 3 0 − 0 1 1 4 0 1 0 − 3 1 1 1 1 3 5 2 5 0 0 − 0 0 0 − 0 2 3 4 4 1 6 1 1 1 0 − 0 2 0 − 4 0 3 1 0 − 0 4 0 − 0 − 0 1 0 − 0 1 4 1 0 − 17 9 2 1 0 − 0 1 3 1 0 2 0 − mmr 3 1 4 4 4 1 0 − 0 2 0 − 0 1 0 2 0 4 2 4 0 2 0 − 1 1 0 − 8 5 2 1 1 2 3 2 7 4 0 − 1 2 0 − 2 0 6 0 1 1 0 − 0 1 2 3 0 1 0 − 4 2 3 1 3 5 3 1 4 3 0 − 0 4 0 − 0 2 3 7 5 1 8 2 0 1 0 − 0 1 0 − 3 1 2 1 0 − 0 7 0 − 0 − 0 1 0 − 0 2 1 5 0 − 11 8 2 3 0 0 0 2 6 1 0 2 0 − mmu 8 5 8 4 7 18 0 − 1 2 0 − 0 3 2 8 0 5 2 5 1 3 0 − 0 4 0 0 8 10 7 4 1 5 7 2 5 6 0 0 3 4 0 0 2 0 5 2 1 3 0 − 0 2 3 2 0 3 0 − 6 3 2 2 5 2 12 3 8 5 0 − 3 7 0 3 3 6 4 18 6 1 9 5 2 4 0 1 2 0 0 0 4 7 2 5 0 0 0 10 0 − 0 − 1 1 0 0 0 2 5 4 0 0 32 27 2 5 0 0 2 4 4 2 0 3 0 − mpu 6 24 4 7 5 265 0 5 1 5 0 − 0 4 2 7 1 14 4 7 0 20 0 − 0 4 0 − 6 13 6 3 2 34 5 1 3 13 0 0 1 5 0 − 1 0 8 0 1 27 0 − 2 2 3 2 0 3 0 − 2 2 4 1 1 5 4 3 4 14 0 − 1 6 0 − 1 3 2 12 2 6 7 1 1 2 0 − 0 5 0 − 3 3 3 4 0 1 0 8 0 4 0 − 0 3 0 − 0 3 5 2 0 0 15 9 2 8 0 − 0 3 6 4 0 5 0 − mtr 7 12 14 15 13 2 4 43 3 6 2 1 0 0 8 1 2 5 6 8 2 3 0 − 7 6 0 − 18 22 14 8 10 9 10 7 2 2 0 − 8 2 0 0 0 0 6 0 3 1 0 − 1 1 5 6 6 3 0 − 2 1 3 5 13 8 16 13 8 2 0 0 8 7 0 − 0 2 15 9 9 5 19 3 1 1 0 0 2 4 0 2 2 4 11 5 2 29 2 10 0 − 0 2 4 3 1 1 1 0 7 4 0 0 7 2 7 6 0 0 3 4 20 5 5 8 0 0 mun 1 1 4 4 3 9 0 − 0 1 0 − 0 − 1 3 0 3 0 7 1 2 0 − 0 0 0 − 6 2 3 1 1 0 0 3 0 4 0 − 1 2 0 − 0 1 0 2 0 0 0 − 0 0 1 1 0 − 0 − 0 5 0 2 0 2 4 4 0 0 0 − 0 4 0 − 0 1 7 1 5 5 4 5 0 0 0 − 0 0 0 0 2 1 1 2 0 0 2 4 0 − 0 − 1 3 0 0 0 1 0 3 0 0 0 4 1 2 0 − 1 2 2 3 0 2 0 − nle 8 14 7 13 6 13 0 2 0 5 0 − 0 4 3 8 0 6 3 5 1 3 0 − 0 4 0 2 7 9 4 8 2 7 7 3 3 13 0 − 2 2 0 1 3 0 5 3 0 6 0 − 1 1 4 2 0 3 0 − 3 5 4 5 2 11 5 7 7 9 0 − 0 10 0 0 1 3 2 16 4 1 5 7 1 8 0 − 0 5 0 0 4 8 4 6 0 2 0 18 0 4 0 − 0 5 1 2 0 4 3 6 0 2 9 13 0 9 0 0 0 7 4 12 0 5 0 0 oaa 7 24 10 10 10 14 0 − 2 15 0 0 2 7 7 15 0 5 6 11 2 6 7 10 2 7 0 − 14 17 10 16 3 7 4 19 5 13 0 0 3 8 0 3 4 2 13 5 2 4 0 − 3 10 4 7 2 4 0 − 5 12 3 4 3 12 13 13 13 13 0 − 6 10 0 − 3 7 32 50 6 8 17 22 4 4 0 1 2 12 0 0 5 4 7 15 0 2 2 25 0 − 0 − 0 5 0 3 1 6 0 − 0 4 18 18 5 8 0 − 3 6 6 17 0 9 0 0 oas 5 16 8 4 5 10 0 − 1 3 0 − 0 2 0 4 0 21 1 5 1 31 0 − 0 4 0 − 4 13 3 2 0 6 3 4 3 5 0 − 2 3 0 − 0 0 3 0 0 5 0 1 0 5 0 1 0 2 0 − 0 1 3 2 3 135 2 5 3 56 0 1 0 11 0 2 1 5 7 10 1 131 3 26 2 338 0 4 0 7 0 − 2 6 3 3 0 − 0 15 0 2 0 1 0 3 0 2 0 2 1 0 0 3 5 55 2 44 0 15 0 4 2 3 0 6 0 0 ocu 4 7 11 14 9 19 0 0 1 5 0 0 0 4 2 5 0 5 7 2 1 4 0 − 0 6 0 0 8 9 6 4 2 2 8 0 8 6 0 − 2 2 0 − 3 0 8 0 2 2 0 − 1 2 4 2 0 3 0 − 10 5 2 2 9 8 17 5 14 4 0 0 0 8 0 − 0 3 7 13 12 1 18 2 5 10 0 − 3 4 0 − 10 3 4 7 0 − 0 11 0 − 0 − 0 3 0 − 1 3 7 2 0 0 9 15 3 6 0 − 1 4 6 7 0 2 0 − oga 4 6 8 3 4 4 0 − 1 4 0 − 0 2 1 7 0 3 2 4 0 4 0 1 0 10 0 8 5 7 6 3 1 3 7 0 5 3 0 − 1 2 0 − 2 0 6 0 0 3 0 − 0 2 2 3 0 2 0 − 5 3 3 0 1 3 9 3 6 1 0 − 2 4 0 − 1 1 5 7 3 5 7 4 2 0 0 − 1 1 0 − 3 1 3 2 0 0 1 6 0 − 0 − 1 1 0 − 0 2 2 3 0 0 10 10 0 5 0 − 0 2 4 1 0 4 0 0 oni 9 6 8 0 22 20 0 − 3 21 0 0 1 6 6 11 1 25 5 4 12 5 0 1 5 19 0 − 20 6 12 12 1 4 9 13 7 3 0 − 6 4 0 − 2 1 10 3 0 6 0 − 0 5 12 3 1 5 0 − 8 7 5 8 6 7 6 3 13 1 0 − 5 5 0 − 4 7 11 6 6 5 8 4 2 6 0 − 2 6 0 − 7 1 6 1 0 − 0 17 0 − 0 2 1 8 0 − 1 4 6 3 0 0 8 33 7 4 0 0 0 11 9 13 0 6 0 − opr 3 5 9 4 4 6 0 − 1 4 0 − 0 6 1 5 0 4 4 2 1 4 0 − 0 3 0 − 11 3 6 1 2 2 4 0 6 5 0 − 1 2 0 − 3 0 7 0 1 4 0 − 1 2 4 2 0 4 0 − 8 2 2 2 3 3 11 2 7 3 0 − 1 5 0 − 1 2 4 10 5 1 11 5 3 1 0 − 0 3 0 − 5 1 2 4 0 − 0 9 0 − 0 − 0 2 0 − 1 2 5 1 0 0 6 3 2 3 0 − 0 2 4 5 0 3 0 − osa 4 7 17 12 15 4 0 − 9 6 5 2 3 1 8 2 6 5 14 5 6 4 0 − 2 2 0 − 31 28 14 3 9 11 16 9 3 6 0 − 5 8 0 − 3 5 10 3 2 1 0 − 3 4 17 6 5 4 0 − 8 1 11 3 10 5 20 10 14 10 0 0 9 0 0 0 8 4 16 3 5 4 19 8 4 4 0 − 3 0 13 3 7 3 11 6 0 − 3 16 0 − 0 1 10 6 3 0 3 5 7 4 0 − 8 8 11 6 0 0 1 2 13 6 14 4 0 − pan 6 12 9 19 6 10 0 1 0 7 0 − 0 6 4 6 0 5 4 6 1 3 0 − 0 6 0 1 8 10 5 8 2 11 9 0 4 9 0 − 2 3 0 − 3 0 5 3 0 4 0 − 2 1 4 2 0 2 0 − 6 5 4 3 7 5 8 6 7 2 0 1 0 9 0 0 1 3 4 15 6 1 10 9 3 5 0 − 2 4 0 1 6 5 4 4 0 2 1 22 0 − 0 3 0 8 0 0 0 2 6 3 0 2 12 17 4 5 0 3 0 9 9 4 0 8 0 0 pfa 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 1 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − pha 6 5 8 9 6 5 0 0 0 6 0 − 0 5 4 5 0 5 4 4 1 3 0 − 0 3 0 1 9 5 5 6 2 3 9 0 4 6 0 − 2 3 0 − 3 0 5 1 1 4 0 − 2 1 3 3 0 2 0 − 1 4 4 4 6 6 6 3 3 0 0 0 0 8 0 0 1 3 3 15 2 1 6 6 3 4 0 − 2 4 0 0 6 5 5 3 0 0 2 12 0 − 0 − 0 4 0 − 0 2 6 2 0 0 13 14 3 4 0 1 0 6 9 2 1 5 0 − pma 17 6 100 67 13 9 0 − 10 8 8 10 11 11 29 32 8 9 34 30 25 24 0 − 3 6 0 − 187 90 47 62 23 20 15 11 60 47 0 0 29 13 0 − 12 8 36 17 17 8 0 0 4 5 55 29 26 13 0 − 37 37 56 55 3 8 56 33 8 2 0 1 21 9 0 − 18 5 62 43 13 3 29 24 4 1 0 0 7 18 0 0 46 24 96 69 1 0 40 49 0 0 0 − 10 9 0 − 18 16 14 7 0 0 38 29 1 7 0 − 2 2 34 22 18 23 0 1 pop 13 4 11 12 15 1 0 − 5 5 0 − 2 1 2 4 5 5 10 5 7 3 0 0 6 2 0 0 18 7 14 5 10 0 9 3 4 6 0 − 13 9 0 − 2 1 12 1 5 1 0 − 1 4 4 7 0 − 0 0 5 1 13 35 13 0 29 4 13 7 0 − 13 7 0 − 2 2 18 1 10 6 21 4 6 0 0 − 5 2 0 − 6 4 13 3 0 0 2 15 0 − 0 − 4 4 0 0 1 3 8 5 0 0 8 5 12 1 0 0 1 5 15 2 0 2 1 4 ppp 4 3 9 4 11 4 0 0 1 3 0 − 3 2 8 1 4 2 6 2 5 4 0 − 2 2 0 − 15 8 9 2 3 6 6 2 8 1 0 − 6 1 0 − 0 4 11 1 2 4 0 0 2 2 5 2 1 4 0 0 3 1 5 0 5 1 8 2 7 7 0 0 7 1 0 − 6 1 10 8 5 3 13 2 3 7 0 0 1 0 0 − 2 8 10 2 0 − 1 6 0 1 0 − 2 2 0 − 5 1 10 2 0 0 2 4 8 0 0 − 1 0 11 2 3 2 0 1 ppy 8 14 11 29 8 18 1 0 0 3 0 − 0 6 4 7 2 5 4 3 2 6 0 − 0 5 3 2 9 12 7 8 0 12 7 3 4 19 0 − 3 5 0 0 3 1 8 2 1 4 0 − 4 2 4 2 0 2 0 0 3 7 6 9 9 14 7 5 5 5 0 0 2 6 0 0 1 2 3 18 3 4 8 5 2 10 0 − 2 4 0 0 7 10 4 5 0 0 1 27 0 1 0 1 0 7 0 1 1 4 3 7 0 2 9 24 1 8 0 − 0 7 5 12 0 6 0 − ptr 6 13 9 23 8 17 0 1 1 4 0 − 0 5 2 7 0 5 3 5 1 3 0 2 0 4 0 2 9 13 6 10 3 16 8 1 7 13 0 − 4 5 0 0 3 1 4 6 0 5 0 0 2 2 5 1 0 3 0 0 2 6 5 5 6 11 7 9 6 6 0 0 1 8 0 0 0 4 5 25 2 4 6 6 2 13 0 − 0 9 0 0 4 9 6 4 0 1 2 28 0 3 0 4 0 8 1 2 0 3 6 5 0 1 9 23 3 4 0 0 2 8 5 10 0 6 0 − rno 0 0 8 6 10 8 0 − 1 3 0 − 0 3 2 6 0 5 5 6 2 5 0 0 0 2 0 − 7 5 5 6 1 4 9 0 4 5 0 − 4 1 0 − 2 0 10 22 1 3 0 − 0 2 3 2 0 0 0 − 2 2 0 0 5 4 12 2 5 2 1 0 3 5 0 1 0 3 5 30 6 2 7 3 1 3 0 − 1 1 0 − 2 4 3 4 0 − 0 1 0 − 0 − 0 3 0 − 0 2 2 8 0 0 26 13 1 6 0 − 0 2 4 3 0 − 0 0 san 5 2 8 3 6 6 0 − 0 4 0 − 0 4 2 5 0 5 4 3 2 3 0 − 0 4 0 − 7 7 7 7 2 2 6 0 4 2 0 − 2 3 0 − 1 0 7 0 0 4 0 − 1 1 4 4 0 1 0 0 3 9 4 1 1 8 9 9 9 4 0 − 1 6 0 − 1 1 2 7 5 6 11 10 1 0 0 − 0 4 0 − 3 3 5 1 0 − 0 8 0 0 0 − 0 2 0 − 0 3 4 3 0 1 13 11 1 4 0 − 0 3 5 4 0 3 0 − sbi 3 7 9 6 15 6 0 0 4 7 0 1 3 2 3 8 2 5 7 5 7 2 0 − 1 3 0 − 9 29 14 2 3 7 8 6 5 7 0 1 6 4 0 1 4 3 9 4 3 0 0 − 4 2 11 3 3 5 0 − 7 3 11 3 8 4 20 3 17 8 0 1 8 4 4 6 9 1 14 12 7 2 18 5 4 1 0 − 2 1 0 2 8 2 9 6 0 0 0 13 0 1 0 0 7 5 0 2 4 5 8 2 0 0 6 6 10 2 0 − 0 3 16 4 4 4 0 − sbq 4 13 5 6 3 6 0 − 1 5 0 − 0 4 2 6 0 5 3 3 1 3 0 − 0 5 0 0 8 6 6 4 0 7 5 3 3 7 0 − 2 2 0 − 3 0 5 3 0 3 0 − 1 1 4 1 0 3 0 − 2 2 4 2 4 16 6 4 3 6 0 0 1 6 0 − 1 3 3 11 2 3 7 4 0 3 0 − 1 3 0 0 2 5 2 3 0 0 0 14 0 − 0 1 1 4 0 0 0 2 6 2 0 2 10 10 1 6 0 0 0 8 5 4 0 6 0 − shr 8 5 12 0 9 22 0 − 4 2 0 − 0 1 4 4 0 4 6 1 1 2 0 − 0 3 0 − 14 7 10 0 16 28 8 0 7 2 0 − 5 0 0 − 2 0 8 1 2 2 0 − 0 2 0 3 0 3 0 − 5 3 6 2 10 4 12 6 8 1 0 − 3 3 0 − 2 1 10 7 6 2 16 2 3 2 0 − 1 2 0 − 6 3 7 0 0 1 1 9 0 − 0 − 0 4 0 − 0 2 7 2 0 1 2 5 3 4 0 − 0 5 6 6 0 2 0 − spu 37 19 30 8 30 11 0 − 11 9 0 − 4 4 14 12 9 8 14 2 7 11 17 8 6 15 0 1 43 29 57 11 10 6 17 8 10 10 0 − 15 5 0 − 4 4 14 4 9 9 0 − 0 0 20 8 2 5 0 − 2 2 5 12 18 7 62 19 19 9 0 − 10 6 0 − 4 2 21 10 19 13 26 15 1 2 0 − 5 5 0 − 0 − 17 2 0 0 7 16 0 − 0 − 6 8 0 − 1 4 0 − 0 − 20 10 5 12 0 − 5 8 0 − 6 11 0 1 ssc 15 22 10 7 7 8 0 1 3 4 0 − 0 3 6 6 1 5 6 3 0 3 0 − 1 3 0 − 12 10 12 0 3 5 7 2 4 7 0 − 2 1 0 − 2 0 8 0 2 2 0 − 2 0 5 1 2 2 0 − 3 1 5 2 30 204 14 82 5 7 1 8 2 11 0 − 1 5 5 17 2 7 9 9 2 3 0 − 2 8 0 0 7 4 4 5 0 0 3 13 0 − 0 − 0 4 0 − 0 3 6 3 0 − 10 12 3 3 0 0 0 3 11 9 1 4 0 − str 5 4 7 1 7 4 0 0 2 3 0 4 0 6 2 31 0 4 2 4 1 4 0 − 0 3 0 5 7 6 6 7 2 1 4 1 4 1 0 − 2 4 0 0 2 0 7 4 0 4 0 − 0 2 3 2 0 2 0 − 2 1 3 2 2 2 5 2 3 3 0 5 0 38 1 29 1 16 4 251 2 2 7 5 1 18 0 6 1 3 0 2 3 35 4 13 0 − 0 8 0 − 0 − 0 6 0 0 0 5 6 8 0 0 29 18 3 3 0 − 0 2 6 3 0 9 0 0 tgu 3 0 3 4 1 4 0 2 1 2 0 4 0 1 2 5 0 3 2 2 0 1 1 1 0 0 0 4 2 2 5 34 0 1 2 2 4 1 0 − 0 0 0 − 1 0 3 2 0 2 0 − 0 − 2 3 0 0 0 − 3 3 0 1 0 1 3 3 1 1 0 − 2 4 0 − 0 2 8 9 4 2 7 4 0 3 0 0 0 1 0 1 0 0 1 7 0 − 3 9 0 − 0 − 0 3 0 − 0 0 2 0 0 0 5 3 0 2 0 0 1 2 6 3 0 3 0 1 tma 5 25 5 17 7 8 0 0 1 16 0 0 0 3 1 14 1 121 2 33 0 12 0 4 0 7 0 0 7 13 5 7 2 5 7 4 4 5 0 − 3 4 0 − 2 0 7 3 0 11 0 − 1 5 3 4 0 4 0 − 1 3 3 4 2 111 4 10 0 18 0 0 3 36 0 0 1 4 4 15 5 1067 5 17 2 87 0 8 0 25 0 − 3 12 3 7 0 1 0 14 0 − 0 0 0 5 0 − 1 2 4 9 0 17 2 19 2 10 0 4 0 5 3 7 0 9 0 0 tng 4 10 6 10 10 10 0 − 3 8 0 − 3 9 9 16 0 9 5 5 6 4 0 0 0 4 0 − 8 11 8 9 4 4 4 7 13 4 0 − 4 9 0 0 1 3 4 8 0 6 0 0 0 1 10 3 0 5 0 − 18 18 2 12 3 12 6 12 8 4 0 − 2 8 0 − 0 3 7 12 5 10 5 8 1 4 0 − 1 2 0 − 7 8 3 6 0 − 2 10 0 − 0 3 0 8 5 17 1 1 5 8 0 0 7 7 5 6 0 − 1 3 9 9 0 11 0 0 tru 7 12 10 12 13 6 0 − 1 5 0 − 1 6 7 10 1 11 6 12 5 4 0 − 0 5 0 − 24 11 9 2 3 6 10 8 8 5 0 1 4 4 0 − 2 3 7 2 0 6 0 0 0 3 13 2 0 3 0 − 14 6 3 7 4 8 18 5 14 6 0 0 3 4 0 − 0 5 7 4 7 4 15 2 1 2 0 − 2 6 0 − 16 12 8 10 0 − 1 13 0 − 0 0 0 7 0 − 0 4 5 5 0 0 5 9 7 9 0 − 0 6 10 12 0 9 0 0 tsy 4 5 6 8 0 6 0 0 0 3 0 − 0 3 2 6 0 5 2 6 0 3 0 − 0 3 0 − 7 4 5 2 13 50 5 4 3 2 0 0 0 31 0 0 1 2 5 1 0 4 0 − 1 1 3 2 1 3 0 − 3 3 3 2 2 6 6 6 3 6 0 0 0 3 0 − 1 1 2 9 2 3 9 4 1 5 0 − 1 2 0 − 2 3 1 4 0 2 0 9 0 − 0 − 0 4 0 − 0 2 3 3 0 0 6 18 2 3 0 0 29 12 1 4 0 3 0 − ttr 4 69 7 5 3 15 0 − 1 4 0 0 0 2 2 6 0 47 3 7 1 52 0 − 0 4 0 − 6 10 5 5 4 11 4 4 7 7 0 − 2 2 0 − 2 1 4 2 0 6 0 0 0 11 2 4 0 3 0 − 1 4 5 0 29 1871 5 43 8 386 0 9 0 35 0 1 1 19 5 13 19 813 6 36 70 1695 1 17 0 15 0 2 3 18 1 6 0 19 1 16 0 7 0 0 0 5 0 − 0 3 3 8 0 20 2 19 9 207 1 4 0 5 4 7 0 6 0 − vvi 5 5 7 13 5 10 0 0 2 5 0 1 1 1 4 5 3 2 7 1 4 3 0 − 3 5 0 1 6 19 9 5 3 6 5 8 3 7 0 0 8 7 0 − 1 2 9 5 3 2 0 − 0 5 1 9 4 6 0 − 4 2 5 4 5 9 11 11 12 13 0 2 16 20 0 − 3 1 9 1 7 11 11 5 3 2 0 − 1 3 0 0 6 4 8 6 0 0 0 18 0 − 0 3 5 2 0 0 2 0 4 8 0 0 5 5 9 0 0 0 2 6 11 11 4 9 0 1 xtr 51 20 28 18 74 22 0 0 48 42 0 − 15 13 76 74 52 52 40 58 18 8 0 − 26 24 0 4 99 38 45 17 20 7 24 17 30 9 0 0 36 16 0 0 19 16 42 17 25 7 0 2 2 5 20 12 15 9 1 0 17 14 20 17 60 23 46 12 32 18 0 − 29 17 0 − 15 20 50 16 53 26 70 14 70 34 0 − 17 18 0 − 25 27 36 18 0 1 59 47 0 0 0 − 22 18 1 1 13 9 23 16 0 0 46 45 21 11 0 1 11 34 40 17 6 15 0 1 zma 14 67 31 17 36 90 0 − 8 5 8 4 4 1 7 12 3 5 10 3 5 5 0 − 1 3 0 − 31 47 32 36 8 13 18 7 6 6 0 0 13 17 0 − 5 3 11 3 3 3 0 − 3 2 25 9 4 4 0 − 10 2 19 9 12 9 30 11 16 13 0 0 8 6 0 − 11 10 34 31 8 2 30 2 9 1 0 − 2 1 11 0 13 2 11 10 0 − 3 17 0 3 0 − 6 4 10 11 3 2 8 4 0 − 10 14 20 6 0 0 2 2 17 7 12 7 0 0

aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2 Som− 1 0 1 46 0 56 2 1 0 1 1 61 1 52 0 0 0 1 0 57 0 61 0 0 0 65 8 1 3 70 0 0 0 0 0 44 1 55 0 0 0 1 4 61 0 42 1 0 41 0 53 52 0 52 0 2 16 1 1 48 0 1 1 52 db, diff 589 1168 942 846 950 3320 5 108 295 674 25 62 118 491 477 724 193 978 443 632 212 823 25 55 153 473 6 68 1387 1231 850 618 360 1436 631 397 515 687 0 36 531 523 1 28 211 233 650 331 241 1697 2 32 84 285 543 377 122 364 1 10 368 417 491 445 601 5790 1070 794 697 2154 3 93 3200 3813 8 242 308 4178 822 1319 682 4453 916 647 444 6221 2 115 148 582 27 72 494 2108 594 559 5 164 307 1157 1 107 0 63 178 482 42 127 134 348 506 414 7 230 887 1387 430 1155 10 206 97 495 645 550 114 543 1 50 total 1757 1788 4270 113 969 87 609 1201 1171 1075 1035 80 626 74 2618 1468 1796 1028 1202 36 1054 29 444 981 1938 34 369 920 486 11 785 936 6391 1864 2851 96 7013 250 4486 2141 5135 1563 6665 117 730 99 2602 1153 169 1464 108 63 660 169 482 920 237 2274 1585 216 592 1195 657 51 db+dif 1679 1709 4192 80 890 64 532 1123 1092 997 957 62 548 47 2539 1389 1717 950 1123 14 975 11 365 902 1859 20 298 842 410 2 706 857 6312 1785 2772 61 6935 226 4407 2062 5056 1485 6590 99 651 62 2524 1074 131 1385 82 36 581 142 403 843 174 2196 1507 185 513 1117 579 24

Méthode d'estimation des duplications pour les codons excessifs

• Image:Dupication des gènes tRNAs-E79-tri.png
• Lien au tableur pour cette image: Méthode d'estimation des duplications pour les codons excessifs.
• Lhypothèse de travail, pour ces 79 eucaryotes, c'est que les duplications décomptées sont la somme de 2 processus, un processus de base, modéré, analogue à celui des champignons et un autre processus qui décuple pour certains codons ces duplications. Comme il n'y a pas de corrélation entre les duplications à l'identique (doublons) et les duplications différentes entre elles (différents, dif, diff), lorsqu'on ne considère que le processus de base (sans les codons excessifs), il est difficile d'attribuer une valeur aléatoire à l'estimation. C'est ce qu'illustre les défauts des estimations en utilisant une courbe de tendance.

  Le diagramme de l'image, en tête de ce chapitre, représente les "différents" en fonction des "doublons" quand les excessifs contiennent des caractères non numériques ( _ ,). Le tableur n'en tient pas compte. La courbe de tendance est supposée passer par l'origine (option du tableur calc), ce qui permet de calculer l'estimation en divisant (différent) ou en multipliant (doublon) par le coefficient de x. Or j'ai obtenu 10 estimations qui égalent ou dépassent le critère d'excessivité que je vais détailler juste après. On peut les vérifier facilement à partir du tableau récapitulatif des estimations où est représentée la pente de la droite. Ainsi on a (cag 51) (cct 38) (cgt 83) (gac 77 112) (gct 60) (gga 45 59) (gta 50) (tgg 46). Par ailleurs l'estimation est impossible, par la méthode des courbes de tendance, quand les 2 coordonnées sont excessives et donc absentes.

• Critères d'excessivité:
  1. Le 1er critère le plus important d'excessivité est que l'effectif d'un génome devient à peu près le double du précédent, quand on fait un tri croissant d'une colonne "doublon" ou d'une colonne "différent". Cependant je n'utilise ce critère que pour les effectifs supérieurs à 30, considérant que le maximum des champignons de 29 sert de limite pour le processus de base.
  2. Le 2ème critère est une limite statistique, la plupart des décrochages se font aux alentour de 50 et leur nombre est réduit (140 à peut près sur 6952 au total pour 79 génomes et 44 codons forts). Une exception cependant pour atg qui, chez les procaryotes, est 3 fois plus élevé que la moyenne des codons forts ( il est utilisé pour Met Ile et l'initiation) et reste 2 fois plus élevé que les codons forts chez les champignons. Pour atg donc j'utilise le 1er critère au-delà de 50. Le critère 50 est coloré en orange foncé.
  3. Le 3ème critère concerne la plage 30−50. Les effectifs qui décrochent, dans cette plage, sont rares. Je considère que cette plage est une frontière floue où il faut estimer cas par cas. Ainsi si le décrochage se fait entre 40 et 50 et que la somme des 2 effectifs du même codon est inférieure à 60 (double du max des champignons) je considère le processus de type basique, mais si la somme est supérieure alors il est de type excessif. Quand le décrochage se fait dans la plage 30−40 j'ai relevé la somme à 70 pour le considérer de type excessif. J'ai accepté une seule exception, celle de ata à 26, où le décrochage est très fort. Le tableau aga-3 montre le décrochage de l'ordonnée 43 du génome bta par rapport à 25 de celle du génome oni. Les excessifs de cette plage 30−50 sont colorés en cyan.
  4. Les codons faibles, xyc/t et les codons taa tag tga: Ces codons dupliquent très peu, relativement aux autres, mais beaucoup plus que ceux des champignons et présentent des décrochages quelque fois spectaculaires, analogues aux excès des codons forts, par exemple 164 pour (gcc cmk) et 133 pour (tgt bta). Mon critère de décrochage est alors basé sur les effectifs très faibles ne dépassant pas quelques unités, en général 5. Ce maximum peut être élevé jusqu'à 8 quand le nombre des effectifs supérieurs à ce maximum est lui-même élevé, 6 pour tga, 5 pour tag et 4 pour ggt taa tcc. Le critère des codons faibles est coloré en orange clair.
• Estimations du processus de base: Pour les codons faibles j'utilise le maximum de quelques unités comme décrit précédemment, mais pour les autres j'utilise la moyenne des effectifs les plus proches de celui en excès. Détaillons en se référant à l'image du codon aga en début du chapitre.
  1. Cette méthode parait adaptée aux estimations aléatoires. En effet quand j'ai cherché à estimer le processus de base du "différent" (colonne 2), en excès, du codon aga du génome lav ( excès décompté à 89 dans le tableau aga-1 ), son effectif le plus probable est 5, car c'est le plus fréquent (16 sur 46) ayant le même effectif de "doublons" (colonne 1) que lav (0). Pour obtenir ce résultat j'ai du trier la colonne 1 en 1ère clé et la colonne 2 en seconde clé. Les tableaux triés de wikipédia ne permettent pas de trier facilement sur 2 clés. Aussi je l'ai fait sur le tableur calc et je l'ai exporté en image.
  2. Cependant le voisinage de l'effectif en excès est souvent peu fréquent (tma "différent" en excès de 121 et d'abscisse 1), et/ou éloigné (tableau aga-2, le génome gac, "doublon" en excès de 43 et d'ordonnée 24, avec un seul voisin d'ordonnée 24, le génome gga, et le voisin suivant, ppy avec 21).
  3. La méthode d'estimation que j'ai adoptée alors est la moyenne des effectifs des 4 génomes qui entourent l'effectif excessif dans le tri, 2 en amont et 2 en aval. Le cas idéal est celui du tableau aga-1, génome tma d'abscisse 1 et d'ordonnée 121 entouré des génomes cpic oni mtr ppy. Pour les génomes en fin de liste avec une seule coordonnée en excès, je prends les 4 génomes en amont.
  4. Pour améliorer l'estimation d'une coordonnée j'ai étendu la moyenne de sa colonne à tous les génomes dont les coordonnées de l'autre colonne correspondent à ceux de la moyenne à 4 génomes plus quatre autres suivants, s'ils existent. Le tableau aga-1 illustre 2 cas.

     Le génome tma (1,121) a été estimé avec les 4 génomes cpic oni d'abscisse 1, et mtr ppy d'abscisse 2. La moyenne est étendue aux génomes d'abscisses 1 et 0 d'un coté et aux génomes 2 et 3 de l'autre coté. Les génomes de la colonne 1 concernés sont colorés en jaune pour le cas tma.

     Le génome bta (0,43) a été estimé avec les 4 génomes aml oas d'abscisse 0, et mlu meu d'abscisse 1. La moyenne est étendue aux génomes d'abscisses 0 d'un coté et aux génomes 1 et 2 de l'autre coté. Les génomes de la colonne 1 concernés sont encadrés pour ce cas.

     Dans le tableau synthétique des estimations et dans l'image du codon aga, la moyenne à 4 génomes est présentée en 1er suivie de la moyenne étendue, tma (121−15,6) et bta (43−11,6). Seule la moyenne à 4 génomes est affichée si la moyenne étendue n'existe pas. En général les 2 moyennes diffèrent peu et j'ai choisi la moyenne de ces 2 estimations pour les calculs, colonne estim du tableau récapitulatif.

  5. En adoptant les moyennes des voisins proches on peut avoir une estimation de type aléatoire pour les codons aux 2 coordonnées excessives. Ces génomes sont en fin de liste (aga-1, xtr, excès de l'ordonnée) ou mélangés à la fin de la liste avec des génomes à une seule coordonnées non excessive (aga-2, xtr, excès de l'abscisse). Mettons nous dans le tableau aga-1, la moyenne de l'ordonnée des 4 proches est faite sur les génomes en amont comme dans l'alinéa précédent. Elle est de 5 pour le "différent" de xtr et placée avec l'ordonnée excessive (52−5), dans la colonne 2. Comme xtr n'a pas d'abscisse, aussi, son estimation se fait sur la moyenne des abscisses des mêmes génomes, elle est de 9 et placée avec l'abscisse excessive (52-9), dans la colonne 1. Plaçons nous ensuite dans le tableau aga-2 où on estime l'abscisse. Les 4 voisins en amont de xtr sont oni cpic oas gmo, la moyenne de l'abscisse de xtr est alors 1. Comme précédemment la moyenne des ordonnées de ces mêmes génomes est de 22. Ainsi on a 2 estimations des coordonnées de xtr, (9,5) tableau aga-1 et (1,22) tableau aga-2. J'ai opté pour les coordonnées qui donnent la même pente que le diagramme de aga, soit ordonnée/abscisse= 0.86, aussi le choix est (9,5). De même pour le codon tac avec le génome pma, aux 2 effectifs excessifs et une pente supérieure à l'unité (1.25), j'ai choisi l'estimation (40−3) pour l'abscisse et (49−35) pour l'ordonnée respectant la pente de ce codon. Voir les tableaux des estimations (ref.).
  6. Dans le récapitulatif des estimations des codons j'ai donné cette pente pour décider du choix de ces codons à 2 coordonnées excessives. De même j'ai donné les maxima pour repérer les excès et décider des estimations des codons faibles.

Estimations des effectifs de base. Codons a,c.

• Lien au tableur: Estimations des effectifs de base. Codons_a,c.
• Légende:

I. Estimation des effectifs de base pour 79 Eucaryotes .

codons aax double aaa moyn estim x/R2 1.05 45 max 37 45 aml 5 49 22,13 17 bacu 4 81 12,11 11 bta 10 67 4,4 4 gmo 17 45 10,9 9 ttr 4 69 12,11 11 xtr 51 20 16 16 zma 14 67 19,13 16   double aac moyn estim x/R2 0.98 42 max 31 40 gac 82 40 12 12 pma 100−29 67−12 − 29−12   double aag moyn estim x/R2 0.52 36 max 45 29 aml 12 759 3,10 6 cfa 10 397 13,10 11 cge 11 74 8,9 8 eeu 28 120 11,9 10 fca 8 878 19,11 15 gac 74 22 11,12 11 mpu 5 265 12,9 10 xtr 74 22 11,12 11 zma 36 90 6 6 double aat − estim x/R2 − − max 4 5 mtr 4 43 5	codons acx double aca moyn estim x/R2 0.96 35 − max 19 23 − cmk 49−13 156−8 − 13−8 xtr 48−13 42−8 − 13−8             double acc − estim x/R2 − − − max 5 4 − cmk 0 11 4 pma 8 10 5−4 zma 8 4 5 double acg moyn estim x/R2 0.89 35 − max 15 22 − cmk 4 132 3,3 3                 double act moyn estim x/R2 0.77 37 − max 29 32 − gac 49−23 49−11 − 23−11 xtr 76−23 74−11 − 23−11	codons agx double aga moyn estim x/R2 0.86 11 − max 10 25 − bacu 0 54 11,6 8 bta 0 43 11,6 8 fca 0 53 11,6 8 gac 43 24 1 1 lav 0 89 11,6 8 tma 1 121 15,6 10 ttr 0 47 11,6 8 xtr 52−9 52−5 − 9−5 double agc moyn estim x/R2 0.78 40 − max 16 33 − lav 7 68 7,5 6 pma 34 30 7 7 xtr 40−14 58−8 − 14−8 double agg x/R2 0.78 16 − max 25 45 − bacu 0 66 8,6 7 bta 2 113 6,6 6 fca 1 51 22,6 14 ttr 1 52 22,6 14           double agt − estim x/R2 − − − max 1 4 − oaa 7 10 1−4 spu 17 8 1−4	codons atx double ata moyn estim x/R2 1.48 37 − max 13 24 − gac 46 14 5,6 5 xtr 26 24 6,5 5             double atc − estim x/R2 − − − max 3 5 − oga 0 8 5     double atg moyn estim x/R2 1.12 62 − max 43 111 − gac 99 38 27 27 pma 221 64 27 27 xtr 187 90 23 23             double att − estim x/R2 0.57 39 − max 32 36 − pma 47−25 62−11 − 25−11 xtr 45 17 10 10 spu 57 11 9,9 9 gac 84 16 10,10 10
codons cax double caa moyn estim x/R2 0.72 21 − max 29 41 − fca 5 776 6,7 6 gac 47 12 4,4 4 tsy 13 50 11,7 9 double cac moyn estim x/R2 0.47 52 − max 33 26 − rien   double cag moyn estim x/R2 0.92 38 − max 30 47 − gac 61 19 4,7 5 pma 60 47 9 9 double cat − estim x/R2 − − − max 0 4 − rien	codons ccx double cca moyn estim x/R2 0.35 26 − max 48 43 − fca 4 63 4,4 4     double ccc − estim x/R2 − − − max 0 5 − rien       double ccg moyn estim x/R2 0.6 69 − max 19 16 − cmk 0 40 2,1 1   double cct moyn estim x/R2 0.45 48 − max 36 29 − gac 58 4 13,8 10 xtr 42 17 17 17	codons cgx double cga moyn estim x/R2 0.58 17 − max 25 27 − aml 2 81 5,5 5 fca 7 1193 5,4 4 gac 65 13 1,2 1 double cgc − estim x/R2 − − − max 2 2 − bta 0 6 2 fca 0 8 2 double cgg moyn estim x/R2 1.1 23 − max 13 23 − rien   double cgt moyn estim x/R2 0.35 45 − max 37 29 − pma 55 29 22,16 19	codons ctx double cta moyn estim x/R2 0.68 21 − max 26 32 − rien         double ctc − estim x/R2 − − − max 1 1 − rien       double ctg moyn estim x/R2 0.66 51 − max 18 19 − gmo 13 33 7 7 pma 37−15 37−11 − 15−11 double ctt moyn estim x/R2 0.52 40 − max 31 35 − pma 56−26 55−6 − 26−6

Estimations des effectifs de base. Codons g,t.

• Lien au tableur: Estimations des effectifs de base. Codons g,t.
• Légende:

II. Estimation des effectifs de base pour 79 Eucaryotes .

codons gax double gaa moyn estim x/R2 0.72 41 − max 47 38 − bacu 11 423 5,9 7 cbre 29 1871 10 10 cel 60 23 10,8 9 cjap 7 106 5,7 6 gac 3 135 10,7 8 spu 2 111 7,7 7 ssc 47 2320 10 10 ttr 30 204 10 10 xtr 7 58 5,7 6   double gac moyn estim x/R2 0.43 30 − max 46 48 − gac 135 48 9 9 pma 56 33 8 8 spu 62 19 10 10 ssc 14 82 16,15 15 double gag moyn estim x/R2 0.56 28 − max 34 47 − bacu 21 446 17 17 bta 3 160 22,8 15 cmk 22 405 17 17 csi 4 72 4,8 6 oas 3 56 22,8 15 ttr 8 386 4,6 5       double gat − estim x/R2 − − − max 1 5 − bacu 1 18 5 ssc 1 8 5 ttr 0 9 5	codons gcx double gca moyn estim x/R2 0.72 17 − max 36 46 − cmk 2889−25 3008−15 − 25−15 dno 2 63 7,8 7                 double gcc − estim x/R2 − − − max 4 6 − cmk 3 164 6 str 1 29 6     double gcg moyn estim x/R2 0.8 25 − max 18 20 − cmk 100−13 3757−9 − 13−9 gac 41 14 1 1               double gct moyn estim x/R2 0.72 35 − max 34 44 − cmk 19 55 4,4 4 oaa 32 50 21 21 pma 62 43 18,16 17 str 4 251 15,13 14 xtr 50 16 3,6 4	codons ggx double gga moyn estim x/R2 0.44 27 − max 36 45 − bacu 25 961 11 11 bta 6 384 4,3 3 cbre 61 4 5,6 5 cmk 22 43 11 11 gac 40 20 12 12 lav 3 615 3,4 3 oas 1 131 2,4 3 tma 5 1067 4,3 3 ttr 19 813 11 11 xtr 53 26 12 12 double ggc moyn estim x/R2 0.44 39 − max 30 36 − bacu 13 50 1,2 1 bta 8 54 3,4 3 xtr 70 14 18 18   double ggg moyn estim x/R2 0.91 34 − max 29 34 − bacu 103−8 2044−4 8−4 bta 29 1265 4,3 3 cmk 7 73 1,2 1 dno 4 321 7,4 5 lav 2 69 6,4 5 oas 2 338 6,4 5 tma 2 87 6,4 5 ttr 70−8 1695−4 − 8−4 xtr 70 34 4 4 double ggt − estim x/R2 − − − max 1 8 − bacu 1 10 8 bta 0 19 8 dno 0 23 8 ttr 1 17 8	codons gtx double gta moyn estim x/R2 1.71 40 − max 29 38 − cmk 29 115 20 20                   double gtc − estim x/R2 − − − max 2 3 − cmk 0 15 3 osa 13 3 2 zma 11 0 2   double gtg moyn estim x/R2 0.89 47 − max 37 35 − cmk 37 1502 12 12 dno 5 75 3,4 3 pma 46 24 9,8 8             double gtt moyn estim x/R2 0.48 36 − max 36 33 − pma 96−27 69−7 − 27−7
codons tax double taa − estim x/R2 − − − max 2 3 − bacu 0 23 3 fca 1 35 3 mtr 2 29 3 ttr 0 19 3     double tac moyn estim x/R2 1.25 14 − max 22 47 − ath 50 32 3,3 3 pma 40−3 49−35 − 3−35 xtr 59 47 3,3 3   double tag − estim x/R2 − − − max 1 4 − aml 0 9 4 bacu 0 8 4 bta 0 12 4 fca 0 11 4 double tat − estim x/R2 − − − max 0 4 − bta 0 10 4	codons tcx double tca moyn estim x/R2 0.92 38 − max 22 18 − cmk 3 50 6,5 5 gac 43 18 7 7         double tcc − estim x/R2 − − − max 5 3 − bta 4 27 3 gmo 14 26 5−3 tng 5 17 3 zma 10 11 5−3 double tcg moyn estim x/R2 0.53 32 − max 23 16 − cmk 0 47 3,3 3       double tct moyn estim x/R2 0.51 53 − max 38 21 − rien	codons tgx double tga − estim x/R2 − − − max 3 4 − bacu 0 16 4 bta 0 28 4 fca 0 17 4 lav 0 23 4 tma 0 17 4 ttr 0 20 4 double tgc moyn estim x/R2 0.86 59 − max 38 34 − bta 25 312 14 14 gac 72 34 21 21 oas 5 55 14,10 12 xtr 46−32 45−22 − 32−22 double tgg moyn estim x/R2 0.56 20 − max 21 44 − bacu 13 242 3,3 3 bta 5 172 5,5 5 gac 47 26 6 6 ttr 9 207 5,6 5 double tgt estim x/R2 − − − max 1 4 − − bta 9 133 1−4 oas 0 15 4	codons ttx double tta moyn estim x/R2 0.91 22 − max 29 34 − rien               double ttc moyn estim x/R2 0.57 55 − max 40 24 − rien           double ttg moyn estim x/R2 1.06 27 − max 18 29 − rien           double ttt − estim x/R2 − − − max 1 5 − rien

E79 codons. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base

• Lien au tableur: E79 codons. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base.
• Méthode: remplacement par la fonction concat de calc. S'il faut recalculer les corrélations et les totaux par colonne, il suffit de copier le "lien tableur" de ce tableau dans un tableur puis remplacer tout * $ § par rien (ctrl+H), récupérer les résultats et non le tableau. S'il est nécessaire de republier le tableau, reprendre "le lien tableur" sans supprimer les * $ §, puis faire les modifications nécessaires avant de publier.
• Légende:

  aaa1, aaa2, respectivement doublons et gènes différents des gènes tRNAs du codon aaa

  Rouge pour effectif supérieur à 48 remplacé par l'estimation moyenne des proches voisins. Voir méthode

  Cyan pour effectif de la plage 30−48 remplacé par l'estimation moyenne des proches voisins.

  Orange pour les codons faibles excessifs remplacé par le maximum non excessif. Voir méthode.

  zéro: décompte des tirets (−) qui correspondent à zéro gènes tRNA.

  corel pour corrélation entre les 2 colonnes xy1 xy2, cont. pour contrôle du contrôle des maximas, ind. pour indice "total xy1 / total xy2"

E79 Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base

codons aax aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 acs 2 2 6 3 3 2 0 − aga 3 4 10 1 15 1 0 − aml 5 17 10 17 12 6 0 5 ath 10 5 10 8 14 4 0 − bacu 4 11 17 6 5 23 0 − bdi 3 8 10 5 16 1 0 − bta 10 5 16 13 15 24 0 − cbr 11 4 20 2 36 3 0 − cbre 20 8 28 4 45 3 0 − cel 13 0 17 2 24 5 0 − cfa 6 27 8 12 10 11 0 0 cge 5 9 8 8 11 8 0 − cjap 23 6 20 2 30 6 0 − cjc 5 10 9 17 4 11 0 − cmk 5 37 16 31 11 24 0 1 cpic 4 31 5 11 2 6 0 0 cpo 4 6 9 8 7 18 0 − csi 4 10 10 3 6 15 0 1 dme 4 1 9 0 12 0 0 − dno 4 13 17 5 13 29 0 − dsi 2 1 5 0 10 0 0 − dya 3 2 10 0 12 3 0 0 ecb 7 7 9 7 8 7 0 0 eeu 6 4 5 1 28 10 0 − fca 5 44 7 20 8 15 0 4 gac 30 30 12 40 11 22 0 0 gfr 2 1 1 4 1 5 0 0 gga 2 3 5 5 4 1 0 − ggo 3 10 9 19 5 13 0 1 gmo 17 9 16 17 20 22 0 1 gmx 15 4 12 9 20 1 0 1 hgl 3 4 5 3 4 10 0 − hsa-18 4 7 8 16 5 9 0 − lav 14 45 14 36 14 21 0 3 lcm 7 12 2 6 4 8 0 2 lma 0 0 2 0 2 1 0 − mcc 6 12 6 20 7 8 0 1 mdo 9 3 9 3 10 8 0 − meu 3 6 10 3 8 2 0 − mgp 2 1 2 1 1 1 0 − mlu 1 1 7 1 4 6 0 − mmr 3 1 4 4 4 1 0 − mmu 8 5 8 4 7 18 0 − mpu 6 24 4 7 5 10 0 5 mtr 7 12 14 15 13 2 4 5 mun 1 1 4 4 3 9 0 − nle 8 14 7 13 6 13 0 2 oaa 7 24 10 10 10 14 0 − oas 5 16 8 4 5 10 0 − ocu 4 7 11 14 9 19 0 0 oga 4 6 8 3 4 4 0 − oni 9 6 8 0 22 20 0 − opr 3 5 9 4 4 6 0 − osa 4 7 17 12 15 4 0 − pan 6 12 9 19 6 10 0 1 pfa 0 − 0 0 0 − 0 − pha 6 5 8 9 6 5 0 0 pma 17 6 29 12 13 9 0 − pop 13 4 11 12 15 1 0 − ppp 4 3 9 4 11 4 0 0 ppy 8 14 11 29 8 18 1 0 ptr 6 13 9 23 8 17 0 1 rno 0 0 8 6 10 8 0 − san 5 2 8 3 6 6 0 − sbi 3 7 9 6 15 6 0 0 sbq 4 13 5 6 3 6 0 − shr 8 5 12 0 9 22 0 − spu 37 19 30 8 30 11 0 − ssc 15 22 10 7 7 8 0 1 str 5 4 7 1 7 4 0 0 tgu 3 0 3 4 1 4 0 2 tma 5 25 5 17 7 8 0 0 tng 4 10 6 10 10 10 0 − tru 7 12 10 12 13 6 0 − tsy 4 5 6 8 0 6 0 0 ttr 4 11 7 5 3 15 0 − vvi 5 5 7 13 5 10 0 0 xtr 16 20 28 18 11 22 0 0 zma 14 16 31 17 36 6 0 − aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 zéros 1 0 1 46 db,diff 554 859 801 791 824 803 5 70 total.diff 1413 1592 1627 75 corel 0.29 0.23 -0.03 0.40 db,dif 554 781 801 712 824 725 5 37 total.dif 1335 1513 1549 42 indice 0.71 1.13 1.14 0.14

codons acx aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 acs 1 1 0 − 0 0 1 2 aga 1 0 0 − 3 2 7 0 aml 1 7 0 − 0 9 4 5 ath 4 4 0 0 2 3 7 2 bacu 1 6 0 − 0 3 4 8 bdi 2 7 2 0 2 3 2 6 bta 2 7 0 0 0 6 4 9 cbr 6 3 0 − 5 3 20 1 cbre 12 2 0 0 6 3 26 4 cel 9 1 0 − 2 4 14 2 cfa 1 2 0 − 0 4 2 5 cge 1 2 0 0 0 3 1 6 cjap 7 4 0 − 8 2 17 6 cjc 0 6 0 0 0 3 1 8 cmk 13 8 0 4 4 3 7 16 cpic 1 16 0 − 0 4 1 15 cpo 1 2 0 − 0 2 0 9 csi 2 5 0 − 0 4 3 6 dme 4 1 0 − 2 0 6 2 dno 1 6 0 − 0 6 1 9 dsi 3 1 0 − 2 1 7 0 dya 4 1 0 − 4 0 7 0 ecb 2 4 0 − 0 2 2 6 eeu 0 5 0 − 0 3 2 6 fca 1 11 0 − 0 8 3 5 gac 19 15 0 − 14 8 23 11 gfr 0 3 0 − 0 0 2 2 gga 1 2 0 − 0 1 0 3 ggo 1 4 0 − 1 4 2 6 gmo 6 23 0 − 7 22 10 19 gmx 5 4 0 0 2 1 3 5 hgl 0 3 0 1 0 3 0 14 hsa-18 0 5 0 − 0 4 3 5 lav 5 16 0 0 0 9 1 12 lcm 1 7 0 − 0 1 3 7 lma 0 0 0 − 1 0 2 0 mcc 0 5 0 − 0 3 3 6 mdo 5 1 0 − 0 2 6 5 meu 3 2 0 − 0 2 3 4 mgp 0 1 0 − 0 − 0 3 mlu 2 2 0 − 0 2 2 2 mmr 0 2 0 − 0 1 0 2 mmu 1 2 0 − 0 3 2 8 mpu 1 5 0 − 0 4 2 7 mtr 3 6 2 1 0 0 8 1 mun 0 1 0 − 0 − 1 3 nle 0 5 0 − 0 4 3 8 oaa 2 15 0 0 2 7 7 15 oas 1 3 0 − 0 2 0 4 ocu 1 5 0 0 0 4 2 5 oga 1 4 0 − 0 2 1 7 oni 3 21 0 0 1 6 6 11 opr 1 4 0 − 0 6 1 5 osa 9 6 5 2 3 1 8 2 pan 0 7 0 − 0 6 4 6 pfa 0 0 0 − 0 0 0 − pha 0 6 0 − 0 5 4 5 pma 10 8 5 4 11 11 29 32 pop 5 5 0 − 2 1 2 4 ppp 1 3 0 − 3 2 8 1 ppy 0 3 0 − 0 6 4 7 ptr 1 4 0 − 0 5 2 7 rno 1 3 0 − 0 3 2 6 san 0 4 0 − 0 4 2 5 sbi 4 7 0 1 3 2 3 8 sbq 1 5 0 − 0 4 2 6 shr 4 2 0 − 0 1 4 4 spu 11 9 0 − 4 4 14 12 ssc 3 4 0 − 0 3 6 6 str 2 3 0 4 0 6 2 31 tgu 1 2 0 4 0 1 2 5 tma 1 16 0 0 0 3 1 14 tng 3 8 0 − 3 9 9 16 tru 1 5 0 − 1 6 7 10 tsy 0 3 0 − 0 3 2 6 ttr 1 4 0 0 0 2 2 6 vvi 2 5 0 1 1 1 4 5 xtr 13 8 0 − 15 13 23 11 zma 8 5 5 4 4 1 7 12 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 zéros 0 56 2 1 db,diff 224 492 19 49 118 362 398 623 total.diff 716 68 480 1021 corel 0.27 0.49 0.43 0.25 db,dif 224 413 19 26 118 285 398 545 total.dif 637 45 403 943 indice 0.54 0.73 0.41 0.73

codons agx aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 acs 0 2 2 2 0 2 0 − aga 0 1 4 1 0 1 0 − aml 0 16 3 9 1 43 0 1 ath 1 8 7 8 4 3 0 − bacu 0 8 3 9 0 7 0 − bdi 2 6 12 5 4 5 0 − bta 0 8 8 10 2 6 0 3 cbr 7 2 6 2 1 0 0 − cbre 10 2 9 4 4 6 0 − cel 5 2 6 2 1 2 0 0 cfa 0 8 2 5 1 27 0 − cge 0 4 3 5 1 4 0 − cjap 9 2 12 2 2 0 0 − cjc 0 5 3 4 1 3 0 − cmk 0 13 10 22 5 6 0 − cpic 1 24 1 18 0 9 0 2 cpo 0 4 3 6 1 3 0 − csi 0 5 7 5 0 6 0 − dme 0 2 4 1 2 0 0 − dno 0 8 3 6 1 45 0 − dsi 0 3 1 1 1 1 0 − dya 0 2 4 3 2 1 0 − ecb 0 4 5 6 1 5 0 − eeu 0 4 4 2 1 5 0 − fca 0 8 4 7 1 14 0 1 gac 1 24 14 15 21 4 0 − gfr 0 2 3 2 0 1 0 − gga 0 3 3 3 0 2 0 − ggo 0 4 4 3 1 4 0 − gmo 2 18 0 − 7 20 0 0 gmx 10 7 16 11 10 2 0 − hgl 0 5 2 4 1 3 0 1 hsa-18 0 5 2 5 0 4 0 − lav 0 8 7 6 2 13 0 2 lcm 0 8 1 6 0 7 0 − lma 0 0 0 1 0 0 0 − mcc 0 5 4 3 1 5 0 − mdo 0 5 7 1 1 3 0 − meu 1 5 6 3 0 3 0 − mgp 0 2 1 4 1 1 0 − mlu 1 3 2 2 0 4 0 − mmr 0 4 2 4 0 2 0 − mmu 0 5 2 5 1 3 0 − mpu 1 14 4 7 0 20 0 − mtr 2 5 6 8 2 3 0 − mun 0 3 0 7 1 2 0 − nle 0 6 3 5 1 3 0 − oaa 0 5 6 11 2 6 7 10 oas 0 21 1 5 1 31 0 − ocu 0 5 7 2 1 4 0 − oga 0 3 2 4 0 4 0 1 oni 1 25 5 4 12 5 0 1 opr 0 4 4 2 1 4 0 − osa 6 5 14 5 6 4 0 − pan 0 5 4 6 1 3 0 − pfa 0 0 0 0 0 − 0 − pha 0 5 4 4 1 3 0 − pma 8 9 7 30 25 24 0 − pop 5 5 10 5 7 3 0 0 ppp 4 2 6 2 5 4 0 − ppy 2 5 4 3 2 6 0 − ptr 0 5 3 5 1 3 0 2 rno 0 5 5 6 2 5 0 0 san 0 5 4 3 2 3 0 − sbi 2 5 7 5 7 2 0 − sbq 0 5 3 3 1 3 0 − shr 0 4 6 1 1 2 0 − spu 9 8 14 2 7 11 17 8 ssc 1 5 6 3 0 3 0 − str 0 4 2 4 1 4 0 − tgu 0 3 2 2 0 1 1 1 tma 1 10 2 33 0 12 0 4 tng 0 9 5 5 6 4 0 0 tru 1 11 6 12 5 4 0 − tsy 0 5 2 6 0 3 0 − ttr 0 8 3 7 1 14 0 − vvi 3 2 7 1 4 3 0 − xtr 9 5 14 8 18 8 0 − zma 3 5 10 3 5 5 0 − aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 zéros 0 1 1 61 db,diff 108 574 390 520 212 582 25 55 total.diff 682 910 794 80 corel -0.06 0.14 0.11 0.78 db,dif 108 495 390 442 212 504 25 37 total.dif 603 832 716 62 indice 0.22 0.88 0.42 0.68

codons atx ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 acs 0 0 0 − 4 7 4 1 aga 0 1 0 − 13 4 10 1 aml 0 5 0 − 11 12 7 4 ath 3 1 1 0 16 15 15 1 bacu 0 7 0 0 8 12 6 5 bdi 1 2 0 1 25 30 13 6 bta 0 7 0 − 16 18 14 3 cbr 8 15 0 − 18 4 17 3 cbre 13 12 0 0 24 4 31 1 cel 3 3 0 − 16 2 19 1 cfa 0 4 0 − 6 16 4 4 cge 0 4 0 − 7 8 10 2 cjap 2 4 0 − 25 4 20 5 cjc 0 4 0 2 7 12 5 7 cmk 4 18 0 − 20 73 8 22 cpic 0 12 0 0 5 10 2 8 cpo 0 4 0 − 5 9 7 2 csi 0 4 0 − 11 14 7 5 dme 0 1 0 − 8 3 8 1 dno 0 5 0 0 10 19 6 5 dsi 0 − 0 − 8 3 6 2 dya 0 1 0 − 11 3 8 1 ecb 0 4 0 − 12 12 13 6 eeu 0 3 0 − 10 5 7 1 fca 0 8 0 − 9 14 8 1 gac 5 14 0 − 27 64 10 16 gfr 0 1 0 0 2 3 4 1 gga 0 1 0 − 8 5 6 0 ggo 0 5 0 2 10 6 5 8 gmo 2 15 0 − 42 111 5 20 gmx 5 2 0 − 22 13 12 18 hgl 0 2 0 − 6 7 5 2 hsa-18 0 4 2 0 11 8 5 9 lav 0 6 0 − 16 33 13 29 lcm 0 6 0 − 3 7 1 5 lma 0 0 0 − 2 1 2 0 mcc 0 6 0 5 5 13 4 7 mdo 0 6 0 − 14 10 12 0 meu 0 5 0 − 7 6 4 1 mgp 0 0 0 − 7 3 1 1 mlu 0 2 0 − 8 5 6 3 mmr 1 1 0 − 8 5 2 1 mmu 0 4 0 0 8 10 7 4 mpu 0 4 0 − 6 13 6 3 mtr 7 6 0 − 18 22 14 8 mun 0 0 0 − 6 2 3 1 nle 0 4 0 2 7 9 4 8 oaa 2 7 0 − 14 17 10 16 oas 0 4 0 − 4 13 3 2 ocu 0 6 0 0 8 9 6 4 oga 0 10 0 5 5 7 6 3 oni 5 19 0 − 20 6 12 12 opr 0 3 0 − 11 3 6 1 osa 2 2 0 − 31 28 14 3 pan 0 6 0 1 8 10 5 8 pfa 0 0 0 − 0 1 0 0 pha 0 3 0 1 9 5 5 6 pma 3 6 0 − 27 90 25 11 pop 6 2 0 0 18 7 14 5 ppp 2 2 0 − 15 8 9 2 ppy 0 5 3 2 9 12 7 8 ptr 0 4 0 2 9 13 6 10 rno 0 2 0 − 7 5 5 6 san 0 4 0 − 7 7 7 7 sbi 1 3 0 − 9 29 14 2 sbq 0 5 0 0 8 6 6 4 shr 0 3 0 − 14 7 10 0 spu 6 15 0 1 43 29 9 11 ssc 1 3 0 − 12 10 12 0 str 0 3 0 5 7 6 6 7 tgu 0 0 0 4 2 2 5 34 tma 0 7 0 0 7 13 5 7 tng 0 4 0 − 8 11 8 9 tru 0 5 0 − 24 11 9 2 tsy 0 3 0 − 7 4 5 2 ttr 0 4 0 − 6 10 5 5 vvi 3 5 0 1 6 19 9 5 xtr 5 24 0 4 23 38 10 17 zma 1 3 0 − 31 47 32 36 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 zéros 1 52 0 0 db,diff 91 473 6 65 957 1231 671 567 total.diff 564 71 2188 1238 corel 0.53 -0.08 0.65 0.26 db,dif 91 395 6 38 957 1152 671 488 total.dif 486 44 2109 1159 indice 0.23 0.16 0.83 1.38

codons cax caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 acs 0 2 3 1 2 2 0 − aga 2 1 16 4 5 5 0 − aml 1 41 7 0 4 20 0 − ath 6 3 6 5 4 4 0 − bacu 2 7 7 3 4 15 0 − bdi 7 7 14 6 8 2 0 2 bta 2 17 14 4 8 31 0 3 cbr 19 4 18 2 6 3 0 − cbre 29 10 21 4 6 4 0 0 cel 15 4 13 5 4 2 0 − cfa 1 41 7 1 4 15 0 − cge 1 3 11 2 5 5 0 − cjap 11 2 12 4 11 4 0 − cjc 0 6 5 3 5 7 0 0 cmk 1 5 10 26 8 9 0 0 cpic 1 14 2 7 1 9 0 − cpo 2 1 6 1 3 4 0 − csi 2 2 8 1 4 7 0 − dme 2 1 4 0 4 3 0 − dno 2 2 6 3 3 6 0 0 dsi 2 1 4 1 4 3 0 − dya 3 0 4 0 3 4 0 − ecb 2 3 8 2 6 5 0 0 eeu 1 2 4 0 2 5 0 − fca 5 6 8 7 2 44 0 1 gac 4 12 33 18 5 19 0 − gfr 0 1 0 3 1 1 0 − gga 0 1 2 3 2 2 0 − ggo 1 9 6 0 5 15 0 − gmo 3 7 10 15 22 22 0 0 gmx 10 2 15 2 8 4 0 − hgl 0 2 5 1 3 2 0 − hsa-18 2 3 8 0 6 6 0 − lav 3 10 14 12 5 22 0 2 lcm 1 8 2 2 2 6 0 − lma 0 0 1 0 2 0 0 − mcc 1 14 10 3 4 9 0 − mdo 0 6 8 0 8 2 0 − meu 1 2 6 0 1 5 0 0 mgp 0 0 0 2 0 0 0 − mlu 0 2 4 2 2 4 0 4 mmr 1 2 3 2 7 4 0 − mmu 1 5 7 2 5 6 0 0 mpu 2 34 5 1 3 13 0 0 mtr 10 9 10 7 2 2 0 − mun 1 0 0 3 0 4 0 − nle 2 7 7 3 3 13 0 − oaa 3 7 4 19 5 13 0 0 oas 0 6 3 4 3 5 0 − ocu 2 2 8 0 8 6 0 − oga 1 3 7 0 5 3 0 − oni 1 4 9 13 7 3 0 − opr 2 2 4 0 6 5 0 − osa 9 11 16 9 3 6 0 − pan 2 11 9 0 4 9 0 − pfa 0 0 0 − 0 0 0 − pha 2 3 9 0 4 6 0 − pma 23 20 15 11 9 47 0 0 pop 10 0 9 3 4 6 0 − ppp 3 6 6 2 8 1 0 − ppy 0 12 7 3 4 19 0 − ptr 3 16 8 1 7 13 0 − rno 1 4 9 0 4 5 0 − san 2 2 6 0 4 2 0 − sbi 3 7 8 6 5 7 0 1 sbq 0 7 5 3 3 7 0 − shr 16 28 8 0 7 2 0 − spu 10 6 17 8 10 10 0 − ssc 3 5 7 2 4 7 0 − str 2 1 4 1 4 1 0 − tgu 0 1 2 2 4 1 0 − tma 2 5 7 4 4 5 0 − tng 4 4 4 7 13 4 0 − tru 3 6 10 8 8 5 0 1 tsy 13 9 5 4 3 2 0 0 ttr 4 11 4 4 7 7 0 − vvi 3 6 5 8 3 7 0 0 xtr 20 7 24 17 30 9 0 0 zma 8 13 18 7 6 6 0 0 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 zéros 0 1 0 57 db,diff 317 625 631 397 408 687 0 36 total.diff 942 1028 1095 36 corel 0.16 0.46 0.18 − db,dif 317 546 631 319 408 608 0 14 total.dif 863 950 1016 14 indice 0.58 1.98 0.67 0.00

codons ccx cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 acs 2 0 0 0 1 0 2 0 aga 6 1 0 − 7 5 2 4 aml 3 7 0 − 3 1 7 1 ath 41 5 0 − 2 2 11 4 bacu 2 2 0 − 2 1 5 1 bdi 8 9 0 − 5 2 11 3 bta 6 2 0 − 3 0 11 1 cbr 30 10 0 − 2 1 2 3 cbre 48 5 1 0 4 4 13 11 cel 23 7 0 − 3 0 2 3 cfa 1 6 0 − 2 1 7 0 cge 4 1 0 − 2 0 6 0 cjap 33 9 0 − 7 0 7 1 cjc 3 2 0 − 3 0 6 0 cmk 7 43 0 5 0 1 1 10 cpic 1 2 0 0 0 1 4 7 cpo 2 1 0 − 2 0 6 1 csi 4 2 0 − 2 1 8 1 dme 4 0 0 − 2 2 6 0 dno 5 1 0 − 1 2 6 0 dsi 3 1 0 − 2 2 5 0 dya 7 0 0 − 3 1 5 0 ecb 4 2 0 − 1 1 9 0 eeu 3 1 0 − 2 0 8 1 fca 4 4 0 0 2 4 6 1 gac 22 6 0 − 13 4 10 4 gfr 1 3 0 − 0 0 3 0 gga 1 2 0 − 1 1 6 0 ggo 3 3 0 − 3 0 5 4 gmo 6 14 0 0 10 11 25 29 gmx 20 6 0 − 3 1 16 4 hgl 1 3 0 − 1 1 4 8 hsa-18 4 2 0 − 2 1 7 1 lav 2 11 0 − 2 0 9 6 lcm 3 6 0 − 0 3 2 9 lma 0 0 0 − 1 0 1 0 mcc 3 6 0 0 2 0 6 1 mdo 5 2 0 − 2 0 10 0 meu 3 0 0 − 1 0 4 2 mgp 0 1 0 − 0 0 5 1 mlu 0 2 0 − 2 0 5 0 mmr 1 2 0 − 2 0 6 0 mmu 3 4 0 0 2 0 5 2 mpu 1 5 0 − 1 0 8 0 mtr 8 2 0 0 0 0 6 0 mun 1 2 0 − 0 1 0 2 nle 2 2 0 1 3 0 5 3 oaa 3 8 0 3 4 2 13 5 oas 2 3 0 − 0 0 3 0 ocu 2 2 0 − 3 0 8 0 oga 1 2 0 − 2 0 6 0 oni 6 4 0 − 2 1 10 3 opr 1 2 0 − 3 0 7 0 osa 5 8 0 − 3 5 10 3 pan 2 3 0 − 3 0 5 3 pfa 0 0 0 − 0 0 0 0 pha 2 3 0 − 3 0 5 1 pma 29 13 0 − 12 8 36 17 pop 13 9 0 − 2 1 12 1 ppp 6 1 0 − 0 4 11 1 ppy 3 5 0 0 3 1 8 2 ptr 4 5 0 0 3 1 4 6 rno 4 1 0 − 2 0 10 22 san 2 3 0 − 1 0 7 0 sbi 6 4 0 1 4 3 9 4 sbq 2 2 0 − 3 0 5 3 shr 5 0 0 − 2 0 8 1 spu 15 5 0 − 4 4 14 4 ssc 2 1 0 − 2 0 8 0 str 2 4 0 0 2 0 7 4 tgu 0 0 0 − 1 0 3 2 tma 3 4 0 − 2 0 7 3 tng 4 9 0 0 1 3 4 8 tru 4 4 0 − 2 3 7 2 tsy 0 31 0 0 1 2 5 1 ttr 2 2 0 − 2 1 4 2 vvi 8 7 0 − 1 2 9 5 xtr 36 16 0 0 19 16 17 17 zma 13 17 0 − 5 3 11 3 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 zéros 0 61 0 0 db,diff 531 464 1 28 211 194 577 331 total.diff 995 29 405 908 corel 0.26 -0.10 0.77 0.56 db,dif 531 385 1 10 211 115 577 252 total.dif 916 11 326 829 indice 1.38 0.10 1.83 2.29

codons cgx cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 acs 0 2 0 − 0 0 2 1 aga 4 3 0 − 0 − 9 0 aml 2 5 0 0 2 4 5 2 ath 4 1 0 − 1 2 4 6 bacu 1 7 0 − 1 19 3 5 bdi 4 0 0 0 2 3 12 3 bta 1 10 0 2 3 12 7 5 cbr 4 5 0 − 0 − 17 4 cbre 11 5 0 − 13 10 28 3 cel 4 3 0 − 0 0 14 3 cfa 0 14 0 − 1 2 1 4 cge 2 3 0 − 0 2 3 2 cjap 6 4 0 − 0 0 17 3 cjc 0 3 2 0 1 2 4 1 cmk 3 21 0 − 0 1 4 4 cpic 1 3 0 − 0 2 2 4 cpo 0 3 0 − 0 2 4 2 csi 1 3 0 − 2 1 4 5 dme 6 3 0 − 0 − 9 0 dno 1 6 0 − 0 4 5 4 dsi 2 2 0 − 0 − 8 0 dya 5 1 0 − 0 − 11 0 ecb 1 2 0 − 2 1 6 3 eeu 1 3 0 − 1 1 3 2 fca 7 4 0 2 0 23 5 3 gac 1 13 0 − 0 1 37 11 gfr 0 1 0 − 0 − 1 4 gga 0 1 0 − 0 1 4 3 ggo 1 4 0 − 2 2 3 3 gmo 2 14 0 1 3 6 8 22 gmx 6 2 0 − 1 3 11 1 hgl 0 3 0 − 0 3 2 2 hsa-18 0 5 0 − 2 1 5 1 lav 4 13 0 − 0 2 4 9 lcm 0 3 0 − 0 0 2 1 lma 0 0 0 − 0 0 3 0 mcc 0 4 0 − 2 1 3 2 mdo 2 2 0 − 1 2 0 4 meu 2 2 0 − 0 2 2 4 mgp 0 0 0 − 0 1 0 1 mlu 1 3 0 − 0 1 1 4 mmr 1 1 0 − 0 1 2 3 mmu 1 3 0 − 0 2 3 2 mpu 1 27 0 − 2 2 3 2 mtr 3 1 0 − 1 1 5 6 mun 0 0 0 − 0 0 1 1 nle 0 6 0 − 1 1 4 2 oaa 2 4 0 − 3 10 4 7 oas 0 5 0 1 0 5 0 1 ocu 2 2 0 − 1 2 4 2 oga 0 3 0 − 0 2 2 3 oni 0 6 0 − 0 5 12 3 opr 1 4 0 − 1 2 4 2 osa 2 1 0 − 3 4 17 6 pan 0 4 0 − 2 1 4 2 pfa 0 0 0 − 0 − 0 − pha 1 4 0 − 2 1 3 3 pma 17 8 0 0 4 5 19 29 pop 5 1 0 − 1 4 4 7 ppp 2 4 0 0 2 2 5 2 ppy 1 4 0 − 4 2 4 2 ptr 0 5 0 0 2 2 5 1 rno 1 3 0 − 0 2 3 2 san 0 4 0 − 1 1 4 4 sbi 3 0 0 − 4 2 11 3 sbq 0 3 0 − 1 1 4 1 shr 2 2 0 − 0 2 0 3 spu 9 9 0 − 0 0 20 8 ssc 2 2 0 − 2 0 5 1 str 0 4 0 − 0 2 3 2 tgu 0 2 0 − 0 − 2 3 tma 0 11 0 − 1 5 3 4 tng 0 6 0 0 0 1 10 3 tru 0 6 0 0 0 3 13 2 tsy 0 4 0 − 1 1 3 2 ttr 0 6 0 0 0 11 2 4 vvi 3 2 0 − 0 5 1 9 xtr 25 7 0 2 2 5 20 12 zma 3 3 0 − 3 2 25 9 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 zéros 0 65 8 1 db,diff 177 432 2 22 84 285 507 377 total.diff 609 24 369 884 corel 0.09 -0.19 0.23 0.39 db,dif 177 353 2 8 84 214 507 299 total.dif 530 10 298 806 indice 0.50 0.25 0.39 1.70

codons ctx cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 acs 0 2 0 − 2 1 2 1 aga 1 1 0 − 8 1 3 1 aml 0 4 0 − 2 4 2 4 ath 6 4 0 0 2 0 9 2 bacu 0 3 0 − 3 3 4 1 bdi 6 3 0 − 7 0 7 6 bta 0 4 0 − 3 2 6 4 cbr 3 1 0 − 2 4 21 4 cbre 6 1 0 − 3 4 29 2 cel 2 0 0 − 3 1 14 5 cfa 0 3 0 − 4 2 3 0 cge 0 3 0 − 5 4 3 1 cjap 2 3 0 − 5 6 22 3 cjc 0 3 0 − 3 8 4 3 cmk 2 17 0 1 5 19 6 13 cpic 0 3 0 0 2 3 0 1 cpo 0 2 0 − 4 1 3 1 csi 1 2 0 − 2 1 3 2 dme 1 0 0 − 7 0 3 0 dno 0 2 0 − 6 3 3 1 dsi 1 0 0 − 8 0 4 0 dya 1 0 0 − 7 0 4 0 ecb 0 4 0 − 1 1 5 1 eeu 0 2 0 − 2 3 4 1 fca 0 32 0 − 2 2 5 0 gac 5 11 0 − 6 2 31 17 gfr 0 − 0 − 2 4 1 2 gga 0 1 0 − 2 4 0 2 ggo 0 4 0 − 1 3 4 4 gmo 4 19 0 − 13 7 11 21 gmx 7 2 0 − 6 0 15 0 hgl 0 4 0 − 1 3 2 2 hsa-18 0 2 0 − 7 1 5 3 lav 0 10 0 − 4 5 4 17 lcm 1 3 0 − 0 7 1 2 lma 0 0 0 − 1 0 2 0 mcc 0 4 0 − 2 3 2 6 mdo 0 5 0 − 5 5 5 2 meu 1 2 0 − 1 4 2 2 mgp 0 0 0 − 1 2 0 0 mlu 0 1 0 − 3 1 1 1 mmr 0 1 0 − 4 2 3 1 mmu 0 3 0 − 6 3 2 2 mpu 0 3 0 − 2 2 4 1 mtr 6 3 0 − 2 1 3 5 mun 0 − 0 − 0 5 0 2 nle 0 3 0 − 3 5 4 5 oaa 2 4 0 − 5 12 3 4 oas 0 2 0 − 0 1 3 2 ocu 0 3 0 − 10 5 2 2 oga 0 2 0 − 5 3 3 0 oni 1 5 0 − 8 7 5 8 opr 0 4 0 − 8 2 2 2 osa 5 4 0 − 8 1 11 3 pan 0 2 0 − 6 5 4 3 pfa 0 0 0 − 0 0 0 0 pha 0 2 0 − 1 4 4 4 pma 26 13 0 − 15 11 26 6 pop 0 − 0 0 5 1 13 35 ppp 1 4 0 0 3 1 5 0 ppy 0 2 0 0 3 7 6 9 ptr 0 3 0 0 2 6 5 5 rno 0 0 0 − 2 2 0 0 san 0 1 0 0 3 9 4 1 sbi 3 5 0 − 7 3 11 3 sbq 0 3 0 − 2 2 4 2 shr 0 3 0 − 5 3 6 2 spu 2 5 0 − 2 2 5 12 ssc 2 2 0 − 3 1 5 2 str 0 2 0 − 2 1 3 2 tgu 0 0 0 − 3 3 0 1 tma 0 4 0 − 1 3 3 4 tng 0 5 0 − 18 18 2 12 tru 0 3 0 − 14 6 3 7 tsy 1 3 0 − 3 3 3 2 ttr 0 3 0 − 1 4 5 0 vvi 4 6 0 − 4 2 5 4 xtr 15 9 1 0 17 14 20 17 zma 4 4 0 − 10 2 19 9 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 zéros 3 70 0 0 db,diff 122 364 1 10 346 365 461 396 total.diff 486 11 711 857 corel 0.29 -0.13 0.45 0.39 db,dif 122 288 1 1 346 286 461 317 total.dif 410 2 632 778 indice 0.42 1.00 1.21 1.45

codons gax gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 acs 4 6 6 1 1 3 0 − aga 12 9 18 1 12 2 0 − aml 3 5 5 5 3 33 0 0 ath 27 8 21 7 9 3 0 − bacu 11 7 7 37 21 17 1 5 bdi 4 10 21 4 16 2 0 − bta 5 14 9 32 3 15 0 5 cbr 12 38 27 6 21 8 0 − cbre 29 10 31 2 34 2 0 − cel 9 23 20 6 19 4 0 − cfa 7 5 9 3 6 15 0 1 cge 1 3 10 4 6 13 0 − cjap 7 6 32 8 31 8 0 − cjc 10 4 8 5 6 8 0 0 cmk 5 9 14 34 22 17 0 5 cpic 5 1 4 9 2 2 0 − cpo 14 2 6 3 4 0 0 0 csi 5 5 6 6 4 6 0 0 dme 2 6 11 2 10 4 0 − dno 2 8 12 8 7 37 0 − dsi 5 2 5 0 6 3 0 − dya 4 6 14 2 11 2 0 − ecb 18 7 5 4 3 47 0 − eeu 15 3 9 3 5 3 0 − fca 10 5 7 1 3 40 0 0 gac 3 8 9 48 28 24 0 − gfr 0 1 1 3 4 1 0 − gga 1 3 7 2 5 1 0 − ggo 3 4 7 7 2 6 0 − gmo 4 16 15 14 20 29 0 0 gmx 9 14 25 7 17 6 0 − hgl 0 3 4 5 3 0 0 1 hsa-18 16 3 10 2 6 1 0 − lav 2 9 6 13 6 17 0 − lcm 2 3 3 15 2 5 0 0 lma 0 0 2 0 1 0 0 − mcc 2 3 6 8 2 3 0 0 mdo 3 12 12 11 10 2 0 0 meu 3 8 1 11 5 1 0 − mgp 5 1 2 0 3 2 0 − mlu 5 1 5 2 5 0 0 − mmr 2 4 3 1 4 3 0 − mmu 8 6 12 3 8 5 0 − mpu 2 2 4 3 4 14 0 − mtr 22 23 16 13 8 2 0 0 mun 13 0 4 4 0 0 0 − nle 3 3 5 7 7 9 0 − oaa 5 4 13 13 13 13 0 − oas 1 5 2 5 3 15 0 1 ocu 2 11 17 5 14 4 0 0 oga 0 2 9 3 6 1 0 − oni 7 8 6 3 13 1 0 − opr 12 3 11 2 7 3 0 − osa 3 12 20 10 14 10 0 0 pan 13 8 8 6 7 2 0 1 pfa 0 0 0 0 0 0 0 − pha 4 8 6 3 3 0 0 0 pma 3 4 8 33 8 2 0 1 pop 3 17 29 4 13 7 0 − ppp 6 6 8 2 7 7 0 0 ppy 6 11 7 5 5 5 0 0 ptr 9 8 7 9 6 6 0 0 rno 6 7 12 2 5 2 1 0 san 2 2 9 9 9 4 0 − sbi 4 10 20 3 17 8 0 1 sbq 2 6 6 4 3 6 0 0 shr 3 12 12 6 8 1 0 − spu 2 7 10 19 19 9 0 − ssc 47 10 14 15 5 7 1 5 str 8 2 5 2 3 3 0 5 tgu 5 0 3 3 1 1 0 − tma 10 3 4 10 0 18 0 0 tng 8 4 6 12 8 4 0 − tru 6 5 18 5 14 6 0 0 tsy 1 3 6 6 3 6 0 0 ttr 30 10 5 43 8 5 0 5 vvi 1 8 11 11 12 13 0 2 xtr 7 6 46 12 32 18 0 − zma 0 16 30 11 16 13 0 0 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 zéros 0 0 0 44 db,diff 550 626 844 727 697 704 3 73 total.diff 1176 1571 1401 76 corel 0.22 0.03 0.14 0.37 db,dif 550 547 844 648 697 625 3 38 total.dif 1097 1492 1322 41 indice 1.01 1.30 1.12 0.08

codons gcx gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 acs 0 5 0 − 0 2 6 5 aga 1 1 0 − 4 1 13 3 aml 2 6 0 − 1 3 3 13 ath 7 2 0 − 4 2 13 2 bacu 0 41 0 − 1 18 2 17 bdi 7 5 0 − 9 1 16 2 bta 4 30 0 1 2 13 12 18 cbr 13 0 0 − 2 4 22 6 cbre 7 3 0 − 2 3 33 1 cel 7 1 0 − 0 3 16 5 cfa 3 7 0 − 0 3 3 10 cge 1 13 0 0 1 4 5 16 cjap 6 4 0 − 7 0 23 7 cjc 1 4 0 1 1 2 2 12 cmk 25 15 3 6 13 9 19 4 cpic 3 11 0 0 0 3 1 9 cpo 2 6 0 3 0 4 4 23 csi 1 11 0 − 1 4 7 15 dme 0 1 0 − 2 0 10 1 dno 2 7 0 1 1 15 7 15 dsi 0 − 0 − 3 1 8 0 dya 1 0 0 − 2 2 14 3 ecb 2 8 0 − 1 6 11 15 eeu 0 9 0 − 0 3 4 9 fca 1 8 0 0 1 5 4 13 gac 36 16 0 − 1 14 31 21 gfr 0 4 0 − 0 1 9 6 gga 3 3 0 − 0 3 13 10 ggo 1 5 0 1 0 4 3 19 gmo 4 19 0 − 6 19 24 30 gmx 12 4 0 − 5 2 21 2 hgl 1 3 0 5 1 4 1 44 hsa-18 1 6 0 − 0 3 10 15 lav 6 46 0 − 0 14 14 39 lcm 1 18 0 − 1 1 3 1 lma 0 0 0 − 1 0 1 0 mcc 0 10 0 0 1 3 4 17 mdo 3 5 0 − 2 3 9 5 meu 0 5 0 − 2 2 4 8 mgp 2 3 0 − 0 2 4 2 mlu 0 0 0 − 0 2 3 4 mmr 0 4 0 − 0 2 3 7 mmu 3 7 0 3 3 6 4 18 mpu 1 6 0 − 1 3 2 12 mtr 8 7 0 − 0 2 15 9 mun 0 4 0 − 0 1 7 1 nle 0 10 0 0 1 3 2 16 oaa 6 10 0 − 3 7 32 21 oas 0 11 0 2 1 5 7 10 ocu 0 8 0 − 0 3 7 13 oga 2 4 0 − 1 1 5 7 oni 5 5 0 − 4 7 11 6 opr 1 5 0 − 1 2 4 10 osa 9 0 0 0 8 4 16 3 pan 0 9 0 0 1 3 4 15 pfa 0 0 0 − 0 0 0 0 pha 0 8 0 0 1 3 3 15 pma 21 9 0 − 18 5 17 43 pop 13 7 0 − 2 2 18 1 ppp 7 1 0 − 6 1 10 8 ppy 2 6 0 0 1 2 3 18 ptr 1 8 0 0 0 4 5 25 rno 3 5 0 1 0 3 5 30 san 1 6 0 − 1 1 2 7 sbi 8 4 4 6 9 1 14 12 sbq 1 6 0 − 1 3 3 11 shr 3 3 0 − 2 1 10 7 spu 10 6 0 − 4 2 21 10 ssc 2 11 0 − 1 5 5 17 str 0 38 1 6 1 16 4 14 tgu 2 4 0 − 0 2 8 9 tma 3 36 0 0 1 4 4 15 tng 2 8 0 − 0 3 7 12 tru 3 4 0 − 0 5 7 4 tsy 0 3 0 − 1 1 2 9 ttr 0 35 0 1 1 19 5 13 vvi 16 20 0 − 3 1 9 1 xtr 29 17 0 − 15 20 4 16 zma 8 6 0 − 11 10 34 31 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 zéros 1 55 0 0 db,diff 336 764 8 61 181 430 731 1002 total.diff 1100 69 611 1733 corel 0.10 0.72 0.23 0.06 db,dif 336 686 8 37 181 351 731 923 total.dif 1022 45 532 1654 indice 0.49 0.22 0.52 0.79

codons ggx gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2 acs 5 2 5 1 1 0 0 − aga 7 0 14 0 0 − 0 − aml 3 3 8 1 2 4 0 − ath 11 1 16 8 4 0 0 − bacu 25 11 13 1 8 4 1 8 bdi 6 2 19 8 8 0 0 − bta 6 3 8 3 29 3 0 8 cbr 33 8 16 4 0 4 0 − cbre 5 4 25 13 11 13 0 − cel 28 5 10 3 2 0 0 − cfa 7 3 8 2 2 6 0 − cge 5 0 9 4 2 4 0 0 cjap 36 10 24 9 0 1 0 − cjc 6 2 9 5 1 3 0 − cmk 22 11 12 6 7 1 0 1 cpic 10 13 5 5 1 0 0 − cpo 2 3 6 4 1 4 0 − csi 2 1 8 1 3 5 0 − dme 4 1 12 1 0 − 0 − dno 10 23 10 8 4 5 0 8 dsi