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Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/actino

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actino
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Annexe 5
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/actino  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Actinoplanes sp. SE50/110

ase opérons

  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [3]
  • Lien tableur: ase opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Micromonosporales; Micromonosporaceae;Actinoplanes; unclassified Actinoplanes.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Ac1. Actinoplanes sp. SE50/110
71.15%GC 13.8.19 Paris  98   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
12658..13392 CDS 78 78 245
13471..13547 atc @1 242 242
13790..13862 gca 202 202
comp 14065..14607 CDS 181
 
153733..155094 CDS 556 556 454
155651..157174 16s 308 1524
157483..160591 23s 99 3109
160691..160807 5s 134 134 117
comp 160942..161988 CDS 349
 
comp 45153..45968 CDS 276 276 272
comp 46245..46330 ctg 257 257
46588..47385 CDS 266
 
568633..569007 CDS 492 492 125
569500..571022 16s 308 1523
571331..574439 23s 108 3109
574548..574664 5s 245 245 117
574910..576340 CDS 477
 
comp 66324..66533 CDS 177 177 70
comp 66711..66784 ggg 151 151
comp 66936..67442 CDS 169
 
comp 145264..145572 CDS 595 595 103
comp 146168..146244 ttc 12 12
comp 146257..146333 gac 62 62
comp 146396..146468 gaa 338 338
comp 146807..148066 CDS 420
 
164168..164716 CDS 92 92 183
164809..164883 aaa 250 250
165134..166444 CDS 437
 
comp 457033..458760 CDS 116 116 576
458877..458950 acg 74 74
comp 459025..460758 CDS 578
 
627485..628396 CDS 42 42 304
628439..628515 gac 5 5
comp 628521..629174 CDS 218
 
645098..645421 CDS 355 355 108
645777..645849 agg 459 459
comp 646309..648462 CDS 718
 
747312..748337 CDS 430 430 342
comp 748768..748851 tac 148 148
749000..749491 CDS 164
 
752175..754703 CDS 94 94 843
754798..754873 acc 44 44
754918..754990 atgj 138 138
755129..755296 CDS 56
 
755829..756224 CDS 79 79 132
756304..756376 tgg 103 103
756480..756857 CDS 126
 
940643..942004 CDS 55 55 454
942060..942142 tta 221 221
942364..943218 CDS 285
 
comp 1155560..1155901 CDS 200 200 114
comp 1156102..1156177 gcc 89 89
comp 1156267..1156824 CDS 186
 
1222705..1223634 CDS 259 259 310
comp 1223894..1223980 cta 244 244
comp 1224225..1224701 CDS 159
 
1237525..1238115 CDS 91 91 197
1238207..1238282 cac 54 54
comp 1238337..1238684 CDS 116
 
comp 1248040..1249266 CDS 132 132 409
1249399..1249474 aag + 118 118
1249593..1249668 aag 2 aag -15 -15
comp 1249654..1249878 CDS @2 75
 
1335812..1336096 CDS 296 296 95
comp 1336393..1336465 aga 13 13
comp 1336479..1337558 CDS 360
 
comp 1399552..1400070 CDS 376 376 173
comp 1400447..1400520 gga 130 130
1400651..1400724 cca 38 38
1400763..1402112 CDS 450
 
comp 1406634..1406849 CDS 586 586 72
1407436..1408958 16s 307 1523
1409266..1412374 23s 99 3109
1412474..1412590 5s 122 122 117
comp 1412713..1413510 CDS 266
 
comp 1519931..1520254 CDS 217 217 108
1520472..1520544 aac 315 315
1520860..1522122 CDS 236 236 421
1522359..1522432 atgi 1097 1097
< comp 1523530..1523919 CDS 130
 
1604562..1605026 CDS 38 38 155
1605065..1605139 gta 357 357
<> 1605497..1605583 CDS 29
 
comp 1935668..1936510 CDS 317 317 281
comp 1936828..1936904 ttg 131 131
1937036..1937656 CDS 207
 
2434408..2435559 CDS 19 19 384
comp 2435579..2435661 ctc 151 151
2435813..2438881 CDS 1023
 
comp 2570204..2570824 CDS 794 794 207
2571619..2573141 16s 315 1523
2573457..2576562 23s 98 3106
2576661..2576777 5s 247 247 117
comp 2577025..2577462 CDS 146
 
comp 4900233..4901780 CDS 19 19 516
comp 4901800..4901878 tgc 29 29
comp 4901908..4901981 gcg 19 19
comp 4902001..4902321 CDS 23 23 107
comp 4902345..4902417 gac 31 31
comp 4902449..4903369 CDS 307
 
5443888..5444526 CDS 409 409 213
5444936..5445012 ctc 17 17
5445030..5445114 tac 29 29
comp 5445144..5446565 CDS 474
 
6208479..6209489 CDS 101 101 337
comp 6209591..6209666 cgg 9 9
comp 6209676..6209749 cca 17 17
comp 6209767..6209859 agc 5 5
comp 6209865..6209939 ctg 4 4
comp 6209944..6210015 cag 8 8
comp 6210024..6210100 ggc 4 4
comp 6210105..6210177 cgt 3 3
comp 6210181..6210254 gcc 43 43
comp 6210298..6210369 tgg 562 562
comp 6210932..6212365 CDS 478
 
6397923..6398423 CDS 699 699 167
6399123..6399196 tgg 199 199
6399396..6399468 ggg 157 157
6399626..6399701 gcc 61 61
6399763..6399837 gag 78 78
6399916..6399992 gga 359 359
6400352..6400426 ttg 1 1
6400428..6400500 acc 5 5
6400506..6400577 ggc 25 25
6400603..6401055 CDS 35 35 151
6401091..6401163 cag 110 110
6401274..6401350 ctc 1 1
6401352..6401427 acg 1 1
6401429..6401503 ctg 5 5
6401509..6401584 gcg 30 30
6401615..6401686 gac 5 5
6401692..6401779 agc 1 1
6401781..6401854 atc 6 6
6401861..6402227 ncRNA @3 7 7
6402235..6402309 cgt 10 10
6402320..6402395 other @4 11 11
6402407..6402477 aag 14 14
6402492..6402565 aga 11 11
6402577..6402650 aaa 1 1
6402652..6402727 atgf 1 1
6402729..6402804 gtc 1 1
6402806..6402879 gaa 5 5
6402885..6402958 aac 44 44
6403003..6403088 tcc 1 1
6403090..6403163 gtg 2 2
6403166..6403239 cac 93 93
6403333..6403405 other 411 411
comp 6403817..6404185 CDS 123
 
6543230..6543619 CDS 412 412 130
6544032..6544106 ctg 152 152
6544259..6544331 gca 410 410
6544742..6545917 CDS 392
 
6934653..6935819 CDS 69 69 389
comp 6935889..6935962 ccc 51 51
comp 6936014..6937450 CDS 479
 
comp 6991952..6992437 CDS 174 174 162
comp 6992612..6992728 5s 170 117
comp 6992899..6996006 23s 307 3108
comp 6996314..6997836 16s 531 531 1523
comp 6998368..6999624 CDS 419
 
7455514..7456608 CDS 167 167 365
comp 7456776..7456847 gtg 55 55
comp 7456903..7457310 CDS 136
 
7481671..7483989 CDS 83 83 773
comp 7484073..7484189 5s 169 117
comp 7484359..7487466 23s 315 3108
comp 7487782..7489304 16s 800 800 1523
comp 7490105..7490731 CDS 209
 
7670534..7671652 CDS 136 136 373
comp 7671789..7671863 gtc 18 18
comp 7671882..7671952 tgc 38 38
comp 7671991..7672063 ggc 116 116
comp 7672180..7674045 CDS 622
 
7710075..7711193 CDS 136 136 373
comp 7711330..7711404 gtc 28 28
comp 7711433..7711503 tgc 38 38
comp 7711542..7711614 ggc 112 112
7711727..7712905 CDS 393
 
8111157..8111843 CDS 546 546 229
comp 8112390..8112465 gag + 532 532
comp 8112998..8113070 gag 2 gag 57 57
comp 8113128..8113199 cag 451 451
comp 8113651..8114457 CDS 269
 
8275151..8275810 CDS 65 65 220
8275876..8275950 cgg 416 416
comp 8276367..8276921 CDS 185
 
comp 8391343..8392530 CDS 255 255 396
comp 8392786..8392862 atgf 296 296
comp 8393159..8394607 CDS 483
 
comp 8397029..8399113 CDS 596 596 695
comp 8399710..8399786 atgf 71 71
comp 8399858..8402857 CDS 1000
 
comp 8601686..8603128 CDS 81 81 481
comp 8603210..8603280 caa 37 37
comp 8603318..8604199 CDS 294
 
8623005..8623730 CDS 64 64 242
comp 8623795..8623871 gcg 171 171
comp 8624043..8624792 CDS 250
 
comp 8821061..8822146 CDS 136 136 362
8822283..8822356 aca 175 175
comp 8822532..8824421 CDS 630
 
8945870..8946763 CDS 190 190 298
8946954..8947030 ccg 204 204
comp 8947235..8947531 CDS 99
 
comp 8963177..8966704 CDS 104 104 1176
comp 8966809..8966904 ncRNA 83 83 83
8966988..8967075 tcc 270 270
comp 8967346..8967687 CDS 114
 
8968639..8969070 CDS 521 521 144
comp 8969592..8969681 tcg 116 116
8969798..8970505 CDS 236
 
9077764..9078855 CDS 326 326 364
comp 9079182..9079256 cgt 370 370
comp 9079627..9082830 CDS 1068
 
comp 9084051..9086675 CDS 560 560 875
comp 9087236..9087311 cgt 40 40
comp 9087352..9087442 agc 399 399
9087842..9089017 CDS 392
 
comp 9100587..9101549 CDS 77 77 321
9101627..9101714 tca 144 144
comp 9101859..9102145 CDS 96

ase cumuls

cumuls. ase.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 6 1 8 - 1 1 1 100 8 30 1
16 23 5s 0 6 20 19 50 16 20 200 29 60 1
16 atc gca 0 40 6 100 19 40 300 19 90 3
16 23 5s a 0 60 4 150 17 60 400 19 120 10
max a 0 80 3 200 9 80 500 14 150 9
a doubles 0 100 2 250 9 100 600 3 180 8
autres 0 120 2 300 7 120 700 3 210 8
total aas 0 140 1 350 4 140 800 2 240 5
sans opérons 45 160 2 400 5 160 900 2 270 6
1 aa 31 180 0 450 6 180 1000 1 300 5
max a 29 200 1 500 3 200 1100 2 330 4
a doubles 2 3 13 1 43
total aas 98 40 0 86 0 89 60
total aas 98
remarques 4
avec jaune moyenne 58 229 328
variance 98 206 173
sans jaune moyenne 19 147 254 179
variance 21 104 111 62

ase blocs

Ac1. Actinoplanes sp. SE50/110
CDS 556 454 492 125 586 72
16s 308 1524 308 1523 307 1523
23s 99 3109 108 3109 99 3109
5s 134 117 245 117 122 117
CDS 349 477 266
 
CDS 794 207 531 419 800 209
16s 315 1523 307 1523 315 1523
23s 98 3106 170 3108 169 3108
5s 247 117 174 117 83 117
CDS 146 162 773

ase remarques

ase distribution

Ac1 ase, Actinoplanes sp. SE50/110. actinomycete.
Ac11 ase. La distribution des tRNAs solitaires.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac 1 tgc
atc acc aac 1 agc
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc gcc 1 gac 2 ggc
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca caa 1 cga
gta 1 gca gaa gga
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj acg 1 aag agg 1
ctg 1 ccg 1 cag cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag ggg 1
actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
ase 32 32
Ac12 ase. La distribution des tRNAs multiples.
g1    t1         
atgi tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 3
atc 2 acc 2 aac 1 agc 3
ctc 2 ccc cac 1 cgt 3
gtc 3 gcc 2 gac 2 ggc 4
tta tca taa tga
ata aca aaa 1 aga 1
cta cca 2 caa cga
gta gca 2 gaa 2 gga 2
ttg 1 tcg tag tgg 2
atgj 1 acg 1 aag 3 agg
ctg 3 ccg cag 3 cgg 1
gtg 1 gcg 2 gag 3 ggg 1
actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
ase 64 64

ase intercalaires entre cds

  • Lien NCBI [4]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

ase les fréquences

  • Lien tableur: ase intercalaires entre cds
  • Légende:   long, longueur en pbs,   intercal pour intercalaire
    - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquencez est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.
    - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
    - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
    - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
    - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 17.12.20.
ase Les fréquences des intercalaires entre cds
ase intercalaires total % intercalaires moyenne ecartype plage ADN intercal frequence5 intercal fréquencez
négatif 1652 20.2 négatif -11 18 -1 à -120 9 239 851 -1 1652 610 9
zéro 35 0.4 intercals 0 35 620 10
1 à 200 4832 58.9 0 à 200 76 56 1 063 558 5 327 630 11
201 à 370 1047 12.8 201 à 370 270 48 11.5% 10 278 640 9
371 à 600 399 4.9 371 à 600 466 64 15 208 650 8
601 à max 232 2.8 601 à 1028 901 335 20 164 660 5
total 8197 <201 79.5 total 8191 125 189 -120 à 2272 25 153 670 10
adresse intercalx intercal fréquence1 intercal fréquence6 cumul,% intercal fréquence-1 30 135 680 7
3108649 3760 -1 1652 -70 42 0 35 35 146 690 2
5950001 3290 0 35 -60 13 -1 168 40 143 700 3
9227973 3263 1 80 -50 29 -2 18 45 135 710 4
5776402 3118 2 64 -40 23 -3 0 50 144 720 4
6218652 2918 3 61 -30 39 min à -1 -4 976 55 169 730 4
2517961 2663 4 69 -20 73 1652 -5 1 60 144 740 5
7134889 2272 5 53 -10 159 20.2% -6 2 65 154 750 6
355339 2255 6 40 0 1309 -7 29 70 176 760 4
6142216 2155 7 43 10 605 -8 77 75 138 770 5
744687 2103 8 46 20 372 -9 3 80 148 780 3
7132107 2080 9 70 30 288 -10 13 85 145 790 4
713737 2014 10 79 40 289 1 à 100 -11 39 90 130 800 5
56486 1991 11 58 50 279 3299 -12 5 95 123 810 3
7915401 1920 12 44 60 313 40.2% -13 18 100 104 820 5
1728815 1782 13 41 70 330 -14 30 105 106 830 3
6917877 1616 14 31 80 286 -15 12 110 111 840 5
3627392 1532 15 34 90 275 -16 9 115 101 850 3
6902269 1526 16 45 100 227 -17 18 120 79 860 1
7156539 1508 17 29 110 217 -18 4 125 101 870 4
4817485 1484 18 20 120 180 -19 11 130 91 880 4
3228912 1467 19 27 130 192 -20 11 135 89 890 4
1528987 1458 20 43 140 177 -21 1 140 88 900 1
8078456 1411 21 35 150 140 -22 5 145 76 910 1
8199307 1409 22 35 160 155 -23 15 150 64 920 1
5463416 1395 23 30 170 137 1 à 200 -24 7 155 89 930 1
1188761 1392 24 24 180 116 4832 -25 6 160 66 940 1
9239126 1338 25 29 190 131 58.9% -26 13 165 76 950 2
3240125 1331 26 26 200 123 -27 1 170 61 960 0
1083604 1320 27 31 210 100 -28 7 175 58 970 7
6788001 1297 28 20 220 85 -29 7 180 58 980 0
3417418 1292 29 32 230 95 -30 2 185 67 990 3
6304514 1289 30 26 240 76 0 à 200 -31 5 190 64 1000 4
8425004 1285 31 23 250 89 4867 -32 11 195 72 1010 0
5338257 1267 32 40 260 53 1559 200 51 1020 1
204079 1263 33 30 270 76 reste 128 205 54 1030 1
6897972 1260 34 27 280 67 total 1687 210 46 1040 2
35 26 290 52 215 45 1050 3
36 26 300 51 intercal frequence5 220 40 1060 2
37 30 310 52 600 7965 225 50 1070 0
38 36 320 44 650 47 230 45 1080 0
39 21 330 36 700 27 235 43 1090 3
40 30 340 52 201 à 370 750 23 240 33 1100 0
reste 4956 350 46 1047 800 21 245 45 1110 1
total 8197 360 43 12.8% 850 19 250 44 1120 1
370 30 900 14 255 28 1130 1
380 25 950 6 260 25 1140 0
adresses intercaln décalage long 390 27 1000 14 265 34 1150 0
1905626 -120 comp 400 25 1050 7 270 42 1160 0
1623585 -119 shift2 1160 410 16 1100 5 275 37 1170 0
3648339 -119 comp 420 36 1150 3 280 30 1180 2
5459717 -119 shift2 533 430 19 1200 4 285 23 1190 1
2592786 -111 comp 440 20 1250 2 290 29 1200 1
7166313 -110 shift2 3494 450 19 1300 11 295 24 reste 42
2954690 -109 460 19 1350 3 300 27 total 8197
3376872 -109 470 16 1400 2 305 28
1386988 -107 480 20 1450 2 310 24
1241468 -106 490 21 1500 3 315 23
2667462 -106 500 13 1550 3 320 21
5582768 -106 510 22 1600 0 325 19
4986287 -105 520 14 1650 1 330 17
5304717 -101 530 4 1700 0 335 33
3730598 -100 540 16 371 à 600 1750 0 340 19
5353721 -97 550 11 399 1800 1 345 22
6351308 -97 560 10 4.9% 1850 0 350 24
9179797 -95 570 12 1900 0 355 21
594603 -94 580 14 601 à max 1950 1 360 22
6906822 -94 590 12 232 2000 1 365 12
323356 -93 600 8 2.8% 220 370 18
1310874 -93 reste 232 reste 12 reste 631
5450079 -91 total 8197 total 8197 total 8197

ase autres intercalaires

  • Lien tableur: ase autres intercalaires
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
ase Les autres intercalaires.
ase1 adresses1
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 12497 78
tRNA 13471 245
tRNA 13790 202
fin CDS 14065 comp
deb CDS 45153 279 comp
tRNA 46248 257 comp
fin CDS 46588
deb CDS 65469 387 comp
tRNA 66711 151 comp
fin CDS 66936 comp
deb CDS 145264 595 comp
tRNA 146168 15 comp
tRNA 146260 62 comp
tRNA 146396 338 comp
fin CDS 146807 comp
deb CDS 153733 555
rRNA 155650 345
rRNA 157512 105
rRNA 160691 377
fin CDS 161185 comp
deb CDS 164168 92
tRNA 164809 274
fin CDS 165158
deb CDS 261106 434
tRNA 262062 817
fin CDS 262948
deb CDS 457033 185 comp
tRNA 458877 74
fin CDS 459025 comp
deb CDS 568633 491
rRNA 569499 345
rRNA 571360 114
rRNA 574548 245
fin CDS 574910
deb CDS 627485 42
tRNA 628439 8
fin CDS 628521 comp
deb CDS 643285 1343
tRNA 645777 459
fin CDS 646309 comp
deb CDS 747348 430
tRNA 748768 148 comp
fin CDS 749000
deb CDS 752175 94
tRNA 754798 47
tRNA 754918 138
fin CDS 755129
deb CDS 755829 79
tRNA 756304 103
fin CDS 756480
deb CDS 940643 55
tRNA 942060 221
fin CDS 942364
deb CDS 1120784 33
tmRNA 1121477 553
fin CDS 1122412 comp
deb CDS 1155560 203 comp
tRNA 1156105 89 comp
fin CDS 1156267 comp
deb CDS 1222705 262
tRNA 1223897 244 comp
fin CDS 1224225 comp
deb CDS 1237525 91
tRNA 1238207 54
fin CDS 1238337 comp
deb CDS 1248040 132 comp
tRNA 1249399 118
tRNA 1249593 -12
fin CDS 1249654 comp
deb CDS 1335812 296
tRNA 1336393 13 comp
fin CDS 1336479 comp
deb CDS 1399552 373 comp
tRNA 1400450 130 comp
tRNA 1400651 38
fin CDS 1400763
deb CDS 1406634 585 comp
rRNA 1407435 344
rRNA 1409295 105
rRNA 1412474 122
fin CDS 1412713 comp
 
 
ase2 adresses2
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 1519931 217 comp
tRNA 1520472 315
fin CDS 1520860
deb CDS 1522138 47
tRNA 1522359 827
fin CDS 1523260 comp
deb CDS 1604562 38
tRNA 1605065 1132
fin CDS 1606269
deb CDS 1618796 261 comp
ncRNA 1619690 61 comp
fin CDS 1620155
deb CDS 1935668 362 comp
tRNA 1936828 131 comp
fin CDS 1937036
deb CDS 2434657 19
tRNA 2435579 151 comp
fin CDS 2435813
deb CDS 2570204 793 comp
rRNA 2571618 352
rRNA 2573486 100
rRNA 2576661 247
fin CDS 2577025 comp
deb CDS 4900233 19 comp
tRNA 4901800 29 comp
tRNA 4901908 19 comp
deb CDS 4902001 23 comp
tRNA 4902345 31 comp
fin CDS 4902449 comp
deb CDS 4989030 22
tRNA 4989784 278
fin CDS 4990157 comp
deb CDS 5443888 409
tRNA 5444936 20
tRNA 5445030 32
fin CDS 5445144 comp
deb CDS 6208479 104
tRNA 6209594 9 comp
tRNA 6209676 17 comp
tRNA 6209767 5 comp
tRNA 6209865 4 comp
tRNA 6209944 11 comp
tRNA 6210027 4 comp
tRNA 6210105 3 comp
tRNA 6210181 43 comp
tRNA 6210298 345 comp
fin CDS 6210715 comp
deb CDS 6288256 317 comp
tRNA 6290910 43 comp
fin CDS 6291049
deb CDS 6397947 699
tRNA 6399123 199
tRNA 6399396 157
tRNA 6399626 64
tRNA 6399763 81
tRNA 6399916 141
tRNA 6400131 144
tRNA 6400352 1
tRNA 6400428 5
tRNA 6400506 34
deb CDS 6400612 35
tRNA 6401091 110
tRNA 6401274 4
tRNA 6401352 1
tRNA 6401429 5
tRNA 6401509 30
tRNA 6401615 5
tRNA 6401692 1
tRNA 6401781 6
ncRNA 6401861 7
tRNA 6402235 97
tRNA 6402407 14
tRNA 6402492 11
tRNA 6402577 1
tRNA 6402652 1
tRNA 6402729 1
tRNA 6402806 5
tRNA 6402885 44
tRNA 6403003 1
tRNA 6403090 2
tRNA 6403166 96
tRNA 6403333 411
fin CDS 6403817 comp
ase3 adresses3
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 6543191 412
tRNA 6544032 152
tRNA 6544259 380
deb CDS 6544712 113
tRNA 6546031 178
fin CDS 6546284
deb CDS 6934653 69
tRNA 6935889 51 comp
fin CDS 6936014 comp
deb CDS 6991353 983 comp
rRNA 6992612 176 comp
rRNA 6992905 344 comp
rRNA 6996322 530 comp
fin CDS 6998368 comp
deb CDS 7455514 167
tRNA 7456776 55 comp
fin CDS 7456903 comp
deb CDS 7481701 83
rRNA 7484073 175 comp
rRNA 7484365 352 comp
rRNA 7487790 799 comp
fin CDS 7490105 comp
deb CDS 7670534 136
tRNA 7671789 18 comp
tRNA 7671882 38 comp
tRNA 7671991 116 comp
fin CDS 7672180 comp
deb CDS 7710075 136
tRNA 7711330 28 comp
tRNA 7711433 38 comp
tRNA 7711542 112 comp
fin CDS 7711727
deb CDS 8111157 546
tRNA 8112390 532 comp
tRNA 8112998 57 comp
tRNA 8113128 451 comp
fin CDS 8113651 comp
deb CDS 8275151 65
tRNA 8275876 419
fin CDS 8276367 comp
deb CDS 8391343 135 comp
tRNA 8392786 296 comp
fin CDS 8393159 comp
deb CDS 8397029 599 comp
tRNA 8399713 71 comp
fin CDS 8399858 comp
deb CDS 8601686 81 comp
tRNA 8603210 37 comp
fin CDS 8603318 comp
deb CDS 8623005 64
tRNA 8623795 171 comp
fin CDS 8624043 comp
deb CDS 8821061 136 comp
tRNA 8822283 175
fin CDS 8822532 comp
deb CDS 8945870 190
tRNA 8946954 204
fin CDS 8947235 comp
deb CDS 8963177 104 comp
ncRNA 8966809 83 comp
tRNA 8966988 273
fin CDS 8967346 comp
deb CDS 8969168 91
tRNA 8969592 116 comp
fin CDS 8969798
deb CDS 9077764 329
tRNA 9079185 370 comp
fin CDS 9079627 comp
deb CDS 9084051 524 comp
tRNA 9087239 40 comp
tRNA 9087352 408 comp
fin CDS 9087851
deb CDS 9100587 77 comp
tRNA 9101627 1017
fin CDS 9102729 comp
 
 
 
 
 
 
 
 

ase intercalaires tRNA

  • Lien tableur: ase intercalaires tRNA
  • Légende:
    - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.
    - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Cumuls comp'+continu du tableau
	deb	fin	total
	deb	fin	total
<201	30	28	58
total	50	51	101
taux	60%	55%	57%
ase intercalaires tRNA
ase les relevés deb-fin
comp’ entre tRNAs comp’ deb comp’ fin
245 78 comp’ 202
279 comp’ 257
387 151
15 595 338
62
92 274
434 817
comp’ 185 comp’ 74
42 comp’ 8
1343 comp’ 459
comp’ 430 comp’ 148
47 94 138
79 103
55 221
203 89
comp’ 262 244
91 comp’ 54
118 comp’ 132 comp’ -12
comp’ 296 13
comp’ 130 373 38
comp’ 217 315
47 comp’ 827
38 1132
362 comp’ 131
comp’ 19 comp’ 151
29 19 19
23 31
22 comp’ 278
20 409 comp’ 32
5 aas 9 17 5 4 11 comp’ 104 345
3 aas 4 3 43
317 comp’ 43
8 aas 199 157 64 81 141 144 1 5 699 34
7 aas 110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7 35 comp’ 411
11 aas 97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96
152 412 380
113 178
comp’ 69 51
comp’ 167 55
18 38 comp’ 136 116
28 38 comp’ 136 comp’ 112
532 57 comp’ 546 451
65 comp’ 419
135 296
599 71
81 37
comp’ 64 171
comp’ 136 comp’ 175
190 comp’ 204
comp’ 273
comp’ 91 comp’ 116
comp’ 329 370
40 524 comp’ 408
comp’ 77 comp’ 1017
 
ase intercalaires inférieures à 201 pbs
deb fin continu cumuls
19 13
22 19 deb
23 31 <201 18
35 34 total 32
38 37 taux 56%
42 38
47 51 fin
55 55 <201 16
65 71 total 28
78 89 taux 57%
79 103
81 116 total
91 138 <201 34
92 151 total 60
94 171 taux 57%
113 178
135 221
190 244
203 274
279 296
317 315
362 338
373 345
387 370
409 380
412 451
434 817
524 1132
595 -
599 -
699 -
1343 - comp’ cumuls
19 -12
64 8 deb
69 32 <201 12
77 43 total 18
91 54 taux 67%
104 74
132 112 fin
136 116 <201 12
136 131 total 23
136 148 taux 34%
167 151
185 175 total
217 202 <201 24
262 204 total 41
296 257 taux 59%
329 273
430 278
546 408
- 411
- 419
- 459
- 827
- 1017

ase intercalaires rRNA

  • Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre ase blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau ase autres intercalaires.
  • Remarque: ase a 6 blocs à rRNAs seuls. Trois sont sur le brin de référence et les 3 autres sur le brin complément. Les intercalaires cds-16s sont tous plus grands que ceux 5s-cds. Par exemple le 1er bloc a 556 et 134 pbs pour respectivement cds-16s et 5s-cds. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
  • Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans ase cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
deb	fin		tri	grand	petit		deb	fin		tri	grand	petit
78	202		17	132	-12		23	31		12	103	79
279	257		8	42	8		22	278		14	203	89
387	151		18	296	13		409	32		47	116	91
595	338		24	151	19		104	345		5	274	92
92	274		25	19	19		317	43		11	138	94
434	817		27	278	22		699	34		29	345	104
185	74		26	31	23		35	411		38	136	112
42	8		28	409	32		412	380		34	178	113
1343	459		31	699	34		113	178		37	136	116
430	148		32	411	35		69	51		23	362	131
94	138		43	81	37		167	55		41	296	135
79	103		19	373	38		136	116		45	175	136
55	221		22	1132	38		136	112		10	430	148
203	89		30	317	43		546	451		3	387	151
262	244		21	827	47		65	419		46	204	190
91	54		35	69	51		135	296		20	315	217
132	-12		16	91	54		599	71		15	262	244
296	13		13	221	55		81	37		2	279	257
373	38		36	167	55		64	171		48	370	329
217	315		44	171	64		136	175		4	595	338
47	827		40	419	65		190	204		33	412	380
38	1132		42	599	71		91	116		49	524	408
362	131		7	185	74		329	370		6	817	434
19	151		50	1017	77		524	408		39	546	451
19	19		1	202	78		77	1017		9	1343	459

Bifidobacterium longum NCC2705

blo opérons

  • Liens: gtRNAdb [5], NCBI [6], génome [7]
  • Lien tableur: blo opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium.
Ac2. Bifidobacterium longum NCC2705
60%GC 30.6.19 Paris  57  doubles intercal
115187..115260 gta
 
159243..160772 16s @1 430
161203..164268 23s 168
164437..164556 5s
 
comp 207382..207457 tgg
 
comp 382849..382924 aac + 43
comp 382968..383040 aac 2 aac
 
comp 440078..440150 aac
 
503549..503624 ggc + 24
503649..503719 tgc 2 ggc 41
503761..503835 gtc 45
503881..503953 gtg 31
503985..504060 ggc
 
521008..521084 ccc
 
648764..648851 ctc
 
comp 747296..747369 cgt + 29
comp 747399..747472 cgt 2 cgt
 
775646..775716 caa
 
778709..778784 gcc + 86
778871..778946 gcc 2 gcc
 
793729..793805 cca
 
comp 804390..804463 ttg
 
comp 841055..841136 tta
 
937056..937131 cac
 
comp 981177..981253 aga
 
1202433..1202505 acg 87
1202593..1202676 cta
 
1208139..1208211 acg
 
comp 1264390..1264465 gtg 48
comp 1264514..1264585 gtc 46
comp 1264632..1264704 ggc
 
comp 1280591..1280666 cgg
 
1295466..1295542 atgf
 
comp 1350001..1350074 aag
 
comp 1388875..1388950 aaa
 
1410594..1410681 tcc
 
comp 1424793..1424867 cag 36
comp 1424904..1424979 gag
 
comp 1524142..1524215 ggg
 
1534802..1534887 ctg
 
1606163..1606236 atc 42
1606279..1606351 gca
 
comp 1646835..1646911 aca
 
1705902..1707431 16s 429
1707861..1710926 23s 168
1711095..1711215 5s
 
1712083..1713614 16s 422
1714037..1717102 23s 168
1717271..1717390 5s
 
1769952..1770027 gcg
 
1905665..1905740 tgg
 
1908902..1910431 16s 428
1910860..1913926 23s 168
1914095..1914214 5s
 
1936132..1936205 gga
 
1971396..1971477 tac 1
1971479..1971550 acc 4
1971555..1971631 atgj
 
1979312..1979401 agc
 
2016025..2016112 tcg
 
2047072..2047159 tca
 
comp 2068637..2068713 ccg
 
comp 2085402..2085473 gaa
 
2087969..2088042 gac 47
2088090..2088165 ttc
 
2110850..2110926 gac
 
2130626..2130699 atgi
 
2171440..2171512 agg

blo cumuls

cumuls. blo.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs
avec rRNA opérons 4 1 1 -
16 23 5s 0 4 20 1
16 atc gca 0 40 4
16 23 5s a 0 60 7
max a 0 80 0
a doubles 0 100 2
spéciaux 0 120 0
total aas 0 140 0
sans opérons 41 160 0
1 aa 31 180 0
max a 5 200 0
a doubles 4 0
total aas 55 15 0
total aas 55
remarques 1
avec jaune moyenne 41
variance 24
sans jaune moyenne 34
variance 16

blo blocs

Ac2. Bifidobacterium longum, blocs rRNA.
16s 430 1530 422 1532
23s 168 3066 168 3066
5s 120 120
 
16s 429 1530 428 1530
23s 168 3066 168 3067
5s 121 120

blo remarques

  • Remarques : 4 blocs 16-23-5s sans aas, en tout, et très peu de doubles. Très simple.
    1. @ 4 blocs 16-23-5s sans aas .
      - Leurs intercalaires sont identiques, 428 168.
  • Séquences des doubles : Très peu de doubles, 4 opérons à 2aas et plus sur 10 ont des doubles.
    - 4 doublets au total: 2aac 2cgt 2gcc et (3aas + 2ggc).
  • Notes :

blo distribution

  • Lien tableur: blo distribution
  • Notes:
    - cgt2 aac2 gcc2
    - Les soulignés ont 1 seul tRNA solitaire
Ac2 blo. La distribution. Actinoplanes sp. SE50/110. actinomycete.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 3 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 2
gtc 2 gcc 2 gac 2 ggc 3
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 2
atgj 1 acg 2 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 2 gcg 1 gag 1 ggg 1
actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
blo 25 31 56

blo intercalaires entre cds

  • Lien NCBI [8]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

blo les fréquences

  • Lien tableur: blo intercalaires entre cds
  • Légende:   long, longueur en pbs,   intercal pour intercalaire
    - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.
    - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
    - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
    - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
    - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 15.10.20.
blo Les fréquences des intercalaires entre cds
blo intercalaires total % intercalaires moyenne ecartype plage ADN intercal frequence5
négatif 228 12.9 négatif -8 13 -1 à -102 2 256 640 -1 228
zéro 3 0.2 intercals 0 3
1 à 200 1141 64.4 0 à 200 88 57 240 201 5 57
201 à 370 281 15.9 201 à 370 265 46 10.6% 10 47
371 à 600 85 4.8 371 à 600 459 65 15 46
601 à max 34 1.9 601 à 1028 732 131 20 32
total 1172 <201 77.4 total 1170 133 145 -102 à 1039 25 39
adresse intercalx intercal fréquence1 intercal fréquence6 cumul,% intercal fréquence-1 30 26
1260892 1331 -1 228 -70 3 0 3 35 25
249292 1253 0 3 -60 0 -1 52 40 23
620443 1039 1 13 -50 1 -2 1 45 27
1772723 1037 2 16 -40 1 -3 0 50 29
605939 1003 3 9 -30 5 min à -1 -4 111 55 26
1482011 982 4 7 -20 7 228 -5 0 60 42
2120197 922 5 12 -10 35 12.9% -6 1 65 34
1612791 831 6 10 0 179 -7 1 70 25
1661121 780 7 5 10 104 -8 10 75 29
1176021 773 8 9 20 78 -9 0 80 29
934521 765 9 10 30 65 -10 3 85 31
1783600 752 10 13 40 48 1 à 100 -11 9 90 43
1589918 746 11 11 50 56 661 -12 0 95 20
550195 745 12 7 60 68 56.4% -13 0 100 28
1622403 735 13 8 70 59 -14 11 105 34
2035292 729 14 5 80 58 -15 0 110 23
1358695 698 15 15 90 74 -16 1 115 36
1450919 688 16 8 100 48 -17 8 120 21
1873696 679 17 9 110 57 -18 0 125 32
1968887 673 18 6 120 57 -19 3 130 24
1571609 667 19 4 130 56 -20 2 135 33
2192649 666 20 5 140 54 -21 0 140 21
543951 653 21 7 150 45 -22 1 145 20
551929 649 22 8 160 49 -23 0 150 25
1166018 635 23 10 170 55 1 à 200 -24 0 155 24
1199447 631 24 7 180 53 1141 -25 1 160 25
132442 628 25 7 190 23 64.4% -26 1 165 27
1498961 627 26 10 200 34 -27 0 170 28
24634 626 27 4 210 29 -28 2 175 28
1942663 620 28 4 220 32 -29 0 180 25
1750223 618 29 5 230 23 -30 0 185 10
1648197 606 30 3 240 22 -31 1 190 13
716378 605 31 8 250 21 0 à 200 -32 1 195 20
1804621 603 32 4 260 17 1144 223 200 14
2208591 593 33 6 270 23 reste 8 205 17
332770 589 34 5 280 22 total 231 210 12
1653948 587 35 2 290 7 215 17
618810 586 36 4 300 17 220 15
598849 559 37 4 310 13 intercal frequencef 225 12
1698789 559 38 3 320 16 600 1738 230 11
1425641 557 39 10 330 6 620 5 235 14
1925114 557 40 2 340 12 201 à 370 640 5 240 8
1592846 554 reste 1246 350 5 281 660 2 245 11
733957 552 total 1686 360 12 15.9% 680 4 250 10
986367 549 370 4 700 2 255 9
1178750 549 380 9 720 260 8
1832484 546 390 4 740 2 265 11
400 6 760 3 270 12
410 5 780 3 275 15
420 11 800 280 7
430 3 820 285 4
440 3 840 1 290 3
adresse intercaln décalage long 450 2 860 295 8
516682 -102 comp 460 4 880 300 9
267103 -86 shift2 131 470 3 900 305 8
822434 -85 comp 480 3 920 310 5
513572 -53 comp 490 5 940 1 315 7
287052 -43 shift2 936 500 3 960 320 9
398186 -39 comp 510 2 980 325 2
1553080 -38 520 3 1000 1 330 4
1313073 -35 530 3 1020 1 335 5
1110610 -32 540 3 371 à 600 1040 2 340 7
2249673 -31 550 3 85 32 345 1
946203 -28 560 6 4.8% 350 4
2164932 -28 570 0 355 7
1823782 -26 580 0 601 à max 360 5
794270 -25 590 3 34 365 2
2058333 -22 600 1 1.9% 370 2
268522 -20 reste 34 reste 2 reste 119
1310253 -20 total 1772 total 1772 total 1772

blo autres intercalaires

  • Lien tableur: blo autres intercalaires
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
blo Les autres intercalaires.
blo1 adresses1
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 54774 6 comp
regulatory 55434 84 comp
fin CDS 55670
deb CDS 114598 163
tRNA 115187 231
fin CDS 115492
deb CDS 139965 -10 comp
regulatory 140900 336 comp
fin CDS 141345
deb CDS 158126 618
rRNA 159245 432
rRNA 161203 170
rRNA 164439 188
fin CDS 164744 comp
deb CDS 205431 187
tmRNA 206548 238
deb CDS 207183 -17 comp
tRNA 207388 154 comp
fin CDS 207612 comp
deb CDS 327271 8
ncRNA 327873 493 comp
fin CDS 328741
deb CDS 381615 190
tRNA 382849 43 comp
tRNA 382968 284 comp
fin CDS 383325
deb CDS 439838 -39
tRNA 440078 558 comp
fin CDS 440709
deb CDS 502556 159 comp
tRNA 503549 27
tRNA 503649 41
tRNA 503761 48
tRNA 503881 31
tRNA 503985 148
fin CDS 504209
deb CDS 518814 64
tRNA 521008 216
fin CDS 521298
deb CDS 647871 95 comp
tRNA 648764 60
fin CDS 648912
deb CDS 745690 187 comp
tRNA 747296 29 comp
tRNA 747399 117 comp
fin CDS 747590 comp
deb CDS 774507 116
tRNA 775646 94
fin CDS 775811
deb CDS 777792 218
tRNA 778709 89
tRNA 778871 206
fin CDS 779150
deb CDS 790385 272
tRNA 793729 467
fin CDS 794270
deb CDS 803537 67 comp
tRNA 804390 204 comp
fin CDS 804668
 
 
 
blo2 adresses2
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 840296 192 comp
tRNA 841058 158 comp
fin CDS 841295 comp
deb CDS 884674 174 comp
regulatory 885043 70 comp
fin CDS 885217 comp
deb CDS 902480 104 comp
regulatory 903184 90 comp
fin CDS 903379 comp
deb CDS 935658 336 comp
tRNA 937056 149
fin CDS 937281
deb CDS 980173 251 comp
tRNA 981180 76 comp
fin CDS 981330
deb CDS 1200444 288 comp
tRNA 1202433 87
tRNA 1202593 192
fin CDS 1202866
deb CDS 1206664 206 comp
tRNA 1208139 167
fin CDS 1208379 comp
deb CDS 1263240 256 comp
tRNA 1264393 48 comp
tRNA 1264514 46 comp
tRNA 1264632 193 comp
fin CDS 1264898
deb CDS 1279836 365 comp
tRNA 1280591 97 comp
fin CDS 1280764
deb CDS 1294216 215 comp
tRNA 1295466 433
fin CDS 1295976
deb CDS 1349627 113 comp
tRNA 1350001 199 comp
fin CDS 1350274 comp
deb CDS 1387168 75 comp
tRNA 1388878 175 comp
fin CDS 1389126
deb CDS 1408202 580 comp
tRNA 1410594 469
fin CDS 1411148 comp
deb CDS 1424162 142 comp
tRNA 1424793 39 comp
tRNA 1424907 -8 comp
fin CDS 1424972
deb CDS 1446913 71 comp
ncRNA 1448136 433 comp
fin CDS 1448664
deb CDS 1477877 47 comp
regulatory 1479277 128 comp
fin CDS 1479502 comp
deb CDS 1523012 62
tRNA 1524142 74 comp
fin CDS 1524290 comp
deb CDS 1533182 306
tRNA 1534802 871
fin CDS 1535759
deb CDS 1605867 102
tRNA 1606163 42
tRNA 1606279 356
fin CDS 1606708 comp
blo3 adresses3
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 1645027 314 comp
tRNA 1646838 130 comp
fin CDS 1647042 comp
deb CDS 1704570 578 comp
rRNA 1705904 431
rRNA 1707861 170
rRNA 1711097 866
rRNA 1712080 431
rRNA 1714037 170
rRNA 1717273 251
fin CDS 1717641 comp
deb CDS 1769786 55
tRNA 1769952 329
fin CDS 1770354
deb CDS 1904329 130
tRNA 1905665 37
fin CDS 1905778
deb CDS 1907638 573
rRNA 1908904 431
rRNA 1910861 170
rRNA 1914097 375
fin CDS 1914589
deb CDS 1935774 178
tRNA 1936132 519
fin CDS 1936725
deb CDS 1969854 309 comp
tRNA 1971396 1
tRNA 1971479 4
tRNA 1971555 61
fin CDS 1971690
deb CDS 1978293 71
tRNA 1979312 376
fin CDS 1979775
deb CDS 2014827 397
tRNA 2016025 327
fin CDS 2016437
deb CDS 2045606 179
tRNA 2047072 245
fin CDS 2047402
deb CDS 2067227 222 comp
tRNA 2068640 204 comp
fin CDS 2068918
deb CDS 2084303 271 comp
tRNA 2085402 69 comp
fin CDS 2085543 comp
deb CDS 2086731 224
tRNA 2087969 47
tRNA 2088090 519
fin CDS 2088685 comp
deb CDS 2108837 333 comp
tRNA 2110850 422
fin CDS 2111349
deb CDS 2129279 117
tRNA 2130626 137
fin CDS 2130837
deb CDS 2170074 253 comp
tRNA 2171440 156
fin CDS 2171669
 
 
 
 

blo intercalaires tRNA

  • Lien tableur: blo intercalaires tRNA
  • Légende:
    - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.
    - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Cumuls comp'+continu du tableau
	deb	fin	total
<201	20	21	41
total	39	39	78
taux	51%	54%	53%
blo intercalaires tRNA
blo les relevés deb-fin
comp’ entre tRNAs comp’ deb comp’ fin
163 231
-17 154
43 comp’ 190 comp’ 284
comp’ -39 comp’ 558
27 41 48 31 comp’ 159 148
24 216
comp’ 95 60
29 187 117
116 94
89 218 206
212 467
67 comp’ 204
192 158
comp’ 336 149
251 comp’ 76
87 comp’ 288 192
comp’ 206 comp’ 167
48 46 256 comp’ 193
365 comp’ 97
comp’ 215 433
113 199
75 comp’ 175
comp’ 580 comp’ 469
39 142 comp’ -8
comp’ 62 74
306 871
42 102 comp’ 356
314 130
65 329
1 4 comp’ 309 61
71 376
397 327
179 245
222 comp’ 204
271 69
47 224 comp’ 519
comp’ 333 422
117 137
comp’ 253 156
blo intercalaires inférieures à 201 pbs
deb fin continu cumuls
-17 60
24 61 deb
65 69 <201 15
67 74 total 26
71 94 taux 58%
75 117
102 130 fin
113 137 <201 15
116 148 total 26
117 149 taux 58%
142 154
163 156 total
179 158 <201 30
187 192 total 52
192 199 taux 58%
212 206
218 216
222 231
224 245
251 327
256 329
271 376
306 422
314 433
365 467
397 871 comp’ cumuls
-39 -8 deb
62 76 <201 5
95 97 total 13
159 167 taux 38%
190 175 fin
206 193 <201 6
215 204 total 13
253 204 taux 46%
288 284
309 356 total
333 469 <201 11
336 519 total 26
580 558 taux 42%

blo intercalaires rRNA

  • Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre blo blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau blo autres intercalaires.
  • Remarque: Les 4 blocs sont à rRNAs seuls. Leurs intercalaires avec les 2 cds sont orientés. C'est à dire que le cds-16s est plus grand que le 5s-cds qu'il y ait un complément ou non. Ainsi pour les 2 blocs non contigus on a respectivement 618-188 et 573-375. Les 2 blocs contigus ont la configuration cds1-16s23s5s-cds2-16s23s5s-cds3 avec les intercalaires cds 578-866-251. Cette configuration est toujours orientée. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
  • Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans blo cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
deb	fin		tri	grand	petit		deb	fin		tri	grand	petit
163	231		4	558	-39		113	199		5	159	148
-17	154		2	154	-17		75	175		14	336	149
190	284		24	142	-8		580	469		39	253	156
-39	558		6	216	24		142	-8		13	192	158
159	148		7	95	60		62	74		1	231	163
24	216		30	309	61		306	871		17	206	167
95	60		25	74	62		102	356		33	245	179
187	117		29	329	65		314	130		3	284	190
116	94		12	204	67		65	329		16	288	192
218	206		35	271	69		309	61		18	256	193
212	467		31	376	71		71	376		34	222	204
67	204		22	175	75		397	327		10	218	206
192	158		15	251	76		179	245		11	467	212
336	149		9	116	94		222	204		20	433	215
251	76		19	365	97		271	69		36	519	224
288	192		27	356	102		224	519		26	871	306
206	167		21	199	113		333	422		32	397	327
256	193		8	187	117		117	137		37	422	333
365	97		38	137	117		253	156		23	580	469
215	433		28	314	130

618 188 578 866 251 573 375

Streptomyces avermitilis MA-4680

sma opérons

  • Liens: gtRNAdb [9], NCBI [10], génome []
  • Lien tableur: sma opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces.
Ac3. Streptomyces avermitilis MA-4680
70%GC 30.6.19 Paris  74  doubles intercal
357776..357847 gtg
 
comp 1219274..1219346 gga
 
comp 1225751..1225823 gga
 
1675869..1675942 atgf
 
comp 1965347..1965423 ccc
 
comp 1992012..1992088 ccc
 
comp 2222599..2222686 ctc
 
comp 3072632..3072707 acc
 
comp 3073568..3073684 5s @1 84
comp 3073769..3076918 23s 288
comp 3077207..3078737 16s
 
comp 3295252..3295324 gag + 20
comp 3295345..3295416 cag 3 gag 21
comp 3295438..3295510 gag 2 cag 62
comp 3295573..3295645 gag 42
comp 3295688..3295759 cag
 
3655871..3655942 cgg
 
comp 3813093..3813166 atgf
 
comp 3815457..3815530 atgf
 
comp 4362610..4362695 tta
 
4410534..4410608 caa
 
comp 4542466..4542542 gcg
 
4589760..4589835 agg
 
comp 4886830..4886906 aca
 
comp 5024109..5024225 5s 84
comp 5024310..5027458 23s 288
comp 5027747..5029277 16s
 
comp 5051970..5052043 atgf
 
comp 5055486..5055561 aaa
 
5063087..5063159 gaa 47
5063207..5063281 gac 24
5063306..5063382 ttc
 
5068123..5068197 gac
 
5081640..5081711 gga 79
5081791..5081866 ggc
 
5085779..5085854 ggc
 
5095224..5095311 tcc
 
5129698..5129782 tcg
 
comp 5154937..5155009 cgt 205
comp 5155215..5155305 agc
 
comp 5177691..5177777 tca
 
comp 5206939..5207028 agc
 
comp 5299302..5299378 atc
 
5304905..5304977 gca
 
5322106..5322192 ctg
 
comp 5452769..5452842 ggg
 
comp 5594481..5594554 ccg
 
5650316..5650389 acg
 
5759342..5760872 16s 288
5761161..5764309 23s 84
5764394..5764510 5s
 
5950170..5950251 tac
 
5956602..5956674 acc 46
5956721..5956793 atgj
 
5964532..5964607 tgg
 
6124386..6125916 16s 288
6126205..6129353 23s 84
6129438..6129554 5s
 
comp 6242261..6242335 tgc
 
comp 6279029..6279112 cta
 
comp 6329202..6329278 aag
 
comp 6335068..6335141 aag
 
comp 6349312..6349385 aag
 
comp 6372705..6372777 cac
 
comp 6501509..6501584 aga
 
comp 6604435..6604508 gga 153
comp 6604662..6604738 cca
 
6653846..6653918 gcc
 
6658303..6658375 gcc
 
6875603..6875675 aac + 5
6875681..6875753 aac 2 aac 166
6875920..6875996 atgi
 
7021984..7022058 gta
 
7025336..7025415 gtg
 
comp 7471270..7471342 ttg
 
7765513..7767043 16s 284
7767328..7770477 23s 133
7770611..7770727 5s
 
comp 7937463..7937550 ctc
 
comp 8122352..8122426 gtc + 40
comp 8122467..8122538 gtc 3 gtc 19
comp 8122558..8122629 gtc 1
comp 8122631..8122704 tgc 38
comp 8122743..8122815 ggc
 
8129564..8129635 gtg
 
8139938..8140012 gtg
 
8328596..8330126 16s 288
8330415..8333563 23s 84
8333648..8333764 5s
 
8576989..8577062 ccc

sma cumuls

cumuls. sam.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs
avec rRNA opérons 6 1 1 -
16 23 5s 0 6 20 3
16 atc gca 0 40 4
16 23 5s a 0 60 3
max a 0 80 2
a doubles 0 100 0
spéciaux 0 120 0
total aas 0 140 0
sans opérons 56 160 1
1 aa 48 180 1
max a 5 200 0
a doubles 3 1
total aas 72 16 0
total aas 72
remarques 1
avec jaune moyenne 61
variance 61
sans jaune moyenne 34
variance 22

sma blocs

Ac3. Streptomyces avermitilis MA-4680, blocs rRNAs
5s 84 117 84 117 288 1531
23s 288 3150 288 3149 84 3149
16s 1531 1531 117
 
16s 288 1531 284 1531 288 1531
23s 84 3149 133 3150 84 3149
5s 117 117 117

sma remarques

  • Remarques : 6 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires.
    1. @ 6 blocs 16-23-5s sans aas.
      - 5 opérons ont les mêmes intercalaires, 288 84
      - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 58% plus élevée, 49/84. L'autre est commune aux 6 opérons, 284.
  • Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
    - Il n'y a que 3 opérons contenant des doubles:
    - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2
    - (ggc tgc 3gtc), répétition triple
    - (atgi 2aac) avec 1 doublet
    - Au total 2 doublets et 2 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 72. C’est donc que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 6 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.

sma distribution

  • Lien tableur: sma distribution
  • Notes:
    - gag2 gtc3 gag2
    - gga a 2 tRNAs solitaires et 2 multiples (>1aa) les autres soulignes ont 1 seul solitaire.
Ac3 sma. La distribution. Streptomyces avermitilis MA-4680. actinomycete.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 4
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 2
atc 1 acc 2 aac 2 agc 2
ctc 2 ccc 3 cac 1 cgt 1
gtc 3 gcc 2 gac 2 ggc 3
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 4
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 3 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 2 cgg 1
gtg 4 gcg 1 gag 3 ggg 1
actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
sma 24 48 72

Kitasatospora setae KM-6054

ksk opérons

  • Liens: gtRNAdb [11], NCBI [12], génome []
  • Lien tableur: ksk opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Kitasatospora.
Ac4. Kitasatospora setae KM-6054
72%GC 30.6.19 Paris  74  doubles intercal
comp 631024..631098 act
 
976172..976245 tgc
 
comp 1615691..1615765 gtg + 206
comp 1615972..1616046 gtg 2 gtg
 
1621501..1621576 ggc 76
1621653..1621726 tgc 36
1621763..1621834 gtc + 34
1621869..1621940 gtc 3 gtc 37
1621978..1622052 gtc
 
comp 1707344..1707460 5s @1 73
comp 1707534..1710667 23s 267
comp 1710935..1712463 16s
 
comp 1888620..1888736 5s 73
comp 1888810..1891942 23s 267
comp 1892210..1893738 16s
 
1970574..1970661 ctc
 
2264495..2264580 ttg
 
comp 2741186..2741257 gta
 
comp 2788071..2788147 atgi
 
comp 2790422..2790494 aac + 5
comp 2790500..2790572 aac 2 aac
 
comp 2887231..2887303 gcc + 269
comp 2887573..2887645 gcc 3 gcc 38
comp 2887684..2887756 gcc @2
 
comp 2932411..2932487 cca 151
direct 2932639..2932712 gga
 
comp 2982955..2983071 5s 73
comp 2983145..2986276 23s 266
comp 2986543..2988071 16s
 
3018063..3018138 cac
 
3036654..3036730 aag
 
3044201..3044277 aag
 
3111827..3111900 aag 129
3112030..3112103 aag
 
3157748..3157834 cta
 
3210241..3210315 tgc
 
comp 3289891..3290007 5s 73
comp 3290081..3293213 23s 267
comp 3293481..3295009 16s
 
comp 3608705..3608777 tgg
 
comp 3616894..3616969 atgj 42
comp 3617012..3617084 acc
 
comp 3618677..3618757 tac
 
comp 3851412..3851488 aca
 
comp 3987214..3987290 acg
 
4071208..4071281 ccg
 
4095099..4095186 tcc
 
4142544..4142633 tcg
 
comp 4160864..4160939 cgt + 35
comp 4160975..4161050 cgt 2 cgt 240
comp 4161291..4161381 agc
 
comp 4177523..4177608 tca
 
comp 4240397..4240470 ggg
 
4285828..4285900 ggc + 51
4285952..4286027 ggc 2 ggc
 
4383368..4383444 atc
 
4385556..4385631 gca
 
4401492..4401575 ctg
 
comp 4622975..4623048 gac
 
comp 4640883..4640959 ttc 34
comp 4640994..4641067 gac 42
comp 4641110..4641182 gaa
 
4651832..4651904 aaa
 
comp 4773547..4773620 atgf
 
comp 4774128..4774201 atgf
 
4796510..4798038 16s 267
4798306..4801439 23s 71
4801511..4801627 5s
 
5027433..5027508 agg
 
5076388..5076464 gcg
 
5123784..5123856 acc
 
5132819..5132892 caa
 
comp 5216466..5216550 tta
 
5430075..5430148 atgf
 
comp 5530949..5531020 cgg
 
5714968..5715039 cag 21
5715061..5715133 gag + 38
5715172..5715244 gag 3 gag 13
5715258..5715330 gag 2 cag 4
5715335..5715409 cag
 
5853168..5854696 16s 256
5854953..5858085 23s 73
5858159..5858275 5s
 
5932168..5933696 16s 256
5933953..5937085 23s 71
5937157..5937273 5s
 
6074082..6075610 16s 264
6075875..6079006 23s 73
6079080..6079196 5s
 
comp 6104344..6104419 aga
 
6400221..6401749 16s 267
6402017..6405146 23s 106
6405253..6405369 5s
 
6485836..6485909 ccc
 
7355279..7355354 tgc 19
7355374..7355449 ggc
 
comp 7461078..7461165 ctc

ksk cumuls

cumuls. ksk.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs
avec rRNA opérons 9 1 0 -
16 23 5s 0 9 20 4
16 atc gca 0 40 8
16 23 5s a 0 60 3
max a 0 80 1
a doubles 0 100 0
spéciaux 0 120 0
total aas 0 140 1
sans opérons 49 160 1
1 aa 37 180 0
max a 5 200 0
a doubles 7 3
total aas 70 21 0
total aas 70
remarques 2
avec jaune moyenne 72
variance 79
sans jaune moyenne 33
variance 18

ksk blocs

Ac4. Kitasatospora setae KM-6054, blocs rRNA.
5s 73 117 73 117 73 117
23s 267 3134 267 3133 266 3132
16s 1529 1529 1529
 
16s 73 117 267 1529 256 1529
23s 267 3133 71 3134 73 3133
5s 1529 117 117
 
16s 256 1529 264 1529 267 1529
23s 71 3133 73 3132 106 3130
5s 117 117 117

ksk remarques

  • Remarques : 9 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires. Analogue à sma.
    1. @ 9 blocs 16-23-5s sans aas.
      - 8 opérons ont des intercalaires identiques, 267 73.
      - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 45% plus élevée, 33/73. L'autre est commune aux 9 opérons, 267.
    2. @ Les intercalaires élevés ne touchent que 2 opérons sans rRNAs et sont à la limite de la règle de 210 bases, et sont équivalents à l’intercalaire 16s-23s, 269 et 240.
  • Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
    - Il n'y a que 7 opérons contenant des doubles:
    - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2 , comme sma.
    - (ggc tgc 3gtc), répétition triple comme sma, plus (3gcc).
    - (atgi 2aac) est remplacé par 4 doublets, 2gtg 2aac 2ggc et (agc 2cgt).
    - Au total 5 doublets et 3 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 70. C’est donc que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 9 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.

ksk distribution

  • Lien tableur: ksk distribution
  • Notes:
    - Les doubles et les triples, gtg2 gcc3 ggc2 gtc3 aag2 gag3 aac2 cgt2, font 19 tRNas sur les 33 multiples, soit 58%. Ne sont pas accompagnés de solitaires.
    - Tableau Ac42, ggc a 1 double et 2 non doubles appartenant à 2 blocs multiples.
    - 3 tRNAs ont 1 solitaire et 1 multiple, acc cca gac. Le tRNA tgc a 2 multiples non doubles et 2 solitaires.
Ac4 ksk, Kitasatospora setae KM-6054. actinomycete.
Ac41 ase. La distribution des tRNAs solitaires.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 3
att act 1 aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac 1 tgc 2
atc 1 acc 1 aac agc
ctc 2 ccc 1 cac 1 cgt
gtc gcc gac 1 ggc
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa cga
gta 1 gca 1 gaa gga
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj acg 1 aag 2 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag cgg 1
gtg gcg 1 gag ggg 1
actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
ksk 37 37
Ac42 ksk. La distribution des tRNAs multiples.
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc tac tgc 2
atc acc 1 aac 2 agc 1
ctc ccc cac cgt 2
gtc 3 gcc 3 gac 1 ggc 4
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca 1 caa cga
gta gca gaa 1 gga 1
ttg tcg tag tgg
atgj 1 acg aag 2 agg
ctg ccg cag 2 cgg
gtg 2 gcg gag 3 ggg
actino >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
ksk 33 33

actino synthèse

actino distribution par génome

Actino distribution par génome
actino >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
ase 58 32 0 6 96
blo 19 31 0 6 56
sma 17 48 0 7 72
ksk 14 37 0 19 70
total 108 148 0 0 0 0 38 0 294

actino distribution du total

actino. Distribution et indices
actino. Distribution du total: >1aa 1aa duplicata.
g1    t1         
atgi 4 tct tat atgf 11
att act 1 aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 5 tcc 5 tac 5 tgc 10
atc 5 acc 7 aac 9 agc 7
ctc 8 ccc 6 cac 5 cgc 9
gtc 11 gcc 10 gac 10 ggc 14
tta 4 tca 4 taa tga
ata aca 4 aaa 5 aga 5
cta 4 cca 6 caa 3 cga
gta 4 gca 5 gaa 5 gga 7
ttg 5 tcg 4 tag tgg 7
atgj 4 acg 6 aag 11 agg 4
ctg 7 ccg 4 cag 8 cgg 5
gtg 10 gcg 6 gag 10 ggg 5
actino4 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 146 148 0 294
actino. indices du 26.5.20 434 génomes
g1 t1 618 21937 0,5  0,2
atgi 104 tct 0,2 tat atgf 135
att act 0,7 aat agt 0,2
ctt 0,9 cct 0,5 cat 0,9 cgc 1,4
gtt 0,2 gct 0,2 gat 0,9 ggt 0,2
ttc 106 tcc 100 tac 104 tgc 118
atc 104 acc 111 aac 126 agc 104
ctc 113 ccc 106 cac 100 cgt 131
gtc 145 gcc 129 gac 138 ggc 184
tta 100 tca 100 taa tga 19
ata 1,2 aca 100 aaa 104 aga 103
cta 100 cca 100 caa 99 cga 1,4
gta 98 gca 119 gaa 101 gga 108
ttg 105 tcg 125 tag 0,9 tgg 109
atgj 102 acg 104 aag 126 agg 104
ctg 100 ccg 99 cag 110 cgg 105
gtg 114 gcg 86 gag 143 ggg 104
inter max min total
 

actino distribution par type

Actino. Distribution par type.
actino. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi 3 tct tat atgf 10
att act 1 aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 4 tac 3 tgc 3
atc 2 acc 2 aac 2 agc 2
ctc 6 ccc 6 cac 4 cgt 1
gtc gcc 3 gac 5 ggc 1
tta 4 tca 4 taa tga
ata aca 4 aaa 4 aga 4
cta 3 cca 2 caa 3 cga
gta 4 gca 2 gaa 1 gga 2
ttg 4 tcg 4 tag tgg 5
atgj acg 4 aag 6 agg 4
ctg 4 ccg 4 cag cgg 4
gtg 5 gcg 4 gag ggg 4
actino4 1aa 148
actino. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 4 tcc 1 tac 2 tgc 7
atc 3 acc 5 aac 1 agc 5
ctc 2 ccc cac 1 cgt 4
gtc 5 gcc 2 gac 5 ggc 11
tta tca taa tga
ata aca aaa 1 aga 1
cta 1 cca 4 caa cga
gta gca 3 gaa 4 gga 5
ttg 1 tcg tag tgg 2
atgj 4 acg 2 aag agg
ctg 3 ccg cag 8 cgg 1
gtg 3 gcg 2 gag 2 ggg 1
actino >1aa 108
actino. distribution des duplicata
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc acc aac 6 agc
ctc ccc cac cgt 4
gtc 6 gcc 5 gac ggc 2
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag 5 agg
ctg ccg cag cgg
gtg 2 gcg gag 8 ggg
actino dupli 38

actino par rapport au groupe de référence

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
actino4 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 55 28 26 109
16 moyen 50 38 88
14 fort 43 42 12 97
148 108 38 294
10 g+cga 31 18 15 64
2 agg+cgg 8 1 9
4 carre ccc 15 9 11 35
5 autres 1 1
55 28 26 109
total tRNAs ‰
actino4 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres actino ‰ ref.‰
21 faible 187 95 88 371 26
16 moyen 170 129 299 324
14 fort 146 143 41 330 650
503 367 129 294 729
10 g+cga 105 61 51 218 10
2 agg+cgg 27 3 31
4 carre ccc 51 31 37 119 16
5 autres 3 3
187 95 88 371
blocs tRNAs ‰ total colonne %
actino4 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 187 95 88 371 26 37 26 68
16 moyen 170 129 299 324 34 35
14 fort 146 143 41 330 650 29 39 32
503 367 129 294 729 148 108 38
10 g+cga 105 61 51 218 10 56 64 58
2 agg+cgg 27 3 31 15 4
4 carre ccc 51 31 37 119 16 27 32 42
5 autres 3 3 2
187 95 88 371 55 28 26

actinobacteria, estimation des -rRNAs

  • Lien tableur: actinobacteria, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 22.1.21
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

actinobacteria, calcul des -rRNAs

act actinobacteria 63 génomes
act1 cumul des +rRNAs de la fiche actinobacteria pour 99 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 2 tac tgc
atc acc aac agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
acti99 inter max min total
2 0 0 2
act2 indices du clade actinobacteria du 26.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1      618 0.5  0.2
atgi 104 tct 0.2 tat atgf 135
att act 0.7 aat agt 0.2
ctt 0.9 cct 0.5 cat 0.9 cgc 1.4
gtt 0.2 gct 0.2 gat 0.9 ggt 0.2
ttc 106 tcc 100 tac 104 tgc 118
atc 104 acc 111 aac 126 agc 104
ctc 113 ccc 106 cac 100 cgt 131
gtc 145 gcc 129 gac 138 ggc 184
tta 100 tca 100 taa tga 19
ata 1.2 aca 100 aaa 104 aga 103
cta 100 cca 100 caa 99 cga 1.4
gta 98 gca 119 gaa 101 gga 108
ttg 105 tcg 125 tag tgg 109
atgj 102 acg 104 aag 126 agg 104
ctg 100 ccg 99 cag 110 cgg 105
gtg 114 gcg 86 gag 143 ggg 104
gtRNA inter max min total
1679 1634 1736 5049
act3 cumul des -rRNAs de l'annexe archeo 4 génomes
g1    t1         
atgi 4 tct tat atgf 11
att act 1.0 aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 5 tcc 5 tac 5 tgc 10
atc 5 acc 7 aac 9 agc 7
ctc 8 ccc 6 cac 5 cgt 9
gtc 11 gcc 10 gac 10 ggc 14
tta 4 tca 4 taa tga
ata aca 4 aaa 5 aga 5
cta 4 cca 6 caa 3 cga
gta 4 gca 5 gaa 5 gga 7
ttg 5 tcg 4 tag tgg 7
atgj 4 acg 6 aag 11 agg 4
ctg 7 ccg 4 cag 8 cgg 5
gtg 10 gcg 6 gag 10 ggg 5
acti4 inter max min total
88 97 109 294
act4 indices des +rRNAs de la fiche actinobacteria pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 2 tac tgc
atc acc aac agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
acti99 inter max min total
2 0 0 2
act5 estimation des -rRNA du clade actinobacteria pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 104 tct 0.2 tat atgf 135
att act 0.7 aat agt 0.2
ctt 0.9 cct 0.5 cat 0.9 cgc 1.4
gtt 0.2 gct 0.2 gat 0.9 ggt 0.2
ttc 106 tcc 98 tac 104 tgc 118
atc 104 acc 111 aac 126 agc 104
ctc 113 ccc 106 cac 100 cgt 131
gtc 145 gcc 129 gac 138 ggc 184
tta 100 tca 100 taa tga 19
ata 1.2 aca 100 aaa 104 aga 103
cta 100 cca 100 caa 99 cga 1.4
gta 98 gca 119 gaa 101 gga 108
ttg 105 tcg 125 tag tgg 109
atgj 102 acg 104 aag 126 agg 104
ctg 100 ccg 99 cag 110 cgg 105
gtg 114 gcg 86 gag 143 ggg 104
-rRNA inter max min total
1677 1634 1736 5047
act6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 100 tct tat atgf 275
att act 25 aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 125 tcc 125 tac 125 tgc 250
atc 125 acc 175 aac 225 agc 175
ctc 200 ccc 150 cac 125 cgt 225
gtc 275 gcc 250 gac 250 ggc 350
tta 100 tca 100 taa tga
ata aca 100 aaa 125 aga 125
cta 100 cca 150 caa 75 cga
gta 100 gca 125 gaa 125 gga 175
ttg 125 tcg 100 tag tgg 175
atgj 100 acg 150 aag 275 agg 100
ctg 175 ccg 100 cag 200 cgg 125
gtg 250 gcg 150 gag 250 ggg 125
acti4 inter max min total
2200 2425 2725 7350

actinobacteria, comparaison clade-annexe des -rRNAs

  • Lien tableur: actinobacteria, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - act7. diff, somme des couleurs de act7. La différence entre tRNAs est faite entre act5 et act6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - act8. rap, rapport des sommes couleurs act5/act2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de act5 sur celui de act2.
  • Fréquences des différences en % du tableau act7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	10	12	2	5	12	4	0	0	0	3	0	48
tot ≤ 50						41
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 36% au dessus de celle de la fiche des actinobacteria.
tRNAs		fiche		annexe
sans		5354		294
avec		2		0
genomes		99		4
indice %	54		75
act actinobacteria 99 génomes
act7 actinobacteria, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 4 tct 100 tat atgf 51
att act 97 aat agt 100
ctt 100 cct 100 cat 100 cgc 100
gtt 100 gct 100 gat 100 ggt 100
ttc 15 tcc 22 tac 17 tgc 53
atc 17 acc 37 aac 44 agc 41
ctc 44 ccc 29 cac 20 cgt 42
gtc 47 gcc 48 gac 45 ggc 47
tta 0 tca 0 taa tga 100
ata 100 aca 0 aaa 17 aga 18
cta 0 cca 33 caa 24 cga 100
gta 2 gca 5 gaa 19 gga 38
ttg 16 tcg 20 tag tgg 38
atgj 2 acg 31 aag 54 agg 4
ctg 43 ccg 1 cag 45 cgg 16
gtg 54 gcg 43 gag 43 ggg 17
diff inter max min total
313 395 593 1301
act8 actinobacteria, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 98 tac tgc
atc acc aac agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
100 100 100 100
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