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Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/bacteroide

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bacteroide
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Annexe 6
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/bacteroide  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Myroides sp. A21

myr opérons

  • Lien tableur: myr opérons
  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [3]
  • Phylogénie: Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Myroides; unclassified Myroides.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Bd1. myr opérons, Myroides sp. A21
41.4%GC 12.8.19 Paris  101  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
comp 151454..152776 CDS 270 270 441
comp 153047..153134 tca 208 208
comp 153343..154476 CDS 378
 
211346..212332 CDS 123 123 329
comp 212456..212530 gta + 27 27
comp 212558..212635 gta 5 gta 27 27
comp 212663..212740 gta 27 27
comp 212768..212845 gta 42 42
comp 212888..212965 gta 92 92
comp 213058..214275 CDS 406
 
comp 294948..295334 CDS 146 146 129
comp 295481..295554 aga 28 28
comp 295583..295660 cca 7 7
comp 295668..295751 agc 280 280
296032..297210 CDS 393
 
327067..328053 CDS 112 112 329
comp 328166..328241 aaa + 698 698
comp 328940..329021 ctc 6 aaa 87 87
comp 329109..329184 aaa @1 31 31
comp 329216..329291 aaa 36 36
comp 329328..329403 aaa 45 45
comp 329449..329524 aaa 33 33
comp 329558..329633 aaa 129 129
329763..330281 CDS 173
 
comp 353908..354384 CDS 259 259 159
comp 354644..354753 5s 107 §110
comp 354861..357744 23s 150 §2884
comp 357895..357971 gca 88 88
comp 358060..358136 atc 75
comp 358212..359735 16s 265 §1524
comp 360001..360110 5s 103 §110
comp 360214..363107 23s 150 §2894
comp 363258..363334 gca 88 88
comp 363423..363499 atc 75
comp 363575..365098 16s 687 687 §1524
comp 365786..366973 CDS 396
 
comp 407344..408819 CDS 141 141 492
comp 408961..409037 aca + 33 33
comp 409071..409147 aca 5 aca 38 38
comp 409186..409262 aca 39 39
comp 409302..409378 aca 41 41
comp 409420..409493 aca 81 81
comp 409575..409838 CDS 88
 
comp 550792..551043 CDS 37 37 84
comp 551081..551155 gaa + 40 40
comp 551196..551267 gaa 6 gaa 37 37
comp 551305..551376 gaa 38 38
comp 551415..551486 gaa 35 35
comp 551522..551596 gaa 38 38
comp 551635..551706 gaa 75 75
comp 551782..553257 CDS 492
 
comp 571079..574315 CDS 165 165 1079
comp 574481..574590 5s 107 §110
comp 574698..577581 23s 118 §2884
comp 577700..577776 gca 88 88
comp 577865..577941 atc 76
comp 578018..579541 16s 264 §1524
comp 579806..579915 5s 106 §110
comp 580022..582915 23s 150 §2894
comp 583066..583142 gca 88 88
comp 583231..583307 atc 77
comp 583385..584908 16s 1070 1070 §1524
comp 585979..586545 CDS 189
 
comp 719558..719755 CDS 13 13 66
comp 719769..719842 tgg 60 60
comp 719903..721090 CDS 58 58 396
comp 721149..721220 acc 20 20
comp 721241..721321 tac 27 27
comp 721349..721425 aca 93 93
comp 721519..721818 CDS 100
 
781522..782178 CDS 76 76 219
782255..782330 atgf 93 93
782424..782978 CDS 185
 
comp 783008..783451 CDS 332 332 148
783784..783859 atgf 110 110
comp 783970..785886 CDS 639
 
comp 814859..815281 CDS 541 541 141
comp 815823..815899 cga 10 10
comp 815910..816362 CDS 151
 
868515..869267 CDS 37 37 251
comp 869305..869380 gga + 34 34
comp 869415..869490 gga 6 gga 34 34
comp 869525..869600 gga 34 34
comp 869635..869710 gga 34 34
comp 869745..869820 gga 37 37
comp 869858..869930 gga 242 242
870173..870646 CDS 158
 
1010425..1011210 CDS 92 92 262
comp 1011303..1011376 caa + 221 221
comp 1011598..1011668 caa 2 caa 183 183
1011852..1015055 CDS 1068
 
comp 1110980..1111921 CDS 158 158 314
1112080..1112162 ttg 44 44
comp 1112207..1112701 CDS 165
 
1113809..1114273 CDS 158 158 155
comp 1114432..1114541 5s 105 §110
comp 1114647..1117530 23s 150 §2884
comp 1117681..1117757 gca 88 88
comp 1117846..1117922 atc 75
comp 1117998..1119521 16s 266 §1524
comp 1119788..1119897 5s 105 §110
comp 1120003..1122896 23s 150 §2894
comp 1123047..1123123 gca 88 88
comp 1123212..1123288 atc 77
comp 1123366..1124889 16s 77 §1524
comp 1126238..1126311 aac 90 90
comp 1126402..1127745 CDS 448
 
1214932..1215615 CDS 101 101 228
comp 1215717..1215790 tgc 88 88
comp 1215879..1216235 CDS 119
 
1391184..1391825 CDS 85 85 214
1391911..1391987 aac + 370 370
1392358..1392434 aac 2 aac 590 590
comp 1393025..1393459 CDS 145
 
1597909..1598226 CDS 635 635 106
1598862..1598938 gac + 148 148
1599087..1599163 gac 3 gac 202 202
1599366..1599442 gac 169 169
comp 1599612..1600157 CDS 182
 
comp 1643091..1644479 CDS 132 132 463
1644612..1644696 cta + 183 183
1644880..1644961 cta 2 cta 314 314
1645276..1646115 CDS 280
 
1721814..1722689 CDS 66 66 292
comp 1722756..1722826 tgg 51 51
comp 1722878..1723252 CDS 125
 
comp 1738209..1739033 CDS 183 183 275
comp 1739217..1739293 atgi + 24 24
comp 1739318..1739394 atgi 2 atgi 69 69
comp 1739464..1739865 CDS 134
 
> 1924596..1926158 CDS + -41 -41 521
comp 1926118..1926206 tta 2 tta 341 341
comp 1926548..1926633 tta @2 320 320
< 1926954..1927025 CDS 24
 
1928728..1929714 CDS 125 125 329
comp 1929840..1929925 tta 147 147
comp 1930073..1930444 CDS 108 108 124
comp 1930553..1930638 tta 6 6
comp 1930645..1930720 ggc 201 201
comp 1930922..1933519 CDS 866
 
comp 1961822..1962571 CDS 128 128 250
1962700..1962775 ttc + 32 32
1962808..1962883 ttc 3 ttc 23 23
1962907..1962982 ttc 97 97
comp 1963080..1964066 CDS 329
 
2082191..2082733 CDS 1103 1103 181
2083837..2085360 16s 77 §1524
2085438..2085514 atc 88 88
2085603..2085679 gca 150
2085830..2088713 23s 106 §2884
2088820..2088929 5s 156 156 §110
2089086..2089943 CDS 286
 
2147912..2148241 CDS 286 286 110
2148528..2148604 cgt + 49 49
2148654..2148730 cgt 2 cgt 69 69
2148800..2149288 CDS 163
 
comp 2207990..2208685 CDS 111 111 232
comp 2208797..2208872 atgf 106 106
comp 2208979..2209605 CDS 147 147 209
comp 2209753..2209829 atgj 145 145
2209975..2210361 CDS 129
 
comp 2425634..2426896 CDS 299 299 421
comp 2427196..2427270 cca 353 353
2427624..2428565 CDS 314
 
comp 2434061..2435053 CDS 125 125 331
comp 2435179..2435252 atgj 366 366
2435619..2436269 CDS 217
 
2561350..2563341 CDS 1072 1072 664
2564414..2565937 16s 74 §1524
2566012..2566088 atc 90 90
2566179..2566255 gca 118
2566374..2569256 23s 105 §2883
2569362..2569471 5s 279 279 §110
2569751..2571682 CDS 610
 
comp 2676791..2678620 CDS 235 235 610
comp 2678856..2678940 tca 497 497
2679438..2681390 CDS 651
 
comp 2977513..2977920 CDS 497 497 136
comp 2978418..2978492 gta 61 61
comp 2978554..2978928 CDS 125
 
3228192..3228908 CDS 79 79 239
3228988..3229064 cac + 23 23
3229088..3229164 cac 4 cac 22 22
3229187..3229263 cac 21 21
3229285..3229361 cac 40 40
comp 3229402..3230577 CDS 392
 
comp 3394869..3395093 CDS 90 90 75
comp 3395184..3395268 tca 215 215
comp 3395484..3396884 CDS 467
 
3457542..3458360 CDS 150 150 273
3458511..3458594 tac + 49 49
3458644..3458727 tac 4 tac 48 48
3458776..3458859 tac 41 41
3458901..3458984 tac 309 309
comp 3459294..3460415 CDS 374
 
3951958..3953367 CDS 595 595 470
3953963..3954039 aga + 80 80
3954120..3954196 aga 2 aga 36 36
comp 3954233..3954712 CDS 160
 
3975219..3976205 CDS 99 99 329
comp 3976305..3976379 cca + 36 36
comp 3976416..3976493 cca 2 cca 7 7
comp 3976501..3976587 agc 965 965
3977553..3978161 CDS 203

myr cumuls

cumuls. myr.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 8 1 0 1 1 1 100 6 30 1
16 23 5s 0 0 20 4 50 7 20 200 25 60 0
16 atc gca 8 40 28 100 21 40 300 16 90 4
16 23 5s a 0 60 7 150 18 60 400 14 120 4
max a 2 80 1 200 7 80 500 9 150 10
a doubles 0 100 1 8 250 5 100 600 1 180 8
autres 0 120 0 300 6 120 700 5 210 6
total aas 16 140 0 350 4 140 800 0 240 6
sans opérons 34 160 1 400 2 160 900 1 270 3
1 aa 13 180 0 450 0 180 1000 0 300 5
max a 7 200 1 500 2 200 1100 2 330 6
a doubles 17 5 9 0 26
total aas 85 40 8 70 0 70 53
total aas 101
remarques 2
avec jaune moyenne 74 88 223 302
variance 120 0 242 209
sans jaune moyenne 33 144 244 189
variance 13 90 122 78

myr blocs

Bd1. myr blocs, Myroides sp. A21
CDS 259 159 165 1079 CDS 158 155
5s 107 110 107 110 5s 105 110
23s 150 2884 118 2884 23s 150 2884
gca 88 88 gca 88
atc 75 76 atc 75
16s 265 1524 264 1524 16s 266 1524
5s 103 110 106 110 5s 105 110
23s 150 2894 150 2894 23s 150 2894
gca 88 88 gca 88
atc 75 77 atc 77
16s 687 1524 1070 1524 16s 77 1524
CDS 396 189 aac 90
CDS 448
 
CDS 1103 181 1072 664
16s 77 1524 74 1524
atc 88 90
gca 150 118
23s 106 2884 105 2883
5s 156 110 279 110
CDS 286 644

myr remarques

  • Lien tableur: myr remarques
  • Remarques
    1. @1 intercalaire entre aas très élevé voir /Annexe/alpha#abq_remarques pour intercalaires élevés
    2. @2 un cds négatif de 41 qui empiète de 53% sur le tRNA tta, et un intercalaire entre les 2 tta élevé de 341.
    3. Six blocs à rRNAs sont juxtaposés 2 par 2 dont un a un tRNA externe. Le 2 blocs restants sont séparés et ne portent pas de tRNA externe.
  • Séquences des doubles: La caractéristique principale de ce génome c’est l’existence de nombreux clusters sans rRNAs avec quasiment que des n-tuples, séquence inintérompue du même aa.
    1. Il y a 17 clusters de ce genre sur 34 et se répartissent comme suite
      - 2 sextuplets, gga gaa
      - 3 quintuplets, aaa aca gta
      - 2 quadruplets, cac tac
      - 2 triplets, gac ttc
      - 8 doublets
    2. Malgré le grand nombre de tRNAs de ce génome 14 se terminant par c a g sont absents dont ceux parmi les plus fréquents chez les bactéries, gtc tcc ccc gcc agg ctg cgg, et en même temps cga, très rare, est présent.
    3. Il ne reste donc plus que 6 tRNAs à un seul exemplaire et 5 en 2 (atgj agc tgg) et 3 (tca atgf) exemplaires séparés.
    4. atc et gca sont en 8 exemplaires chacun et appartiennent aux 8 blocs à rRNAs, sans exemplaire en dehors.
    5. Tableau du code génétique avec les n-tuplets colorés en vert. Ils sont concentrés dans les colonnes 1,3 et les lignes 2,3. Par ailleurs la colonne 2 est à moitié vide ( 7 sur 12 sont vides) et la ligne 4 quasiment vide, seul ttg non obligatoire existe.
  • Code génétique de myr:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 101 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 101 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Bd1 myr, Myroides sp. A21
g1    t1       101 101
atgi 2 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc 0 tac 5 tgc 1
atc 8 acc 1 aac 3 agc 2
ctc 1 ccc 0 cac 4 cgt 2
gtc gcc 0 gac 3 ggc 1
tta 4 tca 3 taa tga
ata aca 6 aaa 6 aga 3
cta 2 cca 4 caa 2 cga 1
gta 6 gca 8 gaa 6 gga 6
ttg 1 tcg tag tgg 2
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg

myr distribution

  • Lien tableur: myr distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 16 *, =1aa a un total de 16 dont 1 tta, 1 cca et 1 gta sont indiqués dans 4 et 6. Le reste de ces cumuls sont des >1aa.
    - 1 *, -16s ne contient qu'un tRNA aac indiqué dans 3, le reste appartient aux >1aa.
    - 68 *, les >1aa sont représentés en clair. A ces tRNAs il faut ajouter donc 3 tta 3 cca 5 gta et 2 aac, d'après les 2 notes ci-dessus. Le total des >1aa est donc de 68.
    - Les duplications, tableau Bd12, sont les répétitions en continu du même tRNA. Elles sont cumulées dans le tableau Bd11 avec les >1aa, blocs sans rRNAs contenant plus d'un tRNA. Ainsi il y a 11 tRNAs sur 68 qui ne sont pas dupliqués dans ces blocs.
Bd1 myr, Myroides sp. A21. bacteroide.
Bd11 myr. La distribution des tRNAs
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc tac 5 tgc 1
atc 8 acc 1 aac 3 agc 2
ctc 1 ccc cac 4 cgt 2
gtc gcc gac 3 ggc 1
tta 4 tca 3 taa tga
ata aca 6 aaa 6 aga 3
cta 2 cca 4 caa 2 cga 1
gta 6 gca 8 gaa 6 gga 6
ttg 1 tcg tag tgg 2
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
myr 68 * 16 * 1 * 16 101
Bd12 myr. Les duplications.
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc tac 4 tgc
atc acc aac 2 agc
ctc ccc cac 4 cgt 2
gtc gcc gac 3 ggc
tta 2 tca taa tga
ata aca 5 aaa 5 aga 2
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 5 gca gaa 6 gga 6
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
myr 57 57

myr intercalaires entre cds

  • Lien NCBI [4]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

myr les fréquences

  • Lien tableur: myr intercalaires entre cds
  • Légende:   long, longueur en pbs,   intercal pour intercalaire
    - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquencez est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.
    - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
    - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
    - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
    - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 18.1.21.
myr Les fréquences des intercalaires entre cds
myr intercalaires total % intercalaires moyenne ecartype plage ADN intercal frequence5 intercal fréquencez
négatif 302 8.5 négatif -9 10 -1 à -68 4 155 464 -1 302 610 6
zéro 18 0.5 intercals 0 18 620 2
1 à 200 2443 68.7 0 à 200 67 56 507 186 5 304 630 6
201 à 370 440 12.4 201 à 370 271 47 12.2% 10 157 640 4
371 à 600 202 5.7 371 à 600 470 61 15 155 650 2
601 à max 150 4.2 601 à 1353 802 166 20 108 660 8
total 3555 <201 77.7 total 3549 139 188 -68 à 1353 25 81 670 5
adresse intercalx intercal fréquence1 intercal fréquence6 cumul,% intercal fréquence-1 30 70 680 3
1253774 2764 -1 302 -70 0 0 18 35 54 690 3
4076145 2069 0 18 -60 1 -1 71 40 67 700 2
3818684 1978 1 66 -50 0 -2 0 45 52 710 10
3657182 1824 2 83 -40 5 -3 2 50 67 720 4
4012754 1661 3 66 -30 7 min à -1 -4 69 55 67 730 2
3629577 1544 4 59 -20 22 302 -5 0 60 49 740 10
2952529 1353 5 30 -10 78 8.5% -6 3 65 78 750 2
3023352 1312 6 43 0 207 -7 10 70 74 760 6
3091776 1283 7 27 10 461 -8 34 75 64 770 4
3063256 1274 8 34 20 263 -9 0 80 67 780 5
792903 1218 9 26 30 151 -10 3 85 56 790 4
128855 1210 10 27 40 121 1 à 100 -11 30 90 69 800 5
1814854 1180 11 42 50 119 1780 -12 0 95 73 810 3
2893024 1157 12 48 60 116 50% -13 2 100 50 820 2
3791894 1149 13 19 70 152 -14 22 105 50 830 2
1764716 1121 14 28 80 131 -15 1 110 45 840 3
3858117 1092 15 18 90 125 -16 2 115 55 850 1
2631119 1079 16 20 100 123 -17 16 120 44 860 1
3204160 1074 17 25 110 95 -18 1 125 38 870 0
3970791 1045 18 21 120 99 -19 1 130 32 880 1
638891 1022 19 22 130 70 -20 7 135 37 890 3
3392036 1020 20 20 140 71 -21 0 140 34 900 1
3864400 1007 21 15 150 79 -22 0 145 40 910 3
1410445 1003 22 19 160 60 -23 7 150 39 920 2
3966467 1001 23 15 170 58 1 à 200 -24 0 155 36 930 2
180046 997 24 18 180 54 2443 -25 1 160 24 940 1
226066 997 25 14 190 51 69% -26 4 165 38 950 0
102898 986 26 12 200 44 -27 0 170 20 960 2
1232294 981 27 14 210 41 -28 0 175 25 970 0
66244 978 28 16 220 33 -29 3 180 29 980 1
1851963 956 29 14 230 34 -30 0 185 24 990 2
2836755 953 30 14 240 39 -31 0 190 27 1000 2
3339204 937 31 12 250 31 1 à 200 -32 1 195 23 1010 3
485591 928 32 15 260 30 2461 308 200 21 1020 1
1163082 925 33 8 270 39 reste 12 205 21 1030 1
2704567 918 34 14 280 17 total 320 210 20 1040 0
1624776 912 35 5 290 25 215 19 1050 1
1989125 909 36 17 300 20 intercal fréquencef 220 14 1060 0
2763942 909 37 11 310 24 600 3405 225 17 1070 0
3941959 907 38 9 320 26 650 20 230 17 1080 2
3569216 896 39 18 330 21 700 21 235 16 1090 0
3279840 890 40 12 340 12 201 à 370 750 28 240 23 1100 1
3713046 890 reste 2239 350 16 440 800 24 245 16 1110 0
1258251 888 total 3555 360 20 12% 850 11 250 15 1120 0
3954233 874 370 12 900 6 255 14 1130 1
248335 860 380 9 950 8 260 16 1140 0
390 8 1000 7 265 17 1150 1
400 9 1050 6 270 22 1160 1
adresse intercaln décalage long 410 15 1100 3 275 14 1170 0
849554 -68 comp 420 12 1150 2 280 3 1180 1
3465496 -47 shift2 473 430 11 1200 2 285 14 1190 0
3335648 -46 shift2 705 440 9 1250 2 290 11 1200 0
1686663 -44 shift2 464 450 18 1300 2 295 11 reste 12
626279 -41 460 9 1350 1 300 9 total 150
3285379 -41 470 14 1400 1 305 18
569581 -38 480 10 1450 0 310 6
3645168 -38 490 11 1500 0 315 11
3007311 -35 500 5 1550 1 320 15
890595 -34 510 9 1600 0 325 10
1138331 -34 520 5 1650 0 330 11
1639425 -34 530 9 1700 1 335 4
1509236 -32 540 3 371 à 600 146 340 8
2356195 -29 550 7 202 345 11
2927121 -29 560 6 5.7% 350 5
3218460 -29 570 7 355 11
74410 -26 580 4 601 à max 360 9
1241101 -26 590 6 150 365 6
1964711 -26 600 6 4.2% 370 6
3675717 -26 reste 150 reste 4 reste 352
424302 -25 total 3555 toal 3555 toal 3555

myr autres intercalaires

  • Lien tableur: myr autres intercalaires
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
myr Les autres intercalaires.
myr1 adresses1
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 151454 273 comp
tRNA 153050 208 comp
fin CDS 153343 comp
deb CDS 171836 177 comp
regulatory 174323 162
fin CDS 174673 comp
deb CDS 211346 123
tRNA 212456 30 comp
tRNA 212561 30 comp
tRNA 212666 30 comp
tRNA 212771 42 comp
tRNA 212888 92 comp
fin CDS 213058 comp
deb CDS 294948 146 comp
tRNA 295481 31 comp
tRNA 295586 7 comp
tRNA 295668 280 comp
fin CDS 296032
deb CDS 327067 115
tRNA 328169 466 comp
deb CDS 328708 73
tRNA 328940 90 comp
tRNA 329112 34 comp
tRNA 329219 39 comp
tRNA 329331 48 comp
tRNA 329452 36 comp
tRNA 329561 129 comp
fin CDS 329763
deb CDS 353908 259 comp
rRNA 354644 109 comp
rRNA 354863 151 comp
tRNA 357898 91 comp
tRNA 358063 80 comp
rRNA 358217 266 comp
rRNA 360001 105 comp
rRNA 360216 151 comp
tRNA 363261 91 comp
tRNA 363426 80 comp
rRNA 363580 688 comp
fin CDS 365786 comp
deb CDS 407344 144 comp
tRNA 408964 36 comp
tRNA 409074 41 comp
tRNA 409189 42 comp
tRNA 409305 41 comp
tRNA 409420 81 comp
fin CDS 409575 comp
deb CDS 539601 209 comp
tRNA 542039 32 comp
fin CDS 542191 comp
deb CDS 550792 40 comp
tRNA 551084 40 comp
tRNA 551196 37 comp
tRNA 551305 38 comp
tRNA 551415 38 comp
tRNA 551525 38 comp
tRNA 551635 75 comp
fin CDS 551782 comp
deb CDS 571079 165 comp
rRNA 574481 109 comp
rRNA 574700 119 comp
tRNA 577703 91 comp
tRNA 577868 81 comp
rRNA 578023 265 comp
rRNA 579806 108 comp
rRNA 580024 151 comp
tRNA 583069 91 comp
tRNA 583234 82 comp
rRNA 583390 1071 comp
fin CDS 585979 comp
deb CDS 719558 16 comp
tRNA 719772 60 comp
deb CDS 719903 58 comp
tRNA 721149 20 comp
tRNA 721241 30 comp
tRNA 721352 93 comp
fin CDS 721519 comp
deb CDS 781522 76
tRNA 782255 96
fin CDS 782424
deb CDS 783008 332 comp
tRNA 783784 113
fin CDS 783970 comp
 
 
myr2 adresses2
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 814859 544 comp
tRNA 815826 10 comp
fin CDS 815910 comp
deb CDS 868515 40
tRNA 869308 37 comp
tRNA 869418 37 comp
tRNA 869528 37 comp
tRNA 869638 37 comp
tRNA 869748 37 comp
tRNA 869858 242 comp
fin CDS 870173 comp
deb CDS 887776 96
regulatory 888352 64
fin CDS 888516
deb CDS 900643 77 comp
regulatory 902862 75 comp
fin CDS 903026 comp
deb CDS 1010425 95
tRNA 1011306 221 comp
tRNA 1011598 183 comp
fin CDS 1011852
deb CDS 1110980 158 comp
tRNA 1112080 47
fin CDS 1112207 comp
deb CDS 1113809 158
rRNA 1114432 107 comp
rRNA 1114649 151 comp
tRNA 1117684 91 comp
tRNA 1117849 80 comp
rRNA 1118003 267 comp
rRNA 1119788 107 comp
rRNA 1120005 151 comp
tRNA 1123050 91 comp
tRNA 1123215 82 comp
rRNA 1123371 1349 comp
tRNA 1126238 90 comp
fin CDS 1126402 comp
deb CDS 1214932 104
tRNA 1215720 88 comp
fin CDS 1215879 comp
deb CDS 1391184 85
tRNA 1391911 373
tRNA 1392358 593
fin CDS 1393025 comp
deb CDS 1597909 635
tRNA 1598862 151
tRNA 1599087 202
tRNA 1599366 169
fin CDS 1599612 comp
deb CDS 1604664 112 comp
regulatory 1606846 57 comp
fin CDS 1607085 comp
deb CDS 1643091 132 comp
tRNA 1644612 186
tRNA 1644880 314
fin CDS 1645276
deb CDS 1721814 66
tRNA 1722756 51 comp
fin CDS 1722878 comp
deb CDS 1738209 186 comp
tRNA 1739220 24 comp
tRNA 1739318 69 comp
fin CDS 1739464 comp
deb CDS 1924596 -38
tRNA 1926121 341 comp
tRNA 1926548 381 comp
fin CDS 1927015
deb CDS 1928728 125
tRNA 1929840 147 comp
deb CDS 1930073 108 comp
tRNA 1930553 9 comp
tRNA 1930648 201 comp
fin CDS 1930922 comp
deb CDS 1961822 128 comp
tRNA 1962700 35
tRNA 1962808 26
tRNA 1962907 100
fin CDS 1963080 comp
deb CDS 2082191 1104
rRNA 2083838 82
tRNA 2085438 91
tRNA 2085603 151
rRNA 2085828 108
rRNA 2088820 156
fin CDS 2089086
myr3 adresses3
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 2147912 286
tRNA 2148528 52
tRNA 2148654 72
fin CDS 2148800
deb CDS 2207990 114 comp
tRNA 2208800 106 comp
deb CDS 2208979 150 comp
tRNA 2209756 145 comp
fin CDS 2209975
deb CDS 2224025 53 comp
ncRNA 2225644 58 comp
fin CDS 2225810 comp
deb CDS 2302059 133
regulatory 2303686 199
fin CDS 2304079
deb CDS 2425634 299 comp
tRNA 2427196 353 comp
fin CDS 2427624
deb CDS 2434061 125 comp
tRNA 2435179 366 comp
fin CDS 2435619
deb CDS 2505104 88 comp
ncRNA 2506290 93
fin CDS 2506482 comp
deb CDS 2561350 1073
rRNA 2564415 79
tRNA 2566012 93
tRNA 2566179 119
rRNA 2566372 107
rRNA 2569362 279
fin CDS 2569751
deb CDS 2640485 167 comp
regulatory 2641078 541 comp
fin CDS 2641765
deb CDS 2676791 235 comp
tRNA 2678856 497 comp
fin CDS 2679438
deb CDS 2729998 20
tRNA 2731143 22
tRNA 2731236 22
tRNA 2731329 22
tRNA 2731422 22
tRNA 2731515 294
fin CDS 2731880
deb CDS 2977513 497 comp
tRNA 2978418 61 comp
fin CDS 2978554 comp
deb CDS 3228192 79
tRNA 3228988 26
tRNA 3229088 25
tRNA 3229187 24
tRNA 3229285 43
fin CDS 3229402 comp
deb CDS 3299472 99
tmRNA 3300558 220 comp
fin CDS 3301177
deb CDS 3394869 90 comp
tRNA 3395184 215 comp
fin CDS 3395484 comp
deb CDS 3457542 150
tRNA 3458511 49
tRNA 3458644 51
tRNA 3458776 44
tRNA 3458901 312
fin CDS 3459294 comp
deb CDS 3475368 61 comp
regulatory 3476731 337 comp
fin CDS 3477177
deb CDS 3488568 61 comp
regulatory 3489832 337 comp
fin CDS 3490278
deb CDS 3951958 595
tRNA 3953963 83
tRNA 3954120 39
fin CDS 3954233 comp
deb CDS 3975219 99
tRNA 3976305 39 comp
tRNA 3976419 10 comp
tRNA 3976504 965 comp
fin CDS 3977553
deb CDS 4054689 76
ncRNA 4055338 275 comp
fin CDS 4055928
 
 

myr intercalaires tRNA

  • Lien tableur: myr intercalaires tRNA
  • Légende:
    - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.
    - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Cumuls comp'+continu du tableau
	deb	fin	total
<201	30	25	55
total	39	40	79
taux	77%	63%	70%
myr intercalaires tRNA
myr les relevés deb-fin
comp’ entre tRNAs comp’ deb comp’ fin
273 208
30*3 42 comp’ 123 92
31 7 146 comp’ 280
comp’ 115 comp’ 466
90 34 39 48 36 comp’ 73 comp’ 129
36 41 42 41 144 81
209 32
40 37 38*3 40 75
16 60
20 30 58 93
76 96
comp’ 332 comp’ 113
54 10
37*5 comp’ 40 242
221 comp’ 95 comp’ 183
comp’ 158 comp’ 47
comp’ 90
comp’ 104 88
373 85 comp’ 593
151 202 635 comp’ 169
186 comp’ 132 314
comp’ 66 51
24 186 69
341 comp’ -38 comp’ 381
comp’ 125 147
9 108 201
35 26 comp’ 128 comp’ 100
52 286 72
114 106
150 comp’ 145
299 comp’ 353
125 comp’ 366
235 comp’ 497
22*4 20 294
497 61
26 25 24 79 comp’ 43
90 220
90 215
49 51 44 150 comp’ 312
83 595 comp’ 39
 
 
 
 
myr intercalaires inférieures à 201 pbs
deb fin continu cumuls
16 10 deb
20 32 <201 18
40 51 total 26
54 60 % 69%
58 61
76 69 fin
79 72 <201 15
85 75 total 22
90 81 % 68%
90 88
108 92 total
114 93 <201 33
125 96 total 48
144 106 % 69%
146 147
150 201
150 208
186 215
209 220
235 242
273 294
286 314
299 -
497 -
595 -
635 - comp’ cumuls
-38 39 deb
40 43 <201 12
66 47 total 13
73 90 % 92%
95 100
104 113 fin
115 129 <201 10
123 145 total 18
125 169 % 56%
128 183
132 280 total
158 312 <201 22
332 353 total 31
_ 366 % 71%
_ 381
_ 466
_ 497
_ 593

myr intercalaires rRNA

  • Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre myr blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau myr autres intercalaires.
  • Remarque: Pour le dernier (adresse 2564414..2565937) bloc 16s l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici de 1072 pbs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, ici 279 pbs. L'avant dernier est aussi clairement orienté. Les 6 autres blocs présentent tous cette orientation mais ils sont regroupés par 2 et leur intercalaire faible est collé au rRNA suivant. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
  • Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans myr cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
deb	fin		tri	grand	petit		deb	fin		tri	grand	petit
273	208		23	381	-38		66	51		36	220	90
123	92		13	54	10		186	69		37	215	90
146	280		9	60	16		-38	381		2	123	92
115	466		33	294	20		125	147		15	183	95
73	129		7	209	32		108	201		26	128	100
144	81		39	595	39		128	100		28	114	106
209	32		8	75	40		286	72		25	201	108
40	75		14	242	40		114	106		12	332	113
16	60		35	79	43		150	145		4	466	115
58	93		16	158	47		299	353		24	147	125
76	96		21	66	51		125	366		31	366	125
332	113		10	93	58		235	497		20	314	132
54	10		34	497	61		20	294		29	150	145
40	242		22	186	69		497	61		3	280	146
95	183		27	286	72		79	43		38	312	150
158	47		5	129	73		90	220		19	635	169
104	88		11	96	76		90	215		1	273	208
85	593		6	144	81		150	312		32	497	235
635	169		18	593	85		595	39		30	353	299
132	314		17	104	88		*			*

Flavobacterium psychrophilum JIP02/86

fps opérons

  • Lien tableur: fps opérons
  • Liens: gtRNAdb [5], NCBI [6], génome [7]
  • Phylogénie: Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Flavobacterium.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Bd2. fps opérons, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
32.4%GC 14.8.19 Paris  49   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
3517..4200 CDS 43 43 228
comp 4244..4317 tgc 104 104
comp 4422..4781 CDS 120
 
113561..114154 CDS 107 107 198
comp 114262..114335 aac 147 147
comp 114483..115817 CDS 445
 
comp 190346..191287 CDS 175 175 314
191463..191545 ttg @1 290 290
comp 191836..191920 cta 132 132
192053..193441 CDS 463
 
comp 295744..295950 CDS 179 179 69
comp 296130..296203 atgi 86 86
comp 296290..296694 CDS 135
 
comp 318122..319414 CDS 896 896 431
comp 320311..320387 gac 86 86
comp 320474..321400 CDS 309
 
comp 371118..374348 CDS 154 154 1077
374503..374576 caa 47 47
comp 374624..375631 CDS 336
 
comp 464114..466717 CDS 125 125 868
comp 466843..466920 cca 163 163
467084..468346 CDS 421
 
507944..508621 CDS 1042 1042 226
509664..511163 16s 110 1500
511274..511350 atc 158 158
511509..511585 gca 213
511799..514683 23s 156 2885
514840..514945 5s 204 204 106
515150..515902 CDS 251
 
596537..597679 CDS 312 312 381
comp 597992..598074 ctc + 40 40
comp 598115..598190 aaa 2 aaa 23 23
comp 598214..598289 aaa 128 128
598418..598936 CDS 173
 
642117..643595 CDS 91 91 493
643687..643758 gaa + 31 31
643790..643864 gaa 2 gaa 162 162
644027..644278 CDS 1149 1149 84
645428..646927 16s 110 1500
647038..647114 atc 158 158
647273..647349 gca 213
647563..650447 23s 156 2885
650604..650709 5s 931 931 106
651641..653437 CDS 599
 
726614..727399 CDS 207 207 262
comp 727607..727684 gta 81 81
comp 727766..728980 CDS 405
 
852715..853170 CDS 128 128 152
comp 853299..853375 cac 75 75
comp 853451..854167 CDS 239
 
897041..897184 CDS 75 75 48
897260..897336 cgt 46 46
897383..897955 CDS 191
 
comp 982868..984043 CDS 254 254 392
984298..984384 agc 15 15
984400..984477 cca 30 30
984508..984584 aga 93 93
984678..985880 CDS 401
 
comp 1110660..1112606 CDS 1082 1082 649
1113689..1115188 16s 110 1500
1115299..1115375 atc 158 158
1115534..1115610 gca 213
1115824..1118708 23s 156 2885
1118865..1118970 5s 282 282 106
comp 1119253..1120218 CDS 322
 
comp 1123344..1124324 CDS -981 -981 327
comp 1123344..1124324 rpr @2 191 191 981
comp 1124516..1124698 rpr 20 20 183
comp 1124719..1124862 rpr 289 289 144
comp 1125152..1125229 gta 82 82
comp 1125312..1125686 CDS 125
 
1285199..1285477 CDS 148 148 93
1285626..1285710 tac 473 473
1286184..1286810 CDS 209
 
1309373..1310833 CDS 1079 1079 487
comp 1311913..1312018 5s 156 106
comp 1312175..1315059 23s 213 2885
comp 1315273..1315349 gca 158 158
comp 1315508..1315584 atc 110
comp 1315695..1317194 16s 1276 1276 1500
1318471..1319160 CDS 230
 
comp 1395138..1395728 CDS 73 73 197
comp 1395802..1396536 rpr 93 93 735
comp 1396630..1397052 rpr 248 248 423
comp 1397301..1397388 tca 135 135
comp 1397524..1398660 CDS 379
 
comp 1622342..1622755 CDS 100 100 138
comp 1622856..1622929 aca 79 79
comp 1623009..1623275 CDS 89
 
comp 1815453..1816334 CDS 239 239 294
1816574..1816649 atgf + 31 31
1816681..1816756 atgf 2 atgf 591 591
1817348..1817794 CDS 149
 
1859580..1860149 CDS 305 305 190
comp 1860455..1860531 atgj 143 143
1860675..1861067 CDS 131
 
comp 1904719..1905537 CDS 26 26 273
comp 1905564..1905637 cga 70 70
comp 1905708..1906157 CDS 150
 
1995546..1996253 CDS 35 35 236
comp 1996289..1996361 gga 281 281
1996643..1997074 CDS 144
 
2088032..2088418 CDS 105 105 129
2088524..2089369 rpr 116 846
comp 2089486..2089591 5s 156 106
comp 2089748..2092632 23s 213 2885
comp 2092846..2092922 gca 158 158
comp 2093081..2093157 atc 110
comp 2093268..2094767 16s 1570 1570 1500
comp 2096338..2099241 CDS 968
 
2182840..2185440 CDS 138 138 867
2185579..2185654 ggc 40 40
2185695..2185782 tta 93 93
comp 2185876..2190132 CDS 1419
 
comp 2295987..2296184 CDS 14 14 66
comp 2296199..2296272 tgg 61 61
comp 2296334..2297521 CDS 55 55 396
comp 2297577..2297651 acc 83 83
comp 2297735..2297818 tac 138 138
comp 2297957..2298033 aca 90 90
comp 2298124..2298426 CDS 101
 
2506720..2507055 CDS 288 288 112
comp 2507344..2507449 5s 156 106
comp 2507606..2510490 23s 213 2885
comp 2510704..2510780 gca 158 158
comp 2510939..2511015 atc 110
comp 2511126..2512625 16s 1010 1010 1500
comp 2513636..2514889 CDS 418
 
2632307..2633335 CDS 53 53 343
2633389..2633476 tcc 246 246
2633723..2634982 CDS 420
 
comp 2752993..2753322 CDS 64 64 110
2753387..2753463 gcc 105 105
comp 2753569..2757033 CDS 1155
 
comp 2800796..2801521 CDS 98 98 242
2801620..2801695 ttc 299 299
comp 2801995..2802723 gene @3 406 406 243
comp 2803130..2803444 CDS 105

fps cumuls

cumuls. fps.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 6 1 0 1 1 1 100 6 30 0
16 23 5s 0 0 20 1 50 7 20 200 19 60 1
16 atc gca 6 40 6 100 20 40 300 12 90 4
16 23 5s a 0 60 0 150 13 60 400 10 120 6
max a 2 80 0 200 6 80 500 10 150 8
a doubles 0 100 1 250 5 100 600 1 180 2
autres 0 120 0 300 6 120 700 1 210 5
total aas 12 140 1 350 2 140 800 0 240 5
sans opérons 26 160 0 6 400 0 160 900 2 270 4
1 aa 19 180 0 450 1 180 1000 1 300 2
max a 3 200 0 500 1 200 1100 1 330 4
a doubles 3 1 10 24
total aas 37 7 6 59 0 57 41
total aas 49
remarques 3
avec jaune moyenne 72 158 257 333
variance 85 0 374 276
sans jaune moyenne 30 135 246 181
variance 9 82 126 78

fps blocs

Bd2. fps blocs, Flavobacterium psychrophilum
CDS 1042 226 1149 84 1082 649
16s 110 1500 110 1500 110 1500
atc 158 158 158
gca 213 213 213
23s 156 2885 156 2885 156 2885
5s 204 106 931 106 282 106
CDS 251 599 322
 
105 129
CDS 1079 487 116 846 288 112
5s 156 106 156 106 156 106
23s 213 2885 213 2885 213 2885
gca 158 158 158
atc 110 110 110
16s 1276 1500 1570 1500 1010 1500
CDS 230 968 418

fps remarques

  • Lien tableur: fps remarques
  • Remarques: des blocs à rRNAs tous identiques de type atcgca
    1. @ Les intercalaires très élevés entre 2 aas
    2. @ rpr pour repeat region, peuvent jouer un rôle dans la création de gènes.
    3. @ NCBI l’a qualifié de pseudo gène sans lui attribuer le label de cds
  • Séquence des doubles: très peu de doubles, avec 3 doublets seulement aaa gaa atgf
  • Code génétique de fps:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 49 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 49 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Bd2 fps, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
g1    t1       49  49
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 6 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 0 cac 1 cgt 1
gtc gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 2 gca 6 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg

fps distribution

  • Lien tableur: fps distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 17 *, >1aa a un total de 17 dont aaa gaa atgf sont des doubles.
    - 20 *, =1aa a un total de 20 dont aca cca tac qui se trouvent dans 2, ont un tRNA =1aa et l'autre >1aa.
Bd2 fps, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86. bacteroide.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 6 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 2 gca 6 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
fps 17 * 20 * 12 49

bacteroide synthèse

bacteroide distribution par génome

Bacteroide distribution par génome
bact2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
myr 11 16 1 16 57 101
fps 11 20 12 6 49
total 22 36 0 0 1 28 63 0 150

bacteroide distribution du total

  • Lien tableur: bacteroide distribution du total
  • Notes: dans tac souligné il y a 1 -16s, les +16s sont tous en rouge.
  • Légende: Couleurs des tableaux, voir bacilli
    - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
bacteroide. Distribution du total et indices
bacteroide. Distribution du total
g1    t1         
atgi 3 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 4 tcc 1 tac 8 tgc 2
atc 14 acc 2 aac 3 agc 3
ctc 2 ccc cac 5 cgt 3
gtc gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 4 tca 4 taa tga
ata aca 8 aaa 8 aga 4
cta 3 cca 6 caa 3 cga 2
gta 9 gca 14 gaa 8 gga 7
ttg 2 tcg tag tgg 3
atgj 3 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 85 36 1 28 150
bacteroide. indices du 27.5.20 146 génomes
g1 t1 146 7096 1,4  0,7
atgi 105 tct 0,7 tat 0,7 atgf 129
att 0,7 act aat agt
ctt 0,7 cct 1,4 cat cgc 1,4
gtt 0,7 gct gat ggt 0,7
ttc 129 tcc 98 tac 152 tgc 119
atc 295 acc 102 aac 130 agc 110
ctc 99 ccc 58 cac 114 cgt 134
gtc 35 gcc 83 gac 173 ggc 151
tta 112 tca 125 taa 6,2 tga 2,1
ata 0,7 aca 161 aaa 186 aga 108
cta 109 cca 149 caa 113 cga 42
gta 184 gca 286 gaa 181 gga 141
ttg 101 tcg 21 tag 0,7 tgg 117
atgj 114 acg 32 aag 47 agg 68
ctg 49 ccg 30 cag 29 cgg 55
gtg 3,4 gcg 4,1 gag 25 ggg 34
inter max min total
 

bacteroide distribution par type

Bacteroide. Distribution par type.
bacteroide. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi 1 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 2
atc acc aac 1 agc
ctc ccc cac 1 cgt 1
gtc gcc 1 gac 1 ggc
tta 1 tca 4 taa tga
ata aca 1 aaa aga
cta cca 2 caa 1 cga 2
gta 3 gca gaa gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 3
atgj 3 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 1aa 36
bacteroide. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 2 tgc
atc acc 2 aac agc 3
ctc 2 ccc cac cgt
gtc gcc gac ggc 2
tta 1 tca taa tga
ata aca 2 aaa 1 aga 2
cta 1 cca 2 caa cga
gta 1 gca gaa gga
ttg 1 tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 >1aa 22
bacteroide. distribution du type >1aa duplicata
g1    t1          
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 3 tcc tac 4 tgc
atc acc aac 2 agc
ctc ccc cac 4 cgt 2
gtc gcc gac 3 ggc
tta 2 tca taa tga
ata aca 5 aaa 7 aga 2
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 5 gca gaa 8 gga 6
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 dupli 63

bacteroide par rapport au groupe de référence

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
bact2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 3 2 0 5
16 moyen 16 10 12 28 66
14 fort 17 10 51 1 79
36 22 63 29 150
10 g+cga 2 2
2 agg+cgg
4 carre ccc 1 2 3
5 autres
3 2 5
total tRNAs ‰
bact2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres bact ‰ ref.‰
21 faible 20 13 33 26
16 moyen 107 67 80 187 440 324
14 fort 113 67 340 7 527 650
240 147 420 193 150 729
10 g+cgg 13 13 10
2 agg+cga
4 carre ccc 7 13 20 16
5 autres
20 13 33
blocs tRNAs ‰ total colonne %
bact2 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 25 17 41 26 8 9
16 moyen 132 83 99 314 324 44 45 19
14 fort 140 83 421 645 650 47 45 81
298 182 521 121 729 36 22 63
10 g+cgg 17 17 10
2 agg+cga
4 carre ccc 8 17 25 16
5 autres
25 17 41

bacteroide, estimation des -rRNAs

  • Lien tableur: bacteroide, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 27.5.20
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

bacteroide, calcul des -rRNAs

bac bacteroide 63 génomes
bac1 cumul des +rRNAs de la fiche bacteroide pour 29 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 104 acc aac 1 agc
ctc ccc cac cgt 1
gtc gcc gac ggc
tta tca 1 taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa 1 cga
gta gca 102 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact29 inter max min total
207 3 0 210
bac2 indices du clade bacteroide du 27.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1        1.4  0.7
atgi 105 tct 0.7 tat 0.7 atgf 129
att 0.7 act aat agt
ctt 0.7 cct 1.4 cat cgc 1.4
gtt 0.7 gct gat ggt 0.7
ttc 129 tcc 98 tac 152 tgc 119
atc 295 acc 102 aac 130 agc 110
ctc 99 ccc 58 cac 114 cgt 134
gtc 35 gcc 83 gac 173 ggc 151
tta 112 tca 125 taa 6.2 tga 2.1
ata 0.7 aca 161 aaa 186 aga 108
cta 109 cca 149 caa 113 cga 42
gta 184 gca 286 gaa 181 gga 141
ttg 101 tcg 21 tag 0.7 tgg 117
atgj 114 acg 32 aag 47 agg 68
ctg 49 ccg 30 cag 29 cgg 55
gtg 3.4 gcg 4.1 gag 25 ggg 34
gtRNA inter max min total
2064 2113 669 4846
bac3 cumul des -rRNAs de l'annexe bacteroide de 2 génomes
g1    t1         
atgi 3 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 4 tcc 1 tac 7 tgc 2
atc acc 2 aac 3 agc 3
ctc 2 ccc cac 5 cgt 3
gtc gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 4 tca 4 taa tga
ata aca 8 aaa 8 aga 4
cta 3 cca 6 caa 3 cga 2
gta 9 gca gaa 8 gga 7
ttg 2 tcg tag tgg 3
atgj 3 acg aag agg
ctg 0 ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 inter max min total
39 77 5 121
bac4 indices des +rRNAs de la fiche bacteroide pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 359 acc 3.4 aac agc
ctc ccc cac cgt 3.4
gtc gcc gac ggc
tta tca 3.4 taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa 3.4 cga
gta gca 354 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact29 inter max min total
714 10 0 725
bac5 estimation des -rRNA du clade bacteroide pour 100 génomes
g1    t1        1.4  0.7
atgi 105 tct 0.2 tat atgf 129
att act 0.7 aat agt 0.2
ctt 0.9 cct 0.5 cat 0.9 cgc 1.4
gtt 0.2 gct 0.2 gat 0.9 ggt 0.2
ttc 129 tcc 98 tac 152 tgc 119
atc -64 acc 102 aac 127 agc 110
ctc 99 ccc 58 cac 114 cgt 131
gtc 35 gcc 83 gac 173 ggc 151
tta 112 tca 122 taa 6.2 tga 2
ata 0.7 aca 161 aaa 186 aga 108
cta 109 cca 146 caa 113 cga 42
gta 184 gca -66 gaa 181 gga 141
ttg 101 tcg 21 tag 0.7 tgg 117
atgj 114 acg 32 aag 47 agg 68
ctg 49 ccg 30 cag 29 cgg 55
gtg 3 gcg 4.1 gag 25 ggg 34
-rRNA inter max min total
1350 2103 670 4122
bac6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 150 tct tat atgf 250
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 200 tcc 50 tac 350 tgc 100
atc acc 100 aac 150 agc 150
ctc 100 ccc cac 250 cgt 150
gtc gcc 50 gac 200 ggc 100
tta 200 tca 200 taa tga
ata aca 400 aaa 400 aga 200
cta 150 cca 300 caa 150 cga 100
gta 450 gca gaa 400 gga 350
ttg 100 tcg tag tgg 150
atgj 150 acg aag agg
ctg 0 ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
bact2 inter max min total
1950 3850 250 6050

bacteroide, comparaison clade-annexe des -rRNAs

  • Lien tableur: bacteroide, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - bac7. diff, somme des couleurs de bac7. La différence entre tRNAs est faite entre bac5 et bac6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - bac8. rap, rapport des sommes couleurs bac5/bac2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de bac5 sur celui de bac2.
  • Fréquences des différences en % du tableau bac7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	3	4	6	4	4	9	0	0	0	18	0	48
tot ≤ 50						21
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 12% au dessus de celle de la fiche des bacteroides.
tRNAs		fiche		annexe
sans		1559		121
avec		218		29
genomes		29		2
indice %	54		61
bac bacteroide 63 génomes
bac7 bacteroide, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 30 tct 100 tat atgf 48
att act 100 aat agt 100
ctt 100 cct 100 cat 100 cgc 100
gtt 100 gct 100 gat 100 ggt 100
ttc 36 tcc 49 tac 57 tgc 16
atc 100 acc 2 aac 16 agc 27
ctc 1 ccc 100 cac 54 cgt 13
gtc 100 gcc 40 gac 14 ggc 34
tta 44 tca 39 taa tga 100
ata 100 aca 60 aaa 54 aga 46
cta 27 cca 51 caa 25 cga 58
gta 59 gca 100 gaa 55 gga 60
ttg 1 tcg 100 tag 100 tgg 22
atgj 24 acg 100 aag 100 agg 100
ctg 100 ccg 100 cag 100 cgg 100
gtg 100 gcg 100 gag 100 ggg 100
diff inter max min total
381 579 99 1059
bac8 bacteroide, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt 129 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc -22 acc aac 97 agc
ctc ccc cac cgt 97
gtc gcc gac ggc
tta tca 97 taa tga
ata aca aaa aga
cta cca 98 caa cga
gta gca -23 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
65 100 100 85
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