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Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/cyano

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cyano
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Annexe 7
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/cyano  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133

npu opérons

  • Lien tableur: npu opérons
  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Nostocales; Nostocaceae; Nostoc.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Cy1. npu opérons, Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133
41.4%GC 12.8.19 Paris  79   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
199270..199464 CDS 237 237 65
comp 199702..199775 agg 33 33
comp 199809..200906 CDS 366
 
comp 352653..353060 CDS 690 690 136
comp 353751..353822 ggc 147 147
comp 353970..354548 CDS 193
 
503259..503606 CDS 145 145 116
503752..503827 atgj + -1 -1
503827..503901 atgj 2 atg 397 397
504299..505384 CDS @1 362
 
comp 777899..778429 CDS 34 34 177
778464..778537 cgt 38 38
comp 778576..779829 CDS 418
 
878016..878609 CDS 384 384 198
878994..879064 tgc 205 205
879270..879491 CDS 74
 
comp 951559..952671 CDS 53 53 371
952725..952796 acc 310 310
comp 953107..953340 CDS 78
 
comp 954493..955170 CDS 72 72 226
comp 955243..955315 aga 356 356
955672..956331 CDS 220
 
1054005..1054811 CDS 290 290 269
comp 1055102..1055172 gga 50 50
comp 1055223..1056383 CDS 387
 
comp 1175326..1175523 CDS 247 247 66
comp 1175771..1175844 ccg 138 138
1175983..1176855 CDS 291
 
1380042..1380593 CDS 226 226 184
comp 1380820..1380904 tcc 107 107
1381012..1381380 CDS 123
 
1442145..1442867 CDS 32 32 241
1442900..1442974 ttc 362 362
1443337..1444770 CDS 478
 
comp 1650791..1652236 CDS 133 133 482
comp 1652370..1652443 gac 111 111
comp 1652555..1653088 CDS 178
 
comp 2020233..2021171 CDS 317 317 313
2021489..2022985 16s 123 1497
2023109..2023185 atc 79 79
2023265..2023340 gca 249
2023590..2026486 23s 59 2897
2026546..2026663 5s 230 230 118
> comp 2026894..2027373 CDS 160
 
comp 2303766..2304149 CDS 124 124 128
2304274..2304349 cac 1362 1362
2305712..2308132 CDS 807
 
comp 3372671..3373291 CDS 143 143 207
3373435..3373507 gta 415 415
3373923..3374555 CDS 211
 
comp 3434121..3435443 CDS 204 204 441
comp 3435648..3435739 agc 141 141
comp 3435881..3436813 CDS 311
 
3439846..3440202 CDS @2 -19 -19 119
comp 3440184..3440257 gca 48 48
comp 3440306..3440378 aca + 8 8
comp 3440387..3440462 atgf 2 aca 11 11
comp 3440474..3440546 cta 4 4
comp 3440551..3440623 ccg 6 6
comp 3440630..3440706 ctc 2 2
comp 3440709..3440785 ctg 3 3
comp 3440789..3440861 cca 1 1
comp 3440863..3440940 tta 6 6
comp 3440947..3441023 ttg 6 6
comp 3441030..3441105 caa 3 3
comp 3441109..3441181 cag 5 5
comp 3441187..3441261 aac 6 6
comp 3441268..3441365 aca 81 81
comp 3441447..3441521 cgt 4 4
comp 3441526..3441615 agc 113 113
comp 3441729..3441800 gaa 58 58
comp 3441859..3441933 tgg 88 88
comp 3442022..3442095 tgc 132 132
comp 3442228..3442301 gac 118 118
comp 3442420..3442614 CDS 65
 
3448311..3448919 CDS 80 80 203
comp 3449000..3449072 gaa 120 120
3449193..3449375 CDS 61
 
4538041..4538745 CDS 151 151 235
4538897..4538981 tcg 194 194
4539176..4540357 CDS 394
 
comp 4869164..4869988 CDS 584 584 275
comp 4870573..4870646 cca 298 298
comp 4870945..4871493 CDS 183
 
comp 5426384..5427841 CDS 100 100 486
comp 5427942..5428018 atgf 46 46
comp 5428065..5429018 CDS 318
 
comp 5480844..5481563 CDS 407 407 240
comp 5481971..5482043 gcc 94 94
comp 5482138..5482332 CDS 65
 
5510568..5511620 CDS 319 319 351
comp 5511940..5512057 5s 59 118
comp 5512117..5515016 23s 249 2900
comp 5515266..5515341 gca 82 82
comp 5515424..5515497 atc 123
comp 5515621..5517117 16s 682 682 1497
comp 5517800..5519035 CDS 412
 
comp 5572068..5572769 CDS 290 290 234
5573060..5573132 atgi 153 153
comp 5573286..5573720 CDS 145
 
5573827..5574450 CDS 93 93 208
comp 5574544..5574615 aca 345 345
5574961..5575881 CDS 307
 
< comp 5655591..5655800 CDS 21 21 70
comp 5655822..5655893 aac 144 144
comp 5656038..5656589 CDS 184
 
5688669..5689538 CDS 75 75 290
5689614..5689689 ttc 663 663
comp 5690353..5692080 CDS 576
 
5756596..5757801 CDS 66 66 402
5757868..5757940 cgg 400 400
comp 5758341..5759045 CDS 235
 
comp 6075820..6077016 CDS 175 175 399
comp 6077192..6077263 ggg 171 171
comp 6077435..6078052 CDS 206
 
comp 6083633..6084493 CDS 676 676 287
6085170..6086666 16s 123 1497
6086790..6086866 atc 79 79
6086946..6087021 gca 249
6087271..6090169 23s 59 2899
6090229..6090346 5s 176 176 118
comp 6090523..6090720 CDS 66
 
comp 6498176..6499135 CDS 149 149 320
comp 6499285..6499402 5s 59 118
comp 6499462..6502360 23s 249 2899
comp 6502610..6502685 atc 79 79
comp 6502765..6502841 gca 123
comp 6502965..6504461 16s 315 315 1497
6504777..6505643 CDS 289
 
6889916..6890785 CDS 61 61 290
6890847..6890918 aaa 294 294
comp 6891213..6892148 CDS 312
 
6948457..6949644 CDS 162 162 396
6949807..6949888 cta 400 400
6950289..6950609 CDS 107
 
comp 6980662..6982233 CDS 171 171 524
6982405..6982478 gtc 1521 1521
comp 6984000..6985919 CDS 640
 
7066111..7067829 CDS 232 232 573
comp 7068062..7068133 caa 270 270
comp 7068404..7069606 CDS 401
 
comp 7071719..7071991 CDS 39 39 91
comp 7072031..7072114 ttg 109 109
comp 7072224..7073345 CDS 374
 
comp 7074644..7076011 CDS 409 409 456
7076421..7076502 ctg 95 95
7076598..7077374 CDS 259
 
7130044..7131132 CDS 131 131 363
comp 7131264..7131335 acg 33 33
7131369..7131662 CDS 98
 
7224805..7225167 CDS 146 146 121
7225314..7225386 tgg 378 378
7225765..7225986 CDS 74
 
comp 7346902..7348245 CDS 396 396 448
7348642..7348724 ctc 127 127
7348852..7349475 CDS 208
 
7506243..7506593 CDS 747 747 117
comp 7507341..7507414 ccc 50 50
comp 7507465..7507830 CDS 122
 
7517008..7519347 CDS 167 167 780
7519515..7519588 atgj 213 213
<> comp 7519802..7520109 CDS 103
 
comp 7571389..7571706 CDS 895 895 106
comp 7572602..7572676 aag 63 63
comp 7572740..7574992 CDS 751
 
comp 7610323..7610769 CDS 481 481 149
comp 7611251..7611323 gca 71 71
7611395..7612312 CDS 306
 
7936008..7936736 CDS 65 65 243
7936802..7936874 gcg 437 437
7937312..7938874 CDS 521
 
7972961..7973239 CDS 313 313 93
comp 7973553..7973624 acc 88 88
comp 7973713..7973798 tac 124 124
comp 7973923..7974897 CDS 325
 
7975047..7975976 CDS 100 100 310
7976077..7976161 tca 374 374
7976536..7978545 CDS 670

npu cumuls

cumuls. npu.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 4 1 2 1 1 1 100 13 30 0
16 23 5s 0 0 20 12 50 10 40 200 21 60 0
16 atc gca 4 40 0 100 14 80 300 22 90 10
16 23 5s a 0 60 2 150 18 120 400 19 120 9
max a 2 80 0 3 200 9 160 500 10 150 7
a doubles 0 100 3 1 250 8 200 600 4 180 3
autres 0 120 1 300 5 240 700 2 210 10
total aas 8 140 1 350 6 280 800 2 240 7
sans opérons 43 160 0 400 9 320 900 1 270 4
1 aa 40 180 0 450 4 360 1000 0 300 6
max a 20 200 0 500 1 400 1100 0 330 9
a doubles 2 0 9 0 29
total aas 64 16 4 79 0 85 65
total aas 72
remarques 2
avec jaune moyenne 32 79 254 279
variance 43 0 254 171
sans jaune moyenne 11 176 240 188
variance 17 111 122 85

npu blocs

Cy1. npu blocs, Nostoc punctiforme
CDS 317 313 676 287
16s 123 1497 123 1497
atc 79 79
gca 249 249
23s 59 2897 59 2897
5s 230 118 176 118
CDS 160 66
 
CDS 319 351 149 320
5s 59 118 59 118
23s 249 2900 249 2899
gca 82 79
atc 123 123
16s 682 1497 315 1497
CDS 412 289

npu remarques

  • Remarques
    1. @ un intercalaire entre 2 aas négatif d’une pb.
    2. @ un cds négatif de 19 qui empiète de 25% sur le tRNA gca.
      - une séquence de tRNAs de 20, semblable à celles des bacilli, avec des intercalaires très faibles, 13 sur 21 de 1 à 11.
      - Cette séquence présente un intercalaire de tête de 48 et une queue avec 5 intercalaires élevés de 48 à 132 pbs.
    3. Les protéines des cds sont aussi très petites comme npu avec une moyenne de 188 (170) aas pour 65 (45) cds sur 94 (69).
    4. 4 blocs à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs. Par contre atc-gca est très élevé par rapport à celui de npu, 79 contre 12.
  • Séquence des doubles: très peu de doubles comme npu, à peine 2 doublets. Par contre le code génétique montre un doublement quasi généralisé des tRNAs avec apparition de ata et les multiplicités de atc et gca sont dues aux blocs à rRNAs. Le doublement généralisé est du à la longue séquence 20 aas. Les tRNAs ordinairement faibles sont gtg gag cga. Par contre d’autres faibles sont doubles, ccc ccg aag ctg.
  • Multiples, sup1: blocs sans rRNA ayant 2 aas ou plus, sans les 4 atcgca des blocs à rRNAs. Tous les simples, 40, (blocs à un seul aa) n'ont qu'une occurrence sauf ttc. Voir code génétique ci-dessous.
gca	ctc	caa	agc	*
aca	ctg	cag	gaa	atgj2
atgf	cca	aac	tgg	*
cta	tta	aca	tgc	acc
ccg	ttg	cgt	gac	tac
  • Code génétique de npu:
    Lien tableur: npu remarques
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
    • - totaux en en-tête, 79 total de gtRNAdb [3] contenant des pseudo et inconnus; 72 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Cy1. npu, Nostoc punctiforme PCC 73102
Cy11. décompte gtRNAdb
g1    t1       79  72
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 2
atc 4 acc 1 aac 2 agc 2
ctc 2 ccc 2 cac 2 cgt 2
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 2 taa tga
ata 1 aca 2 aaa 2 aga 1
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 1 gca 6 gaa 2 gga 1
ttg 3 tcg 1 tag tgg 2
atgj 3 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 2 ccg 2 cag 1 cgg 1
gtg gcg 1 gag ggg 1
Cy12. cumuls, 72 tRNAs
           
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 1 tgc 2
atc 4 acc 2 aac 2 agc 2
ctc 2 ccc 1 cac 1 cgt 2
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 3 aaa 1 aga 1
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 1 gca 6 gaa 2 gga 1
ttg 2 tcg 1 tag tgg 2
atgj 3 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 2 ccg 2 cag 1 cgg 1
gtg gcg 1 gag ggg 1
Cy13. sup1, 24 tRNAs
           
atgi tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 1 tgc 1
atc acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac cgt 1
gtc gcc gac 1 ggc
tta 1 tca taa tga
ata aca 2 aaa aga
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta gca 1 gaa 1 gga
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 2 acg aag agg
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg
gtg gcg gag ggg

npu distribution

  • Lien tableur: npu distribution
  • Légende: couleur orange clair, contient 1 tRNA du bloc de 20 aas sans rRNA, sauf pour aca qui en compte 2 séparés.
  • Notes:
    - atgj2, un seul double, en gras.
    - gca: compte 4 +16s, 1 >1aa appartenant au bloc à 20 aas et 1 =1aa.
Cy1 npu. La distribution des tRNAs. Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133. Cyanobacteria.
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 2
atc 4 acc 2 aac 2 agc 2
ctc 2 ccc 1 cac 1 cgt 2
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 3 aaa 1 aga 1
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 1 gca 6 gaa 2 gga 1
ttg 2 tcg 1 tag tgg 2
atgj 3 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 2 ccg 2 cag 1 cgg 1
gtg gcg 1 gag ggg 1
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
npu 25 * 39 * 8 72

Prochlorococcus marinus str. MIT 9301

pmg opérons

  • Lien tableur: pmg opérons
  • Liens: gtRNAdb [4], NCBI [5], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Synechococcales; Prochloraceae; Prochlorococcus.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Cy2. pmg opérons, Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
31.3%GC 13.8.19 Paris  37   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
comp 74235..75521 CDS 4 4 429
comp 75526..75607 ctt 259 259
75867..77216 CDS 450
 
132034..132708 CDS 49 49 225
132758..132829 aac 566 566
133396..133845 CDS 150
 
comp 239249..240268 CDS 170 170 340
comp 240439..240520 cta 71 71
240592..241041 CDS 150
 
comp 257573..258844 CDS 77 77 424
comp 258922..258995 cgt 86 86
259082..259333 CDS 84
 
comp 272771..274039 CDS 18 18 423
comp 274058..274130 atgi 141 141
274272..274832 CDS 187
 
305431..305850 CDS 84 84 140
comp 305935..306010 ttc 91 91
comp 306102..307331 CDS 410
 
313891..314472 CDS 178 178 194
comp 314651..314722 aca 65 65
comp 314788..315120 CDS 111
 
comp 320549..321988 CDS 603 603 480
322592..324074 16s 125
324200..324273 atc 12 12
324286..324358 gca 256
324615..327496 23s 60
327557..327673 5s 43 43
comp 327717..328595 CDS 293
 
comp 354976..355167 CDS 88 88 64
comp 355256..355327 acc 10 10
comp 355338..355419 tac 102 102
355522..355962 CDS 147
 
comp 434230..435660 CDS 17 17 477
comp 435678..435751 gac 149 149
comp 435901..436095 CDS 35 35 65
comp 436131..436203 tgg 53 53
comp 436257..436727 CDS 157
 
521448..522497 CDS 99 99 350
522597..522682 tta 78 78
522761..522994 CDS 78
 
comp 609397..609897 CDS 249 249 167
comp 610147..610233 tca 404 404
610638..611399 CDS 254
 
774440..775240 CDS 210 210 267
comp 775451..775524 ccc 27 27
comp 775552..776280 CDS 243
 
comp 828018..828392 CDS 49 49 125
828442..828528 tcc 214 214
828743..830740 CDS 666
 
868731..869213 CDS 29 29 161
869243..869316 atgj 67 67
869384..869671 CDS 96
 
909742..910707 CDS 45 45 322
910753..910829 atgf 591 591
911421..911810 CDS 130
 
996073..996609 CDS 16 16 179
comp 996626..996698 gaa 41 41
comp 996740..997858 CDS 373
 
comp 1040019..1040135 CDS 177 177 39
1040313..1040384 aaa 512 512
1040897..1041004 CDS 36
 
1044863..1045423 CDS 276 276 187
1045700..1045773 cca 188 188
comp 1045962..1046666 CDS 235
 
1134197..1134427 CDS 251 251 77
comp 1134679..1134763 tcg 63 63
comp 1134827..1135849 CDS 341
 
comp 1163424..1164092 CDS 138 138 223
1164231..1164304 aga 27 27
1164332..1165600 CDS 423
 
1212124..1212894 CDS 58 58 257
comp 1212953..1213025 gcc 129 129
comp 1213155..1214180 CDS 342
 
1253753..1255123 CDS 525 525 457
1255649..1255730 ttg 5 5
1255736..1256911 CDS 392
 
comp 1259549..1260784 CDS 131 131 412
1260916..1260988 cac 72 72
1261061..1262455 CDS 465
 
1275239..1277272 CDS 0 0 678
comp 1277273..1277343 gga 112 112
1277456..1278802 CDS 449
 
1308006..1308797 CDS 50 50 264
1308848..1308919 gtc 67 67
1308987..1309604 CDS 206
 
comp 1419657..1419893 CDS 54 54 79
1419948..1420019 acg 100 100
1420120..1420440 CDS 107
 
1453287..1454075 CDS 35 35 263
comp 1454111..1454199 agc 61 61
comp 1454261..1455460 CDS 400
 
1472925..1473932 CDS 94 94 336
1474027..1474098 caa 16 16
1474115..1474891 CDS 259
 
comp 1485558..1486649 CDS 77 77 364
1486727..1486800 cgg 11 11
comp 1486812..1487258 CDS 149
 
comp 1500099..1501325 CDS 42 42 409
1501368..1501438 tgc @1 364 364
comp 1501803..1502447 CDS 215
 
comp 1517796..1518128 CDS 78 78 111
comp 1518207..1518280 agg 38 38
1518319..1518700 ncRNA 21 21
1518722..1519471 CDS 250
 
comp 1554202..1554633 CDS 45 45 144
comp 1554679..1554750 ggc 61 61
comp 1554812..1555288 CDS 159
 
comp 1600898..1601284 CDS @2 -30 -30 129
comp 1601255..1601326 gta 98 98
1601425..1602279 CDS 285

pmg cumuls

  • Lien tableur: pmg cumuls
  • Légende:
  • Notes: l'opéron à 2 aas sans rRNA est tac-acc
cumuls. pmg.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 1 1 1 2 1 100 9 30 0
16 23 5s 0 0 20 1 1 50 22 40 200 20 60 2
16 atc gca 1 40 100 23 80 300 15 90 6
16 23 5s a 0 60 150 7 120 400 10 120 4
max a 2 80 200 4 160 500 13 150 9
a doubles 0 100 250 3 200 600 0 180 5
autres 0 120 300 3 240 700 2 210 4
total aas 2 140 350 0 280 800 0 240 4
sans opérons 34 160 400 1 320 900 0 270 8
1 aa 33 180 450 1 360 1000 0 300 2
max a 2 200 500 0 400 1100 0 330 1
a doubles 0 5 0 24
total aas 35 1 1 63 0 67 45
total aas 37
remarques 2
avec jaune moyenne 10 12 127 260
variance 0 0 146 147
sans jaune moyenne 93 248 170
variance 76 130 74

pmg blocs

Cy2. pmg blocs, Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
CDS 603 480
16s 125 1483
atc 12
gca 256
23s 60 2882
5s 43 117
CDS 293

pmg remarques

  • Lien tableur: pmg remarques
  • Légende:
  • Remarques
    1. @ Un cds négatif de 30 qui empiète de 40% sur le tRNA gta, et un cds nul qui côtoie gga.
    2. @ Ensuite une moyenne générale des intercalaires des cds très faible, et 64 tRNAs sur 71 ne dépassant pas 300 pbs avec une moyenne de 93.
    3. Les protéines des cds sont aussi très petites avec une moyenne de 170 aas pour 45 cds sur 69.
    4. Un seul bloc à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs.
  • Séquence des doubles: néant, même pas séparés. Le tableau du code génétique le montre bien. Et les tRNAs qui manquent sont ceux se terminant par g, ctg gtg ccg gcg aag cag gag ggg cga (à la place de cgg) en dehors des obligatoires, tgg agg ttg atg cgg, il n’y a que tcg acg ccc.
  • Code génétique de pmg:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
    • - totaux en en-tête, 37 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus est égal au total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Cy2. pmg, Prochlorococcus marinus
g1    t1        37
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag agg 1
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg

pmg distribution

Cy2 pmg. La distribution des tRNAs. Prochlorococcus marinus str. MIT 9301. Cyanobacteria.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag agg 1
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
pmg 2 33 2 37

pmg intercalaires entre cds

  • Lien NCBI [6]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

pmg les fréquences

  • Lien tableur: pmg intercalaires entre cds
  • Légende:   long, longueur en pbs,   intercal pour intercalaire
    - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.
    - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
    - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
    - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
    - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 8.2.21.
pmg Les fréquences des intercalaires entre cds
pmg intercalaires total % intercalaires moyenne ecartype plage ADN intercal frequence5
négatif 253 14.1 négatif -10 11 -1 à -67 1641879 -1 253
zéro 45 2.5 intercals 0 45
1 à 200 1326 73.7 0 à 200 55 51 139122 5 189
201 à 370 120 6.7 201 à 370 270 48 8.5% 10 126
371 à 600 42 2.3 371 à 600 452 60 15 84
601 à max 14 0.8 601 à 1051 778 154 20 71
total 1800 <201 90.2 total 1798 74 114 -67 à 1051 25 41
adresse intercalx intercal fréquence1 intercal fréquence6 cumul,% intercal fréquence-1 30 56
1337910 1643 -1 253 -70 0 0 45 35 35
344859 1208 0 45 -60 3 -1 36 40 43
1131068 1051 1 35 -50 3 -2 0 45 34
1332255 987 2 43 -40 4 -3 0 50 39
666029 950 3 47 -30 4 min à -1 -4 109 55 34
1046608 901 4 37 -20 20 253 -5 0 60 33
873756 800 5 27 -10 46 14.1% -6 2 65 30
1082452 696 6 35 0 218 -7 1 70 42
1073300 690 7 19 10 315 -8 24 75 36
1086818 679 8 19 20 155 -9 1 80 44
1350077 676 9 33 30 97 -10 2 85 36
947641 638 10 20 40 78 1 à 100 -11 14 90 27
1340696 638 11 20 50 73 1104 -12 2 95 22
1274338 625 12 16 60 67 61% -13 3 100 37
1330270 579 13 19 70 72 -14 9 105 20
1040897 574 14 12 80 80 -15 3 110 23
39429 566 15 17 90 63 -16 5 115 19
956617 560 16 14 100 59 -17 7 120 16
1328069 560 17 16 110 43 -18 1 125 15
1331574 540 18 17 120 35 -19 0 130 16
1071397 523 19 8 130 31 -20 4 135 23
661816 518 20 16 140 43 -21 2 140 20
1341490 508 21 4 150 22 -22 2 145 14
660601 495 22 11 160 27 -23 2 150 8
872185 484 23 8 170 18 1 à 200 -24 2 155 18
353338 478 24 13 180 21 1326 -25 2 160 9
134240 471 25 5 190 18 74% -26 4 165 8
1198984 467 26 8 200 9 -27 1 170 10
332235 461 27 15 210 12 -28 1 175 8
892293 459 28 12 220 11 -29 0 180 13
948687 458 29 8 230 14 -30 1 185 9
1321313 450 30 13 240 6 -31 0 190 9
924950 449 31 7 250 7 0 à 200 -32 1 195 6
914728 448 32 10 260 8 1371 286 200 3
1066510 445 33 8 270 6 reste 12 205 7
938157 441 34 2 280 4 total 298 210 5
226447 435 35 8 290 6 215 4
1188279 430 36 12 300 11 intercal fréquencef 220 7
773451 421 37 6 310 3 600 1786 225 8
858898 421 38 8 320 6 620 230 6
39 7 330 8 640 3 235 3
40 340 10 201 à 370 660 240 3
reste 857 350 5 120 680 2 245 3
total 1800 360 1 6.7% 700 2 250 4
370 4 720 255 4
adresse intercaln décalage long 380 4 740 260 4
1631675 -67 comp 390 1 760 265 3
701382 -65 shfit2 592 400 3 780 270 3
886946 -61 comp 410 6 800 1 275 3
1045962 -59 shfit2 646 420 1 820 280 1
828743 -50 shfit2 1948 430 4 840 285 5
1349614 -50 shfit2 463 440 1 860 290 1
1425201 -44 shfit2 1765 450 5 880 295 6
1539296 -43 comp 460 2 900 300 5
1249293 -42 comp 470 2 920 1 305 1
244064 -41 shfit2 295 480 2 940 310 2
162356 -38 490 1 960 1 315 3
20410 -35 500 1 980 320 3
427059 -32 510 1 1000 1 325 7
587323 -30 520 1 1020 330 1
1611400 -28 530 1 1040 335 3
744978 -27 540 1 371 à 600 1060 1 340 5
303832 -26 550 0 42 12 345 3
489984 -26 560 2 2.3% 350 2
808548 -26 570 1 355 1
1223639 -26 580 2 601 à max 360 0
1181603 -25 590 0 14 365 3
1209844 -25 600 0 0.8% 370 1
27867 -24 reste 14 reste 2 reste 56
975566 -24 total 1800 total 1800 total 1800

pmg autres intercalaires

  • Lien tableur: pmg autres intercalaires
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
pmg Les autres intercalaires.
pmg1 adresses1
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 65120 306
tmRNA 66389 44 comp
fin CDS 66707
deb CDS 74235 4 comp
tRNA 75526 259 comp
fin CDS 75867
deb CDS 132034 49
tRNA 132758 566
fin CDS 133396
deb CDS 239249 185 comp
tRNA 240439 71 comp
fin CDS 240592
deb CDS 257573 77 comp
tRNA 258922 86 comp
fin CDS 259082
deb CDS 272771 18 comp
tRNA 274058 141 comp
fin CDS 274272
deb CDS 305431 87
tRNA 305938 91 comp
fin CDS 306102 comp
deb CDS 313891 178
tRNA 314651 65 comp
fin CDS 314788 comp
deb CDS 320549 601 comp
rRNA 322590 125
tRNA 324200 12
tRNA 324286 258
rRNA 324617 64
rRNA 327557 43
fin CDS 327717 comp
deb CDS 354976 88 comp
tRNA 355256 10 comp
tRNA 355338 102 comp
fin CDS 355522
deb CDS 434230 17 comp
tRNA 435678 149 comp
deb CDS 435901 35 comp
tRNA 436131 53 comp
fin CDS 436257 comp
 
 
pmg2 adresses2
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 521448 99
tRNA 522597 78
fin CDS 522761
deb CDS 609397 249 comp
tRNA 610147 404 comp
fin CDS 610638
deb CDS 656308 17
ncRNA 657516 162
fin CDS 657863
deb CDS 774440 210
tRNA 775451 27 comp
fin CDS 775552 comp
deb CDS 828018 49 comp
tRNA 828442 214
fin CDS 828743
deb CDS 868731 29
tRNA 869243 67
fin CDS 869384
deb CDS 909742 45
tRNA 910753 591
fin CDS 911421
deb CDS 996073 16
tRNA 996626 41 comp
fin CDS 996740 comp
deb CDS 1040019 177 comp
tRNA 1040313 512
fin CDS 1040897
deb CDS 1044863 276
tRNA 1045700 188
fin CDS 1045962 comp
deb CDS 1134197 251
tRNA 1134679 63 comp
fin CDS 1134827 comp
deb CDS 1163424 138 comp
tRNA 1164231 342
fin CDS 1164647
deb CDS 1212124 58
tRNA 1212953 129 comp
fin CDS 1213155 comp
deb CDS 1253753 525
tRNA 1255649 5
fin CDS 1255736
pmg3 adresses3
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 1259549 131 comp
tRNA 1260916 72
fin CDS 1261061
deb CDS 1264859 12
ncRNA 1265987 47 comp
fin CDS 1266131
deb CDS 1275239 0
tRNA 1277273 112 comp
fin CDS 1277456
deb CDS 1308006 50
tRNA 1308848 67
fin CDS 1308987
deb CDS 1419657 54 comp
tRNA 1419948 100
fin CDS 1420120
deb CDS 1453287 35
tRNA 1454111 61 comp
fin CDS 1454261 comp
deb CDS 1472925 94
tRNA 1474027 16
fin CDS 1474115
deb CDS 1485558 77 comp
tRNA 1486727 11
fin CDS 1486812 comp
deb CDS 1500099 42 comp
tRNA 1501368 210
fin CDS 1501649 comp
deb CDS 1517796 78 comp
tRNA 1518207 38 comp
ncRNA 1518319 21
fin CDS 1518722
deb CDS 1526173 34 comp
regulatory 1527578 66 comp
fin CDS 1527743 comp
deb CDS 1554202 45 comp
tRNA 1554679 61 comp
fin CDS 1554812 comp
deb CDS 1600898 -30 comp
tRNA 1601255 98 comp
fin CDS 1601425
 
 

pmg intercalaires tRNA

  • Lien tableur: pmg intercalaires tRNA
  • Légende:
    - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.
    - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Cumuls comp'+continu du tableau
 	deb	fin	total
<201	29	25	54
total	34	33	67
%	85	76	81
pmg intercalaires tRNA
pmg les relevés deb-fin
comp’ entre tRNAs comp’ deb comp’ fin
4 comp’ 259
49 566
185 comp’ 71
77 comp’ 86
18 comp’ 141
comp’ 87 91
comp’ 178 65
10 88 comp’ 102
17 149
35 53
99 78
249 comp’ 404
comp’ 210 27
comp’ 49 214
29 67
45 591
comp’ 16 41
comp’ 177 512
276 comp’ 188
comp’ 251 63
comp’ 138 342
comp’ 58 129
525 5
comp’ 131 72
comp’ 0 comp’ 112
50 67
comp’ 54 100
comp’ 35 61
94 16
comp’ 77 comp’ 11
comp’ 42 comp’ 210
78
45 61
-30 comp’ 98
 
 
 
pmg intercalaires inférieures à 201 pbs
deb fin continu cumuls
-30 5 deb
4 16 <201 16
17 27 total 19
18 41 % 84%
29 53
35 61 fin
45 61 <201 17
45 63 total 22
49 65 % 77%
50 67
77 67 total
78 72 <201 33
88 78 total 41
94 91 % 80%
99 100
185 129
249 149
276 214
525 342
_ 512
_ 566
_ 591 comp’ cumuls
0 11 deb
16 71 <201 13
35 86 total 15
42 98 % 87%
49 102
54 112 fin
58 141 <201 8
77 188 total 11
87 210 % 73%
131 259
138 404 total
177 - <201 21
178 - total 26
210 - % 81%
251 -

pmg intercalaires rRNA

  • Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre pmg blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau pmg autres intercalaires.
  • Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici de 603 pbs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, ici 43 pbs. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
  • Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans pmg cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
4	259		177	512		98	-30		214	49
49	566		276	188		112	0		67	50
185	71		251	63		259	4		100	54
77	86		138	342		525	5		129	58
18	141		58	129		77	11		251	63
87	91		525	5		41	16		178	65
178	65		131	72		94	16		185	71
88	102		0	112		149	17		131	72
17	149		50	67		141	18		86	77
35	53		54	100		210	27		99	78
99	78		35	61		67	29		91	87
249	404		94	16		53	35		102	88
210	27		77	11		61	35		342	138
49	214		42	210		210	42		512	177
29	67		45	61		591	45		276	188
45	591		-30	98		61	45		404	249
16	41		-	-		566	49		-	-

cyano synthèse

cyano distribution par génome

cyano distribution par génome
cyano2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
npu 21 39 8 4 72
pmg 2 33 2 37
total 23 72 10 4 109

cyano distribution du total

  • Lien tableur: cyano distribution du total
  • Légende:
    - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
    - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau. Cependant les duplicata ne sont pas comptés dans ce tableau mais dans les >1aa du 1er.
    - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
Cyano. Distribution du total.
cyano. Distribution du total: sans +16s.
g1    t1         
atgi 3 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 2 tac 2 tgc 3
atc acc 3 aac 3 agc 3
ctc 2 ccc 2 cac 2 cgc 3
gtc 2 gcc 2 gac 3 ggc 2
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 4 aaa 2 aga 2
cta 3 cca 3 caa 3 cga
gta 2 gca 2 gaa 3 gga 2
ttg 3 tcg 2 tag tgg 3
atgj 4 acg 2 aag 1 agg 2
ctg 2 ccg 2 cag 1 cgg 2
gtg gcg 1 gag ggg 1
cyano2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 27 72 99
cyano. Distribution du total: +16s duplicata
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 5 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca 2 aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 5 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
cyano2 dupli 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 4 10 10
cyano. indices du 25.11.20 84 génomes
g1 t1 84 3959 3,6  0
atgi 105 tct tat atgf 98
att 7.1 act 2.4 aat 3.6 agt
ctt 17 cct 2.4 cat 2.4 cgc 1.2
gtt gct 1.2 gat ggt
ttc 123 tcc 102 tac 118 tgc 113
atc 195 acc 106 aac 117 agc 114
ctc 94 ccc 101 cac 110 cgt 111
gtc 102 gcc 108 gac 119 ggc 108
tta 83 tca 114 taa 2.4 tga
ata 9.5 aca 114 aaa 115 aga 114
cta 118 cca 130 caa 114 cga 2.4
gta 111 gca 193 gaa 118 gga 111
ttg 119 tcg 113 tag 2.4 tgg 110
atgj 118 acg 102 aag 38 agg 77
ctg 92 ccg 85 cag 13 cgg 100
gtg 43 gcg 82 gag 8.3 ggg 76
inter max min total
 

cyano distribution par type

Cyano. Distribution par type.
cyano. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi 3 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 2 tac tgc 2
atc acc 1 aac 2 agc 2
ctc 1 ccc 2 cac 2 cgc 2
gtc 2 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 1 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 2
cta 2 cca 2 caa 2 cga
gta 2 gca 1 gaa 2 gga 2
ttg 2 tcg 2 tag tgg 2
atgj 2 acg 2 aag 1 agg 2
ctg 1 ccg 1 cag cgg 2
gtg gcg 1 gag ggg 1
cyano2 1aa 72
cyano. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 2 tgc 1
atc acc 2 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac cgc 1
gtc gcc 1 gac 1 ggc
tta 1 tca taa tga
ata aca aaa aga
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta gca 1 gaa 1 gga
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj acg aag agg
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg
gtg gcg gag ggg
cyano2 >1aa 23

cyano par rapport au groupe de référence

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
cyano2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 19 4 23
16 moyen 27 10 2 10 49
14 fort 26 9 2 37
72 23 4 10 109
10 g+cga 8 2 10
2 agg+cgg 4 4
4 carre ccc 6 2 8
5 autres 1 1
19 4 23
total tRNAs ‰
cyano2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres cyano ‰ ref.‰
21 faible 174 37 211 26
16 moyen 248 92 18 92 450 324
14 fort 239 83 18 339 650
661 211 37 92 109 729
10 g+cgg 73 18 92 10
2 agg+cga 37 37
4 carre ccc 55 18 73 16
5 autres 9 9
174 37 211
blocs tRNAs ‰ total colonne %
cyano2 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 192 40 232 26 26 17
16 moyen 273 101 20 394 324 38 43
14 fort 263 91 20 374 650 36 39
727 232 40 99 729 72 23
10 g+cgg 81 20 101 10 42
2 agg+cga 40 40 21
4 carre ccc 61 20 81 16 32
5 autres 10 10 5
192 40 232 19

cyano, estimation des -rRNAs

  • Lien tableur: cyano, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 25.11.20
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

cyano, calcul des -rRNAs

cya cyano 31 génomes
cya1 cumul des +rRNAs de la fiche cyano pour 31 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 58 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 45 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
cyan31 inter max min total
103 0 0 103
cya2 indices du clade cyano du 25.11.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1        3.6   0
atgi 105 tct tat atgf 98
att 7.1 act 2.4 aat 3.6 agt
ctt 17 cct 2.4 cat 2.4 cgc 1.2
gtt gct 1.2 gat ggt
ttc 123 tcc 102 tac 118 tgc 113
atc 195 acc 106 aac 117 agc 114
ctc 94 ccc 101 cac 110 cgt 111
gtc 102 gcc 108 gac 119 ggc 108
tta 83 tca 114 taa tga
ata 9.5 aca 114 aaa 115 aga 114
cta 118 cca 130 caa 114 cga 2.4
gta 111 gca 193 gaa 118 gga 111
ttg 119 tcg 113 tag tgg 110
atgj 118 acg 102 aag 38 agg 77
ctg 92 ccg 85 cag 13 cgg 100
gtg 43 gcg 82 gag 8.3 ggg 76
gtRNA inter max min total
1906 1607 1171 4684
cya3 cumul des -rRNAs de l'annexe archeo 2 génomes
g1    t1         
atgi 3 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 2 tac 2 tgc 3
atc acc 3 aac 3 agc 3
ctc 2 ccc 2 cac 2 cgt 3
gtc 2 gcc 2 gac 3 ggc 2
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 4 aaa 2 aga 2
cta 3 cca 3 caa 3 cga
gta 2 gca 2 gaa 3 gga 2
ttg 3 tcg 2 tag tgg 3
atgj 4 acg 2 aag 1 agg 2
ctg 2 ccg 2 cag 1 cgg 2
gtg gcg 1 gag ggg 1
cyan2 inter max min total
39 37 23 99
cya4 indices des +rRNAs de la fiche cyano pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 187 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 145 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
cyan31 inter max min total
332 0 0 332
cya5 estimation des -rRNA du clade cyano pour 100 génomes
g1    t1        3.6  0
atgi 105 tct 0.2 tat atgf 98
att act 0.7 aat agt 0.2
ctt 0.9 cct 0.5 cat 0.9 cgc 1.4
gtt 0.2 gct 0.2 gat 0.9 ggt 0.2
ttc 123 tcc 102 tac 118 tgc 113
atc 8 acc 106 aac 117 agc 114
ctc 94 ccc 101 cac 110 cgt 111
gtc 102 gcc 108 gac 119 ggc 108
tta 83 tca 114 taa tga 0
ata 9.5 aca 114 aaa 115 aga 114
cta 118 cca 130 caa 114 cga 2
gta 111 gca 48 gaa 118 gga 111
ttg 119 tcg 113 tag tgg 110
atgj 118 acg 102 aag 38 agg 77
ctg 92 ccg 85 cag 13 cgg 100
gtg 43 gcg 82 gag 8 ggg 76
-rRNA inter max min total
1574 1607 1156 4337
cya6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 150 tct tat atgf 150
att act aat agt
ctt 50 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 100 tcc 100 tac 100 tgc 150
atc acc 150 aac 150 agc 150
ctc 100 ccc 100 cac 100 cgt 150
gtc 100 gcc 100 gac 150 ggc 100
tta 100 tca 100 taa tga
ata aca 200 aaa 100 aga 100
cta 150 cca 150 caa 150 cga
gta 100 gca 100 gaa 150 gga 100
ttg 150 tcg 100 tag tgg 150
atgj 200 acg 100 aag 50 agg 100
ctg 100 ccg 100 cag 50 cgg 100
gtg gcg 50 gag ggg 50
cyan2 inter max min total
1950 1850 1150 4950

cyano, comparaison clade-annexe des -rRNAs

  • Lien tableur: cyano, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - cya7. diff, somme des couleurs de cya7. La différence entre tRNAs est faite entre cya5 et cya6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - cya8. rap, rapport des sommes couleurs cya5/cya2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de cya5 sur celui de cya2.
  • Fréquences des différences en % du tableau cya7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	1	12	9	14	3	2	1	0	1	0	5	0	48
tot ≤ 50						40
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 2% au dessus de celle de la fiche des cyano.
tRNAs		fiche		annexe
sans		1505		99
avec		119		10
genomes		31		2
indice %	49		50
cya cyano 63 génomes
cya7 cyano, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 30 tct 100 tat atgf 35
att act 100 aat agt 100
ctt 98 cct 100 cat 100 cgc 100
gtt 100 gct 100 gat 100 ggt 100
ttc 19 tcc 2 tac 15 tgc 25
atc 100 acc 29 aac 22 agc 24
ctc 6 ccc 1 cac 9 cgt 26
gtc 2 gcc 7 gac 21 ggc 7
tta 17 tca 12 taa tga
ata 100 aca 43 aaa 13 aga 12
cta 21 cca 13 caa 24 cga 100
gta 10 gca 52 gaa 21 gga 10
ttg 21 tcg 12 tag tgg 27
atgj 41 acg 2 aag 24 agg 23
ctg 8 ccg 15 cag 74 cgg 0
gtg 100 gcg 39 gag 100 ggg 34
diff inter max min total
330 279 337 946
cya8 cyano, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act 29 aat agt
ctt 5 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 4 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 25 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
83 100 99 93
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