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Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/tenericutes

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tenericutes
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Annexe 8
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes
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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/tenericutes  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Acholeplasma brassicae

abra opérons

  • Lien tableur: abra opérons
  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
T1. abra opérons, Acholeplasma brassicae
35.8%GC 15.8.19 Paris  45  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
253257..253430 CDS 86 86 58
253517..253601 tac 214
253816..255351 16s 137 1536
255489..255565 atc 88
255654..258507 23s 34 2854
258542..258652 5s 11 111
258664..258740 aac 149
258890..259000 5s 11 111
259012..259088 aac 860 860
259949..260053 CDS 432 35
260486..262021 16s 137 1536
262159..262235 atc 88
262324..265177 23s 34 2854
265212..265322 5s @1 14 111
265337..265412 gta 44 44
265457..265532 aca 11 11
265544..265619 aaa 7 7
265627..265713 tta 8 8
265722..265797 gca 72 72
265870..265946 atgj 7 7
265954..266030 atgi 44 44
266075..266165 tca 8 8
266174..266250 atgf 4 4
266255..266330 gac 11 11
266342..266417 ttc 137 137
266555..267409 CDS 285
 
582446..584125 CDS 49 49 560
584175..584260 ctc 170 170
584431..586110 CDS 560
 
625631..626317 CDS 84 84 229
comp 626402..626476 ggc 66 66
comp 626543..626619 cca 17 17
comp 626637..626713 cga 13 13
comp 626727..626802 gac 149 149
626952..627599 CDS 216
 
633526..634710 CDS 63 63 395
comp 634774..634847 acc 76 76
634924..636651 CDS 576
 
755442..756548 CDS 64 64 369
comp 756613..756688 aag 130 130
756819..757373 CDS 185
 
807788..808216 CDS 108 108 143
808325..808401 aga 216 216
808618..808854 CDS 79
 
829563..829871 CDS 155 155 103
830027..830102 agg 27 27
830130..831458 CDS 443
 
comp 1176200..1176799 CDS 398 398 200
comp 1177198..1177291 tcg 8 8
comp 1177300..1177375 gcc 569 569
comp 1177945..1179252 CDS 436
 
1187918..1188148 CDS 382 382 77
1188531..1188621 tcc 66 66
1188688..1189761 CDS 358
 
comp 1194077..1194568 CDS 206 206 164
comp 1194775..1194859 ttg 10 10
comp 1194870..1196045 CDS 392
 
comp 1251487..1252329 CDS 68 68 281
1252398..1252472 gtc 44 44
comp 1252517..1252873 CDS 119
 
comp 1416224..1416484 CDS 301 301 87
comp 1416786..1416859 tgc 92 92
comp 1416952..1418427 CDS 492
 
comp 1427372..1427890 CDS @2 379 379 173
comp 1428270..1428343 gga 9 9
comp 1428353..1428429 cca 1 1
comp 1428431..1428507 cgt 8 8
comp 1428516..1428591 gaa 73 73
comp 1428665..1429210 CDS 182
 
comp 1431948..1432259 CDS 96 96 104
comp 1432356..1432432 aac 11
comp 1432444..1432554 5s 34 111
comp 1432589..1435442 23s 158 2854
comp 1435601..1437135 16s 432 1535
comp 1437568..1437672 CDS 860 860 35
comp 1438533..1438609 aac 11
comp 1438621..1438731 5s @3 149 111
comp 1438881..1438957 aac 11
comp 1438969..1439079 5s 34 111
comp 1439114..1441967 23s 159 2854
comp 1442127..1443662 16s 431 431 1536
comp 1444094..1444624 CDS 177
 
comp 1532381..1533052 CDS 262 262 224
comp 1533315..1533399 cta 46 46
comp 1533446..1535560 CDS 705
 
comp 1540295..1540534 CDS 171 171 80
comp 1540706..1540780 tgg 47 47
comp 1540828..1541754 CDS 137 137 309
1541892..1541967 cac 63 63
1542031..1542104 caa 37 37
comp 1542142..1542357 CDS 72
 
comp 1716869..1717186 CDS 854 854 106
comp 1718041..1718116 acg 87 87
comp 1718204..1718947 CDS 248
 
comp 1742909..1743664 CDS 487 487 252
comp 1744152..1744227 gaa 109 109
comp 1744337..1744720 CDS 128
 
comp 1747424..1747726 CDS 100 100 101
comp 1747827..1747919 agc 102 102
comp 1748022..1750199 CDS 726

abra cumuls

cumuls. abra.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 4 1 1 0 1 0 1 100 8 30 0
16 23 5s 0 0 20 5 7 50 7 20 200 13 60 3
16 atc 235 a 2 40 0 0 100 12 40 300 7 90 5
16 23 5s a 2 60 0 2 150 7 60 400 4 120 5
max a 12 80 2 1 200 3 80 500 3 150 2
a doubles 0 100 0 0 250 2 100 600 3 180 3
autres 0 120 0 0 300 1 120 700 0 210 3
total aas 19 140 0 0 350 1 140 800 2 240 3
sans opérons 18 160 0 0 400 3 160 900 0 270 2
1 aa 14 180 0 0 450 1 180 1000 0 300 2
max a 4 200 0 0 500 1 200 1100 0 330 0
a doubles 0 0 0 4 0 12
total aas 26 8 10 36 0 35 28
total aas 45
remarques 3
avec jaune moyenne 209 254
variance 226 187
sans jaune moyenne 23 22 131 201 148
variance 26 23 101 127 74

abra blocs

T1. abra blocs, Acholeplasma brassicae
CDS 86 58
tac 214
16s 137 1536
atc 88
23s 34 2854
5s 11 111
aac 149
5s 11 111
aac 860
CDS 432 35
16s 137 1536
atc 88
23s 34 2854
5s 14 111
gta 44
 
CDS 96 104
aac 11
5s 34 111
23s 158 2854
16s 432 1535
CDS 860 35
aac 11
5s 149 111
aac 11
5s 34 111
23s 159 2854
16s 431 1536
CDS 177

abra remarques

  • Lien tableur: abra remarques
  • Remarques: comme apal sans doubles mais avec 4 blocs à rRNAs au lieu de 2, 2 de type atc et non atcgca et 2 de type 16s23s5s.
    1. @ séquence de 11 aas d’un bloc à rRNAs de type atc et 2ème bloc de même type avec aac-5s après 5s et tac avant 16s.
    2. @ séquence de 4 aas dans un bloc sans rRNA comme apal, sans doubles. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
    3. @ 2 blocs de type 16s23s5s dont un avec aac-5s après le 5s. Avec le aac du 2ème bloc on a 5 aas aac.
  • Séquences des doubles: aucun double, comme apal. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
  • Code génétique de abra:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 45 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 45 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
T1 abra, Acholeplasma brassicae
g1    t1       45  45
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 5 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg

abra distribution

  • Lien tableur: abra distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 12 *, >1aa a un total de 12 dont gac et gaa qui se trouvent dans 2
T1 abra, Acholeplasma brassicae. tenericutes.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 5 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
abra 12 * 14 16 1 2 45

abra intercalaires entre cds

  • Lien NCBI [3]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

abra les fréquences

  • Lien tableur: abra intercalaires entre cds
  • Légende:   long, longueur en pbs,   intercal pour intercalaire
    - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.
    - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
    - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
    - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
    - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 13.12.20.
abra Les fréquences des intercalaires entre cds
abra intercalaires total % intercalaires moyenne ecartype plage ADN intercal frequence5
négatif 417 24.4 négatif -10 12 -1 à -73 1,877,792 -1 417
zéro 13 0.8 intercals 0 13
1 à 200 1055 61.6 0 à 200 65 57 135,857 5 157
201 à 370 121 7.1 201 à 370 265 48 7% 10 56
371 à 600 42 2.5 371 à 600 442 62 15 94
601 à max 19 1.1 601 à 1230 852 195 20 42
total 1667 <201 86.7 total 1665 79 132 -73 à 1230 25 40
adresse intercalx intercal fréquence1 intercal fréquence6 cumul,% intercal fréquence-1 30 21
1537782 1230 -1 417 -70 3 0 13 35 24
1707618 1229 0 13 -60 9 -1 68 40 27
1578501 1176 1 58 -50 2 -2 0 45 26
1526950 1027 2 41 -40 2 -3 0 50 28
87364 968 3 22 -30 6 min à -1 -4 143 55 29
826414 926 4 29 -20 27 417 -5 2 60 20
171283 878 5 7 -10 83 24.4% -6 0 65 30
1768322 822 6 6 0 298 -7 1 70 27
819242 821 7 4 10 213 -8 70 75 22
1769594 816 8 15 20 136 -9 1 80 27
158518 793 9 18 30 61 -10 3 85 22
1412625 756 10 13 40 51 1 à 100 -11 34 90 19
968622 741 11 19 50 54 757 -12 1 95 16
1738100 729 12 34 60 49 45% -13 1 100 17
816181 706 13 13 70 57 -14 25 105 17
1683910 675 14 14 80 49 -15 0 110 26
1186776 646 15 14 90 41 -16 1 115 25
1529536 628 16 7 100 33 -17 17 120 20
133841 619 17 7 110 43 -18 0 125 26
1183129 595 18 11 120 45 -19 1 130 17
1861159 579 19 8 130 43 -20 12 135 18
615740 575 20 9 140 31 -21 0 140 13
1171702 555 21 7 150 40 -22 1 145 21
1525837 555 22 7 160 36 -23 6 150 19
153593 526 23 15 170 15 1 à 200 -24 1 155 20
1714960 500 24 6 180 22 1055 -25 1 160 16
1842150 494 25 5 190 23 62% -26 5 165 7
1168850 483 26 7 200 13 -27 0 170 8
1834829 483 27 5 210 11 -28 0 175 10
556334 476 28 2 220 16 -29 1 180 12
151602 474 29 3 230 10 -30 0 185 13
493661 465 30 4 240 10 0 à 200 -31 1 190 10
1274718 449 31 4 250 7 1068 -32 1 195 10
1681282 446 32 410 260 11 total 30 200 3
1503782 443 33 4 270 10 reste 20 205 5
178131 441 34 4 280 8 430 210 6
1728410 438 35 4 290 4 215 12
1022865 434 36 9 300 5 intercal fréquencef 220 4
36959 428 37 6 310 1 600 1648 225 1
38 6 320 10 620 1 230 9
39 3 330 4 640 1 235 7
40 3 340 1 201 à 370 660 1 240 3
reste 776 350 3 121 680 1 245 2
total 1667 360 4 7.1% 700 250 5
370 6 720 1 255 8
adresse intercaln décalage long 380 5 740 1 260 3
1040608 -92 shift2 815 390 4 760 2 265 7
1766313 -86 shift2 1001 400 5 780 270 3
1083669 -73 shift2 816 410 4 800 1 275 7
169623 -67 shift2 654 420 2 820 1 280 1
353304 -67 shift2 864 430 3 840 2 285 1
758070 -67 shift2 864 440 2 860 290 3
891412 -67 shift2 864 450 4 880 1 295 3
1155286 -67 shift2 654 460 0 900 300 2
1646854 -67 shift2 864 470 1 920 305 0
1690631 -67 shift2 654 480 2 940 1 310 1
1714097 -67 shift2 864 490 2 960 315 7
1793555 -67 shift2 654 500 2 980 1 320 3
1485635 -59 shift2 629 510 0 1000 325 1
738923 -50 shift2 293 520 0 1020 330 3
1668172 -49 shift2 315 530 1 1040 1 335 0
1847532 -47 shift2 227 540 0 371 à 600 16 340 1
904492 -38 shift2 962 550 0 42 345 1
1129734 -38 shift2 413 560 2 2.5% 350 2
844539 -35 570 0 355 4
986747 -35 580 2 601 à max 360 0
1114675 -32 590 0 19 365 3
526681 -31 600 1 1.1% 370 3
1072749 -29 reste 19 reste 3 reste 61
251649 -26 total 1667 total 1667 total 1667

abra autres intercalaires

  • Lien tableur: abra autres intercalaires
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
abra Les autres intercalaires.
abra1 adresses1
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 6032 39
misc_binding 8642 66
fin CDS 8909
deb CDS 58474 199
misc_binding 59219 96
fin CDS 59565
deb CDS 175843 64
regulatory 176513 67
fin CDS 176678
deb CDS 226433 115
regulatory 226962 128
fin CDS 227191
deb CDS 241700 14
ncRNA 242173 222
fin CDS 242490
deb CDS 253260 86
tRNA 253517 215
rRNA 253817 145
tRNA 255489 89
rRNA 255655 35
rRNA 258542 11
tRNA 258664 149
rRNA 258890 11
tRNA 259012 860
deb CDS 259949 433
rRNA 260487 145
tRNA 262159 89
rRNA 262325 35
rRNA 265212 14
tRNA 265337 44
tRNA 265457 11
tRNA 265544 7
tRNA 265627 8
tRNA 265722 72
tRNA 265870 7
tRNA 265954 44
tRNA 266075 8
tRNA 266174 4
tRNA 266255 11
tRNA 266342 140
fin CDS 266558
deb CDS 296513 98
misc_binding 297466 30
fin CDS 297705
deb CDS 326721 0
misc_feature 327414 18
fin CDS 327552
deb CDS 574175 -5
misc_binding 574941 43
fin CDS 575188
deb CDS 582446 49
tRNA 584175 170
fin CDS 584431
deb CDS 625631 84
tRNA 626402 66 comp
tRNA 626543 17 comp
tRNA 626637 13 comp
tRNA 626727 149 comp
fin CDS 626952
abra2 adresses2
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 633550 63
tRNA 634774 76 comp
fin CDS 634924
deb CDS 690994 64
regulatory 692351 55
fin CDS 692502
deb CDS 755442 64
tRNA 756613 130 comp
fin CDS 756819
deb CDS 807788 108
tRNA 808325 216
fin CDS 808618
deb CDS 818257 29 comp
ncRNA 818478 -2 comp
fin CDS 818548 comp
deb CDS 829563 155
tRNA 830027 27
fin CDS 830130
deb CDS 862237 104
regulatory 863109 46
fin CDS 863253
deb CDS 951162 56
misc_feature 951899 10
fin CDS 952033
deb CDS 979156 92
ncRNA 980211 41 comp
fin CDS 980585 comp
deb CDS 1000286 45 comp
misc_binding 1000883 36 comp
fin CDS 1001128 comp
deb CDS 1033802 48 comp
regulatory 1034516 41 comp
regulatory 1034632 43 comp
fin CDS 1034750 comp
deb CDS 1043459 55 comp
regulatory 1044225 61 comp
fin CDS 1044360 comp
deb CDS 1055719 197 comp
misc_binding 1056720 146 comp
fin CDS 1057073
deb CDS 1125033 53 comp
misc_binding 1127681 34 comp
fin CDS 1127899 comp
deb CDS 1135303 71 comp
regulatory 1136025 48 comp
fin CDS 1136190 comp
deb CDS 1176200 434 comp
tRNA 1177198 8 comp
tRNA 1177300 569 comp
fin CDS 1177945 comp
deb CDS 1187918 382
tRNA 1188531 66
fin CDS 1188688
deb CDS 1194077 206 comp
tRNA 1194775 10 comp
fin CDS 1194870 comp
 
 
 
abra3 adresses3
deb-fin gènes adresses intercal sens
deb CDS 1221355 217 comp
tmRNA 1222634 262
fin CDS 1223244
deb CDS 1251487 68 comp
tRNA 1252398 44
fin CDS 1252517 comp
deb CDS 1416224 301 comp
tRNA 1416786 92 comp
fin CDS 1416952 comp
deb CDS 1427372 415 comp
tRNA 1428270 9 comp
tRNA 1428353 1 comp
tRNA 1428431 8 comp
tRNA 1428516 73 comp
fin CDS 1428665 comp
deb CDS 1431948 96 comp
tRNA 1432356 11 comp
rRNA 1432444 35 comp
rRNA 1432590 167 comp
rRNA 1435609 433 comp
deb CDS 1437568 860 comp
tRNA 1438533 11 comp
rRNA 1438621 149 comp
tRNA 1438881 11 comp
rRNA 1438969 35 comp
rRNA 1439115 168 comp
rRNA 1442135 432 comp
fin CDS 1444094 comp
deb CDS 1453717 96 comp
regulatory 1454971 38 comp
fin CDS 1455181 comp
deb CDS 1532381 262 comp
tRNA 1533315 46 comp
fin CDS 1533446 comp
deb CDS 1540295 171 comp
tRNA 1540706 47 comp
deb CDS 1540828 137 comp
tRNA 1541892 63
tRNA 1542031 714
fin CDS 1542819 comp
deb CDS 1716869 854 comp
tRNA 1718041 87 comp
fin CDS 1718204 comp
deb CDS 1729328 30 comp
regulatory 1729649 73 comp
fin CDS 1729832 comp
deb CDS 1742909 493 comp
tRNA 1744152 109 comp
fin CDS 1744337 comp
deb CDS 1747424 100 comp
tRNA 1747827 102 comp
fin CDS 1748022 comp
deb CDS 1796937 102 comp
regulatory 1799337 112 comp
fin CDS 1799628 comp
 
 
 
 

abra intercalaires tRNA

  • Lien tableur: abra intercalaires tRNA
  • Légende:
    - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.
    - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Cumuls comp'+continu du tableau
 	deb	fin	total
<201	12	16	28
total	20	21	41
%	60	76	68
abra intercalaires tRNA
abra les relevés deb-fin
comp’ entre tRNAs comp’ deb comp’ fin
44 11 7 8 72 86 860
7 44 8 4 11 140
49 170
66 17 13 comp’ 84 comp’ 149
comp’ 63 comp’ 76
comp’ 64 comp’ 130
108 216
155 27
8 424 569
382 66
206 10
comp’ 68 comp’ 44
301 92
9 1 8 415 73
96 860
262 46
171 47
63 comp’ 137 comp’ 714
854 87
493 109
100 102
abra intercalaires inférieures à 201 pbs
deb fin continu cumuls
49 10 deb
86 27 <201 7
96 46 total 15
100 47 % 47%
108 66
155 73 fin
171 87 <201 12
206 92 total 16
262 102 % 75%
301 109
382 140 total
415 170 <201 19
424 216 total 31
493 569 % 61%
854 860
_ 860 comp’ cumuls
63 44 deb 100%
64 76
68 130 fin 80%
84 149
137 714 total 90%

abra intercalaires rRNA

  • Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre abra blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau abra autres intercalaires.
  • Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici de 430 pbs pour 3 blocs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, ici 96 (adresse 1431948) et 140 (adresse 266342). Le cas des 2 autres cds est ambigu puisqu'ils sont en continu entre 2 blocs à rRNA, 860 pbs tous les 2 (adresses 259012 et 1437568). Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
  • Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans abra cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
deb	fin		grand	petit
				
860	86		102	10
170	49		155	27
216	108		170	46
155	27		171	47
569	424		206	49
382	66		216	66
206	10		262	73
301	92		301	86
415	73		382	87
860	96		415	92
262	46		493	96
171	47		569	100
854	87		854	108
493	109		860	109
102	100		860	424

Acholeplasma palmae J233

apal opérons

  • Lien tableur: apal opérons
  • Liens: gtRNAdb [4], NCBI [5], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
T2. apal opérons, Acholeplasma palmae J233
29%GC 16.8.19 Paris  35  doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
161706..162593 CDS 132 132 296
162726..162816 agc 9 9
162826..162901 gaa 126 126
163028..163522 CDS 165
 
comp 205002..205226 CDS 72 72 75
comp 205299..205373 tgg 73 73
comp 205447..206382 CDS 133 133 312
206516..206591 cac 14 14
206606..206680 caa 34 34
206715..206797 cta 168 168
206966..207208 CDS 81
 
294770..296290 CDS 347 347 507
296638..298160 16s 128 1523
298289..301126 23s 34 2838
301161..301268 5s 51 108
301320..301396 aac 118 118
301515..301835 CDS 107
 
303638..304993 CDS 70 70 452
305064..305139 gaa @1 9 9
305149..305225 cgt 71 71
305297..305373 cca 13 13
305387..305461 gga 86 86
305548..308184 CDS 879
 
326174..327313 CDS 91 91 380
327405..327478 tgc 527 527
comp 328006..328539 CDS 178
 
435096..436751 CDS 48 48 552
436800..436885 ctc 214 214
437100..438890 CDS 597
 
441323..442294 CDS 38 38 324
comp 442333..442407 ggc 100 100
442508..443650 CDS 381
 
443640..444197 CDS 93 93 186
comp 444291..444364 acc 133 133
444498..444695 CDS 66
 
644468..646315 CDS 124 124 616
646440..646516 aga 251 251
646768..647322 CDS 185
 
669786..670511 CDS 45 45 242
670557..670632 cgg 1
670634..670722 tcc 133 133
670856..671359 CDS 168
 
comp 837575..837796 CDS 157 157 74
comp 837954..838029 aag 214 214
838244..838888 CDS 215
 
comp 1172026..1173090 CDS 112 112 355
comp 1173203..1173285 ttg 82 82
comp 1173368..1175038 CDS 557
 
comp 1456398..1457315 CDS 72 72 306
comp 1457388..1457463 gac 40 40
comp 1457504..1458355 CDS 154 154 284
comp 1458510..1458585 ttc 7 7
comp 1458593..1458668 gac 4 4
comp 1458673..1458749 atgf 55 55
comp 1458805..1458895 tca 22 22
comp 1458918..1458994 atgi 4 4
comp 1458999..1459075 atgj 45 45
comp 1459121..1459196 gca 5 5
comp 1459202..1459286 tta 20 20
comp 1459307..1459382 aaa 6 6
comp 1459389..1459464 aca 15 15
comp 1459480..1459555 gta 21
comp 1459577..1459684 5s @2 34 108
comp 1459719..1462556 23s 50 2838
comp 1462607..1462682 gca 6 6
comp 1462689..1462765 atc 110
comp 1462876..1464398 16s 206 1523
comp 1464605..1464688 tac 114 114

apal cumuls

cumuls. apal.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 2 1 0 0 1 0 1 100 5 30 0
16 23 5s 0 0 20 4 8 50 4 20 200 6 60 1
16 atc gca 1 40 1 1 100 9 40 300 4 90 4
16 23 5s a 1 60 0 2 150 9 60 400 5 120 1
max a 14 80 1 0 200 3 80 500 1 150 0
a doubles 0 100 0 0 250 2 100 600 4 180 3
autres 0 120 0 0 300 1 120 700 1 210 2
total aas 15 140 0 0 350 1 140 800 0 240 1
sans opérons 14 160 0 0 400 0 160 900 1 270 1
1 aa 9 180 0 0 450 0 180 1000 0 300 2
max a 4 200 0 0 500 0 200 1100 0 330 2
a doubles 0 0 0 1 0 10
total aas 20 6 11 29 0 21 17
total aas 35
remarques 2
avec jaune moyenne 136 307
variance 100 208
sans jaune moyenne 25 17 122 218 177
variance 24 18 68 120 91

apal blocs

T2. apal blocs, Acholeplasma palmae J233
gta 21 CDS 347
5s 34 108 16s 128 1523
23s 50 2838 23s 34 2838
gca 6 5s 51 108
atc 110 aac 118
16s 206 1523 CDS
tac 114
CDS

apal remarques

  • Lien tableur: apal remarques
  • Remarques: un génome avec très peu de tRNAs, 35, mais sont très regroupés, à peine 9 à 1 seul tRNA.
    1. @ séquence de 4 aas sans rRNAs et sans doubles
    2. @ séquence de 11 aas dans bloc à rRNAs et sans doubles. Les 2 blocs à rRNAs ont un aa avant 16s.
  • Séquence des doubles: aucun double malgré une séquence de 11 tRNAs.
  • Code génétique de apal:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 35 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 35 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
T2 apal, Acholeplasma palmae J233
g1    t1       35  35
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 0 cac 1 cgt 1
gtc gcc 0 gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 2 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag 1 agg
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg

apal distribution

  • Lien tableur: apal distribution
  • Légende:
    - en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
  • Notes:
    - 12 *, +5s a un total de 12 dont 1 gca, 3
    - 9 *, 1aa a un total de 9 dont 1 gac, 2
T2 apal, Acholeplasma palmae J233. tenericutes.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc gcc gac 2 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 3 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag 1 agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
apal 9 9 * 12 * 1 4 35

tenericutes synthèse

tenericutes distribution par génome

tenericutes distribution par génome
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
abra 12 14 11 1 2 5 45
apal 9 9 11 1 4 1 35
total 21 23 0 22 2 6 0 6 80

tenericutes distribution du total

  • Lien tableur: tenericutes distribution du total
  • Légende:
    - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
    - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau
    - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
Tenericutes. Distribution du total.
tenericutes. Distribution du total: >1aa 1aa +5s >3.
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 2
ctc 2 ccc cac 2 cgc 2
gtc 1 gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga 2
cta 2 cca 3 caa 2 cga 1
gta 2 gca 2 gaa 4 gga 2
ttg 2 tcg 1 tag tgg 2
atgj 2 acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 21 23 22 66
tenericutes. Distribution du total: +16s +5s <4 -16s
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 2 tgc
atc 4 acc aac 6 agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 2 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 6 2 6 14
tenericutes. indices du 10.01.21 112 génomes
g1 t1 112 3536 0.9  0
atgi 87 tct tat atgf 96
att 0.9 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 0.9
ttc 104 tcc 40 tac 100 tgc 99
atc 103 acc 71 aac 104 agc 99
ctc 32 ccc cac 100 cgt 72
gtc 1.8 gcc 0.9 gac 102 ggc 56
tta 98 tca 100 taa tga 90
ata 8.0 aca 103 aaa 121 aga 103
cta 100 cca 99 caa 103 cga 38
gta 105 gca 104 gaa 104 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 94 acg 25 aag 62 agg 22
ctg ccg cag cgg 2.7
gtg gcg gag ggg 0.9
inter max min total
 

tenericutes distribution par type

Tenericutes. Distribution par type.
tenericutes. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 1
ctc 2 ccc cac cgc
gtc 1 gcc gac 1 ggc 1
tta tca taa tga
ata aca aaa aga 2
cta 1 cca caa cga
gta gca gaa 1 gga
ttg 2 tcg tag tgg 2
atgj acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 1aa 23
tenericutes. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc acc aac agc 1
ctc ccc cac 2 cgc 2
gtc gcc 1 gac 1 ggc 1
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta 1 cca 3 caa 2 cga 1
gta gca gaa 3 gga 2
ttg tcg 1 tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 >1aa 21
tenericutes. distribution du type +5s >3
g1    t1          
atgi 2 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc tac tgc
atc acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac 2 ggc
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 2 aga
cta cca caa cga
gta 2 gca 2 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj 2 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tener2 +5s 22

tenericutes par rapport au groupe de référence

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
tener2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 7 3 10
16 moyen 13 4 10 6 33
14 fort 3 14 12 6 2 37
23 21 22 6 8 80
10 g+cga 3 2 5
2 agg+cgg 1 1
4 carre ccc 3 1 4
5 autres
7 3 10
total tRNAs ‰
tener2 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres tener ‰ ref.‰
21 faible 88 38 125 26
16 moyen 163 50 125 75 413 324
14 fort 38 175 150 75 25 463 650
288 263 275 75 100 80 729
10 g+cgg 38 25 63 10
2 agg+cga 13 13
4 carre ccc 38 13 50 16
5 autres
88 38 125
blocs tRNAs ‰ total colonne %
tener2 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 159 68 227 26 30 14
16 moyen 295 91 386 324 57 19
14 fort 68 318 386 650 13 67
523 477 44 729 23 21
10 g+cgg 68 45 114 10
2 agg+cga 23 23
4 carre ccc 68 23 91 16
5 autres
159 68 227

tenericutes, estimation des -rRNAs

  • Lien tableur: tenericutes, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 10.1.21
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

tenericutes, calcul des -rRNAs

ten tenericutes 20 génomes
ten1 cumul des +rRNAs de la fiche tenericutes pour 20 génomes
g1    t1         
atgi 5 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 5 tcc tac 5 tgc
atc 10 acc aac 11 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 5 ggc
tta 5 tca 5 taa tga
ata aca 6 aaa 7 aga
cta 2 cca caa cga
gta 8 gca 7 gaa 2 gga
ttg tcg tag tgg
atgj 5 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr20 inter max min total
39 54 0 93
ten2 indices du clade tenericutes du 10.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1        0.9   0
atgi 87 tct tat atgf 96
att 0.9 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 0.9
ttc 104 tcc 40 tac 100 tgc 99
atc 103 acc 71 aac 104 agc 99
ctc 32 ccc cac 100 cgt 72
gtc 1.8 gcc 0.9 gac 102 ggc 56
tta 98 tca 100 taa tga 90
ata 8 aca 103 aaa 121 aga 103
cta 100 cca 99 caa 103 cga 38
gta 105 gca 104 gaa 104 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 94 acg 25 aag 62 agg 22
ctg ccg cag cgg 2.7
gtg gcg gag ggg 0.9
gtRNA inter max min total
1396 1371 329 3096
ten3 cumul des -rRNAs de l'annexe tenericutes 2 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac tgc 2
atc acc 2 aac agc 2
ctc 2 ccc cac 2 cgt 2
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 0 tca taa tga
ata aca aaa aga 2
cta 2 cca 3 caa 2 cga 1
gta gca gaa 4 gga 2
ttg 2 tcg 1 tag tgg 2
atgj acg 1 aag 2 agg 1
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr2 inter max min total
17 17 10 44
ten4 indices des +rRNAs de la fiche tenericutes pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 25 tct tat atgf 25
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 25 tcc tac 25 tgc
atc 50 acc aac 55 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 25 ggc
tta 25 tca 25 taa tga
ata aca 30 aaa 35 aga
cta 10 cca caa cga
gta 40 gca 35 gaa 10 gga
ttg tcg tag tgg
atgj 25 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr20 inter max min total
195 270 0 465
ten5 estimation des -rRNA du clade tenericutes pour 100 génomes
g1    t1        0.9   0
atgi 62 tct tat atgf 71
att 0.9 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 0.9
ttc 79 tcc 40 tac 75 tgc 99
atc 53 acc 71 aac 49 agc 99
ctc 32 ccc 0 cac 100 cgt 72
gtc 1.8 gcc 0.9 gac 77 ggc 56
tta 73 tca 75 taa tga 90
ata 8 aca 73 aaa 86 aga 103
cta 90 cca 99 caa 103 cga 38
gta 65 gca 69 gaa 94 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 69 acg 25 aag 62 agg 22
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 2.7
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0.9
-rRNA inter max min total
1201 1101 349 2651
ten6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc 50 tac tgc 100
atc acc 100 aac agc 100
ctc 100 ccc cac 100 cgt 100
gtc 50 gcc 50 gac 100 ggc 100
tta tca taa tga
ata aca aaa aga 100
cta 100 cca 150 caa 100 cga 50
gta gca gaa 200 gga 100
ttg 100 tcg 50 tag tgg 100
atgj acg 50 aag 100 agg 50
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
tenr2 inter max min total
850 850 500 2200

tenericutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs

  • Lien tableur: tenericutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - ten7. diff, somme des couleurs de ten7. La différence entre tRNAs est faite entre ten5 et ten6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - ten8. rap, rapport des sommes couleurs ten5/ten2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de ten5 sur celui de ten2.
  • Fréquences des différences en % du tableau ten7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	7	9	1	4	3	2	2	1	0	0	19	0	48
tot ≤ 50						19
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 23% en dessous de celle de la fiche des tenericutes.
tRNAs		fiche		annexe
sans		569		44
avec		93		36
genomes		20		2
indice %	28		22
ten tenericutes 20 génomes
ten7 tenericutes, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 100 tct tat atgf 100
att act 100 aat agt
ctt 100 cct cat cgc 100
gtt gct gat ggt 100
ttc 100 tcc 20 tac 100 tgc 1
atc 100 acc 29 aac 100 agc 1
ctc 68 ccc cac 0 cgt 28
gtc 96 gcc 98 gac 23 ggc 44
tta 100 tca 100 taa tga 100
ata 100 aca 100 aaa 100 aga 3
cta 10 cca 34 caa 3 cga 24
gta 100 gca 100 gaa 53 gga 2
ttg 2 tcg 34 tag tgg 0
atgj 100 acg 50 aag 38 agg 56
ctg ccg cag cgg 100
gtg gcg gag ggg 100
diff inter max min total
66 187 441 693
ten8 tenericutes, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi 71 tct tat atgf 74
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 76 tcc tac 75 tgc
atc 51 acc aac 47 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 75 ggc
tta 74 tca 75 taa tga
ata aca 71 aaa 71 aga
cta 90 cca caa cga
gta 62 gca 66 gaa 90 gga
ttg tcg tag tgg
atgj 73 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
86 80 106 86
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