Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/archeo

**archeo**
Recherche : Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes

Annexe 10


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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/archeo », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.

Methanobacterium formicicum DSM1535

mfi opérons

Lien tableur: mfi opérons
Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Methanomada group; Methanobacteria; Methanobacteriales; Methanobacteriaceae; Methanobacterium.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar1. mfi opérons, Methanobacterium formicicum DSM1535
41.2%GC	17.8.19 Paris	47	doubles	intercal	cds	aa	cdsa
	157153..157563	CDS		36	36		137
comp	157600..157683	ctc		246	246
	157930..158232	CDS					101

comp	211693..213681	CDS		206	206		663
	213888..213971	tcg		281	281
	214253..215677	CDS					475

comp	314088..314264	CDS		50	50		59
comp	314315..314487	caa	@1	-1	-1
comp	314487..314654	CDS					56

comp	317759..318211	CDS		198	198		151
comp	318410..318494	tcc		177	177
comp	318672..319634	CDS					321

comp	419250..419975	CDS		156	156		242
comp	420132..420204	aac		29	29
comp	420234..420545	CDS					104

comp	466570..467484	CDS		223	223		305
comp	467708..467792	agc		186	186
comp	467979..468294	ncRNA	@2	122	122		316
	468417..469397	CDS					327

	681116..681676	CDS		37	37		187
comp	681714..681786	gcg		195	195
comp	681982..682488	CDS					169

	695936..696538	CDS		939	939		201
comp	697478..697600	5s		305			123
comp	697906..700772	23s		233			2867
comp	701006..701079	gca		87
comp	701167..702646	16s		724	724		1480
	703371..704336	CDS					322

comp	746487..747290	CDS		155	155		268
comp	747446..747518	acc		85		85
comp	747604..747686	tta		303	303
	747990..748163	CDS					58

comp	800615..801820	CDS		43	43		402
comp	801864..801935	caa		72	72
comp	802008..802697	CDS					230

comp	963425..964432	CDS		273	273		336
	964706..964778	aac		5		5
	964784..964857	atgi		58		58
	964916..964990	gaa		53		53
	965044..965127	cta		29		29
	965157..965232	cac		146	146
	965379..965717	CDS					113

comp	974621..974842	CDS		564	564		74
	975407..975480	aag		90		90
	975571..975653	ttg		504		504
	976158..976231	aaa		148	148
comp	976380..976679	CDS					100

comp	1006329..1008095	CDS		397	397		589
	1008493..1008614	5s	@3	748			122
	1009363..1009485	5s		286			123
	1009772..1012638	23s		233			2867
	1012872..1012945	gca		72
	1013018..1014497	16s		454	454		1480
	1014952..1016097	CDS					382

comp	1088211..1088831	CDS		53	53		207
comp	1088885..1089038	tgg	@1	40		40
comp	1089079..1089150	tgc		212	212
comp	1089363..1089746	CDS					128

	1143658..1144137	CDS		166	166		160
comp	1144304..1144610	ncRNA	@2	14	14		307
comp	1144625..1144699	atgf		139	139
comp	1144839..1145162	CDS					108

	1153368..1154087	CDS		56	56		240
	1154144..1154217	aga		62		62
	1154280..1154354	agg		552	552
comp	1154907..1156157	CDS					417

	1247204..1247659	CDS		4	4		152
comp	1247664..1247739	cga		133	133
comp	1247873..1248481	CDS					203

comp	1320721..1321641	CDS		183	183		307
	1321825..1321896	gta		99		99
	1321996..1322067	gtg		228	228
comp	1322296..1323084	CDS					263

comp	1403886..1409507	CDS		351	351		1874
comp	1409859..1409930	cgc		222	222
comp	1410153..1410620	CDS					156

	1532795..1533088	CDS		127	127		98
comp	1533216..1533325	atgj	@1	246	246
	1533572..1534402	CDS					277

	1541929..1542321	CDS		127	127		131
	1542449..1542522	ggg		1	1
comp	1542524..1543528	CDS					335

	1602054..1603277	CDS		257	257		408
	1603535..1603608	aca		76		76
	1603685..1603759	cca		44		44
	1603804..1603877	tac		170		170
	1604048..1604119	gac		7		7
	1604127..1604200	aaa		24	24
	1604225..1604461	CDS					79

	1617553..1617861	CDS		187	187		103
	1618049..1618133	tca		252	252
	1618386..1619444	CDS					353

comp	1692202..1692552	CDS		271	271		117
comp	1692824..1692895	cag		156	156
comp	1693052..1693972	CDS					307

	1887796..1888038	CDS		136	136		81
	1888175..1888257	ctg		193	193
	1888451..1891267	CDS					939

	2057488..2057883	CDS		230	230		132
	2058114..2058184	tgc		143	143
	2058328..2059713	CDS					462

	2128536..2129312	CDS		123	123		259
	2129436..2129509	acg		362	362
comp	2129872..2130963	CDS

comp	2204492..2204932	CDS		178	178		147
	2205111..2205182	gtc		4		4
	2205187..2205259	ttc		283	283
comp	2205543..2205875	CDS					111

	2317208..2317498	CDS		271	271		97
	2317770..2317842	atc		460	460
	2318303..2318863	CDS					187

comp	2414821..2415903	CDS		491	491		361
	2416395..2416468	gcc		303	303
comp	2416772..2417797	CDS					342

comp	2432399..2432848	CDS		537	537		150
	2433386..2433459	ggc		2		2
	2433462..2433535	gga		326	326
comp	2433862..2434263	CDS					134

mfi cumuls

Lien tableur: mfi cumuls

cumuls. mfi.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1	0	-	1	2	1		100	9	30	0
	16 23 5s 0	0	20	4		50	8	20		200	21	60	3
	16 gca 235	2	40	2		100	3	40		300	10	90	3
	16 23 5s a	0	60	3		150	10	60		400	12	120	10
	max a	1	80	2		200	12	80		500	5	150	7
	a doubles	0	100	3		250	8	100		600	1	180	5
	autres	2	120	0		300	7	120		700	1	210	5
	total aas	2	140	0		350	3	140		800	0	240	2
sans	opérons	29	160	0		400	3	160		900	0	270	4
	1 aa	20	180	1		450	0	180		1000	1	300	1
	max a	5	200	0		500	3	200		1100	0	330	6
	a doubles	0		1			5				1		15
	total aas	45		16	0		64		0		61		61
total aas		47
remarques		3
avec jaune			moyenne	83			224				266
			variance	121			176				265
sans jaune			moyenne	35			178				213		171
			variance	27			96				115		81

mfi blocs

Lien tableur: mfi blocs

Ar1. mfi blocs, Methanobacterium formicicum DSM1535
CDS	939	201
5s	305	123
23s	233	2867
gca	87
16s	724	1480
CDS		322

CDS	397	589
5s	748	!122
5s	286	123
23s	233	2867
gca	72
16s	454	1480
CDS		382

mfi remarques

Lien tableur: mfi remarques
Remarques: pas de doubles mais des séquences. Il n’y a pas de cgt, on est avec les archées.
1. @ Les introns des(gtRNAdb) archées existent pour tgg et atgj tujours. Ici en plus il y a un caa.
  - caa (Join(314315..314349,314448..314487)), l’intron empiète sur le cds d’où l’intercalaire négatif.
  
  - tgg ( join(1088885..1088919,1089000..1089038)), l’intron mais n’empiète pas sur les cds.
  
  - atgj Join(1533216..1533251,1533288..1533325), n’empiète pas sur les cds. C’est Met mais pas Il2 ni atgf.
2. @ Ces ncRNAs sont dans le même cluster, sur le même brin qu’ un tRNA et très proche de lui, agc 186 et atgf 14. Ils sont petits respectivement 316 et 307 pbs.
3. @ Le 5s collé au cluster du 16sgca23s5s, il se comporte comme un tRNA. Il a une pb de moins que les 2 autres 5s.
Séquence des doubles: aucun double dans une séquence. Les doubles exitants sont gca aac aaa caa tgc.
Tableau du code génétique de mfi
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19
- - totaux en en-tête, 47 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 47 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar1. mfi, Methanobacterium formicicum DSM1535
g1		t1				47	47
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	1	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	2	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg		cag	1	cgg
p gtg	1	p gcg	1	gag		ggg	1

mfi distribution

Lien tableur: mfi distribution

Ar1. mfi distribution. Methanobacterium formicicum DSM1535. Archée
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	1	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	2	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg		cag	1	cgg
p gtg	1	p gcg	1	gag		ggg	1
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mfi	25	20 *				2	47

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

mja opérons

Lien tableur: mja opérons
Liens: gtRNAdb [3], NCBI [4], génome [5]
Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Methanomada group; Methanococci; Methanococcales; Methanocaldococcaceae; Methanocaldococcus.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar2. mja opérons, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
31.3%GC	17.8.19 Paris	37	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa
comp	96499..97053	CDS		372	372			185
comp	97426..97537	atgj	@1	91		91
	97629..97716	ctc		241	241
	97958..99259	CDS						434

comp	110328..111545	CDS		222	222			406
	111768..111852	tga		21	21
	111874..112785	CDS						304

	137244..138245	CDS		98	98			334
comp	138344..138419	gtg		59	59
comp	138479..138781	CDS						101

	153070..154479	CDS		182	182			470
comp	154662..157639	23s		207				2978
comp	157847..157919	gca		64
comp	157984..159463	16s		340	340			1480
	159804..160085	CDS						94

comp	185874..186671	CDS		306	306			266
	186978..187066	tcc		71	71
	187138..187590	CDS						151

	190579..190800	CDS		31	31			74
	190832..190908	ccc		32	32
	190941..191114	CDS						58

comp	214560..215060	CDS		149	149			167
	215210..215297	tta		154	154
	215452..216240	CDS						263

	226386..227639	CDS		64	64			418
comp	227704..227780	gcc		239	239
	228020..229720	CDS						567

	303613..303927	CDS		64	64			105
	303992..304081	tca		230	230
comp	304312..304752	CDS						147

comp	357984..358547	CDS		220	220			188
	358768..358845	aga		23		23
	358869..358943	gaa		164	164
	359108..359923	CDS						272

	359108..359923	CDS		48	48			272
comp	359972..360047	atgf		103	103
comp	360151..361485	CDS						445

	401945..402796	CDS		171	171			284
comp	402968..403044	gtc		229	229
	403274..403834	CDS						187

comp	618311..618757	CDS		402	402			149
comp	619160..619234	tgc		63	63
comp	619298..619915	CDS						206

	636394..637449	CDS		133	133			352
	637583..637659	ttc		7			7
	637667..637742	aac		29			29
	637772..637849	atgi		18			18
	637868..637942	gaa		39			39
	637982..638069	cta		11			11
	638081..638152	cac		295
	638448..639930	16s		64				1483
	639995..640067	gca		207
	640275..643254	23s		78				2980
	643333..643447	5s		56				115
	643504..643761	ncRNA	@2	232	232			258
	643994..644962	CDS						323

	762859..763608	CDS		157	157			250
comp	763766..763842	acc		178		178
	764021..764096	caa		50	50
	764147..764818	CDS						224

	862207..862410	CDS		179	179			68
	862590..862661	cga		41	41
	862703..863392	CDS		86	86			230
	863479..863555	aca		14			14
	863570..863647	cca		8			8
	863656..863732	tac		83			83
	863816..863889	aaa		13
	863903..864017	5s	@3	46				115
	864064..864141	gac		80	80
	864222..864842	CDS						207

	871492..873447	CDS		238	238			652
comp	873686..873763	atc		102	102
comp	873866..875110	CDS						415

comp	882566..883615	CDS		65	65			350
	883681..883754	gta		123	123
comp	883878..884297	CDS						140

comp	1037197..1038504	CDS		39	39			436
comp	1038544..1038620	cgc	@4	1	1
comp	1038622..1039386	CDS						255

comp	1148669..1149934	CDS		210	210			422
	1150145..1150220	ggc		34		34
	1150255..1150330	gga		243	243
	1150574..1151254	CDS						227

comp	1188906..1189772	CDS		172	172			289
	1189945..1190055	tgg	@1	95	95
	1190151..1190684	CDS						178

comp	1312335..1312781	CDS		383	383			149
	1313165..1313249	agc		177	177
	1313427..1314617	CDS						397

mja cumuls

Lien tableur: mja cumuls

cumuls. mja.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1	0	0	1	1	1		100	4	30	0
	16 23 5s 0	0	20	0	5	50	7	20		200	12	60	1
	16 atc gca	0	40	2	2	100	10	40		300	13	90	2
	16 23 5s a	0	60	0	0	150	5	60		400	6	120	3
	max a	7	80	0	0	200	8	80		500	8	150	4
	a doubles	0	100	1	1	250	10	100		600	1	180	3
	autres	2	120	0	0	300	0	120		700	1	210	5
	total aas	13	140	0	0	350	2	140		800	0	240	3
sans	opérons	20	160	0	0	400	2	160		900	0	270	4
	1 aa	16	180	1	0	450	1	180		1000	0	300	4
	max a	2	200	0	0	500	0	200		1100	0	330	2
	a doubles	0		0	0		0				0		14
	total aas	24		4	8		46		0		45		45
total aas		37
remarques		4
avec jaune			moyenne	82	26		154				269
			variance	71	25		102				137
sans jaune			moyenne	29	18		152				253		194
			variance	8	12		95				117		74

mja blocs

Lien tableur: mja blocs

Ar2. mja blocs, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
CDS	182
23s	207	2978
gca	64
16s	340	1480
CDS

cac	295
16s	64	1483
gca	207
23s	78	2980
5s	56	115
ncRNA	232	258
CDS

aaa	13
5s	46	115
gac	80
CDS

mja remarques

Lien tableur: mja remarques
Remarques: pas de doubles mais des séquences. Il n’y a pas de cgt, on est avec les archées.
1. @ Les introns (gtRNAdb) des archées existent toujours pour tgg et atgj.
  - tgg, Join(1189945..1189984,1190018..1190055), l’ intron mais n’empiète pas sur les cds.
  
  - atgj, Join(97426..97464,97500..97537), n’empiète pas sur les cds. C’est Met mais pas Il2 ni atgf.
2. @ Ce ncRNA est dans et sur le même brin que le cluster et très proche de lui, 56 au lieu de 232 avec cds. Il est petit, 258 pbs comme pour mfi.
3. @ Le 5s est décollé du cluster du 16sgca23s, il se comporte comme un tRNA et est dans leur séquence. C’est pour ça que j’ai ces aas dans la colonne “avec rRNAs”.
4. @ cgc très collé à ses 2 cds
Séquence des doubles: aucun double dans une séquence. Les doubles exitants sont gca gaa.
Tableau du code génétique de mja
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19
- - totaux en en-tête, 37 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 37 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar2. mja, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
g1		t1				37	37
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	2	gga	1
m ttg		d tcg		tag		tgg	1
n atg	1	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg	1	p gcg		gag		ggg

mja distribution

Lien tableur: mja distribution

Ar2. mja distribution, Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661. Archée
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	2	gga	1
m ttg		d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg	1	p gcg		gag		ggg
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mja	8	16	1	4	6 *	2	37

mja intercalaires entre cds

Lien NCBI [6] 9.4.20
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

mja les fréquences

Lien tableur: mja intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.

- cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

- La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

- intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

- colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 9.4.20.

mja Les fréquences des intercalaires entre cds
mja	intercalaires	total	%	intercalaires	moyenne	ecartype	plage	ADN	intercal	frequence5
	négatif	219	12.7	négatif	-13	14	-1 à -83	1 664 970	-1	219
	zéro	21	1.2					intercals	0	21
	1 à 200	1275	73.7	0 à 200	64	56		151 580	5	128
	201 à 370	166	9.6	201 à 370	265	47		9.1%	10	100
	371 à 600	37	2.1	371 à 600	438	51			15	102
	601 à max	12	0.7	601 à 1028	675	39			20	83
	total 1730	<201	88	total 1727	85	109	-83 à 724		25	73
adresse	intercalx	intercal	fréquence1	intercal	fréquence6	cumul,%	intercal	fréquence-1	30	35
470326	1019	-1	219	-70	3		0	21	35	39
47370	859	0	21	-60	3		-1	25	40	27
451281	848	1	30	-50	1		-2	0	45	36
449897	724	2	40	-40	5		-3	0	50	25
291222	711	3	9	-30	10	min à -1	-4	77	55	18
623421	694	4	38	-20	25	219	-5	2	60	37
1432395	694	5	11	-10	44	12.7%	-6	4	65	22
694012	687	6	9	0	149		-7	3	70	36
1461617	685	7	7	10	228		-8	14	75	21
1176472	629	8	20	20	185		-9	3	80	27
328329	625	9	35	30	108		-10	1	85	27
911715	622	10	29	40	66	1 à 200	-11	12	90	44
106958	542	11	23	50	61	935	-12	3	95	22
91672	527	12	26	60	55	54.0%	-13	4	100	33
692428	522	13	20	70	58		-14	10	105	21
256182	501	14	18	80	48		-15	3	110	17
1370826	495	15	15	90	71		-16	2	115	21
15863	490	16	15	100	55		-17	5	120	25
424100	489	17	12	110	38		-18	2	125	22
1547813	489	18	19	120	46		-19	2	130	20
73799	487	19	21	130	42		-20	6	135	25
1128054	479	20	16	140	51		-21	1	140	26
777753	478	21	20	150	34		-22	0	145	18
983847	478	22	15	160	31		-23	7	150	16
1338520	474	23	10	170	21	1 à 200	-24	1	155	15
518562	472	24	14	180	28	1275	-25	4	160	16
410085	456	25	14	190	24	74%	-26	1	165	11
1291124	450	26	10	200	25		-27	0	170	10
1607321	446	27	8	210	15		-28	1	175	16
1596121	439	28	3	220	22		-29	4	180	12
439827	431	29	6	230	17		-30	0	185	10
489906	417	30	8	240	12		-31	0	190	14
966335	417	31	7	250	12	0 à 200	-32	5	195	16
7338	412	32	6	260	7	1296		223	200	9
325298	411	33	12	270	13		reste	17	205	6
1119539	406	34	13	280	9		total	240	210	9
258119	400	35	1	290	14				215	11
		36	5	300	4				220	11
		37	4	310	5				225	5
		38	6	320	12				230	12
		39	11	330	3				235	5
		40	1	340	6	201 à 370			240	7
		reste	903	350	3	166			245	6
		total	1730	360	6	9.6%			250	6
				370	6				255	4
				380	6				260	3
				390	3				265	7
adresse	intercaln	décalage	long	400	4				270	6
349543	-83	shift2	635	410	1				275	7
541115	-73	shift2	498	420	4				280	2
575292	-71	shift2	146	430	0				285	9
125178	-64	shift2	246	440	2				290	5
1600078	-62	comp		450	2				295	3
1611178	-62	shift2	1499	460	1				300	1
28018	-59	shift2	497	470	0				305	4
316817	-49	shift2	495	480	5				310	1
1478759	-48	comp		490	4				315	6
739648	-44	shift2	851	500	1				320	6
875683	-41	shift2	635	510	1				325	3
1378478	-41	shift2	1910	520	0				330	0
12869	-39			530	2				335	5
1051112	-38			540	0	371 à 600			340	1
1285398	-38			550	1	37			345	2
1623026	-38			560	0	2.1%			350	1
697374	-35			570	0				355	3
1152607	-34			580	0	601 à max			360	3
1328814	-34			590	0	12			365	4
139527	-32			600	0	0.7%			370	2
312088	-32			reste	12				reste	49
352843	-32			total	1730				total	1730

mja autres intercalaires

Lien tableur: mja autres intercalaires
Légende:
- comp, le gène est sur le brin complement

- deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

mja Les autres intercalaires.

mja1 adresses1
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	1664008	?	comp
	repeat_region	378	89
fin	CDS	2216		comp
deb	CDS	96499	372	comp
	tRNA	97426	91	comp
	tRNA	97629	241
fin	CDS	97958
deb	CDS	110328	250	comp
	tRNA	111766	19
fin	CDS	111874
deb	CDS	131467	369
	repeat_region	132922	114
fin	CDS	134114		comp
deb	CDS	137244	98
	tRNA	138344	59	comp
fin	CDS	138479		comp
deb	CDS	153070	182
	rRNA	154662	207	comp
	tRNA	157847	64	comp
	rRNA	157984	340	comp
fin	CDS	159804
deb	CDS	185874	306	comp
	tRNA	186978	71
fin	CDS	187138
deb	CDS	190579	31
	tRNA	190832	32
fin	CDS	190941
deb	CDS	214560	149	comp
	tRNA	215210	154
fin	CDS	215452
deb	CDS	226386	64
	tRNA	227704	239	comp
fin	CDS	228020
deb	CDS	235984	394
	repeat_region	236564	97
fin	CDS	238282		comp
deb	CDS	303622	64
	tRNA	303992	230
fin	CDS	304312		comp
deb	CDS	351301	129	comp
	repeat_region	351694	374
fin	CDS	352843		comp
deb	CDS	357984	220	comp
	tRNA	358768	23
	tRNA	358869	164
deb	CDS	359108	48
	tRNA	359972	103	comp
fin	CDS	360151		comp

mja2 adresses2
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	862207	179
	tRNA	862590	41
deb	CDS	862703	86
	tRNA	863479	14
	tRNA	863570	8
	tRNA	863656	83
	tRNA	863816	13
	rRNA	863903	46
	tRNA	864064	80
fin	CDS	864222
deb	CDS	401945	171
	tRNA	402968	229	comp
fin	CDS	403274
deb	CDS	427091	467
	repeat_region	428572	39
fin	CDS	429676		comp
deb	CDS	498208	604	comp
	repeat_region	501491	52
fin	CDS	502042		comp
deb	CDS	506108	484	comp
	repeat_region	507264	282
fin	CDS	508398
deb	CDS	551189	251	comp
	ncRNA	552541	28
fin	CDS	552885
deb	CDS	618311	402	comp
	tRNA	619160	63	comp
fin	CDS	619298		comp
deb	CDS	636394	133
	tRNA	637583	7
	tRNA	637667	29
	tRNA	637772	18
	tRNA	637868	39
	tRNA	637982	11
	tRNA	638081	295
	rRNA	638448	64
	tRNA	639995	207
	rRNA	640275	78
	rRNA	643333	56
	ncRNA	643504	232
fin	CDS	643994
deb	CDS	762859	157
	tRNA	763766	178	comp
	tRNA	764021	50
fin	CDS	764147

mja3 adresses3
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	857400	118	comp
	repeat_region	858112	532
fin	CDS	858876
deb	CDS	871492	238
	tRNA	873686	102	comp
fin	CDS	873866		comp
deb	CDS	882566	65	comp
	tRNA	883681	123
fin	CDS	883878		comp
deb	CDS	1033083	474	comp
	repeat_region	1034820	93
fin	CDS	1035848		comp
deb	CDS	1037197	39	comp
	tRNA	1038544	1	comp
fin	CDS	1038622		comp
deb	CDS	1047158	568	comp
	repeat_region	1049373	181
fin	CDS	1050484
deb	CDS	1148669	210	comp
	tRNA	1150145	34
	tRNA	1150255	243
fin	CDS	1150574
deb	CDS	1188906	172	comp
	tRNA	1189945	95
fin	CDS	1190151
deb	CDS	1218598	79
	repeat_region	1219844	479
fin	CDS	1220645		comp
deb	CDS	1266436	484
	repeat_region	1267046	79
fin	CDS	1267794		comp
deb	CDS	1312335	383	comp
	tRNA	1313165	177
fin	CDS	1313427
deb	CDS	1455222	68
	repeat_region	1456715	384
fin	CDS	1457720		comp
deb	CDS	1568600	484
	repeat_region	1570374	121
fin	CDS	1571017		comp
deb	CDS	1574035	473
	repeat_region	1575519	223
fin	CDS	1576607

mja intercalaires tRNA

Lien tableur: mja intercalaires tRNA
Légende:
- comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.

- deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
Cumuls comp'+continu du tableau

	deb	fin	total
<201	14	16	30
total	22	21	43
taux	64%	76%	70%

mja intercalaires tRNA

mja les relevés deb-fin
comp’	entre tRNAs	comp’	deb	comp’	fin
comp’	91		372		241
	23	comp’	250		19
	7	comp’	98		59
	29	comp’	306		71
	18		31		32
	39	comp’	149		154
	11	comp’	64	comp’	239
comp’	178		64	comp’	230
	14	comp’	220		164
	8	comp’	48		103
	83	comp’	171	comp’	229
	34		402		63
			133
		comp’	157		50
			179		41
			86		80
		comp’	238		102
		comp’	65	comp’	123
			39		1
		comp’	210		243
		comp’	172		95
		comp’	383		177

mja intercalaires inférieures à 201 pbs
deb	fin	continu	cumuls
31	1	deb
39	19	<201	6
64	32	total	8
86	41	taux	75%
133	50
179	59	fin
372	63	<201	15
402	71	total	17
-	80	taux	88%
-	95
-	102	total
-	103	<201	21
-	154	total	25
-	164	taux	84%
-	177
-	241
-	243	comp’	cumuls
48	123	deb
64	229	<201	8
65	230	total	14
98	239	taux	57%
149	-
157	-	fin
171	-	<201	1
172	-	total	4
210	-	taux	25%
220	-
238	-	total
250	-	<201	9
306	-	total	18
383	-	taux	50%

mja intercalaires rRNA

Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre mja blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau mja autres intercalaires.
Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici pour les 2 blocs de 340 295 pbs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, il est ici pour les 2 blocs de, respectivement, 182 232 pbs. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans mja cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.

deb	fin		tri	grand	petit
372	241		18	39	1
250	19		2	250	19
98	59		5	32	31
306	71		14	179	41
31	32		10	103	48
149	154		13	157	50
64	239		3	98	59
64	230		12	402	63
220	164		7	239	64
48	103		8	230	64
171	229		17	123	65
402	63		4	306	71
157	50		15	86	80
179	41		20	172	95
86	80		16	238	102
238	102		6	154	149
65	123		9	220	164
39	1		11	229	171
210	243		21	383	177
172	95		19	243	210
383	177		1	372	241

Methanosarcina barkeri str. Fusaro

mba opérons

Lien tableur: mba opérons
Liens: gtRNAdb [7], NCBI [8], génome [9]
Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Stenosarchaea group; Methanomicrobia; Methanosarcinales; Methanosarcinaceae; Methanosarcina.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar3. mba opérons, Methanosarcina barkeri str. Fusaro
39.2%GC	2.2.20 Paris	62	doubles	intercal	cds	aa	cdsa	protéines
	91192..91938	cds		137	137		249	DUF429 domain-containing protein
comp	92076..92160	ctc	+	132		132
comp	92293..92377	ctc	2 ctc	298	298
comp	92676..93476	cds					267	DNA-directed RNA polymerase subunit D

comp	98630..99337	cds		535	535		236	ABC transporter ATP-binding protein
comp	99873..99955	tcc		222	222
comp	100178..101194	cds					339	RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5

comp	146979..147518	cds		80	80		180	tyrosine-type recombinase/integrase
comp	147599..147670	acc		198	198
comp	147869..148381	cds					171	DUF98 domain-containing protein

comp	199345..200268	cds		492	492		308	aldolase
comp	200761..200833	aac	+	71		71
comp	200905..200979	atgi	2 aac	119		119
comp	201099..201171	aac		964	964
	202136..202366	cds					77	hp

	260990..261532	cds		173	173		181	nitroreductase family protein"
	261706..261777	cgg		673	673
	262451..262960	cds					170	hp

comp	463836..464723	cds		2075	2075		296	polyprenyl synthetase family protein
	466799..466870	gga		94		94
	466965..467049	cta		221	221
comp	467271..468818	cds					516	MBL fold metallo-hydrolase

	473154..473723	cds		298	298		190	hp
comp	474022..474096	gag		246	246
comp	474343..475584	cds					414	proteasome-activating nucleotidase

comp	692109..692987	cds		349	349		293	branched-chain-amino-acid transaminase
	693337..693411	aga		400	400
comp	693812..694420	cds					203	sulfite exporter TauE/SafE family protein

comp	703446..703958	cds		488	488		171	biotin transporter BioY
	704447..704521	agg		283	283
	704805..705284	cds					160	N-acetyltransferase

comp	800463..800642	cds		799	799		60	hp
comp	801442..801526	agc		137	137
comp	801664..801978	ncRNA	@1	327	327		315
	802306..803931	cds					542	methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase

	1109819..1110013	cds		15	15		65	hp
	1110029..1110103	atgf	+	63		63
	1110167..1110241	atgf	3 atg	63		63
	1110305..1110379	atgf		273	273
	1110653..1111984	cds					444	signal recognition particle protein

comp	1134460..1135074	cds		235	235		205	endonuclease III
comp	1135310..1135381	tgc	+	65		65
comp	1135447..1135518	tgc	2 tgc	126	126
comp	1135645..1136277	cds					211	hp

	1137210..1137680	cds		488	488		157	P-bacterioferritin
comp	1138169..1138290	5s		129			122
comp	1138420..1141252	23s		222			2833
comp	1141475..1142963	16s		830	830		1489
	1143794..1145302	cds					503	2-isopropylmalate synthase

comp	1249870..1250040	cds		423	423		57	CopG family transcriptional regulator
comp	1250464..1250537	aag		546	546
	1251084..1251290	cds					69	TRAM domain-containing protein

	1315521..1315691	cds	@2	-12	-12		57	hp
comp	1315680..1315751	cgc		174	174
	1315926..1317110	cds					395	redox-regulated ATPase YchF

<comp	1514831..1515373	cds		1133	1133		181	ArsR family transcriptional regulator
	1516507..1516579	caa		760	760
comp	1517340..1517663	cds					108	hp

comp	1538879..1539286	cds		36	36		136	sensor histidine kinase
comp	1539323..1539395	other	@3	1249	1249		73
>comp	1540645..1540794	cds					50	PKD domain-containing protein

comp	1546247..1547791	cds		576	576		515	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme
comp	1548368..1548441	aca		448	448
<	1548890..1549093	cds					68	matrixin family metalloprotease

	1550566..1550760	cds		745	745		65	DeoR family transcriptional regulator
comp	1551506..1551579	aca		506	506
	1552086..1552640	cds					185	YkgJ family cysteine cluster protein

	1621639..1622835	cds		433	433		399	methionine adenosyltransferase
	1623269..1623384	tac	@4	112		112
	1623497..1623569	gac		300	300
comp	1623870..1624067	cds					66	hp

	1714788..1715069	cds		154	154		94	hp
comp	1715224..1715295	acg		187	187
comp	1715483..1716493	cds					337	class I SAM-dependent methyltransferase family protein

comp	1755811..1755993	cds		113	113		61	DNA-directed RNA polymerase subunit K
comp	1756107..1756181	ccg	@5	0	0
comp	1756182..1756370	cds					63	DNA-directed RNA polymerase subunit N

	1842058..1842195	cds		16	16		46	hp
comp	1842212..1842285	gtg		717	717
	1843003..1843767	cds					255	peptidase A24

comp	1852573..1852896	cds		1364	1364		108	PadR family transcriptional regulator
comp	1854261..1854338	ccc		198	198
comp	1854537..1855097	cds					187	CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein

comp	1908225..1908989	cds		349	349		255	hp
comp	1909339..1909530	tgg		445	445
>	1909976..1910152	cds					59	nitrogenase reductase

	1926717..1927178	cds		183	183		154	DUF4145 domain-containing protein
comp	1927362..1927445	tcg		125	125
comp	1927571..1928944	cds					458	endonuclease Q family protein

comp	2005431..2007053	cds		2315	2315		541	PKD domain-containing protein
comp	2009369..2009443	cca		199	199
comp	2009643..2010194	cds					184	UbiX family flavin prenyltransferase

comp	2026807..2028456	cds		314	314		550	ATP-dependent DNA ligase
	2028771..2028842	ggg		513	513
comp	2029356..2029766	cds					137	PaaI family thioesterase

	2157926..2158684	cds		567	567		253	hp
	2159252..2159362	atgj		349	349
	2159712..2160225	cds					171	amidohydrolase family protein

comp	2194967..2195302	cds		713	713		112	translation initiation factor eIF-1A
	2196016..2197504	16s		222			1489
	2197727..2200559	23s		129			2833
	2200689..2200810	5s		607	607		122
comp	2201418..2201615	cds					66	hp

>comp	2434335..2434609	cds		603	603		92	nucleoside deaminase
comp	2435213..2435284	gcc		223		223
	2435508..2435584	atc	+	74		74
	2435659..2435735	atc	2 atc	241	241
comp	2435977..2436390	cds					138	transcriptional regulator

	2622097..2624025	cds		1489	1489		643	replication factor C large subunit
	2625515..2625588	gta		1102	1102
	2626691..2626918	cds					76	hp

	2650514..2651296	cds		164	164		261	thiazole biosynthesis protein
	2651461..2651532	cac		218	218
	2651751..2653460	cds					570	radical SAM protein

	2663547..2664668	cds		318	318		374	PGF-pre-PGF domain-containing protein
comp	2664987..2665058	ggc		263	263
	2665322..2666563	cds					414	hp

	2856552..2857409	cds		134	134		286	hp
comp	2857544..2857628	tca		153	153
comp	2857782..2858546	cds					255	peptidylprolyl isomerase

	3326036..3326557	cds		539	539		174	hp
	3327097..3327168	tgc		995	995
	3328164..3328898	cds					245	hp

	3994472..3994921	cds		514	514		150	IS200/IS605 family transposase
comp	3995436..3995529	cga		477	477
	3996007..3996714	cds					236	hp

	4005709..4006026	cds		269	269		106	divalent-cation tolerance protein CutA
	4006296..4006378	ttg		860	860
	4007239..4009012	rpr	@6	169	169		1774	Family CRISPR
comp	4009182..4009478	cds					99	CRISPR-associated endonuclease Cas2

comp	4031590..4031871	cds		1075	1075		94	hp
	4032947..4033019	cag		182	182
comp	4033202..4033765	cds					188	hp

comp	4041205..4041960	cds		96	96		252	MBL fold metallo-hydrolase
	4042057..4042141	tta		375	375
comp	4042517..4044976	cds					820	beta-propeller fold lactonase family protein

comp	4045359..4048274	cds		718	718		972	PKD domain-containing protein
	4048993..4049077	tta		35	35
comp	4049113..4052403	cds		241	241		1097	PGF-pre-PGF domain-containing protein
	4052645..4052729	tta		177	177
comp	4052907..4053395	cds					163	MarR family transcriptional regulator

	4407561..4407830	cds		64	64		90	elongation factor 1-beta
	4407895..4407966	gcg		675	675
comp	4408642..4409715	cds					358	radical SAM protein

comp	4504139..4504300	cds		536	536		54	hp
comp	4504837..4504921	ctg		220	220
comp	4505142..4506050	cds					303	ornithine carbamoyltransferase

comp	4551177..4551851	cds		566	566		225	MBL fold metallo-hydrolase
	4552418..4552491	gtc	+	94		94
	4552586..4552660	ttc	2 gtc	7		7
	4552668..4552739	ggc	2 ttc	61		61
	4552801..4552874	gtc	2 ggc	94		94
	4552969..4553043	ttc		7		7
	4553051..4553122	ggc		717	717
	4553840..4554052	cds					71	MoaD/ThiS family protein

	4617920..4618339	cds		200	200		140	hp
	4618540..4618617	gaa		351	351
	4618969..4619190	cds		377	377		74	hp
	4619568..4619645	gaa		214	214
comp	4619860..4620678	cds					273	hp

	4673041..4673643	cds		289	289		201	adenosylcobinamide amidohydrolase
comp	4673933..4674054	5s		129			122
comp	4674184..4677016	23s		135			2833
comp	4677152..4677224	gca		79
comp	4677304..4678792	16s		1242	1242		1489
	4680035..4680817	cds					261	methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase

comp	4759174..4759410	cds		89	89		79	DNA-directed RNA polymerase subunit H
comp	4759500..4759576	aaa		655	655
comp	4760232..4760801	cds					190	DJ-1/PfpI family protein

mba cumuls

Lien tableur: mba cumuls

cumuls. mba.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	3	1	0	-	1	2	1		100	25	30	0
	16 23 5s 0	2	20	2		50	4	20		200	27	60	7
	16 gca 235	1	40	0		100	4	40		300	21	90	14
	16 23 5s a	0	60	0		150	6	60		400	8	120	8
	max a	1	80	6		200	14	80		500	4	150	5
	a doubles	0	100	3		250	9	100		600	7	180	10
	autres	0	120	2		300	8	120		700	1	210	11
	total aas	1	140	1		350	6	140		800	0	240	4
sans	opérons	44	160	0		400	4	160		900	1	270	10
	1 aa	37	180	0		450	4	180		1000	1	300	4
	max a	6	200	0		500	4	200		1100	1	330	2
	a doubles	6		1			35				0		21
	total aas	61		15	0		100		0		96		96
total aas		62
remarques		6
avec jaune			moyenne	85			457				240
			variance	52			407				194
sans jaune			moyenne	51			210				186		158
			variance	28			98				106		78

mba blocs

Lien tableur: mba blocs

Ar3. mba blocs, Methanosarcina barkeri str. Fusaro
cds	289	201	adenosylcobinamide amidohydrolase
5s	129	122
23s	135	2833
gca	79
16s	1242	1489
cds		261	methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase

cds	713	112	translation initiation factor eIF-1A
16s	222	1489
23s	129	2833
5s	607	122
cds		66	hp

cds	488	157	P-bacterioferritin
5s	129	122
23s	222	2833
16s	830	1489
cds		503	2-isopropylmalate synthase

mba remarques

Lien tableur: mba remarques
Remarques un génome avec beaucoup de doubles dont une séquence de 3 aas.
1. @ ncRNA, dans le même ques l que’aa, taille de 315 pbs.
2. @ intercalaire négatif du au changement de sens
3. @ un autre aa, other
4. @ 4 introns
  - tac 1623269..1623304,1623349..1623384
  
  - tgg 1909339..1909374,1909493..1909530
  
  - atgj 2159252..2159289,2159327..2159362
  
  - cga 3995436..3995470,3995491..3995529
5. @ un intercalaire nul sans changement de sens
6. @ rpr, repeat région famille CRISPR, assez grand 1774 pbs. Dans le même sens que l’aa.
Séquence des doubles: 6 clusters avec des doubles dont une séquence de 3 aas et un triplet.
- 2 doublets seuls ctc tgc

- gcc 2atc

- aac atgi aac

- 3 atgf

- 2 (gtc ttc ggc)
Tableau du code génétique de mba
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20
- - totaux en en-tête, 62 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 62 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar3. mba, Methanosarcina barkeri str. Fusaro
g1		t1				62	62
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	4
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	3	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atg	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1

intercalaires élevés avec le cds 43/100

1315680	cgc	-12	comp
1756107	ccg	0	
			
1250464	aag	423	
1623269	tac	433	
1909339	tgg	445	comp
1548368	aca	448	comp
3995436	cga	477	comp
704447	agg	488	comp
1138169	5s	488	comp
200761	aac	492	
1551506	aca	506	comp
2028771	ggg	513	comp
3995436	cga	514	comp
99873	tcc	535	
4504837	ctg	536	
3327097	tgc	539	
1250464	aag	546	comp
4552418	gtc	566	comp
2159252	atgj	567	
1548368	aca	576	
2435213	gcc	603	
2200689	5s	607	comp
4759500	aaa	655	
261706	cgg	673	
4407895	gcg	675	comp
2194967	16s	713	comp
1842212	gtg	717	comp
4553840	ggc	717	
4048993	tta	718	comp
1551506	aca	745	comp
1516507	caa	760	comp
801442	agc	799	
1141475	16s	830	comp
4006296	ttg	860	
201099	aac	964	comp
3327097	tgc	995	
4032947	cag	1075	comp
2625515	gta	1102	
1516507	caa	1133	comp
4677304	16s	1242	comp
1539323	other	1249	
1854261	ccc	1364	
2625515	gta	1489	
466799	gga	2075	
2009369	cca	2315	
moyenne		795	
écart		415

intercalaires élevés entre aas

ttc-ggc		7	
ttc-ggc		7	
ggc-gtc		61	
atgf-atgf	63	
atgf-atgf	63	
tgc-tgc		65	
aac-atgi	71	
atc-atc		74	
--	--	
gga-cta		94	
gtc-ttc		94	
gtc-ttc		94	
tac-gac		112	intron
atgi-aac	119	intron
ctc-ctc		132	
gcc-atc		223

mba distribution

Lien tableur: mba distribution
Notes
- 9 duplicata: atc2 ctc2 atgf3 tgc2

Ar3. mba distribution, Methanosarcina barkeri str. Fusaro. Archée
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	3
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	3	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mba	23 *	37 *				1	61

mba intercalaires entre cds

Lien NCBI [10] 17.12.20
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

mba les fréquences

Lien tableur: mba intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquencez est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.

- cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

- La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

- intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

- colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 17.12.20.

mba Les fréquences des intercalaires entre cds
mba	intercalaires	total	%	intercalaires	moyenne	ecartype	plage	ADN	intercal	frequence5	intercal	fréquencez
	négatif	329	8.3	négatif	-12	13	-1 à -74	4 837 408	-1	329	610	21
	zéro	22	0.6					intercals	0	22	620	23
	1 à 200	1478	37.5	0 à 200	85	62		1 292 909	5	110	630	21
	201 à 370	782	19.8	201 à 370	278	48		26.7%	10	53	640	20
	371 à 600	643	16.3	371 à 600	475	66			15	73	650	14
	601 à max	689	17.5	601 à 1028	920	310			20	67	660	22
	total 3943	<201	46	total 3938	324	341	-74 à 2323		25	46	670	14
adresse	intercalx	intercal	fréquence1	intercal	fréquence6	cumul,%	intercal	fréquence-1	30	37	680	28
3095040	2919	-1	329	-70	1		0	22	35	39	690	6
526434	2894	0	22	-60	0		-1	33	40	54	700	11
1788553	2705	1	22	-50	8		-2	2	45	35	710	20
2002090	2693	2	33	-40	7		-3	2	50	31	720	14
4631335	2517	3	12	-30	14	min à -1	-4	120	55	34	730	7
818173	2323	4	19	-20	34	329	-5	1	60	45	740	16
2797830	2322	5	24	-10	66	8.3%	-6	2	65	34	750	20
3799612	2309	6	15	0	221		-7	5	70	25	760	12
376145	2299	7	4	10	163		-8	33	75	34	770	18
3653740	2282	8	6	20	140		-9	1	80	36	780	12
4809596	2233	9	8	30	83		-10	4	85	41	790	8
1187952	2165	10	20	40	93	1 à 100	-11	13	90	30	800	7
4415180	2161	11	18	50	66	900	-12	0	95	27	810	6
3268995	2076	12	8	60	79	22.8%	-13	5	100	27	820	8
372411	1964	13	19	70	59		-14	18	105	23	830	8
3552425	1946	14	15	80	70		-15	0	110	31	840	9
3151269	1901	15	13	90	71		-16	5	115	32	850	13
3603917	1870	16	14	100	54		-17	12	120	41	860	6
542032	1854	17	11	110	54		-18	5	125	25	870	18
682785	1848	18	16	120	73		-19	4	130	25	880	8
3195397	1797	19	8	130	50		-20	8	135	24	890	10
2484625	1761	20	18	140	55		-21	0	140	31	900	9
3100209	1754	21	9	150	71		-22	1	145	42	910	7
2724177	1733	22	12	160	47		-23	6	150	29	920	5
912406	1712	23	6	170	58	1 à 200	-24	0	155	23	930	4
2448660	1707	24	14	180	60	1478	-25	5	160	24	940	7
2750853	1677	25	5	190	75	37.5%	-26	9	165	22	950	15
4703857	1624	26	6	200	57		-27	1	170	36	960	9
974831	1613	27	11	210	39		-28	3	175	29	970	5
4637075	1600	28	5	220	74		-29	1	180	31	980	9
2503952	1596	29	5	230	51		-30	0	185	39	990	8
511626	1595	30	10	240	47		-31	0	190	36	1000	9
2705610	1569	31	3	250	51	0 à 200	-32	4	195	33	1010	3
3908084	1568	32	6	260	59	1500		325	200	24	1020	9
2490112	1557	33	8	270	53		reste	26	205	19	1030	4
63786	1555	34	10	280	55		total	351	210	20	1040	7
136653	1553	35	12	290	42				215	46	1050	3
958597	1549	36	14	300	35				220	28	1060	7
301149	1548	37	9	310	43				225	29	1070	10
1165546	1516	38	11	320	44		intercal	frequencef	230	22	1080	5
		39	10	330	37		600	3254	235	24	1090	3
		40	10	340	49	201 à 370	700	180	240	23	1100	1
		reste	3113	350	40	782	800	134	245	29	1110	8
		total	3943	360	32	19.8%	900	95	250	22	1120	4
				370	31		1000	78	255	30	1130	3
adresses	intercaln	décalage	long	380	36		1100	52	260	29	1140	4
4403838	-74	comp		390	23		1200	41	265	26	1150	3
1874377	-59	shift2	688	400	37		1300	30	270	27	1160	5
4136612	-59	shift2	694	410	34		1400	22	275	22	1170	4
493240	-56	shift2	127	420	31		1500	15	280	33	1180	3
942901	-56	shift2	601	430	43		1600	13	285	20	1190	3
4169341	-56	shift2	238	440	34		1700	3	290	22	1200	4
4335751	-56	shift2	445	450	30		1800	6	295	20		580
4374865	-55	comp		460	27		1900	3	300	15	reste	109
2801727	-51	comp		470	31		2000	3	305	18	total	3943
1742959	-49	shift2	2660	480	28		2100	1	310	25
2882494	-49	shift2	1325	490	28		2200	2	315	24
3292321	-49	shift2	101	500	26		2300	3	320	20
2440972	-47	shift2	664	510	22		2400	3	325	19
4561346	-44	shift2	1744	520	32		2500	0	330	18
1057681	-41	shift2	394	530	25		2600	1	335	21
1723225	-41	comp		540	20	371 à 600	2700	1	340	28
82489	-38			550	23	643	2800	1	345	21
222695	-38			560	22	16.3%	2900	1	350	19
3533580	-38			570	22		3000	1	355	19
1573832	-35			580	28	601 à max		689	360	13
1931905	-35			590	18	689			365	15
3122151	-35			600	23	17.5%			370	16
3337334	-35			reste	689		reste	0	reste	1332
4054645	-35			total	3943		total	3943	total	3943

mba autres intercalaires

Lien tableur: mba autres intercalaires
Légende:
- comp, le gène est sur le brin complement

- deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

mba Les autres intercalaires.

mba1 adresses1
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	91192	137
	tRNA	92076	132	comp
	tRNA	92293	298	comp
fin	CDS	92676		comp
deb	CDS	98630	535	comp
	tRNA	99873	222	comp
fin	CDS	100178		comp
deb	CDS	146979	80	comp
	tRNA	147599	198	comp
fin	CDS	147869		comp
deb	CDS	199345	492	comp
	tRNA	200761	71	comp
	tRNA	200905	119	comp
	tRNA	201099	790	comp
fin	CDS	201962
deb	CDS	260990	173
	tRNA	261706	673
fin	CDS	262451
deb	CDS	355894	309
	repeat_region	356467	137
fin	CDS	359947
deb	CDS	463836	2075	comp
	tRNA	466799	94
	tRNA	466965	221
fin	CDS	467271		comp
deb	CDS	473154	298
	tRNA	474022	246	comp
fin	CDS	474343		comp
deb	CDS	692109	349	comp
	tRNA	693337	400
fin	CDS	693812		comp
deb	CDS	703446	488	comp
	tRNA	704447	307
fin	CDS	704829
deb	CDS	800463	799	comp
	tRNA	801442	137	comp
	ncRNA	801664	327	comp
fin	CDS	802306
deb	CDS	1109819	15
	tRNA	1110029	63
	tRNA	1110167	63
	tRNA	1110305	273
fin	CDS	1110653
deb	CDS	1134460	235	comp
	tRNA	1135310	65	comp
	tRNA	1135447	126	comp
fin	CDS	1135645		comp
deb	CDS	1137210	488
	rRNA	1138169	74	comp
	rRNA	1138365	209	comp
	rRNA	1141481	835	comp
fin	CDS	1143794
deb	CDS	1249870	423	comp
	tRNA	1250464	546	comp
fin	CDS	1251084
deb	CDS	1315521	-12
	tRNA	1315680	174	comp
fin	CDS	1315926

mba2 adresses2
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	1516050	286	comp
	tRNA	1516507	760
fin	CDS	1517340		comp
deb	CDS	1538879	36	comp
	tRNA	1539323	1249	comp
fin	CDS	1540645		comp
deb	CDS	1546247	576	comp
	tRNA	1548368	448	comp
fin	CDS	1548890
deb	CDS	1550566	745
	tRNA	1551506	506	comp
fin	CDS	1552086
deb	CDS	1621639	433
	tRNA	1623269	112
	tRNA	1623497	300
fin	CDS	1623870		comp
deb	CDS	1657967	616	comp
	repeat_region	1660242	74
fin	CDS	1661656
deb	CDS	1714788	154
	tRNA	1715224	187	comp
fin	CDS	1715483		comp
deb	CDS	1755811	113	comp
	tRNA	1756107	0	comp
fin	CDS	1756182		comp
deb	CDS	1842058	16
	tRNA	1842212	717	comp
fin	CDS	1843003
deb	CDS	1852573	1379	comp
	tRNA	1854261	198	comp
fin	CDS	1854537		comp
deb	CDS	1908225	349	comp
	tRNA	1909339	445	comp
fin	CDS	1909976
deb	CDS	1926495	183
	tRNA	1927362	125	comp
fin	CDS	1927571		comp
deb	CDS	1975038	78
	ncRNA	1976292	428	comp
fin	CDS	1977078
deb	CDS	2005431	2315	comp
	tRNA	2009369	199	comp
fin	CDS	2009643		comp
deb	CDS	2026807	314	comp
	tRNA	2028771	513
fin	CDS	2029356		comp
deb	CDS	2157926	567
	tRNA	2159252	349
fin	CDS	2159712
deb	CDS	2194967	718	comp
	rRNA	2196021	209
	rRNA	2197708	74
	rRNA	2200689	607
fin	CDS	2201418		comp
deb	CDS	2434335	603	comp
	tRNA	2435213	223	comp
	tRNA	2435508	74
	tRNA	2435659	241
fin	CDS	2435977		comp

mba3 adresses3
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	2622097	1489
	tRNA	2625515	1102
fin	CDS	2626691
deb	CDS	2650514	164
	tRNA	2651461	218
fin	CDS	2651751
deb	CDS	2663547	318
	tRNA	2664987	263	comp
fin	CDS	2665322
deb	CDS	2856552	134
	tRNA	2857544	153	comp
fin	CDS	2857782		comp
deb	CDS	3326036	539
	tRNA	3327097	995
fin	CDS	3328164
deb	CDS	3994472	514
	tRNA	3995436	477	comp
fin	CDS	3996007
deb	CDS	4005709	269
	tRNA	4006296	860
	repeat_region	4007239	169
fin	CDS	4009182		comp
deb	CDS	4031590	1075	comp
	tRNA	4032947	182
fin	CDS	4033202		comp
deb	CDS	4041205	96	comp
	tRNA	4042057	375
fin	CDS	4042517		comp
deb	CDS	4045359	718	comp
	tRNA	4048993	35
deb	CDS	4049113	241	comp
	tRNA	4052645	177
fin	CDS	4052907		comp
deb	CDS	4407561	64
	tRNA	4407895	675
fin	CDS	4408642		comp
deb	CDS	4504139	536	comp
	tRNA	4504837	220	comp
fin	CDS	4505142		comp
deb	CDS	4551177	566	comp
	tRNA	4552418	94
	tRNA	4552586	7
	tRNA	4552668	61
	tRNA	4552801	94
	tRNA	4552969	7
	tRNA	4553051	717
fin	CDS	4553840
deb	CDS	4617920	200
	tRNA	4618540	351
deb	CDS	4618969	377
	tRNA	4619568	214
fin	CDS	4619860		comp
deb	CDS	4673041	289
	rRNA	4673933	74	comp
	rRNA	4674129	116	comp
	tRNA	4677152	85	comp
	rRNA	4677310	1247	comp
fin	CDS	4680035
deb	CDS	4759174	89	comp
	tRNA	4759500	655	comp
fin	CDS	4760232		comp

mba intercalaires tRNA

Lien tableur: mba intercalaires tRNA
Légende:
- comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.

- deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
Cumuls comp'+continu du tableau

	deb	fin	toal
<201	16	12	28
total	46	44	90
taux	35%	27%	31%

mba intercalaires tRNA

mba les relevés deb-fin
comp’	entre tRNAs	comp’	deb	comp’	fin
	132	comp’	137		298
			535		222
			80		198
	71 119		492	comp’	790
			173		673
	94	comp’	2075	comp’	221
		comp’	298		246
		comp’	349	comp’	400
		comp’	488		307
			799
	63 63		15		273
	65		235		126
			423	comp’	546
		comp’	-12	comp’	174
		comp’	286	comp’	760
			36		1249
			576	comp’	448
		comp’	745	comp’	506
	112		433	comp’	300
		comp’	154		187
			113		0
		comp’	16	comp’	717
			1379		198
			349	comp’	445
		comp’	183		125
			2315		199
		comp’	314	comp’	513
			567		349
comp’	223		603	comp’	241
	74
			1489		1102
			164		218
		comp’	318	comp’	263
		comp’	134		153
			539		995
		comp’	514	comp’	477
			269
		comp’	1075	comp’	182
		comp’	96	comp’	375
		comp’	718	comp’	35
		comp’	241	comp’	177
			64	comp’	675
			536		220
	94 7 61 94 7	comp’	566		717
			200		351
			377	comp’	214
			89		655

mba intercalaires inférieures à 201 pbs
deb	fin	continu	cumuls
15	0	deb
36	125	<201	9
64	126	total	25
80	153	taux	36%
89	187
113	198	fin
164	198	<201	8
173	199	total	23
200	218	taux	35%
235	220
269	222	total
349	246	<201	17
377	273	total	48
423	298	taux	35%
433	307
535	349
536	351
539	655
567	673
576	717
603	995
799	1102
1379	1249
1489	-
2315	-	comp’	cumuls
-12	35
16	174	deb
96	177	<201	7
134	182	total	21
137	214	taux	33%
154	221
183	241	fin
241	263	<201	4
286	300	total	21
298	375	taux	19%
314	400
318	445	total
349	448	<201	11
488	477	total	42
492	506	taux	26%
514	513
566	546
718	675
745	717
1075	760
2075	790

mba intercalaires rRNA

Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre mba blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau mba autres intercalaires.
Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici pour les 3 blocs de 1242 713 830. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, il est ici pour les 3 blocs de, respectivement, 289 607 488 pbs. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans mba cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.

deb	fin		tri	grand	petit		deb	fin		tri	grand	petit
137	298		13	174	-12		349	445		43	377	214
535	222		20	113	0		183	125		40	536	220
80	198		10	273	15		2315	199		6	2075	221
492	790		21	717	16		314	513		2	535	222
173	673		37	718	35		567	349		28	603	241
2075	221		15	1249	36		603	241		7	298	246
298	246		39	675	64		1489	1102		31	318	263
349	400		3	198	80		164	218		14	760	286
488	307		44	655	89		318	263		18	433	300
15	273		36	375	96		134	153		9	488	307
235	126		24	183	125		539	995		26	513	314
423	546		11	235	126		514	477		8	400	349
-12	174		32	153	134		1075	182		23	445	349
286	760		1	298	137		96	375		27	567	349
36	1249		19	187	154		718	35		12	546	423
576	448		30	218	164		241	177		16	576	448
745	506		5	673	173		64	675		34	514	477
433	300		38	241	177		536	220		4	790	492
154	187		35	1075	182		566	717		17	745	506
113	0		22	1379	198		200	351		33	995	539
16	717		25	2315	199		377	214		41	717	566
1379	198		42	351	200		89	655		29	1489	1102

Methanosarcina sp. WH1

mfe opérons

Lien tableur: mfe opérons
Liens: gtRNAdb [11], NCBI [12], génome [13], %GC 41.80 [14]
Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Stenosarchaea group; Methanomicrobia; Methanosarcinales; Methanosarcinaceae; Methanosarcina; unclassified Methanosarcina
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Ar4. mfe opérons, Methanosarcina sp. WH1
40.2%GC	2.2.20 Paris	56	doubles	intercal	cds	aa	cdsa	protéines
comp	38726..40264	cds		698	698		513	2-isopropylmalate synthase
	40963..42450	16s		208			1488
	42659..45491	23s		130			2833
	45622..45743	5s		857	857		122
	46601..47164	cds		102	102		188	hp
	47267..47338	tgc	+	72		72
	47411..47482	tgc	2 tgc	411	411
	47894..48508	cds					205	endonuclease III

comp	71092..72423	cds		384	384		444	signal recognition particle protein
comp	72808..72882	atgf	+	89		89
comp	72972..73046	atgf	2 atgf	234	234
	73281..73472	cds					64	hp

comp	175573..176153	cds		163	163		194	hp
comp	176317..176389	gac		111		111
comp	176501..176614	tac	@1	295	295
	176910..177248	cds					113	hp

comp	214884..215966	cds		801	801		361	hp
comp	216768..216841	aca		150	150
	216992..217582	cds					197	aldolase

comp	372219..373091	cds		558	558		291	hp
comp	373650..373723	gtg		340	340
	374064..374828	cds					255	peptidase A24

comp	379248..381950	cds		1076	1076		901	DNA mismatch repair protein MutS
comp	383027..383104	ccc		193	193
comp	383298..383882	cds					195	CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein

comp	532751..533176	cds		356	356		142	hp
comp	533533..533607	cca		149	149
comp	533757..534308	cds					184	UbiX family flavin prenyltransferase

comp	598666..599850	cds		170	170		395	redox-regulated ATPase YchF
	600021..600092	cgc		341	341
	600434..600868	cds					145	cell surface lipoprotein

	680493..681734	cds		185	185		414	proteasome-activating nucleotidase
	681920..681994	gag		242	242
>	682237..682560	cds					108	p-IS200/IS605 family transposase

	689062..689631	cds		36	36		190	phosphatase PAP2 family protein
comp	689668..689752	cta		73		73
comp	689826..689897	gga		1481	1481
	691379..691483	cds					35	CcmD family protein

comp	793563..795017	cds		111	111		485	p-IS66 family transposase
comp	795129..795213	ctc	+	117		117
comp	795331..795418	ctc	2 ctc	235	235
comp	795654..796454	cds					267	DNA-directed RNA polymerase subunit D

	810088..810471	cds		861	861		128	hp
comp	811333..811415	tcc		123	123
comp	811539..812555	cds					339	RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5

comp	893309..894232	cds		391	391		308	aldolase
comp	894624..894696	aac	+	87		87
comp	894784..894858	atgi	2 aac	110		110
comp	894969..895041	aac		1415	1415
comp	896457..897506	cds					350	TIGR00303 family protein

	949570..950112	cds		208	208		181	nitroreductase family protein
	950321..950392	cgg		498	498
comp	950891..952300	cds					470	NADPH-dependent glutamate synthase

	1088496..1090946	cds		360	360		817	PGF-pre-PGF domain-containing protein
comp	1091307..1091378	gcc		227		227
	1091606..1091682	atc	+	62		62
	1091745..1091818	atc	2 atc	353	353
comp	1092172..1092585	cds					138	transcriptional regulator

	1155736..1156137	cds		210	210		134	AsnC family transcriptional regulator
	1156348..1156425	gaa	+	718		718
	1157144..1157221	gaa	2 gaa	233	233
comp	1157455..1158645	cds	@4				397	ISH3 family transposase

comp	1199367..1200149	cds		967	967		261	methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase
	1201117..1202604	16s		80			1488
	1202685..1202757	gca		135
	1202893..1205725	23s		130			2833
	1205856..1205977	5s		5	5		122
comp	1205983..1206231	cds					83	hp

	1207508..1211485	cds		12	12		1326	PAS domain S-box protein
comp	1211498..1211582	ctg		190	190
comp	1211773..1212681	cds					303	ornithine carbamoyltransferase

comp	1220571..1220783	cds		596	596		71	MoaD/ThiS family protein
comp	1221380..1221451	ggc	+	25		25
comp	1221477..1221551	ttc	2 ggc	57		57
comp	1221609..1221682	gtc	2 ttc	71		71
comp	1221754..1221825	ggc	2 gtc	25		25
comp	1221851..1221925	ttc		118		118
comp	1222044..1222117	gtc		358	358
	1222476..1223792	cds					439	methanogenesis marker 16 metalloprotein

	1400830..1401773	cds		914	914		315	helix-turn-helix domain-containing protein
	1402688..1402761	gta		287	287
	1403049..1403276	cds					76	hp

comp	1504221..1505630	cds		686	686		470	F0F1 ATP synthase subunit beta
comp	1506317..1506410	cga		750	750
	1507161..1508039	cds					293	response regulator

	1513245..1513562	cds		213	213		106	divalent-cation tolerance protein CutA
	1513776..1513858	ttg		268	268
>	1514127..1514647	cds					174	p-IS1634 family transposase

	1887880..1888338	cds		392	392		153	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein
comp	1888731..1888802	ggc		378	378
	1889181..1890518	cds					446	DHH family phosphoesterase

	1962666..1963553	cds		130	130		296	hp
comp	1963684..1963768	tta		235	235
	1964004..1964759	cds					252	MBL fold metallo-hydrolase

	1971331..1971852	cds		319	319		174	hp
comp	1972172..1972244	cag		204	204
comp	1972449..1972850	cds					134	hp

comp	2170713..2172446	cds		156	156		578	radical SAM protein
comp	2172603..2172674	cac		174	174
comp	2172849..2173631	cds					261	thiazole biosynthesis protein

<comp	2320809..2321131	cds		141	141		108	p-IS200/IS605 family transposase
comp	2321273..2321344	gcg		65	65
comp	2321410..2321679	cds					90	elongation factor 1-beta

	2387890..2388675	cds		150	150		262	peptidylprolyl isomerase
	2388826..2388911	tca		326	326
comp	2389238..2389453	cds					72	hp

comp	2678132..2678368	cds		85	85		79	DNA-directed RNA polymerase subunit H
comp	2678454..2678530	aaa		824	824
comp	2679355..2679537	cds					61	hp

	3091524..3091754	cds		271	271		77	hp
comp	3092026..3092147	5s		130			122
comp	3092278..3095110	23s		208			2833
comp	3095319..3096806	16s		839	839		1488
	3097646..3097975	cds					110	translation initiation factor eIF-1A

comp	3153517..3155214	cds		599	599		566	diguanylate phosphodiesterase
comp	3155814..3155923	atgj		799	799
	3156723..3157106	cds					128	tRNA CCA-pyrophosphorylase

comp	3241682..3242944	cds		473	473		421	diaminopimelate decarboxylase
	3243418..3243489	ggg		377	377
	3243867..3244073	cds					69	hp

	3341829..3342017	cds	@2	0	0		63	DNA-directed RNA polymerase subunit N
	3342018..3342092	ccg		112	112
	3342205..3342387	cds					61	DNA-directed RNA polymerase subunit K

	3358176..3359186	cds		533	533		337	class I SAM-dependent methyltransferase family protein
	3359720..3359791	acg		52	52
comp	3359844..3360305	cds					154	peroxiredoxin

comp	3397316..3398947	cds		422	422		544	methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase
	3399370..3399684	ncRNA	@3	149	149		315
	3399834..3399918	agc		230	230
	3400149..3400847	cds					233	ATPase

	3435506..3436918	cds		181	181		471	phosphotransferase
	3437100..3437183	tcg		273	273
	3437457..3437948	cds		870	870		164	rubrerythrin family protein
	3438819..3438989	cds		107	107		57	hp
	3439097..3439289	tgg		42	42
comp	3439332..3439484	cds					51	hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS

	3456114..3456473	cds		260	260		120	hp
comp	3456734..3456805	acc		200	200
comp	3457006..3457518	cds					171	DUF98 domain-containing protein

comp	3583589..3584044	cds		295	295		152	N-acetyltransferase
comp	3584340..3584414	agg		339	339
	3584754..3585317	cds					188	biotin transporter BioY

	3593430..3593861	cds		343	343		144	PspC domain-containing protein
comp	3594205..3594279	aga		348	348
	3594628..3595506	cds					293	branched-chain-amino-acid transaminase

	3603458..3603697	cds		389	389		80	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin
	3604087..3604159	caa		633	633
comp	3604793..3606301	cds					503	lipopolysaccharide biosynthesis protein

comp	3856073..3856279	cds		402	402		69	TRAM domain-containing protein
	3856682..3856755	aag		498	498
	3857254..3857424	cds					57	CopG family transcriptional regulator

mfe cumuls

Lien tableur: mfe cumuls

cumuls. mfe.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	3	1	0	-	1	1	1		100	18	30	0
	16 23 5s 0	2	20	0		50	4	20		200	29	60	4
	16 gca 235	1	40	2		100	3	40		300	12	90	14
	16 23 5s a	0	60	1		150	11	60		400	9	120	6
	max a	1	80	4		200	9	80		500	9	150	8
	a doubles	0	100	2		250	10	100		600	5	180	7
	autres	0	120	4		300	7	120		700	0	210	9
	total aas	1	140	0		350	7	140		800	0	240	1
sans	opérons	40	160	0		400	10	160		900	1	270	6
	1 aa	31	180	0		450	3	180		1000	1	300	4
	max a	6	200	0		500	3	200		1100	0	330	3
	a doubles	7		2			20				1		23
	total aas	55		15	0		88		0		85		85
total aas		56
remarques
avec jaune			moyenne	131			376				255
			variance	169			299				210
sans jaune			moyenne	55			223				207		157
			variance	21			108				127		80

mfe blocs

Lien tableur: mfe blocs

Ar4. mfe blocs, Methanosarcina sp. WH1
cds	698	513	2-isopropylmalate synthase
16s	208	1488
23s	130	2833
5s	857	122
cds	102	188	hp

cds	967	261	methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase
16s	80	1488
gca	135
23s	130	2833
5s	5	122
cds		83	hp

cds	271	77	hp
5s	130	122
23s	208	2833
16s	839	1488
cds		110	translation initiation factor eIF-1A

mfe remarques

Lien tableur: mfe remarques
Remarques un génome avec beaucoup de doubles dont une séquence de 3 aas.
1. @ ncRNA, dans le même ques l que’aa, taille de 315 pbs.
2. @ 4 introns
  - tac 176501..176536,176579..176614
  
  - tgg 3439097..3439134,3439254..3439289
  
  - atgj 3155814..3155849,3155886..3155923
  
  - cga 1506317..1506351,1506372..1506410
3. @ un intercalaire nul sans changement de sens
4. @ intercalaire très élevé 718 pbs entre 2 aas, le nouveau doublet gaa.
Séquence des doubles: 7 clusters avec des doubles dont une séquence de 3 aas
- 4 doublets seuls ctc tgc atgf gaa

- gcc 2atc

- aac atgi aac

- 2 (gtc ttc ggc)

- par rapport à mja un noveau doublet, gaa. Le triplet atgf est changé en doublet. Les autres restent identiques.

Tableau du code génétique de mfe
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20
- - totaux en en-tête, 56 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 56 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Ar4. mfe, Methanosarcina sp. WH1
g1		t1				56	56
a atgi	1	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atg	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1

intercalaires élevés avec le cds 26/88

3856682	aag	402	comp
47411	tgc	411	
3399370	ncRNA	422	comp
3243418	ggg	473	comp
950321	cgg	498	comp
3856682	aag	498	
3359720	acg	533	
373650	gtg	558	
1221380	ggc	596	
3155814	atgj	599	
3604087	caa	633	comp
1506317	cga	686	
40963	16s	698	comp
1506317	cga	750	comp
3155814	atgj	799	comp
216768	aca	801	
2678454	aaa	824	
3095319	16s	839	comp
45622	5s	857	
811333	tcc	861	comp
3438819	cds	870	
1402688	gta	914	
1201117	16s	967	comp
383027	ccc	1076	
894969	aac	1415	
689826	gga	1481	comp

intercalaires élevés entre aas

ggc-ttc		25
ggc-ttc		25
ttc-gtc		57
atc-atc		62
gtc-ggc		71
tgc-tgc		72
cta-gga		73
aac-atgi	87
atgf-atgf	89
atgi-aac	110
gac-tac		111
ctc-ctc		117
ttc-gtc		118
gcc-atc		227
gaa-gaa		718

mfe distribution

Lien tableur: mfe distribution

Ar4. mfe distribution, Methanosarcina sp. WH1. Archée
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	2	j acc	1	aac	2	agc	1
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgc	1
h gtc	2	n gcc	1	gac	1	ggc	3
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
mfe	24 *	31 *				1	56

archées synthèse

Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo

archées distribution par génome

Lien tableur: archées distribution par génome
Notes: -5s et +5s sont inversés et le -16s est d'un seul bloc de 6 aas.

archées distribution par génome
arch	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
mba	14	37				1	9		61
mfe	14	31				1	10		56
mfi	25	20				2			47
mja	8	16	1	4	6	2			37
total	61	104	1	4	6	6	19	0	201

archées distribution du total

Lien tableur: archées distribution du total
Liens indices: euryarchaeota
Notes: Les -5s +5s et -16s sont colorés et correspondent à un seul tRNA du génome mja. Les +16s sont tout les 6 des gca. Les -16s sont d'un seul bloc de 6 aas. Les -5s et +5s sont inversés dans le bloc 4aas-5s-gac.
Légende: Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Euryarcheota. distribution et indices.

Euryarcheota. distribution du total
g1		t1
a atgi	4	a tct		tat		atgf	7
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	6	b tcc	4	tac	4	tgc	8
f atc	6	j acc	4	aac	7	agc	4
g ctc	6	f ccc	3	cac	4	cgc	4
h gtc	6	n gcc	4	gac	4	ggc	8
i tta	6	c tca	4	taa		tga	1
j ata		k aca	5	aaa	5	aga	4
k cta	4	g cca	4	caa	5	cga	4
l gta	4	o gca	6	gaa	7	gga	4
m ttg	3	d tcg	3	tag		tgg	4
n atgj	4	l acg	3	aag	3	agg	3
o ctg	3	h ccg	2	cag	3	cgg	2
p gtg	4	p gcg	3	gag	2	ggg	3
arch	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
total	80	104	1	4	6	6	201

Euryarchaeota. indices du 16.1.21 143 génomes
g1		t1		143	6935	0	0
a atgi	99	a tct		tat		atgf	127
b att		i act		aat		agt
c ctt	0.7	e cct		cat		cgt	0.7
d gtt		m gct		gat		ggt	0.7
e ttc	122	b tcc	106	tac	104	tgc	181
f atc	121	j acc	104	aac	122	agc	104
g ctc	122	f ccc	93	cac	101	cgc	102
h gtc	121	n gcc	101	gac	124	ggc	141
i tta	107	c tca	101	taa		tga	13
j ata		k aca	110	aaa	110	aga	103
k cta	103	g cca	102	caa	108	cga	103
l gta	103	o gca	151	gaa	132	gga	103
m ttg	87	d tcg	87	tag		tgg	102
n atgj	101	l acg	90	aag	87	agg	88
o ctg	85	h ccg	78	cag	87	cgg	71
p gtg	91	p gcg	84	gag	84	ggg	79
	inter		max		min		total
eury

archées distribution par type

Lien tableur: archées distribution par type
Notes: Le cyan pour les effectifs élevés des solitaires, le jaune celui des multiples sans duplicata et le blanc, le reste. En rapportant au total de chaque type je constate que les 3 processus sont distincts et se chevauchent très peu, respectivement pour 1aa >1aa duplicata, % 65 61 79.

	1aa		>1aa		duplica	%
	104	%	61	%	19	
jaune	4	4	37	61	0	0
cyan	68	65	7	11	4	21
blanc	32	31	17	28	15	79

Archées. Distribution par type.

Archées. distribution des solitaires
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc	4	tac		tgc	3
f atc	2	j acc	2	aac	1	agc	4
g ctc	1	f ccc	3	cac	2	cgc	4
h gtc	1	n gcc	2	gac		ggc	2
i tta	5	c tca	4	taa		tga	1
j ata		k aca	3	aaa	2	aga	2
k cta		g cca	2	caa	4	cga	4
l gta	3	o gca		gaa	2	gga	2
m ttg	2	d tcg	3	tag		tgg	3
n atgj	3	l acg	3	aag	2	agg	2
o ctg	3	h ccg	2	cag	3	cgg	2
p gtg	3	p gcg	3	gag	2	ggg	3
arch	1aa	104

Archées. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	5	b tcc		tac	3	tgc	1
f atc		j acc	2	aac	5	agc
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgc
h gtc	5	n gcc	2	gac	3	ggc
i tta	1	c tca		taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	2	aga	2
k cta	3	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca		gaa	2	gga	4
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag	1	agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg	1	p gcg		gag		ggg
arch	>1aa	61

Archées. distribution des duplicata
g1		t1
a atgi		a tct	tat		atgf	5
b att		i act	aat		agt
c ctt		e cct	cat		cgt
d gtt		m gct	gat		ggt
e ttc		b tcc	tac		tgc	4
f atc	4	j acc	aac		agc
g ctc	4	f ccc	cac		cgc
h gtc		n gcc	gac		ggc
i tta		c tca	taa		tga
j ata		k aca	aaa		aga
k cta		g cca	caa		cga
l gta		o gca	gaa	2	gga
m ttg		d tcg	tag		tgg
n atgj		l acg	aag		agg
o ctg		h ccg	cag		cgg
p gtg		p gcg	gag		ggg
arch	dupl	19

archées par rapport au groupe de référence

Lien tableur: archées par rapport au groupe de référence
Le groupe de référence: voir la référence
Légende:
- carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

- g+cgg, c'est gtg xcg xag ggg cgg (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg chez les archées)

Comparaison avec la référence
	archeo4	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
21	faible	40	11	4				55
16	moyen	39	16	8			9	72
14	fort	25	34	7	4		4	74
		104	61	19	4		13	201
10	g+cgg	26	2					28
2	agg+cga	6	1					7
4	carre ccc	7	8	4				19
5	autres	1						1
		40	11	4				55
		total tRNAs ‰
	archeo4	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	archeo ‰	ref.‰
21	faible	199	55	20				274	26
16	moyen	194	80	40			45	358	324
14	fort	124	169	35	20		20	368	650
		517	303	95	20		65	201	729
10	g+cgg	129	10					139	10
2	agg+cga	30	5					35
4	carre ccc	35	40	20				95	16
5	autres	5						5
		199	55	20				274
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	archeo4	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	217	60	22	299	26	38	18
16	moyen	212	87	43	342	324	38	26
14	fort	136	185	38	359	650	24	56
		565	332	103	184	729	104	61
10	g+cgg	141	11		152	10	65
2	agg+cga	33	5		38		15
4	carre ccc	38	43	22	103	16	18
5	autres	5			5		3
		217	60	22	299		40

euryarchaeota, estimation des -rRNAs

Lien tableur: euryarchaeota, estimation des -rRNAs
Liens fiche: typage
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 16.1.21
- ttt et tgt sont nuls partout

- atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

- atgf, c'est iMet, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

- atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met iMet.

- Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

euryarchaeota, calcul des -rRNAs

Lien tableur: euryarchaeota, calcul des -rRNAs

eur euryarchaeota 63 génomes

eur1 cumul des +rRNAs de la fiche euryarchaeota pour 63 génomes
g1		t1				0	0
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc	2	tac		tgc	28
f atc	1	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac	0	cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa	3	aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	87	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag	1	agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	2
p gtg		p gcg		gag		ggg
eury63	inter		max		min		total
	118		3		3		124

eur2 indices du clade euryarchaeota du 16.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	99	a tct		tat		atgf	127
b att		i act	°	aat		agt
c ctt	°0.7	e cct		cat		cgt	0.7
d gtt		m gct		gat		ggt	0.7
e ttc	122	b tcc	106	tac	104	tgc	181
f atc	121	j acc	104	aac	122	agc	104
g ctc	°122	f ccc	°93	cac	101	cgc	102
h gtc	°121	n gcc	°101	gac	124	ggc	141
i tta	107	c tca	101	taa		tga	°13
j ata	°	k aca	110	aaa	110	aga	103
k cta	103	g cca	102	caa	108	cga	°103
l gta	103	o gca	151	gaa	132	gga	103
m ttg	87	d tcg	°87	tag		tgg	102
n atgj	101	l acg	°90	aag	°87	agg	°88
o ctg	85	h ccg	°78	cag	°87	cgg	°71
p gtg	°91	p gcg	°84	gag	°84	ggg	°79
gtRNA	inter		max		min		total
	1757		1612		1480		4848

eur3 cumul des -rRNAs de l'annexe archeo 4 génomes
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf	7
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	5	b tcc	4	tac	3	tgc	8
f atc	6	j acc	4	aac	6	agc	4
g ctc	6	f ccc	3	cac	3	cgc	4
h gtc	6	n gcc	4	gac	3	ggc	8
i tta	6	c tca	4	taa		tga	1
j ata		k aca	4	aaa	4	aga	4
k cta	3	g cca	3	caa	5	cga	4
l gta	4	o gca		gaa	6	gga	4
m ttg	3	d tcg	3	tag		tgg	4
n atgj	4	l acg	3	aag	3	agg	3
o ctg	3	h ccg	2	cag	3	cgg	2
p gtg	4	p gcg	3	gag	2	ggg	3
eury4	inter		max		min		total
	63		66		55		184

eur4 indices des +rRNAs de la fiche euryarchaeota pour 100 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc	3	tac		tgc	44
f atc	2	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa	5	aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	138	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag	2	agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	3
p gtg		p gcg		gag		ggg
eury63	inter		max		min		total
	187		5		5		197

eur5 estimation des -rRNA du clade euryarchaeota pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	99	a tct		tat		atgf	127
b att		i act		aat		agt
c ctt	0.7	e cct		cat		cgc	0.7
d gtt		m gct		gat		ggt	0.7
e ttc	122	b tcc	102	tac	104	tgc	137
f atc	119	j acc	104	aac	122	agc	104
g ctc	122	f ccc	93	cac	101	cgc	102
h gtc	121	n gcc	101	gac	124	ggc	141
i tta	107	c tca	101	taa		tga	13
j ata		k aca	110	aaa	106	aga	103
k cta	103	g cca	102	caa	108	cga	103
l gta	103	o gca	13	gaa	132	gga	103
m ttg	87	d tcg	87	tag		tgg	102
n atgj	101	l acg	90	aag	85	agg	88
o ctg	85	h ccg	78	cag	87	cgg	68
p gtg	91	p gcg	84	gag	84	ggg	79
-rRNA	inter		max		min		total
	1569		1607		1475		4651

eur6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	75	a tct		tat		atgf	175
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	125	b tcc	100	tac	75	tgc	200
f atc	150	j acc	100	aac	150	agc	100
g ctc	150	f ccc	75	cac	75	cgc	100
h gtc	150	n gcc	100	gac	75	ggc	200
i tta	150	c tca	100	taa		tga	25
j ata		k aca	100	aaa	100	aga	100
k cta	75	g cca	75	caa	125	cga	100
l gta	100	o gca		gaa	150	gga	100
m ttg	75	d tcg	75	tag		tgg	100
n atgj	100	l acg	75	aag	75	agg	75
o ctg	75	h ccg	50	cag	75	cgg	50
p gtg	100	p gcg	75	gag	50	ggg	75
eury4	inter		max		min		total
	1575		1650		1375		4600

euryarchaeota, comparaison clade-annexe des -rRNAs

Lien tableur: euryarchaeota, comparaison clade-annexe des -rRNAs
Légende
- eur7. diff, somme des couleurs de eur7. La différence entre tRNAs est faite entre eur5 et eur6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

- eur8. rap, rapport des sommes couleurs eur5/eur2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de eur5 sur celui de eur2.
Fréquences des différences en % du tableau eur7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100			total
fréquence	1	17	14	10	3	2	0	0	0	0	0	1	48
tot ≤ 50							41

Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 10% au dessus de celle de la fiche des archées.

tRNAs		fiche		annexe
sans		2642		184
avec		150		17
genomes		63		4
indice %	42		46

eur euryarchaeota 63 génomes

eur7 euryarchaeota, différence clade-annexe des -rRNAs
g1		t1
a atgi	24	a tct		tat		atgf	28
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	2	tac	28	tgc	32
f atc	20	j acc	4	aac	19	agc	4
g ctc	19	f ccc	19	cac	26	cgc	2
h gtc	19	n gcc	1	gac	39	ggc	29
i tta	29	c tca	1	taa		tga	50
j ata		k aca	9	aaa	5	aga	3
k cta	27	g cca	27	caa	13	cga	3
l gta	3	o gca	100	gaa	12	gga	3
m ttg	14	d tcg	14	tag		tgg	2
n atgj	1	l acg	17	aag	12	agg	15
o ctg	12	h ccg	36	cag	14	cgg	27
p gtg	9	p gcg	11	gag	40	ggg	5
diff	inter		max		min		total
	361		220		311		832

eur8 euryarchaeota, rapports -rRNA/total
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc	97	tac		tgc	75
f atc	99	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc	2
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa	96	aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	9	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag	98	agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	96
p gtg		p gcg		gag		ggg
rap	inter		max		min		total
	89		100		100		96