Recherche:Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines/Annexe/Tableaux

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Annexe 1
Recherche : Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines
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Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines/Annexe/Tableaux
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Paris le 8.12.16

Sommaire

Diagrammes codons-GC-DRNA[modifier | modifier le wikicode]

Compilation DRNA[modifier | modifier le wikicode]

codons DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Résultats directs de la compilation des 111 bactéries. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1.3 cm.
a2777A;a27771;a27761;a27762;a6114;a6115;
Génome;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;
aae;55;11;136;54;83;266;228;398;106;155;33;31;21;14;92;41;29;223;30;184;143;2;9;189;9;0;6;109;41;119;232;107;44;44;436;235;81;275;112;93;96;61;26;36;112;75;30;53;34;169;189;152;76;65;54;54;86;90;71;286;76;2;3;1;
aba;6;89;50;11;180;283;92;348;28;219;16;15;12;113;70;89;41;170;37;190;5;10;84;3;292;29;39;116;37;203;65;70;320;27;302;235;149;289;59;76;214;219;12;63;171;66;29;32;171;88;82;30;217;205;28;12;118;202;60;3;323;4;2;0;
ade;0;2;3;0;304;314;4;372;0;226;0;0;0;133;87;56;1;171;2;173;1;0;4;3;377;139;0;139;0;198;4;6;433;89;3;552;13;396;1;3;384;322;1;51;135;78;1;4;277;80;1;0;348;210;0;0;100;190;1;1;334;0;2;4;
age;0;11;2;0;345;305;3;459;1;231;7;0;6;94;110;96;4;187;7;181;0;4;29;12;316;94;10;121;4;218;16;56;366;62;26;550;55;344;5;12;242;324;1;55;134;69;3;7;152;166;4;1;334;192;2;1;153;170;10;0;338;0;2;4;
amd;0;11;7;1;394;188;3;249;1;212;3;3;2;155;86;40;5;185;1;181;0;5;30;0;278;173;1;145;0;212;9;62;375;82;93;382;18;440;13;13;337;305;3;33;127;91;2;0;266;64;7;2;176;351;8;1;147;209;3;0;269;0;1;5;
amo;54;176;176;25;142;85;124;288;114;118;41;25;11;68;88;105;90;123;53;144;72;27;44;197;83;15;62;68;66;137;147;74;170;79;227;355;204;222;80;77;62;228;19;61;146;86;27;73;70;142;95;89;156;156;36;36;100;95;67;231;146;4;2;0;
apt;8;71;105;20;371;36;139;177;123;102;93;19;13;22;100;56;83;82;59;116;5;10;212;8;192;59;84;52;37;202;17;198;214;96;412;93;295;129;180;164;123;215;21;48;174;83;68;69;130;84;168;55;250;45;25;110;107;120;212;6;136;3;0;3;
axl;283;68;93;95;24;16;291;132;164;71;58;126;68;29;5;23;179;45;155;94;69;71;120;2;47;15;82;48;212;56;98;214;55;28;358;153;312;95;145;145;67;24;25;3;133;62;134;56;55;0;210;132;36;45;80;158;65;9;318;26;107;4;2;0;
bae;87;82;229;15;108;56;316;118;127;95;74;83;29;22;54;66;121;94;96;124;64;23;121;9;89;24;76;57;105;122;129;119;134;48;404;137;237;144;101;131;120;72;16;18;149;62;30;98;134;6;144;110;110;96;54;124;93;32;190;26;156;3;3;0;
bbd;103;218;140;41;42;47;371;161;164;130;139;84;47;19;34;47;148;96;213;117;197;25;41;27;15;12;79;49;143;98;133;207;59;32;422;141;335;87;148;177;45;70;28;13;155;75;101;110;23;18;149;160;98;59;123;91;30;64;232;41;226;5;0;1;
bfl;434;127;50;27;11;7;423;76;252;10;179;101;80;18;19;12;268;26;404;38;82;68;124;24;6;18;143;10;235;54;180;142;10;47;275;73;368;13;128;164;29;9;67;10;163;72;89;105;26;11;156;180;53;21;181;98;12;12;412;214;45;2;0;4;
bla;1;63;32;3;257;229;35;282;8;225;5;17;12;123;118;64;71;159;62;178;2;25;137;12;224;26;75;86;34;205;39;120;337;37;136;360;151;393;68;27;173;303;5;44;186;83;17;29;236;58;21;7;337;142;10;17;144;189;61;4;270;0;1;5;
bmf;2;51;124;7;271;127;53;320;54;188;21;15;8;141;91;49;124;59;73;139;1;7;127;5;302;21;85;41;26;201;16;112;329;41;324;193;238;228;84;108;234;230;10;41;200;78;18;39;229;39;129;14;178;183;23;20;140;154;96;3;303;2;2;2;
bmv;1;38;21;3;322;283;21;348;16;226;1;4;3;212;24;51;40;171;15;191;1;18;88;7;380;75;31;112;30;221;10;53;474;41;220;314;107;369;38;11;521;193;5;51;177;77;3;9;263;64;17;9;286;241;1;4;231;105;30;4;319;3;0;3;
bsu;81;70;227;28;128;46;309;119;125;98;95;86;30;15;34;68;120;94;78;135;53;22;122;13;96;29;70;58;107;118;113;123;149;46;404;140;248;137;110;121;123;73;14;19;147;63;48;89;121;9;163;99;95;102;56;136;97;19;187;18;169;6;0;0;
bvs;6;124;34;1;234;201;206;313;68;200;8;7;23;201;52;67;111;164;66;254;9;17;141;1;171;41;15;111;77;138;61;206;161;45;200;362;130;311;24;94;21;330;18;46;176;72;4;63;81;168;62;132;199;101;17;24;92;230;167;49;277;3;0;3;
caa;7;63;63;15;207;255;80;313;41;184;11;27;34;65;129;88;40;151;87;165;3;22;158;0;181;13;27;101;90;155;32;223;187;29;297;243;150;307;125;65;169;207;23;38;131;79;97;18;156;49;111;27;102;198;53;46;44;220;112;2;340;6;0;0;
cad;240;31;116;115;14;4;402;136;173;61;100;112;93;17;5;26;210;46;227;78;268;2;17;18;0;1;72;24;109;33;238;134;14;27;477;136;305;116;142;121;22;12;43;6;149;62;128;89;14;1;163;236;31;6;144;152;22;9;97;393;20;4;1;1;
cbd;269;195;79;28;65;48;361;77;174;43;50;45;48;69;51;42;126;79;156;74;15;85;103;7;134;72;78;66;190;69;95;135;133;62;396;106;292;114;99;142;157;131;28;26;140;73;33;86;83;87;149;88;157;111;59;50;125;127;251;34;125;4;1;1;
cbl;326;37;110;63;3;2;447;114;191;52;123;100;84;3;16;16;230;33;275;52;241;2;16;24;0;0;85;16;134;28;187;139;28;38;507;95;356;57;133;168;6;26;53;12;165;58;120;106;5;6;186;230;21;8;116;156;5;10;113;383;12;3;3;0;
cff;200;68;243;75;21;19;503;112;246;34;69;70;125;22;10;132;208;53;272;78;164;13;71;26;25;3;82;35;134;43;146;156;83;28;310;221;388;84;143;206;44;55;33;34;164;62;72;104;47;8;198;160;34;24;137;93;40;28;156;329;77;3;2;1;
cgq;6;109;98;12;251;119;32;280;45;163;79;22;6;29;166;17;43;167;31;205;5;20;181;2;182;8;15;113;32;193;62;211;242;17;217;298;216;267;165;193;108;118;14;19;167;87;148;95;45;18;172;20;174;145;66;15;41;243;119;1;232;4;2;0;
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cmi;0;5;1;1;236;381;0;244;0;212;0;0;0;115;111;106;0;147;2;152;1;4;20;8;399;88;2;121;1;225;20;34;385;76;4;483;10;466;12;13;312;297;0;25;130;92;1;6;169;146;0;2;186;319;4;2;179;185;0;1;305;1;1;4;
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cta;198;165;119;73;50;49;290;168;168;105;173;46;57;31;58;37;153;68;139;75;68;76;114;15;50;26;82;56;125;116;186;92;50;111;344;205;292;90;104;247;68;68;50;32;144;70;66;149;28;34;197;116;88;86;111;85;55;50;266;46;126;3;1;2;
dal;13;95;83;3;317;92;188;306;104;144;23;4;5;38;158;82;60;140;43;172;18;6;38;60;169;71;47;85;51;186;50;22;349;52;363;202;99;337;30;44;115;335;7;81;212;64;4;53;62;182;75;30;250;169;19;16;95;209;120;22;239;5;1;0;
dba;5;63;92;6;322;135;90;301;73;189;20;18;10;59;139;91;65;141;52;144;12;12;70;22;226;72;59;81;15;181;65;69;292;63;223;297;130;291;23;50;117;334;12;79;167;63;12;32;123;141;59;17;195;215;19;16;109;174;89;15;284;4;0;2;
ddr;3;15;21;3;495;93;46;264;36;196;9;17;23;51;74;166;27;200;21;181;1;7;79;14;328;66;21;115;5;248;41;94;338;73;235;312;54;399;51;53;167;350;9;34;168;82;14;35;136;161;25;16;290;181;26;18;84;271;54;0;257;5;0;1;
din;3;23;68;4;383;122;114;256;107;141;22;24;44;30;140;86;78;135;69;161;7;14;98;10;220;37;38;107;12;236;45;117;251;65;254;261;196;206;42;69;81;313;22;60;176;58;27;34;53;168;83;42;179;155;26;21;57;209;135;36;254;3;0;3;
dpt;0;22;7;8;542;72;73;226;54;166;8;5;13;88;79;153;29;189;17;161;6;5;64;7;344;69;13;115;14;254;27;83;388;57;282;291;48;408;32;57;167;414;3;38;166;91;8;28;122;192;11;24;364;98;23;7;57;257;108;0;185;3;1;2;
dte;115;19;351;59;7;80;454;231;206;60;120;72;55;9;32;27;143;110;103;117;265;5;30;40;3;0;52;54;86;79;238;164;35;17;563;126;259;104;136;214;16;43;55;12;119;68;130;131;12;15;309;147;13;31;109;145;21;29;256;164;79;4;0;2;
dvl;1;14;66;3;263;302;21;338;8;227;12;10;6;132;92;67;31;161;7;180;2;14;91;17;316;36;34;109;13;193;35;93;313;55;275;224;67;392;66;23;117;355;13;79;184;78;4;25;101;209;18;17;232;224;5;27;111;256;18;22;310;1;4;1;
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eco;21;43;52;6;455;59;294;105;82;129;83;16;11;33;92;66;86;131;26;197;0;4;252;4;128;11;34;92;48;200;21;250;191;42;373;154;199;240;128;96;259;92;25;36;192;72;54;31;203;12;170;116;137;73;67;13;54;199;97;3;276;5;0;1;
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rru;3;67;65;3;389;86;30;298;21;213;2;1;3;135;66;78;97;69;45;110;2;2;48;4;341;95;70;66;16;180;16;48;404;67;174;327;181;279;0;20;142;544;4;63;185;73;4;7;170;146;57;1;206;252;3;3;54;274;29;0;344;3;2;1;
saci;2;87;46;4;194;335;63;301;16;199;5;5;11;129;51;120;45;147;23;163;3;54;46;6;204;166;30;114;30;200;43;67;265;137;175;345;72;344;24;36;169;337;7;54;148;81;17;23;167;149;44;4;108;338;12;21;101;212;30;0;337;3;0;3;
salb;0;2;4;0;355;241;0;288;1;228;1;0;1;116;144;39;0;180;2;186;0;5;50;2;288;121;3;132;1;217;7;83;385;45;12;514;3;452;10;9;219;406;4;38;150;97;0;5;205;113;3;2;127;388;1;2;77;311;2;0;288;0;0;6;
say;100;203;39;16;137;96;124;80;109;67;15;8;35;100;48;45;115;66;64;77;2;44;69;6;144;216;72;66;137;104;63;67;148;157;259;204;167;193;30;37;199;232;23;21;127;104;4;32;185;100;49;39;243;162;21;19;123;142;181;8;95;3;1;2;
sbn;154;123;65;52;172;64;218;161;112;121;85;77;30;45;16;69;103;90;58;185;13;7;242;2;113;6;66;64;164;87;14;273;175;17;382;145;246;180;117;138;153;172;40;25;179;71;111;85;53;26;156;91;158;74;120;52;54;127;175;12;234;6;0;0;
sbw;388;32;71;32;8;8;594;25;281;17;160;88;59;11;11;26;227;20;319;65;89;25;153;7;14;4;115;11;188;15;154;157;21;18;373;24;285;25;134;152;6;4;56;8;135;67;90;102;11;11;188;133;14;12;125;94;21;14;392;203;34;3;2;1;
sbz;24;47;48;18;436;57;281;113;88;131;72;19;20;44;93;58;97;117;50;173;3;6;234;7;139;12;53;70;45;210;25;206;217;61;336;188;227;213;91;75;274;117;27;32;188;72;52;39;192;15;147;96;155;90;63;12;88;177;145;6;234;5;0;1;
sep;330;50;92;56;9;13;358;74;149;81;99;103;89;9;9;18;180;61;218;79;88;22;170;5;19;1;116;35;203;21;87;242;31;23;439;74;312;98;160;137;30;22;25;4;144;61;122;101;17;5;188;148;55;24;129;144;47;17;269;96;80;6;0;0;
sgr;0;2;7;0;369;210;1;302;2;227;2;1;2;114;146;34;5;172;6;190;1;5;64;7;266;109;2;134;1;213;14;81;365;54;28;484;9;439;6;12;267;363;3;39;157;96;0;2;209;119;7;5;156;368;2;3;134;253;4;1;281;0;2;4;
sho;0;5;11;0;386;187;0;295;4;223;0;1;0;98;152;45;2;183;1;183;0;5;67;5;276;104;0;137;3;212;7;91;394;26;19;510;4;435;8;14;246;394;3;39;152;97;0;1;221;107;7;1;171;331;7;3;102;276;2;0;300;3;1;2;
sma;0;5;11;0;376;209;1;311;1;231;3;2;1;122;143;43;10;170;4;183;1;5;85;3;273;76;0;132;3;220;19;117;356;27;31;501;8;431;11;15;292;330;3;37;150;98;1;3;221;103;14;7;166;339;7;5;150;223;3;0;283;2;1;3;
smf;379;23;134;38;6;0;536;113;214;41;118;143;76;7;2;16;260;19;326;41;244;0;16;14;0;1;92;12;140;19;214;155;6;41;546;65;394;28;159;140;3;14;43;4;159;54;108;97;1;2;208;216;13;3;179;132;2;4;194;372;8;5;1;0;
smk;1;23;77;4;230;237;34;325;21;230;9;6;4;176;95;43;72;108;41;171;2;12;80;18;289;72;58;73;15;210;29;88;364;41;201;296;140;347;54;46;261;303;2;49;201;76;3;12;264;64;50;13;145;282;8;13;143;166;31;7;364;5;0;1;
spi;90;149;186;32;27;50;283;101;158;87;88;96;41;14;21;49;117;106;133;103;21;13;224;8;44;13;66;62;167;61;71;224;58;48;360;112;263;165;101;216;45;115;19;4;168;68;134;85;15;9;220;53;94;82;111;122;35;85;227;9;155;5;1;0;
spl;95;112;151;165;77;20;179;227;112;117;105;89;26;35;7;65;84;116;64;188;20;12;251;1;78;2;56;72;130;121;21;316;125;8;331;213;284;159;153;215;106;85;50;12;191;72;132;95;40;15;221;127;95;41;122;85;37;102;185;10;225;6;0;0;
ssdc;464;37;60;15;1;3;497;61;257;12;168;104;50;12;11;11;231;10;369;18;95;34;152;9;11;2;110;4;168;19;126;178;17;30;304;53;299;15;106;130;37;20;63;9;136;60;123;80;17;5;167;117;15;9;137;99;11;22;434;199;22;6;0;0;
ssm;12;56;224;9;155;140;180;274;146;109;30;18;51;59;107;70;126;93;99;125;25;49;107;46;71;89;74;53;29;189;113;156;99;90;256;317;264;150;78;57;84;223;26;38;171;71;17;68;78;120;152;49;102;159;25;24;48;214;136;41;248;3;1;2;
sty;18;43;34;12;456;63;271;126;82;139;65;15;10;48;98;62;91;124;42;179;4;6;230;5;149;9;53;74;35;224;20;208;232;52;349;177;216;225;71;78;279;130;21;39;185;72;32;43;215;8;153;74;161;107;47;12;93;189;126;5;255;5;0;1;
sus;3;79;34;7;335;145;59;338;34;204;7;4;12;115;60;89;53;148;53;144;5;14;44;10;275;98;37;98;25;198;64;38;305;96;232;294;163;237;26;29;318;179;6;78;169;78;10;17;219;71;29;29;309;110;10;12;165;138;98;2;302;3;1;2;
synd;0;68;54;3;381;178;73;227;17;152;11;21;38;59;116;119;40;121;39;159;3;17;100;8;202;99;22;105;39;243;44;132;260;55;179;287;182;278;41;86;119;344;7;48;125;79;18;43;124;152;64;8;316;113;20;15;65;243;51;1;253;1;0;5;
tai;7;46;82;18;349;165;9;301;23;203;11;4;9;54;210;96;19;152;6;146;7;22;29;180;51;241;18;96;8;200;38;85;176;242;13;527;111;337;8;19;154;279;15;78;160;90;10;16;100;197;59;14;355;163;6;3;26;197;12;182;142;2;2;2;
tde;135;97;223;35;38;80;323;263;200;75;77;50;33;59;73;63;159;89;121;150;64;45;52;56;76;17;58;53;81;106;151;121;136;39;442;148;220;174;117;136;27;165;28;45;162;71;17;95;54;110;195;132;18;61;52;105;52;134;186;147;143;3;3;0;
thl;254;129;61;59;20;11;338;72;166;49;106;69;68;24;15;32;193;51;219;73;45;32;176;10;42;23;77;32;223;34;111;182;63;38;454;63;324;89;133;215;31;46;22;4;165;70;92;113;39;9;194;146;58;52;113;131;48;45;271;32;90;5;1;0;
tli;61;214;156;44;99;65;202;254;111;108;80;42;55;42;78;75;107;90;102;123;128;29;28;171;42;18;62;57;76;120;151;142;84;87;272;353;271;140;102;118;87;127;54;30;136;87;57;120;46;72;160;112;186;102;69;48;54;85;100;241;62;3;2;1;
tma;9;54;146;20;150;225;289;243;64;177;76;32;28;43;81;51;47;219;55;172;213;19;13;105;16;6;27;87;25;132;190;130;56;24;453;183;198;165;80;74;100;102;30;17;131;72;67;74;75;92;156;56;201;119;45;93;83;77;85;200;179;0;1;5;
tme;208;99;161;61;11;18;470;154;199;46;83;89;78;23;27;18;177;97;203;90;179;8;12;72;3;0;67;43;120;25;155;160;14;48;465;108;292;57;165;80;32;25;45;7;121;62;145;83;14;21;197;187;62;23;76;154;42;34;226;277;47;4;1;1;
tos;10;32;70;26;289;334;18;326;49;191;1;1;0;22;127;71;6;217;3;121;1;2;6;55;254;234;8;119;8;180;5;11;225;262;55;635;14;313;1;5;148;443;0;35;131;87;2;17;54;332;15;3;363;150;2;0;53;205;15;6;243;2;3;1;
tpas;68;138;170;30;108;100;164;193;209;53;140;40;57;62;50;34;143;116;130;73;41;45;165;26;133;72;87;77;87;175;105;141;59;122;242;253;260;129;192;87;214;54;88;38;168;72;48;104;86;51;138;105;250;56;72;75;127;79;212;57;119;1;3;2;
tsu;31;102;356;8;31;34;349;236;158;119;106;84;18;29;46;87;112;141;132;150;54;10;80;18;131;10;61;59;31;175;233;89;125;16;429;144;217;214;147;150;102;61;25;75;163;82;60;117;107;4;274;100;32;36;132;155;32;24;281;79;106;4;0;2;
uur;385;48;35;48;1;2;466;57;222;20;48;158;89;12;5;9;229;29;373;48;30;26;122;3;14;2;92;22;213;14;91;142;25;29;345;37;331;39;107;143;24;16;30;9;118;4;100;73;6;8;219;76;22;9;84;150;15;13;475;39;54;4;2;48;
vin;0;4;13;5;217;435;5;378;5;254;10;2;1;148;114;69;14;154;3;187;2;15;39;16;291;189;9;134;5;217;29;62;390;82;39;558;70;380;24;34;291;334;2;56;144;82;1;19;185;169;16;2;280;284;5;3;138;218;7;0;364;1;1;4;
vpr;161;208;130;31;3;39;331;102;108;120;142;15;36;3;85;45;139;92;154;126;10;13;256;1;86;7;103;50;185;17;21;287;120;28;491;106;302;145;152;211;60;56;59;22;171;75;137;114;18;1;182;266;51;25;136;170;47;31;217;13;176;6;0;0;
xcb;1;53;7;1;528;74;18;293;17;200;6;0;11;126;71;101;35;156;35;176;1;1;109;1;354;27;36;105;13;246;6;93;398;30;229;234;110;362;50;22;259;368;0;51;162;78;3;7;251;59;15;2;330;160;7;7;59;263;23;0;318;1;0;5;
ype;77;175;44;27;296;32;267;111;115;110;81;42;31;33;57;60;115;89;65;157;4;11;251;5;101;28;65;61;109;162;21;257;176;56;326;181;282;156;125;167;151;125;32;32;195;76;108;75;87;25;201;86;119;80;88;31;67;150;176;10;207;4;1;1;

Bactéries n'ayant pas  la polymérase 1 (a27771), remplacée par EC 6.1.1.9 (a6119);
a2777A;a6119;a27761;a27762;a6114;a6115;
Génome;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;
hcr;373;29;140;20;0;4;653;48;265;23;121;148;37;6;12;9;255;19;462;25;131;21;38;1;5;2;76;6;201;9;154;102;8;13;370;26;330;8;128;85;9;7;22;1;87;1;76;92;6;1;132;90;3;3;59;144;2;6;496;132;59;4;2;67;
rip;255;116;84;67;34;33;520;131;244;93;227;113;53;37;51;16;193;50;261;102;250;77;44;38;4;8;115;26;180;47;263;76;7;18;396;87;316;58;90;109;19;10;67;18;176;81;101;70;30;8;161;95;52;47;110;95;30;27;296;213;161;1;2;3;
ple;402;104;44;51;9;5;560;79;259;10;102;132;91;13;10;17;243;36;315;80;156;23;70;31;12;19;84;25;160;19;129;178;41;29;296;53;242;42;145;106;15;10;96;8;131;79;87;91;17;8;172;148;32;19;110;166;22;13;276;398;35;3;2;1;
zin;492;8;7;9;0;0;1082;19;394;8;127;86;50;1;2;3;330;12;736;17;108;0;4;0;0;0;51;2;82;3;69;111;2;7;171;0;127;2;38;40;2;1;48;3;66;3;53;67;0;4;65;51;1;0;85;66;1;0;373;558;5;6;0;52;
crp;468;48;33;35;2;1;822;39;506;21;144;115;74;12;3;11;304;47;576;68;101;4;7;1;0;0;56;16;88;3;123;60;4;5;186;6;156;12;36;36;6;2;80;11;62;44;56;37;4;2;115;65;5;0;86;73;5;5;480;367;20;4;0;2;

Bactéries dont EC 6.1.1.4 (a6114) est en 2 morceaux. ci-dessous le petit morceau (a61142);
a61142;
Génome;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;
aae;4;1;10;1;2;6;11;18;8;4;1;3;1;0;2;0;1;8;4;11;7;0;0;7;0;0;0;3;6;8;5;1;4;3;22;13;8;7;10;2;3;2;0;0;4;4;3;4;1;4;9;9;5;3;5;3;2;2;6;17;1;0;0;1;
hth;5;3;16;1;4;7;10;17;9;5;3;0;2;0;4;2;5;8;4;9;8;0;1;6;0;1;2;5;0;4;4;3;4;3;15;18;9;5;5;8;2;3;0;1;6;3;2;6;0;2;2;6;7;2;2;4;4;3;4;12;3;0;0;1;

Total codons DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Sommation des résultats directs du chapitre précédent. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1.3 cm.
Total codons;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Génome;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga
aae;59;12;146;55;85;272;239;416;114;159;34;34;22;14;94;41;30;231;34;195;150;2;9;196;9;0;6;112;47;127;237;108;48;47;458;248;89;282;122;95;99;63;26;36;116;79;33;57;35;173;198;161;81;68;59;57;88;92;77;303;77;2;3;2
aba;6;89;50;11;180;283;92;348;28;219;16;15;12;113;70;89;41;170;37;190;5;10;84;3;292;29;39;116;37;203;65;70;320;27;302;235;149;289;59;76;214;219;12;63;171;66;29;32;171;88;82;30;217;205;28;12;118;202;60;3;323;4;2;0
ade;0;2;3;0;304;314;4;372;0;226;0;0;0;133;87;56;1;171;2;173;1;0;4;3;377;139;0;139;0;198;4;6;433;89;3;552;13;396;1;3;384;322;1;51;135;78;1;4;277;80;1;0;348;210;0;0;100;190;1;1;334;0;2;4
age;0;11;2;0;345;305;3;459;1;231;7;0;6;94;110;96;4;187;7;181;0;4;29;12;316;94;10;121;4;218;16;56;366;62;26;550;55;344;5;12;242;324;1;55;134;69;3;7;152;166;4;1;334;192;2;1;153;170;10;0;338;0;2;4
amd;0;11;7;1;394;188;3;249;1;212;3;3;2;155;86;40;5;185;1;181;0;5;30;0;278;173;1;145;0;212;9;62;375;82;93;382;18;440;13;13;337;305;3;33;127;91;2;0;266;64;7;2;176;351;8;1;147;209;3;0;269;0;1;5
amo;54;176;176;25;142;85;124;288;114;118;41;25;11;68;88;105;90;123;53;144;72;27;44;197;83;15;62;68;66;137;147;74;170;79;227;355;204;222;80;77;62;228;19;61;146;86;27;73;70;142;95;89;156;156;36;36;100;95;67;231;146;4;2;0
apt;8;71;105;20;371;36;139;177;123;102;93;19;13;22;100;56;83;82;59;116;5;10;212;8;192;59;84;52;37;202;17;198;214;96;412;93;295;129;180;164;123;215;21;48;174;83;68;69;130;84;168;55;250;45;25;110;107;120;212;6;136;3;0;3
axl;283;68;93;95;24;16;291;132;164;71;58;126;68;29;5;23;179;45;155;94;69;71;120;2;47;15;82;48;212;56;98;214;55;28;358;153;312;95;145;145;67;24;25;3;133;62;134;56;55;0;210;132;36;45;80;158;65;9;318;26;107;4;2;0
bae;87;82;229;15;108;56;316;118;127;95;74;83;29;22;54;66;121;94;96;124;64;23;121;9;89;24;76;57;105;122;129;119;134;48;404;137;237;144;101;131;120;72;16;18;149;62;30;98;134;6;144;110;110;96;54;124;93;32;190;26;156;3;3;0
bbd;103;218;140;41;42;47;371;161;164;130;139;84;47;19;34;47;148;96;213;117;197;25;41;27;15;12;79;49;143;98;133;207;59;32;422;141;335;87;148;177;45;70;28;13;155;75;101;110;23;18;149;160;98;59;123;91;30;64;232;41;226;5;0;1
bfl;434;127;50;27;11;7;423;76;252;10;179;101;80;18;19;12;268;26;404;38;82;68;124;24;6;18;143;10;235;54;180;142;10;47;275;73;368;13;128;164;29;9;67;10;163;72;89;105;26;11;156;180;53;21;181;98;12;12;412;214;45;2;0;4
bla;1;63;32;3;257;229;35;282;8;225;5;17;12;123;118;64;71;159;62;178;2;25;137;12;224;26;75;86;34;205;39;120;337;37;136;360;151;393;68;27;173;303;5;44;186;83;17;29;236;58;21;7;337;142;10;17;144;189;61;4;270;0;1;5
bmf;2;51;124;7;271;127;53;320;54;188;21;15;8;141;91;49;124;59;73;139;1;7;127;5;302;21;85;41;26;201;16;112;329;41;324;193;238;228;84;108;234;230;10;41;200;78;18;39;229;39;129;14;178;183;23;20;140;154;96;3;303;2;2;2
bmv;1;38;21;3;322;283;21;348;16;226;1;4;3;212;24;51;40;171;15;191;1;18;88;7;380;75;31;112;30;221;10;53;474;41;220;314;107;369;38;11;521;193;5;51;177;77;3;9;263;64;17;9;286;241;1;4;231;105;30;4;319;3;0;3
bsu;81;70;227;28;128;46;309;119;125;98;95;86;30;15;34;68;120;94;78;135;53;22;122;13;96;29;70;58;107;118;113;123;149;46;404;140;248;137;110;121;123;73;14;19;147;63;48;89;121;9;163;99;95;102;56;136;97;19;187;18;169;6;0;0
bvs;6;124;34;1;234;201;206;313;68;200;8;7;23;201;52;67;111;164;66;254;9;17;141;1;171;41;15;111;77;138;61;206;161;45;200;362;130;311;24;94;21;330;18;46;176;72;4;63;81;168;62;132;199;101;17;24;92;230;167;49;277;3;0;3
caa;7;63;63;15;207;255;80;313;41;184;11;27;34;65;129;88;40;151;87;165;3;22;158;0;181;13;27;101;90;155;32;223;187;29;297;243;150;307;125;65;169;207;23;38;131;79;97;18;156;49;111;27;102;198;53;46;44;220;112;2;340;6;0;0
cad;240;31;116;115;14;4;402;136;173;61;100;112;93;17;5;26;210;46;227;78;268;2;17;18;0;1;72;24;109;33;238;134;14;27;477;136;305;116;142;121;22;12;43;6;149;62;128;89;14;1;163;236;31;6;144;152;22;9;97;393;20;4;1;1
cbd;269;195;79;28;65;48;361;77;174;43;50;45;48;69;51;42;126;79;156;74;15;85;103;7;134;72;78;66;190;69;95;135;133;62;396;106;292;114;99;142;157;131;28;26;140;73;33;86;83;87;149;88;157;111;59;50;125;127;251;34;125;4;1;1
cbl;326;37;110;63;3;2;447;114;191;52;123;100;84;3;16;16;230;33;275;52;241;2;16;24;0;0;85;16;134;28;187;139;28;38;507;95;356;57;133;168;6;26;53;12;165;58;120;106;5;6;186;230;21;8;116;156;5;10;113;383;12;3;3;0
cff;200;68;243;75;21;19;503;112;246;34;69;70;125;22;10;132;208;53;272;78;164;13;71;26;25;3;82;35;134;43;146;156;83;28;310;221;388;84;143;206;44;55;33;34;164;62;72;104;47;8;198;160;34;24;137;93;40;28;156;329;77;3;2;1
cgq;6;109;98;12;251;119;32;280;45;163;79;22;6;29;166;17;43;167;31;205;5;20;181;2;182;8;15;113;32;193;62;211;242;17;217;298;216;267;165;193;108;118;14;19;167;87;148;95;45;18;172;20;174;145;66;15;41;243;119;1;232;4;2;0
chp;246;123;119;77;40;40;301;173;180;77;178;53;65;26;45;34;166;66;163;78;89;37;144;22;49;16;106;50;139;74;165;155;47;70;380;160;317;82;100;234;44;44;56;26;151;71;67;162;21;30;203;124;67;70;123;108;39;48;268;84;127;3;2;1
cje;280;93;233;26;4;12;583;87;275;23;93;55;131;13;8;69;212;32;298;46;153;1;81;10;22;2;101;22;184;18;127;193;48;32;491;110;369;32;177;188;61;32;53;22;149;57;74;123;12;6;176;127;79;4;126;76;15;48;311;104;111;4;1;1
cmi;0;5;1;1;236;381;0;244;0;212;0;0;0;115;111;106;0;147;2;152;1;4;20;8;399;88;2;121;1;225;20;34;385;76;4;483;10;466;12;13;312;297;0;25;130;92;1;6;169;146;0;2;186;319;4;2;179;185;0;1;305;1;1;4
cmn;206;164;131;59;45;45;320;147;186;92;184;46;61;33;59;31;152;69;150;70;56;76;119;20;35;35;93;54;133;103;188;89;45;115;353;190;303;86;100;244;64;57;46;31;143;70;78;142;20;37;237;96;83;72;113;87;66;41;273;49;114;4;1;1
crp;468;48;33;35;2;1;822;39;506;21;144;115;74;12;3;11;304;47;576;68;101;4;7;1;0;0;56;16;88;3;123;60;4;5;186;6;156;12;36;36;6;2;80;11;62;44;56;37;4;2;115;65;5;0;86;73;5;5;480;367;20;4;0;2
cta;198;165;119;73;50;49;290;168;168;105;173;46;57;31;58;37;153;68;139;75;68;76;114;15;50;26;82;56;125;116;186;92;50;111;344;205;292;90;104;247;68;68;50;32;144;70;66;149;28;34;197;116;88;86;111;85;55;50;266;46;126;3;1;2
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tpas;68;138;170;30;108;100;164;193;209;53;140;40;57;62;50;34;143;116;130;73;41;45;165;26;133;72;87;77;87;175;105;141;59;122;242;253;260;129;192;87;214;54;88;38;168;72;48;104;86;51;138;105;250;56;72;75;127;79;212;57;119;1;3;2
tsu;31;102;356;8;31;34;349;236;158;119;106;84;18;29;46;87;112;141;132;150;54;10;80;18;131;10;61;59;31;175;233;89;125;16;429;144;217;214;147;150;102;61;25;75;163;82;60;117;107;4;274;100;32;36;132;155;32;24;281;79;106;4;0;2
uur;385;48;35;48;1;2;466;57;222;20;48;158;89;12;5;9;229;29;373;48;30;26;122;3;14;2;92;22;213;14;91;142;25;29;345;37;331;39;107;143;24;16;30;9;118;4;100;73;6;8;219;76;22;9;84;150;15;13;475;39;54;4;2;48
vin;0;4;13;5;217;435;5;378;5;254;10;2;1;148;114;69;14;154;3;187;2;15;39;16;291;189;9;134;5;217;29;62;390;82;39;558;70;380;24;34;291;334;2;56;144;82;1;19;185;169;16;2;280;284;5;3;138;218;7;0;364;1;1;4
vpr;161;208;130;31;3;39;331;102;108;120;142;15;36;3;85;45;139;92;154;126;10;13;256;1;86;7;103;50;185;17;21;287;120;28;491;106;302;145;152;211;60;56;59;22;171;75;137;114;18;1;182;266;51;25;136;170;47;31;217;13;176;6;0;0
xcb;1;53;7;1;528;74;18;293;17;200;6;0;11;126;71;101;35;156;35;176;1;1;109;1;354;27;36;105;13;246;6;93;398;30;229;234;110;362;50;22;259;368;0;51;162;78;3;7;251;59;15;2;330;160;7;7;59;263;23;0;318;1;0;5
ype;77;175;44;27;296;32;267;111;115;110;81;42;31;33;57;60;115;89;65;157;4;11;251;5;101;28;65;61;109;162;21;257;176;56;326;181;282;156;125;167;151;125;32;32;195;76;108;75;87;25;201;86;119;80;88;31;67;150;176;10;207;4;1;1
zin;492;8;7;9;0;0;1082;19;394;8;127;86;50;1;2;3;330;12;736;17;108;0;4;0;0;0;51;2;82;3;69;111;2;7;171;0;127;2;38;40;2;1;48;3;66;3;53;67;0;4;65;51;1;0;85;66;1;0;373;558;5;6;0;52

acides aminés DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Résultats directs de la compilation. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1.3 cm.
a2777A;a27771;a27761;a27762;a6114;a6115;
Génome;Leu;Lys;Phe;Ser;Tyr;Asn;Arg;His;Gln;Gly;Glu;Asp;Ala;Cys;Met;Trp;Pro;Val;Thr;Ile;Stp;
aae;605;626;261;232;252;214;352;115;160;427;671;356;362;62;112;75;286;482;284;433;6;
aba;619;440;247;315;211;227;423;155;240;482;537;438;568;75;171;66;320;534;360;386;6;
ade;623;376;226;276;172;175;524;139;198;532;555;409;710;52;135;78;362;559;290;336;6;
age;663;462;232;313;191;188;455;131;222;500;576;399;583;56;134;69;328;531;326;348;6;
amd;601;252;213;289;190;182;486;146;212;528;475;458;668;36;127;91;332;536;365;272;6;
amo;658;412;232;338;213;197;438;130;203;470;582;426;447;80;146;86;312;496;267;444;6;
apt;611;316;225;303;165;175;486;136;239;525;505;424;682;69;174;83;351;518;362;354;6;
axl;579;423;235;309;224;249;324;130;268;395;511;407;381;28;133;62;245;423;312;451;6;
bae;577;434;222;328;215;220;330;133;227;430;541;381;424;34;149;62;268;460;303;372;6;
bbd;591;532;294;370;244;330;317;128;241;431;563;422;440;41;155;75;252;466;308;499;6;
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chp;645;474;257;401;232;241;357;156;213;437;540;399;422;82;151;71;280;464;318;479;6;
cje;648;670;298;369;244;344;269;123;202;400;601;401;458;75;149;57;215;386;265;526;6;
cmi;624;244;212;332;147;154;520;123;226;515;487;476;634;25;130;92;322;507;370;306;6;
cmn;650;467;278;414;221;220;341;147;236;437;543;389;465;77;143;70;277;488;307;436;6;
cta;654;458;273;402;221;214;349;138;241;439;549;382;487;82;144;70;277;487;301;438;6;
dal;603;494;248;310;200;215;362;132;237;473;565;436;524;88;212;64;301;524;339;381;6;
dba;623;391;262;337;206;196;414;140;196;489;520;421;524;91;167;63;308;486;318;388;6;
ddr;630;310;232;340;227;202;495;136;253;546;547;453;621;43;168;82;346;512;399;311;6;
din;603;370;248;346;213;230;386;145;248;478;515;402;505;82;176;58;282;459;313;425;6;
dpt;651;299;220;346;218;178;495;128;268;555;573;456;670;41;166;91;350;497;344;293;6;
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eal;641;402;211;301;216;222;399;126;247;502;526;445;570;61;191;72;303;493;339;376;6;
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fbt;631;498;298;308;257;313;401;146;274;483;595;461;531;54;165;76;311;507;368;458;6;
fnc;597;613;225;338;271;329;278;102;157;401;595;382;340;47;153;57;214;424;301;515;6;
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hhd;578;414;222;353;230;255;347;127;262;417;563;403;401;34;150;67;263;483;290;348;6;
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hmr;578;635;271;344;266;273;321;116;154;409;562;428;406;56;145;56;243;482;290;507;6;
hth;627;546;233;313;277;194;379;125;187;424;593;358;335;63;127;66;271;472;271;433;6;
ial;557;604;300;327;239;324;315;114;224;391;553;437;380;46;140;57;268;479;341;516;6;
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lfc;761;452;269;500;174;255;450;155;234;510;577;409;432;50;173;72;365;489;360;471;6;
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opr;688;324;236;230;222;151;549;133;197;506;632;412;624;36;134;96;355;540;286;289;6;
pac;581;297;212;332;174;186;459;151;220;508;480;502;587;64;171;99;312;534;369;305;6;
pae;663;365;227;297;191;227;426;139;249;519;504;436;637;64;165;73;295;519;310;352;6;
pdi;616;551;279;353;277;327;339;124;204;460;569;461;467;71;165;75;298;476;366;497;6;
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ppoy;593;383;210;319;208;221;379;143;232;453;528;407;465;43;155;71;285;492;335;384;6;
pub;596;676;310;414;201;387;258;112;194;375;515;436;348;71;123;59;238;375;319;556;6;
ret;604;375;236;330;192;213;460;122;221;504;510;475;664;51;190;76;329;505;337;395;6;
roa;605;295;205;329;193;195;442;137;215;536;499;497;615;38;142;93;319;548;351;316;6;
rpr;628;547;303;416;247;377;298;135;238;387;482;383;391;76;141;63;235;430;328;604;6;
rru;613;328;234;285;166;155;492;136;196;535;501;460;706;67;185;73;327;516;334;373;6;
saci;668;364;215;321;192;186;479;144;230;512;520;416;566;61;148;81;356;494;346;367;6;
salb;602;288;229;301;180;188;466;135;218;520;526;455;644;42;150;97;323;520;391;290;6;
say;591;204;176;251;181;141;481;138;241;435;463;360;498;44;127;104;321;493;305;284;6;
sbn;630;379;233;322;193;243;383;130;251;479;527;426;580;65;179;71;275;479;353;421;6;
sbw;539;619;298;355;247;384;292;126;203;350;397;310;296;64;135;67;214;347;254;629;6;
sbz;630;394;219;306;214;223;401;123;255;509;524;440;557;59;188;72;298;488;340;385;6;
sep;550;432;230;327;241;297;305;151;224;383;513;410;349;29;144;61;245;415;337;445;6;
sgr;588;303;229;299;177;196;452;136;214;514;512;448;648;42;157;96;330;536;392;286;6;
sho;589;295;227;296;185;184;457;137;215;518;529;439;662;42;152;97;329;510;388;302;6;
sma;601;312;232;314;180;187;443;132;223;519;532;439;648;40;150;98;328;526;385;286;6;
smf;580;649;255;362;279;367;275;104;159;416;611;422;316;47;159;54;208;440;317;574;6;
smk;572;359;251;333;180;212;473;131;225;522;497;487;664;51;201;76;343;490;330;402;6;
spi;534;384;245;309;223;236;323;128;228;401;472;428;477;23;168;68;243;449;353;391;6;
spl;620;406;229;327;200;252;364;128;251;470;544;443;559;62;191;72;282;484;346;420;6;
ssdc;580;558;269;356;241;387;303;114;187;351;357;314;293;72;136;60;225;308;269;655;6;
ssm;596;454;255;335;219;224;387;127;218;458;573;414;442;64;171;71;283;462;311;425;6;
sty;626;397;221;298;215;221;403;127;259;512;526;441;558;60;185;72;298;495;341;386;6;
sus;603;397;238;287;201;197;446;135;223;503;526;400;552;84;169;78;317;477;325;402;6;
synd;684;300;169;364;161;198;429;127;282;491;466;460;590;55;125;79;337;501;343;305;6;
tai;667;310;226;384;171;152;530;114;208;541;540;448;460;93;160;90;323;591;232;336;6;
tde;608;586;275;355;248;271;310;111;187;447;590;394;445;73;162;71;276;406;343;476;6;
thl;534;410;215;314;244;292;328;109;257;394;517;413;425;26;165;70;253;450;337;393;6;
tli;639;456;219;372;197;225;416;119;196;464;625;411;434;84;136;87;295;560;256;403;6;
tma;604;532;241;311;266;227;372;114;157;400;636;363;356;47;131;72;308;532;298;464;6;
tme;558;624;245;318;274;293;274;110;145;377;573;349;302;52;121;62;263;469;306;550;6;
tos;761;344;240;222;223;124;552;127;188;503;690;327;597;35;131;87;405;531;260;264;6;
tpas;614;357;262;383;259;203;482;164;262;427;495;389;547;126;168;72;289;549;353;388;6;
tsu;562;585;277;370;253;282;303;120;206;463;573;431;460;100;163;82;288;442;343;466;6;
uur;519;523;242;321;258;421;197;114;227;287;382;370;290;39;118;4;187;326;262;568;54;
vin;674;383;259;344;168;190;552;143;222;563;597;450;683;58;144;82;374;582;364;371;6;
vpr;572;433;228;326;231;280;373;153;202;456;597;447;479;81;171;75;270;524;384;406;6;
xcb;664;311;217;315;191;211;493;141;259;527;463;472;699;51;162;78;320;507;336;341;6;
ype;651;378;225;304;204;222;400;126;271;510;507;438;568;64;195;76;295;486;336;393;6;

Bactéries n'ayant pas  la polymérase 1 (a27771), remplacée par EC 6.1.1.9 (a6119);
a2777A;a6119;a27761;a27762;a6114;a6115;
Génome;Leu;Lys;Phe;Ser;Tyr;Asn;Arg;His;Gln;Gly;Glu;Asp;Ala;Cys;Met;Trp;Pro;Val;Thr;Ile;Stp;
hcr;566;701;288;333;274;487;198;82;210;277;396;338;229;23;87;1;175;228;211;687;73;
rip;589;651;337;497;243;363;421;141;227;364;483;374;228;85;176;81;209;355;262;670;6;
ple;615;639;269;365;279;395;311;109;179;377;349;284;276;104;131;79;203;371;311;709;6;
zin;516;1101;402;269;342;753;112;53;85;189;171;129;81;51;66;3;124;117;152;936;58;
crp;587;861;527;359;351;644;113;72;91;192;192;168;80;91;62;44;99;185;169;867;6;

Bactéries dont EC 6.1.1.4 (a6114) est en 2 morceaux. ci-dessous le petit morceau (a61142);
a61142;
Génome;Leu;Lys;Phe;Ser;Tyr;Asn;Arg;His;Gln;Gly;Glu;Asp;Ala;Cys;Met;Trp;Pro;Val;Thr;Ile;Stp;
aae;24;29;12;7;9;15;14;3;14;13;35;15;17;0;4;4;12;26;12;24;1;
hth;36;27;14;11;13;13;16;7;4;14;33;14;18;1;6;3;10;17;13;19;1;

Total acides aminés DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Sommation des résultats directs du chapitre précédent. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1.3 cm.
Total acides aminés DRNA;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Génome;Leu;Lys;Phe;Ser;Tyr;Asn;Arg;His;Gln;Gly;Glu;Asp;Ala;Cys;Met;Trp;Pro;Val;Thr;Ile;Stp
aae;629;655;273;239;261;229;366;118;174;440;706;371;379;62;116;79;298;508;296;457;7
aba;619;440;247;315;211;227;423;155;240;482;537;438;568;75;171;66;320;534;360;386;6
ade;623;376;226;276;172;175;524;139;198;532;555;409;710;52;135;78;362;559;290;336;6
age;663;462;232;313;191;188;455;131;222;500;576;399;583;56;134;69;328;531;326;348;6
amd;601;252;213;289;190;182;486;146;212;528;475;458;668;36;127;91;332;536;365;272;6
amo;658;412;232;338;213;197;438;130;203;470;582;426;447;80;146;86;312;496;267;444;6
apt;611;316;225;303;165;175;486;136;239;525;505;424;682;69;174;83;351;518;362;354;6
axl;579;423;235;309;224;249;324;130;268;395;511;407;381;28;133;62;245;423;312;451;6
bae;577;434;222;328;215;220;330;133;227;430;541;381;424;34;149;62;268;460;303;372;6
bbd;591;532;294;370;244;330;317;128;241;431;563;422;440;41;155;75;252;466;308;499;6
bfl;656;499;262;409;294;442;322;153;289;379;348;381;330;77;163;72;231;410;303;671;6
bla;585;317;233;339;230;240;426;161;239;533;496;544;571;49;186;83;340;507;360;335;6
bmf;582;373;242;325;183;212;463;126;227;498;517;466;656;51;200;78;325;504;337;402;6
bmv;668;369;242;295;211;206;569;143;251;578;534;476;763;56;177;77;339;553;341;353;6
bsu;580;428;223;328;214;213;335;128;225;431;544;385;427;33;147;63;267;459;308;374;6
bvs;600;519;268;358;275;320;380;126;215;473;562;441;469;64;176;72;316;494;363;493;6
caa;610;393;225;354;191;252;377;128;245;471;540;457;566;61;131;79;320;438;363;454;6
cad;520;538;234;353;256;305;306;96;142;413;613;421;297;49;149;62;232;436;327;510;6
cbd;684;438;217;305;205;230;416;144;259;425;502;406;529;54;140;73;289;505;361;410;6
cbl;541;561;243;342;263;327;283;101;162;392;602;413;333;65;165;58;237;445;287;508;6
cff;626;615;280;428;261;350;302;117;177;413;531;472;448;67;164;62;231;416;298;562;6
cgq;595;312;208;319;210;236;398;128;225;532;515;483;584;33;167;87;306;511;365;352;6
chp;645;474;257;401;232;241;357;156;213;437;540;399;422;82;151;71;280;464;318;479;6
cje;648;670;298;369;244;344;269;123;202;400;601;401;458;75;149;57;215;386;265;526;6
cmi;624;244;212;332;147;154;520;123;226;515;487;476;634;25;130;92;322;507;370;306;6
cmn;650;467;278;414;221;220;341;147;236;437;543;389;465;77;143;70;277;488;307;436;6
crp;587;861;527;359;351;644;113;72;91;192;192;168;80;91;62;44;99;185;169;867;6
cta;654;458;273;402;221;214;349;138;241;439;549;382;487;82;144;70;277;487;301;438;6
dal;603;494;248;310;200;215;362;132;237;473;565;436;524;88;212;64;301;524;339;381;6
dba;623;391;262;337;206;196;414;140;196;489;520;421;524;91;167;63;308;486;318;388;6
ddr;630;310;232;340;227;202;495;136;253;546;547;453;621;43;168;82;346;512;399;311;6
din;603;370;248;346;213;230;386;145;248;478;515;402;505;82;176;58;282;459;313;425;6
dpt;651;299;220;346;218;178;495;128;268;555;573;456;670;41;166;91;350;497;344;293;6
dte;631;685;266;315;253;220;343;106;165;454;689;363;409;67;119;68;288;500;304;499;6
dvl;649;359;235;319;192;187;476;143;206;496;499;459;561;92;184;78;339;491;399;350;6
eal;641;402;211;301;216;222;399;126;247;502;526;445;570;61;191;72;303;493;339;376;6
eco;636;399;211;301;217;223;399;126;248;504;527;439;575;61;192;72;300;496;333;376;6
eno;634;395;219;316;212;216;395;128;253;512;526;445;558;58;197;73;297;480;342;381;6
fbt;631;498;298;308;257;313;401;146;274;483;595;461;531;54;165;76;311;507;368;458;6
fnc;597;613;225;338;271;329;278;102;157;401;595;382;340;47;153;57;214;424;301;515;6
gau;675;324;253;320;173;199;541;132;219;536;536;475;699;50;127;87;342;579;390;358;6
gva;604;367;249;384;221;284;415;147;242;505;512;511;587;59;176;84;311;516;356;340;6
hcr;566;701;288;333;274;487;198;82;210;277;396;338;229;23;87;68;175;228;211;687;6
hhd;578;414;222;353;230;255;347;127;262;417;563;403;401;34;150;67;263;483;290;348;6
hhl;579;442;190;268;225;257;279;113;260;384;581;433;373;54;119;55;229;419;290;418;6
hmr;578;635;271;344;266;273;321;116;154;409;562;428;406;56;145;56;243;482;290;507;6
hth;663;573;247;324;290;207;395;132;191;438;626;372;353;64;133;69;281;489;284;452;7
ial;557;604;300;327;239;324;315;114;224;391;553;437;380;46;140;57;268;479;341;516;6
kpn;638;384;217;310;211;219;405;131;251;507;520;447;574;59;192;74;299;489;325;380;6
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Contenu en GC des génomes DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Le contenu en GC (%GC) de 80 bactéries sont tirés des tableaux numériques de l'article "répétition des bases dans l'ADN des procaryotes". Pour la cyanobactérie synd voir dans cyanobactérie de la même annexe.
synd
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KEGG;effectif;%GC;>4T;>4A;>4C;>4G;<4T;<4A;<4C;<4G;4T;4A;4C;4G;Ctrl 
aae;1551335;43.4761673010665;4828;4872;591;641;85156;86380;64379;65865;9170;9276;2805;2659;0
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dba;3942657;58.6469987117824;6013;5709;2349;2296;128342;128977;247250;245417;10055;9879;10289;10144;0
ddr;2819842;63.3881614643657;1141;1141;2325;2271;72453;72851;190167;190035;2681;2802;7741;7887;0
dpt;2147060;66.1626596368988;984;992;2416;2403;50298;50108;153924;153369;2162;2164;7415;7470;0
dvl;3462887;63.0119319515768;802;927;4317;4191;99406;98997;207175;208396;2448;2453;12405;12173;0
eal;4701875;49.6961743985112;9155;9178;1415;1391;213977;213634;210716;211439;16662;16491;5919;5988;0
eco;4641652;50.7907098593346;8441;8289;1278;1239;205758;205373;216669;215471;15523;15380;6067;6027;0
eno;4726582;55.0658594307684;6718;6616;2026;1761;175739;175064;247144;245935;13149;12986;7851;7838;0
fnc;2268272;27.1239075384257;15901;16899;188;205;150456;154238;44430;46164;22104;23105;909;1016;0
gau;4636964;64.2743614140632;821;831;2673;2453;114328;115447;290929;288988;2570;2662;10122;9745;0
gva;1617545;42.0163531873012;3613;3819;141;146;98250;98280;46326;46971;7958;8178;664;682;1
kpn;5315120;57.4785705684914;6826;6881;2566;2436;176067;174204;303726;304645;12619;12681;10259;10156;0
ksk;8783278;74.1973095947132;164;172;12884;12121;117011;118289;769376;762832;800;781;36895;35532;66
lat;1190853;36.321359563271;5612;5102;299;296;69592;68743;31730;32794;7633;7502;1024;1068;0
liv;2928879;37.1320221832312;13330;13151;393;397;182231;182030;85549;84245;20442;20144;2380;2231;0
ljf;1755993;34.4856727788778;7197;7391;139;123;119517;119828;45649;46581;11837;11856;1094;1109;0
lla;2365589;35.3293830838747;11874;12259;306;308;154900;154402;62832;64130;17897;17884;1642;1717;0
lpl;3308273;44.4668864993911;5986;6100;985;948;194243;193057;126982;125053;12535;12729;4041;4084;0
mcac;1017293;23.6631924135918;8400;8285;29;36;78405;77999;13198;13569;10401;10072;142;172;0
mts;3982034;70.2782487149088;104;89;4948;5132;63017;63298;264646;262789;456;464;15198;14915;21
opr;2303940;70.0248270354263;416;426;4669;4606;47540;47357;166529;168073;1395;1350;11408;11436;0
pac;2560265;60.0107410756308;697;698;1923;1929;78228;76965;154335;153541;2322;2196;7318;7468;0
pae;6264404;66.5557329955092;1354;1434;2481;2202;153530;156878;471856;459967;3401;3374;13053;11818;0
pgd;3776653;59.6245140869442;2205;2324;2835;2811;118904;119611;229006;228777;6450;6528;9786;9915;0
pgi;2343476;48.2879278473515;3967;3874;873;900;104950;104835;103058;103915;7764;7881;3403;3392;0
ple;358242;26.1736479809738;2182;2972;29;48;24576;25141;5582;7273;3131;3480;99;162;0
ppoy;5597590;45.5107644539882;11835;12067;1852;1923;278022;279031;228863;232494;22906;23777;7539;7524;0
ret;4381608;61.2722087416309;2000;1981;1456;1181;138606;141047;281098;266494;6563;6988;6900;5754;0
rip;574390;28.4825641114922;5149;4608;48;34;37848;37072;11363;11314;5367;4930;177;157;0
roa;8376953;67.3730787311657;304;315;5894;6137;175073;173980;576424;582208;1793;1897;23638;24137;67
rpr;1111523;29.0002995889424;5688;5488;60;46;75353;75109;20531;21121;9101;8657;374;348;0
rru;4352825;65.4479562123449;2105;2167;6143;6144;117691;117954;314819;315531;6056;6234;15234;15224;0
saci;9629675;62.2660577849201;4027;3918;12522;12591;311082;308165;613507;617296;10530;10237;32126;32651;0
salb;6841649;73.3211578544263;163;150;11612;11254;92662;94200;578179;575278;712;723;34189;33576;29
say;3551206;56.7620971579796;4756;4898;4114;3728;136493;138062;224664;220982;9802;10117;11598;11257;0
sbn;5347283;46.2833180888313;10050;9904;963;1056;279165;278792;207232;209063;19982;19825;5955;6005;0
sbz;4683551;51.3411511906244;9188;9107;1746;1661;197243;195799;225810;225551;16324;15916;6701;6366;0
sep;2499279;32.0951762488302;10030;9072;256;186;173063;168449;55041;52457;17327;16269;1229;1044;0
sgr;8545929;72.2274079272131;197;198;13111;12803;125513;127411;691994;689222;1042;1153;40312;40010;0
sho;9840102;72.0397308889684;248;219;12043;12293;144995;146783;806253;806814;1023;1058;38926;38906;0
sma;9025608;70.716554496938;288;338;10689;10658;147271;148799;697969;694405;1497;1590;33943;34035;0
smk;3820344;62.6668959653895;1275;1380;1438;1375;115653;117560;245820;242728;4939;4981;7019;6690;0
spi;1937111;38.3159251070279;7601;7936;274;296;114902;115665;59188;61681;11590;12071;1546;1675;0
spl;1796846;39.0916639489416;5598;5780;245;286;107498;109043;58113;58617;9461;9754;1430;1421;0
sty;4809037;52.0927162756286;9036;9129;1610;1679;198401;197326;233040;235497;16417;16153;6741;6819;0
sus;9965640;61.9024568417081;3706;3782;5063;4566;321828;322056;637709;633071;12614;12567;22278;21823;0
synd;2572069;59.0852733733037;1561;1578;2408;2369;89219;90093;155100;155007;3505;3630;7274;7056;0
tai;1848474;63.7925661924377;375;339;8098;7114;48029;46765;142542;137838;1116;1095;12183;11501;0
tde;2843201;37.8737556718642;18098;17974;618;525;158790;159051;100982;98334;22582;22554;3102;3017;0
tma;1860725;46.2477260207715;4488;4659;538;709;89126;90023;74178;78612;8868;8979;2144;2517;0
tme;1915238;31.3998573545429;13238;12800;490;431;123522;121538;50996;49107;17789;17210;1638;1550;0
tos;2072393;68.5534548707702;717;721;11907;12188;48268;48509;171568;172114;2802;2818;17743;17863;0
tpas;1139203;52.7868167482003;2304;2372;998;992;43195;42394;46858;47673;3742;3707;2611;2803;0
tsu;2731853;39.1632346249963;16370;17375;212;175;160078;161558;84833;85814;21396;22170;1279;1393;0
uur;751719;25.4996880483266;5422;5640;38;46;58304;58095;10982;11668;7387;7301;189;215;0
vin;4350553;68.9392589861565;388;361;3617;3620;88266;86551;320517;318241;1260;1271;14450;14284;0
xcb;5148708;64.9570338811212;1531;1476;1367;1328;137185;137234;344611;341465;3622;3618;7930;7928;0
ype;4653728;47.6361102324846;8789;8951;2595;2930;224229;225184;201213;204623;16816;16685;7641;8107;0
zin;208564;13.5401332099375;3112;3050;7;10;14475;14621;2251;2077;2574;2718;13;28;21
  • J'ai soumis le programme repete.pl pour les 30 autres bactéries dont les résultats sont ci-dessous:
KEGG;effectif;%GC;>4T;>4A;>4C;>4G;<4T;<4A;<4C;<4G;4T;4A;4C;4G;Ctrl 
axl; 2569486; 35.7182720590811; 8179; 8531; 284; 328; 170932; 171483; 64149; 67845; 14575; 15230; 1450; 1592; 0
bbd; 4196595; 36.8131306452016; 17917; 18452; 633; 676; 252305; 254717; 130999; 131308; 29736; 30406; 3649; 3511; 0
bfl; 705557; 27.3831880344182; 3463; 3756; 64; 70; 48885; 48639; 13042; 14796; 4814; 5072; 303; 331; 0
bvs; 3076856; 51.6699189042321; 4455; 4947; 1933; 1709; 127405; 131768; 150963; 149272; 8475; 9052; 7525; 7031; 0
caa; 3750771; 53.6017794741401; 2758; 2619; 1585; 1728; 159815; 157925; 181725; 185832; 7542; 7149; 5835; 6135; 0
dal; 6517073; 54.4848567801159; 17587; 17686; 5674; 5421; 254602; 254345; 412164; 407704; 26656; 26671; 18214; 17436; 31T
din; 2928377; 56.1087250719426; 3500; 3527; 2322; 2399; 99019; 99060; 167348; 167454; 6769; 7046; 7566; 7837; 0
dte; 1541968; 34.9485851846472; 7576; 7913; 224; 214; 100704; 100372; 43668; 44782; 12371; 12390; 897; 943; 0
fbt; 6665617; 46.4695016230305; 16807; 16738; 2490; 2802; 300435; 302268; 308376; 311092; 30947; 30735; 10659; 11204; 0
hcr; 657101; 22.5303263881808; 6427; 6393; 56; 54; 50381; 49817; 9441; 9120; 7575; 7438; 164; 150; 0
hhd; 4150632; 41.8231247675053; 11508; 11601; 1386; 1420; 234076; 235189; 154591; 156132; 19851; 19935; 5276; 5757; 0
hhl; 2649255; 32.4558413591746; 8690; 8550; 652; 641; 187071; 188193; 67353; 67753; 16065; 16077; 2414; 2472; 0
hmr; 1694430; 37.4742538788855; 7900; 7853; 437; 467; 94543; 95109; 56139; 56577; 11775; 11770; 1953; 1865; 0
hth; 1743135; 44.0002638923549; 5049; 4910; 755; 757; 82142; 80624; 76333; 75300; 9204; 9097; 2386; 2477; 0
ial; 3658997; 33.9331242960844; 16086; 15710; 152; 182; 258926; 259364; 95175; 95611; 27336; 26860; 1268; 1295; 0
lfc; 2559538; 50.0475476433638; 7191; 7295; 2290; 2162; 109904; 110996; 135762; 134514; 10887; 11031; 6806; 6747; 0
mah; 4668296; 48.7459235661149; 11446; 11414; 1100; 1177; 234179; 234043; 209652; 212104; 18801; 18737; 5220; 5463; 0
mcu; 2146480; 55.4132812791174; 2251; 2171; 1942; 1833; 83793; 84090; 116972; 114286; 6080; 6320; 6318; 6468; 0
nis; 1877931; 39.6886254074298; 10895; 10719; 356; 345; 88490; 88367; 60256; 59148; 13902; 14266; 1770; 1716; 0
nse; 859006; 41.0843463258697; 2891; 2722; 187; 182; 46113; 46003; 28403; 27971; 4597; 4377; 808; 862; 0
pdi; 4811379; 45.0595764748526; 7729; 8092; 1510; 1601; 251912; 255365; 209110; 211780; 16524; 17123; 7003; 7096; 0
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Contenu en GC des 111 génomes DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Regroupement des contenus en GC du chapitre précédent. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1.3 cm.
KEGG;effectif;%GC;>4T;>4A;>4C;>4G;<4T;<4A;<4C;<4G;4T;4A;4C;4G;Ctrl 
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pmh;1738790;31.1450491433698;10643;10443;273;266;120591;119911;42641;42436;13543;12907;1153;1083;0
ppoy;5597590;45.5107644539882;11835;12067;1852;1923;278022;279031;228863;232494;22906;23777;7539;7524;0
pub;1308759;29.6830814534991;8928;9156;117;122;88435;89149;28952;29599;10984;11228;610;623;0
ret;4381608;61.2722087416309;2000;1981;1456;1181;138606;141047;281098;266494;6563;6988;6900;5754;0
rip;574390;28.4825641114922;5149;4608;48;34;37848;37072;11363;11314;5367;4930;177;157;0
roa;8376953;67.3730787311657;304;315;5894;6137;175073;173980;576424;582208;1793;1897;23638;24137;67
rpr;1111523;29.0002995889424;5688;5488;60;46;75353;75109;20531;21121;9101;8657;374;348;0
rru;4352825;65.4479562123449;2105;2167;6143;6144;117691;117954;314819;315531;6056;6234;15234;15224;0
saci;9629675;62.2660577849201;4027;3918;12522;12591;311082;308165;613507;617296;10530;10237;32126;32651;0
salb;6841649;73.3211578544263;163;150;11612;11254;92662;94200;578179;575278;712;723;34189;33576;29
say;3551206;56.7620971579796;4756;4898;4114;3728;136493;138062;224664;220982;9802;10117;11598;11257;0
sbn;5347283;46.2833180888313;10050;9904;963;1056;279165;278792;207232;209063;19982;19825;5955;6005;0
sbw;708439;25.0696249077196;7139;7400;42;62;46706;46970;11878;12110;6380;6319;185;196;0
sbz;4683551;51.3411511906244;9188;9107;1746;1661;197243;195799;225810;225551;16324;15916;6701;6366;0
sep;2499279;32.0951762488302;10030;9072;256;186;173063;168449;55041;52457;17327;16269;1229;1044;0
sgr;8545929;72.2274079272131;197;198;13111;12803;125513;127411;691994;689222;1042;1153;40312;40010;0
sho;9840102;72.0397308889684;248;219;12043;12293;144995;146783;806253;806814;1023;1058;38926;38906;0
sma;9025608;70.716554496938;288;338;10689;10658;147271;148799;697969;694405;1497;1590;33943;34035;0
smf;1662578;26.3145548659973;10208;9579;113;145;115699;115699;31659;31086;14104;13858;672;721;0
smk;3820344;62.6668959653895;1275;1380;1438;1375;115653;117560;245820;242728;4939;4981;7019;6690;0
spi;1937111;38.3159251070279;7601;7936;274;296;114902;115665;59188;61681;11590;12071;1546;1675;0
spl;1796846;39.0916639489416;5598;5780;245;286;107498;109043;58113;58617;9461;9754;1430;1421;0
ssdc;459399;24.2405838933041;3920;4009;63;77;33018;32667;7856;8453;4306;4304;181;198;0
ssm;4653970;48.9651415887941;10632;10712;3064;2968;210582;212163;226905;226997;18487;18929;10861;10930;0
sty;4809037;52.0927162756286;9036;9129;1610;1679;198401;197326;233040;235497;16417;16153;6741;6819;0
sus;9965640;61.9024568417081;3706;3782;5063;4566;321828;322056;637709;633071;12614;12567;22278;21823;0
synd;2572069;59.0852733733037;1561;1578;2408;2369;89219;90093;155100;155007;3505;3630;7274;7056;0
synd;2572069;59.0852733733037;1561;1578;2408;2369;89219;90093;155100;155007;3505;3630;7274;7056;0
tai;1848474;63.7925661924377;375;339;8098;7114;48029;46765;142542;137838;1116;1095;12183;11501;0
tde;2843201;37.8737556718642;18098;17974;618;525;158790;159051;100982;98334;22582;22554;3102;3017;0
thl;2562720;36.0410813510645;13045;13182;374;404;157992;157174;69264;71676;18613;18707;1751;1852;0
tli;1967774;47.0576397492801;4485;4562;1240;1499;93405;94061;93059;98130;9109;8749;4439;4876;0
tma;1860725;46.2477260207715;4488;4659;538;709;89126;90023;74178;78612;8868;8979;2144;2517;0
tme;1915238;31.3998573545429;13238;12800;490;431;123522;121538;50996;49107;17789;17210;1638;1550;0
tos;2072393;68.5534548707702;717;721;11907;12188;48268;48509;171568;172114;2802;2818;17743;17863;0
tpas;1139203;52.7868167482003;2304;2372;998;992;43195;42394;46858;47673;3742;3707;2611;2803;0
tsu;2731853;39.1632346249963;16370;17375;212;175;160078;161558;84833;85814;21396;22170;1279;1393;0
uur;751719;25.4996880483266;5422;5640;38;46;58304;58095;10982;11668;7387;7301;189;215;0
vin;4350553;68.9392589861565;388;361;3617;3620;88266;86551;320517;318241;1260;1271;14450;14284;0
vpr;2132142;38.6292751608476;4705;4780;338;382;124745;125694;66818;68509;10180;9955;1718;1923;0
xcb;5148708;64.9570338811212;1531;1476;1367;1328;137185;137234;344611;341465;3622;3618;7930;7928;0
ype;4653728;47.6361102324846;8789;8951;2595;2930;224229;225184;201213;204623;16816;16685;7641;8107;0
zin;208564;13.5401332099375;3112;3050;7;10;14475;14621;2251;2077;2574;2718;13;28;21

Tableau des diagrammes des codons DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  1. récupération des contenus en GC (%GC) des résultats du chapitre précédent.
  2. Création de la colonne %AT (100-%GC)
  3. Somme de tous les codons (codons stops compris) d'une bactérie donnée, colonne aas. La colonne Trp isole les tga donnant du Trp, des tga donnant des stops.
  4. Moyenne des aas par bactérie: 6 550 aas par bactérie, avec un écart type de 304.
  5. Recalcul du codon: 6550*codon/aas.
  • Le tableau est suivi de la moyenne des codons.
6,549.649;304.215;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aas;KEGG;%AT;%GC;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;Trp
5,710;zin;86.461;13.539;564.348;9.176;8.029;10.323;0.000;0.000;1241.107;21.794;451.937;9.176;145.675;98.646;57.352;1.147;2.294;3.441;378.526;13.765;844.228;19.500;123.881;0.000;4.588;0.000;0.000;0.000;58.499;2.294;94.058;3.441;79.146;127.322;2.294;8.029;196.145;0.000;145.675;2.294;43.588;45.882;2.294;1.147;55.058;3.441;75.705;3.441;60.794;76.852;0.000;4.588;74.558;58.499;1.147;0.000;97.499;75.705;1.147;0.000;427.849;640.053;5.735;6.882;0.000;0.000;59.647
5,760;crp;83.436;16.564;532.159;54.580;37.524;39.798;2.274;1.137;934.689;44.347;575.368;23.879;163.741;130.766;84.145;13.645;3.411;12.508;345.676;53.443;654.965;77.322;114.846;4.548;7.960;1.137;0.000;0.000;63.677;18.193;100.064;3.411;139.862;68.226;4.548;5.685;211.499;6.823;177.386;13.645;40.935;40.935;6.823;2.274;90.967;12.508;70.500;50.032;63.677;42.072;4.548;2.274;130.766;73.911;5.685;0.000;97.790;83.008;5.685;5.685;545.804;417.313;22.742;4.548;0.000;2.274;0.000
5,864;hcr;77.470;22.530;416.613;32.391;156.370;22.339;0.000;4.468;729.352;53.612;295.985;25.689;135.148;165.305;41.326;6.702;13.403;10.052;284.816;21.222;516.019;27.923;146.317;23.455;42.443;1.117;5.585;2.234;84.886;6.702;224.502;10.052;172.006;113.926;8.935;14.520;413.262;29.040;368.585;8.935;142.966;94.939;10.052;7.818;24.572;1.117;97.172;1.117;84.886;102.757;6.702;1.117;147.434;100.523;3.351;3.351;65.899;160.837;2.234;6.702;553.995;147.434;65.899;4.468;2.234;0.000;74.834
6,157;mcac;76.337;23.663;502.101;40.423;38.296;51.061;0.000;0.000;578.692;42.551;260.624;15.957;101.058;151.056;113.824;1.064;0.000;11.701;264.879;19.148;423.382;71.273;155.311;4.255;57.444;2.128;4.255;0.000;71.273;21.275;268.071;4.255;163.821;143.609;5.319;8.510;421.254;21.275;406.361;38.296;92.548;195.734;3.191;11.701;30.849;4.255;125.525;2.128;120.206;67.018;3.191;0.000;291.474;91.484;10.638;3.191;228.711;88.293;1.064;7.446;525.504;67.018;25.531;3.191;3.191;0.000;62.763
6,041;ssdc;75.759;24.241;503.069;40.115;65.052;16.263;1.084;3.253;538.847;66.136;278.639;13.010;182.146;112.757;54.210;13.010;11.926;11.926;250.450;10.842;400.070;19.516;102.999;36.863;164.798;9.758;11.926;2.168;119.262;4.337;182.146;20.600;136.609;192.987;18.431;32.526;329.597;57.463;324.176;16.263;114.925;140.946;40.115;21.684;68.305;9.758;147.451;65.052;133.357;86.736;18.431;5.421;181.061;126.851;16.263;9.758;148.535;107.336;11.926;23.852;470.543;215.756;23.852;6.505;0.000;0.000;0.000
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6,465;amd;28.707;71.293;0.000;11.144;7.092;1.013;399.159;190.462;3.039;252.260;1.013;214.776;3.039;3.039;2.026;157.029;87.126;40.524;5.065;187.422;1.013;183.370;0.000;5.065;30.393;0.000;281.640;175.265;1.013;146.899;0.000;214.776;9.118;62.812;379.910;83.074;94.218;387.002;18.236;445.761;13.170;13.170;341.412;308.993;3.039;33.432;128.663;92.191;2.026;0.000;269.483;64.838;7.092;2.026;178.304;355.596;8.105;1.013;148.925;211.737;3.039;0.000;272.522;0.000;1.013;5.065;0.000
6,559;sho;27.960;72.040;0.000;4.993;10.984;0.000;385.450;186.733;0.000;294.579;3.994;222.682;0.000;0.999;0.000;97.860;151.783;44.936;1.997;182.739;0.999;182.739;0.000;4.993;66.904;4.993;275.606;103.852;0.000;136.805;2.996;211.698;6.990;90.870;393.438;25.963;18.973;509.273;3.994;434.380;7.989;13.980;245.649;393.438;2.996;38.944;151.783;96.862;0.000;0.999;220.685;106.847;6.990;0.999;170.756;330.528;6.990;2.996;101.855;275.606;1.997;0.000;299.572;2.996;0.999;1.997;0.000
6,561;sgr;27.773;72.227;0.000;1.997;6.988;0.000;368.362;209.637;0.998;301.478;1.997;226.607;1.997;0.998;1.997;113.803;145.747;33.941;4.991;171.702;5.990;189.671;0.998;4.991;63.889;6.988;265.540;108.811;1.997;133.768;0.998;212.631;13.976;80.860;364.369;53.907;27.952;483.163;8.984;438.240;5.990;11.979;266.538;362.372;2.995;38.933;156.728;95.834;0.000;1.997;208.638;118.794;6.988;4.991;155.730;367.363;1.997;2.995;133.768;252.562;3.993;0.998;280.514;0.000;1.997;3.993;0.000
6,452;cmi;27.336;72.664;0.000;5.076;1.015;1.015;239.572;386.766;0.000;247.693;0.000;215.209;0.000;0.000;0.000;116.740;112.680;107.604;0.000;149.225;2.030;154.300;1.015;4.061;20.303;8.121;405.039;89.332;2.030;122.831;1.015;228.405;20.303;34.515;390.827;77.150;4.061;490.310;10.151;473.053;12.182;13.197;316.722;301.495;0.000;25.378;131.968;93.392;1.015;6.091;171.558;148.210;0.000;2.030;188.815;323.828;4.061;2.030;181.709;187.800;0.000;1.015;309.616;1.015;1.015;4.061;0.000
6,571;salb;26.679;73.321;0.000;1.994;3.987;0.000;353.846;240.217;0.000;287.064;0.997;227.259;0.997;0.000;0.997;115.623;143.532;38.873;0.000;179.415;1.994;185.396;0.000;4.984;49.838;1.994;287.064;120.607;2.990;131.571;0.997;216.295;6.977;82.730;383.749;44.854;11.961;512.330;2.990;450.531;9.968;8.971;218.288;404.681;3.987;37.877;149.513;96.685;0.000;4.984;204.334;112.633;2.990;1.994;126.587;386.739;0.997;1.994;76.750;309.989;1.994;0.000;287.064;0.000;0.000;5.981;0.000
6,532;ksk;25.802;74.198;0.000;6.016;3.008;0.000;401.081;200.540;0.000;259.700;1.003;216.584;1.003;0.000;0.000;134.362;137.370;44.119;0.000;188.508;1.003;180.486;0.000;1.003;25.068;5.014;324.875;117.316;1.003;135.365;1.003;206.557;4.011;47.127;428.154;27.073;19.051;492.327;2.005;436.175;2.005;3.008;199.538;470.267;4.011;40.108;147.397;100.270;2.005;1.003;244.659;98.265;2.005;0.000;156.421;371.000;1.003;1.003;40.108;328.886;2.005;0.000;280.757;0.000;1.003;5.014;0.000
6,733;ade;25.095;74.905;0.000;1.946;2.918;0.000;295.722;305.449;3.891;361.870;0.000;219.846;0.000;0.000;0.000;129.378;84.631;54.475;0.973;166.343;1.946;168.289;0.973;0.000;3.891;2.918;366.734;135.215;0.000;135.215;0.000;192.608;3.891;5.837;421.209;86.576;2.918;536.968;12.646;385.216;0.973;2.918;373.543;313.231;0.973;49.611;131.324;75.876;0.973;3.891;269.457;77.821;0.973;0.000;338.523;204.281;0.000;0.000;97.277;184.826;0.973;0.973;324.905;0.000;1.946;3.891;0.000

Moyenne des codons
6549,65;;;;120,01;80,61;96,78;29,62;180,40;103,96;247,04;202,47;122,76;124,84;68,57;50,17;38,30;58,22;65,81;54,74;115,69;106,81;133,07;128,41;59,74;20,47;102,54;24,49;131,82;44,14;58,93;69,55;88,56;131,88;88,32;142,22;168,89;53,68;295,60;225,80;216,76;201,79;91,42;108,46;125,83;163,86;26,61;31,02;154,26;71,35;58,46;64,69;101,38;61,39;131,76;83,70;137,27;117,91;68,42;65,02;70,68;121,08;168,45;83,68;181,22;3,31;1,05;1,66;2,27
304,22;;;;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;Trp

Maximum et 75% DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Le nombre de codons est calculé d'après les équations des courbes de tendance pour caractériser chaque codon par un maximum de la courbe et, s'il n'existe pas (équation du second degré sans solution), par la valeur à 75% GC ou AT.

constantes des courbes DRNA[modifier | modifier le wikicode]

Ces constantes sont relevées à la main parce que le format de l'équation dans Libreoffice/calc est une image. Ces équations sont représentées dans les diagrammes.

codon;diagram;x3;x2;x;codon;diagram;x3;x2;x;codon;diagram;x3;x2;x;codon;diagram;x3;x2;x
ttt;%AT;0.00057;0.01185;-0.2492;tct;%AT;-0.00091;0.13691;-3.32039;tat;%AT;0.00031;0.02553;-0.17738;tgt;%AT;-0.0002;0.02954;-0.63061
ttc;%GC;-0.00075;0.11012;-0.95591;tcc;%GC;-0.0013;0.15161;-2.72647;tac;%GC;-0.0006;0.07371;0.14637;tgc;%GC;-0.00067;0.07391;-1.24162
tta;%AT;0.00219;-0.10807;0.97089;tca;%AT;-0.0003;0.06661;-1.92933;taa;%AT;-2E-05;0.00228;0.00351;tga;%GC;2E-05;-0.00178;0.05762
ttg;%AT;-0.00254;0.27112;-5.14699;tcg;%GC;-0.0002;0.0518;-0.92575;tag;%GC;2E-05;-0.00278;0.10348;tgg;%GC;0.00026;-0.04454;3.06654
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ctt;%AT;-0.00329;0.37605;-8.20089;cct;%AT;-0.00155;0.19004;-4.23067;cat;%AT;-0.00083;0.10415;-1.92709;cgt;%AT;-0.00184;0.16536;-1.10015
ctc;%GC;0.00016;0.0552;-1.18671;ccc;%GC;-0.00069;0.10805;-2.35507;cac;%GC;-0.0002;0.0378;0.09835;cgc;%GC;-0.00054;0.15436;-3.75165
cta;%AT;-0.00085;0.10907;-2.69606;cca;%AT;-0.00132;0.17482;-4.27036;caa;%AT;-0.00151;0.21511;-5.32276;cga;%AT;-0.0005;0.05334;-0.93631
ctg;%GC;-0.00462;0.5886;-13.46935;ccg;%GC;-0.00138;0.19524;-4.04617;cag;%GC;-0.00244;0.28701;-5.10584;cgg;%GC;0.00017;0.01656;-0.45048
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
att;%AT;-0.0001;0.10638;-2.33135;act;%AT;-0.00112;0.16189;-4.01772;aat;%AT;0.00332;-0.25026;5.41105;agt;%AT;-0.0005;0.07383;-1.84844
atc;%GC;-0.0022;0.26792;-3.7806;acc;%GC;-0.0020;0.26011;-5.36981;aac;%GC;-0.00109;0.1053;0.39031;agc;%GC;-0.0010;0.09531;-1.05602
ata;%AT;0.00209;-0.15088;3.01712;aca;%AT;-0.00135;0.18781;-4.77689;aaa;%AT;0.0020;-0.05462;0.91141;aga;%AT;-0.00057;0.11578;-3.47503
atg;%GC;0.00015;-0.0808;7.01628;acg;%GC;-0.00108;0.12467;-1.87083;aag;%GC;-0.00081;0.09348;1.73297;agg;%AT;-0.00073;0.07548;-1.29967
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gtt;%AT;-0.00322;0.3937;-8.77864;gct;%AT;-0.0029;0.34298;-7.43331;gat;%AT;-0.00373;0.45452;-8.84242;ggt;%AT;-0.00189;0.19221;-1.70625
gtc;%GC;0.00051;0.02474;-0.34814;gcc;%GC;-0.00112;0.22101;-4.8768;gac;%GC;-0.00054;0.14156;-1.61835;ggc;%GC;-0.00077;0.18284;-3.7931
gta;%AT;-0.00225;0.28412;-6.81826;gca;%AT;-0.00215;0.25617;-5.40349;gaa;%AT;-0.0050;0.57426;-9.84916;gga;%AT;-0.00133;0.1823;-4.09334
gtg;%GC;-0.00267;0.3257;-6.34715;gcg;%GC;-0.00083;0.15096;-2.8306;gag;%GC;0.00137;-0.06858;4.28255;ggg;%GC;-0.00055;0.053;-0.04165

abscisse du maximum DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • C'est la solution qui annule la dérivée de l'équation de degré 3. C'est une équation du second degré qui quelque fois n'a pas de solution. Mais quand il y en a 1 ou 2 solutions, une seule est valable et doit être supérieure à 50 et inférieur à 100 %GC ou %AT. J'ai éliminé les abscisses supérieures à 90% pour tenir compte des valeurs extrêmes trouvées chez les bactéries étudiées.
  • La fonction dans calc est: "=(-2*P345-RACINE(((2*P345)^2)-12*O345*Q345))/(6*O345)" où P345 désigne la cellule de la 2ème constante, O345 la 1ère et Q345 la 3ème.
codon;diagram;;abscis;75%;codon;diagram;;abscis;75%;codon;diagram;;abscis;75%;codon;diagram;;abscis;75%
ttt;%AT;;;75;tct;%AT;;86.189;75;tat;%AT;;;75;tgt;%AT;;;75
ttc;%GC;;;75;tcc;%GC;;67.372;75;tac;%GC;;82.881;75;tgc;%GC;;63.871;75
tta;%AT;;;75;tca;%AT;;;75;taa;%AT;;76.762;75;tga;%GC;;;75
ttg;%AT;;59.880;75;tcg;%GC;;;75;tag;%GC;;;75;tgg;%GC;;;75
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ctt;%AT;;63.015;75;cct;%AT;;68.445;75;cat;%AT;;73.062;75;cgt;%AT;;56.378;75
ctc;%GC;;;75;ccc;%GC;;;75;cac;%GC;;;75;cgc;%GC;;;75
cta;%AT;;70.561;75;cca;%AT;;73.651;75;caa;%AT;;80.347;75;cga;%AT;;60.864;75
ctg;%GC;;71.301;75;ccg;%GC;;82.468;75;cag;%GC;;68.189;75;cgg;%GC;;;75
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
att;%AT;;;75;act;%AT;;81.733;75;aat;%AT;;;75;agt;%AT;;;75
atc;%GC;;73.382;75;acc;%GC;;77.007;75;aac;%GC;;66.218;75;agc;%GC;;60.789;75
ata;%AT;;;75;aca;%AT;;77.533;75;aaa;%AT;;;75;aga;%AT;;;75
atg;%GC;;50.527;75;acg;%GC;;68.531;75;aag;%GC;;85.299;75;agg;%AT;;58.847;75
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gtt;%AT;;68.183;75;gct;%AT;;65.876;75;gat;%AT;;69.938;75;ggt;%AT;;63.024;75
gtc;%GC;;;75;gcc;%GC;;;75;gac;%GC;;;75;ggc;%GC;;;75
gta;%AT;;69.689;75;gca;%AT;;66.912;75;gaa;%AT;;67.042;75;gga;%AT;;78.272;75
gtg;%GC;;70.013;75;gcg;%GC;;;75;gag;%GC;;;75;ggg;%GC;;63.847;75

maximum DRNA[modifier | modifier le wikicode]

  • Il est calculé avec l'équation du diagramme: "=P387*(O345*P387^2+P345*P387+Q345)" voir abscisse ci-dessus et P387 étant la cellule de l'abscisse (%AT ou %GC)
codon;diagram;abscis;max;75%;;diagram;abscis;max;75%;;diagram;abscis;max;75%;;diagram;abscis;max;75%
ttt;%AT;;;288;tct;%AT;86;148;137;tat;%AT;;;261;tgt;%AT;;;51
ttc;%GC;;;231;tcc;%GC;67;107;100;tac;%GC;83;177;172;tgc;%GC;64;48;40
tta;%AT;;;389;tca;%AT;;;120;taa;%AT;77;5;5;tga;%GC;;;3
ttg;%AT;60;119;67;tcg;%GC;;;138;tag;%GC;;;1;tgg;%GC;;;89
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ctt;%AT;63;153;112;cct;%AT;68;104;98;cat;%AT;73;91;91;cgt;%AT;56;134;71
ctc;%GC;;;289;ccc;%GC;;;140;cac;%GC;;;131;cgc;%GC;;;359
cta;%AT;71;54;53;cca;%AT;74;106;106;caa;%AT;80;178;174;cga;%AT;61;28;19
ctg;%GC;71;357;351;ccg;%GC;82;220;213;cag;%GC;68;213;202;cgg;%GC;;;131
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
att;%AT;;;369;act;%AT;82;142;137;aat;%AT;;;399;agt;%AT;;;78
atc;%GC;73;296;295;acc;%GC;77;238;238;aac;%GC;66;171;162;agc;%GC;61;75;56
ata;%AT;;;259;aca;%AT;78;129;129;aaa;%AT;;;622;aga;%AT;;;150
atg;%GC;51;168;135;acg;%GC;69;110;105;aag;%GC;85;325;314;agg;%AT;59;36;19
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gtt;%AT;68;211;198;gct;%AT;66;170;148;gat;%AT;70;329;320;ggt;%AT;63;183;156
gtc;%GC;;;328;gcc;%GC;;;405;gac;%GC;;;447;ggc;%GC;;;419
gta;%AT;70;143;138;gca;%AT;67;141;129;gaa;%AT;67;420;391;gga;%AT;78;159;157
gtg;%GC;70;236;230;gcg;%GC;;;287;gag;%GC;;;513;ggg;%GC;64;70;63

Caractérisation des codons par les courbes et les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]

Les queues. A partir du tableau original normé des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]

  • Tableau partiel pour illustration. Les queues sont en orange. Voir le tableau original normé.
  • Légende:
  1. queue: nombre de bactéries ayant des effectifs faibles de leur codon (en rouge)
  2. moyenne queue: total des effectifs faibles divisé par le nombre de la queue
  3. moyenne codon: total du codon divisé par 111.
  4. %queue: total effectifs faibles de la queue divisé par (moyenne codon x 111) en %.
111 bactéries: Caractérisation des codons . Les queues à partir du tableau original.
aas KEGG %AT %GC tta ttg* ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc tct tca agt tcg tcc agc
5710 zin 86,5 13,5 564 9 8 10 0 0 1241 22 452 9 146 99 57 1 2 3
5760 crp 83,4 16,6 532 55 38 40 2 1 935 44 575 24 164 131 84 14 3 13
5864 hcr 77,5 22,5 417 32 156 22 0 4 729 54 296 26 135 165 41 7 13 10
6157 mcac 76,3 23,7 502 40 38 51 0 0 579 43 261 16 101 151 114 1 0 12
6041 ssdc 75,8 24,2 503 40 65 16 1 3 539 66 279 13 182 113 54 13 12 12
6132 sbw 74,9 25,1 414 34 76 34 9 9 634 27 300 18 171 94 63 12 12 28
5709 uur 74,5 25,5 442 55 40 55 1 2 535 65 255 23 55 181 102 14 6 10
6361 ple 73,8 26,2 414 107 45 53 9 5 577 81 267 10 105 136 94 13 10 18
6600 smf 73,7 26,3 376 23 133 38 6 0 532 112 212 41 117 142 75 7 2 16
6345 fnc 72,9 27,1 364 74 121 51 3 3 514 119 189 43 129 137 58 5 4 15
6697 bfl 72,6 27,4 424 124 49 26 11 7 414 74 246 10 175 99 78 18 19 12
6334 cbl 71,7 28,3 337 38 114 65 3 2 462 118 198 54 127 103 87 3 17 17
6762 rip 71,5 28,5 247 112 81 65 33 32 504 127 236 90 220 109 51 36 49 15
6715 rpr 71,0 29,0 306 47 141 67 26 24 421 112 250 46 120 114 88 21 18 45
6569 pub 70,3 29,7 316 59 126 72 18 4 571 103 266 43 128 151 81 14 13 27
6265 cad 70,1 29,9 251 32 121 120 15 4 420 142 181 64 105 117 97 18 5 27
6706 cje 69,5 30,5 273 91 228 25 4 12 569 85 269 22 91 54 128 13 8 67
6431 pmh 68,9 31,1 275 99 159 78 15 25 417 110 190 46 160 137 89 20 24 34
__ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __
6490 din 43,9 56,1 3 23 69 4 387 123 115 258 108 142 22 24 44 30 141 87
5844 say 43,2 56,8 112 228 44 18 154 108 139 90 122 75 17 9 39 112 54 50
6773 bmf 42,8 57,2 2 49 120 7 262 123 51 309 52 182 20 15 8 136 88 47
6638 kpn 42,5 57,5 7 20 38 4 486 74 241 138 61 153 58 4 9 46 112 76
6820 aba 41,6 58,4 6 85 48 11 173 272 88 334 27 210 15 14 12 109 67 85
6546 dba 41,4 58,6 5 63 92 6 322 135 90 301 73 189 20 18 10 59 139 91
6472 synd 40,9 59,1 0 69 55 3 386 180 74 230 17 154 11 21 38 60 117 120
6745 pgd 40,4 59,6 1 35 46 10 380 84 129 218 84 152 18 14 8 101 85 45
6549 pac 40,0 60,0 5 93 82 20 227 154 47 250 41 171 40 18 15 108 112 39
6780 bla 39,5 60,5 1 61 31 3 248 221 34 272 8 217 5 16 12 119 114 62
6795 ret 38,7 61,3 0 29 63 5 290 196 42 319 30 198 12 7 3 156 96 44
6566 sus 38,1 61,9 3 79 34 7 334 145 59 337 34 203 7 4 12 115 60 89
6672 saci 37,7 62,3 2 85 45 4 190 329 62 295 16 195 5 5 11 127 50 118
6805 smk 37,3 62,7 1 22 74 4 221 228 33 313 20 221 9 6 4 169 91 41
6720 dvl 37,0 63,0 1 14 64 3 256 294 20 329 8 221 12 10 6 129 90 65
6859 ddr 36,6 63,4 3 14 20 3 473 89 44 252 34 187 9 16 22 49 71 159
6582 tai 36,2 63,8 7 46 82 18 347 164 9 300 23 202 11 4 9 54 209 96
7021 gau 35,7 64,3 1 86 16 5 284 239 11 291 35 201 13 16 21 142 59 49
6764 xcb 35,0 65,0 1 51 7 1 511 72 17 284 16 194 6 0 11 122 69 98
6688 rru 34,6 65,4 3 66 64 3 381 84 29 292 21 209 2 1 3 132 65 76
6845 dpt 33,8 66,2 0 21 7 8 519 69 70 216 52 159 8 5 12 84 76 146
6664 pae 33,4 66,6 0 23 4 6 501 118 29 330 1 222 1 4 3 86 98 100
6576 roa 32,6 67,4 0 27 8 0 331 237 5 289 0 204 5 1 8 150 104 60
7207 bmv 31,9 68,1 1 35 19 3 293 257 19 316 15 205 1 4 3 193 22 46
6617 tos 31,4 68,6 10 32 69 26 286 331 18 323 49 189 1 1 0 22 126 70
7209 vin 31,1 68,9 0 4 12 5 197 395 5 343 5 231 9 2 1 134 104 63
6713 age 30,6 69,4 0 11 2 0 337 298 3 448 1 225 7 0 6 92 107 94
6646 opr 30,0 70,0 0 27 21 1 342 288 18 302 10 223 1 1 1 85 39 100
6487 mts 29,7 70,3 0 10 11 2 271 326 15 285 0 232 3 3 3 173 65 76
6581 sma 29,3 70,7 0 5 11 0 374 208 1 310 1 230 3 2 1 121 142 43
6465 amd 28,7 71,3 0 11 7 1 399 190 3 252 1 215 3 3 2 157 87 41
6559 sho 28,0 72,0 0 5 11 0 385 187 0 295 4 223 0 1 0 98 152 45
6561 sgr 27,8 72,2 0 2 7 0 368 210 1 301 2 227 2 1 2 114 146 34
6452 cmi 27,3 72,7 0 5 1 1 240 387 0 248 0 215 0 0 0 117 113 108
6571 salb 26,7 73,3 0 2 4 0 354 240 0 287 1 227 1 0 1 116 144 39
6532 ksk 25,8 74,2 0 6 3 0 401 201 0 260 1 217 1 0 0 134 137 44
6733 ade 25,1 74,9 0 2 3 0 296 305 4 362 0 220 0 0 0 129 85 54
moyenne queue 1,7 3,7 3,6 3,0 3,8 3,1 1,1 - 2,1 - 2,8 1,5 1,9 5,6 4,8 -
moyenne codon 120 81 97 30 180 104 247 202 123 125 69 50 38 58 66 55
codon tta ttg ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc tct tca agt tcg tcc agc
queue 35 6 5 20 12 12 8 0 12 0 19 19 16 4 4 1
%queue 0,4 0,2 0,2 1,8 0,2 0,3 0,0 - 0,2 - 0,7 0,5 0,7 0,3 0,3 -
  • Les queues au complet à copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1.3 cm.
moyenne queue;;;;1,7;3,7;3,6;3,0;3,8;3,1;1,1;-;2,1;-;2,8;1,5;1,9;5,6;4,8;-;3,2;-;2,9;-;1,8;-;-;4,1;6,6;3,6;1,3;-;2,2;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;2,1;-;-;;1,9;2,7;-;-;1,5;2,7;-;1,6;3,1;2,0;2,5;-;1,9;7,7;-;-;-;-;-
moyenne codon;;;;120;81;97;30;180;104;247;202;123;125;69;50;38;58;66;55;116;107;133;128;60;20;103;24;132;44;59;70;89;132;88;142;169;54;296;226;217;202;91;108;126;164;27;31;154;71;58;65;101;61;132;84;137;118;68;65;71;121;168;84;181;3;1;2;2
codon;;;;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;Trp
queue;;;;35;6;5;20;12;12;8;0;12;0;19;19;16;4;4;1;11;0;15;0;31;2;1;10;19;20;10;1;12;2;0;0;1;0;1;2;0;1;2;2;1;2;19;0;0;*;19;8;1;0;4;13;1;4;14;18;4;1;9;31;0;-;-;-;-
%queue;;;;0,4;0,2;0,2;1,8;0,2;0,3;0,0;-;0,2;-;0,7;0,5;0,7;0,3;0,3;-;0,3;-;0,3;-;0,8;-;-;1,5;0,9;1,5;0,2;-;0,3;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;1,3;-;-;;0,6;0,3;-;-;0,0;0,4;-;0,0;0,6;0,6;0,1;-;0,1;2,6;-;-;-;-;-

Les queues. Les courbes à partir des équations de tendance[modifier | modifier le wikicode]

  • Tableau partiel pour illustration. Les queues sont en orange pour les valeurs définies au chapitre précédent. Les constantes des courbes sont là.
111 bactéries: Caractérisation des codons . Les courbes à partir des équations de tendance.
x3 0,00219 -0,00254 -0,00329 -0,00085 -0,00462 0,00016 0,0020 -0,00081 0,00057 -0,00075 -0,00091 -0,0003 -0,0005 -0,0002 -0,0013 -0,0010
x2 -0,10807 0,27112 0,37605 0,10907 0,5886 0,0552 -0,05462 0,09348 0,01185 0,11012 0,13691 0,06661 0,07383 0,0518 0,15161 0,09531
x 0,97089 -5,14699 -8,20089 -2,69606 -13,46935 -1,18671 0,91141 1,73297 -0,2492 -0,95591 -3,32039 -1,92933 -1,84844 -0,92575 -2,72647 -1,05602
aas KEGG %AT %GC tta ttg* ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc tct tca agt tcg tcc agc
5710 zin 86,5 13,5 692 -60 -24 33 -86 -6 989 39 435 5 148 163 88 -4 -12 1
5760 crp 83,4 16,6 601 -17 23 41 -83 -4 881 51 393 11 147 152 87 -2 -9 4
5864 hcr 77,5 22,5 445 47 92 51 -58 3 691 77 317 26 141 129 81 3 1 14
6157 mcac 76,3 23,7 419 57 102 52 -50 5 659 83 304 29 140 125 80 4 3 16
6041 ssdc 75,8 24,2 406 62 106 52 -46 6 643 85 297 31 139 123 79 5 4 17
6132 sbw 74,9 25,1 387 68 113 53 -41 7 620 89 288 33 137 120 78 6 6 18
5709 uur 74,5 25,5 378 71 116 53 -37 8 608 92 283 35 136 118 78 7 8 19
6361 ple 73,8 26,2 364 76 120 53 -32 10 590 95 276 37 135 116 77 8 9 21
6600 smf 73,7 26,3 361 77 121 53 -31 10 587 96 274 37 135 115 77 8 10 21
6345 fnc 72,9 27,1 344 82 126 54 -25 12 566 100 265 40 133 113 75 9 12 23
6697 bfl 72,6 27,4 339 83 128 54 -22 12 559 101 263 41 132 112 75 9 12 23
6334 cbl 71,7 28,3 321 89 133 54 -14 14 536 106 253 44 130 108 74 11 15 25
6762 rip 71,5 28,5 318 89 133 54 -13 15 532 106 251 45 130 108 74 11 15 25
6715 rpr 71,0 29,0 308 92 136 54 -8 16 520 109 246 47 129 106 73 12 17 26
6569 pub 70,3 29,7 295 96 139 54 -2 18 503 113 239 49 127 103 72 13 19 28
6265 cad 70,1 29,9 291 97 140 54 0 18 497 114 237 50 126 102 71 13 19 28
6706 cje 69,5 30,5 280 99 142 54 6 20 483 117 231 52 125 100 70 14 21 30
6431 pmh 68,9 31,1 269 102 144 54 12 21 470 120 225 54 123 98 69 15 23 31
__ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __
6490 din 43,9 56,1 20 82 86 20 281 135 107 248 60 161 41 22 21 76 95 73
5844 say 43,2 56,8 17 79 82 19 287 140 102 251 57 163 39 20 20 78 96 73
6773 bmf 42,8 57,2 15 77 80 18 290 142 99 253 56 165 37 19 19 79 97 74
6638 kpn 42,5 57,5 14 76 78 17 293 145 97 255 55 166 36 18 19 80 97 74
6820 aba 41,6 58,4 11 72 73 15 300 151 90 259 51 170 33 16 17 83 99 74
6546 dba 41,4 58,6 10 71 71 15 303 153 89 260 50 171 32 16 17 84 99 74
6472 synd 40,9 59,1 9 69 69 14 306 156 86 262 49 173 31 15 16 85 100 74
6745 pgd 40,4 59,6 7 67 65 13 310 159 82 264 47 176 29 14 15 87 101 74
6549 pac 40,0 60,0 6 65 63 12 313 162 80 266 45 177 28 13 14 88 101 75
6780 bla 39,5 60,5 5 63 60 11 316 166 77 268 44 179 26 12 13 89 102 75
6795 ret 38,7 61,3 3 60 55 10 322 171 72 271 41 182 24 10 12 92 103 75
6566 sus 38,1 61,9 1 57 51 9 326 176 68 273 39 185 22 9 11 94 104 75
6672 saci 37,7 62,3 0 55 49 8 328 179 66 275 38 186 21 8 10 95 104 74
6805 smk 37,3 62,7 0 54 47 7 330 182 64 276 37 188 20 7 9 96 105 74
6720 dvl 37,0 63,0 -1 52 45 6 332 184 62 278 36 189 18 7 9 97 105 74
6859 ddr 36,6 63,4 -2 50 42 6 334 187 60 279 35 191 17 6 8 99 105 74
6582 tai 36,2 63,8 -3 49 40 5 337 190 58 281 34 192 16 5 8 100 106 74
7021 gau 35,7 64,3 -3 46 37 4 339 194 56 282 32 194 15 4 7 101 106 74
6764 xcb 35,0 65,0 -4 43 33 3 342 200 53 285 30 197 13 3 6 104 106 73
6688 rru 34,6 65,4 -5 41 30 2 344 204 50 287 29 199 11 2 5 105 107 73
6845 dpt 33,8 66,2 -6 38 26 1 347 209 47 289 27 202 9 1 4 108 107 72
6664 pae 33,4 66,6 -6 36 23 0 349 213 46 291 26 203 8 0 3 109 107 72
6576 roa 32,6 67,4 -7 32 18 -1 351 220 42 293 24 206 6 -1 2 112 107 71
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6617 tos 31,4 68,6 -8 27 12 -3 354 230 38 297 22 210 3 -3 0 116 107 69
7209 vin 31,1 68,9 -8 26 9 -4 355 233 37 298 21 212 2 -3 0 117 107 69
6713 age 30,6 69,4 -9 23 7 -5 356 237 35 300 20 214 0 -4 -1 119 106 68
6646 opr 30,0 70,0 -9 21 3 -6 357 243 33 302 19 216 -1 -5 -2 121 106 67
6487 mts 29,7 70,3 -9 20 2 -6 357 245 32 302 18 216 -2 -5 -2 121 106 67
6581 sma 29,3 70,7 -9 18 0 -7 357 249 31 304 17 218 -3 -6 -3 123 106 66
6465 amd 28,7 71,3 -9 16 -3 -8 357 254 29 305 16 220 -4 -7 -3 125 105 65
6559 sho 28,0 72,0 -9 13 -7 -9 357 261 27 307 15 222 -6 -8 -4 127 104 63
6561 sgr 27,8 72,2 -9 12 -8 -9 357 263 27 308 14 223 -6 -8 -4 128 104 63
6452 cmi 27,3 72,7 -9 10 -10 -10 356 267 26 309 14 224 -7 -8 -5 130 104 62
6571 salb 26,7 73,3 -9 7 -14 -10 355 273 24 310 13 226 -8 -9 -6 132 103 60
6532 ksk 25,8 74,2 -9 4 -18 -12 354 281 22 312 11 229 -10 -10 -7 135 101 58
6733 ade 25,1 74,9 -9 1 -21 -12 352 288 21 314 10 231 -11 -11 -7 137 100 56


  • le tableau complet à copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1.3 cm.
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aas;KEGG;%AT;%GC;tta;ttg*;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg*;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga*
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6 688;rru;34,55;65,45;-5,14;41,06;29,88;2,00;344,38;203,63;50,43;286,76;29,05;198,87;11,19;2,13;4,89;105,31;106,53;72,81;37,14;157,11;25,14;171,10;-5,36;10,70;83,50;15,09;264,27;89,11;23,52;109,35;10,61;211,19;21,34;92,55;319,07;70,11;139,84;370,59;83,24;349,06;30,44;33,00;228,69;313,52;6,88;47,50;155,15;82,80;6,71;16,76;184,61;115,25;33,87;10,80;231,32;226,16;8,25;3,48;108,80;216,05;41,09;10,33;283,43;2,02;0,47;1,75
6 845;dpt;33,84;66,16;-6,04;37,86;25,60;0,72;347,22;209,46;47,34;289,27;27,22;201,58;9,15;0,91;3,78;107,67;106,77;72,20;35,24;158,57;25,18;171,17;-7,10;10,02;80,82;14,16;271,09;91,92;21,88;111,02;7,68;211,88;18,69;89,12;326,41;69,96;131,30;379,92;76,70;356,21;27,17;28,82;233,16;320,43;6,29;47,34;153,96;83,22;4,53;14,38;187,27;117,33;28,98;7,43;232,63;232,98;6,02;1,10;109,17;218,58;37,88;10,31;285,51;1,95;0,47;1,81
6 664;pae;33,44;66,56;-6,48;36,10;23,27;0,03;348,64;212,71;45,70;290,62;26,24;203,06;8,05;0,25;3,18;108,97;106,85;71,83;34,22;159,36;25,24;171,16;-8,04;9,64;79,33;13,65;274,87;93,49;20,99;111,94;6,10;212,18;17,25;87,23;330,46;69,85;126,63;385,14;73,13;360,15;25,39;26,54;235,61;324,22;5,97;47,23;153,28;83,45;3,34;13,09;188,70;118,46;26,31;5,59;233,27;236,78;4,81;-0,19;109,33;219,91;36,15;10,33;286,57;1,92;0,47;1,85
6 576;roa;32,63;67,37;-7,30;32,46;18,47;-1,38;351,26;219,54;42,44;293,36;24,28;206,09;5,80;-1,07;1,96;111,68;106,93;70,95;32,16;160,95;25,45;171,02;-9,93;8,87;76,23;12,59;282,76;96,81;19,17;113,85;2,88;212,59;14,31;83,30;338,91;69,57;116,99;396,21;65,79;368,39;21,72;21,86;240,70;332,12;5,31;46,94;151,82;83,94;0,92;10,43;191,59;120,77;20,84;1,84;234,38;244,81;2,35;-2,82;109,57;222,55;32,66;10,41;288,62;1,85;0,47;1,92
7 207;bmv;31,85;68,15;-7,95;29,03;13,98;-2,69;353,32;226,14;39,53;295,88;22,50;208,91;3,73;-2,28;0,84;114,28;106,86;70,00;30,27;162,40;25,74;170,75;-11,65;8,13;73,26;11,59;290,32;100,02;17,46;115,65;-0,10;212,73;11,59;79,57;346,97;69,23;107,95;406,97;58,93;376,25;18,30;17,48;245,51;339,61;4,71;46,59;150,37;84,42;-1,32;7,96;194,24;122,93;15,74;-1,64;235,17;252,60;0,07;-5,24;109,68;224,90;29,46;10,57;290,35;1,78;0,47;1,99
6 617;tos;31,45;68,55;-8,24;27,27;11,67;-3,36;354,22;229,61;38,09;297,16;21,61;210,36;2,68;-2,89;0,27;115,63;106,77;69,46;29,31;163,14;25,92;170,55;-12,51;7,75;71,71;11,07;294,27;101,71;16,58;116,59;-1,62;212,70;10,19;77,64;351,17;69,03;103,29;412,66;55,41;380,36;16,54;15,23;248,00;343,50;4,41;46,37;149,59;84,67;-2,46;6,69;195,57;124,04;13,13;-3,42;235,47;256,71;-1,08;-6,48;109,70;226,05;27,84;10,67;291,16;1,74;0,47;2,03
7 209;vin;31,06;68,94;-8,48;25,58;9,49;-3,99;354,98;232,96;36,74;298,35;20,77;211,73;1,68;-3,45;-0,27;116,93;106,65;68,91;28,41;163,82;26,12;170,32;-13,32;7,40;70,22;10,58;298,05;103,35;15,75;117,48;-3,05;212,61;8,88;75,80;355,19;68,81;98,87;418,17;52,08;384,29;14,88;13,11;250,37;347,21;4,12;46,15;148,83;84,91;-3,54;5,49;196,82;125,09;10,67;-5,09;235,70;260,68;-2,17;-7,64;109,68;227,11;26,32;10,78;291,88;1,71;0,47;2,07
6 713;age;30,55;69,45;-8,76;23,38;6,63;-4,80;355,80;237,42;35,04;299,90;19,70;213,52;0,40;-4,19;-0,96;118,65;106,44;68,14;27,25;164,70;26,40;169,97;-14,35;6,92;68,26;9,93;303,07;105,53;14,67;118,66;-4,90;212,39;7,17;73,38;360,52;68,51;93,09;425,54;47,73;389,49;12,71;10,34;253,50;352,12;3,74;45,83;147,81;85,23;-4,93;3,93;198,42;126,46;7,45;-7,28;235,89;265,98;-3,58;-9,14;109,62;228,44;24,36;10,95;292,74;1,67;0,48;2,12
6 646;opr;29,98;70,02;-9,02;20,91;3,45;-5,71;356,50;242,51;33,19;301,60;18,53;215,51;-1,02;-4,98;-1,73;120,60;106,12;67,21;25,97;165,67;26,75;169,50;-15,49;6,39;66,04;9,20;308,77;108,03;13,46;119,98;-6,94;212,00;5,28;70,65;366,55;68,12;86,62;434,01;42,88;395,39;10,30;7,25;257,02;357,65;3,33;45,42;146,62;85,61;-6,48;2,19;200,18;127,99;3,88;-9,69;235,97;272,05;-5,14;-10,80;109,48;229,86;22,20;11,16;293,60;1,62;0,48;2,17
6 487;mts;29,72;70,28;-9,11;19,84;2,07;-6,10;356,73;244,77;32,40;302,33;18,03;216,38;-1,64;-5,33;-2,06;121,46;105,96;66,77;25,42;166,08;26,92;169,26;-15,97;6,16;65,07;8,88;311,29;109,14;12,94;120,57;-7,82;211,78;4,46;69,46;369,21;67,93;83,80;437,79;40,77;398,00;9,24;5,91;258,57;360,08;3,15;45,22;146,08;85,77;-7,15;1,44;200,93;128,65;2,33;-10,74;235,95;274,75;-5,81;-11,52;109,40;230,45;21,27;11,26;293,94;1,59;0,48;2,20
6 581;sma;29,28;70,72;-9,25;17,99;-0,30;-6,76;357,01;248,71;31,08;303,58;17,18;217,86;-2,68;-5,91;-2,62;122,95;105,64;65,99;24,48;166,78;27,22;168,82;-16,79;5,77;63,38;8,34;315,66;111,08;12,04;121,57;-9,33;211,34;3,06;67,40;373,81;67,60;78,97;444,38;37,16;402,51;7,45;3,62;261,23;364,28;2,85;44,87;145,15;86,06;-8,29;0,15;202,21;129,78;-0,32;-12,52;235,85;279,46;-6,95;-12,73;109,22;231,43;19,69;11,45;294,46;1,56;0,49;2,25
6 465;amd;28,71;71,29;-9,38;15,58;-3,35;-7,62;357,14;253,94;29,41;305,17;16,10;219,79;-4,02;-6,64;-3,34;124,91;105,14;64,90;23,28;167,66;27,64;168,16;-17,83;5,25;61,16;7,62;321,42;113,65;10,87;122,89;-11,25;210,61;1,26;64,71;379,88;67,12;72,69;453,18;32,49;408,45;5,13;0,65;264,72;369,80;2,46;44,36;143,88;86,45;-9,75;-1,51;203,82;131,26;-3,74;-14,82;235,58;285,73;-8,42;-14,29;108,93;232,63;17,67;11,72;295,03;1,51;0,49;2,31
6 559;sho;27,96;72,04;-9,47;12,52;-7,23;-8,69;356,92;260,80;27,37;307,15;14,76;222,23;-5,70;-7,55;-4,24;127,47;104,37;63,38;21,78;168,76;28,22;167,19;-19,11;4,59;58,29;6,71;328,93;117,05;9,40;124,59;-13,66;209,45;-1,01;61,25;387,76;66,43;64,70;464,80;26,56;416,18;2,19;-3,09;269,22;376,93;1,96;43,64;142,20;86,97;-11,58;-3,60;205,82;133,12;-8,05;-17,70;234,98;293,99;-10,26;-16,25;108,45;234,02;15,14;12,09;295,57;1,44;0,50;2,39
6 561;sgr;27,77;72,23;-9,48;11,76;-8,18;-8,96;356,80;262,54;26,88;307,63;14,43;222,83;-6,11;-7,77;-4,46;128,11;104,16;62,98;21,41;169,02;28,37;166,92;-19,42;4,43;57,58;6,49;330,82;117,91;9,03;125,01;-14,26;209,11;-1,56;60,38;389,74;66,24;62,72;467,76;25,10;418,13;1,46;-4,02;270,34;378,71;1,84;43,44;141,77;87,10;-12,03;-4,12;206,31;133,59;-9,12;-18,41;234,78;296,08;-10,71;-16,72;108,31;234,34;14,52;12,19;295,67;1,43;0,51;2,41
6 452;cmi;27,34;72,66;-9,48;10,01;-10,38;-9,56;356,39;266,62;25,77;308,73;13,69;224,23;-7,05;-8,28;-4,96;129,61;103,62;62,02;20,56;169,63;28,73;166,26;-20,12;4,05;55,91;5,96;335,24;119,93;8,19;126,00;-15,61;208,26;-2,84;58,38;394,36;65,80;58,15;474,71;21,73;422,67;-0,20;-6,14;272,95;382,87;1,57;42,97;140,75;87,41;-13,06;-5,30;207,40;134,65;-11,55;-20,03;234,26;301,01;-11,73;-17,82;107,96;235,05;13,11;12,42;295,85;1,39;0,51;2,46
6 571;salb;26,68;73,32;-9,43;7,42;-13,61;-10,44;355,48;272,81;24,18;310,33;12,61;226,29;-8,42;-9,00;-5,69;131,87;102,72;60,49;19,33;170,49;29,28;165,17;-21,13;3,49;53,41;5,19;341,91;123,01;6,96;127,49;-17,57;206,81;-4,71;55,40;401,32;65,08;51,41;485,34;16,77;429,51;-2,65;-9,26;276,85;389,10;1,16;42,21;139,19;87,88;-14,56;-7,04;208,98;136,22;-15,13;-22,40;233,30;308,51;-13,23;-19,40;107,35;235,99;11,05;12,79;295,96;1,34;0,53;2,54
6 532;ksk;25,80;74,20;-9,28;4,06;-17,76;-11,55;353,68;281,20;22,20;312,35;11,25;228,96;-10,16;-9,90;-6,61;134,90;101,34;58,30;17,75;171,57;30,04;163,53;-22,37;2,76;50,10;4,18;350,85;127,18;5,36;129,45;-20,07;204,54;-7,10;51,47;410,62;64,03;42,64;499,82;10,37;438,67;-5,81;-13,27;282,02;397,38;0,65;41,09;137,04;88,53;-16,47;-9,27;210,93;138,25;-19,71;-25,42;231,65;318,69;-15,13;-21,41;106,38;237,02;8,44;13,30;295,81;1,26;0,54;2,65
6 733;ade;25,09;74,91;-9,08;1,43;-20,98;-12,40;351,74;288,07;20,71;313,88;10,22;231,05;-11,49;-10,58;-7,32;137,35;100,06;56,40;16,53;172,37;30,66;162,06;-23,30;2,19;47,45;3,38;358,11;130,62;4,11;131,03;-21,97;202,42;-8,94;48,36;418,14;63,10;35,78;511,78;5,39;446,09;-8,25;-16,38;286,15;404,03;0,25;40,10;135,25;89,07;-17,93;-10,99;212,39;139,85;-23,25;-27,74;230,03;327,08;-16,57;-22,94;105,46;237,66;6,43;13,73;295,45;1,21;0,56;2,73

Les écarts. Moyenne des écarts, en %, par rapport à la courbe théorique. Les queues. Les moyennes des codons.[modifier | modifier le wikicode]

  • Tableau partiel pour illustration. Pour repérer les queues, dans le tableau des calculs des écarts, il suffit de copier le format seul du tableau des courbes théoriques après avoir coloré le fond des cellules de queue. Les moyennes des codons sont celles calculées dans le tableau des diagrammes.
111 bactéries: Caractérisation des codons . Moyenne des écarts, moyenne des codons, queues,
aas KEGG %AT %GC tta ttg ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc tct tca agt tcg tcc agc
5710 zin 86,5 13,5 18 115 133 69 100 100 25 44 4 71 2 40 35 132 119 322
5760 crp 83,4 16,6 11 414 66 2 103 130 6 12 46 118 11 14 3 774 136 188
5864 hcr 77,5 22,5 6 32 70 56 100 44 6 31 7 0 4 28 49 112 1920 27
6157 mcac 76,3 23,7 20 29 62 1 100 100 12 48 14 45 28 21 42 76 100 26
6041 ssdc 75,8 24,2 24 35 39 69 102 45 16 23 6 58 31 8 32 152 166 29
6132 sbw 74,9 25,1 7 50 33 35 121 14 2 70 4 46 25 22 20 89 82 50
5709 uur 74,5 25,5 17 23 65 4 103 72 12 29 10 34 60 53 31 103 24 46
6361 ple 73,8 26,2 14 42 62 2 129 47 2 14 3 72 22 17 22 74 12 15
6600 smf 73,7 26,3 4 70 10 29 119 100 9 17 22 9 13 23 2 12 79 24
6345 fnc 72,9 27,1 6 9 4 6 113 73 9 19 29 8 3 22 23 43 65 31
6697 bfl 72,6 27,4 25 49 62 51 148 44 26 26 6 76 32 11 4 87 51 49
6334 cbl 71,7 28,3 5 57 14 20 122 86 14 12 22 22 2 4 18 71 12 34
6762 rip 71,5 28,5 22 26 39 20 355 118 5 19 6 101 69 2 30 224 223 39
6715 rpr 71,0 29,0 1 49 4 24 417 53 19 3 1 2 7 8 21 81 5 70
6569 pub 70,3 29,7 7 38 10 32 971 77 14 9 11 13 0 46 13 8 31 3
6265 cad 70,1 29,9 14 66 13 122 5112 77 16 25 24 28 17 14 36 33 73 4
6706 cje 69,5 30,5 2 9 60 53 36 41 18 27 16 57 27 46 82 12 63 128
6431 pmh 68,9 31,1 2 3 10 45 29 19 11 8 15 16 30 40 28 32 7 9
__ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __ __
6490 din 43,9 56,1 85 72 20 80 38 9 7 4 80 11 46 12 108 60 49 19
5844 say 43,2 56,8 561 188 47 4 46 23 36 64 113 54 57 55 95 44 44 31
6773 bmf 42,8 57,2 87 36 50 62 10 14 48 22 7 10 46 24 60 73 9 36
6638 kpn 42,5 57,5 52 74 51 77 66 49 149 46 12 8 60 79 53 42 16 3
6820 aba 41,6 58,4 48 18 34 32 42 80 2 29 48 24 54 12 32 31 32 15
6546 dba 41,4 58,6 51 11 29 60 7 11 2 16 45 10 38 14 40 29 40 23
6472 synd 40,9 59,1 100 1 20 78 26 16 14 12 65 11 64 44 144 30 17 62
6745 pgd 40,4 59,6 86 48 30 25 22 48 57 18 79 13 37 0 47 17 15 40
6549 pac 40,0 60,0 17 42 30 63 27 5 41 6 10 3 43 41 6 23 10 48
6780 bla 39,5 60,5 80 4 49 74 22 34 56 2 82 21 82 40 12 33 12 17
6795 ret 38,7 61,3 100 52 13 51 10 14 41 18 28 8 52 33 76 70 6 41
6566 sus 38,1 61,9 143 38 34 19 3 18 14 23 14 10 68 55 11 22 42 19
6672 saci 37,7 62,3 364 54 8 50 42 84 7 8 59 5 76 39 7 33 52 58
6805 smk 37,3 62,7 327 59 58 46 33 25 49 13 45 18 56 21 59 76 13 44
6720 dvl 37,0 63,0 187 74 44 55 23 60 67 19 78 17 37 47 34 32 15 12
6859 ddr 36,6 63,4 256 72 53 50 41 53 27 10 1 2 50 176 167 51 33 114
6582 tai 36,2 63,8 371 6 105 257 3 14 85 7 32 5 32 22 19 46 98 29
7021 gau 35,7 64,3 128 85 57 13 16 23 80 3 10 3 11 275 203 40 45 34
6764 xcb 35,0 65,0 122 19 79 66 49 64 67 0 46 2 54 100 88 18 35 34
6688 rru 34,6 65,4 157 60 113 47 11 59 42 2 29 5 82 54 40 26 39 5
6845 dpt 33,8 66,2 100 44 74 959 49 67 48 25 90 21 16 426 229 22 29 103
6664 pae 33,4 66,6 100 37 83 18171 44 45 38 14 96 9 88 1451 7 22 8 40
6576 roa 32,6 67,4 100 17 57 100 6 8 88 2 100 1 14 193 307 35 3 16
7207 bmv 31,9 68,1 111 19 37 201 17 14 52 7 35 2 76 260 226 69 80 34
6617 tos 31,4 68,6 220 16 494 867 19 44 53 9 124 10 63 134 100 81 18 1
7209 vin 31,1 68,9 100 86 25 214 44 70 88 15 78 9 440 153 437 15 3 9
6713 age 30,6 69,4 100 54 71 100 5 25 92 49 95 6 1619 100 708 23 1 37
6646 opr 30,0 70,0 100 27 499 117 4 19 47 0 47 3 196 120 157 30 63 48
6487 mts 29,7 70,3 100 49 437 133 24 33 53 6 100 7 285 157 247 42 39 13
6581 sma 29,3 70,7 100 72 3805 100 5 16 97 2 94 6 211 134 138 1 35 35
6465 amd 28,7 71,3 100 28 311 113 12 25 90 17 94 2 176 146 161 26 17 38
6559 sho 28,0 72,0 100 60 252 100 8 28 100 4 73 0 100 113 100 23 45 29
6561 sgr 27,8 72,2 100 83 185 100 3 20 96 2 86 2 133 113 145 11 40 46
6452 cmi 27,3 72,7 100 49 110 111 33 45 100 20 100 4 100 100 100 10 9 73
6571 salb 26,7 73,3 100 73 129 100 0 12 100 7 92 0 112 100 118 12 40 36
6532 ksk 25,8 74,2 100 48 117 100 13 29 100 17 91 5 110 100 100 0 36 24
6733 ade 25,1 74,9 100 36 114 100 16 6 81 15 100 5 100 100 100 6 15 3
Total sans queue 3601 4547 4752 4168 3618 4358 3137 2959 2870 2430 3384 3477 4121 4601 3941 4159
bactéries sans queue 76 106 101 91 95 99 103 111 99 111 92 92 95 107 107 111
écart (moyenne) 47 43 47 46 38 44 30 27 29 22 37 38 43 43 37 37
queue 35 5 10 20 16 12 8 0 12 0 19 19 16 4 4 0
Moyenne du codon 120 81 97 30 180 104 247 202 123 125 69 50 38 58 66 55
codon tta ttg ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc tct tca agt tcg tcc agc


  • Totalité du tableau à copier dans un tableur. Largeur de colonne 1.3 cm.
aas;KEGG;%AT;%GC;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga
5 710;zin;86,46;13,54;18,39;115,30;132,97;68,58;100,00;100,00;25,49;43,52;3,79;70,51;1,72;39,51;35,06;132,48;118,58;322,02;0,70;1,71;13,64;10,90;37,00;100,00;109,51;100,00;100,00;100,00;22,51;70,34;45,27;115,24;46,97;87,91;111,62;3,13;11,86;100,00;34,50;14,94;25,08;2,11;118,05;104,05;12,45;169,87;6,02;89,88;28,04;44,92;100,00;133,27;27,53;27,02;103,49;100,00;29,82;36,06;122,24;100,00;16,05;32,29;176,12;55,68;100,00;100,00
5 760;crp;83,44;16,56;11,41;414,28;65,51;2,05;102,75;130,05;6,13;12,48;46,49;117,64;11,01;13,81;3,00;773,78;136,01;188,13;0,78;168,26;2,71;154,28;37,92;63,24;184,87;116,25;100,00;100,00;22,49;64,83;43,25;120,17;9,79;30,33;128,14;49,92;25,36;88,31;31,73;42,44;51,08;50,70;173,84;109,01;51,38;475,34;25,58;25,85;32,26;39,62;123,06;118,19;5,24;27,63;120,38;100,00;30,76;33,46;436,24;121,50;16,00;0,48;2456,53;0,00;100,00;308,33
5 864;hcr;77,47;22,53;6,35;31,75;70,12;55,79;100,00;43,50;5,51;30,58;6,58;0,37;4,39;27,73;49,22;112,08;1919,83;26,75;0,43;37,31;11,97;43,92;8,91;55,15;17,91;91,35;145,23;1011,92;5,55;64,70;27,14;265,69;8,45;20,13;714,69;26,20;12,29;62,45;19,44;69,42;19,94;29,27;198,93;174,48;54,53;40,63;18,19;97,74;18,88;11,53;185,51;118,30;20,58;23,17;140,89;68,23;52,80;24,27;74,56;159,57;39,41;50,85;156,80;4,06;94,42;100,00
6 157;mcac;76,34;23,66;19,96;29,21;62,39;1,17;100,00;100,00;12,15;48,50;14,15;45,17;27,58;20,63;42,19;76,15;100,00;25,90;3,02;47,95;1,90;32,56;0,35;74,87;6,01;86,62;144,80;100,00;21,32;2,81;52,76;43,71;3,55;3,67;119,68;60,24;11,08;73,76;29,26;13,25;25,30;38,64;51,28;280,38;41,60;36,06;2,24;95,83;13,88;29,43;167,81;100,00;52,05;31,87;434,49;74,21;65,18;31,68;90,53;202,61;36,81;76,13;18,72;31,48;175,82;100,00
6 041;ssdc;75,76;24,24;24,05;35,00;38,91;68,82;102,33;45,32;16,14;22,56;6,18;57,83;31,46;8,39;31,68;152,13;166,29;29,32;6,51;71,70;4,10;65,04;32,86;107,10;150,97;43,71;250,37;75,96;31,24;79,91;4,21;103,45;13,48;26,87;307,50;45,86;14,25;30,79;2,28;55,15;8,83;2,40;385,24;603,94;30,86;157,53;18,21;25,42;25,93;9,88;711,54;258,24;6,89;6,60;3425,83;26,98;7,80;16,81;4,77;567,62;24,67;20,50;30,76;39,73;100,00;100,00
6 132;sbw;74,93;25,07;7,00;49,72;32,74;35,23;121,07;14,50;2,36;70,14;4,34;45,68;24,69;21,70;19,51;89,24;82,14;50,45;6,91;47,31;14,19;18,07;36,57;40,75;127,29;61,24;369,55;138,30;34,72;48,68;15,64;14,97;4,58;7,36;191,73;18,53;1,86;70,14;4,92;33,06;11,05;9,20;40,86;525,35;16,62;79,21;13,11;35,07;9,51;11,29;2581,37;686,18;1,41;3,14;323,87;13,73;2,34;21,92;55,38;900,67;13,81;16,03;6,75;31,09;83,82;66,65
5 709;uur;74,50;25,50;16,83;22,50;65,33;3,82;103,07;72,31;12,11;28,57;9,97;34,05;59,58;53,02;31,37;103,27;23,55;46,48;2,36;20,24;10,60;8,77;76,75;52,59;86,63;83,01;477,97;9,29;15,62;7,01;41,26;0,58;33,47;2,98;205,16;37,02;0,37;51,39;18,08;6,97;5,74;8,86;125,36;2250,62;32,27;95,23;5,06;91,43;7,88;15,12;669,82;842,26;25,83;37,10;344,38;34,09;29,19;34,13;11,37;11698,73;50,12;82,21;49,90;1,23;97,35;100,00
6 361;ple;73,83;26,17;13,76;41,52;62,35;1,67;128,80;46,50;2,34;14,26;3,22;72,15;22,15;17,18;21,98;74,21;12,03;15,11;0,23;14,92;12,66;31,12;10,67;16,05;9,53;47,06;679,81;651,84;5,38;4,29;4,15;1,73;14,98;13,73;246,87;17,76;23,60;39,14;23,00;3,76;12,95;28,98;6,91;179,85;97,43;34,56;2,98;49,49;15,83;6,08;463,93;104328,75;12,34;8,98;260,41;15,21;16,15;33,79;32,66;399,67;20,03;69,78;20,17;33,40;77,13;59,06
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6 617;tos;31,45;68,55;220,19;16,17;493,65;866,72;19,24;43,98;53,22;8,59;124,48;10,13;63,00;134,29;100,00;81,17;17,74;1,18;79,74;31,66;88,54;29,77;107,91;74,47;91,72;391,78;14,56;127,72;52,24;1,03;588,85;16,24;51,45;85,98;36,58;275,70;47,29;52,31;74,99;18,55;94,02;67,51;40,93;27,65;100,00;25,29;13,32;1,71;180,50;151,62;72,67;164,93;13,05;186,90;52,59;42,16;283,05;100,00;52,18;10,24;46,67;44,33;17,39;13,57;528,41;51,20
7 209;vin;31,06;68,94;100,00;85,80;24,51;213,98;44,46;69,65;87,64;15,11;78,13;8,99;439,72;152,60;437,48;14,99;2,88;9,03;55,23;14,59;89,56;0,25;113,64;84,29;49,54;37,44;11,30;66,15;48,09;3,63;249,11;7,27;196,71;25,69;0,24;8,26;64,16;21,23;22,12;10,16;46,53;135,63;5,60;12,60;55,87;10,25;12,10;12,26;125,70;214,48;14,60;22,75;36,28;135,67;7,93;1,02;309,41;135,70;14,31;12,79;75,84;100,00;13,30;46,85;91,52;75,95
6 713;age;30,55;69,45;100,00;54,10;70,58;100,00;5,40;25,34;91,65;49,33;95,05;5,56;1618,92;100,00;707,71;22,70;0,83;37,46;85,68;10,78;74,13;3,90;100,00;43,63;58,55;17,93;1,73;13,09;33,48;0,51;179,70;0,14;117,66;25,54;0,95;11,70;72,75;26,10;12,43;13,83;61,62;13,26;6,86;10,22;73,94;17,10;11,55;21,02;159,34;73,90;25,26;28,07;47,63;113,41;38,14;29,57;154,51;110,68;36,18;27,39;59,95;100,00;12,65;100,00;308,69;84,46
6 646;opr;29,98;70,02;100,00;27,24;499,47;117,27;4,08;18,66;46,55;0,01;46,81;3,35;196,32;119,77;157,01;29,72;62,85;48,11;88,62;30,28;88,95;13,95;112,73;7,52;62,70;57,16;29,90;4,21;85,36;7,60;156,79;10,28;30,68;73,50;1,09;50,47;2,16;23,98;72,42;0,30;32,99;8,73;26,77;15,18;100,00;21,88;9,93;10,51;130,42;259,71;36,00;65,55;154,11;171,17;18,61;13,42;119,18;109,13;34,29;9,54;68,93;82,34;6,02;38,98;309,09;36,00
6 487;mts;29,72;70,28;100,00;49,10;436,75;133,11;24,15;33,23;53,26;5,83;100,00;7,32;285,04;156,85;247,10;42,15;39,01;13,41;80,14;5,17;88,75;2,60;118,96;47,45;7,07;54,53;1,19;63,92;84,39;8,72;151,62;9,17;737,83;86,06;17,41;22,71;45,78;1,75;11,45;12,89;183,96;275,89;2,31;1,30;100,00;39,72;12,92;2,41;114,13;321,18;27,14;24,79;247,12;128,20;17,84;13,18;152,14;117,54;51,36;9,31;100,00;100,00;5,80;26,74;100,00;83,57
6 581;sma;29,28;70,72;100,00;72,33;3804,52;100,00;4,82;16,37;96,80;1,96;94,21;5,53;211,39;133,70;137,98;1,24;34,73;35,15;59,35;1,45;85,38;7,88;105,93;13,70;33,48;64,18;13,93;31,90;100,00;8,06;132,02;3,60;517,75;72,77;5,22;60,25;60,93;12,20;78,57;6,57;46,96;312,73;11,25;9,84;4,87;17,93;2,85;13,33;112,01;1860,86;8,77;21,02;4440,33;155,63;29,95;20,73;200,19;139,08;36,68;4,10;84,84;100,00;4,35;27,95;103,83;32,93
6 465;amd;28,71;71,29;100,00;28,49;311,42;113,29;11,76;25,00;89,67;17,34;93,71;2,28;175,61;145,75;160,68;25,71;17,13;37,56;78,24;11,78;96,33;9,04;100,00;3,51;50,31;100,00;12,38;54,21;90,68;19,54;100,00;1,98;623,07;2,93;0,01;23,78;29,61;14,60;43,87;9,13;156,86;1913,32;28,97;16,44;23,76;24,64;10,58;6,64;120,78;100,00;32,21;50,60;289,70;113,67;24,31;24,45;196,26;107,09;36,71;8,98;82,80;100,00;7,63;100,00;104,78;119,48
6 559;sho;27,96;72,04;100,00;60,13;251,99;100,00;7,99;28,40;100,00;4,09;72,93;0,20;100,00;113,22;100,00;23,23;45,42;29,11;90,83;8,28;96,46;9,30;100,00;8,75;14,77;25,62;16,21;11,27;100,00;9,80;121,92;1,08;795,49;48,37;1,46;60,92;70,68;9,57;84,96;4,37;265,02;551,88;8,75;4,38;52,51;10,75;6,74;11,38;100,00;127,72;7,22;19,74;186,80;105,64;27,33;12,43;168,15;118,44;6,08;17,77;86,81;100,00;1,35;107,54;97,91;16,46
6 561;sgr;27,77;72,23;100,00;83,03;185,40;100,00;3,24;20,15;96,29;2,00;86,16;1,69;132,69;112,84;144,79;11,17;39,93;46,11;76,68;1,58;78,89;13,63;105,14;12,73;10,97;7,74;19,73;7,72;77,90;7,00;107,00;1,68;994,65;33,92;6,51;18,62;55,43;3,29;64,21;4,81;309,36;398,12;1,41;4,32;62,44;10,38;10,55;10,03;100,00;148,47;1,13;11,07;176,66;127,11;33,67;24,07;118,65;117,91;23,50;7,78;72,50;91,81;5,13;100,00;293,55;65,57
6 452;cmi;27,34;72,66;100,00;49,31;109,78;110,62;32,78;45,06;100,00;19,77;100,00;4,02;100,00;100,00;100,00;9,93;8,74;73,50;100,00;12,03;92,93;7,19;105,05;0,26;63,68;36,19;20,82;25,51;75,22;2,52;106,50;9,67;815,09;40,88;0,90;17,25;93,02;3,29;53,29;11,92;6073,05;314,85;16,04;21,25;100,00;40,94;6,24;6,85;107,77;214,85;17,28;10,07;100,00;110,13;19,40;7,58;134,61;111,40;68,31;20,10;100,00;91,83;4,65;27,03;97,45;64,94
6 571;salb;26,68;73,32;100,00;73,15;129,30;100,00;0,46;11,95;100,00;7,50;92,09;0,43;111,84;100,00;117,52;12,32;39,73;35,74;100,00;5,23;93,19;12,25;100,00;42,76;6,68;61,57;16,04;1,95;57,01;3,20;105,67;4,58;248,22;49,34;4,38;31,08;76,73;5,56;82,17;4,89;475,59;196,87;21,15;4,00;242,77;10,26;7,42;10,02;100,00;170,80;2,22;17,32;119,77;108,90;45,74;25,36;107,53;110,27;28,50;31,36;81,96;100,00;3,00;100,00;100,00;135,55
6 532;ksk;25,80;74,20;100,00;48,01;116,94;100,00;13,40;28,68;100,00;16,86;91,09;5,40;109,87;100,00;100,00;0,40;35,56;24,32;100,00;9,87;96,66;10,37;100,00;63,72;49,96;20,02;7,40;7,76;81,29;4,57;105,00;0,98;156,52;8,45;4,27;57,72;55,32;1,50;80,67;0,57;134,53;122,67;29,25;18,34;519,97;2,39;7,56;13,26;112,17;110,82;15,99;28,92;110,17;100,00;32,48;16,41;106,63;104,68;62,30;38,76;76,23;100,00;5,09;100,00;84,71;89,52
6 733;ade;25,09;74,91;100,00;35,68;113,91;100,00;15,93;6,03;81,21;15,29;100,00;4,85;100,00;100,00;100,00;5,81;15,42;3,41;94,11;3,50;93,65;3,84;104,17;100,00;91,80;13,71;2,41;3,52;100,00;3,20;100,00;4,85;143,54;87,93;0,73;37,21;91,84;4,92;134,73;13,65;111,78;117,82;30,54;22,47;290,41;23,71;2,90;14,81;105,42;135,42;26,87;44,35;104,18;100,00;47,17;37,54;100,00;100,00;7,76;22,23;84,88;92,91;9,97;100,00;248,20;42,30
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;Total sans queue;;;3601;4547;4752;4168;3618;4358;3137;2959;2870;2430;3384;3477;4121;4601;3941;4159;2198;2815;3320;2277;5082;7334;5664;9294;2616;5080;3004;2198;3482;2887;4296;3372;4690;4704;2954;3341;2599;2228;3166;3049;3721;2874;3400;3876;1145;1003;3633;3266;4154;6352;2858;4431;4163;3375;3649;3533;4014;3093;3104;6410;2827;4663;14289;11587
;bactéries sans queue;;;76;106;101;91;95;99;103;111;99;111;92;92;95;107;107;111;100;111;96;111;80;111;111;101;92;91;101;111;97;111;102;111;111;111;111;111;111;111;105;102;106;102;92;106;111;104;92;103;103;102;103;98;106;107;97;93;107;103;102;80;109;111;111;111
;écart (moyenne);;;47;43;47;46;38;44;30;27;29;22;37;38;43;43;37;37;22;25;35;21;64;66;51;92;28;56;30;20;36;26;42;30;42;42;27;30;23;20;30;30;35;28;37;37;10;10;39;32;40;62;28;45;39;32;38;38;38;30;30;80;26;42;129;104
;queue ;;;35;5;10;20;16;12;8;0;12;0;19;19;16;4;4;0;11;0;15;0;31;0;0;10;19;20;10;0;14;0;9;0;0;0;0;0;0;0;6;9;5;9;19;5;0;7;19;8;8;9;8;13;5;4;14;18;4;8;9;31;2;−;−;−
;Moyenne du codon;;;120;81;97;30;180;104;247;202;123;125;69;50;38;58;66;55;116;107;133;128;60;20;103;24;132;44;59;70;89;132;88;142;169;54;296;226;217;202;91;108;126;164;27;31;154;71;58;65;101;61;132;84;137;118;68;65;71;121;168;84;181;3;1;2
;codon;;;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga

Les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]

  • Les valeurs présentées ici sont les coefficients de corrélation X 100. La corrélation entre 2 codons est celle de 2 colonnes du tableau des diagrammes normalisé. Pour obtenir les valeurs absolues il suffit de copier ce tableau (largeur de colonne 1.3 cm) et de remplacer le moins (-) par rien. Pour extraire le maximum d'une colonne il suffit de remplacer 100 par rien (format sans décimales et option de recherche 'cellule entière').
  • Légende:
  1. moyenne : moyenne des corrélations en valeurs absolues d'un codon.
  2. >74 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un codon supérieures à 0.74.
  3. >79 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un codon supérieures à 0.79.
  4. max : corrélation maximum parmi les valeurs absolues des corrélations d'un codon.
;;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;
;tta;100.00;8.50;12.70;53.92;-73.34;-64.25;84.42;-71.83;84.81;-82.42;70.92;81.48;77.95;-60.75;-72.21;-64.87;90.06;-79.22;90.98;-81.58;60.60;21.26;-8.03;-8.01;-69.89;-43.60;67.01;-79.76;81.31;-86.50;58.82;25.54;-74.15;-29.50;51.11;-69.35;66.34;-78.21;47.47;49.60;-65.94;-70.97;71.16;-69.97;-40.91;-61.98;62.30;57.64;-70.31;-55.36;55.80;57.45;-71.46;-64.69;74.79;66.81;-59.61;-76.32;84.97;62.14;-78.86;45.00;4.02;-46.08;tta
;ttg;8.50;100.00;31.08;26.41;-42.83;-39.91;10.81;-23.50;18.77;-29.16;33.49;18.62;25.67;-24.92;-21.06;-9.40;22.87;-27.03;8.91;-20.36;3.20;46.30;30.03;12.58;-38.74;-12.52;46.86;-33.08;46.06;-36.14;22.81;36.90;-40.92;8.93;31.61;-30.04;45.68;-38.49;36.03;52.10;-31.52;-33.19;27.72;-14.66;16.12;5.87;31.15;49.26;-29.40;-27.73;39.92;29.39;-18.52;-32.01;30.44;25.11;1.53;-34.16;25.09;-3.83;-23.18;17.68;7.80;-27.55;ttg
;ctt;12.70;31.08;100.00;41.18;-58.20;-39.48;34.68;-22.90;40.65;-48.70;44.12;41.56;40.48;-50.61;-29.01;-8.56;33.18;-30.01;19.26;-35.39;48.52;20.28;-0.61;37.13;-57.29;-40.44;44.98;-46.41;31.31;-41.46;62.02;25.01;-56.34;-11.43;57.65;-37.20;52.42;-51.90;63.50;54.25;-54.28;-52.41;33.52;-22.24;-2.54;-19.46;45.92;68.72;-53.03;-32.86;65.18;49.40;-46.82;-49.78;43.34;61.44;-35.34;-56.30;32.41;27.58;-49.31;22.39;12.50;-33.67;ctt
;cta;53.92;26.41;41.18;100.00;-66.25;-55.10;45.72;-41.12;52.05;-61.63;59.11;61.64;68.33;-55.70;-56.67;-39.06;53.50;-51.19;41.05;-49.94;58.10;25.77;4.49;19.67;-67.99;-43.71;54.42;-57.59;64.90;-66.63;56.23;43.13;-68.69;-16.03;55.48;-45.64;65.56;-64.23;61.00;63.55;-58.84;-64.66;60.10;-56.15;-13.09;-28.57;67.81;64.08;-65.46;-46.55;64.43;68.51;-57.43;-59.77;64.73;67.45;-46.21;-66.32;47.28;40.92;-61.82;36.77;9.23;-45.09;cta
;ctg;-73.34;-42.83;-58.20;-66.25;100.00;47.57;-67.84;49.34;-72.97;73.92;-69.56;-76.22;-76.16;55.71;68.47;56.70;-74.95;66.36;-69.12;73.49;-66.37;-38.30;10.90;-16.51;77.49;43.90;-70.05;75.62;-79.19;89.57;-75.88;-29.12;83.17;22.37;-59.29;59.34;-71.82;77.57;-64.30;-66.05;74.13;76.01;-67.06;62.39;34.55;44.29;-68.94;-77.43;79.31;50.39;-70.34;-64.56;74.83;61.84;-74.08;-79.19;42.92;87.67;-70.42;-54.75;75.05;-32.95;-18.71;44.95;ctg
;ctc;-64.25;-39.91;-39.48;-55.10;47.57;100.00;-68.68;74.24;-70.31;79.79;-71.27;-66.85;-65.93;72.37;56.13;39.42;-76.56;73.08;-61.75;58.26;-45.71;-17.71;-30.46;3.47;72.60;59.38;-74.63;78.58;-70.19;65.20;-49.26;-56.02;70.26;34.25;-70.54;78.28;-80.77;79.40;-67.48;-69.56;63.86;71.78;-62.37;51.87;-10.20;44.94;-65.51;-71.03;57.75;72.53;-72.74;-67.93;62.33;78.17;-72.21;-64.93;61.26;63.98;-72.09;-38.96;70.62;-59.42;9.63;58.89;ctc
;aaa;84.42;10.81;34.68;45.72;-67.84;-68.68;100.00;-78.31;92.94;-84.30;73.28;77.65;72.26;-69.84;-68.17;-52.17;91.32;-74.08;91.53;-71.47;67.42;13.88;-5.93;-0.35;-78.36;-58.06;61.16;-81.71;66.75;-81.54;63.55;30.92;-79.50;-38.10;60.36;-75.54;64.95;-83.56;54.67;45.76;-67.74;-78.57;72.70;-64.71;-39.08;-70.04;58.84;62.01;-69.57;-61.14;62.22;61.00;-74.90;-74.92;67.18;70.33;-64.20;-77.03;83.00;71.22;-76.28;49.30;-0.93;-49.08;aaa
;aag;-71.83;-23.50;-22.90;-41.12;49.34;74.24;-78.31;100.00;-72.63;79.66;-69.49;-67.97;-64.98;61.76;59.31;46.49;-76.72;76.67;-69.80;67.57;-40.21;-27.64;-31.22;24.12;64.91;44.26;-68.56;73.04;-73.86;67.95;-43.40;-46.48;67.80;22.02;-61.72;76.27;-68.38;73.13;-59.05;-54.10;48.76;70.39;-61.88;68.63;8.36;43.93;-61.47;-57.30;51.57;66.53;-60.27;-55.33;61.94;63.88;-66.99;-63.19;52.53;62.84;-77.44;-34.09;66.07;-52.09;10.79;47.70;aag
;ttt;84.81;18.77;40.65;52.05;-72.97;-70.31;92.94;-72.63;100.00;-90.20;76.79;78.92;76.90;-69.27;-67.58;-52.90;91.45;-75.52;90.54;-77.48;63.56;23.12;-7.50;7.92;-79.17;-51.66;68.16;-82.99;69.17;-81.60;64.94;26.96;-81.99;-27.80;55.43;-73.11;67.76;-86.59;56.82;50.11;-72.50;-77.37;80.18;-60.51;-39.95;-63.18;58.89;66.61;-75.74;-55.53;63.34;59.26;-72.05;-75.42;68.54;69.33;-62.60;-78.89;87.33;69.68;-82.53;44.09;4.37;-46.50;ttt
;ttc;-82.42;-29.16;-48.70;-61.63;73.92;79.79;-84.30;79.66;-90.20;100.00;-78.17;-79.39;-83.40;76.25;69.59;50.40;-88.73;81.67;-78.58;81.96;-64.59;-32.48;-5.89;-10.40;84.93;52.33;-79.27;86.64;-81.36;82.61;-67.74;-41.70;86.71;20.50;-70.65;78.31;-82.88;91.28;-72.99;-66.12;73.33;83.39;-79.25;67.35;23.36;55.41;-70.29;-78.50;77.80;61.70;-75.70;-71.71;72.15;81.59;-77.65;-76.46;63.77;81.31;-84.59;-59.62;88.54;-49.05;-5.97;54.12;ttc
;tct;70.92;33.49;44.12;59.11;-69.56;-71.27;73.28;-69.49;76.79;-78.17;100.00;69.54;63.92;-71.59;-56.34;-57.89;74.78;-70.41;68.61;-68.84;60.32;33.65;17.74;3.56;-77.94;-58.45;73.92;-77.53;70.18;-73.08;69.13;41.60;-81.74;-26.18;61.86;-71.51;74.91;-83.42;67.42;71.24;-67.17;-83.37;82.11;-59.58;-14.94;-39.61;69.53;82.34;-71.96;-66.25;73.01;67.36;-70.05;-74.46;78.77;69.21;-59.61;-78.55;75.33;49.46;-73.46;42.45;-1.78;-45.22;tct
;tca;81.48;18.62;41.56;61.64;-76.22;-66.85;77.65;-67.97;78.92;-79.39;69.54;100.00;74.84;-67.40;-74.27;-58.98;81.44;-73.08;78.67;-70.52;67.79;16.28;-1.13;0.20;-76.48;-53.00;66.42;-77.58;79.46;-83.35;66.94;37.79;-79.27;-37.13;63.82;-73.57;74.70;-79.02;65.37;57.82;-71.65;-76.23;62.36;-71.22;-28.47;-61.52;74.31;66.80;-73.91;-61.79;74.35;58.08;-74.94;-69.96;77.20;82.27;-61.26;-81.29;81.65;53.64;-78.08;46.48;7.90;-52.03;tca
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;tcg;-60.75;-24.92;-50.61;-55.70;55.71;72.37;-69.84;61.76;-69.27;76.25;-71.59;-67.40;-65.14;100.00;41.66;30.53;-65.50;51.69;-57.52;55.84;-56.76;-13.72;-15.14;-17.17;80.13;51.96;-56.24;65.01;-62.70;64.93;-59.93;-47.76;79.07;16.10;-68.01;62.03;-69.87;76.56;-68.96;-67.32;73.13;74.75;-61.36;55.84;14.03;46.24;-72.12;-73.45;77.63;48.63;-75.13;-68.03;59.28;80.94;-72.96;-69.30;70.88;66.99;-66.41;-46.67;72.88;-53.93;-5.05;60.32;tcg
;tcc;-72.21;-21.06;-29.01;-56.67;68.47;56.13;-68.17;59.31;-67.58;69.59;-56.34;-74.27;-69.72;41.66;100.00;39.06;-74.35;64.91;-66.36;63.64;-55.63;-14.61;-1.93;15.84;55.40;49.88;-60.77;69.51;-71.58;74.57;-50.96;-33.04;63.95;35.93;-60.48;67.70;-66.48;71.38;-55.75;-51.64;49.89;65.93;-56.47;65.28;26.12;51.50;-59.98;-57.87;57.84;58.42;-57.04;-58.53;59.19;65.13;-68.15;-66.14;39.62;75.92;-67.16;-43.81;61.61;-44.89;4.66;43.96;tcc
;agc;-64.87;-9.40;-8.56;-39.06;56.70;39.42;-52.17;46.49;-52.90;50.40;-57.89;-58.98;-43.90;30.53;39.06;100.00;-59.33;55.16;-57.70;52.10;-43.73;-16.93;-5.34;11.08;51.79;29.35;-47.10;51.78;-55.62;61.70;-42.93;-27.74;53.84;26.05;-37.97;49.55;-48.29;52.85;-41.18;-39.72;37.15;55.80;-52.10;61.53;18.57;33.45;-53.50;-40.90;39.65;53.61;-48.97;-38.91;59.92;33.94;-53.61;-50.20;31.26;54.43;-58.25;-35.20;53.08;-21.11;-7.55;23.10;agc
;tat;90.06;22.87;33.18;53.50;-74.95;-76.56;91.32;-76.72;91.45;-88.73;74.78;81.44;81.44;-65.50;-74.35;-59.33;100.00;-88.25;92.05;-82.38;64.36;24.59;0.13;-3.76;-79.30;-56.15;78.31;-92.36;77.90;-86.11;65.32;33.75;-82.46;-32.72;63.13;-78.75;78.80;-90.21;59.64;55.52;-73.36;-78.74;75.55;-66.13;-25.94;-69.10;62.28;68.20;-70.74;-66.02;65.52;67.80;-76.77;-76.49;73.12;74.52;-61.19;-81.97;85.57;66.91;-79.38;48.72;3.89;-52.04;tat
;tac;-79.22;-27.03;-30.01;-51.19;66.36;73.08;-74.08;76.67;-75.52;81.67;-70.41;-73.08;-74.24;51.69;64.91;55.16;-88.25;100.00;-76.89;82.94;-52.30;-33.80;-10.82;13.67;67.25;46.31;-85.27;91.59;-76.88;75.66;-54.05;-34.04;69.69;24.20;-60.30;74.98;-82.59;84.38;-57.82;-57.82;60.52;68.27;-66.74;55.94;8.10;55.50;-57.70;-63.93;56.88;65.57;-63.01;-57.56;69.47;64.01;-68.52;-66.32;51.05;72.78;-76.69;-45.19;66.42;-47.62;2.15;50.63;tac
;aat;90.98;8.91;19.26;41.05;-69.12;-61.75;91.53;-69.80;90.54;-78.58;68.61;78.67;72.80;-57.52;-66.36;-57.70;92.05;-76.89;100.00;-80.05;59.10;14.72;-12.90;-6.36;-67.57;-47.79;62.04;-80.73;68.34;-80.73;56.06;20.16;-72.13;-34.63;43.46;-68.60;61.19;-78.16;44.08;39.58;-66.58;-68.47;68.60;-61.05;-46.46;-71.53;53.09;53.96;-66.29;-54.72;49.65;49.61;-69.13;-64.77;65.94;62.75;-60.07;-73.42;84.85;69.32;-74.43;40.84;2.06;-40.76;aat
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;acc;-76.32;-34.16;-56.30;-66.32;87.67;63.98;-77.03;62.84;-78.89;81.31;-78.55;-81.29;-77.91;66.99;75.92;54.43;-81.97;72.78;-73.42;76.87;-70.13;-29.63;0.29;-13.58;81.08;55.52;-76.71;84.34;-78.28;86.38;-76.62;-34.08;85.62;25.20;-70.61;71.80;-80.23;87.34;-71.99;-67.92;66.58;89.03;-71.17;64.86;29.62;54.42;-72.27;-79.18;74.34;65.49;-75.89;-73.58;71.06;78.40;-78.58;-85.32;41.94;100.00;-76.99;-58.20;81.63;-41.96;-8.70;48.70;acc
;att;84.97;25.09;32.41;47.28;-70.42;-72.09;83.00;-77.44;87.33;-84.59;75.33;81.65;72.24;-66.41;-67.16;-58.25;85.57;-76.69;84.85;-74.20;45.53;33.84;15.32;-13.37;-72.85;-50.66;72.96;-79.84;82.56;-78.69;56.74;38.43;-78.79;-30.90;60.01;-79.09;74.70;-83.89;60.07;62.12;-68.68;-76.89;67.39;-63.95;-30.32;-65.69;67.32;66.92;-70.35;-61.79;69.71;53.52;-70.55;-74.13;75.15;69.86;-57.86;-76.99;100.00;37.84;-75.43;51.61;-1.72;-51.44;att
;ata;62.14;-3.83;27.58;40.92;-54.75;-38.96;71.22;-34.09;69.68;-59.62;49.46;53.64;54.38;-46.67;-43.81;-35.20;66.91;-45.19;69.32;-55.60;75.97;-4.81;-43.75;43.32;-61.85;-38.26;34.08;-58.23;30.36;-61.00;62.49;1.49;-59.63;-19.77;30.54;-38.33;35.14;-56.49;32.25;15.66;-56.95;-53.33;64.78;-37.76;-45.19;-40.02;32.01;42.77;-58.16;-27.30;33.33;51.52;-50.28;-50.94;41.00;50.68;-51.11;-58.20;37.84;100.00;-71.17;14.51;16.02;-20.95;ata
;atc;-78.86;-23.18;-49.31;-61.82;75.05;70.62;-76.28;66.07;-82.53;88.54;-73.46;-78.08;-76.98;72.88;61.61;53.08;-79.38;66.42;-74.43;78.48;-72.28;-21.26;11.08;-29.40;82.02;44.93;-65.54;76.09;-70.89;79.49;-75.46;-29.46;84.30;13.89;-63.44;66.15;-71.26;79.82;-67.25;-61.96;75.55;78.74;-72.66;62.49;35.07;43.78;-66.31;-76.59;80.15;48.90;-72.27;-70.35;64.94;76.69;-77.06;-76.19;63.07;81.63;-75.43;-71.17;100.00;-35.89;-16.16;44.34;atc
;taa;45.00;17.68;22.39;36.77;-32.95;-59.42;49.30;-52.09;44.09;-49.05;42.45;46.48;36.78;-53.93;-44.89;-21.11;48.72;-47.62;40.84;-31.64;17.60;-5.11;41.63;-14.50;-47.38;-44.30;44.03;-50.53;50.94;-43.83;19.01;52.88;-46.16;-25.71;58.25;-60.17;52.11;-51.81;44.00;47.29;-37.49;-49.90;33.08;-40.76;8.03;-37.93;54.42;44.59;-42.09;-47.90;50.81;48.28;-48.83;-53.11;51.84;42.81;-40.47;-41.96;51.61;14.51;-35.89;100.00;-48.15;-80.24;taa
;tag;4.02;7.80;12.50;9.23;-18.71;9.63;-0.93;10.79;4.37;-5.97;-1.78;7.90;10.18;-5.05;4.66;-7.55;3.89;2.15;2.06;-12.44;16.12;19.12;-33.42;28.41;-6.13;8.88;-1.48;0.44;6.23;-13.84;22.25;-23.30;-9.90;20.03;-2.97;11.08;0.73;-2.58;7.69;-0.73;-12.86;-4.18;3.35;2.80;-10.18;-6.34;-4.77;6.18;-15.48;18.99;3.54;-0.42;1.90;-1.53;-3.65;8.96;0.47;-8.70;-1.72;16.02;-16.16;-48.15;100.00;-11.17;tag
;tga;-46.08;-27.55;-33.67;-45.09;44.95;58.89;-49.08;47.70;-46.50;54.12;-45.22;-52.03;-44.03;60.32;43.96;23.10;-52.04;50.63;-40.76;38.85;-26.65;-7.50;-27.98;0.29;52.72;44.10;-47.06;54.02;-57.04;53.23;-32.21;-45.02;54.01;15.47;-62.47;57.89;-58.58;57.50;-54.69;-52.76;47.27;55.56;-37.10;37.11;-10.15;43.44;-54.86;-53.80;53.96;39.69;-57.77;-52.97;49.70;59.54;-53.67;-49.84;42.48;48.70;-51.44;-20.95;44.34;-80.24;-11.17;100.00;tga
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Moyenne ;;61.22;26.59;39.24;51.49;61.95;59.99;62.66;56.77;63.71;67.78;62.53;63.55;62.31;58.24;54.77;42.62;66.22;60.10;58.87;57.57;53.21;22.41;18.22;13.48;66.59;48.54;60.03;66.19;63.32;66.27;55.96;39.56;68.58;26.82;58.17;61.70;65.77;69.45;59.18;56.78;59.46;66.88;57.82;53.28;19.47;43.21;60.23;63.00;61.28;53.86;62.65;58.39;60.14;62.95;64.09;63.05;48.35;66.03;63.21;44.32;63.79;41.99;9.28;44.79;
;;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
>74;;18;0;0;0;20;9;20;8;22;34;16;27;20;8;4;0;31;17;13;14;2;0;0;0;29;1;14;30;21;29;6;0;33;1;8;17;28;37;13;7;9;33;8;0;0;0;12;21;17;1;19;10;12;24;25;21;0;30;23;1;26;1;0;1;
>79;;13;0;0;0;6;4;11;1;15;25;7;12;7;3;0;0;20;8;10;8;1;0;0;0;17;0;6;19;12;21;2;0;28;0;4;6;21;27;6;4;3;17;5;0;0;0;3;11;7;1;11;0;0;7;10;6;0;17;13;0;11;1;0;1;
max;;90.98;52.10;68.72;68.69;89.57;80.77;92.94;79.66;92.94;91.28;83.42;83.35;83.40;80.94;75.92;64.87;92.36;91.59;92.05;82.94;82.93;46.30;69.88;43.32;95.68;74.87;90.01;92.36;88.14;89.57;82.93;69.88;95.68;74.87;86.37;86.37;91.48;92.27;83.47;85.36;89.00;89.03;82.11;73.30;55.16;71.53;83.27;85.36;89.00;79.31;84.97;77.83;77.13;87.07;83.27;85.32;73.17;89.03;87.33;75.97;88.54;80.24;48.15;80.24;

Tableau synthétique des diagrammes[modifier | modifier le wikicode]

Tableau des abscisses et maxima des courbes de tendance.[modifier | modifier le wikicode]
- (*): ttg et agg, sont reportés en %AT et tga en %GC.
- (75) abscisse sans maximum, valeur de max à 75.
- (75) abscisse supérieure à 75 pour le maximum, valeur de max à 75.
Tableau des abscisses et maxima des courbes de tendance
abscis max abscis max abscis max abscis max
ttt 75 288 tct 75 137 tat 75 261 tgt 75 51
ttc 75 231 tcc 67 107 tac 75 172 tgc 64 48
tta 75 389 tca 75 120 taa 75 5 tga* 75 3
ttg* 60 119 tcg 75 138 tag 75 1 tgg 75 89
ctt 63 153 cct 68 104 cat 73 91 cgt 56 134
ctc 75 289 ccc 75 140 cac 75 131 cgc 75 359
cta 71 54 cca 74 106 caa 75 174 cga 61 28
ctg 71 357 ccg 75 213 cag 68 213 cgg 75 131
att 75 369 act 75 137 aat 75 399 agt 75 78
atc 73 296 acc 75 238 aac 66 171 agc 61 75
ata 75 259 aca 75 129 aaa 75 622 aga 75 150
atg 51 168 acg 69 110 aag 75 314 agg* 59 36
gtt 68 211 gct 66 170 gat 70 329 ggt 63 183
gtc 75 328 gcc 75 405 gac 75 447 ggc 75 419
gta 70 143 gca 67 141 gaa 67 420 gga 75 157
gtg 70 236 gcg 75 287 gag 75 513 ggg 64 70
  • Tableau non formaté du 18.2.17
;abscis;max;;;abscis;max;;;abscis;max;;;abscis;max
ttt;75;288;;tct;75;137;;tat;75;261;;tgt;75;51
ttc;75;231;;tcc;67;107;;tac;75;172;;tgc;64;48
tta;75;389;;tca;75;120;;taa;75;5;;tga*;75;3
ttg*;60;119;;tcg;75;138;;tag;75;1;;tgg;75;89
;;;;;;;;;;;;;;
ctt;63;153;;cct;68;104;;cat;73;91;;cgt;56;134
ctc;75;289;;ccc;75;140;;cac;75;131;;cgc;75;359
cta;71;54;;cca;74;106;;caa;75;174;;cga;61;28
ctg;71;357;;ccg;75;213;;cag;68;213;;cgg;75;131
;;;;;;;;;;;;;;
att;75;369;;act;75;137;;aat;75;399;;agt;75;78
atc;73;296;;acc;75;238;;aac;66;171;;agc;61;75
ata;75;259;;aca;75;129;;aaa;75;622;;aga;75;150
atg;51;168;;acg;69;110;;aag;75;314;;agg*;59;36
;;;;;;;;;;;;;;
gtt;68;211;;gct;66;170;;gat;70;329;;ggt;63;183
gtc;75;328;;gcc;75;405;;gac;75;447;;ggc;75;419
gta;70;143;;gca;67;141;;gaa;67;420;;gga;75;157
gtg;70;236;;gcg;75;287;;gag;75;513;;ggg;64;70
Caractérisation par les diagrammes et les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]
  1. Le paramètre R2 est le coefficient de détermination des courbes de tendance. Pour comparaison avec le paramètre écart.
  2. Le paramètre queue a été déterminé à partir des courbes calculées à partir des coefficients du polynôme de degré 3 du diagramme de chaque codon. Voir le tableau de ces calculs. Il est exprimé ici en nombre de bactéries dont les effectifs des codons sont nulles ou très faibles au début des abscisses, voir le tableau de la 1ère détermination de ces queues avec des effectifs qui ne dépassent pas 3% du total. Sur 32 queues de longueur supérieure à 4, 5 seulement ont des effectifs qui dépassent 1% du total.
  3. Le paramètre écart est l'équivalent du R2 mais calculé pour les effectifs sans la queue du codon. C'est la moyenne des différences, en valeur absolue et en % par rapport à la valeur théorique, entre cette valeur théorique et l'effectif compté du codon. Quand une différence est très élevée à cause d'un effectif théorique très faible, elle est ignorée et la queue rallongée. Voir le tableau de ces calculs.
  4. Le paramètre abscis est l'abscisse du maximum de la courbe de tendance. Il est exprimé en %GC ou %AT. Voir le tableau de ces calculs. Pour les courbes sans maximum l'abscisse 75% (AT ou GC) est utilisée pour comparaison. Quand l'abscisse du maximum dépasse 75% elle est seulement indiquée sous la forme 75/xx où xx est l'abscisse en question.
  5. Le paramètre moyen, pour moyenne, est la moyenne du codon sur les 111 bactéries. C'est la somme des effectifs d'un codon divisé par 111.
  6. La colonne %: c'est le pourcentage d'un codon dans la constitution de son acide aminé.
  7. Le paramètre max est l'ordonnée de l'abscisse abscis. C'est le maximum de la courbe ou la valeur pour l'abscisse 75% quand ce maximum n'existe pas ou si son abscisse est supérieure à 75%.
  8. La colonne %moy c'est le rapport max/moyen dans le but de normaliser les courbes.
  9. La colonne cor>79 correspond au nombre de corrélations supérieures à 0.79 pour un codon donné avec les autres codons (l'identité exclue).
  10. La colonne cor tot correspond à la moyenne des corrélations d'un codon avec les autres codons. Cette moyenne est reportée en fin du tableau des corrélations.
111 bactéries. Caractérisation des codons par leurs diagrammes et leurs coefficients de corrélation.
codon R2 écart queue Moyen. % abscis max %moy. Cor>79 cor tot
act 891 38 14 68 21 75/82 137 200 10 64,1
acc 932 30 8 121 37 75 238 196 17 66,0
aca 884 38 18 65 20 75/78 129 198 6 63,0
acg 832 38 4 71 22 69 110 155 0 48,4
325
gct 911 30 9 108 22 66 170 156 4 56,8
gcc 931 28 9 164 33 75 405 247 17 66,9
gca 929 30 6 91 19 67 141 155 6 59,2
gcg 882 35 5 126 26 75 287 228 3 59,5
490
gtt 944 28 8 132 28 68 211 160 11 62,7
gtc 916 32 4 118 25 75 328 278 7 62,9
gta 888 45 13 84 18 70 143 171 0 58,4
gtg 907 39 5 137 29 70 236 172 0 60,1
471
ggt 900 30 0 142 31 63 183 129 0 39,6
ggc 956 42 0 169 37 75 419 248 28 68,6
gga 847 42 9 88 19 75/78 157 178 2 56,0
ggg 710 42 0 54 12 64 70 131 0 26,8
453
tta 925 47 35 120 20 75 389 324 13 61,2
ttg* 765 43 5 81 13 60 119 147 0 26,6
ctt 805 47 10 97 16 63 153 158 0 39,2
ctc 839 44 12 104 17 75 289 278 4 60,0
cta 756 46 20 30 5 71 54 183 0 51,5
ctg 878 38 16 180 30 71 357 198 6 61,9
611
agt 876 43 16 38 11 75/86 78 205 7 62,3
agc 857 37 0 55 16 61 75 136 0 42,6
tct 876 37 19 69 20 75 137 200 7 62,5
tcc 868 37 4 66 20 67 107 162 0 54,8
tca 893 38 19 50 15 75 120 240 12 63,5
tcg 853 43 4 58 17 75 138 236 3 58,2
336
aga 715 64 31 60 16 75 150 251 1 53,2
agg* 308 92 10 24 6 59 36 148 0 13,5
cgt 736 51 0 103 27 56 134 131 0 18,2
cgc 938 28 19 132 34 75 359 272 17 66,6
cga 571 66 0 20 5 61 28 136 0 22,4
cgg 699 56 20 44 12 75 131 297 0 48,5
383
111 bactéries. Caractérisation des codons par leurs diagrammes et leurs coefficients de corrélation.
codon R2 écart queue Moyen. % abscis max %moy. Cor>79 cor tot
atg 985 10 0 154 51 168 109 0 19,5
tgg 970 10 7* 71 75 89 125 0 43,2
tat 967 22 11 116 52 75 261 226 20 66,2
tac 927 25 0 107 48 75/83 172 161 8 60,1
222
cat 914 30 10 59 46 73 91 155 6 60,0
cac 962 20 0 70 54 75 131 189 19 66,2
128
caa 880 36 14 89 40 75/80 174 196 12 63,3
cag 964 26 0 132 60 68 213 161 21 66,3
220
aat 966 35 15 133 51 75 399 300 10 58,9
aac 951 21 0 128 49 66 171 133 8 57,6
261
aaa 957 30 8 247 55 75 622 252 11 62,7
aag 918 27 0 202 45 75/85 314 155 1 56,8
450
gat 965 23 0 217 52 70 329 152 21 65,8
gac 970 20 0 202 48 75 447 222 27 69,4
419
gaa 951 27 0 296 57 67 420 142 4 58,2
gag 924 30 0 226 43 75 513 227 6 61,7
521
ttt 947 29 12 123 50 75 288 235 15 63,7
ttc 963 22 0 125 50 75 231 185 25 67,8
248
tgt 850 37 19 27 46 75 51 193 5 57,8
tgc 874 37 5 31 54 64 48 154 0 53,3
58
att 913 30 9 168 39 75 369 219 13 63,2
atc 938 26 2 181 42 73 296 163 11 63,8
ata 691 80 31 84 19 75 259 310 0 44,3
433
tga* 727 104 2 75 3 180 1 44,8
taa 835 42 3 75/77 5 151 1 42,0
tag 488 129 1 75 1 95 0 9,3
cct 941 32 8 65 23 68 104 160 11 63,0
ccc 735 62 9 61 21 75 140 228 1 53,9
cca 851 39 19 58 20 74 106 182 3 60,2
ccg 885 40 8 101 35 75/82 213 210 7 61,3
286
  • Tableaux non formatés du 13.3.17
codon;R2;écart;queue;Moyen.;%;abscis;max;%moy.;Cor>79;cor tot;;codon;R2;écart;queue;Moyen.;%;abscis;max;%moy.;Cor>79;cor tot
atg;985;10;0;154;−;51;168;109;0;19.5;;act;891;38;14;68;21;75/82;137;200;10;64.1
tgg;970;10;7*;71;−;75;89;125;0;43.2;;acc;932;30;8;121;37;75;238;196;17;66.0
;;;;;;;;;;;;aca;884;38;18;65;20;75/78;129;198;6;63.0
tat;967;22;11;116;52;75;261;226;20;66.2;;acg;832;38;4;71;22;69;110;155;0;48.4
tac;927;25;0;107;48;75/83;172;161;8;60.1;;;;;;325;;;;;;
;;;;222;;;;;;;;gct;911;30;9;108;22;66;170;156;4;56.8
cat;914;30;10;59;46;73;91;155;6;60.0;;gcc;931;28;9;164;33;75;405;247;17;66.9
cac;962;20;0;70;54;75;131;189;19;66.2;;gca;929;30;6;91;19;67;141;155;6;59.2
;;;;;128;;;;;;;gcg;882;35;5;126;26;75;287;228;3;59.5
caa;880;36;14;89;40;75/80;174;196;12;63.3;;;;;;490;;;;;;
cag;964;26;0;132;60;68;213;161;21;66.3;;gtt;944;28;8;132;28;68;211;160;11;62.7
;;;;220;;;;;;;;gtc;916;32;4;118;25;75;328;278;7;62.9
aat;966;35;15;133;51;75;399;300;10;58.9;;gta;888;45;13;84;18;70;143;171;0;58.4
aac;951;21;0;128;49;66;171;133;8;57.6;;gtg;907;39;5;137;29;70;236;172;0;60.1
;;;;261;;;;;;;;;;;;471;;;;;;
aaa;957;30;8;247;55;75;622;252;11;62.7;;ggt;900;30;0;142;31;63;183;129;0;39.6
aag;918;27;0;202;45;75/85;314;155;1;56.8;;ggc;956;42;0;169;37;75;419;248;28;68.6
;;;;450;;;;;;;;gga;847;42;9;88;19;75/78;157;178;2;56.0
gat;965;23;0;217;52;70;329;152;21;65.8;;ggg;710;42;0;54;12;64;70;131;0;26.8
gac;970;20;0;202;48;75;447;222;27;69.4;;;;;;453;;;;;;
;;;;419;;;;;;;;tta;925;47;35;120;20;75;389;324;13;61.2
gaa;951;27;0;296;57;67;420;142;4;58.2;;ttg*;765;43;5;81;13;60;119;147;0;26.6
gag;924;30;0;226;43;75;513;227;6;61.7;;;;;;;;;;;;
;;;;;521;;;;;;;ctt;805;47;10;97;16;63;153;158;0;39.2
ttt;947;29;12;123;50;75;288;235;15;63.7;;ctc;839;44;12;104;17;75;289;278;4;60.0
ttc;963;22;0;125;50;75;231;185;25;67.8;;cta;756;46;20;30;5;71;54;183;0;51.5
;;;;248;;;;;;;;ctg;878;38;16;180;30;71;357;198;6;61.9
tgt;850;37;19;27;46;75;51;193;5;57.8;;;;;;611;;;;;;
tgc;874;37;5;31;54;64;48;154;0;53.3;;agt;876;43;16;38;11;75/86;78;205;7;62.3
;;;;58;;;;;;;;agc;857;37;0;55;16;61;75;136;0;42.6
att;913;30;9;168;39;75;369;219;13;63.2;;;;;;;;;;;;
atc;938;26;2;181;42;73;296;163;11;63.8;;tct;876;37;19;69;20;75;137;200;7;62.5
ata;691;80;31;84;19;75;259;310;0;44.3;;tcc;868;37;4;66;20;67;107;162;0;54.8
;;;;433;;;;;;;;tca;893;38;19;50;15;75;120;240;12;63.5
;;;;;;;;;;;;tcg;853;43;4;58;17;75;138;236;3;58.2
tga*;727;104;−;2;−;75;3;180;1;44.8;;;;;;336;;;;;;
taa;835;42;−;3;−;75/77;5;151;1;42.0;;aga;715;64;31;60;16;75;150;251;1;53.2
tag;488;129;−;1;−;75;1;95;0;9.3;;agg*;308;92;10;24;6;59;36;148;0;13.5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cct;941;32;8;65;23;68;104;160;11;63.0;;cgt;736;51;0;103;27;56;134;131;0;18.2
ccc;735;62;9;61;21;75;140;228;1;53.9;;cgc;938;28;19;132;34;75;359;272;17;66.6
cca;851;39;19;58;20;74;106;182;3;60.2;;cga;571;66;0;20;5;61;28;136;0;22.4
ccg;885;40;8;101;35;75/82;213;210;7;61.3;;cgg;699;56;20;44;12;75;131;297;0;48.5
;;;;286;;;;;;;;;;;;383;;;;;;
Diagramme corcodon[modifier | modifier le wikicode]
;cor tot;moyen;;;cor tot;moyen;;;cor tot;moyen;;;cor tot;moyen
tag;9.3;1.1;;cta;51.5;29.6;;ctc;60.0;104.0;;att;63.2;168.5
agg*;13.5;24.5;;aga;53.2;59.7;;cat;60.0;58.9;;caa;63.3;88.6
cgt;18.2;102.5;;tgc;53.3;31.0;;tac;60.1;106.8;;tca;63.5;50.2
atg;19.5;154.3;;ccc;53.9;61.4;;gtg;60.1;137.3;;ttt;63.7;122.8
cga;22.4;20.5;;tcc;54.8;65.8;;cca;60.2;58.5;;atc;63.8;181.2
ttg*;26.6;80.6;;gga;56.0;88.3;;tta;61.2;120.0;;act;64.1;68.4
ggg;26.8;53.7;;aag;56.8;202.5;;ccg;61.3;101.4;;gat;65.8;216.8
ctt;39.2;96.8;;gct;56.8;108.5;;gag;61.7;225.8;;acc;66.0;121.1
ggt;39.6;142.2;;aac;57.6;128.4;;ctg;61.9;180.4;;cac;66.2;69.5
taa;42.0;3.3;;tgt;57.8;26.6;;agt;62.3;38.3;;tat;66.2;115.7
agc;42.6;54.7;;gaa;58.2;295.6;;tct;62.5;68.6;;cag;66.3;131.9
tgg;43.2;71.4;;tcg;58.2;58.2;;gtt;62.7;131.8;;cgc;66.6;131.8
ata;44.3;83.7;;gta;58.4;83.7;;aaa;62.7;247.0;;gcc;66.9;163.9
tga*;44.8;1.7;;aat;58.9;133.1;;gtc;62.9;117.9;;ttc;67.8;124.8
acg;48.4;70.7;;gca;59.2;91.4;;cct;63.0;64.7;;ggc;68.6;168.9
cgg;48.5;44.1;;gcg;59.5;125.8;;aca;63.0;65.0;;gac;69.4;201.8

Tableaux des parallèles. Diagramme / coefficient de corrélation[modifier | modifier le wikicode]

  • Voir l'article pour la définition des paramètres pour l'établissement des matrices du paramètre diag. Ces paramètres sont donnés avant la matrice pour être utilisés dans un tableur.
  1. écart: C'est la moyenne des différences, en valeur absolue et en % par rapport à la valeur théorique, entre cette valeur théorique et l'effectif compté du codon. Voir le tableau de ces calculs.
  2. q3: C'est la cotation du paramètre queue, nombre de bactéries, en continu, ayant des effectifs faibles ou nuls. Le tableau des cotations pour les paramètres q3 et a3 donne la correspondance entre le %AT ou le %GC et le rang de la dernière bactérie de la queue avant le décollage de la courbe. Voir le tableau de ces calculs.
  3. a3: Cotation du paramètre abscis, abscisse du maximum de la courbe de tendance. Il est exprimé en %GC ou %AT. Voir le tableau de ces calculs. Le tableau des cotations pour les paramètres q3 et a3 donne la correspondance entre a3 et abscis.
  4. moyen.: pour moyenne, est la moyenne des effectifs du codon sur les 111 bactéries. En tant que moyenne ce paramètre n'a pas de sens biologique, car que veut dire l'absence d'un codon pour une bactérie donnée? Par contre la somme des effectifs correspond en mathématique à l'intégrale d'une courbe continue.C'est une caractéristique mathématique du diagramme. Voir calculs.
cor>79: nombre de coefficients du codon supérieurs à 79; pour illustration. Voir le tableau des coefficients.
cor tot: corrélation moyenne, moyenne des valeurs absolues des coefficients (multipliés par 100) du codon; pour illustration. Voir calculs.
Matrice de calcul du paramètre diag %AT (diagramme)[modifier | modifier le wikicode]
  • Le paramètre diag est la somme des différences entre 2 codons, en valeur absolue et en %, des paramètres e, q3, a3 et moyen. Ici écart=e, queue=q3 et abscis=a3 (Voir l'introduction). Son calcul est le suivant:
diag = 200*(abs((e1-e2)/(e1+e2))+abs((q31-q32)/(q31+q32))+abs((a31-a32)/(a31+a32))+abs((moyen1-moyen2)/(moyen1+moyen2))).
La matrice de calcul de diag est une matrice symétrique dont la diagonale est nulle.
codon;aaa;aat;aca;act;aga;agg*;agt;ata;att;caa;cat;cca;cct;cga;cgt;cta;ctt;gaa;gat;gca;gct;gga;ggt;gta;gtt;taa;tat;tca;tct;tgt;tta;ttg*;ttt;;
écart;30;35;38;38;64;92;43;80;30;36;30;39;32;66;51;46;47;27;23;30;30;42;30;45;28;42;22;38;37;37;47;43;29;;
q3;11;17;20;17;35;14;20;35;11;17;14;23;11;5;5;23;14;5;5;8;11;11;5;17;11;5;14;23;23;23;38;8;14;;
Moyen.;247;133;65;68;60;24;38;84;168;89;59;58;65;20;103;30;97;296;217;91;108;88;142;84;132;3;116;50;69;27;120;81;123;;
a3;5;5;11;8;5;32;5;5;5;11;17;17;23;29;35;20;26;23;20;23;23;11;26;20;23;14;5;5;5;5;5;29;5;;
Cor>79;11;10;6;10;1;0;7;0;13;12;6;3;11;0;0;0;0;4;21;6;4;2;0;0;11;1;20;12;7;5;13;0;15;;
cor tot;62,7;58,9;63,0;64,1;53,2;13,5;62,3;44,3;63,2;63,3;60,0;60,2;63,0;22,4;18,2;51,5;39,2;58,2;65,8;59,2;56,8;56,0;39,6;58,4;62,7;42,0;66,2;63,5;62,5;57,8;61,2;26,6;63,7;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;aaa;aat;aca;act;aga;agg*;agt;ata;att;caa;cat;cca;cct;cga;cgt;cta;ctt;gaa;gat;gca;gct;gga;ggt;gta;gtt;taa;tat;tca;tct;tgt;tta;ttg*;ttt;;
aaa;0;116;272;223;297;434;239;293;38;229;258;329;250;459;358;388;290;235;234;253;208;202;265;301;199;396;129;225;203;251;223;308;96;;aaa
aat;116;0;169;119;204;394;149;194;79;119;221;230;249;459;323;305;217;340;315;251;206;178;264;192;194;413;78;129;100;170;118;284;45;;aat
aca;272;169;0;54;188;307;140;226;244;53;112;71;147;368;298;165;177;354;333;213;203;99;298;117;228;335;220;115;98;176;218;209;199;;aca
act;223;119;54;0;180;318;133;208;195;62;130;123;162;385;305;214;182;365;345;220;208;111;306;124;233;356;169;107;79;166;200;215;148;;act
aga;297;204;188;180;0;352;136;56;270;239;269;199;308;393;375;261;298;493;476;367;363;258;438;256;387;464;247;110;108;171;104;335;229;;aga
agg*;434;394;307;318;352;0;297;355;420;318;246;272;244;155;284;181;205;407;419;304;285;309;357;243;301;400;399;347;375;288;435;244;384;;agg*
agt;239;149;140;133;136;297;0;188;219;189;224;174;269;363;377;165;265;451;440;332;319;215;406;215;341;386;201;55;87;66;174;299;180;;agt
ata;293;194;226;208;56;355;188;0;261;226;321;254;345;432;365;311;288;491;468;354;350;247;427;245;375;492;232;163;135;219;95;331;217;;ata
att;38;79;244;195;270;420;219;261;0;196;232;303;222;447;324;371;256;272;246;220;174;170;228;269;162;394;93;200;174;235;187;277;60;;att
caa;229;119;53;62;239;318;189;226;196;0;121;123;157;383;263;212;136;317;293;163;152;59;253;87;178;334;169;166;133;215;209;189;148;;caa
cat;258;221;112;130;269;246;224;321;232;121;0;78;70;320;271;174;136;269;249;129;114;141;222;112;137;327;204;198;194;255;315;174;182;;cat
cca;329;230;71;123;199;272;174;254;303;123;78;0;133;327;278;97;157;331;311;198;188;161;280;95;213;333;280;129;132;191;245;189;259;;cca
cct;250;249;147;162;308;244;269;345;222;157;70;133;0;272;208;195;115;221;227;71;56;130;166;118;82;332;245;242;220;298;338;107;223;;cct
cga;459;459;368;385;393;155;363;432;447;383;320;327;272;0;178;238;269;282;298;271;310;334;235;305;326;259;476;408;435;352;469;208;457;;cga
cgt;358;323;298;305;375;284;377;365;324;263;271;278;208;178;0;304;138;201;200;150;174;213;113;196;200;293;336;377;351;428;327;106;318;;cgt
cta;388;305;165;214;261;181;165;311;371;212;174;97;195;238;304;0;184;359;345;254;241;237;326;127;260;332;357;191;221;152;293;233;336;;cta
ctt;290;217;177;182;298;205;265;288;256;136;136;157;115;269;138;184;0;264;264;116;92;125;176;64;118;353;226;269;243;322;250;93;207;;ctt
gaa;235;340;354;365;493;407;451;491;272;317;269;331;221;282;201;359;264;0;58;164;179;299;96;287;156;289;330;434;414;457;423;230;314;;gaa
gat;234;315;333;345;476;419;440;468;246;293;249;311;227;298;200;345;264;58;0;167;180;274;94;261;155;286;282;420;397;450;399;233;291;;gat
gca;253;251;213;220;367;304;332;354;220;163;129;198;71;271;150;254;116;164;167;0;49;139;103;135;76;314;238;306;274;355;330;71;216;;gca
gct;208;206;203;208;363;285;319;350;174;152;114;188;56;310;174;241;92;179;180;49;0;125;116;123;27;345;190;296;265;341;294;120;168;;gct
gga;202;178;99;111;258;309;215;247;170;59;141;161;130;334;213;237;125;299;274;139;125;0;235;113;151;285;189;212;184;266;227;133;169;;gga
ggt;265;264;298;306;438;357;406;427;228;253;222;280;166;235;113;326;176;96;94;103;116;235;0;226;104;283;283;382;353;421;350;147;250;;ggt
gta;301;192;117;124;256;243;215;245;269;87;112;95;118;305;196;127;64;287;261;135;123;113;226;0;149;336;241;218;190;274;237;118;221;;gta
gtt;199;194;228;233;387;301;341;375;162;178;137;213;82;326;200;260;118;156;155;76;27;151;104;149;0;355;189;320;290;360;300;146;164;;gtt
taa;396;413;335;356;464;400;386;492;394;334;327;333;332;259;293;332;353;289;286;314;345;285;283;336;355;0;441;409;418;392;449;302;416;;taa
tat;129;78;220;169;247;399;201;232;93;169;204;280;245;476;336;357;226;330;282;238;190;189;283;241;189;441;0;181;150;225;169;296;33;;tat
tca;225;129;115;107;110;347;55;163;200;166;198;129;242;408;377;191;269;434;420;306;296;212;382;218;320;409;181;0;34;64;154;297;159;;tca
tct;203;100;98;79;108;375;87;135;174;133;194;132;220;435;351;221;243;414;397;274;265;184;353;190;290;418;150;34;0;89;129;269;129;;tct
tgt;251;170;176;166;171;288;66;219;235;215;255;191;298;352;428;152;322;457;450;355;341;266;421;274;360;392;225;64;89;0;201;354;202;;tgt
tta;223;118;218;200;104;435;174;95;187;209;315;245;338;469;327;293;250;423;399;330;294;227;350;237;300;449;169;154;129;201;0;321;143;;tta
ttg*;308;284;209;215;335;244;299;331;277;189;174;189;107;208;106;233;93;230;233;71;120;133;147;118;146;302;296;297;269;354;321;0;276;;ttg*
ttt;96;45;199;148;229;384;180;217;60;148;182;259;223;457;318;336;207;314;291;216;168;169;250;221;164;416;33;159;129;202;143;276;0;;ttt
Matrice de calcul du paramètre diag %GC (diagramme)[modifier | modifier le wikicode]
  • Le paramètre diag est la somme des différences entre 2 codons, en valeur absolue et en %, des paramètres e, q3, a3 et moyen. Ici écart=e, queue=q3 et abscis=a3 (Voir l'introduction). Son calcul est le suivant:
diag = 200*(abs((e1-e2)/(e1+e2))+abs((q31-q32)/(q31+q32))+abs((a31-a32)/(a31+a32))+abs((moyen1-moyen2)/(moyen1+moyen2))).
La matrice de calcul de diag est une matrice symétrique dont la diagonale est nulle.
codon;aac;aag;acc;acg;agc;atc;atg;cac;cag;ccc;ccg;cgc;cgg;ctc;ctg;gac;gag;gcc;gcg;ggc;ggg;gtc;gtg;tac;tag;tcc;tcg;tga*;tgc;tgg;ttc;;
écart;21;27;30;38;37;26;10;20;26;62;40;28;56;44;38;20;30;28;35;42;42;32;39;25;129;37;43;104;37;10;22;;
q3;5;5;11;8;5;5;5;5;5;11;11;23;23;14;20;5;5;11;8;5;5;8;8;5;5;8;8;5;8;5;5;;
Moyen.;128;202;121;71;55;181;154;70;132;61;101;132;44;104;180;202;226;164;126;169;54;118;137;107;1;66;58;2;31;71;125;;
a3;14;5;5;11;17;5;29;5;11;5;5;5;5;5;8;5;5;5;5;5;14;5;8;5;5;11;5;5;14;5;5;;
Cor>79;8;1;17;0;0;11;0;19;21;1;7;17;0;4;6;27;6;17;3;28;0;7;0;8;0;0;3;1;0;0;25;;
cor tot;57,6;56,8;66,0;48,4;42,6;63,8;19,5;66,2;66,3;53,9;61,3;66,6;48,5;60,0;61,9;69,4;61,7;66,9;59,5;68,6;26,8;62,9;60,1;60,1;9,3;54,8;58,2;44,8;53,3;43,2;67,8;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;aac;aag;acc;acg;agc;atc;atg;cac;cag;ccc;ccg;cgc;cgg;ctc;ctg;gac;gag;gcc;gcg;ggc;ggg;gtc;gtg;tac;tag;tcc;tcg;tga*;tgc;tgg;ttc;;
aac;0;166;213;187;158;152;154;158;50;341;258;258;414;283;268;141;188;225;195;191;152;192;170;134;436;192;287;424;225;224;104;;aac
aag;166;0;137;251;258;14;257;127;120;262;182;177;328;208;213;29;23;102;120;63;256;116;169;67;329;255;204;315;319;190;67;;aag
acc;213;137;0;181;282;129;338;170;173;135;47;85;224;77;167;165;136;36;51;142;281;39;117;104;396;186;137;380;264;229;109;;acc
acg;187;251;181;0;115;245;324;185;143;170;149;260;257;184;206;278;248;214;138;215;110;142;100;201;425;9;108;406;105;240;229;;acg
agc;158;258;282;115;0;253;261;195;162;245;251;348;298;282;301;284;253;312;240;223;34;246;209;212;411;109;175;392;123;254;240;;agc
atc;152;14;129;245;253;0;243;116;107;256;175;169;323;201;205;36;37;93;112;55;251;108;161;54;331;249;198;317;316;179;54;;atc
atg;154;257;338;324;261;243;0;280;192;445;376;379;518;399;364;232;277;315;317;272;288;315;288;262;509;329;400;501;361;221;234;;atg
cac;158;127;170;185;195;116;280;0;164;191;181;226;269;210;318;99;147;191;160;156;193;143;224;67;341;187;138;327;277;72;67;;cac
cag;50;120;173;143;162;107;192;164;0;305;219;213;376;245;220;143;142;180;156;147;156;152;122;99;405;147;248;390;228;226;98;;cag
ccc;341;262;135;170;245;256;445;191;305;0;92;218;114;110;251;284;259;166;156;207;221;160;199;213;338;165;74;315;244;236;239;;ccc
ccg;258;182;47;149;251;175;376;181;219;92;0;131;181;35;166;208;180;83;67;130;236;71;110;126;375;158;92;357;242;233;155;;ccg
cgc;258;177;85;260;348;169;379;226;213;218;131;0;165;115;120;205;187;93;122;192;347;118;179;161;453;264;215;438;340;287;160;;cgc
cgg;414;328;224;257;298;323;518;269;376;114;181;165;0;153;219;351;323;252;238;273;270;243;280;287;398;252;150;375;268;317;311;;cgg
ctc;283;208;77;184;282;201;399;210;245;110;35;115;153;0;150;233;206;113;96;146;257;100;140;151;389;192;113;370;276;260;180;;ctc
ctg;268;213;167;206;301;205;364;318;220;251;166;120;219;150;0;239;212;144;176;183;293;193;116;258;472;214;246;456;286;372;257;;ctg
gac;141;29;165;278;284;36;232;99;143;284;208;205;351;233;239;0;51;129;147;89;282;143;195;85;344;282;229;332;346;166;56;;gac
gag;188;23;136;248;253;37;277;147;142;259;180;187;323;206;212;51;0;113;118;62;252;114;168;89;322;251;199;308;312;207;89;;gag
gcc;225;102;36;214;312;93;315;191;180;166;83;93;252;113;144;129;113;0;80;118;311;75;128;128;401;219;168;386;289;252;127;;gcc
gcg;195;120;51;138;240;112;317;160;156;156;67;122;238;96;176;147;118;80;0;94;240;17;66;95;357;142;94;340;220;215;93;;gcg
ggc;191;63;142;215;223;55;272;156;147;207;130;192;273;146;183;89;62;118;94;0;199;111;120;95;299;223;145;281;293;207;93;;ggc
ggg;152;256;281;110;34;251;288;193;156;221;236;347;270;257;293;282;252;311;240;199;0;245;196;211;388;104;150;367;114;249;238;;ggg
gtc;192;116;39;142;246;108;315;143;152;160;71;118;243;100;193;143;114;75;17;111;245;0;83;78;364;147;99;348;226;202;88;;gtc
gtg;170;169;117;100;209;161;288;224;122;199;110;179;280;140;116;195;168;128;66;120;196;83;0;160;396;108;136;378;188;277;159;;gtg
tac;134;67;104;201;212;54;262;67;99;213;126;161;287;151;258;85;89;128;95;95;211;78;160;0;330;206;157;316;287;130;30;;tac
tag;436;329;396;425;411;331;509;341;405;338;375;453;398;389;472;344;322;401;357;299;388;364;396;330;0;426;339;66;439;366;339;;tag
tcc;192;255;186;9;109;249;329;187;147;165;158;264;252;192;214;282;251;219;142;223;104;147;108;206;426;0;103;407;97;246;234;;tcc
tcg;287;204;137;108;175;198;400;138;248;74;92;215;150;113;246;229;199;168;94;145;150;99;136;157;339;103;0;318;172;193;184;;tcg
tga*;424;315;380;406;392;317;501;327;390;315;357;438;375;370;456;332;308;386;340;281;367;348;378;316;66;407;318;0;417;357;325;;tga*
tgc;225;319;264;105;123;316;361;277;228;244;242;340;268;276;286;346;312;289;220;293;114;226;188;287;439;97;172;417;0;336;311;;tgc
tgg;224;190;229;240;254;179;221;72;226;236;233;287;317;260;372;166;207;252;215;207;249;202;277;130;366;246;193;357;336;0;132;;tgg
ttc;104;67;109;229;240;54;234;67;98;239;155;160;311;180;257;56;89;127;93;93;238;88;159;30;339;234;184;325;311;132;0;;ttc
Paramètres q3 a3[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: voir caractérisation des codons et tableaux des parallèles.
  • Notes pour les diagrammes %AT: */86 abscisse optimale, 86 abscisse maximale, ttg* et agg* reportés en %AT au lieu de en %GC.
  • Notes pour les diagrammes %GC: */85 abscisse optimale non considérée pour les calculs, 75 abscisse maximale, tga* reporté en %GC au lieu de en %AT.
111 bactéries: Caractérisation des codons . Diagrammes %AT. Cotation de queue, écart et abscisse.
codon queue rang q3 écart abscis a3 Moyen. Cor>79 Cor tot
aaa 29,3 8 11 30 86 5 247 11 62,7
aat 32,6 15 17 35 86 5 133 10 58,9
aca 34,6 18 20 38 78 11 65 6 63,0
act 31,9 14 17 38 82 8 68 10 64,1
aga 40,9 31 35 64 86 5 60 1 53,2
agg* 30,0 10 14 92 59 32 24 0 13,5
agt 33,4 16 20 43 */86 5 38 7 62,3
ata 40,9 31 35 80 86 5 84 0 44,3
att 29,7 9 11 30 86 5 168 13 63,2
caa 31,9 14 17 36 80 11 89 12 63,3
cat 30,0 10 14 30 73 17 59 6 60,0
cca 35,0 19 23 39 74 17 58 3 60,2
cct 29,3 8 11 32 68 23 65 11 63,0
cga 25,1 0 5 66 61 29 20 0 22,4
cgt 25,1 0 5 51 56 35 103 0 18,2
cta 35,7 20 23 46 71 20 30 0 51,5
ctt 30,0 10 14 47 63 26 97 0 39,2
gaa 25,1 0 5 27 67 23 296 4 58,2
gat 25,1 0 5 23 70 20 217 21 65,8
gca 28,0 6 8 30 67 23 91 6 59,2
gct 29,7 9 11 30 66 23 108 4 56,8
gga 29,7 9 11 42 78 11 88 2 56,0
ggt 25,1 0 5 30 63 26 142 0 39,6
gta 31,4 13 17 45 70 20 84 0 58,4
gtt 29,3 8 11 28 68 23 132 11 62,7
taa 25,1 0 5 42 77 14 3 1 42,0
tat 30,6 11 14 22 86 5 116 20 66,2
tca 35,0 19 23 38 86 5 50 12 63,5
tct 35,0 19 23 37 86 5 69 7 62,5
tgt 35,0 19 23 37 86 5 27 5 57,8
tta 42,8 35 38 47 86 5 120 13 61,2
ttg* 27,8 5 8 43 60 29 81 0 26,6
ttt 31,1 12 14 29 86 5 123 15 63,7
111 bactéries: Caractérisation des codons . Diagrammes %GC. Cotation de queue, écart et abscisse.
codon queue rang q3 écart abscis a3 Moyen. Cor>79 Cor tot
aac 13,5 0 5 21 66 14 128 8 57,6
aag 13,5 0 5 27 */85 5 202 1 56,8
acc 26,2 8 11 30 75 5 121 17 66,0
acg 23,7 4 8 38 69 11 71 0 48,4
agc 13,5 0 5 37 61 17 55 0 42,6
atc 16,6 2 5 26 73 5 181 11 63,8
atg 13,5 0 5 10 51 29 154 0 19,5
cac 13,5 0 5 20 75 5 70 19 66,2
cag 13,5 0 5 26 68 11 132 21 66,3
ccc 26,3 9 11 62 75 5 61 1 53,9
ccg 26,2 8 11 40 */82 5 101 7 61,3
cgc 31,4 19 23 28 75 5 132 17 66,6
cgg 32,1 20 23 56 75 5 44 0 48,5
ctc 28,3 12 14 44 75 5 104 4 60,0
ctg 29,9 16 20 38 71 8 180 6 61,9
gac 13,5 0 5 20 75 5 202 27 69,4
gag 13,5 0 5 30 75 5 226 6 61,7
gcc 26,3 9 11 28 75 5 164 17 66,9
gcg 24,2 5 8 35 75 5 126 3 59,5
ggc 13,5 0 5 42 75 5 169 28 68,6
ggg 13,5 0 5 42 64 14 54 0 26,8
gtc 23,7 4 8 32 75 5 118 7 62,9
gtg 24,2 5 8 39 70 8 137 0 60,1
tac 13,5 0 5 25 */83 5 107 8 60,1
tag 13,5 0 5 129 75 5 1 0 9,3
tcc 23,7 4 8 37 67 11 66 0 54,8
tcg 23,7 4 8 43 75 5 58 3 58,2
tga* 13,5 0 5 104 75 5 2 1 44,8
tgc 24,2 5 8 37 64 14 31 0 53,3
tgg 13,5 0 5 10 75 5 71 0 43,2
ttc 13,5 0 5 22 75 5 125 25 67,8
  • Tableaux non formatés du 13.3.17
codon;queue;rang;q3;écart;abscis;a3;Moyen.;Cor>79;cor tot;;codon;queue;rang;q3;écart;abscis;a3;Moyen.;Cor>79;cor tot
aaa;29.3;8;11;30;86;5;247;11;62.7;;aac;13.5;0;5;21;66;14;128;8;57.6
aat;32.6;15;17;35;86;5;133;10;58.9;;aag;13.5;0;5;27;*/85;5;202;1;56.8
aca;34.6;18;20;38;78;11;65;6;63.0;;acc;26.2;8;11;30;75;5;121;17;66.0
act;31.9;14;17;38;82;8;68;10;64.1;;acg;23.7;4;8;38;69;11;71;0;48.4
aga;40.9;31;35;64;86;5;60;1;53.2;;agc;13.5;0;5;37;61;17;55;0;42.6
agg*;30.0;10;14;92;59;32;24;0;13.5;;atc;16.6;2;5;26;73;5;181;11;63.8
agt;33.4;16;20;43;*/86;5;38;7;62.3;;atg;13.5;0;5;10;51;29;154;0;19.5
ata;40.9;31;35;80;86;5;84;0;44.3;;cac;13.5;0;5;20;75;5;70;19;66.2
att;29.7;9;11;30;86;5;168;13;63.2;;cag;13.5;0;5;26;68;11;132;21;66.3
caa;31.9;14;17;36;80;11;89;12;63.3;;ccc;26.3;9;11;62;75;5;61;1;53.9
cat;30.0;10;14;30;73;17;59;6;60.0;;ccg;26.2;8;11;40;*/82;5;101;7;61.3
cca;35.0;19;23;39;74;17;58;3;60.2;;cgc;31.4;19;23;28;75;5;132;17;66.6
cct;29.3;8;11;32;68;23;65;11;63.0;;cgg;32.1;20;23;56;75;5;44;0;48.5
cga;25.1;0;5;66;61;29;20;0;22.4;;ctc;28.3;12;14;44;75;5;104;4;60.0
cgt;25.1;0;5;51;56;35;103;0;18.2;;ctg;29.9;16;20;38;71;8;180;6;61.9
cta;35.7;20;23;46;71;20;30;0;51.5;;gac;13.5;0;5;20;75;5;202;27;69.4
ctt;30.0;10;14;47;63;26;97;0;39.2;;gag;13.5;0;5;30;75;5;226;6;61.7
gaa;25.1;0;5;27;67;23;296;4;58.2;;gcc;26.3;9;11;28;75;5;164;17;66.9
gat;25.1;0;5;23;70;20;217;21;65.8;;gcg;24.2;5;8;35;75;5;126;3;59.5
gca;28.0;6;8;30;67;23;91;6;59.2;;ggc;13.5;0;5;42;75;5;169;28;68.6
gct;29.7;9;11;30;66;23;108;4;56.8;;ggg;13.5;0;5;42;64;14;54;0;26.8
gga;29.7;9;11;42;78;11;88;2;56.0;;gtc;23.7;4;8;32;75;5;118;7;62.9
ggt;25.1;0;5;30;63;26;142;0;39.6;;gtg;24.2;5;8;39;70;8;137;0;60.1
gta;31.4;13;17;45;70;20;84;0;58.4;;tac;13.5;0;5;25;*/83;5;107;8;60.1
gtt;29.3;8;11;28;68;23;132;11;62.7;;tag;13.5;0;5;129;75;5;1;0;9.3
taa;25.1;0;5;42;77;14;3;1;42.0;;tcc;23.7;4;8;37;67;11;66;0;54.8
tat;30.6;11;14;22;86;5;116;20;66.2;;tcg;23.7;4;8;43;75;5;58;3;58.2
tca;35.0;19;23;38;86;5;50;12;63.5;;tga*;13.5;0;5;104;75;5;2;1;44.8
tct;35.0;19;23;37;86;5;69;7;62.5;;tgc;24.2;5;8;37;64;14;31;0;53.3
tgt;35.0;19;23;37;86;5;27;5;57.8;;tgg;13.5;0;5;10;75;5;71;0;43.2
tta;42.8;35;38;47;86;5;120;13;61.2;;ttc;13.5;0;5;22;75;5;125;25;67.8
ttg*;27.8;5;8;43;60;29;81;0;26.6;;;;;;;;;;;
ttt;31.1;12;14;29;86;5;123;15;63.7;;*/85;optimal non considéré pour les calculs;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;75;max;;tga*;%GC au lieu de %AT;;;;;
*/86;optimal;;ttg*;agg*;%AT au lieu de %GC;;;;;;;;;;;;;;;
86;max;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Tableaux des parallèles %AT[modifier | modifier le wikicode]
  • Ces 30 parallèles sont faits pour les couples dont le paramètre diag est inférieur à 100. Le paramètre cor est tiré du tableau des corrélations et les autres paramètres sont ceux du tableau synthétique.
  • Légende: voir caractérisation des codons et tableaux des parallèles.
  • diag/cor la 1ère ligne indique la valeur de diag la 2ème, la corrélation entre les 2 codons du parallèle.
  • Nota: ici l’abscisse du maximum peut aller jusqu'à 86% AT car les bactéries peuvent atteindre ce taux. Quand la courbe de tendance n'a pas de maximum c'est ce taux qui est indiqué. Si le maximum a exactement 86% alors c'est indiqué sous la forme */86.
111 bactéries: Caractérisation des codons . Parallèle diagramme %AT / coefficient de corrélation. 2/2.
codon écart queue Moyen. abscis Cor>79 cor tot diag/cor
tca 38 19 50 86 12 63,5 64
tgt 37 19 27 86 5 57,8 62
gta 45 13 84 70 0 58,4 64
ctt 47 10 97 63 0 39,2 49
tgt 37 19 27 86 5 57,8 66
agt 43 16 38 86 7 62,3 72
cct 32 8 65 68 11 63,0 70
cat 30 10 59 73 6 60,0 74
ttg* 43 5 81 60 0 26,6 71
gca 30 6 91 67 6 59,2 36
gca 30 6 91 67 6 59,2 71
cct 32 8 65 68 11 63,0 79
cca 39 19 58 74 3 60,2 71
aca 38 18 65 78 6 63,0 75
gtt 28 8 132 68 11 62,7 76
gca 30 6 91 67 6 59,2 83
cca 39 19 58 74 3 60,2 78
cat 30 10 59 73 6 60,0 62
tat 22 11 116 86 20 66,2 78
aat 35 15 133 86 10 58,9 92
tct 37 19 69 86 7 62,5 79
act 38 14 68 82 10 64,1 79
att 30 9 168 86 13 63,2 79
aat 35 15 133 86 10 58,9 85
gtt 28 8 132 68 11 62,7 82
cct 32 8 65 68 11 63,0 81
gta 45 13 84 70 0 58,4 87
caa 36 14 89 80 12 63,3 65
ata 80 31 84 86 0 44,3 95
tta 47 35 120 86 13 61,2 62
111 bactéries: Caractérisation des codons . Parallèle diagramme %AT / coefficient de corrélation. 1/2.
codon écart queue Moyen. abscis Cor>79 cor tot diag/cor
gtt 28 8 132 68 11 62,7 27
gct 30 9 108 66 4 56,8 84
tat 22 11 116 86 20 66,2 33
ttt 29 12 123 86 15 63,7 91
tct 37 19 69 86 7 62,5 34
tca 38 19 50 86 12 63,5 70
att 30 9 168 86 13 63,2 38
aaa 30 8 247 86 11 62,7 83
ttt 29 12 123 86 15 63,7 45
aat 35 15 133 86 10 58,9 91
gct 30 9 108 66 4 56,8 49
gca 30 6 91 67 6 59,2 75
aca 38 18 65 78 6 63,0 53
caa 36 14 89 80 12 63,3 73
aca 38 18 65 78 6 63,0 54
act 38 14 68 82 10 64,1 69
tca 38 19 50 86 12 63,5 55
agt 43 16 38 86 7 62,3 75
gct 30 9 108 66 4 56,8 56
cct 32 8 65 68 11 63,0 85
aga 64 31 60 86 1 53,2 56
ata 80 31 84 86 0 44,3 76
gaa 27 0 296 67 4 58,2 58
gat 23 0 217 70 21 65,8 79
caa 36 14 89 80 12 63,3 59
gga 42 9 88 78 2 56,0 56
att 30 9 168 86 13 63,2 60
ttt 29 12 123 86 15 63,7 87
act 38 14 68 82 10 64,1 62
caa 36 14 89 80 12 63,3 80
  • Les 2 tableaux non formatés du 15.3.17
codon;écart;queue;Moyen.;abscis;Cor>79;cor tot;diag/cor;;codon;écart;queue;Moyen.;abscis;Cor>79;cor tot;diag/cor
;;;;;;;;;;;;;;;;
gtt;28;8;132;68;11;62.7;27;;tca;38;19;50;86;12;63.5;64
gct;30;9;108;66;4;56.8;84;;tgt;37;19;27;86;5;57.8;62
;;;;;;;;;;;;;;;;
tat;22;11;116;86;20;66.2;33;;gta;45;13;84;70;0;58.4;64
ttt;29;12;123;86;15;63.7;91;;ctt;47;10;97;63;0;39.2;49
;;;;;;;;;;;;;;;;
tct;37;19;69;86;7;62.5;34;;tgt;37;19;27;86;5;57.8;66
tca;38;19;50;86;12;63.5;70;;agt;43;16;38;86;7;62.3;72
;;;;;;;;;;;;;;;;
att;30;9;168;86;13;63.2;38;;cct;32;8;65;68;11;63.0;70
aaa;30;8;247;86;11;62.7;83;;cat;30;10;59;73;6;60.0;74
;;;;;;;;;;;;;;;;
ttt;29;12;123;86;15;63.7;45;;ttg*;43;5;81;60;0;26.6;71
aat;35;15;133;86;10;58.9;91;;gca;30;6;91;67;6;59.2;36
;;;;;;;;;;;;;;;;
gct;30;9;108;66;4;56.8;49;;gca;30;6;91;67;6;59.2;71
gca;30;6;91;67;6;59.2;75;;cct;32;8;65;68;11;63.0;79
;;;;;;;;;;;;;;;;
aca;38;18;65;78;6;63.0;53;;cca;39;19;58;74;3;60.2;71
caa;36;14;89;80;12;63.3;73;;aca;38;18;65;78;6;63.0;75
;;;;;;;;;;;;;;;;
aca;38;18;65;78;6;63.0;54;;gtt;28;8;132;68;11;62.7;76
act;38;14;68;82;10;64.1;69;;gca;30;6;91;67;6;59.2;83
;;;;;;;;;;;;;;;;
tca;38;19;50;86;12;63.5;55;;cca;39;19;58;74;3;60.2;78
agt;43;16;38;86;7;62.3;75;;cat;30;10;59;73;6;60.0;62
;;;;;;;;;;;;;;;;
gct;30;9;108;66;4;56.8;56;;tat;22;11;116;86;20;66.2;78
cct;32;8;65;68;11;63.0;85;;aat;35;15;133;86;10;58.9;92
;;;;;;;;;;;;;;;;
aga;64;31;60;86;1;53.2;56;;tct;37;19;69;86;7;62.5;79
ata;80;31;84;86;0;44.3;76;;act;38;14;68;82;10;64.1;79
;;;;;;;;;;;;;;;;
gaa;27;0;296;67;4;58.2;58;;att;30;9;168;86;13;63.2;79
gat;23;0;217;70;21;65.8;79;;aat;35;15;133;86;10;58.9;85
;;;;;;;;;;;;;;;;
caa;36;14;89;80;12;63.3;59;;gtt;28;8;132;68;11;62.7;82
gga;42;9;88;78;2;56.0;56;;cct;32;8;65;68;11;63.0;81
;;;;;;;;;;;;;;;;
att;30;9;168;86;13;63.2;60;;gta;45;13;84;70;0;58.4;87
ttt;29;12;123;86;15;63.7;87;;caa;36;14;89;80;12;63.3;65
;;;;;;;;;;;;;;;;
act;38;14;68;82;10;64.1;62;;ata;80;31;84;86;0;44.3;95
caa;36;14;89;80;12;63.3;80;;tta;47;35;120;86;13;61.2;62
Tableaux des parallèles %GC[modifier | modifier le wikicode]
  • Ces 30 parallèles sont faits pour les couples dont le paramètre diag est inférieur à 100. Le paramètre cor est tiré du tableau des corrélations et les autres paramètres sont ceux du tableau synthétique.
  • Légende: voir caractérisation des codons et tableaux des parallèles.
  • diag/cor la 1ère ligne indique la valeur de diag la 2ème, la corrélation entre les 2 codons du parallèle.
  • Nota: ici l’abscisse du maximum peut aller jusqu'à 75% GC car les bactéries peuvent atteindre ce taux. Quand la courbe de tendance n'a pas de maximum c'est ce taux qui est indiqué. Si le maximum a une abscisse supérieure à 75% alors cette abscisse est indiquée sous la forme */xx où xx est l'abscisse en question. Cela reste une caractéristique de la courbe même si biologiquement cette abscisse n'est pas atteinte.
111 bactéries: Caractérisation des codons . Parallèle diagramme %GC / coefficient de corrélation. 2/2.
codon écart queue Moyen. abscis cor>79 cor tot diag/cor
gag 30 0 226 75 6 61,7 51
gac 20 0 202 75 27 69,4 81
ttc 22 0 125 75 25 67,8 54
atc 26 2 181 73 11 63,8 89
tac 25 0 107 75/83 8 60,1 54
atc 26 2 181 73 11 63,8 66
ggc 42 0 169 75 28 68,6 55
atc 26 2 181 73 11 63,8 84
ttc 22 0 125 75 25 67,8 56
gac 20 0 202 75 27 69,4 91
ggc 42 0 169 75 28 68,6 62
gag 30 0 226 75 6 61,7 73
ggc 42 0 169 75 28 68,6 63
aag 27 0 202 75/85 1 56,8 68
tga* 104 2 75 1 44,8 66
tag 129 1 75 0 9,3 11
gtg 39 5 137 70 0 60,1 66
gcg 35 5 126 75 3 59,5 69
tac 25 0 107 75/83 8 60,1 67
aag 27 0 202 75/85 1 56,8 77
tac 25 0 107 75/83 8 60,1 67
cac 20 0 70 75 19 66,2 92
ttc 22 0 125 75 25 67,8 67
cac 20 0 70 75 19 66,2 87
gcg 35 5 126 75 3 59,5 67
ccg 40 8 101 75/82 7 61,3 89
ttc 22 0 125 75 25 67,8 67
aag 27 0 202 75/85 1 56,8 80
gtc 32 4 118 75 7 62,9 71
ccg 40 8 101 75/82 7 61,3 75
111 bactéries: Caractérisation des codons . Parallèle diagramme %GC / coefficient de corrélation. 1/2.
codon écart queue Moyen. abscis cor>79 cor tot diag/cor
tcc 37 4 66 67 0 54,8 9
acg 38 4 71 69 0 48,4 40
aag 27 0 202 75/85 1 56,8 14
atc 26 2 181 73 11 63,8 66
gtc 32 4 118 75 7 62,9 17
gcg 35 5 126 75 3 59,5 71
gag 30 0 226 75 6 61,7 23
aag 27 0 202 75/85 1 56,8 76
gac 20 0 202 75 27 69,4 29
aag 27 0 202 75/85 1 56,8 73
ttc 22 0 125 75 25 67,8 30
tac 25 0 107 75/83 8 60,1 82
agc 37 0 55 61 0 42,6 34
ggg 42 0 54 64 0 26,8 26
ctc 44 12 104 75 4 60,0 35
ccg 40 8 101 75/82 7 61,3 58
gac 20 0 202 75 27 69,4 36
atc 26 2 181 73 11 63,8 80
gcc 28 9 164 75 17 66,9 36
acc 30 8 121 75 17 66,0 89
gag 30 0 226 75 6 61,7 37
atc 26 2 181 73 11 63,8 66
gtc 32 4 118 75 7 62,9 39
acc 30 8 121 75 17 66,0 78
ccg 40 8 101 75/82 7 61,3 47
acc 30 8 121 75 17 66,0 74
aac 21 0 128 66 8 57,6 50
cag 26 0 132 68 21 66,3 79
gcg 35 5 126 75 3 59,5 51
acc 30 8 121 75 17 66,0 67
  • Tableaux non formatés du 15.3.17
codon;écart;queue;Moyen.;abscis;Cor>79;cor tot;diag/cor;;codon;écart;queue;Moyen.;abscis;Cor>79;cor tot;diag/cor
;;;;;;;;;;;;;;;;
tcc;37;4;66;67;0;54.8;9;;gag;30;0;226;75;6;61.7;51
acg;38;4;71;69;0;48.4;40;;gac;20;0;202;75;27;69.4;81
;;;;;;;;;;;;;;;;
aag;27;0;202;75/85;1;56.8;14;;ttc;22;0;125;75;25;67.8;54
atc;26;2;181;73;11;63.8;66;;atc;26;2;181;73;11;63.8;89
;;;;;;;;;;;;;;;;
gtc;32;4;118;75;7;62.9;17;;tac;25;0;107;75/83;8;60.1;54
gcg;35;5;126;75;3;59.5;71;;atc;26;2;181;73;11;63.8;66
;;;;;;;;;;;;;;;;
gag;30;0;226;75;6;61.7;23;;ggc;42;0;169;75;28;68.6;55
aag;27;0;202;75/85;1;56.8;76;;atc;26;2;181;73;11;63.8;84
;;;;;;;;;;;;;;;;
gac;20;0;202;75;27;69.4;29;;ttc;22;0;125;75;25;67.8;56
aag;27;0;202;75/85;1;56.8;73;;gac;20;0;202;75;27;69.4;91
;;;;;;;;;;;;;;;;
ttc;22;0;125;75;25;67.8;30;;ggc;42;0;169;75;28;68.6;62
tac;25;0;107;75/83;8;60.1;82;;gag;30;0;226;75;6;61.7;73
;;;;;;;;;;;;;;;;
agc;37;0;55;61;0;42.6;34;;ggc;42;0;169;75;28;68.6;63
ggg;42;0;54;64;0;26.8;26;;aag;27;0;202;75/85;1;56.8;68
;;;;;;;;;;;;;;;;
ctc;44;12;104;75;4;60.0;35;;tga*;104;−;2;75;1;44.8;66
ccg;40;8;101;75/82;7;61.3;58;;tag;129;−;1;75;0;9.3;11
;;;;;;;;;;;;;;;;
gac;20;0;202;75;27;69.4;36;;gtg;39;5;137;70;0;60.1;66
atc;26;2;181;73;11;63.8;80;;gcg;35;5;126;75;3;59.5;69
;;;;;;;;;;;;;;;;
gcc;28;9;164;75;17;66.9;36;;tac;25;0;107;75/83;8;60.1;67
acc;30;8;121;75;17;66.0;89;;aag;27;0;202;75/85;1;56.8;77
;;;;;;;;;;;;;;;;
gag;30;0;226;75;6;61.7;37;;tac;25;0;107;75/83;8;60.1;67
atc;26;2;181;73;11;63.8;66;;cac;20;0;70;75;19;66.2;92
;;;;;;;;;;;;;;;;
gtc;32;4;118;75;7;62.9;39;;ttc;22;0;125;75;25;67.8;67
acc;30;8;121;75;17;66.0;78;;cac;20;0;70;75;19;66.2;87
;;;;;;;;;;;;;;;;
ccg;40;8;101;75/82;7;61.3;47;;gcg;35;5;126;75;3;59.5;67
acc;30;8;121;75;17;66.0;74;;ccg;40;8;101;75/82;7;61.3;89
;;;;;;;;;;;;;;;;
aac;21;0;128;66;8;57.6;50;;ttc;22;0;125;75;25;67.8;67
cag;26;0;132;68;21;66.3;79;;aag;27;0;202;75/85;1;56.8;80
;;;;;;;;;;;;;;;;
gcg;35;5;126;75;3;59.5;51;;gtc;32;4;118;75;7;62.9;71
acc;30;8;121;75;17;66.0;67;;ccg;40;8;101;75/82;7;61.3;75
Diagramme diagcor-gc[modifier | modifier le wikicode]
aac;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag
68;166;77;213;52;187;52;158;78;152;34;154;83;158;79;50;44;341;67;258;64;258;30;414;58;283;73;268;80;141
82;104;63;137;53;251;46;258;66;14;8;257;73;127;68;120;67;262;52;182;65;177;44;328;74;208;49;213;73;29
80;67;50;224;42;181;54;282;82;129;30;338;84;170;86;173;65;135;74;47;81;85;56;224;64;77;88;167;87;165
81;109;44;190;58;225;31;115;63;245;17;324;56;185;57;143;38;170;67;149;64;260;46;257;61;184;43;206;61;278
64;229;54;229;69;319;39;424;53;253;19;261;52;195;62;162;54;245;40;251;52;348;29;298;39;282;57;301;53;284
50;240;44;240;65;264;48;315;56;287;35;243;76;116;79;107;49;256;80;175;82;169;45;323;71;201;75;205;80;36
89;54;33;254;44;105;49;380;62;204;64;192;10;280;31;192;-5;445;29;376;20;379;-2;518;-10;399;35;364;19;232
23;234;44;179;62;123;42;406;67;137;59;255;-12;436;83;164;67;191;69;181;80;226;60;269;79;210;76;318;92;99
87;67;26;221;62;316;23;392;71;108;76;186;11;329;83;134;59;305;80;219;82;213;49;376;65;245;90;220;84;143
83;98;61;72;29;361;44;317;31;175;40;9;-9;396;77;67;59;170;31;92;61;218;66;114;73;110;50;251;67;284
62;239;55;226;58;277;-10;501;73;198;39;109;0;425;73;104;62;169;59;192;80;131;50;181;58;35;79;166;78;208
78;155;42;236;72;228;54;327;14;400;62;249;-8;411;51;201;71;117;64;116;1;152;54;165;73;115;77;120;87;205
85;160;50;233;60;244;53;390;65;138;26;329;-16;331;55;212;58;100;78;39;22;256;72;191;59;153;44;219;60;351
52;311;49;287;58;242;40;315;65;248;70;187;-10;509;66;54;60;209;62;142;25;281;68;63;64;195;48;150;79;233
80;180;50;317;63;340;54;357;49;74;75;147;0;341;8;262;65;161;34;246;24;110;86;142;49;120;63;225;78;239
74;257;45;260;42;268;53;438;78;92;58;165;-14;405;92;67;17;288;77;108;26;34;62;215;67;51;70;102;60;188
91;56;44;372;52;276;44;375;80;215;58;158;19;338;76;99;74;224;11;315;14;251;54;223;73;138;89;36;76;23
78;89;61;166;62;286;59;370;52;150;55;264;-15;375;66;213;77;122;78;143;1;288;84;55;37;240;50;214;72;136
83;127;57;207;62;346;45;456;72;113;50;252;-6;453;57;126;68;199;71;152;29;193;26;272;76;112;56;312;48;248
73;93;52;252;56;312;58;332;56;246;56;192;9;398;67;161;64;110;59;160;29;156;81;156;21;317;79;93;50;253
87;93;47;215;67;289;58;308;77;229;68;214;10;389;46;287;75;179;75;71;57;221;85;147;73;160;17;315;66;37
20;238;50;207;51;220;56;386;62;199;71;282;-19;472;73;151;62;280;80;118;15;236;58;207;76;156;79;191;-3;277
82;88;37;249;68;293;47;340;75;168;68;251;-3;344;66;258;62;140;65;243;19;347;84;130;34;156;78;180;81;147
72;159;56;202;30;114;54;281;73;94;66;219;11;322;84;85;75;116;78;100;75;270;96;192;89;67;79;166;71;142
82;30;50;277;53;226;15;367;79;145;50;142;-4;401;75;89;72;195;62;193;34;257;54;273;80;122;69;83;72;259
-6;339;55;130;65;188;60;348;16;150;64;223;-13;357;68;128;68;168;87;143;22;293;70;146;52;238;87;93;59;180
70;234;-6;366;56;287;50;378;81;99;36;104;-10;299;61;95;74;128;76;114;25;282;83;183;64;96;67;252;70;187
76;184;52;246;3;439;51;316;59;136;65;147;20;388;70;95;69;66;84;75;45;252;90;89;74;176;72;113;66;323
54;325;46;193;65;97;-11;66;52;157;59;108;-2;364;24;211;75;120;71;17;35;311;73;62;76;147;76;144;78;206
67;311;43;357;56;172;44;407;-5;339;65;206;2;396;64;78;50;196;83;111;23;240;88;118;59;118;87;129;59;212
55;132;34;336;37;417;60;318;42;103;5;426;2;330;69;160;53;83;27;245;16;199;82;94;60;80;78;113;81;51
  • Paramètre diag voir diag gc
  • Coefficients de corrélations gc:
;aac;aag;acc;acg;agc;atc;atg;cac;cag;ccc;ccg;cgc;cgg;ctc;ctg;gac;gag;gcc;gcg;ggc;ggg;gtc;gtg;tac;tag;tcc;tcg;tga;tgc;tgg;ttc
aac;100.0;67.6;76.9;52.1;52.1;78.5;34.5;82.5;78.5;44.0;67.4;64.3;30.1;58.3;73.5;79.9;60.0;63.3;63.7;72.0;0.5;59.4;58.9;82.9;-12.4;63.6;55.8;38.8;57.8;49.7;82.0
aag;67.6;100.0;62.8;52.5;46.5;66.1;8.4;73.0;67.9;66.5;51.6;64.9;44.3;74.2;49.3;73.1;76.3;70.4;48.8;67.8;22.0;63.9;61.9;76.7;10.8;59.3;61.8;47.7;68.6;43.9;79.7
acc;76.9;62.8;100.0;41.9;54.4;81.6;29.6;84.3;86.4;65.5;74.3;81.1;55.5;64.0;87.7;87.3;71.8;89.0;66.6;85.6;25.2;78.4;71.1;72.8;-8.7;75.9;67.0;48.7;64.9;54.4;81.3
acg;52.1;52.5;41.9;100.0;31.3;63.1;17.1;56.2;57.3;38.1;67.4;63.6;46.3;61.3;42.9;60.8;48.4;49.8;73.2;61.6;24.2;61.8;58.0;51.0;0.5;39.6;70.9;42.5;44.0;44.4;63.8
agc;52.1;46.5;54.4;31.3;100.0;53.1;18.6;51.8;61.7;53.6;39.7;51.8;29.4;39.4;56.7;52.9;49.6;55.8;37.1;53.8;26.1;33.9;59.9;55.2;-7.6;39.1;30.5;23.1;61.5;33.5;50.4
atc;78.5;66.1;81.6;63.1;53.1;100.0;35.1;76.1;79.5;48.9;80.1;82.0;44.9;70.6;75.0;79.8;66.2;78.7;75.5;84.3;13.9;76.7;64.9;66.4;-16.2;61.6;72.9;44.3;62.5;43.8;88.5
atg;34.5;8.4;29.6;17.1;18.6;35.1;100.0;10.2;31.3;-4.6;28.6;19.9;-1.7;-10.2;34.6;19.2;-2.6;16.7;21.2;26.3;1.3;10.8;17.1;8.1;-10.2;26.1;14.0;-10.2;29.2;25.7;23.4
cac;82.5;73.0;84.3;56.2;51.8;76.1;10.2;100.0;83.4;67.0;69.5;79.7;59.9;78.6;75.6;92.3;81.0;79.0;72.7;81.4;29.5;78.1;74.2;91.6;0.4;69.5;65.0;54.0;58.5;60.7;86.6
cag;78.5;67.9;86.4;57.3;61.7;79.5;31.3;83.4;100.0;58.7;79.8;81.5;49.4;65.2;89.6;83.9;70.8;77.9;75.8;84.9;29.1;70.9;77.1;75.7;-13.8;74.6;64.9;53.2;72.0;54.9;82.6
ccc;44.0;66.5;65.5;38.1;53.6;48.9;-4.6;67.0;58.7;100.0;30.9;60.6;66.4;72.5;50.4;67.2;72.0;79.3;34.0;58.1;57.1;59.2;68.2;65.6;19.0;58.4;48.6;39.7;59.7;41.7;61.7
ccg;67.4;51.6;74.3;67.4;39.7;80.1;28.6;69.5;79.8;30.9;100.0;80.0;49.6;57.7;79.3;78.0;59.0;69.1;89.0;84.4;15.2;75.0;63.9;56.9;-15.5;57.8;77.6;54.0;57.7;49.7;77.8
cgc;64.3;64.9;81.1;63.6;51.8;82.0;19.9;79.7;81.5;60.6;80.0;100.0;53.8;72.6;77.5;87.4;69.6;86.6;79.5;95.7;19.4;79.5;75.4;67.2;-6.1;55.4;80.1;52.7;62.8;49.4;84.9
cgg;30.1;44.3;55.5;46.3;29.4;44.9;-1.7;59.9;49.4;66.4;49.6;53.8;100.0;59.4;43.9;59.7;66.0;67.2;52.1;54.5;74.9;65.0;62.2;46.3;8.9;49.9;52.0;44.1;42.1;49.9;52.3
ctc;58.3;74.2;64.0;61.3;39.4;70.6;-10.2;78.6;65.2;72.5;57.7;72.6;59.4;100.0;47.6;79.4;78.3;71.8;63.9;70.3;34.3;78.2;62.3;73.1;9.6;56.1;72.4;58.9;51.9;44.9;79.8
ctg;73.5;49.3;87.7;42.9;56.7;75.0;34.6;75.6;89.6;50.4;79.3;77.5;43.9;47.6;100.0;77.6;59.3;76.0;74.1;83.2;22.4;61.8;74.8;66.4;-18.7;68.5;55.7;45.0;62.4;44.3;73.9
gac;79.9;73.1;87.3;60.8;52.9;79.8;19.2;92.3;83.9;67.2;78.0;87.4;59.7;79.4;77.6;100.0;80.8;87.1;76.2;90.5;24.5;87.1;72.4;84.4;-2.6;71.4;76.6;57.5;62.3;61.4;91.3
gag;60.0;76.3;71.8;48.4;49.6;66.2;-2.6;81.0;70.8;72.0;59.0;69.6;66.0;78.3;59.3;80.8;100.0;78.5;59.3;72.6;45.0;75.9;68.2;75.0;11.1;67.7;62.0;57.9;56.3;57.0;78.3
gcc;63.3;70.4;89.0;49.8;55.8;78.7;16.7;79.0;77.9;79.3;69.1;86.6;67.2;71.8;76.0;87.1;78.5;100.0;60.0;88.2;34.8;84.0;74.4;68.3;-4.2;65.9;74.8;55.6;66.6;52.3;83.4
gcg;63.7;48.8;66.6;73.2;37.1;75.5;21.2;72.7;75.8;34.0;89.0;79.5;52.1;63.9;74.1;76.2;59.3;60.0;100.0;82.1;23.4;70.9;68.7;60.5;-12.9;49.9;73.1;47.3;51.1;47.0;73.3
ggc;72.0;67.8;85.6;61.6;53.8;84.3;26.3;81.4;84.9;58.1;84.4;95.7;54.5;70.3;83.2;90.5;72.6;88.2;82.1;100.0;15.6;83.1;74.8;69.7;-9.9;64.0;79.1;54.0;68.2;50.0;86.7
ggg;0.5;22.0;25.2;24.2;26.1;13.9;1.3;29.5;29.1;57.1;15.2;19.4;74.9;34.3;22.4;24.5;45.0;34.8;23.4;15.6;100.0;26.7;49.5;24.2;20.0;35.9;16.1;15.5;30.1;36.7;20.5
gtc;59.4;63.9;78.4;61.8;33.9;76.7;10.8;78.1;70.9;59.2;75.0;79.5;65.0;78.2;61.8;87.1;75.9;84.0;70.9;83.1;26.7;100.0;52.5;64.0;-1.5;65.1;80.9;59.5;52.6;56.4;81.6
gtg;58.9;61.9;71.1;58.0;59.9;64.9;17.1;74.2;77.1;68.2;63.9;75.4;62.2;62.3;74.8;72.4;68.2;74.4;68.7;74.8;49.5;52.5;100.0;69.5;1.9;59.2;59.3;49.7;64.6;49.6;72.1
tac;82.9;76.7;72.8;51.0;55.2;66.4;8.1;91.6;75.7;65.6;56.9;67.2;46.3;73.1;66.4;84.4;75.0;68.3;60.5;69.7;24.2;64.0;69.5;100.0;2.2;64.9;51.7;50.6;55.9;55.5;81.7
tag;-12.4;10.8;-8.7;0.5;-7.6;-16.2;-10.2;0.4;-13.8;19.0;-15.5;-6.1;8.9;9.6;-18.7;-2.6;11.1;-4.2;-12.9;-9.9;20.0;-1.5;1.9;2.2;100.0;4.7;-5.1;-11.2;2.8;-6.3;-6.0
tcc;63.6;59.3;75.9;39.6;39.1;61.6;26.1;69.5;74.6;58.4;57.8;55.4;49.9;56.1;68.5;71.4;67.7;65.9;49.9;64.0;35.9;65.1;59.2;64.9;4.7;100.0;41.7;44.0;65.3;51.5;69.6
tcg;55.8;61.8;67.0;70.9;30.5;72.9;14.0;65.0;64.9;48.6;77.6;80.1;52.0;72.4;55.7;76.6;62.0;74.8;73.1;79.1;16.1;80.9;59.3;51.7;-5.1;41.7;100.0;60.3;55.8;46.2;76.3
tga;38.8;47.7;48.7;42.5;23.1;44.3;-10.2;54.0;53.2;39.7;54.0;52.7;44.1;58.9;45.0;57.5;57.9;55.6;47.3;54.0;15.5;59.5;49.7;50.6;-11.2;44.0;60.3;100.0;37.1;43.4;54.1
tgc;57.8;68.6;64.9;44.0;61.5;62.5;29.2;58.5;72.0;59.7;57.7;62.8;42.1;51.9;62.4;62.3;56.3;66.6;51.1;68.2;30.1;52.6;64.6;55.9;2.8;65.3;55.8;37.1;100.0;34.1;67.3
tgg;49.7;43.9;54.4;44.4;33.5;43.8;25.7;60.7;54.9;41.7;49.7;49.4;49.9;44.9;44.3;61.4;57.0;52.3;47.0;50.0;36.7;56.4;49.6;55.5;-6.3;51.5;46.2;43.4;34.1;100.0;55.4
ttc;82.0;79.7;81.3;63.8;50.4;88.5;23.4;86.6;82.6;61.7;77.8;84.9;52.3;79.8;73.9;91.3;78.3;83.4;73.3;86.7;20.5;81.6;72.1;81.7;-6.0;69.6;76.3;54.1;67.3;55.4;100.0
Diagramme diagcor-at[modifier | modifier le wikicode]
aaa;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag;cor;diag
92;116;70;272;67;223;67;297;0;434;72;239;71;293;83;38;67;229;61;258;59;329;62;250;14;459;-6;358;46;388;35;290
93;96;63;169;66;119;59;204;-6;394;73;149;69;194;85;79;68;119;62;221;53;230;54;249;15;459;-13;323;41;305;19;217
91;45;11;308;69;54;68;188;9;307;73;140;51;226;70;244;73;53;70;112;75;71;77;147;24;368;4;298;67;165;61;177
69;199;9;284;84;223;60;180;-5;318;75;133;41;208;75;195;80;62;69;130;83;123;77;162;20;385;21;305;65;214;43;182
69;148;25;209;91;118;73;251;33;352;66;136;76;56;46;270;48;239;46;269;53;199;60;308;6;393;-45;375;58;261;49;298
64;229;30;215;67;218;69;170;73;203;5;297;43;355;-13;420;-8;318;0;246;-3;272;17;244;3;155;-39;284;20;181;37;205
8;384;3;335;75;200;64;176;69;100;78;225;54;188;72;219;80;189;71;224;68;174;70;269;31;363;-5;377;68;165;40;265
77;180;13;244;61;104;66;166;69;98;79;129;91;129;38;261;30;226;34;321;32;254;43;345;-5;432;-44;365;41;311;28;288
70;217;26;299;-8;435;62;171;79;79;82;115;92;78;49;396;83;196;73;232;67;303;67;222;34;447;15;324;47;371;32;256
87;60;-4;331;78;174;14;288;60;108;77;107;75;220;41;413;62;199;81;121;76;123;71;157;42;383;21;263;65;212;31;136
69;148;25;277;62;95;72;66;4;375;68;110;73;169;43;335;50;194;61;301;62;78;74;70;46;320;24;271;54;174;45;136
68;182;46;189;85;187;65;219;64;87;0;347;64;247;52;356;76;228;50;192;31;265;70;133;21;327;30;278;68;97;46;157
59;259;47;174;81;209;67;235;49;135;75;55;-4;399;18;464;82;233;76;117;20;264;64;202;36;272;17;208;64;195;69;115
67;223;31;189;67;315;62;215;75;174;54;163;81;201;-15;400;57;387;72;124;40;298;56;178;46;208;6;178;26;238;20;269
23;457;49;107;62;245;66;255;70;133;82;200;67;232;37;386;12;301;63;256;56;306;73;99;40;206;55;253;4;304;-1;138
-7;318;46;208;58;338;58;191;74;194;79;166;86;93;15;492;67;341;17;243;12;438;63;111;66;203;44;251;65;234;41;184
52;336;30;106;21;469;69;298;70;132;66;198;78;169;52;394;33;375;70;215;-12;357;83;258;82;208;77;213;61;315;60;235
41;207;26;233;-8;327;29;352;82;220;74;129;78;204;51;334;70;162;52;245;38;406;32;309;39;363;74;220;75;333;43;340
55;314;31;93;54;293;4;428;34;435;67;242;62;280;44;327;71;178;54;269;1;427;66;215;-4;285;52;367;81;345;75;354
68;291;32;230;13;250;60;152;18;351;16;408;68;245;54;333;69;137;65;87;38;228;62;247;63;319;8;304;58;476;70;365
57;216;46;233;51;423;34;322;59;221;-1;377;25;476;45;332;81;213;64;112;50;253;57;170;16;350;65;332;2;419;59;493
50;168;36;71;66;399;50;457;44;243;62;191;0;336;-5;259;81;82;67;95;42;222;56;59;62;174;32;354;80;440;3;407
65;169;52;120;47;330;64;450;62;414;42;269;53;357;42;293;23;326;76;118;67;280;56;141;72;152;60;220;35;468;61;451
27;250;23;133;50;294;59;355;75;397;64;434;33;226;37;332;27;200;17;305;48;166;52;161;66;114;66;163;75;246;31;491
59;221;37;147;59;227;51;341;67;274;75;420;63;330;22;353;64;260;15;196;5;235;73;130;77;188;69;129;83;293;60;272
63;164;29;118;26;350;62;266;71;265;65;306;79;282;58;289;65;118;69;127;70;113;35;334;85;56;82;198;87;249;68;317
44;416;40;146;57;237;36;421;69;184;58;296;60;238;52;286;81;156;49;64;43;326;-26;213;33;310;79;71;77;311;68;269
91;33;18;302;56;300;66;274;42;353;67;212;56;190;44;314;85;155;72;287;25;176;56;237;42;174;25;271;83;227;72;331
79;159;23;296;45;449;60;360;67;190;38;382;65;189;47;345;83;76;75;261;51;96;62;125;64;241;32;150;36;298;73;221
77;129;19;297;90;169;33;392;73;290;58;218;34;283;19;285;84;27;74;135;59;94;66;299;54;92;61;254;25;200;19;282
80;202;33;269;81;154;76;225;42;418;74;320;68;241;53;283;65;151;67;123;67;103;63;274;70;179;63;116;66;345;24;201
85;143;28;354;71;129;62;64;75;150;46;409;66;189;48;336;62;104;66;113;64;116;56;139;81;180;79;164;52;264;55;359
19;276;8;321;71;201;82;89;70;34;81;181;49;441;51;355;67;149;53;226;7;235;54;125;75;49;81;167;79;58;58;264
  • Paramètre diag, voir diag at
  • Coefficients de corrélations at:
cor;aaa;aat;aca;act;aga;agg;agt;ata;att;caa;cat;cca;cct;cga;cgt;cta;ctt;gaa;gat;gca;gct;gga;ggt;gta;gtt;taa;tat;tca;tct;tgt;tta;ttg;ttt
aaa;100.0;91.5;70.3;67.2;67.4;-0.3;72.3;71.2;83.0;66.8;61.2;58.8;62.0;13.9;-5.9;45.7;34.7;60.4;65.0;54.7;45.8;63.6;30.9;61.0;62.2;49.3;91.3;77.6;73.3;72.7;84.4;10.8;92.9
aat;91.5;100.0;62.8;65.9;59.1;-6.4;72.8;69.3;84.9;68.3;62.0;53.1;54.0;14.7;-12.9;41.1;19.3;43.5;61.2;44.1;39.6;56.1;20.2;49.6;49.7;40.8;92.0;78.7;68.6;68.6;91.0;8.9;90.5
aca;70.3;62.8;100.0;69.0;67.8;8.6;72.8;50.7;69.9;73.2;69.7;74.9;77.1;24.2;3.9;67.5;61.4;75.3;75.4;76.6;65.6;73.3;39.7;76.0;76.2;42.8;74.5;82.3;69.2;63.5;66.8;25.1;69.3
act;67.2;65.9;69.0;100.0;60.0;-4.7;75.3;41.0;75.1;80.0;69.1;83.3;77.3;20.3;20.6;64.7;43.3;69.7;81.0;74.1;81.9;63.4;56.1;71.7;82.1;51.8;73.1;77.2;78.8;66.5;74.8;30.4;68.5
aga;67.4;59.1;67.8;60.0;100.0;33.4;66.4;76.0;45.5;47.8;45.8;53.1;59.8;6.4;-44.6;58.1;48.5;58.7;58.2;52.1;38.5;82.9;11.7;63.2;56.8;17.6;64.4;67.8;60.3;61.5;60.6;3.2;63.6
agg;-0.3;-6.4;8.6;-4.7;33.4;100.0;5.0;43.3;-13.4;-8.0;-0.4;-2.9;17.1;3.0;-38.7;19.7;37.1;2.7;2.2;7.6;-3.6;31.9;-12.0;16.8;12.2;-14.5;-3.8;0.2;3.6;13.9;-8.0;12.6;7.9
agt;72.3;72.8;72.8;75.3;66.4;5.0;100.0;54.4;72.2;79.7;70.9;68.0;70.2;30.7;-4.8;68.3;40.5;60.9;80.3;64.9;62.7;65.8;38.0;69.7;66.8;36.8;81.4;74.8;63.9;71.9;77.9;25.7;76.9
ata;71.2;69.3;50.7;41.0;76.0;43.3;54.4;100.0;37.8;30.4;34.1;32.0;42.8;-4.8;-43.8;40.9;27.6;30.5;35.1;32.3;15.7;62.5;1.5;51.5;33.3;14.5;66.9;53.6;49.5;64.8;62.1;-3.8;69.7
att;83.0;84.9;69.9;75.1;45.5;-13.4;72.2;37.8;100.0;82.6;73.0;67.3;66.9;33.8;15.3;47.3;32.4;60.0;74.7;60.1;62.1;56.7;38.4;53.5;69.7;51.6;85.6;81.7;75.3;67.4;85.0;25.1;87.3
caa;66.8;68.3;73.2;80.0;47.8;-8.0;79.7;30.4;82.6;100.0;80.5;76.2;71.5;42.3;21.2;64.9;31.3;67.9;82.6;66.3;72.3;55.8;50.0;65.0;71.3;50.9;77.9;79.5;70.2;61.9;81.3;46.1;69.2
cat;61.2;62.0;69.7;69.1;45.8;-0.4;70.9;34.1;73.0;80.5;100.0;62.4;74.1;45.8;24.0;54.4;45.0;67.5;86.6;68.6;66.5;55.8;41.9;63.8;68.6;44.0;78.3;66.4;73.9;66.5;67.0;46.9;68.2
cca;58.8;53.1;74.9;83.3;53.1;-2.9;68.0;32.0;67.3;76.2;62.4;100.0;69.6;20.5;29.6;67.8;45.9;71.6;76.9;81.7;77.3;52.4;66.6;66.7;81.0;54.4;62.3;74.3;69.5;57.8;62.3;31.2;58.9
cct;62.0;54.0;77.1;77.3;59.8;17.1;70.2;42.8;66.9;71.5;74.1;69.6;100.0;35.5;16.7;64.1;68.7;73.0;82.5;78.7;85.4;73.3;47.8;76.0;81.3;44.6;68.2;66.8;82.3;69.0;57.6;49.3;66.6
cga;13.9;14.7;24.2;20.3;6.4;3.0;30.7;-4.8;33.8;42.3;45.8;20.5;35.5;100.0;6.4;25.8;20.3;18.7;36.0;25.1;32.6;35.3;5.3;17.4;23.4;-5.1;24.6;16.3;33.6;29.4;21.3;46.3;23.1
cgt;-5.9;-12.9;3.9;20.6;-44.6;-38.7;-4.8;-43.8;15.3;21.2;24.0;29.6;16.7;6.4;100.0;4.5;-0.6;23.9;25.3;31.7;41.6;-26.4;69.9;15.2;26.7;41.6;0.1;-1.1;17.7;4.0;-8.0;30.0;-7.5
cta;45.7;41.1;67.5;64.7;58.1;19.7;68.3;40.9;47.3;64.9;54.4;67.8;64.1;25.8;4.5;100.0;41.2;55.5;65.6;61.0;63.5;56.2;43.1;68.5;64.4;36.8;53.5;61.6;59.1;60.1;53.9;26.4;52.1
ctt;34.7;19.3;61.4;43.3;48.5;37.1;40.5;27.6;32.4;31.3;45.0;45.9;68.7;20.3;-0.6;41.2;100.0;57.6;52.4;63.5;54.2;62.0;25.0;49.4;65.2;22.4;33.2;41.6;44.1;33.5;12.7;31.1;40.7
gaa;60.4;43.5;75.3;69.7;58.7;2.7;60.9;30.5;60.0;67.9;67.5;71.6;73.0;18.7;23.9;55.5;57.6;100.0;79.4;79.1;70.1;65.6;51.2;72.4;80.7;58.2;63.1;63.8;61.9;49.7;51.1;31.6;55.4
gat;65.0;61.2;75.4;81.0;58.2;2.2;80.3;35.1;74.7;82.6;86.6;76.9;82.5;36.0;25.3;65.6;52.4;79.4;100.0;81.4;81.4;63.3;58.9;75.0;85.0;52.1;78.8;74.7;74.9;64.4;66.3;45.7;67.8
gca;54.7;44.1;76.6;74.1;52.1;7.6;64.9;32.3;60.1;66.3;68.6;81.7;78.7;25.1;31.7;61.0;63.5;79.1;81.4;100.0;75.5;56.2;67.3;74.0;83.5;44.0;59.6;65.4;67.4;59.3;47.5;36.0;56.8
gct;45.8;39.6;65.6;81.9;38.5;-3.6;62.7;15.7;62.1;72.3;66.5;77.3;85.4;32.6;41.6;63.5;54.2;70.1;81.4;75.5;100.0;53.7;64.5;67.0;84.0;47.3;55.5;57.8;71.2;51.4;49.6;52.1;50.1
gga;63.6;56.1;73.3;63.4;82.9;31.9;65.8;62.5;56.7;55.8;55.8;52.4;73.3;35.3;-26.4;56.2;62.0;65.6;63.3;56.2;53.7;100.0;6.7;65.5;65.3;19.0;65.3;66.9;69.1;61.9;58.8;22.8;64.9
ggt;30.9;20.2;39.7;56.1;11.7;-12.0;38.0;1.5;38.4;50.0;41.9;66.6;47.8;5.3;69.9;43.1;25.0;51.2;58.9;67.3;64.5;6.7;100.0;53.4;61.5;52.9;33.8;37.8;41.6;36.2;25.5;36.9;27.0
gta;61.0;49.6;76.0;71.7;63.2;16.8;69.7;51.5;53.5;65.0;63.8;66.7;76.0;17.4;15.2;68.5;49.4;72.4;75.0;74.0;67.0;65.5;53.4;100.0;66.8;48.3;67.8;58.1;67.4;65.5;57.5;29.4;59.3
gtt;62.2;49.7;76.2;82.1;56.8;12.2;66.8;33.3;69.7;71.3;68.6;81.0;81.3;23.4;26.7;64.4;65.2;80.7;85.0;83.5;84.0;65.3;61.5;66.8;100.0;50.8;65.5;74.4;73.0;59.7;55.8;39.9;63.3
taa;49.3;40.8;42.8;51.8;17.6;-14.5;36.8;14.5;51.6;50.9;44.0;54.4;44.6;-5.1;41.6;36.8;22.4;58.2;52.1;44.0;47.3;19.0;52.9;48.3;50.8;100.0;48.7;46.5;42.5;33.1;45.0;17.7;44.1
tat;91.3;92.0;74.5;73.1;64.4;-3.8;81.4;66.9;85.6;77.9;78.3;62.3;68.2;24.6;0.1;53.5;33.2;63.1;78.8;59.6;55.5;65.3;33.8;67.8;65.5;48.7;100.0;81.4;74.8;75.6;90.1;22.9;91.4
tca;77.6;78.7;82.3;77.2;67.8;0.2;74.8;53.6;81.7;79.5;66.4;74.3;66.8;16.3;-1.1;61.6;41.6;63.8;74.7;65.4;57.8;66.9;37.8;58.1;74.4;46.5;81.4;100.0;69.5;62.4;81.5;18.6;78.9
tct;73.3;68.6;69.2;78.8;60.3;3.6;63.9;49.5;75.3;70.2;73.9;69.5;82.3;33.6;17.7;59.1;44.1;61.9;74.9;67.4;71.2;69.1;41.6;67.4;73.0;42.5;74.8;69.5;100.0;82.1;70.9;33.5;76.8
tgt;72.7;68.6;63.5;66.5;61.5;13.9;71.9;64.8;67.4;61.9;66.5;57.8;69.0;29.4;4.0;60.1;33.5;49.7;64.4;59.3;51.4;61.9;36.2;65.5;59.7;33.1;75.6;62.4;82.1;100.0;71.2;27.7;80.2
tta;84.4;91.0;66.8;74.8;60.6;-8.0;77.9;62.1;85.0;81.3;67.0;62.3;57.6;21.3;-8.0;53.9;12.7;51.1;66.3;47.5;49.6;58.8;25.5;57.5;55.8;45.0;90.1;81.5;70.9;71.2;100.0;8.5;84.8
ttg;10.8;8.9;25.1;30.4;3.2;12.6;25.7;-3.8;25.1;46.1;46.9;31.2;49.3;46.3;30.0;26.4;31.1;31.6;45.7;36.0;52.1;22.8;36.9;29.4;39.9;17.7;22.9;18.6;33.5;27.7;8.5;100.0;18.8
ttt;92.9;90.5;69.3;68.5;63.6;7.9;76.9;69.7;87.3;69.2;68.2;58.9;66.6;23.1;-7.5;52.1;40.7;55.4;67.8;56.8;50.1;64.9;27.0;59.3;63.3;44.1;91.4;78.9;76.8;80.2;84.8;18.8;100.0

Caractérisation des aas par les courbes et les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]

Tableau des diagrammes aas DRNA[modifier | modifier le wikicode]

6550;304;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aas;KEGG;%AT;%GC;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
5,710;zin;86.5;13.5;92.911;58.499;147.969;196.145;461.114;216.792;60.794;1073.638;1262.901;591.877;75.705;863.728;142.234;97.499;128.469;308.556;174.351;134.205;63.088;392.291
5,760;crp;83.4;16.6;90.967;103.475;191.031;218.322;599.247;218.322;81.871;985.859;979.036;667.473;70.500;732.287;112.572;103.475;128.491;408.216;192.169;210.362;50.032;399.119
5,864;hcr;77.5;22.5;255.776;25.689;377.521;442.302;321.674;309.388;91.588;767.328;782.964;632.180;97.172;543.943;195.462;234.554;221.151;371.936;235.671;254.659;75.951;306.037
6,157;mcac;76.3;23.7;303.175;35.104;444.657;442.529;276.581;321.259;92.548;618.052;621.243;631.881;125.525;494.654;190.415;272.326;223.392;378.703;325.514;396.787;64.890;284.027
6,041;ssdc;75.8;24.2;317.670;78.062;340.439;387.059;291.650;380.554;123.599;710.151;604.983;628.836;147.451;419.585;243.945;202.745;328.512;385.975;291.650;333.933;65.052;261.292
6,132;sbw;74.9;25.1;316.160;68.359;331.114;424.040;318.297;373.838;134.582;671.841;661.160;575.711;144.195;410.154;228.575;216.826;311.888;379.179;271.300;370.634;71.563;263.823
5,709;uur;74.5;25.5;332.702;44.743;424.482;438.249;277.634;329.261;130.786;651.638;600.012;595.423;135.375;482.992;214.536;260.426;226.008;368.267;300.579;374.003;59.657;295.990
6,361;ple;73.8;26.2;284.185;107.084;292.423;359.350;276.978;388.181;112.233;730.027;657.951;633.239;134.885;406.715;209.020;184.309;320.223;375.825;320.223;382.003;81.343;287.274
6,600;smf;73.7;26.3;313.589;46.641;418.781;606.339;253.055;412.826;103.207;569.621;644.049;575.575;157.787;364.200;206.413;157.787;272.902;359.238;314.582;436.643;53.588;276.872
6,345;fnc;72.9;27.1;350.966;48.516;394.321;614.191;232.257;413.934;105.290;531.611;632.771;616.255;157.935;339.611;220.902;162.064;286.966;348.902;310.708;437.675;58.838;279.741
6,697;bfl;72.6;27.4;322.739;75.306;372.617;340.343;256.235;370.661;149.634;656.236;488.021;641.566;159.414;432.275;225.917;282.641;314.915;400.001;296.333;400.979;70.416;287.531
6,334;cbl;71.7;28.3;344.337;67.213;427.061;622.496;251.273;405.346;104.439;525.295;580.100;559.419;170.618;338.133;245.069;167.515;292.635;353.644;296.771;460.151;59.975;271.954
6,762;rip;71.5;28.5;220.840;82.331;362.255;467.832;326.417;352.569;136.572;648.960;630.556;570.503;170.473;351.600;202.437;219.871;407.779;481.392;253.772;343.852;78.456;235.369
6,715;rpr;71.0;29.0;381.372;74.129;373.569;470.131;295.539;377.470;131.676;589.127;533.531;612.536;137.528;367.717;229.213;232.139;290.662;405.756;319.923;419.412;61.449;240.918
6,569;pub;70.3;29.7;346.975;70.791;434.716;513.483;309.087;373.895;111.670;554.362;674.009;594.244;122.638;385.860;237.299;193.429;257.240;412.780;318.060;373.895;58.826;200.408
6,265;cad;70.1;29.9;310.494;51.226;440.128;640.851;244.632;431.765;100.362;533.172;562.444;543.626;155.770;318.858;242.541;148.452;319.903;369.038;341.857;455.810;64.817;267.631
6,706;cje;69.5;30.5;447.322;73.251;391.651;586.988;291.052;390.674;120.132;513.736;654.379;632.892;145.526;335.980;209.987;197.290;262.728;360.397;258.821;377.000;55.671;238.311
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6,271;tme;68.6;31.4;315.419;54.311;364.508;598.461;255.886;393.752;114.888;574.439;651.727;582.794;126.377;306.019;274.686;151.443;286.175;332.130;319.597;489.840;64.755;286.175
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6,581;sma;29.3;70.7;644.913;39.809;436.909;529.466;230.895;516.528;131.371;284.638;310.514;598.137;149.285;186.109;326.437;221.938;440.890;312.504;383.166;523.494;97.533;179.142
6,465;amd;28.7;71.3;676.746;36.471;463.997;481.219;215.789;534.913;147.912;275.561;255.300;608.869;128.663;184.383;336.347;214.776;492.363;292.784;369.779;543.018;92.191;192.488
6,559;sho;28.0;72.0;661.056;41.940;438.374;528.246;226.676;517.261;136.805;301.569;294.579;588.160;151.783;183.738;328.531;214.693;456.348;295.578;387.447;509.273;96.862;184.736
6,561;sgr;27.8;72.2;646.879;41.927;447.225;511.114;228.604;513.111;135.765;285.505;302.476;586.983;156.728;195.661;329.429;213.630;451.218;298.483;391.322;535.073;95.834;176.694
6,452;cmi;27.3;72.7;643.595;25.378;483.204;494.371;215.209;522.794;124.862;310.631;247.693;633.444;131.968;156.331;326.873;229.420;527.870;337.025;375.600;514.673;93.392;149.225
6,571;salb;26.7;73.3;641.907;41.864;453.522;524.291;228.256;518.310;134.561;289.058;287.064;600.044;149.513;187.389;321.950;217.292;464.486;300.022;389.730;518.310;96.685;179.415
6,532;ksk;25.8;74.2;674.818;44.119;438.181;511.378;217.586;506.364;136.367;282.762;259.700;610.645;147.397;181.489;345.932;207.559;473.275;316.854;371.000;529.427;100.270;188.508
6,733;ade;25.1;74.9;690.665;50.584;397.862;539.886;219.846;517.513;135.215;326.850;365.761;606.035;131.324;170.234;352.142;192.608;509.731;268.484;282.103;543.777;75.876;167.316
;;Moyenne;;489.562;57.628;418.549;521.403;247.595;453.108;128.477;433.359;449.512;611.379;154.256;261.483;285.912;220.434;383.199;335.807;325.198;470.634;73.624;222.499
;;Max;;693.41;121.45;525.52;693.99;599.25;538.34;162.29;1073.64;1262.90;753.25;206.81;863.73;400.88;302.06;546.38;496.36;391.32;588.10;116.56;399.12
;;min;;90.97;21.48;147.97;196.15;171.03;216.79;60.79;261.31;228.63;543.31;70.50;122.74;112.57;97.50;128.47;219.74;174.35;134.20;50.03;149.22
;;sans zin ni crp;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Max;;693.41;121.45;525.52;693.99;326.42;538.34;162.29;767.33;782.96;753.25;206.81;543.94;400.88;302.06;546.38;496.36;391.32;588.10;116.56;306.04
;;min;;220.84;21.48;292.42;340.34;171.03;309.39;91.59;261.31;228.63;543.31;97.17;122.74;190.42;148.45;221.15;219.74;230.86;254.66;53.59;149.22

Courbes à partir des équations de tendance[modifier | modifier le wikicode]

  • Calculs: (x3/100000)*GC^3+x2*GC^2+x*GC+cte.
  • Ces constantes sont relevées à partir des diagrammes des aas.
x3;358;-129;400;931;-394;185;96;-892;-781;-100;-10;-816;109;83;157;127;303;553;26;-206
x2;-0.57849;0.16783;-0.63756;-1.4373;0.64072;-0.32993;-0.16141;1.4541;1.2957;0.14754;-0.04329;1.3475;-0.20295;-0.174;-0.26066;-0.17896;-0.46813;-0.88415;-0.02951;0.33194
x;36.621;-6.8189;33.275;70.122;-34.309;21.534;8.8177;-81.101;-74.904;-6.4651;5.2984;-74.738;14.038;11.001;18.23;6.082;23.712;47.17;1.4131;-18.906
cte;-315.43;145.47;-138.18;-539.3;836.99;-10.255;-23.863;1922.6;1883.1;691.18;24.346;1605.9;-30.062;13.33;-56.1;314.31;-62.377;-347.39;43.687;584.11
%GC;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
13.54;83.22;80.71;205.39;169.71;480.15;225.40;68.31;1068.99;1087.11;628.21;87.90;820.78;125.50;132.44;146.83;367.00;180.37;142.89;58.05;383.88
16.56;148.72;72.71;256.25;270.18;426.58;264.32;82.27;937.65;962.38;620.03;99.78;700.55;151.74;151.59;181.48;371.72;215.72;216.49;60.18;352.66
22.53;256.95;62.28;333.63;417.45;344.18;328.59;103.85;731.48;763.88;608.98;120.60;512.72;195.66;182.35;240.27;375.02;268.89;329.80;63.52;303.09
23.66;274.65;61.00;345.21;438.56;331.69;339.08;107.13;699.52;732.67;607.56;124.16;483.77;202.92;187.22;250.13;374.85;276.74;347.00;64.05;295.31
24.24;283.35;60.42;350.77;448.54;325.69;344.22;108.71;684.05;717.50;606.91;125.92;469.78;206.50;189.58;255.00;374.67;280.50;355.28;64.30;291.52
25.07;295.48;59.68;358.34;462.00;317.48;351.39;110.88;662.77;696.56;606.07;128.39;450.56;211.49;192.84;261.83;374.32;285.60;366.60;64.66;286.31
25.50;301.60;59.33;362.08;468.57;313.41;355.00;111.95;652.15;686.08;605.68;129.65;441.00;214.01;194.47;265.30;374.09;288.12;372.22;64.84;283.70
26.17;310.97;58.84;367.70;478.35;307.28;360.52;113.57;636.10;670.18;605.11;131.58;426.54;217.88;196.95;270.63;373.67;291.88;380.68;65.12;279.73
26.31;312.89;58.74;368.84;480.31;306.04;361.65;113.89;632.83;666.94;605.00;131.97;423.60;218.67;197.45;271.73;373.57;292.65;382.40;65.18;278.92
27.12;323.72;58.25;375.13;491.04;299.15;368.02;115.71;614.61;648.82;604.41;134.22;407.24;223.14;200.27;277.93;372.96;296.84;391.92;65.49;274.41
27.38;327.10;58.10;377.06;494.28;297.04;370.01;116.27;608.98;643.19;604.24;134.92;402.19;224.54;201.14;279.88;372.74;298.13;394.85;65.59;273.01
28.31;338.91;57.67;383.62;505.17;289.81;376.93;118.19;589.62;623.79;603.71;137.38;384.87;229.43;204.15;286.71;371.88;302.48;404.87;65.94;268.17
28.48;341.05;57.60;384.78;507.06;288.53;378.18;118.53;586.17;620.32;603.62;137.83;381.79;230.32;204.69;287.95;371.70;303.24;406.64;66.00;267.31
29.00;347.39;57.41;388.16;512.53;284.78;381.88;119.52;576.01;610.08;603.38;139.15;372.73;232.94;206.27;291.65;371.16;305.47;411.84;66.19;264.75
29.68;355.52;57.20;392.39;519.24;280.08;386.63;120.76;563.17;597.08;603.12;140.86;361.30;236.32;208.27;296.42;370.38;308.25;418.38;66.43;261.51
29.93;358.46;57.14;393.88;521.57;278.41;388.34;121.21;558.60;592.44;603.03;141.48;357.23;237.54;208.99;298.15;370.08;309.23;420.69;66.52;260.35
30.55;365.49;57.01;397.38;526.93;274.51;392.42;122.24;547.77;581.41;602.86;142.95;347.64;240.46;210.68;302.31;369.30;311.51;426.14;66.73;257.60
31.15;372.15;56.92;400.57;531.72;270.91;396.28;123.20;537.72;571.11;602.73;144.35;338.75;243.22;212.25;306.26;368.51;313.58;431.15;66.93;255.03
31.40;374.93;56.89;401.88;533.64;269.43;397.89;123.59;533.56;566.83;602.69;144.94;335.08;244.38;212.90;307.93;368.16;314.43;433.21;67.01;253.97
32.10;382.38;56.85;405.28;538.51;265.58;402.18;124.61;522.61;555.54;602.60;146.50;325.45;247.47;214.61;312.40;367.15;316.62;438.60;67.24;251.14
32.46;386.16;56.84;406.95;540.84;263.68;404.36;125.12;517.16;549.88;602.58;147.29;320.67;249.03;215.46;314.67;366.61;317.69;441.27;67.35;249.73
33.31;394.84;56.87;410.63;545.78;259.46;409.33;126.24;504.89;537.08;602.57;149.10;309.95;252.63;217.38;319.94;365.28;320.03;447.20;67.62;246.53
33.93;401.01;56.93;413.11;548.93;256.59;412.84;127.00;496.40;528.16;602.61;150.38;302.56;255.19;218.70;323.71;364.25;321.60;451.25;67.82;244.30
34.49;406.32;57.00;415.16;551.40;254.22;415.86;127.63;489.25;520.60;602.68;151.48;296.38;257.39;219.82;326.97;363.31;322.89;454.61;67.99;242.40
34.95;410.67;57.08;416.76;553.25;252.33;418.32;128.14;483.52;514.50;602.75;152.37;291.43;259.19;220.70;329.66;362.50;323.89;457.29;68.13;240.87
35.33;414.18;57.16;418.01;554.62;250.86;420.30;128.53;478.96;509.64;602.83;153.09;287.52;260.64;221.41;331.84;361.81;324.66;459.39;68.24;239.65
35.72;417.71;57.24;419.23;555.89;249.42;422.28;128.91;474.47;504.81;602.92;153.81;283.68;262.10;222.10;334.04;361.11;325.41;461.44;68.36;238.44
36.04;420.60;57.32;420.19;556.83;248.27;423.90;129.21;470.85;500.91;603.00;154.39;280.59;263.29;222.66;335.84;360.51;326.00;463.08;68.46;237.45
36.32;423.07;57.39;420.98;557.58;247.31;425.28;129.47;467.79;497.60;603.08;154.89;277.99;264.31;223.12;337.39;359.98;326.49;464.46;68.54;236.62
36.81;427.33;57.53;422.31;558.74;245.71;427.65;129.89;462.61;491.95;603.24;155.74;273.60;266.06;223.91;340.08;359.04;327.29;466.77;68.69;235.20
37.13;430.05;57.63;423.12;559.39;244.73;429.16;130.16;459.37;488.41;603.35;156.28;270.87;267.18;224.40;341.80;358.42;327.77;468.19;68.78;234.30
37.47;432.93;57.74;423.94;559.99;243.72;430.75;130.42;456.00;484.70;603.47;156.84;268.04;268.36;224.91;343.63;357.75;328.26;469.66;68.88;233.36
37.87;436.24;57.87;424.85;560.57;242.59;432.56;130.72;452.20;480.49;603.63;157.49;264.87;269.71;225.48;345.74;356.95;328.80;471.30;69.00;232.30
38.32;439.83;58.03;425.78;561.08;241.42;434.53;131.03;448.15;475.99;603.82;158.18;261.51;271.18;226.08;348.04;356.05;329.35;473.02;69.13;231.15
38.63;442.34;58.14;426.40;561.35;240.64;435.90;131.24;445.39;472.89;603.96;158.66;259.22;272.20;226.49;349.65;355.41;329.71;474.17;69.23;230.37
39.06;445.75;58.30;427.20;561.61;239.61;437.75;131.51;441.70;468.74;604.16;159.30;256.20;273.59;227.02;351.85;354.52;330.16;475.69;69.35;229.31
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63.79;595.94;58.57;428.39;501.79;232.90;501.07;131.00;350.75;350.12;619.56;160.22;203.45;322.52;222.49;453.66;303.72;331.82;499.27;81.24;194.09
64.27;599.10;57.99;428.78;502.06;232.55;502.05;130.98;348.53;347.69;619.63;159.50;202.22;323.22;221.97;455.67;303.13;332.32;500.22;81.64;193.26
64.96;603.68;57.11;429.46;502.74;231.97;503.47;130.97;345.17;344.09;619.68;158.45;200.31;324.22;221.23;458.54;302.35;333.11;501.70;82.22;192.02
65.45;607.04;56.43;430.02;503.45;231.47;504.50;130.98;342.60;341.36;619.69;157.65;198.79;324.95;220.69;460.63;301.84;333.76;502.88;82.66;191.09
66.16;612.04;55.37;430.97;504.81;230.64;506.03;131.01;338.59;337.19;619.66;156.44;196.36;326.01;219.89;463.72;301.14;334.80;504.77;83.30;189.67
66.56;614.84;54.75;431.56;505.73;230.12;506.89;131.04;336.25;334.79;619.62;155.74;194.90;326.60;219.45;465.44;300.79;335.44;505.91;83.67;188.86
67.37;620.82;53.36;432.95;508.08;228.89;508.72;131.13;331.05;329.52;619.49;154.23;191.60;327.84;218.52;469.07;300.14;336.89;508.48;84.45;187.09
68.15;626.67;51.93;434.48;510.86;227.53;510.51;131.26;325.69;324.17;619.30;152.72;188.08;329.05;217.63;472.59;299.61;338.45;511.22;85.23;185.31
68.55;629.78;51.14;435.36;512.53;226.74;511.46;131.35;322.72;321.25;619.18;151.91;186.11;329.68;217.16;474.45;299.37;339.33;512.76;85.64;184.34
68.94;632.81;50.35;436.26;514.26;225.94;512.39;131.44;319.78;318.36;619.04;151.11;184.11;330.29;216.72;476.24;299.18;340.22;514.31;86.04;183.39
69.45;636.88;49.27;437.53;516.78;224.80;513.64;131.58;315.70;314.40;618.83;150.02;181.33;331.11;216.13;478.64;298.95;341.47;516.47;86.58;182.08
70.02;641.58;47.99;439.10;519.94;223.41;515.08;131.76;310.84;309.71;618.56;148.76;177.96;332.05;215.46;481.40;298.75;342.98;519.08;87.21;180.55
70.28;643.69;47.40;439.83;521.44;222.75;515.73;131.84;308.62;307.58;618.42;148.19;176.40;332.47;215.17;482.62;298.68;343.68;520.29;87.49;179.85
70.72;647.39;46.35;441.15;524.19;221.56;516.87;132.01;304.64;303.78;618.17;147.18;173.59;333.21;214.66;484.76;298.58;344.95;522.46;87.99;178.62
71.29;652.35;44.91;443.01;528.13;219.88;518.40;132.25;299.16;298.58;617.80;145.82;169.67;334.19;214.00;487.62;298.51;346.71;525.49;88.65;176.93
72.04;658.98;42.94;445.65;533.78;217.51;520.46;132.60;291.59;291.46;617.26;143.99;164.20;335.49;213.14;491.40;298.51;349.18;529.71;89.54;174.64
72.23;660.67;42.43;446.35;535.30;216.87;520.98;132.70;289.61;289.61;617.11;143.52;162.75;335.82;212.92;492.36;298.53;349.83;530.83;89.77;174.04
72.66;664.68;41.20;448.04;538.99;215.34;522.23;132.94;284.87;285.18;616.75;142.41;159.27;336.61;212.42;494.63;298.59;351.40;533.51;90.31;172.63
73.32;670.85;39.27;450.76;544.97;212.87;524.16;133.33;277.38;278.23;616.15;140.69;153.71;337.81;211.68;498.09;298.76;353.90;537.77;91.14;170.41
74.20;679.36;36.54;454.71;553.78;209.28;526.84;133.92;266.70;268.38;615.26;138.30;145.70;339.47;210.70;502.83;299.12;357.50;543.90;92.28;167.29
74.91;686.48;34.20;458.19;561.60;206.12;529.10;134.46;257.49;259.93;614.45;136.30;138.71;340.85;209.91;506.75;299.53;360.64;549.24;93.23;164.63

Moyenne des écarts par rapport à la courbe théorique[modifier | modifier le wikicode]

  • calculs: ABS(100*(effectif-théorique)/théorique). effectif, théorique
  • Légende: Moy, moyenne des écarts en %; >20, nombre des écarts supérieurs à 20%; ecartt, écart-type.
;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
;11.64;27.52;27.96;15.57;3.97;3.82;11.01;0.43;16.17;5.78;13.87;5.23;13.33;26.38;12.50;15.93;3.33;6.08;8.67;2.19
;38.83;42.32;25.45;19.19;40.48;17.40;0.49;5.14;1.73;7.65;29.34;4.53;25.81;31.74;29.20;9.82;10.92;2.83;16.86;13.17
;0.46;58.75;13.16;5.95;6.54;5.84;11.81;4.90;2.50;3.81;19.43;6.09;0.10;28.63;7.96;0.82;12.35;22.78;19.57;0.97
;10.39;42.45;28.81;0.91;16.62;5.25;13.61;11.65;15.21;4.00;1.10;2.25;6.16;45.46;10.69;1.03;17.62;14.35;1.32;3.82
;12.11;29.20;2.94;13.71;10.45;10.55;13.69;3.82;15.68;3.61;17.10;10.68;18.13;6.94;28.83;3.02;3.98;6.01;1.16;10.37
;7.00;14.55;7.60;8.22;0.26;6.39;21.38;1.37;5.08;5.01;12.31;8.97;8.08;12.44;19.12;1.30;5.01;1.10;10.67;7.85
;10.31;24.59;17.23;6.47;11.42;7.25;16.83;0.08;12.55;1.69;4.42;9.52;0.25;33.91;14.81;1.56;4.33;0.48;8.00;4.33
;8.61;82.00;20.47;24.88;9.86;7.67;1.17;14.77;1.83;4.65;2.52;4.65;4.06;6.42;18.33;0.58;9.71;0.35;24.91;2.70
;0.22;20.60;13.54;26.24;17.31;14.15;9.38;9.99;3.43;4.86;19.56;14.02;5.60;20.09;0.43;3.84;7.50;14.19;17.78;0.74
;8.42;16.71;5.12;25.08;22.36;12.48;9.01;13.50;2.47;1.96;17.67;16.61;1.00;19.08;3.25;6.45;4.67;11.67;10.16;1.94
;1.33;29.60;1.18;31.14;13.74;0.18;28.69;7.76;24.13;6.18;18.15;7.48;0.61;40.52;12.52;7.31;0.60;1.55;7.35;5.32
;1.60;16.56;11.32;23.23;13.30;7.54;11.63;10.91;7.00;7.34;24.19;12.14;6.81;17.94;2.07;4.90;1.89;13.66;9.05;1.41
;35.25;42.95;5.85;7.74;13.13;6.77;15.23;10.71;1.65;5.49;23.69;7.91;12.11;7.42;41.61;29.51;16.31;15.44;18.87;11.95
;9.78;29.13;3.76;8.27;3.78;1.16;10.17;2.28;12.55;1.52;1.17;1.34;1.60;12.54;0.34;9.32;4.73;1.84;7.16;9.00
;2.40;23.76;10.79;1.11;10.36;3.29;7.53;1.56;12.88;1.47;12.94;6.80;0.41;7.13;13.22;11.45;3.18;10.63;11.45;23.37
;13.38;10.34;11.74;22.87;12.13;11.18;17.20;4.55;5.06;9.85;10.10;10.74;2.11;28.97;7.30;0.28;10.55;8.35;2.56;2.80
;22.39;28.49;1.44;11.40;6.03;0.45;1.73;6.21;12.55;4.98;1.80;3.35;12.67;6.35;13.09;2.41;16.91;11.53;16.57;7.49
;9.14;12.72;8.56;9.40;12.78;3.32;10.72;10.22;7.80;8.14;23.10;17.25;8.03;12.76;0.24;26.02;1.59;2.75;14.13;21.73
;15.87;4.54;9.30;12.15;5.03;1.04;7.04;7.66;14.98;3.30;12.81;8.67;12.40;28.87;7.06;9.79;1.64;13.07;3.37;12.68
;1.91;45.17;8.73;2.38;6.92;2.35;30.24;8.48;16.42;1.90;5.64;1.92;6.41;12.18;4.93;4.28;14.40;1.69;2.49;3.14
;5.90;4.15;16.65;17.78;21.00;4.12;0.98;11.39;11.87;5.35;11.42;12.13;0.82;32.30;2.79;19.85;0.08;4.10;10.47;1.22
;8.87;13.04;10.29;6.65;3.55;3.19;11.07;6.81;9.87;0.32;5.54;8.35;12.27;21.87;9.43;12.43;10.65;10.74;12.03;1.58
;6.22;20.03;4.69;0.30;15.71;6.27;11.16;2.88;13.18;8.52;7.87;5.98;3.93;1.36;3.69;11.15;4.94;5.05;16.82;3.18
;13.22;49.21;17.52;12.10;6.78;2.11;11.74;16.28;0.72;3.03;11.14;1.31;13.73;3.42;1.01;11.16;5.61;1.90;4.10;3.07
;3.36;13.89;15.49;20.84;2.29;5.31;19.73;0.14;29.19;1.58;24.22;26.75;7.82;27.46;0.96;15.68;8.93;6.10;3.15;1.92
;19.81;62.42;0.72;3.03;7.04;3.50;0.28;11.65;17.60;3.70;10.85;2.35;8.38;15.11;12.96;10.05;9.83;2.27;0.85;6.33
;1.99;47.44;4.33;1.22;1.25;0.52;8.37;2.14;9.96;3.20;7.08;5.68;0.45;29.67;4.23;8.05;3.03;1.49;2.54;0.95
;7.58;51.71;4.64;1.15;7.80;1.05;10.19;11.14;12.86;5.72;13.78;10.79;2.30;22.89;3.98;7.27;10.06;3.46;8.86;9.40
;8.32;57.24;2.39;23.03;5.59;10.38;11.23;18.42;8.16;3.69;5.37;2.57;3.16;16.18;9.55;37.89;10.90;4.09;7.86;19.26
;0.58;30.39;2.39;1.57;16.88;1.55;3.74;5.37;5.63;4.30;2.78;17.82;7.48;5.14;8.95;0.67;8.07;2.48;6.66;1.34
;10.45;44.43;8.17;4.95;0.75;3.72;1.69;6.82;10.18;1.10;5.18;2.85;2.28;8.20;5.87;7.08;18.86;0.77;0.87;3.87
;6.20;2.98;0.98;0.38;11.22;5.02;11.04;11.21;31.04;4.20;7.53;1.87;9.43;31.51;6.56;3.82;11.63;2.65;18.68;14.01
;0.62;24.43;8.52;3.82;11.82;1.93;16.24;3.83;20.30;0.65;1.47;0.92;0.94;18.19;11.56;1.90;2.90;15.03;1.50;5.31
;16.65;57.36;8.13;9.51;9.16;0.74;5.08;6.15;13.22;4.87;14.24;2.93;3.61;8.48;0.17;6.65;15.29;2.10;5.80;3.77
;5.95;36.31;2.57;4.06;7.30;2.36;14.07;10.81;10.41;7.33;5.46;5.69;2.95;12.74;4.38;10.25;13.96;8.12;6.00;1.89
;6.41;39.04;7.66;4.94;6.04;1.31;17.28;7.21;0.03;5.55;6.29;7.00;1.18;7.24;0.31;11.83;4.78;3.57;1.21;0.02
;23.34;4.62;2.03;4.69;5.93;5.62;4.23;6.38;14.72;0.98;17.95;3.13;1.39;8.78;1.76;9.22;3.11;0.10;2.14;14.15
;0.41;65.70;2.51;1.37;11.86;2.15;11.83;2.19;20.90;10.08;1.17;6.70;1.65;12.33;16.87;0.96;0.40;10.24;14.25;6.77
;0.55;13.11;9.52;9.38;7.60;6.23;0.91;20.33;34.20;0.61;10.21;4.90;6.61;10.64;15.66;11.35;8.89;10.50;7.14;6.50
;1.13;29.67;10.22;4.23;16.20;2.28;10.15;0.04;1.15;6.46;12.06;12.17;1.13;2.34;5.69;16.57;8.20;0.78;0.57;3.30
;9.85;70.99;15.03;15.78;25.76;5.90;3.51;10.12;1.21;5.55;11.01;20.68;14.44;19.16;1.19;27.82;10.66;6.02;22.71;7.35
;4.30;37.11;12.08;3.06;14.91;2.64;3.07;2.09;0.95;7.01;12.11;12.69;2.12;4.09;4.71;13.87;10.16;0.04;0.98;2.43
;9.32;39.74;1.41;5.90;0.23;2.01;0.80;12.99;2.02;0.60;2.93;11.92;1.61;20.20;0.15;6.76;7.96;5.33;0.63;8.57
;19.59;5.65;12.91;12.94;1.22;7.06;5.37;22.97;21.27;5.03;2.77;13.07;4.93;0.25;7.96;5.07;2.07;1.58;13.90;5.58
;11.62;10.29;6.58;10.94;7.86;6.41;7.46;2.61;1.40;12.03;15.05;3.80;1.20;11.66;12.19;12.79;7.81;3.42;2.96;8.40
;4.56;39.43;5.54;3.80;2.07;1.54;6.90;3.65;6.71;1.86;2.94;0.67;0.51;5.34;4.91;1.69;2.45;1.32;5.99;4.31
;21.97;1.19;15.60;24.45;15.34;4.81;12.98;9.00;48.40;1.89;30.75;3.40;2.34;25.93;3.49;31.87;12.54;2.62;9.82;16.47
;4.31;41.36;4.62;4.45;2.63;1.52;2.80;2.80;5.67;2.32;4.45;2.08;0.17;4.30;3.84;1.86;0.89;0.97;4.63;4.03
;27.05;5.19;14.48;11.80;5.72;4.55;1.66;9.72;32.28;8.53;19.96;10.97;2.88;17.90;4.65;6.29;15.18;0.29;3.25;31.37
;9.46;61.44;13.61;21.49;1.83;4.93;10.76;5.71;7.98;2.13;14.99;11.70;1.68;30.52;8.35;7.79;15.69;3.47;0.32;13.83
;10.16;9.29;0.03;3.62;13.08;6.06;12.90;15.27;21.87;4.93;6.77;34.79;3.64;17.39;16.24;2.93;3.18;8.64;1.22;19.37
;1.63;27.04;2.40;0.86;5.77;2.01;11.06;1.02;5.75;1.16;3.34;1.33;1.55;3.84;3.04;2.69;4.46;4.33;3.21;0.55
;26.83;22.20;14.65;17.57;6.18;12.09;13.22;18.14;29.58;0.94;20.14;2.94;6.99;31.16;1.63;6.50;8.86;10.46;2.26;25.33
;15.78;4.51;2.68;5.33;0.25;2.26;3.85;4.19;10.26;2.30;6.01;7.11;7.21;6.94;1.63;5.92;4.89;3.37;2.04;11.62
;1.88;19.55;2.29;0.73;18.38;4.44;0.18;5.34;9.64;4.97;9.40;28.25;2.78;8.28;4.65;16.40;1.46;5.15;2.81;9.31
;13.85;34.86;5.73;13.21;5.81;1.03;11.66;0.82;9.39;4.05;19.37;0.34;0.66;16.23;6.36;9.69;23.61;13.25;20.03;9.00
;11.06;1.53;0.34;8.59;4.00;7.52;7.24;2.00;9.47;5.05;14.44;1.30;1.90;14.84;0.80;10.75;0.52;2.60;3.68;6.21
;11.98;28.03;1.99;6.30;0.08;0.02;3.24;12.23;0.12;7.29;13.46;11.21;4.64;13.05;11.20;0.55;20.07;0.46;18.40;0.80
;10.47;9.35;2.20;1.16;7.86;6.53;10.11;11.31;2.48;1.29;0.23;17.71;0.86;13.26;0.64;6.87;7.34;9.53;3.30;17.12
;6.94;3.35;3.62;7.11;4.86;0.65;12.95;1.53;9.27;1.77;0.81;9.50;6.11;12.44;0.96;0.60;4.02;3.01;5.58;4.75
;12.78;3.22;3.39;6.77;11.47;1.80;4.14;9.72;13.02;1.63;2.49;3.09;4.45;5.35;1.42;1.71;5.54;5.25;1.45;3.98
;8.99;4.26;1.51;3.77;9.94;4.74;7.05;4.69;1.52;3.25;11.68;0.26;0.55;4.79;1.45;10.27;0.66;1.28;2.77;0.59
;23.63;27.28;13.37;1.79;6.53;1.42;6.16;11.07;3.13;13.72;6.16;7.09;10.94;7.84;2.80;38.67;0.75;9.13;9.93;24.64
;8.78;4.60;0.39;2.72;9.93;4.70;6.84;3.89;1.10;2.43;12.26;1.41;2.10;5.44;2.38;9.48;0.88;0.60;3.26;1.79
;4.92;7.77;0.84;2.74;6.44;5.62;8.86;1.10;1.69;1.54;10.05;1.80;2.93;8.65;2.26;7.49;1.42;2.07;3.42;0.83
;16.48;5.20;4.08;0.81;8.56;7.04;11.40;20.37;23.21;8.30;2.27;38.77;2.54;13.06;12.41;2.91;2.76;5.97;8.56;23.13
;4.03;6.65;0.93;2.08;5.92;5.61;6.03;0.64;0.51;0.56;8.03;0.94;3.59;10.21;2.71;9.66;1.56;0.92;4.09;1.46
;0.95;91.48;12.83;9.40;8.98;14.12;18.82;1.91;11.95;3.60;4.01;9.08;8.90;9.19;13.09;14.12;2.93;7.49;6.59;19.99
;24.76;6.16;3.73;6.22;5.25;6.83;0.16;9.23;20.89;2.87;0.71;20.56;11.91;0.93;15.22;8.41;6.94;2.71;8.89;22.48
;3.68;5.54;4.59;1.41;4.67;3.71;5.28;17.61;0.42;2.40;23.59;15.42;2.44;4.33;10.45;8.19;8.08;12.53;4.01;9.35
;7.83;48.22;12.12;1.60;10.76;9.97;3.91;7.30;19.50;3.57;1.19;9.72;1.01;2.77;4.66;0.82;10.21;3.43;15.67;1.31
;5.62;35.16;0.88;5.92;4.08;4.43;2.95;1.60;25.12;4.38;22.85;2.07;4.86;0.33;15.38;5.45;0.22;3.81;16.90;5.39
;0.99;9.93;2.32;0.06;7.20;4.30;4.79;0.23;1.61;1.55;15.52;0.41;5.41;8.41;7.17;2.22;2.25;3.90;4.58;1.67
;2.50;25.77;9.68;4.16;2.63;3.66;4.45;15.12;17.82;3.27;0.47;4.27;6.01;12.71;0.74;0.29;14.90;2.76;19.40;0.42
;7.42;30.60;5.27;0.96;7.37;0.76;10.60;14.60;1.70;1.25;5.92;8.85;8.55;9.10;8.01;10.33;4.14;5.97;22.98;5.14
;0.72;22.01;5.72;1.20;15.46;0.03;17.02;14.63;39.47;7.41;14.94;25.75;15.23;17.98;26.55;10.75;3.77;12.13;52.63;0.42
;14.03;21.88;5.34;2.27;0.24;1.35;7.75;4.52;4.18;8.77;15.75;3.56;0.47;4.00;4.74;0.05;1.06;1.11;1.53;12.94
;1.48;7.65;3.13;0.48;8.33;2.35;2.08;1.01;0.94;2.01;13.52;1.75;5.84;8.43;6.79;2.53;2.63;2.12;4.91;2.61
;3.15;14.86;1.57;1.48;1.46;5.63;12.94;0.47;13.51;3.75;1.20;3.00;2.34;1.23;6.00;3.08;4.98;3.95;18.05;0.41
;7.16;45.46;1.42;2.51;12.10;0.36;6.32;5.40;5.35;0.90;0.65;7.25;2.18;13.78;4.38;8.19;3.39;1.46;18.67;2.29
;5.26;10.79;8.97;6.90;26.89;1.02;2.38;15.93;17.90;12.01;23.63;5.05;8.03;25.67;0.17;18.50;5.38;2.69;2.77;18.92
;6.58;1.50;13.44;0.48;0.85;2.24;4.08;4.93;5.75;10.32;24.64;1.73;5.24;0.27;4.45;12.59;2.57;2.00;6.80;9.81
;2.52;3.44;17.55;4.88;9.39;2.92;14.86;16.33;18.93;6.04;3.78;11.44;1.58;2.76;4.69;7.36;11.98;8.03;26.28;12.89
;4.14;23.12;23.04;4.91;3.81;4.11;18.37;10.87;16.00;8.65;9.35;10.69;3.37;2.24;6.55;6.16;5.48;1.01;1.84;11.59
;10.33;19.41;7.17;2.23;2.75;2.07;10.42;5.59;0.01;5.93;12.04;1.47;0.55;5.35;0.01;3.53;1.57;1.77;7.61;6.54
;5.71;38.54;6.64;4.48;1.55;0.89;2.65;11.90;10.37;2.85;3.60;5.23;1.12;0.89;0.24;6.53;1.86;4.13;2.44;1.72
;5.22;0.45;4.47;1.70;9.67;0.92;7.80;0.91;0.03;5.90;10.47;11.66;9.10;0.76;5.09;3.06;2.75;2.38;0.64;4.11
;8.55;17.88;9.60;4.66;3.46;0.72;3.82;8.84;2.79;11.11;19.59;0.92;2.88;3.18;1.38;5.02;4.00;5.18;8.95;11.58
;7.47;50.90;4.56;3.06;1.85;3.22;6.34;3.66;1.12;2.12;11.18;11.19;2.80;10.09;2.99;2.03;17.44;3.89;5.69;4.22
;0.05;30.43;1.04;4.12;4.98;4.22;0.89;15.76;15.92;2.89;0.23;5.63;2.63;8.38;4.58;6.72;14.95;1.93;3.22;11.29
;23.19;58.01;4.06;7.09;3.44;7.44;13.41;4.67;11.89;7.13;0.63;25.66;0.34;6.97;16.25;25.81;30.43;17.79;10.24;12.33
;8.84;19.57;3.34;0.41;1.49;0.41;5.99;4.18;13.07;1.62;25.72;8.20;1.29;7.96;10.76;1.52;9.48;7.98;0.59;16.49
;12.12;13.54;6.42;10.82;9.42;1.36;4.25;4.34;12.48;3.76;1.00;2.00;4.43;13.36;4.11;0.88;2.33;2.15;8.14;3.68
;13.90;16.27;4.76;2.54;1.00;3.85;1.69;6.62;5.90;3.13;14.92;23.64;1.45;13.02;4.60;7.53;2.00;0.49;13.51;14.93
;4.75;29.15;1.24;8.61;8.73;4.94;6.51;17.20;15.15;0.52;1.53;13.26;2.73;16.62;2.14;9.94;1.69;5.79;4.52;9.97
;1.83;14.90;0.71;2.05;3.05;0.63;4.25;2.89;7.15;5.16;4.13;14.47;11.23;11.52;10.04;2.95;9.17;0.83;14.25;0.60
;1.33;29.07;14.33;2.18;10.80;4.94;4.05;4.93;10.83;2.73;8.30;1.37;3.09;2.00;6.15;9.18;3.77;7.34;9.68;2.74
;10.65;2.00;0.44;5.00;3.34;2.89;1.00;1.50;3.45;1.98;5.32;0.46;6.37;4.81;9.42;10.52;8.44;1.69;17.89;3.48
;6.17;32.26;25.65;33.26;4.77;2.66;4.29;19.03;5.99;21.65;14.64;34.05;21.60;14.31;15.16;26.60;24.16;2.50;0.55;19.74
;1.94;4.65;6.29;5.47;4.15;0.17;1.15;5.41;9.30;1.08;13.42;6.24;2.88;6.93;5.31;4.47;2.80;2.81;13.41;16.77
;10.69;10.89;11.03;8.75;0.69;5.02;2.86;7.55;43.37;4.53;12.85;1.16;3.35;0.22;7.25;2.15;6.85;0.31;22.25;2.34
;4.15;26.07;7.53;19.79;4.11;3.19;0.52;8.38;3.10;9.61;11.23;16.38;5.36;9.89;12.39;24.13;17.82;2.52;8.48;21.18
;3.84;42.49;12.48;8.80;4.25;1.61;15.00;0.76;2.51;0.24;14.15;0.16;5.56;9.33;8.79;7.84;10.46;0.84;0.40;0.07
;0.38;14.12;0.96;1.01;4.21;0.07;0.48;6.57;2.22;3.24;1.43;7.21;2.03;3.39;9.05;4.66;11.08;0.20;10.85;0.29
;3.74;18.80;4.74;8.88;1.86;3.19;11.85;7.89;14.50;1.45;11.77;8.67;0.65;0.36;0.97;1.92;6.65;3.34;3.99;8.79
;0.32;2.33;1.63;1.04;4.22;0.61;3.17;3.42;1.07;4.71;5.41;11.90;2.07;0.73;7.13;0.98;10.96;3.86;8.17;5.78
;2.09;1.18;0.20;4.52;5.41;1.51;2.31;1.42;4.44;4.88;9.20;20.22;1.90;0.33;8.36;0.02;11.86;0.80;6.75;1.52
;3.17;38.40;7.85;8.28;0.06;0.11;6.07;9.04;13.15;2.71;7.33;1.84;2.89;8.00;6.72;12.87;6.89;3.53;3.41;13.56
;4.31;6.61;0.61;3.80;7.23;1.12;0.92;4.21;3.18;2.61;6.27;21.91;4.70;2.65;6.75;0.42;10.12;3.62;6.09;5.29
;0.67;20.75;3.64;7.66;3.97;3.89;1.83;6.02;3.23;0.75;6.58;24.56;1.90;1.49;5.88;5.93;3.78;2.66;8.66;12.68
;0.61;47.91;13.17;3.87;6.66;2.19;0.56;26.94;40.71;1.37;3.65;22.73;3.31;8.24;0.59;10.36;21.78;1.00;18.62;1.63
;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
Moy;8.4;25.3;7.5;7.6;7.8;4.0;8.0;7.6;11.0;4.4;10.2;9.0;4.8;12.0;7.3;8.5;7.5;4.8;8.6;7.8
>20;12;62;6;12;5;0;4;4;18;1;15;14;2;20;4;10;4;1;8;10
ecartt;7.6;19.4;6.5;7.4;6.4;3.4;6.0;5.8;10.1;3.4;7.4;8.2;4.7;9.8;6.8;7.9;6.1;4.5;7.8;7.0

Taux de variation des acides aminés[modifier | modifier le wikicode]

  • Tableau formaté
  1. écart*: moyenne des écarts de l'aa calculée ci-dessus
  2. ax et cte: de l'équation de la courbe de tendance linéaire, "effectif de l'aa" = ax+cte. A calculer à partir du tableau des diagrammes des aas. Le signe de ax indique le sens de la variation de l'aa.
  3. Max et Min (avec ou sans zin et crp) sont en fin du tableau des diagrammes des aas.
  4. Les bactéries zin et crp sont extrêmes, ce qui fait que le Maximum et le minimum sans eux ne concernent que 109 bactéries et avec les écart* faibles, le rapport M/m (Maximum sur minimum) reflète mieux la courbe de tendance linéaire.
Tableau des taux de variation des aas
Sans zin ni crp −Avec zin et crp
ax cte écart* Max min M/m −Max min M/m
A 7.49 131 8.4 693 221 3.1 693 91 7.6
C -0.24 69 25.3 121 21 5.7 121 21 5.7
D 1.61 342 7.5 526 292 1.8 526 148 3.6
E 0.77 485 7.6 694 340 2.0 694 196 3.5
F -1.88 338 7.8 326 171 1.9 599 171 3.5
G 3.54 284 4.0 538 309 1.7 538 217 2.5
H 0.42 109 8.0 162 92 1.8 162 61 2.7
I -7.34 785 7.6 767 261 2.9 1074 261 4.1
K -8.17 840 11.0 783 229 3.4 1263 229 5.5
L 0.35 595 4.4 753 543 1.4 753 543 1.4
M 0.40 135 10.2 207 97 2.1 207 70 2.9
N -5.58 528 9.0 544 123 4.4 864 123 7.0
P 2.61 161 4.8 401 190 2.1 401 113 3.6
Q 0.47 198 12.0 302 148 2.0 302 97 3.1
R 4.79 154 7.3 546 221 2.5 546 128 4.3
S -1.72 418 8.5 496 220 2.3 496 220 2.3
T 1.14 271 7.5 391 231 1.7 391 174 2.2
V 3.09 323 4.8 588 255 2.3 588 134 4.4
W 0.48 51 8.6 117 54 2.2 117 50 2.3
Y -2.22 329 7.8 306 149 2.1 399 149 2.7
  • Tableau non formaté
;;;;Sans zin ni crp;;;Avec zin et crp;;
;ax;cte;écart*;Max;min;M/m;Max;min;M/m
A;7.49;131;8.4;693;221;3.1;693;91;7.6
C;-0.24;69;25.3;121;21;5.7;121;21;5.7
D;1.61;342;7.5;526;292;1.8;526;148;3.6
E;0.77;485;7.6;694;340;2.0;694;196;3.5
F;-1.88;338;7.8;326;171;1.9;599;171;3.5
G;3.54;284;4.0;538;309;1.7;538;217;2.5
H;0.42;109;8.0;162;92;1.8;162;61;2.7
I;-7.34;785;7.6;767;261;2.9;1074;261;4.1
K;-8.17;840;11.0;783;229;3.4;1263;229;5.5
L;0.35;595;4.4;753;543;1.4;753;543;1.4
M;0.40;135;10.2;207;97;2.1;207;70;2.9
N;-5.58;528;9.0;544;123;4.4;864;123;7.0
P;2.61;161;4.8;401;190;2.1;401;113;3.6
Q;0.47;198;12.0;302;148;2.0;302;97;3.1
R;4.79;154;7.3;546;221;2.5;546;128;4.3
S;-1.72;418;8.5;496;220;2.3;496;220;2.3
T;1.14;271;7.5;391;231;1.7;391;174;2.2
V;3.09;323;4.8;588;255;2.3;588;134;4.4
W;0.48;51;8.6;117;54;2.2;117;50;2.3
Y;-2.22;329;7.8;306;149;2.1;399;149;2.7

Les coefficients de corrélation entre aas[modifier | modifier le wikicode]

  • Les valeurs présentées ici sont les coefficients de corrélation X 100. La corrélation entre 2 aas est celle de 2 colonnes du tableau des diagrammes des aas. Pour obtenir les valeurs absolues il suffit de copier ce tableau (largeur de colonne 1.3 cm) et de remplacer le moins (-) par rien. Pour extraire le maximum d'une colonne il suffit de remplacer 100 par rien (format sans décimales et option de recherche 'cellule entière').
  • Légende:
  1. moyenne : moyenne des corrélations en valeurs absolues d'un aa.
  2. >74 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un aa supérieures à 0.74.
  3. >79 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un aa supérieures à 0.79.
  4. max : corrélation maximum parmi les valeurs absolues des corrélations d'un aa.
;;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
;A;100.00;-27.32;62.75;17.01;-69.96;90.26;47.12;-88.74;-88.06;4.46;42.60;-81.23;83.57;36.83;82.79;-57.39;59.03;73.06;55.02;-83.70
;C;-27.32;100.00;-38.43;-20.73;28.85;-21.37;-0.13;27.97;21.91;5.19;1.87;11.97;-25.13;-23.24;-13.34;36.44;-36.93;-16.13;-24.81;10.86
;D;62.75;-38.43;100.00;28.10;-73.58;64.51;41.57;-71.57;-71.89;-27.74;53.56;-59.94;51.25;51.67;43.13;-19.40;66.58;60.69;32.02;-62.27
;E;17.01;-20.73;28.10;100.00;-49.50;35.11;10.16;-47.24;-23.92;0.33;14.55;-56.38;36.45;-6.71;22.32;-29.80;16.85;54.67;1.49;-22.53
;F;-69.96;28.85;-73.58;-49.50;100.00;-79.62;-50.10;82.55;79.74;-5.13;-49.55;81.03;-73.72;-50.81;-66.36;36.79;-60.30;-79.51;-44.41;71.06
;G;90.26;-21.37;64.51;35.11;-79.62;100.00;46.25;-92.73;-89.58;8.04;47.62;-89.76;88.35;30.25;86.04;-51.27;55.81;82.10;57.82;-84.39
;H;47.12;-0.13;41.57;10.16;-50.10;46.25;100.00;-56.15;-65.73;3.95;42.68;-57.56;49.51;54.10;50.89;-6.56;46.86;53.84;27.87;-49.02
;I;-88.74;27.97;-71.57;-47.24;82.55;-92.73;-56.15;100.00;92.00;-8.58;-45.82;93.08;-89.00;-40.24;-83.29;48.08;-63.17;-90.12;-54.62;82.12
;K;-88.06;21.91;-71.89;-23.92;79.74;-89.58;-65.73;92.00;100.00;-11.16;-50.09;86.47;-84.63;-53.54;-86.23;34.00;-65.83;-82.99;-60.24;83.75
;L;4.46;5.19;-27.74;0.33;-5.13;8.04;3.95;-8.58;-11.16;100.00;-34.95;-12.50;17.36;10.69;23.01;-3.25;-27.34;7.75;13.08;-10.46
;M;42.60;1.87;53.56;14.55;-49.55;47.62;42.68;-45.82;-50.09;-34.95;100.00;-45.88;31.87;39.08;29.61;-15.33;43.52;36.43;0.60;-39.48
;N;-81.23;11.97;-59.94;-56.38;81.03;-89.76;-57.56;93.08;86.47;-12.50;-45.88;100.00;-87.50;-31.46;-84.58;43.23;-52.32;-90.27;-47.85;81.37
;P;83.57;-25.13;51.25;36.45;-73.72;88.35;49.51;-89.00;-84.63;17.36;31.87;-87.50;100.00;27.00;89.01;-53.48;50.31;79.85;63.50;-79.62
;Q;36.83;-23.24;51.67;-6.71;-50.81;30.25;54.10;-40.24;-53.54;10.69;39.08;-31.46;27.00;100.00;25.09;-1.54;41.25;28.65;20.66;-38.19
;R;82.79;-13.34;43.13;22.32;-66.36;86.04;50.89;-83.29;-86.23;23.01;29.61;-84.58;89.01;25.09;100.00;-45.71;39.24;77.47;67.62;-80.17
;S;-57.39;36.44;-19.40;-29.80;36.79;-51.27;-6.56;48.08;34.00;-3.25;-15.33;43.23;-53.48;-1.54;-45.71;100.00;-27.41;-41.33;-31.84;24.20
;T;59.03;-36.93;66.58;16.85;-60.30;55.81;46.86;-63.17;-65.83;-27.34;43.52;-52.32;50.31;41.25;39.24;-27.41;100.00;52.03;35.78;-50.40
;V;73.06;-16.13;60.69;54.67;-79.51;82.10;53.84;-90.12;-82.99;7.75;36.43;-90.27;79.85;28.65;77.47;-41.33;52.03;100.00;46.88;-71.93
;W;55.02;-24.81;32.02;1.49;-44.41;57.82;27.87;-54.62;-60.24;13.08;0.60;-47.85;63.50;20.66;67.62;-31.84;35.78;46.88;100.00;-50.63
;Y;-83.70;10.86;-62.27;-22.53;71.06;-84.39;-49.02;82.12;83.75;-10.46;-39.48;81.37;-79.62;-38.19;-80.17;24.20;-50.40;-71.93;-50.63;100.00
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;;60.57;20.29;50.99;26.49;59.03;61.70;39.61;64.91;63.54;12.81;34.58;61.84;59.86;31.90;56.28;30.54;46.22;58.48;37.87;55.14
>74;;7;;1;;7;9;;9;9;;;9;9;;8;;;7;;7
>79;;7;;0;;5;9;;9;9;;;9;8;;7;;;6;;7
max;;90.26;38.43;73.58;56.38;82.55;92.73;65.73;93.08;92.00;34.95;53.56;93.08;89.01;54.10;89.01;57.39;66.58;90.27;67.62;84.39

Diagramme coraa[modifier | modifier le wikicode]

;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
cor moy;58;20;49;25;57;60;38;63;62;12;33;60;58;31;55;30;45;56;37;54
moy. aa;490;58;419;521;248;453;128;433;450;611;154;261;286;220;383;336;325;471;74;222

Synthèse des corrélations des codons et des aas[modifier | modifier le wikicode]

Tableau synthétique[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: corrélations en valeur absolue et multipliée par 100 entre 2 aas ou 2 codons.
  1. Corrélations entre aas (acides aminés): d'après la matrice des corrélations.
    1. moy : moyenne des corrélations d'un aa.
    2. >74−79 : nombre de corrélations d'un aa supérieures à 0.74 − dont corrélations supérieures à 0.79.
    3. max : corrélation maximum d'un aa.
  2. Corrélations entre codons
    1. t,c,a,g,t/c,a/g : terminaison des codons (t/c pour t ou c), pour lesquels on a la moyenne "moy" sous moyt (comme pour les aas) et le nombre ">74−79" sous >74−79t (comme pour les aas).
    2. moyt : total des moyennes "moy" des codons d'un aa.
    3. >74−79t  : total des nombres ">74−79" des codons d'un aa.
    4. 0-70 : pour un codon, zéro corrélations supérieures à 0.74 − avec une corrélation maximale (en valeur absolue) de 0.70.
    5. stop : les codons stops. Les codons taa et tga ont une seule corrélation supérieure à 0.74 et c'est celle entre eux. Elle est négative (*). Sont indiqués aussi le maximum de tag et les maxima de taa et tga en dehors de leur corrélation de -0.802.
  3. Résumés :
    1. moyn : nombre des moyennes "moy" pour une gamme donnée en en-tête de la colonne.
    2. 74n : nombre des nombres ">74−79" pour une gamme donnée en en-tête de la colonne.
    3. 74t : total des corrélations supérieures à 0.74 seulement, des codons d'un aa.
    4. moyt : déjà défini dans codons
    5. %total: 20 aas et 61 codons (pour les aas).
  4. Résumé III: La corrélation entre aas traduit peu la corrélation qui existe entre codons. Ainsi
    1. Les aas à un codon, M W, sont peu corrélés avec les autres aas et peu corrélés avec les autres codons;
    2. Les aas, A F I P V Y, sont très corrélés avec les autres aas et leurs codons sont très corrélés avec les autres codons;
    3. Les aas, G K N R, sont très corrélés avec les autres aas et leurs codons sont peu corrélés avec les autres codons;
    4. Les aas, C D E H L Q S T, sont peu corrélés avec les autres aas et leurs codons sont très corrélés avec les autres codons.
111 bactéries: Caractérisation des aas . Coefficients de corrélation codons / aas.
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
aas
moy 61 20 51 26 59 62 40 65 64 13 35 62 60 32 56 31 46 58 38 55
>74−79 7−7 0 1−0 0 7−5 9−9 0 9−9 9−9 0 0 9−9 9−8 0 8−7 0 0 7−6 0 7−7
max 38 74 56 66 35 54 54 57 67 68
codons
moyt 242 111 135 120 131 191 126 171 119 300 19 116 238 130 222 344 242 244 43 126
t 57 58 66 - 64 40 60 63 - 39 - 59 63 - 18 63 64 63 - 66
c 67 53 69 - 68 69 66 64 - 60 - 58 54 - 67 55 66 63 - 60
a 59 - - 58 - 56 - 44 63 51 - - 60 63 22 64 63 58 - -
g 59 - - 62 - 27 - - 57 62 19 - 61 66 49 58 48 60 43 -
t/a 61 53 62
c/g 27 13 43
>74−79t 62−30 8−5 65−48 25−10 56−40 40−30 44−25 50−24 28−12 47−23 0−0 27−18 51−22 50−33 33−18 75−29 76−33 65−18 0−0 48−28
t 7 −4 8−5 28−21 - 22−15 0-70 14 −6 23−13 - 0-69 - 13−10 21−11 - 0-70 16 −7 25 −10 19−11 - 31−20
c 33−17 0-72 37−27 - 34−25 33−28 30−19 26−11 - 9 −4 - 14 −8 1 −1 - 29−17 4 −76 30−17 24 −7 - 17 −8
a 13 −6 - - 8 −4 - 6 −2 - 1 −76 20−11 0-69 - - 12 −3 21−12 0-46 27−12 21 −6 10 −78 - -
g 9 −3 - - 17−6 - 1-75 - - 8 −1 20 −6 0-55 - 17 −7 29−21 1 −75 8 −3 0-73 12 −77 0-72 -
t/a 18−13 2 −1 20 −7
c/g 0-52 0-43 0-65
Stop max suivant max
taa 80* 60 tag 48
tga 80* 62 * taa/tga= -80.2
I Résumés
codons >27 26-12 10-6 4-0 codons >58 57-51 <49 aas 7-9 1 0 aas >58 57-51 <49
74n 11 23 9 18 moyn 40 8 13 74n 10 1 9 moyn 8 3 9
II +faibles 74n %total moyn %total +forts 74n %total moyn %total
gamme <3 <33 >12/7 >54
codons 17 28 % 6 10 % 34 56 % 45 74 %
aas 10 50 % 5 25 % 10 50 % 10 50 %
III A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
aas
>74 7 1 7 9 9 9 9 9 8 7 7
moy 61 20 51 26 59 62 40 65 64 13 35 62 60 32 56 31 46 58 38 55
codons
74t 62 8 65 25 56 40 44 50 28 47 0 27 51 50 33 75 76 65 0 48
moyt 242 111 135 120 131 191 126 171 119 300 19 116 238 130 222 344 242 244 43 126
  • Tableau synthétique non formaté
;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
aas;cor tot;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
moy;60.6;20.3;51.0;26.5;59.0;61.7;39.6;64.9;63.5;12.8;34.6;61.8;59.9;31.9;56.3;30.5;46.2;58.5;37.9;55.1
>74−79;7−7;;1−0;;7−5;9−9;;9−9;9−9;;;9−9;9−8;;8−7;;;7−6;;7−7
max;;38;74;56;;;66;;;35;54;;;54;;57;67;;68;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
codons ;cor tot;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
moyt;242.3;111.1;135.2;119.9;131.5;190.9;126.2;171.3;119.4;300.5;19.5;116.4;238.4;129.6;222.5;344.0;241.5;244.1;43.2;126.3
t;56.8;57.8;65.8;-;63.7;39.6;60.0;63.2;-;39.2;-;58.9;63.0;-;18.2;62.5;64.1;62.7;-;66.2
c;66.9;53.3;69.4;-;67.8;68.6;66.2;63.8;-;60.0;-;57.6;53.9;-;66.6;54.8;66.0;62.9;-;60.1
a;59.2;-;-;58.2;-;56.0;-;44.3;62.7;51.5;-;-;60.2;63.3;22.4;63.5;63.0;58.4;-;-
g;59.5;-;-;61.7;-;26.8;-;-;56.8;61.9;19.5;-;61.3;66.3;48.5;58.2;48.4;60.1;43.2;-
t/a;;;;;;;;;;61.2;;;;;53.2;62.3;;;;
c/g;;;;;;;;;;26.6;;;;;13.5;42.6;;;;
>74−79t;62−30;8−5;65−48;25−10;56−40;40−30;44−25;50−24;28−12;47−23;0−0;27−18;51−22;50−33;33−18;75−29;76−33;65−18;0−0;48−28
t;7 −4;8−5;28−21;-;22−15;0-70;14 −6;23−13;-;0-69;-;13−10;21−11;-;0-70;16 −7;25 −10;19−11;-;31−20
c;33−17;0-72;37−27;-;34−25;33−28;30−19;26−11;-;9 −4;-;14 −8;1 −1;-;29−17;4 −76;30−17;24 −7;-;17 −8
a;13 −6;-;-;8 −4;-;6 −2;-;1 −76;20−11;0-69;-;-;12 −3;21−12;0-46;27−12;21 −6;10 −78;-;-
g;9 −3;-;-;17−6;-;1-75;-;-;8 −1;20 −6;0-55;-;17 −7;29−21;1 −75;8 −3;0-73;12 −77;0-72;-
t/a;;;;;;;;;;18−13;;;;;2 −1;20 −7;;;;
c/g;;;;;;;;;;0-52;;;;;0-43;0-65;;;;
codons ;Stop;;max;suivant;;;max;;;;;;;;;;;;;
;;taa;80*;60;;tag;48;;;;;;;;;;;;;
;;tga;80*;62;;*  Corrélation taa/tga =;;;-80.2;;;;;;;;;;;
I;Résumés;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
codons ;>27;12-26;10-6;4-0;;codons ;>58;57-51;<49;;;aas;9-7;1;0;;aas;>58;57-51;<49
74n;11;23;9;18;;moyn;40;8;13;;;74n;10;1;9;;moyn;8;3;9
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
II;;;;;;Les plus faibles;;;;Les plus forts;;;;;;;;;;
;;;;;gamme;<3;%total;<33;%total;>12/7;%total;>54;%total;;;;;;;
;;;;;codons;17;27.9;6;9.8;34;55.7;45;73.8;;;;;;;
;;;;;aas;10;50.0;5;25.0;10;50.0;10;50.0;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
III;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y
aas;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
>74;7;;1;;7;9;;9;9;;;9;9;;8;;;7;;7
moy ;60.6;20.3;51.0;26.5;59.0;61.7;39.6;64.9;63.5;12.8;34.6;61.8;59.9;31.9;56.3;30.5;46.2;58.5;37.9;55.1
codons ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
74t;62;8;65;25;56;40;44;50;28;47;0;27;51;50;33;75;76;65;0;48
moyt;242.3;111.1;135.2;119.9;131.5;190.9;126.2;171.3;119.4;300.5;19.5;116.4;238.4;129.6;222.5;344.0;241.5;244.1;43.2;126.3
Repartition des fréquences de corrélation des aas et des codons[modifier | modifier le wikicode]
  • Les effectifs ou fréquence (fr) sont comptés à partir des matrices des coefficients de corrélation des aas et des codons. La matrice est formatée sans décimales et copiée dans 'writer'. L'effectif d'une corrélation donnée (exemple 3) est affiché (18) quand on exécute la recherche sur la matrice de cette corrélation avec l'option 'tout rechercher'.
  • Légende :
  1. cor : corrélation
  2. fr : fréquence
  • Les diagrammes: Repartition des corrélations codons et aas. Dans le même tableau de diagrammes: Fréquences des corrélations entre codons, Répartition des corrélations entre codons, Fréquences des corrélations entre aas, Répartition des corrélations entre aas
  • Fréquences des corrélations entre codons (multipliées par 100).
cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr
0;18;20;14;40;14;60;34;80;30;-4;10;-24;4;-44;24;-64;30;-84;10
1;12;21;10;41;12;61;26;81;34;-5;20;-25;6;-45;20;-65;40;-85;8
2;12;22;10;42;24;62;64;82;28;-6;14;-26;16;-46;16;-66;58;-86;4
3;18;23;14;43;16;63;24;83;28;-7;12;-27;8;-47;16;-67;44;-87;6
4;16;24;14;44;32;64;46;84;16;-8;10;-28;18;-48;24;-68;48;-88;4
5;8;25;18;45;14;65;46;85;14;-9;14;-29;20;-49;26;-69;60;-89;2
6;18;26;18;46;28;66;46;86;6;-10;12;-30;20;-50;20;-70;58;-90;6
7;2;27;6;47;12;67;64;87;18;-11;10;-31;4;-51;20;-71;52;-91;2
8;18;28;6;48;12;68;42;88;4;-12;6;-32;18;-52;34;-72;64;-92;2
9;14;29;14;49;26;69;40;89;6;-13;14;-33;18;-53;22;-73;52;total;4032
10;10;30;14;50;40;70;40;90;6;-14;6;-34;18;-54;24;-74;42;;
11;14;31;20;51;18;71;28;91;10;-15;16;-35;16;-55;32;-75;52;;
12;6;32;12;52;42;72;30;92;8;-16;6;-36;10;-56;34;-76;44;;
13;4;33;14;53;24;73;48;93;2;-17;6;-37;8;-57;24;-77;56;;
14;10;34;20;54;38;74;24;94;0;-18;10;-38;24;-58;50;-78;42;;
15;18;35;12;55;18;75;48;95;0;-19;10;-39;24;-59;24;-79;58;;
16;16;36;10;56;38;76;34;96;2;-20;6;-40;16;-60;34;-80;26;;
17;14;37;14;57;18;77;28;-1;12;-21;14;-41;22;-61;32;-81;18;;
18;6;38;10;58;38;78;32;-2;16;-22;10;-42;10;-62;36;-82;30;;
19;20;39;8;59;42;79;34;-3;12;-23;8;-43;6;-63;28;-83;26;;
  • Fréquences des corrélations entre aas (multipliées par 100).
cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr
0;4;20;0;40;0;60;0;80;4;-4;0;-24;2;-44;2;-64;0;-84;4
1;4;21;2;41;2;61;2;81;4;-5;2;-25;4;-45;0;-65;0;-85;4
2;2;22;4;42;2;62;0;82;4;-6;0;-26;0;-46;6;-66;6;-86;2
3;0;23;2;43;8;63;4;83;4;-7;4;-27;6;-47;2;-67;0;-87;2
4;4;24;2;44;2;64;0;84;4;-8;0;-28;2;-48;2;-68;0;-88;2
5;2;25;2;45;0;65;2;85;0;-9;2;-29;0;-49;2;-69;0;-89;4
6;0;26;0;46;2;66;0;86;4;-10;2;-30;2;-50;10;-70;2;-90;8
7;0;27;2;47;6;67;2;87;0;-11;2;-31;2;-51;6;-71;0;-91;0
8;4;28;6;48;4;68;2;88;2;-12;0;-32;2;-52;2;-72;6;-92;0
9;0;29;4;49;0;69;0;89;2;-13;4;-33;0;-53;2;-73;0;-93;2
10;2;30;4;50;4;70;0;90;2;-14;0;-34;0;-54;2;-74;4;total;380
11;4;31;0;51;4;71;2;91;0;-15;2;-35;2;-55;2;-75;0;;
12;2;32;4;52;4;72;0;92;2;-16;2;-36;0;-56;4;-76;0;;
13;2;33;0;53;0;73;2;93;2;-17;0;-37;2;-57;2;-77;0;;
14;0;34;2;54;6;74;0;94;0;-18;0;-38;4;-58;2;-78;0;;
15;2;35;2;55;4;75;0;95;0;-19;2;-39;2;-59;0;-79;0;;
16;0;36;8;56;2;76;0;96;0;-20;0;-40;2;-60;6;-80;8;;
17;6;37;4;57;0;77;2;-1;0;-21;4;-41;2;-61;0;-81;2;;
18;0;38;0;58;2;78;0;-2;2;-22;0;-42;0;-62;2;-82;0;;
19;0;39;4;59;2;79;0;-3;2;-23;4;-43;0;-63;2;-83;4;;
Tableaux triés des corrélations des aas et des codons entre eux[modifier | modifier le wikicode]
Tableau trié des corrélations des aas entre eux[modifier | modifier le wikicode]
  • Image du tableau formaté:
    voir ici
  • Tableau non formaté
Corrélation entre codons dans les gènes de protéines: I Diagrammes étendus.;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
111 bactéries, 6 protéines chaque, d'un total moyen de 6 550 aas.;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Tri du tableau des corrélations entre aas: Corrélations fortes entre groupe d’aas.;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Corrélation_entre_les_codons_dans_les_gènes_de_protéines;;;;;;;;;;;;;;;;;
aa;G;A;P;V;R;D;Q;M;H;T;W;E;L;S;C;Y;F;N;K;I;
G;;90;88;82;86;65;30;48;46;56;58;35;8;-51;-21;-84;-80;-90;-90;-93;G
A;90;;84;73;83;63;37;43;47;59;55;17;4;-57;-27;-84;-70;-81;-88;-89;A
P;88;84;;80;89;51;27;32;50;50;63;36;17;-53;-25;-80;-74;-87;-85;-89;P
V;82;73;80;;77;61;29;36;54;52;47;55;8;-41;-16;-72;-80;-90;-83;-90;V
R;86;83;89;77;;43;25;30;51;39;68;22;23;-46;-13;-80;-66;-85;-86;-83;R
D;65;63;51;61;43;;52;54;42;67;32;28;-28;-19;-38;-62;-74;-60;-72;-72;D
Q;30;37;27;29;25;52;;39;54;41;21;-7;11;-2;-23;-38;-51;-31;-54;-40;Q
M;48;43;32;36;30;54;39;;43;44;1;15;-35;-15;2;-39;-50;-46;-50;-46;M
H;46;47;50;54;51;42;54;43;;47;28;10;4;-7;0;-49;-50;-58;-66;-56;H
T;56;59;50;52;39;67;41;44;47;;36;17;-27;-27;-37;-50;-60;-52;-66;-63;T
W;58;55;63;47;68;32;21;1;28;36;;1;13;-32;-25;-51;-44;-48;-60;-55;W
E;35;17;36;55;22;28;-7;15;10;17;1;;0;-30;-21;-23;-50;-56;-24;-47;E
L;8;4;17;8;23;-28;11;-35;4;-27;13;0;;-3;5;-10;-5;-13;-11;-9;L
S;-51;-57;-53;-41;-46;-19;-2;-15;-7;-27;-32;-30;-3;;36;24;37;43;34;48;S
C;-21;-27;-25;-16;-13;-38;-23;2;0;-37;-25;-21;5;36;;11;29;12;22;28;C
Y;-84;-84;-80;-72;-80;-62;-38;-39;-49;-50;-51;-23;-10;24;11;;71;81;84;82;Y
F;-80;-70;-74;-80;-66;-74;-51;-50;-50;-60;-44;-50;-5;37;29;71;;81;80;83;F
N;-90;-81;-87;-90;-85;-60;-31;-46;-58;-52;-48;-56;-13;43;12;81;81;;86;93;N
K;-90;-88;-85;-83;-86;-72;-54;-50;-66;-66;-60;-24;-11;34;22;84;80;86;;92;K
I;-93;-89;-89;-90;-83;-72;-40;-46;-56;-63;-55;-47;-9;48;28;82;83;93;92;;I
;G;A;P;V;R;D;Q;M;H;T;W;E;L;S;C;Y;F;N;K;I;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
90;;;corrélations fortes >79 dans les carrés  5X5.;;;;;;;;;;;;;;;;;;
39;28;24;corrélations moyennes et faibles positives.;;;;;;;;;;;;;;;;;;
-11;;;corrélations faibles positives et négatives de Leu.;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Tableau trié des corrélations des codons entre eux[modifier | modifier le wikicode]

Un tableau de cette taille formaté avec wikipédia serait très compliqué à faire. Aussi j'ai opté de prendre une image de ce tableau formaté sous le tableur calc de LibreOffice.

  • Image du tableau formaté:
    voir ici
  • Construction: 3 lignes-colonnes sont ajoutées pour trier les codons. La L-C "ordre original" sert à retrouver l’ordre de la matrice des corrélations entre codons. Elle est numérotée de 1 à 64 de façon progressive sur cette matrice. Les 2 autres L-C "ordres optimisés" séparent les numéros des codons se terminant par "a,t" (en incluant agg, ttg et en excluant tga) des numéros des codons se terminant par "g,c" (en procédant de façon inverse pour agg, ttg et tga).
  • Tri sur les valeurs les plus élevées des corrélations: les numéros des 2 L-C sont obtenus par estimation de l'ordre des codons suivant le classement de leurs corrélations positives avec les autres codons. Le tableau final est optimisé pour avoir des groupes de codons fortement corrélés entre eux, les plus grands possibles. Voici ci-dessous les ordres estimés et optimisés obtenus, à recopier dans un tableur. Les codons ayant beaucoup de corrélations alternées, positives et négatives, ne sont pas inclus, c'est à dire atg, tag, ctg, agg. Les tris ne concernent alors que 2 carrés à corrélations positives de 29X29 codons.
Tri par le codon le plus fort;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Effectifs par tranche de corrélations positives;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
codon;;tat;ttt;aat;tta;aaa;att;gat;gtt;caa;act;cct;gca;tca;gct;aca;cca;tct;agt;cat;gaa;tgt;gta;gga;aga;cta;ata;ctt;ggt;taa;ttg;cga;cgt;agg
>82;;5;5;5;5;5;6;4;3;2;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;−;−
>89;;4;3;4;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;−;−
79-88;;4;4;2;5;2;7;10;7;7;6;5;5;7;4;1;3;3;3;2;3;2;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;−;−
69-78;;6;6;4;4;6;7;6;6;8;12;11;5;7;5;17;8;15;12;9;6;6;8;3;1;1;4;1;0;0;0;0;−;−
59-68;;9;8;6;7;11;6;8;10;7;6;7;10;8;7;7;10;6;9;9;10;14;12;14;14;13;4;4;5;0;0;0;−;−
49-58;;3;4;5;6;2;3;3;4;3;2;3;4;3;8;1;5;1;1;2;7;3;7;8;6;7;5;5;5;10;2;0;−;−
39-48;;;2;5;2;2;2;1;1;3;2;3;3;2;4;2;1;3;1;6;1;;1;;4;6;3;8;5;11;5;3;−;−
29-38;;2;;;;2;4;2;1;2;1;1;2;1;1;;2;2;3;1;2;4;1;1;;1;8;6;7;3;8;8;−;−
19-28;;2;3;2;2;;1;;1;;1;;1;1;;2;1;;1;;1;1;;2;;2;1;5;4;2;9;11;−;−
9-18;;;;2;2;2;;;;;;;;1;1;;;;;;;;1;;2;;2;1;1;3;4;4;−;−
<9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;2;;3;;3;1;2;4;−;−
Total;;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;29;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;30;−;−
ordre estimé;;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33
ordre optimisé;;1;2;3;4;5;6;8;9;10;11;12;13;7;14;19;16;17;18;15;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33
ordre d’origine;;17;9;19;1;7;59;37;51;29;55;48;39;12;40;56;47;11;13;27;35;43;52;31;21;4;60;3;32;62;2;22;23;24
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
codon;;gac;ttc;ggc;cac;cgc;cag;gcc;acc;atc;ccg;ctg;tac;gcg;gtc;aac;tcg;ctc;gag;aag;ccc;gtg;tcc;tgc;acg;cgg;tga;agc;tgg;ggg;atg;tag;;
>89;;3;2;2;2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;−;−;;
79-88;;10;11;11;9;11;9;8;8;7;5;3;3;2;6;5;3;3;2;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;−;−;;
69-78;;7;7;5;8;4;8;8;7;7;7;9;7;10;8;4;8;10;11;6;2;11;5;2;2;1;0;0;0;1;−;−;;
59-68;;5;3;4;4;6;5;6;6;7;4;5;8;6;9;9;7;7;9;12;12;12;11;12;8;8;3;3;2;0;−;−;;
49-58;;2;4;5;4;5;4;4;4;2;8;4;7;4;3;6;6;4;4;4;7;5;7;9;7;10;12;13;14;2;−;−;;
39-48;;;;;;;;;1;3;1;5;1;2;;2;2;3;2;4;3;;4;2;8;7;10;4;9;1;−;−;;
29-38;;;;;1;;2;1;1;1;2;1;;2;1;2;1;1;;;3;;1;4;2;2;1;6;3;7;−;−;;
19-28;;2;2;1;;2;;;1;;;1;1;2;1;;;;;1;;;1;;1;;1;3;1;11;−;−;;
9-18;;;;1;1;;;1;;1;1;;;;1;;2;;;;;1;;;1;1;1;;;5;−;−;;
<9;;;;;;;;;;;;;1;;;1;;1;1;1;1;;;;;;1;;;2;−;−;;
Total;;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;29;−;−;;
ordre estimé;;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;;
ordre optimisé;;1;2;3;4;5;6;7;8;9;14;10;11;15;12;13;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;;
ordre d’origine;;38;10;33;28;25;30;42;58;61;49;5;18;41;54;20;14;6;36;8;50;53;15;44;57;26;64;16;46;34;45;63;;
  • Tableau non formaté
;;;;;;;;;;;;;;https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Corrélation_entre_les_codons_dans_les_gènes_de_protéines  .;;;;;;;;;;;;;#Diagrammes_étendus_des_aas  .;;;;;/Annexe/Tableaux#Tableau_trié_des_corrélations_des_codons_entre_eux  .;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Corrélation entre codons dans les gènes de protéines: I Diagrammes étendus.;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
111 bactéries, 6 protéines chaque, d'un total moyen de 6 550 aas.;;;;;;;;;;;;;;;91;85;80;corrélations fortes >79 dans le carré  29X29 des positives;;;;;;;;30;-60;corrélations positives/négatives normales;;;;;;;-79;corrélations fortes <-79 dans les rectangles des négatives;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Tri du tableau des corrélations entre codons: Corrélations fortes entre groupe de codons.;;;;;;;;;;;;;;;57;40;;corrélations faibles < 59 dans le carré  29X29 des positives;;;;;;;;9;-26;corrélations positives/négatives anormales (base 3);;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
   tri sur les corrélations les plus élevées;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ordre original;;;;17;9;19;1;7;59;12;37;51;29;55;48;39;40;27;47;11;13;56;35;43;52;31;21;4;60;3;32;62;2;22;23;24;63;45;34;46;16;64;26;57;44;15;53;50;8;36;6;14;41;49;20;54;18;5;61;58;42;30;25;28;33;10;38;
;ordres optimisés;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;31;30;29;28;27;26;25;24;23;22;21;20;19;18;17;16;15;14;13;12;11;10;9;8;7;6;5;4;3;2;1;
;;;;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;tat;ttt;aat;tta;aaa;att;tca;gat;gtt;caa;act;cct;gca;gct;cat;cca;tct;agt;aca;gaa;tgt;gta;gga;aga;cta;ata;ctt;ggt;taa;ttg;cga;cgt;agg;tag;atg;ggg;tgg;agc;tga;cgg;acg;tgc;tcc;gtg;ccc;aag;gag;ctc;tcg;gcg;ccg;aac;gtc;tac;ctg;atc;acc;gcc;cag;cgc;cac;ggc;ttc;gac;
17;;1;tat;100;91;92;90;91;86;81;79;66;78;73;68;60;56;78;62;75;81;75;63;76;68;65;64;54;67;33;34;49;23;25;0;-4;4;-26;-33;-69;-59;-52;-56;-61;-66;-74;-77;-66;-77;-79;-77;-66;-73;-71;-82;-76;-88;-75;-79;-82;-79;-86;-79;-92;-82;-89;-90;tat
9;;2;ttt;91;100;91;85;93;87;79;68;63;69;69;67;57;50;68;59;77;77;69;55;80;59;65;64;52;70;41;27;44;19;23;-8;8;4;-40;-28;-63;-53;-47;-52;-63;-61;-68;-72;-56;-73;-73;-70;-69;-73;-76;-77;-75;-76;-73;-83;-79;-77;-82;-79;-83;-82;-90;-87;ttt
19;;3;aat;92;91;100;91;92;85;79;61;50;68;66;54;44;40;62;53;69;73;63;43;69;50;56;59;41;69;19;20;41;9;15;-13;-6;2;-46;-35;-72;-58;-41;-48;-60;-61;-66;-69;-55;-70;-69;-62;-58;-67;-66;-80;-65;-77;-69;-74;-73;-68;-81;-68;-81;-72;-79;-78;aat
1;;4;tta;90;85;91;100;84;85;81;66;56;81;75;58;47;50;67;62;71;78;67;51;71;57;59;61;54;62;13;26;45;9;21;-8;-8;4;-41;-30;-62;-65;-46;-44;-60;-70;-72;-71;-55;-72;-69;-64;-61;-66;-70;-82;-65;-79;-73;-79;-76;-71;-87;-70;-80;-74;-82;-78;tta
7;;5;aaa;91;93;92;84;100;83;78;65;62;67;67;62;55;46;61;59;73;72;70;60;73;61;64;67;46;71;35;31;49;11;14;-6;0;-1;-39;-38;-70;-52;-49;-58;-64;-65;-68;-75;-61;-78;-76;-69;-70;-68;-70;-71;-75;-74;-68;-76;-77;-79;-82;-78;-82;-80;-84;-84;aaa
59;;6;att;86;87;85;85;83;100;82;75;70;83;75;67;60;62;73;67;75;72;70;60;67;54;57;46;47;38;32;38;52;25;34;15;-13;-2;-30;-31;-66;-58;-51;-51;-58;-64;-67;-71;-62;-77;-79;-72;-66;-69;-70;-74;-74;-77;-70;-75;-77;-77;-79;-73;-80;-79;-85;-84;att
12;;7;tca;81;79;79;81;78;82;100;75;74;79;77;67;65;58;66;74;70;75;82;64;62;58;67;68;62;54;42;38;46;19;16;-1;0;8;-28;-37;-62;-59;-52;-53;-61;-71;-74;-75;-62;-68;-74;-67;-67;-72;-74;-71;-70;-73;-76;-78;-81;-76;-83;-76;-78;-79;-79;-79;tca
37;;8;gat;79;68;61;66;65;75;75;100;85;83;81;83;81;81;87;77;75;80;75;79;64;75;63;58;66;35;52;59;52;46;36;25;2;1;3;-28;-52;-48;-59;-61;-53;-60;-66;-69;-72;-68;-79;-81;-70;-71;-69;-71;-81;-83;-72;-71;-80;-83;-75;-82;-87;-83;-83;-91;gat
51;;9;gtt;66;63;50;56;62;70;74;85;100;71;82;81;83;84;69;81;73;67;76;81;60;67;65;57;64;33;65;62;51;40;23;27;12;4;1;-32;-45;-49;-58;-63;-58;-58;-57;-76;-68;-60;-75;-73;-75;-68;-70;-54;-77;-63;-70;-72;-76;-84;-70;-82;-73;-82;-76;-80;gtt
29;;10;caa;78;69;68;81;67;83;79;83;71;100;80;71;66;72;81;76;70;80;73;68;62;65;56;48;65;30;31;50;51;46;42;21;-8;6;-13;-24;-49;-56;-57;-44;-48;-72;-72;-70;-63;-74;-75;-70;-63;-66;-71;-73;-68;-77;-79;-71;-78;-76;-88;-75;-78;-79;-81;-80;caa
55;;11;act;73;69;66;75;67;75;77;81;82;80;100;77;74;82;69;83;79;75;69;70;66;72;63;60;65;41;43;56;52;30;20;21;-5;-4;-9;-36;-44;-54;-54;-60;-66;-67;-68;-75;-69;-67;-73;-72;-73;-70;-75;-66;-75;-69;-74;-77;-79;-82;-79;-76;-74;-80;-78;-78;act
48;;12;cct;68;67;54;58;62;67;67;83;81;71;77;100;79;85;74;70;82;70;77;73;69;76;73;60;64;43;69;48;45;49;36;17;17;6;-8;-22;-38;-41;-54;-59;-55;-55;-58;-67;-58;-57;-67;-71;-73;-78;-80;-65;-77;-64;-77;-77;-79;-80;-72;-81;-74;-84;-79;-83;cct
39;;13;gca;60;57;44;47;55;60;65;81;83;66;74;79;100;75;69;82;67;65;77;79;59;74;56;52;61;32;64;67;44;36;25;32;8;8;5;-34;-35;-41;-55;-66;-48;-58;-56;-64;-69;-59;-72;-67;-69;-60;-66;-52;-77;-58;-64;-67;-72;-83;-64;-72;-68;-75;-73;-75;gca
40;;14;gct;56;50;40;50;46;62;58;81;84;72;82;85;75;100;66;77;71;63;66;70;51;67;54;39;64;16;54;64;47;52;33;42;-4;-1;10;-26;-30;-40;-53;-57;-48;-55;-52;-63;-64;-54;-64;-70;-67;-67;-67;-50;-69;-58;-66;-62;-68;-74;-63;-69;-63;-73;-66;-70;gct
27;;15;cat;78;68;62;67;61;73;66;87;69;81;69;74;69;66;100;62;74;71;70;68;66;64;56;46;54;34;45;42;44;47;46;24;0;-1;9;-18;-42;-47;-47;-49;-42;-50;-61;-63;-65;-69;-75;-75;-56;-64;-59;-77;-68;-85;-70;-66;-77;-72;-74;-71;-90;-73;-79;-85;cat
47;;16;cca;62;59;53;62;59;67;74;77;81;76;83;70;82;77;62;100;70;68;75;72;58;67;52;53;68;32;46;67;54;31;21;30;-3;-5;-5;-34;-39;-54;-55;-58;-58;-73;-60;-68;-69;-61;-69;-66;-72;-65;-74;-54;-71;-58;-69;-66;-72;-78;-75;-73;-65;-75;-70;-72;cca
11;;17;tct;75;77;69;71;73;75;70;75;73;70;79;82;67;71;74;70;100;64;69;62;82;67;69;60;59;49;44;42;42;33;34;18;4;-2;-15;-26;-40;-58;-45;-58;-60;-60;-56;-70;-66;-69;-72;-71;-72;-67;-72;-69;-74;-70;-70;-73;-79;-83;-73;-78;-78;-82;-78;-83;tct
13;;18;agt;81;77;73;78;72;72;75;80;67;80;75;70;65;63;71;68;64;100;73;61;72;70;66;66;68;54;40;38;37;26;31;-5;5;10;-29;-22;-52;-44;-44;-48;-55;-65;-70;-68;-57;-65;-64;-66;-65;-72;-75;-77;-71;-74;-76;-77;-78;-75;-82;-78;-77;-82;-83;-83;agt
56;;19;aca;75;69;63;67;70;70;82;75;76;73;69;77;77;66;70;75;69;73;100;75;64;76;73;68;67;51;61;40;43;25;24;4;9;9;-21;-30;-48;-50;-50;-56;-55;-66;-66;-74;-61;-63;-69;-65;-69;-74;-73;-68;-72;-66;-79;-76;-85;-78;-81;-77;-76;-81;-76;-79;aca
35;;20;gaa;63;55;43;51;60;60;64;79;81;68;70;73;79;70;68;72;62;61;75;100;50;72;66;59;55;31;58;51;58;32;19;24;3;-3;10;-33;-44;-38;-62;-64;-47;-54;-60;-63;-61;-62;-86;-71;-68;-60;-62;-51;-76;-60;-59;-63;-71;-76;-66;-72;-71;-73;-71;-75;gaa
43;;21;tgt;76;80;69;71;73;67;62;64;60;62;66;69;59;51;66;58;82;72;64;50;100;66;62;62;60;65;34;36;33;28;29;4;14;3;-25;-19;-35;-52;-37;-50;-56;-52;-56;-63;-54;-62;-62;-62;-61;-62;-69;-67;-69;-67;-67;-73;-71;-75;-72;-75;-73;-79;-79;-80;tgt
52;;22;gta;68;59;50;57;61;54;58;75;67;65;72;76;74;67;64;67;67;70;76;72;66;100;66;63;69;52;49;53;48;29;17;15;17;0;-7;-29;-34;-39;-53;-61;-53;-57;-59;-67;-59;-55;-59;-68;-68;-67;-67;-52;-78;-58;-65;-70;-74;-77;-69;-77;-68;-78;-72;-76;gta
31;;23;gga;65;65;56;59;64;57;67;63;65;56;63;73;56;54;56;52;69;66;73;66;62;66;100;83;56;62;62;7;19;23;35;-26;32;22;-32;-18;-35;-43;-32;-49;-50;-48;-51;-65;-41;-43;-55;-49;-60;-72;-70;-64;-62;-54;-76;-75;-77;-71;-69;-77;-66;-80;-68;-71;gga
21;;24;aga;64;64;59;61;67;46;68;58;57;48;60;60;52;39;46;53;60;66;68;59;62;63;83;100;58;76;49;12;18;3;6;-45;33;16;-39;-30;-41;-44;-27;-49;-57;-55;-56;-62;-41;-40;-49;-46;-57;-65;-66;-61;-58;-52;-66;-72;-70;-65;-69;-72;-64;-71;-65;-67;aga
4;;25;cta;54;52;41;54;46;47;62;66;64;65;65;64;61;64;54;68;59;68;67;55;60;69;56;58;100;41;41;43;37;26;26;4;20;9;-13;-16;-29;-39;-45;-44;-46;-56;-57;-57;-47;-41;-46;-55;-56;-59;-65;-50;-60;-51;-66;-62;-66;-65;-67;-68;-58;-69;-62;-64;cta
60;;26;ata;67;70;69;62;71;38;54;35;33;30;41;43;32;16;34;32;49;54;51;31;65;52;62;76;41;100;28;1;15;-4;-5;-44;43;16;-45;-20;-40;-35;-21;-38;-51;-38;-44;-50;-27;-34;-38;-39;-47;-57;-58;-56;-51;-45;-55;-71;-58;-53;-61;-62;-58;-60;-60;-56;ata
3;;27;ctt;33;41;19;13;35;32;42;52;65;31;43;69;64;54;45;46;44;40;61;58;34;49;62;49;41;28;100;25;22;31;20;-1;37;13;-3;-11;-19;-9;-34;-40;-35;-22;-29;-47;-33;-23;-37;-39;-51;-54;-53;-35;-50;-30;-58;-49;-56;-52;-41;-57;-46;-56;-49;-52;ctt
32;;28;ggt;34;27;20;26;31;38;38;59;62;50;56;48;67;64;42;67;42;38;40;51;36;53;7;12;43;1;25;100;53;37;5;70;-12;-23;25;-39;-18;-28;-45;-55;-32;-49;-33;-45;-61;-46;-52;-56;-48;-36;-36;-9;-53;-34;-29;-29;-34;-55;-38;-53;-39;-51;-42;-45;ggt
62;;29;taa;49;44;41;45;49;52;46;52;51;51;52;45;44;47;44;54;42;37;43;58;33;48;19;18;37;15;22;53;100;18;-5;42;-15;-48;8;-26;-38;-21;-80;-44;-40;-41;-45;-49;-48;-52;-60;-59;-54;-37;-42;-32;-53;-48;-33;-36;-42;-50;-44;-47;-51;-46;-49;-52;taa
2;;30;ttg;23;19;9;9;11;25;19;46;40;46;30;49;36;52;47;31;33;26;25;32;28;29;23;3;26;-4;31;37;18;100;46;30;13;8;16;9;6;-9;-28;-13;2;-15;-21;-19;-28;-24;-30;-40;-25;-32;-29;-20;-32;-27;-43;-23;-34;-33;-36;-39;-33;-41;-29;-38;ttg
22;;31;cga;25;23;15;21;14;34;16;36;23;42;20;36;25;33;46;21;34;31;24;19;29;17;35;6;26;-5;20;5;-5;46;100;6;3;19;-2;22;1;-17;-8;-1;-2;-18;-15;-23;-15;-28;-21;-18;-14;-26;-25;-38;-16;-34;-38;-21;-30;-29;-26;-33;-28;-38;-32;-35;cga
23;;32;cgt;0;-8;-13;-8;-6;15;-1;25;27;21;21;17;32;42;24;30;18;-5;4;24;4;15;-26;-45;4;-44;-1;70;42;30;6;100;-39;-33;55;-15;6;-5;-28;-27;3;-13;-2;-6;-39;-31;-30;-30;-15;6;6;15;-21;-11;11;11;0;-20;3;-7;-7;-9;-6;-11;cgt
24;;33;agg;-4;8;-6;-8;0;-13;0;2;12;-8;-5;17;8;-4;0;-3;4;5;9;3;14;17;32;33;20;43;37;-12;-15;13;3;-39;100;28;-19;26;6;11;0;-2;-13;15;16;2;24;24;15;3;-17;-22;-26;-3;-11;14;-17;-29;-14;-10;-7;-32;-5;-22;-10;-9;agg
63;31;;tag;4;4;2;4;-1;-2;8;1;4;6;-4;6;8;-1;-1;-5;-2;10;9;-3;3;0;22;16;9;16;13;-23;-48;8;19;-33;28;100;-10;20;-6;-8;-11;9;0;3;5;2;19;11;11;10;-5;-13;-15;-12;-2;2;-19;-16;-9;-4;-14;-6;0;-10;-6;-3;tag
45;30;;atg;-26;-40;-46;-41;-39;-30;-28;3;1;-13;-9;-8;5;10;9;-5;-15;-29;-21;10;-25;-7;-32;-39;-13;-45;-3;25;8;16;-2;55;-19;-10;100;1;26;19;-10;-2;17;29;26;17;-5;8;-3;-10;14;21;29;34;11;8;35;35;30;17;31;20;10;26;23;19;atg
34;29;;ggg;-33;-28;-35;-30;-38;-31;-37;-28;-32;-24;-36;-22;-34;-26;-18;-34;-26;-22;-30;-33;-19;-29;-18;-30;-16;-20;-11;-39;-26;9;22;-15;26;20;1;100;37;26;15;75;24;30;36;50;57;22;45;34;16;23;15;1;27;24;22;14;25;35;29;19;29;16;21;25;ggg
46;28;;tgg;-69;-63;-72;-62;-70;-66;-62;-52;-45;-49;-44;-38;-35;-30;-42;-39;-40;-52;-48;-44;-35;-34;-35;-41;-29;-40;-19;-18;-38;6;1;6;6;-6;26;37;100;33;43;50;44;34;52;50;42;44;57;45;46;47;50;50;56;56;44;44;54;52;55;49;61;50;55;61;tgg
16;27;;agc;-59;-53;-58;-65;-52;-58;-59;-48;-49;-56;-54;-41;-41;-40;-47;-54;-58;-44;-50;-38;-52;-39;-43;-44;-39;-35;-9;-28;-21;-9;-17;-5;11;-8;19;26;33;100;23;29;31;62;39;60;54;46;50;39;31;37;40;52;34;55;57;53;54;56;62;52;52;54;50;53;agc
64;26;;tga;-52;-47;-41;-46;-49;-51;-52;-59;-58;-57;-54;-54;-55;-53;-47;-55;-45;-44;-50;-62;-37;-53;-32;-27;-45;-21;-34;-45;-80;-28;-8;-28;0;-11;-10;15;43;23;100;44;42;37;44;50;40;48;58;59;60;47;54;39;60;51;45;44;49;56;53;53;54;54;54;58;tga
26;25;;cgg;-56;-52;-48;-44;-58;-51;-53;-61;-63;-44;-60;-59;-66;-57;-49;-58;-58;-48;-56;-64;-50;-61;-49;-49;-44;-38;-40;-55;-44;-13;-1;-27;-2;9;-2;75;50;29;44;100;46;42;50;62;66;44;66;59;52;52;50;30;65;46;44;45;56;67;49;54;60;54;52;60;cgg
57;24;;acg;-61;-63;-60;-60;-64;-58;-61;-53;-58;-48;-66;-55;-48;-48;-42;-58;-60;-55;-55;-47;-56;-53;-50;-57;-46;-51;-35;-32;-40;2;-2;3;-13;0;17;24;44;31;42;46;100;44;40;58;38;53;48;61;71;73;67;52;62;51;43;63;42;50;57;64;56;62;64;61;acg
44;23;;tgc;-66;-61;-61;-70;-65;-64;-71;-60;-58;-72;-67;-55;-58;-55;-50;-73;-60;-65;-66;-54;-52;-57;-48;-55;-56;-38;-22;-49;-41;-15;-18;-13;15;3;29;30;34;62;37;42;44;100;65;65;60;69;56;52;56;51;58;58;53;56;62;62;65;67;72;63;58;68;67;62;tgc
15;22;;tcc;-74;-68;-66;-72;-68;-67;-74;-66;-57;-72;-68;-58;-56;-52;-61;-60;-56;-70;-66;-60;-56;-59;-51;-56;-57;-44;-29;-33;-45;-21;-15;-2;16;5;26;36;52;39;44;50;40;65;100;59;58;59;68;56;42;50;58;64;65;65;68;62;76;66;75;55;70;64;70;71;tcc
53;21;;gtg;-77;-72;-69;-71;-75;-71;-75;-69;-76;-70;-75;-67;-64;-63;-63;-68;-70;-68;-74;-63;-63;-67;-65;-62;-57;-50;-47;-45;-49;-19;-23;-6;2;2;17;50;50;60;50;62;58;65;59;100;68;62;68;62;59;69;64;59;53;69;75;65;71;74;77;75;74;75;72;72;gtg
50;20;;ccc;-66;-56;-55;-55;-61;-62;-62;-72;-68;-63;-69;-58;-69;-64;-65;-69;-66;-57;-61;-61;-54;-59;-41;-41;-47;-27;-33;-61;-48;-28;-15;-39;24;19;-5;57;42;54;40;66;38;60;58;68;100;67;72;73;49;34;31;44;59;66;50;49;65;79;59;61;67;58;62;67;ccc
8;19;;aag;-77;-73;-70;-72;-78;-77;-68;-68;-60;-74;-67;-57;-59;-54;-69;-61;-69;-65;-63;-62;-62;-55;-43;-40;-41;-34;-23;-46;-52;-24;-28;-31;24;11;8;22;44;46;48;44;53;69;59;62;67;100;76;74;62;49;52;68;64;77;49;66;63;70;68;65;73;68;80;73;aag
36;18;;gag;-79;-73;-69;-69;-76;-79;-74;-79;-75;-75;-73;-67;-72;-64;-75;-69;-72;-64;-69;-86;-62;-59;-55;-49;-46;-38;-37;-52;-60;-30;-21;-30;15;11;-3;45;57;50;58;66;48;56;68;68;72;76;100;78;62;59;59;60;76;75;59;66;72;78;71;70;81;73;78;81;gag
6;17;;ctc;-77;-70;-62;-64;-69;-72;-67;-81;-73;-70;-72;-71;-67;-70;-75;-66;-71;-66;-65;-71;-62;-68;-49;-46;-55;-39;-39;-56;-59;-40;-18;-30;3;10;-10;34;45;39;59;59;61;52;56;62;73;74;78;100;72;64;58;58;78;73;48;71;64;72;65;73;79;70;80;79;ctc
14;16;;tcg;-66;-69;-58;-61;-70;-66;-67;-70;-75;-63;-73;-73;-69;-67;-56;-72;-72;-65;-69;-68;-61;-68;-60;-57;-56;-47;-51;-48;-54;-25;-14;-15;-17;-5;14;16;46;31;60;52;71;56;42;59;49;62;62;72;100;73;78;56;81;52;56;73;67;75;65;80;65;79;76;77;tcg
41;15;;gcg;-73;-73;-67;-66;-68;-69;-72;-71;-68;-66;-70;-78;-60;-67;-64;-65;-67;-72;-74;-60;-62;-67;-72;-65;-59;-57;-54;-36;-37;-32;-26;6;-22;-13;21;23;47;37;47;52;73;51;50;69;34;49;59;64;73;100;89;64;71;61;74;76;67;60;76;80;73;82;73;76;gcg
49;14;;ccg;-71;-76;-66;-70;-70;-70;-74;-69;-70;-71;-75;-80;-66;-67;-59;-74;-72;-75;-73;-62;-69;-67;-70;-66;-65;-58;-53;-36;-42;-29;-25;6;-26;-15;29;15;50;40;54;50;67;58;58;64;31;52;59;58;78;89;100;67;75;57;79;80;74;69;80;80;69;84;78;78;ccg
20;13;;aac;-82;-77;-80;-82;-71;-74;-71;-71;-54;-73;-66;-65;-52;-50;-77;-54;-69;-77;-68;-51;-67;-52;-64;-61;-50;-56;-35;-9;-32;-20;-38;15;-3;-12;34;1;50;52;39;30;52;58;64;59;44;68;60;58;56;64;67;100;59;83;73;78;77;63;79;64;83;72;82;80;aac
54;12;;gtc;-76;-75;-65;-65;-75;-74;-70;-81;-77;-68;-75;-77;-77;-69;-68;-71;-74;-71;-72;-76;-69;-78;-62;-58;-60;-51;-50;-53;-53;-32;-16;-21;-11;-2;11;27;56;34;60;65;62;53;65;53;59;64;76;78;81;71;75;59;100;64;62;77;78;84;71;80;78;83;82;87;gtc
18;11;;tac;-88;-76;-77;-79;-74;-77;-73;-83;-63;-77;-69;-64;-58;-58;-85;-58;-70;-74;-66;-60;-67;-58;-54;-52;-51;-45;-30;-34;-48;-27;-34;-11;14;2;8;24;56;55;51;46;51;56;65;69;66;77;75;73;52;61;57;83;64;100;66;66;73;68;76;67;92;70;82;84;tac
5;10;;ctg;-75;-73;-69;-73;-68;-70;-76;-72;-70;-79;-74;-77;-64;-66;-70;-69;-70;-76;-79;-59;-67;-65;-76;-66;-66;-55;-58;-29;-33;-43;-38;11;-17;-19;35;22;44;57;45;44;43;62;68;75;50;49;59;48;56;74;79;73;62;66;100;75;88;76;90;77;76;83;74;78;ctg
61;9;;atc;-79;-83;-74;-79;-76;-75;-78;-71;-72;-71;-77;-77;-67;-62;-66;-66;-73;-77;-76;-63;-73;-70;-75;-72;-62;-71;-49;-29;-36;-23;-21;11;-29;-16;35;14;44;53;44;45;63;62;62;65;49;66;66;71;73;76;80;78;77;66;75;100;82;79;79;82;76;84;89;80;atc
58;8;;acc;-82;-79;-73;-76;-77;-77;-81;-80;-76;-78;-79;-79;-72;-68;-77;-72;-79;-78;-85;-71;-71;-74;-77;-70;-66;-58;-56;-34;-42;-34;-30;0;-14;-9;30;25;54;54;49;56;42;65;76;71;65;63;72;64;67;67;74;77;78;73;88;82;100;89;86;81;84;86;81;87;acc
42;7;;gcc;-79;-77;-68;-71;-79;-77;-76;-83;-84;-76;-82;-80;-83;-74;-72;-78;-83;-75;-78;-76;-75;-77;-71;-65;-65;-53;-52;-55;-50;-33;-29;-20;-10;-4;17;35;52;56;56;67;50;67;66;74;79;70;78;72;75;60;69;63;84;68;76;79;89;100;78;87;79;88;83;87;gcc
30;6;;cag;-86;-82;-81;-87;-82;-79;-83;-75;-70;-88;-79;-72;-64;-63;-74;-75;-73;-82;-81;-66;-72;-69;-69;-69;-67;-61;-41;-38;-44;-36;-26;3;-7;-14;31;29;55;62;53;49;57;72;75;77;59;68;71;65;65;76;80;79;71;76;90;79;86;78;100;82;83;85;83;84;cag
25;5;;cgc;-79;-79;-68;-70;-78;-73;-76;-82;-82;-75;-76;-81;-72;-69;-71;-73;-78;-78;-77;-72;-75;-77;-77;-72;-68;-62;-57;-53;-47;-39;-33;-7;-32;-6;20;19;49;52;53;54;64;63;55;75;61;65;70;73;80;80;80;64;80;67;77;82;81;87;82;100;80;96;85;87;cgc
28;4;;cac;-92;-83;-81;-80;-82;-80;-78;-87;-73;-78;-74;-74;-68;-63;-90;-65;-78;-77;-76;-71;-73;-68;-66;-64;-58;-58;-46;-39;-51;-33;-28;-7;-5;0;10;29;61;52;54;60;56;58;70;74;67;73;81;79;65;73;69;83;78;92;76;76;84;79;83;80;100;81;87;92;cac
33;3;;ggc;-82;-82;-72;-74;-80;-79;-79;-83;-82;-79;-80;-84;-75;-73;-73;-75;-82;-82;-81;-73;-79;-78;-80;-71;-69;-60;-56;-51;-46;-41;-38;-9;-22;-10;26;16;50;54;54;54;62;68;64;75;58;68;73;70;79;82;84;72;83;70;83;84;86;88;85;96;81;100;87;90;ggc
10;2;;ttc;-89;-90;-79;-82;-84;-85;-79;-83;-76;-81;-78;-79;-73;-66;-79;-70;-78;-83;-76;-71;-79;-72;-68;-65;-62;-60;-49;-42;-49;-29;-32;-6;-10;-6;23;21;55;50;54;52;64;67;70;72;62;80;78;80;76;73;78;82;82;82;74;89;81;83;83;85;87;87;100;91;ttc
38;1;;gac;-90;-87;-78;-78;-84;-84;-79;-91;-80;-80;-78;-83;-75;-70;-85;-72;-83;-83;-79;-75;-80;-76;-71;-67;-64;-56;-52;-45;-52;-38;-35;-11;-9;-3;19;25;61;53;58;60;61;62;71;72;67;73;81;79;77;76;78;80;87;84;78;80;87;87;84;87;92;90;91;100;gac
;;;;tat;ttt;aat;tta;aaa;att;tca;gat;gtt;caa;act;cct;gca;gct;cat;cca;tct;agt;aca;gaa;tgt;gta;gga;aga;cta;ata;ctt;ggt;taa;ttg;cga;cgt;agg;tag;atg;ggg;tgg;agc;tga;cgg;acg;tgc;tcc;gtg;ccc;aag;gag;ctc;tcg;gcg;ccg;aac;gtc;tac;ctg;atc;acc;gcc;cag;cgc;cac;ggc;ttc;gac;
Tableaux triés, connexions entre codons et aas[modifier | modifier le wikicode]
original;63;45;34;46;16;64;26;57;44;15;53;50;8;36;6;14;41;49;20;54;18;5;61;58;42;30;25;28;33;10;38;;
optimisé;31;30;29;28;27;26;25;24;23;22;21;20;19;18;17;16;15;14;13;12;11;10;9;8;7;6;5;4;3;2;1;;
;tag;atg;ggg;tgg;agc;tga;cgg;acg;tgc;tcc;gtg;ccc;aag;gag;ctc;tcg;gcg;ccg;aac;gtc;tac;ctg;atc;acc;gcc;cag;cgc;cac;ggc;ttc;gac;;
Max;22.25;55.16;74.87;61.45;61.70;60.32;74.87;73.17;72.02;75.92;77.13;79.31;79.66;81.04;79.79;80.94;89.00;89.00;82.94;87.07;91.59;89.57;88.54;89.03;89.03;89.57;95.68;92.27;95.68;91.28;92.27;;
Min;-48.15;-46.46;-38.78;-71.53;-64.87;-80.24;-65.90;-66.15;-73.30;-74.35;-76.77;-72.38;-78.31;-86.37;-80.77;-75.13;-77.62;-80.14;-82.38;-81.38;-88.25;-79.19;-82.53;-85.32;-83.65;-88.14;-81.70;-92.36;-83.92;-90.20;-91.48;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;synthèse;;20+2 connectés forts;;;5 connectés moyens : 65-73;;;;;2 solitaires : tga   et    ggg;;;;;2 très faibles : ;;atg-cgt;55;;;;;;;;;;;;;
;;;;dont gtg, tcc  76;;;avec ;73;tgc  acg  tgg;;;;taa-tga :-80, -62 gaa;;;;;;tag-taa;-48;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;66;cgg  agc;;;;ggg-cgg : 75,   57 ccc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
original;24;23;22;2;17;9;19;1;7;59;12;37;51;29;55;48;39;40;27;47;11;13;56;35;43;52;31;21;4;60;3;32;62
optimisé;33;32;31;30;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29
;agg;cgt;cga;ttg;tat;ttt;aat;tta;aaa;att;tca;gat;gtt;caa;act;cct;gca;gct;cat;cca;tct;agt;aca;gaa;tgt;gta;gga;aga;cta;ata;ctt;ggt;taa
max;43.32;69.88;46.30;52.10;92.05;92.94;92.05;90.98;92.94;87.33;82.27;86.61;84.97;82.64;83.27;85.36;83.47;85.36;86.61;83.27;82.34;81.44;82.27;80.74;82.11;75.97;82.93;82.93;68.51;75.97;68.72;67.35;58.25
min;-38.68;-44.58;-38.30;-42.83;-92.36;-90.20;-80.73;-86.50;-84.30;-84.59;-83.35;-91.48;-83.65;-88.14;-81.50;-83.92;-82.64;-73.65;-90.01;-77.95;-83.42;-83.40;-85.32;-86.37;-79.61;-77.83;-80.36;-72.28;-68.69;-71.17;-58.20;-61.03;-80.24
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;gcc;gcc;gga;;aga;;;
;;synthèse;;24+1 connectés forts;;;3 connectés moyens : 68;;;;;2 solitaires : taa   et    cgt;;;;;3 très faibles : ;;ttg-gct;;52;;;;;;;;;;;;
;;;;dont ata-aga   76;;;avec ;cta  ctt  ggt;;;;;tga-taa :-80, -60 gag;;;;;;agg-ata;;43;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;cgt-ggt : 70,  45 aga;;;;;;cga-cat,ttg;;46;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;20+2 connectés forts :;;;20 forts >79 connectés entre eux et 2 >75 connectés avec beaucoup de forts;;;;;;;;;;;solitaire  ggg-cgg : 75,   57 ccc ; ggg a 1 seule corrélation forte de 75 avec cgg moyen, et un maximum de 57 avec ccc fort;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;A;C;D;E;F;G;H;I;K;L;M;N;P;Q;R;S;T;V;W;Y;;;;;;;;;;;;;
Max;90.26;36.44;66.58;54.67;82.55;90.26;53.84;93.08;92.00;23.01;53.56;93.08;89.01;54.10;89.01;48.08;66.58;82.10;67.62;83.75;;;;;;;;;;;;;
Min;-88.74;-38.43;-73.58;-56.38;-79.62;-92.73;-65.73;-92.73;-89.58;-34.95;-49.55;-89.76;-89.00;-53.54;-86.23;-57.39;-65.83;-90.12;-60.24;-84.39;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;synthèse;;10 forts  >  83;     ;;;1 fort moyen  74;;;;3 moyens  67;;;6 très faibles < 57;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;KNIFY  PRAGV;;;D;;;;WHT;;;MQSCLE;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Tableau trié des 10 aas fortement corrélés entre eux[modifier | modifier le wikicode]
  • Tableau formaté (+ D)
I K N F Y G A P V R D
I 92 93 83 82 -93 -89 -89 -90 -83 -72
K 92 86 80 84 -90 -88 -85 -83 -86 -72
N 93 86 81 81 -90 -81 -87 -90 -85 -60
F 83 80 81 71 -80 -70 -74 -80 -66 -74
Y 82 84 81 71 -84 -84 -80 -72 -80 -62
G -93 -90 -90 -80 -84 90 88 82 86 65
A -89 -88 -81 -70 -84 90 84 73 83 63
P -89 -85 -87 -74 -80 88 84 80 89 51
V -90 -83 -90 -80 -72 82 73 80 77 61
R -83 -86 -85 -66 -80 86 83 89 77 43
D -72 -72 -60 -74 -62 65 63 51 61 43
  • Distribution des fréquences entre ces 10 aas et le total
fréquences des corrélations en valeur absolue                                   
cor     aas10   aas     cor     aas10   aas
93      2       2       78      0       0
92      1       1       77      1       1
91      0       0       76      0       0
90      5       5       75      0       0
89      3       3       74      1       2
88      2       2       73      1       1
87      1       1       72      1       3
86      3       3       71      1       1
85      2       2       70      1       1
84      4       4       69      0       0
83      4       4       68      0       1
82      2       2       67      0       1
81      3       3       66      1       3
80      6       6       65      0       1
79      0       0       64      0       0
  • Tableau non formaté
;;corrélations entre les 10 aas les plus corrélés + D.;;;;;;;;;
;I;K;N;F;Y;G;A;P;V;R;D
I;;92;93;83;82;-93;-89;-89;-90;-83;-72
K;92;;86;80;84;-90;-88;-85;-83;-86;-72
N;93;86;;81;81;-90;-81;-87;-90;-85;-60
F;83;80;81;;71;-80;-70;-74;-80;-66;-74
Y;82;84;81;71;;-84;-84;-80;-72;-80;-62
G;-93;-90;-90;-80;-84;;90;88;82;86;65
A;-89;-88;-81;-70;-84;90;;84;73;83;63
P;-89;-85;-87;-74;-80;88;84;;80;89;51
V;-90;-83;-90;-80;-72;82;73;80;;77;61
R;-83;-86;-85;-66;-80;86;83;89;77;;43
D;-72;-72;-60;-74;-62;65;63;51;61;43;
Tableaux triés de groupes de codons fortement corrélés entre eux[modifier | modifier le wikicode]
  • Uniquement les corrélations positives
  • Tableau formaté de 7 codons fortement corrélés se terminant par a,t.
Y F N L K I S
codon tat ttt aat tta aaa att tca
Y tat 91 92 90 91 86 81
F ttt 91 91 85 93 87 79
N aat 92 91 91 92 85 79
L tta 90 85 91 84 85 81
K aaa 91 93 92 84 83 78
I att 86 87 85 85 83 82
S tca 81 79 79 81 78 82
    • Tableau non formaté
;;Y;F;N;L;K;I;S
;codon;tat;ttt;aat;tta;aaa;att;tca
Y;tat;100;91;92;90;91;86;81
F;ttt;91;100;91;85;93;87;79
N;aat;92;91;100;91;92;85;79
L;tta;90;85;91;100;84;85;81
K;aaa;91;93;92;84;100;83;78
I;att;86;87;85;85;83;100;82
S;tca;81;79;79;81;78;82;100
  • Tableau formaté de 8 codons moyennement corrélés se terminant par a,t.
D V Q T P A A H
codon gat gtt caa act cct gca gct cat
D gat 85 83 81 83 81 81 87
V gtt 85 71 82 81 83 84 69
Q caa 83 71 80 71 66 72 81
T act 81 82 80 77 74 82 69
P cct 83 81 71 77 79 85 74
A gca 81 83 66 74 79 75 69
A gct 81 84 72 82 85 75 66
H cat 87 69 81 69 74 69 66
    • Tableau non formaté
;;D;V;Q;T;P;A;A;H
;codon;gat;gtt;caa;act;cct;gca;gct;cat
D;gat; ;85;83;81;83;81;81;87
V;gtt;85; ;71;82;81;83;84;69
Q;caa;83;71; ;80;71;66;72;81
T;act;81;82;80; ;77;74;82;69
P;cct;83;81;71;77; ;79;85;74
A;gca;81;83;66;74;79; ;75;69
A;gct;81;84;72;82;85;75; ;66
H;cat;87;69;81;69;74;69;66; 
  • Tableau formaté de 12 codons fortement corrélés se terminant par g,c.
V Y L I T A Q R H G F D
codon gtc tac ctg atc acc gcc cag cgc cac ggc ttc gac
V gtc 64 62 77 78 84 71 80 78 83 82 87
Y tac 64 66 66 73 68 76 67 92 70 82 84
L ctg 62 66 75 88 76 90 77 76 83 74 78
I atc 77 66 75 82 79 79 82 76 84 89 80
T acc 78 73 88 82 89 86 81 84 86 81 87
A gcc 84 68 76 79 89 78 87 79 88 83 87
Q cag 71 76 90 79 86 78 82 83 85 83 84
R cgc 80 67 77 82 81 87 82 80 96 85 87
H cac 78 92 76 76 84 79 83 80 81 87 92
G ggc 83 70 83 84 86 88 85 96 81 87 90
F ttc 82 82 74 89 81 83 83 85 87 87 91
D gac 87 84 78 80 87 87 84 87 92 90 91
    • Tableau non formaté
;;V;Y;L;I;T;A;Q;R;H;G;F;D
;codon;gtc;tac;ctg;atc;acc;gcc;cag;cgc;cac;ggc;ttc;gac
V;gtc; ;64;62;77;78;84;71;80;78;83;82;87
Y;tac;64; ;66;66;73;68;76;67;92;70;82;84
L;ctg;62;66; ;75;88;76;90;77;76;83;74;78
I;atc;77;66;75; ;82;79;79;82;76;84;89;80
T;acc;78;73;88;82; ;89;86;81;84;86;81;87
A;gcc;84;68;76;79;89; ;78;87;79;88;83;87
Q;cag;71;76;90;79;86;78; ;82;83;85;83;84
R;cgc;80;67;77;82;81;87;82; ;80;96;85;87
H;cac;78;92;76;76;84;79;83;80; ;81;87;92
G;ggc;83;70;83;84;86;88;85;96;81; ;87;90
F;ttc;82;82;74;89;81;83;83;85;87;87; ;91
D;gac;87;84;78;80;87;87;84;87;92;90;91; 
Les Corrélations faibles entre codons[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: tga processus non GC pour ce codon; mcor corrélation moyenne du codon.
Les 2 groupes de corrélations faibles
cta ata ctt ggt taa ggg tgg agc tga cgg acg tgc tcc
cta 41 41 43 37 -16 -29 -39 -45 -44 -46 -56 -57
ata 41 28 1 15 -20 -40 -35 -21 -38 -51 -38 -44
ctt 41 28 25 22 -11 -19 -9 -34 -40 -35 -22 -29
ggt 43 1 25 53 -39 -18 -28 -45 -55 -32 -49 -33
taa 37 15 22 53 -26 -38 -21 -80 -44 -40 -41 -45
ggg -16 -20 -11 -39 -26 37 26 15 75 24 30 36
tgg -29 -40 -19 -18 -38 37 33 43 50 44 34 52
agc -39 -35 -9 -28 -21 26 33 23 29 31 62 39
tga -45 -21 -34 -45 -80 15 43 23 44 42 37 44
cgg -44 -38 -40 -55 -44 75 50 29 44 46 42 50
acg -46 -51 -35 -32 -40 24 44 31 42 46 44 40
tgc -56 -38 -22 -49 -41 30 34 62 37 42 44 65
tcc -57 -44 -29 -33 -45 36 52 39 44 50 40 65
mcor 51.5 44.3 39.2 39.6 42.0 26.8 43.2 42.6 44.8 48.5 48.4 53.3 54.8
  • Tableau non formaté
;cta;ata;ctt;ggt;taa;ggg;tgg;agc;tga;cgg;acg;tgc;tcc
cta;;41;41;43;37;-16;-29;-39;-45;-44;-46;-56;-57
ata;41;;28;1;15;-20;-40;-35;-21;-38;-51;-38;-44
ctt;41;28;;25;22;-11;-19;-9;-34;-40;-35;-22;-29
ggt;43;1;25;;53;-39;-18;-28;-45;-55;-32;-49;-33
taa;37;15;22;53;;-26;-38;-21;-80;-44;-40;-41;-45
ggg;-16;-20;-11;-39;-26;;37;26;15;75;24;30;36
tgg;-29;-40;-19;-18;-38;37;;33;43;50;44;34;52
agc;-39;-35;-9;-28;-21;26;33;;23;29;31;62;39
tga;-45;-21;-34;-45;-80;15;43;23;;44;42;37;44
cgg;-44;-38;-40;-55;-44;75;50;29;44;;46;42;50
acg;-46;-51;-35;-32;-40;24;44;31;42;46;;44;40
tgc;-56;-38;-22;-49;-41;30;34;62;37;42;44;;65
tcc;-57;-44;-29;-33;-45;36;52;39;44;50;40;65;
;;;;;;;;;;;;;
mcor;51.5;44.3;39.2;39.6;42;26.8;43.2;42.6;44.8;48.5;48.4;53.3;54.8
Corrélations isolées, fortes et faibles entre codons[modifier | modifier le wikicode]
ccg     ccg     aga     aac     caa     tct
gcg     ggc     gga     cac     att     tgt
89      84      83      83      83      82
                                        
caa     tat     gag     ttt     gct     gct
tta     agt     cac     tgt     aat     aac
81      81      81      80      40      -50
                                        
tga     cgt     tga     cgt     cgg     ata
taa     atg     gtc     ggt     ggg     aga
-80     55      60      70      75      76
Codons ne suivant pas le processus GC[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: mcod, moyenne du codon − mcor, moyenne des corrélations en valeurs absolues du codon − 7 cod dans le carré des 7 codons − seul, corrélation solitaire forte − max, corrélation maximum en dehors de la solitaire.
  • tga est l’équivalent de taa puisque il y a revirement total.
  • Alors que ttg se comporte comme cga, mais à l’envers.
  • Donc il y a 6 indéterminés : ttg cga cgt agg tag atg.
  • taa et ggg sont normaux donc ont un total de 63 codons pour le décompte des processus.
  • Les 7 codons ont un total de 57 codons en dehors des 7.
  • Il y a une inconnue sur le processus de la corrélation dans le carré des 7 codons.
7 codons ne suivant pas le processus GC
Processus Corrélations sup 0.40 Notes
mcod mcor non GC GC non GC GC 7 cod seul max
taa 3 42.0 4 59 0 44 - 80 tga - 60 gag
ttg 81 26.6 53 4 9 0 1 52 gct
cga 20 22.4 4 53 0 2 1 46 ttg
cgt 103 18.2 19 38 2 3 1 70 ggt 55 atg
agg 24 13.5 36 21 1 0 0 43 ata
tag 1 9.3 34 23 0 1 0 - 48 taa
atg 154 19.5 12 45 0 4 1 55 cgt - 46 aat
ggg 54 26.8 2 61 0 4 75 cgg 57 ccc
tga 2 44.8 57 0 49 0 0 - 80 taa - 62 gaa

Corrélations entre bactéries et conformation des protéines[modifier | modifier le wikicode]

Conformation des protéines par le nombre d'aas et de codons[modifier | modifier le wikicode]

  • Légende:La conformation moyenne des 6 protéines étudiées peut être représentée par les moyennes des aas calculées dans le tableau des diagrammes des aas. Pour chaque bactérie j'ai fait le diagramme "moyenne de l'aa" /"effectif de son aa correspodant"; La conformation moyenne des 6 protéines pour cette bactérie peut être alors représentée par les 3 paramètres de la droite de tendance de ce diagramme. A savoir:
  1. R2: coefficient de détermination de la droite (ici multiplié par 100)
  2. a: la pente de la droite (ici notée ax).
  3. b: la constante de la droite.

Les 3 paramètres sont reportés tels quels en fonction du contenu en GC (%GC) des bactéries dans les diagrammes des chapitres suivants.

  • La conformation des gènes des 6 protéines est étudiée de la même manière qu'avec les aas, mais ici je considère les 64 codons d'après le tableau des diagrammes des codons.
  • Dans le chapitre des exemples qui suit sont représentés 12 tableaux de ces diagrammes.
Conformation des protéines par le nombre d'aas[modifier | modifier le wikicode]
;%GC;R2;ax;b;;%GC;R2;ax;b;;%GC;R2;ax;b;;%GC;R2;ax;b
zin;13.5;11.2;0.764;77.0;lat;36.3;84.4;0.873;41.6;ype;47.6;94.9;1.009;-3.0;ret;61.3;91.1;1.034;-11.0
crp;16.6;13.9;0.727;89.3;bbd;36.8;93.8;0.972;9.2;amo;48.0;95.9;1.046;-15.0;sus;61.9;95.1;1.000;0.0
hcr;22.5;44.0;0.917;27.2;liv;37.1;97.5;1.012;-4.0;pgi;48.3;98.6;0.962;12.4;saci;62.3;92.0;1.042;-13.9
mcac;23.7;63.1;0.918;26.9;hmr;37.5;88.4;1.043;-14.0;mah;48.7;96.0;0.995;1.6;smk;62.7;88.3;1.000;0.1
ssdc;24.2;63.0;0.881;38.8;tde;37.9;92.1;1.022;-0.6;ssm;49.0;98.4;0.999;0.3;dvl;63.0;90.2;0.985;4.9
sbw;25.1;63.4;0.868;43.1;spi;38.3;97.0;0.965;11.4;eal;49.7;95.7;1.026;-8.5;ddr;63.4;85.8;1.007;-2.3
uur;25.5;62.7;0.874;41.3;vpr;38.6;96.3;0.966;11.0;lfc;50.0;91.8;1.024;-7.9;tai;63.8;83.2;1.059;-19.2
ple;26.2;57.2;0.875;40.9;chp;39.1;96.5;0.976;7.8;eco;50.8;95.6;1.025;-8.2;gau;64.3;85.7;1.096;-31.5
smf;26.3;77.9;1.021;-6.9;spl;39.1;97.6;1.007;-2.3;sbz;51.3;96.1;1.017;-5.7;xcb;65.0;84.0;1.045;-14.8
fnc;27.1;83.3;1.047;-15.5;tsu;39.2;92.4;0.938;20.2;bvs;51.7;97.5;0.953;15.4;rru;65.4;84.1;1.069;-22.7
bfl;27.4;65.4;0.815;60.5;nis;39.7;89.3;1.058;-19.1;sty;52.1;95.9;1.016;-5.1;dpt;66.2;83.1;1.045;-14.6
cbl;28.3;84.1;0.989;34.9;cmn;40.3;96.6;0.997;1.1;tpas;52.8;90.3;0.894;34.6;pae;66.6;91.4;1.054;-17.8
rip;28.5;59.1;0.834;54.2;nse;41.1;91.6;0.953;15.5;apt;53.0;84.1;1.026;-8.5;roa;67.4;85.8;1.051;-16.8
rpr;29.0;82.2;0.920;26.1;cta;41.3;97.1;1.008;-2.7;caa;53.6;96.6;1.016;-5.2;bmv;68.1;83.5;1.067;-21.8
pub;29.7;74.5;0.968;10.6;hhd;41.8;95.3;0.990;3.2;cgq;54.1;90.3;1.023;-7.5;tos;68.6;78.7;1.188;-61.5
cad;29.9;83.3;1.008;-2.6;gva;42.0;92.0;0.953;15.3;dal;54.5;96.2;0.993;2.2;vin;68.9;88.5;1.093;-30.5
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Conformation des protéines par le nombre de codons[modifier | modifier le wikicode]
  • format2 : voir 2ème diagramme.
  • Voir la légende
  • Ce diagramme est l'équivalent de celui des aas car il réunit tout les codons. Les 2 diagrammes sont cependant très différents par la grande variance de R2 avec les codons, somme de 2 variances opposées que sont celle des triplets bbc,g et celle des bbt,a, et une très faible variance de R2 avec les aas, nécessaire au maintient des fonctions de ces 6 protéines.
;%GC;R2;ax;b;;%GC;R2;ax;b;;%GC;R2;ax;b;;%GC;R2;ax;b
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Conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g[modifier | modifier le wikicode]
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Conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a[modifier | modifier le wikicode]
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sep;32.1;87.2;1.569;14.3;bsu;43.5;83.1;1.316;-8.7;say;56.8;70.5;0.865;-14.1;sma;70.7;6.3;0.094;2.8
hhl;32.5;69.5;1.532;19.4;hth;44.0;36.9;0.769;32.6;bmf;57.2;60.7;0.841;-20.8;amd;71.3;34.6;0.175;-7.1
cff;33.3;67.9;1.359;23.7;lpl;44.5;66.7;1.138;0.8;kpn;57.5;73.6;1.029;-32.5;sho;72.0;4.4;0.062;2.4
ial;33.9;86.6;1.692;-9.3;pdi;45.1;58.4;0.793;10.1;aba;58.4;69.2;0.693;-21.2;sgr;72.2;8.4;0.078;1.3
ljf;34.5;77.4;1.474;16.3;ppoy;45.5;75.7;0.969;-1.0;dba;58.6;74.9;0.608;-13.1;cmi;72.7;2.4;0.018;2.9
dte;34.9;68.9;1.563;6.9;tma;46.2;57.0;1.134;-12.7;synd;59.1;59.8;0.565;-10.4;salb;73.3;2.9;0.042;2.7
lla;35.3;83.2;1.629;-0.4;sbn;46.3;70.1;1.125;-0.2;pgd;59.6;71.6;0.774;-20.4;ksk;74.2;8.6;0.042;0.0
axl;35.7;77.5;1.355;21.3;fbt;46.5;74.7;1.028;-9.1;pac;60.0;27.5;0.406;16.7;ade;74.9;24.0;0.019;-0.1
thl;36.0;88.0;1.600;1.3;tli;47.1;61.5;0.824;23.9;bla;60.5;40.7;0.406;-1.4;;;;;
lat;36.3;84.6;1.251;29.9;ype;47.6;72.9;1.170;-10.3;ret;61.3;61.1;0.637;-20.4;;;;;
bbd;36.8;85.8;1.370;3.6;amo;48.0;47.4;0.641;15.7;sus;61.9;68.9;0.609;-21.9;;;;;
liv;37.1;86.2;1.555;-2.2;pgi;48.3;79.0;0.889;11.6;saci;62.3;59.0;0.385;-7.1;;;;;
hmr;37.5;64.7;1.146;18.6;mah;48.7;85.2;1.091;-13.5;smk;62.7;56.9;0.491;-12.6;;;;;
Conformation, récapitulatif[modifier | modifier le wikicode]
  • La colonne 3° R2 correspond au coefficient de détermination d'un polynôme de degré 3.
Coefficient pente constante R2
Paramètre a b r2 a b r2 r'23 r23
Diagramme
aas 0.003 0.86 391 -0.99 47.5 410 540 874
codons 0.005 0.76 279 -0.50 24.6 280 320 709
bbg,c 0.040 -0.91 907 -0.54 26.3 170 260 691
bba,t -0.033 2.59 894 -0.62 30.8 250 420 665

Conformation des protéines, exemples[modifier | modifier le wikicode]

Conformation des protéines par le nombre d'aas[modifier | modifier le wikicode]
  1. moyen: moyenne de l'aa, voir la légende ci-dessus.
  2. zero: colonne à valeurs nulles pour reporter les noms des aas.
  3. hth: code KEGG de la bactérie
aa;moyen.;zero;hth;lpl;din;say
C;58;0;64;23;83;49
W;74;0;69;71;59;117
H;128;0;131;148;146;155
M;154;0;132;190;178;142
Q;220;0;190;302;250;270
Y;222;0;288;249;215;203
F;248;0;245;228;250;197
N;261;0;206;256;232;158
P;286;0;279;294;285;360
T;325;0;282;385;316;342
S;336;0;322;316;349;281
R;383;0;393;346;390;539
D;419;0;370;491;406;403
I;433;0;449;384;429;318
K;450;0;569;394;373;229
G;453;0;435;435;482;488
V;471;0;486;471;463;553
A;490;0;351;530;510;558
E;521;0;622;436;520;519
L;611;0;659;595;609;662
;;;;;;
R2;;;897;921;976;782
a;;;1057;924;963;1003
b;;;-188;249;120;-11
;;;;;;
%GC;;;44.0;44.5;56.1;56.8
Conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g[modifier | modifier le wikicode]
  1. moyen: moyenne du codon, voir la légende ci-dessus.
  2. zero: colonne à valeurs nulles pour reporter les noms des codons.
  3. eal: code KEGG de la bactérie
codon;moyen.;zero;eal;lfc;bae;aae
tag;1;0;0;2;3;3
agg;24;0;5;57;10;193
tgc;31;0;32;24;19;35
cgg;44;0;12;72;26;0
ggg;54;0;48;92;51;46
agc;55;0;63;42;71;40
tcg;58;0;37;45;24;14
ccc;61;0;15;84;6;170
tcc;66;0;88;135;58;92
cac;70;0;83;48;61;110
acg;71;0;61;57;100;87
tgg;71;0;71;66;66;78
ttg;81;0;54;95;88;12
ccg;101;0;204;89;144;34
ctc;104;0;63;133;60;267
tac;107;0;121;55;101;227
gtc;118;0;66;144;103;67
acc;121;0;173;97;34;90
ttc;125;0;123;73;102;156
gcg;126;0;244;52;129;97
aac;128;0;185;89;133;192
cgc;132;0;135;46;95;9
cag;132;0;195;110;131;125
gtg;137;0;140;68;118;80
atg;154;0;188;158;160;114
gcc;164;0;96;134;77;62
ggc;169;0;182;85;144;47
ctg;180;0;440;124;116;84
atc;181;0;240;154;167;76
gac;202;0;237;151;154;277
aag;202;0;106;141;126;409
gag;226;0;154;169;147;244
;;;;;;
R2;;;518;529;676;224
a;;;1180;556;712;792
b;;;-83;296;104;240
;;;;;;
%GC;;;49.7;50.0;43.2;43.5
Conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a[modifier | modifier le wikicode]
  1. moyen: moyenne du codon, voir la légende ci-dessus.
  2. zero: colonne à valeurs nulles pour reporter les noms des codons.
  3. fnc: code KEGG de la bactérie
codon;moyen.;zero;thl;lat;chp;spl
tga;2;0;0;0;1;0
taa;3;0;5;6;3;6
cga;20;0;34;36;37;12
tgt;27;0;23;67;55;49
cta;30;0;63;47;76;162
agt;38;0;72;72;64;26
tca;50;0;73;91;52;88
cca;58;0;98;75;66;130
cat;59;0;82;113;105;55
aga;60;0;48;62;88;20
cct;65;0;120;139;160;93
aca;65;0;139;110;107;84
act;68;0;120;101;122;120
tct;69;0;113;204;176;103
ata;84;0;34;169;83;10
gta;84;0;155;117;123;125
gga;88;0;118;151;163;21
caa;89;0;237;181;137;128
gca;91;0;142;119;99;151
ctt;97;0;65;160;118;149
cgt;103;0;187;175;142;247
gct;108;0;229;177;231;212
tat;116;0;205;156;164;83
tta;120;0;270;180;243;93
ttt;123;0;177;203;178;110
gtt;132;0;207;196;201;217
aat;133;0;233;237;161;63
ggt;142;0;194;129;153;311
att;168;0;289;287;265;182
gat;217;0;345;363;313;279
aaa;247;0;360;323;298;176
gaa;296;0;483;329;376;326
;;;;;;
;;;880;846;864;530
;;;1600;1251;1248;985
;;;13;299;235;258
;;;;;;
;;;36.0;36.3;39.1;39.1

Fréquences des corrélations entre bactéries / codons[modifier | modifier le wikicode]

  • format5 et format6: voir diagrammes 1 et 2
  • Tableau construit à partir de la matrice des corrélations entre bactéries/codons ci-dessous.
cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr
0;62;20;68;40;80;60;116;80;126;100;8;-20;54;-40;38
1;62;21;86;41;82;61;90;81;120;-1;62;-21;60;-41;42
2;60;22;80;42;88;62;120;82;176;-2;56;-22;60;-42;52
3;76;23;84;43;88;63;126;83;182;-3;52;-23;74;-43;38
4;56;24;66;44;100;64;120;84;184;-4;50;-24;88;-44;20
5;36;25;80;45;118;65;128;85;150;-5;52;-25;80;-45;16
6;58;26;90;46;88;66;104;86;154;-6;62;-26;48;-46;4
7;74;27;76;47;94;67;112;87;152;-7;58;-27;84;-47;2
8;72;28;92;48;102;68;106;88;144;-8;48;-28;58;total;12210
9;78;29;76;49;108;69;140;89;146;-9;34;-29;76;;
10;66;30;102;50;94;70;128;90;144;-10;60;-30;70;;
11;66;31;80;51;100;71;124;91;128;-11;66;-31;64;;
12;64;32;76;52;100;72;120;92;98;-12;48;-32;66;;
13;40;33;74;53;92;73;134;93;82;-13;52;-33;60;;
14;50;34;76;54;108;74;150;94;86;-14;62;-34;56;;
15;78;35;98;55;110;75;138;95;66;-15;38;-35;70;;
16;76;36;74;56;110;76;142;96;30;-16;44;-36;74;;
17;72;37;104;57;94;77;148;97;36;-17;68;-37;46;;
18;74;38;98;58;100;78;150;98;42;-18;40;-38;54;;
19;68;39;82;59;112;79;120;99;22;-19;48;-39;46;;
6550;aas;5,710;5,760;5,864;6,157;6,041;6,132;5,709;6,361;6,600;6,345;6,697;6,334;6,762;6,715;6,569;6,265;6,706;6,431;6,271;6,094;5,974;6,826;6,618;6,108;6,750;6,098;6,095;6,152;6,822;6,705;6,136;6,548;6,640;6,089;6,694;6,625;6,656;6,775;6,694;6,612;6,541;6,612;6,213;6,876;6,598;6,116;6,663;6,118;6,590;6,158;6,981;6,312;6,437;6,625;7,141;6,600;6,655;6,583;6,924;6,596;6,495;6,649;7,164;6,641;6,631;6,990;6,647;6,795;6,709;6,661;6,572;6,714;6,643;6,674;6,490;5,844;6,773;6,638;6,820;6,546;6,472;6,745;6,549;6,780;6,795;6,566;6,672;6,805;6,720;6,859;6,582;7,021;6,764;6,688;6,845;6,664;6,576;7,207;6,617;7,209;6,713;6,646;6,487;6,581;6,465;6,559;6,561;6,452;6,571;6,532;6,733
304;%GC;13.5;16.6;22.5;23.7;24.2;25.1;25.5;26.2;26.3;27.1;27.4;28.3;28.5;29.0;29.7;29.9;30.5;31.1;31.4;32.1;32.5;33.3;33.9;34.5;34.9;35.3;35.7;36.0;36.3;36.8;37.1;37.5;37.9;38.3;38.6;39.1;39.1;39.2;39.7;40.3;41.1;41.3;41.8;42.0;42.4;43.2;43.5;43.5;44.0;44.5;45.1;45.5;46.2;46.3;46.5;47.1;47.6;48.0;48.3;48.7;49.0;49.7;50.0;50.8;51.3;51.7;52.1;52.8;53.0;53.6;54.1;54.5;55.1;55.4;56.1;56.8;57.2;57.5;58.4;58.6;59.1;59.6;60.0;60.5;61.3;61.9;62.3;62.7;63.0;63.4;63.8;64.3;65.0;65.4;66.2;66.6;67.4;68.1;68.6;68.9;69.4;70.0;70.3;70.7;71.3;72.0;72.2;72.7;73.3;74.2;74.9
;KEGG;zin;crp;hcr;mcac;ssdc;sbw;uur;ple;smf;fnc;bfl;cbl;rip;rpr;pub;cad;cje;pmh;tme;sep;hhl;cff;ial;ljf;dte;lla;axl;thl;lat;bbd;liv;hmr;tde;spi;vpr;chp;spl;tsu;nis;cmn;nse;cta;hhd;gva;cbd;bae;aae;bsu;hth;lpl;pdi;ppoy;tma;sbn;fbt;tli;ype;amo;pgi;mah;ssm;eal;lfc;eco;sbz;bvs;sty;tpas;apt;caa;cgq;dal;eno;mcu;din;say;bmf;kpn;aba;dba;synd;pgd;pac;bla;ret;sus;saci;smk;dvl;ddr;tai;gau;xcb;rru;dpt;pae;roa;bmv;tos;vin;age;opr;mts;sma;amd;sho;sgr;cmi;salb;ksk;ade
;zin;100;97;86;77;84;85;76;90;77;74;80;73;77;78;78;67;74;74;72;64;58;75;62;44;50;48;53;57;64;51;51;54;46;37;37;55;12;36;52;51;56;47;41;10;52;37;17;33;30;16;6;9;21;18;12;25;18;2;19;21;6;7;41;5;8;-4;4;21;-1;-17;-24;-7;1;-10;-10;0;-18;-3;-23;-20;-25;-15;-27;-27;-24;-23;-29;-27;-30;-27;-27;-29;-27;-25;-21;-28;-34;-29;-29;-33;-32;-30;-32;-33;-33;-32;-32;-33;-32;-31;-31
;crp;97;100;91;84;89;89;83;91;78;75;85;72;81;82;83;67;78;78;74;68;65;74;66;52;54;54;61;63;70;55;56;54;50;43;41;62;16;41;54;59;60;55;45;16;57;41;16;38;28;23;6;11;19;21;14;24;20;0;19;22;7;7;46;4;7;-5;3;27;2;-18;-22;-8;-1;-9;-10;3;-19;-4;-24;-21;-28;-16;-28;-30;-26;-24;-32;-30;-33;-29;-32;-30;-29;-27;-23;-31;-37;-31;-32;-36;-35;-34;-36;-36;-36;-36;-36;-36;-35;-35;-35
;hcr;86;91;100;95;95;96;95;90;87;86;93;81;90;93;94;75;92;92;85;86;82;81;84;73;71;75;82;83;86;75;78;61;63;64;62;80;37;58;67;76;71;73;67;36;72;63;20;60;30;43;15;27;30;39;24;32;35;4;35;37;20;17;66;14;17;-2;12;40;20;-7;-10;-3;8;0;-5;10;-7;3;-18;-17;-24;-11;-24;-27;-21;-20;-31;-27;-30;-28;-38;-25;-28;-24;-22;-30;-39;-30;-36;-39;-38;-37;-39;-40;-40;-40;-40;-41;-40;-39;-39
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;sho;-32;-36;-40;-42;-42;-44;-38;-42;-43;-42;-45;-40;-35;-37;-37;-35;-35;-39;-36;-35;-33;-28;-28;-28;-26;-30;-24;-31;-35;-16;-23;-5;6;-8;-16;-24;14;-1;5;-21;-11;-15;-4;8;0;9;24;11;20;7;45;48;26;29;52;21;33;56;43;39;55;50;9;51;55;75;59;17;37;77;69;76;60;71;79;54;74;68;82;90;86;84;88;91;88;82;90;91;87;90;80;81;88;89;84;93;97;85;84;93;94;95;96;99;97;100;100;94;99;99;94
;sgr;-32;-36;-40;-42;-42;-44;-38;-43;-43;-43;-46;-40;-36;-38;-38;-35;-36;-39;-36;-35;-33;-29;-28;-29;-26;-30;-24;-31;-35;-17;-23;-6;6;-9;-17;-25;12;-1;4;-21;-12;-15;-5;7;0;9;25;11;19;8;43;48;27;28;49;20;31;56;43;40;55;49;10;50;54;74;58;18;36;76;68;76;59;71;78;55;74;66;83;89;84;83;88;90;88;83;92;91;87;89;79;82;86;87;82;92;98;86;84;94;94;94;97;100;98;100;100;95;99;98;94
;cmi;-33;-36;-41;-43;-44;-45;-40;-44;-44;-44;-47;-42;-37;-40;-40;-37;-37;-41;-38;-38;-36;-30;-31;-34;-28;-33;-27;-34;-37;-20;-25;-11;2;-13;-20;-27;6;-2;3;-23;-15;-17;-10;7;-1;7;25;8;16;2;36;41;25;21;38;16;22;51;37;35;47;40;5;40;45;68;49;18;28;73;60;69;49;63;70;53;71;57;84;83;79;76;81;88;84;82;91;90;87;83;73;81;80;81;77;83;94;89;84;97;94;95;98;95;94;94;95;100;95;93;96
;salb;-32;-35;-40;-42;-42;-44;-38;-43;-43;-43;-45;-40;-36;-38;-38;-35;-36;-39;-36;-36;-33;-28;-28;-29;-26;-31;-25;-32;-36;-17;-24;-6;6;-9;-18;-25;11;-2;4;-22;-12;-16;-6;6;-1;7;24;8;19;6;42;44;25;26;48;19;29;55;42;38;55;46;10;47;51;74;55;14;33;76;67;74;56;69;77;53;72;64;81;88;84;82;88;88;88;79;92;90;87;88;79;79;85;88;81;91;96;82;84;94;92;95;96;98;96;99;99;95;100;99;93
;ksk;-31;-35;-39;-41;-42;-43;-38;-42;-42;-42;-45;-39;-36;-38;-37;-36;-36;-39;-36;-37;-34;-29;-28;-30;-27;-31;-26;-32;-36;-18;-25;-7;6;-10;-19;-26;9;-2;2;-23;-14;-17;-8;4;0;7;20;8;17;4;39;44;23;26;50;17;29;54;40;38;53;46;9;47;51;73;56;11;35;74;65;76;56;69;78;54;72;65;80;89;85;83;86;88;88;79;90;89;87;89;77;78;88;91;84;92;95;82;83;91;91;95;94;97;96;99;98;93;99;100;92
;ade;-31;-35;-39;-42;-42;-45;-38;-43;-43;-42;-45;-40;-35;-38;-38;-35;-34;-39;-35;-37;-33;-28;-29;-31;-27;-33;-25;-34;-35;-17;-25;-6;2;-13;-20;-26;9;0;5;-21;-11;-15;-8;9;0;9;24;10;21;3;42;46;27;24;45;21;25;52;39;36;49;44;4;44;50;69;53;25;33;71;62;71;52;65;71;57;74;62;85;85;82;80;81;91;83;89;88;90;84;85;79;86;85;83;80;88;93;91;86;97;97;95;94;95;94;94;94;96;93;92;100

Fréquences des corrélations entre bactéries / aas[modifier | modifier le wikicode]

  • format7: voir diagramme 3.
  • Tableau construit à partir de la matrice des corrélations entre bactéries/aas ci-dessous.
cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr;cor;fr
0;8;20;14;40;8;60;36;80;202;100;82
1;6;21;6;41;10;61;38;81;178;-1;8
2;12;22;4;42;8;62;42;82;180;-2;4
3;10;23;6;43;10;63;68;83;222;-3;10
4;8;24;6;44;8;64;54;84;192;-4;6
5;10;25;6;45;18;65;72;85;238;-5;0
6;6;26;8;46;28;66;46;86;274;-6;0
7;6;27;8;47;26;67;70;87;274;-7;4
8;6;28;10;48;22;68;86;88;316;-8;4
9;6;29;4;49;28;69;84;89;364;−;36
10;2;30;12;50;46;70;114;90;436;total;12210
11;8;31;0;51;52;71;118;91;456;;
12;8;32;18;52;44;72;102;92;506;;
13;0;33;8;53;42;73;92;93;532;;
14;6;34;14;54;38;74;126;94;620;;
15;4;35;6;55;42;75;136;95;714;;
16;4;36;14;56;16;76;138;96;880;;
17;14;37;10;57;40;77;122;97;1096;;
18;4;38;8;58;40;78;164;98;1044;;
19;6;39;4;59;38;79;172;99;624;;
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%GC;13.5;16.6;22.5;23.7;24.2;25.1;25.5;26.2;26.3;27.1;27.4;28.3;28.5;29.0;29.7;29.9;30.5;31.1;31.4;32.1;32.5;33.3;33.9;34.5;34.9;35.3;35.7;36.0;36.3;36.8;37.1;37.5;37.9;38.3;38.6;39.1;39.1;39.2;39.7;40.3;41.1;41.3;41.8;42.0;42.4;43.2;43.5;43.5;44.0;44.5;45.1;45.5;46.2;46.3;46.5;47.1;47.6;48.0;48.3;48.7;49.0;49.7;50.0;50.8;51.3;51.7;52.1;52.8;53.0;53.6;54.1;54.5;55.1;55.4;56.1;56.8;57.2;57.5;58.4;58.6;59.1;59.6;60.0;60.5;61.3;61.9;62.3;62.7;63.0;63.4;63.8;64.3;65.0;65.4;66.2;66.6;67.4;68.1;68.6;68.9;69.4;70.0;70.3;70.7;71.3;72.0;72.2;72.7;73.3;74.2;74.9
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sho;-3;0;32;51;51;50;50;46;63;68;55;70;47;67;60;71;69;71;65;81;82;71;73;86;75;91;84;88;74;80;90;74;79;92;91;84;95;80;76;87;80;88;88;97;93;90;76;90;78;93;83;94;80;96;90;88;96;90;90;96;90;97;86;97;96;86;96;95;99;94;98;92;96;99;94;97;98;97;96;96;97;98;99;97;98;96;97;98;98;99;92;99;98;99;99;98;99;99;93;99;96;97;99;100;99;100;100;99;100;100;98
sgr;-3;1;32;51;50;50;50;46;63;68;55;70;46;67;61;71;69;71;65;81;82;71;74;86;75;91;84;88;74;80;90;74;79;92;92;84;94;80;76;87;81;88;89;97;93;90;76;90;78;93;83;94;80;96;90;88;96;90;90;96;89;96;86;97;96;86;96;95;99;94;98;92;96;99;94;96;98;97;96;95;97;98;99;98;98;96;97;98;98;99;92;99;98;98;99;98;99;98;92;99;96;96;99;100;99;100;100;99;100;100;98
cmi;-7;-2;30;49;50;48;48;44;60;65;55;66;47;66;58;68;65;70;61;79;79;69;70;83;71;89;83;86;75;77;87;71;76;90;89;83;93;76;72;86;80;87;87;96;92;88;71;88;76;92;80;93;77;94;88;87;95;90;89;95;88;95;87;95;95;83;95;95;99;93;97;89;95;98;93;98;97;96;94;95;98;97;99;97;97;95;97;97;98;99;94;99;99;98;99;97;99;98;92;98;94;96;99;99;99;99;99;100;99;99;97
salb;-4;0;32;51;50;49;50;45;63;68;55;70;47;67;60;71;68;71;65;81;82;71;73;86;75;91;84;88;74;80;90;74;79;92;92;84;94;80;76;87;81;88;89;97;93;90;75;90;78;93;83;94;79;96;90;89;96;91;90;96;90;96;86;97;96;86;96;95;99;94;98;92;96;99;94;97;98;97;96;96;97;98;99;98;98;96;98;98;98;99;93;99;98;98;99;98;99;98;93;99;96;97;99;100;99;100;100;99;100;100;98
ksk;-7;-3;28;47;48;46;47;42;59;65;53;66;44;65;57;67;65;69;62;78;79;68;70;83;72;89;82;86;72;77;88;71;76;90;89;83;93;77;73;85;79;87;87;96;92;88;72;88;76;91;80;93;77;94;88;87;95;89;89;95;87;95;85;95;95;83;95;95;99;93;98;90;95;98;93;97;97;96;95;95;97;97;99;97;97;95;97;97;97;99;93;99;99;98;99;97;99;98;93;98;95;97;99;100;100;100;100;99;100;100;98
ade;4;6;37;52;55;55;52;50;66;71;57;72;51;69;63;72;72;71;69;80;82;73;75;86;79;91;84;87;75;81;90;78;81;91;91;86;94;82;79;88;82;90;88;95;94;90;80;91;82;90;84;94;83;95;91;91;96;92;90;95;91;96;86;96;96;87;96;95;99;93;96;93;96;96;94;96;98;97;97;96;95;98;97;95;98;98;98;98;97;97;93;99;98;99;98;98;97;99;95;99;97;98;97;98;97;98;98;97;98;98;100

Les tRNAs[modifier | modifier le wikicode]

Nombres de tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]

  • Base de données des tRNAs [1], gtRNAdb.   Pour vin amo ssm opr age fbt cad sbw mcac j'ai utilisé la base de données KEGG [2]: fournir les 3 lettres du génome dans organism. Puis cliquer successivement sur Assembly, Genome et RefSeq. Ctrl+F: tRNA-Arg . . .
  • Légende:
colonne tRNA/8: les 8 aas à 4 et 6 codons ayant 1 seul codon avec tRNA pour le carré à 4 codons (ct pour L par exemple). Pour réduire la notation sont indiqués en 1er les aas à 4 codons suivis de ceux à 6 codons. S'il y a un seul aa avec plus d'un codon à tRNA, cet aa est noté avec le signe −.
  1. −G *: R n'a aucun tRNa pour les 4 codons cg (ceci pour *) et G a plus d'un codon à tRNA. Donc APTV ont 1 seul codon à tRNA et SL en ont plus de 1 pour leur carré.
  2. −G SR*: L n'a aucun tRNa pour les 4 codons ct (ceci pour *) et G a plus d'un codon à tRNA. Donc APTV et SR ont 1 seul codon à tRNA pour leur carré.
  3. T*: 4 codons avec tRNA pour T.
  4. 5 SRL, tRNA/8: Les 5 aas à 4 codons et SRL ont 1 seul codon à tRNA.
Colonne >2: les 8 aas à 4 et 6 codons ayant plus de 2 codons à tRNA pour le carré à 4 codons (ct pour L par exemple). Pour réduire la notation sont indiqués en 1er les aas à 4 codons suivis de ceux à 6 codons. S'il y a un seul aa avec 2 codons à tRNA, cet aa est noté avec le signe −.
  1. 8: APTVG et SRL ont plus de 2 codons à tRNA.
  2. T S: T et S ont plus de 2 codons à tRNA.
  3. −V −S: APTG et RL ont plus de 2 codons à tRNA.
  4. GT* SL: GSL ont plus de 2 codons à tRNA et T en a 4 (pour *).
Colonne 2: Les aas KEQ à 2 codons peuvent avoir les 2 codons avec tRNA. Les codons tta et ttg de L ont dans la majorité des cas un tRNA chacun, de même pour aga et agg de R. Pour S le codon agt n’a pratiquement jamais de tRNA alors que agc en a toujours. Donc S sera absent dans cette colonne.
  1. 3RL: KEQ et RL ont 2 codons à tRNA.
  2. KRL: ces 3 aas ont 2 codons à tRNA.
  3. W C I : Les codons tgg et tga, tgt et tgc, ata ont chacun un tRNA.
Les tRNAs des 111 bactéries
KEGG %GC tRNA tRNA/8 >2 2 KEGG %GC tRNA tRNA/8 >2 2 KEGG %GC tRNA tRNA/8 >2 2 KEGG %GC tRNA tRNA/8 >2 2
zin 13.5 25 −G SR* 0 0 lat 36.3 44 P T SL KQR ype 47.6 70 0 G L KQRL ret 61.3 50 0 GPTSL 3R
crp 16.6 28 −G * 0 0 bbd 36.8 39 V 0 RL amo 48.0 48 0 8 3RLW sus 61.9 51 0 8 3RL
hcr 22.5 28 5 SRL 0 L liv 37.1 67 AP T S RL pgi 48.3 53 V GPT L KQRL saci 62.3 68 0 8 3RLC
mcac 23.7 30 −T SRL 0 KL hmr 37.5 48 0 8 3RL mah 48.7 45 0 T SL RL smk 62.7 57 0 -V −R 3RL
ssdc 24.2 34 AP L KRL tde 37.9 44 0 APTSL 3RL ssm 49.0 48 0 8 3RL dvl 63.0 68 0 −R KQRL
sbw 25.1 35 AP L KRL spi 38.3 63 APV 0 KRL eal 49.7 85 0 GPTSL QRL ddr 63.4 48 0 −R KQRL
uur 25.5 30 −G SL 0 KL vpr 38.6 48 APV G S KRL lfc 50.0 52 0 8 3RL tai 63.8 50 0 8 3RL
ple 26.2 33 AP S 0 chp 39.1 38 0 T SL RL eco 50.8 87 0 GPTSL QRL gau 64.3 48 0 −R 3RL
smf 26.3 39 5 SRL 0 KL spl 39.1 143 0 0 RL sbz 51.3 86 0 GPTSL QRL xcb 65.0 55 0 −R 3RL
fnc 27.1 47 −G SL 0 KRL tsu 39.2 48 0 −V −S 3RL bvs 51.7 62 V GPTSL 3RL rru 65.5 55 0 −R 3RL
bfl 27.4 37 AP T SL KRL nis 39.7 45 0 T RL sty 52.1 79 0 GPTSL QRL dpt 66.2 46 0 −G −R KQRL
cbl 28.3 81 APV G 3RL cmn 40.3 37 0 T SL L tpas 52.8 45 0 −G 3RL pae 66.6 63 0 GPTSL RL
rip 28.5 33 AP 0 RL nse 41.1 33 AP 0 RL  I apt 53.0 57 0 −R KQL roa 67.4 52 0 −R 3RL
rpr 29.0 33 P T 0 cta 41.3 37 0 T SL L caa 53.6 46 0 GPTSL KRL bmv 68.2 56 0 −R KR
pub 29.7 32 AP L 0 L hhd 41.8 67 P 0 RL cgq 54.2 58 0 −A −R 3RL tos 68.6 52 0 −R 3RL  I
cad 29.9 81 APV 0 LW gva 42.0 45 0 −P −R 3RL dal 54.5 56 0 −R 3RL vin 68.9 49 0 8 3RL
cje 30.6 43 P 0 RL cbd 42.4 42 0 GPTSL KERL eno 55.1 83 0 GT L QRL age 69.5 81 0 8 3RL
pmh 31.1 40 0 T S RL bae 43.2 75 P 0 RL mcu 55.4 46 0 −R 3RL opr 70.0 46 0 −R 3RL
tme 31.4 50 0 8 3RL aae 43.5 44 0 GPTSL KRL din 56.1 37 0 P L RL mts 70.3 46 0 −R 3RL
sep 32.1 59 APV 0 L bsu 43.5 54 P L RL say 56.8 53 0 8 3RL sma 70.7 71 0 −R 3RL
hhl 32.5 44 0 0 RL hth 44.0 44 0 −R KRL bmf1 57.2 55 0 −R 3RL amd 71.3 52 0 −R 3RL
cff 33.3 41 P 0 KERL lpl 44.5 73 V GT* SL 3RL kpn 57.5 86 0 GPTSL QRL sho 72.0 73 0 −R 3RL
ial 33.9 45 0 −V 3RL pdi 45.1 82 0 GPTSL 3RL aba 58.4 46 0 8 3RL sgr 72.2 67 0 −R 3RL
ljf 34.5 55 AV R GT* SL 3RL ppoy 45.5 109 0 T SL KL dba 58.7 64 0 8 3RL cmi 72.7 45 0 −R 3RL
dte 34.9 43 0 T SL RL tma 46.3 46 0 8 3RL synd 59.1 46 0 −R RL salb 73.3 66 0 −R 3RL
lla 35.3 63 APV T SL KRL sbn 46.3 105 0 L RL pgd 59.6 60 0 −A −R RL ksk 74.2 78 0 −R 3RL
axl 35.7 55 P 0 L fbt 46.5 47 V L RL pac 60.0 45 0 −R 3RL ade 74.9 49 0 8 3RL
thl 36.0 62 AV GT SL KRL tli 47.1 48 0 8 3RL bla 60.5 52 0 −R 3RL
  • Tableau non formaté
KEGG;%GC;tRNA;tRNA/8;>2;2;;KEGG;%GC;tRNA;tRNA/8;>2;2;;KEGG;%GC;tRNA;tRNA/8;>2;2;;KEGG;%GC;tRNA;tRNA/8;>2;2
zin;13.5;25;−G SR*;0;0;;lat;36.3;44;P;T SL;KQR;;ype;47.6;70;0;G L;KQRL;;ret;61.3;50;0;GPTSL;3R
crp;16.6;28;−G *;0;0;;bbd;36.8;39;V;0;RL;;amo;48.0;48;0;8;3RLW;;sus;61.9;51;0;8;3RL
hcr;22.5;28;5 SRL;0;L;;liv;37.1;67;AP;T S;RL;;pgi;48.3;53;V;GPT L;KQRL;;saci;62.3;68;0;8;3RLC
mcac;23.7;30;−T SRL;0;KL;;hmr;37.5;48;0;8;3RL;;mah;48.7;45;0;T SL;RL;;smk;62.7;57;0;-V −R;3RL
ssdc;24.2;34;AP;L;KRL;;tde;37.9;44;0;APTSL;3RL;;ssm;49.0;48;0;8;3RL;;dvl;63.0;68;0;−R;KQRL
sbw;25.1;35;AP;L;KRL;;spi;38.3;63;APV;0;KRL;;eal;49.7;85;0;GPTSL;QRL;;ddr;63.4;48;0;−R;KQRL
uur;25.5;30;−G SL;0;KL;;vpr;38.6;48;APV;G S;KRL;;lfc;50.0;52;0;8;3RL;;tai;63.8;50;0;8;3RL
ple;26.2;33;AP;S;0;;chp;39.1;38;0;T SL;RL;;eco;50.8;87;0;GPTSL;QRL;;gau;64.3;48;0;−R;3RL
smf;26.3;39;5 SRL;0;KL;;spl;39.1;143;0;0;RL;;sbz;51.3;86;0;GPTSL;QRL;;xcb;65.0;55;0;−R;3RL
fnc;27.1;47;−G SL;0;KRL;;tsu;39.2;48;0;−V −S;3RL;;bvs;51.7;62;V;GPTSL;3RL;;rru;65.5;55;0;−R;3RL
bfl;27.4;37;AP;T SL;KRL;;nis;39.7;45;0;T;RL;;sty;52.1;79;0;GPTSL;QRL;;dpt;66.2;46;0;−G −R;KQRL
cbl;28.3;81;APV;G;3RL;;cmn;40.3;37;0;T SL;L;;tpas;52.8;45;0;−G;3RL;;pae;66.6;63;0;GPTSL;RL
rip;28.5;33;AP;0;RL;;nse;41.1;33;AP;0;RLI;;apt;53.0;57;0;−R;KQL;;roa;67.4;52;0;−R;3RL
rpr;29.0;33;P;T;0;;cta;41.3;37;0;T SL;L;;caa;53.6;46;0;GPTSL;KRL;;bmv;68.2;56;0;−R;KR
pub;29.7;32;AP L;0;L;;hhd;41.8;67;P;0;RL;;cgq;54.2;58;0;−A −R;3RL;;tos;68.6;52;0;−R;3RLI
cad;29.9;81;APV;0;LW;;gva;42.0;45;0;−P −R;3RL;;dal;54.5;56;0;−R;3RL;;vin;68.9;49;0;8;3RL
cje;30.6;43;P;0;RL;;cbd;42.4;42;0;GPTSL;KERL;;eno;55.1;83;0;GT L;QRL;;age;69.5;81;0;8;3RL
pmh;31.1;40;0;T S;RL;;bae;43.2;75;P;0;RL;;mcu;55.4;46;0;−R;3RL;;opr;70.0;46;0;−R;3RL
tme;31.4;50;0;8;3RL;;aae;43.5;44;0;GPTSL;KRL;;din;56.1;37;0;P L;RL;;mts;70.3;46;0;−R;3RL
sep;32.1;59;APV;0;L;;bsu;43.5;54;P;L;RL;;say;56.8;53;0;8;3RL;;sma;70.7;71;0;−R;3RL
hhl;32.5;44;0;0;RL;;hth;44.0;44;0;−R;KRL;;bmf1;57.2;55;0;−R;3RL;;amd;71.3;52;0;−R;3RL
cff;33.3;41;P;0;KERL;;lpl;44.5;73;V;GT* SL;3RL;;kpn;57.5;86;0;GPTSL;QRL;;sho;72.0;73;0;−R;3RL
ial;33.9;45;0;−V;3RL;;pdi;45.1;82;0;GPTSL;3RL;;aba;58.4;46;0;8;3RL;;sgr;72.2;67;0;−R;3RL
ljf;34.5;55;AV R;GT* SL;3RL;;ppoy;45.5;109;0;T SL;KL;;dba;58.7;64;0;8;3RL;;cmi;72.7;45;0;−R;3RL
dte;34.9;43;0;T SL;RL;;tma;46.3;46;0;8;3RL;;synd;59.1;46;0;−R;RL;;salb;73.3;66;0;−R;3RL
lla;35.3;63;APV;T SL;KRL;;sbn;46.3;105;0;L;RL;;pgd;59.6;60;0;−A −R;RL;;ksk;74.2;78;0;−R;3RL
axl;35.7;55;P;0;L;;fbt;46.5;47;V;L;RL;;pac;60.0;45;0;−R;3RL;;ade;74.9;49;0;8;3RL
thl;36.0;62;AV;GT SL;KRL;;tli;47.1;48;0;8;3RL;;bla;60.5;52;0;−R;3RL;;;;;;;
  • Récapitulatif
Nombre de bactéries (sur 111) ayant au moins un tRNA par codon
codons 0 1 2 3 4 0 1 2
aa
A 0 23 40 48
C 0 110 1
D 0 111 0
E 0 62 49
F 0 111 0
G 0 3 41 67
H 0 111 0
I 0 109 2
K 0 38 73
L 1 6 22 82 0 7 104
M 0 111 0
N 0 111 0
P 0 29 19 63
Q 0 51 60
R 1 5 87 18 0 16 95
S 0 6 29 76 0 111 0
T 0 6 25 78 2
V 0 20 46 46
W 0 109 2
Y 0 111 0
  • Tableau non formaté
;codons;0;1;2;3;4;0;1;2
aa;;;;;;;;;
A;;0;23;40;48;;;;
C;;;;;;;0;110;1
D;;;;;;;0;111;0
E;;;;;;;0;62;49
F;;;;;;;0;111;0
G;;0;3;41;67;;;;
H;;;;;;;0;111;0
I;;;;;;;0;109;2
K;;;;;;;0;38;73
L;;1;6;22;82;;0;7;104
M;;;;;;;0;111;0
N;;;;;;;0;111;0
P;;0;29;19;63;;;;
Q;;;;;;;0;51;60
R;;1;5;87;18;;0;16;95
S;;0;6;29;76;;0;111;0
T;;0;6;25;78;2;;;
V;;0;20;46;46;;;;
W;;;;;;;0;109;2
Y;;;;;;;0;111;0

Moyenne des codons t/c et a/g en %[modifier | modifier le wikicode]

Moyenne des codons 2*(t-c)/(t+c) et 2*(a-g)/(a+g) en %
ttt 123 tct 69 tat 116 tgt 27
c 125 c 66 c 107 c 31
a 120 a 50 a 3 a 2
g 81 g 58 g 1 g 71
ctt 97 cct 65 cat 59 cgt 103
c 104 c 61 c 70 c 132
a 30 a 58 a 89 a 20
g 180 g 101 g 132 g 44
att 168 act 68 aat 133 agt 38
c 181 c 121 c 128 c 55
a 84 a 65 a 247 a 60
g 154 g 71 g 202 g 24
gtt 132 gct 108 gat 217 ggt 142
c 118 c 164 c 202 c 169
a 84 a 91 a 296 a 88
g 137 g 126 g 226 g 54
ttt/c -2 tct 4 tat 8 tgt -15
tta/g 39 -15 103 -191
ctt/c -7 cct 5 cat -17 cgt -25
cta/g -144 -54 -39 -73
att/c -7 act -56 aat 4 agt -35
ata/g -59 -8 20 84
gtt/c 11 gct -41 gat 7 ggt -17
gta/g -48 -32 27 49
  • Tableau non formaté
ttt;122.76;tct;68.57;tat;115.69;tgt;26.61;;ttt/c;-1.68;tct;4.11;tat;7.99;tgt;-15.29
c;124.84;c;65.81;c;106.81;c;31.02;;;;;;;;;
a;120.01;a;50.17;a;3.31;a;1.66;;tta/g;39.27;a;-14.85;a;103.42;a;-190.89
g;80.61;g;58.22;g;1.05;g;71.35;;;;;;;;;
ctt;96.78;cct;64.69;cat;58.93;cgt;102.54;;ctt/c;-7.16;cct;5.25;cat;-16.52;cgt;-24.98
c;103.96;c;61.39;c;69.55;c;131.82;;;;;;;;;
a;29.62;a;58.46;a;88.56;a;20.47;;cta/g;-143.59;a;-53.70;a;-39.30;a;-73.26
g;180.40;g;101.38;g;131.88;g;44.14;;;;;;;;;
att;168.45;act;68.42;aat;133.07;agt;38.30;;att/c;-7.30;act;-55.57;aat;3.56;agt;-35.34
c;181.22;c;121.08;c;128.41;c;54.74;;;;;;;;;
a;83.68;a;65.02;a;247.04;a;59.74;;ata/g;-59.32;a;-8.35;a;19.83;a;83.71
g;154.26;g;70.68;g;202.47;g;24.49;;;;;;;;;
gtt;131.76;gct;108.46;gat;216.76;ggt;142.22;;gtt/c;11.09;gct;-40.69;gat;7.16;ggt;-17.15
c;117.91;c;163.86;c;201.79;c;168.89;;;;;;;;;
a;83.70;a;91.42;a;295.60;a;88.32;;gta/g;-48.48;a;-31.68;a;26.77;a;48.79
g;137.27;g;125.83;g;225.80;g;53.68;;;;;;;;;

Moyenne des corrélations t/c et a/g en %[modifier | modifier le wikicode]

Moyenne des corrélations 2*(t-c)/(t+c) et 2*(a-g)/(a+g) en %
ttt 64 tct 63 tat 66 tgt 58
c 68 c 55 c 60 c 53
a 61 a 64 a 42 a 45
g 27 g 58 g 9 g 43
ctt 39 cct 63 cat 60 cgt 18
c 60 c 54 c 66 c 67
a 51 a 60 a 63 a 22
g 62 g 61 g 66 g 49
att 63 act 64 aat 59 agt 62
c 64 c 66 c 58 c 43
a 44 a 63 a 63 a 53
g 19 g 48 g 57 g 13
gtt 63 gct 57 gat 66 ggt 40
c 63 c 67 c 69 c 69
a 58 a 59 a 58 a 56
g 60 g 59 g 62 g 27
ttt/c -6 tct 13 tat 10 tgt 8
tta/g 79 9 128 4
ctt/c -42 cct 16 cat -10 cgt -114
cta/g -18 -2 -5 -74
att/c -1 act -3 aat 2 agt 38
ata/g 78 26 10 119
gtt/c 0 gct -16 gat -5 ggt -54
gta/g -3 0 -6 70
  • Tableau non formaté
ttt;63.71;tct;62.53;tat;66.22;tgt;57.82;;ttt/c;-6.19;tct;13.22;tat;9.69;tgt;8.17
c;67.78;c;54.77;c;60.10;c;53.28;;;;;;;;;
a;61.22;a;63.55;a;41.99;a;44.79;;tta/g;78.87;;8.71;;127.61;;3.59
g;26.59;g;58.24;g;9.28;g;43.21;;;;;;;;;
ctt;39.24;cct;63.00;cat;60.03;cgt;18.22;;ctt/c;-41.82;cct;15.63;cat;-9.76;cgt;-114.07
c;60.00;c;53.86;c;66.19;c;66.60;;;;;;;;;
a;51.49;a;60.23;a;63.32;a;22.41;;cta/g;-18.44;;-1.72;;-4.55;;-73.67
g;61.95;g;61.28;g;66.27;g;48.54;;;;;;;;;
att;63.21;act;64.09;aat;58.87;agt;62.31;;att/c;-0.90;act;-2.98;aat;2.24;agt;37.53
c;63.79;c;66.04;c;57.57;c;42.62;;;;;;;;;
a;44.32;a;63.05;a;62.66;a;53.21;;ata/g;77.92;;26.39;;9.87;;119.14
g;19.47;g;48.35;g;56.77;g;13.48;;;;;;;;;
gtt;62.65;gct;56.78;gat;65.77;ggt;39.56;;gtt/c;-0.47;gct;-16.33;gat;-5.45;ggt;-53.67
c;62.95;c;66.88;c;69.45;c;68.58;;;;;;;;;
a;58.39;a;59.17;a;58.17;a;55.97;;gta/g;-2.96;;-0.49;;-5.90;;70.41
g;60.14;g;59.46;g;61.70;g;26.82;;;;;;;;;

Les corrélations en ordre[modifier | modifier le wikicode]

  • Voir pour l'affectation de l'ordre à un codon Tableau trié des corrélations des codons entre eux. C'est l'ordre optimisé.
  • Les nombres na pour ordre n du codon du groupe des codons se terminant par a ou t.
  • Les nombres ng pour ordre n du codon du groupe des codons se terminant par g ou c.
L'ordre des corrélations
ttt 2a tct 17a tat 1a tgt 21a
c 2g c 22g c 11g c 23g
a 4a a 7a a 29a a* 26g
g* 30a g 16g g 31g g 28g
ctt 27a cct 12a cat 15a cgt 32a
c 17g c 20g c 4g c 5g
a 25a a 16a a 10a a 31a
g 10g g 14g g 6g g 25g
att 6a act 11a aat 3a agt 18a
c 9g c 8g c 13g c 27g
a 26a a 19a a 5a a 24a
g 30g g 24g g 19g g* 33a
gtt 9a gct 14a gat 8a ggt 28a
c 12g c 7g c 1g c 3g
a 22a a 13a a 20a a 23a
g 21g g 15g g 18g g 29g
  • Tableau non formaté
;;ordre corrélations;;;;;
ttt;2a;tct;17a;tat;1a;tgt;21a
c;2g;c;22g;c;11g;c;23g
a;4a;a;7a;a;29a;a*;26g
g*;30a;g;16g;g;31g;g;28g
ctt;27a;cct;12a;cat;15a;cgt;32a
c;17g;c;20g;c;4g;c;5g
a;25a;a;16a;a;10a;a;31a
g;10g;g;14g;g;6g;g;25g
att;6a;act;11a;aat;3a;agt;18a
c;9g;c;8g;c;13g;c;27g
a;26a;a;19a;a;5a;a;24a
g;30g;g;24g;g;19g;g*;33a
gtt;9a;gct;14a;gat;8a;ggt;28a
c;12g;c;7g;c;1g;c;3g
a;22a;a;13a;a;20a;a;23a
g;21g;g;15g;g;18g;g;29g

Nombres de tRNAs des 4032 bactéries[modifier | modifier le wikicode]

  • Base de données gtRNAdb [3]
  • Légende:
    1. I. Nombres de tRNAs. 4032 bactéries.
        5   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ils sont tous inférieurs à 11 sauf ctt cgt act.
      4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g.
      2622: Effectif faible de tRNAs.
    2. II. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires de 4 codons (1ère et 2ème base). Total d’une requête: Comptage fait pour les carrés. C’est un nombre de bactéries ayant x tRNAs pour un seul et même codon.
      Total d'une requête: Le 1er codon se terminant par t n'a pas de solitaire sauf ici pour Arg, et il est remplacé par le total de la requête.
      a,g,c : Nombre de bactéries à tRNAs solitaires pour les carrés de 4 codons.
      106*: solitaires du codon cgt. Le carré de Arg étant complet le total de la requête est représenté par *, il est de 3946.
      Note: le total des bactéries de la base des tRNA est de 4032. Cependant le total des bactéries comptées est compris entre 3832-3947. Est-ce que ce qui manque est du aux bactéries sans tRNAs pour les codons demandés? Cela ne serait pas vrai pour les aas à 2 codons.
      − Méthode pour compter, cas de la Thr, anti-codons xGT:
      • Sélectionner les anticodons pour la requête (ne pas oublier de mettre Bacteria dans Domain). Copier le résultat, ctrl+A, ctrl+C.
      • Dans calc ctrl+V, supprimer le dessin en le sélectionnant, supprimer toutes les colonnes sauf la colonne des anticodons, sélectionner le 1er anticodon puis ctrl+schift+fin ce qui sélectionne tous les anticodons et les cellules à blanc. Il n'y a pas de cellule intercalée entre 2 anticodon de la même bactérie.
      • Copier,ctrl+v, dans writer (texte non formaté), ctrl+h (expression régulière, $ en ; tout remplacer), ctrl+h (décocher expression régulière, ;; en *;;* tout remplacer). Le tout rechercher de * ;;* donne le total de la requête (nombre total de bactéries moins 1). Mettre un * à la fin mais pas début (le logiciel déplace tout le texte pour insérer *, ce qui prend beaucoup de temps). Repérer le motif du début avant * ;;*. Si le motif concerne une recherche ultérieure, en tenir compte.
      • ctrl+h (*GGT* tout rechercher donne 2916, *AGT* donne 41, *GGT;GGT donne 754 . . . ).
    3. III. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons a,g et t,c. Total d’une requête: tRNAs solitaires pour les codons se terminant par a ou g et t ou c; total des bactéries d'une requête de la base de données suivant les codons demandés.
      stc,sag, tt (1ère et 2ème base d'un carré) , tc . . . : Total des bactéries respectivement de la requête pour 2 codons se terminant par t ou c, pour 2 codons se terminant par a ou g.
      a,g,t,c : Nombre de bactéries à tRNAs solitaires pour les codons se terminant par a,g,t,c.
      − Trp-Sec: Les solitaires de Sec sont en fait des Trp (tga).
    4. IV. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires: calculés à partir des tableaux II et III précédents.
      tt (1ère et 2ème base d'un carré) , tc . . .
       %4: Pourcentage des bactéries à 1 seul codon à tRNA dans les carrés de 4; toujours a est à plus de 90% sauf pour cgt (Arg) et atg (Met).
       %2: Pourcentage des bactéries à 1 seul codon à tRNA pour les codons se terminant par a ou g. Toujours a est à plus de 90% sauf pour R (cg), L (tt), M et W.
      1a1g: Nombre de bactéries ayant 1 tRNA pour le codon se terminant par a et 1 tRNA pour le codon se terminant par g. Permet de mettre en exergue les autres bactéries ayant des tRNAs multiples.
    5. V. Multiplicité des tRNAs en %: Voir les calculs.
I. Nombre de tRNAs.
4032 bactéries
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
c 6105 c 4520 c 6420 c 4473
a 4749 a 5299 a a 1315
g 3999 g 2622 g g 4366
ctt 369 cct 10 cat 4 cgt 7478
c 3849 c 2742 c 4715 c 333
a 4940 a 5453 a 6388 a 887
g 5186 g 2183 g 2389 g 3355
att 5 act 103 aat 5 agt 1
c 9,203 c 4513 c 8,764 c 4422
a 55 a 5878 a 9,105 a 4804
g 18,026 g 2760 g 2427 g 3452
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
c 4430 c 4166 c 9,023 c 9,273
a 8,859 a 10,185 a 9,679 a 5515
g 1313 g 1224 g 1388 g 2266
II. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires de 4 codons. Total d'une requête.
ttt 3948 tct 3945 tat 3934 tgt 3947
c 15 c 2 c 3930 c 12
a 0 a 85 a a 0
g 2 g 0 g g 17
ctt 3942 cct 3941 cat 3948 cgt 106*
c 7 c 3 c 5 c 1
a 98 a 1173 a 6 a 7
g 0 g 1 g 2 g 7
att 3949 act 3946 aat 3949 agt 3944
c 2 c 2 c 2 c 1
a 0 a 152 a 5 a 0
g 81 g 3 g 1 g 0
gtt 3943 gct 3934 gat 3949 ggt 3948
c 8 c 32 c 5 c 9
a 724 a 877 a 8 a 66
g 1 g 7 g 1 g 0
III. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons a,g. Total d’une requête.
tt tc ta tg
sag 3933 sag 3943 sag sag 3934
a 96 a 1493 a a 15
g 190 g 22 g g 2629
ct cc ca cg
sag 3935 sag 3939 sag 3943 sag 3833
a 692 a 1813 a 2130 a 539
g 30 g 5 g 18 g 3026
at ac aa ag
sag 3947 sag 3944 sag 3941 sag 3928
a 0 a 1288 a 1899 a 780
g 3947 g 13 g 9 g 10
gt gc ga gg
sag 3935 sag 3902 sag 3928 sag 3939
a 2724 a 2721 a 2808 a 1699
g 2 g 11 g 5 g 11
  • Complément Tableau III:
Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons c,t.                                  
                        sct     t       c
                ac      3775    41      3682
                cg      3932    3614    307
                ct      3834    323     3502
IV. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires.
tt tc ta tg
%4 2.2
1a1g 2804 2114 1238
%2 7 38 67
ct cc ca cg
%4 2.7 29.9 3.1
1a1g 962 1911 996 222
%2 18 46 54 93
at ac aa ag
%4 2.1 4.0
1a1g 0 2166 1155 2579
%2 100 33 48 20
gt gc ga gg
%4 18.6 23.3 1.9
1a1g 1051 562 602 1973
%2 69 70 72 43
ct cg ac
%4 2.7 3.1 4.0
1t1c 8 10 41
%2 99 99 98
V. Multiplicité des tRNAs.
   FL     SS     YX     CW 
t 1,00 1,00 1,00 1,00
c 1,55 1,18 1,63 1,14
a 1,27 1,35 - 1,01
g 1,04 1,07 - 1,11
LL P HQ RR
t 1,11 1,00 1,33 2,06
c 1,10 1,03 1,20 1,05
a 1,26 1,39 1,63 1,10
g 1,86 1,03 1,32 1,02
IM T NK SR
t 1,00 1,11 1,00 1,00
c 2,38 1,21 2,23 1,12
a 1,15 1,50 2,32 1,23
g 4,57 1,04 1,19 1,10
V A DE G
t 1,00 1,00 0,00 1,00
c 1,38 1,37 2,29 2,39
a 2,25 2,62 2,47 1,40
g 1,09 1,04 1,24 1,01
  • Tableaux non formatés
;I. Nombres de tRNAs. 4032 bactéries ;;;;;;
ttt;10;tct;5;tat;4;tgt;3
c;6105;c;4520;c;6420;c;4473
a;4749;a;5299;a;−;a;1315
g;3999;g;2622;g;−;g;4366
ctt;369;cct;10;cat;4;cgt;7478
c;3849;c;2742;c;4715;c;333
a;4940;a;5453;a;6388;a;887
g;5186;g;2183;g;2389;g;3355
att;5;act;103;aat;5;agt;1
c;9,203;c;4513;c;8,764;c;4422
a;55;a;5878;a;9,105;a;4804
g;18,026;g;2760;g;2427;g;3452
gtt;9;gct;2;gat;0;ggt;1
c;4430;c;4166;c;9,023;c;9,273
a;8,859;a;10,185;a;9,679;a;5515
g;1313;g;1224;g;1388;g;2266

II. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des carrés à 4 codons.;;;;;Total d’une requête.
ttt;3948;tct;3945;tat;3934;tgt;3947
c;15;c;2;c;3930;c;12
a;0;a;85;a;−;a;0
g;2;g;0;g;−;g;17
ctt;3942;cct;3941;cat;3948;cgt;106*
c;7;c;3;c;5;c;1
a;98;a;1173;a;6;a;7
g;0;g;1;g;2;g;7
att;3949;act;3946;aat;3949;agt;3944
c;2;c;2;c;2;c;1
a;0;a;152;a;5;a;0
g;81;g;3;g;1;g;0
gtt;3943;gct;3934;gat;3949;ggt;3948
c;8;c;32;c;5;c;9
a;724;a;877;a;8;a;66
g;1;g;7;g;1;g;0

III. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons ag.;;;;;;;
tt;−;tc;−;ta;−;tg;−
sag;3933;sag;3943;sag;−;sag;3934
a;96;a;1493;a;−;a;15
g;190;g;22;g;−;g;2629
ct;−;cc;−;ca;−;cg;−
sag;3935;sag;3939;sag;3943;sag;3833
a;692;a;1813;a;2130;a;539
g;30;g;5;g;18;g;3026
at;−;ac;−;aa;−;ag;−
sag;3947;sag;3944;sag;3941;sag;3928
a;0;a;1288;a;1899;a;780
g;3947;g;13;g;9;g;10
gt;−;gc;−;ga;−;gg;−
sag;3935;sag;3902;sag;3928;sag;3939
a;2724;a;2721;a;2808;a;1699
g;2;g;11;g;5;g;11

IV. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires;;;;
;tt;tc;ta;tg
%4;−;2,2;−;−
1a1g;2804;2114;−;1238
%2;7;38;−;67
;ct;cc;ca;cg
%4;2,7;29,9;−;3,1
1a1g;962;1911;996;222
%2;18;46;54;93
;at;ac;aa;ag
%4;2,1;4,0;−;−
1a1g;0;2166;1155;2579
%2;100;33;48;20
;gt;gc;ga;gg
%4;18,6;23,3;−;1,9
1a1g;1 051;562;602;1973
%2;69;70;72;43
;ct;cg;ac;−
%4;2,7;3,1;4,0;−
1t1c;8;10;41;−
%2;99;99;98;−

V. Multipilcité;;;;;;;
;FL;;SS;;YX;;CW
t;1,00;;1,00;;1,00;;1,00
c;1,55;;1,18;;1,63;;1,14
a;1,27;;1,35;;-;;1,01
g;1,04;;1,07;;-;;1,11
;LL;;P;;HQ;;RR
t;1,11;;1,00;;1,33;;2,06
c;1,10;;1,03;;1,20;;1,05
a;1,26;;1,39;;1,63;;1,10
g;1,86;;1,03;;1,32;;1,02
;IM;;T;;NK;;SR
t;1,00;;1,11;;1,00;;1,00
c;2,38;;1,21;;2,23;;1,12
a;1,15;;1,50;;2,32;;1,23
g;4,57;;1,04;;1,19;;1,10
;V;;A;;DE;;G
t;1,00;;1,00;;0,00;;1,00
c;1,38;;1,37;;2,29;;2,39
a;2,25;;2,62;;2,47;;1,40
g;1,09;;1,04;;1,24;;1,01

Calcul de la multiplicité des tRNAs[modifier | modifier le wikicode]

  • Légende: tRNAs, nombre affiché par la requête. lignes, nombre de lignes affiché dans calc après nettoyage. bactéries=lignes - tRNAs. multiplicité= tRNAs / bactéries.
Décompte des multiplicités des tRNAs par codon
t c a g
tRNAs lignes bactéries multiplicité tRNAs lignes bactéries multiplicité tRNAs lignes bacteri multip, tRNAs lignes bactéries multiplicité
t t 10 19 10 1,00 5 9 5 1,00 4 7 4 1,00 3 5 3 1,00
c 6105 10044 3940 1,55 4520 8343 3824 1,18 6420 10353 3934 1,63 4473 8401 3929 1,14
a 4749 8491 3743 1,27 5299 9221 3923 1,35 1 0,00 1315 2619 1305 1,01
g 3999 7835 3837 1,04 2622 5071 2450 1,07 1 0,00 4366 8285 3920 1,11
c t 369 700 332 1,11 10 19 10 1,00 4 6 3 1,33 7478 11102 3625 2,06
c 3849 7359 3511 1,10 2742 5399 2658 1,03 4715 8649 3935 1,20 333 650 318 1,05
a 4940 8857 3918 1,26 5453 9386 3934 1,39 6388 10312 3925 1,63 887 1693 807 1,10
g 5186 7969 2784 1,86 2183 4307 2125 1,03 2389 4201 1813 1,32 3355 6648 3294 1,02
a t 5 9 5 1,00 103 195 93 1,11 5 9 5 1,00 1 1 1 1,00
c 9203 13067 3865 2,38 4513 8246 3734 1,21 8764 12695 3932 2,23 4422 8354 3933 1,12
a 55 102 48 1,15 5878 9808 3931 1,50 9105 13036 3932 2,32 4804 8721 3918 1,23
g 18026 21972 3947 4,57 2760 5415 2656 1,04 2427 4468 2042 1,19 3452 6600 3149 1,10
g t 9 17 9 1,00 2 3 2 1,00 0 0 1 0,00 1 1 1 1,00
c 4430 7637 3208 1,38 4166 7201 3036 1,37 9023 12957 3935 2,29 9273 13153 3881 2,39
a 8859 12791 3933 2,25 10185 14075 3891 2,62 9679 13603 3925 2,47 5515 9442 3928 1,40
g 1313 2521 1209 1,09 1224 2404 1181 1,04 1388 2509 1122 1,24 2266 4505 2240 1,01
  • Tableau non formaté
;;t;;;;;c;;;;;a;;;;;g;;;
;;tRNAs;lignes;bactéries;multiplicité; ;tRNAs;lignes;bactéries;multiplicité; ;tRNAs;lignes;bacteri;multip,; ;tRNAs;lignes;bactéries;multiplicité
 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
t;t;10;19;10;1,00;;5;9;5;1,00;;4;7;4;1,00;;3;5;3;1,00
;c;6105;10044;3940;1,55;;4520;8343;3824;1,18;;6420;10353;3934;1,63;;4473;8401;3929;1,14
;a;4749;8491;3743;1,27;;5299;9221;3923;1,35;;;;1;0,00;;1315;2619;1305;1,01
;g;3999;7835;3837;1,04;;2622;5071;2450;1,07;;;;1;0,00;;4366;8285;3920;1,11
 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c;t;369;700;332;1,11;;10;19;10;1,00;;4;6;3;1,33;;7478;11102;3625;2,06
;c;3849;7359;3511;1,10;;2742;5399;2658;1,03;;4715;8649;3935;1,20;;333;650;318;1,05
;a;4940;8857;3918;1,26;;5453;9386;3934;1,39;;6388;10312;3925;1,63;;887;1693;807;1,10
;g;5186;7969;2784;1,86;;2183;4307;2125;1,03;;2389;4201;1813;1,32;;3355;6648;3294;1,02
 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
a;t;5;9;5;1,00;;103;195;93;1,11;;5;9;5;1,00;;1;1;1;1,00
;c;9203;13067;3865;2,38;;4513;8246;3734;1,21;;8764;12695;3932;2,23;;4422;8354;3933;1,12
;a;55;102;48;1,15;;5878;9808;3931;1,50;;9105;13036;3932;2,32;;4804;8721;3918;1,23
;g;18026;21972;3947;4,57;;2760;5415;2656;1,04;;2427;4468;2042;1,19;;3452;6600;3149;1,10
 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
g;t;9;17;9;1,00;;2;3;2;1,00;;0;0;1;0,00;;1;1;1;1,00
;c;4430;7637;3208;1,38;;4166;7201;3036;1,37;;9023;12957;3935;2,29;;9273;13153;3881;2,39
;a;8859;12791;3933;2,25;;10185;14075;3891;2,62;;9679;13603;3925;2,47;;5515;9442;3928;1,40
;g;1313;2521;1209;1,09;;1224;2404;1181;1,04;;1388;2509;1122;1,24;;2266;4505;2240;1,01

Comparaison des codons par les 2 1ères bases[modifier | modifier le wikicode]

  • Légende:
    − Voir les tableaux d'origine: Multiplicité , Nombres de tRNAs (Tableau I, totaux; Tableau II, solitaires sur 4; Tableau III, solitaires sur a-g), Moyenne des codons , ordre des codons .
    106*: solitaires du codon cgt. Le carré de Arg étant complet le total de la requête est représenté par *, il est de 3946.
Comparaison des codons avec les 2 1ères bases
Multiplicité NK DE HQ    V A    SS T    P G    RR    LL    FL SR    IM CW    YX
t 1,00 0,00 1,33 1,00 1,00 1,00 1,11 1,00 1,00 2,06 1,11 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00
c 2,23 2,29 1,20 1,38 1,37 1,18 1,21 1,03 2,39 1,05 1,10 1,55 1,12 2,38 1,14 1,63
a 2,32 2,47 1,63 2,25 2,62 1,35 1,50 1,39 1,40 1,10 1,26 1,27 1,23 1,15 1,01
g 1,19 1,24 1,32 1,09 1,04 1,07 1,04 1,03 1,01 1,02 1,86 1,04 1,10 4,57 1,11
total tRNAs
t 5 0 4 9 2 5 103 10 1 7478 369 10 1 5 3 4
c 8,764 9,023 4715 4430 4166 4520 4513 2742 9,273 333 3849 6105 4422 9,203 4473 6420
a 9,105 9,679 6388 8,859 10,185 5299 5878 5453 5515 887 4940 4749 4804 55 1315
g 2427 1388 2389 1313 1224 2622 2760 2183 2266 3355 5186 3999 3452 18,026 4366
codon solitaire
t 3949 3949 3948 3943 3934 3945 3946 3941 3948 106* 3942 3948 3944 3949 3947 3934
c 2 5 5 8 32 2 2 3 9 1 7 15 1 2 12 3930
a 5 8 6 724 877 85 152 1173 66 7 98 0 0 0 0 -
g 1 1 2 1 7 0 3 1 0 7 0 2 0 81 17 -
solitaire a,g
total 3941 3928 3943 3935 3902 3943 3944 3939 3939 3833 3935 3933 3928 3947 3924 -
a 1899 2808 2130 2724 2721 1493 1288 1813 1699 539 692 96 780 0 15
g 9 5 18 2 11 22 13 5 11 3026 30 190 10 3947 2629
moyenne codon
t/c % 4 7 -17 11 -41 4 -56 5 -17 -25 -7 -2 -35 -7 -15 8
a/g % 20 27 -39 -48 -32 -15 -8 -54 49 -73 -144 39 84 -59 -191 103
ordre corrélation
t 3a 8a 15a 9a 14a 17a 11a 12a 28a 32a 27a 2a 6a 6a 21a 1a
c 13g 1g 4g 12g 7g 22g 8g 20g 3g 5g 17g 2g 9g 9g 23g 11g
a 5a 20a 10a 22a 13a 7a 19a 16a 23a 31a 25a 4a 26a 26a 26g 29a
g 19g 18g 6g 21g 15g 16g 24g 14g 29g 25g 10g 30a 30g 30g 28g 31g
  • Tableau non formaté
Multiplicité;;NK;DE;HQ;;V;A;;SS;T;;P;G;;RR;;LL;;FL;SR;;IM;CW;;YX
;t;1,00;0,00;1,33;;1,00;1,00;;1,00;1,11;;1,00;1,00;;2,06;;1,11;;1,00;1,00;;1,00;1,00;;1,00
;c;2,23;2,29;1,20;;1,38;1,37;;1,18;1,21;;1,03;2,39;;1,05;;1,10;;1,55;1,12;;2,38;1,14;;1,63
;a;2,32;2,47;1,63;;2,25;2,62;;1,35;1,50;;1,39;1,40;;1,10;;1,26;;1,27;1,23;;1,15;1,01;;−
;g;1,19;1,24;1,32;;1,09;1,04;;1,07;1,04;;1,03;1,01;;1,02;;1,86;;1,04;1,10;;4,57;1,11;;−
total tRNAs;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;t;5;0;4;;9;2;;5;103;;10;1;;7478;;369;;10;1;;5;3;;4
;c;8 764;9 023;4715;;4430;4166;;4520;4513;;2742;9 273;;333;;3849;;6105;4422;;9 203;4473;;6420
;a;9 105;9 679;6388;;8 859;10 185;;5299;5878;;5453;5515;;887;;4940;;4749;4804;;55;1315;;−
;g;2427;1388;2389;;1313;1224;;2622;2760;;2183;2266;;3355;;5186;;3999;3452;;18 026;4366;;−
codon solitaire;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;t;0;0;0;;0;0;;0;0;;0;0;;106;;0;;0;0;;0;0;;0
;c;;;;;8;32;;2;2;;3;9;;1;;7;;;;;;;;
;a;;;;;724;877;;85;152;;1173;66;;7;;98;;;;;;;;
;g;;;;;1;7;;0;3;;1;0;;7;;0;;;;;;;;
solitaire  a,g;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;3950;3950;3950;;3935;3902;;3943;3944;;3939;3939;;3833;;3935;;3950;3950;;3950;3950;;3950
;a;1899;2808;2130;;2724;2721;;1493;1288;;1813;1699;;539;;692;;96;780;;0;15;;−
;g;9;5;18;;2;11;;22;13;;5;11;;3026;;30;;190;10;;3950;2629;;−
moyenne codon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;t/c %;4;7;-17;;11;-41;;4;-56;;5;-17;;-25;;-7;;-2;-35;;-7;-15;;8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;a/g %;20;27;-39;;-48;-32;;-15;-8;;-54;49;;-73;;-144;;39;84;;-59;-191;;103
ordre corrélation;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;t;3a;8a;15a;;9a;14a;;17a;11a;;12a;28a;;32a;;27a;;2a;6a;;6a;21a;;1a
;c;13g;1g;4g;;12g;7g;;22g;8g;;20g;3g;;5g;;17g;;2g;9g;;9g;23g;;11g
;a;5a;20a;10a;;22a;13a;;7a;19a;;16a;23a;;31a;;25a;;4a;26a;;26a;26g;;29a
;g;19g;18g;6g;;21g;15g;;16g;24g;;14g;29g;;25g;;10g;;30a;30g;;30g;28g;;31g

Comptes détaillés des tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]

Comptes détaillés[modifier | modifier le wikicode]
;;;;modèle;1;1;;1;;1;1;;;1;;1;;;1;1;;1;;1;1;;1;1;;1;;1;1;;1;;1;;1;;;1;1;;;1;;1;3;1;1;;;1;;1;;1;;1;;1;;;1;;;;sans pseudo gènes;
;6550;304;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;sans tga;
pseudo;aas;KEGG;%AT;%GC;tta;ttg;ctt;cta;ctg;ctc;aaa;aag;ttt;ttc;tct;tca;agt;tcg;tcc;agc;tat;tac;aat;aac;aga;cga;cgt;agg;cgc;cgg;cat;cac;caa;cag;gga;ggt;ggc;ggg;gaa;gag;gat;gac;gca;gct;gcg;gcc;tgt;tgc;atg;tgg;cca;cct;ccg;ccc;gtt;gta;gtg;gtc;act;aca;acg;acc;att;ata;atc;taa;tag;tga;;
0;5,710;zin;86.5;13.5;1;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;1;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;25;
3;5,760;crp;83.4;16.6;1;0;0;1;0;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;25;
2;5,864;hcr;77.5;22.5;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;1;26;
0;6,157;mcac;76.3;23.7;1;1;0;1;0;0;2;1;0;1;0;1;0;0;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;1;29;trp
0;6,041;ssdc;75.8;24.2;1;1;0;1;1;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;1;0;1;1;0;1;1;0;1;0;1;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;2;1;1;0;0;0;0;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;34;
0;6,132;sbw;74.9;25.1;1;1;0;1;1;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;1;0;1;1;0;1;1;0;1;0;1;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;35;
0;5,709;uur;74.5;25.5;1;1;0;1;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;1;0;1;0;1;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;1;29;
0;6,361;ple;73.8;26.2;1;0;0;1;0;1;1;0;0;1;0;1;0;1;1;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;1;0;1;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;33;
0;6,600;smf;73.7;26.3;2;1;0;1;0;0;2;1;0;1;0;1;0;0;0;1;0;1;0;3;1;0;1;0;0;0;0;1;1;0;3;0;0;0;2;0;0;2;2;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;2;0;0;0;39;
0;6,345;fnc;72.9;27.1;1;1;0;2;0;0;2;1;0;2;0;2;0;0;0;1;0;1;0;2;1;0;1;1;0;1;0;1;2;0;3;0;1;0;3;0;0;3;2;0;0;0;0;1;3;1;2;0;0;0;0;2;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;47;
0;6,697;bfl;72.6;27.4;1;1;0;1;1;1;1;1;0;1;0;1;0;1;1;1;0;1;0;1;1;0;1;1;0;1;0;1;1;0;1;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;3;1;1;0;0;0;0;1;0;1;0;1;1;1;0;0;1;0;0;0;37;
0;6,334;cbl;71.7;28.3;2;1;0;2;0;1;4;2;0;3;0;2;0;0;1;2;0;2;0;3;3;1;1;1;0;0;0;2;2;1;4;0;3;1;3;1;0;4;3;0;0;0;0;2;7;1;3;0;0;0;0;5;0;0;0;4;0;1;0;0;2;0;0;1;80;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;0;3;4;;1;28;12;1;37;;0;;0;;34;6;0;;0;;0;0;76;11;16;;21;;2;0;50;0;;3;44;0;61;;0;0;;62;24;;2;0;1;0;;44;33;;0;65;20;;0;29;9;;;0;;;78;;
;;;;1;94;104;;97;66;89;73;62;;80;;91;;73;95;99;;82;;65;102;34;67;90;;88;;91;83;47;86;;51;65;63;40;;50;53;;49;66;;93;0;101;93;;65;72;;73;39;72;;90;80;85;;;53;;;33;;
;;;;2;9;2;;11;9;10;17;7;;22;;16;;3;9;10;;18;;21;7;1;19;4;;2;;18;18;14;14;;27;1;21;4;;35;18;;;20;;13;3;8;12;;1;4;;13;6;12;;8;2;16;;;23;;;;;
;;;;3;3;1;;1;2;;7;4;;8;;2;;1;1;2;;8;;11;2;;4;1;;;;;6;;8;;19;1;12;5;;16;24;;;1;;1;55;1;5;;1;2;;13;1;7;;7;;1;;;24;;;;;
;;;;4;1;;;0;6;;5;1;;1;;2;;;;;;2;;9;;;8;;;;;;3;;2;;8;;8;1;;8;8;;;;;2;20;;1;;;;;6;;;;6;;;;;6;;;;;
;;;;5;1;;;1;;;3;;;;;;;;;;;;;3;;;;;;;;;1;;1;;1;;2;;;1;5;;;;;;12;;;;;;;4;;;;;;;;;4;;;;;
;;;;autres;;;;;;;5;;;;;;;;;;;1;;2;;;2;;;;;;;;;;2;;5;;;1;3;;;;;;21;;;;;;;2;;;;;;;;;1;;;;;
Spectres des codons des tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
Spectres des codons des tRNAs111
n tRNAs    ttc tta ttg    tcc tca tcg    tac taa tag    tgc tga tgg
0 0 3 4 6 0 34 0 2 78 1
1 80 94 104 95 91 73 82 93 33 101
2 22 9 2 9 16 3 18 13 8
3 8 3 1 1 2 1 8 1 1
4 1 1 2 2 2
5 1 0
autres 1
ctc cta ctg ccc cca ccg cac caa cag cgt cga cgg
0 12 1 28 33 0 44 2 0 50 11 76 21
1 89 97 66 72 93 65 91 83 47 67 34 88
2 10 11 9 4 12 1 18 18 14 19 1 2
3 1 2 2 5 1 6 4
4 0 6 1 3 8
5 1 1 0
autres 2
atc ata atg acc aca acg aac aaa aag agc aga agg
0 0 0 9 0 29 0 1 37 0 0 16
1 53 0 85 90 80 65 73 62 99 102 90
2 23 3 16 8 2 21 17 7 10 7 4
3 24 55 1 7 11 7 4 2 2 1
4 6 20 6 9 5 1
5 4 12 3 3
autres 1 21 2 5
gtc gta gtg gcc gca gcg gac gaa gag ggc gga ggg
0 20 0 65 24 0 62 0 0 61 3 0 44
1 72 73 39 66 53 49 50 63 40 51 86 65
2 12 13 6 20 18 35 21 4 27 14 1
3 7 13 1 1 24 16 12 5 19 8 1
4 6 8 8 8 1 8 2
5 4 5 1 2 1 1
autres 2 3 1 5 2
  • Tableau non formaté
n tRNAs;;ttc;tta;ttg;;tcc;tca;tcg;;tac;taa;tag;;tgc;tga;tgg
;;;;;;;;;;;;;;;;
0;;0;3;4;;6;0;34;;0;−;−;;2;78;1
1;;80;94;104;;95;91;73;;82;;;;93;33;101
2;;22;9;2;;9;16;3;;18;;;;13;;8
3;;8;3;1;;1;2;1;;8;;;;1;;1
4;;1;1;;;;2;;;2;;;;2;;
5;;;1;;;;;;;0;;;;;;
autres;;;;;;;;;;1;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;ctc;cta;ctg;;ccc;cca;ccg;;cac;caa;cag;;cgt;cga;cgg
;;;;;;;;;;;;;;;;
0;;12;1;28;;33;0;44;;2;0;50;;11;76;21
1;;89;97;66;;72;93;65;;91;83;47;;67;34;88
2;;10;11;9;;4;12;1;;18;18;14;;19;1;2
3;;;1;2;;2;5;1;;;6;;;4;;
4;;;0;6;;;1;;;;3;;;8;;
5;;;1;;;;;;;;1;;;0;;
autres;;;;;;;;;;;;;;2;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;atc;ata;atg;;acc;aca;acg;;aac;aaa;aag;;agc;aga;agg
;;;;;;;;;;;;;;;;
0;;0;;0;;9;0;29;;0;1;37;;0;0;16
1;;53;;0;;85;90;80;;65;73;62;;99;102;90
2;;23;;3;;16;8;2;;21;17;7;;10;7;4
3;;24;;55;;1;7;;;11;7;4;;2;2;1
4;;6;;20;;;6;;;9;5;1;;;;
5;;4;;12;;;;;;3;3;;;;;
autres;;1;;21;;;;;;2;5;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;;gtc;gta;gtg;;gcc;gca;gcg;;gac;gaa;gag;;ggc;gga;ggg
;;;;;;;;;;;;;;;;
0;;20;0;65;;24;0;62;;0;0;61;;3;0;44
1;;72;73;39;;66;53;49;;50;63;40;;51;86;65
2;;12;13;6;;20;18;;;35;21;4;;27;14;1
3;;7;13;1;;1;24;;;16;12;5;;19;8;1
4;;;6;;;;8;;;8;8;1;;8;2;
5;;;4;;;;5;;;1;2;;;1;1;
autres;;;2;;;;3;;;1;5;;;2;;
Comptes des solitaires des tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende:
                           Résultat     Formules
                        nom     cellule         
4 codons        ctx     0       ES12    SI(ET(DC12=0,DD12=0,DE12=0,DF12=0),1,0) 
                        ctt     ET12    SI(ET(DC12>0,DD12=0,DE12=0,DF12=0),1,0)      
                        ctc     EU12    SI(ET(DC12=0,DD12>0,DE12=0,DF12=0),1,0)      
                        cta     EV12    SI(ET(DC12=0,DD12=0,DE12>0,DF12=0),1,0)      
                        ctg     EW12    SI(ET(DC12=0,DD12=0,DE12=0,DF12>0),1,0)      
2 codons        ctt,ctc ctt     EX12    SI(ET(DC12>0,DD12=0),1,0)    
                        ctc     EY12    SI(ET(DC12=0,DD12>0),1,0)    
                        11      EZ12    SI(ET(DC12=1,DD12=1),1,0)       
                        01      FA12    SI(SOMME(EX12:EZ12)=0,1,0)      
La procédure utilisée ici pour 111 bactéries est la même que j'ai utilisée pour les 4032 bactéries de la base gtRNAdb: un tRNA est dit solitaire pour un carré donné (ctx), s'il ne contient qu'un seul type (ctt), les autres (ctc cta ctg) étant nuls. Pour les 4032 bactéries je cherchais les occurrences *ctt*, *ctt;ctt*, . . . .. Ici pour le nom ctt je teste la condition ctt>0 et (ctc=0 cta=0 ctg=0) pour une bactérie donnée. Ce qui donne dans calc pour la bactérie zin (ligne 12) les codonss "ctt ctc cta ctg" (colonnes DC12 DD12 DE12 DF12). La cellule DC12 correspond à la ligne zin et à la colonne ctt du tableau des décomptes détaillés ci-dessus.
  1. 4 codons: calculs pour les 4 codons non nuls d'un carré et 0 s'il n'y a aucun tRNA.
  2. 2 codons: calculs sur 2 codons supposés lus par un seul tRNA. ctt,ctc,11,01: respectivement, seul le codon ctt ou ctc a plus d'un tRNA, ctt et ctc ont chacun 1 seul tRNA, autre combinaison. La colonne avec (*) correspond au cas où les 2 codons n'ont pas de tRNA parmi le décompte "autre combinaison".
Les xxt ne sont pas présentés sauf ctt cgt act, car ils n’ont pas de tRNA (voir tableau).
Donc il n’y a pas de résultat pour
ttt,c Phe
tct,c Ser . . . .
DC12 cellule ctt du tableau pour la bactérie zin
DD12 cellule ctc du tableau « 
. . . .
EX12 cellule du résultat du test ctt pour 2 codons
EY12 cellule du résultat du test ctc pour 2 codons
EZ12 cellule du résultat du test 11 pour 2 codons
Les résultats présentés sont la somme des colonnes des noms
Leu 0
Leu ctt
. . . . . . . .
Comptes des solitaires des tRNAs des 111 bactéries
Leu 0 1 Arg 0 1 Glu gaa 61 Thr 0 0 Gly 0 0
ctt 0 cgt 4 gag 0 act 0 ggc 0
ctc 0 cgc 1 11 28 acc 0 gga 3
cta 6 cga 0 01 22 aca 6 ggg 0
ctg 0 cgg 0 Trp tga 0 acg 0 gga 44
ctt 5 cgt 100 tgg 77 act 2 ggg 0
ctc 99 cgc 10 11 29 acc 99 11 54
11 0 11 0 01 5 11 1 01 13
01 7 7* 01 1 1* Val 0 0 01 9
cta 27 cga 15 gtc 0 aca 29
ctg 0 cgg 70 gta 20 acg 0
11 63 11 18 gtg 0 11 72
01 21 1* 01 8 6* gta 65 01 10
tta 4 aga 16 gtg 0 Ala 0 0
ttg 3 agg 0 11 37 gcc 0
11 87 11 85 01 9 gca 23
01 17 01 10 Pro 0 0 gcg 0
Ser 0 0 Lys aaa 37 ccc 0 gca 62
tcc 0 aag 1 cca 29 gcg 0
tca 6 11 47 ccg 0 11 30
tcg 0 01 26 cca 106 01 19
tca 34 Gln caa 50 ccg 0
tcg 0 cag 0 11 3
11 68 11 41 01 2
01 9 01 20
  • Tableau non formaté
Leu;0;1;;Arg;0;1;;Glu;gaa;61;;Thr;0;0;;Gly;0;0
;ctt;0;;;cgt;4;;;gag;0;;;act;0;;;ggc;0
;ctc;0;;;cgc;1;;;11;28;;;acc;0;;;gga;3
;cta;6;;;cga;0;;;01;22;;;aca;6;;;ggg;0
;ctg;0;;;cgg;0;;Trp;tga;0;;;acg;0;;;gga;44
;ctt;5;;;cgt;100;;;tgg;77;;;act;2;;;ggg;0
;ctc;99;;;cgc;10;;;11;29;;;acc;99;;;11;54
;11;0;;;11;0;;;01;5;;;11;1;;;01;13
;01;7;7*;;01;1;1*;Val;0;0;;;01;9;;;;
;cta;27;;;cga;15;; ;gtc;0;;;aca;29;;;;
;ctg;0;;;cgg;70;;;gta;20;;;acg;0;;;;
;11;63;;;11;18;;;gtg;0;;;11;72;;;;
;01;21;1*;;01;8;6*;;gta;65;;;01;10;;;;
;tta;4;;;aga;16;;;gtg;0;;Ala;0;0;;;;
;ttg;3;;;agg;0;;;11;37;;;gcc;0;;;;
;11;87;;;11;85;;;01;9;;;gca;23;;;;
;01;17;;;01;10;;Pro;0;0;;;gcg;0;;;;
Ser;0;0;;Lys;aaa;37;;;ccc;0;;;gca;62;;;;
;tcc;0;;;aag;1;;;cca;29;;;gcg;0;;;;
;tca;6;;;11;47;;;ccg;0;;;11;30;;;;
;tcg;0;;;01;26;;;cca;106;;;01;19;;;;
;tca;34;;Gln;caa;50;;;ccg;0;;;;;;;;
;tcg;0;;;cag;0;;;11;3;;;;;;;;
;11;68;;;11;41;;;01;2;;;;;;;;
;01;9;;;01;20;;;;;;;;;;;;
Comptes détaillés des tRNAs des 111 bactéries: totaux[modifier | modifier le wikicode]
I. 4032 bactéries: total
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
c 6105 c 4520 c 6420 c 4473
a 4749 a 5299 a a 1315
g 3999 g 2622 g g 4366
ctt 369 cct 10 cat 4 cgt 7478
c 3849 c 2742 c 4715 c 333
a 4940 a 5453 a 6388 a 887
g 5186 g 2183 g 2389 g 3355
att 5 act 103 aat 5 agt 1
c 9,203 c 4513 c 8,764 c 4422
a 55 a 5878 a 9,105 a 4804
g 18,026 g 2760 g 2427 g 3452
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
c 4430 c 4166 c 9,023 c 9,273
a 8,859 a 10,185 a 9,679 a 5515
g 1313 g 1224 g 1388 g 2266
II. 4032 bactéries : 100 * n / 3950
0.3 0.1 0.1 0.1
155 114 163 113
120 134 33
101 66 111
9.3 0.3 0.1 189
97 69 119 8.4
125 138 162 22
131 55 60 85
0.1 2.6 0.1 0.0
233 114 222 112
1.4 149 231 122
456 70 61 87
0.2 0.1 0.0 0.0
112 105 228 235
224 258 245 140
33 31 35 57
I'. 111 bactéries: total
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 1
ttc 152 tcc 116 tac 156 tgc 130
tta 130 tca 137 taa 0 tga 33
ttg 111 tcg 82 tag 0 tgg 120
ctt 6 cct 0 cat 0 cgt 162
ctc 109 ccc 86 cac 127 cgc 10
cta 127 cca 136 caa 154 cga 36
ctg 114 ccg 70 cag 75 cgg 92
att 0 act 6 aat 0 agt 0
atc 222 acc 120 aac 204 agc 125
ata 4 aca 151 aaa 201 aga 122
atg 462 acg 84 aag 92 agg 101
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
gtc 117 gcc 109 gac 211 ggc 213
gta 199 gca 237 gaa 221 gga 151
gtg 54 gcg 49 gag 67 ggg 70
II'. 111 bactéries : 100 * n / 111
0 0 0 0.9
137 105 141 117
117 123 0 30
100 74 0 108
5.4 0 0 146
98 77 114 9
114 123 139 32
103 63 68 83
0 5.4 0 0
200 108 184 113
3.6 136 181 110
416 76 83 91
0 0 0 0
105 98 190 192
179 214 199 136
49 44 60 63
  • Tableaux non formatés
4032 bactéries;;total;;;;;;;4032 bactéries;;100 * n / 3950;;;;
ttt;10;tct;5;tat;4;tgt;3;;0.3;;0.1;;0.1;;0.1
c;6105;c;4520;c;6420;c;4473;;155;;114;;163;;113
a;4749;a;5299;a;−;a;1315;;120;;134;;−;;33
g;3999;g;2622;g;−;g;4366;;101;;66;;−;;111
ctt;369;cct;10;cat;4;cgt;7478;;9.3;;0.3;;0.1;;189
c;3849;c;2742;c;4715;c;333;;97;;69;;119;;8.4
a;4940;a;5453;a;6388;a;887;;125;;138;;162;;22
g;5186;g;2183;g;2389;g;3355;;131;;55;;60;;85
att;5;act;103;aat;5;agt;1;;0.1;;2.6;;0.1;;0.0
c;9,203;c;4513;c;8,764;c;4422;;233;;114;;222;;112
a;55;a;5878;a;9,105;a;4804;;1.4;;149;;231;;122
g;18,026;g;2760;g;2427;g;3452;;456;;70;;61;;87
gtt;9;gct;2;gat;0;ggt;1;;0.2;;0.1;;0.0;;0.0
c;4430;c;4166;c;9,023;c;9,273;;112;;105;;228;;235
a;8,859;a;10,185;a;9,679;a;5515;;224;;258;;245;;140
g;1313;g;1224;g;1388;g;2266;;33;;31;;35;;57
;;;;;;;;;;;;;;;
111 bactéries;;total;;;;;;;111 bactéries;;100 * n / 111;;;;
ttt;0;tct;0;tat;0;tgt;1;;0;;0;;0;;0.9
ttc;152;tcc;116;tac;156;tgc;130;;137;;105;;141;;117
tta;130;tca;137;taa;0;tga;33;;117;;123;;0;;30
ttg;111;tcg;82;tag;0;tgg;120;;100;;74;;0;;108
ctt;6;cct;0;cat;0;cgt;162;;5.4;;0;;0;;146
ctc;109;ccc;86;cac;127;cgc;10;;98;;77;;114;;9
cta;127;cca;136;caa;154;cga;36;;114;;123;;139;;32
ctg;114;ccg;70;cag;75;cgg;92;;103;;63;;68;;83
att;0;act;6;aat;0;agt;0;;0;;5.4;;0;;0
atc;222;acc;120;aac;204;agc;125;;200;;108;;184;;113
ata;4;aca;151;aaa;201;aga;122;;3.6;;136;;181;;110
atg;462;acg;84;aag;92;agg;101;;416;;76;;83;;91
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;0;;0;;0;;0
gtc;117;gcc;109;gac;211;ggc;213;;105;;98;;190;;192
gta;199;gca;237;gaa;221;gga;151;;179;;214;;199;;136
gtg;54;gcg;49;gag;67;ggg;70;;49;;44;;60;;63
Comptes détaillés des tRNAs des 111 bactéries: solitaires[modifier | modifier le wikicode]
II 4032. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires de 4 codons. Total requête.
ttt 3948 tct 3945 tat 3934 tgt 3947
c 15 c 2 c 3930 c 12
a 0 a 85 a a 0
g 2 g 0 g g 17
ctt 3942 cct 3941 cat 3948 cgt 106*
c 7 c 3 c 5 c 1
a 98 a 1173 a 6 a 7
g 0 g 1 g 2 g 7
att 3949 act 3946 aat 3949 agt 3944
c 2 c 2 c 2 c 1
a 0 a 152 a 5 a 0
g 81 g 3 g 1 g 0
gtt 3943 gct 3934 gat 3949 ggt 3948
c 8 c 32 c 5 c 9
a 724 a 877 a 8 a 66
g 1 g 7 g 1 g 0
III 4032. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons a,g. Total requête.
tt tc ta tg
sag 3933 sag 3943 sag sag 3934
a 96 a 1493 a a 15
g 190 g 22 g g 2629
ct cc ca cg
sag 3935 sag 3939 sag 3943 sag 3833
a 692 a 1813 a 2130 a 539
g 30 g 5 g 18 g 3026
at ac aa ag
sag 3947 sag 3944 sag 3941 sag 3928
a 0 a 1288 a 1899 a 780
g 3947 g 13 g 9 g 10
gt gc ga gg
sag 3935 sag 3902 sag 3928 sag 3939
a 2724 a 2721 a 2808 a 1699
g 2 g 11 g 5 g 11
II 111. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des carrés à 4 codons.
ttt 111 tct 111 tat 111 tgt 110
c 0 c 0 c 0 c 0
a 0 a 6 a a
g 0 g 0 g g 1
ctt 111 cct 111 cat 111 cgt 4*
c 0 c 0 c 0 c 1
a 6 a 29 a 2 a 0
g 0 g 0 g 0 g 0
att 111 act 111 aat 111 agt 111
c 0 c 0 c 0 c 0
a 0 a 6 a 0 a 0
g 0 g 0 g 0 g 0
gtt 111 gct 111 gat 111 ggt 111
c 0 c 0 c 0 c 0
a 20 a 23 a 0 a 3
g 0 g 0 g 0 g 0
III 111. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons a,g.
ttt tct 111 cg 110 tgt
sag 111 sag 111 sct 110 sag 110
a 4 a 34 t 100 a 0
g 3 g 0 c 10 g 77
ctt 110 cct 111 cat cgt 110
sag 110 sag 111 sag 111 sag 105
a 27 a 106 a 50 a 15
g 0 g 0 g 0 g 70
ctt 111 act 111 aat agt
sct 104 sag 111 sag 111 sag 111
t 5 a 29 a 37 a 16
c 99 g 0 g 1 g 0
gtt 111 gct 111 gat ggt 111
sag 111 sag 111 sag 111 sag 111
a 65 a 62 a 61 a 44
g 0 g 0 g 0 g 0
IV 4032. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires.
tt tc ta tg
%4 2.2
1a1g 2804 2114 1238
%2 7 38 67
ct cc ca cg
%4 2.7 29.9 3.1
1a1g 962 1911 996 222
%2 18 46 54 93
at ac aa ag
%4 2.1 4.0
1a1g 0 2166 1155 2579
%2 100 33 48 20
gt gc ga gg
%4 18.6 23.3 1.9
1a1g 1051 562 602 1973
%2 69 70 72 43
ct cg ac
%4 2.7 3.1 4.0
1t1c 8 10 41
%2 99 99 98
IV 111. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires.
tt tc ta tg
%4 5,4
1a1g 87 68 0 29
%2 6 31 100 70
ct cc ca cg
%4 5,5 26.1 4,5
1a1g 63 3 41 18
%2 25 95 45 81
at ac aa ag
%4 0 5,4
1a1g 0 72 47 85
%2 99 26 34 14
gt gc ga gg
%4 18.0 20.7 2,7
1a1g 37 30 28 54
%2 59 56 55 40
ct cg ac
%4
1t1c 0 0 1
%2 100 100 91
  • Compléments
                Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons c,t.                                                  
4032    sct     t       c                       111     sct     t       c
ac      3775    41      3682                    ac      111     2       99
cg      3932    3614    307                     cg      110     100     10
ct      3834    323     3502                    ct      104     5       99
  • Tableaux non formatés
II. 4032;Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des carrés à 4 codons.;;;;;;;;;III. 4032. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons ag.;;;;;;;
ttt;3948;tct;3945;tat;3934;tgt;3947;;;tt;−;tc;−;ta;−;tg;−
c;15;c;2;c;3930;c;12;;;sag;3933;sag;3943;sag;−;sag;3934
a;0;a;85;a;−;a;0;;;a;96;a;1493;a;−;a;15
g;2;g;0;g;−;g;17;;;g;190;g;22;g;−;g;2629
ctt;3942;cct;3941;cat;3948;cgt;106*;;;ct;−;cc;−;ca;−;cg;−
c;7;c;3;c;5;c;1;;;sag;3935;sag;3939;sag;3943;sag;3833
a;98;a;1173;a;6;a;7;;;a;692;a;1813;a;2130;a;539
g;0;g;1;g;2;g;7;;;g;30;g;5;g;18;g;3026
att;3949;act;3946;aat;3949;agt;3944;;;at;−;ac;−;aa;−;ag;−
c;2;c;2;c;2;c;1;;;sag;3947;sag;3944;sag;3941;sag;3928
a;0;a;152;a;5;a;0;;;a;0;a;1288;a;1899;a;780
g;81;g;3;g;1;g;0;;;g;3947;g;13;g;9;g;10
gtt;3943;gct;3934;gat;3949;ggt;3948;;;gt;−;gc;−;ga;−;gg;−
c;8;c;32;c;5;c;9;;;sag;3935;sag;3902;sag;3928;sag;3939
a;724;a;877;a;8;a;66;;;a;2724;a;2721;a;2808;a;1699
g;1;g;7;g;1;g;0;;;g;2;g;11;g;5;g;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;
II. 111;Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des carrés à 4 codons.;;;;;;;;;III. 111. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons ag.;;;;;;;
ttt;111;tct;111;tat;111;tgt;110;;;ttt;−;tct;-;ta;-;tgt;−
c;0;c;0;c;0;c;0;;;sag;111;sag;111;sag;−;sag;110
a;0;a;6;a;−;a;;;;a;4;a;34;a;−;a;0
g;0;g;0;g;−;g;1;;;g;3;g;0;g;−;g;77
ctt;111;cct;111;cat;111;cgt;4*;111;;ctt;−;cct;−;cat;−;cgt;−
c;0;c;0;c;0;c;1;;;sag;110;sag;111;sag;111;sag;105
a;6;a;29;a;2;a;0;;;a;27;a;106;a;50;a;15
g;0;g;0;g;0;g;0;;;g;0;g;0;g;0;g;70
att;111;act;111;aat;111;agt;111;;;at;−;act;−;aat;−;agt;−
c;0;c;0;c;0;c;0;;;sag;111;sag;111;sag;111;sag;111
a;0;a;6;a;0;a;0;;;a;0;a;29;a;37;a;16
g;0;g;0;g;0;g;0;;;g;109;g;0;g;1;g;0
gtt;111;gct;111;gat;111;ggt;111;;;gtt;−;gct;−;gat;−;ggt;−
c;0;c;0;c;0;c;0;;;sag;111;sag;111;sag;111;sag;111
a;20;a;23;a;0;a;3;;;a;65;a;62;a;61;a;44
g;0;g;0;g;0;g;0;;;g;0;g;0;g;0;g;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;
IV. 4032. Pourcentage des solitaires;;;;;;;;;;IV. 111. Pourcentage des solitaires;;;;;;;
;tt;tc;ta;tg;;;;;;;tt;tc;ta;tg;;;
%4;−;2,2;−;−;;;;;;%4;−;5,4;−;−;;;
1a1g;2804;2114;−;1238;;;;;;1a1g;87;68;0;29;;;
%2;7;38;−;67;;;;;;%2;6;31;100;70;;;
;ct;cc;ca;cg;;;;;;;ct;cc;ca;cg;;;
%4;2,7;29,9;−;3,1;;;;;;%4;5,5;26,1;−;4,5;;;
1a1g;962;1911;996;222;;;;;;1a1g;63;3;41;18;;;
%2;18;46;54;93;;;;;;%2;25;95;45;81;;;
;at;ac;aa;ag;;;;;;;at;ac;aa;ag;;;
%4;2,1;4,0;−;−;;;;;;%4;0;5,4;−;−;;;
1a1g;0;2166;1155;2579;;;;;;1a1g;0;72;47;85;;;
%2;100;33;48;20;;;;;;%2;99;26;34;14;;;
;gt;gc;ga;gg;;;;;;;gt;gc;ga;gg;;;
%4;18,6;23,3;−;1,9;;;;;;%4;18,0;20,7;−;2,7;;;
1a1g;1 051;562;602;1973;;;;;;1a1g;37;30;28;54;;;
%2;69;70;72;43;;;;;;%2;59;56;55;40;;;
;ct;cg;ac;−;;;;;;;ct;cg;ac;−;;;
%4;2,7;3,1;4,0;−;;;;;;%4;-;-;-;−;;;
1t1c;8;10;41;−;;;;;;1t1c;0;0;1;−;;;
%2;99;99;98;−;;;;;;%2;100;100;91;−;;;
tRNAs des 111 bactéries: Diagramme des solitaires APV[modifier | modifier le wikicode]
  • Diagramme des solitaires APV .
        Effectifs des tRNAs solitaires APV                                                      
%GC     A       P       V       T       G       L       R       S
15-20   2       2       2       2       0       0       1       1
20-25   3       3       2       1       2       2       2       2
25-30   10      11      5       3       1       4       1       3
30-35   2       3       2       0       0       0       1       0
35-40   5       6       5                                       
40-45   1       4       1                                       
45-50   0       0       2                                       
50-55   0       0       1                                       
55-60   0       0       0                                       
total   23      29      20      6       3       6       5       6

Comparaison des 3 domaines avec les nombres des tRNAs[modifier | modifier le wikicode]

  • Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [4]. La statistique de la base donne les effectifs suivants:
Domain          Number of Genomes       Number of tRNAs         Moyenne                                 
Bacteria        4 032                   239 000                  59
Archaea           184                     8 731                  47
Eukaryota         155                   119 380                 770

Nombres de tRNAs, pour 100 000 tRNAs et tRNAs par génome[modifier | modifier le wikicode]
  • Voir après le texte les tableaux des gènes tRNAs et leur légende.
Au niveau de l'ADN le code génétique est structuré par doublets.[modifier | modifier le wikicode]
  • La genèse des gènes de tRNAs et leur duplication
    1. Problématique:
      − Nous avons vu dans le tableau des corrélations entre gènes de tRNAs qu'il y a une très forte corrélation entre 18 gènes pour les 3 combinaisons des 3 domaines BAE. Malgré les fortes corrélations obtenues entre un plus grand nombre de gènes pour certaines combinaisons, il reste un très grand nombres d'exceptions, jusqu'à 44 pour les combinaisons EB et EA. Cependant les 18 gènes précédents laissent penser que le comportement d'un gène de tRNA dans le code est déterminé dans l'ADN avant même son intervention dans la machinerie traductionnelle. Pourtant, même dans l'hypothèse de la résonance dans l'ADN, celle d'un codon dans les gènes de protéines, fraction de la résonance du gène protéique, ne peut être comparée à celle de l'unique codon porté par son gène tRNA. La question qui se pose alors est: est-ce qu'on va retrouver la même structuration du code génétique par les gènes des tRNAs que par les codons dans les gènes protéiques? Si c'est oui, alors l'hypothèse de la résonance des gènes protéiques se trouve renforcée parce qu'il n'y a pas de lien direct, si ce n'est la sélection, entre le gène du tRNA dans l'ADN et son codon dans le gène protéique.
      − La différence des processus qui interviennent dans la création et la duplication des gènes de tRNAs entre les 3 domaines permet de mettre à l'épreuve la structuration du code génétique par ces gènes. Un aperçu des processus théoriques est signalé dans la problématique du tableau des corrélations. L'analyse des tableaux des nombres des gènes des tRNAs en introduction [5] montre bien qu'il y a de grandes différences entre les processus des 3 domaines.
    2. Méthode d'analyse:
      − Comme pour les corrélations entre nombres de gènes de tRNAs il s'agit de retrouver une indépendance de la structuration du code par les doublets, par rapport aux 3 processus différents des 3 domaines, pour qu'on puisse attribuer cette structure aux propriétés physiques de chaque doublet. La méthode d'analyse consiste à dégager des propriétés communes à 4, 3 ou 2 doublets d'une ligne ou d'une colonne. Comme pour les répétitions des bases [6] la force d'interprétation est attribuée aux lignes ou colonnes ayant le plus de doublets communs.
      − En introduction j'ai détaillé la méthode de lecture des 3 tableaux I, II et III indicés par 100 pour les nombres de tRNAs rapportés à 100 000 par domaine [7]. J'utiliserai les 3 tableaux I, II et III indicés par le chiffre 1 pour le nombre de gènes de tRNAs par génome ou indice de multiplicité et les tableaux des rapports E/B . Au fur et à mesure j'illustrerai les discussions par des tableaux simples de rapports entre codons. Pour simplifier l'écriture je parle souvent de codon pour les gènes de tRNA. Je préciserai qu'il s'agit de la traduction le cas échéant.
      − Dans un 1er temps je décrirai la structuration de chaque code de chaque domaine en commençant par les structures les plus nettes et les comparerai au code génétique de la traduction. Je n'attribue un aa à un codon que pour le code de la traduction. Aussi la comparaison avec ce dernier ne se fera que par doublet ( ou carré à 4 codons).
      − Dans un 2ème temps je procéderai aux comparaisons entre codes pour dégager une structuration commune.
    3. Résultats:
      1.− Code du domaine E, les eucaryotes.
      1.a − les bascules des codons c en t chez E.
      • Le processus qui donne naissance aux gènes de tRNAs chez les eucaryotes est sensible aux codons se terminant par t des doublets ct at gt xc cg; il est sensible aux codons se terminant par c des doublets tt xa tg ag gg. Ce qui donne 8 gènes à codons xyt et 8 gènes à codons xyc sensibles. Visuellement le code est structuré en colonnes, la 1 avec 3 doublets et la 2 avec 4 doublets sensibles aux codons se terminant par t, et la colonne 3 avec 4 doublets et la 4 avec 3 doublets sensibles aux codons se terminant par c. Il est aussi structuré en lignes, la 1 et la 2 avec 3 doublets chacune sensibles aux codons se terminant par t, et la 3 et la 4 chacune sensible à 2 doublets de codons se terminant par t et à 2 doublets de codons se terminant par c
      • Si l'on compare au code génétique de l'amino-acylation, il y a une très grande similitude entre les 2 processus. Les enzymes qui fixent l'aa au tRNA après les modifications ne distinguent pas les tRNAs d'un doublet ct gt xc cg gg quand ce doublet en a plusieurs. Après traduction les 4 codons d'un même doublet de ce groupe donnent donc le même aa. Les enzymes qui fixent l'aa au tRNA des doublets tt at xa tg ag distinguent, pour le même doublet, entre les tRNAs d'un demi doublet portant les codons se terminant par t c, des tRNAs de l'autre demi doublet portant les codons se terminant par a g. Chaque demi doublet pouvant produire 1 à 2 tRNAs portant le même aa. Après traduction un doublet de ce groupe donne 2 aas sauf pour le doublet ta.
      • La similitude entre les 2 processus n'est pas totale puisque le doublet gg appartient au 2ème groupe du processus de genèse (sensible à ggc) et au 1er groupe du processus de fixation (fixant le même aa sur tous les tRNAs du doublet). Inversement le doublet at appartient au 1er groupe de genèse (sensible à att) et au 2ème groupe de fixation (fixant 1 aa par demi-doublet at). C'est seulement avec les eucaryotes que le doublet gg apparaît nettement comme une exception. Avec seulement les nombres de tRNAs, ce doublet n’apparaît pas comme une exception dans les tableaux I et II. Apparaissent par contre comme exception, dans les 9 tableaux des nombres, les 3 mêmes doublets at ta tg. Ainsi le doublet gg fait exception pour le basculement c/t, le doublet tg fait exception pour le nombre de tRNAs de son codon tga, le doublet ta pour ses 2 codons stop et le doublet at 3 fois exceptionnel par le nombre de tRNAs de son codon atg dans les 3 tableaux, par le nombre de tRNAs de son codon ata dans les tableaux I et II seulement, et par la bascule c/t dans le tableau III.
      • Le code de la genèse des tRNAs chez les eucaryotes est structuré aussi en demi-doublets: La structuration en demi-doublet dans le processus de fixation est matérialisée par la traduction d'un doublet en 2 aas différents, un aa pour les codons se terminant par c t et un aa pour les codons se terminant par a g. Cette structuration n'est valable que pour les doublets tt at xa tg ag. Avec la bascule c/t chez les eucaryotes tous les doublets sont structurés en demi-doublet c t et en demi-doublet a g. Par contre cette structuration n'est pas matérialisée pour les 2 processus de genèse et de fixation. Le processus de fixation n'a à sa disposition souvent qu'un à deux tRNAs par doublet et nécessite un processus supplémentaire pendant la traduction sur le RNAm pour le codon tga , et un processus spéciale de modification, avant celui de la fixation, pour différencier 2 tRNAs identiques du codon atg qui fixeront l'un Met lisant le codon atg et l'autre Ile lisant le codon ata. Ainsi la structuration en demi-doublet est potentielle pour le processus de fixation et se réalise avec la traduction. La structuration en demi-doublets du processus de genèse est la manifestation directe de la bascule c/t pour les 8 doublets concernés, du fait que les demi-doublets a g ne basculent pas. La structuration des autres 8 doublets ne basculant pas, se déduit du comportement semblable des demi-doublets c t des 2 groupes avec une grande différence entre le nombre des tRNAs du codons c et celui du codon t mais de sens inverse dans les 2 groupes. Les différences entre les nombres des codons a g sont beaucoup plus faibles, semblables et des 2 signes dans les 2 groupes. Voir le tableau des rapports des Demi-doublets à la suite du texte, où les rapports colorés sont des rapports inversés. Les exceptions des doublets at ta tg qu'on a révélé au paragraphe précédent met en jeu les 2 codons des 3 demi-doublets a g et aucun des 3 demi-doublets c t.
      1.b − les codons a et g de E
      • Les rapports g/a: Avec la bascule t/c nous avons défini les demi-doublets dans chaque doublet et partagé le code des gènes de tRNAs en 2 groupes dont les rapports t/c sont inversés l'un par rapport à l'autre. En utilisant les rapports g/a nous obtenons alors 4 groupes qui se différencient par des rapports t/c pour moitié inverse l'une de l'autre et de même pour le rapport g/a. Les 4 groupes de doublets se répartissent comme suite: voir tableau.
        4 dont les rapports t/c et g/a sont directs ( blanc, blanc).
        3 dont le rapport t/c est direct et le rapport g/a inversé (blanc, cyan).
        3 dont le rapport t/c est inversé et le rapport g/a direct (orange, blanc).
        5 dont le rapport t/c est inversé et le rapport g/a inversé (orange, cyan).
        Plus le doublet ta avec ses 2 codons stop (blanc).
      • Lignes et colonnes: Avant de détailler les caractéristiques de chaque doublet au paragraphe suivant on peut apprécier le poids de la 1ère et la 2ème base du doublet, du point de vue quantitatif, en étudiant les statistiques des lignes et des colonnes du tableau. Il est évident que le doublet ne peut être caractérisé que du point de vue qualitatif, c'est à dire avec des nombres et des rapports très différents. Le tableau des moyennes des codons pour une 3ème base, pour une ligne et pour une colonne, et les totaux par doublet, différencie nettement la ligne 4 par rapport aux 3 autres avec tous les codons ayant des effectifs les plus élevés de leur colonne dans le tableau des nombres III. C'est le reflet de la base G en 1ère position. Ce tableau différencie aussi nettement la colonne 3 avec les mêmes critères sauf pour le doublet ta avec ses 2 codons stops. Les lignes 1 et 2 avec des moyennes de codon (mcod) très faibles se ressemblent beaucoup et de même pour les colonnes 1 et 2 avec des moyennes faibles. Les rapports des moyennes de codon pour les 3ème bases a et g, g/a , sont inverses entre les 2 lignes d'une part et les 2 colonnes d'autre part. La ligne 3 et la colonne 4 ont des moyennes de codon élevées avec des différences faibles entre les moyennes de codon pour les 3ème bases a et g.
      • Caractérisation des codons: quand les rapports g/a sont comparables entre 2 doublets, je comparerai leurs effectifs.
        − Les 4 doublets ( blanc, blanc):
        tt : son g/a (1.4) est très différent de ceux de tg(7.1) et aa (2.3) mais proche de gg (1.3); tt (1046/746) et gg (5907/4639) sont très différents par leurs effectifs.
        tg : son g/a (7.1) est le plus élevé du tableau à cause de la particularité du codon tga à faible effectif. Son t/c (12) le plus faible du tableau.
        aa : son g/a (2.3) est élevé, 5ème sur 15. aa se distingue par rapport à gg par son codon aaa très faible.
        gg : il se distingue des 3 autres par ses effectifs élevés (5907/4639) qui le différencient du rapport g/a de tt (1046/746) et de celui de ca (1549/1917) trop proche de l'unité (1.2) qui ne justifierai pas son inversion.
        − Les 3 doublets ( blanc, cyan):
        ca: a le rapport g/a (1.2) le plus faible du tableau et se distingue de ag (1.4) par ses effectifs nettement plus élevés (1549/1917) contre (1076/1476).
        ag: il se distingue de ca comme ci-dessus et de ga par son rapport g/a 1.4 contre 1.9, le 6ème sur 15, et par ses effectifs 1076/1476 contre 3145/5930.
        ga: il se distingue des 2 autres par ses effectifs , 3145/5930, et son rapport g/a (1.9).
        − Les 3 doublets (orange, blanc): ct at gt. Ils se différencient par leur effectif du codon g respectivement 1086 3235 2616 et un codon a presque constant, respectivement 730 713 911. C'est la différenciation des colonnes 1 et 2 par le rapport g/a.
        − Les 5 doublets (orange, cyan):
        gc cg se distinguent des 3 autres par le rapport t/c (7.3) le plus bas du tableau pour gc et le rapport g/a inverse (4.5) le plus élevé du tableau pour cg.
        tc cc ac: La distinction par le rapport g/a est nette, respectivement 1.4, 2.2, 1.8. Ils appartiennent à la colonne 2 inverse pour le rapport g/a de la colonne 1. Et de même le codon g est constant à l'inverse du codon a de la colonne 1. Mais en plus le doublet tc se distingue par un codon a le plus faible de la colonne 2 et proche de ceux de la colonne 1; le doublet cc a la particularité, dans tout le tableau, d'avoir les codons cct et cca égaux (3/1572); la différence entre 2 codons qui vient après est celle entre cac et cag (25/1549).
      1.c − les exceptions des eucaryotes
      • L'exception du doublet cg: La caractérisation des codons en demi-doublets dans E est structurelle. C'est à dire que les comparaisons entre 2 codons t-c (xyt et xyc) et 2 codons a-g (xya et xyg) ont un sens alors que celles entre les paires t-a, t-g, c-a et c-g n'en ont pas. Ce sens est celui de la bascule, " c/t bascule et a/g ne bascule pas". Une seule exception qui confirme la règle est celle du doublet cg où a/g bascule alors que c/t a déjà fait sa bascule dans B. Nous verrons ce cas en comparant les codes de B et A à celui de E, car c'est un cas isolé difficile à révéler avec les eucaryotes seuls. L'exception du doublet cg apparaît dans le code de B avec la bascule c/t et l’exception disparaît dans E et A. Cette disparition de A fait partie aussi de son exceptionnalité. L'exception de cg dans le code de E c'est sa bascule a/g entre le code B et E alors que sa bascule c/t est une exception dans B et ne l'est plus dans E. La bascule a/g de ce doublet de 4.5 est faible par rapport aux bascules c/t, et au début je la considérait comme une non bascule dans E. Mais c'est la 2ème valeur de ce rapport avec celle du doublet at (4.5), derrière celle du doublet tg (7.1) et devant celle du doublet gt (2.9). Elle est comparable à la bascule c/t la plus faible du doublet gc (7.3). Les rapports g/a du doublet tg et du doublet at ne peuvent pas être considérés comme des bascules parce qu'ils ne s'inversent pas dans aucun code. En conclusion le doublet cg est 3 fois exceptionnel, par sa bascule c/t dans B, sa disparition dans A et par sa bascule a/g dans E.
      • L'exception du doublet ta: ce sont les 2 codons stop qu'on connaît dans la traduction et présents dans les 3 code BAE. Absence totale de gène tRNA sinon par mutation d'un autre gène en suppresseur de codon stop.
      • L'exception du doublet tg: le gène de tRNA de son codon tga est souvent absent et le codon devient un codon stop dont son comportement vis à vis du processus GC (ref.) est lui-même une exception. Quand il est présent il code un tRNA de l'aa Sec. Ce qui explique le rapport de 7.1 de son a/g à peu près constant dans les 3 codes car le gène tRNA du codon tgg du Trp est toujours présent. Dans la traduction le tRNA-Sec nécessite une séquence spécifique dans le RNA messager pour pouvoir lier son aa au polypeptide, ce qui le différencie d'un codon stop. D'où 3 comportements exceptionnels du doublet tg.
      • L'exception du doublet at: Il subit la bascule c/t dans E, donc il est sensible au codon att pour le processus de genèse des tRNAs et appartient au 2ème groupe de fixation des aas (fixant 1 aa par demi-doublet at). Il ne subit pas la bascule a/g mais son codon ata a un indice de duplication normal pour le code E de 5.5 alors qu'il est inexistant dans B et A comme leurs codons xyt. Nous pouvons dire qu'il est sensible au processus de la genèse des tRNAs sans basculer. Le rapport g/a du doublet at est de 4.5, égal à celui du doublet cg. Je suppose que les tRNAs ata fixent l'aa Ile chez les eucaryotes. A vérifier. Une 3ème exception du doublet at est le nombre élevé des gènes de tRNA du codon atg même chez les eucaryotes. Chez les procaryotes ces tRNAs fixent la Met et la formyl-Met nécessaire à l'initiation de la traduction et fixent après une modification spéciale Ile et lit le codon ata. D'où un nombre double de celui des eucaryotes. Chez ces derniers l'aa d'initiation est Met mais le nombre de gènes de tRNAs du codon reste élevé. Il est le plus élevé de la 1ère colonne et le 2ème de sa ligne ( 3235 pour atg contre 5080 pour aag, voir tableau). C'est comme si, les tRNAs de ata étant présents, les tRNAs de atg étaient modifiés différemment, une moitié servirait à lire le codon atg dans le gène de protéine et l'autre ne servirait qu'à l’initiation. Nous avons, encore là, 3 exceptions pour le doublet at, la bascule c/t, la pseudo-bascule g/a de at et son comportement, et enfin le nombre élevé des tRNAs du codon atg.
      • L'exception du doublet gg: Nous avons décrit cette exception comme propre aux eucaryotes dans l'étude de la bascule c/t. Le doublet gg appartient au 2ème groupe du processus de genèse (sensible à ggc) et au 1er groupe du processus de fixation (fixant le même aa sur tous les tRNAs du doublet). J'ai étudié en détail la fréquence des répétitions de la base G et celle de la base C qui incluent essentiellement les codons ggg et ccc, dans l'article répétition des bases [8]. Développer.
      • L'exception du doublet cc: Il faudrait reprendre les comportements du codon ccc de l'article répétitions des bases [9] en relation de ceux du codon ggg. Mais dans E l'égalité des nombres de tRNA du codon cct et du codon cca est troublante.
      2.− Code du domaine B, des bactéries
      2.a − Le code de la genèse des tRNAs chez les bactéries est structuré aussi en demi-doublets: Ce n'est pas aussi spéctaculaire que chez les eucaryotes et l'on n'arrivera pas à distinguer le doublet gg comme une exception. Cependant la démonstration est plus aisée qu'avec les archées, très homogènes, où la distinction d'un doublet en 2 moitiés n'est possible qu'en s'appuyant sur le comportement des enzymes qui fixent l'aa sur le tRNA pour 8 doublets. Pour les bactéries je vais utiliser l'indice de multiplicité du tableau I1 , ainsi que la bascule c/t du doublet cg pour montrer cette partition.
      Des indices de multiplicité très faibles, inférieurs à 0.34, conjugués à l’absence des gènes de tRNA des codons se terminant par t (et se terminant par c pour le doublet cg) laissent 3 doublets à 2 aas ( tg at ga ) et 3 doublets à 1 aa ( cg gc gt ) avec 2 codons seulement dont l'indice dépasse largement l'unité ( sauf pour le codon cgg avec 0.83). Quatre autres doublets ont un indice du codon se terminant par g inférieur 0.60, soit plus que la moitié des indices des codons a et des codons c . Ce sont 2 doublets à 2 aas ( ca aa ) et 2 doublets à 1 acide aminé ( cc gg ). C'est comme si on avait 2 demi-doublets distincts, l'un sans gène de tRNA du codon t et l'autre avec un gène de tRNA du codon g très peu sensible à la duplication. Le doublet cc présente la caractéristique unique des doublets à 1 acide aminé d'avoir 1 seul codon dont l'indice est supérieur à l'unité (avec 0.68 pour le codon ccc) ce qui laisse penser qu'un seul tRNA puisse lire les 4 codons du doublets et serait donc à l'encontre de l'hypothèse du demi-doublet. Mais c'est l'exception qui confirme la règle:
      1. − Le doublet ta, avec un seul tRNA pour un demi-doublet ne code qu'un seul acide aminé.
      2. − Pour le doublet at et le doublet tg, le codon minoritaire est le codon a et il est remplacé par le codon g et non par le codon t. Donc le processus de genèse des tRNAs différencie bien entre les 2 demi-doublets.
      3. − Le doublet cg subit une bascule c/t très nette avec un rapport t/c égal à 22 (voir tableau des demi-doublets) et simultanément subit une bascule g/a franche avec un rapport g/a égal à 3.8 aussi élevé que celui de la même bascule du doublet tg (3.3). C'est comme si le demi-doublet tc et le demi-doublet ag étaient bien distincts. N'oublions pas que nous parlons de gènes et non de tRNAs portant un acide aminé.
      4. − Le tRNA du codon peut très bien être absent et celui-ci lu par un autre tRNA. Cela n'empêche pas que le processus de genèse des tRNAs soit plus ou moins sensible au codon ccc.
      5. − Par contre quand les codons du même demi-doublet ont des indices proches ou supérieurs à l'unité, cela veut dire que c'est une contrainte forte qui nécessite les 2 tRNAs en même temps. C'est ce qu'on observe chez les archées (13 doublets avec 3 indices proche de l'unité) et les eucaryotes (avec 5 doublets à 4 indices et 10 doublets à 3 indices proches de l'unité). Dans le cas des bactéries on a 3 doublets qui font exception et imposent 3 tRNAs, ce sont le doublet tt (indices 1.51 1.18 0.99) et le doublet ag (indices 1.10 1.19 0.86) pour 2 aas et le doublet ct (indices 0.95 1.23 1.29) pour 1 seul acide aminé.
      2.b − Le code de la genèse des tRNAs chez les bactéries est structuré aussi en lignes et colonnes:
      Avec les bactéries la majorité des codons xyg (11 sur 15) sont minoritaires dans leur doublet. Comme les codons xyt sont presque inexistants il ne nous reste plus que 3 codons par doublet à comparer. Par leur faiblesse les codons xyg deviennent homogènes et nous permettent alors de différencier les colonnes 2 par 2 et la ligne 4 par rapport aux 3 autres lignes. C'est ainsi que les colonnes 1 et 4 ont chacune 3 codons xyg à effectif élevé ( 1404 - 2170, 7452 ) alors que les colonnes 2 et 3 ont 7 codons g à effectif faible ( 512 - 1155 ) et la ligne 4 a 4 codons à effectif faible ( 948 - 512 ).
      1. Colonnes 1 − 4: Elles sont différentes par leurs codons xtc/xgc et xta/xga. Les rapports sont supérieurs à 2 sauf pour xtc/xgc égal à 1.4 (j'ai permuté ici le codon cgt et le codon cgc ). Dans chaque colonne les 4 carrés sont très différents. La moyenne des codons de la colonne 1 est de 2.202 et celle de la colonne 4 de 1.799 (voir tableau). Il faut ajouter les codons communs en plus des codons g: la colonne 1 a 2 codons a avant ligne 4, la colonne 4 a 2 codons c sans ligne 4 et cgt.
      2. Colonne 2 − 3: De même que les colonnes 1 et 4, elles se différencient par les effectifs des 2 autres codons xac/xcc et xaa/xca. Les rapports sont élevés mais plus faibles (1.42 - 2.17) sauf pour caa/cca égale 1.17 et gaa/gca égale 0.95. Dans chaque colonne les 4 carrés sont très différents sauf pour les 2 carrés aa et ga qui ne se différencient que par aag (1015) et gag (581). La moyenne des codons de la colonne 2 est de 1.797 et celle de la colonne 3 de 2.523 (voir tableau). Il faut ajouter les codons communs en plus des codons g: la colonne 2 a 3 codons a avant ligne 4, et la colonne 3 avec les codons a et les codons c.
      3. Ligne 4 − 3: Pour les codons g la ligne 4 contient les 4 valeurs les plus faibles. Elle se caractérise aussi par les 3 codons a les plus élevés de tous le tableau. La moyenne des codons de la ligne est de 2.347. Cette moyenne est comparable à celle de la ligne 3 avec 2.315. Les 2 lignes sont donc de même puissance. La ligne 4 se différencie par l'homogénéité de ses codons a (3) les plus élevés du tableau et celle de ses codons g (4) les plus faibles du tableau. Les codons g de la ligne 3 sont 2 fois plus élevés que ceux de la 4, par contre elle n'affiche que 3 codons à effectif supérieur à 3.000 contre 5 pour la ligne 4. Les 3 lignes de codons de la ligne 3 ne sont pas homogènes, aucune d'elles n'aligne 3 effectifs semblables alors que la ligne 4 en a 2 homogènes.
      4. Ligne 1 −2: Ces 2 lignes ont des moyennes de codons nettement inférieures à ceux des lignes 3 et 4, respectivement 1.835 et 1.728 contre, respectivement, 2.315 et 2.347 pour la ligne 3 et 4. Elles sont donc comparables. Elles ont leurs lignes de codons g semblables à celle de la ligne 3, hétérogénéité et effectifs élevés. La ligne de codons c de la ligne 1 est plus forte et plus homogène que celle de la ligne 2, faible et hétérogène. La ligne de codons a de la ligne 2 est homogène alors que celle de la ligne 1 non.
      2.c − Les exceptions dans le domaine B des bactéries.
      − En construisant le tableau des lignes et colonnes (ref.), j'avais tenu compte, dans un 1er temps, des exceptions que j'avais décrites dans le chapitre des eucaryotes (ref.). En ajoutant les exceptions propres au domaine B il m'est apparu, qu'en fait, tout doublet est caractérisé par sa ligne et sa colonne avec les 2 processus de genèse des tRNAs des domaines E et B. Aussi, je n'ai retiré, dans le tableau que 4 codons: taa tag pour les 3 domaines et ata atg pour les 2 domaines B et A seulement parce que les 2 1ers sont des codons stop, que le codon ata ressemble par sa faiblesse (comme les codons xyt des domaines A et B) à un codon stop et qu'enfin le codon atg, associé au même demi-doublet que ata et avec des effectifs élevés dans A et B, pouvait être retiré de ces 2 domaines comme le codon ata. J'ai gardé le codon ata et le codon atg dans le domaine E parce qu'ils ont des effectifs analogues aux autres codons de E.
      − Nouveaux comportements des exceptions déjà décrites dans le domaine E:
      • ta: rien de nouveau.
      • tg: le codon tgg augmente légèrement son effectif par rapport à celui du domaine E et apparaît comme un codon xyg majeur dans B (effectif dans B, 1.827).
      • gg: il n'est plus une exception dans B, car il n'a pas de sensibilité au codon ggt (gène tRNA) et code 1 seul aa (amino-acylation).
      • cc: il n'y a plus égalité entre cct et cca, mais il y a faiblesse et presque égalité entre ccc et ccg. J'ai utilisé ce changement pour montrer la partition en demi-doublet dans le domaine B.
      • cg: La bascule c/t apparaît dans le domaine B et est maintenue dans le domaine E. Le rapport g/a s'inverse dans B par rapport à E et cgg devient majeur (effectif dans B, 1.404) parmi les codons xyg de B. Le codon cgg lui même devient une nouvelle exception dans B. Son effectif est réduit de 69% et celui du codon cga associé à son demi-doublet est multiplié par 5 dans E. C'est l’effet de la bascule g/a.
      • at: redevient normal pour la sensibilité au codon att du fait qu'il perd cette sensibilité (gène tRNA), comme le doublet gg et qu'il code pour 2 aas (amino-acylation). Par contre le codon ata devient inexistant, équivalent à un codon xyt, le codon atc et le codon atg voient leurs effectifs doublés par rapport au domaine E. Les tRNAs du codon atg semblent subir 3 types de modifications, une pour fixer Met, une pour fixer formyl-Met comme tRNA d'initiation de la traduction chez les procaryotes et une pour fixer Ile. D'où le doublement de son effectif dans B et apparaît comme un codon xyg majeur dans B (effectif dans B, 7.542).
      − Nouvelles exceptions dans le domaine B:
      • ct: il apporte 2 nouvelles exceptions. L'effectif du codon ctt devient aussi significatif que le codon cgc dans B, mais il n'y a pas bascule. Et le codon ctg devient majeur (effectif dans B, 2.170) parmi les codons xyg de B. L'effectif du codon ctg est réduit de 50% et celui du codon cta associé à son demi-doublet est réduit de 65% dans E.
      • tt: son codon ttg est un codon xyg majeur dans B (effectif dans B, 1.673). Son effectif est réduit de 37% et celui du codon tta associé à son demi-doublet est réduit de 62% dans E.
      • ag: il arbore le même comportement que le doublet tt. Son codon agg est un codon xyg majeur dans B (effectif dans B, 1.444). Son effectif est réduit de 25% et celui du codon aga associé à son demi-doublet est réduit de 27% dans E.
      • tc: L'exception n'apparaît qu'en comparant B avec E. Son codon tca paraît banal dans B et dans E parmi les autres codons xya. Mais son effectif est réduit de 61% dans E par rapport à B. L'effectif de son codon tcg associé au demi-doublet est lui réduit de 43%.
      − Les aas à 6 codons: Avec le processus de genèse des tRNAs dans E j'avais trouvé que la sensibilité à la bascule c/t était associée aux doublets à 1 acide aminé sauf pour le doublet gg. Dans B le processus de genèse différencie entre codons xyg majeurs (6) et mineurs (9). Et 4 codons xyg majeurs se trouvent associés aux aas à 6 codons, 2 pour la Leu (ttg ctg) et 2 pour l'Arg (cgg agg). La Ser avec 6 codons ne suit pas. Elle se distingue par le fait qu'elle n'a pas 2 codons xyg et son codon tca qui est réduit fortement.
      − Les comportements différents des demi-doublets a g et des demi-doublets t c:
      • Les demi-doublets t c réagissent fortement, par la bascule c/t, au processus de genèse des tRNAs des eucaryotes (7 cas) et peu à celui des bactéries (1 cas). Par contre le processus de B augmentent fortement les codons c relativement aux codons c de E et aux codons t qui ont basculés dans E, sauf tgc ccc gcc. Et le processus de E n'interfère pas sur celui de B, le rapport t/c pour le doublet cg reste pratiquement le même (respectivement 28 contre 22).
      • Par contre les demi-doublets a g réagissent aux 2 processus par des bascules a/g plus modérées que les bascules c/t, par des exceptions communes aux 2 domaines (tg où tga est faible, at où ata est quasiment inexistant dans B et ta avec les 2 codons stop) et par des réductions et des augmentations de forces variées des codons xyg et/ou xya. C'est ainsi que les exceptions apparaissent toujours avec les demi-doublets a g sauf pour le doublet cc où les 2 codons sujets de l'exception (égalité entre eux) changent de c/g dans B à t/a dans E, et le doublet gg qui doit son exception à son insensibilité aux 2 processus. A la différence de la bascule c/t qui ne change pas entre B et E, la bascule g/a du doublet cg est inversée entre B et E.
      • En résumé les 2 processus de genèses et de duplication des tRNAs dans E et B sont complètement différents.
      3.− Code du domaine A, les archées.
      3.a − Le processus de genèse et de duplication des tRNAs est très différent de ceux de E et B.
      liens: Introduction aux tRNAs, paragraphe archées [10] pour l'uniformité des archées.     Aperçu théorique du processus chez les archées dans les corrélations, chapitre "1.− Problématique".
      3.b − Le code de la genèse des tRNAs chez les archées est structuré en lignes,colonnes, demi-doublets et codons.
Demi-doublets[modifier | modifier le wikicode]
  • Tableaux du texte:
Demi-doublets par domaine
Domaine E. Demi-doublets
t c a g
t/c 29 16 14 12
g/a 1.4 1.4 7.1
t/c 43 48 40 28
g/a 1.5 2.2 1.2 4.5
t/c 25 14 24 36
g/a 4.5 1.8 2.3 1.4
t/c 19 7.3 28 25
g/a 2.9 1.6 1.9 1.3
Domaine B. Demi-doublets
t c a g
t/c
g/a 1.2 2.0 3.3
t/c 10 22
g/a 1.05 2.5 2.7 3.8
t/c 44
g/a 328 2.1 3.8 1.4
t/c
g/a 6.7 8.3 7.0 2.4
Domaine A. Demi-doublets
t c a g
t/c
g/a 1.17 1.21 10.2
t/c
g/a 1.16 1.22 1.19 1.33
t/c
g/a 295 1.17 1.19 1.13
t/c
g/a 1.09 1.61 1.44 1.22
  • Tableau non formaté
− Demi-doublets
III 100;Nombres de tRNAs. 155 eucaryotes;;;;;III 100;Nombres de tRNAs. 4032 bactéries;;;;;III 100;Nombres de tRNAs. 184 archées;;;
;t;c;a;g;;;t;c;a;g;;;t;c;a;g
t/c;29;16;14;12;;t/c;−;−;−;−;;t/c;−;−;−;−
g/a;1.40;1.39;−;7.10;;g/a;1.19;2.02;−;3.32;;g/a;1.17;1.21;−;10.22
t/c;43;48;40;28;;t/c;10.43;−;−;22;;t/c;−;−;−;−
g/a;1.49;2.23;1.2;4.48;;g/a;1.05;2.50;2.67;3.78;;g/a;1.16;1.22;1.19;1.33
t/c;25;14;24;36;;t/c;−;43.82;−;−;;t/c;−;−;−;−
g/a;4.54;1.79;2.30;1.37;;g/a;328;2.13;3.75;1.39;;g/a;295;1.17;1.19;1.13
t/c;19;7.31;28;25;;t/c;−;−;−;−;;t/c;−;−;−;−
g/a;2.87;1.61;1.89;1.27;;g/a;6.75;8.32;6.97;2.43;;g/a;1.09;1.61;1.44;1.22
Lignes et colonnes[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: Les moyennes des codons de la 3ème base appartenant aux doublets ayant la même 1ère base (ligne) ou ayant la même 2ème base (colonne) sont faites sur 4 codons ou sur 3 codons seulement quand on rencontre les codons stop (taa tag) ou le codon ata lorsqu'il est trop faible ( sauf celui des eucaryotes) ou le codon atg à effectif très élevé (sauf celui des eucaryotes). La moyenne des lignes et colonnes est faite sur 12 codons ou seulement 10 quand on rencontre les codons taa tag ata atg, les codons xyt sont exclus. Quand les codons xyt ont des effectifs élevés ils sont permutés avec les codons xyc ( 1 permutation chez les bactéries et 8 chez les eucaryotes).
    n pour nombre de codons, mcod pour moyenne des codons, Lig. pour ligne, Col. pour colonne et car. pour carré ou doublet.
    txt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt tct tat tgt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc tcc tac tgc" de la 3ème base c . . . etc. (Ligne Lig.)
    xtt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt ctt att gtt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc ctc atc gtc" de la 3ème base c . . . etc. (colonne Col.)
Lignes Colonnes pour 100000 tRNAs.
IIILC. Eucaryotes
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
tx t 4 119
c 4 1,836
a 3 617
g 3 1,111
col. n mcod
xt t 4 65
c 4 1,683
a 4 775
g 4 1,996
cx t 4 37
c 4 1,399
a 4 1,495
g 4 922
xc t 4 148
c 4 1,814
a 4 2,474
g 4 1,477
ax t 4 95
c 4 2,104
a 4 1,413
g 4 2,522
xa t 4 94
c 4 2,182
a 3 3,353
g 3 3,258
gx t 4 156
c 4 2,333
a 4 4,470
g 4 3,909
xg t 4 99
c 4 1,993
a 4 2,077
g 4 2,270
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 12 12
mcod 1,253 1,272 2,021 3,571
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 12 12 10 12
mcod 1,387 1,922 2,856 2,113
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 3.47 3.15 1.99 4.40
c 3.17 3.39 5.08 3.77
a 6.06 3.92 10.37 4.18
g 5.38 13.19 11.50 13.40
IILC. Bactéries
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
txt 4 2
c 4 2,251
a 3 1,585
g 3 1,532
Col. n mcod
xtt 4 41
c 4 2,467
a 3 2,587
g 3 1,464
cxt 4 75
c 4 1,965
a 4 1,848
g 4 1,372
xct 4 13
c 4 1,667
a 4 2,805
g 4 919
axt 4 2
c 4 2,814
a 3 2,760
g 3 1,205
xat 4 1
c 4 3,025
a 3 3,511
g 3 865
gxt 4 1
c 4 2,813
a 4 3,581
g 4 648
xgt 4 35
c 4 2,683
a 4 1,310
g 4 1,406
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 10 12
mcod 1,835 1,728 2,315 2,347
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 10 12 10 12
mcod 2,202 1,797 2,523 1,799
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 6.22 5.21 2.69 4.25
c 6.00 4.35 5.65 5.04
a 11.42 5.55 8.49 5.31
g 6.11 6.52 8.41 7.14
IILC. Archées
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
txt 4 0
c 4 2,560
a 3 1,500
g 3 1,905
Col. n mcod
xtt 4 6
c 4 2,442
a 3 2,146
g 3 1,882
cxt 4 9
c 4 2,168
a 4 2,148
g 4 1,761
xct 4 0
c 4 2,102
a 4 2,354
g 4 1,807
axt 4 0
c 4 2,296
a 3 2,218
g 3 1,909
xat 4 0
c 4 2,311
a 3 2,378
g 3 1,875
gxt 4 6
c 4 2,454
a 4 2,465
g 4 1,844
xgt 4 9
c 4 2,623
a 4 1,655
g 4 1,841
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 10 12
mcod 2,046 2,025 2,157 2,254
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 10 12 10 12
mcod 2,185 2,087 2,200 2,040
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 6.52 6.02 2.18 5.74
c 6.41 5.80 6.25 5.88
a 9.20 6.37 6.61 6.16
g 6.52 6.86 6.96 6.73
− Lignes et colonnes
III.LC;Nombres de tRNAs. 155 eucaryotes;;;;;;I.LC;Nombres de tRNAs. 4032 bactéries;;;;;;II.LC;Nombres de tRNAs. 184 archées;;;;
Moyenne 3ème base;;;;;;;Moyenne 3ème base;;;;;;;Moyenne 3ème base;;;;;
Lig.;n;mcod;Col.;n;mcod;;Lig.;n;mcod;Col.;n;mcod;;Lig.;n;mcod;Col.;n;mcod
txt;4;119;xtt;4;65;;txt;4;2;xtt;4;41;;txt;4;0;xtt;4;6
c;4;1,836;c;4;1,683;;c;4;2,251;c;4;2,467;;c;4;2,560;c;4;2,442
a;3;617;a;4;775;;a;3;1,585;a;3;2,587;;a;3;1,500;a;3;2,146
g;3;1,111;g;4;1,996;;g;3;1,532;g;3;1,464;;g;3;1,905;g;3;1,882
cxt;4;37;xct;4;148;;cxt;4;75;xct;4;13;;cxt;4;9;xct;4;0
c;4;1,399;c;4;1,814;;c;4;1,965;c;4;1,667;;c;4;2,168;c;4;2,102
a;4;1,495;a;4;2,474;;a;4;1,848;a;4;2,805;;a;4;2,148;a;4;2,354
g;4;922;g;4;1,477;;g;4;1,372;g;4;919;;g;4;1,761;g;4;1,807
axt;4;95;xat;4;94;;axt;4;12;xat;4;1;;axt;4;0;xat;4;0
c;4;2,104;c;4;2,182;;c;4;2,814;c;4;3,025;;c;4;2,296;c;4;2,311
a;4;1,413;a;3;3,353;;a;3;2,760;a;3;3,511;;a;3;2,218;a;3;2,378
g;4;2,522;g;3;3,258;;g;3;1,205;g;3;865;;g;3;1,909;g;3;1,875
gxt;4;156;xgt;4;99;;gxt;4;1;xgt;4;35;;gxt;4;6;xgt;4;9
c;4;2,333;c;4;1,993;;c;4;2,813;c;4;2,683;;c;4;2,454;c;4;2,623
a;4;4,470;a;4;2,077;;a;4;3,581;a;4;1,310;;a;4;2,465;a;4;1,655
g;4;3,909;g;4;2,270;;g;4;648;g;4;1,406;;g;4;1,844;g;4;1,841
Moyenne;;;;;;;moyenne;;;;;;;moyenne;;;;;
Lignes;;ttt;ctt;att;gtt;;Lignes;;ttt;ctt;att;gtt;;Lignes;;ttt;ctt;att;gtt
;n;10;12;12;12;;;n;10;12;10;12;;;n;10;12;10;12
;mcod;1,253;1,272;2,021;3,571;;;mcod;1,835;1,728;2,315;2,347;;;mcod;2,046;2,025;2,157;2,254
Moyenne;;;;;;;moyenne;;;;;;;moyenne;;;;;
Colon;;ttt;tct;tat;tgt;;Colon;;ttt;tct;tat;tgt;;Colon;;ttt;tct;tat;tgt
;n;12;12;10;12;;;n;10;12;10;12;;;n;10;12;10;12
;mcod;1,387;1,922;2,856;2,113;;;mcod;2,202;1,797;2,523;1,799;;;mcod;2,185;2,085;2,200;2,040
Totaux;;;;;;;Totaux;;;;;;;Totaux;;;;;
carrés;1000;t;c;a;g;;carrés;1000;t;c;a;g;;carrés;1000;t;c;a;g
;t;3.47;3.15;1.99;4.40;;;t;6.22;5.21;2.69;4.25;;;t;6.52;6.02;2.18;5.74
;c;3.17;3.39;5.08;3.77;;;c;6.00;4.35;5.65;5.04;;;c;6.41;5.80;6.25;5.88
;a;6.06;3.92;10.37;4.18;;;a;11.42;5.55;8.49;5.31;;;a;9.20;6.37;6.61;6.16
;g;5.38;13.19;11.50;13.40;;;g;6.11;6.52;8.41;7.14;;;g;6.52;6.86;6.96;6.73
Tableau des effectifs des gènes de tRNAs[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [11].
    1.   5   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ce sont les plus faibles.
    2.   113   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t: Changement de t en c chez les archées et de c en t chez les eucaryotes.
    3. 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g chez les procaryotes.
    4. 2622: Effectif faible de tRNAs supérieurs à   t   et à   c   .
    5. 160: Changement de codon   g   Chez les archées et les eucaryotes.
  • Tableaux:
    1. Nombre de tRNAs, tableaux I II II, décompte de la base gtRNAdb.
    2. Pour 100 000 tRNAs, tableaux I100 II100 III100, décomptes rapportés à 100 000 tRNAs pour comparaison.
    3. tRNAs pour 1 génome, tableaux I1 II1 III1, indice de la multiplicité = nombre de tRNAs / nombre des génomes du domaine.
  • Voir les tableaux non formatés à la suite.
I . Nombre de tRNAs. 4032 Bactéries
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
c 6105 c 4520 c 6420 c 4473
a 4749 a 5299 a a 1315
g 3999 g 2622 g g 4366
ctt 369 cct 10 cat 4 cgt 7478
c 3849 c 2742 c 4715 c 333
a 4940 a 5453 a 6388 a 887
g 5186 g 2183 g 2389 g 3355
att 5 act 103 aat 5 agt 1
c 9203 c 4513 c 8764 c 4422
a 55 a 5878 a 9105 a 4804
g 18026 g 2760 g 2427 g 3452
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
c 4430 c 4166 c 9,023 c 9,273
a 8859 a 10185 a 9679 a 5515
g 1313 g 1224 g 1388 g 2266
II . Nombre de tRNAs. 184 Archées
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 215 c 190 c 190 c 299
a 191 a 184 a - a 18
g 163 g 152 g g 184
ctt 1 cct 10 cat 4 cgt 2
c 214 c 171 c 185 c 187
a 185 a 184 a 196 a 185
g 160 g 151 g 165 g 139
att 0 act 0 aat 0 agt 0
c 212 c 189 c 214 c 187
a 2 a 198 a 197 a 186
g 589 g 169 g 166 g 165
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
c 212 c 184 c 218 c 243
a 186 a 256 a 230 a 189
g 170 g 159 g 160 g 155
III . Nombre de tRNAs. 155 Eucaryotes
ttt 66 tct 1 863 tat 155 tgt 233
c 1 933 c 113 c 2 216 c 2 755
a 890 a 1 041 a - a 279
g 1 249 g 749 g - g 1 982
ctt 1 576 cct 1 638 cat 47 cgt 1 587
c 37 c 34 c 1 879 c 57
a 872 a 1 641 a 2 289 a 2 337
g 1 296 g 735 g 1 849 g 522
att 2 428 act 2 201 aat 149 agt 53
c 99 c 154 c 3 524 c 1 895
a 851 a 1 494 a 2 640 a 1 762
g 3 862 g 833 g 6 064 g 1 285
gtt 2 101 gct 2 962 gat 100 ggt 132
c 109 c 405 c 2 799 c 3 279
a 1 088 a 7 639 a 7 079 a 5 538
g 3 123 g 4 737 g 3 754 g 7 052
I100 . Pour 100 000 tRNAs. 4032 bactéries.
ttt 4 tct 2 tat 2 tgt 1
c 2 554 c 1 891 c 2 686 c 1 872
a 1 987 a 2 217 a - a 550
g 1 673 g 1 097 g - g 1 827
ctt 154 cct 4 cat 2 cgt 3 129
c 1 610 c 1 147 c 1 973 c 139
a 2 067 a 2 282 a 2 673 a 371
g 2 170 g 913 g 1 000 g 1 404
att 2 act 43 aat 2 agt 0
c 3 851 c 1 888 c 3 667 c 1 850
a 23 a 2 459 a 3 810 a 2 010
g 7 542 g 1 155 g 1 015 g 1 444
gtt 4 gct 1 gat 0 ggt 0
c 1 854 c 1 743 c 3 775 c 3 880
a 3 707 a 4 262 a 4 050 a 2 308
g 549 g 512 g 581 g 948
II100 . Pour 100 000 tRNAs. 184 Archées
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 2 462 c 2 176 c 2 176 c 3 425
a 2 188 a 2 107 a - a 206
g 1 867 g 1 741 g - g 2 107
ctt 11 cct 0 cat 0 cgt 23
c 2 451 c 1 959 c 2 119 c 2 142
a 2 119 a 2 107 a 2 245 a 2 119
g 1 833 g 1 729 g 1 890 g 1 592
att 0 act 0 aat 0 agt 0
c 2 428 c 2 165 c 2 451 c 2 142
a 23 a 2 268 a 2 256 a 2 130
g 6 746 g 1 936 g 1 901 g 1 890
gtt 11 gct 0 gat 0 ggt 11
c 2 428 c 2 107 c 2 497 c 2 783
a 2 130 a 2 932 a 2 634 a 2 165
g 1 947 g 1 821 g 1 833 g 1 775
III100 . Pour 100 000 tRNAs. 155 Eucaryotes
ttt 55 tct 1 561 tat 130 tgt 195
c 1 619 c 95 c 1 856 c 2 308
a 746 a 872 a - a 234
g 1 046 g 627 g - g 1 660
ctt 1 320 cct 1 372 cat 39 cgt 1 329
c 31 c 28 c 1 574 c 48
a 730 a 1 375 a 1 917 a 1 958
g 1 086 g 616 g 1 549 g 437
att 2 034 act 1 844 aat 125 agt 44
c 83 c 129 c 2 952 c 1 587
a 713 a 1 251 a 2 211 a 1 476
g 3 235 g 698 g 5 080 g 1 076
gtt 1 760 gct 2 481 gat 84 ggt 111
c 91 c 339 c 2 345 c 2 747
a 911 a 6 399 a 5 930 a 4 639
g 2 616 g 3 968 g 3 145 g 5 907
I1 . tRNAs pour 1 génome. 4032 Bactéries
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 1,51 c 1,12 c 1,59 c 1,11
a 1,18 a 1,31 a - a 0,33
g 0,99 g 0,65 g - g 1,08
ctt 0,09 cct 0 cat 0 cgt 1,85
c 0,95 c 0,68 c 1,17 c 0,08
a 1,23 a 1,35 a 1,58 a 0,22
g 1,29 g 0,54 g 0,59 g 0,83
att 0 act 0,03 aat 0 agt 0
c 2,28 c 1,12 c 2,17 c 1,10
a 0,01 a 1,46 a 2,26 a 1,19
g 4,47 g 0,68 g 0,60 g 0,86
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
c 1,10 c 1,03 c 2,24 c 2,30
a 2,20 a 2,53 a 2,40 a 1,37
g 0,33 g 0,30 g 0,34 g 0,56
II1 . tRNAs pour 1 génome. 184 Archées
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 1,17 c 1,03 c 1,03 c 1,63
a 1,04 a 1,00 a - a 0,10
g 0,89 g 0,83 g - g 1,00
ctt 0,01 cct 0 cat 0 cgt 0,01
c 1,16 c 0,93 c 1,01 c 1,02
a 1,01 a 1,00 a 1,07 a 1,01
g 0,87 g 0,82 g 0,90 g 0,76
att 0 act 0 aat 0 agt 0
c 1,15 c 1,03 c 1,16 c 1,02
a 0,01 a 1,08 a 1,07 a 1,01
g 3,20 g 0,92 g 0,90 g 0,90
gtt 0,01 gct 0 gat 0 ggt 0,01
c 1,15 c 1,00 c 1,18 c 1,32
a 1,01 a 1,39 a 1,25 a 1,03
g 0,92 g 0,86 g 0,87 g 0,84
III1 . tRNAs pour 1 génome. 155 Eucaryotes
ttt 0,4 tct 12,0 tat 1,0 tgt 1,5
c 12,5 c 0,7 c 14,3 c 17,8
a 5,7 a 6,7 a - a 1,8
g 8,1 g 4,8 g - g 12,8
ctt 10,2 cct 10,6 cat 0,3 cgt 10,2
c 0,2 c 0,2 c 12,1 c 0,4
a 5,6 a 10,6 a 14,8 a 15,1
g 8,4 g 4,7 g 11,9 g 3,4
att 15,7 act 14,2 aat 1,0 agt 0,3
c 0,6 c 1,0 c 22,7 c 12,2
a 5,5 a 9,6 a 17,0 a 11,4
g 24,9 g 5,4 g 39,1 g 8,3
gtt 13,6 gct 19,1 gat 0,6 ggt 0,9
c 0,7 c 2,6 c 18,1 c 21,2
a 7,0 a 49,3 a 45,7 a 35,7
g 20,1 g 30,6 g 24,2 g 45,5
  • Tableaux non formatés
- Nombres de tRNAs
I;Nombres de tRNAs. 4032 bactéries ;;;;;;;;II;Nombres de tRNAs. 184 archées;;;;;;;;III;Nombres de tRNAs. 155 eucaryotes;;;;;;
ttt;10;tct;5;tat;4;tgt;3;;ttt;0;tct;0;tat;0;tgt;0;;ttt;66;tct;1 863;tat;155;tgt;233
c;6105;c;4520;c;6420;c;4473;;c;215;c;190;c;190;c;299;;c;1 933;c;113;c;2 216;c;2 755
a;4749;a;5299;a;−;a;1315;;a;191;a;184;a;-;a;18;;a;890;a;1 041;a;-;a;279
g;3999;g;2622;g;−;g;4366;;g;163;g;152;g;-;g;184;;g;1 249;g;749;g;-;g;1 982
ctt;369;cct;10;cat;4;cgt;7478;;ctt;1;cct;0;cat;0;cgt;2;;ctt;1 576;cct;1 638;cat;47;cgt;1 587
c;3849;c;2742;c;4715;c;333;;c;214;c;171;c;185;c;187;;c;37;c;34;c;1 879;c;57
a;4940;a;5453;a;6388;a;887;;a;185;a;184;a;196;a;185;;a;872;a;1 641;a;2 289;a;2 337
g;5186;g;2183;g;2389;g;3355;;g;160;g;151;g;165;g;139;;g;1 296;g;735;g;1 849;g;522
att;5;act;103;aat;5;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;2 428;act;2 201;aat;149;agt;53
c;9 203;c;4513;c;8 764;c;4422;;c;212;c;189;c;214;c;187;;c;99;c;154;c;3 524;c;1 895
a;55;a;5878;a;9 105;a;4804;;a;2;a;198;a;197;a;186;;a;851;a;1 494;a;2 640;a;1 762
g;18 026;g;2760;g;2427;g;3452;;g;589;g;169;g;166;g;165;;g;3 862;g;833;g;6 064;g;1 285
gtt;9;gct;2;gat;0;ggt;1;;gtt;1;gct;0;gat;0;ggt;1;;gtt;2 101;gct;2 962;gat;100;ggt;132
c;4430;c;4166;c;9 023;c;9 273;;c;212;c;184;c;218;c;243;;c;109;c;405;c;2 799;c;3 279
a;8 859;a;10 185;a;9 679;a;5515;;a;186;a;256;a;230;a;189;;a;1 088;a;7 639;a;7 079;a;5 538
g;1313;g;1224;g;1388;g;2266;;g;170;g;159;g;160;g;155;;g;3 123;g;4 737;g;3 754;g;7 052
- Pour 100 000 tRNAs
I 100;Nombres de tRNAs. 4032 bactéries ;;;;;;;;II 100;Nombres de tRNAs. 184 archées;;;;;;;;III 100;Nombres de tRNAs. 155 eucaryotes;;;;;;
ttt;4;tct;2;tat;2;tgt;1;;ttt;0;tct;0;tat;0;tgt;0;;ttt;55;tct;1 561;tat;130;tgt;195
c;2 554;c;1 891;c;2 686;c;1 872;;c;2 462;c;2 176;c;2 176;c;3 425;;c;1 619;c;95;c;1 856;c;2 308
a;1 987;a;2 217;a;-;a;550;;a;2 188;a;2 107;a;-;a;206;;a;746;a;872;a;-;a;234
g;1 673;g;1 097;g;-;g;1 827;;g;1 867;g;1 741;g;-;g;2 107;;g;1 046;g;627;g;-;g;1 660
ctt;154;cct;4;cat;2;cgt;3 129;;ctt;11;cct;0;cat;0;cgt;23;;ctt;1 320;cct;1 372;cat;39;cgt;1 329
c;1 610;c;1 147;c;1 973;c;139;;c;2 451;c;1 959;c;2 119;c;2 142;;c;31;c;28;c;1 574;c;48
a;2 067;a;2 282;a;2 673;a;371;;a;2 119;a;2 107;a;2 245;a;2 119;;a;730;a;1 375;a;1 917;a;1 958
g;2 170;g;913;g;1 000;g;1 404;;g;1 833;g;1 729;g;1 890;g;1 592;;g;1 086;g;616;g;1 549;g;437
att;2;act;43;aat;2;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;2 034;act;1 844;aat;125;agt;44
c;3 851;c;1 888;c;3 667;c;1 850;;c;2 428;c;2 165;c;2 451;c;2 142;;c;83;c;129;c;2 952;c;1 587
a;23;a;2 459;a;3 810;a;2 010;;a;23;a;2 268;a;2 256;a;2 130;;a;713;a;1 251;a;2 211;a;1 476
g;7 542;g;1 155;g;1 015;g;1 444;;g;6 746;g;1 936;g;1 901;g;1 890;;g;3 235;g;698;g;5 080;g;1 076
gtt;4;gct;1;gat;0;ggt;0;;gtt;11;gct;0;gat;0;ggt;11;;gtt;1 760;gct;2 481;gat;84;ggt;111
c;1 854;c;1 743;c;3 775;c;3 880;;c;2 428;c;2 107;c;2 497;c;2 783;;c;91;c;339;c;2 345;c;2 747
a;3 707;a;4 262;a;4 050;a;2 308;;a;2 130;a;2 932;a;2 634;a;2 165;;a;911;a;6 399;a;5 930;a;4 639
g;549;g;512;g;581;g;948;;g;1 947;g;1 821;g;1 833;g;1 775;;g;2 616;g;3 968;g;3 145;g;5 907
- tRNAs pour 1 génome
I 1;Nombres de tRNAs. 4032 bactéries ;;;;;;;;II 1;Nombres de tRNAs. 184 archées;;;;;;;;III 1;Nombres de tRNAs. 155 eucaryotes;;;;;;
ttt;0;tct;0;tat;0;tgt;0;;ttt;0;tct;0;tat;0;tgt;0;;ttt;0.4;tct;12.0;tat;1.0;tgt;1.5
c;1.51;c;1.12;c;1.59;c;1.11;;c;1.17;c;1.03;c;1.03;c;1.63;;c;12.5;c;0.7;c;14.3;c;17.8
a;1.18;a;1.31;a;-;a;0.33;;a;1.04;a;1.00;a;-;a;0.10;;a;5.7;a;6.7;a;-;a;1.8
g;0.99;g;0.65;g;-;g;1.08;;g;0.89;g;0.83;g;-;g;1.00;;g;8.1;g;4.8;g;-;g;12.8
ctt;0.09;cct;0;cat;0;cgt;1.85;;ctt;0.01;cct;0;cat;0;cgt;0.01;;ctt;10.2;cct;10.6;cat;0.3;cgt;10.2
c;0.95;c;0.68;c;1.17;c;0.08;;c;1.16;c;0.93;c;1.01;c;1.02;;c;0.2;c;0.2;c;12.1;c;0.4
a;1.23;a;1.35;a;1.58;a;0.22;;a;1.01;a;1.00;a;1.07;a;1.01;;a;5.6;a;10.6;a;14.8;a;15.1
g;1.29;g;0.54;g;0.59;g;0.83;;g;0.87;g;0.82;g;0.90;g;0.76;;g;8.4;g;4.7;g;11.9;g;3.4
att;0;act;0.03;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;15.7;act;14.2;aat;1.0;agt;0.3
c;2.28;c;1.12;c;2.17;c;1.10;;c;1.15;c;1.03;c;1.16;c;1.02;;c;0.6;c;1.0;c;22.7;c;12.2
a;0.01;a;1.46;a;2.26;a;1.19;;a;0.01;a;1.08;a;1.07;a;1.01;;a;5.5;a;9.6;a;17.0;a;11.4
g;4.47;g;0.68;g;0.60;g;0.86;;g;3.20;g;0.92;g;0.90;g;0.90;;g;24.9;g;5.4;g;39.1;g;8.3
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0.01;gct;0;gat;0;ggt;0.01;;gtt;13.6;gct;19.1;gat;0.6;ggt;0.9
c;1.10;c;1.03;c;2.24;c;2.30;;c;1.15;c;1.00;c;1.18;c;1.32;;c;0.7;c;2.6;c;18.1;c;21.2
a;2.20;a;2.53;a;2.40;a;1.37;;a;1.01;a;1.39;a;1.25;a;1.03;;a;7.0;a;49.3;a;45.7;a;35.7
g;0.33;g;0.30;g;0.34;g;0.56;;g;0.92;g;0.86;g;0.87;g;0.84;;g;20.1;g;30.6;g;24.2;g;45.5
Moyennes et variances pour 100 000 tRNAs des codons[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: % rapport de l'écart type et de la moyenne en pourcent. Moyenne et écart type sont faits sur les carrés, sauf certains carrés.
    1. génome: total du domaine pour calculer l'indice de multiplicité
    2. multiplicité: rapport total du codon par domaine divisé par le nombre d'espèces du domaine de la base de données.
  • Tableau non formaté à la suite.
Moyenne pour 100 000 des codons classés sur la 3ème base.
moyenne écart % carrés sauf génome multiplicité
Bactéries
t 2 1,4 74 13 ct ac cg - -
c 2 416 930 38 15 cg 5 775 1,43
a 2 482 1 173 47 14 ta at 5 933 1,47
g 1 163 492 42 14 ta at 2 781 0,69
Archées
t 4 7 193 16 - -
c 2 369 351 15 16 207 1,12
a 2 262 246 11 13 ta at tg 197 1,07
g 1 847 121 7 14 ta at 161 0,88
Eucaryotes
t 905 879 97 16 1 081 6,97
c 1 115 1 109 99 16 1 331 8,58
a 2 223 1 954 88 14 ta tg 2 654 17,12
g 2 183 1 736 80 15 ta 2 606 16,81
Eucaryotes
t1 98 53 54 8 117 0,75
t2 1 713 406 24 8 2 045 13,19
c1 106 101 95 8 126 0,81
c2 2 123 544 26 8 2 535 16,35
t1+c1 102 78 76 16 121 0.78
t2+c2 1,938 521 27 16 2,314 14.93
  • Tableau non formaté
- Moyennes sur 100 000 tRNAs
;moyenne;écart;%;carrés;sauf;;génome;multiplicité
Bactéries;;;;;;;;
t;2;1,4;74;13;ct ac cg;;-;-
c;2 416;930;38;15;cg;;5 775;1,43
a;2 482;1 173;47;14;ta at;;5 933;1,47
g;1 163;492;42;14;ta at;;2 781;0,69
Archées;;;;;;;;
t;4;7;193;16;;;-;-
c;2 369;351;15;16;;;207;1,12
a;2 262;246;11;13;ta at tg;;197;1,07
g;1 847;121;7;14;ta at;;161;0,88
Eucaryotes;;;;;;;;
t;905;879;97;16;;;1 081;6,97
c;1 115;1 109;99;16;;;1 331;8,58
a;2 223;1 954;88;14;ta tg;;2 654;17,12
g;2 183;1 736;80;15;ta;;2 606;16,81
Eucaryotes;;;;;;;;
t1;98;53;54;8;;;117;0,75
t2;1 713;406;24;8;;;2 045;13,19
c1;106;101;95;8;;;126;0,81
c2;2 123;544;26;8;;;2 535;16,35
Rapport E/B des codons[modifier | modifier le wikicode]
  • Légende: Valeur du codon se terminant par x de E / Valeur du codon se terminant par x de B
  1. 0.8: t de E / c de B
  2. Tableau rapport E/B pour 100 000: d'après les valeurs des tableaux III100 / I100
  3. Tableau rapport E/B par génome: d'après les valeurs des tableaux III1 / I1
  • Tableaux non formatés à la suite
Rapport E/B pour 100 000.
ttt tct 0.83 tat tgt
c 0,63 c c 0,69 c 1,23
a 0,38 a 0,39 a - a 0,42
g 0,63 g 0,57 g - g 0,91
ctt 0.82 cct 1.20 cat cgt 0,42
c c c 0,80 c 0,34
a 0,35 a 0,60 a 0,72 a 5,27
g 0,50 g 0,67 g 1,55 g 0,31
att 0.53 act 0.98 aat agt
c c c 0,81 c 0,86
a 31 a 0,51 a 0,58 a 0,73
g 0,43 g 0,60 g 5,00 g 0,75
gtt 0.95 gct 1.42 gat ggt
c c c 0,62 c 0,71
a 0,25 a 1,50 a 1,46 a 2,01
g 4,76 g 7,75 g 5,41 g 6,23
Rapport E/B par génome.
ttt tct 11 tat tgt
c 8 c 0.7 c 9 c 16
a 5 a 5 a a 6
g 8 g 7 g g 12
ctt 11 cct 16 cat cgt 6
c 0.3 c 0.3 c 10 c 4
a 5 a 8 a 9 a 69
g 7 g 9 g 20 g 4
att 5 act 13 aat agt
c 0.3 c 0.9 c 10 c 11
a 402 a 7 a 8 a 10
g 6 g 8 g 65 g 10
gtt 12 gct 18 gat ggt
c 0.6 c 2.5 c 8 c 9
a 3.2 a 20 a 19 a 26
g