Recherche:Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines/Annexe/Tableaux
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Paris le 8.12.16
Diagrammes codons-GC-DRNA[modifier | modifier le wikicode]
Compilation DRNA[modifier | modifier le wikicode]
codons DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien tableur: codons DRNA
- Résultats directs de la compilation des 111 bactéries. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1,3 cm.
Total codons DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Total codons DRNA
- Sommation des résultats directs du chapitre précédent. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1,3 cm.
acides aminés DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: acides aminés DRNA
- Résultats directs de la compilation. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1,3 cm.
Total acides aminés DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Total acides aminés DRNA
- Sommation des résultats directs du chapitre précédent. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1,3 cm.
Contenu en GC des génomes DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Contenu en GC des génomes DRNA
- Le contenu en GC (%GC) de 80 bactéries sont tirés des tableaux numériques de l'article "répétition des bases dans l'ADN des procaryotes". Pour la cyanobactérie synd voir dans cyanobactérie de la même annexe.
- synd
- aae, aba, ade, age, amd, amo, apt, bae, bla, bmf, bmv, bsu, cad, cbd, cbl, cff, cgq, chp, cje, cmi, cmn, crp, cta, dba, ddr, dpt, dvl, eal, eco, eno, fnc, gau, gva, kpn, ksk, lat, liv, ljf, lla, lpl, mcac, mts, opr, pac, pae, pgd, pgi, ple, ppoy, ret, rip, roa, rpr, rru, saci, salb, say, sbn, sbz, sep, sgr, sho, sma, smk, spi, spl, sty, sus, tai, tde, tma, tme, tos, tpas, tsu, uur, vin, xcb, ype, zin.
- J'ai soumis le programme repete.pl pour les 30 autres bactéries dont les résultats sont ci-dessous:
Contenu en GC des 111 génomes DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Contenu en GC des 111 génomes DRNA
- Regroupement des contenus en GC du chapitre précédent. A copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1,3 cm.
Tableau des diagrammes des codons DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau des diagrammes des codons DRNA
- Construction du tableau d'après le tableau des totaux des codons:
- récupération des contenus en GC (%GC) des résultats du chapitre précédent.
- Création de la colonne %AT (100-%GC)
- Somme de tous les codons (codons stops compris) d'une bactérie donnée, colonne aas. La colonne Trp isole les tga donnant du Trp, des tga donnant des stops.
- Moyenne des aas par bactérie: 6 550 aas par bactérie, avec un écart type de 304.
- Recalcul du codon: 6550*codon/aas.
- Le tableau est suivi de la moyenne des codons.
Maximum et 75% DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Le nombre de codons est calculé d'après les équations des courbes de tendance pour caractériser chaque codon par un maximum de la courbe et, s'il n'existe pas (équation du second degré sans solution), par la valeur à 75% GC ou AT.
constantes des courbes DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: constantes des courbes DRNA
- Ces constantes sont relevées à la main parce que le format de l'équation dans Libreoffice/calc est une image. Ces équations sont représentées dans les diagrammes.
abscisse du maximum DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: abscisse du maximum DRNA
- C'est la solution qui annule la dérivée de l'équation de degré 3. C'est une équation du second degré qui quelque fois n'a pas de solution. Mais quand il y en a 1 ou 2 solutions, une seule est valable et doit être supérieure à 50 et inférieur à 100 %GC ou %AT. J'ai éliminé les abscisses supérieures à 90% pour tenir compte des valeurs extrêmes trouvées chez les bactéries étudiées.
- La fonction dans calc est: "=(-2*P345-RACINE(((2*P345)^2)-12*O345*Q345))/(6*O345)" où P345 désigne la cellule de la 2ème constante, O345 la 1ère et Q345 la 3ème.
maximum DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: maximum DRNA
- Il est calculé avec l'équation du diagramme: "=P387*(O345*P387^2+P345*P387+Q345)" voir abscisse ci-dessus et P387 étant la cellule de l'abscisse (%AT ou %GC)
Caractérisation des codons par les courbes et les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]
Les queues. À partir du tableau original normé des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Les queues. À partir du tableau original normé des 111 bactéries
- Tableau partiel pour illustration. Les queues sont en orange. Voir le tableau original normé.
- Légende:
- queue: nombre de bactéries ayant des effectifs faibles de leur codon (en rouge)
- moyenne queue: total des effectifs faibles divisé par le nombre de la queue
- moyenne codon: total du codon divisé par 111.
- %queue: total effectifs faibles de la queue divisé par (moyenne codon x 111) en %.
aas | KEGG | %AT | %GC | tta | ttg* | ctt | cta | ctg | ctc | aaa | aag | ttt | ttc | tct | tca | agt | tcg | tcc | agc |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5710 | zin | 86,5 | 13,5 | 564 | 9 | 8 | 10 | 0 | 0 | 1241 | 22 | 452 | 9 | 146 | 99 | 57 | 1 | 2 | 3 |
5760 | crp | 83,4 | 16,6 | 532 | 55 | 38 | 40 | 2 | 1 | 935 | 44 | 575 | 24 | 164 | 131 | 84 | 14 | 3 | 13 |
5864 | hcr | 77,5 | 22,5 | 417 | 32 | 156 | 22 | 0 | 4 | 729 | 54 | 296 | 26 | 135 | 165 | 41 | 7 | 13 | 10 |
6157 | mcac | 76,3 | 23,7 | 502 | 40 | 38 | 51 | 0 | 0 | 579 | 43 | 261 | 16 | 101 | 151 | 114 | 1 | 0 | 12 |
6041 | ssdc | 75,8 | 24,2 | 503 | 40 | 65 | 16 | 1 | 3 | 539 | 66 | 279 | 13 | 182 | 113 | 54 | 13 | 12 | 12 |
6132 | sbw | 74,9 | 25,1 | 414 | 34 | 76 | 34 | 9 | 9 | 634 | 27 | 300 | 18 | 171 | 94 | 63 | 12 | 12 | 28 |
5709 | uur | 74,5 | 25,5 | 442 | 55 | 40 | 55 | 1 | 2 | 535 | 65 | 255 | 23 | 55 | 181 | 102 | 14 | 6 | 10 |
6361 | ple | 73,8 | 26,2 | 414 | 107 | 45 | 53 | 9 | 5 | 577 | 81 | 267 | 10 | 105 | 136 | 94 | 13 | 10 | 18 |
6600 | smf | 73,7 | 26,3 | 376 | 23 | 133 | 38 | 6 | 0 | 532 | 112 | 212 | 41 | 117 | 142 | 75 | 7 | 2 | 16 |
6345 | fnc | 72,9 | 27,1 | 364 | 74 | 121 | 51 | 3 | 3 | 514 | 119 | 189 | 43 | 129 | 137 | 58 | 5 | 4 | 15 |
6697 | bfl | 72,6 | 27,4 | 424 | 124 | 49 | 26 | 11 | 7 | 414 | 74 | 246 | 10 | 175 | 99 | 78 | 18 | 19 | 12 |
6334 | cbl | 71,7 | 28,3 | 337 | 38 | 114 | 65 | 3 | 2 | 462 | 118 | 198 | 54 | 127 | 103 | 87 | 3 | 17 | 17 |
6762 | rip | 71,5 | 28,5 | 247 | 112 | 81 | 65 | 33 | 32 | 504 | 127 | 236 | 90 | 220 | 109 | 51 | 36 | 49 | 15 |
6715 | rpr | 71,0 | 29,0 | 306 | 47 | 141 | 67 | 26 | 24 | 421 | 112 | 250 | 46 | 120 | 114 | 88 | 21 | 18 | 45 |
6569 | pub | 70,3 | 29,7 | 316 | 59 | 126 | 72 | 18 | 4 | 571 | 103 | 266 | 43 | 128 | 151 | 81 | 14 | 13 | 27 |
6265 | cad | 70,1 | 29,9 | 251 | 32 | 121 | 120 | 15 | 4 | 420 | 142 | 181 | 64 | 105 | 117 | 97 | 18 | 5 | 27 |
6706 | cje | 69,5 | 30,5 | 273 | 91 | 228 | 25 | 4 | 12 | 569 | 85 | 269 | 22 | 91 | 54 | 128 | 13 | 8 | 67 |
6431 | pmh | 68,9 | 31,1 | 275 | 99 | 159 | 78 | 15 | 25 | 417 | 110 | 190 | 46 | 160 | 137 | 89 | 20 | 24 | 34 |
__ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ |
6490 | din | 43,9 | 56,1 | 3 | 23 | 69 | 4 | 387 | 123 | 115 | 258 | 108 | 142 | 22 | 24 | 44 | 30 | 141 | 87 |
5844 | say | 43,2 | 56,8 | 112 | 228 | 44 | 18 | 154 | 108 | 139 | 90 | 122 | 75 | 17 | 9 | 39 | 112 | 54 | 50 |
6773 | bmf | 42,8 | 57,2 | 2 | 49 | 120 | 7 | 262 | 123 | 51 | 309 | 52 | 182 | 20 | 15 | 8 | 136 | 88 | 47 |
6638 | kpn | 42,5 | 57,5 | 7 | 20 | 38 | 4 | 486 | 74 | 241 | 138 | 61 | 153 | 58 | 4 | 9 | 46 | 112 | 76 |
6820 | aba | 41,6 | 58,4 | 6 | 85 | 48 | 11 | 173 | 272 | 88 | 334 | 27 | 210 | 15 | 14 | 12 | 109 | 67 | 85 |
6546 | dba | 41,4 | 58,6 | 5 | 63 | 92 | 6 | 322 | 135 | 90 | 301 | 73 | 189 | 20 | 18 | 10 | 59 | 139 | 91 |
6472 | synd | 40,9 | 59,1 | 0 | 69 | 55 | 3 | 386 | 180 | 74 | 230 | 17 | 154 | 11 | 21 | 38 | 60 | 117 | 120 |
6745 | pgd | 40,4 | 59,6 | 1 | 35 | 46 | 10 | 380 | 84 | 129 | 218 | 84 | 152 | 18 | 14 | 8 | 101 | 85 | 45 |
6549 | pac | 40,0 | 60,0 | 5 | 93 | 82 | 20 | 227 | 154 | 47 | 250 | 41 | 171 | 40 | 18 | 15 | 108 | 112 | 39 |
6780 | bla | 39,5 | 60,5 | 1 | 61 | 31 | 3 | 248 | 221 | 34 | 272 | 8 | 217 | 5 | 16 | 12 | 119 | 114 | 62 |
6795 | ret | 38,7 | 61,3 | 0 | 29 | 63 | 5 | 290 | 196 | 42 | 319 | 30 | 198 | 12 | 7 | 3 | 156 | 96 | 44 |
6566 | sus | 38,1 | 61,9 | 3 | 79 | 34 | 7 | 334 | 145 | 59 | 337 | 34 | 203 | 7 | 4 | 12 | 115 | 60 | 89 |
6672 | saci | 37,7 | 62,3 | 2 | 85 | 45 | 4 | 190 | 329 | 62 | 295 | 16 | 195 | 5 | 5 | 11 | 127 | 50 | 118 |
6805 | smk | 37,3 | 62,7 | 1 | 22 | 74 | 4 | 221 | 228 | 33 | 313 | 20 | 221 | 9 | 6 | 4 | 169 | 91 | 41 |
6720 | dvl | 37,0 | 63,0 | 1 | 14 | 64 | 3 | 256 | 294 | 20 | 329 | 8 | 221 | 12 | 10 | 6 | 129 | 90 | 65 |
6859 | ddr | 36,6 | 63,4 | 3 | 14 | 20 | 3 | 473 | 89 | 44 | 252 | 34 | 187 | 9 | 16 | 22 | 49 | 71 | 159 |
6582 | tai | 36,2 | 63,8 | 7 | 46 | 82 | 18 | 347 | 164 | 9 | 300 | 23 | 202 | 11 | 4 | 9 | 54 | 209 | 96 |
7021 | gau | 35,7 | 64,3 | 1 | 86 | 16 | 5 | 284 | 239 | 11 | 291 | 35 | 201 | 13 | 16 | 21 | 142 | 59 | 49 |
6764 | xcb | 35,0 | 65,0 | 1 | 51 | 7 | 1 | 511 | 72 | 17 | 284 | 16 | 194 | 6 | 0 | 11 | 122 | 69 | 98 |
6688 | rru | 34,6 | 65,4 | 3 | 66 | 64 | 3 | 381 | 84 | 29 | 292 | 21 | 209 | 2 | 1 | 3 | 132 | 65 | 76 |
6845 | dpt | 33,8 | 66,2 | 0 | 21 | 7 | 8 | 519 | 69 | 70 | 216 | 52 | 159 | 8 | 5 | 12 | 84 | 76 | 146 |
6664 | pae | 33,4 | 66,6 | 0 | 23 | 4 | 6 | 501 | 118 | 29 | 330 | 1 | 222 | 1 | 4 | 3 | 86 | 98 | 100 |
6576 | roa | 32,6 | 67,4 | 0 | 27 | 8 | 0 | 331 | 237 | 5 | 289 | 0 | 204 | 5 | 1 | 8 | 150 | 104 | 60 |
7207 | bmv | 31,9 | 68,1 | 1 | 35 | 19 | 3 | 293 | 257 | 19 | 316 | 15 | 205 | 1 | 4 | 3 | 193 | 22 | 46 |
6617 | tos | 31,4 | 68,6 | 10 | 32 | 69 | 26 | 286 | 331 | 18 | 323 | 49 | 189 | 1 | 1 | 0 | 22 | 126 | 70 |
7209 | vin | 31,1 | 68,9 | 0 | 4 | 12 | 5 | 197 | 395 | 5 | 343 | 5 | 231 | 9 | 2 | 1 | 134 | 104 | 63 |
6713 | age | 30,6 | 69,4 | 0 | 11 | 2 | 0 | 337 | 298 | 3 | 448 | 1 | 225 | 7 | 0 | 6 | 92 | 107 | 94 |
6646 | opr | 30,0 | 70,0 | 0 | 27 | 21 | 1 | 342 | 288 | 18 | 302 | 10 | 223 | 1 | 1 | 1 | 85 | 39 | 100 |
6487 | mts | 29,7 | 70,3 | 0 | 10 | 11 | 2 | 271 | 326 | 15 | 285 | 0 | 232 | 3 | 3 | 3 | 173 | 65 | 76 |
6581 | sma | 29,3 | 70,7 | 0 | 5 | 11 | 0 | 374 | 208 | 1 | 310 | 1 | 230 | 3 | 2 | 1 | 121 | 142 | 43 |
6465 | amd | 28,7 | 71,3 | 0 | 11 | 7 | 1 | 399 | 190 | 3 | 252 | 1 | 215 | 3 | 3 | 2 | 157 | 87 | 41 |
6559 | sho | 28,0 | 72,0 | 0 | 5 | 11 | 0 | 385 | 187 | 0 | 295 | 4 | 223 | 0 | 1 | 0 | 98 | 152 | 45 |
6561 | sgr | 27,8 | 72,2 | 0 | 2 | 7 | 0 | 368 | 210 | 1 | 301 | 2 | 227 | 2 | 1 | 2 | 114 | 146 | 34 |
6452 | cmi | 27,3 | 72,7 | 0 | 5 | 1 | 1 | 240 | 387 | 0 | 248 | 0 | 215 | 0 | 0 | 0 | 117 | 113 | 108 |
6571 | salb | 26,7 | 73,3 | 0 | 2 | 4 | 0 | 354 | 240 | 0 | 287 | 1 | 227 | 1 | 0 | 1 | 116 | 144 | 39 |
6532 | ksk | 25,8 | 74,2 | 0 | 6 | 3 | 0 | 401 | 201 | 0 | 260 | 1 | 217 | 1 | 0 | 0 | 134 | 137 | 44 |
6733 | ade | 25,1 | 74,9 | 0 | 2 | 3 | 0 | 296 | 305 | 4 | 362 | 0 | 220 | 0 | 0 | 0 | 129 | 85 | 54 |
moyenne queue | 1,7 | 3,7 | 3,6 | 3,0 | 3,8 | 3,1 | 1,1 | - | 2,1 | - | 2,8 | 1,5 | 1,9 | 5,6 | 4,8 | - | |||
moyenne codon | 120 | 81 | 97 | 30 | 180 | 104 | 247 | 202 | 123 | 125 | 69 | 50 | 38 | 58 | 66 | 55 | |||
codon | tta | ttg | ctt | cta | ctg | ctc | aaa | aag | ttt | ttc | tct | tca | agt | tcg | tcc | agc | |||
queue | 35 | 6 | 5 | 20 | 12 | 12 | 8 | 0 | 12 | 0 | 19 | 19 | 16 | 4 | 4 | 1 | |||
%queue | 0,4 | 0,2 | 0,2 | 1,8 | 0,2 | 0,3 | 0,0 | - | 0,2 | - | 0,7 | 0,5 | 0,7 | 0,3 | 0,3 | - |
- Les queues au complet à copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1,3 cm. Voir le tableur.
Les queues. Les courbes à partir des équations de tendance[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Les queues. Les courbes à partir des équations de tendance
- Tableau partiel pour illustration. Les queues sont en orange pour les valeurs définies au chapitre précédent. Les constantes des courbes sont là.
- Tableau non formaté:le tableau complet à copier dans un tableur avec une largeur de colonne de 1,3 cm.
x3 | 0,00219 | -0,00254 | -0,00329 | -0,00085 | -0,00462 | 0,00016 | 0,0020 | -0,00081 | 0,00057 | -0,00075 | -0,00091 | -0,0003 | -0,0005 | -0,0002 | -0,0013 | -0,0010 | |||
x2 | -0,10807 | 0,27112 | 0,37605 | 0,10907 | 0,5886 | 0,0552 | -0,05462 | 0,09348 | 0,01185 | 0,11012 | 0,13691 | 0,06661 | 0,07383 | 0,0518 | 0,15161 | 0,09531 | |||
x | 0,97089 | -5,14699 | -8,20089 | -2,69606 | -13,46935 | -1,18671 | 0,91141 | 1,73297 | -0,2492 | -0,95591 | -3,32039 | -1,92933 | -1,84844 | -0,92575 | -2,72647 | -1,05602 | |||
aas | KEGG | %AT | %GC | tta | ttg* | ctt | cta | ctg | ctc | aaa | aag | ttt | ttc | tct | tca | agt | tcg | tcc | agc |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5710 | zin | 86,5 | 13,5 | 692 | -60 | -24 | 33 | -86 | -6 | 989 | 39 | 435 | 5 | 148 | 163 | 88 | -4 | -12 | 1 |
5760 | crp | 83,4 | 16,6 | 601 | -17 | 23 | 41 | -83 | -4 | 881 | 51 | 393 | 11 | 147 | 152 | 87 | -2 | -9 | 4 |
5864 | hcr | 77,5 | 22,5 | 445 | 47 | 92 | 51 | -58 | 3 | 691 | 77 | 317 | 26 | 141 | 129 | 81 | 3 | 1 | 14 |
6157 | mcac | 76,3 | 23,7 | 419 | 57 | 102 | 52 | -50 | 5 | 659 | 83 | 304 | 29 | 140 | 125 | 80 | 4 | 3 | 16 |
6041 | ssdc | 75,8 | 24,2 | 406 | 62 | 106 | 52 | -46 | 6 | 643 | 85 | 297 | 31 | 139 | 123 | 79 | 5 | 4 | 17 |
6132 | sbw | 74,9 | 25,1 | 387 | 68 | 113 | 53 | -41 | 7 | 620 | 89 | 288 | 33 | 137 | 120 | 78 | 6 | 6 | 18 |
5709 | uur | 74,5 | 25,5 | 378 | 71 | 116 | 53 | -37 | 8 | 608 | 92 | 283 | 35 | 136 | 118 | 78 | 7 | 8 | 19 |
6361 | ple | 73,8 | 26,2 | 364 | 76 | 120 | 53 | -32 | 10 | 590 | 95 | 276 | 37 | 135 | 116 | 77 | 8 | 9 | 21 |
6600 | smf | 73,7 | 26,3 | 361 | 77 | 121 | 53 | -31 | 10 | 587 | 96 | 274 | 37 | 135 | 115 | 77 | 8 | 10 | 21 |
6345 | fnc | 72,9 | 27,1 | 344 | 82 | 126 | 54 | -25 | 12 | 566 | 100 | 265 | 40 | 133 | 113 | 75 | 9 | 12 | 23 |
6697 | bfl | 72,6 | 27,4 | 339 | 83 | 128 | 54 | -22 | 12 | 559 | 101 | 263 | 41 | 132 | 112 | 75 | 9 | 12 | 23 |
6334 | cbl | 71,7 | 28,3 | 321 | 89 | 133 | 54 | -14 | 14 | 536 | 106 | 253 | 44 | 130 | 108 | 74 | 11 | 15 | 25 |
6762 | rip | 71,5 | 28,5 | 318 | 89 | 133 | 54 | -13 | 15 | 532 | 106 | 251 | 45 | 130 | 108 | 74 | 11 | 15 | 25 |
6715 | rpr | 71,0 | 29,0 | 308 | 92 | 136 | 54 | -8 | 16 | 520 | 109 | 246 | 47 | 129 | 106 | 73 | 12 | 17 | 26 |
6569 | pub | 70,3 | 29,7 | 295 | 96 | 139 | 54 | -2 | 18 | 503 | 113 | 239 | 49 | 127 | 103 | 72 | 13 | 19 | 28 |
6265 | cad | 70,1 | 29,9 | 291 | 97 | 140 | 54 | 0 | 18 | 497 | 114 | 237 | 50 | 126 | 102 | 71 | 13 | 19 | 28 |
6706 | cje | 69,5 | 30,5 | 280 | 99 | 142 | 54 | 6 | 20 | 483 | 117 | 231 | 52 | 125 | 100 | 70 | 14 | 21 | 30 |
6431 | pmh | 68,9 | 31,1 | 269 | 102 | 144 | 54 | 12 | 21 | 470 | 120 | 225 | 54 | 123 | 98 | 69 | 15 | 23 | 31 |
__ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ |
6490 | din | 43,9 | 56,1 | 20 | 82 | 86 | 20 | 281 | 135 | 107 | 248 | 60 | 161 | 41 | 22 | 21 | 76 | 95 | 73 |
5844 | say | 43,2 | 56,8 | 17 | 79 | 82 | 19 | 287 | 140 | 102 | 251 | 57 | 163 | 39 | 20 | 20 | 78 | 96 | 73 |
6773 | bmf | 42,8 | 57,2 | 15 | 77 | 80 | 18 | 290 | 142 | 99 | 253 | 56 | 165 | 37 | 19 | 19 | 79 | 97 | 74 |
6638 | kpn | 42,5 | 57,5 | 14 | 76 | 78 | 17 | 293 | 145 | 97 | 255 | 55 | 166 | 36 | 18 | 19 | 80 | 97 | 74 |
6820 | aba | 41,6 | 58,4 | 11 | 72 | 73 | 15 | 300 | 151 | 90 | 259 | 51 | 170 | 33 | 16 | 17 | 83 | 99 | 74 |
6546 | dba | 41,4 | 58,6 | 10 | 71 | 71 | 15 | 303 | 153 | 89 | 260 | 50 | 171 | 32 | 16 | 17 | 84 | 99 | 74 |
6472 | synd | 40,9 | 59,1 | 9 | 69 | 69 | 14 | 306 | 156 | 86 | 262 | 49 | 173 | 31 | 15 | 16 | 85 | 100 | 74 |
6745 | pgd | 40,4 | 59,6 | 7 | 67 | 65 | 13 | 310 | 159 | 82 | 264 | 47 | 176 | 29 | 14 | 15 | 87 | 101 | 74 |
6549 | pac | 40,0 | 60,0 | 6 | 65 | 63 | 12 | 313 | 162 | 80 | 266 | 45 | 177 | 28 | 13 | 14 | 88 | 101 | 75 |
6780 | bla | 39,5 | 60,5 | 5 | 63 | 60 | 11 | 316 | 166 | 77 | 268 | 44 | 179 | 26 | 12 | 13 | 89 | 102 | 75 |
6795 | ret | 38,7 | 61,3 | 3 | 60 | 55 | 10 | 322 | 171 | 72 | 271 | 41 | 182 | 24 | 10 | 12 | 92 | 103 | 75 |
6566 | sus | 38,1 | 61,9 | 1 | 57 | 51 | 9 | 326 | 176 | 68 | 273 | 39 | 185 | 22 | 9 | 11 | 94 | 104 | 75 |
6672 | saci | 37,7 | 62,3 | 0 | 55 | 49 | 8 | 328 | 179 | 66 | 275 | 38 | 186 | 21 | 8 | 10 | 95 | 104 | 74 |
6805 | smk | 37,3 | 62,7 | 0 | 54 | 47 | 7 | 330 | 182 | 64 | 276 | 37 | 188 | 20 | 7 | 9 | 96 | 105 | 74 |
6720 | dvl | 37,0 | 63,0 | -1 | 52 | 45 | 6 | 332 | 184 | 62 | 278 | 36 | 189 | 18 | 7 | 9 | 97 | 105 | 74 |
6859 | ddr | 36,6 | 63,4 | -2 | 50 | 42 | 6 | 334 | 187 | 60 | 279 | 35 | 191 | 17 | 6 | 8 | 99 | 105 | 74 |
6582 | tai | 36,2 | 63,8 | -3 | 49 | 40 | 5 | 337 | 190 | 58 | 281 | 34 | 192 | 16 | 5 | 8 | 100 | 106 | 74 |
7021 | gau | 35,7 | 64,3 | -3 | 46 | 37 | 4 | 339 | 194 | 56 | 282 | 32 | 194 | 15 | 4 | 7 | 101 | 106 | 74 |
6764 | xcb | 35,0 | 65,0 | -4 | 43 | 33 | 3 | 342 | 200 | 53 | 285 | 30 | 197 | 13 | 3 | 6 | 104 | 106 | 73 |
6688 | rru | 34,6 | 65,4 | -5 | 41 | 30 | 2 | 344 | 204 | 50 | 287 | 29 | 199 | 11 | 2 | 5 | 105 | 107 | 73 |
6845 | dpt | 33,8 | 66,2 | -6 | 38 | 26 | 1 | 347 | 209 | 47 | 289 | 27 | 202 | 9 | 1 | 4 | 108 | 107 | 72 |
6664 | pae | 33,4 | 66,6 | -6 | 36 | 23 | 0 | 349 | 213 | 46 | 291 | 26 | 203 | 8 | 0 | 3 | 109 | 107 | 72 |
6576 | roa | 32,6 | 67,4 | -7 | 32 | 18 | -1 | 351 | 220 | 42 | 293 | 24 | 206 | 6 | -1 | 2 | 112 | 107 | 71 |
7207 | bmv | 31,9 | 68,1 | -8 | 29 | 14 | -3 | 353 | 226 | 40 | 296 | 23 | 209 | 4 | -2 | 1 | 114 | 107 | 70 |
6617 | tos | 31,4 | 68,6 | -8 | 27 | 12 | -3 | 354 | 230 | 38 | 297 | 22 | 210 | 3 | -3 | 0 | 116 | 107 | 69 |
7209 | vin | 31,1 | 68,9 | -8 | 26 | 9 | -4 | 355 | 233 | 37 | 298 | 21 | 212 | 2 | -3 | 0 | 117 | 107 | 69 |
6713 | age | 30,6 | 69,4 | -9 | 23 | 7 | -5 | 356 | 237 | 35 | 300 | 20 | 214 | 0 | -4 | -1 | 119 | 106 | 68 |
6646 | opr | 30,0 | 70,0 | -9 | 21 | 3 | -6 | 357 | 243 | 33 | 302 | 19 | 216 | -1 | -5 | -2 | 121 | 106 | 67 |
6487 | mts | 29,7 | 70,3 | -9 | 20 | 2 | -6 | 357 | 245 | 32 | 302 | 18 | 216 | -2 | -5 | -2 | 121 | 106 | 67 |
6581 | sma | 29,3 | 70,7 | -9 | 18 | 0 | -7 | 357 | 249 | 31 | 304 | 17 | 218 | -3 | -6 | -3 | 123 | 106 | 66 |
6465 | amd | 28,7 | 71,3 | -9 | 16 | -3 | -8 | 357 | 254 | 29 | 305 | 16 | 220 | -4 | -7 | -3 | 125 | 105 | 65 |
6559 | sho | 28,0 | 72,0 | -9 | 13 | -7 | -9 | 357 | 261 | 27 | 307 | 15 | 222 | -6 | -8 | -4 | 127 | 104 | 63 |
6561 | sgr | 27,8 | 72,2 | -9 | 12 | -8 | -9 | 357 | 263 | 27 | 308 | 14 | 223 | -6 | -8 | -4 | 128 | 104 | 63 |
6452 | cmi | 27,3 | 72,7 | -9 | 10 | -10 | -10 | 356 | 267 | 26 | 309 | 14 | 224 | -7 | -8 | -5 | 130 | 104 | 62 |
6571 | salb | 26,7 | 73,3 | -9 | 7 | -14 | -10 | 355 | 273 | 24 | 310 | 13 | 226 | -8 | -9 | -6 | 132 | 103 | 60 |
6532 | ksk | 25,8 | 74,2 | -9 | 4 | -18 | -12 | 354 | 281 | 22 | 312 | 11 | 229 | -10 | -10 | -7 | 135 | 101 | 58 |
6733 | ade | 25,1 | 74,9 | -9 | 1 | -21 | -12 | 352 | 288 | 21 | 314 | 10 | 231 | -11 | -11 | -7 | 137 | 100 | 56 |
Les écarts. Moyenne des écarts, en %, par rapport à la courbe théorique. Les queues. Les moyennes des codons.[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Les écarts. Moyenne des écarts, en %, par rapport à la courbe théorique. Les queues. Les moyennes des codons.
- Tableau partiel pour illustration. Pour repérer les queues, dans le tableau des calculs des écarts, il suffit de copier le format seul du tableau des courbes théoriques après avoir coloré le fond des cellules de queue. Les moyennes des codons sont celles calculées dans le tableau des diagrammes.
- Totalité du tableau à copier dans un tableur. Largeur de colonne 1,3 cm.
aas | KEGG | %AT | %GC | tta | ttg | ctt | cta | ctg | ctc | aaa | aag | ttt | ttc | tct | tca | agt | tcg | tcc | agc |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5710 | zin | 86,5 | 13,5 | 18 | 115 | 133 | 69 | 100 | 100 | 25 | 44 | 4 | 71 | 2 | 40 | 35 | 132 | 119 | 322 |
5760 | crp | 83,4 | 16,6 | 11 | 414 | 66 | 2 | 103 | 130 | 6 | 12 | 46 | 118 | 11 | 14 | 3 | 774 | 136 | 188 |
5864 | hcr | 77,5 | 22,5 | 6 | 32 | 70 | 56 | 100 | 44 | 6 | 31 | 7 | 0 | 4 | 28 | 49 | 112 | 1920 | 27 |
6157 | mcac | 76,3 | 23,7 | 20 | 29 | 62 | 1 | 100 | 100 | 12 | 48 | 14 | 45 | 28 | 21 | 42 | 76 | 100 | 26 |
6041 | ssdc | 75,8 | 24,2 | 24 | 35 | 39 | 69 | 102 | 45 | 16 | 23 | 6 | 58 | 31 | 8 | 32 | 152 | 166 | 29 |
6132 | sbw | 74,9 | 25,1 | 7 | 50 | 33 | 35 | 121 | 14 | 2 | 70 | 4 | 46 | 25 | 22 | 20 | 89 | 82 | 50 |
5709 | uur | 74,5 | 25,5 | 17 | 23 | 65 | 4 | 103 | 72 | 12 | 29 | 10 | 34 | 60 | 53 | 31 | 103 | 24 | 46 |
6361 | ple | 73,8 | 26,2 | 14 | 42 | 62 | 2 | 129 | 47 | 2 | 14 | 3 | 72 | 22 | 17 | 22 | 74 | 12 | 15 |
6600 | smf | 73,7 | 26,3 | 4 | 70 | 10 | 29 | 119 | 100 | 9 | 17 | 22 | 9 | 13 | 23 | 2 | 12 | 79 | 24 |
6345 | fnc | 72,9 | 27,1 | 6 | 9 | 4 | 6 | 113 | 73 | 9 | 19 | 29 | 8 | 3 | 22 | 23 | 43 | 65 | 31 |
6697 | bfl | 72,6 | 27,4 | 25 | 49 | 62 | 51 | 148 | 44 | 26 | 26 | 6 | 76 | 32 | 11 | 4 | 87 | 51 | 49 |
6334 | cbl | 71,7 | 28,3 | 5 | 57 | 14 | 20 | 122 | 86 | 14 | 12 | 22 | 22 | 2 | 4 | 18 | 71 | 12 | 34 |
6762 | rip | 71,5 | 28,5 | 22 | 26 | 39 | 20 | 355 | 118 | 5 | 19 | 6 | 101 | 69 | 2 | 30 | 224 | 223 | 39 |
6715 | rpr | 71,0 | 29,0 | 1 | 49 | 4 | 24 | 417 | 53 | 19 | 3 | 1 | 2 | 7 | 8 | 21 | 81 | 5 | 70 |
6569 | pub | 70,3 | 29,7 | 7 | 38 | 10 | 32 | 971 | 77 | 14 | 9 | 11 | 13 | 0 | 46 | 13 | 8 | 31 | 3 |
6265 | cad | 70,1 | 29,9 | 14 | 66 | 13 | 122 | 5112 | 77 | 16 | 25 | 24 | 28 | 17 | 14 | 36 | 33 | 73 | 4 |
6706 | cje | 69,5 | 30,5 | 2 | 9 | 60 | 53 | 36 | 41 | 18 | 27 | 16 | 57 | 27 | 46 | 82 | 12 | 63 | 128 |
6431 | pmh | 68,9 | 31,1 | 2 | 3 | 10 | 45 | 29 | 19 | 11 | 8 | 15 | 16 | 30 | 40 | 28 | 32 | 7 | 9 |
__ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ | __ |
6490 | din | 43,9 | 56,1 | 85 | 72 | 20 | 80 | 38 | 9 | 7 | 4 | 80 | 11 | 46 | 12 | 108 | 60 | 49 | 19 |
5844 | say | 43,2 | 56,8 | 561 | 188 | 47 | 4 | 46 | 23 | 36 | 64 | 113 | 54 | 57 | 55 | 95 | 44 | 44 | 31 |
6773 | bmf | 42,8 | 57,2 | 87 | 36 | 50 | 62 | 10 | 14 | 48 | 22 | 7 | 10 | 46 | 24 | 60 | 73 | 9 | 36 |
6638 | kpn | 42,5 | 57,5 | 52 | 74 | 51 | 77 | 66 | 49 | 149 | 46 | 12 | 8 | 60 | 79 | 53 | 42 | 16 | 3 |
6820 | aba | 41,6 | 58,4 | 48 | 18 | 34 | 32 | 42 | 80 | 2 | 29 | 48 | 24 | 54 | 12 | 32 | 31 | 32 | 15 |
6546 | dba | 41,4 | 58,6 | 51 | 11 | 29 | 60 | 7 | 11 | 2 | 16 | 45 | 10 | 38 | 14 | 40 | 29 | 40 | 23 |
6472 | synd | 40,9 | 59,1 | 100 | 1 | 20 | 78 | 26 | 16 | 14 | 12 | 65 | 11 | 64 | 44 | 144 | 30 | 17 | 62 |
6745 | pgd | 40,4 | 59,6 | 86 | 48 | 30 | 25 | 22 | 48 | 57 | 18 | 79 | 13 | 37 | 0 | 47 | 17 | 15 | 40 |
6549 | pac | 40,0 | 60,0 | 17 | 42 | 30 | 63 | 27 | 5 | 41 | 6 | 10 | 3 | 43 | 41 | 6 | 23 | 10 | 48 |
6780 | bla | 39,5 | 60,5 | 80 | 4 | 49 | 74 | 22 | 34 | 56 | 2 | 82 | 21 | 82 | 40 | 12 | 33 | 12 | 17 |
6795 | ret | 38,7 | 61,3 | 100 | 52 | 13 | 51 | 10 | 14 | 41 | 18 | 28 | 8 | 52 | 33 | 76 | 70 | 6 | 41 |
6566 | sus | 38,1 | 61,9 | 143 | 38 | 34 | 19 | 3 | 18 | 14 | 23 | 14 | 10 | 68 | 55 | 11 | 22 | 42 | 19 |
6672 | saci | 37,7 | 62,3 | 364 | 54 | 8 | 50 | 42 | 84 | 7 | 8 | 59 | 5 | 76 | 39 | 7 | 33 | 52 | 58 |
6805 | smk | 37,3 | 62,7 | 327 | 59 | 58 | 46 | 33 | 25 | 49 | 13 | 45 | 18 | 56 | 21 | 59 | 76 | 13 | 44 |
6720 | dvl | 37,0 | 63,0 | 187 | 74 | 44 | 55 | 23 | 60 | 67 | 19 | 78 | 17 | 37 | 47 | 34 | 32 | 15 | 12 |
6859 | ddr | 36,6 | 63,4 | 256 | 72 | 53 | 50 | 41 | 53 | 27 | 10 | 1 | 2 | 50 | 176 | 167 | 51 | 33 | 114 |
6582 | tai | 36,2 | 63,8 | 371 | 6 | 105 | 257 | 3 | 14 | 85 | 7 | 32 | 5 | 32 | 22 | 19 | 46 | 98 | 29 |
7021 | gau | 35,7 | 64,3 | 128 | 85 | 57 | 13 | 16 | 23 | 80 | 3 | 10 | 3 | 11 | 275 | 203 | 40 | 45 | 34 |
6764 | xcb | 35,0 | 65,0 | 122 | 19 | 79 | 66 | 49 | 64 | 67 | 0 | 46 | 2 | 54 | 100 | 88 | 18 | 35 | 34 |
6688 | rru | 34,6 | 65,4 | 157 | 60 | 113 | 47 | 11 | 59 | 42 | 2 | 29 | 5 | 82 | 54 | 40 | 26 | 39 | 5 |
6845 | dpt | 33,8 | 66,2 | 100 | 44 | 74 | 959 | 49 | 67 | 48 | 25 | 90 | 21 | 16 | 426 | 229 | 22 | 29 | 103 |
6664 | pae | 33,4 | 66,6 | 100 | 37 | 83 | 18171 | 44 | 45 | 38 | 14 | 96 | 9 | 88 | 1451 | 7 | 22 | 8 | 40 |
6576 | roa | 32,6 | 67,4 | 100 | 17 | 57 | 100 | 6 | 8 | 88 | 2 | 100 | 1 | 14 | 193 | 307 | 35 | 3 | 16 |
7207 | bmv | 31,9 | 68,1 | 111 | 19 | 37 | 201 | 17 | 14 | 52 | 7 | 35 | 2 | 76 | 260 | 226 | 69 | 80 | 34 |
6617 | tos | 31,4 | 68,6 | 220 | 16 | 494 | 867 | 19 | 44 | 53 | 9 | 124 | 10 | 63 | 134 | 100 | 81 | 18 | 1 |
7209 | vin | 31,1 | 68,9 | 100 | 86 | 25 | 214 | 44 | 70 | 88 | 15 | 78 | 9 | 440 | 153 | 437 | 15 | 3 | 9 |
6713 | age | 30,6 | 69,4 | 100 | 54 | 71 | 100 | 5 | 25 | 92 | 49 | 95 | 6 | 1619 | 100 | 708 | 23 | 1 | 37 |
6646 | opr | 30,0 | 70,0 | 100 | 27 | 499 | 117 | 4 | 19 | 47 | 0 | 47 | 3 | 196 | 120 | 157 | 30 | 63 | 48 |
6487 | mts | 29,7 | 70,3 | 100 | 49 | 437 | 133 | 24 | 33 | 53 | 6 | 100 | 7 | 285 | 157 | 247 | 42 | 39 | 13 |
6581 | sma | 29,3 | 70,7 | 100 | 72 | 3805 | 100 | 5 | 16 | 97 | 2 | 94 | 6 | 211 | 134 | 138 | 1 | 35 | 35 |
6465 | amd | 28,7 | 71,3 | 100 | 28 | 311 | 113 | 12 | 25 | 90 | 17 | 94 | 2 | 176 | 146 | 161 | 26 | 17 | 38 |
6559 | sho | 28,0 | 72,0 | 100 | 60 | 252 | 100 | 8 | 28 | 100 | 4 | 73 | 0 | 100 | 113 | 100 | 23 | 45 | 29 |
6561 | sgr | 27,8 | 72,2 | 100 | 83 | 185 | 100 | 3 | 20 | 96 | 2 | 86 | 2 | 133 | 113 | 145 | 11 | 40 | 46 |
6452 | cmi | 27,3 | 72,7 | 100 | 49 | 110 | 111 | 33 | 45 | 100 | 20 | 100 | 4 | 100 | 100 | 100 | 10 | 9 | 73 |
6571 | salb | 26,7 | 73,3 | 100 | 73 | 129 | 100 | 0 | 12 | 100 | 7 | 92 | 0 | 112 | 100 | 118 | 12 | 40 | 36 |
6532 | ksk | 25,8 | 74,2 | 100 | 48 | 117 | 100 | 13 | 29 | 100 | 17 | 91 | 5 | 110 | 100 | 100 | 0 | 36 | 24 |
6733 | ade | 25,1 | 74,9 | 100 | 36 | 114 | 100 | 16 | 6 | 81 | 15 | 100 | 5 | 100 | 100 | 100 | 6 | 15 | 3 |
Total sans queue | 3601 | 4547 | 4752 | 4168 | 3618 | 4358 | 3137 | 2959 | 2870 | 2430 | 3384 | 3477 | 4121 | 4601 | 3941 | 4159 | |||
bactéries sans queue | 76 | 106 | 101 | 91 | 95 | 99 | 103 | 111 | 99 | 111 | 92 | 92 | 95 | 107 | 107 | 111 | |||
écart (moyenne) | 47 | 43 | 47 | 46 | 38 | 44 | 30 | 27 | 29 | 22 | 37 | 38 | 43 | 43 | 37 | 37 | |||
queue | 35 | 5 | 10 | 20 | 16 | 12 | 8 | 0 | 12 | 0 | 19 | 19 | 16 | 4 | 4 | 0 | |||
Moyenne du codon | 120 | 81 | 97 | 30 | 180 | 104 | 247 | 202 | 123 | 125 | 69 | 50 | 38 | 58 | 66 | 55 | |||
codon | tta | ttg | ctt | cta | ctg | ctc | aaa | aag | ttt | ttc | tct | tca | agt | tcg | tcc | agc |
Les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Les coefficients de corrélation
- Les valeurs présentées ici sont les coefficients de corrélation X 100. La corrélation entre 2 codons est celle de 2 colonnes du tableau des diagrammes normalisé. Pour obtenir les valeurs absolues il suffit de copier ce tableau (largeur de colonne 1,3 cm) et de remplacer le moins (-) par rien. Pour extraire le maximum d'une colonne il suffit de remplacer 100 par rien (format sans décimales et option de recherche 'cellule entière').
- Légende:
- moyenne : moyenne des corrélations en valeurs absolues d'un codon.
- >74 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un codon supérieures à 0.74.
- >79 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un codon supérieures à 0.79.
- max : corrélation maximum parmi les valeurs absolues des corrélations d'un codon.
- Les valeurs de la légende sont utilisées dans le tableau synthétique des aas et des codons
Tableau synthétique des diagrammes[modifier | modifier le wikicode]
Tableau des abscisses et maxima des courbes de tendance.[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau des abscisses et maxima des courbes de tendance.
- - (*): ttg et agg, sont reportés en %AT et tga en %GC.
- - (75) abscisse sans maximum, valeur de max à 75.
- - (75) abscisse supérieure à 75 pour le maximum, valeur de max à 75.
abscis | max | abscis | max | abscis | max | abscis | max | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ttt | 75 | 288 | tct | 75 | 137 | tat | 75 | 261 | tgt | 75 | 51 | |||||
ttc | 75 | 231 | tcc | 67 | 107 | tac | 75 | 172 | tgc | 64 | 48 | |||||
tta | 75 | 389 | tca | 75 | 120 | taa | 75 | 5 | tga* | 75 | 3 | |||||
ttg* | 60 | 119 | tcg | 75 | 138 | tag | 75 | 1 | tgg | 75 | 89 | |||||
ctt | 63 | 153 | cct | 68 | 104 | cat | 73 | 91 | cgt | 56 | 134 | |||||
ctc | 75 | 289 | ccc | 75 | 140 | cac | 75 | 131 | cgc | 75 | 359 | |||||
cta | 71 | 54 | cca | 74 | 106 | caa | 75 | 174 | cga | 61 | 28 | |||||
ctg | 71 | 357 | ccg | 75 | 213 | cag | 68 | 213 | cgg | 75 | 131 | |||||
att | 75 | 369 | act | 75 | 137 | aat | 75 | 399 | agt | 75 | 78 | |||||
atc | 73 | 296 | acc | 75 | 238 | aac | 66 | 171 | agc | 61 | 75 | |||||
ata | 75 | 259 | aca | 75 | 129 | aaa | 75 | 622 | aga | 75 | 150 | |||||
atg | 51 | 168 | acg | 69 | 110 | aag | 75 | 314 | agg* | 59 | 36 | |||||
gtt | 68 | 211 | gct | 66 | 170 | gat | 70 | 329 | ggt | 63 | 183 | |||||
gtc | 75 | 328 | gcc | 75 | 405 | gac | 75 | 447 | ggc | 75 | 419 | |||||
gta | 70 | 143 | gca | 67 | 141 | gaa | 67 | 420 | gga | 75 | 157 | |||||
gtg | 70 | 236 | gcg | 75 | 287 | gag | 75 | 513 | ggg | 64 | 70 | |||||
Caractérisation par les diagrammes et les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Caractérisation par les diagrammes et les coefficients de corrélation
- Voir l'article pour une définition des paramètres plus élaborée.
- Le paramètre R2 est le coefficient de détermination des courbes de tendance. Pour comparaison avec le paramètre écart.
- Le paramètre queue a été déterminé à partir des courbes calculées à partir des coefficients du polynôme de degré 3 du diagramme de chaque codon. Voir le tableau de ces calculs. Il est exprimé ici en nombre de bactéries dont les effectifs des codons sont nulles ou très faibles au début des abscisses, voir le tableau de la 1ère détermination de ces queues avec des effectifs qui ne dépassent pas 3% du total. Sur 32 queues de longueur supérieure à 4, 5 seulement ont des effectifs qui dépassent 1% du total.
- Le paramètre écart est l'équivalent du R2 mais calculé pour les effectifs sans la queue du codon. C'est la moyenne des différences, en valeur absolue et en % par rapport à la valeur théorique, entre cette valeur théorique et l'effectif compté du codon. Quand une différence est très élevée à cause d'un effectif théorique très faible, elle est ignorée et la queue rallongée. Voir le tableau de ces calculs.
- Le paramètre abscis est l'abscisse du maximum de la courbe de tendance. Il est exprimé en %GC ou %AT. Voir le tableau de ces calculs. Pour les courbes sans maximum l'abscisse 75% (AT ou GC) est utilisée pour comparaison. Quand l'abscisse du maximum dépasse 75% elle est seulement indiquée sous la forme 75/xx où xx est l'abscisse en question.
- Le paramètre moyen, pour moyenne, est la moyenne du codon sur les 111 bactéries. C'est la somme des effectifs d'un codon divisé par 111.
- La colonne %: c'est le pourcentage d'un codon dans la constitution de son acide aminé.
- Le paramètre max est l'ordonnée de l'abscisse abscis. C'est le maximum de la courbe ou la valeur pour l'abscisse 75% quand ce maximum n'existe pas ou si son abscisse est supérieure à 75%.
- La colonne %moy c'est le rapport max/moyen dans le but de normaliser les courbes.
- La colonne cor>79 correspond au nombre de corrélations supérieures à 0.79 pour un codon donné avec les autres codons (l'identité exclue).
- La colonne cor tot correspond à la moyenne des corrélations d'un codon avec les autres codons. Cette moyenne est reportée en fin du tableau des corrélations.
codon | R2 | écart | queue | Moyen. | % | abscis | max | %moy. | Cor>79 | cor tot |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
act | 891 | 38 | 14 | 68 | 21 | 75/82 | 137 | 200 | 10 | 64,1 |
acc | 932 | 30 | 8 | 121 | 37 | 75 | 238 | 196 | 17 | 66,0 |
aca | 884 | 38 | 18 | 65 | 20 | 75/78 | 129 | 198 | 6 | 63,0 |
acg | 832 | 38 | 4 | 71 | 22 | 69 | 110 | 155 | 0 | 48,4 |
325 | ||||||||||
gct | 911 | 30 | 9 | 108 | 22 | 66 | 170 | 156 | 4 | 56,8 |
gcc | 931 | 28 | 9 | 164 | 33 | 75 | 405 | 247 | 17 | 66,9 |
gca | 929 | 30 | 6 | 91 | 19 | 67 | 141 | 155 | 6 | 59,2 |
gcg | 882 | 35 | 5 | 126 | 26 | 75 | 287 | 228 | 3 | 59,5 |
490 | ||||||||||
gtt | 944 | 28 | 8 | 132 | 28 | 68 | 211 | 160 | 11 | 62,7 |
gtc | 916 | 32 | 4 | 118 | 25 | 75 | 328 | 278 | 7 | 62,9 |
gta | 888 | 45 | 13 | 84 | 18 | 70 | 143 | 171 | 0 | 58,4 |
gtg | 907 | 39 | 5 | 137 | 29 | 70 | 236 | 172 | 0 | 60,1 |
471 | ||||||||||
ggt | 900 | 30 | 0 | 142 | 31 | 63 | 183 | 129 | 0 | 39,6 |
ggc | 956 | 42 | 0 | 169 | 37 | 75 | 419 | 248 | 28 | 68,6 |
gga | 847 | 42 | 9 | 88 | 19 | 75/78 | 157 | 178 | 2 | 56,0 |
ggg | 710 | 42 | 0 | 54 | 12 | 64 | 70 | 131 | 0 | 26,8 |
453 | ||||||||||
tta | 925 | 47 | 35 | 120 | 20 | 75 | 389 | 324 | 13 | 61,2 |
ttg* | 765 | 43 | 5 | 81 | 13 | 60 | 119 | 147 | 0 | 26,6 |
ctt | 805 | 47 | 10 | 97 | 16 | 63 | 153 | 158 | 0 | 39,2 |
ctc | 839 | 44 | 12 | 104 | 17 | 75 | 289 | 278 | 4 | 60,0 |
cta | 756 | 46 | 20 | 30 | 5 | 71 | 54 | 183 | 0 | 51,5 |
ctg | 878 | 38 | 16 | 180 | 30 | 71 | 357 | 198 | 6 | 61,9 |
611 | ||||||||||
agt | 876 | 43 | 16 | 38 | 11 | 75/86 | 78 | 205 | 7 | 62,3 |
agc | 857 | 37 | 0 | 55 | 16 | 61 | 75 | 136 | 0 | 42,6 |
tct | 876 | 37 | 19 | 69 | 20 | 75 | 137 | 200 | 7 | 62,5 |
tcc | 868 | 37 | 4 | 66 | 20 | 67 | 107 | 162 | 0 | 54,8 |
tca | 893 | 38 | 19 | 50 | 15 | 75 | 120 | 240 | 12 | 63,5 |
tcg | 853 | 43 | 4 | 58 | 17 | 75 | 138 | 236 | 3 | 58,2 |
336 | ||||||||||
aga | 715 | 64 | 31 | 60 | 16 | 75 | 150 | 251 | 1 | 53,2 |
agg* | 308 | 92 | 10 | 24 | 6 | 59 | 36 | 148 | 0 | 13,5 |
cgt | 736 | 51 | 0 | 103 | 27 | 56 | 134 | 131 | 0 | 18,2 |
cgc | 938 | 28 | 19 | 132 | 34 | 75 | 359 | 272 | 17 | 66,6 |
cga | 571 | 66 | 0 | 20 | 5 | 61 | 28 | 136 | 0 | 22,4 |
cgg | 699 | 56 | 20 | 44 | 12 | 75 | 131 | 297 | 0 | 48,5 |
383 |
codon | R2 | écart | queue | Moyen. | % | abscis | max | %moy. | Cor>79 | cor tot |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
atg | 985 | 10 | 0 | 154 | − | 51 | 168 | 109 | 0 | 19,5 |
tgg | 970 | 10 | 7* | 71 | − | 75 | 89 | 125 | 0 | 43,2 |
tat | 967 | 22 | 11 | 116 | 52 | 75 | 261 | 226 | 20 | 66,2 |
tac | 927 | 25 | 0 | 107 | 48 | 75/83 | 172 | 161 | 8 | 60,1 |
222 | ||||||||||
cat | 914 | 30 | 10 | 59 | 46 | 73 | 91 | 155 | 6 | 60,0 |
cac | 962 | 20 | 0 | 70 | 54 | 75 | 131 | 189 | 19 | 66,2 |
128 | ||||||||||
caa | 880 | 36 | 14 | 89 | 40 | 75/80 | 174 | 196 | 12 | 63,3 |
cag | 964 | 26 | 0 | 132 | 60 | 68 | 213 | 161 | 21 | 66,3 |
220 | ||||||||||
aat | 966 | 35 | 15 | 133 | 51 | 75 | 399 | 300 | 10 | 58,9 |
aac | 951 | 21 | 0 | 128 | 49 | 66 | 171 | 133 | 8 | 57,6 |
261 | ||||||||||
aaa | 957 | 30 | 8 | 247 | 55 | 75 | 622 | 252 | 11 | 62,7 |
aag | 918 | 27 | 0 | 202 | 45 | 75/85 | 314 | 155 | 1 | 56,8 |
450 | ||||||||||
gat | 965 | 23 | 0 | 217 | 52 | 70 | 329 | 152 | 21 | 65,8 |
gac | 970 | 20 | 0 | 202 | 48 | 75 | 447 | 222 | 27 | 69,4 |
419 | ||||||||||
gaa | 951 | 27 | 0 | 296 | 57 | 67 | 420 | 142 | 4 | 58,2 |
gag | 924 | 30 | 0 | 226 | 43 | 75 | 513 | 227 | 6 | 61,7 |
521 | ||||||||||
ttt | 947 | 29 | 12 | 123 | 50 | 75 | 288 | 235 | 15 | 63,7 |
ttc | 963 | 22 | 0 | 125 | 50 | 75 | 231 | 185 | 25 | 67,8 |
248 | ||||||||||
tgt | 850 | 37 | 19 | 27 | 46 | 75 | 51 | 193 | 5 | 57,8 |
tgc | 874 | 37 | 5 | 31 | 54 | 64 | 48 | 154 | 0 | 53,3 |
58 | ||||||||||
att | 913 | 30 | 9 | 168 | 39 | 75 | 369 | 219 | 13 | 63,2 |
atc | 938 | 26 | 2 | 181 | 42 | 73 | 296 | 163 | 11 | 63,8 |
ata | 691 | 80 | 31 | 84 | 19 | 75 | 259 | 310 | 0 | 44,3 |
433 | ||||||||||
tga* | 727 | 104 | − | 2 | − | 75 | 3 | 180 | 1 | 44,8 |
taa | 835 | 42 | − | 3 | − | 75/77 | 5 | 151 | 1 | 42,0 |
tag | 488 | 129 | − | 1 | − | 75 | 1 | 95 | 0 | 9,3 |
cct | 941 | 32 | 8 | 65 | 23 | 68 | 104 | 160 | 11 | 63,0 |
ccc | 735 | 62 | 9 | 61 | 21 | 75 | 140 | 228 | 1 | 53,9 |
cca | 851 | 39 | 19 | 58 | 20 | 74 | 106 | 182 | 3 | 60,2 |
ccg | 885 | 40 | 8 | 101 | 35 | 75/82 | 213 | 210 | 7 | 61,3 |
286 |
Diagramme corcodon[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Diagramme corcodon
- moyenne du codon en fonction de sa corrélation moyenne ( cor tot). La corrélation moyenne est donnée au bas de la matrice des corrélations entre codons. La moyenne des codons se trouve au bas du tableau des diagrammes étendus des codons. Voir le diagramme.
Tableaux des parallèles. Diagramme / coefficient de corrélation[modifier | modifier le wikicode]
- Voir l'article pour la définition des paramètres pour l'établissement des matrices du paramètre diag. Ces paramètres sont donnés avant la matrice pour être utilisés dans un tableur.
- écart: C'est la moyenne des différences, en valeur absolue et en % par rapport à la valeur théorique, entre cette valeur théorique et l'effectif compté du codon. Voir le tableau de ces calculs.
- q3: C'est la cotation du paramètre queue, nombre de bactéries, en continu, ayant des effectifs faibles ou nuls. Le tableau des cotations pour les paramètres q3 et a3 donne la correspondance entre le %AT ou le %GC et le rang de la dernière bactérie de la queue avant le décollage de la courbe. Voir le tableau de ces calculs.
- a3: Cotation du paramètre abscis, abscisse du maximum de la courbe de tendance. Il est exprimé en %GC ou %AT. Voir le tableau de ces calculs. Le tableau des cotations pour les paramètres q3 et a3 donne la correspondance entre a3 et abscis.
- moyen.: pour moyenne, est la moyenne des effectifs du codon sur les 111 bactéries. En tant que moyenne ce paramètre n'a pas de sens biologique, car que veut dire l'absence d'un codon pour une bactérie donnée? Par contre la somme des effectifs correspond en mathématique à l'intégrale d'une courbe continue.C'est une caractéristique mathématique du diagramme. Voir calculs.
- cor>79: nombre de coefficients du codon supérieurs à 79; pour illustration. Voir le tableau des coefficients.
- cor tot: corrélation moyenne, moyenne des valeurs absolues des coefficients (multipliés par 100) du codon; pour illustration. Voir calculs.
Matrice de calcul du paramètre diag %AT (diagramme)[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Matrice de calcul du paramètre diag %AT (diagramme)
- Le paramètre diag est la somme des différences entre 2 codons, en valeur absolue et en %, des paramètres e, q3, a3 et moyen. Ici écart=e, queue=q3 et abscis=a3 (Voir l'introduction). Son calcul est le suivant:
- diag = 200*(abs((e1-e2)/(e1+e2))+abs((q31-q32)/(q31+q32))+abs((a31-a32)/(a31+a32))+abs((moyen1-moyen2)/(moyen1+moyen2))).
- La matrice de calcul de diag est une matrice symétrique dont la diagonale est nulle.
Matrice de calcul du paramètre diag %GC (diagramme)[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Matrice de calcul du paramètre diag %GC (diagramme)
- Le paramètre diag est la somme des différences entre 2 codons, en valeur absolue et en %, des paramètres e, q3, a3 et moyen. Ici écart=e, queue=q3 et abscis=a3 (Voir l'introduction). Son calcul est le suivant:
- diag = 200*(abs((e1-e2)/(e1+e2))+abs((q31-q32)/(q31+q32))+abs((a31-a32)/(a31+a32))+abs((moyen1-moyen2)/(moyen1+moyen2))).
- La matrice de calcul de diag est une matrice symétrique dont la diagonale est nulle.
Paramètres q3 a3[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Paramètres q3 a3
- Légende: voir caractérisation des codons et tableaux des parallèles.
- Notes pour les diagrammes %AT: */86 abscisse optimale, 86 abscisse maximale, ttg* et agg* reportés en %AT au lieu de en %GC.
- Notes pour les diagrammes %GC: */85 abscisse optimale non considérée pour les calculs, 75 abscisse maximale, tga* reporté en %GC au lieu de en %AT.
- Tableaux non formatés du 13.3.17
codon | queue | rang | q3 | écart | abscis | a3 | Moyen. | Cor>79 | Cor tot |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aaa | 29,3 | 8 | 11 | 30 | 86 | 5 | 247 | 11 | 62,7 |
aat | 32,6 | 15 | 17 | 35 | 86 | 5 | 133 | 10 | 58,9 |
aca | 34,6 | 18 | 20 | 38 | 78 | 11 | 65 | 6 | 63,0 |
act | 31,9 | 14 | 17 | 38 | 82 | 8 | 68 | 10 | 64,1 |
aga | 40,9 | 31 | 35 | 64 | 86 | 5 | 60 | 1 | 53,2 |
agg* | 30,0 | 10 | 14 | 92 | 59 | 32 | 24 | 0 | 13,5 |
agt | 33,4 | 16 | 20 | 43 | */86 | 5 | 38 | 7 | 62,3 |
ata | 40,9 | 31 | 35 | 80 | 86 | 5 | 84 | 0 | 44,3 |
att | 29,7 | 9 | 11 | 30 | 86 | 5 | 168 | 13 | 63,2 |
caa | 31,9 | 14 | 17 | 36 | 80 | 11 | 89 | 12 | 63,3 |
cat | 30,0 | 10 | 14 | 30 | 73 | 17 | 59 | 6 | 60,0 |
cca | 35,0 | 19 | 23 | 39 | 74 | 17 | 58 | 3 | 60,2 |
cct | 29,3 | 8 | 11 | 32 | 68 | 23 | 65 | 11 | 63,0 |
cga | 25,1 | 0 | 5 | 66 | 61 | 29 | 20 | 0 | 22,4 |
cgt | 25,1 | 0 | 5 | 51 | 56 | 35 | 103 | 0 | 18,2 |
cta | 35,7 | 20 | 23 | 46 | 71 | 20 | 30 | 0 | 51,5 |
ctt | 30,0 | 10 | 14 | 47 | 63 | 26 | 97 | 0 | 39,2 |
gaa | 25,1 | 0 | 5 | 27 | 67 | 23 | 296 | 4 | 58,2 |
gat | 25,1 | 0 | 5 | 23 | 70 | 20 | 217 | 21 | 65,8 |
gca | 28,0 | 6 | 8 | 30 | 67 | 23 | 91 | 6 | 59,2 |
gct | 29,7 | 9 | 11 | 30 | 66 | 23 | 108 | 4 | 56,8 |
gga | 29,7 | 9 | 11 | 42 | 78 | 11 | 88 | 2 | 56,0 |
ggt | 25,1 | 0 | 5 | 30 | 63 | 26 | 142 | 0 | 39,6 |
gta | 31,4 | 13 | 17 | 45 | 70 | 20 | 84 | 0 | 58,4 |
gtt | 29,3 | 8 | 11 | 28 | 68 | 23 | 132 | 11 | 62,7 |
taa | 25,1 | 0 | 5 | 42 | 77 | 14 | 3 | 1 | 42,0 |
tat | 30,6 | 11 | 14 | 22 | 86 | 5 | 116 | 20 | 66,2 |
tca | 35,0 | 19 | 23 | 38 | 86 | 5 | 50 | 12 | 63,5 |
tct | 35,0 | 19 | 23 | 37 | 86 | 5 | 69 | 7 | 62,5 |
tgt | 35,0 | 19 | 23 | 37 | 86 | 5 | 27 | 5 | 57,8 |
tta | 42,8 | 35 | 38 | 47 | 86 | 5 | 120 | 13 | 61,2 |
ttg* | 27,8 | 5 | 8 | 43 | 60 | 29 | 81 | 0 | 26,6 |
ttt | 31,1 | 12 | 14 | 29 | 86 | 5 | 123 | 15 | 63,7 |
codon | queue | rang | q3 | écart | abscis | a3 | Moyen. | Cor>79 | Cor tot |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aac | 13,5 | 0 | 5 | 21 | 66 | 14 | 128 | 8 | 57,6 |
aag | 13,5 | 0 | 5 | 27 | */85 | 5 | 202 | 1 | 56,8 |
acc | 26,2 | 8 | 11 | 30 | 75 | 5 | 121 | 17 | 66,0 |
acg | 23,7 | 4 | 8 | 38 | 69 | 11 | 71 | 0 | 48,4 |
agc | 13,5 | 0 | 5 | 37 | 61 | 17 | 55 | 0 | 42,6 |
atc | 16,6 | 2 | 5 | 26 | 73 | 5 | 181 | 11 | 63,8 |
atg | 13,5 | 0 | 5 | 10 | 51 | 29 | 154 | 0 | 19,5 |
cac | 13,5 | 0 | 5 | 20 | 75 | 5 | 70 | 19 | 66,2 |
cag | 13,5 | 0 | 5 | 26 | 68 | 11 | 132 | 21 | 66,3 |
ccc | 26,3 | 9 | 11 | 62 | 75 | 5 | 61 | 1 | 53,9 |
ccg | 26,2 | 8 | 11 | 40 | */82 | 5 | 101 | 7 | 61,3 |
cgc | 31,4 | 19 | 23 | 28 | 75 | 5 | 132 | 17 | 66,6 |
cgg | 32,1 | 20 | 23 | 56 | 75 | 5 | 44 | 0 | 48,5 |
ctc | 28,3 | 12 | 14 | 44 | 75 | 5 | 104 | 4 | 60,0 |
ctg | 29,9 | 16 | 20 | 38 | 71 | 8 | 180 | 6 | 61,9 |
gac | 13,5 | 0 | 5 | 20 | 75 | 5 | 202 | 27 | 69,4 |
gag | 13,5 | 0 | 5 | 30 | 75 | 5 | 226 | 6 | 61,7 |
gcc | 26,3 | 9 | 11 | 28 | 75 | 5 | 164 | 17 | 66,9 |
gcg | 24,2 | 5 | 8 | 35 | 75 | 5 | 126 | 3 | 59,5 |
ggc | 13,5 | 0 | 5 | 42 | 75 | 5 | 169 | 28 | 68,6 |
ggg | 13,5 | 0 | 5 | 42 | 64 | 14 | 54 | 0 | 26,8 |
gtc | 23,7 | 4 | 8 | 32 | 75 | 5 | 118 | 7 | 62,9 |
gtg | 24,2 | 5 | 8 | 39 | 70 | 8 | 137 | 0 | 60,1 |
tac | 13,5 | 0 | 5 | 25 | */83 | 5 | 107 | 8 | 60,1 |
tag | 13,5 | 0 | 5 | 129 | 75 | 5 | 1 | 0 | 9,3 |
tcc | 23,7 | 4 | 8 | 37 | 67 | 11 | 66 | 0 | 54,8 |
tcg | 23,7 | 4 | 8 | 43 | 75 | 5 | 58 | 3 | 58,2 |
tga* | 13,5 | 0 | 5 | 104 | 75 | 5 | 2 | 1 | 44,8 |
tgc | 24,2 | 5 | 8 | 37 | 64 | 14 | 31 | 0 | 53,3 |
tgg | 13,5 | 0 | 5 | 10 | 75 | 5 | 71 | 0 | 43,2 |
ttc | 13,5 | 0 | 5 | 22 | 75 | 5 | 125 | 25 | 67,8 |
Tableaux des parallèles %AT[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableaux des parallèles %AT
- Ces 30 parallèles sont faits pour les couples dont le paramètre diag est inférieur à 100. Le paramètre cor est tiré du tableau des corrélations et les autres paramètres sont ceux du tableau synthétique.
- Légende: voir caractérisation des codons et tableaux des parallèles.
- diag/cor la 1ère ligne indique la valeur de diag la 2ème, la corrélation entre les 2 codons du parallèle.
- Nota: ici l’abscisse du maximum peut aller jusqu'à 86% AT car les bactéries peuvent atteindre ce taux. Quand la courbe de tendance n'a pas de maximum c'est ce taux qui est indiqué. Si le maximum a exactement 86% alors c'est indiqué sous la forme */86.
- Les 2 tableaux non formatés du 15.3.17
codon | écart | queue | Moyen. | abscis | Cor>79 | cor tot | diag/cor |
---|---|---|---|---|---|---|---|
tca | 38 | 19 | 50 | 86 | 12 | 63,5 | 64 |
tgt | 37 | 19 | 27 | 86 | 5 | 57,8 | 62 |
gta | 45 | 13 | 84 | 70 | 0 | 58,4 | 64 |
ctt | 47 | 10 | 97 | 63 | 0 | 39,2 | 49 |
tgt | 37 | 19 | 27 | 86 | 5 | 57,8 | 66 |
agt | 43 | 16 | 38 | 86 | 7 | 62,3 | 72 |
cct | 32 | 8 | 65 | 68 | 11 | 63,0 | 70 |
cat | 30 | 10 | 59 | 73 | 6 | 60,0 | 74 |
ttg* | 43 | 5 | 81 | 60 | 0 | 26,6 | 71 |
gca | 30 | 6 | 91 | 67 | 6 | 59,2 | 36 |
gca | 30 | 6 | 91 | 67 | 6 | 59,2 | 71 |
cct | 32 | 8 | 65 | 68 | 11 | 63,0 | 79 |
cca | 39 | 19 | 58 | 74 | 3 | 60,2 | 71 |
aca | 38 | 18 | 65 | 78 | 6 | 63,0 | 75 |
gtt | 28 | 8 | 132 | 68 | 11 | 62,7 | 76 |
gca | 30 | 6 | 91 | 67 | 6 | 59,2 | 83 |
cca | 39 | 19 | 58 | 74 | 3 | 60,2 | 78 |
cat | 30 | 10 | 59 | 73 | 6 | 60,0 | 62 |
tat | 22 | 11 | 116 | 86 | 20 | 66,2 | 78 |
aat | 35 | 15 | 133 | 86 | 10 | 58,9 | 92 |
tct | 37 | 19 | 69 | 86 | 7 | 62,5 | 79 |
act | 38 | 14 | 68 | 82 | 10 | 64,1 | 79 |
att | 30 | 9 | 168 | 86 | 13 | 63,2 | 79 |
aat | 35 | 15 | 133 | 86 | 10 | 58,9 | 85 |
gtt | 28 | 8 | 132 | 68 | 11 | 62,7 | 82 |
cct | 32 | 8 | 65 | 68 | 11 | 63,0 | 81 |
gta | 45 | 13 | 84 | 70 | 0 | 58,4 | 87 |
caa | 36 | 14 | 89 | 80 | 12 | 63,3 | 65 |
ata | 80 | 31 | 84 | 86 | 0 | 44,3 | 95 |
tta | 47 | 35 | 120 | 86 | 13 | 61,2 | 62 |
codon | écart | queue | Moyen. | abscis | Cor>79 | cor tot | diag/cor |
---|---|---|---|---|---|---|---|
gtt | 28 | 8 | 132 | 68 | 11 | 62,7 | 27 |
gct | 30 | 9 | 108 | 66 | 4 | 56,8 | 84 |
tat | 22 | 11 | 116 | 86 | 20 | 66,2 | 33 |
ttt | 29 | 12 | 123 | 86 | 15 | 63,7 | 91 |
tct | 37 | 19 | 69 | 86 | 7 | 62,5 | 34 |
tca | 38 | 19 | 50 | 86 | 12 | 63,5 | 70 |
att | 30 | 9 | 168 | 86 | 13 | 63,2 | 38 |
aaa | 30 | 8 | 247 | 86 | 11 | 62,7 | 83 |
ttt | 29 | 12 | 123 | 86 | 15 | 63,7 | 45 |
aat | 35 | 15 | 133 | 86 | 10 | 58,9 | 91 |
gct | 30 | 9 | 108 | 66 | 4 | 56,8 | 49 |
gca | 30 | 6 | 91 | 67 | 6 | 59,2 | 75 |
aca | 38 | 18 | 65 | 78 | 6 | 63,0 | 53 |
caa | 36 | 14 | 89 | 80 | 12 | 63,3 | 73 |
aca | 38 | 18 | 65 | 78 | 6 | 63,0 | 54 |
act | 38 | 14 | 68 | 82 | 10 | 64,1 | 69 |
tca | 38 | 19 | 50 | 86 | 12 | 63,5 | 55 |
agt | 43 | 16 | 38 | 86 | 7 | 62,3 | 75 |
gct | 30 | 9 | 108 | 66 | 4 | 56,8 | 56 |
cct | 32 | 8 | 65 | 68 | 11 | 63,0 | 85 |
aga | 64 | 31 | 60 | 86 | 1 | 53,2 | 56 |
ata | 80 | 31 | 84 | 86 | 0 | 44,3 | 76 |
gaa | 27 | 0 | 296 | 67 | 4 | 58,2 | 58 |
gat | 23 | 0 | 217 | 70 | 21 | 65,8 | 79 |
caa | 36 | 14 | 89 | 80 | 12 | 63,3 | 59 |
gga | 42 | 9 | 88 | 78 | 2 | 56,0 | 56 |
att | 30 | 9 | 168 | 86 | 13 | 63,2 | 60 |
ttt | 29 | 12 | 123 | 86 | 15 | 63,7 | 87 |
act | 38 | 14 | 68 | 82 | 10 | 64,1 | 62 |
caa | 36 | 14 | 89 | 80 | 12 | 63,3 | 80 |
Tableaux des parallèles %GC[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableaux des parallèles %GC
- Ces 30 parallèles sont faits pour les couples dont le paramètre diag est inférieur à 100. Le paramètre cor est tiré du tableau des corrélations et les autres paramètres sont ceux du tableau synthétique.
- Légende: voir caractérisation des codons et tableaux des parallèles.
- diag/cor la 1ère ligne indique la valeur de diag la 2ème, la corrélation entre les 2 codons du parallèle.
- Nota: ici l’abscisse du maximum peut aller jusqu'à 75% GC car les bactéries peuvent atteindre ce taux. Quand la courbe de tendance n'a pas de maximum c'est ce taux qui est indiqué. Si le maximum a une abscisse supérieure à 75% alors cette abscisse est indiquée sous la forme */xx où xx est l'abscisse en question. Cela reste une caractéristique de la courbe même si biologiquement cette abscisse n'est pas atteinte.
- Tableaux non formatés du 15.3.17
codon | écart | queue | Moyen. | abscis | cor>79 | cor tot | diag/cor |
---|---|---|---|---|---|---|---|
gag | 30 | 0 | 226 | 75 | 6 | 61,7 | 51 |
gac | 20 | 0 | 202 | 75 | 27 | 69,4 | 81 |
ttc | 22 | 0 | 125 | 75 | 25 | 67,8 | 54 |
atc | 26 | 2 | 181 | 73 | 11 | 63,8 | 89 |
tac | 25 | 0 | 107 | 75/83 | 8 | 60,1 | 54 |
atc | 26 | 2 | 181 | 73 | 11 | 63,8 | 66 |
ggc | 42 | 0 | 169 | 75 | 28 | 68,6 | 55 |
atc | 26 | 2 | 181 | 73 | 11 | 63,8 | 84 |
ttc | 22 | 0 | 125 | 75 | 25 | 67,8 | 56 |
gac | 20 | 0 | 202 | 75 | 27 | 69,4 | 91 |
ggc | 42 | 0 | 169 | 75 | 28 | 68,6 | 62 |
gag | 30 | 0 | 226 | 75 | 6 | 61,7 | 73 |
ggc | 42 | 0 | 169 | 75 | 28 | 68,6 | 63 |
aag | 27 | 0 | 202 | 75/85 | 1 | 56,8 | 68 |
tga* | 104 | − | 2 | 75 | 1 | 44,8 | 66 |
tag | 129 | − | 1 | 75 | 0 | 9,3 | 11 |
gtg | 39 | 5 | 137 | 70 | 0 | 60,1 | 66 |
gcg | 35 | 5 | 126 | 75 | 3 | 59,5 | 69 |
tac | 25 | 0 | 107 | 75/83 | 8 | 60,1 | 67 |
aag | 27 | 0 | 202 | 75/85 | 1 | 56,8 | 77 |
tac | 25 | 0 | 107 | 75/83 | 8 | 60,1 | 67 |
cac | 20 | 0 | 70 | 75 | 19 | 66,2 | 92 |
ttc | 22 | 0 | 125 | 75 | 25 | 67,8 | 67 |
cac | 20 | 0 | 70 | 75 | 19 | 66,2 | 87 |
gcg | 35 | 5 | 126 | 75 | 3 | 59,5 | 67 |
ccg | 40 | 8 | 101 | 75/82 | 7 | 61,3 | 89 |
ttc | 22 | 0 | 125 | 75 | 25 | 67,8 | 67 |
aag | 27 | 0 | 202 | 75/85 | 1 | 56,8 | 80 |
gtc | 32 | 4 | 118 | 75 | 7 | 62,9 | 71 |
ccg | 40 | 8 | 101 | 75/82 | 7 | 61,3 | 75 |
codon | écart | queue | Moyen. | abscis | cor>79 | cor tot | diag/cor |
---|---|---|---|---|---|---|---|
tcc | 37 | 4 | 66 | 67 | 0 | 54,8 | 9 |
acg | 38 | 4 | 71 | 69 | 0 | 48,4 | 40 |
aag | 27 | 0 | 202 | 75/85 | 1 | 56,8 | 14 |
atc | 26 | 2 | 181 | 73 | 11 | 63,8 | 66 |
gtc | 32 | 4 | 118 | 75 | 7 | 62,9 | 17 |
gcg | 35 | 5 | 126 | 75 | 3 | 59,5 | 71 |
gag | 30 | 0 | 226 | 75 | 6 | 61,7 | 23 |
aag | 27 | 0 | 202 | 75/85 | 1 | 56,8 | 76 |
gac | 20 | 0 | 202 | 75 | 27 | 69,4 | 29 |
aag | 27 | 0 | 202 | 75/85 | 1 | 56,8 | 73 |
ttc | 22 | 0 | 125 | 75 | 25 | 67,8 | 30 |
tac | 25 | 0 | 107 | 75/83 | 8 | 60,1 | 82 |
agc | 37 | 0 | 55 | 61 | 0 | 42,6 | 34 |
ggg | 42 | 0 | 54 | 64 | 0 | 26,8 | 26 |
ctc | 44 | 12 | 104 | 75 | 4 | 60,0 | 35 |
ccg | 40 | 8 | 101 | 75/82 | 7 | 61,3 | 58 |
gac | 20 | 0 | 202 | 75 | 27 | 69,4 | 36 |
atc | 26 | 2 | 181 | 73 | 11 | 63,8 | 80 |
gcc | 28 | 9 | 164 | 75 | 17 | 66,9 | 36 |
acc | 30 | 8 | 121 | 75 | 17 | 66,0 | 89 |
gag | 30 | 0 | 226 | 75 | 6 | 61,7 | 37 |
atc | 26 | 2 | 181 | 73 | 11 | 63,8 | 66 |
gtc | 32 | 4 | 118 | 75 | 7 | 62,9 | 39 |
acc | 30 | 8 | 121 | 75 | 17 | 66,0 | 78 |
ccg | 40 | 8 | 101 | 75/82 | 7 | 61,3 | 47 |
acc | 30 | 8 | 121 | 75 | 17 | 66,0 | 74 |
aac | 21 | 0 | 128 | 66 | 8 | 57,6 | 50 |
cag | 26 | 0 | 132 | 68 | 21 | 66,3 | 79 |
gcg | 35 | 5 | 126 | 75 | 3 | 59,5 | 51 |
acc | 30 | 8 | 121 | 75 | 17 | 66,0 | 67 |
Diagramme diagcor-gc[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Diagramme diagcor-gc
- Tableau numérique. Voir le diagramme
- Paramètre diag voir diag gc
- Coefficients de corrélations gc: voit Tableur.
Diagramme diagcor-at[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Diagramme diagcor-at
- Tableau numérique. Voir le diagramme.
- Paramètre diag, voir diag at
- Coefficients de corrélations at: voir Tableur.
Caractérisation des aas par les courbes et les coefficients de corrélation[modifier | modifier le wikicode]
Tableau des diagrammes aas DRNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau des diagrammes aas DRNA
- Chaque acide aminé est la somme de ses codons du tableau des diagrammes des codons.
- Les diagrammes issus de ce tableau.
Courbes à partir des équations de tendance[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Courbes à partir des équations de tendance
- Calculs: (x3/100000)*GC^3+x2*GC^2+x*GC+cte.
- Ces constantes sont relevées à partir des diagrammes des aas.
Moyenne des écarts par rapport à la courbe théorique[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Moyenne des écarts par rapport à la courbe théorique
- calculs: ABS(100*(effectif-théorique)/théorique). effectif, théorique
- Légende: Moy, moyenne des écarts en %; >20, nombre des écarts supérieurs à 20%; ecartt, écart-type.
Taux de variation des acides aminés[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Taux de variation des acides aminés
- Légende:
- écart*: moyenne des écarts de l'aa calculée ci-dessus
- ax et cte: de l'équation de la courbe de tendance linéaire, "effectif de l'aa" = ax+cte. A calculer à partir du tableau des diagrammes des aas. Le signe de ax indique le sens de la variation de l'aa.
- Max et Min (avec ou sans zin et crp) sont en fin du tableau des diagrammes des aas.
- Les bactéries zin et crp sont extrêmes, ce qui fait que le Maximum et le minimum sans eux ne concernent que 109 bactéries et avec les écart* faibles, le rapport M/m (Maximum sur minimum) reflète mieux la courbe de tendance linéaire.
Sans zin ni crp | −Avec zin et crp | ||||||||
ax | cte | écart* | Max | min | M/m | −Max | min | M/m | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
A | 7.49 | 131 | 8.4 | 693 | 221 | 3.1 | 693 | 91 | 7.6 |
C | -0.24 | 69 | 25.3 | 121 | 21 | 5.7 | 121 | 21 | 5.7 |
D | 1.61 | 342 | 7.5 | 526 | 292 | 1.8 | 526 | 148 | 3.6 |
E | 0.77 | 485 | 7.6 | 694 | 340 | 2.0 | 694 | 196 | 3.5 |
F | -1.88 | 338 | 7.8 | 326 | 171 | 1.9 | 599 | 171 | 3.5 |
G | 3.54 | 284 | 4.0 | 538 | 309 | 1.7 | 538 | 217 | 2.5 |
H | 0.42 | 109 | 8.0 | 162 | 92 | 1.8 | 162 | 61 | 2.7 |
I | -7.34 | 785 | 7.6 | 767 | 261 | 2.9 | 1074 | 261 | 4.1 |
K | -8.17 | 840 | 11.0 | 783 | 229 | 3.4 | 1263 | 229 | 5.5 |
L | 0.35 | 595 | 4.4 | 753 | 543 | 1.4 | 753 | 543 | 1.4 |
M | 0.40 | 135 | 10.2 | 207 | 97 | 2.1 | 207 | 70 | 2.9 |
N | -5.58 | 528 | 9.0 | 544 | 123 | 4.4 | 864 | 123 | 7.0 |
P | 2.61 | 161 | 4.8 | 401 | 190 | 2.1 | 401 | 113 | 3.6 |
Q | 0.47 | 198 | 12.0 | 302 | 148 | 2.0 | 302 | 97 | 3.1 |
R | 4.79 | 154 | 7.3 | 546 | 221 | 2.5 | 546 | 128 | 4.3 |
S | -1.72 | 418 | 8.5 | 496 | 220 | 2.3 | 496 | 220 | 2.3 |
T | 1.14 | 271 | 7.5 | 391 | 231 | 1.7 | 391 | 174 | 2.2 |
V | 3.09 | 323 | 4.8 | 588 | 255 | 2.3 | 588 | 134 | 4.4 |
W | 0.48 | 51 | 8.6 | 117 | 54 | 2.2 | 117 | 50 | 2.3 |
Y | -2.22 | 329 | 7.8 | 306 | 149 | 2.1 | 399 | 149 | 2.7 |
- Tableau non formaté
Les coefficients de corrélation entre aas[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Les coefficients de corrélation entre aas
- Les valeurs présentées ici sont les coefficients de corrélation X 100. La corrélation entre 2 aas est celle de 2 colonnes du tableau des diagrammes des aas. Pour obtenir les valeurs absolues il suffit de copier ce tableau (largeur de colonne 1,3 cm) et de remplacer le moins (-) par rien. Pour extraire le maximum d'une colonne il suffit de remplacer 100 par rien (format sans décimales et option de recherche 'cellule entière').
- Légende:
- moyenne : moyenne des corrélations en valeurs absolues d'un aa.
- >74 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un aa supérieures à 0.74.
- >79 : nombre de corrélations en valeurs absolues d'un aa supérieures à 0.79.
- max : corrélation maximum parmi les valeurs absolues des corrélations d'un aa.
- Les valeurs de la légende sont utilisées dans le tableau synthétique des aas et des codons
Diagramme coraa[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Diagramme coraa
- moyenne de l'aa en fonction de sa corrélation moyenne ( cor moy). La corrélation moyenne est donnée au bas de la matrice des corrélations entre aas.
- La moyenne des aas (moy. aa) se trouve au bas du tableau des diagrammes des aas.
- Le diagramme coraa.
Synthèse des corrélations des codons et des aas[modifier | modifier le wikicode]
Tableau synthétique[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau synthétique
- Tableau synthétique non formaté
- Légende: corrélations en valeur absolue et multipliée par 100 entre 2 aas ou 2 codons.
- Corrélations entre aas (acides aminés): d'après la matrice des corrélations.
- moy : moyenne des corrélations d'un aa.
- >74−79 : nombre de corrélations d'un aa supérieures à 0.74 − dont corrélations supérieures à 0.79.
- max : corrélation maximum d'un aa.
- Corrélations entre codons
- t,c,a,g,t/c,a/g : terminaison des codons (t/c pour t ou c), pour lesquels on a la moyenne "moy" sous moyt (comme pour les aas) et le nombre ">74−79" sous >74−79t (comme pour les aas).
- moyt : total des moyennes "moy" des codons d'un aa.
- >74−79t : total des nombres ">74−79" des codons d'un aa.
- 0-70 : pour un codon, zéro corrélations supérieures à 0.74 − avec une corrélation maximale (en valeur absolue) de 0.70.
- stop : les codons stops. Les codons taa et tga ont une seule corrélation supérieure à 0.74 et c'est celle entre eux. Elle est négative (*). Sont indiqués aussi le maximum de tag et les maxima de taa et tga en dehors de leur corrélation de -0.802.
- Résumés :
- moyn : nombre des moyennes "moy" pour une gamme donnée en en-tête de la colonne.
- 74n : nombre des nombres ">74−79" pour une gamme donnée en en-tête de la colonne.
- 74t : total des corrélations supérieures à 0.74 seulement, des codons d'un aa.
- moyt : déjà défini dans codons
- %total: 20 aas et 61 codons (pour les aas).
- Résumé III: La corrélation entre aas traduit peu la corrélation qui existe entre codons. Ainsi
- Les aas à un codon, M W, sont peu corrélés avec les autres aas et peu corrélés avec les autres codons;
- Les aas, A F I P V Y, sont très corrélés avec les autres aas et leurs codons sont très corrélés avec les autres codons;
- Les aas, G K N R, sont très corrélés avec les autres aas et leurs codons sont peu corrélés avec les autres codons;
- Les aas, C D E H L Q S T, sont peu corrélés avec les autres aas et leurs codons sont très corrélés avec les autres codons.
A | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | P | Q | R | S | T | V | W | Y | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aas | ||||||||||||||||||||
moy | 61 | 20 | 51 | 26 | 59 | 62 | 40 | 65 | 64 | 13 | 35 | 62 | 60 | 32 | 56 | 31 | 46 | 58 | 38 | 55 |
>74−79 | 7−7 | 0 | 1−0 | 0 | 7−5 | 9−9 | 0 | 9−9 | 9−9 | 0 | 0 | 9−9 | 9−8 | 0 | 8−7 | 0 | 0 | 7−6 | 0 | 7−7 |
max | 38 | 74 | 56 | 66 | 35 | 54 | 54 | 57 | 67 | 68 | ||||||||||
codons | ||||||||||||||||||||
moyt | 242 | 111 | 135 | 120 | 131 | 191 | 126 | 171 | 119 | 300 | 19 | 116 | 238 | 130 | 222 | 344 | 242 | 244 | 43 | 126 |
t | 57 | 58 | 66 | - | 64 | 40 | 60 | 63 | - | 39 | - | 59 | 63 | - | 18 | 63 | 64 | 63 | - | 66 |
c | 67 | 53 | 69 | - | 68 | 69 | 66 | 64 | - | 60 | - | 58 | 54 | - | 67 | 55 | 66 | 63 | - | 60 |
a | 59 | - | - | 58 | - | 56 | - | 44 | 63 | 51 | - | - | 60 | 63 | 22 | 64 | 63 | 58 | - | - |
g | 59 | - | - | 62 | - | 27 | - | - | 57 | 62 | 19 | - | 61 | 66 | 49 | 58 | 48 | 60 | 43 | - |
t/a | 61 | 53 | 62 | |||||||||||||||||
c/g | 27 | 13 | 43 | |||||||||||||||||
>74−79t | 62−30 | 8−5 | 65−48 | 25−10 | 56−40 | 40−30 | 44−25 | 50−24 | 28−12 | 47−23 | 0−0 | 27−18 | 51−22 | 50−33 | 33−18 | 75−29 | 76−33 | 65−18 | 0−0 | 48−28 |
t | 7 −4 | 8−5 | 28−21 | - | 22−15 | 0-70 | 14 −6 | 23−13 | - | 0-69 | - | 13−10 | 21−11 | - | 0-70 | 16 −7 | 25 −10 | 19−11 | - | 31−20 |
c | 33−17 | 0-72 | 37−27 | - | 34−25 | 33−28 | 30−19 | 26−11 | - | 9 −4 | - | 14 −8 | 1 −1 | - | 29−17 | 4 −76 | 30−17 | 24 −7 | - | 17 −8 |
a | 13 −6 | - | - | 8 −4 | - | 6 −2 | - | 1 −76 | 20−11 | 0-69 | - | - | 12 −3 | 21−12 | 0-46 | 27−12 | 21 −6 | 10 −78 | - | - |
g | 9 −3 | - | - | 17−6 | - | 1-75 | - | - | 8 −1 | 20 −6 | 0-55 | - | 17 −7 | 29−21 | 1 −75 | 8 −3 | 0-73 | 12 −77 | 0-72 | - |
t/a | 18−13 | 2 −1 | 20 −7 | |||||||||||||||||
c/g | 0-52 | 0-43 | 0-65 | |||||||||||||||||
Stop | max | suivant | max | |||||||||||||||||
taa | 80* | 60 | tag | 48 | ||||||||||||||||
tga | 80* | 62 | * taa/tga= | -80.2 | ||||||||||||||||
I | Résumés | |||||||||||||||||||
codons | >27 | 26-12 | 10-6 | 4-0 | codons | >58 | 57-51 | <49 | aas | 7-9 | 1 | 0 | aas | >58 | 57-51 | <49 | ||||
74n | 11 | 23 | 9 | 18 | moyn | 40 | 8 | 13 | 74n | 10 | 1 | 9 | moyn | 8 | 3 | 9 | ||||
II | +faibles | 74n | %total | moyn | %total | +forts | 74n | %total | moyn | %total | ||||||||||
gamme | <3 | <33 | >12/7 | >54 | ||||||||||||||||
codons | 17 | 28 % | 6 | 10 % | 34 | 56 % | 45 | 74 % | ||||||||||||
aas | 10 | 50 % | 5 | 25 % | 10 | 50 % | 10 | 50 % | ||||||||||||
III | A | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | P | Q | R | S | T | V | W | Y |
aas | ||||||||||||||||||||
>74 | 7 | 1 | 7 | 9 | 9 | 9 | 9 | 9 | 8 | 7 | 7 | |||||||||
moy | 61 | 20 | 51 | 26 | 59 | 62 | 40 | 65 | 64 | 13 | 35 | 62 | 60 | 32 | 56 | 31 | 46 | 58 | 38 | 55 |
codons | ||||||||||||||||||||
74t | 62 | 8 | 65 | 25 | 56 | 40 | 44 | 50 | 28 | 47 | 0 | 27 | 51 | 50 | 33 | 75 | 76 | 65 | 0 | 48 |
moyt | 242 | 111 | 135 | 120 | 131 | 191 | 126 | 171 | 119 | 300 | 19 | 116 | 238 | 130 | 222 | 344 | 242 | 244 | 43 | 126 |
Repartition des fréquences de corrélation des aas et des codons[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Repartition des fréquences de corrélation des aas et des codons
- Les effectifs ou fréquence (fr) sont comptés à partir des matrices des coefficients de corrélation des aas et des codons. La matrice est formatée sans décimales et copiée dans 'writer'. L'effectif d'une corrélation donnée (exemple 3) est affiché (18) quand on exécute la recherche sur la matrice de cette corrélation avec l'option 'tout rechercher'.
- Légende :
- cor : corrélation
- fr : fréquence
- Les diagrammes: Repartition des corrélations codons et aas. Dans le même tableau de diagrammes: Fréquences des corrélations entre codons, Répartition des corrélations entre codons, Fréquences des corrélations entre aas, Répartition des corrélations entre aas
- Fréquences des corrélations entre codons (multipliées par 100).
- Fréquences des corrélations entre aas (multipliées par 100).
Tableaux triés des corrélations des aas et des codons entre eux[modifier | modifier le wikicode]
Tableau trié des corrélations des aas entre eux[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau trié des corrélations des aas entre eux
- Image du tableau formaté:

Tableau trié des corrélations des codons entre eux[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau trié des corrélations des codons entre eux
- Image du tableau formaté: Un tableau de cette taille formaté avec wikipédia serait très compliqué à faire. Aussi j'ai opté de prendre une image de ce tableau formaté sous le tableur calc de LibreOffice.
- Construction: 3 lignes-colonnes sont ajoutées pour trier les codons. La L-C "ordre original" sert à retrouver l’ordre de la matrice des corrélations entre codons. Elle est numérotée de 1 à 64 de façon progressive sur cette matrice. Les 2 autres L-C "ordres optimisés" séparent les numéros des codons se terminant par "a,t" (en incluant agg, ttg et en excluant tga) des numéros des codons se terminant par "g,c" (en procédant de façon inverse pour agg, ttg et tga).
- Tri sur les valeurs les plus élevées des corrélations: les numéros des 2 L-C sont obtenus par estimation de l'ordre des codons suivant le classement de leurs corrélations positives avec les autres codons. Le tableau final est optimisé pour avoir des groupes de codons fortement corrélés entre eux, les plus grands possibles. Voici ci-dessous les ordres estimés et optimisés obtenus, à recopier dans un tableur. Les codons ayant beaucoup de corrélations alternées, positives et négatives, ne sont pas inclus, c'est-à-dire atg, tag, ctg, agg. Les tris ne concernent alors que 2 carrés à corrélations positives de 29X29 codons.
Tableaux triés, connexions entre codons et aas[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableaux triés, connexions entre codons et aas
Tableau trié des 10 aas fortement corrélés entre eux[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau trié des 10 aas fortement corrélés entre eux
- Tableau non formaté
- Tableau formaté (+ D)
I | K | N | F | Y | G | A | P | V | R | D | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
I | 92 | 93 | 83 | 82 | -93 | -89 | -89 | -90 | -83 | -72 | |
K | 92 | 86 | 80 | 84 | -90 | -88 | -85 | -83 | -86 | -72 | |
N | 93 | 86 | 81 | 81 | -90 | -81 | -87 | -90 | -85 | -60 | |
F | 83 | 80 | 81 | 71 | -80 | -70 | -74 | -80 | -66 | -74 | |
Y | 82 | 84 | 81 | 71 | -84 | -84 | -80 | -72 | -80 | -62 | |
G | -93 | -90 | -90 | -80 | -84 | 90 | 88 | 82 | 86 | 65 | |
A | -89 | -88 | -81 | -70 | -84 | 90 | 84 | 73 | 83 | 63 | |
P | -89 | -85 | -87 | -74 | -80 | 88 | 84 | 80 | 89 | 51 | |
V | -90 | -83 | -90 | -80 | -72 | 82 | 73 | 80 | 77 | 61 | |
R | -83 | -86 | -85 | -66 | -80 | 86 | 83 | 89 | 77 | 43 | |
D | -72 | -72 | -60 | -74 | -62 | 65 | 63 | 51 | 61 | 43 |
- Distribution des fréquences entre ces 10 aas et le total
fréquences des corrélations en valeur absolue cor aas10 aas cor aas10 aas 93 2 2 78 0 0 92 1 1 77 1 1 91 0 0 76 0 0 90 5 5 75 0 0 89 3 3 74 1 2 88 2 2 73 1 1 87 1 1 72 1 3 86 3 3 71 1 1 85 2 2 70 1 1 84 4 4 69 0 0 83 4 4 68 0 1 82 2 2 67 0 1 81 3 3 66 1 3 80 6 6 65 0 1 79 0 0 64 0 0
Tableaux triés de groupes de codons fortement corrélés entre eux[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableaux triés de groupes de codons fortement corrélés entre eux
- Uniquement les corrélations positives
- Tableau formaté de 7 codons fortement corrélés se terminant par a,t.
Y | F | N | L | K | I | S | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
codon | tat | ttt | aat | tta | aaa | att | tca | |
Y | tat | 91 | 92 | 90 | 91 | 86 | 81 | |
F | ttt | 91 | 91 | 85 | 93 | 87 | 79 | |
N | aat | 92 | 91 | 91 | 92 | 85 | 79 | |
L | tta | 90 | 85 | 91 | 84 | 85 | 81 | |
K | aaa | 91 | 93 | 92 | 84 | 83 | 78 | |
I | att | 86 | 87 | 85 | 85 | 83 | 82 | |
S | tca | 81 | 79 | 79 | 81 | 78 | 82 |
- Tableau non formaté: voir tableur
- Tableau formaté de 8 codons moyennement corrélés se terminant par a,t.
D | V | Q | T | P | A | A | H | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
codon | gat | gtt | caa | act | cct | gca | gct | cat | |
D | gat | 85 | 83 | 81 | 83 | 81 | 81 | 87 | |
V | gtt | 85 | 71 | 82 | 81 | 83 | 84 | 69 | |
Q | caa | 83 | 71 | 80 | 71 | 66 | 72 | 81 | |
T | act | 81 | 82 | 80 | 77 | 74 | 82 | 69 | |
P | cct | 83 | 81 | 71 | 77 | 79 | 85 | 74 | |
A | gca | 81 | 83 | 66 | 74 | 79 | 75 | 69 | |
A | gct | 81 | 84 | 72 | 82 | 85 | 75 | 66 | |
H | cat | 87 | 69 | 81 | 69 | 74 | 69 | 66 |
- Tableau non formaté: voir tableur
- Tableau formaté de 12 codons fortement corrélés se terminant par g,c.
V | Y | L | I | T | A | Q | R | H | G | F | D | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
codon | gtc | tac | ctg | atc | acc | gcc | cag | cgc | cac | ggc | ttc | gac | |
V | gtc | 64 | 62 | 77 | 78 | 84 | 71 | 80 | 78 | 83 | 82 | 87 | |
Y | tac | 64 | 66 | 66 | 73 | 68 | 76 | 67 | 92 | 70 | 82 | 84 | |
L | ctg | 62 | 66 | 75 | 88 | 76 | 90 | 77 | 76 | 83 | 74 | 78 | |
I | atc | 77 | 66 | 75 | 82 | 79 | 79 | 82 | 76 | 84 | 89 | 80 | |
T | acc | 78 | 73 | 88 | 82 | 89 | 86 | 81 | 84 | 86 | 81 | 87 | |
A | gcc | 84 | 68 | 76 | 79 | 89 | 78 | 87 | 79 | 88 | 83 | 87 | |
Q | cag | 71 | 76 | 90 | 79 | 86 | 78 | 82 | 83 | 85 | 83 | 84 | |
R | cgc | 80 | 67 | 77 | 82 | 81 | 87 | 82 | 80 | 96 | 85 | 87 | |
H | cac | 78 | 92 | 76 | 76 | 84 | 79 | 83 | 80 | 81 | 87 | 92 | |
G | ggc | 83 | 70 | 83 | 84 | 86 | 88 | 85 | 96 | 81 | 87 | 90 | |
F | ttc | 82 | 82 | 74 | 89 | 81 | 83 | 83 | 85 | 87 | 87 | 91 | |
D | gac | 87 | 84 | 78 | 80 | 87 | 87 | 84 | 87 | 92 | 90 | 91 |
- Tableau non formaté: voir tableur
Les Corrélations faibles entre codons[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Les Corrélations faibles entre codons
- Légende: tga processus non GC pour ce codon; mcor corrélation moyenne du codon.
cta | ata | ctt | ggt | taa | ggg | tgg | agc | tga | cgg | acg | tgc | tcc | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
cta | 41 | 41 | 43 | 37 | -16 | -29 | -39 | -45 | -44 | -46 | -56 | -57 | |
ata | 41 | 28 | 1 | 15 | -20 | -40 | -35 | -21 | -38 | -51 | -38 | -44 | |
ctt | 41 | 28 | 25 | 22 | -11 | -19 | -9 | -34 | -40 | -35 | -22 | -29 | |
ggt | 43 | 1 | 25 | 53 | -39 | -18 | -28 | -45 | -55 | -32 | -49 | -33 | |
taa | 37 | 15 | 22 | 53 | -26 | -38 | -21 | -80 | -44 | -40 | -41 | -45 | |
ggg | -16 | -20 | -11 | -39 | -26 | 37 | 26 | 15 | 75 | 24 | 30 | 36 | |
tgg | -29 | -40 | -19 | -18 | -38 | 37 | 33 | 43 | 50 | 44 | 34 | 52 | |
agc | -39 | -35 | -9 | -28 | -21 | 26 | 33 | 23 | 29 | 31 | 62 | 39 | |
tga | -45 | -21 | -34 | -45 | -80 | 15 | 43 | 23 | 44 | 42 | 37 | 44 | |
cgg | -44 | -38 | -40 | -55 | -44 | 75 | 50 | 29 | 44 | 46 | 42 | 50 | |
acg | -46 | -51 | -35 | -32 | -40 | 24 | 44 | 31 | 42 | 46 | 44 | 40 | |
tgc | -56 | -38 | -22 | -49 | -41 | 30 | 34 | 62 | 37 | 42 | 44 | 65 | |
tcc | -57 | -44 | -29 | -33 | -45 | 36 | 52 | 39 | 44 | 50 | 40 | 65 | |
mcor | 51.5 | 44.3 | 39.2 | 39.6 | 42.0 | 26.8 | 43.2 | 42.6 | 44.8 | 48.5 | 48.4 | 53.3 | 54.8 |
- Tableau non formaté: voir tableur
Corrélations isolées, fortes et faibles entre codons[modifier | modifier le wikicode]
ccg ccg aga aac caa tct gcg ggc gga cac att tgt 89 84 83 83 83 82 caa tat gag ttt gct gct tta agt cac tgt aat aac 81 81 81 80 40 -50 tga cgt tga cgt cgg ata taa atg gtc ggt ggg aga -80 55 60 70 75 76
Corrélations entre bactéries et conformation des protéines[modifier | modifier le wikicode]
Conformation des protéines par le nombre d'aas et de codons[modifier | modifier le wikicode]
- Légende:La conformation moyenne des 6 protéines étudiées peut être représentée par les moyennes des aas calculées dans le tableau des diagrammes des aas. Pour chaque bactérie j'ai fait le diagramme "moyenne de l'aa" /"effectif de son aa correspodant"; La conformation moyenne des 6 protéines pour cette bactérie peut être alors représentée par les 3 paramètres de la droite de tendance de ce diagramme. A savoir:
- R2: coefficient de détermination de la droite (ici multiplié par 100)
- a: la pente de la droite (ici notée ax).
- b: la constante de la droite.
Les 3 paramètres sont reportés tels quels en fonction du contenu en GC (%GC) des bactéries dans les diagrammes des chapitres suivants.
- La conformation des gènes des 6 protéines est étudiée de la même manière qu'avec les aas, mais ici je considère les 64 codons d'après le tableau des diagrammes des codons.
- Dans le chapitre des exemples qui suit sont représentés 12 tableaux de ces diagrammes.
Conformation des protéines par le nombre d'aas[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Conformation des protéines par le nombre d'aas
- format1 : voir 1er diagramme
- Voir la légende
Conformation des protéines par le nombre de codons[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Conformation des protéines par le nombre de codons
- format2 : voir 2ème diagramme.
- Voir la légende
- Ce diagramme est l'équivalent de celui des aas car il réunit tout les codons. Les 2 diagrammes sont cependant très différents par la grande variance de R2 avec les codons, somme de 2 variances opposées que sont celle des triplets bbc,g et celle des bbt,a, et une très faible variance de R2 avec les aas, nécessaire au maintient des fonctions de ces 6 protéines.
Conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g
- format3 : voir 3ème diagramme
- Voir la légende
Conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a
- format4 : voir 4ème diagramme
- Voir la légende
Conformation, récapitulatif[modifier | modifier le wikicode]
- La colonne 3° R2 correspond au coefficient de détermination d'un polynôme de degré 3.
Coefficient | pente | constante | R2 | |||||||
Paramètre | a | b | r2 | a | b | r2 | r'23 | r23 | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diagramme | ||||||||||
aas | 0.003 | 0.86 | 391 | -0.99 | 47.5 | 410 | 540 | 874 | ||
codons | 0.005 | 0.76 | 279 | -0.50 | 24.6 | 280 | 320 | 709 | ||
bbg,c | 0.040 | -0.91 | 907 | -0.54 | 26.3 | 170 | 260 | 691 | ||
bba,t | -0.033 | 2.59 | 894 | -0.62 | 30.8 | 250 | 420 | 665 |
Conformation des protéines, exemples[modifier | modifier le wikicode]
Conformation des protéines par le nombre d'aas[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Conformation des protéines par le nombre d'aas
- formate et formatf: Voir diagrammes 5 et 6
- Voir la légende pour R2 a b.
- moyen: moyenne de l'aa, voir la légende ci-dessus.
- zero: colonne à valeurs nulles pour reporter les noms des aas.
- hth: code KEGG de la bactérie
Conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g
- formata et formatb: Voir diagrammes 1 et 2
- Voir la légende pour R2 a b.
- moyen: moyenne du codon, voir la légende ci-dessus.
- zero: colonne à valeurs nulles pour reporter les noms des codons.
- eal: code KEGG de la bactérie
Conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a
- formatc et formatd: Voir diagrammes 3 et 4
- Voir la légende pour R2 a b.
- moyen: moyenne du codon, voir la légende ci-dessus.
- zero: colonne à valeurs nulles pour reporter les noms des codons.
- fnc: code KEGG de la bactérie
Fréquences des corrélations entre bactéries / codons[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Fréquences des corrélations entre bactéries / codons
- format5 et format6: voir diagrammes 1 et 2
- Tableau construit à partir de la matrice des corrélations entre bactéries/codons ci-dessous.
- Matrice des corrélations entre bactéries/codons: Les corrélations sont calculées entre 2 lignes du tableau des diagrammes des codons.
Fréquences des corrélations entre bactéries / aas[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Fréquences des corrélations entre bactéries / aas
- format7: voir diagramme 3.
- Tableau construit à partir de la matrice des corrélations entre bactéries/aas ci-dessous.
- Matrice des corrélations entre bactéries/aas: Les corrélations sont calculées entre 2 lignes du tableau des diagrammes des aas.
Les tRNAs[modifier | modifier le wikicode]
Nombres de tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Nombres de tRNAs des 111 bactéries
- Base de données des tRNAs [1], gtRNAdb. Pour vin amo ssm opr age fbt cad sbw mcac j'ai utilisé la base de données KEGG [2]: fournir les 3 lettres du génome dans organism. Puis cliquer successivement sur Assembly, Genome et RefSeq. Ctrl+F: tRNA-Arg . . .
- Légende:
- colonne tRNA/8: les 8 aas à 4 et 6 codons ayant 1 seul codon avec tRNA pour le carré à 4 codons (ct pour L par exemple). Pour réduire la notation sont indiqués en 1er les aas à 4 codons suivis de ceux à 6 codons. S'il y a un seul aa avec plus d'un codon à tRNA, cet aa est noté avec le signe −.
- −G *: R n'a aucun tRNa pour les 4 codons cg (ceci pour *) et G a plus d'un codon à tRNA. Donc APTV ont 1 seul codon à tRNA et SL en ont plus de 1 pour leur carré.
- −G SR*: L n'a aucun tRNa pour les 4 codons ct (ceci pour *) et G a plus d'un codon à tRNA. Donc APTV et SR ont 1 seul codon à tRNA pour leur carré.
- 5 SRL, tRNA/8: Les 5 aas à 4 codons et SRL ont 1 seul codon à tRNA.
- Colonne >2: les 8 aas à 4 et 6 codons ayant plus de 2 codons à tRNA pour le carré à 4 codons (ct pour L par exemple). Pour réduire la notation sont indiqués en 1er les aas à 4 codons suivis de ceux à 6 codons. S'il y a un seul aa avec 2 codons à tRNA, cet aa est noté avec le signe −.
- 8: APTVG et SRL ont plus de 2 codons à tRNA.
- T S: T et S ont plus de 2 codons à tRNA.
- −V −S: APTG et RL ont plus de 2 codons à tRNA.
- GT* SL: GSL ont plus de 2 codons à tRNA et T en a 4 (pour *).
- Colonne 2: Les aas KEQ à 2 codons peuvent avoir les 2 codons avec tRNA. Les codons tta et ttg de L ont dans la majorité des cas un tRNA chacun, de même pour aga et agg de R. Pour S le codon agt n’a pratiquement jamais de tRNA alors que agc en a toujours. Donc S sera absent dans cette colonne.
- 3RL: KEQ et RL ont 2 codons à tRNA.
- KRL: ces 3 aas ont 2 codons à tRNA.
- W C I : Les codons tgg et tga, tgt et tgc, ata ont chacun un tRNA.
KEGG | %GC | tRNA | tRNA/8 | >2 | 2 | KEGG | %GC | tRNA | tRNA/8 | >2 | 2 | KEGG | %GC | tRNA | tRNA/8 | >2 | 2 | KEGG | %GC | tRNA | tRNA/8 | >2 | 2 | |||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
zin | 13.5 | 25 | −G SR* | 0 | 0 | lat | 36.3 | 44 | P | T SL | KQR | ype | 47.6 | 70 | 0 | G L | KQRL | ret | 61.3 | 50 | 0 | GPTSL | 3R | |||
crp | 16.6 | 28 | −G * | 0 | 0 | bbd | 36.8 | 39 | V | 0 | RL | amo | 48.0 | 48 | 0 | 8 | 3RLW | sus | 61.9 | 51 | 0 | 8 | 3RL | |||
hcr | 22.5 | 28 | 5 SRL | 0 | L | liv | 37.1 | 67 | AP | T S | RL | pgi | 48.3 | 53 | V | GPT L | KQRL | saci | 62.3 | 68 | 0 | 8 | 3RLC | |||
mcac | 23.7 | 30 | −T SRL | 0 | KL | hmr | 37.5 | 48 | 0 | 8 | 3RL | mah | 48.7 | 45 | 0 | T SL | RL | smk | 62.7 | 57 | 0 | -V −R | 3RL | |||
ssdc | 24.2 | 34 | AP | L | KRL | tde | 37.9 | 44 | 0 | APTSL | 3RL | ssm | 49.0 | 48 | 0 | 8 | 3RL | dvl | 63.0 | 68 | 0 | −R | KQRL | |||
sbw | 25.1 | 35 | AP | L | KRL | spi | 38.3 | 63 | APV | 0 | KRL | eal | 49.7 | 85 | 0 | GPTSL | QRL | ddr | 63.4 | 48 | 0 | −R | KQRL | |||
uur | 25.5 | 30 | −G SL | 0 | KL | vpr | 38.6 | 48 | APV | G S | KRL | lfc | 50.0 | 52 | 0 | 8 | 3RL | tai | 63.8 | 50 | 0 | 8 | 3RL | |||
ple | 26.2 | 33 | AP | S | 0 | chp | 39.1 | 38 | 0 | T SL | RL | eco | 50.8 | 87 | 0 | GPTSL | QRL | gau | 64.3 | 48 | 0 | −R | 3RL | |||
smf | 26.3 | 39 | 5 SRL | 0 | KL | spl | 39.1 | 143 | 0 | 0 | RL | sbz | 51.3 | 86 | 0 | GPTSL | QRL | xcb | 65.0 | 55 | 0 | −R | 3RL | |||
fnc | 27.1 | 47 | −G SL | 0 | KRL | tsu | 39.2 | 48 | 0 | −V−S | 3RL | bvs | 51.7 | 62 | V | GPTSL | 3RL | rru | 65.5 | 55 | 0 | −R | 3RL | |||
bfl | 27.4 | 37 | AP | T SL | KRL | nis | 39.7 | 45 | 0 | T | RL | sty | 52.1 | 79 | 0 | GPTSL | QRL | dpt | 66.2 | 46 | 0 | −G−R | KQRL | |||
cbl | 28.3 | 81 | APV | G | 3RL | cmn | 40.3 | 37 | 0 | TSL | L | tpas | 52.8 | 45 | 0 | −G | 3RL | pae | 66.6 | 63 | 0 | GPTSL | RL | |||
rip | 28.5 | 33 | AP | 0 | RL | nse | 41.1 | 33 | AP | 0 | RL I | apt | 53.0 | 57 | 0 | −R | KQL | roa | 67.4 | 52 | 0 | −R | 3RL | |||
rpr | 29.0 | 33 | P | T | 0 | cta | 41.3 | 37 | 0 | TSL | L | caa | 53.6 | 46 | 0 | GPTSL | KRL | bmv | 68.2 | 56 | 0 | −R | KR | |||
pub | 29.7 | 32 | AP L | 0 | L | hhd | 41.8 | 67 | P | 0 | RL | cgq | 54.2 | 58 | 0 | −A−R | 3RL | tos | 68.6 | 52 | 0 | −R | 3RL I | |||
cad | 29.9 | 81 | APV | 0 | LW | gva | 42.0 | 45 | 0 | −P−R | 3RL | dal | 54.5 | 56 | 0 | −R | 3RL | vin | 68.9 | 49 | 0 | 8 | 3RL | |||
cje | 30.6 | 43 | P | 0 | RL | cbd | 42.4 | 42 | 0 | GPTSL | KERL | eno | 55.1 | 83 | 0 | GT L | QRL | age | 69.5 | 81 | 0 | 8 | 3RL | |||
pmh | 31.1 | 40 | 0 | T S | RL | bae | 43.2 | 75 | P | 0 | RL | mcu | 55.4 | 46 | 0 | −R | 3RL | opr | 70.0 | 46 | 0 | −R | 3RL | |||
tme | 31.4 | 50 | 0 | 8 | 3RL | aae | 43.5 | 44 | 0 | GPTSL | KRL | din | 56.1 | 37 | 0 | P L | RL | mts | 70.3 | 46 | 0 | −R | 3RL | |||
sep | 32.1 | 59 | APV | 0 | L | bsu | 43.5 | 54 | P | L | RL | say | 56.8 | 53 | 0 | 8 | 3RL | sma | 70.7 | 71 | 0 | −R | 3RL | |||
hhl | 32.5 | 44 | 0 | 0 | RL | hth | 44.0 | 44 | 0 | −R | KRL | bmf1 | 57.2 | 55 | 0 | −R | 3RL | amd | 71.3 | 52 | 0 | −R | 3RL | |||
cff | 33.3 | 41 | P | 0 | KERL | lpl | 44.5 | 73 | V | GT*SL | 3RL | kpn | 57.5 | 86 | 0 | GPTSL | QRL | sho | 72.0 | 73 | 0 | −R | 3RL | |||
ial | 33.9 | 45 | 0 | −V | 3RL | pdi | 45.1 | 82 | 0 | GPTSL | 3RL | aba | 58.4 | 46 | 0 | 8 | 3RL | sgr | 72.2 | 67 | 0 | −R | 3RL | |||
ljf | 34.5 | 55 | AV R | GT*SL | 3RL | ppoy | 45.5 | 109 | 0 | T SL | KL | dba | 58.7 | 64 | 0 | 8 | 3RL | cmi | 72.7 | 45 | 0 | −R | 3RL | |||
dte | 34.9 | 43 | 0 | TSL | RL | tma | 46.3 | 46 | 0 | 8 | 3RL | synd | 59.1 | 46 | 0 | −R | RL | salb | 73.3 | 66 | 0 | −R | 3RL | |||
lla | 35.3 | 63 | APV | TSL | KRL | sbn | 46.3 | 105 | 0 | L | RL | pgd | 59.6 | 60 | 0 | −A−R | RL | ksk | 74.2 | 78 | 0 | −R | 3RL | |||
axl | 35.7 | 55 | P | 0 | L | fbt | 46.5 | 47 | V | L | RL | pac | 60.0 | 45 | 0 | −R | 3RL | ade | 74.9 | 49 | 0 | 8 | 3RL | |||
thl | 36.0 | 62 | AV | GT SL | KRL | tli | 47.1 | 48 | 0 | 8 | 3RL | bla | 60.5 | 52 | 0 | −R | 3RL |
- Tableau non formaté: voir tableur
- Récapitulatif
codons | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 0 | 1 | 2 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aa | |||||||||
A | 0 | 23 | 40 | 48 | |||||
C | 0 | 110 | 1 | ||||||
D | 0 | 111 | 0 | ||||||
E | 0 | 62 | 49 | ||||||
F | 0 | 111 | 0 | ||||||
G | 0 | 3 | 41 | 67 | |||||
H | 0 | 111 | 0 | ||||||
I | 0 | 109 | 2 | ||||||
K | 0 | 38 | 73 | ||||||
L | 1 | 6 | 22 | 82 | 0 | 7 | 104 | ||
M | 0 | 111 | 0 | ||||||
N | 0 | 111 | 0 | ||||||
P | 0 | 29 | 19 | 63 | |||||
Q | 0 | 51 | 60 | ||||||
R | 1 | 5 | 87 | 18 | 0 | 16 | 95 | ||
S | 0 | 6 | 29 | 76 | 0 | 111 | 0 | ||
T | 0 | 6 | 25 | 78 | 2 | ||||
V | 0 | 20 | 46 | 46 | |||||
W | 0 | 109 | 2 | ||||||
Y | 0 | 111 | 0 |
- Tableau non formaté: voir tableur
Moyenne des codons t/c et a/g en %[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Moyenne des codons t/c et a/g en %
- Voir le tableau des moyennes.
|
|
- Tableau non formaté: voir tableur
Moyenne des corrélations t/c et a/g en %[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Moyenne des corrélations t/c et a/g en %
- Voir le tableau des corrélations.
|
|
- Tableau non formaté: voir tableur
Les corrélations en ordre[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Les corrélations en ordre
- Voir pour l'affectation de l'ordre à un codon Tableau trié des corrélations des codons entre eux. C'est l'ordre optimisé.
- Les nombres na pour ordre n du codon du groupe des codons se terminant par a ou t.
- Les nombres ng pour ordre n du codon du groupe des codons se terminant par g ou c.
ttt | 2a | tct | 17a | tat | 1a | tgt | 21a |
c | 2g | c | 22g | c | 11g | c | 23g |
a | 4a | a | 7a | a | 29a | a* | 26g |
g* | 30a | g | 16g | g | 31g | g | 28g |
ctt | 27a | cct | 12a | cat | 15a | cgt | 32a |
c | 17g | c | 20g | c | 4g | c | 5g |
a | 25a | a | 16a | a | 10a | a | 31a |
g | 10g | g | 14g | g | 6g | g | 25g |
att | 6a | act | 11a | aat | 3a | agt | 18a |
c | 9g | c | 8g | c | 13g | c | 27g |
a | 26a | a | 19a | a | 5a | a | 24a |
g | 30g | g | 24g | g | 19g | g* | 33a |
gtt | 9a | gct | 14a | gat | 8a | ggt | 28a |
c | 12g | c | 7g | c | 1g | c | 3g |
a | 22a | a | 13a | a | 20a | a | 23a |
g | 21g | g | 15g | g | 18g | g | 29g |
Comptes détaillés des tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
Comptes détaillés[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Comptes détaillés
Spectres des codons des tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Spectres des codons des tRNAs des 111 bactéries
- Légende
- Méthode: Voir en bas du tableau des décomptes détaillés.
n tRNAs | ttc | tta | ttg | tcc | tca | tcg | tac | taa | tag | tgc | tga | tgg | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | 0 | 3 | 4 | 6 | 0 | 34 | 0 | − | − | 2 | 78 | 1 | ||||
1 | 80 | 94 | 104 | 95 | 91 | 73 | 82 | 93 | 33 | 101 | ||||||
2 | 22 | 9 | 2 | 9 | 16 | 3 | 18 | 13 | 8 | |||||||
3 | 8 | 3 | 1 | 1 | 2 | 1 | 8 | 1 | 1 | |||||||
4 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | |||||||||||
5 | 1 | 0 | ||||||||||||||
autres | 1 | |||||||||||||||
ctc | cta | ctg | ccc | cca | ccg | cac | caa | cag | cgt | cga | cgg | |||||
0 | 12 | 1 | 28 | 33 | 0 | 44 | 2 | 0 | 50 | 11 | 76 | 21 | ||||
1 | 89 | 97 | 66 | 72 | 93 | 65 | 91 | 83 | 47 | 67 | 34 | 88 | ||||
2 | 10 | 11 | 9 | 4 | 12 | 1 | 18 | 18 | 14 | 19 | 1 | 2 | ||||
3 | 1 | 2 | 2 | 5 | 1 | 6 | 4 | |||||||||
4 | 0 | 6 | 1 | 3 | 8 | |||||||||||
5 | 1 | 1 | 0 | |||||||||||||
autres | 2 | |||||||||||||||
atc | ata | atg | acc | aca | acg | aac | aaa | aag | agc | aga | agg | |||||
0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 29 | 0 | 1 | 37 | 0 | 0 | 16 | |||||
1 | 53 | 0 | 85 | 90 | 80 | 65 | 73 | 62 | 99 | 102 | 90 | |||||
2 | 23 | 3 | 16 | 8 | 2 | 21 | 17 | 7 | 10 | 7 | 4 | |||||
3 | 24 | 55 | 1 | 7 | 11 | 7 | 4 | 2 | 2 | 1 | ||||||
4 | 6 | 20 | 6 | 9 | 5 | 1 | ||||||||||
5 | 4 | 12 | 3 | 3 | ||||||||||||
autres | 1 | 21 | 2 | 5 | ||||||||||||
gtc | gta | gtg | gcc | gca | gcg | gac | gaa | gag | ggc | gga | ggg | |||||
0 | 20 | 0 | 65 | 24 | 0 | 62 | 0 | 0 | 61 | 3 | 0 | 44 | ||||
1 | 72 | 73 | 39 | 66 | 53 | 49 | 50 | 63 | 40 | 51 | 86 | 65 | ||||
2 | 12 | 13 | 6 | 20 | 18 | 35 | 21 | 4 | 27 | 14 | 1 | |||||
3 | 7 | 13 | 1 | 1 | 24 | 16 | 12 | 5 | 19 | 8 | 1 | |||||
4 | 6 | 8 | 8 | 8 | 1 | 8 | 2 | |||||||||
5 | 4 | 5 | 1 | 2 | 1 | 1 | ||||||||||
autres | 2 | 3 | 1 | 5 | 2 |
Spectre du codon atg des gènes tRNA des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Spectre du codon atg des gènes tRNA des 111 bactéries
- Légende: Décompte du 10.04.19 des 101 bactéries sur 111 de la liste des bactéries étudiées ici. Dix génomes n'ont pu être décomptés (génome, gènes atg): age 5 amo 3 cad 9 cbl 7 fbt 3 opr 3 salb 6 sbw 3 ssm 4 vin 3.
- Méthode: Prendre le nom latin dans KEGG avec le code à 3 lettres de KEGG[1].C'est seulement à l'affichage des tableaux VF5 de gtRNAdb[2] que l'on peut avoir les effectifs de fMet et Met sous la forme de fMet/Met de la ligne Met, et ceux de Ile (anti codon cat) de la ligne Ile.
- Bactéries sans Ile (anti codon cat) ni Ile (anti codon tat): sur les 9 bactéries sans Ile (anti codon cat) une a ile (anti codon tat), c'est nse. Les 8 autres se répartissent en 3 n'ayant qu'un gène Met (ssdc saci dpt) et 5 avec 2 gènes Met (ple rpr tme ial tma). Si on admet que les 5 derniers ont une erreur sur les 2 gènes Met et que ceux-ci sont en réalité Ile plus Met, alors il reste 3 génomes n’ayant pas du tout de gènes tRNA pouvant coder Ile. Est-ce que ce sont des symbiotes ou des erreus? Pourtant saci avec 62% GC et dpt avec 66% ne semblent pas être des symbiotes comme ssdc avec 24%. Voir le tableau détaillé des génomes.
occur. | fMet | Met | Ile |
0 | 0 | 0 | 9 |
1 | 55 | 78 | 85 |
2 | 19 | 22 | 6 |
3 | 15 | 1 | 1 |
4 | 8 | ||
5 | 1 | ||
6 | 1 | ||
7 | 1 | ||
9 | 1 | ||
genèse | 101 | 101 | 92 |
dup % | 95 | 24 | 9 |
Comptes des solitaires des tRNAs des 111 bactéries[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Comptes des solitaires des tRNAs des 111 bactéries
- Légende:
Résultat Formules nom cellule 4 codons Leu ctx 0 ES12 SI(ET(DC12=0,DD12=0,DE12=0,DF12=0),1,0) ctt ET12 SI(ET(DC12>0,DD12=0,DE12=0,DF12=0),1,0) ctc EU12 SI(ET(DC12=0,DD12>0,DE12=0,DF12=0),1,0) cta EV12 SI(ET(DC12=0,DD12=0,DE12>0,DF12=0),1,0) ctg EW12 SI(ET(DC12=0,DD12=0,DE12=0,DF12>0),1,0) 2 codons ctt,ctc ctt EX12 SI(ET(DC12>0,DD12=0),1,0) ctc EY12 SI(ET(DC12=0,DD12>0),1,0) 11 EZ12 SI(ET(DC12=1,DD12=1),1,0) 01 FA12 SI(SOMME(EX12:EZ12)=0,1,0) 3 codons Ser tcx 0 GR12 SI(ET(DU12=0;DV12=0;DW12=0);1;0) tcc GS12 SI(ET(DU12>0;DV12=0;DW12=0);1;0) tca GT12 SI(ET(DU12=0;DV12>0;DW12=0);1;0) tcg GU12 SI(ET(DU12=0;DV12=0;DW12>0);1;0)
- La procédure utilisée ici pour 111 bactéries est la même que j'ai utilisée pour les 4032 bactéries de la base gtRNAdb: un tRNA est dit solitaire pour un carré donné (ctx), s'il ne contient qu'un seul type (ctt), les autres (ctc cta ctg) étant nuls. Pour les 4032 bactéries je cherchais les occurrences *ctt*, *ctt;ctt*, . . . .. Ici pour le nom ctt je teste la condition ctt>0 et (ctc=0 cta=0 ctg=0) pour une bactérie donnée. Ce qui donne dans calc pour la bactérie zin (ligne 12) les codonss "ctt ctc cta ctg" (colonnes DC12 DD12 DE12 DF12). La cellule DC12 correspond à la ligne zin et à la colonne ctt du tableau des décomptes détaillés ci-dessus.
- 4 codons: calculs pour les 4 codons non nuls d'un carré et 0 s'il n'y a aucun tRNA. Les 4 sont testés pour ctx cgx acx, et seulement 3 pour tcx ccx gtx gcx ggx.
- 2 codons: calculs sur 2 codons supposés lus par un seul tRNA. ctt,ctc,11,01: respectivement, seul le codon ctt ou ctc a plus d'un tRNA, ctt et ctc ont chacun 1 seul tRNA, autre combinaison. La colonne avec (*) correspond au cas où les 2 codons n'ont pas de tRNA parmi le décompte "autre combinaison". Ces tests sont faits pour ctt.c cta.g tta.g aga.g cgt.c cga.g act.c aca.g tca.g cca.g gca.g gta.g gga.g tga.g aaa.g caa.g gaa.g
- Les xxt ne sont pas présentés sauf ctt cgt act, car ils n’ont pas de tRNA (voir tableau).
- Donc il n’y a pas de résultat pour tct cct gtt gct ggt;
- att,c ata atg Ile; tat,c taa,g Tyr stp;
- ttt,c Phe; cat,c His; aat,c Asn; gat,c Asp; tgt,c Cys; agt,c Ser;
- Il reste donc 39 colonnes à tester et les résultats peuvent se localiser en ES quand les colonnes à tester commencent en DC.
- DC12 cellule ctt du tableau pour la bactérie zin
- DD12 cellule ctc du tableau «
- . . . .
- EX12 cellule du résultat du test ctt pour 2 codons
- EY12 cellule du résultat du test ctc pour 2 codons
- EZ12 cellule du résultat du test 11 pour 2 codons
- FA12 cellule du résultat du test 01 pour 2 codons
- Les résultats présentés sont la somme des colonnes des noms
- Leu 0
- Leu ctt
- . . . . . . . .
Leu | 0 | 1 | Arg | 0 | 1 | Glu | gaa | 61 | Thr | 0 | 0 | Gly | 0 | 0 | ||||
ctt | 0 | cgt | 4 | gag | 0 | act | 0 | ggc | 0 | |||||||||
ctc | 0 | cgc | 1 | 11 | 28 | acc | 0 | gga | 3 | |||||||||
cta | 6 | cga | 0 | 01 | 22 | aca | 6 | ggg | 0 | |||||||||
ctg | 0 | cgg | 0 | Trp | tga | 0 | acg | 0 | gga | 44 | ||||||||
ctt | 5 | cgt | 100 | tgg | 77 | act | 2 | ggg | 0 | |||||||||
ctc | 99 | cgc | 10 | 11 | 29 | acc | 99 | 11 | 54 | |||||||||
11 | 0 | 11 | 0 | 01 | 5 | 11 | 1 | 01 | 13 | |||||||||
01 | 7 | 7* | 01 | 1 | 1* | Val | 0 | 0 | 01 | 9 | ||||||||
cta | 27 | cga | 15 | gtc | 0 | aca | 29 | |||||||||||
ctg | 0 | cgg | 70 | gta | 20 | acg | 0 | |||||||||||
11 | 63 | 11 | 18 | gtg | 0 | 11 | 72 | |||||||||||
01 | 21 | 1* | 01 | 8 | 6* | gta | 65 | 01 | 10 | |||||||||
tta | 4 | aga | 16 | gtg | 0 | Ala | 0 | 0 | ||||||||||
ttg | 3 | agg | 0 | 11 | 37 | gcc | 0 | |||||||||||
11 | 87 | 11 | 85 | 01 | 9 | gca | 23 | |||||||||||
01 | 17 | 01 | 10 | Pro | 0 | 0 | gcg | 0 | ||||||||||
Ser | 0 | 0 | Lys | aaa | 37 | ccc | 0 | gca | 62 | |||||||||
tcc | 0 | aag | 1 | cca | 29 | gcg | 0 | |||||||||||
tca | 6 | 11 | 47 | ccg | 0 | 11 | 30 | |||||||||||
tcg | 0 | 01 | 26 | cca | 44 | 01 | 19 | |||||||||||
tca | 34 | Gln | caa | 50 | ccg | 0 | ||||||||||||
tcg | 0 | cag | 0 | 11 | 63 | |||||||||||||
11 | 68 | 11 | 41 | 01 | 4 | |||||||||||||
01 | 9 | 01 | 20 |
- Tableau non formaté: voir tableur
Comptes détaillés des tRNAs des 111 bactéries: totaux[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Comptes détaillés des tRNAs des 111 bactéries: totaux
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- Tableaux non formatés: voir tableur
Comptes détaillés des tRNAs des 111 bactéries: solitaires[modifier | modifier le wikicode]
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- Compléments
Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons c,t. 4032 sct t c 111 sct t c ac 3775 41 3682 ac 111 2 99 cg 3932 3614 307 cg 110 100 10 ct 3834 323 3502 ct 104 5 99
- Tableaux non formatés:voir tableur
tRNAs des 111 bactéries: Diagramme des solitaires APV[modifier | modifier le wikicode]
- Diagramme des solitaires APV .
Effectifs des tRNAs solitaires APV %GC A P V T G L R S 15-20 2 2 2 2 0 0 1 1 20-25 3 3 2 1 2 2 2 2 25-30 10 11 5 3 1 4 1 3 30-35 2 3 2 0 0 0 1 0 35-40 5 6 5 40-45 1 4 1 45-50 0 0 2 50-55 0 0 1 55-60 0 0 0 total 23 29 20 6 3 6 5 6
Diagrammes codons-GC-PDNA[modifier | modifier le wikicode]
Compilation PDNA[modifier | modifier le wikicode]
codons PDNA[modifier | modifier le wikicode]
aseca;a63551[modifier | modifier le wikicode]
- aseca;a63551;a63552;a27140;a4213;a2211;a36314;a363141;a6412
- − Lien Tableur: aseca;a63551
a64121[modifier | modifier le wikicode]
- a64121
- − Lien Tableur: a64121
a64122[modifier | modifier le wikicode]
- a64122
- − Lien Tableur: a64122
Total codons PDNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Total codons PDNA
- Total numérique: addition des 3 tableaux codons PDNA
acides aminés PDNA[modifier | modifier le wikicode]
39 bactéries 9 protéines[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: 39 bactéries 9 protéines
Complément 36 bactéries protéine 6142-1[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Complément 36 bactéries protéine 6142-1
Complément 36 bactéries protéine 6142-2[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Complément 36 bactéries protéine 6142-2
Total acides aminés PDNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Total acides aminés PDNA
- Total numérique: addition des tableaux acides aminés PDNA
Tableau des diagrammes des codons PDNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau des diagrammes des codons PDNA
- codons des PDNA rapportés à 6 555, moyenne du total des aas des DRNA par bactérie. La moyenne correspondante des PDNA 6 391 est donnée pour indication.
Maximum et 75% PDNA[modifier | modifier le wikicode]
Constantes des courbes PDNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Constantes des courbes PDNA
abscisse du maximum PDNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: abscisse du maximum PDNA
maximum PDNA[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: maximum PDNA
Diagrammes codons-GC-DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
Compilation DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
codons DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: codons DRNA-39
- 39 bactéries 6 protéines
acides aminés DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: acides aminés DRNA-39
- 39 bactéries 6 protéines
Contenu en GC des génomes DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Contenu en GC des génomes DRNA-39
Tableau des diagrammes des codons DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau des diagrammes des codons DRNA-39
- Codons des DRNA rapportés à leur moyenne 6 555.4.
Maximum et 75% DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
Constantes des courbes DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Constantes des courbes DRNA-39
abscisse du maximum DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: abscisse du maximum DRNA-39
maximum DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: maximum DRNA-39
Différences entre DRNA-39 et PDNA-39[modifier | modifier le wikicode]
Différence en % par rapport à DRNA-39[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Différence en % par rapport à DRNA-39
- sans les effectifs faibles:
Corrélation entre les différences “dna-prot” de 2 codons[modifier | modifier le wikicode]
Corrélation entre les différences[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Corrélation entre les différences
- Corrélation entre les différences “dna-prot” (%) de 2 codons ayant les 2 1ères bases en commun. Données pour manipulation. Voir le tableau formaté dans l'article
Tableau des diagrammes x.y[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Tableau des diagrammes x.y
- Tableau des diagrammes x.y en fonction des 2 1ères bases. A copier dans un tableur.
Différences entre codons dues à la séquence des gènes[modifier | modifier le wikicode]
- Les protéines, notamment les tRNA synthases et les protéines de maintenance de l'ADN, différencient les codons. Ainsi il existe plusieurs tRNA pour Gly et la maintenance de l'ADN est à l'origine de la différence en contenu GC et différencie entre la paire GC et la paire AT. L'objet de ce chapitre est d'éliminer l'influence des protéines en comparant dans le même génome la différence entre 2 codons dans le lot des gènes prot et le lot dna. Si la différence est statistiquement significative entre les 2 lots, alors il n'y a que la séquence des gènes qui peut en être la cause.
- Construction du tableau de comparaison. Légende:
- DE at :comparaison entre gaa et gat
- %GC :contenu en GC du génome
- KEGG :code de la bactérie
- Différences.prot: 200*((prot.gaa − prot.gat) / (prot.gaa + prot.gat)).
- Différences.DNA : 200*((DNA.gaa − DNA.gat) / (DNA.gaa + DNA.gat))
- dif :Différences.prot − Différences.DNA
- Eprot :200*RACINE(1 / (prot.gaa + prot.gat) )
- Edna :200*RACINE(1 / (DNA.gaa + DNA.gat) )
- ecart :SI (dif < 0,(−dif − (Eprot + Edna)), (dif − (Eprot + Edna)))
- ok :SI (ecart <0,0,1), différence statiquement significative.
- gaa :effectif du codon gaa d’après le résultat direct (nombre entier). voir la compilation totale des codons pour prot dans total numérique et pour dna dans compilations des codons.
- gat :effectif du codon gat d’après le résultat direct (nombre entier). idem
- (*) :bactérie éliminée pour les diagrammes: Eprot ou Edna supérieur à 21.
- Exemple:
DE at Différences prot DNA %GC KEGG prot DNA dif Eprot Edna ecart ok gaa gat gaa gat 74.9 ade -169 -125 -44 55 50 -61 0 1 12 3 13 * 71.3 amd 149 135 14 21 19 -25 0 83 12 93 18 53.0 apt 42 33 9 8 8 -7 0 374 244 412 295 43.2 bae 66 52 14 8 8 -2 0 405 203 404 237 60.5 bla 20 -10 30 11 12 7 1 180 148 136 151 68.1 bmv 60 69 -9 12 11 -14 0 171 92 220 107 43.5 bsu 58 48 10 8 8 -6 0 397 219 404 248 42.4 cbd 50 30 20 8 8 4 1 404 242 396 292 28.3 cbl 40 35 5 7 7 -9 0 435 289 507 356 33.3 cff -5 -22 18 8 8 2 1 298 312 310 388 54.1 cgq 70 0 69 10 10 49 1 250 121 217 216 30.5 cje 33 28 4 7 7 -10 0 427 307 491 369 63.0 dvl 125 122 4 14 11 -21 0 174 40 275 67 49.7 eal 63 58 5 9 8 -12 0 362 189 370 204 50.8 eco 73 61 13 9 8 -4 0 374 173 373 199 55.1 eno 68 53 16 9 9 -2 0 314 154 326 190 57.5 kpn 50 47 3 9 9 -15 0 284 170 311 193 36.3 lat 11 -10 20 8 7 5 1 323 290 343 378 37.1 liv 53 64 -11 7 7 -4 0 486 282 483 249 35.3 lla 66 54 11 7 7 -3 0 481 243 475 272 60.0 pac -21 -59 38 14 13 12 1 95 117 89 163 66.6 pae 126 87 39 13 12 14 1 197 45 193 76 59.6 pgd 29 18 11 10 9 -9 0 241 180 249 207 31.1 pmh 29 -1 30 8 7 15 1 398 297 360 364 45.5 ppoy 50 3 46 8 9 29 1 356 214 264 255 61.3 ret 84 41 42 10 10 23 1 280 115 258 170 67.4 roa 101 57 45 16 16 12 1 116 38 95 53 65.4 rru 25 -4 29 10 11 8 1 207 161 174 181 73.3 salb 172 120 52 30 52 -30 0 40 3 12 3 * 56.8 say 77 43 33 10 10 14 1 276 123 259 167 51.3 sbz 51 39 12 9 8 -5 0 336 200 336 227 32.1 sep 33 34 -1 7 7 -13 0 464 333 439 312 72.2 sgr 120 103 17 32 33 -47 0 32 8 28 9 * 70.7 sma 102 118 -16 27 32 -43 0 40 13 31 8 * 62.7 smk 86 36 50 11 11 28 1 230 92 201 140 52.1 sty 50 47 3 9 8 -15 0 332 200 349 216 59.1 synd 41 -2 42 11 11 21 1 210 139 179 182 65.0 xcb 66 70 -5 10 11 -16 0 255 129 229 110 47.6 ype 24 14 10 8 8 -7 0 322 252 326 282 15 total ok
Différences entre codons dues à la séquence des gènes: tableaux pour tableur[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: Différences entre codons dues à la séquence des gènes: tableaux pour tableur
- La largeur des colonnes est de 1,3 cm.
- . − DE at
Différences entre codons dues à la séquence des gènes: tableaux pour diagrammes dif-difxz[modifier | modifier le wikicode]
- . − La largeur des colonnes est de 1,3 cm.
dif-difac[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-difac
- dif-difac
dif-difag[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-difag
- dif-difag
dif-difat[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-difat
- dif-difat
dif-diftc[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-diftc
- dif-diftc
dif-diftg[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-diftg
- dif-diftg
dif-difcg[modifier | modifier le wikicode]
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- dif-difcg
Différences entre codons dues à la séquence des gènes: tableaux pour le calcul de la moyenne[modifier | modifier le wikicode]
dif-difac2[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-difac2
- dif-difac
- (*) non retenu pour les diagrammes
- (") différence significative (difS)
dif-difag2[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-difag2
- dif-difag
- (*) non retenu pour les diagrammes
- (") différence significative (difS)
- (**) différence significative, non retenu pour les diagrammes (extrêmes)
dif-difat2[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-difat2
- dif-difat
- (*) non retenu pour les diagrammes
- (") différence significative (difS)
- (**) différence significative, non retenu pour les diagrammes (extrêmes)
dif-diftc2[modifier | modifier le wikicode]
- Lien Tableur: dif-diftc2
- dif-diftc
- (*) non retenu pour les diagrammes
- (") différence significative (difS)
dif-diftg2[modifier | modifier le wikicode]
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- dif-diftg
- (*) non retenu pour les diagrammes
- (") différence significative (difS)
dif-difcg2[modifier | modifier le wikicode]
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- dif-difcg
- (*) non retenu pour les diagrammes
- (") différence significative (difS)