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Recherche:Corrélation entre les gènes de tRNAs des 3 domaines/Annexe/Tableaux

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Tableaux
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Annexe 1
Recherche : Corrélation entre les gènes de tRNAs des 3 domaines
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Corrélation entre les gènes de tRNAs des 3 domaines/Annexe/Tableaux  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Paris le 01.04.19

Introduction

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Tableau des effectifs des gènes de tRNAs

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  • Lien Tableur: Tableau des effectifs des gènes de tRNAs
  • Analyse du tableau ci-dessus.
  • Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [1].
    1.   5   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ce sont les plus faibles.
    2.   113   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t: Changement de t en c chez les archées et de c en t chez les eucaryotes.
    3. 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g chez les procaryotes.
    4. 2622: Effectif faible de tRNAs supérieurs à   t   et à   c   .
    5. 160: Changement de codon   g   Chez les archées et les eucaryotes.
  • Tableaux:
    1. Nombre de tRNAs, tableaux I II III, décompte de la base gtRNAdb.
    2. Pour 100 000 tRNAs, tableaux I100 II100 III100, décomptes rapportés à 100 000 tRNAs pour comparaison.
    3. tRNAs pour 1 génome, tableaux I1 II1 III1, indice de la multiplicité = nombre de tRNAs / nombre des génomes du domaine.
I . Nombre de tRNAs. 4032 Bactéries
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
c 6105 c 4520 c 6420 c 4473
a 4749 a 5299 a − a 1315
g 3999 g 2622 g − g 4366
ctt 369 cct 10 cat 4 cgt 7478
c 3849 c 2742 c 4715 c 333
a 4940 a 5453 a 6388 a 887
g 5186 g 2183 g 2389 g 3355
att 5 act 103 aat 5 agt 1
c 9203 c 4513 c 8764 c 4422
a 55 a 5878 a 9105 a 4804
g 18026 g 2760 g 2427 g 3452
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
c 4430 c 4166 c 9,023 c 9,273
a 8859 a 10185 a 9679 a 5515
g 1313 g 1224 g 1388 g 2266
II . Nombre de tRNAs. 184 Archées
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 215 c 190 c 190 c 299
a 191 a 184 a - a 18
g 163 g 152 g − g 184
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
c 214 c 171 c 185 c 187
a 185 a 184 a 196 a 185
g 160 g 151 g 165 g 139
att 0 act 0 aat 0 agt 0
c 212 c 189 c 214 c 187
a 2 a 198 a 197 a 186
g 589 g 169 g 166 g 165
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
c 212 c 184 c 218 c 243
a 186 a 256 a 230 a 189
g 170 g 159 g 160 g 155
III . Nombre de tRNAs. 155 Eucaryotes
ttt 66 tct 1 863 tat 155 tgt 233
c 1 933 c 113 c 2 216 c 2 755
a 890 a 1 041 a - a 279
g 1 249 g 749 g - g 1 982
ctt 1 576 cct 1 638 cat 47 cgt 1 587
c 37 c 34 c 1 879 c 57
a 872 a 1 641 a 2 289 a 2 337
g 1 296 g 735 g 1 849 g 522
att 2 428 act 2 201 aat 149 agt 53
c 99 c 154 c 3 524 c 1 895
a 851 a 1 494 a 2 640 a 1 762
g 3 862 g 833 g 6 064 g 1 285
gtt 2 101 gct 2 962 gat 100 ggt 132
c 109 c 405 c 2 799 c 3 279
a 1 088 a 7 639 a 7 079 a 5 538
g 3 123 g 4 737 g 3 754 g 7 052
I100. 100 000 tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 4 tct 2 tat 2 tgt 1
c 2 598 c 1 923 c 2 732 c 1 903
a 2 021 a 2 255 a - a 560
g 1 702 g 1 116 g - g 1 858
ctt 157 cct 4 cat 2 cgt 3 182
c 1 638 c 1 167 c 2 006 c 142
a 2 102 a 2 320 a 2 718 a 377
g 2 207 g 929 g 1 016 g 1 427
att 2 act 44 aat 2 agt 0
c 3 916 c 1 920 c 3 729 c 1 881
a 23 a 2 501 a 3 874 a 2 044
g 7 670 g 1 174 g 1 033 g 1 469
gtt 4 gct 1 gat 0 ggt 0
c 1 885 c 1 773 c 3 839 c 3 946
a 3 769 a 4 334 a 4 118 a 2 347
g 559 g 521 g 591 g 964
II100. 100 000 tRNAs. 184 Archées  8749
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 2 457 c 2 172 c 2 172 c 3 418
a 2 183 a 2 103 a - a 206
g 1 863 g 1 737 g - g 2 103
ctt 11 cct 0 cat 0 cgt 23
c 2 446 c 1 955 c 2 115 c 2 139
a 2 115 a 2 103 a 2 240 a 2 115
g 1 829 g 1 726 g 1 886 g 1 589
att 0 act 0 aat 0 agt 0
c 2 423 c 2 160 c 2 446 c 2 137
a 23 a 2 263 a 2 252 a 2 126
g 6 732 g 1 932 g 1 897 g 1 886
gtt 11 gct 0 gat 0 ggt 11
c 2 423 c 2 103 c 2 495 c 2 777
a 2 126 a 2 926 a 2 629 a 2 160
g 1 943 g 1 817 g 1 829 g 1 772
III100. 100 000 tRNAs. 155 Eucaryotes. 115 111
ttt 57 tct 1 618 tat 135 tgt 202
c 1 679 c 98 c 1 925 c 2 393
a 773 a 904 a - a 242
g 1 085 g 651 g - g 1 722
ctt 1 369 cct 1 423 cat 41 cgt 1 379
c 32 c 30 c 1 632 c 50
a 758 a 1 426 a 1 989 a 2 030
g 1 126 g 639 g 1 606 g 453
att 2 109 act 1 912 aat 129 agt 46
c 86 c 134 c 3 061 c 1 646
a 739 a 1 298 a 2 293 a 1 531
g 3 355 g 724 g 5 268 g 1 116
gtt 1 825 gct 2 573 gat 87 ggt 115
c 95 c 352 c 2 432 c 2 849
a 945 a 6 636 a 6 150 a 4 811
g 2 713 g 4 115 g 3 261 g 6 126
I1 . tRNAs pour 1 génome. 4032 Bactéries
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 1,51 c 1,12 c 1,59 c 1,11
a 1,18 a 1,31 a - a 0,33
g 0,99 g 0,65 g - g 1,08
ctt 0,09 cct 0 cat 0 cgt 1,85
c 0,95 c 0,68 c 1,17 c 0,08
a 1,23 a 1,35 a 1,58 a 0,22
g 1,29 g 0,54 g 0,59 g 0,83
att 0 act 0,03 aat 0 agt 0
c 2,28 c 1,12 c 2,17 c 1,10
a 0,01 a 1,46 a 2,26 a 1,19
g 4,47 g 0,68 g 0,60 g 0,86
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
c 1,10 c 1,03 c 2,24 c 2,30
a 2,20 a 2,53 a 2,40 a 1,37
g 0,33 g 0,30 g 0,34 g 0,56
II1 . tRNAs pour 1 génome. 184 Archées
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
c 1,17 c 1,03 c 1,03 c 1,63
a 1,04 a 1,00 a - a 0,10
g 0,89 g 0,83 g - g 1,00
ctt 0,01 cct 0 cat 0 cgt 0,01
c 1,16 c 0,93 c 1,01 c 1,02
a 1,01 a 1,00 a 1,07 a 1,01
g 0,87 g 0,82 g 0,90 g 0,76
att 0 act 0 aat 0 agt 0
c 1,15 c 1,03 c 1,16 c 1,02
a 0,01 a 1,08 a 1,07 a 1,01
g 3,20 g 0,92 g 0,90 g 0,90
gtt 0,01 gct 0 gat 0 ggt 0,01
c 1,15 c 1,00 c 1,18 c 1,32
a 1,01 a 1,39 a 1,25 a 1,03
g 0,92 g 0,86 g 0,87 g 0,84
III1 . tRNAs pour 1 génome. 155 Eucaryotes
ttt 0,4 tct 12,0 tat 1,0 tgt 1,5
c 12,5 c 0,7 c 14,3 c 17,8
a 5,7 a 6,7 a - a 1,8
g 8,1 g 4,8 g - g 12,8
ctt 10,2 cct 10,6 cat 0,3 cgt 10,2
c 0,2 c 0,2 c 12,1 c 0,4
a 5,6 a 10,6 a 14,8 a 15,1
g 8,4 g 4,7 g 11,9 g 3,4
att 15,7 act 14,2 aat 1,0 agt 0,3
c 0,6 c 1,0 c 22,7 c 12,2
a 5,5 a 9,6 a 17,0 a 11,4
g 24,9 g 5,4 g 39,1 g 8,3
gtt 13,6 gct 19,1 gat 0,6 ggt 0,9
c 0,7 c 2,6 c 18,1 c 21,2
a 7,0 a 49,3 a 45,7 a 35,7
g 20,1 g 30,6 g 24,2 g 45,5

Ordre des codons pour 100 000 tRNAs

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  • Lien Tableur: Ordre des codons pour 100 000 tRNAs
  • Légende: B bactéries, A archées, E eucaryotes.
    1. gac: Chez les bactéries le codon se terminant par g n'est pas dernier.
    2. cag: changement chez les archées par rapport aux bactéries.
    3. tag: chez les eucaryotes le codon se terminant par g est dernier.
    4. cag: différence très faible mais toujours non nulle.
tRNAs rapportés à 100 0000. Ordre des codons.
B t c a g
t cag acg − cga
c gac acg acg tga
a gca acg acg acg
g acg acg acg cag
A t c a g
t cag cag − cga
c cag acg acg cag
a gca acg cag cag
g cag acg acg cag
E t c a g
t cga tag − cga
c tga atg acg atg
a gta tag gca cag
g gta agt agc gac

Moyennes et variances pour 100 000 tRNAs des codons

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  • Lien Tableur: Moyennes et variances pour 100 000 tRNAs des codons
  • Légende:
    1. Moyenne et écart type sont faits sur les carrés, sauf certains carrés.
    2. % :rapport de l'écart type par la moyenne en pourcent.
    3. moyenne par génome: celle du codon pour calculer l'indice de multiplicité. Elle est égale à dom*moyenne/100 000, dom étant le nombre de tRNAs par domaine, 8 731 pour les archées, 119 380 pour les eucaryotes et 239 000 pour les bactéries. Voir les statistiques de la base de données.
    4. multiplicité moyenne: rapport "moyenne par génome" du codon divisé par le nombre d'espèces du domaine de la base de données, 184 pour les archées, 155 pour les eucaryotes et 4 032 pour les bactéries.
Moyenne pour 100 000 des codons classés sur la 3ème base.
moyenne écart % carrés sauf   moyenne
par génome		 multiplicité
moyenne
Bactéries
t 2 1.4 74 13 ct ac cg - -
c 2,457 945 38 15 cg 5,775 1.43
a 2,524 1,193 47 14 ta at 5,933 1.47
g 1,183 501 42 14 ta at 2,781 0.69
Archées
t 4 7 193 16 - -
c 2,365 350 15 16 207 1.12
a 2,257 246 11 13 ta at tg 197 1.07
g 1,843 120 7 14 ta at 161 0.88
Eucaryotes
t 939 912 97 16 1,081 6.97
c 1,156 1,150 99 16 1,331 8.58
a 2,306 2,027 88 14 ta tg 2,654 17.12
g 2,264 1,800 80 15 ta 2,606 16.81
Eucaryotes
t1 102 55 54 8 117 0.75
t2 1,776 421 24 8 2,045 13.19
c1 109 104 95 8 126 0.81
c2 2,202 564 26 8 2,535 16.35
t1+c1 105 81 76 16 121 0.78
t2+c2 1,989 529 27 16 2,290 14.77

Comparaison des 3 domaines avec les nombres des tRNAs

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  • Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [2]. La statistique de la base donne les effectifs suivants:
Domain		Number of Genomes	Number of tRNAs		Moyenne		Nombre de tRNAs
										comptés
Bacteria	4,032			239,000			59		235,027
Archaea		184			8,731			47		8,749
Eukaryota	155			119,380			770		115,111
Eukaryota	121			−			461		55,830
Zebrafish       1                       −                       12,258          12,258

Comparaison globale

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Codons par ordre de valeurs dans les carrés
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  • Lien Tableur: Codons par ordre de valeurs dans les carrés
  • Légende: classement des codons par leur ordre des effectifs de gène tRNA, dans les doublets des bactéries (B), des archées (A) et des eucaryotes (E). Les ordres sont ceux des tableaux I100, II100, III100.
Codons par ordre de valeurs dans les carrés
tt B A E
t 4 4 4
c 1 1 1
a 2 2 3
g 3 3 2
tc B A E
t 4 4 1
c 2 1 4
a 1 2 2
g 3 3 3
ta B A E
t 4 4 4
c 1 1 1
a − − −
g − − −
tg B A E
t 4 4 4
c 1 1 1
a 3 3 3
g 2 2 2
ct      
t 4 4 1
c 3 1 4
a 2 2 3
g 1 3 2
cc      
t 4 4 2
c 2 2 4
a 1 1 1
g 3 3 3
ca      
t 4 4 4
c 2 2 2
a 1 1 1
g 3 3 3
cg      
t 1 4 2
c 4 1 4
a 3 2 1
g 2 3 3
at      
t 4 4 2
c 2 2 4
a 3 3 3
g 1 1 1
ac      
t 4 4 1
c 2 2 4
a 1 1 2
g 3 3 3
aa      
t 4 4 4
c 2 1 2
a 1 2 3
g 3 3 1
ag      
t 4 4 4
c 2 1 1
a 1 2 2
g 3 3 3
gt      
t 4 4 2
c 2 1 4
a 1 2 3
g 3 3 1
gc      
t 4 4 3
c 2 2 4
a 1 1 1
g 3 3 2
ga      
t 4 4 4
c 2 2 3
a 1 1 1
g 3 3 2
gg      
t 4 4 4
c 1 1 3
a 2 2 2
g 3 3 1
Groupes de codons
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  • Lien Tableur: Groupes de codons
  • Légende: Les effectifs sont ceux des tableaux I100, II100, III100 sauf pour les faibles effectifs des tableaux I II III quand ils sont indiqués.
    − Groupe: Par exemple le groupe 111, est celui des codons classés en 1er dans chaque carré (doublet) des 3 domaines, bactéries (B), archées (A) et eucaryotes (E). L'attribution du groupe à chaque codon est faite dans le tableau des ordres.
    − Les paires de codons qui se ressemblent beaucoup sont soulignés en jaune.
Groupes de codons
Groupe B A E total
111 Tableaux I II III 100.
cca 2,320 2,103 1,426 5,849
tac 2,732 2,172 1,925 6,828
caa 2,718 2,240 1,989 6,947
ttc 2,598 2,457 1,679 6,734
gaa 4,118 2,629 6,150 12,897
gca 4,334 2,926 6,636 13,896
tgc 1,903 3,418 2,393 7,714
atg 7,670 6,732 3,355 17,757
B A E total
444 Tableaux I II III.
cat 4 0 47 51
agt 1 0 53 54
ttt 10 0 66 76
gat 0 0 100 100
ggt 1 1 132 134
aat 5 0 149 154
tat 4 0 155 159
tgt 3 0 233 236
B A E total
333 Tableaux I II III 100.
ata 23 23 739 786
tga 560 206 242 1,008
ccg 929 1,726 639 3,293
tcg 1,116 1,737 651 3,504
cag 1,016 1,886 1,606 4,509
agg 1,469 1,886 1,116 4,471
acg 1,174 1,932 724 3,830
B A E total
224 Tableaux I II III 100.
ccc 1,167 1,955 30 3,151
gcc 1,773 2,103 352 4,227
acc 1,920 2,160 134 4,214
atc 3,916 2,423 86 6,425
B A E total
332 Tableaux I II III 100.
gcg 521 1,817 4,115 6,453
gag 591 1,829 3,261 5,681
ttg 1,702 1,863 1,085 4,650
 
 
suite
Suite B A E total
223 Tableaux I II III 100.
cta 2,102 2,115 758 4,974
tta 2,021 2,183 773 4,977
gac 3,839 2,492 2,432 8,762
441
tct 2 0 1,618 1,621
act 44 0 1,912 1,956
ctt 157 11 1,369 1,538
442
cct 4 0 1,423 1,427
gtt 4 11 1,825 1,840
att 2 0 2,109 2,111
331
ggg 964 1,772 6,126 8,862
aag 1,033 1,897 5,268 8,198
gtg 559 1,943 2,713 5,215
222
tgg 1,858 2,103 1,722 5,683
cac 2,006 2,115 1,632 5,753
gga 2,347 2,160 4,811 9,318
B A E total
214 Tableaux I II III 100.
tcc 1,923 2,172 98 4,193
gtc 1,885 2,423 95 4,403
123
gta 3,769 2,126 945 6,840
aaa 3,874 2,252 2,293 8,419
122
tca 2,255 2,103 904 5,262
aga 2,044 2,126 1,531 5,701
Tableaux I II III 100.
314 ctc 1,638 2,446 32 4,116
414 cgc 142 2,137 50 2,329
233 cgg 1,427 1,589 453 3,470
132 ctg 2,207 1,829 1,126 5,161
112 aca 2,501 2,263 1,298 6,062
142 cgt 3,182 23 1,379 4,583
211 agc 1,881 2,137 1,646 5,665
321 cga 377 2,115 2,030 4,522
443 gct 1 0 2,573 2,574
113 ggc 3,946 2,777 2,849 9,572
212 aac 3,729 2,446 3,061 9,236
Comparaison par tri sur E et différences successives en %
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B A E E% B%
ccc 1,167 1,955 30 9 40
ctc 1,638 2,446 32 54 1056
cgc 142 2,137 50 74 2664
atc 3,916 2,423 86 10 108
gtc 1,885 2,423 95 4 2
tcc 1,923 2,172 98 36 0
acc 1,920 2,160 134 81 243
tga 560 206 242 45 217
gcc 1,773 2,103 352 29 24
cgg 1,427 1,589 453 41 54
ccg 929 1,726 639 2 20
tcg 1,116 1,737 651 11 5
acg 1,174 1,932 724 2 4918
ata 23 23 739 2 8882
cta 2,102 2,115 758 2 4
tta 2,021 2,183 773 17 12
tca 2,255 2,103 904 5 67
gta 3,769 2,126 945 15 122
ttg 1,702 1,863 1,085 3 16
agg 1,469 1,886 1,116 1 50
ctg 2,207 1,829 1,126 15 13
aca 2,501 2,263 1,298 5 1493
ctt 157 11 1,369 1 1927
cgt 3,182 23 1,379 3 74680
cct 4 0 1,423 0 54430
cca 2,320 2,103 1,426 7 14
aga 2,044 2,126 1,531 5 101
cag 1,016 1,886 1,606 1 47680
tct 2 0 1,618 1 94200
cac 2,006 2,115 1,632 1 7
agc 1,881 2,137 1,646 2 38
ttc 2,598 2,457 1,679 3 40
tgg 1,858 2,103 1,722 6 48411
gtt 4 11 1,825 5 1044
act 44 0 1,912 1 6133
tac 2,732 2,172 1,925 3 1
caa 2,718 2,240 1,989 2 620
cga 377 2,115 2,030 4 17640
att 2 0 2,109 9 182000
aaa 3,874 2,252 2,293 4 104
tgc 1,903 3,418 2,393 2 102
gac 3,839 2,492 2,432 6 451050
gct 1 0 2,573 5 65550
gtg 559 1,943 2,713 5 606
ggc 3,946 2,777 2,849 7 6
aac 3,729 2,446 3,061 7 531
gag 591 1,829 3,261 3 1199
atg 7,670 6,732 3,355 23 1373
gcg 521 1,817 4,115 17 351
gga 2,347 2,160 4,811 9 127
aag 1,033 1,897 5,268 16 7
ggg 964 1,772 6,126 0 327
gaa 4,118 2,629 6,150 8 5
gca 4,334 2,926 6,636
Diagramme de comparaison globale
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Similitude des comportements des codons dans les 3 domaines

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Corrélations entre nombre de tRNAs des 3 domaines A B E

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  1. Coefficient R 80.9 77.7: coefficient de corrélation respectivement de toute la colonne, des codons colorés en cyan.
  2. Domaine A B E, Ba Eb Ea: domaine respectivement des archées bactéries eucaryotes, diagramme respectivement de la corrélation AB BE AE.
  3. permutation: permutation entre le nombre de tRNAs du codon xyt et xyc pour le domaine E, 7 permutations, et le domaine B, 1 permutation. En supposant que les tRNAs des codons xyt de E se comportement relativement de la même façon que les codons xyc de B.
  4. Retraits:retrait des codons gxa,g et cga aag qui sont surexprimés dans le domaine E.
  5. X10: multiplication des nombres des tRNAs des domaines A et B pour adapter à l'échelle de E.
Corrélations entre nombre de tRNAs des 3 domaines A B E
Corrélation AB
Iab. Sans permuter
coefficient R 80.9
domaine B A
ttt 0.25 0
ttc 151 117
tta 118 104
ttg 99 89
ctt 9.2 0.54
ctc 95 116
cta 123 101
ctg 129 87
att 0.12 0
atc 228 115
ata 1.4 1.1
atg 447 320
gtt 0.22 0.54
gtc 110 115
gta 220 101
gtg 33 92
tct 0.12 0
tcc 112 103
tca 131 100
tcg 65 83
cct 0.25 0
ccc 68 93
cca 135 100
ccg 54 82
act 3 0
acc 112 103
aca 146 108
acg 68 92
gct 0.05 0
gcc 103 100
gca 253 139
gcg 30 86
tat 0.10 0
tac 159 103
cat 0.10 0
cac 117 101
caa 158 107
cag 59 90
aat 0.12 0
aac 217 116
aaa 226 107
aag 60 90
gat 0 0
gac 224 118
gaa 240 125
gag 34 87
tgt 0.07 0
tgc 111 163
tga 33 10
tgg 108 100
cgt 185 1.1
cgc 8.3 102
cga 22 101
cgg 83 76
agt 0.02 0
agc 110 102
aga 119 101
agg 86 90
ggt 0.02 0.54
ggc 230 132
gga 137 103
ggg 56 84
IIab. 1 permutation
86.6
B A
0.25 0
151 117
118 104
99 89
9.2 0.54
95 116
123 101
129 87
0.12 0
228 115
1.4 1.1
447 320
0.22 0.54
110 115
220 101
33 92
0.12 0
112 103
131 100
65 83
0.25 0
68 93
135 100
54 82
3 0
112 103
146 108
68 92
0.05 0
103 100
253 139
30 86
0.10 0
159 103
0.10 0
117 101
158 107
59 90
0.12 0
217 116
226 107
60 90
0 0
224 118
240 125
34 87
0.07 0
111 163
33 10
108 100
8.3 1.1
185 102
22 101
83 76
0.02 0
110 102
119 101
86 90
0.02 0.54
230 132
137 103
56 84
IIIab. codons xya,g
84.0
B A
 
 
118 104
99 89
 
 
123 101
129 87
 
 
1.4 1.1
447 320
 
 
220 101
33 92
 
 
131 100
65 83
 
 
135 100
54 82
 
 
146 108
68 92
 
 
253 139
30 86
 
 
 
 
158 107
59 90
 
 
226 107
60 90
 
 
240 125
34 87
 
 
33 10
108 100
 
 
22 101
83 76
 
 
119 101
86 90
 
 
137 103
56 84
IVab. Diagramme AB x10
86.6 77.7
codons A Ba
ttt 0 2.5
att 0 1.2
tct 0 1.2
cct 0 2.5
act 0 26
gct 0 0.5
tat 0 1.0
cat 0 1.0
aat 0 1.2
gat 0 0
tgt 0 0.7
agt 0 0.2
ctt 5.4 92
gtt 5.4 2.2
ggt 5.4 0.2
ata 10.9 13.6
cgt 11 83
tga 98 326
cgg 755 832
ccg 821 541
tcg 826 650
ggg 842 562
gcg 864 304
ctg 870 1,286
gag 870 344
ttg 886 992
cag 897 593
agg 897 856
aag 902 602
acg 918 685
gtg 924 326
ccc 929 680
tca 1,000 1,314
cca 1,000 1,352
gcc 1,000 1,033
tgg 1,000 1,083
cta 1,005 1,225
cac 1,005 1,169
cga 1,005 220
gta 1,011 2,197
aga 1,011 1,191
cgc 1,016 1,855
agc 1,016 1,097
acc 1,027 1,119
gga 1,027 1,368
tcc 1,033 1,121
tac 1,033 1,592
tta 1,038 1,178
caa 1,065 1,584
aaa 1,071 2,258
aca 1,076 1,458
atc 1,152 2,282
gtc 1,152 1,099
ctc 1,163 955
aac 1,163 2,174
ttc 1,168 1,514
gac 1,185 2,238
gaa 1,250 2,401
ggc 1,321 2,300
gca 1,391 2,526
tgc 1,625 1,109
atg 3,201 4,471
Corrélation BE
Ibe. Sans permuter
35.6
B E
ttt 0.25 43
ttc 151 1,247
tta 118 574
ttg 99 806
ctt 9.2 1,017
ctc 95 24
cta 123 563
ctg 129 836
att 0.12 1,566
atc 228 64
ata 1.4 549
atg 447 2,492
gtt 0.22 1,355
gtc 110 70
gta 220 702
gtg 33 2,015
tct 0.12 1,202
tcc 112 73
tca 131 672
tcg 65 483
cct 0.25 1,057
ccc 68 22
cca 135 1,059
ccg 54 474
act 3 1,420
acc 112 99
aca 146 964
acg 68 537
gct 0.05 1,911
gcc 103 261
gca 253 4,928
gcg 30 3,056
tat 0.10 100
tac 159 1,430
cat 0.10 30
cac 117 1,212
caa 158 1,477
cag 59 1,193
aat 0.12 96
aac 217 2,274
aaa 226 1,703
aag 60 3,912
gat 0 65
gac 224 1,806
gaa 240 4,567
gag 34 2,422
tgt 0.07 150
tgc 111 1,777
tga 33 180
tgg 108 1,279
cgt 185 1,024
cgc 8.3 37
cga 22 1,508
cgg 83 337
agt 0.02 34
agc 110 1,223
aga 119 1,137
agg 86 829
ggt 0.02 85
ggc 230 2,115
gga 137 3,573
ggg 56 4,550
IIbe. 7 permutations
52.4
B E
0.25 43
151 1,247
118 574
99 806
9.2 24
95 1,017
123 563
129 836
0.12 64
228 1,566
1.4 549
447 2,492
0.22 70
110 1,355
220 702
33 2,015
0.12 73
112 1,202
131 672
65 483
0.25 22
68 1,057
135 1,059
54 474
3 99
112 1,420
146 964
68 537
0.05 261
103 1,911
253 4,928
30 3,056
0.10 100
159 1,430
0.10 30
117 1,212
158 1,477
59 1,193
0.12 96
217 2,274
226 1,703
60 3,912
0 65
224 1,806
240 4,567
34 2,422
0.07 150
111 1,777
33 180
108 1,279
185 1,024
8.3 37
22 1,508
83 337
0.02 34
110 1,223
119 1,137
86 829
0.02 85
230 2,115
137 3,573
56 4,550
IIIbe. retraits et X10
90.4
B E
2.48 43
1514 1,247
1178 574
992 806
91.5 24
955 1,017
1225 563
1286 836
1.24 64
2282 1,566
13.6 549
4471 2,492
2.23 70
1099 1,355
 
 
1.24 73
1121 1,202
1314 672
650 483
2.48 22
680 1,057
1352 1,059
541 474
26 99
1119 1,420
1458 964
685 537
0.50 261
 
 
 
0.99 100
1592 1,430
0.99 30
1169 1,212
1584 1,477
593 1,193
1.24 96
2174 2,274
2258 1,703
 
0 65
2238 1,806
 
 
0.74 150
 
326 180
1083 1,279
1855 1,024
82.6 37
 
832 337
0.25 34
1097 1,223
1191 1,137
856 829
0.25 85
2300 2,115
 
 
IVbe. Diagramme BE x10
90.4 75.4
codons B Eb
gat 0 65
agt 0.25 34
ggt 0.25 85
gct 0.50 261
tgt 0.74 150
tat 0.99 100
cat 0.99 30
att 1.24 64
tct 1.24 73
aat 1.24 96
gtt 2.23 70
ttt 2.48 43
cct 2.48 22
ata 13.6 549
act 26 99
cgc 82.6 37
ctt 91.5 24
tga 326 180
ccg 541 474
cag 593 1,193
tcg 650 483
ccc 680 1,057
acg 685 537
cgg 832 337
agg 856 829
ctc 955 1,017
ttg 992 806
tgg 1083 1,279
agc 1097 1,223
gtc 1099 1,355
acc 1119 1,420
tcc 1121 1,202
cac 1169 1,212
tta 1178 574
aga 1191 1,137
cta 1225 563
ctg 1286 836
tca 1314 672
cca 1352 1,059
aca 1458 964
ttc 1514 1,247
caa 1584 1,477
tac 1592 1,430
cgt 1855 1,024
aac 2174 2,274
gac 2238 1,806
aaa 2258 1,703
atc 2282 1,566
ggc 2300 2,115
atg 4471 2,492
tgc
gcc
gta
gtg
gca
gcg
aag
gaa
gag
cga
gga
ggg
Corrélation AE
Iae. Sans permuter
34.8
A E
ttt 0 43
ttc 117 1,247
tta 104 574
ttg 89 806
ctt 0.54 1,017
ctc 116 24
cta 101 563
ctg 87 836
att 0 1,566
atc 115 64
ata 1.1 549
atg 320 2,492
gtt 0.54 1,355
gtc 115 70
gta 101 702
gtg 92 2,015
tct 0 1,202
tcc 103 73
tca 100 672
tcg 83 483
cct 0 1,057
ccc 93 22
cca 100 1,059
ccg 82 474
act 0 1,420
acc 103 99
aca 108 964
acg 92 537
gct 0 1,911
gcc 100 261
gca 139 4,928
gcg 86 3,056
tat 0 100
tac 103 1,430
cat 0 30
cac 101 1,212
caa 107 1,477
cag 90 1,193
aat 0 96
aac 116 2,274
aaa 107 1,703
aag 90 3,912
gat 0 65
gac 118 1,806
gaa 125 4,567
gag 87 2,422
tgt 0 150
tgc 163 1,777
tga 10 180
tgg 100 1,279
cgt 1.1 1,024
cgc 102 37
cga 101 1,508
cgg 76 337
agt 0 34
agc 102 1,223
aga 101 1,137
agg 90 829
ggt 0.54 85
ggc 132 2,115
gga 103 3,573
ggg 84 4,550
IIae. 8 permutations
59.8
A E
0 43
117 1,247
104 574
89 806
0.54 24
116 1,017
101 563
87 836
0 64
115 1,566
1.1 549
320 2,492
0.54 70
115 1,355
101 702
92 2,015
0 73
103 1,202
100 672
83 483
0 22
93 1,057
100 1,059
82 474
0 99
103 1,420
108 964
92 537
0 261
100 1,911
139 4,928
86 3,056
0 100
103 1,430
0 30
101 1,212
107 1,477
90 1,193
0 96
116 2,274
107 1,703
90 3,912
0 65
118 1,806
125 4,567
87 2,422
0 150
163 1,777
10 180
100 1,279
1.1 37
102 1,024
101 1,508
76 337
0 34
102 1,223
101 1,137
90 829
0.54 85
132 2,115
103 3,573
84 4,550
IIIae. retraits et X10
87.4
A E
0 43
1,168 1,247
1,038 574
886 806
5 24
1,163 1,017
1,005 563
870 836
0 64
1,152 1,566
11 549
3,201 2,492
5 70
1,152 1,355
 
 
0 73
1,033 1,202
1,000 672
826 483
0 22
929 1,057
1,000 1,059
821 474
0 99
1,027 1,420
1,076 964
918 537
0 261
 
 
 
0 100
1,033 1,430
0 30
1,005 1,212
1,065 1,477
897 1,193
0 96
1,163 2,274
1,071 1,703
 
0 65
1,185 1,806
 
 
0 150
 
98 180
1,000 1,279
11 37
1,016 1,024
1,005 1,508
755 337
0 34
1,016 1,223
1,011 1,137
897 829
5 85
1,321 2,115
 
 
IVae. Diagramme AE x10
87.4 76.2
codons A Ea
ttt 0 43
att 0 64
tct 0 73
cct 0 22
act 0 99
gct 0 261
tat 0 100
cat 0 30
aat 0 96
gat 0 65
tgt 0 150
agt 0 34
ctt 5 24
gtt 5 70
ggt 5 85
ata 11 549
cgt 11 37
tga 98 180
cgg 755 337
ccg 821 474
tcg 826 483
ctg 870 836
ttg 886 806
cag 897 1,193
agg 897 829
acg 918 537
ccc 929 1,057
tca 1,000 672
cca 1,000 1,059
tgg 1,000 1,279
cta 1,005 563
cac 1,005 1,212
cga 1,005 1,508
aga 1,011 1,137
cgc 1,016 1,024
agc 1,016 1,223
acc 1,027 1,420
tcc 1,033 1,202
tac 1,033 1,430
tta 1,038 574
caa 1,065 1,477
aaa 1,071 1,703
aca 1,076 964
atc 1,152 1,566
gtc 1,152 1,355
ctc 1,163 1,017
aac 1,163 2,274
ttc 1,168 1,247
gac 1,185 1,806
ggc 1,321 2,115
tgc 1,625 1,777
atg 3,201 2,492
gcc
gta
gtg
gca
gcg
aag
gaa
gag
gga
ggg

Rapport E/B des codons

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  • Lien Tableur: Rapport E/B des codons
  • Légende: Valeur du codon se terminant par x de E / Valeur du codon se terminant par x de B
  1. 0.8: t de E / c de B
  2. Tableau rapport E/B pour 100 000: d'après les valeurs des tableaux III100 / I100
  3. Tableau rapport E/B par génome: d'après les valeurs des tableaux III1 / I1
Rapport E/B pour 100 000.
ttt tct 0.83 tat tgt
c 0,63 c − c 0,69 c 1,23
a 0,38 a 0,39 a - a 0,42
g 0,63 g 0,57 g - g 0,91
ctt 0.82 cct 1.20 cat cgt 0,42
c − c − c 0,80 c 0,34
a 0,35 a 0,60 a 0,72 a 5,27
g 0,50 g 0,67 g 1,55 g 0,31
att 0.53 act 0.98 aat agt
c − c − c 0,81 c 0,86
a 31 a 0,51 a 0,58 a 0,73
g 0,43 g 0,60 g 5,00 g 0,75
gtt 0.95 gct 1.42 gat ggt
c − c − c 0,62 c 0,71
a 0,25 a 1,50 a 1,46 a 2,01
g 4,76 g 7,75 g 5,41 g 6,23
Rapport E/B par génome.
ttt tct 11 tat tgt
c 8 c 0.7 c 9 c 16
a 5 a 5 a − a 6
g 8 g 7 g − g 12
ctt 11 cct 16 cat cgt 6
c 0.3 c 0.3 c 10 c 4
a 5 a 8 a 9 a 69
g 7 g 9 g 20 g 4
att 5 act 13 aat agt
c 0.3 c 0.9 c 10 c 11
a 402 a 7 a 8 a 10
g 6 g 8 g 65 g 10
gtt 12 gct 18 gat ggt
c 0.6 c 2.5 c 8 c 9
a 3.2 a 20 a 19 a 26
g 62 g 101 g 70 g 81

Totaux des carrés pour 100 000 tRNAs

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tRNAs rapportés à 100 0000. totaux des carrés.
B t c a g
t 6 219 5 208 2 688 4 250
c 6 002 4 346 5 647 5 043
a 11 418 5 546 8 494 5 305
g 6 113 6 518 8 406 7 136
A t c a g
t 6 517 6 025 2 176 5 738
c 6 414 5 795 6 254 5 876
a 9 197 6 368 6 609 6 162
g 6 517 6 861 6 964 6 735
E t c a g
t 3 466 3 155 1 986 4 397
c 3 167 3 391 5 080 3 772
a 6 065 3 922 10 368 4 184
g 5 379 13 187 11 503 13 403

Variation en % entre la 1ère et la 2ème valeur

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  1. -17, variation en % des 2 1ères valeurs; 779 différence en valeur absolue de la base de données de référence. La variation est calculée entre le nombre de codons contenu dans la cellule affichant la variation en % (-17) et celui contenu dans la cellule affichant la différence en valeur absolue (779).
  2.     : 4ème valeur sans changement entre B et A ou E
  3.     : 3ème valeur sans changement entre B et A ou E
  4.     : 4ème valeur après changement entre B et A ou E
  5.     : 3ème valeur après changement entre B et A ou E
  • Moyenne des valeurs absolues des variations:
	B	A	E
Moy	48.1	18.2	39.1
Ecart	47.4	21.0	24.5
%	98.5	115.2	62.7
Variation en % entre la 1ère et la 2ème valeur.
I100. Nombre de tRNAs. 4032 Bactéries
ttt tct tat tgt
c 29 c -17 c c 2
a 1 356 a 779 a - a
g g g - g 107
ctt cct cat cgt 123
c c -99 c -35 c
a -5 a 2 711 a 1 673 a
g 246 g g g 4 123
att act aat agt
c -49 c -30 c -4 c -9
a a 1 365 a 341 a 382
g 8 823 g g g
gtt gct gat ggt
c -100 c -144 c -7 c 68
a 4 429 a 6 019 a 656 a 3 758
g g g g
II100. Nombre de tRNAs. 184 Archées
ttt tct tat tgt
c 13 c 3 c c 63
a 24 a 6 a - a
g g g - g 115
ctt cct cat cgt
c 16 c -8 c -6 c 1
a 29 a 13 a 11 a 2
g g g g
att act aat agt
c -64 c -5 c 9 c 1
a a 9 a 17 a 1
g 377 g g g
gtt gct gat ggt
c 14 c -39 c -6 c 29
a 26 a 72 a 12 a 54
g g g g
III100. Nombre de tRNAs. 155 Eucaryotes
ttt tct 79 tat tgt
c 55 c c c 39
a a 822 a - a
g 684 g g - g 773
ctt 22 cct 0 cat cgt -32
c c c -22 c
a a 3 a 410 a 750
g 280 g g g
att -37 act 47 aat agt
c c c -42 c 7
a a 707 a a 133
g 1 434 g g 2 540 g
gtt -33 gct gat ggt
c c c c
a a 61 a 89 a -21
g 1 022 g 2 902 g 3 325 g 1 514

Nombres de tRNAs des 4032 bactéries

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  • Lien Tableur: Nombres de tRNAs des 4032 bactéries
  • Base de données gtRNAdb [3]
  • Légende:
    1. I. Nombres de tRNAs. 4032 bactéries.
        5   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ils sont tous inférieurs à 11 sauf ctt cgt act.
      4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g.
      2622: Effectif faible de tRNAs.
    2. II. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires de 4 codons (1ère et 2ème base). Total d’une requête: Comptage fait pour les carrés. C’est un nombre de bactéries ayant x tRNAs pour un seul et même codon.
      − Total d'une requête: Le 1er codon se terminant par t n'a pas de solitaire sauf ici pour Arg, et il est remplacé par le total de la requête.
      − a,g,c : Nombre de bactéries à tRNAs solitaires pour les carrés de 4 codons.
      − 106*: solitaires du codon cgt. Le carré de Arg étant complet le total de la requête est représenté par *, il est de 3946.
      − Note: le total des bactéries de la base des tRNA est de 4032. Cependant le total des bactéries comptées est compris entre 3832-3947. Est-ce que ce qui manque est du aux bactéries sans tRNAs pour les codons demandés? Cela ne serait pas vrai pour les aas à 2 codons.
      − Méthode pour compter, cas de la Thr, anti-codons xGT:
      • Sélectionner les anticodons pour la requête (ne pas oublier de mettre Bacteria dans Domain). Copier le résultat, ctrl+A, ctrl+C.
      • Dans calc ctrl+V, supprimer le dessin en le sélectionnant, supprimer toutes les colonnes sauf la colonne des anticodons, sélectionner le 1er anticodon puis ctrl+schift+fin ce qui sélectionne tous les anticodons et les cellules à blanc. Il n'y a pas de cellule intercalée entre 2 anticodon de la même bactérie.
      • Copier,ctrl+v, dans writer (texte non formaté), ctrl+h (expression régulière, $ en ; tout remplacer), ctrl+h (décocher expression régulière, ;; en *;;* tout remplacer). Le tout rechercher de * ;;* donne le total de la requête (nombre total de bactéries moins 1). Mettre un * à la fin mais pas début (le logiciel déplace tout le texte pour insérer *, ce qui prend beaucoup de temps). Repérer le motif du début avant * ;;*. Si le motif concerne une recherche ultérieure, en tenir compte.
      • ctrl+h (*GGT* tout rechercher donne 2, *TGT* donne 21, *TGT;TGT* donne 34 . . . ). Poursuivre la recherche des multiples jusqu'à épuisement. En général il faut s’arrêter à l’obtention de 2 zéros consécutifs. Aussi le total est approximatif à une ou 2 unités. Le nombre représenté dans le tableau est le total de tous les multiples comptés.
    3. III. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons a,g et t,c. Total d’une requête: tRNAs solitaires pour les codons se terminant par a ou g et t ou c; total des bactéries d'une requête de la base de données suivant les codons demandés.
      stc,sag, tt (1ère et 2ème base d'un carré) , tc . . . : Total des bactéries respectivement de la requête pour 2 codons se terminant par t ou c, pour 2 codons se terminant par a ou g.
      a,g,t,c : Nombre de bactéries à tRNAs solitaires pour les codons se terminant par a,g,t,c.
      − Trp-Sec: Les solitaires de Sec sont en fait des Trp (tga).
    4. IV. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires: calculés à partir des tableaux II et III précédents.
      tt (1ère et 2ème base d'un carré) , tc . . .
      %4: Pourcentage des bactéries à 1 seul codon à tRNA dans les carrés de 4; toujours a est à plus de 90% sauf pour cgt (Arg) et atg (Met).
      %2: Pourcentage des bactéries à 1 seul codon à tRNA pour les codons se terminant par a ou g. Toujours a est à plus de 90% sauf pour R (cg), L (tt), M et W.
      1a1g: Nombre de bactéries ayant 1 tRNA pour le codon se terminant par a et 1 tRNA pour le codon se terminant par g. Permet de mettre en exergue les autres bactéries ayant des tRNAs multiples.
    5. V. Multiplicité des tRNAs en %: Voir les calculs.
I. Nombre de tRNAs.
4032 bactéries
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
c 6105 c 4520 c 6420 c 4473
a 4749 a 5299 a − a 1315
g 3999 g 2622 g − g 4366
ctt 369 cct 10 cat 4 cgt 7478
c 3849 c 2742 c 4715 c 333
a 4940 a 5453 a 6388 a 887
g 5186 g 2183 g 2389 g 3355
att 5 act 103 aat 5 agt 1
c 9,203 c 4513 c 8,764 c 4422
a 55 a 5878 a 9,105 a 4804
g 18,026 g 2760 g 2427 g 3452
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
c 4430 c 4166 c 9,023 c 9,273
a 8,859 a 10,185 a 9,679 a 5515
g 1313 g 1224 g 1388 g 2266
II. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires de 4 codons. Total d'une requête.
ttt 3948 tct 3945 tat 3934 tgt 3947
c 15 c 2 c 3930 c 12
a 0 a 85 a − a 0
g 2 g 0 g − g 17
ctt 3942 cct 3941 cat 3948 cgt 106*
c 7 c 3 c 5 c 1
a 98 a 1173 a 6 a 7
g 0 g 1 g 2 g 7
att 3949 act 3946 aat 3949 agt 3944
c 2 c 2 c 2 c 1
a 0 a 152 a 5 a 0
g 81 g 3 g 1 g 0
gtt 3943 gct 3934 gat 3949 ggt 3948
c 8 c 32 c 5 c 9
a 724 a 877 a 8 a 66
g 1 g 7 g 1 g 0
III. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons a,g. Total d’une requête.
tt − tc − ta − tg −
sag 3933 sag 3943 sag − sag 3934
a 96 a 1493 a − a 15
g 190 g 22 g − g 2629
ct − cc − ca − cg −
sag 3935 sag 3939 sag 3943 sag 3833
a 692 a 1813 a 2130 a 539
g 30 g 5 g 18 g 3026
at − ac − aa − ag −
sag 3947 sag 3944 sag 3941 sag 3928
a 0 a 1288 a 1899 a 780
g 3947 g 13 g 9 g 10
gt − gc − ga − gg −
sag 3935 sag 3902 sag 3928 sag 3939
a 2724 a 2721 a 2808 a 1699
g 2 g 11 g 5 g 11
  • Complément Tableau III:
Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons c,t.					
			sct	t	c
		ac	3775	41	3682
		cg	3932	3614	307
		ct	3834	323	3502
IV. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires.
tt tc ta tg
%4 − 2.2 − −
1a1g 2804 2114 − 1238
%2 7 38 − 67
ct cc ca cg
%4 2.7 29.9 − 3.1
1a1g 962 1911 996 222
%2 18 46 54 93
at ac aa ag
%4 2.1 4.0 − −
1a1g 0 2166 1155 2579
%2 100 33 48 20
gt gc ga gg
%4 18.6 23.3 − 1.9
1a1g 1051 562 602 1973
%2 69 70 72 43
ct cg ac −
%4 2.7 3.1 4.0 −
1t1c 8 10 41 −
%2 99 99 98 −
V. Multiplicité des tRNAs.
   FL     SS     YX     CW 
t 1,00 1,00 1,00 1,00
c 1,55 1,18 1,63 1,14
a 1,27 1,35 - 1,01
g 1,04 1,07 - 1,11
LL P HQ RR
t 1,11 1,00 1,33 2,06
c 1,10 1,03 1,20 1,05
a 1,26 1,39 1,63 1,10
g 1,86 1,03 1,32 1,02
IM T NK SR
t 1,00 1,11 1,00 1,00
c 2,38 1,21 2,23 1,12
a 1,15 1,50 2,32 1,23
g 4,57 1,04 1,19 1,10
V A DE G
t 1,00 1,00 0,00 1,00
c 1,38 1,37 2,29 2,39
a 2,25 2,62 2,47 1,40
g 1,09 1,04 1,24 1,01

Calcul de la multiplicité des tRNAs

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  • Lien Tableur: Calcul de la multiplicité des tRNAs
  • Légende: tRNAs, nombre affiché par la requête. lignes, nombre de lignes affiché dans calc après nettoyage. bactéries=lignes - tRNAs. multiplicité= tRNAs / bactéries.
Décompte des multiplicités des tRNAs par codon
t c a g
tRNAs lignes bactéries multiplicité   tRNAs lignes bactéries multiplicité   tRNAs lignes bacteries multiplicité   tRNAs lignes bactéries multiplicité
 
t t 10 19 10 1,00 5 9 5 1,00 4 7 4 1,00 3 5 3 1,00
c 6105 10044 3940 1,55 4520 8343 3824 1,18 6420 10353 3934 1,63 4473 8401 3929 1,14
a 4749 8491 3743 1,27 5299 9221 3923 1,35 1 0,00 1315 2619 1305 1,01
g 3999 7835 3837 1,04 2622 5071 2450 1,07 1 0,00 4366 8285 3920 1,11
 
c t 369 700 332 1,11 10 19 10 1,00 4 6 3 1,33 7478 11102 3625 2,06
c 3849 7359 3511 1,10 2742 5399 2658 1,03 4715 8649 3935 1,20 333 650 318 1,05
a 4940 8857 3918 1,26 5453 9386 3934 1,39 6388 10312 3925 1,63 887 1693 807 1,10
g 5186 7969 2784 1,86 2183 4307 2125 1,03 2389 4201 1813 1,32 3355 6648 3294 1,02
 
a t 5 9 5 1,00 103 195 93 1,11 5 9 5 1,00 1 1 1 1,00
c 9203 13067 3865 2,38 4513 8246 3734 1,21 8764 12695 3932 2,23 4422 8354 3933 1,12
a 55 102 48 1,15 5878 9808 3931 1,50 9105 13036 3932 2,32 4804 8721 3918 1,23
g 18026 21972 3947 4,57 2760 5415 2656 1,04 2427 4468 2042 1,19 3452 6600 3149 1,10
 
g t 9 17 9 1,00 2 3 2 1,00 0 0 1 0,00 1 1 1 1,00
c 4430 7637 3208 1,38 4166 7201 3036 1,37 9023 12957 3935 2,29 9273 13153 3881 2,39
a 8859 12791 3933 2,25 10185 14075 3891 2,62 9679 13603 3925 2,47 5515 9442 3928 1,40
g 1313 2521 1209 1,09 1224 2404 1181 1,04 1388 2509 1122 1,24 2266 4505 2240 1,01

Comparaison des codons par les 2 1ères bases

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Comparaison des codons avec les 2 1ères bases
Multiplicité NK DE HQ    V A    SS T    P G    RR    LL    FL SR    IM CW    YX
t 1,00 0,00 1,33 1,00 1,00 1,00 1,11 1,00 1,00 2,06 1,11 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00
c 2,23 2,29 1,20 1,38 1,37 1,18 1,21 1,03 2,39 1,05 1,10 1,55 1,12 2,38 1,14 1,63
a 2,32 2,47 1,63 2,25 2,62 1,35 1,50 1,39 1,40 1,10 1,26 1,27 1,23 1,15 1,01 −
g 1,19 1,24 1,32 1,09 1,04 1,07 1,04 1,03 1,01 1,02 1,86 1,04 1,10 4,57 1,11 −
total tRNAs
t 5 0 4 9 2 5 103 10 1 7478 369 10 1 5 3 4
c 8,764 9,023 4715 4430 4166 4520 4513 2742 9,273 333 3849 6105 4422 9,203 4473 6420
a 9,105 9,679 6388 8,859 10,185 5299 5878 5453 5515 887 4940 4749 4804 55 1315 −
g 2427 1388 2389 1313 1224 2622 2760 2183 2266 3355 5186 3999 3452 18,026 4366 −
codon solitaire
t 3949 3949 3948 3943 3934 3945 3946 3941 3948 106* 3942 3948 3944 3949 3947 3934
c 2 5 5 8 32 2 2 3 9 1 7 15 1 2 12 3930
a 5 8 6 724 877 85 152 1173 66 7 98 0 0 0 0 -
g 1 1 2 1 7 0 3 1 0 7 0 2 0 81 17 -
solitaire a,g
total 3941 3928 3943 3935 3902 3943 3944 3939 3939 3833 3935 3933 3928 3947 3924 -
a 1899 2808 2130 2724 2721 1493 1288 1813 1699 539 692 96 780 0 15 −
g 9 5 18 2 11 22 13 5 11 3026 30 190 10 3947 2629 −
moyenne codon
t/c % 4 7 -17 11 -41 4 -56 5 -17 -25 -7 -2 -35 -7 -15 8
a/g % 20 27 -39 -48 -32 -15 -8 -54 49 -73 -144 39 84 -59 -191 103
ordre corrélation
t 3a 8a 15a 9a 14a 17a 11a 12a 28a 32a 27a 2a 6a 6a 21a 1a
c 13g 1g 4g 12g 7g 22g 8g 20g 3g 5g 17g 2g 9g 9g 23g 11g
a 5a 20a 10a 22a 13a 7a 19a 16a 23a 31a 25a 4a 26a 26a 26g 29a
g 19g 18g 6g 21g 15g 16g 24g 14g 29g 25g 10g 30a 30g 30g 28g 31g

Au niveau de l'ADN le code génétique est structuré par doublets.

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Lignes et colonnes

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  • Lien Tableur: Lignes et colonnes
  • Légende: Les moyennes des codons de la 3ème base appartenant aux doublets ayant la même 1ère base (ligne) ou ayant la même 2ème base (colonne) sont faites sur 4 codons ou sur 3 codons seulement quand on rencontre les codons stop (taa tag) ou le codon ata lorsqu'il est trop faible ( sauf celui des eucaryotes) ou le codon atg à effectif très élevé (sauf celui des eucaryotes). La moyenne des lignes et colonnes est faite sur 12 codons ou seulement 10 quand on rencontre les codons taa tag ata atguand les codons xyt ont des effectifs élevés ils sont permutés avec les codons xyc ( 1 permutation chez les bactéries et 8 chez les eucaryotes). Aussi les lignes et colonnes xyt contiennent les valeurs faibles après permutation et les lignes et colonnes xyc contiennent les valeurs fortes après permutation.
    n pour nombre de codons, mcod pour moyenne des codons, Lig. pour ligne, Col. pour colonne et car. pour carré ou doublet.
    txt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt tct tat tgt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc tcc tac tgc" de la 3ème base c . . . etc. (Ligne Lig.)
    xtt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt ctt att gtt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc ctc atc gtc" de la 3ème base c . . . etc. (colonne Col.)
Lignes Colonnes pour 100000 tRNAs.
IIILC. 155 Eucaryotes. 115 111
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
tx t 4 123
c 4 1,904
a 3 640
g 3 1,153
col. n mcod
xt t 4 68
c 4 1,746
a 4 804
g 4 2,070
cx t 4 38
c 4 1,451
a 4 1,550
g 4 956
xc t 4 153
c 4 1,882
a 4 2,566
g 4 1,532
ax t 4 99
c 4 2,182
a 4 1,465
g 4 2,616
xa t 4 98
c 4 2,263
a 3 3,477
g 3 3,378
gx t 4 162
c 4 2,420
a 4 4,636
g 4 4,054
xg t 4 103
c 4 2,067
a 4 2,154
g 4 2,354
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 12 12
mcod 1,299 1,319 2,088 3,703
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 12 12 10 12
mcod 1,540 1,993 2,962 2,192
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 3.59 3.27 2.06 4.56
c 3.28 3.52 5.27 3.91
a 6.29 4.07 10.75 4.34
g 5.58 13.68 11.93 13.90
ILC. 4032 Bactéries. 235 027.
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
txt 4 2
c 4 2,289
a 3 1,612
g 3 1,558
Col. n mcod
xtt 4 42
c 4 2,509
a 3 2,631
g 3 1,489
cxt 4 76
c 4 1,998
a 4 1,879
g 4 1,395
xct 4 13
c 4 1,696
a 4 2,852
g 4 935
axt 4 12
c 4 2,862
a 3 2,806
g 3 1,225
xat 4 1
c 4 3,076
a 3 3,570
g 3 880
gxt 4 1
c 4 2,861
a 4 3,642
g 4 659
xgt 4 36
c 4 2,728
a 4 1,332
g 4 1,430
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 10 12
mcod 1,867 1,757 2,354 2,387
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 10 12 10 12
mcod 2,239 1,828 2,566 1,830
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 6.32 5.30 2.73 4.32
c 6.10 4.42 5.74 5.13
a 11.61 5.64 8.64 5.39
g 6.22 6.63 8.55 7.26
IILC. 184 Archées. 8 749
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
txt 4 0
c 4 2,555
a 3 1,497
g 3 1,901
Col. n mcod
xtt 4 6
c 4 2,437
a 3 2,141
g 3 1,878
cxt 4 9
c 4 2,163
a 4 2,143
g 4 1,757
xct 4 0
c 4 2,097
a 4 2,349
g 4 1,803
axt 4 0
c 4 2,292
a 3 2,214
g 3 1,905
xat 4 0
c 4 2,306
a 3 2,374
g 3 1,871
gxt 4 6
c 4 2,449
a 4 2,460
g 4 1,840
xgt 4 9
c 4 2,617
a 4 1,652
g 4 1,837
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 10 12
mcod 2,041 2,021 2,152 2,250
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 10 12 10 12
mcod 2,181 2,083 2,196 2,035
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 6.50 6.01 2.17 5.73
c 6.40 5.78 6.24 5.86
a 9.18 6.36 6.60 6.15
g 6.50 6.85 6.95 6.72


Demi-doublets

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  • Lien Tableur: Demi-doublets
  • Légende:
    − Domaine E: ensemble des 155 eucaryotes avec un total de tRNAs de 115 111.
    − Domaine B: ensemble des 4032 bactéries avec un total de tRNAs de 235 027.
    − Domaine A: ensemble des 184 archées avec un total de tRNAs de 8 749.
    − g/a: rapport des codons xyg sur xya de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs,   1.4  rapport inverse de g/a.
    − t/c: rapport des codons xyc sur xyt de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs,   16  rapport inverse de t/c.
    − t c a g: colonnes du tableau des effectifs
  • Tableaux du texte:
Demi-doublets par domaine
Domaine E. Demi-doublets
t c a g
t/c 29 16 14 12
g/a 1.4 1.4 − 7.1
t/c 43 48 40 28
g/a 1.5 2.2 1.2 4.5
t/c 25 14 24 36
g/a 4.5 1.8 2.3 1.4
t/c 19 7.3 28 25
g/a 2.9 1.6 1.9 1.3
Domaine B. Demi-doublets
t c a g
t/c − − − −
g/a 1.2 2.0 − 3.3
t/c 10 − − 22
g/a 1.05 2.5 2.7 3.8
t/c − 44 − −
g/a 328 2.1 3.8 1.4
t/c − − − −
g/a 6.7 8.3 7.0 2.4
Domaine A. Demi-doublets
t c a g
t/c − − − −
g/a 1.17 1.21 − 10.2
t/c − − − −
g/a 1.16 1.22 1.19 1.33
t/c − − − −
g/a 295 1.17 1.19 1.13
t/c − − − −
g/a 1.09 1.61 1.44 1.22

Codons ne suivant pas le processus GC

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  • Légende: mcod, moyenne du codon − mcor, moyenne des corrélations en valeurs absolues du codon − 7 cod dans le carré des 7 codons − seul, corrélation solitaire forte − max, corrélation maximum en dehors de la solitaire.
  • tga est l’équivalent de taa puisque il y a revirement total.
  • Alors que ttg se comporte comme cga, mais à l’envers.
  • Donc il y a 6 indéterminés : ttg cga cgt agg tag atg.
  • taa et ggg sont normaux donc ont un total de 63 codons pour le décompte des processus.
  • Les 7 codons ont un total de 57 codons en dehors des 7.
  • Il y a une inconnue sur le processus de la corrélation dans le carré des 7 codons.
7 codons ne suivant pas le processus GC
Processus Corrélations sup 0.40 Notes
mcod mcor non GC GC non GC GC 7 cod seul max
taa 3 42.0 4 59 0 44 − - 80 tga - 60 gag
ttg 81 26.6 53 4 9 0 1 − 52 gct
cga 20 22.4 4 53 0 2 1 − 46 ttg
cgt 103 18.2 19 38 2 3 1 70 ggt 55 atg
agg 24 13.5 36 21 1 0 0 − 43 ata
tag 1 9.3 34 23 0 1 0 − - 48 taa
atg 154 19.5 12 45 0 4 1 55 cgt - 46 aat
ggg 54 26.8 2 61 0 4 − 75 cgg 57 ccc
tga 2 44.8 57 0 49 0 0 - 80 taa - 62 gaa

Codons identiques par classement des 3 bases

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Codons identiques par classement des 3 bases
1ère base
II100 Nombres de tRNAs. 184 archées. 8749
ttt 0   
ctt 11   
att 0
gtt 11
ttc 2,457
ctc 2,446
atc 2,423
gtc 2,423
tta 2,183
cta 2,115
ata 23
gta 2,126
ttg 1,863
ctg 1,829
atg 6,732
gtg 1,943
tct 0   
cct 0
act 0
gct 0
tcc 2,172
ccc 1,955
acc 2,160
gcc 2,103
tca 2,103
cca 2,103
aca 2,263
gca 2,926
tcg 1,737
ccg 1,726
acg 1,932
gcg 1,817
tat 0   
cat 0
aat 0
gat 0
tac 2,172
cac 2,115
aac 2,446
gac 2,492
taa -
caa 2,240
aaa 2,252
gaa 2,629
tag -
cag 1,886
aag 1,897
gag 1,829
tgt 0
cgt 23   
agt 0
ggt 11
tgc 3,418
cgc 2,137
agc 2,137
ggc 2,777
tga 206
cga 2,115
aga 2,126
gga 2,160
tgg 2,103
cgg 1,589
agg 1,886
ggg 1,772
I100 Nombres de tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 4   
ctt 157
att 2
gtt 4
ttc 2,598
ctc 1,638
atc 3,916
gtc 1,885
tta 2,021
cta 2,102
ata 23
gta 3,769
ttg 1,702
ctg 2,207
atg 7,670
gtg 559
tct 2
cct 4
act 44   
gct 1
tcc 1,923
ccc 1,167
acc 1,920
gcc 1,773
tca 2,255
cca 2,320
aca 2,501
gca 4,334
tcg 1,116
ccg 929
acg 1,174
gcg 521
tat 2   
cat 2
aat 2
gat 0
tac 2,732
cac 2,006
aac 3,729
gac 3,839
taa −
caa 2,718
aaa 3,874
gaa 4,118
tag −
cag 1,016
aag 1,033
gag 591
tgt 1
cgt 3,182
agt 0
ggt 0
tgc 1,903
cgc 142
agc 1,881
ggc 3,946
tga 560
cga 377
aga 2,044
gga 2,347
tgg 1,858
cgg 1,427
agg 1,469
ggg 964
III100 Nombres de tRNAs. 155 eucaryotes. 115 111
ttt 57
ctt 1,369
att 2,109
gtt 1,825
ttc 1,679
ctc 32
atc 86
gtc 95
tta 773
cta 758 
ata 739
gta 945
ttg 1,085
ctg 1,126
atg 3,355
gtg 2,713
tct 1,618
cct 1,423
act 1,912
gct 2,573
tcc 98
ccc 30
acc 134 
gcc 352
tca 904
cca 1,426
aca 1,298
gca 6,636
tcg 1,423
ccg 639
acg 724
gcg 4,115
tat 135
cat 41  
aat 129
gat 87
tac 1,925
cac 1,632
aac 3,061
gac 2,432
taa -
caa 1,989
aaa 2,293
gaa 6,150
tag 41
cag 1,606
aag 5,268
gag 3,261
tgt 202
cgt 1,379
agt 46
ggt 115
tgc 2,393
cgc 50
agc 1,646
ggc 2,849
tga 242
cga 2,030
aga 1,531
gga 4,811
tgg 1,379
cgg 453
agg 1,116
ggg 6,126
2ème base
II100 Nombres de tRNAs. 184 archées. 8749
ttt 0   
tct 0
tat 0
tgt 0
ttc 2,457
tcc 2,172
tac 2,172
tgc 3,418
tta 2,183
tca 2,103
taa -
tga 206
ttg 1,863
tcg 1,737
tag -
tgg 2,103
ctt 11
cct 0   
cat 0
cgt 23
ctc 2,446
ccc 1,955
cac 2,115
cgc 2,137
cta 2,115
cca 2,103
caa 2,240
cga 2,115
ctg 1,829
ccg 1,726
cag 1,886
cgg 1,589
att 0
act 0   
aat 0
agt 0
atc 2,423
acc 2,160
aac 2,446
agc 2,137
ata 23
aca 2,263
aaa 2,252
aga 2,126
atg 6,732
acg 1,932
aag 1,897
agg 1,886
gtt 11
gct 0   
gat 0
ggt 11
gtc 2,423
gcc 2,103
gac 2,492
ggc 2,777
gta 2,126
gca 2,926
gaa 2,629
gga 2,160
gtg 1,943
gcg 1,817
gag 1,829
ggg 1,772
I100 Nombres de tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 4
tct 2
tat 2
tgt 1   
ttc 2,598
tcc 1,923
tac 2,732
tgc 1,903
tta 2,021
tca 2,255
taa −
tga 560
ttg 1,702
tcg 1,116
tag −
tgg 1,858
ctt 157
cct 4
cat 2   
cgc 142
ctc 1,638
ccc 1,167
cac 2,006
cgt 3,182
cta 2,102
cca 2,320
caa 2,718
cga 377
ctg 2,207
ccg 929
cag 1,016
cgg 1,427
att 2
act 44
aat 2   
agt 0
atc 3,916
acc 1,920
aac 3,729
agc 1,881
ata 23
aca 2,501
aaa 3,874
aga 2,044
atg 7,670
acg 1,174
aag 1,033
agg 1,469
gtt 4
gct 1   
gat 0
ggt 0
gtc 1,885
gcc 1,773
gac 3,839
ggc 3,946
gta 3,769
gca 4,334
gaa 4,118
gga 2,347
gtg 559
gcg 521 
gag 591
ggg 964
III100 Nombres de tRNAs. 155 eucaryotes. 115 111
ttt 57
tct 1,618
tat 135
tgt 202
ttc 1,679
tcc 98
tac 1,925
tgc 2,393
tta 773
tca 904
taa −   
tga 242
ttg 1,085
tcg 1,423
tag 41
tgg 1,379
ctt 1,369
cct 1,423
cat 41
cgt 1,379
ctc 32
ccc 30
cac 1,632
cgc 50
cta 758
cca 1,426
caa 1,989
cga 2,030
ctg 1,126
ccg 639
cag 1,606
cgg 453
att 2,109
act 1,912
aat 129
agt 46
atc 86
acc 134
aac 3,061
agc 1,646
ata 739
aca 1,298
aaa 2,293
aga 1,531
atg 3,355
acg 724
aag 5,268
agg 1,116
gtt 1,825
gct 2,573
gat 87
ggt 115
gtc 95
gcc 352
gac 2,432
ggc 2,849
gta 945
gca 6,636
gaa 6,150
gga 4,811
gtg 2,713
gcg 4,115
gag 3,261
ggg 6,126

Tableau des effectifs élevés des gènes de tRNAs eucaryotes

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Callorhinchus milii    13 727
ttt 3 tct 26 tat 1 tgt 1
c 35 c 1 c 36 c 15
a 13 a 54 a x1 a 3
g 31 g 48 g x4 g 30
ctt 20 cct 12 cat 1 cgt 9
c 2 c 6 c 37 c
a 20 a 51 a 7 a 25
g 25 g 41 g 18 g 2
att 31 act 24 aat 2 agt
c c 12 c 48 c 33
a 23 a 206 a 43 a 14
g 94 g 137 g 36 g 12
gtt 22 gct 75 gat 6 ggt 2
c 16 c 168 c 49 c 19
a 145 a 5,898 a 66 a 66
g 1,540 g 3,858 g 428 g 81
Danio rerio (Zebrafish)    12 258
ttt 10 tct 336 tat 5 tgt 9
c 197 c 2 c 236 c 136
a 73 a 209 a x6 a 14
g 241 g 80 g x9 g 44
ctt 270 cct 315 cat 10 cgt 203
c 4 c 2 c 387 c 24
a 244 a 205 a 105 a 107
g 300 g 180 g 266 g 59
att 258 act 359 aat 24 agt 14
c 10 c 10 c 1,045 c 424
a 75 a 290 a 525 a 252
g 522 g 66 g 953 g 104
gtt 232 gct 92 gat 1 ggt 11
c 6 c 4 c 150 c 836
a 230 a 368 a 225 a 47
g 227 g 112 g 245 g 268
Balaenoptera acutorostrata scammoni 7 080
ttt tct 10 tat tgt 2
c 13 c 1 c 14 c 24
a 13 a 5 a x24 a 17
g 8 g 4 g x9 g 256
ctt 6 cct 7 cat cgt 9
c c c 11 c
a 4 a 5 a 10 a 9
g 7 g 4 g 20 g 21
att 12 act 13 aat agt
c 1 c c 24 c 13
a 8 a 8 a 86 a 55
g 21 g 4 g 29 g 67
gtt 14 gct 20 gat 20 ggt 12
c 1 c c 45 c 64
a 18 a 42 a 2,368 a 987
g 32 g 20 g 468 g 2,148
Tursiops truncatus (Dolphin)    5 845
ttt tct 12 tat 1 tgt 6
c 12 c c 18 c 22
a 6 a 6 a x20 a 21
g 7 g 4 g x8 g 217
ctt 6 cct 7 cat cgt 7
c c c 9 c 1
a 4 a 5 a 16 a 7
g 6 g 4 g 15 g 12
att 11 act 9 aat agt
c c 1 c 13 c 11
a 5 a 6 a 74 a 48
g 17 g 3 g 19 g 54
gtt 8 gct 19 gat 10 ggt 19
c 3 c 2 c 49 c 43
a 16 a 36 a 1,901 a 833
g 22 g 21 g 395 g 1,766
Bos taurus    4 040
ttt 6 tct 13 tat 11 tgt 143
c 30 c 32 c 39 c 338
a 10 a 7 a x4 a 29
g 14 g 7 g x13 g 178
ctt 11 cct 13 cat 4 cgt 13
c c c 19 c 7
a 5 a 9 a 20 a 12
g 6 g 4 g 40 g 16
att 18 act 14 aat agt 4
c c 1 c 30 c 19
a 8 a 10 a 78 a 44
g 35 g 7 g 40 g 116
gtt 20 gct 31 gat 6 ggt 20
c c 2 c 42 c 63
a 21 a 35 a 435 a 391
g 39 g 16 g 164 g 1,295
Felis catus (cat)    3 729
ttt 1 tct 8 tat tgt 1
c 12 c 1 c 10 c 32
a 19 a 14 a x37 a 18
g 8 g 5 g x12 g 23
ctt 6 cct 8 cat 2 cgt 9
c c 1 c 16 c 9
a 33 a 68 a 782 a 1,201
g 5 g 7 g 47 g 24
att 10 act 9 aat 5 agt 2
c c c 28 c 12
a 9 a 13 a 50 a 54
g 24 g 9 g 887 g 53
gtt 8 gct 18 gat 1 ggt 2
c c 1 c 9 c 10
a 6 a 10 a 15 a 48
g 9 g 7 g 44 g 6

Linéarité du code des gènes de tRNA chez les eucaryotes

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Calculs pour 121 eucaryotes

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  • Lien Tableur: Calculs pour 121 eucaryotes
  • Légende
    − ttt ttc . . . nombre de gènes de tRNA des codons ttt ttc . . . relevé de la base de données gtRNAdb au 29.10.17
    − moy : moyenne des codons d'un eucaryote. Si la ligne contient les caractères € ou #, les codons correspondants n'entrent pas dans la moyenne comme le fait le tableur calc. Les codons faibles xyc/t ne rentrent pas dans la moyenne.
    − € pour nombres dépassant 100 dans une 1ère approche du coefficient de détermination R2. Il y en a 61.
    − # pour nombres améliorant le coefficient de détermination. Il y en a 13.
    − Doublons: ce sont les eucaryotes qui sont dans la base mais non utilisés pour les diagrammes car ils concernent 2 individus de la même espèce ou des variantes très proches des espèces retenues (voir texte pour plus de détail).
    − Tableau des diagrammes: Il est fait de 121 espèces et de 43 codons. Ne sont pas concernés les codons à faibles effectifs xyc ou xyt.
    − Données non modifiées: Pour repérer les codons omis, en jaune ceux supérieurs à 100 (€) et en orange les codons d'ajustement (#). Pour comparaison j’ai mis zebrafish sans annotations.
    − codons forts: codons à effectifs élevés. Au total 45. Ne sont pas pris en compte les 16 codons xyc/t faibles et les codons stop tga taa tag.
    + total: total des effectifs restants après suppression des effectifs élevés ou d'ajustement.
    + somme calculée: pente multipliée par la somme des moyennes des eucaryotes ayant perdu le codon omis.
    + totaux + sommes calculées: est le nombre calculé des gènes de tRNA du codon.
    + R2 et pente: coefficient de détermination et pente de la courbe de tendance du diagramme du codon en fonction de la moyenne moy. J'ai opté pour une droite passant par l'origine d'après le tableur calc. R2 a été multiplié par 1000.
    − codons faibles: les 16 codons xyc/t à effectifs faibles.
    + c/t > 3: est le nombre de codons faibles ayant plus de 3 gènes de tRNA.
    + c/t > 3, total: leur total en gènes
    + reste calculé: total des gènes des autres codons plus c/t > 3. C'est la réduction des codons faibles reportés dans la ligne "Totaux des 121 réduits" ci-dessous.
    + multiplicité x 100: division de reste calculé par 121 en %.
    + c/t = 3: est le nombre de codons faibles ayant 3 gènes de tRNA (pour illustration).
    − Totaux des 121 réduits: ils sont reportés dans les tableaux des effectifs calculés des gènes de tRNA des 121 eucaryotes "IV. nombre des 121 eucaryotes 55 830".
    − Totaux des 121 eucaryotes non réduits: ils sont reportés dans les tableaux des effectifs des gènes de tRNA des 121 eucaryotes "III. nombre des 121 eucaryotes 92 580".
    − KEGG [4]: nomenclature de l'eucaryote dans la base KEGG, bta par exemple. Surmonté d'un * le code n'est pas celui de KEGG, mais attribué pour homogénéité.
Gènes de tRNAs: calculs pour 121 eucaryotes.
Gènes de tRNA eucaryotes, doublons.
max total KEGG eucaryote moy ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
1327 4180 bta Bos taurus (cow) (Baylor Btau_4.6.1 Oct 2011) 86,7 7 31 10 14 10 0 5 8 17 0 8 33 23 0 23 46 14 30 6 7 12 0 9 5 15 1 10 7 30 2 36 18 11 38 0 0 4 22 19 43 0 40 83 40 7 47 456 172 156 351 26 187 14 10 12 15 4 18 45 114 20 61 401 1 327
46 758 cre* Caenorhabditis remanei (WUGSC 15.0.1 May 2007) 16,7 0 18 6 12 24 0 7 4 25 1 14 24 28 0 4 9 16 0 10 6 7 2 41 6 18 0 10 6 27 0 15 6 0 22 0 0 1 22 23 9 1 23 20 33 0 36 23 25 0 14 0 17 25 0 11 1 0 9 13 5 0 28 46 5
38 600 hsa Homo sapiens (hg19 - NCBI Build 37.1 Feb 2009) 12,8 0 15 9 12 12 0 4 11 18 6 5 20 12 1 8 17 12 1 6 4 10 1 8 4 10 0 6 7 31 1 10 5 5 32 0 0 0 10 18 22 2 34 20 24 1 17 14 10 1 38 3 8 7 0 6 4 1 8 7 5 0 15 9 13
33 508 yli Yarrowia lipolytica WSH-Z06 11,3 0 17 1 3 21 0 2 13 26 0 1 18 24 0 2 8 21 0 2 4 21 0 3 2 22 0 3 2 29 0 4 2 0 14 0 0 0 12 3 15 0 16 4 33 0 28 6 27 0 8 0 13 1 0 25 0 0 6 4 1 0 30 11 0
34 484 yli Yarrowia lipolytica PO1f 10,8 0 18 1 3 18 0 2 12 26 0 1 18 24 0 2 8 21 0 2 4 21 0 3 2 22 0 3 3 29 0 4 2 0 14 0 0 0 12 3 15 0 15 4 34 0 24 6 22 0 8 0 13 1 0 24 0 0 6 4 1 0 18 11 0
57 432 mmu Mus musculus (mm9 July 2007) 9,4 0 7 4 4 8 0 3 10 11 1 5 18 8 1 3 11 9 1 3 3 7 0 8 3 9 0 4 5 19 0 11 10 0 10 0 0 1 10 6 10 0 14 11 19 0 16 8 13 0 57 2 8 6 0 3 5 0 8 5 5 1 14 7 7
16 315 dwi Drosophila willistoni (D. willistoni Feb. 2006) 6,8 0 7 3 7 4 1 2 9 9 2 4 15 8 1 5 5 8 1 3 3 7 0 5 4 7 1 7 4 11 0 6 2 0 8 0 0 0 8 4 6 0 10 8 10 0 16 11 12 0 12 1 7 10 0 7 1 0 6 4 5 0 12 6 0
17 305 dan Drosophila ananassae (D. ananassae Feb. 2006 Agencourt CAF1) 6,7 0 8 2 4 5 0 2 10 11 0 2 12 7 0 2 7 6 0 3 6 4 0 4 8 9 0 7 3 10 0 4 6 0 9 0 0 0 5 4 8 0 10 7 17 0 13 6 14 1 6 1 6 12 0 8 0 0 6 3 2 0 16 6 3
18 293 dpe Drosophila persimilis (D. persimilis Oct. 2005 Broad) 6,5 0 7 1 3 5 0 2 10 11 0 2 11 7 0 2 5 9 0 2 5 6 0 6 4 8 0 8 3 11 0 2 3 0 9 0 0 0 7 4 7 0 9 4 14 0 18 6 14 0 8 1 8 13 0 5 0 0 5 2 4 0 13 6 3
18 292 dpo Drosophila pseudoobscura (D. pseudoobscura Feb. 2006) 6,5 0 7 2 4 5 0 2 9 10 0 2 11 7 0 2 6 11 0 2 3 3 0 6 4 8 0 8 4 12 0 3 3 0 9 0 0 0 5 4 7 0 9 5 12 0 14 6 18 0 11 1 8 9 0 4 0 0 5 3 5 0 14 6 3
15 291 des Drosophila sechellia (D. sechellia Oct. 2005 Broad) 6,4 0 9 4 4 5 0 2 8 10 0 2 15 8 0 2 8 8 0 2 4 7 0 5 5 9 0 6 5 13 0 2 3 0 9 0 0 0 7 2 8 0 9 4 12 0 13 5 13 0 6 1 8 9 0 7 0 0 6 3 4 0 13 6 0
14 282 der Drosophila erecta (D. erecta Feb. 2006 Agencourt CAF1) 6,2 0 9 3 4 5 0 2 7 9 0 2 12 7 0 2 7 9 0 2 4 5 0 5 5 8 0 6 3 12 0 2 3 0 8 0 0 0 6 4 8 0 8 5 11 0 14 6 13 1 6 1 8 9 0 7 0 0 6 3 4 0 14 1 6
14 268 dvi Drosophila virilis (D. virilis Feb. 2006 Agencourt CAF1) 5,9 0 8 2 5 3 0 3 7 9 0 2 12 6 0 2 7 6 0 2 4 4 0 3 5 7 0 7 4 8 0 3 3 0 10 0 0 0 5 4 7 0 7 12 12 0 13 6 10 0 8 1 6 10 0 5 0 0 5 2 2 0 14 6 1
14 262 dmo Drosophila mojavensis (D. mojavensis Feb. 2006 Agencourt CAF1) 5,8 0 8 2 6 3 0 2 6 8 0 2 12 6 0 2 6 6 0 2 4 6 0 5 3 7 0 8 4 9 0 4 3 0 7 0 0 0 5 4 7 0 8 8 11 0 12 6 11 0 7 1 6 10 0 5 0 0 5 2 2 0 14 6 1
18 259 dgr Drosophila grimshawi (D. grimshawi Feb. 2006 Agencourt CAF1) 5,7 0 9 2 4 4 0 2 7 7 0 2 10 6 0 2 6 6 0 2 4 4 0 4 5 7 0 8 4 8 0 3 3 0 10 0 0 0 5 3 12 0 7 7 12 0 12 6 10 0 6 1 6 9 0 4 0 0 3 3 2 0 18 4 0
24 296 fpu Fusarium pseudograminearum CS3096 6,6 0 9 1 3 17 0 2 5 10 0 2 6 19 0 2 3 11 0 2 2 9 0 3 2 10 0 4 3 14 0 4 3 0 9 0 0 0 6 5 6 0 8 2 17 0 9 4 24 0 5 0 4 11 0 8 1 0 9 1 2 0 13 5 1
19 292 fpu Fusarium pseudograminearum CS3270 6,5 0 10 1 3 13 0 2 5 13 0 2 6 17 0 2 3 11 0 2 2 10 0 3 2 10 0 4 3 13 0 4 3 0 8 0 0 0 6 5 6 0 9 2 16 0 13 4 19 0 5 0 4 11 0 9 1 0 8 1 2 0 13 5 1
17 280 sceb* Saccharomyces sp. boulardii 17 6,2 0 11 6 9 0 1 3 0 13 0 3 10 15 0 3 2 11 0 3 1 2 0 10 0 9 0 4 1 8 0 5 0 0 9 0 0 0 7 9 1 0 9 7 15 0 17 14 2 0 4 0 6 7 0 0 1 0 4 13 1 1 17 4 2
15 263 sceb* Saccharomyces sp. boulardii ATCC MYA-796 5,8 0 11 7 9 0 1 3 0 12 0 2 10 13 0 2 2 10 0 3 1 2 0 10 0 10 0 5 1 11 0 5 0 0 8 0 0 0 8 7 1 0 8 7 13 0 14 13 2 0 4 0 6 6 0 0 1 0 4 10 1 0 15 3 2
14 265 ndi Naumovozyma dairenensis CBS 421 5,9 0 9 9 8 1 0 4 0 12 0 2 9 14 0 2 2 11 0 3 1 1 0 11 0 11 0 5 2 10 0 5 0 0 9 0 0 0 7 10 1 0 9 8 12 0 13 13 1 0 5 0 5 5 0 0 2 0 5 11 1 0 12 3 1
13 224 vda Verticillium dahliae JR2 4,9 0 7 1 1 8 0 1 4 10 0 0 9 11 0 1 2 6 1 2 4 8 0 3 2 8 0 2 3 11 0 2 4 0 6 0 0 0 6 2 5 0 6 2 12 0 9 2 12 0 5 1 3 9 0 2 2 0 5 3 2 0 13 3 3
11 178 afm Aspergillus fumigatus Af293 4,0 0 5 1 2 6 0 0 4 7 0 1 8 7 0 1 2 5 0 1 2 5 0 2 2 6 0 3 2 8 0 3 2 0 5 0 0 0 4 2 6 0 5 1 8 0 9 4 8 0 3 0 3 9 0 2 2 0 4 1 2 0 11 3 1
10 141 cgi Cryptococcus gattii WM276 3,1 0 5 1 3 6 0 0 1 6 0 1 6 7 0 0 2 6 0 1 1 6 0 1 0 5 0 1 1 7 0 1 2 0 4 0 0 0 4 2 3 0 4 1 7 0 0 3 10 0 3 0 3 3 0 5 1 0 2 1 3 0 9 3 0
9 139 cne Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21 3,1 0 5 1 3 6 0 0 1 6 0 1 6 7 0 0 2 6 0 1 1 5 0 1 0 5 0 1 1 7 0 1 2 0 4 0 0 0 4 2 3 0 4 1 7 0 0 3 9 0 3 0 3 3 0 5 1 0 2 1 3 0 9 3 0
9 137 cnb Cryptococcus neoformans var. neoformans B-3501A 3,0 0 5 1 3 6 0 0 1 6 0 1 6 7 0 0 2 4 0 1 1 5 0 1 0 5 0 1 1 7 0 1 2 0 4 0 0 0 4 2 3 0 4 1 7 0 0 3 9 0 3 0 3 3 0 5 1 0 2 1 3 0 9 3 0
8 130 cdu Candida dubliniensis CD36 2,9 0 5 5 5 2 0 0 1 6 0 1 4 8 0 1 1 4 0 3 1 1 0 5 0 5 0 2 1 6 0 2 0 0 4 0 0 0 3 4 1 0 4 5 3 0 6 7 1 0 2 0 2 2 0 0 1 0 1 5 1 0 6 2 1
6 123 kpa* Komagataella pastoris GS115 2,7 0 5 1 3 2 0 1 2 5 0 1 4 5 0 1 1 4 0 2 1 2 0 4 1 5 0 1 1 5 0 2 0 0 4 0 0 0 3 3 2 0 4 3 5 0 6 5 4 0 2 0 3 2 0 1 1 0 2 4 1 0 5 3 1
2 46 ehe Encephalitozoon hellem ATCC 50504 1,0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1
2 46 ein Encephalitozoon intestinalis ATCC 50506 1,0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1
2 46 ero Encephalitozoon romaleae SJ-2008 1,0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1
 
Tableau des diagrammes des pentes
max total KEGG eucaryote moy ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
2 35 pfa Plasmodium falciparum 0,78 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 0
2 46 ecu Encephalitozoon cuniculi GB-M1 1,02 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1
2 53 ede* Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 1,16 0 1 1 1 1 1 1 1 2 0 1 1 2 0 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 2 0 1 1 2 0 1 1 0 1 0 0 0 2 1 1 0 1 1 0 0 2 1 2 0 1 0 0 2 0 2 1 0 1 0 1 0 2 1 2
4 80 opa* Ogataea parapolymorpha DL-1 1,78 0 3 1 3 1 0 1 1 4 0 1 4 3 0 0 1 2 0 1 1 0 0 3 0 3 0 1 1 3 0 2 0 0 2 0 0 0 2 2 1 0 2 2 3 0 3 2 3 0 1 0 2 2 0 0 1 0 2 3 1 0 4 2 0
5 82 cot Candida orthopsilosis Co 90-125 1,82 0 2 3 1 1 0 0 1 4 0 1 4 4 0 1 1 2 0 2 1 1 0 3 0 4 0 2 1 3 0 2 0 0 3 0 0 0 1 3 1 0 3 4 3 0 5 2 1 0 1 0 1 2 0 0 1 0 1 2 1 0 2 1 0
4 82 lma Leishmania major 1,82 0 2 1 1 3 0 1 2 3 0 1 4 2 0 1 2 1 0 1 1 2 0 1 2 3 0 1 2 2 0 1 2 0 3 0 0 0 2 1 3 0 3 1 3 0 3 1 2 0 1 0 1 4 0 1 1 0 2 1 1 0 4 1 1
6 96 sre* Sporisorium reilianum SRZ2 2,11 0 4 1 0 4 0 1 2 4 0 1 4 4 0 1 0 2 0 1 2 3 0 1 1 4 0 1 1 3 0 1 1 0 2 0 0 0 3 3 2 0 3 1 5 0 3 2 4 0 2 1 2 4 0 2 0 0 0 1 1 0 6 1 1
6 111 uma Ustilago maydis 521 2,40 0 3 1 0 4 0 2 2 4 0 1 4 4 0 1 1 3 0 1 3 4 1 1 1 4 0 1 1 5 0 1 1 0 3 0 0 0 2 2 3 0 3 1 5 0 5 2 5 0 2 2 2 4 0 3 0 0 2 1 1 0 6 2 1
6 123 kpa* Komagataella pastoris CBS 7435 2,73 0 5 1 3 2 0 1 2 5 0 1 4 5 0 1 1 4 0 2 1 2 0 4 1 5 0 1 1 5 0 2 0 0 4 0 0 0 3 3 2 0 4 3 5 0 6 5 4 0 2 0 3 2 0 1 1 0 2 4 1 0 5 3 1
6 125 cal Candida albicans WO-1 2,78 0 5 5 6 2 0 0 1 6 0 1 4 6 0 1 1 4 0 3 1 1 0 4 0 4 0 2 1 6 0 2 0 0 4 0 0 0 3 5 1 0 3 5 2 0 6 6 1 0 2 0 2 2 0 0 1 0 2 5 1 0 5 2 1
10 143 cneg* Cryptococcus neoformans var. grubii H99 3,18 0 5 1 3 6 0 0 1 6 0 1 7 7 0 0 2 6 0 1 1 6 0 1 0 5 0 1 1 8 0 1 2 0 4 0 0 0 4 2 3 0 4 1 7 0 0 3 10 0 3 0 3 3 0 5 1 0 2 1 3 0 9 3 0
10 154 ttt Thielavia terrestris NRRL 8126 3,42 0 5 5 1 5 0 1 4 6 0 1 5 6 0 1 3 3 0 1 3 4 0 2 3 4 0 1 2 7 0 2 3 0 4 0 0 0 3 2 4 0 3 2 6 0 6 2 7 0 3 0 4 6 0 1 3 0 3 1 2 0 10 2 2
11 155 mgp Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009) 3,42 0 6 1 2 1 0 1 4 3 0 1 11 3 1 2 3 5 0 3 1 7 0 2 1 4 0 2 0 7 0 6 3 0 6 0 0 0 3 1 1 0 4 4 3 0 3 5 6 0 5 0 5 2 0 1 2 0 6 3 3 0 5 4 3
9 156 vma* Valsa mali 03-8 3,47 0 4 0 2 5 0 1 4 7 0 1 8 7 0 1 2 5 0 1 2 0 0 2 1 4 0 3 2 7 0 2 2 0 4 0 0 0 5 2 4 0 5 0 9 0 6 3 9 0 3 0 3 6 0 2 2 0 3 1 2 0 9 3 2
9 158 kna* Kazachstania naganishii CBS 8797 3,51 0 6 3 5 1 0 3 0 7 0 2 4 7 0 1 2 7 0 1 1 1 0 6 0 7 0 2 1 7 0 1 1 0 5 0 0 0 4 4 2 0 6 4 7 0 8 5 3 0 4 0 4 3 0 0 1 0 3 6 1 0 9 1 2
9 162 kla Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 3,58 0 5 3 7 0 1 2 0 7 0 1 6 7 0 1 2 6 0 2 1 1 0 7 0 6 0 2 1 7 0 3 0 0 5 0 0 0 4 6 1 0 6 4 9 0 8 8 2 0 3 0 4 3 0 0 1 0 2 7 1 0 7 2 1
9 168 spo Schizosaccharomyces pombe 972h- 3,73 0 5 2 4 5 0 1 1 8 0 1 7 9 0 2 1 7 0 2 1 6 0 2 1 7 0 2 1 6 0 2 1 0 4 0 0 0 4 4 2 0 6 3 9 0 8 4 6 0 3 0 3 8 0 1 1 0 3 2 1 0 8 3 1
10 170 pic Scheffersomyces stipitis CBS 6054 3,78 0 6 3 8 3 0 0 1 7 0 1 6 7 0 2 1 6 0 2 2 1 0 6 0 7 0 2 1 7 0 3 0 0 5 0 0 0 4 5 2 0 7 3 9 0 8 8 2 0 3 0 4 3 0 0 1 0 2 7 1 0 10 3 1
11 181 ani Aspergillus nidulans FGSC A4 4,02 0 5 1 2 6 0 2 3 7 0 1 7 8 0 1 2 5 0 1 2 6 0 2 2 6 0 2 2 8 0 2 3 0 6 0 0 0 5 2 5 0 6 2 8 0 8 3 8 0 3 0 3 9 0 2 2 0 4 2 2 0 11 3 1
14 190 mgr Magnaporthe oryzae 70-15 4,22 0 7 1 2 7 0 1 4 8 0 1 8 6 0 1 2 4 0 2 3 5 0 2 2 6 0 2 2 9 0 3 2 0 5 0 0 0 4 2 6 0 6 2 9 0 10 3 9 0 3 0 4 6 0 2 2 0 3 1 3 0 14 3 3
13 191 mun* Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1) 4,18 0 6 4 3 3 0 0 6 5 0 1 9 3 1 1 4 4 1 3 1 2 0 3 2 5 0 2 0 9 0 5 2 0 7 0 0 0 4 2 4 0 9 3 13 0 9 3 1 0 5 1 4 3 0 1 1 0 8 4 4 0 10 9 1
11 191 cjd* Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 4,20 0 8 1 7 4 0 3 1 6 1 1 7 9 0 2 3 7 0 3 1 0 0 7 0 6 0 3 1 6 0 3 0 0 5 0 0 0 6 6 2 0 7 5 8 0 8 4 9 0 3 1 4 6 0 0 1 0 3 7 0 0 11 4 1
12 192 tdl Torulaspora delbrueckii CBS 1146 4,24 0 6 3 8 0 1 4 0 8 0 1 7 12 0 1 2 7 0 2 1 1 0 6 0 9 0 2 1 8 0 4 0 0 6 0 0 0 4 6 2 0 7 5 10 0 9 8 4 0 3 0 4 4 0 0 1 0 3 7 1 0 11 2 1
12 192 pch* Penicillium chrysogenum P2niaD18 4,22 0 5 0 0 6 1 0 3 10 0 2 10 9 0 1 3 7 0 1 2 0 0 0 1 12 0 3 2 8 0 2 2 0 5 0 0 0 11 3 5 0 6 1 9 0 9 3 10 0 3 1 0 10 0 2 2 0 4 0 2 0 11 4 1
11 192 mth* Myceliophthora thermophila ATCC 42464 4,24 0 5 1 2 7 0 1 4 8 0 1 8 7 0 2 3 5 0 3 3 6 0 2 3 6 0 2 3 7 0 2 3 0 6 0 0 0 4 2 5 0 6 3 9 0 10 2 8 0 3 1 4 7 0 1 2 0 5 1 2 0 11 4 2
16 203 gfr Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) 4,44 0 6 11 2 4 0 7 0 6 1 2 6 2 1 1 3 2 0 3 1 4 0 5 1 5 0 4 1 16 0 5 2 0 12 0 0 0 4 2 3 1 6 4 7 0 5 4 6 0 10 0 3 6 0 2 0 0 6 3 2 0 8 4 4
11 205 sas* Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri 4,51 0 7 3 7 0 1 4 1 9 0 1 10 7 0 3 4 7 0 3 3 1 0 7 0 7 0 3 2 7 0 5 2 0 5 0 0 0 5 4 4 0 8 4 9 0 10 3 8 0 3 1 5 4 0 0 2 0 3 7 1 0 11 2 2
13 206 tpf Tetrapisispora phaffii CBS 4417 4,56 0 9 9 2 0 1 2 0 10 0 2 8 10 0 2 1 8 0 2 1 1 0 7 0 9 0 2 1 9 0 3 0 0 6 0 0 0 5 7 1 0 9 6 9 0 12 11 1 0 4 0 4 3 0 0 1 0 3 8 1 0 13 2 1
12 207 cgr Candida glabrata CBS 138 4,58 0 6 3 8 0 1 4 0 9 0 2 7 10 0 2 1 9 0 2 1 1 0 7 0 9 0 3 1 10 0 5 0 0 6 0 0 0 6 6 2 0 9 3 12 0 9 9 3 0 3 0 5 4 0 0 1 0 3 9 1 0 12 2 1
12 211 acs Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) 4,64 0 5 2 2 4 0 3 4 6 0 1 12 5 0 2 3 5 0 1 2 3 1 3 2 4 0 3 1 12 0 6 3 0 6 0 0 0 5 3 5 0 10 5 6 0 8 7 5 0 12 1 7 4 0 3 1 0 5 3 3 0 7 8 2
10 212 bfu Botrytis cinerea B05.10 4,69 0 7 2 5 6 0 1 1 8 0 1 8 8 0 2 2 7 0 3 2 4 0 7 1 6 0 3 0 8 0 5 2 0 6 0 0 0 4 6 2 0 6 3 10 0 9 6 9 0 5 0 6 6 0 4 2 0 5 5 1 1 8 2 7
11 214 dha Debaryomyces hansenii CBS767 4,71 0 8 9 4 2 0 0 1 9 1 2 10 10 0 1 1 6 0 4 1 1 0 7 0 8 0 2 1 7 0 5 1 0 6 0 0 0 6 7 1 0 9 8 10 0 10 9 1 0 4 1 4 5 0 0 1 0 3 10 1 0 11 5 1
13 225 vda Verticillium dahliae VdLs.17 4,93 0 7 1 1 8 0 1 4 9 0 0 9 11 0 1 2 6 1 2 4 8 0 3 2 8 0 2 3 11 0 2 4 1 6 0 0 0 6 2 5 0 6 2 12 0 10 2 12 0 5 1 3 9 0 2 2 0 5 3 2 0 13 3 3
15 229 lth Lachancea thermotolerans CBS 6340 5,04 0 7 2 8 0 2 3 3 10 0 1 8 11 0 1 3 9 0 2 2 2 0 8 0 9 0 2 1 10 0 3 2 0 6 0 0 0 5 5 5 0 7 4 14 0 10 6 11 0 4 0 5 4 0 0 1 0 3 9 1 0 15 3 2
21 230 tgu Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2) 4,87 0 10 4 4 1 0 1 7 21 2 1 5 3 2 1 1 3 0 2 1 6 0 1 2 8 1 4 2 18 0 7 3 0 13 0 0 0 5 1 6 2 8 4 5 0 7 2 3 1 9 1 3 6 0 2 0 1 5 3 2 1 8 7 4
15 242 aor Aspergillus oryzae RIB40 5,31 0 7 2 0 0 0 1 4 10 0 2 6 10 1 2 3 7 0 1 3 9 0 2 0 10 0 2 2 10 0 3 4 1 13 0 0 0 8 4 7 0 8 3 11 0 13 6 11 1 4 0 4 12 0 2 3 0 6 2 2 0 15 4 1
27 252 mlu* Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2) 5,49 0 5 2 3 3 0 5 2 10 0 3 14 5 0 3 5 6 0 2 2 6 0 3 3 5 0 5 3 8 0 1 3 0 5 0 0 5 7 3 7 0 9 3 11 0 8 5 6 0 27 0 4 6 0 5 2 0 5 5 5 0 8 6 3
15 256 dsi Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) 5,67 0 8 3 4 5 0 2 9 8 0 0 12 7 0 2 6 8 0 2 3 6 0 5 5 8 0 5 4 9 0 5 0 0 10 0 0 0 6 4 8 0 6 4 11 0 6 5 10 0 7 1 9 9 0 5 0 0 3 3 3 0 15 5 0
20 258 mmr* Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003) 5,71 0 8 3 3 5 0 2 7 4 0 3 14 4 0 2 5 7 0 2 3 7 0 4 3 3 0 3 2 11 0 5 3 0 8 0 0 0 6 4 12 0 9 5 6 0 5 9 8 1 20 0 6 6 0 3 2 0 7 5 3 0 11 7 2
15 258 lkl* Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 5,69 0 8 3 11 0 1 3 0 12 0 1 10 14 0 1 3 11 0 2 1 1 1 10 0 12 0 2 1 13 0 4 0 0 7 0 0 0 6 10 1 0 9 5 14 0 13 13 3 0 5 0 5 5 0 0 1 0 4 12 1 0 15 2 2
17 266 kaf Kazachstania africana CBS 2517 5,91 0 9 14 2 2 0 2 0 13 0 2 9 13 0 2 1 11 0 4 1 1 0 10 0 11 0 3 1 12 0 5 0 0 9 0 0 0 6 9 1 0 10 8 12 0 13 15 2 0 5 0 6 4 0 0 1 0 4 11 1 0 17 3 1
14 270 ncs Naumovozyma castellii CBS 4309 6,00 0 10 7 9 2 0 3 0 12 0 2 9 13 0 2 2 12 0 4 1 1 0 10 0 11 0 3 2 12 0 5 0 0 9 0 0 0 8 9 1 0 10 8 14 0 14 13 1 0 4 0 7 5 0 0 2 0 4 10 1 0 13 3 2
16 270 fgr Fusarium graminearum CS3005 5,98 0 9 1 3 6 0 2 5 11 0 2 5 16 0 2 3 11 0 2 2 10 0 3 2 11 0 4 3 13 0 3 3 0 6 0 0 0 7 5 7 0 9 2 12 0 10 4 13 0 5 1 4 10 0 9 1 0 8 2 2 0 15 5 1
17 272 zro Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 6,00 0 8 4 10 0 1 5 0 11 1 1 9 12 0 2 4 12 0 3 2 3 0 10 0 10 0 2 2 12 0 9 0 0 7 0 0 0 6 10 3 0 9 7 14 0 14 10 4 0 4 0 6 5 0 0 1 0 5 8 2 0 17 5 2
15 273 fve* Flammulina velutipes KACC42780 5,98 2 15 1 4 6 0 2 2 10 0 2 14 7 0 3 3 7 0 2 3 4 0 4 2 7 0 3 4 13 0 9 5 0 6 0 0 0 3 4 6 1 12 6 11 1 2 6 11 0 4 0 4 13 0 8 2 0 4 2 6 0 11 8 8
16 275 sce Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) 6,09 0 10 7 10 0 1 3 0 13 0 2 10 14 0 2 2 11 0 3 1 2 0 10 0 11 0 4 1 11 0 5 0 0 8 0 0 0 7 9 1 0 10 7 14 0 16 14 2 0 4 0 6 6 0 0 1 0 4 11 1 0 16 3 2
24 283 gga Gallus gallus (galGal4 Nov 2011) 6,24 0 10 3 3 3 0 2 7 7 0 2 14 7 1 3 7 9 0 4 2 7 0 4 3 4 0 4 2 24 0 7 4 0 16 0 0 0 6 2 5 0 11 6 6 0 10 9 7 0 11 1 6 8 0 2 2 0 7 4 3 0 7 7 4
16 285 fvr Fusarium verticillioides 7600 6,33 0 10 2 4 12 0 2 5 11 0 1 8 13 0 2 3 10 0 2 3 10 0 3 2 11 0 4 2 14 0 3 3 0 8 0 0 0 6 4 8 0 8 2 15 0 14 5 16 0 5 0 5 10 0 7 1 0 7 2 2 0 14 5 1
16 288 mfa* Millerozyma farinosa CBS 7064 6,40 0 10 4 14 4 0 0 2 12 0 4 10 12 0 2 4 10 0 4 2 2 0 8 0 10 0 4 2 12 0 8 2 0 10 0 0 0 8 8 4 0 12 6 10 0 14 8 8 0 4 0 6 4 0 0 2 0 6 10 2 0 16 6 2
14 289 dme Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6) 6,40 0 8 4 4 4 0 2 8 9 0 2 12 6 0 2 7 8 0 2 4 7 0 5 5 8 0 6 3 12 0 2 3 0 9 0 0 0 5 4 8 0 10 6 13 0 14 6 13 0 7 1 8 10 0 10 0 0 6 3 3 0 14 6 0
19 305 fgr Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 6,76 0 11 2 3 13 0 2 5 13 0 2 6 19 0 2 3 11 0 2 2 10 0 3 2 11 0 4 3 14 0 4 2 0 8 0 0 0 7 5 7 0 9 3 16 0 14 5 19 0 5 1 4 10 0 9 1 0 8 2 2 0 14 6 1
21 326 oga* Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3) 6,96 1 6 3 5 4 0 3 9 10 9 11 13 6 0 3 5 6 0 3 3 7 0 4 3 9 0 6 3 13 0 7 3 0 8 0 0 0 8 5 9 0 12 11 9 0 13 5 8 0 21 1 6 6 0 4 3 2 7 4 5 0 12 9 3
18 326 dya Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1) 7,22 0 9 5 4 5 0 2 8 10 0 2 15 7 0 2 10 9 0 2 5 6 0 8 5 8 0 6 5 18 0 2 5 0 9 0 0 0 5 4 8 0 11 6 16 0 15 7 14 0 8 1 8 12 0 7 0 0 6 3 4 0 16 7 1
23 328 tbl Tetrapisispora blattae CBS 6284 7,27 0 12 12 9 0 1 2 0 17 0 2 11 18 0 2 1 16 0 4 2 1 0 13 0 15 0 3 1 19 0 5 0 0 9 0 0 0 7 10 1 0 11 9 15 0 19 16 1 0 5 0 7 4 0 0 1 0 6 13 1 0 23 3 1
19 334 sbq Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1) 7,27 0 9 8 5 6 0 4 5 10 1 6 14 6 1 4 7 9 1 3 3 9 0 5 4 8 0 6 5 15 0 8 5 1 8 0 0 0 8 6 10 0 11 12 9 0 9 10 5 0 19 3 6 6 0 4 3 0 7 5 5 0 10 6 4
17 338 opr* Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3) 7,49 0 10 3 4 5 0 5 11 8 0 4 15 7 0 4 7 7 0 3 4 8 0 4 4 7 0 6 7 15 0 7 4 0 10 0 0 0 5 5 12 0 14 9 11 0 14 7 11 0 10 1 6 7 0 6 4 0 7 5 6 0 17 7 5
29 353 meu* Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2) 7,62 1 10 3 8 5 0 4 6 6 0 6 14 8 0 1 7 8 0 4 2 7 0 4 2 8 0 6 3 13 0 6 5 1 8 0 0 1 7 4 7 0 14 10 11 0 13 12 7 0 29 7 8 7 0 3 5 0 10 7 4 0 16 10 5
46 367 hgl Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2) 7,62 0 6 4 5 5 0 5 5 8 0 3 14 12 1 4 6 7 0 3 3 13 0 5 3 15 2 4 4 46 6 5 6 0 7 0 0 0 7 3 6 0 9 8 15 2 10 6 4 0 23 7 6 5 0 4 4 2 7 6 5 4 10 4 3
20 373 lcm Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1) 7,96 0 7 11 4 4 0 5 8 7 0 7 11 3 0 7 4 3 0 6 3 12 0 10 4 11 0 9 2 5 0 20 3 2 8 0 0 0 5 10 9 3 9 20 13 1 19 11 8 5 17 4 15 4 0 1 4 0 8 9 8 0 7 5 2
25 374 san* Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2) 8,24 0 10 4 4 6 1 2 13 15 0 5 15 7 0 5 7 8 0 3 4 8 0 6 2 8 0 5 5 10 0 8 3 0 9 0 0 0 7 5 7 0 12 8 13 0 19 10 14 0 25 2 6 9 0 5 3 0 8 6 6 0 22 12 2
34 383 cpo* Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008) 8,36 0 8 4 6 5 0 3 6 10 0 5 15 6 1 3 6 8 0 3 4 8 0 4 3 10 0 4 3 28 4 9 5 0 15 0 0 0 8 4 8 0 18 11 26 1 10 6 5 0 34 1 8 7 0 4 3 0 10 5 5 0 11 6 6
26 396 ncr Neurospora crassa OR74A 8,78 0 12 1 5 17 0 2 6 17 1 1 17 19 0 2 4 14 0 3 4 11 0 4 4 12 0 3 3 19 0 3 5 0 10 0 0 0 9 3 11 0 12 2 24 0 18 5 24 0 7 0 7 21 0 2 3 0 6 5 5 0 26 4 3
40 407 rno Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012) 8,89 1 8 3 0 1 0 1 5 12 0 3 13 8 0 3 7 11 0 4 3 33 0 6 3 9 0 5 4 36 2 9 4 0 2 0 0 0 10 6 10 0 15 1 19 2 15 10 8 0 40 1 8 6 0 3 5 1 12 6 8 0 11 9 5
30 408 cjc Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009) 8,80 0 8 9 6 7 0 3 11 9 2 5 19 6 1 4 10 9 0 5 4 7 0 6 4 9 1 6 4 15 1 5 4 0 19 0 0 1 8 4 12 0 23 14 11 1 13 11 12 0 30 2 6 6 3 4 3 0 8 5 5 0 14 9 4
28 411 pha* Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008) 8,93 0 12 7 7 9 0 3 6 12 2 4 15 9 1 7 12 9 0 5 3 7 0 6 4 10 0 7 6 19 1 9 5 0 15 0 0 0 10 6 11 1 18 12 12 1 10 13 4 2 28 1 8 7 0 6 4 0 9 6 5 0 13 4 8
31 414 aga Anopheles gambiae 9,20 0 9 2 3 5 0 3 10 12 0 2 18 31 0 3 29 6 0 2 8 7 0 8 13 8 0 2 5 17 0 3 6 0 22 0 0 0 21 4 11 0 11 8 17 0 20 11 15 0 5 0 6 10 0 8 0 0 6 2 2 0 15 8 0
24 418 ppp Physcomitrella patens 9,18 1 14 2 6 6 1 5 5 12 0 4 24 13 0 2 11 13 0 5 7 13 0 8 4 10 0 5 6 19 0 9 8 0 8 0 0 0 9 9 10 1 14 8 16 0 11 7 14 0 7 1 9 8 1 7 5 0 9 6 10 0 15 9 11
22 421 nle Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3) 9,04 1 11 7 5 8 0 3 9 12 3 5 16 11 1 6 10 9 1 4 4 9 1 5 4 11 0 4 5 18 1 9 5 0 14 0 0 0 11 9 13 2 14 22 15 0 10 10 8 1 22 3 8 7 0 7 3 0 8 6 5 0 12 6 7
28 435 ggo Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011) 9,42 0 12 8 7 8 0 4 5 11 2 6 17 9 1 8 10 10 1 4 5 8 0 7 4 9 0 6 6 22 2 6 4 1 16 0 0 0 7 7 14 1 24 13 14 0 15 14 7 0 28 3 8 7 0 6 5 0 8 5 6 0 12 3 9
45 446 shr Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1) 9,87 0 13 6 3 9 0 4 9 11 0 4 22 8 0 4 10 10 0 5 3 10 0 6 3 9 0 7 2 18 0 7 4 0 11 0 0 0 9 45 10 0 13 14 32 0 19 15 10 0 8 2 8 4 0 5 3 0 8 5 4 0 19 9 6
64 455 tsy* Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) 9,25 0 6 # 4 6 0 5 7 8 0 4 12 6 0 4 6 7 0 5 3 7 1 32 4 9 0 4 4 12 0 4 3 0 10 0 0 1 10 64 6 1 15 10 7 1 13 9 10 1 25 1 6 6 0 5 3 0 9 6 4 0 14 6 7
27 458 mcc Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3) 9,80 0 9 15 8 9 0 5 6 10 5 7 18 10 3 6 11 9 2 6 4 8 0 8 3 9 0 5 4 21 1 10 5 1 23 0 0 0 14 10 12 2 19 16 13 1 14 11 6 0 27 2 8 6 0 5 4 0 8 6 7 0 14 4 8
60 469 mmu Mus musculus (mm10 Dec 2011) 10,13 0 7 7 4 5 0 4 10 12 1 5 19 8 1 3 12 10 1 3 3 8 1 8 3 11 0 4 4 23 4 11 10 0 11 0 0 1 10 7 12 0 13 14 26 0 16 8 14 1 60 1 8 6 0 5 3 0 8 6 5 2 15 8 7
27 476 pan* Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2) 10,20 1 13 8 8 8 0 3 11 14 2 6 19 9 1 7 12 9 1 5 3 8 0 6 4 10 0 7 6 20 1 9 5 3 21 0 0 0 10 9 12 2 21 14 15 2 15 13 9 1 27 3 9 7 0 5 4 0 11 6 5 0 20 8 8
46 481 mdo Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006) 10,58 0 12 2 4 8 0 6 11 13 0 7 25 9 0 5 9 12 0 6 3 11 0 8 3 12 0 7 3 15 0 9 6 0 15 0 0 0 9 7 11 0 13 13 19 1 24 14 13 4 46 0 9 5 0 5 4 0 9 6 5 0 24 11 8
34 485 eeu* Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) 7,59 0 8 3 6 6 0 3 6 9 0 4 16 7 0 6 4 7 0 3 3 10 0 5 3 9 0 6 4 14 0 10 4 0 13 0 0 0 5 4 8 0 7 11 € 0 13 8 9 0 34 2 7 6 0 5 3 0 7 5 7 0 14 7 5
51 494 ecb Equus caballus (horse) (Sep 2007) 10,76 0 12 4 6 7 0 5 3 20 0 5 25 12 3 6 15 12 0 4 4 10 0 7 3 9 0 7 3 27 0 11 8 1 14 0 0 1 11 6 12 1 17 15 16 0 10 11 51 0 25 4 7 10 0 4 4 0 12 5 7 0 10 4 8
86 498 cge Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011) 10,96 0 8 4 4 5 0 4 10 13 0 5 16 13 0 5 9 6 0 3 3 7 0 6 3 8 1 4 4 22 1 15 6 0 11 0 0 0 14 5 11 0 17 15 86 0 15 7 20 0 41 2 6 6 0 6 3 0 9 5 6 1 14 6 7
28 499 vvi Vitis vinifera (Grapevine 12X) 10,89 0 14 7 13 10 0 9 7 13 1 7 25 14 0 5 9 13 1 7 3 13 0 16 4 10 2 6 3 11 0 28 5 1 17 0 0 1 12 9 10 1 18 11 13 1 18 14 21 0 11 1 10 8 0 5 4 0 9 6 7 0 17 12 6
30 503 ptr Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4) 10,82 0 15 10 7 9 0 3 6 14 1 5 21 11 1 10 12 11 1 7 4 9 1 8 5 10 0 6 5 30 1 9 5 2 22 0 0 0 10 8 10 1 27 14 19 1 15 15 11 1 27 2 7 7 1 6 5 3 9 6 5 0 13 6 13
29 506 ocu Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) 10,67 0 14 6 3 5 0 4 16 11 1 7 18 12 0 8 14 10 0 4 5 9 0 5 4 8 1 7 5 21 0 9 4 0 12 0 0 0 9 5 15 1 26 12 29 1 23 18 19 0 25 1 10 7 0 4 5 0 10 6 6 21 0 14 16
34 510 yli Yarrowia lipolytica CLIB122 11,33 0 17 1 3 21 0 2 13 26 0 1 18 24 0 2 8 21 0 2 4 21 0 3 2 22 0 3 2 30 0 4 2 0 14 0 0 0 12 3 15 0 16 4 34 0 28 6 27 0 8 0 13 1 0 25 0 0 6 4 1 0 30 11 0
33 517 ppy* Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) 11,18 0 13 6 6 10 0 3 11 14 4 6 20 10 1 7 18 10 1 6 5 10 0 7 5 12 0 4 7 22 1 9 4 1 19 0 0 0 10 7 13 2 33 20 22 1 13 22 8 0 30 3 6 7 0 6 7 0 8 8 7 0 14 8 10
77 518 csi* Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1) 11,40 0 13 5 6 6 0 4 4 13 0 5 26 11 1 7 15 13 0 5 4 10 0 7 4 10 0 8 5 23 0 13 6 0 11 0 0 0 10 5 12 2 14 15 22 1 13 11 77 0 24 1 8 10 0 5 4 0 13 6 7 0 10 4 9
32 540 tng Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007) 11,91 1 17 5 7 15 0 6 32 16 0 5 20 10 0 4 15 12 1 7 2 11 1 11 4 26 0 10 13 20 0 10 4 0 13 0 0 0 12 9 18 0 17 9 20 0 18 15 13 0 15 1 10 14 0 6 2 0 11 9 9 0 14 14 6
36 554 cpic Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1) 11,87 2 22 13 7 2 1 4 6 11 1 13 16 16 0 5 6 24 0 15 10 12 1 4 2 17 0 18 5 11 1 15 4 1 5 0 0 0 10 16 11 1 17 36 9 0 14 17 5 5 18 4 10 7 0 5 3 3 20 26 10 0 11 24 2
35 575 tru Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3) 12,64 1 18 6 9 10 0 4 21 11 0 6 35 19 0 8 25 11 0 7 3 10 0 7 6 18 0 7 7 10 0 8 6 1 13 0 0 1 19 8 12 0 20 19 19 1 22 13 20 0 15 1 16 16 1 7 4 0 17 13 10 0 18 12 4
37 578 sbi Sorghum bicolor (Version 1.0) 12,56 0 20 4 9 15 0 9 11 17 0 5 37 16 2 4 10 11 3 12 6 14 0 11 7 12 2 9 6 18 0 13 11 1 14 0 0 1 15 11 13 1 16 9 18 2 24 13 23 0 13 1 13 15 0 4 7 0 13 7 10 0 24 10 6
40 582 mtr Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0) 12,47 0 26 7 14 9 0 10 4 19 0 10 40 17 3 7 7 12 2 8 2 7 0 11 1 10 4 10 1 25 0 16 3 1 12 0 0 0 17 17 5 9 28 18 16 0 28 19 11 0 10 1 14 12 0 5 3 0 15 8 6 1 23 15 3
34 596 cel Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010) 13,18 0 15 4 7 20 0 3 5 21 0 7 19 19 0 5 6 15 0 9 6 6 0 31 4 17 0 11 7 22 0 9 4 0 19 0 0 0 19 20 7 0 20 14 30 0 27 17 24 0 13 2 12 18 0 8 1 1 9 8 4 0 14 34 3
40 618 pop Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) 13,53 4 18 7 3 40 1 0 7 20 1 9 26 17 0 8 10 13 1 9 5 14 0 22 4 6 0 11 4 20 0 18 5 0 18 0 0 0 13 11 11 0 22 17 17 0 33 14 21 1 13 1 14 10 0 7 5 0 16 11 11 0 25 17 7
40 622 hsa Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013) 13,31 0 18 8 12 12 0 4 11 19 6 5 22 11 1 8 21 12 1 6 5 10 1 8 4 10 0 6 7 35 1 10 5 5 32 0 0 0 10 18 24 2 40 20 24 1 16 17 10 1 38 3 8 7 0 6 4 1 8 7 5 0 15 9 12
55 639 bdi Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X) 13,82 0 18 4 15 14 0 10 8 20 2 4 55 15 3 5 11 11 4 10 5 15 0 18 8 9 3 10 6 19 0 12 11 1 17 0 0 3 21 15 11 0 16 12 18 0 25 15 19 0 14 0 18 16 1 5 6 0 18 9 9 0 27 9 9
43 674 oni* Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2) 14,80 0 23 12 7 14 0 7 16 25 0 25 27 8 0 9 9 10 0 10 6 14 0 11 4 18 1 25 8 18 0 11 12 3 18 0 0 0 23 6 11 0 9 16 43 0 10 14 15 1 42 1 12 16 0 7 6 2 10 27 18 0 13 12 9
83 684 ath Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011) 15,00 0 17 6 12 12 1 11 3 17 2 5 32 14 2 7 8 37 3 12 7 15 0 47 5 10 1 9 5 16 0 10 7 0 83 0 0 0 12 10 9 0 19 15 17 0 29 14 13 0 17 0 16 11 0 6 4 0 16 10 8 0 25 12 5
56 738 osa Oryza sativa 15,67 0 20 4 19 15 0 10 10 18 0 5 56 17 16 4 10 12 4 17 8 14 0 14 9 11 8 15 5 20 1 10 12 2 19 0 0 0 26 21 10 0 29 12 20 1 31 16 25 1 17 0 18 24 0 4 8 0 20 12 11 0 28 9 10
36 738 gmx Glycine max (soybean) (Wm82.a2) 16,31 0 22 9 18 16 0 10 7 31 0 8 36 22 1 9 13 15 0 11 6 21 0 27 5 9 1 10 4 24 0 17 8 0 21 0 0 0 18 13 13 2 22 20 22 0 33 16 24 0 14 0 18 13 0 9 5 0 28 18 13 0 29 18 9
42 743 cbr Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3) 16,51 0 22 6 11 26 0 5 7 21 0 24 23 25 0 6 6 17 0 8 8 6 0 41 4 22 0 10 9 29 0 14 7 0 19 0 0 0 21 24 10 0 23 16 40 0 34 19 30 0 16 0 13 22 0 10 0 0 9 10 2 0 21 42 5
37 749 mpu* Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) 10,68 0 11 4 6 6 0 4 5 10 0 5 20 8 0 6 7 8 0 4 4 9 0 7 2 10 0 7 5 15 0 8 5 0 9 0 0 1 7 37 17 6 12 31 € 0 8 7 19 0 25 1 11 6 0 29 5 0 12 16 21 0 9 9 4
48 804 str* Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) 11,02 1 10 3 10 6 0 3 4 14 6 4 14 18 3 5 39 15 1 7 6 12 1 7 3 34 5 6 7 € 31 39 18 0 9 0 0 0 6 4 6 1 9 10 12 6 8 5 7 0 48 1 7 6 0 5 3 0 7 5 6 7 13 5 20
97 807 ssc Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) 12,68 0 21 4 6 8 0 5 5 13 0 5 23 10 1 11 12 10 0 5 4 9 0 4 3 13 0 8 4 23 0 14 7 0 17 0 0 0 10 9 12 2 18 38 16 10 97 € 13 1 23 0 7 7 0 5 3 0 10 7 4 0 19 10 6
47 827 cja* Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008) 18,33 1 24 5 7 26 0 6 12 26 0 7 30 23 0 7 13 19 0 7 15 9 0 43 8 24 0 12 11 31 0 11 8 0 24 0 0 0 17 14 16 0 23 30 37 0 41 20 40 0 15 1 18 21 0 11 1 0 15 12 3 0 34 47 2
83 856 oaa Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007) 18,56 1 24 10 10 8 0 7 18 27 0 10 32 23 1 15 10 16 4 6 8 19 4 12 7 23 1 18 10 83 0 17 11 0 28 0 0 1 24 11 19 0 21 32 25 0 27 16 27 0 37 5 14 12 0 7 14 2 18 6 9 2 40 15 9
43 906 cfa Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) 11,23 0 10 4 5 4 0 4 7 9 0 5 23 6 0 5 8 10 0 5 8 8 0 8 4 8 0 4 5 14 0 11 4 0 9 0 0 0 9 43 20 1 21 34 € 2 13 15 22 0 21 1 6 6 0 15 4 0 8 9 29 0 11 11 9
82 1065 spu Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) 23,56 2 0 14 2 18 0 8 5 69 2 22 73 20 0 11 16 25 0 15 6 19 0 21 9 27 0 21 9 32 0 17 7 0 24 0 0 0 26 17 21 0 39 57 42 0 82 26 29 0 31 0 18 29 0 19 1 1 17 18 19 0 42 33 4
66 1095 cbr* Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008) 24,07 0 24 7 14 32 0 8 8 33 1 26 29 33 0 8 15 20 0 14 9 25 2 54 9 31 1 15 10 35 0 11 6 2 28 0 0 1 26 40 11 0 33 29 49 0 34 36 37 2 21 3 22 32 0 17 24 0 14 13 11 0 39 66 25
81 1119 dno* Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) 15,86 0 12 8 8 5 0 3 10 12 1 6 30 12 1 16 # 10 0 6 6 7 0 7 4 11 0 8 7 23 2 66 17 0 14 0 0 1 10 5 10 0 23 18 43 0 21 20 45 0 22 1 15 10 0 8 5 0 10 9 47 24 19 € 34
61 1176 oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010) 12,50 1 6 5 7 6 0 2 3 6 0 5 18 7 0 8 9 2 3 4 3 4 0 6 1 5 0 5 3 18 3 12 7 2 16 0 0 0 8 7 9 0 13 22 16 2 8 € 60 16 61 4 47 2 2 6 6 0 7 22 33 5 30 € €
82 1198 zma Zea mays (Version 5b.60) 23,18 1 25 5 20 29 0 9 13 69 0 5 79 22 12 4 16 13 22 11 6 15 0 31 9 20 13 14 6 66 0 15 22 0 21 0 0 1 26 22 13 0 49 82 € 1 42 22 30 1 25 0 27 35 0 7 6 0 14 9 11 0 33 11 11
55 1463 aml Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) 13,84 0 11 5 9 7 0 5 7 12 0 6 24 10 0 7 9 10 0 6 4 9 0 11 5 10 0 9 10 17 0 9 5 0 11 0 0 0 8 43 25 6 28 55 € 1 11 11 37 0 25 2 10 8 1 # 7 2 13 17 45 0 10 7 7
63 1492 gmo* Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) 30,05 6 36 16 15 33 0 24 47 26 0 18 € 21 0 9 28 30 0 18 14 55 0 21 22 30 0 30 30 55 1 24 26 0 50 0 0 1 26 11 45 2 34 63 43 1 30 51 50 0 27 2 29 31 2 17 10 1 41 21 28 0 30 39 18
76 2002 lav Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) 25,95 1 32 15 17 22 0 11 10 43 0 7 50 41 1 50 35 29 0 7 4 16 0 14 3 14 1 22 10 54 0 53 15 1 19 0 0 3 27 14 28 4 51 60 36 0 20 € 24 1 28 24 23 14 0 18 3 3 76 # 16 4 33 € #
40 2017 tma* Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) 13,98 1 11 6 10 8 0 5 5 13 1 8 21 11 0 26 16 14 0 6 4 11 0 8 3 16 1 18 4 20 1 40 6 1 15 0 0 0 12 8 10 1 23 31 16 1 15 € 19 5 22 18 13 8 0 12 7 5 36 € 13 9 23 € #
90 2485 pma* Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) 34,89 2 57 5 # € 0 40 # € 0 10 € € 1 26 # 22 0 20 35 54 0 43 21 62 19 19 23 € 0 31 24 0 90 0 0 1 27 44 € 0 € 24 23 2 90 12 11 0 68 1 9 85 1 26 10 0 65 18 50 1 54 17 6
99 2489 gac* Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) 41,18 0 35 12 7 49 0 17 9 € 0 61 € 21 1 12 18 52 0 62 29 63 0 29 18 99 0 35 23 53 0 53 56 0 17 0 0 0 52 60 81 1 € 61 97 0 € 46 53 0 € 1 74 49 0 # 2 0 30 68 26 0 12 61 4
99 2639 xtr Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) 50,41 2 58 # 22 38 2 25 32 63 5 51 € 55 0 36 53 40 3 41 23 60 1 53 36 € 0 91 29 67 0 47 36 0 € 0 0 1 42 28 40 1 47 72 97 0 59 84 51 2 92 1 33 33 3 33 8 0 99 € 27 0 85 80 €
68 3729 fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) 19,40 1 12 19 8 6 0 33 5 10 0 9 24 8 0 6 9 8 1 14 5 8 1 68 7 9 0 13 9 18 1 10 7 0 10 0 0 2 16 € 47 5 28 50 € 1 9 15 44 1 32 18 23 9 9 € 24 2 12 54 53 2 10 48 6
78 4040 bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) 22,58 6 30 10 14 11 0 5 6 18 0 8 35 20 0 21 39 13 32 7 7 13 0 9 4 14 1 10 7 31 2 35 16 11 39 0 0 4 19 20 40 0 30 78 40 6 42 € € 143 € 29 € 13 7 12 16 4 19 44 € 20 63 € €
74 5845 ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) 16,73 0 12 6 7 6 0 4 6 11 0 5 17 8 3 16 22 12 0 6 4 7 0 5 4 9 1 6 3 19 2 36 21 1 18 0 0 0 9 16 15 0 13 74 19 10 49 € € 6 22 21 € 7 1 7 12 0 11 48 54 19 43 € €
86 7080 bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) 18,77 0 13 13 8 6 0 4 7 12 1 8 21 14 1 18 32 10 1 5 4 7 0 5 4 13 0 8 4 20 0 42 20 0 14 0 0 0 11 10 20 0 24 86 29 20 45 € € 2 24 17 € 9 0 9 21 0 13 55 # 12 64 € €
94 13727 cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) 32,70 3 35 13 31 20 2 20 25 31 0 23 94 22 16 € € 26 1 54 48 12 6 51 41 24 12 € € 75 168 € € 1 36 0 0 1 37 7 18 2 48 43 36 6 49 66 € 1 15 3 30 9 0 25 2 0 33 14 12 2 19 66 #
 
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
Total du diagramme 45 1,461 617 774 973 22 561 782 1,592 70 675 2,065 1,377 94 645 1,007 1,266 99 715 551 1,123 25 1,244 476 1,376 83 847 535 2,162 240 1,241 682 50 1,554 0 0 34 1,239 1,175 1,210 72 1,748 1,880 2,044 93 2,061 1,303 1,656 209 1,958 249 1,088 1,153 33 656 428 36 1,265 1,051 912 138 2,017 1,185 541
Codons forts pente 1.139 0.463 0.574 0.853 0.504 0.627 1.334 0.668 2.025 1.02 0.591 0.905 0.946 0.699 0.511 0.991 1.062 0.469 1.188 0.848 0.491 1.728 1.079 0.673 1.293 0.998 0.925 1.065 1.442 1.669 1.738 1.69 1.233 1.375 1.603 - 0.941 0.948 0.606 0.321 1.174 0.964 0.808 1.476 1.263 0.485
somme calculée - 27.6 20.0244 29.8 - 21.9 101.5 - 317.0 35.6 19.3 75.5 - - - - - - 59.9 27.7 16.1 79.3 35.3 22.0 65.2 - 17.9 37.2 109.7 - 149.3 69.6 151.9 124.8 102.2 - 54.6 - 45.1 - - 87.1 33.4 - 159.6 93.9
Totaux + calculés 1,461 645 794 1,003 561 804 1,693 675 2,382 1,413 664 1,083 1,266 715 551 1,123 1,244 476 1,436 875 551 2,241 1,276 704 1,619 0 0 1,239 1,193 1,247 1,858 1,880 2,193 2,131 1,455 1,781 2,060 249 1,143 1,153 701 428 1,265 1,138 945 2,017 1,345 635
R2 914 734 775 807 748 697 847 740 892 840 723 793 881 758 743 816 713 743 803 788 866 863 748 809 748 938 614 822 913 770 845 791 880 728 743 815 760 801 570 797 666 594 818 795 597
Codons faibles c/t nombre >3 3 0 6 3 5 2 6 4 2 2 5 6 7 2 2 9
c/t nombre >3, total 16 0 35 44 66 10 61 209 16 9 30 58 184 16 9 120
reste calculé 32 22 41 53 38 17 28 35 36 27 47 41 32 19 29 27
multiplicité X 100 26 18 34 44 31 14 23 29 30 22 39 34 26 16 24 22
c/t nombre=3 1 0 1 6 4 0 1 1 2 2 1 0 0 2 3 0
Totaux des 121 réduits 55834 32 1,461 645 794 1,003 22 561 804 1,693 41 675 2,382 1,413 53 664 1,083 1,266 38 715 551 1,123 17 1,244 476 1,436 28 875 551 2,241 35 1,276 704 36 1,619 0 0 27 1,239 1,193 1,247 47 1,858 1,880 2,193 41 2,131 1,455 1,781 32 2,060 249 1,143 1,153 19 701 428 29 1,265 1,138 945 27 2,017 1,345 635
Données non modifiées
64 455 tsy* Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) 9,0 0 6 42 4 6 0 5 7 8 0 4 12 6 0 4 6 7 0 5 3 7 1 32 4 9 0 4 4 12 0 4 3 0 10 0 0 1 10 64 6 1 15 10 7 1 13 9 10 1 25 1 6 6 0 5 3 0 9 6 4 0 14 6 7
149 485 eeu* Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) 10,7 0 8 3 6 6 0 3 6 9 0 4 16 7 0 6 4 7 0 3 3 10 0 5 3 9 0 6 4 14 0 10 4 0 13 0 0 0 5 4 8 0 7 11 149 0 13 8 9 0 34 2 7 6 0 5 3 0 7 5 7 0 14 7 5
271 749 mpu* Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) 16,5 0 11 4 6 6 0 4 5 10 0 5 20 8 0 6 7 8 0 4 4 9 0 7 2 10 0 7 5 15 0 8 5 0 9 0 0 1 7 37 17 6 12 31 271 0 8 7 19 0 25 1 11 6 0 29 5 0 12 16 21 0 9 9 4
256 804 str* Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) 16,5 1 10 3 10 6 0 3 4 14 6 4 14 18 3 5 39 15 1 7 6 12 1 7 3 34 5 6 7 256 31 39 18 0 9 0 0 0 6 4 6 1 9 10 12 6 8 5 7 0 48 1 7 6 0 5 3 0 7 5 6 7 13 5 20
235 807 ssc Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) 17,6 0 21 4 6 8 0 5 5 13 0 5 23 10 1 11 12 10 0 5 4 9 0 4 3 13 0 8 4 23 0 14 7 0 17 0 0 0 10 9 12 2 18 38 16 10 97 235 13 1 23 0 7 7 0 5 3 0 10 7 4 0 19 10 6
408 906 cfa Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) 20,0 0 10 4 5 4 0 4 7 9 0 5 23 6 0 5 8 10 0 5 8 8 0 8 4 8 0 4 5 14 0 11 4 0 9 0 0 0 9 43 20 1 21 34 408 2 13 15 22 0 21 1 6 6 0 15 4 0 8 9 29 0 11 11 9
326 1119 dno* Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) 24,2 0 12 8 8 5 0 3 10 12 1 6 30 12 1 16 81 10 0 6 6 7 0 7 4 11 0 8 7 23 2 66 17 0 14 0 0 1 10 5 10 0 23 18 43 0 21 20 45 0 22 1 15 10 0 8 5 0 10 9 47 24 19 326 34
341 1176 oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010) 25,3 1 6 5 7 6 0 2 3 6 0 5 18 7 0 8 9 2 3 4 3 4 0 6 1 5 0 5 3 18 3 12 7 2 16 0 0 0 8 7 9 0 13 22 16 2 8 139 60 16 61 4 47 2 2 6 6 0 7 22 33 5 30 133 341
127 1198 zma Zea mays (Version 5b.60) 25,5 1 25 5 20 29 0 9 13 69 0 5 79 22 12 4 16 13 22 11 6 15 0 31 9 20 13 14 6 66 0 15 22 0 21 0 0 1 26 22 13 0 49 82 127 1 42 22 30 1 25 0 27 35 0 7 6 0 14 9 11 0 33 11 11
772 1463 aml Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) 32,2 0 11 5 9 7 0 5 7 12 0 6 24 10 0 7 9 10 0 6 4 9 0 11 5 10 0 9 10 17 0 9 5 0 11 0 0 0 8 43 25 6 28 55 772 1 11 11 37 0 25 2 10 8 1 84 7 2 13 17 45 0 10 7 7
154 1492 gmo* Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) 32,8 6 36 16 15 33 0 24 47 26 0 18 154 21 0 9 28 30 0 18 14 55 0 21 22 30 0 30 30 55 1 24 26 0 50 0 0 1 26 11 45 2 34 63 43 1 30 51 50 0 27 2 29 31 2 17 10 1 41 21 28 0 30 39 18
619 2002 lav Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) 43,5 1 32 15 17 22 0 11 10 43 0 7 50 41 1 50 35 29 0 7 4 16 0 14 3 14 1 22 10 54 0 53 15 1 19 0 0 3 27 14 28 4 51 60 36 0 20 114 24 1 28 24 23 14 0 18 3 3 76 90 16 4 33 619 72
1073 2017 tma* Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) 43,8 1 11 6 10 8 0 5 5 13 1 8 21 11 0 26 16 14 0 6 4 11 0 8 3 16 1 18 4 20 1 40 6 1 15 0 0 0 12 8 10 1 23 31 16 1 15 114 19 5 22 18 13 8 0 12 7 5 36 123 13 9 23 1073 90
278 2485 pma* Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) 53,7 2 57 5 42 112 0 40 75 110 0 10 278 166 1 26 71 22 0 20 35 54 0 43 21 62 19 19 23 106 0 31 24 0 90 0 0 1 27 44 108 0 168 24 23 2 90 12 11 0 68 1 9 85 1 26 10 0 65 18 50 1 54 17 6
286 2489 gac* Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) 55,2 0 35 12 7 49 0 17 9 101 0 61 286 21 1 12 18 52 0 62 29 63 0 29 18 99 0 35 23 53 0 53 56 0 17 0 0 0 52 60 81 1 123 61 97 0 184 46 53 0 107 1 74 49 0 79 2 0 30 68 26 0 12 61 4
151 2639 xtr Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) 57,2 2 58 46 22 38 2 25 32 63 5 51 138 55 0 36 53 40 3 41 23 60 1 53 36 151 0 91 29 67 0 47 36 0 107 0 0 1 42 28 40 1 47 72 97 0 59 84 51 2 92 1 33 33 3 33 8 0 99 105 27 0 85 80 105
1201 3729 fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) 81,9 1 12 19 8 6 0 33 5 10 0 9 24 8 0 6 9 8 1 14 5 8 1 68 7 9 0 13 9 18 1 10 7 0 10 0 0 2 16 782 47 5 28 50 887 1 9 15 44 1 32 18 23 9 9 1 201 24 2 12 54 53 2 10 48 6
1295 4040 bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) 83,9 6 30 10 14 11 0 5 6 18 0 8 35 20 0 21 39 13 32 7 7 13 0 9 4 14 1 10 7 31 2 35 16 11 39 0 0 4 19 20 40 0 30 78 40 6 42 435 164 143 338 29 178 13 7 12 16 4 19 44 116 20 63 391 1 295
1901 5845 ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) 128,5 0 12 6 7 6 0 4 6 11 0 5 17 8 3 16 22 12 0 6 4 7 0 5 4 9 1 6 3 19 2 36 21 1 18 0 0 0 9 16 15 0 13 74 19 10 49 1 901 395 6 22 21 217 7 1 7 12 0 11 48 54 19 43 833 1 766
2368 7080 bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) 156,1 0 13 13 8 6 0 4 7 12 1 8 21 14 1 18 32 10 1 5 4 7 0 5 4 13 0 8 4 20 0 42 20 0 14 0 0 0 11 10 20 0 24 86 29 20 45 2 368 468 2 24 17 256 9 0 9 21 0 13 55 67 12 64 987 2 148
5898 13727 cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) 300,1 3 35 13 31 20 2 20 25 31 0 23 94 22 16 145 1 540 26 1 54 48 12 6 51 41 24 12 206 137 75 168 5 898 3 858 1 36 0 0 1 37 7 18 2 48 43 36 6 49 66 428 1 15 3 30 9 0 25 2 0 33 14 12 2 19 66 81
1045 12258 dre Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009) 268,8 10 197 73 241 270 4 244 300 258 10 75 522 232 6 230 227 336 2 209 80 315 2 205 180 359 10 290 66 92 4 368 112 5 236 0 0 10 387 105 266 24 1 045 525 953 1 150 225 245 9 136 14 44 203 24 107 59 14 424 252 104 11 836 47 268
92530 Totaux des 121 eucaryotes non réduits 45 1461 705 816 1085 22 561 857 1803 70 675 2921 1543 94 790 2699 1266 99 715 551 1123 25 1244 476 1527 83 1053 672 2524 240 7139 4540 50 1661 0 0 34 1239 1957 1318 72 2039 1880 4658 93 2245 6609 3111 209 2403 249 1739 1153 33 2020 428 36 1265 1369 1095 138 2017 5547 6439

Lignes et colonnes 121 eucaryotes

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  • Lien Tableur: Lignes et colonnes 121 eucaryotes
  • Liens: Calculs pour 121 eucaryotes,  Tableau des effectifs calculés des 121 eucaryotes,  Tableau des effectifs des gènes de tRNAs 121 eucaryotes,  Lignes colonnes des 155 eucaryotes pour comparer avec les 121.
  • Légende: Les moyennes des codons de la 3ème base appartenant aux doublets ayant la même 1ère base (ligne) ou ayant la même 2ème base (colonne) sont faites sur 4 codons ou sur 3 codons seulement quand on rencontre les codons stop (taa tag) ou le codon ata lorsqu'il est trop faible ( sauf celui des eucaryotes) ou le codon atg à effectif très élevé (sauf celui des eucaryotes). La moyenne des lignes et colonnes est faite sur 12 codons ou seulement 10 quand on rencontre les codons taa tag ata atg. Quand les codons xyt ont des effectifs élevés ils sont permutés avec les codons xyc ( 1 permutation chez les bactéries et 8 chez les eucaryotes). Aussi les lignes et colonnes xyt contiennent les valeurs faibles après permutation et les lignes et colonnes xyc contiennent les valeurs fortes après permutation.
    n pour nombre de codons, mcod pour moyenne des codons, Lig. pour ligne, Col. pour colonne et car. pour carré ou doublet.
    txt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt tct tat tgt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc tcc tac tgc" de la 3ème base c . . . etc. (Ligne Lig.)
    xtt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt ctt att gtt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc ctc atc gtc" de la 3ème base c . . . etc. (colonne Col.)
Lignes Colonnes pour 100000 tRNAs.
IVLC. 121 eucaryotes. 55 830.
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
tx t 4 62
c 4 2 869
a 3 958
g 3 1 485
col. n mcod
xt t 4 66
c 4 2 494
a 4 1 137
g 4 1 833
cx t 4 38
c 4 2 023
a 4 1 656
g 4 1 323
xc t 4 53
c 4 2 716
a 4 1 840
g 4 1 022
ax t 4 65
c 4 2 800
a 4 2 045
g 4 2 719
xa t 4 67
c 4 3 066
a 3 2 703
g 3 3 117
gx t 4 70
c 4 3 494
a 4 2 123
g 4 1 882
xg t 4 48
c 4 2 908
a 4 1 537
g 4 1 411
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 12 12
mcod 1 880 1 668 2 521 2 499
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 12 12 10 12
mcod 1 966 1 860 2 973 1 952
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 5,24 4,60 2,96 6,24
c 4,28 5,12 6,64 4,12
a 8,58 5,18 10,71 6,05
g 5,75 7,62 9,69 7,21
ILC. 4032 Bactéries. 235 027.
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
txt 4 2
c 4 2,289
a 3 1,612
g 3 1,558
Col. n mcod
xtt 4 42
c 4 2,509
a 3 2,631
g 3 1,489
cxt 4 76
c 4 1,998
a 4 1,879
g 4 1,395
xct 4 13
c 4 1,696
a 4 2,852
g 4 935
axt 4 12
c 4 2,862
a 3 2,806
g 3 1,225
xat 4 1
c 4 3,076
a 3 3,570
g 3 880
gxt 4 1
c 4 2,861
a 4 3,642
g 4 659
xgt 4 36
c 4 2,728
a 4 1,332
g 4 1,430
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 10 12
mcod 1,867 1,757 2,354 2,387
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 10 12 10 12
mcod 2,239 1,828 2,566 1,830
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 6.32 5.30 2.73 4.32
c 6.10 4.42 5.74 5.13
a 11.61 5.64 8.64 5.39
g 6.22 6.63 8.55 7.26
VLC. Danio rerio (Zebrafish). 12 258.
Moyenne 3ème base
Lig. n mcod
tx t 4 53
c 4 1 846
a 3 805
g 3 993
Col. n mcod
xt t 4 61
c 4 1 952
a 4 1 269
g 4 2 039
cx t 4 82
c 4 2 396
a 4 1 348
g 4 1 642
xc t 4 37
c 4 2 248
a 4 2 186
g 4 893
ax t 4 118
c 4 4 254
a 4 2 329
g 4 3 355
xa t 4 82
c 4 3 708
a 3 2 325
g 3 3 981
gx t 4 45
c 4 2 672
a 4 1 774
g 4 1 738
xg t 4 118
c 4 3 261
a 4 857
g 4 969
Moyenne Lignes
Lig. ttt ctt att gtt
n 10 12 12 12
mcod 1 278 1 795 3 313 2 061
Moyenne colonnes
col. ttt tct tat tgt
n 12 12 10 12
mcod 1 950 1 776 3 375 1 695
Totaux carrés
car. 1000 t c a g
t 4,25 5,12 1,97 1,66
c 6,67 5,73 6,27 3,21
a 7,06 5,91 20,78 6,48
g 5,67 4,70 5,07 9,48

Demi-doublets des 121 eucaryotes

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  • Lien Tableur: Demi-doublets des 121 eucaryotes
  • Légende:
    − 155 eucaryotes, tableau des demi-doublets sur les effectifs des 155 eucaryotes avant sélection des 121.
    − 121 eucaryotes 92530: tableau des demi-doublets sur les effectifs des 121 eucaryotes avant calcul sur les tRNAs surexprimés.
    − 121 eucaryotes 55830: tableau des demi-doublets sur les effectifs des 121 eucaryotes après calcul sur les tRNAs surexprimés.
    − g/a: rapport des codons xyg sur xya de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs,   1.4  rapport inverse de g/a.
    − t/c: rapport des codons xyc sur xyt de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs,   16  rapport inverse de t/c.
    − t c a g: colonnes du tableau des effectifs
Demi-doublets des 121 eucaryotes
155 Eucaryotes 115 111
t c a g
t/c 29 16 14 12
g/a 1.4 1.4 − 7.1
t/c 43 48 40 28
g/a 1.5 2.2 1.2 4.5
t/c 25 14 24 36
g/a 4.5 1.8 2.3 1.4
t/c 19 7.3 28 25
g/a 2.9 1.6 1.9 1.3
121 eucaryotes 92 530
t c a g
t/c 32 13 33 11
g/a 1.2 1.3 − 7.0
t/c 49 45 36 35
g/a 1.5 2.6 1.5 4.7
t/c 25 18 28 35
g/a 4.3 1.6 2.5 1.3
t/c 16 11 24 15
g/a 3.4 1.6 2.1 1.2
121 eucaryotes 55 830
t c a g
t/c 46 33 45 64
g/a 1.2 1.3 − 4.6
t/c 46 66 46 61
g/a 1.4 2.6 1.05 1.6
t/c 41 51 40 44
g/a 3.5 1.6 1.2 1.2
t/c 27 64 52 75
g/a 1.6 1.8 1.2 2.1

Moyennes des doublets 12 23 13

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  • Lien tableur: Moyennes des doublets 12 23 13
  • Légende: Pour les indices des doublets se reporter au chapitre Doublets 12 23 13. Pour le processus E se reporter au chapitre Processus E et résonance des 121 eucaryotes.
    − Attention aux permutations c/t entre eucaryotes et procaryotes. Les doublets .tt .ct .at .gt ne contiennent que les valeurs faibles des codons c/t et les doublets .tc .cc .at .gc les valeurs fortes de ces mêmes codons. Voir surtout les tableaux des indices.
    − Les moyennes des colonnes des tableaux TT.23 et TT.13 sont faites sur les 3 derniers doublets.
    − Toutes les moyennes des doublets, colonnes et lignes des tableaux TT.12 sont faites sur les 3 derniers codons de chaque doublet, sans le codon c/t.
    − Tableaux IV1. L'indice de atg est exclu des moyennes.
    − Tableaux II1. Les indices de atg et ata sont exclus des moyennes.
    − Tableaux I1. Les indices de atg, ata et tga sont exclus des moyennes.
    − Les moyennes des lignes ..t et ..c des tableaux TT.23 et TT.13 sont faites sur les 16 codons respectivement faibles et forts après les permutations.
    − m, moyenne sur 4 codons, e son écart type, % le rapport en pourcentage e/m.

Voici les moyennes sur 8 codons chacune des codons faibles et forts sans effectuer les permutations: 

Ligne	..t	..t	..c	..c
m	0.28	11.70	0.26	14.10
e	0.06	3.28	0.10	2.97
%	21	28	39	21
  • Doublets 23
Moyenne, écartype et rapport m/e des doublets adénéliques dans le processus E
IV1.23 121 eucaryotes
doublet .tt .ct .at .gt
m 0.31 0.24 0.31 0.22
e 0.11 0.08 0.07 0.05
% 36 32 22 21
doublet .tc .cc .ac .gc
m 11.51 12.53 14.15 13.42
e 2.37 4.13 3.13 3.98
% 21 33 22 30
doublet .ta .ca .aa .ga
m 5.25 8.49 12.47 8.77
e 0.43 2.29 2.87 2.72
% 8 27 23 31
doublet .tg .cg .ag .gg
m 7.39 4.71 14.38 6.51
e 1.36 0.79 3.92 2.63
% 18 17 27 40
Ligne ..t ..c ..a ..g
m 0.27 12.90 8.48 7.87
e 0.08 3.27 3.25 4.23
% 30 25 38 54
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 8.11 8.58 13.72 9.64
e 3.19 4.17 3.04 4.26
% 39 49 22 44
I1.23 4032 Bactéries
doublet .tt .ct .at .gt
m 0.20 0.14 0.08 0.04
e 0.10 0.10 0.05 0.03
% 51 71 68 69
doublet .tc .cc .ac .gc
m 1.46 0.99 1.79 1.59
e 0.60 0.21 0.51 0.59
% 41 21 28 37
doublet .ta .ca .aa .ga
m 1.53 1.66 2.08 0.93
e 0.58 0.58 0.44 0.62
% 38 35 21 67
doublet .tg .cg .ag .gg
m 0.87 0.54 0.51 0.83
e 0.49 0.17 0.15 0.21
% 57 32 28 26
Ligne ..t ..c ..a ..g
m 1.34 1.46 1.56 0.69
e 2.94 0.54 0.64 0.29
% 220 37 41 42
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 1.31 1.07 1.50 1.13
e 0.58 0.58 0.78 0.57
% 45 55 52 50
IV1−I1 Duplications processus E.
doublet .tt .ct .at .gt
m 0.28 0.24 0.31 0.20
e 0.15 0.08 0.07 0.09
% 52 34 22 43
doublet .tc .cc .ac .gc
m 10.05 11.54 12.35 11.83
e 1.89 4.06 2.64 3.94
% 19 35 21 33
doublet .ta .ca .aa .ga
m 4.09 6.83 10.39 7.84
e 1.04 1.99 2.59 2.11
% 26 29 25 27
doublet .tg .cg .ag .gg
m 6.52 4.17 13.87 5.68
e 1.83 0.93 3.93 2.49
% 28 22 28 44
Ligne ..t ..c ..a ..g
m 0.26 11.44 7.03 7.18
e 0.10 3.05 2.88 4.29
% 39 27 41 60
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 6.92 7.51 12.22 8.51
e 3.04 4.00 3.04 3.89
% 44 53 25 46
II1.23 184 archées.
doublet .tt .ct .at .gt
m 0.27 0 0 0.41
e 0.31 0.52
% 115 128
doublet .tc .cc .ac .gc
m 1.16 1.00 1.10 1.24
e 0.01 0.05 0.09 0.29
% 1 5 8 23
doublet .ta .ca .aa .ga
m 1.02 1.12 1.13 1.01
e 0.02 0.19 0.11 0.01
% 2 17 9 1
doublet .tg .cg .ag .gg
m 0.89 0.86 0.89 0.87
e 0.03 0.05 0.02 0.10
% 3 5 2 12
Ligne ..t ..c ..a ..g
m 0.17 1.12 1.07 0.88
e 0.33 0.17 0.12 0.06
% 193 15 11 7
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 1.04 0.99 1.04 1.05
e 0.12 0.15 0.13 0.24
% 11 15 12 23
  • Doublets 13
Moyenne, écartype et rapport m/e des doublets 13
IV1.13 121 eucaryotes
doublet t.t c.t a.t g.t
m 0.29 0.18 0.30 0.32
e 0.02 0.04 0.08 0.09
% 9 20 26 28
doublet t.c c.c a.c g.c
m 13.24 9.33 12.92 16.12
e 2.79 0.81 2.18 3.06
% 21 9 17 19
doublet t.a c.a a.a g.a
m 5.60 7.64 9.44 9.79
e 0.44 2.85 4.36 2.93
% 8 37 46 30
doublet t.g c.g a.g g.g
m 6.85 6.11 10.16 8.68
e 2.46 3.12 7.08 4.34
% 36 51 70 50
Ligne ..t ..c ..a ..g
m 0.27 12.90 8.48 7.87
e 0.08 3.27 3.25 4.23
% 30 25 38 54
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 9.41 10.90 7.69 11.53
e 4.23 4.45 2.64 4.66
% 45 41 34 40
I1.13 4032 Bactéries
doublet t.t c.t a.t g.t
m 0.14 4.44 0.71 0.07
e 0.08 4.94 1.23 0.10
% 57 111 174 136
doublet t.c c.c a.c g.c
m 1.33 1.16 1.67 1.67
e 0.25 0.50 0.65 0.70
% 19 43 39 42
doublet t.a c.a a.a g.a
m 1.25 1.10 1.64 2.12
e 0.10 0.60 0.56 0.52
% 8 55 34 25
doublet t.g c.g a.g g.g
m 0.91 0.81 0.71 0.38
e 0.23 0.34 0.13 0.12
% 25 42 18 31
Ligne ..t ..c ..a ..g
m 1.34 1.46 1.56 0.69
e 2.94 0.54 0.64 0.29
% 220 37 41 42
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 1.17 1.37 1.02 1.39
e 0.28 0.65 0.47 0.90
% 24 47 46 64
II1.13 184 archées.
doublet t.t c.t a.t g.t
m 0 0.41 0 0.27
e 0 0.52 0 0.31
% − 128 − 115
doublet t.c c.c a.c g.c
m 1.21 1.03 1.09 1.16
e 0.28 0.10 0.08 0.13
% 23 9 7 11
doublet t.a c.a a.a g.a
m 1.02 1.02 1.05 1.17
e 0.03 0.03 0.04 0.18
% 3 3 3 16
doublet t.g c.g a.g g.g
m 0.90 0.84 0.91 0.88
e 0.9 0.06 0.01 0.03
% 10 7 1 4
Ligne ..t ..c ..a ..g
m 0.17 1.12 1.07 0.88
e 0.33 0.17 0.12 0.06
% 193 15 11 7
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 1.07 1.02 0.96 1.07
e 0.23 0.10 0.11 0.19
% 22 9 12 17
  • Doublets 12
Moyenne, écartype et rapport m/e des doublets 12
IV1.12 121 eucaryotes
doublet tt. tc. ta. tg.
m 7.98 6.98 13.38 13.24
e 3.61 3.10 − 5.36
% 45 44 − 40
doublet ct. cc. ca. cg.
m 6.52 7.83 10.13 6.29
e 1.83 3.41 0.24 3.03
% 28 44 2 48
doublet at. ac. aa. ag.
m 9.79 7.88 16.34 9.22
e 5.95 3.70 1.55 1.33
% 61 47 9 14
doublet gt. gc. ga. gg.
m 8.71 11.63 14.79 11.01
e 3.10 6.42 2.79 5.71
% 36 55 19 52
Ligne t.. c.. a.. g..
m 9.41 10.90 7.69 11.53
e 4.23 4.45 2.64 4.66
% 45 41 34 40
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 8.11 8.58 13.72 9.64
e 3.19 4.17 3.04 4.26
% 39 49 22 44
I1.12 4032 Bactéries
doublet tt. tc. ta. tg.
m 1.23 1.03 1.59 1.10
e 0.26 0.34 − 0.02
% 22 33 − 2
doublet ct. cc. ca. cg.
m 1.16 0.86 1.12 0.97
e 0.18 0.43 0.50 0.83
% 15 51 45 85
doublet at. ac. aa. ag.
m 2.28 1.09 1.68 1.05
e − 0.39 0.93 0.17
% − 36 56 16
doublet gt. gc. ga. gg.
m 1.21 1.29 1.66 1.41
e 0.94 1.13 1.14 0.87
% 78 88 69 62
Ligne t.. c.. a.. g..
m 1.17 1.37 1.02 1.39
e 0.28 0.65 0.47 0.90
% 24 47 46 64
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 1.31 1.07 1.50 1.13
e 0.58 0.58 0.78 0.57
% 45 55 52 50
II1.12 184 archées.
doublet tt. tc. ta. tg.
m 1.03 0.95 1.03 1.31
e 0.14 0.11 − 0.44
% 14 12 − 34
doublet ct. cc. ca. cg.
m 1.01 0.92 0.99 0.93
e 0.15 0.09 0.09 0.15
% 15 10 9 16
doublet at. ac. aa. ag.
m 1.15 1.01 1.05 0.97
e − 0.08 0.13 0.07
% − 8 13 7
doublet gt. gc. ga. gg.
m 1.03 1.09 1.10 1.06
e 0.12 0.27 0.20 0.24
% 11 25 18 23
Ligne t.. c.. a.. g..
m 1.07 1.02 0.96 1.07
e 0.23 0.10 0.11 0.19
% 22 9 12 17
Colonne .t. .c. .a. .g.
m 1.04 0.99 1.04 1.05
e 0.12 0.15 0.13 0.24
% 11 15 12 23

Doublets 12 23 13

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  • Lien Tableur: Doublets 12 23 13
  • Légende
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles:   0.26   , codons xyt non permutés.    0.30   codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 3 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux IV1, I1 et II1. Ainsi   13.38   correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1, supérieurs à 1.85 pour le tableau I1 et supérieurs à 1.25 pour le tableau II1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
    Tableaux    IV1   I1  II1
    1.   13.38    13.38  1.85  1.25
    2.   8.95      8.95  1.17  1.15
    3.   6.56      6.56  0.83  1.00
    4.   2.06      2.06  0.22  0.76
    5.   taa      codons non pris en compte.
    6. 9.15: moyennes multipliées par 100.
IV1.12 Indices tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.26 tcc 0.31 tat 0.30 tgt 0.26
ttc 12.07 tct 10.46 tac 13.38 tgc 17.02
tta 5.29 tca 5.91 taa − tga 2.06
ttg 6.56 tcg 4.55 tag − tgg 9.45
ctc 0.18 ccc 0.14 cat 0.22 cgc 0.16
ctt 8.29 cct 9.28 cac 10.24 cgt 9.53
cta 4.64 cca 10.28 caa 9.86 cga 5.79
ctg 6.64 ccg 3.93 cag 10.31 cgg 3.54
atc 0.34 acc 0.23 aat 0.39 agt 0.24
att 13.99 act 11.87 aac 15.36 agc 10.45
ata 5.58 aca 7.23 aaa 15.54 aga 9.40
atg 19.69 acg 4.55 aag 18.12 agg 7.81
gtc 0.44 gcc 0.29 gat 0.34 ggt 0.22
gtt 11.68 gct 18.52 gac 17.61 ggc 16.67
gta 5.49 gca 10.55 gaa 12.02 gga 11.12
gtg 8.95 gcg 5.82 gag 14.72 ggg 5.25
I1.12 Indices tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56
II1.12 Indices tRNAs. 184 archées
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
ttc 1.17 tcc 1.03 tac 1.03 tgc 1.63
tta 1.04 tca 1.00 taa − tga 0.10
ttg 0.89 tcg 0.83 tag − tgg 1.00
ctt 0.54 cct 0 cat 0 cgt 1.09
ctc 1.16 ccc 0.93 cac 1.01 cgc 1.02
cta 1.01 cca 1.00 caa 1.07 cga 1.01
ctg 0.87 ccg 0.82 cag 0.90 cgg 0.76
att 0 act 0 aat 0 agt 0
atc 1.15 acc 1.03 aac 1.16 agc 1.02
ata 0.01 aca 1.08 aaa 1.07 aga 1.01
atg 3.20 acg 0.92 aag 0.90 agg 0.90
gtt 0.54 gct 0 gat 0 ggt 0.54
gtc 1.15 gcc 1.00 gac 1.18 ggc 1.32
gta 1.01 gca 1.39 gaa 1.25 gga 1.03
gtg 0.92 gcg 0.86 gag 0.87 ggg 0.84
IV1.23 Indices tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.26 tcc 0.31 tat 0.30 tgt 0.26
atc 0.34 acc 0.23 aat 0.39 agt 0.24
ctc 0.18 ccc 0.14 cat 0.22 cgc 0.16
gtc 0.44 gcc 0.29 gat 0.34 ggt 0.22
ttc 12.07 tct 10.46 tac 13.38 tgc 17.02
att 13.99 act 11.87 aac 15.36 agc 10.45
ctt 8.29 cct 9.28 cac 10.24 cgt 9.53
gtt 11.68 gct 18.52 gac 17.61 ggc 16.67
tta 5.29 tca 5.91 taa − tga 2.06
ata 5.58 aca 7.23 aaa 15.54 aga 9.40
cta 4.64 cca 10.28 caa 9.86 cga 5.79
gta 5.49 gca 10.55 gaa 12.02 gga 11.12
ttg 6.56 tcg 4.55 tag − tgg 9.45
atg 19.69 acg 4.55 aag 18.12 agg 7.81
ctg 6.64 ccg 3.93 cag 10.31 cgg 3.54
gtg 8.95 gcg 5.82 gag 14.72 ggg 5.25
I1.23 Indices tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56
II1.23 Indices tRNAs. 184 archées
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0.54 cct 0 cat 0 cgt 1.09
gtt 0.54 gct 0 gat 0 ggt 0.54
ttc 1.17 tcc 1.03 tac 1.03 tgc 1.63
atc 1.15 acc 1.03 aac 1.16 agc 1.02
ctc 1.16 ccc 0.93 cac 1.01 cgc 1.02
gtc 1.15 gcc 1.00 gac 1.18 ggc 1.32
tta 1.04 tca 1.00 taa − tga 0.10
ata 0.01 aca 1.08 aaa 1.07 aga 1.01
cta 1.01 cca 1.00 caa 1.07 cga 1.01
gta 1.01 gca 1.39 gaa 1.25 gga 1.03
ttg 0.89 tcg 0.83 tag − tgg 1.00
atg 3.20 acg 0.92 aag 0.90 agg 0.90
ctg 0.87 ccg 0.82 cag 0.90 cgg 0.76
gtg 0.92 gcg 0.86 gag 0.87 ggg 0.84
IV1.13 Indices tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.26 atc 0.34 ctc 0.18 gtc 0.44
tat 0.30 aat 0.39 cat 0.22 gat 0.34
tcc 0.31 acc 0.23 ccc 0.14 gcc 0.29
tgt 0.26 agt 0.24 cgc 0.16 ggt 0.22
ttc 12.07 att 13.99 ctt 8.29 gtt 11.68
tac 13.38 aac 15.36 cac 10.24 gac 17.61
tct 10.46 act 11.87 cct 9.28 gct 18.52
tgc 17.02 agc 10.45 cgt 9.53 ggc 16.67
tta 5.29 ata 5.58 cta 4.64 gta 5.49
taa − aaa 15.54 caa 9.86 gaa 12.02
tca 5.91 aca 7.23 cca 10.28 gca 10.55
tga 2.06 aga 9.40 cga 5.79 gga 11.12
ttg 6.56 atg 19.69 ctg 6.64 gtg 8.95
tag − aag 18.12 cag 10.31 gag 14.72
tcg 4.55 acg 4.55 ccg 3.93 gcg 5.82
tgg 9.45 agg 7.81 cgg 3.54 ggg 5.25
I1.13 Indices tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 0.25 att 0.12 ctt 9.15 gtt 0.22
tat 0.10 aat 0.12 cat 0.10 gat 0
tct 0.12 act 2.55 cct 0.25 gct 0.05
tgt 0.07 agt 0.02 cgc 8.26 ggt 0.02
ttc 1.51 atc 2.28 ctc 0.95 gtc 1.10
tac 1.59 aac 2.17 cac 1.17 gac 2.24
tcc 1.12 acc 1.12 ccc 0.68 gcc 1.03
tgc 1.11 agc 1.10 cgt 1.85 ggc 2.30
tta 1.18 ata 0.01 cta 1.23 gta 2.20
taa − aaa 2.26 caa 1.58 gaa 2.40
tca 1.31 aca 1.46 cca 1.35 gca 2.53
tga 0.33 aga 1.19 cga 0.22 gga 1.37
ttg 0.99 atg 4.47 ctg 1.29 gtg 0.33
tag − aag 0.60 cag 0.59 gag 0.34
tcg 0.65 acg 0.68 ccg 0.54 gcg 0.30
tgg 1.08 agg 0.86 cgg 0.83 ggg 0.56
II1.13 Indices tRNAs. 184 archées
ttt 0 att 0 ctt 0.54 gtt 0.54
tat 0 aat 0 cat 0 gat 0
s 0 act 0 cct 0 gct 0
tgt 0 agt 0 cgt 1.09 ggt 0.54
ttc 1.17 atc 1.15 ctc 1.16 gtc 1.15
tac 1.03 aac 1.16 cac 1.01 gac 1.18
tcc 1.03 acc 1.03 ccc 0.93 gcc 1.00
tgc 1.63 agc 1.02 cgc 1.02 ggc 1.32
tta 1.04 ata 0.01 cta 1.01 gta 1.01
taa − aaa 1.07 caa 1.07 gaa 1.25
tca 1.00 aca 1.08 cca 1.00 gca 1.39
tga 0.10 aga 1.01 cga 1.01 gga 1.03
ttg 0.89 atg 3.20 ctg 0.87 gtg 0.92
tag − aag 0.90 cag 0.90 gag 0.87
tcg 0.83 acg 0.92 ccg 0.82 gcg 0.86
tgg 1.00 agg 0.90 cgg 0.76 ggg 0.84

Paires de base des codons

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  • Lien Tableur: Paires de base des codons
  • Légende:
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles:   0.26   , codons xyt non permutés.    0.30   codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 3 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux IV1.ap et I1.ap. Ainsi   13.38   correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1, supérieurs à 1.85 pour le tableau I1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
    Tableaux    IV1.ap   I1.ap
    1.   13.38    13.38  1.85
    2.   8.95      8.95  1.17
    3.   6.56      6.56  0.83
    4.   2.06      2.06  0.22
    5.   taa      codons non pris en compte.
    6. 9.15: moyennes multipliées par 100.
    Tableaux IV1.apr  I1.apr
    −   1.2   : codons ne respectant pas la dissymétrie ou l'inversant.
    −   1.2   : très faible dissymétrie du tableau I1.apr influençant les rapports de IV1.apr
    −   0.3   : bascule cgt/cgc
    −   −0.4   : codons non pris en compte.
    Tableaux IV1.pc  I1.pc
    +   0   : valeurs remarquables.
    + gat brin ne donnant pas de gène tRNA, ou agt donnant 1 seul gène de tRNA du codon tga.
IV1.ap Indices tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttc 12.07 ctc 0.18 atc 0.34 gtc 0.44
aag 18.12 gag 14.72 tag − cag 10.31
aac 15.36 gac 17.61 tac 13.38 cac 10.24
ttg 6.56 ctg 6.64 atg 19.69 gtg 8.95
tcc 0.31 ccc 0.14 acc 0.23 gcc 0.29
agg 7.81 ggg 5.25 tgg 9.45 cgg 3.54
agc 10.45 ggc 16.67 tgc 17.02 cgc 0.16
tcg 4.55 ccg 3.93 acg 4.55 gcg 5.82
ttt 0.26 ctt 8.29 att 13.99 gtt 11.68
aaa 15.54 gaa 12.02 taa − caa 9.86
aat 0.39 gat 0.34 tat 0.30 cat 0.22
tta 5.29 cta 4.64 ata 5.58 gta 5.49
tct 10.46 cct 9.28 act 11.87 gct 18.52
aga 9.40 gga 11.12 tga 2.06 cga 5.79
agt 0.24 ggt 0.22 tgt 0.26 cgt 9.53
tca 5.91 cca 10.28 aca 7.23 gca 10.55
I1.ap Indices tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttc 1.51 ctc 0.95 atc 2.28 gtc 1.10
aag 0.60 gag 0.34 tag − cag 0.59
aac 2.17 gac 2.24 tac 1.59 cac 1.17
ttg 0.99 ctg 1.29 atg 4.47 gtg 0.33
tcc 1.12 ccc 0.68 acc 1.12 gcc 1.03
agg 0.86 ggg 0.56 tgg 1.08 cgg 0.83
agc 1.10 ggc 2.30 tgc 1.11 cgc 8.26
tcg 0.65 ccg 0.54 acg 0.68 gcg 0.30
ttt 0.25 ctt 9.15 att 0.12 gtt 0.22
aaa 2.26 gaa 2.40 taa − caa 1.58
aat 0.12 gat 0 tat 0.10 cat 0.10
tta 1.18 cta 1.23 ata 0.01 gta 2.20
tct 0.12 cct 0.25 act 2.55 gct 0.05
aga 1.19 gga 1.37 tga 0.33 cga 0.22
agt 0.02 ggt 0.02 tgt 0.07 cgt 1.85
tca 1.31 cca 1.35 aca 1.46 gca 2.53
IV1.apr rapports a/t c/g. 121 eucaryotes. 55 830
ttc c/g ctc c/g atc c/g gtc c/g
aag 0.7 gag 0.01 tag − cag 0.04
aac gac tac cac
ttg 2.3 ctg 2.7 atg 0.7 gtg 1.1
tcc ccc acc gcc
agg 0.04 ggg 0.03 tgg 0.02 cgg 0.08
agc ggc tgc cgc
tcg 2.3 ccg 4.2 acg 3.7 gcg 0.03
ttt a/t ctt a/t att a/t gtt a/t
aaa 58.8 gaa 1.5 taa − caa 0.8
aat gat tat cat
tta 13.6 cta 13.7 ata 18.8 gta 24.6
tct cct act gct
aga 0.9 gga 1.2 tga 0.2 cga 0.3
agt ggt tgt cgt
tca 24.7 cca 46.1 aca 27.3 gca 1.1
I1.apr rapports a/t c/g. 4032 bactéries. 235 027
ttc c/g ctc c/g atc c/g gtc c/g
aag 2.5 gag 2.8 tag − cag 1.9
aac gac tac cac
ttg 2.2 ctg 1.7 atg 0.4 gtg 3.6
tcc ccc acc gcc
agg 1.3 ggg 1.2 tgg 1.0 cgg 1.2
agc ggc tgc cgc
tcg 1.7 ccg 4.2 acg 1.6 gcg 0.3
ttt a/t ctt a/t att a/t gtt a/t
aaa 910 gaa 26 taa − caa 710
aat gat tat cat
tta 950 cta >>>> ata 14 gta 2215
tct cct act gct
aga 961 gga 552 tga 13 cga 443
agt ggt tgt cgt
tca 5299 cca 5453 aca 1959 gca 1.4
IV1.pc Codons par paire. 121 eucaryotes. 55 830
tat ttt tct tgt cgc gat agt
paire ata aaa aga aca gcg cta tca
codons 2 2 4 2 2 1 3
 
ttc ttg tac tgg tcc tcg
paire aag aac atg acc agg agc
codons 4 4 3 2 3 4
 
aat ggg ctc cac gac ggc tgc
paire tta ccc gag gtg ctg ccg acg
codons 2 2 2 4 3 3 4
I1.pc Codons par paire. 4032 bactéries. 235 027
tat ttt tct tgt cgc gat agt
paire ata aaa aga aca gcg cta tca
codons 0 2 2 2 2 2 2
 
ttc ttg tac tgg tcc tcg
paire aag aac atg acc agg agc
codons 3 3 3 3 3 3
 
aat ggg ctc cac gac ggc tgc
paire tta ccc gag gtg ctg ccg acg
codons 1 4 4 4 4 4 4

Moyennes des doublets à 3 codons homogènes

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  • Lien au tableur: Moyennes des doublets à 3 codons homogènes
  • Légende:
    − Chez les eucaryotes les codons ttc et cgc sont dans leurs doublets (pas de permutation). De même pour cgc chez les bactéries.
    − Pour les indices se reporter au chapitre Doublets 12 23 13.
    − m, moyenne sur 4 codons, e son écart type, % le rapport en pourcentage e/m.
Doublets à 3 codons homogènes
IV1.23 Nombres de tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
doublet .tt .ct .ac .gc
sauf ttt gct cac cgt
m 11.32 10.54 15.45 14.72
e 2.87 1.29 2.12 3.70
% 25 12 14 25
doublet .ta .ca .aa .ga
sauf cta tca taa tga
m 5.45 9.35 12.47 8.77
e 0.15 2.16 2.87 2.72
% 3 23 23 31
doublet .tg .cg .ag .gg
sauf atg gcg tag cgg
m 7.39 4.35 14.38 7.50
e 1.36 0.36 3.92 2.12
% 18 8 27 28
I1.23 Nombres de tRNAs. 4032 bactéries.
doublet .tc .cc .ac .gc
sauf atc ccc cac cgt
m 1.19 1.09 2.00 1.50
e 0.29 0.05 0.36 0.69
% 24 5 18 46
doublet .ta .ca .aa .ga
sauf ata gca taa tga
m 1.53 1.37 2.08 0.93
e 0.58 0.07 0.44 0.62
% 38 5 21 67
doublet .tg .cg .ag .gg
sauf atg gcg tag ggg
m 0.87 0.63 0.51 0.92
e 0.49 0.07 0.15 0.14
% 57 12 28 15
IV1.13 Nombres de tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
doublet t.c a.c c.t g.c
sauf tct − cac −
m 14.16 − 9.03 −
e 2.57 − 0.66 −
% 18 − 7 −
doublet t.a a.a c.a g.a
sauf taa ata cta gta
m 4.42 10.72 8.64 11.23
e 2.07 4.31 1.92 0.75
% 47 40 22 7
doublet t.g a.g c.g g.g
sauf tag acg cag gag
m 6.85 15.21 4.71 6.67
e 2.46 6.45 1.69 1.99
% 36 42 36 30
I1.13 Nombres de tRNAs. 4032 bactéries.
doublet t.c a.c c.c g.c
sauf tgc agc cgt ggc
m 1.41 1.86 0.93 1.46
e 0.25 0.64 0.25 0.68
% 18 35 26 47
doublet t.a a.a c.a g.a
sauf taa ata cga gga
m 0.94 1.64 1.39 2.37
e 0.54 0.56 0.18 0.17
% 57 34 13 7
doublet t.g a.g c.g g.g
sauf tag atg ctg ggg
m 0.91 0.71 0.66 0.32
e 0.23 0.13 0.16 0.02
% 25 18 24 6

Genèse des gènes de tRNAs

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  • Lien tableur:Genèse des gènes de tRNAs
  • Légende de la construction du tableau de la sensibilité relative.
    + Le tableau IV1.265 représente la sensibilité relative du processus E par rapport aux bactéries. C'est la différence, en %, entre l'indice de sensibilité du tableau IV1.79 et de l'indice de multiplicité des bactéries (tableau I1.23).
    + Le tableau IV1.79 est obtenu en divisant l'indice de multiplicité des eucaryotes (tableau IV1.23) par 7.90. Le facteur multiplicateur, 7.90, est l'optimum, en faisant varier ce facteur dans un tableur, pour avoir le minimum de la somme des valeurs absolues des codons du tableau IV1.265 ayant les plus faibles sensibilités relatives (codons jaunes). Ce minimum est de 265.0. Une fois ce minimum obtenu il faut changer les formules du tableur, en enlevant la fonction ABS, pour obtenir les signes positifs ou négatifs des sensibilités relatives comme indiqué dans le tableau IV1.265.
    + La légende des 3 autres tableaux que IV1.265 est celle des tableaux doublets 12 23 13 dont j'ai extrais les tableaux IV1.23 et I1.23. Cette légende est recopiée ci-dessous.
    + Légende du tableau des sensibilités relatives, IV1.265 et IV1.265p: Ne pas confondre avec les couleurs des 4 autres tableaux
    • −   -22.4   , sensibilités minimales, inférieures à 22.4% en valeur absolue.
    • −   -68   , sensibilités comprises entre 34% et 68% en valeur absolue.
    • −   73   , sensibilités supérieures à 73%.
    • −   -98   , codons non pris en compte
    • −   -12   , codons non pris en compte et dont la valeur est divisée par 100, le vrai rapport en % est 1200.
  • Légende tableau IV1.z: les zéros des 121 eucaryotes, codons sans gène de tRNA, extrait du tableau du détail des 121 eucaryotes
    Pour les * voir la base de données gtRNAdb:
    − *ata: comptage des génomes ayant au moins 1 codon ata pour le total de la base, 4032 bactéries.
    − *ttc: 2 gènes tRNAs pour ttt et 0 pour ttc, Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin)
    − *gac: indéterminé et il y a des gènes de tRNA avec intron, Cryptococcus neoformans var. grubii H99
    − *cac: un symbionte peut utiliser les tRNAs de l'hôte, Plasmodium falciparum
    − *tgc: un symbionte peut utiliser les tRNAs de l'hôte, Plasmodium falciparum
    − *tgg: type de tRNA indéterminé
    Exophiala dermatitidis NIH/UT8656
    Penicillium chrysogenum P2niaD18
    Plasmodium falciparum
  • Légende tableau I1.z et tableau I1.zb: les zéros des bactéries, codons sans gène de tRNA. Extrait du tableau des tRNAs solitaires
  • Légende tableau IV1.g et tableau I1.g: pour l'indice de genèse, c'est le rapport (total des génomes − les zéros)/total des génomes). Pour les bactéries le total des génomes est celui du tableau I1.zb.
Genèse des gènes de tRNAs
I1.g Genèse tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt − tct − tat − tgt −
att − act 0.02 aat − agt −
ctt 0.09 cct − cat − cgc 0.08
gtt − gct − gat − ggt −
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 0.99 aac 1 agc 1
ctc 0.92 ccc 0.67 cac 1 cgt 0.92
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 0.95 tca 0.99 taa − tga 0.33
*ata 0.01 aca 1.00 aaa 1.00 aga 1.00
cta 0.99 cca 1.00 caa 1.00 cga 0.21
gta 1.00 gca 1.00 gaa 1.00 gga 1.00
ttg 0.98 tcg 0.62 tag − tgg 1.00
atg 1 acg 0.67 aag 0.52 agg 0.80
ctg 0.82 ccg 0.54 cag 0.46 cgg 0.86
gtg 0.31 gcg 0.30 gag 0.29 ggg 0.57
IV1.g Genèse tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.21 tcc 0.23 tat 0.22 tgt 0.23
atc 0.26 acc 0.19 aat 0.28 agt 0.14
ctc 0.16 ccc 0.13 cat 0.18 cgc 0.11
gtc 0.31 gcc 0.21 gat 0.28 ggt 0.16
ttc 0.99 tct 1 tac 1 tgc 0.99
att 1 act 0.99 aac 1 agc 0.99
ctt 0.91 cct 0.96 cac 0.99 cgt 0.99
gtt 1 gct 1 gac 0.99 ggc 0.98
tta 0.98 tca 1 taa − tga 0.60
ata 0.98 aca 1 aaa 0.98 aga 0.98
cta 0.93 cca 0.99 caa 1 cga 0.83
gta 0.98 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 0.96 tcg 1 tag − tgg 0.98
atg 1 acg 0.98 aag 0.98 agg 0.98
ctg 0.90 ccg 0.82 cag 1 cgg 0.90
gtg 0.99 gcg 0.86 gag 1 ggg 0.93
IV1.265 Sensibilité du processus E
ttt 12 tcc 31 tat 37 tgt 44
atc 34 acc 0.1 aat 39 agt 121
ctc -0.7 ccc 6 cat 27 cgc -0.8
gtc 24 gcc 73 gat − ggt 113
ttc 1 tct 18 tac 6 tgc 94
att -22.4 act 34 aac -11 agc 20.7
ctt 10 cct 73 cac 11 cgt -35
gtt 35 gct 127 gac 0 ggc -8
tta -43 tca -43 taa − tga -20.1
ata − aca -37 aaa -13 aga 0
cta -52 cca -4 caa -21.2 cga 233
gta -68 gca -47 gaa -37 gga 3
ttg -16 tcg -11 tag − tgg 10
atg -44 acg -16 aag 281 agg 15
ctg -35 ccg -8 cag 120 cgg -46
gtg 248 gcg 143 gag 441 ggg 18
I1.z Zéros tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt − tct − tat − tgt −
att − act 3682 aat − agt −
ctt 3502 cct − cat − cgc 3614
gtt − gct − gat − ggt −
ttc 0 tcc 0 tac 0 tgc 0
atc 0 acc 41 aac 0 agc 0
ctc 323 ccc 1285 cac 0 cgt 307
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggc 0
tta 190 tca 22 taa − tga 2629
*ata 48 aca 13 aaa 9 aga 10
cta 30 cca 5 caa 18 cga 3026
gta 2 gca 11 gaa 5 gga 11
ttg 96 tcg 1493 tag − tgg 15
atg 0 acg 1288 aag 1899 agg 780
ctg 692 ccg 1813 cag 2130 cgg 539
gtg 2724 gcg 2721 gag 2808 ggg 1699
IV1.z Zéros tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 96 tcc 93 tat 94 tgt 93
atc 90 acc 98 aat 87 agt 104
ctc 102 ccc 105 cat 99 cgc 108
gtc 83 gcc 96 gat 87 ggt 102
*ttc 1 tct 0 tac 0 *tgc 1
att 0 act 1 aac 0 agc 1
ctt 11 cct 5 *cac 1 cgt 1
gtt 0 gct 0 *gac 1 ggc 2
tta 2 tca 0 taa − tga 48
ata 2 aca 0 aaa 2 aga 2
cta 9 cca 1 caa 0 cga 20
gta 2 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 5 tcg 0 tag − *tgg 3
atg 0 acg 2 aag 2 agg 2
ctg 12 ccg 22 cag 0 cgg 12
gtg 1 gcg 17 gag 0 ggg 8
I1.zb Bactéries. 4032 bactéries. 235 027
ttt − tct − tat − tgt −
att − act 3775 aat − agt −
ctt 3834 cct − cat − cgc 3932
gtt − gct − gat − ggt −
ttc 0 tcc 0 tac 0 tgc 0
atc 0 acc 3775 aac 0 agc 0
ctc 3834 ccc 3940 cac 0 cgt 3932
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggc 0
tta 3933 tca 3943 taa − tga 3934
ata − aca 3944 aaa 3941 aga 3928
cta 3935 cca 3939 caa 3943 cga 3833
gta 3935 gca 3902 gaa 3928 gga 3939
ttg 3933 tcg 3943 tag − tgg 3934
atg 0 acg 3944 aag 3941 agg 3928
ctg 3935 ccg 3939 cag 3943 cgg 3833
gtg 3935 gcg 3902 gag 3928 ggg 3939

Genèse et sensibilité

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  • Lien au tableur:Genèse et sensibilité
  • Légende:
    1. B E, genèse des bactéries, genèse des 121 eucaryotes. La genèse est le nombre de génomes ayant au moins 1 gène tRNA par codon divisé par le nombre total de génomes étudiés. Pour les eucaryotes ici le nombre total est de 121. Pour plus de détail sur la genèse des bactéries et des eucaryotes voir chapitre "genèse des 121 eucaryotes".
    2. z,E: nombre de génomes ayant zéros tRNA pour un codon donné. Cette colonne souligne les faibles effectifs des 121 eucaryotes, les bactéries ayant un effectif par codon d'environ 4000 génomes ne nécessitent pas de détail.
    3. sens,r et sens,E: sensibilité relative des eucaryotes E par rapport aux bactéries, et sensibilité des eucaryotes après avoir divisé les indices de multiplicité par 7.9. Pour plus de détail voir le chapitre sur les sensibilités relatives.
    4. table: groupes de codons
    5. sens,E:Sensibilité des 121 eucaryotes du tableau IV1.79
      -   1.69   supérieur à 1.69
      -   1.13   supérieur à 1.13
      -   0.83   supérieur à 0.83
      -   0.26   supérieur à 0.26
Genèse et sensibilité
Sensibilité relative neutre
table codon B E z,E sens,r sens,E
genèse constante, neutre
ttc 1 0,99 1 1 1,53
tac 1 1 0 6 1,69
aac 1 1 0 -11 1,94
cac 1 0,99 1 11 1,30
gac 1 0,99 1 0 2,23
I tgg 1 0,98 3 10 1,20
aaa 1 0,98 2 -13 1,97
II caa 1 1 0 -21,2 1,25
atc/t 1 1 0 -22,4 1,77
tcc/t 1 1 0 18 1,32
agc 1 0,99 1 20,7 1,32
III ggc 1 0,98 2 -8 2,11
cca 1 0,99 1 -4 1,30
aga 1 0,98 2 0 1,19
IV gga 1 1 0 3 1,41
ttg 0,98 0,96 5 -16 0,83
ctc/t 0,92 0,91 11 10 1,05
ccg 0,54 0,82 22 -8 0,50
ggg 0,57 0,93 8 18 0,66
V tga 0,33 0,60 48 -20,1 0,26
 
 
genèse variable, neutre
tcg 0,62 1 0 -11 0,58
acg 0,67 0,98 2 -16 0,58
a agg 0,80 0,98 2 15 0,99
Sensibilité relative négative et positive
table codon B E z,E sens,r sens,E
genèse constante, négative
gta 1,00 0,98 2 -68 0,69
atg 1 1 0 -44 2,49
tca 0,99 1 0 -43 0,75
aca 1,00 1 0 -37 0,92
gca 1,00 1 0 -47 1,33
gaa 1,00 1 0 -37 1,52
tta 0,95 0,98 2 -43 0,67
VI cgt/c 0,92 0,99 1 -35 1,21
ctg 0,82 0,90 12 -35 0,84
cgg 0,86 0,90 12 -46 0,45
VII cta 0,99 0,93 9 -52 0,59
genèse constante, sensible
gtc/t 1 1 0 35 1,48
acc/t 0,99 0,99 1 34 1,50
tgc 1 0,99 1 94 2,16
VIII gcc/t 1 1 0 127 2,34
 
genèse variable, sensible
ata − 0,98 2 − 0,71
aag 0,52 0,98 2 281 2,29
cag 0,46 1 0 120 1,30
gag 0,29 1 0 441 1,86
b gtg 0,31 0,99 1 248 1,13
gcg 0,30 0,86 17 143 0,74
cga 0,21 0,83 20 233 0,73
c cct/c 0,67 0,96 5 73 1,17

Duplications entières du processus E

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Duplications entières du processus E
codon iE saut   codon iE saut   codon iE saut   codon iE saut
cgc 0.07 21 tga 1.73 56 agg 6.95 5 ttc 10.56 0.18
ctc 0.09 53 cgg 2.71 22 ctt 7.33 5 gtt 10.58 1.60
ccc 0.14 49 gta 3.29 3 cgt 7.67 4 act 10.75 9
acc 0.21 8 ccg 3.39 0.55 gca 8.02 2.42 att 11.71 0.67
cat 0.22 0.33 cta 3.41 13 aga 8.21 0.75 tac 11.79 12
ggt 0.22 7 acg 3.87 0.88 caa 8.28 1.07 aac 13.18 0.74
agt 0.24 9 tcg 3.90 5 tgg 8.36 3 aaa 13.28 8
ttt 0.26 0.66 tta 4.11 12 cct 8.60 0.28 ggc 14.37 0.04
tgt 0.26 9 tca 4.59 1.98 gtg 8.62 4 gag 14.37 6
gcc 0.29 3 ggg 4.69 14 cca 8.93 1.59 atg 15.22 1.04
tat 0.30 5 ctg 5.36 3 cac 9.07 3 gac 15.37 4
tcc 0.31 8 gcg 5.51 0.91 tct 9.34 0.17 tgc 15.92 10
atc 0.34 0.37 ata 5.56 0.10 agc 9.36 3 gct 17.49 0.20
gat 0.34 14 ttg 5.57 0.06 gaa 9.62 0.93 aag 17.52
aat 0.39 13 cga 5.57 4 cag 9.71 0.36
gtc 0.44 297 aca 5.77 20 gga 9.75 8

Distribution des tRNAs de 121 eucaryotes

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  • Lien Tableur: Distribution des tRNAs de 121 eucaryotes
  • Tableau des diagrammes et totaux des fréquences 0-4
  • Tableau non formaté: voir tableur
  • Image des diagrammes des codons se terminant par a: xya
  • Image des diagrammes des codons se terminant par g: xyg
  • Image des diagrammes des codons se terminant par c ou t: xyct
  • Image des diagrammes des codons en duo: duoI
  • Image des diagrammes des codons en duo: duoII
Cumul des fréquences des tRNAs/génome >4. 121 Eucaryotes.
ttt 2 tct 104 tat 2 tgt 6
c 111 c 2 c 106 c 87
a 55 a 48 a - a 9
g 70 g 32 g - g 87
ctt 80 cct 85 cat 1 cgt 92
c 0 c 1 c 97 c 2
a 37 a 82 a 78 a 64
g 72 g 24 g 87 g 28
att 111 act 106 aat 4 agt 1
c 5 c 5 c 108 c 88
a 55 a 61 a 83 a 86
g 110 g 43 g 113 g 61
gtt 107 gct 114 gat 6 ggt 8
c 3 c 3 c 112 c 114
a 49 a 83 a 98 a 77
g 71 g 52 g 95 g 53
 
Cumul des fréquences des tRNAs/génome > 4. 121 Eucaryotes.
Total ligne
t c a g
Base1 721 830 1040 1045
t1+c1 12 4 15 20
t2+c2 408 354 413 447
a 112 261 285 307
g 189 211 327 271
Total colonne
t c a g
Base2 938 845 990 863
t1+c1 10 11 13 17
t2+c2 409 409 423 381
a 196 274 259 236
g 323 151 295 229
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Nombre de chromosomes des 121 eucaryotes

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  • Légende: Recherche faite sur internet et la base de données KEGG. Le site internet le plus utilisé est [5] la liste des organismes par chromosome.
    cbr*, code non KEGG
    6-, nombre de chromosome supposé, n'entre pas dans la moyenne
    Chr, nombre de chromosome relevé
    ordre, ordre des 121 eucaryotes suivant leur total de tRNAs (voir les diagrammes)
Chr	ordre	KEGG			
13	30	acs	Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010)		
3	66	aga	Anopheles gambiae		
42	110	aml	Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009)		
8	19	ani	Aspergillus nidulans FGSC A4		
8	36	aor	Aspergillus oryzae RIB40		
5	95	ath	Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011)		
22	120	bacu	Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)		
5	93	bdi	Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X)		
18	31	bfu	Botrytis cinerea B05.10		
30	118	bta	Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)		
8	10	cal	Candida albicans WO-1		
6	98	cbr	Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3)		
6-	106	cbr*	Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008)		
6	90	cel	Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010)		
39	104	cfa	Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011)		
21-	78	cge	Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011)		
13	29	cgr	Candida glabrata CBS 138		
6-	102	cja*	Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008)		
24	64	cjc	Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009)		
13	22	cjd*	Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988		
43	121	cmk	Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)		
14	11	cneg*	Cryptococcus neoformans var. grubii H99		
8	5	cot	Candida orthopsilosis Co 90-125		
18	86	cpic	Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1)		
33	61	cpo*	Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008)		
-	84	csi*	Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1)		
7	32	dha	Debaryomyces hansenii CBS767		
7	50	dme	Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6)		
33	107	dno*	Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3)		
5	38	dsi	Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0)		
5	53	dya	Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1)		
32	77	ecb	Equus caballus (horse) (Sep 2007)		
11	2	ecu	Encephalitozoon cuniculi GB-M1		
-	3	ede*	Exophiala dermatitidis NIH/UT8656		
44	76	eeu*	Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2)		
19	117	fca	Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)		
4	43	fgr	Fusarium graminearum CS3005		
4	51	fgr	Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084		
11	45	fve*	Flammulina velutipes KACC42780		
11	48	fvr	Fusarium verticillioides 7600		
-	115	gac*	Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006)		
-	26	gfr	Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1)		
33	47	gga	Gallus gallus (galGal4 Nov 2011)		
24	69	ggo	Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011)		
-	111	gmo*	Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1)		
20	97	gmx	Glycine max (soybean) (Wm82.a2)		
-	58	hgl	Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2)		
24	92	hsa	Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)		
12	41	kaf	Kazachstania africana CBS 2517		
6	16	kla	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140		
13	15	kna*	Kazachstania naganishii CBS 8797		
4	9	kpa*	Komagataella pastoris CBS 7435		
28	112	lav	Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009)		
24	59	lcm	Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1)		
8	40	lkl*	Lachancea kluyveri NRRL Y-12651		
36	6	lma	Leishmania major		
8	34	lth	Lachancea thermotolerans CBS 6340		
22	72	mcc	Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3)		
9	75	mdo	Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006)		
9	57	meu*	Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2)		
14	49	mfa*	Millerozyma farinosa CBS 7064		
32	13	mgp	Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009)		
7	20	mgr	Magnaporthe oryzae 70-15		
-	37	mlu*	Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2)		
33	39	mmr*	Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003)		
21	73	mmu	Mus musculus (mm10 Dec 2011)		
20	99	mpu*	Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1)		
7	25	mth*	Myceliophthora thermophila ATCC 42464		
8	89	mtr	Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0)		
-	21	mun*	Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1)		
7	62	ncr	Neurospora crassa OR74A		
10	42	ncs	Naumovozyma castellii CBS 4309		
27	68	nle	Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3)		
19	103	oaa	Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007)		
27	108	oas	Ovis aries (sheep) (Feb 2010)		
22	81	ocu	Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009)		
-	52	oga*	Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3)		
23	94	oni*	Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2)		
7	4	opa*	Ogataea parapolymorpha DL-1		
-	56	opr*	Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3)		
12	96	osa	Oryza sativa		
21	74	pan*	Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2)		
4	24	pch*	Penicillium chrysogenum P2niaD18		
14	1	pfa	Plasmodium falciparum		
-	65	pha*	Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008)		
8	18	pic	Scheffersomyces stipitis CBS 6054		
87	114	pma*	Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2)		
19	91	pop	Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) 		
27	67	ppp	Physcomitrella patens 		
24	83	ppy*	Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2)		
25	80	ptr	Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4)		
21	63	rno	Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012)		
-	60	san*	Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2)		
7	27	sas*	Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri		
10	88	sbi	Sorghum bicolor (Version 1.0)		
23	55	sbq	Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1)		
16	46	sce	Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)		
7	70	shr	Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1)		
3	17	spo	Schizosaccharomyces pombe 972h-		
-	105	spu	Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) 		
23	7	sre*	Sporisorium reilianum SRZ2		
20	101	ssc	Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3)		
-	100	str*	Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2)		
10	54	tbl	Tetrapisispora blattae CBS 6284		
8	23	tdl	Torulaspora delbrueckii CBS 1146		
35	35	tgu	Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2)		
-	113	tma*	Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1)		
21	85	tng	Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007)		
10	28	tpf	Tetrapisispora phaffii CBS 4417		
22	87	tru	Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3)		
-	71	tsy*	Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2)		
22	119	ttr*	Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)		
6	12	ttt	Thielavia terrestris NRRL 8126		
23	8	uma	Ustilago maydis 521		
8	33	vda	Verticillium dahliae VdLs.17		
13	14	vma*	Valsa mali 03-8		
19	79	vvi	Vitis vinifera (Grapevine 12X)		
10	116	xtr	Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009)		
6	82	yli	Yarrowia lipolytica CLIB122		
10	109	zma	Zea mays (Version 5b.60)		
7	44	zro	Zygosaccharomyces rouxii CBS 732		
					
17,0		moyenne			
12,4		ecart type			
87		max			
3		min

Caractérisation des codons par les processus de genèse et de duplication des eucaryotes

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Tableau des effectifs calculés des gènes de tRNAs 121 eucaryotes.

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Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [6].

    1.   5   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ce sont les plus faibles.
    2.   113   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t: Changement de t en c chez les archées et de c en t chez les eucaryotes.
    3. 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g chez les procaryotes.
    4. 2622: Effectif faible de tRNAs supérieurs à   t   et à   c   .
    5. 160: Changement de codon   g   Chez les archées et les eucaryotes.
  • Tableaux: Chaque tableau contient le total des génomes étudiés suivi de son total de gènes tRNAs: 121 eucaryotes 55 830 pour les 121 eucaryotes réduits; pour les autres tableaux les décomptes des gènes de tRNAs sont directs.
    1. Nombre de tRNAs: tableau IV Résultats des calculs sur les 121 eucaryotes, tableau V décompte de la base gtRNAdb.
    2. Pour 100 000 tRNAs, tableaux IV100 III100 V100, décomptes rapportés à 100 000 tRNAs pour comparaison.
    3. tRNAs pour 1 génome, tableaux IV1 III1 , indice de la multiplicité = nombre de tRNAs / nombre de génomes.
    4. IVp, pentes; IVr, coefficients de détermination R2. Voir les calculs pour les 121 eucaryotes
IV . Nombres de tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 32 tct 1 266 tat 36 tgt 32
c 1 461 c 38 c 1 619 c 2 060
a 640 a 715 a − a 249
g 794 g 551 g − g 1 143
ctt 1 003 cct 1 123 cat 27 cgt 1 153
c 22 c 17 c 1 239 c 19
a 561 a 1 244 a 1 193 a 701
g 804 g 476 g 1 247 g 428
att 1 693 act 1 436 aat 47 agt 29
c 41 c 28 c 1 858 c 1 265
a 675 a 875 a 1 880 a 1 138
g 2 382 g 551 g 2 193 g 945
gtt 1 413 gct 2 241 gat 41 ggt 27
c 53 c 35 c 2 131 c 2 017
a 664 a 1 276 a 1 455 a 1 345
g 1 083 g 704 g 1 781 g 635
IVp Pentes des tRNAs. 121 eucaryotes 55 830
ttt tct 0.946 tat tgt
c 1.139 c c 1.293 c 1.603
a 0.463 a 0.699 a − a −
g 0.574 g 0.511 g − g 0.941
ctt 0.853 cct 0.991 cat cgt 0.948
c c c 0.998 c
a 0.504 a 1.062 a 0.925 a 0.606
g 0.627 g 0.469 g 1.065 g 0.321
att 1.334 act 1.188 aat agt
c c c 1.442 c 1.174
a 0.668 a 0.848 a 1.669 a 0.969
g 2.025 g 0.491 g 1.738 g 0.808
gtt 1.020 gct 1.728 gat ggt
c c c 1.690 c 1.476
a 0.591 a 1.079 a 1.233 a 1.263
g 0.905 g 0.673 g 1.375 g 0.485
V Nombres Danio rerio (Zebrafish) 12 258
ttt 10 tct 336 tat 5 tgt 9
c 197 c 2 c 236 c 136
a 73 a 209 a - a 14
g 241 g 80 g - g 44
ctt 270 cct 315 cat 10 203
c 4 c 2 c 387 c 24
a 244 a 205 a 105 a 107
g 300 g 180 g 266 g 59
att 258 act 359 aat 24 agt 14
c 10 c 10 c 1 045 c 424
a 75 a 290 a 525 a 252
g 522 g 66 g 953 g 104
gtt 232 gct 92 gat 1 ggt 11
c 6 c 4 c 150 c 836
a 230 a 368 a 225 a 47
g 227 g 112 g 245 g 268
IV100. 100 000 tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 57 tct 2 268 tat 64 tgt 57
c 2 617 c 68 c 2 900 c 3 690
a 1 146 a 1 281 a − a 446
g 1 422 g 987 g − g 2 047
ctt 1 797 cct 2 011 cat 48 cgt 2 065
c 39 c 30 c 2 219 c 34
a 1 005 a 2 228 a 2 137 a 1 256
g 1 440 g 853 g 2 234 g 767
att 3 032 act 2 572 aat 84 agt 52
c 73 c 50 c 3 328 c 2 266
a 1 209 a 1 567 a 3 367 a 2 038
g 4 267 g 987 g 3 928 g 1 693
gtt 2 531 gct 4 014 gat 73 ggt 48
c 95 c 63 c 3 817 c 3 613
a 1 189 a 2 286 a 2 606 a 2 409
g 1 940 g 1 261 g 3 190 g 1 137
I100. 100 000 tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 4 tct 2 tat 2 tgt 1
c 2 598 c 1 923 c 2 732 c 1 903
a 2 021 a 2 255 a - a 560
g 1 702 g 1 116 g - g 1 858
ctt 157 cct 4 cat 2 cgt 3 182
c 1 638 c 1 167 c 2 006 c 142
a 2 102 a 2 320 a 2 718 a 377
g 2 207 g 929 g 1 016 g 1 427
att 2 act 44 aat 2 agt 0
c 3 916 c 1 920 c 3 729 c 1 881
a 23 a 2 501 a 3 874 a 2 044
g 7 670 g 1 174 g 1 033 g 1 469
gtt 4 gct 1 gat 0 ggt 0
c 1 885 c 1 773 c 3 839 c 3 946
a 3 769 a 4 334 a 4 118 a 2 347
g 559 g 521 g 591 g 964
V100. Danio rerio (Zebrafish) 12 258
ttt 82 tct 2 741 tat 41 tgt 73
c 1 607 c 16 c 1 925 c 1 109
a 596 a 1 705 a - a 114
g 1 966 g 653 g - g 359
ctt 2 203 cct 2 570 cat 82 cgt 1 656
c 33 c 16 c 3 157 c 196
a 1 991 a 1 672 a 857 a 873
g 2 447 g 1 468 g 2 170 g 481
att 2 105 act 2 929 aat 196 agt 114
c 82 c 82 c 8 525 c 3 459
a 612 a 2 366 a 4 283 a 2 056
g 4 258 g 538 g 7 775 g 848
gtt 1 893 gct 751 gat 8 ggt 90
c 49 c 33 c 1 224 c 6 820
a 1 876 a 3 002 a 1 836 a 383
g 1 852 g 914 g 1 999 g 2 186
IV1. tRNAs par génome. 121 eucaryotes.  55 830
ttt 0.26 tct 10.46 tat 0.30 tgt 0.26
c 12.07 c 0.31 c 13.38 c 17.02
a 5.29 a 5.91 a − a 2.06
g 6.56 g 4.55 g − g 9.45
ctt 8.29 cct 9.28 cat 0.22 cgt 9.53
c 0.18 c 0.14 c 10.24 c 0.16
a 4.64 a 10.28 a 9.86 a 5.79
g 6.64 g 3.93 g 10.31 g 3.54
att 13.99 act 11.87 aat 0.39 agt 0.24
c 0.34 c 0.23 c 15.36 c 10.45
a 5.58 a 7.23 a 15.54 a 9.40
g 19.69 g 4.55 g 18.12 g 7.81
gtt 11.68 gct 18.52 gat 0.34 ggt 0.22
c 0.44 c 0.29 c 17.61 c 16.67
a 5.49 a 10.55 a 12.02 a 11.12
g 8.95 g 5.82 g 14.72 g 5.25
III1. tRNAs par génome. 121 Eucaryotes  92 530
ttt 0.37 tct 10.46 tat 0.41 tgt 1.73
c 12.07 c 0.82 c 13.73 c 19.86
a 5.83 a 5.91 a − a 2.06
g 6.74 g 4.55 g − g 14.37
ctt 8.97 cct 9.28 cat 0.28 cgt 9.53
c 0.18 c 0.21 c 10.24 c 0.27
a 4.64 a 10.28 a 16.17 a 16.69
g 7.08 g 3.93 g 10.89 g 3.54
att 14.90 act 12.62 aat 0.60 agt 0.30
c 0.58 c 0.69 c 16.85 c 10.45
a 5.58 a 8.70 a 15.54 a 11.31
g 24.14 g 5.55 g 38.50 g 9.05
gtt 12.75 gct 20.86 gat 0.77 ggt 1.14
c 0.78 c 1.98 c 18.55 c 16.67
a 6.53 a 59.00 a 54.62 a 45.84
g 22.31 g 37.52 g 25.71 g 53.21
IVr . R2 des tRNAs. 121 eucaryotes 55 830
ttt tct 881 tat tgt
c 914 c c 748 c 743
a 734 a 758 a − a −
g 775 g 731 g − g 815
ctt 807 cct 816 cat cgt 760
c c c 938 c
a 748 a 713 a 614 a 801
g 697 g 743 g 822 g 570
att 847 act 803 aat agt
c c c 913 c 797
a 740 a 788 a 770 a 666
g 892 g 866 g 845 g 594
gtt 840 gct 863 gat ggt
c c c 791 c 818
a 723 a 748 a 880 a 795
g 793 g 809 g 728 g 597
  • Les duplications excessives:Différences en pourcentage % entre les indices de IV1 et III1.
  • Retour à la légende
III1−IV1 . Nombres de tRNAs. 121 eucaryotes. en %
ttt 41 tct 0 tat 39 tgt 553
c 0 c 161 c 3 c 17
a 10 a 0 a − a 0
g 3 g 0 g − g 52
ctt 8 cct 0 cat 26 cgt 0
c 0 c 47 c 0 c 74
a 0 a 0 a 64 a 188
g 7 g 0 g 6 g 0
att 6 act 6 aat 53 agt 24
c 71 c 196 c 10 c 0
a 0 a 20 a 0 a 20
g 23 g 22 g 112 g 16
gtt 9 gct 13 gat 127 ggt 411
c 77 c 586 c 5 c 0
a 19 a 459 a 354 a 312
g 149 g 545 g 75 g 914

Tableau des effectifs des gènes de tRNAs 121 eucaryotes.

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  • Lien Tableur: Tableau des effectifs des gènes de tRNAs 121 eucaryotes.
  • Liens: Sélection des 121 eucaryotes tableaux synthétiques des 121  
  • Utilisation de ces tableaux: Le tableau III1 92 530, est comparé au tableau III1 55 948 des tableaux synthétiques, pour l'indice de la multiplicité. Les codons en gras ont un indice multiplié par 3 à 10 par rapport à la tendance de l'ensemble des codons calculée dans III1 55 948. Le processus normal de duplication chez les eucaryotes (et non zebrafish) entre en résonance avec ces codons décuplés. Voilà encore une autre illustration de la résonance dans l'ADN.
  • Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [7].
    1.   5   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ce sont les plus faibles.
    2.   113   : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t: Changement de t en c chez les archées et de c en t chez les eucaryotes.
    3. 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g chez les procaryotes.
    4. 2622: Effectif faible de tRNAs supérieurs à   t   et à   c   .
    5. 160: Changement de codon   g   Chez les archées et les eucaryotes.
  • Tableaux:
    1. Nombre de tRNAs des 121 eucaryotes, tableau III 92 530.
    2. Pour 100 000 tRNAs des 121 eucaryotes, tableau III100 92 530.
    3. tRNAs pour 1 génome, tableau III1 92 530, indice de la multiplicité = nombre de tRNAs / 121.
Tableau des effectifs des gènes de tRNAs 121 eucaryotes.
III. Nombres de tRNAs. 121 eucaryotes. 92 530
ttt 45 tct 1,266 tat 50 tgt 209
c 1,461 c 99 c 1,661 c 2,403
a 705 a 715 a a 249
g 816 g 551 g g 1,739
ctt 1,085 cct 1,123 cat 34 cgt 1,153
c 22 c 25 c 1,239 c 33
a 561 a 1,244 a 1,957 a 2,020
g 857 g 476 g 1,318 g 428
att 1,803 act 1,527 aat 72 agt 36
c 70 c 83 c 2,039 c 1,265
a 675 a 1,053 a 1,880 a 1,369
g 2,921 g 672 g 4,658 g 1,095
gtt 1,543 gct 2,524 gat 93 ggt 138
c 94 c 240 c 2,245 c 2,017
a 790 a 7,139 a 6,609 a 5,547
g 2,699 g 4,540 g 3,111 g 6,439
III100 100000 tRNAs. 121 eucaryotes. 92 530.
ttt 49 tct 1,368 tat 54 tgt 226
c 1,579 c 107 c 1,795 c 2,597
a 762 a 773 a 0 a 269
g 882 g 595 g 0 g 1,879
ctt 1,173 cct 1,214 cat 37 cgt 1,246
c 24 c 27 c 1,339 c 36
a 606 a 1,344 a 2,115 a 2,183
g 926 g 514 g 1,424 g 463
att 1,949 act 1,650 aat 78 agt 39
c 76 c 90 c 2,204 c 1,367
a 729 a 1,138 a 2,032 a 1,480
g 3,157 g 726 g 5,034 g 1,183
gtt 1,668 gct 2,728 gat 101 ggt 149
c 102 c 259 c 2,426 c 2,180
a 854 a 7,715 a 7,143 a 5,995
g 2,917 g 4,907 g 3,362 g 6,959
III1 tRNAs par génome. 121 eucaryotes. 92 530.
ttt 0.37 tct 10.46 tat 0.41 tgt 1.73
c 12.07 c 0.82 c 13.73 c 19.86
a 5.83 a 5.91 a 0.00 a 2.06
g 6.74 g 4.55 g 0.00 g 14.37
ctt 8.97 cct 9.28 cat 0.28 cgt 9.53
c 0.18 c 0.21 c 10.24 c 0.27
a 4.64 a 10.28 a 16.17 a 16.69
g 7.08 g 3.93 g 10.89 g 3.54
att 14.90 act 12.62 aat 0.60 agt 0.30
c 0.58 c 0.69 c 16.85 c 10.45
a 5.58 a 8.70 a 15.54 a 11.31
g 24.14 g 5.55 g 38.50 g 9.05
gtt 12.75 gct 20.86 gat 0.77 ggt 1.14
c 0.78 c 1.98 c 18.55 c 16.67
a 6.53 a 59.00 a 54.62 a 45.84
g 22.31 g 37.52 g 25.71 g 53.21

Processus E et résonance des 121 eucaryotes

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Processus E et résonance des 121 eucaryotes

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  • Lien Tableur: Processus E et résonance des 121 eucaryotes
  • Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [8].
    1. Les permutations c/t: pour faire des différences entre 2 codons c ou t de même force. Les codons   0.12   ne sont pas permutés et les codons   0.82   le sont.
      − Pour le tableau I1:  0.25: indices multipliés par 100.
    2. Le processus E: Les gammes d'indices des Tableaux IV1, I1 pour le calcul des processus E et B. Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant.
      − Une seule couleur est attribuée aux 2 gammes de même ordre relatif respectivement du tableau IV1 et I1. Ainsi   13.38   correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1 et supérieurs à 1.85 pour le tableau I1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
      −   13.38    13.38  1.85;    8.95    8.95  1.17;    6.56    6.56  0.83;    2.06    2.06  0.22;    taa    codons non pris en compte.
      − Les couleurs des noms de codons du tableau IV1 sont ceux du tableau I1 pour illustrer la variation entre les 2 domaines. Les couleurs des indices sont ceux des 121 eucaryotes calculés.
      − Différence des processus E et B, Tableau IV1 − I1:   8.28   , codons impactés par la résonance;    4.11    processus E négatif;    9.71    processus E positif fort. Pour processus positif et négatif voir le tableau des sensibilités.  3.41: faible genèse de gènes de tRNA. Pour la genèse voir les tableaux de la Genèse des gènes de tRNAs.
    3. La résonance: différence entre les indices brutes et les indices calculés des 121 eucaryotes, III1 − IV1.   48.50   : Grandes résonances.
Processus E et résonance des 121 eucaryotes
IV1. tRNAs par génome. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.26 tcc 0.31 tat 0.30 tgt 0.26
atc 0.34 acc 0.23 aat 0.39 agt 0.24
ctc 0.18 ccc 0.14 cat 0.22 cgc 0.16
gtc 0.44 gcc 0.29 gat 0.34 ggt 0.22
ttc 12.07 tct 10.46 tac 13.38 tgc 17.02
att 13.99 act 11.87 aac 15.36 agc 10.45
ctt 8.29 cct 9.28 cac 10.24 cgt 9.53
gtt 11.68 gct 18.52 gac 17.61 ggc 16.67
tta 5.29 tca 5.91 taa − tga 2.06
ata 5.58 aca 7.23 aaa 15.54 aga 9.40
cta 4.64 cca 10.28 caa 9.86 cga 5.79
gta 5.49 gca 10.55 gaa 12.02 gga 11.12
ttg 6.56 tcg 4.55 tag − tgg 9.45
atg 19.69 acg 4.55 aag 18.12 agg 7.81
ctg 6.64 ccg 3.93 cag 10.31 cgg 3.54
gtg 8.95 gcg 5.82 gag 14.72 ggg 5.25
I1 . tRNAs pour 1 génome. 4032 Bactéries
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56
IV1−I1. Différence des processus E - B.
ttt 0.26 tcc 0.31 tat 0.30 tgt 0.26
atc 0.34 acc 0.21 aat 0.39 agt 0.24
ctc 0.09 ccc 0.14 cat 0.22 cgc 0.07
gtc 0.44 gcc 0.29 gat 0.34 ggt 0.22
ttc 10.60 tct 9.34 tac 11.80 tgc 15.90
att 11.70 act 10.70 aac 13.20 agc 9.36
ctt 7.33 cct 8.60 cac 9.07 cgt 7.67
gtt 10.60 gct 17.50 gac 15.40 ggc 14.40
tta 4.11 tca 4.59 taa − tga 1.73
ata 5.56 aca 5.77 aaa 13.30 aga 8.21
cta 3.41 cca 8.93 caa 8.28 cga 5.57
gta 3.29 gca 8.02 gaa 9.62 gga 9.75
ttg 5.57 tcg 3.90 tag − tgg 8.36
atg 15.20 acg 3.87 aag 17.50 agg 6.95
ctg 5.36 ccg 3.39 cag 9.71 cgg 2.71
gtg 8.62 gcg 5.51 gag 14.40 ggg 4.69
III1. tRNAs par génome.121 Eucaryotes. 92 530
ttt 0.37 tcc 0.82 tat 0.41 tgt 1.73
atc 0.58 acc 0.69 aat 0.60 agt 0.30
ctc 0.18 ccc 0.21 cat 0.28 cgc 0.27
gtc 0.78 gcc 1.98 gat 0.77 ggt 1.14
ttc 12.07 tct 10.46 tac 13.73 tgc 19.86
att 14.90 act 12.62 aac 16.85 agc 10.45
ctt 8.97 cct 9.28 cac 10.24 cgt 9.53
gtt 12.75 gct 20.86 gac 18.55 ggc 16.67
tta 5.83 tca 5.91 taa − tga 2.06
ata 5.58 aca 8.70 aaa 15.54 aga 11.31
cta 4.64 cca 10.28 caa 16.17 cga 16.69
gta 6.53 gca 59.00 gaa 54.62 gga 45.84
ttg 6.74 tcg 4.55 tag − tgg 14.37
atg 24.14 acg 5.55 aag 38.50 agg 9.05
ctg 7.08 ccg 3.93 cag 10.89 cgg 3.54
gtg 22.31 gcg 37.52 gag 25.71 ggg 53.21
IV1. tRNAs par génome. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.26 tcc 0.31 tat 0.30 tgt 0.26
atc 0.34 acc 0.23 aat 0.39 agt 0.24
ctc 0.18 ccc 0.14 cat 0.22 cgc 0.16
gtc 0.44 gcc 0.29 gat 0.34 ggt 0.22
ttc 12.07 tct 10.46 tac 13.38 tgc 17.02
att 13.99 act 11.87 aac 15.36 agc 10.45
ctt 8.29 cct 9.28 cac 10.24 cgt 9.53
gtt 11.68 gct 18.52 gac 17.61 ggc 16.67
tta 5.29 tca 5.91 taa − tga 2.06
ata 5.58 aca 7.23 aaa 15.54 aga 9.40
cta 4.64 cca 10.28 caa 9.86 cga 5.79
gta 5.49 gca 10.55 gaa 12.02 gga 11.12
ttg 6.56 tcg 4.55 tag − tgg 9.45
atg 19.69 acg 4.55 aag 18.12 agg 7.81
ctg 6.64 ccg 3.93 cag 10.31 cgg 3.54
gtg 8.95 gcg 5.82 gag 14.72 ggg 5.25
III1−IV1. Résonance des 121 Eucaryotes.
ttt 0.11 tcc 0.50 tat 0.12 tgt 1.46
atc 0.24 acc 0.45 aat 0.21 agt 0.06
ctc 0 ccc 0.07 cat 0.06 cgc 0.12
gtc 0.34 gcc 1.69 gat 0.43 ggt 0.92
ttc 0 tct 0 tac 0.35 tgc 2.83
att 0.91 act 0.75 aac 1.50 agc 0
ctt 0.68 cct 0 cac 0 cgt 0
gtt 1.07 gct 2.34 gac 0.94 ggc 0
tta 0.54 tca 0 taa − tga 0
ata 0 aca 1.47 aaa 0 aga 1.91
cta 0 cca 0 caa 6.31 cga 10.90
gta 1.04 gca 48.50 gaa 42.60 gga 34.70
ttg 0.18 tcg 0 tag − tgg 4.93
atg 4.45 acg 1.00 aag 20.40 agg 1.24
ctg 0.44 ccg 0 cag 0.59 cgg 0
gtg 13.40 gcg 31.70 gag 11.00 ggg 48.00

Sensibilite du processus E

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  • Lien tableur:Sensibilité du processus E
  • Légende:
    + Le tableau IV1.265 représente la sensibilité relative du processus E par rapport aux bactéries. C'est la différence, en %, entre l'indice de sensibilité du tableau IV1.79 et de l'indice de multiplicité des bactéries (tableau I1.23).
    + Le tableau IV1.79 est obtenu en divisant l'indice de multiplicité des eucaryotes (tableau IV1.23) par 7.90. Le facteur multiplicateur, 7.90, est l'optimum, en faisant varier ce facteur dans un tableur, pour avoir le minimum de la somme des valeurs absolues des codons du tableau IV1.265 ayant les plus faibles sensibilités relatives (codons jaunes). Ce minimum est de 265.0. Une fois ce minimum obtenu il faut changer les formules du tableur, en enlevant la fonction ABS, pour obtenir les signes positifs ou négatifs des sensibilités relatives comme indiqué dans le tableau IV1.265.
    + La légende des 4 tableaux, autres que IV1.265 et IV1.265p, est celle des tableaux doublets 12 23 13 dont j'ai extrais les tableaux IV1.23 et I1.23. Cette légende est recopiée ci-dessous.
    + Légende du tableau des sensibilités relatives, IV1.265 et IV1.265p: Ne pas confondre avec les couleurs des 4 autres tableaux
    • −   -22.4   , sensibilités minimales, inférieures à 22.4% en valeur absolue.
    • −   -68   , sensibilités négatives comprises entre -34% et -68% en valeur absolue.
    • −   73   , sensibilités supérieures à 73%.
    • −   -98   , codons non pris en compte
    • −   -12   , codons non pris en compte et dont la valeur est divisée par 100, le vrai rapport en % est 1200.
    + Légende des tableaux doublets 12 23 13: copié à partir du chapitre "doublets 12 23 13", tels quels, avec le tableau des archées II1 qui n'est pas représenté ici.
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles:   0.26   , codons xyt non permutés.    0.30   codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 3 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux IV1, I1 et II1. Ainsi   13.38   correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1, supérieurs à 1.85 pour le tableau I1 et supérieurs à 1.25 pour le tableau II1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
    Tableaux    IV1   I1  II1
    1.   13.38    13.38  1.85  1.25
    2.   8.95      8.95  1.17  1.15
    3.   6.56      6.56  0.83  1.00
    4.   2.06      2.06  0.22  0.76
    5.   taa      codons non pris en compte.
    6. 9.15: moyennes multipliées par 100.
Sensibilite du processus E
IV1.23 Indices tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.26 tcc 0.31 tat 0.30 tgt 0.26
atc 0.34 acc 0.23 aat 0.39 agt 0.24
ctc 0.18 ccc 0.14 cat 0.22 cgc 0.16
gtc 0.44 gcc 0.29 gat 0.34 ggt 0.22
ttc 12.07 tct 10.46 tac 13.38 tgc 17.02
att 13.99 act 11.87 aac 15.36 agc 10.45
ctt 8.29 cct 9.28 cac 10.24 cgt 9.53
gtt 11.68 gct 18.52 gac 17.61 ggc 16.67
tta 5.29 tca 5.91 taa − tga 2.06
ata 5.58 aca 7.23 aaa 15.54 aga 9.40
cta 4.64 cca 10.28 caa 9.86 cga 5.79
gta 5.49 gca 10.55 gaa 12.02 gga 11.12
ttg 6.56 tcg 4.55 tag − tgg 9.45
atg 19.69 acg 4.55 aag 18.12 agg 7.81
ctg 6.64 ccg 3.93 cag 10.31 cgg 3.54
gtg 8.95 gcg 5.82 gag 14.72 ggg 5.25
I1.23 Indices tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56
IV1.79 Indices tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.03 tcc 0.04 tat 0.04 tgt 0.03
atc 0.04 acc 0.03 aat 0.05 agt 0.03
ctc 0.02 ccc 0.02 cat 0.03 cgc 0.02
gtc 0.06 gcc 0.04 gat 0.04 ggt 0.03
ttc 1.53 tct 1.32 tac 1.69 tgc 2.16
att 1.77 act 1.50 aac 1.94 agc 1.32
ctt 1.05 cct 1.17 cac 1.30 cgt 1.21
gtt 1.48 gct 2.34 gac 2.23 ggc 2.11
tta 0.67 tca 0.75 taa − tga 0.26
ata 0.71 aca 0.92 aaa 1.97 aga 1.19
cta 0.59 cca 1.30 caa 1.25 cga 0.73
gta 0.69 gca 1.33 gaa 1.52 gga 1.41
ttg 0.83 tcg 0.58 tag − tgg 1.20
atg 2.49 acg 0.58 aag 2.29 agg 0.99
ctg 0.84 ccg 0.50 cag 1.30 cgg 0.45
gtg 1.13 gcg 0.74 gag 1.86 ggg 0.66
IV1.265 Sensibilité du processus E
ttt 12 tcc 31 tat 37 tgt 44
atc 34 acc 0.1 aat 39 agt 121
ctc -0.7 ccc 6 cat 27 cgc -0.8
gtc 24 gcc 73 gat − ggt 113
ttc 1 tct 18 tac 6 tgc 94
att -22.4 act 34 aac -11 agc 20.7
ctt 10 cct 73 cac 11 cgt -35
gtt 35 gct 127 gac 0 ggc -8
tta -43 tca -43 taa − tga -20.1
ata − aca -37 aaa -13 aga 0
cta -52 cca -4 caa -21.2 cga 233
gta -68 gca -47 gaa -37 gga 3
ttg -16 tcg -11 tag − tgg 10
atg -44 acg -16 aag 281 agg 15
ctg -35 ccg -8 cag 120 cgg -46
gtg 248 gcg 143 gag 441 ggg 18
IV1.79p Indices tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 0.03 tct 1.32 tat 0.04 tgt 0.03
att 1.77 act 1.50 aat 0.05 agt 0.03
ctt 1.05 cct 1.17 cat 0.03 cgt 1.21
gtt 1.48 gct 2.34 gat 0.04 ggt 0.03
ttc 1.53 tcc 0.04 tac 1.69 tgc 2.16
atc 0.04 acc 0.03 aac 1.94 agc 1.32
ctc 0.02 ccc 0.02 cac 1.30 cgc 0.02
gtc 0.06 gcc 0.04 gac 2.23 ggc 2.11
tta 0.67 tca 0.75 taa − tga 0.26
ata 0.71 aca 0.92 aaa 1.97 aga 1.19
cta 0.59 cca 1.30 caa 1.25 cga 0.73
gta 0.69 gca 1.33 gaa 1.52 gga 1.41
ttg 0.83 tcg 0.58 tag − tgg 1.20
atg 2.49 acg 0.58 aag 2.29 agg 0.99
ctg 0.84 ccg 0.50 cag 1.30 cgg 0.45
gtg 1.13 gcg 0.74 gag 1.86 ggg 0.66
IV1.265p Sensibilité du processus E
ttt 12 tct 1067 tat 37 tgt 44
att 1427 act 58 aat 39 agt 121
ctt 10 cct 473 cat 27 cgt -35
gtt 661 gct 4725 gat - ggt 113
ttc 1 tcc -96 tac 6 tgc 94
atc -98 acc -97 aac -11 agc 20.7
ctc -98 ccc -97 cac 11 cgc -0.8
gtc -95 gcc -96 gac 0 ggc -8
tta -43 tca -43 taa − tga -20.1
ata − aca -37 aaa -13 aga 0
cta -52 cca -4 caa -21.2 cga 233
gta -68 gca -47 gaa -37 gga 3
ttg -16 tcg -11 tag − tgg 10
atg -44 acg -16 aag 281 agg 15
ctg -35 ccg -8 cag 120 cgg -46
gtg 248 gcg 143 gag 441 ggg 18

Zebrafish

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Comparaison Zebrafisch, 121 Eucaryotes, Bactéries

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  • Lien Tableur: Comparaison_Zebrafisch,121 Eucaryotes, Bactéries
  • Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [9].
    1. Voir la légende initiale dans Tableau des effectifs des gènes de tRNAs.
    2. 81: Pourcentage de résonance des codons forts. La résonance des codons faibles est en gras sur leur couleur de fond habituelle, jaune et orange.
    3.   -75   : Pourcentage pour les codons faibles.
    4. Les différences en % sont obtenues en divisant par l'effectif le plus élevé. Dans le tableur calc de LibreOffice cela donne: =SI(cel1>cel2,100*(cel2-cel1)/cel1,100*(cel2-cel1)/cel2).
IV100. 100 000 tRNAs. 121 eucaryotes. 55 830
ttt 57 tct 2 268 tat 64 tgt 57
c 2 617 c 68 c 2 900 c 3 690
a 1 146 a 1 281 a − a 446
g 1 422 g 987 g − g 2 047
ctt 1 797 cct 2 011 cat 48 cgt 2 065
c 39 c 30 c 2 219 c 34
a 1 005 a 2 228 a 2 137 a 1 256
g 1 440 g 853 g 2 234 g 767
att 3 032 act 2 572 aat 84 agt 52
c 73 c 50 c 3 328 c 2 266
a 1 209 a 1 567 a 3 367 a 2 038
g 4 267 g 987 g 3 928 g 1 693
gtt 2 531 gct 4 014 gat 73 ggt 48
c 95 c 63 c 3 817 c 3 613
a 1 189 a 2 286 a 2 606 a 2 409
g 1 940 g 1 261 g 3 190 g 1 137
V100. Danio rerio (Zebrafish) 12 258
ttt 82 tct 2 741 tat 41 tgt 73
c 1 607 c 16 c 1 925 c 1 109
a 596 a 1 705 a - a 114
g 1 966 g 653 g - g 359
ctt 2 203 cct 2 570 cat 82 cgt 1 656
c 33 c 16 c 3 157 c 196
a 1 991 a 1 672 a 857 a 873
g 2 447 g 1 468 g 2 170 g 481
att 2 105 act 2 929 aat 196 agt 114
c 82 c 82 c 8 525 c 3 459
a 612 a 2 366 a 4 283 a 2 056
g 4 258 g 538 g 7 775 g 848
gtt 1 893 gct 751 gat 8 ggt 90
c 49 c 33 c 1 224 c 6 820
a 1 876 a 3 002 a 1 836 a 383
g 1 852 g 914 g 1 999 g 2 186
I100. 100 000 tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 4 tct 2 tat 2 tgt 1
c 2 598 c 1 923 c 2 732 c 1 903
a 2 021 a 2 255 a - a 560
g 1 702 g 1 116 g - g 1 858
ctt 157 cct 4 cat 2 cgt 3 182
c 1 638 c 1 167 c 2 006 c 142
a 2 102 a 2 320 a 2 718 a 377
g 2 207 g 929 g 1 016 g 1 427
att 2 act 44 aat 2 agt 0
c 3 916 c 1 920 c 3 729 c 1 881
a 23 a 2 501 a 3 874 a 2 044
g 7 670 g 1 174 g 1 033 g 1 469
gtt 4 gct 1 gat 0 ggt 0
c 1 885 c 1 773 c 3 839 c 3 946
a 3 769 a 4 334 a 4 118 a 2 347
g 559 g 521 g 591 g 964
IV100−V100.
ttt -30 tct -17 tat 37 tgt -22
c 39 c 76 c 34 c 70
a 48 a -25 a − a 74
g -28 g 34 g − g 82
ctt -189 cct -22 cat -41 cgt 20
c 17 c 46 c -30 c -83
a -50 a 25 a 60 a 30
g -41 g -42 g 3 g 37
att 31 act -12 aat -57 agt -55
c -10 c -39 c -61 c -34
a 49 a -34 a -21 a -1
g 0 g 45 g -49 g 50
gtt 25 gct 81 gat 89 ggt -46
c 48 c 48 c 68 c -47
a -37 a -24 a 30 a 84
g 5 g 28 g 37 g -48
V100−I100.
ttt 95 tct 30 tat 96 tgt 98
c -38 c 87 c -30 c -42
a -71 a -24 a − a -80
g 13 g -42 g − g -81
ctt 26 cct 55 cat 98 cgt -48
c -79 c 74 c 36 c 28
a -5 a -28 a -68 a 57
g 10 g 37 g 53 g -66
att -46 act 34 aat 99 agt 100
c 97 c 46 c 56 c 46
a 96 a -5 a 10 a 1
g -44 g -54 g 87 g -42
gtt 0 gct -58 gat 100 ggt 100
c 92 c 97 c -68 c 42
a -50 a -31 a -55 a -84
g 70 g 43 g 70 g 56
IV100−I100. % Processus E des 121 Eucaryotes.
ttt 93 tct 18 tat 97 tgt 98
c 1 c 99 c 6 c 48
a -43 a -43 a − a -20
g -16 g -12 g − g 9
ctt 9 cct 42 cat 96 cgt -35
c -75 c 86 c 10 c -76
a -52 a -4 a -21 a 70
g -35 g -8 g 54 g -46
att -23 act 25 aat 97 agt 99
c 97 c 13 c -11 c 17
a 98 a -37 a -13 a 0
g -44 g -16 g 74 g 13
gtt 26 gct 56 gat 100 ggt 99
c 96 c 99 c -1 c -8
a -68 a -47 a -37 a 3
g 71 g 59 g 81 g 15

Comparaison de Zebrafish aux eucaryotes à résonance

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  • Lien au tableur: Comparaison de Zebrafish aux eucaryotes à résonance
  • Légende:
    1. Eucaryotes
      fca  Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)
      bta  Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
      ttr*  Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)
      bacu  Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)
      cmk  Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)
      dre  Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)
    2. Codons
      − code, codon    eff, effectif des gènes de tRNA    T, total des effectifs de tous les codons    X, maximum de tous les effectifs      faibles, codons xyc, xyt et codon tga à effectif faible.
      − rup: Les effectifs sont triés en ordre croissants. La colonne rup est la différence en % entre l'effectif du codon et son suivant.
    3. Processus E des eucaryotes pour les codons forts: codons autres que les codons faibles mais dont les effectifs restent faibles par rapport à ceux à résonance. La résonance commence à une rupture élevée. Celle-ci est encadrée 46.
      mpe,  epe,  xpe,  spe,  minpe,  respectivement, moyenne, écart type, maximum, somme et minimum des codons forts sujets au processus E (sur 45 codons moins les codons résonants).
      m/e, rapport en % de mpe et epe pour indiquer l’homogénéité du processus
    4. Processus de résonance:
      Le processus commence quand le rapport rup est très élevé. Je l'appelle alors rupture et elle est encadrée 46. Les rapports rup suivants sont colorés en orange 111pour indiquer que ces ruptures élevées se produisent plus souvent dans le processus de résonance et non dans Zebrafish qui a des rapports rup très peu contrastés.
      − Les codons sujets à la résonance sont colorés en cyan 5,898.
      − 2 codons faibles, tgt et gcc colorés en jaunes, 143, ne devraient pas être avec les codons résonant cyan. Ils sont cependant intégrés dans la somme sre.
      − sre: somme des codons résonants.
Comparaison de Zebrafish aux eucaryotes à résonance
fca   bta   ttr*   bacu   cmk   zebra
code eff rup code eff rup code eff rup code eff rup code eff rup code eff rup
tgc 32 3 gac 42 5 tgc 22 64 gtg 32 31 gga 66 14 ctg 300 5
cta 33 33 aga 44 43 gca 36 19 gca 42 7 gct 75 8 cct 315 7
gag 44 7 ggc 63 24 ggc 43 12 gac 45 22 ggg 81 16 tct 336 7
cag 47 2 aaa 78 49 aga 48 2 aga 55 16 atg 94 46 act 359 3
gga 48 4 agg 116 23 gac 49 10 ggc 64 5 acg 137 6 gca 368 5
aaa 50 6 tgt 143 15 agg 54 37 agg 67 28 gta 145 16 cac 387 10
agg 53 2 gag 164 9 aaa 74 193 aaa 86 198 gcc 168 23 agc 424 23
aga 54 26 tgg 178 90 tgg 217 82 tgg 256 83 aca 206 108 atg 522 1
cca 68 1050 tgc 338 16 gag 395 111 gag 468 111 gag 428 260 aaa 525 59
caa 782 13 gga 391 11 gga 833 112 gga 987 118 gtg 1,540 151 ggc 836 14
aag 887 35 gaa 435 198 ggg 1,766 8 ggg 2,148 10 gcg 3,858 53 aag 953 10
cga 1,201 ggg 1,295 gaa 1,901 gaa 2,368 gca 5,898 aac 1,045
 
T 3729 4040 5845 7080 13727 12258
X 1201 1295 1901 2368 5898 1045
mpe 19 23 17 20 34 221
epe 17 17 16 19 21 120
% e/m 85 74 96 96 63 55
xpe 68 78 74 86 94 525
X/mpe 62 57 114 119 174 5
X/xpe 18 17 26 28 63 2
sre 2870 3060 5112 6227 12380 2834
spe 859 980 733 853 1347 9424
faibles 3 10 4 3 8 0
minpe 5 4 3 4 2 44

Zebrafish, distributions des tRNAs sur les chromosomes

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Zebrafish, Distributions des tRNAs sur les chromosomes
max 11 25 58 920 108 12 29 50 56 8 5 51 15 4 46 11 28 40 3 201 357 187 2 18 21
chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chr23 chr24 chr25 z8 scaf total vides
6 ttt PheAAA 6 1 1 1 1 10
89 ttc GAA 6 58 89 4 2 1 2 1 2 1 1 21 4 5 197
16 tta LeuTAA 11 12 10 16 1 8 14 1 73
201 ttg CAA 1 4 2 1 28 201 1 2 1 241 9
191 ctt LeuAAG 12 191 12 25 5 1 1 1 4 2 16 270
4 ctc GAG 4 4
178 cta TAG 6 178 10 22 5 2 2 1 2 2 14 244
265 ctg CAG 265 6 1 1 2 3 7 2 1 12 300 10
148 att IleAAT 1 10 46 148 5 2 1 2 3 1 1 1 2 21 2 12 258
8 atc GAT 8 0 2 10
20 ata TAT 9 20 3 1 1 3 3 35 75
196 atg MetCAT 1 2 4 196 13 56 2 3 2 1 3 11 187 3 23 15 522 7
172 gtt ValAAC 172 4 1 28 4 1 4 5 1 1 3 1 7 232
3 gtc GAC 2 3 1 6
163 gta TAC 163 7 39 1 1 10 3 2 4 230
169 gtg CAC 169 2 25 2 4 12 1 3 1 8 227 13
269 tct SerAGA 16 1 269 6 4 1 2 15 7 4 11 336
1 tcc GGA 1 1 0 2
141 tca TGA 8 141 8 1 5 1 16 5 3 20 208
58 tcg CGA 7 58 1 1 1 1 1 3 2 1 5 81 13
187 cct ProAGG 2 8 187 8 50 1 1 12 1 1 4 3 5 8 2 22 315
1 ccc GGG 1 1 2
101 cca TGG 14 101 2 2 47 2 1 15 1 1 1 2 16 205
135 ccg CGG 7 135 5 1 1 1 1 3 4 2 20 180 10
243 act ThrAGT 22 243 11 2 1 1 43 1 1 16 1 2 1 14 359
6 acc GGT 3 6 1 10
195 aca TGT 3 195 10 1 3 29 11 2 1 1 13 1 2 18 290
51 acg CGT 1 51 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 3 66 6
54 gct AlaAGC 54 10 1 4 1 5 1 15 1 92
4 gcc GGC 4 4
357 gca TGC 3 3 1 1 1 357 1 1 368
106 gcg CGC 3 1 106 2 112 13
3 tat TyrATA 3 2 1 6
155 tac GTA 155 6 46 1 1 8 18 235
8 cat HisATG 8 1 1 10
314 cac GTG 21 314 4 1 5 1 1 2 1 5 5 1 2 24 387
49 caa GlnTTG 1 1 32 1 1 49 2 12 1 1 3 1 105
162 cag CTG 2 8 55 162 7 1 2 2 1 1 3 2 1 3 2 3 11 266 2
23 aat AsnATT 23 1 24
920 aac GTT 22 920 21 6 10 31 1 10 1 7 2 2 8 4 1045
416 aaa LysTTT 1 25 416 11 1 1 9 1 4 1 2 13 4 36 525
815 aag CTT 1 21 815 38 4 6 22 1 13 1 1 8 4 6 12 953 7
1 gat AspATC 0 1 1
108 gac GTC 25 108 3 2 8 4 150
170 gaa GluTTC 170 5 1 1 16 1 2 4 1 6 18 225
156 gag CTC 4 156 6 44 5 1 2 1 3 7 16 245 13
6 tgt CysACA 6 1 1 1 9
82 tgc GCA 5 2 2 5 82 1 1 38 136
7 tga SeCTCA 3 7 1 1 0 2 14
29 tgg TrpCCA 1 2 0 29 1 1 1 1 3 4 1 44 10
127 cgt ArgACG 127 6 2 1 40 2 1 3 6 15 203
19 cgc GCG 2 19 1 0 2 24
65 cga TCG 5 65 2 19 2 1 1 1 1 5 5 107
42 cgg CCG 8 42 1 1 1 1 1 4 59 12
13 agt SerACT 13 1 0 14
327 agc GCT 4 327 25 12 1 5 25 1 6 2 2 14 424
143 aga ArgTCT 1 12 143 8 3 3 51 1 1 17 1 1 10 252
67 agg CCT 1 7 6 2 1 13 2 1 67 3 1 104 7
8 ggt GlyACC 8 3 11
598 ggc GCC 14 598 39 8 4 1 40 4 2 18 4 12 744
30 gga TCC 30 2 1 2 2 3 4 1 45
188 ggg CCC 1 188 22 1 23 2 124 1 362 10
2 taa SupTTA 2 1 1 2 6 142
8 tag CTA 8 1 9
Undet??? 15 1 2 1 19
44 266 228 7825 416 49 159 241 122 13 17 200 54 10 188 26 138 87 8 358 573 362 9 31 81 347 440 12292
NCBI Mit chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chr23 chr24 chr25 Z8 scaf total
2rRNA 1rRNA
22 tRNAs 31 76 346 5723 140 52 72 240 60 12 13 123 46 11 135 17 109 5 7 262 253 143 11 18 72 1,385 9,362
mb 0.02 longueur 59.58 59.64 62.63 78.09 72.5 60.27 74.28 54.3 56.46 45.42 45.48 49.18 52.19 52.66 48.04 55.27 53.46 51.02 48.45 55.2 45.93 39.13 46.22 42.17 37.5 334 1,679
39.9 GC% 36.4 36.7 36.9 38.4 36.4 36.4 36.7 36.5 36.5 36.6 36.4 36.3 36.5 36.6 36.8 36.5 36.6 36.6 36.4 36.6 36.6 37 36.7 36.3 36.6 37 37
13 Protein 2,176 2,229 2,436 2,450 2,713 2,123 2,531 1,986 1,832 1,779 1,596 1,679 1,805 1,481 1,814 1,996 1,703 1,541 1,762 1,890 1,948 1,674 1,755 1,365 1,453 9,370 57,087
− RNAs au 326 274 362 1252 395 250 322 272 226 186 166 157 230 170 193 308 190 179 185 192 237 293 204 138 129 1,639 8,475
37 gene 1,444 1,464 1,992 7,909 1,679 1,238 1,641 1,452 1,060 1,076 952 1,091 1,046 945 1,229 1,255 1,111 915 1,038 1,376 1,374 1,288 1,015 823 978 9,570 46,961
− pseudo 22 8 23 70 6 16 14 6 9 14 4 5 6 6 14 11 9 9 7 3 8 8 5 10 4 67 364
75pb tRNA/L 0.55 3.35 2.73 75.15 4.30 0.61 1.61 3.33 1.62 0.21 0.28 3.05 0.78 0.14 2.94 0.35 1.94 1.28 0.12 4.86 9.36 6.94 0.15 0.55 1.62

Taurus, distributions des tRNAs sur les chromosomes

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Taurus, distributions des tRNAs sur les chromosomes
max 51 58 62 28 64 42 56 37 28 50 58 31 59 35 36 46 63 48 78 10 37 41 36 20 62 16 26 22 28 67
chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chr23 chr24 chr25 chr26 chr27 chr28 chr29 X total
1 ttt PheAAA 1 1 1 1 1 1 6 PheAAA
8 ttc PheGAA 1 1 1 2 2 2 3 1 1 7 1 8 30 PheGAA
3 tta LeuTAA 1 1 1 1 2 1 3 10 LeuTAA
6 ttg LeuCAA 2 1 1 1 1 1 1 6 14 LeuCAA
4 ctt LeuAAG 1 1 3 1 4 1 11 LeuAAG
0 ctc LeuGAG 0 LeuGAG
2 cta LeuTAG 1 2 1 1 5 LeuTAG
3 ctg LeuCAG 3 1 1 1 6 LeuCAG
14 att IleAAT 1 2 1 14 18 IleAAT
0 atc IleGAT 0 IleGAT
3 ata IleTAT 1 1 1 1 1 3 8 IleTAT
19 atg MetCAT 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 2 1 19 1 35 MetCAT
11 gtt ValAAC 2 11 1 1 1 4 20 ValAAC
0 gtc ValGAC 0 ValGAC
6 gta ValTAC 6 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 2 1 21 ValTAC
15 gtg ValCAC 2 15 2 1 2 1 1 2 2 1 5 1 2 1 1 39 ValCAC
8 tct SerAGA 1 1 1 2 8 13 SerAGA
4 tcc SerGGA 4 1 1 3 2 1 2 1 3 2 1 1 1 1 1 1 2 4 32 SerGGA
3 tca SerTGA 1 1 3 1 1 7 SerTGA
3 tcg SerCGA 1 1 1 3 1 7 SerCGA
7 cct ProAGG 1 1 2 1 1 7 13 ProAGG
0 ccc ProGGG 0 ProGGG
6 cca ProTGG 2 1 6 9 ProTGG
1 ccg ProCGG 1 1 1 1 4 ProCGG
7 act ThrAGT 1 1 1 3 7 1 14 ThrAGT
1 acc ThrGGT 1 1 ThrGGT
3 aca ThrTGT 2 1 1 3 1 1 1 10 ThrTGT
2 acg ThrCGT 1 1 1 1 2 1 7 ThrCGT
15 gct AlaAGC 1 2 2 1 4 1 1 15 1 1 1 1 31 AlaAGC
1 gcc AlaGGC 1 1 2 AlaGGC
7 gca AlaTGC 1 2 1 2 3 3 1 2 1 1 2 2 1 3 7 1 1 1 35 AlaTGC
5 gcg AlaCGC 2 1 1 1 1 1 1 5 1 2 16 AlaCGC
2 tat TyrATA 1 2 1 2 1 1 1 1 1 11 TyrATA
7 tac TyrGTA 3 1 2 4 2 2 1 7 1 3 1 1 1 3 4 1 1 1 39 TyrGTA
1 taa SupTTA 1 1 1 1 4 SupTTA
2 tag SupCTA 1 1 1 1 2 2 1 2 1 1 13 SupCTA
2 cat HisATG 1 1 2 4 HisATG
11 cac HisGTG 11 1 3 1 1 1 1 19 HisGTG
6 caa GlnTTG 1 1 1 1 1 1 5 6 1 1 19 GlnTTG
13 cag GlnCTG 2 2 13 1 3 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 5 1 1 40 GlnCTG
0 aat AsnATT 0 AsnATT
24 aac AsnGTT 24 1 1 1 1 1 1 30 AsnGTT
10 aaa LysTTT 6 1 5 3 2 1 1 1 3 2 1 1 4 7 4 6 3 3 3 10 6 2 1 2 78 LysTTT
12 aag LysCTT 1 3 2 1 2 3 1 1 4 1 1 1 2 2 1 2 12 40 LysCTT
1 gat AspATC 1 1 1 1 1 1 6 AspATC
8 gac AspGTC 2 8 2 2 1 1 3 1 1 1 1 3 3 4 2 3 1 1 1 1 42 AspGTC
31 gaa GluTTC 14 21 31 12 26 9 18 14 13 17 21 14 20 14 13 14 9 17 20 5 11 12 9 6 18 6 4 6 14 26 434 GluTTC
12 gag GluCTC 7 5 9 4 7 4 12 5 5 7 8 3 8 4 3 8 7 4 7 6 5 7 3 4 8 1 1 2 4 6 164 GluCTC
9 tgt CysACA 8 6 9 6 8 6 6 4 5 4 8 3 5 4 4 9 2 3 1 9 4 2 3 3 3 1 5 5 3 4 143 CysACA
27 tgc CysGCA 13 14 10 27 11 17 7 14 20 17 16 22 11 13 12 3 7 4 16 9 9 6 6 7 3 5 8 6 6 19 338 CysGCA
5 tga SeCTCA 1 4 5 1 1 2 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 29 SeCTCA
17 tgg TrpCCA 3 3 10 3 4 5 12 3 1 4 11 7 7 6 5 4 5 8 17 1 9 6 9 4 5 2 4 3 2 15 178 TrpCCA
7 cgt ArgACG 1 1 1 1 1 7 1 13 ArgACG
1 cgc ArgGCG 1 1 1 1 1 1 1 7 ArgGCG
3 cga ArgTCG 1 1 1 1 1 1 2 3 1 12 ArgTCG
3 cgg ArgCCG 1 1 1 1 2 1 1 2 3 1 2 16 ArgCCG
1 agt SerACT 1 1 1 1 4 SerACT
10 agc SerGCT 1 1 1 2 1 1 1 10 1 19 SerGCT
5 aga ArgTCT 3 2 2 4 1 3 1 5 3 1 2 1 2 1 1 4 2 1 1 2 2 44 ArgTCT
10 agg ArgCCT 4 3 7 5 3 3 10 4 3 2 7 4 7 1 7 2 4 3 10 1 1 4 2 2 7 2 1 1 1 5 116 ArgCCT
3 ggt GlyACC 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 1 2 20 GlyACC
8 ggc GlyGCC 3 3 4 3 2 1 1 1 1 3 1 5 1 2 3 8 2 2 3 4 1 1 3 2 1 2 63 GlyGCC
27 gga GlyTCC 19 15 14 4 23 11 20 7 8 9 27 12 17 11 12 10 18 23 17 9 9 13 8 6 16 7 11 7 7 21 391 GlyTCC
78 ggg GlyCCC 51 58 62 28 64 42 56 37 28 50 58 31 59 35 36 46 63 48 78 10 37 41 36 20 62 16 26 22 28 67 1295 GlyCCC
Undet??? 1 2 1 1 1 1 9 Undet???
total 164 152 273 121 173 116 171 109 108 160 183 111 161 106 119 114 136 147 217 64 107 105 259 64 170 47 68 62 73 202 4064
NCBI chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chr23 chr24 chr25 chr26 chr27 chr28 chr29 X MT Un Total
mb Size 158.34 137.06 121.43 120.83 121.19 119.46 112.64 113.39 105.71 104.31 107.31 91.16 84.24 84.65 85.3 81.72 75.16 66 64.06 72.04 71.6 61.44 52.53 62.71 42.9 51.68 45.41 46.31 51.51 148.82 0.02 9.22 2670.15
GC% 40.1 40.8 41.9 40.6 41.7 40 42 41.2 40 41.5 42.9 40.4 43.7 41.4 41.8 42.6 42.3 45.4 46 41 43.1 43.4 43.4 41.9 47.1 42.8 41.8 42.2 44.2 40.6 39.4 49.6
Protein 1981 2085 2922 1673 2753 1420 2791 1573 1068 2014 2176 886 1740 1066 1946 1452 1411 2691 2718 562 1135 1414 1393 751 1684 991 478 798 1427 1994 13 101
rRNA - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 - - - - - 2 -
tRNA 67 49 171 59 54 51 55 29 39 65 44 47 42 38 47 30 42 50 70 31 26 23 191 19 66 14 33 23 24 79 22 -
RNA 405 362 462 386 444 320 474 421 281 369 388 268 377 235 269 324 261 378 428 192 460 276 297 192 259 207 147 111 231 488 - 10
Gene 1267 1237 1832 1142 1715 953 1814 1097 821 1447 1309 660 1111 734 1491 946 893 1648 1570 508 855 762 1134 469 973 559 377 444 903 1643 13 105
Pseudo 165 163 223 123 218 134 243 142 142 151 122 72 118 95 264 102 115 156 108 67 98 67 93 61 50 62 33 64 109 328 - 4
compte 164 152 273 121 173 116 171 109 108 160 183 111 161 106 119 114 136 147 217 64 107 105 259 64 170 47 68 62 73 202

Distribution homogène des gènes de tRNA sur les chromosomes, Bos Taurus et Felis catus

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Distribution homogène des gènes de tRNA sur les chromosomes
bta ggg ggc gga gaa gag tgc tgt gct   fca cga aag caa
X 67 2 21 26 6 7 4 1 chrA1 100 57 67
chr1 51 2 19 14 7 13 8 1 chrA2 80 55 66
chr2 58 3 15 21 5 14 6 0 chrA3 73 50 44
chr3 62 4 14 31 9 10 9 0 chrB1 70 49 72
chr4 28 3 4 12 4 27 6 0 chrB2 71 52 62
chr5 64 2 23 26 7 11 8 0 chrB3 70 54 45
chr6 42 1 11 9 4 17 6 0 chrB4 66 61 53
chr7 56 1 20 18 12 14 6 2 chrC1 109 99 60
chr8 37 1 7 14 5 20 4 0 chrC2 66 39 48
chr9 28 2 8 13 5 19 5 0 chrD1 53 40 32
chr10 50 1 9 17 7 17 4 0 chrD2 40 19 28
chr11 58 3 27 21 8 16 8 2 chrD3 65 33 29
chr12 31 1 12 14 3 22 3 0 chrD4 46 34 38
chr13 59 5 17 20 8 11 5 0 chrE1 61 42 22
chr14 35 0 11 14 4 13 4 1 chrE2 33 36 18
chr15 36 1 12 13 3 12 4 0 chrE3 29 37 17
chr16 46 2 10 14 8 3 9 0 chrF1 41 25 27
chr17 63 3 18 9 7 7 2 0 chrF2 42 23 17
chr18 48 8 23 17 4 4 3 4 X 81 80 37
chr19 78 2 17 20 7 16 1 1 Ud 5 2
chr20 10 0 9 5 6 9 9 0
chr21 37 2 9 11 5 9 4 1
chr22 41 3 13 12 7 6 2 0
chr23 36 4 8 9 3 6 3 15
chr24 20 1 6 6 4 7 3 0
chr25 62 0 16 18 8 3 3 1
chr26 16 1 7 6 1 5 1 1
chr27 26 3 11 4 1 8 5 0
chr28 22 2 7 6 2 6 5 0
chr29 28 1 7 14 4 6 3 1
bta 30 chromosomes fca 19 chromosomes
ggg ggc gga gaa gag tgc tgt gct cga aag caa
total 1295 64 391 435 164 338 143 31 total 1201 887 782
m 43.2 2.1 13.0 14.5 5.5 11.3 4.8 1.0 m 62.9 46.6 41.2
e 17.1 1.7 5.9 6.6 2.5 6.0 2.3 2.8 e 21.5 19.4 18.2
max 78 8 27 31 12 27 9 15 max 109 99 72
min 10 0 4 4 1 3 1 0 min 29 19 17
e/m% 40 78 45 46 46 53 49 270 e/m% 34 42 44

Exemples de distributions des tRNAs sur les chromosomes

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  • Lien Tableur: Exemples de distributions des tRNAs sur les chromosomes.  Archives exemples NCBI
  • Légende: Bases de données, gtRNAdb.fa [14], NCBI [orgn]
    m, moyenne par chromosome,   e, écart type.
    KEGG   gtRNAdb
    sce   Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)
    mmu   Mus musculus (mm10 Dec 2011)
    hsa   Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)
    oas   Ovis aries (sheep) (Feb 2010)
    dre   Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)
    bta   Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
Exemples de distributions
NCBI gtRNAdb
sce mmu hsa oas dre bta dre bta
4 37 90 200 31 67 44 164
13 8 8 111 76 49 266 152
10 40 4 127 346 171 228 273
28 8 1 51 5723 59 7825 121
20 10 17 65 140 54 416 173
10 53 144 52 52 51 49 116
36 10 21 66 72 55 159 171
11 7 5 42 240 29 241 109
10 7 3 38 60 39 122 108
24 11 3 31 12 65 13 160
16 47 13 77 13 44 17 183
21 3 9 37 123 47 200 111
21 105 4 34 46 42 54 161
14 12 18 45 11 38 10 106
20 4 9 40 135 47 188 119
17 2 27 20 17 30 26 114
− 12 33 42 109 42 138 136
− 0 1 34 5 50 87 147
− 10 6 20 7 70 8 217
− 17 0 184 262 31 358 64
− 0 1 22 253 26 573 107
− − 0 19 143 23 362 105
− − 4 26 11 191 9 259
− − 0 69 18 19 31 64
− − − 20 72 66 81 170
− − − 20 − 14 − 47
− − − 75 − 33 − 68
− − − − − 23 − 62
− − − − − 24 − 73
− − − − − 79 − 202
Total 275 403 421 1567 7977 1578 11505 4062
m 17.2 19.2 17.5 58.0 319 52.6 460 144.4
e 8.0 25.0 32.9 47.2 1130 38.7 1542 51.5
e/m % 47 130 187 81 354 74 335 36

Les introns des 121 eucaryotes

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Champignons détail des introns

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Les introns des champignons
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg   total   DNA Génome
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 46 Encephalitozoon cuniculi GB-M1
0 1 1 1 1 1 1 0 2 0 1 3 0 0 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 2 0 0 0 2 0 1 1 0 1 0 0 0 2 1 1 0 1 1 0 0 2 1 0 0 1 2 0 1 0 2 1 0 1 0 1 0 2 0 1 47 53 Exophiala dermatitidis NIH/UT8656
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 80 Ogataea parapolymorpha DL-1
0 0 3 1 1 0 0 0 0 0 1 2 0 0 1 1 0 0 2 1 1 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 3 1 0 0 0 3 0 0 1 1 0 0 0 1 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 35 82 Candida orthopsilosis Co 90-125
0 4 1 0 4 0 1 2 4 0 1 4 4 0 1 1 2 0 1 2 3 0 1 1 1 0 1 1 3 0 1 1 0 2 0 0 0 3 3 2 0 0 1 5 0 3 2 4 0 2 1 2 4 0 2 0 0 0 1 1 0 6 1 1 91 96 Sporisorium reilianum SRZ2
0 3 1 0 4 0 1 2 4 0 1 4 4 0 1 1 3 0 1 3 4 0 1 1 0 0 1 1 5 0 1 1 0 3 0 0 0 2 2 3 0 0 1 5 0 5 2 4 0 2 2 2 4 0 3 0 0 2 1 1 0 6 2 1 101 111 Ustilago maydis 521
0 5 0 3 0 0 1 1 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 29 123 Komagataella pastoris CBS 7435
0 5 5 6 2 0 0 0 6 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 5 0 0 3 1 2 0 0 6 0 0 2 0 2 2 0 0 1 0 2 0 1 0 0 0 0 67 125 Candida albicans WO-1
0 5 1 3 6 0 0 1 6 0 1 6 7 0 0 2 6 0 1 1 6 0 1 1 5 0 1 1 8 0 1 2 0 4 0 0 0 2 2 0 0 4 1 7 0 2 3 10 0 3 0 3 3 0 5 1 0 2 1 3 0 5 1 2 136 143 Cryptococcus neoformans var. grubii H99
0 5 7 1 5 0 1 4 6 0 1 2 0 0 1 3 0 0 1 0 4 0 2 3 4 0 1 2 7 0 2 3 0 4 0 0 0 3 2 4 0 3 1 6 0 6 0 7 0 0 0 0 6 0 1 1 0 3 0 2 0 0 1 2 117 154 Thielavia terrestris NRRL 8126
0 4 0 2 5 0 3 4 7 0 1 3 5 0 1 2 2 0 1 2 1 0 2 1 3 0 3 2 7 0 2 2 0 4 0 0 0 4 2 3 0 3 0 9 0 3 2 8 0 0 0 3 5 0 2 2 0 3 0 2 1 8 0 1 130 156 Valsa mali 03-8
0 6 0 5 1 0 3 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 40 158 Kazachstania naganishii CBS 8797
0 0 0 7 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 39 162 Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
0 0 2 4 0 0 1 1 0 0 1 3 9 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 0 1 0 0 0 0 44 168 Schizosaccharomyces pombe 972h-
0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 1 0 0 0 0 2 1 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 3 9 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 42 170 Scheffersomyces stipitis CBS 6054
0 5 1 2 6 0 2 3 4 0 1 3 0 0 0 1 0 0 1 2 6 0 2 1 1 0 2 2 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 2 5 0 6 2 0 0 8 2 1 0 3 0 0 0 0 2 2 0 4 0 2 0 0 2 1 93 181 Aspergillus nidulans FGSC A4
0 7 1 2 7 0 1 4 8 0 1 4 6 0 1 2 4 0 2 3 5 0 2 2 4 0 2 2 9 0 3 2 0 5 0 0 0 0 2 6 0 6 0 6 0 0 1 9 0 3 0 0 6 0 2 0 0 3 1 3 0 14 3 3 157 190 Magnaporthe oryzae 70-15
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 25 191 Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988
0 6 0 8 0 0 4 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 45 192 Torulaspora delbrueckii CBS 1146
0 0 2 0 6 1 0 3 0 0 2 10 8 0 1 3 3 0 1 2 0 0 0 1 6 0 2 1 0 0 0 2 0 5 1 0 0 11 3 0 0 1 1 0 0 8 1 0 0 3 1 0 0 0 1 0 0 4 0 1 0 0 4 1 100 192 Penicillium chrysogenum P2niaD18
0 5 1 2 7 0 1 4 8 0 1 4 0 0 1 3 0 0 2 0 6 0 2 3 2 0 2 2 7 0 2 3 0 6 0 0 0 4 2 3 0 0 0 9 0 8 0 8 0 0 0 2 5 0 0 2 0 5 1 2 0 0 0 2 127 192 Myceliophthora thermophila ATCC 42464
0 6 0 7 0 0 4 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 4 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 4 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 52 205 Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri
0 9 0 2 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 42 206 Tetrapisispora phaffii CBS 4417
0 6 0 8 0 0 4 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 45 207 Candida glabrata CBS 138
0 7 2 5 6 0 1 1 8 0 1 4 8 0 2 2 0 0 4 2 4 0 8 1 3 0 2 0 0 0 5 2 0 6 0 0 0 4 0 0 0 6 1 8 0 9 6 9 0 5 0 1 4 0 4 0 0 5 5 0 0 8 0 2 161 212 Botrytis cinerea B05.10
0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 7 10 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 0 54 214 Debaryomyces hansenii CBS767
0 7 1 1 8 0 1 0 0 0 0 4 8 0 1 2 0 1 3 1 8 0 3 0 0 0 3 3 11 0 2 1 0 6 0 0 0 6 2 0 0 6 2 0 0 5 2 0 0 1 1 3 4 0 0 0 0 2 2 1 0 0 2 1 115 225 Verticillium dahliae VdLs.17
0 7 0 8 0 0 3 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 5 4 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 57 229 Lachancea thermotolerans CBS 6340
0 7 0 0 0 0 1 4 0 0 2 4 0 1 1 3 0 0 1 3 9 0 3 0 0 0 2 2 0 0 0 1 0 13 0 0 0 7 4 0 0 0 3 11 0 13 3 0 1 4 0 0 0 0 0 1 0 6 2 2 0 0 0 0 114 242 Aspergillus oryzae RIB40
0 8 0 11 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 11 0 0 1 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 1 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 72 258 Lachancea kluyveri NRRL Y-12651
0 9 0 2 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 53 266 Kazachstania africana CBS 2517
0 10 0 9 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 63 270 Naumovozyma castellii CBS 4309
0 9 1 3 6 0 2 5 11 0 3 5 0 0 1 1 0 0 2 2 10 0 3 2 0 0 0 0 12 0 3 3 0 6 0 0 0 7 5 0 0 9 2 12 0 0 4 13 0 0 1 4 0 0 9 0 0 8 2 1 0 15 4 1 187 270 Fusarium graminearum CS3005
0 8 0 10 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 54 272 Zygosaccharomyces rouxii CBS 732
2 12 1 4 6 0 2 2 0 0 2 6 0 0 2 3 3 0 2 3 4 0 4 2 5 0 2 0 2 0 8 1 0 6 0 0 0 7 4 6 1 12 6 11 1 7 4 10 0 1 0 3 11 0 5 2 0 0 0 6 0 10 3 7 201 273 Flammulina velutipes KACC42780
0 10 0 10 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 61 275 Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)
0 10 2 4 12 0 2 5 11 0 1 5 0 0 1 1 0 0 2 3 10 0 0 2 4 0 0 0 14 0 3 3 0 8 0 0 0 6 4 0 1 8 2 15 1 0 5 16 0 0 0 5 0 0 7 0 0 7 1 0 0 14 2 0 197 285 Fusarium verticillioides 7600
0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 4 6 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 6 10 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 6 0 0 0 0 0 0 68 288 Millerozyma farinosa CBS 7064
0 10 1 3 13 0 2 5 13 0 3 6 0 0 1 1 0 0 2 2 10 0 3 2 0 0 0 0 13 0 3 2 0 8 0 0 0 7 5 0 0 9 2 16 0 0 4 19 0 0 1 4 0 0 9 0 0 8 2 1 0 14 4 1 209 305 Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084
0 12 0 9 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 71 328 Tetrapisispora blattae CBS 6284
0 12 1 5 16 0 2 6 17 1 1 7 0 0 2 1 0 0 2 4 11 0 1 4 2 0 3 3 19 0 3 5 0 10 0 1 0 9 3 11 0 1 2 5 0 18 1 24 0 0 0 0 0 0 1 0 0 6 1 5 0 0 0 6 232 396 Neurospora crassa OR74A
0 17 0 3 21 0 2 11 26 0 1 0 0 0 0 3 0 0 2 4 21 0 0 2 0 0 3 1 0 0 0 0 0 14 0 0 0 4 3 14 0 16 4 34 0 28 0 27 0 0 0 13 0 0 25 0 0 6 0 0 0 0 11 0 316 510 Yarrowia lipolytica CLIB122
 
total 2 261 35 151 143 2 68 71 141 1 59 104 59 1 25 37 35 1 43 66 125 0 168 31 42 0 30 25 119 0 43 36 0 250 1 1 0 92 59 65 2 94 131 202 2 125 50 170 1 30 9 124 91 0 80 17 0 144 20 36 1 102 42 33
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
zéros 40 7 23 10 21 40 10 22 26 41 1 18 33 41 21 22 33 41 18 5 22 42 9 24 29 42 27 27 28 42 26 24 42 0 41 41 42 23 22 27 40 26 6 21 40 27 24 26 41 30 35 12 20 42 26 30 42 4 30 24 41 31 28 26
42−zér 2 35 19 32 21 2 32 20 16 1 41 24 9 1 21 20 9 1 24 37 20 0 33 18 13 0 15 15 14 0 16 18 0 42 1 1 0 19 20 15 2 16 36 21 2 15 18 16 1 12 7 30 22 0 16 12 0 38 12 18 1 11 14 16

Champignons détail des tRNAs

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Les tRNAs des champignons
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg DNA KEGG génome moy
0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1 46 ecu Encephalitozoon cuniculi GB-M1 1.02
0 1 1 1 1 1 1 1 2 0 1 1 2 0 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 2 0 1 1 2 0 1 1 0 1 0 0 0 2 1 1 0 1 1 0 0 2 1 2 0 1 0 0 2 0 2 1 0 1 0 1 0 2 1 2 53 ede* Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 1.16
0 3 1 3 1 0 1 1 4 0 1 4 3 0 0 1 2 0 1 1 0 0 3 0 3 0 1 1 3 0 2 0 0 2 0 0 0 2 2 1 0 2 2 3 0 3 2 3 0 1 0 2 2 0 0 1 0 2 3 1 0 4 2 0 80 opa* Ogataea parapolymorpha DL-1 1.78
0 2 3 1 1 0 0 1 4 0 1 4 4 0 1 1 2 0 2 1 1 0 3 0 4 0 2 1 3 0 2 0 0 3 0 0 0 1 3 1 0 3 4 3 0 5 2 1 0 1 0 1 2 0 0 1 0 1 2 1 0 2 1 0 82 cot Candida orthopsilosis Co 90-125 1.82
0 4 1 0 4 0 1 2 4 0 1 4 4 0 1 0 2 0 1 2 3 0 1 1 4 0 1 1 3 0 1 1 0 2 0 0 0 3 3 2 0 3 1 5 0 3 2 4 0 2 1 2 4 0 2 0 0 0 1 1 0 6 1 1 96 sre* Sporisorium reilianum SRZ2 2.11
0 3 1 0 4 0 2 2 4 0 1 4 4 0 1 1 3 0 1 3 4 1 1 1 4 0 1 1 5 0 1 1 0 3 0 0 0 2 2 3 0 3 1 5 0 5 2 5 0 2 2 2 4 0 3 0 0 2 1 1 0 6 2 1 111 uma Ustilago maydis 521 2.40
0 5 1 3 2 0 1 2 5 0 1 4 5 0 1 1 4 0 2 1 2 0 4 1 5 0 1 1 5 0 2 0 0 4 0 0 0 3 3 2 0 4 3 5 0 6 5 4 0 2 0 3 2 0 1 1 0 2 4 1 0 5 3 1 123 kpa* Komagataella pastoris CBS 7435 2.73
0 5 5 6 2 0 0 1 6 0 1 4 6 0 1 1 4 0 3 1 1 0 4 0 4 0 2 1 6 0 2 0 0 4 0 0 0 3 5 1 0 3 5 2 0 6 6 1 0 2 0 2 2 0 0 1 0 2 5 1 0 5 2 1 125 cal Candida albicans WO-1 2.78
0 5 1 3 6 0 0 1 6 0 1 7 7 0 0 2 6 0 1 1 6 0 1 0 5 0 1 1 8 0 1 2 0 4 0 0 0 4 2 3 0 4 1 7 0 0 3 10 0 3 0 3 3 0 5 1 0 2 1 3 0 9 3 0 143 cneg* Cryptococcus neoformans var. grubii H99 3.18
0 5 5 1 5 0 1 4 6 0 1 5 6 0 1 3 3 0 1 3 4 0 2 3 4 0 1 2 7 0 2 3 0 4 0 0 0 3 2 4 0 3 2 6 0 6 2 7 0 3 0 4 6 0 1 3 0 3 1 2 0 10 2 2 154 ttt Thielavia terrestris NRRL 8126 3.42
0 4 0 2 5 0 1 4 7 0 1 8 7 0 1 2 5 0 1 2 0 0 2 1 4 0 3 2 7 0 2 2 0 4 0 0 0 5 2 4 0 5 0 9 0 6 3 9 0 3 0 3 6 0 2 2 0 3 1 2 0 9 3 2 156 vma* Valsa mali 03-8 3.47
0 6 3 5 1 0 3 0 7 0 2 4 7 0 1 2 7 0 1 1 1 0 6 0 7 0 2 1 7 0 1 1 0 5 0 0 0 4 4 2 0 6 4 7 0 8 5 3 0 4 0 4 3 0 0 1 0 3 6 1 0 9 1 2 158 kna* Kazachstania naganishii CBS 8797 3.51
0 5 3 7 0 1 2 0 7 0 1 6 7 0 1 2 6 0 2 1 1 0 7 0 6 0 2 1 7 0 3 0 0 5 0 0 0 4 6 1 0 6 4 9 0 8 8 2 0 3 0 4 3 0 0 1 0 2 7 1 0 7 2 1 162 kla Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 3.58
0 5 2 4 5 0 1 1 8 0 1 7 9 0 2 1 7 0 2 1 6 0 2 1 7 0 2 1 6 0 2 1 0 4 0 0 0 4 4 2 0 6 3 9 0 8 4 6 0 3 0 3 8 0 1 1 0 3 2 1 0 8 3 1 168 spo Schizosaccharomyces pombe 972h- 3.73
0 6 3 8 3 0 0 1 7 0 1 6 7 0 2 1 6 0 2 2 1 0 6 0 7 0 2 1 7 0 3 0 0 5 0 0 0 4 5 2 0 7 3 9 0 8 8 2 0 3 0 4 3 0 0 1 0 2 7 1 0 10 3 1 170 pic Scheffersomyces stipitis CBS 6054 3.78
0 5 1 2 6 0 2 3 7 0 1 7 8 0 1 2 5 0 1 2 6 0 2 2 6 0 2 2 8 0 2 3 0 6 0 0 0 5 2 5 0 6 2 8 0 8 3 8 0 3 0 3 9 0 2 2 0 4 2 2 0 11 3 1 181 ani Aspergillus nidulans FGSC A4 4.02
0 7 1 2 7 0 1 4 8 0 1 8 6 0 1 2 4 0 2 3 5 0 2 2 6 0 2 2 9 0 3 2 0 5 0 0 0 4 2 6 0 6 2 9 0 10 3 9 0 3 0 4 6 0 2 2 0 3 1 3 0 14 3 3 190 mgr Magnaporthe oryzae 70-15 4.22
0 8 1 7 4 0 3 1 6 1 1 7 9 0 2 3 7 0 3 1 0 0 7 0 6 0 3 1 6 0 3 0 0 5 0 0 0 6 6 2 0 7 5 8 0 8 4 9 0 3 1 4 6 0 0 1 0 3 7 0 0 11 4 1 191 cjd* Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 4.20
0 6 3 8 0 1 4 0 8 0 1 7 12 0 1 2 7 0 2 1 1 0 6 0 9 0 2 1 8 0 4 0 0 6 0 0 0 4 6 2 0 7 5 10 0 9 8 4 0 3 0 4 4 0 0 1 0 3 7 1 0 11 2 1 192 tdl Torulaspora delbrueckii CBS 1146 4.24
0 5 0 0 6 1 0 3 10 0 2 10 9 0 1 3 7 0 1 2 0 0 0 1 12 0 3 2 8 0 2 2 0 5 0 0 0 11 3 5 0 6 1 9 0 9 3 10 0 3 1 0 10 0 2 2 0 4 0 2 0 11 4 1 192 pch* Penicillium chrysogenum P2niaD18 4.22
0 5 1 2 7 0 1 4 8 0 1 8 7 0 2 3 5 0 3 3 6 0 2 3 6 0 2 3 7 0 2 3 0 6 0 0 0 4 2 5 0 6 3 9 0 10 2 8 0 3 1 4 7 0 1 2 0 5 1 2 0 11 4 2 192 mth* Myceliophthora thermophila ATCC 42464 4.24
0 7 3 7 0 1 4 1 9 0 1 10 7 0 3 4 7 0 3 3 1 0 7 0 7 0 3 2 7 0 5 2 0 5 0 0 0 5 4 4 0 8 4 9 0 10 3 8 0 3 1 5 4 0 0 2 0 3 7 1 0 11 2 2 205 sas* Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri 4.51
0 9 9 2 0 1 2 0 10 0 2 8 10 0 2 1 8 0 2 1 1 0 7 0 9 0 2 1 9 0 3 0 0 6 0 0 0 5 7 1 0 9 6 9 0 12 11 1 0 4 0 4 3 0 0 1 0 3 8 1 0 13 2 1 206 tpf Tetrapisispora phaffii CBS 4417 4.56
0 6 3 8 0 1 4 0 9 0 2 7 10 0 2 1 9 0 2 1 1 0 7 0 9 0 3 1 10 0 5 0 0 6 0 0 0 6 6 2 0 9 3 12 0 9 9 3 0 3 0 5 4 0 0 1 0 3 9 1 0 12 2 1 207 cgr Candida glabrata CBS 138 4.58
0 7 2 5 6 0 1 1 8 0 1 8 8 0 2 2 7 0 3 2 4 0 7 1 6 0 3 0 8 0 5 2 0 6 0 0 0 4 6 2 0 6 3 10 0 9 6 9 0 5 0 6 6 0 4 2 0 5 5 1 1 8 2 7 212 bfu Botrytis cinerea B05.10 4.69
0 8 9 4 2 0 0 1 9 1 2 10 10 0 1 1 6 0 4 1 1 0 7 0 8 0 2 1 7 0 5 1 0 6 0 0 0 6 7 1 0 9 8 10 0 10 9 1 0 4 1 4 5 0 0 1 0 3 10 1 0 11 5 1 214 dha Debaryomyces hansenii CBS767 4.71
0 7 1 1 8 0 1 4 9 0 0 9 11 0 1 2 6 1 2 4 8 0 3 2 8 0 2 3 11 0 2 4 1 6 0 0 0 6 2 5 0 6 2 12 0 10 2 12 0 5 1 3 9 0 2 2 0 5 3 2 0 13 3 3 225 vda Verticillium dahliae VdLs.17 4.93
0 7 2 8 0 2 3 3 10 0 1 8 11 0 1 3 9 0 2 2 2 0 8 0 9 0 2 1 10 0 3 2 0 6 0 0 0 5 5 5 0 7 4 14 0 10 6 11 0 4 0 5 4 0 0 1 0 3 9 1 0 15 3 2 229 lth Lachancea thermotolerans CBS 6340 5.04
0 7 2 0 0 0 1 4 10 0 2 6 10 1 2 3 7 0 1 3 9 0 2 0 10 0 2 2 10 0 3 4 1 13 0 0 0 8 4 7 0 8 3 11 0 13 6 11 1 4 0 4 12 0 2 3 0 6 2 2 0 15 4 1 242 aor Aspergillus oryzae RIB40 5.31
0 8 3 11 0 1 3 0 12 0 1 10 14 0 1 3 11 0 2 1 1 1 10 0 12 0 2 1 13 0 4 0 0 7 0 0 0 6 10 1 0 9 5 14 0 13 13 3 0 5 0 5 5 0 0 1 0 4 12 1 0 15 2 2 258 lkl* Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 5.69
0 9 14 2 2 0 2 0 13 0 2 9 13 0 2 1 11 0 4 1 1 0 10 0 11 0 3 1 12 0 5 0 0 9 0 0 0 6 9 1 0 10 8 12 0 13 15 2 0 5 0 6 4 0 0 1 0 4 11 1 0 17 3 1 266 kaf Kazachstania africana CBS 2517 5.91
0 10 7 9 2 0 3 0 12 0 2 9 13 0 2 2 12 0 4 1 1 0 10 0 11 0 3 2 12 0 5 0 0 9 0 0 0 8 9 1 0 10 8 14 0 14 13 1 0 4 0 7 5 0 0 2 0 4 10 1 0 13 3 2 270 ncs Naumovozyma castellii CBS 4309 6.00
0 9 1 3 6 0 2 5 11 0 2 5 16 0 2 3 11 0 2 2 10 0 3 2 11 0 4 3 13 0 3 3 0 6 0 0 0 7 5 7 0 9 2 12 0 10 4 13 0 5 1 4 10 0 9 1 0 8 2 2 0 15 5 1 270 fgr Fusarium graminearum CS3005 5.98
0 8 4 10 0 1 5 0 11 1 1 9 12 0 2 4 12 0 3 2 3 0 10 0 10 0 2 2 12 0 9 0 0 7 0 0 0 6 10 3 0 9 7 14 0 14 10 4 0 4 0 6 5 0 0 1 0 5 8 2 0 17 5 2 272 zro Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 6.00
2 15 1 4 6 0 2 2 10 0 2 14 7 0 3 3 7 0 2 3 4 0 4 2 7 0 3 4 13 0 9 5 0 6 0 0 0 3 4 6 1 12 6 11 1 2 6 11 0 4 0 4 13 0 8 2 0 4 2 6 0 11 8 8 273 fve* Flammulina velutipes KACC42780 5.98
0 10 7 10 0 1 3 0 13 0 2 10 14 0 2 2 11 0 3 1 2 0 10 0 11 0 4 1 11 0 5 0 0 8 0 0 0 7 9 1 0 10 7 14 0 16 14 2 0 4 0 6 6 0 0 1 0 4 11 1 0 16 3 2 275 sce Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) 6.09
0 10 2 4 12 0 2 5 11 0 1 8 13 0 2 3 10 0 2 3 10 0 3 2 11 0 4 2 14 0 3 3 0 8 0 0 0 6 4 8 0 8 2 15 0 14 5 16 0 5 0 5 10 0 7 1 0 7 2 2 0 14 5 1 285 fvr Fusarium verticillioides 7600 6.33
0 10 4 14 4 0 0 2 12 0 4 10 12 0 2 4 10 0 4 2 2 0 8 0 10 0 4 2 12 0 8 2 0 10 0 0 0 8 8 4 0 12 6 10 0 14 8 8 0 4 0 6 4 0 0 2 0 6 10 2 0 16 6 2 288 mfa* Millerozyma farinosa CBS 7064 6.40
0 11 2 3 13 0 2 5 13 0 2 6 19 0 2 3 11 0 2 2 10 0 3 2 11 0 4 3 14 0 4 2 0 8 0 0 0 7 5 7 0 9 3 16 0 14 5 19 0 5 1 4 10 0 9 1 0 8 2 2 0 14 6 1 305 fgr Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 6.76
0 12 12 9 0 1 2 0 17 0 2 11 18 0 2 1 16 0 4 2 1 0 13 0 15 0 3 1 19 0 5 0 0 9 0 0 0 7 10 1 0 11 9 15 0 19 16 1 0 5 0 7 4 0 0 1 0 6 13 1 0 23 3 1 328 tbl Tetrapisispora blattae CBS 6284 7.27
0 12 1 5 17 0 2 6 17 1 1 17 19 0 2 4 14 0 3 4 11 0 4 4 12 0 3 3 19 0 3 5 0 10 0 0 0 9 3 11 0 12 2 24 0 18 5 24 0 7 0 7 21 0 2 3 0 6 5 5 0 26 4 3 396 ncr Neurospora crassa OR74A 8.78
0 17 1 3 21 0 2 13 26 0 1 18 24 0 2 8 21 0 2 4 21 0 3 2 22 0 3 2 30 0 4 2 0 14 0 0 0 12 3 15 0 16 4 34 0 28 6 27 0 8 0 13 1 0 25 0 0 6 4 1 0 30 11 0 510 yli Yarrowia lipolytica CLIB122 11.33
 
tRNAs 2 295 128 188 170 13 72 89 377 4 57 319 401 1 63 93 310 1 90 79 153 2 202 35 332 0 98 66 389 0 140 60 2 249 0 0 0 216 196 148 1 295 155 425 1 401 249 295 1 149 11 173 238 0 93 55 0 154 205 66 1 487 137 69
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
zéros 41 0 2 4 11 30 7 11 0 38 1 0 0 41 2 1 0 41 0 0 5 40 1 22 0 42 0 1 0 42 0 16 40 0 42 42 42 0 0 0 41 0 1 1 41 1 0 0 41 0 32 2 0 42 20 4 42 1 2 1 41 0 0 4
indice 0.05 7.02 3.05 4.48 4.05 0.31 1.71 2.12 8.98 0.10 1.36 7.60 9.55 0.02 1.50 2.21 7.38 0.02 2.14 1.88 3.64 0.05 4.81 0.83 7.90 0 2.33 1.57 9.26 0 3.33 1.43 0.05 5.93 0 5.14 4.67 3.52 0.02 7.02 3.69 10.12 0.02 9.55 5.93 7.02 0.02 3.55 0.26 4.12 5.67 0 2.21 1.31 0 3.67 4.88 1.57 0.02 11.60 3.26 1.64

Non champignons détail des introns

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Les introns des eucaryotes non champignons
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg   total   DNA KEGG Génome
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0   1   35 pfa Plasmodium falciparum
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 82 lma Leishmania major
0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 10 155 mgp Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 12 191 mun* Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1)
0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 14 203 gfr Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1)
0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 11 211 acs Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010)
0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 18 230 tgu Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 4 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 21 252 mlu* Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 256 dsi Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 18 258 mmr* Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 22 283 gga Gallus gallus (galGal4 Nov 2011)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 289 dme Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6)
1 0 0 5 0 0 0 0 3 9 10 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 41 326 oga* Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 326 dya Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1)
0 0 0 6 1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 26 334 sbq Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 22 338 opr* Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3)
0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 26 353 meu* Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 7 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 22 367 hgl Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2)
0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 0 0 0 21 373 lcm Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1)
0 0 0 4 0 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 25 374 san* Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2)
0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 28 383 cpo* Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008)
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 15 407 rno Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012)
0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 29 408 cjc Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009)
0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 31 411 pha* Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 414 aga Anopheles gambiae
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 418 ppp Physcomitrella patens
1 0 0 5 1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 31 421 nle Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 34 435 ggo Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 22 446 shr Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 26 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 3 0 1 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 0 0 0 114 455 tsy* Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2)
0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 13 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 34 458 mcc Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 25 469 mmu Mus musculus (mm10 Dec 2011)
0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 35 476 pan* Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 30 481 mdo Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 30 485 eeu* Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 32 494 ecb Equus caballus (horse) (Sep 2007)
0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 23 498 cge Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011)
0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 11 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 10 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 32 499 vvi Vitis vinifera (Grapevine 12X)
0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 13 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 34 503 ptr Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4)
0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1 27 506 ocu Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009)
0 0 0 5 1 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 15 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 40 517 ppy* Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 27 518 csi* Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1)
0 0 1 7 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 11 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 58 540 tng Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007)
0 0 0 7 0 0 0 0 0 1 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 10 0 0 0 0 0 36 554 cpic Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1)
0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 43 575 tru Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3)
0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 578 sbi Sorghum bicolor (Version 1.0)
0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 4 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 9 0 0 0 0 2 0 1 0 2 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 40 582 mtr Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0)
0 0 0 7 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 596 cel Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010)
6 0 0 0 35 1 0 1 0 0 1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 618 pop Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0)
0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 13 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 34 622 hsa Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1 0 0 0 0 36 639 bdi Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X)
0 0 0 7 0 0 0 0 1 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 76 674 oni* Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2)
0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 684 ath Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011)
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 36 738 osa Oryza sativa
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 738 gmx Glycine max (soybean) (Wm82.a2)
0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 743 cbr Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 1 0 0 2 1 1 1 1 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 8 1 0 0 2 0 66 749 mpu* Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1)
0 0 0 4 1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 24 804 str* Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 0 0 2 0 0 56 807 ssc Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3)
0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 827 cja* Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008)
0 1 0 10 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 54 856 oaa Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007)
0 0 0 4 0 0 0 1 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 8 0 0 0 0 3 1 0 0 2 33 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 4 1 0 0 0 0 68 906 cfa Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011)
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 38 1065 spu Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin)
0 1 0 14 0 0 0 0 0 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 26 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 1095 cbr* Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1 2 31 1119 dno* Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3)
0 0 0 4 1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 3 0 2 29 1176 oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010)
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 37 1198 zma Zea mays (Version 5b.60)
0 0 0 9 0 0 0 1 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 1 0 0 3 3 0 1 3 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 5 2 0 0 0 0 96 1463 aml Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009)
2 0 0 12 0 0 0 0 0 0 16 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 105 1492 gmo* Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1)
0 0 6 17 1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 3 0 60 2002 lav Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009)
0 0 0 8 1 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 1 3 0 41 2017 tma* Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1)
0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 2 0 0 0 2 0 0 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 133 2485 pma* Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2)
0 0 3 5 0 0 0 0 0 0 58 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 0 146 2489 gac* Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006)
0 0 1 19 0 0 0 0 0 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 105 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 103 0 0 0 1 0 275 2639 xtr Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009)
0 0 3 7 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 7 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 10 3 4 0 2 75 7 1 2 4 214 0 0 0 7 0 0 2 2 0 0 102 2 0 0 5 9 1 0 2 1 487 3729 fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)
0 0 0 6 1 0 1 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 17 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 6 0 2 1 3 5 57 4040 bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 3 2 47 5845 ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)
0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 12 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 3 2 50 7080 bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)
0 0 0 9 0 0 1 1 0 0 17 0 0 0 1 1 0 0 0 0 12 3 13 8 3 0 0 0 0 0 0 1 1 34 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 22 0 0 0 12 0 0 0 0 0 177 13727 cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)
 
total 11 2 18 400 45 1 2 7 5 14 454 149 3 0 5 6 2 23 13 2 18 5 50 11 10 0 5 7 4 1 2 4 24 1239 8 13 6 11 148 17 4 8 54 321 4 18 28 13 2 14 3 5 0 3 131 4 2 9 469 14 4 7 21 15
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
−zéros 5 2 8 65 10 1 2 7 3 5 69 11 2 0 5 6 2 4 9 1 6 3 7 4 7 0 3 6 4 1 2 4 17 79 3 10 3 9 8 8 4 5 8 7 3 2 8 6 2 10 2 4 0 3 7 2 2 6 58 5 3 4 9 7

Non champignons détail des tRNAs

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Gènes de tRNAs: calculs pour 79 eucaryotes non champignons.
DNA KEGG Génome moy ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
35 pfa Plasmodium falciparum 0.78 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 0
82 lma Leishmania major 1.82 0 2 1 1 3 0 1 2 3 0 1 4 2 0 1 2 1 0 1 1 2 0 1 2 3 0 1 2 2 0 1 2 0 3 0 0 0 2 1 3 0 3 1 3 0 3 1 2 0 1 0 1 4 0 1 1 0 2 1 1 0 4 1 1
155 mgp Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009) 3.42 0 6 1 2 1 0 1 4 3 0 1 11 3 1 2 3 5 0 3 1 7 0 2 1 4 0 2 0 7 0 6 3 0 6 0 0 0 3 1 1 0 4 4 3 0 3 5 6 0 5 0 5 2 0 1 2 0 6 3 3 0 5 4 3
191 mun* Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1) 4.18 0 6 4 3 3 0 0 6 5 0 1 9 3 1 1 4 4 1 3 1 2 0 3 2 5 0 2 0 9 0 5 2 0 7 0 0 0 4 2 4 0 9 3 13 0 9 3 1 0 5 1 4 3 0 1 1 0 8 4 4 0 10 9 1
203 gfr Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) 4.44 0 6 11 2 4 0 7 0 6 1 2 6 2 1 1 3 2 0 3 1 4 0 5 1 5 0 4 1 16 0 5 2 0 12 0 0 0 4 2 3 1 6 4 7 0 5 4 6 0 10 0 3 6 0 2 0 0 6 3 2 0 8 4 4
211 acs Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) 4.64 0 5 2 2 4 0 3 4 6 0 1 12 5 0 2 3 5 0 1 2 3 1 3 2 4 0 3 1 12 0 6 3 0 6 0 0 0 5 3 5 0 10 5 6 0 8 7 5 0 12 1 7 4 0 3 1 0 5 3 3 0 7 8 2
230 tgu Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2) 4.87 0 10 4 4 1 0 1 7 21 2 1 5 3 2 1 1 3 0 2 1 6 0 1 2 8 1 4 2 18 0 7 3 0 13 0 0 0 5 1 6 2 8 4 5 0 7 2 3 1 9 1 3 6 0 2 0 1 5 3 2 1 8 7 4
252 mlu* Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2) 5.49 0 5 2 3 3 0 5 2 10 0 3 14 5 0 3 5 6 0 2 2 6 0 3 3 5 0 5 3 8 0 1 3 0 5 0 0 5 7 3 7 0 9 3 11 0 8 5 6 0 27 0 4 6 0 5 2 0 5 5 5 0 8 6 3
256 dsi Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) 5.67 0 8 3 4 5 0 2 9 8 0 0 12 7 0 2 6 8 0 2 3 6 0 5 5 8 0 5 4 9 0 5 0 0 10 0 0 0 6 4 8 0 6 4 11 0 6 5 10 0 7 1 9 9 0 5 0 0 3 3 3 0 15 5 0
258 mmr* Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003) 5.71 0 8 3 3 5 0 2 7 4 0 3 14 4 0 2 5 7 0 2 3 7 0 4 3 3 0 3 2 11 0 5 3 0 8 0 0 0 6 4 12 0 9 5 6 0 5 9 8 1 20 0 6 6 0 3 2 0 7 5 3 0 11 7 2
283 gga Gallus gallus (galGal4 Nov 2011) 6.24 0 10 3 3 3 0 2 7 7 0 2 14 7 1 3 7 9 0 4 2 7 0 4 3 4 0 4 2 24 0 7 4 0 16 0 0 0 6 2 5 0 11 6 6 0 10 9 7 0 11 1 6 8 0 2 2 0 7 4 3 0 7 7 4
289 dme Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6) 6.40 0 8 4 4 4 0 2 8 9 0 2 12 6 0 2 7 8 0 2 4 7 0 5 5 8 0 6 3 12 0 2 3 0 9 0 0 0 5 4 8 0 10 6 13 0 14 6 13 0 7 1 8 10 0 10 0 0 6 3 3 0 14 6 0
326 oga* Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3) 6.96 1 6 3 5 4 0 3 9 10 9 11 13 6 0 3 5 6 0 3 3 7 0 4 3 9 0 6 3 13 0 7 3 0 8 0 0 0 8 5 9 0 12 11 9 0 13 5 8 0 21 1 6 6 0 4 3 2 7 4 5 0 12 9 3
326 dya Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1) 7.22 0 9 5 4 5 0 2 8 10 0 2 15 7 0 2 10 9 0 2 5 6 0 8 5 8 0 6 5 18 0 2 5 0 9 0 0 0 5 4 8 0 11 6 16 0 15 7 14 0 8 1 8 12 0 7 0 0 6 3 4 0 16 7 1
334 sbq Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1) 7.27 0 9 8 5 6 0 4 5 10 1 6 14 6 1 4 7 9 1 3 3 9 0 5 4 8 0 6 5 15 0 8 5 1 8 0 0 0 8 6 10 0 11 12 9 0 9 10 5 0 19 3 6 6 0 4 3 0 7 5 5 0 10 6 4
338 opr* Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3) 7.49 0 10 3 4 5 0 5 11 8 0 4 15 7 0 4 7 7 0 3 4 8 0 4 4 7 0 6 7 15 0 7 4 0 10 0 0 0 5 5 12 0 14 9 11 0 14 7 11 0 10 1 6 7 0 6 4 0 7 5 6 0 17 7 5
353 meu* Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2) 7.62 1 10 3 8 5 0 4 6 6 0 6 14 8 0 1 7 8 0 4 2 7 0 4 2 8 0 6 3 13 0 6 5 1 8 0 0 1 7 4 7 0 14 10 11 0 13 12 7 0 29 7 8 7 0 3 5 0 10 7 4 0 16 10 5
367 hgl Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2) 7.62 0 6 4 5 5 0 5 5 8 0 3 14 12 1 4 6 7 0 3 3 13 0 5 3 15 2 4 4 46 6 5 6 0 7 0 0 0 7 3 6 0 9 8 15 2 10 6 4 0 23 7 6 5 0 4 4 2 7 6 5 4 10 4 3
373 lcm Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1) 7.96 0 7 11 4 4 0 5 8 7 0 7 11 3 0 7 4 3 0 6 3 12 0 10 4 11 0 9 2 5 0 20 3 2 8 0 0 0 5 10 9 3 9 20 13 1 19 11 8 5 17 4 15 4 0 1 4 0 8 9 8 0 7 5 2
374 san* Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2) 8.24 0 10 4 4 6 1 2 13 15 0 5 15 7 0 5 7 8 0 3 4 8 0 6 2 8 0 5 5 10 0 8 3 0 9 0 0 0 7 5 7 0 12 8 13 0 19 10 14 0 25 2 6 9 0 5 3 0 8 6 6 0 22 12 2
383 cpo* Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008) 8.36 0 8 4 6 5 0 3 6 10 0 5 15 6 1 3 6 8 0 3 4 8 0 4 3 10 0 4 3 28 4 9 5 0 15 0 0 0 8 4 8 0 18 11 26 1 10 6 5 0 34 1 8 7 0 4 3 0 10 5 5 0 11 6 6
407 rno Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012) 8.89 1 8 3 0 1 0 1 5 12 0 3 13 8 0 3 7 11 0 4 3 33 0 6 3 9 0 5 4 36 2 9 4 0 2 0 0 0 10 6 10 0 15 1 19 2 15 10 8 0 40 1 8 6 0 3 5 1 12 6 8 0 11 9 5
408 cjc Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009) 8.80 0 8 9 6 7 0 3 11 9 2 5 19 6 1 4 10 9 0 5 4 7 0 6 4 9 1 6 4 15 1 5 4 0 19 0 0 1 8 4 12 0 23 14 11 1 13 11 12 0 30 2 6 6 3 4 3 0 8 5 5 0 14 9 4
411 pha* Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008) 8.93 0 12 7 7 9 0 3 6 12 2 4 15 9 1 7 12 9 0 5 3 7 0 6 4 10 0 7 6 19 1 9 5 0 15 0 0 0 10 6 11 1 18 12 12 1 10 13 4 2 28 1 8 7 0 6 4 0 9 6 5 0 13 4 8
414 aga Anopheles gambiae 9.20 0 9 2 3 5 0 3 10 12 0 2 18 31 0 3 29 6 0 2 8 7 0 8 13 8 0 2 5 17 0 3 6 0 22 0 0 0 21 4 11 0 11 8 17 0 20 11 15 0 5 0 6 10 0 8 0 0 6 2 2 0 15 8 0
418 ppp Physcomitrella patens 9.18 1 14 2 6 6 1 5 5 12 0 4 24 13 0 2 11 13 0 5 7 13 0 8 4 10 0 5 6 19 0 9 8 0 8 0 0 0 9 9 10 1 14 8 16 0 11 7 14 0 7 1 9 8 1 7 5 0 9 6 10 0 15 9 11
421 nle Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3) 9.04 1 11 7 5 8 0 3 9 12 3 5 16 11 1 6 10 9 1 4 4 9 1 5 4 11 0 4 5 18 1 9 5 0 14 0 0 0 11 9 13 2 14 22 15 0 10 10 8 1 22 3 8 7 0 7 3 0 8 6 5 0 12 6 7
435 ggo Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011) 9.42 0 12 8 7 8 0 4 5 11 2 6 17 9 1 8 10 10 1 4 5 8 0 7 4 9 0 6 6 22 2 6 4 1 16 0 0 0 7 7 14 1 24 13 14 0 15 14 7 0 28 3 8 7 0 6 5 0 8 5 6 0 12 3 9
446 shr Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1) 9.87 0 13 6 3 9 0 4 9 11 0 4 22 8 0 4 10 10 0 5 3 10 0 6 3 9 0 7 2 18 0 7 4 0 11 0 0 0 9 45 10 0 13 14 32 0 19 15 10 0 8 2 8 4 0 5 3 0 8 5 4 0 19 9 6
455 tsy* Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) 9.25 0 6 # 4 6 0 5 7 8 0 4 12 6 0 4 6 7 0 5 3 7 1 32 4 9 0 4 4 12 0 4 3 0 10 0 0 1 10 64 6 1 15 10 7 1 13 9 10 1 25 1 6 6 0 5 3 0 9 6 4 0 14 6 7
458 mcc Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3) 9.80 0 9 15 8 9 0 5 6 10 5 7 18 10 3 6 11 9 2 6 4 8 0 8 3 9 0 5 4 21 1 10 5 1 23 0 0 0 14 10 12 2 19 16 13 1 14 11 6 0 27 2 8 6 0 5 4 0 8 6 7 0 14 4 8
469 mmu Mus musculus (mm10 Dec 2011) 10.13 0 7 7 4 5 0 4 10 12 1 5 19 8 1 3 12 10 1 3 3 8 1 8 3 11 0 4 4 23 4 11 10 0 11 0 0 1 10 7 12 0 13 14 26 0 16 8 14 1 60 1 8 6 0 5 3 0 8 6 5 2 15 8 7
476 pan* Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2) 10.20 1 13 8 8 8 0 3 11 14 2 6 19 9 1 7 12 9 1 5 3 8 0 6 4 10 0 7 6 20 1 9 5 3 21 0 0 0 10 9 12 2 21 14 15 2 15 13 9 1 27 3 9 7 0 5 4 0 11 6 5 0 20 8 8
481 mdo Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006) 10.58 0 12 2 4 8 0 6 11 13 0 7 25 9 0 5 9 12 0 6 3 11 0 8 3 12 0 7 3 15 0 9 6 0 15 0 0 0 9 7 11 0 13 13 19 1 24 14 13 4 46 0 9 5 0 5 4 0 9 6 5 0 24 11 8
485 eeu* Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) 7.59 0 8 3 6 6 0 3 6 9 0 4 16 7 0 6 4 7 0 3 3 10 0 5 3 9 0 6 4 14 0 10 4 0 13 0 0 0 5 4 8 0 7 11 € 0 13 8 9 0 34 2 7 6 0 5 3 0 7 5 7 0 14 7 5
494 ecb Equus caballus (horse) (Sep 2007) 10.76 0 12 4 6 7 0 5 3 20 0 5 25 12 3 6 15 12 0 4 4 10 0 7 3 9 0 7 3 27 0 11 8 1 14 0 0 1 11 6 12 1 17 15 16 0 10 11 51 0 25 4 7 10 0 4 4 0 12 5 7 0 10 4 8
498 cge Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011) 10.96 0 8 4 4 5 0 4 10 13 0 5 16 13 0 5 9 6 0 3 3 7 0 6 3 8 1 4 4 22 1 15 6 0 11 0 0 0 14 5 11 0 17 15 86 0 15 7 20 0 41 2 6 6 0 6 3 0 9 5 6 1 14 6 7
499 vvi Vitis vinifera (Grapevine 12X) 10.89 0 14 7 13 10 0 9 7 13 1 7 25 14 0 5 9 13 1 7 3 13 0 16 4 10 2 6 3 11 0 28 5 1 17 0 0 1 12 9 10 1 18 11 13 1 18 14 21 0 11 1 10 8 0 5 4 0 9 6 7 0 17 12 6
503 ptr Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4) 10.82 0 15 10 7 9 0 3 6 14 1 5 21 11 1 10 12 11 1 7 4 9 1 8 5 10 0 6 5 30 1 9 5 2 22 0 0 0 10 8 10 1 27 14 19 1 15 15 11 1 27 2 7 7 1 6 5 3 9 6 5 0 13 6 13
506 ocu Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) 10.67 0 14 6 3 5 0 4 16 11 1 7 18 12 0 8 14 10 0 4 5 9 0 5 4 8 1 7 5 21 0 9 4 0 12 0 0 0 9 5 15 1 26 12 29 1 23 18 19 0 25 1 10 7 0 4 5 0 10 6 6 21 0 14 16
517 ppy* Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) 11.18 0 13 6 6 10 0 3 11 14 4 6 20 10 1 7 18 10 1 6 5 10 0 7 5 12 0 4 7 22 1 9 4 1 19 0 0 0 10 7 13 2 33 20 22 1 13 22 8 0 30 3 6 7 0 6 7 0 8 8 7 0 14 8 10
518 csi* Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1) 11.40 0 13 5 6 6 0 4 4 13 0 5 26 11 1 7 15 13 0 5 4 10 0 7 4 10 0 8 5 23 0 13 6 0 11 0 0 0 10 5 12 2 14 15 22 1 13 11 77 0 24 1 8 10 0 5 4 0 13 6 7 0 10 4 9
540 tng Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007) 11.91 1 17 5 7 15 0 6 32 16 0 5 20 10 0 4 15 12 1 7 2 11 1 11 4 26 0 10 13 20 0 10 4 0 13 0 0 0 12 9 18 0 17 9 20 0 18 15 13 0 15 1 10 14 0 6 2 0 11 9 9 0 14 14 6
554 cpic Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1) 11.87 2 22 13 7 2 1 4 6 11 1 13 16 16 0 5 6 24 0 15 10 12 1 4 2 17 0 18 5 11 1 15 4 1 5 0 0 0 10 16 11 1 17 36 9 0 14 17 5 5 18 4 10 7 0 5 3 3 20 26 10 0 11 24 2
575 tru Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3) 12.64 1 18 6 9 10 0 4 21 11 0 6 35 19 0 8 25 11 0 7 3 10 0 7 6 18 0 7 7 10 0 8 6 1 13 0 0 1 19 8 12 0 20 19 19 1 22 13 20 0 15 1 16 16 1 7 4 0 17 13 10 0 18 12 4
578 sbi Sorghum bicolor (Version 1.0) 12.56 0 20 4 9 15 0 9 11 17 0 5 37 16 2 4 10 11 3 12 6 14 0 11 7 12 2 9 6 18 0 13 11 1 14 0 0 1 15 11 13 1 16 9 18 2 24 13 23 0 13 1 13 15 0 4 7 0 13 7 10 0 24 10 6
582 mtr Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0) 12.47 0 26 7 14 9 0 10 4 19 0 10 40 17 3 7 7 12 2 8 2 7 0 11 1 10 4 10 1 25 0 16 3 1 12 0 0 0 17 17 5 9 28 18 16 0 28 19 11 0 10 1 14 12 0 5 3 0 15 8 6 1 23 15 3
596 cel Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010) 13.18 0 15 4 7 20 0 3 5 21 0 7 19 19 0 5 6 15 0 9 6 6 0 31 4 17 0 11 7 22 0 9 4 0 19 0 0 0 19 20 7 0 20 14 30 0 27 17 24 0 13 2 12 18 0 8 1 1 9 8 4 0 14 34 3
618 pop Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) 13.53 4 18 7 3 40 1 0 7 20 1 9 26 17 0 8 10 13 1 9 5 14 0 22 4 6 0 11 4 20 0 18 5 0 18 0 0 0 13 11 11 0 22 17 17 0 33 14 21 1 13 1 14 10 0 7 5 0 16 11 11 0 25 17 7
622 hsa Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013) 13.31 0 18 8 12 12 0 4 11 19 6 5 22 11 1 8 21 12 1 6 5 10 1 8 4 10 0 6 7 35 1 10 5 5 32 0 0 0 10 18 24 2 40 20 24 1 16 17 10 1 38 3 8 7 0 6 4 1 8 7 5 0 15 9 12
639 bdi Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X) 13.82 0 18 4 15 14 0 10 8 20 2 4 55 15 3 5 11 11 4 10 5 15 0 18 8 9 3 10 6 19 0 12 11 1 17 0 0 3 21 15 11 0 16 12 18 0 25 15 19 0 14 0 18 16 1 5 6 0 18 9 9 0 27 9 9
674 oni* Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2) 14.80 0 23 12 7 14 0 7 16 25 0 25 27 8 0 9 9 10 0 10 6 14 0 11 4 18 1 25 8 18 0 11 12 3 18 0 0 0 23 6 11 0 9 16 43 0 10 14 15 1 42 1 12 16 0 7 6 2 10 27 18 0 13 12 9
684 ath Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011) 15.00 0 17 6 12 12 1 11 3 17 2 5 32 14 2 7 8 37 3 12 7 15 0 47 5 10 1 9 5 16 0 10 7 0 83 0 0 0 12 10 9 0 19 15 17 0 29 14 13 0 17 0 16 11 0 6 4 0 16 10 8 0 25 12 5
738 osa Oryza sativa 15.67 0 20 4 19 15 0 10 10 18 0 5 56 17 16 4 10 12 4 17 8 14 0 14 9 11 8 15 5 20 1 10 12 2 19 0 0 0 26 21 10 0 29 12 20 1 31 16 25 1 17 0 18 24 0 4 8 0 20 12 11 0 28 9 10
738 gmx Glycine max (soybean) (Wm82.a2) 16.31 0 22 9 18 16 0 10 7 31 0 8 36 22 1 9 13 15 0 11 6 21 0 27 5 9 1 10 4 24 0 17 8 0 21 0 0 0 18 13 13 2 22 20 22 0 33 16 24 0 14 0 18 13 0 9 5 0 28 18 13 0 29 18 9
743 cbr Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3) 16.51 0 22 6 11 26 0 5 7 21 0 24 23 25 0 6 6 17 0 8 8 6 0 41 4 22 0 10 9 29 0 14 7 0 19 0 0 0 21 24 10 0 23 16 40 0 34 19 30 0 16 0 13 22 0 10 0 0 9 10 2 0 21 42 5
749 mpu* Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) 10.68 0 11 4 6 6 0 4 5 10 0 5 20 8 0 6 7 8 0 4 4 9 0 7 2 10 0 7 5 15 0 8 5 0 9 0 0 1 7 37 17 6 12 31 € 0 8 7 19 0 25 1 11 6 0 29 5 0 12 16 21 0 9 9 4
804 str* Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) 11.02 1 10 3 10 6 0 3 4 14 6 4 14 18 3 5 39 15 1 7 6 12 1 7 3 34 5 6 7 € 31 39 18 0 9 0 0 0 6 4 6 1 9 10 12 6 8 5 7 0 48 1 7 6 0 5 3 0 7 5 6 7 13 5 20
807 ssc Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) 12.68 0 21 4 6 8 0 5 5 13 0 5 23 10 1 11 12 10 0 5 4 9 0 4 3 13 0 8 4 23 0 14 7 0 17 0 0 0 10 9 12 2 18 38 16 10 97 € 13 1 23 0 7 7 0 5 3 0 10 7 4 0 19 10 6
827 cja* Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008) 18.33 1 24 5 7 26 0 6 12 26 0 7 30 23 0 7 13 19 0 7 15 9 0 43 8 24 0 12 11 31 0 11 8 0 24 0 0 0 17 14 16 0 23 30 37 0 41 20 40 0 15 1 18 21 0 11 1 0 15 12 3 0 34 47 2
856 oaa Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007) 18.56 1 24 10 10 8 0 7 18 27 0 10 32 23 1 15 10 16 4 6 8 19 4 12 7 23 1 18 10 83 0 17 11 0 28 0 0 1 24 11 19 0 21 32 25 0 27 16 27 0 37 5 14 12 0 7 14 2 18 6 9 2 40 15 9
906 cfa Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) 11.23 0 10 4 5 4 0 4 7 9 0 5 23 6 0 5 8 10 0 5 8 8 0 8 4 8 0 4 5 14 0 11 4 0 9 0 0 0 9 43 20 1 21 34 € 2 13 15 22 0 21 1 6 6 0 15 4 0 8 9 29 0 11 11 9
1065 spu Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) 23.56 2 0 14 2 18 0 8 5 69 2 22 73 20 0 11 16 25 0 15 6 19 0 21 9 27 0 21 9 32 0 17 7 0 24 0 0 0 26 17 21 0 39 57 42 0 82 26 29 0 31 0 18 29 0 19 1 1 17 18 19 0 42 33 4
1095 cbr* Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008) 24.07 0 24 7 14 32 0 8 8 33 1 26 29 33 0 8 15 20 0 14 9 25 2 54 9 31 1 15 10 35 0 11 6 2 28 0 0 1 26 40 11 0 33 29 49 0 34 36 37 2 21 3 22 32 0 17 24 0 14 13 11 0 39 66 25
1119 dno* Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) 15.86 0 12 8 8 5 0 3 10 12 1 6 30 12 1 16 # 10 0 6 6 7 0 7 4 11 0 8 7 23 2 66 17 0 14 0 0 1 10 5 10 0 23 18 43 0 21 20 45 0 22 1 15 10 0 8 5 0 10 9 47 24 19 € 34
1176 oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010) 12.50 1 6 5 7 6 0 2 3 6 0 5 18 7 0 8 9 2 3 4 3 4 0 6 1 5 0 5 3 18 3 12 7 2 16 0 0 0 8 7 9 0 13 22 16 2 8 € 60 16 61 4 47 2 2 6 6 0 7 22 33 5 30 € €
1198 zma Zea mays (Version 5b.60) 23.18 1 25 5 20 29 0 9 13 69 0 5 79 22 12 4 16 13 22 11 6 15 0 31 9 20 13 14 6 66 0 15 22 0 21 0 0 1 26 22 13 0 49 82 € 1 42 22 30 1 25 0 27 35 0 7 6 0 14 9 11 0 33 11 11
1463 aml Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) 13.84 0 11 5 9 7 0 5 7 12 0 6 24 10 0 7 9 10 0 6 4 9 0 11 5 10 0 9 10 17 0 9 5 0 11 0 0 0 8 43 25 6 28 55 € 1 11 11 37 0 25 2 10 8 1 # 7 2 13 17 45 0 10 7 7
1492 gmo* Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) 30.05 6 36 16 15 33 0 24 47 26 0 18 € 21 0 9 28 30 0 18 14 55 0 21 22 30 0 30 30 55 1 24 26 0 50 0 0 1 26 11 45 2 34 63 43 1 30 51 50 0 27 2 29 31 2 17 10 1 41 21 28 0 30 39 18
2002 lav Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) 25.95 1 32 15 17 22 0 11 10 43 0 7 50 41 1 50 35 29 0 7 4 16 0 14 3 14 1 22 10 54 0 53 15 1 19 0 0 3 27 14 28 4 51 60 36 0 20 € 24 1 28 24 23 14 0 18 3 3 76 # 16 4 33 € #
2017 tma* Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) 13.98 1 11 6 10 8 0 5 5 13 1 8 21 11 0 26 16 14 0 6 4 11 0 8 3 16 1 18 4 20 1 40 6 1 15 0 0 0 12 8 10 1 23 31 16 1 15 € 19 5 22 18 13 8 0 12 7 5 36 € 13 9 23 € #
2485 pma* Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) 34.89 2 57 5 # € 0 40 # € 0 10 € € 1 26 # 22 0 20 35 54 0 43 21 62 19 19 23 € 0 31 24 0 90 0 0 1 27 44 € 0 € 24 23 2 90 12 11 0 68 1 9 85 1 26 10 0 65 18 50 1 54 17 6
2489 gac* Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) 41.18 0 35 12 7 49 0 17 9 € 0 61 € 21 1 12 18 52 0 62 29 63 0 29 18 99 0 35 23 53 0 53 56 0 17 0 0 0 52 60 81 1 € 61 97 0 € 46 53 0 € 1 74 49 0 # 2 0 30 68 26 0 12 61 4
2639 xtr Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) 50.41 2 58 # 22 38 2 25 32 63 5 51 € 55 0 36 53 40 3 41 23 60 1 53 36 € 0 91 29 67 0 47 36 0 € 0 0 1 42 28 40 1 47 72 97 0 59 84 51 2 92 1 33 33 3 33 8 0 99 € 27 0 85 80 €
3729 fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) 19.40 1 12 19 8 6 0 33 5 10 0 9 24 8 0 6 9 8 1 14 5 8 1 68 7 9 0 13 9 18 1 10 7 0 10 0 0 2 16 € 47 5 28 50 € 1 9 15 44 1 32 18 23 9 9 € 24 2 12 54 53 2 10 48 6
4040 bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) 22.58 6 30 10 14 11 0 5 6 18 0 8 35 20 0 21 39 13 32 7 7 13 0 9 4 14 1 10 7 31 2 35 16 11 39 0 0 4 19 20 40 0 30 78 40 6 42 € € 143 € 29 € 13 7 12 16 4 19 44 € 20 63 € €
5845 ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) 16.73 0 12 6 7 6 0 4 6 11 0 5 17 8 3 16 22 12 0 6 4 7 0 5 4 9 1 6 3 19 2 36 21 1 18 0 0 0 9 16 15 0 13 74 19 10 49 € € 6 22 21 € 7 1 7 12 0 11 48 54 19 43 € €
7080 bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) 18.77 0 13 13 8 6 0 4 7 12 1 8 21 14 1 18 32 10 1 5 4 7 0 5 4 13 0 8 4 20 0 42 20 0 14 0 0 0 11 10 20 0 24 86 29 20 45 € € 2 24 17 € 9 0 9 21 0 13 55 # 12 64 € €
13727 cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) 32.70 3 35 13 31 20 2 20 25 31 0 23 94 22 16 € € 26 1 54 48 12 6 51 41 24 12 € € 75 168 € € 1 36 0 0 1 37 7 18 2 48 43 36 6 49 66 € 1 15 3 30 9 0 25 2 0 33 14 12 2 19 66 #
 
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg
total du diagramme 43 1,166 489 586 803 9 489 693 1,215 66 618 1,746 976 93 582 914 956 98 625 472 970 23 1,042 441 1,044 83 749 469 1,773 240 1,101 622 48 1,305 0 0 34 1,023 979 1,062 71 1,453 1,725 1,619 92 1,660 1,054 1,361 208 1,809 238 915 915 33 563 373 36 1,111 846 846 137 1,530 1,048 472
Codons forts pente 1.117 0.453 0.554 0.847 0.513 0.635 1.291 0.690 2.057 0.955 0.608 0.932 0.907 0.714 0.518 0.997 1.066 0.485 1.153 0.87 0.501 1.706 1.101 0.695 1.294 0.992 0.923 1.08 1.436 1.72 1.704 1.663 1.232 1.361 1.656 - 0.942 0.935 0.607 0.325 1.195 0.965 0.837 1.415 1.298 0.498
somme calculée - 27.0 19.33 29.5 - 22.2 98.2 - 149.5 21.2 19.9 77.8 - - - - - - 58.1 16.4 55.8 50.5 22.7 22.7 65.2 - 17.9 37.7 109.2 - 146.4 68.5 151.8 123.5 105.6 - 54.7 - 45.2 - - 87.2 34.6 - 164.0 96.4
Totaux + calculés 1,166 516 605 833 489 715 1,313 618 1,895 997 602 992 956 625 472 970 1,042 441 1,102 765 525 1,824 1,124 645 1,370 0 0 1,023 997 1,100 1,562 1,725 1,765 1,728 1,206 1,485 1,915 238 970 915 608 373 1,111 933 881 1,530 1,212 568
R2 915 784 818 830 755 704 843 755 892 877 731 803 899 763 731 828 713 764 795 795 874 857 752 829 738 938 606 827 908 783 839 781 889 728 754 809 765 860 568 799 665 606 822 802 606
Codons faibles c/t nombre >3 3 0 6 3 5 2 6 4 2 2 5 6 7 2 2 9
c/t nombre >3, total 16 0 35 44 66 10 61 209 16 9 30 58 184 16 9 120
reste calculé 30 9 37 52 37 15 28 35 34 27 46 40 31 19 29 26
multiplicité X 100 38 11 47 66 47 19 35 44 43 34 58 51 39 24 37 33
c/t nombre=3 1 0 1 6 4 0 1 1 2 2 1 0 0 2 3 0
Totaux des 79 réduits 46942 30 1,166 516 605 833 9 489 715 1,313 37 618 1,895 997 52 602 992 956 37 625 472 970 15 1,042 441 1,102 28 765 525 1,824 35 1,124 645 34 1,370 0 0 27 1,023 997 1,100 46 1,562 1,725 1,765 40 1,728 1,206 1,485 31 1,915 238 970 915 19 608 373 29 1,111 933 881 26 1,530 1,212 568
zéros tRNAs 55 1 0 1 0 72 2 1 0 52 1 0 0 42 0 0 0 52 0 0 0 65 0 0 1 56 0 2 0 54 0 1 54 0 79 79 57 1 0 0 46 0 1 1 46 0 0 0 52 1 16 1 1 66 0 8 62 0 0 1 61 2 0 4
79−zéros 24 78 79 78 79 7 77 78 79 27 78 79 79 37 79 79 79 27 79 79 79 14 79 79 78 23 79 77 79 25 79 78 25 79 0 0 22 78 79 79 33 79 78 78 33 79 79 79 27 78 63 78 78 13 79 71 17 79 79 78 18 77 79 75
indices tRNAs 0.38 14.76 6.53 7.66 10.54 0.11 6.19 9.05 16.62 0.47 7.82 23.99 12.62 0.66 7.62 12.55 12.10 0.47 7.91 5.97 12.28 0.19 13.19 5.58 13.95 0.35 9.69 6.64 23.08 0.44 14.22 8.16 0.43 17.34 0.00 0.00 0.34 12.95 12.62 13.92 0.58 19.78 21.84 22.35 0.51 21.88 15.26 18.79 0.39 24.24 3.01 12.27 11.58 0.24 7.70 4.72 0.37 14.06 11.81 11.15 0.33 19.37 15.34 7.20
ttt ttc tta ttg ctt ctc cta ctg att atc ata atg gtt gtc gta gtg tct tcc tca tcg cct ccc cca ccg act acc aca acg gct gcc gca gcg tat tac taa tag cat cac caa cag aat aac aaa aag gat gac gaa gag tgt tgc tga tgg cgt cgc cga cgg agt agc aga agg ggt ggc gga ggg

Introns, Comparaison des introns

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  • Lien Tableur: Introns, Comparaison des introns
  • Légende
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles:   1   , codons xyt non permutés.    3   codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
    − Les couleurs des valeurs élevées: Tableaux des introns rapportés à 100 génomes, "IV1.79 Introns" et "IV1.42 Itrons". Tableaux des zéros "IV1.79 Zintrons" et "IV1.42 Zintrons", différence entre le total des génomes et le nombre de génomes à zéro intron.
    1.   1500      Valeurs élevées supérieures à 100
    2.   63      valeurs supérieures à 50
    3.   taa      codons supresseurs des codons stops.
Introns, Comparaison des introns, rapportés à 100 eucaryotes
IV1.42 Introns de tRNAs. 42 fungi 55 830
ttt 5 tcc 2 tat 0 tgt 2
atc 2 acc 0 aat 5 agt 0
ctc 5 ccc 0 cat 0 cgc 0
gtc 2 gcc 0 gat 5 ggt 2
ttc 621 tct 83 tac 595 tgc 71
att 336 act 100 aac 224 agc 343
ctt 340 cct 298 cac 219 cgt 217
gtt 140 gct 283 gac 298 ggc 243
tta 83 tca 102 taa 2 tga 21
ata 140 aca 71 aaa 312 aga 48
cta 162 cca 400 caa 140 cga 190
gta 60 gca 102 gaa 119 gga 100
ttg 360 tcg 157 tag 2 tgg 295
atg 248 acg 60 aag 481 agg 86
ctg 169 ccg 74 cag 155 cgg 40
gtg 88 gcg 86 gag 405 ggg 79
IV1.79 Introns de tRNAs. 79−fungi 55 830
ttt 14 tcc 29 tat 30 tgt 3
atc 18 acc 0 aat 5 agt 3
ctc 1 ccc 6 cat 8 cgc 4
gtc 0 gcc 1 gat 5 ggt 5
ttc 3 tct 3 tac 1568 tgc 18
att 6 act 13 aac 10 agc 11
ctt 57 cct 23 cac 14 cgt 0
gtt 4 gct 5 gac 23 ggc 9
tta 23 tca 16 taa 10 tga 4
ata 575 aca 6 aaa 68 aga 594
cta 3 cca 63 caa 187 cga 166
gta 6 gca 3 gaa 35 gga 27
ttg 506 tcg 3 tag 16 tgg 6
atg 189 acg 9 aag 406 agg 18
ctg 9 ccg 14 cag 22 cgg 5
gtg 8 gcg 5 gag 16 ggg 19
IV1.42 Zintrons de tRNAs. 42 fungi 55 830
ttt 2 tcc 1 tat 0 tgt 1
atc 1 acc 0 aat 2 agt 0
ctc 2 ccc 0 cat 0 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gat 2 ggt 1
ttc 35 tct 9 tac 42 tgc 12
att 16 act 13 aac 16 agc 38
ctt 21 cct 20 cac 19 cgt 22
gtt 9 gct 14 gac 15 ggc 11
tta 19 tca 24 taa 1 tga 7
ata 41 aca 15 aaa 36 aga 12
cta 32 cca 33 caa 20 cga 16
gta 21 gca 16 gaa 18 gga 14
ttg 32 tcg 37 tag 1 tgg 30
atg 24 acg 15 aag 21 agg 18
ctg 20 ccg 18 cag 15 cgg 12
gtg 20 gcg 18 gag 16 ggg 16
IV1.79 Zintrons de tRNAs. 79−fungi 55 830
ttt 5 tcc 4 tat 17 tgt 2
atc 5 acc 0 aat 4 agt 2
ctc 1 ccc 3 cat 3 cgc 3
gtc 0 gcc 1 gat 3 ggt 3
ttc 2 tct 2 tac 79 tgc 10
att 3 act 7 aac 5 agc 6
ctt 10 cct 6 cac 9 cgt 0
gtt 2 gct 4 gac 2 ggc 4
tta 8 tca 9 taa 3 tga 2
ata 69 aca 3 aaa 8 aga 58
cta 2 cca 7 caa 8 cga 7
gta 5 gca 2 gaa 8 gga 9
ttg 65 tcg 1 tag 10 tgg 4
atg 11 acg 6 aag 7 agg 5
ctg 7 ccg 4 cag 8 cgg 2
gtg 6 gcg 4 gag 6 ggg 7

Introns, Comparaison des tRNAs

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  • Lien Tableur: Introns, Comparaison des tRNAs
  • Légende
    − Tableaux des indices de multiplicité, "IV1.42 Indices" et "IV1.79 Indices"
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles:   0.26   , codons xyt non permutés.    0.30   codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices de multiplicité quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 2 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux "IV1.79 Indices" et "IV1.42 Indices". Ainsi   21.84   correspond aux indices supérieurs à 21.84 pour le tableau "IV1.79 Indices" et supérieurs à 7.02 pour le tableau "IV1.42 Indices". J'ai définis 4 gammes, comme suite:
    Tableaux    IV1.79   IV1.42
    1.   21.84    21.84  7.02
    2.   13.91      13.91  4.05
    3.   9.05      9.05  2.12
    4.   3.01      3.01  0.83
    5.   taa      codons non pris en compte.
    − Tableaux des zéros, "IV1.42 Zindices" et "IV1.79 Zindices": Nombre de génomes ayant au moins un gène tRNA. Par différence on a les génomes ayant zéro tRNA d'un codon donné. Le vert   7   pour les valeurs élevées.
    1. "IV1.42 Zindices": gac*, ce génome [15] n'a pas de tRNA gac mais a 2 gènes gac avec un intron. tgg*, 2 génomes,[16] et [17], avec 2 et 5 tRNAs respectivement mais de type inconnu.
Comparaison des tRNAS des champignons et des eucaryotes non champignon
IV1.42 Indices de tRNAs. 42 fungi 55 830
ttt 0.05 tcc 0.02 tat 0.05 tgt 0.02
atc 0.10 acc 0 aat 0.02 agt 0
ctc 0.31 ccc 0.05 cat 0 cgc 0
gtc 0.02 gcc 0 gat 0.02 ggt 0.02
ttc 7.02 tct 7.38 tac 5.93 tgc 3.55
att 8.98 act 7.90 aac 7.02 agc 3.67
ctt 4.05 cct 3.64 cac 5.14 cgt 5.67
gtt 9.55 gct 9.26 gac 9.55 ggc 11.6
tta 3.05 tca 2.14 taa − tga 0.26
ata 1.36 aca 2.33 aaa 3.69 aga 4.88
cta 1.71 cca 4.81 caa 4.67 cga 2.21
gta 1.5 gca 3.33 gaa 5.93 gga 3.26
ttg 4.48 tcg 1.88 tag − tgg 4.12
atg 7.60 acg 1.57 aag 10.12 agg 1.57
ctg 2.12 ccg 0.83 cag 3.52 cgg 1.31
gtg 2.21 gcg 1.43 gag 7.02 ggg 1.64
IV1.79 Indices de tRNAs. 79−fungi 55 830
ttt 0.38 tcc 0.47 tat 0.43 tgt 0.39
atc 0.47 acc 0.35 aat 0.58 agt 0.37
ctc 0.11 ccc 0.19 cat 0.34 cgc 0.24
gtc 0.66 gcc 0.44 gat 0.51 ggt 0.33
ttc 14.76 tct 12.10 tac 17.34 tgc 24.24
att 16.62 act 13.95 aac 19.78 agc 14.06
ctt 10.54 cct 12.28 cac 12.95 cgt 11.58
gtt 12.62 gct 23.08 gac 21.88 ggc 19.37
tta 6.53 tca 7.91 taa − tga 3.01
ata 7.82 aca 9.69 aaa 21.84 aga 11.81
cta 6.19 cca 13.19 caa 12.62 cga 7.70
gta 7.62 gca 14.22 gaa 15.26 gga 15.34
ttg 7.66 tcg 5.97 tag − tgg 12.27
atg 23.99 acg 6.64 aag 22.35 agg 11.15
ctg 9.05 ccg 5.58 cag 13.92 cgg 4.72
gtg 12.55 gcg 8.16 gag 18.79 ggg 7.20
IV1.42 Zindices de tRNAs. 42 fungi 55 830
ttt 41 tcc 41 tat 40 tgt 41
atc 38 acc 42 aat 41 agt 42
ctc 30 ccc 40 cat 42 cgc 42
gtc 41 gcc 42 gat 41 ggt 41
ttc 0 tct 0 tac 0 tgc 0
att 0 act 0 aac 0 agc 1
ctt 11 cct 5 cac 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gac 1* ggc 0
tta 2 tca 0 taa − tga 32
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 2
cta 7 cca 1 caa 0 cga 20
gta 2 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 4 tcg 0 tag − tgg 2*
atg 0 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 11 ccg 22 cag 0 cgg 4
gtg 1 gcg 16 gag 0 ggg 4
IV1.79 Zindices de tRNAs. 79−fungi 55 830
ttt 55 tcc 52 tat 54 tgt 52
atc 52 acc 56 aat 46 agt 62
ctc 72 ccc 65 cat 57 cgc 66
gtc 42 gcc 54 gat 46 ggt 61
ttc 1 tct 0 tac 0 tgc 1
att 0 act 1 aac 0 agc 0
ctt 0 cct 0 cac 1 cgt 1
gtt 0 gct 0 gac 0 ggc 2
tta 0 tca 0 taa − tga 16
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 0
cta 2 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 1 tcg 0 tag − tgg 1
atg 0 acg 2 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 0 cag 0 cgg 8
gtg 0 gcg 1 gag 0 ggg 4

Introns, Comparaison des sensibilités relatives

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  • Lien Tableur: Introns, Comparaison des sensibilités relatives
  • Légende
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles:   0.26   , codons xyt non permutés.    0.30   codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
    − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 2 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux "IV1.79 Indices" et "IV1.42 Indices". Ainsi   21.84   correspond aux indices supérieurs à 21.84 pour le tableau "IV1.79 Indices" et supérieurs à 7.02 pour le tableau "IV1.42 Indices". J'ai définis 4 gammes, comme suite:
    Tableaux    IV1.79   IV1.42
    1.   21.84    21.84  7.02
    2.   13.91      13.91  4.05
    3.   9.05      9.05  2.12
    4.   3.01      3.01  0.83
    5.   taa      codons non pris en compte.
    − Tableaux des sensibilités: IV1.4 est obtenu en divisant IV1.42 par un facteur commun de 3.80 pour avoir le plus grand nombre de codons à sensibilité relative inférieure à 25% du tableau IV1.4b. IV1.10 est obtenu en divisant IV1.79 par un facteur commun de 10.50 pour avoir le plus grand nombre de codons à sensibilité relative inférieure à 25% du tableau IV1.10b.
    − Tableaux des sensibilités relatives , IV1.4b et IV1.10b:
    1. Le rouge   7   pour les valeurs communes aux champignons et aux eucaryotes non champignons.
    2. Le jaune   7   pour les valeurs minimales.
    3. Le gris   -12   , codons non pris en compte et dont la valeur est divisée par 100, le vrai rapport en % est 1200.
Comparaison des tRNAS des champignons et des eucaryotes non champignon
IV1.42 Indices de tRNAs. 42 fungi 55 830
ttt 0.05 tcc 0.02 tat 0.05 tgt 0.02
atc 0.10 acc 0 aat 0.02 agt 0
ctc 0.31 ccc 0.05 cat 0 cgc 0
gtc 0.02 gcc 0 gat 0.02 ggt 0.02
ttc 7.02 tct 7.38 tac 5.93 tgc 3.55
att 8.98 act 7.90 aac 7.02 agc 3.67
ctt 4.05 cct 3.64 cac 5.14 cgt 5.67
gtt 9.55 gct 9.26 gac 9.55 ggc 11.6
tta 3.05 tca 2.14 taa − tga 0.26
ata 1.36 aca 2.33 aaa 3.69 aga 4.88
cta 1.71 cca 4.81 caa 4.67 cga 2.21
gta 1.5 gca 3.33 gaa 5.93 gga 3.26
ttg 4.48 tcg 1.88 tag − tgg 4.12
atg 7.60 acg 1.57 aag 10.12 agg 1.57
ctg 2.12 ccg 0.83 cag 3.52 cgg 1.31
gtg 2.21 gcg 1.43 gag 7.02 ggg 1.64
I1.23 Indices tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56
IV1.4 Indices de tRNAs. 42 fungi 55 830
ttt 0.01 tcc 0.01 tat 0.01 tgt 0.01
atc 0.03 acc 0 aat 0.01 agt 0
ctc 0.08 ccc 0.01 cat 0 cgc 0
gtc 0.01 gcc 0 gat 0.01 ggt 0.01
ttc 1.85 tct 1.94 tac 1.56 tgc 0.93
att 2.36 act 2.08 aac 1.85 agc 0.96
ctt 1.07 cct 0.96 cac 1.35 cgt 1.49
gtt 2.51 gct 2.44 gac 2.51 ggc 3.05
tta 0.80 tca 0.56 taa − tga 0.07
ata 0.36 aca 0.61 aaa 0.97 aga 1.28
cta 0.45 cca 1.27 caa 1.23 cga 0.58
gta 0.39 gca 0.88 gaa 1.56 gga 0.86
ttg 1.18 tcg 0.49 tag − tgg 1.08
atg 2.00 acg 0.41 aag 2.66 agg 0.41
ctg 0.56 ccg 0.22 cag 0.93 cgg 0.34
gtg 0.58 gcg 0.38 gag 1.85 ggg 0.43
IV1.4b Champignons/bactéries sensibilité relative
ttt 4 tcc 4 tat 12 tgt 7
atc 19 acc -1 aat 4 agt -1
ctc 0 ccc 4 cat -1 cgc -1
gtc 2 gcc -1 gat − ggt 24
ttc 22 tct 73 tac -2 tgc -16
att 3 act 86 aac -15 agc -12
ctt 12 cct 41 cac 16 cgt -20
gtt 129 gct 136 gac 12 ggc 33
tta -32 tca -57 taa − tga -79
ata − aca -58 aaa -57 aga 8
cta -63 cca -6 caa -22.5 cga 165
gta -82 gca -65 gaa -35 gga -37
ttg 19 tcg -23.9 tag − tgg 0
atg -55 acg -40 aag 342 agg -52
ctg -57 ccg -59 cag 57 cgg -59
gtg 79 gcg 23.8 gag 437 ggg -23.1
IV1.10 indices de tRNAs. 79−fungi 55 830
ttt 0.04 tcc 0.04 tat 0.04 tgt 0.04
atc 0.04 acc 0.03 aat 0.06 agt 0.03
ctc 0.01 ccc 0.02 cat 0.03 cgc 0.02
gtc 0.06 gcc 0.04 gat 0.05 ggt 0.03
ttc 1.41 tct 1.15 tac 1.65 tgc 2.31
att 1.58 act 1.33 aac 1.88 agc 1.34
ctt 1.00 cct 1.17 cac 1.23 cgt 1.10
gtt 1.20 gct 2.20 gac 2.08 ggc 1.84
tta 0.62 tca 0.75 taa − tga 0.29
ata 0.75 aca 0.92 aaa 2.08 aga 1.12
cta 0.59 cca 1.26 caa 1.20 cga 0.73
gta 0.73 gca 1.35 gaa 1.45 gga 1.46
ttg 0.73 tcg 0.57 tag − tgg 1.17
atg 2.29 acg 0.63 aag 2.13 agg 1.06
ctg 0.86 ccg 0.53 cag 1.33 cgg 0.45
gtg 1.20 gcg 0.78 gag 1.79 ggg 0.69
IV1.10b Eucaryotes/bactéries sensibilité relative
ttt 14 tcc 35 tat 40 tgt 49
atc 35 acc 0 aat 44 agt 140
ctc -1 ccc 6 cat 32 cgc -1
gtc 27 gcc 84 gat − ggt 125
ttc -7 tct 3 tac 4 tgc 108
att -31 act 19 aac -13 agc 22
ctt 5 cct 72 cac 5 cgt -41
gtt 9 gct 113 gac -7 ggc -19.8
tta -47 tca -43 taa − tga -12
ata − aca -37 aaa -8 aga -6
cta -52 cca -7 caa -24.1 cga 233
gta -67 gca -46 gaa -39 gga 7
ttg -26.4 tcg -12 tag − tgg 8
atg -49 acg -8 aag 254 agg 24.0
ctg -33 ccg -2 cag 124 cgg -46
gtg 267 gcg 156 gag 420 ggg 22
IV1.79 Indices de tRNAs. 79−fungi 55 830
ttt 0.38 tcc 0.47 tat 0.43 tgt 0.39
atc 0.47 acc 0.35 aat 0.58 agt 0.37
ctc 0.11 ccc 0.19 cat 0.34 cgc 0.24
gtc 0.66 gcc 0.44 gat 0.51 ggt 0.33
ttc 14.76 tct 12.10 tac 17.34 tgc 24.24
att 16.62 act 13.95 aac 19.78 agc 14.06
ctt 10.54 cct 12.28 cac 12.95 cgt 11.58
gtt 12.62 gct 23.08 gac 21.88 ggc 19.37
tta 6.53 tca 7.91 taa − tga 3.01
ata 7.82 aca 9.69 aaa 21.84 aga 11.81
cta 6.19 cca 13.19 caa 12.62 cga 7.70
gta 7.62 gca 14.22 gaa 15.26 gga 15.34
ttg 7.66 tcg 5.97 tag − tgg 12.27
atg 23.99 acg 6.64 aag 22.35 agg 11.15
ctg 9.05 ccg 5.58 cag 13.92 cgg 4.72
gtg 12.55 gcg 8.16 gag 18.79 ggg 7.20
I1.23 Indices tRNAs. 4032 bactéries. 235 027
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56

Les modifications des tRNAs en 34 et 37.alpha

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  • Légende: ci-dessous les "Short Name" de Modomics[1]
m6A*	1 m6A et 2 A			cmnmm	cmnm5Um				c,mo	cmo5U et mo5U	
m2A*	1 m2A et 1 A			c,mnms	cmnm5s2U et mnm5s2U						
mcms*	2 mcms et 1 s2U			c,mnm	cmnm5U et mnm5U			Q	QtRNA	queuosine
io6A*	1 io6A et 1 A 								Qg	gluQtRNA	
cmnms*	Plus 1 tRNA 'U  A'		W*  10 peroxywybutosine et		Q9	2 Q et 3 galQtRNA	
ac4C*	Plus 1 tRNA 'C m6A'		    8 wybutosine			Q8	manQtRNA	
												
c		m	n	o	ac	k		i		t			io
carboxy		methyl	amino	oxy	acetyl	lysidine	isopentenyl	thréonylcarbamoyl	hydroxyisopentenyl
												
Q		W		s	P		mo	nc		h		
queosine	wybutosine	thio	pseudouridine	metoxy	carbamoyl	hydroxy
  • Les modifications suivantes ne sont pas extraites de la liste des séquences des tRNAs de Modomics[2], mais d'autres liens de la base.

mcm[3]    cmo[4]    mcms[5]

Compilation pour les bactéries.a

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  • Lien Tableur: Compilation pour les bactéries.a
  • Légende: cette compilation est extraite de la liste des tRNAs de Modomics[2] et ne contient pas la bactérie lla extraite d'un autre article.
  1. Correspondance des abréviations avec les "Short Name" de Modomics[2]:
    - cmnmm: cmnm5Um    c,mo: cmo5U et mo5U    c,mnms: cmnm5s2U et mnm5s2U    c,mnm: cmnm5U et mnm5U
    - Q: QtRNA    Qg: gluQtRNA.
  2. Compléments du décompte: m6A*: 1 m6A et 2 A.
  3. Hors liste, mais dans d'autres liens de la base: cmo[6]
  • Voir le tableau non formaté à la suite
Modifications des tRNAs en 34 et 37: Bactéries
t
34 37
t t        
       
c Gm G i6A m1G
2 5 6 1
a cmnmm i6A m6A
2 1 1
g Cm C i6A m6A
3 2 2 1
c
34 37
       
       
G A
2 2
c,mo U i6A m6A
2 2 2 2
C i6A
1 1
a
34 37
       
       
Q G i6A m6A
4 1 4 1
 
 
 
 
g
34 37
       
       
G i6A m6A
2 1 1
cmnmm U i6A m6A
1 1 1 1
Cm C i6A m6A
1 3 2 1
34 37
c t        
       
c G m1G
1 1
a cmo U m1G
2 2
g C m1G
4 3
34 37
       
       
G m1G
1 1
c,mo U m1G
2 2 4
C m1G
2 2
34 37
       
       
Q G m2A m1G
2 1 2 1
cmnms m2A m6A
2 1 1
C m2A
1 1
34 37
Inosine m1G m2A
3 2 1
 
 
 
 
C m1G
2 2
34 37
a t        
       
c G t6A
4 4
a  
 
g k2C t6A m6A
3 2 1
Met ac4C C t6A m6A*
1 3 1 3
ini C A
10 10
34 37
A t6A  
1 1
G t6A
2 2
mo5U U t6A
1 2 2
 
 
 
 
 
 
34 37
       
       
Q G t6A
3 1 4
c,mnms t6A
3 3
C t6A
1 1
 
 
 
 
34 37
       
       
G t6A
3 3
c,mnm U t6A
2 1 3
C t6A
1 1
 
 
 
 
34 37
g t        
       
c G m6A A
4 1 3
a c,mo U m6A
2 2 4
g  
 
34 37
       
       
G A
2 2
c,mo U m6A A
2 2 3 1
 
 
34 37
       
       
Qg G A
1 2 3
c,mnms m2A A
2 1 2
 
 
34 37
       
       
G A
2 2
c,mnm U m6A A,C
2 4 2 3,2
C A
3 3

Compilation pour les eucaryotes.a

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  1. Correspondance des abréviations avec les "Short Name" de Modomics[2]:
    - ncmm: ncm5Um    ncm: ncm5U    mcm: mcm5U    mcms: mcm5s2U    cmnmm: cmnm5Um    mchm: mchm5U
    - Q: QtRNA    Q8: manQtRNA    Q9: 2 Q et 3 galQtRNA.
    - W*: 10 o2yW et 8 yW (wybutosine).
    - PAP: anti-codon avec P (pseudoUridine en 34 et 36).
  2. Compléments du décompte:   Q9: 2 Q et 3 galQtRNA    W*: 10 o2yW et 8 yW    io6A*: 1 io6A et 1 A    mcms*: 2 mcm5s2U et 1 s2U    m2A*: 1 m2A et 1 A.
  3. Hors liste, mais dans d'autres liens de la base: mcm[7]   mcms[8]
  • Voir le tableau non formaté à la suite
Modifications des tRNAs en 34 et 37: Eucaryotes
t
34 37
t t        
       
c Gm G m1G W*
22 1 5 18
a ncmm U m1G
1 1 3
g Cm m5C m1G
2 1 4
c
34 37
Inosine i6A io6A
9 7 2
 
 
ncm U i6A io6A*
3 2 2 2
C i6A io6A
5 3 2
a
34 37
       
       
Q9 G m1G i6A
5 9 11 3
 
 
 
 
g
34 37
       
       
G m1G i6A
2 1 1
mcm U i6A
3 1 6
Cm m1G A
5 4 1
34 37
c t Inosine m1G G
7 6 1
c  
 
a U m1G
1 1
g C m1G
3 3
34 37
Inosine   m1G  
1 1
 
 
ncm m1G
1 2
 
 
34 37
       
       
Q G m1G G
1 5 5 1
mcms
 
Cm C m2A A
3 3 1 5
34 37
Inosine m1G m2A*
4 2 2
 
 
mcm
 
C m1G
2 2
34 37
a t Inosine t6A
5 5
c  
 
a PAP t6A
1 1
g  
 
Met Cm C t6A
5 1 6
ini C t6A i6A
18 17 1
34 37
Inosine   t6A  
3 3
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
34 37
       
       
Q G t6A
4 2 7
mcms cmnmm t6A
3 1 4
C t6A
10 10
 
 
 
 
34 37
       
       
G t6A i6A
5 4 1
mcms mcm t6A
1 1 2
C t6A
1 1
 
 
 
 
34 37
g t Inosine   A
7 7
c  
 
a ncm A
1 2
g C A
2 2
34 37
Inosine   m1 Inosine  
6 6
 
 
 
 
 
 
34 37
       
       
Q8 G m1G A
4 3 1 6
mcms* U A
3 1 5
C A
4 4
34 37
       
       
G A
4 4
mchm A
1 2
C A
1 1

Détails pour mcac lla eco hvo sce.a

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  1. strain unknown Liepzig*[9]:; voir dans organisms/bacteria/proteo/gamma/entero....
  2. Les gènes en orange   1   n'ont pas de correspondant en tRNA;
  3. extraits de Modomics[2]: mcac, eco, hvo et sce.;
  4. lla extrait de l'article[10]
  5. Correspondance des abréviations avec les "Short Name" de Modomics[2]:
    - GPA: anti-codon avec P (pseudoUridine en 35).
    - m1Inos: m1I
    - Pour les autres abréviations (en gras) voir ici la compilation des bactéries et la compilation des eucaryotes.
  6. Compléments du décompte:   cmnms*: Plus 1 tRNA (U A)    ac4C*: Plus 1 tRNA (C m6A).
  • Voir tableaux non formatés à la suite
Modifications des tRNAs en 34 et 37: mcac lla eco hvo sce
mcac 24 %GC 30 tRNAs
t c a g
t t
c G m1G G m6A G m6A
a cmnmm m6A U m6A cmnmm m6A
g Cm m6A Cm m6A
 
c t Inosine m1G
c G m1G
a U m1G U m1G cmnms m6A
g
 
a t A t6A
c G t6A G t6A G t6A
a k2C m6A U t6A cmnms t6A cmnm t6A
g C A C t6A
i C A
g t
c G A
a U m6A U m6A cmnms A U m6A
g
 
mcac 30 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 1 1 1
a 1 1 1
g 1 1
 
t 1
c 1
a 1 1 1
g
 
t 1
c 1 1 1
a 1 2 1
g 3 1
i
t
c 1
a 1 1 1 1
g
 
lla 35 %GC 38 tRNAs
t c a g
t t
c G m1G G A G i6A G i6A
a cmnms* i6A mo5U i6A
g Cm i6A C A C i6A
 
c t A m1G Inosine m2A
c G G
a U m1G mo5U m1G U A
g C G C G
 
a t
c G t6A G A G t6A G A
a mo t6A cmnms t6A U C
g ac4C* m6A C A C t6A C A
i 2 C A
g t
c G A G A
a mo5U m1A mo5U m6A U A mo5U m6A
g
 
lla 63 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 2 1 1 1
a 2 2
g 1 3 1
 
t 2 2
c 1
a 2 2 2
g 1 1
 
t
c 2 1 2 1
a 2 3 1
g 4 1 1 1
i
t
c 2 2
a 3 6 2 2
g
 
E.coli 51 %GC 40 tRNAs; strain unknown Liepzig*
t c a g
t t
c G msi6A G A 2 Q msi6A G msi6A
a cmnmm msi6A cmo5U msi6A U i6A
g Cm msi6A C msi6A C msi6A
 
c t Inosine m2A
c G m1G Q m2A
a cmnms m2A
g C m1G C m1G C m2A C m1G
 
a t
c G t6A 2 G m6t6A Q t6A G t6A
a k2C t6A mnms t6A mnm t6A
g ac4C t6A
i 2 C A
g t
c 2 G A G A Qg m2A G A
a cmo5U m6A cmo5U A mnms m2A mnm A
g C A
 
eco 86 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 2 2 3 1
a 1 1 1
g 1 1 1
 
t 4
c 1 1 1
a 1 1 2
g 4 1 2 1
 
t
c 3 2 4 1
a 1 6 1
g 8 1 1
i
t
c 2 2 3 4
a 5 3 4 1
g 1
 
hvo 66 %GC 41 tRNAs
t c a g
t t
c G m1G G A G m1G G m1G
a U m1G
g C m1G ac4C A Cm m1G
 
c t
c G m1G G m1G G m1G G m1G
a mo m1G U m1G N m1G
g C m1G ac4C m1G ac4C m1G C m1G
 
a t
c G t6A G t6A G t6A G t6A
a N t6A N t6A
g Cm t6A C t6A ac4C t6A
i C A
g t
c G A G A G A 2 G A
a U A N m1G N A
g C A C A ac4C A C A
 
hvo 53 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 2 1 2 1
a 1 1
g 1 1 1
 
t
c 1 1 1 1
a 1 1 1 1
g 1 2 1 1
 
t
c 1 1 1 1
a 1 1 1
g 3 1 1 1
i
t
c 2 1 2 2
a 1 2 1 1
g 1 1 1 1
 
sce 38 %GC 34 tRNAs
t c a g
t t 2 Inosine i6A
c 2 Gm yW GPA i6A G i6A
a ncmm m1G ncm i6A
g m5C m1G C i6A Cm A
 
c t Inosine A
c 2 G m1G
a U m1G N m1G
g
 
a t Inosine t6A 2 Inosine t6A
c G t6A G t6A
a PAP t6A mcms t6A mcm t6A
g C t6A C t6A
i C t6A
g t Inosine A Inosine m1Inos
c G m1G G A
a ncm A mcms A N A
g C A
 
sce 275 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t 11
c 10 8 4
a 7 3
g 10 1 6
 
t 2 6
c 1 7
a 3 10 9
g 1 1
 
t 13 11
c 10 4
a 2 4 7 11
g 10 1 14 1
i
t 14 11
c 16 16
a 2 5 14 3
g 2 2 2
 

Les modifications des tRNAs

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Liste des short name trouvés en colonnes 38 et 41

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Liste des short name trouvés en colonnes 38 et 41
38 Name 41 Name
N xU H xA
< xC ; xG
I inosine O m1I
3 mcm5s2U K m1G
Q QtRNA 6 t6A
1 mcm5U / m2A
8 manQtRNA + i6A
J Um E m6t6A
2 s2U [ ms2t6A
# Gm W o2yW
& ncm5U Y yW
, mchm5U ` io6A
P pseudoU = m6A
° f5Cm ≠ ms2io6A
B Cm * ms2i6A
? m5C
∼ ncm5Um
) cmnm5Um
9 galQtRNA
5 mo5U
V cmo5U
{ mnm5U
⊄ gluQtRNA
S mnm5s2U
\} k2C
M ac4C
$ cmnm5s2U

Liste des tRNAs de la base gtRNAdb

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Liste des tRNAs bactériens

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  • Lien au tableur:Liste des tRNAs de la base gtRNAdb.
  • Légende:
    _ Colonne 38: c'est la position dans la séquence fournie (avec les tirets) et correspond à la position 34 du tRNA
    _ Colonne 41: c'est la position dans la séquence fournie (avec les tirets) et correspond à la position 37 du tRNA
    _ Colonne 34: c'est la position 34 du tRNA fournie par modomics
    _ Colonne tRNA: anti-codon
    _ Les modifications utilisées dans mes compilations des tableaux sont celles des colonnes 38 et 41 et non celles de la colonne 34.
    _ Seule un symbole de modomics a été changé pour l'adaptation à la syntaxe wikipédia, \} affiché correspond au symbole } modomics.
    _ Un anti-codon (colonne tRNA) coloré contient des modifications en 35 et/ou 36.
    _ Une ligne colorée correspond à un tRNA particulier et sera référencé.
Liste des tRNAs de la base gtRNAdb: Bactéries
38 41 gène 34 aa tRNA génome milieu
C A gcg C Ala CGC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A gcc G Ala GGC Escherichia coli prokaryotic cytosol
G A gcc G Ala GGC Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
G A gcc G Ala GGC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A gcc G Ala GGC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
5 = gca U Ala UGC Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
5 6 gca U Ala UGC Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U = gca U Ala UGC Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
U = gca U Ala UGC Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
C G gca U Ala UGC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
V A gca U Ala VGC Escherichia coli prokaryotic cytosol
! 6 aga U Arg !CU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
I A cgt A Arg ACG Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
I K cgt A Arg ACG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C K cgg C Arg CCG Escherichia coli prokaryotic cytosol
C K cgg C Arg CCG Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C K cgg C Arg CCG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C 6 agg C Arg CCU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C 6 agg C Arg CCU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
I / cgt A Arg ICG Escherichia coli prokaryotic cytosol
I K cgt A Arg ICG Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
I K cgt A Arg ICG Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
{ 6 aga U Arg UCU Escherichia coli prokaryotic cytosol
U 6 aga U Arg UCU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
U A aga U Arg UCU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U A aga U Arg UCU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
Q 6 aac G Asn GUU Escherichia coli prokaryotic cytosol
G 6 aac G Asn GUU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G 6 aac G Asn GUU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
G 6 aac G Asn GUU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G 6 aac G Asn GUU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
Q 6 aac G Asn QUU Azospirillum lipoferum prokaryotic cytosol
Q 6 aac G Asn QUU Azospirillum lipoferum prokaryotic cytosol
⊄ / gac G Asp ⊄UC Escherichia coli prokaryotic cytosol
G A gac G Asp GUC Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G A gac G Asp GUC Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
G A gac G Asp GUC Thermus thermophilus prokaryotic cytosol
G * tgc G Cys GCA Escherichia coli prokaryotic cytosol
G = tgc G Cys GCA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
G A tgc G Cys GCA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G * tgc G Cys GCA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G ≠ tgc G Cys GCA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
$ = caa U Gln $UG Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C / cag C Gln CUG Escherichia coli prokaryotic cytosol
C G cag C Gln CUG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
$ / caa U Gln UUG Escherichia coli prokaryotic cytosol
U A caa U Gln UUG Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U G caa U Gln UUG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
S / gaa U Glu {UC Escherichia coli prokaryotic cytosol
$ A gaa U Glu $UC Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C A gag C Glu CUC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C A gag C Glu CUC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
N A gaa U Glu NUC Synechocystis sp. prokaryotic cytosol
S / gaa U Glu SUC Escherichia coli prokaryotic cytosol
U A gaa U Glu UUC Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
! A gga U Gly !CC Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
{ A gga U Gly {CC Escherichia coli prokaryotic cytosol
U = gga U Gly {CC Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
U = gga U Gly {CC Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
U C gga U Gly {CC Staphylococcus epidermidis prokaryotic cytosol
U C gga U Gly {CC Staphylococcus epidermidis prokaryotic cytosol
C A ggg C Gly CCC Escherichia coli prokaryotic cytosol
C A ggg C Gly CCC Salmonella typhimurium prokaryotic cytosol
C A ggg C Gly CCC Streptomyces coelicolor A3(2) prokaryotic cytosol
C A ggg C Gly CCC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Escherichia coli prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
N A gga U Gly NCC Salmonella typhimurium prokaryotic cytosol
U = gga U Gly UCC Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
5 = gga U Gly UCC Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U A gga U Gly UCC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
Q / cac G His GUG Escherichia coli prokaryotic cytosol
G K cac G His GUG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G K cac G His GUK Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
Q / cac G His QUG Salmonella typhimurium prokaryotic cytosol
\} 6 atg G Ile \}AU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
\} = atg G Ile \}AU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
\} 6 atg C Ile CAU Escherichia coli prokaryotic cytosol
G 6 atc G Ile GAU Escherichia coli prokaryotic cytosol
G 6 atc G Ile GAU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G 6 atc G Ile GAU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
G 6 atc G Ile GAU Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
G 6 atc G Ile GAU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G 6 atc G Ile GAU Thermus thermophilus prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Escherichia coli prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Escherichia coli prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Mycobacterium smegmatis prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Synechococcus elongatus PCC 6301 prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Thermus thermophilus prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Thermus thermophilus prokaryotic cytosol
) * tta U Leu )AA Escherichia coli prokaryotic cytosol
) = tta U Leu )AA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
B * ttg C Leu BAA Escherichia coli prokaryotic cytosol
B * ttg C Leu BAA Geobacillus stearothermophilus prokaryotic cytosol
B = ttg C Leu BAA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C H ttg C Leu CAA Rhodospirillum rubrum prokaryotic cytosol
C H ttg C Leu CAA Synechococcus elongatus PCC 6301 prokaryotic cytosol
C K ctg C Leu CAG Escherichia coli prokaryotic cytosol
C K ctg C Leu CAG Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C ; ctg C Leu CAG Salmonella typhimurium prokaryotic cytosol
C K ctg C Leu CAG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C K ctg C Leu CAG Synechococcus elongatus PCC 6301 prokaryotic cytosol
G K ctc G Leu GAG Escherichia coli prokaryotic cytosol
G K ctc G Leu GAG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
U A tta U Leu UAA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
V K cta U Leu UAG Escherichia coli prokaryotic cytosol
U K cta U Leu UAG Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
U K cta U Leu UAG Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
$ [ aaa U Lys $UU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
$ 6 aaa U Lys $UU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C 6 aag C Lys CUU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
C 6 aag C Lys CUU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C 6 aag C Lys CUU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C 6 aag C Lys CUU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
S 6 aaa U Lys SUU Escherichia coli prokaryotic cytosol
$ 6 aaa U Lys UUU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
$ 6 aaa U Lys UUU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U A aaa U Lys UUU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C = atg C Met CAU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
\} = atg C Met CAU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
M = atg C Met CAU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
C A atg C Met CAU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
C A atg C Met CAU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C A atg C Met CAU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C A atg C Met CAU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C 6 atg C Met CAU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C A atg C Met CAU Thermus thermophilus prokaryotic cytosol
M 6 atg C Met MAU Escherichia coli prokaryotic cytosol
# * ttc G Phe #AA Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
# * ttc G Phe #AA Geobacillus stearothermophilus prokaryotic cytosol
G * ttc G Phe GAA Escherichia coli prokaryotic cytosol
G G ttc G Phe GAA Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G K ttc G Phe GAA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
G * ttc G Phe GAA Rhodospirillum rubrum prokaryotic cytosol
G ≠ ttc G Phe GAA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G * ttc G Phe GAA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G * ttc G Phe GAA Synechococcus sp. PCC 7002 prokaryotic cytosol
G + ttc G Phe GAA Thermus thermophilus prokaryotic cytosol
5 K cca U Pro 5GG Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C K ccg C Pro CGG Escherichia coli prokaryotic cytosol
C K ccg C Pro CGG Salmonella typhimurium prokaryotic cytosol
C K ccg C Pro CGG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G K ccc G Pro GGG Salmonella typhimurium prokaryotic cytosol
G G ccc G Pro GGG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
5 K cca U Pro UGG Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U K cca U Pro UGG Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
U K cca U Pro UGG Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
U K cca U Pro UGG Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
V K cca U Pro VGG Salmonella typhimurium prokaryotic cytosol
U + tga U Sec UCA Escherichia coli prokaryotic cytosol
5 + tca U Ser 5GA Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C * tcg C Ser CGA Escherichia coli prokaryotic cytosol
C ` tcg C Ser CGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C ≠ tcg C Ser CGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C + tcg C Ser CGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C * tcg C Ser CGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G 6 agc G Ser GCU Escherichia coli prokaryotic cytosol
G 6 agc G Ser GCU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
G 6 agc G Ser GCU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G 6 agc G Ser GCU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
G 6 agc G Ser GCU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A tcc G Ser GGA Escherichia coli prokaryotic cytosol
G A tcc G Ser GGA Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
G A tcc G Ser GGA Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G ` tcc G Ser GGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G ≠ tcc G Ser GGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G + tcc G Ser GGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G * tcc G Ser GGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
V * tca U Ser UGA Escherichia coli prokaryotic cytosol
U = tca U Ser UGA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
U = tca U Ser UGA Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
U * tca U Ser UGA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
5 6 aca U Thr 5GU Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
A 6 act A Thr AGU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C 6 acg C Thr CGU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
C 6 acg C Thr CGU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G E acc G Thr GGU Escherichia coli prokaryotic cytosol
G E acc G Thr GGU Escherichia coli prokaryotic cytosol
G A acc G Thr GGU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G 6 acc G Thr GGU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
V 6 aca U Thr UGU Escherichia coli prokaryotic cytosol
5 6 aca U Thr UGU Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U 6 aca U Thr UGU Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
U H aca U Thr UGU Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
U A aca U Thr UGU Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
) = tga U Trp )CA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
B = tgg C Trp BCA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
C * tgg C Trp CCA Escherichia coli prokaryotic cytosol
C + tgg C Trp CCA Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C H tgg C Trp CCA Spiroplasma citri prokaryotic cytosol
C A tgg C Trp CCA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C ≠ tgg C Trp CCA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
C * tgg C Trp CCA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
N H tga U Trp NCA Spiroplasma citri prokaryotic cytosol
G + tac G Tyr GUA Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
G = tac G Tyr GUA Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
G ≠ tac G Tyr GUA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G * tac G Tyr GUA Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
Q * tac G Tyr QUA Escherichia coli prokaryotic cytosol
Q * tac G Tyr QUA Escherichia coli prokaryotic cytosol
Q * tac G Tyr QUA Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
Q * tac G Tyr QUA Geobacillus stearothermophilus prokaryotic cytosol
5 = gta U Val 5AC Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
C A gtg C Val CAC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Escherichia coli prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Escherichia coli prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Bacillus subtilis prokaryotic cytosol
G = gtc G Val GAC Geobacillus stearothermophilus prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
5 = gta U Val UAC Lactococcus lactis prokaryotic cytosol
U = gta U Val UAC Mycoplasma capricolum prokaryotic cytosol
U = gta U Val UAC Mycoplasma mycoides prokaryotic cytosol
U A gta U Val UAC Streptomyces griseus prokaryotic cytosol
V = gta U Val VAC Escherichia coli prokaryotic cytosol

Liste des tRNAs eucaryotes

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  • Lien au tableur:Liste des tRNAs de la base gtRNAdb.
  • Légende:
    _ Colonne 38: c'est la position dans la séquence fournie (avec les tirets) et correspond à la position 34 du tRNA
    _ Colonne 41: c'est la position dans la séquence fournie (avec les tirets) et correspond à la position 37 du tRNA
    _ Colonne 34: c'est la position 34 du tRNA fournie par modomics
    _ Colonne tRNA: anti-codon
    _ Les modifications utilisées dans mes compilations des tableaux sont celles des colonnes 38 et 41 et non celles de la colonne 34.
    _ Seule un symbole de modomics a été changé pour l'adaptation à la syntaxe wikipédia, \} affiché correspond au symbole } modomics.
    _ Un anti-codon (colonne tRNA) coloré contient des modifications en 35 et/ou 36.
    _ Une ligne colorée correspond à un tRNA particulier et sera référencé.
Liste des tRNAs de Modomics sans leurs séquences: Eucaryotes
38 41 gène 34 aa tRNA génome milieu
I O gct A Ala AGC Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I O gct A Ala IGC Bombyx mori cytosolic
I O gct A Ala IGC Bombyx mori cytosolic
I O gct A Ala IGC Homo sapiens cytosolic
I O gct A Ala IGC Homo sapiens cytosolic
I O gct A Ala IGC Pichia jadinii cytosolic
3 6 aga U Arg 3CP Bos taurus cytosolic
C K cgg C Arg CCG Bos taurus cytosolic
C K cgg C Arg CCG Triticum aestivum cytosolic
C 6 agg C Arg CCU Bos taurus cytosolic
I K cgt A Arg ICG Mus musculus cytosolic
I K cgt A Arg ICG Mus musculus cytosolic
I A cgt A Arg ICG Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I / cgt A Arg ICG Triticum aestivum cytosolic
1 6 aga U Arg UCU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
G 6 aac G Asn GUU Rattus norvegicus cytosolic
G 6 aac G Asn GUU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
Q 6 aac G Asn QUU Bos taurus cytosolic
Q 6 aac G Asn QUU Homo sapiens cytosolic
Q 6 aac G Asn QUU Lupinus luteus cytosolic
Q 6 aac G Asn QUU Rattus norvegicus cytosolic
8 A gac G Asp 8UC Bos taurus cytosolic
8 A gac G Asp 8UC Oryctolagus cuniculus cytosolic
8 A gac G Asp 8UC Rattus norvegicus cytosolic
8 A gac G Asp 8UC Xenopus laevis cytosolic
G A gac G Asp GUC Euglena gracilis cytosolic
G A gac G Asp GUC Rattus norvegicus cytosolic
G K gac G Asp GUC Saccharomyces cerevisiae cytosolic
G K tgc G Cys GCA Nicotiana rustica cytosolic
G + tgc G Cys GCA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
C 6 tag C Gln CUA Tetrahymena thermophila cytosolic
C A cag C Gln CUG Bos taurus cytosolic
C A cag C Gln CUG Mus musculus cytosolic
C A cag C Gln CUG Rattus norvegicus cytosolic
J 6 taa U Gln JUA Tetrahymena thermophila cytosolic
J A caa U Gln JUG Mus musculus cytosolic
J / caa U Gln JUG Nicotiana rustica cytosolic
J A caa U Gln JUG Tetrahymena thermophila cytosolic
N A caa U Gln NUG Homo sapiens cytosolic
N A caa U Gln NUG Homo sapiens cytosolic
U E taa U Gln UUA Lupinus luteus cytosolic
2 A gaa U Glu 2UC Drosophila melanogaster cytosolic
3 A gaa U Glu 3UC Rattus norvegicus cytosolic
3 A gaa U Glu 3UC Schizosaccharomyces pombe cytosolic
C A gag C Glu CPC Hordeum vulgare cytosolic
C A gag C Glu CUC Homo sapiens cytosolic
C A gag C Glu CUC Lupinus luteus cytosolic
C A gag C Glu CUC Mus musculus cytosolic
U A gaa U Glu UPC Hordeum vulgare cytosolic
3 A gaa U Glu UUC Saccharomyces cerevisiae cytosolic
, A gga U Gly ,CC Bombyx mori cytosolic
C A ggg C Gly CCC Homo sapiens cytosolic
G A ggc G Gly GCC Bombyx mori cytosolic
G A ggc G Gly GCC Homo sapiens cytosolic
G A ggc G Gly GCC Lupinus luteus cytosolic
G A ggc G Gly GCC Saccharomyces cerevisiae cytosolic
G A ggc G Gly GCC Triticum aestivum cytosolic
N A gga U Gly UCC Saccharomyces cerevisiae cytosolic
G K cac G His GUG Drosophila melanogaster cytosolic
G G cac G His GUG Homo sapiens cytosolic
G K cac G His GUG Lupinus luteus cytosolic
G K cac G His GUG Saccharomyces cerevisiae cytosolic
G K cac G His GUG Saccharomyces cerevisiae cytosolic
Q K cac G His QUG Ovis aries cytosolic
I 6 att A Ile AAU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I 6 att A Ile IAU Bombyx mori cytosolic
I 6 att A Ile IAU Lupinus luteus cytosolic
I 6 att A Ile IAU Mus musculus cytosolic
I 6 att A Ile IAU Pichia jadinii cytosolic
P 6 ata U Ile UAU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Asterina amurensis cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Drosophila melanogaster cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Euphausia superba cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Homo sapiens cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Lupinus luteus cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Mus musculus cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Neurospora crassa cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Oryctolagus cuniculus cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Ovis aries cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Phaseolus vulgaris cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Pichia jadinii cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Salmo salar cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Scenedesmus obliquus cytosolic
C + atg C Ini CAU Schizosaccharomyces pombe cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Tetrahymena thermophila cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Triticum aestivum cytosolic
C 6 atg C Ini CAU Xenopus laevis cytosolic
. K tt. Leu .AA Homo sapiens cytosolic
. K tt. Leu .AA Phaseolus vulgaris cytosolic
. K tt. Leu .AA Phaseolus vulgaris cytosolic
. K tt. Leu .AA Phaseolus vulgaris cytosolic
. K tt. Leu .AA Solanum tuberosum cytosolic
. K ct. Leu .AG Phaseolus vulgaris cytosolic
° K ttg C Leu °AA Bos taurus cytosolic
< ; ttg C Leu <AA Rattus norvegicus cytosolic
< ; ttg C Leu <AA Rattus norvegicus cytosolic
B K ttg C Leu BAA Candida cylindracea cytosolic
B K ttg C Leu BAA Pichia jadinii cytosolic
? K ttg C Leu CAA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
C K ctg C Leu CAG Bos taurus cytosolic
C K ctg C Leu CAG Candida albicans cytosolic
C K ctg C Leu CAG Lupinus luteus cytosolic
I K ctt A Leu IAG Bos taurus cytosolic
I K ctt A Leu IAG Bos taurus cytosolic
I G ctt A Leu IAG Caenorhabditis elegans cytosolic
I K ctt A Leu IAG Candida cylindracea cytosolic
I K ctt A Leu IAG Candida cylindracea cytosolic
I K ctt A Leu IAG Lupinus luteus cytosolic
I K ctt A Leu IAG Lupinus luteus cytosolic
N K tta U Leu NAA Cucumis sativus cytosolic
U K tta U Leu UAA Lupinus luteus cytosolic
∼ K tta U Leu UAA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
U K cta U Leu UAG Saccharomyces cerevisiae cytosolic
) 6 aaa U Lys )UU Drosophila melanogaster cytosolic
3 [ aaa U Lys 3UU Oryctolagus cuniculus cytosolic
3 [ aaa U Lys 3UU Rattus norvegicus cytosolic
3 6 aaa U Lys 3UU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
C 6 aag C Lys CUN Mus musculus cytosolic
C 6 aag C Lys CUN Rattus norvegicus cytosolic
C 6 aag C Lys CUN Rattus norvegicus cytosolic
C 6 aag C Lys CUU Drosophila melanogaster cytosolic
C 6 aag C Lys CUU Loligo bleekeri cytosolic
C H aag C Lys CUU Mus musculus cytosolic
C 6 aag C Lys CUU Oryctolagus cuniculus cytosolic
C 6 aag C Lys CUU Oryctolagus cuniculus cytosolic
C 6 aag C Lys CUU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
C 6 aag C Lys CUU Triticum aestivum cytosolic
N H aaa U Lys NUU Loligo bleekeri cytosolic
N H aaa U Lys NUU Loligo bleekeri cytosolic
B 6 atg C Met BAU Homo sapiens cytosolic
B E atg C Met BAU Lupinus luteus cytosolic
B 6 atg C Met BAU Mus musculus cytosolic
B 6 atg C Met BAU Oryctolagus cuniculus cytosolic
B E atg C Met BAU Triticum aestivum cytosolic
C 6 atg C Met CAU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
# K ttc G Phe #AA Bombyx mori cytosolic
# K ttc G Phe #AA Bombyx mori cytosolic
# W ttc G Phe #AA Bos taurus cytosolic
# W ttc G Phe #AA Bos taurus cytosolic
# W ttc G Phe #AA Bos taurus cytosolic
# Y ttc G Phe #AA Brassica napus cytosolic
# K ttc G Phe #AA Drosophila melanogaster cytosolic
# Y ttc G Phe #AA Euglena gracilis cytosolic
# W ttc G Phe #AA Homo sapiens cytosolic
# W ttc G Phe #AA Hordeum vulgare cytosolic
# W ttc G Phe #AA Lupinus luteus cytosolic
# K ttc G Phe #AA Mus musculus cytosolic
# Y ttc G Phe #AA Mus musculus cytosolic
# Y ttc G Phe #AA Mus musculus cytosolic
# Y ttc G Phe #AA Neurospora crassa cytosolic
# W ttc G Phe #AA Oryctolagus cuniculus cytosolic
# W ttc G Phe #AA Pisum sativum cytosolic
# Y ttc G Phe #AA Schizosaccharomyces pombe cytosolic
# W ttc G Phe #AA Triticum aestivum cytosolic
# W ttc G Phe #AA Xenopus laevis cytosolic
# Y ttc G Phe GAA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
# Y ttc G Phe GAA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
G K ttc G Phe GAA Scenedesmus obliquus cytosolic
& K cca U Pro &GG Pichia jadinii cytosolic
I K cct A Pro IGG Lupinus luteus cytosolic
N K cca U Pro UGG Saccharomyces cerevisiae cytosolic
1 + tga U Sec 1CA Bos taurus cytosolic
1 + tga U Sec 1CA Drosophila melanogaster cytosolic
1 + tga U Sec 1CA Xenopus laevis cytosolic
N + tga U Sec NCA Homo sapiens cytosolic
N + tga U Sec NCA Mus musculus cytosolic
U + tga U Sec UCA Chlamydomonas reinhardtii cytosolic
& + tca U Ser &GA Candida cylindracea cytosolic
& ` tca U Ser &GA Nicotiana rustica cytosolic
C A ctg C Ser CAG Candida cylindracea cytosolic
C + tcg C Ser CGA Candida cylindracea cytosolic
C + tcg C Ser CGA Drosophila melanogaster cytosolic
C ` tcg C Ser CGA Lupinus luteus cytosolic
C ` tcg C Ser CGA Nicotiana rustica cytosolic
C + tcg C Ser CGA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
G + agc G Ser GCU Candida cylindracea cytosolic
G E agc G Ser GCU Drosophila melanogaster cytosolic
G 6 agc G Ser GCU Nicotiana rustica cytosolic
G E agc G Ser GCU Rattus norvegicus cytosolic
G 6 agc G Ser GCU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I + tct A Ser IGA Candida cylindracea cytosolic
I + tct A Ser IGA Drosophila melanogaster cytosolic
I ` tct A Ser IGA Nicotiana rustica cytosolic
I ` tct A Ser IGA Nicotiana rustica cytosolic
I + tct A Ser IGA Rattus norvegicus cytosolic
I + tct A Ser IGA Rattus norvegicus cytosolic
I + tct A Ser IGA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I + tct A Ser IGA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I + tct A Ser IGA Spinacia oleracea cytosolic
U H tca U Ser UGA Gallus gallus cytosolic
U A tca U Ser UGA Homo sapiens cytosolic
& + tca U Ser UGA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I 6 act A Thr AGU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I 6 act A Thr AGU Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I 6 act A Thr IGU Bos taurus cytosolic
B K tgg C Trp BCA Bos taurus cytosolic
B K tgg C Trp BCA Gallus gallus cytosolic
B K tgg C Trp BCA Nicotiana tabacum cytosolic
B K tgg C Trp BCA Triticum aestivum cytosolic
B A tgg C Trp CCA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
9 K tac G Tyr 9PA Bos taurus cytosolic
9 K tac G Tyr 9PA Homo sapiens cytosolic
9 K tac G Tyr 9PA Homo sapiens cytosolic
G K tac G Tyr GPA Lupinus albus cytosolic
G K tac G Tyr GPA Lupinus luteus cytosolic
G K tac G Tyr GPA Nicotiana rustica cytosolic
G K tac G Tyr GPA Nicotiana rustica cytosolic
G + tac G Tyr GPA Pichia jadinii cytosolic
G K tac G Tyr GPA Scenedesmus obliquus cytosolic
G + tac G Tyr GPA Schizosaccharomyces pombe cytosolic
G K tac G Tyr GPA Triticum aestivum cytosolic
G + tac G Tyr GUA Saccharomyces cerevisiae cytosolic
Q K tac G Tyr QPA Drosophila melanogaster cytosolic
Q K tac G Tyr QPA Triticum aestivum cytosolic
. A gt. Val .AC Homo sapiens cytosolic
. A gt. Val .AC Rattus norvegicus cytosolic
I A gtt A Val AAC Saccharomyces cerevisiae cytosolic
C A gtg C Val CAC Drosophila melanogaster cytosolic
C A gtg C Val CAC Saccharomyces cerevisiae cytosolic
I A gtt A Val IAC Drosophila melanogaster cytosolic
I A gtt A Val IAC Lupinus luteus cytosolic
I A gtt A Val IAC Mus musculus cytosolic
I A gtt A Val IAC Oryctolagus cuniculus cytosolic
I A gtt A Val IAC Pichia jadinii cytosolic
I A gtt A Val IAC Rattus norvegicus cytosolic
N A gta U Val NAC Drosophila melanogaster cytosolic
& A gta U Val UAC Saccharomyces cerevisiae cytosolic

Liste des tRNAs des archées

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  • Lien au tableur:Liste des tRNAs de la base gtRNAdb.
  • Légende:
    _ Colonne 38: c'est la position dans la séquence fournie (avec les tirets) et correspond à la position 34 du tRNA
    _ Colonne 41: c'est la position dans la séquence fournie (avec les tirets) et correspond à la position 37 du tRNA
    _ Colonne 34: c'est la position 34 du tRNA fournie par modomics
    _ Colonne tRNA: anti-codon
    _ Les modifications utilisées dans mes compilations des tableaux sont celles des colonnes 38 et 41 et non celles de la colonne 34.
    _ Seule un symbole de modomics a été changé pour l'adaptation à la syntaxe wikipédia, \} affiché correspond au symbole } modomics.
    _ Un anti-codon (colonne tRNA) coloré contient des modifications en 35 et/ou 36.
    _ Une ligne colorée correspond à un tRNA particulier et sera référencé.
Liste des tRNAs de la base gtRNAdb: Archées
38 41 gène 34 aa tRNA génome milieu
C A gcg C Ala CGC Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
C A gcg C Ala CGC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G A gcc G Ala GGC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
U A gca U Ala UGC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C K cgg C Arg CCG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G K cgc G Arg GCG Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
G K cgc G Arg GCG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
N K cga U Arg NCG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
; 6 aac G Asn ;UU Methanobacterium thermaggregans prokaryotic cytosol
G 6 aac G Asn GUU Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
G 6 aac G Asn GUU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G A gac G Asp GUC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G K tgc G Cys GCA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C K cag C Gln CUG Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
M K cag C Gln MUG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
M A gag C Glu MUC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
N K gaa U Glu NUC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C A ggg C Gly CCC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G A ggc G Gly GCC Methanobacterium thermaggregans prokaryotic cytosol
N A gga U Gly NCC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G K cac G His GUG Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
G K cac G His GUG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G 6 atc G Ile GAU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
N 6 ata U Ile NAU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Halococcus morrhuae prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Sulfolobus acidocaldarius prokaryotic cytosol
C A atg C Ini CAU Thermoplasma acidophilum prokaryotic cytosol
& K cta U Leu &AG Thermoplasma acidophilum prokaryotic cytosol
5 K cta U Leu 5AG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C K ttg C Leu CAA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C K ctg C Leu CAG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G K ctc G Leu GAG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
U K tta U Leu UAA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
M 6 aag C Lys MUU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
N 6 aaa U Lys NUU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
B 6 atg C Met BAU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C 6 atg C Met CAU Thermoplasma acidophilum prokaryotic cytosol
G K ttc G Phe GAA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G K ccc G Pro GGG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
M K ccg C Pro MGG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
U K cca U Pro UGG Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C A tag C Pyr CUA Methanosarcina barkeri prokaryotic cytosol
G 6 agc G Ser GCU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G A tcc G Ser GGA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
M K tcg C Ser MGA Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
M A tcg C Ser MGA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C 6 acg C Thr CGU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G 6 acc G Thr GGU Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
G 6 acc G Thr GGU Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
B K tgg C Trp BCA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G K tac G Tyr GUA Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
C A gtg C Val CAC Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
C A gtg C Val CAC Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
C A gtg C Val CAC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Halobacterium salinarum prokaryotic cytosol
G A gtc G Val GAC Haloferax volcanii prokaryotic cytosol

Compilation des tRNAs des bactéries

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  • Lien au tableur:Compilation des tRNAs des bactéries.
  • Légende: prélèvement du 15.10.18. Cette compilation est extraite de la liste des tRNAs de Modomics[2] et contient la bactérie lla.
    _ Notation des décomptes. L'intitulé est en gras, comportant un caractère différent par tRNA. Quand un tRNA a une modification représentée par un chiffre celui-ci est positionné en 1er. L'effectif de tRNAs du codon, au format numérique standard, est en 2ème ligne. A chaque position 34 et 37, les modifications sont notées à gauche et les bases non modifiées à droite. Cependant les notations de modomics (ref.) et certains cas portant à confusion ont entraîné les exceptions suivantes:
    • L'intitulé ne doit pas comporter un numérique solitaire, t6A 6=. Comme la modification t6A est très fréquente et unique pour la position 37, au lieu de la noter 6, ce qui la confondrait avec un effectif, je l'ai notée t6A. Quand elle est accompagnée par d'autres modifications j'ai gardé la notation 6 comme dans 6=.
    • Il peut y avoir 2 bases différentes non modifiées: j'ai intitulé par exemple A C, séparées par un espace, et les effectifs par 4 2 respectivement pour 4 A et 2 C (Gly gga A C). Un autre cas est celui de Gln (Gln caa A G).
    _ Les tRNAs colorés: ici les tRNAs de SeC (tga) sont colorés en cyan. Cependant le gène tga peut représenter SeC ou bien Trp. Aussi dans la case gauche de la colonne 34 et de celle de 37 j'ai mis Trp )N   H=; dans la case droite de la colonne 34 et de celle de 37 j'ai mis SeC "U +".
Modifications des tRNAs en 34 et 37: Bactéries
Phe Leu
t
34 37
t t        
       
c # G *K+≠ G
2 8 9 1
a ) U *= A
2 1 2 1
g B C *H=
3 2 5
Ser
c
34 37
       
       
G *≠`+ A
7 4 3
5V U *=+
2 3 2
C *≠`+
5 5
Tyr Stp
a
34 37
       
       
Q G *≠+=
4 4 8
 
 
 
 
Cys SeC Trp
g
34 37
       
       
G *≠= A
5 4 1
)N U H= +
2 1 2 1
B C H*≠=+ A
1 6 6 1
Leu
t
34 37
c t        
       
c G K
2 2
a V U K=
1 3 4
g C K;
5 5
Pro
c
34 37
       
       
G K G
2 1 1
5V U K
3 3 6
C K
3 3
His Gln
a
34 37
       
       
Q G K/
2 2 4
$ U /= A,G
2 2 2 2
C / G
2 1 1
Arg
g
34 37
I K/ A
5 4 1
 
 
 
 
C K
3 3
Ile Met ini
t
34 37
a t        
       
c G t6A
6 6
a  
 
g } 6=
3 3
Met M} C 6= A
3 7 5 5
ini C A
10 10
Thr
c
34 37
A t6A  
1 1
G 6E A
4 3 1
5V U 6H A
3 3 5 1
C t6A
2 2
 
 
 
 
Asn Lys
a
34 37
       
       
Q G t6A
3 4 7
$S U 6[ A
5 1 5 1
C t6A
4 4
 
 
 
 
Ser Arg
g
34 37
       
       
G t6A
5 5
{! U t6A A
2 3 3 2
C t6A
2 2
 
 
 
 
Val
t
34 37
g t        
       
c G = A
7 1 6
a 5V U = A
3 3 5 1
g C A
1 1
Ala
c
34 37
       
       
G A
4 4
5V U 6= A
3 2 4 1
C A
1 1
Asp Glu
a
34 37
       
       
⊄ G / A
1 3 1 4
$SN U / A
4 1 2 3
C A
2 2
Gly
g
34 37
       
       
G A
5 5
5N!{ U = A,C
4 6 4 4,2
C A
4 4

Compilation des tRNAs des eucaryotes

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  • Lien au tableur:Compilation des tRNAs des eucaryotes.
  • Légende: prélèvement du 15.10.18. Cette compilation est extraite de la liste des tRNAs de Modomics[2].
    _ Notation des décomptes. L'intitulé est en gras, comportant un caractère différent par tRNA. Quand un tRNA a une modification représentée par un chiffre celui-ci est positionné en 1er. L'effectif de tRNAs du codon, au format numérique standard, est en 2ème ligne. A chaque position 34 et 37, les modifications sont notées à gauche et les bases non modifiées à droite. Cependant les notations de modomics (ref.) et certains cas portant à confusion ont entrainé les exceptions suivantes:
    • L'intitulé ne doit pas comporter un numérique solitaire, t6A 6tag "3 1" "3 2". Comme la modification t6A est très fréquente et unique pour la position 37, au lieu de la noter 6, ce qui la confondrait avec un effectif, je l'ai notée t6A. Quand elle est accompagnée par d'autres modifications j'ai gardé la notation 6 comme dans 6E/ ou 6tag. Quand il y a 2 seules modifications notées par 2 chiffres selon modomics et ne pouvant pas être représentées par les "short name" de modomics je garde la notation numérique, mais les 2 chiffres sont séparés par un espace. C'est le cas de "3 1" (Arg aga) et "3 2" (Glu gaa)
    • L'intitulé contient plusieurs caractères mais ne représente qu'une seule modification, PAP (Ile ata) manQ(Asp gac) Ctag(Gln cag) Utag(Gln caa).
    _ Réaffectation: Le tRNA CAG code pour une Ser (ou bien porte). Il est placé avec les tRNAs codant pour la Ser dont l'anticodon commence par C. Normalement il doit porter une Leu dont le codon serait alors ctg. C'est en principe une réaffectation ou bien une anomalie qu'il faudrait confirmer. En position 34 de ce tRNA, la base C n'est pas modifiée de même en position 37 pour la base A.
    _ 3 suppresseurs de codon Stp codant pour Gln.
    • Deux sont suppresseurs du codon taa, JUA et UUA, avec respectivement en position 34 et 37, J t6A et U E. Le 1er, JUA est compris dans les décomptes NJ (position 34) et E6/ (position 37) et le second respectivement dans les décomptes Utaa et E6/ .
    • Un est suppresseur du codon tag, anticodon CUA. Il est compris dans le décompte de la position 34, Ctag ; et dans le décompte de la position 37 6tag .
Modifications des tRNAs en 34 et 37: Eucaryotes
Phe Leu
t
34 37
t t        
       
c # G KWY
22 1 23
a ~.N U K
7 1 8
g B°?< K;
6 6
Ser
c
34 37
I `+
9 9
 
 
& U `+H A
3 2 4 1
C `+ A
6 5 1
Tyr Stp
a
34 37
       
       
9Q G K+
5 9 14
 
 
 
 
Cys SeC Trp
g
34 37
       
       
G K+
2 2
1N U +
5 1 6
B K A
5 4 1
Leu
t
34 37
c t I K G
7 6 1
c  
 
a U K
1 1
g C. K
4 4
Pro
c
34 37
I   K  
1 1
 
 
&N K
2 2
 
 
His Gln
a
34 37
       
       
Q G K G
1 5 5 1
NJ Utaa 6E/ A
6 1 3 4
Ctag 6tag A
4 1 3
Arg
g
34 37
I K/ A
4 3 1
 
 
 
 
C K
2 2
Ile Met Ini
t
34 37
a t I t6A
5 5
c  
 
a PAP t6A
1 1
g  
 
Met B C 6E
5 1 6
ini C 6+
18 18
Thr
c
34 37
I   t6A  
3 3
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Asn Lys
a
34 37
       
       
Q G t6A
4 2 6
3N) 6[H
6 6
C 6H
10 10
 
 
 
 
Ser Arg
g
34 37
       
       
G 6E+
5 5
3 1 t6A
2 2
C t6A
1 1
 
 
 
 
Val
t
34 37
g t I   A
7 7
c  
 
a &N A
2 2
g .C A
4 4
Ala
c
34 37
I   O  
6 6
 
 
 
 
 
 
Asp Glu
a
34 37
       
       
manQ G K A
4 3 1 6
3 2 U A
4 1 5
C A
4 4
Gly
g
34 37
       
       
G A
5 5
,N A
2 2
C A
1 1

Compilation des tRNAs des archées

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  • Lien au tableur:Compilation des tRNAs des archées.
  • Légende: prélèvement du 15.10.18. Cette compilation est extraite de la liste des tRNAs de Modomics[2].
    _ Notation des décomptes. L'intitulé est en gras, comportant un caractère différent par tRNA. Quand un tRNA a une modification représentée par un chiffre celui-ci est positionné en 1er. L'effectif de tRNAs du codon, au format numérique standard, est en 2ème ligne. A chaque position 34 et 37, les modifications sont notées à gauche et les bases non modifiées à droite. Cependant les notations de modomics (ref.) et certains cas portant à confusion ont entraîné les exceptions suivantes:
    • L'intitulé ne doit pas comporter un numérique solitaire, t6A. Comme la modification t6A est très fréquente et unique pour la position 37, au lieu de la noter 6, ce qui la confondrait avec un effectif, je l'ai notée t6A.
Modifications des tRNAs en 34 et 37: Archées
Phe Leu
t
34 37
t t        
       
c G K
1 1
a U K
1 1
g C K
1 1
Ser
c
34 37
       
       
G A
1 1
 
 
M K A
2 1 1
Tyr Stp
a
34 37
       
       
G K
1 1
 
 
C A
1 1
Cys SeC Trp
g
34 37
       
       
G K
1 1
 
 
B K
1 1
Leu
t
34 37
c t        
       
c G K
1 1
a 5& K
2 2
g C K
1 1
Pro
c
34 37
       
       
G K
1 1
U K
1 1
M K
1 1
His Gln
a
34 37
       
       
G K
2 2
 
 
M C K
1 1 2
Arg
g
34 37
       
       
G K
2 2
N K
1 1
C K
1 1
Ile Met Ini
t
34 37
a t        
       
c G t6A
1 1
a N t6A
1 1
g  
 
Met B C t6A
1 1 2
ini C A
5 5
Thr
c
34 37
 
 
G t6A
2 2
 
 
C t6A
1 1
 
 
 
 
Asn Lys
a
34 37
       
       
; G t6A
1 2 3
N t6A
1 1
M t6A
1 1
 
 
 
 
Ser Arg
g
34 37
       
       
G t6A
1 1
 
 
 
 
 
 
 
 
Val
t
34 37
g t        
       
c G A
2 2
a  
 
g C A
3 3
Ala
c
34 37
       
       
G A
1 1
U A
1 1
C A
2 2
Asp Glu
a
34 37
       
       
G A
1 1
N K
1 1
M A
1 1
Gly
g
34 37
       
       
G A
4 4
N A
1 1
C A
1 1

Détails pour mcac lla eco hvo sce

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  1. Les notations des modifications sont en intitulés courts de modomics (short name). Quand il y a plusieurs tRNAs par codon l'effectif est positionné en 1er et séparé par un espace, seulement en position 34 (à gauche) ou en position 37 (à droite).
  2. strain unknown Liepzig*[11]:; voir dans organisms/bacteria/proteo/gamma/entero....
  3. Les gènes en orange   1   n'ont pas de correspondant en tRNA;
  4. P:Pseudo Uridine
    - GPA: anti-codon avec P en 35.
    - PAP: anti-codon avec P en 34 et 36.
  5. Les "Short Name" de Modomics[12]
  6. Quelques radicaux chimiques
c		m	n	o	ac	k		i		t			io
carboxy		methyl	amino	oxy	acetyl	lysidine	isopentenyl	thréonylcarbamoyl	hydroxyisopentenyl
												
QtRNA		W		s	P		mo	nc		h		
queosine	wybutosine	thio	pseudouridine	metoxy	carbamoyl	hydroxy
Modifications des tRNAs en 34 et 37: mcac lla eco hvo sce
mcac 24 %GC 30 tRNAs
t c a g
t t
c G m1G G m6A G m6A
a cmnm5Um m6A U m6A cmnm5Um m6A
g Cm m6A Cm m6A
 
c t Inosine m1G
c G m1G
a U m1G U m1G cmnm5s2U m6A
g
 
a t A t6A
c G t6A G t6A G t6A
a k2C m6A U t6A cmnm5s2U t6A cmnm5U t6A
g C A C t6A
i C A
g t
c G A
a U m6A U m6A cmnm5s2U A U m6A
g
 
mcac 30 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 1 1 1
a 1 1 1
g 1 1
 
t 1
c 1
a 1 1 1
g
 
t 1
c 1 1 1
a 1 2 1
g 3 1
i
t
c 1
a 1 1 1 1
g
 
lla 35 %GC 26 tRNAs
t c a g
t t
c G G G A G i6A
a
g
 
c t Inosine m2A
c
a mo5U m1G U A
g
 
a t
c G t6A G A G t6A G t6A
a k2C m6A mo5U t6A cmnm5s2U 2 t6A U C
g ac4C m6A C t6A C t6A
i C A
g t
c G A G A
a mo5U m6A mo5U t6A U A U mo5U 2 m6A
g
 
lla 63 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 2 1 1 1
a 2 2
g 1 3 1
 
t 2 2
c 1
a 2 2 2
g 1 1
 
t
c 2 1 2 1
a 2 3 1
g 4 1 1 1
i
t
c 2 2
a 3 6 2 2
g
 
E.coli 51 %GC 43 tRNAs; strain unknown Liepzig*
t c a g
t t
c G ms2i6A G A 2 QtRNA ms2i6A G ms2i6A
a cmnm5Um ms2i6A cmo5U ms2i6A U i6A
g Cm ms2i6A C ms2i6A C ms2i6A
 
c t Inosine m2A
c G m1G QtRNA m2A
a cmo5U m1G cmnm5s2U m2A
g C m1G C m1G C m2A C m1G
 
a t
c G t6A 2 G m6t6A QtRNA t6A G t6A
a k2C t6A cmo5U t6A mnm5s2U t6A mnm5U t6A
g ac4C t6A
i 2 C A
g t
c 2 G A G A gluQtRNA m2A G A
a cmo5U m6A cmo5U A mnm5s2U 2 m2A mnm5U A
g C A
 
eco 86 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 2 2 3 1
a 1 1 1
g 1 1 1
 
t 4
c 1 1 1
a 1 1 2
g 4 1 2 1
 
t
c 3 2 4 1
a 1 6 1
g 8 1 1
i
t
c 2 2 3 4
a 5 3 4 1
g 1
 
hvo 66 %GC 41 tRNAs
t c a g
t t
c G m1G G A G m1G G m1G
a U m1G
g C m1G ac4C A Cm m1G
 
c t
c G m1G G m1G G m1G G m1G
a mo5U m1G U m1G xU m1G
g C m1G ac4C m1G ac4C m1G C m1G
 
a t
c G t6A G t6A G t6A G t6A
a xU t6A xU t6A
g Cm t6A C t6A ac4C t6A
i C A
g t
c G A G A G A 2 G A
a U A xU m1G xU A
g C A C A ac4C A C A
 
hvo 53 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t
c 2 1 2 1
a 1 1
g 1 1 1
 
t
c 1 1 1 1
a 1 1 1 1
g 1 2 1 1
 
t
c 1 1 1 1
a 1 1 1
g 3 1 1 1
i
t
c 2 1 2 2
a 1 2 1 1
g 1 1 1 1
 
sce 38 %GC 35 tRNAs
t c a g
t t 2 Inosine i6A
c 2 Gm yW GPA i6A G i6A
a ncm5Um m1G ncm5U i6A
g m5C m1G C i6A Cm A
 
c t Inosine A
c 2 G m1G
a U m1G xU m1G
g
 
a t Inosine t6A 2 Inosine t6A
c G t6A G t6A
a PAP t6A mcm5s2U t6A mcm5U t6A
g C t6A C t6A
i C t6A
g t Inosine A Inosine m1Inosine
c G m1G G A
a ncm5U A mcm5s2U A xU A
g C A
 
sce 275 gènes tRNAs
t   c   a   g  
t 11
c 10 8 4
a 7 3
g 10 1 6
 
t 2 6
c 1 7
a 3 10 9
g 1 1
 
t 13 11
c 10 4
a 2 4 7 11
g 10 1 14 1
i
t 14 11
c 16 16
a 2 5 14 3
g 2 2 2
 

Notes et références

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  1. ↑ http://modomics.genesilico.pl/modifications/
  2. ↑ 2,00 2,01 2,02 2,03 2,04 2,05 2,06 2,07 2,08 et 2,09 http://modomics.genesilico.pl/sequences/list/tRNA/
  3. ↑ http://modomics.genesilico.pl/proteins/274/
  4. ↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16236318
  5. ↑ http://modomics.genesilico.pl/proteins/9/
  6. ↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16236318
  7. ↑ http://modomics.genesilico.pl/proteins/274/
  8. ↑ http://modomics.genesilico.pl/proteins/9/
  9. ↑ http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search?vOrg=Escherichia+coli&vTax=562
  10. ↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4150846/
  11. ↑ http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search?vOrg=Escherichia+coli&vTax=562
  12. ↑ http://modomics.genesilico.pl/modifications/
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