Protides/Structures protidiques
Les protides hydrolysables, associations en chaîne d'acides aminés, différent par les acides aminés qui les composent et par l’ordre dans lequel ils sont associés.
La structure primaire d'un protide est la séquence ordonnée des acides aminés qui le composent.
C'est la structure primaire qui est programmée par le code génétique : voir Acides nucléiques et Synthèse des protides.
(Par convention, un enchainement d'acides aminés est représenté en commençant par la terminaison aminée libre (NH3+).)
Comme les acides aminés diffèrent par leur radical et que les plans moléculaires de deux acides aminés associés par une liaison peptidique se caractérisent par un angle pouvant différer pour chacun des couples possibles, la chaîne d'acides aminés a une disposition spatiale unique pour une structure primaire donnée.
La structure secondaire d'un protide est la disposition spatiale de la structure primaire qui le compose.
Les structures secondaires sont, en général, des structures hélicoïdales (comme un ressort) plus ou moins régulières.
Pour les structures secondaires les plus longues, la souplesse permise par la longueur autorise le reploiement sur elle-même de la chaîne (pouvant être d'autant plus complexe que le nombre d'acides aminés composant le protide est grand). Le bouclage de la structure secondaire est maintenu par des liaisons diverses dont des ponts bisulfures (le souffre bivalent est relié à deux radicaux appartenant chacun à un acide aminé de la chaîne). Ainsi, à partir d'une structure primaire donnée, la structure secondaire peut se replier sur elle-même en des boucles maintenues par des liaisons entre différents points de la chaîne, donnant une disposition spatiale de la chaîne de degré supérieur.
La structure tertiaire d'un protide est la structure spatiale prise par la structure secondaire lorsqu'elle est suffisamment longue pour être repliée sur elle-même et maintenue en cet état par diverses liaisons entre les radicaux des acides aminés qui le composent.
Cette structure tertiaire peut être fonctionnelle c'est-à-dire peut donner des propriétés au protide qui la possède.
Elle est instable en dehors d'un domaine de température et/ou d'un domaine de pH : les liaisons de covalence libérées vont permettre aux différentes chaînes protidiques de se lier de façon anarchique et former une masse protidique ne permettant plus le retour à l'état précédent, ce qui correspond à la coagulation des protides sous l'influence de la chaleur et/ou du pH. Les protides qui présentent une structure tertiaire fonctionnelle perdent alors leurs propriétés par déploiement de cette structure et sont dits dénaturés (par la chaleur et/ou le pH).
Enfin, plusieurs protides à structure tertiaire peuvent se lier entre eux pour former un ensemble protidique présentant une organisation spatiale d'un niveau encore supérieur.
La structure quaternaire d'un protide est la disposition spatiale prise par les structures tertiaires associées pour sa composition.
Remarque :
Une structure d'ordre n est définie par rapport à la structure d'ordre n-1, ce qui permet de dire que si un protide montre une structure d'ordre n, c’est qu’il a une structure d'ordre n-1, une structure d'ordre n-2 ... jusqu'à une structure primaire.
De plus, dans un raisonnement inverse, une structure d'ordre n est induite, permise, par la structure d'ordre n-1, elle-même induite par la structure d'ordre n-2 ... jusqu'à la structure primaire. Comme la structure primaire est programmée dans le code génétique, toutes les structures d'un protide sont dues à son codage génétique c'est-à-dire à son gène.
