Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes. L'étude des intercalaires cds..cds permet de les comparer aux intercalaires cds..RNA et RNA..RNA. Les diagrammes des fréquences des intercalaires cds..cds positifs continus de 1 à 400 pbs des génomes (titre en jaune) sont présentés ici regroupés en classes.

Les abscisses sont les fréquences unitaires (freq1) et les ordonnées les pour 1000 (‰) du total des intercalaires positifs continus du génome. Deux courbes de tendances sont représentées ici dont la principale, en rouge, est la moyenne glissante centrée de période 9. La 2ème courbe de tendance, en polynôme de d° 21, n'est représentée que par son coefficient de tendance R2. Y est ajouté le total des intercalaires (total). Voir le tableau de classement de ces diagrammes. J'ai caractérisé 8 formes sur l'ensemble des 51 génomes étudiés, colonne clasf:

- E pour forme en escalier et se divise en 2 sous-groupes, le 1er E11, a un rebond (lonf) court et le 2ème E21, un rebond long.

- M pour montagne et se caractérise par le nombre de sommets: C pour colline à un sommet, M2 à 2 sommets, M3 à 3, M4 à 4 et M5 à 5.

- P pour plateau et se caractérise par un plateau avec de petits sommets de 1 à 5.

Le calcul de l'intercalaire est fait méthodiquement sur le tableur calc de LibreOfiice.

+ Voir la construction de ces diagrammes dans la page de chaque génome xxx intergen51 où xxx est le code KEGG [1]. Cette page présente

- le gènome en détail dont le lien à la source des donnée NCBI,

- permet de retrouver les 2 colonnes du diagramme dans les données intercalaires 200.

+ Groupe de classes M11 représente ici 4 génomes dans l'ordre du paramètre lonf, de gauche à droite et de bas en haut. Y sont ajoutés pub et ant. Les 5 diagrammes sont représentés avec les 2 courbes de tendance, moyenne glissante en rouge et polynome de d°21 en bleu (sauf polynôme de d°12 pour pub). Les diagrammes ade eco ant sont dupliqués en polynôme de d°15 pour montrer la différence entre les coefficients de détermination du d°21 et 15 notamment pour ant dont le polynôme 15 colle mieux aux moyennes glissantes que son polynôme de d°21, avec un R2 faible. Au contraire ade et eco, comme le reste des 51 génomes étudiés, ont un polynôme de d°21 qui colle mieux aux moyennes glissnates avec un R2 optimal.

   cvi M11 forme C   ade M12 forme C   eco M13 forme M3   ecoN M13 forme M3   pub E10 forme E1   ant M33 forme M3

+ Voir la légende des diagrammes pour les nombres affichés