Recherche:Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines/Annexe/Diagrammes

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Diagrammes
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Annexe 2
Recherche : Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines
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Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines/Annexe/Diagrammes
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Paris le 02.02.17

Protéines aux substrats ADN ou ARN, en fonction du %GC du génome[modifier | modifier le wikicode]

codons[modifier | modifier le wikicode]

  • Diagrammes pour 111 bactéries et 6 enzymes d'un total moyen de 6 550 aas chacune.
  • Les diagrammes ont été construits dans Libreoffice/calc à partir du tableau des diagrammes des codons puis exportés au format png.
  • Les légendes reportent le codon suivi de sa valeur à 75% de l'équation, puis de l'abscisse du maximum ( en %), du maximum de cette abscisse, et enfin en gras le coefficient de détermination R2. Les valeurs calculées le sont d'après les équations de tendances reportées sur le diagrammes. Le détail des calculs se trouve dans les Tableaux numériques.
  • Les diagrammes sont construits en forçant l'ordonnée à l'origine à zéro ( case à cocher dans 'formater la courbe de tendance'). Aussi les diagrammes des codons se terminant par a ou t sont reportés en fonction du %AT et ceux des codons se terminant par g ou c en fonction du %GC.Seuls 2 codons, ttg et agg, sont reportés en %AT et tga en %GC, ceci en considérant toujours la tendance à la hausse pour forcer l'ordonnée à l'origine à zéro. Ces 3 codons sont en majuscule et en gras: TTG, AGG, TGA.
ttt 288 95

ttc 231 96

tta 389 92

TTG 67 60% 119 76
tct 137 86% 148 88

tcc 100 67% 107 87

tca 120 89

tcg 138 85
tat 261 97

tac 172 83% 177 93

taa 5 75% 5 84

tag 1 49
tgt 51 85

tgc 40 64% 48 87

TGA 3 73

tgg 89 97
ctt 112 63% 153 81

ctc 289 84

cta 53 71% 54 76

ctg 351 71% 357 88
cct 98 68% 104 94

ccc 140 73

cca 106 74% 106 85

ccg 213 82% 220 88
cat 91 73% 91 91

cac 131 96

caa 174 80% 178 88

cag 202 68% 213 96
cgt 71 56% 134 74

cgc 359 94

cga 19 61% 28 57

cgg 131 70
att 369 91

atc 295 73% 296 94

ata 259 69

atg 135 51% 168 98
act 137 82% 142 89

acc 238 77% 238 93

aca 129 78% 129 88

acg 105 69% 110 83
aat 399 97

aac 162 66% 171 95

aaa 622 96

aag 314 85% 325 92
agt 78 88

agc 56 61% 75 86

aga 150 71

AGG 19 59% 36 31
gtt 198 68% 211 94

gtc 328 92

gta 138 70% 143 89

gtg 230 70% 236 91
gct 148 66% 170 91

gcc 405 93

gca 129 67% 141 93

gcg 287 88
gat 320 70% 329 97

gac 447 97

gaa 391 67% 420 95

gag 513 92
ggt 156 63% 183 90

ggc 419 96

gga 157 78% 159 85

ggg 63 64% 70 71

Comparaison entre diagrammes[modifier | modifier le wikicode]

  • Diagramme corcodon, de la moyenne d'un codon en fonction de sa corrélation moyenne avec les autres codons. Voir son tableau numérique.
  • Diagramme du coefficient de corrélation (X100) d'un codon en fonction de son paramètre diag de son diagramme en fonction du contenu en AT de son génome. Pour les codons xxa ou xxt. Voir les tableaux numériques de ces codons.
  • Diagramme du coefficient de corrélation (X100) d'un codon en fonction de son paramètre diag de son diagramme en fonction du contenu en GC de son génome. Pour les codons xxg ou xxc. Voir les tableaux numériques de ces codons.
corcodon
cordiag-at
cordiag-gc

acides aminés[modifier | modifier le wikicode]

Ala 99

Cys 89

Asp 99

Glu 99

Phe 97
Gly 99

His 99

Ile 97

Lys 95

Leu 99
Met 98

Asn 92

Pro 99

Gln 98

Arg 99
Ser 98

Thr 99

Val 99

Trp 99

Tyr 98

Comparaison entre acides aminés et codons[modifier | modifier le wikicode]

  • Diagramme coraa, moyenne d'un aa en fonction de sa corrélation moyenne en corrélation avec les autres aas.
  • Diagramme de la répartition des fréquences des corrélations des aas entre eux et de celle des codons entre eux. Voir les tableaux des fréquences.
  • Tableaux triés des corrélations entre codons et aas.
Moyenne des aas et leurs corrélations moyennes (coraa)
Répartition des corrélations codons et aas
Fréquences des corrélations entre codons
Tableau trié des corrélations entre aas
Fréquences des corrélations entre aas
Répartition des corrélations entre codons
Répartition des corrélations entre aas
Tableau trié des corrélations entre codons

Corrélations entre bactéries et conformation des protéines[modifier | modifier le wikicode]

Conformation par le nombre d'aas et de codons[modifier | modifier le wikicode]

  • Voir les tableaux numériques

aas    codons    codons bbc,g    codons bbt,a   

Évolution de la conformation des protéines par le nombre d'aas
Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons
Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g.
Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a.
Évolution de la conformation des protéines par le nombre d'aas: pente
Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons: pente
Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g: pente
Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a: pente

Exemples de conformations de couples de bactéries aux contenus en GC très proches[modifier | modifier le wikicode]

  • Voir tableaux numériques

codons bbc,g    codons bbt,a    aas   

bbc,g: eal-lfc
bbc,g: aae-bae
bbt,a: thl-lat
bbt,a: chp-spl
aas: hth-lpl
aas: din-say

Fréquences des corrélations entre bactéries[modifier | modifier le wikicode]

Fréquences des corrélations entre bactéries/codons
Distribution des corrélations entre bactéries/codons
Distribution des corrélations entre bactéries/aas

Comparaison entre protéines aux petits substrats du métabolisme central et protéines à substrats ADN ou ARN[modifier | modifier le wikicode]

  • Ces diagrammes ont été construits avec les 2 tableaux de diagrammes des PDNA et desDRNA-39
ttt et ttc

tta et ttg

ctt et ctc

cta et ctg
att et atc

ata et atg

gtt et gtc

gta et gtg
tct et tcc

tca et tcg

cct et ccc

cca et ccg
act et acc

aca et acg

gct et gcc

gca et gcg
tat et tac

taa et tag

cat et cac

caa et cag
aat et aac

aaa et aag

gat et gac

gaa et gag
tgt et tgc

tga et tgg

cgt et cgc

cga et cgg
agt et agc

aga et agg

ggt et ggc

gga et ggg