Recherche:Corrélation entre les codons dans les gènes de protéines/Annexe/Diagrammes

Paris le 02.02.17

Protéines aux substrats ADN ou ARN, en fonction du %GC du génome

codons

• Diagrammes pour 111 bactéries et 6 enzymes d'un total moyen de 6 550 aas chacune.
• Les diagrammes ont été construits dans Libreoffice/calc à partir du tableau des diagrammes des codons puis exportés au format png.
• Les légendes reportent le codon suivi de sa valeur à 75% de l'équation, puis de l'abscisse du maximum ( en %), du maximum de cette abscisse, et enfin en gras le coefficient de détermination R2. Les valeurs calculées le sont d'après les équations de tendances reportées sur le diagrammes. Le détail des calculs se trouve dans les Tableaux numériques.
• Les diagrammes sont construits en forçant l'ordonnée à l'origine à zéro ( case à cocher dans 'formater la courbe de tendance'). Aussi les diagrammes des codons se terminant par a ou t sont reportés en fonction du %AT et ceux des codons se terminant par g ou c en fonction du %GC.Seuls 2 codons, ttg et agg, sont reportés en %AT et tga en %GC, ceci en considérant toujours la tendance à la hausse pour forcer l'ordonnée à l'origine à zéro. Ces 3 codons sont en majuscule et en gras: TTG, AGG, TGA.

ttt 288 95 ttc 231 96 tta 389 92 TTG 67 60% 119 76	tct 137 86% 148 88 tcc 100 67% 107 87 tca 120 89 tcg 138 85	tat 261 97 tac 172 83% 177 93 taa 5 75% 5 84 tag 1 49	tgt 51 85 tgc 40 64% 48 87 TGA 3 73 tgg 89 97
ctt 112 63% 153 81 ctc 289 84 cta 53 71% 54 76 ctg 351 71% 357 88	cct 98 68% 104 94 ccc 140 73 cca 106 74% 106 85 ccg 213 82% 220 88	cat 91 73% 91 91 cac 131 96 caa 174 80% 178 88 cag 202 68% 213 96	cgt 71 56% 134 74 cgc 359 94 cga 19 61% 28 57 cgg 131 70
att 369 91 atc 295 73% 296 94 ata 259 69 atg 135 51% 168 98	act 137 82% 142 89 acc 238 77% 238 93 aca 129 78% 129 88 acg 105 69% 110 83	aat 399 97 aac 162 66% 171 95 aaa 622 96 aag 314 85% 325 92	agt 78 88 agc 56 61% 75 86 aga 150 71 AGG 19 59% 36 31
gtt 198 68% 211 94 gtc 328 92 gta 138 70% 143 89 gtg 230 70% 236 91	gct 148 66% 170 91 gcc 405 93 gca 129 67% 141 93 gcg 287 88	gat 320 70% 329 97 gac 447 97 gaa 391 67% 420 95 gag 513 92	ggt 156 63% 183 90 ggc 419 96 gga 157 78% 159 85 ggg 63 64% 70 71

Comparaison entre diagrammes

• Diagramme corcodon, de la moyenne d'un codon en fonction de sa corrélation moyenne avec les autres codons. Voir son tableau numérique.
• Diagramme du coefficient de corrélation (X100) d'un codon en fonction de son paramètre diag de son diagramme en fonction du contenu en AT de son génome. Pour les codons xxa ou xxt. Voir les tableaux numériques de ces codons.
• Diagramme du coefficient de corrélation (X100) d'un codon en fonction de son paramètre diag de son diagramme en fonction du contenu en GC de son génome. Pour les codons xxg ou xxc. Voir les tableaux numériques de ces codons.

corcodon

cordiag-at

cordiag-gc

acides aminés

• Les diagrammes sont construits avec le tableau des diagrammes des aas

Ala 99 Cys 89 Asp 99 Glu 99 Phe 97

Gly 99 His 99 Ile 97 Lys 95 Leu 99

Met 98 Asn 92 Pro 99 Gln 98 Arg 99

Ser 98 Thr 99 Val 99 Trp 99 Tyr 98

Comparaison entre acides aminés et codons

• Diagramme coraa, moyenne d'un aa en fonction de sa corrélation moyenne en corrélation avec les autres aas.
• Diagramme de la répartition des fréquences des corrélations des aas entre eux et de celle des codons entre eux. Voir les tableaux des fréquences.
• Tableaux triés des corrélations entre codons et aas.

Moyenne des aas et leurs corrélations moyennes (coraa)	Répartition des corrélations codons et aas	Fréquences des corrélations entre codons	Tableau trié des corrélations entre aas
Fréquences des corrélations entre aas	Répartition des corrélations entre codons	Répartition des corrélations entre aas	Tableau trié des corrélations entre codons

Corrélations entre bactéries et conformation des protéines

Conformation par le nombre d'aas et de codons

• Voir les tableaux numériques

aas    codons    codons bbc,g    codons bbt,a   

Évolution de la conformation des protéines par le nombre d'aas	Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons	Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g.	Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a.
Évolution de la conformation des protéines par le nombre d'aas: pente	Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons: pente	Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g: pente	Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a: pente

Exemples de conformations de couples de bactéries aux contenus en GC très proches

• Voir tableaux numériques

codons bbc,g    codons bbt,a    aas   

bbc,g: eal-lfc	bbc,g: aae-bae	bbt,a: thl-lat
bbt,a: chp-spl	aas: hth-lpl	aas: din-say

Fréquences des corrélations entre bactéries

Fréquences des corrélations entre bactéries/codons

Distribution des corrélations entre bactéries/codons

Distribution des corrélations entre bactéries/aas

Comparaison entre protéines aux petits substrats du métabolisme central et protéines à substrats ADN ou ARN

• Ces diagrammes ont été construits avec les 2 tableaux de diagrammes des PDNA et desDRNA-39

ttt et ttc tta et ttg ctt et ctc cta et ctg	att et atc ata et atg gtt et gtc gta et gtg	tct et tcc tca et tcg cct et ccc cca et ccg	act et acc aca et acg gct et gcc gca et gcg
tat et tac taa et tag cat et cac caa et cag	aat et aac aaa et aag gat et gac gaa et gag	tgt et tgc tga et tgg cgt et cgc cga et cgg	agt et agc aga et agg ggt et ggc gga et ggg