Méthodologie de revue de littérature cumulative
English version : https://en.wikiversity.org/wiki/Web-semantic-based_cumulative_litterature_review_methodology
Constats
[modifier | modifier le wikicode]La croissance du nombre de publications académique est aujourd’hui exponentielle et double tous les dix ans environ[1]. On pourrait penser qu’il s’agit d’une bonne chose, puisque que de nombreux enjeux contemporains (ex : transition socio-écologique) nécessitent la création et la diffusion rapide de nouvelles connaissance. Le modèle actuel de production des connaissances académiques est cependant inadapté à cet objectif et peut dégrader à la fois la qualité de la recherche (ex : invention de concepts sans fondements pour faire une « contribution théorique ») et les conditions de travail des chercheurs (ex : temps de travail gaspillé à travailler sur des publications qui finissent rejetées).
Le modèle actuel est basé sur la production en quantité, l’accumulation de publications qui n’ont pas nécessairement de cohérence entre elles, la compétition entre chercheurs et un modèle de publication propriétaire qui limite la diffusion des résultats. La quantité produite contribue à une surcharge informationnelle : personne n’est aujourd’hui capable de lire toutes les publications liées à son objet de recherche, et le problème se pose en amont de la publication avec le nombre croissant de manuscrit à traiter pour les revues (accélérant avec l’usage de l’IA générative de type Large Language Model). En conséquence, le travail de revue de littérature se complique, la construction de consensus scientifique est découragée et identifier les connaissances fiables qui mériteraient d’être plus largement diffusées et enseignées est un défi. Un modèle alternatif qui permettrait d’améliorer à la fois les conditions de travail et la qualité de la recherche pourrait être un modèle mettant davantage l’accent sur la qualité, le travail de synthèse plutôt que de juxtaposition des connaissances, le travail collaboratif et un modèle de publication basé sur les principes de la science ouverte[2].
Modèle existant | Modèle proposé | |
---|---|---|
Travail | Individuel | Collectif |
Ecriture | Rédaction puis publication | Contenu dynamique |
Connaissances | Juxtaposition | Synthèse |
Objectif | Quantité | Qualité |
Évaluation de la qualité | Ponctuelle | Continue |
Propriété | Licences propriétaires | Licences ouvertes |
Reconnaissance | Statut d'auteur | Traçabilité des contributions |
Données | Cloisonnement | Linked open data |
Objectifs
[modifier | modifier le wikicode]- Créer une méthodologie revue de littérature cumulative[3] basée sur le web sémantique et le linked open data qui aboutirait à des cartes de connaissances dynamiques[4] plutôt que des publications figées qui ne peuvent pas être mises à jour.
- L'appliquer à une thématique de recherche liée à la transition écologique, domaine où la création et transmission rapide de connaissance est cruciale étant donné l'urgence de la crise écologique.
Préparation du projet
[modifier | modifier le wikicode]Rédaction du projet
[modifier | modifier le wikicode]Contributeurs et contributrices
[modifier | modifier le wikicode]Méthodologie de revue de littérature scientifique et méta-analyse | Compétences techniques web sémantique, données, applications | Gestion de projet, recherche de financement | Communauté Wikimédia | Communauté Web sémantique | Communauté Recherche | |
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Adélie Ranville (Jeanne Noiraud ; https://orcid.org/0000-0002-3993-6135) | X | X | X | X | ||
Romain Mekarni : https://romain.rmkn.fr/ (Data players) | X | X | X | |||
Arthur Perret : http://www.arthurperret.fr/ | X | X | X | |||
Wikimédia France : https://www.wikimedia.fr/ | X | X |
Financeurs potentiels
[modifier | modifier le wikicode]Phase de preuve de concept
[modifier | modifier le wikicode]- Wikimedia Research Fund : https://meta.wikimedia.org/wiki/Grants:Programs/Wikimedia_Research_%26_Technology_Fund/Wikimedia_Research_Fund
- Fondation USMB : https://www.fondation-usmb.fr/projets-d-amorcage/deposer-un-projet/
- Appel à Commun ADEME : https://wiki.resilience-territoire.ademe.fr/wiki/Accueil
- Thèse ADEME : https://agirpourlatransition.ademe.fr/entreprises/aides-financieres/20241219/appel-a-projets-theses-edition-2025
- Berkeley Initiative for Transparency in the Social Sciences : https://www.bitss.org
Phase de développement
[modifier | modifier le wikicode]- Programme Open CNRS : https://www.cnrsinnovation.com/open/
- OSCARS Open Calls : https://oscars-project.eu/open-calls
- The navigation fund : https://www.navigation.org/grants/open-science
- ANR : https://anr.fr/
- Fonds européens : https://erc.europa.eu/apply-grant/starting-grant
- Fond pour la science ouverte: https://www.ouvrirlascience.fr/quatrieme-appel-a-projets-du-fonds-national-pour-la-science-ouverte/
- ...
Partenaires potentiels
[modifier | modifier le wikicode]Etapes du projet
[modifier | modifier le wikicode]Phase preuve de concept
[modifier | modifier le wikicode]- Recherche sur les enjeux de revue de littérature, méta-recherche et science ouverte
- What would science look like if it were invented today : https://en.wikiversity.org/wiki/User:OpenScientist/What_would_science_look_like_if_it_were_invented_today
- Wikis in scholarly communication : https://en.wikiversity.org/wiki/Wikis_in_scholarly_communication
- Journal of the future : https://en.wikiversity.org/wiki/Wikiversity:Journal_of_the_future
- Wikidata to support clinical practice using Data Science, Semantic Web and Machine Learning : https://meta.wikimedia.org/wiki/Research:Adapting_Wikidata_to_support_clinical_practice_using_Data_Science,_Semantic_Web_and_Machine_Learning
- Elaboration d'une méthologie de revue de littérature compatible avec la science ouverte
- Benchmark des outils techniques existants
- Proof of concept utilisant les outils existants
- Publication/communication de la méthodologie
Phase développement
[modifier | modifier le wikicode]- Cahier des charges pour développements complémentaires
- Développement technique
- Documentation et tutoriels
- Publication de la méthodologie dans une revue scientifique
- Dissémination et formation de chercheurs à la méthode
Benchmark des outils existants
[modifier | modifier le wikicode]Logiciels revue de littérature
[modifier | modifier le wikicode]- Research rabbit: https://researchrabbitapp.com/
- Connected papers: https://www.connectedpapers.com/
- Litmap: https://app.litmaps.com
- SciSummary: https://scisummary.com/
- Scanlit: https://www.scanlitt.com/
Logiciels d'analyse de données qualitatives
[modifier | modifier le wikicode]- Computer-assisted qualitative data analysis software : Atlas.ti, HyperRESEARCH, NVivo, or The Ethnograph
- Approches lexicométriques : Tropes, Alceste, Iramuteq, Sphinx, CorTexT (https://www.cortext.net/), Gargantext
Logiciels de gestion de connaissance
[modifier | modifier le wikicode]- Cosma : https://cosma.arthurperret.fr
- Obsidian : https://obsidian.md/
- Zettlr : https://docs.zettlr.com/
- Room Research : https://roamresearch.com/
- Notion
- Logseq
- Reflect
Fonctionnalités envisagées et outils libres existants pour les mettre en oeuvre
[modifier | modifier le wikicode]Assurer la traçabilité du protocole de revue de littérature
[modifier | modifier le wikicode]- Rédiger un protocole de revue de littérature et le déposer sur une archive ouverte pour lui donner un DOI qui sera lié aux articles inclus dans la revue de littérature (voir publication modulaire).
Récupérer des méta-données de publications scientifiques
[modifier | modifier le wikicode]Items scientifiques
[modifier | modifier le wikicode]- Archives ouvertes (HAL, Zenodo, Huma-num, Nakala...)... qui évoluent vers de nouveaux modèles ?[5]
- Infrastructure technique d'archivage : https://inveniosoftware.org/
- Publications propriétaires (WOS, Spcopus...)
Données empiriques
[modifier | modifier le wikicode]- Données sur des organisations (ex: https://www.sirene.fr/sirene/public/accueil)
- Données sur les politiques publiques (ex: https://eur-lex.europa.eu/eli-register/about.html)
- Archives culturelles (ex: https://omeka.org)
Gérer des méta-données de publications scientifiques
[modifier | modifier le wikicode]- Zotero : https://www.zotero.org/
- ...
Intégrer des métadonnées bibliographiques au web semantique et linked open data
[modifier | modifier le wikicode]Importation de métadonnées dans wikidata
[modifier | modifier le wikicode]- Exportation de Zotero vers wikidata : https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Zotero
- Récupération des données de citations entre items : https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Zotero/Cita
Enrichir les métadonnées bibliographiques pour construire des graphes de connaissances
[modifier | modifier le wikicode]Pour assurer la traçabilité de la méthode : utiliser le DOI du projet de revue de littérature comme source ?
Ontologies dédiées aux items scientifiques
[modifier | modifier le wikicode]- https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiProject_Wikidata_for_research/Data_models/Social_science_results
- https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiProject_Wikidata_for_research/Data_models/Scholarly_article
- Thesaurus et vocabulaires contrôlés[6]
- Open Alex utilise les Wikidata ID pour les concepts
Types de données à ajouter sur les items scientifiques
[modifier | modifier le wikicode]- Méthode
- Sujet
- ORCID auteurs
- Citations CROSSREF
- Versions
- Sources de données (DOI)
Triplets pouvant pour lesquels les items scientifiques peuvent être des références
[modifier | modifier le wikicode]- Typologie : sous-classes
- Définitions : caractéristiques
- Causalités : a pour cause
- Hypothèses : a comme cause possible
Outils d'édition Wikidata
[modifier | modifier le wikicode]- Réconciliation avec Openrefine: https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Tools/OpenRefine
- Importation des annexes scientifiques : https://github.com/wpoa/open-access-media-importer
- Quickstatement
Indexation et extraction
[modifier | modifier le wikicode]RevMan, RevManHal, Covidence, EPPI-Reviewer, Abstrackr, SUMARI, CReMS
LLM
- LLM vers RDF : SciLEx : https://github.com/datalogism/SciLEx/
- Robot Reviewer : https://www.robotreviewer.net/about
Crowdsourcing
- Folksonomie https://fr.wikipedia.org/wiki/Folksonomie
Modélisation de théories
[modifier | modifier le wikicode]- Wikipathways : https://www.wikipathways.org
- Open Research Knowledge Graph : https://orkg.org
- Scholarly knowledge graphs : https://orkg.org/review/R135360
Rechercher sur le graphe de connaissances
[modifier | modifier le wikicode]- Interface SPARQL : https://sparnatural.eu/
- Exemples de requête: trouver toutes les publications qui étudient l'organisation X, décrire les méthodes utilisées par les publications sur le sujet Y...
- Visualisation de graph, exemple : https://angryloki.github.io/wikidata-graph-builder/?item=Q1773152&property=P828&iterations=2
- Bibliométrie dynamique: https://scholia.toolforge.org/
- Sémantic search : https://en.wikipedia.org/wiki/Semantic_search
- A-t-on besoin de grands modèles de langage ?[7] https://www.youtube.com/watch?v=WqYBx2gB6vA
Rédiger des synthèses des connaissances
[modifier | modifier le wikicode]Rédaction automatique
[modifier | modifier le wikicode]- Wikidata for AI applications : https://diff.wikimedia.org/2024/09/23/wikidata-and-artificial-intelligence-simplified-access-to-open-data-for-open-source-projects/
- Wikifunctions: https://meta.wikimedia.org/wiki/Abstract_Wikipedia ; https://www.wikifunctions.org/wiki/Wikifunctions:Main_Page
Rédaction collaborative
[modifier | modifier le wikicode]- Wikipédia et Wikiversité
- Stylo : https://stylo.huma-num.fr/
- Intégration des citations https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiCite/fr
- Dokeli : https://dokie.li/
- Voir aussi: https://en.wikiversity.org/wiki/Wikis_in_scholarly_communication
Suivre les contributions et leur visibilité
[modifier | modifier le wikicode]Statistiques de contributions
[modifier | modifier le wikicode]- Dashboard wikimédia : https://outreachdashboard.wmflabs.org/
- Statistiques de contributions par page Wikipédia : https://xtools.wmcloud.org/articleinfo/en.wikipedia.org/Resource_dependence_theory
- Vues des pages Wiki : https://pageviews.wmcloud.org
- Projet de développement de métriques : https://meta.wikimedia.org/wiki/Grants:Programs/Wikimedia_Research_Fund/Developing_Wikimedia_Impact_Metrics_as_a_Sociotechnical_Solution_for_Encouraging_Funder/_Academic_Engagement
- Statistiques de contributions et traffic GitHub
- ORCID[8]
Publication modulaire
[modifier | modifier le wikicode]- Research equal : https://www.researchequals.com/
- Octopus : https://www.octopus.ac/
Comparaison entre productions scientifiques et éléments Wikimédia
[modifier | modifier le wikicode]Bibliometry | Scholia |
Empirical descriptions | Wikipedia pages on organisations, policies… |
Concepts, theories | Wikipedia concept and theories pages |
Book reviews | Wikipedia book pages |
Causal mapping | Wikidata cause-effects |
Typologies | Wikidata subclasses |
Scientific research gaps | Knowledge gaps identification |
Scientific research workflow | Wikimedia Design Strategy
https://design.wikimedia.org/strategy/index.html |
Ressources
[modifier | modifier le wikicode]Le futur de la revue de littérature
[modifier | modifier le wikicode]- Reproducible Literature Reviews : https://www.youtube.com/watch?v=Nspd_1cx9kc
- The death of the literature review and the rise of the dynamic knowledge map : https://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2019/05/14/the-deat
Wikidata pour la recherche
[modifier | modifier le wikicode]- Wikidata : découverte du corpus et cas d'usage dans le monde de la recherche : https://zenodo.org/records/13870682
- MOOC Wikidata https://learn.wiki/courses/course-v1:Wikimedia-France+WMFR_001+2024/about
Limites du modèle de publication par journal
[modifier | modifier le wikicode]- Scientific Publishing: Enough is Enough : https://asterainstitute.substack.com/p/scientific-publishing-enough-is-enough
Références
[modifier | modifier le wikicode]- ↑ (en) « Global scientific output doubles every nine years : News blog », sur blogs.nature.com (consulté le 24 février 2025)
- ↑ (en) Robert T. Thibault, Olavo B. Amaral, Felipe Argolo et Anita E. Bandrowski, « Open Science 2.0: Towards a truly collaborative research ecosystem », PLOS Biology, vol. 21, no 10, 2023-10-19, p. e3002362 (ISSN 1545-7885) [texte intégral lien PMID lien DOI (pages consultées le 2025-02-24)]
- ↑ Berkeley Initiative for Transparency in the Social Sciences (BITSS), « Day 2 | Arnaud Vaganay: Reproducible Literature Reviews », (consulté le 13 février 2025)
- ↑ Krlev, G. (2019, May 14). The death of the literature review and the rise of the dynamic knowledge map. Impact of Social Sciences. https://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2019/05/14/the-death-of-the-literature-review-and-the-rise-of-the-dynamic-knowledge-map/
- ↑ Andrea Boliini, Peter Knoth, Pandelis Perakakis et Eloy Rodrigues, « Next Generation Repositories: Behaviours and Technical Recommendations of the COAR Next Generation Repositories Working Group (2017) », {{{périodique}}}, Zenodo, 2017-11-28 [texte intégral lien DOI (pages consultées le 2025-02-24)]
- ↑ Yoh'Anan Baude, « Liste de référentiels sémantiques pouvant servir à l'indexation d'un corpus de publications scientifiques », {{{périodique}}}, 2022-12-19 [texte intégral lien DOI (pages consultées le 2025-03-08)]
- ↑ (en) Paul Groth, Elena Simperl, Marieke van Erp et Denny Vrandečić, « Knowledge Graphs and their Role in the Knowledge Engineering of the 21st Century (Dagstuhl Seminar 22372) », {{{périodique}}}, Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2023, p. 60–120 [texte intégral lien DOI (pages consultées le 2025-03-05)]
- ↑ « What will the scholarly profile page of the future look like? Provision of metadata is enabling experimentation. », Impact of Social Sciences, 2015-07-16 [texte intégral (page consultée le 2025-02-21)]